JPWO2020178739A5

JPWO2020178739A5 -

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Publication number: JPWO2020178739A5
Application number: JP2021552600A
Authority: JP
Publication date: 2023-03-13

Description

統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍ５．０ｅを使用して実行した。２つのグループが特定の変数に対して有意に異なるか否かを判断するために、ウェルチのｔ検定（両側）を使用して分析を実行した。０．０５未満のＰ値は有意であるとみなした。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される：
（項目１）
（ｉ）ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１に特異的に結合する組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分（「抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ」）をコードする第１のヌクレオチド配列と；（ｉｉ）第２のヌクレオチド配列であって、前記第２のヌクレオチド配列または前記第２のヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドが、内因性ＴＣＲの発現を阻害する、前記第２のヌクレオチド配列と、を含み、
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲが、アルファ鎖及びベータ鎖を含む参照ＴＣＲと、ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１に対する結合について交差競合し、前記アルファ鎖が配列番号１に示されるアミノ酸配列を含み、前記ベータ鎖が配列番号２に示されるアミノ酸配列を含む、核酸分子。
（項目２）
（ｉ）ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１に特異的に結合する組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分（「抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ」）をコードする第１のヌクレオチド配列と；（ｉｉ）第２のヌクレオチド配列であって、前記第２のヌクレオチド配列または前記第２のヌクレオチド配列によってコードされる前記ポリペプチドが、内因性ＴＣＲの発現を阻害する、前記第２のヌクレオチド配列と、を含み、
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲが、アルファ鎖及びベータ鎖を含む参照ＴＣＲと同じヒトＮＹ－ＥＳＯ－１のエピトープまたは重複するエピトープに結合し、前記アルファ鎖が配列番号１に示されるアミノ酸配列を含み、前記ベータ鎖が配列番号２に示されるアミノ酸配列を含む、核酸分子。
（項目３）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲが、配列番号１３に示されるアミノ酸配列からなるＮＹ－ＥＳＯ－１のエピトープに結合する、項目１または２に記載の核酸分子。
（項目４）
前記エピトープがＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成している、項目２または３に記載の核酸分子。
（項目５）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、またはＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子である、項目４に記載の核酸分子。
（項目６）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０対立遺伝子である、項目４に記載の核酸分子。
（項目７）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０４対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０５対立遺伝子、及びＨＬＡ－Ｂ＊４０：０６対立遺伝子から選択される、項目４～６のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目８）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１対立遺伝子である、項目４～７のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目９）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲがアルファ鎖及びベータ鎖を含み、
前記アルファ鎖が、アルファ鎖ＣＤＲ１、アルファ鎖ＣＤＲ２、及びアルファ鎖ＣＤＲ３を含む可変領域を含み；
前記ベータ鎖が、ベータ鎖ＣＤＲ１、ベータ鎖ＣＤＲ２、及びベータ鎖ＣＤＲ３を含む可変ドメインを含み；
前記アルファ鎖ＣＤＲ３が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含む、項目１～８のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１０）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ３が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含む、項目９に記載の核酸分子。
（項目１１）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲがアルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記アルファ鎖がアルファ鎖ＣＤＲ１、アルファ鎖ＣＤＲ２、及びアルファ鎖ＣＤＲ３を含む可変領域を含み；
前記ベータ鎖が、ベータ鎖ＣＤＲ１、ベータ鎖ＣＤＲ２、及びベータ鎖ＣＤＲ３を含む可変ドメインを含み；
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ３が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含む、項目１～８のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１２）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ３が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含む、項目１１に記載の核酸分子。
（項目１３）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ１が、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含む、項目９～１２のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１４）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ１が、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含む、項目９～１３のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１５）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ２が、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含む、項目９～１４のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１６）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ２が、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含む、項目９～１５のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１７）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖可変ドメインが、配列番号１に示されるアミノ酸配列に存在する可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目９～１６のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１８）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖可変ドメインが、配列番号２に示されるアミノ酸配列に存在する可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目９～１７のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目１９）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖が、定常領域をさらに含み、前記定常領域が、アルファ鎖の内因性定常領域とは異なる、項目９～１８のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２０）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖が定常領域を含み、前記アルファ鎖定常領域が、配列番号１に示されるアミノ酸配列に存在する定常領域に対して、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目９～１９のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２１）
前記アルファ鎖定常領域が、配列番号１に示されるアルファ鎖アミノ酸配列に存在する定常領域に対して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、または少なくとも５個のアミノ酸置換を含むアミノ酸配列を含む、項目１９または２０のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２２）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖が、定常領域をさらに含み、前記定常領域が、前記ベータ鎖の内因性定常領域とは異なる、項目９～２１のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２３）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖がさらに定常領域を含み、前記ベータ鎖定常領域が、配列番号２に示されるアミノ酸配列に存在する定常領域に対して、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目９～２２のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２４）
前記ベータ鎖定常領域が、配列番号２に示されるアミノ鎖配列に存在する定常領域に対して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、または少なくとも５個のアミノ酸置換を含むアミノ酸配列を含む、項目２２または２３のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２５）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖が、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含む、項目９～２４のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２６）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖が、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含む、項目９～２５のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２７）
前記第２のヌクレオチド配列が、内因性ＴＣＲの発現を低下させる１つ以上のｓｉＲＮＡである、項目１～２６のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目２８）
前記１つ以上のｓｉＲＮＡが、前記内因性ＴＣＲの定常領域をコードするヌクレオチド配列内の標的配列に相補的である、項目２７に記載の核酸分子。
（項目２９）
前記１つ以上のｓｉＲＮＡが、配列番号５３～５６からなる群より選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、項目２７または２８のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目３０）
前記第２のヌクレオチド配列がＣａｓ９をコードする、項目１～２９のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目３１）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲが、アルファ鎖定常領域、ベータ鎖定常領域、またはその両方を含み；ここで、前記アルファ鎖定常領域、前記ベータ鎖定常領域、またはその両方が、内因性ＴＣＲの前記対応するアミノ酸配列に対して前記標的配列内に、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、または少なくとも５個の置換を有するアミノ酸配列を含む、項目１～３０のいずれか１項に記載の核酸分子。
（項目３２）
項目１～３１のいずれか１項に記載の前記核酸分子を含むベクター。
（項目３３）
ウイルスベクター、哺乳動物ベクターまたは細菌ベクターである、項目３２に記載のベクター。
（項目３４）
レトロウイルスベクターである、項目３２または３３に記載のベクター。
（項目３５）
アデノウイルスベクター、レンチウイルス、センダイウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、エプスタインバーウイルスベクター、パポバウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、ハイブリッドベクター、及びアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターからなる群より選択される、項目３２～３４のいずれか１項に記載のベクター。
（項目３６）
レンチウイルスである、項目３２～３５のいずれか１項に記載のベクター。
（項目３７）
項目９～３１のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖可変ドメイン及び項目９～３１のいずれか１項に記載の前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖可変ドメインを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分。
（項目３８）
ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１に特異的に結合する組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分（「抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ」）であって、ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１への結合について参照ＴＣＲと交差競合し；
前記参照ＴＣＲは、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記アルファ鎖は配列番号１に示されるアミノ酸配列を含み、前記ベータ鎖は配列番号２に示されるアミノ酸配列を含み；前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲは、アルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記アルファ鎖は定常領域を含み、前記ベータ鎖は定常領域を含み；ここで
（ｉ）前記アルファ鎖定常領域は、配列番号１に示される前記アミノ酸配列に存在する
定常領域に対して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、または少なくとも５個のアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むか、または
（ｉｉ）前記ベータ鎖定常領域は、配列番号２のアミノ酸配列に存在する定常領域
に対して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、または少なくとも５個のアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、前記組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分。
（項目３９）
ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１に特異的に結合する組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分（「抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ」）であって、参照ＴＣＲと同じヒトＮＹ－ＥＳＯ－１のエピトープまたは重複するエピトープに結合し；
前記参照ＴＣＲはアルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記アルファ鎖は配列番号１に示されるアミノ酸配列を含み、前記ベータ鎖はが配列番号２に示されるアミノ酸配列を含み；
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲはアルファ鎖及びベータ鎖を含み、前記アルファ鎖は定常領域を含み、前記ベータ鎖は定常領域を含み；ここで
（ｉ）前記アルファ鎖定常領域は、配列番号１に示されるアミノ酸配列に存在する定常
領域に対して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、もしくは少なくとも５個のアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むか、または
（ｉｉ）前記ベータ鎖定常領域は、配列番号２に示されるアミノ酸配列に存在する定常領域に対して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、または少なくとも５個のアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、前記組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分。
（項目４０）
配列番号１３に示されるアミノ酸配列からなるＮＹ－ＥＳＯ－１のエピトープに結合する、項目３８または３９のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４１）
前記エピトープがＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成している、項目３９または４０のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４２）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、またはＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子である、項目４１に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４３）
前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０対立遺伝子である、項目４１または４２のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４４）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０４対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０５対立遺伝子、及びＨＬＡ－Ｂ＊４０：０６対立遺伝子から選択される、項目４１～４３のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４５）
前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１対立遺伝子である、項目４１または４４のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４６）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖が、アルファ鎖ＣＤＲ１、アルファ鎖ＣＤＲ２、及びアルファ鎖ＣＤＲ３を含む可変ドメインを含み；
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖が、ベータ鎖ＣＤＲ１、ベータ鎖ＣＤＲ２、及びベータ鎖ＣＤＲ３を含む可変ドメインを含み；
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ３が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含む、項目３８～４５のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４７）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ３が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含む、項目４６に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４８）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖が、アルファ鎖ＣＤＲ１、アルファ鎖ＣＤＲ２、及びアルファ鎖ＣＤＲ３を含む可変ドメインを含み；
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖が、ベータ鎖ＣＤＲ１、ベータ鎖ＣＤＲ２、及びベータ鎖ＣＤＲ３を含む可変ドメインを含み；
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ３が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含む、項目３８～４５のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目４９）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ３が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含む、項目４８に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５０）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ１が、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含む、項目４９に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５１）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ１が、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含む、項目４６～５０のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５２）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖ＣＤＲ２が、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含む、項目４６～５１のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５３）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖ＣＤＲ２が、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含む、項目４６～５２のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５４）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖可変ドメインが、配列番号１に示される前記アミノ酸配列に存在する可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目４６～５３のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５５）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖可変ドメインが、配列番号２に示されるアミノ酸配列に存在する可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目４６～５４のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５６）
前記アルファ鎖定常領域が、配列番号１に示される前記アミノ酸配列に存在する定常領域のアミノ酸配列に対して、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目３８～５５のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５７）
前記ベータ鎖定常領域が、配列番号２に示されるアミノ酸配列に存在する定常領域のアミノ酸配列に対して、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目３８～５６のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５８）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記アルファ鎖が、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含む、項目３８～５７のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目５９）
前記抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲの前記ベータ鎖が、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含む、項目３８～５８のいずれか１項に記載の抗ＮＹ－ＥＳＯ－１ＴＣＲ。
（項目６０）
第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインを含む二重特異性ＴＣＲであって、前記第１の抗原結合ドメインは、項目３７に記載のＴＣＲもしくはその抗原結合部分、または項目３８～５９のいずれか１項に記載のＴＣＲもしくはその抗原結合部分を含む、前記二重特異性ＴＣＲ。
（項目６１）
前記第１の抗原結合ドメインが、単鎖可変フラグメント（「ｓｃＦｖ」）を含む、項目６０に記載の二重特異性ＴＣＲ。
（項目６２）
前記第２の抗原結合ドメインが、Ｔ細胞の表面に発現されるタンパク質に特異的に結合する、項目６０または６１のいずれか１項に記載の二重特異性ＴＣＲ。
（項目６３）
前記第２の抗原結合ドメインが、ＣＤ３に特異的に結合する、項目６０～６２のいずれか１項に記載の二重特異性ＴＣＲ。
（項目６４）
前記第２の抗原結合ドメインが、ｓｃＦｖを含む、項目６０～６３のいずれか１項に記載の二重特異性ＴＣＲ。
（項目６５）
前記第１の抗原結合ドメイン及び前記第２の抗原結合ドメインが、共有結合によって連結または結合されている、項目６０～６４のいずれか１項に記載の二重特異性ＴＣＲ。
（項目６６）
前記第１の抗原結合ドメイン及び前記第２の抗原結合ドメインが、ペプチド結合によって連結されている、項目６０～６５のいずれか１項に記載の二重特異性ＴＣＲ。
（項目６７）
項目１～３１のいずれか１項に記載の核酸分子、項目３２～３６のいずれか１項に記載のベクター、項目３７に記載のＴＣＲ、項目３８～５９のいずれか１項に記載の組み換えＴＣＲ、または項目６０～６６のいずれか１項に記載の二重特異性ＴＣＲを含む細胞。
（項目６８）
ＣＤ３をさらに発現する項目６７に記載の細胞。
（項目６９）
Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、またはＩＬＣ細胞からなる群より選択される、項目６７または６８に記載の細胞。
（項目７０）
それを必要とする対象においてがんを治療する方法であって、項目６７～６９のいずれか１項に記載の前記細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
（項目７１）
項目７０に記載の方法であって、前記がんが、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門領域の癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管の癌腫、子宮内膜の癌腫、子宮頸癌、膣の癌腫、外陰部の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫（ＦＬ）、形質転換濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）、食道癌、小腸の癌、内分泌系の癌、甲状腺の癌、副甲状腺の癌、副腎の癌、軟組織の肉腫、尿道の癌、陰茎の癌、慢性または急性の白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）（非Ｔ細胞ＡＬＬを含む）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小児固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓または尿管の癌、腎盂の癌腫、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、Ｔ細胞リンパ腫、アスベストによって誘発されるものを含む環境誘発癌、その他のＢ細胞悪性腫瘍、及び前記がんの組み合わせからなる群より選択される、前記方法。
（項目７２）
前記がんが、難治性または再発性多発性である、項目７０または項目７１のいずれか１項に記載の方法。
（項目７３）
前記がんが、局所的に進行している、項目７０～７２のいずれか１項に記載の方法。
（項目７４）
前記がんが、進行している、項目７０～７３のいずれか１項に記載の方法。
（項目７５）
前記がんが、転移性である、項目７０～７４のいずれか１項に記載の方法。
（項目７６）
前記細胞が前記対象から得られる、項目７０～７５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７７）
前記細胞が前記対象以外のドナーから得られる、項目７０～７６のいずれか１項に記載の方法。
（項目７８）
前記対象が細胞の投与前にプレコンディショニングされる、項目７０～７７のいずれか１項に記載の方法。
（項目７９）
前記プレコンディショニングが、化学療法、サイトカイン、タンパク質、小分子、またはそれらの任意の組み合わせを前記対象に投与することを含む、項目６８～７８のいずれか１項に記載の方法。
（項目８０）
前記プレコンディショニングがインターロイキンを投与することを含む、項目７８または７９に記載の方法。
（項目８１）
前記プレコンディショニングが、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－７、ＩＬ－９、ＩＬ－１５、ＩＬ－２１、またはそれらの任意の組み合わせを投与することを含む、項目７８～８０のいずれか１項に記載の方法。
（項目８２）
前記プレコンディショニングが、シクロホスファミド、フルダラビン、ビタミンＣ、ＡＫＴ阻害剤、ＡＴＲＡ、ラパマイシン、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択されるプレコンディショニング剤を投与することを含む、項目７８～８１のいずれか１項に記載の方法。
（項目８３）
前記プレコンディショニングが、シクロホスファミド、フルダラビン、またはその両方を投与することを含む、項目７８～８２のいずれか１項に記載の方法。
（項目８４）
Ｔ細胞治療を必要とする対象から収集された細胞に、項目１～３１のいずれか１項に記載の前記核酸分子または項目３２～３６のいずれか１項に記載の前記ベクターを形質導入することを含む、抗原標的化細胞を操作する方法。
（項目８５）
前記抗原標的化細胞がＣＤ３をさらに発現する、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記細胞がＴ細胞またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞である、項目８４または８５のいずれか１項に記載の方法。
（項目８７）
ペプチドと複合体を形成したＨＬＡクラスＩ分子であって、前記ＨＬＡクラスＩ分子が、α１ドメイン、α２ドメイン、α３ドメイン、及びβ２ｍを含み、前記ペプチドが、配列番号１４に示されるアミノ酸配列からなる、前記ＨＬＡクラスＩ分子。
（項目８８）
ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、またはＨＬＡ－Ｇである、項目８７に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目８９）
ＨＬＡ－Ｂである、項目８７または８８のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９０）
ＨＬＡ－Ｂ＊４０対立遺伝子である、項目８７～８９のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９１）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０４対立遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０５対立遺伝子、及びＨＬＡ－Ｂ＊４０：０６対立遺伝子から選択される、項目８７～９０のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９２）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１対立遺伝子である、項目８７～９１のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９３）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２対立遺伝子である、項目８７～９２のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９４）
単量体である、項目８７～９３のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９５）
二量体である、項目８７～９３のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９６）
三量体である、項目８７～９３のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９７）
四量体である、項目８７～９３のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９８）
五量体である、項目８７～９３のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子。
（項目９９）
項目８７～９８のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子を含む抗原提示細胞（ＡＰＣ）。
（項目１００）
前記ＨＬＡクラスＩ分子が、前記ＡＰＣの前記表面上に発現される、項目９９に記載のＡＰＣ。
（項目１０１）
ヒト対象から得られるＴ細胞の標的集団を濃縮する方法であって、前記Ｔ細胞を項目８７～９８のいずれか１項に記載のＨＬＡクラスＩ分子または項目９９もしくは１００に記載のＡＰＣと接触させることを含み、前記接触の後、前記濃縮されたＴ細胞集団は、前記接触前にＨＬＡクラスＩ分子に結合し得るＴ細胞の数に対して、ＨＬＡクラスＩ分子に結合し得るＴ細胞をより多数含む、前記方法。
（項目１０２）
ヒト対象から得られるＴ細胞の標的集団を濃縮する方法であって、インビトロで前記Ｔ細胞をペプチドと接触させることを含み、前記ペプチドは、配列番号１３に記載されるアミノ酸配列からなり、前記接触に続いて、前記濃縮されたＴ細胞集団は、前記接触前に腫瘍細胞を標的し得るＴ細胞の数に対して、腫瘍細胞を標的し得るＴ細胞をより多数含む、前記方法。
（項目１０３）
前記ヒト対象から得られた前記Ｔ細胞が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）である、項目１０１または１０２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０４）
それを必要とする対象において腫瘍を治療する方法であって、前記対象に項目１０１～１０２のいずれか１項に記載の前記濃縮Ｔ細胞を投与することを含む、前記方法。
（項目１０５）
配列番号１３に示されるアミノ酸配列を有するペプチドを対象に投与することを含む、がんに罹患している前記対象におけるがん細胞の細胞傷害性Ｔ細胞媒介性標的を増強する方法。
（項目１０６）
配列番号１３に示されるアミノ酸配列を有するペプチドを含むがんワクチン。
（項目１０７）
単離されたＴ細胞の集団を、配列番号１１に示されるアミノ酸配列からなるペプチドとインビトロで接触させることを含む、腫瘍細胞を標的とし得るＴ細胞を選択する方法。
（項目１０８）
前記Ｔ細胞が腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）である、項目１０７に記載の方法。 Statistical analysis was performed using GraphPad Prism 5.0e. Analysis was performed using Welch's t-test (two-tailed) to determine whether two groups were significantly different for a particular variable. P-values less than 0.05 were considered significant.
In embodiments of the present invention, for example, the following items are provided:
(Item 1)
(i) a first nucleotide sequence encoding a recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof (“anti-NY-ESO-1 TCR”) that specifically binds to human NY-ESO-1; (ii) a second nucleotide sequence, wherein said second nucleotide sequence or a polypeptide encoded by said second nucleotide sequence inhibits expression of an endogenous TCR; including
said anti-NY-ESO-1 TCR cross-competes for binding to human NY-ESO-1 with a reference TCR comprising an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1; A nucleic acid molecule wherein the beta strand comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2.
(Item 2)
(i) a first nucleotide sequence encoding a recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof (“anti-NY-ESO-1 TCR”) that specifically binds to human NY-ESO-1; (ii) a second nucleotide sequence, wherein said second nucleotide sequence or said polypeptide encoded by said second nucleotide sequence inhibits expression of an endogenous TCR; , including
said anti-NY-ESO-1 TCR binds to the same or overlapping epitope of human NY-ESO-1 as a reference TCR comprising alpha and beta chains, wherein said alpha chain comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1; wherein said beta strand comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2.
(Item 3)
3. The nucleic acid molecule of item 1 or 2, wherein said anti-NY-ESO-1 TCR binds to an epitope of NY-ESO-1 consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:13.
(Item 4)
4. The nucleic acid molecule of items 2 or 3, wherein said epitope is complexed with an HLA class I molecule.
(Item 5)
5. The nucleic acid molecule of item 4, wherein said HLA class I molecule is an HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, or HLA-G allele.
(Item 6)
5. The nucleic acid molecule of item 4, wherein said HLA class I molecule is an HLA-B*40 allele.
(Item 7)
The HLA class I molecule is HLA-B*40:01 allele, HLA-B*40:02 allele, HLA-B*40:03 allele, HLA-B*40:04 allele, HLA-B 7. The nucleic acid molecule of any one of items 4-6, which is selected from the *40:05 allele and the HLA-B*40:06 allele.
(Item 8)
8. The nucleic acid molecule of any one of items 4-7, wherein said HLA class I molecule is an HLA-B*40:01 allele.
(Item 9)
said anti-NY-ESO-1 TCR comprises an alpha chain and a beta chain;
said alpha chain comprises a variable region comprising alpha chain CDR1, alpha chain CDR2, and alpha chain CDR3;
said beta chain comprises a variable domain comprising beta chain CDR1, beta chain CDR2, and beta chain CDR3;
9. The nucleic acid molecule of any one of items 1-8, wherein said alpha chain CDR3 comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:7.
(Item 10)
10. The nucleic acid molecule of item 9, wherein said beta chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:10.
(Item 11)
said anti-NY-ESO-1 TCR comprises an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising a variable region comprising alpha chain CDR1, alpha chain CDR2, and alpha chain CDR3;
said beta chain comprises a variable domain comprising beta chain CDR1, beta chain CDR2, and beta chain CDR3;
9. The nucleic acid molecule of any one of items 1-8, wherein said beta chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:10.
(Item 12)
12. The nucleic acid molecule of item 11, wherein said alpha chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:7.
(Item 13)
13. The nucleic acid molecule of any one of items 9-12, wherein said alpha chain CDR1 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:5.
(Item 14)
14. The nucleic acid molecule of any one of items 9-13, wherein said beta chain CDR1 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:8.
(Item 15)
15. The nucleic acid molecule of any one of items 9-14, wherein said alpha chain CDR2 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:6.
(Item 16)
16. The nucleic acid molecule of any one of items 9-15, wherein said beta chain CDR2 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:9.
(Item 17)
17. The nucleic acid molecule of any one of items 9-16, wherein said alpha chain variable domain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence of the variable domain present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:1.
(Item 18)
18. The nucleic acid molecule of any one of items 9-17, wherein said beta chain variable domain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence of a variable domain present in the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:2.
(Item 19)
19. The nucleic acid molecule of any one of items 9-18, wherein said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR further comprises a constant region, said constant region being different from the endogenous constant region of the alpha chain. .
(Item 20)
The alpha chain of the anti-NY-ESO-1 TCR comprises a constant region, and the alpha chain constant region is at least about 85%, at least about 90%, of the constant region present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:1. %, at least about 95%, at least about 96%, at least about 97%, at least about 98%, or at least about 99% sequence identity. nucleic acid molecule.
(Item 21)
an amino acid sequence in which the alpha chain constant region contains at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions with respect to the constant region present in the alpha chain amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 21. The nucleic acid molecule of any one of items 19 or 20, comprising:
(Item 22)
22. The nucleic acid of any one of items 9-21, wherein said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR further comprises a constant region, said constant region being different from the endogenous constant region of said beta chain. molecule.
(Item 23)
Said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR further comprises a constant region, wherein said beta chain constant region is at least about 85%, at least about 23. Any one of items 9 to 22, comprising amino acid sequences having 90%, at least about 95%, at least about 96%, at least about 97%, at least about 98%, or at least about 99% sequence identity. nucleic acid molecule.
(Item 24)
The beta chain constant region comprises an amino acid sequence comprising at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions relative to the constant region present in the amino chain sequence shown in SEQ ID NO:2. 24. The nucleic acid molecule of any one of items 22 or 23.
(Item 25)
25. The nucleic acid molecule of any one of items 9-24, wherein said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:1.
(Item 26)
26. The nucleic acid molecule of any one of items 9-25, wherein said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2.
(Item 27)
27. The nucleic acid molecule of any one of items 1-26, wherein said second nucleotide sequence is one or more siRNAs that reduce the expression of an endogenous TCR.
(Item 28)
28. The nucleic acid molecule of item 27, wherein said one or more siRNA is complementary to a target sequence within a nucleotide sequence encoding the constant region of said endogenous TCR.
(Item 29)
29. The nucleic acid molecule of any one of items 27 or 28, wherein said one or more siRNA comprises one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NOs:53-56.
(Item 30)
30. The nucleic acid molecule of any one of items 1-29, wherein said second nucleotide sequence encodes Cas9.
(Item 31)
wherein said anti-NY-ESO-1 TCR comprises an alpha chain constant region, a beta chain constant region, or both; wherein said alpha chain constant region, said beta chain constant region, or both are the 31. Any one of items 1 to 30, comprising an amino acid sequence having at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 substitutions within said target sequence relative to said corresponding amino acid sequence. nucleic acid molecule.
(Item 32)
A vector comprising the nucleic acid molecule of any one of items 1-31.
(Item 33)
33. The vector of item 32, which is a viral, mammalian or bacterial vector.
(Item 34)
34. The vector of items 32 or 33, which is a retroviral vector.
(Item 35)
from the group consisting of adenoviral vectors, lentiviruses, Sendai virus vectors, baculovirus vectors, Epstein-Barr virus vectors, papovavirus vectors, vaccinia virus vectors, herpes simplex virus vectors, hybrid vectors, and adeno-associated virus (AAV) vectors 35. The vector according to any one of items 32-34, which is selected.
(Item 36)
36. The vector of any one of items 32-35, which is a lentivirus.
(Item 37)
said alpha chain variable domain of the anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 9-31 and said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 9-31 A T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof comprising a variable domain.
(Item 38)
A recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof (“anti-NY-ESO-1 TCR”) that specifically binds human NY-ESO-1, said binding to human NY-ESO-1 cross-competes with the reference TCR for
Said reference TCR comprises an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 and said beta chain comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2; said anti-NY-ESO-1 A TCR comprises an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising a constant region and said beta chain comprising a constant region;
(i) said alpha chain constant region is present in said amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1
comprising an amino acid sequence having at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions relative to the constant region, or
(ii) the beta chain constant region is a constant region present in the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2
said recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof, comprising an amino acid sequence having at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions for .
(Item 39)
A recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof (“anti-NY-ESO-1 TCR”) that specifically binds to human NY-ESO-1, wherein the same human NY-ESO- as the reference TCR binds to one epitope or overlapping epitopes;
said reference TCR comprises an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 and said beta chain comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2;
said anti-NY-ESO-1 TCR comprises an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising a constant region and said beta chain comprising a constant region;
(i) the alpha chain constant region is present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1
comprises an amino acid sequence with at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions for the region, or
(ii) the beta chain constant region is an amino acid sequence having at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions with respect to the constant region present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2; said recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof.
(Item 40)
40. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 38 or 39, which binds to an epitope of NY-ESO-1 consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:13.
(Item 41)
41. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 39 or 40, wherein said epitope is complexed with an HLA class I molecule.
(Item 42)
42. The anti-NY-ESO-1 TCR of item 41, wherein said HLA class I molecule is an HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, or HLA-G allele.
(Item 43)
43. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 41 or 42, wherein said HLA class I molecule is an HLA-B*40 allele.
(Item 44)
The HLA class I molecule is HLA-B*40:01 allele, HLA-B*40:02 allele, HLA-B*40:03 allele, HLA-B*40:04 allele, HLA-B 44. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 41-43, selected from the *40:05 allele and the HLA-B*40:06 allele.
(Item 45)
45. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 41 or 44, wherein said HLA class I molecule is the HLA-B*40:01 allele.
(Item 46)
said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises a variable domain comprising alpha chain CDR1, alpha chain CDR2, and alpha chain CDR3;
said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises a variable domain comprising beta chain CDR1, beta chain CDR2, and beta chain CDR3;
46. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 38-45, wherein said alpha chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:7.
(Item 47)
47. The anti-NY-ESO-1 TCR of item 46, wherein said beta chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:10.
(Item 48)
said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises a variable domain comprising alpha chain CDR1, alpha chain CDR2, and alpha chain CDR3;
said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises a variable domain comprising beta chain CDR1, beta chain CDR2, and beta chain CDR3;
46. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 38-45, wherein said beta chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:10.
(Item 49)
49. The anti-NY-ESO-1 TCR of item 48, wherein said alpha chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:7.
(Item 50)
50. The anti-NY-ESO-1 TCR of item 49, wherein said alpha chain CDR1 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:5.
(Item 51)
51. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 46-50, wherein said beta chain CDR1 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:8.
(Item 52)
52. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 46-51, wherein said alpha chain CDR2 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:6.
(Item 53)
53. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 46-52, wherein said beta chain CDR2 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:9.
(Item 54)
54. The anti-NY of any one of items 46-53, wherein said alpha chain variable domain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence of a variable domain present in said amino acid sequence shown in SEQ ID NO:1. - ESO-1 TCR.
(Item 55)
55. The anti-NY- of any one of items 46-54, wherein said beta chain variable domain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence of the variable domain present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2. ESO-1 TCR.
(Item 56)
The alpha chain constant region is at least about 85%, at least about 90%, at least about 95%, at least about 96%, at least about 56. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 38-55, comprising an amino acid sequence having 97%, at least about 98%, or at least about 99% sequence identity.
(Item 57)
The beta chain constant region is at least about 85%, at least about 90%, at least about 95%, at least about 96%, at least about 97% relative to the amino acid sequence of the constant region present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2. %, at least about 98%, or at least about 99% sequence identity.
(Item 58)
58. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 38-57, wherein said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:1.
(Item 59)
59. The anti-NY-ESO-1 TCR of any one of items 38-58, wherein said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2.
(Item 60)
A bispecific TCR comprising a first antigen-binding domain and a second antigen-binding domain, wherein said first antigen-binding domain is the TCR of item 37 or an antigen-binding portion thereof, or items 38-59 Said bispecific TCR comprising the TCR of any one of Claims or an antigen-binding portion thereof.
(Item 61)
61. The bispecific TCR of item 60, wherein said first antigen binding domain comprises a single chain variable fragment ("scFv").
(Item 62)
62. The bispecific TCR of any one of items 60 or 61, wherein said second antigen binding domain specifically binds to a protein expressed on the surface of T cells.
(Item 63)
63. The bispecific TCR of any one of items 60-62, wherein said second antigen binding domain specifically binds to CD3.
(Item 64)
64. The bispecific TCR of any one of items 60-63, wherein said second antigen binding domain comprises an scFv.
(Item 65)
65. The bispecific TCR of any one of items 60-64, wherein said first antigen binding domain and said second antigen binding domain are linked or bound by a covalent bond.
(Item 66)
66. The bispecific TCR of any one of items 60-65, wherein said first antigen binding domain and said second antigen binding domain are linked by a peptide bond.
(Item 67)
The nucleic acid molecule of any one of items 1-31, the vector of any one of items 32-36, the TCR of any one of items 37, the recombinant TCR of any one of items 38-59 , or a cell comprising a bispecific TCR according to any one of items 60-66.
(Item 68)
68. The cell of item 67, further expressing CD3.
(Item 69)
69. The cell of item 67 or 68, selected from the group consisting of T cells, natural killer (NK) cells, natural killer T (NKT) cells, or ILC cells.
(Item 70)
A method of treating cancer in a subject in need thereof, said method comprising administering said cell of any one of items 67-69 to said subject.
(Item 71)
71. The method of item 70, wherein the cancer is melanoma, bone cancer, pancreatic cancer, skin cancer, head and neck cancer, uterine cancer, ovarian cancer, rectal cancer, cancer of the anal region, stomach cancer, testicular cancer, Uterine cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, cervical cancer, vaginal carcinoma, vulvar carcinoma, Hodgkin's disease, non-Hodgkin's lymphoma (NHL), primary mediastinal large B-cell lymphoma (PMBC) , diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), follicular lymphoma (FL), transformed follicular lymphoma, splenic marginal zone lymphoma (SMZL), esophageal cancer, cancer of the small intestine, cancer of the endocrine system, cancer of the thyroid , parathyroid cancer, adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, chronic or acute leukemia, acute myelogenous leukemia, chronic myelogenous leukemia, acute lymphoblastic leukemia (ALL) (non-T ALL), chronic lymphocytic leukemia (CLL), childhood solid tumors, lymphocytic lymphoma, bladder cancer, cancer of the kidney or ureter, carcinoma of the renal pelvis, neoplasms of the central nervous system (CNS), primary CNS lymphoma, tumor angiogenesis, spinal axis tumor, brain stem glioma, pituitary adenoma, Kaposi's sarcoma, epidermoid carcinoma, squamous cell carcinoma, T-cell lymphoma, environmentally induced cancers including those induced by asbestos, other B Said method, selected from the group consisting of cellular malignancies, and combinations of said cancers.
(Item 72)
72. The method of any one of items 70 or 71, wherein the cancer is refractory or relapsing.
(Item 73)
73. The method of any one of items 70-72, wherein the cancer is locally advanced.
(Item 74)
74. The method of any one of items 70-73, wherein the cancer is advanced.
(Item 75)
75. The method of any one of items 70-74, wherein the cancer is metastatic.
(Item 76)
76. The method of any one of items 70-75, wherein said cell is obtained from said subject.
(Item 77)
77. The method of any one of items 70-76, wherein said cells are obtained from a donor other than said subject.
(Item 78)
78. The method of any one of items 70-77, wherein the subject is preconditioned prior to administration of the cells.
(Item 79)
79. The method of any one of items 68-78, wherein said preconditioning comprises administering chemotherapy, cytokines, proteins, small molecules, or any combination thereof to said subject.
(Item 80)
80. The method of item 78 or 79, wherein said preconditioning comprises administering an interleukin.
(Item 81)
any one of items 78-80, wherein said preconditioning comprises administering IL-2, IL-4, IL-7, IL-9, IL-15, IL-21, or any combination thereof The method described in section.
(Item 82)
Items 78-81, wherein said preconditioning comprises administering a preconditioning agent selected from the group consisting of cyclophosphamide, fludarabine, vitamin C, an AKT inhibitor, ATRA, rapamycin, or any combination thereof. A method according to any one of
(Item 83)
83. The method of any one of items 78-82, wherein said preconditioning comprises administering cyclophosphamide, fludarabine, or both.
(Item 84)
transducing cells collected from a subject in need of T cell therapy with said nucleic acid molecule of any one of items 1-31 or said vector of any one of items 32-36. A method of engineering antigen-targeted cells, comprising:
(Item 85)
85. The method of item 84, wherein said antigen-targeted cells further express CD3.
(Item 86)
86. The method of any one of items 84 or 85, wherein said cells are T cells or natural killer (NK) cells.
(Item 87)
An HLA class I molecule complexed with a peptide, said HLA class I molecule comprising an α1 domain, an α2 domain, an α3 domain and a β2m, said peptide consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 14. , said HLA class I molecules.
(Item 88)
88. The HLA class I molecule of item 87, which is HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, or HLA-G.
(Item 89)
89. The HLA class I molecule of any one of items 87 or 88, which is HLA-B.
(Item 90)
89. HLA class I molecule according to any one of items 87-89, which is an HLA-B*40 allele.
(Item 91)
The HLA class I molecule is HLA-B*40:01 allele, HLA-B*40:02 allele, HLA-B*40:03 allele, HLA-B*40:04 allele, HLA-B 91. The HLA class I molecule of any one of items 87-90, selected from the *40:05 allele and the HLA-B*40:06 allele.
(Item 92)
92. The HLA class I molecule of any one of items 87-91, wherein said HLA class I molecule is the HLA-B*40:01 allele.
(Item 93)
93. The HLA class I molecule of any one of items 87-92, wherein said HLA class I molecule is the HLA-B*40:02 allele.
(Item 94)
94. The HLA class I molecule of any one of items 87-93, which is a monomer.
(Item 95)
HLA class I molecule according to any one of items 87-93, which is a dimer.
(Item 96)
The HLA class I molecule of any one of items 87-93, which is a trimer.
(Item 97)
HLA class I molecule according to any one of items 87-93, which is a tetramer.
(Item 98)
HLA class I molecule according to any one of items 87-93, which is a pentamer.
(Item 99)
An antigen presenting cell (APC) comprising an HLA class I molecule according to any one of items 87-98.
(Item 100)
99. The APC of item 99, wherein said HLA class I molecule is expressed on said surface of said APC.
(Item 101)
A method of enriching a target population of T cells obtained from a human subject, wherein said T cells are contacted with an HLA class I molecule according to any one of items 87-98 or an APC according to items 99 or 100. wherein, after said contacting, said enriched T cell population has more T cells capable of binding HLA class I molecules relative to the number of T cells capable of binding HLA class I molecules prior to said contacting; The above method, comprising a number.
(Item 102)
A method of enriching a target population of T cells obtained from a human subject comprising contacting said T cells in vitro with a peptide, said peptide consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 13, said contacting followed by said method wherein said enriched T cell population comprises a greater number of T cells capable of targeting tumor cells relative to the number of T cells capable of targeting tumor cells prior to said contacting.
(Item 103)
103. The method of any one of items 101 or 102, wherein said T cells obtained from said human subject are tumor infiltrating lymphocytes (TIL).
(Item 104)
A method of treating a tumor in a subject in need thereof, said method comprising administering said enriched T cells according to any one of items 101-102 to said subject.
(Item 105)
A method of enhancing cytotoxic T cell-mediated targeting of cancer cells in a subject suffering from cancer comprising administering to said subject a peptide having the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 13.
(Item 106)
A cancer vaccine comprising a peptide having the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:13.
(Item 107)
A method of selecting T cells capable of targeting tumor cells, comprising contacting an isolated population of T cells in vitro with a peptide consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 11.
(Item 108)
108. The method of item 107, wherein said T cells are tumor infiltrating lymphocytes (TIL).

Claims

(i) a first nucleotide sequence encoding a recombinant T-cell receptor (TCR) or antigen-binding portion thereof (“anti-NY-ESO-1 TCR”) that specifically binds to human NY-ESO-1; (ii) a second nucleotide sequence, wherein said second nucleotide sequence or a polypeptide encoded by said second nucleotide sequence inhibits expression of an endogenous TCR; including
said anti-NY-ESO-1 TCR cross-competes for binding to human NY-ESO-1 with a reference TCR comprising an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1; A nucleic acid molecule wherein the beta strand comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2.

2. The nucleic acid molecule of claim 1, wherein said anti-NY-ESO-1 TCR binds to an epitope of NY-ESO- 1 consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:13.

3. The epitope of claim 2 , wherein said epitope is complexed with an HLA class I molecule selected from HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F and HLA-G alleles. A nucleic acid molecule as described.

The HLA class I molecule is HLA-B*40:01 allele, HLA-B*40:02 allele, HLA-B*40:03 allele, HLA-B*40:04 allele, HLA-B 4. The nucleic acid molecule of claim 3 , which is an HLA-B*40 allele optionally selected from the *40:05 allele and the HLA-B*40:06 allele .

said anti-NY-ESO-1 TCR comprises an alpha chain and a beta chain, said alpha chain comprising a variable region comprising alpha chain CDR1, alpha chain CDR2, and alpha chain CDR3;
said beta chain comprises a variable domain comprising beta chain CDR1, beta chain CDR2, and beta chain CDR3;
(i) said beta chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 10 ;
(ii) said beta chain CDR2 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:9;
(iii) said beta chain CDR1 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:8;
(iv) said alpha chain CDR3 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:7;
(v) said alpha chain CDR2 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:6;
(vi) said alpha chain CDR1 of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:5; or
(vii) The nucleic acid molecule according to any one of claims 1 to 4 , which is a combination of any of (i) to (vi) .

(i) said alpha chain variable domain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence of a variable domain present in the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:1 ;
(ii) said beta chain variable domain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence of the variable domain present in the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:2; or
6. The nucleic acid molecule of claim 5 , wherein (iii) is both (i) and (ii) .

said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR further comprises a constant region, said constant region being different from the endogenous constant region of said alpha chain,
(i) said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises a constant region, said alpha chain constant region being at least about 85% of the constant region present in the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 1; comprising amino acid sequences having at least about 90%, at least about 95%, at least about 96%, at least about 97%, at least about 98%, or at least about 99% sequence identity; or
(ii) said alpha chain constant region comprises at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions relative to the constant region present in the alpha chain amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1; 7. A nucleic acid molecule according to claim 5 or 6 , comprising an amino acid sequence.

said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR further comprises a constant region, said constant region being different from the endogenous constant region of said beta chain,
(i) said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR further comprises a constant region, said beta chain constant region being at least about 85% of the constant region present in the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2; , an amino acid sequence having at least about 90%, at least about 95%, at least about 96%, at least about 97%, at least about 98%, or at least about 99% sequence identity; or
(ii) the beta chain constant region contains at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 amino acid substitutions relative to the constant region present in the amino chain sequence shown in SEQ ID NO:2; A nucleic acid molecule according to any one of claims 5 to 7 , comprising a sequence .

(i) said alpha chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 1 ;
(ii) said beta chain of said anti-NY-ESO-1 TCR comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:2; or
(iii) The nucleic acid molecule of any one of claims 5-8 , which is both (i) and (ii) .

The second nucleotide sequence is
(i) one or more siRNAs that decrease expression of an endogenous TCR, said one or more siRNAs being complementary to a target sequence within a nucleotide sequence encoding the constant region of said endogenous TCR;
(ii) encodes Cas9; or
(iii) The nucleic acid molecule of any one of claims 1-9 , which is both (i) and (ii) .

11. The nucleic acid molecule of claim 10 , wherein said one or more siRNA comprises one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NOs:53-56.

wherein said anti-NY-ESO-1 TCR comprises an alpha chain constant region, a beta chain constant region, or both; wherein said alpha chain constant region, said beta chain constant region, or both are the 12. The method of any one of claims 1-11 , comprising an amino acid sequence having at least 1, at least 2, at least 3, at least 4, or at least 5 substitutions within said target sequence relative to said corresponding amino acid sequence. A nucleic acid molecule as described.

A vector comprising the nucleic acid molecule of any one of claims 1-12 .

A cell comprising the nucleic acid molecule of any one of claims 1 to 12 or the vector of claim 13 , the cell comprising a T cell, a natural killer (NK) cell, a natural killer T (NKT) cell, or Cells, optionally selected from ILC cells .

15. A composition for treating cancer in a subject in need thereof, comprising the cells of claim 14 .