JPWO2020049994A1 - 電子密度推定方法、電子密度推定装置、及び電子密度推定プログラム - Google Patents
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Abstract
Description
前記電子密度推定装置のコンピュータが、
(a1)前記物質情報を格納した学習データベースから第1入力データを取得し、
(a2)前記第1入力データを電子密度予測器に入力することで第1電子密度を算出し、
(a3)前記第1入力データと前記第1電子密度とを用いた数値シミュレーションを実行して第2電子密度を算出し、前記数値シミュレーションは、前記第1入力データと前記第1電子密度とを初期値に設定し、密度汎関数法を用いた電子密度を更新する処理を1回以上行う処理であり、前記第2電子密度は、前記密度汎関数法を用いて求めた収束値ではなく、
(a4)前記第1電子密度と前記第2電子密度との差分を最小化する前記電子密度予測器のパラメータを算出することで前記電子密度予測器を学習させ、
(a5)前記物質情報を格納したテストデータベースから第2入力データを取得し、前記パラメータが設定された前記電子密度予測器に前記第2入力データを入力し、第3電子密度を推定し、
(a6)推定された前記第3電子密度を出力する。
新規の材料開発を行う際、バンドギャップ及び形成エネルギー等の物質の特性値を予測する必要があるが、そのためには物質中の電子密度を計算する必要があるため、非特許文献1に示す密度汎関数法は、新規の材料開発の有効なツールとして従来から利用されている(例えば、特許文献1)。
前記電子密度推定装置のコンピュータが、
(a1)前記物質情報を格納した学習データベースから第1入力データを取得し、
(a2)前記第1入力データを電子密度予測器に入力することで第1電子密度を算出し、
(a3)前記第1入力データと前記第1電子密度とを用いた数値シミュレーションを実行して第2電子密度を算出し、前記数値シミュレーションは、前記第1入力データと前記第1電子密度とを初期値に設定し、密度汎関数法を用いた電子密度を更新する処理を1回以上行う処理であり、前記第2電子密度は、前記密度汎関数法を用いて求めた収束値ではなく、
(a4)前記第1電子密度と前記第2電子密度との差分を最小化する前記電子密度予測器のパラメータを算出することで前記電子密度予測器を学習させ、
(a5)前記物質情報を格納したテストデータベースから第2入力データを取得し、前記パラメータが設定された前記電子密度予測器に前記第2入力データを入力し、第3電子密度を推定し、
(a6)推定された前記第3電子密度を出力する。
(b1)前記(a2)で更新された前記第1電子密度が所定の条件を満たす場合、前記数値シミュレーションを実施して前記第2電子密度を更新し、処理を前記(a4)に進め、
(b2)前記(a2)で更新された前記第1電子密度が前記所定の条件を満たさない場合、前記第2電子密度を更新せずに、処理を前記(a4)に進めてもよい。
前記第4電子密度は、前記(b1)で更新された前記第2電子密度の算出に用いられた前記第1電子密度であり、
前記第5電子密度は、前記(b1)で更新された前記第2電子密度であってもよい。
まず、本開示の電子密度推定装置が密度汎関数法で求めた電子密度の収束値を使わずに電子密度予測器を学習させることが可能である理由について説明する。図1は、電子密度の具体的な値の一例を示した図である。密度汎関数法によって物質の単位格子中の電子密度を求める場合、単位格子が24×24×24の3次元の複数のセルに区切られ、各セルに電子密度を示す実数値が保持される。ここで、単位格子は、例えば、体心立方格子または面心立方格子であり、これらの単位格子が24×24×24の3次元のセルに区切られる。空間中の電子密度を求める場合、空間の各点が1つのセルで表され、各セルが電荷を保持していると考え、各セルの電子密度の大きさが求められる。なお、単位格子を区切る際の各次元のセルの個数は24に限定されず、24以外の任意の値が採用されてもよい。また、単位格子を区切る際の各次元のセルの個数は、次元ごとに異なる値が採用されてもよい。
まず、比較例の所要時間Tαについて説明する。ここで、学習データ数をP、学習時における1つの学習データの使用回数をQ、密度汎関数法により収束値を求める場合の電子密度を更新する計算回数をRとおく。また、電子密度を更新する計算1回の所要時間をT、1つの学習データあたりの電子密度予測器の学習に要する所要時間をLとおく。この場合、密度汎関数法で求めた収束値を学習データとして用意し、その後に電子密度予測器の学習を行なう場合の所要時間Tαは以下のように計算される。すなわち、この比較例は、P種類の物質のそれぞれについて密度汎関数法によるR回の電子密度の更新計算を行ってP個の学習データを取得し、P個の学習データのそれぞれについて電子密度予測器の学習をQ回行うものである。
右辺第1項のT×R×Pは、密度汎関数法に要する所要時間である。電子密度の更新計算1回の所要時間がT、電子密度の更新計算回数がRであるため、1つの学習データの計算に要する所要時間はT×Rとなる。よって、学習データ数Pの全ての計算に要する所要時間はT×R×Pとなる。
以下の本開示の手法は、P種類の物質のそれぞれについて密度汎関数法における電子密度の更新計算を1回実施してP個の学習データを取得する処理と、P個の学習データのそれぞれについて学習器を1回学習させる処理とからなる処理セットを、Q回繰り返すものである。すなわち、1個の学習データにつき、1回の電子密度の更新計算と1回の学習処理が行われるため、電子密度の更新計算回数Rと学習データの使用回数Qとは等しくなる。
ここでは、1つの学習データについて電子密度予測器の学習を行なう際に、密度汎関数法による電子密度の更新計算が1回実施される。よって、1つの学習データについて電子密度予測器の学習に要する所要時間は、電子密度の更新計算1回の所要時間Tと、1つの学習データの学習に要する所要時間Lとの和(T+L)となる。したがって、P個の学習データのそれぞれをQ回学習させたときの所要時間は(T+L)×Q×Pとなる。
所要時間Tαから所要時間Tβを引くと、下記の式が得られる。
よって、密度汎関数法における電子密度の更新計算回数Rが電子密度予測器の学習データの使用回数Qよりも大きい場合、T×(R−Q)×Pが正となり、本開示の所要時間Tβの方が比較例の所要時間Tαよりも短くなる。
また、学習データ数Pが増えても収束に必要な学習回数があまり増えないことから、上式において、収束に必要な学習回数(10000×100)は一定とみなすことができる。したがって、上式において、学習データ数Pを増やした場合、収束に要する使用回数Qは小さくできる。
続いて、実施の形態1の構成について説明する。以下、本開示の実施の形態1に係る電子密度推定システム1000について、図面を用いて詳細に説明する。図7は、本開示の実施の形態に係る電子密度推定システム1000の構成を示すブロック図である。図7に示す電子密度推定システム1000は、電子密度推定装置1001と、学習データベース(DB)100と、テストデータベース(DB)105と、表示部107とを備える。
学習データベース100は、1以上の物質のそれぞれの組成及び構造等の物質情報を含む第1入力データを予め記憶する。第1入力データは、例えば、結晶学共通データフォーマット(CIF)で記載された物質情報を含む。但し、物質情報の記載形式は、CIFのデータフォーマットに限定されず、組成式、結晶構造、空間群、及び格子ベクトルといった密度汎関数法における電子密度を更新する計算が実施可能な記載形式であれば、どのような記載形式であってもよい。
図7に参照を戻す。データ取得部101は、学習データベース100から第1入力データを取得し、電子密度予測部102と電子密度更新部103とに出力する。
電子密度予測部102は、データ取得部101から第1入力データを取得し、第1入力データから記述子を算出する。そして、電子密度予測部102は、算出した記述子を電子密度予測器108に送付する。電子密度予測器108は、電子密度予測器108の入力層に記述子を入力し、電子密度予測器108は第1電子密度を算出し、電子密度予測器108の出力層から第1電子密度を出力する。電子密度予測器108は、第1電子密度を電子密度予測部102に送付する。電子密度予測部102は第1電子密度を電子密度更新部103及びパラメータ算出部104に出力する。
電子密度予測器108は、初期電子密度1401(電子密度予測部102が生成した記述子)が入力され、第1電子密度1403を出力する。この例では、電子密度予測器108は、非特許文献5のFig.2に示されるニューラルネットワークで構成されていてもよい。なお、電子密度予測器108は、24×24×24次元の回帰問題を学習するランダムフォレスト又はサポートベクターマシンで構成されてもよい。あるいは、図11の記述子と初期電子密度とのセットが電子密度予測器108に入力されてもよい。電子密度推定装置1001は電子密度予測器108を含まず、外部のサーバが電子密度予測器108を含んでもよい。この場合、電子密度推定装置1001と当該外部のサーバは有線及び/または無線でデータのやり取りを行ってもよい。
図7に参照を戻す。電子密度更新部103は、データ取得部101から第1入力データを取得し、電子密度予測部102から第1電子密度を取得し、第1入力データと第1電子密度とを用いた数値シミュレーションを実行して第2電子密度を算出し、第2電子密度をパラメータ算出部104に出力する。
図7に参照を戻す。パラメータ算出部104は、電子密度予測部102から第1電子密度を取得し、電子密度更新部103から第2電子密度を取得する。そして、パラメータ算出部104は、第1電子密度と第2電子密度との差分である第1差分を算出し、第1差分を最小とする電子密度予測器のパラメータを算出し、算出したパラメータを電子密度推定部106に出力する。
W_tはパラメータの更新前の値を示し、W_t+1はパラメータの更新後の値を示し、D(W_t)は第1差分を示し、γは学習係数を示す。学習係数の値としては、特に限定はないが、例えば0.01が採用できる。
テストデータベース105は、1以上の物質のそれぞれの組成及び構造等の物質情報を含む第2入力データを予め記憶する。第2入力データは、例えば、結晶学共通データフォーマット(CIF)で物質情報が記載されている。但し、物質情報の記載形式は、CIFのデータフォーマットに限定されず、組成式、結晶構造、空間群、及び格子ベクトルといった密度汎関数法による計算が実施可能な記載形式であればどのような記載形式であってもよい。なお、第2入力データは、第1入力データと同様、図9、図10に示すような内容で記載される。このように、第2入力データは第1入力データと記載形式は同一である。したがって、学習データベース100とテストデータベース105とは同一のデータベースで構築されてもよい。この場合、このデータベースに記憶された一部の入力データが第1入力データ、残りの入力データが第2入力データとして採用されてもよい。
電子密度推定部106は、パラメータ算出部104から更新後のパラメータを取得し、電子密度予測器108に取得したパラメータを設定する。そして、電子密度推定部106は、テストデータベース105から第2入力データを取得し、取得した第2入力データから記述子を算出する。そして、電子密度推定部106は、算出した記述子を電子密度予測器108に送付する。電子密度予測器108は、電子密度予測器108の入力層に記述子を入力し、電子密度予測器108は第3電子密度を算出し、電子密度予測器108の出力層から第3電子密度を出力する。電子密度予測器108は、第3電子密度を電子密度推定部106に送付する。電子密度推定部106は第3電子密度を表示部107に出力する。記述子と第3電子密度との算出方法は電子密度予測部102における記述子と第1電子密度との算出方法と同じである。第3電子密度の算出を、第3電子密度の推定と呼んでもよい。
表示部107は、例えば、液晶パネル等の表示装置で構成され、電子密度推定部106が推定した第3電子密度を示す画像を表示する。表示部107は、第3電子密度を出力する出力部の一例である。第3電子密度を示す画像としては、例えば、図14に示す第3電子密度1602を表示する画像が採用されてもよいし、第3電子密度を示す数値群を表示する画像が採用されてもよい。
シミュレーションパラメータ設定部200は、データ取得部101から第1入力データを取得し、数値シミュレーションの計算条件に設定する。これにより、式(1)の例えば、φ(r)及びμxc(n(r))の関数が設定される。
電子密度設定部201は、電子密度予測部102から第1電子密度を取得し、数値シミュレーションの初期電子密度に設定する。これにより、式(1)における電子密度n(r)が設定される。
更新計算部202は、密度汎関数法における電子密度を更新する計算を1回以上行い、初期電子密度を更新し、第2電子密度を算出し、算出した第2電子密度をパラメータ算出部104に出力する。これにより、式(1)、式(2)を用いた1回以上の更新計算が行われ、図13に示すように、第1電子密度1403から第2電子密度1501が算出される。なお、更新計算の回数は、密度汎関数法で電子密度の極限値を求める回数ではない。
次に、電子密度推定装置1001の動作について説明する。
図15は、本開示の実施の形態1における電子密度推定装置1001の処理の全体的な流れを示すフローチャートである。
データ取得部101は、学習データベース100から第1入力データを取得し、取得した第1入力データを電子密度予測部102と電子密度更新部103とに出力する。
電子密度予測部102は、第1入力データから記述子を算出し、算出した記述子を電子密度予測器108に送付する。電子密度予測器108は第1電子密度を算出し、電子密度予測部102に送付する。密度を算出する。電子密度予測部102は、第1電子密度を電子密度更新部103に出力する。
電子密度更新部103は、ステップS100で取得された第1入力データとステップS101で算出された第1電子密度とを用いて密度汎関数法による数値シミュレーションを行うことで第2電子密度を算出し、パラメータ算出部104に出力する。ここでは、電子密度更新部103は、ステップS100〜ステップS104の1つのループにおいて、数値シミュレーションの計算を1回行うものとする。つまり、密度汎関数法における電子密度を更新する計算を1回行うものとする。この場合、数値シミュレーションの総回数は、ステップS100〜ステップS104のループ数がk(kは1以上の整数)であれば、k回となる。更新計算の総回数kは、密度汎関数法で電子密度の極限値を求める回数ではない。但し、これは一例であり、電子密度更新部103は、1つのループにおいて、数値シミュレーションの計算をm(mは複数)回実施してもよい。つまり、密度汎関数法における電子密度を更新する計算をm回実施してもよい。この場合、数値シミュレーションの総回数はk×mとなる。更新計算の総回数k×mは、密度汎関数法で電子密度の極限値を求める回数ではない。
パラメータ算出部104は、第1電子密度と第2電子密度とから第1差分を算出し、第1差分が最小となるようにバックプロパゲーション等の手法を用いて電子密度予測器108のパラメータW_tを更新する。
パラメータ算出部104は、パラメータの更新回数が所定の回数を超えた場合(ステップS104でYES)、更新されたパラメータを電子密度推定部106に出力し、処理をステップS105に進める。これにより電子密度予測器のパラメータW_tを最小化する学習済みのパラメータが得られ、電子密度予測器の学習が終了される。
電子密度推定部106は、パラメータ算出部104から学習済みのパラメータを取得し、取得したパラメータを電子密度予測器108に設定する。そして、電子密度推定部106は、テストデータベース105から第2入力データを取得し、取得した第2入力データから記述子を算出し、算出した記述子を電子密度予測器108に送付する。電子密度予測器108は、第3電子密度を算出し、第3電子密度を電子密度推定部106に送付する。電子密度推定部106は第3電子密度を表示部107に出力する。
電子密度更新部103のシミュレーションパラメータ設定部200は、データ取得部101から取得した第1入力データを密度汎関数法の計算条件に設定する。ここで、計算条件としては、式(1)に示すφ(r)及びμxc(n(r))が挙げられ、これらの関数が、第1入力データから算出され、式(1)に設定される。
電子密度設定部201は、電子密度予測部102から取得した第1電子密度を密度汎関数法の初期電子密度に設定する。これにより、式(1)の電子密度n(r)の初期値として、電子密度予測器から得られた第1電子密度が設定され、式(1)の方程式を解くことが可能となり、波動関数ψi(r)及び軌道エネルギーεiを算出することが可能になる。
更新計算部202は、密度汎関数法における電子密度を更新する計算を1回以上行い、初期電子密度に設定した第1電子密度を更新して第2電子密度を算出し、パラメータ算出部104に出力する。更新計算の回数は、密度汎関数法で電子密度の極限値を求める回数ではない。
実施の形態2は、第1電子密度が第2電子密度にある程度近づくまで、数値シミュレーションをスキップさせ、第1電子密度が第2電子密度にある程度近づいた段階で第2電子密度を更新させるものである。なお、本実施の形態において、実施の形態1と同一の構成要素には同一の符号を付し、説明を省く。
電子密度更新部103は、第1入力データについて、既に数値シミュレーションを実施したか否かを判定する。数値シミュレーションが実施されていない場合(ステップS302でNO)、処理はステップS303に進み、数値シミュレーションが実施されている場合(ステップS302でYES)、処理はステップS305に進む。ここで、ステップS302でNOと判定されるケースとしては、密度汎関数法による数値シミュレーションが1回も実施されていないケースが該当し、例えば、図19のフローの開始直後が該当する。
電子密度更新部103は、S301で算出された第1電子密度を密度汎関数法の初期電子密度に設定すると共に、第1電子密度を算出する際に電子密度予測器に入力された第1入力データを密度汎関数法の計算条件として設定して密度汎関数法による数値シミュレーションを実行し、第2電子密度を算出する。ここで、電子密度更新部103は、ステップS100〜ステップS104の1つのループにおいて、数値シミュレーションの計算を1回行うものとする。つまり、密度汎関数法における電子密度を更新する計算を1回行うものとする。但し、これは一例であり、この計算は1つのループにおいて複数実行されてもよい。
電子密度更新部103は、最後の数値シミュレーション、すなわち、ステップS303の処理で第2電子密度を算出する際に用いられた第1電子密度を第4電子密度としてメモリに記録する。また、電子密度更新部103は、最後の数値シミュレーション、すなわち、ステップS303の処理を実施した際に得られた第2電子密度を第5電子密度としてメモリに記録する。
電子密度更新部103は、第1電子密度と第4電子密度との差分である第2差分を算出する。また、パラメータ算出部104は、第1電子密度と第5電子密度との差分である第3差分を算出する。ここで、第1電子密度とは、ステップS301で算出された最新の第1電子密度を指す。ここでは、第2差分及び第3差分は、第1差分と同様、例えば、RMSEが採用できる。但し、これは一例であり、MAE(Mean Absolute Error)等の誤差を評価できる手法であればどのような手法を用いて第2差分及び第3差分は算出されてもよい。
パラメータ算出部104は、第2差分が第3差分よりも大きいか否かを判定する。第2差分が第3差分より大きければ(ステップS306でYES)、処理はステップS303に進み、第2差分が第3差分以下であれば(ステップS306でNO)、処理はステップS307に進む。ここで、第2差分が第3差分よりも大きいという条件は、所定の条件の一例に該当する。
パラメータ算出部104は、ステップS304で第2電子密度が更新された直後では、ステップS103と同様、その第2電子密度(第5電子密度)と、その第2電子密度の算出に用いられた第1電子密度(第4電子密度)との第1差分を算出し、第1差分が最小となるように電子密度予測器のパラメータW_tを更新する。
実施の形態2では、第2差分が第3差分より大きくなったときに第2電子密度が更新されたが、本開示はこれに限定されない。例えば、第3差分から所定値だけ減じた値より第2差分が大きくなったときに第2電子密度は更新されてもよい。或いは、例えば、第3差分に所定値を加えた値より第2差分が大きくなったときに第2電子密度は更新されてもよい。
上記の電子密度推定装置1001は、具体的には、マイクロプロセッサ、ROM、RAM、ハードディスクドライブ、ディスプレイユニット、キーボード、及びマウスなどから構成されるコンピュータシステムにより構成されても良い。RAMまたはハードディスクドライブには、電子密度推定プログラムが記憶されている。マイクロプロセッサが、電子密度推定プログラムに従って動作することにより、電子密度推定装置1001は、その機能を達成する。ここで電子密度推定プログラムは、所定の機能を達成するために、コンピュータに対する指令を示す命令コードが複数個組み合わされて構成されたものである。
101 データ取得部
102 電子密度予測部
103 電子密度更新部
104 パラメータ算出部
105 テストデータベース
106 電子密度推定部
108 電子密度予測器
1000 電子密度推定システム
1001 電子密度推定装置
Claims (10)
- 物質の組成及び構造に関する物質情報から前記物質の電子密度を推定する電子密度推定装置における電子密度推定方法であって、
前記電子密度推定装置のコンピュータが、
(a1)前記物質情報を格納した学習データベースから第1入力データを取得し、
(a2)前記第1入力データを電子密度予測器に入力することで第1電子密度を算出し、
(a3)前記第1入力データと前記第1電子密度とを用いた数値シミュレーションを実行して第2電子密度を算出し、前記数値シミュレーションは、前記第1入力データと前記第1電子密度とを初期値に設定し、密度汎関数法を用いた電子密度を更新する処理を1回以上行う処理であり、前記第2電子密度は、前記密度汎関数法を用いて求めた収束値ではなく、
(a4)前記第1電子密度と前記第2電子密度との差分を最小化する前記電子密度予測器のパラメータを算出することで前記電子密度予測器を学習させ、
(a5)前記物質情報を格納したテストデータベースから第2入力データを取得し、前記パラメータが設定された前記電子密度予測器に前記第2入力データを入力し、第3電子密度を推定し、
(a6)推定された前記第3電子密度を出力する、
電子密度推定方法。 - 前記(a5)は、前記(a1)から前記(a4)までの処理が所定回数繰り返された後に実施される、
請求項1に記載の電子密度推定方法。 - 前記(a3)では、
(b1)前記(a2)で更新された前記第1電子密度が所定の条件を満たす場合、前記数値シミュレーションを実施して前記第2電子密度を更新し、処理を前記(a4)に進め、
(b2)前記(a2)で更新された前記第1電子密度が前記所定の条件を満たさない場合、前記第2電子密度を更新せずに、処理を前記(a4)に進める、
請求項2記載の電子密度推定方法。 - 前記所定の条件は、前記(a2)で更新された前記第1電子密度と第4電子密度との第2差分が、前記(a2)で更新された前記第1電子密度と第5電子密度との第3差分よりも大きくなることであり、
前記第4電子密度は、前記(b1)で更新された前記第2電子密度の算出に用いられた前記第1電子密度であり、
前記第5電子密度は、前記(b1)で更新された前記第2電子密度である、
請求項3記載の電子密度推定方法。 - 前記物質情報は、結晶学共通データフォーマットを用いて記載された情報である、
請求項1〜4のいずれかに記載の電子密度推定方法。 - 前記(a4)では、前記第2電子密度が教師データとして用いられて前記電子密度予測器が学習される、
請求項1〜5のいずれかに記載の電子密度推定方法。 - 前記(a6)では、前記第3電子密度を示す画像がディスプレイに表示される、
請求項1〜6のいずれかに記載の電子密度推定方法。 - 物質の組成及び構造に関する物質情報から前記物質の電子密度を推定する電子密度推定装置であって、
前記物質情報を格納した学習データベースから第1入力データを取得するデータ取得部と、
前記第1入力データを電子密度予測器に入力することで第1電子密度を算出する電子密度予測部と、
前記第1入力データと前記第1電子密度とを用いた数値シミュレーションを実行して第2電子密度を算出する電子密度更新部と、
前記数値シミュレーションは、前記第1入力データと前記第1電子密度とを初期値に設定し、密度汎関数法を用いた電子密度を更新する処理を1回以上行う処理であり、前記第2電子密度は、前記密度汎関数法を用いて求めた収束値ではなく、
前記第1電子密度と第2電子密度との差分を最小化する前記電子密度予測器のパラメータを算出することで前記電子密度予測器を学習させるパラメータ算出部と、
前記物質情報を格納したテストデータベースから第2入力データを取得し、前記パラメータが設定された前記電子密度予測器に前記第2入力データを入力し、第3電子密度を推定する電子密度推定部と、
推定された前記第3電子密度を出力する出力部とを備える、
電子密度推定装置。 - 請求項1〜7のいずれかに記載の電子密度推定方法をコンピュータに実行させる、
電子密度推定プログラム。 - コンピュータによって行われる電子密度推定方法であって、
(a1)物質の組成及び構造に関する物質情報及びテストデータベースを格納した学習データベースから第1入力データを取得し、前記物質情報は前記第1入力データを含み、前記テストデータベースは第2入力データを含み、
(a2)電子密度予測器は、前記第1入力データと第1パラメータに基づいて、第1電子密度D11を算出し、
(a3)密度汎関数法を用いて電子密度を更新する計算を1回以上行い、第2電子密度を算出し、前記1回以上の計算は、前記第1入力データと前記第1電子密度D11に基づいた前記密度汎関数法を用いた計算を含み、前記第2電子密度は、前記密度汎関数法を用いて求めた収束値ではなく、
(a4)前記電子密度予測器は、前記第1入力データと第iパラメータに基づいて第1電子密度D1iを算出し(i=2〜n)、
(a5)前記第1電子密度D1jと前記2電子密度の差分である第1差分DF1jを算出し(j=1〜n)、前記第1差分DF11〜前記第1差分DF1nのち、最も小さい前記第1差分DF1kを検出し(1≦k≦n)、
(a6)前記第2入力データを取得し、前記第kパラメータが設定された前記電子密度予測器に前記第2入力データを入力し、第3電子密度を推定し、
(a7)推定された前記第3電子密度を出力する、
電子密度推定方法。
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---|---|---|---|---|
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WO2024034688A1 (ja) * | 2022-08-10 | 2024-02-15 | 株式会社Preferred Networks | 学習装置、推論装置及びモデル作成方法 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH08208136A (ja) * | 1995-02-06 | 1996-08-13 | Fujitec Co Ltd | エレベータ呼び割当て用ニューラルネットの学習方法 |
US6587845B1 (en) * | 2000-02-15 | 2003-07-01 | Benjamin B. Braunheim | Method and apparatus for identification and optimization of bioactive compounds using a neural network |
US20080104001A1 (en) * | 2006-10-27 | 2008-05-01 | Kipp James E | Algorithm for estimation of binding equlibria in inclusion complexation, host compounds identified thereby and compositions of host compound and pharmaceutical |
WO2012028962A2 (en) * | 2010-09-01 | 2012-03-08 | Bioquanta Sa | Pharmacophore toxicity screening |
JP2016006617A (ja) * | 2014-06-20 | 2016-01-14 | ヤフー株式会社 | 学習装置、学習方法及び学習プログラム |
JP2016139336A (ja) * | 2015-01-28 | 2016-08-04 | 一般財団法人電力中央研究所 | 予測装置、予測方法および予測プログラム |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8369937B2 (en) * | 1999-11-16 | 2013-02-05 | Cardiac Pacemakers, Inc. | System and method for prioritizing medical conditions |
WO2004077023A2 (en) * | 2003-02-27 | 2004-09-10 | University Of Georgia Research Foundation, Inc. | High-throughput structure and electron density determination |
JP5224280B2 (ja) * | 2008-08-27 | 2013-07-03 | 株式会社デンソーアイティーラボラトリ | 学習データ管理装置、学習データ管理方法及び車両用空調装置ならびに機器の制御装置 |
US9009009B2 (en) * | 2011-06-27 | 2015-04-14 | The Research Foundation For The State University Of New York | Method for predicting optimized crystal structures |
KR101313036B1 (ko) * | 2011-10-06 | 2013-10-01 | 주식회사 켐에쎈 | 순수한 화합물의 기체점성도를 예측하는 svrc 모형 |
US10124381B2 (en) * | 2014-02-17 | 2018-11-13 | Toshiba Mitsubishi-Electric Industrial Systems Corporation | Rolling process learning control device |
WO2016017402A1 (ja) * | 2014-07-30 | 2016-02-04 | 株式会社 日立メディコ | データ処理方法、データ処理装置、及びx線ct装置 |
US10452989B2 (en) * | 2015-05-05 | 2019-10-22 | Kyndi, Inc. | Quanton representation for emulating quantum-like computation on classical processors |
JP6985005B2 (ja) * | 2015-10-14 | 2021-12-22 | パナソニック インテレクチュアル プロパティ コーポレーション オブ アメリカPanasonic Intellectual Property Corporation of America | 感情推定方法、感情推定装置、及び、プログラムを記録した記録媒体 |
JP6662715B2 (ja) * | 2016-06-07 | 2020-03-11 | 日本電信電話株式会社 | 予測装置、予測方法及びプログラム |
CN107019496A (zh) * | 2017-04-12 | 2017-08-08 | 上海联影医疗科技有限公司 | 电子密度信息获取方法、装置及设备 |
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Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH08208136A (ja) * | 1995-02-06 | 1996-08-13 | Fujitec Co Ltd | エレベータ呼び割当て用ニューラルネットの学習方法 |
US6587845B1 (en) * | 2000-02-15 | 2003-07-01 | Benjamin B. Braunheim | Method and apparatus for identification and optimization of bioactive compounds using a neural network |
US20080104001A1 (en) * | 2006-10-27 | 2008-05-01 | Kipp James E | Algorithm for estimation of binding equlibria in inclusion complexation, host compounds identified thereby and compositions of host compound and pharmaceutical |
WO2012028962A2 (en) * | 2010-09-01 | 2012-03-08 | Bioquanta Sa | Pharmacophore toxicity screening |
JP2016006617A (ja) * | 2014-06-20 | 2016-01-14 | ヤフー株式会社 | 学習装置、学習方法及び学習プログラム |
JP2016139336A (ja) * | 2015-01-28 | 2016-08-04 | 一般財団法人電力中央研究所 | 予測装置、予測方法および予測プログラム |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
BROCKHERDE, F. ET AL.: "Bypassing the Kohn-Sham equations with machine learning", NATURE COMMUNICATION, vol. 8, no. 1, JPN6019039563, 11 October 2017 (2017-10-11), pages 1 - 10, ISSN: 0005179784 * |
佐藤文俊: "密度汎関数法によるタンパク質全電子シミュレーション", スーパーコンピューティングニュース, vol. Vol.11 特集号1, JPN6019039568, February 2009 (2009-02-01), pages 1 - 33, ISSN: 0005179785 * |
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