JPWO2020028563A5 - - Google Patents

Claims (14)

1. 患者のびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）の細胞起源（ＣＯＯ）を決定する方法であって、
   患者由来の試料からＤＮＡを抽出することと、
   抽出されたＤＮＡを増幅することと、
   増幅されたＤＮＡにシーケンシングを実施して前記試料に関連する遺伝的特徴のリストを取得することと、
   コンピュータにより、ＣＯＯ ＤＮＡ分類（ＣＯＯＤＣ）モデルを前記遺伝的特徴のリストに適用して、確率スコアを計算することと、
   前記確率スコアに基づいて：
   コンピュータにより、確率スコアが、あらかじめ規定された第１のカットオフより低い場合に、患者を胚中心Ｂ細胞（ＧＣＢ）ＣＯＯを有するとして分類し、
   コンピュータにより、確率スコアが、あらかじめ規定された第２のカットオフ以上である場合に、患者を活性化Ｂ細胞（ＡＢＣ）ＣＯＯを有するとして分類することと
   を含む、方法。
2. あらかじめ規定された前記第１のカットオフが、０．２～０．３であり、かつあらかじめ規定された前記第２のカットオフが、０．４～０．６である、請求項１に記載の方法。
3. ＲＮＡ分析が、実施されない、請求項１に記載の方法。
4. ＲＮＡ分析が、前記患者の分類に寄与しない、請求項１に記載の方法。
5. 免疫組織化学（ＩＨＣ）分析が、実施されない、請求項１に記載の方法。
6. ＩＨＣ分析が、前記患者の分類に寄与しない、請求項１に記載の方法。
7. 続く療法がＧＣＢ ＣＯＯの処置に対して効果的な療法である、請求項１に記載の方法。
8. 続く療法がＡＢＣ ＣＯＯの処置に対して効果的な療法である、請求項１に記載の方法。
9. 前記試料が、臨床試料である、請求項１に記載の方法。
10. 前記臨床試料が、腫瘍生検標本、血液、骨髄穿刺液、セルフリーＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ及び循環腫瘍細胞からなる群より選択される、請求項９に記載の方法。
11. 前記臨床試料が、セルフリーＤＮＡである、請求項１０に記載の方法。
12. 前記腫瘍生検標本が、ホルムアルデヒド固定若しくはパラホルムアルデヒド固定パラフィン包理（ＦＦＰＥ）組織調製物として保存される、請求項１０に記載の方法。
13. 患者のびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）の細胞起源（ＣＯＯ）を決定しかつ患者を処置するためのキットであって、ＣＯＯ ＤＮＡ分類（ＣＯＯＤＣ）モデルを含み、
    ＤＮＡが患者由来の試料から抽出され、
    抽出されたＤＮＡが増幅され、
    増幅されたＤＮＡがシーケンシングされて前記試料に関連する遺伝的特徴のリストが取得され、
    コンピュータにより、ＣＯＯＤＣモデルが前記遺伝的特徴のリストに適用されて、確率スコアが計算され、
    前記確率スコアに基づいて：
    コンピュータにより、確率スコアが、あらかじめ規定された第１のカットオフより低い場合に、患者が胚中心Ｂ細胞（ＧＣＢ）ＣＯＯを有するとして分類され、
    コンピュータにより、確率スコアが、あらかじめ規定された第２のカットオフ以上である場合に、患者が活性化Ｂ細胞（ＡＢＣ）ＣＯＯを有するとして分類され、
    患者の前記分類に基づいて、療法が施される、キット。
14. 患者のびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）の細胞起源（ＣＯＯ）を決定しかつ患者を処置するためのコンピュータシステムであって、ＣＯＯ ＤＮＡ分類（ＣＯＯＤＣ）モデルを含み、
    ＤＮＡが患者由来の試料から抽出され、
    抽出されたＤＮＡが増幅され、
    増幅されたＤＮＡがシーケンシングされて前記試料に関連する遺伝的特徴のリストが取得され、
    コンピュータにより、ＣＯＯＤＣモデルが前記遺伝的特徴のリストに適用されて、確率スコアが計算され、
    前記確率スコアに基づいて：
    コンピュータにより、確率スコアが、あらかじめ規定された第１のカットオフより低い場合に、患者が胚中心Ｂ細胞（ＧＣＢ）ＣＯＯを有するとして分類され、
    コンピュータにより、確率スコアが、あらかじめ規定された第２のカットオフ以上である場合に、患者が活性化Ｂ細胞（ＡＢＣ）ＣＯＯを有するとして分類され、
    患者の前記分類に基づいて、療法が施される、コンピュータシステム。