JPWO2019217944A5 - - Google Patents

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Claims (15)

レット症候群(RTT)に関連する単一ヌクレオチド多型(SNP)を含むMECP2ポリヌクレオチドを編集するインビトロまたはエクスビボの方法であって、前記MECP2ポリヌクレオチドを、1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドと複合体化した塩基エディターと接触させることを含み、前記塩基エディターが、ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドの1つまたは複数が、前記塩基エディターをターゲティングしてRTTに関連する前記SNPのA・TからG・Cへの改変をもたらす、方法。 An in vitro or exvivo method for editing a MECP2 polynucleotide containing a single nucleotide polymorphism (SNP) associated with Let's syndrome (RTT), wherein the MECP2 polynucleotide is complexed with one or more guide polynucleotides. The base editor comprises contacting with a modified base editor, the base editor comprises a polynucleotide programmable DNA binding domain and an adenosindeaminase domain, and one or more of the guide polynucleotides target the base editor for RTT. A method that results in a modification of the SNP from A / T to G / C in relation to. i)前記改変が、R106W、R168*、R133C、T158M、R255*、R270*、およびR306Cのうちの1つまたは複数であり、および/または
ii)RTTに関連するSNPにおける前記A・TからG・Cへの改変が、メチルCpG結合タンパク質2(Mecp2)ポリペプチドにおいてシステインをアルギニンに、メチオニンをスレオニンに、または停止コドンをアルギニンに変更し、および/または
iii)RTTに関連する前記SNPが、アミノ酸168位、133位、255位、270位、もしくは306位にアルギニン、または158位にスレオニンを含むMecp2ポリペプチドの発現をもたらし、および/または
iv)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenesのCas9(SpCas9)またはそのバリアントであり、および/または
v)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)特異性を有する改変されたSpCas9を含み、好ましくは
v-1)前記改変されたSpCas9が、核酸配列5'-NGT-3'に対する特異性を有し、より好ましくは
v-2)前記改変されたSpCas9が、アミノ酸置換L1111R、D1135V、G1218R、E1219F、A1322R、R1335V、T1337R、ならびにL1111、D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、R1335Q、T1337、T1337L、T1337Q、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含むか、または
前記改変されたSpCas9が、アミノ酸置換D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、A1322R、R1335Q、およびT1337、ならびにL1111R、G1218R、E1219F、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、T1337L、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337R、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含み、および/または
vi)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントであり、好ましくは前記ニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはその対応するアミノ酸置換を含み、および/または
vii)
vii-1)前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸(DNA)中のアデノシンを脱アミノ化することができ、好ましくは
vii-2)前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼであり、および/または前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10であり、および/または
viii)前記1つまたは複数のガイドRNAが、CRISPR RNA(crRNA)およびトランスコード化小RNA(tracrRNA)を含み、前記crRNAが、RTTに関連するSNPを含むMecp2核酸配列に相補的な核酸配列を含み、および/または
前記塩基エディターが、RTTに関連するSNPを含むMecp2核酸配列に相補的な核酸配列を含むシングルガイドRNA(sgRNA)と複合体化している、
請求項に記載の方法。
i) The modification is one or more of R106W, R168 *, R133C, T158M, R255 *, R270 *, and R306C , and / or
ii) The above-mentioned A / T to G / C modification in RTT-related SNPs changed cysteine to arginine, methionine to threonine, or stop codon to arginine in the methylCpG-binding protein 2 (Mecp2) polypeptide. , And / or
iii) The SNP associated with RTT results in the expression of a Mecp2 polypeptide containing arginine at amino acids 168, 133, 255, 270, or 306, or threonine at 158 , and / or.
iv) The polynucleotide programmable DNA-binding domain is Cas9 (SpCas9) or a variant thereof of Streptococcus pyogenes and / or
v) The polynucleotide programmable DNA binding domain comprises modified SpCas9 with modified protospacer flanking motif (PAM) specificity , preferably.
v-1) The modified SpCas9 has specificity for the nucleic acid sequence 5'-NGT-3' , and is more preferable.
v-2) The modified SpCas9 contains amino acid substitutions L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1335V, T1337R, and L1111, D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, D1332A, D1332S, D1332T, D1332V, Contains or contains one or more of D1332R, R1335Q, T1337, T1337L, T1337Q, T1337I, T1337V, T1337F, T1337S, T1337N, T1337K, T1337H, T1337Q, and T1337M, or their corresponding amino acid substitutions.
The modified SpCas9 contains amino acid substitutions D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, A1322R, R1335Q, and T1337, as well as L1111R, G1218R, E1219F, D1332A, D1332S, D1332T, D1332V, D1332L, D1332K, D1332T. , T1337F, T1337S, T1337N, T1337K, T1337R, T1337H, T1337Q, and T1337M containing one or more of, or their corresponding amino acid substitutions , and / or
vi) The polynucleotide programmable DNA binding domain is a nuclease-inactivated variant or a nickase variant , preferably the nickase variant comprises amino acid substitution D10A or its corresponding amino acid substitution and / or.
vii)
vii-1) The adenosine deaminase domain can deaminate adenosine in deoxyribonucleic acid (DNA) , preferably.
vii-2) The adenosine deaminase is TadA deaminase and / or the TadA deaminase is TadA * 7.10 and / or
viii) The one or more guide RNAs contain a CRISPR RNA (crRNA) and a transcoded small RNA (tracrRNA), the crRNA having a nucleic acid sequence complementary to the Mecp2 nucleic acid sequence containing the SNP associated with RTT. Including and / or
The base editor is complexed with a single guide RNA (sgRNA) containing a nucleic acid sequence complementary to the Mecp2 nucleic acid sequence containing the SNP associated with RTT.
The method according to claim 1 .
ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含む塩基エディターもしくは前記塩基エディターをコードするポリヌクレオチド、ならびに
前記塩基エディターをターゲティングしてRTTに関連するSNPのA・TからG・Cへの改変をもたらす1つもしくは複数のガイドポリヌクレオチド
含む、細胞またはその前駆体。
Polynucleotides A / T-to-G / C modification of RTT-related SNPs by targeting a base editor containing a programmable DNA-binding domain and an adenosindeaminase domain or a polynucleotide encoding the base editor, as well as the base editor. A cell or precursor thereof, comprising one or more guide polynucleotides that result in .
i)前記細胞がニューロンであり、および/または
ii)前記ニューロンはMecp2ポリペプチドを発現する、
請求項に記載の細胞。
i) The cell is a neuron and / or
ii) The neuron expresses a Mecp2 polypeptide,
The cell according to claim 3 .
i)前記細胞はRTTを有する対象からのものであり、および/または
ii)前記細胞は哺乳動物細胞であり、および/または
iii)前記細胞はヒト細胞であり、および/または
iv)前記改変が、R106W、R168*、R133C、T158M、R255*、R270*、およびR306Cのうち1つまたは複数であり、および/または
v)RTTに関連するSNPにおける前記A・TからG・Cへの改変が、メチルCpG結合タンパク質2(Mecp2)ポリペプチドにおいてシステインをアルギニンに、メチオニンをスレオニンに、または停止コドンをアルギニンに変更し、および/または
vi)RTTに関連するSNPが、アミノ酸168位、133位、255位、270位、もしくは306位にアルギニン、または158位にスレオニンを含むMecp2ポリペプチドの発現をもたらし、および/または
vii)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenesのCas9(SpCas9)またはそのバリアントであり、および/または
viii)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)特異性を有する改変されたSpCas9を含み、好ましくは前記改変されたSpCas9が、核酸配列5'-NGT-3'に対する特異性を有し、より好ましくは前記改変されたSpCas9が、アミノ酸置換L1111R、D1135V、G1218R、E1219F、A1322R、R1335V、T1337R、ならびにL1111、D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、R1335Q、T1337、T1337L、T1337Q、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含むか、または前記改変されたSpCas9が、アミノ酸置換D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、A1322R、R1335Q、およびT1337、ならびにL1111R、G1218R、E1219F、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、T1337L、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337R、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含む、
請求項3または4に記載の細胞。
i) The cells are from a subject with RTT and / or
ii) The cells are mammalian cells and / or
iii) The cells are human cells and / or
iv) The modification is one or more of R106W, R168 *, R133C, T158M, R255 *, R270 *, and R306C , and / or
v) The above-mentioned A / T to G / C modification in RTT-related SNPs changed cysteine to arginine, methionine to threonine, or stop codon to arginine in the methyl CpG-binding protein 2 (Mecp2) polypeptide. , And / or
vi) The SNP associated with RTT results in the expression of a Mecp2 polypeptide containing arginine at amino acids 168, 133, 255, 270, or 306, or threonine at 158 , and / or.
vii) The polynucleotide programmable DNA-binding domain is Cas9 (SpCas9) of Streptococcus pyogenes or a variant thereof , and / or.
viii) The polynucleotide programmable DNA binding domain comprises modified SpCas9 with modified protospacer flanking motif (PAM) specificity , preferably said modified SpCas9 is nucleic acid sequence 5'-NGT. The modified SpCas9, which has specificity for -3'and more preferably the above-mentioned modified SpCas9, has amino acid substitutions L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1335V, T1337R, and L1111, D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, D1332A, D1332S. , D1332T, D1332V, D1332L, D1332K, D1332R, R1335Q, T1337, T1337L, T1337Q, T1337I, T1337V, T1337F, T1337S, T1337N, T1337K, T1337H, T1337Q, and one or more of the corresponding amino acids, T1337Q, and T1337M. , Or the modified SpCas9 described above, contains the amino acid substitutions D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, A1322R, R1335Q, and T1337, as well as L1111R, G1218R, E1219F, D1332A, D1332S, D1332T, D1332V, D1332L, D1332K. Includes one or more of T1337L, T1337I, T1337V, T1337F, T1337S, T1337N, T1337K, T1337R, T1337H, T1337Q, and T1337M, or their corresponding amino acid substitutions.
The cell according to claim 3 or 4 .
i)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントであり、好ましくは前記ニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはその対応するアミノ酸置換を含み、および/または
ii)前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸(DNA)中のアデノシンを脱アミノ化することができ、好ましくは
ii-1)前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼであり、および/または
ii-2)前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10であり、および/または
iii)前記1つまたは複数のガイドRNAが、CRISPR RNA(crRNA)およびトランスコード化小RNA(tracrRNA)を含み、前記crRNAが、RTTに関連するSNPを含むMecp2核酸配列に相補的な核酸配列を含み、および/または
iv)前記塩基エディターが、RTTに関連するSNPを含むMecp2核酸配列に相補的な核酸配列を含むシングルガイドRNA(sgRNA)と複合体化している、
請求項3~5のいずれか一項に記載の細胞。
i) The polynucleotide programmable DNA binding domain is a nuclease-inert variant or nickase variant , preferably said nickase variant comprising amino acid substitution D10A or its corresponding amino acid substitution and / or.
ii) The adenosine deaminase domain can deaminate adenosine in deoxyribonucleic acid (DNA) , preferably.
ii-1) The adenosine deaminase is TadA deaminase and / or
ii-2) The TadA deaminase is TadA * 7.10 and / or
iii) The one or more guide RNAs contain a CRISPR RNA (crRNA) and a transcoded small RNA (tracrRNA), the crRNA having a nucleic acid sequence complementary to the Mecp2 nucleic acid sequence containing the SNP associated with RTT. Including and / or
iv) The base editor is complexed with a single guide RNA (sgRNA) containing a nucleic acid sequence complementary to a Mecp2 nucleic acid sequence containing an SNP associated with RTT.
The cell according to any one of claims 3 to 5 .
対象におけるRTTを治療する方法における使用のための請求項3~6のいずれか一項に記載の細胞を含む組成物であって、前記方法は、前記細胞を前記対象に投与することを含む、組成物 A composition comprising the cells of any one of claims 3-6 for use in a method of treating RTT in a subject, wherein the method comprises administering the cells to the subject . Composition . 対象におけるRTTを治療する方法における使用のための、塩基エディターまたはそれをコードするポリヌクレオチドを含む組成物であって、前記方法は、
ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含む前記塩基エディターまたは前記塩基エディターをコードするポリヌクレオチド、および
前記塩基エディターをターゲティングしてRTTに関連するSNPのA・TからG・Cへの改変をもたらす1つもしくは複数のガイドポリヌクレオチド
を前記対象に投与することを含む、
組成物
A composition comprising a base editor or a polynucleotide encoding it for use in a method of treating RTT in a subject, said method.
Polynucleotides The nucleotides that contain programmable DNA-binding domains and adenosine deaminase domains, or polynucleotides that encode the base editors, and targeting the base editors for RTT-related SNPs from A / T to G / C. Containing administration of one or more guide polynucleotides that result in modification to said subject.
Composition .
i)前記対象が、哺乳動物またはヒトであり、および/または
ii)前記方法は、前記塩基エディターまたはそれをコードするポリヌクレオチドと、前記1つもしくは複数のガイドポリヌクレオチドとを、前記対象の細胞に送達することを含む、
請求項に記載の組成物
i) The subject is a mammal or human and / or
ii) The method comprises delivering the base editor or a polynucleotide encoding it and the one or more guide polynucleotides to the cell of interest.
The composition according to claim 8 .
i)前記細胞がニューロンであり、および/または
ii)前記改変が、R106W、R168*、R133C、T158M、R255*、R270*、およびR306Cのうち1つまたは複数であり、および/または
iii)RTTに関連するSNPにおける前記A・TからG・Cへの改変が、メチルCpG結合タンパク質2(Mecp2)ポリペプチドにおいてシステインをアルギニンに、メチオニンをスレオニンに、または停止コドンをアルギニンに変更し、および/または
iv)RTTに関連するSNPが、アミノ酸168位、133位、255位、270位、もしくは306位にアルギニン、または158位にスレオニンを含むMecp2ポリペプチドの発現をもたらし、および/または
v)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenesのCas9(SpCas9)またはそのバリアントであり、および/または
vi)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)特異性を有する改変されたSpCas9を含み、好ましくは前記改変されたSpCas9が、核酸配列5'-NGT-3'に対する特異性を有し、より好ましくは
前記改変されたSpCas9が、アミノ酸置換L1111R、D1135V、G1218R、E1219F、A1322R、R1335V、T1337R、ならびにL1111、D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、D1332A、R1335Q、T1337、T1337L、T1337Q、T1337I、T1337V、T1337F、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含むか、もしくは
前記改変されたSpCas9が、アミノ酸置換D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、A1322R、R1335Q、およびT1337、ならびにL1111R、D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、R1335Q、T1337、T1337L、T1337Q、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337R、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含む、
請求項8または9に記載の組成物
i) The cell is a neuron and / or
ii) The modification is one or more of R106W, R168 *, R133C, T158M, R255 *, R270 *, and R306C , and / or
iii) The above-mentioned A / T to G / C modification in RTT-related SNPs changed cysteine to arginine, methionine to threonine, or stop codon to arginine in the methylCpG-binding protein 2 (Mecp2) polypeptide. , And / or
iv) RTT-related SNPs result in the expression of a Mecp2 polypeptide containing arginine at amino acids 168, 133, 255, 270, or 306, or threonine at position 158 , and / or.
v) The polynucleotide programmable DNA binding domain is Cas9 (SpCas9) or a variant thereof of Streptococcus pyogenes and / or
vi) The polynucleotide programmable DNA binding domain comprises modified SpCas9 with modified protospacer flanking motif (PAM) specificity , preferably said modified SpCas9 is nucleic acid sequence 5'-NGT. Has specificity for -3' , more preferably
The modified SpCas9 contains amino acid substitutions L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1335V, T1337R, and L1111, D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, D1332A, R1335Q, T1337, T1337L, T1337Q, T1337L, T1337T. And one or more of T1337M, or their corresponding amino acid substitutions , or
The modified SpCas9 contains amino acid substitutions D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, A1322R, R1335Q, and T1337, as well as L1111R, D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, D1332A, D1332S, D1332T, D1332V, D1332L. , T1337, T1337L, T1337Q, T1337I, T1337V, T1337F, T1337S, T1337N, T1337K, T1337R, T1337H, T1337Q, and T1337M, including one or more, or their corresponding amino acid substitutions.
The composition according to claim 8 or 9 .
i)前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントであり、好ましくは
i-1)前記ニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはその対応するアミノ酸置換を含み、および/または
ii)前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸(DNA)中のアデノシンを脱アミノ化することができる、
請求項8~10のいずれか一項に記載の組成物
i) The polynucleotide programmable DNA binding domain is a nuclease-inactivated variant or a nickase variant , preferably
i-1) The nickase variant comprises an amino acid substitution D10A or its corresponding amino acid substitution and / or
ii) The adenosine deaminase domain can deaminate adenosine in deoxyribonucleic acid (DNA),
The composition according to any one of claims 8 to 10 .
前記i-1)またはii)において、前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、請求項11に記載の組成物The composition according to claim 11 , wherein the adenosine deaminase is TadA deaminase in i-1) or ii) . i)前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10であり、および/または
ii)前記1つまたは複数のガイドRNAが、CRISPR RNA(crRNA)およびトランスコード化小RNA(tracrRNA)を含み、前記crRNAが、RTTに関連するSNPを含むMecp2核酸配列に相補的な核酸配列を含み、および/または
iii)前記塩基エディターが、RTTに関連するSNPを含むMecp2核酸配列に相補的な核酸配列を含むシングルガイドRNA(sgRNA)と複合体化している、
請求項11または12に記載の組成物
i) The TadA deaminase is TadA * 7.10 and / or
ii) The one or more guide RNAs contain a CRISPR RNA (crRNA) and a transcoded small RNA (tracrRNA), the crRNA having a nucleic acid sequence complementary to the Mecp2 nucleic acid sequence containing the SNP associated with RTT. Including and / or
iii) The base editor is complexed with a single guide RNA (sgRNA) containing a nucleic acid sequence complementary to a Mecp2 nucleic acid sequence containing an SNP associated with RTT.
The composition according to claim 11 or 12 .
(i)アミノ酸置換L1111R、D1135V、G1218R、E1219F、A1322R、R1335V、T1337R、ならびにL1111、D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、R1335Q、T1337、T1337L、T1337Q、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含む、改変されたSpCas9と、
(ii)アデノシンデアミナーゼと
を含む、塩基エディター。
(i) Amino acid substitutions L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1335V, T1337R, and L1111, D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, D1332A, D1332S, D1332T, D1332V, D1332L, D1332T Modified SpCas9 containing one or more of T1337Q, T1337I, T1337V, T1337F, T1337S, T1337N, T1337K, T1337H, T1337Q, and T1337M, or their corresponding amino acid substitutions, and
(ii) A base editor containing adenosine deaminase.
(i)アミノ酸置換D1135L、S1136R、G1218S、E1219V、A1322R、R1335Q、およびT1337、ならびにL1111R、G1218R、E1219F、D1332A、D1332S、D1332T、D1332V、D1332L、D1332K、D1332R、T1337L、T1337I、T1337V、T1337F、T1337S、T1337N、T1337K、T1337R、T1337H、T1337Q、およびT1337Mのうち1つもしくは複数、またはその対応するアミノ酸置換を含む、改変されたSpCas9と、
(ii)アデノシンデアミナーゼと
を含む、塩基エディター。
(i) Amino acid substitutions D1135L, S1136R, G1218S, E1219V, A1322R, R1335Q, and T1337, as well as L1111R, G1218R, E1219F, D1332A, D1332S, D1332T, D1332V, D1332L, D1332K, D1332R, T1337L, D1332R, T1337L , T1337N, T1337K, T1337R, T1337H, T1337Q, and T1337M with one or more of the modified SpCas9, including one or more of them, or their corresponding amino acid substitutions.
(ii) A base editor containing adenosine deaminase.
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