JPWO2018079689A1 - バイオマーカー、疾患関連遺伝子の探索方法、及び腎がんマーカー - Google Patents

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Abstract

疾患組織、及びその周辺から得られた正常組織を培地中で静置し、滲出する疾患特異的なバイオマーカーを探索する。当該方法により、腎細胞がん特異的なバイオマーカーを見出した。

Description

本発明は、細胞外小胞を分離・精製し、バイオマーカー、疾患関連遺伝子を同定する方法、及び検査方法に関する。また、当該探索方法を用いて得られた腎がんマーカーに関する。
バイオマーカーとは、身体の正常なプロセスや病的なプロセス、あるいは治療に対する薬理学的な反応に相関する生体内の物質や画像データを指し、身体の状態の客観的な指標となるものである。バイオマーカーは、生化学検査、血液検査、腫瘍マーカーのようないわゆる臨床検査値や、CTやMRIのような画像診断データなど様々なものを含んでいる。特に、疾患の指標として疾患の存在や進行度を表すバイオマーカーは、疾患の発見、診断、予後予測など、現在の診療においてなくてはならないものとなっている。また、バイオマーカーは、新薬開発において、開発化合物の選択や、評価において利用されている。
近年、極微量のタンパク質や核酸を検出できる技術の開発や、ゲノム解析やプロテオーム解析が進展した結果、多くのバイオマーカーが発見されている。しかし、実際に臨床現場で使用されているマーカーはそのうちのごくわずかである。特に、疾患の初期の段階では自覚症状の乏しいがんや神経変性疾患などの疾患において、診断や創薬ツールとして有用なバイオマーカーが望まれている。しかしながら、実用化されているバイオマーカーはほとんどない。
例えば、腎細胞がんは多くの場合、ほとんど症状がなく、かなり進行してから発見されるケースが大半を占めている。最近では、健康診断や他の病気で超音波検査やCT検査を受けた際に偶然発見されることが増えてきているものの、依然として早期発見が困難ながんであるとされている。特許文献1〜3には、腎細胞がんのバイオマーカーが報告されているが、いまだ実用化にはいたっていない。
近年、バイオマーカーを用いた臨床診断の分野では、リキッドバイオプシー(liquid biopsy、体液診断)が注目されている。リキッドバイオプシーは、がんの診断の領域では、腫瘍組織を採取する従来のバイオプシー(生検)を行わず、体液を検体として用いて、がん細胞を検出したり、バイオマーカーを測定することによって非侵襲、低侵襲的に疾患を検出することができる。
リキッドバイオプシーの解析対象としては、血中循環腫瘍細胞(Circulating Tumor Cells;CTC)やがん細胞に由来するDNA(Circulating Tumor DNA;ctDNA)がよく知られている。しかし、CTCやctDNAはがん細胞が転移する際に検出されることが想定されるため、がんの予後予測には向いているものの早期診断には用いることができないと考えられている。そこで、がんをはじめ、他の疾患の早期診断をするための解析対象として細胞外小胞(Extracellular vesicles、以下EVsと記載することもある。)が注目を集めるようになってきた。
細胞外小胞とは、ほとんどすべての細胞から放出される小胞であり、大きさや表出するマーカー分子によってエクソソーム、微小小胞体、アポトーシス小体に大別される。細胞外小胞は、近年種々の役割を担っていることが明らかになってきている。特に、エクソソームや微小小胞体には、mRNA、microRNAなどの核酸や、タンパク質が含まれており、近接する細胞だけではなく臓器間のコミュニケーションに関与することが明らかになってきている(非特許文献1〜4)。
細胞外小胞は、がんにおいては血管新生、免疫抑制、転移を含む、がんの進展に関わることが報告されている。さらに、細胞外小胞に含まれる特殊なインテグリンの組成から、がん細胞の転移の準備を行っている可能性が示唆されている(非特許文献5)。このように細胞外小胞は疾患の進展にも関わり、細胞外小胞に内包されるタンパク質や核酸は、生体の状態によって変化する。したがって、疾患の種類や状態によって細胞外小胞で検出されるタンパク質や核酸が異なり、バイオマーカーとなることが知られている。
しかし、これまでに報告されている研究結果は、主として培養細胞を用いて行われた結果であり、組織学的に同じバックグラウンドを備えた疾患部位、正常部位から得られた微小小胞体を比較検討したデータは全くなかった。そのため、疾患の診断や、新薬開発に有効なバイオマーカーとして機能するか疑問がもたれていた。
特開2016−86678号公報 特開2013−140030号公報 特表2015−505965号公報
Kahlert, C.,& Kalluri, R., J. Mol. Med. (Berl)., 2013, Vol.91(4), p.431-437. An,T. et al., J. Extracell. Vesicles., 2015, Vol.4, 27522. Peinado,H. et al., Nat. Med., 2012, Vol.18(6), p.883-891 Costa-Sliva,B. et al., Nat. Cell Biol., 2015, Vol.17(6), p.816-826. Hoshino,A. et al., Nature, 2015, Vol.527(7578), p.329-335. Lasser,C., et al, J. Vis. Exp., 2012, Vol.59, e3037, doi:10.3791/3037. Geissler,K. et al., Oncoimmunology, 2015, Vol.4, e985082. Teltsh,O., et al., Oncotarget, 2015, Vol.32, p.33191-33205. Guldur,M. E. et al., J. Pak. Med. Assoc., 2014, Vol.3, p.300-303. Bussolati,B. et al., FASEB J., 2003, Vol.17(9), p.1159-1161. Wiklander,O.P. et al., J. Extracell. Vesicles, 2015, Vol.4, 26316. Tominaga,N. et al., Adv. Drug Deliv. Rev., 2015, Vol.95, p.50-55. Lai,C. P. et al., ACS Nano., 2014, Vol.8(1), p.483-494. Gruenwald,V. et al., BMC Cancer, 2010, 10:695. Vroling,L. et al., Angiogenesis, 2009, Vol.12(1), p.69-79. del Puerto-Nevado, L. et al., Br. J. Cancer, 2014, Vol.110, p.2700-2707. Shankhajit,D. et al., International Journal of Nutrition, Pharmacology, Neurologicaldiseases, 2012, Vol.2, p.3-7.
本発明は、リキッドバイオプシーに用いることができる細胞外小胞に含まれる生体構成成分から新規のバイオマーカーを探索する方法を提供することを課題とする。また、疾患関連遺伝子の新たな探索方法を提供することを課題とする。さらに、これまで有効なバイオマーカーが存在しなかった腎細胞がん(Renal Cell Carcinoma)の新たなバイオマーカー、及び検査方法を提供する。
本発明は以下の疾患組織由来のバイオマーカーや疾患関連遺伝子探索方法、腎細胞がんの検査方法、腎細胞がんのバイオマーカー、腎細胞がんの治療薬スクリーニング方法に関する。
(1)切除された疾患組織を浸漬液に浸漬し、浸漬液中の前記疾患組織から滲出した疾患組織由来の滲出成分を解析し、前記疾患組織由来のバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を同定することを特徴とする探索方法。
(2)前記切除された疾患組織の周囲の正常組織を浸漬液に浸漬し、浸漬液中の前記正常組織から滲出した正常組織由来の滲出成分を解析し、前記正常組織由来バイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を同定し、前記疾患組織由来のバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子と前記正常組織由来のバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を比較検討し疾患特異的なバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を選択することを特徴とする(1)記載の探索方法。
(3)前記滲出成分が、細胞外小胞、タンパク質、核酸、脂質であることを特徴とする(1)又は(2)記載の探索方法。
(4)前記滲出成分が細胞外小胞であり、細胞外小胞に含まれる前記バイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子が、タンパク質、核酸、脂質であることを特徴とする(1)〜(3)いずれか1つ記載の探索方法。
(5)前記疾患が、がん、神経変性疾患、多発性硬化症、糖尿病、肝疾患、自閉症、脳梗塞であることを特徴とする(1)〜(4)いずれか1つ記載の探索方法。
(6)体液に含まれる細胞外小胞を分離し、前記細胞外小胞に含まれる表1、表2、表4に記載のバイオマーカーの少なくとも1つを検出し、所定値と比較することを特徴とする腎細胞がんの検査方法。
(7)前記バイオマーカーが、AZU1、CA9、STBD1、COMT、GYG1であることを特徴とする(6)記載の腎細胞がんの検査方法。
(8)前記体液が血液又は尿であることを特徴とする(6)又は(7)記載の腎細胞がんの検査方法。
(9)表1、表2、表4に記載の腎細胞がんのバイオマーカー。
(10)AZU1、CA9、STBD1、COMT、GYG1を指標として、候補化合物を選択することを特徴とするAZU1、CA9、STBD1、COMT、GYG1を標的とする腎細胞がんの治療薬スクリーニング方法。
組織滲出性の細胞外小胞の単離、及びバイオマーカー探索方法の概略を示す図。 得られた組織滲出性の細胞外小胞のマーカー解析、サイズ分布を示す図。 組織滲出性の細胞外小胞におけるテトラスパニンファミリーの分子の発現を質量分析により解析した結果を示す図。 遺伝子オントロジー解析による組織滲出性の細胞外小胞の解析結果。図4Aは腎細胞がん組織、がん組織周辺の正常組織から得られた組織滲出性の細胞外小胞において同定されたタンパク質の数を示す。図4Bは細胞成分、図4Cは生物学的プロセス、図4Dは分子機能の3つのカテゴリーに分類したタンパク質がどのような生物学的性質を備えているかまとめた図である。 正常組織、がん組織由来の細胞外小胞のタンパク質発現を対応のあるt検定により解析した結果を示すvolcano plot。 正常組織、がん組織由来の細胞外小胞におけるAZU1の発現を示す図。図6AはAZU1の発現を同一患者由来のサンプルを対として示した図。図6Bは、がんの病期を表すステージとAZU1発現の相関を示す図。図6CはAZU1発現をウェスタンブロットにより解析した図。図6Dは血清サンプル中のAZU1量を示す図。 腎細胞がん株由来の細胞外小胞による血管内皮層のAZU1に依存した崩壊を示す図。図7Aは免疫電子顕微鏡像によるAZU1の発現と局在を示す図。図7Bは腎細胞がん株でのAZU1の発現量と分泌された細胞外小胞中の含有量を示す図。図7Cは細胞株から分泌された細胞外小胞を用いたTEER解析結果を示す図。図7DはAZU1を強制発現させたACHN細胞株により分泌される細胞外小胞内のAZU1量を示すウェスタンブロットの図。図7Eは強制発現させたAZU1の局在を示す免疫電子顕微鏡像。図7FはAZU1強制発現させたACHN細胞株により分泌された細胞外小胞を用いたTEER解析結果を示す図。 患者由来の細胞外小胞により血管内皮層が崩壊することを示す図。図8A−Bは患者組織由来の組織滲出性の細胞外小胞を用いたTEER解析結果を示す図。図8Cはがん組織、正常組織由来の組織滲出性の細胞外小胞のHUVEC細胞への取り込みを示す顕微鏡像。図8Dは患者由来の組織滲出性の細胞外小胞を用いたTEER解析結果を示す図。
以下、腎細胞がんマーカーの探索を例に、組織から細胞外小胞を単離し、バイオマーカーを解析する方法、疾患関連遺伝子の探索方法を詳述するが、本発明のバイオマーカー、疾患関連遺伝子の探索方法は腎細胞がんに限らず、あらゆる疾患に応用することができる。特に、手術によって疾患組織の切除治療を行うがんは、本発明の方法により有用なバイオマーカー、疾患関連遺伝子を探索することができる。また、疾患組織は、手術だけではなく剖検により得られた組織を用いてもよく、今まで有効なバイオマーカーが見つかっていない筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、アルツハイマー病などの神経変性疾患、多発性硬化症、前立腺がん、膵臓がん、糖尿病、肝疾患、自閉症などの発達障害、脳梗塞など様々な疾患にも応用することができる。
例えば、手術によって切除治療を行うがんの場合には、がん部の周囲のいわゆる非がん部(正常組織)も一緒に切除を行う。したがって、同一患者から疾患部位、正常部位の組織を得ることができるため、遺伝的なバックグラウンドの揃ったサンプルを得ることができる。したがって、これらの試料から得られた細胞外小胞を解析することによって、その個体において対象とする疾患とは関係なく発現しているタンパク質や核酸を除外することができる。その結果、疾患特異的なバイオマーカーを探索することができる。また、神経変性疾患など、完全な正常組織が入手できない場合には、重症度、進行度の異なる患者群から組織を入手して、比較定量解析することにより疾患関連遺伝子、バイオマーカーを特定することができる。さらに、組織から滲出するバイオマーカーと血清などの体液から得られたバイオマーカーの情報を組み合わせて用いてもよい。
また、患者から得られる組織だけではなく、モデル動物から組織を得て、バイオマーカーを探索することもできる。神経変性疾患、糖尿病など、患者から治療のために組織を切除することのない疾患についても、モデル動物を使うことによって、バイオマーカーを探索することができる。
また、探索された疾患特異的なバイオマーカーは、疾患組織から滲出されるものであるが、この中から尿、血液などの体液中に分泌される細胞外小胞に含有されるものを選択することにより、リキッドバイオプシーに用いる疾患マーカーとすることができる。
さらに、細胞外小胞には多くのタンパク質などの生体構成成分が含まれていることから、疾患特異的な多数のバイオマーカーを見出すことができる。得られたバイオマーカーの中から複数のバイオマーカーを選択し、組み合わせて測定することにより、診断の感度とともに特異度を上げることができる。複数のマーカーを用いることによって、今まで早期発見することができなかった疾患も検出することが可能となる。
また、疾患特異的に発現しているタンパク質や核酸の解析から、疾患に関連し、治療薬のターゲットとなり得る生体構成成分を見出すことも可能である。例えば、疾患組織で高発現しているタンパク質の機能を解析し、疾患の発症や進展に必須の機能を有していれば、それを治療薬のターゲットとして医薬の開発を進めることができる。
また、分子標的薬に耐性を獲得した患者由来の組織を用いることで、分子標的薬耐性獲得細胞が放出する細胞外小胞を捉えることが可能になる。細胞のレプリカと考えられている細胞外小胞より耐性打破への活路を見出すことも可能となる。
また、探索されたバイオマーカーは、創薬研究の場で候補化合物のスクリーニングを行う際にも使用することができる。ハイスループットスクリーニングでは、細胞株を用いてスクリーニングする場合も多い。スクリーニングに使用する細胞株として、本発明の方法により探索された複数の疾患マーカーと同様の発現傾向を示す細胞株を予め選択すれば、候補化合物の絞込みをより正確に行うことができる。また、細胞株だけではなく、動物モデル、あるいは治験の段階で候補化合物の効果を検討する場合にも、得られたバイオマーカーを使用することができる。
以下、腎細胞がんを例に、新規のバイオマーカー探索方法、及びこれを用いた検査方法について詳細に説明する。なお、ヒト組織を用いた解析は各研究機関の倫理委員会の承認を得て行っている。また、腎細胞がん組織、がん組織周辺の正常組織は、患者からインフォームド・コンセントにより同意を得て解析に用いている。
[実施例1]Te-EVsの単離方法
図1は疾患組織から組織滲出性の細胞外小胞(tissue−exudative EVs、以下、Te-EVsと記載することもある。)を単離し、バイオマーカーを解析する方法の概要を示したものである。手術により切除した組織は、疾患組織、正常組織を切り出し、直ちに浸漬液に浸漬する。腎細胞がんの場合には、浸漬液として無血清DMEMを用いているが、浸漬液は、Te-EVsを抽出する組織によって適宜選択することができる。血清中には細胞外小胞が含まれるため、浸漬液としては無血清培地を使用することが好ましいが、予め細胞外小胞を除去すれば、血清を含有した培地を使用してもよい。
疾患部位、正常部位より採取した組織片は、浸漬液中で、4℃、1時間程度静置し、細胞外小胞を分泌させる。浸漬液中で静置する時間は、得られた組織片の量によって調整することができる。組織片を長時間浸漬液中に静置することによって、より多くの細胞外小胞を得ることができる。また、組織を浸漬する温度条件は0℃〜37℃であれば、いずれの温度でもよい。温度が高い方が、分泌速度が速く、得られる細胞外小胞等の量も多いことから、浸漬時間、温度は適宜定めればよい。また、静置ではなく、振盪、転倒、回転など浸漬液が緩やかに撹拌されるようにして浸漬することもできる。十分に細胞外小胞を分泌させた後、2,000gで30分遠心し、組織片、及び細胞を沈殿させ除去する。次に、16,000gで30分遠心し、細胞破片を沈殿させ除去する。さらに、上清を100,000gで90分遠心することによって、疾患組織、正常組織から分泌されたTe-EVsを沈殿させて集める。得られたTe-EVsはPBSに懸濁し、100,000gで90分遠心し洗浄する。単離されたTe-EVsは、同一の患者から得られた疾患組織、正常組織由来の細胞外小胞であることから、遺伝的バックグラウンドは同一であり、両者を比較解析することにより、疾患特異的なバイオマーカーを選択することができる。
単離したTe−EVsはトリプシン消化により、質量分析で解析可能なペプチドに分解する。得られたペプチドは、LC/MS(液体クロマトグラフィー質量分析)解析により、同定と定量を行う。さらに、統計分析によって各Te−EVsに特異的なタンパク質を解析する。
[実施例2]腎組織からの細胞外小胞の精製
20名の腎細胞がん患者から、がん組織、正常組織(非がん部)、両者が得られたものについてTe-EVsを採取し解析を行った。腎細胞がんの組織診断は、ヘマトキシリン・エオジン染色により行った。AJCC TNM第6版に基づいて分類した患者の病期は、T1a〜T3cまでであった。
得られた細胞外小胞の精製度は、ウェスタンブロッティング法、免疫電子顕微鏡法、ナノ粒子トラッキング解析(図2)、及び質量分析(図3)によって解析した。ウェスタンブロッティング法は、得られたTe-EVsタンパク質各100ngを用いて常法により行った。一次抗体として、エクソソームマーカーである抗CD63モノクローナル抗体(8A12)、抗CD81モノクローナル抗体(12C4)、抗CD9モノクローナル抗体(12A12)(いずれもコスモバイオ社製)、二次抗体としてHRP標識ヤギ抗マウスIgG抗体(サンタクルーズバイオテクノロジー社製)を用い、ECL(ECL Prime western blotting detection reagent、GE Healthcare社製)によって検出した。
図2上パネルは、3人の患者から得たTe-EVsをウェスタンブロッティング法により解析した結果である。Nは非がん部(正常組織)、Tはがん部由来のTe-EVsを表す。がん部、非がん部を問わず、いずれの試料でもエクソソームマーカーであるCD63、CD81、CD9の発現が確認された。
免疫電子顕微鏡は、一次抗体として抗CD9モノクローナル抗体(12A12)、二次抗体として、20nm金コロイド標識抗マウス抗体(Abcam社製)を用い、Lasserらの方法(非特許文献6)に基本的に従って行った。具体的には、Te-EVs試料1μgをカーボン蒸着されたフォルムバール支持膜上で1時間静置した後、2%パラフォルムアルデヒドで固定し、一次抗体と反応させた。その後、二次抗体と反応させ、電子顕微鏡H−7650(株式会社日立ハイテクノロジーズ社製)を用いて観察した。正常組織、がん組織、いずれの組織由来のTe-EVs上でも、矢印で示したようにCD9に結合した金コロイドが観察された(図2中央パネル)。
電子顕微鏡により観察したところ、がん組織由来のTe-EVsの粒子径は、ばらつきが大きかった。そこで、各組織由来のTe-EVsの粒子径をナノ粒子トラッキングにより測定した。腎細胞がん組織は、がん細胞だけではなく、非がん細胞(免疫細胞、内皮細胞、マスト細胞)を含んでいることが知られている(非特許文献7〜10)。そのため、がん細胞由来のEVsだけではなく、正常細胞由来のEVsが分泌されていると考えられる。そこで、Te-EVsだけではなく、腎細胞がんから樹立された細胞株、786−O、ACHN、Caki-1細胞株から分泌された細胞外小胞も同様に単離、精製し、サイズ分布の解析を行った。
786−O、ACHN、Caki-1細胞株はいずれもAmerican Type Culture Collection(ATCC)から入手し、10%ウシ胎仔血清、100U/mL ペニシリンG、0.1μg/mL ストレプトマイシンを添加したRPMI培地(和光純薬工業株式会社製)中で培養した。細胞株からEVsを単離する場合には、5.0×10細胞を10cmの培養皿に播種し、48時間培養し、培養液に分泌されたEVsをTe-EVsと同様に超遠心法によって集め解析に用いた。
21の正常組織から得られたTe-EVs、28のがん組織から得られたTe-EVs、及び上記3つの腎細胞がん株から単離されたEVsを用いて粒子径の解析を行った。ナノ粒子トラッキング解析は、NTA 2.0解析ソフトウェアを搭載したNanoSight LM10(マルバーン社製)を用い、すべて同一の条件で解析した(図2下パネル)。腎細胞がん株から得られたEVsの平均粒子径の値は、がん組織由来のTe-EVsの粒径分布の範囲内であることから、がん組織由来のTe-EVsには、がん細胞から分泌されたEVsが含まれていることが示唆された。また、正常組織、がん組織由来のTe-EVsの平均粒子径は有意に異なっていることが明らかとなった(p<0.001)。腎細胞がん患者由来の組織では疾患組織、正常組織でTe-EVsの粒径分布に差が見られたことから、Te-EVsは疾患組織由来、正常組織由来でその粒径分布にも差が見られる可能性がある。
次に、20人の患者から得られたがん組織由来、及び対となる正常組織由来のTe-EVsを用い、質量分析によりエクソソームマーカーとして知られている、テトラスパニン分子を同定し、その発現量をLC/MSにより解析を行った(図3)。
単離したTe-EVsは、20mMジチオスレイトールによって、100℃、10分間還元した後、50mMヨードアセトアミドによって、周囲温度で45分間アルキル化を行った。その後、5μlの固定化されたトリプシン(immobilized trypsin、サーモフィッシャーサイエンティフィック社製)を用い、37℃で6時間、1000rpmで回転搖動させながら消化した。得られたペプチドは、酢酸エチル抽出後、Oasis HLB μ−elution plate(ウォ−ターズ社製)で脱塩し、質量分析を行った。質量分析は、UltiMate 3000 RSLC nano−flow HPLCシステムに直結したLTQ−Orbitrap−Velos質量分析計(いずれもサーモフィッシャーサイエンティフィック社製)を用いた。タンパク質の同定と定量はMaxQuantソフトウェアにより解析した。
得られたTe-EVsの性質を調べるために、テトラスパニン分子の発現量を比較した。15のテトラスパニン分子が検出され、いずれの組織由来のTe-EVsも精製度が高いものであることが示された。さらに、正常組織由来のTe-EVsと比較して、がん組織由来のTe-EVsにおいては、テトラスパニンファミリーのほとんどの分子の発現が減少していることが明らかとなった。
[実施例3]腎細胞がんにおける、がん組織、正常組織のTe-EVsの解析
20人の患者から得られたがん組織、及び対になるがん部周辺の正常組織由来のTe-EVsを用いて上記と同様にしてLC/MS解析を行った(図4)。合計で3871のタンパク質が同定され、そのうち160は正常組織由来のTe-EVs、253はがん組織由来のTe-EVsに特異的な発現であり、3458は両者に共通して発現していた(図4A)。
図4B〜Dは、これら遺伝子をDAVID遺伝子オントロジー解析にしたがって、細胞の構成要素(CC;Cellular components、図4B)、生物学的プロセス(BP;Biological process、図4C)、分子機能(MF;Molecular function、図4D)に分類し、夫々組織全体、正常組織、がん組織由来のTe-EVsに特徴的なタンパク質群を上位6つずつ示したものである。
遺伝子オントロジーエンリッチメント解析によれば、がん組織由来のTe-EVsでは、細胞の構成要素に分類されるタンパク質では膜タンパク質が(図4B)、生物学的プロセスでは代謝に関するタンパク質が(図4C)、分子機能ではヌクレオチド結合タンパク質の発現(図4D)の存在が特徴的であった。がん組織由来のTe-EVs、正常組織由来のTe-EVsに含まれるタンパク質に違いが見られることは、細胞外小胞に含まれるタンパク質が、がんに関連した種々の事象によっても調節されていることを意味しており、がんマーカーとして有用であることを示している。
同定された3871タンパク質のうち、腎細胞がん組織由来のTe-EVsに特異的な発現を示すタンパク質の解析を行った。同一患者の腎組織から得られたがん組織、正常組織由来のTe-EVsを一対として対応のあるt検定(paired t−test)により解析した。図5に、がん部、非がん部由来のTe-EVsで有意(p<0.05、fold change≧2.0、図5中、点線の両側)に発現に差が見られたタンパク質を示している。また、fold changeの大きいものを矢印で示している。Carbonic anhydrase 9(CA9)、Starch-binding domain-containing protein 1(STBD1)、Azurocidin(AZU1)、Catechol O-methyltransferase(COMT)、Glycogenin−1(GYG1)は、がん組織由来のTe−EVsでは正常組織由来のTe−EVsに比べ、顕著に含有量が増加していた。
腎細胞がん組織由来のTe-EVsでは、正常組織由来のTe-EVsに含まれるタンパク質と比較して、表1の106のタンパク質(表1−1、1−2)、あるいは表2の291(表2−1〜表2−5)のタンパク質が夫々有意に発現増加、又は発現減少していることが示された。
106の発現増加が見られるタンパク質のうち、アズロシジン(azurocidin、以下AZU1と記載する。)をはじめとする表3に記載するタンパク質は、正常組織由来のTe-EVsに含まれるタンパク質と発現量の差が大きく特徴的であることから、腎細胞がんのマーカーとしてより好ましく用いることができる。
特に、Carbonic anhydrase 9(カルボニックアンヒドラーゼ−9)、Catechol O−methyltransferase(カテコール−O−メチルトランスフェラーゼ)、Phosphoprotein associated with glycosphingolipid−enriched microdomains 1、Leukocyte−associated immunoglobulin−like receptor 1(白血球関連免疫グロブリン様レセプター1)、Transmembrane glycoprotein NMB、High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma、Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3、Tyrosine−protein phosphatase non−receptor type substrate 1、Receptor−type tyrosine−protein phosphatase C、Vimentin(ビメンチン)、Carbonic anhydrase 3(カルボニックアンヒドラーゼ3)は、腎がんで高発現しているとの報告があることから、特に有用なマーカーであると考えられる。さらにPhosphoprotein associated with glycosphingolipid-enriched microdomains 1、Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1は高発現することによりT細胞活性抑制やがん細胞による免疫回避に寄与していることから、創薬標的候補としても有望であると考えられる。これらのマーカーは単独で用いてもよいし、複数のマーカーを組み合わせて用いることにより、特異度、感度を高めることができる。さらに、既存のバイオマーカーと組み合わせて診断に用いてもよい。
また、ここではTe-EVsに含まれるタンパク質の解析結果を示したが、Te-EVsに含まれるどのような生体構成成分を解析してバイオマーカーとして用いてもよい。このような生体構成成分としては、核酸、脂質がある。
[実施例4]AZU1の解析
以下に、volcano plotの原点からの距離が最も離れているAZU1(p=2.85×10−3、fold−change=31.59、図5において矢印AZU1で示す。)について詳細な解析を行った結果を示すが、上記で示した他のタンパク質についても同様にマーカーとして用いることができることは言うまでもない。
図6Aは、20症例の腎細胞がん患者の正常組織、がん組織由来のTe−EVsにおけるAZU1の濃度を示している。質量分析によって解析を行った20症例の腎細胞がん患者すべてで、がん組織由来のTe-EVsでは、AZU1の発現増強が見られた。図6Bは、がんの進展別にAZU1の濃度を示したものであるが、腎細胞がんが進行するに伴って、Te-EVsに含まれるAZU1量は増加していた。病期T3の腎細胞がん(T3a、T3b)のがん部では、非がん部に比べて有意にAZU1の含有量が高かった。また、図6B中に拡大図を示すように、初期のがん(T1a〜T2a)であっても、正常組織由来のTe-EVsと比較して、AZU1含有量には差が見られた。
また、がんの進行に伴うAZU1の発現増加をウェスタンブロッティング法によって確認した(図6C)。各レーン500ngのEVsタンパク質を電気泳動により分離し、膜に転写後、抗AZU1モノクローナル抗体(Abcam社製)を一次抗体として用い、実施例2と同様にして検出を行った。T1aからT3bの4名の患者から得られたTe-EVsを解析した結果、いずれの試料においても、がん部(T)より得られたTe-EVsでは、非がん部(N)から得られたTe-EVsと比較して、顕著にAZU1の発現が増加していることが確認された。
がん由来の細胞外小胞は血清中でも検出されることが報告されている(非特許文献3〜5、11〜13)。そこで、血清サンプル中に含まれるEVsのAZU1量を定量的な質量分析によって測定した(図6D)。
血清試料中のEVsは、EVSecondカラム(ジーエルサイエンス株式会社製)を用いて精製した。健常者10例の血清に含まれるEVsからは全くAZU1が検出されなかったのに対し、腎細胞がん患者19例中10例でAZU1が検出された。腎細胞がん組織由来のTe-EVsのように、がんの進行に伴うAZU1含有量の増加は見られないものの、T1a〜T2bといった早期のがん患者血清中に含まれるEVsで検出される割合が高かった。この結果は、血清を用いてAZU1を検出する腎細胞がん検査が有効であることを示している。
腎細胞がん患者の血清中に存在する細胞外小胞でAZU1が検出されたことは、Te-EVsにおいて含有量に差が見られたタンパク質は血清中で検出可能であることを示す。したがって、この方法により探索したバイオマーカーは、血清を用いて検査を行うことができる疾患マーカーとして機能することを示している。
[実施例5]腎細胞がんにおけるAZU1の作用解析
AZU1の発現が腎細胞がん組織に特異的に検出されたことから、AZU1の生物学的作用の検討を行った。腎細胞がんでは、多くの血管新生が生じ、がん組織の微小環境を構築していることが知られている(非特許文献14〜17)。そこで、AZU1が血管内皮細胞の形態に及ぼす影響を検討した。
まず、免疫電子顕微鏡によって内在性のAZU1の局在を検討した。ウサギを免疫して得られた抗AZU1抗体(アブカム社製)、抗CD9モノクローナル抗体を一次抗体として用い、大きさの異なる金コロイド粒子によって標識した二次抗体を用いて同一患者の正常組織、がん組織から得られたTe−EVsでAZU1の局在を調べた(図7A)。
抗ウサギ抗体は40nmの金コロイド粒子で標識した抗体を、抗マウス抗体は20nmの金コロイド粒子で標識した抗体を用いている。したがって、図7Aで大きな粒子はAZU1の発現を、小さな粒子はCD9の発現を示している。CD9は正常組織、がん組織どちらから得られたTe−EVs表面でも発現が確認できるのに対し、AZU1はがん組織由来のTe−EVs表面にのみ発現が見られた。
腎細胞がん株におけるAZU1発現をウェスタンブロット法により確認した(図7B)。786−O、ACHN、Caki−1、Caki−2(ATCCより入手)細胞株から単離したEVs、及び細胞溶解物(Whole cell lysate)におけるAZU1の発現を検討した。いずれの細胞においてもAZU1の発現が確認されたが、786−O、Caki−1、Caki−2の3つの細胞株の培養液から単離されたEVs(cultured media EVs、以下CM−EVsと記載することもある。)においてはAZU1が検出されるものの、ACHN細胞株由来のCM−EVsではAZU1がほとんど検出されなかった。
次に、これら細胞株から得られたCM−EVsの血管内皮細胞の透過性を経内皮電気抵抗(transendothelial electrical resistance、TEER)によって解析した(図7C)。TEERはHUVEC細胞(Gibco社より入手。)を用いて測定した。4.0×10個のHUVEC細胞を細孔径0.4μmの24ウェルカルチャーインサート(サーモフィッシャーサイエンティフィック社製)に播種し4日間培養後、各細胞株から得たCM−EVsを10μg/mlの濃度で添加し、Millicell(登録商標)ERS−2電圧電流計(ミリポア社製)を用いてTEERを測定し、以下の式により各試料のTEERを算出した。
[式1]
(試料ウェルの電気抵抗(Ω)−空のウェルの電気抵抗(Ω))×培養面積(cm)=TEER(Ωcm
結果を図7Cに示す。経時的にTEERを測定した結果、CM−EVs添加24時間後には、HUVEC細胞シートのTEERの減少が見られた。特に、より多くのAZU1がEVs上に表出していたCaki−1及び786−O細胞から得られたCM−EVsを添加したものでは顕著にTEERの減少が確認された。
より多くのAZU1を表出しているEVsが透過性を高める作用があると考えられたことから、AZU1を強制発現させた系を用いて詳細な解析を行った。AZU1がCM−EVsにほとんど検出されなかったACHN細胞に、AZU1−FLAG(Addgene社製)を導入し強制発現させた。図7Dに示すように、AZU1−FLAGを強制発現させたACHN細胞株では、EVsにも多くのAZU1−FLAGが含まれていることが確認された。
さらに、EVs上にもAZU1−FLAGが表出していることを免疫電子顕微鏡により確認した。抗FLAGモノクローナル抗体(シグマアルドリッチ社製)を一次抗体として、金コロイド標識抗マウス抗体を用いてFLAGの検出を行った(図7E)。ベクターのみを導入した細胞から得られたCM−EVsにはFLAGが検出されないのに対し、AZU1−FLAGを導入した細胞から得られたCM−EVs上にはFLAGが検出された。以上の結果から、強制発現させたAZU1−FLAGも内在性のAZU1と同様にEVs上に表出していることが確認された。
この発現系を用いHUVECを用いて透過性を検討した(図7F)。AZU1を強制発現させた細胞から得られたCM−EVsは、ベクターのみを導入した細胞から得られたCM−EVsに比べて、顕著にTEERを減少させることが明らかとなった。したがって、AZU1には血管内皮細胞の形態を破壊する作用があることが示唆される。
次に、腎細胞がん患者から得られたTe−EVsでも同様の作用があるか検討を行った。様々な病期の6人の患者から得られた正常組織、がん組織由来のTe−EVsを用いて細胞の透過性を測定した。図8Aは、患者ごとに正常組織、がん組織由来のTe−EVs添加後のTEERの経時的な変化を示したものであり、図8Bは各測定値をまとめてプロットしたものである。がん組織由来のTe−EVsを添加することにより12時間後からTEERの顕著な減少が見られた。また、がんが進行している患者から得られたTe−EVsを添加することにより、より顕著なTEERの減少が示された。
正常組織、がん組織に由来するTe−EVsのTEERに対する効果の違いが、夫々の組織に由来するTe−EVsの細胞への取り込みに起因するか検討した。正常組織由来、がん組織由来のTe−EVsを夫々PKH−67、又はPKH−26(シグマアルドリッチ社製)で標識した後に混合し、HUVEC細胞の培養液に添加し、12時間後に顕微鏡観察を行った。図8Cは、2人の患者から得られたTe−EVsを用いた結果を示している。いずれの試料でも核の周囲に明るく見える正常組織由来のTe−EVs(蛍光顕微鏡下では緑色に染色されている。)も、暗い染色像として確認されるがん組織由来のTe−EVs(蛍光顕微鏡下では赤に染色されている。各2つずつ矢印で示している。)も同程度検出されている。したがって、Te−EVsの取り込み効率は、Te−EVsの由来する組織によって変化がないことが確認された。すなわち、がん組織由来のTe−EVsが引き起こすTEERの減少は、Te−EVsの取り込み効率の違いによるものではないことが示された。したがって、Te−EVs上に表出しているAZU1に代表されるタンパク質等によるものであると考えられる。
患者の血液中では、がん組織由来、正常組織由来のTe−EVsが混合された状態で循環している。混合した状態でTEERの減少が誘導されるか検討した。図8Dは3人の患者から得られた正常組織由来、がん組織由来のTe−EVsを混合し、HUVEC細胞の培養液に添加し、経時的にTEER測定を行った結果である。いずれの患者から得られたTe−EVsも、がん組織由来、正常組織由来のTe−EVsを混合して用いてもTEERの減少が観察された。この結果は実際の患者体内での現象を反映しているものと考えられ、AZU1により血行性の転移が誘導されるものと考えられる。
上記結果からAZU1は、腎細胞がんの発症や進展に密接に関与している疾患関連遺伝子であると考えられる。したがって、AZU1を標的として治療薬を創製することができる。このように、疾患特異的に発現しているタンパク質や核酸などの生体構成成分の機能を解析することによって、新たな治療薬の標的を見出すことができる。
[実施例6]患者血清を用いた解析
血清中のEVsで腎細胞がん患者に特徴的なタンパク質を検出することができれば、腎細胞がんの早期発見に有用なマーカーとすることができる。そこで、血清中に含まれるEVs中において、腎細胞がん患者と健常者とで差が見られるタンパク質を探索した。表4は、血清中のEVsにおいて、腎細胞がん患者では検出できるが、健常者では検出できなかったタンパク質のうち、表1及び表2に示すTe−EVsの解析結果により検出されたものを除いて記載している。
これらタンパク質は、腎細胞がん患者に特徴的ではあるものの、すべての腎細胞がん患者から検出されるわけではない。しかし、これらのマーカーを複数組み合わせることによって、血液試料を用いて腎細胞がんの患者を早期に検出することが可能となる。腎細胞がん患者のTe-EVsから得られた知見に加えて、腎細胞がん患者の血清中で特異的に検出されたこれらタンパク質は今まで有効なバイオマーカーのなかった腎細胞がんの新たなマーカーとなる。
本発明のバイオマーカーの探索方法により、細胞外小胞に含まれる組織特異的な疾患マーカーを得ることができる。細胞外小胞は体液に分泌されることから、非侵襲的、あるいは低侵襲的な疾患マーカーとして非常に有用である。この方法を用いれば、今まで有効なバイオマーカーのなかった疾患であっても、バイオマーカーを得ることができる。
さらに、ここで示した腎細胞がんマーカーは、これまで有効なバイオマーカーが存在しなかった腎細胞がんの新しいマーカーとして腎細胞がんの検査に用いることができる。また、AZU1は血管内皮細胞の形態を破壊する作用を有することから、がん細胞の転移に重要であることが示唆される。よって、AZU1を標的とした分子標的薬は抗がん転移作用が期待される。

Claims (10)

  1. 切除された疾患組織を浸漬液に浸漬し、
    浸漬液中の前記疾患組織から滲出した疾患組織由来の滲出成分を解析し、
    前記疾患組織由来のバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を同定することを特徴とする探索方法。
  2. 前記切除された疾患組織の周囲の正常組織を浸漬液に浸漬し、
    浸漬液中の前記正常組織から滲出した正常組織由来の滲出成分を解析し、
    前記正常組織由来バイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を同定し、
    前記疾患組織由来のバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子と前記正常組織由来のバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を比較検討し疾患特異的なバイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子を選択することを特徴とする請求項1記載の探索方法。
  3. 前記滲出成分が、
    細胞外小胞、タンパク質、核酸、脂質であることを特徴とする請求項1又は2記載の探索方法。
  4. 前記滲出成分が細胞外小胞であり、
    細胞外小胞に含まれる前記バイオマーカー及び/又は疾患関連遺伝子が、
    タンパク質、核酸、脂質であることを特徴とする請求項1〜3いずれか1項記載の探索方法。
  5. 前記疾患が、
    がん、神経変性疾患、多発性硬化症、糖尿病、肝疾患、自閉症、脳梗塞であることを特徴とする請求項1〜4いずれか1項記載の探索方法。
  6. 体液に含まれる細胞外小胞を分離し、
    前記細胞外小胞に含まれる表1、表2、表4に記載のバイオマーカーの少なくとも1つを検出し、
    所定値と比較することを特徴とする腎細胞がんの検査方法。
  7. 前記バイオマーカーが、
    AZU1、CA9、STBD1、COMT、GYG1であることを特徴とする請求項6記載の腎細胞がんの検査方法。
  8. 前記体液が血液又は尿であることを特徴とする
    請求項6又は7記載の腎細胞がんの検査方法。
  9. 表1、表2、表4に記載の腎細胞がんのバイオマーカー。
  10. AZU1、CA9、STBD1、COMT、GYG1を指標として、
    候補化合物を選択することを特徴とするAZU1、CA9、STBD1、COMT、GYG1を標的とする腎細胞がんの治療薬スクリーニング方法。
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Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3960758A4 (en) 2019-04-24 2023-02-15 Japanese Foundation For Cancer Research PROCEDURE FOR DETECTING CANCER AND DETECTION REAGENT
US20220145376A1 (en) * 2019-05-17 2022-05-12 Shimadzu Corporation Method for detecting extracelluar vesicles
US20220365089A1 (en) * 2019-10-24 2022-11-17 The Council Of The Queensland Institute Of Medical Research Cancer diagnostic
WO2021187173A1 (ja) * 2020-03-19 2021-09-23 公益財団法人がん研究会 消化管間質腫瘍を検出する方法および検出試薬
CN111471759B (zh) * 2020-05-08 2021-11-19 西安交通大学 一种孤独症血清神经元来源外泌体标志物ostc的应用
CN112471140A (zh) * 2020-12-22 2021-03-12 华中科技大学 一种细胞株冻存复苏的保护液及制备方法
CN114965800B (zh) * 2022-05-12 2024-02-20 山西医科大学 肾透明细胞癌生物标志物及其在早期筛查中的应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009086156A2 (en) * 2007-12-21 2009-07-09 Asuragen, Inc. Mir-10 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
JP2014519340A (ja) * 2011-06-16 2014-08-14 カリス ライフ サイエンシズ ルクセンブルク ホールディングス エス.アー.エール.エル. バイオマーカー組成物および方法

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB2463401B (en) * 2008-11-12 2014-01-29 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings S A R L Characterizing prostate disorders by analysis of microvesicles
EP3199542B1 (en) * 2010-09-17 2018-11-14 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology Lung cancer differential marker
AU2011312491B2 (en) * 2010-09-27 2015-06-04 Somalogic, Inc. Mesothelioma biomarkers and uses thereof
WO2012071516A2 (en) * 2010-11-23 2012-05-31 Kci Licensing, Inc. Devices and methods for the diagnosis and treatment of wounds using biomarkers
JP5872285B2 (ja) 2011-12-28 2016-03-01 株式会社島津製作所 腎がん血中マーカー
WO2015005965A1 (en) 2013-07-12 2015-01-15 United Parcel Service Of America, Inc. Calculating speed and travel times with travel delays
EP2955232B1 (en) * 2014-06-12 2017-08-23 Peer Bork Method for diagnosing adenomas and/or colorectal cancer (CRC) based on analyzing the gut microbiome
JP6638128B2 (ja) 2014-10-30 2020-01-29 公立大学法人福島県立医科大学 腎がんの悪性度の検査マーカー及び検査方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009086156A2 (en) * 2007-12-21 2009-07-09 Asuragen, Inc. Mir-10 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
JP2014519340A (ja) * 2011-06-16 2014-08-14 カリス ライフ サイエンシズ ルクセンブルク ホールディングス エス.アー.エール.エル. バイオマーカー組成物および方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
F. RAIMONDO ET AL.: "Differential protein profiling of renal cell carcinoma urinary exosomes", MOLECULAR BIOSYSTEMS, vol. 9, JPN6020013301, 2013, pages 1220 - 1233, ISSN: 0004248404 *
KENTARO JINGUSHI ET AL.: "Extracellular vesicles isolated from human renal cell carcinoma tissues disrupt vascular endothelial", INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER, vol. 142, no. 3, JPN6020013298, 14 October 2017 (2017-10-14), pages 607 - 617, XP071290097, ISSN: 0004248403, DOI: 10.1002/ijc.31080 *

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