JPS61240162A - 核酸の特異的ヨウ素化 - Google Patents

核酸の特異的ヨウ素化

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JPS61240162A
JPS61240162A JP61061053A JP6105386A JPS61240162A JP S61240162 A JPS61240162 A JP S61240162A JP 61061053 A JP61061053 A JP 61061053A JP 6105386 A JP6105386 A JP 6105386A JP S61240162 A JPS61240162 A JP S61240162A
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probe
residue
formula
iodinatable
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ナニブフシヤン・ダツタグプタ
ウイリアム・ノウルズ
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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6816Hybridisation assays characterised by the detection means
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/531Production of immunochemical test materials
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  • Heterocyclic Carbon Compounds Containing A Hetero Ring Having Oxygen Or Sulfur (AREA)
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 本発明は、容易に放射線標識することのできる新規な核
酸プローブに関する。
合成オリゴヌクレオチドは分子生物学において異なる目
的に広く使用されてきている。それらは特定の免疫原を
導入しかつ検出するために、特定の遺伝子を単離するた
めに使用されてきている〔ギラム(Gi l lam)
、S−、ジャナケ(Jahnake)、P、アステル(
Aatell)、C,、フィリー2ブス(Philli
p3)、S、ハチyソy(Hutchins。
n)、C,A、およびスミス(Smi t h)、M、
、“免疫原として合成オリゴデオキシリボヌクレオチド
を使用するDNAの特定の位置において定められたトラ
ンスバージョン突然変異(Defined  Tran
sversion  Mutations  At  
A  5pecific  Po5ition  In
  DNA  Using  5ynthetic  
Olfgodeoxyribonucleotides
  As  Mutagens)、  “g (N u
 c 1 e i c  A c ids  Res、
)、6.2973−2985 (1979);ギラム(
Gi l jam)、S、およびスミス(Smi t 
h)、M、“合成オリゴデオキシヌクレオチドのプライ
マーを使用する部位特異的突然変異誘発(Si te−
3peci f i cMutagenesis  U
sing  5ynthetic  Oligodeo
xynucle。
tide  Primers):1.最適条件および最
小オリゴデオキシヌクレオチド長さくOptimum 
 Conditions  And  Minimum
  Oligodeoxynucle。
tide  Length)”、且匡ユ(G e n旦
)、旦、81−97 (1979);ギラム(Gill
am)、S、およびスミス(Smith)、M、“合成
オリゴデオキシヌクレオチドのブライマーを使用する部
位特異的突然変異誘発(Site−5pecific 
 Mutangenesis  Using  Syn
theticoligodeoxynucleotid
e  Pr ime rs)  : II 、突然変異
体DNA(7)生体外選択(In  Vitro  5
electionOf  Mutant  DNA)、
”蔗広ユ(9」−且至)、旦、99−106 (197
9);ハチンソン(Hutchinson)、C,A、
、74リツプス(Phyllips)、S、、xドゲル
(Edge l l)、M、H,ギラム(Gillam
)、S、ジャナヶ(Janake)、P、およびスミス
(Smi t h)、M、、”DNA配列の特定の位置
における突然変異誘導(Mutagenesis  A
t  A  5pecific  P。
5ition  In  DNA  5equenc旦
旦3.6551−6560 (1978);サッグス(
Suggs)、S、V、、 ワレス(Wallace)
、R,B、、  ヒロセ(Hi r o se)、T、
、カワシマ(Kawashsima)、E、H,および
イタクラ(Itakura)、に、、“交雑プローブと
して合成オリゴヌクレオチドの使用:ヒトβ1−ミクロ
グロブリンについてクローニングしたcDNA配列の単
離(Use  Of  5ynthetic  Oli
gonucleotide  As  Hybridi
zation  Probes:l5olati。
n  Of  C1oned   cDNA  5eq
uences   For  Human  β1−m
icrogll−m1cro”、プロシーディンゲスO
±よ)見互A、11.6613−6617 (1981
);ラジン(Raz i n)、A、、ヒロセ()li
rose)、T、、イタクラ(I t akura)、
に、およびリッグス(Riggs)、A、D、“化学的
に合成されたDNAの使用による突然変異の効率よい補
正(EfficientCorr−ection  O
f  A  Mutation  By  Use  
Of  Chemically  5ynthesiz
ed  DNA)”、グ1 、Acad、Sci 、)
、USA、75,4268−4270 (1978);
 レイニス(Re y es)、A、A、、ジョンソン
(Jobns。
n)、M、J、、ショルド(Schold’)、M9、
イト−(I t o) 、 H,、イタ(Ike)、Y
、、モリ7(Marin)、c、%イタクラ(It、a
kura)、に、およびワレス(Wallace)、R
,B、、′分子クローニングによるH−2Kb−関連分
子の同定(Identification  of  
an  H−2Kb−Related  Mo1ecu
le   By  M。
1ecular  Cloning)”1M学(L匹見
見主土工!11±ユ至J)、14.383−392 (
1981)  :L、イエス(Re y es)、A、
A、、ショルド(Schold)。
M、、イタクラ(Itakura)、に、およびワレス
(Wal 1ace)、R,B、、“ネズミ移植抗原H
−2KbについてのcDNA核酸クローンの単fi(I
solation  Of  AcDNA   C1o
ne   For   The   Murine  
Transpalnation  Antigen  
H−2Kb)”、プロシーディンゲス上ユ)見旦A、L
旦、3270−3274 (1982):ワレス(Wa
 l 1 ace)、R,B 、、ジゴンソン(Joh
nson)、P、F、、タナ力(Tanaka)、S、
、シゴルド(S c h 。
ld)、M、、 イタクラ(Itakura)、K、お
よびアベルソン(Abelson)、J、、”酵母菌転
移RNA介在配列の有向欠失(Directed  D
eletion  OfA  Yeast  Tran
sfer  RNA  Intervening  5
equence)″。
サイエンス(Science)、209.1396−1
400 (1980);ワレス(Wallace)、R
,B、、ショルド(Scho l d) 。
M、、ジョンソン(Jphnson)、M。
J、、デンベク(Dembek)、P、およびイタクラ
(Itakura)、に、、′ヒトβ−グロビン遺伝子
のオリゴヌクレオチド有向突然変異誘発:クローニング
したDNAにおける特異的点突然変異を生成する一般的
方法(Oligonucleotide  Direc
ted  Mutagenesis  Of  The
  Human  β−Globin  Gene:A
  GeneralMethod  For  pro
ciuctngSpecific  Po1nt  M
utati。
n  In  C1oned  DNA)”、Ug(N
ucleic  Ac1ds  Res、)、9.36
47−3656 (1981);ワシリク(Wasy 
l yk)、B、、デルビシャイヤー(Derbysh
ire)、R,、グイ (Guy)、A、、モルフ(M
o 1 ko) 、 D 、、口ゲット(Roget)
、A、、テオウレ(Te。
ule)、R,およびチャンポン(Chamb。
n)、P、、′コナルブミン遺伝子の特異的生体外転写
はコナルブミン遺伝子の特異的生体外転写T−A−T−
Aボックス相同配列における単一点突然変異により著し
く減少する(Specific  In  Vitro
  Transcription  Of  Cona
lbumin  GeneIs  Drastical
ly  Decreased  By  Single
  Po1nt  Mutation  In  T−
A−T−A  Box  Homo Igy  5eq
uence)″、プロシー8(1981)。
オリゴヌクレオチドを使用する特異的突然変異部位の検
出は5診断の目的で使用されてきている。コンナー(C
onner)、B、J、、ベイニス(Beyes)、A
、A、、モリン(Marin)、C,、イタクラ(I 
t aku ra)、K、、テプリツ(TeplitZ
)、R,L、およびワレス(Wa 11 ace)、R
,B 、、“合成オリゴヌクレオチドとの交雑による鎌
型β5−グロビンアI/L/の検出(Detectio
n  Of  5ickle  β −Globin 
 A11ele  By  Hybridizatio
n  With  5ynthetic  O1igo
nuc見旦A、且、278−282 (1983)は、
特異的19−マーのオリゴヌクレオチドのプローブが鎌
型赤血球の患者と正常人とから抽出されたDNAを区別
できることを示した。すべてのこれらの方法は、オリゴ
ヌクレオチドをある検出可能な放射性同位元素で標識す
ることを必要とする。
交雑のレベルおよび血液の数mlの試料または組織の数
gの中に存在する遺伝子の量は非常に低いので、試験試
料に交雑したオリゴヌクレオチドの非放射性検出はまだ
実際的ではない、このような試料中の少量のDNAを検
出するために十分な感度をもつ放射能を利用する方法は
、多数の潜在的危険を発生させる。それらの問題を軽減
するために、迅速な効率よい標識法を使用しなくてはな
らない、この方法は、標識された物質を容易に精製する
ことができ、そして標識された物質が十分に安定であっ
て結果の評価に必須である分析手順を通じて利用される
ようなものであるべきである。
今日まで、オリゴヌクレオチドプローブの最も効率よい
標識法は、ポリヌクレオチドキナーゼを使用して放射性
リン同位元素を核酸の5′末端に導入することである。
この手順はある酵素の使用を含み、この酵素はある期間
にわたって再現性ある結果を与えるために十分には安定
ではない:また。それは半減期が非常に短いリンの同位
元素の使用に限定される。標識の目的で他の酵素を使用
することは同様な欠点を有する0例えば、末端デオキシ
ヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)を使用し
てオリゴヌクレオチドを標識する場合、ジデオキシヌク
レオシドトリホスフェートを使用しないと標識の程度を
調節することができない、標識後、標識物質の精製はま
た、この系中に酵素が存在する場合、多少の問題を発生
させるであろう。
この問題に対する1つのアプローチは、オリゴヌクレオ
チドまたは核酸プローブの末端をヌクレオシドホスフェ
ートまたはヌクレオシドの酸化的結合により、およびま
たポルトン−ハンター(Bolton−Hunter)
試薬との反応[ポル)7(Bolton)、A、E、お
よびハンターユ、529.(1973)]により、化学
的に標識することを含む、ポルトン−ハンター試薬との
反応は、効率よくかつ迅速であるが、出発物質が不安定
であるために1日常の基準で実施することが多少困難で
ある。標識オリゴヌクレオチドは加水分解したポルトン
−ハンター生成物から精製しなくてはならず、これはゲ
ル電気泳動を展開することによって実施することができ
る。この手順は時間を消費し、そして大量の組込まれな
い同位元素を取扱うことを必要とする。
ヨウ素原子のいくつかの放射性同位元素を使用して特定
の目的に核酸を標識することができる[:l7−7−7
*−ルド(Commerford)、S、L、、バイオ
ケミストリー(Biochemi st ry)、10
.1993 (1971)]、ヨウ素は半減期が異なる
同位元素を有するので、適当なヨウ素化試薬またはヨウ
素化可能な核酸は異なる目的に有用であろう、ヨウ素の
一塩化物を使用するヨウ素化は核酸が有機溶媒中に可溶
性であることを必要とし、そしてそれは有機溶媒中にお
いて核酸の大部分が分解しかつ溶解度が非常に低いので
困難である。N−ヨードスクシンイミドを使用するヨウ
素化は非常に低い収率で生成物を生成する。塩化タリウ
ム(m)の使用は核酸を多少分解させる。すべてのヨウ
素化法は核酸塩基をヨウ素化し、核酸プローブの交雑性
質に多少影響を及ぼす0本発明の方法は、特定の部位に
おけるヨウ素化法であり、そして核酸の交雑性質を変更
しない。
したがって1本発明の目的は、前述の欠点を回避する方
法で放射線標識される核酸プローブを提供することであ
る。
これらのおよび他の目的および利点は本発明に従い実現
され、そして本発明によれば、核酸をコールド(非放射
性)ヨウ素化可能な残基で核酸を予備標識することによ
り核酸をヨウ素化する方法が提供される。ヨウ素化すべ
き核酸プローブをまず化学的に修飾して触媒的または酵
素的にヨウ素化・可能な残基を与え、核酸塩基を無傷で
残す。
その上1本発明は、また、出発物質および他の前駆物質
から、有利には高圧下にカラムクロマトグラフィー装置
を使用して、後にヨウ素化された物質を分離する迅速な
効率よい方法を提供する0本発明の核酸プローブは、そ
のヨウ素化された形態において、核酸の交雑に、とくに
核酸交雑アッセイにおいて使用することができる。
ラクトペルオキシダーゼまたはクロラミンTを使用しで
ある種の芳香族残基(例えば、チロシン、ヒドロキシフ
ェニル残基)をヨウ素化することができる0本発明はこ
のような化学を使用する0本発明は2工程の反応である
。ヨウ素化すべき核酸プローブを、まず、触媒的にヨウ
素化して核酸を構造的にかつ機能的に無傷で残すことの
できる残基を与える試薬と反応させる。プローブは、ヨ
ウ素化を妨害しない基1例えば、l\口、OH,Nl2
.CN、アルキルなどで置換されていてもよい、ヨウ素
化可能な残基、例えば、アリール基、例えば、フェニル
、ナフチル、アントラシルなどへ共有結合した核酸1例
えば、オリゴヌクレオチド、断片からなる0本発明に好
ましいアリール基は、ヒドロキシフェニル基、インドー
ル基およびイミダゾール基を含む、核酸断片の7リール
基への結合は、−CON−基を介すことができる。
本発明によるプローブは、一般式 %式% 式中。
Rは11個まで、好ましくは3〜6個の炭素原子の脂肪
族炭化水素基であり、そして Xは置換されていないアリール基、例えば、フェニル、
ナフチル、アントラシルであるか、あるいはヨウ素化を
妨害しない基1例えば、/\口、OH,Nl2.CN、
アルキルなどで置換である。
Rは核酸の糖または複素環の部分の上に位置することが
できる。
その上、本発明の方法はヨウ素化された物質を出発物質
および他の前駆物質から分離する迅速な効率よい方法を
使用する0本発明は、また、このようなヨウ素化物質お
よびそれらの前駆物質を出発物質および他の反応成分か
ら分離する方法を包含する。この方法は、逆相分離のた
めの、疎水性結合相を有するクロマトグラフィー装置を
使用する。逆相カラム系で1分子をそれらの疎水性の性
質に主として基いて分離できることは知られている。核
酸プローブのその性質を利用するために。
標識物質を標識されない物質とそれらの疎水性の特性に
基づいて区別することができなくてはならない0本発明
は、誘導化オリゴヌクレオチドからおよびヨウ素標識さ
れた修飾オリゴヌクレオチドから、オリゴヌクレオチド
を分離する高圧液体クロマトグラフィー(HPLC)法
に関する0本発明は次の反応式により示される。
、         本発明は、第一アミン基および第
二アミン基をを有する核酸を。
式中、 Xは玉に定義した通りである、 と反応させることを含む。
この反応の一例を、アミン含有オリゴヌクレオチドを用
いて出発して下に記載する: ζ  ζ (ロ、 −項     2 1 ″      、 0=二J  − H−Hcy アミン含有ヌクレオチド残基は、5−アリルアミノdU
、または8−もしくは6−へキシルアミノdA、または
5−7リルアミノCまたはC1酸化的に結合したアミノ
含有A、G、T、C,Uであることができる。−NH2
とヨウ素化可能な残基との間の結合は、N−C,C−C
,C−5,S−S、−C−Oであることができる。−N
−C−以外の結合をつくるために、−NH2残基を既知
の試薬で適切に修飾しなくてはならない。例えば、RN
H2をm−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスク
シンイミドエステルと反応させると、チオエーテル−C
−S−C結合を形成する第3反応性基を与えられるであ
ろう。
触媒的にヨウ素化可能な分子を有する試薬、例えば、ス
ルホスクシンイミジルヒドロキシフェニルプロピオネー
トと反応性である第一アミン残基を有するような方法で
、核酸プローブを、まず。
修飾または調製する。ヒドロキシフェニル残基をオリゴ
ヌクレオチドへ共有結合させた後、ヒドロキシフェニル
残基を穏和な条件下にクロラミンT、またはラクトペル
オキシダーゼ、または同様な試薬の存在下にヨウ素化す
ることができる。
ヨウ素化可能な残基は、分子の残部(核酸部分)が性質
を変化させないような、特定の条件下に共有的にヨウ素
で修飾することができる基である。適当なヨウ素化可能
な基は、ヒドロキシアリール、好ましくはヒドロキシフ
ェニル。
のような基、トリプトフェン、ヒスチジン、メチオニン
、システィンおよびインドール、例えば。
シスチンからなる。すべてのこれらのヨウ素化可能な基
は、既知の反応により、核酸−アミンへ共有結合させる
ことができる。
特定的には、第一アミン残基をもつ核酸(例えば、アリ
ルアミノUまたはへキシルアミノA)は保護のアミノ酸
のN−ヒドロキシスクシンイミドエステルと反応するで
あろう、このようなトリシンエステルとの反応は、 を与え、トリプトファン(trp)との反応は。
をダーえ、ヒドロキシtrpとの反応は。
を与え、ヒスチジンとの反応は。
を午え、そして他の7ミ/fj#との反応は、他のヨウ
素化可能な残基を導入することができるであろう。
このようなヨウ素化試薬をオリゴヌクレオチドと反応さ
せた後、出発物質から生成物を精製して引続く反応のた
めに純粋な誘導化オリゴヌクレオチドを得なくてはなら
ない0次いで、ヒドロキシフェニル残基で標識された核
酸プローブを逆相系で精製し、次いでクロラミンTまた
は他の触媒の存在下にヨウ素化する。クロラミンTまた
は他の触媒の存在下でヨウ素化した後、主要な放射性不
純物はヨウ素である。ヨウ素化された核酸およびヨウ素
化されない核酸からヨウ素を除去するために、小型の逆
相カラムを使用することができる。
日常的には、このカラムはC−18相で被覆された幅広
いシリカ(3000オングストローム)[米国カリフォ
ルニア州すンタ・クララ所在のブラウンリー・ラボラト
リーズ・インコーホレーテッド(Brownlee  
Labs、Inc。
からアクアボアー(Aquapore)RP−3OOと
して入手可能Jから成る。カラムの大きさは内径3cm
X0.46cmであり、そして水溶液中で最小5ILg
のオリゴヌクレオチドを結合する吸収容量を有する。
主容量の125ヨウ化ナトリウムを除去した後、単一の
分析用カラムでアセトニトリル勾配を使用して、ヨウ素
化されたオリゴヌクレオチドをヨウ素化されないオリゴ
ヌクレオチドから分離することができる。ヨウ素化され
た物質がヨウ素化されない物質からいったん分離される
と、ヨウ素化物質を含有する分画中の実質的にすべての
オリゴヌクレオチドは少なくとも1種の同位元素で標識
されるであろう、ヨウ素化物質を物質の残部から分離し
た後、試料を未知の試料および既知の試料との交雑によ
り試験し、およびまた、ゲル電気泳動の展開により試験
する。全体の手順は通常ヨウ素化可能な残基との反応1
分離、ヨウ素化、および分離を含むが、全体の手順は数
時間以内で実施することができる。その上、すべての中
間生成物は安定であり、誘導化オリゴヌクレオチドの大
規模の生産および貯蔵を可能とし、それらのオリゴヌク
レオチドは必要な時はいつでも125Iで標識すること
ができる。この方法は全部または一部を自動化して時間
および材料を節約し、かつ適切な濃度条件および適切な
溶媒および緩衝液を選択することにより、生成物の純度
およびこの方法の有効性を改良することができる。こう
して、商業的に入手可能なりロラミンTを触媒として使
用し、これによりヨウ素化反応後に、唯一の不純物を簡
単なガード(g u a r d)カラムで非常に容易
に除去可能なヨウ化ナトリウムとすることができる。
本発明は、また、次の実施例より説明する。これらの実
施例において、特記しないかぎり、すべての部は重量部
である。実施例は特定のオリゴヌクレオチドを使用して
記載するが、同様な手順をリボオリゴヌクレオチド、デ
オキシリボオリゴヌクレオチド、DNA、またはRNA
のプローブについて適合させることができる。この反応
は二本鎖DNA、一本鎖DNA、前記RNA、−末鎖R
NA、またはRNA/DNA雑種または混合核酸プロー
ブを使用して、あるいは異なる酵素のための基質として
使用することができる。単一のジまたはモノヌルレオチ
ドまたはヌクレオシドホスフェートを使用して実施する
ことができる。すべての核酸試料、リボ、デオキシリボ
または混合オリゴまたはポリ−ヌクレオチドは第一アミ
ン含有するヌクレオチドトリホスフェート、酵素、例え
ば、TDTで修飾することができ、これは核酸含有第−
NH2残基を生成するであろう、順次に、これを芳香族
酸の活性化エステルと反応して、核酸りに7リール残基
を与えるであろう、アミン含有ヌクレオシドホスフェー
トは、また、同様に反応して核酸の修飾のためのヨウ素
化可能な残基含有酵素基質を生成するであろう、触媒と
して、固定化されたまたは可溶性クロラミンT、ラクト
ペルオキシダーゼなどを使用することができる。
実施例1 反応性アミン含有オリゴヌクレオチドの合成: ビリソン 反応式 5°末端において19A’へ付加すべき1の合
成。
lの合成は上の反応式で概略的に示されている。
5−クロロ水銀−2゛−デオキシウリジン(5)[D、
E、ベルゲストoム(Bergstrom)およびJ、
L、ルス(Ruth)。
977)の方法に従って調製した1をメタノール中で3
−トリフルオロアセトアミド−1−プロパy(7)[M
−パイラー(Pailer)およびW、J、ツブシ、(
Hubsch)、%ナトシュ66)]およびに、PdC
14で処理して、2回のクロマトグラフィーおよびメタ
ノールからの結晶化後22%の収率で、5−トリフルオ
ロアセトアミドアリル−2°−デオキシウリジン(8)
を得た。8を塩化4゜4°−ジメトキシトリチルをピリ
ジン中で反応させると、フラッシュクロマトグラフィー
後85%の収率で9が生成し[W。
C,スチル(St i l l) 、 M、カーy(K
ahn)、A、ミトラ(Mitra)、ジャーナ/lz
−オブ・オーガニック・ケミストリー(J、  Org
、  Chem、)、43.2923 (1978)]
、これを引続いてN、N−ジイソプロピルアミノメトキ
シクロロホスフィン[L、J、マクブライド(McBr
ide)およびM、H,カルサーズ(Caruther
s)、テトラヘドロン−L/ターズ(Tet、  Le
tters)、24.245 (1983)]  (1
0)で処理すると、lがペンタンから沈殿後白色固体と
して得られた。
19単位のオリゴヌクレオチドH19A’:3′−GA
−GGA−CTC−CTC−TTC−AGA−CG−5
’ をDNAシンセサイザー(synthesizer)を
使用して調製した;各オリゴヌクレオチドの1つの別々
のIILモルのバッチをつくり、各々を固体の支持体に
結合し、そしてジメトキシトリチル基で完全に保護した
。ジメトキシトリチル保護基を5゛−末端から除去し、
モしてlをDNAシンセサイザーを使用しないが、この
機械を典型的には使用するときと同一の試薬および条件
を用いて、前記19−i位の釦へ結合した。
この方法の生成物は、支持体から除去後、C−5“末端
に5°−(3−7ミノアリル)−5°−(4,4°−ジ
メトキシトリチル)−2°−デオキシ−ウリジン単位を
もつオリゴヌクレオチド、すなわち1次のものである: この生成物のポリヌクレオチドを最後に3%のトリクロ
ロ酢酸に短時間暴露して脱トリチル化し。
次いでポリアクリルアミドのゲル電気泳動により精製し
た。
ポルトンおよびハンター[A、E、ポルトン(Bolt
on)およびW、)l 、ハンター(Hunter)、
バイオケミカル・ジャーナル(Biochem、  J
、)、よ33.529 (1973)]試薬の類似体を
結合する方法は1次の通りである: 式中、Xは上に定義した通りである。
上の反応の特定の例は次の通りである:(J12 クロミラン1°の存在下のヨウ素化 式中、nは1〜4、好ましくは1〜2である、すなわち
、アミン官能化ポリヌクレオチド11を3−(4°−ヒ
ドロキシフェニル)プロピオン酸のN−ヒドロキシスク
シンイミドエステル(12)と反応させると、クロラミ
ンTの存在下にヨウ素化して化合物14を生成すること
のできるヒドロキシフェニル残基を含有するプローブの
ポリヌクレオチドを生成する。
ポリヌクレオチドHB19A’は19単位のポリヌクレ
オチドであり、このポリヌクレオチドはポリペプチドβ
ヘモグロビンの遺伝情報を指定するヒ)DNAの部分、
ことに鎌型赤血球のヘモグロビンの形成および鎌型赤血
球貧血として知られている遺伝疾患において出現する突
然変異が存在するDNAの区域に相当する。
赤外cIR)スペルトルは、特記しないかざ1    
     リ、CHCl3中の溶液として得た:ポリス
チレンフィルムの1602cm−帯を外部の目盛定め標
準として使用した。
プロトン磁気共鳴(l HNMR)スペクトルは、特記
しないかぎり、CDC13溶液中で得た。化学シフトは
、特記しないかぎり、内部標準のテトラメチルシランか
らダウンフィールド(downfield)においてp
pmで報告する。
炭素−13の磁気共鳴(’ 3 CNMR)スペクトル
は、特記しないかぎり、CDCl3溶液中で得た。炭素
のシフトは、特記しないかぎり、内部標準のテトラメチ
ルシランからダウンフィールドにおいてppmで報告す
る。
リン−13の磁気共鳴(31PNMR)スペクトルは、
特記しないかぎり、CDCl3溶液中で得た。リンのシ
フトは、特記しないかぎり、内部の水性15%のH3p
oa標準からダウンフィールドにおいてppmで報告す
る。
薄層クロマトグラフィー(TLC)は、E、メルク(M
erck)からのシリカゲル60F−254板を使用し
て実施した。カラムクロマトグラフィーはE、メルク(
Merck)のシリカゲル60(70〜230メツシユ
)を使用して実施した。
HPLC(高性能液体クロマトグラフィー)等級のメタ
ノール(120mり中の5−クロロ水銀−2′−デオキ
シウリジン(5)[ベルゲストロム(Bergstro
m)およびルス(Ruth)、5upra]  (5,
56g;12ミリモル)の懸濁液を、不活性ガス雰囲気
中で周囲温度に維持し、3−トリフルオロアセトアミド
−1−プロパ7(7)(パイラー(Pailer)およ
びツブシ、(Hubsch)、5upral(7,33
g;48ミリモル;4当量)およびに2 PdCIa 
 (4,28g;1.1当量)で処理した。この反応混
合物は徐々に黒色となり、そして22時間攪拌した。こ
の混合物をH2Sガスで数分間処理し1次いでセライト
(Celite)で濾過し、メタノールで洗浄し、そし
て80℃の浴から減圧蒸発乾固すると、粗製の半固体の
残留物(7、0g)が得られた。この残留物をシリカゲ
ルのカラムのクロマトグラフィーにかけ。
CH2C12:MeOH(5: 1) で展開した。
変性p−アニスアルデヒド試薬で青色に着色し〔エゴン
拳スタールCEgon  5tahl)。
プリンガーーフェルロク、ニューヨーク、857(19
69)]かつRf=0.51 (CH3CN:MeOH
3:1)を有する集め、そして真空蒸発乾固すると、無
色の泡が得られた。この生成物を最小量のメタノールか
ら結晶化し、濾過し、冷CHC13:MeOH(3: 
1) で洗浄し、そして真空乾燥した。母液を第2収穫
について処理すると、合計の収量は1.01g(22%
)であった* M e OHから再結晶化すると1表題
化合物(8)が分析的に純粋な小さい白色針状結晶とし
て得られた。64℃で一夜真空(<1.0)ル)乾燥後
、融点=183−184℃、IR(KBr)am−’ 
 3420.3260、1718゜1683(br) 
 、 1560、1478. 1283、1190、1
102. 1061. 980. 788.763.l
HNMR(DMSO−d6)(参照DMSO−d6)8
2.13 (dd、J=6Hz、2H)、3.59  
(br   s、2H)、3.70−3.97(m、3
H)、4−25(br   s、IH)、5.06(b
r  m、  lH)、5.20  (br  m、I
H)、6.05−6.65  (ms、4H)、8.0
1  Cs、IH)、9゜60  (br  s、IH
);” CNMR(DMSo−d6)(参照DMSO−
d)ppm162.05. 155.29、149.5
0. 138.05、124.33. 124.14、
109.96、87.53. 84.47. 70.2
3.61.12,39.93;  [α] D=十a 
01”  (cm0.87、MeOH)。
分析: CIa H+ s N30s F3計算値: 
 C,44,33;H,4,25;N。
11.08 実測値: C144,19;H14,10,N。
10.93 無水ピリジン(8ml)中の8(0,60g。
1.58ミリモル)の溶液を不活性ガス雰囲気中のもと
に維持し、そして周囲温度において塩化4.4′−ジメ
チキシトリチル(0,67g。
1.25当量)で処理した。18時間攪拌した後1反応
混合物を氷水(70ml)中に激しく振盪しながら注ぎ
入れる。173時間0℃で放置した後、ゴム状固体が分
離し、はぼ透明の溶液が得られ、これをデカンテーショ
ンした。固体をH2O(5ml)で1回洗浄し、次いで
CH2CH2C12(10中に取り、ブライン(5ml
)で−回洗浄し1次いでCH2Cl2溶液をに2CO3
で乾燥し、濾過し、そして真空蒸発乾固すると、褐色の
泡が得られた。この粗生成物をシリカゲル[メルク(M
e r c k) 、等級60,230−400メツシ
ユ、60A]  (75g)のカラムのフラッシュクロ
マトグラフィー[スチル(Still)ら、5upra
lにかけ、CHCl3中の4.0%c7)MeOH(1
、OL) で展開した。ピリジン(10,1)を含有す
る管の中に各々約20 m lの分画を集めて5′−ヒ
ドロキシルの脱プロトン化を抑制した。主要生成物の帯
(Rf=0.29;MeOH:CHCl3 7.93)
を含有する分画を合わせ、!過し、そして真空蒸発乾固
すると、9(0,91g;85%)がわずかに黄色がか
った泡として得られた。溶離帯の中心からの分画から溶
媒を除去し、Et oAc中に取り、ノリト(No r
i t)211で処理し、セライトで濾過し、64℃で
高真空(く1.Oトル)のもとに−夜蒸発乾固すると1
分析用試料が無色の泡として得られた。融点=105−
110(分解)、IR(CHCl3)cm−’ 337
0.2920、1715、1695. 1618、15
15、1470. 1260、1182、1045.8
42 ; H’  NMR(CDC13)  δ2.3
8(br  m、2H)、2.25−3.75  (m
、5H)、3.75  (s、6H)、4.10  (
brm、IH)、4.60  (br   s、  L
H)。
5.39  (d、J=16  Hz、IH)、6.1
0−6.55(m、2H)、6.70−6.95(m、
5B)、7.15−7.45  (m、  10H)、
7.84(s、  IH);”CNMR(CDC13)
(参照CDC13) p pml 62.31.158
 .74、157.70. 156.01、149.7
0、144.04. 137.88、135.65、1
35.52、130.12、128.11. 127.
26、125.05、113.48、111.33、8
6゜94.96.68.85.25.72.18.63
.60. 55.34、42.66、41.4匁逝: 
C3s H3a N30B F3計算値:  C,61
,67、H2S、03:N、6.16 実測値: C161,47,H2S、19.N。
5.95 」1Σ 無水CH2C12(1,5m1)中の9(0゜34g:
0.5ミリモル)の溶液を、アルゴン雰囲気のもとに周
囲温度に維持し、まず、無水ジイソプロピルエチルアミ
ン(0,35m1:0.259g:2ミリモル;4当量
)で処理し、次いでイ         N、N−ジイ
ソプロピルアミノメトキシ−クロロホスフィン[マクブ
ライド(McB r i d e)ら、王且エエ1参照
]  (10)(0,19m1;約0.2g;12当i
)で1分かけて滴々処理した。を澄みの無色溶液を20
分間纜押し1次いでEtOAc (20ml)(EtO
Acは前もって飽和水性NaHCO3で洗浄し1次いで
ブラインで洗浄しである)で分液漏斗に移し、次いでブ
ライン(各回35m1)で4回洗浄し、Na2SO4で
乾燥し、濾過し、そして真空蒸発乾固すると、無色のガ
ラズ状材料(o 、 51 g)が得られた。この粗生
成物を無水ベンゼン(2ml)中に取り、そして急速に
攪拌したペンタン(60ml)中に一78℃においてア
ルゴン雰囲気のもとで沈殿させた。得られる懸濁液を濾
過し、−78℃のペンタンで洗浄し、そして<1)ルに
おいてKO)Iで一夜真空乾燥すると、表題化合物(1
)(0,38g:93%)が白色粉末として得られた。
IR(CHCIs)cm−’ 2965.1722.1
698.1618% 1518.1470.1282.
1185.1045.98g、842 ; ’ HNM
R)  (CD2 Cl 2 )δ0.95−1.30
(m、 12H)、2.20−2.60(m、2H)、
3.24および3.37(dd、J =13Hz、3H
)  (P−0−CHs)、3.20−3.80(m、
6H)、4.17(br  m、  IH)、4.68
(v   br  m、  IH)、5.42  (d
、J=16Hz、IH)、6.15−6.55(m、3
H)、6.75−6.95(m、 4H)、  7.2
0−7.50(m、l0H17,79(s、LH);”
 CNMR(CD2 C12)(参照CD、C12)C
12)pp、40. 159.21. 157.78、
149.78. 149.78. 144.71、13
8.34、136.00. 130.53、 128.
71. 128.45. 127.54% 125.6
6、125.27、113.82、111.48.87
.23.86.31.85.60.55.75. 43
.78.43.20.42.94.24.99.24.
60:”P  NMR(CD2  C12)P Pml
 49.30.148.87.14.11 (約12%
の純度)、8.18(約4%の純度)。
1のオリゴヌクレオチドへの結合 対照の穴ガラス(control  poreglas
s)の固体の支持体上で7プライド・バイオーシステム
ス(Applied  Blo−5yst ems)3
80AJJDNAシンセサイザーを使用して、19一単
位のオリゴヌクレオチドを合成した。lをオリゴマーの
5°末端へ結合する直前に、5’−0−(4,4°−ジ
メトキシトリチル)保護基を前記機械によりCH2Cl
2中の3%のCC13COzHで90秒間切離した。支
持体に結合した5°−脱保護したオリゴマーをCH2C
lで洗浄し、そしてアルゴンの流れで乾燥した。引続く
工程は1機械を使用しないが、同一の化学を用いて実施
した; l、 支持体に結合したオリゴマーを自動化合成に使用
した容器(カラム)から取り出し、そしてアルゴン雰囲
気のもとで乾燥した隔膜のキャップのバイアルに移し た。
2、 結合したオリゴマーを20〜30倍過剰の無水C
H3CN中の0.5モルのIH−テトラゾールで処理し
、次いで直ちに同様な過剰量のCH3CNで処理した。
それをおだやかに攪拌しながら30分間インキュベーシ
ョンした。
3、 試薬をピペットで取り、そして結合したオリゴマ
ーを3つの部分のCH3CNで洗浄した。
4、 結合したオリゴマーを含有する固体支持体を過剰
のI2−H2O−ルチジン−THF (0、1モル:l
:lO:40)で処理し、そして15分間攪拌した。
5、  試薬をピペットで取り、そして結合したマ  
           オリゴマーを4つの部分のCH
3CNで洗浄した。
6、 結合したオリ3マーを含有する固体支持体を過剰
のトリフエノール−トリエチルアミン−ジオキサンで6
0分間洗浄し た。
7、 試薬をピペットで取り、そして結合したオリゴマ
ーを4つの部分のM e OHで洗浄した。
8、 結合したオリゴマーを含有する固体支持体を製水
性NH40Hで2時間周囲温度で処理した(これは保護
されたオリゴヌクレオチドを支持体から取り出す)。
9、 すべての保護基を除去するために、オリゴヌクレ
オチドを製水性NH40Hで処理し、そして50℃で一
夜加熱した(これはジメトキシトリチル以外のすべての
保護基を除去する)。
10、  支持体を濾過し、モして濾液を蒸発乾固して
粗製のオリゴヌクレオチドを得た。
上の10工程を支持体結合したオリゴヌクレオチドのす
べてのバッチについて反復した。シリカゲルのTLC板
上の各々の一部をCH2Cl、中の3%のCC13Go
t Hで処理すると、ジメトキシトリチルの陽イオンの
オレンジ−赤色が生成し、これにより1のオリゴヌクレ
オチド中への組込みが成功したことを示された。
修飾されたHB 19A ’オリゴヌクレオチドの1つ
のバッチをCH2C12中の3%のCC13co2Hで
脱トリチル化し、次いでポリアクリルアミドの電気泳動
により精製した。
実施例2 応 実施例1の19A゛アミンの2jLgを、20ルlのI
Oミリモルのホウ酸塩緩衝液、pH8、16の中に溶解
した。これに、ピアース(Pierce)から購入した
スルホスクシニミル3−(4−ヒドロキシフェニル)−
プロピオネート(SHPP)の新しく調製した溶液の5
.1を添加した。5HPPの濃度は水中5mg/mlで
あった0反応を室温で30分間進行させ、次いでそれを
フリーザー内に保持し1次いでPHLCの分離を実施し
た。この反応後1反応の程度を慣用法により20%のポ
リアクリルアミドゲルの展開により監視した。
X電値1 シンクロパック(Synchropack)RPP4.
LXlocm [ジンクロム(S y n c hro
m);リンデン、インジアナ]カラムへ結合したブラウ
ンリー(Brown l ee)RP300ガードカラ
ムを使用して、周囲温度において、1モルの酢酸トリエ
チルアンモニウムpH7から0.1モルの酢酸トリエチ
ルアンモニウムpH7の勾配を用いてHPLC分離を実
施し、50%のア七ト二トリルで試料に依存して10〜
120分かけて展開した。検出器を254nmに設定し
、そして全目盛は0.15の吸収単位であった0M導化
オリゴヌクレオチド生成物の位置を決定するため、ブラ
ンクの展開をオリゴヌクレオチドを含有しない反応混合
物で実施した。新しいピークはオリゴヌクレオチドの添
加後に現われ、そして反応生成物に相当した。生成物を
分離し、分画コレルター中に集めた後、生成物をゲル電
気泳動により分析し、そして次の展開から、適切なピー
クの分析決定は不必要に思われた。カラムからの生成物
の収率および回収率は80〜90%であった。
5HPP標識オリゴヌクレオチドを含有するHPCL分
画を減圧蒸発させ1次いで5u、1の水中に再溶解した
。2jLgの5HPP標識オリゴヌク1       
  レオチドを含有する5IL1の水溶液をリン酸基緩
衝液pH’llで50μlに希釈した。この緩衝液は1
00ミリモルのリン酸水素二ナトリウムおよび50ミリ
モルのリン酸二水素ナトリウムを含有した0次いで、1
μIの0.1規定の11!酸をこのssgtの溶液に添
加し1次いでIIL+の1251にュー・イングランド
争ニュークリアー(New  England  N 
u c l e ar)1.4マイクロキユーリーおよ
びlヨードビード(Iodobead)(固定化クロラ
ミンT)[ビアー7、(Pi e rce)]を添加し
た。
この反応氷水中で15分間続けた0反応をヨードビード
の除去により停止し、そしてこの溶液を逆相クロマトグ
ラフィーシステムの上に注入した。
オリゴヌクレオチドおよびヨウ素化試薬を含有する混合
物を酢酸トリエチルアンモニウム緩衝液で希釈し、次い
でそれらをガードカラム(実施例3)上に装入した。ま
ず、カラムを0.1モルの酢酸トリエチルアンモニウム
で洗浄してヨウ化ナトリウムおよび逆相カラム上に吸収
されない他の成分を除去した。最初の大きい放射性ピー
ク(これはオリゴヌクレオチドを含有しない)が溶離さ
れた後、ガードカラムを分析用カラム(シンクロパック
RP−P)と直列に配置し、そして0.1モルの酢酸ト
リエチルアンモニウム中の0〜50%のアセトニトリル
の勾配をこの系を通して流した。典型的な展開において
、ヨウ素化されない材料はヨウ素化S HP prim
オリゴヌクレオチドの前に溶離された。ピークを集め、
それらを再びゲル電気泳動で分析した。クロマトグラフ
ィーの性質が確立された後、この分析は不必要であった
この実施例のために選択した特異的オリゴヌクレオチド
断片は、鎌型赤血球貧血の検出に有用であった。このオ
リゴヌクレオチドの特定の配列5°−0本−GCA  
GACTTCTCCTCA  GGA  G−3°(U
本=57リルアミノU)は正常の血液から抽出されるD
NAと交雑し、これに対して厳格な条件下では、それは
鎌型赤血球貧血の病気をもつ人の血液から抽出されるD
NAと交雑しないであろう、血液試料からのDNAの抽
出および制限酵素を使用する消化および交雑法の他の処
理は、コンナー(Co n n er)、B、J、ら、
5upraの論文に0本をもたなない同様なオリゴヌク
レオチドに関連して詳述されている。
本発明によりヨウ素化された物質は、鎌型赤血球貧血の
検出に使用できる。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、ヨウ素化可能な残基へ共有結合した核酸断片からな
    るプローブ。 2、前記ヨウ素化可能な残基はヒドロキシフェニル基、
    インドール基またはイミダゾール基である特許請求の範
    囲第1項記載のプローブ。 3、前記結合は−CON−基を含む特許請求の範囲第1
    または2項記載のプローブ。 4、式 核酸−R−NH−CO−X 式中、Rは11個までの炭素原子の脂肪族炭化水素基で
    あり、そしてXはヨウ素化可能な残基である、 をもつ特許請求の範囲第1〜3項のいずれかに記載のプ
    ローブ。 5、Xは ▲数式、化学式、表等があります▼ である特許請求の範囲第4項記載のプローブ。 6、Rは3〜6個の炭素原子を有する特許請求の範囲第
    4項記載のプローブ。 7、Rは核酸の糖または核酸の複素環の部分へ結合して
    いる特許請求の範囲第4項記載のプローブ。 8、式 ▲数式、化学式、表等があります▼ 式中、Xはヨウ素化可能な残基であり、Rは11個まで
    の炭素原子の脂肪族炭化水素基であり、そしてn=1〜
    4である、 のヨウ素化プローブを製造するにあたり、式 核酸−R−NH−CO−X をヨウ素化剤と反応させることを特徴とする方法。 9、反応の塊をクロマトグラフィーのカラムに通過させ
    、そしてヨウ素化プローブからなる実質的に純粋な分画
    を分離することを特徴とする特許請求の範囲第8項記載
    の方法により製造されたヨウ素化プローブを分離する方
    法。 10、核酸の交雑における、式 ▲数式、化学式、表等があります▼ 式中、Xはヨウ素化可能な残基であり、Rは11個まで
    の炭素原子の脂肪族炭化水素基であり、そしてn=1〜
    4である、 のヨウ素化プローブの使用。
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