JPH06225800A - Oligonucleotide for detecting human alpha herpes virus, method for detecting human alpha herpes virus and reagent kit for detection - Google Patents

Oligonucleotide for detecting human alpha herpes virus, method for detecting human alpha herpes virus and reagent kit for detection

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Publication number
JPH06225800A
JPH06225800A JP1482593A JP1482593A JPH06225800A JP H06225800 A JPH06225800 A JP H06225800A JP 1482593 A JP1482593 A JP 1482593A JP 1482593 A JP1482593 A JP 1482593A JP H06225800 A JPH06225800 A JP H06225800A
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JP
Japan
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human
herpesvirus
nucleic acid
sequence
oligonucleotide
Prior art date
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Pending
Application number
JP1482593A
Other languages
Japanese (ja)
Inventor
Koichi Yamanishi
弘一 山西
Toshiya Aono
利哉 青野
Yutaka Takarada
裕 宝田
Motohiro Kondo
元宏 近藤
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Toyobo Co Ltd
Original Assignee
Toyobo Co Ltd
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Publication date
Application filed by Toyobo Co Ltd filed Critical Toyobo Co Ltd
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Publication of JPH06225800A publication Critical patent/JPH06225800A/en
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Abstract

PURPOSE:To simply, rapidly and specifically obtain oligonucleotides capable of detecting human alpha herpes virus in high sensitivity. CONSTITUTION:The oligonucleotides for in common detecting human alpha herpes viruses, having nucleic acid sequences shown in specific sequence tables and sequence numbers or their complementary sequences, the method for detecting human alpha herpes viruseses using these oligonucleotides as labeled probes or nucleic acid primers and the reagent kit for detection.

Description

【発明の詳細な説明】Detailed Description of the Invention

【0001】[0001]

【産業上の利用分野】本発明はヒトαヘルペスウイルス
を簡便かつ迅速に検出するオリゴヌクレオチド、これを
用いたヒトαヘルペスウイルスの検出方法および検出用
試薬キットに関する。
BACKGROUND OF THE INVENTION 1. Field of the Invention The present invention relates to an oligonucleotide for conveniently and rapidly detecting human α-herpesvirus, a method for detecting human α-herpesvirus and a reagent kit for the detection.

【0002】[0002]

【従来の技術】ヒトαヘルペス感染症においては、近年
有効な抗ウイルス剤が開発されてきたため、微量の患者
材料からの早期診断の重要性が高まっている。ヒトαヘ
ルペスウイルスには単純疱疹ウイルス1型(HSV−
1)、同2型(HSV−2)、及び、水痘−帯状疱疹ウ
イルス(VZV)の3種が知られており、これらのウイ
ルスの引き起こす疾患の症状は、そのウイルスに特徴的
なものもあるが、中には原因ウイルスを容易には判断で
きない症状もある。また、これらのウイルスは初感染
後、潜伏感染をすることが知られており、免疫力の低下
時に再発を起こす。この場合にも症状のみから原因ウイ
ルスを特定することは困難である。従来のヒトαヘルペ
スの診断には、細胞培養による原因ウイルスの分離が最
も確実とされていたが、この方法では、培養・同定まで
数日から、数週間要する。一方、迅速な診断方法とし
て、免疫反応を利用した診断方法もあるが、感度の面に
おいて十分ではなく、かつ、ヘルペスウイルス科に属す
るウイルスの特徴である、初感染後の潜伏感染について
は十分な情報を得ることができない。近年、DNA診断
法による検出も試みられているが、それぞれのウイルス
に特異的なものが大部分であり、全てのヒトαヘルペス
ウイルスを同時に検査するには、それぞれのキットを用
意して別々に調べる必要があり、試料もそれだけ余分に
必要となる。HSV−1とHSV−2を共通のプライマ
ーで増幅し、それぞれに特異的なプローブで検出する方
法も発表されているが(Piiparinen and
Vaheri, Virology,119:27
5,1991)、全てのヒトαヘルペスウイルスを共通
して増幅後、プローブで測り分ける系はこれまで知られ
ていない。
2. Description of the Related Art With respect to human α-herpes infection, since effective antiviral agents have been developed in recent years, the importance of early diagnosis from a small amount of patient material is increasing. Human α-herpesvirus includes herpes simplex virus type 1 (HSV-
1), the same type 2 (HSV-2), and varicella-zoster virus (VZV) are known, and the symptoms of diseases caused by these viruses may be characteristic of the virus. However, there are some symptoms in which the causative virus cannot be easily determined. In addition, these viruses are known to be latently infected after the initial infection, and cause recurrence when the immunity is lowered. Also in this case, it is difficult to identify the causative virus only from the symptoms. In the conventional diagnosis of human α-herpes, isolation of the causative virus by cell culture has been the most reliable, but with this method, it takes several days to several weeks to culture and identify. On the other hand, as a rapid diagnostic method, there is also a diagnostic method utilizing an immune reaction, but it is not sufficient in terms of sensitivity and is a characteristic of viruses belonging to the herpesviridae. Can't get In recent years, detection by a DNA diagnostic method has been attempted, but most of them are specific to each virus. To test all human α-herpesviruses at the same time, prepare respective kits and separately. It needs to be investigated and extra samples are required. A method of amplifying HSV-1 and HSV-2 with a common primer and detecting each with a specific probe has also been announced (Piiparinen and
Vaheri, Virology, 119: 27.
5, 1991), a system in which all human α-herpesviruses are commonly amplified and then measured by a probe has not been known so far.

【0003】[0003]

【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は、簡
便、迅速、特異的且つ高感度にヒトαヘルペスウイルス
を検出可能なヒトαヘルペス共通検出用オリゴヌクレオ
チドおよびヒトαヘルペス特異検出用オリゴヌクレオチ
ドを提供することである。
SUMMARY OF THE INVENTION An object of the present invention is to provide a human α-herpes common detection oligonucleotide and a human α-herpes-specific detection oligonucleotide which can detect human α-herpesvirus simply, rapidly, specifically and with high sensitivity. Is to provide.

【0004】[0004]

【課題を解決するための手段】本発明者らはヒトαヘル
ペスウイルスの遺伝子に関する種々の検討を重ねた結
果、DNAポリメラーゼ遺伝子の配列に注目し、その類
似性と特異性から、簡便、迅速、特異的かつ高感度にヒ
トαヘルペスウイルスを検出できる配列を有するオリゴ
ヌクレオチドを得、それを用いた検出方法を確立し、本
発明を完成させるに至った。
[Means for Solving the Problems] As a result of various studies on the human α-herpesvirus gene, the present inventors have focused on the sequence of the DNA polymerase gene, and because of its similarity and specificity, simple, rapid, The present invention has been completed by obtaining an oligonucleotide having a sequence capable of specifically and highly sensitively detecting human α-herpesvirus, establishing a detection method using it.

【0005】すなわち本発明は、全ヒトαヘルペスウイ
ルスに対して高い相同性を有するヒトαヘルペスウイル
ス共通検出用オリゴヌクレオチドである。具体的には配
列表・配列番号1〜4に示す核酸配列を有するか、また
はそれらの相補的配列を有することを特徴とするヒトα
ヘルペス共通検出用オリゴヌクレオチドである。
That is, the present invention is an oligonucleotide for common detection of human α-herpesvirus, which has high homology to all human α-herpesviruses. Specifically, human α characterized by having the nucleic acid sequences shown in Sequence Listing or SEQ ID NOS: 1 to 4 or having complementary sequences thereof.
It is an oligonucleotide for herpes common detection.

【0006】また本発明は、ヒトαヘルペスウイルスの
いずれか一つに特異的であるヒトαヘルペスウイルス特
異検出用オリゴヌクレオチドである。具体的には、配列
表・配列番号5〜13に示す核酸配列を有するか、また
はそれらの相補的配列を有することを特徴とするヒトα
ヘルペス特異検出用オリゴヌクレオチドである。
Further, the present invention is an oligonucleotide for human α-herpesvirus-specific detection which is specific to any one of human α-herpesviruses. Specifically, human α having the nucleic acid sequences shown in Sequence Listing / SEQ ID NOS: 5 to 13 or having complementary sequences thereof
It is an oligonucleotide for detecting herpes specificity.

【0007】さらに本発明は配列表・配列番号1〜4に
示す核酸配列を有するか、またはそれらの相補的配列を
有するヒトαヘルペスウイルス共通検出用オリゴヌレオ
チドをそのまま核酸プライマーとするか、または標識化
して得られた標識核酸プライマーを試料中のDNAまた
はRNAと交雑させ、プライマー伸長させ、得られたプ
ライマー伸長物を測定することを特徴とする試料中のヒ
トαヘルペスウイルスの検出法である。
Furthermore, the present invention uses the oligonucleotides for common detection of human α-herpesvirus having the nucleic acid sequences shown in the sequence listing / SEQ ID NOS: 1 to 4 or having complementary sequences thereof as a nucleic acid primer or labeled. A method for detecting human α-herpesvirus in a sample, which comprises hybridizing the obtained labeled nucleic acid primer with DNA or RNA in the sample, extending the primer, and measuring the obtained primer extension product.

【0008】また本発明は配列表・配列番号5〜13に
示す核酸配列を有するか、またはそれらの相補的配列を
有するヒトαヘルペスウイルス特異検出用オリゴヌクレ
オチドをそのまま核酸プライマーとするか、または標識
化して得られた標識核酸プライマーを試料中のDNAま
たはRNAと交雑させ、プライマー伸長させ、得られた
プライマー伸長物を測定することを特徴とする試料中の
ヒトαヘルペスウイルスの検出法である。
In the present invention, the human α-herpesvirus-specific detection oligonucleotide having the nucleic acid sequence shown in SEQ ID NO: 5 to 13 or having a complementary sequence thereof is used as a nucleic acid primer or labeled. The method for detecting human α-herpesvirus in a sample is characterized in that a labeled nucleic acid primer obtained by hybridization is hybridized with DNA or RNA in the sample, the primer is extended, and the obtained primer extension product is measured.

【0009】また本発明は配列表・配列番号1〜4に示
す核酸配列を有するか、またはそれらの相補的配列を有
するヒトαヘルペスウイルス共通検出用オリゴヌレオチ
ドを核酸プライマーとして増幅反応させた後、配列表・
配列番号5〜13に示す核酸配列を有するか、またはそ
れらの相補的配列を有するヒトαヘルペスウィルス特異
検出用オリゴヌクレオチドをプローブとして用いてウイ
ルス種を特定することを特徴とする試料中のヒトαヘル
ペスウイルスの検出法である。
In the present invention, a human α-herpesvirus common detection oligonucleotide having the nucleic acid sequences shown in SEQ ID NOS: 1 to 4 or having complementary sequences thereof is subjected to amplification reaction as a nucleic acid primer, and Row table
Human α in a sample, characterized by using a human α herpesvirus-specific detection oligonucleotide having a nucleic acid sequence shown in SEQ ID NOs: 5 to 13 or having a complementary sequence thereof as a probe to identify a viral species It is a method for detecting herpes virus.

【0010】本発明は配列表・配列番号1〜4に示す核
酸配列を有するか、またはそれらの相補的配列を有する
ヒトαヘルペスウィルス共通検出用オリゴヌクレオチド
および/または配列表・配列番号5〜13に示す核酸配
列を有するか、またはそれらの相補的配列を有するヒト
αヘルペスウイルス特異検出用オリゴヌクレオチドを含
むことを特徴とする試料中のヒトαヘルペスウイルスの
検出用試薬キットである。
The present invention has an oligonucleotide for common detection of human α-herpesvirus having the nucleic acid sequences shown in the sequence listing / SEQ ID NOS: 1 to 4 or having complementary sequences thereof and / or the sequence listing / SEQ ID NOS: 5 to 13 A reagent kit for detecting human α-herpesvirus in a sample, which comprises an oligonucleotide for human-α-herpesvirus-specific detection, which has the nucleic acid sequence shown in or has a complementary sequence thereof.

【0011】本発明のヒトαヘルペスウイルス共通検出
用オリゴヌレオチドとは、ヒトαヘルペスウイルスの遺
伝子において、全ヒトαヘルペスウイルスに対して高い
相同性を有するオリゴヌクレオチド、具体的には配列表
・配列番号1〜4(但し、Aはアデニン、Cはシトシ
ン、Gはグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位
置のTはウラシル(U)と置換されてもよい。)に示す
核酸配列を有するか、またはそれらに相補的な配列を有
する。
[0011] The oligonucleotide for common detection of human α-herpesvirus of the present invention is an oligonucleotide having a high homology to all human α-herpesvirus in the gene of human α-herpesvirus, specifically, Sequence Listing / SEQ ID NO: 1 to 4 (wherein A represents adenine, C represents cytosine, G represents guanine, T represents thymine, and T at any position may be replaced with uracil (U)). Or having sequences complementary to them.

【0012】また本発明のヒトαヘルペスウィルス特異
検出用オリゴヌクレオチドとは、ヒトαヘルペスウイル
スの遺伝子において、ヒトαヘルペスウイルスのいずれ
か一つに特異的であるオリゴヌクレオチドであって、具
体的には配列表・配列番号5〜13に示す核酸配列を有
するか、またはそれらに相補的な配列を有する。
The human α-herpesvirus-specific detection oligonucleotide of the present invention is an oligonucleotide that is specific to any one of the human α-herpesviruses in the gene of human α-herpesvirus. Has the nucleic acid sequences shown in Sequence Listing or SEQ ID NOs: 5 to 13 or has a sequence complementary thereto.

【0013】本発明の試料中のヒトαヘルペスウイルス
の検出法は上記ヒトαヘルペスウイルス検出用オリゴヌ
クレオチドを標識化し、得られた標識核酸プローブを試
料中のDNAまたはRNAと交雑させ、交雑した結合体
の標識を測定することによって行なう。
The method for detecting human α-herpesvirus in a sample according to the present invention is carried out by labeling the above-mentioned oligonucleotide for detecting human α-herpesvirus, hybridizing the obtained labeled nucleic acid probe with DNA or RNA in the sample, and binding with the hybrid. This is done by measuring the body label.

【0014】または上記ヒトαヘルペスウイルス検出用
オリゴヌクレオチドをそのまま核酸プライマーとする
か、または標識化して得られた標識プライマーを試料中
のDNAまたはRNAと交雑させ、プライマーを伸長さ
せ、得られたプライマー伸長物を測定することによって
行なう。
Alternatively, the above-mentioned oligonucleotide for detecting human α-herpesvirus is used as a nucleic acid primer as it is, or a labeled primer obtained by labeling is hybridized with DNA or RNA in a sample, and the primer is extended to obtain the obtained primer. This is done by measuring the extension.

【0015】以下、これらの検出法を詳述する。本発明
のオリゴヌクレオチドを用いてヒトαヘルペスウイルス
を検出する方法としては、(1)上記オリゴヌクレオチ
ドをプローブとして検出する方法、または(2)上記オ
リゴヌクレオチドをプライマーとしてDNAポリメラー
ゼ等により伸長反応を行なってから、検出する方法があ
る。この場合、上記オリゴヌクレオチドに抗原、ハプテ
ン、酵素、蛍光物質、発光物質、酵素基質、放射性物
質、不溶性担体などの標識を導入することにより容易に
検出が可能となる。
Hereinafter, these detection methods will be described in detail. The method of detecting human α-herpesvirus using the oligonucleotide of the present invention includes (1) a method of detecting the above-mentioned oligonucleotide as a probe, or (2) an extension reaction using the above-mentioned oligonucleotide as a primer and a DNA polymerase or the like. Then there is a way to detect. In this case, detection can be easily performed by introducing a label such as an antigen, a hapten, an enzyme, a fluorescent substance, a luminescent substance, an enzyme substrate, a radioactive substance, an insoluble carrier into the above oligonucleotide.

【0016】本発明のオリゴヌクレオチドをプローブと
して用いる場合、検体とのハイブリダイゼーション後に
上記のような標識を適当な検出法で検出することで達成
される。
When the oligonucleotide of the present invention is used as a probe, it can be achieved by detecting the above-mentioned label by an appropriate detection method after hybridization with a sample.

【0017】一方、本発明のオリゴヌクレオチドをプラ
イマーとして用いる場合、DNAポリメラーゼ等による
遺伝子増幅(PCR;特開昭62−281,シータス
社)を行なうことにより、ヒトαヘルペスウイルスの遺
伝子のみを特異的に増幅することができる。PCRに際
しては反応時に放射性標識ヌクレオチドを取り込ませる
方法や、増幅産物を電気泳動により分画して特異なバン
ドを検出することで容易にヒトαヘルペスウイルスを検
出することができる。また前述の標識オリゴヌクレオチ
ドをプライマーとして用いれば増幅産物を直接検出する
ことも可能である。
On the other hand, when the oligonucleotide of the present invention is used as a primer, gene amplification by a DNA polymerase or the like (PCR; JP-A-62-281, Cetus) is carried out to specifically target only the human α-herpesvirus gene. Can be amplified. In PCR, human α-herpesvirus can be easily detected by incorporating a radiolabeled nucleotide during the reaction or by fractionating the amplification product by electrophoresis and detecting a specific band. Further, the amplification product can be directly detected by using the above-mentioned labeled oligonucleotide as a primer.

【0018】上記(1)、(2)のいずれの方法におい
ても、配列表・配列番号1〜4に示す核酸配列を有する
か、またはそれらの相補的配列を有するヒトαヘルペス
ウイルス共通オリゴヌクレオチドを用いれば、ヒトαヘ
ルペスウイルスのいずれかの存在を知ることができる。
同様に、配列表・配列番号5〜13に示す核酸配列を有
するか、またはそれらの相補的配列を有するヒトαヘル
ペス特異検出用オリゴヌクレオチドを用いれば、特定の
ウイルスを特異的に検出することができる。
In any of the above methods (1) and (2), a human α-herpesvirus common oligonucleotide having a nucleic acid sequence shown in Sequence Listing or SEQ ID NOS: 1 to 4 or having a complementary sequence thereof is used. If used, the presence of any of the human alpha herpesviruses can be known.
Similarly, when a human α-herpes specific detection oligonucleotide having a nucleic acid sequence shown in Sequence Listing or SEQ ID NOs: 5 to 13 or having a complementary sequence thereof, a specific virus can be specifically detected. it can.

【0019】また、ヒトαヘルペスウイルス共通オリゴ
ヌクレオチドで、増幅反応を行った後、特異プローブで
測り分ければ、1回の増幅反応で、しかも、より高感度
で試料中のウイルスの検出が可能となる。逆に、特異オ
リゴヌクレオチドで選択を行った後、共通オリゴヌクレ
オチドで増幅することも可能である。
Further, if the amplification reaction is carried out with the common human α-herpesvirus oligonucleotide and then the specific probe is used for measurement, it is possible to detect the virus in the sample with one amplification reaction and with higher sensitivity. Become. Conversely, it is also possible to perform selection with a specific oligonucleotide and then amplify with a common oligonucleotide.

【0020】本発明はこれらのオリゴヌクレオチドを用
いたヒトαヘルペスウイルスの検出方法は、上記オリゴ
ヌクレオチドをプローブとして用いるか、あるいはプラ
イマーとして用いるかはその手段が違うのみであって、
ヒトαヘルペスウイルスの検出に関しては本質的には同
じである。
In the present invention, the method for detecting human α-herpesvirus using these oligonucleotides is different only in the means as to whether the above-mentioned oligonucleotide is used as a probe or a primer.
The detection of human α-herpesvirus is essentially the same.

【0021】一般にオリゴヌクレオチドは化学合成によ
り調製できるので、クローン化したオリゴヌクレオチド
またはポリヌクレオチドに比べ容易、大量且つ安価に一
定品質のオリゴヌクレオチドを得ることが可能である。
本発明のオリゴヌクレオチドはデオキシリボ核酸(DN
A)でもリボ核酸(RNA)でもよい。リボ核酸の場合
はチミジン残基(T)をウリジン残基(U)と読み替え
ることは言うまでもない。また合成に際して任意の位置
のTをUに変えて合成を行ない、ウリジン残基を含むD
NAであってもよい。同様に任意の位置のUをTに変え
たチミジン残基を含むRNAであってもよい。またオリ
ゴヌクレオチド中に欠失、挿入あるいは置換といった点
突然変異や、修飾ヌクレオチドがあってもよい。また標
識物として前述のごとく放射性物質や酵素、蛍光物質、
発光物質など公知の標識をもちいることができる。標識
の仕方は末端標識でも、配列の途中に標識してもよい。
また糖、リン酸基、塩基部分への標識であってもよい。
[0021] In general, since oligonucleotides can be prepared by chemical synthesis, it is possible to obtain oligonucleotides of constant quality easily, in large quantities and at a low cost, as compared with cloned oligonucleotides or polynucleotides.
The oligonucleotide of the present invention is a deoxyribonucleic acid (DN
It may be A) or ribonucleic acid (RNA). In the case of ribonucleic acid, it goes without saying that the thymidine residue (T) is read as the uridine residue (U). In addition, in the synthesis, T at any position was changed to U to perform the synthesis, and D containing a uridine residue was used.
It may be NA. Similarly, it may be RNA containing a thymidine residue in which U at any position is changed to T. The oligonucleotide may have point mutations such as deletion, insertion or substitution, and modified nucleotides. Also, as mentioned above, radioactive substances, enzymes, fluorescent substances,
A known label such as a luminescent substance can be used. The labeling method may be end labeling or labeling in the middle of the sequence.
It may also be a label on the sugar, phosphate group or base moiety.

【0022】本発明のオリゴヌクレオチドを固相担体に
結合して、捕捉プローブとして用いることもできる。こ
の場合、捕捉プローブと標識プローブの組合せでサンド
イッチアッセイを行ってもよいし、標的核酸を標識して
捕捉する方法もある。またオリゴヌクレオチドをビオチ
ンで標識し、ハイブリダイゼーション後、アビジン結合
担体で捕捉する方法もある。サンドイッチアッセイにお
いてはどちらか一方に本発明のオリゴヌクレオチドを用
いれば、本オリゴヌクレオチドで特異的な測定が可能と
なり、他方のオリゴヌクレオチドの特異性は若干低くて
もなんら問題はない。
The oligonucleotide of the present invention can be bound to a solid phase carrier and used as a capture probe. In this case, a sandwich assay may be performed with a combination of a capture probe and a labeled probe, or there is a method of labeling and capturing a target nucleic acid. There is also a method in which an oligonucleotide is labeled with biotin, and after hybridization, it is captured with an avidin-binding carrier. In the sandwich assay, if the oligonucleotide of the present invention is used for either one, specific measurement can be performed with the present oligonucleotide, and there is no problem even if the specificity of the other oligonucleotide is slightly low.

【0023】本発明のヒトαヘルペスウィルス検出用試
薬キットは上記ヒトαヘルペスウィルス共通検出用オリ
ゴヌクレオチドおよび/またはヒトαヘルペスウィルス
特異検出用オリゴヌクレオチドを含む。さらに必要によ
りDNAポリメラーゼ、dNTP、酵素緩衝液および標
識検出用物質を含む。
The reagent kit for detecting human α-herpesvirus of the present invention contains the above-mentioned oligonucleotide for common detection of human α-herpesvirus and / or the oligonucleotide for specific detection of human α-herpesvirus. Further, if necessary, a DNA polymerase, dNTP, an enzyme buffer and a substance for detecting a label are included.

【0024】[0024]

【実施例】以下に、本発明を実施例により具体的に説明
する。 実施例1 (各種オリゴヌクレオチドの合成)ABI社DNAシン
セサイザー391型を用いて、ホスホアミダイト法にて
配列表・配列番号1〜13示される配列を有するオリゴ
ヌクレオチドを各種合成した。以下、配列表・配列番号
1〜13に示される各種オリゴヌクレオチドを、それぞ
れオリゴヌクレオチド(1)〜(13)と呼ぶ。手法はABI
社マニュアルに従い、0.2mMスケールで実施した。
各種オリゴヌクレオチドの脱保護はアンモニア水で55
℃一夜実施した。精製はファルマシア社製FPLCで逆
相カラムにて実施した。なお合成したオリゴヌクレオチ
ドは必要により以下の方法で5’末端に32P−リン酸基
を結合させた。
EXAMPLES The present invention will be specifically described below with reference to examples. Example 1 (Synthesis of Various Oligonucleotides) Using ABI DNA Synthesizer Model 391, various oligonucleotides having the sequences shown in the Sequence Listing and SEQ ID NOs: 1 to 13 were synthesized by the phosphoamidite method. Hereinafter, the various oligonucleotides shown in Sequence Listing and SEQ ID NOS: 1 to 13 are referred to as oligonucleotides (1) to (13), respectively. Method is ABI
According to the company manual, it was carried out on a 0.2 mM scale.
The deprotection of various oligonucleotides is 55 with ammonia water.
C was carried out overnight. Purification was carried out by FPLC manufactured by Pharmacia on a reverse phase column. If necessary, the synthesized oligonucleotide had a 32 P-phosphate group bonded to the 5'end by the following method.

【0025】 反応液組成 オリゴヌクレオチド 5〜20ピコモル 10×T4ポリヌクレオチドキナーゼ緩衝液 10μl 1mM [γ-32PATP(10mCi/ml) 1μl T4ポリヌクレオチドキナーゼ(東洋紡製) 10単位 水 全量が100μlとなる量Reaction solution composition Oligonucleotide 5 to 20 picomoles 10 × T4 polynucleotide kinase buffer 10 μl 1 mM [γ-32P ATP (10 mCi / ml) 1 μl T4 polynucleotide kinase (manufactured by Toyobo) 10 units

【0026】上記のように調製した反応混合液を37℃
で1時間反応させた。ここで10×T4ポリヌクレオチ
ドキナーゼ緩衝液とは、0.5M Tris-HCl(pH8.0)、0.1M M
gCl2、0.1M 2-メルカプトエタノールを示す。
The reaction mixture prepared as described above was placed at 37 ° C.
And reacted for 1 hour. Here, 10 × T4 polynucleotide kinase buffer is 0.5M Tris-HCl (pH8.0), 0.1MM
gCl 2 , 0.1M 2-mercaptoethanol.

【0027】実施例2 (ヒトαヘルペスウイルスの共通増幅) (1)キットA:ヒトαヘルペスウイルス由来核酸を増
幅するためのキット (a)実施例1のオリゴヌクレオチド(1) (b)実施例1のオリゴヌクレオチド(2) (c)実施例1のオリゴヌクレオチド(3) (d)実施例1のオリゴヌクレオチド(4) (e)TthDNAポリメラーゼ(東洋紡製) dATP、dCTP,dGTP,dTTP
Example 2 (Common Amplification of Human α-Herpesvirus) (1) Kit A: Kit for amplifying human α-herpesvirus-derived nucleic acid (a) Oligonucleotide of Example 1 (1) (b) Example Oligonucleotide 1 (2) (c) Oligonucleotide of Example 1 (3) (d) Oligonucleotide of Example 1 (4) (e) Tth DNA polymerase (manufactured by Toyobo) dATP, dCTP, dGTP, dTTP

【0028】(2)ウイルス核酸の調製 単純ヘルペスウイルス1型(HSV−1;Human
simplex virus type 1)の標準株
としてSeibert株を、単純ヘルペスウイルス2型
(HSV−2)の標準株としてUW268株を、水痘ー
帯状疱疹ウイルス(VZV)の標準株として河口株を培
養して用いた。また、特異性を確認するために、EBウ
イルス(EBV;Epstein−Barr viru
s)B95−8株、ヒトサイトメガロウイルス(CM
V;cytomegalovirus)AD169株、
ヒトヘルペスウイルス6型(HHV−6)A型(U11
02)株、B型(橋本株)、および、ヒト胎盤DNA
(シグマ社製)を用いた。
(2) Preparation of viral nucleic acid Herpes simplex virus type 1 (HSV-1; Human)
For culturing siebert strain as a standard strain of simplex virus type 1), UW268 strain as a standard strain of herpes simplex virus type 2 (HSV-2), and kawaguchi strain as a standard strain of varicella-zoster virus (VZV). I was there. In addition, in order to confirm the specificity, EB virus (EBV; Epstein-Barr virus)
s) B95-8 strain, human cytomegalovirus (CM
V; cytomegalovirus) AD169 strain,
Human herpesvirus type 6 (HHV-6) type A (U11
02) strain, type B (Hashimoto strain), and human placenta DNA
(Manufactured by Sigma) was used.

【0029】PCR 反応液93μlに前記核酸溶液5μl、実施例1のオリ
ゴヌクレオチド (1)〜(3)、または同(2)と(4)1μlず
つをプライマーとして加え、ヒトαヘルペスウイルス由
来核酸の増幅を行った。反応液組成は次の通りである。
5 μl of the nucleic acid solution described above and 1 μl each of the oligonucleotides (1) to (3) of Example 1 or (2) and (4) of Example 1 were added to 93 μl of the PCR reaction solution as a primer to prepare a nucleic acid derived from human α-herpesvirus. Amplification was performed. The composition of the reaction solution is as follows.

【0030】反応液組成 KCl 50 mM Tris−HCl(pH8.3) 10 mM MgCl2 1.5 mM ゼラチン 0.01 % dATP, dCTP, dGTP, dTTP 各 0.2 mM Tth DNAポリメラーゼ 40 単位/mlComposition of reaction solution KCl 50 mM Tris-HCl (pH 8.3) 10 mM MgCl 2 1.5 mM gelatin 0.01% dATP, dCTP, dGTP, dTTP 0.2 mM Tth DNA polymerase 40 units / ml

【0031】反応条件は次の通りである。 熱変性: 94℃、1分、 アニーリング:50℃、2分 重合反応: 72℃、1.5分 を30回行った。これらの操作はパーキン−エルマー/
シータス(Perkin-Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイ
クラーを用いて行った。
The reaction conditions are as follows. Thermal denaturation: 94 ° C., 1 minute, annealing: 50 ° C., 2 minutes Polymerization reaction: 72 ° C., 1.5 minutes 30 times. These operations are Perkin-Elmer /
It was performed using a DNA thermal cycler manufactured by Cetus (Perkin-Elmer / Cetus).

【0032】検出 10μlの反応液を2%アガロースゲル電気泳動し、エ
チジウムブロマイド染色した後、紫外線での蛍光を検出
した(図1)。図中、(A)はオリゴヌクレオチド(1)
と(2)をプライマーとして用いた場合、(B)はオリゴ
ヌクレオチド(3)と(4)を用いた場合を示す。レーン2〜
9は、それぞれHSV−1、HSV−2、VZV、EB
V、CMV、HHV−6(A)、HHV−6(B)、お
よびヒト胎盤DNAを示す。また、レーン1、10は分
子量マーカーを示す。泳動の電気的条件は、定電圧10
0V、時間は30分行った。操作方法並びに他の条件は
ManiatisらのMolecular Cloning(1982)に記載の方法に
従った。反応液の他に分子量マーカーも同時に泳動し、
相対泳動度の比較により、検出されたヌクレオチド断片
の長さを算出した。
Detection 10 μl of the reaction solution was electrophoresed on a 2% agarose gel and stained with ethidium bromide, and then fluorescence from ultraviolet rays was detected (FIG. 1). In the figure, (A) is the oligonucleotide (1)
And (2) are used as primers, and (B) shows the case where oligonucleotides (3) and (4) are used. Lane 2
9 is HSV-1, HSV-2, VZV, EB, respectively.
V, CMV, HHV-6 (A), HHV-6 (B), and human placental DNA are shown. Lanes 1 and 10 show molecular weight markers. The electrical conditions for electrophoresis are constant voltage 10
The time was 0 V and the time was 30 minutes. Operating method and other conditions
The method described in Maniatis et al., Molecular Cloning (1982) was followed. In addition to the reaction solution, molecular weight markers are also electrophoresed at the same time,
The length of the detected nucleotide fragment was calculated by comparing the relative mobilities.

【0033】結果 PCR産物はヒトαヘルペスウイルスを用いたときのみ
バンドが観察された(レーン1ー3)。分子量マーカー
より、そのサイズはオリゴヌクレオチド (1)と(3)を用
いた時260塩基対(A)、またオリゴヌクレオチド
(2)と(4)を用いた時、330塩基対(B)と同定され
た。これは核酸配列から計算されるヌクレオチドの長さ
とよく一致した。
Results In the PCR product, a band was observed only when human α-herpesvirus was used (lanes 1-3). From the molecular weight marker, its size is 260 base pairs (A) when oligonucleotides (1) and (3) are used.
When using (2) and (4), it was identified as 330 base pairs (B). This was in good agreement with the nucleotide length calculated from the nucleic acid sequence.

【0034】実施例3 (ヒトαヘルペスウイルスの特異検出)実施例2の増幅
産物がどのヒトαヘルペスウイルスに由来するものか特
定するためにドット・ブロット・ハイブリダイゼーショ
ンを行った。
Example 3 (Specific detection of human α-herpesvirus) In order to identify which human α-herpesvirus the amplification product of Example 2 was derived from, dot blot hybridization was carried out.

【0035】(1)キットB:ヒトαヘルペスウイルス
由来核酸を検出するためのキット 実施例1のオリゴヌクレオチド(5)〜(13)で、5’末端
に、32P−リン酸基を有している。 (2)ドット・ブロット・ハイブリダイゼーション 実施例2のPCR産物1μlに0.3規定のNaOHを
100μl加え、室温で15分間変性し、ドットブロッ
ター(BRL社製)を用いて5×SSCで湿潤したナイ
ロン膜(ハイボンドNプラス,アマシャム社製)にブロ
ットした。なおSSCとは15mMクエン酸三ナトリウ
ム、15mM塩化ナトリウム溶液を示し、5×SSCと
はSSCの5倍濃厚液を示す。この膜を80℃、30分
間加熱処理して核酸を固定化した後、ハイブリダイゼー
ションを行った。まず、乾燥した膜(8×12cm)を
5×SSCに5分間浸した。次にハイブリダイゼーショ
ンバック(BRL社製)に膜を移し、ハイブリダイゼー
ションバッファー(5×SSC、0.5%ウシ血清アル
ブミン、0.5%ポリビニールピロリドン、1%ドデシ
ル硫酸ナトリウム)5mlを加えてポリシーラーでシー
ルし、50℃、15分間プレハイブリダイゼーションを
行った。次にキットBのオリゴヌクレオチドプローブ
(5)〜(13)の中のいずれか5μlを含むハイブリダイゼ
ーションバッファー5mlで55℃、15分間ハイブリ
ダイゼーションを行った。 膜をポリバックから取り出
し、洗浄液−1(1×SSC、1%ドデシル硫酸ナトリ
ウム)で55℃、5分間で2回、振とう洗浄した。洗浄
液−2(1×SSC)で室温、5分間で2回、振とう洗
浄した後、膜を充分乾燥させた。
(1) Kit B: Kit for detecting human α-herpesvirus-derived nucleic acid Oligonucleotides (5) to (13) of Example 1 having a 32 P-phosphate group at the 5'end ing. (2) Dot Blot Hybridization 100 μl of 0.3 N NaOH was added to 1 μl of the PCR product of Example 2, denatured at room temperature for 15 minutes, and wetted with 5 × SSC using a dot blotter (manufactured by BRL). It was blotted on a nylon membrane (High Bond N Plus, manufactured by Amersham). SSC is a 15 mM trisodium citrate and 15 mM sodium chloride solution, and 5 × SSC is a 5-fold concentrated solution of SSC. This membrane was heated at 80 ° C. for 30 minutes to immobilize the nucleic acid, and then hybridized. First, the dried membrane (8 × 12 cm) was immersed in 5 × SSC for 5 minutes. Next, transfer the membrane to a hybridization bag (manufactured by BRL), add 5 ml of hybridization buffer (5 × SSC, 0.5% bovine serum albumin, 0.5% polyvinylpyrrolidone, 1% sodium dodecyl sulfate) to the policy. Seal with a stirrer and pre-hybridize at 50 ° C. for 15 minutes. Next, the oligonucleotide probe of kit B
Hybridization was carried out at 55 ° C. for 15 minutes with 5 ml of a hybridization buffer containing 5 μl of any of (5) to (13). The membrane was taken out from Polyvac and washed with Washing Solution-1 (1 × SSC, 1% sodium dodecyl sulfate) at 55 ° C. for 5 minutes with shaking twice. The membrane was thoroughly dried after it was washed with Shake Solution-2 (1 × SSC) twice at room temperature for 5 minutes with shaking.

【0036】(3)検出 ナイロン膜にX線フィルム(New AIF RX 富士写真工業
製)を密着させ、−80℃で一昼夜感光させた。フィル
ムの感光度からヒトαヘルペスウイルスの検出を行っ
た。
(3) Detection An X-ray film (New AIF RX manufactured by Fuji Photo Industry Co., Ltd.) was adhered to the nylon film and exposed at -80 ° C for a whole day and night. Human α-herpesvirus was detected from the photosensitivity of the film.

【0037】結果 それぞれのウイルスに特異的なオリゴヌクレオチド・プ
ローブはそれぞれのウイルス由来の増幅産物のみと特異
的に反応し、他のウイルス由来や、ヒトDNA由来の増
幅産物との反応は観察されなかった。
Results The oligonucleotide probe specific to each virus specifically reacts only with the amplification product derived from each virus, and no reaction with the amplification products derived from other viruses or human DNA was observed. It was

【0038】実施例4 患者検体を用いたヒトαヘルペスウイルスの検出 本発明のオリゴヌクレオチドが患者由来のウイルスの検
出にも有効であるか調べた。同時に、市販の免疫法用キ
ット(Syva社製)を用い、結果を比較した。
Example 4 Detection of Human α-Herpes Virus Using Patient Specimens It was examined whether the oligonucleotides of the present invention are effective for detecting virus derived from patients. At the same time, the results were compared using a commercially available immunoassay kit (manufactured by Syva).

【0039】(1)キットA:ヒトαヘルペスウイルス
由来核酸を増幅するためのキット (a)実施例1のオリゴヌクレオチド(1) (b)実施例1のオリゴヌクレオチド(2) (c)実施例1のオリゴヌクレオチド(3) (d)実施例1のオリゴヌクレオチド(4) (e)TthDNAポリメラーゼ(東洋紡製) dATP、dCTP,dGTP,dTTP キットB:ヒトαヘルペスウイルス由来核酸を検出する
ためのキット 実施例1のオリゴヌクレオチド(5)〜(13)で5’末端
に、32P−リン酸基を有している。
(1) Kit A: Kit for amplifying human α-herpesvirus-derived nucleic acid (a) Oligonucleotide of Example 1 (1) (b) Oligonucleotide of Example 1 (2) (c) Example Oligonucleotide 1 (3) (d) Oligonucleotide 1 of Example 1 (4) (e) Tth DNA polymerase (manufactured by Toyobo) dATP, dCTP, dGTP, dTTP Kit B: kit for detecting human α-herpesvirus-derived nucleic acid The oligonucleotides (5) to (13) of Example 1 have a 32 P-phosphate group at the 5'end.

【0040】(2)検体の調製 単純疱疹ウイルス感染症と診断された患者より分離され
たウイルス培養液より、Kidoらの方法(J.Cli
nic.Microbiol.29;76、1991)
に従ってウイルス核酸を抽出した。
(2) Preparation of Specimen From a virus culture solution isolated from a patient diagnosed with herpes simplex virus infection, the method of Kido et al.
nic. Microbiol. 29; 76,1991).
Viral nucleic acid was extracted according to.

【0041】(3)増幅と検出 増幅用オリゴヌクレオチドとして(1)と(4)を、検出用オ
リゴヌクレオチドとして(5)、(8)及び(13)を用い、実施
例2、及び実施例3と同様の方法で試料中のウイルスの
増幅と検出を行った。
(3) Amplification and Detection Using the amplification oligonucleotides (1) and (4), and the detection oligonucleotides (5), (8) and (13), Example 2 and Example 3 were used. Amplification and detection of the virus in the sample were performed in the same manner as in.

【0042】(4)免疫法による検出 Syva社のキットに附属の説明書に従い、試料中のウ
イルスの検出を行った。 結果 調べた16株の患者分離株のうち、HSV1が14株、
HSV2が2株であった。これは、市販の免疫法による
検出の結果とよく一致した(表1)。
(4) Detection by immunoassay The virus in the sample was detected according to the instructions attached to the kit of Syva. Results Of the 16 patient isolates examined, 14 were HSV1 and
There were two HSV2 strains. This was in good agreement with the result of detection by a commercial immunoassay (Table 1).

【0043】[0043]

【表1】 [Table 1]

【0044】[0044]

【発明の効果】本発明により従来、培養に時間がかかっ
ていたヒトαヘルペスウイルスの測定を迅速、簡便に特
異的且つ高感度で行なうことが可能となった。本発明の
オリゴヌクレオチドは増幅反応のプライマーとしても、
直接検出用のプローブとしても用いることが可能であ
る。特に共通検出用オリゴヌクレオチドと特異検出用オ
リゴヌクレオチドを有効に使い分けることによって、1
回分の検体からでも高感度に全てのヒトαヘルペスウイ
ルスを検出することが可能で、その臨床的意義は大き
い。
INDUSTRIAL APPLICABILITY According to the present invention, it has become possible to measure human α-herpesvirus, which has conventionally been time-consuming to culture, quickly, simply and specifically with high sensitivity. The oligonucleotide of the present invention also serves as a primer for an amplification reaction,
It can also be used as a probe for direct detection. In particular, by effectively using the common detection oligonucleotide and the specific detection oligonucleotide,
All human α-herpesviruses can be detected with high sensitivity even from batch samples, and their clinical significance is great.

【0045】[0045]

【配列表】[Sequence list]

配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..20 特徴を決定した方法:S 他の特徴:ヒトαヘルペスウイルスのDNAポリメラー
ゼ遺伝子に共通の配列。 配列 CCAAGTATCA TTCAGGCCCA 20
SEQ ID NO: 1 Sequence length: 20 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..20 Method of determining features : S Other features: Sequence common to the DNA polymerase gene of human α-herpesvirus. Array CCAAGTATCA TTCAGGCCCA 20

【0046】配列番号:2 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..20 特徴を決定した方法:S 他の特徴:ヒトαヘルペスウイルスのDNAポリメラー
ゼ遺伝子に共通の配列。 配列 GTGGTGGTAT TTGATTTTGC 20
SEQ ID NO: 2 Sequence length: 20 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..20 Method determined: S Other features: Sequence common to the DNA polymerase gene of human α-herpesvirus. Sequence GTGGTGGTAT TTGATTTTGC 20

【0047】配列番号:3 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..20 特徴を決定した方法:S 他の特徴:ヒトαヘルペスウイルスのDNAポリメラー
ゼ遺伝子に共通の配列。 配列 ATCGCGGCCT GTTGTTTGTC 20
SEQ ID NO: 3 Sequence length: 20 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..20 Method determined: S Other features: Sequence common to the DNA polymerase gene of human α-herpesvirus. Sequence ATCGCGGCCT GTTGTTTGTC 20

【0048】配列番号:4 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..20 特徴を決定した方法:S 他の特徴:ヒトαヘルペスウイルスのDNAポリメラー
ゼ遺伝子に共通の配列。 配列 ACTCCTGTGA AACCGTACAC 20
SEQ ID NO: 4 Sequence length: 20 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..20 Method determined: S Other features: Sequence common to the DNA polymerase gene of human α-herpesvirus. Array ACTCCTGTGA AACCGTACAC 20

【0049】配列番号:5 配列の長さ:16 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..16 特徴を決定した方法:S 他の特徴:HSV−1のDNAポリメラーゼ遺伝子の配
列に特異的な配列を有する。 配列 AGGCGGGCAA GGACTA 16
SEQ ID NO: 5 Sequence length: 16 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..16 Features Method determined: S Other characteristics: having a sequence specific to the sequence of the DNA polymerase gene of HSV-1. Sequence AGGCGGGCAA GGACTA 16

【0050】配列番号:6 配列の長さ:16 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..16 特徴を決定した方法:S 他の特徴:HSV−1のDNAポリメラーゼ遺伝子の配
列に特異的な配列を有する。 配列 TCGCACGTGA GCCTTG 16
SEQ ID NO: 6 Sequence length: 16 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..16 Features Method determined: S Other characteristics: having a sequence specific to the sequence of the DNA polymerase gene of HSV-1. Sequence TCGCACGTGA GCCTTG 16

【0051】配列番号:7 配列の長さ:15 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..15 特徴を決定した方法:S 他の特徴:HSV−1のDNAポリメラーゼ遺伝子の配
列に特異的な配列を有する。 配列 AGGGCCGACG CAGTG 15
SEQ ID NO: 7 Sequence length: 15 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..15 Method determined: S Other characteristics: having a sequence specific to the sequence of the DNA polymerase gene of HSV-1. Sequence AGGGCCGACG CAGTG 15

【0052】配列番号:8 配列の長さ:16 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..16 特徴を決定した方法:S 他の特徴:HSV−2のDNAポリメラーゼ遺伝子の配
列に特異的な配列を有する。 配列 AGGCGGACCG GGACTA 16
SEQ ID NO: 8 Sequence length: 16 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..16 Method determined: S Other characteristics: having a sequence specific to the sequence of the DNA polymerase gene of HSV-2. Sequence AGGCGGACCG GGACTA 16

【0053】配列番号:9 配列の長さ:16 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..16 特徴を決定した方法:S 他の特徴:HSV−2のDNAポリメラーゼ遺伝子の配
列に特異的な配列を有する。 配列 GCGTACGTGG GCCTTC 16
SEQ ID NO: 9 Sequence length: 16 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..16 Method determined: S Other characteristics: having a sequence specific to the sequence of the DNA polymerase gene of HSV-2. Sequence GCGTACGTGG GCCTTC 16

【0054】配列番号:10 配列の長さ:15 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..22 特徴を決定した方法:S 他の特徴:HSV−2のDNAポリメラーゼ遺伝子の配
列に特異的な配列を有する。 配列 AGAGCCTGCT GAGCATCCTG CT 22
SEQ ID NO: 10 Sequence length: 15 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..22 Method determined: S Other characteristics: having a sequence specific to the sequence of the DNA polymerase gene of HSV-2. Sequence AGAGCCTGCT GAGCATCCTG CT 22

【0055】配列番号:11 配列の長さ:27 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..27 特徴を決定した方法:S 他の特徴:VZVのDNAポリメラーゼ遺伝子の配列に
特異的な配列を有する。 配列 GACGGTTAAA CGTTTGAATC CATCCGA 27
SEQ ID NO: 11 Sequence length: 27 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..27 Method determined: S Other features: having a sequence specific for the sequence of the VZV DNA polymerase gene. Sequence GACGGTTAAA CGTTTGAATC CATCCGA 27

【0056】配列番号:12 配列の長さ:26 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..26 特徴を決定した方法:S 他の特徴:VZVのDNAポリメラーゼ遺伝子の配列に
特異的な配列を有する。 配列 TTTTACCACG CTAACGTTAA ATTTTG 26
SEQ ID NO: 12 Sequence length: 26 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..26 Features Method determined: S Other features: having a sequence specific for the sequence of the VZV DNA polymerase gene. Sequence TTTTACCACG CTAACGTTAA ATTTTG 26

【0057】配列番号:13 配列の長さ:23 配列の型:核酸 鎖の数:両形態 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸 合成DNA 配列の特徴 存在位置:1..23 特徴を決定した方法:S 他の特徴:VZVのDNAポリメラーゼ遺伝子の配列に
特異的な配列を有する。 配列 TTATGCCACC TTTACAGTTG GAG 23
SEQ ID NO: 13 Sequence length: 23 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Both forms Topology: Linear Sequence type: Other nucleic acid Synthetic DNA Sequence features Location: 1..23 Features Method determined: S Other features: having a sequence specific for the sequence of the VZV DNA polymerase gene. Sequence TTATGCCACC TTTACAGTTG GAG 23

【図面の簡単な説明】[Brief description of drawings]

【図1】実施例2の電気泳動結果を示す。図中、(A)
はオリゴヌクレオチド(1)と(2)をプライマーとして用い
た場合、(B)はオリゴヌクレオチド(3)と(4)を用いた
場合を示す。レーン2〜9はそれぞれHSV−1、HS
V−2、VZV、EBV、CMV、HHV−6(A)、
HHV−6(B)およびヒト胎盤DNAを示す。
FIG. 1 shows the results of electrophoresis of Example 2. In the figure, (A)
Shows the case where oligonucleotides (1) and (2) were used as primers, and (B) shows the case where oligonucleotides (3) and (4) were used. Lanes 2-9 are HSV-1 and HS, respectively.
V-2, VZV, EBV, CMV, HHV-6 (A),
HHV-6 (B) and human placental DNA are shown.

【図2】実施例3のX線フイルムを示す。図中、A、
B、C、D、E、F、G、H、Iはそれぞれ、オリゴヌ
クレオチド(5)、(6)、(7)、(8)、(9)、(10)、(11)、(1
2)、(13)をプローブとして使用した結果を示す。また2
〜9は実施例2の2〜9に対応する。
FIG. 2 shows an X-ray film of Example 3. In the figure, A,
B, C, D, E, F, G, H, and I are oligonucleotides (5), (6), (7), (8), (9), (10), (11), and (1), respectively.
The results of using 2) and (13) as probes are shown. Again 2
9 to 9 correspond to 2 to 9 in the second embodiment.

Claims (8)

【特許請求の範囲】[Claims] 【請求項1】 全ヒトαヘルペスウイルスに対して高い
相同性を有するヒトαヘルペスウイルス共通検出用オリ
ゴヌクレオチド。
1. An oligonucleotide for common detection of human α-herpesvirus, which has a high homology to all human α-herpesviruses.
【請求項2】 配列表・配列番号1〜4に示す核酸配列
を有するか、またはそれらの相補的配列を有することを
特徴とする請求項1記載のヒトαヘルペス共通検出用オ
リゴヌクレオチド。
2. The human α-herpes common detection oligonucleotide according to claim 1, which has the nucleic acid sequences shown in Sequence Listing or SEQ ID NOS: 1 to 4 or has a complementary sequence thereof.
【請求項3】 ヒトαヘルペスウイルスのいずれか一つ
に特異的であるヒトαヘルペスウイルス特異検出用オリ
ゴヌクレオチド。
3. An oligonucleotide for human α-herpesvirus-specific detection which is specific for any one of human α-herpesviruses.
【請求項4】 配列表・配列番号5〜13に示す核酸配
列を有するか、またはそれらの相補的配列を有すること
を特徴とする請求項3記載のヒトαヘルペス特異検出用
オリゴヌクレオチド。
4. The human α-herpes specific detection oligonucleotide according to claim 3, which has the nucleic acid sequences shown in SEQ ID NOS: 5 to 13 or has a complementary sequence thereof.
【請求項5】 請求項1記載のヒトαヘルペスウイルス
共通検出用オリゴヌクレオチドをそのまま核酸プライマ
ーとするか、または標識化して得られた標識核酸プライ
マーを試料中のDNAまたはRNAと交雑させ、プライ
マー伸長させ、得られたプライマー伸長物を測定するこ
とを特徴とする試料中のヒトαヘルペスウイルスの検出
法。
5. The human α-herpesvirus common detection oligonucleotide according to claim 1 is used as a nucleic acid primer as it is, or a labeled nucleic acid primer obtained by labeling is hybridized with DNA or RNA in a sample to extend the primer. And a method for detecting human α-herpesvirus in a sample, which comprises measuring the obtained primer extension product.
【請求項6】 請求項3記載のヒトαヘルペスウイルス
特異検出用オリゴヌクレオチドをそのまま核酸プライマ
ーとするか、または標識化して得られた標識核酸プライ
マーを試料中のDNAまたはRNAと交雑させ、プライ
マー伸長させ、得られたプライマー伸長物を測定するこ
とを特徴とする試料中のヒトαヘルペスウイルスの検出
法。
6. The human α-herpesvirus-specific detection oligonucleotide according to claim 3 is used as a nucleic acid primer as it is, or a labeled nucleic acid primer obtained by labeling is hybridized with DNA or RNA in a sample to extend the primer. And a method for detecting human α-herpesvirus in a sample, which comprises measuring the obtained primer extension product.
【請求項7】 請求項1記載のヒトαヘルペスウィルス
共通検出用オリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして
増幅反応させた後、請求項3記載のヒトαヘルペスウィ
ルス特異検出用オリゴヌクレオチドをプローブとして用
いてウイルス種を特定することを特徴とする試料中のヒ
トαヘルペスウイルスの検出法。
7. The human α-herpesvirus common detection oligonucleotide according to claim 1 is used as a nucleic acid primer for amplification reaction, and then the human α-herpesvirus-specific detection oligonucleotide according to claim 3 is used as a probe. A method for detecting human α-herpesvirus in a sample, which comprises:
【請求項8】 請求項1記載のヒトαヘルペスウィルス
共通検出用オリゴヌクレオチドおよび/または請求項3
記載のヒトαヘルペスウィルス特異検出用オリゴヌクレ
オチドを含むことを特徴とする試料中のヒトαヘルペス
ウイルス検出用試薬キット。
8. An oligonucleotide for common detection of human α-herpesvirus according to claim 1, and / or claim 3.
A reagent kit for detecting human α-herpesvirus in a sample, which comprises the oligonucleotide for detecting specific human α-herpesvirus.
JP1482593A 1993-02-01 1993-02-01 Oligonucleotide for detecting human alpha herpes virus, method for detecting human alpha herpes virus and reagent kit for detection Pending JPH06225800A (en)

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