JPH04179480A - ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 - Google Patents
ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法Info
- Publication number
- JPH04179480A JPH04179480A JP2304758A JP30475890A JPH04179480A JP H04179480 A JPH04179480 A JP H04179480A JP 2304758 A JP2304758 A JP 2304758A JP 30475890 A JP30475890 A JP 30475890A JP H04179480 A JPH04179480 A JP H04179480A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- bordetella bronchiseptica
- dna
- gene
- probe
- dna fragment
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 241000588779 Bordetella bronchiseptica Species 0.000 title claims abstract description 62
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 38
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 33
- 239000012634 fragment Substances 0.000 title claims abstract description 31
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 23
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 16
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 claims description 15
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 14
- 238000001514 detection method Methods 0.000 abstract description 10
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 abstract description 4
- 239000013598 vector Substances 0.000 abstract description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 abstract description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 abstract description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 abstract 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 33
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 11
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 10
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 9
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 8
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 7
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 7
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 5
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 5
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- 201000008283 Atrophic Rhinitis Diseases 0.000 description 4
- 206010039088 Rhinitis atrophic Diseases 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 4
- 210000003928 nasal cavity Anatomy 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 241000588813 Alcaligenes faecalis Species 0.000 description 3
- 241000588807 Bordetella Species 0.000 description 3
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 3
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 3
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 3
- 229940005347 alcaligenes faecalis Drugs 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 3
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 2
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 2
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 2
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N L-N-acetyl-Cysteine Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 2
- 238000007605 air drying Methods 0.000 description 2
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 2
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 206010003694 Atrophy Diseases 0.000 description 1
- 241000304886 Bacilli Species 0.000 description 1
- 201000004813 Bronchopneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 208000014085 Chronic respiratory disease Diseases 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000007900 DNA-DNA hybridization Methods 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 208000002720 Malnutrition Diseases 0.000 description 1
- 108010086093 Mung Bean Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 description 1
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 1
- 101150080862 NA gene Proteins 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 244000046052 Phaseolus vulgaris Species 0.000 description 1
- 235000010627 Phaseolus vulgaris Nutrition 0.000 description 1
- 241000286209 Phasianidae Species 0.000 description 1
- 235000008331 Pinus X rigitaeda Nutrition 0.000 description 1
- 235000011613 Pinus brutia Nutrition 0.000 description 1
- 241000018646 Pinus brutia Species 0.000 description 1
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 description 1
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 description 1
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004520 agglutination Effects 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000037444 atrophy Effects 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 238000010876 biochemical test Methods 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000012531 culture fluid Substances 0.000 description 1
- 238000012136 culture method Methods 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 108010052305 exodeoxyribonuclease III Proteins 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 238000009313 farming Methods 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 244000144980 herd Species 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 1
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 1
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 description 1
- 230000001071 malnutrition Effects 0.000 description 1
- 235000000824 malnutrition Nutrition 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 208000015380 nutritional deficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 150000002989 phenols Chemical class 0.000 description 1
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 208000023504 respiratory system disease Diseases 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 239000012085 test solution Substances 0.000 description 1
- 210000003437 trachea Anatomy 0.000 description 1
- 210000001944 turbinate Anatomy 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
(産業上の利用分野)
本発明はボルデテラ・ブロンキセプチカの163リボゾ
ームRNA (rRNA)遺伝子、プローブ用DNA断
片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの
検出法に関する。
ームRNA (rRNA)遺伝子、プローブ用DNA断
片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの
検出法に関する。
(従来の技術)
ボルデテラ・ブロンキセプチカは豚、犬、ウサギ、モル
モット、ラット及び七面鳥等の多種の動物に感染し、保
菌されている。また、ヒトからの分離例も報告されてい
る。ボルデテラ・ブロンキセプチカはこれらの動物に呼
吸器病を引き起こす重要な病原菌である。
モット、ラット及び七面鳥等の多種の動物に感染し、保
菌されている。また、ヒトからの分離例も報告されてい
る。ボルデテラ・ブロンキセプチカはこれらの動物に呼
吸器病を引き起こす重要な病原菌である。
豚においては、その養豚規模が拡大するにつれ各種の慢
性呼吸器疾患の発生が増加しており、とりわけ萎縮性鼻
炎(Atrophic rhinitis;以下ARと
略す)は、我が国のみならず世界の豚群で広く発生して
いる。重病は、鼻甲介骨の萎縮・欠損及び顔面の変形の
みならず、二次的に他の呼吸器感染症の誘発、発胃の遅
延などにより、経済的損失を招いている。
性呼吸器疾患の発生が増加しており、とりわけ萎縮性鼻
炎(Atrophic rhinitis;以下ARと
略す)は、我が国のみならず世界の豚群で広く発生して
いる。重病は、鼻甲介骨の萎縮・欠損及び顔面の変形の
みならず、二次的に他の呼吸器感染症の誘発、発胃の遅
延などにより、経済的損失を招いている。
ARの原因に関して、歴史的には遺伝病や栄養障害説も
報告されていたが、1960年代以後にボルデテラ・ブ
ロンキセプチカ(Bordetellabronchi
septica) I相菌を単独で子豚の鼻腔内に接
種することにより、AR病変が形成されることが明らか
にされた。
報告されていたが、1960年代以後にボルデテラ・ブ
ロンキセプチカ(Bordetellabronchi
septica) I相菌を単独で子豚の鼻腔内に接
種することにより、AR病変が形成されることが明らか
にされた。
マウス、モルモット及びラット等の実験動物では、ボル
デテラ・ブロンキセプチカに感染すると気管支肺炎とな
る。このため重囲に感染している動物を試験に用いるこ
とは好ましくなく、重囲に感染していない動物群の作成
とその維持に努力が払われている。
デテラ・ブロンキセプチカに感染すると気管支肺炎とな
る。このため重囲に感染している動物を試験に用いるこ
とは好ましくなく、重囲に感染していない動物群の作成
とその維持に努力が払われている。
ボルデテラ・ブロンキセプチカ感染の有無を診断する方
法としては、動物の鼻腔・上部気管粘液等から原因菌で
あるボルデテラ・ブロンキセプチカを分離・同定する方
法、あるいは対象動物の血清から凝集抗体を検出する血
清学的診断方法が行われている。しかし、血清学的診断
方法は、ワクチンを接種した対象動物では用いることが
できず、診断的意義は小さい。確実な診断を行うために
;ま原因菌であるボルデテラ・ブロンキセプナカを分離
・同定し、感染の有無を確認する必要がある。
法としては、動物の鼻腔・上部気管粘液等から原因菌で
あるボルデテラ・ブロンキセプチカを分離・同定する方
法、あるいは対象動物の血清から凝集抗体を検出する血
清学的診断方法が行われている。しかし、血清学的診断
方法は、ワクチンを接種した対象動物では用いることが
できず、診断的意義は小さい。確実な診断を行うために
;ま原因菌であるボルデテラ・ブロンキセプナカを分離
・同定し、感染の有無を確認する必要がある。
重囲は、ダラム陰性の小桿菌で、主な生化学的性状とし
てはブドウ糖分解能陰性、尿素分解能陽性、クエン酸塩
利用能陽性等が挙げろれる。
てはブドウ糖分解能陰性、尿素分解能陽性、クエン酸塩
利用能陽性等が挙げろれる。
重囲の分離・同定方法は、綿棒等により採取した検査材
料を50〜100μg/−のフラジリドンを加えたマツ
コンキー寒天培地等に接種し、37℃で2〜4日間培養
する。8現した淡紫色半透明のコロニーを純培養し、形
態学的及び各種生化学試験、さらにボルデテラ・ブロン
キセプチカ■相菌免疫ウサギ血清を使用してスライド凝
集反応を行い菌を同定する。しかし、検査材料中には、
多種類の菌が存在していることが多く、その中からボル
デテラ・ブロンキセプチカのみを分離するには熟練と経
験を要し、その手法は煩雑であり最終的に同定するまで
に約−週間を必要とする。
料を50〜100μg/−のフラジリドンを加えたマツ
コンキー寒天培地等に接種し、37℃で2〜4日間培養
する。8現した淡紫色半透明のコロニーを純培養し、形
態学的及び各種生化学試験、さらにボルデテラ・ブロン
キセプチカ■相菌免疫ウサギ血清を使用してスライド凝
集反応を行い菌を同定する。しかし、検査材料中には、
多種類の菌が存在していることが多く、その中からボル
デテラ・ブロンキセプチカのみを分離するには熟練と経
験を要し、その手法は煩雑であり最終的に同定するまで
に約−週間を必要とする。
(発明が解決しようとする課題)
本発明の目的は、ボルデテラ・ブロンキセプチカの16
5 rRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれら
を用いてボルデテラ・ブロンキセプチカを短期間で簡便
に検出する方法を提供することである。
5 rRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれら
を用いてボルデテラ・ブロンキセプチカを短期間で簡便
に検出する方法を提供することである。
(課題を解決するた約の手段)
本発明は、下記の塩基配列で表されるボルデテラ・ブロ
ンキセプチカの16S rRNA遺伝子を提供するもの
である。
ンキセプチカの16S rRNA遺伝子を提供するもの
である。
[i1’A[iUi’Li1iT’l” 「GA(iA
GGA匹 A[I:A肛CAじA CTGGGA[T
GA[:AUG[:[:[:TAA AじGATGT
じAA U’l’A[iL:’l’[1lT1.i
[166Lビi’ i’ [[i G本発明はまた、
上記遺伝子に含まれるDNA塩基配列又はその逆相補鎖
塩基配列を有するDNA断片であって、下記の群から選
択されたD N A断片の少なくとも一部を含むDNA
断片を提供するものである。
GGA匹 A[I:A肛CAじA CTGGGA[T
GA[:AUG[:[:[:TAA AじGATGT
じAA U’l’A[iL:’l’[1lT1.i
[166Lビi’ i’ [[i G本発明はまた、
上記遺伝子に含まれるDNA塩基配列又はその逆相補鎖
塩基配列を有するDNA断片であって、下記の群から選
択されたD N A断片の少なくとも一部を含むDNA
断片を提供するものである。
68〜77番目、
214〜221番目、
429〜435番目、
467〜471番目、
632〜643番目、
654〜665番目、
1002〜1012番目、
1021〜1022番目、
1276〜1280番目、
1449〜1452番目、及び
1462〜1464番目
上記D N A断片のうち特に好ましし)ものは、下記
の群から選択されたDNA断片の少なくとも一部を含む
DNA断片である。
の群から選択されたDNA断片の少なくとも一部を含む
DNA断片である。
75〜77番目、
431番目、
467〜471番目、
640〜643番目、
664〜665番目、
1449〜1452番目、及び
1462〜1464番目
本発明はさらに上記DNA断片をプローブとして用いて
、ハイブリダイゼーション法、好ましくはrRNA−D
NAハイブリダイゼーション法を行いボルデテラ・ブロ
ンキセプチカを検出することを特徴とするボルデテラ・
ブロンキセプチカの検出法を提供するものである。
、ハイブリダイゼーション法、好ましくはrRNA−D
NAハイブリダイゼーション法を行いボルデテラ・ブロ
ンキセプチカを検出することを特徴とするボルデテラ・
ブロンキセプチカの検出法を提供するものである。
以下、本発明の詳細な説明する。
リボゾームRN A (r R?N’A )は生物が生
存する上で必須の細胞構成成分であり、その構造は生物
の進化の過程において比較的よく保存されている。たと
えば大腸菌と枯草菌のrRNAを比較した場合70〜8
0%の相同性がある。
存する上で必須の細胞構成成分であり、その構造は生物
の進化の過程において比較的よく保存されている。たと
えば大腸菌と枯草菌のrRNAを比較した場合70〜8
0%の相同性がある。
rRNAの中でも165 rRNAにライては、比較的
よく研究がなされており多くの生物種においてその塩基
配列が同定されでいる。163 rRN Aには種々の
生物で共通に保存されている領域以外に生物種によって
構造が異なる可変領域の存在が知られており、この領域
に対応するDNAプローブを用いてハイブリダイゼーシ
ョン法により細菌の検圧・同定を行う方法が近年開発さ
れてきた。
よく研究がなされており多くの生物種においてその塩基
配列が同定されでいる。163 rRN Aには種々の
生物で共通に保存されている領域以外に生物種によって
構造が異なる可変領域の存在が知られており、この領域
に対応するDNAプローブを用いてハイブリダイゼーシ
ョン法により細菌の検圧・同定を行う方法が近年開発さ
れてきた。
rRNAは細胞光たり104個以上存在しハイブリダイ
ゼーション法のターゲットとしては感度の面からも有効
である。しかしながら、この方法を利用するためには目
的とする細菌の165 rRNA、あるいはその遺伝子
の塩基配列が同定されていなければならない。
ゼーション法のターゲットとしては感度の面からも有効
である。しかしながら、この方法を利用するためには目
的とする細菌の165 rRNA、あるいはその遺伝子
の塩基配列が同定されていなければならない。
ボルテ°テラ・フ゛ロンキセプチカにおいても、16S
rRNAの塩基配列は知られていない。そこで、ボル
デテラ・ブロンキセプチカより165 rRN A遺
伝子を単離、全塩基配列を決定し、これを既知の細菌1
65 rRNAの塩基配列と比較し型閉特異領域を同定
した。さらに、この特異領域に相補するDNAプローブ
を合成し、これを使用したボルデテラ・ブロンキセプチ
カの検出法を開発した。
rRNAの塩基配列は知られていない。そこで、ボル
デテラ・ブロンキセプチカより165 rRN A遺
伝子を単離、全塩基配列を決定し、これを既知の細菌1
65 rRNAの塩基配列と比較し型閉特異領域を同定
した。さらに、この特異領域に相補するDNAプローブ
を合成し、これを使用したボルデテラ・ブロンキセプチ
カの検出法を開発した。
以下、その概要を説明する。
^)ボルデテラ・ブロンキセプチカの165 rRN
A遺伝子のクローニングと全塩基配列の決定1) P
CR法による165 rRNA遺伝子断片のクローニン
グ 既知の種々の細菌のrRNA塩基配列を比較検討し共通
配列構造の領域を推定する。次いで、この領域に対応す
る配列に)Iindlff !Jンカーを導入したプラ
イマーDNAを合成し、PCR法でボルデテラ・ブロン
キセプチカDNA中の165 rRNA遺伝子領域内の
約800塩基の断片を増幅、プラスミドp U C11
8HindI[[切断部位にクローニングする。得られ
た遺伝子を塩基配列分析し、既知の165rRN A塩
基配列との比較により、165rRNA遺伝子の一部で
あることを確認する。
A遺伝子のクローニングと全塩基配列の決定1) P
CR法による165 rRNA遺伝子断片のクローニン
グ 既知の種々の細菌のrRNA塩基配列を比較検討し共通
配列構造の領域を推定する。次いで、この領域に対応す
る配列に)Iindlff !Jンカーを導入したプラ
イマーDNAを合成し、PCR法でボルデテラ・ブロン
キセプチカDNA中の165 rRNA遺伝子領域内の
約800塩基の断片を増幅、プラスミドp U C11
8HindI[[切断部位にクローニングする。得られ
た遺伝子を塩基配列分析し、既知の165rRN A塩
基配列との比較により、165rRNA遺伝子の一部で
あることを確認する。
2)完全長16SrRNA遺伝子のクローニングPCR
法でクローニングした遺伝子断片を用いて、完全長の1
6SrRNA遺伝子を分離する。
法でクローニングした遺伝子断片を用いて、完全長の1
6SrRNA遺伝子を分離する。
ボルデテラ・ブロンキセプチカDNAを3amH1で切
断、λファージ・ベクターE!、+BL4に挿入しDN
Aライブラリーを作製する。これを、PCR法でクロー
ニングした 165rRNA遺伝子断片をプローブとす
るプラーク・ハイブリダイモーション法でスクリーニン
グし、完全長16S rRNA遺伝子を含むクローンを
選択する。得られたクローンをさらに詳細に分析し、最
終的に165 rRN 、A、完全長遺伝子を含む約1
.7kbのBam)II−3all D N A断片を
得る。
断、λファージ・ベクターE!、+BL4に挿入しDN
Aライブラリーを作製する。これを、PCR法でクロー
ニングした 165rRNA遺伝子断片をプローブとす
るプラーク・ハイブリダイモーション法でスクリーニン
グし、完全長16S rRNA遺伝子を含むクローンを
選択する。得られたクローンをさらに詳細に分析し、最
終的に165 rRN 、A、完全長遺伝子を含む約1
.7kbのBam)II−3all D N A断片を
得る。
3)ボルデテラ・ブロンキセプチカ16S rRNA遺
伝子の塩基配列分析 塩基配列の決定はキロシーフェンス法により行う。プラ
スミドpU C119BamHI−3all切断部位に
挿入した遺伝子をエキソヌクレアーゼ■及びMung
beanヌクレアーゼにより処理し段階欠失変異株を分
離、これを用いてジデオキシ法により塩基配列を分析す
る。決定した塩基配列をパーソナル・コンピューターを
用いて既知の他種細菌16S rRNAの配列と比較し
遺伝子領域を特定する。
伝子の塩基配列分析 塩基配列の決定はキロシーフェンス法により行う。プラ
スミドpU C119BamHI−3all切断部位に
挿入した遺伝子をエキソヌクレアーゼ■及びMung
beanヌクレアーゼにより処理し段階欠失変異株を分
離、これを用いてジデオキシ法により塩基配列を分析す
る。決定した塩基配列をパーソナル・コンピューターを
用いて既知の他種細菌16S rRNAの配列と比較し
遺伝子領域を特定する。
B)ボルデテラ・ブロンキセプチカの165 rRN
A遺伝子の特異領域の決定 決定したボルデテラ・ブロンキセプチカ163rRNA
遺伝子塩基配列と既知の他種細菌16SrRNA遺伝子
塩基配列との比較によりボルデテラ・ブロンキセブチ力
に特異的な領域を決定する。
A遺伝子の特異領域の決定 決定したボルデテラ・ブロンキセプチカ163rRNA
遺伝子塩基配列と既知の他種細菌16SrRNA遺伝子
塩基配列との比較によりボルデテラ・ブロンキセブチ力
に特異的な領域を決定する。
解析はパーソナルコンピューター及び遺伝子解析ソフト
ウェア(GENIAS :三井情報開発)を用いHar
r plot法等の方法により行う。
ウェア(GENIAS :三井情報開発)を用いHar
r plot法等の方法により行う。
C)プローブDNAの合成
り)で決定したボルデテラ・ブロンキセプチカ16S
rRN A遺伝子の特異配列領域より15〜50塩基程
度のヌクレオチド配列を選択しその逆相補鎖をプローブ
DNAとしてDNA合成機で合成する。
rRN A遺伝子の特異配列領域より15〜50塩基程
度のヌクレオチド配列を選択しその逆相補鎖をプローブ
DNAとしてDNA合成機で合成する。
例えば、好ましい配列としては、
Bbl AGGCCGAAG[: [:CGTGC
TGCCG(68〜88番目の逆相補鎖) Bb2ArATcGGccGcTccAATA6丁GC
GAGG[:CCG AA (203〜234番目の逆相補鎖) Bb3 CTCCCTCTGA CACACT[:
TAGCCCGGTAGTT AAAA (632〜665番目の逆相補順) Bb4 GCACTCC[:AA ATCTCTT
CGG GATT(998〜1021番目の逆相補釦
) Bb5 CTGCCAAAAG TGCTTTAC
AA(421〜440番目の逆相補鎖) Bb6 [:GTCAGTTG[: ACAGG
(465〜479番目の逆相補鎖) などが挙げられる。
TGCCG(68〜88番目の逆相補鎖) Bb2ArATcGGccGcTccAATA6丁GC
GAGG[:CCG AA (203〜234番目の逆相補鎖) Bb3 CTCCCTCTGA CACACT[:
TAGCCCGGTAGTT AAAA (632〜665番目の逆相補順) Bb4 GCACTCC[:AA ATCTCTT
CGG GATT(998〜1021番目の逆相補釦
) Bb5 CTGCCAAAAG TGCTTTAC
AA(421〜440番目の逆相補鎖) Bb6 [:GTCAGTTG[: ACAGG
(465〜479番目の逆相補鎖) などが挙げられる。
D)rRNA−DNAハイブリダイゼーション法による
ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出C)で合成したプ
ローブを用いてハイブリダイゼーションによるボルデテ
ラ・ブロンキセプチカの検出を行う。
ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出C)で合成したプ
ローブを用いてハイブリダイゼーションによるボルデテ
ラ・ブロンキセプチカの検出を行う。
検体をドツトプロット作製装置に供しナイロン膜上に固
定し、これを用いてハイブリダイゼーションを行うこと
により、ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出が可能で
ある。また、ボルデテラ・ブロンキセプチカと生化学的
性状が非常によく似ている豚鼻腔内存在菌アルカリゲネ
ス・フェカリスはこれらのプローブを用いたハイブリダ
イゼーション法によりまったく検出されない。
定し、これを用いてハイブリダイゼーションを行うこと
により、ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出が可能で
ある。また、ボルデテラ・ブロンキセプチカと生化学的
性状が非常によく似ている豚鼻腔内存在菌アルカリゲネ
ス・フェカリスはこれらのプローブを用いたハイブリダ
イゼーション法によりまったく検出されない。
rRNA−DNAハイブリダイゼーションでは、DNA
−DNAハイブリダイゼーションの場合のように検体の
前処理(アルカリ処理等)は必要としない。またrRN
Aはコピー数が多いため、DNA−DNAハイブリダイ
ゼーションの場合には通常10時間以上要するハイブリ
ダイゼーション時間が、rRNA−DNAハイブリダイ
ゼーションでは1〜2時間時間下よい。
−DNAハイブリダイゼーションの場合のように検体の
前処理(アルカリ処理等)は必要としない。またrRN
Aはコピー数が多いため、DNA−DNAハイブリダイ
ゼーションの場合には通常10時間以上要するハイブリ
ダイゼーション時間が、rRNA−DNAハイブリダイ
ゼーションでは1〜2時間時間下よい。
以下、実施例により本発明をさらに具体的に説明する。
実施例1 ボルデテラ・ブロンキセプチカの165rR
NA遺伝子の単離とDNA塩基配 列の決定 1)ボルデテラ・ブロンキセプチカD N Aの精製ボ
ルデテラ・ブロンキセプチカS1株をヒツジ血液加ポル
デジヤング寒天培地にて培養後、菌体を白金耳にてかき
とり、りん酸生理食塩水に懸濁した。菌体を遠心分離に
より回収した後、0.1%リゾチームを含む10 m?
J Tris−HCI−10mM EDTA (pH
8,0)中で0℃、30分間インキュベートし、プロテ
ナーセKを0.1 mg/−になるように加え、次いで
SDSを終濃度1%加え45℃、30分間インキュベー
トした。さらに、等容の水飽和フェノールを加え、遠心
分離により水層を回収、これにクロロホルムを加え遠心
分離で水層を回収した。2.5容の冷エタノールを加え
ガラス棒で生じた沈澱を巻きとり、風乾後、10 mM
Tris−)1[:I−1mM EDTA (pH
8,0)に溶解し、DNA標品とした。
NA遺伝子の単離とDNA塩基配 列の決定 1)ボルデテラ・ブロンキセプチカD N Aの精製ボ
ルデテラ・ブロンキセプチカS1株をヒツジ血液加ポル
デジヤング寒天培地にて培養後、菌体を白金耳にてかき
とり、りん酸生理食塩水に懸濁した。菌体を遠心分離に
より回収した後、0.1%リゾチームを含む10 m?
J Tris−HCI−10mM EDTA (pH
8,0)中で0℃、30分間インキュベートし、プロテ
ナーセKを0.1 mg/−になるように加え、次いで
SDSを終濃度1%加え45℃、30分間インキュベー
トした。さらに、等容の水飽和フェノールを加え、遠心
分離により水層を回収、これにクロロホルムを加え遠心
分離で水層を回収した。2.5容の冷エタノールを加え
ガラス棒で生じた沈澱を巻きとり、風乾後、10 mM
Tris−)1[:I−1mM EDTA (pH
8,0)に溶解し、DNA標品とした。
2) P CR法による16S rRNA遺伝子断片の
増幅と単離 細菌165 rRNA共通配列に対応する合成りNAブ
ライマーを用い、P CR(PolymeraseCh
ain Reaction)法によりボルデテラ・ブロ
ンキセプチカDNA中の16S rRNA遺伝子断片を
増幅した。PCR反応はパーキンエルマー・シータス社
のサーマルサイクラ−及びGeneAmpキットを用い
説明書記載の方法にしたがって実施した。プライマーは
DNA合成機(アプライド・バイオシステムズ社モデル
391EP)を用いて合成した。プライマーの配列には
、クローニングが容易に行えるように、5゛末端Hin
d■リンカ−を導入した。プライマーの配列は次の通り
。
増幅と単離 細菌165 rRNA共通配列に対応する合成りNAブ
ライマーを用い、P CR(PolymeraseCh
ain Reaction)法によりボルデテラ・ブロ
ンキセプチカDNA中の16S rRNA遺伝子断片を
増幅した。PCR反応はパーキンエルマー・シータス社
のサーマルサイクラ−及びGeneAmpキットを用い
説明書記載の方法にしたがって実施した。プライマーは
DNA合成機(アプライド・バイオシステムズ社モデル
391EP)を用いて合成した。プライマーの配列には
、クローニングが容易に行えるように、5゛末端Hin
d■リンカ−を導入した。プライマーの配列は次の通り
。
ATG[:A AGCTT G[:CAG CAGCC
GCGGT AATACATGCA AGCTT TG
ACG GGCGG TGTGT ACAAGボルデテ
ラ・ブロンキセプチカDNAより上記のプライマーを用
いPCR反応を行い、反応生成物をアガロース電気泳動
法により分離精製した。得られた約800塩基のDNA
断片をHindIIIで消化し、これをプラスミド・ベ
クターpUc119の)IindIII切断部位にクロ
ーニングした。
GCGGT AATACATGCA AGCTT TG
ACG GGCGG TGTGT ACAAGボルデテ
ラ・ブロンキセプチカDNAより上記のプライマーを用
いPCR反応を行い、反応生成物をアガロース電気泳動
法により分離精製した。得られた約800塩基のDNA
断片をHindIIIで消化し、これをプラスミド・ベ
クターpUc119の)IindIII切断部位にクロ
ーニングした。
3)ボルデテラ・ブロンキセブチカ16S rRNA完
全長遺伝子のクローニング 2)で得られたDNA断片は完全長のボルデテラ・ブロ
ンキセプチカ16S rRNA遺伝子ではない。そこで
、これをプローブとしてλファージ・ベクターを用いて
作製したボルデテラ・ブロンキセプチカDNAライブラ
リーをスクリーニングし、完全長の16S rRN A
遺伝子を含むクローンを単離した。
全長遺伝子のクローニング 2)で得られたDNA断片は完全長のボルデテラ・ブロ
ンキセプチカ16S rRNA遺伝子ではない。そこで
、これをプローブとしてλファージ・ベクターを用いて
作製したボルデテラ・ブロンキセプチカDNAライブラ
リーをスクリーニングし、完全長の16S rRN A
遺伝子を含むクローンを単離した。
ボルテ°テラ・ブロンキセプチ力D N AをBamH
Iで消化し、λファージ・ベクターEMBL 4のBa
mH1切断部位に連結、パッケージング・キット(GI
GAPACK GOLD、 Stratagene社)
でパッケージングしボルデテラ・ブロンキセプチカDN
Aライブラリーを作製した。
Iで消化し、λファージ・ベクターEMBL 4のBa
mH1切断部位に連結、パッケージング・キット(GI
GAPACK GOLD、 Stratagene社)
でパッケージングしボルデテラ・ブロンキセプチカDN
Aライブラリーを作製した。
次いで、2)で得られたDNA断片をプローブとして、
DNAラベリング・デテクションキット(非放射性、ベ
ーリンガー社)を用いてプラーク・ハイブリダイゼーシ
ョン法により、スクリーニングを行った。方法はキット
のプロトコールに従った。得られた陽性クローンよりD
NAを単離解析したところ、完全長16SrRNA遺伝
子を含む1OkbのBamHI断片を有していた。
DNAラベリング・デテクションキット(非放射性、ベ
ーリンガー社)を用いてプラーク・ハイブリダイゼーシ
ョン法により、スクリーニングを行った。方法はキット
のプロトコールに従った。得られた陽性クローンよりD
NAを単離解析したところ、完全長16SrRNA遺伝
子を含む1OkbのBamHI断片を有していた。
さらに詳細に検討したところ、このDNA断片を5al
lで消化して得られる約1.7kbのDNA断片上に完
全長16S rRNA遺伝子が含まれていることが明ら
かとなり、これをプラスミド・ベクターpUc119の
BamHI−8alI切断部位にクローニングしプラス
ミドpBS 1を得た。
lで消化して得られる約1.7kbのDNA断片上に完
全長16S rRNA遺伝子が含まれていることが明ら
かとなり、これをプラスミド・ベクターpUc119の
BamHI−8alI切断部位にクローニングしプラス
ミドpBS 1を得た。
4) ホル7’ テラ・ブロンキセプチカ165 r
RNA遺伝子塩基配列の決定 プラスミドpBs 1を用いて、ボルデテラ・ブロンキ
セプチカ16s rRNA遺伝子の塩基配列を決定した
。
RNA遺伝子塩基配列の決定 プラスミドpBs 1を用いて、ボルデテラ・ブロンキ
セプチカ16s rRNA遺伝子の塩基配列を決定した
。
pBs 1をBamHI及び5acIで完全消化した後
にエキソヌクレアーゼIIIにて限定消化した。
にエキソヌクレアーゼIIIにて限定消化した。
これをMung beanヌクレアーゼ、DNAポリメ
ラーゼI Klenow断片で処理、DNAリガーセで
連結し、大腸菌MV1184に形質転換した。得られた
コロニーより、プラスミドを調製し、適当なサイズの段
階欠失変異株を選択した。こうして作製した段階変異株
を用い、5equenase Version2、 O
D N A Sequencing Kit(U S
B社)で塩基配列分析を行った。方法はキット説明書に
従った。
ラーゼI Klenow断片で処理、DNAリガーセで
連結し、大腸菌MV1184に形質転換した。得られた
コロニーより、プラスミドを調製し、適当なサイズの段
階欠失変異株を選択した。こうして作製した段階変異株
を用い、5equenase Version2、 O
D N A Sequencing Kit(U S
B社)で塩基配列分析を行った。方法はキット説明書に
従った。
実施例2 rRNA−DNAプローブ法によるボルデ
テラ・ブロンキセプチカの検出 1)プローブの合成 AGGCCGAAGCCCGTGCTGC[1,G (
Bbl: 68〜88番目の逆相補鎖)の塩基配列を有
するオリゴヌクレオチドD ’N Aを合成した。合成
はDNA合成機(アプライド・バイオシステムズ社モデ
ル39−I EP)によった。精製はOPCカートリッ
ジ(アプライド・バイオシステムズ社)で行った。
テラ・ブロンキセプチカの検出 1)プローブの合成 AGGCCGAAGCCCGTGCTGC[1,G (
Bbl: 68〜88番目の逆相補鎖)の塩基配列を有
するオリゴヌクレオチドD ’N Aを合成した。合成
はDNA合成機(アプライド・バイオシステムズ社モデ
ル39−I EP)によった。精製はOPCカートリッ
ジ(アプライド・バイオシステムズ社)で行った。
2)プローブの標識
合成したプローブの5”末端をMEGALABEL(D
NA 5“末端標識キット、宝酒造社)を用いて32p
で標識した。
NA 5“末端標識キット、宝酒造社)を用いて32p
で標識した。
3)ハイブリダイゼーション
被検液に終濃度10%のN−アセチル−L−システィン
を加え37℃、30分間処理した。
を加え37℃、30分間処理した。
この処理により、rRNAを安定化させることができる
ほか、豚の重粘液等の粘度の高い試料を低粘度化できる
。この試料100μlを、ドツトプロット作製装置(ア
トパンチツク東洋社、DP48等)に供し、ナイロン膜
(ナイトラン13NSS&S社)上にスポットした。8
0℃で2時間乾燥後、60℃のプレハイブリダイゼーシ
ョン溶液(5XSSC,5xDenhaldt’s溶液
、0.2%、SDS、100%g/ml酵母tRNA)
に1時間浸漬した。続いて60℃のノ1イブリダイゼー
ション溶液(プレハイブリダイゼーション溶液に2 x
106c、 p、m、、/ 10−のP 3iBj識
プローブを加えたもの)に2時間浸漬した。
ほか、豚の重粘液等の粘度の高い試料を低粘度化できる
。この試料100μlを、ドツトプロット作製装置(ア
トパンチツク東洋社、DP48等)に供し、ナイロン膜
(ナイトラン13NSS&S社)上にスポットした。8
0℃で2時間乾燥後、60℃のプレハイブリダイゼーシ
ョン溶液(5XSSC,5xDenhaldt’s溶液
、0.2%、SDS、100%g/ml酵母tRNA)
に1時間浸漬した。続いて60℃のノ1イブリダイゼー
ション溶液(プレハイブリダイゼーション溶液に2 x
106c、 p、m、、/ 10−のP 3iBj識
プローブを加えたもの)に2時間浸漬した。
60℃の5xSSC−0,2% SDS溶液で2分間ず
つ3回洗浄し、風乾後、X線フィルム及び増感スクリー
ンを用いて、−70℃で16時間オートラジオグラフィ
ーを行った。
つ3回洗浄し、風乾後、X線フィルム及び増感スクリー
ンを用いて、−70℃で16時間オートラジオグラフィ
ーを行った。
さらに、ナイロン膜上のスポットを切りとり、液体シン
チレーション・カウンターを用いて、放射能カウントを
測定し、結果の数値化を行った。
チレーション・カウンターを用いて、放射能カウントを
測定し、結果の数値化を行った。
ボルデテラ・ブロンキセプチカ各種菌株(野外分離株を
含む)、大腸菌、枯草菌、緑膿菌、アルカリゲネス・フ
ェカリスの培養液を用いて上記方法に従って、検出を行
った。結果を第1図及び第1表に示す。ボルデテラ・ブ
ロンキセプチカについては、すべての菌株と強くハイブ
リダイズしているが、類縁菌のアルカリゲネス・フェカ
リス及びその他の菌株とはまったく反応しなかった。
含む)、大腸菌、枯草菌、緑膿菌、アルカリゲネス・フ
ェカリスの培養液を用いて上記方法に従って、検出を行
った。結果を第1図及び第1表に示す。ボルデテラ・ブ
ロンキセプチカについては、すべての菌株と強くハイブ
リダイズしているが、類縁菌のアルカリゲネス・フェカ
リス及びその他の菌株とはまったく反応しなかった。
また、ボルデテラ・ブロンキセプチカ培養液を段階希釈
したもので本方法の感度を測定した。
したもので本方法の感度を測定した。
これより、約103個の菌数で十分検出できることがわ
かる。
かる。
第 1 表
実施例3 他のプローブを用いた例
CTCC[:TCTGA CACACTCTAG CC
CGGTATT AAAA (Bb3)(632〜66
5番目の逆相補鎖) GCA[:TCCCAA ATCTCTT[:GG G
ATT (Bb4)(998〜1021番目
の逆相補鎖) の2種類の合成りNAプローブを用いてボルデテラ・ブ
ロンキセプチカの検出を行った。
CGGTATT AAAA (Bb3)(632〜66
5番目の逆相補鎖) GCA[:TCCCAA ATCTCTT[:GG G
ATT (Bb4)(998〜1021番目
の逆相補鎖) の2種類の合成りNAプローブを用いてボルデテラ・ブ
ロンキセプチカの検出を行った。
プレハイブリダイゼーション溶液を5xSSC。
5xDenhaldt’ s溶液、0.2%SDS、3
0%ホルムアミド、100μg/rnl酵母tRNAの
組成に変更した以外は、実施例2と同様の方法によった
。
0%ホルムアミド、100μg/rnl酵母tRNAの
組成に変更した以外は、実施例2と同様の方法によった
。
結果を第2図及び第3図にそれぞれ示す。8b3及びB
b4いずれを用いた場合でも、実施例2と同様ボルデテ
ラ・ブロンキセプチカのみが検出された。
b4いずれを用いた場合でも、実施例2と同様ボルデテ
ラ・ブロンキセプチカのみが検出された。
実施例4 豚鼻粘液からのボルデテラ・ブロンキセプチ
カの検出 豚2頭の両鼻腔内にボルデテラ・ブロンキセプチカSI
株I相菌を10”個ずつ接種した。1週間後、常法の培
養による細菌検査でボルデテラ・ブロンキセブチ力の感
染が確認された2頭の豚の鼻粘液を綿棒で採取し、これ
を1rnlのリン酸生理食塩水に懸濁した。次いで、こ
の0,5−に20%N−アセチル−L−システィンを等
容加えたものを試料として実施例2と同様の方法でボル
デテラ・ブロンキセプチカの検出を行った。また、対照
としては、ボルデテラ・ブロンキセプチカを接種してい
ないプライマIJ −S P F豚から採取した鼻粘液
を用いた。結果を第2表及び第4図に示す。
カの検出 豚2頭の両鼻腔内にボルデテラ・ブロンキセプチカSI
株I相菌を10”個ずつ接種した。1週間後、常法の培
養による細菌検査でボルデテラ・ブロンキセブチ力の感
染が確認された2頭の豚の鼻粘液を綿棒で採取し、これ
を1rnlのリン酸生理食塩水に懸濁した。次いで、こ
の0,5−に20%N−アセチル−L−システィンを等
容加えたものを試料として実施例2と同様の方法でボル
デテラ・ブロンキセプチカの検出を行った。また、対照
としては、ボルデテラ・ブロンキセプチカを接種してい
ないプライマIJ −S P F豚から採取した鼻粘液
を用いた。結果を第2表及び第4図に示す。
本発明方法を用いることによりボルデテラ・ブロンキセ
プチカを感染豚鼻粘液から直接に検出することが可能で
あることがわかる。
プチカを感染豚鼻粘液から直接に検出することが可能で
あることがわかる。
(発明の効果)
本発明のDNAをプローブとして用いるボルデテラ・ブ
ロンキセプチカの検出法は、通常の分離・同定による検
出法と比較して短時間で且つ多数の検体を検査すること
ができる。ボルデテラ・ブロンキセプチカ感染豚の鼻粘
液には約106個/−以上のボルデテラ・ブロンキセプ
チカが存在すると考えられているので、本方法を用いて
鼻粘液からボルデテラ・ブロンキセプチカ感染豚の直接
診断も可能である。
ロンキセプチカの検出法は、通常の分離・同定による検
出法と比較して短時間で且つ多数の検体を検査すること
ができる。ボルデテラ・ブロンキセプチカ感染豚の鼻粘
液には約106個/−以上のボルデテラ・ブロンキセプ
チカが存在すると考えられているので、本方法を用いて
鼻粘液からボルデテラ・ブロンキセプチカ感染豚の直接
診断も可能である。
第1図、第2図及び第3図は、本発明のDNAプローブ
Bbl 、Bb3及びBb4をそれぞれ用いてボルデテ
ラ・ブロンキセプチカを検出した結果を示す図面である
。 第4図は、ボルデテラ・ブロンキセプチカを感染豚鼻粘
液から検出した結果を示す図面である。
Bbl 、Bb3及びBb4をそれぞれ用いてボルデテ
ラ・ブロンキセプチカを検出した結果を示す図面である
。 第4図は、ボルデテラ・ブロンキセプチカを感染豚鼻粘
液から検出した結果を示す図面である。
Claims (4)
- (1)下記の塩基配列で表されるボルデテラ・ブロンキ
セプチカの16SrRNA遺伝子。 【遺伝子配列があります】 - (2)請求項(1)記載の遺伝子に含まれるDNA塩基
配列又はその逆相補鎖塩基配列を有するDNA断片であ
って、下記の群から選択されたDNA断片の少なくとも
一部を含むDNA断片。 68〜77番目、 214〜221番目、 429〜435番目、 467〜471番目、 632〜643番目、 654〜665番目、 1002〜1012番目、 1021〜1022番目、 1276〜1280番目、 1449〜1452番目及び 1462〜1464番目 - (3)請求項(1)記載の遺伝子に含まれるDNA塩基
配列又はその逆相補鎖塩基配列を有するDNA断片であ
って、下記の群から選択されたDNA断片の少なくとも
一部を含むDNA断片。 75〜77番目、 431番目、 467〜471番目、 640〜643番目、 664〜665番目、 1449〜1452番目及び 1462〜1464番目 - (4)請求項(2)又は(3)記載のDNA断片をプロ
ーブとして用いてハイブリダイゼーション法を行いボル
デテラ・ブロンキセプチカを検出することを特徴とする
ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2304758A JPH04179480A (ja) | 1990-11-09 | 1990-11-09 | ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2304758A JPH04179480A (ja) | 1990-11-09 | 1990-11-09 | ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH04179480A true JPH04179480A (ja) | 1992-06-26 |
Family
ID=17936877
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2304758A Pending JPH04179480A (ja) | 1990-11-09 | 1990-11-09 | ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPH04179480A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104480219A (zh) * | 2015-01-22 | 2015-04-01 | 新疆天康畜牧生物技术股份有限公司 | 一种用于支气管败血波氏杆菌实时荧光定量pcr方法的引物 |
-
1990
- 1990-11-09 JP JP2304758A patent/JPH04179480A/ja active Pending
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104480219A (zh) * | 2015-01-22 | 2015-04-01 | 新疆天康畜牧生物技术股份有限公司 | 一种用于支气管败血波氏杆菌实时荧光定量pcr方法的引物 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Anderson et al. | Detection of Rochalimaea henselae DNA in specimens from cat scratch disease patients by PCR | |
Wieler et al. | Shiga toxin-producing Escherichia coli strains from bovines: association of adhesion with carriage of eae and other genes | |
Leal-Klevezas et al. | Use of polymerase chain reaction to detect Brucella abortus biovar 1 in infected goats | |
Calsamiglia et al. | Application of a nested polymerase chain reaction assay to detect Mycoplasma hyopneumoniae from nasal swabs | |
Dutilh et al. | Specific amplification of a DNA sequence common to all Chlamydia trachomatis serovars using the polymerase chain reaction | |
Kaur et al. | Simultaneous assay for four bacterial species including Alloiococcus otitidis using multiplex-PCR in children with culture negative acute otitis media | |
Beyer et al. | A nested PCR method for the detection of Bacillus anthracis in environmental samples collected from former tannery sites | |
Dharakul et al. | Detection of Burkholderia pseudomallei DNA in patients with septicemic melioidosis | |
Ahrens et al. | Two markers, IS901-IS902 and p40, identified by PCR and by using monoclonal antibodies in Mycobacterium avium strains | |
JP2009291218A (ja) | 髄膜炎菌種の細菌に特異的なdnaおよび蛋白質またはペプチド、それらの取得方法およびそれらの生物学的応用 | |
Sellon et al. | Nucleic acid amplification for rapid detection of Rhodococcus equi in equine blood and tracheal wash fluids | |
US20040197789A1 (en) | Detecting microoragnisms of the yersinia pestis/yersinia pseudotubercolosis species and/or differentiating between yersinia pestis and yersinia pseudotubercolosis | |
US5877273A (en) | Peptides encoded by nuclease sequences of actinomycetales and application as immunogenic compositions | |
US5985576A (en) | Species-specific genetic identification of Mycobacterium paratuberculosis | |
Arriaga et al. | Detection of Rhodococcus equi by polymerase chain reaction using species-specific nonproprietary primers | |
WO1993011219A1 (en) | Novel adherent and invasive mycoplasma | |
JPH04179480A (ja) | ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 | |
Yamazaki et al. | Distribution of Chlamydia trachomatis serovars among female prostitutes and non-prostitutes in Thailand, and non-prostitutes in Japan during the mid-90s | |
TW200806689A (en) | Polynucleotides of haemophilus parasuis and its use | |
SALEHI et al. | Isolation of Brucella abortus using PCR-RFLP analysis | |
US20030165870A1 (en) | Novel sequences of E. coli CFT073 | |
KR20130086154A (ko) | 약독화된 미코플라스마와 관련된 방법 | |
KR101111621B1 (ko) | 역의 상보서열의 특이 구조를 가진 고감도 프라이머를 이용한 오리엔티아 쯔쯔가무시 균의 검출법 | |
Hashim et al. | Detection of pspA Gene (Pneumococcal Surface Protein A) in Streptococcus pneumoniae Isolated from COVID-19 Patients | |
IWAMOTO et al. | Isolation of Chlamydia psittaci from domestic cats with oculonasal discharge in Japan |