JPH04179480A - ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 - Google Patents

ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法

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JPH04179480A
JPH04179480A JP2304758A JP30475890A JPH04179480A JP H04179480 A JPH04179480 A JP H04179480A JP 2304758 A JP2304758 A JP 2304758A JP 30475890 A JP30475890 A JP 30475890A JP H04179480 A JPH04179480 A JP H04179480A
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bordetella bronchiseptica
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probe
dna fragment
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Takashi Taneda
種田 貴至
Satoshi Nunofuji
聡 布藤
Shizuo Mise
三瀬 静男
Tetsuya Sakano
阪野 哲也
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NIPPN Corp
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Nippon Flour Mills Co Ltd
National Federation of Agricultural Cooperative Associations
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 (産業上の利用分野) 本発明はボルデテラ・ブロンキセプチカの163リボゾ
ームRNA (rRNA)遺伝子、プローブ用DNA断
片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの
検出法に関する。
(従来の技術) ボルデテラ・ブロンキセプチカは豚、犬、ウサギ、モル
モット、ラット及び七面鳥等の多種の動物に感染し、保
菌されている。また、ヒトからの分離例も報告されてい
る。ボルデテラ・ブロンキセプチカはこれらの動物に呼
吸器病を引き起こす重要な病原菌である。
豚においては、その養豚規模が拡大するにつれ各種の慢
性呼吸器疾患の発生が増加しており、とりわけ萎縮性鼻
炎(Atrophic rhinitis;以下ARと
略す)は、我が国のみならず世界の豚群で広く発生して
いる。重病は、鼻甲介骨の萎縮・欠損及び顔面の変形の
みならず、二次的に他の呼吸器感染症の誘発、発胃の遅
延などにより、経済的損失を招いている。
ARの原因に関して、歴史的には遺伝病や栄養障害説も
報告されていたが、1960年代以後にボルデテラ・ブ
ロンキセプチカ(Bordetellabronchi
septica)  I相菌を単独で子豚の鼻腔内に接
種することにより、AR病変が形成されることが明らか
にされた。
マウス、モルモット及びラット等の実験動物では、ボル
デテラ・ブロンキセプチカに感染すると気管支肺炎とな
る。このため重囲に感染している動物を試験に用いるこ
とは好ましくなく、重囲に感染していない動物群の作成
とその維持に努力が払われている。
ボルデテラ・ブロンキセプチカ感染の有無を診断する方
法としては、動物の鼻腔・上部気管粘液等から原因菌で
あるボルデテラ・ブロンキセプチカを分離・同定する方
法、あるいは対象動物の血清から凝集抗体を検出する血
清学的診断方法が行われている。しかし、血清学的診断
方法は、ワクチンを接種した対象動物では用いることが
できず、診断的意義は小さい。確実な診断を行うために
;ま原因菌であるボルデテラ・ブロンキセプナカを分離
・同定し、感染の有無を確認する必要がある。
重囲は、ダラム陰性の小桿菌で、主な生化学的性状とし
てはブドウ糖分解能陰性、尿素分解能陽性、クエン酸塩
利用能陽性等が挙げろれる。
重囲の分離・同定方法は、綿棒等により採取した検査材
料を50〜100μg/−のフラジリドンを加えたマツ
コンキー寒天培地等に接種し、37℃で2〜4日間培養
する。8現した淡紫色半透明のコロニーを純培養し、形
態学的及び各種生化学試験、さらにボルデテラ・ブロン
キセプチカ■相菌免疫ウサギ血清を使用してスライド凝
集反応を行い菌を同定する。しかし、検査材料中には、
多種類の菌が存在していることが多く、その中からボル
デテラ・ブロンキセプチカのみを分離するには熟練と経
験を要し、その手法は煩雑であり最終的に同定するまで
に約−週間を必要とする。
(発明が解決しようとする課題) 本発明の目的は、ボルデテラ・ブロンキセプチカの16
5 rRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれら
を用いてボルデテラ・ブロンキセプチカを短期間で簡便
に検出する方法を提供することである。
(課題を解決するた約の手段) 本発明は、下記の塩基配列で表されるボルデテラ・ブロ
ンキセプチカの16S rRNA遺伝子を提供するもの
である。
[i1’A[iUi’Li1iT’l” 「GA(iA
GGA匹 A[I:A肛CAじA  CTGGGA[T
GA[:AUG[:[:[:TAA  AじGATGT
じAA  U’l’A[iL:’l’[1lT1.i 
 [166Lビi’ i’ [[i G本発明はまた、
上記遺伝子に含まれるDNA塩基配列又はその逆相補鎖
塩基配列を有するDNA断片であって、下記の群から選
択されたD N A断片の少なくとも一部を含むDNA
断片を提供するものである。
68〜77番目、 214〜221番目、 429〜435番目、 467〜471番目、 632〜643番目、 654〜665番目、 1002〜1012番目、 1021〜1022番目、 1276〜1280番目、 1449〜1452番目、及び 1462〜1464番目 上記D N A断片のうち特に好ましし)ものは、下記
の群から選択されたDNA断片の少なくとも一部を含む
DNA断片である。
75〜77番目、 431番目、 467〜471番目、 640〜643番目、 664〜665番目、 1449〜1452番目、及び 1462〜1464番目 本発明はさらに上記DNA断片をプローブとして用いて
、ハイブリダイゼーション法、好ましくはrRNA−D
NAハイブリダイゼーション法を行いボルデテラ・ブロ
ンキセプチカを検出することを特徴とするボルデテラ・
ブロンキセプチカの検出法を提供するものである。
以下、本発明の詳細な説明する。
リボゾームRN A (r R?N’A )は生物が生
存する上で必須の細胞構成成分であり、その構造は生物
の進化の過程において比較的よく保存されている。たと
えば大腸菌と枯草菌のrRNAを比較した場合70〜8
0%の相同性がある。
rRNAの中でも165 rRNAにライては、比較的
よく研究がなされており多くの生物種においてその塩基
配列が同定されでいる。163 rRN Aには種々の
生物で共通に保存されている領域以外に生物種によって
構造が異なる可変領域の存在が知られており、この領域
に対応するDNAプローブを用いてハイブリダイゼーシ
ョン法により細菌の検圧・同定を行う方法が近年開発さ
れてきた。
rRNAは細胞光たり104個以上存在しハイブリダイ
ゼーション法のターゲットとしては感度の面からも有効
である。しかしながら、この方法を利用するためには目
的とする細菌の165 rRNA、あるいはその遺伝子
の塩基配列が同定されていなければならない。
ボルテ°テラ・フ゛ロンキセプチカにおいても、16S
 rRNAの塩基配列は知られていない。そこで、ボル
デテラ・ブロンキセプチカより165  rRN A遺
伝子を単離、全塩基配列を決定し、これを既知の細菌1
65 rRNAの塩基配列と比較し型閉特異領域を同定
した。さらに、この特異領域に相補するDNAプローブ
を合成し、これを使用したボルデテラ・ブロンキセプチ
カの検出法を開発した。
以下、その概要を説明する。
^)ボルデテラ・ブロンキセプチカの165  rRN
A遺伝子のクローニングと全塩基配列の決定1) P 
CR法による165 rRNA遺伝子断片のクローニン
グ 既知の種々の細菌のrRNA塩基配列を比較検討し共通
配列構造の領域を推定する。次いで、この領域に対応す
る配列に)Iindlff !Jンカーを導入したプラ
イマーDNAを合成し、PCR法でボルデテラ・ブロン
キセプチカDNA中の165 rRNA遺伝子領域内の
約800塩基の断片を増幅、プラスミドp U C11
8HindI[[切断部位にクローニングする。得られ
た遺伝子を塩基配列分析し、既知の165rRN A塩
基配列との比較により、165rRNA遺伝子の一部で
あることを確認する。
2)完全長16SrRNA遺伝子のクローニングPCR
法でクローニングした遺伝子断片を用いて、完全長の1
6SrRNA遺伝子を分離する。
ボルデテラ・ブロンキセプチカDNAを3amH1で切
断、λファージ・ベクターE!、+BL4に挿入しDN
Aライブラリーを作製する。これを、PCR法でクロー
ニングした 165rRNA遺伝子断片をプローブとす
るプラーク・ハイブリダイモーション法でスクリーニン
グし、完全長16S rRNA遺伝子を含むクローンを
選択する。得られたクローンをさらに詳細に分析し、最
終的に165 rRN 、A、完全長遺伝子を含む約1
.7kbのBam)II−3all D N A断片を
得る。
3)ボルデテラ・ブロンキセプチカ16S rRNA遺
伝子の塩基配列分析 塩基配列の決定はキロシーフェンス法により行う。プラ
スミドpU C119BamHI−3all切断部位に
挿入した遺伝子をエキソヌクレアーゼ■及びMung 
beanヌクレアーゼにより処理し段階欠失変異株を分
離、これを用いてジデオキシ法により塩基配列を分析す
る。決定した塩基配列をパーソナル・コンピューターを
用いて既知の他種細菌16S rRNAの配列と比較し
遺伝子領域を特定する。
B)ボルデテラ・ブロンキセプチカの165  rRN
A遺伝子の特異領域の決定 決定したボルデテラ・ブロンキセプチカ163rRNA
遺伝子塩基配列と既知の他種細菌16SrRNA遺伝子
塩基配列との比較によりボルデテラ・ブロンキセブチ力
に特異的な領域を決定する。
解析はパーソナルコンピューター及び遺伝子解析ソフト
ウェア(GENIAS :三井情報開発)を用いHar
r plot法等の方法により行う。
C)プローブDNAの合成 り)で決定したボルデテラ・ブロンキセプチカ16S 
rRN A遺伝子の特異配列領域より15〜50塩基程
度のヌクレオチド配列を選択しその逆相補鎖をプローブ
DNAとしてDNA合成機で合成する。
例えば、好ましい配列としては、 Bbl  AGGCCGAAG[:  [:CGTGC
TGCCG(68〜88番目の逆相補鎖) Bb2ArATcGGccGcTccAATA6丁GC
GAGG[:CCG  AA (203〜234番目の逆相補鎖) Bb3  CTCCCTCTGA  CACACT[:
TAGCCCGGTAGTT  AAAA (632〜665番目の逆相補順) Bb4  GCACTCC[:AA  ATCTCTT
CGG  GATT(998〜1021番目の逆相補釦
) Bb5  CTGCCAAAAG  TGCTTTAC
AA(421〜440番目の逆相補鎖) Bb6   [:GTCAGTTG[:  ACAGG
(465〜479番目の逆相補鎖) などが挙げられる。
D)rRNA−DNAハイブリダイゼーション法による
ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出C)で合成したプ
ローブを用いてハイブリダイゼーションによるボルデテ
ラ・ブロンキセプチカの検出を行う。
検体をドツトプロット作製装置に供しナイロン膜上に固
定し、これを用いてハイブリダイゼーションを行うこと
により、ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出が可能で
ある。また、ボルデテラ・ブロンキセプチカと生化学的
性状が非常によく似ている豚鼻腔内存在菌アルカリゲネ
ス・フェカリスはこれらのプローブを用いたハイブリダ
イゼーション法によりまったく検出されない。
rRNA−DNAハイブリダイゼーションでは、DNA
−DNAハイブリダイゼーションの場合のように検体の
前処理(アルカリ処理等)は必要としない。またrRN
Aはコピー数が多いため、DNA−DNAハイブリダイ
ゼーションの場合には通常10時間以上要するハイブリ
ダイゼーション時間が、rRNA−DNAハイブリダイ
ゼーションでは1〜2時間時間下よい。
以下、実施例により本発明をさらに具体的に説明する。
実施例1 ボルデテラ・ブロンキセプチカの165rR
NA遺伝子の単離とDNA塩基配 列の決定 1)ボルデテラ・ブロンキセプチカD N Aの精製ボ
ルデテラ・ブロンキセプチカS1株をヒツジ血液加ポル
デジヤング寒天培地にて培養後、菌体を白金耳にてかき
とり、りん酸生理食塩水に懸濁した。菌体を遠心分離に
より回収した後、0.1%リゾチームを含む10 m?
J Tris−HCI−10mM EDTA  (pH
8,0)中で0℃、30分間インキュベートし、プロテ
ナーセKを0.1 mg/−になるように加え、次いで
SDSを終濃度1%加え45℃、30分間インキュベー
トした。さらに、等容の水飽和フェノールを加え、遠心
分離により水層を回収、これにクロロホルムを加え遠心
分離で水層を回収した。2.5容の冷エタノールを加え
ガラス棒で生じた沈澱を巻きとり、風乾後、10 mM
 Tris−)1[:I−1mM EDTA  (pH
8,0)に溶解し、DNA標品とした。
2) P CR法による16S rRNA遺伝子断片の
増幅と単離 細菌165 rRNA共通配列に対応する合成りNAブ
ライマーを用い、P CR(PolymeraseCh
ain Reaction)法によりボルデテラ・ブロ
ンキセプチカDNA中の16S rRNA遺伝子断片を
増幅した。PCR反応はパーキンエルマー・シータス社
のサーマルサイクラ−及びGeneAmpキットを用い
説明書記載の方法にしたがって実施した。プライマーは
DNA合成機(アプライド・バイオシステムズ社モデル
391EP)を用いて合成した。プライマーの配列には
、クローニングが容易に行えるように、5゛末端Hin
d■リンカ−を導入した。プライマーの配列は次の通り
ATG[:A AGCTT G[:CAG CAGCC
GCGGT AATACATGCA AGCTT TG
ACG GGCGG TGTGT ACAAGボルデテ
ラ・ブロンキセプチカDNAより上記のプライマーを用
いPCR反応を行い、反応生成物をアガロース電気泳動
法により分離精製した。得られた約800塩基のDNA
断片をHindIIIで消化し、これをプラスミド・ベ
クターpUc119の)IindIII切断部位にクロ
ーニングした。
3)ボルデテラ・ブロンキセブチカ16S rRNA完
全長遺伝子のクローニング 2)で得られたDNA断片は完全長のボルデテラ・ブロ
ンキセプチカ16S rRNA遺伝子ではない。そこで
、これをプローブとしてλファージ・ベクターを用いて
作製したボルデテラ・ブロンキセプチカDNAライブラ
リーをスクリーニングし、完全長の16S rRN A
遺伝子を含むクローンを単離した。
ボルテ°テラ・ブロンキセプチ力D N AをBamH
Iで消化し、λファージ・ベクターEMBL 4のBa
mH1切断部位に連結、パッケージング・キット(GI
GAPACK GOLD、 Stratagene社)
でパッケージングしボルデテラ・ブロンキセプチカDN
Aライブラリーを作製した。
次いで、2)で得られたDNA断片をプローブとして、
DNAラベリング・デテクションキット(非放射性、ベ
ーリンガー社)を用いてプラーク・ハイブリダイゼーシ
ョン法により、スクリーニングを行った。方法はキット
のプロトコールに従った。得られた陽性クローンよりD
NAを単離解析したところ、完全長16SrRNA遺伝
子を含む1OkbのBamHI断片を有していた。
さらに詳細に検討したところ、このDNA断片を5al
lで消化して得られる約1.7kbのDNA断片上に完
全長16S rRNA遺伝子が含まれていることが明ら
かとなり、これをプラスミド・ベクターpUc119の
BamHI−8alI切断部位にクローニングしプラス
ミドpBS 1を得た。
4) ホル7’ テラ・ブロンキセプチカ165  r
RNA遺伝子塩基配列の決定 プラスミドpBs 1を用いて、ボルデテラ・ブロンキ
セプチカ16s rRNA遺伝子の塩基配列を決定した
pBs 1をBamHI及び5acIで完全消化した後
にエキソヌクレアーゼIIIにて限定消化した。
これをMung beanヌクレアーゼ、DNAポリメ
ラーゼI Klenow断片で処理、DNAリガーセで
連結し、大腸菌MV1184に形質転換した。得られた
コロニーより、プラスミドを調製し、適当なサイズの段
階欠失変異株を選択した。こうして作製した段階変異株
を用い、5equenase Version2、 O
D N A Sequencing Kit(U S 
B社)で塩基配列分析を行った。方法はキット説明書に
従った。
実施例2  rRNA−DNAプローブ法によるボルデ
テラ・ブロンキセプチカの検出 1)プローブの合成 AGGCCGAAGCCCGTGCTGC[1,G (
Bbl: 68〜88番目の逆相補鎖)の塩基配列を有
するオリゴヌクレオチドD ’N Aを合成した。合成
はDNA合成機(アプライド・バイオシステムズ社モデ
ル39−I EP)によった。精製はOPCカートリッ
ジ(アプライド・バイオシステムズ社)で行った。
2)プローブの標識 合成したプローブの5”末端をMEGALABEL(D
NA 5“末端標識キット、宝酒造社)を用いて32p
で標識した。
3)ハイブリダイゼーション 被検液に終濃度10%のN−アセチル−L−システィン
を加え37℃、30分間処理した。
この処理により、rRNAを安定化させることができる
ほか、豚の重粘液等の粘度の高い試料を低粘度化できる
。この試料100μlを、ドツトプロット作製装置(ア
トパンチツク東洋社、DP48等)に供し、ナイロン膜
(ナイトラン13NSS&S社)上にスポットした。8
0℃で2時間乾燥後、60℃のプレハイブリダイゼーシ
ョン溶液(5XSSC,5xDenhaldt’s溶液
、0.2%、SDS、100%g/ml酵母tRNA)
に1時間浸漬した。続いて60℃のノ1イブリダイゼー
ション溶液(プレハイブリダイゼーション溶液に2 x
 106c、 p、m、、/ 10−のP 3iBj識
プローブを加えたもの)に2時間浸漬した。
60℃の5xSSC−0,2% SDS溶液で2分間ず
つ3回洗浄し、風乾後、X線フィルム及び増感スクリー
ンを用いて、−70℃で16時間オートラジオグラフィ
ーを行った。
さらに、ナイロン膜上のスポットを切りとり、液体シン
チレーション・カウンターを用いて、放射能カウントを
測定し、結果の数値化を行った。
ボルデテラ・ブロンキセプチカ各種菌株(野外分離株を
含む)、大腸菌、枯草菌、緑膿菌、アルカリゲネス・フ
ェカリスの培養液を用いて上記方法に従って、検出を行
った。結果を第1図及び第1表に示す。ボルデテラ・ブ
ロンキセプチカについては、すべての菌株と強くハイブ
リダイズしているが、類縁菌のアルカリゲネス・フェカ
リス及びその他の菌株とはまったく反応しなかった。
また、ボルデテラ・ブロンキセプチカ培養液を段階希釈
したもので本方法の感度を測定した。
これより、約103個の菌数で十分検出できることがわ
かる。
第  1  表 実施例3 他のプローブを用いた例 CTCC[:TCTGA CACACTCTAG CC
CGGTATT AAAA (Bb3)(632〜66
5番目の逆相補鎖) GCA[:TCCCAA ATCTCTT[:GG G
ATT      (Bb4)(998〜1021番目
の逆相補鎖) の2種類の合成りNAプローブを用いてボルデテラ・ブ
ロンキセプチカの検出を行った。
プレハイブリダイゼーション溶液を5xSSC。
5xDenhaldt’ s溶液、0.2%SDS、3
0%ホルムアミド、100μg/rnl酵母tRNAの
組成に変更した以外は、実施例2と同様の方法によった
結果を第2図及び第3図にそれぞれ示す。8b3及びB
b4いずれを用いた場合でも、実施例2と同様ボルデテ
ラ・ブロンキセプチカのみが検出された。
実施例4 豚鼻粘液からのボルデテラ・ブロンキセプチ
カの検出 豚2頭の両鼻腔内にボルデテラ・ブロンキセプチカSI
株I相菌を10”個ずつ接種した。1週間後、常法の培
養による細菌検査でボルデテラ・ブロンキセブチ力の感
染が確認された2頭の豚の鼻粘液を綿棒で採取し、これ
を1rnlのリン酸生理食塩水に懸濁した。次いで、こ
の0,5−に20%N−アセチル−L−システィンを等
容加えたものを試料として実施例2と同様の方法でボル
デテラ・ブロンキセプチカの検出を行った。また、対照
としては、ボルデテラ・ブロンキセプチカを接種してい
ないプライマIJ −S P F豚から採取した鼻粘液
を用いた。結果を第2表及び第4図に示す。
本発明方法を用いることによりボルデテラ・ブロンキセ
プチカを感染豚鼻粘液から直接に検出することが可能で
あることがわかる。
(発明の効果) 本発明のDNAをプローブとして用いるボルデテラ・ブ
ロンキセプチカの検出法は、通常の分離・同定による検
出法と比較して短時間で且つ多数の検体を検査すること
ができる。ボルデテラ・ブロンキセプチカ感染豚の鼻粘
液には約106個/−以上のボルデテラ・ブロンキセプ
チカが存在すると考えられているので、本方法を用いて
鼻粘液からボルデテラ・ブロンキセプチカ感染豚の直接
診断も可能である。
【図面の簡単な説明】
第1図、第2図及び第3図は、本発明のDNAプローブ
Bbl 、Bb3及びBb4をそれぞれ用いてボルデテ
ラ・ブロンキセプチカを検出した結果を示す図面である
。 第4図は、ボルデテラ・ブロンキセプチカを感染豚鼻粘
液から検出した結果を示す図面である。

Claims (4)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)下記の塩基配列で表されるボルデテラ・ブロンキ
    セプチカの16SrRNA遺伝子。 【遺伝子配列があります】
  2. (2)請求項(1)記載の遺伝子に含まれるDNA塩基
    配列又はその逆相補鎖塩基配列を有するDNA断片であ
    って、下記の群から選択されたDNA断片の少なくとも
    一部を含むDNA断片。 68〜77番目、 214〜221番目、 429〜435番目、 467〜471番目、 632〜643番目、 654〜665番目、 1002〜1012番目、 1021〜1022番目、 1276〜1280番目、 1449〜1452番目及び 1462〜1464番目
  3. (3)請求項(1)記載の遺伝子に含まれるDNA塩基
    配列又はその逆相補鎖塩基配列を有するDNA断片であ
    って、下記の群から選択されたDNA断片の少なくとも
    一部を含むDNA断片。 75〜77番目、 431番目、 467〜471番目、 640〜643番目、 664〜665番目、 1449〜1452番目及び 1462〜1464番目
  4. (4)請求項(2)又は(3)記載のDNA断片をプロ
    ーブとして用いてハイブリダイゼーション法を行いボル
    デテラ・ブロンキセプチカを検出することを特徴とする
    ボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法。
JP2304758A 1990-11-09 1990-11-09 ボルデテラ・ブロンキセプチカの16SrRNA遺伝子、プローブ用DNA断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 Pending JPH04179480A (ja)

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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104480219A (zh) * 2015-01-22 2015-04-01 新疆天康畜牧生物技术股份有限公司 一种用于支气管败血波氏杆菌实时荧光定量pcr方法的引物

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CN104480219A (zh) * 2015-01-22 2015-04-01 新疆天康畜牧生物技术股份有限公司 一种用于支气管败血波氏杆菌实时荧光定量pcr方法的引物

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