JP7473223B2 - 推定器学習装置、推定器学習方法、及び、推定器学習プログラム - Google Patents
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Description
所定の染色液で染色した生体物質試料を複数の波長帯でそれぞれ撮影した染色画像を取得する画像取得部と、
それぞれの前記染色画像における前記生体物質試料に含まれる細胞核の領域を抽出する細胞核抽出部と、
それぞれの前記染色画像から、前記細胞核の領域における各波長帯の吸光度を算出する色情報取得部と、
前記各波長帯の吸光度と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する推定器を学習する推定器学習部と、
を備える、
推定器学習装置である。
(構成例1)
図1は、本実施形態の推定器学習のシステムの構成例を示す図である。本実施形態の推定器学習のシステム10は、推定器学習装置100、ハイパースペクトルカメラ200を含む。推定器学習装置100は、画像取得部102、細胞核抽出部104、色情報取得部106、色素量算出部108、吸光度推定部110、推定器学習部112を含む。推定器学習装置100と、ハイパースペクトルカメラ200とは、直接、又は、ネットワーク等を介して、通信可能に接続されている。
〈がん推定器学習〉
図4は、推定器学習装置におけるがん推定器の学習の際の動作フローの例を示す図である。
色素量算出部108は、次のように、推定行列X+を吸光度ベクトルaに乗算することによって、試料に取り込まれた染色液毎の画素毎(位置毎)の推定色素量C′を求めることができる。XTは、Xの転置行列である。
差分ベクトルeは、S103で算出された吸光度ベクトルaとここで推定された吸光度ベクトルa′とに基づいて、次のように表される。
S106では、推定器学習部112は、S103で算出した染色画像の細胞核の吸光度ベクトルaと、S105で推定した染色画像の細胞核の吸光度ベクトルa′(差分ベクトルe)と、当該染色画像に含まれる細胞核ががんであるか非がんであるかの情報との関係を、機械学習等により分析する。分析には、ニューラルネットワークによるディープラーニング、Regression SVM、Regression Random Forest、多重回帰分析、Look Up Table等の学習空間を利用する手法等が使用され得る。また、分析には他の深層学習が利用されてもよい。推定器学習部112は、例えば、染色画像の吸光度ベクトルa及び差分ベクトルeを入力データとし、染色画像における細胞核のがんまたは非がんの情報を出力データとする。推定器学習部112は、吸光度ベクトルa及び差分ベクトルeを入力データとする際、それぞれ、正規化してもよい。推定器学習部112は、吸光度ベクトルを、例えば、エオジンのビーク波長である540nmの吸光度で割ることにより、正規化することができる。推定器学習部112は、当該入力データと当該出力データとが紐付けられた教師あり学習により、がん推定器を学習する。がん推定器は、より多くの吸光度ベクトルa及び差分ベクトルeと細胞核のがんまたは非がんの情報との組を用いることで最適化される。また、がん推定器は、染色液毎に学習することができる。推定器学習部112は、吸光度ベクトルa、吸光度ベクトルa′、及び、差分ベクトルeのうちいずれか1つと、細胞核ががんであるか非がんであるかの情報とを用いて、がん推定器を学習してもよい。がん推定器は、記憶手段に格納される。ベクトルの正規化は、例えば、ベクトルの成分のうち絶対値が最も大きい値で、当該ベクトルを割ったものを、新たなベクトル(正規化されたベクトル)とすることで実現できる。
染色画像における細胞核には、色の濃い画素(透過率が低い、吸光度が高い)、色の薄い画素(透過率が高い、吸光度が低い)が存在する。また、色の濃い/薄い画素には、エオジンによる染色の色の濃い/薄い画素、及び、ヘマトキシリンによる染色の色の濃い/薄い画素がある。上記の例では、細胞核における透過率が高い部分と低い部分(吸光度の高い部分と低い部分)とを区別せずに、がん推定器を学習している。細胞核における透過率が高い部分と低い部分(吸光度が高い部分と低い部分)とでは、性質が異なると考えられるため、ここでは区別して学習する。なお、吸光度は、透過率の逆数の対数である(吸光度=-log(透過率))。透過率が増加すると、吸光度は単調減少する。吸光度の代わりに透過率が使用されてもよい。
図8は、推定装置におけるがん推定の際の動作フローの例を示す図である。ここでは、推定装置300は、がん推定対象の細胞を染色した染色画像と、上記のがん推定器とを用いて、がん推定を行なう。
ここでは、非がん組織の切片の染色画像とがん組織の切片の染色画像を用いて、推定器学習装置100により学習したがん推定器の性能を示す。各組織の切片は、あらかじめ、病理医によってがんか非がんかが判定されている。比較対象として、ハイパースペクトルカメラ200の代わりにRGBカメラで撮影された染色画像を用いて、推定器学習装置100と同様に、学習したがん推定器の性能についても示す。RGBカメラでは、赤色を含むバンドの染色画像、緑色を含むバンドの染色画像、青色を含むバンドの染色画像が得られる。RGBカメラで撮影された染色画像を用いた場合、がん推定器の精度は79.8%、感度は82.8%、特異度は74.2%であった。感度は、がんの細胞をがんと推定した確率である。特異度は、非がんの細胞を非がんと推定した確率である。精度は、がんと判定したもののうち、がんの細胞である確率である。
上記では、非がん組織の切片の染色画像とがん組織の切片の染色画像を用いて、推定器学習装置100により学習したがん推定器の性能を示した。非がん組織の切片とがん組織の切片とは、異なる被験者より採取した切片である。そのため、被験者Aの非がん組織の切片と被験者Bのがん組織の切片とでは、被験者の違いの影響で、色合いが異なる可能性がある。ここでは、同一切片の同一組織における陽性細胞核(増殖している細胞核)と陰性細胞核(正常な細胞核、陽性細胞核以外の細胞核)を用いて、推定器学習装置100により学習したがん推定器の性能を示す。ここでは、HE染色画像と、MIB1染色画像とが使用される。HE染色画像は、切片を、ヘマトキシリン(Hematoxylin)、エオジン(Eosin)の染色液で染色して撮影した画像である。ここでは、ハイパースペクトルカメラ200で51バンドで撮影されたHE染色画像を用いている。MIB1染色画像は、切片を、さらに、免疫染色においてKi-67をMIB-1抗体で染色して、茶色に染まる細胞核を陽性細胞核とし青色に染まる細胞核を陰性細胞核とした染色画像である。ここでは、陽性細胞核(Ki-67陽性核)を仮にがん細胞とみなす。推定器学習装置100は、51バンドで撮影したHE染色画像の各細胞核の吸光度ベクトルa及び差分ベクトルeと、MIB1染色画像の各細胞核の陽性細胞核または陰性細胞核の情報との組を用いて、がん推定器を学習する。ここでは、Support Vector Machineを用いてForward step wise法で特徴選択を行った。このとき、がん推定器の陽性細胞核推定の精度は、65%であった。陽性細胞核推定の精度は、陽性細胞核と推定した細胞核のうち、陽性細胞核である確率である。
推定器学習装置100は、ハイパースペクトルカメラ200でバンド毎に撮影された染色液で染色された細胞核を含む染色画像を取得する。ハイパースペクトルカメラ200を用いることで、多くのバンドの染色画像を得ることができる。推定器学習装置100は、取得された試料の染色画像において、細胞核の領域を、利用者等に選択させること等により、染色画像における細胞核の領域を抽出する。推定器学習装置100は、各バンドの染色画像の抽出された細胞核の領域から、染色画像内の細胞核における各画素(位置)の吸光度を求める。推定器学習装置100は、吸光度、既知である染色液の分光吸収係数に基づいて、画素毎に、試料に取り込まれた染色液の色素量を算出する。また、推定器学習装置100は、算出された色素量と染色液の分光吸収係数Xに基づいて、吸光度ベクトルを推定する。推定器学習装置100は、染色画像から求めた吸光度ベクトルと、推定された吸光度ベクトルとの差分である、差分ベクトルを算出する。推定器学習装置100は、染色画像の細胞核の吸光度ベクトルa及び推定した染色画像の細胞核の吸光度ベクトルa′と吸光度ベクトルとの差分である差分ベクトルeと、当該染色画像に含まれる細胞核ががんであるか非がんであるかの情報との関係を、機械学習等により分析し、がん推定器を学習する。がん推定器は、染色画像の細胞核の吸光度ベクトル等に基づいて、当該細胞核ががんであるか非がんであるかを推定することができる。推定器学習装置100は、より多くのバンドの染色画像を用いることで、より性能の高い、がん推定器を構築することができる。推定器学習装置100は、ランバートベールの法則に基づいて、差分ベクトルeを算出することができる。推定器学習装置100は、差分ベクトルeを用いて、がん推定器を学習することで、より性能の高い、がん推定器を構築することができる。
コンピュータその他の機械、装置(以下、コンピュータ等)に上記いずれかの機能を実現させるプログラムをコンピュータ等が読み取り可能な記録媒体に記録することができる。そして、コンピュータ等に、この記録媒体のプログラムを読み込ませて実行させることにより、その機能を提供させることができる。
以上、本発明の実施形態を説明したが、これらはあくまで例示にすぎず、本発明はこれらに限定されるものではなく、特許請求の範囲の趣旨を逸脱しない限りにおいて、各構成の組み合わせなど、当業者の知識に基づく種々の変更が可能である。
100 :推定器学習装置
102 :画像取得部
104 :細胞核抽出部
106 :色情報取得部
108 :色素量算出部
110 :吸光度推定部
112 :推定器学習部
200 :ハイパースペクトルカメラ
300 :推定装置
302 :画像取得部
304 :細胞核抽出部
306 :色情報取得部
308 :色素量算出部
310 :吸光度推定部
312 :推定部
314 :がん推定器
90 :情報処理装置
91 :プロセッサ
92 :メモリ
93 :記憶部
94 :入力部
95 :出力部
96 :通信制御部
Claims (7)
- (削除)
- 所定の染色液で染色した生体物質試料を複数の波長帯でそれぞれ撮影した染色画像を取得する画像取得部と、
それぞれの前記染色画像における前記生体物質試料に含まれる細胞核の領域を抽出する細胞核抽出部と、
それぞれの前記染色画像から、前記細胞核の領域における各波長帯の吸光度を算出する色情報取得部と、
前記各波長帯の吸光度と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する推定器を学習する推定器学習部と、
前記色情報取得部で算出された前記細胞核の領域の前記各波長帯の吸光度と、前記染色液の分光吸収係数に基づいて、前記細胞核の領域に取り込まれた前記染色液の色素量を推定する色素量算出部と、
前記色素量と前記分光吸収係数とに基づいて、前記細胞核の領域における各波長帯の推定の吸光度である各波長帯の推定吸光度を推定する吸光度推定部と、を備え、
前記推定器学習部は、前記各波長帯の吸光度及び前記各波長帯の吸光度と前記各波長帯の推定吸光度との差分と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度及び前記差分から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する前記推定器を学習する、
推定器学習装置。 - 前記各波長帯の吸光度及び前記差分は、それぞれ、正規化されている、
請求項2に記載の推定器学習装置。 - 前記推定器学習部は、所定の波長帯における前記吸光度が所定値以上であるもの及び前記所定値未満であるものうちいずれか一方を使用して、前記推定器を学習する、
請求項2または3に記載の推定器学習装置。 - 前記細胞核が前記所定状態であるか否かは、前記細胞核ががんであるか非がんであるかである、
請求項2から4のいずれか1項に記載の推定器学習装置。 - 推定器学習装置が、
所定の染色液で染色した生体物質試料を複数の波長帯でそれぞれ撮影した染色画像を取得し、
それぞれの前記染色画像における前記生体物質試料に含まれる細胞核の領域を抽出し、
それぞれの前記染色画像から、前記細胞核の領域における各波長帯の吸光度を算出し、
前記各波長帯の吸光度と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する推定器を学習し、
算出された前記細胞核の領域の前記各波長帯の吸光度と、前記染色液の分光吸収係数に基づいて、前記細胞核の領域に取り込まれた前記染色液の色素量を推定し、
前記色素量と前記分光吸収係数とに基づいて、前記細胞核の領域における各波長帯の推定の吸光度である各波長帯の推定吸光度を推定し、
前記各波長帯の吸光度及び前記各波長帯の吸光度と前記各波長帯の推定吸光度との差分と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度及び前記差分から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する前記推定器を学習する、
ことを実行する推定器学習方法。 - 推定器学習装置が、
所定の染色液で染色した生体物質試料を複数の波長帯でそれぞれ撮影した染色画像を取得し、
それぞれの前記染色画像における前記生体物質試料に含まれる細胞核の領域を抽出し、
それぞれの前記染色画像から、前記細胞核の領域における各波長帯の吸光度を算出し、
前記各波長帯の吸光度と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する推定器を学習し、
算出された前記細胞核の領域の前記各波長帯の吸光度と、前記染色液の分光吸収係数に基づいて、前記細胞核の領域に取り込まれた前記染色液の色素量を推定し、
前記色素量と前記分光吸収係数とに基づいて、前記細胞核の領域における各波長帯の推定の吸光度である各波長帯の推定吸光度を推定し、
前記各波長帯の吸光度及び前記各波長帯の吸光度と前記各波長帯の推定吸光度との差分と、前記生体物質試料に対応付けられる前記生体物質試料に含まれる前記細胞核が所定状態であるか否かの情報との関係とに基づいて、前記各波長帯の吸光度及び前記差分から前記細胞核が所定状態であるか否かを推定する前記推定器を学習する、
ことを実行するための推定器学習プログラム。
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