JP7436383B2 - 操作された調節性t細胞 - Google Patents

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Description

本発明は、操作された調節性T細胞(Treg)に関する。特に、本発明は、ミエリン塩基性タンパク質(MBP)に特異的に結合することが可能なT細胞受容体(TCR)を含むTregに関する。本発明は、操作されたTregを提供するための方法、ならびに前記操作されたTregの方法および使用にさらに関する。
多くの自己免疫性および炎症性中枢神経系(CNS)疾患には、自己反応性T細胞が関与する。例えば、多発性硬化症(MS)は、中枢神経系の自己免疫性炎症性脱髄性状態であり、若い成人において最も一般的な神経学的障害である。
自己免疫性および炎症性CNS疾患のための現行の処置は、一般に、免疫系を抑制する。例えば、1つの処置は、細胞増殖抑制薬および免疫抑制(immunosupressive)薬の投与に加えて、骨髄の移植を含む。自家造血幹細胞移植は、一部の患者について持続的な有益な効果を有し得るが、この手順は、かなりの毒性およびリスクと関連する攻撃的な骨髄破壊的コンディショニングを要求する。
いくつかの疾患改変性処置(DMT)が、臨床的再発の頻度を低減させるために承認されているが、ほとんどの患者は、現行の治療スケジュールの下で臨床的に悪化し続ける。DMTも幹細胞移植も、自己免疫性および炎症性CNS疾患の免疫病理のCNS特異的抑制を媒介することができない。
現在、自己免疫性および炎症性CNS疾患のための有効な処置は存在しない。処置は、通常は免疫系の全般的な抑制によって、その症状を低減させることにのみ焦点を当てている。CNS疾患の開始および進行と関連する局所的免疫応答を特異的に標的化する治療が必要とされている。
本発明は、T細胞受容体遺伝子導入テクノロジーを、抗原特異的Tregを生成するために使用することができるという、本発明者らの決定に少なくとも一部基づく。ヒト抗原特異的Tregは、活性化されたT細胞を抑制できることが示されている。
特に、本発明者らは、例えば、精製されたTreg中へのMBP-TCR遺伝子のレトロウイルス導入によって、ならびに通常のCD4T細胞中へのMBP-TCRおよびフォークヘッドボックスP3(FOXP3)遺伝子のレトロウイルス導入によって、MBP特異的Tregを産生した。理論に束縛されることは望まないが、MBPに対して特異的なTCRを有するこれらの操作されたTregは、疾患、例えば、自己免疫性疾患の抑制において使用され得、このとき、中枢神経系(CNS)におけるMBP特異的Tregの局所的活性化が、MSおよび他のCNS炎症性状態において見られるCNS病理を抑制し得る。
理論に束縛されることは望まないが、本発明者らが病原性T細胞の増殖を抑制するTregを開発することができることは、予測されなかった。Treg中のTCRは、通常のT細胞中のTCRよりも、自己抗原に対するより高い親和性を有することが、当該分野において以前に示唆された(本明細書に参照により組み込まれる、Pacholczyk and Kern Immunology, 2008. 125(4) 450-458)。島抗原特異的TCRで形質導入されたTregは、ウイルス抗原特異的TCRを発現するTregよりも効率が低いことも報告されている。これは、正当なTreg特異的TCR要件、例えば、ある特定の親和性要件であり得ることが示唆された。したがって、Tregレパートリーは、高度に多様であり、通常のT細胞のレパートリーと比較して、別個の一連のT細胞受容体を有すると考えられた。本発明者らは、通常のT細胞から単離されたMBP特異的TCRが、Treg細胞において首尾よく発現され得、機能的Tregを産生できることを、予想外に実証した。
したがって、本発明は、ペプチドが主要組織適合複合体(major histocompatibility complex)(MHC)分子によって提示される場合に、MBP111-129(配列番号3)に対して少なくとも90%の同一性を含むペプチドまたはその断片に特異的に結合することが可能なT細胞受容体(TCR)を含む、操作された調節性T細胞(Treg)を提供する。
MBP111-129ペプチドは、DRB10401に弱く結合することが公知である。これは、例えば、高い親和性でHLA-DR15に結合するMBP81-99とは対照的である。
適切には、TCRは、ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP111-129(配列番号3)に対して少なくとも90%の同一性を有するペプチドまたはその断片に特異的に結合することが可能である。
適切には、ペプチドは、HLA-DRB10401分子によって提示されることが可能であり得る。
TCRは、α鎖およびβ鎖を含み、
α鎖およびβ鎖が各々、3つの相補性決定領域(CDR)を含み、各CDR3の配列が、
CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号5)
CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号6)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
であり得る。
TCRのα鎖は、以下のアミノ酸配列:
CDR1α - TISGTDY(配列番号7)
CDR2α - GLTSN(配列番号8)
CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号9)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
を有する3つのCDRを含み得;
TCRのβ鎖は、以下のアミノ酸配列:
CDR1β - DFQATT(配列番号10)
CDR2β - SNEGSKA(配列番号11)
CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号12)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
を有する3つのCDRを含み得る。
TCRのα鎖の可変領域は、配列番号13に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得、配列同一性はCDR配列を含まず;
TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号14に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得、配列同一性はCDR配列を含まない。
TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得;
TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
TCRのα鎖およびβ鎖の定常領域ドメインは各々、α鎖とβ鎖との間での追加のジスルフィド結合の形成を可能にする、さらなるシステイン残基を含み得る。適切には、さらなるジスルフィド結合は、内因性TCR鎖と誤って対になることを低減させる。
TCRのα鎖は、配列番号13に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得;
TCRのβ鎖は、配列番号14に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
一態様では、被験体から単離されたT細胞に由来する。
別の態様では、本発明は、本発明に従う操作されたTregを含む医薬組成物を提供する。
一態様では、本発明は、疾患を処置する際の使用のための、本発明に従う操作されたTregまたは医薬組成物に関する。
別の態様では、本発明は、医薬の製造における、本発明に従う操作されたTregまたは医薬組成物の使用に関する。
一態様では、疾患を処置または予防することを必要とする被験体において疾患を処置または予防するための方法であって、本発明に従う操作されたTregまたは医薬組成物を被験体に投与するステップを含む、方法が提供される。
別の態様では、疾患が多発性硬化症である、本発明に従う使用のための操作されたTregもしくは医薬組成物、使用または方法が提供される。
一態様では、被験体が、HLADRB10401陽性の被験体である、本発明に従う使用のための操作されたTregもしくは医薬組成物、使用または方法が提供される。
別の態様では、本明細書に記載のTCRをコードする核酸配列およびFOXP3をコードする核酸配列を含むベクターが提供される。
一態様では、本明細書に記載のTCRをコードする核酸配列を含む第1のポリヌクレオチドまたはベクターと、FOXP3をコードする核酸配列を含む第2のポリヌクレオチドまたはベクターとを含む、ポリヌクレオチドのキットまたはベクターのキットが提供される。適切には、第1および第2のポリヌクレオチドまたはベクターは、別々である。
一態様では、本発明に従う操作されたTregを産生するための方法であって、細胞中に、本明細書で規定されるTCRをコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップを含む方法が提供される。
適切には、T細胞は、FOXP3を発現する天然のTregである。
一態様では、この方法は、細胞中に、FOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップをさらに含む。
適切には、細胞はT細胞である。
適切には、T細胞は、「通常の」T細胞である。
本発明の方法の一態様では、TCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3をコードするポリヌクレオチドを導入するステップは、順次、別々にまたは同時に実施される。
本発明の方法の別の態様では、TCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3をコードするポリヌクレオチドは、本発明のベクターを使用して細胞に導入される。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP111-129(配列番号3)を含む前記ペプチドまたは配列番号3に対して少なくとも90%の同一性を有するバリアントまたはその断片に特異的に結合することが可能なT細胞受容体(TCR)を含む、操作された調節性T細胞(Treg)。
(項目2)
前記ペプチドが、HLA-DRB1 0401分子によって提示されることが可能である、項目1に記載の操作されたTreg。
(項目3)
前記TCRが、α鎖およびβ鎖を含み、
前記α鎖および前記β鎖が各々、3つの相補性決定領域(CDR)を含み、各CDR3の配列が、
CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号5)
CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号6)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
である、先行する項目のいずれかに記載の操作されたTreg。
(項目4)
前記TCRの前記α鎖が、以下のアミノ酸配列:
CDR1α - TISGTDY(配列番号7)
CDR2α - GLTSN(配列番号8)
CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号9)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
を有する3つのCDRを含み;
前記TCRの前記β鎖が、以下のアミノ酸配列:
CDR1β - DFQATT(配列番号10)
CDR2β - SNEGSKA(配列番号11)
CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号12)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
を有する3つのCDRを含む、項目3に記載の操作されたTreg。
(項目5)
a)前記TCRの前記α鎖の可変領域が、配列番号19に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記配列同一性が、項目4に記載のCDR配列を含まず;
(b)前記TCRの前記β鎖の可変領域が、配列番号21に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記配列同一性が、項目4に記載のCDR配列を含まない、
項目4に記載の操作されたTreg。
(項目6)
(a)前記TCRの前記α鎖の可変領域が、配列番号19に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;
(b)前記TCRの前記β鎖の可変領域が、配列番号21に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
項目1から4のいずれかに記載の操作されたTreg。
(項目7)
前記TCRの前記α鎖およびβ鎖の定常領域ドメインが各々、前記α鎖と前記β鎖との間での追加のジスルフィド結合の形成を可能にする、さらなるシステイン残基を含む、先行する項目のいずれかに記載の操作されたTreg。
(項目8)
(a)前記TCRの前記α鎖が、配列番号13に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;
(b)前記TCRの前記β鎖が、配列番号14に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
先行する項目のいずれかに記載の操作されたTreg。
(項目9)
被験体から単離されたT細胞に由来する、先行する項目のいずれかに記載の操作されたTreg。
(項目10)
先行する項目のいずれかに記載の操作されたTregを含む医薬組成物。
(項目11)
疾患を処置する際の使用のための、先行する項目のいずれかに記載の操作されたTregまたは医薬組成物。
(項目12)
医薬の製造における、項目1から10のいずれかに記載の操作されたTregまたは医薬組成物の使用。
(項目13)
疾患を処置または予防することを必要とする被験体において疾患を処置または予防するための方法であって、項目1から10のいずれかに記載の操作されたTregまたは医薬組成物を前記被験体に投与するステップを含む、方法。
(項目14)
前記疾患が多発性硬化症である、項目11から13のいずれかに記載の、使用のための操作されたTregもしくは医薬組成物、使用または方法。
(項目15)
前記被験体が、HLADRB1 0401陽性の被験体である、項目11から14のいずれかに記載の、使用のための操作されたTregもしくは医薬組成物、使用または方法。
(項目16)
項目1から9のいずれか一項に記載のTCRをコードする核酸配列およびFOXP3をコードする核酸配列を含むベクター。
(項目17)
項目1から9のいずれか一項に記載のTCRをコードする核酸配列を含む第1のポリヌクレオチドまたはベクターと、FOXP3をコードする核酸配列を含む第2のポリヌクレオチドまたはベクターとを含む、ポリヌクレオチドまたはベクターのキット。
(項目18)
項目1から9のいずれかに記載の操作されたTregを産生するための方法であって、細胞中に、項目1から9のいずれかに記載のTCRをコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップを含む、方法。
(項目19)
前記細胞中に、FOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップをさらに含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記細胞がT細胞である、項目18に記載の方法。
(項目21)
前記T細胞が、FOXP3を発現する天然のTregである、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記T細胞が通常のT細胞である、項目20に記載の方法。
(項目23)
TCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3をコードする前記ポリヌクレオチドを導入するステップが、順次、別々にまたは同時に実施される、項目19または項目22に記載の方法。
(項目24)
TCRをコードする前記ポリヌクレオチドおよびFOXP3をコードする前記ポリヌクレオチドが、項目16に記載のベクターを使用して前記細胞に導入される、項目23に記載の方法。
図1は、(A)MBP TCRアルファおよびベータ鎖ならびに(B)FOXP3プラスTCRアルファおよびベータ鎖をコードするpMP71レトロウイルスベクターの概略図である。
図2は、MS2-3C8 TCR pMP71を示す図である。MS2-3C8 TCRは、HLA-DRB10401によって提示されるMBP111-129(配列番号3)を認識する。TCRはコドン最適化されており、定常アルファドメインおよびベータドメインの両方がマウス化されており、c-アルファとc-ベータとの間に追加のジスルフィド結合が加えられている。
図3は、3’T2A部位において停止コドンが除去され、MS-2 TCRの上流のRsrII部位およびEcoR1部位中に挿入されたFOXP3遺伝子を含む、FOXP3-2A-MS2-3C8 TCR pMP71を示す図である。
図4は、研究設計を示す概略図である。A)操作されたTregにおけるMBP特異的抑制機能の実証。B)HLAトランスジェニックマウスモデルにおけるMS様免疫病理を抑制するように操作されたTregの使用。
図5は、マウスTCR定常領域およびFOXP3の発現を介して形質導入のレベルを評価するために7日目に実施した代表的なフローサイトメトリー分析を示すプロットを示す図である。TregおよびTconv細胞は、モック形質導入され、またはTCR(MS-2)もしくはTCR+FOXP3(MS-2 FOXP3)で形質導入される。
図6は、非形質導入細胞上の(d0)、または形質導入された細胞集団に対してゲーティングした(d7)、Treg表面マーカーの相対的発現を示すグラフである。n=2~4。これらの結果は、調節性T細胞が、in vitro拡大増殖(expansion)の間にFOXP3発現を維持することを実証している。
図7は、ペプチドによるエフェクターT細胞の再刺激を示すグラフである。チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞を、ヒトHLA-DR4およびCD80またはCD86で形質導入した。CD80またはCD86を発現する細胞を、引き続く実験のために等量で一緒に混合した。CHO細胞を、飽和量(10μM/ml)のMBP111-129(配列番号3)(LSRFSWGAEGQRPGFGYGG)と共に、培養培地中で10×10/mLで再懸濁した。MS2またはMS2-FOXP3構築物で形質導入されたT細胞を洗浄し、カウントし、完全RPMI中に0.5×10細胞/mlで再懸濁した。細胞を、ペプチドありまたはなしで、インキュベートしたCHO細胞と共に1:1で4時間蒔いた。細胞を固定し、透過処理(permeablised)し、その後、IL-2に対する抗体およびIFNγに対する抗体で染色した。T細胞の形質導入効率は、「Td=」によって示される。
図8は、ペプチドによるTreg細胞の再刺激を示すグラフである。方法は、エフェクターT細胞の代わりにTregを使用した、図7について上記したものであった。
図9は、形質導入されたT細胞を、ペプチド(pepide)パルスした照射(irradtiated)APCありまたはなしで4日間培養したことを示す図である。上清を収集し、ELISAによってIL-2およびIFNgについてアッセイした(n=2~4)。これらのデータは、TCR形質導入されたTregおよびTCR-FOXP3変換されたTconvが、コグネートペプチドに対して低応答性であることを示している。
図10は、MS2 TCRを発現する細胞からのIL-2およびIFNγ産生ならびにMS2 TCRおよびFOXP3を発現するT細胞からの産生を示す図である(n=3)。TCRおよびTCR+FOXP3で形質導入された通常のT細胞(Tconv)は、TCR単独で形質導入された通常の細胞よりも少ないIL-2を産生する。
図11は、TCR形質導入されたTconvを、CFSEで染色し、1 Tconv:0.01 APCの比で、ペプチドパルスした照射APCありまたはなしで4日間培養したことを示す図である。モックTreg(一番左の棒)、MBP TCR形質導入されたTreg(左から2番目の棒)、MBP TCR-FOXP3形質導入されたTreg(左から3番目の棒)およびMBP TCR-FOXP3形質導入されたTconv(各群において、左から4番目の棒)を、示された比で添加した。増殖を、CFSE染色したTconvの希釈物を分析することによって決定した(B)。これらのデータは、TCR形質導入されたTregが、T細胞応答を抗原特異的様式で抑制することを示している。
図12は、TCR形質導入されたTconvをCFSEで染色し、1 Tconv:0.01 APCの比で、ペプチドパルスした照射APCありまたはなしで4日間培養したことを示す図である。モックTreg(一番左の棒)、MBP TCR形質導入されたTreg(左から2番目の棒)、MBP TCR-FOXP3形質導入されたTreg(左から3番目の棒)およびMBP TCR-FOXP3形質導入されたTconv(各群において、左から4番目の棒)を、示された比で添加した。上清を収集し、ELISAによってIL-2についてアッセイした。これらのデータは、TCR形質導入されたTregが、T細胞応答を抗原特異的様式で抑制することを示している。
図13は、MS2.3C8アルファ可変(Va26-2)ドメインのアルファ鎖V領域のヌクレオチド配列である、配列番号18の配列を示す図である。
図14は、MS2.3C8アルファ可変(Va26-2)ドメインのアルファ鎖V領域のアミノ酸配列である、配列番号19の配列を示す図である。
図15は、ヒトαV領域およびマウス定常領域である、配列番号13のアミノ酸配列を示す図である。
図16は、MS2.3C8ベータ可変ドメインのベータ鎖ヒトV領域のヌクレオチド配列である、配列番号20の配列を示す図である。
図17は、MS2.3C8ベータ可変ドメインのベータ鎖ヒトV領域のヌクレオチド配列である、配列番号21のアミノ酸配列を示す図である。
図18は、ヒトβV領域およびマウスC領域のポリペプチド配列である、配列番号14の配列を示す図である。
図19は、CDR配列を除くMS2.3C8アルファ可変アミノ酸配列である、配列番号22の配列を示す図である。
図20は、CDR配列を除くMS2.3C8ベータ可変アミノ酸配列である、配列番号23の配列を示す図である。
図21は、FOXP3をコードする配列番号24の核酸配列を示す図である。
図22は、FOXP3である配列番号25のアミノ酸配列を示す図である。
図23は、CD4+CD25+Tregを、ビーズ選別によって、HLA-DRB0401トランスジェニックマウスのリンパ節および脾細胞から単離したことを示す図である。Tregを、TCR+マウスFOXP3で形質導入した。形質導入された細胞および等しい数のCD45.1+OTIトランスジェニックT細胞を、4Gy照射でコンディショニングしたHLA-DRB0401トランスジェニック宿主中に注射した。7日後に、マウスに、不完全フロイント(Freud's)アジュバント中30ugのオボアルブミン(OVA)または30ugのOVAおよび30ugのヒトミエリン塩基性タンパク質(MBP)を、右または左の脇腹に皮下注射した A。対になったFACSプロットは、同じマウスの右および左の鼠径部リンパ節中の、CD45.1によって同定されたOTI細胞を示す。左のプロットは、未注射の脇腹(ペプチドなし)からのデータを示し、右のプロットは、OVAペプチドを注射した脇腹からのデータを示す B。対になったFACSプロットは、同じマウスの右および左の鼠径部リンパ節中のOTI細胞を示す。左のプロットは、OVAを注射した脇腹からのデータを示し、右のプロットは、OVA+MBPペプチドを注射した脇腹からのデータを示す C。OVAまたはOVA+MBPを受けた脇腹の鼠径部リンパ節中の%CD45.1+細胞(左パネル)およびCD45.1細胞の絶対数を示す、3つの独立した実験からの累積データ(n=9)。 同上。 同上。
ミエリン塩基性タンパク質(MBP)ペプチド
ミエリン塩基性タンパク質は、神経のミエリン化のプロセスにおいて重要であり、神経系の細胞、例えば、オリゴデンドロサイトおよびシュワン細胞のミエリン鞘において見出される。MBP転写物は、骨髄および免疫系においても見出される。ミエリン鞘の1つの機能は、軸索インパルス伝導の速度を増加させることである。MBPは、ミエリンの正しい構造を維持することを助け、ミエリン膜中の脂質と相互作用する。MBPは、CNSおよび種々の造血細胞に局在化することが公知である。
MBPは、脱髄性疾患、例えば、多発性硬化症(MS)の病理発生と関連付けられている。研究により、MSの病理発生における、MBPに対する抗体の役割が実証されている。
一態様では、MBPの例示的アミノ酸配列は、配列番号1:
MGNHAGKRELNAEKASTNSETNRGESEKKRNLGELSRTTSEDNEVFGEADANQNNGTSSQDTAVTDSKRTADPKNAWQDAHPADPGSRPHLIRLFSRDAPGREDNTFKDRPSESDELQTIQEDSAATSESLDVMASQKRPSQRHGSKYLATASTMDHARHGFLPRHRDTGILDSIGRFFGGDRGAPKRGSGKDSHHPARTAHYGSLPQKSHGRTQDENPVVHFFKNIVTPRTPPPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKGFKGVDAQGTLSKIFKLGGRDSRSGSPMARR(配列番号1)
として示される、UniProtKB受託番号P02686-1を有する配列を含む。
一態様では、MBPの例示的アミノ酸配列は、配列番号1またはそのバリアントもしくは断片を含む。
一態様では、MBPのアミノ酸配列は、配列番号1を含む。
一態様では、MBPのアミノ酸配列は、配列番号1である。
適切には、MBPの例示的アミノ酸配列は、UniProtKB受託番号P02686-1のアイソフォーム、例えば、UniProtKB受託番号P02686-5であり得る。アイソフォームP02686-5は、以下のように、アミノ酸残基1~133が欠けているという点で、配列番号1で上に示されるカノニカル配列とは異なる。
UniProtKB受託番号P02686-5は、配列番号26:
MASQKRPSQRHGSKYLATASTMDHARHGFLPRHRDTGILDSIGRFFGGDRGAPKRGSGKDSHHPARTAHYGSLPQKSHGRTQDENPVVHFFKNIVTPRTPPPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKGFKGVDAQGTLSKIFKLGGRDSRSGSPMARR(配列番号26)
として示される。
一態様では、本発明は、ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP100-140:PPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKG(配列番号2)に対して少なくとも90%の同一性を含むペプチドまたはその断片に特異的に結合することが可能なTCRを含む、操作されたTregを提供する。
適切には、TCRは、ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP100-140:PPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKG(配列番号2)に対して少なくとも90%の同一性を有するペプチドまたはその断片に特異的に結合することが可能である。
特記しない限り、MBP XXX-XXXは、本明細書で使用する場合、本明細書に参照により組み込まれる、Muraro et al., JCI 1997; 100, 2, 339-349において使用された番号付けを指す。
当該分野で利用可能な方法を使用して、ペプチドがMHC分子によって提示されることが可能であるかどうか、およびT細胞によって認識されることが可能かどうかを決定することができる。例えば、アッセイは、試験されるMHC:ペプチド複合体を発現する抗原提示細胞(APC)を、本明細書で規定されるTCRを含むT細胞と共に共培養することを含み得る。次いで、T細胞増殖が、ペプチドの首尾よい提示の指標として測定され得る(例えば、カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CFSE)アッセイによって)。あるいは、エフェクターサイトカイン産生もまた測定され得る。
一態様では、MBPペプチドは、MBP100-140:PPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKG(配列番号2)に対して少なくとも90%の同一性を含む配列またはその断片を含む。適切には、MBPペプチドは、MBP100-140(配列番号2)に対して少なくとも95%、97%、98%または99%の同一性を有し、またはその断片である。
適切には、MBPペプチドは、MBP100-140:PPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQRPGFGYGGRASDYKSAHKG(配列番号2)に対して少なくとも90%の同一性を有する配列またはその断片を含む。適切には、MBPペプチドは、MBP100-140(配列番号2)に対して少なくとも95%、97%、98%または99%の同一性を有し、またはその断片である。
MBPペプチドは、MBP100-140(配列番号2)と比較して変異され得る。例えば、MBPペプチドは、改変されたMBPペプチドが未改変のペプチドのMHC結合特異性を保持し、T細胞に提示されることが可能である限り、アミノ酸挿入、欠失または置換によって変異され得る。MBPペプチドは、MBP100-140(配列番号2)と比較して、例えば、3、2、1または0個の変異を有し得る。適切には、MBPペプチドは、MBP100-140(配列番号2)と比較して、例えば、3、2、1または0個の保存的アミノ酸置換を有し得る。適切には、MBPペプチドは、MBP100-140(配列番号2)と比較して、例えば、3、2、1または0個の挿入を有し得る。適切には、MBPペプチド断片は、MBP100-140(配列番号2)と比較して、例えば、3、2、1または0個の欠失を有し得る。
本明細書で使用する場合、「特異的に結合する」とは、TCRがペプチドに結合するが、他のペプチドには結合しない、または他のペプチドに対してはより低い親和性で結合することを意味する。
2つの分子、例えば、TCRとペプチドまたはその断片との間の結合親和性は、例えば、解離定数(KD)の決定によって定量され得る。KDは、例えば、表面プラズモン共鳴(surface plas,on resonance)(SPR)法(Biacore(商標))による、TCRとペプチドとの間の複合体形成および解離の速度論の測定によって決定され得る。複合体の会合および解離に対応する速度定数は、それぞれ、会合速度定数ka(またはkon)および解離速度定数kd.(またはkoff)と呼ばれる。KDは、方程式KD=kd/kaを介して、kaおよびkdと関連付けられる。
異なる分子相互作用と関連する結合親和性、例えば、異なるTCRとペプチドとの結合親和性の比較は、個々のTCR/ペプチド複合体についてのKD値の比較によって比較され得る。
ペプチドは、任意のヒト白血球抗原-抗原D関連(HLA-DR)によって提示されることが可能であり得る。例えば、ペプチドは、HLA-DR4、HLA-DR2、HLA-DR15またはHLA-DR16によって提示されることが可能であり得る。
一態様では、ペプチドは、HLA-DR4によって提示されることが可能である。
一態様では、ペプチドは、HLA-DRB10401分子によって提示されることが可能である。
一態様では、ペプチドは、MBP111-129:LSRFSWGAEGQRPGFGYGG(配列番号3)に対して少なくとも90%の同一性を有する。MBPペプチドは、MBP111-129(配列番号3)と比較して変異され得る。例えば、MBPペプチドは、改変されたMBPペプチドが未改変のペプチドのMHC結合特異性を保持し、T細胞に提示されることが可能である限り、アミノ酸挿入、欠失または置換によって変異され得る。ペプチドは、MBP111-129(配列番号3)と比較して、例えば、3、2、1または0個の変異を有し得る。適切には、ペプチドは、MBP111-129(配列番号3)と比較して、例えば、3、2、1または0個の保存的変異を有し得る。適切には、ペプチドは、MBP111-129(配列番号3)と比較して、例えば、3、2、1または0個の挿入を有し得る。適切には、MBPペプチド断片は、MBP111-129(配列番号3)と比較して、例えば、3、2、1または0個の欠失を有し得る。適切には、MBP111-129(配列番号3)ペプチド断片は、MBP111-129(配列番号3)ペプチドのMHC結合特異性を保持し、T細胞に提示されることが可能である。
一態様では、ペプチドは、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)に対して少なくとも85%の同一性を有する。
一態様では、ペプチドは、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)と比較して、1、2または3個のアミノ酸置換、挿入または欠失を有する。適切には、ペプチドは、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)と比較して、1、2または3個の保存的アミノ酸置換を有する。適切には、ペプチドは、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)と比較して、1、2または3個の挿入を有する。適切には、MBPペプチド断片は、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)と比較して、1、2または3個の欠失を有する。適切には、MBP116-123(配列番号4)ペプチド断片は、MBP116-123(配列番号4)ペプチドのMHC結合特異性を保持し、T細胞に提示されることが可能である。
一態様では、ペプチドは、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)を含む。
一態様では、ペプチドは、MBP116-123:WGAEGQRP(配列番号4)である。
T細胞受容体(TCR)
TCRのα鎖およびβ鎖の両方の可変ドメインは、3つの超可変領域または相補性決定領域(CDR)を有する。CDR3は、処理された抗原の認識を担う主要なCDRであるが、アルファ鎖のCDR1もまた、抗原性ペプチドのN末端部分と相互作用することが示されており、ベータ鎖のCDR1は、ペプチドのC末端部分と相互作用する。CDR2は、MHC分子を認識すると考えられている。フレームワーク領域(FR)は、CDR間に位置する。これらの領域は、TCR可変領域の構造を提供する。
本発明のTCRは、そのペプチド/MHC複合体と相互作用することができるのに十分なその可変ドメインを含む。かかる相互作用は、例えば、Biacore(商標)機器を使用して測定され得る。適切には、TCRは、HLADRB10401と相互作用し得る。
TCR可変領域のレパートリーは、可変(V)遺伝子、連結(joining)(J)遺伝子および多様性(D)遺伝子のコンビナトリアル連結によって;ならびにN領域多様化(酵素デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼによって挿入されたヌクレオチド)によって生成される。
α鎖は、VセグメントとJセグメントとの間の組換え事象から形成される。β鎖は、V、DおよびJセグメントが関与する組換え事象から形成される。
TCRδ遺伝子座もまた含むヒトTCRα遺伝子座は、第14染色体上に位置する(14q11.2)。TCRβ遺伝子座は、第7染色体上に位置する(7q34)。TCRα鎖の可変領域は、46の異なるVα(可変)セグメントのうちの1つと58のJα(連結)セグメントのうちの1つとの間での組換えによって形成される(Koopら;1994年;Genomics;19巻:478~493頁、参考として本明細書に援用される)。TCRβ鎖の可変領域は、54のVβセグメントと、14のJβセグメントと、2つのDβ(多様性)セグメントとの間での組換えから形成される(Rowenら;1996年;Science;272巻:1755~1762頁、参考として本明細書に援用される)。
各TCR鎖遺伝子座についてのVおよびJ(および適宜D)遺伝子セグメントが同定されており、各遺伝子の生殖系列配列が公知であり、アノテーションされている(例えば、ScavinerおよびLefranc;2000年;Exp Clin Immunogenet;17巻:83~96頁ならびにFolchおよびLefranc;2000年;Exp Clin Immunogenet;17巻:42~54頁を参照のこと、参考として本明細書に援用される)。
天然のTCRのα鎖のFR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3およびCDR3は、Vα遺伝子によってコードされる。天然のTCRのβ鎖のFR1、CDR1、FR2、CDR2およびFR3は、Vβ遺伝子によってコードされる。
各可変遺伝子の生殖系列配列は当該分野で公知である(ScavinerおよびLefranc;上記ならびにFolchおよびLefranc;上記)ので、特定のTCRのVαおよび/またはVβが配列決定され得、TCRにおいて利用される生殖系列Vセグメントが同定され得る(例えば、Hodgesら;2003年;J Clin Pathol;56巻:1~11頁、Zhouら;2006年;Laboratory Investigation;86巻;314~321頁を参照のこと、参考として本明細書に援用される)。
本発明は、操作されたT細胞受容体を含む操作されたTregを提供する。
一態様では、本発明は、ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP100-140(配列番号2)に対して少なくとも90%の同一性を含むペプチドまたはその断片に特異的に結合することが可能なTCRを含む、操作されたTregを提供する。
適切には、本発明は、ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP100-140(配列番号2)に対して少なくとも90%の同一性を有するペプチドまたはその断片に特異的に結合することが可能なTCRを含む、操作されたTregを提供する。
一態様では、TCRは、α鎖およびβ鎖を含み、
α鎖およびβ鎖が各々、3つの相補性決定領域(CDR)を含み、各CDR3の配列が、
CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号5)
CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号6)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
である。
一態様では、TCRのα鎖は、以下のアミノ酸配列:
CDR1α - TISGTDY(配列番号7)
CDR2α - GLTSN(配列番号8)
CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号9)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
を有する3つのCDRを含み;
TCRのβ鎖は、以下のアミノ酸配列:
CDR1β - DFQATT(配列番号10)
CDR2β - SNEGSKA(配列番号11)
CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号12)
または最大で3アミノ酸の変化を有するこれらの配列のバリアント
を有する3つのCDRを含む。
適切には、CDR中のアミノ酸変化は、保存的置換、挿入または欠失である。好ましくは、アミノ酸変化は、保存的置換である。
一態様では、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この配列同一性は、CDR配列を含まない。適切には、CDR配列は、本明細書で開示されるとおりである。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも80%、85%、90%、95%または97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも80%、85%、90%、95%または97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも85%の配列同一性を有し得るアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この配列同一性は、CDR配列を含まない。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも90%の配列同一性を有し得るアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この配列同一性は、CDR配列を含まない。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも95%の配列同一性を有し得るアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この配列同一性は、CDR配列を含まない。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも97%の配列同一性を有し得るアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、この配列同一性は、CDR配列を含まない。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に示されるアミノ酸配列を含み、TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に示されるアミノ酸配列を含み、この配列同一性は、CDR配列を含まない。
別の態様では、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。適切には、TCRのα鎖の可変領域は、配列番号19に対して少なくとも97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖の可変領域は、配列番号21に対して少なくとも97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一態様では、TCRのα鎖は、配列番号13に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖は、配列番号14に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
適切には、TCRのα鎖は、配列番号13に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖は、配列番号14に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。適切には、TCRのα鎖は、配列番号13に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖は、配列番号14に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。適切には、TCRのα鎖は、配列番号13に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖は、配列番号14に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。適切には、TCRのα鎖は、配列番号13に対して少なくとも97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み;TCRのβ鎖は、配列番号14に対して少なくとも97%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
別の態様では、TCRのα鎖およびβ鎖の定常領域ドメインは各々、α鎖とβ鎖との間での追加のジスルフィド結合の形成を可能にする、さらなるシステイン残基を含む。
適切には、さらなるジスルフィド結合の形成のために、定常アルファ鎖中の残基48は、スレオニンからシステインに変換され、定常ベータ鎖の残基57は、セリンからシステインに変換される。
適切には、TCRは、コドン最適化される。
適切には、TCRは、マウスにおける発現のためにコドン最適化される。
一態様では、TCRにおいて採用される定常ドメインは、マウス配列である。
適切には、定常領域は、マウス化されている。例えば、定常アルファドメインおよび定常ベータドメインは共に、マウス化されている。
別の態様では、TCRは、ヒトにおける発現のためにコドン最適化される。適切には、TCRにおいて採用される定常ドメインは、ヒト配列である。
一態様では、TCRは、例えば、ヒト可変領域およびマウス定常領域を含み得る。
本TCRは、生殖系列Vα遺伝子やVβ遺伝子によってコードされない、本明細書で規定される1つまたは複数のアミノ酸残基を含み得る。言い換えると、TCRは、変更されていない生殖系列Vα遺伝子またはVβ遺伝子によってコードされる対応するα鎖および/またはβ鎖と比較して、本明細書に記載される位置のうちの1または複数において変更されたアミノ酸残基を含むα鎖および/またはβ鎖の部分を含み得る。
本明細書でフレームワーク(FR)または相補性決定領域(CDR)と同定されたアミノ酸残基は、International ImMunoGeneTics information system(IMGT)に従って同定される。この系は、当該分野で周知であり(Lefranceら;2003年;Dev Comp Immunol;27巻:55~77頁)、可変領域の構造の高い保存に基づいている。この番号付けは、FRおよびCDRの定義、X線回折研究からの構造データならびに超可変ループの特徴付けを考慮に入れ、これらを組み合わせる。
FR領域およびCDR領域の限界は、IMGT番号付け系内で定義される。FR1領域は、23位における第1のCYSを伴って、1~26位(V-GENE群または下位群に依存して25~26アミノ酸)を含む。FR2領域は、41位における保存されたTRPを伴って、39~55位(16~17アミノ酸)を含む。FR3領域は、89位における保存された疎水性アミノ酸および104位における第2のCYSを伴って、66~104位(VGENE群または下位群に依存して36~39アミノ酸)を含む。IGMT番号付け系の残基1は、FR1中の最初の残基である。IGMT番号付け系の残基104は、FR3中の最後の残基である。
本発明に従うTCRを生成するために適切な方法は、当該分野で公知である。
例えば、変異誘発が、TCRをコードする核酸配列中の特定のヌクレオチドを変更するために実施され得る。かかる変異誘発は、TCRが本明細書に記載のアミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含むように、TCRのアミノ酸配列を変更する。
変異誘発法の一例は、Quikchange法である(Papworthら;1996年;Strategies;9巻(3号);3~4頁)。この方法は、高忠実度非鎖置換(high-fidelity non-strand-displacing)DNAポリメラーゼ、例えばpfuポリメラーゼを使用する熱サイクリング反応において鋳型核酸配列を増幅するための相補的変異原性プライマー対の使用を伴う。
用語「1または複数」または「少なくとも1」は、本明細書で使用する場合、本明細書に記載されるように、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20またはそれよりも多くのアミノ酸残基を含み得る。
用語「2またはそれよりも多く」は、本明細書で使用する場合、本明細書に記載されるように、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20またはそれよりも多くのアミノ酸残基を含み得る。
保存的置換
適切には、本発明において所与の位置に存在するアミノ酸残基は、所与の配列番号について列挙されたアミノ酸と生化学的に類似の残基として定義され得る。
類似の生化学的特性を有するアミノ酸は、保存的置換を介して置換され得るアミノ酸として定義され得る。
高発現のTCRが保持される限り、残基の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性および/または両親媒性性質における類似性に基づいて保存的アミノ酸置換を行うことができる。例えば、負に荷電したアミノ酸には、アスパラギン酸およびグルタミン酸が含まれ;正に荷電したアミノ酸には、リシンおよびアルギニンが含まれ;類似の親水性値を有する非荷電極性頭部基を有するアミノ酸には、ロイシン、イソロイシン、バリン、グリシン、アラニン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、フェニルアラニンおよびチロシンが含まれる。
保存的置換を、例えば、以下の表3に従って行うことができる。2番目の列の同じブロック中のアミノ酸、および好ましくは3番目の列の同じ並びのアミノ酸は、互いに置換され得る:
表3
Figure 0007436383000001
本発明は、相同置換(置換および置き換えは共に、代替的残基による既存のアミノ酸残基の交換を意味するために本明細書で使用される)、即ち、同じ条件の下での置換(like-for-like substitution)、例えば、塩基性を塩基性に、酸性を酸性に、極性を極性に置換することなどもまた包含する。
具体的な個々のアミノ酸に対する言及によって本明細書で明示的に言及されない限り、アミノ酸は、以下に列挙した保存的置換を使用して置換され得る。
脂肪族非極性アミノ酸は、グリシン、アラニン、プロリン、イソロイシン、ロイシンまたはバリン残基であり得る。
脂肪族極性非荷電アミノは、システイン、セリン、スレオニン、メチオニン、アスパラギンまたはグルタミン残基であり得る。
脂肪族極性荷電アミノ酸は、アスパラギン酸、グルタミン酸、リシンまたはアルギニン残基であり得る。
芳香族アミノ酸は、ヒスチジン、フェニルアラニン、トリプトファンまたはチロシン残基であり得る。
適切には、保存的置換は、表3中の同じ並びにあるアミノ酸間で行われ得る。
配列
本発明は、本明細書に記載されるTCRのα鎖および/またはβ鎖をコードするヌクレオチド配列をさらに提供する。一態様では、本明細書に記載されるTCRをコードするヌクレオチド配列は、細胞中に導入され得る。
本明細書で使用する場合、用語「導入される」とは、細胞中に外来DNAを挿入するための方法を指す。本明細書で使用する場合、導入されるという用語は、形質導入法およびトランスフェクション法の両方を含む。トランスフェクションは、非ウイルス的方法によって細胞中に核酸を導入するプロセスである。形質導入は、ウイルスベクターを介して細胞中に外来DNAを導入するプロセスである。
本明細書で使用する場合、用語「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、互いに同義であることとする。核酸配列は、任意の適切な型のヌクレオチド配列、例えば、合成RNA/DNA配列、cDNA配列または部分的ゲノムDNA配列であり得る。
用語「ポリペプチド」は、本明細書で使用する場合、通常の意味では、典型的には、α-アミノ基と隣接アミノ酸のカルボキシル基との間のペプチド結合によって互いに接続された、一連の残基、典型的にはL-アミノ酸を意味するために使用される。この用語は、「タンパク質」と同義である。
遺伝コードの縮重の結果として、多数の異なるポリヌクレオチドおよび核酸が同じポリペプチドをコードし得ることが、当業者によって理解される。さらに、当業者が、慣用的な技術を使用して、ポリペプチドが発現される任意の特定の宿主生物のコドン使用頻度(codon usage)を反映するように、本明細書に記載されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド配列に影響を与えないヌクレオチド置換を行い得ることを、理解すべきである。
本発明に従う核酸は、DNAまたはRNAを含み得る。これらは、一本鎖または二本鎖であり得る。これらはまた、その中に合成ヌクレオチドまたは改変されたヌクレオチドを含むポリヌクレオチドであり得る。オリゴヌクレオチドに対するいくつかの異なる型の改変が、当該分野で公知である。これらには、メチルホスホネートおよびホスホロチオエート骨格、分子の3’末端および/または5’末端におけるアクリジン鎖またはポリリシン鎖の付加が含まれる。本明細書に記載される使用を目的として、ポリヌクレオチドが当該分野で利用可能な任意の方法によって改変され得ることを理解すべきである。かかる改変は、目的のポリヌクレオチドのin vivo活性または寿命を増強するために実施され得る。
ポリヌクレオチドは、単離された形態または組換え形態であり得る。ポリヌクレオチドは、ベクター中に組み込まれ得、ベクターは、宿主細胞中に組み込まれ得る。かかるベクターおよび適切な宿主は、本発明のなおさらなる態様を形成する。
ポリヌクレオチドは、二本鎖または一本鎖であり得、RNAまたはDNAであり得る。
ポリヌクレオチドは、コドン最適化され得る。異なる細胞は、特定のコドンの使用頻度が異なる。このコドンバイアスは、細胞型における特定のtRNAの相対的存在量におけるバイアスに対応する。対応するtRNAの相対的存在量と一致するようにそれらが調整されるように、配列中のコドンを変更させることによって、発現を増加させることが可能である。適切には、ポリヌクレオチドは、疾患のマウスモデルにおける発現のためにコドン最適化され得る。適切には、ポリヌクレオチドは、ヒト被験体における発現のためにコドン最適化され得る。
HIVおよび他のレンチウイルスを含む多くのウイルスは、多数の稀なコドンを使用し、一般に使用される哺乳動物コドンに対応するようにこれらを変化させることによって、哺乳動物産生細胞におけるパッケージング成分の発現の増加が達成され得る。コドン使用頻度表は、哺乳動物細胞について、ならびに種々の他の生物について、当該分野で公知である。
コドン最適化は、mRNA不安定性モチーフおよび潜在性スプライス部位の除去も伴い得る。
ポリヌクレオチドは、α鎖をコードする核酸配列およびβ鎖をコードする核酸配列(a nucleic acid sequence encoding an α chain and a nucleic acid sequence a β chain)の両方が同じmRNA転写物から発現されるのを可能にする核酸配列を含み得る。
例えば、ポリヌクレオチドは、α鎖をコードする核酸配列とβ鎖をコードする核酸配列との間に内部リボソーム進入部位(IRES)を含み得る。IRESは、mRNA配列の中央部における翻訳開始を可能にするヌクレオチド配列である。
ポリヌクレオチドは、内部自己切断性配列によって連結されたα鎖をコードする核酸配列およびβ鎖をコードする核酸配列を含み得る。
内部自己切断性配列は、α鎖を含むポリペプチドとβ鎖を含むポリペプチドとが分離されるのを可能にする任意の配列であり得る。
切断部位は、ポリペプチドが産生されたときに、任意の外部切断活性を必要とせずに個々のペプチドへと即座に切断されるように、自己切断性であり得る。
用語「切断」は、便宜のために本明細書で使用されるが、切断部位は、古典的切断以外の機構によってペプチドを個々の実体へと分離させ得る。例えば、口蹄疫ウイルス(FMDV)2A自己切断性ペプチドについて、種々のモデルが「切断」活性を説明するために提唱されてきた:宿主細胞プロテイナーゼによるタンパク質分解、自己タンパク分解または翻訳効果(translational effect)(Donnellyら(2001年)J. Gen. Virol. 82巻:1027~1041頁、参考として本明細書に援用される)。切断部位が、タンパク質をコードする核酸配列間に位置する場合にそれらのタンパク質を別々の実体として発現させる限り、かかる「切断」の正確な機構は、本発明の目的のためには重要ではない。
自己切断性ペプチドは、アフトウイルスまたはカルジオウイルス由来の2A自己切断性ペプチドであり得る。
バリアントは、類似性の観点から検討され得(即ち、類似の化学的特性/機能を有するアミノ酸残基)、好ましくは、バリアントは、配列同一性の観点から表現される。
配列比較は、目測で、またはより通常は、容易に入手可能な配列比較プログラムの助けにより、実施され得る。これらの公的または商業的に入手可能なコンピュータープログラムは、2またはそれよりも多くの配列間の配列同一性を計算することができる。
配列同一性は、連続する配列にわたって計算され得る、即ち、1つの配列が、他の配列とアラインされ、1つの配列中の各アミノ酸が、一度に1残基で、他の配列中の対応するアミノ酸と直接比較される。これは、「ギャップなし」アラインメントと呼ばれる。典型的には、かかるギャップなしアラインメントは、比較的短い数の残基(例えば、50未満連続するアミノ酸)にわたってのみ実施される。
これは、非常に単純かつ一貫性のある方法であるが、例えば、他の点では同一な配列の対において、1つの挿入または欠失が、後に続くアミノ酸残基をアラインメントから排除させ、したがって、全体的アラインメントが実施される場合に%相同性における大きな低減を潜在的に生じることを、考慮に入れることができない。結果的に、ほとんどの配列比較法は、相同性スコア全体に過度にペナルティを科すことなしに、可能な挿入および欠失を考慮に入れる、最適なアラインメントを生成するように設計される。これは、局所的相同性を最大化することを試みて、配列アラインメント中に「ギャップ」を挿入することによって達成される。
しかし、これらのより複雑な方法は、同じ数の同一アミノ酸について、可能な限り少ないギャップを有する配列アラインメント - 比較される2つの配列間のより高い関連性を反映する - が、多くのギャップを有するものよりも高いスコアを達成するように、アラインメント中に存在する各ギャップに、「ギャップペナルティ」を割り当てる。ギャップの存在について比較的高いコストを課し、ギャップ中の各引き続く残基についてより小さいペナルティを課す「アフィンギャップコスト」が、典型的には使用される。これは、最も一般的に使用されるギャップスコアリングシステムである。高いギャップペナルティは、当然、より少ないギャップを有する最適化されたアラインメントを生成する。ほとんどのアラインメントプログラムは、ギャップペナルティの改変を可能にする。しかし、配列比較のためにかかるソフトウェアを使用する場合、デフォルト値を使用することが好ましい。例えば、GCG Wisconsin Bestfitパッケージ(以下を参照のこと)を使用する場合、アミノ酸配列についてのデフォルトギャップペナルティは、ギャップについて-12、各伸長について-4である。
したがって、最大%配列同一性の計算は、ギャップペナルティを考慮に入れた、最適なアラインメントの生成を最初に要求する。かかるアラインメントを実施するために適切なコンピュータープログラムは、GCG Wisconsin Bestfitパッケージである(University of Wisconsin、U.S.A;本明細書に参照により組み込まれる、Devereux et al., 1984, Nucleic Acids Research 12:387)。配列比較を実施できる他のソフトウェアの例には、BLASTパッケージ(Ausubel et al., 1999 ibid - Chapter 18を参照のこと)、FASTA(本明細書に参照により組み込まれる、Atschul et al., 1990, J. Mol. Biol., 403-410)およびGENEWORKSパッケージソフトの比較ツールが含まれるがこれらに限定されない。BLASTおよびFASTAは共に、オフラインおよびオンライン検索のために利用可能である(本明細書に参照により組み込まれる、Ausubel et al., 1999 ibid, pages 7-58 to 7-60を参照のこと)。しかし、GCG Bestfitプログラムを使用することが好ましい。
一実施形態では、配列同一性は、配列全体にわたって決定される。一実施形態では、配列同一性は、本明細書に列挙される配列と比較される候補配列全体にわたって決定される。
最終的な配列同一性は、同一性の観点から測定され得るが、アラインメントプロセス自体は、典型的には、オールオアナッシングの対比較には基づかない。その代わり、化学的類似性または進化的距離に基づいて各対比較にスコアを割り当てる、スケール化(scaled)類似性スコアマトリックスが、一般に使用される。一般に使用されるかかるマトリックスの例は、BLOSUM62マトリックス - BLASTパッケージソフトのプログラムのためのデフォルトマトリックス - である。GCG Wisconsinプログラムは、一般に、提供される場合、公開のデフォルト値またはカスタムシンボル比較テーブルのいずれかを使用する(さらなる詳細については、ユーザーマニュアルを参照のこと)。GCGパッケージについては公開のデフォルト値を、または他のソフトウェアの場合には、デフォルトマトリックス、例えば、BLOSUM62を使用することが好ましい。
ソフトウェアが最適なアラインメントを生成すると、%配列同一性を計算することが可能である。ソフトウェアは、典型的には、配列比較の一部としてこれを行い、数値結果を生じる。
本発明に従う用語「バリアント」は、配列からのまたは配列への、未改変の配列と実質的に同じ活性を保持する、結果として得られるアミノ酸配列を提供する、1つ(または複数)のアミノ酸の任意の置換、変形形態、改変、置き換え、欠失または付加を含む。例えば、保存的アミノ酸置換が行われ得る。本明細書で使用する場合、バリアントポリペプチドは、本明細書に示される配列に対して少なくとも70、80、85、90、95、98または99%同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むと解釈される。
一態様では、バリアントは、親配列の機能を維持する。
一態様では、本発明に従う細胞 FOXP3タンパク質をコードするヌクレオチド配列もまた、細胞中に導入されている。
一態様では、本発明の細胞、操作されたTregまたは医薬組成物は、FOXP3タンパク質をコードする核酸配列を含み得、適切には、この核酸配列は、配列番号17として示されるアミノ酸配列、または本明細書で配列番号17として示される配列に対して少なくとも80、85、90、95、98もしくは99%同一な、好ましくは少なくとも95もしくは99%同一なアミノ酸配列をコードする。
TCRおよび/またはFOXP3をコードする核酸は、開始コドンの上流にリーダー配列を含み得る。この配列は、転写物の翻訳を調節し得る。例として(By ay of)、本発明における使用のために適切なリーダー配列は、MKLVTSITVLLSLGIMG(配列番号15)およびMLLLLLLLGPGISLLLPGSLAGSGL(配列番号16)である。
さらなる態様では、本発明は、本明細書で規定されるTCRをコードする第1の核酸配列およびFOXP3をコードする第2の核酸を含む核酸配列のキットを提供する。
ベクター
本発明は、本明細書に記載されるTCRをコードするヌクレオチド配列を含むベクターもまた提供する。適切には、ベクターは、フォークヘッドボックスP3(FOXP3)ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列をさらに含み得る。一態様では、本発明の1または複数の核酸配列、例えば、本明細書で規定されるTCRをコードする核酸およびFOXP3をコードする核酸を含むベクターのキットが提供される。
FOXP3は、FOXタンパク質ファミリーの転写因子のメンバーであり、調節性T細胞の発生および機能における調節経路のマスター調節因子として機能する。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、ヒト由来、例えば、UniProtKB受託番号Q9BZS1:
MPNPRPGKPSAPSLALGPSPGASPSWRAAPKASDLLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSS LNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKASSVASSDKGSCCIVAAGSQGPVVPAWSGPREAPDSLFAVRR HLWGSHGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP(配列番号17)
である。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号17に示されるアミノ酸配列またはその断片を含む。適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも80%同一なアミノ酸配列またはその断片を含む。適切には、ポリペプチドは、配列番号17に対して85、90、95、98または99%同一なアミノ酸配列またはその断片を含む。適切には、断片は、FOXP3活性を保持する。適切には、断片は、FOXP3標的に結合し、転写因子として機能することができる。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号17の天然のバリアントであり得る。適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号17のアイソフォームである。例えば、FOXP3ポリペプチドは、配列番号17と比較して、アミノ酸位置72~106の欠失を含み得る。あるいは、FOXP3ポリペプチドは、配列番号17と比較して、アミノ酸位置246~272の欠失を含み得る。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25:
MPNPRPGKPSAPSLALGPSPGASPSWRAAPKASDLLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQSLEQVEELSAMQAHLAGKMALTKASSVASSDKGSCCIVAAGSQGPVVPAWSGPREAPDSLFAVRRHLWGSHGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGPEGRGSLLTCGDVEEN(配列番号25)
に示されるアミノ酸配列を含む。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25に示されるアミノ酸配列またはその断片を含む。適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも80%同一なアミノ酸配列またはその断片を含む。適切には、ポリペプチドは、配列番号25に対して85、90、95、98または99%同一なアミノ酸配列またはその断片を含む。適切には、断片は、FOXP3活性を保持する。適切には、断片は、FOXP3標的に結合し、転写因子として機能することができる。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25の天然のバリアントであり得る。適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25のアイソフォームである。例えば、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25と比較して、アミノ酸位置72~106の欠失を含み得る。あるいは、FOXP3ポリペプチドは、配列番号25と比較して、アミノ酸位置246~272の欠失を含み得る。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号29:
ATGCCCAACCCCAGGCCTGGCAAGCCCTCGGCCCCTTCCTTGGCCCTTGGCCCATCCCCAGGAGCCTCGCCCAGCTGGAGGGCTGCACCCAAAGCCTCAGACCTGCTGGGGGCCCGGGGCCCAGGGGGAACCTTCCAGGGCCGAGATCTTCGAGGCGGGGCCCATGCCTCCTCTTCTTCCTTGAACCCCATGCCACCATCGCAGCTGCAGCTGCCCACACTGCCCCTAGTCATGGTGGCACCCTCCGGGGCACGGCTGGGCCCCTTGCCCCACTTACAGGCACTCCTCCAGGACAGGCCACATTTCATGCACCAGCTCTCAACGGTGGATGCCCACGCCCGGACCCCTGTGCTGCAGGTGCACCCCCTGGAGAGCCCAGCCATGATCAGCCTCACACCACCCACCACCGCCACTGGGGTCTTCTCCCTCAAGGCCCGGCCTGGCCTCCCACCTGGGATCAACGTGGCCAGCCTGGAATGGGTGTCCAGGGAGCCGGCACTGCTCTGCACCTTCCCAAATCCCAGTGCACCCAGGAAGGACAGCACCCTTTCGGCTGTGCCCCAGAGCTCCTACCCACTGCTGGCAAATGGTGTCTGCAAGTGGCCCGGATGTGAGAAGGTCTTCGAAGAGCCAGAGGACTTCCTCAAGCACTGCCAGGCGGACCATCTTCTGGATGAGAAGGGCAGGGCACAATGTCTCCTCCAGAGAGAGATGGTACAGTCTCTGGAGCAGCAGCTGGTGCTGGAGAAGGAGAAGCTGAGTGCCATGCAGGCCCACCTGGCTGGGAAAATGGCACTGACCAAGGCTTCATCTGTGGCATCATCCGACAAGGGCTCCTGCTGCATCGTAGCTGCTGGCAGCCAAGGCCCTGTCGTCCCAGCCTGGTCTGGCCCCCGGGAGGCCCCTGACAGCCTGTTTGCTGTCCGGAGGCACCTGTGGGGTAGCCATGGAAACAGCACATTCCCAGAGTTCCTCCACAACATGGACTACTTCAAGTTCCACAACATGCGACCCCCTTTCACCTACGCCACGCTCATCCGCTGGGCCATCCTGGAGGCTCCAGAGAAGCAGCGGACACTCAATGAGATCTACCACTGGTTCACACGCATGTTTGCCTTCTTCAGAAACCATCCTGCCACCTGGAAGAACGCCATCCGCCACAACCTGAGTCTGCACAAGTGCTTTGTGCGGGTGGAGAGCGAGAAGGGGGCTGTGTGGACCGTGGATGAGCTGGAGTTCCGCAAGAAACGGAGCCAGAGGCCCAGCAGGTGTTCCAACCCTACACCTGGCCCCTGA(配列番号27)
に示されるポリヌクレオチド配列によってコードされる。
本発明の一部の実施形態では、FOXP3ポリペプチドまたはバリアントをコードするポリヌクレオチドは、配列番号27に対して少なくとも80%同一なポリヌクレオチド配列またはその機能的断片を含む。適切には、FOXP3ポリペプチドまたはバリアントをコードするポリヌクレオチドは、配列番号27に対して少なくとも85、90、95、98または99%同一なポリヌクレオチド配列またはその機能的断片を含む。本発明の一部の実施形態では、FOXP3ポリペプチドまたはバリアントをコードするポリヌクレオチドは、配列番号27またはその機能的断片を含む。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号24:
GAATTCGTCGACATGCCCAACCCCAGACCCGGCAAGCCTTCTGCCCCTTCTCTGGCCCTGGGACCATCTCCTGGCGCCTCCCCATCTTGGAGAGCCGCCCCTAAAGCCAGCGATCTGCTGGGAGCTAGAGGCCCTGGCGGCACATTCCAGGGCAGAGATCTGAGAGGCGGAGCCCACGCCTCTAGCAGCAGCCTGAATCCCATGCCCCCTAGCCAGCTGCAGCTGCCTACACTGCCTCTCGTGATGGTGGCCCCTAGCGGAGCTAGACTGGGCCCTCTGCCTCATCTGCAGGCTCTGCTGCAGGACCGGCCCCACTTTATGCACCAGCTGAGCACCGTGGACGCCCACGCCAGAACACCTGTGCTGCAGGTGCACCCCCTGGAAAGCCCTGCCATGATCAGCCTGACCCCTCCAACCACAGCCACCGGCGTGTTCAGCCTGAAGGCCAGACCTGGACTGCCCCCTGGCATCAATGTGGCCAGCCTGGAATGGGTGTCCCGCGAACCTGCCCTGCTGTGCACCTTCCCCAATCCTAGCGCCCCCAGAAAGGACAGCACACTGTCTGCCGTGCCCCAGAGCAGCTATCCCCTGCTGGCTAACGGCGTGTGCAAGTGGCCTGGCTGCGAGAAGGTGTTCGAGGAACCCGAGGACTTCCTGAAGCACTGCCAGGCCGACCATCTGCTGGACGAGAAAGGCAGAGCCCAGTGCCTGCTGCAGCGCGAGATGGTGCAGTCCCTGGAACAGCAGCTGGTGCTGGAAAAAGAAAAGCTGAGCGCCATGCAGGCCCACCTGGCCGGAAAGATGGCCCTGACAAAAGCCAGCAGCGTGGCCAGCTCCGACAAGGGCAGCTGTTGTATCGTGGCCGCTGGCAGCCAGGGACCTGTGGTGCCTGCTTGGAGCGGACCTAGAGAGGCCCCCGATAGCCTGTTTGCCGTGCGGAGACACCTGTGGGGCAGCCACGGCAACTCTACCTTCCCCGAGTTCCTGCACAACATGGACTACTTCAAGTTCCACAACATGAGGCCCCCCTTCACCTACGCCACCCTGATCAGATGGGCCATTCTGGAAGCCCCCGAGAAGCAGCGGACCCTGAACGAGATCTACCACTGGTTTACCCGGATGTTCGCCTTCTTCCGGAACCACCCCGCCACCTGGAAGAACGCCATCCGGCACAATCTGAGCCTGCACAAGTGCTTCGTGCGGGTGGAAAGCGAGAAGGGCGCCGTGTGGACAGTGGACGAGCTGGAATTTCGGAAGAAGCGGTCCCAGAGGCCCAGCCGGTGTAGCAATCCTACACCTGGCCCTGAGGGCAGAGGAAGTCTGCTAACATGCGGTGACGTCGAGGAGAATCC(配列番号24)
に示される核酸配列によってコードされる。
適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号24に示される核酸配列またはその断片によってコードされる。適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも80%同一な核酸配列またはその断片によってコードされる。適切には、FOXP3ポリペプチドは、配列番号24に対して85、90、95、98または99%同一な核酸配列またはその断片によってコードされる。適切には、断片は、FOXP3活性を保持する。適切には、この断片によってコードされるポリペプチドは、FOXP3標的に結合し、転写因子として機能することができる。
用語「ベクター」は、発現ベクター、即ち、TCR、即ち、本発明に従うα鎖および/またはβ鎖の発現を可能にする構築物を含む。適切には、発現ベクターは、FOXP3ポリペプチドの発現をさらに可能にする。一部の実施形態では、ベクターは、クローニングベクターである。
適切なベクターには、プラスミド、ウイルスベクター、トランスポゾン、ポリペプチドと複合体化した核酸、または固相粒子上に固定された核酸が含まれ得るが、これらに限定されない。
ウイルス送達系には、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、ヘルペスウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、バキュロウイルスベクターが含まれるがこれらに限定されない。
レトロウイルスは、溶解性ウイルス(lytic virus)のものとは異なる生活環を有するRNAウイルスである。これに関して、レトロウイルスは、DNA中間体を介して複製する感染性実体である。レトロウイルスが細胞に感染すると、そのゲノムは、逆転写酵素によってDNA形態に変換される。このDNAコピーは、感染性ウイルス粒子のアセンブリに必要な、新たなRNAゲノムおよびウイルスによりコードされたタンパク質の産生のための鋳型として機能する。
多くのレトロウイルス、例えば、マウス白血病ウイルス(MLV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、ウマ感染性貧血ウイルス(equine infectious anaemia virus)(EIAV)、マウス乳腺癌ウイルス(MMTV)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)、藤波肉腫ウイルス(FuSV)、モロニーマウス白血病ウイルス(Mo-MLV)、FBRマウス骨肉腫ウイルス(FBR murine osteosarcoma virus)(FBR MSV)、モロニーマウス肉腫ウイルス(Mo-MSV)、エーベルソンマウス白血病ウイルス(A-MLV)、トリ骨髄球腫症ウイルス(Avian myelocytomatosis virus)-29(MC29)およびトリ赤芽球症ウイルス(AEV)、ならびにレンチウイルスを含む全ての他のレトロウイルス科(retroviridiae)が存在する。
レトロウイルスの詳細なリストは、参考として本明細書に援用されるCoffinら(「Retroviruses」1997年Cold Spring Harbour Laboratory Press編:JM Coffin、SM Hughes、HE Varmus 758~763頁)中に見出され得る。
レンチウイルスもまたレトロウイルス科に属するが、これらは、分裂細胞および非分裂細胞の両方に感染でき、参考として本明細書に援用される(Lewisら(1992年)EMBO J. 3053~3058頁)。
ベクターは、本発明のポリヌクレオチドを、細胞、例えば、本明細書で規定される宿主細胞に移入させることが可能であり得る。ベクターは、理想的には、α鎖および/またはβ鎖が宿主細胞において適切に発現されるように、宿主細胞における持続的な高レベル発現が可能でなければならない。
ベクターは、レトロウイルスベクターであり得る。ベクターは、MP71ベクター骨格に基づき得、またはMP71ベクター骨格から誘導可能であり得る。ベクターは、全長または短縮型バージョンのウッドチャック肝炎応答エレメント(Woodchuck Hepatitis Response Element)(WPRE)を欠き得る。
ヒト細胞の効率的感染のために、ウイルス粒子は、両種指向性エンベロープまたはテナガザル白血病ウイルスエンベロープを用いてパッケージングされ得る。
細胞
本発明は、細胞、例えば、本発明に従うポリヌクレオチドまたはベクターを含む宿主細胞をさらに提供する。
宿主細胞は、TCRを発現および産生するために使用され得る任意の細胞であり得る。
適切には、細胞は、T細胞、例えば、通常のT細胞である。
適切には、細胞は、Treg細胞である。
一態様では、細胞、例えば、T細胞またはTregは、被験体から取得された血液から単離され得る。適切には、細胞、例えば、T細胞またはTregは、被験体から取得された末梢血単核細胞(PBMC)から単離される。
適切には、細胞は、FOXP3を発現する天然のTregである。
一態様では、細胞は、幹細胞である。
別の態様では、細胞は、前駆細胞である。
本明細書で使用する場合、用語「幹細胞」とは、同じ型のより多くの幹細胞を無制限に生じることが可能な未分化細胞を意味し、ここから、他の特殊化した細胞が、分化によって生じ得る。幹細胞は、複能性である。幹細胞は、例えば、胚性幹細胞または成体幹細胞であり得る。
本明細書で使用する場合、用語「前駆細胞」とは、1または複数の型の細胞を形成するように分化することができるが、in vitroで限定的な自己複製を有する細胞を意味する。
適切には、細胞は、T細胞、例えば、Tregへと分化されることが可能である。
適切には、細胞は、FOXP3を発現するT細胞、例えば、Tregへと分化する能力を有する。
適切には、細胞は、ヒト細胞である。適切には、細胞は、ヒトTregである。
適切には、細胞は、胚性幹細胞(ESC)であり得る。適切には、細胞は、造血幹細胞または造血前駆細胞である。適切には、細胞は、人工多能性幹細胞(iPSC)である。適切には、細胞は、臍帯血から取得され得る。適切には、細胞は、成体末梢血から取得され得る。
一部の態様では、造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)は、臍帯血から取得され得る。臍帯血は、当該分野で公知の技術に従って回収され得る(例えば、本明細書に参照により組み込まれる、米国特許第7,147,626号および同第7,131,958号)。
一態様では、HSPCは、多能性幹細胞供給源、例えば、人工多能性幹細胞(iPSC)および胚性幹細胞(ESC)から取得され得る。
本明細書で使用する場合、用語「造血幹細胞・前駆細胞」または「HSPC」とは、抗原性マーカーCD34を発現する(CD34+)細胞およびかかる細胞の集団を指す。特定の実施形態では、用語「HSPC」とは、抗原性マーカーCD34の存在(CD34+)および系統(lin)マーカーの非存在によって同定される細胞を指す。CD34+および/またはLin(-)細胞を含む細胞の集団は、造血幹細胞および造血前駆細胞を含む。
HSPCは、大腿骨、寛骨、肋骨、胸骨および他の骨を含む、成体の骨髄から取得または単離され得る。HSPCを含有する骨髄吸引液は、針およびシリンジを使用して、寛骨から直接取得または単離され得る。HSPCの他の供給源には、臍帯血、胎盤血、動員された末梢血、ワルトン膠様質、胎盤、胎児血液、胎児肝臓または胎児脾臓が含まれる。特定の実施形態では、治療的適用における使用のために十分な量のHSPCを回収することは、被験体において幹細胞・前駆細胞を動員することを要求し得る。
本明細書で使用する場合、用語「人工多能性幹細胞」または「iPSC」とは、多能性状態へとリプログラミングされた非多能性細胞を指す。被験体の細胞が多能性状態へとリプログラミングされると、次いで、これらの細胞は、所望の細胞型、例えば、造血幹細胞または造血前駆細胞(それぞれ、HSCおよびHPC)へとプログラミングされ得る。
本明細書で使用する場合、用語「リプログラミングする」とは、あまり分化していない状態へと、細胞の潜在能を増加させる方法を指す。
本明細書で使用する場合、用語「プログラミングする」とは、細胞の潜在能を低下させるか、または細胞をより分化した状態へと分化させる方法を指す。
適切には、細胞は、被験体と一致している、または被験体にとって自家である。細胞は、患者自身の末梢血から(第一者)、またはドナー末梢血(第二者)、もしくは無関係のドナーからの末梢血(第三者)からの造血幹細胞移植の状況において、ex vivoで生成され得る。
適切には、細胞は、被験体にとって自家である。適切には、被験体は、ヒトである。
一部の態様では、細胞は、誘導性前駆細胞または胚性前駆細胞の、免疫細胞へのex-vivo分化に由来し得る。これらの例では、細胞は、ウイルスベクターによる形質導入、DNAまたはRNAによるトランスフェクションを含む多くの手段の1つによって、本発明のTCRをコードするDNAまたはRNAを導入することによって生成される。
適切には、細胞は、ウイルスベクターによる形質導入、またはDNAもしくはRNAによるトランスフェクションを含む多くの手段の1つによって、本発明のTCRに加えて、FOXP3をコードするDNAまたはRNAを導入することによって生成される。
本明細書で使用する場合、用語「通常のT細胞」またはTconvとは、αβT細胞受容体(TCR)ならびに表面抗原分類4)CD4または表面抗原分類8(CD8)であり得る共受容体を発現するTリンパ球細胞を意味する。通常のT細胞は、末梢血、リンパ節および組織中に存在する。FOXP3は、胸腺由来のTregによって発現され、新たに活性化された通常のT細胞によって発現され得る。
本明細書で使用する場合、用語「調節性T細胞」またはTregとは、マーカーCD4、CD25およびFOXP3を発現する(CD4CD25FOXP3)T細胞を意味する。Tregは、表面タンパク質CD127の非存在下のまたは表面タンパク質CD127の低レベル発現と組み合わせた細胞表面マーカーCD4およびCD25(CD4CD25CD127)を使用しても同定され得る。Tregはまた、細胞表面上に、高レベルのCTLA-4(細胞傷害性Tリンパ球関連分子-4)またはGITR(グルココルチコイド誘導性TNF受容体)を発現し得る。通常のT細胞とは異なり、調節性T細胞は、IL-2を産生せず、したがって、ベースラインにおいてアネルギー性である。Treg細胞には、胸腺由来の天然のTreg(nTreg)細胞および末梢性に生成された誘導性Treg(iTreg)細胞が含まれる。
一態様では、Tregは、CD4CD25FOXP3.T細胞である。
一態様では、Tregは、CD4CD25CD127T細胞である。
一態様では、Tregは、CD4CD25FOXP3CD127T細胞である。
本明細書で使用する場合、用語「天然のTreg」とは、胸腺由来のTregを意味する。天然のTregは、CD4CD25FOXP3ヘリオスニューロピリン1である。iTregと比較すると、nTregは、PD-1(プログラム細胞死-1、pdcd1)、ニューロピリン1(Nrp1)、ヘリオス(Ikzf2)およびCD73のより高い発現を有する。nTregは、ヘリオスタンパク質またはニューロピリン1(Nrp1)の発現に個々に基づいて、iTregから識別され得る。
本明細書で使用する場合、用語「誘導性調節性T細胞」(iTreg)とは、胸腺の外側で、成熟したCD4+の通常のT細胞から発生する、CD4CD25FOXP3ヘリオスニューロピリン1T細胞を意味する。例えば、iTregは、IL-2およびTGF-βの存在下でCD4+CD25-FOXP3-細胞からin vitroで誘導され得る。
組成物
本発明は、本発明に従う操作されたTreg、ベクターまたは細胞を含む組成物もまた提供する。適切には、本発明は、本発明に従う操作されたTregを含む組成物を提供する。適切には、本発明は、本発明に従うベクターを含む組成物を提供する。適切には、本発明は、本発明に従う細胞を含む組成物を提供する。
一部の実施形態では、組成物は、医薬組成物である。かかる医薬組成物は、薬学的に許容されるキャリア、希釈剤、賦形剤またはアジュバントを含み得る。医薬用キャリア、賦形剤または希釈剤の選択は、意図した投与経路および標準的な医薬実務に関して選択され得る。医薬組成物は、キャリア、賦形剤もしくは希釈剤として(またはそれに加えて)、任意の適切な結合剤(複数可)、滑沢剤(複数可)、懸濁化剤(複数可)、コーティング剤(複数可)、可溶化剤(複数可)および他のキャリア剤を含み得る。
医薬組成物は、典型的には、製造および貯蔵の条件下で無菌かつ安定でなければならない。非経口投与のための製剤には、本明細書で議論される懸濁剤、液剤、油性または水性ビヒクル中の乳剤、ペースト剤、および植込み型の徐放性または生分解性製剤が含まれるが、これらに限定されない。無菌の注射可能な製剤は、非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒を使用して調製され得る。本発明に従う使用のための医薬組成物は、採用される投薬量および濃度において被験体にとって非毒性である、薬学的に許容される分散剤、湿潤剤、懸濁化剤、等張剤、コーティング、抗細菌剤および抗真菌剤、キャリア、賦形剤、塩または安定剤を含み得る。好ましくは、かかる組成物は、例えば、非経口(例えば、皮下、皮内または静脈内注射)または髄腔内投与のための、投与の所与の方法および/または部位と適合性である、疾患の処置における使用のための薬学的に許容されるキャリアまたは賦形剤をさらに含み得る。
医薬組成物が本発明に従う細胞を含む場合、この組成物は、現行の医薬品等の製造管理及び品質管理に関する基準(current good manufacturing practices)(cGMP)を使用して生産され得る。
適切には、細胞を含む医薬組成物は、例えば、酢酸メチル、ジメチルスルホキシド(DMSO)、N,N-ジメチルホルムアミド(DMF)、ジメトキシエタン(DME)およびジメチルアセトアミド(それらの混合物または組合せを含む)であるがこれらに限定されない有機溶媒を含み得る。
適切には、細胞を含む医薬組成物は、エンドトキシンを含まない。
処置の方法
本発明は、疾患を処置および/または予防するための方法であって、本発明の操作されたTregを被験体に投与するステップを含む方法を提供する。
本発明は、疾患を処置および/または予防するための方法であって、本発明の医薬組成物を被験体に投与するステップを含む方法を提供する。
本発明は、疾患を処置および/または予防する際の使用のための、本発明の操作されたTregもまた提供する。
本発明は、疾患を処置および/または予防する際の使用のための、本発明の医薬組成物もまた提供する。
本発明は、疾患を処置および/または予防するための医薬の製造における、本発明に従う操作されたTreg、ベクターまたは細胞の使用にも関する。
好ましくは、本発明の処置の方法は、被験体への本発明の医薬組成物の投与に関する。
用語「処置する/処置/処置すること(treat/treatment/treating)」とは、本明細書に記載される操作されたTreg、細胞、ベクターまたは医薬組成物を、既存の疾患または状態を有する被験体に投与して、疾患と関連する少なくとも1つの症状を低下、低減もしくは改善し、かつ/または疾患の進行を減速、低減もしくは遮断することを指す。
「予防(prevention)」/「予防すること(preventing)」(または予防(prophylaxis))に対する言及は、本明細書で使用する場合、疾患の症状の開始を遅延または予防することを指す。予防は、(疾患が生じないように)完全であり得る、または一部の個体においてのみもしくは限られた時間量の間のみ有効であり得る。
本発明の好ましい実施形態では、本明細書に記載される方法のいずれかの被験体は、哺乳動物、好ましくは、ネコ、イヌ、ウマ、ロバ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウシ、マウス、ラット、ウサギまたはモルモットである。好ましくは、被験体はヒトである。
本発明の医薬組成物の投与は、活性成分を生体利用可能にする種々の経路のいずれかを使用して、達成され得る。例えば、Treg、細胞、ベクターまたは医薬組成物は、静脈内で、髄腔内で、経口および非経口経路によって、鼻腔内で、腹腔内で、皮下で、経皮的にまたは筋肉内で、投与され得る。
一態様では、本発明に従う操作されたTregまたは本発明に従う医薬組成物は、静脈内投与される。
別の態様では、本発明に従う操作されたTregまたは本発明に従う医薬組成物は、髄腔内投与される。
典型的には、医師は、個々の被験体にとって最も適切な実際の投薬量を決定し、この投薬量は、特定の患者の年齢、体重および応答によって変動する。投薬量は、疾患症状を低減および/または予防するのに十分なものである。
当業者は、例えば、送達経路(例えば、経口、静脈内、皮下など)が、用量に影響を与え得ること、および/または要求される用量が、送達経路に影響を与え得ることを理解する。例えば、特定の部位または場所内の薬剤の特に高い濃度が目的とされる場合、集中的な送達が、所望され得るおよび/または有用であり得る。所与の治療レジメンのために経路および/または投与スケジュールを最適化する場合に考慮される他の因子には、例えば、処置されている疾患(例えば、型またはステージなど)、被験体の臨床状態(例えば、年齢、健康全般など)、併用療法の存在または非存在、および医療実務者に公知の他の因子が含まれ得る。
投薬量は、疾患の症状を安定化または改善するのに十分なものである。
本発明は、疾患を処置および/または予防するための方法であって、細胞、例えば、本発明に従うT細胞を含む医薬組成物を被験体に投与するステップを含む方法もまた提供する。
適切には、本発明は、疾患を処置および/または予防するための方法であって、本発明に従う操作されたTregを被験体に投与するステップを含む方法もまた提供する。
この方法は、以下のステップを含み得る:
(i)被験体からの細胞含有試料の単離;
(ii)細胞に、TCRをコードする核酸配列、および必要に応じて、FOXP3タンパク質をコードする核酸を導入するステップ;ならびに
(iii)(ii)由来の細胞を被験体に投与するステップ。
適切には、(ii)由来の細胞は、被験体への投与前に、in vitroで拡大増殖され得る。
疾患
本発明の方法および使用によって処置および/または予防される疾患は、T細胞媒介性免疫応答を誘導する任意の疾患であり得る。
疾患は、例えば、がん、感染性疾患または自己免疫性疾患であり得る。
適切には、本発明の方法および使用によって処置および/または予防される疾患は、自己免疫性疾患であり得る。
理論に束縛されることは望まないが、本発明の方法および使用によって処置および/または予防される疾患は、MBPが抗原である、例えば、MBPが自己抗原である、任意の疾患であり得る。
適切には、疾患は、自己免疫性および炎症性中枢神経系疾患(例えば、慢性神経変性状態)であり得る。
適切には、疾患は、慢性神経変性状態、例えば、多発性硬化症(MS)、アルツハイマー病、パーキンソン病、神経向性ウイルス感染症、脳卒中、傍腫瘍性障害および外傷性脳傷害であり得る。
一態様では、疾患は、多発性硬化症である。
適切には、疾患は、慢性進行型多発性硬化症である。
適切には、疾患は、再発寛解型多発性硬化症である。
一態様では、疾患は、全身性自己免疫性および炎症性疾患、例えば、ベーチェット病、サルコイドーシス、全身性エリテマトーデス、若年性特発性関節炎、強皮症およびシェーグレン症候群の中枢神経系(CNS)関与を有し得る。
適切には、疾患は、HLA-DRB10401陽性の被験体中に存在する。
適切には、疾患は、多発性硬化症であり、被験体は、HLA-DRB10401陽性である。
適切には、疾患は、慢性進行型多発性硬化症であり、被験体は、HLA-DRB10401陽性である。
適切には、疾患は、再発寛解型多発性硬化症であり、被験体は、HLA-DRB10401陽性である。
多発性硬化症
多発性硬化症(MS)は、欧州および米国で、若い成人において最も一般的な神経学的障害である。MSは、脱髄性疾患として特徴付けられ、中枢神経系の慢性変性疾患であり、ミエリンの漸進的破壊が、脳および/または脊髄のあらゆる場所で所々に生じ、神経接続性を妨害し、筋力低下、協調の喪失ならびに言語障害および視覚障害を引き起こす。
臨床的に孤立した症候群(CIS)、再発寛解型MS(RRMS)、一次性進行型MS(PPMS)および二次性進行型MS(SPMS)を含む、MSの進行のいくつかの型またはパターンが同定されている。一部の患者については、能力障害の増加または進行は、非常に漸進的であり、他の患者については、より迅速に生じ得る。しかし、一般に、発作からの回復は、次第に完全ではなくなり、症状は増加する傾向があり、能力障害(disability)は大きくなる。
いくつかの疾患改変性処置(DMT)が、臨床的再発の頻度を低減させるために承認されているが、ほとんどの患者は、現行の治療スケジュールの下で臨床的に悪化し続ける。自家造血幹細胞移植は、患者について持続的な有益な効果を有し得るが、この手順は、かなりの毒性と関連する攻撃的な骨髄破壊的コンディショニングを要求する。DMTも幹細胞移植も、MSの免疫病理の抗原特異的抑制を媒介することができない。理論に束縛されることは望まないが、将来、1用量の本発明の操作されたTregの投与が、全身副作用の非存在下で、MS免疫病理の持続的な抑制を提供し得る。これは、MSを有する人における疾患の進行に対して有意な影響を有する。
適切には、本発明のTreg、ベクターまたは医薬組成物は、視力低下または視力喪失、よろめきおよび一様でない歩行、不明瞭発語、頻尿および失禁、気分変化および抑うつ、筋痙攣および麻痺を含むMSの症状のうちの1または複数を低減または寛解させ得る。
方法
本発明は、操作されたTregを産生するための方法であって、細胞中に、本明細書で規定されるTCRをコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップを含む方法もまた提供する。適切には、この方法は、本発明のTCR分子の発現を可能にする条件下で細胞をインキュベートするステップをさらに含む。必要に応じて、この方法は、操作されたTreg細胞を精製するステップをさらに含み得る。
適切には、細胞は、T細胞である。
適切には、細胞は、Treg細胞である。
適切には、細胞は、FOXP3を発現する天然のTregである。
一態様では、細胞は、幹細胞である。適切には、本発明に従う方法では、本明細書で規定されるTCRをコードする核酸は、幹細胞中に導入されており、次いで、幹細胞は、T細胞、例えば、FOXP3を発現するTregへと分化される。
適切には、幹細胞は、T細胞、例えば、FOXP3を発現するTregへと分化する能力を有する。適切には、細胞は、胚性幹細胞(ESC)であり得る。適切には、細胞は、臍帯血から取得され得る。適切には、細胞は、成体末梢血から取得され得る。適切には、細胞は、造血幹細胞・前駆細胞(HSPC)である。適切には、細胞は、人工多能性幹細胞(iPSC)である。
別の態様では、細胞は、前駆細胞である。適切には、前駆細胞は、T細胞、例えば、FOXP3を発現するTregへと分化する能力を有する。
別の態様では、本発明は、操作されたTregを産生するための方法であって、細胞中に、本明細書で規定されるTCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップを含む方法を提供する。適切には、本明細書で規定されるTCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、別々のポリヌクレオチドとして提供される。適切には、別々のポリペプチドは、細胞中に、別々に、順次または同時に導入される。ポリペプチドが別々にまたは順次導入される場合、適切には、TCRをコードするポリヌクレオチドが最初に導入される。ポリペプチドが別々にまたは順次導入される場合、適切には、FOXP3をコードするポリヌクレオチドが最初に導入される。適切には、本明細書で規定されるTCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、同じポリヌクレオチド上で提供される。
適切には、この方法は、FOXP3および本発明のTCR分子の発現を引き起こす条件下で細胞をインキュベートするステップをさらに含む。必要に応じて、この方法は、操作されたTreg細胞を精製するステップをさらに含み得る。
一態様では、本発明は、操作されたTregを産生するための方法であって、細胞中に、本明細書で規定されるTCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップ、ならびにこの細胞を、T細胞、例えば、FOXP3を発現するTregへと分化させるステップを含む方法を提供する。適切には、この方法は、FOXP3および本発明のTCR分子の発現を引き起こす条件下で細胞をインキュベートするステップをさらに含む。必要に応じて、この方法は、操作されたTreg細胞を精製するステップをさらに含み得る。
適切には、一態様では、細胞は、FOXP3が細胞中に導入される前に、T細胞へと分化される。
操作されたTregの精製は、当該分野で公知の任意の方法によって達成され得る。適切には、操作されたTregは、細胞集団の陽性および/または陰性選択を使用する蛍光活性化細胞選別(FACS)または免疫磁気単離(即ち、磁気ナノ粒子またはビーズに結合した抗体を使用する)を使用して精製され得る。
適切には、操作されたT細胞の精製は、本明細書で規定されるTCRの発現を使用して実施され得る。
本開示は、本明細書に開示される例示的な方法および材料によって限定されず、本明細書に記載されるものと類似または等価な任意の方法および材料が、本開示の実施形態の実施または試験において使用され得る。数的範囲は、その範囲を規定する数を含む。特記しない限り、それぞれ、任意の核酸配列は、左から右へと、5’から3’の配向で書かれる;アミノ酸配列は、左から右へと、アミノからカルボキシの配向で書かれる。
値の範囲が提供される場合、文脈が明確に他を示さない限り、その範囲の上限と下限との間の、下限の10分の1単位までの各介在する値もまた具体的に開示されることが理解される。述べられた範囲中の任意の述べられた値または介在する値とその述べられた範囲中の任意の他の述べられた値または介在する値との間の、より小さい各範囲は、本開示内に包含される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、その範囲中に独立して含まれ得または排除され得、上限および下限のいずれかがより小さい範囲中に含まれる、上限および下限のいずれもより小さい範囲中に含まれない、または上限および下限の両方がより小さい範囲中に含まれる各範囲もまた、本開示内に包含され、その述べられた範囲中の具体的に排除された任意の上限/下限の支配下にある。述べられた範囲が上限および下限の一方または両方を含む場合、含まれた上限および下限のいずれかまたは両方を排除する範囲もまた、本開示に含まれる。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用する場合、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」および「この(the)」は、文脈が明確に他を示さない限り、複数形の指示対象を含むことに留意すべきである。
用語「含む(comprising)」、「含む(comprises)」および「~から構成される(comprised of)」は、本明細書で使用する場合、「含む(including)」、「含む(includes)」または「含有する(containing)」、「含有する(contains)」と同義であり、包含的またはオープンエンドであり、列挙されていないさらなるメンバー、要素または方法ステップを排除しない。用語「含む(comprising)」、「含む(comprises)」および「~から構成される」は、用語「~からなる」もまた含む。
本明細書に記載される本発明の実施形態が組み合わされ得ることに留意されたい。
本明細書で議論される刊行物は、本出願の出願日前のそれらの開示のためにのみ提供される。かかる刊行物が本明細書に添付される特許請求の範囲に対する先行技術を構成することの承認として解釈すべきものは、本明細書中には存在しない。
本発明は、本発明を実施するにあたり当業者を補助するように機能することを意味し、本発明の範囲を決して限定しない意図である実施例によって、ここでさらに記載される。
(実施例1)
TCRをコードするレトロウイルスベクターおよびTCR+FOXP3をコードするレトロウイルスベクターの産生
MS2-3C8 TCR
MS2-3C8 TCRは、本明細書に参照により組み込まれる、Muraro et al., JCI 1997; 100, 2, 339-349によって記載されるように、HLA-DRB10401によって提示されたMBP111-129(配列番号3)を認識する。コドン最適化されたMS2-TCRvα、マウス化された定常アルファドメイン、コドン最適化されたMS2-TCRvβおよびマウス化された定常ベータドメインを、レトロウイルス発現カセットpMP71中にクローニングすることによって、MS2-3C8 TCRをコードするコドン最適化されたMS-2 TCR発現カセットを構築した(図1および図2)。本明細書に参照により組み込まれる、Blood. 2007 Mar 15; 109(6): 2331-2338.およびCancer Res. 2007 Apr 15; 67(8): 3898-3903に記載されるように、定常アルファドメインと定常ベータドメインとの間に追加のジスルフィド結合を加えた。定常アルファドメインとMS2-TCRvβドメインとを、P2A配列によって分離した。
MS2-3C8 FOXP3
FOXP3およびMS-2 TCRをコードする発現カセットを、上記MS-2 TCRを改変することによって構築した(図1および図3)。停止コドンが除去されたFOXP3遺伝子およびT2A配列を、MS-2 TCRの上流のRsrII部位およびEcoR1部位を使用して、pMP71ベクター中に挿入した。
(実施例2)
TCRおよびTCR+FOXP3によるT細胞の形質導入
Phoenix-Ampho細胞を、標準的な組織培養条件で、8mLのイスコフ改変ダルベッコ培地(IMDM)中2×10で24時間播種した。1日目に、細胞を、FuGENE(登録商標)トランスフェクション試薬、ならびに2.5μgの適切なプラスミドDNAおよび同種指向性レトロウイルス共受容体をコードする1.5μgのpCL-Ampと混合した最適な培地を使用して、室温で20分間トランスフェクトした。トランスフェクション混合物を、接着性Phoenix Amphotropic(Phoenix-AMPHO)細胞に添加し、さらに24時間インキュベートした。2日目に、培地を5mLのTexMACS(登録商標)(Miltenyi)組織培養培地に交換し、細胞を、さらに24時間インキュベートした。
CD4+T細胞を、CD4+陽性選択キットを使用して単離した。細胞を、引き続いて、フローサイトメトリー抗体CD4、CD25およびCD127で染色し、その後、BD FACSAria(登録商標)サイトメーターを使用して細胞選別した。
CD4+CD25hiCD127-TregおよびCD4+CD25-CD127+Tconvを、ポリプロピレンチューブ中に収集した。細胞選別の純度を、FOXP3 PE抗体の添加によって決定した。CD4+CD25+CD127-FOXP3+細胞の純度は、決まって>70%であった。
0日目に、FACS選別した細胞を、抗CD3および抗CD28ビーズと共に1:1で培養することによって、48時間活性化した。2日目に、細胞をカウントし、Tconvについては完全ロズウェルパーク記念研究所培地(RPMI-1640)(Gibco)中に、TregについてはTexMACS(登録商標)培地中に、1×10/mLで再懸濁した。組織培養処理していない24ウェルプレートを、レトロネクチン(retronectin)によるコーティングによって事前調製し、引き続いて、リン酸緩衝食塩水(PBS)中2%のウシ血清アルブミンでブロッキングし、PBSで2回洗浄した。細胞懸濁物を1:1混合した。IL-2の最終濃度は、Tconvについては300u/ml、Tregについては1000u/mlであった。細胞を、37度で一晩インキュベートし、その後、上清を除去し、新鮮な完全培地およびIL-2を補充した。培地を、1日おきに交換した。
Tconv細胞を、10%熱不活性化ウシ胎仔血清(FBS);100単位/mLペニシリン;100μg/mLストレプトマイシン;2mM L-グルタミンを補充したRPMI-1640中で成長させた。調節性T細胞を、100単位/mLペニシリン;100μg/mLストレプトマイシンを補充したTexMACX(登録商標)培地中で培養した。
図5中のFACSドットプロットは、マウスTCR定常領域およびFOXP3の発現の測定を介して形質導入のレベルを評価するために7日目に実施した代表的なフローサイトメトリー分析を示す。
(実施例3)
in vitro拡大増殖の間のFOXP3発現
T細胞を、実施例2に上記したように単離した。0日目に、FOXP3ならびにTreg細胞表面マーカーCTLA-4(CD152としても公知)およびCD25の発現を、フローサイトメトリーによって測定した。
実施例2に上記したように、T細胞を形質導入し、培養した。7日目に、細胞を、フローサイトメトリーによって分析し、ドットプロットを、形質導入された細胞集団に対してゲーティングした。FOXP3、CTLA-4およびCD25の相対的発現を測定した。図6は、in vitro拡大増殖の7日目のFOXP3、CTLA-4およびCD25の発現を示す棒グラフを示す。FOXP3発現は、in vitro拡大増殖の間維持される。
MS-2 TCR形質導入されたT細胞の抗原特異的活性化
(実施例4)
エフェクターT細胞およびTregのペプチド再刺激
チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞を、ヒトHLA-DR4およびCD80またはCD86で形質導入した。CD80またはCD86を発現する細胞を、引き続く実験のために等量で一緒に混合した。
CHO細胞を、飽和量(10μM/ml)のMBP111-129(配列番号3)(LSRFSWGAEGQRPGFGYGG)と共に、培養培地中で10×10/mLで再懸濁した。懸濁物を、標準的な組織培養条件で2時間インキュベートし、その後、照射し、洗浄し、再懸濁した。
MS2またはMS2-FOXP3構築物で形質導入されたT細胞を洗浄し、カウントし、完全RPMI中に0.5×10細胞/mlで再懸濁した。細胞を、ペプチドありまたはなしで、インキュベートしたCHO細胞と共に1:1で4時間蒔いた。細胞を固定し、透過処理し、その後、IL-2に対する抗体およびIFNγに対する抗体で染色した。
図7は、エフェクターT細胞のペプチド再刺激を示すFACSドットプロットを示す。T細胞の形質導入効率は、「Td=」によって示される。
Treg細胞を、上記のように、CHO細胞と共に培養した。図8は、Treg細胞のペプチド再刺激を示すFACSドットプロットを示す。T細胞の形質導入効率は、「Td=」によって示される。
(実施例5)
TCR形質導入されたT細胞およびTCR-FOXP3形質導入されたT細胞は、コグネートペプチドに対して応答する
TCR形質導入されたTconv、TCR形質導入されたTreg、TCR-FOXP3変換されたTconvおよびTCR-FOXP3変換されたTconv(上記方法)を、ペプチドパルスした照射APCありまたはなしで4日間培養した。上清を培養物から収集し、ELISAによってIL-2およびIFNγについてアッセイした(n=2~4)。図9は、TCR形質導入されたTregおよびTCR-FOXP3変換されたTconvが、コグネートペプチドに対して応答することを示している。
(実施例6)
TCR形質導入およびTCR-FOXP3形質導入
CHO細胞を、上記のように調製した。Tconv細胞を、TCRまたはTCR+FOXP3で形質導入した。形質導入されたT細胞を、磁気ビーズ選別によって単離した。形質導入された細胞を、APCにコンジュゲートした抗マウス定常ベータ抗体で染色した。細胞を、十分に洗浄し、第2の抗APC抗体で染色した。細胞を洗浄し、磁気カラムを通過させ、形質導入された細胞を捕捉し、溶出した。決まって、精製された細胞のうち>95%が、APC+であった。
CHO細胞なしに培養した未刺激の細胞は、陰性対照として機能した。PMA(ホルボール12-ミリステート13-アセテート)刺激した細胞は、陽性対照として機能した。白色の棒は、MS2 TCRを発現する細胞からのサイトカイン産生を示し、黒色の棒は、MS2 TCRおよびFOXP3を発現するT細胞からのサイトカイン産生を示す(n=3)。図10は、TCRおよびTCR+FOXP3で形質導入された通常のT細胞が、TCR単独で形質導入された通常の細胞よりも少ないIL-2を産生することを示している。
MS-2 TCR形質導入されたTregの抗原特異的抑制
(実施例7)
TCR形質導入されたT細胞の増殖
CD80+CD86+DR4+CHO細胞にペプチドをロードし、上記のように照射し、その後、0.1×10細胞/mlで再懸濁した。形質導入された応答性T細胞を、温PBS中で37度で3分間、CFSE cell trace色素で染色し、その後、等体積の温PBSを添加し、さらに3分間インキュベートした。
細胞を、5倍体積の完全培地中で洗浄し、その後、カウントし、1×10の形質導入された細胞/mlで再懸濁した。TconvおよびTregの形質導入効率を、フローサイトメトリーによって決定した。調節性T細胞を、培養物から取り出し、洗浄し、完全RPMI中に1×10の形質導入された細胞/mlで再懸濁する。細胞を、1 Treg:0.1 CHO細胞:および様々な比のTconvで蒔いた。増殖を、カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CFSE)染色されたTconvの希釈物を分析することによって決定した。
図11中のデータは、TCR形質導入されたTregが、増殖を抗原特異的様式で抑制することを示している。上清を培養培地から収集し、ELISAによってIL-2についてアッセイした。図12中に示されるデータは、TCR形質導入されたTregが、IL-2産生を抗原特異的様式で抑制することを示している。
(実施例8)
実験的自己免疫性脳脊髄炎の養子移入モデルにおける操作されたTreg
MS2-3C8 TCRで形質導入された通常のヒトT細胞を、養子移入によって、HLADRB10401についてトランスジェニックの免疫不全NOD scidガンママウス(NSG)に投与する。
ヒトT細胞の養子移入は、マウスにおいて実験的自己免疫性脳脊髄炎(EAE)型の疾患をもたらし得る。次いで、マウスを、MS2-3C8 TCRで形質導入されたヒトTreg細胞または対照Tregで処置した。
HLA-DRB1+0401拘束されるMBP111-129(配列番号3)特異的ヒト化TCRトランスジェニックマウスは、脊髄および脊髄神経根に加えて、脳幹および脳神経根に位置する、MS2-3C8トランスジェニックT細胞の浸潤物および炎症性病変を有する(本明細書に参照により組み込まれる、Quandt et al., J. Exp. Med. V. 200(2);2004)。
TCR誘導されたTregによる病原性T細胞の増殖の抑制を、例えば、CFSE、IL-2および/またはIFNγレベルによって、マウスモデルにおいて測定する。
(実施例9)
実験的自己免疫性脳脊髄炎の古典的モデルにおける操作されたTreg
マウスを、Mog(ミエリンオリゴデンドロサイトタンパク質)で免疫して、MSの広く受容された動物モデルであるEAEを誘発する。
次いで、マウスを、MS2-3C8 TCRで形質導入されたヒトTreg細胞または対照Tregで処置する。TCR誘導されたTregによる病原性T細胞の増殖の抑制を、例えば、CFSE、IL-2および/またはIFNγレベルによって、マウスモデルにおいて測定する。
(実施例10)
TCR形質導入された調節性T細胞は、照射された宿主中に生着できる。
CD4+CD25+Tregを、ビーズ選別によって、HLA-DRB0401トランスジェニックマウスのリンパ節および脾細胞から単離した。Tregを、TCRで形質導入した。形質導入の1日後、TCRまたはTCR+FOXP3形質導入された細胞を、4Gy照射でコンディショニングしたHLA-DRB0401トランスジェニック宿主中に注射した(0日目)。7週間後、フローサイトメトリーを使用して、TCRについての染色を介して、形質導入されたTregの生着を決定した(+7週間)。
図23中の結果は、投与の7週間後の、Tregおよび抗原特異的抑制効果の持続を示している。
上記明細書中で言及される全ての刊行物が、本明細書で参照によって組み込まれる。本発明の記載された方法およびシステムの種々の改変およびバリエーションが、本発明の範囲および精神から逸脱することなしに、当業者に明らかである。本発明を、具体的な好ましい実施形態との関連で記載してきたが、特許請求された本発明は、かかる具体的な実施形態に過度に限定されるべきでないと理解すべきである。実際、分子生物学、細胞免疫学または関連する分野の当業者に明らかな、本発明を実施するための記載された様式の種々の改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内であることが意図される。

Claims (20)

  1. ペプチドが主要組織適合複合体(MHC)分子によって提示される場合に、MBP111-129(配列番号3)を含む前記ペプチドまたは配列番号3に対して少なくとも90%の同一性を有するバリアントまたはその断片に特異的に結合することが可能なT細胞受容体(TCR)を含む、操作された調節性T細胞(Treg)であって、
    前記TCRの前記α鎖が、以下のアミノ酸配列:
    CDR1α - TISGTDY(配列番号7)
    CDR2α - GLTSN(配列番号8)
    CDR3α - TVYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPD(配列番号9)
    を有する3つのCDRを含み;
    前記TCRの前記β鎖が、以下のアミノ酸配列:
    CDR1β - DFQATT(配列番号10)
    CDR2β - SNEGSKA(配列番号11)
    CDR3β - SARGGSYNSPLHFGNGTRLTVTE(配列番号12)
    を有する3つのCDRを含む、操作されたTreg
  2. a)前記TCRの前記α鎖の可変領域が、配列番号19に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記配列同一性が、請求項に記載のCDR配列を含まず;
    (b)前記TCRの前記β鎖の可変領域が、配列番号21に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記配列同一性が、請求項に記載のCDR配列を含まない、
    請求項1に記載の操作されたTreg。
  3. 前記TCRの前記α鎖およびβ鎖の定常領域ドメインが各々、前記α鎖と前記β鎖との間での追加のジスルフィド結合の形成を可能にする、さらなるシステイン残基を含む、請求項1または2のいずれか一項に記載の操作されたTreg。
  4. (a)前記TCRの前記α鎖が、配列番号13に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記配列同一性が、請求項に記載のCDR配列を含まず;
    (b)前記TCRの前記β鎖が、配列番号14に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記配列同一性が、請求項に記載のCDR配列を含まない、
    請求項1から3のいずれか一項に記載の操作されたTreg。
  5. 被験体から単離されたT細胞に由来する、請求項1からのいずれか一項のいずれかに記載の操作されたTreg。
  6. 請求項1からのいずれか一項のいずれかに記載の操作されたTregを含む医薬組成物。
  7. 疾患を処置する際の使用のための、請求項に記載の操作された医薬組成物。
  8. 医薬の製造における、請求項1からのいずれかに記載の操作されたTregまたは医薬組成物の使用。
  9. 疾患を処置または予防することを必要とする被験体において疾患を処置または予防するための、請求項に記載の医薬組成物。
  10. 前記疾患が多発性硬化症である、請求項またはに記載の使用のための医薬組成物。
  11. 前記被験体が、HLADRB10401陽性の被験体である、請求項または10に記載の使用のための医薬組成物。
  12. 請求項1からのいずれか一項に記載のTCRをコードする核酸配列およびFOXP3をコードする核酸配列を含むベクター。
  13. 請求項1からのいずれか一項に記載のTCRをコードする核酸配列を含む第1のポリヌクレオチドまたはベクターと、FOXP3をコードする核酸配列を含む第2のポリヌクレオチドまたはベクターとを含む、ポリヌクレオチドまたはベクターのキット。
  14. 請求項1からのいずれかに記載の操作されたTregを産生するための方法であって、細胞中に、請求項1からのいずれかに記載のTCRをコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップを含む、方法。
  15. 前記細胞中に、FOXP3タンパク質をコードするポリヌクレオチドをin vitroまたはex vivoで導入するステップをさらに含む、請求項14に記載の方法。
  16. 前記細胞がT細胞である、請求項14に記載の方法。
  17. 前記T細胞が、FOXP3を発現する天然のTregである、請求項16に記載の方法。
  18. 前記T細胞が通常のT細胞である、請求項16に記載の方法。
  19. TCRをコードするポリヌクレオチドおよびFOXP3をコードする前記ポリヌクレオチドを導入するステップが、順次、別々にまたは同時に実施される、請求項15に記載の方法。
  20. TCRをコードする前記ポリヌクレオチドおよびFOXP3をコードする前記ポリヌクレオチドが、請求項12に記載のベクターを使用して前記細胞に導入される、請求項19に記載の方法。
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