JP7404229B2 - ヒト治療標的およびそのモジュレーター - Google Patents

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Description

関連出願の相互参照
本願は、その全体を参照により本明細書に組み込む、２０１７年９月１４日に出願された米国特許仮出願第６２／５５８，７４４号に対する優先権を主張する。
ヒトプロテオーム内のいわゆる「ドラッガブル（ｄｒｕｇｇａｂｌｅ）」標的の同定は、「重大な課題」として説明されてきた。例えば、Ｄｉｘｏｎ ｅｔ ａｌ Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． １３：５４９， ２００９を参照されたい。２０１１年の時点で、報告は、ヒトタンパク質の約２％のみが、承認された薬物による標的化に成功したこと、さらに、ヒトタンパク質の１０～１５％のみが、標的化に対して感受性でさえある（すなわち、「ドラッガブル」である）ことを推定した。例えば、Ｓｔｏｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉ． Ａｍ ３０５：２０， ２０１１を参照されたい。
Ｄｉｘｏｎら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（２００９）１３：５４９
一部の微生物生合成遺伝子クラスターが、クラスターによってコードされる酵素によって産生される関連する生合成産物の合成に関与しないと思われる遺伝子（「パッセンジャー」遺伝子と本明細書で称される）を含有することもあることの証拠が現れつつある。場合によっては、斯かるパッセンジャー遺伝子は、明らかに、関連する生合成産物に対して宿主生物を抵抗性にすることができるタンパク質をコードするため、「自己防衛的」として記載された。例えば、場合によっては、生合成産物のトランスポーター、生合成産物に作用する解毒酵素、またはその活性が生合成産物によって標的化されるタンパク質の抵抗性バリアントをコードする遺伝子が報告された。例えば、Ｃｉｍｅｒｍａｎｃｉｃ ｅｔ ａｌ Ｃｅｌｌ １５８：４１２， ２０１４；Ｋｅｌｌｅｒ Ｎａｔ． Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． １１：６７１， ２０１５を参照されたい。研究者は、斯かる遺伝子およびその機能の同定が、クラスターの酵素によって合成された生合成産物の役割の決定において有用となり得ることを提案した。例えば、Ｙｅｈ ｅｔ ａｌ． ＡＣＳ Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． １１：２２７５， ２０１６；Ｔａｎｇ ｅｔ ａｌ． ＡＣＳ Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． １０：２８４１， ２０１５；Ｒｅｇｕｅｉｒａ ｅｔ ａｌ． Ａｐｐｌ， Ｅｎｖｉｒｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ７７：３０３５， ２０１１；Ｋｅｎｎｅｄｙ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８４：１３６８， １９９９；Ｌｏｗｔｈｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９５：１２１５３， １９９８；Ａｂｅ ｅｔ ａｌ， Ｍｏｌ． Ｇｅｎｅｔ． Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２６８：１３０， ２００２を参照されたい。
とりわけ、本開示は、本明細書に記載されている生合成遺伝子クラスターに存在する、またはクラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンに存在する非生合成遺伝子に関する異なる観点を提供し、ヒト治療薬におけるある特定の斯かる遺伝子の潜在的有用性に関する新たな洞察を提供する。一部の実施形態では、本開示は、斯かる洞察を利用して、ヒト治療薬を開発および／または改善する技術を提供する。
とりわけ、本開示は、生合成遺伝子クラスターに、またはクラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンに、特に、真核生物（例えば、細菌とは対照的に、真菌）生合成遺伝子クラスターに存在するある特定の非生合成遺伝子が、治療上の関心の標的を表すヒト遺伝子のホモログを表すことができるという洞察を提供する。本開示は、「埋め込まれた標的遺伝子」または「ＥＴａＧ」と本明細書で称される、斯かる目的の非生合成遺伝子を特徴付けるパラメータを定義する。本開示は、ＥＴａＧを同定するおよび／または特徴付けるための技術、生合成遺伝子クラスターおよび／またはＥＴａＧ遺伝子配列（および必要に応じて関連するアノテーション）を含むデータベース、ＥＴａＧに対応するヒト標的遺伝子を同定するおよび／または特徴付けるためのシステム、ならびに斯かるヒト標的遺伝子、および／またはこれを含有および／または発現するシステムを作製および／または使用する方法、等を提供する。
本開示は、ＥＴａＧおよびその関係した生合成遺伝子クラスター（それに対し内部にＥＴａＧがある近接ゾーン内の生合成遺伝子を含有する生合成遺伝子クラスター）の間の関係性が、対応するヒト標的遺伝子の有効なモジュレーターの同定、設計および／または特徴付けを知らせるという、さらなる洞察に寄与する。本開示は、斯かる同定、設計および／または特徴付けのための技術を提供し、また、関連するヒト標的遺伝子のモジュレーションを達成する薬剤、ならびに斯かる薬剤を提供および／または使用する方法を提供する。
上に記す通り、本開示は、ＥＴａＧが、医学的（例えば、治療的）関連性があるヒト標的の機能的ホモログ（例えば、オルソログ）として機能し得るという洞察を包含する。本開示において、真核生物（例えば、真菌）生合成遺伝子クラスター内の、またはクラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンにおけるパッセンジャー（すなわち、非生合成）遺伝子の配列を、ヒト遺伝子の配列と比較することができる。核酸配列類似性、ペプチド配列類似性および／または系統発生的関係性を、比較される配列に関して決定（例えば、定量的に評価および／または進化系統樹視覚化により）することができる。それに代えてまたはその上、公知の構造的および／またはタンパク質エフェクターエレメントの保存を評価することができる。一部の実施形態では、ヒト配列に対する比較的高い相同性、および／または保存された構造的および／またはタンパク質エフェクターエレメントを有するパッセンジャー遺伝子を、ヒト薬物標的としての目的のＥＴａＧとして優先順位付けすることができる。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む方法を提供する。
典型的には、生合成遺伝子クラスターは、１種または複数の生合成遺伝子を含む。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、１種または複数の生合成遺伝子、および１種または複数の非生合成遺伝子を含む。一部の実施形態では、非生合成遺伝子は、調節性、例えば、転写因子である。一部の実施形態では、バイオインフォマティクスによって同定された生合成遺伝子クラスターにおいて、非生合成遺伝子は、仮定上の遺伝子であり得る。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターの境界は、バイオインフォマティクス方法、例えば、ａｎｔｉＳＭＡＳＨによって定義される。一部の実施形態では、生合成遺伝子および非生合成遺伝子は、バイオインフォマティクスに基づき指定される。一部の実施形態では、非生合成遺伝子は、バイオインフォマティクス方法によって非生合成遺伝子として同定された（および／または本開示において非生合成遺伝子として示された）場合であっても、生合成機能を有する可能性がある。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、真核生物の真菌由来のＥＴａＧが、例えば、あるとすれば、ある特定の細菌等の原核生物におけるその対応物よりも、哺乳動物遺伝子に対する類似性を有することができるという認識を包含する。一部の実施形態では、真菌は、ヒトから進化的により遠い生物よりも治療上関連するＥＴａＧを含有する、および／またはその生物よりも多くの治療上関連するＥＴａＧを含有する。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
発現される哺乳動物核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
発現される哺乳動物核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、近接ゾーンは、クラスターにおける生合成遺伝子の１～１００以下、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、クラスターにおける生合成遺伝子の１～１００以下、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスター内にある。一部の実施形態では、近接ゾーンは、生合成遺伝子クラスターの２種の生合成遺伝子の間にある。
一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、哺乳動物配列は、ヒト核酸配列である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、ヒト核酸配列と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、発現される哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、発現されるヒト核酸配列と相同である。一部の実施形態では、哺乳動物核酸、例えば、ヒト核酸配列は、ヒト疾患、障害または状態に関係する。一部の実施形態では、斯かるヒト核酸配列は、治療上の関心の既存の標的である。一部の実施形態では、斯かるヒト核酸配列は、治療上の関心の新規標的である。一部の実施形態では、斯かるヒト核酸配列は、例えば、小分子による標的化に対する感受性がないと以前にみなされた標的である。一部の実施形態では、関係した生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生された生合成産物、またはそのアナログは、ヒト標的のモジュレーター（例えば、活性化因子、阻害剤等）である。
一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、その配列またはその部分が、発現される哺乳動物核酸配列のものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、ＥＴａＧから産生されるｍＲＮＡ、またはその部分が、哺乳動物核酸配列のものと相同であるという点において、哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、相同部分は、少なくとも５０、１００、１５０または２００塩基対の長さである。一部の実施形態では、相同部分は、真菌から哺乳動物まで、保存されたタンパク質、またはタンパク質の保存された部分、例えば、タンパク質ドメイン、機能（例えば、別の分子（例えば、タンパク質、小分子、等）への相互作用、酵素活性、等）に関する残基のセット、等をコードする。
一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、ＥＴａＧによってコードされる産物、またはその部分が、哺乳動物核酸配列によってコードされるものと相同であるという点において、哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質、またはその部分が、哺乳動物核酸配列によってコードされるものと相同であるという点において、哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質の部分が、哺乳動物核酸配列によってコードされるものと相同であるという点において、哺乳動物核酸配列と相同である。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、タンパク質ドメインである。一部の実施形態では、タンパク質ドメインは、酵素ドメインである。一部の実施形態では、タンパク質ドメインは、１種または複数の薬剤、例えば、小分子、脂質、炭水化物、核酸、タンパク質、等と相互作用する。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、当該タンパク質が属するタンパク質ファミリーを定義する、機能および／または構造ドメインである。タンパク質（ｐａｔｅｎｔ）ファミリーを定義する特異的触媒または構造ドメイン内で、予測サブファミリードメインアーキテクチャに基づき選択され、相同性のアライメント解析における使用のための、様々なアッセイによって必要に応じて検証され得る、アミノ酸残基が存在する。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、タンパク質の機能に重要な、連続したまたは連続していない、鍵となる残基のセットである。一部の実施形態では、機能は、酵素活性であり、タンパク質の部分は、活性に要求される残基のセットである。一部の実施形態では、機能は、酵素活性であり、タンパク質の部分は、基質、中間体または産物と相互作用する残基のセットである。一部の実施形態では、残基のセットは、基質と相互作用する。一部の実施形態では、残基のセットは、中間体と相互作用する。一部の実施形態では、残基のセットは、産物と相互作用する。
一部の実施形態では、機能は、１種または複数の薬剤、例えば、小分子、脂質、炭水化物、核酸、タンパク質、等との相互作用であり、タンパク質の部分は、相互作用に要求される残基のセットである。一部の実施形態では、残基のセットはそれぞれ独立して、相互作用剤（ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ）と接触する。例えば、一部の実施形態では、セットの残基のそれぞれは、相互作用小分子と独立して接触する。一部の実施形態では、タンパク質は、キナーゼであり、相互作用小分子は、核酸塩基であるまたはこれを含み、残基のセットはそれぞれ独立して、例えば、水素結合、静電力、ファンデルワールス力、芳香族スタッキング（ａｒｏｍａｔｉｃ ｓｔａｃｋｉｎｇ）、等を介して核酸塩基と接触する。一部の実施形態では、相互作用剤は、別の巨大分子である。一部の実施形態では、相互作用薬剤（ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ａｇｅｎｔ）は、核酸である。一部の実施形態では、残基のセットは、相互作用核酸と接触するセット、例えば、転写因子におけるセットである。一部の実施形態では、残基のセットは、相互作用タンパク質と接触するセットである。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、例えば、ヒト標的の三次タンパク質構造に基づく、タンパク質エフェクターリクルートメントおよび／または結合の必須構造エレメントであるか、またはこれを含む。
タンパク質ドメイン、生物学的機能の原因となる残基のセット等、タンパク質の部分は、本開示において説明されている通り、種から種へと、例えば、一部の実施形態では、真菌からヒトへと保存され得る。
一部の実施形態では、タンパク質相同性は、正確な同一性、例えば、所与の位置における同じアミノ酸残基に基づき測定される。一部の実施形態では、相同性は、１種または複数の特性、例えば、１種または複数の同一または同様の特性（例えば、極性、非極性、疎水性、親水性、サイズ、酸性、塩基性、芳香族、等）を有するアミノ酸残基に基づき測定される。相同性を評価するための例示的な方法は、本技術分野で広く公知であり、例えば、ＭＵＳＣＬＥ、ＴＣｏｆｆｅｅ、ＣｌｕｓｔａｌＷ、等を用いて、本開示に従って利用することができる。
一部の実施形態では、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質、またはその部分（例えば、本開示に記載されているもの）は、哺乳動物核酸配列によってコードされるものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％または１００％（１００％の場合は同一）相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質、またはその部分は、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされるものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％または１００％相同である。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターにおける２種またはそれよりも多い遺伝子と同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生された生合成産物（生合成遺伝子クラスターの生合成産物）が産生されると、ＥＴａＧの発現が増加されるまたはオンにされるという点において、生合成遺伝子クラスターと同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの生合成産物のレベルが増加されると、ＥＴａＧの発現が増加されるまたはオンにされるという点において、生合成遺伝子クラスターと同時調節される。
一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、同じゲノムにおける１種または複数の遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％を超えて相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、同じゲノムにおける２、３、４、５、６、７、８、９種またはそれよりも多い遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％を超えて相同である。一部の実施形態では、相同性は、１０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、２０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、３０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、４０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、５０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、６０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、７０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、８０％を超える。一部の実施形態では、相同性は、９０％を超える。ある特定の例は、図に提示されている。
一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、異なる真菌株に由来し、相同生合成遺伝子クラスターを含むセットにおける少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％真菌核酸配列におけるいずれかの発現される遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％以下同一である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、異なる真菌株由来の相同生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％真菌遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％以下同一である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、異なる真菌株由来の相同生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％真菌遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％以下同一である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、異なる真菌株に由来し、相同生合成遺伝子クラスターを含むセットにおけるいずれかの真菌核酸配列におけるいずれかの発現される遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％以下同一である。一部の実施形態では、ＥＴａＧ遺伝子配列は、必要に応じて、異なる真菌株由来の相同生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるいずれかの発現される遺伝子配列と約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約１０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約２０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約３０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約４０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約５０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約６０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約７０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約８０％以下同一である。一部の実施形態では、これは、約９０％以下同一である。
一部の実施形態では、ヒト標的遺伝子および／またはその産物は、生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログによるモジュレーションに対して感受性であり、ヒト標的遺伝子は、生合成遺伝子クラスター内に、またはクラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンに、その相同ＥＴａＧを有する。一部の実施形態では、ヒト標的遺伝子によってコードされるタンパク質は、生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログによるモジュレーションに対して感受性であり、ヒト標的遺伝子は、生合成遺伝子クラスター内に、またはクラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンに、その相同ＥＴａＧを有する。よって、一部の実施形態では、本開示は、新規ヒト標的を提供するのみならず、斯かるヒト標的をモジュレートするための方法および薬剤も提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ＥＴａＧおよび／またはその医学的関連性、例えば、その治療的関連性を同定するための技術、例えば、方法、データベース、システム等を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＥＴａＧ、関係した生合成遺伝子クラスター、生合成遺伝子クラスターの関係した生合成産物および／またはそのアナログ、関係した相同哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子）、等の効率的な同定、検索、使用等のために構造化された、必要に応じて様々なアノテーションを有するデータベースを提供する。とりわけ、本開示は、例えば、ＥＴａＧ同定のためのコンピュータ処理効率および／または精度を改善するために構造化された、データベースおよび／または配列を提供する。
例えば、一部の実施形態では、提供されるデータベースは、全ての生合成遺伝子クラスターが同定およびアノテートされるように構築された。次いで、これらのクラスターの核酸配列は、真菌ゲノムにおける核酸配列の残りから計算的に切り取られ、データベース化された。次いで、生合成遺伝子クラスターのその結果生じるデータベースをＥＴａＧ検索に使用した。とりわけ、ＥＴａＧ検索におけるヒットが、斯かるデータベースを使用して同定された場合、生合成クラスター（またはその近接ゾーン）に存在した配列のみが検索されたため、ヒットはＥＴａＧであった。全ゲノム配列から生合成遺伝子クラスター配列を分離することは、シグナル対ノイズ比を改善し、ＥＴａＧ検索プロセスを大いに迅速化する。とりわけ、提供されるデータベースの使用と比較すると、全真菌ゲノム配列におけるＥＴａＧの検索は、偽陽性を高頻度でもたらし、同定されたヒットは、生合成遺伝子クラスターまたはその近接ゾーンではなくゲノムに位置する「ハウスキーピング」遺伝子であった。一部の実施形態では、提供される技術（例えば、方法、データベース、等）から同定されたヒット、例えば、ＥＴａＧは、ハウスキーピング遺伝子ではない。一部の実施形態では、提供される技術から同定されたヒット、例えば、ＥＴａＧは、同じゲノムにおける第２の核酸配列（例えば、遺伝子）またはその部分と相同性を共有する配列であるか、またはこれを含む。本開示における配列の配列相同性は、少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または９９．５％であり得る。一部の実施形態では、相同性は、少なくとも５０％；一部の実施形態では、少なくとも６０％；一部の実施形態では、少なくとも７０％；一部の実施形態では、少なくとも７５％；一部の実施形態では、少なくとも８０％；一部の実施形態では、少なくとも８５％；一部の実施形態では、少なくとも９０％；および一部の実施形態では、少なくとも９５％である。本開示の配列の部分は、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００または１０００個のアミノ酸残基（タンパク質配列の場合）または核酸塩基（核酸配列の場合）を含むことができる。一部の実施形態では、核酸配列の部分は、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００または１０００核酸塩基の長さである。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２０核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３０核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも４０核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも５０核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１００核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１５０核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２００核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３００核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも４００核酸塩基である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも５００核酸塩基である。一部の実施形態では、提供される技術から同定されたヒット、例えば、ＥＴａＧは、同じゲノムにおける第２の核酸配列（例えば、遺伝子）によってコードされる産物、またはその部分（例えば、本開示に記載されている通り、タンパク質の鍵となる残基のセット、タンパク質ドメイン、等）と相同性（例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または９９．５％）を共有する産物、例えば、タンパク質をコードする配列であるか、またはこれを含む。本明細書に記載されている通り、相同性／類似性は、当業者によって認められる通り、種々の技術を使用して評価することができる。一部の実施形態では、第２の核酸配列は、ハウスキーピング遺伝子であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、第２の核酸配列は、２またはそれよりも多い種の間で共有される。一部の実施形態では、ＥＴａＧが、その対応する生合成クラスターの産物（例えば、小分子）に対する抵抗性をもたらす産物（例えば、タンパク質）をコードするが、第２の核酸配列はこれをコードしないという点において、ＥＴａＧは、第２の核酸配列と相同であるが、第２の核酸配列とは異なる。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステムを提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれＥＴａＧ配列であるか、またはＥＴａＧ配列を含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステムを提供する。
一部の実施形態では、セットの核酸配列の少なくとも１０、２０、５０、１００、２００もしくは５００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、インデックス化されたおよび／またはアノテートされたＥＴａＧを含む。一部の実施形態では、提供されるシステムは、処理されるべきデータの量を大幅に低下させるように構造化されているため、コンピュータ処理効率を大幅に改善することができる。例えば、１種または複数の（場合によっては、数百もしくは数千種またはさらに多くの）真菌ゲノムの全てのゲノムまたは生合成遺伝子クラスター配列データを処理して、ＥＴａＧを検索する代わりに、提供されるシステムは、ＥＴａＧとしてインデックス化された／マークされた遺伝子のみを検索し、これにより、ＥＴａＧとしてインデックス化されていない配列の処理に使用される時間およびコストを節約することができる。その上およびそれに代えて、ＥＴａＧは、その関係した生合成遺伝子クラスター（これは、その近接ゾーン内にＥＴａＧがある生合成遺伝子を含有する）、関係した生合成遺伝子クラスターの生合成産物の構造、および／またはＥＴａＧのヒトホモログ等の情報により独立してアノテートされ得る。一部の実施形態では、セットのＥＴａＧの少なくとも１０、２０、５０、１００、２００もしくは５００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、次のうち少なくとも１種により独立してアノテートされる：関係した生合成遺伝子クラスター、およびＥＴａＧのヒトホモログ。一部の実施形態では、セットのＥＴａＧの少なくとも１０、２０、５０、１００、２００もしくは５００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、次のうち少なくとも１種により独立してアノテートされる：関係した生合成遺伝子クラスター、関係した生合成遺伝子クラスターの生合成産物、およびＥＴａＧのヒトホモログ。一部の実施形態では、ＥＴａＧインデックスおよびアノテーションにより配列データを構造化することにより、提供されるシステムは、多数の利点を提供することができる。例えば、一部の実施形態では、提供されるシステムは、データサイズおよびコストを低く維持しつつ、有用な関係した情報、例えば、その関係した生合成遺伝子クラスターおよびヒトホモログによりＥＴａＧへの高速アクセスを提供する（逆もまた同じ）。
一部の実施形態では、とりわけ、提供される方法およびシステムは、生合成遺伝子クラスター、ＥＴａＧおよびヒト標的遺伝子の間に関連性を提供するため、提供される方法およびシステムは、ヒト標的同定および／または特徴付けに有用である。一部の実施形態では、本開示は、真菌におけるその相同ＥＴａＧおよび関係した生合成遺伝子クラスターを提供することにより、特に、本開示に先立ちドラッガブルではないとみなされた標的への洞察を提供する。一部の実施形態では、本開示は、本開示に先立ちドラッガブルではないとみなされた標的のドラッガビリティを大幅に改善し、場合によっては、例えば、真菌におけるその相同ＥＴａＧ、関係した生合成遺伝子クラスター、関係した生合成遺伝子クラスターの生合成産物（これは、ヒト標的のモジュレーターとして直接的に使用することができる、および／または、そのアナログをモジュレーターとして使用することができる）によって、これをドラッガブル標的へと本質的に変換する。
一部の実施形態では、本開示は、生合成遺伝子クラスターの生合成産物のヒト標的、または産物のアナログを同定するおよび／または特徴付けるための方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にある、または第２の生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップであって、この第２の生合成遺伝子クラスターが、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物を産生する酵素をコードする、ステップと、
ヒト標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物、または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、または第２の生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップであって、この第２の生合成遺伝子クラスターが、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物を産生する酵素をコードする、ステップと、
ヒト標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物、または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップと、
ヒト標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物、または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップと、
ヒト標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物、または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、その近接ゾーンがＥＴａＧを含有する生合成遺伝子を含まない生合成遺伝子クラスターに関して、斯かる生合成遺伝子クラスターの産物（および／またはそのアナログ）の哺乳動物標的、例えば、ヒト標的は、同じ生合成産物を産生する酵素をコードする第２の生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンに存在するＥＴａＧを介して同定することができる。一部の実施形態では、第２の生合成遺伝子クラスターは、異なる生物に存在する。一部の実施形態では、第２の生合成遺伝子クラスターは、異なる真菌株に存在する。
一部の実施形態では、本開示は、生合成遺伝子クラスターの生合成産物のヒト標的、または産物のアナログを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
第２の生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップであって、この第２の生合成遺伝子クラスターが、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される同じ生合成産物を産生する酵素をコードする、ステップと、
ヒト標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物、または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、提供される技術は、化合物とヒト標的との相互作用の評価に有用である。一部の実施形態では、本開示は、化合物とヒト標的との相互作用を評価（ａｃｃｅｓｓ）するための方法であって、
ヒト標的の核酸配列、またはヒト標的をコードする核酸配列を、１種または複数のＥＴａＧを含む核酸配列のセットと比較するステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、ＥＴａＧ（その部分を含む、核酸レベルまたはタンパク質レベル）との相同性から、ＥＴａＧおよびその生合成産物の関係した生合成遺伝子クラスターにたどり着く。一部の実施形態では、生合成産物およびヒト標的の間の斯かる関連性は、ヒト標的、またはそれによってコードされる産物の相互作用および／またはモジュレーションを示す。一部の実施形態では、斯かる生合成産物は、ヒト標的、またはそれによってコードされる産物と相互作用する、および／またはこれをモジュレートする。
一部の実施形態では、とりわけ、提供される技術は、生合成遺伝子クラスター、ＥＴａＧ、およびヒト標的遺伝子の間の関連性を提供するため、提供される技術は、ヒト標的のためのモジュレーターの設計および／または提供に有用である。
一部の実施形態では、本開示は、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物である化合物であって、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、化合物を提供する。
一部の実施形態では、提供される化合物は、提供される生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物である。一部の実施形態では、提供される化合物は、提供される生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物のアナログである。一部の実施形態では、提供される生合成遺伝子クラスターは、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている１種または複数の生合成遺伝子を含む。一部の実施形態では、提供される生合成遺伝子クラスターは、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つである。一部の実施形態では、提供される化合物は、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている提供される生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物である。一部の実施形態では、提供される化合物は、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている提供される生合成遺伝子クラスターの産物、または図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている１種もしくは複数の生合成遺伝子を含む生合成遺伝子クラスターである。一部の実施形態では、提供される化合物は、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている提供される生合成遺伝子クラスターの産物である。一部の実施形態では、提供される化合物は、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている１種または複数の生合成遺伝子を含む提供される生合成遺伝子クラスターの産物である。一部の実施形態では、提供される化合物は、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている提供される生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物のアナログである。一部の実施形態では、提供される化合物は、図５～図１２および図２０～図３９のうち１つに提示されている１種または複数の生合成遺伝子を含む提供される生合成遺伝子クラスターの産物のアナログである。一部の実施形態では、提供される化合物は、ヒト標的の機能をモジュレートする。一部の実施形態では、本開示は、提供される化合物の医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、提供される化合物またはその薬学的に許容される塩を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、提供される化合物またはその薬学的に許容される塩、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、提供される組成物における提供される化合物は、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物またはその塩のアナログである。一部の実施形態では、提供される組成物における提供される化合物は、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素の産物の非天然塩である。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的に関連する状態、障害または疾患を処置するための方法であって、それに対して感受性であるまたはそれを患う被験体に、生合成産物またはそのアナログを投与するステップを含み、
生合成産物が、生合成遺伝子クラスターのものであり、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的に関連する状態、障害または疾患を処置するための方法であって、それに対して感受性であるまたはそれを患う被験体に、生合成産物またはそのアナログを投与するステップを含み、
生合成産物が、生合成遺伝子クラスターのものであり、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、方法を提供する。
一部の実施形態では、ヒト標的は、Ｒａｓタンパク質である。一部の実施形態では、ヒト標的は、ＲａｓＧＥＦドメインを含む。一部の実施形態では、ヒト標的は、ＲａｓＧＡＰドメインを含む。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、提供される方法によって同定される。
一部の実施形態では、産物（例えば、生合成産物）は、真菌によって産生される。一部の実施形態では、産物は、非環式である。一部の実施形態では、産物は、ポリケタイドである。一部の実施形態では、産物は、テルペン化合物である。一部の実施形態では、産物は、非リボソーム的に合成される。
一部の実施形態では、アナログは、参照物質と、１種または複数の特定の構造的特色、エレメント、構成成分または部分を共有する物質である。典型的には、アナログは、参照物質との有意な構造的類似性、例えば、コアまたはコンセンサス構造の共有を示すが、同様に、ある特定の別々の仕方で異なる。一部の実施形態では、アナログは、例えば、参照物質の化学的操作によって、参照物質から生成され得る物質である。一部の実施形態では、アナログは、参照物質を生成するプロセスと実質的に同様の（例えば、これと複数のステップを共有する）合成プロセスの実行により生成され得る物質である。一部の実施形態では、アナログは、参照物質の生成に使用されるプロセスとは異なる合成プロセスの実行により生成されるまたはされ得る。一部の実施形態では、物質のアナログは、その置換可能な位置のうち１個または複数において置換されている物質である。
一部の実施形態では、産物のアナログは、産物の構造的コアを含む。一部の実施形態では、生合成産物は、環式、例えば、単環式、二環式または多環式であり、産物の構造的コアは、単環式、二環式または多環式環系であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、産物は、ポリペプチドであるまたはこれを含み、構造的コアは、ポリペプチドの骨格である。一部の実施形態では、産物は、ポリケタイドであるまたはこれを含み、構造的コアは、ポリケタイドの骨格である。
一部の実施形態では、アナログは、置換された生合成産物である。一部の実施形態では、アナログは、本明細書に記載されている１個または複数の置換基で置換された構造的コアであるか、またはこれを含む。
一部の実施形態では、本開示は、提供される生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログの組成物であって、ＥＴａＧが、生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に存在する、組成物を提供する。一部の実施形態では、提供される組成物は、医薬組成物である。一部の実施形態では、提供される医薬組成物は、提供される生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログの薬学的に許容される塩と、薬学的に許容される担体とを含み、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に存在する。
一部の実施形態では、一方の存在、レベルおよび／または形態が、他方のそれと相関する場合、２種の事象または実体は、互いに関連する。例えば、その存在、レベルおよび／または形態が、疾患、障害または状態の発生率（ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ）および／またはそれに対する感受率（ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ）（例えば、関連する集団にわたる）と相関する場合、特定の実体（例えば、ポリペプチド、遺伝的シグネチャー、代謝物、微生物、等）は、特定の疾患、障害または状態と関連するとみなされる。
一部の実施形態では、疾患は、がんである。一部の実施形態では、疾患は、感染性疾患である。一部の実施形態では、疾患は、心臓疾患である。一部の実施形態では、疾患は、脂質、タンパク質、ヒト代謝物、等のレベルに関連する。
図１は、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｖｕｌｐｉｎｕｍ ＩＢＴ ２９４８６において同定されたブレフェルジンＡ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｓｅｃ７グアニンヌクレオチド交換因子スーパーファミリー（ｐｆａｍ０１３６９）である。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｓｅｃ７ドメインのものである。
図２は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｔｅｒｒｅｕｓ ＡＴＣＣ ２０５４２において同定されたロバスタチンＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、ヒドロキシメチルグルタリルコエンザイムＡレダクターゼ（ＨＭＧ－ＣｏＡ；ｐｆａｍ００３６８）である。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、ＨＭＧ－ＣｏＡドメインのものである。
図３は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ ＦＧＳＣ Ａ４において同定されたフェルタミド（Ｆｅｌｌｕｔａｍｉｄｅ）ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、プロテアソーム２０Ｓベータ－サブユニット（ｐｆａｍ００２２７）である。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、２０Ｓベータ－のものである。
図４は、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ ｉｎｆｌａｔｕｍ ＮＲＲＬ ８０４４において同定されたシクロスポリンＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、シクロフィリン型ペプチジルプロリル、シス・トランスイソメラーゼ（ｐｆａｍ００１６０）である。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、シクロフィリンドメインのものである。
図５は、Ｔｈｅｒｍｏｍｙｃｅｓ ｌａｎｕｇｉｎｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２０００６５（公共）において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図６は、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ ｌｅｙｃｅｔｔａｎｕｓ株ＣＢＳ ３９８．６８において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図７は、Ｓｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｎｉｖｅｏｃｒｅｍｅｕｍ ＨＨＢ９７０８またはＳｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｓｕｅｃｉｃｕｍ ＨＨＢ１０２０７（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｓｅｒｖｉｃｅ）において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図８は、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ ｖａｒ．ｂｕｒｎｅｔｔｉｉ ＪＢ１３７－Ｓ８（Ｆｕｎｇａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｔｏｃｋ Ｃｅｎｔｅｒ）において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図９は、Ｃｏｐｒｉｎｏｐｓｉｓ ｃｉｎｅｒｅａ ｏｋａｙａｍａ ７＃１３０（Ｆｕｎｇａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｔｏｃｋ Ｃｅｎｔｅｒ）において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図１０は、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓｉａｎｕｍ ＩＭＩ ３４９０６３（ＣＡＢＩ）において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図１１は、Ｇｙａｌｏｌｅｃｈｉａ ｆｌａｖｏｒｕｂｅｓｃｅｎｓ ＫｏＬＲＩ００２９３１において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図１２は、Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ ｍａｙｄｉｓ ＡＴＣＣ ４８３３１において同定されたＲａｓ ＥＴａＧを描写する。同定されたＥＴａＧ例は、Ｒａｓファミリーに由来する（ｐｆａｍ０００７１）。配列類似性は、ＭＵＳＣＬＥアライメントアルゴリズムを使用して計算された、Ｒａｓドメインのものである。ＥＴａＧは、スケールの下に提示されている。
図１３は、ヒトＲａｓ遺伝子およびある特定の同定されたＲａｓ ＥＴａＧのアライメントを描写する。図示されている通り、ヒトＲａｓ遺伝子および提示されているＥＴａＧは、ＫＲＡＳヌクレオチド結合残基の多くの位置において同じアミノ酸残基を共有する。
図１４は、ヒトＲａｓ遺伝子およびある特定の同定されたＲａｓ ＥＴａＧのアライメントを描写する。図示されている通り、ヒトＲａｓ遺伝子および提示されているＥＴａＧは、ＢＲＡＦの４Å以内にあるＫＲＡＳ残基の多くの位置において同じアミノ酸残基を共有する。
図１５は、ヒトＲａｓ遺伝子およびある特定の同定されたＲａｓ ＥＴａＧのアライメントを描写する。図示されている通り、ヒトＲａｓ遺伝子および提示されているＥＴａＧは、ｒａｓＧＡＰの４Å以内にあるＫＲＡＳ残基の多くの位置において同じアミノ酸残基を共有する。
図１６は、ヒトＲａｓ遺伝子およびある特定の同定されたＲａｓ ＥＴａＧのアライメントを描写する。図示されている通り、ヒトＲａｓ遺伝子および提示されているＥＴａＧは、ＳＯＳの４Å以内にあるＫＲＡＳ残基の多くの位置において同じアミノ酸残基を共有する。
図１７は、ＥＴａＧがインデックス化された／マークされた（暗色）配列例を描写する。
図１８は、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｖｕｌｐｉｎｕｍ ＩＢＴ ２９４８６におけるＳｅｃ７ホモログを含む生合成遺伝子クラスターを描写する。
図１９は、Ｓｅｃ７の配列アライメントを描写する。（Ａ）ブレフェルジンＡ相互作用残基例。（Ｂ）配列アライメント例。 図１９は、Ｓｅｃ７の配列アライメントを描写する。（Ａ）ブレフェルジンＡ相互作用残基例。（Ｂ）配列アライメント例。
図２０は、例えば、Ｔｈｅｒｍｏｍｙｃｅｓ ｌａｎｕｇｉｎｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２０００６５、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｒａｍｂｅｌｌｉおよびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｃｈｒａｃｅｏｒｏｓｅｕｓに由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２１は、例えば、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ ｖａｒ．ｂｕｒｎｅｔｔｉｉ ＪＢ１３７－Ｓ８、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ Ｈ９７、Ｃｏｐｒｉｎｏｐｓｉｓ ｃｉｎｅｒｅａ ｏｋａｙａｍａ、Ｈｙｐｈｏｌｏｍａ ｓｕｂｌａｔｅｒｉｔｕｍ ＦＤ－３３４に由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２２は、例えば、Ｓｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｎｉｖｅｏｃｒｅｍｅｕｍ ＨＨＢ９７０８およびＳｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｓｕｅｃｉｃｕｍ ＨＨＢ１０２０７に由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２３は、例えば、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ ｌｅｙｃｅｔｔａｎｕｓ株ＣＢＳ ３９８．６８に由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２４は、例えば、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ ｃｒｕｓｔａｃｅｕｓに由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２５は、例えば、Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ ｍａｙｄｉｓ ＡＴＣＣ ４８３３１に由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２６は、例えば、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓｉａｎｕｍ ＩＭＩ ３４９０６３（ＣＡＢＩ）に由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２７は、例えば、Ｇｙａｌｏｌｅｃｈｉａ ｆｌａｖｏｒｕｂｅｓｃｅｎｓに由来するＲａｓに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓホモログは、黒色で示されている。
図２８は、例えば、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ ５４－１２５５およびＬｅｃａｎｏｓｔｉｃｔａ ａｃｉｃｏｌａ ＣＢＳ ８７１．９５に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図２９は、例えば、Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ ｏｒｙｚａｅ ７０－１５に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図３０は、例えば、Ａｒｔｈｒｏｄｅｒｍａ ｇｙｐｓｅｕｍ ＣＢＳ １１８８９３に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図３１は、例えば、Ｅｎｄｏｃａｒｐｏｎ ｐｕｓｉｌｌｕｍ株ＫｏＬＲＩ Ｎｏ．ＬＦ０００５８３に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図３２は、例えば、Ｆｉｓｔｕｌｉｎａ ｈｅｐａｔｉｃａ ＡＴＣＣ ６４４２８に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図３３は、例えば、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ ｐｕｌｌｕｌａｎｓ ｖａｒ．ｐｕｌｌｕｌａｎｓ ＥＸＦ－１５０に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図３４は、例えば、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ｆｕｒｃａｔｕｍ ｖａｒ．ｐｕｌｌｕｌａｎｓ ＥＸＦ－１５０に由来するＲａｓＧＡＰに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＡＰホモログは、黒色で示されている。
図３５は、例えば、Ｐｕｒｐｕｒｅｏｃｉｌｌｉｕｍ ｌｉｌａｃｉｎｕｍ株ＴＥＲＩＢＣ １およびＦｕｓａｒｉｕｍ ｓｐ．ＪＳ１０３０に由来するＲａｓＧＥＦに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＥＦホモログは、黒色で示されている。
図３６は、例えば、Ｃｏｒｙｎｅｓｐｏｒａ ｃａｓｓｉｉｃｏｌａ ＵＭ ５９１およびＭａｇｎａｐｏｒｔｈｅ ｏｒｙｚａｅ株ＳＶ９６１０に由来するＲａｓＧＡＰに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＡＰホモログは、黒色で示されている。
図３７は、例えば、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ａｃｕｔａｔｕｍ株１ ＫＣ０５＿０１に由来するＲａｓＧＡＰに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＡＰホモログは、黒色で示されている。
図３８は、例えば、Ｈｙｐｏｘｙｌｏｎ ｓｐ．Ｅ７４０６ＢおよびＤｉａｐｏｒｔｈｅ ａｍｐｅｌｉｎａ単離株ＤＡ９１２に由来するＲａｓＧＡＰに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＡＰホモログは、黒色で示されている。
図３９は、例えば、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｉｃｅａｅ株９－３およびＳｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｉｎｓｅｃｔｏｒｕｍ ＲＣＥＦ ２６４に由来するＲａｓＧＡＰに関係する生合成遺伝子クラスター例を描写する。説明されているＲａｓＧＡＰホモログは、黒色で示されている。
１．定義
本明細書で使用される場合、他に指示がなければ、次の定義が適用されるものとする。本開示の目的のため、化学元素は、ｔｈｅ Ｐｅｒｉｏｄｉｃ Ｔａｂｌｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ， ＣＡＳ ｖｅｒｓｉｏｎ， Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｃｓ， ７５ｔｈ Ｅｄに従って同定される。その上、有機化学の一般原則は、“Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”， Ｔｈｏｍａｓ Ｓｏｒｒｅｌｌ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｂｏｏｋｓ， Ｓａｕｓａｌｉｔｏ： １９９９および“Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”， ５ｔｈ Ｅｄ．， Ｅｄ．： Ｓｍｉｔｈ， Ｍ．Ｂ． ａｎｄ Ｍａｒｃｈ， Ｊ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： ２００１に記載されている。
脂肪族：本明細書で使用される場合、「脂肪族」は、完全に飽和した、または１もしくは複数単位の不飽和を含有する、直鎖（すなわち、非分枝）または分枝、置換または非置換の炭化水素鎖、あるいは完全に飽和した、または１もしくは複数単位の不飽和を含有する、置換または非置換の単環式、二環式または多環式炭化水素環、あるいはこれらの組合せを意味する。他に指定がなければ、脂肪族基は、１～１００個の脂肪族炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪族基は、１～２０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～１０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～９個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～８個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～７個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～６個の脂肪族炭素原子を含有する。また他の実施形態では、脂肪族基は、１～５個の脂肪族炭素原子を含有し、さらに他の実施形態では、脂肪族基は、１、２、３または４個の脂肪族炭素原子を含有する。適した脂肪族基として、線形または分枝、置換または非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル基、およびこれらのハイブリッドが挙げられるがこれらに限定されない。
アルキル：本明細書で使用される場合、用語「アルキル」は、本技術分野におけるその通常の意味を与えられ、直鎖アルキル基、分枝鎖アルキル基、シクロアルキル（脂環式）基、アルキル置換シクロアルキル基およびシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含むことができる。一部の実施形態では、アルキルは、１～１００個の炭素原子を有する。ある特定の実施形態では、直鎖または分枝鎖アルキルは、その骨格に約１～２０個の炭素原子（例えば、直鎖ではＣ１～Ｃ２０、分枝鎖ではＣ２～Ｃ２０）、代替的に、約１～１０個の炭素原子を有する。一部の実施形態では、シクロアルキル環は、斯かる環が単環式、二環式または多環式である場合、その環構造に約３～１０個の炭素原子を有し、代替的に、環構造に約５、６または７個の炭素を有する。一部の実施形態では、アルキル基は、低級アルキル基であり得、低級アルキル基は、１～４個の炭素原子を含む（例えば、直鎖低級アルキルではＣ１～Ｃ４）。
アリール：単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ（ａｒａｌｋｏｘｙ）」もしくは「アリールオキシアルキル」におけるようなより大型の部分の一部として使用される用語「アリール」は、総計５～３０環員を有する単環式、二環式または多環式環系を指し、系中の少なくとも１個の環は、芳香族である。一部の実施形態では、アリール基は、総計５～１４環員を有する単環式、二環式または多環式環系であり、系中の少なくとも１個の環は、芳香族であり、系中の各環は、３～７環員を含有する。一部の実施形態では、アリール基は、ビアリール基である。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用することができる。本開示のある特定の実施形態では、「アリール」は、１個または複数の置換基を有することができる、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシル（ａｎｔｈｒａｃｙｌ）その他が挙げられるがこれらに限定されない、芳香族環系を指す。一部の実施形態では、本明細書で使用される際の用語「アリール」の範囲内には、インダニル、フタルイミジル、ナフトイミジル（ｎａｐｈｔｈｉｍｉｄｙｌ）、フェナントリジニル（ｐｈｅｎａｎｔｈｒｉｄｉｎｙｌ）またはテトラヒドロナフチルその他等、１個または複数の非芳香族環に芳香族環が融合された基も含まれ、遊離基または取り付けポイントは、アリール環にある。
脂環式：用語「脂環式」は、本明細書で使用される場合、例えば、３～３０員を有する飽和または部分的に不飽和の脂肪族単環式、二環式または多環式環系を指し、脂肪族環系は、必要に応じて置換されている。脂環式基は、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチルおよびシクロオクタジエニルを限定することなく含む。一部の実施形態では、シクロアルキルは、３～６個の炭素を有する。用語「脂環式」は、デカヒドロナフチルまたはテトラヒドロナフチル等、１個または複数の芳香族または非芳香族環に融合された脂肪族環を含むこともでき、遊離基または取り付けポイントは、脂肪族環にある。一部の実施形態では、炭素環式基は、二環式である。一部の実施形態では、炭素環式基は、三環式である。一部の実施形態では、炭素環式基は、多環式である。一部の実施形態では、「脂環式」（または「炭素環」もしくは「シクロアルキル」）は、単環式Ｃ３～Ｃ６炭化水素、または完全に飽和したまたは１もしくは複数単位の不飽和を含有するが、芳香族ではない、Ｃ８～Ｃ１０二環式炭化水素、または完全に飽和したまたは１もしくは複数単位の不飽和を含有するが、芳香族ではない、Ｃ９～Ｃ１６三環式炭化水素を指す。
ハロゲン：用語「ハロゲン」は、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒまたはＩを意味する。
ヘテロ脂肪族：用語「ヘテロ脂肪族」は、本技術分野におけるその通常の意味を与えられ、１個または複数の炭素原子が、１個または複数のヘテロ原子（例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンその他）に置き換えられた、本明細書に記載されている脂肪族基を指す。
ヘテロアルキル：用語「ヘテロアルキル」は、本技術分野におけるその通常の意味を与えられ、１個または複数の炭素原子が、ヘテロ原子（例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンその他）に置き換えられた、本明細書に記載されているアルキル基を指す。ヘテロアルキル基の例として、アルコキシ、ポリ（エチレングリコール）－、アルキル－置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルフォリニル等が挙げられるがこれらに限定されない。
ヘテロアリール：単独で、またはより大型の部分、例えば、「ヘテロアラルキル」もしくは「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される用語「ヘテロアリール」および「ヘテロアル－（ｈｅｔｅｒｏａｒ－）」は、例えば、総計５～３０環員を有する単環式、二環式または多環式環系を指し、系中の少なくとも１個の環が芳香族であり、少なくとも１個の芳香族環原子がヘテロ原子である。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素または硫黄である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、５～１０個の環原子（すなわち、単環式、二環式または多環式）、一部の実施形態では、５、６、９または１０個の環原子を有する基である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、環式アレイにおいて共有される６、１０または１４個のπ電子を有し；炭素原子に加えて、１～５個のヘテロ原子を有する。ヘテロアリール基は、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル（ｉｎｄｏｌｉｚｉｎｙｌ）、プリニル（ｐｕｒｉｎｙｌ）、ナフチリジニル（ｎａｐｈｔｈｙｒｉｄｉｎｙｌ）およびプテリジニルを限定することなく含む。一部の実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジルその他等、ヘテロビアリール基である。用語「ヘテロアリール」および「ヘテロアル－（ｈｅｔｅｒｏａｒ－）」は、本明細書で使用される場合、ヘテロ芳香族環が、１個または複数のアリール、脂環式またはヘテロシクリル（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｙｌ）環に融合された基も含み、遊離基または取り付けポイントは、ヘテロ芳香族環にある。非限定的な例として、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル（ｃｉｎｎｏｌｉｎｙｌ）、フタラジニル（ｐｈｔｈａｌａｚｉｎｙｌ）、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ－キノリジニル（ｑｕｉｎｏｌｉｚｉｎｙｌ）、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル（ｐｈｅｎｏｔｈｉａｚｉｎｙｌ）、フェノキサジニル（ｐｈｅｎｏｘａｚｉｎｙｌ）、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニルおよびピリド［２，３－ｂ］－１，４－オキサジン－３（４Ｈ）－オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式または多環式であり得る。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」または「ヘテロ芳香族」と互換的に使用することができ、これらの用語はいずれも、必要に応じて置換された環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基によって置換されたアルキル基を指し、アルキルおよびヘテロアリール部分は独立して、必要に応じて置換されている。
ヘテロ原子：用語「ヘテロ原子」は、炭素でも水素でもない原子を意味する。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素またはケイ素（窒素、硫黄、リンまたはケイ素のいずれかの酸化型；複素環式環のいずれかの塩基性窒素または置換可能な窒素（例えば、３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリルにおけるようなＮ）、ＮＨ（ピロリジニルにおけるような）またはＮＲ＋（Ｎ置換ピロリジニルにおけるような）の四級化型；等を含む）である。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素または硫黄である。
ヘテロシクリル：本明細書で使用される場合、用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環遊離基」および「複素環式環」は、互換的に使用され、飽和または部分的に不飽和し、１個または複数のヘテロ原子の環原子を有する、単環式、二環式または多環式環部分（例えば、３～３０員の）を指す。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄またはリンである。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素または硫黄である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、飽和または部分的に不飽和の、炭素原子に加えて、上に定義されている１個または複数の、好ましくは、１～４個のヘテロ原子を有する、安定した５～７員の単環式または７～１０員の二環式複素環部分である。複素環の環原子を参照しつつ使用される場合、用語「窒素」は、置換された窒素を含む。例として、酸素、硫黄または窒素から選択される０～３個のヘテロ原子を有する飽和または部分的に不飽和の環において、窒素は、Ｎ（３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリルにおけるような）、ＮＨ（ピロリジニルにおけるような）または＋ＮＲ（Ｎ置換ピロリジニルにおけるような）であり得る。複素環式環は、安定した構造をもたらすいずれかのヘテロ原子または炭素原子においてそのペンダント基に取り付けることができ、環原子のいずれかは、必要に応じて置換されていてよい。斯かる飽和または部分的に不飽和の複素環遊離基の例は、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル（ｄｉｏｘａｎｙｌ）、ジオキソラニル（ｄｉｏｘｏｌａｎｙｌ）、ジアゼピニル（ｄｉａｚｅｐｉｎｙｌ）、オキサゼピニル（ｏｘａｚｅｐｉｎｙｌ）、チアゼピニル（ｔｈｉａｚｅｐｉｎｙｌ）、モルフォリニルおよびキヌクリジニルを限定することなく含む。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環基」、「複素環部分」および「複素環遊離基」は、本明細書で互換的に使用されており、インドリニル（ｉｎｄｏｌｉｎｙｌ）、３Ｈ－インドリル、クロマニル、フェナントリジニルまたはテトラヒドロキノリニル等、１個または複数のアリール、ヘテロアリールまたは脂環式環にヘテロシクリル環が融合された基も含み、遊離基または取り付けポイントは、ヘテロ脂肪族環にある。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式または多環式であり得る。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルによって置換されたアルキル基を指し、アルキルおよびヘテロシクリル部分は独立して、必要に応じて置換されている。
部分的に不飽和の：本明細書で使用される場合、用語「部分的に不飽和の」は、少なくとも１個の二重または三重結合を含む部分を指す。用語「部分的に不飽和の」は、複数の不飽和部位を有する基を包含することを意図するが、アリールまたはヘテロアリール部分を含むことは意図しない。
医薬組成物：本明細書で使用される場合、用語「医薬組成物」は、１種または複数の薬学的に許容される担体と共に製剤化された活性薬剤を指す。一部の実施形態では、活性薬剤は、関連する集団に投与された場合、所定の治療効果を達成する統計的に有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適切な単位用量で存在する。一部の実施形態では、医薬組成物は、次のものに適応されたものを含む、固体または液体形態での投与のために特別に製剤化することができる：経口投与、例えば、水薬（水性または非水性溶液または懸濁物）、錠剤、例えば、頬側、舌下および全身性吸収に標的化された錠剤、ボーラス、粉末、顆粒、舌に塗布するためのペースト；例えば、無菌溶液もしくは懸濁物、もしくは徐放性製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内もしくは硬膜外注射による非経口的投与；例えば、皮膚、肺もしくは口腔に適用されるクリーム、軟膏、もしくは制御放出パッチもしくはスプレーとしての、局所的適用；例えば、ペッサリー、クリームもしくは泡としての腟内もしくは直腸内；舌下；眼；経皮；または経鼻、肺性、および他の粘膜表面への投与。
薬学的に許容される：本明細書で使用される場合、語句「薬学的に許容される」は、健全な医学的判断の範囲内で、妥当な損益比に釣り合った、過剰な毒性、刺激作用、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症を伴わない、人間および動物の組織と接触した使用に適した、化合物、材料、組成物および／または剤形を指す。
薬学的に許容される担体：本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される担体」は、ある臓器または身体部分から別の臓器または身体部分への対象化合物の運搬または輸送に関与する、液体または固体の充填剤、希釈剤、賦形剤または溶媒封入材料等、薬学的に許容される材料、組成物またはビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性であり、患者に対する傷害性がないという意味合いにおいて「許容され」なくてはならない。薬学的に許容される担体として機能し得る材料の数例として、次のものが挙げられる：ラクトース、グルコースおよびスクロース等、糖；トウモロコシデンプンおよびジャガイモデンプン等、デンプン；カルボキシルメチル・セルロース・ナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロース等、セルロースおよびその誘導体；粉末トラガント；麦芽；ゼラチン；タルク；カカオバターおよび坐剤ワックス等、賦形剤；ピーナッツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油等、油；プロピレングリコール等、グリコール；グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコール等、ポリオール；オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチル等、エステル；寒天；水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウム等、緩衝剤；アルギン酸；発熱物質不含水；等張性生理食塩水；リンゲル溶液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル、ポリカーボネートおよび／またはポリ酸無水物；ならびに薬学的製剤において用いられる他の無毒性適合性物質。
薬学的に許容される塩：用語「薬学的に許容される塩」は、本明細書で使用される場合、医薬品の文脈における使用に適切であるような化合物の塩、すなわち、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激作用、アレルギー応答その他を伴わない、ヒトおよび下等動物の組織と接触した使用に適し、妥当な損益比に釣り合った、塩を指す。薬学的に許容される塩は、周知のものである。例えば、Ｓ． Ｍ． Ｂｅｒｇｅらは、薬学的に許容される塩について、Ｊ． Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， ６６： １－１９ （１９７７）において詳細に記載する。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸および過塩素酸等の無機酸または酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸等の有機酸により、またはイオン交換等の他の公知方法を使用することにより形成されたアミノ基の塩である無毒性酸付加塩が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、カンフォレート（ｃａｍｐｈｏｒａｔｅ）、カンフォスルホン酸塩（ｃａｍｐｈｏｒｓｕｌｆｏｎａｔｅ）、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチネート（ｐｅｃｔｉｎａｔｅ）、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩その他が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、提供される化合物の酸性基（例えば、オリゴヌクレオチドのリン酸連結基、オリゴヌクレオチドのホスホロチオエート連結基、等）と塩基によって形成された塩等、無毒性塩基付加塩が挙げられるがこれらに限定されない。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムその他の塩を含む。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、アンモニウム塩（例えば、－Ｎ（Ｒ）３ ＋）である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、適切であれば、無毒性アンモニウム、四級アンモニウム、およびハロゲン化物、水酸化物等の対イオンを使用して形成されたアミンカチオン、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、１～６個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩、およびアリールスルホン酸塩を含む。
保護基：語句「保護基」は、本明細書で使用される場合、潜在的に反応性の官能基を望まれない化学変換から保護する一時的な置換基を指す。斯かる保護基の例として、カルボン酸のエステル、アルコールのシリルエーテル、ならびにそれぞれアルデヒドおよびケトンのアセタールおよびケタールが挙げられる。「Ｓｉ保護基」は、Ｓｉ－トリアルキル（例えば、トリメチルシリル、トリブチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル）、Ｓｉ－トリアリール、Ｓｉ－アルキル－ジフェニル（例えば、ｔ－ブチルジフェニルシリル）またはＳｉ－アリール－ジアルキル（例えば、Ｓｉ－フェニルジアルキル）等、Ｓｉ原子を含む保護基である。一般に、Ｓｉ保護基は、酸素原子に取り付けられる。保護基化学の分野は概説されている（Ｇｒｅｅｎｅ， Ｔ． Ｗ．； Ｗｕｔｓ， Ｐ． Ｇ． Ｍ． Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， ５ｔｈ ｅｄ．； Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ： Ｈｏｂｏｋｅｎ， ＮＪ， ２０１４）。例示的な保護基（および関連する保護される部分）について詳細に後述する。
保護されたヒドロキシル基は、本技術分野で周知であり、その全体を参照により本明細書に組み込む、Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， Ｔ． Ｗ． Ｇｒｅｅｎｅ ａｎｄ Ｐ． Ｇ． Ｍ． Ｗｕｔｓ， ３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， １９９９に詳細に記載されているものを含む。適切に保護されたヒドロキシル基の例として、エステル、炭酸エステル、スルホン酸エステル、アリルエーテル、エーテル、シリルエーテル、アルキルエーテル、アリールアルキルエーテルおよびアルコキシアルキルエーテルがさらに挙げられるがこれらに限定されない。適したエステルの例として、ギ酸エステル、酢酸エステル、プロピオン酸エステル、ペンタン酸エステル（ｐｅｎｔａｎｏａｔｅ）、クロトン酸エステルおよび安息香酸エステルが挙げられる。適したエステルの具体例として、ギ酸エステル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロ酢酸エステル、トリフルオロ酢酸エステル、メトキシ酢酸エステル、トリフェニルメトキシ酢酸エステル、ｐ－クロロフェノキシ酢酸エステル、３－フェニルプロピオン酸エステル、４－オキソペンタン酸エステル、４，４－（エチレンジチオ）ペンタン酸エステル、ピバル酸エステル（ｐｉｖａｌｏａｔｅ）（トリメチル酢酸エステル）、クロトン酸エステル、４－メトキシ－クロトン酸エステル、安息香酸エステル、ｐ－ベンジル安息香酸エステル、２，４，６－トリメチル安息香酸エステルが挙げられる。適した炭酸エステルの例として、９－フルオレニルメチル、エチル、２，２，２－トリクロロエチル、２－（トリメチルシリル）エチル、２－（フェニルスルホニル）エチル、ビニル、アリル、およびｐ－ニトロベンジル炭酸エステルが挙げられる。適したシリルエーテルの例として、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルエーテルおよび他のトリアルキルシリルエーテルが挙げられる。適したアルキルエーテルの例として、メチル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、トリチル、ｔ－ブチルおよびアリルエーテル、またはこれらの誘導体が挙げられる。アルコキシアルキルエーテルは、メトキシメチル、メチルチオメチル、（２－メトキシエトキシ）メチル、ベンジルオキシメチル、ベータ－（トリメチルシリル）エトキシメチルおよびテトラヒドロピラン－２－イルエーテル等のアセタールを含む。適したアリールアルキルエーテルの例として、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル（ＭＰＭ）、３，４－ジメトキシベンジル、Ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル、２－および４－ピコリルエーテルが挙げられる。
保護されたアミンは、本技術分野で周知であり、Ｇｒｅｅｎｅ （１９９９）に詳細に記載されているものを含む。適した１箇所保護された（ｍｏｎｏ－ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ）アミンとして、アラルキルアミン、カルバメート、アリルアミン、アミドその他がさらに挙げられるがこれらに限定されない。適した１箇所保護されたアミノ部分の例として、ｔ－ブチルオキシカルボニルアミノ（－ＮＨＢＯＣ）、エチルオキシカルボニルアミノ、メチルオキシカルボニルアミノ、トリクロロエチルオキシカルボニルアミノ、アリルオキシカルボニルアミノ（－ＮＨＡｌｌｏｃ）、ベンジルオキソカルボニルアミノ（－ＮＨＣＢＺ）、アリルアミノ、ベンジルアミノ（－ＮＨＢｎ）、フルオレニルメチルカルボニル（－ＮＨＦｍｏｃ）、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、ジクロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、フェニルアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、ベンズアミド、ｔ－ブチルジフェニルシリルその他が挙げられる。適した２箇所保護された（ｄｉ－ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ）アミンは、１箇所保護されたアミンとして上に記載された置換基から独立して選択された２個の置換基で置換されたアミンを含み、フタルイミド、マレイミド、スクシンイミドその他等の環式イミドをさらに含む。適した２箇所保護されたアミンは、ピロールその他、２，２，５，５－テトラメチル－［１，２，５］アザジシロリジン（ａｚａｄｉｓｉｌｏｌｉｄｉｎｅ）その他、およびアジドも含む。
保護されたアルデヒドは、本技術分野で周知であり、Ｇｒｅｅｎｅ （１９９９）に詳細に記載されているものを含む。適した保護されたアルデヒドとして、非環式アセタール、環式アセタール、ヒドラゾン、イミンその他がさらに挙げられるがこれらに限定されない。斯かる基の例として、ジメチルアセタール、ジエチルアセタール、ジイソプロピルアセタール、ジベンジルアセタール、ビス（２－ニトロベンジル）アセタール、１，３－ジオキサン、１，３－ジオキソラン、セミカルバゾン、およびこれらの誘導体が挙げられる。
保護されたカルボン酸は、本技術分野で周知であり、Ｇｒｅｅｎｅ （１９９９）に詳細に記載されているものを含む。適した保護されたカルボン酸として、必要に応じて置換されたＣ１～６脂肪族エステル、必要に応じて置換されたアリールエステル、シリルエステル、活性化されたエステル、アミド、ヒドラジドその他がさらに挙げられるがこれらに限定されない。斯かるエステル基の例として、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ベンジルおよびフェニルエステルが挙げられ、各基は、必要に応じて置換されている。追加的な適した保護されたカルボン酸は、オキサゾリンおよびオルトエステルを含む。
保護されたチオールは、本技術分野で周知であり、Ｇｒｅｅｎｅ （１９９９）に詳細に記載されているものを含む。適した保護されたチオールとして、ジスルフィド、チオエーテル、シリルチオエーテル、チオエステル、チオカーボネートおよびチオカルバメートその他がさらに挙げられるがこれらに限定されない。斯かる基の例として、ほんの数例を挙げると、アルキルチオエーテル、ベンジルおよび置換ベンジルチオエーテル、トリフェニルメチルチオエーテル、ならびにトリクロロエトキシカルボニルチオエステルが挙げられるがこれらに限定されない。
置換：本明細書に記載されている通り、本開示の化合物は、必要に応じて置換されたおよび／または置換された部分を含有することができる。一般に、用語「置換された」は、用語「必要に応じて」が先行するか否かにかかわらず、指定された部分の１個または複数の水素が、適した置換基に置き換えられたことを意味する。他に指示がなければ、「必要に応じて置換された」基は、当該基の各置換可能な位置に適した置換基を有することができ、いずれか所与の構造における２個以上の位置が、特定された基から選択される２個以上の置換基で置換されてよい場合、置換基は、全位置で同じであっても異なっていてもよい。本開示によって想定される置換基の組合せは、好ましくは、安定したまたは化学的に実現可能な化合物の形成をもたらす組合せである。用語「安定した」は、本明細書で使用される場合、本明細書に開示されている目的の１種または複数のために、その産生、検出、ならびにある特定の実施形態では、その回収、精製および使用を可能にする条件に付された際に、実質的に変更されない化合物を指す。一部の実施形態では、置換基例について後述する。
適した一価置換基は、ハロゲン；－（ＣＨ２）０～４Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４ＯＲ○；－Ｏ（ＣＨ２）０～４Ｒ○、－Ｏ－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＣＨ（ＯＲ○）２；Ｒ○で置換されていてよい－（ＣＨ２）０～４Ｐｈ；Ｒ○で置換されていてよい－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ；Ｒ○で置換されていてよい－ＣＨ＝ＣＨＰｈ；Ｒ○で置換されていてよい－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１－ピリジル；－ＮＯ２；－ＣＮ；－Ｎ３；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｓ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（Ｓ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉ（Ｒ○）３；－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｒ○；－ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０～４ＳＲ○、－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＳＣ（Ｏ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｃ（Ｓ）ＳＲ○；－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ○、－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲ○）Ｒ○；－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（ＮＯＲ○）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４ＳＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＯＳ（Ｏ）２Ｒ○；－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｓ（Ｏ）２Ｒ○；－Ｎ（ＯＲ○）Ｒ○；－Ｃ（ＮＨ）Ｎ（Ｒ○）２；－Ｓｉ（Ｒ○）３；－ＯＳｉ（Ｒ○）３；－Ｐ（Ｒ○）２；－Ｐ（ＯＲ○）２；－ＯＰ（Ｒ○）２；－ＯＰ（ＯＲ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｒ○）２；－Ｂ（Ｒ○）２；－ＯＢ（Ｒ○）２；－Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）２；－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ○）２；－Ｎ（Ｒ○）Ｐ（Ｏ）（Ｒ○）２；－（Ｃ１～４直鎖状または分枝状アルキレン）Ｏ－Ｎ（Ｒ○）２；または－（Ｃ１～４直鎖状または分枝状アルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｎ（Ｒ○）２であり、各Ｒ○は、下に定義される通りに置換されていてよく、独立して、水素、Ｃ１～２０脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素およびリンから独立して選択される１～５個のヘテロ原子を有するＣ１～２０ヘテロ脂肪族、－ＣＨ２－（Ｃ６～１４アリール）、－Ｏ（ＣＨ２）０～１（Ｃ６～１４アリール）、－ＣＨ２－（５～１４員のヘテロアリール環）、窒素、酸素、硫黄、ケイ素およびリンから独立して選択される０～５個のヘテロ原子を有する５～２０員の、単環式、二環式もしくは多環式、飽和した、部分的に不飽和の、またはアリール環である、または、上述の定義にもかかわらず、Ｒ○の２個の独立した出現は、それらの介在する原子（複数可）と一緒になって、下に定義される通りに置換されていてよい、窒素、酸素、硫黄、ケイ素およびリンから独立して選択される０～５個のヘテロ原子を有する５～２０員の、単環式、二環式もしくは多環式、飽和した、部分的に不飽和の、またはアリール環を形成する。
Ｒ○（またはＲ○の２個の独立した出現をそれらの介在する原子と一緒にすることによって形成された環）における適した一価置換基は、独立して、ハロゲン、－（ＣＨ２）０～２Ｒ●、－（ハロＲ●）、－（ＣＨ２）０～２ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＣＨ（ＯＲ●）２；－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｎ３、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＨ、－（ＣＨ２）０～２ＮＨ２、－（ＣＨ２）０～２ＮＨＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＮＲ● ２、－ＮＯ２、－ＳｉＲ● ３、－ＯＳｉＲ● ３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、－（Ｃ１～４直鎖状または分枝状アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、または－ＳＳＲ●であり、各Ｒ●は、非置換である、または「ハロ」が先行する場合は、１個または複数のハロゲンのみで置換されており、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和した、部分的に不飽和の、またはアリール環から独立して選択される。Ｒ○の飽和炭素原子における適した二価置換基は、＝Ｏおよび＝Ｓを含む。
適した二価置換基は、次に挙げる：＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＮＲ＊ ２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、－Ｏ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２～３Ｏ－または－Ｓ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２～３Ｓ－であり、Ｒ＊のそれぞれ独立した出現は、水素、下に定義される通りに置換されていてよいＣ１～６脂肪族、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員の飽和した、部分的に不飽和の、もしくはアリール環から選択される。「必要に応じて置換された」基の近接する置換可能な炭素に結合された適した二価置換基は、－Ｏ（ＣＲ＊ ２）２～３Ｏ－を含み、Ｒ＊のそれぞれ独立した出現は、水素、下に定義される通りに置換されていてよいＣ１～６脂肪族、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員の飽和した、部分的に不飽和の、もしくはアリール環から選択される。
Ｒ＊の脂肪族基における適した置換基は、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２または－ＮＯ２であり、各Ｒ●は、非置換である、または「ハロ」が先行する場合は、１個または複数のハロゲンのみで置換されており、独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和した、部分的に不飽和の、もしくはアリール環である。
一部の実施形態では、置換可能な窒素における適した置換基は、－Ｒ†、－ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｓ）ＮＲ† ２、－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ† ２または－Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†であり、各Ｒ†は、独立して、水素、下に定義される通りに置換されていてよいＣ１～６脂肪族、非置換の－ＯＰｈ、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員の飽和した、部分的に不飽和の、もしくはアリール環である、または、上述の定義にもかかわらず、Ｒ†の２個の独立した出現は、それらの介在する原子（複数可）と一緒になって、窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換の３～１２員の飽和した、部分的に不飽和の、もしくはアリール単環もしくは二環式環を形成する。
Ｒ†の脂肪族基における適した置換基は、独立して、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２または－ＮＯ２であり、各Ｒ●は、非置換である、または「ハロ」が先行する場合は、１個または複数のハロゲンのみで置換されており、独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員の飽和した、部分的に不飽和の、もしくはアリール環である。
不飽和の：用語「不飽和の」は、本明細書で使用される場合、部分が、１または複数単位の不飽和を有することを意味する。
他に指定がなければ、提供される化合物の薬学的に許容される酸または塩基付加塩等の塩、立体異性体形態、および互変異性体形態が含まれる。
２．ある特定の実施形態の詳細な説明
とりわけ、本開示は、真菌生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される多くの産物を用いて、ヒト標的に対する治療薬を開発して、様々な疾患を処置することができるという認識を包含する。本開示は、真菌産物使用の課題の１つが、そのヒト標的を同定することであると認識する。一部の実施形態では、本開示は、真菌生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物のヒト標的の効率的な同定のための技術を提供する。一部の実施形態では、提供される技術は、生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子の近接ゾーンにおける埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）を同定し、必要に応じて、ＥＴａＧ配列を、ヒト核酸配列、特に、タンパク質をコードするヒト遺伝子を含む発現されるヒト核酸配列と比較することにより、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物のヒト標的をさらに同定する。当業者によって容易に認められる通り、生合成遺伝子クラスター由来の生合成産物、ＥＴａＧおよびヒト標的の間の関連性は、ひとたび確立されれば、様々な方法において利用することができる。例えば、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物から始め、生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子の近接ゾーン内のＥＴａＧへと、次いで、ＥＴａＧと相同なヒト標的へと進むことができる。ヒト標的が同定されたら、これを優先順位付けし（これがドラッガブルではないと以前にみなされたとしても）、生合成産物を使用してヒト標的のモジュレーターを開発することができ、これは、例えば、当業者に利用できる多くの方法を使用して、産物のアナログを調製およびアッセイすることによる、医学的使用のための生合成産物の必要に応じたさらなる最適化を含む。また、治療上の関心のヒト標的から始めて、ヒト標的と相同なＥＴａＧへと、次いで、その近接ゾーンがＥＴａＧを含有する生合成遺伝子を含有する生合成遺伝子クラスターへと進むこともできる。生合成遺伝子クラスターが同定されたら、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物を、ヒト標的またはその産物のモジュレーションに関して特徴付けおよびアッセイすることができる。生合成産物は、本開示に従って本技術分野における多数の方法を使用して、最適化のためのリードとして使用して、多くの医学的、例えば、治療目的に有用な薬剤を提供することができる。
いかなる理論にも限定される意図はないが、一部の実施形態では、本開示は、真核生物由来のＥＴａＧおよび／またはそれによってコードされる産物が、例えば、あるとすれば（ｉｎ ａｎｙ）、細菌等の原核生物におけるその対応物よりも、哺乳動物遺伝子および／またはそれによってコードされる産物に対する類似性を有することができるという認識を包含する；一部の実施形態では、真核生物ＥＴａＧは、より治療上関連することができる。一部の実施形態では、真菌におけるＥＴａＧは、系統樹における哺乳動物と真菌との相対的な近さを考慮して、ヒト治療薬の開発に特に有用であり得る。
一部の実施形態では、本開示は、ＥＴａＧを同定するおよび／または特徴付けるための技術を提供し、ＥＴａＧが、ＥＴａＧを含有する生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物の合成に必ずしも関与しない、またはその遺伝子、一部の実施形態では、生合成遺伝子に対する近接ゾーンがＥＴａＧを含有する（生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素は、ＥＴａＧなしで生合成産物を産生することができる）という点において、ＥＴａＧは、非生合成遺伝子である。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、ＥＴａＧを含有する生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物の合成に要求されない、またはその遺伝子、一部の実施形態では、生合成遺伝子に対する近接ゾーンがＥＴａＧを含有する（生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素は、ＥＴａＧなしで生合成産物を産生することができる）。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、ＥＴａＧを含有する生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物の合成に関与しない、またはその遺伝子、一部の実施形態では、生合成遺伝子に対する近接ゾーンがＥＴａＧを含有する（生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素は、ＥＴａＧなしで生合成産物を産生することができる）。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、ヒト遺伝子と相同である、またはヒト遺伝子と相同な配列を含む、例えば、ヒトタンパク質または配列（例えば、ドメイン、機能的構造的特色（ヘリックス、シート、等）等、機能的および／または構造的単位）と少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％または９５％相同性を共有する。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、ＥＴａＧの発現が、生合成遺伝子クラスターの酵素によってコードされる産物の産生に相関するという点において、生合成遺伝子クラスターと同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、自己防衛的機能を提供する。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの酵素によって産生される産物のトランスポーターをコードする。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの酵素によって産生される産物を解毒することができる産物、例えば、タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、その活性が、生合成遺伝子クラスターの酵素によって産生される産物によって標的化されるタンパク質の抵抗性バリアントをコードする。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物の合成に関与せず、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物の合成に関与せず、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
発現される哺乳動物核酸配列と相同であり、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む方法を提供する。
近接ゾーン
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、典型的に、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にある。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の１～１００ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の１～５０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０または９０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の１ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の５ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の１０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の１５ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の２０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の２５ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の３０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の３５ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の４０ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の４５ｋｂ以下上流または下流である。一部の実施形態では、近接ゾーンは、遺伝子の５０ｋｂ以下上流または下流である。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスター内にある。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの最初の遺伝子および最後の遺伝子によって画定される領域内にないが、生合成遺伝子クラスターの最初の遺伝子または最後の遺伝子に対する近接ゾーン内にある。
相同性
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、発現される哺乳動物核酸配列と相同である。一部の実施形態では、哺乳動物核酸配列は、発現される哺乳動物核酸（ｎｕｃｌｅｉｃ）配列である。一部の実施形態では、哺乳動物核酸配列は、哺乳動物遺伝子である。一部の実施形態では、哺乳動物核酸配列は、発現される哺乳動物遺伝子である。一部の実施形態では、哺乳動物核酸は、ヒト核酸配列である。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、発現されるヒト核酸配列である。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、ヒト遺伝子である。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、発現されるヒト遺伝子である。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、治療上の関心の既存の標的である、または治療上の関心の既存の標的である産物をコードする。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、治療上の関心の新規標的である、または治療上の関心の新規標的である産物をコードする。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、本開示に先立ちドラッガブルではないとみなされた標的である、またはそのような標的である産物をコードする。一部の実施形態では、ヒト核酸配列は、本開示に先立ち小分子によりドラッガブルではないとみなされた標的である、またはそのような標的である産物をコードする。一部の実施形態では、本開示は、ドラッガブルではないと伝統的にみなされてきた標的が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物または生合成産物のアナログである小分子により有効にモジュレートまたは標的化され得、この生合成遺伝子クラスターが、生合成遺伝子を含有し、生合成遺伝子に対する近接ゾーンが、標的に相同なＥＴａＧ（またはその部分、またはそれによってコードされる産物および／またはその部分）を含有するという、予想外の知見を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物の合成に関与せず、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
発現されるヒト核酸配列と相同であり、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）を同定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列は、核酸配列相同性を共有する。一部の実施形態では、ＥＴａＧ配列は、ＥＴａＧ核酸配列またはその部分が、核酸塩基配列のレベルで、別の核酸配列またはその部分と類似性を共有するという点において、別の核酸配列（例えば、発現されるヒト核酸配列）と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧの配列は、別の核酸配列と核酸塩基配列類似性を共有する。一部の実施形態では、ＥＴａＧの配列の部分は、別の核酸配列の部分と核酸塩基配列類似性を共有する。
一部の実施形態では、相同部分は、少なくとも５０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００、６００、７０、８００、９００または１０００塩基対の長さである。一部の実施形態では、長さは、少なくとも５０塩基対である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１００塩基対である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも１５０塩基対である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも２００塩基対である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも３００塩基対である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも４００塩基対である。一部の実施形態では、長さは、少なくとも５００塩基対である。
一部の実施形態では、相同部分は、コードされるタンパク質のある特定の構造的および／または機能的単位のものであるアミノ酸残基をコードする。例えば、一部の実施形態では、相同部分は、本開示に記載されている通り、酵素活性がある、エフェクターとの相互作用の原因となる、等、コードされるタンパク質のファミリーに特徴的なタンパク質ドメインをコードすることができる。
核酸配列の類似性／相同性を評価するための方法は、本技術分野で広く公知であり、本開示に従って使用することができる。
一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列は、それらのコードされる産物、例えば、タンパク質における相同性を共有する。一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列は、ＥＴａＧまたはその部分によってコードされる産物が、核酸配列またはその部分によってコードされる産物と類似性を共有するという点において、相同である。一部の実施形態では、コードされる産物は、タンパク質である。一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列によってコードされる産物は、それらの全長にわたって類似性を共有する。一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列によってコードされる産物は、ある特定の部分において類似性を共有する。
一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸は、ＥＴａＧまたはその部分によってコードされるタンパク質が、核酸またはその部分によってコードされるタンパク質と類似性を共有するという点において、相同である。ＥＴａＧおよび核酸配列によってコードされるタンパク質は、それらの全長または部分のレベルのいずれかで類似性を共有することができる。一部の実施形態では、相同部分における全アミノ酸残基は、連続する。一部の実施形態では、相同部分におけるアミノ酸残基は、全てが連続するとは限らない。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、タンパク質ドメインである。一部の実施形態では、タンパク質ドメインは、タンパク質ファミリーに特徴的な構造を形成する。一部の実施形態では、タンパク質ドメインは、特徴的な機能を果たす。例えば、一部の実施形態では、タンパク質ドメインは、酵素機能を有する。一部の実施形態では、斯かる機能は、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質、および相同核酸配列、例えば、ヒト遺伝子によってコードされるタンパク質によって共有される。一部の実施形態では、特徴的機能は、非酵素的である。一部の実施形態では、特徴的機能は、他の実体、例えば、小分子、核酸、タンパク質、等との相互作用である。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、タンパク質の機能に重要な、連続したまたは連続していないアミノ酸残基のセットである。一部の実施形態では、機能は、酵素活性である。一部の実施形態では、タンパク質の部分は、活性に要求される残基のセットである。一部の実施形態では、部分は、基質、中間体、産物または補因子と相互作用する残基のセットである。一部の実施形態では、部分は、基質と相互作用する残基のセットである。一部の実施形態では、部分は、中間体と相互作用する残基のセットである。一部の実施形態では、部分は、産物と相互作用する残基のセットである。一部の実施形態では、部分は、補因子と相互作用する残基のセットである。
一部の実施形態では、機能は、別の実体との相互作用である。一部の実施形態では、実体は、小分子である。一部の実施形態では、実体は、脂質である。一部の実施形態では、実体は、炭水化物である。一部の実施形態では、実体は、核酸である。一部の実施形態では、実体は、タンパク質である。一部の実施形態では、部分は、相互作用剤と接触するアミノ酸残基のセットである。例えば、図１３は、Ｒａｓタンパク質およびその相同ＥＴａＧの、ヌクレオチドと相互作用する部分（アミノ酸のセット）を説明し、図１４～図１６は、タンパク質－タンパク質相互作用に関与する部分を説明する。
一部の実施形態では、相互作用実体とアミノ酸残基との相互作用は、水素結合、静電力、ファンデルワールス力、芳香族スタッキング、等によって評価することができる。一部の実施形態では、相互作用は、相互作用実体までのアミノ酸残基の距離（例えば、ある事例において使用される場合、４Å）によって評価することができる。
一部の実施形態では、類似性とは、２種の構造が、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０または５０平方オングストローム以内のＣアルファ骨格ｒｍｓｄ（平均二乗偏差）を有し、同じ全体的フォールドまたはコアドメインを有することである。一部の実施形態では、Ｃアルファ骨格ｒｍｓｄは、以内である。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、タンパク質エフェクターリクルートメントに必須な構造エレメントであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、斯かる部分は、ＥＴａＧと相同な核酸配列、例えば、ＥＴａＧと相同なタンパク質をコードするヒト遺伝子によってコードされるタンパク質の構造および／または活性データに基づき選択することができる。
一部の実施形態では、タンパク質の部分は、少なくとも２～２００、２～１００、２～５０、２～４０、２～３０、２～２０、２～１５、２～１０、３～２００、３～１００、３～５０、３～４０、３～３０、３～２０、３～１５、３～１０、４～２００、４～１００、４～５０、４～４０、４～３０、４～２０、４～１５、４～１０、５～２００、５～１００、５～５０、５～４０、５～３０、５～２０、５～１５または５～１０個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、タンパク質の部分は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００または１５０個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも２個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも３個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも４個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも５個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも６個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも７個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも８個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも９個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも１０個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも１５個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも２０個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも２５個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、部分は、少なくとも３０個のアミノ酸残基を含む。
核酸配列およびタンパク質配列の類似性は、本開示に従って、本技術分野で公知の方法を含む多数の方法によって評価することができる。例えば、タンパク質配列に関するＭＵＳＣＬＥ。一部の実施形態では、類似性は、正確な同一性、例えば、所与の位置における同じアミノ酸残基に基づき測定される。一部の実施形態では、類似性は、１種または複数の共通特性、例えば、１種または複数の同一または同様の特性（例えば、酸性、塩基性、芳香族、等）を有するアミノ酸残基に基づき測定される。
一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸塩基配列の間の類似性が、本明細書に記載されている通り、ＥＴａＧおよび核酸配列もしくはそれらの部分の核酸配列、またはＥＴａＧおよび核酸配列もしくはそれらの部分によってコードされるタンパク質に基づくレベル以上であるという点において、ＥＴａＧは、核酸配列（例えば、発現されるヒト核酸配列）と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列の間の類似性が、ＥＴａＧおよび核酸配列またはそれらの部分の核酸塩基配列に基づくレベル以上であるという点において、ＥＴａＧは、核酸配列と相同である。一部の実施形態では、ＥＴａＧおよび核酸配列の間の類似性が、ＥＴａＧおよび核酸配列またはそれらの部分によってコードされるタンパク質に基づくレベル以上であるという点において、ＥＴａＧは、核酸配列と相同である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも１０％～９９％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも１０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも２０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも３０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも４０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも５０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも６０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも７０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも８０％である。一部の実施形態では、レベルは、少なくとも９０％である。一部の実施形態では、レベルは、１００％である。一部の実施形態では、レベルは、１００％未満である。一部の実施形態では、レベルは、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％以下である。
一部の実施形態では、ＥＴａＧまたはその部分によってコードされるタンパク質が、核酸配列によってコードされるタンパク質のものと同様の三次元構造を有するという点において、ＥＴａＧは、核酸配列と相同である。一部の実施形態では、類似性は、例えば、１～１００、例えば、５、１０、２０、３０、４０、５０平方オングストローム以内のＣアルファ骨格ｒｍｓｄ（平均二乗偏差）によって評価される。一部の実施形態では、配列は、類似性を共有し、１０平方オングストローム以下のＣアルファ骨格ｒｍｓｄを有し、また、同じ全体的フォールドまたはコアドメインを有する。一部の実施形態では、構造的類似性は、別の実体、例えば、小分子、核酸、タンパク質、等との相互作用によって評価される。一部の実施形態では、構造的類似性は、小分子結合によって評価される。一部の実施形態では、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質に結合する小分子が、核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質にも結合するという点において、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質は、核酸配列によってコードされるタンパク質と同様の三次元構造を有する。一部の実施形態では、結合は、１～１００（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００）μＭ以下のＫｄを有する。
同時調節
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、その近接ゾーンがＥＴａＧを含有する生合成遺伝子を含有する生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、その近接ゾーンがＥＴａＧを含有する生合成遺伝子を含有する生合成遺伝子クラスターと同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧの発現、および／またはＥＴａＧによってコードされる産物、例えば、タンパク質の産生が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物の産生と相関するという点において、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターと同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧによってコードされる産物、例えば、タンパク質の産生は、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素による生合成産物の産生と時間的に重複する。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物が産生されると、ＥＴａＧの発現が増加されるまたはオンにされるという点において、生合成遺伝子クラスターと同時調節される。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物のレベルが増加されると、ＥＴａＧの発現が増加されるまたはオンにされるという点において、生合成遺伝子クラスターと同時調節される。
一部の実施形態では、同時調節される生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物が産生されると、ＥＴａＧは、そのホスティング生物、例えば、真菌に利点を提供する。例えば、一部の実施形態では、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質は、産物を産生する細胞の外への生合成産物の輸送に寄与する。一部の実施形態では、ＥＴａＧによってコードされるタンパク質は、生合成産物が、生合成産物を産生する生物を害さないが、他の生物の成長または生存に影響するように、生合成産物を解毒する。
一部の実施形態では、本開示は、ＥＴａＧを同定するための様々な方法を提供する。例えば、一部の実施形態では、典型的には異なる真菌株由来の相同生合成遺伝子クラスター、例えば、そのコードされる酵素が、同じ生合成産物（産物の予測（例えば、配列に基づく予測）および／または同定に基づく）を産生する生合成遺伝子クラスターのセットが比較される。セットにおける唯一または少数の生合成遺伝子クラスター（生合成遺伝子クラスター内または生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内の）に存在するが、生合成遺伝子クラスターの大部分には存在しない非生合成遺伝子を、ＥＴａＧ候補として同定し、哺乳動物、例えば、ヒトの核酸配列と必要に応じてさらに比較して、相同哺乳動物核酸配列を同定する。一部の実施形態では、実施例に説明される通り、斯かる方法を使用して、例えば、多くの（例えば、数百、数千種またはさらにより多くの）ゲノムの配列から、ゲノムスケールでＥＴａＧを同定することができる。同定されたＥＴａＧは、その哺乳動物ホモログ、特に、ヒトホモログの治療重要性に基づき優先順位付けすることができる。一部の実施形態では、図中で説明されている通り、ＥＴａＧを含む生物は、ＥＴａＧの１種または複数の相同遺伝子を含む。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、セットの生合成遺伝子クラスターの１％、５％または１０％以下で存在する。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、セットの相同生合成遺伝子クラスターの１％、５％または１０％以下で存在する。一部の実施形態では、ＥＴａＧは、セットの生合成遺伝子クラスターの１％、５％または１０％以下で存在し、この生合成遺伝子クラスターは、同じ生合成産物を産生する酵素をコードする。一部の実施形態では、パーセンテージは、１％未満である。一部の実施形態では、パーセンテージは、５％未満である。一部の実施形態では、パーセンテージは、１０％未満である。
一部の実施形態では、本開示は、生合成遺伝子クラスターおよび／または生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内のＥＴａＧを含む核酸配列の提供されるセットへの問い合わせを行うことによる、治療上の関心の標的をコードするヒト核酸のための相同ＥＴａＧの同定に特に有効かつ効率的な方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されている核酸配列のセットを提供する。一部の実施形態では、本開示は、それぞれが真菌株（ｓｔａｉｎ）において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットを提供する。一部の実施形態では、本開示は、それぞれが真菌株（ｓｔａｉｎ）において見出され、ＥＴａＧを含む、核酸配列のセットを提供する。一部の実施形態では、本開示は、それぞれが真菌株（ｓｔａｉｎ）において見出され、生合成遺伝子クラスターおよび生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧを含む、核酸配列のセットを提供する。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターを含む核酸配列は、生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン以外の配列および生合成遺伝子クラスターの配列を含まない。一部の実施形態では、本開示は、核酸配列の提供されるセットを含むデータベースを提供する。
一部の実施形態では、提供される技術の生合成遺伝子クラスターは、少なくとも１種の共通の化学的特質を共有する化合物の合成に関与し得る酵素をコードする生合成遺伝子を含む。一部の実施形態では、共通の化学的特質は、環式コア構造である。一部の実施形態では、共通の化学的特質は、大環式コア構造である。一部の実施形態では、共通の化学的特質は、共有される非環式骨格である。一部の実施形態では、共通の化学的特質は、化合物が全て、ある特定のカテゴリー、例えば、非リボソームペプチド（ＮＰＲＳ）、テルペン、イソプレン、アルカロイド、等に属することである。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターのための個々のＥＴａＧを同定することにより、本開示は、構造上同様であったとしても、共通の化学的特質を共有する化合物を区別することができる。
提供されるセットは、様々なサイズおよび／または多様性のものであり得る。一部の実施形態では、より多くの種由来のより多くの配列を有して、ＥＴａＧおよび生合成遺伝子クラスターの数を増加させることが望ましい。一部の実施形態では、セットは、生合成遺伝子クラスターを含む少なくとも１００、２００、３００、４００、５００、１，０００、１，５００、２，０００、３，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、５０，０００、１００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００または２，０００，０００種の核酸配列を含む。一部の実施形態では、セットは、少なくとも１００、２００、３００、４００、５００、１，０００、１，５００、２，０００、３，０００、５，０００、１０，０００、５０，０００、１００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００または２，０００，０００種の生合成遺伝子クラスターを含む。一部の実施形態では、セットは、ＥＴａＧに関係する少なくとも１００、２００、３００、４００、５００、１，０００、１，５００、２，０００、３，０００、５，０００、１０，０００、５０，０００、１００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００または２，０００，０００種の生合成遺伝子クラスターを含む（その近接ゾーンがＥＴａＧを含有する生合成遺伝子を含有する生合成遺伝子クラスター）。一部の実施形態では、セットは、少なくとも１００、２００、３００、４００、５００、１，０００、１，５００、２，０００、３，０００、５，０００、１０，０００、５０，０００、１００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００または２，０００，０００種のＥＴａＧを含む。一部の実施形態では、提供されるセットの配列は、異なる種、例えば、異なる真菌種由来の少なくとも１００、２００、３００、４００、５００、１，０００、１，５００、２，０００、３，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、５０，０００、１００，０００種のゲノムに由来する。
とりわけ、提供されるデータベースおよび／または提供されるセットは、例えば、ＥＴａＧを同定する、所与の生合成遺伝子クラスターに関係するＥＴａＧを同定する、所与のＥＴａＧに関係する生合成遺伝子クラスターを同定する、所与の哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子）と相同なＥＴａＧを同定する、所与の哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子；必要に応じて関係したＥＴａＧを介して）に関係する生合成遺伝子クラスターを同定する、所与のＥＴａＧと相同な哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子）、所与の生合成遺伝子クラスター（必要に応じて関係したＥＴａＧを介して）と相同なヒト遺伝子を同定する、生合成遺伝子クラスター（必要に応じて関係したＥＴａＧおよび生合成遺伝子クラスターを介して）によってコードされる酵素によって産生される所与の産物（および／またはそのアナログ）に関係する哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子）を同定する、所与の哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子；必要に応じて関係した生合成遺伝子クラスターおよびＥＴａＧを介して）に関係する生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物（および／またはそのアナログ）を同定する、等をするための効率を特に改善するように構造化される。
例えば、一部の実施形態では、提供されるセットおよび／またはデータベースにおけるＥＴａＧは、検索のためにインデックス化されている／マークされている。例えば、図１７（本出願人は、提供されるセットおよびデータベースが、数百、数千または数百万種の配列を含有し得ることを指摘する）は、提供されるセットおよび／またはデータベース由来の配列例を描写し、ＥＴａＧが、特異的にインデックス化されている／マークされている（暗色）。とりわけ、斯かる構造的特色は、例えば、問い合わせ効率を大幅に改善することができる：目的のヒト遺伝子に相同なＥＴａＧに関して数十、数百または数千種のゲノムを検索するのではなく、その代わりに、提供される技術を使用して、検索の焦点を、インデックス化された／マークされたＥＴａＧに合わせて（例えば、非生合成遺伝子クラスター配列および／または非ＥＴａＧ配列（例えば、図１７における空白の矢印、およびその間の配列）をスキップする）、ヒット（例えば、図１７における丸で囲まれたＥＴａＧ）の位置を迅速に特定し、これにより、圧倒的多数の無関係のゲノム情報を検索するための時間およびリソースを節約することができる。
その上およびそれに代えて、配列の提供されるセットおよびデータベースは、ＥＴａＧが、その関係した生合成遺伝子クラスター（ＥＴａＧの関係した生合成遺伝子クラスターは、その近接ゾーンにＥＴａＧがある生合成遺伝子を含有する生合成遺伝子クラスターである）、関係した生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物およびそのアナログ、その相同哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子）等の情報により独立してアノテートされ得るように構造化される。同様に、生合成遺伝子クラスターは、その関係したＥＴａＧ（生合成遺伝子クラスターの関係したＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるｅｔｇである）、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される生合成産物およびそのアナログ、その関係したＥＴａＧの相同哺乳動物核酸配列およびそれによってコードされる産物等の情報により独立してアノテートされ得る。インデックスおよびアノテーションにより配列データを構造化することにより、提供されるセットおよびデータベースは、多数の利点を提供することができる。例えば、一部の実施形態では、提供されるシステムは、データサイズおよび問い合わせコストを低く維持しつつ、有用な関係した情報、例えば、その関係した生合成遺伝子クラスターおよびヒトホモログによりＥＴａＧへの高速アクセスを提供する（逆もまた同じ）。
一部の実施形態では、セットのＥＴａＧの少なくとも１０、２０、５０、１００、２００、５００、１，０００、２，０００、２，５００、５，０００もしくは１０，０００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、独立してアノテートされる。一部の実施形態では、セットのＥＴａＧの少なくとも１０、２０、５０、１００、２００、５００、１，０００、２，０００、２，５００、５，０００もしくは１０，０００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、その関係した生合成遺伝子クラスターおよび相同哺乳動物核酸配列により独立してアノテートされる。一部の実施形態では、セットの生合成遺伝子クラスターの少なくとも１０、２０、５０、１００、２００、５００、１，０００、２，０００、２，５００、５，０００もしくは１０，０００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、独立してアノテートされる。一部の実施形態では、セットの生合成遺伝子クラスターの少なくとも１０、２０、５０、１００、２００、５００、１，０００、２，０００、２，５００、５，０００もしくは１０，０００種または少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは９５％または全てが、その関係したＥＴａＧにより独立してアノテートされる。
一部の実施形態では、配列の提供されるセットおよび／またはデータベースは、コンピュータ可読媒体において具現化されている。一部の実施形態では、本開示は、配列の提供されるセットおよび／またはデータベースを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体を含むシステムを提供する。提供されるデータの具現化に適した非一過性機械可読記憶媒体は、例として、半導体記憶域デバイス、例えば、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭおよびフラッシュ記憶域デバイス；磁気ディスク、例えば、内蔵ハードディスクまたはリムーバブルディスク；光磁気ディスク；ならびにＣＤ－ＲＯＭおよびＤＶＤ－ＲＯＭディスクを含む、あらゆる形態の不揮発性記憶域を含む。とりわけ、提供されるシステムは、本明細書に記載されている特定の構造を有する提供されるセットおよびデータベースのため、特に効率的であり得る。
一部の実施形態では、本開示は、提供される技術を実行することができるコンピュータシステムを提供する。一部の実施形態では、本開示は、提供される方法を実行するように適応されたコンピュータシステムを提供する。一部の実施形態では、本開示は、配列の提供されるセットへの問い合わせを行うように適応されたコンピュータシステムを提供する。一部の実施形態では、本開示は、提供されるデータベースへの問い合わせを行うように適応されたコンピュータシステムを提供する。一部の実施形態では、本開示は、提供されるデータベースにアクセスするように適応されたコンピュータシステムを提供する。
提供される技術の全てまたは一部の実装に使用することができるコンピュータシステムは、様々な形態のデジタルコンピュータを含むことができる。デジタルコンピュータの例として、ラップトップ、デスクトップ、ワークステーション、パーソナルデジタルアシスタント、サーバー、ブレードサーバー、メインフレーム、スマートテレビおよび他の適切なコンピュータが挙げられるがこれらに限定されない。モバイルデバイスを使用して、提供される技術の全てまたは一部を実装することができる。モバイルデバイスとして、タブレットコンピュータ処理デバイス、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話、スマートフォン、デジタルカメラ、デジタル眼鏡（ｄｉｇｉｔａｌ ｇｌａｓｓｅｓ）および他の携帯型コンピュータ処理デバイスが挙げられるがこれらに限定されない。本明細書に記載されているコンピュータ処理デバイス、それの関連性および関係性、ならびにそれの機能は、単なる例であることを意味し、技術の実装の限定を意味するものではない。
本明細書に記載されている技術の全てまたは一部、およびその様々な改変は、少なくとも一部には、コンピュータプログラム製品、例えば、１種または複数の情報担体、例えば、データ処理装置、例えば、プログラム可能なプロセッサー、コンピュータまたは複数のコンピュータによる実施のための、またはその演算を制御するための１種または複数の有形機械可読記憶媒体において有形に具現化されたコンピュータプログラムを介して実装することができる。
提供される技術のためのコンピュータプログラムは、コンパイルされた言語または翻訳された言語を含むいずれかの形態のプログラミング言語において書くことができ、コンピュータ処理環境における使用に適したスタンドアロンプログラムとして、またはモジュール、部分、サブルーチンもしくは他のユニットとしての導入を含め、いずれかの形態で導入することができる。コンピュータプログラムは、１個のサイトにおける、または複数のサイトにわたって分布しネットワークによって相互接続した、１個のコンピュータまたは複数のコンピュータにおいて実施されるように導入することができる。
例えば、プログラムおよび技術の実装に関連する行為は、提供される技術を実行するための１個または複数のコンピュータプログラムを実施する１個または複数のプログラム可能なプロセッサーによって実行することができる。プロセスの全てまたは一部は、特殊目的論理回路、例えば、ＦＰＧＡ（フィールド・プログラマブル・ゲート・アレイ）および／またはＡＳＩＣ（特定用途向け集積回路）として実装することができる。
コンピュータプログラムの実施に適したプロセッサーは、例として、一般および特殊目的マイクロプロセッサーの両方、ならびにいずれかの種類のデジタルコンピュータのいずれか１個または複数のプロセッサーを含む。一般に、プロセッサーは、リードオンリー記憶域もしくはランダムアクセス記憶域またはその両方から命令およびデータを受け取るであろう。コンピュータのエレメント（サーバーを含む）は、命令を実施するための１個または複数のプロセッサー、ならびに命令およびデータを記憶するための１個または複数の記憶域デバイスを含む。一般に、コンピュータは、データを記憶するための大容量記憶デバイス、例えば、磁気、光磁気ディスクまたは光ディスク等、１個または複数の機械可読記憶媒体も含むであろう、またはこれからデータを受け取るようにもしくはこれにデータを転送するようにまたはその両方を行うように動作可能にカップリングされるであろう。コンピュータプログラム命令およびデータの具現化に適した非一過性機械可読記憶媒体は、例として、半導体記憶域デバイス、例えば、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭおよびフラッシュ記憶域デバイス；磁気ディスク、例えば、内蔵ハードディスクまたはリムーバブルディスク；光磁気ディスク；ならびにＣＤ－ＲＯＭおよびＤＶＤ－ＲＯＭディスクを含むあらゆる形態の不揮発性記憶域を含む。
タブレットコンピュータ等、各コンピュータ処理デバイスは、データおよびコンピュータプログラムを記憶するためのハードドライブ、ならびにコンピュータプログラムを実施するための処理デバイス（例えば、マイクロプロセッサー）およびメモリ（例えば、ＲＡＭ）を含むことができる。各コンピュータ処理デバイスは、スチルカメラまたはビデオカメラ等、画像取込デバイスを含むことができる。画像取込デバイスは、コンピュータ処理デバイスに対し内蔵型または単純にアクセス可能であり得る。
各コンピュータ処理デバイスは、ディスプレイスクリーンを含むグラフィックシステムを含むことができる。ＬＣＤまたはＣＲＴ（陰極線管）等、ディスプレイスクリーンは、コンピュータ処理デバイスのグラフィックシステムによって生成された画像をユーザーにディスプレイする。周知の通り、コンピュータディスプレイ（例えば、モニタ）におけるディスプレイは、コンピュータディスプレイを物理的に変換する。例えば、コンピュータディスプレイがＬＣＤに基づく場合、ユーザーにとって視覚的に明白な物理的変換におけるバイアス電圧の印加によって液晶の配向を変化させることができる。別の例として、コンピュータディスプレイがＣＲＴである場合、同様に視覚的に明白な物理的変換における電子の衝突によって蛍光スクリーンの状態を変化させることができる。各ディスプレイスクリーンは、ユーザーが、仮想キーボードを介してディスプレイスクリーン上に情報を入力することを可能にする、接触感受性であり得る。デスクトップまたはスマートフォン等、一部のコンピュータ処理デバイスにおいて、ディスプレイスクリーン上に情報を入力するために、物理的ＱＷＥＲＴＹキーボードおよびスクロールホイールを提供することができる。各コンピュータ処理デバイス、およびそこで実施されるコンピュータプログラムは、音声コマンドを受理し、斯かるコマンドに応答して機能を実行するように構成することもできる。
とりわけ、提供される技術（方法、セット、データベース、システム、等）は、生合成遺伝子クラスター、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物、ＥＴａＧ、ＥＴａＧの相同哺乳動物核酸配列、例えば、ヒト遺伝子、等の間の関連性を確立する。よって、提供される技術は、一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物のヒト標的の同定および／または特徴付けに特に強力であり得る。提供される技術はまた、ヒト標的のモジュレーターの同定および開発に特に強力であり得る。例えば、一部の実施形態では、ヒト標的のための治療薬を開発するために、その関係した生合成遺伝子クラスターおよび／または生合成遺伝子クラスターの酵素によって産生される生合成産物の情報と共に、提供される技術を使用して、ヒト標的（またはヒト標的をコードする核酸配列）のＥＴａＧを迅速に同定することができる。関係した生合成遺伝子クラスターの産物をさらに特徴付けることができ、必要であれば、そのアナログを調製、特徴付けおよびアッセイして、改善された特性を有する治療薬を開発することができる。提供される技術は、標的化するのに難易度が高い、および／または本開示に先立ちドラッガブルではないとみなされたヒト標的に特に有用であり得る。
一部の実施形態では、本開示は、同定されたＥＴａＧおよびそれによってコードされる産物を使用して、化合物を評価するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、
少なくとも１種の被験化合物を、真菌核酸配列の埋め込まれた標的遺伝子によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、この埋め込まれた標的遺伝子が、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする、ステップと、
被験化合物が存在しない場合と比較して、被験化合物が存在する場合に遺伝子産物のレベルもしくは活性が変更される、または
遺伝子産物のレベルもしくは活性が、レベルもしくは活性に公知の効果を有する参照薬剤が存在する場合に観察されるものに匹敵する
ことを決定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または産物のアナログの哺乳動物、例えば、ヒト標的を同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、または第２の生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、ＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップであって、この第２の生合成遺伝子クラスターが、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される同じ生合成産物を産生する酵素をコードする、ステップと、
標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ＥＴａＧと相同である哺乳動物、例えば、ヒト核酸配列によってコードされる産物を使用して、化合物を評価するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、
少なくとも１種の被験化合物を、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子と相同である哺乳動物核酸配列によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップと、
被験化合物が存在しない場合と比較して、被験化合物が存在する場合に遺伝子産物のレベルもしくは活性が変更される、または
遺伝子産物のレベルもしくは活性が、レベルもしくは活性に公知の効果を有する参照薬剤が存在する場合に観察されるものに匹敵する
ことを決定するステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または産物のアナログの哺乳動物、例えば、ヒト標的を同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップと、
標的に対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、提供される方法およびシステムは、化合物とヒト標的との相互作用の評価に有用である。一部の実施形態では、本開示は、化合物とヒト標的との相互作用を評価（ａｃｃｅｓｓ）するための方法であって、
ヒト標的の核酸配列、またはヒト標的をコードする核酸配列を、１種または複数のＥＴａＧを含む核酸配列のセットと比較するステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターの酵素によって産生される化合物は、生合成遺伝子クラスターに関係するＥＴａＧと相同である哺乳動物、例えば、ヒト核酸（ｎｕｃｌｅｉｃ）配列によってコードされる標的と相互作用する。
一部の実施形態では、とりわけ、提供される技術は、生合成遺伝子クラスター、ＥＴａＧおよびヒト標的遺伝子の間の関連性を提供するため、提供される技術は、ヒト標的のモジュレーターの設計および／または提供に特に有用である。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、ヒト標的は、Ｒａｓタンパク質である。一部の実施形態では、Ｒａｓタンパク質は、ＨＲａｓタンパク質である。一部の実施形態では、Ｒａｓタンパク質は、ＫＲａｓタンパク質である。一部の実施形態では、Ｒａｓタンパク質は、ＮＲａｓタンパク質である。一部の実施形態では、ヒト標的は、ＲａｓＧＥＦドメインを含むタンパク質である。一部の実施形態では、タンパク質は、ＫＮＤＣ１、ＰＬＣＥ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＲＡＬＧＰＳ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＰＧＥＦ１、ＲＡＰＧＥＦ２、ＲＡＰＧＥＦ３、ＲＡＰＧＥＦ４、ＲＡＰＧＥＦ５、ＲＡＰＧＥＦ６、ＲＡＰＧＥＦＬ１、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＲＡＳＧＥＦ１Ｂ、ＲＡＳＧＥＦ１Ｃ、ＲＡＳＧＲＦ１、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＡＳＧＲＰ１、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＡＳＧＲＰ３、ＲＡＳＧＲＰ４、ＲＧＬ１、ＲＧＬ２、ＲＧＬ３、ＲＧＬ４／ＲＧＲ、ＳＯＳ１、ＳＯＳ２、またはヒトグアニンヌクレオチド交換因子である。一部の実施形態では、タンパク質は、ＳＯＳ１である。一部の実施形態では、タンパク質は、ヒトグアニンヌクレオチド交換因子である。一部の実施形態では、ヒト標的は、ＲａｓＧＡＰドメインを含むタンパク質である。一部の実施形態では、タンパク質は、ＤＡＢ２ＩＰ、ＧＡＰＶＤ１、ＩＱＧＡＰ１、ＩＱＧＡＰ２、ＩＱＧＡＰ３、ＮＦ１、ＲＡＳＡ１、ＲＡＳＡ２、ＲＡＳＡ３、ＲＡＳＡ４、ＲＡＳＡＬ１、ＲＡＳＡＬ２またはＳＹＮＧＡＰ１である。一部の実施形態では、タンパク質は、タンパク質ｐ１２０である。一部の実施形態では、タンパク質は、ヒトグアニンヌクレオチド活性化因子である。
一部の実施形態では、本開示は、ヒトＲａｓタンパク質のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される化合物のアナログを調製するステップであって、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒトＲａｓタンパク質、ＲａｓＧＥＦドメインもしくはＲａｓＧＡＰドメイン、またはヒトＲａｓタンパク質、ＲａｓＧＥＦドメインもしくはＲａｓＧＡＰドメインをコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、ＲａｓＧＥＦドメインを含むタンパク質は、ヒトＲａｓタンパク質の１種または複数の機能をモジュレートする。一部の実施形態では、ＲａｓＧＡＰドメインを含むタンパク質は、ヒトＲａｓタンパク質の１種または複数の機能をモジュレートする。
一部の実施形態では、本開示は、ヒトＲａｓタンパク質のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される化合物のアナログを調製するステップであって、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒトＲａｓタンパク質、またはヒトＲａｓタンパク質をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ＲａｓＧＥＦドメインを含むタンパク質のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される化合物のアナログを調製するステップであって、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ＲａｓＧＥＦドメイン、またはＲａｓＧＥＦドメインをコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ＲａｓＧＡＰドメインを含むタンパク質のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される化合物のアナログを調製するステップであって、
生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ＲａｓＧＡＰドメイン、またはＲａｓＧＡＰドメインをコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、Ｒａｓタンパク質と相同なＥＴａＧと共に図の１つに説明されている、生合成遺伝子クラスター例、または１種もしくは複数の生合成遺伝子を含む生合成遺伝子クラスターである、例えば、図５～図１２および図２０～図２７。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、Ｒａｓタンパク質と相同なＥＴａＧと共に図の１つに説明されている、生合成遺伝子クラスター例である、例えば、図５～図１２および図２０～図２７。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、ＲａｓＧＥＦドメインと相同なＥＴａＧと共に図の１つに説明されている、生合成遺伝子クラスター例、または１種もしくは複数の生合成遺伝子を含む生合成遺伝子クラスターである、例えば、図２８～図３３および図３５。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、ＲａｓＧＥＦドメインと相同なＥＴａＧと共に図の１つに説明されている、生合成遺伝子クラスター例である、例えば、図２８～図３３および図３５。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、ＲａｓＧＥＦドメインと相同なＥＴａＧと共に図の１つに説明されている、生合成遺伝子クラスター例、または１種もしくは複数の生合成遺伝子を含む生合成遺伝子クラスターである、例えば、図３４および図３６～図３９。一部の実施形態では、生合成遺伝子クラスターは、ＲａｓＧＥＦドメインと相同なＥＴａＧと共に図の１つに説明されている、生合成遺伝子クラスター例である、例えば、図３４および図３６～図３９。ＥＴａＧ配列例は、本開示に提示されており、とりわけ、生合成遺伝子クラスター、生合成遺伝子、等の位置の特定および同定に利用することができる。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、Ｒａｓタンパク質をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、図５～図１２および図２０～図２７のうち１つの生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ＲａｓＧＥＦタンパク質をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、図２８～図３３および図３５のうち１つの生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、ＲａｓＧＡＰタンパク質をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、図３４および図３６～図３９のうち１つの生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される、ステップ
を含む方法を提供する。
一部の実施形態では、ＥＴａＧは、提供される方法によって同定される。
一部の実施形態では、産物は、生合成遺伝子クラスターによって産生される二次代謝物である、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される。
一部の実施形態では、産物のアナログは、産物の構造的コアを含む。一部の実施形態では、産物は、環式、例えば、単環式、二環式または多環式である。一部の実施形態では、産物の構造的コアは、単環式、二環式または多環式環系であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、産物の構造的コアは、産物の二環式または多環式環系の１個の環を含む。
一部の実施形態では、産物は、線形であり、構造的コアは、その骨格である。一部の実施形態では、産物は、ポリペプチドであるまたはこれを含み、構造的コアは、ポリペプチドの骨格である。一部の実施形態では、産物は、ポリケタイドであるまたはこれを含み、構造的コアは、ポリケタイドの骨格である。
一部の実施形態では、アナログは、本明細書に記載されている１個または複数の適した置換基で置換された産物である。一部の実施形態では、アナログは、本明細書に記載されている１個または複数の適した置換基で置換された構造的コアである。
とりわけ、本開示は、次の例示的実施形態を提供する：
１．それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む、方法。
２．ＥＴａＧ配列が、クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、実施形態１に記載の方法。
３．生合成遺伝子クラスターを含む核酸配列が、生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子に対する近接ゾーンの核酸配列、および生合成遺伝子クラスターの核酸配列以外の配列を含有しない、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
４．近接ゾーンが、クラスターにおける生合成遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００ｋｂ以下上流または下流である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
５．近接ゾーンが、クラスターにおける生合成遺伝子の５０ｋｂ以下上流または下流である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
６．近接ゾーンが、クラスターにおける生合成遺伝子の４０ｋｂ以下上流または下流である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
７．近接ゾーンが、クラスターにおける生合成遺伝子の３０ｋｂ以下上流または下流である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
８．近接ゾーンが、クラスターにおける生合成遺伝子の２０ｋｂ以下上流または下流である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
９．近接ゾーンが、クラスターにおける生合成遺伝子の１０ｋｂ以下上流または下流である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
１０．近接ゾーンが、生合成遺伝子クラスターの２種の生合成遺伝子の間の領域である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
１１．哺乳動物核酸配列が、発現される配列である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
１２．哺乳動物核酸配列が、遺伝子である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
１３．哺乳動物核酸配列が、ヒト核酸配列である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
１４．埋め込まれた標的遺伝子配列が、その塩基配列またはその部分が、哺乳動物核酸配列のものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
１５．配列またはその部分が、少なくとも５０、１００、１５０または２００塩基対の長さである、実施形態１４に記載の方法。
１６．埋め込まれた標的遺伝子配列が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされる産物が、哺乳動物核酸配列またはその部分のものと相同であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、実施形態１～１３のいずれか一つに記載の方法。
１７．産物が、タンパク質である、実施形態１６に記載の方法。
１８．埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性である、実施形態１６に記載の方法。
１９．埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質のものと同様の三次元構造を有する、実施形態１６に記載の方法。
２０．埋め込まれた標的遺伝子によってコードされるタンパク質の部分が、哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質のものと同様の三次元構造を有する、実施形態１９に記載の方法。
２１．類似性は、構造が、１０平方オングストローム以内のＣアルファ骨格ｒｍｓｄ（平均二乗偏差）を有し、同じ全体的フォールドまたはコアドメインを有することである、実施形態１９～２０のいずれか一つに記載の方法。
２２．埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質に結合する小分子が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質にも結合するという点において、哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質と同様の三次元構造を有する、実施形態１９～２０のいずれか一つに記載の方法。
２３．埋め込まれた標的遺伝子および哺乳動物核酸配列またはそれらの部分によってコードされるタンパク質への小分子の結合が、１００μＭ、５０μＭ、１０μＭ、５μＭまたは１μＭ以下のＫｄを有する、実施形態２２に記載の方法。
２４．小分子が、真菌によって産生される、実施形態２２～２３のいずれか一つに記載の方法。
２５．小分子が、非環式である、実施形態２４に記載の方法。
２６．小分子が、環式である、実施形態２４に記載の方法。
２７．小分子が、真菌によって産生される二次代謝物分子である、実施形態２４～２６のいずれか一つに記載の方法。
２８．小分子が、非リボソーム的に合成される、実施形態２４～２７のいずれか一つに記載の方法。
２９．小分子が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物である、実施形態２４～２８のいずれか一つに記載の方法。
３０．埋め込まれた標的遺伝子によってコードされるタンパク質の部分が、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質の部分と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性である、実施形態１６に記載の方法。
３１．タンパク質の部分が、タンパク質ドメインである、実施形態３０に記載の方法。
３２．タンパク質の部分が、機能に必要なアミノ酸残基のセットである、実施形態３０～３１のいずれか一つに記載の方法。
３３．機能が、酵素機能である、実施形態３２に記載の方法。
３４．アミノ酸残基のセットが、基質に接触する、実施形態３３に記載の方法。
３５．アミノ酸残基のセットが、中間体に接触する、実施形態３３に記載の方法。
３６．アミノ酸残基のセットが、産物に接触する、実施形態３３に記載の方法。
３７．機能が、別の実体との相互作用である、実施形態３２に記載の方法。
３８．実体が、小分子である、実施形態３７に記載の方法。
３９．実体が、脂質である、実施形態３７に記載の方法。
４０．実体が、炭水化物である、実施形態３７に記載の方法。
４１．実体が、核酸である、実施形態３７に記載の方法。
４２．実体が、タンパク質である、実施形態３７に記載の方法。
４３．セットの残基のそれぞれが、実体の４Å以内にある、実施形態３２～４２のいずれか一つに記載の方法。
４４．埋め込まれた標的遺伝子が、クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子と同時調節される、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
４５．埋め込まれた標的遺伝子が、異なる真菌株に由来し、かつ相同なまたは同一の生合成遺伝子クラスターを含むセットにおける全真菌核酸配列の８０％、９０％、９５％または１００％に存在しない、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
４６．セットが、少なくとも１００、１，０００、５，０００、１０，０００、５０，０００、１００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００、２，０００，０００または２，５００，０００種の別個の真菌核酸配列を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
４７．セットが、少なくとも１００、５００、１，０００、５，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２２，０００、２５，０００または３０，０００種の別個の真菌株由来の核酸配列を含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
４８．ＥＴａＧ配列が、ハウスキーピング遺伝子ではない、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
４９．ＥＴａＧ配列が、同じゲノムにおける第２の核酸配列またはその部分と相同である配列であるか、またはこれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
５０．ＥＴａＧ配列が、同じゲノムにおける第２の核酸配列によってコードされる産物またはその部分と相同である産物をコードする配列であるか、またはこれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
５１．相同性が、少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または９９．５％である、実施形態４９または５０に記載の方法。
５２．相同性が、少なくとも７０％である、実施形態４９に記載の方法。
５３．相同性が、少なくとも８０％である、実施形態４９に記載の方法。
５４．相同性が、少なくとも９０％である、実施形態４９に記載の方法。
５５．第２の核酸配列が、ハウスキーピング遺伝子であるか、またはこれを含む、実施形態４８～５４のいずれか一つに記載の方法。
５６．ＥＴａＧ配列が、生合成遺伝子クラスターの産物に対する抵抗性をもたらす産物をコードする一方、第２の核酸配列がそのような産物をコードしない、実施形態４８～５５のいずれか一つに記載の方法。
５７．ＥＴａＧ配列が、生合成遺伝子クラスターの小分子産物に対する抵抗性をもたらすタンパク質をコードする一方、第２の核酸配列によってコードされるタンパク質が、そのような抵抗性をもたらさない、実施形態５６に記載の方法。
５８．セット内の核酸配列が、その生合成遺伝子が少なくとも１種の共通の化学的特質を共有する化合物の合成に関与する酵素をコードする生合成遺伝子クラスターを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
５９．核酸配列が、複数の真菌株に由来する、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
６０．共通の化学的特質が、環式系であるか、またはこれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
６１．共通の化学的特質が、大環状分子であるか、またはこれを含む、先行する実施形態のいずれか一つに記載の方法。
６２．共通の化学的特質が、非環式骨格であるか、またはこれを含む、実施形態５２～６１のいずれか一つに記載の方法。
６３．少なくとも１種の共通の化学的特質を共有する化合物が、ポリケタイドである、実施形態５２～６２のいずれか一つに記載の方法。
６４．少なくとも１種の共通の化学的特質を共有する化合物が、非リボソームペプチドである、実施形態５２～６２のいずれか一つに記載の方法。
６５．少なくとも１種の共通の化学的特質を共有する化合物が、アルカロイドである、実施形態５２～６２のいずれか一つに記載の方法。
６６．少なくとも１種の共通の化学的特質を共有する化合物が、テルペン／イソプレンである、実施形態５２～６２のいずれか一つに記載の方法。
６７．少なくとも１種の被験化合物を、真菌核酸配列の埋め込まれた標的遺伝子によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、この埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）が、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする、ステップと、
被験化合物が存在しない場合と比較して、被験化合物が存在する場合に遺伝子産物のレベルもしくは活性が変更される、または
遺伝子産物のレベルもしくは活性が、レベルもしくは活性に公知の効果を有する参照薬剤が存在する場合に観察されるものに匹敵する
ことを決定するステップと
を含む、方法。
６８．ＥＴａＧが、実施形態１～６６のいずれか一つに記載のＥＴａＧである、実施形態６７に記載の方法。
６９．哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、実施形態６７または６８に記載の方法。
７０．哺乳動物核酸配列が、ＫＲａｓ、ＨＲａｓまたはＮＲａｓ配列である、実施形態６９に記載の方法。
７１．哺乳動物核酸配列が、ＲａｓＧＥＦドメインをコードする配列である、実施形態６７または６８に記載の方法。
７２．哺乳動物核酸配列が、ＲａｓＧＡＰドメインをコードする配列である、実施形態６７または６８に記載の方法。
７３．ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、実施形態６６～７２のいずれか一つに記載の方法。
７４．生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、実施形態６６～７３のいずれか一つに記載の方法。
７５．被験化合物が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、実施形態６６～７４のいずれか一つに記載の方法。
７６．少なくとも１種の被験化合物を、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、この配列が、実施形態１～７５のいずれか一つに記載の埋め込まれた標的遺伝子配列と相同である発現される哺乳動物核酸配列である、ステップ
を含む、方法。
７７．哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、実施形態７６に記載の方法。
７８．哺乳動物核酸配列が、ＫＲａｓ、ＨＲａｓまたはＮＲａｓ配列である、実施形態７７に記載の方法。
７９．哺乳動物核酸配列が、ＲａｓＧＥＦドメインをコードする配列である、実施形態７６または７７に記載の方法。
８０．哺乳動物核酸配列が、ＲａｓＧＡＰドメインをコードする配列である、実施形態７６または７７に記載の方法。
８１．ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、実施形態７６～８０のいずれか一つに記載の方法。
８２．生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、実施形態７６～８１のいずれか一つに記載の方法。
８３．被験化合物が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、実施形態７６～８２のいずれか一つに記載の方法。
８４．生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップと、
ヒトホモログに対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む、方法。
８５．ＥＴａＧが、実施形態１～６６のいずれか一つに記載のＥＴａＧである、実施形態７７に記載の方法。
８６．ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
８７．ＥＴａＧが、実施形態１～８３のいずれか一つに記載のＥＴａＧである、実施形態８６に記載の方法。
８８．ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、実施形態８６に記載の方法。
８９．ヒト標的が、ＫＲａｓ、ＨＲａｓまたはＮＲａｓである、実施形態８８に記載の方法。
９０．ヒト標的が、ＲａｓＧＥＦドメインを含む、実施形態８６に記載の方法。
９１．ヒト標的が、ＲａｓＧＡＰドメインを含む、実施形態８６に記載の方法。
９２．ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、実施形態８６～９１のいずれか一つに記載の方法。
９３．生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、実施形態８６～９２のいずれか一つに記載の方法。
９４．ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、この産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
ヒト標的、またはヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
９５．ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、実施形態９４に記載の方法。
９６．ヒト標的が、ＫＲａｓ、ＨＲａｓまたはＮＲａｓである、実施形態９４に記載の方法。
９７．ヒト標的が、ＲａｓＧＥＦドメインを含む、実施形態９４に記載の方法。
９８．ヒト標的が、ＲａｓＧＡＰドメインを含む、実施形態９４に記載の方法。
９９．ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、実施形態９４～９８のいずれか一つに記載の方法。
１００．生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、実施形態９４～９９のいずれか一つに記載の方法。
１０１．ＥＴａＧが、実施形態１～９３のいずれか一つに記載のＥＴａＧである、実施形態９４に記載の方法。
１０２．それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセット
を含むデータベースであって、
核酸配列のセットが、コンピュータ可読媒体において具現化されている、データベース。
１０３．実施形態１～１０１のいずれか一つに記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、実施形態１０２に記載のデータベース。
１０４．それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
１０５．それぞれＥＴａＧ配列であるか、またはＥＴａＧ配列を含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
１０６．実施形態１～１０１のいずれか一つに記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、実施形態１０５に記載のシステム。
１０７．実施形態１～１０１のいずれか一つに記載の方法を実行するように適応されたコンピュータシステム。
１０８．実施形態９５～１０３のいずれか一つに記載のデータベースにアクセスするように適応されたコンピュータシステム。
提供される技術の非限定的な例について後述する。
（実施例１）
データベース例の構築およびその使用例。
例えば、ａｎｔｉＳＭＡＳＨを使用して、２，０００種前後の報告された真菌ゲノムを処理して潜在的生合成遺伝子クラスターを同定し、およそ７０，０００種の同定された生合成遺伝子クラスターをデータベースに加えた。目的のヒト標的を使用して、初期データベースへの問い合わせを行った。例えば、ヒトＳｅｃ７のタンパク質配列を使用して、初期ライブラリーに対してＢＬＡＳＴ検索して、ＥＴａＧを同定した。それに代えておよびその上、生合成遺伝子クラスターは、それら自身の間で比較することができる。例えば、プロセスの１つにおいて、１種または数種の生合成遺伝子クラスターに存在する（生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある）が、同じ生合成産物のための大部分の他の相同生合成遺伝子クラスターには存在しない非生合成遺伝子は、潜在的なＥＴａＧとして同定され、核酸レベルおよび／または好ましくはタンパク質レベルで相同哺乳動物核酸配列（例えば、ヒト遺伝子）を有するか否かを解析することによりさらに確認される。同定されたＥＴａＧは、インデックス化／マークし、アノテートすることができる。データベースは、ヌクレオチド配列（例えば、ＢＬＡＳＴＮ；ｔＢＬＡＳＴｘ）またはタンパク質配列（例えば、ｔＢＬＡＳＴｎ）のいずれかにより検索可能である。
ヒト標的のＢＬＡＳＴ問い合わせの結果を、一部の実施形態では、配列相同性の強度の順序で収載し、データベース内の全推定ヒットを示した。次いで、全ヒット生合成遺伝子クラスターのＤＮＡ配列を点検して、標的タンパク質の１種または複数のオープンリーディングフレーム（遺伝子）ホモログが、生合成遺伝子クラスターの予測される範囲内にあることを検証した。
一部の実施形態では、各生合成クラスターのＧｅｎＢａｎｋ形式の配列ファイル（＊．ｇｂｋ）をアセンブルおよび精選し、これから、予測アルゴリズム、例えば、ａｎｔｉＳＭＡＳＨを含む予測アルゴリズムおよび／または方法により、ＥＴａＧタンパク質配列を得た。オープンリーディングフレームのタンパク質ファミリー（ｐｆａｍ）機能は、例えば、ａｎｔｉＳＭＡＳＨによって予測することができ、ａｎｔｉｓＳＭＡＳＨによって予測される各同定されたＥＴａＧおよびその最も近い生合成酵素の間のヌクレオチド距離を決定することができる。一部の実施形態では、予測されるＥＴａＧが生合成酵素に近いほど、このオープンリーディングフレームが、正規の（ｌｅｇｉｔｉｍａｔｅ）ＥＴａＧをコードする見込みが高くなる。
本出願人は、いくつかの真正なＥＴａＧ含有生合成遺伝子クラスター（シクロスポリン、フェルタミド、ロバスタチン、ミコフェノール酸およびブレフェルジンの生合成遺伝子クラスター）以外の、関係したＥＴａＧを有する多くの生合成遺伝子クラスターの同定に成功した。
一部の実施形態では、本開示は、ＥＴａＧが、推定ヒト標的タンパク質の機能的ホモログ（オルソログ）として機能することができるという認識を包含する。一部の実施形態では、推定ＥＴａＧヒットのタンパク質配列を、ヒト標的オルソログの配列と比較した。例えば、ヒトプロテインＡのＥＴａＧを見出すためのプロジェクトにおいて、推定プロテインＡホモログを含有するｎ種の生合成遺伝子クラスターが見出され、ｎ種の予測されるＥＴａＧタンパク質の全てをヒトプロテインＡと整列した。一部の実施形態では、ＥＴａＧ／標的のｐｆａｍ境界を画定する特異的触媒または構造ドメイン内のアミノ酸のみ（例えば、予測サブファミリードメインアーキテクチャに基づく）をアライメント解析において使用した。全ＥＴａＧおよびヒト標的タンパク質（複数可）を整列することにより、ＥＴａＧ配列をそのヒト対応物と直接比較し、それらの系統発生的関係性は、定量的相関性データ（例えば、ペプチド配列類似性および／または進化系統樹視覚化）を生じた。追加的な解析は、例えば、ヒト標的の三次タンパク質構造の試験に基づく、タンパク質エフェクターリクルートメント／結合の必須構造エレメントの保存／類似性を含むことができる。例えば、一部の実施形態では、整列された配列を、対応する係合しているタンパク質の４オングストローム以内の標的タンパク質残基に対応するＰＤＢ結晶構造と比較した。いかなる理論にも限定される意図はないが、これらの構造モチーフが、真菌ＥＴａＧ内に保存されている場合、これは、ＥＴａＧに関係した生合成遺伝子クラスターによって産生される代謝物が、真菌およびヒト標的タンパク質の両方のエフェクターである確率の増加を示すことができ、産生される代謝物は、ヒト標的に対する薬物候補、または薬物開発のためのリードであり得る。一部の実施形態では、上述の解析を使用して、ヒト標的の標的化に関して、ＥＴａＧおよびその関係した生合成遺伝子クラスター、ならびに生合成遺伝子クラスターから産生される代謝物を優先順位付けした。
（実施例２）
ヒト標的 － Ｓｅｃ７のモジュレーター。
とりわけ、本開示は、ヒト標的のモジュレーターを同定するための技術を提供する。一部の実施形態では、ヒト配列を利用して、提供されるデータベースへの問い合わせを行って、その近接ゾーンにヒト配列のホモログが存在する生合成遺伝子クラスターを同定する。
例えば、とりわけ、本開示は、その生合成産物がＳｅｃ７機能をモジュレートし得る、生合成遺伝子クラスターを提供する。ヒトＳｅｃ７ドメインのモジュレーターを同定するために、Ｓｅｃ７タンパク質配列を使用して、データベース、例えば、実施例１に提供されているデータベースへの問い合わせを行った。関係した生合成遺伝子クラスターを有するＰｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｖｕｌｐｉｎｕｍ ＩＢＴ ２９４８６においてＳｅｃ７相同ＥＴａＧ例を同定した（ＥＴａＧは、生合成遺伝子クラスターの生合成遺伝子の１つに対する近接ゾーンにある）。図１、図１８および図１９を参照されたい。とりわけ、同定された生合成遺伝子クラスターは、Ｅｕｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｂｒｅｆｅｌｄｉａｎｕｍにおけるブレフェルジンＡの生合成遺伝子クラスターと相同性を共有し、ブレフェルジンＡを産生することが予想された。したがって、ブレフェルジンＡは、Ｓｅｃ７の候補モジュレーターおよび／またはモジュレーターのリード化合物として同定された。所望される場合、本開示に従って本技術分野で利用できる多数の方法を使用して、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｖｕｌｐｉｎｕｍ ＩＢＴ ２９４８６の生合成遺伝子クラスターを発現させ、その産物を単離し特徴付け、次いで、Ｓｅｃ７に対する産物の機能をアッセイすることにより、結果を必要に応じて検証することができる。ブレフェルジンＡは、ヒトＧＢＦ１のＳｅｃ７ドメインを標的化することが報告されたため、本実施例は、提供される技術を利用してヒト標的のモジュレーターを同定することに成功し得ることを説明する。
（実施例３）
ロバスタチン、フェルタミドおよびシクロスポリンのＥＴａＧ。
提供される技術を利用して、様々な実体のＥＴａＧを同定することができる。例えば、本明細書で実証される通り、提供される技術を効率的に使用して、ロバスタチン、フェルタミドおよびシクロスポリンに関係するＥｔａＧを同定することができる。結果例を図２～図４に提示した。
（実施例４）
ヒト標的 － Ｒａｓのモジュレーター
とりわけ、本開示は、その生合成産物が、Ｒａｓタンパク質、および／またはＲａｓＧＥＦドメインを含むタンパク質（例えば、ＫＮＤＣ１、ＰＬＣＥ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＲＡＬＧＰＳ１、ＲＡＬＧＰＳ２、ＲＡＰＧＥＦ１、ＲＡＰＧＥＦ２、ＲＡＰＧＥＦ３、ＲＡＰＧＥＦ４、ＲＡＰＧＥＦ５、ＲＡＰＧＥＦ６、ＲＡＰＧＥＦＬ１、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＲＡＳＧＥＦ１Ｂ、ＲＡＳＧＥＦ１Ｃ、ＲＡＳＧＲＦ１、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＡＳＧＲＰ１、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＡＳＧＲＰ３、ＲＡＳＧＲＰ４、ＲＧＬ１、ＲＧＬ２、ＲＧＬ３、ＲＧＬ４／ＲＧＲ、ＳＯＳ１、ＳＯＳ２、等）および／またはＲａｓＧＡＰドメインを含むタンパク質（ＤＡＢ２ＩＰ、ＧＡＰＶＤ１、ＩＱＧＡＰ１、ＩＱＧＡＰ２、ＩＱＧＡＰ３、ＮＦ１、ＲＡＳＡ１、ＲＡＳＡ２、ＲＡＳＡ３、ＲＡＳＡ４、ＲＡＳＡＬ１、ＲＡＳＡＬ２、ＳＹＮＧＡＰ１；等）の１種または複数の機能をモジュレートし得る、生合成遺伝子クラスターを提供する。Ｒａｓタンパク質、例えば、ＨＲａｓ、ＫＲａｓおよびＮＲａｓは、多くのヒトがんと関連付けされているが、創薬にとっては悪名高く困難な標的である。とりわけ、本開示は、Ｒａｓ阻害剤を含むＲａｓモジュレーターを開発するための技術を提供する。
ヒトＲａｓ配列を使用して、提供されるデータベース、例えば、実施例１のデータベースへの問い合わせを行った。ヒトＲａｓタンパク質に対する様々なレベルの配列類似性を有する、８種のＥＴａＧ例を異なる株から同定した。関係した生合成遺伝子クラスターは、異なる種類の化合物を産生するための酵素をコードする。図５～図１２および図２０～図２７を参照されたい。タンパク質をコードする同定されたＥＴａＧは、ヒトＲａｓタンパク質と高度に相同であり得る。例えば、ヌクレオチド結合残基の類似性については図１３を、ＢＲＡＦ相互作用残基については図１４を、ｒａｓＧＡＰ相互作用残基については図１５を、ＳＯＳ相互作用残基については図１６を参照されたい。
同様に、その生合成産物がＲａｓＧＥＦおよびＲａｓＧＡＰドメインをモジュレートし得る、生合成遺伝子クラスターが同定される。本明細書で実証される通り、同定された生合成遺伝子クラスター例は、様々な種類の部分／産物、例えば、テルペン、ＰＫＳ、ＮＲＰＳ、等の合成に関与する遺伝子および／またはモジュールを含有することができる。例えば、同定された生合成遺伝子クラスターならびにＲａｓＧＥＦおよびＲａｓＧＡＰホモログ、図２８～図３９を参照されたい。
同定されたＥＴａＧ配列例を下に収載する：
図５：Ｔｈｅｒｍｏｍｙｃｅｓ ｌａｎｕｇｉｎｏｓｕｓ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図６：Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ ｌｅｙｃｅｔｔａｎｕｓ ＣＢＳ ３９８．６８。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図７：Ｓｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｎｉｖｅｏｃｒｅｍｅｕｍ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ｓｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｓｕｅｃｉｃｕｍ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図８：Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ ｖａｒ．ｂｕｒｎｅｔｔｉｉ ＪＢ１３７－Ｓ８。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図９：Ｃｏｐｒｉｎｏｐｓｉｓ ｃｉｎｅｒｅａ ｏｋａｙａｍａ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図１０：Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓｉａｎｕｍ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図１１：Ｇｙａｌｏｌｅｃｈｉａ ｆｌａｖｏｒｕｂｅｓｃｅｎｓ ＫｏＬＲＩ００２９３１。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図１２：Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ ｍａｙｄｉｓ ＡＴＣＣ ４８３３１。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図１８：Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｖｕｌｐｉｎｕｍ ＩＢＴ ２９４８６。Ｓｅｃ７ ＥＴａＧ配列：
図２０：Ｔｈｅｒｍｏｍｙｃｅｓ ｌａｎｕｇｉｎｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２０００６５。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｒａｍｂｅｌｌｉ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｃｈｒａｃｅｏｒｏｓｅｕｓ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２１：Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ ｖａｒ．ｂｕｒｎｅｔｔｉｉ ＪＢ１３７－Ｓ８。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ Ｈ９７。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ｃｏｐｒｉｎｏｐｓｉｓ ｃｉｎｅｒｅａ ｏｋａｙａｍａ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ｈｙｐｈｏｌｏｍａ ｓｕｂｌａｔｅｒｉｔｕｍ ＦＤ－３３４。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２２：Ｓｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｎｉｖｅｏｃｒｅｍｅｕｍ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
Ｓｉｓｔｏｔｒｅｍａｓｔｒｕｍ ｓｕｅｃｉｃｕｍ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２３：Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ ｌｅｙｃｅｔｔａｎｕｓ ＣＢＳ ３９８．６８。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２４：Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ ｃｒｕｓｔａｃｅｕｓ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２５：Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ ｍａｙｄｉｓ ＡＴＣＣ ４８３３１。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２６：Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓｉａｎｕｍ ＩＭＩ ３４９０６３。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２７：Ｇｙａｌｏｌｅｃｈｉａ ｆｌａｖｏｒｕｂｅｓｃｅｎｓ。Ｒａｓ ＥＴａＧ配列：
図２８：Ｌｅｃａｎｏｓｔｉｃｔａ ａｃｉｃｏｌａ ＣＢＳ ８７１．９５。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ ５４－１２５５。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図２９：Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ ｏｒｙｚａｅ ７０－１５。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図３０：Ａｒｔｈｒｏｄｅｒｍａ ｇｙｐｓｅｕｍ ＣＢＳ １１８８９３。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図３１：Ｅｎｄｏｃａｒｐｏｎ ｐｕｓｉｌｌｕｍ株ＫｏＬＲＩ Ｎｏ．ＬＦ０００５８３。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図３２：Ｆｉｓｔｕｌｉｎａ ｈｅｐａｔｉｃａ ＡＴＣＣ ６４４２８。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図３３：Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ ｐｕｌｌｕｌａｎｓ ｖａｒ．ｐｕｌｌｕｌａｎｓ ＥＸＦ－１５０。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図３４：Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ ｆｕｒｃａｔｕｍ。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
図３５：Ｐｕｒｐｕｒｅｏｃｉｌｌｉｕｍ ｌｉｌａｃｉｎｕｍ株ＴＥＲＩＢＣ １。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐ．ＪＳ１０３０。ＲａｓＧＥＦ ＥＴａＧ配列：
図３６：Ｃｏｒｙｎｅｓｐｏｒａ ｃａｓｓｉｉｃｏｌａ ＵＭ ５９１。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ ｏｒｙｚａｅ株ＳＶ９６１０。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
図３７：Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ａｃｕｔａｔｕｍ株１ ＫＣ０５＿０１。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
図３８：Ｈｙｐｏｘｙｌｏｎ ｓｐ．Ｅ７４０６Ｂ。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
Ｄｉａｐｏｒｔｈｅ ａｍｐｅｌｉｎａ単離株ＤＡ９１２。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
図３９：Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｉｃｅａｅ株９－３。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｉｎｓｅｃｔｏｒｕｍ ＲＣＥＦ ２６４。ＲａｓＧＡＰ ＥＴａＧ配列：
同定された生合成遺伝子クラスターにより、多数の方法を利用して、本開示に従って、これらの生合成遺伝子クラスター（例えば、Ｃｌｅｖｅｎｇｅｒ， ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏ．， １３， ８９５－９０１ （２０１７）およびその中で引用されている参考文献に記載されている）の酵素によって産生される化合物を同定および特徴付けることができる。化合物は、ひとたび同定されると、アッセイして、ヒトＲａｓタンパク質のモジュレーションに関してその能力を評価することができる。その上およびそれに代えて、化合物は、例えば、ＳＡＲ研究のためのさらなるアナログを調製するためのリード化合物として使用して、Ｒａｓ活性をモジュレートするための親和性、有効性、選択性、等をさらに改善することができる。有用な化合物が、同定されたＥＴａＧに関係する生合成遺伝子クラスターから開発されるであろうと予想される。
様々な実施形態について本明細書で記載および説明してきたが、当業者であれば、機能を実行するため、および／または結果および／または本開示に記載されている利点のうち１種もしくは複数を得るための、種々の他の手段および／または構造を容易に想定するであろう、また、斯かる変種および／または改変のそれぞれが含まれるものと思われる。より一般には、当業者であれば、本明細書に記載されているあらゆるパラメータ、寸法、材料および構成が、一例であることを意味し、実際のパラメータ、寸法、材料および／または構成が、本開示の教示が使用される特異的な応用（単数または複数）に依存するであろうことを容易に認めるであろう。当業者であれば、本開示に記載されている本開示の特異的実施形態の多くの均等を認識するであろう、または慣用的な実験法に過ぎないものを使用して確かめることができるであろう。したがって、前述の実施形態が、単なる例として提示されており、請求されるべき技術を含む提供される技術が、特に記載および請求されている仕方以外で実施され得ることを理解されたい。加えて、２種またはそれよりも多い特色、システム、物品、材料、キットおよび／または方法のいずれかの組合せは、斯かる特色、システム、物品、材料、キットおよび／または方法が相互に矛盾しないのであれば、本開示の範囲内に含まれる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
前記真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
前記生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
前記クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む、方法。
(項目２)
前記ＥＴａＧ配列が、前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、項目１に記載の方法。
(項目３)
生合成遺伝子クラスターを含む核酸配列が、前記生合成遺伝子クラスターの前記生合成遺伝子に対する前記近接ゾーンの核酸配列、および前記生合成遺伝子クラスターの核酸配列以外の配列を含有しない、項目２に記載の方法。
(項目４)
近接ゾーンが、前記クラスターにおける生合成遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００ｋｂ以下上流または下流である、項目３に記載の方法。
(項目５)
前記哺乳動物核酸配列が、ヒト核酸配列である、項目４に記載の方法。
(項目６)
埋め込まれた標的遺伝子配列は、その塩基配列またはその部分が、哺乳動物核酸配列のものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、項目５に記載の方法。
(項目７)
前記配列またはその部分が、少なくとも５０、１００、１５０または２００塩基対の長さである、項目６に記載の方法。
(項目８)
埋め込まれた標的遺伝子配列が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分のものと相同であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、項目５に記載の方法。
(項目９)
埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされる前記タンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性のものである、項目８に記載の方法。
(項目１０)
埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質に結合する小分子が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質にも結合するという点において、哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質と同様の三次元構造を有する、項目９に記載の方法。
(項目１１)
前記埋め込まれた標的遺伝子またはそれらの部分によってコードされるタンパク質および前記哺乳動物核酸配列またはそれらの部分によってコードされるタンパク質への前記小分子の結合が、１００μＭ、５０μＭ、１０μＭ、５μＭまたは１μＭ以下のＫｄを有する、項目１０に記載の方法。
(項目１２)
前記小分子が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物である、項目１０に記載の方法。
(項目１３)
埋め込まれた標的遺伝子によってコードされるタンパク質の部分が、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質の部分と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性のものであり、前記タンパク質の前記部分が、タンパク質ドメインである、項目５に記載の方法。
(項目１４)
前記埋め込まれた標的遺伝子が、異なる真菌株に由来し、かつ相同なまたは同一の生合成遺伝子クラスターを含む前記セットにおける全真菌核酸配列の８０％、９０％、９５％または１００％に存在しない、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目１５)
前記セットが、少なくとも１００、５００、１，０００、５，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２２，０００、２５，０００または３０，０００種の別個の真菌株由来の核酸配列を含む、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
少なくとも１種の被験化合物を、真菌核酸配列の埋め込まれた標的遺伝子によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、前記埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）が、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする、ステップと、
前記被験化合物が存在しない場合と比較して、前記被験化合物が存在する場合に前記遺伝子産物のレベルもしくは活性が変更される、または
前記遺伝子産物のレベルもしくは活性が、前記レベルもしくは活性に公知の効果を有する参照薬剤が存在する場合に観察されるものに匹敵する
ことを決定するステップと
を含む、方法。
(項目１７)
前記ＥＴａＧが、項目１～１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目１６に記載の方法。
(項目１８)
前記哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、項目１７に記載の方法。
(項目１９)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目１６に記載の方法。
(項目２０)
前記被験化合物が、前記生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、項目１６に記載の方法。
(項目２１)
少なくとも１種の被験化合物を、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、前記配列が、項目１～１５のいずれか一項に記載の埋め込まれた標的遺伝子配列と相同である発現される哺乳動物核酸配列である、ステップ
を含む、方法。
(項目２２)
前記哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、項目２１に記載の方法。
(項目２３)
前記ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、項目２１に記載の方法。
(項目２４)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目２１に記載の方法。
(項目２５)
前記被験化合物が、前記生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、項目２１に記載の方法。
(項目２６)
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップと、
前記ヒトホモログに対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または前記産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む、方法。
(項目２７)
前記ＥＴａＧが、項目１～１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目２６に記載の方法。
(項目２８)
ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、前記産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
前記ヒト標的、または前記ヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
(項目２９)
前記ＥＴａＧが、項目１～１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目２８に記載の方法。
(項目３０)
前記ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、項目２８に記載の方法。
(項目３１)
前記ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、項目２８に記載の方法。
(項目３２)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目２８に記載の方法。
(項目３３)
ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、前記産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
前記ヒト標的、または前記ヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
(項目３４)
前記ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、項目３３に記載の方法。
(項目３５)
前記ＥＴａＧが、図１～図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、項目３３に記載の方法。
(項目３６)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１～図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目３３に記載の方法。
(項目３７)
前記ＥＴａＧが、項目１～１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目３３に記載の方法。
(項目３８)
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセット
を含むデータベースであって、
核酸配列の前記セットが、コンピュータ可読媒体において具現化されている、データベース。
(項目３９)
項目１～３７のいずれか一項に記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、項目３８に記載のデータベース。
(項目４０)
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
(項目４１)
それぞれＥＴａＧ配列であるか、またはＥＴａＧ配列を含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
(項目４２)
項目１～３７のいずれか一項に記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、項目４１に記載のシステム。
(項目４３)
項目１～３７のいずれか一項に記載の方法を実行するように適応されたコンピュータシステム、または項目３４～３９のいずれか一項に記載のデータベースにアクセスするように適応されたコンピュータシステム。
(項目４４)
例示的実施形態１～１０８のいずれか一つに記載の方法、データベースまたはシステム。

Claims (16)

  1. 哺乳動物治療標的を調節する小分子産物を産生する生合成遺伝子クラスターを同定するための方法であって、
    （ｉ）前記哺乳動物治療標的の核酸配列を用いて、それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行い、前記哺乳動物治療標的の核酸配列のホモログを同定するステップと、
    （ｉｉ）前記問い合わせに基づいて、前記真菌核酸配列のうち少なくとも１つの内で、
    前記生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることがなく、
    前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１つの生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、かつ
    前記哺乳動物治療標的の核酸配列のホモログである
    ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップであって、前記近接ゾーンが、前記生合成遺伝子クラスターにおける前記少なくとも１つの生合成遺伝子の１００ｋｂ以下上流または下流である、同定するステップと
    を含み、前記同定されたＥＴａＧを含む前記生合成遺伝子クラスターの産物が、前記哺乳動物治療標的のモジュレーター候補である、方法。
  2. 前記ＥＴａＧ配列の発現が、前記クラスターにおける少なくとも１つの生合成遺伝子の発現と同時調節される、請求項１に記載の方法。
  3. 生合成遺伝子クラスターを含む核酸配列が、前記生合成遺伝子クラスターの前記生合成遺伝子に対する前記近接ゾーンの核酸配列、および前記生合成遺伝子クラスターの核酸配列以外の配列を含有しない、請求項１に記載の方法。
  4. 近接ゾーンが、前記生合成遺伝子クラスターにおける前記少なくとも１つの生合成遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または９０ｋｂ以下上流または下流である、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記哺乳動物治療標的の核酸配列が、ヒト治療標的の核酸配列である、請求項１に記載の方法。
  6. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列の塩基配列が、哺乳動物治療標的の核酸配列の塩基配列と少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一である、請求項１に記載の方法。
  7. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列の前記塩基配列が、少なくとも５０、１００、１５０または２００塩基対の長さである、請求項６に記載の方法。
  8. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列によってコードされるタンパク質が、前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされるタンパク質のホモログである、請求項１に記載の方法。
  9. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列によってコードされる前記タンパク質のアミノ酸配列が、前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされる前記タンパク質のアミノ酸配列と少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一である、請求項８に記載の方法。
  10. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列によってコードされる前記タンパク質に結合する小分子が、前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされる前記タンパク質にも結合するという点において、前記埋め込まれた標的遺伝子配列によってコードされる前記タンパク質が、前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされるタンパク質と同様の三次元構造を有する、請求項９に記載の方法。
  11. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列によってコードされる前記タンパク質および前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされるタンパク質への前記小分子の結合が、１００μＭ、５０μＭ、１０μＭ、５μＭまたは１μＭ以下のＫｄを有する、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記小分子が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物である、請求項１０に記載の方法。
  13. 前記埋め込まれた標的遺伝子配列によってコードされる前記タンパク質が、前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされる前記タンパク質と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一であり、前記タンパク質が、タンパク質ドメインを含む、請求項９に記載の方法。
  14. 前記同定された埋め込まれた標的遺伝子配列が、非相同の、または非同一の生合成遺伝子クラスターを含む前記セットにおける全真菌核酸配列に存在せず、かつ前記同定された埋め込まれた標的遺伝子配列が、ＥＴａＧを含むものとは異なる真菌株に由来する前記セットにおける全真菌核酸配列に存在しない、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記セットが、少なくとも１００、５００、１，０００、５，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２２，０００、２５，０００または３０，０００種の別個の真菌株由来の核酸配列を含む、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされる前記タンパク質を、ＥＴａＧを含む前記真菌核酸配列中の生合成遺伝子クラスターの前記小分子産物と接触させて、前記小分子が、前記哺乳動物治療標的の核酸配列によってコードされる前記タンパク質のレベルまたは活性を変化させるかどうかを決定するステップをさらに含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
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