JP7265476B2 - Fgfr1を対象とするモノクローナル抗体 - Google Patents

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Description

本発明は、FGFR1に対して特異性を有する抗体に関する。より詳細には、本発明は、高い親和性でFGFR1と結合し且つこれを中和する、モノクローナル抗体、より好ましくは完全なヒトモノクローナル抗体に関する。本発明はまた、該抗体をコード化する核酸、これらの核酸が発現するためのベクター、及び該抗体を製造するための宿主細胞にも関する。さらに、本発明は、がんの診断法及び/又は治療法における該抗体に使用に関する。
線維芽細胞増殖因子(FGF)(Beenken et al.)は、様々な細胞の機能を調節するヘパリン結合たんぱく質(当座では、23員)のファミリーである。これらは、腫瘍及び内皮細胞を含む様々なタイプの細胞の増殖、遊走、及び分化に影響を及ぼす、発生中及び血管新生中の形態形成といった多くの生理的プロセスに関与する(Fernig and Gallagher 1994,Eswarakumar et al.2005)。これらは数々の病理過程において重要な役割を果たす。
共通の構造的特徴を有する線維芽細胞増殖因子受容体(FGFR)には、FGFR1、FGFR2、FGFR3、及びFGFR4の4つの主要な型がある。これらは全て、3つのIg様ドメイン(D1~D3;したがって、これらは免疫グロブリンスーパーファミリーに属する)を含有する細胞外リガンド結合ドメイン、並びに独特の膜貫通領域及び細胞質領域を有する。これらはまた、FGF結合の修飾因子として見かけ上働くIgドメインD1及びD2間に、いわゆる「アシッドボックス(acid box)」を有する。それぞれの受容体はいくつかのFGFによって結合され得る(Ornitz et al.1996)。
FGFR1は、がん及び関節炎といった疾患に関与している。FGFR1遺伝子増幅は、非小細胞肺がん、乳がん、胃がん及び食道がん、神経膠芽腫、頭頸部腫瘍、又は骨肉腫といった様々ながんと関連している(Katoh and Nakagama 2014,Touat et al.2015)。FGFR1にはいくつかの選択的スプライシング形態があり、最も一般的な形態は、(1)FGFR1-IIIb及びFGFR1-IIIcと称され、ドメインD3の点で異なる2つの形態(Johnson and Williams 1993)、並びに(2)FGFR1a及びFGFR1bと称され、D1ドメインの有無の点で異なる2つの形態である。前者の置換は、受容体の結合ドメインの一部であると考えられているものを構成するため、これらは異なるリガンド特異性を有し、且つしたがってFGF/FGFR経路に対して異なる効果を有するよう2つのスプライシング形態をもたらす可能性が最も高い。2つの形態はまた異なって発現することも示されており、これはFGFR1によって仲介される複雑な機能の精巧な制御機構の一部である可能性がある。
これらの知見より、FGFR1はがん治療、又は肥満若しくは糖尿病といった他の状態に対する魅力的な標的である(Jiao et al.2011,Wu et al.2011)。過去数年間に、FGFRを標的とする特異的抗体及びその治療的用途について記載したいくつかの文献が発表されている。それらの中でも、国際公開第2005037235号パンフレットは、FGFR1-IIIb、FGFR1-IIIc、及び/又はFGFR4に特異的な抗体を開示している。これらの抗体は、例えば、肥満又は糖尿病の治療として、FGFR1及び/又はFGFR4IIIcを拮抗及び中和するものとして記載された。別の例は国際公開第2012108782号パンフレットであり、これは、FGFR1のドメインD2及びD3を特異的に標的とするモノクローナル抗体、並びに腫瘍増殖を阻害するためのそれらの使用に関する。
期待される効果に応じてアゴニスト効果を有する抗体は、対象であり得る。これらのいくつかは、例えば、国際公開第2012158704号パンフレットにて開示されている。あるいは、FGFR1の2つの異なるドメインを標的とする抗体は、国際公開第2011000384号パンフレットに開示されているもののように対象となり得る。
受容体の特異的ドメイン(例えば、D2並びにD3-IIIb及び-IIIc)だけでの結合によって受容体を中和するアンタゴニストを用いるFGF/FGFR1経路のブロッキングは、腫瘍増殖の阻害又はスローダウンをもたらすべきである。しかしながら、FGFR1及び同様のものに対する異なる抗体が既に報告されているにも関わらず、FGFR1を標的とする有効な抗がん剤はまだ市場に出回っていない。
公衆衛生に対するがんの主要な影響を考慮すると、薬物として有用な抗体といった更なるFGFR1アンタゴニストが依然として必要である。本発明は、過剰増殖及び新血管新生に関連する疾患を治療することができる、FGF/FGFR1経路のそのようなアンタゴニストを提供する。特に、非小細胞肺がん(NSCLC)及び小細胞肺がん(SCLC)、頭頚部扁平上皮癌(HNSCC)、悪性胸膜中皮腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、神経膠芽腫、転移性腎細胞癌(mRCC)、乳がん、又は肝がん等のがんを治療するための薬剤として有用であり得る新規分子が必要である。
本発明は、FGFR1、特に完全ヒト抗体又はその活性断片に特異的に結合する、新規のモノクローナル抗体を提供する。これらのFGFR1抗体は、結合するだけでなく、FGFR1を中和(又は拮抗)することもできる。したがって、これらは、NCI-H520(ATCC番号第HTB-182号)、NCI-H1581(ATCC番号第CRL-5878号)、DMS114(ATCC番号第CRL-2066号)、又はDMS53(ATCC番号第CRL-2062号)といったFGFR1+細胞と、特に結合することができる。
第一の実施形態において、本発明は、相補性決定領域(CDR)配列を介してFGFR1に結合する抗体又はその一部分について記載する。該CDRを含む抗体は、CDRが得られた親分子のFGFR1結合特異性を保持する。
更なる実施形態において、該抗体のフレームワーク領域(FR)が記載される。該FRは、本発明に係るCDRと組み合わせられる。
別の実施形態において、対象となる抗体の可変重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列、並びにそれらを組み合わせることができる好ましい定常領域もまた開示される。
本発明のさらに別の実施形態は、本発明の抗体をコード化するポリヌクレオチド配列、該ポリヌクレオチド配列を含むベクター及び細胞系からなる。
本発明に係る抗体の製造方法についてもまた記載する。
本発明の別の実施形態は、対象となる抗体の1つ又は少なくとも1つを含む医薬組成物である。
更なる実施形態において、本発明に係るモノクローナル抗体は、抗体薬物複合体としての使用といった、FGFR1アンタゴニストとして使用するためのものであるか、又は単にFGFR1バインダーとして使用するためのものである。特に、これらは、FGFR1又はFGFR1経路に関連する障害、特にFGFR1過剰発現に関連する障害の治療に用いることができる。したがって、本発明に係るモノクローナル抗体は、自己免疫疾患又は炎症性疾患の治療に使用することができる。特に、このような障害又は疾患は、多発性硬化症、関節リウマチ、又はシェーグレン症候群から選択される。これらはまた、NSCLC、SCLC、HNSCC、悪性胸膜中皮腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、神経膠芽腫、mRCC、乳がん、又は肝がんといった、既知のFGFR1増幅を伴うがんの治療に使用することもできる。
最後の実施形態において、本発明は、FGFR1の細胞外ドメイン上に存在するエピトープと結合する抗体又はその一部分について記載する。特に、それらは、ドメインD2のみ(例えば、mAb#A08のエピトープを形成するもの)又はドメインD3(例えば、mAb#A05のエピトープを形成するもの)に由来するアミノ酸残基を含むFGFR1の断片と結合する。
定義
-用語「免疫グロブリン」(Ig)とは、免疫グロブリン遺伝子により実質的にコード化された1つ以上のポリペプチドからなるたんぱく質を指す。免疫グロブリンの1つの形態は、抗体の基本的な構造単位を構成する。この形態は四量体であり、且つ免疫グロブリン鎖の2つの相同対からなり、各対は1本の軽鎖及び1本の重鎖を有する。軽鎖は可変ドメイン(VL)と定常ドメイン(CL)との2つの部分を有し、軽鎖の文脈では定常領域とも呼ばれる。重鎖は可変ドメイン(VH)と定常領域(CH)との2つの部分を有する。各ペアにおいて、軽鎖及び重鎖可変ドメインは共に抗原への結合に関与し、定常領域は抗体エフェクター機能に関与する。完全長免疫グロブリン「軽鎖」(通常、約25kDa)は、N末端における可変ドメイン遺伝子(通常、約110アミノ酸)、及びC末端におけるカッパ又はラムダ定常ドメイン(それぞれ、C及びCλ)遺伝子によってコード化される。完全長免疫グロブリン「重鎖」(通常、約50kDa)は、可変ドメイン遺伝子(通常、約116アミノ酸)、及び後述する他の定常領域遺伝子(通常、約330アミノ酸)の1つによって同様にコード化される。哺乳類の重鎖には、ギリシャ文字で[アルファ]、[デルタ]、[イプシロン]、[ガンマ]、及び[ミュー]の5つの型がある。重鎖の型は、抗体のアイソタイプを、IgA、IgD、IgE、IgG、及びIgMとしてそれぞれ規定する。定常領域は同じアイソタイプの全抗体において同一であるが、異なるアイソタイプの抗体では異なる。重鎖[ガンマ]、[アルファ]、及び[デルタ]は、3つのIg定常ドメイン(CH1、CH2、及びCH3)からなる定常領域、並びに更なる柔軟性のためのヒンジ領域を有する。重鎖[ミュー]及び[イプシロン]は、4つのIg定常ドメイン(CH1、CH2、CH3、及びCH4)、並びにヒンジ領域からなる定常領域を有する。
免疫グロブリン軽鎖又は重鎖可変ドメインは、3つの超可変領域によって分断された「フレームワーク」領域からなる。したがって、用語「超可変領域」とは、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は、「相補性決定領域」又は「CDR」由来のアミノ酸残基、すなわち、軽鎖可変ドメインにおけるL-CDR1、L-CDR2、及びL-CDR3、並びに重鎖可変ドメイン(Kabat et al.1991)におけるH-CDR1、H-CDR2、及びH-CDR3、並びに/又は「超可変ループ」(Chothia and Lesk 1987)由来の残基を含む。「フレームワーク領域」又は「FR」残基は、本明細書中で定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。異なる軽鎖(すなわち、L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4)又は重鎖(すなわち、H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4)のフレームワーク領域の配列は、種内において比較的保存されている。したがって、「ヒトフレームワーク領域」は、天然に存在するヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域と実質的に同一(約85%以上、通常90~95%以上)なフレームワーク領域である。抗体のフレームワーク領域、すなわち、構成する軽鎖及び重鎖の組合せフレームワーク領域は、CDRを配置及び整列させるのに役立つ。CDRは主に、抗原のエピトープに対する結合と関与する。
-本明細書において使用される場合、用語「抗体(antibody)」及びその複数形「抗体(antibodies)」とは、とりわけ、ポリクローナル抗体、アフィニティー精製したポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、並びにF(abs’)2などの抗原結合断片、Fabたんぱく質分解断片、及び単鎖可変領域断片(scFv)を含む。これは、一本腕(一価)又は二本腕(二価)の抗体の両方を指す。この用語にはまた、SEED体(SEEDbodies)(Davis et al.2010又は米国特許第8,871,912号明細書)も含まれる。キメラ抗体、scFv及びFab断片、並びに合成抗原結合ペプチド及びポリペプチドといった、遺伝子操作された無傷の抗体又は断片もまた含まれる。
-用語「ヒト化」免疫グロブリンとは、ヒトフレームワーク領域、及び非ヒト(通常、マウス又はラット)免疫グロブリンに由来する1つ以上のCDRを含む免疫グロブリンを指す。CDRを提供する非ヒト免疫グロブリンは「ドナー」と呼ばれ、フレームワークを提供するヒト免疫グロブリンは「アクセプター」と呼ばれる(非ヒトCDRをヒトフレームワーク領域及び定常領域へ移植するか、又は非ヒト可変ドメイン全体をヒト定常領域(キメラ化)へ組み込むことによる、ヒト化)。定常領域が存在する必要はないが、もし存在する場合、これらはヒト免疫グロブリン定常領域と実質的に同一でなければならず、すなわち、少なくとも約85~90%、好ましくは約95%以上同一でなければならない。したがって、エフェクター機能の調節が必要な場合には、おそらくCDR及び重鎖定常領域のいくつかの残基を除いて、ヒト化免疫グロブリンの全部位は、天然ヒト免疫グロブリン配列の対応する部分と実質的に同一である。「ヒト化抗体」は、ヒト化軽鎖可変ドメイン及びヒト化重鎖可変ドメインを含む抗体である。場合によっては、ヒト化抗体は、ヒトフレームワーク領域内の非ヒト残基を保持することで適切な結合特性を維持してもよく、並びに/又はいくつかのアミノ酸変異は、抗体の結合親和性を改善するため、及び/若しくは免疫原性を低下させるため、及び/若しくはヒト度合い(degree of humanness)を増加させるため、及び/若しくは生化学的/生物物理学的特性を改善するために、CDR内へ導入してもよい。ヒト化抗体により、生物学的半減期が増加し、ヒトへの投与による有害な免疫反応の可能性が減少する可能性がある。
-用語「完全ヒト」免疫グロブリンとは、ヒトフレームワーク領域及びヒトCDRの両方を含む免疫グロブリンを指す。定常領域が存在する必要はないが、もし存在する場合、これらはヒト免疫グロブリン定常領域と実質的に同一でなければならず、すなわち、少なくとも約85~90%、好ましくは約95%以上同一でなければならない。したがって、エフェクター機能又は薬物速度論的特性の調節が必要な場合には、おそらく重鎖定常領域のわずかな残基を除いて、完全ヒト免疫グロブリンの全部位は、天然ヒト免疫グロブリン配列の対応する部分と実質的に同一である。「完全ヒト抗体」又は「完全ヒトモノクローナル抗体」は、完全ヒト軽鎖可変ドメイン及び完全ヒト重鎖可変ドメインを含む抗体である。場合によっては、アミノ酸変異は、抗体の結合親和性の改善するため、及び/又は免疫原性を低下させるため、及び/又は生化学的/生物物理学的特性を改善するために、CDR、フレームワーク領域、又は定常領域内へ導入してもよい。
-用語「組換え抗体」とは、アミノ酸配列が天然抗体の配列から変化している抗体を意味する。抗体の産生における組換えDNA技術の関連性のために、天然抗体中に見出されるアミノ酸の配列に限定される必要はなく、所望の特性を得るために抗体を再設計してもよい。可能性のある変化は多く、1つ又は少数のアミノ酸の変化から、例えば可変ドメイン又は定常領域の完全な再設計の範囲にまで渡る。定常領域における変化は、概して、補体結合(例えば、補体依存性細胞傷害、CDC)、Fc受容体との相互作用、及び他のエフェクター機能(例えば、抗体依存性細胞傷害、ADCC)、薬物速度論的特性(例えば、新生児Fc受容体への結合;FcRn)といった特性を改善、低減、又は変化させるために行われる。可変ドメインの変化は、抗原結合特性を改善するために行われる。抗体に加えて、免疫グロブリンは、例えば、単鎖、又はFv、Fab、及び(Fab’)2、並びに二重特異性抗体、線状抗体、多価又は多選択性ハイブリッド抗体を含む、種々の他の形態で存在し得る。
-本明細書中で使用される場合、用語「抗体部分」とは、無傷又は完全長の鎖又は抗体の断片、通常、結合又は可変領域を指す。該部分又は断片は、無傷の鎖/抗体の少なくとも1つの活性を維持すべきであって、すなわち、これらは「機能部分」又は「機能断片」である。これらが少なくとも1つの活性を維持する場合、これらは好ましくは標的結合特性を維持する。抗体部分(又は抗体断片)の例としては、「単鎖Fv」、「単鎖抗体」、「Fv」、又は「scFv」が挙げられるが、これらに限定されない。これらの用語は、重鎖及び軽鎖に由来する可変ドメインを含むが、定常領域を欠き、全てが単一のポリペプチド鎖内にある抗体断片を指す。概して、単鎖抗体は、VHドメインとVLドメインとの間にポリペプチドリンカーを更に含むことによって、抗原結合を可能にする所望の構造を形成することができる。特定の実施形態において、単鎖抗体はまた、二特異性及び/又はヒト化であり得る。
-「Fab断片」は、1つの軽鎖、並びに1つの重鎖の可変及びCH1ドメインからなる。Fab分子の重鎖は別の重鎖分子とジスルフィド結合を形成できない。1つの軽鎖及び1つの重鎖を含有し、且つ2つの重鎖の間に鎖間ジスルフィド結合が形成されるようにCH1ドメインとCH2ドメインとの間の定常領域をより多く含有し「Fab断片」を、F(abs’)2分子と称する。「F(ab’)2」は、鎖間ジスルフィド結合が2つの重鎖の間に形成されるように、CH1ドメインとCH2ドメインとの間の定常領域の一部分を含有する2つの軽鎖及び2つの重鎖を含有する。いくつかの重要な用語を定義したことにより、本発明の特定の実施形態に注目することが可能となった。
-SEED体(SEEDとは、Strand-Exchange Engineered Domain;複数形:SEED体(SEEDbodies))という用語は、ヒトIgG及びIgA CH3ドメインの誘導体を含み、ヒトIgG及びIgA CH3配列の交互のセグメントからなる相補的なヒトSEED CH3ヘテロ二量体を形成する、特定の型の抗体を指す(図1)。これらは不斉融合たんぱく質である。SEED体及びSEED技術は、その全体が本明細書に援用されるDavis et al.2010又は米国特許第8,871,912号明細書に記載されている。
-本発明の文脈における用語「治療」とは、減弱、低減、及び減少を含む疾患の進行に対するあらゆる有益な効果、又は疾患の発症後における病理学的発達の減少を指す。
-用語「薬剤的に許容可能な」とは、活性成分の生物活性の有効性を妨害せず、且つそれが投与される宿主に対して毒性でない、あらゆる担体を包含することを意味する。例えば、非経口投与の場合、活性たんぱく質は、生理食塩水、ブドウ糖液、血清アルブミン、及びリンゲル液といった媒体中に注射するための単位投与形態で製剤化することができるが、これらに限定されるものではない。
-ヒト免疫系は、無数のウイルス、微生物、及びその他の脅威と戦うように進化してきた。体液成分、すなわち抗体反応は、免疫系の重要な構成要素である。抗体は、外来の侵入者をコーティング、ブロック、及び処理することができ、重要なことに、免疫エフェクター細胞を動員して、攻撃者に対抗するための多様な防御をもたらすことができる。ヒト免疫系には複数の抗体クラス及びアイソタイプがあり、侵入する病原体の性質に合わせたエフェクター機能がそれぞれに恐らく備わっている。組換え抗体医薬はヒトの配列から作られ、且つ殆どの場合IgGクラスに由来する。今日まで、抗体医薬の大部分は、IgG2及びIgG4によって二次的に誘導されるIgG1アイソタイプに由来する。IgG1アイソタイプは、免疫エフェクター細胞及び補体と結合するその組み込み能力のために、広範な有用性を有する。抗体及びエフェクター細胞によって媒介されるエフェクター機能には、主として、細胞溶解(ADCC=抗体依存性細胞傷害)、食作用(ADCP=抗体依存性細胞食作用)、及び補体依存性細胞傷害(CDC)が含まれる。これらのエフェクター機能に関する我々の理解の多くは、抗体媒介殺傷のインビトロ分析から得られる。例えば、ヒトPBMC(末梢血単核球)と標的細胞(典型的には、腫瘍細胞株)及び標的特異的抗体とのインキュベーションは、数時間にわたる標的細胞の溶解をもたらす。このADCCの全部ではないにしても、大部分は、ナチュラルキラー(NK)細胞によって行われる。古典的なIgGエフェクター機能は、適切に命名されたFcγ受容体を介して媒介されることが決定されている(Nimmerjahn and Ravetch 2011)。ヒトにおいて、FcγRは、3つの活性化受容体、FcγRI、FcγRIIa、及びFcγRIIIaを含み、且つこれらは、白血球上において様々なレベル及び排他性で発現される。ITAM細胞内ドメインを介する全てのシグナルは、シグナルカスケードを導くことで、各FcγR発現細胞の同族エフェクター機能をもたらす。NK細胞は殆ど例外なくFcγRIIIaを発現し、且つこの受容体はインビトロADCCの媒介に決定的に関与する。抗体Fcと補体たんぱく質C1qとの会合によって引き起こされる古典的(抗体依存性)補体経路には、非細胞性機構及び細胞性機構、並びに補体経路とFcγR経路との相乗作用が含まれる。
本明細書中で使用する場合、用語「線維芽細胞増殖因子受容体1又はFGFR1」とは、特に明記しない限り、ヒト、マウス、又はラット源といったあらゆる哺乳類源由来のあらゆる野生型FGFR1を指す。この用語は、「完全長」FGFR1、並びにあらゆるプロセッシングされた形態のFGFR1(例えば、成熟型)、又は細胞外ドメイン(本発明の抗体のエピトープを含む)を含む。この用語はまた、FGFR1の天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体又は対立遺伝子変異体も包含する。FGFR1細胞外ドメインのアミノ酸配列は、例えば、配列番号80~85として開示されている。用語「エピトープ」とは、抗体によって結合される抗原の部分を指す。本発明のフレームにおいて、抗原はFGFR1である。エピトープは、線状エピトープ(すなわち、所与のアミノ酸配列内の連続した残基からなる)、又は立体構造エピトープ(すなわち、所与のアミノ酸配列内の非隣接残基からなるが、特定の3D構造を形成する)のいずれかであり得る。
本発明は、新規のモノクローナル抗体、又はその一部、特にFGFR1により特異的な完全ヒトモノクローナル抗体の発見に基づく。特に、これらはヒト、マカク、及びマウス形態のFGFR1(すなわち、それらは交差反応性である)に特異的である。全てがFGFR1に拮抗するこれらの抗体又はその一部分は、NSCLC(扁平上皮がん、腺がん、若しくは大細胞がん)、SCLC、HNSCC、悪性胸膜中皮腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、神経膠芽腫、mRCC、乳がん、又は肝がんといったがんの治療に有用であり得る。
本発明は、FGFR1、好ましくはヒト型、マカク型、及びマウス型のFGFR1に、結合及び中和(又は拮抗)する、新規のモノクローナル抗体又はその一部分を提供する。特に、本発明は、FGFR1、好ましくはヒト型、マカク型、及びマウス型のFGFR1に、結合、修飾、及び中和(又は拮抗)する、新規の軽鎖又は重鎖可変ドメインを提供する。好ましくは、本発明に係るモノクローナル抗体又はその一部分は、FGFR1bのアイソフォームIIIb及びIIIcのみに結合することで、患者をより良好に治療できる。さらに好ましくは、本発明に係るモノクローナル抗体又はその一部分は、FGFR1a及びFGFR1bの両方のアイソフォームIIIb及びIIIcの、ドメインD2のみ又はドメインD3のみに結合する。
本発明に係るモノクローナル抗体又はその一部分は、細胞FGFR1の活性を阻害することができるということが示されている(実施例の項を参照)。これらは強力な抗腫瘍活性を有する。これらはまた、無進行生存(PFS)を増加させ、FGFR1+細胞株に対するADCCを増強することもできる。興味深いことに、本発明に係るモノクローナル抗体又はその断片は、ホルモンFGF23レベルに影響を与えないため、安全性プロフィールが改善される。
本発明に係る抗体の軽鎖及び重鎖可変ドメイン、又はその断片は、それぞれ、軽鎖のカッパ又はラムダ定常ドメイン、及びあらゆるアイソタイプ(IgA、IgD、IgE、IgG、及びIgM)の中から選択される重鎖の定常領域と融合することができ、且つ種々の宿主細胞中で発現され得る。好ましくは、選択される定常領域はIgGの領域であり、より好ましくはIgG1、IgG2、又はIgG4の領域であり、さらにより好ましくは、IgG1の領域である。或いは、本発明に係る抗体は、SEED抗体(又はSEED体)である(例えば、図1参照)。本発明に係る抗体又はその一部分は、グリコシル化/アグリコシル化及び/又はフコシル化/アフコシル化のいずれかであり得る。
第1の実施形態によれば、FGFR1と結合する、本発明に係るモノクローナル抗体のいずれか1つ又はその一部分は、H-CDR1、H-CDR2、及びH-CDR3を含む重鎖可変ドメイン、並びにL-CDR1、L-CDR2、及びL-CDR3を含む軽鎖可変ドメインを含む。(1)H-CDR1は、配列番号3、配列番号6、配列番号7、及び配列番号60からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる;H-CDR2は、配列番号4、配列番号8、及び配列番号61からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる;並びに、H-CDR3は、配列番号5、配列番号9~17、配列番号62、及び配列番号90からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。そして、(2)L-CDR1は、配列番号18、配列番号21、及び配列番号63からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる;L-CDR2は、配列番号19及び配列番号64からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる;並びに、L-CDR3は、配列番号20、配列番号22、配列番号23、配列番号65、及び配列番号66からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。更により好ましくは、本発明に係るモノクローナル抗体は、(1)アミノ酸配列の配列番号3、配列番号4、及び配列番号5、(2)アミノ酸配列の配列番号60、配列番号61、及び配列番号62、又は(3)アミノ酸配列の配列番号3、配列番号4、及び配列番号90をそれぞれ含むか、又はそれぞれからなる、H-CDR1、H-CDR2、及びH-CDR3のこれらのセットを有する。同様に、モノクローナル抗体は好ましくは、(1)アミノ酸配列の配列番号18、配列番号19、及び配列番号20、(2)アミノ酸配列の配列番号63、配列番号64、及び配列番号66をそれぞれ含むか、又はそれぞれからなる、L-CDR1、L-CDR2、及びL-CDR3のこれらのセットを有する。
別の実施形態によれば、本発明は、モノクローナル抗体又はその一部分を本明細書に記載の通りに提供する。(1)モノクローナル抗体の重鎖可変ドメインは、フレームワーク領域(FR)H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4を含む。H-FR1は、配列番号30及び配列番号67からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。H-FR2は、配列番号31及び配列番号68からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。H-FR3は、配列番号32及び配列番号69からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。そして、H-FR4は、配列番号33及び配列番号70からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。そして、(2)軽鎖可変ドメインは、L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4を含む。L-FR1は、配列番号34及び配列番号71からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。L-FR2は、配列番号35及び配列番号72からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。L-FR3は、配列番号36及び配列番号73からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。そして、L-FR4は、配列番号37及び配列番号74からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。好ましくは、本発明に係るH-FR及びL-FRは、上述のH-CDR及びL-CDRに関連する。好ましくは、本発明に係るモノクローナル抗体は、(1)アミノ酸配列の配列番号30、配列番号31、配列番号32、及び配列番号33、又は(2)アミノ酸配列の配列番号67、配列番号68、配列番号69、及び配列番号70をそれぞれ含むか、又はそれぞれからなる、H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4のこれらのセットを有する。同様に、モノクローナル抗体は好ましくは、(1)アミノ酸配列の配列番号34、配列番号35、配列番号36、及び配列番号37、又は(2)アミノ酸配列の配列番号71、配列番号72、配列番号73、及び配列番号74をそれぞれ含むか、又はそれぞれからなる、L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4のこれらのセットを有する。
更に別の実施形態において、本発明は、モノクローナル抗体又はその一部分、好ましくは完全ヒトモノクローナル抗体又はその一部分を提供する。重鎖可変ドメインは、配列番号1、配列番号24、配列番号26、配列番号27、及び配列番号91~98からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、且つ軽鎖可変ドメインは、配列番号2、配列番号25、配列番号28、及び配列番号29からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。好ましい実施形態において、本発明は、モノクローナル抗体を提供する。重鎖可変ドメインは、配列番号1及び配列番号24からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、且つ軽鎖可変ドメインは、配列番号2及び配列番号25からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる。好ましくは、可変重鎖と可変軽鎖との組み合わせは、(1)配列番号24及び配列番号25(mAb#A08リード)、(2)配列番号27及び配列番号29(mAb#A05リード)からなる群から選択される。代替的な実施形態において、可変重鎖と可変軽鎖との組合せはまた、(1)配列番号1及び配列番号2(mAb#A08ヒット)、(2)配列番号26及び配列番号28(mAb#A05ヒット)、(3)配列番号93及び配列番号25(mAb#A02)、又は(4)配列番号97及び配列番号25(mAb#C01)からなる群から選択することもできる。最良の結果が#A08ヒット及び#A08リードで得られた。#A08リードは、#A08ヒットと比較してその重鎖において突然変異N92S(IMGT命番方式;Leffranc、1997を参照)、並びに#A08ヒットと比較してその軽鎖において突然変異Q1S及びA2Yを有する。
本明細書に開示される重鎖可変領域配列と、少なくとも95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、又は少なくとも99%以上の配列相同性を有する、更なる重鎖可変領域アミノ酸配列もまた提供される。本明細書に開示される軽鎖可変領域配列と、少なくとも95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、又は少なくとも99%以上の配列相同性を有する、更なる軽鎖可変領域アミノ酸配列もまた提供される。
本発明に係る操作されたモノクローナル抗体、好ましくは完全ヒト抗体は、IgM、IgG、IgD、IgA、及びIgEを含むあらゆるクラスの抗体、並びに特にIgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4を含むあらゆるサブクラス(アイソタイプ)に由来する、あらゆるタイプの重鎖定常ドメイン又はその一部分を含んでなっていてもよい。抗体が細胞傷害活性を示すことが望ましい場合、重鎖定常ドメインは通常、補体結合定常ドメインであり、且つクラスは、典型的にはIgG1クラスである。そのような細胞傷害活性が望ましくない場合、定常ドメインは、IgG2又はIgG4クラスであってもよい。操作された抗体は、1つ以上のクラス又はアイソタイプ由来の配列を含んでなり得る。本発明の文脈において、IgG1、IgG2、又はIgG4クラスのIgGを使用することができる。例えば、重鎖定常領域について以下のアミノ酸配列を使用することができる:(1)配列番号38に開示されているアロタイプG1m(3)のIgG1、又は(2)配列番号39に開示されている配列を有するIgG2アイソタイプ。上記の定常領域配列は、そのCH1、CH2及び/又はCH3部分のように、その全部又は一部のみに使用することができることを理解されたい。可変ドメイン及び定常ドメインの両方を含有する重鎖の非限定的な例は、配列番号45に開示されるアミノ酸配列である。本発明に係る抗体がIgG定常ドメインを含む場合、それらは通常二価形態である(すなわち、それらは通常二量体を形成する)。あるいは、SEED体の定常領域、(1)配列番号40若しくは配列番号43に開示されているSEED(AG)配列、又は(2)配列番号41又は配列番号42に開示されている配列を有するSEED(GA)などを使用することができる。本発明に係る抗体がSEED鎖を含む場合、それらは通常一価形態である(すなわち、それらは通常、2つの完全な重鎖GA/GA又はAG/AGを含むホモ二量体を形成しない)。好ましい定常鎖は、少なくとも1つのSEED鎖である。可変ドメイン及び定常SEEDドメインの両方を含有する重鎖の非限定的な例は、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、及び配列番号99~106に開示されるアミノ酸配列である。
本発明に係る操作されたモノクローナル抗体はまた、あらゆるタイプの軽鎖免疫グロブリン定常ドメイン、すなわちカッパ又はラムダドメインを含んでなり得る。好ましくは、軽鎖定常ドメインについて以下のアミノ酸配列である、配列番号44に記載されるようなラムダ定常遺伝子を使用することができる。可変ドメイン及び定常ドメインの両方を含有する軽鎖の非限定的な例は、配列番号50及び配列番号51に開示されるアミノ酸配列である。
本発明の抗体が一価SEED体である場合、一価SEED体は、可変ドメイン及び定常ドメインの両方を含む1本の完全軽鎖(例えば、配列番号50及び配列番号51として開示される軽鎖)、可変ドメイン及び定常ドメインの両方を含む1本の完全重鎖(例えば、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、及び配列番号99~106として開示される重鎖)、並びにSEED体の定常ドメインCH2及びCH3のみを含む1本の部分的な重鎖(例えば、配列番号41及び配列番号43として開示されている重鎖)からなる。部分的重鎖は、完全重鎖上の対応物に対して非対称である。完全重鎖が「AG鎖」である場合、部分的重鎖は「GA鎖」であり、そして完全重鎖が「GA鎖」である場合、部分的重鎖は「AG鎖」である。したがって、例えば、完全重鎖が配列番号46によるアミノ酸配列を有する場合、部分的重鎖は配列番号41によるアミノ酸配列を有する。あるいは、例えば、完全重鎖が配列番号47によるアミノ酸配列を有する場合、部分的重鎖は配列番号43によるアミノ酸配列を有する。本発明に係るSEED体の非限定的な例は、例えば、(一価SEED体として)以下の通りである:(1)配列番号50によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号46によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、及び配列番号41によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる部分重鎖を含むSEED体、(2)配列番号50によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号47によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる重鎖、及び配列番号43によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる部分重鎖を含むSEED体、(3)配列番号51によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号48によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、及び配列番号41によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる部分重鎖を含むSEED体、(4)配列番号51によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号49によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、及び配列番号43によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる部分重鎖を含むSEED体、又は(5)配列番号50によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号99~106によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、及び配列番号41によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる部分重鎖を含むSEED体。一価SEED体は、副作用として体重を減少させることなく、がん細胞に対する本発明に係る抗体の良好な阻害効果を可能にするので好ましい形態である。
二価抗FGFR1 SEED体形態もまた、本発明に包含されることを理解されたい。二価抗FGFR1 SEED体は、2本の軽鎖、1本の完全「AG」重鎖、及び1本の完全「GA」重鎖からなる。したがって、例えば、本発明は、(1)配列番号50によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号46によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、及び配列番号47によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、又は(2)配列番号51によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる軽鎖、配列番号48によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖、及び配列番号49によるアミノ酸配列を含むか若しくはこれからなる完全重鎖を含む、SEED体を包含する。
本発明の別の態様において、抗体又はその一部分は、FGFR1の細胞外ドメイン上に存在するエピトープと結合する。特に、これらは、ドメインD2のみからのアミノ酸残基を含むFGFR1の断片と結合する。好ましくは、本発明に係る抗体又はその一部分は、#A08抗体の1つと同じエピトープに結合する。より好ましくは、これらは、配列番号81のアミノ酸配列残基52~63及び79~95を含む、2つのペプチド又はその近くに位置する立体構造エピトープと結合する。立体構造エピトープは、例えば、残基Ala58、Ala59、Lys60、Thr61、Lys63、Lys95、Arg97、Ile104、及びAsp106からなる。したがって、本発明はまた、mAb#A08と同じエピトープと結合し、FGFR1と拮抗する、モノクローナル抗体又はその一部も包含する。好ましくは、該モノクローナル抗体又はその一部分は、配列番号81のアミノ酸配列残基52~63及び79~95を含む、2つのペプチド又はその近くに位置する立体構造エピトープと結合する。立体構造エピトープは、例えば、残基Ala58、Ala59、Lys60、Thr61、Lys63、Lys95、Arg97、Ile104、及びAsp106からなる。
あるいは、抗体又はその一部分は、ドメインD3のみからのアミノ酸残基を含む、FGFR1の細胞外ドメイン上に存在するエピトープと結合する。好ましくは、本発明に係る抗体又はその一部分は、#A05と同じエピトープに結合する。
本発明のさらなる実施形態は、本明細書中に記載される抗体若しくはその一部分のいずれか又はその相補鎖若しくは変性配列をコード化する、単離された核酸分子又はポリヌクレオチドである。この点に関して、用語「核酸分子」又は互換的な「ポリヌクレオチド」が、制限デオキシリボ核酸(例えば、DNA、cDNA、gDNA、合成DNA等)、リボ核酸(例えば、RNA)及びペプチド核酸(PNA)を制限無く含む、異なるタイプの核酸を包含する。好ましい態様において、核酸分子は、二本鎖DNA分子又はcDNA分子といったDNA分子である。用語「孤立した」とは、天然源において通常それが結合している、少なくとも1つの混入核酸分子から同定及び分離されている核酸分子を意味する。単離された核酸分子は、それが自然界で見出される形態又は状況以外の核酸分子である。したがって、単離された核酸分子は、天然細胞中に存在する特定の核酸分子とは区別される。縮重配列は、同一のアミノ酸配列をコード化するあらゆるヌクレオチド配列を基準ヌクレオチド配列として示すが、遺伝暗号の縮重の結果として異なるヌクレオチド配列を含む。
別の実施形態において、ポリヌクレオチドとも称される核酸分子は、本発明のモノクローナル抗体(一価SEED体の場合には、部分重鎖及び完全重鎖のそれぞれをコード化する核酸分子を含む)のいずれか1つの重鎖又はその一部分、例えば重鎖可変ドメインなどをコード化し、別のポリヌクレオチドは、本発明の抗体のいずれか1つの軽鎖又はその一部分、例えば軽鎖可変ドメインなどをコード化する。代替的な実施形態において、ユニークなポリヌクレオチドは、本発明の抗体のいずれか1つの重鎖(一価SEED体の場合には、部分重鎖及び完全重鎖を含む)並びに軽鎖、又はその一部分、例えば可変ドメイン又はFab領域などをコード化する。
好ましい実施形態において、本発明の抗体の重鎖可変ドメインをコード化するポリヌクレオチドは、配列番号52、配列番号54、配列番号56、又は配列番号57を含むか、又はこれらからなる。好ましい実施形態において、本発明の抗体の軽鎖可変ドメインをコード化するポリヌクレオチドは、配列番号53、配列番号55、配列番号58、又は配列番号59を含むか、又はこれらからなる。代替的な実施形態において、ユニークなポリヌクレオチドは、本発明の抗体のいずれか1つの重鎖及び軽鎖可変ドメインの両方をコード化する。ポリヌクレオチドは、配列番号52、配列番号54、配列番号56、又は配列番号57を含むか又はこれらからなる重鎖可変ドメインをコード化し、そしてポリヌクレオチドは、配列番号53、配列番号55、配列番号58、又は配列番号59を含むか又はこれらからなる軽鎖可変ドメインをコード化する。重鎖及び軽鎖をコード化するポリヌクレオチド配列は、通常、リーダー配列が先行する。
遺伝暗号の縮重のために、本発明に係る抗体をコード化するポリヌクレオチドを最適化することができるということを理解されたい。したがって、本明細書に開示される重鎖可変領域配列をコード化するポリヌクレオチド配列と、少なくとも90%以上、少なくとも95%以上、又は少なくとも99%以上の配列相同性を有するポリヌクレオチド配列、例えば上記に列挙した好ましいポリヌクレオチド配列もまた、提供される。同様に、本明細書に開示される軽鎖可変領域配列をコード化するポリヌクレオチド配列と、少なくとも90%以上、少なくとも95%以上、又は少なくとも99%以上の配列相同性を有するポリヌクレオチド配列、例えば上記に列挙した好ましいポリヌクレオチド配列もまた、提供される。
本発明の更なる実施形態は、可変ドメイン(重鎖及び/若しくは軽鎖可変ドメイン)又はFab領域といった、本明細書に記載される抗体のいずれか又はその一部分をコード化するDNAを含むベクターである。ベクターは、あらゆる原核細胞又は真核細胞において機能性であり、組込み的又は自律的に複製する、あらゆるクローニング又は発現ベクターであり得る。特にベクターは、プラスミド、コスミド、ウイルス、ファージ、エピソーム、人工染色体、及び同様のものであってよい。ベクターは、重鎖及び軽鎖の両方についてのコード配列の全体若しくは一部、又は軽鎖及び重鎖コード配列のいずれか若しくはそれらのいずれかの部分を含んでなっていてもよい。ベクターが、重鎖及び軽鎖の両方、又はその一部分についてコード配列を含む場合、これらのコード配列は、それぞれプロモーターに動作可能に連結され得る。プロモーターは、重鎖及び軽鎖コード配列、又はその一部分について同一であっても又は異なっていてもよい。重鎖及び軽鎖コード配列又はその一部分はまた、1つの単一プロモーターへ動作可能に連結されていてもよく、この場合、重鎖及び軽鎖のコード配列又はその一部分は、好ましくは、内部リボソーム侵入部位(IRES)によって分離されていてもよい。真核生物遺伝子発現のための好適なプロモーターは、例えば、マウス若しくはヒトサイトメガロウイルス(CMV)、マウス双方向CMVプロモーター、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター、又はヒト伸長因子-1アルファ(EF-1α)プロモーターといったウイルス遺伝子に由来するプロモーターであり、これらは当業者には周知である。ベクターは、例えば、プロモーター、ターミネーター、エンハンサー、選択マーカー、複製開始点、インスレーター等の調節エレメントを含んでなっていてもよい。適切な核酸配列は、種々の手順によってベクターへ挿入され得る。概して、DNAは、当技術分野で公知の技術を用いて適切な制限エンドヌクレアーゼ部位へ挿入される。これらの成分の1つ以上を含有する好適なベクターの構成は、当業者に公知である標準的なライゲーション技術を使用する。
本発明の更なる実施形態は組換え宿主細胞であり、該細胞は、上述された1つ以上の核酸分子/ポリヌクレオチド又は1つ以上のベクターを含む。宿主細胞は、原核細胞又は真核細胞であってもよい。原核細胞の例には大腸菌といったバクテリアが含まれる。真核細胞の例として、あらゆる初代細胞培養又は樹立細胞系(例えば、3T3、Vero、HEK293、TN5等)を含む、酵母細胞、植物細胞、哺乳類細胞、及び昆虫細胞が挙げられる。グリコシル化たんぱく質の発現に好適な宿主細胞は、多細胞生物に由来する。好ましい有用な哺乳類宿主細胞株の例には、CHO(例えば、CHO-S、ExpiCHO、CHO-k1、又はCHO-LF)、HEK293(例えば、293、293-6E、又はExpi293)、NS0、SP2/0、及びCOS細胞が含まれる。本発明の抗体は、組換え技術、化学合成、クローニング、ライゲーション、又はそれらの組み合わせといった、当技術分野で公知のあらゆる技術によって産生することができる。より低いグリコシル化レベルである抗体を得る必要がある場合、アグリコシル化抗体又はそのアグリコシル化部分、例えば、アグリコシル化Fc部分、酵母発現系、又は遺伝子操作/糖操作されたCHO細胞株を有利に使用してもよい。同様に、より低いフルコシル化レベルである抗体を得る必要があれば、アフコシル化抗体又はそのアフコシル化部分、例えば、アフコシル化Fc部分、遺伝子操作/糖操作された酵母発現系、又は遺伝子操作/糖操作されたCHO細胞株を有利に使用してもよい。
したがって、本発明の別の実施形態は、可変ドメイン(重鎖及び/又は軽鎖可変ドメイン)又はFab領域といった本発明の抗体又はその一部分を産生する方法であって、本発明の組換え宿主細胞を、本明細書に記載される抗体又はその一部分をコード化する核酸分子の発現を可能にする条件下において培養すること、及び産生されたポリペプチドを回収/単離することを含む方法である。生成されたポリペプチドは、使用される宿主細胞型に応じて、グリコシル化されていてもいなくてもよいか、フコシル化されていてもいなくてもよいか、又は他の翻訳後修飾を含有していてもよい。本発明の抗体又はその一部分を製造する方法は、抗体若しくはその一部分を精製するステップ、及び/又は該抗体若しくはその一部分を医薬組成物に処方するステップを更に含んでなってもよい。
可変ドメイン(重鎖及び/若しくは軽鎖可変ドメイン)又はFab領域といった、本明細書中に記載される抗体であって、その一部分を含む抗体をコード化するポリヌクレオチド(DNA及びRNAを含む)を調製するための他の方法は、当該分野において周知である。全RNAは、CsCI勾配での遠心分離による単離の前にグアニジニウムイソチオシアネート抽出を用いて調製することができる(Chirgwin et al.1979)。Aviv及びLederの方法を用いて、ポリ(A)+RNAを全RNAから調製する(Aviv and Leder 1972)。既知の方法を用いて、相補的DNA(cDNA)をポリ(A)+RNAから調製する。あるいは、ゲノムDNAを単離することができる。次いで、FGFR1抗体又はその一部分をコード化するポリヌクレオチドを同定し、例えばハイブリダイゼーション又はPCRによって単離する。
可変ドメイン(重鎖及び/若しくは軽鎖可変ドメイン)又はFab領域といった部分を含む本明細書に開示された抗体は、組換え技術、化学合成、クローニング、ライゲーション、又はこれらの組み合わせといった当技術分野で公知のあらゆる技術によって産生することができる。多くの本及び総説は、ベクター及び原核性又は真核性宿主細胞を用いて、組換えたんぱく質をクローニング及び生産する方法についての教示を提供する。
本発明の更なる実施形態は、可変ドメイン(重鎖及び/若しくは軽鎖可変ドメイン)又はFab領域といった、本明細書に係るモノクローナル抗体又はその一部分を含む医薬組成物である。好ましくは、該医薬組成物は、例えば、緩衝剤、安定剤、界面活性剤、担体、希釈剤、媒体等の少なくとも1つの更なる賦形剤を更に含むことができる。
本発明に係る医薬組成物は、NSCLC(扁平上皮がん、腺がん、若しくは大細胞がん)、SCLC、HNSCC、悪性胸膜中皮腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、神経膠芽腫、mRCC、乳がん、又は肝がんといった、様々なタイプのがん予防並びに/又は治療(局所/全身)に有用である。本発明の医薬組成物は、少なくとも1つの薬剤的に許容可能な担体と共に投与され得る。
別の態様において、本発明は、がんの予防又は治療のための薬剤を調製するための、本発明に係るモノクローナル抗体の使用を提供する。好ましくは、該がんは、NSCLC(扁平上皮がん、腺がん、若しくは大細胞がん)、SCLC、HNSCC、悪性胸膜中皮腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、神経膠芽腫、mRCC、乳がん、又は肝がんである。
更なる態様において、本発明は、本発明に係る医薬組成物若しくは抗体のいずれか1つ又はその一部分を患者に投与することを含む、がんを予防又は治療する方法に関する。好ましくは、がんは、扁平上皮NSCLC(扁平上皮がん、腺がん、若しくは大細胞がん、SCLC、HNSCC、悪性胸膜中皮腫、骨肉腫、軟部組織肉腫、神経膠芽腫、mRCC、乳がん、又は肝がんである。
本発明に係る医薬組成物は、静脈内、筋肉内、皮下、又は皮内といったあらゆる好適な方法で投与することができる。
非経口(例えば、静脈内、皮下、筋肉内、皮内)投与のために、本発明の医薬組成物は、薬剤的に許容可能な非経口媒体(例えば、水、生理食塩水、ブドウ糖液)、並びに等張性又は化学安定性を維持する添加物(例えば、保存料及び緩衝剤)と関連して、溶液、懸濁液、エマルジョン、又は凍結乾燥粉末として製剤化することができる。製剤は、一般的に使用される技術によって滅菌される。
本発明はまた、上記のものと機能的に等価であるFGFR1に対する組換え抗体又はその一部分、例えば、可変ドメイン(重鎖及び/若しくは軽鎖可変ドメイン)又はFab領域なども含む。改良された安定性及び/又は治療効果を提供する、修飾された抗体又はその一部分もまた含まれる。修飾された抗体又はその一部分の例には、アミノ酸残基の保存的置換、及び抗原結合有用性を有意に有害な変化をさせないアミノ酸の1以上の欠失又は付加を有するものが含まれる。置換は、治療的有用性が維持される限り、1以上のアミノ酸残基の変化又は修飾から領域の完全な再設計までの範囲であり得る。本発明の抗体又はその一部分は、翻訳後に修飾することができるか(例えば、アセチル化、酸化、脱アミド化、ラセミ化、及びリン酸化)、又は合成的に修飾することができる(例えば、標識化群の添付)。本方法によって設計された抗体又はその一部分は、抗原結合又は他の免疫グロブリン機能に対し実質的に影響を及ぼさない、更なる保存アミノ酸置換を有し得ることが理解されよう。
本発明のモノクローナル抗体又はその一部分、例えば、可変ドメイン(重鎖及び/若しくは軽鎖可変ドメイン)又はFab領域などは、誘導体を含むことができる。例として、限定ではないが、誘導体は、例えば、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、既知の保護/ブロッキング基による誘導体化、たんぱく質切断、細胞リガンド又は他のたんぱく質への結合等によって修飾されているような抗体を含む。その上、誘導体は、1つ以上の非古典的及び/又は非天然アミノ酸を含有してもよい。本発明のモノクローナル抗体のインビボ半減期は、Fc領域とFcRn受容体との間の相互作用に関与するものとして同定されたアミノ酸残基を修飾(例えば、置換、削除、又は付加)することによって増加させることができる。
学術論文若しくは抄録、特許出願、又は他の参照文献を含む、本明細書に引用されている全ての参照文献は、引用されている参照文献に提示される全てのデータ、表、図、及びテキストを含めて、全体が参照により本明細書に援用される。さらに、本明細書に引用された参考文献の中で引用されている参考文献の全内容もまた、参照により全体が援用される。
図1(A)は、2つの異なるFabドメインを有し、CH3ドメインのヘテロ二量体類似体により対をなす、二価SEED体分子の説明である。ハッシュされた灰色の部分はIgG由来の部分を表し、白色はIgA由来の部分を表す。図1(B)は、CH3ドメインのヘテロ二量体類似体と対をなす、一価SEED体分子の説明である。 図2は、mAb#A08の結合センサグラム、並びにFGFR1-IIIb及び-IIIc、FGFR2及びFGFR3に対する緩衝剤を図示する。結合シグナル(応答ユニット、RU)を時間に対してプロットする。緩衝剤対照及びmAb#A08を、huFGFR1b-IIIb、-IIIc、huFGFR2、及びhuFGFR3への結合について試験した。 図3は、(a)DMS53及び(b)NCI-H520細胞に対する抗FGFR1 EED体のADCC活性を示す。発光量対対照(エフェクター細胞なし)を、濃度(モル、M)に対してプロットした。アフコシル化抗CD20抗体(強化ADCC機能)を、陰性対照として用いた。アフコシル化抗EGFR抗体(強化ADCC機能)を、DMS53細胞における陽性対照(EGFRを発現する)及びNCI-H520細胞における陰性対照(EGFRを発現しない)として用いた。SEED体A08は、フコシル化(ADCC機能を伴う)又はアフコシル化(強化ADCC機能)として試験した。 図4は、DMS53異種移植片担持マウスにおける媒体と比較した、一価抗FGFR1分子(SEEDA08)のインビボ有効性研究を示す。結果は、(a)治療後の日に対してプロットした腫瘍量(mm3)により表した腫瘍量への影響、(b)治療後の時間の関数として体重の%で表した、マウスの体重への影響として報告された。 図5は、最後の治療の19日後に収集されたDMS53腫瘍異種移植片におけるpFGFR1レベルを示す。 図6は、SEED体A08、pan-FGFR阻害(BGJ398)、及び血漿におけるマウスFGF23レベルでの媒体対照のマウスへの注射から24時間後のインビボ効果を示す。 図7は、ELISAによる、mAb#A08、mAb#A05、及び対照抗体(抗鶏卵ライソザイム)に対するIg-D2へのドメインマッピングを示す。450nmで測定した光学密度を、抗体濃度(log10スケール)に対してプロットした。 図8は、FGFR1b-IIIcの細胞外ドメイン(配列番号81である6アミノ酸Hisタグへ融合)の配列を示す。質量分析によって同定できるペプチドは、灰色のバーで示す。Fabの存在下における水素重水素交換からの保護を示したものを、黒い棒で示す。分析できなかったペプチドは、配列中に下線及びイタリック体で強調する。 図9は、FGFR1(35~137)上のmAb#A08のエピトープを示す。FGFR1の骨格をリボン表示で示す。アラニン又はグリシンに変異した(元のアミノ酸がアラニンである際)場合に、0.7kcal/mol以上でmAb#A08-FGFR1結合を不安定化するアミノ酸を、棒で示す。 図10は、ELISAによって測定した、ヒトFGFR1b(IIIb)(hFGFR1b-IIIb)及びヒトFGFR1b(IIIc)(hFGFR1b-IIIc)に対する種々の親和性亢進mAbの結合を示す。(A)mAbはIgG1フォーマットであり、(B)mAbは一価SEED体フォーマットである。
表の説明
表1は、ヒトFGFR1(huFGFR1b-IIIb、huFGFR1b-IIIc、及びhuFGFR1a-IIIc)の異なるアイソフォームに対する、並びに異なる種であるマウス(mu)、ラット(rat)、アカゲザル(rhe)、及びカニクイザル(cy)からのFGFR1a-IIIcに対する、mAb#A05(二価IgG)及びmAb#A08(二価IgG)について、SPRによって計算された親和性定数K(モル、M)を報告する。
表2は、FGF1又はFGF2による非刺激又は刺激下におけるNCI-H520細胞中の、リガンドトラップ(FP-1039)及び2つの他の抗FGFR1(IMC-H7及びIMC-A1)抗体と比較した抗FGFR1 mAb#A05及びmAb#A08による、pFGFR1の阻害を報告する。分子の選択性及びこれらの算出IC50(モル、M)を報告している。アスタリスクは部分応答を強調する。ハッシュタグはIC50を示す(適合性が低いため、正確に計算できなかった)。
表3は、NCI-H520細胞において他の抗FGFR1(IMC-H7)と比較した、二価(IgG1)に対する算出IC50(モル、M)、並びにmAb#A05、mAb#A08に対する一価(SEED体)フォーマットとして報告されたpFGFR1阻害活性を報告する。アスタリスクは部分応答を強調する。
表4は、全FGFR1突然変異体に対する親和性定数K(ナノモル、nM)を報告する。自由エネルギーの変化は、抗体抗原結合の不安定化に従って強調されている。「**」:>2kcal/molである不安定化(結合ホットスポット)、「*」:>1kcal/mol。NBDとは「結合は検出されず」を示し、NDCとは「データは収集されず」を示し、NDとは「決定されず」を示し、そしてNCとは「計算されず」を示す。
表5は、ヒトFGFR1b-IIIbについて、IgG及びSEED体へ再フォーマットされた親和性亢進クローンに対する親和性定数K(ナノモル、nM)を報告する。
配列リスト
配列番号1:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の可変重鎖
EVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLNSVTAADTAVYYCARGTDWFDPWGQGTLVTVSS
配列番号2:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の可変軽鎖
QAVLTQPPSVSVAPGQTARITCGGNNIGSESVHWYQQKPGQAPVLVVYDDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSTSDHRVFGGGTKLTVL
配列番号3:抗体#A08ヒット及びリード(アミノ酸配列)の重鎖のCDR-1
GGSISSNNW
配列番号4:抗体#A08ヒット及びリード(アミノ酸配列)の重鎖のCDR-2
IYHSGST
配列番号5:抗体#A08ヒット及びリード(アミノ酸配列)の重鎖のCDR-3
ARGTDWFDP
配列番号6:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-1
GGSISGNNW
配列番号7:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-1
GGSINSNHW
配列番号8:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-2
IYHSGSV
配列番号9:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3であって、Xは、プロリン(P)、グルタミン(Q)、アラニン(A)、ロイシン(L)、ヒスチジン(H)、セリン(S)、又はスレオニン(T)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
ARATDWFDX
配列番号10:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARGTDWYDP
配列番号11:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARGTDWIDT
配列番号12:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARSTDWFDP
配列番号13:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARGTDWYDA
配列番号14:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARGTDWYDL
配列番号15:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3であって、Xは、Sセリン(S)又はバリン(V)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
ARXTDWFDP
配列番号16:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARAKDWFDA
配列番号17:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3
ARATDWYDP
配列番号18:抗体#A08ヒット及びリード(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-1
NIGSES
配列番号19:抗体#A08ヒット及びリード(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-2
DDS
配列番号20:抗体#A08ヒット及びリード(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-3
QVWDSTSDHRV
配列番号21:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の軽鎖の代替CDR-1
NIGDET
配列番号22:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の軽鎖の代替CDR-3
QVWDSSVDQAV
配列番号23:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の軽鎖の代替CDR-3
QVWDSSSDHRV
配列番号24:抗体#A08リード(アミノ酸配列)の可変重鎖
EVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWFDPWGQGTLVTVSS
配列番号25:抗体#A08リード(アミノ酸配列)の可変軽鎖
SYVLTQPPSVSVAPGQTARITCGGNNIGSESVHWYQQKPGQAPVLVVYDDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSTSDHRVFGGGTKLTVL
配列番号26:抗体#A05ヒット(アミノ酸配列)の可変重鎖
QMQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGHTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARDLFWSLSSGWSIHPYYFDYWGQGTLVTVSS
配列番号27:抗体#A05リード(アミノ酸配列)の可変重鎖
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGHTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARDLFWSLSSGWSIHPYYFDYWGQGTLVTVSS
配列番号28:抗体#A05ヒット(アミノ酸配列)の可変軽鎖
QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNLVSWYQQHPGKAPKLMIYGGSKRPSGVPDRFSGSKSDTSASLTISGLQAEDEADYYCCSYTYNGDVFGTGTKVTVL
配列番号29:抗体#A05リード(アミノ酸配列)の可変軽鎖
QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNLVSWYQQHPGKAPKLMIYGGSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTYSGDVFGTGTKVTVL
配列番号30:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-1であって、Xは、Q及びE(グルタミン酸)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
XVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVS
配列番号31:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-2
WSWVRQPPGKGLEWIGE
配列番号32:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-3であって、Xは、S又はN(アスパラギン)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
SYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLXSVTAADTAVYYC
配列番号33:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-4
WGQGTLVTVSS
配列番号34:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-1であって、Xは、Q及びSからなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、A、S、及びY(チロシン)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
X1X2VLTQPPSVSVAPGQTARITCGGN
配列番号35:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-2
VHWYQQKPGQAPVLVVY
配列番号36:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-3
DRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYC
配列番号37:抗体#A08ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-4
FGGGTKLTVL
配列番号38:重鎖定常領域-ヒトIgG1アロタイプG1m3(アミノ酸配列)
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
配列番号39:重鎖定常領域-ヒトIgG2アロタイプG2h(アミノ酸配列)
ASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSNFGTQTYTCNVDHKPSNTKVDKTVEPKSSDKTHTCPPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQAQSTFRVVSVLTVVHQDWLNGKEYKCAVSNKGLPAPIEKTISKTKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPMLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
配列番号40:重鎖定常領域-CH1-ヒンジ-CH2-CH3-SEED(AG)(アミノ酸配列)
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号41:重鎖定常領域-ヒンジ-CH2-CH3-SEED(GA)(アミノ酸配列)
EPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPPSEELALNELVTLTCLVKGFYPSDIAVEWLQGSQELPREKYLTWAPVLDSDGSFFLYSILRVAAEDWKKGDTFSCSVMHEALHNHYTQKSLDRSPG
配列番号42:重鎖定常領域-CH1-ヒンジ-CH2-CH3-SEED(GA)(アミノ酸配列)
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPPSEELALNELVTLTCLVKGFYPSDIAVEWLQGSQELPREKYLTWAPVLDSDGSFFLYSILRVAAEDWKKGDTFSCSVMHEALHNHYTQKSLDRSPG
配列番号43:重鎖定常領域-ヒンジ-CH2-CH3-SEED(AG)(アミノ酸配列)
EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号44:軽鎖定常領域(ラムダ)(アミノ酸配列)
GQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
配列番号45:#A08リード-IgG1m3抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
EVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG
配列番号46:#A08リード-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
EVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号47:#A08リード-SEED(GA)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
EVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPPSEELALNELVTLTCLVKGFYPSDIAVEWLQGSQELPREKYLTWAPVLDSDGSFFLYSILRVAAEDWKKGDTFSCSVMHEALHNHYTQKSLDRSPG
配列番号48:#A05リード-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGHTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARDLFWSLSSGWSIHPYYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号49:#A05リード-SEED(GA)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGHTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARDLFWSLSSGWSIHPYYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSSDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPPSEELALNELVTLTCLVKGFYPSDIAVEWLQGSQELPREKYLTWAPVLDSDGSFFLYSILRVAAEDWKKGDTFSCSVMHEALHNHYTQKSLDRSPG
配列番号50:#A08リード(アミノ酸配列)に対する軽鎖
SYVLTQPPSVSVAPGQTARITCGGNNIGSESVHWYQQKPGQAPVLVVYDDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSTSDHRVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
配列番号51:#A05リード(アミノ酸配列)に対する軽鎖
QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGSYNLVSWYQQHPGKAPKLMIYGGSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTYSGDVFGTGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
配列番号52:抗体#A08ヒット(核酸配列)の可変重鎖
GAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGAACTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGCACCGACTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA
配列番号53:抗体#A08ヒット(核酸配列)の可変軽鎖
caggctGTGCTGACTCAGCCACCCTCGGTGTCAGTGGCCCCAGGACAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTGAAAGTGTGCACTGGTACCAACAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCGTCTATGATGATAGCGACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACGGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTACTAGTGATCATCGGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTCACCGTCCTA
配列番号54:抗体#A08リード(核酸配列)の可変重鎖
GAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGCACCGACTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA
配列番号55:抗体#A08リード(核酸配列)の可変軽鎖
TCCTACGTGCTGACTCAGCCACCCTCGGTGTCAGTGGCCCCAGGACAGACGGCCAGGATTACCTGTGGGGGAAACAACATTGGAAGTGAAAGTGTGCACTGGTACCAACAGAAGCCAGGCCAGGCCCCTGTGCTGGTCGTCTATGATGATAGCGACCGGCCCTCAGGGATCCCTGAGCGATTCTCTGGCTCCAACTCTGGGAACACGGCCACCCTGACCATCAGCAGGGTCGAAGCCGGGGATGAGGCCGACTATTACTGTCAGGTGTGGGATAGTACTAGTGATCATCGGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTCACCGTCCTA
配列番号56:抗体#A05ヒット(核酸配列)の可変重鎖
CAAATGCAGCTGGTACAATCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGACACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCTTTTCTGGTCCTTGAGCAGTGGCTGGTCTATCCATCCGTACTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA
配列番号57:抗体#A05リード(核酸配列)の可変重鎖
GAGGTGCAGCTGGTACAATCTGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGACACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCTTTTCTGGTCCTTGAGCAGTGGCTGGTCTATCCATCCGTACTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCA
配列番号58:抗体#A05ヒット(核酸配列)の可変軽鎖
CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGATGTTGGGAGTTATAACCTTGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGGGGGCAGTAAGCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGACACCTCAGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCTGCTCATATACATACAATGGGGATGTCTTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTA
配列番号59:抗体#A05リード(核酸配列)の可変軽鎖
CAGTCTGCCCTGACTCAGCCTGCCTCCGTGTCTGGGTCTCCTGGACAGTCGATCACCATCTCCTGCACTGGAACCAGCAGTGATGTTGGGAGTTATAACCTTGTCTCCTGGTACCAACAGCACCCAGGCAAAGCCCCCAAACTCATGATTTATGGGGGCAGTAAGCGGCCCTCAGGGGTCCCTGACCGATTCTCTGGCTCCAAGTCTGGCAACACCGCCTCCCTGACCATCTCTGGGCTCCAGGCTGAGGACGAGGCTGATTATTACTGCAGCTCATATACATACAGCGGGGATGTCTTCGGAACTGGGACCAAGGTCACCGTCCTA
配列番号60:抗体#A05ヒット及びリード(アミノ酸配列)の重鎖のCDR-1
GHTFTGYY
配列番号61:抗体#A05ヒット及びリード(アミノ酸配列)の重鎖のCDR-2
INPNSGGT
配列番号62:抗体#A05ヒット及びリード(アミノ酸配列)の重鎖のCDR-3
ARDLFWSLSSGWSIHPYYFDY
配列番号63:抗体#A05ヒット及びリード(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-1
SSDVGSYNL
配列番号64:抗体#A05ヒット及びリード(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-2
GGS
配列番号65:抗体#A05ヒット(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-3
CSYTYNGDV
配列番号66:抗体#A05リード(アミノ酸配列)の軽鎖のCDR-3
SSYTYSGDV
配列番号67:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-1であって、Xは、Q及びEからなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、M(メチオニン)及びV(バリン)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
X1X2QLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAS
配列番号68:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-2
MHWVRQAPGQGLEWMGW
配列番号69:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-3
NYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYC
配列番号70:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の重鎖のFR-4
WGQGTLVTVSS
配列番号71:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-1
QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGT
配列番号72:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-2
VSWYQQHPGKAPKLMIY
配列番号73:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-3であって、Xは、D(アスパラギン酸)及びG(グリシン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、T及びNからなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、S及びTからなる群から選択されるあらゆる残基である。
KRPSGVPDRFSGSKSX1X2X3ASLTISGLQAEDEADYYC
配列番号74:抗体#A05ファミリー(アミノ酸配列)の軽鎖のFR-4
FGTGTKVTVL
配列番号75:軽鎖定常領域(ラムダ)(核酸配列)
GGACAGCCCAAGGCTGCCCCCTCGGTCACTCTGTTCCCGCCCTCCTCTGAGGAGCTTCAAGCCAACAAGGCCACACTGGTGTGTCTCATAAGTGACTTCTACCCGGGAGCCGTGACAGTGGCCTGGAAGGCAGATAGCAGCCCCGTCAAGGCGGGAGTGGAGACCACCACACCCTCCAAACAAAGCAACAACAAGTACGCGGCCAGCAGCTACCTGAGCCTGACGCCTGAGCAGTGGAAGTCCCACAAAAGCTACAGCTGCCAGGTCACGCATGAAGGGAGCACCGTGGAGAAGACAGTGGCCCCTACAGAATGTTCA
配列番号76:重鎖定常領域-ヒトIgG1アロタイプG1m3(核酸配列)
GCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号77:重鎖定常領域-ヒトIgG2アロタイプG2h(核酸配列)
GCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCTCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCAGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAACTTCGGCACCCAGACCTACACCTGCAACGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGACAGTTGAGCCCAAATCTTCTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCACCTGTGGCAGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCACGGGAGGAGCAGGCCCAGAGCACGTTCCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTTGTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCGCTGTCTCCAACAAAGGCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAACCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACACCTCCCATGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号78:重鎖定常領域-SEED(AG)(核酸配列)
GCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号79:重鎖定常領域-SEED(GA)(核酸配列)
GAGCCCAAATCTTCTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCACCGTCGGAGGAGCTGGCCCTGAACGAGCTGGTGACGCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGCTGCAGGGGTCCCAGGAGCTGCCCCGCGAGAAGTACCTGACTTGGGCACCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGTATACTGCGCGTGGCAGCCGAGGACTGGAAGAAGGGGGACACCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCGACCGCTCCCCGGGT
配列番号80:ヒトFGFR1b-IIIb細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPSPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKHSGINSSDAEVLTLFNVTEAQSGEYVCKVSNYIGEANQSAWLTVTRPALEERPAVMTSPLYLE
配列番号81:ヒトFGFR1b-IIIc細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPSPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKTAGVNTTDKEMEVLHLRNVSFEDAGEYTCLAGNSIGLSHHSAWLTVLEALEERPAVMTSPLYLE
配列番号82:マウスFGFR1b-IIIb細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPAPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKHSGINSSDAEVLTLFNVTEAQSGEYVCKVSNYIGEANQSAWLTVTRPVAKALEERPAVMTSPLYLE
配列番号83:マウスFGFR1b-IIIc細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPAPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKTAGVNTTDKEMEVLHLRNVSFEDAGEYTCLAGNSIGLSHHSAWLTVLEALEERPAVMTSPLYLE
配列番号84:ヒトFGFR1 D2-His6(アミノ酸配列)
RPSPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRHHHHHH
配列番号85:ヒトFGFR1-IIIc D3-His6(アミノ酸配列)
RPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKTAGVNTTDKEMEVLHLRNVSFEDAGEYTCLAGNSIGLSHHSAWLTVLEALEERPAVMTSPLYLEHHHHHH
配列番号86:HISタグを有するヒトFGFR1b-IIIb細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPSPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKHSGINSSDAEVLTLFNVTEAQSGEYVCKVSNYIGEANQSAWLTVTRPALEERPAVMTSPLYLEHHHHHH
配列番号87:HISタグを有するヒトFGFR1b-IIIc細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPSPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKTAGVNTTDKEMEVLHLRNVSFEDAGEYTCLAGNSIGLSHHSAWLTVLEALEERPAVMTSPLYLEHHHHHH
配列番号88:Hisタグを有するマウスFGFR1b-IIIb細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPAPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKHSGINSSDAEVLTLFNVTEAQSGEYVCKVSNYIGEANQSAWLTVTRPVAKALEERPAVMTSPLYLEHHHHHH
配列番号89:Hisタグを有するマウスFGFR1b-IIIc細胞外ドメイン(アミノ酸配列)
RPAPTLPEQDALPSSEDDDDDDDSSSEEKETDNTKPNPVAPYWTSPEKMEKKLHAVPAAKTVKFKCPSSGTPNPTLRWLKNGKEFKPDHRIGGYKVRYATWSIIMDSVVPSDKGNYTCIVENEYGSINHTYQLDVVERSPHRPILQAGLPANKTVALGSNVEFMCKVYSDPQPHIQWLKHIEVNGSKIGPDNLPYVQILKTAGVNTTDKEMEVLHLRNVSFEDAGEYTCLAGNSIGLSHHSAWLTVLEALEERPAVMTSPLYLEHHHHHH
配列番号90:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の重鎖の代替CDR-3であって、Xは、S(セリン)、G(グリシン)、A(アラニン)、又はV(バリン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、T(スレオニン)又はK(リジン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、F(フェニルアラニン)、Y(チロシン)、又はI(イソロイシン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、P(プロリン)、L(ロイシン)、A(アラニン)、T(スレオニン)、及びH(ヒスチジン)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
ARXDWXDX
配列番号91:抗体#A08ヒット(アミノ酸配列)の代替的な可変重鎖であって、Xは、Q(グルタミン)又はE(グルタミン酸)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、S(セリン)、G(グリシン)、A(アラニン)、又はV(バリン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、T(スレオニン)又はK(リジン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、F(フェニルアラニン)、Y(チロシン)、又はI(イソロイシン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、P(プロリン)、L(ロイシン)、A(アラニン)、T(スレオニン)、及びH(ヒスチジン)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
X1VQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLNSVTAADTAVYYCARX2X3DWX4DX5WGQGTLVTVSS
配列番号92:#B10-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWYDPWGQGTLVTVSS
配列番号93:#A02-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWFDLWGQGTLVTVSS
配列番号94:#G04-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWYDLWGQGTLVTVSS
配列番号95:#D02-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWIDTWGQGTLVTVSS
配列番号96:#D01-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWFDHWGQGTLVTVSS
配列番号97:#C01-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWFDAWGQGTLVTVSS
配列番号98:#A07-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する可変重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWYDPWGQGTLVTVSS
配列番号99:#A08リード-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)の代替的な重鎖であって、Xは、Q(グルタミン)又はE(グルタミン酸)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、S(セリン)、G(グリシン)、A(アラニン)、又はV(バリン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、T(スレオニン)又はK(リジン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、Xは、F(フェニルアラニン)、Y(チロシン)、又はI(イソロイシン)からなる群から選択されるあらゆる残基であり、且つXは、P(プロリン)、L(ロイシン)、A(アラニン)、T(スレオニン)、及びH(ヒスチジン)からなる群から選択されるあらゆる残基である。
X1VQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARX2X3DWX4DX5WGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号100:#B10-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWYDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号101:#A02-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWFDLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号102:#G04-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWYDLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号103:#D02-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWIDTWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号104:#D01-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号105:#C01-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARATDWFDAWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号106:#A07-SEED(AG)抗体(アミノ酸配列)に対する重鎖
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTSYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGTDWYDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPFRPEVHLLPPSREEMTKNQVSLTCLARGFYPKDIAVEWESNGQPENNYKTTPSRQEPSQGTTTFAVTSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKTISLSPG
配列番号107:#B10-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGCCACCGATTGGTACGACCCGTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACTGTCTCTTCAGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号108:#A02-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGCGACCGACTGGTTTGACCTCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCTTCAGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号109:#G04-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGGACGGACTGGTATGACCTCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCTTCGGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号110:#D02-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGGACTGATTGGATCGACACCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACTGTCTCCTCAGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号111:#D01-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAACTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGCCACGGATTGGTTTGACCACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号112:#C01-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGCGACCGATTGGTTTGACGCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCTTCAGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
配列番号113:#A07-SEED(AG)抗体(核酸配列)に対する重鎖
CAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGGGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGCAGTAATAACTGGTGGAGTTGGGTCCGCCAGCCCCCAGGGAAGGGGCTGGAGTGGATTGGGGAAATCTATCATAGTGGGAGCACCAGCTACAACCCGTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACAAGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGTCCTCTGTGACCGCCGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGGTACTGACTGGTATGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGCTAGCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGGCCCTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCTAGAACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACGATATCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCTTCCGGCCAGAGGTCCACCTGCTGCCCCCATCACGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGCACGCGGCTTCTATCCCAAGGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTTCCCGGCAGGAGCCCAGCCAGGGCACCACCACCTTCGCTGTGACCTCGAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGATGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGACCATCTCCCTGTCCCCGGGT
以下に示す実施例は、本発明の特定の実施形態を例示することを意図しており且つ本明細書又は特許請求の範囲の趣旨を何れの方法でも限定することを意図していない。
実施例1-抗FGFR1アンタゴニスト抗体の作成及び性質決定
1.1.一過性且つ安定したヒト及びマウスFGFR1発現の作成
NCBI参考文献NP_075594、NP_056934(それぞれ、配列番号80~83)に基づく、ヒト及びマウスのFGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIcの細胞外ドメインをコード化するcDNAを、C末端6-ヒスチジンタグを用いた遺伝子合成によって作成した。cDNAを哺乳類発現ベクターpVAC2ベクター(InvivoGen)へサブクローニングして、胎盤アルカリ燐酸分解酵素のGPIアンカードメインと融合されたFGFR1たんぱく質をコード化した。
Expifectamine(Thermofischer)を用いてExpi293細胞をトランスフェクトし、Nucleofection systemを用いてコード化するベクターによってNucleofector II Device(Amaxa Biosystems)を用いてCHO細胞をトランスフェクトし、続いてハイグロマイシンBを用いて選択した。ミニプールを、FACSを用いてFGFR1発現についてスクリーニングした。単一細胞を、FACSによって最良のミニプールからソートして拡大した。FGFR1の発現が最も高いクローンをFACSにより選択した。
3日後、一次抗体として抗FGFR1-IgG1(1μg/mL及び10μg/mL)又は対照抗体(1μg/mL及び10μg/mL)を用いてFACSによってFGFR1細胞表面発現を評価し、二次抗体としてR-フィコエリトリン共役型AffiniPure F(ab’)2断片ヤギ抗ヒトIgGである、Fcγ Fragment Specific(Jackson Immuno Research#109-116-098)を用いた。
1.2.組換えたんぱく質の調製
組換えヒトFGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIc細胞外ドメイン(配列番号80、配列番号81)を、6-ヒスチジンタグに融合させた。FGFR1融合構築物は、標準的な組換えDNA技術を用いて調製した。一過性発現のためにPEIを用いてHEK293細胞へDNAをトランスフェクトした。ニッケルキレートアフィニティーカラム及びイミダゾール溶出によって細胞上清からたんぱく質を精製した。精製たんぱく質についてQC分析を行った:還元及び非還元条件下におけるSDS PAGE、純度及び見かけMW測定のためのSEC、濃度測定のためのUV分光法、並びにエンドトキシン汚染測定のためのLimulus Amebocyte Lysateアッセイ。FGFR1のFGF1又はFGF2誘導リン酸化を阻害する能力によって、たんぱく質をインビトロで機能的に試験した(実施例1.10.を参照)。マウス、ラット、カニクイザル、及びアカゲザルのFGFR1a-IIIc His6タグをCreative BioMart及びSino Biologicalsから購入し、ヒトFGFR2及びFGFR3His6タグをSino Biologicalsから購入した。
1.3.動物
抗FGFR1ヒトモノクローナル抗体を、ヒト抗体遺伝子であるヒト軽鎖(VLCL又はVKCK)及びヒトVHを発現するトランスジェニックラット(Open Monoclonal Technologies,Inc./Ligand Pharmaceuticals,Inc.より認可されたOmniRats)を用いて、重鎖のラット定常領域を発現させながら作製した(Geurts et al.2009,Menoret et al.2010,Ma et al.2013,Osborn et al.2013)。
1.4.ファージディスプレイ技術を用いた抗FGFR1抗体の作成
FGFR1に特異的なモノクローナル抗体を、ファージディスプレイ技術、並びにHisタグ化ヒトFGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIc抗原を用いて作成した。ドナー由来の重鎖及び軽鎖の自然な多様性を有するヒトファージscFv抗体ライブラリを、パニングに用いた。いくつかの異なるアームを使用して、ヒトFGFR1と特異的に結合するscFvを選択した(3~4回の選択)。17944個のファージクローンをELISAによってスクリーニングして、458個の個々のFGFR1結合体を同定した。79のクローンが、FGFR2、FGFR3、又はFGFR4ではなく、FGFR1へ特異的に結合することがELISAによって確認された。これらのうち、25のクローンは、FACSによってFGFR1を発現する細胞との結合を示した。20のユニークなクローンを、IgG1発現のため成功裏に再フォーマットした。FGFR1のリン酸化をブロックする能力に基づいて、ヒット候補を選択した(実施例1.10.を参照)。FGFR1との結合は当初ELISAによって測定され、後にBiacoreによって定量され(実施例1.8.を参照)、そしてFACSによってFGFR1発現細胞との結合が定量された(実施例1.7.を参照)。mAb#A05を含む3つの候補が事前定義されたプロファイルに適合した。
1.5.ラットハイブリドーマに由来する抗FGFR1抗体の作成
あるいは、FGFR1に対する完全ヒトモノクローナル抗体を作製するために、トランスジェニックラットであるOmniRatsTMを、ヒトFGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIc抗原(配列番号80及び配列番号81)のHisタグD2-D3で免疫した。前述のように、複数部位での反復免疫化のために一般免疫化スキームを使用した(Kilpatrick et al.1997)。血清免疫応答はFGFR1過剰発現細胞を用いてFACSによりモニターした。
リンパ節からの細胞を単離し、骨髄腫細胞と融合させて、従来のPEG法を用いてハイブリドーマを作成した。HAT培地中のフラスコ内で10日間培養した後、上清を回収し、細胞を凍結した。FGFR1を過剰発現する細胞への結合について、上清をFACSによって試験した。
モノクローナルなハイブリドーマ細胞を96ウェルプレート中で単一に選別し、HAT培地中で数日間増殖させた。マウスFGFR1を発現する細胞への結合について、7896上清を試験した。ELISAによって414の上清がFGFR1と結合することを確認した。177のユニークなクローンを再フォーマットし、IgGとして発現した。ELISAによって27のクローンがFGFR1と結合することを確認し、FACSによってFGFR1発現細胞と結合することを確認した(実施例1.7.を参照)。
ファージ又はハイブリドーマから選択されたいずれの抗体も、D2ドメイン(配列番号84)と結合し(ELISAによって試験した通り)、リガンドの非存在下においてpFGFR1を阻害することができなかった(データ示さず)。
次に、FGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIcの混合物を用いてOmniRatsの別の免疫化を行い、耐性を破壊して、多様性を増加させた。FGFR1発現細胞とのそれらの結合に基づいて138のハイブリドーマ上清を選択した。全てのユニークなクローンを再フォーマットし、IgGとして発現した。mAb#A08を含むELISAによって、FGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIc、マウスFGFR1a-IIIc及びFGFR1のD2ドメインに、21のクローンが結合することを確認した。
1.6.抗体発現及び精製
抗体の重鎖及び軽鎖を、pTT5ベクター中へ別々にサブクローニングし、ExpiFectamineトランスフェクション試薬を用いたトランスフェクション後にExpi293細胞中で一時的に共発現させた。細胞を、5%CO加湿インキュベーター内において37℃で振盪しながら7日間インキュベートした。条件培地を回収し、遠心分離して、細胞片を除去した。標準的な方法を用いてたんぱく質Aアフィニティークロマトグラフィーによって、抗体を培養上清から精製した。精製たんぱく質について次のQC分析を行った:還元及び非還元条件下におけるSDS PAGE、純度及び見かけMW測定のためのSEC、濃度測定のためのUV分光法、並びにエンドトキシン汚染測定のためのLimulus Amebocyte Lysateアッセイ。
1.7.抗FGFR1抗体に対する細胞ベース結合アッセイ
細胞株との抗FGFR1抗体の結合を、FACSによって評価した。簡単に述べれば、おおよそ1×10のFGFR1発現細胞を、100~0nMの範囲の抗FGFR1抗体の段階希釈を含有するFACS緩衝剤(1%FBSを有するDPBS)中に再懸濁し、氷上で30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、FITC共役ヤギ抗ヒトIgG Fc抗体(Jackson ImmunoResearch Laboratories#109-096-098)を含有するFACS緩衝剤中に、氷上で30分間再懸濁した。次いで、細胞を遠心分離し、7-AAD及び1%中性緩衝ホルマリンを含有するFACS緩衝剤中に再懸濁した。分析はGuava EasyCyte機器(MilliporeSigma)で行った。血流強度中央値(MFI、Median Flow Intensity)を抗体濃度に対してプロットし、GraphPad Prismソフトウェアを用いてEC50値を計算した。mAbs#A08及び#A05は、ヒト及びマウスFGFR1発現細胞に対して高度に特異的であり、対照親Expi293細胞への結合を示さなかった(データ示さず)。
1.8.FGFR1に対する抗FGFR1 mAb変異体のKの判定
FGFR1に対する抗FGFR1抗体の結合親和性は、以下のようにGE Healthcare BIAcore4000装置を用いて表面プラズモン共鳴(SPR)によって測定した。製造業者によって記載された手順に従って、遊離アミノ基への直接カップリングを用いてBIAcoreカルボキシメチル化デキストランCM5チップ上に、ヤギ抗ヒトFc抗体(Jackson ImmunoResearch Laboratories#109-005-098)を最初に固定化した。次いで、抗体をCM5バイオセンサ・チップ上に捕獲して、おおよそ200応答単位(RU)を達成した。結合測定は、実行中のHBS-EP+緩衝剤を用いて行った。HisタグFGFR1たんぱく質の2倍希釈系列を、25℃において30μl/分の流速で注入した。会合速度(kon、mol/秒ごと)及び解離速度(koff、秒ごと)を、簡単な1:1Langmuir結合モデル(Biacore 4000 Evaluation Software)を用いて計算した。平衡解離定数(K、モル)をkoff/kon比として算出した。
上記のように同定された抗FGFR1抗体の1つ(mAb#A08)は、10×10-12及び17×10-12Mの類似する親和性で、FGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIcと結合した(表1)。抗FGFR1抗体mAb#A05はFGFR1b-IIIbとFGFR1b-IIIcとの両方に結合していた(ELISA試験で示される通り)が、FGFR1b-IIIcに対するSPRによって測定した結合は、10×10-12Mの親和性を示した。
1.9.他のファミリーメンバーに対するFGFR1との結合選択性
抗体の結合選択性を、異なるFGFRファミリーメンバーである、FGFR1、FGFR2、FGFR3、及びFGFR4に対してELISAにより試験した。簡単に述べれば、1%ウシ血清アルブミンでブロッキングした後、異なるHis6タグFGFRたんぱく質でプレートを一晩コーティングし、1又は0.1μg/mlの抗FGFR1抗体を室温で1時間インキュベートした。洗浄後、結合した抗体をペルオキシダーゼaffiniPure F(ab’)2断片ヤギ抗ヒトFc(Jackson ImmunoResearch Laboratories#109-036-098)と共に室温で1時間インキュベートし、TMB HRP基質溶液(BioFx Lab#TMBW-1000-01号)を用いて検出を行った。0.1μg/mlでは、mAb#A05のみがFGFR2及びFGFR4に対して強いシグナルを示したが、mAb#A08はFGFR2と非常に弱い結合を示した(データ示さず)。
FGFR1、FGFR2、及びFGFR3に対するmAb#A08の結合親和性は、実施例1.8.に開示したプロトコルと類似するプロトコルを用いてSPRにより測定したが、以下の改変を加えた:FGFR2及びFGFR3については、段階希釈を1000nMで開始した。動力学的プロファイル(図2)は、mAb#A08が緩衝剤陰性対照と類似するプロファイルを有するため、したがってFGFR2又はFGFR3には結合しないということを明らかに示す。mAb#A08は、類似する親和性プロファイルで、FGFR1-IIIb及びFGFR1-IIIcと特異的に結合する(表1もまた参照されたい)。
1.10.NCI-H520細胞株におけるホスホFGFR1(pFGFR1)の阻害
FGFR1活性化の阻害については、NCI-H520細胞(肺扁平上皮がん由来)を、10%FCS含有RPMI培地中で2×10細胞/ウェルに蒔き、37℃において5%COで一晩インキュベートした。培地を無血清RPMI培地で置換することにより、細胞を24時間絶食させた。抗FGFR1抗体又は一本腕分子(すなわち、一価SEED体)の五倍段階希釈をOptimem培地で調製し、37℃で45分間細胞に加えた。ヒトFGF1(Biomol#50440.50)又はFGF2(Biomol#50361.50)をヘパリン(Sigma Aldrich#H3149)と混合し、37℃で10分間、100ng/mlのFGF1又は及びFGF2の5μg/mlのヘパリンの最終濃度を細胞に添加した。細胞を洗浄し、トリトン溶解緩衝剤で氷上において20分間溶解した。溶解した細胞を、遠心分離によって、可溶化液フィルタープレートを通して濾過した。Luminex装置で検出するために、捕獲用ウサギ抗FGFR1(細胞シグナル伝達、クローンD8E4)、並びにマウス抗ホスホFGFR(Tyr653/654)(細胞シグナル伝達クローン55H2)、及びロバ抗マウスPE(Dianova#715-116-151)で被覆したビーズを用いて、リン酸化FGFR1(pFGFR1)を定量した。未処理対照(非刺激性)を100%として設定し、抗体処理試料を%対照として計算した。pFGFR1の%対照を抗体濃度に対してプロットし、GraphPad Prismソフトウェアを用いてIC50値を計算した(表2)。抗FGFR1抗体の活性を、FGFR1リガンドを捕捉するためにFcドメインへ融合したFGFR1の細胞外ドメインからなる分子(国際公開第2005037235号パンフレット)であるFGFトラップの活性と比較し、FP-1039(国際公開第2007014123号パンフレット)、並びにFGFR1-IIIb及びFGFR1-IIIcと結合するIMC-H7とFGFR1-IIIcのみに結合するIMC-A1との他の2つの抗FGFR1(国際公開第2005037235号パンフレット)として示す。全ての分子はFGF-1及びFGF2誘導細胞においてpFGFR1を阻害したが、FGF-1039及びmAb#A08のみがFGF1の存在下においてpFGFR1を完全に阻害した。mAb#A08は4/0.2nMのIC50で最強の阻害活性を示し、mAb#A05はそれぞれFGF1-/FGF2-誘導pFGFR1に対して1/1nMのIC50を示した。このアッセイでは、mAb#A08及びIMC-H7のみがリガンド非依存性pFGFR1を阻害した。
実施例2-mAb#A08及びmAb#A05の最適化
2.1.重鎖及び軽鎖変異体
重鎖及び軽鎖可変領域におけるフレームワーク領域とCDR配列との両方を改変することによって、mAb#A08及びmAb#A05重鎖(配列番号1及び配列番号26;VH)の可変領域のアミノ酸配列、並びにmAb#A08及びmAb#A05軽鎖(配列番号2及び配列番号28;VL)の可変領域のアミノ酸配列を、別々に改変した。これらの配列改変の目的は、その位置で見出される最も相同なヒト生殖系列残基にフレームワークアミノ酸残基を変異させること、関連する細胞アッセイにおける効力を増加させること、Asp異性化、Asn脱アミド化、及びMet酸化を防止することによって分子の製造可能性を改善すること、又はインシリコ同定ヒトT細胞エピトープの抗体を枯渇させることでヒトにおける免疫原性を減少又は消滅させることのいずれかである。
ヒトIgG1重鎖アイソタイプとして2つの重鎖変異体(配列番号24及び配列番号27)を構築し、#A08VHリード(配列番号24に対応する;#A08リードの重鎖)及び#A05VHリード(配列番号27、#A05リードの重鎖)とそれぞれ示した。IMGT命番方式に従って、次の突然変異を作った:
-#A08 VHリード:N92S
-#A05 VHリード:Q1E、M2V
さらに、mAbA08(配列番号6~17)の重鎖可変領域のCDRのアミノ酸配列中に、次のようないくつかの突然変異が生じた:
-#A08 CDR1:S35G(配列番号6)又はS31N、N37H(配列番号7)
-#A08 CDR2:T65V(配列番号8)
-#A08 CDR3:G107A、P、Q、A、L、H、S、若しくはTからなる群から選択されるあらゆる残基であるXを有するP117X(配列番号9);G107A、F115Y(配列番号10)、G107A、F115I、P117T(配列番号11)、G107S(配列番号12)、F115I、P117A(配列番号13)、F115Y、P117L(配列番号14)、S若しくはV(配列番号15)からなる群から選択されるあらゆる残基であるXを有するG107X、G107A、T108K、P117A(配列番号16)、又はG107A、F115Y(配列番号17)
ヒトラムダバックグラウンドにおいて、2つの軽鎖変異体を構築した。そして#A08 VLリード(配列番号25、#A08リードの軽鎖)が示され、且つ#A05 VLリード(配列番号29、#A05リードの軽鎖)が次の変異体を含む(IMGTナンバリングに従う;下線を引いた残基はCDRの1つに位置する):
-#A08 VLリード:Q1S、A2Y
-#A05 VLリード:D84G、T85N、S86T、C105S、N114S
オリジナル及び変異体の重鎖及び軽鎖を可能な全ての対での組み合わせで組み合わせて、多数の機能的な完全ヒト抗FGFR1抗体を作成した。ヒット最適化候補をFGFR1へのそれらの結合活性に基づいて選択した(ELISA及びFACSによる)。
実施例3-SEED体産生及び試験
3.1.バイオプロダクション、清澄、及び精製
配列番号46並びに配列番号41(重鎖)及び配列番号50(軽鎖)に対応するアミノ酸配列を有する一価SEED体#A08を、CHO-LF細胞から作製した(増強ADCCのためのアフコシル化たんぱく質作成)。細胞培養は、250L単回使用バイオリアクタ中においてバッチモードで行った。37℃でグルコースを補充した専用CHO流加増殖培地中において、細胞を増殖させた。培養物には、接種後3、5、7、及び10日目に、独自の飼料成分の混合物を与えた。
バイオリアクタ運転からの粗条件培地を、2.2mのMillistak+Pod D0HC(Millipore MD0HC10FS1)及び1.1m2のMillistak+Pod X0HC(Millipore#MX0HC01FS1)フィルターを用いて浄化し、続いてMillipore Opticap XL3 0.5/0.2μmフィルター(Millipore#KHGES03HH3)により末端濾過した。
次いで、SEED体を標準的な方法を用いて精製し、10mMヒスチジン中に製剤化した。このSEED体#A08は、続く全アッセイで使用された(3.2.~3.8.項を参照)。#A08の重鎖及び軽鎖をまた用いて、続いてのアッセイでもまた用いられた標準IgG1抗体もまた構築した(3.2.項及び3.3.項を参照)。
3.2.親和性測定
抗FGFR1 SEED体(一価)及びIgG1(二価)の親和性を、実施例1.8.に記載したプロトコルと類似するプロトコルを用いてBiacoreにより比較した。SPR実験は、SEED本体及びIgG1フォーマットについて、FGFR1b-IIIcに対する類似の結合親和性を測定した。一価分子へのフォーマッティングは、Fab部分の結合動力学を変化させなかった(データ示さず)。
3.3.H520細胞におけるリガンド依存及び独立pFGFR1の阻害
実施例1.10.に記載されたプロトコルと類似するプロトコルを用いて、二価(IgG1)及び一価(SEED体)としての抗体の活性を比較した。データは、一価フォーマットへ再フォーマットされた場合、全ての抗体が約10倍高いIC50を有するということを示し、これはおそらく細胞面上における結合力の消失によるものである(表3)。クローン#A08のみが、それぞれ70、6、及び20nMのIC50を有するFGF1、FGF2誘導の両方において及びリガンドの非存在下において、一価分子として阻害活性を保持する。同様の知見がFRS2及びErk1/2のリン酸化といった下流シグナル伝達イベントについても得られた(データ示さず)。
3.4.DMS53及びNCI-H520細胞によるADCCアッセイ
ADCCを誘導する抗FGFR1抗体の能力を、ADCCレポーターバイオアッセイコアキット(Promega#G7018)を用いて評価した。簡単に述べれば、DMS53(ヒト小細胞肺がん由来)又はNCI-H520標的細胞を、96ウェルプレート中の1.25×10細胞/ウェルに蒔き、低IgG血清を含有する培地中で一晩増殖させた。次いで、予め加温したADCCアッセイ緩衝剤で培地を置き換えた。抗体の五倍段階希釈を、予め加温したADCCアッセイ緩衝剤中の6:1(エフェクター:標的細胞)の比で、エフェクター細胞(キットに付属のJurkat NFAT-luc)と共に細胞へ加えた。プレートを37℃で6時間インキュベートした。プレートを室温で15分間平衡化した後、Bio-Gloルシフェラーゼアッセイ試薬を添加した。室温で5分間インキュベートした後、Envision2104プレートリーダーを用いて発光を測定した。発光量は、シグナル(誘導マイナスバックグラウンド)/シグナル(抗体対照マイナスバックグラウンドなし)の比として計算した。発光量を抗体濃度に対してプロットした。フコースの存在又は非存在下におけるCHO-LF細胞中に産生された、対照のアフコシル化抗EGFR(EGFR陽性DMS53細胞の陽性対照)、アフコシル化抗CD20(陰性対照)、抗FGFR1を、DMS53(図3a)及びNCI-H520(図3b)細胞に対するADCC活性について比較した。アフコシル化抗FGFR1 SEED体はDMS53及びNCI-H520細胞の両方のADCCを誘導したが、CHO-LF細胞で作成されたフコシル化たんぱく質は中等度のADCCを誘導した。
3.5.DMS53腫瘍異種移植片
7~9週齢のH2d RAG3マウス(Taconic)を、Matrigel(BD#354234)で5×10DMS53細胞と共に皮下注射した。腫瘍を増殖させ、動物を無作為に10匹ずつ5群に分けて、平均腫瘍量をおおよそ115mmとした。群を、媒体(10mMヒスチジン緩衝剤中)又はSEED体#A08と共に、25、12、6、3mg/kg(処方緩衝剤、実施例3.1.参照)で週に二回腹腔内投与した。動物を毎日チェックし、体重を週2回測定した。腫瘍は長さ及び幅をまとめて週2回測定した。腫瘍量は次の式を用いて算出した:長さ×幅×幅/2。
(一価)SEED体抗FGFR1は、DMS53異種移植片の増殖を用量依存的に阻害し、6mg/kgで強い腫瘍増殖阻害を既に誘導した(図4a)。DMS53モデルは媒体処理マウスで悪液質を誘発したが、SEED体#A08処理マウスでは安定した体重が観察された(図4b)。
最後の治療から19日後、実施例1.10.に記載したものと類似するプロトコルを用いてpFGFR1のレベルを測定するために、腫瘍を採取した。
図5は、SEED体#A08での処理による、DMS53異種移植片中のpFGFR1の用量依存性インビボ阻害を示す。完全阻害(検出下限)は12mg/kgで得られた。
3.6.NCI-H226異種移植片モデル
11週齢のH2d RAG3マウス(Taconic)を、2.5×10NCI-H226細胞(ヒト肺扁平上皮がん、中皮腫由来)と共に脇腹へ皮下注射した。47~94mmの範囲の腫瘍量に達するまで腫瘍を増殖させ、動物を10匹からなる6群にランダム化した。群を、媒体(10mMヒスチジン緩衝剤中)又はSEED体#A08と共に50mg/kg(実施例3.1.に従って処方)で週に二回腹腔内投与した。動物を毎日チェックし、体重を週2回測定した。腫瘍は長さ及び幅をまとめて週2回測定した。腫瘍量は次の式を用いて算出した:長さ×幅×幅/2。
(一価)SEED体抗FGFR1は、標準治療(ペメトレキセル/シスプラチン)のうち1つと同様に、NCI-H226異種移植片の増殖を阻害した(データ示さず)。体重は全群において影響を受け、モデルに関連した影響が示唆された(データ示さず)。
3.7.FGF23のマウス血漿レベルに対するSEED体の効果
SEED体#A08(一価の形態として)がpan-FGFR阻害剤と同様の作用をインビボで有するかどうかを試験することが重要であった。FGF23経路への干渉により、血漿FGF23レベルの上昇がした(Wohrle et al.2013,Yanochko et al.2013)。媒体、20mg/kgのpan-FGFR阻害剤(BGJ39)、並びに12、50、及び100mg/kgのSEED体#A08を注射したマウスの血漿試料を、24時間後に採取し、製造者の勧告に従いマウスFGF-23ELISAキット(Millipore#EZMFGF23-43K)を用いてマウスFGF23の定量を行った。データは、pan-FGFR阻害剤とは対照的に、SEED体#A08が、全ての試験用量について血漿中のホルモン性FGF23レベルを修飾しないということを示している(図6)。
実施例4-エピトープマッピング
4.1.ドメインマッピング
抗FGFR1抗体のドメインレベルエピトープマッピングを、ドメインD2(配列番号84に対応する、配列番号81の残基1~142)及びD3(配列番号85に対応する、配列番号81の残基142~164)についてのFGFR1b-IIIc(配列番号81)の部分構築物を作成することによって確立した。これらのD2ドメインに対する抗体結合を、ELISA及びD2によって試験した(図7)。データは、mAb#A08がD2ドメインと結合し、且つmAb#A05がD2と結合しないことを示した。ELISAデータはまた、FGFR1b-IIIb及びFGFR1b-IIIcの両方とmAb#A05が結合するということも実証した。SPRデータは、D2ドメインへのmAb#A08の結合、及びD3ドメインへのmAb#A05の結合を確認した(データ示さず)。
4.2.水素重水素交換によるエピロープマッピング
FGFR1抗原(配列番号81)の細胞外ドメインを重水(D2O)溶液中でインキュベートして、過剰な抗FGFR1Fab又は非特異的Fabの存在下又は非存在下において、たんぱく質骨格上のアミドプロトンを溶媒からの重陽子と交換できるようにした。試料をプロテアーゼで消化し、液体クロマトグラフィー質量分析(LC-MS)により分析して、各ペプチド中の重水素化レベルを判定した。
プロテアーゼ消化によって生成されるペプチドの数を減らすことによってマススペクトロメトリー分析(mass spectrometry analysis)を単純化するために、mAb#A08と対応するFabを完全IgGの代わりに使用した。それにもかかわらず、いくつかの領域は同定及び分析ができないままであった(図8における下線付きイタリック体のシーケンス部分)が、これらの領域は配列の小部分を表し、mAb#A08のエピトープ含有領域から離れたIg様ドメインD3に全て存在する。したがって、この方法は、D3ドメイン中にそのエピトープが位置するmAb#A05には使用できなかった。抗原由来のいくつかのペプチドは、Fabの存在下ではその非存在下よりも有意に減少したプロトンの重陽子との交換速度を有することが観察されたことから、これらのペプチドの少なくともいくつかの残基は、Fabと直接接触し、そしてFGFR1の三次元構造において近位であり且つ抗原の表面上の単一パッチを構成する立体構造エピトープを構成することが示唆される(図9)。
要約すると、HD交換は次の2つのペプチドの近くに位置する立体構造エピトープを同定した:
i.細胞外ドメイン及びHisタグにおける、配列番号81の残基52~63、並びに
ii.細胞外ドメイン及びHisタグにおける、配列番号81の残基79~95であって、
mAb#A08の官能性エピトープを含有する、ペプチド。
4.3.変異原性
エピトープのより微細な残基レベルのマッピングを得て、且つHD交換データを補完するために、FGFR1[(Beenken et al.2012);PDBレコード3OJV]の結晶構造の分子モデリング及び手動検査を用いて、HD交換により同定したエピトープ内及びエピトープ周囲の溶媒曝露残基を選択した。選択された残基を、アラニン(大から小)、又は選択された残基がアラニンである場合はグリシンのいずれかへ変異させた。全部で35の点突然変異体を設計し、HEK細胞中で発現させ、精製し、そして実施例1.8.に記載したような表面プラズモン共鳴を用いてmAb#A08への結合について試験した。野生型及び各突然変異体に対する抗体の親和性を測定し、これを使用して結合エネルギーに対する各エピトープ残基の寄与を計算した。
結果を表4にて概説する。変異体を野生型D2と比較した。野生型D2コンストラクト(ΔΔGmut)と比較した変異体結合のGibbs自由エネルギーの変化は、変異型Kと野生型Kとの比から得た。蛍光モニタリングした熱変性の温度中心点を、野生型及び突然変異体たんぱく質について得る。分析SECで測定したモノマーの割合を示す。K及びT1/2については、n>1の場合に平均及び標準偏差が得られる。K60A、T61A、K63A、及びK95A点突然変異体とのmAb#A08の結合の欠如は、実際にホットスポット残基の損失によるものであり、抗原の全体的なアンフォールディングによるものではないということを確認することが重要であった。変異たんぱく質の構造的完全性は、水溶液中でクエンチしたが露出した疎水性残基に結合すると蛍光を発する染料とたんぱく質をインキュベートする、蛍光モニタリングアンフォールディング(FMTU)アッセイを用いて確認した。温度が上昇すると、たんぱく質の熱変性は疎水性コア残基を露出させ、色素の蛍光の増加によってそれを観察することができる。融解曲線は、曲線の屈曲点における温度(T1/2)を決定するために(Bullock et al.1997)から適合された、式1に概説されるボルツマン方程式を用いてデータに適合される。算出したT1/2を表4にて報告する。
式1:
Figure 0007265476000001
全ての変異体は、野生型D2に類似した2つの状態遷移を示し、室温での折畳み構造を示した。変異たんぱく質の大部分は、野生型FGFR1-IIIb若しくは-IIIc又は野生型D2に類似した融点を有する。注目すべき例外には、L53A、A55G、V56A、G92A、G93A、及びY94Aの変異体が含まれ、これらの変異体は、これらの変異体の潜在的な局所的又は全体的アンフォールディングを示すFMTUアッセイにおいて、特徴のない融解曲線をそれぞれ有する。これらの潜在的に不安定な変異体のうち、突然変異Y94Aのみが結合親和性に影響を及ぼす。この残基はエピトープの近傍にあるが、チロシン側鎖はベータシートの他のエピトープ残基とは反対側に配向している。まとめると、チロシン94の側鎖原子が、mAb#A08との意味のある相互作用に関与する可能性は低い。
実施例5-親和性亢進
IgG1(二価)及びSEED体(一価)の両方としての抗体#A08を、(Rhiel et al.2014)に記載された酵母ディスプレイ技術を用いて親和性亢進させ、免疫化OmniRats及びナイーブなヒトライブラリーから軽鎖シャフリングを行い、続いてCDR-H3の簡潔な変異原性を実施した。数回の選別ラウンドの後、酵母クローンを採取し、実施例1.6.及び3.1.に記載されるようにユニークなクローンを再フォーマットした。ヒトFGFR1b-IIIb)及びヒトFGFR1b-IIIc)に対する抗FGFR1分子の結合親和性を、実施例1.9.に記載の類似するプロトコルを用いてELISAにより測定した。OD450を抗体濃度に対してプロットし、GraphPad Prismソフトウェアを用いてEC50値を計算した(図10を参照)。親和性亢進抗FGFR1分子は、より高いEC50値(mAb#A08について8pMと比較して、15pM)を示すIgG1フォーマットにおけるmAb#D01、及びSEED体#A07を除いて、両方のフォーマット(すなわち、IgG1及びSEED体)におけるmAb#A08に対して類似の結合活性を有する。最良の結果はmAb#A02及び#C01で得られ、IgG1及びSEED体フォーマットの両方におけるEC50の改善が示された。
IgG及び一価SEED体として再フォーマットした親和性亢進クローンに対するヒトFGFR1b-IIIbへの親和性を、BIAcoreにより測定(実施例1.8.に記載したものと同様のプロトコルを使用)し、mAb#08の親和性と比較した(表5)。結果は、高いKを持ち且つそれらのフォーマットに依存して異なるKを示すクローン#G04及び#D02を除いて、全てのクローンが2~4倍以内でmAb#08 Kより低いKを持つことを示した。
Figure 0007265476000002
Figure 0007265476000003
Figure 0007265476000004
Figure 0007265476000005
Figure 0007265476000006
参考文献
Figure 0007265476000007
Figure 0007265476000008

Claims (14)

  1. FGFR1と結合し、以下:
    a.H-CDR1、H-CDR2、及びH-CDR3を含む重鎖可変ドメインであって、H-CDR1、H-CDR2、及びH-CDR3が、それぞれ配列番号3、配列番号4、及び配列番号5のアミノ酸配列らなる重鎖可変ドメイン;
    ;そして、
    b.L-CDR1、L-CDR2、及びL-CDR3を含む軽鎖可変ドメインであって、L-CDR1、L-CDR2、及びL-CDR3が、それぞれ配列番号18、配列番号19、及び配列番号20のアミノ酸配列らなる軽鎖可変ドメイン
    を含む、モノクローナル抗体又はその一部。
  2. a.前記重鎖可変ドメインが、フレームワーク領域H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4を更に含み、
    i.H-FR1が、配列番号30のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、
    ii.H-FR2が、配列番号31のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、
    iii.H-FR3が、配列番号32のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、
    iv.H-FR4が、配列番号33のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、そして、
    b.前記軽鎖可変ドメインが、フレームワーク領域L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4を更に含み、
    i.L-FR1が、配列番号34のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、
    ii.L-FR2が、配列番号35のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、
    iii.L-FR3が、配列番号36のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、
    iv.L-FR4が、配列番号37のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる、請求項1に記載のモノクローナル抗体。
  3. a.重鎖可変ドメインが、配列番号1又は配列番号24のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなり、そして、
    b.軽鎖可変ドメインが、配列番号2又は配列番号25のアミノ酸配列を含むか、又はこのアミノ酸配列からなる、請求項1又は2に記載のモノクローナル抗体。
  4. 前記モノクローナル抗体が重鎖定常領域を含み、前記定常領域が、好ましくは、IgG1型、IgG2型、IgG3型、又はIgG4型から選択される、請求項1~3のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体。
  5. 前記モノクローナル抗体が、IgA/IgG重鎖定常領域を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体。
  6. 前記IgA/IgG重鎖定常領域が、配列番号46及び配列番号47からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項5に記載のモノクローナル抗体。
  7. 請求項1~6のいずれか一項に記載の、前記モノクローナル抗体の前記重鎖及び前記軽鎖の両方コード化するポリヌクレオチド。
  8. 請求項7に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
  9. 宿主細胞であって、請求項8に記載の発現ベクター、で形質転換された、宿主細胞。
  10. 前記細胞が、哺乳類細胞である、請求項9に記載の宿主細胞。
  11. 請求項1~6のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を製造する方法であって、以下のステップ:
    a.請求項9又は10に記載の宿主細胞の培養、及び、
    b.前記宿主細胞によって製造された前記抗体の単離、を含む、方法。
  12. 請求項1~6のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を含む医薬組成物、又は請求項11に記載の方法によって製造されたモノクローナル抗体。
  13. 薬剤として使用するための、請求項1~6のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体、又は請求項11に記載の方法によって製造されたモノクローナル抗体。
  14. がんの治療に使用するための、請求項1~6のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体、又は請求項11に記載の方法によって製造されたモノクローナル抗体。
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