JP7225332B2 - 量子センサーを使用したプロテオームアッセイ - Google Patents
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Description
1.個々のスピンは、歳差運動の最中に異なる場または変化する場を経験し、すなわち、msの下位レベルのエネルギー差は異なり、それにより混合状態の歳差運動の周波数は、わずかに異なる。これらが同相で歳差運動を開始する一方で、相の差異が歳差運動の周波数の差異により構築され、アンサンブル平均(ベクトルの合計)横磁化はゼロに進む。歳差運動する巨視的磁気モーメントはゼロに崩壊するため、必然的に誘導されるシグナルも崩壊する。「位相のコヒーレンス」の喪失により引き起こされるこの崩壊の特性時間は、T2または横方向の緩和時間と呼ばれる。より詳細な実験では、静的な場の差異(すなわちサンプルにわたる磁場の不均一性)による崩壊は排除され、測定中の動的な変化のみを反映する崩壊時間がしたがって、相記憶時間(phase memory time)TMと呼ばれる。この形式での横磁化の喪失は、環境とのエネルギー交換を必要としない。
2.有限温度で、スピンは、環境とエネルギー交換を行い、1つの下位レベルから別の下位レベルへと変換(flip)し得、すなわち、固有状態は、環境との相互作用により有限の寿命を有する。より正確には、環境によりもたらされる流動的(時間依存的)な電磁場は、状態の変化を誘導するように横方向のゼロではないラーモア周波数の場の成分を有する必要がある。これらの変化の結果として、歳差運動する横磁化は、磁化がz(または縦)方向に戻る際に喪失する。このプロセスに関連する特性時間(固有状態の熱的平衡集合分布へ戻るために必要な時間)はT1もしくは縦緩和と呼ばれ、または、それが環境とのエネルギー交換を必要とするため、スピン-格子緩和時間と呼ばれる。このプロセスは、T2およびTmなどの、いずれかの歳差運動崩壊時間に上限を課す。
1.目的のタンパク質の既知の濃度を含む尿の複数の較正サンプルを調製する。
2.これらの較正サンプルをダイヤモンド層の検知表面にわたり流し、タンパク質に、付着されたSOMAmerに結合するための十分な機会を提供し、任意選択でサンプル液を再循環させる。
3.洗浄液をダイヤモンド層の流体接触表面にわたり流し、洗浄液に、SOMAmerに対し非特異的な形式で結合する分子を除去するための十分な機会を提供し、任意選択で洗浄液を再循環させる。
4.NV中心を、各パルスがNV中心のms=0の状態への完全な分極をもたらすために十分に長い持続期間を有する、一連の励起光のパルスで照射する。これら励起パルス間の時間間隔τiは変動する。
5.各励起パルスの起動の直後の蛍光強度、およびスピン状態がms=0の下位レベルに完全に偏極される際の各励起パルスの末端を対象として採用される参照強度を測定する。
6.対応する参照強度で各励起パルスの起動時の蛍光強度を除算することにより正規化した強度を計算する。
7.各較正サンプルの応答プロットを、パルスpiの直前の間隔時間tiに対する各パルスpiの参照強度をプロットすることにより、作製する。
8.各較正サンプルの緩和時間T1を、形態正規化強度(form normalized intensity)=I0*exp(-τ/T1)の減衰する指数関数を適合することにより見出す。
9.タンパク質濃度vsT1の較正曲線を作成する。
10.応答プロットを作製するために、ステップ(2)~(8)を、較正サンプルの代わりに目的のサンプルを使用して反復する。
11.ステップ9の較正曲線を適用して目的の各サンプルのタンパク質濃度を決定する。
このセクションは、一連の段落として限定することなく提示される、プロテオームアッセイのさらなる態様および機構を記載し、これら全てのうちのいくつかは、明良性および効率性のためにアルファベット順に表され得る。これらの段落はそれぞれ、1つ以上の他の段落、および/または参照文献により組み込まれるいずれかの物質を含む本出願のいずれかでの開示と、任意の適切な方法で組み合わせられ得る。以下の段落の一部は、明らかに他の段落を参照しかつ他の段落をさらに限定し、限定するものではないがいくつかの適切な組み合わせの例を提供している。
a)表面を有する固体の支持体と、
b)上記表面に付着される1つ以上の種の捕捉試薬であって、
c)各種の捕捉試薬が、特定の種の標的分子に選択的に結合する、捕捉試薬と、
d)固体の支持体の表面近くに位置した色中心と、
e)上記捕捉試薬へのタンパク質分子の結合の際に色中心の性質における変化を検出するための検出器
を含む、装置。
a)1つの面が上記サンプル液と接触し、上記流体と接触する表面から5~25ナノメートル離れた色中心欠陥を含む、薄い結晶層と、
b)結合剤への分析物の結合が、色中心欠陥に対し外部の局所的な磁場に影響を与え、それにより上記色中心欠陥の挙動を検出可能に変えるように、(a)に記載される色中心欠陥のすぐ近くにある結晶層の流体と接触する表面に付着される捕捉剤と、
c)上記色中心欠陥の挙動における変化を検出する手段
を含む、装置。
a)励起光または他の光を排除しつつ、色中心欠陥からの蛍光放射を通すための、結晶層の非接触表面に結合される光学的フィルター層と、
b)強度を含む、色中心欠陥により放出される蛍光の捕捉および定量化のための、上記結晶層とは反対側で光学的フィルター層に結合される、検出層と、
c)色中心欠陥が蛍光を放出するように刺激されるように、励起光を結晶層に導入するための手段
を含む、段落Bに記載の装置。
a)励起光または他の光を排除しつつ色中心欠陥からの蛍光放射を通すための、結晶層の非接触表面に結合された、光学的フィルターを任意選択で含む光学的導波管と、
b)強度を含む、色中心の欠陥により放出される蛍光の捕捉および定量化のための、上記結晶層からの光学的導波管の反対側で位置した、検出層と、
c)色中心欠陥が蛍光を放出するように刺激されるような、励起光を結晶層に導入するための手段
を含む、段落Bに記載の装置。
a)サンプル液と、
b)上記SOMAmerまたは上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に非特異的な形式で結合する分子を除去するために使用される洗浄液と、
c)上記SOMAmerまたは上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に対して損傷または変性を引き起こすことなく、上記SOMAmerまたは上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に特異的かつ非特異的な両方の形式で結合する分子を除去するために使用される再生液
を含む、段落B13に記載の装置。
a)上記分析物の既知の濃度を含む流体の複数の較正サンプルを調製することと、
b)任意選択で上記較正サンプル液の再循環を含む、上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に上記較正サンプルを方向付けること、および上記繋留されたSOMAmerに結合するために十分な機会を上記分析物に提供することと、
c)上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に上記洗浄液を方向付けることであって、上記洗浄液に、上記SOMAmerに非特異的な形式で結合する分子を除去するための十分な機会を与え、当該機会が任意選択で、上記洗浄液の再循環を含む、方向付けることと、
d)励起光で上記窒素―空孔中心を照射することであって、上記光が、上記窒素-空孔中心の蛍光放射を誘導する周波数を含む、照射すること、および上記蛍光放射強度を測定することと、
e)マイクロ波の放射で上記窒素-空孔中心を照射することであって、上記マイクロ波の放射の周波数が、0のスピン状態から±1のスピン状態への上記窒素-空孔中心での基底状態の電子の変換を誘導する共振周波数を含むと予測される範囲にわたり変動する、照射することと、
f)上記それぞれの較正サンプルに関して、上記蛍光放射強度対上記マイクロ波の放射の周波数のプロットを作成することと、
g)分析物濃度対(f)からの上記較正サンプルのプロットのいくつかの選択された特徴の較正曲線を作成することと、
h)(f)でのようにプロットを作成するために、較正サンプルの代わりに目的のサンプルを使用して、ステップ(b)~(f)を反復することと、
i)ステップ(f)の較正曲線を適用して、上記目的のサンプルのそれぞれの分析物の濃度を決定すること
に従い上記サンプル液中で測定される、段落B18に記載の装置。
a)上記分析物の既知の濃度を含む流体の複数の較正サンプルを調製することと、
b)任意選択で上記較正サンプル液の再循環を含む、上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に上記較正サンプルを方向付けること、および上記繋留されたSOMAmerに結合するために十分な機会を上記分析物に与えることと、
c)上記ダイヤモンド層の流体と接触する表面に上記洗浄液を方向付けることであって、上記洗浄液に、上記SOMAmerに非特異的な形式で結合する分子を除去するための十分な機会を与え、当該機会が、任意選択で上記洗浄液の再循環を含む、方向付けることと、
d)一連の励起光の矩形波のパルスpiで上記窒素-空孔中心を照射することであって、上記光が、上記窒素-空孔中心の蛍光放射を誘導する周波数を含み、各パルスがそれぞれ、上記窒素-空孔中心の0スピン状態への完全な分極をもたらすために十分長い、照射すること、これらの上記記励起パルスpi間の空間τiをさらに変動させることと、
e)上記各励起パルスの起動の直後の蛍光強度、および上記各励起パルスの終わりに対し取られる、参照強度を測定することであって、上記参照強度が、スピン状態が0スピン状態に完全に偏極されるはずである場合に測定される、測定することと、
f)対応する上記参照強度で上記各励起パルスpiの起動時の蛍光強度を除算することにより正規化された強度を計算することと、
g)パルスpiの直前の間隔時間tiに対する各パルスpiの参照強度をプロットすることにより、各較正サンプルの応答プロットを作製することと、
h)式y=I0*exp(-τ/T1)(式中yは、上記各パルスpiの正規化した強度の集合からなる依存的な変数であり、独立した変数τは、上記パルスpiのそれぞれに先行する間隔時間の集合である)の減衰する指数関数を適合することにより、上記較正サンプルそれぞれの緩和時間T1を見出すことと、
i)上記較正サンプル中の既知の分析物濃度対ステップ(h)由来の緩和時間T1の較正曲線を作成することと、
j)(g)でのようなプロットを作成するために較正サンプルの代わりに目的のサンプルを使用してステップ(b)~(h)を反復すること、およびステップ(h)でのように緩和時間を見出すことと、
k)ステップ(i)の較正曲線を適用して、目的のサンプルそれぞれの分析物の濃度を決定すること
に従い上記サンプル液中で測定される、段落B18に記載の装置。
流体と接触するように較正された表面と、
それぞれが標的分子に結合するように構成される、上記表面に付着される複数の捕捉試薬と、
上記表面の近位に位置する複数の色中心と、
上記捕捉試薬の1つへの標的分子の結合に応じた色中心の少なくとも1つの性質における変化を検出するように構成された少なくとも1つの検出器
を含む、装置。
少なくとも1つの色中心を含む結晶膜と、
上記結晶膜の表面に付着され、かつ上記標的分子に結合するように構成される複数の捕捉試薬と、
励起光で上記色中心を照射し、かつ上記色中心からの電磁放射線の放出を検出するように構成される検出器アセンブリ
を含む、装置。
結晶基板の表面に付着され、かつサンプル液から標的分子を捕捉するように構成される、複数の捕捉試薬と、
上記捕捉試薬から固定距離で配置される複数の色中心であって、上記固定距離が、上記色中心の少なくとも1つの性質が、上記捕捉試薬の1つによる上記標的分子の1つの捕捉に応じて変化するために十分に小さい、複数の色中心と、
上記色中心の少なくとも1つの性質における変化を検出するように構成された検出器
を含む、装置。
サンプル液と、表面に付着されかつ標的分子に結合するように構成された捕捉試薬を接触させることと、
上記表面の近位に配置された上記色中心を、上記色中心による蛍光放射を誘導するように構成された励起光で照射することと、
1つ以上の検出器を使用して上記蛍光放射の強度を測定することと、
上記捕捉試薬に対する上記標的分子の結合に応じた上記蛍光放射の強度における変化を検出すること
を含む、方法。
上記捕捉試薬に対する上記標的分子の結合に応じた上記蛍光放射の強度における変化を検出することが、上記蛍光放射の測定された強度と上記マイクロ波の放射の周波数の間の関係に基づき上記色中心の共振挙動を同定することを含む、
D0に記載の方法。
上記第1の5位が修飾されたピリミジンが、5位が修飾されたウリジンであり、かつ
上記第2の5位が修飾されたピリミジンが、5位が修飾されたシチジンであり、または
上記第1の5位が修飾されたピリミジンが、5位が修飾されたシチジンであり、かつ
上記第2の5位が修飾されたピリミジンが、5位が修飾されたウリジンである、
段落D0~D5のいずれか1項に記載の方法。
結晶膜の表面に流体を曝露させて、上記表面に付着されている捕捉試薬を、上記流体内の標的分子に結合させることと、
上記結晶膜内の少なくとも1つの色中心により蛍光放射を誘導するように構成された励起光で上記膜を照射することと、
上記蛍光放射に基づき、上記標的分子と上記捕捉試薬の間の結合に応じた色中心の性質における変化を検出することと、
検出された変化に基づき、上記流体内の標的分子の濃度を決定すること
を含む、方法。
結晶基板を、上記結晶基板の表面に付着される複数の捕捉試薬がサンプル液内の標的分子に結合するように、上記サンプル液に曝露させることと、
上記捕捉試薬に対する上記標的分子の結合に応じた上記結晶基板内の1つ以上の色中心の性質における変化を同定すること
を含む、方法。
結晶膜を製作することと、
上記結晶膜内に複数の置換原子を埋め込むことと、
上記結晶膜内に複数の空孔を作製することと、
少なくともいくつかの置換原子を少なくともいくつかの空孔と共に配置することにより、上記結晶膜内に色中心を作製することと、
上記結晶膜の第1の表面に複数の捕捉試薬を付着させることと、
上記結晶膜の第2の表面に光検出器の層を付着させること
を含む、方法。
Claims (20)
- ラベルフリーの標的分析物を検出するための装置であって、
流体と接触するように構成された表面と、
前記表面上における複数の領域であって、各領域は特定のラベルフリーの標的分析物に結合するように構成された1つの捕捉試薬を含む、前記複数の領域と、
を含み、
前記捕捉試薬は、表面近くに配置された1つの色中心に結合され、前記色中心は、前記ラベルフリーの標的分析物の前記捕捉試薬への結合に応答して前記色中心の性質における変化を検出するように構成された1つの検出器に関連している、
装置。 - 前記ラベルフリーの標的分析物が、タンパク質であり、かつ前記捕捉試薬が、アプタマーである、請求項1に記載の装置。
- 前記アプタマーが、少なくとも1つの5位が修飾されたピリミジンを有する核酸分子である、請求項2に記載の装置。
- 前記表面が、ダイヤモンド結晶の表面であり、かつ前記色中心が、前記ダイヤモンド結晶の窒素-空孔中心である、請求項1に記載の装置。
- 前記ダイヤモンド結晶が、単結晶ダイヤモンドである、請求項4に記載の装置。
- 第1の範囲の波長を有する放射線で前記色中心を照射するように構成された光源をさらに含み、かつ前記検出器が、第2の範囲の波長を有する放射線を検出するように構成されている、請求項1に記載の装置。
- 前記性質が、前記色中心の磁気共鳴に関連する、請求項1に記載の装置。
- 外部の磁場を提供するための磁場供給源と、
前記色中心の電子の基底状態の下位レベルの共振周波数を含む範囲の周波数を有するマイクロ波の放射を提供するように構成されたマイクロ波供給源と、をさらに含む、請求項1に記載の装置。 - 標的分析物を検出するための装置であって、
流体と接触するように構成された表面と、
前記表面上における複数の領域であって、各領域は特定のラベルフリーの標的分析物に結合するように構成された複数の捕捉試薬の集合を含む、前記複数の領域と、
を含み、
前記捕捉試薬の集合は、表面近くに配置された複数の色中心の集合に結合され、前記色中心の集合は、前記ラベルフリーの標的分析物の1つ又は複数の前記捕捉試薬への結合に応答して1つ又は複数の前記色中心の性質における変化を検出するように構成された1つの検出器に関連している、
装置。 - 前記捕捉試薬が、それぞれ磁気スピンラベルを含み、かつ前記色中心の内の1つにおける磁場が、前記捕捉試薬の1つに対する標的分析物の結合に応じて変化する、請求項9に記載の装置。
- 前記検出器が、第1の下位状態から第2の下位状態への色中心での基底状態の電子の変換を誘導できる周波数を有するマイクロ波の放射で前記色中心を照射するように構成されている、請求項9に記載の装置。
- 前記表面が、ダイヤモンド膜であり、かつ前記色中心が、窒素-空孔中心である、請求項9に記載の装置。
- 前記ラベルフリーの標的分析物の1つへの前記捕捉試薬の1つの結合が、前記捕捉試薬のスピンラベルと前記色中心の間の相互作用を変化させることにより前記色中心からの電磁放射線の放射における検出可能な変化を生じる、請求項9に記載の装置。
- 前記ラベルフリーの標的分析物が、タンパク質であり、かつ前記捕捉試薬が、アプタマーである、請求項9に記載の装置。
- 前記アプタマーが、少なくとも1つの5位が修飾されたピリミジンを有する核酸分子である、請求項14に記載の装置。
- 標的分析物を検出するための装置であって、
流体と接触するように構成された表面と、
前記表面上における複数の領域であって、各領域は特定のラベルフリーの標的分析物に結合するように構成された複数の捕捉試薬の集合を含む、前記複数の領域と、
を含み、
前記捕捉試薬の集合は、表面近くに配置された1つの色中心に結合され、前記色中心は、前記ラベルフリーの標的分析物の1つ又は複数の前記捕捉試薬への結合に応答して前記色中心の性質における変化を検出するように構成された1つの検出器に関連している、
装置。 - 前記ラベルフリーの標的分析物が、タンパク質であり、かつ前記捕捉試薬が、アプタマーである、請求項16に記載の装置。
- 前記アプタマーが、少なくとも1つの5位が修飾されたピリミジンを有する核酸分子である、請求項17に記載の装置。
- 前記表面が、ダイヤモンド膜であり、かつ前記色中心が、窒素-空孔中心である、請求項16に記載の装置。
- 前記ラベルフリーの標的分析物の1つへの前記捕捉試薬の1つの結合が、前記捕捉試薬のスピンラベルと前記色中心の間の相互作用を変化させることにより前記色中心からの電磁放射線の放射における検出可能な変化を生じる、請求項16に記載の装置。
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