JP7179744B2 - アプタマー変調RNase P切断による遺伝子発現の調節 - Google Patents
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Description
リボスイッチに連結したリボヌクレアーゼ基質配列は、遺伝子調節ポリヌクレオチドカセットの部分として標的遺伝子に挿入された場合に、リボヌクレアーゼが標的RNAを切断するようにターゲティングする任意のリボヌクレアーゼ基質であり得る。一実施形態においては、リボヌクレアーゼ基質は、RNase P基質配列、例えばtRNA前駆体又は相同配列である。他の実施形態においては、RNase P基質配列は、RNase P切断を開始し得るmascRNA;MENベータtRNA様構造(両方とも参照により本明細書に組み込む、Sunwooら Genome Research 2009、19:347~359頁;Wiluszら、Genes Dev. 2012、26(21):2392~407頁を参照のこと)、ウイルスtRNA様構造、RNase Pモデル基質をコードする配列及び相同配列を含む。Yuan及びAltmanは、The EMBO Journal(14巻、159~168頁、参照により本明細書に組み込む)において公開された論文において、例えばD-ループ又はアンチコドンループが欠失したチロシンtRNA前駆体を含むモデルRNase P基質配列を説明している(例えばYuan及びAltmanの図1~図4、表1及び関連する本文を参照のこと)。
「リボスイッチ」という用語は、本明細書において使用するとき、RNAポリヌクレオチドの調節セグメント、又はRNAポリヌクレオチドの調節セグメントをコードするDNA配列を指す。本発明に関連するリボスイッチは、センサー領域(例えばアプタマー)及びエフェクター領域を含有し、これらは共に、リガンド(例えば小分子)の存在を感知し、リボヌクレアーゼによる切断についてのリボヌクレアーゼ基質配列の好適性を変調する役割を有する。一実施形態においては、リボヌクレアーゼは、RNase Pである。一実施形態においては、リボスイッチは、組換えであり、2つ又はそれよりも多い供給源からのポリヌクレオチドを利用する。「合成」という用語は、リボスイッチに関連して本明細書において使用するとき、天然ではないリボスイッチを指す。一実施形態においては、センサー及びエフェクター領域は、ポリヌクレオチドリンカーによって連結される。一実施形態においては、ポリヌクレオチドリンカーは、RNAステム(すなわち、二本鎖であるRNAポリヌクレオチドの領域)を形成する。
リボスイッチのエフェクター領域は、センサー領域(例えばアプタマー)へのリガンド結合に応答してリボヌクレアーゼ基質のリボヌクレアーゼ切断への感受性を変えるRNA配列を含む。一実施形態においては、エフェクター領域は、RNase P基質配列のリーダー配列のすべて又は部分を含む。この実施形態においては、エフェクター領域ステムは、リーダー配列の一部又はすべて、及びリーダー配列の一部又はすべてに相補的な配列を含む。アプタマーがそのリガンドに結合した場合、エフェクター領域は、リーダー配列を含むステムを形成し、それによってRNase Pによる標的RNAの切断を防止する(例えば図1bを参照のこと)。ある特定の条件下では(例えば、アプタマーがそのリガンドに結合していない場合)、エフェクター領域は、リーダー配列へのアクセスを提供し、RNase Pによる切断をもたらす状態にある(例えば図1a及び図3bを参照のこと)。他の実施形態においては、エフェクター領域ステムは、リーダー配列(及びその相補体)に加えて、(GM1及びGM2構築物におけるように)RNase P基質のアクセプターステムの1つ又は複数のヌクレオチド、及びアクセプターステムの1つ又は複数のヌクレオチドに相補的な配列を含む。実施形態、他の実施形態においては、エフェクター領域ステムの部分ではないRNase P基質の3'リーダー配列の1つ又は複数のヌクレオチドが存在する(例えば構築物GM6、GM7及びGM8を参照のこと)。換言すれば、これらの実施形態においては、エフェクター領域ステムを形成する配列とRNase P基質のアクセプターステムを形成する配列とは重複せず、0、1、2、3又は4個のヌクレオチドだけ隔てられていることがある。
一実施形態においては、センサー領域は、アプタマーを含む。「アプタマー」という用語は、本明細書において使用するとき、リガンドに特異的に結合するRNAポリヌクレオチドを指す。「リガンド」という用語は、アプタマーが特異的に結合する分子を指す。一実施形態においては、リガンドは、例えば脂質、単糖、セカンドメッセンジャー、補因子、金属イオン、他の天然生成物及び代謝産物、核酸並びにほとんどの治療用薬物を含む小分子、すなわち、低分子量(約1,000ダルトン未満の)分子である。一実施形態においては、リガンドは、2個又はそれよりも多いヌクレオチド塩基を有するポリヌクレオチドである。
一実施形態においては、アプタマーは、特定の小分子リガンドに結合するように設計される。特定のリガンドに結合するアプタマーを設計及び選択するための方法は、参照により本明細書に組み込むWO/2018/025085において開示されている。アプタマーをスクリーニングするための他の方法として、例えば、SELEX法が挙げられる。SELEX法を使用して小分子を選択的に結合するアプタマーを設計するための方法は、例えば参照により本明細書に組み込む米国特許第5,475,096号、同第5,270,163号及びAbdullah Ozerら Nuc. Aci. 2014において開示されている。SELEX法の改変は、参照により本明細書に組み込む米国特許第5,580,737号及び同第5,567,588号において説明されている。
本発明の遺伝子調節カセットは、標的細胞、組織又は生物において発現され得る任意の標的遺伝子の発現を調節するために使用され得るプラットホームである。「標的遺伝子」という用語は、適切な条件下で細胞に導入し、RNAに転写、翻訳及び/又は発現することができるポリヌクレオチドを指す。或いは、標的遺伝子は、標的細胞にとって内因性であり、本発明の遺伝子調節カセットは、標的遺伝子に(例えば内因性標的遺伝子の5'又は3'UTRに)位置付けられる。標的遺伝子の例は、治療用ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。別の実施形態においては、標的遺伝子は、RNA、例えばmiRNA、rRNA、小又は長非コードRNA、ショートヘアピンRNA(shRNA)及び任意の他の調節RNAをコードする。一実施形態においては、標的遺伝子は、組換えDNA構築物が転写される細胞にとって外因性である。別の実施形態においては、標的遺伝子は、組換えDNA構築物が転写される細胞にとって内因性である。
本発明は、標的遺伝子をコードし、本明細書において説明する遺伝子調節カセットを含有するポリヌクレオチドの標的細胞への導入のための組換えベクターの使用を企図する。多くの実施形態においては、本発明の組換えDNA構築物は、ホスト細胞におけるDNAの複製及びその細胞における適切なレベルでの標的遺伝子の発現を提供するDNAセグメントを含む追加のDNAエレメントを含む。当業者は、発現制御配列(プロモーター、エンハンサー等)は、標的細胞において標的遺伝子の発現を促進するそれらの能力に基づいて選択されることを理解する。「ベクター」は、in vitro又はin vivoのいずれかでホスト細胞に送達されるポリヌクレオチドを含む、組換えプラスミド、酵母人工染色体(YAC:yeast artificial chromosome)、ミニ染色体、DNAミニサークル又はウイルス(ウイルス由来配列を含む)を意味する。一実施形態においては、組換えベクターは、ウイルスベクター又は多数のウイルスベクターの組合せである。
一態様においては、本発明は、(a)本発明の遺伝子調節カセットを標的遺伝子に挿入する工程;(b)遺伝子調節カセットを含む標的遺伝子を細胞に導入する工程;(c)細胞をアプタマーに結合するリガンドに曝露する工程による、標的遺伝子(例えば治療用遺伝子)の発現を変調する方法を提供する。一実施形態においては、リガンドは、小分子である。態様においては、標的細胞における標的遺伝子の発現は、それが導入された細胞に所望の特性を与えるか、又は代わりに所望の治療結果をもたらす。標的細胞は、真核細胞、例えば哺乳動物細胞である。実施形態においては、標的細胞は、例えば脂肪、中枢神経系(CNS:central nervous system)、筋肉、心臓、眼、肝臓等を含む標的組織からのヒト細胞である。
本発明の一態様は、遺伝子療法によって送達される治療用タンパク質のレベルを調節する方法を提供する。この実施形態においては、「標的遺伝子」は、治療用タンパク質をコードし得る。「標的遺伝子」は、細胞にとって内因性又は外因性のタンパク質をコードし得る。
また、本明細書において説明する方法における使用のためのキット又は製造物品が提供される。態様においては、キットは、好適な包装中に(例えば遺伝子調節カセットを含有する標的遺伝子を含むベクターの送達のための組成物について)本明細書において説明する組成物を含む。本明細書において説明する(眼科注射用組成物等の)組成物に好適な包装は、本分野において公知であり、例えばバイアル(例えば密閉バイアル)、容器、アンプル、瓶、ジャー、フレキシブルな包装(例えば密閉マイラ又はプラスチック袋)等を含む。これらの製造物品は、更に滅菌及び/又は密閉してもよい。
3'UTR又は5'UTRにおけるtRNA様構造(mascRNA)の挿入はmRNAの切断及びタンパク質発現の低減をもたらす。
実験手技:
プラスミド構築物:マウスmascRNA配列及び各末端に制限酵素部位を含有するDNA断片を合成し(IDT社)、消化し、CMVエンハンサー/プロモーター及びヒトベータ-グロブリンポリアデニル化配列を含有するプラスミド骨格Con8にクローニングした。すべての構築物を、DNAシークエンシング(Genewiz社)によって評価した。
RNase Pは、tRNA前駆体(pre-tRNA)又はtRNA様分子を三次構造により認識し、加水分解反応を触媒して、pre-tRNA中のリーダー配列を切断する(Kirsebom, L. A. RNase P RNA mediated cleavage: substrate recognition and catalysis. Biochimie 89、1183~1194頁(2007))。mRNAにおけるRNase P基質の挿入がmRNA切断及びタンパク質発現の低減をもたらすかどうかを試験するために、マウスmascRNA配列をGFPレポーター遺伝子の3'UTRに導入した。mascRNA(MALAT1-associated small cytoplasmic RNA)は、tRNA様構造であり、長い非コードRNA MALAT1から、mascRNAの5'末端を形成するRNase P切断及び3'末端を形成するRNase Zによる後続の切断によって生成する(Wilusz, J. E.ら、3' end processing of a long nuclear-retained noncoding RNA yields a tRNA-like cytoplasmic RNA. Cell 135、919~932頁(2008))。このtRNA様構造だけでも、12-nt非関連リーダー配列を伴うと、RNase Pを動員してmascRNA産生するのに十分である。
mRNAのmascRNA-RNase P媒介切断を変調することを通して標的遺伝子発現を調節するためのxpt-グアニンアプタマーの使用
実験手技:
プラスミド構築物:mascRNA及びグアニンアプタマー配列(参照により本明細書に組み込むMandal, Mら、Cell 113、577~586頁(2003))を含有するオリゴヌクレオチド断片を合成し(IDT社)、ルシフェラーゼ(Luci)発現構築物(Con8)の3'UTR領域に、互換性のある制限酵素部位BamHI及びXhoIを使用してクローニングした。すべての構築物を、DNAシークエンシング(Genewiz社)によって評価した。
mRNAのRNase P媒介切断を調節し、それによって標的遺伝子発現を調節するために、アプタマーリガンドの非存在下ではRNase P切断は影響を受けず、それゆえmRNAは切断され、タンパク質は発現されないという仮定に基づいて、mascRNA配列に連結したアプタマー配列を、ルシフェラーゼ発現構築物の3'UTRに挿入した。アプタマーリガンドが使用可能なとき、アプタマー/リガンド結合は、RNA構造のコンフォメーション変化を誘発し、それは次にRNase P切断を損ない、それゆえmRNAはインタクトなままである。
アプタマーステム周辺の局所配列及びアプタマーとtRNA様構造との間の距離はリボスイッチ活性に影響を及ぼす。
結果:
リガンド非結合アプタマー構造は、tRNA様構造に近接して入れた場合、RNase P結合及び切断を妨害し得るかどうかを調べるために実験を行った。アプタマー配列の下流又は上流のいずれかの配列は、エフェクター領域ステム形成を促進し得る。構築物GM1において、4個のヌクレオチド、つまりエフェクター領域の上流にあり、エフェクター領域の下流の配列と塩基対形成する可能性を有し得るCGGCを、AAGAに変異させ、構築物GM4(配列番号5)を産生した。図4aにおいて示す通り、GM4は、GM1より低レベルのルシフェラーゼ活性を発現し、アプタマーリガンドグアニンの非存在下でmRNAのより効率的な切断を示した。GM4の2つのコピーを3'UTRにタンデムに挿入した場合(GM4_2C、配列番号6)、基礎レベル発現は、対照構築物Con8の18%まで更に低減した。グアニン処理の存在下では、ルシフェラーゼ発現は、Con8のルシフェラーゼの51%まで誘導され、グアニン処理なしの試料と比較した場合、3.95倍誘導を生じた。
mRNAのpre-tRNAArg-RNase P媒介切断を変調することを通して標的遺伝子発現を調節するためのxpt-グアニンアプタマーの使用。
実験手技:
プラスミド構築:グアニンアプタマーxpt-G及びヒトアルギニンpre-tRNA(Nashimoto M.N.ら Long 5' leaders inhibit removal of a 3' trailer from a precursor tRNA by mammalian tRNA 3' processing endoribonuclease. Nucleic Acids Research, 1999;27(13):2770~2776頁)の配列を含有するDNA断片を合成した(IDT社)。合成したDNA断片を、BamHI及びXhoI制限酵素で消化し、同じ制限酵素で消化したCon8構築物にクローニングした。構築物の配列を、DNAシークエンシング(Genewiz社)によって評価した。
遺伝子発現を調節することにおけるアプタマー媒介RNase P切断の適用可能性を更に示すために、ヒトアルギニンtRNA配列(tRNAArg)をxpt-グアニンアプタマーに連結した。構築物GM1において、mascRNA配列をヒトアルギニンtRNA配列で置換した。5'エフェクター領域ステム配列を、tRNAArgリーダー配列の7個のヌクレオチド及びtRNAArgアクセプターステムの第1のヌクレオチドに相補的になるように設計し、構築物GArg(配列番号14)を産生した。図5において示す通り、グアニンの非存在下で、GArgは、同様のレベルのルシフェラーゼ活性である対照構築物Con8の約50%を発現し、RNase P媒介切断を動員することにおけるmascRNAと同様のtRNAArgの能力を示す。グアニン処理は、非処理試料と比較した場合、1.6倍のルシフェラーゼ誘導を誘導し、グアニンに応答してGM1構築物よりわずかに効率が下がる。
mRNAのmascRNA-RNase P媒介切断を変調することを通して標的遺伝子発現を調節するためのテオフィリンアプタマー及びアデニンアプタマーの使用。
実験手技:
プラスミド構築:アデニンアプタマーydhl-A(参照により本明細書に組み込むM. Mandal及びR.R. Breaker、Adenine riboswitches and gene activation by disruption of a transcription terminator. Nature Structural & Molecular Biology. 2004;11:29~35頁)又はテオフィリンアプタマー(参照により本明細書に組み込むG.R. Zimmermanら Interlocking structural motifs mediate molecular discrimination by a theophylline-binding RNA. Nature Structural Biology. 1997;4:644~649頁)の配列及びmascRNA配列を含有するDNA断片を合成した(IDT社)。合成したDNA断片を、BamHI及びXhoI制限酵素で消化し、同じ制限酵素で消化したCon8にクローニングした。構築物の配列を、DNAシークエンシング(Genewiz社)によって評価した。
標的遺伝子発現を制御するための追加のアプタマー/リガンド対の使用を研究した。構築物GM1についての実施例2と同じ戦略を使用して、xpt-グアニンアプタマーを、テオフィリンアプタマー又はydhl-Aアデニンアプタマーのいずれかで置換し、それぞれ、TheoM(配列番号16)及びYM(配列番号15)構築物を産生した。図6aにおいて示す通り、テオフィリン処理の非存在下では、TheoM構築物は、低減したレベルのルシフェラーゼである、対照Con8構築物の約43.4%を発現し、mRNAのRNase P媒介切断を示した。テオフィリン処理の存在下では、対照構築物が、アプタマー非関連機構を通して、ルシフェラーゼ活性の2倍の増大を発現した。しかしながら、TheoM構築物は、ルシフェラーゼ発現の4.1倍増大を生じ、テオフィリン/アプタマー特異的効果を示した。同様に、構築物YMについて、図6bにおいて示す通り、アデニン処理は、対照構築物において、アプタマー非関連機構を通して、ルシフェラーゼ活性を2.2倍増大した。しかしながら、YM構築物は、ルシフェラーゼ発現の3.3倍増大を生じ、アデニン/アプタマー特異的効果を示した。
標的遺伝子発現のより厳格な調節を得るためのRNase P切断ベースのリボスイッチと第2のリボスイッチとの組合せ使用。
実験手技:
G15若しくはG17リボスイッチカセット又はアプタマーを有しない対照カセットを、以前に開発した(参照により本明細書に組み込むWO2016/126747の実施例5及び8並びに配列番号46及び15を参照のこと)。構築物GM1-G15又はGM1-G17を産生するために、グアニンアプタマー及びmascRNA配列を含有する断片を、GM1構築物からBamHI及びXhoI消化によって放出し、同じ制限酵素で消化したG15又はG17構築物にクローニングした。調節カセットG17_2IR3(参照により本明細書に組み込むWO2016/126747の配列番号31を参照のこと)を、Golden Gateクローニング法を使用してマウスエリスロポエチンcDNAの308位にクローニングして、Epo-G17_2IR3を産生した。グアニンアプタマー及びmascRNA配列を含有する断片を、GM1構築物からBamHI及びXhoI消化によって放出し、同じ制限酵素で消化したEpo-G17_2IR3にクローニングして、構築物Epo-GM1-G17_2IR3を産生した。
GM1~8リボスイッチを含有する発現構築物は、実質的なレベルの標的遺伝子の基礎発現を有する。更に、また、以前に開発した選択的スプライシングベースのリボスイッチは、ある程度の基礎発現を有する。これらのスイッチのタンデムの組合せ使用は、基礎発現を制限する可能性があり、それゆえ、標的遺伝子発現のより厳格な調節を生じ得る。
Claims (27)
- 標的遺伝子の発現の調節のためのポリヌクレオチドカセットであって、前記ポリヌクレオチドカセットが、RNase P基質配列をコードし、前記RNase P基質配列が、リボスイッチに連結した、リーダー配列及びアクセプターステムを含むtRNA様構造を有し、前記リボスイッチが、アプタマー配列に連結したエフェクター領域を含み、前記エフェクター領域が、前記RNase P基質配列の一部に相補的な配列を含み、前記アプタマーがそのリガンドに結合していない場合、前記エフェクター領域は、ステムを形成せず、前記RNase P基質配列へのアクセスを提供し、それによって、RNase Pによる切断をもたらし;前記アプタマーがそのリガンドに結合した場合、前記エフェクター領域は、前記RNase P基質配列の一部を含むステムを形成し、それによって、RNase Pによる前記基質配列の切断を防止する、ポリヌクレオチドカセット。
- 前記アプタマーが、小分子リガンドに結合する、請求項1に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 前記RNase P基質配列が、RNase P切断を開始し得るtRNA、mascRNA、MENベータtRNA様構造、ウイルスtRNA様構造、RNase Pモデル基質をコードする配列及び相同配列を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチドカセット。
- エフェクター領域ステムが、6~12個の塩基対である、請求項1に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 前記アプタマー配列が、前記RNase P基質配列に対して5'に位置し、前記エフェクター領域が、前記RNase P基質のリーダー配列に相補的な配列を含む、請求項1から4のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 前記RNase P基質のアクセプターステムとリボスイッチエフェクター領域とが、0、1、2、3又は4個のヌクレオチドによって隔てられている、請求項5に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 前記エフェクター領域が、前記RNase P基質のアクセプターステム配列に相補的な配列を更に含む、請求項5に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 前記アプタマー配列が、前記RNase P基質配列に対して3'に位置し、前記エフェクター領域が、前記RNase P基質配列の3'アクセプターステムに相補的な配列を含む、請求項1から4のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 前記RNase P基質の3'アクセプターステムに相補的なエフェクター領域配列が、1~7個のヌクレオチドである、請求項8に記載のポリヌクレオチドカセット。
- 標的遺伝子の発現を変調する方法であって、
a.請求項1から4のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドカセットを、前記標的遺伝子の非翻訳領域(UTR)に挿入する工程と、
b.前記ポリヌクレオチドカセットを含む前記標的遺伝子を、ex vivo又はin vitroで細胞に導入する工程と、
c.前記細胞を、前記標的遺伝子の発現を増大するのに有効な量の前記アプタマーに特異的に結合する小分子リガンドに曝露する工程と
を含む、方法。 - 前記ポリヌクレオチドカセットのアプタマー配列が、前記RNase P基質配列に対して5'に位置し、前記エフェクター領域が、前記RNase P基質のリーダー配列に相補的な配列を含む、請求項10に記載の方法。
- 前記RNase P基質のアクセプターステムとリボスイッチエフェクター領域とが、0、1、2、3又は4個のヌクレオチドによって隔てられている、請求項11に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドカセットのアプタマー配列が、前記RNase P基質配列に対して3'に位置し、前記エフェクター領域が、前記RNase P基質配列の3'アクセプターステムに相補的な配列を含む、請求項10に記載の方法。
- 前記RNase P基質の3'アクセプターステムに相補的なエフェクター領域配列が、1~7個のヌクレオチドである、請求項13に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドカセットが、前記標的遺伝子の5'非翻訳領域に挿入される、請求項10に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドカセットが、前記標的遺伝子の3'非翻訳領域に挿入される、請求項10に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドカセットのうちの2つ又はそれよりも多くが、前記標的遺伝子に挿入される、請求項10に記載の方法。
- 前記2つ又はそれよりも多いポリヌクレオチドカセットが、異なる小分子リガンドに特異的に結合する異なるアプタマーを含む、請求項17に記載の方法。
- 前記2つ又はそれよりも多いポリヌクレオチドカセットが、同じアプタマーを含む、請求項17に記載の方法。
- 前記標的遺伝子が、選択的スプライシングのアプタマー媒介調節によって標的遺伝子発現を変調する遺伝子調節カセットを更に含む、請求項10に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドカセットを含む前記標的遺伝子が、前記標的遺伝子の発現のためのベクターに組み込まれる、請求項10に記載の方法。
- 前記ベクターが、ウイルスベクターである、請求項21に記載の方法。
- 前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及びレンチウイルスベクターからなる群から選択される、請求項22に記載の方法。
- 請求項1から9のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドカセットを含有する標的遺伝子を含むベクター。
- 前記ベクターが、ウイルスベクターである、請求項24に記載のベクター。
- 前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及びレンチウイルスベクターからなる群から選択される、請求項25に記載のベクター。
- 前記標的遺伝子が、選択的スプライシングのアプタマー媒介調節によって標的遺伝子発現を変調する遺伝子調節カセットを更に含む、請求項24に記載のベクター。
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