JP7030312B2 - 鋳型dna-プライマー関係性解析装置、鋳型dna-プライマー関係性解析方法、鋳型dna-プライマー関係性解析プログラム、鋳型dna-プライマー関係性評価装置、鋳型dna-プライマー関係性評価方法及び鋳型dna-プライマー関係性評価プログラム - Google Patents
鋳型dna-プライマー関係性解析装置、鋳型dna-プライマー関係性解析方法、鋳型dna-プライマー関係性解析プログラム、鋳型dna-プライマー関係性評価装置、鋳型dna-プライマー関係性評価方法及び鋳型dna-プライマー関係性評価プログラム Download PDFInfo
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Description
以下、図面を参照しながら、第1の実施の形態に係る鋳型DNA-プライマー関係性解析装置の例について説明する。図1は、本発明に係る鋳型DNA-プライマー関係性解析装置10の構成を表したブロック図である。
以下、図面を参照しながら、第2の実施の形態に係る鋳型DNA-プライマー関係性評価装置の例について説明する。図6は、本発明に係る鋳型DNA-プライマー関係性評価装置20の構成を表したブロック図である。なお、鋳型DNA-プライマー関係性評価装置20は、専用マシンとして設計した装置であってもよいが、一般的なコンピュータによって実現可能なものであるものとし、その場合、第1の実施の形態と同様、図2に示すハードウェア構成と同等の構成に基づいて実現することができる。
前記第1及び第2の実施の形態においては、PCR実験によって鋳型DNAを増殖する場合の最適プライマーの選定に用いる技術として説明を行ったが、OE-PCR(Overlap extension Polymerase Chain Reaction:オーバーラップエクステンションポリメラーゼ連鎖反応)に対しても本発明を適用することができる。
11 鋳型DNA塩基配列取得部
12 プライマー塩基配列取得部
13 結合可能位置コード化処理部
14 単語分類処理部
15 記憶部
20 鋳型DNA-プライマー関係性評価装置
21 プライマー評価処理部
22 記憶部
Claims (10)
- 鋳型DNAの塩基配列情報を取得する鋳型DNA塩基配列取得部と、
プライマーの塩基配列情報を取得するプライマー塩基配列取得部と、
鋳型DNAから得られる2つの一本鎖鋳型DNA及び2つのプライマー(以下、照合対象という)に対して、プライマーを所定数の塩基毎に分割して抽出した照合単位所定数塩基を、照合対象の結合可能方向の先頭の塩基から順次1塩基ずつずらした位置においてその都度照合処理を行って、所定数のうち過半数以上の位置で結合関係が成立する場合に、照合位置での相対する所定数の塩基の関係性を所定のコードで表現した文字列(以下、単語という)として生成する結合可能位置コード化処理部と、
前記結合可能位置コード化処理部において生成された全ての単語についてトピックモデルを用いて複数のトピックに分類する処理を行う単語分類処理部と
を備える鋳型DNA-プライマー関係性解析装置。 - 前記照合単位所定数塩基は、3個~8個の塩基とした
請求項1記載の鋳型DNA-プライマー関係性解析装置。 - 前記所定のコードは、鋳型DNAのプライミング領域と、プライミング領域以外の鋳型DNAの領域と、プライマー自身又はプライマー間での結合の場合の領域とで、異なるコードを用いるようにした
請求項1又は請求項2に記載の鋳型DNA-プライマー関係性解析装置。 - 鋳型DNAの塩基配列情報を取得する鋳型DNA塩基配列取得手順と、
プライマーの塩基配列情報を取得するプライマー塩基配列取得手順と、
鋳型DNAから得られる2つの一本鎖鋳型DNA及び2つのプライマー(以下、照合対象という)に対して、プライマーを所定数の塩基毎に分割して抽出した照合単位所定数塩基を、照合対象の結合可能方向の先頭の塩基から順次1塩基ずつずらした位置においてその都度照合処理を行って、所定数のうち過半数以上の位置で結合関係が成立する場合に、照合位置での相対する所定数の塩基の関係性を所定のコードで表現した文字列(以下、単語という)として生成する結合可能位置コード化処理手順と、
前記結合可能位置コード化処理手順において生成された全ての単語に対してトピックモデルを用いた分類処理を行う単語分類処理手順と
を含む鋳型DNA-プライマー関係性解析方法。 - 鋳型DNAとプライマーの関係性を解析する処理をコンピュータに実現させるための鋳型DNA-プライマー関係性解析プログラムであって、
前記コンピュータに、
鋳型DNAの塩基配列情報を取得する鋳型DNA塩基配列取得機能と、
プライマーの塩基配列情報を取得するプライマー塩基配列取得機能と、
鋳型DNAから得られる2つの一本鎖鋳型DNA及び2つのプライマー(以下、照合対象という)に対して、プライマーを所定数の塩基毎に分割して抽出した照合単位所定数塩基を、照合対象の結合可能方向の先頭の塩基から順次1塩基ずつずらした位置においてその都度照合処理を行って、所定数のうち過半数以上の位置で結合関係が成立する場合に、照合位置での相対する所定数の塩基の関係性を所定のコードで表現した文字列(以下、単語という)として生成する結合可能位置コード化処理機能と、
前記結合可能位置コード化処理機能において生成された全ての単語に対してトピックモデルを用いた分類処理を行う単語分類処理機能と
を実現させる鋳型DNA-プライマー関係性解析プログラム。 - 評価対象の鋳型DNAの塩基配列情報を取得する鋳型DNA塩基配列取得部と、
評価対象のプライマーの塩基配列情報を取得するプライマー塩基配列取得部と、
前記鋳型DNAから得られる2つの一本鎖鋳型DNA及び2つのプライマー(以下、照合対象という)に対して、プライマーを所定数の塩基毎に分割して抽出した照合単位所定数塩基を、照合対象の結合可能方向の先頭の塩基から順次1塩基ずつずらした位置においてその都度照合処理を行って、所定数のうち過半数以上の位置で結合関係が成立する場合に、照合位置での相対する所定数の塩基の関係性を所定のコードで表現した文字列(以下、単語という)として生成する結合可能位置コード化処理部と、
前記結合可能位置コード化処理部において生成された単語群についてトピックモデルを用いて当該単語群が複数のトピックのうち何れのトピックに所属する可能性が高いかを表す確率を求め、トピック毎の所属可能性を表す確率として出力する処理を行う単語分類処理部と、
前記評価対象の鋳型DNAと既知のプライマーとの間で予め行われた少なくとも1以上のPCR実験によって得られた各プライマーの増幅成功率情報を、当該PCR実験に用いた前記鋳型DNAとプライマーに対して結合可能位置コード化処理及び単語分類処理を行うことで得られた複数トピックへの分類結果に対して反映させることで、各トピックの増幅成功率を表した増幅成功率反映済分類データを作成して予め記憶手段に記憶させておき、前記評価対象の鋳型DNAと前記評価対象のプライマーに関して前記単語分類処理部において出力されたトピック毎の所属可能性を表す確率を前記記憶手段に記憶された当該鋳型DNAに関する増幅成功率反映済分類データと照合することで、当該評価対象のプライマーについて当該鋳型DNAに対する増幅成功率を予測して評価するプライマー評価処理部と
を備える鋳型DNA-プライマー関係性評価装置。 - 前記照合単位所定数塩基は、3個~8個の塩基とした
請求項6記載の鋳型DNA-プライマー関係性評価装置。 - 前記所定のコードは、鋳型DNAのプライミング領域と、プライミング領域以外の鋳型DNAの領域と、プライマー自身又はプライマー間での結合の場合の領域とで、異なるコードを用いるようにした
請求項6又は請求項7に記載の鋳型DNA-プライマー関係性評価装置。 - 評価対象の鋳型DNAの塩基配列情報を取得する鋳型DNA塩基配列取得手順と、
評価対象のプライマーの塩基配列情報を取得するプライマー塩基配列取得手順と、
前記鋳型DNAから得られる2つの一本鎖鋳型DNA及び2つのプライマー(以下、照合対象という)に対して、プライマーを所定数の塩基毎に分割して抽出した照合単位所定数塩基を、照合対象の結合可能方向の先頭の塩基から順次1塩基ずつずらした位置においてその都度照合処理を行って、所定数のうち過半数以上の位置で結合関係が成立する場合に、照合位置での相対する所定数の塩基の関係性を所定のコードで表現した文字列(以下、単語という)として生成する結合可能位置コード化処理手順と、
前記結合可能位置コード化処理手順において生成された単語群についてトピックモデルを用いて当該単語群が複数のトピックのうち何れのトピックに所属する可能性が高いかを表す確率を求め、トピック毎の所属可能性を表す確率として出力する処理を行う単語分類処理手順と、
前記評価対象の鋳型DNAと既知のプライマーとの間で予め行われた少なくとも1以上のPCR実験によって得られた各プライマーの増幅成功率情報を、当該PCR実験に用いた前記鋳型DNAとプライマーに対して結合可能位置コード化処理及び単語分類処理を行うことで得られた複数トピックへの分類結果に対して反映させることで、各トピックの増幅成功率を表した増幅成功率反映済分類データを作成して予め記憶手段に記憶させておき、前記評価対象の鋳型DNAと前記評価対象のプライマーに関して前記単語分類処理手順において出力されたトピック毎の所属可能性を表す確率を前記記憶手段に記憶された当該鋳型DNAに関する増幅成功率反映済分類データと照合することで、当該評価対象のプライマーについて当該鋳型DNAに対する増幅成功率を予測して評価するプライマー評価処理手順と
を含む鋳型DNA-プライマー関係性評価方法。 - 鋳型DNAとプライマーの関係性を評価する処理をコンピュータに実現させるための鋳型DNA-プライマー関係性評価プログラムであって、
前記コンピュータに、
評価対象の鋳型DNAの塩基配列情報を取得する鋳型DNA塩基配列取得機能と、
評価対象のプライマーの塩基配列情報を取得するプライマー塩基配列取得機能と、
前記鋳型DNAから得られる2つの一本鎖鋳型DNA及び2つのプライマー(以下、照合対象という)に対して、プライマーを所定数の塩基毎に分割して抽出した照合単位所定数塩基を、照合対象の結合可能方向の先頭の塩基から順次1塩基ずつずらした位置においてその都度照合処理を行って、所定数のうち過半数以上の位置で結合関係が成立する場合に、照合位置での相対する所定数の塩基の関係性を所定のコードで表現した文字列(以下、単語という)として生成する結合可能位置コード化処理機能と、
前記結合可能位置コード化処理機能において生成された単語群についてトピックモデルを用いて当該単語群が複数のトピックのうち何れのトピックに所属する可能性が高いかを表す確率を求め、トピック毎の所属可能性を表す確率として出力する処理を行う単語分類処理機能と、
前記評価対象の鋳型DNAと既知のプライマーとの間で予め行われた少なくとも1以上のPCR実験によって得られた各プライマーの増幅成功率情報を、当該PCR実験に用いた前記鋳型DNAとプライマーに対して結合可能位置コード化処理及び単語分類処理を行うことで得られた複数トピックへの分類結果に対して反映させることで、各トピックの増幅成功率を表した増幅成功率反映済分類データを作成して予め記憶手段に記憶させておき、前記評価対象の鋳型DNAと前記評価対象のプライマーに関して前記単語分類処理機能において出力されたトピック毎の所属可能性を表す確率を前記記憶手段に記憶された当該鋳型DNAに関する増幅成功率反映済分類データと照合することで、当該評価対象のプライマーについて当該鋳型DNAに対する増幅成功率を予測して評価するプライマー評価処理機能と
を実現させる鋳型DNA-プライマー関係性評価プログラム。
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---|---|---|---|
PCT/JP2018/009343 WO2019171601A1 (ja) | 2018-03-09 | 2018-03-09 | 鋳型dna-プライマー関係性解析装置、鋳型dna-プライマー関係性解析方法、鋳型dna-プライマー関係性解析プログラム、鋳型dna-プライマー関係性評価装置、鋳型dna-プライマー関係性評価方法及び鋳型dna-プライマー関係性評価プログラム |
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JPWO2019171601A1 JPWO2019171601A1 (ja) | 2021-03-04 |
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JP2020504642A Active JP7030312B2 (ja) | 2018-03-09 | 2018-03-09 | 鋳型dna-プライマー関係性解析装置、鋳型dna-プライマー関係性解析方法、鋳型dna-プライマー関係性解析プログラム、鋳型dna-プライマー関係性評価装置、鋳型dna-プライマー関係性評価方法及び鋳型dna-プライマー関係性評価プログラム |
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-
2018
- 2018-03-09 JP JP2020504642A patent/JP7030312B2/ja active Active
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WO2015183173A1 (en) | 2014-05-28 | 2015-12-03 | Grafström Roland | In vitro toxicogenomics for toxicity prediction |
Non-Patent Citations (1)
Title |
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岩山 幸治 外1名,遺伝子発現データ解析のためのトピックモデル,電子情報通信学会技術研究報告,日本,一般社団法人電子情報通信学会,2017年02月27日,Vol.116 No.500,pp.77-82 |
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