JP6999659B2 - 遺伝子サイレンシングにおける向上または遺伝子サイレンシングに関する向上 - Google Patents
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Description
a)カチオン性ポリマーおよびdsRNAにより形成された錯体を含む組成物、
b)クエンチング剤でa)に係る錯体の表面に露出した正電荷を実質的に中和するステップ、ならびに
c)b)に係る組成物を土壌に適用するステップ、
を含み、dsRNAが、前記地下植物有害生物における標的遺伝子の転写後サイレンシングをもたらす、方法を提供する。
-% w/w=総重量の関数としての割合
ODU=光学密度単位(600nmにおける吸光度)
PBS緩衝剤=リン酸緩衝生理食塩水緩衝剤
BPEI 25kD=分子量25kD(25000g/mol)の分岐ポリエチレンイミン
対照サンプルA.10μLのIVT dsRNA(公称1mg/mL)を、bPEI(分岐ポリエチレンイミン)60kDaのPBS緩衝剤中の10%溶液(13μL)と組み合わせた。これをPBS中に500μLの総体積に希釈し、次いで、10mgコロイダルシリカ[Aerosil 200,Evonik]と組み合わせた。サンプルを2000rpmで短時間の間遠心分離にかけ、上澄を回収した。1μLの1%ヘパリン.Na塩を添加して、bPEI-dsRNAをすべて脱錯化した。電気泳動ゲル上を泳動させたところdsRNAに相当するバンドは視認されず、すべての錯体がコロイダルシリカに結合していたことが示された。
PEI(=ポリエチレンイミン)でコーティングされた細胞は、土壌中におけるdsRNAの安定性が向上し得る。しかしながら、細胞のPEIコーティングは、土壌中の酸基に対するアミン基の相互作用に起因する、土壌に対する細胞の強固な吸着を生じさせ得る。これによって、土壌易動性およびCRWに対するdsRNAの送達が損なわれ得る。PEIコーティングをグルタルアルデヒドまたはモノアルデヒド(ペンタナール)と反応させることにより、PEI上の遊離アミン基が、土壌との相互作用が低減されるようクエンチされ得る。しかしながら、グルタルアルデヒドによるクエンチングは、ある程度の凝集をもたらし、これが土壌易動性を損なわせ得る。以下に示すとおり、モノアルデヒド処理は凝集をもたらさず、従って、遊離アミンをクエンチするための好ましい方法であり得る。
アリコート1:BPEI(pH11)を0.1% w/w最終BPEI濃度に添加し、次いで、0.2%グルタルアルデヒドで処理した。直後に、激しい凝集が観察された。
ポリエチレンイミン(PEI)の修飾
エポキシ-官能基化PEGによるPEIのPEG化
二官能基化PEG中のエポキシ基の半数がクエンチングされることを目標として、PEG-ジグリシジルエーテル(500D)を先ずトリス-HCl(pH7)によりクエンチして単官能基化PEGを得た。これは、PEGにおけるエポキシ基の半数との反応を目標とする比率でPEG-ジグリシジルエーテルの20%トリス-HCl溶液(pH7)を混合し、続いて、高温で一晩インキュベーションすることにより行った。このようにして得た単官能基化PEGを、PEIにおける第一級アミンの種々のレベルのPEG化(通常、第一級アミンの30%、60%および90%クエンチングを目標とする)を目標とした比率で、分岐PEI溶液(pH7に調節した)と混合した。PEIにおける第一級アミンの実際のクエンチングレベルは、比色TNBSA(2,4,6-トリニトロベンゼンスルホン酸)アッセイを行うことにより判定した。実際に得られたPEG化レベルは以下のとおりであり(表1)、これらは、予測どおり、数々の考えられる理由のために公称目標からある程度異なっており、この理由には、二官能性PEGの単官能性への転換は特異反応ではなく、第一級アミンの利用可能性を阻止する立体障害によるものであるということが含まれる。公称および実際のクエンチングレベル間の差異は、実際のクエンチングレベルの範囲に及ぶよう設計されたため、実験の結果に影響しない。
ジエチルピロカーボネート(DEPC)による第一級アミンの様々なレベルのクエンチング(とりわけ、25%、50%および75%の目標クエンチング)を目標として、pH7に調節したPEI溶液にDEPCを直接添加することにより、DEPCを伴う反応によりPEIにおける第一級アミンをクエンチした。PEIにおける第一級アミンの実際のクエンチングレベルは、比色TNBSA(2,4,6-トリニトロベンゼンスルホン酸)アッセイを行うことにより判定した。実測されたDEPC修飾の実際のレベルは以下のとおりであり(表2)、また、上記のとおり、標的化および実際のクエンチングレベル間の矛盾は実験の結果に影響しない。
土壌に対する修飾PEI対未修飾PEIの結合親和性の評価
未修飾PEI溶液およびPEG化またはDEPCによる修飾PEIの溶液を、2:1(溶液:土壌)wt/wtの比率で1時間、土壌と共にインキュベートした。テストした溶液の濃度はPEIの0~0.08%で様々であった。土壌インキュベーションの後、土壌を遠心分離によりPEI溶液から分離した。溶液中に残った未結合のPEIをTNBSAアッセイにより評価した。PEIの土壌に対する結合プロファイルを等温線を結合することにより表した(図1)。PEIにおける第一級アミンクエンチングのレベルは、説明文中の括弧中の数字で示した。
dsRNA-PEI錯体の結合親和性
dsRNAを発現する大腸菌(E.coli)細胞ライセートを、以下のとおりPEI溶液と混合した:ライセートを25OD/mLに希釈し、PEI溶液を、0.75%の最終濃度でライセートに添加した。ライセートdsRNA-PEI錯体溶液を2.5倍にさらに希釈し、2:1(溶液:土壌)wt/wtの比率で1時間、土壌と共にインキュベートした。未配合のライセート溶液を対照として用いた。その後、土壌を遠心分離によりペレット化し、ポリアニオンを添加することにより上澄中の未結合全RNAを錯体から抽出してPEIからdsRNAを脱錯化し、続いて、RNAZol RT抽出を行った。サンプルの上澄中に存在する全RNA濃度をUV-Vis分光分析により定量化した(図2)。
修飾PEIで形成した錯体中のライセート-dsRNAの安定性の評価
dsRNAを発現する大腸菌(E.coli)細胞ライセートを、以下のとおりPEI溶液と混合した:ライセートを50OD/mLに希釈し、PEI溶液を、0.5%(1×PEI)または1.5%(3×PEI)の最終濃度でライセートに添加した。ライセートdsRNA-PEI錯体溶液を、37℃で一晩、リボヌクレアーゼIIIと共にインキュベートした。ポリアニオンを添加することにより全RNAを錯体から抽出して、PEIからdsRNAを脱錯化し、続いて、RNAZol RT抽出を行った。dsRNAのインテグリティをアガロースゲル電気泳動法(図3および4)を用いて評価した。
修飾PEIで形成した錯体中のdsRNAの生体利用率の評価
人工ウェスタンコーンルートワーム飼料-取り込みバイオアッセイを、修飾PEIで形成した錯体、および、dsRNAを発現する大腸菌(E.coli)ライセートで実施した。リボヌクレアーゼを含まない水を用いてライセート配合物を希釈し、均質になるまでボルテックス混合で等量の飼料と十分に混合した(0.5mlの飼料および0.5mlの希釈した配合溶液)。3回の反復を各配合物種について実施し、各反復プレートについて、およそ12匹の新生幼虫を加えた。プレートを室温でインキュベートした。アッセイ期間中、死亡率を1日置きに記録した。最終的な死亡率が図5および6に示されており、クエンチされた錯体の向上した活性が示されている。この所見は、土壌中におけるバイオアッセイによっても裏付けられた。
本発明の好ましい態様は、下記の通りである。
〔1〕カチオン性ポリマーとポリヌクレオチドとの間で形成された錯体を含む組成物の土壌中に存在する負電荷分子に対する結合を阻害または実質的に低減する方法であって、前記錯体における表面に露出した正電荷を実質的に中和することが可能であるクエンチング剤を前記組成物に含ませる工程を含む、方法。
〔2〕前記ポリヌクレオチドが、dsRNAであり、前記ポリマーが、ポリアミンであり、前記クエンチング剤が、モノアルデヒドである、前記〔1〕に記載の方法。
〔3〕前記ポリマーが、直鎖もしくは分岐鎖ポリエチレンイミン、ポリペプチドまたはカチオン性多糖類である、前記〔1〕または〔2〕に記載の方法。
〔4〕前記負電荷粒子が、フミン酸を含む、前記〔1〕~〔3〕のいずれか一項に記載の方法。
〔5〕地下植物有害生物の外寄生を防除する方法であって;
a)カチオン性ポリマーとdsRNAとの間で形成された錯体を含む組成物を提供する工程、
b)クエンチング剤でa)の前記錯体の表面に露出した正電荷を実質的に中和する工程、ならびに
c)b)の前記組成物を土壌に適用する工程、
を含み、前記dsRNAが、前記地下植物有害生物における標的遺伝子の転写後サイレンシングをもたらす、方法。
〔6〕前記地下植物有害生物が、ディアブロティカ・ヴィルギフェラ・ヴィルギフェラ(Diabrotica virgifera virgifera)(ウェスタンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・バルベリ(Diabrotica barberi)(ノーザンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・ウンデキムプンクタタ・ホワルディ(Diabrotica undecimpunctata howardi)(サザンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・ヴィルギフェラ・ゼアエ(Diabrotica virgifera zeae)(メキシカンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・スペキオサ(Diabrotica speciosa)(ウリムシ(cucurbit beetle))、線虫、ハリガネムシおよびウジ、ならびに細菌および真菌などの適切な土壌病原体からなる群から選択される、前記〔5〕に記載の方法。
〔7〕前記地下植物有害生物が、ディアブロティカ(Diabrotica)種の昆虫である、前記〔6〕に記載の方法。
〔8〕ポリヌクレオチドおよびカチオン性ポリマーを含む錯体における残存正電荷基を実質的に中和するための、クエンチング剤の使用。
〔9〕カチオン性ポリマーとポリヌクレオチドとの間で形成された錯体と、前記錯体において残存する表面に露出した正電荷基を実質的に中和することが可能であるクエンチング剤とを含む組成物であって、前記ポリマーが、分岐または線状ポリエチレンイミン、イミダゾール含有ポリマー、キトサン、カチオン性多糖類、ポリアミドアミン、アミン基を含むリシン、ヒスチジンおよびアルギニンなどのアミノ酸のポリマーおよびコポリマー、ならびにポリアミンからなる群から選択され、表面に露出した正電荷基が、中和されなければ土壌への前記錯体の吸着をもたらす、組成物。
〔10〕前記ポリマーが、分岐または線状ポリエチレンイミンである、前記〔9〕に記載の組成物。
〔11〕前記ポリヌクレオチドが、dsRNAである、前記〔9〕または〔10〕に記載の組成物。
〔12〕前記ポリマーが、ポリアミンである、前記〔9〕~〔11〕に記載の組成物。
〔13〕前記ポリアミンが、少なくとも5つのアミン基を含む直鎖および分岐ポリアミンからなる群から選択される、前記〔12〕に記載の組成物。
〔14〕前記錯体が、細胞ライセート中に含まれているか、または無傷細胞内で形成されており、前記クエンチング剤が添加されている、前記〔9〕~〔13〕に記載の組成物。
〔15〕前記クエンチング剤が、イソシアネート、モノアルデヒド、モノエポキシド、モノエステル、モノカルボン酸、一無水物、およびアミンと反応性である単一の基を含む他の分子からなる群から選択される、前記〔9〕~〔14〕に記載の組成物。
〔16〕前記モノアルデヒドが、水溶性である、前記〔15〕に記載の組成物。
〔17〕前記モノアルデヒドが、メタナール、エタナール、プロパナール、ブタナール、ペンタナールおよびヘキサナールからなる群から選択される、前記〔16〕に記載の組成物。
〔18〕前記モノアルデヒドが、実質的に水不溶性である、前記〔15〕に記載の組成物。
〔19〕前記モノアルデヒドが、ヘプタナール、オクタナールおよびデカナールからなる群から選択される、前記〔18〕に記載の組成物。
〔20〕土壌中に存在するものなどの負電荷粒子に前記錯体が実質的に結合しないよう、前記錯体における十分な残存する正電荷基をクエンチするのに十分な量で前記モノアルデヒドを含有する、前記〔15〕~〔19〕のいずれか一項に記載の組成物。
〔21〕前記ポリヌクレオチドが、真核細胞における遺伝子のmRNAの配列と実質的に同一である配列を含むdsRNAである、前記〔9〕~〔20〕のいずれか一項に記載の組成物。
〔22〕前記真核生物が、ディアブロティカ・ヴィルギフェラ・ヴィルギフェラ(Diabrotica virgifera virgifera)(ウェスタンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・バルベリ(Diabrotica barberi)(ノーザンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・ウンデキムプンクタタ・ホワルディ(Diabrotica undecimpunctata howardi)(サザンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・ヴィルギフェラ・ゼアエ(Diabrotica virgifera zeae)(メキシカンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・スペキオサ(Diabrotica speciosa)(ウリムシ(cucurbit beetle))、線虫、ハリガネムシおよびウジからなる群から選択される昆虫、ならびに細菌および真菌などの適切な土壌病原体である、前記〔21〕に記載の組成物。
〔23〕ポリヌクレオチドとカチオン性ポリマーとを錯化する工程、およびクエンチング剤を添加することによって前記錯体中における残存する正電荷をクエンチングする工程を含む、前記〔9〕~〔23〕のいずれか一項に記載の組成物を形成する方法。
Claims (21)
- カチオン性ポリマーとポリヌクレオチドとの間で形成された錯体を含む組成物の土壌中に存在する負電荷分子に対する結合を阻害または実質的に低減する方法であって、前記錯体における表面に露出した正電荷を実質的に中和することが可能であるクエンチング剤を前記組成物に含ませる工程を含む、方法。
- 前記ポリヌクレオチドが、dsRNAであり、前記ポリマーが、ポリアミンであり、前記クエンチング剤が、モノアルデヒドである、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリマーが、直鎖もしくは分岐鎖ポリエチレンイミン、ポリペプチドまたはカチオン性多糖類である、請求項1または2に記載の方法。
- 前記負電荷分子が、フミン酸を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 地下植物有害生物の外寄生を防除する方法であって;
a)カチオン性ポリマーとdsRNAとの間で形成された錯体を含む組成物を提供する工程、
b)クエンチング剤でa)の前記錯体の表面に露出した正電荷を実質的に中和する工程、ならびに
c)b)の前記組成物を土壌に適用する工程、
を含み、前記dsRNAが、前記地下植物有害生物における標的遺伝子の転写後サイレンシングをもたらす、方法。 - 前記地下植物有害生物が、ディアブロティカ・ヴィルギフェラ・ヴィルギフェラ(Diabrotica virgifera virgifera)(ウェスタンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・バルベリ(Diabrotica barberi)(ノーザンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・ウンデキムプンクタタ・ホワルディ(Diabrotica undecimpunctata howardi)(サザンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・ヴィルギフェラ・ゼアエ(Diabrotica virgifera zeae)(メキシカンコーンルートワーム)、ディアブロティカ・スペキオサ(Diabrotica speciosa)(ウリムシ(cucurbit beetle))、線虫、ハリガネムシおよびウジ、ならびに細菌および真菌などの適切な土壌病原体からなる群から選択される、請求項5に記載の方法。
- 前記地下植物有害生物が、ディアブロティカ(Diabrotica)種の昆虫である、請求項6に記載の方法。
- ポリヌクレオチドおよびカチオン性ポリマーを含む錯体における残存正電荷基を実質的に中和するための、クエンチング剤の使用であって、前記クエンチング剤及び前記錯体が土壌中で使用される、クエンチング剤の使用。
- カチオン性ポリマーとポリヌクレオチドとの間で形成された錯体と、前記錯体において残存する表面に露出した正電荷基を実質的に中和することが可能であるクエンチング剤とを含む、土壌への適用のための組成物であって、前記ポリマーが、分岐または線状ポリエチレンイミン、イミダゾール含有ポリマー、キトサン、カチオン性多糖類、ポリアミドアミン、アミン基を含むリシン、ヒスチジンおよびアルギニンなどのアミノ酸のポリマーおよびコポリマー、ならびにポリアミンからなる群から選択され、表面に露出した正電荷基が、中和されなければ土壌への前記錯体の吸着をもたらす、組成物。
- 前記ポリマーが、分岐または線状ポリエチレンイミンである、請求項9に記載の組成物。
- 前記ポリヌクレオチドが、dsRNAである、請求項9または10に記載の組成物。
- 前記ポリマーが、ポリアミンである、請求項9~11のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記ポリアミンが、少なくとも5つのアミン基を含む直鎖および分岐ポリアミンからなる群から選択される、請求項12に記載の組成物。
- 前記錯体が、細胞ライセート中に含まれているか、または無傷細胞内で形成されており、前記クエンチング剤が添加されている、請求項9~13のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記クエンチング剤が、イソシアネート、モノアルデヒド、モノエポキシド、モノエステル、モノカルボン酸、一無水物、およびアミンと反応性である単一の基を含む他の分子からなる群から選択される、請求項9~14のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記モノアルデヒドが、水溶性である、請求項15に記載の組成物。
- 前記モノアルデヒドが、メタナール、エタナール、プロパナール、ブタナール、ペンタナールおよびヘキサナールからなる群から選択される、請求項16に記載の組成物。
- 前記モノアルデヒドが、実質的に水不溶性である、請求項15に記載の組成物。
- 前記モノアルデヒドが、ヘプタナール、オクタナールおよびデカナールからなる群から選択される、請求項18に記載の組成物。
- 土壌中に存在するものなどの負電荷粒子に前記錯体が実質的に結合しないよう、前記錯体における十分な残存する正電荷基をクエンチするのに十分な量で前記モノアルデヒドを含有する、請求項15~19のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ポリヌクレオチドが、真核細胞における遺伝子のmRNAの配列と実質的に同一である配列を含むdsRNAである、請求項9~20のいずれか一項に記載の組成物。
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