JP6936626B2 - Half-body wilt resistance marker of tomato plant, half-body wilt-resistant tomato plant, and method for producing half-body wilt-resistant tomato plant using the same. - Google Patents
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Description
本発明は、トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー、半身萎凋病抵抗性トマト植物、およびそれを用いた半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法に関する。 The present invention relates to a half-body wilt resistance marker of a tomato plant, a half-body wilt-resistant tomato plant, and a method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant using the same.
トマト植物の栽培において、半身萎凋病による病害は、世界的に深刻な問題となっている。半身萎凋病の病原菌に感染した植物体は、下葉の小葉が部分的にしおれ、その部分に黄白色のくさび形の変色部を生じる。その後、ゆっくりと葉全体が黄化して、やがて植物体が褐変枯死する(非特許文献1)。その結果、最大で67%もの果実の減収が生じる(非特許文献2)。 In the cultivation of tomato plants, the disease caused by half-body wilt disease has become a serious problem worldwide. In plants infected with the pathogen of half-body wilt disease, the leaflets of the lower leaves are partially wilted, and a yellowish-white wedge-shaped discolored part is formed in that part. After that, the entire leaf slowly yellows, and eventually the plant turns brown and dies (Non-Patent Document 1). As a result, the yield of fruits is reduced by up to 67% (Non-Patent Document 2).
このため、半身萎凋病に対する抵抗性遺伝子(例えば、Ve1遺伝子(verticillium wilt disease resistance gene Ve1)、Ve2遺伝子(verticillium wilt disease resistance gene Ve2))を利用して、半身萎凋病の病原菌に抵抗性を示す品種の育成が試みられている。しかしながら、これらの抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病の病原菌(レース3)が出現し、問題となっている(非特許文献3および4)。 Therefore, resistance to half-body wilt disease (for example, Ve1 gene (verticillium wilt disease resistance gene Ve1), Ve2 gene (verticillium wilt disease resistance gene Ve2)) is used to show resistance to the pathogen of half-body wilt disease. Attempts have been made to grow varieties. However, a pathogen of half-body wilt disease (race 3) capable of infecting tomato plants containing these resistance genes has emerged and has become a problem (Non-Patent Documents 3 and 4).
そこで、本発明は、新たなトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー、半身萎凋病抵抗性トマト植物、およびそれを用いた半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法の提供を目的とする。 Therefore, an object of the present invention is to provide a new marker for half-body wilt resistance, a half-body wilt-resistant tomato plant, and a method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant using the same.
前記目的を達成するために、本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー(以下、「抵抗性マーカー」ともいう)は、第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座(以下、「抵抗性遺伝子座」ともいう)を含むことを特徴とする。 In order to achieve the above object, the half-body wilt disease resistance marker (hereinafter, also referred to as “resistance marker”) of the tomato plant of the present invention is a half-body wilt disease resistance locus on chromosome 7 (hereinafter, “resistance”). It is characterized by containing (also referred to as "sex locus").
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物(以下、「抵抗性トマト植物」ともいう)は、第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする。 The half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention (hereinafter, also referred to as “resistant tomato plant”) is characterized by containing a half-body wilt resistance locus on chromosome 7.
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法(以下、「製造方法」ともいう)は、下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする。
(a)前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
(b)前記(a)工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程
The method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant (hereinafter, also referred to as "production method") of the present invention is characterized by including the following steps (a) and (b).
(A) Step of crossing the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention with another tomato plant (b) Half-body wilt resistance from the tomato plant or its progeny line obtained from the above-mentioned step (a). Process of selecting tomato plants
本発明者らは、鋭意研究の結果、トマト植物について、半身萎凋病抵抗性を示す半身萎凋病抵抗性マーカーとして、新規の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を見出した。また、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、半身萎凋病抵抗性を示す。このため、本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーによれば、例えば、半身萎凋病抵抗性トマト植物を簡便にスクリーニングできる。また、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を含むため、例えば、半身萎凋病抵抗性を示すことが可能である。さらに、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記先行技術文献の抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病の病原菌(例えば、レース3)に対しても抵抗性を示す。このため、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、従来のような農薬による防除が不要であるため、例えば、前記農薬散布の労力および費用の問題も回避できる。 As a result of diligent research, the present inventors have found a novel half-body wilt resistance locus in tomato plants as a half-body wilt resistance marker showing resistance to half-body wilt disease. In addition, the tomato plant containing the resistance marker exhibits resistance to half-body wilt disease. Therefore, according to the half-body wilt resistance marker of the tomato plant of the present invention, for example, a half-body wilt resistant tomato plant can be easily screened. Further, since the tomato plant resistant to half-body wilt disease of the present invention contains, for example, the resistance locus, it is possible to exhibit resistance to half-body wilt disease, for example. Further, the tomato plant containing the resistance marker is resistant to, for example, a pathogen of half-body wilt disease (for example, race 3) capable of infecting the tomato plant containing the resistance gene of the prior art document. show. Therefore, since the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention does not need to be controlled by a pesticide as in the conventional case, for example, the problem of labor and cost of spraying the pesticide can be avoided.
1.トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカー
本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーは、前述のように、第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする。本発明の抵抗性マーカーは、前記第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むことが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。
1. 1. Half-Body Wilt Disease Resistance Marker of Tomato Plant The half-body wilt disease resistance marker of the tomato plant of the present invention is characterized by including the half-body wilt disease resistance gene locus on chromosome 7 as described above. The resistance marker of the present invention is characterized by including the half-body wilt disease resistance locus on the 7th chromosome, and other configurations and conditions are not particularly limited.
本発明において、「トマト植物」は、ナス属SolanumのSubgenus Solanum sensu strictoにおけるSection Lycopersiconに分類される植物であり、具体例として、S.lycopersicum、S.peruvianum、S.arcanum Peralta、S.chilense、S.corneliomulleri、S.huaylasense Peralta、S.cheesmaniae(L.Riley)Fosberg、S.chmielewskii、S.galapagense S.C.Darwin & Peralta、S.habrochaites、S.neorickii、S.pennelli、S.pimpinellifolium等があげられ、好ましくは、交雑が容易なS.lycopersicumである。 In the present invention, the "tomato plant" is a plant classified into the Section Lycoperson in the Subgenus Solanum Sensu strike of the Solanam genus Solanum , and as a specific example, S. cerevisiae S. lycopersicum, S. peruvianum, S. arcanum Peralta, S. children , S. corneliomulelli , S. huaylasense Peralta, S. cheesmaniae (L.Riley) Fosberg, S. chmielewskii, S. galapagense S. C. Darwin & Peralta, S. habrochaites, S. neorickii , S. pennelli , S. Pimpinellifolium and the like can be mentioned, and preferably, S. cerevisiae, which is easy to cross. It is a lycopersicum.
本発明において、前記半身萎凋病の病原菌(以下、「半身萎凋病菌」ともいう)は、例えば、糸状菌等があげられる。前記糸状菌は、例えば、バーティシリウム ダーリエ(Verticillium dahliae)等があげられる。 In the present invention, examples of the pathogenic bacterium of the half-body wilt disease (hereinafter, also referred to as "half-body wilt disease bacterium") include filamentous fungi. Examples of the filamentous fungus include Verticillium dahliae .
本発明において、「半身萎凋病抵抗性」は、例えば、「半身萎凋病耐性」ともいう。前記抵抗性は、例えば、半身萎凋病菌の感染による病害の発生および進行に対する阻害能または抑制能を意味し、具体的に、例えば、病害の未発生、発生した病害の進行の停止、および、発生した病害の進行の抑制(「阻害」ともいう)等のいずれでもよい。 In the present invention, "half-body wilt resistance" is also referred to as, for example, "half-body wilt resistance". The resistance means, for example, the ability to inhibit or suppress the onset and progression of a disease caused by infection with a half-body wilt disease bacterium, and specifically, for example, the non-occurrence of the disease, the cessation of the progression of the disease that has occurred, and the occurrence of the disease. Any of these may be used, such as suppressing the progression of the disease (also referred to as "inhibition").
本発明の抵抗性マーカーは、前記第7染色体上の抵抗性遺伝子座を含むが、前記抵抗性遺伝子座を有するトマト植物は、例えば、第7染色体に代えて、第7染色体以外のどの染色体上に、前記第7染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、前記抵抗性遺伝子座を有するトマト植物は、第1染色体、第2染色体、第3染色体、第4染色体、第5染色体、第6染色体、第8染色体、第9染色体、第10染色体、第11染色体、第12染色体のいずれかの染色体上に、前記第7染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。 The resistance markers of the present invention include the resistance loci on the 7th chromosome, but the tomato plant having the resistance loci is, for example, on any chromosome other than the 7th chromosome instead of the 7th chromosome. May have the resistance locus on the 7th chromosome. That is, the tomato plant having the resistance locus includes the first chromosome, the second chromosome, the third chromosome, the fourth chromosome, the fifth chromosome, the sixth chromosome, the eighth chromosome, the ninth chromosome, the tenth chromosome, and the tenth chromosome. The resistance locus on the 7th chromosome may be present on either the 11th chromosome or the 12th chromosome.
本発明の抵抗性マーカーは、例えば、前記第7染色体上の抵抗性遺伝子座をヘテロ接合型で含んでもよいし、ホモ接合型で含んでもよい。後者の場合、前記抵抗性トマト植物は、少なくとも一方の抵抗性マーカーを第7染色体以外の染色体上に含んでもよく、例えば、1つの抵抗性遺伝子座を第7染色体以外の染色体上に含んでもよいし、2つの抵抗性遺伝子座を第7染色体以外の染色体上に含んでもよい。2つの抵抗性遺伝子座を第7染色体以外の染色体上に含む場合、前記抵抗性トマト植物は、例えば、前記2つの抵抗性遺伝子座を同じ染色体上に含んでもよいし、異なる染色体上に含んでもよい。 The resistance marker of the present invention may contain, for example, the resistance locus on chromosome 7 in a heterozygous manner or in a homozygous manner. In the latter case, the resistant tomato plant may contain at least one resistance marker on a chromosome other than chromosome 7, for example, one resistance locus on a chromosome other than chromosome 7. However, the two resistance loci may be included on chromosomes other than chromosome 7. When two resistance loci are contained on a chromosome other than chromosome 7, the resistant tomato plant may contain, for example, the two resistance loci on the same chromosome or on different chromosomes. good.
半身萎凋病抵抗性遺伝子座とは、半身萎凋病抵抗性を供与する量的形質遺伝子座または遺伝子領域を意味する。前記量的形質遺伝子座(Quantitative Traits Loci;QTL)は、一般に、量的形質の発現に関与する染色体領域を意味する。QTLは、染色体上の特定の座を示す分子マーカーを使用して規定できる。前記分子マーカーを使用してQTLを規定する技術は、当該技術分野において周知である。 A half-body wilt resistance locus means a quantitative trait locus or gene region that provides half-body wilt resistance. The Quantitative Traits Loci (QTL) generally refers to a chromosomal region involved in the expression of a quantitative trait. QTLs can be defined using molecular markers that indicate specific loci on the chromosome. Techniques for defining QTLs using the molecular markers are well known in the art.
本発明において、前記抵抗性遺伝子座の規定に使用する分子マーカーは、特に制限されない。前記分子マーカーは、例えば、SNPマーカー、AFLP(分子増幅断片長多型、amplified fragment length polymorphism)マーカー、RFLP(restriction fragment length polymorphism)マーカー、マイクロサテライトマーカー、SCAR(sequence-characterized amplified region)マーカーおよびCAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)マーカー等があげられる。本発明において、前記SNPマーカーは、例えば、1個のSNPを前記SNPマーカーとしてもよいし、2個以上のSNPの組合せを前記SNPマーカーとしてもよい。 In the present invention, the molecular marker used to define the resistance locus is not particularly limited. The molecular markers include, for example, SNP markers, AFLP (amplified fragment length polymorphism) markers, RFLP (restriction fragment length polymorphism) markers, microsatellite markers, SCAR (sequence-characterized amplified region) markers and CAPS. (Cleaved amplified polymorphic sequence) Markers and the like can be mentioned. In the present invention, for the SNP marker, for example, one SNP may be used as the SNP marker, or a combination of two or more SNPs may be used as the SNP marker.
本発明において、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、例えば、(1)前記SNPマーカーによって規定(以下、「特定」ともいう)されてもよいし、(2)前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、(3)2つの前記SNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記(1)および前記(2)の組合せ
前記(1)および前記(3)の組合せ
前記(2)および前記(3)の組合せ
前記(1)、前記(2)および前記(3)の組合せ
In the present invention, the half-body wilt resistance locus may be, for example, (1) defined by the SNP marker (hereinafter, also referred to as “specification”), or (2) by a base sequence containing the SNP marker. It may be defined by (3) the base sequence of the region between the sites of the two SNP markers, or by a combination thereof. When specified by the combination, the combination is not particularly limited, and for example, the following combinations can be exemplified.
Combination of (1) and (2) Combination of (1) and (3) Combination of (2) and (3) Combination of (1), (2) and (3)
(1)SNPマーカーによる特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(1)に示すように、例えば、前記SNPマーカーによって規定されてもよい。前記SNPマーカーは、特に制限されず、例えば、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、solcap_snp_sl_12152’等があげられる。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、およびsolcap_snp_sl_37097’からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される。なお、「solcap_snp_sl_番号」で表されるSNPマーカーの表記は、当該技術分野における当業者であれば、本願の出願時の技術常識から理解可能であり、ナス科植物ゲノム研究国際コンソーシアムのwebサイト(http://solgenomics.net/)で閲覧できる。なお、これらのSNP解析は、例えば、下記文献を参照できる。また、solcap_snp_sl_14174’におけるsolcap_snp_sl_14174以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_7034’におけるsolcap_snp_sl_7034以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_24321’におけるsolcap_snp_sl_24321以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_100293’におけるsolcap_snp_sl_100293以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_100761’におけるsolcap_snp_sl_100761以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_55410’におけるsolcap_snp_sl_55410以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_71138’におけるsolcap_snp_sl_71138以外のSNPマーカー、solcap_snp_sl_37097’におけるsolcap_snp_sl_37097以外のSNPマーカーsolcap_snp_sl_12147’におけるsolcap_snp_sl_12147以外のSNPマーカー、およびsolcap_snp_sl_12152’におけるsolcap_snp_sl_12152以外のSNPマーカーは、本発明者らが新たに同定したSNPマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのSNPマーカーを含む塩基配列に基づき、前記SNPマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献1:Hamilton JP, Sim SC, Stoffel K, Van Deynze A, Buell CR, et al. (2012) “Single Nucleotide Polymorphism Discovery in Cultivated Tomato via Sequencing by Synthesis.”, The Plant Genome 5.
参考文献2:Sim S-C, Durstewitz G, Plieske J, Wieseke R, Ganal MW, et al., (2012) “Development of a Large SNP Genotyping Array and Generation of High-Density.”, Genetic Maps in Tomato. PLoS ONE 7(7)
参考文献3:Blanca J, Can izares J, Cordero L, Pascual L, Diez MJ, et al., (2012) “Variation Revealed by SNP Genotyping and Morphology Provides Insight into the Origin of the Tomato.”, PLoS ONE 7(10)
(1) Identification by SNP Marker The resistance locus may be defined by, for example, the SNP marker as shown in (1) above. The SNP markers is not particularly limited, for example, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_37097', solcap_snp_sl_12147 ', solcap_snp_sl_12152' and the like. The resistance locus is identified by, for example, at least one SNP marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399, and solcap_snp_sl_37097'. The notation of the SNP marker represented by "solcap_snp_sl_number" can be understood by those skilled in the art from the common general knowledge at the time of filing the application of the present application, and can be understood from the website of the International Consortium for Solanaceae Plant Genome Research (Solanaceae Plant Genome Research International Consortium). It can be viewed at http://solgenomics.net/). For these SNP analyzes, for example, the following documents can be referred to. Also, 'SNP markers other than Solcap_snp_sl_14174 in, solcap_snp_sl_7034' solcap_snp_sl_14174 SNP markers other than Solcap_snp_sl_7034 in, in 'SNP markers other than Solcap_snp_sl_24321 in, solcap_snp_sl_100293' solcap_snp_sl_24321 SNP markers other than Solcap_snp_sl_100293 in, 'SNP markers other than Solcap_snp_sl_100761 in, solcap_snp_sl_55410' solcap_snp_sl_100761 SNP markers other than Solcap_snp_sl_55410, 'SNP markers other than solcap_snp_sl_71138 in, solcap_snp_sl_37097' solcap_snp_sl_71138 SNP markers other than solcap_snp_sl_12152 in 'SNP markers other than Solcap_snp_sl_12147, and solcap_snp_sl_12152 in' SNP markers Solcap_snp_sl_12147 non solcap_snp_sl_37097 in the present inventors have newly The identified SNP marker, and a person skilled in the art can specify the seating position of the SNP marker based on the base sequence containing these SNP markers, which will be described later.
Reference 1: Hamilton JP, Sim SC, Stoffel K, Van Deynze A, Buell CR, et al. (2012) “Single Nucleotide Polymorphism Discovery in Cultivated Tomato via Sequencing by Synthesis.”, The Plant Genome 5.
Reference 2: Sim SC, Durstewitz G, Plieske J, Wieseke R, Ganal MW, et al., (2012) “Development of a Large SNP Genotyping Array and Generation of High-Density.”, Genetic Maps in Tomato. PLoS ONE 7 (7)
Reference 3: Blanca J, Can izares J, Cordero L, Pascual L, Diez MJ, et al., (2012) “Variation Revealed by SNP Genotyping and Morphology Provides Insight into the Origin of the Tomato.”, PLoS ONE 7 ( Ten)
前記solcap_snp_sl_14174’(以下、「SNP(a)」ともいう)は、solcap_snp_sl_14174およびその近傍の2つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号1の塩基配列における、2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号1の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_14174に対応するSNPである。以下、下記配列番号1の塩基配列における、1〜3番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(a1)、SNP(a2)、およびSNP(a3)ともいう。前記SNP(a)は、例えば、配列番号1におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜3番目の塩基が、それぞれ、G、G、およびGである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(a)におけるSNP(a1)、SNP(a2)、およびSNP(a3)が、それぞれ、G、G、およびGの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、C、A、およびAの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号1の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号1
5’-CACCACCA[G]TACCTGACCCACTCCCTACTCCAACACCTTTGCCAGCTCCA[G]CACCAACACCAACTCCAATACCAATTCCAATTCCAACTCCGAT[G]CCTCCA-3’
The solcap_snp_sl_14174'(hereinafter, also referred to as "SNP (a)") is an SNP marker set including two SNPs in the solcap_snp_sl_14174 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 1 below, the base in the underlined portion surrounded by the second parenthesis (the 51st base of SEQ ID NO: 1) is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_14174. Hereinafter, the bases underlined in the 1st to 3rd parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 1 below are also referred to as SNP (a 1 ), SNP (a 2 ), and SNP (a 3), respectively. The SNP (a) shows, for example, a polymorphism in which the
SEQ ID NO: 1
5'-CACCACCA [ G ] TACCTGACCCACTCCCTACTCCAACACCTTTGCCAGCTCCA [ G ] CACCAACACCAACTCCAATACCAATTCCAATTCCAACTCCGAT [ G ] CCTCCA-3'
前記SNP(a)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号12の塩基配列は、例えば、前記SNP(a)を除き、ハインツ(品種名、Heinz 1706)の塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(a)に対応する多型である。また、下記配列番号12における、1〜3番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(a1)、SNP(a2)、およびSNP(a3)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(a)におけるSNP(a1)、SNP(a2)、およびSNP(a3)が、それぞれ、G、G、およびGの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、C、A、およびAの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(a)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号12
5’-CACCACCA[G]TACCTGACCCACTCCCTACTCCAACACCTTTGCCAGCTCCA[G]CACCAACACCAACTCCAATACCAATTCCAATTCCAACTCCGAT[G]CCTCCA-3’
The SNP (a) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 12 is, for example, the base sequence of Heinz (variety name, Heinz 1706) except for the SNP (a), and the base in the underlined portion enclosed in parentheses corresponds to the SNP (a). It is polymorphic. In addition, the bases in the underlined parts in the 1st to 3rd parentheses in SEQ ID NO: 12 below are the bases corresponding to SNP (a 1 ), SNP (a 2 ), and SNP (a 3 ), respectively. That is, for example, when the SNP (a 1 ), SNP (a 2 ), and SNP (a 3 ) in the SNP (a) are G, G, and G, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease. In the case of a combination of bases other than the above combination of bases (for example, in the case of C, A, and A), it indicates that the tomato plant is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (a) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 12
5'-CACCACCA [ G ] TACCTGACCCACTCCCTACTCCAACACCTTTGCCAGCTCCA [ G ] CACCAACACCAACTCCAATACCAATTCCAATTCCAACTCCGAT [ G ] CCTCCA-3'
前記solcap_snp_sl_7034’(以下、「SNP(b)」ともいう)は、solcap_snp_sl_7034およびその近傍の4つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号2の塩基配列における、5番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号2の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_14174に対応するSNPである。以下、下記配列番号2の塩基配列における、1〜5番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(b1)〜SNP(b4)およびSNP(b5)ともいう。前記SNP(b)は、例えば、配列番号2におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜5番目の塩基が、それぞれ、G、G、A、C、およびTである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(b)におけるSNP(b1)〜SNP(b4)、よびSNP(b5)が、それぞれ、G、G、A、C、およびTの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、T、A、A、T、およびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号2の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号2
5’-T[G]AGATC[G]AT[A]ATCAATGGAAGTTTCTATGATCTCCGATACG[C]TAACGGC[T]GTGGTAACCACTCAAGGCTTAGGTGTTTCAAAGTTTCTGCTGAATCGCAA-3’
The solcap_snp_sl_7034'(hereinafter, also referred to as "SNP (b)") is an SNP marker set including four SNPs in the solcap_snp_sl_7034 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 2 below, the base underlined in parentheses at the 5th position (the 51st base of SEQ ID NO: 2) is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_14174. Hereinafter, the bases underlined in the 1st to 5th parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 2 below are also referred to as SNP (b 1 ) to SNP (b 4 ) and SNP (b 5), respectively. The SNP (b) shows, for example, polymorphisms in which the
SEQ ID NO: 2
5'-T [ G ] AGATC [ G ] AT [ A ] ATCAATGGAAGTTTCTATGATCTCCGATACG [ C ] TAACGGC [ T ] GTGGTAACCACTCAAGGCTTAGGTGTTTCAAAGTTTCTGCTGAATCGCAA-3'
前記SNP(b)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号13の塩基配列は、例えば、前記SNP(b)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(b)に対応する多型である。また、下記配列番号13における、1〜5番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(b1)〜SNP(b4)、およびSNP(b5)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(b)におけるSNP(b1)〜SNP(b4)およびSNP(b5)が、それぞれ、G、G、A、C、およびTの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、T、A、A、T、およびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(b)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号13
5’-T[G]AGATC[G]AT[A]ATCAATGGAAGTTTCTATGATCTCCGATACG[C]TAACGGC[T]GTGGTAACCACTCAAGGCTTAGGTGTTTCAAAGTTTCTGCTGAATCGCAA-3’
The SNP (b) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 13 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (b), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (b). In addition, the bases in the underlined portions enclosed in parentheses in the 1st to 5th brackets in SEQ ID NO: 13 below are the bases corresponding to SNP (b 1 ) to SNP (b 4 ) and SNP (b 5 ), respectively. That is, for example, when SNPs (b 1 ) to SNPs (b 4 ) and SNPs (b 5 ) in the SNP (b) are G, G, A, C, and T, respectively, the tomato plant is half-body wilted. In the case of disease resistance and base combinations other than the above base combinations (eg, T, A, A, T, and G), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (b) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 13
5'-T [ G ] AGATC [ G ] AT [ A ] ATCAATGGAAGTTTCTATGATCTCCGATACG [ C ] TAACGGC [ T ] GTGGTAACCACTCAAGGCTTAGGTGTTTCAAAGTTTCTGCTGAATCGCAA-3'
前記solcap_snp_sl_24321’(以下、「SNP(c)」ともいう)は、solcap_snp_sl_24321およびその近傍の1つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号3の塩基配列における、2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号3の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_24321に対応するSNPである。以下、下記配列番号3の塩基配列における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(c1)およびSNP(c2)ともいう。前記SNP(c)は、例えば、配列番号3におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜2番目の塩基が、それぞれ、CおよびAである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(c)におけるSNP(c1)およびSNP(c2)が、それぞれ、CおよびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、TおよびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号3の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号3
5’-TGACTTGTCCTATTCCATCAAGGCATTTCACTGCAATCTTTGTGCCATC[C][A]CTAAGCACCCTTCAAAAACTGA-3’
The solcap_snp_sl_24321'(hereinafter, also referred to as "SNP (c)") is an SNP marker set including one SNP in the solcap_snp_sl_24321 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 3 below, the base in the underlined portion surrounded by the second parenthesis (the 51st base of SEQ ID NO: 3) is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_24321. Hereinafter, the bases underlined in the first and second parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 3 below are also referred to as SNP (c 1 ) and SNP (c 2), respectively. The SNP (c) shows, for example, a polymorphism in which the first and second bases of the underlined bases enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 3 are C and A, respectively. That is, for example, when SNP (c 1 ) and SNP (c 2 ) in the SNP (c) are C and A, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (for example, in the case of T and G), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 3
5'-TGACTTGTCCTATTCCATCAAGGCATTTCACTGCAATCTTTGTGCCATC [ C ] [ A ] CTAAGCACCCTTCAAAAACTGA-3'
前記SNP(c)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号14の塩基配列は、例えば、前記SNP(c)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(c)に対応する多型である。また、下記配列番号14における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(c1)およびSNP(c2)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(c)におけるSNP(c1)およびSNP(c2)が、それぞれ、CおよびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、TおよびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(c)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号14
5’-TGACTTGTCCTATTCCATCAAGGCATTTCACTGCAATCTTTGTGCCATC[C][A]CTAAGCACCCTTCAAAAACTGA-3’
The SNP (c) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 14 is, for example, the Heinz base sequence except for the SNP (c), and the underlined base enclosed in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (c). In addition, the bases in the underlined portions enclosed in parentheses in the following SEQ ID NO: 14 are the bases corresponding to SNP (c 1 ) and SNP (c 2 ), respectively. That is, for example, when SNP (c 1 ) and SNP (c 2 ) in the SNP (c) are C and A, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (for example, in the case of T and G), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (c) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 14
5'-TGACTTGTCCTATTCCATCAAGGCATTTCACTGCAATCTTTGTGCCATC [ C ] [ A ] CTAAGCACCCTTCAAAAACTGA-3'
前記solcap_snp_sl_100293’(以下、「SNP(d)」ともいう)は、solcap_snp_sl_100293およびその近傍の3つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号4の塩基配列における、1番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号4の101番目の塩基)が、solcap_snp_sl_100293に対応するSNPである。以下、下記配列番号4の塩基配列における、1〜4番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(d1)〜SNP(d3)およびSNP(d4)ともいう。前記SNP(d)は、例えば、配列番号4におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜4番目の塩基が、それぞれ、G、C、G、およびAである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(d)におけるSNP(d1)〜SNP(d3)およびSNP(d4)が、それぞれ、G、C、G、およびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、A、A、A、およびTの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号4の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号4
5’-GATTCCTGGTCTTGATCTAGCTACCTCTGTGAAGTTGTATAGTCTGTTCCAGGAAAAGGATTTTGTTGATACAAAAGGTTTCATGAGAAATGACGGGCGT[G]CAATACAATGGAAGG[C]AGCTCTCAA[G]GAGAGAGAGATTATTCTCCC[A]GACAAGTCCATAGCAAATCACATTCAAGAAGAAATGAACCTTGCGTTTGCTTA-3’
The solcap_snp_sl_100293'(hereinafter, also referred to as "SNP (d)") is an SNP marker set including three SNPs of solcap_snp_sl_100293 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 4 below, the base underlined in the first parenthesis (the 101st base of SEQ ID NO: 4) is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_100293. Hereinafter, the bases underlined in the 1st to 4th parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 4 below are also referred to as SNP (d 1 ) to SNP (d 3 ) and SNP (d 4), respectively. The SNP (d) shows, for example, a polymorphism in which the
SEQ ID NO: 4
5'-GATTCCTGGTCTTGATCTAGCTACCTCTGTGAAGTTGTATAGTCTGTTCCAGGAAAAGGATTTTGTTGATACAAAAGGTTTCATGAGAAATGACGGGCGT [ G ] CAATACAATGGAAGG [ C ] AGCTCTCAA [ G ] GAGAGAGAGATTATTCTCCC [ A ]
前記SNP(d)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号15の塩基配列は、例えば、前記SNP(d)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(d)に対応する多型である。また、下記配列番号15における、1〜4番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(d1)〜SNP(d3)およびSNP(d4)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(d)におけるSNP(d1)〜SNP(d3)およびSNP(d4)が、それぞれ、G、C、G、およびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、A、A、A、およびTの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(d)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号15
5’-GATTCCTGGTCTTGATCTAGCTACCTCTGTGAAGTTGTATAGTCTGTTCCAGGAAAAGGATTTTGTTGATACAAAAGGTTTCATGAGAAATGACGGGCGT[G]CAATACAATGGAAGG[C]AGCTCTCAA[G]GAGAGAGAGATTATTCTCCC[A]GACAAGTCCATAGCAAATCACATTCAAGAAGAAATGAACCTTGCGTTTGCTTA-3’
The SNP (d) can also be specified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 15 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (d), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (d). In addition, the bases in the underlined parts in the 1st to 4th brackets in SEQ ID NO: 15 below are the bases corresponding to SNP (d 1 ) to SNP (d 3 ) and SNP (d 4 ), respectively. That is, for example, when SNPs (d 1 ) to SNPs (d 3 ) and SNPs (d 4 ) in the SNP (d) are G, C, G, and A, respectively, the tomato plant has resistance to half-body wilt disease. In the case of a base combination other than the above-mentioned base combination (for example, in the case of A, A, A, and T), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (d) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 15
5'-GATTCCTGGTCTTGATCTAGCTACCTCTGTGAAGTTGTATAGTCTGTTCCAGGAAAAGGATTTTGTTGATACAAAAGGTTTCATGAGAAATGACGGGCGT [ G ] CAATACAATGGAAGG [ C ] AGCTCTCAA [ G ] GAGAGAGAGATTATTCTCCC [ A ]
前記solcap_snp_sl_100761’(以下、「SNP(e)」ともいう)は、solcap_snp_sl_100761およびその近傍の2つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号5の塩基配列における、1番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号5の50番目の塩基)が、solcap_snp_sl_100761に対応するSNPである。以下、下記配列番号5の塩基配列における、1〜3番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(e1)、SNP(e2)、およびSNP(e3)ともいう。前記SNP(e)は、例えば、配列番号5におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜3番目の塩基が、それぞれ、A、G、およびGである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(e)におけるSNP(e1)、SNP(e2)、およびSNP(e3)が、それぞれ、A、G、およびGの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、C、T、およびCの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号5の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号5
5’-TCTCTCTTTTCAGCTCTGTTCCTTCAAAACAGAGTTTTTAAGCATTAGC[A]ATATAGGA[G]TGAGTAGTAGCAACATGATACAGAAGGTGATTCTTCATGT[G]-3’
The solcap_snp_sl_100371'(hereinafter, also referred to as "SNP (e)") is an SNP marker set including two SNPs in the solcap_snp_sl_100877 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 5 below, the underlined base (the 50th base of SEQ ID NO: 5) surrounded by the first parenthesis is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_100371. Hereinafter, the bases underlined in the 1st to 3rd parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 5 below are also referred to as SNP (e 1 ), SNP (e 2 ), and SNP (e 3), respectively. The SNP (e) represents, for example, a polymorphism in which the
SEQ ID NO: 5
5'-TCTCTCTTTTCAGCTCTGTTCCTTCAAAACAGAGTTTTTAAGCATTAGC [ A ] ATATAGGA [ G ] TGAGTAGTAGCAACATGATACAGAAGGTGATTCTTCATGT [ G ] -3'
前記SNP(e)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号16の塩基配列は、例えば、前記SNP(e)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(e)に対応する多型である。下記配列番号16の塩基配列では、例えば、前記配列番号5の塩基配列における10番目の塩基(T)と11番目の塩基(C)との間、または11番目の塩基(C)と12番目の塩基(A)との間に、塩基(C)の挿入が生じている。また、下記配列番号16における、1〜3番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(e1)、SNP(e2)、およびSNP(e3)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(e)におけるSNP(e1)、SNP(e2)、およびSNP(e3)が、それぞれ、A、G、およびGの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、C、T、およびCの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(e)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号16
5’-TCTCTCTTTTCCAGCTCTGTTCCTTCAAAACAGAGTTTTTAAGCATTAGC[A]ATATAGGA[G]TGAGTAGTAGCAACATGATACAGAAGGTGATTCTTCATGT[G]-3’
The SNP (e) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 16 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (e), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (e). In the base sequence of SEQ ID NO: 16 below, for example, between the 10th base (T) and the 11th base (C) in the base sequence of SEQ ID NO: 5, or between the 11th base (C) and the 12th base. The base (C) is inserted between the base (A) and the base (A). In addition, the bases in the underlined parts in the 1st to 3rd parentheses in SEQ ID NO: 16 below are the bases corresponding to SNP (e 1 ), SNP (e 2 ), and SNP (e 3 ), respectively. That is, for example, when the SNP (e 1 ), SNP (e 2 ), and SNP (e 3 ) in the SNP (e) are A, G, and G, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease. In the case of a combination of bases other than the above combination of bases (for example, in the case of C, T, and C), it indicates that the tomato plant is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (e) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 16
5'-TCTCTCTTTTCCAGCTCTGTTCCTTCAAAACAGAGTTTTTAAGCATTAGC [ A ] ATATAGGA [ G ] TGAGTAGTAGCAACATGATACAGAAGGTGATTCTTCATGT [ G ] -3'
前記solcap_snp_sl_55410’(以下、「SNP(f)」ともいう)は、solcap_snp_sl_55410およびその近傍の1つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号6の塩基配列における、1番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号6の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_55410に対応するSNPである。以下、下記配列番号6の塩基配列における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(f1)およびSNP(f2)ともいう。前記SNP(f)は、例えば、配列番号6におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜2番目の塩基が、それぞれ、GおよびTである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(f)におけるSNP(f1)およびSNP(f2)が、それぞれ、GおよびTの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、TおよびCの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号6の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号6
5’-AGCATTAGCTGCTCGAGGGACTTGCAAGTCTTTAGGCCATAAGGGATATT[G]CC[T]GACAACTTGTTAGACCCGAGGCTCAGGAATGTTAACTTCTGAAACTG-3’
The solcap_snp_sl_55410'(hereinafter, also referred to as "SNP (f)") is an SNP marker set including one SNP of solcap_snp_sl_55410 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 6 below, the base underlined in the first parenthesis (the 51st base of SEQ ID NO: 6) is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_55410. Hereinafter, the bases underlined in the first and second parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 6 are also referred to as SNP (f 1 ) and SNP (f 2), respectively. The SNP (f) shows, for example, a polymorphism in which the first and second bases of the bases in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 6 are G and T, respectively. That is, for example, when SNP (f 1 ) and SNP (f 2 ) in the SNP (f) are G and T, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (eg, in the case of T and C), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6 can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 6
5'-AGCATTAGCTGCTCGAGGGACTTGCAAGTCTTTAGGCCATAAGGGATATT [ G ] CC [ T ] GACAACTTGTTAGACCCGAGGCTCAGGAATGTTAACTTCTGAAACTG-3'
前記SNP(f)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号17の塩基配列は、例えば、前記SNP(f)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(f)に対応する多型である。また、下記配列番号17における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(f1)およびSNP(f2)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(f)におけるSNP(f1)およびSNP(f2)が、それぞれ、GおよびTの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、TおよびCの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(f)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号17
5’-AGCATTAGCTGCTCGAGGGACTTGCAAGTCTTTAGGCCATAAGGGATATT[T]CC[C]GACAACTTGTTAGACCCGAGGCTCAGGAATGTTAACTTCTGAAACTG-3’
The SNP (f) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 17 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (f), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (f). In addition, the bases in the underlined portions enclosed in parentheses in the following SEQ ID NO: 17 are the bases corresponding to SNP (f 1 ) and SNP (f 2 ), respectively. That is, for example, when SNP (f 1 ) and SNP (f 2 ) in the SNP (f) are G and T, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (eg, in the case of T and C), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (f) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 17
5'-AGCATTAGCTGCTCGAGGGACTTGCAAGTCTTTAGGCCATAAGGGATATT [ T ] CC [ C ] GACAACTTGTTAGACCCGAGGCTCAGGAATGTTAACTTCTGAAACTG-3'
前記solcap_snp_sl_55399(以下、「SNP(g)」ともいう)は、例えば、配列番号7におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Tである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基が、Tの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、T以外の塩基(例えば、C)の場合、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号7の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号7
5’-TCTCATAAGCATAAAACCAGCTATAGTACCCAATCAACGCAATATCCACA[T]AACCAAAATTATCTCCTCCAAAGTAAGGCTTCTCTCCAAGTGCTCCCTCT-3’
The solcap_snp_sl_55399 (hereinafter, also referred to as “SNP (g)”) indicates, for example, a polymorphism in which the base in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 7 is T. That is, for example, when the base in the underlined portion is T, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and when the base other than T (for example, C), the tomato plant is susceptible to half-body wilt disease. Show that. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 7
5'-TCTCATAAGCATAAAACCAGCTATAGTACCCAATCAACGCAATATCCACA [ T ] AACCAAAAATTATCTCCTCCAAAGTAAGGCTTCTCTCCAAGTGCTCCCTCT-3'
前記SNP(g)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号18の塩基配列は、例えば、前記SNP(g)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(g)に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基が、Tの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、T以外の塩基(例えば、C)の場合、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(g)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号18
5’-TCTCATAAGCATAAAACCAGCTATAGTACCCAATCAACGCAATATCCACA[T]AACCAAAATTATCTCCTCCAAAGTAAGGCTTCTCTCCAAGTGCTCCCTCT-3’
The SNP (g) can also be specified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 18 is, for example, the Heinz base sequence except for the SNP (g), and the underlined base enclosed in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (g). That is, for example, when the base in the underlined portion is T, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and when the base other than T (for example, C), the tomato plant is susceptible to half-body wilt disease. Show that. In this way, the position of the SNP (g) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 18
5'-TCTCATAAGCATAAAACCAGCTATAGTACCCAATCAACGCAATATCCACA [ T ] AACCAAAAATTATCTCCTCCAAAGTAAGGCTTCTCTCCAAGTGCTCCCTCT-3'
前記solcap_snp_sl_71138’(以下、「SNP(h)」ともいう)は、solcap_snp_sl_71138およびその近傍の2つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号8の塩基配列における、1番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号8の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_71138に対応するSNPである。以下、下記配列番号8の塩基配列における、1〜3番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(h1)、SNP(h2)、およびSNP(h3)ともいう。前記SNP(h)は、例えば、配列番号8におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜3番目の塩基が、それぞれ、T、A、およびAである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(h)におけるSNP(h1)、SNP(h2)、およびSNP(h3)が、それぞれ、T、A、およびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、C、G、およびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号8の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号8
5’-CCATCAGAGTGGCTAGTCCAAAATCAGATACTCGAGCCTCCATGTTATGA[T]CCAACAAGATATT[A]CTTGACTTTATATCTCTGTGGATGAT[A]TGAGGGATG-3’
The solcap_snp_sl_71138'(hereinafter, also referred to as "SNP (h)") is an SNP marker set including two SNPs in the solcap_snp_sl_71138 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 8 below, the underlined base (the 51st base of SEQ ID NO: 8) surrounded by the first parenthesis is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_711138. Hereinafter, the bases underlined in the 1st to 3rd parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 8 below are also referred to as SNP (h 1 ), SNP (h 2 ), and SNP (h 3), respectively. The SNP (h) represents, for example, a polymorphism in which the
SEQ ID NO: 8
5'-CCATCAGAGTGGCTAGTCCAAAATCAGATACTCGAGCCTCCATGTTATGA [ T ] CCAACAAGATATT [ A ] CTTGACTTTATATCTCTGTGGATGAT [ A ] TGAGGGATG-3'
前記SNP(h)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号19の塩基配列は、例えば、前記SNP(h)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(h)に対応する多型である。また、下記配列番号19における、1〜3番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(h1)、SNP(h2)、およびSNP(h3)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(h)におけるSNP(h1)、SNP(h2)、およびSNP(h3)が、それぞれ、T、A、およびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、C、G、およびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(h)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号19
5’-CCATCAGAGTGGCTAGTCCAAAATCAGATACTCGAGCCTCCATGTTATGA[T]CCAACAAGATATT[A]CTTGACTTTATATCTCTGTGGATGAT[A]TGAGGGATG-3’
The SNP (h) can also be specified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 19 is, for example, the Heinz base sequence except for the SNP (h), and the underlined base enclosed in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (h). In addition, the bases in the underlined portions enclosed in parentheses in the 1st to 3rd brackets in SEQ ID NO: 19 below are the bases corresponding to SNP (h 1 ), SNP (h 2 ), and SNP (h 3 ), respectively. That is, for example, when the SNP (h 1 ), SNP (h 2 ), and SNP (h 3 ) in the SNP (h) are T, A, and A, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease. In the case of a combination of bases other than the above combination of bases (for example, in the case of C, G, and G), it indicates that the tomato plant is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (h) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 19
5'-CCATCAGAGTGGCTAGTCCAAAATCAGATACTCGAGCCTCCATGTTATGA [ T ] CCAACAAGATATT [ A ] CTTGACTTTATATCTCTGTGGATGAT [ A ] TGAGGGATG-3'
前記solcap_snp_sl_37097’(以下、「SNP(i)」ともいう)は、solcap_snp_sl_37097およびその近傍の1つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号9の塩基配列における、2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号9の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_37097に対応するSNPである。以下、下記配列番号9の塩基配列における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(i1)およびSNP(i2)ともいう。前記SNP(i)は、例えば、配列番号9におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜2番目の塩基が、それぞれ、TおよびGである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(i)におけるSNP(i1)およびSNP(i2)が、それぞれ、TおよびGの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、CおよびAの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号9の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号9
5’-GTGAGGCTACTGTCGGGTTACCCGGTGGGTGTGACATTGGGGCCCGACC[T][G]TTGATTTTTACATTCATGGTCTACGTGCTCTTGGTGCTACGGTTGAGTTG-3’
The solcap_snp_sl_37097'(hereinafter, also referred to as "SNP (i)") is an SNP marker set including one SNP in the solcap_snp_sl_37097 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 9 below, the base in the underlined portion surrounded by the second parenthesis (the 51st base of SEQ ID NO: 9) is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_37097. Hereinafter, the bases underlined in the first and second parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 9 are also referred to as SNP (i 1 ) and SNP (i 2), respectively. The SNP (i) shows, for example, a polymorphism in which the first and second bases of the bases in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 9 are T and G, respectively. That is, for example, when the SNPs (i 1 ) and SNPs (i 2 ) in the SNP (i) are T and G, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (eg, C and A), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 9
5'-GTGAGGCTACTGTCGGGTTACCCGGTGGGTGTGACATTGGGGCCCGACC [ T ] [ G ] TTGATTTTTACATTCATGGTCTACGTGCTCTTGGTGCTACGGTTGAGTTG-3'
前記SNP(i)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号20の塩基配列は、例えば、前記SNP(i)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(i)に対応する多型である。また、下記配列番号20における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(i1)およびSNP(i2)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(i)におけるSNP(i1)およびSNP(i2)が、それぞれ、TおよびGの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、CおよびAの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(i)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号20
5’-GTGAGGCTACTGTCGGGTTACCCGGTGGGTGTGACATTGGGGCCCGACC[T][G]TTGATTTTTACATTCATGGTCTACGTGCTCTTGGTGCTACGGTTGAGTTG-3’
The SNP (i) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 20 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (i), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (i). In addition, the bases in the underlined portion enclosed in the first and second parentheses in SEQ ID NO: 20 below are the bases corresponding to SNP (i 1 ) and SNP (i 2 ), respectively. That is, for example, when the SNPs (i 1 ) and SNPs (i 2 ) in the SNP (i) are T and G, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (eg, C and A), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (i) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 20
5'-GTGAGGCTACTGTCGGGTTACCCGGTGGGTGTGACATTGGGGCCCGACC [ T ] [ G ] TTGATTTTTACATTCATGGTCTACGTGCTCTTGGTGCTACGGTTGAGTTG-3'
前記solcap_snp_sl_12147’(以下、「SNP(j)」ともいう)は、solcap_snp_sl_12147およびその近傍の3つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号10の塩基配列における、2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号10の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_12147に対応するSNPである。以下、下記配列番号10の塩基配列における、1〜4番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(j1)〜SNP(j3)およびSNP(j4)ともいう。前記SNP(j)は、例えば、配列番号10におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜4番目の塩基が、それぞれ、A、C、T、およびAである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(j)におけるSNP(j1)〜SNP(j3)およびSNP(j4)が、それぞれ、A、C、T、およびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、T、A、C、およびTの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号10の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号10
5’-CAATGGACTACAGGAAGCC[A]TTGTCTGCTTTCCAAGCGTTTGCAATTTGC[C]TGACCAGTTTTGG[T]AC[A]AAATTGGCCTGTGAATAGATTCTTTAGAACTTG-3’
The solcap_snp_sl_12147'(hereinafter, also referred to as "SNP (j)") is an SNP marker set including three SNPs of solcap_snp_sl_12147 and its vicinity. In addition, the underlined base (51st base of SEQ ID NO: 10) surrounded by the second parenthesis in the base sequence of SEQ ID NO: 10 below is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_12147. Hereinafter, the bases underlined in the 1st to 4th parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 10 below are also referred to as SNP (j 1 ) to SNP (j 3 ) and SNP (j 4), respectively. The SNP (j) shows, for example, a polymorphism in which the
SEQ ID NO: 10
5'-CAATGGACTACAGGAAGCC [ A ] TTGTCTGCTTTCCAAGCGTTTGCAATTTGC [ C ] TGACCAGTTTTGG [ T ] AC [ A ] AAATTGGCCTGTGAATAGATTCTTTAGAACTTG-3'
前記SNP(j)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号21の塩基配列は、例えば、前記SNP(j)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(j)に対応する多型である。また、下記配列番号21における、1〜4番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(j1)〜SNP(j3)およびSNP(j4)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(j)におけるSNP(j1)〜SNP(j3)およびSNP(j4)が、それぞれ、A、C、T、およびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、T、A、C、およびTの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(j)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号21
5’-CAATGGACTACAGGAAGCC[A]TTGTCTGCTTTCCAAGCGTTTGCAATTTGC[C]TGACCAGTTTTGG[T]AC[A]AAATTGGCCTGTGAATAGATTCTTTAGAACTTG-3’
The SNP (j) can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 21 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (j), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (j). Further, the bases in the underlined portions enclosed in parentheses in the 1st to 4th brackets in SEQ ID NO: 21 below are the bases corresponding to SNP (j 1 ) to SNP (j 3 ) and SNP (j 4 ), respectively. That is, for example, when SNPs (j 1 ) to SNPs (j 3 ) and SNPs (j 4 ) in the SNP (j) are A, C, T, and A, respectively, the tomato plant has resistance to half-body wilt disease. In the case of a base combination other than the above-mentioned base combination (for example, in the case of T, A, C, and T), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (j) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 21
5'-CAATGGACTACAGGAAGCC [ A ] TTGTCTGCTTTCCAAGCGTTTGCAATTTGC [ C ] TGACCAGTTTTGG [ T ] AC [ A ] AAATTGGCCTGTGAATAGATTCTTTAGAACTTG-3'
前記solcap_snp_sl_12152’(以下、「SNP(k)」ともいう)は、solcap_snp_sl_12152およびその近傍の1つのSNPを含むSNPマーカーセットである。また、下記配列番号11の塩基配列における、1番目のかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号11の51番目の塩基)が、solcap_snp_sl_12152に対応するSNPである。以下、下記配列番号11の塩基配列における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基を、それぞれ、SNP(k1)およびSNP(k2)ともいう。前記SNP(k)は、例えば、配列番号11におけるかっこで囲んだ下線部の塩基において、1〜2番目の塩基が、それぞれ、CおよびAである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(k)におけるSNP(k1)およびSNP(k2)が、それぞれ、CおよびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、AおよびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。また、前記配列番号11の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号11
5’-CTCGGGTACTACTTTATCACCGACAGCTGGGACATGTCTGATCTCGGAAG[C]GGGTGGTGGAGCCCTCTGCTTTTGAACTAATGGG[A]GCTCAACTTCATCTT-3’
The solcap_snp_sl_12152'(hereinafter, also referred to as "SNP (k)") is an SNP marker set including one SNP in the solcap_snp_sl_12152 and its vicinity. Further, in the base sequence of SEQ ID NO: 11 below, the underlined base (the 51st base of SEQ ID NO: 11) surrounded by the first parenthesis is the SNP corresponding to solcap_snp_sl_12152. Hereinafter, the bases underlined in the first and second parentheses in the base sequence of SEQ ID NO: 11 below are also referred to as SNP (k 1 ) and SNP (k 2), respectively. The SNP (k) shows, for example, a polymorphism in which the first and second bases of the bases in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 11 are C and A, respectively. That is, for example, when SNP (k 1 ) and SNP (k 2 ) in the SNP (k) are C and A, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (for example, in the case of A and G), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 11
5'-CTCGGGTACTACTTTATCACCGACAGCTGGGACATGTCTGATCTCGGAAG [ C ] GGGTGGTGGAGCCCTCTGCTTTGACTAATGGG [ A ] GCTCAACTTCATCTT-3'
前記SNP(k)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号22の塩基配列は、例えば、前記SNP(k)を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記SNP(k)に対応する多型である。また、下記配列番号22における、1〜2番目のかっこで囲んだ下線部の塩基が、それぞれ、SNP(k1)およびSNP(k2)に対応する塩基である。つまり、例えば、前記SNP(k)におけるSNP(k1)およびSNP(k2)が、それぞれ、CおよびAの場合、トマト植物は、半身萎凋病抵抗性であり、前記塩基の組合せ以外の塩基の組合せの場合(例えば、AおよびGの場合)、トマト植物は、半身萎凋病罹病性であることを示す。このように、前記SNP(k)は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号22
5’-CTCGGGTACTACTTTATCACCGACAGCTGGGACATGTCTGATCTCGGAAG[C]GGGTGGTGGAGCCCTCTGCTTTTGAACTAATGGG[A]GCTCAACTTCATCTT-3’
The SNP (k) can also be specified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 22 is, for example, the base sequence of Heinz except for the SNP (k), and the base underlined in parentheses is a polymorphism corresponding to the SNP (k). In addition, the bases in the underlined portion enclosed in the first and second parentheses in SEQ ID NO: 22 below are the bases corresponding to SNP (k 1 ) and SNP (k 2 ), respectively. That is, for example, when SNP (k 1 ) and SNP (k 2 ) in the SNP (k) are C and A, respectively, the tomato plant is resistant to half-body wilt disease, and bases other than the combination of the bases are used. In the case of the combination of (for example, in the case of A and G), the tomato plant indicates that it is susceptible to half-body wilt disease. In this way, the position of the SNP (k) can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 22
5'-CTCGGGTACTACTTTATCACCGACAGCTGGGACATGTCTGATCTCGGAAG [ C ] GGGTGGTGGAGCCCTCTGCTTTGACTAATGGG [ A ] GCTCAACTTCATCTT-3'
前記染色体における前記SNPマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記SNPマーカーは、図1に示すように、例えば、トマト植物の第7染色体上において、上流側(solcap_snp_sl_5840側)から下流側(solcap_snp_sl_70781側)にかけて、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_12147’、solcap_snp_sl_12152’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_37097’が、この順序で座乗している。なお、solcap_snp_sl_5840およびsolcap_snp_sl_70781は、トマト植物の第7染色体におけるsolcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’の座乗位置を示すのに使用している。solcap_snp_sl_5840およびsolcap_snp_sl_70781については、後述する。 The locus position of the SNP marker on the chromosome is not particularly limited. As shown in FIG. 1, the SNP markers are, for example, on chromosome 7 of a tomato plant, from the upstream side (solcap_snp_sl_5840 side) to the downstream side (solcap_snp_sl_70781 side), solcap_snp_sl_14174', solcap_sl_sn_ solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_12147', solcap_snp_sl_12152 ', solcap_snp_sl_12147', and Solcap_snp_sl_37097 'have been Zajo in this order. Incidentally, Solcap_snp_sl_5840 and solcap_snp_sl_70781 is, Solcap_snp_sl_14174 in chromosome 7 tomato plants ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_37097', Zajo position of solcap_snp_sl_12147 ', and Solcap_snp_sl_12152' It is used to indicate. Solcap_snp_sl_5840 and solcap_snp_sl_70781 will be described later.
前記抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記SNPマーカーのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個または11個全てであってもよい。なお、これら11種類の多型(SNPマーカー)と半身萎凋病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、半身萎凋病抵抗性に関与する新規の多型である。 The number of the SNP markers possessed by the resistance locus is not particularly limited, and for example, any one or two or more of the SNP markers, that is, two, three, four, or five. , 6, 7, 8, 9, 10, or all 11. The relationship between these 11 types of polymorphisms (SNP markers) and half-body wilt resistance has not been reported so far, and the half-body wilt resistance first discovered by the present inventors. A new polymorphism involved.
前記SNPマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
SNP(a)およびSNP(b)の組合せ
SNP(a)およびSNP(c)の組合せ
SNP(b)およびSNP(c)の組合せ
SNP(d)およびSNP(g)の組合せ
SNP(d)およびSNP(i)の組合せ
SNP(g)およびSNP(i)の組合せ
SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ
前記組合せのうち、半身萎凋病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ
SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ
SNP(a)〜SNP(j)およびSNP(k)の組合せ
The combination of the SNP markers is not particularly limited, and for example, the following combinations can be exemplified.
Combination of SNP (a) and SNP (b) Combination of SNP (a) and SNP (c) Combination of SNP (b) and SNP (c) Combination of SNP (d) and SNP (g) SNP (d) and SNP (I) Combination of SNP (g) and SNP (i) Combination of SNP (d), SNP (g), and SNP (i) Combination of SNP (a), SNP (b), and SNP (c) Of the above combinations, the following combinations are preferable because they have a higher correlation with resistance to half-body wilt.
Combination of SNP (a), SNP (b), and SNP (c) Combination of SNP (d), SNP (g), and SNP (i) Combination of SNP (a) to SNP (j) and SNP (k)
本発明において、SNP(a)〜(f)および(h)〜(k)は、例えば、各SNPマーカーセットを構成するSNPのうち、いずれか1つまたは2つ以上のSNPを、SNP(a)〜(f)および(h)〜(k)としてもよいし、いずれか1つまたは2つ以上のSNPを、他のSNPマーカーセットまたはそれを構成するSNPと組合せてもよい。具体例として、前記SNP(d)は、前記SNP(d1)〜SNP(d4)を含むが、本発明は、これに限定されず、前記SNP(d1)〜SNP(d4)のいずれか1つ、2つ、または3つを、前記SNP(d)としてもよい。また、この場合、前記SNP(d)は、例えば、さらに、前述のように、前記SNP(a)〜SNP(c)およびSNP(e)〜SNP(k)からなる群から選択された少なくとも一つ、または前記SNP(g)およびSNP(i)の少なくとも一方と組合せてもよい。また、本発明において、前記SNP(i)は、前記SNP(i1)およびSNP(i2)を含むが、本発明は、これに限定されず、前記SNP(i1)およびSNP(i2)のいずれか1つを、前記SNP(i)としてもよい。また、この場合、前記SNP(i)は、例えば、さらに、前述のように、前記SNP(a)〜SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)からなる群から選択された少なくとも一つ、または前記SNP(d)およびSNP(g)の少なくとも一方と組合せてもよい。 In the present invention, SNPs (a) to (f) and (h) to (k) refer to, for example, SNPs (a) of any one or more of the SNPs constituting each SNP marker set. )-(F) and (h)-(k), or any one or more SNPs may be combined with other SNP marker sets or SNPs constituting them. As a specific example, the SNP (d) includes the SNPs (d 1 ) to SNPs (d 4 ), but the present invention is not limited thereto, and the SNPs (d 1 ) to SNPs (d 4 ). Any one, two, or three may be referred to as the SNP (d). Further, in this case, the SNP (d) is, for example, at least one selected from the group consisting of the SNPs (a) to SNP (c) and the SNPs (e) to SNP (k) as described above. It may be combined with one or at least one of the SNP (g) and SNP (i). Further, in the present invention, the SNP (i) includes the SNP (i 1 ) and the SNP (i 2 ), but the present invention is not limited thereto, and the SNP (i 1 ) and the SNP (i 2). ) May be the SNP (i). Further, in this case, the SNP (i) is, for example, at least selected from the group consisting of the SNPs (a) to SNPs (h), SNPs (j), and SNPs (k) as described above. It may be combined with one or at least one of the SNPs (d) and SNPs (g).
(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(2)に示すように、例えば、前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
(2) Identification by Base Sequence Containing SNP Marker As shown in (2) above, the resistance locus may be defined by, for example, a base sequence containing the SNP marker. The resistance locus may be composed of, for example, the base sequence, or may include the base sequence.
前記SNPマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、後述する(a)〜(j)および(k)のポリヌクレオチド等があげられる。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、下記(d)、(g)および(i)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される。前記(a)〜(j)および(k)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記SNP(a)〜SNP(j)およびSNP(k)のSNPマーカーを含む塩基配列に相当する。 The base sequence containing the SNP marker is not particularly limited, and examples thereof include polynucleotides (a) to (j) and (k) described later. The resistance locus is identified, for example, by at least one polynucleotide selected from the group consisting of (d), (g) and (i) below. The polynucleotides (a) to (j) and (k) correspond to the nucleotide sequences containing the SNP markers of SNP (a) to SNP (j) and SNP (k), respectively.
前記(a)のポリヌクレオチドは、前記SNP(a)、すなわち、solcap_snp_sl_14174’を含む塩基配列であり、例えば、下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチドである。前記(a2)および(a3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(a2)または(a3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(a) 下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a2)前記(a1)の9番目の塩基(G)、51番目の塩基(G)、および95番目の塩基(G)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の9番目の塩基(G)、51番目の塩基(G)、および95番目の塩基(G)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (a) is a nucleotide sequence containing the SNP (a), that is, solcap_snp_sl_14174', and is, for example, the polynucleotide of (a1), (a2), or (a3) below. The polynucleotides (a2) and (a3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (a1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (a2) or (a3) exhibits half-body wilt resistance.
(A) A polynucleotide (a2) consisting of the nucleotide sequence of the following (a1), (a2), or (a3) polynucleotide (a1) SEQ ID NO: 1 The base (G) and the 95th base (G) are conserved, and the base sequence of (a1) consists of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. Polynucleotide (a3) The 9th base (G), 51st base (G), and 95th base (G) of the above (a1) are stored, and 80 with respect to the base sequence of the above (a1). A polynucleotide consisting of a base sequence having% or more identity
前記(a1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号1におけるかっこで囲んだ下線部の9番目の塩基(G)、51番目の塩基(G)、および95番目の塩基(G)が、それぞれ、前記SNP(a)のSNP(a1)、SNP(a2)、およびSNP(a3)の多型に対応する塩基である。また、前記(a1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide (a1), the 9th base (G), the 51st base (G), and the 95th base (G) in the parenthesized parts of SEQ ID NO: 1 are the SNPs, respectively. It is a base corresponding to the polymorphisms of SNP (a 1 ), SNP (a 2 ), and SNP (a 3) of (a). In addition, the polynucleotide of (a1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(a2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。本発明において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「1〜5個」との記載は、「1、2、3、4、5個」の全ての開示を意味する(以下、同様)。 In the polynucleotide of (a2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. .. In the present invention, the numerical range of the number of bases and the like discloses, for example, all positive integers belonging to the range. That is, for example, the description of "1 to 5" means all disclosures of "1, 2, 3, 4, 5" (hereinafter, the same applies).
前記(a3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。前記同一性は、2つの塩基配列をアライメントすることによって求めることができる(以下、同様)。具体的には、前記同一性は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる(以下、同様)。 In the polynucleotide of (a3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all. The identity can be determined by aligning two base sequences (hereinafter, the same applies). Specifically, the identity can be calculated by default parameters using, for example, analysis software such as BLAST or FASTA (hereinafter, the same applies).
前記(b)のポリヌクレオチドは、前記SNP(b)、すなわち、solcap_snp_sl_7034’を含む塩基配列であり、例えば、下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチドである。前記(b2)および(b3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(b2)または(b3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(b) 下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b2)前記(b1)の2番目の塩基(G)、8番目の塩基(G)、11番目の塩基(A)、43番目の塩基(C)、および51番目の塩基(T)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b3)前記(b1)の2番目の塩基(G)、8番目の塩基(G)、11番目の塩基(A)、43番目の塩基(C)、および51番目の塩基(T)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (b) is a nucleotide sequence containing the SNP (b), that is, solcap_snp_sl_7034', and is, for example, the polynucleotide of (b1), (b2), or (b3) below. The polynucleotides (b2) and (b3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (b1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (b2) or (b3) shows half-body wilt resistance.
(B) A polynucleotide (b2) consisting of the nucleotide sequence of the following (b1), (b2), or (b3) polynucleotide (b1) SEQ ID NO: 2, the second base (G), eighth of the above (b1). The base (G), the 11th base (A), the 43rd base (C), and the 51st base (T) are conserved, and one or several bases are contained in the base sequence of (b1). A polynucleotide consisting of a deleted, substituted, inserted and / or added base sequence (b3) The second base (G), the eighth base (G), the eleventh base (A) of the above (b1), A polynucleotide in which the 43rd base (C) and the 51st base (T) are conserved and consist of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (b1).
前記(b1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号2におけるかっこで囲んだ下線部の2番目の塩基(G)、8番目の塩基(G)、11番目の塩基(A)、43番目の塩基(C)、および51番目の塩基(T)が、それぞれ、前記SNP(b)のSNP(b1)〜SNP(b4)、およびSNP(b5)の多型に対応する塩基である。また、前記(b1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide of (b1), the second base (G), the eighth base (G), the eleventh base (A), and the 43rd base (C) in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 2 ) And the 51st base (T) are the bases corresponding to the polymorphisms of SNP (b 1 ) to SNP (b 4 ) and SNP (b 5) of the SNP (b), respectively. In addition, the polynucleotide of (b1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(b2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (b2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(b3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (b3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(c)のポリヌクレオチドは、前記SNP(c)、すなわち、solcap_snp_sl_24321’を含む塩基配列であり、例えば、下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチドである。前記(c2)および(c3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(c2)または(c3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(c) 下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c2)前記(c1)の50番目の塩基(C)および51番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c3)前記(c1)の50番目の塩基(C)および51番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (c) is a nucleotide sequence containing the SNP (c), that is, solcap_snp_sl_24321', and is, for example, the polynucleotide of (c1), (c2), or (c3) below. The polynucleotides (c2) and (c3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (c1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (c2) or (c3) shows half-body wilt resistance.
(C) A polynucleotide (c2) consisting of the nucleotide sequence of the following (c1), (c2), or (c3) polynucleotide (c1) SEQ ID NO: 3) The 50th base (C) and the 51st base of the above (c1). (A) is preserved, and in the base sequence of (c1), a polynucleotide (c3) consisting of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. 50th base (C) and 51st base (A) are conserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (c1).
前記(c1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号3におけるかっこで囲んだ下線部の50番目の塩基(C)および51番目の塩基(A)が、それぞれ、前記SNP(c)のSNP(c1)およびSNP(c2)の多型に対応する塩基である。また、前記(c1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide of (c1), the 50th base (C) and the 51st base (A) in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 3 are the SNP (c 1 ) of the SNP (c), respectively. And the base corresponding to the SNP (c 2) polymorphism. In addition, the polynucleotide of (c1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(c2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜15個、1〜7個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (c2), the one or several are, for example, 1 to 15, 1 to 7, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(c3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (c3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(d)のポリヌクレオチドは、前記SNP(d)、すなわち、solcap_snp_sl_100293’を含む塩基配列であり、例えば、下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチドである。前記(d2)および(d3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(d2)または(d3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(d) 下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d2)前記(d1)の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (d) is a nucleotide sequence containing the SNP (d), that is, solcap_snp_sl_100293', and is, for example, the polynucleotide of (d1), (d2), or (d3) below. The polynucleotides (d2) and (d3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (d1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide (d2) or (d3) shows half-body wilt resistance.
(D) A polynucleotide (d2) consisting of the nucleotide sequence of the following (d1), (d2), or (d3) polynucleotide (d1) SEQ ID NO: 4, the 101st base (G), 117th base of the above (d1). Base (C), 127th base (G), and 148th base (A) are conserved, and one or several bases are deleted, substituted, inserted, and / in the above-mentioned base sequence (d1). Alternatively, the polynucleotide (d3) consisting of the added base sequence, the 101st base (G), the 117th base (C), the 127th base (G), and the 148th base (A) of the above (d1). Is preserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (d1) above.
前記(d1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号4におけるかっこで囲んだ下線部の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が、それぞれ、前記SNP(d)のSNP(d1)〜SNP(d3)およびSNP(d4)の多型に対応する塩基である。また、前記(d1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the above-mentioned polynucleotide (d1), the 101st base (G), the 117th base (C), the 127th base (G), and the 148th base (G) in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 4 ( A) is a base corresponding to the polymorphisms of SNP (d 1 ) to SNP (d 3 ) and SNP (d 4) of the SNP (d), respectively. Further, the polynucleotide of (d1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(d2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜40個、1〜30個、1〜20個、1〜10個、1〜8個、1〜6個、1〜4個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (d2), the one or several are, for example, 1 to 40, 1 to 30, 1 to 20, 1 to 10, 1 to 8, 1 to 6, 1 to 1. 4, 1 or 2.
前記(d3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (d3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(e)のポリヌクレオチドは、前記SNP(e)、すなわち、solcap_snp_sl_100761’を含む塩基配列であり、例えば、下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチドである。前記(e2)および(e3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(e2)または(e3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(e) 下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e2)前記(e1)の50番目の塩基(A)、59番目の塩基(G)、および100番目の塩基(G)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e3)前記(e1)の50番目の塩基(A)、59番目の塩基(G)、および100番目の塩基(G)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (e) is a nucleotide sequence containing the SNP (e), that is, solcap_snp_sl_100731', and is, for example, the polynucleotide of (e1), (e2), or (e3) below. The polynucleotides (e2) and (e3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (e1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having a half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (e2) or (e3) exhibits half-body wilt resistance.
(E) Polynucleotide (e2) consisting of the base sequence of the following (e1), (e2), or (e3) polynucleotide (e1) SEQ ID NO: 5: 50th base (A), 59th base (e1) of the above (e1) Base (G) and 100th base (G) are conserved, and the base sequence of (e1) consists of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. Polynucleotide (e3) The 50th base (A), 59th base (G), and 100th base (G) of the (e1) are stored, and 80 for the base sequence of the (e1). A polynucleotide consisting of a base sequence having% or more identity
前記(e1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号5におけるかっこで囲んだ下線部の50番目の塩基(A)、59番目の塩基(G)、および100番目の塩基(G)が、それぞれ、前記SNP(e)のSNP(e1)、SNP(e2)、およびSNP(e3)の多型に対応する塩基である。また、前記(e1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide (e1), the 50th base (A), the 59th base (G), and the 100th base (G) in the parenthesized part of SEQ ID NO: 5 are the SNPs, respectively. It is a base corresponding to the polymorphisms of SNP (e 1 ), SNP (e 2 ), and SNP (e 3) of (e). In addition, the polynucleotide of (e1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(e2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (e2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(e3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (e3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(f)のポリヌクレオチドは、前記SNP(f)、すなわち、solcap_snp_sl_55410’を含む塩基配列であり、例えば、下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチドである。前記(f2)および(f3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(f2)または(f3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(f) 下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(G)および54番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(G)および54番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (f) is a nucleotide sequence containing the SNP (f), that is, solcap_snp_sl_55410', and is, for example, the polynucleotide of (f1), (f2), or (f3) below. The polynucleotides (f2) and (f3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (f1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide (f2) or (f3) shows half-body wilt resistance.
(F) A polynucleotide (f2) consisting of the nucleotide sequence of the following (f1), (f2), or (f3) polynucleotide (f1) SEQ ID NO: 6; (T) is preserved, and in the base sequence of (f1), a polynucleotide (f3) consisting of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. 51st base (G) and 54th base (T) are conserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (f1).
前記(f1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号6におけるかっこで囲んだ下線部の51番目の塩基(G)および54番目の塩基(T)が、それぞれ、前記SNP(f)のSNP(f1)およびSNP(f2)の多型に対応する塩基である。また、前記(f1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide of (f1), the 51st base (G) and the 54th base (T) of the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 6 are the SNP (f 1 ) of the SNP (f), respectively. And the base corresponding to the SNP (f 2) polymorphism. In addition, the polynucleotide of (f1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(f2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (f2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(f3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (f3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(g)のポリヌクレオチドは、前記SNP(g)、すなわち、solcap_snp_sl_55399を含む塩基配列であり、例えば、下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチドである。前記(g2)および(g3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(g2)または(g3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(g) 下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (g) is a nucleotide sequence containing the SNP (g), that is, solcap_snp_sl_55399, and is, for example, the polynucleotide of (g1), (g2), or (g3) below. The polynucleotides (g2) and (g3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (g1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (g2) or (g3) exhibits half-body wilt resistance.
(G) A polynucleotide (g2) consisting of the nucleotide sequence of the following (g1), (g2), or (g3) polynucleotide (g1) SEQ ID NO: 7 The 51st base (T) of the above (g1) is stored. , A polynucleotide (g3) consisting of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added in the base sequence of the above (g1). The 51st base (T) of the above (g1). Is preserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (g1).
前記(g1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号7におけるかっこで囲んだ下線部の51番目の塩基(T)が、前記solcap_snp_sl_55399の多型に対応する塩基である。また、前記(g1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide (g1), the underlined base (T) in parentheses in SEQ ID NO: 7 is the base corresponding to the polymorphism of solcap_snp_sl_55399. In addition, the polynucleotide of (g1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(g2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (g2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(g3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (g3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(h)のポリヌクレオチドは、前記SNP(h)、すなわち、solcap_snp_sl_71138’を含む塩基配列であり、例えば、下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチドである。前記(h2)および(h3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(h2)または(h3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(h) 下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)、65番目の塩基(A)、および92番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)、65番目の塩基(A)、および92番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (h) is a nucleotide sequence containing the SNP (h), that is, solcap_snp_sl_71138', and is, for example, the polynucleotide of (h1), (h2), or (h3) below. The polynucleotides (h2) and (h3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (h1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide (h2) or (h3) shows half-body wilt resistance.
(H) A polynucleotide (h2) consisting of the nucleotide sequence of the following (h1), (h2), or (h3) polynucleotide (h1) SEQ ID NO: 8 (h1) 51st base (T), 65th base (h1). The base (A) and the 92nd base (A) are conserved, and the base sequence of (h1) consists of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. Polynucleotide (h3) The 51st base (T), 65th base (A), and 92nd base (A) of the above (h1) are conserved, and 80 with respect to the base sequence of the above (h1). A polynucleotide consisting of a base sequence having% or more identity
前記(h1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号8におけるかっこで囲んだ下線部の51番目の塩基(T)、65番目の塩基(A)、および92番目の塩基(A)が、それぞれ、前記SNP(h)のSNP(h1)、SNP(h2)、およびSNP(h3)の多型に対応する塩基である。また、前記(h1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide (h1), the 51st base (T), the 65th base (A), and the 92nd base (A) in the parenthesized part of SEQ ID NO: 8 are the SNPs, respectively. It is a base corresponding to the polymorphisms of SNP (h 1 ), SNP (h 2 ), and SNP (h 3) of (h). In addition, the polynucleotide of (h1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(h2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (h2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(h3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (h3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(i)のポリヌクレオチドは、前記SNP(i)、すなわち、solcap_snp_sl_37097’を含む塩基配列であり、例えば、下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチドである。前記(i2)および(i3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(i2)または(i3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(i) 下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド
(i1)配列番号9の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(i2)前記(i1)の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(i3)前記(i1)の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (i) is a nucleotide sequence containing the SNP (i), that is, solcap_snp_sl_37097', and is, for example, the polynucleotide of (i1), (i2), or (i3) below. The polynucleotides (i2) and (i3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (i1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (i2) or (i3) shows half-body wilt resistance.
(I) A polynucleotide (i2) consisting of the nucleotide sequence of the following (i1), (i2), or (i3) polynucleotide (i1) SEQ ID NO: 9 (i2) The 50th base (T) and the 51st base of the above (i1). Base (G) is preserved, and in the base sequence of (i1), a polynucleotide (i3) consisting of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. 50th base (T) and 51st base (G) are conserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (i1).
前記(i1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号9におけるかっこで囲んだ下線部の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が、それぞれ、前記SNP(i)のSNP(i1)およびSNP(i2)の多型に対応する塩基である。また、前記(i1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide of (i1), the 50th base (T) and the 51st base (G) in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 9 are the SNP (i 1 ) of the SNP (i), respectively. And the base corresponding to the SNP (i 2) polymorphism. In addition, the polynucleotide of (i1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(i2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (i2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(i3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (i3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(j)のポリヌクレオチドは、前記SNP(j)、すなわち、solcap_snp_sl_12147’を含む塩基配列であり、例えば、下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチドである。前記(j2)および(j3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(j2)または(j3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(j) 下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド
(j1)配列番号10の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(j2)前記(j1)の20番目の塩基(A)、51番目の塩基(C)、65番目の塩基(T)、および68番目の塩基(A)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(j3)前記(j1)の20番目の塩基(A)、51番目の塩基(C)、65番目の塩基(T)、および68番目の塩基(A)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (j) is a nucleotide sequence containing the SNP (j), that is, solcap_snp_sl_12147', and is, for example, the polynucleotide of (j1), (j2), or (j3) below. The polynucleotides (j2) and (j3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (j1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide of (j2) or (j3) exhibits half-body wilt resistance.
(J) Polynucleotide (j2) consisting of the nucleotide sequence of the following (j1), (j2), or (j3) polynucleotide (j1) SEQ ID NO: 10 The 20th base (A), 51st of the above (j1). Base (C), 65th base (T), and 68th base (A) are conserved, and one or several bases are deleted, substituted, inserted, and / in the above base sequence (j1). Alternatively, the polynucleotide (j3) consisting of the added base sequence, the 20th base (A), the 51st base (C), the 65th base (T), and the 68th base (A) of the above (j1). Is preserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (j1) above.
前記(j1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号10におけるかっこで囲んだ下線部の20番目の塩基(A)、51番目の塩基(C)、65番目の塩基(T)、および68番目の塩基(A)が、それぞれ、前記SNP(j)のSNP(j1)〜SNP(j3)およびSNP(j4)の多型に対応する塩基である。また、前記(j1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the above-mentioned polynucleotide (j1), the 20th base (A), the 51st base (C), the 65th base (T), and the 68th base (underlined) in parentheses in SEQ ID NO: 10 ( A) is a base corresponding to the polymorphisms of SNP (j 1 ) to SNP (j 3 ) and SNP (j 4) of the SNP (j), respectively. Further, the polynucleotide of (j1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(j2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (j2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(j3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (j3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記(k)のポリヌクレオチドは、前記SNP(k)、すなわち、solcap_snp_sl_12152’を含む塩基配列であり、例えば、下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチドである。前記(k2)および(k3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(k2)または(k3)のポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示すことを意味する。
(k) 下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド
(k1)配列番号11の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(C)および86番目の塩基(A)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(C)および86番目の塩基(A)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
The polynucleotide of (k) is a nucleotide sequence containing the SNP (k), that is, solcap_snp_sl_12152', and is, for example, the polynucleotide of (k1), (k2), or (k3) below. The polynucleotides (k2) and (k3) are polynucleotides having the same functions as the polynucleotide of (k1) in terms of resistance to half-body wilt disease at the resistance locus, respectively. The equivalent function means that, for example, a tomato plant having the half-body wilt resistance locus identified by the polynucleotide (k2) or (k3) exhibits half-body wilt resistance.
(K) Polynucleotide (k2) consisting of the nucleotide sequence of the following (k1), (k2), or (k3) polynucleotide (k1) SEQ ID NO: 11 The 51st base (C) and 86th base (k1) of the above (k1). Base (A) is preserved, and in the base sequence of (k1), a polynucleotide (k3) consisting of a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted, inserted and / or added. 51st base (C) and 86th base (A) are conserved, and a polynucleotide consisting of a base sequence having 80% or more identity with respect to the base sequence of (k1).
前記(k1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号11におけるかっこで囲んだ下線部の51番目の塩基(C)および86番目の塩基(A)が、それぞれ、前記SNP(k)のSNP(k1)およびSNP(k2)の多型に対応する塩基である。また、前記(k1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。 In the polynucleotide of (k1), the 51st base (C) and the 86th base (A) in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 11 are the SNP (k 1 ) of the SNP (k), respectively. And the base corresponding to the SNP (k 2) polymorphism. Further, the polynucleotide of (k1) can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later.
前記(k2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1〜20個、1〜15個、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1個または2個である。 In the polynucleotide of (k2), the one or several are, for example, 1 to 20, 1 to 15, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, 1 or 2. ..
前記(k3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。 In the polynucleotide of (k3), the identity is, for example, 80% or more, 85% or more, 89% or more, 90% or more, 95% or more, 96% or more, 97% or more, 98% or more, 99%. That is all.
前記抵抗性遺伝子座が有する、前記SNPマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記(a)〜(j)および(k)のポリヌクレオチドのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個または11個全てであってもよい。 The number of base sequences containing the SNP marker contained in the resistance locus is not particularly limited, and for example, any one of the polynucleotides (a) to (j) and (k), or It may be two or more, that is, two, three, four, five, six, seven, eight, nine, ten or all eleven.
前記SNPマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記(a)および(b)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(a)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(b)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(d)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(d)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(d)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(d)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ
前記組合せのうち、半身萎凋病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(d)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ
前記(a)〜(j)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ
The combination of the base sequences containing the SNP marker is not particularly limited, and for example, the following combinations can be exemplified.
Combination of polynucleotides (a) and (b) Combination of polynucleotides (a) and (c) Combination of polynucleotides (b) and (c) The polynucleotides (d) and (g) Combination of polynucleotides of (d) and (i) Combination of polynucleotides of (d) and (i) Combination of polynucleotides of (d), (g), and (i) , (B), and (c) Combination of polynucleotides Among the above combinations, the following combinations are preferable because they have a higher correlation with resistance to half-body wilt.
Combination of polynucleotides (a), (b), and (c) Combination of polynucleotides (d), (g), and (i) Polypoly of (a) to (j) and (k). Nucleotide combination
本発明において、(a)〜(f)および(h)〜(k)のヌクレオチドにおける(a2)〜(f2)および(h2)〜(k2)ならびに(a3)〜(f3)および(h3)〜(k3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、各ポリヌクレオチドに含まれるSNPマーカーセットが保存されているが、本発明はこれに限定されず、例えば、各ポリヌクレオチドにおいて、SNPマーカーのうち、いずれか1個または2個以上が保存されてもよい。具体例として、本発明において、前記(d)のポリヌクレオチドにおける(d2)および(d3)のポリヌクレオチドは、前記(d1)の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が保存されているが、本発明はこれに限定されず、前記(d2)および(d3)のポリヌクレオチドにおいて、前記4個の塩基のうちいずれか1個、2個または3個の塩基が保存されてもよい。また、この場合、前記(d)のポリヌクレオチドは、例えば、さらに、前述のように、前記(a)〜(c)および(e)〜(k)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つ、または前記(g)および(i)のポリヌクレオチドの少なくとも一方と組合せてもよい。また、前記(i)のポリヌクレオチドにおける(i2)および(i3)のポリヌクレオチドは、前記(i1)の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が保存されているが、本発明はこれに限定されず、前記(i2)および(i3)のポリヌクレオチドにおいて、前記2個の塩基のうちいずれか1個の塩基が保存されてもよい。また、この場合、前記(i)のポリヌクレオチドは、例えば、さらに、前述のように、前記(a)〜(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つ、または前記(d)および(g)のポリヌクレオチドの少なくとも一方と組合せてもよい。 In the present invention, the nucleotides (a) to (f) and (h) to (k) have (a2) to (f2) and (h2) to (k2) and (a3) to (f3) and (h3) to. The SNP marker set contained in each polynucleotide is stored in each of the polynucleotides (k3), but the present invention is not limited to this. For example, in each polynucleotide, any one of the SNP markers is stored. One or more may be stored. As a specific example, in the present invention, the polynucleotides (d2) and (d3) in the polynucleotide (d) are the 101st base (G), the 117th base (C), 127 of the (d1). The th base (G) and the 148th base (A) are conserved, but the present invention is not limited to this, and in the polynucleotides (d2) and (d3), the four bases are used. Any one, two or three bases may be preserved. Further, in this case, the polynucleotide of (d) is, for example, further selected from the group consisting of the polynucleotides of (a) to (c) and (e) to (k) as described above. It may be combined with one or at least one of the polynucleotides (g) and (i) above. Further, in the polynucleotides (i2) and (i3) in the polynucleotide (i), the 50th base (T) and the 51st base (G) of (i1) are stored, but this The invention is not limited to this, and any one of the two bases may be conserved in the polynucleotides (i2) and (i3). Further, in this case, the polynucleotide of (i) is, for example, further selected from the group consisting of the polynucleotides of (a) to (h), (j), and (k) as described above. It may be combined with at least one or at least one of the polynucleotides (d) and (g) above.
(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(3)に示すように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよい。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、solcap_snp_sl_5840、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、solcap_snp_sl_12152’、およびsolcap_snp_sl_70781からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記染色体における、solcap_snp_sl_5840、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_37097’、およびsolcap_snp_sl_70781からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む。前記SNP(a)〜(f)および(h)〜(k)により領域の塩基配列を規定する場合、例えば、各SNPマーカーセットを構成するSNPのうち、いずれか1つをSNP(a)〜(f)および(h)〜(k)として用いてもよく、好ましくは、各SNPマーカーセットにおける「solcap_snp_sl_番号」で表されるSNPマーカーをSNP(a)〜(f)および(h)〜(k)として用いる(以下、同様)。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物(以下、「寄託系統」ともいう)における対応する2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を参照できる。前記寄託系統の塩基配列を参照する場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記寄託系統の塩基配列と完全または部分的に一致する。後者の場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列で特定される抵抗性遺伝子座を有するトマト植物が、半身萎凋病抵抗性を示せばよい。前記抵抗性遺伝子座が前記(3)で特定される場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているということもできる。
(3) Identification of the region between the sites of the two SNP markers The resistance locus is defined by, for example, the base sequence of the region between the sites of the two SNP markers, as shown in (3) above. May be done. Nucleotide sequence of the region between portions of the two SNP markers is not particularly limited, for example, in the chromosome, solcap_snp_sl_5840, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ' , Solcap_snp_sl_37097', solcap_snp_sl_12147', solcap_snp_sl_12152', and the base sequence of the region between the sites of two SNP markers selected from the group consisting of solcap_snp_sl_70781. The resistance locus is, for example, in the chromosome, solcap_snp_sl_5840, solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_37097', and a region consisting of a sequence consisting of a sequence from solcap_snp_sl_37097'. When the base sequence of the region is defined by the SNPs (a) to (f) and (h) to (k), for example, any one of the SNPs constituting each SNP marker set is designated as SNPs (a) to SNPs (a) to (k). It may be used as (f) and (h) to (k), and preferably, the SNP markers represented by "solcap_snp_sl_number" in each SNP marker set are SNPs (a) to (f) and (h) to (h). It is used as k) (hereinafter, the same applies). The base sequence of the region between the sites of the two SNP markers is, for example, the site of the corresponding two SNP markers in the tomato plant (hereinafter, also referred to as “deposit line”) deposited under the accession number FERM BP-22308 described later. You can refer to the base sequence of the region between them. When referring to the base sequence of the deposit line, the base sequence of the region between the sites of the two SNP markers completely or partially matches, for example, the base sequence of the deposit line. In the latter case, the nucleotide sequence of the region between the sites of the two SNP markers is, for example, a tomato plant having a resistance locus specified by the nucleotide sequence of the region between the sites of the two SNP markers. It suffices to show disease resistance. When the resistance locus is specified in (3), it can be said that the resistance locus is, for example, located in the region between the sites of the two SNP markers.
前記solcap_snp_sl_5840(以下、「SNP(l)」ともいう)は、例えば、配列番号23におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物において、前記solcap_snp_sl_5840は、Aである多型を示すが、前記solcap_snp_sl_5840は、例えば、A以外の塩基、すなわち、T、G、またはCでもよい。また、前記配列番号23の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号23
5’-TGGCCACAATATATGCAAATCAAGGACTCGAGCCCTCTGAGAAGCCTACC[A]TGGCAGTGCTTACAGCGGAGATAGGGTGGAGAAGGATCGAAGGCGGCGAC-3’
The solcap_snp_sl_5840 (hereinafter, also referred to as “SNP (l)”) indicates, for example, a polymorphism of the base in the underlined portion enclosed in parentheses in SEQ ID NO: 23. In the tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later, the solcap_snp_sl_5840 indicates a polymorphism which is A, but the solcap_snp_sl_5840 may be a base other than A, that is, T, G, or C, for example. .. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 23 can be obtained from, for example, a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 23
5'-TGGCCACAATATATGCAAATCAAGGACTCGAGCCCTCTGAGAAGCCTACC [ A ] TGGCAGTGCTTACAGCGGAGATAGGGTGGAGAAGGATCGAAGGCGGCGAC-3'
前記solcap_snp_sl_5840は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号24の塩基配列は、例えば、前記solcap_snp_sl_5840を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記solcap_snp_sl_5840に対応する多型である。このように、前記solcap_snp_sl_5840は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号24
5’-TGGCCACAATATATGCAAATCAAGGACTCGAGCCCTCTGAGAAGCCTACC[A]TGGCAGTGCTTACAGCGGAGATAGGGTGGAGAAGGATCGAAGGCGGCGAC-3’
The solcap_snp_sl_5840 can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 24 is, for example, the Heinz base sequence except for the solcap_snp_sl_5840, and the underlined base enclosed in parentheses is a polymorphism corresponding to the solcap_snp_sl_5840. In this way, the position of the solcap_snp_sl_5840 can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 24
5'-TGGCCACAATATATGCAAATCAAGGACTCGAGCCCTCTGAGAAGCCTACC [ A ] TGGCAGTGCTTACAGCGGAGATAGGGTGGAGAAGGATCGAAGGCGGCGAC-3'
前記solcap_snp_sl_70781(以下、「SNP(m)」ともいう)は、例えば、配列番号25におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物において、前記solcap_snp_sl_70781は、Gである多型を示すが、前記solcap_snp_sl_70781は、例えば、G以外の塩基、すなわち、A、T、またはCでもよい。また、前記配列番号25の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号25
5’-ACCGGAGCAGCAAGAGGACTTGCATACTTGCATGAAACGGCTAATCCTCC[G]GTGATTTATCGGGACTTTAAATCATCCAACATACTTCTAGATGAGAACTT-3’
The solcap_snp_sl_70781 (hereinafter, also referred to as “SNP (m)”) indicates, for example, a polymorphism of the underlined base in SEQ ID NO: 25, which is enclosed in parentheses. In the tomato plant deposited under the accession number FERM BP-22308 described later, the solcap_snp_sl_70781 indicates a polymorphism which is G, but the solcap_snp_sl_70781 may be a base other than G, that is, A, T, or C, for example. .. In addition, the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 25 can be obtained, for example, from a tomato plant deposited under Accession No. FERM BP-22308, which will be described later.
SEQ ID NO: 25
5'-ACCGGAGCAGCAAGAGGACTTGCATACTTGCATGAAACGGCTAATCCTCC [ G ] GTGATTTATCGGGACTTTAAATCATCCAACATACTTCTAGATGAGAACTT-3'
前記solcap_snp_sl_70781は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号26の塩基配列は、例えば、前記solcap_snp_sl_70781を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記solcap_snp_sl_70781に対応する多型である。このように、前記solcap_snp_sl_70781は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号26
5’-ACCGGAGCAGCAAGAGGACTTGCATACTTGCATGAAACGGCTAATCCTCC[G]GTGATTTATCGGGACTTTAAATCATCCAACATACTTTTAGATGAGAACTT-3’
The solcap_snp_sl_70781 can also be identified from known information on a database such as the above-mentioned website. The base sequence of SEQ ID NO: 26 is, for example, the Heinz base sequence except for the solcap_snp_sl_70781, and the underlined base enclosed in parentheses is the polymorphism corresponding to the solcap_snp_sl_70781. In this way, the position of the solcap_snp_sl_70781 can be specified from, for example, information on the known Heinz base sequence.
SEQ ID NO: 26
5'-ACCGGAGCAGCAAGAGGACTTGCATACTTGCATGAAACGGCTAATCCTCC [ G ] GTGATTTATCGGGACTTTAAATCATCCAACATACTTTTAGATGAGAACTT-3'
前記領域は、前述のように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間であればよく、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記SNPマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記SNPマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。 As described above, the region can be identified as an upstream end and a downstream end by, for example, the sites of the two SNP markers. The region may include, for example, between the sites of the two SNP markers, and may or may not include, for example, both or one of the sites of the two SNP markers. When the region includes the site of the SNP marker, the upstream end and the downstream end of the region are the SNP marker sites, but the upstream end and the downstream end. The base with the end portion may be, for example, the base underlined in the above-mentioned base sequence or other bases.
前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
SNP(c)および(l)の組合せ
SNP(d)および(g)の組合せ
SNP(d)および(i)の組合せ
SNP(d)および(l)の組合せ
SNP(d)および(m)の組合せ
SNP(g)および(i)の組合せ
SNP(g)および(l)の組合せ
SNP(g)および(m)の組合せ
SNP(i)および(l)の組合せ
SNP(i)および(m)の組合せ
SNP(l)および(m)の組合せ
The two SNP markers that define the region are not particularly limited, and for example, the following combinations can be exemplified.
Combination of SNPs (c) and (l) Combination of SNPs (d) and (g) Combination of SNPs (d) and (i) Combination of SNPs (d) and (l) Combination of SNPs (d) and (m) Combination of SNP (g) and (i) Combination of SNP (g) and (l) Combination of SNP (g) and (m) Combination of SNP (i) and (l) Combination of SNP (i) and (m) Combination of SNP (l) and (m)
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記SNPマーカーを有することが好ましい。具体的には、前記抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカー、またはsolcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、およびsolcap_snp_sl_37097’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有することが好ましい。 When the resistance locus is defined by the base sequence of the region between the sites of the two SNP markers, the resistance locus is further the SNP marker that seats on the region in the base sequence of the region. It is preferable to have. Specifically, the resistance locus in the nucleotide sequence of the region, for example, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_37097', solcap_snp_sl_12147 ', And at least one SNP marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_12152', or at least one SNP having at least one marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399, and solcap_snp_sl_37097'.
前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーの部位間に座乗するSNPマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のSNPマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のSNPマーカーともいう。前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、例えば、前記領域の末端のSNPマーカーおよび前記領域の内部のSNPマーカーの両方であってもよい。 The SNP marker that sits on the region may be, for example, one or both of the sites of the two SNP markers that define the region on the chromosome, or the two SNPs that define the region. It may be an SNP marker that sits between the parts of the marker. The former is also referred to as an SNP marker at the end of the region, and the latter is also referred to as an SNP marker inside the region. The SNP marker that sits on the region may be, for example, both the SNP marker at the end of the region and the SNP marker inside the region.
前記領域の内部のSNPマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記SNPマーカーの部位と下流側の前記SNPマーカーの部位との間に座乗しているSNPマーカーがあげられ、例えば、図1に示す前記SNPマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記2つのSNPマーカーの部位間における前記SNPマーカーの個数は、例えば、1個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するSNPマーカーの部位間に座乗する全てのSNPマーカーである。 Examples of the SNP marker inside the region include an SNP marker sitting between the site of the SNP marker on the upstream side and the site of the SNP marker on the downstream side that define the region. It can be appropriately determined based on the sitting position of the SNP marker shown in FIG. The number of the SNP markers between the sites of the two SNP markers may be, for example, one or more, and as a specific example, all SNP markers seated between the sites of the SNP markers defining the region. be.
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記SNPマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件(i)、(ii)、(iii)、または(iv)があげられる。
条件(i)
前記染色体における、solcap_snp_sl_5840およびsolcap_snp_sl_70781の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、およびsolcap_snp_sl_37097’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する
条件(ii)
前記染色体における、solcap_snp_sl_5840およびsolcap_snp_sl_70781の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する
条件(iii)
前記染色体における、solcap_snp_sl_5840およびsolcap_snp_sl_70781の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、およびsolcap_snp_sl_24321’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する
条件(iv)
前記染色体における、solcap_snp_sl_5840およびsolcap_snp_sl_24321’の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、およびsolcap_snp_sl_24321’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する
The combination of the base sequence of the region between the sites of the two SNP markers and the SNP marker in the base sequence of the region is not particularly limited, and for example, the following conditions (i), (ii), (iii), or (Iv) can be mentioned.
Condition (i)
Containing the base sequence of the region between the sites of solcap_snp_sl_5840 and solcap_snp_sl_70781 on the chromosome, and
Conditions having at least one SNP marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399, and solcap_snp_sl_37097' in the base sequence of the region (ii).
Containing the base sequence of the region between the sites of solcap_snp_sl_5840 and solcap_snp_sl_70781 on the chromosome, and
In the nucleotide sequence of the region, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_37097', at least one SNP selected from the group consisting of solcap_snp_sl_12147 ', and Solcap_snp_sl_12152' Conditions with markers (iii)
Containing the base sequence of the region between the sites of solcap_snp_sl_5840 and solcap_snp_sl_70781 on the chromosome, and
Conditions having at least one SNP marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_14174', solcap_snp_sl_7034', and solcap_snp_sl_24321' in the base sequence of the region (iv).
Containing the base sequence of the region between the sites of solcap_snp_sl_5840 and solcap_snp_sl_24321' on the chromosome, and
In the base sequence of the region, it has at least one SNP marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_14174', solcap_snp_sl_7034', and solcap_snp_sl_24321'.
本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーによれば、例えば、トマト植物に対して、半身萎凋病抵抗性を付与することができる。本発明において、トマト植物の前記半身萎凋病抵抗性の程度は、例えば、下記参考情報4に記載の方法に準じて、トマト植物の発病指数を評価し、前記発病指数から算出する発病度により表わすことができる。この方法による前記発病度の算出は、後述する実施例1の説明を援用でき、例えば、発病度2未満を耐病性、発病度2以上を罹病性と設定できる。前記発病度により前記半身萎凋病抵抗性を判断する場合、前記発病度は、例えば、1株のトマト植物の発病度でもよいし、2株以上のトマト植物の平均の発病度でもよいが、後者が好ましい。後者の場合、前記半身萎凋病抵抗性の判断に使用するトマト植物の数は、特に制限されず、例えば、半身萎凋病罹病性トマト植物との統計学的な検定が可能な数であり、具体例として、8〜20株である。
参考情報4:栃木県農業試験場成果報告、“トマト台木品種の萎凋病(レース2)に対する抵抗性検定”、[online]、[平成28年5月17日検索]、インターネット<http://www.agrinet.pref.tochigi.lg.jp/nousi/seikasyu/seika21/sep_021_2_06.pdf>
According to the half-body wilt resistance marker of the present invention, for example, half-body wilt resistance can be imparted to a tomato plant. In the present invention, the degree of resistance to half-body wilt disease of a tomato plant is expressed by, for example, the degree of disease onset calculated from the disease onset index by evaluating the disease onset index of the tomato plant according to the method described in Reference Information 4 below. be able to. For the calculation of the degree of morbidity by this method, the description of Example 1 described later can be referred to, and for example, a degree of morbidity of less than 2 can be set as disease resistance and a degree of morbidity of 2 or more can be set as morbidity. When determining the resistance to half-body wilt disease from the disease degree, the disease degree may be, for example, the disease degree of one tomato plant or the average disease degree of two or more tomato plants, but the latter Is preferable. In the latter case, the number of tomato plants used for determining the resistance to half-body wilt disease is not particularly limited, and is, for example, a number that can be statistically tested with a half-body wilt disease-susceptible tomato plant. For example, 8 to 20 strains.
Reference information 4: Tochigi Prefectural Agricultural Experiment Station result report, "Test of resistance to wilt disease (race 2) of tomato rootstock varieties", [online], [Search on May 17, 2016], Internet <http: // www.agrinet.pref.tochigi.lg.jp/nousi/seikasyu/seika21/sep_021_2_06.pdf>
2.半身萎凋病抵抗性トマト植物
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前述のように、第7染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有することを特徴とする。本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、第7染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有することが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含む前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーを有することから、例えば、前記本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーの説明を援用できる。本発明において、前記第7染色体上の前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
2. Half-body wilt-resistant tomato plant The half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention is characterized by having a half-body wilt resistance gene locus on chromosome 7 as described above. The half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention is characterized by having a half-body wilt resistance locus on chromosome 7, and other configurations and conditions are not particularly limited. Since the half-body wilt resistance tomato plant of the present invention has the half-body wilt resistance marker of the present invention containing the half-body wilt resistance gene locus, for example, the half-body wilt resistance of the tomato plant of the present invention The description of sex markers can be used. In the present invention, the half-body wilt resistance locus on the 7th chromosome can be read as, for example, the half-body wilt resistance marker of the present invention.
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、半身萎凋病に抵抗性を示す。本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、レース3の半身萎凋病菌の感染による病害に対し抵抗性を示すが、レース1およびレース2等の他のレースの半身萎凋病菌の感染による病害に対し抵抗性を示してもよい。
The half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention is resistant to half-body wilt. The resistant tomato plant of the present invention is resistant to diseases caused by infection with the half-body wilt fungus of Race 3, for example, but is resistant to diseases caused by infection with the half-body wilt fungus of other races such as
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物において、前記半身萎凋病抵抗性は、前述のように、第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座によってもたらされる。本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前記抵抗性遺伝子座を第7染色体上に有するが、例えば、第7染色体に代えて、第7染色体以外のどの染色体上に、前記第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、第1染色体、第2染色体、第3染色体、第4染色体、第5染色体、第6染色体、第8染色体、第9染色体、第10染色体、第11染色体、第12染色体のいずれかの染色体上に前記第7染色体上の半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有してもよい。
In the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention, the half-body wilt resistance is provided by the half-body wilt resistance locus on chromosome 7 as described above. The half-body wilt resistant tomato plant of the present invention has the resistance locus on chromosome 7, but instead of, for example, on any chromosome other than chromosome 7, on chromosome 7. May have a half-body wilt resistance chromosome. That is, the resistant tomato plant of the present invention is, for example,
本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を1つ含んでもよいし、2つ以上含んでもよく、具体例として、1対の染色体において、一方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよく(ヘテロ接合型)、両方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよいが(ホモ接合型)、後者が好ましい。 The resistant tomato plant of the present invention may contain, for example, one or two or more of the resistance loci. As a specific example, in a pair of chromosomes, one of the chromosomes may contain the resistance locus. (Heterozygotes), both chromosomes may contain the resistance locus (homozygotes), but the latter is preferred.
本発明の抵抗性トマト植物において、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける半身萎凋病抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。 In the resistant tomato plant of the present invention, the resistance locus can be referred to, for example, the description of the half-body wilt disease resistance locus in the half-body wilt disease resistance marker of the tomato plant of the present invention.
本発明の抵抗性トマト植物は、一例として、受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物(S.lycopersicum)またはその後代系統があげられる。前記後代系統は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有する。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類:国際寄託
寄託機関名:独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名:日本国 〒292−0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2−5−8 120号室
受託番号:FERM BP−22308
識別のための表示:Takii9
原寄託日:2016年5月19日
Examples of the resistant tomato plant of the present invention include the tomato plant ( S. lycopersium ) deposited under accession number FERM BP-22308 or its progeny line. The progeny line has, for example, the resistance locus. The deposit information is shown below.
Type of deposit: International deposit deposit organization Name: National Institute of Technology and Evaluation Patent Organism Deposit Center Address: Japan 〒292-0818 2-5-8 Kazusakamatari, Kisarazu-shi, Chiba Deposit number: FERM BP- 22308
Display for identification: Takai9
Original deposit date: May 19, 2016
本発明の抵抗性トマト植物は、例えば、トマト植物に、前記抵抗性遺伝子座を導入することによっても製造できる。前記トマト植物への前記抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されず、例えば、従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。 The resistant tomato plant of the present invention can also be produced, for example, by introducing the resistance locus into a tomato plant. The method for introducing the resistance locus into the tomato plant is not particularly limited, and examples thereof include conventionally known genetic engineering methods. The resistance locus to be introduced can be exemplified by the above-mentioned resistance locus.
本発明の抵抗性トマト植物について、半身萎凋病抵抗性以外の特徴、例えば、形質的、生態的特徴等は、特に限定されない。 The resistant tomato plant of the present invention is not particularly limited in characteristics other than resistance to half-body wilt disease, such as trait and ecological characteristics.
本発明の抵抗性トマト植物は、さらに、他の抵抗性を有してもよい。 The resistant tomato plants of the present invention may also have other resistances.
本発明において、「植物体」は、植物全体を示す植物個体および前記植物個体の部分のいずれの意味であってもよい。前記植物個体の部分は、例えば、器官、組織、細胞または栄養繁殖体等があげられ、いずれでもよい。前記器官は、例えば、花弁、花冠、花、葉、種子、果実、茎、根等があげられる。前記組織は、例えば、前記器官の部分である。前記植物体の部分は、例えば、一種類の器官、組織および/または細胞でもよいし、二種類以上の器官、組織および/または細胞でもよい。 In the present invention, the "plant body" may mean either a plant individual indicating the whole plant or a part of the plant individual. The portion of the individual plant may be, for example, an organ, a tissue, a cell, a vegetative propagule, or the like. Examples of the organ include petals, corolla, flowers, leaves, seeds, fruits, stems, roots and the like. The tissue is, for example, a part of the organ. The plant part may be, for example, one type of organ, tissue and / or cell, or two or more types of organ, tissue and / or cell.
3.半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法
つぎに、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法について説明する。なお、以下の方法は、例示であって、本発明は、これらの方法に制限されない。本発明において、製造方法は、例えば、育成方法ということもできる。また、本発明において、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、前記本発明の抵抗性マーカーと言いかえることができ、その説明を援用できる。
3. 3. Method for Producing Half-Body Wilt-Resistant Tomato Plant Next, the method for producing the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention will be described. The following methods are examples, and the present invention is not limited to these methods. In the present invention, the manufacturing method can also be referred to as, for example, a growing method. Further, in the present invention, the half-body wilt disease resistance locus can be rephrased as the resistance marker of the present invention, and the description thereof can be incorporated.
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法は、前述のように、下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする。
(a)本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
(b)前記(a)工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、半身萎凋病抵抗性を備えるトマト植物を選抜する工程
The method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention is characterized by including the following steps (a) and (b) as described above.
(A) Step of crossing a half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention with another tomato plant (b) From the tomato plant obtained from the above-mentioned step (a) or its progeny line, half-body wilt resistance is obtained. Process of selecting tomato plants to prepare
本発明の製造方法は、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物を親として使用することが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。本発明の製造方法は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー、抵抗性トマト植物等の説明を援用できる。 The production method of the present invention is characterized by using the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention as a parent, and other steps and conditions are not limited in any way. As the production method of the present invention, for example, the description of the resistance marker of the present invention, the resistant tomato plant and the like can be incorporated.
前記(a)工程において、第一の親として使用する半身萎凋病抵抗性トマト植物は、前記本発明の抵抗性トマト植物であればよい。前記抵抗性トマト植物は、例えば、前述のような受託番号FERM BP−22308で寄託されたトマト植物またはその後代系統が好ましい。前記(a)工程において、第一の親として使用する半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、後述する本発明のスクリーニング方法により得ることもできる。このため、前記半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、前記(a)工程に先立って、例えば、被検トマト植物(候補トマト植物ともいう)から、下記(x)工程により選抜して準備してもよい。
(x)被検トマト植物から、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程
The half-body wilt-resistant tomato plant used as the first parent in the step (a) may be the resistant tomato plant of the present invention. The resistant tomato plant is preferably, for example, a tomato plant deposited under accession number FERM BP-22308 as described above or a progeny line. The half-body wilt-resistant tomato plant used as the first parent in the step (a) can also be obtained, for example, by the screening method of the present invention described later. Therefore, the half-body wilt-resistant tomato plant is prepared, for example, by selecting from the test tomato plant (also referred to as a candidate tomato plant) by the following step (x) prior to the step (a). You may.
(X) A step of selecting the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention from the tomato plants to be tested.
前記(x)工程において、前記半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜は、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜ということができる。このため、前記(x)工程は、例えば、下記(x1)工程および(x2)工程により行うことができる。
(x1)前記被検トマト植物の染色体上における、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(x2)前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検トマト植物を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜する選抜工程
In the step (x), the selection of the half-body wilt-resistant tomato plant can be said to be the selection of the tomato plant having the half-body wilt resistance locus. Therefore, the step (x) can be performed by, for example, the following steps (x1) and (x2).
(X1) Detection step for detecting the presence or absence of the half-body wilt resistance locus on the chromosome of the test tomato plant (x2) The presence of the half-body wilt resistance locus causes the test tomato plant to be detected. Selection process for selecting as a tomato plant resistant to half-body wilt
前記(x)工程における前記選抜は、前述のように、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であり、具体的には、前記被検トマト植物について、前記抵抗性遺伝子座を検出することによって、前記抵抗性トマト植物を選抜できる。前記(x2)工程において、例えば、一対の染色体における一方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合に、前記被検トマト植物を、前記抵抗性トマト植物として選抜してもよいし、一対の染色体における両方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合、前記被検トマト植物を、前記抵抗性トマト植物として選抜してもよいが、後者が好ましい。前記(x1)工程における前記抵抗性遺伝子座の検出は、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおいて説明したように、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座を規定する、(1)前記SNPマーカー、(2)前記SNPマーカーを含む塩基配列、(3)前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列、およびこれらの組合せを用いて検出できる。 As described above, the selection in the step (x) is, for example, selection of a tomato plant having the resistance locus, and specifically, the resistance locus is detected in the test tomato plant. By doing so, the resistant tomato plant can be selected. In the step (x2), for example, when the resistance locus is present on one chromosome in a pair of chromosomes, the test tomato plant may be selected as the resistance tomato plant, or a pair. When the resistance locus is present on both chromosomes in the chromosome, the test tomato plant may be selected as the resistant tomato plant, but the latter is preferable. The detection of the resistance locus in the step (x1) defines, for example, the half-body wilt resistance locus as described in the half-body wilt resistance marker of the present invention, (1) the SNP. It can be detected by using a marker, (2) a base sequence containing the SNP marker, (3) a base sequence of a region between the sites of the two SNP markers, and a combination thereof.
前記(x)工程における前記選抜について、以下の具体例をあげるが、本発明は、これらには限定されない。また、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座に関しては、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける説明を援用できる。 The following specific examples will be given with respect to the selection in the step (x), but the present invention is not limited thereto. Further, regarding the half-body wilt disease resistance locus, the description in the half-body wilt disease resistance marker of the present invention can be incorporated.
(1)SNPマーカーによる特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜である。前記(x)工程における前記選抜は、例えば、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、およびsolcap_snp_sl_37097’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であってもよい。前記選択されるSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」の説明を援用できる。
(1) the selection of certain said (x) step by SNP markers, for example, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_37097', solcap_snp_sl_12147 ', and solcap_snp_sl_12152 It is a selection of tomato plants having a half-body wilt resistance locus identified by at least one SNP marker selected from the group consisting of'. The selection in step (x) is a plant having a half-body wilt resistance locus identified by at least one SNP marker selected from the group consisting of, for example, solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399', and solcap_snp_sl_37097'. There may be. The selected SNP marker is not particularly limited, and for example, the description of "(1) Identification by SNP marker" in the half-body wilt disease resistance marker of the present invention can be incorporated.
(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(a)〜(j)および(k)からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜である。前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(d)、(g)および(i)からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であってもよい。前記(a)〜(j)および(k)のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用でききる。
(2) Identification by Nucleotide Sequence Containing SNP Marker The selection in the step (x) is identified by, for example, at least one polynucleotide selected from the group consisting of (a) to (j) and (k). It is a selection of tomato plants having a half-body wilt resistance locus. The selection in the step (x) is, for example, a tomato having a half-body wilt resistance locus identified by at least one polynucleotide selected from the group consisting of (d), (g) and (i). It may be a selection of plants. The polynucleotides (a) to (j) and (k) can be referred to, for example, the explanation of "(2) Identification by base sequence containing SNP marker" in the resistance marker of the present invention.
(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、solcap_snp_sl_5840、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、solcap_snp_sl_12152’、およびsolcap_snp_sl_70781からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜である。前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、solcap_snp_sl_5840、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_37097’、およびsolcap_snp_sl_70781からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜であってもよい。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーにおける「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定」の説明を援用できる。
(3) Identification of the region between the sites of the two SNP markers by the base sequence The selection in the step (x) includes, for example, solcap_snp_sl_5840, solcap_snp_sl_14174', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_sl_snp_snp1s. solcap_snp_sl_55410 ', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138', solcap_snp_sl_37097 ', solcap_snp_sl_12147', solcap_snp_sl_12152 ', and tomato with half body wilt resistance locus comprising the nucleotide sequence of the region between the sites of the two SNP markers selected from the group consisting of solcap_snp_sl_70781 Selection of plants. The selection in step (x) comprises, for example, solcap_snp_sl_5840, solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399', solcap_snp_sl_37097', and a solcap_sn. It may be a selection of tomato plants having a wilt disease resistance locus. The base sequence of the region between the sites of the two SNP markers is described in, for example, "(3) Identification of the region between the sites of the two SNP markers" in the half-body wilt resistance marker of the present invention. Can be used.
具体例として、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034’、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜があげられる。前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_55399、およびsolcap_snp_sl_37097’からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜でもよい。 As a specific example, the selection in the (x) step, for example, in the base sequence of the region, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034', solcap_snp_sl_24321 ', solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_100761 ', solcap_snp_sl_55410', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138 ', solcap_snp_sl_37097', solcap_snp_sl_12147 ', And selection of tomato plants having a half-body wilt resistance locus with at least one SNP marker selected from the group consisting of', and solcap_snp_sl_12152'. The selection in step (x) is, for example, a half-body locus resistance gene having at least one SNP marker selected from the group consisting of solcap_snp_sl_100293', solcap_snp_sl_55399', and solcap_snp_sl_37097' in the base sequence of the region. Selection of tomato plants may be used.
また、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記条件(i)、(ii)、(iii)、または(iv)を満たす半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜でもよい。 Further, the selection in the step (x) may be, for example, selection of a tomato plant having a half-body wilt resistance locus satisfying the above conditions (i), (ii), (iii), or (iv).
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第7染色体である。 The chromosome that detects the presence or absence of the half-body wilt resistance locus is preferably chromosome 7.
また、前記(a)工程において、他方の親として使用するトマト植物は、特に制限されず、例えば、既知の半身萎凋病抵抗性遺伝子を有するまたは有さないトマト植物でもよいし、他の抵抗性を有するまたは有さないトマト植物でもよいし、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物でもよい。 The tomato plant used as the other parent in the step (a) is not particularly limited, and may be, for example, a tomato plant having or not having a known half-body wilt resistance gene, or other resistance. It may be a tomato plant having or not having, or the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention.
前記(a)工程において、前記半身萎凋病抵抗性トマト植物と前記他のトマト植物との交雑方法は、特に制限されず、公知の方法が採用できる。 In the step (a), the method for crossing the half-body wilt-resistant tomato plant with the other tomato plant is not particularly limited, and a known method can be adopted.
前記(b)工程において、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する対象は、例えば、前記(a)工程より得られたトマト植物でもよいし、さらに、そのトマト植物から得られた後代系統でもよい。具体的に、前記対象は、例えば、前記(a)工程の交雑によって得られたF1のトマト植物でもよいし、その後代系統でもよい。前記後代系統は、例えば、前記(a)工程の交雑によって得られたF1のトマト植物の自殖交雑後代または戻し交雑後代でもよいし、前記F1のトマト植物と他のトマト植物とを交雑することによって得られたトマト植物であってもよい。 The target for selecting a half-body wilt-resistant tomato plant in the step (b) may be, for example, the tomato plant obtained in the step (a) or a progeny line obtained from the tomato plant. .. Specifically, the target may be, for example, an F1 tomato plant obtained by crossing in the step (a), or a progeny line. The progeny line may be, for example, a self-propagating progeny or a back-crossing progeny of the F1 tomato plant obtained by the crossing in the step (a), or crossing the F1 tomato plant with another tomato plant. It may be a tomato plant obtained by.
前記(b)工程において、半身萎凋病抵抗性トマト植物の選抜は、例えば、半身萎凋病抵抗性を、直接的または間接的に確認することにより行うことができる。 In the step (b), selection of a half-body wilt-resistant tomato plant can be performed, for example, by directly or indirectly confirming half-body wilt resistance.
前記(b)工程において、前記直接的な確認は、得られた前記F1のトマト植物またはその後代系統について、例えば、半身萎凋病抵抗性を、前述のような発病度によって評価することで行える。具体的には、例えば、前記F1のトマト植物またはその後代系統に対して、例えば、半身萎凋病菌を接種して、半身萎凋病抵抗性を、前記発病度によって評価することで確認できる。この場合、例えば、2未満の発病度を示す前記F1のトマト植物またはその後代系統を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜できる。 In the step (b), the direct confirmation can be performed by evaluating the obtained F1 tomato plant or its progeny line, for example, resistance to half-body wilt disease by the degree of disease as described above. Specifically, for example, it can be confirmed by inoculating the F1 tomato plant or its progeny line with a half-body wilt disease bacterium and evaluating the half-body wilt resistance by the degree of disease onset. In this case, for example, the F1 tomato plant or its progeny line showing an onset degree of less than 2 can be selected as a half-body wilt-resistant tomato plant.
また、前記(b)工程において、前記間接的な確認による選抜は、例えば、下記(b1)および(b2)工程によって行うことができる。
(b1)前記(a)工程より得られたトマト植物またはその後代系統について、染色体上における、半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(b2)前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の存在により、前記(a)工程により得られたトマト植物またはその後代系統を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜する選抜工程
Further, in the step (b), the selection by the indirect confirmation can be performed by, for example, the following steps (b1) and (b2).
(B1) A detection step of detecting the presence or absence of a half-body wilt resistance locus on a chromosome of a tomato plant or a progeny line obtained from the step (a) (b2) of the half-body wilt resistance locus. A selection step of selecting a tomato plant or a progeny line obtained in the above step (a) as a half-body wilt-resistant tomato plant due to its presence.
前記(b)工程における半身萎凋病抵抗性トマト植物の間接的な確認による選抜は、例えば、前記(x)工程において説明した方法と同様であり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、より具体的には、前記分子マーカーを使用した前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、行うことができる。 The selection by indirect confirmation of the half-body wilt resistance tomato plant in the step (b) is, for example, the same as the method described in the step (x), and the presence or absence of the half-body wilt resistance locus is detected. More specifically, it can be carried out by detecting the presence or absence of the half-body wilt disease resistance locus using the molecular marker.
本発明の製造方法は、前記(b)工程において選抜された半身萎凋病抵抗性トマト植物を、さらに育成することが好ましい。 In the production method of the present invention, it is preferable to further grow the half-body wilt-resistant tomato plant selected in the step (b).
このように、前記半身萎凋病抵抗性が確認された前記トマト植物またはその後代系統を、半身萎凋病抵抗性トマト植物として選抜できる。 As described above, the tomato plant or its progeny line in which the resistance to half-body wilt disease has been confirmed can be selected as the half-body wilt resistance tomato plant.
本発明の製造方法は、さらに、交雑により得られた前記後代系統から、種子を採取する採種工程を含んでもよい。 The production method of the present invention may further include a seeding step of collecting seeds from the progeny line obtained by crossing.
4.半身萎凋病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法
本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法(以下、「スクリーニング方法」ともいう。)は、交雑により半身萎凋病抵抗性トマト植物を生産するための親として、被検トマト植物から、トマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーとして第7染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物を選抜する工程を含むことを特徴とする。
4. Screening method for half-body wilt-resistant tomato plant The screening method for half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention (hereinafter, also referred to as “screening method”) is for producing half-body wilt-resistant tomato plant by crossing. As a parent, it comprises a step of selecting a tomato plant containing a half-body wilt resistance gene locus on chromosome 7 as a half-body wilt resistance marker of the tomato plant from a test tomato plant.
本発明のスクリーニング方法は、被検トマト植物から、半身萎凋病抵抗性マーカーとして第7染色体上に半身萎凋病抵抗性遺伝子座を有する植物を選抜する工程を含むことが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。本発明のスクリーニング方法によれば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性マーカーによって、半身萎凋病抵抗性の親を得ることができる。本発明のスクリーニング方法は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー、抵抗性トマト植物および製造方法等の説明を援用できる。 The screening method of the present invention is characterized by including a step of selecting a plant having a half-body wilt resistance locus on chromosome 7 as a half-body wilt resistance marker from a test tomato plant, and other The process and conditions are not limited in any way. According to the screening method of the present invention, a half-body wilt resistance marker can be obtained by the half-body wilt resistance marker of the present invention. As the screening method of the present invention, for example, the description of the resistance marker, the resistant tomato plant, the production method and the like of the present invention can be incorporated.
前記親の選抜は、例えば、前記本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物の製造方法における前記(x)工程の説明を援用できる。 For the selection of the parents, for example, the description of the step (x) in the method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention can be incorporated.
以下、実施例を用いて本発明を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。 Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to Examples, but the present invention is not limited to the embodiments described in the Examples.
[実施例1]
新規な半身萎凋病抵抗性トマト植物について、レース3の半身萎凋病菌に対し抵抗性を示すことを確認した。
[Example 1]
It was confirmed that a novel half-body wilt-resistant tomato plant showed resistance to the half-body wilt fungus of Race 3.
半身萎凋病抵抗性を示す新規トマト植物を開発するために、タキイ種苗株式会社農場で継代育種により採取された大量のトマト系統の種子について、育種を行い、半身萎凋病抵抗性の試験を行った。その結果、半身萎凋病抵抗性を示す、新規の半身萎凋病抵抗性トマト系統(S.lycopersicum)を得た。この新規半身萎凋病抵抗性トマト植物は、受託番号FERM BP−22308で寄託した。以下、この半身萎凋病抵抗性トマト植物を寄託系統という。 In order to develop a new tomato plant showing resistance to half-body wilt disease, a large amount of tomato line seeds collected by subculture at Takii & Co., Ltd. farm were bred and tested for half-body wilt resistance. rice field. As a result, a novel half-body wilt-resistant tomato strain ( S. lycopersium ) showing resistance to half-body wilt was obtained. This new half-body wilt resistant tomato plant was deposited under accession number FERM BP-22308. Hereinafter, this half-body wilt-resistant tomato plant is referred to as a deposit line.
前記寄託系統に対し、レース2の半身萎凋病に対して抵抗性を示すトマト植物に感染可能な、レース3の半身萎凋病菌を用いて接種試験を行なった。半身萎凋病菌の接種試験は、前記参考情報4に記載の方法に準じて、以下のように行った。
An inoculation test was conducted on the deposited strain using the race 3 half-body wilt bacterium capable of infecting a tomato plant showing resistance to the
半身萎凋病菌は、岐阜県内のトマト栽培圃場において、自然発病した半身萎凋病罹病トマトに由来するものを使用した。前記半身萎凋病菌は、下記の接種試験により、レース1の半身萎凋病菌に対して抵抗性を示すトマト植物「グリーンフォース(タキイ種苗株式会社、S.lycopersicum)」、ならびにレース1および2の半身萎凋病菌に抵抗性のトマト植物「がんばる根カリス(愛三種苗株式会社、S.lycopersicum)」に感染可能な病原菌であること、すなわち、レース3の病原菌であることを確認した。また、トマト植物としては、前記寄託系統、グリーンフォース、およびがんばる根カリスを、それぞれ8個体(株)ずつ用いた。
As the half-body wilt disease bacterium, a bacterium derived from a naturally-occurring half-body wilt disease-affected tomato was used in a tomato cultivation field in Gifu prefecture. The half-body wilt bacterium was found in the tomato plant "Green Force (Takii Seed Co., Ltd., S. lycopersium )" showing resistance to the half-body wilt bacterium of
まず、前記半身萎凋病菌を、下記組成のショ糖加用ジャガイモ煎汁液体培地で5日間振とう培養し、2重ガーゼでろ過した。回収した分生胞子を1.0×105個/mLになるように殺菌水で調整することにより胞子懸濁液を調製し、これを接種に供試した。また、前記接種に供試するトマト植物は、本葉2枚が展開した幼苗を用いた。前記幼苗の根を水道水で洗浄して土壌を除去後、1分間、前記胞子懸濁液に浸根することにより、前記半身萎凋病菌を接種した。前記接種後、滅菌土壌を詰めた50穴セルトレイに、各株をそれぞれ移植し、20℃、12時間日長の条件下で3週間生育させた。 First, the half-body wilt bacterium was cultured with shaking in a sucrose-added potato decoction liquid medium having the following composition for 5 days, and filtered through double gauze. A spore suspension was prepared by adjusting the collected conidia to 1.0 × 10 5 cells / mL with sterilized water, and this was used for inoculation. In addition, as the tomato plant to be used for the inoculation, seedlings in which two true leaves were developed were used. The roots of the seedlings were washed with tap water to remove the soil, and then the seedlings were soaked in the spore suspension for 1 minute to inoculate the half-body wilt fungus. After the inoculation, each strain was transplanted into a 50-well cell tray filled with sterilized soil, and grown at 20 ° C. for 12 hours under the conditions of day length for 3 weeks.
(ショ糖加用ジャガイモ煎汁液体培地)
ジャガイモ(300.0g煎汁) 1000mL
Ca(NO3)2・4H2O 0.5g
Na2HPO4・12H2O 2.0g
ペプトン 5.0g
ショ糖 20.0g
pH6.8〜7.0
(Potato decoction liquid medium with sucrose added)
Potato (300.0g decoction) 1000mL
Ca (NO 3) 2 · 4H 2 O 0.5g
Na 2 HPO 4 · 12H 2 O 2.0g
Peptone 5.0g
Sucrose 20.0g
pH 6.8-7.0
発病調査は、前記参考情報4の方法に準じて行い、発病指数を、以下の基準にしたがって評価した。また、発病指数の評価基準として発病指数0〜4の個体の代表例を図2の写真に示す。
発病指数0:健全
発病指数1:子葉の落葉
発病指数2:下葉の黄化および部分的な萎凋と生育減退
発病指数3:植物体全体の萎凋
発病指数4:枯死
The onset investigation was carried out according to the method of the above-mentioned reference information 4, and the onset index was evaluated according to the following criteria. Further, as an evaluation standard of the disease onset index, a representative example of an individual having a disease onset index 0 to 4 is shown in the photograph of FIG.
Disease index 0: Healthy disease index 1: Deciduous disease index of cotyledons 2: Yellowing of lower leaves and partial wilting and growth decline Disease index 3: Withered disease index of whole plant 4: Withering
そして、各個体について、それぞれ、前記基準に従って発病指数を調査し、下記式より、各系統の発病度を求めた。
発病度(N)=[(0×n0)+(1×n1)+(2×n2)+(3×n3)+(4×n4)]/調査個体数
前記式において、「0、1、2、3、4」は、それぞれ発病指数を示し、「n0、n1、n2、n3、n4」は、それぞれ、発病指数0、発病指数1、発病指数2、発病指数3、発病指数4の個体数を示す。
Then, for each individual, the onset index was investigated according to the above criteria, and the onset degree of each strain was calculated from the following formula.
Incidence (N) = [(0 × n 0 ) + (1 × n 1 ) + (2 × n 2 ) + (3 × n 3 ) + (4 × n 4 )] / Number of individuals surveyed In the above formula, "0 , 1 , 2 , 3 , 4 " indicate the onset index, respectively, and "n 0,
これらの結果を、下記表1に示す。下記表1に示すように、前記寄託系統では、発病度が2未満であるのに対し、レース1に抵抗性のグリーンフォースおよびレース1および2に抵抗性のがんばる根カリスでは、発病度が2以上であった。これらの結果から、本発明の抵抗性トマト植物は、既知の半身萎凋病抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病菌であるレース3の半身萎凋病菌に対しても有効であることがわかった。
These results are shown in Table 1 below. As shown in Table 1 below, the disease onset is less than 2 in the deposited strain, whereas the disease onset is 2 in the green force resistant to
[実施例2]
新規な半身萎凋病抵抗性トマト植物について、半身萎凋病抵抗性遺伝子座の遺伝様式の解析を行った。
[Example 2]
We analyzed the inheritance pattern of the half-body wilt resistance locus in a novel half-body wilt-resistant tomato plant.
前記寄託系統のトマト植物(受託番号FERM BP−22308)と、グリーンフォースとを交雑することによって、72個体のF2分離集団(以下、「72系統」ともいう)を得た。 By crossing the tomato plant of the deposit line (accession number FERM BP-22308) with Green Force, an F2 segregation population of 72 individuals (hereinafter, also referred to as "72 line") was obtained.
そして、前記72系統に対し、前記実施例1と同様にして、半身萎凋病菌の接種試験を行い、各個体の発病指数を評価した。また、8個体の寄託系統および8個体のグリーンフォースについて、同様にして各個体の発病指数を評価した。 Then, the inoculation test of the half-body wilt disease bacterium was performed on the 72 strains in the same manner as in Example 1, and the onset index of each individual was evaluated. In addition, the disease index of each individual was evaluated in the same manner for 8 deposited strains and 8 green forces.
これらの結果を、下記表2に示す。下記表2に示すように、前記72系統の一部の個体が2未満の発病指数を示した。また、2未満の発病指数の個体数および2以上の発病指数の個体数の比から、前記寄託系統(受託番号FERM BP−22308)の半身萎凋病抵抗性は、少数の抵抗性遺伝子を含む抵抗性遺伝子座によって支配されていると推察された。なお、上記推察は、本発明を何ら制限しない。 These results are shown in Table 2 below. As shown in Table 2 below, some individuals of the 72 strains showed an onset index of less than 2. In addition, from the ratio of the number of individuals with an onset index of less than 2 to the number of individuals with an onset index of 2 or more, the resistance to half-body wilt disease of the deposit line (accession number FERM BP-22308) is a resistance containing a small number of resistance genes. It was speculated that it was controlled by the sex locus. The above speculation does not limit the present invention in any way.
[実施例3]
前記実施例2におけるF2分離集団の前記72系統について、新規な半身萎凋病抵抗性遺伝子座の特定を行った。
[Example 3]
A novel half-body wilt disease resistance locus was identified for the 72 strains of the F2 isolated population in Example 2.
前記72系統からそれぞれ抽出したDNAについて、SOLCAPのSNPアッセイ(前記参考文献1〜3を参照)でジェノタイピングを行い、ソフトウェア(Join Map)を用いた連鎖地図の作成、およびソフトウェア(QTL cartographer、NC STATE University製)を用いた連鎖解析をおこなった。
DNA extracted from each of the 72 strains was genotyped by SOLCAP's SNP assay (see
この結果を、図3に示す。図3は、第7染色体における位置とロッドスコアとの関係を示すグラフである。図3において、図中の左端の数値は、第7染色体における位置を示し、染色体の左側の矢印の横の数値は、各位置間の距離を示し、下側の矢印は、ロッドスコアを示す。図3に示すように、第7染色体において、ロッドスコアのピーク値として13.44を示す、発病指数と相関の高い領域が1箇所特定された。前記領域は、solcap_snp_sl_100293、solcap_snp_sl_55399、およびsolcap_snp_sl_37097で特定されるSNPを含む領域である。この結果から、新規な半身萎凋病抵抗性遺伝子座は、第7染色体に座乗することが明らかとなった。 The result is shown in FIG. FIG. 3 is a graph showing the relationship between the position on chromosome 7 and the rod score. In FIG. 3, the leftmost numerical value in the figure indicates the position on chromosome 7, the numerical value next to the arrow on the left side of the chromosome indicates the distance between each position, and the lower arrow indicates the rod score. As shown in FIG. 3, on chromosome 7, one region with a high correlation with the onset index, which showed 13.44 as the peak value of the rod score, was identified. The region is a region containing the SNPs identified by solcap_snp_sl_100293, solcap_snp_sl_55399, and solcap_snp_sl_37097. From this result, it was clarified that the novel half-body wilt disease resistance locus is located on chromosome 7.
[実施例4]
solcap_snp_sl_55399を用いて、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜できることを確認した。
[Example 4]
It was confirmed that half-body wilt-resistant tomato plants could be selected using solcap_snp_sl_55399.
前記寄託系統と、半身萎凋病罹病性トマト植物「桃太郎エイト(タキイ種苗株式会社、S.lycopersicum)」とを交雑することによって、80個体のF2分離集団(以下、「80系統」ともいう)を得た。そして、前記80系統について、前記実施例3と同様の方法により、SNPアッセイを行い、SNPマーカーsolcap_snp_sl_55399に対応する多型の塩基を特定した。そして、solcap_snp_sl_55399を抵抗性のホモ接合型で含む15個体(抵抗性系統)と、solcap_snp_sl_55399を罹病性のホモ接合型で含む18個体(罹病性系統)を特定した。そして、前記抵抗性系統および前記罹病性系統について、前記実施例1と同様にして発病指数を評価し、各系統の発病度を算出した。 By crossing the deposited line with the half-body wilt disease-susceptible tomato plant "Momotaro Eight (Takii & Co., Ltd., S. lycopersium )", an F2 segregation population of 80 individuals (hereinafter, also referred to as "80 line") is formed. Obtained. Then, the SNP assay was performed on the 80 strains by the same method as in Example 3 to identify the polymorphic base corresponding to the SNP marker solcap_snp_sl_55399. Then, 15 individuals containing solcap_snp_sl_55399 in a resistant homozygous form (resistant line) and 18 individuals containing solcap_snp_sl_55399 in a morbid homozygous type (pathogenic line) were identified. Then, the disease index was evaluated for the resistant line and the diseased line in the same manner as in Example 1, and the disease degree of each line was calculated.
これらの結果を下記表3に示す。下記表3に示すように、前記抵抗性系統では、発病度が2未満であるのに対し、前記罹病性系統では、発病度が2以上であった。また、前記抵抗性系統と前記罹病性系統の発病指数について、等分散のt検定を行なったところ、p<0.001であり、前記抵抗性系統は、前記罹病性系統に対し、有意に発病指数が低下していた。これらの結果から、solcap_snp_sl_55399を用いて、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜できることがわかった。 These results are shown in Table 3 below. As shown in Table 3 below, the disease-causing strain was less than 2 in the resistant strain, whereas the disease-causing degree was 2 or more in the susceptible strain. Further, when the disease index of the resistant line and the diseased line was subjected to a t-test of homoscedasticity, p <0.001, and the resistant line significantly affected the diseased line. The index was declining. From these results, it was found that half-body wilt-resistant tomato plants can be selected using solcap_snp_sl_55399.
[実施例5]
前記実施例2におけるF2分離集団の前記72系統について、solcap_snp_sl_5840、solcap_snp_sl_14174、solcap_snp_sl_7034、solcap_snp_sl_24321、solcap_snp_sl_100293、solcap_snp_sl_100761、solcap_snp_sl_55410、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138、solcap_snp_sl_37097、solcap_snp_sl_12147、solcap_snp_sl_12152、およびsolcap_snp_sl_70781を用いて、連鎖解析を行ない、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’が抵抗性遺伝子座と連鎖すること、ならびにこれらのSNPマーカーにより特定される領域に、抵抗性遺伝子座が座乗していることを確認した。
[Example 5]
For the 72 lines of F2 segregating population in Example 2, solcap_snp_sl_5840, solcap_snp_sl_14174, solcap_snp_sl_7034, solcap_snp_sl_24321, solcap_snp_sl_100293, solcap_snp_sl_100761, solcap_snp_sl_55410, solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138, solcap_snp_sl_37097, solcap_snp_sl_12147, using Solcap_snp_sl_12152, and Solcap_snp_sl_70781, performs linkage analysis, Solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034, solcap_snp_sl_24321', solcap_snp_sl_100293 ', solcap_snp_sl_100761', solcap_snp_sl_55410 ', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138', solcap_snp_sl_37097 ', solcap_snp_sl_12147', and Solcap_snp_sl_12152 'that linked the resistance locus, and area identified by these SNP markers It was confirmed that the resistance locus was locused.
前記実施例3と同様にして、前記72系統からそれぞれ抽出したDNAについて、SOLCAPのSNPアッセイでジェノタイピングを行い、ソフトウェア(Join Map)を用いた連鎖地図の作成、およびソフトウェア(QTL cartographer、NC STATE University製)を用いた連鎖解析をおこなった。 In the same manner as in Example 3, DNA extracted from each of the 72 strains was genotyped by the SLP assay of SOLCAP, and a linkage map was created using software (Join Map), and software (QTL cartographer, NC STATE). Linkage analysis was performed using (manufactured by University).
この結果を、図4に示す。図4は、第7染色体における位置とロッドスコアとの関係を示すグラフである。図4において、図中の左端の数値は、第7染色体における位置を示し、染色体の左側の矢印の横の数値は、各位置間の距離を示し、下側の矢印は、ロッドスコアを示す。図4に示すように、ロッドスコアのピーク値として14.44を示した。また、solcap_snp_sl_14174、solcap_snp_sl_7034、solcap_snp_sl_24321、solcap_snp_sl_100293、solcap_snp_sl_100761、solcap_snp_sl_55410、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138、solcap_snp_sl_37097、solcap_snp_sl_12147、およびsolcap_snp_sl_12152で特定される領域は、ロッドスコアが、3.3以上であり、発病指数と相関の高い領域であることが確認された。この結果から、solcap_snp_sl_14174’、solcap_snp_sl_7034、solcap_snp_sl_24321’、solcap_snp_sl_100293’、solcap_snp_sl_100761’、solcap_snp_sl_55410’、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138’、solcap_snp_sl_37097’、solcap_snp_sl_12147’、およびsolcap_snp_sl_12152’が、抵抗性遺伝子座に座乗する抵抗性遺伝子と連鎖すること、ならびにこれらのSNPマーカーにより特定される領域、すなわち、第7染色体における、solcap_snp_sl_5840、solcap_snp_sl_14174、solcap_snp_sl_7034、solcap_snp_sl_24321、solcap_snp_sl_100293、solcap_snp_sl_100761、solcap_snp_sl_55410、solcap_snp_sl_55399、solcap_snp_sl_71138、solcap_snp_sl_37097、solcap_snp_sl_12147、solcap_snp_sl_12152、およびsolcap_snp_sl_70781からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に、抵抗性遺伝子が座乗していることがわかった。 The result is shown in FIG. FIG. 4 is a graph showing the relationship between the position on chromosome 7 and the rod score. In FIG. 4, the leftmost numerical value in the figure indicates the position on chromosome 7, the numerical value next to the arrow on the left side of the chromosome indicates the distance between each position, and the lower arrow indicates the rod score. As shown in FIG. 4, 14.44 was shown as the peak value of the rod score. Further, solcap_snp_sl_14174, solcap_snp_sl_7034, solcap_snp_sl_24321, solcap_snp_sl_100293, solcap_snp_sl_100761, solcap_snp_sl_55410, solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138, solcap_snp_sl_37097, solcap_snp_sl_12147, and region specified by solcap_snp_sl_12152 the rod score is 3.3 or more, a high correlation with the disease index area It was confirmed that there was. This result, solcap_snp_sl_14174 ', solcap_snp_sl_7034, solcap_snp_sl_24321', solcap_snp_sl_100293 ', solcap_snp_sl_100761', solcap_snp_sl_55410 ', solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138', solcap_snp_sl_37097 ', solcap_snp_sl_12147', and Solcap_snp_sl_12152 'is resistance gene linkage that Zajo resistant locus be, and area identified by these SNP markers, i.e., in chromosome 7, solcap_snp_sl_5840, solcap_snp_sl_14174, solcap_snp_sl_7034, solcap_snp_sl_24321, solcap_snp_sl_100293, solcap_snp_sl_100761, solcap_snp_sl_55410, solcap_snp_sl_55399, solcap_snp_sl_71138, solcap_snp_sl_37097, solcap_snp_sl_12147, the group consisting of Solcap_snp_sl_12152, and solcap_snp_sl_70781 It was found that the resistance gene was locused in the region between the sites of the two SNP markers selected from.
この出願は、2016年5月30日に出願された日本出願特願2016−107236を基礎とする優先権を主張し、その開示のすべてをここに取り込む。 This application claims priority on the basis of Japanese application Japanese Patent Application No. 2016-107236 filed on May 30, 2016 and incorporates all of its disclosures herein.
以上、実施形態および実施例を参照して本発明を説明したが、本発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本発明の構成や詳細には、本発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。 Although the present invention has been described above with reference to the embodiments and examples, the present invention is not limited to the above embodiments and examples. Various changes that can be understood by those skilled in the art can be made to the structure and details of the present invention within the scope of the present invention.
以上のように、本発明のトマト植物の半身萎凋病抵抗性マーカーによれば、例えば、半身萎凋病抵抗性トマト植物を簡便にスクリーニングできる。また、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を含むため、例えば、半身萎凋病抵抗性を示すことが可能である。さらに、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記先行技術文献の抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な半身萎凋病の病原菌(例えば、レース3)に対しても抵抗性を示す。このため、本発明の半身萎凋病抵抗性トマト植物は、従来のような農薬による防除が不要であるため、例えば、前記農薬散布の労力および費用の問題も回避できる。このため、本発明は、例えば、育種等の農業分野において極めて有用である。 As described above, according to the half-body wilt resistance marker of the tomato plant of the present invention, for example, a half-body wilt resistant tomato plant can be easily screened. Further, since the tomato plant resistant to half-body wilt disease of the present invention contains, for example, the resistance locus, it is possible to exhibit resistance to half-body wilt disease, for example. Further, the tomato plant containing the resistance marker is resistant to, for example, a pathogen of half-body wilt disease (for example, race 3) capable of infecting the tomato plant containing the resistance gene of the prior art document. show. Therefore, since the half-body wilt-resistant tomato plant of the present invention does not need to be controlled by a pesticide as in the conventional case, for example, the problem of labor and cost of spraying the pesticide can be avoided. Therefore, the present invention is extremely useful in the agricultural field such as breeding.
Claims (12)
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、下記(a)〜(j)および(k)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されることを特徴とする、半身萎凋病抵抗性トマト植物。
(a) 下記(a1)または(a3)のポリヌクレオチド
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の9番目の塩基(G)、51番目の塩基(G)、および95番目の塩基(G)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(b) 下記(b1)または(b3)のポリヌクレオチド
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b3)前記(b1)の2番目の塩基(G)、8番目の塩基(G)、11番目の塩基(A)、43番目の塩基(C)、および51番目の塩基(T)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(c) 下記(c1)または(c3)のポリヌクレオチド
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c3)前記(c1)の50番目の塩基(C)および51番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(d) 下記(d1)または(d3)のポリヌクレオチド
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(e) 下記(e1)または(e3)のポリヌクレオチド
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e3)前記(e1)の50番目の塩基(A)、59番目の塩基(G)、および100番目の塩基(G)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(f) 下記(f1)または(f3)のポリヌクレオチド
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(G)および54番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(g) 下記(g1)または(g3)のポリヌクレオチド
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(h) 下記(h1)または(h3)のポリヌクレオチド
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)、65番目の塩基(A)、および92番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(i) 下記(i1)または(i3)のポリヌクレオチド
(i1)配列番号9の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(i3)前記(i1)の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(j) 下記(j1)または(j3)のポリヌクレオチド
(j1)配列番号10の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(j3)前記(j1)の20番目の塩基(A)、51番目の塩基(C)、65番目の塩基(T)、および68番目の塩基(A)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(k) 下記(k1)または(k3)のポリヌクレオチド
(k1)配列番号11の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(C)および86番目の塩基(A)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド A half-length wilt resistance gene locus on chromosome 7 seen including,
The half-body wilt resistance locus is identified by at least one polynucleotide selected from the group consisting of the following (a) to (j) and (k). plant.
(A) The polynucleotide of (a1) or (a3) below
(A1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1
(A3) The 9th base (G), 51st base (G), and 95th base (G) of the (a1) are stored, and 90% or more of the base sequence of the (a1). At the half-body wilt resistance locus, a polynucleotide having the same base sequence as that of the above-mentioned (a1) with respect to the half-body wilt resistance.
(B) The polynucleotide of (b1) or (b3) below
(B1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2
(B3) The second base (G), the eighth base (G), the eleventh base (A), the 43rd base (C), and the 51st base (T) of the above (b1) are conserved. The polynucleotide of (b1) is composed of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of (b1), and at the half-body wilt resistance gene locus, with respect to the half-body wilt resistance. Polynucleotide with the same function as
(C) The polynucleotide of (c1) or (c3) below
(C1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3
(C3) The 50th base (C) and the 51st base (A) of the above (c1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the above (c1). , A polynucleotide having a function equivalent to that of the polynucleotide of (c1) with respect to the resistance to half-body wilt at the locus of resistance to half-body wilt.
(D) The polynucleotide of (d1) or (d3) below
(D1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4
(D3) The 101st base (G), the 117th base (C), the 127th base (G), and the 148th base (A) of the above (d1) are stored, and the base of the above (d1) is stored. A polynucleotide consisting of a base sequence having 90% or more identity with respect to the sequence and having a function equivalent to that of the polynucleotide (d1) with respect to the half-body wilt resistance gene locus at the half-body wilt resistance gene locus.
(E) The polynucleotide of (e1) or (e3) below
(E1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5
(E3) The 50th base (A), the 59th base (G), and the 100th base (G) of the (e1) are stored, and 90% or more of the base sequence of the (e1). At the half-body wilt resistance locus, a polynucleotide having the same base sequence as that of the above-mentioned (e1) with respect to the half-body wilt resistance.
(F) The polynucleotide of (f1) or (f3) below
(F1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6
(F3) The 51st base (G) and the 54th base (T) of the above (f1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the above (f1). , A polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (f1) with respect to the resistance to half-body wilt at the locus of resistance to half-body wilt.
(G) The following polynucleotide (g1) or (g3)
(G1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7.
(G3) The 51st base (T) of the (g1) is conserved and consists of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the (g1), and the half-body wilt resistance gene. In the locus, a polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (g1) above with respect to resistance to half-body wilt.
(H) The polynucleotide of (h1) or (h3) below
(H1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8
(H3) The 51st base (T), the 65th base (A), and the 92nd base (A) of the (h1) are stored, and 90% or more of the base sequence of the (h1). At the half-body wilt resistance locus, a polynucleotide having the same base sequence as that of the above-mentioned (h1) with respect to the half-body wilt resistance.
(I) The polynucleotide of (i1) or (i3) below
(I1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9
(I3) The 50th base (T) and the 51st base (G) of the above (i1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the above (i1). , A polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (i1) with respect to the half-body wilt resistance locus at the half-body wilt resistance locus.
(J) The polynucleotide of (j1) or (j3) below
(J1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10.
(J3) The 20th base (A), the 51st base (C), the 65th base (T), and the 68th base (A) of the (j1) are stored, and the base of the (j1) is stored. A polynucleotide consisting of a base sequence having 90% or more identity with respect to the sequence and having a function equivalent to that of the polynucleotide (j1) with respect to the half-body wilt resistance gene locus at the half-body wilt resistance gene locus.
(K) The polynucleotide of (k1) or (k3) below
(K1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11
(K3) The 51st base (C) and the 86th base (A) of the (k1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the (k1). , A polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (k1) with respect to the resistance to half-body wilt at the locus of resistance to half-body wilt.
(a)請求項1から5のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
(b)前記(a)工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程 A method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant, which comprises the following steps (a) and (b).
(A) A step of crossing a half-body wilt-resistant tomato plant according to any one of claims 1 to 5 with another tomato plant (b) A tomato plant obtained from the above-mentioned step (a) or a subsequent step. The process of selecting half-body wilt-resistant tomato plants from the generation line
(x)被検トマト植物から、請求項1から5のいずれか一項に記載の半身萎凋病抵抗性トマト植物を選抜する工程 The method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant according to claim 6, which comprises the following step (x) prior to the step (a).
(X) A step of selecting a half-body wilt-resistant tomato plant according to any one of claims 1 to 5 from a tomato plant to be tested.
(a) 下記(a1)または(a3)のポリヌクレオチド
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の9番目の塩基(G)、51番目の塩基(G)、および95番目の塩基(G)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(b) 下記(b1)または(b3)のポリヌクレオチド
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b3)前記(b1)の2番目の塩基(G)、8番目の塩基(G)、11番目の塩基(A)、43番目の塩基(C)、および51番目の塩基(T)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(c) 下記(c1)または(c3)のポリヌクレオチド
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c3)前記(c1)の50番目の塩基(C)および51番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(d) 下記(d1)または(d3)のポリヌクレオチド
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(e) 下記(e1)または(e3)のポリヌクレオチド
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e3)前記(e1)の50番目の塩基(A)、59番目の塩基(G)、および100番目の塩基(G)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(f) 下記(f1)または(f3)のポリヌクレオチド
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(G)および54番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(g) 下記(g1)または(g3)のポリヌクレオチド
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(h) 下記(h1)または(h3)のポリヌクレオチド
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)、65番目の塩基(A)、および92番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(i) 下記(i1)または(i3)のポリヌクレオチド
(i1)配列番号9の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(i3)前記(i1)の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(j) 下記(j1)または(j3)のポリヌクレオチド
(j1)配列番号10の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(j3)前記(j1)の20番目の塩基(A)、51番目の塩基(C)、65番目の塩基(T)、および68番目の塩基(A)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(k) 下記(k1)または(k3)のポリヌクレオチド
(k1)配列番号11の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(C)および86番目の塩基(A)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド Half-body wilt disease in which the selection in the step (x) has a half-body wilt disease resistance locus identified by at least one polynucleotide selected from the group consisting of the following (a) to (j) and (k). The method for producing a half-body wilt-resistant tomato plant according to claim 8, which is a selection of a resistant tomato plant.
(A) Polynucleotide (a3) consisting of the nucleotide sequence of the following (a1) or (a3) (a1) SEQ ID NO: 1 The 9th base (G) and 51st base (G) of the above (a1) , And the 95th base (G) are conserved and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of (a1). Polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (a1) in terms of disease resistance (b) Polynucleotide (b1) consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 below (b1) or (b3) The second base (G), the eighth base (G), the eleventh base (A), the 43rd base (C), and the 51st base (T) of (b1) are stored, and the above-mentioned ( It consists of a base sequence having 90 % or more identity with respect to the base sequence of b1), and has the same function as the polynucleotide of (b1) with respect to the resistance to half-body wilt at the half-body wilt resistance gene locus. Polynucleotide (c) consisting of the nucleotide sequence of the following (c1) or (c3) (c1) SEQ ID NO: 3 (c3) The 50th base (C) and the 51st base (c1) of the above (c1). The base (A) is conserved and consists of a base sequence having 90 % or more identity with respect to the base sequence of the above (c1). Polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (c1) (d) Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of the following (d1) or (d3) (d1) SEQ ID NO: 4 (d3) 101 of the above (d1) The th base (G), the 117th base (C), the 127th base (G), and the 148th base (A) are conserved, and 90 % or more of the base sequence of the above (d1) is obtained. A polynucleotide (e) below (e1) or ( The polynucleotide (e1) of the e3) The polynucleotide (e3) consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 The 50th base (A), the 59th base (G), and the 100th base (G) of the above (e1). Is preserved, and a base having 90 % or more identity with respect to the base sequence of (e1) above. A polynucleotide consisting of a sequence and having a function equivalent to that of the polynucleotide of (e1) with respect to resistance to half-body wilt at the half-body wilt resistance locus (f) The polynucleotide of (f1) or (f3) below. (F1) Polynucleotide (f3) consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 6 The 51st base (G) and 54th base (T) of the above (f1) are stored, and the base sequence of the above (f1) is conserved. , 90 % or more of the nucleotide sequences having the same identity, and at the half-body wilt resistance gene locus, the polynucleotide (g) having the same function as the above-mentioned (f1) polynucleotide with respect to the half-body wilt resistance is as follows. The nucleotide (g1) or the polynucleotide (g1) consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 (g1) The 51st base (T) of the (g1) is stored in the nucleotide sequence of the (g1). On the other hand, a nucleotide (h) consisting of a base sequence having 90 % or more identity and having the same function as the polynucleotide of (g1) with respect to the resistance to half-body wilt at the half-body wilt resistance gene locus. ) Polynucleotide (h1) consisting of the following nucleotide (h1) or (h3) nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 (h3) The 51st base (T), the 65th base (A), and the 65th base (A) of the above (h1). The 92nd base (A) is conserved and consists of a base sequence having 90 % or more identity with respect to the base sequence of (h1). At the half-body wilt resistance gene locus, the half-body wilt resistance Polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (h1) in terms of sex (i) Polynucleotide of the following (i1) or (i3) (i1) Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 (i3) The above (i1) ), The 50th base (T) and the 51st base (G) are conserved, and the base sequence has 90 % or more identity with respect to the base sequence of (i1). At the sex locus, the nucleotide sequence having the same function as the polynucleotide of (i1) with respect to resistance to half-body wilt (j) The nucleotide sequence of the polynucleotide (j1) SEQ ID NO: 10 of the following (j1) or (j3) Polynucleotide (j3) Consisting of the above (j1), the 20th base (A), the 51st base (C), the 65th base (T), and the 68th base (A) are stored. 90 for the base sequence of j1) A nucleotide (k) below (k1) consisting of a base sequence having% or more identity and having the same function as the polynucleotide of (j1) in terms of resistance to half-body wilt at the half-body wilt resistance locus. ) Or (k3) Nucleotide (k1) Nucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 11 (k3) The 51st base (C) and 86th base (A) of the above (k1) are stored, and the above (k1) is stored. It consists of a base sequence having 90 % or more identity with respect to the base sequence of k1), and has the same function as the polynucleotide of (k1) in terms of resistance to half-body wilt at the half-body wilt resistance gene locus. Polynucleotide with
前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座が、下記(a)〜(j)および(k)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されることを特徴とする、半身萎凋病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法。The half-body wilt resistance locus is identified by at least one polynucleotide selected from the group consisting of the following (a) to (j) and (k). Plant screening method.
(a) 下記(a1)または(a3)のポリヌクレオチド(A) The polynucleotide of (a1) or (a3) below
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド(A1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1
(a3)前記(a1)の9番目の塩基(G)、51番目の塩基(G)、および95番目の塩基(G)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(A3) The 9th base (G), 51st base (G), and 95th base (G) of the (a1) are stored, and 90% or more of the base sequence of the (a1). At the half-body wilt resistance locus, a polynucleotide having the same base sequence as that of the above-mentioned (a1) with respect to the half-body wilt resistance.
(b) 下記(b1)または(b3)のポリヌクレオチド(B) The polynucleotide of (b1) or (b3) below
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド(B1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2
(b3)前記(b1)の2番目の塩基(G)、8番目の塩基(G)、11番目の塩基(A)、43番目の塩基(C)、および51番目の塩基(T)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(B3) The second base (G), the eighth base (G), the eleventh base (A), the 43rd base (C), and the 51st base (T) of the above (b1) are conserved. The polynucleotide of (b1) is composed of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of (b1), and at the half-body wilt resistance gene locus, with respect to the half-body wilt resistance. Polynucleotide with the same function as
(c) 下記(c1)または(c3)のポリヌクレオチド(C) The polynucleotide of (c1) or (c3) below
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド(C1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3
(c3)前記(c1)の50番目の塩基(C)および51番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(C3) The 50th base (C) and the 51st base (A) of the above (c1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the above (c1). , A polynucleotide having a function equivalent to that of the polynucleotide of (c1) with respect to the resistance to half-body wilt at the locus of resistance to half-body wilt.
(d) 下記(d1)または(d3)のポリヌクレオチド(D) The polynucleotide of (d1) or (d3) below
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド(D1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4
(d3)前記(d1)の101番目の塩基(G)、117番目の塩基(C)、127番目の塩基(G)、および148番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(D3) The 101st base (G), the 117th base (C), the 127th base (G), and the 148th base (A) of the above (d1) are stored, and the base of the above (d1) is stored. A polynucleotide consisting of a base sequence having 90% or more identity with respect to the sequence and having a function equivalent to that of the polynucleotide (d1) with respect to the half-body wilt resistance gene locus at the half-body wilt resistance gene locus.
(e) 下記(e1)または(e3)のポリヌクレオチド(E) The polynucleotide of (e1) or (e3) below
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド(E1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5
(e3)前記(e1)の50番目の塩基(A)、59番目の塩基(G)、および100番目の塩基(G)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(E3) The 50th base (A), the 59th base (G), and the 100th base (G) of the (e1) are stored, and 90% or more of the base sequence of the (e1). At the half-body wilt resistance locus, a polynucleotide having the same base sequence as that of the above-mentioned (e1) with respect to the half-body wilt resistance.
(f) 下記(f1)または(f3)のポリヌクレオチド(F) The polynucleotide of (f1) or (f3) below
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド(F1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(G)および54番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(F3) The 51st base (G) and the 54th base (T) of the above (f1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the above (f1). , A polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (f1) with respect to the resistance to half-body wilt at the locus of resistance to half-body wilt.
(g) 下記(g1)または(g3)のポリヌクレオチド(G) The following polynucleotide (g1) or (g3)
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド(G1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7.
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(G3) The 51st base (T) of the (g1) is conserved and consists of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the (g1), and the half-body wilt resistance gene. In the locus, a polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (g1) above with respect to resistance to half-body wilt.
(h) 下記(h1)または(h3)のポリヌクレオチド(H) The polynucleotide of (h1) or (h3) below
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド(H1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)、65番目の塩基(A)、および92番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(H3) The 51st base (T), the 65th base (A), and the 92nd base (A) of the (h1) are stored, and 90% or more of the base sequence of the (h1). At the half-body wilt resistance locus, a polynucleotide having the same base sequence as that of the above-mentioned (h1) with respect to the half-body wilt resistance.
(i) 下記(i1)または(i3)のポリヌクレオチド(I) The polynucleotide of (i1) or (i3) below
(i1)配列番号9の塩基配列からなるポリヌクレオチド(I1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9
(i3)前記(i1)の50番目の塩基(T)および51番目の塩基(G)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(I3) The 50th base (T) and the 51st base (G) of the above (i1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the above (i1). , A polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (i1) with respect to the half-body wilt resistance locus at the half-body wilt resistance locus.
(j) 下記(j1)または(j3)のポリヌクレオチド(J) The polynucleotide of (j1) or (j3) below
(j1)配列番号10の塩基配列からなるポリヌクレオチド(J1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10.
(j3)前記(j1)の20番目の塩基(A)、51番目の塩基(C)、65番目の塩基(T)、および68番目の塩基(A)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(J3) The 20th base (A), the 51st base (C), the 65th base (T), and the 68th base (A) of the (j1) are stored, and the base of the (j1) is stored. A polynucleotide consisting of a base sequence having 90% or more identity with respect to the sequence and having a function equivalent to that of the polynucleotide (j1) with respect to the half-body wilt resistance gene locus at the half-body wilt resistance gene locus.
(k) 下記(k1)または(k3)のポリヌクレオチド(K) The polynucleotide of (k1) or (k3) below
(k1)配列番号11の塩基配列からなるポリヌクレオチド(K1) A polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(C)および86番目の塩基(A)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記半身萎凋病抵抗性遺伝子座において、前記半身萎凋病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド(K3) The 51st base (C) and the 86th base (A) of the (k1) are conserved, and consist of a base sequence having 90% or more identity with respect to the base sequence of the (k1). , A polynucleotide having the same function as the polynucleotide of (k1) with respect to the resistance to half-body wilt at the locus of resistance to half-body wilt.
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