JP6929375B2 - 軟磁性構造を用いたナノ細孔を介してdna、rnaおよび他の生体分子を引っ張る方法およびシステム - Google Patents
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Description
Leiらは、DNAの転座スピードを良好に制御して、ナノ細孔を介してDNAの鎖を引っ張る手段について説明している。DNAは、DNA分子の荷電主鎖に作用するナノ細孔の電圧バイアスにより、ナノ細孔を介して引っ張られる。DNAは、ナノ細孔のシス側からトランス側へ引っ張られる。ここで「シス」および「トランス」は、ナノ細孔のオリフィスの出発側と受容側のそれぞれの、互いに隔離した空間を指す。シス側では、DNAの露出した端部がスキャンプレートに取り付けられる。共有結合などの永続的な手段によって、または磁気ビーズでタグ付けするなどの非永続的な手段によって、取り付けることができる。DNAは、スキャンプレートとナノ細孔との間で引っ張られる。DNAの張力は、ナノ細孔を横切る電圧バイアス(すなわち、ポテンシャル差)に比例するナノ細孔内の電場の引っ張りによって決定される。ナノ細孔とスキャンプレートとの間の離隔距離は、精密な機械アクチュエータによって、典型的にはナノメータ精度の圧電素子によって制御される。離隔距離を増大させることにより、引き伸ばされたDNAは、一定の張力を受けてナノ細孔を介して引っ張られる。離隔距離を減少させることにより、引き伸ばされたDNAは、一定の張力を受けてナノ細孔に引き込まれる。一定の張力下でDNAを固定することによって、転座率を良好に制御し、ブラウン運動効果を低減させる。
以下の式で与えられるように、磁石が磁気ビーズなどの磁性材料の体積に作用する力
ここで、MSATURATIONは、飽和状態でのビーズの磁化である。
表la、lbは、磁場の測定結果を示す。様々な永久磁石に対して磁場測定を行い、使用可能な最大の実質磁場勾配を求めた。
一般に用いられる磁気ビーズの最大磁場力を算出した。
磁性材料の体積量を増加させるか、その体積の磁化を増加させるか、または磁場勾配を増加させるかのいずれかによって、力を増加させることができる。
既知の磁気理論と完全に一致するいくつかの結論を出すことができる。
1.単一の磁石からの磁場は、その磁石表面からの距離が増加するほど減少する。
ブラウン運動の効果が最小限に抑えるには、DNAにかかる張力を最大化することが有利である。この張力最大化には、DNAの破断力限界および磁気ビーズとDNAとの接続強度などの実際的な限界並びに電気的な制約があることが明らかである。一般に議論されるナノ細孔のバイアス電圧は100mVから400mVである。ssDNAにかかる対応する力は、10pNから100pNである。広い範囲は、細孔サイズおよび電気浸透流(すなわち負に帯電したssDNAがナノ細孔の電圧バイアスに引っ張られる方向とは反対側に流れる、正に帯電したイオンの流れ)の遮蔽効果についての異なる仮定に関連している。
軟磁性材料は、容易に磁化し、消磁する材料として大まかに定義される。典型的には、軟磁性材料は、1000A/m未満の小さい固有保磁力を有する。軟磁性材料は主に、電磁石によってまたは永久磁石若しくはその他のソースによって生成される磁束を高め、および/または伝えるために使用される。
磁束は、磁石(永久磁石または電磁石のいずれか)の対向する磁極間に閉ループを形成するが、磁束が通る経路は、その近くの材料の磁気抵抗によって異なる。極端に単純化した用語を使うと、磁束は、低磁気抵抗材料を貫通する経路を「好む」傾向にある。空気および水は、軟磁性材料よりも磁気抵抗がはるかに高い。従って、非磁性基板上にまたは非磁性流体若しくは非磁性気体内に配置された軟磁性構造は、そのジオメトリが磁石の磁極間の磁束経路の一部を形成できる場合、磁束のアトラクタになるだろう。
図3は、本発明を示す。この図は、PCT/US16/59794(Leiら)によって開示される多くの構造を含み、多くの追加および変化が加えられている。
フレキシブルリンカー分子は、天然の、修飾されたまたは合成の、一本鎖核酸、二重鎖核酸、ポリペプチドチェーン、セルロースファイバ、または、任意のフレキシブル線状ポリマ、およびこれらの組み合わせから成る群から選択される。
この解析のために、David Meekerによる磁気有限要素解析プログラムFEMM4.2が使用された。強磁場中のスチール磁気構造(1010合金)がモデル化され、結果場が解析された。解析モードは、2次元であった。この種の解析は、複数の物体周辺の磁束を調べるのに有用である。この解析は、磁束が2次元の形状の近くからしか引き込まれないため、磁束集中を実際より少なく見積もる。
軟磁性材料含有構造の中心間の間隔は、
a.約250ナノメートルから約1ミクロン、
b.約1ミクロンから約3ミクロン、および
c.約10ミクロンから約40ミクロン
から成るリストから選択される。
この解析のために、David Meekerによる磁気要素構造解析プログラムFEMM4.2が使用された。強磁場中の単一の軟磁性構造のパーマロイがモデル化され、結果場が解析された。解析モードは、「軸対称」であり、モデル化された領域が2次元平面に定義され、次に軸を中心にスイープされる。解析モードは、正確には3次元だが、単一の軸を中心に対称な物体に限定される。
軟磁性材料含有構造の直径は、
a.約100〜500ナノメートル、
b.約500〜1500ナノメートル、
c.約1.5ミクロン〜5ミクロン、および
d.約5ミクロン〜20ミクロン
から成るリストから選択される。
軟磁性構造は、比較的弱い磁場に配置された場合に強い磁場勾配を生成するのに非常に効果的である。これらの勾配によって固定される磁気ビーズをリリースするためには、磁場から軟磁性構造を隔離する必要があってよい。
軟磁性構造の寸法、レイアウトおよび組成は、軟磁性構造の性能に影響する。
軟磁性構造について、例えば次のような多くのレイアウトが可能である。
・孤立構造
・構造のグリットアレイ
・構造の六角形アレイ
・孤立ストリップ
・エリアを横切るストリップの直線アレイ
・構造または構造の集合が、ナノ細孔チップ上に複数のナノ細孔を位置合わせする場合に配置されることができる。例えば、構造の小さなアレイが、その小さなアレイ間で間隙を有する各ナノ細孔の上方に配置されることができる。
・構造のランダムパターン
・円形円筒体
・楕円形円筒体
・矩形ブロック
・多角形円筒体
・ピラミッド型
・逆ピラミッド型
・円錐体
・逆円錐体
・細長形状
・不規則粒子
・隆線
直径:直径がより大きい軟磁性構造は、直径が小さいものよりもその端部をさらに越えて磁束をひずませるだろう。対応する勾配は、より小さくてよい。
軟磁性構造を有するスキャンプレートをとりわけ良好に加工する方法は、マイクロリソグラフィを用いることである。このマイクロリソグラフィには、次のようないくつかのメリットがある。
・基板は、きめ細かく研磨されたシリコンまたはガラスである。これは、スキャンプレートとナノ細孔チップとの間の間隙を正確に維持する一助となる。
・ミクロンまたはサブミクロンの精度でパターンを生成するする製造方法が開発されている。
(a)一方側がインジウムティンオキサイド(ITO)などの導電層でコーティングされている研磨ガラスプレートから開始する。(b)導電側をフォトレジスト層でコーティングする。フォトレジストは、ポジティブ型またはネガティブ型のいずれか一方であってよい。UV光により硬化され、安定性が向上するため、ネガティブ型が好ましい。
(c)クロムパターンマスクでフォトレジストを露光する。光の波長をフォトレジストの要件、典型的には紫外と一致させなければならない。
(d)ポジティブ型のフォトレジストは、露光によりもろくなり、その後露光エリアにおいて分解する。ネガティブ型のフォトレジストは、露光エリアでは安定し、その後非露光エリアが分解して、なくなる。導電層は、所望のパターンに露光される。
(e)露光されパターン化されたエリアをパーマロイなどの軟磁性材料で電気めっきをする。
軟磁性材料含有構造の材料は、
a.パーマロイ、
b.ニッケル−鉄−モリブデン系合金、
c.約40%よりも大きく、約75%未満であるニッケルを含む鉄−ニッケル系合金、
d.約75%以上で約85%未満のニッケルを含む鉄−ニッケル系合金、
e.約85%以上のニッケルを含む鉄−ニッケル系合金、
f.実質的に純粋なニッケル、
g.実質的に純粋な鉄、
h.ニッケル−コバルト系合金、
i.鉄−ニッケル−コバルト系合金、および
j.鉄−シリコン系合金
から成るリストから選択される。
(f)1または複数の保護コーティングをパターン上に塗布する。(1または複数の)保護コーティングは、露出からパターンを保護し、また、磁気ビーズの付着を減少させてもよい。
(g)ガラスシートを小さなスキャンプレートにダイス(カット)する(図示せず)。
(h)カット時のごみを除去するために、結果として得られる「小片」を洗浄する(図示せず)。
前述の例および例示では、軟磁性構造がスキャンプレート表面に対して面一になる、または凹むように示されてきた。このことは、必須ではない。軟磁性構造がスキャンプレート表面から外に突出する利点はあってよい。軟磁性構造の間の間隙によって、流体がスキャンプレートとナノ細孔チップとの間で流れる追加の空間が提供されることができよう。突出した軟磁性構造は、間に通路を有して実質的にスキャンプレートを横切って広がる隆線を形成できよう。
PCT/US16/59794においてLeiらは、ナノ細孔からまっすぐに引っ張ることができるように磁気ビーズでタグ付けられたDNAを配向させるべく用いられる位置合わせ手順を開示している。非常に類似した手順が、軟磁性コアを用いて適用されることができる。dsDNAリンカーおよび磁気ビーズでタグ付けされているssDNAを位置合わせするために、以下のステップが設計される。
2.ナノ細孔のバイアス電圧は、負に帯電するDNAをナノ細孔に引き込むように設定される。
荷電分子のナノ細孔を通る移動速度は、塩基ユニット毎に約0.25ms以下である。
リンカーノードは、抗体、酵素、ニュートラアビジン、ストレプトアビジン、アビジン、ポリマ複合体、粒子、ビーズ、およびこれらの組み合わせから成る群から選択される。
軟磁性構造は、磁束の集中を個々に生成する。スキャンプレート上に繰り返しパターンを加工される場合、軟磁石構造は、磁場に配置されたとき磁気ビーズを強く引き付ける位置のパターンを生成する。引力点は、スキャンプレート全体の連続体ではなく、間隙(528)によって離隔された個別の点である。磁気ビーズ位置の最大「誤差」または最大「位置ずれ」(529)は、六角形状のパターンの場合は軟磁性構造間の距離の約半分であり、四角グリッドの場合は間隔の約0.7倍である。このことは、図15に示される。
多くの応用のために、複数のナノ細孔を備える基板を活用することが有利である。軟磁性材料構造が加工されるスキャンプレートのエリアを、各ナノ細孔のすぐ上方のみに制限するユーティリティがあってよい。このような配置構成は、磁性材料の消費を低減させるだろう。そして、このような構成は、他の利点を有してよい。最も簡単なケースにおいて、単一の軟磁性材料構造は、各ナノ細孔のすぐ上方に加工されることができよう。そのような配置構成は、慎重な位置合わせが必要となるだろう。軟磁性構造のクラスタが各ナノ細孔の上方に配置される配置構成を作り上げることはより簡単であってよい。これによって、クラスタの横方向における位置決めのトレランスがいくらか可能になる。
PCT/US16/59794において、Leiらは、「ダイナミックチャンバ」を開示している。このアセンブリは、ほとんどがナノ細孔チップおよびスキャンプレートから構成されている。ナノ細孔チップおよびスキャンプレートは、これらの構造を相対的にいくらか移動させることができるようなやり方で、機械的に連結している。ナノ細孔チップおよびスキャンプレートを小さなアセンブリ内に組み立てることは、それらの間の機械的な経路長を低減させることで機械的な振動を低減させる一助となり得る。このアセンブリはまた、使い捨て可能でシングルユースの製品として製造されることができ、これによりその次の測定からDNAとの相互汚染の可能性を排除することができよう。
上述で説明された微細加工方法を用いて、軟磁性材料のパターンをパターン非生成時に透明である基板上に生成することができる。光が一部だけ遮られてよいため、スキャンプレートを介して撮像することによって、スキャンプレートとナノ細孔チップとの間の離隔距離をモニタすることが可能であってよい。軟磁性構造は典型的には、スキャンプレートのエリアのごく一部だけを占有してよい。これにより、スキャンプレートを介して撮像してナノ細孔チップのウィンドウを見ることができる。図17は、次のことを示す。701によって明示されるようにレンズを移動させるか、対応するデジタルカメラ(図示せず)、チューブレンズ(図示せず)または撮像システム内の別の光学要素を動かすかのいずれかによって、レンズ700に明示された撮像システムの焦点を上下に動かすことができる。スキャンプレート510上の軟磁性構造511の焦点位置またはスキャンプレート510上の別の識別特徴を確認して、ナノ細孔チップ501上のウィンドウ503の焦点位置と比較することによって、離隔距離571を決定することができる。
米国特許出願PCT/US16/59794 Lei,M.,oorda,R.,Chen,Z.,Ho,N.,Wang,Y. 「DNA、RNAおよびナノ細孔を通過する他の生体分子の制御方法及びシステム」
Smistrup,K.,Hansen,M.F.,Bruus,H.,Tang,P.T.,およびKruhne,U.W.W. (2007) マイクロ流体システムにおける磁気分離
Meeker,D. 「有限要素法磁気」 ソフトウェア バージョン4.2
本発明の態様によれば、磁気ビーズでタグ付けされたDNAを固定し引っ張る方法を提供する。
Claims (31)
- 荷電分子をナノ細孔に通す移動を制御するシステムであって、
a)シス空間とトランス空間とを分離するために配置される基板と、
b)前記シス空間の中に配置される磁気ビーズに取り付けられる少なくとも1つの前記荷電分子と、
c)前記基板中の少なくとも1つの前記ナノ細孔であって、前記荷電分子の少なくとも一部は、前記ナノ細孔をを通って、前記シス空間から前記トランス空間へ通過することができる、前記ナノ細孔と、
d)前記シス空間と前記トランス空間との間でバイアス電圧を印加する電位源と、
e)前記シス空間に配置されるスキャンプレートと、
f)前記スキャンプレートを通過する磁場を生成するように構成される磁石または磁石アセンブリと、
g)前記スキャンプレートの前記ナノ細孔に面している表面上または前記表面近くの少なくとも1つの軟磁性材料含有構造であって、前記軟磁性材料含有構造は、局在的な磁場勾配を生成する前記磁場を構成する、前記軟磁性材料含有構造と、
h)前記基板と前記スキャンプレートとの間の距離を制御して、前記基板と前記スキャンプレートとがナノメータ精度で動くことができるようにするためのアクチュエータと
を備えるシステム。 - 前記スキャンプレートを通過する前記磁場の大きさおよび/または前記磁場の方向は、コントローラによって制御され、前記磁石または前記磁石アセンブリは、電磁石、調整可能な永久磁石、磁石群またはこれらの組み合わせを含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記磁場の一部は、前記スキャンプレートを通過し、前記スキャンプレートの前記表面を通過する前記磁場の前記一部の方向は、前記スキャンプレートの前記基板に面している前記表面に対し実質的に垂直である、請求項1または2に記載のシステム。
- 前記軟磁性材料含有構造によって生成された前記局在的な磁場勾配は、電圧バイアスがかかった前記ナノ細孔の、前記荷電分子に作用する静電気力を超える大きさの力で、前記磁気ビーズを前記軟磁性材料含有構造に向けて引っ張って、前記磁気ビーズを前記スキャンプレートに固定する、請求項1から3のいずれか一項に記載のシステム。
- 複数の軟磁性材料含有構造を有する前記スキャンプレートは、光学撮像システムが前記スキャンプレートの後ろの前記基板上の特徴物を分析できるように透明である、請求項1から4のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記スキャンプレート上の前記軟磁性材料含有構造は、単一構造、グリッドアレイ、六角形アレイ、単一ストリップ、エリアを横切るストリップの直線アレイ、構造のクラスタのパターン化されたアレイ、構造のランダムパターンおよびこれらの組み合わせから成るリストから選択されたレイアウトを有する、請求項1から5のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記スキャンプレート上の前記軟磁性材料含有構造または軟磁性材料含有構造のクラスタは、前記基板上の前記ナノ細孔に位置合わせされる、請求項1から6のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記スキャンプレート上の複数の軟磁性材料含有構造または複数の軟磁性材料含有構造のクラスタは、前記基板上の複数のナノ細孔に位置合わせされる、請求項1から7のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記スキャンプレートに連結された、または前記基板に連結されたマイクロメートル精度の調整ステージをさらに備え、前記調整ステージは、配列決定前の位置調整のために、横方向におよび/または縦方向に動くように構成される、請求項1から8のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記軟磁性材料含有構造は、円形円筒体、楕円形円筒体、矩形ブロック、多角形円筒体、ピラミッド型、逆ピラミッド型、円錐体、逆円錐体、細長形状、不規則粒子、隆線およびこれらの組み合わせから成るリストから選択される形状を有する、請求項1から9のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記軟磁性材料含有構造の材料は、
a.パーマロイ、
b.ニッケル−鉄−モリブデン系合金、
c.約40%よりも大きく、約75%未満であるニッケルを含む鉄−ニッケル系合金、
d.約75%以上で約85%未満のニッケルを含む鉄−ニッケル系合金、
e.約85%以上のニッケルを含む鉄−ニッケル系合金、
f.実質的に純粋なニッケル、
g.実質的に純粋な鉄、
h.ニッケル−コバルト系合金、
i.鉄−ニッケル−コバルト系合金、および
j.鉄−シリコン系合金
から成るリストから選択される、請求項1から10のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記軟磁性材料含有構造の中心間の間隔は、約3〜10ミクロンである、請求項1から11のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記軟磁性材料含有構造の中心間の間隔は、
a.約250ナノメートルから約1ミクロン、
b.約1ミクロンから約3ミクロン、および
c.約10ミクロンから約40ミクロン
から成るリストから選択される、請求項1から12のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記軟磁性材料含有構造の直径は、
a.約100〜500ナノメートル、
b.約500〜1500ナノメートル、
c.約1.5ミクロン〜5ミクロン、および
d.約5ミクロン〜20ミクロン
から成るリストから選択される、請求項1から13のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記基板は、平面状の配置構成で配置される複数のナノ細孔を有するナノ細孔チップであり、各ナノ細孔は、面している前記スキャンプレートの表面から実質的に等距離である、請求項1から14のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記磁気ビーズは、(a)常磁性、(b)超常磁性、(c)強磁性およびこれらの組み合わせから成るリストから選択される磁気特性を有する材料で構成される、請求項1から15のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記荷電分子は、核酸配列、ポリペプチド配列、またはこれらの組み合わせであり、前記核酸配列は、一本鎖DNA、二重鎖DNA、一本鎖RNA、オリゴヌクレオチド、修飾ヌクレオチドを含む配列およびこれらの組み合わせから成るリストから選択される、請求項1から16のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記ナノ細孔は、
a.円形状、
b.スリット形状、
c.矩形状、
d.不規則形状、および
e.楕円形状
から成るリストから選択される形状を有する、請求項1から17のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記荷電分子が前記ナノ細孔を通過する際に、前記荷電分子の個々の塩基ユニットの識別情報および特性を決定する検出器をさらに備え、
前記荷電分子の前記塩基ユニットは、イオン電流遮断、認識トンネリング、電界効果トランジスタ、他の塩基センシング方法またはこれらの組み合わせによって測定される、請求項1から18のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記アクチュエータは、前記荷電分子が一様の速度で前記ナノ細孔から引っ張り出され得、または前記ナノ細孔内に挿入され得、前記荷電分子の正確な塩基ユニットの配列決定をもたらすように、前記スキャンプレートと前記基板との間の前記距離を制御するように構成された精密直線移動ステージを有する、請求項1から19のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記荷電分子の前記ナノ細孔を通る移動速度は、塩基ユニット毎に約0.25ms以下である、請求項20に記載のシステム。
- 前記荷電分子の前記ナノ細孔を通る移動速度は、塩基ユニット毎に約5ms〜約20msである、請求項20に記載のシステム。
- 前記磁気ビーズと前記荷電分子との間に配されるフレキシブルリンカー分子をさらに備え、前記フレキシブルリンカー分子の一端は、前記荷電分子の第1の端に取り付けられ、前記フレキシブルリンカー分子の他端は、前記磁気ビーズに取り付けられる、請求項1から22のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記フレキシブルリンカー分子は、天然の、修飾されたまたは合成の、一本鎖核酸、二重鎖核酸、ポリペプチドチェーン、セルロースファイバ、または、任意のフレキシブル線状ポリマ、およびこれらの組み合わせから成る群から選択される、請求項23に記載のシステム。
- 前記フレキシブルリンカー分子は、前記荷電分子と同じ種類の分子である、請求項23または24に記載のシステム。
- 前記フレキシブルリンカー分子と前記荷電分子との間に配されるリンカーノードをさらに備え、前記リンカーノードは、前記フレキシブルリンカー分子が前記ナノ細孔に入ることを妨げるように構成される、請求項23から25のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記リンカーノードは、抗体、酵素、ニュートラアビジン、ストレプトアビジン、アビジン、ポリマ複合体、粒子、ビーズ、およびこれらの組み合わせから成る群から選択される、請求項26に記載のシステム。
- ナノ細孔に通すように荷電分子を引っ張る方法であって、
a.少なくとも1つの荷電分子を少なくとも1つの磁気ビーズに取り付ける段階と、
b.前記荷電分子が電気的にバイアスがかかったナノ細孔に部分的に引っ張られるようにする段階と、
c.強い磁場をスキャンプレート上に重畳させることにより、前記スキャンプレート上に形成された少なくとも1つの軟磁性材料構造の近くに強い磁場勾配を生成させる段階と、
d.前記軟磁性材料構造の近くの前記強い磁気勾配領域内で、前記磁気ビーズを前記スキャンプレートに密着固定する段階と、
e.前記スキャンプレートを前記ナノ細孔から遠ざけるように、または前記ナノ細孔に向かうようにナノメータ精度で動かすことにより、前記磁気ビーズをナノメータ精度で同時に動かすことで、前記荷電分子の一部が前記ナノ細孔を通るようにナノメータ精度で動かす段階と
と備える方法。 - 前記強い磁場は、
a.制御可能な電磁石、および/または、
b.移動可能な永久磁石
によって生成される、請求項28に記載の方法。 - 前記荷電分子が前記ナノ細孔を通過する際に、前記荷電分子の個々の塩基ユニットの識別情報または特性を検出する段階をさらに備え、前記荷電分子の前記塩基ユニットは、イオン電流遮断、認識トンネリング、電界効果トランジスタ、他の塩基センシング方法またはこれらの組み合わせによって検出される、請求項28または29に記載の方法。
- 前記荷電分子が前記ナノ細孔を通過する段階は、前記スキャンプレートを基板から遠ざけて、または前記基板に向けて動かす段階を有する、請求項30に記載の方法。
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