JP6636418B2 - ヒドロラーゼに耐性のあるカプシドを使用する組成物及び方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2013年6月19日出願の米国仮出願第61/836,833号、2013年6月24日出願の米国仮出願第61/838,736号、及び2013年7月24日出願の米国仮出願第61/857,965号に対する優先権を主張し、それらの全開示は参照により本明細書に組み込まれる。
紙コピーの「配列表」、及び容量が32キロバイトであり、2014年6月3日に作成されたファイル名450061_SequenceListing_ST25.txtを含む、光ディスク上のコンピューター可読形態の配列表の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、ウイルス様粒子に関し、特に特定の特徴及び機能を有する異種核酸を産生、単離、及び精製するためのナノコンテナとしてウイルスカプシドを使用する方法及び組成物に関する。
ウイルス様粒子(VLP)は、ウイルスエンベロープ及び/またはカプシドを作り出す特定のウイルス構造タンパク質の発現を介してウイルスから部分的に誘導された粒子であるが、VLPは、ウイルスゲノムを含まず非感染性である。VLPは、例えばB型肝炎ウイルス及び特定の他のウイルスから誘導され、ウイルス構築を研究するため、及びワクチン開発において使用されている。
[本発明1001]
少なくとも1種の異種カーゴ分子を封入しているプロテアーゼ耐性カプシドを含み、前記カーゴ分子が、カプシド特異的パッキング配列をさらに含む、ウイルス様粒子(VLP)。
[本発明1002]
前記異種カーゴ分子が、オリゴリボヌクレオチドを含む、本発明1001のVLP。
[本発明1003]
本発明1002のオリゴリボヌクレオチドをコードする核酸。
[本発明1004]
siRNA、shRNA、sshRNA、lshRNA、及びmiRNAからなる群から選択されるRNAをコードする、本発明1003の核酸。
[本発明1005]
関心対象のタンパク質のmRNAをコードする、本発明1003の核酸。
[本発明1006]
関心対象のタンパク質の前記mRNAに隣接するウイルス5′アダプター及び3′キャップ非依存的翻訳エンハンサーをさらに含む、本発明1005の核酸。
[本発明1007]
関心対象のタンパク質の前記mRNAに隣接する、ウイルスまたは細胞の内部リボソーム侵入部位(IRES)及びポリ(A)シグナルをさらに含む、本発明1005の核酸。
[本発明1008]
少なくとも1つのリボザイムをさらにコードする、本発明1004または1005の核酸。
[本発明1009]
本発明1003の核酸を含むベクター。
[本発明1010]
本発明1009のベクターで安定に形質転換された、プロテアーゼ耐性カプシドに自己集合することができるカプシドタンパク質をコードする核酸を含む宿主細胞。
[本発明1011]
宿主細胞内の異種カーゴ分子を単離及び精製するための方法であって、(a)ペプチド結合ヒドロラーゼ分類EC3.4によって触媒される加水分解に耐性のあるカプシドを選択することと、(b)前記宿主細胞を、前記カプシドを形成するカプシドタンパク質をコードする核酸を含む第1のベクター、及びパッキング配列に隣接した異種カーゴ分子をコードする核酸を含む第2のベクターを用いて安定にトランスフェクトすることと、(c)形質転換された細胞が前記異種カーゴ分子をカプシド内封入(encapsidate)するカプシドを発現させかつ集合させるのに十分な時間及び条件下で、前記細胞を維持することと、(d)前記異種カーゴ分子を含有するプロテアーゼ耐性カプシドを含む複数のウイルス様粒子(VLP)を含む宿主細胞溶解物を得ることと、(e)前記宿主細胞溶解物中にあるがカプシドに組み込まれていない100個の個々のポリペプチドあたり少なくとも60個、少なくとも70個、少なくとも80個、または少なくとも90個が切断され、一方でそのような加水分解前に前記宿主細胞溶解物中に存在する100個のカプシドあたり少なくとも60個、少なくとも70個、少なくとも80個、または少なくとも90個が、加水分解後に無傷のままであるのに十分な時間及び条件下で、ペプチド結合ヒドロラーゼ分類E.C.3.4を使用して前記宿主細胞溶解物を加水分解に供することと、(f)前記VLPを前記加水分解物から精製することと、(g)前記異種カーゴ分子を前記精製されたVLPから回収することとを含む、前記方法。
[本発明1012]
宿主細胞内の異種カーゴ分子の細胞内産生に続いて、宿主細胞溶解物において加水分解から前記異種カーゴ分子を保護するための方法であって、(a)ペプチド結合ヒドロラーゼ分類EC3.4によって触媒される加水分解に耐性のあるカプシドを選択することと、(b)前記宿主細胞を、前記カプシドを形成するカプシドタンパク質をコードする核酸を含む第1のベクター、及びパッキング配列に隣接した異種カーゴ分子をコードする核酸を含む第2のベクターを用いて安定にトランスフェクトすることと、(c)形質転換された細胞が前記異種カーゴ分子をカプシド内封入するプロテアーゼ耐性カプシドを含むウイルス様粒子(VLP)を発現させかつ集合させるのに十分な時間及び条件下で、前記細胞を維持することと、(d)複数のVLPを含む宿主細胞溶解物を得ることと、(e)VLPに組み込まれたもの以外のポリペプチドを加水分解するのに十分な時間及び条件下で、ペプチド結合ヒドロラーゼ分類E.C.3.4を使用して前記宿主細胞溶解物を加水分解に供して、加水分解物を形成することと、(f)前記加水分解物から前記VLPを精製することと、(g)前記精製されたVLPから前記異種カーゴ分子を回収することとを含む、前記方法。
[本発明1013]
細菌細胞、植物細胞、哺乳類細胞、または真菌細胞からなる群から選択される、本発明1010、1011、または1012の宿主細胞。
[本発明1014]
ステップ(f)が、(i)硫酸アンモニウムによる第1の沈殿の後に第1の遠心分離を行って、第1の沈殿物及び第1の上清を得ることと、(ii)前記第1の上清での硫酸アンモニウムによる第2の沈殿の後に第2の遠心分離を行って、少なくとも約90重量%の前記VLPを含む第2の沈殿物を得ることとを含む、本発明1011または1012の方法。
[本発明1015]
ステップ(f)が、(i)エタノールによる第1の沈殿の後に第1の遠心分離を行って、第1の沈殿物及び第1の上清を得ることと、(ii)前記第1の上清での硫酸アンモニウムによる第2の沈殿の後に第2の遠心分離を行って、少なくとも約90重量%の前記VLPを含む第2の沈殿物を得ることとを含む、本発明1011または1012の方法。
[本発明1016]
ステップ(f)が、前記加水分解物を超遠心分離して、少なくとも約90重量%の前記VLPを含む沈殿物を得ることを含む、本発明1011または1012の方法。
[本発明1017]
前記カプシドが、腸内バクテリオファージMS2カプシドタンパク質のアミノ酸配列(配列番号3)と少なくとも40%の配列同一性を有するウイルスカプシドタンパク質を含む、本発明1011または1012の方法。
[本発明1018]
前記カプシドが、バクテリオファージMS2カプシドタンパク質(配列番号3)を含む、本発明1011または1012の方法。
[本発明1019]
前記異種カーゴ分子が、siRNA、shRNA、sshRNA、lshRNA、及びmiRNAからなる群から選択され、かつバクテリオファージMS2カプシドをさらに含む、本発明1001のVLPを含む組成物。
[本発明1020]
標的細胞の必須遺伝子に対して指向化された本発明1019の異種カーゴ分子を含む、組成物。
[本発明1021]
本発明1020の組成物を前記標的細胞と接触させることを含む、標的細胞を殺滅するための方法。
[本発明1022]
標的植物の必須遺伝子に対して指向化された本発明1019の異種カーゴ分子を含む、組成物。
[本発明1023]
本発明1022の組成物を前記標的植物と接触させることを含む、標的植物を殺滅するための方法。
[本発明1024]
標的動物の必須遺伝子に対して指向化された本発明1019の異種カーゴ分子を含む、組成物。
[本発明1025]
本発明1024の組成物を前記標的動物と接触させることを含む、標的動物を殺滅するための方法。
[本発明1026]
前記標的動物が昆虫である、本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記異種カーゴ分子が、関心対象の遺伝子をコードするmRNAを含む、本発明1001のVLPを含む組成物。
[本発明1028]
ウイルス5′アダプター及び3′キャップ非依存的翻訳エンハンサーをさらに含む、本発明1027のmRNAを含む組成物。
[本発明1029]
前記植物細胞を本発明1028の組成物と接触させることを含む、植物細胞内で遺伝子を発現させるための方法。
[本発明1030]
ウイルスまたは細胞の内部リボソーム侵入部位(IRES)及びポリ(A)シグナルをさらに含む、本発明1027のmRNAを含む組成物。
[本発明1031]
哺乳類細胞を本発明1030の組成物と接触させることを含む、哺乳類細胞内で遺伝子を発現させるための方法。
[本発明1032]
前記異種カーゴ分子がセンス鎖RNAを含む、本発明1001のVLPを含む組成物。
[本発明1033]
前記異種カーゴ分子がアンチセンス鎖RNAを含む、本発明1001のVLPを含む組成物。
[本発明1034]
(a)等量の本発明1032及び1033のVLPを混合することと、(b)それらの前記異種カーゴ分子を単離することと、(c)前記異種カーゴ分子をアニールして二本鎖RNA分子を形成することと、(d)前記二本鎖RNA分子を単離することとを含む、二本鎖RNAを産生するための方法。
[本発明1035]
本発明1034の二本鎖RNAで標的細胞を形質転換することを含む、siRNA、shRNA、sshRNA、lshRNA、及びmiRNAを産生するための方法。
[本発明1036]
1つ以上の相補領域が、それぞれ、
(a)センス鎖siRNAと、そのすぐ後に
(b)ループを形成することができるRNAと、そのすぐ後に
(c)前記センス鎖siRNAに相補的なアンチセンス鎖siRNAと
を含み、それらが隣接して配置されている、本発明1003の核酸。
[本発明1037]
前記相補領域が、1つ以上のリボザイムによって連結されている、本発明1036の核酸。
[本発明1038]
相補領域が、
(a)複数の連鎖センス鎖siRNAと、そのすぐ後に
(b)ループを形成することができるRNAと、そのすぐ後に
(c)前記複数の連鎖センス鎖siRNAに相補的な複数の連鎖アンチセンス鎖siRNAと
を含む、本発明1003の核酸。
[本発明1039]
複数の連鎖センス鎖siRNAが1〜3個の非相補ヌクレオチドによって連結されてバルジRNAを形成する、本発明1038の核酸。
[本発明1040]
相補領域がそれぞれ、
(a)複数の連鎖センス鎖siRNAと、それぞれのすぐ後に続く、宿主細胞RNAプロセシングのためのセンス鎖RNA配列と、そのすぐ後に
(b)ループを形成することができるRNAと、そのすぐ後に
(c)前記複数の連鎖センス鎖siRNAに相補的な複数の連鎖アンチセンス鎖siRNAと、それぞれのすぐ後に続く、宿主細胞RNAプロセシングのための前記センス鎖RNAに相補的なアンチセンス鎖RNAと
を含む、本発明1003の長鎖RNA。
[本発明1041]
宿主細胞RNAプロセシングのための前記RNA配列がCRISPRである、本発明1040の核酸。
[本発明1042]
宿主細胞RNAプロセシングのための前記RNA配列がDICERである、本発明1040の核酸。
[本発明1043]
ループを形成することができる前記RNA配列が1つ以上のリボザイムを含む、本発明1036、1038、または1040の核酸。
[本発明1044]
配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、及び配列番号20からなる群から選択される、本発明1003の核酸。
本節において使用される節の見出し及び本明細書における全開示は、限定するものではない。本明細書で引用される全ての特許及び刊行物は、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈上別段の明らかな指示がない限り、複数の指示対象を含む。本明細書における数値範囲の記載については、その間にあるそれぞれの数が同程度の精度で明確に企図される。例えば、範囲6〜9の場合、6及び9に加えて数字7及び8が企図され、範囲6.0〜7.0の場合、数字6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、及び7.0が明示的に企図される。
本明細書に記載される方法及び組成物は、特定のウイルスカプシドを新規の製造及び精製方法において調製及び/または使用して、核酸の商業化手順を改善できることを部分的に理解した結果である。本明細書に記載される方法は、容易に入手可能なヒドロラーゼに耐性のある組換えウイルスカプシドを使用して、核酸、ペプチド、またはタンパク質を含むポリペプチド等の異種カーゴ分子を封入する。
(i)少なくとも1つのパッキング配列、及び1つの一本鎖(非ハイブリダイズ)RNAスペーサーによって隣接された1〜100個の同一または異なるsiRNA(全ての一本鎖RNAスペーサーが4〜40ヌクレオチドを有する)、
(ii)siRNAあたり1つ(1)のリボザイム及び1つの一本鎖(非ハイブリダイズ)RNAスペーサー(全ての一本鎖RNAスペーサーが4〜40ヌクレオチドを有する)、
(iii)siRNAあたり2つ(2)のリボザイム、
(iv)1つの(1)T7開始部位、1つの(1)リボザイム、1つの(1)パッキング部位、及び1つの(1)転写終結部位、または
(v)1つの(1)T7開始部位、1つの(1)パッキング部位、及び1つの(1)転写終結部位、
(vi)siRNAあたり4つの(4)リボザイム、
を含む。
MS2バクテリオファージの増殖
MS2バクテリオファージ(ATCC番号15597−B1、American Type Culture Collection,Rockville,MDから)及びその大腸菌宿主(ATCC番号15669)は、ATCCから得られ、Strauss and Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54 J.Mol.Biol 7:43−54によって記載される方法を使用して増殖させた。結果を図1に表す。600nmでの光学濃度(OD)及びpHは、反応の間追跡した。ODiは、宿主への接種後すぐのODを表している。感染は、2.3時間で行われた。Ln(OD/ODi)は、左軸(黒菱形)で表し、pHは右軸(白四角)で表した。この実験は、宿主への接種後5.3時間で終了した。得られた溶解物を2,000gで遠心分離し、0.2μmの膜を通して濾過し、残りの細菌及び細菌の破片を除去した。
プロテイナーゼKを使用したMS2バクテリオファージの精製、及び限外濾過
MS2バクテリオファージの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図2に示す。実施例Aの終わりに得られた8ミリリットルの溶解物(図2、レーン1の試料)を300kDaの膜(Vivaspin 2、Sartorius Stedim,Bohemia,NYから)を通して濾過し、濾液を100kDaの膜を通して濾過し、そこから1mLの濃縮水を得た(図2、レーン2の試料)。この濃縮水を二等分に分割した。半分(対照)に、206μL、20mMのCaCl2水溶液(pH=7.5)を添加した。残りの半分(プロテイナーゼ)に、206μL、20mMのCaCl2水溶液(pH=7.5)に溶解した0.15mgのプロテイナーゼK(Sigma Aldrich,St.Louis,MO)を添加した。両方の管を37℃でインキュベートし、1時間後にそれらを氷水浴に入れた。次いで、試料を採取し、分析した。図2、レーン3の対照試料及び図2、レーン5のプロテイナーゼ試料。次いで、各産物を脱イオン(DI)水で2mLに希釈し、100kDaの膜を通して濾過した。各濃縮水(150μL)をDI水で2mLに希釈し、同じ膜を通して再び濾過した。各産物に対して希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、各濃縮水の試料を採取し、分析した。図2、レーン4の対照試料及び図2、レーン6のプロテイナーゼ試料。14kDaでのバンドは、MS2バクテリオファージのカプシドタンパク質に対応する。30kDaでのバンドは、プロテイナーゼKに対応する。対照実験からの産物は、非常に不純なファージを生み出す。プロテイナーゼ実験からの産物は、99%より高い純度のファージを含有する産物を生み出す。
MS2バクテリオファージの分解
MS2バクテリオファージの処理は次の通り行った。処理中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図3に示す。実施例Aの終わりに得られた4ミリリットルの溶解物は、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレオン11)を使用した抽出によって部分的に精製された。フレオン11を用いた抽出後の水溶液の試料を採取し、分析した(図3、レーン1の試料)。部分的に精製されたファージ溶液(130μL)に、370μLの20mM CaCl2水溶液を添加した。混合物を37℃でインキュベートし、1時間後にそれを氷水浴に入れた。次いで、試料を採取し、分析した。図3、レーン2の試料。インキュベーション産物を脱イオン(DI)水で2mLに希釈し、100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)をDI水で2mLに希釈し、同じ膜を通して再び濾過した。濃縮水の希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、分析した。図3、レーン3の試料。10kDaより低い弱いバンドのみが観察され、ファージの完全分解を示している。
限外濾過を使用したMS2バクテリオファージの精製
MS2バクテリオファージの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図3に示す。実施例Aの終わりに得られた4ミリリットルの溶解物は、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレオン11)を使用した抽出によって部分的に精製された。部分的に精製されたファージを含有する水溶液を、脱イオン水で2mLに希釈し、300kDaの膜を通して濾過し、濾液を100kDaの膜を通して濾過し、そこから150μLの濃縮水を得た。次いで、濃縮水を脱イオン(DI)水で2mLに希釈し、同じ100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)の希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、分析した。図3、レーン4の試料。370μLの20mM CaCl2水溶液を濃縮水(130μL)に添加した。混合物を37℃でインキュベートし、1時間後にそれを氷水浴に入れた。次いで、試料を採取し、分析した。図3、レーン5の試料。次いで、産物を脱イオン(DI)水で2mLに希釈し、100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)をDI水で2mLに希釈し、同じ膜を通して再び濾過した。濃縮水の希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、分析した。図3、レーン6の試料。100kDa未満の分子量を持つタンパク質が透過する膜によって維持された14kDaのMS2のカプシドタンパク質は明確に視認でき、無傷のMS2カプシドの存在を示している。得られた産物は、99%より高い純度のファージを含有した。
プロテイナーゼKを使用したMS2バクテリオファージの精製、及び限外濾過
MS2バクテリオファージの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図4に示す。実施例Aの終わりに得られた4ミリリットルの溶解物は、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレオン11)を使用した抽出によって部分的に精製された。部分的に精製されたファージを含有する水溶液を、脱イオン水で2mLに希釈し、100kDaの膜を通して濾過し、そこから150μLの濃縮水を得た。次いで、濃縮水を脱イオン(DI)水で2mLに希釈し、同じ100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)の希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、分析した。図4、レーン1の試料。370μLの20mM CaCl2水溶液に溶解された0.15mgのプロテイナーゼKを、濃縮水(130μL)に添加した。混合物を37℃でインキュベートし、1時間後にそれを氷水浴に入れた。次いで、試料を採取し、分析した。図4、レーン2の試料。次いで、産物を脱イオン(DI)水で2mLに希釈し、100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)をDI水で2mLに希釈し、同じ膜を通して再び濾過した。濃縮水の希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、分析した。図4、レーン3の試料。得られた産物は、99%より高い純度を持つファージを含有した。
プロテイナーゼKを使用したMS2バクテリオファージの精製、酸性条件下での沈殿物、塩基性及び酸性条件でエタノールを使用した沈殿、及び限外濾過
MS2バクテリオファージの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図5に示す。実施例Aの終わりに得られた50ミリリットルの溶解物は、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレオン11)を使用した抽出によって部分的に精製された。フレオン11での抽出後、水溶液の試料を採取し、分析した(図5、レーン1の試料)。1.24mLの20mM CaCl2水溶液に溶解された0.9mgのプロテイナーゼKを部分的に精製されたファージ溶液(1.2mL)に添加した。混合物を37℃でインキュベートし、1時間後に60μLのエタノール中の0.2Mフッ化フェニルメタンスルホニル(PMSF)溶液を添加し、プロテイナーゼKを不活性化した。次いで、混合物を氷水浴に入れた。試料を採取し、分析した。図5.0、レーン2の試料。680μLの0.1%リン酸水溶液を、氷/水浴中で激しく撹拌しながらゆっくり添加し、液体のpHを4にした。液体を0℃で30分間保ち、4℃で30分間,16,000gで遠心分離した。上清を室温に到達させ、130μLの1% NaOHを添加し、液体のpHを8にした。0.81mLのエタノールを室温で激しく撹拌しながらゆっくり添加し、液体中のエタノール濃度を20%にした。液体を室温で30分間保ち、室温で30分間、16,000gで遠心分離した。上清を氷/水浴に15分間入れ、1.3mLの1%酢酸を0℃で激しく撹拌しながらゆっくり添加し、液体のpHを4にした。1.5mLのエタノールを0℃で激しく撹拌しながらゆっくり添加し、液体中のエタノール濃度を34%にした。液体を0℃で30分間保ち、4℃で30分間、16,000gで遠心分離した。ペレットを200μLのDI水に再懸濁し、20μLの試料を採取して分析した。図5、レーン3。残り(180μL)をDI水で2mLに希釈し、100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)をDI水で2mLに希釈し、同じ膜を通して再び濾過した。濃縮水の希釈及び限外濾過をもう一度繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図5、レーン4の試料。100kDa未満の分子量を持つタンパク質が透過することができる膜によって維持された14kDaのMS2カプシドタンパク質は、明確に視認でき、無傷のMS2カプシドの存在と一致する。同じ濃縮水上のUVスペクトルを図6に示し、これはMS2ファージについてG.F.Rohrmann and R.G.Krueger,(1970)J.Virol,6(3):26によって公開された結果と一致する。Superdex 200(GE Healthcare,Piscataway,NJ)サイズ排除クロマトグラフィーを、pH7.4のトリス緩衝食塩水及び150mMのNaClを使用し、同じ濃縮水で行った。カラムの空隙容量においてのみ280nmの吸光度を示した。600kDa〜2kDaのタンパク質に対する溶出量において吸光度はなかった。この試験は、無傷のファージ粒子と一致する。RNAをQIAamp Viral RNAミニキット(Qiagen,Valencia,CA)及びDNA−freeキット(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して同じ濃縮水の別の試料から単離し、大容量cDNA逆転写キット(Life Technologies)を使用して逆転写した。次いで、MS2ゲノムの3つの異なる部分の有無をPCR実験で識別した。次の一対のプライマーを使用し、各プライマーはMS2ゲノムの最初と最後の塩基の位置を、それぞれ順方向(F)及び逆方向(R)と指定した。F1001_1021−R2180_2201、F1201_1223−R1979_2001、F1401_1426−R1680_1705。Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity(Life Technologies)を増殖に使用した。臭化エチジウムで染色された1.5%のアガロースゲル中で分析された、図9に示されるようなPCR産物(レーン1のプライマーF1201_1223−R1979_2001に対して1.2kbp、レーン2のプライマーF1201_1223−R1979_2001に対して800bp、レーン3のプライマーF1401_1426−R1680_1705に対して304bp)は、無傷のMS2バクテリオファージゲノムと一致した。また感染性試験を以下の通り同じ濃縮水で行った。5マイクロリットルの濃縮水を使用して、それがOD(600nm)=0.22に到達した時点で、実施例Aに記載されるような1mLの細菌培養物を感染させた。図7に示されるように、OD(600nm)は、感染後1時間は0.82であり、さらに2時間後は0.21に低下したが、同じ時間中、対照試料は、感染後1時間はOD(600nm)が0.82であり、さらに2時間後は1.2であった。この試験は、濃縮水中の高い感染性のファージを示し、したがってそれを単離するために使用された精製プロセスは、その完全性を損なわなかったことを証明した。結論として、得られた産物は、99%より高い純度を持つMS2バクテリオファージを含有した。
異なる外因性プロテイナーゼを使用したMS2バクテリオファージの精製、及び限外濾過
異なる外因性プロテイナーゼを使用したMS2バクテリオファージの精製は、プロテイナーゼK以外のプロテアーゼを使用したことを除いて、実質的に実施例Eに記載の通り試行した。バチルス・リケニホルミスからのプロテアーゼ(P5380,Sigma Aldrich)によって促進されたタンパク質分解後に、MS2バクテリオファージを正常に精製した。しかしながら、ブタ胃粘膜からのペプシン(P6887,Sigma Aldrich)をpH6で使用したタンパク質分解反応は、MS2バクテリオファージを著しく分解することが見出された。一方、パパイヤラテックスからのパパイン(P3125,Sigma Aldrich)をpH6で使用したタンパク質分解反応は、MS2バクテリオファージを広範囲にわたって分解しなかった。
特異的19mer RNAヘアピンに取り付けられたそのカプシドタンパク質コードRNAをカプシド内封入するMS2カプシドの産生
MS2カプシドの産生は次の通り行った。発現の経過中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行い、カプシド産生を監視した。得られた結果を図8に示す。MS2のカプシドタンパク質及びその特異的RNA19merパッキング配列をコードするDNA配列(配列番号4)は、SfiI制限断片としてエントリープラスミドにクローン化され、次にGateway組換えによってpDEST14(Life Technologies)にサブクローン化された。
特異的19mer RNAヘアピンに取り付けられたそのカプシドタンパク質コードRNAをカプシド内封入するMS2カプシドの精製及び特性評価
MS2カプシドの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図8に示す。115mLの培養物と同等の実施例Hからのペレットの画分を、10mMのMgCl2を含有する20mMのトリス−HCl、pH7.5に再懸濁し、音波処理して細胞を溶解した。細胞残屑を、16,000gでの遠心分離によって除去した。得られた細胞溶解物は、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレオン11)を使用した抽出によって部分的に精製された。部分的に精製されたMS2カプシド溶液(1.05mL)に、1.05mLの20mM CaCl2水溶液に溶解された0.3mgのプロテイナーゼKを添加した。混合物を37℃でインキュベートし、2.5時間後にそれを氷水浴に入れた。次いで、試料を採取し、分析した。図8、レーン3の試料。15分後、0.14mLの1%リン酸水溶液を氷/水浴中で激しく撹拌しながらゆっくり添加し、液体のpHを4.1にした。液体を0℃で30分間保ち、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。0℃で保持された上清に、100μLの1% NaOHを添加し、液体のpHを7.9にした。次いで、500マイクロリットルのエタノールを0℃で激しく撹拌しながらゆっくり添加し、液体中のエタノール濃度を20%にした。液体を0℃で30分間保ち、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。1%の酢酸を添加して溶液のpHを7に調整した後、上清をVivaspin 2(Sartorius)300kDaの膜を通して濾過し、濾液を100kDaの膜を通して濾過し、そこから150μLの濃縮水を得た。次いで、濃縮水をリン酸緩衝生理食塩水で2mLに希釈し、同じ100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(150μL)の希釈及び限外濾過をさらに4回繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。レーン4の試料(図8)。100kDa未満の分子量を持つタンパク質が透過することができる膜によって維持された14kDaのMS2のカプシドタンパク質は、明確に視認でき、無傷のMS2カプシドの存在と一致する。RNAをQIAamp Viral RNAミニキット(Qiagen,Valencia,CA)及びDNA−freeキット(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して同じ濃縮水の別の試料から単離し、大容量cDNA逆転写キット(Life Technologies)を使用して逆転写した。次いで、MS2カプシドセクションの有無をPCR実験で識別した。順方向(F)及び逆方向(R)のそれぞれに、次の一対のプライマー(各プライマーの名前はMS2ゲノムにおけるその最初及び最後の塩基の位置に由来)を使用した:F1401_1426−R1680_1705。Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity(Life Technologies)を増殖に用いた。図10に示されるように(レーン1では304bp、最左のレーンはLife Technologiesからの1kb+ラダーに相当する)、臭化エチジウムで染色された2%のアガロースゲルにおいて分析されたPCR産物は、無傷のMS2カプシド遺伝子と一致した。結論として、得られた産物は、99%より高い純度を持つMS2カプシドを含有した。
VLPの精製のためのエタノールを用いた単純沈殿
VLPの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図11に示す。実施例Hと同一の実験から得られたペレットの6分の1を、10mMのMgCl2を含有する20mMのトリス−HCl、pH7.5に再懸濁し、音波処理して細胞を溶解した。細胞残屑を、16,000gでの遠心分離によって除去した。得られた細胞溶解物は、硫酸アンモニウムを用いた沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレロン11)を用いた抽出によって部分的に精製された。試料を採取し、分析した。図11、レーン1の試料。MS2ファージのカプシドタンパク質と一致する約14kDaの強いバンドが見出された。他のバンド、より高い分子量の不純物は、試料重量の約27%を示す。部分的に精製されたVLP溶液(1.35mL)に、1.36mLの20mM CaCl2水溶液を添加し、氷水浴に入れた。15分後、50μLの10%の酢酸水溶液を添加し、液体のpHを4.1にした。次いで、同じ温度及び激しい撹拌で、1.44mLのエタノールをゆっくり添加した。液体を0℃で30分間保ち、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。ペレットを、20mMのトリス−HCl及び10mMのMgCl2からなるpH7.5に調整した2mLの水性緩衝液に懸濁させた。試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図11、レーン2の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約24%を表した。希釈した試料を、Vivaspin2(Sartorius)100kDaの膜を通して濾過し、そこから200μLの濃縮水を得た。次いで、濃縮水を同じ緩衝液で2mLに希釈し、同じ100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(200μL)の希釈及び限外濾過をさらに4回繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図11、レーン3の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約9.7%を表した。結論として、得られた産物は、90%より高い純度を持つVLPを含有した。
MS2 VLPの精製のためのプロテイナーゼK(PK)の使用及びエタノールによる単純沈殿
VLPの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図11に示す。実施例Hと同一の実験から得られたペレットの6分の1を、10mMのMgCl2を含有する20mMのトリス−HCl、pH7.5に再懸濁し、音波処理して細胞を溶解した。細胞残屑を、16,000gでの遠心分離によって除去した。得られた細胞溶解物は、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びStrauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol7:43−54によって記載されるようなトリクロロフルオロメタン(フレロン11)を使用した抽出によって部分的に精製された。試料を採取し、分析した。図11、レーン1の試料。MS2ファージのカプシドタンパク質と一致する、約14kDaの強いバンドが見出された。他のバンド、より高い分子量の不純物は、試料重量の約26%を示す。部分的に精製されたVLP溶液(1.35mL)に、1.36mLの20mM CaCl2の水溶液に溶解された0.6mgのプロテイナーゼKを添加した。混合物を37℃でインキュベートし、2.5時間後に氷水浴に入れた。試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図12、レーン2の試料。この試料の不純物は試料重量の約14%を表した。15分後、約50μLの10%酢酸水溶液を氷/水浴中で添加し、液体のpHを4.1にした。次いで、同じ温度で激しく撹拌しながら、1.54mLのエタノールをゆっくり添加した。液体を0℃で30分間保ち、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。ペレットを、20mMのトリス−HCl及び10mMのMgCl2からなるpH7.5に調整した2mLの水性緩衝液に懸濁させた。試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図12、レーン3の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約10%を表した。希釈した試料を、Vivaspin2(Sartorius)100kDaの膜を通して濾過し、そこから200μLの濃縮水を得た。次いで、濃縮水を同じ緩衝液で2mLに希釈し、同じ100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(200μL)の希釈及び限外濾過をさらに4回繰り返した。次いで、濃縮水の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図12、レーン4の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約5.1%を表した。結論として、得られた産物は、約95%の純度を持つVLPを含有した。
選択的プロテアーゼを使用してMS2 VLPを分解する
実施例Kにおいて得られた精製VLPのアリコートを(1.9mgのカプシドタンパク質を含有する1.17mLの懸濁液になる)、10mM酢酸ナトリウム及び5mM酢酸カルシウムの1.83mLの水溶液で希釈した。この溶液のpHを、0.1%水酸化ナトリウムを使用して7.5に調整した。ストレプトミセス・グリセウス(Sigma−Aldrich,St.Louis,MO)からの0.6mgのプロテアーゼを添加し、次いで、0.7mLの試料を採取した。残りの混合物を37℃で2時間インキュベートし、第2の0.7mL試料を採取した。6時間のインキュベーション及び23時間のインキュベーションの後、さらに2つの試料を採取した。4つの0.7mL試料のそれぞれを、100kDa限外濾過膜(Vivaspin 2,Sartorius Stedim,Bohemia,NYから)を通して濾過し、20mMのトリス−HCl及び10mMのMgCl2からなるpH7.5に調整した水性緩衝液で洗浄した。限外濾過後に得られた4つの濃縮水のそれぞれにおいて回収された総タンパク質(Pierce(登録商標)BCAタンパク質アッセイキット,Thermo Fisher Scientific,Rockford,ILを使用して測定された濃度)は、限外濾過前に存在するタンパク質に関連していた。第1の試料(インキュベーションを開始する前)に対して105%の回収が計算された。2時間のインキュベーション後、37%の回収が計算された。6時間のインキュベーション後、30%の回収が計算された。23時間のインキュベーション後、28%の回収が計算された。タンパク質濃度対時間を図12にプロットする。
MS2 VLPの精製のための構成的ヒドロラーゼ(CH)の使用、エタノールによる分別沈殿、及び限外濾過
VLPの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図13に示す。実施例Hと同一の実験から得られたペレットの6分の1を、10mMのMgCl2を含有する20mMのトリス−HCl、pH7.5に再懸濁し、音波処理して細胞を溶解した。細胞残屑を、16,000gでの遠心分離によって除去した。得られた細胞溶解物は、Strauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol7:43−54に記載されるように、硫酸アンモニウムを使用した沈殿及びトリクロロフルオロメタン(Freon 11)を使用した抽出によって部分的に精製された。部分的に精製されたMS2VLP溶液(1.35mL)に、1.36mLの20mM CaCl2水溶液を添加した。混合物を(構成的ヒドロラーゼが作用することを可能にするため)37℃で2.5時間インキュベートし、その後、氷水浴に入れた。試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図13、レーン1の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約12%を表した。15分後、約120μLの1%水酸化ナトリウム水溶液を氷/水浴中で添加し、液体のpHを7.86にした。次に、同じ温度で激しく撹拌しながら、0.81mLのエタノールをゆっくり添加した。液体を0℃で30分間保持し、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。約100の10%酢酸水溶液を、氷/水浴中で激しく撹拌しながら上清にゆっくり添加し、液体のpHを4.0にした。次に、同じ温度で激しく撹拌しながら、1.3mLのエタノールをゆっくり添加した。液体を0℃で30分間保持し、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。ペレットを、20mMのトリス−HCl及び10mMのMgCl2からなるpH7.5に調整された2mLの水性緩衝液に懸濁した。希釈された試料をVivaspin 2(Sartorius)100kDa膜を通して濾過し、200μLの濃縮水を得た。次に濃縮水を同じ緩衝液で2mLに希釈し、同じ100kDa膜を通して濾過した。濃縮水(200μL)の希釈及び限外濾過をさらに4回繰り返した。濃縮水の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図13、レーン3の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約4.7%を表した。結論として、得られた産物は、約95%より高い純度を持つMS2 VLPを含有した。
MS2 VLPの精製のためのプロテイナーゼK(PK)の使用、エタノールによる分別沈殿、及び限外濾過
VLPの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図13に示す。実施例Hと同一の実験から得られたペレットの6分の1を、10mMのMgCl2を含有する20mMのトリス−HCl、pH7.5に再懸濁し、音波処理して細胞を溶解した。細胞残屑を、16,000gでの遠心分離により除去した。得られた細胞溶解物は、Strauss & Sinsheimer(1963)J.Mol.Biol 7:43−54に記載されるように、硫酸アンモニウムの使用による沈殿及びトリクロロフルオロメタン(Freon 11)の使用による抽出によって部分的に精製された。部分的に精製されたVLP溶液(1.35mL)に、1.36mLの20mM CaCl2水溶液に溶解した0.3mgのプロテイナーゼKを添加した。混合物を37℃で2.5時間インキュベートし、その後、氷水浴の中に入れた。試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図13、レーン2の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約8.1%を表した。15分後、約120μLの1%水酸化ナトリウム水溶液を氷/水浴に添加し、液体のpHを7.86にした。次いで、同じ温度で激しく撹拌しながら、0.81mLのエタノールをゆっくり添加した。液体を0℃で30分間保持し、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。約100μLの10%酢酸水溶液を、氷/水浴中で上清に添加し、液体のpHを4.0にした。次いで、同じ温度で激しく撹拌しながら、1.3mLのエタノールをゆっくり添加した。液体を0℃で30分間保持し、4℃で20分間、16,000gで遠心分離した。ペレットを、20mMのトリス−HCl及び10mMのMgCl2からなるpH7.5に調整された2mLの水性緩衝液に懸濁した。希釈された試料を、Vivaspin 2(Sartorius)100kDa膜を通して濾過し、200μLの濃縮水を得た。次いで、濃縮水を同じ緩衝液で2mLに希釈し、同じ100kDaの膜を通して濾過した。濃縮水(200μL)の希釈及び限外濾過をさらに4回繰り返した。濃縮水の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図13、レーン4の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約0.9%を表した。結論として、得られた産物は、約99%より高い純度を持つVLPを含有した。
VLPの精製のための様々なヒドロラーゼの使用、及び硫酸アンモニウムによる分別沈殿
VLPの精製は次の通り行った。精製中に試料を採取し、それらの試料でSDS PAGE分析を行った。得られた結果を図14に示す。実施例Hの方法から得られたペレットの6分の1を、10mMのMgCl2を含有する20mMのTris−HCl、pH7.5に再懸濁し、音波処理して細胞を溶解した。細胞残屑を、16,000gでの遠心分離によって除去した。上清の試料を採取し、SDS PAGEによって分析した。図14、レーン1の試料。この試料中の不純物は、試料重量の約70%を表した。実施例Hと同一のそのような実験から得られたペレットの他の4つの同一画分を、同じ方法で処理した。
実施例OのVLPにおいてカプシド内封入されたRNAの単離
実施例Oに記載されるように精製されたMS2カプシドにおいてカプシド内封入されたRNAは、製造者(Life Technologies,Grand Island,NY)によって供給されるプロトコルに従い、TRIzol(登録商標)試薬を使用して各実験から抽出された。得られたRNAは、ホルムアミド中95℃で5分間加熱することによって変性させ、8%のポリアクリルアミド、8モルの尿素、1.08%のトリス塩基、0.55%のホウ酸、及び0.093%のEDTAからなる17.6cm×38cm×0.04cm(W,L,T)中の電気泳動によって分析した。ランニング緩衝液は、同じ濃度のトリス塩基、ホウ酸、及びEDTAをゲルとして有した。電力は約40Wで送達された。ゲルを、25%ホルムアミド、19%イソプロパノール、及び15mMトリスをpH8で含有する水性混合物中のStains−All染料(Sigma−Aldrich,St.Louis,MO)の0.025%溶液を使用して染色した。結果を図15に示す。図15のRNA電気泳動のレーン番号は、図14のタンパク質電気泳動と同じレーン番号を指す。各レーンに単一のRNAバンドを観察することができ、各例で回収された高純度のRNAと一致し、特定の無傷のRNA分子がVLPにパッケージされ、プロテアーゼ処理した細胞溶解物から効率的に精製され得ることを証明する。
HDVリボザイムはインビトロ転写によってshRNAを産生した
リボザイム等の活性RNA種がVLPに有効にパッケージされ、単純プロテアーゼ及び沈殿処理によって精製され得るかを試験するために、リボザイム及びshRNAと関連付けられたMS2パッキング配列を含有するという理由でパッケージングに適した一連の試験構築物が設計され、インビトロで試験された。理想的には、活性RNAは、パッケージされたRNA分子自身内に含有されるリボザイムによる、パッキング配列及びスペーサーまたは転写ターミネーター等の任意の他の配列からの活性RNAの切断によって生成される。そのような配列を表す構築物T7−Rz2(配列番号5)及びT7−Rz3(配列番号6)は、インビトロ転写によって産生され、それらが自己切断によってsiRNAを産生する能力について試験された。これらの構築物のDNA配列は、T7プロモーターの後に、shRNAヘアピンの5′末端を切断するように設計されたハンマーヘッドリボザイム(T7−Rz3にはあるが、Tz−Rz2にはない)、shRNAヘアピン、shRNAヘアピンの3′末端を切断するように設計された肝炎デルタウイルス(HDV)リボザイム、ATスペーサー、VLPへの構築物の組込みに必要なMS2特異的RNA19merコードパッキング配列、及びNcoI制限部位をコードする。T7−Rz3及びT7−Rz2は、それぞれ5′ハンマーヘッドリボザイムの有無によってのみ互いに異なる。
テンプレートは、合計165ntを有した。配列中最初の18個のヌクレオチドは、T7プロモーターであり、最後の5個は、直鎖テンプレートが調製される場合、NcoIによる消化時に除去される。T7−Rz2の全長転写物は、165nt−18nt−5nt=142ntである。転写は、配列5′GCTTGT(これはshRNAの開始である)を有するヌクレオチド19で開始する。HDVリボザイムが切断する場合、siRNAが49ヌクレオチド長であるため、第2の断片の予想される長さは93ntである。
このテンプレートは、合計221個のヌクレオチド(nt)を有し、最初の18個のヌクレオチドはT7プロモーターである。転写はヌクレオチド19で開始する。NcoIによる消化がテンプレートの最後の5個のヌクレオチドを除去するため、全長転写物は221nt−18nt−5nt=198ntである。ハンマーヘッドリボザイム(転写物の5′末端から最初のリボザイム)は、配列5′−GTCGCT−3′中の第3ヌクレオチドと第4ヌクレオチドの間を切断するように設計されているため、第1の断片は56ヌクレオチド長であることが予想される。HDVリボザイム(転写物の3′末端から最初のリボザイム)は、転写物の残りからshRNAクローンを解放するように設計され、49ヌクレオチド長のshRNAを産生する。そのため、全長転写物が198ヌクレオチドであり、第1の断片(切除されたハンマーヘッドリボザイムを含有する)が56ヌクレオチドであり、shRNAが49ヌクレオチドである場合、HDVリボザイム、ATリンカー、及びMS2パッキング配列からなる第3の断片は、93ヌクレオチドであるはずである。この結果は、両方のリボザイムが切断する場合に予想される。ハンマーヘッドリボザイムのみが切断する場合、予想される結果は、1つの断片が56ヌクレオチド長であり、第2の断片が142ヌクレオチド長である。3′HDVリボザイムのみが切断する場合、予想される結果は、1つの断片が104ヌクレオチド長であり、第2の断片が94ヌクレオチド長である。
緑色蛍光タンパク質(GFP)とMS2 19mer RNAヘアピンに取り付けられたHDVリボザイムとを標的とするshRNAをカプシド内封入するMS2カプシドの産生
実施例Qに記載されるものに類似する活性RNAが実際にインビボでVLPにパッケージされるかどうかを試験するために、以下の実験を行った。
shRNA及びMS2 19mer RNAヘアピンに取り付けられた長いハンマーヘッドリボザイムをコードする転写物の産生
それぞれが異なるカーゴをカプシド内封入するMS2カプシドを産生するいくつかの実験は、実施例Oに記載されるように行われる。これらの実験の意図は、修飾されたハンマーヘッドリボザイムが、実施例QのT7−Rz3のハンマーヘッドリボザイムとは異なり、カーゴ分子を有効に切断するように修飾され得るかどうかを決定することである。結果(図示せず)は、shRNA標的の折畳みに対して、適切に折り畳まれたリボザイムの熱力学的安定性を改善することは、リボザイム切断の有用性を改善することを示す。リボザイム安定性を改善するための1つの潜在的方法は、カーゴ分子の標的部分にハイブリダイズするリボザイムの領域を増加させることであり、そのような構築物は、長いハンマーヘッドと称される。長いハンマーヘッドリボザイムの例示的な配列は、次の実施例に提示される。
それぞれが5′末端の長いハンマーヘッドリボザイム及び3′末端のHDVリボザイムによって隣接される、MS2 19mer RNAヘアピンに取り付けられたGFPを標的とするsiRNAの2つの鎖をコードする転写物を含有するMS2カプシドの産生
MS2カプシドは、MS2バクテリオファージゲノムのサイズである少なくとも3,600塩基のRNA分子を含有し得る。したがって、はるかに長い異種カーゴ分子は、それらがカプシド内封入に必要なパッキング配列を含有することを条件としてパッケージされ得る。本明細書に記載される前述の実施例は、shRNAヘアピンと、カーゴ分子全体を含まないshRNA配列を正確に切断するように設計されたリボザイムとの組合せを含有する活性RNAが、単一の短いRNA転写物から産生され得る事を示す。この実験は、siRNAの個々の鎖が、複数の特異的リボザイムによって単一転写物から独立して切断され得るかどうかを試験する。
長い隣接するハンマーヘッドリボザイムは、短い隣接するハンマーヘッドリボザイムよりも、インビトロ転写中著しく高い程度まで切断する
構築物T7−Rz1(配列番号9)及びT7−Rz4(配列番号10)を、インビトロ転写のテンプレートとして使用した。T7−Rz1は、一般的なリボザイム、すなわち6個未満のハイブリダイジングヌクレオチドのsiRNA標的とハイブリダイズしているステムを有するリボザイムを含む。T7−Rz4は、切断中のsiRNAとハイブリダイズする長いステム、すなわち6個より多くハイブリダイジングヌクレオチドを有するステムを持つ隣接するリボザイムを含む。
その5′末端にある長いハンマーヘッドリボザイム及びその3末端にあるMS2 19mer RNAヘアピンに取り付けられた別の長いハンマーヘッドリボザイムによって隣接される、EGFPに対するshRNAをコードする転写物を使用したVLPの産生
MS2カプシドの産生は次の通り行った。MS2カプシドタンパク質をコードする配列番号2は、pDEST14(Life Technologies)プラスミドにクローン化された。
実施例Vにおいて得られたMS2カプシドを含むVLPは、エンジオドンティウム・アルブム(Engyodontium album)、バチルス・リケニホルミスからのプロテアーゼ、ブタ胃粘膜からのペプシン、及びパパイヤラテックスからのパパインに耐性がある
250mLの培養物から得られ、実施例Vに記載されるように精製されたMS2カプシドを含むVLPを、400μLの20mM CaCl2水溶液中にpH7.5で懸濁した。
長いRNAを持つ組成物
最大約3,600個のヌクレオチドの長い一本鎖RNA分子をMS2カプシドにパッケージする能力は、miRNA等の二本鎖RNA分子、またはCRISPR(細菌中)、DICER(動物中)、もしくはDicer様タンパク質(植物中)等のRNA処理系のための基質を産生するための単純かつ効率的な方法を潜在的に提供する。ある方法において、所望の長い二本鎖RNA分子の各鎖は、パッキング配列と長い鎖を正確な点で切断するように設計されたリボザイムとを含有する転写物として産生されて、所望のRNA配列をパッキング配列及びリボザイム配列から分離する。別の方法において、リボザイムは必要とされず、相補配列はパッキング配列に取り付けられたままである。これらの実施例に記載される方法によって、各鎖は別個にパッケージ及び精製されることが可能であり、これらの鎖のうちの1つを含む等モル量の各精製VLPを一緒に混合し、各VLPからの一本鎖RNAを回収し、アニールして所望の二本鎖RNAを形成する。ある方法において、各RNA分子のリボザイムは、それ自身の鎖に特異的であるため、その同種標的のみを切断する。長い相補RNA鎖は、アニールすることができ、物理的方法、またはリボザイム及びパッキング配列等の一本鎖RNAを優先的に分解するRNAse Aでの処理によって混合物から回収される。リボザイムのないRNA分子の場合、パッキング配列は、長い相補配列がアニールした後も一本鎖のままであり、RNAse Aでの処理によって除去され得る。
長いバルジRNAを持つ組成物
MS2カプシドは、約3,600ヌクレオチドの一本鎖RNAをカプシド内封入することができるが、二本鎖RNAを直接カプシド内封入する能力は、そのようなRNAが、二本鎖らせんに沿って比較的剛性の軸を有するため、高度に制約され、カプシド内径を超えるらせんは、効率的にパックされることができない。しかしながら、相補配列の長さに沿ってミスマッチ(バルジ)を戦略的に置くことによって、カプシドの内径より長い二本鎖RNAはパックされることが可能である。
複数のshRNAを持つ組成物
次のRNA鎖、5′−PAC−shRNA−リボザイム−3′が発現され、式中、PACは、高親和性MS2パッキング配列であり、shRNAは、センスRNA−ループ−アンチセンスRNAである。センスRNAは、RNAiを介する切断のために標的とされる内因性RNA鎖のセクションと同じ配列を持つ19〜24ntで構成されるRNA鎖である。アンチセンスRNAは、切断のために標的とされる内因性RNA鎖のセクションの逆相補物からなる配列を持つ21〜26ntで構成されるRNA鎖である。得られるRNAは、MS2カプシドにパックされてVLPを形成する。
半ループshRNAを持つ組成物
いくつかの例において、複数のMS2パッキング配列を含有するRNAテンプレートを発現及びパッキングすることによって、パッキング収量の著しい改善が得られる。そのような構築物の例である配列番号16は、MS2パッキング配列の後にセンス鎖siRNA配列、続いて短い「半ループ」配列、続いて第2のMS2パッキング配列、続いて別の「半ループ」、続いてアンチセンスsiRNA配列を含む。この配置では、「半ループ」及びMS2パッキング配列の切断は、DICERまたは標的宿主生物内の他の処理系によって除去される。
バルジ及び半ループshRNAを持つ組成物
当業者は、本明細書に記載される配列が、相互に排他的ではなく、様々な構成で組み合わされ得ることを認識するであろう。例えば、実施例Yに記載される長い二本鎖RNAのバルジ構成は、複数のMS2パッキング配列及び/または実施例Z及びAAに記載される半ループ構成と組み合わされ得る。そのような構成は、リボザイムを含み得るか、もしくは含まないことがあり、またはそれらはカーゴ分子を処理するCRISPRもしくはDICER等の宿主機能にのみ依存し得る。そのような組成物のひとまとまりの特徴は、それらがインビボで産生及びVLPにパッケージされ得ること、ならびに細胞溶解物をプロテアーゼ、及びアミラーゼ、リパーゼ、及びヌクレアーゼ等の他の酵素で処理して、本明細書に記載されるRNAを含有するVLPを精製するために単純な濾過または沈殿を可能にすることによって容易に精製され得ることである。
タンパク質発現のためのVLPの使用
前述の実施例は、様々な形態のRNAiを介して標的宿主遺伝子発現をサイレンシングまたは低減するための組成物及び方法に焦点を当てた。次の実施例は、VLPを使用するメッセンジャーRNAの効率的な産生によって標的宿主生物における発現を増加させるための組成物及び方法を開示する。
自身をMS2カプシドにパッキングするために設計され、トランスフェクション後、大腸菌細胞においてEGFPを発現することを目的とする構築物は、配列番号17に表される。このDNA構築物は、BamHI制限部位、MS2パッキング配列変異体の発現を駆動するT7プロモーター、続いて(ステムを伸長するために)最初のCがGに変更された10塩基のMS2レプリカーゼ領域、続いてマチュラーゼ遺伝子の最初の9塩基以外の全て、ならびに全カプシドタンパク質がEGFPのコード配列で置換されたMS2バクテリオファージゲノムの5′末端、続いて15塩基スペーサー、MS2パッキング配列の第2の複製、及びそれ自身の5′末端で切断するように設計されたHDVリボザイム、続いてNotI制限部位を含む。DNA構築物は、BamHI及びNotI部位を介して適合プラスミドにクローン化され、MS2カプシドタンパク質を(前述の実施例に記載されるように)発現することができるプラスミドを既に含有する大腸菌BL21/DE3宿主細胞に形質転換され得る。細胞をIPTGで処理し、T7ポリメラーゼによる転写を誘導し、配列番号17から産生された950塩基転写物を含有するVLPを産生する。VLPは、実施例Oに記載される方法によって精製される。
植物におけるタンパク質発現のためのVLPの使用
同様に、植物における遺伝子発現を指向することができるVLPは、関心対象の遺伝子ならびに1つ以上のMS2パッキング配列を含有するように適切な植物ウイルスを操作することによって構築され得る。
双子葉植物の場合、イタリアンカーネーションリングスポットウイルスの特徴を組み込んでいる構築物は、遺伝子発現を指向するためのプラットフォームを提供することができる。そのようなDNA構築物は、配列番号18によって表され、BamHI制限部位の後に、MS2パッキング配列の発現を駆動するT7プロモーター、続いて(ステムを伸長するために)最初のCがGに変更された10塩基のMS2レプリカーゼ領域、続いてウイルス5′アダプターを含有するイタリアンカーネーションリングスポットウイルス(GeneBank受託番号NC_003500.2)の最初の77塩基、続いてEGFPのコード配列、続いて3′キャップ非依存的翻訳エンハンサー(3′CITE)をコードするウイルスゲノム(GeneBank受託番号NC_003500.2の塩基4410で開始する)の最後の351塩基、15塩基スペーサー、MS2パッキング配列の第2の複製、ならびにそれ自身の5′末端で切断するように設計されたHDVリボザイム、続いてNotI制限部位を含む。DNA構築物は、BamHI及びNotI部位を介して適合プラスミドにクローン化され、MS2カプシドタンパク質を(前述の実施例に記載されるように)発現することができるプラスミドを既に含有する大腸菌BL21/DE3宿主細胞に形質転換され得る。細胞をIPTGで処理し、T7ポリメラーゼによる転写を誘導し、配列番号18から生成された1,236塩基転写物を含有するVLPを産生する。VLPは、実施例Oに記載される方法によって精製される。
単子葉植物の場合、イタリアンカーネーションリングスポットウイルス及びトウモロコシ壊死性線条ウイルスの3′−CITEの特徴を組み込んでいる構築物は、遺伝子発現を指向するためのプラットフォームを提供することができる。そのようなDNA構築物は、配列番号19によって表され、BamHI制限部位の後に、MS2パッキング配列変異体の発現を駆動するT7プロモーター、続いて(ステムを伸長するために)最初のCがGに変更されたMS2レプリカーゼ領域の10塩基、続いてウイルス5′アダプターを含有するイタリアンカーネーションリングスポットウイルス(GeneBank受託番号NC_003500.2)の最初の77塩基、続いてEGFPのコード配列、続いてトウモロコシ壊死性線条ウイルスの3′−CITE配列の112塩基(Nicholson,et al.(2013)Journal of Virology 87(3):1872−83によって記載されるようなGeneBank受託番号NC_007729.1の塩基3892〜4003に対応する)、イタリアンカーネーションリングスポットウイルスゲノム(GeneBank受託番号NC_003500.2の塩基4674〜4760)の最後の87塩基、15塩基スペーサー、MS2パッキング配列の第2の複製、ならびにそれ自身の5′末端で切断するように設計されたHDVリボザイム、続いてNotI制限部位を含む。DNA構築物は、BamHI及びNotI部位を介して適合プラスミドにクローン化され、MS2カプシドタンパク質を(前述の実施例に記載されるように)発現することができるプラスミドを既に含有する大腸菌BL21/DE3宿主細胞に形質転換され得る。細胞をIPTGで処理し、T7ポリメラーゼによる転写を誘導し、配列番号19から生成された1,084塩基転写物を含有するVLPを産生する。VLPは、実施例Oに記載される方法によって精製される。
哺乳類におけるタンパク質発現のためのVLPの使用
哺乳類における遺伝子発現を指向することができるVLPは、関心対象の遺伝子ならびに1つ以上のMS2パッキング配列を含有するように適切なウイルスを操作することによって構築され得る。
Claims (2)
- (a)細菌細胞溶解産物から以下を精製すること;
カプシドを含むウイルス様粒子(VLP)を含む第一の組成物、ここで、該カプシドは、カプシドがヒドロラーゼと接触した場合、ペプチド結合に作用する少なくとも1つのヒドロラーゼによって触媒される加水分解に耐性を示し、かつ、該カプシドは少なくとも1つの異種カーゴ分子を封入しており、該異種カーゴ分子は30超ヌクレオチドを有する長い一本鎖センスRNAを含み、該カーゴ分子はさらにカプシド特異的パッキング配列を含む;および
カプシドを含むVLPを含む第二の組成物、ここで、該カプシドは、カプシドがヒドロラーゼと接触した場合、ペプチド結合に作用する少なくとも1つのヒドロラーゼによって触媒される加水分解に耐性を示し、かつ、該カプシドは少なくとも1つの異種カーゴ分子を封入しており、該異種カーゴ分子は該第一の組成物の該センスRNAと相補的な長いアンチセンス一本鎖RNAを含み、該アンチセンス一本鎖RNAは30超ヌクレオチドを有し、該カーゴ分子はさらにカプシド特異的パッキング配列を含む;
(b)等量の、それぞれの組成物を混合すること;、
(c)それらの前記異種カーゴ分子を単離すること;、
(d)相補的な前記異種カーゴ分子をアニールして二本鎖RNA分子を形成すること;、
(e)前記二本鎖RNA分子を単離すること;
を含む、長い二本鎖RNAを産生するための方法。 - 請求項1に記載の二本鎖RNAで宿主細胞を形質転換することを含む、siRNA、shRNA、sshRNA、lshRNA、及びmiRNAから選択される短いRNAを産生するための方法。
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