JP6389827B2 - 細胞老化を評価するための方法 - Google Patents
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Description
a)第1の時点(T1)で集団の第1の画像(I1)を得るステップ、
b)第2の時点(T2)で集団の第2の画像(I2)を得るステップ、
c)I1とI2と間の絶対差(ΔD1)を計算するステップ、
d)第3の時点(T3)で集団の第3の画像(I3)を得るステップ、
e)第4の時点(T4)で集団の第4の画像(I4)を得るステップ、
f)I3とI4の間の絶対差(ΔD2)を計算するステップ、及び
g)ΔD1とΔD2の間の変化を計算し、全体として集団の移動度の変化を計算するステップ
を含む方法が提供される。
[実施例1]
FUDR濃度の最適化及び単一プレートの寿命アッセイのための適用のメカニズム
2'-デオキシ-5-フルロウリジン(flurouridine)(FUDR)は、そうでなければ老化実験を複雑にする第二世代の子孫の形成を妨げるC.エレガンス研究に使用される化学療法薬である。FUDRはDNA合成を妨げ、したがって、卵が孵化せず、若い蠕虫は発育しない。従来的には、処理は、薬物の非存在下で、M9緩衝液を用いたNGM寒天プレート上で成長させた成虫を、FUDR溶液で浸漬されたプレートに転移することによって行われる(転移法)。このようにして蠕虫を転移することは、時間がかかり、したがって高価なプロセスである。また、プラスチック器具への生きた蠕虫の接着に起因して、老化集団あたりの蠕虫の数に変動をもたらす誤差を起こし易い。
これらの実験は、局所的なFUDR添加によって、齢が同期したC.エレガンス集団の生成が可能であり、標準的なM9緩衝液の転移法に好適であることを示す。データは、このアッセイにおいて、子孫蠕虫を発生から阻止するための最適な実験パラメータが、12ウェルプレートにおけるウェルあたり15μlの10mg/ml FUDR(2.5ml NGM中の1.7μg/ml)の添加であることを示す。
コンピュータ分析パラメータの最適化と系統タイプ
本発明の新規なアッセイは、集団の生存率の代わりとして、蠕虫集団の相対的な移動度を使用する。経時的に生存率の変化を測定する場合、経時寿命プロファイルを計算することができる。
低温ショックによって固定された蠕虫における画像対とbinサイズの時間的分離の最適化
実験は、低温ショックによって固定された蠕虫における画像対とbinサイズの時間的分離を最適化するために行われた。AM134bus-5(体壁筋におけるGFP発現)変異体C.エレガンスの集団を漂白によって同期した。孵化した蠕虫を成体に成熟させ、低速度撮影のGFP画像を蛍光顕微鏡で得た。1秒毎に10秒間、10秒毎に1分間、及び1分毎に5分間撮像した。有効性を確認し、記載されたアルゴリズムを最適化するため、集団における蠕虫の移動度を減少するために、蠕虫を低温ショックによって固定した。これを達成するために、プレートを4℃で1時間置き、次に、上記のように画像化を繰り返した。
異なるGFP発現局在化を有する系統の影響
異なるGFP発現局在化を有する系統の影響を比較するために(すなわち、GFPを蠕虫の異なる部分において見出すことができる)、繰り返し実験がMYO2bus-5(より局所化された咽頭領域におけるGFP発現)C.エレガンスを用いて行われた。GFP発現のより小さな領域を有する蠕虫を使用することによって、作成されたデータは、より正確であり、より密度の高い蠕虫集団を成長させることができる。
MYO2bus-5 C.エレガンスについて最適な時間的分離の確認
上記のプロトコールは、MYO2bus-5蠕虫を用いて繰り返され、10枚の連続画像間の時間間隔は、140ミリ秒、800ミリ秒及び1秒であった。この実験は、最適な画像分離パラメータを確認するために行われた。これらの全ての実験からのデータは、このパラメータの最適値の決定を可能にするために、様々なbin設定を用いて分析された。
4℃にて1時間の低温ショックに蠕虫を供することにより、蠕虫の移動度が劇的に減少し、老化の効果を模倣する(すなわち、集団の移動度を低減する)ために使用された。画像取得の設定が最適化され、1秒の同定が最も効果的な画像分離間隔であった。画像解析中、ビニングは、異なる移動度の集団を区別するための最適な選択肢であるようではなかった。最後に、MYO2bus-5蠕虫は、この系統から生じたデータが、より局在化されたGFP標識に起因して、AM134bus-5系統よりも、信号の百分率として非常に小さい誤差を生じさせたため、アッセイにおいて使用されるべき系統として選択された。
プレートタイプ及び密度の最適化
ハイスループット技術の目的は、同時に実施することができる実験数を最大限にすることである。これは、マルチウェルプレートの使用を介して達成してもよい。先の実験は、12ウェルプレートが、方法に適用可能である最小のプレートフォーマットであることを示した。更なる実験は、蠕虫集団の密度と、データが収集されるべき老化プロセス全体での時間点を最適化するために行われた。FK506は、C.エレガンスの経時寿命を延ばすことで知られている化合物であって、アッセイを最適化するために対照として使用された。12ウェルプレートをFK506又はDMSO対照で浸漬し、漂白によって同期化させたMYO2bus-5 C.エレガンスをそれぞれのウェルに添加した。12ウェルプレートについて、ウェルあたり10、50、100及び200個の卵を添加した。蠕虫が成体期に達したとき、それらは、FUDRを用いて局所的に処理され、GFPフィルターを用いて蛍光顕微鏡により画像化された。画像は、それぞれのウェルについて、1秒の間隔で10秒間(全10画像)、再度、10秒の間隔で1分間(全6画像)の低速度撮影によって得られた。MatLab分析を行い、1のBIN値を用いた。
上述のデータは、12ウェルディッシュのウェルあたり100個の卵の蠕虫密度が、CLSの変化の検出に最適であることを示す。1秒の画像分離を用いて0日目と4日目にアッセイをすること、及び10秒の画像分離を用いて0日目と6日目にアッセイをすることが、CLSにおける変化の検出について読み取りを行うために最適な日である。
Claims (17)
- 少なくとも100の生物を含む生物集団の移動度の変化を経時的に決定することにより、前記生物集団の経時寿命(chronological lifespan)に影響を与える生物学的組成物に対してスクリーニング及び選択を行うための方法であって、前記生物は、カエノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)及びゼブラフィッシュ(Danio rerio)からなる群から選択され、前記生物は標識され、前記方法は、前記生物学的組成物を前記生物集団に適用するステップ、及び
a)第1の時点(T1)で集団の第1の画像(I1)を得るステップ、
b)第2の時点(T2)で集団の第2の画像(I2)を得るステップ、
c)I1とI2の間の絶対差(ΔD1)を計算するステップ、
d)第3の時点(T3)で集団の第3の画像(I3)を得るステップ、
e)第4の時点(T4)で集団の第4の画像(I4)を得るステップ、
f)I3とI4の間の絶対差(ΔD2)を計算するステップ、
g)ΔD1とΔD2の間の変化を計算し、全体として集団の移動度の変化を計算するステップ、及び
h)前記生物学的組成物に曝されていない集団と比較した際に、前記生物学的組成物が前記集団の経時寿命に影響を及ぼすかどうかを決定するステップにおいて、経時寿命を延長する生物学的組成物を選択する、決定するステップ、を含む方法。 - I1とI2の間の時間が、約100ミリ秒〜約5分、約140ミリ秒〜約3分、約200ミリ秒〜約90秒、約300ミリ秒〜約1分、約400ミリ秒〜約45秒、約500ミリ秒〜約30秒、約600ミリ秒〜約15秒、約700ミリ秒〜約10秒、約750ミリ秒〜約5秒、約800ミリ秒〜約3秒、約850ミリ秒〜約2秒、約900ミリ秒〜約1秒又は約1秒〜約2秒である、請求項1に記載の方法。
- I2とI3の間の時間が、少なくとも約6時間、少なくとも約12時間、少なくとも約1日間、少なくとも約2日間、少なくとも約3日間、少なくとも約4日間、少なくとも約5日間、少なくとも約6日間、少なくとも約7日間、少なくとも約8日間、少なくとも約9日間、少なくとも約10日間、少なくとも約11日間又は少なくとも約12日間である、請求項1又は2に記載の方法。
- I2とI3の間の時間が少なくとも約4日間である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- ΔD1が、0日目に得られた画像から計算される、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- ΔD2が、4日目に得られた画像から計算される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- I1とI2の間の時間が約1秒である、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- ΔD2が、6日目に得られた画像から計算される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- I1とI2の間の時間が約10秒である、請求項8に記載の方法。
- 集団が、少なくとも約110、少なくとも約120、少なくとも約150、少なくとも約175、少なくとも約200、少なくとも約250、少なくとも約300、少なくとも約350、少なくとも約400、少なくとも約450、少なくとも約500、少なくとも約550、少なくとも約600、少なくとも約650、少なくとも約700、少なくとも約750、少なくとも約800、少なくとも約850、少なくとも約900、少なくとも約950又は少なくとも約1000の生物を含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 生物が、緑色蛍光タンパク質(GFP)で標識される、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 標識が、生物内の1つの特定の領域に局在化される、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
- 生物が、C.エレガンスMYO2bus−5である、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
- 集団が、単一ウェル又はマルチウェルプレートに維持される、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
- プレートが、6ウェルプレート、12ウェルプレート、24ウェルプレート又は96ウェルプレートである、請求項14に記載の方法。
- 創薬及び/又は毒物学における請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法の使用。
- 請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法を実施するためのデータ処理装置を構成するように操作可能な命令を含むコンピュータプログラム。
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