JP6329767B2 - Plasmodiophorabrassicae抵抗性のアブラナ属植物、その種子および植物部位ならびにそれらを獲得する方法 - Google Patents
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Description
量的形質遺伝子座1(QTL1)は、配列番号1(プライマー1.1)およびプライマー7の組合せによる292〜296bpの断片;配列番号2(プライマー1.2)およびプライマー7の組合せによる69〜73bpの断片;配列番号3(プライマー1.3)およびプライマー7の組合せによる113〜117bpの断片;配列番号4(プライマー1.4)およびプライマー7の組合せによる214〜217bpまたは215〜219bpの断片;ならびに配列番号24(プライマー1.5)およびプライマー7の組合せによる201〜205bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座3(QTL3)は、配列番号9(プライマー3.1)およびプライマー7の組合せによる157〜169bpの断片;配列番号10(プライマー3.2)およびプライマー7の組合せによる133〜137bpの断片;配列番号11(プライマー3.3)およびプライマー7の組合せによる218〜222bpの断片;ならびに配列番号12(プライマー3.4)およびプライマー7の組合せによる73〜77bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座5(QTL5)は、配列番号16(プライマー5.1)およびプライマー7の組合せによる274〜278bpの断片;配列番号17(プライマー5.2)およびプライマー7の組合せによる533〜537bpの断片;配列番号18(プライマー5.3)およびプライマー7の組合せによる333〜341bpの断片;ならびに配列番号19(プライマー5.4)およびプライマー7の組合せによる217〜225bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられる。
量的形質遺伝子座2(QTL2)は、配列番号5(プライマー2.1)およびプライマー7の組合せによる740〜750bpの断片;配列番号6(プライマー2.2)およびプライマー7の組合せによる141〜145bpの断片;配列番号7(プライマー2.3)およびプライマー7の組合せによる167〜171bpの断片;ならびに配列番号8(プライマー2.4)およびプライマー7の組合せによる293〜297bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座4(QTL4)は、配列番号13(プライマー4.1)およびプライマー7のプライマーの組合せによる314〜318bpの断片;配列番号14(プライマー4.2)およびプライマー7の組合せによる240〜244bpの断片;ならびに配列番号15(プライマー4.3)およびプライマー7の組合せによる112〜116bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座6(QTL6)は、配列番号20(プライマー6.1)およびプライマー7の組合せによる201〜205bpの断片;配列番号21(プライマー6.2)およびプライマー7の組合せによる291〜295bpの断片;配列番号22(プライマー6.3)およびプライマー7の組合せによる183〜187bpの断片;ならびに配列番号23(プライマー6.4)およびプライマー7の組合せによる375〜379bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられる。
反応あたり
約0.2ng/μl 植物ゲノムDNA
75mM Tris−HCl(pH8.8)
20mM NH4SO4
0.01%(v/v) Tween20
2.80mM MgCl2
0.25mM dNTPs
0.12μM フォワードプライマー
0.29μM リバースプライマー
0.04ユニット/μl Red Hot(登録商標)DNAポリメラーゼ(ABgene、Epsom)
サイクル数
ステップ1:2分 93℃ 1
ステップ2:30秒 93℃
ステップ3:30秒 40℃
ステップ4:0.3℃/秒で72℃まで加熱
ステップ5:1分30秒 72℃
ステップ2〜5を繰り返す 40
ステップ6:5分 72℃ 1
RAMPパターンの分析のため、「Gene ReadIR 4200 DNAアナライザー」(Licor Inc.)が使用された。最適濃度の6.5%アクリルアミドを基にして、断片は単一塩基にまで分離可能である。このシステム上で断片を可視化するために、標識化(IRDye標識)プライマーを用いることが必要である。この目的のため、フォワードプライマーの3分の1の量が同じ配列を有する標識化プライマーに置き換えられた。
センチモルガン(cM):
マーカー間の遺伝的距離についての単位であり、100個体あたりの交差数に基づく。
遺伝子と連鎖するまたはゲノム上の既知の位置の染色体断片中にあるDNA断片であり、この遺伝子またはこの断片の遺伝性をモニターするのに用いられる。
分子(とりわけDNA、RNA、タンパク質)をそれらのサイズ、形状または電荷に基づいて分離する方法で、基質(アガロースまたはポリアクリルアミド)中、電場の影響下で行われる。
自身の花粉による個体の受精。
交雑によって別の系統に導入することが可能な系統の染色体断片。
Licorイメージングシステムに用いられる赤外標識で、その検出は700nmまたは800nmで行う。
組合せで遺伝する遺伝子群。
マーカー支援反復戻し交雑:ドナー系統と良質系統との反復戻し交雑がマーカー解析で支持される方法であり、それぞれの世代において、決定された抵抗性についての全てのQTLをなお持っていて、かつほとんど良質系統に遺伝子型的に相当する植物を選択するためのものである。
1つの遺伝子によって決定される。
特異的なDNA断片を増やすためのインビトロ増幅方法。この合成反応はDNA断片とハイブリダイズする最低1つのオリゴヌクレオチドプライマーを用い、その後ポリメラーゼが連続する温度サイクルの間に隣接領域を増幅する。
1つまたは複数の遺伝子に連結されて、共に量的形質を説明する染色体領域。
RAPDプライマーおよびiSSRプライマーに基づくDNAフィンガープリンティング技術であり、異なるDNA奇形体間の多型を検出する。
「ランダム」配列を有する10merであって、GC含量は60%から70%の間にあり、プライマー末端は自己相補的ではない。
SSR(単純反復配列)の5’末端を設計されたプライマー。5’末端に4bpのアンカーを有する、2または3ヌクレオチドの反復からなるDNA断片。
個体と元の親の一方との交雑。
Claims (15)
- 抵抗性を付与する2以上の遺伝的因子をゲノム中に含むPlasmodiophora brassicae抵抗性のアブラナ属植物であって、前記Plasmodiophora brassicae抵抗性が寄託番号NCIMB41685またはNCIMB41686の植物に由来し、抵抗性を付与する遺伝的因子の存在を、量的形質遺伝子座1(QTL1)および量的形質遺伝子座3(QTL3)および/または量的形質遺伝子座5(QTL5)の存在により決定することが可能であり、
以下のRAPD−PCR条件:
(1)PCR混合物
0.2ng/μl 植物ゲノムDNA
75mM Tris−HCl(pH8.8)
20mM NH 4 SO 4
0.01%(v/v) Tween20
2.80mM MgCl 2
0.25mM dNTPs
0.12μM フォワードプライマー
0.29μM リバースプライマー
0.04ユニット/μl Red Hot(登録商標)DNAポリメラーゼ(ABgene、Epsom)
(2)PCRプログラム
ステップ1:2分 93℃ 1サイクル
ステップ2〜5:30秒 93℃、30秒 40℃、0.3℃/秒で72℃まで加熱、および1分30秒 72℃ 40サイクル
ステップ6:5分 72℃ 1サイクル
において、
量的形質遺伝子座1(QTL1)が、配列番号1(プライマー1.1)およびプライマー7(プライマーOPAP−03)の組合せによる294bpの断片;配列番号2(プライマー1.2)およびプライマー7(プライマーOPAI−05)の組合せによる71bpの断片;配列番号3(プライマー1.3)およびプライマー7(プライマーOPAO−01)の組合せによる115bpの断片;配列番号4(プライマー1.4)およびプライマー7(プライマーOPBE−06)の組合せによる215bpまたは218bpの断片;ならびに配列番号24(プライマー1.5)およびプライマー7(プライマーOPBE−13)の組合せによる203bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座3(QTL3)が、配列番号9(プライマー3.1)およびプライマー7(プライマーOPG−13)の組合せによる159bpの断片;配列番号10(プライマー3.2)およびプライマー7(プライマーOPG−02またはOPAQ−05)の組合せによる135bpの断片;配列番号11(プライマー3.3)およびプライマー7(プライマーOPBB−04)の組合せによる220bpの断片;ならびに配列番号12(プライマー3.4)およびプライマー7(プライマーOPL−17またはOPD−09)の組合せによる75bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座5(QTL5)が、配列番号16(プライマー5.1)およびプライマー7(プライマーOPBF−18,OPG−16,OPX−05またはOPG−13)の組合せによる276bpの断片;配列番号17(プライマー5.2)およびプライマー7(プライマーOPN−11,OPL−03またはOPY−02)の組合せによる535bpの断片;配列番号18(プライマー5.3)およびプライマー7(プライマーOPBC−08,OPBE−09またはOPY−10)の組合せによる337bpの断片;ならびに配列番号19(プライマー5.4)およびプライマー7(プライマーOPAB−15,OPBC−05,OPBH−12またはOPJ−09)の組合せによる221bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられる、植物。 - 請求項1に定義される量的形質遺伝子座1(QTL1)および量的形質遺伝子座3(QTL3)および/または量的形質遺伝子座5(QTL5)をゲノム中に含む、請求項1に記載の植物。
- 抵抗性を付与する3以上の因子をゲノム中にさらに含み、前記抵抗性を付与する遺伝的因子のさらなる存在を、量的形質遺伝子座2(QTL2)、量的形質遺伝子座4(QTL4)および/または量的形質遺伝子座6(QTL6)の存在により決定することが可能であり、
以下のRAPD−PCR条件:
(1)PCR混合物
0.2ng/μl 植物ゲノムDNA
75mM Tris−HCl(pH8.8)
20mM NH 4 SO 4
0.01%(v/v) Tween20
2.80mM MgCl 2
0.25mM dNTPs
0.12μM フォワードプライマー
0.29μM リバースプライマー
0.04ユニット/μl Red Hot(登録商標)DNAポリメラーゼ(ABgene、Epsom)
(2)PCRプログラム
ステップ1:2分 93℃ 1サイクル
ステップ2〜5:30秒 93℃、30秒 40℃、0.3℃/秒で72℃まで加熱、および1分30秒 72℃ 40サイクル
ステップ6:5分 72℃ 1サイクル
において、
量的形質遺伝子座2(QTL2)が、配列番号5(プライマー2.1)およびプライマー7(プライマーOPAD−18)の組合せによる745bpの断片;配列番号6(プライマー2.2)およびプライマー7(プライマーOPY−11,OPAQ17またはOPAY−19)の組合せによる143bpの断片;配列番号7(プライマー2.3)およびプライマー7(プライマーOPAT−18)の組合せによる169bpの断片;ならびに配列番号8(プライマー2.4)およびプライマー7(プライマーOPAK−06またはOPR−13)の組合せによる295bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座4(QTL4)が、配列番号13(プライマー4.1)およびプライマー7(プライマーOPAC−02)の組合せによる316bpの断片;配列番号14(プライマー4.2)およびプライマー7(プライマーOPAU−13)の組合せによる242bpの断片;ならびに配列番号15(プライマー4.3)およびプライマー7(プライマーOPAX−06)の組合せによる114bpの断片よりなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられ、
量的形質遺伝子座6(QTL6)が、配列番号20(プライマー6.1)およびプライマー7(プライマーOPR−19)の組合せによる203bpの断片;配列番号21(プライマー6.2)およびプライマー7(プライマーOPAA−12,OPAP−19,OPAX−09,OPBD−02,OPI−17またはOPK−02)の組合せによる293bpの断片;配列番号22(プライマー6.3)およびプライマー7の組合せによる185bpの断片;ならびに配列番号23(プライマー6.4)およびプライマー7(プライマーOPAD−08またはOPAW−05)の組合せによる377bpの断片からなる群から選ばれる1つまたは複数のRAMPマーカーによって特徴付けられる、請求項1または請求項2に記載の植物。 - 量的形質遺伝子座2(QTL2)、量的形質遺伝子座4(QTL4)および/または量的形質遺伝子座6(QTL6)をゲノム中にさらに含む、請求項3に記載の植物。
- 前記量的形質遺伝子座1(QTL1)、2(QTL2)、3(QTL3)、4(QTL4)、5(QTL5)および/または6(QTL6)が2以上のRAMPマーカーによって特徴付けられる、請求項1〜4のいずれか1項に記載の植物。
- 前記量的形質遺伝子座1(QTL1)、2(QTL2)、3(QTL3)、4(QTL4)、5(QTL5)および/または6(QTL6)が3以上のRAMPマーカーによって特徴付けられる、請求項1〜5のいずれか1項に記載の植物。
- 前記量的形質遺伝子座1(QTL1)、2(QTL2)、3(QTL3)、4(QTL4)、5(QTL5)および/または6(QTL6)が4以上のRAMPマーカーによって特徴付けられる、請求項1〜6のいずれか1項に記載の植物。
- 前記植物が、B.oleracea convar.botrytis var.botrytis(カリフラワー、ロマネスコブロッコリー)、B.oleracea convar.botrytis var.cymosa(ブロッコリー)、B.oleracea convar.botrytis var.asparagoides(発芽ブロッコリー)、B.oleracea convar.oleracea var.gemnifera(芽キャベツ)、B.oleracea convar.capitata var.alba(白キャベツ、オックスハートキャベツ)、B.oleracea convar.capitata var.rubra(赤キャベツ)、B.oleracea convar.capitata var.sabauda(チリメンキャベツ)、B.oleracea convar.acephala var.sabellica(縮れケールキャベツ)、B.oleracea convar.acephela var.gongyloides(コールラビ)およびB.oleracea var.tronchuda syn.costata(ポルトガルキャベツ)からなる群から選ばれるBrassica植物である、請求項1〜7のいずれか1項に記載の植物。
- アブラナ属植物において、請求項1に定義される量的形質遺伝子座1(QTL1)および量的形質遺伝子座3(QTL3)および/または量的形質遺伝子座5(QTL5)を交雑によって導入するステップを含む、請求項1〜8のいずれかに記載の植物を提供する方法。
- アブラナ属植物において、請求項3に定義される量的形質遺伝子座2(QTL2)、量的形質遺伝子座4(QTL4)および/または量的形質遺伝子座6(QTL6)を交雑によって導入するステップをさらに含む、請求項9に記載の方法。
- アブラナ属植物における、請求項1または請求項3に定義される1つまたは複数のRAMPマーカーの存在を決定するための分子生物学的技術をさらに含む、請求項9または請求項10に記載の方法。
- 前記アブラナ属植物が、量的形質遺伝子座1(QTL1)、3(QTL3)および5(QTL5)についてホモ接合性である、請求項9〜11のいずれか1項に記載の方法。
- Plasmodiophora brassicae抵抗性のアブラナ属植物を提供するための、請求項1または請求項3に定義される量的形質遺伝子座1(QTL1)、2(QTL2)、3(QTL3)、4(QTL4)、5(QTL5)および/または6(QTL6)の使用。
- Plasmodiophora brassicae抵抗性のアブラナ属植物を提供するための、配列番号1〜23からなる群から選択される1つまたは複数のプライマーの使用。
- Plasmodiophora brassicae抵抗性のアブラナ属植物を提供するための、請求項1〜8のいずれか1項に記載の植物の使用。
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