JP6039371B2 - 画像処理方法、プログラム、画像処理装置、および撮像装置 - Google Patents

画像処理方法、プログラム、画像処理装置、および撮像装置 Download PDF

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Description

本発明は、画像処理方法、プログラム、画像処理装置、撮像装置およびネットワーク機器に関する。
バーチャルスライドシステムでは、バーチャルスライドとよばれるデジタル撮像装置を用いて被写体のデジタル画像を取得する。一般に、医療分野では試料を光学素子(カバーグラス)で覆い、固定したもの(プレパラート)が被写体として用いられる。バーチャルスライドは顕微光学系、撮像素子、情報処理装置によって構成され、プレパラートをデジタル画像化し、データを保存する。
医師は撮像素子で取得した画像を見て診断を行うが、CCD、CMOS、PMTなどの撮像素子では画像取得時にランダムなノイズが生じるため、取得した画像から効率的にノイズを低減することが求められる。特許文献1は、画像に離散コサイン変換を施し、変換画像の高周波成分を抑制するノイズ低減方法を提案している。特許文献2は、光軸方向の複数の異なる位置における画像を取得し、画像間の類似点からノイズ成分を処理し、合焦位置での画像のノイズを低減する方法を開示している。非特許文献1は、光軸方向の複数の異なる位置における複数枚の画像に対して周波数フィルタを施すことで、高解像度の画像を得る方法を提案している。その他の従来技術としては非特許文献2がある。
特開平10−304361号公報 特開2007−274064号公報
ジェイ・ビー・シバリタ(J.-B. Sibarita)著、ジェン・リートドルフ(Jens Rietdorf)編「マイクロスコーピー・テクニークス(Microscopy Techniques)」(米国)スプリンガー(Springer)、2005年、p.201−244 ミン・グ(Min Gu)著「プリンシプルズ・オブ・スリーディメンジョナル・イメージング・イン・コンフォーカル・マイクロスコープス(Principles of Three-Dimensional Imaging in Confocal Microscopes)」(米国)ワールド・サイエンティフィック(World Scientific)、1996年
しかしながら、特許文献1の方法は、低周波領域に存在するノイズを低減することはできない。特許文献2の方法は、光軸方向の位置によらず、ノイズが一定、もしくは光軸方向の位置に対して規則的にノイズが出現することが前提としているため、ランダムに発生するノイズを低減することは困難である。また、非特許文献1に記載は、光学系によってボケた画像を復元することが目的であり、ノイズの低減を図ったものではない。
本発明では、撮像素子によって取得された画像から低周波領域においてランダムに発生するノイズを効果的に低減することが可能な画像処理方法、プログラム、画像処理装置、撮像装置およびネットワーク機器を提供することを例示的な目的とする。
本発明の画像処理方法は、撮像光学系を介して被写体を撮像することで得られる3次元の画像データに含まれるノイズを低減する画像処理方法であって、前記画像データに対して、前記撮像光学系の光軸方向における周波数変換を行うことで、3次元の変換画像データを算出する画像変換ステップと、前記変換画像データの絶対値を第1の周波数領域において小さくすることで、3次元の変調画像データを算出する画像変調ステップと、前記変調画像データに対して、前記光軸方向における前記周波数変換に対応する逆周波数変換を行うことで、3次元の逆変換画像データを算出する逆画像変換ステップと、を有し、前記光軸方向における空間周波数をfz、前記撮像光学系の前記被写体の側の開口数をNA、前記被写体からの光の波長をλ、とするとき、前記第1の周波数領域は、|fz|>0.01NA /λなる条件式で表わされる領域に含まれることを特徴とする
本発明によれば、撮像素子によって取得された画像から低周波領域においてランダムに発生するノイズを効果的に低減することが可能な画像処理方法、プログラム、画像処理装置、撮像装置およびネットワーク機器を提供することができる。
本発明のバーチャルスライドのブロック図である。(実施例1、2、3) 本発明による被写体の画像取得のフローチャートである。(実施例1、2、3) 本発明の原理を説明するための光学系である。(実施例1、2、3) CTFのf=0での断面である。(実施例1、2、3) 図5(a)はf=0での断面で画像のスペクトルが非0となる領域を示す図、図5(b)はf=0での断面で共焦点光学系の画像のスペクトルが非0となる領域を示す図である。(実施例1、2、3) 本発明による画像処理方法のフローチャートである。(実施例1、2、3) 被写体の振幅透過率分布である。(実施例1) 光軸方向の異なる位置で取得した被写体の画像を示す図である。(実施例1) 図8に示す画像にノイズを付加した画像を示す図である。(実施例1) 図10(a)はスペクトルの絶対値のf=0での断面図、図10(b)はで本発明のフィルタを施した後のスペクトルの絶対値のf=0での断面図ある。(実施例1) 本発明のフィルタを施した後の画像を示す図である。(実施例1) 従来のフィルタを施した後のスペクトルの絶対値のf=0での断面図である。 従来のフィルタを施した後の画像を示す図である。 光軸方向の位置zに対するPSNRを示すグラフである。(実施例1) 改良されたフィルタのf=0での断面図である。(実施例1) 図15に示すフィルタを用いた場合の光軸方向の位置zに対するPSNRを示すグラフである。(実施例1) 光軸方向の位置を変えて取得した被写体の画像を示す図である。(実施例2) 図17に示す画像にノイズを付加した画像を示す図である。(実施例2) 本発明のフィルタを施した後の画像を示す図である。(実施例2) 従来のフィルタを施した後の画像を示す図である。 光軸方向の位置zに対するPSNRを示すグラフである。(実施例2) 光軸方向の位置zに対するPSNRを示すグラフである。(実施例2)
本発明は、撮像光学系を用いて撮像装置によって撮像された試料の画像を、光軸方向における任意の位置における画像のノイズを除去する画像処理方法に関する。画像処理方法は、コンピュータによって実行可能なプログラムとして具現化され、記録媒体などに記録されてもよい。
画像処理は、撮像装置において行われてもよいし、撮像装置の画像を格納する記憶装置(メモリ)に接続された画像処理装置(コンピュータ)が行ってもよい。撮像装置は画像処理手段として機能してもよい。また、取得した画像の表示は、撮像装置や画像処理装置に接続された表示手段(ディスプレイ)やこれらと(LAN、WAN、インターネットなどの)ネットワークを介して接続されたネットワーク機器において行ってもよい。この場合、画像処理方法はクラウドコンピューティングを利用することもでき、ネットワーク機器は画像データの受信を行うパーソナルコンピュータ(PC)であってもよい。あるいは、ネットワーク機器はタッチスクリーンなどの表示手段を備えた携帯端末(iPad(登録商標))、専用端末(PDAなど)であってもよい。これによって遠隔診断が可能になる。
図1は、本発明の実施に係るバーチャルスライドのブロック図である。バーチャルスライドは、撮像ユニット(撮像装置)100、制御ユニット200、情報処理ユニット(画像処理装置)400から構成される。
制御ユニット200は、搬送部201、制御部202から構成される。搬送部201は制御部202の命令に基づき被写体103を可動ステージ102上へ移動する。可動ステージ102は制御部202からの命令に従い、光軸方向に動くことが可能である。可動ステージ102は光軸と垂直方向に移動する機能を備えていてもよい。可動ステージ102を用いることで光軸方向の異なる位置で画像を取得することができる。
撮像ユニット100は被写体103の画像を取得する装置であり、照明ユニット101、可動ステージ102、光学系(撮像光学系)104、撮像素子105からなる。
照明ユニット101は光源と照明光学系を有し、可動ステージ102に載置された被写体103を照明する。光学系104によって撮像素子105上に被写体の拡大光学像が形成される。
撮像素子105は被写体の拡大光学像を光電変換する光電変換手段であり、CCD、CMOS、PMTなどから構成される。このため、撮像素子105による画像取得時にはランダムにノイズが発生する。撮像素子105から出力された電気信号は画像データとして情報処理ユニット400に伝送される。
情報処理ユニット400はコンピュータ(演算手段)401、画像処理部402、データ保存部(メモリ)403、表示部(表示手段)404によって構成される。
画像処理部402は撮像素子105から送られた画像データをデジタル信号に変換する。このデジタル信号を輝度信号と呼ぶ。画像処理部402は輝度信号に変換した画像データ対して、例えば、ノイズ除去や圧縮等の画像処理を施し、コンピュータ401に伝送する。送られた画像データをコンピュータ401はデータ保存部403に転送する。データ保存部403は送られた画像データを保存する。診断時は、コンピュータ401がデータ保存部403から画像データを読み出す。読み出された画像データに対してコンピュータ401は画像処理を施す。変換された画像データを表示部404へ転送し、画像が表示される。
コンピュータ401、画像処理部402、データ保存部403、表示部404及び制御部202は1つのコンピュータを構成してもよい。また、データはネットワーク450を介して接続された外部の不図示のサーバーに保存してもよく、この場合、複数の人がリモートでデータにアクセスすることができる。コンピュータ401は、ネットワーク450を介して様々なネットワーク機器に接続されている。これらのネットワーク機器は、ラップトップPC460、デスクトップPC462、タッチスクリーン機能を有する携帯端末464、PDAなどの専用端末466を含む。
ネットワーク機器は、演算手段、表示手段、指定手段、通信手段、記憶手段を有する。演算手段はコンピュータ(プロセッサ)から構成され、各部を制御や必要な演算を行う。表示手段は、ネットワーク機器460、464、466のようにネットワーク機器の筺体と一体であってもよいし、ネットワーク機器462のようにネットワーク機器に接続されたディスプレイ等であってもよい。指定手段は、ユーザーに光学系104の光軸方向の任意の位置zを指定させることを可能にするタッチスクリーン、キーボード、スタイラスペン、マウス等の入力手段を含む。通信手段は、ネットワーク450に接続されて画像処理装置に位置zの情報または光軸方向のN点(Nは2以上の整数)の異なる位置の画像データを送信して、画像処理装置から位置zにおける被写体103の画像データの情報を受信する。画像データの情報は、jpegなどの静止画像でもよいし、それを表す後述する輝度分布(画素値の分布)を表す関数I(x,y,z)であってもよい。記憶手段は、位置zの指定を可能にするためのアプリケーションプログラムを格納したメモリである。ネットワーク機器460、464、466は通信手段を介して受信した画像データの情報に基づいて位置zの画像を表示する表示手段を更に有する。
図2(a)に画像取得のフローチャートを示す。ここで、「S」はステップ(工程)の略であり、これは他のフローチャートにおいても同様である。なお、被写体103の拡大像を撮像素子105、画像処理部402、コンピュータ401を用いて画像データとして取得することを画像取得と呼ぶ。
S1で被写体103を搬送部201を用いて可動ステージ102に設置し、S2で被写体103の画像を光軸上の複数の異なる位置で取得する。複数の異なる位置は合焦位置でなくてもよい。取得した複数の画像に対してS3で画像処理部402は画像処理を行う。画像処理では、光学系104の光軸方向の複数の異なる位置において撮像素子を用いて撮像(取得)および統合した被写体の3次元の画像データに含まれるノイズを、コンピュータ401を利用して低減する。ノイズが低減された画像をS4でコンピュータ401がデータ保存部403に保存する。データは一時保存であってもよい。S3のノイズ低減処理とS4の順番は逆でもよい。すなわち、保存されたデータに対してノイズ低減処理を行ってもよい。
次に、S2における被写体103の画像取得に関して詳細に説明する。図2(b)に画像取得のフローチャートを示す。
始めに、S201でステージ位置を光軸方向(z方向)に変える範囲と移動幅を指定する。直進光の伝搬方向へのフォーカスずれ量をzとし、光学系104に対して撮像素子105と共役な位置を原点とする。zは光軸方向の位置及び光軸方向のステージ位置と同義である。S201で画像を取得するzの範囲(最大値zmax〜最小値zmin)と画像を取得するステージの移動幅(間隔)Δzを指定する。移動幅Δzは一定でなくてもよい。これらの値はS201を行う前に予め測定しておいた試料の表面形状から決めてもよいし、ユーザーが任意に設定してもよい。また予め設定しておいた既定の値を用いてもよい。
即ち、光学系104の光軸方向に間隔Δzで決定されたN点の異なる位置z(1≦j≦N)において、光学系104を用いて被写体103を撮像することによって被写体103の画像データを取得する。zの最大値をzmax、zの最小値をzminとする。なお、ここでは、N点における撮影中に、光学系104の各レンズの位置を維持し、N点の1つを合焦位置とし、他をデフォーカス位置としているが、これに限定されるものではない。
次に、S202でステージをzminの位置まで移動させ、S203で被写体の画像を取得する。画像取得が終了した後、S204でステージをΔzだけ移動させ、S205で画像を取得する。S204からS205をステージ位置がzmax以上となるまで繰り返す。以上により、光軸方向の位置を変えた複数の画像データが取得される。ステージの移動方法はこれに限らない。例えば、S202でステージをZmaxに移動した後、前述と逆方向に−Δzずつ移動させて複数枚の画像を取得してもよい。この結果、光学系104の光軸方向に間隔Δzで決定されたN点の異なる位置z(1≦j≦N)において、光学系104を用いて被写体103を撮像することによって被写体103のN枚の画像データを取得する。zの最大値がzmax、zの最小値がzminである。
本実施形態では、取得した複数の位置での画像に対して画像処理部402がノイズ低減を行う。その原理を説明する。撮像光学系によって撮像素子面上に形成される光学像の強度分布を与える式を説明する。
原理を説明するための光学系を図3に示す。図3(a)は、被写体501の像が撮像光学系502によって撮像素子503上に結像している場合の光学系を示す。図3(b)は、図3(a)の場合に対して被写体501が光軸方向にzだけずれた場合の光学系を示す。
始めに照明光が垂直入射の完全コヒーレント光である場合を考える。被写体501の像が撮像素子503上に結像している場合の結像式は数式1で表される。
I(x,y)は撮像素子503上での像強度分布、O(f,f)は物体からの回折光分布である。また、P(f,f)は光学系の瞳関数、x、yは像面での光軸に垂直な直交座標、f、fはそれぞれx方向の空間周波数、y方向の空間周波数、はフーリエ変換を表す。の下付き添え字の2は光軸方向に直交する2方向であるxとy方向に2次元フーリエ変換(周波数変換)を行うことを示し、上付き添え字の−1は逆フーリエ変換(逆周波数変換)を行うことを示す。図3(b)に示すように、被写体501が光軸方向にzだけ移動した場合の結像式は数式2で表される。
ここでP(f,f;z)は数式3で表され、被写体のフォーカスずれと等価なデフォーカス収差を加えた瞳関数である。
λは照明光の波長、NAは撮像光学系の被写体側の開口数、kz0は照明光の波数のz方向成分、kは回折光の波数のz方向成分である。f=(f +f 1/2である。簡単のため倍率は1倍とする。簡単のため倍率は1倍とする。撮像光学系の瞳面の中心に円形の遮蔽部があるとし、その半径が瞳の半径のε倍であるとする。本説明では瞳面の中心付近が遮光されている場合を想定しているが、これに限ることはない。瞳面の中心付近の光強度が周囲の光強度よりも弱くなっていれば同様の効果が期待できる。また、遮蔽部は撮像光学系の瞳面に配置される必要はない。円形である必要もない。瞳面での光強度分布が中心付近で弱くなるように設計されたフィルタが撮像光学系の光路中に配置されていればよい。また、中心遮蔽がない場合は数式3の波括弧を省略した式を考えればよい。
波数のz方向成分は数式4及び数式5で表される。
x0、fy0はそれぞれ入射光のx、y方向の波数成分を2πで割った値である。fr0=(fx0 +fy0 1/2である。今は垂直入射を考えているためfx0=fy0=0である。またcirc関数は数式6で表される。
光軸方向の位置を変えて取得した画像データは数式2のI(x,y,z)のzを変えて取得していることに相当する。数式2では被写体が光軸方向に移動した場合を想定しているが、撮像素子を光軸方向に動かした場合も同様に議論することができる。
ここで、I(x,y,z)のスペクトルが非0となる領域を考える。I(x,y,z)のスペクトルとはI(x,y,z)を3次元フーリエ変換して得られる3次元データである。I(x,y,z)に対して3次元フーリエ変換を施す。すると数式2は数式7に変形される。
ここで、CTF(f,f,f)は数式8で表され、瞳関数をzに対してフーリエ変換したものであり、撮像光学系の特性を表す関数である。は畳み込み積分を示し、添え字の3はf、f、fの3つの座標に対して畳み込み積分を行うことを表す。上付きの*は複素共役を示す。の下付き添え字の3はx、y、zの3つの座標に対する3次元フーリエ変換を行うことを示す。
CTF(f,f,f)のf=0での断面を図4に示す。数式8よりCTFはcirc関数とδ関数の積である。今は垂直入射を考えているため、fr0=0の場合を考える。δ関数の特性からCTFは、f+1/λ−(1/λ−f 1/2=0を満たす曲面でのみ非0となる。これは空間周波数空間で中心がf=−1/λ、半径が1/λの球面を表している。更に、circ関数の特性からCTF(f,f,f)はNAε/λ≦f≦NA/λでのみ非0となる。よって、CTF(f,f,f)が非0となるのは図4の太線部分のみとなる。簡単のため中心遮蔽がない場合を図示している。
O(f,f)は一般に空間周波数空間の全域で非0であるため、I(x,y,z)のスペクトルが非0となる領域はCTF(f,f,f)が非0となる領域によって決定される。I(x,y,z)のスペクトルが非0となる領域を明確にするため、O(f,f)=1という場合を考える。すると、I(x,y,z)のスペクトルはCTF(f,f,f)の自己相関で表される。畳み込み積分の結果、I(x,y,z)のスペクトルが非0となる領域は図5(a)のハッチング領域となる。簡単のため、近軸近似を導入し中心遮蔽がないとする。すなわちCTF(f,f,f)を数式9で近似する。
数式9を数式7に代入し、O(f,f)=1とおいて計算を実行すると、数式7は数式10に変形される。
ただし、数式11以外の領域では0である。
すなわち、I(x,y,z)のスペクトルは数式11が成立する領域でのみ非0となる。
また、数式11より、I(x,y,z)のスペクトルのf方向の広がりは数式12で示される。
部分コヒーレント結像系を考える場合では数式2の代わりに数式13を用いればよい。
S(fx0,fy0)は有効光源の強度分布である。有効光源とは照明光学系に挿入される光学素子によって、被写体がない場合に結像光学系の瞳面に形成される光強度分布である。数式11における瞳関数Pは数式3の瞳関数をfx0及びfy0だけ平行移動させたものであるため、数式11における瞳関数Pから求められるCTF(f,fy、)の形状は図4に示した太線と変わらない。数式13における被積分関数の絶対値2乗の項に対して、先の議論と同様にスペクトルが非0となる領域が議論できる。従って、部分コヒーレント結像系においてもI(x,y,z)のスペクトルが非0となる領域は数式11で表される。
インコヒーレント結像系はS(fx0,fy0)=1という場合に等価なため、インコヒーレント結像系においてもI(x,y,z)のスペクトルが非0となる領域は数式11で表される。
以上より、通常の光学系では照明光のコヒーレンスにかかわらずI(x、y、z)のスペクトルが非0となる領域は数式11で表される。
共焦点光学系で被写体の画像を取得した場合に、画像のスペクトルが非0となる領域を考察する。
共焦点光学系では、点照明、点検出を行う。被写体を透過した光、または被写体から反射した光を観察する際の結像式は数式14となる。複号同順で−/+が透過光を、+/−が反射光を観察する共焦点光学系の場合である。
染色された被写体からの蛍光光を観察する共焦点光学系では、照明光の吸収と蛍光の発生という過程によりインコヒーレント結像となるため結像式が数式15となる。
は被写体の発光効率のフーリエ変換である。共焦点光学系の場合も同様にO(f,f)=1として考えることで、I(x、y、z)のスペクトルが非0となる領域を導くことができる。O(f,f)=1とすると数式14及び数式15は数式16に変形される。これがI(x、y、z)のスペクトルが非0となる領域である。数式16は数式7の右辺でO(f,f)=1とした式の自己相関を計算していることに相当する。自己相関によりI(x、y、z)のスペクトルが非0となる領域は数式11よりも広くなる。数式16を計算した結果得られる共焦点光学系で取得した画像のスペクトルが非0となる領域をf=0の断面で図5(b)に示す。この計算は非特許文献2を参照されたい。図5(b)よりI(x、y、z)のスペクトルが非0となるのは数式17と数式18を満たす領域内である。
以上のように、I(x,y,z)のスペクトルは、光学系によって定まる領域でのみ非0となる。もし、所定の領域以外で値が存在すれば、ノイズなどに起因した真の画像には存在しないスペクトル成分が画像に混在していることを意味する。従って、取得した画像のスペクトルに対して所定の領域をそのまま残し、それ以外の領域の値を0にする、すなわち3次元のローパスフィルタを施せばノイズを低減することができる。
ここまで述べたノイズ低減方法(画像処理方法)を図6に示すフローチャートに従って説明する。
まず、S301で取得した複数の画像に対して3次元フーリエ変換を行い、画像の3次元のスペクトルを取得する。S301は、3次元の画像データに対して、少なくとも光軸方向(ここでは光軸方向と光軸に垂直な2つの直交方向)に対して周波数変換を行い、3次元の変換画像データを算出する画像変換ステップとして機能する。但し、周波数変換の例はフーリエ変換に限定されず、コサイン変換などであってもよい。
取得したスペクトルに対してS302で3次元のローパスフィルタを施す。S302は、3次元の変換画像データの絶対値を特定の周波数領域で小さくし、3次元の変調画像データを算出する画像変調ステップとして機能する。真の画像の情報は数式11や数式12、また数式17及び数式18で定まる特定の領域に存在する。そのため、ローパスフィルタとして数式11や数式12、また数式17及び数式18の条件式によって表される領域を非0とした周波数フィルタを用いれば、真の画像の情報を失うことなくノイズの低減が可能である。
例えば、数式11であれば、3次元の変換画像データの絶対値を小さくすべき特定の周波数領域は、例えば、以下の条件式で表される領域の一部となる。
あるいは、数式12、数式17、18であれば、特有の周波数領域は次の条件式で表される領域の一部となる。
フィルタをかけたスペクトルに対して、S303で3次元逆フーリエ変換を行う。S303は、3次元の変調画像データに対して、少なくとも光軸方向(ここでは光軸方向と光軸に垂直な2つの直交方向)に対して周波数変換に対応する逆周波数変換を行い、3次元の逆変換画像データを算出する逆画像変換ステップとして機能する。
以上により、ノイズが低減された画像を得ることができる。
周波数フィルタによって、画像のスペクトルの内、数式11や数式12、また数式17及び数式18で定まる特定の領域以外の成分はノイズとして除去される。これは、数式11や数式12、また数式17及び数式18で定まる特定の領域以外の領域が広ければ広いほど、ノイズ低減効果が高いことを意味する。画像のスペクトルは|f|≦1/2Δzの範囲で得られる。一方で、画像のスペクトルは、通常の光学系では数式12、共焦点顕微鏡では数式18で示される範囲に限定される。ノイズ除去効果を十分に得るためには、標準顕微鏡の場合1/2Δz≧NA/2λ、共焦点顕微鏡の場合は1/2Δz≧NA/λであることが望ましい。従って、画像を取得するステップ幅Δzは通常の光学系の場合、数式19を、共焦点顕微鏡の場合は数式20を満たしていることが望ましい。
また、生体試料を透過した光や、人物、風景などから反射した光など一般的な被写体からの回折光分布は周波数が大きくなると値が小さくなる。そのため、光学系で定まる領域よりも更に限定したローパスフィルタを施してもよい。
図6に示すフローチャートではフーリエ変換を用いて3次元のスペクトルを取得したが、変換の方法はこれに限ることはない。例えば、コサイン変換を用いてもよい。ただし、コサイン変換で用いる周波数はフーリエ変換の場合に比べて2倍異なるので、数式11、数式12、数式17、数式18で示された条件式を2倍だけ変更する必要がある。すなわち、上記4つの数式に現れるf及びfをf/2及びf/2に変更した数式がコサイン変換の場合に用いる条件式となる。また、コサイン変換は、基底の周期がフーリエ変換の場合に比べて2倍大きくなるため、より高い精度でノイズを低減することができる。
以下、本発明の実施例1におけるノイズ低減手法について説明する。
シミュレーションによって得られた被写体の画像を示す。撮像光学系の被写体側の開口数NAを0.7、結像倍率を40倍、照明光を波長が550nmで単色、撮像素子の画素サイズを4μm、同画素の面積開口率を50%とする。照明は部分コヒーレント照明とし、有効光源の形状を円形とする。照明光学系の開口数をNAとした時、NA/NA=0.7を仮定する。
被写体の振幅透過率を図7に示す。被写体として幅0.5μmのラインチャートを用いた。計算上では被写体を2次元の物体と仮定している。もちろん、被写体に厚みがあっても本手法は適用可能である。光軸方向の位置を−4.0μmから4.0μmまで0.25μmごとに変化させて画像の輝度分布を計算した。図8に光軸方向の位置を変えて得られる画像の一例を示す。画像の軸は撮像素子面上での位置を示す。
画像にランダムノイズを付加する。ランダムノイズとして10%ガウシアンノイズを仮定する。ガウシアンノイズとは数式21に従うノイズである。
ノイズ=a(1+Gausian(σ,m)) (21)
ここで、Gausian(σ,m)とは数iが出現する頻度P(i)が標準偏差σ、平均mのガウス分布に従うガウス乱数である。aは定数である。10%ガウシアンノイズとは式のaが画像の最大輝度の10%の値、σが1、mが0である場合を指す。光軸方向の位置を変えて取得した一連の画像にノイズを付加した後の画像の一例を図9に示す。図8と比較すると、画像全体にノイズが付加されていることが分かる。
次に、本実施例の画像処理方法について説明する。
光軸方向の位置zでの画像の輝度分布をI(x,y,z)とする。I(x,y,z)に対してx、y、zに関する3次元の離散フーリエ変換を施しI’(f,f,f)を取得する。図10(a)に得られたI’(f,f,f)の絶対値をf=0での断面で示す。I’(f,f,f)は図5(a)に示す領域で値が大きく、それ以外の領域ではランダムな信号が存在している。このランダムな信号がノイズ成分と考えられる。よって、図5(a)に示す領域を非0とし、それ以外の領域を0としたフィルタとI’(f,f,f)との要素ごとの積を取ることでノイズを低減する。フィルタとI’(f,f,f)との要素ごとの積を取ることをフィルタリングと呼ぶ。
用いるフィルタとして数式11を満たす領域を1、それ以外を0とするフィルタを採用する。もちろんフィルタはこれに限ることはない。
フィルタリング後のスペクトルをI’’(f,f,f)とする。図10(b)にI’’(f,f,f)の絶対値をf=0での断面で示す。図5(a)に示した領域のみで値が有限で、それ以外の領域では値が0となるスペクトルが得られる。フィルタリングによってI’(f,f,f)にみられていた図5(a)で示した領域以外にあったランダムな信号がなくなっている。
I’’(f,f,f)をf、f、fに対して3次元逆フーリエ変換する。その結果得られた一連の画像の一例を図11に示す。図9と比較すると、ノイズが少なくなっていることが分かる。
本実施例を従来技術と比較する。従来の画像処理方法では1枚1枚の画像に対して2次元のローパスフィルタを施している。すなわち、スペクトルI’(f,f,f)の(f +f 1/2>2NA/λの領域の値を0とする。従来技術でフィルタリングした後のスペクトルをI’’(f,f,f)とする。図12にI’’(f,f,f)の絶対値をf=0での断面で示す。図10(a)と比較すると図12ではf>2NA/λの領域にあったランダムな信号が除去されているが、図10(b)と比較するとfの高周波領域でランダムな信号が残存する。
I’’(f,f,f)をf、f、fに対して3次元逆フーリエ変換を行い、得られた画像を図13に示す。図9と比較すると取得画像からノイズが低減されていることが分かるが、図11と比較すると、本実施例の方がノイズ低減効果が高いことが分かる。
画像の違いを定量化するためにノイズを付加する前の画像を基準としたPSNR(Peak Signal to Noise Ratio)を計算する。PSNRとは数式22と数式23を用いて計算される値で、画像の類似性を定量化したものである。0以上の値をとり、値が大きいほど画像の類似度が高いことを示す。今回の場合、PSNRが大きいほどノイズ低減の効果が大きいことになる。
ここで、Irst(x,y,z)はノイズ低減処理を施した画像である。数式22は8−bit画像に対応した式である。
図14に位置zにおけるPSNRを示す。点線がノイズを付加した画像に対するPSNR、一点破線が従来の画像処理方法で得られた画像に対するPSNR、実線が本発明の画像処理方法で得られた画像に対するPSNRである。すべてのzにおいて実線が最も値が大きく、一点破線よりも値が大きい。これは本実施例が従来技術よりもノイズ低減効果が高いことを示している。
更にノイズ低減効果の高いフィルタについて説明する。
一般的な被写体からの回折光分布は空間周波数が大きくなると値が小さくなる。そのため、空間周波数の高いスペクトル成分はノイズに起因する信号よりも値が小さくなる場合がある。その結果、数式11を満たす領域であっても画像を劣化させる要因が含まれている場合がある。よって、数式11で定めたフィルタよりも更に領域の狭いローパスフィルタを用いることでノイズ低減効果を高めることができる。ただし、この場合、物体に起因する回折光成分まで低減してしまうため、画像の劣化が同時に起こる。フィルタをどこまで小さくするかは、処理後の画像からユーザーが画像の劣化を許容できる範囲で定める必要がある。
解析的に求めた領域よりも狭いフィルタを作成する。新たなフィルタとして数式11、数式24、数式25の3つすべてを満たす領域を非0とするフィルタを採用する。ただし、fは光軸に垂直な方向の空間周波数であり、fは光軸方向の空間周波数である。
≧|f| (24)
≧|f| (25)
及びCはユーザーが任意に設定可能な定数である。例えば、C=0.9NA/λ、C=0.5NA/λ(数式12’)として作成したフィルタを図15にf=0の断面で示す。図5(a)の場合と比べてf方向に非0の領域が狭くなっていることが分かる。
このフィルタを用いてノイズ低減を行った画像に対するPSNRを図16に示す。太線がC=0.9NA/λとしたフィルタを用いた場合であり、分かり易くするため矢印で示す。細い実線が数式11のみから定めたフィルタを用いた場合、点線がフィルタをかけない場合である。太線は細い実線よりも値が大きくなっている。よって、数式24と数式25の条件を加えたフィルタを用いると、よりノイズ低減効果を高めることができる。
適切なCとCは被写体によって異なる。例えば、C=0.01NA/λ、好ましくはC=0.9NA/λである。同様に、C=0.01NA/λ、好ましくはC=0.5NA/λである。従って、3次元の変換画像データの絶対値を小さくすべき特定の周波数領域は、例えば、|f|>0.01NA/λまたは|f|>0.5NA/λの条件式で表される領域の一部となる。あるいは、特定の周波数領域は、例えば、|f|>0.01NA/λまたは|f|>0.9NA/λの条件式で表される領域の一部となる。
本実施例では被写体として幅0.5μmのラインチャートを用いたが、被写体はこれに限ることはない。例えば、生体の組織片や半導体の基盤、または風景や人物でもよい。
本実施例では近軸近似を仮定した数式10を利用してフィルタを設定したが、近軸近似を用いずに求めたフィルタを用いてもよい。例えば、数式7をコンピュータで計算し、非0の領域を求めてフィルタを設定しても良い。
本実施例ではフーリエ変換を使用したが、これに限ることはない。例えば、コサイン変換を用いてもよい。ただし、コサイン変換では、用いる周波数がフーリエ変換の場合に比べて2倍異なるので、数式11、数式24、数式25を用いる際に、これらの式に現れるf及びfをf/2及びf/2に変更する必要がある。
例えば、周波数変換がコサイン変換の場合には、数式11’、数式12’、数式17’、数式18’は次式のようになる。
本実施例では波長を550nmの単色光と仮定したが、これに限ることはない。例えば、発光ダイオードを複数利用することで多色光による照明及び撮像を行ってもよいし、ハロゲンランプ等を利用することで、波長に広がりを持った照明光で照明及び撮像を行ってもよい。この時利用する波長は生体イメージングや一般的な写真撮影で利用される波長領域、すなわち300nm〜1500nmに含まれていることが望ましい。この場合、撮像素子も前記波長領域に対して応答することが望ましい。また、撮像装置は前記波長領域の分光データを取得してもよい。用いる光が単色光でない場合、フィルタの設定に用いる波長は用いた光の波長の内、最も短い波長を用いれば、画像を劣化させることなくノイズ低減を実現することができる。
本実施例で撮像装置の結像倍率を40倍としたが、これに限ることはない、例えば、縮小光学系でもよい。撮像光学系が縮小光学系で照明光学系がインコヒーレント系の場合は一般的なカメラによる撮像を行っている場合に相当する。すなわち、一般的なカメラを用いた写真撮影においても、本発明は実施可能である。
本実施例では収差がない場合を仮定しているが、これに限ることはない。
本実施例では取得した画像に対して像ずれの補正等の画像処理を行っていないが、これらの画像処理を施してもよい。
以下、本発明の実施例2におけるノイズ低減手法について説明する。実施例2では共焦点光学系で被写体の蛍光を観察した場合を想定する。
図2(b)に示すフローチャートに従って取得した被写体の画像をシミュレーションによって示す。撮像光学系の被写体側開口数を0.7、照明光を波長が550nmで単色、被写体からの蛍光を波長が550nmで単色、x、y方向のサンプリングピッチを物体上で100nmとする。被写体の発光効率の分布を図7に示す分布で定めた。計算上では被写体を2次元の物体と仮定している。もちろん、被写体に厚みがあっても本手法は適用可能である。光軸方向の位置は−4.0μmから4.0μmまで0.25μmごとに変化させて画像の輝度分布を計算した。図17に光軸方向の位置を変えて得られる画像の一例を示す。画像の軸は物体面上での値を示す。
画像に対して10%ガウシアンノイズを仮定する。ノイズを付加した後の画像の一例を図18に示す。図17と比較すると、画像全体にノイズが付加されていることが分かる。
ノイズ低減手法について説明する。
位置zでの画像の輝度分布をI(x,y,z)とする。I(x,y,z)に対してx、y、zに関する3次元の離散フーリエ変換を施しI’(f,f,f)を取得する。数式17及び数式18を満たす領域を非0としたローパスフィルタを施す。もちろん、フィルタはこれに限ることはない。
フィルタリングによって得られる画像の一例を図19に示す。図18と比較すると、ノイズが少なくなっていることが分かる。また、図20に従来技術によって得られる画像の一例を示す。従来技術では1枚1枚の画像に対してローパスフィルタを施すため、数式17を満たす領域を非0とするフィルタを用いた。図19と図20を比較すると図19の方がノイズが少なく、本実施例の方がノイズ低減効果が高いことが分かる。
画像の違いを定量化するためにノイズを付加する前の画像とのPSNRを計算する。図21に位置zとPSNRを示す。点線がノイズを付加した画像に対するPSNR、一点破線が従来のノイズ低減手法で得られた画像に対するPSNR、実線が本発明のノイズ低減手法で得られた画像に対するPSNRである。実線が最も値が大きく、一点破線よりも値が大きい。これは本実施例が従来技術よりもノイズ低減効果が高いことを示している。
自然光の回折光分布は一般に空間周波数が大きくなると値が小さくなる。そのため、空間周波数の高いスペクトル成分はノイズに起因する信号よりも値が小さくなる場合がある。よって、数式17及び数式18で定めたフィルタよりも更に領域の狭いローパスフィルタを用いることでノイズ低減効果を高めることができる。一例として、C=1.1NA/λ、C=NA/λとした時に数式24と数式25を満たす領域を非0としたフィルタを用いた結果を示す。図22にノイズ低減後の画像に対するPSNRを示す。太線がC=1.1NA/λとしたフィルタを用いた場合であり、分かり易くするため矢印で示す。先の結果よりも、ノイズ低減効果が高くなっていることが分かる。
この場合、物体に起因する回折光成分まで低減してしまうため、画像の劣化が同時に起こる。フィルタをどこまで小さくするかは、処理後の画像からユーザーが画像の劣化を許容できる範囲で定める必要がある。
本実施例では被写体として幅0.5μmのラインチャートを用いたが、被写体はこれに限ることはない。例えば、生体の組織片や半導体の基盤、または風景や人物でもよい。
本実施例では蛍光を観察する共焦点光学系を想定しているが、反射光を観察する共焦点光学系をおよび透過光を観察する共焦点光学系においても同様の方法でノイズ低減を行うことができる。
以下、画像処理装置にネットワーク450を介して接続されたネットワーク機器460、462、464、466(以下、「460」で代表させる)を利用してノイズが除去された画像を取得する場合の動作について説明する。この場合、ユーザーは、既にノイズが除去された状態で不図示のサーバーに保存されている画像データの送信を依頼することができる。あるいは、ユーザーは、不図示のサーバーに保存されている、所定位置(例えば、合焦位置またはデフォーカス位置)の画像データを含むN枚の画像データを指定してノイズが除去された所定位置の画像データの送信を依頼する。あるいは、ユーザーは、所定位置の画像データを含むN枚の画像データを送信してノイズが除去された所定位置の画像データの送信を依頼する。
まず、ユーザーはネットワーク機器460を操作してネットワーク450を介して画像処理装置または不図示のサーバーにアクセスする。不図示のサーバーには不図示の記憶装置(ストレージ)が接続されている。この場合、画像処理装置は画像データを保存しておらず、処理すべき画像データは記憶装置に保存され、画像処理装置は、処理すべき画像データを記憶装置から取得する。ネットワーク機器460が画像処理装置にアクセスする場合、処理すべき画像データを保存する記憶装置は画像処理装置に直接に、または、LAN等のネットワークを介して接続されている。以下、ネットワーク機器460は、画像処理装置である情報処理ユニット400にアクセスするものとする。
ネットワーク機器460は情報処理ユニット400にアクセスすると、ユーザー名とパスワードの入力を求められ、これによって認証が行われる。
認証されたユーザー(例えば、医師)は、例えば、患者のIDを入力することによってデータ保存部403に保存されている患者の情報にアクセスする。ここでは、データ保存部403が、Nを2以上の整数として、撮像光学系の光軸方向のN点の異なる位置z(1≦j≦N)において、その撮像光学系を有する撮像装置を用いて撮像(取得)した被写体(患者)のN枚の画像データを保存しているものとする。そこで、ユーザーは、N枚の画像データのサムネイルやファイル名から少なくとも1枚をノイズ除去対象としての画像データとして選択する。次に、ユーザーは、ノイズ除去のボタンをクリックする。これに応答して、上述したノイズ除去(画像処理)がコンピュータ401と画像処理部402によって行われる。
その後、ユーザーは、この画像をネットワーク上で閲覧するか、ダウンロードして保存するか、別の画像を選択するか、をメニューに従って選択する。これによって、ユーザーはノイズ除去された画像データを取得することができる。
本発明の画像処理方法は、デジタル顕微鏡やデジタルカメラの用途に適用することができる。
103…被写体、104…光学系(撮像光学系)、105…撮像素子、400…情報処理ユニット(画像処理装置)、401…コンピュータ(演算手段)、402…画像処理部

Claims (27)

  1. 撮像光学系を介して被写体を撮像することで得られる3次元の画像データに含まれるノイズを低減する画像処理方法であって、
    前記画像データに対して、前記撮像光学系の光軸方向における周波数変換を行うことで、3次元の変換画像データを算出する画像変換ステップと、
    前記変換画像データの絶対値を第1の周波数領域において小さくすることで、3次元の変調画像データを算出する画像変調ステップと、
    前記変調画像データに対して、前記光軸方向における前記周波数変換に対応する逆周波数変換を行うことで、3次元の逆変換画像データを算出する逆画像変換ステップと、
    を有し、
    前記光軸方向における空間周波数をfz、前記撮像光学系の前記被写体の側の開口数をNA、前記被写体からの光の波長をλ、とするとき、前記第1の周波数領域は、
    |fz|>0.01NA/λ
    なる条件式で表わされる領域に含まれることを特徴とする画像処理方法。
  2. 前記画像データは、前記被写体の前記光軸方向における複数の異なる位置を撮像することで得られる、複数の画像を統合することにより取得されることを特徴とする請求項1に記載の画像処理方法。
  3. 前記周波数変換はフーリエ変換であることを特徴とする請求項1または2に記載の画像処理方法。
  4. 前記第1の周波数領域は、次の条件式で表される領域に含まれることを特徴とする請求項3に記載の画像処理方法。
  5. 前記第1の周波数領域は、次の条件式で表される領域に含まれることを特徴とする請求項3または4に記載の画像処理方法。
  6. 前記周波数変換はコサイン変換であることを特徴とする請求項1または2に記載の画像処理方法。
  7. 前記第1の周波数領域が、以下の条件式で表される領域であることを特徴とする請求項6に記載の画像処理方法。
  8. 前記第1の周波数領域が、以下の条件式で表される領域であることを特徴とする請求項6または7に記載の画像処理方法。
  9. 撮像光学系を介して被写体を撮像することで得られる3次元の画像データに含まれるノイズを、低減する画像処理方法であって、
    前記画像データに対して、前記撮像光学系の光軸方向および光軸に垂直な2つの直交方向における周波数変換を行うことで、3次元の変換画像データを算出する画像変換ステップと、
    前記変換画像データの絶対値を第1の周波数領域において小さくすることで、3次元の変調画像データを算出する画像変調ステップと、
    前記変調画像データに対して、前記光軸方向および前記2つの直交方向における前記周波数変換に対応する逆周波数変換を行うことで、3次元の逆変換画像データを算出する逆画像変換ステップと、
    を有し、
    前記光軸方向における空間周波数をf、前記撮像光学系の光軸に垂直な方向における空間周波数をfr、前記撮像光学系の被写体側の開口数をNA、前記被写体からの光の波長をλ、とするとき、前記第1の周波数領域は、以下の3つの条件式のうち少なくとも1つで表わされる領域に含まれることを特徴とする画像処理方法。

    |f|>0.01NA/λ
    |f|>0.01NA/λ
  10. 前記画像データは、前記被写体の前記光軸方向における複数の異なる位置を撮像することで得られる、複数の画像を統合することにより取得されることを特徴とする請求項9に記載の画像処理方法。
  11. 前記第1の周波数領域は、更に以下の条件式で表わされる領域に含まれることを特徴とする請求項9または10に記載の画像処理方法。
    |f|>0.5NA/λ
  12. 前記第1の周波数領域は、更に以下の条件式で表わされる領域に含まれることを特徴とする請求項9に記載の画像処理方法。
    |f|>0.9NA/λ
  13. 前記周波数変換はフーリエ変換であることを特徴とする請求項9乃至12のうちいずれか1項に記載の画像処理方法。
  14. 前記第1の周波数領域は、更に次の2つの条件式のうち少なくとも1つで表される領域に含まれることを特徴とする請求項13に記載の画像処理方法。
  15. 前記周波数変換はコサイン変換であることを特徴とする請求項9乃至12のうちいずれか1項に記載の画像処理方法。
  16. 前記第1の周波数領域は、更に以下の3つの条件式のうち少なくとも1つで表わされる領域に含まれることを特徴とする請求項15に記載の画像処理方法。

    |f|>0.02NA/λ
    |f|>0.02NA/λ
  17. 前記第1の周波数領域が、更に以下の2つの条件式のうち少なくとも1つで表される領域に含まれることを特徴とする請求項15に記載の画像処理方法。
  18. 前記光軸方向の前記複数の異なる位置の間隔をΔzとするとき、以下の条件式が満たされることを特徴とする請求項1乃至17のうちいずれか1項に記載の画像処理方法。
  19. 前記画像変調ステップは前記変換画像データの前記第1の周波領域での値を0にするステップであることを特徴とする請求項1乃至18のうちいずれか1項に記載の画像処理方法。
  20. 請求項1乃至19のうちいずれか1項に記載の画像処理方法をコンピュータによって実行可能なプログラム。
  21. 請求項20に記載のプログラムを記録した記録媒体。
  22. 請求項1乃至19のうちいずれか1項に記載の画像処理方法を実行する演算装置を有する撮像装置。
  23. 顕微鏡であることを特徴とする請求項22に記載の撮像装置。
  24. カメラであることを特徴とする請求項22に記載の撮像装置。
  25. 前記撮像装置は、300nmから1500nmの波長の範囲で画像データを取得し、
    前記撮像装置は、前記波長の範囲の光で前記被写体を照明する照明ユニットを有することを特徴とする請求項22に記載の撮像装置。
  26. 前記被写体を部分コヒーレント照明する照明光学系を有することを特徴とする請求項22に記載の撮像装置。
    撮像装置。
  27. 請求項1乃至19のうちいずれか1項に記載の画像処理方法を実行する演算手段を有する画像処理装置。
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