JP5873804B2 - 上皮成長因子受容体(egfr)タンパク質srm/mrmアッセイ - Google Patents
上皮成長因子受容体(egfr)タンパク質srm/mrmアッセイ Download PDFInfo
- Publication number
- JP5873804B2 JP5873804B2 JP2012546216A JP2012546216A JP5873804B2 JP 5873804 B2 JP5873804 B2 JP 5873804B2 JP 2012546216 A JP2012546216 A JP 2012546216A JP 2012546216 A JP2012546216 A JP 2012546216A JP 5873804 B2 JP5873804 B2 JP 5873804B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- egfr
- protein
- peptide
- amount
- tissue
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 108060006698 EGF receptor Proteins 0.000 title claims description 21
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 title claims description 21
- 238000003556 assay Methods 0.000 title description 49
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 188
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 127
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 127
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 49
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 40
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 35
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 35
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims description 22
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 19
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 14
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims description 9
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims description 9
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 claims description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 7
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 5
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 3
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 claims 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 87
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 85
- 238000002552 multiple reaction monitoring Methods 0.000 description 67
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 34
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 31
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 30
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 15
- 239000003531 protein hydrolysate Substances 0.000 description 12
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 10
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 10
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 9
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 9
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 8
- 238000005040 ion trap Methods 0.000 description 7
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 7
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 7
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 6
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 6
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 6
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 6
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 5
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 5
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 5
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 4
- 102400001368 Epidermal growth factor Human genes 0.000 description 3
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 3
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 3
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 3
- 108091005601 modified peptides Proteins 0.000 description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 3
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 3
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 3
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 2
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000004811 liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 2
- 238000000816 matrix-assisted laser desorption--ionisation Methods 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 108010030544 Peptidyl-Lys metalloendopeptidase Proteins 0.000 description 1
- 102400000745 Potential peptide Human genes 0.000 description 1
- 101800001357 Potential peptide Proteins 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 description 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000000534 ion trap mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000001531 micro-dissection Methods 0.000 description 1
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 238000011580 nude mouse model Methods 0.000 description 1
- 238000011369 optimal treatment Methods 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 238000002731 protein assay Methods 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012207 quantitative assay Methods 0.000 description 1
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 235000020354 squash Nutrition 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001322 trypsin Drugs 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6863—Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/71—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
- A61K31/505—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim
- A61K31/517—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim ortho- or peri-condensed with carbocyclic ring systems, e.g. quinazoline, perimidine
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/535—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with at least one nitrogen and one oxygen as the ring hetero atoms, e.g. 1,2-oxazines
- A61K31/5375—1,4-Oxazines, e.g. morpholine
- A61K31/5377—1,4-Oxazines, e.g. morpholine not condensed and containing further heterocyclic rings, e.g. timolol
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/2863—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6842—Proteomic analysis of subsets of protein mixtures with reduced complexity, e.g. membrane proteins, phosphoproteins, organelle proteins
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/74—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving hormones or other non-cytokine intercellular protein regulatory factors such as growth factors, including receptors to hormones and growth factors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
- C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/475—Assays involving growth factors
- G01N2333/485—Epidermal growth factor [EGF] (urogastrone)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/71—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2560/00—Chemical aspects of mass spectrometric analysis of biological material
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
Description
上皮成長因子1受容体タンパク質(EGFR、また受容体チロシンプロテインキナーゼ(receptor tyrosine−protein kinase)ErbB−1タンパク質とも呼ばれる)のサブシーケンス由来の特異的ペプチドが提供される。各ペプチドに対するペプチド配列およびフラグメント/遷移イオンは、質量分析ベース選択反応モニタリング(SRM)(多重反応モニタリング(MRM)とも呼ばれる)アッセイでは特に有用で、この分析は、SRM/MRMと呼ばれる。EGFRタンパク質のSRM/MRM定量分析用として、この内の1つのペプチドの使用について記載する。
本明細書記載のアッセイは、EGFRタンパク質由来の特定の非修飾ペプチドの相対的または絶対的量を測定し、また、EGFRタンパク質由来の特定の修飾ペプチドの絶対的または相対的量も測定できる。修飾の例には、ペプチド上に存在するリン酸化アミノ酸残基およびグリコシル化アミノ酸残基が含まれる。
原理的には、例えば、既知の特異性のプロテアーゼ(例えば、トリプシン)で消化されることにより調製されるEGFRタンパク質由来のいずれの予測されるペプチドも、質量分析ベースSRM/MRMアッセイを使って検体中のEGFRタンパク質の存在量を測定するための代用レポーターとして使用可能である。同様に、EGFRタンパク質中で潜在的に修飾されることが解っている部位のアミノ酸残基を含むいずれの予測されるペプチド配列も、また、検体中のEGFRタンパク質の修飾の度合いのアッセイに使用できる可能性がある。
1.EGFRタンパク質のためのSRM/MRM候補フラグメントペプチドの特定
a.1つ以上のプロテアーゼ(これには、トリプシンを含んでも含まなくてもよい)を使ってタンパク質を消化して、ホルマリン固定生物検体からLiquid Tissue(登録商標)タンパク質ライセートを調製する。
b.イオントラップタンデム質量分析計を用いて、Liquid Tissue(登録商標)ライセート中の全タンパク質フラグメントを分析し、EGFRタンパク質由来の全フラグメントペプチドを特定する。この場合、個別フラグメントペプチドは、どのペプチド修飾、例えば、リン酸化またはグリコシル化、も含まない。
c.イオントラップタンデム質量分析計を用いて、Liquid Tissue(登録商標)ライセート中の全タンパク質フラグメントを分析し、ペプチド修飾、例えば、リン酸化またはグリコシル化残基を有するEGFRタンパク質由来の全フラグメントペプチドを特定する。
d.完全長EGFR完全タンパク質から特異的消化方法により生成された全ペプチドを測定することは可能ではあるが、SRM/MRMアッセイの開発に使用される好ましいペプチドは、ホルマリン固定生物検体から調製される複合Liquid Tissue(登録商標)タンパク質ライセートで直接質量分析により特定されるものである。
e.ホルマリン固定生物検体由来のLiquid Tissue(登録商標)ライセートの分析を行う場合、患者組織中で特異的に修飾され(リン酸化された、グリコシル化された、等)、質量分析計中でイオン化され、検出されるペプチドは、EGFRタンパク質のペプチド修飾をアッセイするための候補ペプチドとして特定される。
2.EGFRタンパク質由来のフラグメントペプチドの質量分析アッセイ
a.Liquid Tissue(登録商標)ライセート中で特定された個別フラグメントペプチドのための三連四重極質量分析計を使ったSRM/MRMアッセイがEGFRタンパク質由来のペプチドに適用される。
i.最適クロマトグラフィー条件のためのフラグメントペプチドに対する最適保持時間の決定。使用されるクロマトグラフィーには、これに限定されないが、ゲル電気泳動法、液体クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動法、ナノ逆相液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、または逆相高速液体クロマトグラフィー、が含まれる。
ii.各ペプチドに対するSRM/MRMアッセイを開発するために、ペプチドのモノアイソトピック質量、各ペプチドに対する前駆物質電荷状態、各ペプチドに対する前駆物質m/z値、各ペプチドに対するm/z遷移イオン、および各フラグメントペプチドに対する各遷移イオンのイオンタイプの測定を行う。
iii.次に、(i)および(ii)からの情報を使って、三連四重極質量分析計によりSRM/MRMアッセイを行うことができる。この場合、各ペプチドは、三連四重極質量分析計で行われる独特のSRM/MRMアッセイを明確に規定する特徴的かつ固有のSRM/MRMシグネチャピークを有する。
b.SRM/MRM質量分析における固有のSRM/MRMシグネチャピーク面積の関数として、検出されるEGFRタンパク質のフラグメントペプチドの量が、特定のタンパク質ライセート中の相対的および絶対的量のタンパク質を表すことができるように、SRM/MRM分析を行う。
i.相対的定量は、下記により行うことができる:
1.1つのホルマリン固定生物検体由来のLiquid Tissue(登録商標)ライセート中で検出された所与のEGFRペプチドのSRM/MRMシグネチャピーク面積を、少なくとも第2、第3、第4、またはそれを超えるのホルマリン固定生物検体由来の少なくとも第2、第3、第4、またはそれを超えるのLiquid Tissue(登録商標)ライセート中の同じEGFRフラグメントペプチドの同じSRM/MRMシグネチャピーク面積と比較することにより、EGFRタンパク質の増加または減少を測定する。
2.1つのホルマリン固定生物検体由来のLiquid Tissue(登録商標)ライセート中で検出された所与のEGFRペプチドのSRM/MRMシグネチャピーク面積を、異なる、別の生物学的ソース由来の他の検体中の他のタンパク質由来のフラグメントペプチドから生成したSRM/MRMシグネチャピーク面積と比較することにより、EGFRタンパク質の増加または減少を測定する。この場合、2検体間のペプチドフラグメントに対するSRM/MRMシグネチャピーク面積比較は、各検体で分析されたタンパク質の量に正規化されている。
3.EGFRタンパク質のレベルの変化を、種々の細胞性条件下でそれらの発現レベルを変化させない他のタンパク質のレベルに正規化するために、所与のEGFRペプチドに対するSRM/MRMシグネチャピーク面積を、ホルマリン固定生物検体由来の同じLiquid Tissue(登録商標)ライセート内の異なるタンパク質由来の他のフラグメントペプチドからのSRM/MRMシグネチャピーク面積と比較することにより、EGFRタンパク質の増加または減少を測定する。
4.これらのアッセイは、EGFRタンパク質の非修飾フラグメントペプチドおよび修飾フラグメントペプチドの両方に対し適用可能である。この場合、修飾には、これに限定されないが、リン酸化および/またはグリコシル化が含まれ、また、修飾ペプチドの相対的レベルは、非修飾ペプチドの相対的量測定と同じ方法で測定される。
ii.所与のペプチドの絶対的定量は、個別の生物検体中の所与のフラグメントEGFRタンパク質由来のペプチドのSRM/MRMシグネチャピーク面積を、生物検体由来のタンパク質ライセート中に添加された内部フラグメントペプチド標準のSRM/MRMシグネチャピーク面積と比較することにより行うことができる。
1.内部標準は、標識した合成バージョンのフラグメントEGFRタンパク質由来の参照されるペプチドである。この標準は、既知量で検体中に添加され、SRM/MRMシグネチャピーク面積が、生物検体中の内部フラグメントペプチド標準および元のフラグメントペプチドの両方に対し、別々に測定され、その後、両ピーク面積が比較される。
2.これは、非修飾フラグメントペプチドおよび修飾フラグメントペプチドに適用でき、この場合、修飾には、これに限定されないが、リン酸化および/またはグリコシル化が含まれ、また、絶対的レベルの修飾ペプチドは、絶対的レベルの非修飾ペプチドの測定と同じ方法で測定可能である。
3.フラグメントペプチド定量化の癌診断および治療への適用
a.EGFRタンパク質のフラグメントペプチドレベルの相対的および/または絶対的定量化を行い、癌の分野で十分理解されている、EGFRタンパク質発現と患者腫瘍組織中の癌の病期/グレード/状態の間の、以前測定されている関連性が確認されることを証明する。
b.EGFRタンパク質のフラグメントペプチドレベルの相対的および/または絶対的定量化を行い、異なる治療戦略から来る臨床的転帰との相関を証明する。この場合、この相関は、この分野ですでに証明されているか、または患者およびこれらの患者由来の組織のコホート全体の相関調査により将来証明可能である。以前確立された相関関係または将来得られる相関関係がこのアッセイにより確認されるとすぐに、本アッセイ方法は、最適治療戦略の決定に使用可能である。
Claims (11)
- ホルマリン固定した組織のヒト生物検体中のヒト上皮成長因子受容体(EGFR)タンパク質のレベルの測定方法であって、前記ヒト生物検体から調製したタンパク質消化物中のEGFRフラグメントペプチドの量の質量分析による検出および/または定量;ならびに前記検体中のEGFRタンパク質のレベルの計算を含み;さらに前記EGFRフラグメントペプチドが配列番号4であり、かつ前記レベルが相対的レベルまたは絶対的レベルである、方法。
- 前記EGFRフラグメントペプチドの量の検出および/または定量の前に、前記タンパク質消化物を分画するステップをさらに含む請求項1に記載の方法。
- 前記タンパク質消化物がプロテアーゼ消化物を含む請求項1または2に記載の方法。
- 前記組織がパラフィン包埋組織である請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記組織が腫瘍から入手される請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 前記EGFRフラグメントペプチドを定量することをさらに含む請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記EGFRフラグメントペプチドの定量が、1つの生物検体中の前記EGFRフラグメントペプチドの量を、異なる、別の生物検体中の同じEGFRフラグメントペプチドの量と比較することを含む請求項6に記載の方法。
- 前記EGFRフラグメントペプチドの定量が、既知量の添加内部標準ペプチドに対する比較により、生物検体中の前記EGFRフラグメントペプチドの量を測定することを含み、ここで生物検体中の前記EGFRフラグメントペプチドが同じアミノ酸配列を有する内部標準ペプチドに対し比較され、かつ、前記内部標準ペプチドが同位体で標識したペプチドである請求項6に記載の方法。
- タンパク質消化物中の前記EGFRフラグメントペプチドの量の検出および/または定量により、修飾または非修飾EGFRタンパク質の存在および被験者の癌との関連性が示される請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記EGFRフラグメントペプチドの量、または前記EGFRタンパク質のレベルの前記検出および/または定量結果と、診断上の癌の病期/グレード/状態とを関連付けるためのデータを提供することをさらに含む請求項9に記載の方法。
- 前記EGFRフラグメントペプチドの量、または前記EGFRタンパク質のレベルの前記検出および/または定量結果の、診断上の癌の病期/グレード/状態に対する関連付けのためのデータが、他のタンパク質由来の他のタンパク質またはペプチドの量の検出および/または定量と組み合わされて、多項目同時測定により、診断上の癌の病期/グレード/状態に関する追加の情報を提供するためのものである、請求項10に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US28938409P | 2009-12-22 | 2009-12-22 | |
US61/289,384 | 2009-12-22 | ||
PCT/US2010/061916 WO2011087865A1 (en) | 2009-12-22 | 2010-12-22 | Epidermal growth factor receptor (egfr) protein srm/mrm assay |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2013515272A JP2013515272A (ja) | 2013-05-02 |
JP5873804B2 true JP5873804B2 (ja) | 2016-03-01 |
Family
ID=44304571
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012546216A Active JP5873804B2 (ja) | 2009-12-22 | 2010-12-22 | 上皮成長因子受容体(egfr)タンパク質srm/mrmアッセイ |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20130011408A1 (ja) |
EP (1) | EP2517010B1 (ja) |
JP (1) | JP5873804B2 (ja) |
AU (1) | AU2010341485B2 (ja) |
CA (1) | CA2785534C (ja) |
IL (1) | IL220567A0 (ja) |
WO (1) | WO2011087865A1 (ja) |
Families Citing this family (15)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2758779B1 (en) | 2011-09-22 | 2017-09-06 | Expression Pathology, Inc. | Mrm/srm assay for death receptor 5 protein |
EP2758564B1 (en) | 2011-09-22 | 2019-02-27 | Expression Pathology, Inc. | Multiplex mrm assay for evaluation of cancer |
WO2013044259A1 (en) | 2011-09-22 | 2013-03-28 | Expression Pathology, Inc. | Srm/mrm assay for the fatty acid synthase protein |
EP2764359B1 (en) * | 2011-10-04 | 2018-03-21 | Expression Pathology, Inc. | Srm/mrm assay for the receptor tyrosine-protein kinase erbb-4 protein (her4) |
ES2673125T3 (es) | 2011-10-04 | 2018-06-19 | Expression Pathology, Inc. | Ensayo SRM/MRM para medir el nivel de la proteína receptor 2 de efrina tipo A |
WO2013106603A1 (en) | 2012-01-10 | 2013-07-18 | Expression Pathology, Inc. | Srm/mrm assay for the insulin receptor protein |
KR101874501B1 (ko) * | 2013-03-15 | 2018-07-05 | 익스프레션 패톨로지, 인크. | 암 요법을 지시하는 srm 검정 |
JP2017521662A (ja) * | 2014-07-11 | 2017-08-03 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッドExpression Pathology, Inc. | セリン/トレオニンタンパク質キナーゼB−raf(BRAF)のためのSRM/MRMアッセイ |
WO2016007968A2 (en) * | 2014-07-11 | 2016-01-14 | Expression Pathology, Inc. | Srm/mrm assay for the tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 (cd30) protein |
CN105334207A (zh) * | 2014-08-15 | 2016-02-17 | 上海中信国健药业股份有限公司 | 一种针对egfr靶向治疗药物的生物学活性检测方法 |
CA2967867A1 (en) * | 2014-12-11 | 2016-06-16 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Methods for detection and treatment of colorectal cancer |
WO2016183595A1 (en) * | 2015-05-14 | 2016-11-17 | Expression Pathology, Inc. | Srm/mrm assay for the 6-o-methylguanine-dna methyltransferase (mgmt) protein |
EP3387430A4 (en) * | 2015-12-11 | 2019-08-14 | Expression Pathology, Inc. | SRM / MRM DOSINGS |
CN106198778B (zh) * | 2016-06-24 | 2018-11-20 | 南京优科制药有限公司 | 一种同时测定吉非替尼及其有关物质的方法 |
WO2018102827A1 (en) | 2016-12-04 | 2018-06-07 | Expression Pathology, Inc. | Improved methods of treating lung cancer by predicting responders to cisplatin-pemetrexed combination therapy |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2428941T3 (es) * | 2003-03-10 | 2013-11-12 | Expression Pathology, Inc. | Preparación líquida de tejidos a partir de muestras biológicas, tejidos y células procesadas histopatológicamente |
US20080280317A1 (en) * | 2004-08-27 | 2008-11-13 | Northeastern University | Comprehensive Characterization Of Complex Proteins At Trace Levels |
JP4563764B2 (ja) * | 2004-10-01 | 2010-10-13 | 丸善製薬株式会社 | ペプチドの定量方法 |
US7807789B2 (en) * | 2004-12-21 | 2010-10-05 | Cell Signaling Technology, Inc. | Reagents for the detection of protein phosphorylation in EGFR-signaling pathways |
EP1734367A1 (en) * | 2005-06-14 | 2006-12-20 | Cellzome Ag | Process for the identification of novel enzyme interacting compounds |
JPWO2007123274A1 (ja) * | 2006-04-20 | 2009-09-10 | エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 | スルホンアミド化合物の新規感受性マーカー |
ES2394224T3 (es) * | 2006-05-05 | 2013-01-23 | Yale University | Uso de perfiles de localización subcelular como indicadores de prognóstico o predictivos |
JP2010530980A (ja) * | 2007-06-22 | 2010-09-16 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッド | 固体組織から疾患の分泌バイオマーカーを発見および解析する方法 |
EP2071336A1 (en) * | 2007-12-13 | 2009-06-17 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Serum proteomic for finding diagnostic markers and for monitoring therapeutical intervention in treatment of hepatocellular carcinoma |
-
2010
- 2010-12-22 AU AU2010341485A patent/AU2010341485B2/en active Active
- 2010-12-22 JP JP2012546216A patent/JP5873804B2/ja active Active
- 2010-12-22 EP EP10843594.2A patent/EP2517010B1/en active Active
- 2010-12-22 CA CA2785534A patent/CA2785534C/en active Active
- 2010-12-22 WO PCT/US2010/061916 patent/WO2011087865A1/en active Application Filing
-
2012
- 2012-06-21 US US13/529,897 patent/US20130011408A1/en not_active Abandoned
- 2012-06-21 IL IL220567A patent/IL220567A0/en active IP Right Grant
-
2017
- 2017-02-27 US US15/444,310 patent/US20170248608A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2785534A1 (en) | 2011-07-21 |
IL220567A0 (en) | 2012-08-30 |
JP2013515272A (ja) | 2013-05-02 |
EP2517010A4 (en) | 2013-07-24 |
CA2785534C (en) | 2019-07-30 |
US20170248608A1 (en) | 2017-08-31 |
WO2011087865A1 (en) | 2011-07-21 |
AU2010341485B2 (en) | 2016-11-17 |
US20130011408A1 (en) | 2013-01-10 |
EP2517010A1 (en) | 2012-10-31 |
AU2010341485A1 (en) | 2012-07-19 |
EP2517010B1 (en) | 2019-06-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5873804B2 (ja) | 上皮成長因子受容体(egfr)タンパク質srm/mrmアッセイ | |
JP5731539B2 (ja) | インスリン様増殖因子1受容体(igf−1r)タンパク質srm/mrmアッセイ | |
US10054592B2 (en) | Insulin receptor substrate 1 (IRS1) protein SRM/MRM assay | |
JP2014528082A (ja) | がんの評価のための多重mrmアッセイ | |
JP6046151B2 (ja) | エフリンa型受容体2タンパク質に対するsrm/mrmアッセイ | |
JP5806234B2 (ja) | 酸性およびシステインに富む分泌(sparc)タンパク質srm/mrmアッセイ | |
US20170122946A1 (en) | SRM/MRM Assay for the GTPase KRas Protein (KRas) | |
JP6046144B2 (ja) | 脂肪酸シンターゼタンパク質に対するsrm/mrmアッセイ | |
JP2017515115A (ja) | アンドロゲン受容体(ar)タンパク質のsrm/mrmアッセイ | |
JP6073337B2 (ja) | レセプター型チロシンキナーゼerbB−4タンパク質(HER4)に対するSRM/MRMアッセイ | |
JP6046145B2 (ja) | 死受容体5タンパク質に対するmrm/srmアッセイ | |
JP6605623B2 (ja) | メソテリン(msln)タンパク質のためのsrm/mrmアッセイ | |
AU2015215981B2 (en) | Secreted protein acidic and rich in cysteine (SPARC) protein SRM/MRM assay | |
KR102014694B1 (ko) | 종양 괴사 인자 수용체 수퍼패밀리 구성원 8(cd30) 단백질에 대한 srm/mrm 검정 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20131219 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20140821 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140912 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20141212 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20141219 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150113 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150212 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150312 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20150818 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20151118 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20151218 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20160118 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5873804 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |