JP5712407B2 - 行動監視及び較正用システム及び方法 - Google Patents
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Description
本出願は2008年1月23日に提出された米国特許出願USSN61/062,173号を基に優先権を主張するものであり、その内容のすべてを本出願に合同するものとする。
本発明は高分解能行動データの収集、管理、及び解析の方法、システム、及び装置に関する。これらのシステム及び方法は嘗て達成されなかった高レベルにおいて行動パタンを検査する機会を提供するものである。行動監視システムによって生成される品質評価及び制御、文書保管、データ疑問、データ縮小、解析工程及び可視化技術を含む非常に大きく独特なデータセットの管理及び解析の方法及びシステムが提供される。自発的行動のかように詳細な解析は行動の神経的機構に関する基本的識見を供し、脳機能への遺伝学的、薬学的、及び環境学的影響の高感度の検出を可能とする。
行動監視システムは大量のデータを生成する。例えば檻の各々が食餌消費表示器、液体消費表示器運動を測定する活動プラットフォームを有する32檻監視システムは96個のデータ収集装置を有する。一日ごとに、各装置は例えば500−5000の摂食イベント、1000−10000のなめ装置イベント、ならびに10000−350000空間位置のような何千ものイベントを記録する。これらのイベントの処理には強固な自動化された品質評価アルゴリズムが必要とされる。大きな生物学的データセットを有効的に使用するにはデータ品質を評価する新規な方法が要求される。データの品質は例えば機械的不成功或は被験動物の装置との特異な相互作用によって影響されることがある。行動システムデータの品質の評価には行動データの品質に悪影響がないように考慮が必要である。
潜在的装置イベント開始エラーの検出には記録された装置イベントと独立的に収集された位置データとの間の不一致の検出が含まれる。例えばなめ装置からの信号が或る時間におけるなめイベント発生を示唆するのに、その時間における位置データがその時間でのその装置におけるネズミ或いはその他の対象物の不在を示すことがある。その場合、装置データ収集或いは運動データ収集のどちらかにエラーがある。或る実施例において、本発明での方法は位置情報を使用して除去及び/或は使用者によるその後の検討のために潜在的虚偽装置イベントを検出しフラッグで示すものである。
運動位置修正には運動及び位置データを修正するのに装置の既知の位置が使用される。 MPCアルゴリズムは運動/位置データから計算された各装置イベント開始における動物の位置を装置の既知の位置に基づく動物の推定位置と比較する。計算された位置と推定位置との差が閾値より大きい場合には、その前のループでの運動データが修正される。
或る実施例においては、上記の如く、終了不成功の装置の事例を検出するのに隣接密集化アルゴリズムが使用される。装置イベントの間の対象動物のすべての位置が密集化される。図7は工程フローの主な処理を示し、この工程は特別な装置の総ての装置イベントに関するすべての位置データを入力することで開始する(701)。上記の如く、このデータについては装置開始エラーが既に検出されて除外されたものであり、MPCツールが実施され再実施されたものである。各装置イベントに関してそのイベントの開始位置からの最大位置が取得される(703)。次いでクラスター解析が実施されてこれらの最大位置が密集化される(705)。もしイベント終了エラーがない場合には、予期される装置位置を中心にして只一個のクラスターがある筈である。一個以上のクラスターが存在する場合には予期される装置位置に最も近くを中心とする最大のクラスターが有効イベントを含むものとされ、其所以外に発生するイベントは除外される。従って、予期される装置位置に最も近いクラスターが受け入れられる(707)。この受け入れられるクラスター以外の最大位置を有するイベントはすべて除外される(709)。これと異なる密集化及び除外の標準が使用可能であることは当業者には理解出来ることであろう。イベントデータは自動的に除外されてもよく、叉フラッグ識別されて使用者に除外の判断の為に供されてもよいことに留意されるべきである。
或る実施例の行動監視システムは動物運動及び位置の決定用の力のトランスデューサとして機能するようにロードビームを使用する。時としてロードビームには機能不全のことがあり、これらの測定にエラーが発生する。ロードビームが飽和すると結果として運動データに切り捨て及び歪みが発生し、中央の軸が緩むような問題の結果として力の過小評価、運動データにおける切捨てとなる。このようなエラーの起こったデータの例がグラフとして図9に示されて居り、測定値は緑色で示されている。これらのタイプのエラーの可能性は単にロードビームにおけるもののみでなく、その他のタイプの位置検出にもあることである。例えば市のような広範な測定範囲での可動追跡装置に依存する位置検出器は天候によってある地理的区域においては送受信を失うことがある。
上記の如くデータ品質制御アルゴリズムは自動化アルゴリズムと結合された使用者の若干の再調査を含むことが出来る。例えば使用者入力コメント或いは上記の自動化アルゴリズムの結果のデータ品質制御決定は三つのレベルから成る構成とし、品質1(使用)、2(再審査用のフラッグ)、3(使用不可)とされてもよい。品質2とは検査官による検査を必要とする潜在的エラーの存在を示す。この検査の便宜のため、これらの潜在的エラーを実験者が見て処理するツールが供される。データ可視化技術によりデータ及びフラッグ識別されたエラーの試験が容易となり、検査官がこれらのフラッグのものが除外地位へ格下げされるべきか、使用OKの地位へ格上げされるべきか決定するのに役立つ。
実験のその他の日での摂取と比較しても実験における他のネズミの摂取を比較しても異常でないことを示している。これはなめ装置の検出失敗エラーを示して居り、その日のこのネズミのなめイベントデータは除外されなくてはならない。しかし食餌摂取及び運動データは除外されなくてもよい。再度述べることであるが、かようなエラーは実験者が段階2QC GUIを使用して点検することが出来る。
本発明は別面において活動及び不活動状態の分類に関する。一般的に、活動状態とは不活動状態で中断されながら或る測定行動の発生(運動を含む)の確率増加の状態のことであり、不活動状態とは特徴的位置にいる確率が高く休息及び睡眠が発生しやすい状態のことである。活動と不活動状態の間の遷移は自由行動の動物の行動構成の基本的特徴をなすものである。下記するこれらの状態分類の方法とシステムはどの種その他にも応用できるものである。また、これらの方法は活動不活動以外の他の状態であって、或る行動の発生する確率及び/或は特徴的位置にいる確率の高い状態の分類に使用できるものである。
図12は不活動状態閾値決定の処理を示す工程フロー図である。これは不活動状態の最小持続時間、即ちその間動物が動かない最小持続時間のことであり、ここで「動く」とは上記の如く運動閾値で決定されるものである。上記の如く(図11の処理1103を参照)、不活動状態閾値持続時間は不活動状態開始及び終了を定義するものであり、測定期間における動物の行動の高度の時間的分類を供するものである。
上記の如く、最適時間ウインドウ/運動閾値を見出すことには分類エラー率が含まれる。もし上記の方法が不活動状態の分類に正確であるならば、不活動状態では装置イベントが発生しないはずである。或る実施例において、摂取分類エラーの決定には装置イベントを含む不活動状態の百分比計算が含まれる。活動状態分類エラーは例えば装置イベントが無く、又動物が居た区域が不活動状態に居た総ての区域の最大値より大きい活動状態の百分比として決定される。状態分類エラーは不活動と活動の両方の状態分類エラーから、例えば不活動及び活動状態分類エラーを加えて決定される。図14は状態分類エラーを計算する一方法の処理を示す工程フロー図である。この工程は不活動状態開始及び終了を入力して始められる(1401)。装置イベントを含む不活動状態、即ち開始と終了の間が同定される(1403)。不活動状態エラー率が次いで同定された不活動状態の数に基づいて計算される。図14に示される例において、エラー率は装置イベントを含む不活動状態の百分比である(1405)。この不活動状態エラーは総エラー率、従って運動閾値の適正の計算に使用されるように保存される。次いで装置イベントを含む不活動状態がないように分類が修正される(1407)。不活動状態の修正は例えば不活動状態閾値より大きな持続時間を有する連続位置のような不活動状態の定義に使用される標準に基づいている。従って装置イベントを有する不活動状態は周囲の活動状態と連続的な単一活動状態に再分類され、或いは活動及び不活動状態に分割されてもよい。修正が実施された後、更新された分類に基づいて活動状態エラー率が計算される(1409)。或る実施例において、活動状態エラー率は装置イベントが無く(例えば動物が食わず、飲まず、刺激に反応しないなど)、又動物が広い地区に亘って居ない活動状態の観点から計算される。例えば図14のフロー図において、活動状態エラー率は装置イベントがなくその間に動物の居た地区が最大の不活動状態地区より大きくない活動状態の百分比である。各活動及び不活動状態の地区は各不活動及び活動状態の位置データに凸状殻体をフィットして求められる。総合エラー率は次いで不活動及び活動状態エラー率に基づいて計算される。
活動状態での行動はバウトを行動要素の概念として編成される。バウトとは異なる行動で中断されることなく時間的に密集化される行動の繰り返しのことである。行動の時間的及び空間的特性両方に関する情報を合体させたバウト同定の自動化アルゴリズムが摂食、摂飲及びその他の行動の定量に提供される。上記の如く、バウトが同定されるデータにはフィーダーにおけるネズミの存在を示す写真光線遮断などのような装置イベント情報が含まれる。本発明の工程により自動化による行動のバウトへの分類、又それに加えて高程度のバウトの編成クラスターを可能とする。
上記の如く、或る実施例において、空間的情報はIEIが装置の位置或いは離れているかの確率を推定或いは分類をしてバウト分類計画に合体される。或る実施例において、これはIEIの間二変量正規の混合をMDIPにフィットすることで実施される。フィットされた二変量正規のセントロイドは高速最近接密接化アルゴリズムを使用して密集化される。セントロイドが装置に最も近い二変量正規のクラスターが「装置にある」(”at the device” =AD)と分類される。このクラスターの中の二変量正規はAD二変量正規と選定される(例外として拡散的二変数正規は除外されてもよい)。AD二変量正規の後位確率は加算されて各最遠IEI位置(MDIP)が装置にある確率が得られる。或る実施例において、IEIはこの確率が0.5以上であると「装置において」発生したものと分類される。或る実施例において、この確率は上記の如く時間関連確率と共にIEIがバウト内間隔であるかバウト内間隔であるか分類するのに使用される。
摂食バウト内で発生し易いIDと摂食バウト間で発生し易いIDと区別するのに各動物のID分布が対数正規分布の混合でフィットされる。ID分布は別個のタイプのIDの存在と矛盾のない3個以上の対数正規分布の混合で最適にフィットされることが発見されている。IEIが短い確率が動物が装置の位置に居残って居た確率に基づいて対数正規分布を2グループ(例えば短と長)に分割することにより次いで決定される。
発明は他の面において活動状態(AS)の期間であり移動運動(LM)或は非移動運動(NLM)へのその他の装置イベントバウトの期間ではない運動の分類方法に関する。これは不活動状態の間或は摂食バウトの間に発生した運動を訓練セットとして使用した監督下習得アルゴリズムを使用して行われる。これらの運動は限定された区域で起こるので、「場所での運動」(”moving in place”(MIP))行動を示すものでありNLMイベントの特性を反映するはずである。従って、MIP運動は動物が檻或は他の測定区域を巡り歩く移動のバウトの期間に発生する運動とは区別されるべきものである。一実施例においては、MIPイベントの訓練セットをパラメタ化するのに、各位置の運動率と反転角(2個の運動ベクトルの内積)が使用される。移動の間に最も発生しやすかった中断のない運動イベントの継続が移動バウトの開始及び終了時間の定義に使用された。最後に、活動状態の中で動物が或る装置に関連する行動バウト(例えば摂取)或は移動バウトに従事していない時間が「他の」行動(例えば見回り、飼育、みづくろい、前掻など)のバウトと分類可能である。
他の面において本発明は個々の対象物から収集された情報を使用して動物のグループ間比較をして遺伝子、薬品及び環境要素の神経規制への影響を研究する方法を提供する。行動の時間的パタンの詳細な定量的評価によってかような実験的操作の脳機能への高感度の影響の指標が得られるかもしれない。これには行動パタンの変化性を説明すると同時に実験グループ間の行動パタンの相違を検出する解析的方法が必要となる。
明瞭なことであろうが、本発明の或る実施例は一個以上のコンピュータシステムの指令及び/或はそれに保存或はそれを通じて転送されるデータの制御のもとに活動する工程を使用するものである。これらの作用を実施する装置に関する実施例もある。この装置は要求された目的で特に設計されたもの及び/或は製造されたものでもよく、或は一個以上のコンピュータプログラム及び/或はコンピュータに保存或はその他の様相で使用可能とされたデータ構成で構成された選択的に構成された汎用コンピュータでもよい。此処に開示される工程は内在的に特種なコンピュータ或は他の装置と関係のあるものではない。殊に、此処に開示されたプログラムと共に種々の汎用器具が使用可能であり、要求される方法工程の実施にはより特種化された装置を製造するのが便宜かもしれない。これら種々の機会の特種な構成について以下説明する。
住居檻行動パタンの解析に、ネズミは通常個々に14日間住居檻監視(HCM)檻のなかに住まわせられた。最初の4日は順化期間とみなされ、次の10日のデータが行動パタンの解析に使用された。各ネズミから複数日のデータを得たので、各ネズミの平均的日ごとの行動の詳細な記述が得られ、基礎的行動要素及び日ごとのパタンの再現性の評価が可能であった。
A.動物
肥満自然変異同種接合ネズミ(Lepob, B6.V−Lepob/J: OB)及び制御(C57BL/6J)ネズミ(WT)がThe Jackson Laboratory (Bar Harbor, ME)から入手された。 X−linked htr2c遺伝子(Tecott et al., 1995)のヌル変化を有するセロトニン2Cレセプタ半接合自然変異牡(2C)と制御WT同腹仔がUCSFにおいてhtr2c-対立遺伝子(C57BL/6J背景の類遺伝子性)と The Jackson Laboratoryから入手されたC57BL/6J牡から養育された。 htr2c-対立遺伝子の遺伝子型はPCR解析で実施された。動物は室温(18−23°C)で12時間の明/暗サイクル(午前7時点灯)のもと、水と標準的食餌(PicoLab Mouse Diet 20, Purina Mills, Richmond, IN)に自由にアクセス出来る環境に収容された。実験はNational Institute of Health Guide for Care and Use of Laboratory Animals及びthe University of California Committee on Animal Researchのガイドラインに従って行われた。
牡ネズミは一端にフィーダーと水瓶を備えた45x24x17cmのプレクシグラスの囲いから成る住居檻行動監視システム(HCM)に14日間収容された。網製のランプによって4x4cmのフィーダーに入ることが可能であり、ここで動物は2.5x2.5cmの孔から頭を食餌引き出しに突っ込んで粉末化された食餌にアクセスすることが出来た。摂食の検出のため、頭が突っ込まれるとランプ(DiLog Instruments, Tallahassee, FL)の孔の下に位置する写真光線が遮断される。摂飲の検出には、0.5x2.5cmの孔を有する金属板の後ろに位置する水瓶に付けられた金属製の飲み口を動物がなめた。金属製の飲み口はなめの接触でキャパシタンスが変化する(DiLog Instruments, Tallahassee, FL)。動物の体重の重心を監視するため、プレクシグラスの囲いは中央回転軸と前方に二本のロードビームを有する活動監視プラットフォーム(DiLog Instruments, Tallahassee, FL)の上に設置した。データは隣室(DiLog Instruments, Tallahassee, FL)に位置されたパソナルコンピュータで収集された。摂取 イベントファイルがミリ秒単位でサンプリングされる写真光線遮断及びなめ接触の開始と終了を記録した。運動イベントは動物の体重中心が1cm(動物の体重と500ミリ秒の移動平均ウインドウで濾過した後の二本のロードビームへの力からオンラインで計算)の直径以外に出たことで定義された。運動イベントファイルは各20ミリ秒でサンプルされた運動イベント開始を記録した。
行動データが大量なので、効率的にデータ品質を評価及び最大化する方法の設立が要求された。その達成のため、各データ収集装置の出力を使用して檻の中のその他の装置の作用をクロスチェックした。MATLABプログラミング言語を使用してインハウスで開発されたデータ品質制御アルゴリズムは自動的にエラーを検出し除外すべき或は実験者がインハウスで開発されたグラフ式使用者インタフェイスを使用して再検査すべきデータをフラッグで識別した。解析の便宜のため、すべての装置についてエラーのなかったネズミ日のみが解析に使用された。
位置に関する総ドリフトを推定し(以下における運動位置修正を参照)、これを摂取イベント開始における動物の位置のドリフトと比較した。総位置ドリフトを推定するには、日ごとのデータ収集の間に如何に最小及び最大動物位置が時間と共に変化したかに従う位置包絡線(xとyと別個)を計算した。
活動プラットフォームロードビームにかかる力を使用して位置を推定するので、檻内部の質量分布変化(檻の前部から食餌及び水の除去,寝具材の移動、排尿、及び排便)によってこれらの推定にエラーが導入される。これらのエラーを修正するのに、第一に節食及びなめ検出装置の既知の位置を使用し、装置の位置にいる時の動物の重心の予想される位置を設定した。この予想位置は一日の最初の装置検出の際に設定された。これはこの位置でドリフトが最小だからである。次いで運動データから予想されるその後の摂取イベント位置が摂取装置の位置(上記の如く虚偽摂取イベント開始を除外した後)に基づく予想位置と比較された。もし予想値と予期値との相違がx或はyにおいて2cm以上であると(平均±標準偏差:運動イベントの33±9%)、今回と前回の摂取イベントの間に発生した位置を以下のように修正した:(1)位置ドリフトをxとyと別々に決定した、(2)総ドリフトを各運動イベントの間に動いた距離で加重して位置に分配した。
フィーダー写真光線が食餌粒子でブロックされると、摂取イベントのオフセットの検出不成功が起こる。かようなエラーを検出するため、Ameobaと名付けられた高速最近隣密集化アルゴリズムを使用して写真光線遮断の間ネズミが一日中にとった全部の位置が密集化された。写真光線遮断の間に発生の個々のクラスターを同定するため、5cm標準が使用された。装置を中央とするクラスターが只一個存在する場合、これはネズミが摂取イベント全部の間装置の近くに居たことを示すので、摂取イベント終了時間は総て正確であったことを示す。一個以上のクラスターが存在する場合には、摂取装置に最も近くを中央とする最大のクラスターが有効のイベントを含んだと推定した。その他のクラスターのイベントは、これらのイベントの間動物が装置から遠くに居たことになるので除外された。この結果、総計480ネズミ日のうち68ネズミ日(14%)の写真光線遮断データが除外されたことになる。なめイベント終了エラーの検出のテストに同じアルゴリズムが使用されが、かようなエラーは検出されなかった
データはデータ収集に特異なエラーによっても除外された。一匹のネズミはフィーダーの中で寝ていることが観察されたため13−14日目のデータが除外された。又一匹のネズミは12日目に食餌ホッパーを空にしてしまったので、食餌を欠いて居たと思われたため、12−14日分のデータは除外された。8日目に数時間に亘って31°Cへとの温度制御が失われた理由で8−9日目のWTOBの一団のすべてのネズミのデータが除外された。
各ネズミについて行動は二つの状態に分類された:ネズミが長い間単一位置に居た不活動状態(IS)と動物が檻の中を動き回った活動状態(AS)とである。この分類は上記のように不活動位置閾値によって達成された。不活動閾値より長い持続時間の位置は不活動と分類された。或る期間において動物はホームベースを移転するので、単一ホームベースが使用された時期が捕獲できるように時間ウインドウを変化させた。動物をホームベースの位置から動かさないような小さい運動を平滑化するように空間フィルターが使用された。適当な時間ウインドウと空間フィルターを選択するのに、図11を参照して上記に説明したように状態分類エラーを最小化した。
各ネズミに関し、摂取イベントの開始から次の摂取イベントの開始までの間隔(イベント間間隔IEI)のすべての特徴を検査することにより摂食と摂飲のバウトを別々に分類した。各IEIをバウト内間隔(WBI)及びバウト間間隔(IBI)とに分類するため、IEIの以下の二つの特徴を検査した:(1)IEIの間にネズミが装置の位置に居残る確率、及び(2)IEI持続時間の総分布に対するIEIの持続時間。IEI分類の後、バウト開始及び終了は摂取イベント間におけるバウト内間隔の不断連続として同定された。明サイクル間のIEIの分類は暗サイクル間に発生するIEI分類と別個に実施された。
此処においてpik は位置i、クラスターkの装置における後位確率、NCはクラスターの数、Ndは位置数(Biemacki et al., 2000; Celeux and Soromenho, 1996)である。
単変数及び二変数正規混合分布のフィットは規則化重量ラムダを0.5(Ormoneit and Tresp, 1998; Ueda et al., 2000)とした規則化予想最大化(rEM)アルゴリズムを使用して実施された。データを最も好適にフィットする最少数の正規分布を選択するため、データに一個の分布をフィットすることで開始した。次いで2個のフィットの間の見込み率(LR)LR=2*(log(Ln+1) - log(Ln))をテスト統計として使用し、その後各正規分布を加えることによるデータのフィットへの改善をテストした。追加的正規分布のフィットは比較用の予想p値(カイ二乗分布から計算)がWBI及びIBI分類で0.01以上、バウトサイズ分割及び比較密集化で0.05以上となるまで続けられた。WBI及びIBI分類にはカイ二乗分布から計算された予想p値のWolfe修正も過剰フィット発生を減少するために使用された(McLachlan, 2000)。
各ネズミについて、摂取バウト期間でない活動状態で発生する運動(MASeIB)を移動運動(LM)或は非移動運動(NLM)に分類した。これは不活動状態の間或は摂取バウトの間に発生する運動を使用した監督下習得アルゴリズムを訓練セットとして使用して行われた。これらの運動は限定された区域で起こるので、「場所での運動」(”moving in place”(MIP)行動を示し(Drai et al.,2000)叉NLMイベントの特性を反映するはずである。従って、MIP運動は動物が檻を動き回る時移動のバウトの間に発生する運動と別個の筈である。MIPイベントの訓練セットをパラメタ化するため各位置に関して運動率(cm/s)と反転角(2個の運動ベクトルの内積)が使用された(下記に説明される)。
一般的に運動率を推定するには少なくとも二つの位置がサンプルされなくてはならない。我々はこれらのネズミの身長の約半分である理由で長さ5位置のウインドウを使用して各位置の運動率を計算した。最適のウインドウを選択するのに目的の位置の各側に4個の9位置に亘って移動して生成される8個のウインドウを比較した。持続時間及び反転角が目的の位置のそれらに最も類似した位置を含むウインドウは以下のように選択された。各比較ウインドウに関し、我々はそのウインドウの中の各位置の位置持続時間と反転角を平均して平均持続時間と平均反転角を計算した。目的の位置の運動率と反転角の推定に使用されるウインドウはこの位置の持続時間及び反転角と8個のウインドウに割り当てられたものとの間の距離を最小化するように選択された。この位置の運動率は次いで選択されたウインドウ内で第一から最後の位置まで移動された距離をこれらの位置間を移動するのに使われた持続時間で割って計算された。同様に、この位置の反転角が選択されたウインドウ内での反転角の平均として計算された。
AS持続時間が一日の時間に対して複雑な変化パタンを示すので、AS開始及び持続時間のこの日ごとのパタンが二つのグループの間で相違するものか試験する為に比較密集化と呼ばれるテクニクが開発された。更に、もし相違が存在した場合、比較密集化テクニクはAS開始時間で定義され二つのグループ間の相違に最も貢献した日ごとパタンの部分を同定した。
で与えられ、此処において co=制御データ点の観察された数、to=テストデータ点の観察された数、ce=制御データ点の予想数、te=テストデータ点の予想数、である。予想数ce及びteはクラスター内の点の総数を夫々制御及びテストデータセット内のネズミ日の相対的数で加重して計算された(例えば
此処においてNc=ネズミ日の制御数、Nt=ネズミ日のテスト数)。
グループ間の比較はtテスト或いはANOVA(Matlab)を使用して数々の異なる変数について行われた。与えられた解析レベルにおいて、複数比較のためのボンフェロニ修正が使用された。例えば日ごとの食餌の量、水、及び運動を比較するのに三つのテストで修正が行われた。
A.不活動状態分類
ネズミ住居檻行動の空間的構成は各動物の位置確率密度の推定で検査された(図21A)。この分布での頂点は動物が毎日何処で過ごすのか可能性の高い位置を示すものである。確率密度推定は典型的に巣の位置に対応する顕著な頂点を表した。この頂点から観察された巣の位置までの平均距離は3±1cm(平均±標準偏差)であった。追加的に、より小さい頂点が食餌ホッパー、水口、及び時として他の位置に観察された。従って、データは動物が他の位置より巣にいる時間が長いと言う強固な居住檻行動の空間的構成を表明した。
活動状態内の摂食及び摂飲の編成が行動要素としてのバウトの概念を使用して研究された。バウトは異なる行動で中断されることなく時間的に密集化される行動の繰り返しと定義された。摂取の時間的及び空間的両方の特性に関する情報を合体した摂取バウト同定用の自動化されたアルゴリズム(例えば図15を参照して上記において記述された)が摂食及び摂飲行動の定量化に使用された。摂食バウトの分類のためのアルゴリズム適応が殊に以下記載される。
ネズミ行為のISへの及び摂食、摂飲、移動及び「他の」バウトへの分類により住居檻におけるネズミ行動編成の詳細な検査が可能となる。一般的レベルにおいて、動物は摂食、摂飲及び移動バウトの強度並びにこれらのバウトに費やす時間量を変調させることによって日ごとの食餌及び水の摂取並びに移動距離を制御するものである。(図24及び25を参照。)我々はエネルギーバランス調整の遺伝学的摂動がこれらの行動の日ごとの量、時間及び強度に影響すると予期した。WTネズミと相対的にOBネズミは日ごとの運動の劇的な減少並びに移動バウトの強度及びこれらのバウトの従事に費やした時間での有意義的な減少を示した(図24)。OBネズミの食餌摂取は居住檻での初日に有意義的に上昇した(平均±標準偏差: WT 3.0±0.2g、OB 3.8±0.1g、p=0.007)が、WTネズミの摂取レベルはその後OBネズミのそれと有意義的に異ならないレベルにまで増加した(図24A)。
如何に行動編成が一日の時間に対して変化するかを決定するため、我々はIS及びAS特性の24時間周期変化を検討した。図26Aに各遺伝子型の一匹のネズミの24時間に亘る代表的AS及びISパタンが示される。ネズミ各自のこれらの日ごとパタンの再現性を示すため、運動、摂食及び摂飲イベントを表示するラスターが8日に亘りAS分類を上に毎日示されている(図26B)。ネズミに亘るこれら日ごとパタンの再現性を示すために、AS(図26C)及びIS(図26D)の持続時間対一日の時間もこれらのネズミに関して表示され、この一団の他の動物からのデータに重ねてある。
摂取及び運動バウト特性の24時間周期パタンへの表現型的影響は繰り返し測定ANOVAを使用して試験された。すべてのグループに亘って、摂取及び運動の日ごとのパタン並びに時間ごとのバウトの数はAS確率の場合(図27A,28A)と同様な薄明薄暮性パタンを表明した(図29A1−29A2、29B1−29B2,30A1−TA2,及び30B1−30B2)。対照的に、このようなパタンはバウトサイズについて(図29A4,30A4)或いはバウトの数がASにおいて費やされた時間の関数として表現される場合(図29A3,30A3)には観察されなかった。このことは摂取及び運動への24時間周期影響はバウトサイズやASバウト率への24時間周期効果でなく、主としてAS内にある確率の24時間周期変動の結果であることが示唆される。
活動状態内の行動の時間的構成を検索するために、我々は各ネズミのすべてのLCAS開始を整列し摂食、摂飲、LM及び「他の」行動の確率を次いで決定した。整列されたAS内の摂食、摂飲及び運動イベントを表示するイベント周囲ヒストグラムは構成に顕著な規則性を示した(図11及び12)。ネズミはAS内摂飲、移動及び「他の」行動の確率に減少のあった早期に摂食する可能性が最も高かった。AS内後になってネズミは「他の」行動のバウトに従事する可能性が最も高かった。この観察と合致して、すべての行動の確率へのAS内時間の影響はWTOB及びWT2C両方の比較において高度に有意義であった。更に、OBネズミはWTネズミよりも長期に亘ってASの開始時期での摂取確率を高く維持した(図31B1)。これはOBネズミが示すより長い摂取バウトの結果であるらしい。 OBネズミは更にASにおいて摂飲、移動及び「他の」行動の確率に遅延した増加を示した(図31)。 WT2Cの比較は更に表現型のASへの影響を示し、変種はは「他の」行動に従事する確率の早期増加と共に摂食の確率のより急速な減少を示した(図31)。DC間のAS内パタンの検討はすべてのグループにおける摂取、摂飲、移動及び「他の」バウトの確率の同様な変遷パタン並びにグループ間の同様な相違(データは示さず)を示した。
自由行動の動物において、行動的編成は複数の生理学的及び行動システムの機能及び作用の結果である。ネズミにおけるこの編成を定量的に検討するため、我々はネズミの居住檻行動の空間的及び時間的構成を記述するための自動化された再現性のある方法を開発した。この記述は行動の基本的単位(摂食、摂飲及び移動のバウト)の同定及びこれらのバウトのASへの時間的編成の特徴付けを含む。居住檻行動パタンの定量的記述が可能となると行動的編成の基本的特徴及び行動的編成における神経回路の役割の評価の為の有力なアプローチが提供される。このアプローチの有用性はエネルギーバランスを変化させる遺伝的変異に関する二本のネズミラインへの応用で強調される。状態及びバウト特性への深遠な表現型的効果はこれらの変異が行動調整に影響を与える様相について新しい洞察を提供する。
居住檻行動の編成定量化の第一ステップにはネズミの行動が活動と不活動の二つの別個の状態の交互の繰返しであるとの重要な観察が使用された。このことは 摂食及び摂飲で密集化する檻の回りの運動を示す居住檻行動記録の定量的検査で明らかにされた。これらの行動のクラスターの開始及び終了は動物が巣の近隣で示す最低度の運動の延長期間のエピソードで定義された。これは自然環境で観察される行動パタンを連想させるものである(Adams and Davis, 1967;Brown,1966;Gray et al.,1998;Hall and Stenseth,2000b;Herbes,1981)。多くの動物は定期的に自分の巣の領域をあさり歩き、巡回し、休息或は睡眠の為に戻ると言う空間の特徴的な使用法を示す。動物らはこうして単に動物の位置及び従事する行動によるのみならず消費エネルギー及び補食の危険の顕著な相違の面からも別個であるASとISの間の変遷を行うように見える(Lima and Dill,1990)。ASとISの間の変遷はこうして動物の状態における顕著な変化を示し、自由行動の動物の行動的編成の根本的特性を示すものである。
ASの間において、例えば摂食のような特種な行動イベントは時間的に密集化されて発生することを我々は観察した。行動イベントのかような密集化が自然及び実験室内両方の環境において現れることは長く知見されて居りバウトと呼ばれる行動単位を定義している(Berdoy,1993;Collier and Johnson,1997;Machlis,1977;Mayes and Duncan,1986;Morgan et al.,2000;Mori et al.,2001;Shull et al.,2001;Waggoner et al.,1998))。バウトを定量的に同定する能力はASにおけるこの基本的な単位の試験及び行動イベントの編成を可能とする。
AS及びその間に発生する行動イベントのパタンを定義する工程を案出した後、我々は行動編成のこれらのレベル間の関係を考慮した。摂取イベントの時間的構成の従来の研究はバウトの存在のみならずバウトの時間的密集が高程度の編成であることを記述した(Berdoy,1993;Machlis,1977;Tolkamp and Kyriazakis,1999;Yeates et al.,2001;Zorrilla et al.,2005)。かような研究は主として隔離における特殊な行動の構成に焦点を置いたものであったが、我々は摂食、摂飲及び移動のバウトはみなASの中で密集化していることを観察した。これはこの密集化の原因となる機構は特別な行動に独特なものではないことを示唆している。AS及びISの分類は従って複数の行動のクラスターへのバウトの高度に調整された編成で特徴付けられる動物の状態における基本的変遷を捕えるように見える。
複数の編成レベルに亘って種々の行動の連続的定量的評価を可能にするシステムの有用性は60年近くに亘って広範囲に研究されて来たOBネズミへの新しい表現型洞察によって強調される。顕著な発見の一つは、OBネズミにおけるIS時間の顕著な増加及びこれが達成される様相であった。この増加は移動及び「他の」行動のバウトに費やされる時間を犠牲にして達成されたものである。対照的に摂食及び摂飲に費やされた時間の量は維持された。その結果、ASの間摂食及び摂飲に費やされた時間の百分比の二倍になることがOBネズミにおいて観察された。時間の使用に関するこの移行は移動及び「他の」行動への従事に費やされた時間を犠牲にしてのISへの増加された優先度と共にOBネズミの行動的優先度の劇的な再編成を示すものである。
なお、本発明は、以下のような態様で実現することもできる。
適用例1:
測定期間に亘って測定システムを使用して収集された動物行動データのセットを濾過する方法であって、上記データは一定の測定地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報、一定地域における既知の箇所における複数の装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報、及び位置及び装置イベント情報に関連した時間情報から成るものであり、上記方法は
収集された行動データを入力する工程、
行動データを解析して (1)装置イベント情報と不一致な位置情報を装置の既知の位置に基づいて、 及び/或は(2)一個以上の装置に関し、その他の装置に関する装置イベント情報と不一致な装置イベントを装置イベントに関連する時間情報に基づいて検出する工程と、
検出された不一致の少なくとも幾らかに基づいてデータを更新する工程とから成る方法。
適用例2:
一個以上の装置に関し、その他の装置に関する装置イベント情報と不一致な装置イベントが同時或は重複する時間帯或は閾値の時間帯に発生する第一及び第二装置の装置イベントを同定する工程から成るものである、適用例1の方法。
適用例3:
行動データを解析する工程が虚偽装置イベント開始を同定する工程から成るものである、 適用例1の方法。
適用例4:
装置イベント情報と不一致な位置情報を検出する工程が、少なくとも若干の装置イベントの間の位置情報を装置の既知の位置に基づいて予期される動物の位置と比較することにより位置情報の修正を計算する工程から成るものである、 適用例1の方法。
適用例5:
装置イベント情報と不一致な位置情報を検出する工程が、装置イベントの終了の検出に関する測定システムの失敗によるデータを同定して排除する工程から成るものである、 適用例1の方法。
適用例6:
装置イベントが被験動物による固体及び/或は液体の摂取に関する情報である、 適用例1の方法。
適用例7:
一定地域が檻内部の地域である、 適用例1の方法。
適用例8:
被験動物がげっ歯動物である、 適用例1の方法。
適用例9:
装置が、食品消費表示器から成るものである、適用例1の方法。
適用例10:
装置が、液体消費表示器から成るものである、適用例1の方法。
適用例11:
装置が、薬品消費表示器から成るものである、適用例1の方法。
適用例12:
装置が、感覚的刺激に対する被験動物の応答、オペラント応答、或は新規対象への応答の少なくとも一個の表示器から成るものである、適用例1の方法。
適用例13:
測定期間に亘って測定システムを使用して収集された動物行動データのセットを濾過する方法であって、上記データは一定の測定地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報、及び一定地域における既知の箇所における複数の装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報から成るものであり、上記方法は
収集された行動データを入力する工程と、
虚偽装置イベント開始を同定して関連する装置イベント情報を削除する工程と、
少なくとも若干の装置イベントの間の位置情報を装置の既知の位置に基づいて予期される動物の位置と比較することにより位置情報への修正を計算する工程と、
計算された修正に基づいて位置情報を更新する工程と、
装置イベントの終了の検出に関する測定システムの失敗によるデータを同定して排除する工程とから成る方法。
適用例14:
虚偽装置イベントの同定が、
測定された位置のドリフトを測定期間に亘って時間の関数として計算する工程と、
各装置イベントに対し、装置イベントの時間における測定された位置のドリフトを装置イベントドリフトと比較する工程とから成る、適用例13の方法。
適用例15:
虚偽装置イベントの同定が、
各装置イベントに対し、装置イベントの時間における測定された位置のドリフトと装置イベントドリフトとの差を計算する工程と、
この差が既定の閾値を越える場合、装置イベント開始エラーの可能性ありとしてこの装置イベントをフラッグする工程とから更に成る、適用例14の方法。
適用例16:
虚偽装置イベント開始を同定して関連する装置イベント情報を削除する工程が、フラッグされた装置イベントの各々に関連するイベント情報を削除するか決定するために、フラッグされた装置イベントの表を使用者に提供する工程から成るものである、適用例15の方法。
適用例17:
各位置座標に関して、測定された位置のドリフトを、時間に対する定義された地域のその座標に沿った動物の測定された運動の境界の位置包絡線を生成することによって計算する工程から更に成るものである、適用例14の方法。
適用例18:
測定された位置のドリフトを測定する工程が、各座標に関して位置包絡線からの最大と最小の位置のドリフトを推定する工程から成るものである、適用例17の方法。
適用例19:
最大と最小の位置のドリフトを平均して測定期間に亘る時間に対する測定された位置のドリフトを計算する工程から更に成るものである、適用例18の方法。
適用例20:
位置包絡線を生成する工程が連続する凸状殻体を時間に対する座標位置にフィットする工程から成り、その頂点は座標位置の包絡線を定義するものであり、凸状殻体をフィットする工程は凸状殻体の各側の最小から最大位置までの距離が少なくとも既定の量になるまで殻体を拡張するものである、適用例17の方法。
適用例21:
既定の量が座標に沿った測定された地域の全長の少なくとも70%である、適用例20の方法。
適用例22:
装置イベントの終了の検出に関する測定システムの失敗によるデータを同定して排除する工程が、
一定の装置に関連したすべての装置イベントの位置情報を受ける工程と、
各装置イベントに関し、装置イベントの開始位置から最大距離を有する位置を決定する工程と、
密集化解析を実施して最大距離位置を密集化する工程と、
装置の既知の位置に基づき、装置イベント間における予期される動物位置にもっとも近いクラスターを受ける工程と、
受けられたクラスター以外で最大距離位置を有するイベントに関連するすべての装置イベント情報を削除する工程とから成るものである、適用例13の方法。
適用例23:
測定システムのプラットフォームエラーを検出する工程から更に成り、このプラットフォームエラー検出工程が、
測定地域の凸状殻体を生成し、測定地域足跡を定義する工程と、
測定期間内の動物の総ての測定された位置の凸状殻体を生成する工程と、
凸状殻体の重複を計算する工程と、
凸状殻体の間の重複の量及び定義された測定地域での運動に関する既知の情報に基づいて測定期間に収集されたデータを排除するか決定する工程とから成るものである、適用例13の方法。
適用例24:
測定期間に亘って収集された動物行動データのセットにおける虚偽の可能性のある装置イベントを同定する方法であって、上記データは一定の測定地域の被験動物の空間位置に関するイベント情報及び一定地区の既知の位置にある測定装置における或いはそれに対する被験動物の行動に関する装置イベント情報とから成る方法であって、
位置測定の総合ドリフトを測定期間の時間の関数として計算する工程と、
各装置イベントに関し、装置の既知の位置に基づく動物の推定位置と装置イベントの間の動物の測定された位置とを比較して装置イベントドリフトを計算し、装置イベントドリフトを装置イベントの時における総合ドリフトと比較する工程とから成るものである方法。
適用例25:
測定期間に亘って収集された動物行動データのセットにおける位置測定のドリフトを計算する方法であって、上記データは一定地域の被験動物の空間位置に関するイベント情報から成る方法であり、
時間に対して位置の連続的な凸状殻体を生成し、それにより測定期間における被験動物の測定位置の境界を定義する位置包絡線を生成する工程と、
最大位置のドリフトと最小位置のドリフトとを時間の関数としてこの位置包絡線から決定する工程と、
これら最大及び最小位置ドリフトから総合位置ドリフトを時間の関数として計算する工程とから成るものである方法。
適用例26:
空間次元の各々について総合位置ドリフトが独立に計算されるものである、適用例25の方法。
適用例27:
時間に対して位置の連続的な凸状殻体を生成する工程が連続する凸状殻体を時間に対する次元位置にフィットする工程から成り、その頂点は次元位置の包絡線を定義するものであり、凸状殻体をフィットする工程は凸状殻体の各側の最小から最大位置までの距離が定義された区域の総次元長の少なくとも既定の割合になるまで殻体を拡張するものである、適用例26の方法。
適用例28:
総合位置ドリフトが最大及び最小位置でのドリフトを平均して計算されるものである、適用例25の方法。
適用例29:
測定期間に亘って測定システムを使用し収集された動物行動データのセットにおける動物位置情報を修正する方法であって、上記データは一定の地域の被験動物の空間位置に関するイベント情報及び一定地区の既知の位置にある一個以上の種類の装置における或いはそれに対する被験動物の行動に関する装置イベント情報とから成る方法であって、
測定期間における対象の位置対時間のデータを入力する工程と、
一個よけいの種類の装置における動物行動に関する装置イベント情報を入力する工程と、
装置の既知の位置に基づいて第二装置イベントにおける被験動物の測定された位置を動物の予期された位置と比較することにより第一と第二装置イベントの間の測定された位置を修正し、測定された及び予期された位置の間の差が既定の閾値を超過する場合には決定し、差が既定の閾値を超過する場合には差を測定された位置に分配してそれらを修正することにより位置情報を修正する工程とから成る方法。
適用例30:
測定された及び予期された位置の間の差が連続した位置の間の距離で加重されて分配されるものである, 適用例29の方法。
適用例31:
或るタイプの第一装置イベントにおける空間位置座標を初期化する工程と、そのタイプの総てのその後の装置イベントとそのタイプのそれ以前の装置イベントの間の測定された位置を修正する工程とから更に成るものである, 適用例29の方法。
適用例32:
一個以上のタイプの装置イベントのため総ての或るタイプの連続した装置イベントの間の運動位置を修正する工程から成るものである、 適用例29の方法。
適用例33:
測定期間に亘って測定システムを使用して収集された動物行動データのセットの中の装置イベントの終了の検出に関する測定システムの不成功を同定する方法であって、上記データは一定の地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報、及び一定地域における既知の箇所における一つ以上のタイプの装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報から成るものであり、上記方法は
共通タイプの総ての装置イベントの間の位置情報を入力する工程と、
そのタイプの各装置イベントに関し、その装置イベント開始位置からの最大距離を有する位置を決定する工程と、
密集解析を実施して最大距離位置を密集させる工程と、
装置の既知の位置に基づいて装置イベントの間の動物の予期される位置に最も近いクラスターを入力する工程と、
入力されたクラスター外の最大距離位置を有するイベントに関連する装置イベント情報を除去する工程とから成る、方法。
適用例34:
動物行動データを収集するためのシステムにおけるプラットフォーム誤動作を検出する方法であって、上記データは測定地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報から成り、上記方法は
測定地域の凸状殻体を生成し、測定地域足跡を定義する工程と、
測定期間内の動物の総ての収集された位置の凸状殻体を生成する工程と、
凸状殻体の重複を計算する工程と、
凸状殻体の間の重複の量及び定義された測定地域での運動に関する既知の情報に基づいて測定期間に収集されたデータを排除するか決定する工程とから成るものである、
する工程とから成る、方法。
適用例35:
システムが被験動物の空間的位置を検出するためのロードビームから成るものである、適用例34の方法。
適用例36:
プラットフォーム誤動作の検出がロードビーム飽和誤動作を検出する工程から成るものである、適用例35の方法。
適用例37:
動物行動データのセットを濾過及び表示するコンピュータ実装の方法であって、上記のデータは一定の測定地域内での被験動物の空間的位置及び運動に関するイベント情報及び一定地域における既知の箇所における一個以上の装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報から成るものであり、上記の方法は
収集された行動データセットを入力する工程と、
潜在的虚偽装置イベント開始を同定する工程と、
潜在的虚偽運動イベントを同定する工程と、
同定された潜在的虚偽装置イベント及び同定された潜在的虚偽運動イベント情報を使用者に供する工程と、
同定された虚偽情報に関連し、使用者に選択され、コンピュータシステムへの使用者入力によって受領される品質指標を受ける工程と、
装置イベント情報を使用者に選択される品質指標に基づいて行動データから除外し、更新されたデータセットを生成する工程と、
更新されたデータセットに基づいて位置情報を修正する工程とから成るものである、方法。
適用例38:
修正された位置情報を使用する工程と測定システムによる装置イベントの終了の検出不成功の結果であるデータを同定する工程とから更に成るものである、適用例37のコンピュータ実装の方法。
適用例39:
潜在的虚偽装置イベントを同定する工程が測定期間に亘る位置測定における総合ドリフトを計算する工程、装置イベントの各々に関して動物の予期される位置を装置の既知の位置に基づいて装置イベントの間の動物の測定された位置と比較して装置イベントドリフトを計算する工程、及び装置イベントドリフトを装置イベントの時間における総合ドリフトと比較する工程とから成るものである、適用例37のコンピュータ実装の方法。
適用例40:
同定された潜在的虚偽装置イベント及び同定された潜在的虚偽運動イベント情報を使用者に供する工程が、測定期間に亘る位置測定の総合ドリフトを表示する図を供する工程から成るものである、適用例39のコンピュータ実装の方法。
適用例41:
同定された潜在的虚偽装置イベント及び同定された潜在的虚偽運動イベント情報を使用者に供する工程が、各装置イベントに関して総合ドリフトと装置イベントドリフトの相違を表示する図を供する工程から成るものである、適用例39のコンピュータ実装の方法。
適用例42:
使用者に予期された相関からの偏差を供する工程から更に成るものである、適用例37のコンピュータ実装の方法。
適用例43:
測定システムを使用して収集された動物行動データを解析する自動化された方法であって、上記行動データは一定の測定地域内の動物の位置に関する空間及び時間情報から成るものであり、上記方法が空間及び時間情報を使用して被験動物の活動及び不活動状態の間の遷移を同定する工程から成るものである自動化された方法。
適用例44:
空間情報と時間情報の両方を使用して同定された活動状態内の行動状態を特徴付ける工程から更に成るものである適用例43の自動化されたもの。
適用例45:
測定システムを使用して収集された動物行動データを解析する方法であって、上記行動データは一定の測定地域内の動物の位置に関する空間的及び時間的情報から成り、上記方法は
空間的情報を使用して活動及び不活動状態間の遷移を同定し、時間的期間内の被験動物運動の間の最長持続時間の位置の決定から成るものである、方法。
適用例46:
空間的情報を使用して活動及び不活動状態間の遷移を同定する工程が最長持続時間の位置からのその時間的期間内における被験動物のその他の位置の相対的距離を決定する工程から更に成るものである、適用例45の方法。
適用例47:
活動及び不活動状態間の遷移を同定する工程が不活動位置持続時間閾値を決定する工程から成るものである、適用例45の方法。
適用例48:
空間的情報と時間的情報の両方を使用して同定された活動状態内の行動状態を特徴付ける工程から更に成るものである、適用例45の方法。
適用例49:
測定システムを使用して測定期間に亘り収集された動物行動データから時間ウインドウ内の被験動物の不活動状態を同定する方法であって、この動物行動データは測定地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報から成り、上記方法は
時間ウインドウ内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報を入力する工程と、
上記イベント情報を解析して時間ウインドウ内の位置の持続時間に関する情報を決定する工程と、
時間ウインドウ内における最長持続時間位置を決定する工程と、
最長持続時間位置から各位置への空間的距離に関する情報を決定する工程と、
距離及び持続時間情報を使用して時間ウインドウ内の被験動物の不活動状態を同定する工程とから成るものである、方法。
適用例50:
動物行動データが測定地域における既知の箇所における一つ以上のタイプの装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報から更に成り、同定された不活動状態内で発生する如何なる装置イベントをも同定する工程から更に成るものである、適用例49の方法。
適用例51:
不活動状態エラー率に基づいて分類を更新する工程から更に成るものである、適用例50の方法。
適用例52:
不活動状態エラー率が同定された不活動状態の間の装置イベントの発生によるものである、適用例50の方法。
適用例53:
装置イベントを有する不活動状態を活動状態と再分類する工程から更に成るものである、適用例50の方法。
適用例54:
活動状態エラー率を計算する工程から更に成るものである、適用例50の方法。
適用例55:
活動状態エラー率を計算する工程が各活動状態の間に被験動物によって占められた地区を不活動状態の間にその動物で占められた地区と比較する工程から成るものである、適用例54の方法。
適用例56:
その測定期間において複数の時間ウインドウ用に被験動物の不活動状態を同定し、時間ウインドウを選択する工程から更に成るものである、適用例49の方法。
適用例57:
位置の持続時間を決定するのに二つの連続する位置の間の最小距離を定義するものである複数の運動閾値用に被験動物の不活動状態を同定する工程と運動閾値を選択する工程とから更に成るものである、適用例49の方法。
適用例58:
測定システムを使用して測定期間に亘って収集された被験動物行動データのセットを解析する自動化された方法であって、
その測定期間における一定地域内での被験動物に関する位置追跡情報及びその測定期間における一個以上の時間的パタンに関する情報を受ける工程と、
その位置追跡情報及び時間的情報を使用して一個以上の行動のバウトを同定する工程とから成る、自動化された方法。
適用例59:
その一定測定地域における既知の箇所における一個以上の装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報を受ける工程から更に成り、各装置が特定の行動に関するものである、適用例58の方法。
適用例60:
測定システムを使用して測定期間に亘って収集された被験動物行動データのセットを解析する方法であって、
その測定期間における被験動物の空間的位置に関する空間情報及びその測定期間における一個以上の行動の時間的パタンに関する情報を入力する工程と、
その空間的情報及び時間的情報を使用して一個以上の行動のバウトを同定する工程とから成り、
この空間的情報はイベントの間及びイベント間の間隔における被験動物の空間的位置に関する情報から成り、イベント間の間隔とは装置における連続した装置イベントの間の間隔のことである、方法。
適用例61:
空間的情報を使用して行動バウトを同定する工程が各イベント間間隔に関する最遠イベント間間隔位置(MDIP)を決定する工程から成り、このMDIPとはこのイベント間間隔における被験動物の装置からの最大距離のことである、適用例60の方法。
適用例62:
空間的情報を使用して行動バウトを同定する工程が各MDIPについてそれが考慮中の装置のところ或いはそれから離れているかに分類する工程から成るものである、適用例61の方法。
適用例63:
各MDIPについてそれが考慮中の装置のところ或いはそれから離れているかに分類する工程がそのイベント間間隔においてその被験動物がその装置のところにいる確率を決定する工程から成るものである、適用例62の方法。
適用例64:
空間的情報を使用して行動バウトを同定する工程が決定されたMDIPに二変量正規の混合モデルをフィットする工程から成るものである、適用例63の方法。
適用例65:
混合モデルをフィットする工程が以前の正規分布からの局地的データセットの生成を利用する自動化初期化法を使用して可能なすべての結合と共に更なる初期化のために以前の分布の各々を二部に分割する工程から成るものである、適用例64の方法。
適用例66:
時間的情報がイベント間間隔持続時間(ID)の各々に関する情報から成り、イベント間間隔が装置における連続した装置イベントの間の間隔である、適用例60の方法。
適用例67:
時間的情報を使用して行動のバウトを同定する工程が対数正規分布の混合をID分布にフィットする工程から成るものである、適用例66の方法。
適用例68:
対数正規分布は動物が装置のところに留まる確率に基づいて二部に分割されるものである、適用例67の方法。
適用例69:
対数正規分布はイベント間間隔における動物の位置に関する空間的情報に基づいて二部に分割されるものである、適用例67の方法。
適用例70:
空間的情報及び時間的情報を使用して一個以上の行動のバウトを同定する工程が各イベント間間隔に関し動物が装置のところにいる確率を推定しそのイベント間間隔の持続時間を他のイベント間間隔の持続時間と比較する工程から成るものである、適用例60の方法。
適用例71:
テストグループの行動データパタンを制御グループのそれと比較する方法であって、
テスト被験動物のグループに関連する行動データから成るテストデータセットを入力する工程と、
制御被験動物のグループに関連する行動データから成る制御データセットを入力する工程と、
テスト及び制御データセットからの行動データを結合する工程と、
結合されたデータセットを選択された数のクラスターへ密集化する工程と、
制御及びテストデータセットの中の行動データは同じであるとの仮定に基づいて各クラスターに関してカイ二乗の統計を計算する工程と、
すべてのクラスターのカイ二乗の統計を加算してテストグループデータと制御グループデータの間の差の度合を求める工程と、
テスト及び制御グループ間の被験動物のデータを並び替えてこの差の意義の度合いを得る工程と、
この差が統計的に有意義である場合には、この差に最も貢献するクラスターを決定する工程戸から成る方法。
適用例72:
グループ比較の中の間及び間のデルタカイ二乗のp値を最小化してクラスターの数を選択する工程から更に成るものである、適用例71の方法。
適用例73:
運動のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例74:
摂食のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例75:
摂飲のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例76:
薬品摂取のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例77:
睡眠のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例78:
テスト対象とのコンタクトのパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例79:
他の動物或いは感覚的刺激への応答のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例80:
オペラント応答のパタンが比較されるものである、適用例71の方法。
適用例81:
生理学的測定が比較されるものである、適用例71の方法。
適用例82:
生理学的測定が心拍率、新陳代謝率、血圧、体温の一つから選ばれるものである、適用例81の方法。
適用例83:
活動状態頻度或いは持続時間が比較されるものである、適用例71の方法。
適用例84:
不活動状態頻度或いは持続時間が比較されるものである、適用例71の方法。
適用例85:
行動バウト頻度或いは持続時間が比較されるものである、適用例71の方法。
適用例86:
摂取量情報が比較されるものである、適用例71の方法。
適用例87:
動物行動監視システムであって、
一定の測定地区、
この一定の測定地区内の動物の行動に関し、一定の測定地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報、一定地域における既知の箇所における複数の装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報、及び位置及び装置イベント情報に関連した時間情報から成るものであるデータを収集するためのこの一定測定地区内の既知の箇所にある複数の装置、
この複数の装置から収集された行動データを受けるように構成されたインタフェイスと、
収集された行動データを収納するための一個以上のメモリと、
行動データを解析して (1)装置イベント情報と不一致な位置情報を装置の既知の位置に基づいて、 及び/或は(2)一個以上の装置に関し、その他の装置に関する装置イベント情報と不一致な装置イベントを装置イベントに関連する時間情報に基づいて検出し、少なくとも検出された不一致の幾らかに基づいてデータを更新する一個以上のプロセッサとから成る動物行動監視システム。
適用例88:
動物行動監視システムであって、
一定の測定地区、
この一定の測定地区内の動物の行動に関し、一定の測定地域内での被験動物の空間的位置に関するイベント情報、一定地域における既知の箇所における複数の装置における及びそれに対するこの被験動物の行動に関する装置イベント情報、及び位置及び装置イベント情報に関連した時間情報から成るものであるデータを収集するためのこの一定測定地区内の既知の箇所にある複数の装置、
この複数の装置から収集された行動データを受けるように構成されたインタフェイスと、
収集された行動データを収納するための一個以上のメモリと、
虚偽装置イベント開始を同定して関連する装置イベント情報を削除し、少なくとも若干の装置イベントの間の位置情報を装置の既知の位置に基づいて予期される動物の位置と比較することにより位置情報への修正を計算し、計算された修正に基づいて位置情報を更新し、装置イベントの終了の検出に関する測定システムの失敗によるデータを同定して排除する一個以上のプロセッサとから成る動物行動監視システム。
Claims (20)
- 測定期間に亘って収集された動物行動データのセットを分析する方法であって、
前記データは、
ある時間ウィンドウ中における一定の測定地域内での被験動物の空間的位置に関する空間情報と、
前記空間的位置に関連づけられた時間情報と、を含むものであり、
前記方法は
収集された行動データを行動監視システムが入力する工程、
前記行動データを解析することにより、前記空間および時間情報を使用して被験動物の活動および不活動状態の間の遷移を同定する工程と、を備え、
前記時間ウィンドウの期間は、活動を示す複数の異なる種類の測定行動の確率が増加した状態である活動状態と、1以上の特徴的位置にいる確率が高い状態である不活動状態と、に別個に分離される、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
前記入力された行動データを解析することにより前記被験動物の活動および不活動状態間の推移を特定する工程は、
前記時間ウィンドウ内で前記測定地域内の複数の位置で前記被験動物が過ごした複数の持続時間を求める工程と、
前記時間ウィンドウ内で前記被験動物が過ごした持続時間が最も長かった最長持続時間位置を求める工程と、
前記最長持続時間位置から、前記時間ウィンドウ内における前記被験動物が過ごした他の複数の位置への相対的な距離を求める工程と、
前記距離の情報と前記持続時間の情報とを用いて、前記時間ウィンドウ内での前記被験動物の不活動状態を特定する工程と、を備える方法。 - 請求項2に記載の方法であって、
前記距離の情報と前記持続時間の情報とを用いて前記時間ウィンドウ内での前記被験動物の不活動状態を特定する工程は、前記距離の情報と前記持続時間の情報とを用いて、前記被験動物が不活動状態と判定されるのに必要な、1つの位置で過ごす最小持続時間の閾値を求めること、を備える方法。 - 請求項2または3のいずれかに記載の方法であって、
前記測定地域内の複数の位置で前記被験動物が過ごした複数の持続時間を求める工程は、2つの隣接した位置間の最小の距離を規定する運動閾値を設定すること、を備える方法。 - 請求項2〜4のいずれかに記載の方法であって、さらに、
前記測定地域内の既知の場所で、1種類以上の装置におけるまたは1種類以上の装置を用いた前記被験動物の相互作用イベントに関する装置イベント情報であって、前記動物行動データの一部として入力された装置イベント情報によって示される装置イベントが、その間に生じた不活動状態を、間違って特定された不活動状態として識別すること、および
各活動状態の間に前記被験動物が占有していた場所を不活動状態の間に前記被験動物が占有していた場所と比較することにより、間違って特定された活動状態を識別すること、
のうちの少なくとも1つを実行することによって、間違って特定された活動状態を識別する工程を備える、方法。 - 請求項5に記載の方法であって、さらに、
前記識別された間違って特定された活動状態を考慮して、活動状態と不活動状態との分類を更新する工程を備える、方法。 - 請求項5または6のいずれかに記載の方法であって、さらに、
間違った分類と識別された状態の比率に基づいて、活動状態分類誤差率を求める工程を備える、方法。 - 請求項4に従属する請求項7に記載の方法であって、さらに、
時間ウィンドウと運動閾値との複数の組み合わせに関して、
前記被験動物に関する行動状況情報を取得する工程と、
前記行動状況情報に関する前記活動状態分類誤差率を求める工程と、
を繰り返す工程と、
前記求めた活動状態分類誤差率に基づいて、時間ウィンドウと運動閾値との組み合わせの1つに関する行動状況情報を選択する工程と、を備える、方法。 - 請求項8に記載の方法であって、
前記行動状況情報を選択する工程は、
前記活動状態分類誤差率を最小にする運動閾値を特定する工程と、
前記最長持続時間位置から所定距離以上離れた不活動位置が最も少ない最大の時間ウィンドウと、前記特定された運動閾値と、の組合せを選択する工程と、を備える方法。 - 請求項1〜9のいずれかに記載の方法であって、
前記入力された行動データは、前記一定の測定地域内の既知の場所における1つ以上の装置であって各々特定の行動に関連する装置と、前記被験動物と、の相互作用イベントに関する装置イベント情報を含み、
前記方法は、さらに、
前記入力された行動データに含まれる前記空間的情報、前記時間的情報および前記装置イベント情報を用いて、特定された活動状態における1つ以上の行動のバウトを特定する工程を備える、方法。 - 請求項10に記載の方法であって、
前記空間的情報が、イベント中およびイベント間の間隔における前記被験動物の空間的位置に関する情報を含み、イベント間の間隔は、所定装置における連続した装置イベントの間の間隔を意味し、
前記空間的情報は、前記イベント間の間隔における前記被験動物の所定装置からの最大距離を意味する最遠イベント間間隔位置(MDIP)を、イベント間の各間隔について求めるのに使用され、
各最遠イベント間間隔位置は、検討対象の前記装置の位置にある、または検討対象の前記装置から離れていると分類される、方法。 - 請求項11に記載の方法であって、
前記イベント間の間隔において検討対象となる装置の場所に前記被験動物がいる確率を求めることによって、各最遠イベント間間隔位置を、前記検討対象の装置の位置にあるか、または前記検討対象の装置から離れた位置にあると、分類する、方法。 - 請求項10〜12のいずれかに記載の方法であって、
前記時間的情報が、イベント間の各間隔持続時間(ID)に関する情報を含み、イベント間の間隔は、所定装置における連続した装置イベントの間の間隔を意味し、
対数正規分布の混合体は、ID分布にフィッティングされ、
前記被験動物が前記装置の位置にそのままいる確率に基づいて、前記対数正規分布は、2つのグループに分割される、方法。 - 請求項13に記載の方法であって、
前記イベント間の間隔における前記被験動物の位置に関する空間的情報に基づいて、前記対数正規分布が、2つのグループに分割される、方法。 - 請求項10に記載の方法であって、
前記空間的情報は、イベント中およびイベント間の間隔における前記被験動物の空間的位置に関する情報を含み、イベント間の間隔は、所定装置における連続した装置イベントの間の間隔を意味し、
前記被験動物が前記装置の場所にいる確率を推定して、前記イベント間の間隔の持続時間を他のイベント間の間隔の持続時間と比較することによって、前記行動データを用いて、前記1つ以上の行動のバウトを特定する、方法。 - 請求項10に記載の方法であって、
前記1つ以上の行動のバウトを特定する工程は、摂食、摂飲、移動運動、非移動運動、休息、または睡眠のバウトを含む、方法。 - 請求項1〜16のいずれかに記載の方法であって、さらに、
測定システムを使用して、前記被験動物について、空間的および時間的測定を行うことにより、前記行動データを収集する工程と、
前記収集された行動データをコンピュータシステムに提供する工程と、を備える、方法。 - 請求項1〜17のいずれかに記載の方法であって、さらに、
異なる複数の動物について、活動状態および不活動状態の時間的パターンを比較する工程を含む、方法。 - 被験動物についての情報を取得するシステムであって、
動物の行動データを収集する測定システムと、
プロセッサと、
前記請求項1〜18のいずれかに記載の方法を用いて、被験動物についての情報を取得する処理を前記プロセッサで実行する命令を格納した1以上のコンピュータ読み取り可能記憶媒体と、を含む、システム。 - コンピュータプログラムであって、
被験動物についての情報を取得するためのプログラムコードを含み、
前記プログラムコードは、前記請求項1〜18のいずれかに記載の方法を実行する命令を含む、コンピュータプログラム。
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