JP5569761B1 - 分析方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】対象物体を、等電点方向と、該等電点方向に略直交する分子量方向とに二次元電気泳動させる工程と、前記二次元電気泳動させた対象物体を含む媒体を、前記等電点方向に沿った分断面と、前記分子量方向に沿った分断面とで格子状に分断する工程と、前記分断された媒体間で前記対象物体を比較する工程と、を含む分析方法。
【選択図】図1
Description
<第1実施形態>
図1は、第1実施形態に係る分析方法の流れを示すフローチャートの一例である。まず、分析者は、IPG(固定化pH勾配ゲル)ゲルストリップ1を用意する(ステップS100)。図2は、IPGゲルストリップ1の外観形状の一例を示す図である。図2に示すように、IPGゲルストリップ1は、一次元電気泳動用のサンプル含有媒体2と、サンプル含有媒体2を支持する支持体3とを備える。サンプル含有媒体2は、等電点電気泳動によりサンプル(対象物体)が分離される媒体である。サンプルは、例えばタンパク質などの生体サンプルである。サンプル含有媒体2としては、二次元電気泳動の一次元目用ゲルとして用いられるものが利用でき、例えば、ポリアクリルアミド、アガロース、寒天、およびデンプンからなる群より選ばれるゲル化剤によりゲル化された固定化pH勾配(Immobilized pH gradient: IPG)ゲルなどが好適に用いられる。支持体3としては、例えばプラスチック製の板やフィルムなどを用いることができる。
分断された媒体間でサンプルを比較するため、2次元電気泳動により分離された対象物体を、特定の等電点領域と分子量領域を持ったまま質量分析器を用いて高感度で検出することができる。
以下、第2実施形態に係る分析方法について説明する。第2実施形態に係る分析方法では、等電点マーカーや分子量マーカーを用いるのではなく、サンプル分離媒体支持板に付された基準表示に従って、分断された各ブロックの等電点と分子量を把握する。
分断された媒体間でサンプルを比較するため、2次元電気泳動により分離された対象物体を、特定の等電点領域と分子量領域を持ったまま質量分析器を用いて高感度で検出することができる。
(付記1)
対象物体を、等電点方向と、該等電点方向に略直交する分子量方向とに二次元電気泳動させる工程(ステップS110)と、前記二次元電気泳動させた対象物体を含む媒体を、前記等電点方向に沿った分断面と、前記分子量方向に沿った分断面とで格子状に分断する工程(ステップS120)と、前記分断された媒体間で前記対象物体を比較する工程(ステップS130)と、を含む分析方法(図1)。
(付記2)
付記1記載の分析方法であって、前記二次元電気泳動が行われた状態で、基準となる複数の分子量および複数の等電点の位置に分析者によって視認可能なマーカー(62、65)が配置されるように、一次元目の電気泳動前および/または二次元目の電気泳動前に、既知の等電点と既知の分子量を持つマーカーを媒体に混入させる工程を更に含む、分析方法。
(付記3)付記1記載の分析方法であって、
前記二次元電気泳動させた対象物体を含む媒体を保持する保持部材(70)に、分子量および等電点を示す基準表示(73)がなされており、前記対象物体を比較する工程において、前記基準表示から把握される分子量および等電点を用いる、分析方法。
(付記4)付記1から3のうちいずれか1記載の分析方法であって、前記対象物体を比較する工程において、同定された前記対象物体の量を比較する、分析方法。
(付記5)付記1から4のうちいずれか1項記載の分析方法であって、前記対象物体は、タンパク質であり、記対象物体を比較する工程において、同定された前記タンパク質を比較することにより、翻訳後修飾の差を比較する、分析方法。
(付記6)
付記1から5のうちいずれか1項記載の分析方法であって、前記対象物体は、タンパク質であり、前記対象物体を比較する工程において、前記分断された媒体内に含まれるタンパク質を抽出し、質量分析装置を用いて前記抽出したタンパク質を同定する、分析方法。
(付記7)
付記1から6のうちいずれか1項記載の分析方法であって、前記対象物体は、タンパク質であり、前記対象物体を比較する工程において、前記分断された媒体内に含まれるタンパク質をタンパク質分解酵素で消化し、該消化した結果生じたペプチドを抽出し、質量分析装置を用いて前記抽出したタンパク質を同定する、分析方法。
(付記8)
付記1から7のうちいずれか1項記載の分析方法であって、前記対象物体は、異なる安定同位体で標識したタンパク質サンプルを混合したものである、分析方法。
(付記9)
付記1から7のうちいずれか1項記載の分析方法であって、前記対象物体は、タンパク質であり、前記対象物体を比較する工程において、前記分断された媒体内に含まれるタンパク質をエンドペプチダーゼで切断し、質量分析装置を用いてタンパク質の同定と異なる安定同位体タンパク質の量を比較する、分析方法。
Claims (9)
- 対象物体を、等電点方向と、該等電点方向に略直交する分子量方向とに二次元電気泳動させる工程と、
前記二次元電気泳動させた対象物体を含む媒体を、前記等電点方向に沿った分断面と、前記分子量方向に沿った分断面とで格子状に分断する工程と、
前記分断された媒体間で前記対象物体を比較する工程と、
を含む分析方法。 - 請求項1記載の分析方法であって、
前記二次元電気泳動が行われた状態で、基準となる複数の分子量および複数の等電点の位置に分析者によって視認可能なマーカーが配置されるように、一次元目の電気泳動前および/または二次元目の電気泳動前に、既知の等電点と既知の分子量を持つマーカーを前記媒体に混入させる工程を更に含む、
分析方法。 - 請求項1記載の分析方法であって、
前記二次元電気泳動させた対象物体を含む媒体を保持する保持部材に、分子量および等電点を示す基準表示がなされており、前記対象物体を比較する工程において、前記基準表示から把握される分子量および等電点を用いる、
分析方法。 - 請求項1から3のうちいずれか1記載の分析方法であって、
前記対象物体を比較する工程において、同定された前記対象物体の量を比較する、
分析方法。 - 請求項1から4のうちいずれか1項記載の分析方法であって、
前記対象物体は、タンパク質であり、
記対象物体を比較する工程において、同定された前記タンパク質を比較することにより、翻訳後修飾の差を比較する、
分析方法。 - 請求項1から5のうちいずれか1項記載の分析方法であって、
前記対象物体は、タンパク質であり、
前記対象物体を比較する工程において、前記分断された媒体内に含まれるタンパク質を抽出し、質量分析装置を用いて前記抽出したタンパク質を同定する、
分析方法。 - 請求項1から6のうちいずれか1項記載の分析方法であって、
前記対象物体は、タンパク質であり、
前記対象物体を比較する工程において、前記分断された媒体内に含まれるタンパク質をタンパク質分解酵素で消化し、該消化した結果生じたペプチドを抽出し、質量分析装置を用いて前記抽出したタンパク質を同定する、
分析方法。 - 請求項1から7のうちいずれか1項記載の分析方法であって、
前記対象物体は、異なる安定同位体で標識したタンパク質サンプルを混合したものである、
分析方法。 - 請求項1から7のうちいずれか1項記載の分析方法であって、
前記対象物体は、タンパク質であり、
前記対象物体を比較する工程において、前記分断された媒体内に含まれるタンパク質をエンドペプチダーゼで切断し、質量分析装置を用いてタンパク質の同定と異なる安定同位体タンパク質の量を比較する、
分析方法。
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