JP5368101B2 - Pde4d対立遺伝子変異体と脳卒中との関連 - Google Patents
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Description
a)前記個人由来のサンプル中においてPDE4D遺伝子座内の少なくとも1つの多型を含む対立遺伝子の存在もしくは不在を検出する工程であって、前記対立遺伝子の存在が高血圧を有していない個人における脳卒中の素因と関連している工程と、および
b)前記ヒトにおける脳卒中の素因の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、前記対立遺伝子の存在が高血圧を有していない個人における脳卒中の素因と関連している工程と、を含む方法を提供する。1つの実施形態では、多型は、高血圧を有している個人における脳卒中を予測しない。1つの実施形態では、多型は、高血圧を有している個人における脳卒中を独立して予測する。
a)前記ヒト由来のサンプル中でPDE4D遺伝子座のSNP175 T/Cを検出する工程と、および
b)前記ヒトにおける脳卒中の素因の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記多型の1つの対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、Tの存在が高血圧を有している個人における脳卒中の素因と関連している工程と、を含む方法を提供する。
SNP9 A/GのA対立遺伝子とG対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー;または
SNP219 C/TのC対立遺伝子とT対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー;または
SNP220 C/AのC対立遺伝子とA対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー、を含むキットを提供する。典型的には、プローブもしくはプライマーは、重合依存性反応、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)もしくはプライマー伸長反応において多型対立遺伝子間を識別する。多型の1つの対立遺伝子の選択的増幅は、増幅反応と同時に(すなわち、「リアルタイム」で)、または増幅反応に続いて検出することができる。
SNP175 T/CのT対立遺伝子とC対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー、を含むキットを提供する。
プログラムコードでコード化されたコンピュータ可読媒体を含み、前記プログラムコードは、
ホストコンピュータで、個人における脳卒中の素因と関連するPDE4D遺伝子座の多型の1つの対立遺伝子の存在を指示する情報を受信するためのコンピュータコードであって、前記多型はSNP9 A/G、SNP219 C/T、SNP42 A/G、SNP220 C/A、AC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT8、TCAT9、TCAT10、TCAT11、TCAT12もしくはTCAT13)、およびSNP175 T/Cからなる群から選択されるコンピュータコードと、および
前記個人における脳卒中の素因を決定するためのコンピュータコードであって、前記個人が、
SNP9 A/G内のA;
SNP219 C/T内のT;
SNP42 A/G内のG;
SNP220 C/A内のA;
AC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT);または
SNP175 T/C内のTを有する場合に脳卒中の素因が予測されるコンピュータコード、を含むコンピュータプログラム製品を提供する。
ホストコンピュータで、個人における脳卒中の素因と関連するPDE4D遺伝子座の多型の1つの対立遺伝子の存在を指示する情報を受信する工程であって、前記多型はSNP9 A/G、SNP219 C/T、SNP42 A/G、SNP220 C/A、AC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT)、およびSNP175 T/Cからなる群から選択される工程と、および
前記個人における脳卒中の素因を決定する工程であって、前記個人が、
SNP9 A/G内のA;
SNP219 C/T内のT;
SNP42 A/G内のG;
SNP220 C/A内のA;
AC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT);または
SNP175 T/C内のT、を有する場合に脳卒中の素因が予測される工程と、を含む方法を提供する。
本発明は、個人の高血圧状態と相関させた場合の個人における脳卒中のリスク増加の指標であるホスホジエステラーゼ4D(PDE4D)遺伝子の多型の発見に基づいている。本明細書に記載したPDE4Dについてはこれまでに多数の遺伝子変異体が同定されているが、それらの存在もしくは不在が脳卒中の予測リスクと有意に相関付けられたことはなかった。しかし本発明者らは、個人を彼らの高血圧状態(すなわち、高血圧を有しているか否か)にしたがって層化すると、それらの存在もしくは不在が脳卒中のリスクを予測する、単独もしくは組み合わせた所定の多型が同定されることを発見した。
用語「脳卒中」は、限局性血管疾患に起因する神経学的欠損の突発によって規定される脳血管発作を意味する(Kasperら、Harrison’s Principles of Internal Medicine,2005、第16版、McGraw−Hillの第349章を参照されたい)。用語「脳卒中」には、制限なく、虚血性脳卒中、心塞栓性脳卒中、出血性脳卒中、アテローム血栓性脳梗塞、裂孔(小血管)梗塞、頸動脈性脳卒中、大血管性脳卒中などを含む様々な臨床的に規定された種類の脳卒中のいずれかが含まれる。
第1態様では、本発明は、高血圧を有していない個人における脳卒中の素因を予測する方法であって、
a)前記個人由来のサンプル中においてPDE4D遺伝子座内の少なくとも1つの多型を含む対立遺伝子の存在もしくは不在を検出する工程であって、前記対立遺伝子の存在が高血圧を有していない個人における脳卒中の素因と関連している工程と、および
b)前記ヒトにおける脳卒中の素因の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、前記対立遺伝子の存在が高血圧を有していない個人における脳卒中の素因と関連している工程と、を含む方法を提供する。1つの実施形態では、多型は、高血圧を有している個人における脳卒中を予測しない。1つの実施形態では、多型は、高血圧を有している個人における脳卒中を独立して予測する。一部の実施形態では、本方法は、虚血性脳卒中、頸動脈性脳卒中、心原性脳卒中、心塞栓性脳卒中、小血管性脳卒中もしくは大血管性脳卒中を予測する。
SNP9 A/G(Aの存在は脳卒中の素因と関連している)と、
SNP219 C/T(Tの存在は脳卒中の素因と関連している)と、
SNP42 A/G(Gの存在は脳卒中の素因と関連している)と、
SNP220 C/A(Aの存在は脳卒中の素因と関連している)と、および
AC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT)(9個のマイクロサテライトリピート(TCAT)の存在は脳卒中の素因と関連している)と、からなる群から選択される。
予測する工程は、以下の多型、
SNP9 A/G(Aの存在は脳卒中の素因と関連している);
SNP219 C/T(Tの存在は脳卒中の素因と関連している);
SNP42 A/G(Gの存在は脳卒中の素因と関連している);
SNP220 C/A(Aの存在は脳卒中の素因と関連している);および
AC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT)(9個のマイクロサテライトリピート(TCAT)の存在は脳卒中の素因と関連している)のうちの少なくとも1つが存在する場合に脳卒中の素因を予測する工程を含んでいる。
前記ヒト由来のサンプル中でPDE4D遺伝子座のSNP175 T/Cを検出する工程と、および
前記ヒトにおける脳卒中の素因の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記多型の1つの対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、Tの存在が高血圧を有している個人における脳卒中の素因と関連している工程と、を含む方法を提供する。
前記ヒト由来のサンプル中でPDE4DのAC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT)を検出する工程と、および
前記ヒトにおける脳卒中のリスク減少の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記多型の1つの対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、10個のマイクロサテライトリピート(TCAT)の存在が高血圧を有していない個人における脳卒中のリスク減少と関連している工程と、を含む方法を提供する。一部の実施形態では、10もしくは12個のマイクロサテライトリピート(TCAT)の存在が脳卒中のリスク減少と関連している。
プログラムコードでコード化されたコンピュータ可読媒体を含み、前記プログラムコードが、
ホストコンピュータで、個人における脳卒中の素因と関連するPDE4D遺伝子座の多型の1つの対立遺伝子の存在を指示する情報を受信するためのコンピュータコードであって、前記多型はSNP9 A/G、SNP219 C/T、SNP42 A/G、SNP220 C/A、AC008818−1内のマイクロサテライトリピート、およびSNP175 T/Cからなる群から選択されるコンピュータコードと、および
前記個人における脳卒中の素因を決定するためのコンピュータコードであって、前記個人が、
SNP9 A/G内のA;
SNP219 C/T内のT;
SNP42 A/G内のG;
SNP220 C/A内のA;
AC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT);または
SNP175 T/C内のT、を有する場合に脳卒中の素因が予測されるコンピュータコード、を含むコンピュータプログラム製品を提供する。
ホストコンピュータで、個人における脳卒中の素因と関連するPDE4D遺伝子座の多型の1つの対立遺伝子の存在を指示する情報を受信する工程であって、前記多型はSNP9 A/G、SNP219 C/T、SNP42 A/G、SNP220 C/A、AC008818−1内のマイクロサテライトリピート、およびSNP175 T/Cからなる群から選択される工程と、および
前記個人における脳卒中の素因を決定する工程であって、前記個人が、
SNP9 A/G内のA;
SNP219 C/T内のT;
SNP42 A/G内のG;
SNP220 C/A内のA;
AC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT);または
SNP175 T/C内のTを有する場合に脳卒中の素因が予測される工程と、を含む方法を提供する。
SNPの存在について核酸を評価するための検出技術は、分子遺伝学の分野において周知の方法を含んでいる。これらの方法の全部ではないが多数が核酸の増幅を含んでいる。当技術分野においては、増幅を実施するための十分なガイダンスが提供されている。代表的な参考文献には、PCR Technology:Principles and Applications for DNA Amplification(H.A.Erlich編集、Freeman Press,NY,N.Y.,1992);PCR Protocols:A Guide to Methods and Applications(Innisら編集、Academic Press,San Diego,Calif.,1990);Current Protocols in Molecular Biology,Ausubel,1994−1999(2004年4月までの補遺最新版を含む);Sambrook & Russell,Molecular Cloning,A Laboratory Manual(第3版、2001)などのマニュアルが含まれる。一塩基多型を検出するための一般的方法は、Single Nucleotide Polymorphisms:Methods and Protocols,Pui−Yan Kwok,ed.,2003,Humana Pressの中に開示されている。
対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション(ASO)とも一般に呼ばれるこの技術(例、Stonekingら、Am.J.Hum.Genet.48:70−382,1991;Saikiら、Nature 324,163−166,1986;欧州特許第235,726号;およびWO89/11548)は、変異体の1つに対して特異的であるオリゴヌクレオチドプローブを核酸サンプルの増幅から入手される増副産物へハイブリダイズさせることによって1つの塩基が相違する2つのDNA分子間を識別することに依存している。本方法は、典型的には、例えば長さが15〜20塩基である短鎖オリゴヌクレオチドを使用する。プローブは、1つの変異体を他の変異体へ差別的にハイブリダイズするように設計されている。そのようなプローブを設計するための原理および指針は、当技術分野において、例えば本明細書に言及した参考文献から入手できる。ハイブリダイゼーション条件は、対立遺伝子間のハイブリダイゼーション強度において有意な差があり、そしてそれによりプローブが対立遺伝子の一方だけにのみハイブリダイズする本質的バイナリー応答を生成するように十分にストリンジェントでなければならない。一部のプローブは、多型部位がプローブの中心位置(例えば、7位の15塩基オリゴヌクレオチド内;8もしくは9位のいずれかでの16塩基オリゴヌクレオチド内)と整列するように標的DNAのセグメントへハイブリダイズするように設計されるが、この設計は必要とされない。
多型はさらに、一般的には対立遺伝子特異的増幅法またはプライマー伸長法を用いて検出される。これらの反応は、典型的には、プライマーの3’末端でのミスマッチによって多型を特異的に標的化するように設計されているプライマーの使用を含んでいる。ミスマッチの存在は、ポリメラーゼに誤差補正活性が欠如する場合にプライマーを伸長させるポリメラーゼの能力に影響を及ぼす。例えば、対立遺伝子特異的増幅に基づく、もしくは伸長に基づく方法を用いて対立遺伝子配列を検出するために、多型の1つの対立遺伝子に相補的なプライマーは、3’末端ヌクレオチドが多型位置でハイブリダイズするように設計される。特定の対立遺伝子の存在は、プライマーが伸長を開始する能力によって決定できる。3’末端がミスマッチである場合は、伸長が妨げられる。
i)5’−ヌクレアーゼアッセイプローブ
遺伝子型決定法は、さらにまた米国特許第5,210,015号;第5,487,972号;および第5,804,375号;ならびにHollandら、1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7276−7280に記載されているように、「TaqMan(登録商標)」もしくは「5’−ヌクレアーゼアッセイ」を用いて実施できる。TaqMan(登録商標)アッセイでは、増幅領域内でハイブリダイズする標識した検出プローブが増幅反応中に加えられる。プローブは、DNA分析のためのプライマーとしてプローブが作用することを防止できるように修飾される。増幅は、5’−から3’−エキソヌクレアーゼ活性を有するDNAポリメラーゼを用いて実施される。増幅の各合成工程中、伸長させられるプライマーからの下流の標的核酸へハイブリダイズする任意のプローブは、DNAポリメラーゼの5’−から3’−エキソヌクレアーゼ活性によって分解される。したがって、新規な標的鎖の合成はプローブの分解も生じさせ、分解産物の蓄積は標的配列の合成の尺度を提供する。
二次構造が変化すると検出可能なプローブは、さらにまたSNPを含む多型を検出するためにも適合する。例示される二次構造もしくはステム・ループ構造プローブには、分子ビーコンもしくはScorpion(登録商標)プライマー/プローブが含まれる。分子ビーコンプローブは、蛍光体およびクエンチャーが通例はオリゴヌクレオチドの反対端に配置されるヘアピン構造を形成できる一本鎖オリゴ核酸プローブである。プローブの両端では、短鎖相補的配列が、蛍光体およびクエンチャーが近接近することを可能にする分子内ステムの形成を許容する。分子ビーコンのループ部分は、当該の標的核酸に相補的である。このプローブの当該の標的核酸への結合は、ステムを強制的に離れさせるハイブリッドを形成する。これは、蛍光体およびクエンチャーを相互から離れさせ、より強度の蛍光シグナルをもたらす立体構造の変化を引き起こす。しかし分子ビーコンプローブは、プローブ標的内の小さな配列変化に対して高感受性である(Tyagi S.and Kramer F.R.,Nature Bio technology,Vol.14,pages 303−308(1996);Tyagiら、Nature Biotechnology,Vol.16,pages 49−53(1998);Piatekら、Nature Biotechnology,Vol.16,pages 359−363(1998);Marras S.ら、Genetic Analysis:Biomolecular Engineering,Vol.14,pages 151−156(1999);Tpp I.ら、BioTechniques,VoI 28,pages 732−738(2000))。Scorpion(登録商標)プライマー/プローブは、プライマーに共有結合したステム・ループ構造プローブを含んでいる。
PDE4D SNPは、さらに直接シーケンシングによっても検出できる。方法には、例えば、ジデオキシシーケンシングに基づく方法およびMaxamおよびGilbert配列などの他の方法が含まれる(例えば、Sambrook and Russell、上記を参照されたい)。
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて生成された増副産物は、変性勾配ゲル電気泳動法の使用によって分析することができる。様々な対立遺伝子は、様々な配列依存性の融解特性および溶液中のDNAの電気泳動法による移動に基づいて同定できる(例えば、 Erlich編集、PCR Technology,Principles and Applications for DNA Amplification,W.H.Freeman and Co,New York,1992,Chapter 7を参照されたい)。
標的配列の対立遺伝子は、例えば、Oritaら、Proc.Nat.Acad.Sci.86,2766−2770(1989)に記載されたように、一本鎖PCR産物の電気泳動法による移動によって塩基の差を同定する一本鎖立体構造の多型分析を用いて識別できる。増幅させたPCR産物は、一本鎖増副産物を形成するために、上述したように生成し、加熱もしくはさもなければ変性させることができる。一本鎖核酸は、リフォールディングすることがある、または一部には塩基配列に依存して二次構造を形成することがある。一本鎖増副産物の相違する電気泳動度は、標的対立遺伝子間の塩基配列の差に関連付けることができる。
本発明の方法は、典型的には脳卒中に対する傾向に関連するSNPの存在を記録する工程を含んでいる。この情報は、適切に、コンピュータ可読形または紙上に保存できる。そのようなコンピュータシステムは、典型的には、中央処理装置、システムメモリ(典型的にはRAM)、入出力(I/O)制御装置、例えばディスプレイアダプタによるディスプレイ画面、シリアルポート、キーボード、記憶インターフェースによる固定ディスクドライブおよびフロッピー(登録商標)ディスクを受け入れて作動するフロッピー(登録商標)ディスクドライブ、およびCD−ROMを受け入れて作動するCD−ROM(もしくはDVD−ROM)などの外部機器などの主要なサブシステムを含んでいる。例えばシリアルポートを介して接続されるネットワークインターフェースなどのその他の多数の機器を接続できる。
本発明は、本方法を実施するために有用な構成要素を含むキットをさらに提供する。一部の実施形態では、本キットは、任意で適切な支持体膜へ固定することのできる、1つ以上の対立遺伝子特異的検出プローブを含んでいてもよい。そのようなキットは、1つ以上の多型部位を含んでいるPDE4D遺伝子座の領域を増幅させるための1つ以上の増幅プライマーをさらに含有していてもよい。または、有用なキットは、多型対立遺伝子を特異的に増幅させるための対立遺伝子特異的プライマーを含む1つ以上のプライマーセットを含有していてもよい。そのようなキットは、増副産物を検出するためのプローブをさらに含んでいてもよい。
関連試験の数種のモデルの1つ以上は、1つ以上のPDE4D多型の存在もしくは不在を脳卒中、高血圧の存在もしくは不在、および任意で、1つ以上の追加のリスク因子と統計的に相関させる工程に適用できる。例示された遺伝モデルには、優性、劣性、共優性、対立/増殖/相加が含まれるが、それらに限定されない。
〔実施例〕
材料および方法
被験者
骨粗鬆性骨折試験(SOF)(例えば、Brownerら、J Clin Endocrinol Metab(2001)86:631−637を参照されたい)は、オレゴン州ポートランド;ミネソタ州ミネアポリス;メリーランド州バルチモア;およびペンシルバニア州モノンガヘラ・バレーに所在する4カ所の臨床機関から1986〜1988年の間に女性外来患者を募集した(Cummingsら、JAMA(1990)263:665−668)。試験群は、募集時点に両側性股関節置換術歴または股関節骨折歴を有していなかった少なくとも65歳以上の白人女性9,704例から構成される。脳卒中症例群は、偶発的に診断された虚血性脳卒中に罹患していた(Brownerら、上記)(N=248)。コントロール群は、試験募集前または5.4年間の平均フォローアップ期間中に脳卒中を経験しなかった(N=560)。高血圧は、ベースライン時に>160mmHgの収縮期血圧(BP)もしくは>90mmHgの拡張期BPまたはサイアザイド系利尿薬の使用であると規定された。フォローアップ期間中に死亡した個人は本試験に含まれた。本試験は、施設内審査委員会によって承認され、全女性が文書によるインフォームドコンセントを提出した。
AC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT)についての遺伝子型は、AB3100 Genetic Analyzer上でのフラグメントサイジングキャピラリー電気泳動法による対立遺伝子決定後に、Applied Biosystems(AB)Genescan(登録商標)およびGenotyper(登録商標)ソフトウエアを用いて生成した。8つのSNPは、対立遺伝子特異的リアルタイムPCR(すなわち、動的熱サイクリング)およびGermerら、(Genome Res(2000)10:258−266)の変法を用いてAB 5700(Applied Biosystems社、カリフォルニア州フォスターシティ)上でのSYBR(商標)Green(Molecular Probes社、オレゴン州ユージーン)による検出を用いて遺伝子型決定した。これらのサンプルには、大規模の品質管理を受けさせた。
本試験では、以下のプライマーおよびプローブを使用した。
遺伝子型および対立遺伝子頻度は計数によって決定し、χ二乗検定または精密検定を使用してHardy−Weinberg平衡(HWE)からの逸脱を評価した。SNPは、Cox比例ハザードモデルを用いて偶発性脳卒中との関連について試験した(Coxら、Journal of the Royal Statistical Society(1972)34:187−220)。調整分析には、共変量としての年齢、体重、糖尿病、および喫煙を含めた。分析は、SAS統計ソフトウエア(バージョン8.2、SAS Institute社、ノースカロライナ州カリー)を用いて実施した。ペアワイズ連鎖不平衡は、期待値最大化(EM)アルゴリズムによって計算した。
予測されたように、脳卒中症例群はコントロール群より高齢であり、そして高血圧および糖尿病を有している可能性が高かった(表4)。高血圧による層化は年齢、体重、もしくは喫煙分布にほとんど影響を及ぼさず、糖尿病は高血圧被験者における方が高頻度であったが、非高血圧患者におけるより小さなハザード比(HR)を有していた(HR、2.43対3.80)。2つのSNPはHWEから穏当に逸脱していた:コントロール群ではSNP9(P=0.048)および症例群ではSNP222(P=0.024)。SNP対立遺伝子と偶発性脳卒中との間に有意な関連はなかった。3つの多型−SNP9、219、および222−は、脳卒中と弱く関連しており(P<0.10)、相加、優性もしくは劣性モデルにおいて各1つであった(表2、上記)。
高血圧による層化後に、4つのSNPは中等度もしくは重度高血圧を有していない女性において脳卒中との有意な関連(P<0.05)を示した(相加モデルSNP9、42、219、および220;優性モデルSNP9、42、219、および220;劣性モデルSNP42)。SNP175は、高血圧被験者においては脳卒中と有意に関連していた(表5)。ここに提示したデータは、年齢、糖尿病、喫煙、および体重について調整された。未調整試験の結果は極めて類似していた。表6は、高血圧状態による層化後のSOF試験の脳卒中対立遺伝子頻度を示している。
Gretarsdottirら、(2003、上記)の結果と比較するために、本発明者らは、SNP45/マイクロサテライトハプロタイプと脳卒中との間の関連について試験した。アイスライド人の試験結果(RR 2.07、A/Xに比較してG/0についてP=7.2×10-8;X=0対立遺伝子ではない)とは対照的に、ハプロタイプは高血圧を有していないSOF試験被験者においてのみ有意であり(A/Xに比較してG/0、RR 0.46、P=0.003)、関連は反対方向にあった。しかし、ハプロタイプは、SOF試験サンプル中でのマイクロサテライト単独に比較した改良はほとんど提供しなかった。
Claims (16)
- 高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中の素因を予測する方法であって、
前記ヒト女性由来のサンプル中においてPDE4D遺伝子座内の多型の対立遺伝子の存在もしくは不在を検出する工程であって、前記対立遺伝子の存在が高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中の素因と関連している工程と、および
前記ヒトにおける虚血性脳卒中の素因の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、前記対立遺伝子の存在が高血圧を有していないヒト女性においては虚血性脳卒中の素因と関連しているが、高血圧を有しているヒト女性においては虚血性脳卒中を予測しない工程と、を含み、
前記多型は、
配列番号1の242位におけるSNP9 A/G(Aの存在は虚血性脳卒中の素因と関連している)と、
配列番号10の230位におけるSNP219 C/T(Tの存在は虚血性脳卒中の素因と関連している)と、
配列番号5の289位におけるSNP42 A/G(Gの存在は虚血性脳卒中の素因と関連している)と、
配列番号9の228位におけるSNP220 C/A(Aの存在は虚血性脳卒中の素因と関連している)と、および
配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT)(9個のマイクロサテライトリピート(TCAT)の存在は虚血性脳卒中の素因と関連している)と、からなる群から選択される、方法。 - 前記検出する工程は、配列番号1の242位におけるSNP9 A/Gの1つの対立遺伝子を検出する工程を含み、そして前記予測する工程は、配列番号1の242位におけるSNP9 A/GのA対立遺伝子が存在する場合に虚血性脳卒中の素因を予測する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記検出する工程は、配列番号10の230位におけるSNP219 C/Tの1つの対立遺伝子を検出する工程を含み、そして前記予測する工程は、配列番号10の230位におけるSNP219 C/TのT対立遺伝子が存在する場合に虚血性脳卒中の素因を予測する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記検出する工程は、配列番号5の289位におけるSNP42 A/Gの1つの対立遺伝子を検出する工程を含み、そして前記予測する工程は、配列番号5の289位におけるSNP42 A/GのG対立遺伝子が存在する場合に虚血性脳卒中の素因を予測する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記検出する工程は、配列番号9の228位におけるSNP220 C/Aの1つの対立遺伝子を検出する工程を含み、そして前記予測する工程は、配列番号9の228位におけるSNP220 C/AのA対立遺伝子が存在する場合に虚血性脳卒中の素因を予測する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記検出する工程は、配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1のマイクロサテライト対立遺伝子を検出する工程を含み、そして前記予測する工程は、配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT)が存在する場合に虚血性脳卒中の素因を予測する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記予測する工程は、ヒト女性の虚血性脳卒中の素因の存在もしくは不在を記録する工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記多型は、前記多型の少なくとも2つの代替対立遺伝子間を識別する1つのオリゴヌクレオチドを用いて検出される、請求項1に記載の方法。
- 高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中の素因を予測するために使用するためのコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータプログラム製品は、
プログラムコードでコード化されたコンピュータ可読媒体を含み、前記プログラムコードは、
ホストコンピュータで、高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中の素因と関連するPDE4D遺伝子座の多型の1つの対立遺伝子の存在を指示する情報を受信するためのコンピュータコードであって、前記多型は配列番号1の242位におけるSNP9 A/G、配列番号10の230位におけるSNP219 C/T、配列番号5の289位におけるSNP42 A/G、配列番号9の228位におけるSNP220 C/A、および配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT9)からなる群から選択されるコンピュータコードと、および
前記ヒト女性における虚血性脳卒中の素因を決定するためのコンピュータコードであって、前記ヒト女性が:
配列番号1の242位におけるSNP9 A/G内のA;
配列番号10の230位におけるSNP219 C/T内のT;
配列番号5の289位におけるSNP42 A/G内のG;
配列番号9の228位におけるSNP220 C/A内のA;
配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT);を有する場合に虚血性脳卒中の素因が予測されるコンピュータコード、を含むコンピュータプログラム製品。 - 高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中の素因を決定するためのコンピュータ実施方法であって、
ホストコンピュータで、高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中の素因と関連するPDE4D遺伝子座の多型の1つの対立遺伝子の存在を指示する情報を受信する工程であって、前記多型は配列番号1の242位におけるSNP9 A/G、配列番号10の230位におけるSNP219 C/T、配列番号5の289位におけるSNP42 A/G、配列番号9の228位におけるSNP220 C/A、および配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内のマイクロサテライトリピート(TCAT9)からなる群から選択される工程と、および
前記ヒト女性における虚血性脳卒中の素因を決定する工程であって、前記ヒト女性が:
配列番号1の242位におけるSNP9 A/G内のA;
配列番号10の230位におけるSNP219 C/T内のT;
配列番号5の289位におけるSNP42 A/G内のG;
配列番号9の228位におけるSNP220 C/A内のA;
配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内の9個のマイクロサテライトリピート(TCAT);を有する場合に虚血性脳卒中の素因が予測される工程と、を含む方法。 - ヒトにおける虚血性脳卒中の素因を予測する方法であって、
前記ヒト由来のサンプル中でPDE4D遺伝子座の配列番号12の231位におけるSNP175 T/Cを検出する工程と、および
前記ヒトにおける虚血性脳卒中の素因の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記多型の1つの対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、Tの存在が高血圧を有しているヒト女性における虚血性脳卒中の素因と関連している工程と、を含む方法。 - 高血圧を有しているヒトにおける虚血性脳卒中の素因を予測するためのキットであって、配列番号12の231位におけるSNP175 T/CのT対立遺伝子とC対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー及び請求項11に記載の方法を行うための説明書を含み、前記プローブは蛍光色素で検出可能に標識されている、キット。
- ヒトにおける虚血性脳卒中のリスク減少を予測する方法であって、
前記ヒト由来のサンプル中でPDE4Dの配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1内のマイクロサテライト対立遺伝子を検出する工程と、および
前記ヒトにおける虚血性脳卒中のリスク減少の存在もしくは不在を前記サンプル中の前記多型の1つの対立遺伝子の存在もしくは不在に基づいて予測する工程であって、10個のマイクロサテライトリピート(TCAT)の存在が高血圧を有していないヒト女性における虚血性脳卒中のリスク減少と関連している工程と、を含む方法。 - 高血圧を有していないヒトにおける虚血性脳卒中の素因を予測するためのキットであって、
蛍光色素で検出可能に標識された少なくとも1つの対立遺伝子特異的プローブ及び/又は少なくとも1つの対立遺伝子特異的プライマーであって:
−配列番号1の242位におけるSNP9 A/GのA対立遺伝子とG対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー;又は
−配列番号10の230位におけるSNP219 C/TのC対立遺伝子とT対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー;又は
−配列番号5の289位におけるSNP42 A/GのA対立遺伝子とG対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー;又は
−配列番号9の228位におけるSNP220 C/AのC対立遺伝子とA対立遺伝子とを識別するプローブもしくはプライマー;又は
−配列番号14〜19のいずれかにより表されるAC008818−1中のマイクロサテライト反復(TCAT)を識別するプローブもしくはプライマー;
から選択されるプローブもしくはプライマー、及び
請求項1〜8及び13のいずれか1項に記載の方法を行うための説明書、
を含んで成るキット。 - 高血圧を有しているヒト女性における虚血性脳卒中の素因を予測するために使用するためのコンピュータプログラム製品であって、
プログラムコードでコード化されたコンピュータ可読媒体を含み、前記プログラムコードは、
ホストコンピュータで、高血圧を有しているヒト女性における虚血性脳卒中の素因と関連しているPDE4D遺伝子座の多型の対立遺伝子の存在を指示する情報を受信するためのコンピュータコードであって、前記多型は配列番号12の231位におけるSNP175 T/Cであるコンピュータコードと、および
前記ヒト女性における虚血性脳卒中の素因を決定するためのコンピュータコードであって、前記ヒト女性が配列番号12の231位におけるSNP175 T/C内のTを有する場合に虚血性脳卒中の素因が予測されるコンピュータコード、を含むコンピュータプログラム製品。 - 高血圧を有しているヒト女性における虚血性脳卒中の素因を決定するためのコンピュータ実施方法であって、
ホストコンピュータで、高血圧を有しているヒト女性における虚血性脳卒中の素因と関連しているPDE4D遺伝子座の多型の対立遺伝子の存在を指示する情報を受信する工程であって、このとき前記多型は配列番号12の231位におけるSNP175 T/Cである工程と、および
前記ヒト女性における虚血性脳卒中の素因を決定する工程であって、前記ヒト女性が配列番号12の231位におけるSNP175 T/C内のTを有する場合に虚血性脳卒中の素因が予測される工程と、を含む方法。
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