JP5339506B2 - 小麦種子休眠性に関与するmft遺伝子及びその利用 - Google Patents
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Description
コムギ種子の登熟温度と休眠性の検討
(コムギの栽培)
コムギ品種農林61号を温室で栽培した。開花後、コムギを複数の群に分け、温室の温度をそれぞれ13、15、17、20、23及び25℃に設定した。開花後所定の日数後に穂を収穫した。
収穫した穂を使用して発芽試験を行い、種子休眠性を検討した。発芽試験は次のようにして行った。まず、収穫直後の穂全体を15℃の水に約24時間浸して吸水させた。続いて、吸水後の穂を密閉容器中に立て、15℃に設定したチャンバー内でインキュベートした。10日後、発芽した種子の数を数え、穂の全種子を基準として種子の発芽率を測定した。試験は各組5本の穂を3組ずつ用いて行った。
農林61号とシロガネコムギの種子の発芽率と含水率の検討
(コムギの栽培)
コムギ品種農林61号及びシロガネコムギを温室で栽培した。開花後、それぞれのコムギを2つの群に分け、温室の温度を13℃及び25℃に設定した。開花後所定の日数後に穂を収穫し、実施例1と同様にして発芽率の推移を検討した。
発芽率と同時に種子の含水率も測定した。含水率は種子の登熟の進行具合の目安となる。種子が完熟すると含水率が約15%以下になり、この値は品種によってあまり変化しないことが知られている。収穫した種子を80℃で48時間乾燥させ、乾燥の前後の種子の質量を測定し、その質量の差から次式(1)により含水率を計算した。
含水率(質量%)=乾燥の前後の種子の質量の差/乾燥前の種子の質量×100…(1)
登熟温度が異なる完熟種子胚における遺伝子発現変動の解析
(RNAサンプルの調製)
コムギ品種農林61号を栽培し、13℃で登熟させて開花76日後に収穫した種子の胚と、25℃で登熟させて開花34日後に収穫した種子の胚から全RNAを抽出した。また、コムギ品種シロガネコムギを栽培し、13℃で登熟させて開花80日後に収穫した種子の胚と、25℃で登熟させて開花38日後に収穫した種子の胚から全RNAを抽出した。RNA抽出にはTrizol試薬(インビトロジェン社)を用いた。抽出した全RNAの量及び純度を吸光的に測定し、RNAが分解を受けていないかアジレント2100バイオアナライザー(アジレント・テクノロジー社)を用いて確認した。
抽出した全RNA各300ngをLow RNA Input Linear Amplification/Labeling Kit (アジレント・テクノロジー社)を用いて取扱説明書にしたがってCy3及びCy5で標識した。標識されたサンプルのcRNA各850ngを、コムギEST(Expressed Sequence Tag)に由来する37826個のプローブを有するアジレントコムギオリゴマイクロアレイ(44K;木原生物学研究所の注文によりアジレント・テクノロジー社が製造した)とのハイブリダイゼーションに使用した。ハイブリダイゼーション後、マイクロアレイスライドをスキャンした。スキャナーにはG2505B(アジレント・テクノロジー社)を用い、ソフトウエアにはG2565BA(アジレント・テクノロジー社)を用いた。
得られたデータを初期設定のFeature Extraction software(バージョン 9.1;アジレント・テクノロジー社)を用いて解析した。全てのマイクロアレイ操作手順及びデータ解析は取扱説明書(アジレント・テクノロジー社)にしたがって行った。データはGeneSpring GX 7.3 ソフトウエア(アジレント・テクノロジー社)を用いて解析した。
定量PCRによる発現変動の確認
(cDNAの合成)
実施例3で抽出したコムギ品種農林61号及びシロガネコムギの全RNAをもとに、SuperScript First−Strand Synthesis System for RT−PCR(インビトロジェン社)を用いてファーストストランドcDNAを合成した。
合成したcDNAを鋳型として定量PCRを行い、MFT遺伝子の発現量を定量した。定量PCR用のプライマーは、Primer Analysis Software version 6(MBI社)を用いて設計した。使用したプライマー配列を表1に示す。定量PCRは7500リアルタイムPCRシステム(アプライド バイオシステムズ社)及びSYBRプレミックスExTaqキット(タカラバイオ)を用いて行った。コムギのグリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素(GAPDH)遺伝子を内部標準として使用した。PCR条件は94℃2分を1サイクル、95℃15秒及び60℃1分を40サイクルであった。得られたデータは、Absolute Quantification study software(アプライド バイオシステムズ社)の標準曲線法により解析した。
MFT遺伝子のcDNA及びゲノムDNAの単離
成熟した胚から抽出した全RNAをもとに合成したファーストストランドcDNAのPCRにより、MFT遺伝子のcDNAを単離した。全RNAはTrizol試薬(インビトロジェン社)を用いて抽出した。ファーストストランドcDNA合成はSuperScript First−Strand Synthesis System(インビトロジェン社)を用いて行った。また、MFT遺伝子の全長又は一部のゲノムDNAをPCRによって単離した。cDNA及びゲノムDNAの単離に用いたPCRプライマーを表2にまとめた。単離した遺伝子の塩基配列はBigDye バージョン3.0 ターミネーター試薬(アプライド バイオシステムズ社)を用いて3100 Avant Genetic Analyzerにより決定した。決定された配列はDNASIS Pro sequence analysis ソフトウエア バージョン2.0(日立ソフトウエア)及びSequencher version4.1(Gene Codes社)を用いて解析した。アミノ酸配列のアラインメントはClustalW バージョン1.83(Thomopson ら、1994)を用いて日本DNAデータバンクのウェブサイト(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)で行った。アラインメントの結果はBOXSHADE(http://www.ch.embnet.org/)を用いて表示した。
2倍体コムギを用いたMFT遺伝子のマッピング
(マッピング集団)
MFT遺伝子のマッピングには、Triticum monococcum KT3−5株(Tm)とTriticum boeoticum KT1―1株(Tb)の交配により得られた組換え自殖系統の2倍体マッピング集団115個体を用いた。この集団は横浜市立大学木原生物学研究所において単粒系統法により作出された。2倍体コムギ集団の遺伝子型データはウェブサイト(http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/komugi/top/top.jsp)で入手可能である。
Tm及びTbのMFT遺伝子のイントロン領域を含むゲノム配列を、プライマーTaMTF−F3(配列番号16)及びTaMTF−R2(配列番号17)を用いたPCR法により単離した。鋳型には2倍体コムギの胚から抽出したゲノムDNAを用い、PCR増幅にはPrimeSTAR(登録商標) DNA Polymerase with GC Buffer(タカラバイオ社)を用いた。PCR法により増幅された断片をQIAquick Gel Extraction kit(QIAGEN社)で精製し、断片を直接シークエンスするダイレクトシークエンス法により2倍体コムギTmおよびTbのMFT遺伝子の塩基配列を決定した。
2倍体マッピング集団115個体全てについて、MFT遺伝子の多型を解析した。多型解析には、CAPS法(The cleaved−length amplified polymorphic sequence method)を用いた。2倍体マッピング集団それぞれのゲノムDNAを鋳型として、TaMTF−F3(配列番号16)及びTaMTF−R3(配列番号14)プライマーを用いてPCR増幅後、増幅断片を制限酵素HinfIで切断し、3%Metaphorゲル(タカラバイオ社)及び0.5×TBEバッファーを用いて電気泳動し、増幅断片のサイズの違いから多型を判別した。PCRの条件は、94℃1分を1サイクル、94℃20秒、60℃30秒及び72℃1分を40サイクルであった。
多型解析の結果をもとに遺伝子地図を作成した。遺伝子地図は、Kosambi関数(Kosambi、1944)を用いて、JoinMap、バージョン3.0(Biometris、Wageningen、オランダ、http://www.joinmap.nl)により作成した。また、イネホモログの染色体位置はウェブサイト(http://rgp.dna.affrc.go.jp/IRGSP/index.html)のデータを用いて決定した。Tmの3A染色体(3Am)の遺伝子地図を図6(B)に示す。MFT遺伝子は、第3染色体短腕に位置することが明らかになった。この領域には、図6(A)に示すように、ゼンコウジコムギの最も作用力の強い種子休眠QTL(Quantitative trait loci、量的形質遺伝子座)が座乗する。
6倍体コムギを用いたMFT遺伝子のマッピング
(チャイニーズスプリング及びゼンコウジコムギのMFT遺伝子の部分ゲノム配列の決定)
6倍体コムギであるゼンコウジコムギとチャイニーズスプリングのMFT遺伝子の3つのイントロン領域を含むゲノム領域の配列を決定した。これらのコムギのゲノムDNAをTaMTF−F3(配列番号16)及びTaMTF−R2(配列番号17)プライマーを用いてPCR増幅後、TOPOクローニングキット(インビトロジェン社)を用いて、pCR4Blunt−TOPO ベクター(インビトロジェン社)にクローニングし、ケミカル法にてTOP10コンピテントセル(インビトロジェン社)を形質転換した。続いて、得られた大腸菌を培養し、プラスミドDNAを抽出して塩基配列を決定した。後述する検討の結果、ゼンコウジコムギのゲノムDNAに特異的な配列であることが明らかとなったMFT遺伝子のゲノム配列を配列番号3及び4に示す。
チャイニーズスプリングには、4種類のMFT遺伝子配列が存在することが明らかとなった。これらのMFT遺伝子のゲノム配列を、以下、それぞれCS3(配列番号22)、CS4(配列番号23)、CS6(配列番号24)、CS8(配列番号25)と呼ぶ。これらのMFT遺伝子が、それぞれ3A、3B及び3D染色体のうちのどの染色体に由来するものかを同定するため、チャイニーズスプリングの6個のダイテロソミック系統を使用して検討した。Primer3ソフトウエアを使用して、各MFT遺伝子に対応する少なくとも1つのSSR(Simple Sequence Repeats)プライマーセットを設計した。PCRに基づいた解析の結果、CS6遺伝子及びCS3遺伝子に特異的な増幅断片が、それぞれダイテロ3AL(3A染色体短腕を欠失した系統)及びダイテロ3DL(3D染色体短腕を欠失した系統)中で認められなかった。この結果から、3A染色体の短腕がCS6遺伝子を保持しており、3D染色体の短腕がCS3遺伝子を保持していることが示唆された。
ゼンコウジコムギの主要な種子休眠QTLは、3A染色体短腕上に座乗していることから、このCS6遺伝子に関して、ゼンコウジコムギの3A染色体短腕上のMFT遺伝子との間で多型を検出できるマーカーを作製した。ゼンコウジコムギ及びチャイニーズスプリングの得られたすべてのMFT遺伝子ゲノム配列を、ClustalWソフトを用いて並べて比較し、CS6遺伝子に特異的な配列を同定した。この結果に基づいてCS6遺伝子を区別することが可能なCSZENMTFSSR−F1(配列番号26)及びCSZENMTFSSR−R1(配列番号27)プライマーを作製した。表3にプライマー配列を示す。これらのプライマーを用いたPCRにより、ゼンコウジコムギ及びチャイニーズスプリングのゲノムDNAのMFT遺伝子(CS6)が増幅されるが、増幅断片の長さの違いにより、ゼンコウジコムギ及びチャイニーズスプリングのいずれに由来する塩基配列であるかを区別することができる。配列番号3に示すゼンコウジコムギのMFT遺伝子を増幅した場合の増幅断片の長さは205bpであり、配列番号4に示すゼンコウジコムギのMFT遺伝子を増幅した場合の増幅断片の長さは206bpである。また、チャイニーズスプリングのMFT遺伝子(CS6)を増幅した場合の増幅断片の長さは203bpである。コムギにはほとんど多型が存在しないことが知られており、およそ20〜200Kbpに1つのSNP(Single Nucleotide Polymorphism)しか存在しないと言われている。したがって、配列番号3又は4に示す塩基配列からなる種子休眠性向上マーカー遺伝子は非常に有用であり、ゼンコウジコムギの3A染色体短腕に座乗するMFT遺伝子を特異的に識別することが可能である。
コムギ品種チャイニーズスプリング(CS)にゼンコウジコムギ(Zen)の3A染色体を置換した1染色体置換系統であるCS(Zen3A)を、Law及びWorlandらによって報告された通常の方法により、チャイニーズスプリングのモノテロソミック3A系統を反復親に用いて作製した。まず、チャイニーズスプリングのモノテロソミック3Aをゼンコウジコムギの花粉を用いて受粉させ、その子孫の中からモノソミックなF1植物を根端の有糸分裂染色体標本の細胞学的な試験により同定した。ダイソミックCS(Zen3A)置換を得る前に合計8回の戻し交配を行った。
6倍体コムギであるチャイニーズスプリングと上記のCS(Zen3A)を交配して得られたF2集団3851個体を使った精密マッピングを行った。
多型の検出は、CSZENMTFSSR−F1(配列番号26)及びCSZENMTFSSR−R1(配列番号27)プライマーを用いたPCRにより行った。PCRは、ゲノムDNA約10ng(1μL)をTakara LA Taq with GC buffer(タカラバイオ)及び各5pmolのプライマーを使って全容量20μLの系で行った。PCRのサイクル条件は、94℃4分を1サイクル、94℃30秒、55℃30秒及び72℃90秒を35サイクル、72℃4分を1サイクルであった。
MFT遺伝子の発現量の品種間差の検討
様々なコムギ品種の種子の胚から全RNAを抽出し、実施例4と同様の方法により定量PCRを行い、MFT遺伝子の発現量を比較した。図9に定量PCRの結果をグラフで示す。その結果、休眠性が比較的高い、ゼンコウジコムギ、ミナミノコムギ、東山22号、しゅんよう及び13℃で登熟させた農林61号においてMFT遺伝子の発現量が多いことが示された。また、休眠性が比較的低い、チャイニーズスプリング、チホクコムギ、タイセツコムギ、東山18号及び25℃で登熟させた農林61号においてMFT遺伝子の発現量が少ないことが明らかとなった。
3D染色体短腕の種子休眠QTLと3D染色体短腕のMFT遺伝子の発現の検討
発明者らは、チャイニーズスプリングの3D染色体短腕のMFT遺伝子は発現していないが、ゼンコウジコムギの3D染色体短腕のMFT遺伝子は発現していることを見出した。3D染色体短腕上のMFT遺伝子が座乗する位置においても種子休眠のQTLが検出されている。そこで、コムギ品種チャイニーズスプリングとゼンコウジコムギを交配して得られたRIL集団を利用して以下の検討を行った。
コムギ品種ボブホワイトにおけるMFT遺伝子の強制発現
ゼンコウジコムギの3A染色体由来のMFT遺伝子のコーディング領域を、カリフラワーモザイクウイルスの35Sプロモーターに連結した発現ベクターを構築し、パーティクルボンバードメント法により導入した。
イネ品種日本晴におけるMFT遺伝子の強制発現
ゼンコウジコムギの3A染色体由来のMFT遺伝子のコーディング領域を、カリフラワーモザイクウイルスの35Sプロモーターに連結した発現ベクターを構築し、アグロバクテリウム法により導入した。その結果、遺伝子導入された形質転換植物体が約30個体得られた。
Claims (7)
- 以下の(a)〜(c):
(a)配列番号1に記載の塩基配列、
(b)配列番号2に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする塩基配列、
(c)配列番号2に記載のアミノ酸配列と90%以上の配列相同性を有し、且つ配列番号2に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質と同じ活性を有するタンパク質をコードする塩基配列
からなる群より選択される塩基配列からなる、種子休眠性向上遺伝子。 - 配列番号3又は4に記載の塩基配列からなる、種子休眠性向上マーカー遺伝子。
- ゼンコウジコムギとそれ以外の品種のコムギを交配して子孫を得る交配ステップと、
当該子孫のゲノムDNAにおいて、請求項2に記載の種子休眠性向上マーカー遺伝子の存在の有無を検出する検出ステップと、
検出ステップにおいて請求項2に記載の種子休眠性向上マーカー遺伝子の存在が検出された場合に、前記子孫を種子休眠性が向上したコムギ品種であると判断して選抜する選抜ステップと
を含む、種子休眠性が向上したコムギ品種の育種方法。 - コムギを交配して子孫を得る交配ステップと、
当該子孫の種子、種子親の種子及び花粉親の種子における、請求項1に記載の種子休眠性向上遺伝子の発現量を測定する測定ステップと、
測定ステップにおいて、子孫の種子における種子休眠性向上遺伝子の発現量が、種子親又は花粉親のうち、いずれか種子における種子休眠性向上遺伝子の発現量が低い親よりも高い場合に、当該子孫を種子休眠性が向上したコムギ品種であると判断して選抜する選抜ステップと
を含む、種子休眠性が向上したコムギ品種の育種方法。 - 請求項1に記載の種子休眠性向上遺伝子を発現可能に保持する形質転換植物体。
- コムギである、請求項5に記載の形質転換植物体。
- イネである、請求項5に記載の形質転換植物体。
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