JP5200069B2 - 三次元dnaネットワーク - Google Patents
三次元dnaネットワーク Download PDFInfo
- Publication number
- JP5200069B2 JP5200069B2 JP2010168406A JP2010168406A JP5200069B2 JP 5200069 B2 JP5200069 B2 JP 5200069B2 JP 2010168406 A JP2010168406 A JP 2010168406A JP 2010168406 A JP2010168406 A JP 2010168406A JP 5200069 B2 JP5200069 B2 JP 5200069B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- dna
- network
- dimensional
- connection point
- string
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
本実施形態では、DNAから構成される三次元上に広がったネットワークを構築する。特に、DNAと、DNA固定化因子と、ネットワーク連結点構成因子の3要素を混合し、これを基板間において保持して、自己組織化により三次元DNAネットワークを構築させる。
(S1)2枚の基板を間隔をあけて向かい合わせに固定する
(S2)DNAにDNA固定化因子を混合して、DNAを不溶化する
(S3)不溶化したDNAの分散液を基板間にしみ込ませる
(S4)ネットワーク連結点構成因子の溶液を基板間にしみ込ませる
(S5)自己組織化による、三次元DNAネットワークの構築完了まで放置する
という、5つの工程からなっている。
上述のS1〜S5の手順について、以下に詳細に述べる。
例えば、顕微鏡のカバーガラスを2枚の基板として利用する。この場合、2枚のカバーガラスをスペーサを挟み込んで重ねる。スペーサとしては、ガラス片などが利用できる。また、単にカバーガラスを重ねておき、その間に侵入させる溶液の量で2枚のカバーガラスの間隔を調整して固定することもできる。
DNAを溶解した水溶液に対しDNA固定化因子を混合することで溶液内においてDNAを不溶化する。例えば、DNA固定化因子として多価陽イオンを含む電解質の溶液を加え、DNAを不溶化する。多価陽イオンを含む電解質としては、塩化カルシウムがあげられるが、これに限らず、各種の金属塩などが利用可能である。
DNAを不溶化した水溶液をピペットを用いて、基板(カバーガラス)間の間隙に供給し、その表面張力を利用してしみ込ませ、ここに保持させる。
基板間に不溶化したDNAの分散液が保持されている状態において、その基板間の水溶液にさらにネットワーク連結点構成因子の溶液を追加する。ネットワーク連結点構成因子としては、ヒストンタンパク質が採用される。このヒストンタンパク質としては、染色体にあるのと同様の、ヒストンH2A、H2B、H3、H4の4つ種類のタンパク質の結合した球状の構造物などが好適であるが、他のタンパク質でもDNAがからみつきやすい性状を持ち、DNAの連結点になりうる性質を有すれば採用することができる。
S4において、ネットワーク連結点構成因子の溶液が添加された後、例えば、室温で数10分間そのまま大気中で放置する。これによって、両基板表面で、二次元DNAネットワークが構築されると同時に基板と垂直方向のネットワークも構築され、これが基板表面の二次元ネットワークと連結され、三次元DNAネットワークが構築される。
例えば、多価陽イオンを含む電解質を加え、DNAを不溶化する。また、この段階で、予めDNAに色素をインターカレートしておくと、色素で染色された三次元DNAネットワークを構築することもできる。
基板上にピペットを用いて、(1)の溶液を滴下する。
ネットワーク連結点構成因子としては、例えばヒストンタンパク質がある。このヒストンタンパク質の溶液を、(2)と同様に基板上に滴下する。このとき、ネットワーク連結点構成因子の濃度を変えることにより、ネットワークの構造を制御することができる。例えば、ネットワーク連結点因子の濃度を高めるとネットワーク連結点の数が多くなるため、構築されるネットワークの網目が小さくなる。
数十分間放置する。このとき、基板表面上で二次元DNAネットワークが構築されると同時に基板と垂直方向のネットワークも構築される。
「三次元DNAネットワークの作製」
DNAとして、λDNA、DNA固定因子として塩化カルシウムCaCl2、ネットワーク連結点構成因子としてヒストンタンパク質を用いて三次元DNAネットワークをガラス基板間に構築した。
このようにして得た試料について、偏光解消板を用いて観察した結果を図3に示す。この例では、2枚のカバーガラス(Cover slip)間の間隔を102.5μmとして、カバーガラス間で複数の異なった深度で画像を得ている。すなわち、図における下側のガラス基板(位置(f):0μm)に対物レンズの焦点をあわせ、ガラス基板上に二次元DNAネットワークが構成されていることを確認した。次に、対物レンズの位置をもう上側ガラス基板の方向に徐々に移動させることで、位置(e):下から20.5μm、位置(d):下から41.0μm、位置(c):下から61.5μm、(b):下から82.0μmでの画像を得、DNAの紐が三次元に伸びていることが確認された。そして、図における上側のガラス基板(位置(a):102.5μm)に対物レンズの焦点をあわせ、上側ガラス基板上にも二次元DNAネットワークが構成されていることを確認した。これによって、一対のガラス基板上にそれぞれ形成されている二次元DNAネットワーク間がDNAの紐で連結されて、三次元DNAネットワークが形成されていることが確認された。
次に、入射光(励起光)の偏光面の角度(偏光角)を変えながら、カバーガラス間に構築されたTOTO-1色素をインターカレートした三次元DNAネットワークにおけるカバーガラス表面部分の蛍光強度像を二次元検出器(CCDカメラ)で記録した。なお、偏光角の調整は、λ/2波長板を回転させることによって行った。
ネットワーク連結点構成因子であるヒストンタンパク質の濃度を変えることにより、ネットワークの構造を制御した。具体的には、ヒストンタンパク質の濃度を上述の実施例1で用いた濃度の5倍に高めると、ネットワーク連結点の数が大きくなり、ネットワークの網目を小さくすることができた。この場合のガラス基板上のネットワークの蛍光像を図6に示す。
この実施例2では、DNAとしてλDNAを、DNA固定化因子として塩化マグネシウムMgCl2を、ネットワーク連結点構成因子としてヒストンタンパク質を用い、3次元DNAネットワークをガラス基板間で構成した。
この実施例3では、DNAとしてλDNAを、DNA固定化因子として塩化カルシウムCaCl2を、ネットワーク連結点因子としてヒストンタンパク質を用い、3次元DNAネットワークをガラス基板上で構成した。
上述のようにして得られる三次元DNAネットワークは、各種分野において利用が可能であるが、そのうちのいくつかを下に示す。
DNAは、塩基対の面がDNAの軸に垂直になっており、それぞれの塩基対は隣りの塩基対とπ電子を重なり合わせている。この重なり合ったπ電子軌道を介してDNAの軸方向の電子輸送が可能であり、DNAは半導体程度の電気伝導性を持つ。さらに、DNAに色素分子をインターカレートした場合、その色素を可視光などで電子励起するとDNAの電気伝導性が高まるという報告がある。
遺伝子に作用する環境因子捕捉器として、DNAと脂質を混合し膜状に成形したDNAフィルム、または二次元DNAネットワークを用いる方法が考案されている。これは、遺伝子に作用する環境因子がDNAに吸着、インターカレートするものが多いことを利用したものである。ここで、フィルムも二次元DNAネットワークのいずれもDNAが支持体に吸着した状態になっており、環境因子のDNA分子への接近が困難となり捕捉効率が悪くなるという欠点を有する。
DNAチップとは、一群の遺伝子をガラス基板上にスポットしたものを指す。別の細胞、例えば発ガン細胞から用意した蛍光ラベルされた一群のDNAをこのDNAチップにハイブリダイゼーションさせる。特定のDNAは決まった場所にスポットされたDNAにハイブリダイゼーションするするため、スポット全体の蛍光パターンを正常細胞のそれと比較することにより、発ガン細胞に特有に発現している遺伝子を特定できる。
まず、ある配列を持ったDNAに機能性材料、例えば触媒活性を有する金属微粒子やタンパク質などを連結させる。得られた機能性材料付きDNAを三次元DNAネットワーク上の特定配列部分にハイブリダイゼーションさせ、機能性材料を設計通りの位置に三次元的に集積することが可能である。DNA上の反応の配列特異性の利用して機能性材料を三次元空間に集積することができる。
(i)基板間に三次元DNAネットワークを構築した場合において、三次元DNAネットワークを構築した基板間に流路を形成する。この流路に反応液を流すことにより、三次元DNAネットワークに作用させる。例えば、環境因子捕捉においては、環境因子を含む溶液、DNAチップにおいては、蛍光標識した一群のDNAを含む溶液、機能性材料の三次元空間への配置においては、機能性材料付きDNAを含む溶液を流路に流す。
(i)DNA固定化因子としては、溶液中で負に帯電したDNAを電気的に中性化し、DNAを不溶化する因子が利用できる。具体的には、多価陽イオンがあり、例えばCaCl2、MgCl2、ポリアミンなどが利用できる。
(i)使用するDNAとしては、数ミクロン以上の長さを有するDNA(1本鎖でも2本鎖でもよい)が望ましい。λDNA以外には、例えば、M13mp8 single strand DNA(1本鎖)、バクテリオファージ T4GT7 DNA(2本鎖)などがあげられる。
機能性材料を順序や空間配置を設計した位置に集積する場合には、1つの配列を持ってDNAに1つの機能性材料を対応させて結合させ、機能性材料の順序や空間配列に対応した塩基配列をもつDNAの三次元ネットワークを構成する。
DNAなどにインターカレートする色素としては、TOTO-1以外に、
YOYO-1, YOYO-3, TOTO-3,yo-1,T0-1,YO-3,TO-3,SYBR GreenI, SYBR GreenII, POPO-1, POPO-3, BOBO-1, BOBO-3
などが使用することができる。
Claims (8)
- 三次元的に広がりをもって点在する、DNAに配列非特異的に結合するとともに紐状のDNAが絡みつく性状を持つネットワーク連結点構成因子と、紐状のDNAがネットワーク連結点構成因子のまわりに巻き付くことで、ネットワーク連結点構成因子を連結点として、三次元的に広がる紐状のDNAと、
を含む、
三次元DNAネットワーク。 - 請求項1に記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記ネットワーク連結点構成因子は、
DNAを凝縮する性質を持つ因子であることを特徴とする三次元DNAネットワーク。 - 請求項2に記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記ネットワーク連結点構成因子は、ヒストンタンパク質であることを特徴とする三次元DNAネットワーク。 - 請求項1〜3のいずれか1つに記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記DNAは、特定のタンパク質を吸着する配列を繰り返したDNAであることを特徴とする三次元DNAネットワーク。 - 請求項1〜4のいずれか1つに記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記DNAは、λDNAであることを特徴とする三次元DNAネットワーク。 - 請求項1〜5のいずれか1つに記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記DNAは、目的とする機能性材料の順序や空間配列に対応した塩基配列を持つことを特徴とする三次元DNAネットワーク。 - 請求項1〜6のいずれか1つに記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記ネットワークの紐状のDNAは、引き延ばされた状態になっていることを特徴とする三次元DNAネットワーク。 - 請求項1〜7のいずれか1つに記載の三次元DNAネットワークにおいて、
前記ネットワーク連結点と、紐状のDNAに色素をインターカレートしていることを特徴とする三次元DNAネットワーク。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2010168406A JP5200069B2 (ja) | 2010-07-27 | 2010-07-27 | 三次元dnaネットワーク |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2010168406A JP5200069B2 (ja) | 2010-07-27 | 2010-07-27 | 三次元dnaネットワーク |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2004043734A Division JP4619012B2 (ja) | 2004-02-19 | 2004-02-19 | 三次元dnaネットワークの構築方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2011016222A JP2011016222A (ja) | 2011-01-27 |
JP5200069B2 true JP5200069B2 (ja) | 2013-05-15 |
Family
ID=43594408
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010168406A Expired - Fee Related JP5200069B2 (ja) | 2010-07-27 | 2010-07-27 | 三次元dnaネットワーク |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP5200069B2 (ja) |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6664103B2 (en) * | 1998-05-20 | 2003-12-16 | Integrated Nano-Technologies, Llc | Chemically assembled nano-scale circuit elements |
DE19914808A1 (de) * | 1999-03-31 | 2000-10-19 | Hilmar Rauhe | Informationstragende Polymere |
JP4052544B2 (ja) * | 2000-06-07 | 2008-02-27 | 独立行政法人科学技術振興機構 | 線状高分子物質のネットワーク構造からなるフィルム、及びその製造方法 |
JP3843736B2 (ja) * | 2000-12-08 | 2006-11-08 | 富士ゼロックス株式会社 | カーボンナノチューブデバイスおよびその製造方法、並びに、カーボンナノチューブの精製方法 |
CA2463323C (en) * | 2001-10-09 | 2010-12-21 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
JP4115366B2 (ja) * | 2003-09-16 | 2008-07-09 | トヨタ自動車株式会社 | 核酸分子の高次構造変化検出方法 |
-
2010
- 2010-07-27 JP JP2010168406A patent/JP5200069B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2011016222A (ja) | 2011-01-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2731841C2 (ru) | Устройство и способ на основе фотонных структур для использования при получении люминесцентных изображений сайтов, находящихся в пределах пикселя | |
Hernández-Ainsa et al. | DNA origami nanopores for controlling DNA translocation | |
Lan et al. | DNA-enabled chiral gold nanoparticle–chromophore hybrid structure with resonant plasmon–exciton coupling gives unusual and strong circular dichroism | |
Wu et al. | Unexpected chirality of nanoparticle dimers and ultrasensitive chiroplasmonic bioanalysis | |
Holden et al. | Light activated patterning of dye-labeled molecules on surfaces | |
Murphy et al. | On the nature of DNA self-assembled monolayers on Au: measuring surface heterogeneity with electrochemical in situ fluorescence microscopy | |
Okamoto et al. | Direct observation of wetting and diffusion in the hydrophobic interior of silica nanotubes | |
US20090274579A1 (en) | Methods and devices for controlled monolayer formation | |
Janssen et al. | Insights into templated supramolecular polymerization: binding of naphthalene derivatives to ssDNA templates of different lengths | |
Zhang et al. | Effect of H-NS on the elongation and compaction of single DNA molecules in a nanospace | |
JP2005114372A (ja) | 毛細管現象を利用する物質間の相互作用検出部と該検出部を用いる方法及びバイオアッセイ用基板 | |
Zhang et al. | A nanofluidic device for single molecule studies with in situ control of environmental solution conditions | |
Wu et al. | DNA structure-stabilized liquid–liquid self-assembled ordered Au nanoparticle interface for sensitive detection of miRNA 155 | |
Guo et al. | Programmed coassembly of one-dimensional binary superstructures by liquid soft confinement | |
Jung et al. | Detecting protein− ligand binding on supported bilayers by local pH modulation | |
Jia et al. | Imparting biomolecules to a metal-organic framework material by controlled DNA tetrahedron encapsulation | |
Nakamura et al. | Strategy for finely aligned gold nanorod arrays using polymer brushes as a template | |
Yeşilyurt et al. | Emission manipulation by DNA origami‐assisted plasmonic nanoantennas | |
Zheng et al. | Powering≈ 50 µm motion by a molecular event in DNA crystals | |
Li et al. | Single molecule catch and release: potential-dependent plasmid DNA adsorption along chemically graded electrode surfaces | |
Smith et al. | Ion transport in sulfonated nanoporous colloidal films | |
Tang et al. | Dynamic, electronically switchable surfaces for membrane protein microarrays | |
Liu et al. | Revealing ionic signal enhancement with probe grafting density on the outer surface of nanochannels | |
Huang et al. | A specific nucleic acid microfluidic capture device based on stable DNA nanostructure | |
Wang et al. | Visualization of concentration gradients and colloidal dynamics under electrodiffusiophoresis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130122 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130208 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20160215 Year of fee payment: 3 |
|
R151 | Written notification of patent or utility model registration |
Ref document number: 5200069 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R151 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20160215 Year of fee payment: 3 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |