JP5189906B2 - Method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, and graphing method and apparatus for accumulating warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria - Google Patents

Method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, and graphing method and apparatus for accumulating warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria Download PDF

Info

Publication number
JP5189906B2
JP5189906B2 JP2008161030A JP2008161030A JP5189906B2 JP 5189906 B2 JP5189906 B2 JP 5189906B2 JP 2008161030 A JP2008161030 A JP 2008161030A JP 2008161030 A JP2008161030 A JP 2008161030A JP 5189906 B2 JP5189906 B2 JP 5189906B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
bacteria
abnormal accumulation
probability
positive
detecting abnormal
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
JP2008161030A
Other languages
Japanese (ja)
Other versions
JP2009093617A (en
Inventor
修平 藤本
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Gunma University NUC
Original Assignee
Gunma University NUC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Gunma University NUC filed Critical Gunma University NUC
Priority to JP2008161030A priority Critical patent/JP5189906B2/en
Publication of JP2009093617A publication Critical patent/JP2009093617A/en
Application granted granted Critical
Publication of JP5189906B2 publication Critical patent/JP5189906B2/en
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Medical Treatment And Welfare Office Work (AREA)
  • Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Description

本願発明は、菌の異常集積検出方法および装置、アンチバイオグラム分類方法および装置、2次元キャリアマップ作成方法および装置、感染対策指標の評価方法および装置、菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフ化方法および装置に関するものである。   The present invention relates to a method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, an anti-biogram classification method and apparatus, a method and apparatus for creating a two-dimensional carrier map, a method and apparatus for evaluating infection control indicators, and a graph of cumulative warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria. It relates to a method and a device.

医療の高度化、人口構成の高齢化に伴い、病院内で免疫力の弱い易感染患者が占める割合が増えている。易感染患者は健常人が感染症を発症しない様な病原性の弱い菌(いわゆる弱毒菌)によっても感染症を発症する。このような感染症を日和見(ひよりみ)感染症と呼び、日和見感染症を起こす弱毒菌を日和見感染菌と呼ぶ。日和見感染菌の多くは、常在菌や環境菌であり、患者や医療従事者の腸管などの常在細菌叢や、病院環境中に存在し、病院内に長時間とどまる。病院内では抗菌薬(生物が作る抗生物質や合成された合成抗菌薬の総称)が多用されているため、抗菌薬が効く感性菌は淘汰され、抗菌薬の効かない耐性菌が選択される。このため、日和見感染菌の多くは、多剤耐性化しており、抗菌薬による治療に抵抗するため、これらの細菌による院内感染症が発生すると治療が困難になる。   With the advancement of medical care and the aging of the population, the proportion of vulnerable patients with weak immunity in hospitals is increasing. Infectious patients also develop infectious diseases due to weakly pathogenic bacteria (so-called attenuated bacteria) that healthy individuals do not develop infectious diseases. Such an infection is called an opportunistic (hiyomi) infection, and an attenuated bacterium causing an opportunistic infection is called an opportunistic infection. Most of opportunistic bacteria are resident bacteria and environmental bacteria, exist in the resident bacterial flora such as the intestinal tract of patients and healthcare workers, and in the hospital environment, and stay in the hospital for a long time. In hospitals, antibacterial drugs (generic name for antibiotics made by living organisms and synthesized synthetic antibacterial drugs) are frequently used. Sensitive bacteria that work with antibacterial drugs are selected, and resistant bacteria that do not work with antibacterial drugs are selected. For this reason, many opportunistic infectious bacteria have become multidrug resistant and resist treatment with antibacterial agents, making treatment difficult when nosocomial infections due to these bacteria occur.

[菌の異常集積の検出に対する必要性に関する背景]
院内感染症の多くは、このような多剤耐性の日和見感染菌による難治感染症である。今日、メチシリン耐性ブドウ球菌(MRSA)、多剤耐性緑膿菌(MDRP)などが、問題となっているが、様々な常在菌や環境菌が院内感染症の原因となるため、それら小数の特定の菌にのみ注目していると、他の菌による院内感染症やその徴候を見落とすことになる。すべての菌の分離状況を監視し院内感染の徴候を把握するためには、連日ないし少なくとも数日ごとに全ての菌種の分離状況を病棟あるいは病室ごとに集計してそれぞれの分離を評価する必要がある。これには膨大な作業が必要で、人手によって行うことは困難である。したがって、菌の異常集積を自動的に検出することのできる技術の実現が強く望まれている。
[Background on the necessity for detecting abnormal accumulation of bacteria]
Many hospital-acquired infections are intractable infections caused by such multidrug-resistant opportunistic bacteria. Today, methicillin-resistant staphylococci (MRSA), multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa (MDRP), etc. are in trouble, but since various resident bacteria and environmental bacteria cause nosocomial infections, those few Focusing on specific bacteria will overlook nosocomial infections and signs of other bacteria. In order to monitor the isolation status of all bacteria and grasp the signs of nosocomial infections, it is necessary to evaluate the isolation by collecting the isolation status of all bacterial species by ward or ward every day or at least every few days. There is. This requires enormous work and is difficult to do manually. Therefore, realization of a technique capable of automatically detecting abnormal accumulation of bacteria is strongly desired.

すなわち、院内感染症は、院内で上記各種菌が人為的に拡散され、拡散された菌が感染症を起こすことで発症するものであるところ、院内で菌が人為的に拡散されると拡散された菌の分離数が通常より増加するので、特定の菌の分離数の増加、つまり菌の異常集積を検出することができれば、院内感染の第一段階である人為的な菌の拡散を検出できることになり、院内感染を未然に防ぐことができるようになる。この点に関し、電算機を用いたリアルタイムのサーベイランスが実施できれば、特定の菌の分離数、分離率をリアルタイムで算出することが可能であるが、検出の感度、特異性を保ちつつ自動化できる適当な統計的手法が従来はなかった。   In other words, nosocomial infections occur when the above-mentioned various bacteria are artificially spread in the hospital and the diffused bacteria cause infection, but when the bacteria are artificially spread in the hospital, they are spread. If the increase in the number of isolated bacteria, that is, abnormal accumulation of bacteria can be detected, the spread of artificial bacteria, the first stage of nosocomial infection, can be detected. It becomes possible to prevent nosocomial infections. In this regard, if real-time surveillance using a computer can be performed, it is possible to calculate the number of separations and separation rates of specific bacteria in real time, but it is possible to automate while maintaining the sensitivity and specificity of detection. There was no statistical method in the past.

そこで、本出願の発明者等は、二項分布を用いた菌の異常集積の検出を既に発案し(非特許文献1、2参照)、この問題を解決したが、帰無仮説の確率であるベースラインレートとして何を用いるか(例えば集計期間の決定や重複排除の方法)、どのような期間幅どのような頻度で集計するのが適当であるかなど、解決すべ点がまだ存在している。   Therefore, the inventors of the present application have already invented detection of abnormal accumulation of bacteria using binomial distribution (see Non-Patent Documents 1 and 2) and solved this problem, but the probability of the null hypothesis. There are still points to be resolved such as what to use as the baseline rate (for example, how to determine the aggregation period and deduplication method), what period width and how often it is appropriate to aggregate. .

[antibiogram分類に対する必要性に関する背景]
細菌による院内感染症は、主に、原因となる菌が病院内で拡散することによって起こる。一方、菌が拡散しても感染症が発生しなければ院内感染症とはならない。菌が拡散したことを早期に検出し、確認できれば、院内感染症を未然に防ぐことができる。前記の菌の異常集積の検出によって、異常な菌の集積を検出することができた場合でも、集積が院内での菌の拡散に基づくものであるのか、たまたまその菌を持った人がその病棟に集まったのか判断する必要がある。細菌は同じ菌種(例えば緑膿菌)として同定(つまり検査の結果菌種を定める)されても、それぞれが少しずつ異なった遺伝的背景を持っている。ヒトが同じ人類であっても、一人一人の遺伝子が少しずつ異なるのと同じである。ヒトと細菌が異なるのは、増殖するときにヒトが父親と母親から半分ずつ遺伝子を受け継ぐのに対して、細菌は、無性の2分裂によって増殖するため、元となった菌と増殖した菌が、稀に起きる変異による変化を除いて全く同じ遺伝子を持っていることである。したがって、細菌の場合は、別の場所、別の時間に分離された菌が、同じ菌であるかどうかを正確に予測することが可能である。場所や時間を隔てて分離された細菌が全く同じ菌であるかどうかを最も正確に予測する方法は、それぞれの菌の全遺伝子配列を決定することである。しかし現実には、全遺伝子配列を決定しなくとも、遺伝子配列の概要を調べたり、あるいは、菌の特徴(つまりヒトで言えば肌の色や髪の色などの形質)から、それらの菌が同じ菌であるか別の菌に由来するものであるか、相当の精度で予測することができる。これは細菌が、一般に短期間(例えば数十日単位)で著しい変異を生じることは稀であるが、長期間には遺伝子の大規模な組み替えを含む、様々な変異を生じることによる。
[Background on the need for antibiogram classification]
Nosocomial infections caused by bacteria are mainly caused by the causative bacteria spreading in the hospital. On the other hand, if the infection does not occur even if the bacteria spread, it will not become a nosocomial infection. If it is possible to detect and confirm the spread of bacteria at an early stage, hospital infections can be prevented. Even if abnormal bacterial accumulation can be detected by detecting the abnormal accumulation of bacteria, whether the accumulation is based on the spread of bacteria in the hospital, or a person who has the bacteria happens to be in the ward It is necessary to judge whether it gathered in. Bacteria are identified as the same species (for example, Pseudomonas aeruginosa) (ie, the species is determined as a result of the test), but each has a slightly different genetic background. Even if the human being is the same human being, it is the same as each person's gene being slightly different. The difference between humans and bacteria is that when humans inherit half of the genes from their father and mother when they proliferate, bacteria multiply by asexual division, so the original and proliferated bacteria However, it has the exact same gene except for the change caused by the rare mutation. Therefore, in the case of bacteria, it is possible to accurately predict whether the bacteria isolated at different locations and at different times are the same bacteria. The most accurate method for predicting whether bacteria isolated at different locations and times are identical is to determine the entire gene sequence of each bacterium. However, in reality, even if the entire gene sequence is not determined, the outline of the gene sequence is examined, or the characteristics of the bacteria (that is, traits such as skin color and hair color in humans) It can be predicted with considerable accuracy whether they are the same or different. This is due to the fact that bacteria generally rarely produce significant mutations in the short term (eg, in the order of tens of days), but in the long term they produce various mutations, including large-scale gene recombination.

臨床の現場でこのような菌の特徴としてもっとも良く用いられるのは、異なった種類の抗菌薬に対する耐性(つまり薬が効かないこと)のパターンであるいわゆるantibiogram(アンチバイオグラム)である。ある菌が抗菌薬ABCに耐性でDEFには感性(つまり薬が効くこと)であり、同じ菌種に属する別の菌が抗菌薬ABCDに耐性でEFに感性であった場合、それらの菌は別の由来であると予測できる。適当な薬剤の組み合わせを選ぶとACEに耐性でBDFに感性、など全ての組み合わせ(つまりパターン)が出現する可能性があり、antibiogramが同じであると、それらの菌の由来が同じである可能性が少なくとも否定できないと結論できる。この方法は、細菌の抗菌薬に対する感受性(つまり耐性であるか感性であるか調べること)検査が保険診療の範囲内であり、日常の臨床検査としてひろく行われているために、このような疫学調査(つまり伝染性の疾患、環境要因による疾患など、集団で発生する疾患の因果関係を明らかにする研究方法)のために新たに費用が発生しない利点を持つ。antibiogramによる菌の同一性の予測は、遺伝子配列の概要による分類、さらに詳細な遺伝子解析(これらの解析は分子疫学的手法と呼ばれる)の結果と良く一致することが知られている。antibiogramで同一であることが否定できないと予測された菌の中には同一でないものも含まれるが、antibiogramで異なる菌と判断された菌は他の手法でも異なる菌と同定されるために、さらに詳細な分子疫学的手法を行うべきかどうかの判断とし、最初に行うべき調査である。一般病院で、分子疫学的手法による解析を行うことは、設備、費用の何れの面からも殆ど不可能である。多くの健康被害が発生した事例などに限って、大学、都道府県の衛生研究所、国立感染症研究所などが分子疫学的調査を行っている。   The most commonly used feature of such bacteria in clinical settings is the so-called antibiogram, which is a pattern of resistance to different types of antibacterial drugs (ie, the ineffectiveness of the drug). If one bacterium is resistant to the antibacterial drug ABC and sensitive to DEF (ie, the drug works), and another bacterium belonging to the same species is resistant to the antibacterial drug ABCD and sensitive to EF, It can be predicted that it has a different origin. If you select an appropriate combination of drugs, all combinations (ie patterns) such as resistance to ACE and sensitivity to BDF may appear, and if the antibiogram is the same, the origin of those bacteria may be the same It can be concluded that at least cannot be denied. This method is based on such epidemiology because the susceptibility testing of bacteria to antibacterial drugs (that is, whether they are resistant or sensitive) is within the scope of insurance practice and is widely conducted as a daily clinical test. It has the advantage of not incurring new costs for research (ie, research methods to clarify causal relationships between diseases that occur in the population, such as infectious diseases and diseases caused by environmental factors). It is known that the antibiogram prediction of bacterial identity is in good agreement with the results of classification based on the outline of gene sequences and detailed gene analysis (these analyzes are called molecular epidemiological methods). Some of the antibiograms predicted to be identifiable by the antibiogram include those that are not the same, but the bacteria that were determined to be different by the antibiogram were identified as different by other methods. This is the first survey to be conducted, judging whether detailed molecular epidemiological methods should be performed. In general hospitals, analysis by molecular epidemiology is almost impossible in terms of both equipment and cost. Only in cases where many health hazards have occurred, universities, prefectural health laboratories, national infectious disease laboratories, etc. conduct molecular epidemiological studies.

現在、antibiogramは、臨床検査の結果として得られた菌の複数抗菌薬に対する感受性を元に、人手によって整理が行われている。このとき、(1)菌の感受性はS(感性)、I(中間)、R(耐性)としていわゆるSIR判定される。IとS、IとRの違いは検査の誤差範囲であることがある。(2)多数の菌のantibiogramの整理を行う場合、全ての菌に対して同じ抗菌薬の感受性が全て調べてあるとは限らない。(3)グループ分けが一つに定まらない。などの問題があり、作業に多くの時間が掛かる、結果に自信が持てないという問題がある。   Currently, antibiograms are manually organized based on the susceptibility of bacteria to multiple antimicrobial agents obtained as a result of clinical tests. At this time, (1) the susceptibility of the bacteria is so-called SIR determination as S (sensitivity), I (intermediate), and R (resistance). The difference between I and S and I and R may be an error range of inspection. (2) When organizing the antibiograms of a large number of bacteria, not all the susceptibility of the same antibacterial drug is examined for all bacteria. (3) There is no single grouping. There are problems such as that it takes a lot of time to work, and the results are not confident.

したがって、細菌検査を行う多くの臨床検査技師がantibiogramの整理を自動化する技術の実現を希望している。   Therefore, many clinical technologists who perform bacteriological tests hope to realize technology that automates the organization of antibiograms.

antibiogramの自動整理はつまりパターンの分類であり、上記の理由から曖昧な要素を含んでいると考えられたためか、電算機を利用してantibiogramを作表する仕組みはあったが、従来、自動的に分類するためのプログラムは実現されていない。   Antibiogram automatic organization is a classification of patterns, and because it was thought that it contained ambiguous elements for the above reasons, there was a mechanism to create an antibiogram using a computer, No program has been implemented for classification.

[2次元carrierマップに対する必要性に関する背景]
前記のantibiogram分類による抗菌薬分類をカラーコード化しいわゆる2次元carrierマップを作成することも重要な技術であり、これによれば菌の拡散状態を容易に把握できるようになると考えられる。
[Background on the need for 2D carrier maps]
It is also an important technique to color-code the antibacterial agent classification based on the antibiogram classification and create a so-called two-dimensional carrier map, and it is considered that the diffusion state of the bacteria can be easily grasped.

特定の菌の分離状況を2次元マップ化することはこれまでも行われてきたが、前記のとおりにantibiogram分類の方法がなかったために、同一菌株の拡散を2次元マップ化し患者の動線を考慮した解析を行う資料の自動作成はできなかった。   Although the two-dimensional map of the isolation situation of a specific bacterium has been performed so far, there was no method of antibiogram classification as described above. It was not possible to automatically create a material for analysis in consideration.

したがって、このようなantibiogram自動分類に組み合わせた2次元carrierマップの自動作成技術の実現も有用である。   Therefore, it is also useful to realize a technique for automatically creating a two-dimensional carrier map in combination with such an antibiogram automatic classification.

[PID感染対策指標の評価に対する必要性に関する背景]
院内感染対策においても様々な指標をグラフ化し、値、増減から対策を検討することが重要である。例えば、院内感染菌として良く問題となるMRSA(メチシリン耐性黄色ブドウ球菌)の分離患者数、分離率などをグラフ化して、それらが増える傾向にある場合、担当者に注意を促し、この菌の病院内での拡散の原因を除くために接触予防策の強化などを行う。一般にグラフ化することによって変化は明らかになるが、多くの指標のトレンドを目視で正確に把握することは必ずしも容易ではなく、(1)目標値とのわずかなずれ、(2)変化の速さ(グラフの傾き)などは、必ずしも正確に把握されない。
[Background on the necessity for evaluation of PID infection index]
In hospital infection countermeasures, it is important to graph various indicators and examine countermeasures based on values and fluctuations. For example, if the number of isolated MRSA (methicillin-resistant Staphylococcus aureus) MRs (methicillin-resistant Staphylococcus aureus), which is often a problem as a hospital-acquired bacterium, is graphed, and they tend to increase, call attention to the person in charge. In order to eliminate the cause of diffusion in the inside, the contact preventive measures will be strengthened. In general, changes are clarified by graphing, but it is not always easy to accurately grasp the trend of many indicators by visual observation. (1) Slight deviation from the target value, (2) Speed of change (Slope of the graph) is not always accurately grasped.

PID(proportional-integral-differential)制御は、温度、速度の制御などで古くから使われる方法であるが、コンピュータ技術の発達に伴ってさらに実用性が増し、民生、工業などの制御にひろく使われている。   PID (proportional-integral-differential) control is a method that has been used for a long time for temperature and speed control, but it has become more practical with the development of computer technology, and is widely used for consumer and industrial control. ing.

したがって、PID技術によれば変化速度、微少偏位の継続、偏位を的確に評価することが可能であり、時に目視で見落とされることのある微少な偏位の持続、変化速度の差を数量化、グラフ化できることに注目し、感染対策に於ける各種指標を正常に保つことを一つの制御と考え、感染対策のトレンド解析にPID制御を応用することも有用であると考えられる。   Therefore, according to the PID technology, it is possible to accurately evaluate the rate of change, the continuation of a slight deviation, and the deviation, and the amount of difference in the change rate and the duration of the minute deviation that is sometimes overlooked by visual inspection. Focusing on the fact that it can be converted to a graph, keeping various indicators in infection countermeasures normal is considered as one control, and it is considered useful to apply PID control to trend analysis of infection countermeasures.

[菌の異常集積の検出警告スコア累積のグラフ化に対する必要性に関する背景]
前述した二項分布を用いる菌の異常集積の検出技術を利用し、その出力として得られる警告スコアを累積集計することも、院内感染対策に有用であると考えられるが、このような技術は実現されていない。
藤本修平、「中小規模病院感染症監視システム」、厚生労働科学研究費補助金 医療安全総合研究事業、医療安全総合研究事業 院内感染の防止のための監視体制の整備、細菌検査室の機能向上に関する研究 平成17年度報告書、13-102. (2006) 藤本修平、「院内感染対策サーベイランスの効率化に関する研究」、厚生科学研究費補助金 新興・再興感染症研究事業 薬剤耐性菌の発生動向のネットワークに関する研究 平成15年度総括研究報告書、87-94. (2004)
[Background on Necessity for Graphing Accumulation of Detection Warning Score of Abnormal Accumulation of Fungi]
Using the above-mentioned detection technique for abnormal accumulation of bacteria using the binomial distribution and accumulating the warning score obtained as an output may be useful for measures against hospital infections. It has not been.
Shuhei Fujimoto, “Small and Medium-sized Hospital Infectious Disease Monitoring System”, Health and Labor Sciences Research Grants Medical Safety Comprehensive Research Project, Medical Safety Comprehensive Research Project Establishing a monitoring system to prevent nosocomial infections and improving the function of the bacterial laboratory Research 2005 Report, 13-102. (2006) Shuhei Fujimoto, “Study on Efficient In-Hospital Infection Control Surveillance”, Grants-in-Aid for Scientific Research on Welfare Science, Research on Emerging / Re-emerging Infectious Diseases Research Network on Trends in Development of Drug-resistant Bacteria 2003 Summary Research Report, 87-94. (2004)

本願発明は、以上のとおりの事情に鑑み、電算機システムを用いて細菌検査の結果の中から統計的に有為な菌の異常集積を自動的に検出することのできる、菌の異常集積検出方法および菌の異常集積検出装置を提供することを課題としている。   In view of the circumstances as described above, the present invention is capable of automatically detecting an abnormal accumulation of statistically significant bacteria from the results of a bacterial test using a computer system. It is an object of the present invention to provide a method and an apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria.

また、本願発明は、antibiogramの整理つまりパターンの分類を自動化することで、院内感染の疫学調査を省力化し、かつ、誤りや見落としを防ぐことのできる、アンチバイオグラム分類方法およびアンチバイオグラム分類装置を提供することを課題としている。   Further, the present invention provides an anti-biogram classification method and an anti-biogram classification apparatus that can save labor and prevent errors and oversights by automating the organization of the antibiograms, that is, the classification of patterns, to reduce the epidemiological survey of nosocomial infections. It is an issue to provide.

また、本願発明は、antibiogram分類による抗菌薬分類をカラーコード化し、菌の分離を時間軸、空間軸でプロットして、同一患者を直線で結びつけて、同じ耐性パターンの菌が病棟内などで拡散している状態を容易に把握できる2次元carrierマップを自動的に作成することのできる、2次元キャリアマップ作成方法および2次元キャリアマップ作成装置を提供することを課題としている。   In addition, the present invention is color-coded antibacterial classification based on antibiogram classification, plotting bacteria separation on the time axis and space axis, connecting the same patient with a straight line, and bacteria with the same resistance pattern diffuse in the ward etc. It is an object of the present invention to provide a two-dimensional carrier map creation method and a two-dimensional carrier map creation device that can automatically create a two-dimensional carrier map that can easily grasp the current state.

また、本願発明は、感染対策のトレンド解析にPID制御を応用し、感染対策に於ける各種指標を正常に保つことができ、指標として実数を用いることが適当でないことや、積分期間が長い場合は過去の影響が及ぶ期間が不適切に長くなることの障害を排除し、様々なグラフ評価を正確に可能ならしめる、PID法によるグラフ評価技術、つまりPID法による感染対策指標の評価方法および装置を提供することを課題としている。   In addition, the present invention applies PID control to trend analysis of infection countermeasures, can keep various indicators in infection countermeasures normal, and it is inappropriate to use real numbers as indicators, or when the integration period is long Eliminates the failure of an improperly long period of influence in the past, and makes it possible to accurately perform various graph evaluations, that is, a graph evaluation technique based on the PID method, that is, an evaluation method and apparatus for an infection control index based on the PID method It is an issue to provide.

また、本願発明は、上記菌の異常集積検出を利用して、その出力として得られる警告スコアを累積集計しグラフ化することのできる、菌自動集積検出の警告スコア累積のグラフ化方法および装置を提供することを課題としている。   Further, the present invention provides a graphing method and apparatus for accumulating warning scores for automatic accumulation detection of bacteria, which is capable of accumulating and graphing warning scores obtained as outputs using the abnormal accumulation detection of the bacteria. The issue is to provide.

本願発明は、上記の課題を解決するものとして、
菌の異常集積検出の対象とする場所毎に、既定の集計頻度で、既定の観察期間幅中の検体提出患者および当該検出の対象とする全ての菌について、菌毎に、菌が陽性だった患者数を集計し、
全ての菌について、集計した菌毎の陽性患者数と、検体提出患者数と、予め求めた菌毎の陽性率であるベースラインレートとによる
二項分布を用いて、菌の偏りのない分離において成立するベルヌーイ試行の確率を、菌の分離に偏りが無く且つ菌の分離が偶然のみに支配されているという帰無仮説によって計算し、
計算された確率が既定値より小さい場合に、偶然のみに支配されている確率が小さく菌の分離に偏りがあって異常な集積があったと判定する、
菌の異常集積検出方法であって、
前記ベースラインレートの算出を行う際に、同一患者の重複排除を月および人ののべ数となるように行うことによって、前記ベースラインレートが前記二項分布の単回の独立試行の確率となるようにする、
ことを特徴とする菌の異常集積検出方法、
を提供し、また、
菌の異常集積検出の対象とする場所毎に、既定の集計頻度で、既定の観察期間幅中の検体提出患者および当該検出の対象とする全ての菌について、菌毎に、菌が陽性だった患者数を集計して予め求められた集計データと、
全ての菌について、集計した菌毎の陽性患者数と、検体提出患者数と、予め求めた菌毎の陽性率であるベースラインレートとによる二項分布を用いて、菌の偏りのない分離において成立するベルヌーイ試行の確率を、菌の分離に偏りが無く且つ菌の分離が偶然のみに支配されているという帰無仮説によって計算し、
計算された確率が既定値より小さい場合に、偶然のみに支配されている確率が小さく菌の分離に偏りがあって異常な集積があったと判定する、
菌の異常集積検出装置であって、
前記ベースラインレートの算出を行う際に、同一患者の重複排除を月および人ののべ数となるように行うことによって、前記ベースラインレートが前記二項分布の単回の独立試行の確率となるようにする、
ことを特徴とする菌の異常集積検出装置
を提供する。
The present invention is intended to solve the above-described problems.
For each place to be detected for abnormal accumulation of bacteria, the bacteria were positive for each bacteria for the specimen submitting patient and all the bacteria to be detected during the predetermined observation period at the specified frequency. Count the number of patients,
For all bacteria, using a binomial distribution based on the total number of positive patients for each bacterium, the number of patients submitting specimens, and the baseline rate, which is the positive rate for each bacterium determined in advance, The probability of Bernoulli trials to be established is calculated according to the null hypothesis that there is no bias in bacterial isolation and that bacterial isolation is controlled only by chance,
When the calculated probability is smaller than the default value, the probability of being controlled only by chance is small, and it is determined that there is an abnormal accumulation due to bias in the separation of bacteria,
A method for detecting abnormal accumulation of bacteria,
When calculating the baseline rate, by deduplicating the same patient so as to be the total number of months and people, the baseline rate is determined as the probability of a single independent trial of the binomial distribution. To be,
A method for detecting abnormal accumulation of bacteria,
Also provide
For each place to be detected for abnormal accumulation of bacteria, the bacteria were positive for each bacteria for the specimen submitting patient and all the bacteria to be detected during the predetermined observation period at the specified frequency. Total data calculated in advance by counting the number of patients,
For all bacteria, using a binomial distribution based on the total number of positive patients for each bacterium, the number of patients submitting specimens, and the baseline rate , which is the positive rate for each bacterium determined in advance, The probability of Bernoulli trials to be established is calculated according to the null hypothesis that there is no bias in bacterial isolation and that bacterial isolation is controlled only by chance,
When the calculated probability is smaller than the default value, the probability of being controlled only by chance is small, and it is determined that there is an abnormal accumulation due to bias in the separation of bacteria,
A device for detecting abnormal accumulation of bacteria,
When calculating the baseline rate, by deduplicating the same patient so as to be the total number of months and people, the baseline rate is determined as the probability of a single independent trial of the binomial distribution. To be,
An apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria is provided.

また、本願発明は、上記の課題を解決するものとして、
SIR判定を用いて菌の持つ薬剤耐性のパターンであるアンチバイオグラムを分類する方法であって、
2つの菌の組み合わせのうちで、全ての抗菌薬剤に対して一つでもSとRの違いがある組み合わせを不一致組み合わせと判定して、当該2つの菌同士で一致する薬剤の数を0点とし、互いにSまたは互いにRである組み合わせを一致組み合わせと判定して、当該2つの菌同士で一致する薬剤の数N点を求め、
この一致不一致の判定をすべての菌の組み合わせに対して行い、
一致する薬剤の数N点が既定の閾値以上になる菌のグループを作る、
ことを特徴とするアンチバイオグラム分類方法、
を提供し、また、
SIR判定を用いて菌の持つ薬剤耐性のパターンであるアンチバイオグラムを分類する装置であって、
2つの菌の組み合わせのうちで、全ての抗菌薬剤に対して一つでもSとRの違いがある組み合わせを不一致組み合わせと判定して、当該2つの菌同士で一致する薬剤の数を0点とし、互いにSまたは互いにRである組み合わせを一致組み合わせと判定して、当該2つの菌同士で一致する薬剤の数N点を求める手段と、
この一致不一致の判定をすべての菌の組み合わせに対して行う手段と、
一致する薬剤の数N点が既定の閾値以上になる菌のグループを作る手段と、
を備えることを特徴とするアンチバイオグラム分類装置、
を提供する。
In addition, the invention of the present application is to solve the above problems.
A method for classifying an anti-biogram, which is a drug resistance pattern possessed by bacteria, using SIR determination,
Among the combinations of two bacteria, a combination having at least one difference between S and R for all antibacterial drugs is determined as a mismatched combination, and the number of drugs that match between the two bacteria is defined as 0 points. , Determining the combination that is S or R to each other as a matching combination, and determining the number N of drugs that match between the two bacteria,
This match / mismatch is determined for all combinations of bacteria,
Create a group of bacteria whose number N of matching drugs is greater than or equal to a predetermined threshold,
Anti-biogram classification method, characterized by
Also provide
A device for classifying an anti-biogram, which is a drug resistance pattern of a bacterium, using SIR determination,
Among the combinations of two bacteria, a combination having at least one difference between S and R for all antibacterial drugs is determined as a mismatched combination, and the number of drugs that match between the two bacteria is defined as 0 points. , A means for determining a combination that is S or R to each other as a matching combination, and determining the number N of drugs that match between the two bacteria,
Means for determining this match / mismatch for all combinations of bacteria,
Means for creating a group of bacteria in which the number N of matching drugs exceeds a predetermined threshold;
An anti-biogram classification device, comprising:
I will provide a.

また、本願発明は、上記の課題を解決するものとして、
上記のアンチバイオグラム分類方法によって分類された菌のグループに基づき2次元キャリアマップを作成する方法であって、
前記菌のグループをカラーコード化し、
分離された患者、場所、時期の3つのパラメータに基づいて、2次元キャリアマップ上の時間軸、空間軸に沿って各菌の分離データをプロットし、
同一患者を線で結ぶ、
ことを特徴とする2次元キャリアマップ作成方法、
を提供し、また、
上記のアンチバイオグラム分類装置によって分類された菌のグループに基づき2次元キャリアマップを作成する装置であって、
前記菌のグループをカラーコード手段と、
分離された患者、場所、時期の3つのパラメータに基づいて、2次元キャリアマップ上の時間軸、空間軸に沿って各菌の分離データをプロットする手段と、
同一患者を線で結ぶ手段と、
を備えることを特徴とする2次元キャリアマップ作成装置、
を提供する。
In addition, the invention of the present application is to solve the above problems.
A method of creating a two-dimensional carrier map based on a group of bacteria classified by the anti-biogram classification method,
Color-code the group of bacteria,
Based on the three parameters of separated patient, location, and time, plot the separation data of each bacterium along the time axis and space axis on the two-dimensional carrier map,
Connecting the same patient with a line,
A two-dimensional carrier map creation method characterized by
Also provide
A device for creating a two-dimensional carrier map based on a group of bacteria classified by the anti-biogram classification device,
Color code means for the group of bacteria;
Means for plotting the separation data of each bacterium along the time axis and the space axis on the two-dimensional carrier map based on the three parameters of the separated patient, location and time;
Means for connecting the same patient with a line;
A two-dimensional carrier map creation device, comprising:
I will provide a.

また、本願発明は、上記の課題を解決するものとして、
感染対策の指標となる数値の変動および偏りを評価する方法であって、
既定の観察期間単位ごとに、目標値との隔たりを示すP因子、時間軸において一つ前の観察単位との差を示すD因子、過去の既定の期間の偏差の和を示すI因子を計算し、
これらP因子、D因子、I因子の和をPID値とし、PID値、またはPID値の絶対値であるPID正値を、感染対策の成果が目標値に達するための努力の程度の指標として用いる、
ことを特徴とする感染対策指標の評価方法、
を提供し、また、
感染対策の指標となる数値の変動および偏りを評価する装置であって、
既定の観察期間単位ごとに、目標値との隔たりを示すP因子、時間軸において一つ前の観察単位との差を示すD因子、過去の既定の期間の偏差の和を示すI因子を計算する手段と、
これらP因子、D因子、I因子の和をPID値とし、PID値、またはPID値の絶対値であるPID正値を、感染対策の成果が目標値に達するための努力の程度の指標として用いる手段と、
を備えることを特徴とする感染対策指標の評価装置、
を提供する。
In addition, the invention of the present application is to solve the above problems.
A method for evaluating fluctuations and biases in numerical values that are indicators of infection control,
For each predetermined observation period unit, P factor indicating the difference from the target value, D factor indicating the difference from the previous observation unit on the time axis, and I factor indicating the sum of the deviations of the past predetermined period are calculated. And
The sum of these P factor, D factor, and I factor is used as a PID value, and the PID value or a positive PID value that is the absolute value of the PID value is used as an index of the degree of effort to reach the target value of the infection control result. ,
A method for evaluating an infection control index characterized by
Also provide
A device that evaluates fluctuations and biases in numerical values that are indicators of infection control,
For each predetermined observation period unit, P factor indicating the difference from the target value, D factor indicating the difference from the previous observation unit on the time axis, and I factor indicating the sum of the deviations of the past predetermined period are calculated. Means to
The sum of these P factor, D factor, and I factor is used as a PID value, and the PID value or a positive PID value that is the absolute value of the PID value is used as an index of the degree of effort to reach the target value of the infection control result. Means,
An infection countermeasure index evaluation apparatus characterized by comprising:
I will provide a.

また、本願発明は、上記の課題を解決するものとして、
上記の菌の異常集積検出方法の出力として得られる警告スコアを累積集計してグラフ化する方法であって、
前記計算された菌の偏りのない分離を表すベルヌーイ試行の確率を閾値で分類し、確率が低いものに高いスコアを与えて得られる警告スコアを、菌ごとに一定期間ごとに集計し、集計結果を、横軸を時間軸、縦軸を警告スコアとしてグラフ化する、
ことを特徴とする菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフ化方法、
を提供し、また、
上記の菌の異常集積検出装置の出力として得られる警告スコアを累積集計してグラフ化する装置であって、
前記計算された菌の偏りのない分離を表すベルヌーイ試行の確率を閾値で分類し、確率が低いものに高いスコアを与えて得られる警告スコアを、菌ごとに一定期間ごとに集計する手段と、集計結果を、横軸を時間軸、縦軸を警告スコアとしてグラフ化する手段と、
を備えることを特徴とする菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフ化装置、
を提供する。
In addition, the invention of the present application is to solve the above problems.
It is a method of accumulating the warning score obtained as an output of the abnormal accumulation detection method of the above-mentioned bacteria and graphing it,
The probability of Bernoulli trials representing the calculated separation of bacteria without bias is classified by a threshold, and the warning score obtained by giving a high score to those with low probability is tabulated for each bacterium for a certain period, and the counting result Graph with the horizontal axis as the time axis and the vertical axis as the warning score.
A graphing method for accumulating warning scores for detection of abnormal bacterial accumulation,
Also provide
An apparatus for accumulating and graphing a warning score obtained as an output of the above abnormal accumulation detection apparatus for bacteria,
Classifying the calculated probability of Bernoulli trials representing a non-biased separation of the bacteria by a threshold, and a warning score obtained by giving a high score to a low probability, a means for aggregating the bacteria every fixed period, Means for graphing the aggregated results with the horizontal axis as a time axis and the vertical axis as a warning score;
A graphing apparatus for accumulating warning scores for detecting abnormal accumulation of bacteria characterized by comprising:
I will provide a.

そしてさらに、本願発明は、前記各種方法あるいは装置の機能をコンピュータに実行させるためのプログラムおよび当該プログラムを記録したコンピュータ読取可能な記録媒体をも提供する。   Furthermore, the present invention also provides a program for causing a computer to execute the functions of the various methods or apparatuses, and a computer-readable recording medium on which the program is recorded.

[菌の異常集積検出]
本願発明における菌の異常集積の検出の原理は以下のとおりである。
[Detection of abnormal accumulation of bacteria]
The principle of detecting abnormal accumulation of bacteria in the present invention is as follows.

細菌の分離は、培養陽性、陰性の2つの値のみを取り、偏りなく分離されるとき、いわゆるsporadicな分離のときには、毎回独立に菌の分離率(baseline rate:ベースラインレート)にしたがって偶然に支配されて発生するいわゆるベルヌーイ試行である。偏りのないベルヌーイ試行は、その確率が二項分布(例えば下記数1で表される累積二項分布)によって計算できることに注目し、菌の分離に偏りが無く、菌の分離が偶然のみに支配されているという帰無仮説によってその確率を計算し、計算された確率が十分に小さい場合、偶然のみに支配されている確率が小さく、何らかの偏りがあった、すなわち菌の分離に異常な集積があったと結論する。これにより、すべての菌について、病院全体、病棟ごと、病室ごとの菌の分離に偏りがあったかどうかを評価できれば、すべての菌種についての菌の異常集積を自動的に確実に捕捉する事が可能になる。   Bacterial separation takes only two values, culture positive and negative, and when it is separated evenly, so-called sporadic separation, it happens by chance according to the baseline rate (baseline rate) independently each time. This is a so-called Bernoulli trial that occurs under the rule of the country. Pay attention to the Bernoulli trial without bias, the probability can be calculated by binomial distribution (for example, cumulative binomial distribution expressed by the following formula 1), there is no bias in the separation of bacteria, and the separation of bacteria is controlled only by chance If the calculated probability is sufficiently small and the calculated probability is sufficiently small, the probability of being controlled only by chance is small and there is some bias, that is, there is abnormal accumulation in the separation of bacteria I conclude that there was. As a result, if it is possible to evaluate whether or not there is a bias in the separation of bacteria for the entire hospital, ward, and ward for all bacteria, it is possible to automatically and reliably capture abnormal accumulation of bacteria for all species. become.

ここで、p=ベースラインレート、n=検体提出患者数、k=陽性患者数である。
ある菌種が特定の場所(病棟など)で偶然によるよりも多くの患者から分離された場合、その場所の中で拡散(感染または保菌)が発生したことが疑われ、実際に拡散(感染または保菌)が発生していた場合は、(1)その場所での感染対策(衛生的手技)に問題がある可能性が示唆される。(2)拡散が続けば、ある確率で院内感染症の発生(アウトブレイク)に結びつくことが考えられる。したがって、すべての菌種についての菌の異常集積を自動的に確実に捕捉する事ができれば、不十分な感染対策に基づくアウトブレイクを未然に防ぐことができる。
Here, p = baseline rate, n = number of specimen-submitted patients, and k = number of positive patients.
If a species is isolated from more patients than by chance at a particular location (such as a ward), it is suspected that spread (infection or colonization) has occurred in that location, and the actual spread (infection or infection) When (carrying) has occurred, (1) it is suggested that there may be a problem with the infection countermeasure (hygienic technique) at that location. (2) If spread continues, it is possible that it will lead to the occurrence (outbreak) of nosocomial infections with a certain probability. Therefore, if it is possible to automatically and reliably capture abnormal accumulation of bacteria for all bacterial species, outbreaks based on insufficient infection countermeasures can be prevented.

そして、この二項分布を用いた菌の異常集積の検出は、さらに具体的には、以下の設定条件の下に実行される。
(1)ベースラインレートの算出を行う際に、同一患者の重複排除を月および人ののべ数となるように行うことによって、前記ベースラインレートが前記二項分布の単回の独立試行の確率となるようにする。このとき、同一患者の重複排除は、既定期間毎、たとえば1年毎に行ってもよい。さらにあるいは、ベースラインレートに、前記場所の菌の陽性率あるいは全国平均の陽性率をとり、これにより客観的な分離の効果の評価も実現させる。全国平均とは、全国的サーベイランスで得た菌の陽性率を指す。また、同規模、同種の病院特性(救急病院、急性期病院、慢性期病院、老人病院、小児科病院など)によって層別化した全国平均も含む。
(2)集計は、複数の既定の観察幅、たとえば毎日、1日、7日、14日、30日の観察幅で行う。
(3)菌の検査結果は確定するまでに日数がかかるので、即時性のために、中間報告が行われるたびに再集計をかける。
The detection of abnormal accumulation of bacteria using this binomial distribution is more specifically executed under the following setting conditions.
(1) When calculating the baseline rate, by deduplicating the same patient so that the total number of months and people is the same, the baseline rate can be calculated for a single independent trial of the binomial distribution. Try to be a probability. At this time, deduplication of the same patient may be performed every predetermined period, for example, every year. Further alternatively, the positive rate of the bacteria at the place or the national average positive rate is taken as the baseline rate, thereby realizing an objective evaluation of the separation effect. The national average refers to the positive rate of bacteria obtained through national surveillance. It also includes national averages stratified by hospital characteristics of the same size and type (emergency hospital, acute hospital, chronic hospital, geriatric hospital, pediatric hospital, etc.).
(2) Aggregation is performed in a plurality of predetermined observation widths, for example, observation widths every day, 1, 7, 14, and 30 days.
(3) Since the test results of bacteria take days to be finalized, for the sake of immediacy, recalculate every time an interim report is made.

より具体的には、たとえば図1に示したように、まず、検出の対象とする全病院、各病棟、各診療科などの場所毎(例えば病院A,病院B,病院C・・・、病棟A,病棟B,病棟C・・・、診療科A,診療科B,診療科C・・・に、1日、7日、14日、30日などの複数の既定の観察期間幅(いわゆるウィンドウ)W1,W2,W3・・・中の検体提出患者(つまり細菌検査を行った患者)Nsample-patientと、すべての菌x1,x2,x3・・・についてそれぞれその菌が陽性だった患者数Npositive-patientを集計する(ステップS11、S12)。この集計は、連日あるいは既定の期間の頻度で行う。たとえば、1年間に亘って、W1=1日,W2=14日,W3=30日の観察期間を順次繰り返しながら各観察期間毎のNsample-patient、Npositive-patientをデータベースに集計、入力する。 More specifically, for example, as shown in FIG. 1, first, all the hospitals to be detected, each ward, each department such as each department (for example, hospital A, hospital B, hospital C..., Ward) A, Ward B, Ward C ..., Clinical Department A, Medical Department B, Medical Department C ... ) , a plurality of predetermined observation period widths (so-called 1 day, 7 days, 14 days, 30 days, etc.) window) W 1, W 2, W 3 specimen submission number of patients in ... (that is, the number of patients subjected to bacteriological examination) and the N sample-patient, for all of the bacteria x 1, x 2, x 3 ··· The number N positive-patient of each positive for the bacterium is counted (steps S11 and S12). This aggregation is performed every day or at a frequency of a predetermined period. For example, N sample-patient and N positive-patient for each observation period are aggregated in the database while sequentially repeating the observation period of W 1 = 1 day, W 2 = 14 days, and W 3 = 30 over one year. ,input.

一方、たとえば図2に示したように、すべての菌について、その菌の陽性率Rpositive、つまり一人の患者を検査してその菌が検出される確率を、たとえば1年など十分に長い期間についてその菌が陽性だった患者数を検体提出患者数で除して、予め求めておく。より具体的には、まず、データ集計期間を指定し(ステップS21)、検体提出患者数と細菌種毎の陽性検出患者数を集計入力し(ステップS23,S24)、菌陽性率Rpositiveを算出する(ステップS25)。
このとき、本願発明では、同一患者の重複排除を月および人ののべ数となるように行う(ステップS22)。より具体的には、たとえば図3に例示したように、同じ患者から所定観察期間内(たとえば30日以内)に同じ菌種が検出されたか否かを判断する(ステップS31)。検出されていない場合には重複排除処理せず(ステップS33)、検出され場合には抗菌薬感受性が関与する集計があるか否かを判断する(ステップS32)。集計がない場合には重複排除処理せず(ステップS33)、集計がある場合には耐性判断のある重複菌を排除する(ステップS34)。具体的には、初期設定として共通の抗菌薬数を0とし(ステップS35)、各抗菌薬について耐性に違いがあるか否かを判断する(ステップS37)。違いがない場合には共通の抗菌薬数=共通の抗菌薬数+1として(ステップS38)、判断処理をループさせ(ステップS36−S38)、耐性に違いがある場合には別の菌として集計する(ステップS311)。全ての抗菌薬について判断が終わった後(ステップS36)、共通の抗菌薬数がいずれかの株の検査抗菌薬数と同じであるか否かを判断する(ステップS39)。同じである場合には同じ菌として処理し(ステップS312)、違う場合には共通の抗菌薬数が所定値(たとえば5)以上であるか否かを判断し(ステップS310)、所定値以上でない場合には別の菌として集計し(ステップS311)、所定値以上である場合には同じ菌として処理する(ステップS312)。そして、同じ菌に対して重複排除処理を実行する、つまり集計データから重複菌を削除する(ステップS313)。続いて、時系列上先に検査が行われた菌の検査抗菌薬数が時系列上後に検査が行われた菌の検査抗菌薬数以上であるか否かを判断する(ステップS314)。これが成り立つ場合には先の検査を残し(ステップS315)、成り立たない場合には所定観察期間の判断の日付として先の検査の検体検出日を受け継ぎ(ステップS316)、後の検査を残す(ステップS317)。
図4は、以上の重複排除を含めた各処理に従い算出した菌陽性率Rpositiveの一例である。
On the other hand, for example, as shown in FIG. 2, the positive rate R positive of all the bacteria, that is, the probability that the bacteria are detected by examining one patient, for a sufficiently long period such as one year. The number of patients who are positive for the bacteria is divided by the number of specimen-submitted patients and obtained in advance. More specifically, first, the data aggregation period is designated (step S21), and the number of specimen-submitted patients and the number of positively detected patients for each bacterial species are totalized and input (steps S23 and S24), and the bacteria positive rate R positive is calculated. (Step S25).
At this time, in the present invention, duplicate elimination of the same patient is performed so as to be the total number of months and people (step S22). More specifically, for example, as illustrated in FIG. 3, it is determined whether or not the same bacterial species is detected from the same patient within a predetermined observation period (for example, within 30 days) (step S31). Without deduplication process when it is not detected (step S33), when it is detected determines whether there is a summary of involving antimicrobial susceptibility (step S32). If there is no tabulation, no duplicate elimination processing is performed (step S33), and if there is tabulation, duplicate bacteria with resistance determination are eliminated (step S34). Specifically, the number of common antibacterial drugs is set to 0 as an initial setting (step S35), and it is determined whether there is a difference in resistance for each antibacterial drug (step S37). If there is no difference, the number of common antibacterial drugs = the number of common antibacterial drugs + 1 (step S38), the determination process is looped (steps S36-S38), and if there is a difference in resistance, the number is counted as another bacterium. (Step S311). After all the antibacterial drugs have been determined (step S36), it is determined whether the number of common antibacterial drugs is the same as the number of test antibacterial drugs of any strain (step S39). If they are the same, they are treated as the same bacteria (step S312). If they are different, it is determined whether the number of common antibacterial drugs is a predetermined value (for example, 5) or more (step S310), and is not greater than the predetermined value. In this case, it is counted as another bacterium (step S311), and when it is a predetermined value or more, it is processed as the same bacterium (step S312). Then, the duplicate elimination process is executed for the same bacteria, that is, duplicate bacteria are deleted from the total data (step S313). Subsequently, it is determined whether or not the number of the test antibacterial agents for the bacteria tested earlier in time series is equal to or greater than the number of the test antibacterial drugs for the bacteria tested later in time series (step S314). If this is true, the previous test is left (step S315), and if it is not true, the sample detection date of the previous test is inherited as the date of determination of the predetermined observation period (step S316), and the later test is left (step S317). ).
FIG. 4 is an example of the bacteria positive rate R positive calculated according to each process including the above-described deduplication.

菌の分離が偏りなく、偶然にのみ支配されていると仮定した場合に、それぞれの場所でそれぞれの菌がそれぞれの数それぞれの検査患者数から分離される確率Pisolationは、その菌の陽性率Rpositiveであり、ある場所で、ある菌が、ある人数の患者から分離される確率Pisolationは、それらの数と、検査患者数Nsample-patientと、その菌の陽性率Rpositiveから二項分布を用いて求めることができる(ステップS13(図1))。さらに、その数より少ない数が分離される確率を加える、つまり累積二項分布を用いることによって、例えば、6人検査して4人までがその菌が陽性である確率を求めることができる。本願発明では、全ての場所毎、全ての観察期間、全ての菌種について毎日その確率を計算する。 Assuming that the isolation of the fungus is unbiased and controlled only by chance, the probability P isolation of each fungus from each number of patients at each location is the positive rate of that fungus is R positives, in some places, there bacteria, the probability P isolation separated from a patient of a certain number of people, and their number, and test the patient number N sample-patient, binomial from prevalence R positives of the fungus The distribution can be used (step S13 (FIG. 1)). Further, by adding a probability that a number smaller than that number is separated, that is, using a cumulative binomial distribution, for example, it is possible to obtain a probability that up to 4 people are positive for the bacteria by examining 6 people. In the present invention, the probability is calculated every day for every place, every observation period, and every bacterial species.

観察期間幅を複数設ける目的は、短い鋭い変化、長期のなだらかな変化の何れも見落とさないためである。これらの幅で、連日、確率計算し続けることで、小さな集積も特異的に検出することができる。
菌の分離確率Pisolationのより具体的な算出処理は、たとえば図5に示したように、上述した数式1に従い、初期設定としてP=0とし(ステップS51)、m=kからnまで(ステップS52)次の計算をする。まず、nm(=Cx)を計算し(ステップS53)、アル順番で丁度m個菌が出る確率pm(1−p)n-m(=Ptankai)を求め(ステップS54)、丁度m個菌が出る確率Cx Ptankai(=Pkumiawase)を算出し(ステップS55)、P=P+Ptankaiとする(ステップS56)。
The purpose of providing a plurality of observation period widths is that neither a short sharp change nor a long-term gentle change is overlooked. Small accumulations can be specifically detected by continuously calculating the probability every day with these widths.
For example, as shown in FIG. 5, a more specific calculation process of the fungal isolation probability P isolation is set to P = 0 as an initial setting (step S51) and m = k to n (steps) as shown in FIG. S52) The following calculation is performed. First, n C m (= C x ) is calculated (step S53), and the probability p m (1−p) nm (= P tankai ) of exactly m bacteria in the al order is obtained (step S54). The probability C x P tankai (= P kumiawase ) of individual bacteria is calculated (step S55), and P = P + P tankai is set (step S56).

本願発明では、さらに、計算した分離確率Pisolationをその値によって分類し、異常集積の危険度(警告レベル)として、問題の発生した場所、集計の日時、観察期間幅、菌種、陽性患者数、検体提出患者数、確率など、危険度を表示して警告としている。
より具体的には、分離確率Pisolationに対する閾値(複数のレベル)を予め指定しておき(ステップS14(図1))、菌分離事象を分離確率Pisolationによって分類する(ステップS15)。そして、各レベル以下の分離確率Pisolationを持つ事象を異常として警告する(ステップS16)。
In the present invention, the calculated isolation probability P isolation is further classified according to its value, and the risk of abnormal accumulation (warning level), the location where the problem occurred, the date and time of counting, the observation period width, the bacterial species, the number of positive patients The number of patients who submit specimens, probability, etc. are displayed as warnings.
More specifically, threshold values (a plurality of levels) for the separation probability P isolation are designated in advance (step S14 (FIG. 1)), and the bacteria separation events are classified by the separation probability P isolation (step S15). Then, an event having an isolation probability P isolation below each level is warned as an abnormality (step S16).

なお、当該技術の応用として、antibiogram分類技術と組み合わせ、分類毎の異常集積を検出することによって、特定の耐性菌が病院内、あるいは、地域で拡散した場合にこれを自動的に検出することが可能になる。   In addition, as an application of this technology, by combining with the antibiogram classification technology and detecting abnormal accumulation for each classification, this can be detected automatically when specific resistant bacteria spread in the hospital or in the area. It becomes possible.

[antibiogram分類]
本願発明におけるSIR判定を用いたantibiogram分類の原理は以下のとおりである。
[Antibiogram classification]
The principle of antibiogram classification using SIR determination in the present invention is as follows.

SIR判定のうちで曖昧さの残るI(中間)の扱いについて検討した結果、IはS(感性)、R(耐性)の何れとも取れるため、決定因子にならず、検査を行っていないのと同様の扱いでよいことが分かった。同一であることをスコア化して判断する方法は最終的な組み合わせに曖昧さが残るため、実用性が低いことが分かった。そこで、本願発明のantibiogram分類は、論理的に(つまりrule based algorithmで)同じグループに属することが否定できない組み合わせを網羅するものである。   As a result of examining the treatment of I (intermediate) with ambiguity in the SIR determination, I can take either S (sensitivity) or R (resistance), so it is not a determinant and is not being tested. It turns out that the same treatment is acceptable. It turned out that the method of scoring and judging that they are the same is not practical because the final combination has ambiguity. Therefore, the antibiogram classification of the present invention covers combinations that cannot be denied that logically (that is, rule based algorithm) belong to the same group.

さらに説明すると、たとえば図6および図7のフローチャートに示すように、まず、2つの菌A−Bの組み合わせのうちで(ステップS61、ステップS71−S72)、一つでもSとRの違いがある組み合わせ、つまり互いにSまたは互いにRでない組み合わせは同じグループに属することが否定できるため除外し(ステップS62−S63、ステップS73)、それら2つの菌の間で一致する抗菌薬剤の数がないものとして、検査数を0点とする(ステップS64、ステップS74)。それ以外について、つまり互いにSまたは互いにRである組み合わせについて、2つの菌の間で一致する抗菌薬剤の数Nを求め、検査数N点とする(ステップS65、ステップS75−S76)。一致する検査の数に一定の基準(例えば3つ以上など)を設け、すべての菌に対して一致不一致の判定をし、判定表を作成する。判定表を元に、お互いに一致する検査数が一定基準以上になる菌のグループを作る(ステップS66−S67、ステップS77−S78)。組み合わせを作るために、集合論を利用した手法を用いる。 More specifically, as shown in the flowcharts of FIGS. 6 and 7, for example, among the combinations of two bacteria A-B (step S 61 , steps S 71 -S 72), at least one difference between S and R is different. Certain combinations, that is, combinations that are not S or R to each other, can be ruled out as belonging to the same group (steps S62-S63, step S73), and there is no number of matching antibacterial drugs between these two bacteria The number of inspections is set to 0 (Step S64, Step S74). For the other cases, that is, for the combinations that are S or R for each other, the number N of antibacterial drugs that match between the two bacteria is obtained and set as the number of examinations N (steps S65, S75-S76). A certain standard (for example, 3 or more) is set for the number of tests that match, and a determination table is created by determining whether or not all the bacteria match. Based on the determination table, a group of bacteria whose number of tests that match each other exceeds a certain standard is created (steps S66-S67, steps S77-S78). To make a combination, a method using set theory is used.

より具体的には、例えば以下のように処理する。   More specifically, for example, the following processing is performed.

(1)SIR判定のIをデータ入力がないものとして扱い、SとRの一致不一致のみを判断する。   (1) Treat SIR determination I as no data input, and determine only whether S and R match or not.

(2)すべての2つの組み合わせであるパターンを比較し、耐性S,Rに一つでも異なるものが有れば排除する((3)において0点とする)
(3)耐性が一致している抗菌薬数を得点化し、閾値(たとえば3点)以上の抗菌薬数を持つ2つのパターンの同一性を判定する。
(2) Compare all two combinations of patterns and eliminate if there is any difference in tolerance S, R (set to 0 in (3))
(3) The number of antibacterial drugs having the same resistance is scored, and the identity of two patterns having the number of antibacterial drugs equal to or greater than a threshold (for example, 3 points) is determined.

(4)2つのパターンの関係である同一性から3つ以上の組み合わせを得る。   (4) Three or more combinations are obtained from the identity that is the relationship between the two patterns.

ここで、たとえば、2つのパターンの関係である同一性から3つ以上の組み合わせを得る具体的アルゴリズムの一例は、図8に示すとおりである。集合Aiは菌株xiと耐性パターンの同一性が否定できない菌株の集合である。菌株xjが集合Aiの要素であるとき、菌株xiは集合Ajの要素である。Ai、Ajが与えられると、それらと耐性パターンが同一である事が否定できない3番目の菌株は共通集合となる。したがって、耐性が一致している抗菌薬数を得点化した値が閾値以上の組み合わせの集合を主記憶上に持つことによって、高い効率で3番目以降の菌株の組み合わせを得ることができる。   Here, for example, an example of a specific algorithm for obtaining three or more combinations from the identity which is the relationship between two patterns is as shown in FIG. The set Ai is a set of strains whose resistance pattern identity cannot be denied with the strain xi. When strain xj is an element of set Ai, strain xi is an element of set Aj. Given Ai and Aj, the third strain that cannot be denied that the resistance pattern is the same is a common set. Therefore, the combination of the third and subsequent strains can be obtained with high efficiency by having, in the main memory, a set of combinations whose score obtained by scoring the number of antibacterial drugs having the same resistance in the main memory.

たとえば図9および図10は、本願発明によるantibiogram自動分類の一結果を示すものであり、図9は一致する検査結果数の一覧表、図10は自動分類結果である。図9における検出対象場所毎、検体提出患者毎のSIR集計データに基づき、図10におけるような一致耐性薬剤点数が得られているのがわかる。
より具体的には、図7中のステップS73において、たとえば図10にて菌K41とK70のSIRを比較すると、薬剤AZTに対してK41がR、K70がSであるので、K41−K70は不一致組合せと判断し、ステップS64において、K41−K70は不一致組合せなので0点とする(図9参照)。一方、ステップS65において、たとえば図10にて菌41と菌42のSIRを比較すると、まず、少なくとも一方の菌がIである薬剤AZT、CTXを除き、つまり、薬剤AZTに対してK42がIであり、薬剤CTXに対してK41、K42の両方がIであるので、AZT、CTXに対するK41−K42間のS/Rは判断対象外とし、続いて、それ以外の薬剤については、薬剤AMK、GM、PIPCの全てに対して互いにSであるので、K41−K42は一致組合せと判断する。そして、ステップS66において、K41−K42は薬剤AMK、GM、PIPCの3個で一致するので3点とする(図9参照)。同様に、たとえばK42−K50は薬剤AMK、GMの2個で一致するので2点とする(図9参照)。
そして、グループ化の結果例については、図示していないが、上述したとおりのグループ化処理によって、耐性パターンが同一である事が否定できない菌のグループ化、つまり菌のantibiogram分類を実現することができる。
For example, FIG. 9 and FIG. 10 show the result of the automatic classification of the antibiogram according to the present invention, FIG. 9 is a list of the number of matching test results, and FIG. 10 is the automatic classification result. It can be seen that the matching resistant drug score as shown in FIG. 10 is obtained based on the SIR total data for each detection target place and each specimen-submitted patient in FIG.
More specifically, in step S73 in FIG. 7, for example, when comparing the SIR of bacteria K41 and K70 in FIG. 10, K41 is R and K70 is S with respect to the drug AZT, so K41-K70 does not match. The combination is determined, and in step S64, K41-K70 is a mismatched combination and is set to 0 (see FIG. 9). On the other hand, in step S65, for example, when comparing the SIRs of the bacteria 41 and 42 in FIG. 10, first, the drugs AZT and CTX in which at least one of the bacteria is I are excluded, that is, K42 is I for the drug AZT. Yes, since both K41 and K42 are I with respect to the drug CTX, the S / R between K41 and K42 for AZT and CTX is excluded from the determination. Subsequently, for other drugs, the drugs AMK, GM , Since it is S for all of the PIPCs, it is determined that K41-K42 is a matching combination. In step S66, K41-K42 are the same for the three drugs AMK, GM, and PIPC, so that three points are set (see FIG. 9). Similarly, for example, K42-K50 are two points because they match in the two drugs AMK and GM (see FIG. 9).
And although the result of grouping is not shown in the figure, the grouping process as described above can realize the grouping of bacteria that cannot be denied that the resistance pattern is the same, that is, the antibiogram classification of the bacteria it can.

なお、以上のantibiogram分類技術の応用として、次述の2次元careerマップと組み合わせることによって実用性が増す。   In addition, as an application of the above antibiogram classification technology, practicality increases by combining with the following two-dimensional career map.

また、グループ分けに対して、時間的、空間的集積を指摘する(特定の耐性菌が拡散している危険性を指摘する)仕組みを付け加えることが考えられる。   In addition, it is conceivable to add a mechanism for pointing out temporal and spatial accumulation (pointing out the risk of spreading specific resistant bacteria) to grouping.

また、各薬剤の平均耐性率が得られるようになれば、antibiogramの一致率に重みつけることが可能となる。確からしさの指数として用いる仕組みを付け加えることも考えられる。
ところで、以上のantibiogramの自動分類については、図6に例示した本処理の前に、処理の対象となるデータに前処理を施すことによって、劇的に処理量を減らすことができる。具体的には、図11に例示したように、まず、SIR判定の結果が全ての菌について同じか、つまり全てRまたはIであるか、または全てSまたはIであるかを判断し(ステップS111−S113)、該当する抗菌薬剤をたとえば図8の表から除いて分類処理対象外とする(ステップS114)。続いて、全く同じ感受性パターンの菌を一つの菌として扱う。すなわち、SIRの組合せが同じ菌群をグループ化してその代表の菌を表にする(ステップS115)。そして、図6(あるいは図7)のとおりの分類処理後に、ステップS115でグループ化した代表の結果を、ステップS66−S67ステップS77−S78により得られたグループ全体に複写する(ステップS116)。なお、前処理において、全ての検体に対するSRのパターンが同じ抗菌薬が複数あった場合、代表として一方のみを残す処理を実行してもよい。
図12はこの前処理によりグループ化した代表の一例、図13は図12のグループ化した代表をS66、S77によるグループ全体に複写した場合における分類結果の一例、図14はそのカラーコード化の結果の一例を示す。
If the average resistance rate of each drug can be obtained, it is possible to weight the matching rate of the antibiogram. It is possible to add a mechanism to use as an index of probability.
By the way, with regard to the above automatic classification of antibiograms, the amount of processing can be dramatically reduced by pre-processing the data to be processed before the main processing illustrated in FIG. Specifically, as illustrated in FIG. 11, first, it is determined whether the result of the SIR determination is the same for all bacteria, that is, all R or I, or all S or I (step S111). -S113), for example, the corresponding antibacterial drug is excluded from the table of FIG. 8 and excluded from the classification processing target (step S114). Subsequently, bacteria with exactly the same sensitivity pattern are treated as one. That is, a group of bacteria having the same combination of SIRs is grouped and the representative bacteria are tabulated (step S115). Then, after the classification process as shown in FIG. 6 (or FIG. 7), the representative results grouped in step S115 are copied to the entire group obtained in steps S66- S67 and steps S77- S78 (step S116). In the preprocessing, when there are a plurality of antibacterial drugs having the same SR pattern for all the specimens, a process of leaving only one as a representative may be executed.
FIG. 12 shows an example of representatives grouped by this preprocessing, FIG. 13 shows an example of classification results when the grouped representatives of FIG. 12 are copied to the entire group in S66 and S77, and FIG. 14 shows the result of color coding. An example is shown.

[2次元carrierマップ作成]
本願発明における2次元carrierマップ作成の原理は、たとえば図15にも例示したように、以下のとおりである。図16は、本原理に従い、図14の分類カラーコードに基づいて作成した2次元carrierマップの一例である。
[Create 2D carrier map]
The principle of creating a two-dimensional carrier map in the present invention is as follows, for example, as illustrated in FIG. FIG. 16 is an example of a two-dimensional carrier map created based on the classification color code of FIG. 14 according to the present principle.

まず、前記antibiogram分類による抗菌薬分類を、つまりantibiogram分類によって同一菌であることが否定できない菌のグループをカラーコード化する。グループ毎に異なる色を設定すればよい。   First, the antibacterial drug classification based on the antibiogram classification, that is, the group of bacteria that cannot be denied by the antibiogram classification is the color code. A different color may be set for each group.

次に、分離された患者、場所、時期の3つのパラメータに基づいて、マップ上の時間軸、空間軸に沿って各菌の分離データをプロットする。   Next, the separation data of each bacterium is plotted along the time axis and the space axis on the map based on the three parameters of the separated patient, location, and time.

そして、同一患者の各プロットを線で結ぶ。   Then, each plot of the same patient is connected with a line.

より具体的には、図15に沿って以下のように処理する。   More specifically, the following processing is performed along FIG.

(1)antibiogramを自動分類した後、各菌のグループ毎に異なる色を選択し、グループと色とを関連付けて設定記憶しておく(ステップS151)。   (1) After automatically classifying the antibiogram, a different color is selected for each group of bacteria, and the group and color are associated and stored (step S151).

(2)X軸を時間軸、Y軸を全ての検体のリストアップ軸とする2次元carrierマップを用意する。Y軸に沿って、全ての検体を、検体毎に予め記録されている患者情報、位置情報(建物、階、病棟、病室など)、検体採取日時に基づきソーティングし、マップ上左側部位にリストとして縦に1列に並べて表示させる(ステップS152)。もちろんXYはこの逆の組み合わせとしもよい。   (2) A two-dimensional carrier map is prepared in which the X axis is a time axis and the Y axis is a list-up axis for all specimens. Along the Y axis, all samples are sorted based on patient information, location information (buildings, floors, wards, hospital rooms, etc.) prerecorded for each sample, and sample collection date and time as a list on the left side of the map They are displayed vertically arranged in one column (step S152). Of course, XY may be a reverse combination.

(3)その検体の採取日時に相当するX位置でリストのY位置の高さの位置にプロットする(ステップS153)。各プロットはantibiogram分類グループ分けの色を付ける(ステップS154)。複数のantibiogram分類グループに属する場合は、必要なだけ横または縦に並べる。   (3) Plotting at the height of the Y position of the list at the X position corresponding to the sample collection date and time (step S153). Each plot is colored with an antibiogram classification grouping (step S154). If you belong to multiple antibiogram classification groups, arrange them horizontally or vertically as needed.

(4)同じ患者からの検体のプロット間に直線データを付与してマップ上に表示させる(ステップS155)。   (4) Linear data is assigned between plots of specimens from the same patient and displayed on the map (step S155).

以上により、同じ耐性パターンの菌が病棟内などで拡散している状態を解析して、非常に容易に把握することが可能になる。   As described above, it is possible to analyze the state in which the bacteria having the same resistance pattern are diffused in the ward or the like and grasp it very easily.

例えば、図16に示した例では、丸枠内の茶色およびオリーブ色に分類される菌は、この患者さん以外からはほとんど検出されないので、同時期に同じ病棟に入院した別の患者さんから同じ分類の菌が出たとすると、院内感染が否定できないことが分かる。   For example, in the example shown in FIG. 16, the bacteria classified into brown and olive in the round frame are hardly detected from other than this patient, so the same from another patient admitted to the same ward at the same time. If the bacteria of the classification comes out, it turns out that nosocomial infection cannot be denied.

[PID法による感染対策指標の評価]
本願発明におけるPID感染対策指標評価の原理は以下のとおりである。
[Evaluation of infection control index by PID method]
The principle of the PID infection countermeasure index evaluation in the present invention is as follows.

PID制御の元データとして、感染対策の指標化(標準化)した数値、例えば菌の分離率、陽性患者数、感染症発症患者数、発熱などの感染症症状陽性患者数、炎症検査陽性患者数、感染症検査陽性患者数、および、それらの率、たとえば感染症の発生率、を用いる。   As the original data of PID control, numerical values that are indexed (standardized) for infection countermeasures, such as the isolation rate of bacteria, the number of positive patients, the number of patients with infectious diseases, the number of patients with positive symptoms of infection such as fever, the number of patients with positive inflammation tests, The number of infectious disease test positive patients and their rate, for example the incidence of infectious disease, are used.

より具体的には、たとえば図17に示したように、まず、PID制御の元データとして、グラフ化可能な各種指標に対して目標値を設定する(ステップS171)。   More specifically, for example, as shown in FIG. 17, first, target values are set for various indicators that can be graphed as original data for PID control (step S171).

次に、目標値との偏差、目標値との偏差の蓄積(時間積分)、変化の速さ(時間微分)を算出する。具体的には、既定の観察期間単位ごとに、目標値との隔たり(偏差)を示すP因子、時間軸において一つ前の観察単位との差を示すD因子(変化の早さ、時間微分)、過去の既定の期間の偏差の和を示すI因子(偏差の蓄積、時間積分)を計算する(ステップS172)。   Next, the deviation from the target value, the accumulation of deviation from the target value (time integration), and the speed of change (time differentiation) are calculated. Specifically, for each predetermined observation period unit, a P factor indicating a difference (deviation) from the target value, and a D factor indicating a difference from the previous observation unit on the time axis (speed of change, time differentiation) ), An I factor (accumulation of deviation, time integration) indicating the sum of deviations in a predetermined period in the past is calculated (step S172).

続いて、上記算出したP因子、D因子、I因子の和をPID値とする(ステップS173)。ここで、I因子の和を取る期間を過去の任意の期間あるいは既定の観察期間幅とすることが好ましい。   Subsequently, the sum of the calculated P factor, D factor, and I factor is set as a PID value (step S173). Here, it is preferable that the period for taking the sum of the factor I is an arbitrary past period or a predetermined observation period width.

そして、このPID値に従って、つまりPID値を感染対策の成果が目標値にするための努力の程度の指標として用いて、PID制御が実行されるが(ステップS174)、このPID制御は常に指標を良い方向(小さい方向あるいは大きい方向)に動かすことが要求される。目標が、値が小さい方向である場合、実測値が目標より低くなったからと言って、値を増やす(「感染対策を悪くする」)必要はない。そこで、それぞれの値の絶対値を採る「PID正値」を用いることが必要になる。
PID制御は、時間軸と観察値、率など標準化した観察値の組であって、グラフ化できるデータに対し、目標値を設置し、目標値との偏差を元に、データの経時的変化の傾向を確実に把握することを目的としている。時刻t0からtnにおいて、値x0からxnをとる観察値について、偏差(P因子)、積分値(I因子)、微分値(D因子)を求める方法を示す。なお、Pk,Ik,Dk,PIDkは時間tkにおけるP,I,D因子の値およびPID値を示し、Pak,Iak,Dak,PIDakは相当のP,I,D正値およびPID正値を示す。具体的な数式の一例は以下のとおりであり、この式に従った各処理ステップは図18に示すとおりとなる。
Then, according to the PID value, that is, the PID control is executed using the PID value as an index of the degree of effort to make the infection countermeasure result the target value (step S174), the PID control always uses the index. It is required to move in a good direction (small or large). When the target is in the direction of decreasing values, it is not necessary to increase the value ("make infection control worse") just because the measured value has become lower than the target. Therefore, it is necessary to use a “PID positive value” that takes the absolute value of each value.
PID control is a set of standardized observation values such as time axis, observation value, and rate. For data that can be graphed, a target value is set and the change in data over time is determined based on the deviation from the target value. The purpose is to ascertain the trend with certainty. A method of obtaining a deviation (P factor), an integral value (I factor), and a differential value (D factor) for an observation value taking values x 0 to x n from time t 0 to t n will be described. Incidentally, P k, I k, D k, PID k denotes P, I, the values and PID values of Factor D at time t k, Pa k, Ia k , Da k, PIDa k is equivalent P, I, D positive value and PID positive value are shown. An example of a specific mathematical formula is as follows, and each processing step according to this formula is as shown in FIG.

また、本願発明では、積分期間を指定できるようにもできる。   In the present invention, the integration period can be specified.

[菌自動集積の検出警告スコア累積のグラフ化]
本願発明における菌自動集積の検出警告スコア累積のグラフ化の原理は以下のとおりである。
[Graphization of cumulative detection warning score of bacteria automatic accumulation]
The principle of graphing the accumulated detection warning score of the bacteria automatic accumulation in the present invention is as follows.

前述した本願発明における二項分布を用いた菌の異常集積の検出を利用し、その出力として得られる警告スコアを累積集計する。集積に対する警告のスコアを指数として一定期間ごと(例えば一ヶ月ごと)にスコアの累積を集計し、グラフ化する。   Using the above-described detection of abnormal accumulation of bacteria using the binomial distribution in the present invention, the warning score obtained as the output is accumulated and accumulated. The accumulation of scores is totaled for each fixed period (for example, every month) using the score of warning for accumulation as an index, and graphed.

具体的には、まず、前述した本願発明における二項分布を用いた菌の異常集積検出による出力として得られた警告スコアを、菌ごとに一定期間(例えば一ヶ月)ごとに集計する。ここで、警告スコアは、菌の分離が、sporadicであるという帰無仮説に基づいて計算された確率を閾値で分類し、確率が低いものに高いスコアを与えて得られる。例えば、p<0.001:3点、p<0.005:2点、p<0.01:1点。
さらに具体的には、例えば図19にも例示したように、まずプロットする期間を指定し(ステップS191)、菌陽性患者数1の菌の扱いを指定する、つまり集計するしないを指定する(ステップS192)。プロットする菌を指定し(ステップS193)、警告スコア表を用いて、指定期間、指定集計法、指定菌の警告スコアの月合計(警告スコア累積)表を作成する(ステップS194)。集計日、菌、菌陽性患者数、検査対象患者数、および警告スコアを含む警告スコア表は、予め感染症監視サーバーといったコンピュータシステムに記憶されている(データベース等)。作成された警告スコア累積表はまたコンピュータシステムに記憶される。
Specifically, first, the warning score obtained as an output by the abnormal accumulation detection of the bacteria using the binomial distribution in the present invention described above is totaled for each bacteria for a certain period (for example, one month). Here, the warning score is obtained by classifying the probabilities calculated based on the null hypothesis that the bacterial separation is sporadic with a threshold, and giving a high score to a low probability. For example, p <0.001: 3 points, p <0.005: 2 points, p <0.01: 1 points.
More specifically, for example, as illustrated in FIG. 19, first, a period for plotting is specified (step S191), and the handling of bacteria having the number 1 of bacteria-positive patients is specified, that is, not counted (step). S192). The bacteria to be plotted are designated (step S193), and a monthly total (warning score accumulation) table of the designated period, the designated counting method, and the warning score of the designated bacteria is created using the warning score table (step S194). A warning score table including the counting date, bacteria, the number of bacteria positive patients, the number of patients to be tested, and a warning score is stored in advance in a computer system such as an infectious disease monitoring server (database or the like). The generated warning score accumulation table is also stored in the computer system.

そして、集計の結果つまり警告累積表データに基づき、たとえば図20に例示したようなグラフを作成する(ステップS195)。図20のグラフは、横軸が時間軸、縦軸が警告スコアを表す。この図20に示したグラフは、セラチアマルセッセンスに関するシミュレーションの一例を示しており、6年間以上にわたって、ほぼ半年ごとに、セラチアマルセッセンスの病院内での異常集積が発生していることが分かる。
ここで、この警告スコア累積のグラフから集積を繰り返す菌種を特定し、それらの菌の疫学的特徴(たとえば良く分離される材料、感染経路など)を組み合わせることで、重点的に行うべき感染対策を具体的にかつ自動的に示すことが可能になる。
まず、図21に例示したように、菌の異常集積の自動検出の警告(レベル)を月ごとに合計したものを警告スコア累積とする。
次に、図20に例示したように、警告スコア累積をグラフ化する。これにより、長期間の院内での細菌の拡散状況を俯瞰することができる。
そして、全ての分離菌について警告スコア累積を集計すると、院内拡散を繰り返している菌を知ることができる。細菌は、菌毎に、どのような材料から良く分離されるかが異なる。たとえば、大腸菌は、便、尿から多く分離され、ブドウ球菌は、皮膚や鼻腔から多く分離される。院内拡散を繰り返している菌について、どのような材料から多く分離される菌であるか、菌毎の検査材料別の分離頻度からその材料を知ると、拡散の原因となっている感染源を知ることができる。図22の集計例では、この施設では、近年、シトロバクター、腸球菌、エンテロバクターの院内拡散を繰り返しており、これらは、便から多く分離される菌であることから、便の取り扱いが不良であることが予測される。そして、菌別、検査材料別の分離頻度はその病院のデータ、あるいは、全国データから容易に求めることができるため、これから、共通の検査材料を感染源として自動的に判定することができる。また、菌によっては、拡散経路がよく分かっているものもあり、そのようなものについては、菌と主な感染経路を入力した知識データベースと結合することによって精度を上げることも可能である。
これによれば、院内拡散を繰り返している菌種が多く分離される検査材料をその菌が院内拡散をしている感染源としてその感染源に関する感染対策を強化することでそれらの菌の院内拡散を防ぐことができ、それによって、院内感染事故(アウトブレーク)を未然に防ぐことができるようになる。
すなわち、病院から分離される菌の解析によって、院内での拡散が繰り返されていて、院内感染症の原因となる可能性が高い「課題菌」を解析し、その病院で強化すべき感染対策を示すことができる。
細菌は、自ら移動することがほとんどできないため、感染の最初のステップとして、菌が被感染者の侵入(定着)門戸に到達するためには、何らかの人為的な介在が必要となる。
感染症の6要素のモデル(Jackson MM. General principles of epidemiology. ;APIC infection control and applied epidemiology: principles of practice. St. Louis: Mosby, 1996;1:1-19)は、菌が感染源から排泄され、患者に侵入するまでのステップをわかりやすく分類したものである。感染源、排泄経路、感染経路、侵入経路、被感染者は、病原体(菌)によって、異なり、たとえば、ある菌は、便に常在し、別の菌は、鼻腔に常在し、また、常在しなくとも、病原性の違いにより、主に分離される材料が決まっている。一方、病原体、感染源、排泄経路、感染経路、侵入経路、被感染者はそれぞれにある程度関連を持っているが、たとえば、排泄経路がおなじ呼吸器であっても、感染経路が、飛沫感染による場合と、さらに細かいエロゾルにより空気とともに移動するために、空気感染と呼ばれる感染経路を取る場合、また、接触感染を取る場合もあるなど、それぞれのステップが、ある程度独立している。
感染対策は、病原体、感染源、排泄経路、感染経路、侵入経路、被感染者のリンクに介入して感染を防ぐことである。
したがって、最も重要な点は、病院内で院内拡散を繰り返している菌について、共通する因子を見つけることによって、どの要素の、どのような種類の因子が、感染対策の弱点になっているかを明らかにすることである。
従って、院内拡散を繰り返している菌の検出法、上記因子の共通項を見つけ出すアルゴリズムは特に限定されないが、以下にその一例について説明する。なお、感染頻度などの要素を6要素に加えて採用することが有用でもあると考えられる。
図23は、院内拡散を繰り返す菌のスコア化について説明するための図である。
<ステップS221>
まず、初期処理として、課題菌表を空にする。課題菌とは、警告スコア累積合計スコアなど院内拡散を繰り返している菌であり、課題菌表とはこれらを表としたもので、菌名(菌コード)と警告スコア累積合計スコアなどより求める拡散の危険度を示す数値(危険ランク:危険度が高いものをより大きい数値とする)などを表としたものである。危険ランクの求め方については限定しない。課題菌表は予め感染症監視サーバーといったコンピュータシステムに記憶されている(データベース等)。
<ステップS222>
警告スコア累積合計スコア表(図21参照)から、高スコア菌を選択し、課題菌表へ追加する。高スコア菌とは、警告スコア累積合計スコアの数値が大きい菌を指す。たとえば、上位から、10菌種を高スコア菌とする。あるいは、たとえば、月平均20以上の菌を高スコア菌とするなど、複数の方法で数値の大きい菌を選ぶことができる。
<ステップS223>
警告スコア累積合計スコア表(図21参照)から、スコア増加傾向菌を選択し、課題菌表へ追加する。スコア増加傾向菌とは、警告スコア累積合計スコアの全体の合計では、高スコア菌にならないが、たとえば、直近数ヶ月に限定してみるとスコアが高く、警告スコア累積合計スコアが過去に比べて増加傾向のある菌を指す。
<ステップS224>
課題菌およびその感染因子(排泄経路、感染源、感染経路、侵入門戸、被感染者など)の表を作成する。具体的には、上記のとおりに各菌が追加されて作成された課題菌表と、予め記録されている菌・感染因子表とを組み合わせて作成される。菌・感染因子表としては既知のものを用い、その中の菌群から該当する課題菌の感染因子を検索し、課題菌・感染因子表に追加する。
<ステップS225>
作成された課題菌・感染因子表をデータベースから読み出し、コンピュータディスプレイ等に表示させる。
<ステップS226>
感染因子別および内容別得点(当該菌の数、または、当該菌の危険ランク合計)の表を作成する。具体的な作成処理は、次の通りである。
(1)まず、感染因子(排泄経路、感染源、感染経路、侵入門戸、被感染者など)のそれぞれの表の各欄を0点とする。
(2)最初にステップ224で得られた課題菌・感染因子表の最初の課題菌を処理の対象とする。
(3)その最初の課題菌の各々について、各々の得点表のその菌のもつ性質の欄にその菌の危険ランクを加える。たとえば、感染経路について接触感染をとるのであれば、感染経路の得点表の接触感染にその菌の危険ランク(たとえば12)あるいは危険ランクを用いない集計では1を加え、さらに、侵入門戸が口であれば、侵入門戸の得点表の口の欄に同様に危険ランク(を加えるどの表においても同じ値、先の例では12または1を加えることになる。)。
(4)次に2番目の課題菌について同様に処理し、順次、全ての課題菌が終わるまで処理を行う。
<ステップS227>
感染因子別および内容別得点(当該菌の数、または、当該菌の危険ランク合計)の表を降順に並べ替える。
<ステップS228>
感染因子別及び高得点要素をデータベースから読み出し、コンピュータディスプレイ等に表示させる。ここで、得点、得点力カテゴリー別に色分けすることが好ましい。具体的な表示処理は、次の通りである。
(1)まず、感染因子(排泄経路、感染源、感染経路、侵入門戸、被感染者など)の最初の因子たとえば、排泄経路を処理の対象とする。
(2)得点表では尿、便、乳汁、血液、唾液、咳、痰、皮膚などの排泄経路毎に、得点が求まっているので、得点の多い順(降順)に表を並び替える。順位の高いものに赤など目立つ色を付け、表を表示する。
(3)次に、他の因子たとえば、感染源を処理の対象とし、同様の処理を行う。順次、全ての課題菌が終わるまで処理を行う。
Then, for example, a graph as illustrated in FIG. 20 is created based on the result of the aggregation, that is, the warning accumulation table data (step S195). In the graph of FIG. 20, the horizontal axis represents the time axis, and the vertical axis represents the warning score. The graph shown in FIG. 20 shows an example of simulation related to Serratia marcescens, and it is confirmed that Serratia marcescens has accumulated abnormally in the hospital almost every six months over six years. I understand.
Here, by identifying the bacterial species that repeat accumulation from this warning score accumulation graph, and combining epidemiological characteristics (for example, well-isolated materials, infection routes, etc.) of those bacteria, infection countermeasures to be focused on Can be specifically and automatically indicated.
First, as illustrated in FIG. 21, a sum of warnings (levels) of automatic detection of abnormal accumulation of bacteria every month is set as a cumulative warning score.
Next, as illustrated in FIG. 20, the warning score accumulation is graphed. Thereby, it is possible to overlook the diffusion situation of bacteria in the hospital for a long time.
And if the warning score accumulation is totaled about all the isolation microbes, the microbe which repeats in-hospital spreading | diffusion can be known. The bacteria are different from each other depending on what kind of material is well separated. For example, Escherichia coli is largely separated from stool and urine, and staphylococci are largely separated from the skin and nasal cavity. About the bacteria that have repeatedly spread in the hospital, from what kind of material is it isolated, and knowing the material from the separation frequency for each test material for each bacteria, know the source of the infection causing the spread be able to. In the counting example of FIG. 22, in this facility, in recent years, Citrobacter, Enterococcus, and Enterobacter have been repeatedly diffused in the hospital. Expected to be. Since the separation frequency for each bacteria and each test material can be easily obtained from the data of the hospital or the national data, it is possible to automatically determine the common test material as an infection source. In addition, some bacteria have well known diffusion routes, and it is possible to improve the accuracy of such bacteria by combining them with a knowledge database in which the bacteria and main infection routes are input.
According to this, the infectious spread of these bacteria by strengthening infection control measures regarding the infection source as the infectious source that the bacteria are spreading in the hospital, using the test material from which many bacterial species that have repeatedly spread in the hospital are isolated It is possible to prevent in-hospital infection accidents (outbreaks).
In other words, analysis of bacteria isolated from hospitals has been repeated in the hospital and analyzed for “problem bacteria” that are likely to cause nosocomial infections. Can show.
Since bacteria can hardly move by themselves, some kind of human intervention is required for the bacteria to reach the entrance (establishment) gate of the infected person as the first step of infection.
A six-element model of infection (Jackson MM. General principles of epidemiology.; APIC infection control and applied epidemiology: principles of practice. St. Louis: Mosby, 1996; 1: 1: 1-19) The steps to enter the patient are classified in an easy-to-understand manner. The source of infection, the route of excretion, the route of infection, the route of entry, and the person to be infected vary depending on the pathogen (fungus), for example, one bacterium is resident in the stool, another bacterium is resident in the nasal cavity, and Even if it does not exist permanently, the material to be separated is determined mainly by the difference in pathogenicity. On the other hand, pathogens, infection sources, excretion routes, infection routes, invasion routes, and infected persons have some relationship to each other. For example, even if the excretion route is the same respiratory organ, the infection route is due to droplet infection. In some cases, in order to move with air by finer aerosols, each step is independent to some extent, such as when an infection route called air infection is taken or contact infection is taken.
Infection control is to prevent infection by intervening in pathogens, infection sources, excretion routes, infection routes, invasion routes, and links of infected people.
Therefore, the most important point is to find out which factors and what types of factors are weak points for infection control by finding common factors for bacteria that have been repeatedly spread in the hospital. Is to do.
Therefore, the detection method of the bacteria that repeats in-hospital diffusion and the algorithm for finding the common term of the above factors are not particularly limited, but an example thereof will be described below. In addition, it is considered useful to add elements such as infection frequency in addition to the six elements.
FIG. 23 is a diagram for explaining scoring of bacteria that repeat in-hospital diffusion.
<Step S221>
First, as an initial process, the target bacterial list is emptied. The problem bacteria are those that repeat in-hospital diffusion such as the cumulative total score of the warning score, and the target bacterial table is a table of these, the diffusion obtained from the bacterial name (bacteria code) and the cumulative total score of the warning score, etc. A numerical value indicating the risk level (risk rank: a higher risk level is set to a higher value). There is no limitation on how to obtain the danger rank. The target bacteria table is stored in advance in a computer system such as an infectious disease monitoring server (database or the like).
<Step S222>
From the warning score cumulative total score table (see FIG. 21), high-scoring bacteria are selected and added to the problem bacteria table. A high-scoring bacterium refers to a bacterium having a large warning score cumulative total score. For example, from the top, 10 bacterial species are designated as high score bacteria. Alternatively, for example, bacteria having a large numerical value can be selected by a plurality of methods, for example, a bacteria having an average of 20 or more per month is selected as a high score bacteria.
<Step S223>
From the warning score cumulative total score table (refer to FIG. 21), a score increasing tendency bacteria is selected and added to the problem bacteria table. The bacteria with a tendency to increase score are not high score bacteria in the total of the warning score cumulative total score, but for example, the score is high when limited to the last few months, and the warning score cumulative total score is higher than the past It refers to bacteria that tend to increase.
<Step S224>
Create a table of the target bacteria and their infectious agents (excretion route, infection source, infection route, intrusion gate, infected person, etc.). Specifically, it is created by combining the target bacteria table created by adding each bacterium as described above and the bacteria / infectious agent table recorded in advance. The known bacteria / infectious agent table is used, and the infectious agent of the corresponding problem bacteria is searched from the fungus group in the list, and added to the problem bacteria / infectious agent table.
<Step S225>
The created problem bacteria / infectious agent table is read from the database and displayed on a computer display or the like.
<Step S226>
Create a table of scores by infectious agent and content (number of bacteria or total risk rank of the bacteria). The specific creation process is as follows.
(1) First, each column of each table of infectious agents (excretion route, infection source, infection route, intrusion gate, infected person, etc.) is given 0 points.
(2) First, the first target bacterium in the table of target bacterium / infectious agents obtained in step 224 is the target of processing.
(3) For each of the first target bacteria, add the danger rank of the bacteria to the column of the nature of the bacteria in each score table. For example, if contact infection is to be taken for the infection route, add 1 to the contact infection in the score table of the infection route for the risk rank (for example, 12) of the fungus or the count that does not use the risk rank. If so, the same rank in the mouth column of the score table for the intrusion gate (add the same value in any table you add, 12 or 1 in the previous example).
(4) Next, the second target bacteria are processed in the same manner, and sequentially processed until all the target bacteria are completed.
<Step S227>
Sort the table of scores by infection factor and content (number of bacteria or total risk rank of bacteria) in descending order.
<Step S228>
The infectious agent-specific and high-scoring elements are read from the database and displayed on a computer display or the like. Here, it is preferable to color-code by score and score category. The specific display process is as follows.
(1) First, the first factor of the infectious factor (excretion route, infection source, infection route, intrusion gate, infected person, etc.), for example, the excretion route is the target of processing.
(2) Since the score is obtained for each excretion route such as urine, feces, milk, blood, saliva, cough, sputum, and skin in the score table, the table is rearranged in descending order of score. Display a table with a high-priority color such as red.
(3) Next, other factors such as an infection source are targeted for processing, and the same processing is performed. Sequentially, processing is performed until all the target bacteria are finished.

以上により、例えば、数ヶ月から十数年の集積状況を把握することによって、(1)問題の発見と対策立案、(2)対策の効果判定が可能になり、院内感染対策に有用である。(3)全分離菌について数ヶ月から十数年の異常集積の状況を把握する事によって、異常集積のみとめられた複数の菌種の主な感染様式から、対策の問題点を把握する事が可能となり、効率的な対策の立案が可能となり有用である。同様の集計は全国サーベイランスシステムにおいても可能であり、同様の効果が得られる。   As described above, for example, by grasping the accumulation status from several months to several tens of years, (1) problem discovery and countermeasure planning, and (2) countermeasure effectiveness determination become possible, which is useful for hospital infection countermeasures. (3) By grasping the status of abnormal accumulation of all isolated bacteria over several months to several decades, it is possible to grasp the problem of countermeasures from the main infection modes of multiple bacterial species that have been identified as abnormal accumulation only. It becomes possible, and effective measures can be planned and useful. Similar aggregation is possible in the national surveillance system, and the same effect can be obtained.

[装置構成]
以上のとおりの本願発明における各処理は、図24に例示した全体構成を持つ装置により実行することができる。図24の装置1は、バス15に処理部(CPU)10、記憶部(内部メモリ、外部メモリ)11、入力部(キーボード、マウス)12、出力部(モニタ、プリンタ)13及び通信制御部14が接続される構成である。この装置11は、通信制御部14を介してネットワーク16に接続されている。ネットワーク16に接続された装置1などの端末から他の端末等に格納された各処理に必要な各種データを入手することが可能である。処理部10は、記憶部11に格納されたプログラムを読み出すことにより、前述した各種処理を実行する。
[Device configuration]
Each process in the present invention as described above can be executed by an apparatus having the overall configuration illustrated in FIG. 24 includes a processing unit (CPU) 10, a storage unit (internal memory, external memory) 11, an input unit (keyboard, mouse) 12, an output unit (monitor, printer) 13, and a communication control unit 14. Is connected. The device 11 is connected to the network 16 via the communication control unit 14. It is possible to obtain various data necessary for each process stored in another terminal or the like from a terminal such as the device 1 connected to the network 16. The processing unit 10 executes the various processes described above by reading the program stored in the storage unit 11.

本願発明について説明するための菌異常集積検出のフローチャート。The flow chart of abnormal bacteria accumulation detection for explaining the present invention. 菌陽性率算出処理のフローチャート。The flowchart of a microbe positive rate calculation process. 重複排除処理のフローチャート。10 is a flowchart of deduplication processing. 菌陽性率の算出結果の一例。An example of the calculation result of a bacteria positive rate. 菌分離確率算出処理のフローチャート。The flowchart of a microbe isolation | separation probability calculation process. 本願発明について説明するためのantibiogram自動分類のフローチャート。The flowchart of the automatic classification of antibiogram for demonstrating this invention. antibiogram自動分類のより具体的なフローチャート。A more specific flowchart of automatic antibiogram classification. antibiogram自動分類フローにおける菌グループ化の一例について説明するための概念図。The conceptual diagram for demonstrating an example of microbe grouping in an antibiogram automatic classification | category flow. 本願発明によるantibiogram自動分類の一結果。The result of automatic classification of antibiogram according to the present invention. 本願発明によるantibiogram自動分類の一結果。The result of automatic classification of antibiogram according to the present invention. antibiogram自動分類における前処理および後処理のフローチャート。The flowchart of the pre-processing and post-processing in antibiogram automatic classification. 前処理によるグループ化した代表の一例。An example of a representative grouped by preprocessing. 分類結果の一例。An example of a classification result. カラーコード化の一例。An example of color coding. 本願発明について説明するための2次元carrierマップ作成のフローチャート。The flowchart of preparation of the two-dimensional carrier map for demonstrating this invention. 本願発明による2次元carrierマップの一例。An example of the two-dimensional carrier map by this invention. 本願発明について説明するPID法による感染対策指標評価のフローチャート。The flowchart of the infection countermeasure parameter | index evaluation by PID method explaining this invention. P、I、D正値およびPID正値算出処理のフローチャート。The flowchart of a P, I, D positive value, and PID positive value calculation process. 本発明について説明するための菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフ化のフローチャート。The flowchart of the graphing of warning score accumulation of the bacteria abnormal accumulation detection for demonstrating this invention. 本願発明による菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフの一例。An example of the graph of the warning score accumulation | accumulation of bacteria abnormal accumulation detection by this invention. 警告スコア累積の一例。An example of warning score accumulation. 警告スコア累積グラフの別の一例。Another example of a warning score accumulation graph. 本願発明による院内拡散を繰り返す菌のスコア化のフローチャート。The flowchart of scoring of the microbe which repeats the in-hospital spreading | diffusion by this invention. 本願発明について説明するためのシステムブロック図。The system block diagram for demonstrating this invention.

Claims (10)

処理部、記憶部、入力部、出力部及び通信制御部を備えるシステムの該処理部により、
菌の異常集積検出の対象とする場所毎に、既定の集計頻度で、既定の観察期間幅中の検体提出患者および当該検出の対象とする全ての菌について、菌毎に、菌が陽性だった患者数を集計して予め求められた集計データと
全ての菌について、集計した菌毎の陽性患者数と、検体提出患者数と、予め求めた菌毎の陽性率であるベースラインレートによる
二項分布を用いて、菌の偏りのない分離において成立するベルヌーイ試行の確率を、菌の分離に偏りが無く且つ菌の分離が偶然のみに支配されているという帰無仮説によって計算し、 計算された確率が既定値より小さい場合に、偶然のみに支配されている確率が小さく菌の分離に偏りがあって異常な集積があったと判定する、
菌の異常集積検出方法であって、
前記処理部において、前記ベースラインレートの算出を行う際に、同一患者の重複排除を月および人ののべ数となるように行うことによって、前記ベースラインレートが前記二項分布の単回の独立試行の確率となるようにする、
ことを特徴とする菌の異常集積検出方法。
By the processing unit of the system including the processing unit, the storage unit, the input unit, the output unit, and the communication control unit,
For each place to be detected for abnormal accumulation of bacteria, the bacteria were positive for each bacteria for the specimen submitting patient and all the bacteria to be detected during the predetermined observation period at the specified frequency. Total data calculated in advance by counting the number of patients,
For all bacteria, using a binomial distribution based on the total number of positive patients for each bacterium, the number of patients submitting specimens, and the baseline rate , which is the positive rate for each bacterium determined in advance, The probability of the successful Bernoulli trial is calculated according to the null hypothesis that there is no bias in bacterial isolation and that bacterial isolation is controlled only by chance. It is judged that there is an abnormal accumulation with a small probability of being ruled and biased separation of bacteria,
A method for detecting abnormal accumulation of bacteria,
In the processing unit, when the baseline rate is calculated, deduplication of the same patient is performed so as to be the total number of months and people, whereby the baseline rate is a single time of the binomial distribution. To be the probability of independent trials,
A method for detecting abnormal accumulation of bacteria.
ベースラインレートに前記場所の菌の陽性率あるいは全国平均の陽性率をとる、請求項1記載の菌の異常集積検出方法。   The method for detecting abnormal accumulation of bacteria according to claim 1, wherein a positive rate of the bacteria at the place or a national average positive rate is taken as a baseline rate. 前記集計を複数の既定の観察幅で連日あるいは既定の期間の頻度で行う、請求項1記載の菌の異常集積検出方法。   The method for detecting abnormal accumulation of bacteria according to claim 1, wherein the aggregation is performed at a frequency of consecutive days or a predetermined period with a plurality of predetermined observation widths. 菌の異常集積検出の対象とする場所毎に、既定の集計頻度で、既定の観察期間幅中の検体提出患者および当該検出の対象とする全ての菌について、菌毎に、菌が陽性だった患者数を集計して予め求められた集計データと、
全ての菌について、集計した菌毎の陽性患者数と、検体提出患者数と、予め求めた菌毎の陽性率であるベースラインレートとによる
二項分布を用いて、菌の偏りのない分離において成立するベルヌーイ試行の確率を、菌の分離に偏りが無く且つ菌の分離が偶然のみに支配されているという帰無仮説によって計算し、
計算された確率が既定値より小さい場合に、偶然のみに支配されている確率が小さく菌の分離に偏りがあって異常な集積があったと判定する、
菌の異常集積検出装置であって、
前記ベースラインレートの算出を行う際に、同一患者の重複排除を月および人ののべ数となるように行うことによって、前記ベースラインレートが前記二項分布の単回の独立試行の確率となるようにする、
ことを特徴とする菌の異常集積検出装置。
For each place to be detected for abnormal accumulation of bacteria, the bacteria were positive for each bacteria for the specimen submitting patient and all the bacteria to be detected during the predetermined observation period at the specified frequency. Total data calculated in advance by counting the number of patients,
For all bacteria, using a binomial distribution based on the total number of positive patients for each bacterium, the number of patients submitting specimens, and the baseline rate , which is the positive rate for each bacterium determined in advance, The probability of Bernoulli trials to be established is calculated according to the null hypothesis that there is no bias in bacterial isolation and that bacterial isolation is controlled only by chance,
When the calculated probability is smaller than the default value, the probability of being controlled only by chance is small, and it is determined that there is an abnormal accumulation due to bias in the separation of bacteria,
A device for detecting abnormal accumulation of bacteria,
When calculating the baseline rate, by deduplicating the same patient so as to be the total number of months and people, the baseline rate is determined as the probability of a single independent trial of the binomial distribution. To be,
An apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria characterized by the above.
ベースラインレートに前記場所の菌の陽性率あるいは全国平均の陽性率をとる、請求項4記載の菌の異常集積検出装置。   The apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria according to claim 4, wherein a positive rate of the bacteria at the place or a national average positive rate is taken as a baseline rate. 前記集計を複数の既定の観察幅で連日あるいは既定の期間の頻度で行う、請求項4記載の菌の異常集積検出装置。   The abnormal accumulation detection apparatus for bacteria according to claim 4, wherein the aggregation is performed at a frequency of consecutive days or a predetermined period with a plurality of predetermined observation widths. 請求項1乃至3のいずれかに記載の菌の異常集積検出方法の出力として得られる警告スコアを累積集計してグラフ化する方法であって、前記システムの処理部により、
前記計算された菌の偏りのない分離を表すベルヌーイ試行の確率を閾値で分類し、確率が閾値より低いものに高いスコアを与えて得られる警告スコアを、菌ごとに一定期間ごとに集計し、集計結果を、横軸を時間軸、縦軸を警告スコアとしてグラフ化する、
ことを特徴とする菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフ化方法。
A method of accumulating and graphing a warning score obtained as an output of the method for detecting abnormal accumulation of bacteria according to any one of claims 1 to 3 , comprising:
Classifying the calculated probability of Bernoulli trials that represent a non-biased separation of the bacteria by a threshold, and summing the warning score obtained by giving a high score to those with a probability lower than the threshold, for each bacterium for a certain period, Graph the aggregated results with the horizontal axis as the time axis and the vertical axis as the warning score.
A graphing method for accumulating warning scores for detecting abnormal accumulation of bacteria.
請求項4乃至6のいずれかに記載の菌の異常集積検出装置の出力として得られる警告スコアを累積集計してグラフ化する装置であって、
前記計算された菌の偏りのない分離を表すベルヌーイ試行の確率を閾値で分類し、確率が低いものに高いスコアを与えて得られる警告スコアを、菌ごとに一定期間ごとに集計する手段と、集計結果を、横軸を時間軸、縦軸を警告スコアとしてグラフ化する手段と、
を備えることを特徴とする菌異常集積検出の警告スコア累積のグラフ化装置。
An apparatus for accumulating and graphing a warning score obtained as an output of the abnormal accumulation detection apparatus for bacteria according to any one of claims 4 to 6 ,
Classifying the calculated probability of Bernoulli trials representing a non-biased separation of the bacteria by a threshold, and a warning score obtained by giving a high score to a low probability, a means for aggregating the bacteria every fixed period, Means for graphing the aggregated results with the horizontal axis as a time axis and the vertical axis as a warning score;
A graphing apparatus for accumulating warning scores for detecting abnormal accumulation of bacteria, comprising:
請求項1乃至3のいずれかに記載の菌の異常集積検出方法をコンピュータに実行させるためのプログラム。  A program for causing a computer to execute the method for detecting abnormal accumulation of bacteria according to any one of claims 1 to 3. 請求項9に記載のプログラムを記録したコンピュータ読取可能な記録媒体。  A computer-readable recording medium on which the program according to claim 9 is recorded.
JP2008161030A 2007-09-14 2008-06-19 Method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, and graphing method and apparatus for accumulating warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria Expired - Fee Related JP5189906B2 (en)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2008161030A JP5189906B2 (en) 2007-09-14 2008-06-19 Method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, and graphing method and apparatus for accumulating warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2007240233 2007-09-14
JP2007240233 2007-09-14
JP2007241437 2007-09-18
JP2007241437 2007-09-18
JP2008161030A JP5189906B2 (en) 2007-09-14 2008-06-19 Method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, and graphing method and apparatus for accumulating warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2013011915A Division JP5568816B2 (en) 2007-09-14 2013-01-25 Anti-biogram classification method and apparatus, two-dimensional carrier map creation method and apparatus, and infection countermeasure index evaluation method and apparatus

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2009093617A JP2009093617A (en) 2009-04-30
JP5189906B2 true JP5189906B2 (en) 2013-04-24

Family

ID=40665511

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2008161030A Expired - Fee Related JP5189906B2 (en) 2007-09-14 2008-06-19 Method and apparatus for detecting abnormal accumulation of bacteria, and graphing method and apparatus for accumulating warning scores for detection of abnormal accumulation of bacteria
JP2013011915A Expired - Fee Related JP5568816B2 (en) 2007-09-14 2013-01-25 Anti-biogram classification method and apparatus, two-dimensional carrier map creation method and apparatus, and infection countermeasure index evaluation method and apparatus
JP2014116777A Expired - Fee Related JP5800165B2 (en) 2007-09-14 2014-06-05 Infection control index evaluation method and apparatus

Family Applications After (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2013011915A Expired - Fee Related JP5568816B2 (en) 2007-09-14 2013-01-25 Anti-biogram classification method and apparatus, two-dimensional carrier map creation method and apparatus, and infection countermeasure index evaluation method and apparatus
JP2014116777A Expired - Fee Related JP5800165B2 (en) 2007-09-14 2014-06-05 Infection control index evaluation method and apparatus

Country Status (1)

Country Link
JP (3) JP5189906B2 (en)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP5806850B2 (en) * 2011-04-28 2015-11-10 シスメックス株式会社 Infection information providing system and infection information providing apparatus
BR112017019373A2 (en) 2015-03-12 2018-06-05 Koninklijke Philips N.V. computer-implemented method and computer-readable media
CN104766320B (en) * 2015-04-02 2017-06-13 西安电子科技大学 Many Bernoulli Jacob under thresholding is measured filter Faint target detection and tracking
CN108475297B (en) * 2015-10-30 2022-04-29 皇家飞利浦有限公司 Methods, systems, and processes for determining transmission pathways of infectious agents
CN110838078B (en) * 2018-08-17 2023-04-11 阿里巴巴集团控股有限公司 Early warning method and system for judgment result

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3223002B2 (en) * 1993-09-20 2001-10-29 株式会社日立製作所 Hospital infection status diagnosis method and device
JPWO2002061647A1 (en) * 2001-01-31 2004-06-03 株式会社日立製作所 Infectious disease information display method and system, and infectious disease analysis order receiving method
JP4240903B2 (en) * 2002-04-16 2009-03-18 株式会社日立ハイテクノロジーズ Infectious disease monitoring method and monitoring system
NZ537706A (en) * 2002-06-28 2008-03-28 Puleva Biotech Sa Probiotic microbial strains, comprising non-pathogenic strains which are capable of surviving in and being transferred to breast milk and/or amniotic fluid after oral intake in healthy individuals without colonizing other internal organs except mucousas
JP2004234459A (en) * 2003-01-31 2004-08-19 Nagase & Co Ltd Medical treatment index information providing server, medical treatment index information providing method, program and storage medium recorded with the program
JP2005025281A (en) * 2003-06-30 2005-01-27 Mitsubishi Kagaku Bio-Clinical Laboratories Inc Method for managing microbial in-hospital infection

Also Published As

Publication number Publication date
JP5800165B2 (en) 2015-10-28
JP2014209356A (en) 2014-11-06
JP2013101675A (en) 2013-05-23
JP5568816B2 (en) 2014-08-13
JP2009093617A (en) 2009-04-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP5800165B2 (en) Infection control index evaluation method and apparatus
Chinthrajah et al. Development of a tool predicting severity of allergic reaction during peanut challenge
Kronvall et al. Normalized resistance interpretation, the NRI method: Review of NRI disc test applications and guide to calculations
Stevenson et al. Standardized infection surveillance in long-term care interfacility comparisons from a regional cohort of facilities
Ruple‐Czerniak et al. Using syndromic surveillance to estimate baseline rates for healthcare‐associated infections in critical care units of small animal referral hospitals
Waters et al. Combination antimicrobial susceptibility testing for acute exacerbations in chronic infection of Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis
Choucrallah et al. Outbreaks: Surveillance of laboratory exposures to human pathogens and toxins: Canada 2018
WO2017177111A1 (en) A multi-level, laboratory-based surveillance system for detection of intraoperative &#34;eskape&#34; bacterial pathogens for hcai prevention
US20130197811A1 (en) Method for Diagnosis of an Infectious Disease Stage and Determination of Treatment
Leclere et al. Automated detection of hospital outbreaks: A systematic review of methods
Olteanu Cumulative sum control charts for censored reliability data
McKechnie et al. Considerations when choosing a statistical method for data analysis
CN114038501B (en) Background bacterium judgment method based on machine learning
Du et al. Assessing the surveillance use of 2018 EFP/AAP classification of periodontitis: A validation study and clustering analysis
Papantonopoulos et al. Aggressive periodontitis defined by recursive partitioning analysis of immunologic factors
CN115511454A (en) Method and device for generating audit rules and related products
CN115579114A (en) Early warning method, device, equipment and storage medium for adverse medical events
Dubyanskiy et al. Risk-oriented model for predicting epidemiological situation with Crimean-Congo hemorrhagic fever (on the example of Stavropol region)
Hota et al. Probabilistic measurement of central line–associated bloodstream infections
Plumlee et al. A blood RNA signature in a novel murine model predicts human tuberculosis risk
Hollinger Epidemiology and salmonellosis.
Akinnuwesi et al. Diagnosing meningitis: a comparative study of conventional clinical and computational diagnostic methods
Balamurugan et al. Receiver Operator Characteristics (ROC) Analyses of Complete Blood Count (CBC) Delta.
Abdel Aziz et al. Is duration of exposure a determinant factor for genotoxicity and clinical manifestations induced by Formaldehyde?
Song Disease Prevention and Surveillance

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20110304

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20121012

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20121210

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20121227

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20130125

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20160201

Year of fee payment: 3

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

Ref document number: 5189906

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

LAPS Cancellation because of no payment of annual fees