JP5060945B2 - 癌診断のためのオリゴヌクレオチド - Google Patents
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Description
ーブについて記載し、この目的及び他の疾病を診断するのに好適な他のプローブを同定するためのプロトコルについて検討している。
(i)タンパク質の合成及び/又は安定性に関与しているタンパク質をコードしている遺伝子;
(ii)防御及び/又はクロマチンリモデリングの調節に関与しているタンパク質をコードしている遺伝子。
(a)リボソームタンパク質及びリボソーム活性化タンパク質(すなわち、リボソームタンパク質の成分又はそれらの機能の変更に関与している成分を含むタンパク質であって、癌患者においてダウンレギュレーションされていることが分かったタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、リボソームタンパク質L1−L56、L7A、L10A、L13A、L18A、L23A、L27A、L35A、L36A、L37A、P0、P1、P2、S2−S29、S31、S33−S36、S3A、S15A、S18A、S18B、S18C、S27A、63、115(及び偽遺伝子)、リボソームタンパク質キナーゼ(例えば、S6キナーゼ)、リボヌクレアーゼ、推
定S1RNA結合ドメインタンパク質、真核生物翻訳開始因子及びグアニンヌクレオチド結合タンパク質Gなどがある;
(b)翻訳阻害因子及び翻訳開始因子(すなわち、タンパク質産物へのmRNAの翻訳に関与しているタンパク質であって、癌患者においてダウンレギュレーションされていることが分かったタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、真核生物翻訳延長因子、tRNA合成酵素、RNA結合タンパク質、ポリアデニル化要素結合タンパク質、チロシンフォスファターゼ、真核生物翻訳開始因子及びRNAポリメラーゼI、III転写因子などがある;
(c)転写又は翻訳の他のモジュレータ、例えばサイクリンD型結合タンパク質及びグアニンヌクレオチド結合タンパク質をコードしている遺伝子。
(a)免疫応答関連タンパク質(すなわち、免疫刺激に応答してアップレギュレーションされ、炎症に応答するか又は炎症反応をおこす際にアップレギュレーションされるタンパク質を含み、癌患者においてアップレギュレーションされることが判明したタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、T細胞受容体及び会合成分、例えば、タンパク質キナーゼ、種々のサイトカイン、例えば、インターロイキン及びそれらの受容体(例えば、IL−1、2、3、4、5、6、7、8、9、10
、11、12、13、15、17、18、20、22、24)、腫瘍壊死因子及びその受容体及びそのスーパーファミリー(例えば、TNFスーパーファミリーメンバー2、3、4、5、6、7、8、9、11、12、13、14、15)、インターフェロン調節因子、オンコスタチンM、白血病阻害因子、ケモカインリガンド及び受容体ファミリー(例えば、No.1〜28)、補体成分、インターフェロン刺激因子、例えば、転写因子、MHC(例えば、HLA)クラスI又はII(又は関連成分)(例えば、DQ、DR、DO、
DP、DMアルファ又はベータ)、接着タンパク質(例えば、CD1A、CD1C、CD1D、CD3Z、6、8、11、14、18、24、27、28、29、40、44、50、54、59、74、79B、80、81、83、86、96、ICAM)、B細胞におけるカッパポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、ミエリン塩基性タンパク質、カテプシン、トール様受容体、プロテオソームサブユニット、フェリチン、タンパク質キナーゼ又はフォスファターゼ、ならびにそれらの活性剤及び阻害剤、白血球免疫グロブリン様受容体、免疫グロブリン成分、例えば、重鎖又はFc断片、例えば、IgG、IgE又
はIgA又はそれらのスーパーファミリーの重鎖又はFc断片、デフェンシン、オキシト
シン、S100カルシウム結合タンパク質、レクチン及びその受容体及びスーパーファミリー、レプチン、ホスホリパーゼ及び成長因子(例えば、内皮細胞成長因子又はエリスロポエチン)などがある;
(b)TNF誘発タンパク質(すなわち、TNFにさらされると個体中で誘発され、癌患者においてアップレギュレーションされることが分かったタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、TNFアルファ誘発タンパク質8、インテグリン、B細胞中のカッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの阻害剤、TNF会合因子2、5、B細胞中のカッパ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサーの核因子、MAPキナーゼ、プロテインキナーゼC、ユビキタスキナーゼ、カドヘリン、カスパーゼ、サイクリンD1、スーパーオキシドジスムターゼ及びインターロイキンなどがある;
(c)低酸素症誘発タンパク質(すなわち、個体又はその一部分が低酸素状態にあるときに誘発され、癌患者においてアップレギュレーションされることが分かったタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、セストリン、E1A結合タンパク質p300、エンドセリン、毛細血管拡張性運動失調症及びRad3関連タンパク質、ヘキソキナーゼ2、TEKチロシンキナーゼ、DNA断片化因子、カスパーゼ、プラスミノーゲン活性化因子、低酸素症誘発性因子1及びグルコースホスフェートイソメラーゼなどがある;
(d)酸化ストレスタンパク質(すなわち、酸化的ストレス下で個体又はその一部分で誘発され、癌患者においてアップレギュレーションされることが分かったタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、スーパーオキシドジスムターゼ、グルタチオンシンテターゼ、カタラーゼ、ラクトペルオキシダーゼ、甲状腺ペルオキシダーゼ、ミエロペルオキシダーゼ、好酸球ペルオキシダーゼ、耐酸化性1、ペルオキシレドキシン、チトクロームP450、スカベンジャー受容体、パラオキソナーゼ、グルタチオンレダクターゼ、NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ、グルタチオンS−ト
ランスフェラーゼ、カテニン、グルタレドキシン、熱ショックタンパク質(例えば、熱ショック転写因子)、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ、エノラーゼ、チオレドキシンレダクターゼ及びペルオキシレドキシンなどがある;
(e)クロマチンリモデリングに関与しているタンパク質(すなわち、クロマチン構造を維持し又は変更するのに役立ち、遺伝子調節に必須であることがあるタンパク質)をコードしている遺伝子。これらのコードされているタンパク質には、ヒストン代替タンパク質、例えば、H3.3A又はH3.3Bファミリーなどがある。
ることにより同定できる。本明細書に記載の試験に用いられるオリゴヌクレオチドを開発するのにこのような遺伝子配列が有用であることを確認するために、特定の遺伝子配列の発現を、試験癌患者と正常患者とを比較して評価することができる。発現の変化が対照レベルを超えるか又は対照レベルよりも小さい場合、プローブの派生させるためのその配列の有用性が示される。
いて低酸素状態をもたらし得る。低酸素症では、TNFレベルを誘起することが知られている。これらの変化は、血流に入って来る血管形成因子により引き起こされる。理論に縛られることを意図しないが、上記効果の基礎をなす仮説を、図1に示す。
意味する。
前記に記載したファミリー(i)又は(ii)からの遺伝子配列またはこのような配列由来の遺伝子配列に相当するオリゴヌクレオチド、又は相補的配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは機能的に等価のオリゴヌクレオチド
から選択される少なくとも10個のオリゴヌクレオチドを含む一組のオリゴヌクレオチドプローブが提供される。
合できるように長さが少なくとも15塩基のものである。とりわけ好ましくは、前記オリゴヌクレオチドプローブは、長さが20〜200塩基、例えば、長さ30〜150塩基、好ましくは長さ50〜100塩基である。
わち、固有の配列)、好ましくは1000より少ないオリゴヌクレオチドプローブ、とりわけ500より少ないプローブ、例えば、好ましくは10〜500プローブ、例えば、10〜100、200もしくは300プローブ、とりわけ好ましくは20〜100プローブ、例えば、30〜100プローブからなるものである。場合によっては、10より少ないプローブ、例えば、2〜9プローブ、例えば、5〜9プローブを使用してもよい。
がある。このような誘導体は、合成中に調製してもよいし、又は製造後に修飾して調製してもよい。
低ストリンジェンシーの条件(2XSSC、常温、より好ましくは2XSSC、42℃)下で洗浄したときに結合した状態を維持するものである。高ストリンジェンシー下でのハイブリダイゼーションは、洗浄を2XSSC、65℃(ここで、SSC=0.15M NaCl、0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.2)でおこなう上記条件を意味する。
ペア配列パラメーターー方法:正確、マトリックスIUB、ギャップオープンペナルティ:15.00、ギャップ拡張ペナルティ:6.66;
複数の配列パラメーターーマトリックス:IUB、ギャップオープンペナルティ:15.00、遅延同一性%:30、ネガティブマトリックス:なし、ギャップ拡張ペナルティ:6.66、DNAトランジションウエイティング:0.5
録商標)、ラテックス、ポリスチレン又は磁気ビーズからできている、粒子、シート、ゲ
ル、フィルター、膜、マイクロファイバーストリップ、チューブ又はプレート、繊維又はキャピラリーの形態をとることができる。好ましくは一次元での配列の形態を可能とする固体担体、例えば、シート、フィルター、膜、プレート又はバイオチップが好ましい。
が結合するlacオペレータ配列のいずれか)、抗体(モノクローナル又はポリクローナルでよい)、抗体断片又は抗体のエピトープ又はハプテンを使用してもよい。これらの場合、結合対の一つのパートナーを固体担体に結合するか、又はその一つのパートナーが固有的に固体担体の一部分であり、他のパートナーを核酸分子に結合するか、又は他のパートナーが固有的に核酸分子の一部分である。
き、前記複数の固体担体は、キットを構成するモジュールを形成する。とりわけ好ましくは、前記担体は、シート、フィルター、膜、プレート又はバイオチップである。
a)必要に応じてcDNAに逆転写してもよい、前記細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNA又はcDNAを、本明細書に記載の一組のオリゴヌクレオチドプローブ又はキットにハイブリダイズさせる工程と;
c)前記プローブの各々にハイブリダイズしているmRNA又はcDNAの量を評価して前記パターンを生成する工程と、
を含む。
ることができる。
y=Xb+f 式1
(式中、Xは遺伝子発現データのマトリックスであり、yは反応変数であり、bは回帰係数ベクトルであり、fは推定残余ベクトルである。式1に表される関係を確定するのに種々の異なる方法を使用することができるが、式1の関係を確定するのには、部分最小二乗回帰(PLSR)を使用するのがとりわけ好ましい。
a)必要に応じてcDNAに逆転写してもよい、癌又は癌の病期にある一つ又はそれ以上の生物の試料細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNA又はcDNAを、調査中の生物及びその試料に対応する生物及びその試料中の前記癌又は癌の病期に特異的な前記一組のオリゴヌクレオチド又はキットにハイブリダイズさせる工程と;
c)前記プローブの各々にハイブリダイズしているmRNA又はcDNAの量を評価して、前記癌又は癌の病期の試料において、前記オリゴヌクレオチドが結合する遺伝子の遺伝子発現のレベルを示す特徴的なパターンを作成する工程と;
を含む方法が提供される。
ているものである。
期III、又は病期IVを識別できる。
olecular Cloning:A laboratory manual(実験マニュアル)、2nd ED.、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、ニューヨーク)により、組織、体液又は体内老廃物の細胞から抽出する。
あって、少なくとも
a)必要に応じてcDNAに逆転写してもよい、前記試験生物の試料の細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNA又はcDNAを、調査中の生物及びその試料に対応する生物及びその試料中の該癌又は癌の病期に特異的な一組のオリゴヌクレオチド又はキットにハイブリダイズさせる工程と;
c)前記プローブの各々にハイブリダイズしているmRNA又はcDNAの量を評価して、前記試験試料において、前記オリゴヌクレオチドが結合する遺伝子の遺伝子発現レベルを示す前記パターンを作成する工程と;
を含んでなる方法が提供される。
a)必要に応じてcDNAに逆転写してもよい、前記生物の試料の細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNA又はcDNAを、調査中の生物及びその試料に対応する生物及びその試料中の該癌又は癌の病期に特異的な前記一組のオリゴヌクレオチド又はキットにハイブリダイズさせる工程と;
c)前記プローブの各々にハイブリダイズしているmRNA又はcDNAの量を評価して、前記試料において、前記オリゴヌクレオチドが結合する遺伝子の遺伝子発現のレベルを示す特徴的なパターンを作成する工程と;
d)前記パターンを、前記調査中の生物及び試料に対応する生物からの試料を用いて本発明の方法により作成された標準的な診断パターンと比較して、前記調査中の生物において前記癌又は癌の病期の存在の有無を決定する工程と;
を含む。
、以下で記載するデータ処理及び統計的方法、特にデータを正規化及び標準化し、データを類別モデル(classification model)にあてはめて操作し、前記試験データが特定癌又は癌の病期のパターンを反映するかどうかを決定することが都合がよい。
かしながら、本発明のプローブは、これらの基準を満足する細胞において発現が変化している転写物に関係しているので、たとえ他のバックグランド細胞の存在下であっても、該プローブはこれらの細胞における転写レベルの変化を特異的に検出できるようになっている。
a)癌又は癌の病期である一種以上の生物の試料から標的ポリペプチドを放出する工程と;
b)前記標的ポリペプチドを、一つ以上の結合パートナーであって、各結合パートナーが、一次オリゴヌクレオチド(又は誘導配列)が結合する遺伝子によりコードされてい
るマーカーポリペプチド(又はその断片)に特異的である結合パートナーと接触させて、前記結合パートナーを前記標的ポリペプチドに結合させる工程であって、前記マーカーポリペプチドは、調査中の生物及びその試料に対応する生物及び試料中の該癌に特異的である工程と;
c)前記結合パートナーに結合している前記標的ポリペプチドを評価して、前記癌又は癌の病期を有する前記試料において前記マーカーポリペプチドを発現する遺伝子の遺伝子発現のレベルを反映した特徴的なパターンを作成する工程と;
を含む方法が提供される。
a)前記試験生物の試料から標的ポリペプチドを放出する工程と;
b)前記標的ポリペプチドを、一つ以上の結合パートナーであって、各結合パートナーが、一次オリゴヌクレオチド(又は誘導配列)が結合する遺伝子によりコードされているマーカーポリペプチド(又はその断片)に特異的である結合パートナーと接触させて、前記結合パートナーを前記標的ポリペプチドに結合させる工程であって、前記マーカーポリペプチドは、調査中の生物及びその試料に対応する生物及びその試料中の該癌に特異的である工程と;
c)前記試験試料において前記結合パートナーに結合している前記標的ポリペプチドを評価し、前記マーカーポリペプチドを発現する遺伝子の遺伝子発現のレベルを反映した特徴的なパターンを作成する工程と;
を含む方法が提供される。
a)前記生物の試料から標的ポリペプチドを放出する工程と;
b)前記標的ポリペプチドを、一つ以上の結合パートナーであって、各結合パートナーが、一次オリゴヌクレオチド(又は誘導配列)が結合する遺伝子によりコードされているマーカーポリペプチド(又はその断片)に特異的である結合パートナーと接触させて、該結合パートナーを前記標的ポリペプチドに結合させる工程であって、前記マーカーポリペプチドは、調査中の生物及びその試料に対応する生物及びその試料中の該癌に特異的である工程と;
c)前記試料において前記結合パートナーに結合している前記標的ポリペプチドを評価し、前記マーカーポリペプチドを発現する遺伝子の遺伝子発現のレベルを反映した特徴的なパターンを作成する工程と;
d)前記パターンを、調査中の生物及び試料に対応する生物からの試料を用いて上記した方法により作成した標準診断パターンと比較して、調査中の前記生物における前記癌又は癌の病期の存在を示す相関度を求める工程と;
を含む方法が提供される。
しなければならない。使用されるプローブは、本明細書に記載のプローブであるのが都合がよい。
び量に影響することがあるからである。例えば、単離されたmRNAの質及び量の試料ごとのバラツキ、各反応の間における標的分子の標識効率の微小変動、ならびに異なるマクロアレイ間での非特異的結合の量のバラツキは、すべて得られるデータセットにおけるノイズの一因であり、解析前に補正する必要がある。
of Microarray Data Analysis(マイクロアレイデータ解析法)、 CAMDAからの論文、Lin&Johnsom編、Kluwer Acad
emic、p57−68;Yangら、2001”、“Optical Technologies and Informatics(光技術と情報学)”、 Bittner、Chen、Dorsel&Dougherty編、Proceedings of SPIE、4266、P141−152; Dudoit ら、2000、J. AM. Stat. Ass.、97、p77−87; Alter ら 2000、supra; Newton ら.、2001、J. Comp. Biol.、8、p37−52)。一般的に、倍率又はスケーリング関数をまず計算して強度効果を補正した後、強度の正規化に使用する。正規化の改善に外部コントロールの使用も示唆された。
る意図する主要情報が悪いものとなる。したがって、必要に応じて、発現データは、データ解析前にバッチ調整しなければならない。
Genetics、24(3)、p227−235;Herwigら、1999、Genome Res.、9、p1093−1105;Tamayoら、1999、Science、PNAS、96、p2907−2912)。
子発現パターンが解析されている試料が疾病個体由来のものであるか、あるいは健康個体由来のものであるかが分かることがある。そうした場合に、判別解析は、試料を遺伝子発現データに基づく種々のグループに類別するのに使用できる。
ーション(Voted Classification)(上記、Dudoit ら、2000)、重み付き遺伝子ボーティング(Weighted Gene Voting)(上記、Golub ら、1999)及びベイズ類別(Bayesian Classification)(Kellerら、2000、Tec report Univ of Washington)などがある。PLS(部分最小2乗(Partial Le
ast Square))回帰分析を最初に使用して遺伝子発現データセットにおけるディメンションを減少させた後に、ロジスティック判別分析解析及び二次判別解析(LD及びQDA)を用いる類別がなされる手法も、最近報告されている(Nguyen&Rocke、2002、Bioinformatics、18、p39−50及び1216−1226)。
Stat. Ass.、97、p77−87)、分散分析(Kerr ら、2000、PNAS、98、p8961ー8965)、近接解析(Neighbourhood Analysis)(上記、Golub ら、1999)、群間:群内平方和の比(Ratio of Between Groups to Within Groups Sum of Squares)(上記、Dudoit ら、2002)、ノンパラメトリックコアリング(Non Parametric Scoring)(Park ら、2002、Pacific Symposium on Biocomputing、p52−63)及び尤度選択(Likelihood Selection)(上記、Keller ら、2000)において示唆された。
の回帰分析に使用される方法(補遺A参照)であるけれども、バイナリーコードに基づくダミー応答マトリックス(dummy response matrix)を用いたモデル構築及び判別分析のた
めの方法としても利用できる。クラスの割り当ては、単純な二分識別、例えば、乳癌(クラス1)/健康(クラス2)に基づくもの、又は複数疾病診断、例えば、乳癌(クラス1)/卵巣癌(クラス2)/健康(クラス3)に基づく複数識別に基づくものである。類別用疾病リストは、他の癌又は癌の病期に対応する、入手可能な試料に応じて増加できる。
分布及びそれらの互いの関係を示す。ローディングプロットは、データセットに存在する変数間の相関関係を示す。
and other resampling plans(ジャックナイフ、ブートストラップ及び他の再サンプリングプラン)。Society for Industrian and Applied mathematics、米国フィラデルフィア)のような統計的手法が、有意な変数(有用なプローブ)を選択又は確認するのに効率的に使用できることを見いだした。PLS回帰係数Bの近似不確定分散は、下式により推定できる。
S2B=Bの推定不確定分散;
B=すべてのN対象を用いたクロスバリデーションランクAでの回帰係数;
Bm=クロスバリデーションセグメントmにおいて除外された対象を除くすべての対象を
用いたランクAでの回帰係数;及び
g=スケーリング係数(但し、g=1)。
についてのBtotとの間の差を、まず算出する。次に、その差の平方和を、すべてのサブ
モデルにおいて算出して変数についてのBi推定値の分散を得る。Biの推定値の有意性を、t検定を用いて計算する。したがって、得られた回帰係数を、2標準偏差に対応する不確定限界を用いて示すことができ、それから、有意な変数が検出される。
a)一クロスバリデーションセグメント当たり一つのユニークな試料(データセットに存在する場合にはその反復を含む)を除外する;
b)PLSR−DAを用いて残りの試料について校正モデル(クロスバリデーションセグメント)を構築する;
c)ジャックナイフ基準を用いて、工程b)におけるモデルについて有意な遺伝子を選択する;
d)上記3つの工程を、データセットにおけるすべてのユニークな試料を一度は除外する(工程a)で述べたように)まで繰り返す。例えば、データセットに75のユニークな試料が存在する場合には、75の異なる校正モデルを構築して、75組の異なる有意なプローブ群を得る;
e)工程d)で作成した有意なプローブの組において発生頻度基準を用いて最も有意な変数を選択する。例えば、すべての組(100%)において現れる一組のプローブは、工程d)において作成した組の50%にしか現れないプローブよりも有用である。
必要がある。これは、実地試験データが得られることを前提として好ましい方法である。
とは異なり、マイクロアレイのように、本明細書に記載の方法においては、有用なプローブを、上記遺伝子配列ファミリーに記載されたような限られた数の遺伝子から選択する。これらのファミリー内から、意図するプローブをランダムに選択できる。
方法
血液試料
血液試料を、ノルウェーのRegional Ethical Committeeの承認の下に同意したドナーから採取した。すべてのドナーは、分析の間は匿名で処理した。血液を、乳房撮影において初期異常の疑いのある女性から採取した。これらの女性に
は、乳癌の女性及び乳房撮影において異常のある女性(一次スクリーニング中に観察された異常が良性か又は悪性であるのかについてわかる前)の両方が含まれていた。すべての場合において、血液試料を、午前8時〜午後4時の間に採取した。各女性から、血液10mlを、熟練者により、抗凝固剤としてEDTA(Becton Dickinson、米国Baltimore社製)が入ったバキュテーナーチューブに採取するか、又はPAXgene(登録商標)チューブ(PreAnalytiX、スイス国Hombrechtikon社製)に直接採取した。 EDTAチューブに採取した血液を直ちに−80℃で保存し、一方PAXチューブは一晩放置した後、使用するまで−80℃で保存した。
cDNAの1435クローンを、550人の健康個人の全血から構成されたプラスミドライブラリー(米国Clontech、米国Palo Alto社製)からランダムに採取した。ランダムに採取したクローンのうちの約20%は、重複するものであった。インサートの増幅のために、バクテリアクローンを、カルベニシリン50μg/mlとともにLB150μlを含有するマイクロタイタープレートで増殖させ、37℃で攪拌しながら一晩インキュベーションした。細胞を溶解するために、各培養5μlをH2O 50μ
lで希釈し、95℃で12分間インキュベーションした。この混合物のうち2μlを、1.5mM MgCl2の存在下で5’−及び3‘−配列決定プライマー40μpmolを
用いてPCR反応させた。PCR反応は、以下のサイクルプロトコルにより実施した:RoboCycler Temperature Cycler(登録商標)(米国La JollaにあるStratagene社製)又はDNA Engine Dyad Peltier Thermal Cycler(米国WalthamにあるMJ Research社製)において、95℃で4分保持後、94℃で1分間保持と60℃で1分間保持と72℃で3分間保持とからなる操作を25サイクル反復した。増幅物を、NaOH(0.2M、最終濃度)で30分間変性し、HYBOND−N+膜(英国Little ChalfontにあるAmersham Pharmacia Biotech社製)上に、製造業者による使用説明書 (英国CambridgeにあるBioRobotics社製)に基づいてMicroGridIIワークステーションを用いてスポット状に滴下した。固定化cDNAを、UVクロスリンカー(米国SanFranciscoにあるHoefer Scientific Instruments社製)を用いて固定した。
EDTAチューブに採取した血液を37℃で解凍し、PAXチューブに移し、総RNAを、業者の取扱説明書(スイス国HombrechtikonにあるPreAnalytiX社製)に準じて精製した。PAXチューブに直接採取した血液から、総RNAを、上記チューブにおいて新しいチューブに移すことなく抽出した。単離したRNAから汚染DNAを、DNAフリーキット(米国AustinにあるAmbion社製)を用いてDNAaseI処理により除去した。RNAの品質を、アガロースゲル電気泳動後の28S及び18Sリボソームバンドの一体性を肉眼で観察することにより決定した。良品質のRNAが抽出された試料のみを、この試験に使用した。本発明者らの経験によれば、EDT
Aチューブに採取した血液はRNAの品質がよくないことがしばしばあったが、一方PAXチューブに採取したものは、RNAの品質がほとんどいつも良好であった。抽出されたRNAの濃度及び純度を、260nm及び280nmでの吸光度を測定することにより求めた。総RNAから、業者の取扱説明書(ノルウェー国OsloにあるDynal AS社製)に準じてDynabeadsを用いてmRNAを単離した。
SSC、0.1%SDSで各々2x30分間)。
ハイブリダイズさせた膜を、Phosphoscreen(超解像)に2日間暴露し、PhosphoImager(Cyclone、米国MeridenにあるPackard社製)を用いてイメージファイルを生成した。ハイブリダイゼーションシグナルの同定及び定量化、さらに局部バックグラウンド値のサブトラクションを、Phoretix
Software(英国Non Linear Dynamics社製)を用いて実施した。バックグラウンドサブトラクションでは、各スポット輪郭周囲のピクセルのラインの中央値を、各スポットで評価されたシグナルの強度から減算した。
1435のバックグラウンド減算発現データから、67の遺伝子のシグナルを各膜から除去して分散度の高い発現遺伝子を排除した。これらには、各膜から最低シグナル及び最高シグナルの1.25%を除去することが含まれていた。正規化のために、各スポットの値を、まず各アレイにおけるシグナルの平均で除した後、すべてのスポットについて立方根変換をおこなった。次に、正規化データを、一元配置分散分析(ANOVA)を用いてバッチ調整した。
a)一クロスバリデーションセグメント当たり一つのユニークな試料(選択された試料のすべての反復を含む)を除外するクロスバリデーションPLSRモデルを構築すること、b)ジャックナイフ基準を用いて、工程a)におけるモデルについて有意の遺伝子の組を選択すること、
c)工程b)で選択した遺伝子を用いて、工程a)のようにしてクロスバリデーションPLSR−DAモデルを構築すること、
d)再びジャックナイフ基準を用いて、工程c)におけるモデルについて最も有意な遺伝子の組を選択すること、
により、有用なプローブを単離した。
方法
使用した同定と解析の方法は、試料を、cDNAアレイを調製する代わりに、大規模遺伝子発現解析用の市販のプラットフォーム(Agilent 22Kチップ)を用いて解析した以外は、実質的に実施例1と同様であった。
含むようにして10組に分けた。9組について校正モデルを構築し、1組を除外した。有意の遺伝子を、組み込みモデル(built-in model )についてジャックナイフ法により同定した。これらの工程は、10組すべてについて、各組が少なくとも一度は除外されるようにして反復した。次に,有用遺伝子を、発生基準の頻度に基づいて同定した。すべての10校正モデルにおいて、109の遺伝子が有用であることが分かった。
上記109個の遺伝子と3つのさらなる遺伝子を使用して、使用試料122個の類別を予測した。結果を、下表に示す。
部分最小2乗回帰(PLSR)
多変量回帰モデルを以下のように定義する:
Y=XB+F
(式中、
Xは、N予測変数(遺伝子)のNxPマトリックスであり;
Y(NxJ)は、J予測変数である。この場合、Yは、ダミー変数を含むマトリックスを表し;
Bは、回帰係数のマトリックスであり;そして
Fは、残余のNxJマトリックスである。
X=TPT+EA及び
Y=TQT+FA(但し、
T(NxA)は、x変数の一次結合であるスコアベクトルのマトリックスであり;
P(PxA)は、xローディングベクトルpaを列としたマトリックスであり;
Q(JxA)は、yローディングベクトルqaを列としたマトリックスであり;
Ea(NxP)は、因数Aに続くXについてのマトリックスであり;そして
Fa(NxJ)は、因数Aに続くYについてのマトリックスである。
B=W(PTW)-1QT
Claims (17)
- 生物における乳癌に特徴的な標準遺伝子転写パターンを作成する方法であって、少なくとも:
a)乳癌を有する一種以上の生物の試料の細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNAを、調査中の生物及び試料に相当する生物及び試料中の乳癌に特異的な一組のオリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズさせる工程であって、前記の一組が500より少ないオリゴヌクレオチドからなり、かつ表2又は表3に記載の全てのオリゴヌクレオチドを含み、各オリゴヌクレオチドは表2又は表3に記載のオリゴヌクレオチドの一部分であるオリゴヌクレオチドもしくは相補的配列を有するオリゴヌクレオチドで置換されていてもよい、工程と;
c)該プローブの各々にハイブリダイズしているmRNAの量を評価して、乳癌についての該試料において、該オリゴヌクレオチドが結合する遺伝子の遺伝子発現のレベルを示す特徴的なパターンを作成する工程と;
を含む方法。
- 試験遺伝子転写パターンの作成方法であって、少なくとも:
a)前記試験生物の試料の細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNAを、調査中の生物及び試料に相当する生物及び試料中の乳癌に特異的な請求項1に記載の一組のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせる工程と;
c)前記プローブの各々にハイブリダイズしているmRNAの量を評価して、該試験試料において、該オリゴヌクレオチドが結合する遺伝子の遺伝子発現のレベルを示す前記パターンを作成する工程と;
を含む方法。 - 試験生物からの試料から作成した試験遺伝子転写パターンを、乳癌に特徴的な標準遺伝子転写パターンと比較する方法であって:
a)該試験生物の試料の細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNAを、調査中の試験生物及び試料に相当する生物及び試料中の乳癌に特異的な請求項1に記載の一組のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせる工程と;
c)前記プローブの各々にハイブリダイズしているmRNAの量を評価して、前記試験試料において、該オリゴヌクレオチドが結合する遺伝子の遺伝子発現のレベルを示す特徴的なパターンを作成する工程と;
d)前記パターンを、前記調査中の生物及び試料に相当する試験生物からの試料を用いて請求項1に記載の方法により作成した標準遺伝子転写パターンと比較する工程と;
を含む方法。 - 前記単離したmRNAをcDNAに逆転写し、該cDNAで前記方法の工程b)およびc)における前記mRNAを置換する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記の組のプローブが、一種以上の固体担体に固定化されている、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記細胞は、疾病細胞でも、疾病細胞に接触したものでも、疾病部位由来のものでもない、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料は、疾病部位から離れた部位から得られたものである、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料は、組織、体液又は体内老廃物で表される、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料は、末梢血である、請求項9に記載の方法。
- 前記生物が、哺乳動物である、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記哺乳動物が、ヒトである、請求項11に記載の方法。
- 請求項1〜12のいずれか1項に記載の一組の500より少ないオリゴヌクレオチドプローブ。
- 一種以上の固体担体上に固定化された、請求項13に記載の一組のオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法を実施するためのキット。
- 前記方法をどのように実施するかを詳述した添付文書をさらに含む、請求項14に記載のキット。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブが結合する遺伝子の遺伝子発現のレベルを反映した細胞の遺伝子発現パターンを決定するための、請求項13〜15のいずれか1項に記載の一組のオリゴヌクレオチドプローブ又はキットの使用であって、少なくとも
a)インビトロで前記細胞からmRNAを単離する工程と;
b)工程(a)のmRNAを、請求項13〜15のいずれか1項に記載の一組のオリゴヌクレオチドプローブ又はキットにハイブリダイズさせる工程と;
c)該プローブの各々にハイブリダイズしているmRNAの量を評価して、前記パターンを作成する工程と;
を含む使用。 - 前記単離したmRNAをcDNAに逆転写し、該cDNAで前記使用の工程b)およびc)における前記mRNAを置換する、請求項16に記載の使用。
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