JP4990273B2 - Lc/msを用いるタンパク質を絶対定量するためのシステムおよび方法 - Google Patents
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- 試料中のタンパク質を絶対定量するための方法であり、
試料を消化して試料中のタンパク質に関連するペプチドを入手し;
LC/MS装置を用いて消化生成物を分析して、特定のタンパク質に対するペプチドイオン強度を得;
特定のタンパク質に対して上位N番目までのペプチドイオン強度を求め;
観測された上位N番目までのペプチドイオン強度の和と、前記上位N番目までのペプチドイオン強度の平均強度とのうちのいずれか一方を計算し、ここでNは2以上の整数であり;
計算された前記強度の和または前記平均強度を、較正標準と比較し;
前記比較に基づいて試料中に存在する特定のタンパク質の絶対量を求める
ことを含む、方法。 - Nが3以上である、請求項1に記載の方法。
- 較正標準を生成することを更に含む、請求項1に記載の方法。
- (a)較正標準混合物中の所定のタンパク質の既知の量を入手し;
(b)較正標準混合物を消化して、前記タンパク質に関連するペプチドを入手し;
(c)前記ペプチドを分析して、前記ペプチドに対応するペプチドイオン強度を求め;
(d)上位N番目までのペプチドイオン強度を選択し;
(e)選択された前記上位N番目までのペプチドイオン強度の和および平均のうちのいずれか一方を計算し;および
(f)較正標準として後で使用するために計算された和または平均を較正標準テーブル中に保存する
ことを更に含む、請求項3に記載の方法。 - Nが3以上である、請求項4に記載の方法。
- 前記較正標準混合物中の1つ以上の更なる所定のタンパク質に対してステップ(a)から(f)を繰り返すことを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記較正標準混合物中の追加的な既知の濃度の所定のタンパク質に対してステップ(a)から(f)を繰り返すことを含む、請求項4に記載の方法。
- 特定のタンパク質を同定することを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 内挿を用いて特定のタンパク質の量を計算することを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 較正標準中の量に基づいて実測量を換算することを更に含み、
前記実測量が前記上位N番目までのペプチドイオン強度の和に基づくものである場合には、絶対量Qが、式(前記上位N番目までのペプチドイオン強度の和/前記較正標準から得られる和)*(前記較正標準から得られる和の濃度)により得られ、また、
前記実測量が前記上位N番目までのペプチドイオン強度の平均強度に基づくものである場合には、絶対量Qが、式(前記上位N番目までのペプチドイオン強度の平均強度/前記較正標準から得られる平均)*(前記較正標準から得られる平均の濃度)により得られる
ことを特徴とする、請求項1に記載の方法。 - 試料中のタンパク質を絶対定量するための方法であり、
1つ以上のタンパク質に対する入力を有する較正標準テーブルを作り出し、ここで前記較正標準テーブルにおける各々の入力は、タンパク質の量およびこのタンパク質に対する対応する和または平均シグナル応答のいずれかを有するものであり;
試料中のタンパク質に対応するペプチドを入手し;
質量分析計を用いて入手されたペプチドを分析して、前記ペプチドに対応するペプチドイオン強度を得;
前記分析により得られた上位N番目までのペプチドイオン強度の和と、前記分析により得られた前記上位N番目までのペプチドイオン強度の平均強度とのうちのいずれか一方を計算し、ここでNは2以上の整数であり;
計算された前記強度の和または前記平均強度を較正標準テーブル中の1つ以上の入力と比較することにより、試料中に存在する特定のタンパク質の絶対量を求める
ことを含む、方法。 - Nが3以上である、請求項11に記載の方法。
- 較正標準テーブルを作り出すことが、
(a)較正標準混合物中の所定のタンパク質の既知の量を入手し;
(b)較正標準混合物を消化して、前記タンパク質に関連するペプチドを入手し;
(c)前記ペプチドを分析して、前記ペプチドに対応するペプチドイオン強度を求め;
(d)上位N番目までのペプチドイオン強度を選択し;
(e)選択された前記上位N番目までのペプチドイオン強度の和および平均のうちのいずれか一方を計算し;および
(f)計算された和または平均を較正標準テーブル中に保存する
ことを含む、請求項11に記載の方法。 - Nが3以上である、請求項13に記載の方法。
- 1つ以上の更なる所定のタンパク質に対してステップ(a)から(f)を繰り返すことを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記較正標準テーブルが、インターネットウエブサイト上で配布可能なフォーマットである、請求項11に記載の方法。
- 試料中のタンパク質を絶対定量するためのシステムであり、
試料中の特定のタンパク質に対応するペプチドに対するペプチドイオン強度を生成する質量分析計および;
1つ以上のタンパク質に対する入力を有する較正標準テーブルを保存するためのメモリーであって、ここで前記較正標準テーブルの各々の入力はタンパク質の量およびこのタンパク質に対する対応する和または平均シグナル応答のいずれかを有するものであり;および
コンピューターが特定のタンパク質のペプチドに対応するペプチドイオンデータを、質量分析計から入手し;
入手したペプチドイオンデータを分析し;
上位N番目までのペプチドイオン強度の和と、前記上位N番目までのペプチドイオン強度の平均強度のうちのいずれか一方を計算し、ここでNは2以上の整数であり;および
計算された前記強度の和または前記平均強度を較正標準テーブル中の1つ以上の入力と比較することにより、試料中に存在する特定のタンパク質の絶対量を求めることを可能にするためにコンピューター上で実行されるコンピューターソフトウエアを含むコンピューター
を含む、システム。 - 以降の分析のために試料を構成成分のタンパク質に分離するために液体クロマトグラフを更に含む、請求項17に記載のシステム。
- Nが3以上である、請求項17に記載のシステム。
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