JP4937911B2 - opa遺伝子の5’非翻訳領域を用いたナイセリア・ゴノレアの検出法 - Google Patents
opa遺伝子の5’非翻訳領域を用いたナイセリア・ゴノレアの検出法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP4937911B2 JP4937911B2 JP2007524758A JP2007524758A JP4937911B2 JP 4937911 B2 JP4937911 B2 JP 4937911B2 JP 2007524758 A JP2007524758 A JP 2007524758A JP 2007524758 A JP2007524758 A JP 2007524758A JP 4937911 B2 JP4937911 B2 JP 4937911B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- opa
- oligonucleotide
- pcr
- probe
- detection probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
Description
またはその相補配列である。実施例において例証されるように、このオリゴヌクレオチドは、リアルタイムPCRアッセイにおいてNGの異常型株を検出するための検出プローブとして有利に使用される。
本発明を更に例証するために、本発明によるオリゴヌクレオチドが臨床試料におけるNGの特異的および高感度な検出のために有利に用いられることが、以下に示される。
1.1 448例のNG株のパネル.2002年9月〜2003年4月に、淋病を示す病訴を有する患者がアムステルダムにあるSTI(性感染症)クリニックを訪れ、そこで臨床および疫学データが登録されて試料が取得された。尿道、子宮頸部、直腸または扁桃の検体が、GC-Lect寒天プレート(Beckton-Dickinson)に播種するのに用いられた。培養およびNGの決定は、アムステルダムの公衆衛生研究所(the Public Health Laboratory)で記述されたように行われた(6,7)。地域社会の疫学研究の関係において、NG株は、真のNG株がDNA単離に用いられたことを更に確認する、opaおよびpor遺伝子のPCR-RFLPによって分類された(18,21)。
細菌株.448例のNG株パネルからの核酸の単離については、DNAが数個のコロニーよりイソプロパノール沈殿を用いて単離され、続いて沈殿が50μlの10mM Tris-HCl、pH8.0(T10; (6,20))に溶解されて、T10で10,000倍に希釈された。5μlがPCR反応に添加された。その他の細菌株からの核酸の単離については、細菌がおよそ0.5 MaFarland(http://biology.fullerton.edu/courses/biol 302/Web/302labf99/quant.html#mcfar参照)の懸濁液となるようにTE(10mM Tris-HCl緩衝液pH=8.0中の1mM EDTA)に懸濁されて、15分間、100℃でインキュベーションされた。リアルタイムPCRにおいて直接解析された際の低いCt値のために(12〜14は高いDNAロードを示す)、TEでの1000分の1希釈物が調製されて解析された。5μlが各PCRに添加された。
リアルタイムNG検出をモニターするために、およそ30の閾値サイクル(Ct)値に相当する、mlあたりおよそ5,000〜10,000DNAコピーの最終濃度でPhHV-1が添加されたすべての試料について、独立したPCRが実施された(29)。Ctが平均±2標準偏差の範囲内であれば、PCRは阻害がないと考えられた。
が、379bpの断片を増幅するために用いられ、かつ、プローブ
が、PCR産物を検出するために用いられた(Boel E et al., 原稿準備中)。25μlのPCRは、1x LC Mastermix(LC DNA Master Hybridisation Probes kit, Roche Diagnostics Nederland BV Almere, The Netherlands)中に、250nMの各プライマーおよびプローブ、4mM MgCl2を含んだ。LightCycler 2.0(Roche Diagnostics Nederland BV Almere, The Netherlands)が、増幅および検出に用いられた(10分95℃、ならびに、5秒95℃、10秒55℃、および20秒72℃の45サイクル;融解曲線20秒95℃、10秒35℃、1秒あたり0.2℃の勾配で85℃;冷却30秒40℃)。
PCRは上述のように実施された。PCR産物は、20μlのPCR産物への4μlの混合されたエクソヌクレアーゼI(10U/mL)およびシュリンプアルカリホスファターゼ(2U/μl、USB Corporation, Amersham Bioscience, Roosendaal, The Netherlands)の添加、37℃で15分のインキュベーション、続いて15分80℃の不活性化(PTC-200 thermocycler, MJ Research, Biozym TC bv, Landgraaf, The Netherlands)によって精製された。断片は、M13プライマーを用いて配列決定された。20μlの反応は、5μlの精製されたPCR産物、4μl BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Mix(Applied Biosystems)および7.5pmolのフォワードまたはリバースプライマーを含んだ。96℃で10秒、50℃で5秒、および60℃で2.5分の25サイクルが実施され、産物は、ABI Prism 3700 DNA Analyzer(Applied Biosystems)上で解析される前に、Sephadex(G-50 Superfine)を通して精製された。24例の各「異常型」NG株について、一つのフォワードおよび一つのリバース配列が決定された。
2.1 プライマーおよびプローブの設計.opa遺伝子の5'非翻訳領域中の保存された領域をカバーする配列は、NCBIデータベースより得られた。相同性に基づき、NG、N.メニンジティディス、およびN.フラバの配列が検索されて、図1に整列化された。プライマーおよび副溝結合(MGB)プローブopa-1(表1)が設計されて、Primer Expressソフトウエア(Applied Biosystems)を用いてTaqMan標準に適合化された。副溝結合プローブは、一本鎖DNA標的と安定な二本鎖を形成し、それによって短いプローブがハイブリダイゼーションに基づくアッセイに使用されるのを可能にする。
1ATCC, American Type Culture Collection; NRBM, Netherlands Reference Laboratory for Bacterial Meningitis. SKMM, Dutch Organization for Quality Control in Medical Microbiology.
2Amsterdam Medical Center, Academic Medical Center, Dept. Medical Microbiology, Amsterdam
3(6), GG&GD, Municipal Health Service, Amsterdam, The Netherlands.
4Vitek NHI(Vitek Systems, Inc., Hazelwood, Mo.)によって決定され、NRBMによって確認された。
5Special Reference Department for Identification of Bacteria (LIS-BBD), National Institute of Public Health and the Environment (RIVM), The Netherlands.
6API-Coryne (Biomerieux, Boxtel, The Netherlands)によって決定された。
7PathoDx latex Strep Grouping Kit (Diagnostic Products Corporation, Los Angeles, Calif.)によって決定された。
8Staphaurex≪ Plus (Remel Inc., Lenexa, KS)によって決定され、National Institute of Public Health and the Environment (RIVM), The Netherlandsによって確認された。
A
*正確に同一の結果が二箇所の独立した実験室において得られた。
Claims (21)
- 配列5'-TTTGAACC-3'、またはその相補配列を含むヌクレオチド配列を含み、ナイセリア・ゴノレア(Neisseria gonorrhoeae:NG)のopa遺伝子の5'非翻訳領域またはその相補配列にハイブリダイズすることが可能であり、12〜40ヌクレオチドの長さであり、ただし該配列が5'-tcagtgatggttcaaagttc-3ではないことを条件とする、ナイセリア・ゴノレア特異的オリゴヌクレオチド。
- 14〜30ヌクレオチドの長さである、請求項1記載のナイセリア・ゴノレア特異的オリゴヌクレオチド。
- 16〜25ヌクレオチドの長さである、請求項2記載のナイセリア・ゴノレア特異的オリゴヌクレオチド。
- 18〜22ヌクレオチドの長さである、請求項3記載のナイセリア・ゴノレア特異的オリゴヌクレオチド。
- ヌクレオチド配列5'-CTT TGA ACC ATC AGT GAA A-3'またはその相補配列(プローブopa-2)を含む、請求項1〜4のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド。
- 一つまたは複数の検出可能な標識、発色団標識、または蛍光標識を含む、請求項1〜5のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド。
- 6-FAM(商標)、HEX(商標)、JOE(商標)、TET(商標)、ROX(商標)、TAMRA(商標)、フルオレセイン(商標)、Cy3(商標)、Cy5(商標)、Cy5.5(商標)、Texas Red(商標)、ローダミン(商標)、Rhodamine Green(商標)、Rhodamine Red(商標)、6-カルボキシローダミン 6G(商標)、Oregon Green(商標) 488、Oregon Green 500、Oregon Green 514、DABCYL(商標)、BHQ(登録商標)-1およびBHQ-2からなる群より選択される標識を含む、請求項1〜5のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド。
- 副溝結合(MGB)オリゴヌクレオチド抱合体である、請求項1〜7のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチド。
- MGBが1,2-ジヒドロ-(3H)-ピロロ[3,2-e]インドール-7-カルボキシレート(CDPI3)の三量体およびN-メチルピロール4-カルボキシ-2-アミド(MPC5)の五量体からなる群より選択される、請求項8記載のオリゴヌクレオチド。
- 請求項1〜9のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチドの使用を含むナイセリア・ゴノレア株を検出するための方法。
- 核酸増幅を含む、請求項10記載の方法。
- ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)技術を含み、以下の段階を含む方法であって、少なくとも一つのプライマーまたは少なくとも一つの検出プローブが請求項1〜9のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチドである、請求項10または11記載の方法:
a)NG株のDNAまたは該NG株のDNAを含むことが疑われる試験試料を提供する段階;
b)核酸増幅プライマー対を用いて、opa開始コドンの5'に位置する57〜50位のヌクレオチドを含むopa遺伝子の5'非翻訳領域を増幅する段階;および
c)NGの存在の指標として増幅産物の存在を検出する段階。 - PCR技術がリアルタイム定量的PCR(RQ-PCR)技術である、および/または、増幅産物の存在が、増幅産物にハイブリダイズすることが可能である少なくとも1つの検出プローブを用いて検出される、請求項12記載の方法。
- プライマー対が、ヌクレオチド配列5'-GTT GAA ACA CCG CCC GG-3'(opa Fw)および5'-CGG TTT GAC CGG TTA AAA AAA GAT-3'(opa Rv)を含む、請求項12または13記載の方法。
- 検出プローブが、ヌクレオチド配列5'-CTT TGA ACC ATC AGT GAA A-3'を含む、請求項12または13記載の方法。
- 追加的な検出プローブが用いられ、該検出プローブが、ヌクレオチド配列5'-CCC TTC AAC ATC AGT GAA A-3'を含む、請求項15記載の方法。
- 臨床試料におけるナイセリア・ゴノレアの存在の検出のための、請求項10〜16のいずれか一項記載の方法の使用。
- ナイセリア・ゴノレアopa遺伝子の開始コドンの5'に位置する57〜50位のヌクレオチドを含む領域を増幅することが可能である核酸増幅プライマー対、および少なくとも一つの検出プローブを含むナイセリア・ゴノレア株の検出のためのキットであって、少なくとも一つのプライマーおよび/または検出プローブが、請求項1〜9のいずれか一項記載のオリゴヌクレオチドである、キット。
- ポリメラーゼを更に含む、請求項18記載のキット。
- プライマー5'-GTT GAA ACA CCG CCC GG-3'(opa Fw)および5'-CGG TTT GAC CGG TTA AAA AAA GAT-3'(opa Rv)、ならびに検出プローブ5'-CTT TGA ACC ATC AGT GAA A-3'(opa-2)を含む、請求項18または19記載のキット。
- 検出プローブ5'-CCC TTC AAC ATC AGT GAA A-3'(opa-1)を更に含む、請求項20記載のキット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP04077241 | 2004-08-05 | ||
EP04077241.0 | 2004-08-05 | ||
PCT/NL2005/000574 WO2006014109A1 (en) | 2004-08-05 | 2005-08-05 | Neisseria gonorrhoeae detection using the 5′ untranslated region of the opa gene |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008508875A JP2008508875A (ja) | 2008-03-27 |
JP4937911B2 true JP4937911B2 (ja) | 2012-05-23 |
Family
ID=34928432
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007524758A Expired - Fee Related JP4937911B2 (ja) | 2004-08-05 | 2005-08-05 | opa遺伝子の5’非翻訳領域を用いたナイセリア・ゴノレアの検出法 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20080003591A1 (ja) |
EP (1) | EP1789582B1 (ja) |
JP (1) | JP4937911B2 (ja) |
AT (1) | ATE483824T1 (ja) |
DE (1) | DE602005024023D1 (ja) |
ES (1) | ES2350112T3 (ja) |
WO (1) | WO2006014109A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101125057B1 (ko) * | 2009-09-25 | 2012-03-21 | 주식회사 디케이씨코포레이션 | 물질 표지용 화합물 및 그 제조방법 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5427930A (en) * | 1990-01-26 | 1995-06-27 | Abbott Laboratories | Amplification of target nucleic acids using gap filling ligase chain reaction |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE3925613A1 (de) * | 1989-06-22 | 1991-01-03 | Boehringer Mannheim Gmbh | Neisseria-spezifische dna-sonde |
US5962273A (en) * | 1997-11-04 | 1999-10-05 | Becton Dickinson And Company | Detection of Neisseria gonorrhoeae by amplification and detection of its nucleic acid |
US7807802B2 (en) * | 2002-11-12 | 2010-10-05 | Abbott Lab | Polynucleotides for the amplification and detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae |
ATE463563T1 (de) * | 2003-06-19 | 2010-04-15 | Novozymes As | Verbesserte proteasen und verfahren zu ihrer herstellung |
-
2005
- 2005-08-05 JP JP2007524758A patent/JP4937911B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2005-08-05 DE DE602005024023T patent/DE602005024023D1/de active Active
- 2005-08-05 WO PCT/NL2005/000574 patent/WO2006014109A1/en active Application Filing
- 2005-08-05 AT AT05772474T patent/ATE483824T1/de not_active IP Right Cessation
- 2005-08-05 US US11/573,390 patent/US20080003591A1/en not_active Abandoned
- 2005-08-05 EP EP05772474A patent/EP1789582B1/en active Active
- 2005-08-05 ES ES05772474T patent/ES2350112T3/es active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5427930A (en) * | 1990-01-26 | 1995-06-27 | Abbott Laboratories | Amplification of target nucleic acids using gap filling ligase chain reaction |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
ATE483824T1 (de) | 2010-10-15 |
WO2006014109A1 (en) | 2006-02-09 |
EP1789582A1 (en) | 2007-05-30 |
JP2008508875A (ja) | 2008-03-27 |
DE602005024023D1 (de) | 2010-11-18 |
US20080003591A1 (en) | 2008-01-03 |
EP1789582B1 (en) | 2010-10-06 |
ES2350112T3 (es) | 2011-01-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11268156B2 (en) | Methods for diagnosing and monitoring treatment of bacterial vaginosis | |
US11591659B2 (en) | Compositions and methods for detection of Mycoplasma genitalium | |
US10752962B2 (en) | Detection of Neisseria gonorrhoeaes | |
JP4937911B2 (ja) | opa遺伝子の5’非翻訳領域を用いたナイセリア・ゴノレアの検出法 | |
US20220220539A1 (en) | Compositions and methods for detection of neisseria gonorroheae | |
JP2019517251A (ja) | 膣トリコモナスの検出のための組成物及び方法 | |
WO2024003260A1 (en) | Compositions and methods for detecting lymphogranuloma venereum (lgv) serovars of chlamydia trachomatis | |
JP2023534457A (ja) | マクロライド耐性Mycoplasma genitaliumの検出 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20080728 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110105 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20110331 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20110407 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110627 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20120126 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20120222 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150302 Year of fee payment: 3 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |