JP4385140B2 - 心筋梗塞のリスク検査方法 - Google Patents
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Description
本発明は以上の背景に鑑みなされたものであって、その目的は高精度で予知確率の高い心筋梗塞の遺伝的リスクを診断する手段を提供し、心筋梗塞の一次予防に貢献することである。
[1] 以下の工程(a)を含んでなる、核酸試料の遺伝子型を検出する方法、
(a)核酸試料における、以下の(1)〜(10)からなるグループより選択される二つ以上の多型を解析する工程、
(1)コネキシン37遺伝子の塩基番号1019位の多型、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の塩基番号-863位の多型、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の塩基番号242位の多型、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の塩基番号-6位の多型、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号-219位の多型、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の塩基番号994位の多型、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の塩基番号-482位の多型、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の塩基番号1186位の多型、
(9)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-819位の多型、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-592位の多型。
[2] 以下の工程(b)を含んでなる、核酸試料の遺伝子型を検出する方法、
(b)核酸試料における、以下の(11)〜(15)からなるグループより選択される二つ以上の多型を解析する工程、
(11)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位の多型、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位の多型、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の塩基番号1018位の多型、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の塩基番号584位の多型、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型。
[3] 以下の工程(c)を含んでなる、核酸試料の遺伝子型を検出する方法、
(c)核酸試料における、アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型を解析する工程。
[4] 以下の工程(i)〜(iii)を含んでなる、心筋梗塞のリスク診断方法、
(i)核酸試料における、以下の(1)〜(10)からなるグループより選択される二つ以上の多型を解析する工程、
(1)コネキシン37遺伝子の塩基番号1019位の多型、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の塩基番号-863位の多型、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の塩基番号242位の多型、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の塩基番号-6位の多型、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号-219位の多型、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の塩基番号994位の多型、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の塩基番号-482位の多型、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の塩基番号1186位の多型、
(9)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-819位の多型、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-592位の多型、
(ii)前記工程によって得られる多型情報から核酸試料の遺伝子型を決定する工程、及び
(iii)決定された遺伝子型から心筋梗塞の遺伝的リスクを求める工程。
[5] 以下の工程(iv)〜(vi)を含んでなる、心筋梗塞のリスク診断方法、
(iv)核酸試料における、以下の(11)〜(15)からなるグループより選択される二つ以上の多型を解析する工程、
(11)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位の多型、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位の多型、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の塩基番号1018位の多型、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の塩基番号584位の多型、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型、
(v)前記工程によって得られる多型情報から核酸試料の遺伝子型を決定する工程、及び
(vi)決定された遺伝子型から心筋梗塞の遺伝的リスクを求める工程。
[6] 以下の工程(vii)〜(ix)を含んでなる、心筋梗塞のリスク診断方法、
(vii)核酸試料における、アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型を解析する工程、
(viii)前記工程によって得られる多型情報から核酸試料の遺伝子型を決定する工程、及び
(ix)決定された遺伝子型から心筋梗塞の遺伝的リスクを求める工程。
[7] 以下の(1)〜(10)からなるグループより選択される二つ以上の核酸を含んでなる遺伝子型検出用キット、
(1)コネキシン37遺伝子の塩基番号1019位の多型を解析するための核酸、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の塩基番号-863位の多型を解析するための核酸、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の塩基番号242位の多型を解析するための核酸、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の塩基番号-6位の多型を解析するための核酸、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号-219位の多型を解析するための核酸、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の塩基番号994位の多型を解析するための核酸、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の塩基番号-482位の多型を解析するための核酸、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の塩基番号1186位の多型を解析するための核酸、
(9)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-819位の多型を解析するための核酸、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-592位の多型を解析するための核酸。
[8] 以下の(11)〜(15)からなるグループより選択される二つ以上の核酸を含んでなる遺伝子型検出用キット、
(11)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位の多型を解析するための核酸、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位の多型を解析するための核酸、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の塩基番号1018位の多型を解析するための核酸、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の塩基番号584位の多型を解析するための核酸、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型を解析するための核酸。
[9] アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型を解析するための核酸、を含んでなる遺伝子型検出用キット。
[10] 以下の(1)〜(10)からなるグループより選択される二つ以上の核酸が不溶性支持体に固定されてなる固定化核酸、
(1)コネキシン37遺伝子の塩基番号1019位の多型を解析するための核酸、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の塩基番号-863位の多型を解析するための核酸、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の塩基番号242位の多型を解析するための核酸、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の塩基番号-6位の多型を解析するための核酸、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号-219位の多型を解析するための核酸、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の塩基番号994位の多型を解析するための核酸、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の塩基番号-482位の多型を解析するための核酸、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の塩基番号1186位の多型を解析するための核酸、
(9)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-819位の多型を解析するための核酸、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-592位の多型を解析するための核酸。
[11] 以下の(11)〜(15)からなるグループより選択される二つ以上の核酸が不溶性支持体に固定されてなる固定化核酸、
(11)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位の多型を解析するための核酸、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位の多型を解析するための核酸、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の塩基番号1018位の多型を解析するための核酸、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の塩基番号584位の多型を解析するための核酸、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型を解析するための核酸。
[12] アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型を解析するための核酸が不溶性支持体に固定されてなる固定化核酸。
(1)コネキシン37(Connexin 37)遺伝子の塩基番号1019位の多型:1019C→T(以下、「コネキシン37(1019C→T)多型」ともいう)
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子(Tumor necrosis factor-α)の塩基番号-863位の多型:-863C→A(以下、「TNFα(-863C→A)多型」ともいう)
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス(NADH/NADPH oxidase p22 phox)遺伝子の塩基番号242位の多型:242C→T(以下、「NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス(242C→T)多型」ともいう)、
(4)アンギオテンシノーゲン(Angiotensinogen)遺伝子の塩基番号-6位の多型:-6G→A(以下、「アンギオテンシノーゲン(-6G→A)多型」ともいう)
(5)アポリポプロテインE(Apolipoprotein E)遺伝子の塩基番号-219位の多型:-219G→T(以下、「アポE-219(-219G→T)多型」ともいう)
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ(Platelet-activating factor acetylhydrolase)遺伝子の塩基番号994位の多型:994G→T(以下、「PAFアセチルヒドロラーゼ(994G→T)多型」ともいう)
(7)アポリポプロテインC-III(Apolipoprotein C-III)遺伝子の塩基番号-482位の多型:-482C→T(以下、「アポC-III(-482C→T)多型」ともいう)
(8)トロンボスポンジン4(Thrombospondin 4)遺伝子の塩基番号1186位の多型:1186G→C(以下、「TSP4(1186G→C)多型」ともいう)
(9)インターロイキン10(Interleukin-10)遺伝子の塩基番号-819位の多型:-819T→C(以下、「IL-10(-819T→C)多型」ともいう)
(10)インターロイキン10(Interleukin-10)遺伝子の塩基番号-592位の多型:-592A→C(以下、「IL-10(-592A→C)多型」ともいう)
(11)ストロメライシン1(Stromelysin-1)遺伝子の塩基番号-1171位の多型:-1171/5A→6A(以下、「ストロメライシン1(-1171/5A→6A)多型」ともいう)
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1(Plasminogen activator inhibitor-1)遺伝子の塩基番号-668位の多型:-668/4G→5G(以下、「PAI1(-668/4G→5G)多型」ともいう)
(13)グリコプロテインIbα(Glycoprotein Ibα)遺伝子の塩基番号1018位の多型:1018C→T(以下、「グリコプロテインIbα(1018C→T)多型」ともいう)
(14)パラオキソナーゼ(Paraoxonase)遺伝子の塩基番号584位の多型:584G→A(以下、「パラオキソナーゼ(584G→A)多型」ともいう)
(15)アポリポプロテインE(Apolipoprotein E)遺伝子の塩基番号4070位の多型:4070C→T(以下、「アポE(4070C→T)多型」ともいう)
一方、多数の核酸試料を解析する場合には、特に、アリル特異的PCR法、アリル特異的ハイブリダイゼーション法、TaqMan-PCR法、Invader法、プライマー伸長法を用いたMALDI-TOF/MS(matrix)法、RCA(rolling cycle amplification)法、又はDNAチップ又はマイクロアレイを用いた方法等、多数の検体を比較的短時間で解析することが可能な解析方法を用いることが好ましい。
CTCAGAATGGCCAAAANCC:配列番号15、又は
CCTCAGAATGGCCAAAANTC:配列番号16
アンチセンスプライマー
GCAGAGCTGCTGGGACGA:配列番号17
アンチセンスプライマー
GGCCCTGTCTTCGTTAANGG:配列番号18、又は
ATGGCCCTGTCTTCGTTAANTG:配列番号19
センスプライマー
CCAGGGCTATGGAAGTCGAGTATC:配列番号20
アンチセンスプライマー
ACCACGGCGGTCATGNGC:配列番号21、又は
ACCACGGCGGTCATGNAC:配列番号22
センスプライマー
GCAGCAAAGGAGTCCCGAGT:配列番号23
アンチセンスプライマー
CGGCAGCTTCTTCCCNCG:配列番号24、又は
CGGCAGCTTCTTCCCNTG:配列番号25
センスプライマー
CCACCCCTCAGCTATAAATAGG:配列番号26
センスプライマー
GAATGGAGGAGGGTGTCTNGA:配列番号27、又は
AGAATGGAGGAGGGTGTCTNTA:配列番号28
アンチセンスプライマー
CCAGGAAGGGAGGACACCTC:配列番号29
センスプライマー
TTCTTTTGGTGGAGCAACNGT:配列番号30、又は
ATTCTTTTGGTGGAGCAACNTT:配列番号31
アンチセンスプライマー
TCTTACCTGAATCTCTGATCTTCA:配列番号32
センスプライマー
CGGAGCCACTGATGCNCG:配列番号33、又は
CGGAGCCACTGATGCNTG:配列番号34
アンチセンスプライマー
TGTTTGGAGTAAAGGCACAGAA:配列番号35
センスプライマー
CGAGTTGGGAACGCACNCT:配列番号36、又は
CGAGTTGGGAACGCACNGT:配列番号37
アンチセンスプライマー
GGTCTGCACTGACATTGATGAG:配列番号38
センスプライマー
TACCCTTGTACAGGTGATGTANTA:配列番号39、又は
TACCCTTGTACAGGTGATGTANCA:配列番号40
アンチセンスプライマー
ATAGTGAGCAAACTGAGGCACA:配列番号41
アンチセンスプライマー
CAGAGACTGGCTTCCTACANGA:配列番号42、又は
CCAGAGACTGGCTTCCTACANTA:配列番号43
センスプライマー
GCCTGGAACACATCCTGTGA:配列番号44
センスプライマー
TTTGATGGGGGGAAAANAC:配列番号45、又は
TTGATGGGGGGAAAANCC:配列番号46
アンチセンスプライマー
CCTCATATCAATGTGGCCAA:配列番号47
センスプライマー
GGCACAGAGAGAGTCTGGACACG:配列番号48
アンチセンスプライマー
GGCCGCCTCCGATGATACA:配列番号49
センスプライマー
CCCAGGGCTCCTGNCG:配列番号50、又は
CCCCAGGGCTCCTGNTG:配列番号51
アンチセンスプライマー
TGAGCTTCTCCAGCTTGGGTG:配列番号52
センスプライマー
ACCCAAATACATCTCCCAGGANCG:配列番号53、又は
AACCCAAATACATCTCCCAGGNCT:配列番号54
アンチセンスプライマー
GAATGATATTGTTGCTGTGGGAC:配列番号55
センスプライマー
CCGATGACCTGCAGAANCG:配列番号56、又は
GCCGATGACCTGCAGAANTG:配列番号57
アンチセンスプライマー
CGGCCTGGTACACTGCCAG:配列番号58
アポC-III(-482C→T)多型解析用プローブとして
AGCCACTGATGCNCGGTCT:配列番号59、又は
AGCCACTGATGCNTGGTCT:配列番号60。
GTACAGGTGATGTANTATCTCTGTG:配列番号61、又は
GTACAGGTGATGTANCATCTCTGTG:配列番号62。
TGGACACGTGGGGGAGTCAG:配列番号63、又は
TGGACACGTGGGGAGTCAGC:配列番号64。
尚、プライマーとして用いられる場合には増幅対象に特異的にハイブリダイズし、目的のDNAフラグメントを増幅することができる限り鋳型となる配列に対して多少のミスマッチがあってもよい。プローブの場合も同様に、検出対象の配列と特異的なハイブリダイズが行える限り、検出対象の配列に対して多少のミスマッチがあってもよい。ミスマッチの程度としては、1〜数個、好ましくは1〜5個、更に好ましくは1〜3個である。
多型解析用核酸(プライマー、プローブ)はホスホジエステル法など公知の方法によって合成することができる。尚、多型解析用核酸の設計、合成等に関しては成書(例えば、Molecular Cloning,Third Edition,Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York)を参考にすることができる。
本発明の診断方法によって得られる情報は、適切な治療法の選択や、予後の改善、患者のQOL(クオリティー・オブ・ライフ)の向上、又は発症リスクの低減などに利用することができる。
多型解析用核酸は、それが適用される解析方法(上述したアリル特異的核酸等を用いたPCR法を利用する方法、PCR-RFLP法、PCR-SSCP、TaqMan-PCR法、Invader法等)において、解析対象の多型部分を含むDNA領域又はそれに対応するmRNAを特異的に増幅できるもの(プライマー)又は特異的に検出できるもの(プローブ)として設計される。以下に、本発明において提供されるキットの具体例を示す。
(1)1019位塩基がCであるコネキシン37遺伝子の1019位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は1019位塩基がTであるコネキシン37遺伝子の1019位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(2)-863位塩基がCである腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-863位塩基がAである腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(3)242位塩基がCであるNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は242位塩基がTである腫瘍壊死因子α遺伝子の242位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(4)-6位塩基がGであるアンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-6位塩基がAであるアンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(5)-219位塩基がGであるアポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-219位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(6)994位塩基がGである血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は994位塩基がTである血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(7)-482位塩基がCであるアポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-482位塩基がTであるアポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(8)1186位塩基がGであるトロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は1186位塩基がCであるトロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(9)-819位塩基がTであるインターロイキン10遺伝子の-819位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-819位塩基がCであるインターロイキン10遺伝子の-819位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、及び
(10)-592位塩基がAであるインターロイキン10遺伝子の-592位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-592位塩基がCであるインターロイキン10遺伝子の-592位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸。
以上では、(1)〜(10)からなるグループから二つ以上の核酸を選択してキットを構成しているが、(1)〜(10)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸を選択してキットを構成してもよい。例えば、(1)、(5)(6)、(8)、(9)及び(10)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸)より二つ以上の核酸を選択してキットを構成したり、(1)、(5)、(6)、(8)及び(9)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位5位までの多型を解析するための核酸)より二つ以上の核酸を選択してキットを構成することができる。
(11)-1171位から3'方向にAが5個連続して存在するストロメライシン1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-1171位から3'方向にAが6個連続して存在するストロメライシン1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(12)-668位から3'方向に連続して4個のGが存在するプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は-668位から3'方向に連続して5個のGが存在するプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(13)1018位塩基がCであるグリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は1018位塩基がTであるグリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、
(14)584位塩基がGであるパラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は584位塩基がAであるパラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、及び
(15)4070位塩基がCであるアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は4070位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸。
以上では、(11)〜(15)からなるグループから二つ以上の核酸を選択してキットを構成しているが、(11)〜(15)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸を選択してキットを構成してもよい。例えば、(11)、(12)、(14)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(11)、(12)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位3位までの多型を解析するための核酸)より二つ以上の核酸を選択してキットを構成することができる。
4070位塩基がCであるアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸、又は4070位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域に相補的な配列を有する核酸。
(1)核酸試料中のコネキシン37遺伝子の1019位塩基がCである場合にのみ、該コネキシン37遺伝子の1019位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のコネキシン37遺伝子の1019位塩基がTである場合にのみ、該コネキシン37遺伝子の1019位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(2)核酸試料中の腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基がCである場合にのみ、該腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中の腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基がAである場合にのみ、該腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(3)核酸試料中のNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基がCである場合にのみ、該NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基がTである場合にのみ、該NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(4)核酸試料中のアンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基がGである場合にのみ、該アンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のアンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基がAである場合にのみ、該アンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(5)核酸試料中のアポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基がGである場合にのみ、該アポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のアポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基がTである場合にのみ、該アポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(6)核酸試料中の血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基がGである場合にのみ、該血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中の血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基がTである場合にのみ、該血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(7)核酸試料中のアポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基がCである場合にのみ、該アポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のアポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基がTである場合にのみ、該アポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(8)核酸試料中のトロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基がGである場合にのみ、該トロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のトロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基がCである場合にのみ、該トロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(9)核酸試料中のインターロイキン10遺伝子の-819位塩基がTである場合にのみ、該インターロイキン10遺伝子の-819位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のインターロイキン10遺伝子の-819位塩基がCである場合にのみ、該インターロイキン10遺伝子の-819位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、及び
(10)核酸試料中のインターロイキン10遺伝子の-592位塩基がAである場合にのみ、該インターロイキン10遺伝子の-592位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のインターロイキン10遺伝子の-592位塩基がCである場合にのみ、該インターロイキン10遺伝子の-592位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット。
以上では、(1)〜(10)からなるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成しているが、(1)〜(10)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成してもよい。例えば、(1)、(5)、(6)、(8)、(9)及び(10)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(1)、(5)、(6)、(8)及び(9)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位5位までの多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成することができる。
(11)核酸試料中のストロメライシン1遺伝子において-1171位から3'方向にAが5個連続して存在する場合にのみ、該ストロメライシン1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のストロメライシン1遺伝子において-1171位から3'方向にAが6個連続して存在する場合にのみ、該ストロメライシン1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(12)核酸試料中のプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子において-668位から3'方向にGが4個連続して存在する場合にのみ、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子において-668位から3'方向にGが5個連続して存在する場合にのみ、該プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の該配列部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(13)核酸試料中のグリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基がCである場合にのみ、該グリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のグリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基がTである場合にのみ、該グリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、
(14)核酸試料中のパラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基がGである場合にのみ、該パラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のパラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基がAである場合にのみ、該パラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、及び
(15)核酸試料中のアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基がCである場合にのみ、該アポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基がTである場合にのみ、該アポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット。
以上では、(11)〜(15)からなるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成しているが、(11)〜(15)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成してもよい。例えば、(11)、(12)、(14)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(11)、(12)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位3位までの多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成することができる。
核酸試料中のアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基がCである場合にのみ、該アポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット、又は核酸試料中のアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基がTである場合にのみ、該アポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セット。
(1)コネキシン37遺伝子の1019位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、1019位塩基がCであるコネキシン37遺伝子において1019位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は1019位塩基がTであるコネキシン37遺伝子において1019位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、コネキシン37遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-863位塩基がCである腫瘍壊死因子α遺伝子において-863位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマー及び/又は-863位塩基がAである腫瘍壊死因子α遺伝子において-863位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、腫瘍壊死因子α遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、242位塩基がCであるNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子において-863位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマー及び/又は242位塩基がTであるNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子において242位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-6位塩基がGであるアンギオテンシノーゲン遺伝子において-6位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマー及び/又は-6位塩基がAであるアンギオテンシノーゲン遺伝子において-6位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、アンギオテンシノーゲン遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-219位塩基がGであるアポリポプロテインE遺伝子において-219位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は-219位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子において-219位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、アポリポプロテインE遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、994位塩基がGである血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子において994位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は994位塩基がTである血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子において994位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-482位塩基がCであるアポリポプロテインC-III遺伝子において-482位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は-482位塩基がTであるアポリポプロテインC-III遺伝子において-482位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、アポリポプロテインC-III遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、1186位塩基がGであるトロンボスポンジン4遺伝子において1186位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は1186位塩基がCであるトロンボスポンジン4遺伝子において1186位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、トロンボスポンジン4遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(9)インターロイキン10遺伝子の-819位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-819位塩基がTであるインターロイキン10遺伝子において-819位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は1186位塩基がCであるインターロイキン10遺伝子において-819位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、インターロイキン10遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の-592位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-592位塩基がAであるインターロイキン10遺伝子において-592位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマー及び/又は-592位塩基がCであるインターロイキン10遺伝子において-592位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、インターロイキン10遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、からなる核酸セット。
以上では、(1)〜(10)からなるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成しているが、(1)〜(10)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成してもよい。例えば、(1)、(5)、(6)、(8)、(9)及び(10)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(1)、(5)、(6)、(8)及び(9)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位5位までの多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成することができる。
(11)ストロメライシン1遺伝子の-1171位における多型部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、-1171位から3'方向にAが5個連続して存在するストロメライシン1遺伝子において当該配列部分を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は-1171位から3'方向にAが6個連続して存在するストロメライシン1遺伝子において当該配列部分を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、ストロメライシン1遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の-668位における多型部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された一組のプライマーと、並びに-668位から3'方向にGが4個連続して存在するプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子において該配列部分を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするプローブ及び/又は-668位から3'方向にGが5個連続して存在するプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子において該配列部分を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするプローブと、からなる核酸セット、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、1018位塩基がCであるグリコプロテインIbα遺伝子において1018位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は1018位塩基がTであるグリコプロテインIbα遺伝子において1018位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、グリコプロテインIbα遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、584位塩基がGであるパラオキソナーゼ遺伝子において584位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は584位塩基がAであるパラオキソナーゼ遺伝子において584位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、パラオキソナーゼ遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、4070位塩基がCであるアポリポプロテインE遺伝子において4070位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は4070位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子において4070位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、アポリポプロテインE遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット。
以上では、(11)〜(15)からなるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成しているが、(11)〜(15)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成してもよい。例えば、(11)、(12)、(14)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(11)、(12)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位3位までの多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成することができる。
アポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された核酸セットであって、4070位塩基がCであるアポリポプロテインE遺伝子において4070位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及び/又は4070位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子において4070位塩基を含む部分DNA領域、に対して特異的にハイブリダイズするセンスプライマーと、アポリポプロテインE遺伝子の一部領域に対して特異的にハイブリダイズするアンチセンスプライマーと、からなる核酸セット。
(1)1019位塩基がCであるコネキシン37遺伝子のアンチセンス鎖において1019位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、1019位塩基がTであるコネキシン37遺伝子のアンチセンス鎖において1019位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びコネキシン37遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてコネキシン37遺伝子の1019位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(2)-863位塩基がCである腫瘍壊死因子α遺伝子のセンス鎖において-863位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、-863位塩基がAである腫瘍壊死因子α遺伝子のセンス鎖において-863位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及び腫瘍壊死因子α遺伝子のアンチセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されて腫瘍壊死因子α遺伝子の-863位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(3)242位塩基がCであるNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子のセンス鎖において242位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、242位塩基がTであるNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子のセンス鎖において242位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子のアンチセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてNADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の242位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(4)-6位塩基がGであるアンギオテンシノーゲン遺伝子のセンス鎖において-6位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、-6位塩基がAであるアンギオテンシノーゲン遺伝子のセンス鎖において-6位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びアンギオテンシノーゲン遺伝子のアンチセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてアンギオテンシノーゲン遺伝子の-6位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(5)-219位塩基がGであるアポリポプロテインE遺伝子のアンチセンス鎖において-219位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、-219位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子のアンチセンス鎖において-219位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びアポリポプロテインE遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてアポリポプロテインE遺伝子の-219位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(6)994位塩基がGである血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子のアンチセンス鎖において994位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、994位塩基がTである血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子のアンチセンス鎖において994位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及び血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されて血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の994位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(7)-482位塩基がCであるアポリポプロテインC-III遺伝子のアンチセンス鎖において-482位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズする第1核酸と、-482位塩基がTであるアポリポプロテインC-III遺伝子のアンチセンス鎖において-482位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズする第2核酸と、アポリポプロテインC-III遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてアポリポプロテインC-III遺伝子の-482位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、前記第1核酸及び前記第3核酸を用いて増幅された核酸に対して特異的にハイブリダイズする第4核酸と、並びに前記第2核酸及び前記第3核酸を用いて増幅された核酸に対して特異的にハイブリダイズする第5核酸と、からなる核酸セット、
(8)1186位塩基がGであるトロンボスポンジン4遺伝子のアンチセンス鎖において1186位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、1186位塩基がCであるトロンボスポンジン4遺伝子のアンチセンス鎖において1186位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びトロンボスポンジン4遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてトロンボスポンジン4遺伝子の1186位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(9)-819位塩基がTであるインターロイキン10遺伝子のアンチセンス鎖において-819位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズする第1核酸と、-819位塩基がCであるインターロイキン10遺伝子のアンチセンス鎖において-819位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズする第2核酸と、及びインターロイキン10遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてインターロイキン10遺伝子の-819位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、前記第1核酸及び前記第3核酸を用いて増幅された核酸に対して特異的にハイブリダイズする第4核酸と、並びに前記第2核酸及び前記第3核酸を用いて増幅された核酸に対して特異的にハイブリダイズする第5核酸と、からなる核酸セット、及び
(10)-592位塩基がAであるインターロイキン10遺伝子のセンス鎖において-592位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、-592位塩基がCであるインターロイキン10遺伝子のセンス鎖において-592位塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びインターロイキン10遺伝子のアンチセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてインターロイキン10遺伝子の-592位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット。
以上では、(1)〜(10)からなるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成しているが、(1)〜(10)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成してもよい。例えば、(1)、(5)、(6)、(8)、(9)及び(10)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(1)、(5)、(6)、(8)及び(9)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位5位までの多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成することができる。
(11)-1171位から3'方向にAが5個連続して存在するストロメライシン1遺伝子のアンチセンス鎖において該配列部分に対応する配列を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、-1171位から3'方向にAが6個連続して存在するストロメライシン1遺伝子のアンチセンス鎖において該配列部分に対応する配列を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びストロメライシン1遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてストロメライシン1遺伝子の-1171位における多型部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の-668位における多型部分を含む部分DNA領域を特異的に増幅するように設計された一組の核酸(第1核酸及び第2核酸)と、-668位から3'方向にGが4個連続して存在するプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子を鋳型とし且つ前記一組の核酸を用いて増幅される核酸に対して特異的にハイブリダイズする第3核酸と、及び-668位から3'方向にGが5個連続して存在するプラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子を鋳型とし且つ前記一組の核酸を用いて増幅される核酸に対して特異的にハイブリダイズする第4核酸と、からなる核酸セット、
(13)1018位塩基がCであるグリコプロテインIbα遺伝子のアンチセンス鎖において1018位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、1018位塩基がTであるグリコプロテインIbα遺伝子のアンチセンス鎖において1018位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びグリコプロテインIbα遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてグリコプロテインIbα遺伝子の1018位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、
(14)584位塩基がGであるパラオキソナーゼ遺伝子のアンチセンス鎖において584位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、584位塩基がAであるパラオキソナーゼ遺伝子のアンチセンス鎖において584位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びパラオキソナーゼ遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてパラオキソナーゼ遺伝子の584位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット、及び
(15)4070位塩基がCであるアポリポプロテインE遺伝子のアンチセンス鎖において4070位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、4070位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子のアンチセンス鎖において4070位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びアポリポプロテインE遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット。
以上では、(11)〜(15)からなるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成しているが、(11)〜(15)の二つ以上を任意に選択してグループとし、かかるグループから二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成してもよい。例えば、(11)、(12)、(14)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が1以上の多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成したり、(11)、(12)及び(15)からなるグループ(後述の実施例においてオッズ比が上位3位までの多型を解析するための核酸セット)より二つ以上の核酸セットを選択してキットを構成することができる。
4070位塩基がCであるアポリポプロテインE遺伝子のアンチセンス鎖において4070位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第1の標識物質で標識された第1核酸と、4070位塩基がTであるアポリポプロテインE遺伝子のアンチセンス鎖において4070位塩基に対応する塩基を含む部分領域、に対して特異的にハイブリダイズし且つ第2の標識物質で標識された第2核酸と、及びアポリポプロテインE遺伝子のセンス鎖の一部領域に対して特異的にハイブリダイズし且つ前記第1核酸/又は前記第2核酸とともに使用されてアポリポプロテインE遺伝子の4070位塩基を含む部分DNA領域を特異的に増幅することが可能な第3核酸と、からなる核酸セット。
以下、実施例を用いて本発明をより詳細に説明する。
PubMed[National Center for Biological Information (NCBI)], Online Mendelian inheritance in Men (NCBI), Single Nucleotide Polymorphism (NCBI)などの数種類の公的データベースを用いて、今までに報告された遺伝子の中から血管生物学、血小板・白血球生物学、凝固線溶系、脂質・糖・その他の代謝因子などの総合的側面から冠動脈硬化、冠動脈攣縮、高血圧、糖尿病、高脂血症などとの関連が推定される71遺伝子を抜粋した。さらにこれらの遺伝子に存在する多型の中でプロモーター領域やエクソンに存在するもの、あるいはスプライスドナー部位やアクセプター部位に位置し、遺伝子産物の機能変化との関連が予想されるものを中心に112多型を選択した(図1及び図2)。
対象は日本人男女5061例(男性3309例、女性1752例)で、1994年7月から2001年12月の間に15参加施設に外来受診または入院した症例である。心筋梗塞は2819例(男性2003例、女性816例)で、全例に冠動脈造影および左室造影を行った。心筋梗塞の診断は典型的な心電図変化および血清CK、GOT、LDHの上昇により行った。さらに左室造影による壁運動異常およびそれに対応する左主幹動脈あるいは主要な冠動脈の狭窄により心筋梗塞の確定診断を行った。
最初に71遺伝子112多型に関するスクリーニング関連解析を男性451例(心筋梗塞219例、対照232例)、女性458例(心筋梗塞226例、対照232例)について行った。これらの症例は全体の5061例から無作為に選んだ。
以上の方法でスクリーニング関連解析を行った909例(男性451例、女性458例)の背景データを図5に示す。男性においては、年齢、BMI、および従来の冠動脈疾患の危険因子である喫煙、高血圧、糖尿病、高コレステロール血症、高尿酸血症などの頻度には心筋梗塞群と対照群との間に有意差を認めなかった。 女性では、年齢、BMI、および高血圧、高コレステロール血症、高尿酸血症などの頻度には心筋梗塞群と対照群との間に有意差を認めなかったが、喫煙および糖尿病の頻度は心筋梗塞群では対照群に比べ有意に高値であった。112多型と心筋梗塞とのスクリーニング関連解析において、年齢、BMI、および喫煙、高血圧、糖尿病、高コレステロール血症、高尿酸血症の頻度を補正した多因子ロジスティック回帰分析により男性で19個、女性で18個の一塩基多型 (SNP) が心筋梗塞との関連を示した(図6)。尚、スクリーニング関連解析においてはロジスティック回帰分析においてP値<0.1 の場合関連ありとするカテゴリーを用いた。これらのSNPの中で、4個のSNPが男女両方の心筋梗塞と関連し、他のSNPは男女いずれか一方の心筋梗塞と関連した。
11.以下の工程(a1)を含んでなる、核酸試料の遺伝子型を検出する方法、
(a1)核酸試料における、以下の(1)〜(10)の多型を解析する工程、
(1)コネキシン37遺伝子の塩基番号1019位の多型、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の塩基番号-863位の多型、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の塩基番号242位の多型、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の塩基番号-6位の多型、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号-219位の多型、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の塩基番号994位の多型、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の塩基番号-482位の多型、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の塩基番号1186位の多型、
(9)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-819位の多型、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-592位の多型。
12.以下の工程(b1)を含んでなる、核酸試料の遺伝子型を検出する方法、
(b1)核酸試料における、以下の(11)〜(15)の多型を解析する工程、
(11)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位の多型、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位の多型、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の塩基番号1018位の多型、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の塩基番号584位の多型、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型。
13.以下の工程(I)〜(III)を含んでなる、心筋梗塞のリスク診断方法、
(I)核酸試料における、以下の(1)〜(10)の多型を解析する工程、
(1)コネキシン37遺伝子の塩基番号1019位の多型、
(2)腫瘍壊死因子α遺伝子の塩基番号-863位の多型、
(3)NADH/NADPHオキシダーゼp22フォックス遺伝子の塩基番号242位の多型、
(4)アンギオテンシノーゲン遺伝子の塩基番号-6位の多型、
(5)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号-219位の多型、
(6)血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ遺伝子の塩基番号994位の多型、
(7)アポリポプロテインC-III遺伝子の塩基番号-482位の多型、
(8)トロンボスポンジン4遺伝子の塩基番号1186位の多型、
(9)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-819位の多型、及び
(10)インターロイキン10遺伝子の塩基番号-592位の多型、
(II)前記工程によって得られる多型情報から核酸試料の遺伝子型を決定する工程、及び
(III)決定された遺伝子型から心筋梗塞の遺伝的リスクを求める工程。
14.以下の工程(IV)〜(VI)を含んでなる、心筋梗塞のリスク診断方法、
(IV)核酸試料における、以下の(11)〜(15)の多型を解析する工程、
(11)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位の多型、
(12)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位の多型、
(13)グリコプロテインIbα遺伝子の塩基番号1018位の多型、
(14)パラオキソナーゼ遺伝子の塩基番号584位の多型、及び
(15)アポリポプロテインE遺伝子の塩基番号4070位の多型、
(V)前記工程によって得られる多型情報から核酸試料の遺伝子型を決定する工程、及び
(VI)決定された遺伝子型から心筋梗塞の遺伝的リスクを求める工程。
Claims (4)
- 以下の工程(a)を含んでなる、心筋梗塞のリスク検査方法、
(a)核酸試料における、以下の(1)〜(2)の多型を解析する工程、
(1)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位(配列番号10の塩基配列において698番目の塩基)の多型、
(2)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位(配列番号11の塩基配列において131番目の塩基)の多型、 - 以下の工程(i)〜(iii)を含んでなる、心筋梗塞のリスク検査方法、
(i)核酸試料における、以下の(1)〜(2)の多型を解析する工程、
(1)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位(配列番号10の塩基配列において698番目の塩基)の多型、
(2)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位(配列番号11の塩基配列において131番目の塩基)の多型、
(ii)前記工程によって得られる多型情報から核酸試料の遺伝子型を決定する工程、及び
(iii)決定された遺伝子型から心筋梗塞の遺伝的リスクを求める工程。 - 以下の(1)〜(2)の核酸を含んでなる、心筋梗塞のリスク検査用キット、
(1)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位(配列番号10の塩基配列において698番目の塩基)の多型を解析するための核酸であって、多型部位を含む一定領域に相補的な配列を含み、前記領域に対して特異的にハイブリダイズする核酸、
(2)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位(配列番号11の塩基配列において131番目の塩基)の多型を解析するための核酸であって、多型部位を含む一定領域に相補的な配列を含み、前記領域に対して特異的にハイブリダイズする核酸。 - 以下の(1)〜(2)の核酸が不溶性支持体に固定されてなる、心筋梗塞のリスク検査用固定化核酸、
(1)ストロメライシン1遺伝子の塩基番号-1171位(配列番号10の塩基配列において698番目の塩基)の多型を解析するための核酸であって、多型部位を含む一定領域に相補的な配列を含み、前記領域に対して特異的にハイブリダイズする核酸、
(2)プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1遺伝子の塩基番号-668位(配列番号11の塩基配列において131番目の塩基)の多型を解析するための核酸であって、多型部位を含む一定領域に相補的な配列を含み、前記領域に対して特異的にハイブリダイズする核酸。
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