JP4001657B2 - 化合物分子構造の新規重ね合わせ法 - Google Patents
化合物分子構造の新規重ね合わせ法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP4001657B2 JP4001657B2 JP12342597A JP12342597A JP4001657B2 JP 4001657 B2 JP4001657 B2 JP 4001657B2 JP 12342597 A JP12342597 A JP 12342597A JP 12342597 A JP12342597 A JP 12342597A JP 4001657 B2 JP4001657 B2 JP 4001657B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- compound
- characteristic groups
- hydrogen bond
- score
- overlap
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
- G16C20/00—Chemoinformatics, i.e. ICT specially adapted for the handling of physicochemical or structural data of chemical particles, elements, compounds or mixtures
- G16C20/40—Searching chemical structures or physicochemical data
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Computing Systems (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、医薬、農薬等の化合物分子構造を重ね合わせる新規な方法であり、数多くの準安定構造から活性コンフォメーションを決定する過程で応用できる。
本発明は、活性コンフォメーションやファーマコフォア探索に基づいた医薬、農薬等のリード化合物創製に利用できる化合物分子構造の新規な重ね合わせ手法である。
【０００２】
【従来の技術】
医薬、農薬の分子設計において、受容体や酵素などの蛋白質に結合した状態でのリガンド分子のコンフォメーション、即ち活性コンフォメーションを決定することは非常に重要である。このリガンド分子の活性コンフォメーションを実験的に決定する方法としては蛋白質との複合体のＸ線結晶解析、あるいはＮＭＲスペクトルデータを解析する方法が知られている。しかし、受容体や酵素などの蛋白質の結晶化が困難であったり、解析に必要な量が得られなかったり、分子量が大きすぎて解析できなかったり等、多くの困難が伴うことが一般的である。このため計算機による分子設計では、リガンド分子単独での結晶構造や溶媒分子を露に扱わない系での分子力学法あるいは分子軌道法の計算から得られた構造を基に、活性コンフォメーションを推定するアプローチがとられている。
【０００３】
活性コンフォメーションは、計算から得られる最安定構造と同じではないにせよ、エネルギー的に見てそれほど離れていない、準安定構造になっていることが考えられている。また同一の受容体や酵素に結合しているリガンド分子の立体構造には、三次元空間内で同じ領域に同じ特性基の配向があるという共通特徴が考えられるので、準安定構造での特性基同士の重ね合わせが活性コンフォメーションの抽出に有効である。例えば幾つかのリガンド分子について、分子動力学計算から多くの準安定構造をサンプリングし、それらの準安定構造間で構成特性基に基づいた重ね合わせを行い、各リガンド分子に共通した活性コンフォメーションを決定することも可能であると思われる。
【０００４】
分子同士の重ね合わせは、対応する原子同士をそれらの位置が一致する様に行うのが一般的である。そのため、前もって化合物の薬理作用団を決定する作業が必要である。しかしながら、受容体や酵素などの蛋白質に結合するのに原子位置が一致する必要はないし、更には立体構造の情報どころかその存在の有無すらつかめていない受容体も多く、問題は複雑である。故に、対話的な重ね合わせ結果は、解析者の勘と経験に左右され易くなる。
【０００５】
これに対してY.C.Martinらは、ファーマコフォア間の距離をマッチングさせる従来の手法に改良を加え、原子位置の一致に許容誤差を取り入れ、更に水素結合の方向性や芳香環の配向性をも考慮した重ね合わせの自動探索手法（DISCO)を開発し、dopamine aqonist並びに benzodiazepine agonist に適用している（Y.C.Martin et al., J.Compt.-Aided Mol. Design, 7, 83-102(1993)）。
【０００６】
その他では、分子の電子密度や静電ポテンシャル及び体積の類似度から重ね合わせを評価する手法がCarbo(R.Carbo, L.Leyda and M.Arnau, Int. J.Qant. Chem., 17, 1185-1189(1980);R.Carbo and L.Domingo, Int. J.Qant. Chem., 32, 517-545(1987).) やHodgkin(W.G.Richards and E.E.Hodgkin, Chemistry inBritain, 1141-1144(1988).;E.E.Hodgkin and W.G.Richards, Int. J.Qant. Chem., 14, 105-110(1987).)によって報告され、ＡＳＰパッケージにて重ね合わせの自動探索が実現できる(C.Burt, W.G.Richards and P.Huxley, J.Comput. Chem., 11, 1139-1146(1990).)。
【０００７】
近年 T.D.Perkinsらはこれを更に進めて、体積、水素結合、静電ポテンシャルの類似性を考慮した手法を開発し幾つかの阻害剤に適用しているが、中でも大きさの異なるセリンプロテアーゼ阻害剤同士の重ね合わせの自動探索は注目される(T.D.Perkins, J.E.J.Mills and P.M.Dean, J.Compt.-Aided Mol. Design, 9, 479-490(1995).）。
【０００８】
【発明が解決しようとする課題】
しかし、Y.C.Martinらの方法は、化合物間でファーマコフォアを構成している官能基の数が同じでなければならず、且つ原子同士及び官能基同士の対応を考慮しなければならない等の制約がある。
また、 T.D.Perkinsらの方法は概してかなりの計算時間を必要とし、この手法を用いて活性コンフォメーションを決定することは困難を要す。
そのためより簡便・迅速な化合物分子の重ね合わせ法が必要であった。
【０００９】
【課題を解決するための手段】
本発明者らは上記課題を解決するために鋭意研究を重ね、化合物分子構造を重ね合わせる方法において、その化合物分子を構成する特性基の性質に基づいて重ね合わせを行う方法を見出し、発明を完成した。
【００１０】
すなわち本発明は、複数の化合物分子構造を重ね合わせる際に、
（１）化合物の特性基を、疎水性、水素結合供与性、水素結合受容性、水素結合供与／受容性の４種に大別する
（２）最大の体積を持つ化合物分子を固定し、他の化合物分子をその重心を対象として移動・回転操作し、重ね合わせを行う
（３）（２）の移動・回転操作によって化合物分子間で特性基の重なりが生じた際にはそれぞれの特性基同士の組み合わせによってスコアが与えられる
（４）化合物分子を構成する特性基全ての組み合わせについてスコアを総計する上記（１）〜（４）の操作を繰り返して最高のスコア値を得る配向を見出すことを特徴とする化合物分子構造の重ね合わせ法である。
【００１１】
本発明の重ね合わせ法によれば、化合物分子間の個々の特性基同士の対応を考慮する必要がなく、前もって化合物のファーマコフォアを決定する作業を必要とせず、化合物分子間の重ね合わせの際に原子位置が正確に一致する必要もない。本発明の重ね合わせ法は簡便・迅速であり、化合物分子の数多くの準安定構造の中から活性コンフォメーションを推定するのに応用できる。
【００１２】
【発明の実施の形態】
重ね合わせの過程を図１に記した。以下に各ステップの説明を記す。
特性基の性質は疎水性、水素結合供与性、水素結合受容性、水素結合供与／受容性の４種類に大別し、それらの重なり毎にスコアが与えられる。そして同じ性質の特性基同士が重なるとスコアは加点され、異なった性質の特性基同士が重なると減点されるが、重なりのない特性基同士はスコア対象とはされない（表１）。但し、同じ性質の特性基同士による一対多の重なりの重複は許されない。その後、分子を構成する特性基全ての組み合わせについてスコアが総計される。
【００１３】
【表１】
ここで、表中の数字の絶対値は例示されたものであって、固定されたものではない。
【００１４】
受容体や酵素などの蛋白質に結合するのに原子位置が一致する必要がないため、各特性基は球で近似して二つの球が少しでも重なれば、スコアの対象になるようにする。特性基球の半径は共鳴系とそれ以外では大きさが異なるものとして考えるが、たとえば共鳴系を 0.5オングストローム、それ以外を１オングストロームとおくことができる。
【００１５】
分子を構築する各特性基は、たとえば以下の規則により割り当てられる。
１．カルボニル、スルフォン、ホスフォン、エステル、エーテル等の酸素原子は、水素結合受容性である。
ａ）ＣＯ2 - 、ＳＯ2 、ＰＯ2 - 等の共鳴構造では、水素結合受容性球の半径は0.5 オングストロームである。
ｂ）ａ）において、２つの酸素原子の中間に１オングストロームの水素結合受容性球を置くことも可能である。
【００１６】
２．水酸基酸素原子、チオール硫黄原子は、水素結合供与／受容性である。
【００１７】
３．アミン、アミド、アミジン、グアニジン等の水素原子を伴った窒素原子は、水素結合供与性である。
ａ）アミジン等の共鳴構造では、水素結合供与性球の半径は 0.5オングストロームである。
ｂ）ａ）において、２つの窒素原子の中間に１オングストロームの水素結合受容性球を置くことも可能である。
【００１８】
４．フェニル、ナフタレン、ピリジン、及びチオフェン等の芳香環は、疎水性である。
ａ）芳香環の付け根と、時計方向及び反時計方向に一つ置いて 0.5オングストロームの疎水性球を置く。
ｂ）ａ）において、環の中心に１オングストロームの疎水性球を置くことも可能である。
【００１９】
５．特性基としてのアルキル（チオエーテルを含む）鎖長３以上の脂肪鎖（枝分かれを含む）は、疎水性である。
ａ）枝分かれしている炭素原子に１オングストロームの疎水性球を置く。
ｂ）主鎖の付け根の位置から数えて３番目の位置の炭素原子に（付け根の原子は既に特性基として割り当てられていない事。そうでなければ、その次の原子から数える）１オングストロームの疎水性球を置く。
ｃ）極性を有する特性基から炭素原子２個以上離れていなければ、疎水性球は置くことができない。
ｄ）疎水性球は、連続して置くことができない。（間に２原子を挟むこと）
ｅ）ピペリジン環、ピロリジン環には、環の中心に１オングストロームの疎水性球を置くことができる。
【００２０】
６．トリフルオロメチル基は疎水性であり、中心の炭素原子に１オングストロームの疎水性球を置く。
【００２１】
二分子の重ね合わせをシステマチックに行うためには、先ず各分子の重心を座標原点に移してから外接直方体を算出する。そしてその体積の大きな分子を固定して、小さな分子を平行移動・回転させる。この平行移動・回転は、常に移動する分子の重心に対して行われる。平行移動の範囲は、例えば体積の大きな外接直方体の中に小さな外接直方体を置いた際に、重心が移動できる最大距離である。移動の刻み幅は１オングストロームであり、体積の大きな外接直方体内に作られた体心立方格子点上を移動するものとする。
回転は上記各格子点上で行われるが、三つのオイラー角を用いてその範囲を０≦φ，ψ≦ 350°，０≦θ≦ 180°とし、刻み角を10°とした。
【００２２】
上記全ての重ね合わせの配向について各々スコアが計算され、その値が最高の配向が採択される。もしスコアの最高点が重複する場合には、便宜的に特性基間の距離の誤差標準偏差の小さいものが選ばれる。しかしながら慎重を期すためには同スコアの幾つかの配向についても調べておく必要があるかもしれない。採択された配向は更にスコアの改善を図る為、誤差標準偏差を目的関数として移動ベクトル及び三つのオイラー角がシンプレックス法にて微調整され、最終的な重ね合わせの配向が決定される。但し誤差標準偏差の計算には、特性基の一対多の重なりも考慮される。
【００２３】
【実施例】
酵素阻害剤の重ね合わせを行い、酵素−阻害剤複合体のＸ線結晶解析から得られた重ね合わせとの比較を行った。
酵素阻害剤の重ね合わせは、プロテインデータバンク（PDB, Brookhaven Protein Data Bank)から得られた三次元座標を用いて行った。阻害剤略名と酵素−阻害剤複合体三次元座標登録番号（括弧内）はＰＤＢ登録のものを用いて記した。
なお、Ｘ線結晶解析から得られた重ね合わせとは、酵素−阻害剤複合体のうち酵素分子座標のα炭素原子同士を最小二乗フィッティングさせた後に、阻害剤分子座標のみを取り出すことによって得られた重ね合わせを意味する。
【００２４】
実施例１
ＨＩＶ−１プロテアーゼ阻害剤
Ａ−７４７０４（９ＨＶＰ） ＆ ＭＶＴ−１０１（４ＨＶＰ）
【００２５】
実施例２
トロンビン阻害剤
ＮＡＰＡＰ（１ＥＴＳ） ＆ ＭＱＰＡ（１ＥＴＲ）
【００２６】
実施例３
トロンビン阻害剤
ＭＱＰＡ（１ＥＴＲ） ＆ ４−ＴＡＰＡＰ（１ＥＴＴ）
【００２７】
実施例４
トリプシン阻害剤
ＰＲＡ（１ＴＮＫ） ＆ ＡＭＣ（１ＴＮＧ）
【００２８】
実施例５
トリプシン阻害剤
ＰＲＡ（１ＴＮＫ） ＆ ＢＥＮ（２ＴＢＳ）
【００２９】
実施例６
カルボキシペプチダーゼＡ阻害剤
ＦＶＦ（７ＣＰＡ） ＆ ＢＺＳ（１ＣＢＸ）
【００３０】
実施例７
カルボキシペプチダーゼＡ阻害剤
ＦＶＦ（７ＣＰＡ） ＆ ＡＧＦ（８ＣＰＡ）
【００３１】
実施例８
エラスターゼ阻害剤
ＢＤＫ（１ＥＡＵ） ＆ ＴＦＫ（１ＥＡＳ）
【００３２】
実施例９
エラスターゼ阻害剤
ＴＦＡ−Ｌｙｓ−Ａｌａ−ＡＮＩ（２ＥＳＴ） ＆
ＴＦＡ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−ＡＮＩ（７ＥＳＴ）
【００３３】
実施例１０
エラスターゼ阻害剤
ＴＦＫ（１ＥＡＳ） ＆ ＴＦＡ−Ｌｙｓ−Ｌｅｕ−ＩＳＯ（１ＥＬＢ）
【００３４】
実施例１１
エラスターゼ阻害剤
ＯＭＴＫＹ３の一部（１ＰＰＦ） ＆
ＡＣＥ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−ＦＰＡ（４ＥＳＴ）
【００３５】
実施例１２
サーモライシン阻害剤
ＣＢＺ−ＰＧＬ−Ｌｅｕ−Ｌｅｕ（５ＴＭＮ） ＆
ＰＨＯ−Ｌｅｕ−ＮＨ２（２ＴＭＮ）
【００３６】
実施例１及び２の結果は図２及び図３に記す。図中、左側が本発明によって得られた重ね合わせであり、右側がＸ線結晶解析によって得られた重ね合わせである。
実施例の酵素阻害剤同士の重ね合わせは、何れもＸ線結晶解析からの重ね合わせを再現した。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明による重ね合わせの過程を示す説明図である。
【図２】実施例１の結果を示す説明図である。
【図３】実施例２の結果を示す説明図である。
【発明の属する技術分野】
本発明は、医薬、農薬等の化合物分子構造を重ね合わせる新規な方法であり、数多くの準安定構造から活性コンフォメーションを決定する過程で応用できる。
本発明は、活性コンフォメーションやファーマコフォア探索に基づいた医薬、農薬等のリード化合物創製に利用できる化合物分子構造の新規な重ね合わせ手法である。
【０００２】
【従来の技術】
医薬、農薬の分子設計において、受容体や酵素などの蛋白質に結合した状態でのリガンド分子のコンフォメーション、即ち活性コンフォメーションを決定することは非常に重要である。このリガンド分子の活性コンフォメーションを実験的に決定する方法としては蛋白質との複合体のＸ線結晶解析、あるいはＮＭＲスペクトルデータを解析する方法が知られている。しかし、受容体や酵素などの蛋白質の結晶化が困難であったり、解析に必要な量が得られなかったり、分子量が大きすぎて解析できなかったり等、多くの困難が伴うことが一般的である。このため計算機による分子設計では、リガンド分子単独での結晶構造や溶媒分子を露に扱わない系での分子力学法あるいは分子軌道法の計算から得られた構造を基に、活性コンフォメーションを推定するアプローチがとられている。
【０００３】
活性コンフォメーションは、計算から得られる最安定構造と同じではないにせよ、エネルギー的に見てそれほど離れていない、準安定構造になっていることが考えられている。また同一の受容体や酵素に結合しているリガンド分子の立体構造には、三次元空間内で同じ領域に同じ特性基の配向があるという共通特徴が考えられるので、準安定構造での特性基同士の重ね合わせが活性コンフォメーションの抽出に有効である。例えば幾つかのリガンド分子について、分子動力学計算から多くの準安定構造をサンプリングし、それらの準安定構造間で構成特性基に基づいた重ね合わせを行い、各リガンド分子に共通した活性コンフォメーションを決定することも可能であると思われる。
【０００４】
分子同士の重ね合わせは、対応する原子同士をそれらの位置が一致する様に行うのが一般的である。そのため、前もって化合物の薬理作用団を決定する作業が必要である。しかしながら、受容体や酵素などの蛋白質に結合するのに原子位置が一致する必要はないし、更には立体構造の情報どころかその存在の有無すらつかめていない受容体も多く、問題は複雑である。故に、対話的な重ね合わせ結果は、解析者の勘と経験に左右され易くなる。
【０００５】
これに対してY.C.Martinらは、ファーマコフォア間の距離をマッチングさせる従来の手法に改良を加え、原子位置の一致に許容誤差を取り入れ、更に水素結合の方向性や芳香環の配向性をも考慮した重ね合わせの自動探索手法（DISCO)を開発し、dopamine aqonist並びに benzodiazepine agonist に適用している（Y.C.Martin et al., J.Compt.-Aided Mol. Design, 7, 83-102(1993)）。
【０００６】
その他では、分子の電子密度や静電ポテンシャル及び体積の類似度から重ね合わせを評価する手法がCarbo(R.Carbo, L.Leyda and M.Arnau, Int. J.Qant. Chem., 17, 1185-1189(1980);R.Carbo and L.Domingo, Int. J.Qant. Chem., 32, 517-545(1987).) やHodgkin(W.G.Richards and E.E.Hodgkin, Chemistry inBritain, 1141-1144(1988).;E.E.Hodgkin and W.G.Richards, Int. J.Qant. Chem., 14, 105-110(1987).)によって報告され、ＡＳＰパッケージにて重ね合わせの自動探索が実現できる(C.Burt, W.G.Richards and P.Huxley, J.Comput. Chem., 11, 1139-1146(1990).)。
【０００７】
近年 T.D.Perkinsらはこれを更に進めて、体積、水素結合、静電ポテンシャルの類似性を考慮した手法を開発し幾つかの阻害剤に適用しているが、中でも大きさの異なるセリンプロテアーゼ阻害剤同士の重ね合わせの自動探索は注目される(T.D.Perkins, J.E.J.Mills and P.M.Dean, J.Compt.-Aided Mol. Design, 9, 479-490(1995).）。
【０００８】
【発明が解決しようとする課題】
しかし、Y.C.Martinらの方法は、化合物間でファーマコフォアを構成している官能基の数が同じでなければならず、且つ原子同士及び官能基同士の対応を考慮しなければならない等の制約がある。
また、 T.D.Perkinsらの方法は概してかなりの計算時間を必要とし、この手法を用いて活性コンフォメーションを決定することは困難を要す。
そのためより簡便・迅速な化合物分子の重ね合わせ法が必要であった。
【０００９】
【課題を解決するための手段】
本発明者らは上記課題を解決するために鋭意研究を重ね、化合物分子構造を重ね合わせる方法において、その化合物分子を構成する特性基の性質に基づいて重ね合わせを行う方法を見出し、発明を完成した。
【００１０】
すなわち本発明は、複数の化合物分子構造を重ね合わせる際に、
（１）化合物の特性基を、疎水性、水素結合供与性、水素結合受容性、水素結合供与／受容性の４種に大別する
（２）最大の体積を持つ化合物分子を固定し、他の化合物分子をその重心を対象として移動・回転操作し、重ね合わせを行う
（３）（２）の移動・回転操作によって化合物分子間で特性基の重なりが生じた際にはそれぞれの特性基同士の組み合わせによってスコアが与えられる
（４）化合物分子を構成する特性基全ての組み合わせについてスコアを総計する上記（１）〜（４）の操作を繰り返して最高のスコア値を得る配向を見出すことを特徴とする化合物分子構造の重ね合わせ法である。
【００１１】
本発明の重ね合わせ法によれば、化合物分子間の個々の特性基同士の対応を考慮する必要がなく、前もって化合物のファーマコフォアを決定する作業を必要とせず、化合物分子間の重ね合わせの際に原子位置が正確に一致する必要もない。本発明の重ね合わせ法は簡便・迅速であり、化合物分子の数多くの準安定構造の中から活性コンフォメーションを推定するのに応用できる。
【００１２】
【発明の実施の形態】
重ね合わせの過程を図１に記した。以下に各ステップの説明を記す。
特性基の性質は疎水性、水素結合供与性、水素結合受容性、水素結合供与／受容性の４種類に大別し、それらの重なり毎にスコアが与えられる。そして同じ性質の特性基同士が重なるとスコアは加点され、異なった性質の特性基同士が重なると減点されるが、重なりのない特性基同士はスコア対象とはされない（表１）。但し、同じ性質の特性基同士による一対多の重なりの重複は許されない。その後、分子を構成する特性基全ての組み合わせについてスコアが総計される。
【００１３】
【表１】
【００１４】
受容体や酵素などの蛋白質に結合するのに原子位置が一致する必要がないため、各特性基は球で近似して二つの球が少しでも重なれば、スコアの対象になるようにする。特性基球の半径は共鳴系とそれ以外では大きさが異なるものとして考えるが、たとえば共鳴系を 0.5オングストローム、それ以外を１オングストロームとおくことができる。
【００１５】
分子を構築する各特性基は、たとえば以下の規則により割り当てられる。
１．カルボニル、スルフォン、ホスフォン、エステル、エーテル等の酸素原子は、水素結合受容性である。
ａ）ＣＯ2 - 、ＳＯ2 、ＰＯ2 - 等の共鳴構造では、水素結合受容性球の半径は0.5 オングストロームである。
ｂ）ａ）において、２つの酸素原子の中間に１オングストロームの水素結合受容性球を置くことも可能である。
【００１６】
２．水酸基酸素原子、チオール硫黄原子は、水素結合供与／受容性である。
【００１７】
３．アミン、アミド、アミジン、グアニジン等の水素原子を伴った窒素原子は、水素結合供与性である。
ａ）アミジン等の共鳴構造では、水素結合供与性球の半径は 0.5オングストロームである。
ｂ）ａ）において、２つの窒素原子の中間に１オングストロームの水素結合受容性球を置くことも可能である。
【００１８】
４．フェニル、ナフタレン、ピリジン、及びチオフェン等の芳香環は、疎水性である。
ａ）芳香環の付け根と、時計方向及び反時計方向に一つ置いて 0.5オングストロームの疎水性球を置く。
ｂ）ａ）において、環の中心に１オングストロームの疎水性球を置くことも可能である。
【００１９】
５．特性基としてのアルキル（チオエーテルを含む）鎖長３以上の脂肪鎖（枝分かれを含む）は、疎水性である。
ａ）枝分かれしている炭素原子に１オングストロームの疎水性球を置く。
ｂ）主鎖の付け根の位置から数えて３番目の位置の炭素原子に（付け根の原子は既に特性基として割り当てられていない事。そうでなければ、その次の原子から数える）１オングストロームの疎水性球を置く。
ｃ）極性を有する特性基から炭素原子２個以上離れていなければ、疎水性球は置くことができない。
ｄ）疎水性球は、連続して置くことができない。（間に２原子を挟むこと）
ｅ）ピペリジン環、ピロリジン環には、環の中心に１オングストロームの疎水性球を置くことができる。
【００２０】
６．トリフルオロメチル基は疎水性であり、中心の炭素原子に１オングストロームの疎水性球を置く。
【００２１】
二分子の重ね合わせをシステマチックに行うためには、先ず各分子の重心を座標原点に移してから外接直方体を算出する。そしてその体積の大きな分子を固定して、小さな分子を平行移動・回転させる。この平行移動・回転は、常に移動する分子の重心に対して行われる。平行移動の範囲は、例えば体積の大きな外接直方体の中に小さな外接直方体を置いた際に、重心が移動できる最大距離である。移動の刻み幅は１オングストロームであり、体積の大きな外接直方体内に作られた体心立方格子点上を移動するものとする。
回転は上記各格子点上で行われるが、三つのオイラー角を用いてその範囲を０≦φ，ψ≦ 350°，０≦θ≦ 180°とし、刻み角を10°とした。
【００２２】
上記全ての重ね合わせの配向について各々スコアが計算され、その値が最高の配向が採択される。もしスコアの最高点が重複する場合には、便宜的に特性基間の距離の誤差標準偏差の小さいものが選ばれる。しかしながら慎重を期すためには同スコアの幾つかの配向についても調べておく必要があるかもしれない。採択された配向は更にスコアの改善を図る為、誤差標準偏差を目的関数として移動ベクトル及び三つのオイラー角がシンプレックス法にて微調整され、最終的な重ね合わせの配向が決定される。但し誤差標準偏差の計算には、特性基の一対多の重なりも考慮される。
【００２３】
【実施例】
酵素阻害剤の重ね合わせを行い、酵素−阻害剤複合体のＸ線結晶解析から得られた重ね合わせとの比較を行った。
酵素阻害剤の重ね合わせは、プロテインデータバンク（PDB, Brookhaven Protein Data Bank)から得られた三次元座標を用いて行った。阻害剤略名と酵素−阻害剤複合体三次元座標登録番号（括弧内）はＰＤＢ登録のものを用いて記した。
なお、Ｘ線結晶解析から得られた重ね合わせとは、酵素−阻害剤複合体のうち酵素分子座標のα炭素原子同士を最小二乗フィッティングさせた後に、阻害剤分子座標のみを取り出すことによって得られた重ね合わせを意味する。
【００２４】
実施例１
ＨＩＶ−１プロテアーゼ阻害剤
Ａ−７４７０４（９ＨＶＰ） ＆ ＭＶＴ−１０１（４ＨＶＰ）
【００２５】
実施例２
トロンビン阻害剤
ＮＡＰＡＰ（１ＥＴＳ） ＆ ＭＱＰＡ（１ＥＴＲ）
【００２６】
実施例３
トロンビン阻害剤
ＭＱＰＡ（１ＥＴＲ） ＆ ４−ＴＡＰＡＰ（１ＥＴＴ）
【００２７】
実施例４
トリプシン阻害剤
ＰＲＡ（１ＴＮＫ） ＆ ＡＭＣ（１ＴＮＧ）
【００２８】
実施例５
トリプシン阻害剤
ＰＲＡ（１ＴＮＫ） ＆ ＢＥＮ（２ＴＢＳ）
【００２９】
実施例６
カルボキシペプチダーゼＡ阻害剤
ＦＶＦ（７ＣＰＡ） ＆ ＢＺＳ（１ＣＢＸ）
【００３０】
実施例７
カルボキシペプチダーゼＡ阻害剤
ＦＶＦ（７ＣＰＡ） ＆ ＡＧＦ（８ＣＰＡ）
【００３１】
実施例８
エラスターゼ阻害剤
ＢＤＫ（１ＥＡＵ） ＆ ＴＦＫ（１ＥＡＳ）
【００３２】
実施例９
エラスターゼ阻害剤
ＴＦＡ−Ｌｙｓ−Ａｌａ−ＡＮＩ（２ＥＳＴ） ＆
ＴＦＡ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−ＡＮＩ（７ＥＳＴ）
【００３３】
実施例１０
エラスターゼ阻害剤
ＴＦＫ（１ＥＡＳ） ＆ ＴＦＡ−Ｌｙｓ−Ｌｅｕ−ＩＳＯ（１ＥＬＢ）
【００３４】
実施例１１
エラスターゼ阻害剤
ＯＭＴＫＹ３の一部（１ＰＰＦ） ＆
ＡＣＥ−Ａｌａ−Ｐｒｏ−Ｖａｌ−ＦＰＡ（４ＥＳＴ）
【００３５】
実施例１２
サーモライシン阻害剤
ＣＢＺ−ＰＧＬ−Ｌｅｕ−Ｌｅｕ（５ＴＭＮ） ＆
ＰＨＯ−Ｌｅｕ−ＮＨ２（２ＴＭＮ）
【００３６】
実施例１及び２の結果は図２及び図３に記す。図中、左側が本発明によって得られた重ね合わせであり、右側がＸ線結晶解析によって得られた重ね合わせである。
実施例の酵素阻害剤同士の重ね合わせは、何れもＸ線結晶解析からの重ね合わせを再現した。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明による重ね合わせの過程を示す説明図である。
【図２】実施例１の結果を示す説明図である。
【図３】実施例２の結果を示す説明図である。
Claims (2)
- 複数の化合物分子構造を重ね合わせる際に、
（１）化合物の特性基を、疎水性、水素結合供与性、水素結合受容性、水素結合供与／受容性の４種に大別する
（２）最大の体積を持つ化合物分子を固定し、他の化合物分子をその重心を対象として移動・回転操作し、重ね合わせを行う
（３）（２）の移動・回転操作によって化合物分子間で特性基を球で近似して二つの球に少しでも重なりが生じた際にはそれぞれの特性基同士の組み合わせによってスコアが与えられる
（４）化合物分子を構成する特性基全ての組み合わせについてスコアを総計する上記（１）〜（４）の操作を繰り返して最高のスコア値を得る配向を見出すことを特徴とする化合物分子構造の重ね合わせ法。 - 同じ性質の特性基同士が重なるとスコアは加点され、異なった性質の特性基同士が重なると減点する請求項１記載の化合物分子構造の新規重ね合わせ法。
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP12342597A JP4001657B2 (ja) | 1997-04-25 | 1997-04-25 | 化合物分子構造の新規重ね合わせ法 |
| US08/957,072 US6070127A (en) | 1997-04-25 | 1997-10-24 | Method of superposing molecular conformations of compounds |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP12342597A JP4001657B2 (ja) | 1997-04-25 | 1997-04-25 | 化合物分子構造の新規重ね合わせ法 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH10298113A JPH10298113A (ja) | 1998-11-10 |
| JP4001657B2 true JP4001657B2 (ja) | 2007-10-31 |
Family
ID=14860252
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP12342597A Expired - Fee Related JP4001657B2 (ja) | 1997-04-25 | 1997-04-25 | 化合物分子構造の新規重ね合わせ法 |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US6070127A (ja) |
| JP (1) | JP4001657B2 (ja) |
Families Citing this family (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| IL138100A0 (en) * | 1998-02-26 | 2001-10-31 | Openeye Scient Inc | Method and apparatus for evaluating molecular similarity |
| US7110888B1 (en) * | 1998-02-26 | 2006-09-19 | Openeye Scientific Software, Inc. | Method for determining a shape space for a set of molecules using minimal metric distances |
| US6343257B1 (en) * | 1999-04-23 | 2002-01-29 | Peptor Ltd. | Identifying pharmacophore containing combinations of scaffold molecules and substituents from a virtual library |
| WO2001097094A1 (fr) * | 2000-06-15 | 2001-12-20 | Kyorin Pharmaceutical Co., Ltd. | Procede pour superposer des structures moleculaires de composes |
| US20040038429A1 (en) * | 2000-11-14 | 2004-02-26 | Shuichi Hirono | Method of searching for novel lead compound |
| AU2003252355A1 (en) * | 2002-08-01 | 2004-02-23 | Mochida Pharmaceutical Co., Ltd. | Novel crystalline tryptase and utilization thereof |
| US7793003B2 (en) * | 2003-01-31 | 2010-09-07 | Qwest Communications International Inc | Systems and methods for integrating microservers with a network interface device |
| US7921443B2 (en) | 2003-01-31 | 2011-04-05 | Qwest Communications International, Inc. | Systems and methods for providing video and data services to a customer premises |
| US10142023B2 (en) | 2003-01-31 | 2018-11-27 | Centurylink Intellectual Property Llc | Antenna system and methods for wireless optical network termination |
| US8490129B2 (en) | 2003-01-31 | 2013-07-16 | Qwest Communications International Inc. | Methods, systems and apparatus for selectively distributing urgent public information |
| US8112449B2 (en) | 2003-08-01 | 2012-02-07 | Qwest Communications International Inc. | Systems and methods for implementing a content object access point |
| JP5052985B2 (ja) * | 2007-07-31 | 2012-10-17 | 住友重機械工業株式会社 | 分子シミュレーション方法、分子シミュレーション装置、分子シミュレーションプログラム、及び該プログラムを記録した記録媒体 |
| JP6311320B2 (ja) * | 2014-01-15 | 2018-04-18 | 富士通株式会社 | 結合構造の算出方法、及び算出装置、プログラム、並びに記録媒体 |
-
1997
- 1997-04-25 JP JP12342597A patent/JP4001657B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 1997-10-24 US US08/957,072 patent/US6070127A/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JPH10298113A (ja) | 1998-11-10 |
| US6070127A (en) | 2000-05-30 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP4001657B2 (ja) | 化合物分子構造の新規重ね合わせ法 | |
| Kumar et al. | Advances in the development of shape similarity methods and their application in drug discovery | |
| Xu et al. | Hydrogen bonds and salt bridges across protein-protein interfaces. | |
| Cherfils et al. | Protein docking algorithms: simulating molecular recognition | |
| Liu et al. | MCDOCK: a Monte Carlo simulation approach to the molecular docking problem | |
| Jain | Morphological similarity: a 3D molecular similarity method correlated with protein-ligand recognition | |
| Zavodszky et al. | Side‐chain flexibility in protein–ligand binding: the minimal rotation hypothesis | |
| Wedemeyer et al. | Exact analytical loop closure in proteins using polynomial equations | |
| JP2004519026A5 (ja) | ||
| Iwase et al. | Estimation of active conformations of drugs by a new molecular superposing procedure | |
| Wallqvist et al. | Docking enzyme‐inhibitor complexes using a preference‐based free‐energy surface | |
| Samsudin et al. | Accurate prediction of ligand affinities for a proton-dependent oligopeptide transporter | |
| Wasserman et al. | Fitting an inhibitor into the active site of thermolysin: A molecular dynamics case study | |
| Chys et al. | Random coordinate descent with spinor-matrices and geometric filters for efficient loop closure | |
| Apaydin et al. | Capturing molecular energy landscapes with probabilistic conformational roadmaps | |
| Doweyko | Pharmacophores from Binding Data | |
| Poirrette et al. | Comparison of protein surfaces using a genetic algorithm | |
| JP3256307B2 (ja) | 生理活性を有するリガンドの分子構造を構築する方法 | |
| Bojarska et al. | Supramolecular Chemistry of Modified Amino Acids and Short Peptides | |
| Lenhof | An algorithm for the protein docking problem | |
| Tokarski et al. | Constructing protein models for ligand− receptor binding thermodynamic simulations: an application to a set of peptidometic renin inhibitors | |
| Cotesta et al. | The environment of amide groups in protein–ligand complexes: H-bonds and beyond | |
| Dotu et al. | Protein structure prediction with large neighborhood constraint programming search | |
| Kamiya et al. | Algorithm for normal mode analysis with general internal coordinates | |
| WO2001097094A1 (fr) | Procede pour superposer des structures moleculaires de composes |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20040311 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20070516 |
|
| A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20070712 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20070814 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20070815 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20100824 Year of fee payment: 3 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110824 Year of fee payment: 4 |
|
| LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |