JP3414766B2 - Specific method for detecting herpes simplex virus type 2 - Google Patents

Specific method for detecting herpes simplex virus type 2

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JP3414766B2
JP3414766B2 JP09026892A JP9026892A JP3414766B2 JP 3414766 B2 JP3414766 B2 JP 3414766B2 JP 09026892 A JP09026892 A JP 09026892A JP 9026892 A JP9026892 A JP 9026892A JP 3414766 B2 JP3414766 B2 JP 3414766B2
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Description

【発明の詳細な説明】 【0001】 【産業上の利用分野】本発明は、ヒト単純ヘルペスウイ
ルス2型(以下、HSV2と称することがある)の特異
的検出方法に関する。 【0002】 【従来の技術】ヒト単純ヘルペスウイルス(以下、HS
Vと称することがある)はヒトの知覚神経節に潜伏し、
一度感染すると回帰発症を繰り返す。HSVには1型と
2型とがあり、型によって回帰発症率や薬剤感受性が異
なるので、HSVの型判別は重要な問題である。HSV
感染症の最も確実な診断方法は、ウイルスを分離して判
定することであるが、この方法は培養細胞の準備が必要
であり、また判定までに数日を必要とするので、治療に
適切に反映させることが困難である。蛍光抗体法により
判定する方法もあるが、この場合には患部細胞を必要と
する。また、HSVを型特異的に識別するDNA断片を
プローブとして患者検体をドットブロット法で検査する
方法もあるが、従来の方法では多量の試料(例えば、2
00〜500μl)を必要とするだけでなく、HSVで
あることを判別することができても、型の判別まではで
きない場合があった。以上のように、従来の方法では、
医療の現場の要求に十分応えることが困難であった。従
って、短時間に、精度高くHSV1型と2型の型を判別
することのできる手法と体外診断薬の開発が望まれてい
た。 【0003】一方、HSVには型特異的な識別を可能に
する塩基配列は存在しないと言われてきたのに対し、本
発明者らは、HSVの型特異的DNAプローブを既に開
発している。即ち、HSV1型又はHSV2型のDNA
を特定の制限酵素によって切断して得られるDNA断片
〔又は、そのDNA断片を適当なベクター(プラスミ
ド)に挿入し、クローン化して得られるベクター(プラ
スミド)DNAを特定の制限酵素で切断して得られるD
NA断片〕を標識化し、型特異的なDNAプローブを得
ることができる。これらの標識化DNA断片は数百〜数
キロbp(塩基対)の大きさであり、型別の特異性が優
れている(特開平2−142499号公報及び特願平2
−90198号明細書)。 【0004】 【発明が解決しようとする課題】本発明者らは、前記の
方法とは別途に、迅速かつ確実にHSV2型を検出する
ために、上記のHSV2型に特異的な塩基配列を新たに
検索し、HSV2型のDNAと特異的にハイブリダイズ
する塩基配列を、プローブとして用いることができるこ
とを新たに見出した。本発明は、かかる知見に基づくも
のである。 【0005】 【課題を解決するための手段】従って、本発明は、配列
表における配列番号1の配列からなるオリゴヌクレオチ
ド部分を含有する20mer〜25merの第1のDN
Aプライマー、及び配列表における配列番号2の配列か
らなるオリゴヌクレオチド部分を含有する20mer〜
25merの第2のDNAプライマーの組み合わせと、
DNAポリメラーゼと、水性液体被検試料とを含む混合
液をDNA増幅工程にかけ、得られた反応液と、配列表
における配列番号3の塩基配列からなるオリゴヌクレオ
チド部分を含有し、標識を担持するプローブとを接触さ
せ、前記標識からの信号を検出することを特徴とする、
単純ヘルペス2型の検出方法に関する。本明細書の塩基
配列において、Aはアデニン残基、Cはシトシン残基、
Gはグアニン残基、そしてTはチミン残基の意味であ
る。 【0006】本発明方法で用いる被検試料は、ヒトHS
V2型を含有している疑いのある試料であれば特に制限
されない。例えば、患者水疱内溶液、咽頭拭い液、髄液
等を用いることができる。 【0007】本発明による前記のHSV2型検出方法
は、主に、(1)DNA増幅工程と、(2)DNA検査
工程とからなる。このDNA増幅工程(1)では、PC
R(Polymerase Chain Reacti
on)を用いることができる。PCR法を利用すると、
微量のDNAから、目的とするDNA領域のみを自動的
に約100万倍にまで増幅することができる(Scie
nce,239,487−491,1988)。PCR
法では、増幅させる領域を挟んで、+鎖に対するプライ
マー(1)及び−鎖に対するプライマー(2)の2種の
プライマーを用いる。 【0008】前記配列番号1の配列の20塩基からなる
配列〔DNAプライマー(1)〕及び前記配列番号2の
配列の20塩基からなる配列〔DNAプライマー
(2)〕は、HSV2型DNAのa’シークエンス
(J.Gen.Virol.,55,315−331,
1981)上にある。配列番号1の20塩基配列はa’
シークエンスの5’末端から61塩基下流から80塩基
下流までの20塩基に相当し、配列番号2の20塩基配
列はa’シークエンスの5’末端から178塩基下流か
ら197塩基下流までの補完鎖の20塩基に相当する。
被検試料中にHSV2型DNAが存在する場合には、プ
ライマー(1)とプライマー(2)の組み合わせによ
り、a’シークエンスの遺伝子の一部に相当する137
bp部分が、短時間のうちに特異的に大量に増幅される
ので、HSV2型DNAの存在を極めて特異的に検出す
ることができる。 【0009】前記のプライマー(1)及びプライマー
(2)は、それぞれ20mer〜25merである。
発明方法で用いる第1プライマー及び第2プライマーの
それぞれを構成する各塩基は、公知の任意の態様で修飾
(例えば、ビオチン化又は発光物質によるラベル化)さ
れていてもよい。本発明による前記のそれぞれの第1プ
ライマー及び第2プライマーは、通常のDNA自動合成
機(例えばアプライドバイオシステム社製)を用いて、
公知のDNA合成法(例えばホスホアミダイト法)によ
って調製することができる。 【0010】本発明のDNA増幅工程(1)では、第1
プライマー及び第2プライマーと共に、DNAポリメラ
ーゼ、特には耐熱性DNAポリメラーゼを用いて増幅サ
イクルを繰り返す。耐熱性ポリメラーゼとしては、特に
95℃までの温度で活性を維持することのできるDNA
ポリメラーゼ例えば、市販のTaqポリメラーゼを用い
ることができる。 【0011】本発明のDNA増幅工程では第1プライマ
ーと第2のプライマー、DNAポリメラーゼ及び液体被
検試料を含む混合液を用いる。第1プライマー、第2プ
ライマー及びDNAポリメラーゼの使用量は、液体被検
試料の種類によって変化するが、PCR法によるDNA
増幅工程を実行することができる範囲で容易に決定する
ことができる。この混合液は場合により、緩衝液(例え
ばトリス塩酸緩衝液)、安定化剤(例えばゼラチン)、
又は塩類(例えば塩化ナトリウム)を含有することがで
きる。 【0012】本発明方法では、前記の混合液を用いてP
CR法の増幅サイクルを実施する。増幅サイクルは、 (i)DNAの変性工程(約90℃〜98℃で、約10
秒間から2分間) (ii)一本鎖DNAと第1プライマー及び第2プライマ
ーとのアリーリング工程(約37℃〜70℃で、約30
秒間から約3分間)、及び (iii )DNAポリメラーゼによるDNA合成工程(約
65℃〜80℃で、約30秒間から約5分間)とからな
る。1サイクル毎にDNA量は最高2倍に増幅され、n
サイクル後には2n 倍に増幅される。本発明において
は、前記の増幅サイクルを10〜60回、好ましくは2
0〜40回繰り返す。最後のサイクルにおいては、工程
(iii )の加熱時間を約5〜10分間に延長してDNA
合成が完全に行われるようにするのが好ましい。 【0013】被検試料中にHSV2が存在する場合に
は、前記の増幅サイクル終了後に、約140bpのDN
Aが大量に合成される。このDNAを次のDNA検査工
程によって検出する。DNA検査工程としては、ゲル電
気泳動及びエチジウムブロマイド染色を利用する方法、
サザンハイブリッド法、又はジデオキシ法による塩基配
列決定法、放射性標識法などを用いることができる。ゲ
ル電気泳動を行う場合には、例えば、アガロースゲルを
担体としたサブマリーン型電気泳動又はアクリルアミド
を用いたスラブ型電気泳動を使用することができる。 【0014】ドットブロット法、サザンブロットハイブ
リッド法又はin situハイブリッド法を行う場合
には、放射性プローブ、非放射性プローブ(例えば酵素
標識プローブ、ビオチン化プローブ、ジゴケシゲニン化
プローブ又は化学発光物質、蛍光物質で標識したプロー
ブ)を用いることができる。更に、ジデオキシ法による
塩基配列決定法を利用する場合には、蛍光標識を使用し
たDNAオートシークエンサー(アプライドバイオシス
テム社)を用いることができる。 【0015】本発明は、更に、HSV2型DNAの特異
的な検出に用いることのできるDNAプローブを提供す
る。本発明は、配列表における配列番号3で表される
塩基配列からなる40塩基のオリゴヌクレオチド部分を
含有し、標識を担持するプローブと被検試料とを接触さ
せ、前記標識からの信号を検出する。 【0016】配列表における配列番号3の40塩基から
なる配列は、L領域のa’シークエンスの5’末端から
下流100塩基から139塩基間での40塩基に相当す
る。従って、前記の少なくとも40塩基を含む本発明の
プローブはHSV2型DNAのL領域のa’シークエン
スに特異的である。プローブの長さは被検試料に対する
前処理の種類によって異なる。被検試料がPCR法によ
るDNA増幅工程を経たものである場合には、40bp
ないしPCR法で増幅されるDNA断片の大きさ(プラ
イマー部分は除く)まで可能である。被検試料がPCR
法による増幅工程を経たものでなく、プローブをドット
ブロットあるいはin situハイブリッド法に用い
る場合には、プローブの長さは40bpないし137b
pの大きさまで可能である。配列表における配列番号3
の40塩基を含むDNAプローブ(40mer)は、被
検試料がPCR法によるDNA増幅工程を経たものであ
っても、あるいはin situハイブリッド法の場合
であっても、何れにも用いることができるので好まし
い。本発明のプローブの調製法としては、サクシノイミ
ド(例えば、ジサクシミジルスベレイト)を用いる方
法、活性ハロゲン法、アジドを用いた光反応、あるいは
カルボジイミド法などを用いることができる。 【0017】プローブの標識物質としては、従来公知の
任意の物質を使用することができる。好ましくは、非放
射性物質(酵素、蛍光色素、発光物質、ビオチン等)を
用いる。標識化DNAの合成法は、大別すると (1)DNAの合成過程で直接的に標識化DNAを調製
する方法と (2)リンカーが結合したDNAを合成してから単離
し、これに標識試薬を作用させる方法 とがあり、特に方法(2)は目的に応じて標識の型を容
易に変更でき、応用面で優れているので好ましい。方法
(2)で用いるリンカーとしては、5’−ジメトキシト
リチル−5−〔N−(トリフルオロアセチルアミノヘキ
シル)−3−アクリルイミド〕−2’−デオキシウリジ
ン−3’−〔(2−シアノエチル)−(N,N−ジイソ
プロピル)〕ホスホルアミダイト等を挙げることができ
る。プローブに結合した標識から信号を発生させ、更
に、その信号を測定する方法も、従来から公知の任意の
方法を用いることができる。 【0018】 【作用】本発明方法において、プライマー(1)及びプ
ライマー(2)の組合せを用いると、被検試料中にHS
V2型DNAが存在する場合にのみL領域a’シークエ
ンスの遺伝子の一部に相当する137bp塩基部分が短
時間の内に特異的に大量に増幅、合成される。更に、被
検試料中のHSV2型DNAが微量であっても、DNA
が増幅合成されるので高感度である。 【0019】また、本発明方法においては、(場合によ
り増幅した)HSV2型DNAに特異的な標識化DNA
プローブを用いるので、極めて正確にHSV2型DNA
を検出することができる。更に、前記の第1及び第2プ
ライマーを用いる増幅工程と前記プローブを用いる検査
工程とを併用した場合でも、検査の所要時間はエチジウ
ム染色の場合は4〜5時間程度であり、サザンブロット
ハイブリッド法まで行う場合でも48時間以内に、迅速
に結果を得ることができる。 【0020】 【実施例】以下、実施例によって本発明を更に詳細に説
明するが、これらは本発明の範囲を限定するものではな
い。実施例1:プライマーの合成 381型自動DNA合成装置(アプライドバイオシステ
ム社)に、シトシンCPGカラムを装着して、配列表に
おける配列番号1の配列の塩基20個からなるプライマ
ー(1)を合成し、更にグアニンCPGカラムを装着し
て、配列表における配列番号2の配列の塩基20個から
なるプライマー(2)を合成した。アンモニア水(約3
0%)2.5mlを入れたディスポシリンジ(約2.5m
l)を、合成工程が完了したCPGカラムに接続し、ア
ンモニア水をカラム内に押し出して、合成したDNAフ
ラグメントを溶出した。回収したDNAアンモニア溶液
の入ったバイアル瓶を密栓し、65℃で6時間加熱した
後、室温まで冷やしてから濃縮した。濃縮物を凍結乾燥
し、10mMトリエチルアンモニウムアセテート(以下、
TEA−Aと称す)(pH7.4)に溶解し、沈殿を除い
てから、L−6200型高速液体クロマトグラフィイ装
置(日立製作所)(以下、HPLCと称す)に分離用カ
ラム(YMC−Pack ODS−AM313:YMC
社)を装着し、5%アセトニトリルを含んだ95mM−T
EA−Aとアセトニトリルとによる濃度勾配を用いて精
製し、メインピークを集めた。得られた残渣に80%酢
酸(アセトニトリルで調製)を加えて懸濁させ、室温で
30分保持してから減圧乾燥した。乾燥物を10mM−T
EA−Aに溶解し、ジエチルエーテルで抽出してから減
圧乾燥した。乾燥したDNA試料をTEA−Aに溶解
し、沈殿を除いてから、2回目のHPLCによる精製を
行い、メインピークを集めた。こうして得られた精製D
NAプライマーを減圧乾燥して保存し、後記の実施例
で用いた。 【0021】実施例2:酵素標識プローブの調製 DNAプローブの合成は、前記実施例1と同様の装置を
用い、同様の条件で行ったが、本プローブの合成ではシ
トシンCPGカラムを用いて、5’末端から20番目の
チミンを5’−ジメトキシトリエチル−5−〔N−(ト
リフルオロアセチルアミノヘキシル)−3−アクリルイ
ミド〕−2’−デオキシウリジン−3’−〔(2−シア
ノエチル)(N,N−ジイソプロピル)〕ホスホアミダ
イト(以下、リンカーと称する)に置き換えた。なお、
リンカーの位置はこの部位に限らず、他のチミン部位に
置き換えることも可能である。リンカー付きプローブの
精製も、実施例1に記載した条件で行った。精製したリ
ンカー付きプローブ3ナノモルを滅菌水8μlに溶解し
た。この溶液に0.2M−NaHCO3 /4mM−EDT
A溶液8μlを加えた後、ジサクシニミルスベレイト
(以下、DSSと称する)のジメチルスルホキシド溶液
(10mg/ml)50μlを加え、室温にて暗所で15分
間反応させた。反応終了後、滅菌水30μlを加えて遠
心し、その上清をHPLC(カラムとして東ソ−G30
00PWを用い、移動層に水を用いた)に通して、DS
Sを結合したDNA(以下、修飾リンカーDNAと称す
る)を分取し、凍結乾燥した。乾燥した修飾リンカーD
NAにアルカリホスファターゼEIA用(ベーリンガー
マンハイム山之内)(20mg/ml)(以下APと称す
る)40μlを加え、室温で暗所にて16時間反応させ
た。反応終了後、0.1Mトリス塩酸緩衝液(pH8.
4)2.5mlを加え、HPLC(カラム:東ソ−DEA
E−5PW)で処理した。まず、0.1M−NaClを
含む0.1Mトリス緩衝液(pH8.4)で未反応のAP
を除き、0.33M−NaClを含む0.1Mトリス緩
衝液(pH8.4)で目的のAP標識DNAを溶出した。
分取した精製AP標識DNAの溶出液約6mlを3M−N
aClを含む0.1Mトリス緩衝液(pH8.4)に対し
て透析した後、1mlに濃縮した。この溶出物をAP標識
プローブとして後記の実施例6等で用いた。 【0022】実施例3:HSV2型DNAの抽出 HSV2型の標準株としてUW268を用い、更に、H
SV2型と同定されている臨床分離株を6株用いた。各
ウイルスをアフリカミドリザル由来のCV−1細胞に1
pfu/細胞の濃度で感染させた。ウイルスに感染した
細胞を5%二酸化炭素−95%空気の気相中で培養し
た。細胞変性効果の見られた細胞を用いて、庶糖法(V
irology,93,260−264,1979)に
よりウイルスDNAを抽出した。 【0023】実施例4:臨床検体のDNA抽出 臨床検体10μlを0.8%NaCl、0.02%KC
l、0.115%Na2 HPO4 、0.02%KH2
4 の組成のPBS490μlで希釈した検体500μ
lに、同量の50mMトリス塩酸緩衝液(pH7.4)に溶
かした6Mグアニジンイソチオシアネート溶液を加えた
後、ガラスパウダー懸濁液〔PrepDNA:(株)ダ
イアヤトロン〕10μlを加えて攪拌した後、室温に1
0分間放置した。次に15,000回転で2分間遠心
し、沈渣を集めた。得られた沈渣を50%エチルアルコ
ールと50mM−NaClを含む10mMトリス塩酸緩衝液
(pH7.4)1mlに懸濁し、15,000回転で2分間
の遠心により洗浄した。この遠心による沈渣の洗浄を更
に2回行った。洗浄済のガラスパウダーを蒸留水50μ
lに懸濁した。ガラスパウダーに吸着している核酸を5
5℃で15分間放置して溶出させた後、15,000回
転で2分間遠心し、上清を採った。この上清をPCR用
の検体として用いた。 【0024】実施例5:PCR法によるHSV2−DN
Aの増幅 前記実施例3で抽出したHSV2型標準株のDNA及び
型既知のHSV野性株のDNA各10ng、又は前記実
施例4で抽出した臨床検体からのDNA抽出物10μl
を、125μM−dATP、125μM−dCTP、1
25μM−dTTP、31.25μM−dGTP、9
3.75μM−デアザ 7 GTP(以下dC7 dGT
Pと称する)、0.01%ゼラチン、20mMトリス塩酸
緩衝液(pH8.8)、1.5mM−MgCl2 、50mM−
KCl、10%ジメチルスルホキシド、2μMプライマ
ー及び2.5単位のTaqポリメラーゼ(AmpliT
aqDNAポリメラーゼ:シータス社)を含むPCR反
応液100μlに加えた。PCR法は(i)93℃で1
分間、(ii)65℃で1分間、(iii)75℃で2分間か
らなるサイクルを30サイクル行った後、最後に75℃
で5分間のプログラムでDNAの増幅を行った。 【0025】実施例6:電気泳動によるPCR反応生成
物の確認と診断 電気泳動用のゲルは、トリス塩基4.84g、氷酢酸
1.142gと0.5M−EDTA2mlを含む緩衝液
(pH8.0)(以下1xTAEと称する)1リットルに
アガロースゲルを4%になるように溶解し、ムピド(ア
ドバンス社)のゲルプレートに流して調製した。次に、
PCR反応後の溶液10μlにフィコールタイプ400
(ファルマシア社)の15%水溶液2μlを混合し、そ
の混合物の全量をサンプルウエルに入れた。1xTAE
を電極槽に入れて、室温で100Vにて2時間電気泳動
を行った。電気泳動終了後に、アガロースゲルをエチジ
ウムブロマイド染色し、UVイルミネイター照射下で電
気泳動の結果を確認した(図1)。図1のエチジウムブ
ロマイド染色によれば、HSV2型用プライマーを用い
たPCR法において、複数のバンドが観察されるが、A
P標識プローブを用い、サザンハイブリダイゼイション
を行った。即ち、電気泳動後のアガロースゲルからDN
A Hybridization Membrane
(GeneScreenPlusNEF976:DuP
on社)にサザンブロットしたものと、AP標識プロ
ーブをハイブリダイゼイションした。図2の結果から明
らかなように、本発明のプライマーで患者検体のDNA
を増幅し、増幅されたDNAを本発明のプローブで確認
することにより、HSV感染症の起因ウイルスがHSV
2型であるとの型確定診断を行うことができる。図1及
び図2において、「M」はDNAマーカー、「1」はH
SV2型標準株UW268、「2」〜「7」はそれぞれ
臨床分離株であり、「137b」は本発明のプローブ1
及び2によって増幅されるDNA断片の位置を示す。ま
た、DNAマーカー(φ×174−HaeIII dige
st)としては、下から72bp、118bp、194
bp、234bp、271bp、281bp、310b
p、603bp、872bp、1078bp及び135
7bpに現れるものを用いた。 【0026】実施例7:臨床検体のドットブロット法に
よるHSV2型の型判別 ヘルペス感染症の疑いのある患者から採取した水泡内容
液5μlを生理食塩液2mlに懸濁して、希釈した。希釈
検体10μlから、実施例4に記載した条件でDNAを
抽出し、実施例5に記載した条件下にPCRを行った。
DNAの増幅を行った反応液に、同量の0.5N−Na
OHを加え、室温で10分間放置した。DNAを変性さ
せた前記の処理済検体10μlを、GeneScree
nPlusNEF976(DuPont社)を装着した
ブロッティング装置に載せ、室温で30分間放置した
後、吸引により液を除いた。DNAをブロットしたフィ
ルターをプラスチック袋に入れ、続いて、0.75M−
NaCl、75mMクエン酸3ナトリウム、0.1%N−
ラウリルサルコシン、0.2%SDS、30%ホルムア
ミド、5%核酸ハイブリダイゼイション用ブロッキング
剤(ベーリンガーマンハイム社)の組成のハイブリダイ
ゼイション用緩衝液5mlを加えて、密封した。37℃で
60分間放置した後、ハイブリダイゼイション用緩衝液
を除いた。実施例2で調製したAP標識したHSV2型
判別用プローブ3ピコモルを溶かしたハイブリダイゼイ
ション液1.50mlを加え、37℃で一夜放置した。検
体中のウイルスDNAとプローブのハイブリダイゼイシ
ョンが完了したフィルターをプラスチック袋から取り出
し、先ず2xSSCで5分間、2回、続いて0.1%ド
デシル硫酸ナトリウムを含む2xSSCで15分間、3
回、最後に2xSSCで10分間、3回洗浄した。洗浄
の済んだフィルターを、0.1M−NaCl及び10mM
−MgCl2 を含む0.1Mトリス塩酸緩衝液(pH9.
5)(以下、発色液と称する)に30秒から1分間浸し
た。 【0027】ニトロブルーテトラゾリウム(ベーリンガ
ーマンハイム社)75mgを30%滅菌水−70%ジメチ
ルホルムアミド混合液1mlに溶解した(以下、この溶液
をNBT溶液と称する)。また、5−ブロモ−4−クロ
ロ−3−インドリル燐酸(ベーリンガーマンハイム社)
50mgをジメチルホルムアミド1mlに溶解した(以下、
この溶液をBCIP溶液と称する)。NBT溶液40μ
l及びBCIP溶液40μlを加えた発色液10mlを、
前記発色液に浸したフィルターの入ったプラスチック袋
に入れ、室温で5分間〜16時間保持して発色させた。
APとの反応は、10mM−EDTAを含むトリス塩酸緩
衝液(pH7.5)50mlにフィルターを浸漬することに
より停止させた。 【0028】これらの結果を表1に示す。供試した臨床
検体40検体中、ウイルス分離ではHSV1型16検
体、HSV2型14検体、判定不能(1型か2型か確定
不能の検体)2検体、陰性8検体であった。直接ドット
ブロット法では、HSV1型14検体、HSV2型17
検体、判定不能1検体、陰性8検体であった。これに対
し、本発明のHSV2型の型判別プローブでの結果は、
HSV2型が20検体となり、判定不能及び陰性の検体
はなかった。また、別の検査結果より、残りの20検体
がHSV1型であることが確認されている。なお、表1
の基になった本発明のPCR法による検査結果を図3に
示す。図3において、レーンA〜CはHSV1型特異的
PCR産物をドットブロットしたものであり、レーンD
〜FはHSV2型特異的PCR産物をドットブロットし
たものである。また、C9及びF9はHSV1型標準株
(KOS)であり、C10及びF10はHSV2型標準
株(UW268)であり、各レーンA〜Fの1〜8は臨
床検体をPCR処理後にブロットしたものであり、レー
ンA〜Cの検体1〜8とレーンD〜Fの検体1〜8は同
じ検体をPCR処理後にブロットしたものである。 【0029】 【表1】 【0030】 【発明の効果】本発明方法は、HSV2型DNAに特異
的なDNA断片の増幅に用いることのできる1対のプラ
イマー及びHSV2型DNAに特異的なプローブとして
化学合成が可能な程度の大きさで、しかも型判別の特異
性が減少しない塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを
提供するものである。従って、HSV2型の感染症を、
高精度で、迅速に、しかも型特異的に識別でき、その結
果を診断及び治療に役立てることができる。 【0031】 【配列表】 【0032】配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列: GCGCGAAGGC GGGCGGCGGC 【0033】配列番号;2 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列: GCCGCGGAAG GCAGCCCGCG 【0034】配列番号:3 配列の長さ:40 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列: GCAGCCCCGC GCGCCCCCTT CCCCGTCCCT CCCCCGGAGC
DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION [0001] The present invention relates to a human herpes simplex virus.
Russ type 2 (hereinafter sometimes referred to as HSV2)
The method relates to a statistical detection method. [0002] 2. Description of the Related Art Human herpes simplex virus (hereinafter referred to as HS)
V), which hides in the human sensory ganglia,
Once infected, recurrent episodes repeat. HSV has type 1
There are two types, and the regression rate and drug sensitivity differ depending on the type.
Therefore, HSV type discrimination is an important issue. HSV
The most reliable diagnosis of infectious disease is to isolate the virus and determine
This method requires the preparation of cultured cells.
And it takes several days to make a decision,
Difficult to reflect properly. By fluorescent antibody method
There is a method to determine, but in this case the affected cells are needed
I do. In addition, a DNA fragment that specifically identifies HSV is
Testing patient samples by dot blot as a probe
Although there are methods, the conventional method requires a large amount of sample (for example, 2
Not only requires 100-500 μl), but also with HSV
Even if it can be determined that there is, until the type is determined
There were times when I could not. As described above, in the conventional method,
It was difficult to sufficiently meet the needs of the medical field. Obedience
To quickly and accurately distinguish between HSV1 and HSV2
And the development of in vitro diagnostics
Was. On the other hand, HSV enables type-specific identification.
It has been said that there is no base sequence
We have already opened a HSV type-specific DNA probe.
Has emitted. That is, HSV1 type or HSV2 type DNA
Fragment obtained by cleaving DNA with a specific restriction enzyme
[Alternatively, the DNA fragment is ligated to an appropriate vector (plasmid
Vector and cloned vector
Smid) D obtained by cutting DNA with a specific restriction enzyme
NA fragment] to obtain a type-specific DNA probe.
Can be These labeled DNA fragments are several hundred to several
The size is kilobp (base pairs), and the specificity of each type is excellent.
(Japanese Unexamined Patent Application Publication No. 2-142499 and Japanese Patent Application No.
-90198). [0004] DISCLOSURE OF THE INVENTION The present inventors have found that
Separately and quickly detect HSV type 2
For this purpose, a new nucleotide sequence specific to the above HSV type 2 was newly added.
Search and hybridize specifically with HSV type 2 DNA
Base sequenceprobeCan be used as
Was newly found. The present invention is based on this finding.
It is. [0005] SUMMARY OF THE INVENTION Accordingly, the present invention providesArray
Oligonucleotide consisting of the sequence of SEQ ID NO: 1 in the table
20- to 25-mer first DN containing a thiol moiety
A primer and the sequence of SEQ ID NO: 2 in the sequence listing
20 mer- containing an oligonucleotide moiety consisting of
A combination of a 25mer second DNA primer;
Mixing containing DNA polymerase and aqueous liquid test sample
The solution was subjected to a DNA amplification step, and the obtained reaction solution was compared with the sequence listing.
Consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3
Contact with a probe that contains a peptide moiety and carries a label.
Detecting a signal from the sign,
The present invention relates to a method for detecting herpes simplex type 2.Base in the present specification
In the sequence, A is an adenine residue, C is a cytosine residue,
G is a guanine residue, and T is a thymine residue.
You. The test sample used in the method of the present invention is human HS.
Especially restricted if it is suspected of containing V2 type
Not done. For example, patient intravesical solution, pharyngeal swab, cerebrospinal fluid
Etc. can be used. [0007] The above HSV type 2 detection method according to the present invention.
Mainly consisted of (1) DNA amplification step and (2) DNA test
Process. In this DNA amplification step (1), PC
R (Polymerase Chain Reacti)
on) can be used. Using the PCR method,
Automatically detects only the target DNA region from a small amount of DNA
Can be amplified up to about one million times (Scie
nce, 239, 487-491, 1988). PCR
In the method, the primer for the + strand is
Primer (2) for the primer (2)
Use primers. It consists of 20 bases of the sequence of SEQ ID NO: 1.
Sequence [DNA primer (1)] and SEQ ID NO: 2
A sequence consisting of 20 bases of the sequence [DNA primer
(2)] is a ′ sequence of HSV type 2 DNA
(J. Gen. Virol., 55, 315-331,
1981). The 20 nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 is a '
80 bases 61 bases downstream from the 5 'end of the sequence
It corresponds to 20 bases to the downstream, and the 20 base sequence of SEQ ID NO: 2
Is the column 178 bases downstream from the 5 'end of the a' sequence?
This corresponds to 20 bases in the complementary strand from 197 bases downstream.
If HSV type 2 DNA is present in the test sample,
By combination of primer (1) and primer (2)
137 corresponding to a part of the gene of the a 'sequence
The bp part is amplified in a large amount specifically in a short time
Therefore, the presence of HSV type 2 DNA can be detected very specifically.
Can be The above-mentioned primer (1) and primer
(2)20 mer to 25 mer.Book
Of the first and second primers used in the method of the invention
Each base constituting each is modified in any known manner
(Eg, biotinylated or labeled with a luminescent material)
It may be. Each of the first steps according to the invention;
The primer and the second primer are used for normal DNA automatic synthesis.
Machine (for example, manufactured by Applied Biosystems)
By a known DNA synthesis method (for example, a phosphoramidite method)
Can be prepared. In the DNA amplification step (1) of the present invention, the first
DNA polymerase with primer and second primer
Amplification, especially with thermostable DNA polymerase.
Repeat the cycle. As a thermostable polymerase,
DNA capable of maintaining activity at temperatures up to 95 ° C
Polymerase For example, using a commercially available Taq polymerase
Can be In the DNA amplification step of the present invention, the first primer
And second primer, DNA polymerase and liquid coating
Use a mixture containing the test sample. First primer, second primer
The amount of primer and DNA polymerase used should be
It depends on the type of sample, but DNA by PCR
Easy determination as long as the amplification process can be performed
be able to. This mixture may optionally contain a buffer (eg,
For example, Tris-HCl buffer), a stabilizer (eg, gelatin),
Or can contain salts (eg sodium chloride)
Wear. In the method of the present invention, P
The amplification cycle of the CR method is performed. The amplification cycle is (I) DNA denaturation step (about 90 to 98 ° C. for about 10
2 seconds to 2 minutes) (Ii) Single-stranded DNA and first and second primers
(About 37 ° C to 70 ° C, about 30 ° C)
Seconds to about 3 minutes), and (Iii) DNA synthesis step using DNA polymerase (about
(65 ° C to 80 ° C for about 30 seconds to about 5 minutes)
You. The amount of DNA is amplified up to two times at each cycle, and n
2 after the cyclenIt is amplified twice. In the present invention
Means that the above amplification cycle is performed 10 to 60 times, preferably 2 to 60 times.
Repeat 0-40 times. In the last cycle, the process
The heating time of (iii) is extended to about 5 to 10 minutes to increase the DNA
Preferably, the synthesis takes place completely. When HSV2 is present in the test sample
Is approximately 140 bp DN after the amplification cycle
A is synthesized in large quantities. This DNA is used for the next DNA test
Detect according to the process. In the DNA testing process, gel
Method using electrophoresis and ethidium bromide staining,
Base arrangement by Southern hybrid method or dideoxy method
Sequence determination, radiolabeling, and the like can be used. Get
When performing electrophoresis, for example, agarose gel
Submarine electrophoresis or acrylamide as carrier
Can be used. Dot blot method, Southern blot hive
When performing the lid method or the in situ hybrid method
Include radioactive and non-radioactive probes (eg, enzymes
Labeled probe, biotinylated probe, digokeshigenination
Probes or chemiluminescent substances, probes labeled with fluorescent substances
B) can be used. Furthermore, by the dideoxy method
When using sequencing, use fluorescent labels.
DNA Autosequencer (Applied Biosys
Tem Company) can be used. The present invention further relates to the specificity of HSV type 2 DNA.
To provide a DNA probe that can be used for dynamic detection
You. BookinventionsoIs represented by SEQ ID NO: 3 in the sequence listing.
Base sequenceConsisting of 40 basesThe oligonucleotide part of
The probe containing the label and the test sample
And detect the signal from the sign.You. From the 40 bases of SEQ ID NO: 3 in the sequence listing
From the 5 'end of the a' sequence of the L region
Equivalent to 40 bases between 100 bases and 139 bases downstream
You. Therefore,At least 40 bases ofIncluding the present invention
The probe was a 'sequence of the L region of HSV type 2 DNA.
Is specific to The length of the probe is
It depends on the type of preprocessing. The test sample is
If the DNA has undergone a DNA amplification step,40bp
Or the size of the DNA fragment to be amplified by the PCR
Excluding the immer portion). Test sample is PCR
Do not use an amplification process
Used for blot or in situ hybrid method
The length of the probe40bp or 137b
It is possible to have a size of p. SEQ ID NO: 3 in Sequence Listing
A DNA probe (40mer) containing 40 bases of
The test sample has undergone a DNA amplification step by PCR.
Or in the case of in situ hybrid method
Is preferred because it can be used for any
No. As a method for preparing the probe of the present invention,
(For example, disuccimidyl suberate)
Reaction, active halogen method, photoreaction using azide, or
A carbodiimide method or the like can be used. As the labeling substance for the probe, a conventionally known substance can be used.
Any substance can be used. Preferably, non-release
Radioactive substances (enzymes, fluorescent dyes, luminescent substances, biotin, etc.)
Used. The method of synthesizing labeled DNA can be roughly classified (1) Preparation of labeled DNA directly during DNA synthesis
How to (2) Isolation after synthesizing DNA with linker
And how to apply a labeling reagent to this In particular, method (2) uses a type of label depending on the purpose.
It is preferable because it can be easily changed and is excellent in application. Method
As the linker used in (2), 5'-dimethoxy
Lityl-5- [N- (trifluoroacetylaminohexyl
Sil) -3-acrylimide] -2'-deoxyuridine
-3 '-[(2-cyanoethyl)-(N, N-diiso
Propyl)] phosphoramidite
You. A signal is generated from the label attached to the probe and updated.
In addition, the method of measuring the signal is also any conventionally known method.
A method can be used. [0018] In the method of the present invention, the primer (1) and the primer (1) are used.
When the combination of the primers (2) is used, HS is contained in the test sample.
L region a'sequence only when V2 type DNA is present
137 bp corresponding to a part of the gene
It is amplified and synthesized in large quantities specifically within a certain time. In addition,
Even if the amount of HSV type 2 DNA in the test sample is very small,
Is amplified and synthesized, so that the sensitivity is high. In the method of the present invention,
Labeled DNA specific to HSV type 2 DNA
Since the probe is used, HSV type 2 DNA
Can be detected. Further, the first and second pumps
Amplification step using primer and test using the probe
Even if the process is used together, the time required for inspection is
About 4 to 5 hours in the case of
Quick within 48 hours, even when performing up to the hybrid method
Results can be obtained. [0020] The present invention will be described in more detail with reference to the following examples.
However, these do not limit the scope of the present invention.
No.Example 1: Synthesis of primer Model 381 Automatic DNA Synthesizer (Applied Biosystem
And a cytosine CPG column attached to the
Consisting of 20 bases of the sequence of SEQ ID NO: 1
-Synthesize (1) and attach a guanine CPG column
From the 20 bases of the sequence of SEQ ID NO: 2 in the sequence listing
Primer (2) was synthesized. Ammonia water (about 3
0%) disposable syringe containing 2.5 ml (about 2.5 m
l) is connected to the CPG column where the synthesis process is completed, and
Methanol water is pushed into the column and the synthesized DNA
The fragment eluted. Recovered DNA ammonia solution
Was sealed and heated at 65 ° C. for 6 hours.
Thereafter, the mixture was cooled to room temperature and concentrated. Lyophilize concentrate
And 10 mM triethylammonium acetate (hereinafter, referred to as
TEA-A) (pH 7.4)
L-6200 high performance liquid chromatography
(Hitachi) (hereinafter referred to as HPLC)
Ram (YMC-Pack ODS-AM313: YMC
95mM-T containing 5% acetonitrile
Purification using a concentration gradient with EA-A and acetonitrile
And collected the main peak. 80% vinegar in the residue obtained
Add acid (prepared with acetonitrile) and suspend.
It was dried for 30 minutes and then dried under reduced pressure. Dry product is 10mM-T
Dissolve in EA-A, extract with diethyl ether and reduce
Pressure dried. Dissolve dried DNA sample in TEA-A
After removing the precipitate, the second purification by HPLC was performed.
And collected the main peak. Purified D thus obtained
The NA primer was dried under reduced pressure and stored.5
Used in [0021]Example 2: Preparation of enzyme-labeled probe For the synthesis of the DNA probe, the same apparatus as in Example 1 was used.
The procedure was performed under the same conditions.
Using a Tocin CPG column, the 20th from the 5 'end
Thymine was converted to 5'-dimethoxytriethyl-5- [N- (g
(Trifluoroacetylaminohexyl) -3-acrylic acid
Mido] -2'-deoxyuridine-3 '-[(2-sia
Noethyl) (N, N-diisopropyl)] phosphoramida
(Hereinafter referred to as a linker). In addition,
The position of the linker is not limited to this site, but may be
It is also possible to replace it. Of the probe with linker
Purification was also performed under the conditions described in Example 1. Purified
Dissolve 3 nmoles of probe with anchor in 8 μl of sterile water
Was. 0.2 M NaHCO was added to this solution.Three/ 4mM-EDT
After adding 8 μl of solution A, disuccinimil verate
(Hereinafter referred to as DSS) in dimethyl sulfoxide
(10 mg / ml) for 15 minutes in the dark at room temperature
Reaction. After the reaction is completed, add 30 μl of sterilized water and centrifuge.
The supernatant was subjected to HPLC (Toso-G30 as a column).
00PW using water for the mobile bed)
S-linked DNA (hereinafter referred to as modified linker DNA)
Was collected and freeze-dried. Dried modified linker D
NA for alkaline phosphatase EIA (Boehringer
Mannheim Yamanouchi) (20mg / ml) (hereinafter referred to as AP)
40 μl) and react at room temperature in the dark for 16 hours.
Was. After completion of the reaction, 0.1 M Tris-HCl buffer (pH 8.
4) Add 2.5 ml, HPLC (column: Toso-DEA)
E-5PW). First, 0.1 M NaCl
Not reacted with 0.1 M Tris buffer (pH 8.4)
Except for 0.1M Tris buffer containing 0.33M-NaCl
The target AP-labeled DNA was eluted with a buffer (pH 8.4).
Approximately 6 ml of the eluted fractionated purified AP-labeled DNA was added to 3M-N
against 0.1M Tris buffer (pH 8.4) containing aCl
After dialysis, the mixture was concentrated to 1 ml. This eluate is labeled with AP
The probe was used in Example 6 described later. [0022]Example 3: Extraction of HSV type 2 DNA UW268 was used as a standard strain of HSV2 type.
Six clinical isolates identified as SV2 were used. each
Virus was transferred to African green monkey-derived CV-1 cells for 1
Infected at a concentration of pfu / cell. Infected with a virus
Cells are cultured in the gas phase of 5% carbon dioxide-95% air
Was. Saccharose method (V
irology, 93, 260-264, 1979)
Virus DNA was extracted therefrom. [0023]Example 4: DNA extraction of clinical specimen 10 μl of a clinical sample is 0.8% NaCl, 0.02% KC
1, 0.115% NaTwoHPOFour, 0.02% KHTwoP
OFour500 μl of sample diluted with 490 μl of PBS
Dissolve in the same volume of 50 mM Tris-HCl buffer (pH 7.4).
6M guanidine isothiocyanate solution was added.
Then, a glass powder suspension [PrepDNA:
Iayatron], add 10 μl, stir, and bring to room temperature.
Left for 0 minutes. Then centrifuge at 15,000 rpm for 2 minutes
And the sediment was collected. The resulting sediment is washed with 50% ethyl alcohol
10 mM Tris-HCl buffer containing urea and 50 mM NaCl
(PH 7.4) Suspend in 1 ml and rotate at 15,000 rpm for 2 minutes
Was washed by centrifugation. Wash the sediment by centrifugation.
Was performed twice. Wash the washed glass powder with distilled water 50μ
l. 5 nucleic acids adsorbed on glass powder
Leave at 5 ° C for 15 minutes to elute, then 15,000 times
After centrifugation for 2 minutes, the supernatant was collected. This supernatant is used for PCR
Was used as a sample. [0024]Example 5: HSV2-DN by PCR method
A amplification The DNA of the HSV type 2 standard strain extracted in Example 3 and
10 ng of each DNA of a known HSV wild type strain, or
10 μl of DNA extract from clinical specimen extracted in Example 4
With 125 μM-dATP, 125 μM-dCTP, 1
25 μM-dTTP, 31.25 μM-dGTP, 9
3.75 μM-deazaC 7 dGTP (hereinafter dC7dGT
P), 0.01% gelatin, 20 mM Tris-HCl
Buffer solution (pH 8.8), 1.5 mM-MgClTwo, 50 mM-
KCl, 10% dimethyl sulfoxide, 2 μM primer
And 2.5 units of Taq polymerase (AmpliT
aq DNA polymerase (Cetus)
The solution was added to 100 μl. The PCR method is (i)
Minutes, (ii) 1 minute at 65 ° C, (iii) 2 minutes at 75 ° C
30 cycles, and finally at 75 ° C
Amplification of DNA was performed by a program for 5 minutes. [0025]Example 6: PCR reaction generation by electrophoresis
Confirmation and diagnosis of objects The gel for electrophoresis was 4.84 g of Tris base and glacial acetic acid.
Buffer containing 1.142 g and 2 ml of 0.5 M EDTA
(PH 8.0) (hereinafter referred to as 1xTAE) 1 liter
Dissolve agarose gel to 4% and add mupido (A
(Dovance Co., Ltd.). next,
Add 10 μl of the solution after PCR to Ficoll type 400
(Pharmacia) and 2 μl of a 15% aqueous solution.
Of the mixture was placed in a sample well. 1xTAE
Into an electrode tank and electrophoresed at 100 V for 2 hours at room temperature
Was done. After completion of electrophoresis, agarose gel is
Umbromide stained and charged under UV illuminator irradiation.
The result of the electrophoresis was confirmed (FIG. 1). Ethidium bu in FIG.
According to romide staining, using HSV type 2 primer
In the PCR method, multiple bands were observed.
Southern hybridization using P-labeled probe
Was done. That is, the agarose gel after electrophoresis
A Hybridization Membrane
(GeneScreenPlusNEF976: DuP
ontSouthern blot and AP-labeled pro
The probe was hybridized. It is clear from the result of FIG.
As can be seen, the DNA of a patient sample can be
And confirm the amplified DNA with the probe of the present invention.
By doing so, the virus causing HSV infection is
Type 2 definitive diagnosis can be performed. Figure 1 and
In FIG. 2, “M” is a DNA marker, “1” is H
SV2 standard strain UW268, "2" to "7"
"137b" is a probe 1 of the present invention.
2 and 3 show the positions of the DNA fragments amplified by the method. Ma
DNA marker (φ174-HaeIII dige)
As st), from the bottom, 72 bp, 118 bp, 194
bp, 234 bp, 271 bp, 281 bp, 310 b
p, 603 bp, 872 bp, 1078 bp and 135
Those appearing at 7 bp were used. [0026]Example 7: For dot blotting of clinical samples
Classification of HSV2 Type Blister content from a patient suspected of having a herpes infection
The solution (5 μl) was suspended in 2 ml of physiological saline and diluted. Dilution
DNA was obtained from 10 μl of the sample under the conditions described in Example 4.
The DNA was extracted and subjected to PCR under the conditions described in Example 5.
The same amount of 0.5N-Na was added to the reaction solution in which the DNA was amplified.
OH was added and left at room temperature for 10 minutes. Denatured DNA
10 μl of the processed sample thus obtained was placed in GeneScreen
nPlusNEF976 (DuPont) was installed.
Placed on blotting device and left at room temperature for 30 minutes
Thereafter, the liquid was removed by suction. DNA blotted DNA
Luter in a plastic bag, followed by 0.75M-
NaCl, 75 mM trisodium citrate, 0.1% N-
Lauryl sarcosine, 0.2% SDS, 30% formua
Mid, blocking for 5% nucleic acid hybridization
Of the composition of the agent (Boehringer Mannheim)
5 ml of a buffer for lysis was added and sealed. At 37 ° C
After standing for 60 minutes, hybridization buffer
Was removed. AP-labeled HSV type 2 prepared in Example 2
Hybridization with 3 picomoles of the discriminating probe
1.50 ml of the reaction solution was added, and the mixture was left at 37 ° C. overnight. Inspection
Hybridization of probe with viral DNA in the body
Remove the completed filter from the plastic bag
First, 2x SSC twice for 5 minutes, then 0.1%
15 minutes in 2 × SSC containing sodium decyl sulfate
Twice, and finally 3 times with 2 × SSC for 10 minutes. Washing
The filtered filter was washed with 0.1 M NaCl and 10 mM.
-MgClTwo0.1M Tris-HCl buffer (pH 9.
5) Immerse for 30 seconds to 1 minute (hereinafter referred to as coloring solution)
Was. Nitro blue tetrazolium (boehringer
-Mannheim) 75 mg in 30% sterile water-70% dimethi
Dissolved in 1 ml of mixed formamide (hereinafter, this solution
Is called NBT solution). Also, 5-bromo-4-chloro
B-3-Indolyl phosphoric acid (Boehringer Mannheim)
50 mg was dissolved in 1 ml of dimethylformamide (hereinafter referred to as “
This solution is called BCIP solution). NBT solution 40μ
and 10 ml of a color developing solution to which 40 μl of BCIP solution was added.
Plastic bag containing filter soaked in the coloring solution
And kept at room temperature for 5 minutes to 16 hours to develop color.
The reaction with AP was performed using Tris-HCl buffer containing 10 mM EDTA.
To immerse the filter in 50 ml of buffer (pH 7.5)
Stopped more. The results are shown in Table 1. Clinical trial
Among 40 samples, HSV1 type 16 test was used for virus isolation.
Body, HSV type 2 14 samples, undeterminable (determined as type 1 or type 2)
2) and 8 negative samples. Direct dot
In the blot method, 14 samples of HSV1 type, 17 samples of HSV2 type
Samples, 1 undeterminable sample, 8 negative samples. Against this
However, the result of the HSV2 type discriminating probe of the present invention is as follows:
HSV type 2 became 20 samples, undetermined and negative samples
There was no. Also, according to another test result, the remaining 20 samples
Has been confirmed to be of HSV1 type. Table 1
Fig. 3 shows the test results based on the PCR method of the present invention based on
Show. In FIG. 3, lanes AC are HSV type 1 specific.
Dot blot of PCR product, lane D
~ F shows dot blots of HSV type 2 specific PCR products.
It is a thing. C9 and F9 are HSV type 1 standard strains.
(KOS), C10 and F10 are HSV2 type standard
(UW268), and lanes A to F 1 to 8
The floor sample was blotted after PCR treatment.
Samples 1 to 8 in lanes A to C and samples 1 to 8 in lanes DF are the same.
The same sample was blotted after PCR treatment. [0029] [Table 1] [0030] The method of the present invention is specific for HSV type 2 DNA.
A pair of plasmids that can be used for
As a probe specific to immersion and HSV type 2 DNA
Large enough for chemical synthesis, with a unique type discrimination
Oligonucleotides consisting of a base sequence that does not decrease
To provide. Therefore, HSV type 2 infections
Accurate, rapid and type-specific identification, resulting in
The results can be used for diagnosis and treatment. [0031] [Sequence list] SEQ ID NO: 1 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid Number of chains: single strand Array: GCGCGAAGGC GGGCGGCGGC SEQ ID NO: 2 Sequence length: 20 Sequence type: nucleic acid Number of chains: single strand Array: GCCGCGGAAG GCAGCCCGCG SEQ ID NO: 3 Sequence length: 40 Sequence type: nucleic acid Number of chains: single strand Array: GCAGCCCCGC GCGCCCCCTT CCCCGTCCCT CCCCCGGAGC

【図面の簡単な説明】 【図1】本発明の検査方法によって行った電気泳動の結
果を示す図面に代わる写真である。 【図2】図1のサザンハイブリダイゼイションの結果を
示す図面に代わる写真である。 【図3】HSB型別PCR産物のドットブロットの結果
を示す図面に代わる写真である。
BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS FIG. 1 is a photograph instead of a drawing showing the result of electrophoresis performed by the inspection method of the present invention. FIG. 2 is a photograph instead of a drawing showing the result of the Southern hybridization of FIG. FIG. 3 is a photograph instead of a drawing, showing the results of dot blots of HSB-type-specific PCR products.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (56)参考文献 特開 平3−290189(JP,A) 特開 平2−142499(JP,A) J.Gen.Virol.,Vol. 55,Pt.2(1981),p.315−331 (58)調査した分野(Int.Cl.7,DB名) C12Q 1/00 - 1/70 C12N 15/00 - 15/90 BIOSIS/WPI(DIALOG) CA/REGISTRY(STN) PubMed────────────────────────────────────────────────── ─── Continuation of the front page (56) References JP-A-3-290189 (JP, A) JP-A-2-142499 (JP, A) Gen. Virol. 55, Pt. 2 (1981), p. 315-331 (58) Fields investigated (Int. Cl. 7 , DB name) C12Q 1/00-1/70 C12N 15/00-15/90 BIOSIS / WPI (DIALOG) CA / REGISTRY (STN) PubMed

Claims (1)

(57)【特許請求の範囲】 【請求項1】 配列表における配列番号1の配列からな
るオリゴヌクレオチド部分を含有する20mer〜25
merの第1のDNAプライマー、及び配列表における
配列番号2の配列からなるオリゴヌクレオチド部分を含
有する20mer〜25merの第2のDNAプライマ
ーの組み合わせと、DNAポリメラーゼと、水性液体被
検試料とを含む混合液をDNA増幅工程にかけ、得られ
た反応液と、配列表における配列番号3の塩基配列から
なるオリゴヌクレオチド部分を含有し、標識を担持する
プローブとを接触させ、前記標識からの信号を検出する
ことを特徴とする、単純ヘルペス2型の検出方法。
(57) [Claim 1] 20mer to 25 containing an oligonucleotide portion consisting of the sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing
a combination of a first DNA primer of mer and a second DNA primer of 20 mer to 25 mer containing an oligonucleotide portion consisting of the sequence of SEQ ID NO: 2 in the sequence listing, a DNA polymerase, and an aqueous liquid test sample The mixed solution is subjected to a DNA amplification step, and the resulting reaction solution is brought into contact with a probe containing an oligonucleotide portion consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 in the sequence listing and carrying a label to detect a signal from the label. A method for detecting herpes simplex type 2.
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