JP3357039B2 - Anonymized clinical research support method and system - Google Patents

Anonymized clinical research support method and system

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JP3357039B2
JP3357039B2 JP2001318241A JP2001318241A JP3357039B2 JP 3357039 B2 JP3357039 B2 JP 3357039B2 JP 2001318241 A JP2001318241 A JP 2001318241A JP 2001318241 A JP2001318241 A JP 2001318241A JP 3357039 B2 JP3357039 B2 JP 3357039B2
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健 青島
雄治 三浦
徹哉 武田
信孝 三橋
秀也 桑原
宏次 柳沢
俊秀 鹿内
泉 福田
有子 所
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三井情報開発株式会社
株式会社ジェノックス創薬研究所
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    • Y02A90/10Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Description

【発明の詳細な説明】DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

【0001】[0001]

【発明の属する技術分野】本発明は、匿名化臨床研究支
援方法およびそのシステムに関し、特に、被験者情報の
収集管理と、被験者情報および採取した検体の匿名化
と、実験試料の管理と、ゲノム基本データの管理等の遺
伝子解析等の臨床研究に際して必要となる一連の処理を
一元的に行い、臨床研究を円滑に行うための支援方法お
よびそのシステムに関する。
The present invention relates to a method and system for supporting anonymous clinical research, and more particularly to the collection and management of subject information, the anonymization of subject information and collected specimens, the management of experimental samples, and the basic genome. The present invention relates to a support method and system for smoothly performing a series of processes required for clinical research such as gene analysis such as data management and performing clinical research smoothly.

【0002】[0002]

【従来の技術】現在、ゲノム配列決定は急速に進展しつ
つあり、枯草菌、大腸菌、らん藻、酵母などの微生物に
続き、多細胞生物である線虫、さらにはショウジョウバ
エの全ゲノム配列もすでに決定した。ヒトのゲノム配列
もドラフト配列が公開されている。このような状況のも
とで、ゲノム研究の焦点は配列決定から多数の遺伝子群
若しくはゲノム全体を対象に、遺伝子発見を含むゲノム
機能の解析や、個人間の多型の解析を中心としたいわゆ
るポスト・ゲノム研究に移りつつある。
2. Description of the Related Art At present, genome sequencing is progressing rapidly, and the whole genome sequences of multicellular nematodes and even Drosophila, following microorganisms such as Bacillus subtilis, Escherichia coli, cyanobacteria, and yeast, have already been developed. Were determined. A draft sequence has been published for the human genome sequence. Under these circumstances, the focus of genomic research has been to focus on analysis of genomic functions, including gene discovery, and analysis of polymorphisms between individuals, from sequencing to a large number of genes or the entire genome. Moving to post-genome research.

【0003】特に、近年、ヒトの病気の原因解明、診
断、治療・予防といった医療分野で最も注目されている
のは、一塩基多型SNP(Single Nucleo
tide Polymorphism)である。SNP
とは文字通り、DNA配列上一塩基の置換・挿入または
矢先による差異を意味する。ヒトの遺伝子塩基配列は、
その99.9パーセント(%)が同一で、0.1%の違
いがあると推定されている。従って、30億塩基対より
なるヒト・ゲノムの0.1%に相当する約100万乃至
300万のSNP部位が予想されている。
In particular, in recent years, single nucleotide polymorphism SNP (Single Nucleo) has received the most attention in the medical field such as elucidation of the cause of human diseases, diagnosis, treatment and prevention.
ide Polymorphism). SNP
Literally means a substitution or insertion of one base on the DNA sequence or a difference due to an arrowhead. The human gene sequence is
It is estimated that 99.9 percent (%) are the same, with a difference of 0.1%. Thus, approximately 1 to 3 million SNP sites, equivalent to 0.1% of the human genome of 3 billion base pairs, are expected.

【0004】SNPは、その数が非常に多いことから、
各個人の遺伝的背景を個別化するのに最適であると考え
られ、診療情報等と比較するアソシェーションスタディ
により「体質」(ある病気へのかかりやすさや薬物応答
性の違い)が固定できると期待されており、オーダーメ
ード治療を受けることが可能となる。従って、医療機関
で蓄積されてきた(又はこれから収集する)診療情報を
ゲノム研究側に提供することが今後の遺伝子解析にとっ
て不可欠となっている。
[0004] Since the number of SNPs is very large,
It is considered to be optimal for individualizing the genetic background of each individual, and the "constitution" (difference in susceptibility to a certain disease or difference in drug responsiveness) can be fixed by an association study comparing with medical information etc. Is expected, and it will be possible to receive tailor-made treatment. Therefore, it is indispensable for future genetic analysis to provide medical information accumulated (or to be collected) at medical institutions to the genome research side.

【0005】[0005]

【発明が解決しようとする課題】しかしながら、病院に
おいて、血液や細胞等の試料(検体)を提供する試料提
供者を診察して得られる診察情報や個人情報等の被験者
情報と、採取した検体の情報を管理する方法、被験者情
報及び検体を匿名化して研究側に提供する方法、検体の
管理を行う方法、遺伝子解析によって得られたゲノム基
本データの管理方法等は、現場における個々の作業者の
判断に依存するところが大きく、一連の操作を一元的に
統合する臨床研究の方法およびそのシステムが確立され
ていないという課題があった。
However, in a hospital, subject information such as consultation information and personal information obtained by examining a sample provider that provides a sample (sample) such as blood and cells, and The method of managing information, the method of anonymizing subject information and specimens and providing them to the research side, the method of managing specimens, and the method of managing basic genomic data obtained by gene analysis There has been a problem that a method of clinical research that integrates a series of operations in a unified manner and a system for such research have not been established because the method largely depends on judgment.

【0006】一方、遺伝子解析等の臨床研究において
は、検体と患者情報をその簡便性からそのまま研究機関
に提供するとなると、個人のプライバシーや人権が著し
く侵害される可能性が否定できない。即ち、検体を提供
した個人の情報と、その検体から解析された遺伝情報と
が結びつけられ、就職、結婚、健康保険、生命保険など
において社会的差別に起因する不利益が生じることが予
想される。ひいては、現時点において予想のつかない様
々な社会問題すら生じる可能性も否定できない。
On the other hand, in clinical research such as genetic analysis, if specimens and patient information are provided directly to a research institution because of its simplicity, it is undeniable that individual privacy and human rights may be significantly violated. That is, the information of the individual who provided the specimen is linked to the genetic information analyzed from the specimen, and it is expected that disadvantages due to social discrimination will occur in employment, marriage, health insurance, life insurance, etc. . Furthermore, it is undeniable that various unforeseen social problems may occur at this time.

【0007】本発明はこのような状況に鑑みてなされた
ものであり、遺伝子解析等の臨床研究の円滑性を阻害す
ることなく、試料提供者のプライバシーや人権の保護を
も図ることができるようにする匿名化臨床研究支援の方
法とそのシステムを確立するものである。
[0007] The present invention has been made in view of such a situation, and it is possible to protect the privacy and human rights of a sample provider without impairing the smoothness of clinical research such as gene analysis. The purpose is to establish an anonymized clinical research support method and system.

【0008】[0008]

【課題を解決するための手段】本発明は、前記課題を解
決するための手段として、次の発明からなる。発明は、
被験者に対して診察を行い、前記被験者から検体を採取
し、前記患者から採取された検体に対して臨床研究を行
うための匿名化臨床研究支援システムであって、被験者
に関する個人情報の入力時に、所要の桁数をもって構成
され、各被験者を識別可能な記号列からなる、個人識別
子を出力する個人識別子出力手段と、前記被験者に関す
る個人情報を、対応する前記個人識別子により検索可能
に記憶する第1記憶手段と、前記被験者からの検体提供
に関するインフォームド・コンセントを受けて、対応す
る被験者から採取される検体についての処理手順情報の
入力を受け付けるための処理手順情報入力手段と、該検
体についての処理手順情報を前記個人識別子に基づいて
検索可能に記憶する第2記憶手段と、少なくとも前記個
人識別子の記号列および初期化された処理段階識別情報
をその一部に含みかつ所要の桁数をもって構成される各
検体を識別可能な検体識別記号列を出力する検体識別記
号列出力手段と、前記出力された検体識別記号列を前記
検体に対し付与する指示を表示する第1指示手段と、該
付与された検体識別記号列を検出し、該検体識別記号中
の個人識別子および処理段階識別情報に相当する記号列
を検出する第1検出手段と、該個人識別子に対応する診
断所見情報の入力を受け付けるための診断所見情報入力
手段と、前記被験者に対する診断所見情報を、当該被験
者にかかる前記個人識別子に基づいて検索可能に記憶す
る第3記憶手段と、前記個人識別子の記号列と1対1に
対応しかつ前記個人識別子の記号列を類推不可能である
記号列をその一部に含む、匿名個人識別子を出力する匿
名個人識別子出力手段と、前記個人識別子と前記匿名個
人識別子との対応関係を記憶する第4記憶手段と、前記
検体識別記号列と1対1に対応しかつ前記検体識別記号
列中の個人識別子の記号列に対応する、前記匿名個人識
別子の記号列をその一部に含むとともに、匿名化処理済
であることを識別可能な処理段階識別情報の記号列をそ
の一部に含む、匿名検体識別記号列を出力する匿名検体
識別記号列出力手段と、前記検体識別記号列と前記匿名
検体識別記号列とを対応関係を記憶する第5記憶手段
と、前記検体識別記号列に代えて前記匿名検体識別記号
列を前記検体に付与する指示を表示する第1匿名化手段
と、前記第1記憶手段、第2記憶手段及び第3記憶手段
に、前記個人識別子に基づいて検索可能に記憶された前
記個人情報、前記検体の処理手順情報および前記診断所
見情報について、それぞれ対応する前記匿名個人識別子
により検索可能となるように該第1記憶手段、第2記憶
手段及び第3記憶手段の内容を記憶し直す第2匿名化手
段と、該検体に付与された匿名検体識別記号列を検出
し、該匿名検体識別記号列中の匿名個人識別子および段
階識別情報に相当する記号列を検出する第2検出手段
と、該第2検出手段により検出された匿名識別子と段階
識別情報に基づいて、対応する該検体の処理手順情報を
匿名化処理された第2記憶手段から読み出し、該処理手
順情報によって指定される移送先に対し、前記匿名検体
識別記号列が付与された検体の移送の指示を表示する第
2指示手段と、該移送する検体に対応する診断所見情報
および処理手順情報を、その対応する匿名識別子および
段階識別情報に基づいて、読み出された処理手順情報に
おいて指定された移送先に対し送信する送信手段と、前
記被験者の匿名識別子により検索可能な診断所見情報及
び処理手順情報を受信する受信手段と、前記受信した前
記処理手順情報および診察診断情報を、前記第2記憶手
段および第3記憶手段とは別に該匿名識別子により検索
可能に記憶する第6記憶手段と、前記匿名検体識別記号
列が付与された前記検体の到着を検出するとともに、そ
の検体に付与されている匿名検体識別記号列の検出を行
い、該匿名検体記号列中の匿名識別子及び段階識別情報
に相当する部分の記号列を検出する第3検出手段と、該
第3検出手段により検出された匿名検体識別記号列中の
匿名識別子及び段階識別情報に相当する部分の記号列に
基づいて、前記第6記憶手段に記憶した処理手順情報か
ら該当する処理手順情報を読み出し、該検体に対し、該
指定される臨床研究処理の指示を表示する臨床研究処理
指示手段とを備え、前記匿名検体識別記号列中の匿名識
別子および段階識別記号列に基づいて、該被験者の診断
所見情報および処理手順を参照しつつ、該検体に対し、
所要の臨床研究を行うことを特徴とする匿名化臨床研究
支援システムである。また、本発明には、前記本発明に
おける、前記第5記憶手段に記憶された前記検体識別記
号列と前記匿名検体識別記号列との対応関係を削除する
第3匿名化手段をさらに備えるものも含まれる。さら
に、本発明には、上記発明における、前記匿名個人識別
子は、前記個人識別子とは無関係にランダムに発生され
た記号列により構成されるものも含まれる。同様に、本
発明には、発明における、前記第1指示手段又は第1匿
名化指示手段における前記検体識別記号列乃至前記匿名
検体識別記号列を検体に付与する指示とは、該記号列に
対応するバーコードをバーコードプリンターを用いてラ
ベルに印刷し、該バーコードが印刷されたラベルを前記
検体の容器に貼付させるための指示であって、これら指
示手段とは、該指示に関する表示手段であり、一方、前
記第1から第3の検出手段とは、バーコードリーダであ
って、前記検体の容器に貼付され、前記検体識別記号列
乃至前記匿名検体識別記号列が印刷されたラベルから、
該検体識別記号列乃至匿名検体識別記号列を検出するも
のであるものが含まれる。
The present invention includes the following invention as means for solving the above-mentioned problems. The invention is
Performing a medical examination for the subject, collecting a sample from the subject, an anonymized clinical research support system for performing clinical research on the sample collected from the patient, when inputting personal information about the subject, A personal identifier output unit configured with a required number of digits and composed of a symbol string capable of identifying each subject and outputting a personal identifier; and a first storing personal information relating to the subject in a searchable manner by the corresponding personal identifier. A storage means, a processing procedure information inputting means for receiving an informed consent regarding the specimen provision from the subject, and accepting an input of processing procedure information on the specimen collected from the corresponding subject, Second storage means for storing processing procedure information in a searchable manner based on the personal identifier, and at least a symbol string of the personal identifier Sample identification symbol string output means for outputting a sample identification symbol string capable of identifying each sample having a required number of digits and including the initialized processing stage identification information as a part thereof, and the output sample First instruction means for displaying an instruction to assign an identification symbol string to the sample; detecting the assigned sample identification symbol string; and a symbol string corresponding to a personal identifier and processing stage identification information in the sample identification symbol. First detecting means for detecting the diagnostic finding information, diagnostic finding information inputting means for receiving an input of diagnostic finding information corresponding to the personal identifier, and searching for diagnostic finding information for the subject based on the personal identifier for the subject. A third storage means for storing the character string of the personal identifier in a one-to-one correspondence with a part of a character string which cannot be inferred from the character string of the personal identifier. An anonymous personal identifier output means for outputting a differentiator, a fourth storage means for storing a correspondence between the personal identifier and the anonymous personal identifier, and a sample identification code corresponding to the sample identification symbol string one-to-one. The symbol string of the anonymous personal identifier corresponding to the symbol string of the personal identifier in the column is included in a part thereof, and the symbol string of the processing stage identification information capable of identifying that the anonymization processing has been completed is part thereof. An anonymous sample identification symbol string output means for outputting an anonymous sample identification symbol string; a fifth storage means for storing a correspondence between the sample identification symbol string and the anonymous sample identification symbol string; Alternatively, the first anonymizing means for displaying an instruction for giving the anonymous sample identification symbol string to the sample, and the first, second, and third storage means can be searched based on the personal identifier. Said stored in the The contents of the first storage means, the second storage means, and the third storage means are stored so that the personal information, the processing procedure information of the specimen, and the diagnostic finding information can be searched for by the corresponding anonymous personal identifier. Second anonymizing means for correcting, and a second detecting means for detecting an anonymous sample identification symbol string given to the sample and detecting a symbol string corresponding to an anonymous personal identifier and step identification information in the anonymous sample identification symbol string And reading the corresponding processing procedure information of the sample from the anonymized second storage means based on the anonymous identifier detected by the second detecting means and the step identification information, and is designated by the processing procedure information. For the transfer destination, the second instruction means for displaying an instruction of the transfer of the sample to which the anonymous sample identification symbol string is assigned, and diagnostic finding information and processing procedure information corresponding to the transferred sample, Based on the corresponding anonymous identifier and stage identification information, transmitting means for transmitting to the transfer destination specified in the read processing procedure information, diagnostic finding information and processing procedure information retrievable by the subject's anonymous identifier Receiving means for receiving the processing procedure information and the medical examination diagnosis information separately from the second storage means and the third storage means by the anonymous identifier so as to be searchable; Detecting the arrival of the sample to which the sample identification symbol string has been assigned, detecting the anonymous sample identification symbol string assigned to the sample, and corresponding to the anonymous identifier and step identification information in the anonymous sample symbol string. A third detecting means for detecting the symbol string of the portion, and a part corresponding to the anonymous identifier and the step identification information in the anonymous specimen identification symbol string detected by the third detecting means. A clinical research processing instruction means for reading out the corresponding processing procedure information from the processing procedure information stored in the sixth storage means based on the symbol sequence of Comprising, based on the anonymous identifier and the stage identification symbol string in the anonymous sample identification symbol string, while referring to the diagnostic finding information and processing procedure of the subject, for the sample,
An anonymized clinical research support system characterized by conducting necessary clinical research. Further, the present invention further includes a third anonymizing means for deleting the correspondence between the sample identification symbol string stored in the fifth storage means and the anonymous sample identification symbol string in the present invention. included. Further, the present invention also includes a configuration in which the anonymous personal identifier in the above invention is configured by a symbol string randomly generated independently of the personal identifier. Similarly, in the present invention, the instruction in the first instruction unit or the first anonymization instruction unit for giving the sample identification symbol string or the anonymous sample identification symbol string to the sample corresponds to the symbol string. A bar code to be printed on a label using a bar code printer, and an instruction for sticking the label printed with the bar code to the container of the sample, and these instruction means are display means related to the instruction. On the other hand, the first to third detection means is a bar code reader, which is attached to the container of the sample, and from the label on which the sample identification symbol string or the anonymous sample identification symbol string is printed,
Those detecting the sample identification symbol string to the anonymous sample identification symbol string are included.

【0009】[0009]

【作用】本発明は、図1のとおり、匿名化システムと患
者情報管理システムとを備えた病院側のシステムと、実
験試料管理システムとゲノム基本データ管理システムを
備えた研究所側のシステムから構成され、両者は、検体
等の物流と患者についての情報の通信により、有機的に
結合しているものである。前記発明の解決しようとする
課題の記載のとおり、検体及び被験者についての情報の
受け渡しに際しては、個人情報の漏洩の危険があるた
め、少なくとも検体乃至被験者にかかる情報についての
識別記号列に対し匿名化処理を施すことが不可避とな
る。ところが、単純(例えば、ランダム)に匿名化処理
を施したのでは、無意味な記号列となるために、操作者
が個々の検体又は情報の判別が困難となり、操作ミス等
にも気が付くことができなくなるという問題があった。
さらなる問題としては、一旦匿名化されると、検体や情
報の相互の関連性を全く知ることができなくなる。この
状態は、遺伝子解析のような臨床研究にあって致命的で
ある。すなわち、遺伝子解析のような研究においては、
闇雲に検体の配列を特定していくことは現実的ではない
ことから、対応する患者の診療情報等を手がかりとし
て、遺伝子解析すべき部位等を予め絞り込む必要がある
からである。
As shown in FIG. 1, the present invention comprises a hospital system having an anonymization system and a patient information management system, and a laboratory system having an experimental sample management system and a genome basic data management system. Both are organically connected by communication of physical distribution of specimens and the like and information on patients. As described in the problem to be solved by the invention, there is a risk of leakage of personal information when transferring information about the sample and the subject, and therefore, at least the identification symbol string for the information on the sample or the subject is anonymized. Processing becomes inevitable. However, simply (eg, random) anonymization processing results in a meaningless symbol string, which makes it difficult for the operator to determine individual samples or information, and may notice an operation error or the like. There was a problem that it became impossible.
As a further problem, once anonymized, it becomes impossible to know the relevance of samples and information at all. This condition is fatal in clinical studies such as genetic analysis. That is, in research such as gene analysis,
This is because it is not realistic to specify the sequence of the sample in a dark cloud, and it is necessary to narrow down in advance, for example, a site to be subjected to gene analysis based on medical information of the corresponding patient.

【0010】本発明は、このような問題を解決するため
に提案されたものであって、確実な匿名化をした状態に
あっても、個々の検体や情報の操作性や判別性を向上さ
せ、操作ミス等を防止し、同時に、相互の関係の把握、
すなわち、同一被験者にかかる検体や情報の峻別を可能
とするものである。具体的には、図2乃至図3に記載し
た検体を識別するための記号列を採用した匿名化処理を
採用することによって、可能となるものである。図2で
は、プロジェクト区分や検体区分等に関する情報は、操
作者に有益である。しかも、日付や連番といった識別情
報は、簡便であり操作性において有効である。場合によ
って、図3のような検体識別記号列を採用することが好
ましい。すなわち、該記号列中に被験者ID等の個人識
別子にかかる記号列を含むことが有益である。さらに、
該記号列中に処理段階識別情報にかかる記号列が含まれ
れば、当該検体の存在するステージの妥当性をチェック
できることから、処理工程を飛ばすといった操作ミスを
検出することが可能となる。しかも、検体や情報を送付
するに際し、同時に個人識別子と処理段階識別情報とい
う付加情報を添えてデータを流すことができれば、いわ
ゆるデータフロー型の物流制御が可能となる。
The present invention has been proposed in order to solve such a problem, and has improved the operability and discrimination of individual specimens and information even in a state in which anonymization is surely performed. , Operation mistakes, etc., and at the same time, grasp the mutual relationship,
That is, it is possible to distinguish samples and information relating to the same subject. Specifically, this is made possible by adopting an anonymization process using a symbol string for identifying the sample described in FIGS. 2 and 3. In FIG. 2, information on the project classification, the specimen classification, and the like is useful to the operator. Moreover, identification information such as date and serial number is simple and effective in operability. In some cases, it is preferable to employ a sample identification symbol string as shown in FIG. That is, it is useful to include a symbol string related to a personal identifier such as a subject ID in the symbol string. further,
If the symbol string includes the symbol string related to the processing stage identification information, the validity of the stage in which the sample exists can be checked, so that an operation error such as skipping the processing step can be detected. In addition, if the data can be sent together with the personal identifier and the additional information of the processing stage identification information at the same time as sending the sample or information, so-called data flow type physical distribution control becomes possible.

【0011】そもそも、情報の漏洩の危険は、検体等の
相互の関連性を把握するために、匿名化処理の過程を遡
ることができるようにしてあることに起因するものであ
るから、仮に、匿名化処理以降、二度と匿名化システム
のあるホストにアクセスすることなく、以降の操作が行
えるのであれば、該検体や情報にかかる個人が特定され
る危険は実質的に解消される。言い換えると、匿名化シ
ステムを含むホストにアクセスすることが許容されてい
る限り、匿名化処理における匿名化の対応表が読み出さ
れる危険性を完全になくすことはできない。特に、遺伝
子解析等の臨床研究のように病院と研究所といった複数
の機関に跨って、検体や情報のやり取りがある場合に
は、外部の者がホストにアクセスできるようになること
から、危険である。
[0011] In the first place, the danger of information leakage is caused by the fact that the process of anonymization processing can be traced back in order to grasp the mutual relevance of samples and the like. After the anonymization process, if the subsequent operation can be performed without accessing the host having the anonymization system again, the danger of the individual who is involved in the sample or the information being identified is substantially eliminated. In other words, as long as access to the host including the anonymization system is permitted, the risk of reading out the anonymization correspondence table in the anonymization process cannot be completely eliminated. In particular, when samples and information are exchanged across multiple institutions such as hospitals and research laboratories, such as in clinical research such as genetic analysis, it is dangerous because outsiders can access the host. is there.

【0012】そのための具体的手法としては、匿名化処
理にかかる対応表自体を削除して、何人も匿名化の対応
表にアクセスできないようにすれば、完全な匿名化が実
現できる。検体の収集のやり方如何によっては、この方
法は、確実な匿名化方法となる。これが後述する連結不
可能匿名化処理である。しかし、この手法では、診断所
見等を参照することができない上、同一被験者にかかる
複数の検体が時間差をもって採取された場合など検体相
互の連関性を把握することができなくなるなど、通常の
遺伝子解析等の臨床研究においては不都合となることが
多い。
As a specific method for this purpose, complete anonymization can be realized by deleting the correspondence table itself for the anonymization process so that no one can access the anonymization correspondence table. Depending on how the specimens are collected, this method is a reliable anonymization method. This is the unlinkable anonymization process described later. However, with this method, it is not possible to refer to diagnostic findings, etc., and it is not possible to grasp the linkage between samples, such as when multiple samples related to the same subject are collected with a time difference. Etc. are often inconvenient in clinical studies.

【0013】そこで、このような不都合を発生させずに
確実な匿名化を図るための手法としては、検体や情報の
識別情報自体に、種々の付加情報を付けて送付するとと
もに、参照の予想される他の情報についても同様な匿名
化処理を施して別途送付しておくという、いわゆるデー
タフロー型の送付制御を行うことが有効である。これに
より、必要となる情報をホストにアクセスする必要がな
くなり、検体等の相互の関連性についての情報や処理手
順等の情報をローカルにて把握することが可能となる。
Therefore, as a technique for ensuring anonymity without causing such inconveniences, identification information of specimens and information itself is transmitted with various additional information attached, and reference is expected. It is effective to perform so-called data flow type transmission control in which other information is subjected to the same anonymization process and transmitted separately. Accordingly, it is not necessary to access necessary information to the host, and it is possible to locally obtain information on the relevance of samples and the like and information on processing procedures and the like.

【0014】以上のとおり、本発明は、このようなデー
タフロー型のローカル処理による匿名化システムを介す
ることにより、匿名性を確保した上で、病院と研究所と
いった2つのシステムの間での検体や種々の情報のやり
取りを可能とするものである。
As described above, the present invention secures anonymity through such an anonymization system by local processing of the data flow type, and ensures a sample between two systems such as a hospital and a laboratory. And various types of information can be exchanged.

【0015】さらに、このような付加情報を識別情報に
添付できるようになった副次的な作用は、研究機関に送
付された後、分注等の処理によって、検体自体が分割さ
れたり、派生的にデータが発生することがあっても、こ
れらの情報を付加情報として識別情報にさらに組み込む
ことで、一元的な管理が可能となることにもある。
[0015] Further, such a secondary effect that the additional information can be attached to the identification information is that the sample itself is divided or derived by processing such as dispensing after being sent to the research institution. Even if data is generated in some cases, by integrating such information into the identification information as additional information, centralized management may be possible.

【0016】[0016]

【発明の実施の形態】図1は、本発明に係る匿名化臨床
研究支援システムの一実施の形態の全体構成例を示す図
である。本発明の匿名化臨床研究支援システムは、患者
情報を管理する患者情報管理システムと、匿名化処理を
行う、匿名化システムと実験試料を管理する実験試料管
理システムと、ゲノム基本データを管理するゲノム基本
データ管理システムから構成されている。また、個々の
システムの構成の詳細については、それぞれ、図4〜図
7に示してある。以下、図1、図4〜図7を参照して、
遺伝子解析研究システムを利用して患者から採取した試
料(検体)を用いて遺伝子解析研究を行う一連の処理に
ついて説明する。なお、ここでの「患者」という用語
は、病人に限定されるものではなく、試料提供者全般を
指す用語であり、いわゆる「被験者」と同じである。
FIG. 1 is a diagram showing an example of the overall configuration of an embodiment of an anonymized clinical research support system according to the present invention. The anonymized clinical research support system of the present invention includes a patient information management system that manages patient information, an anonymization process, an experiment sample management system that manages an anonymization system and an experiment sample, and a genome that manages genome basic data. It consists of a basic data management system. Details of the configuration of each system are shown in FIGS. 4 to 7, respectively. Hereinafter, with reference to FIGS. 1 and 4 to 7,
A series of processes for performing a genetic analysis study using a sample (specimen) collected from a patient using the gene analysis research system will be described. Note that the term “patient” here is not limited to a sick person, but is a term indicating the whole sample provider, and is the same as a so-called “subject”.

【0017】患者情報管理システムは、図示しないパー
ソナルコンピューターにより構成され、マスタ情報が登
録されるマスタ情報データベース1と、研究プロジェク
ト情報が登録される研究プロジェクト情報データベース
2と、患者情報が登録される患者情報データーベース
3、検体情報が登録される検体情報データーベース4
と、採取履歴情報が登録される採取履歴情報データーベ
ース5を有している。
The patient information management system is constituted by a personal computer (not shown), a master information database 1 in which master information is registered, a research project information database 2 in which research project information is registered, and a patient in which patient information is registered. Information database 3, Sample information database 4 where sample information is registered
And a collection history information database 5 in which collection history information is registered.

【0018】まず最初に、ステップS101において、
病院側のコンピューターシステム(病院システム)よ
り、患者情報システムに患者情報CSVデータが入力さ
れる。次に、ステップS102において、入力された患
者情報CSVデータを、患者情報管理システムの患者情
報データーベース3に登録するために、フィールドマッ
ピングを行う。即ち、患者情報CSVデータを、患者情
報データーベース3で定義されたフィールドに対応付け
る。
First, in step S101,
The patient information CSV data is input to the patient information system from the hospital computer system (hospital system). Next, in step S102, field mapping is performed to register the input patient information CSV data in the patient information database 3 of the patient information management system. That is, the patient information CSV data is associated with the fields defined in the patient information database 3.

【0019】次に、ステップS103において、フィー
ルドマッピングされた患者情報が、患者情報データーベ
ース3に一括アップロードされる。一方、医師(担当
医)は、ステップS104において、患者に対して診察
を行う。次に、ステップS105において、ステップS
103において一括アップロードされた患者情報を患者
情報データーベース3に登録する。次に、ステップS1
06において診察結果が臨床情報として患者情報データ
ーベース3に登録される。次にステップS107におい
て、病院側研究遂行者は、患者から血液、血清、buf
fy coat、組織、細胞等の1次検体(試料)の提
供を受け、これを遺伝子解析研究に用いることに対し
て、患者からインフォームド・コンセントを受ける。
Next, in step S103, the field-mapped patient information is batch uploaded to the patient information database 3. On the other hand, the doctor (medical doctor) examines the patient in step S104. Next, in Step S105, Step S
At 103, the patient information uploaded collectively is registered in the patient information database 3. Next, step S1
At 06, the examination result is registered in the patient information database 3 as clinical information. Next, in step S107, the researcher on the hospital side obtains blood, serum, and buf from the patient.
Receive primary insights (samples) such as fy coats, tissues, cells, etc., and receive informed consent from patients for using them in gene analysis research.

【0020】病院側研究遂行者が患者からインフォーム
ド・コンセントを受けると、医師は患者から血液、血
清、buffy coat、組織、細胞等の1次検体
(試料)の採取を行い、ステップS108において、採
取履歴情報データーベース5に採取履歴情報、例えば、
検体を採取した年月日等と履歴情報を採取履歴情報デー
ターベース5に登録する。次に、ステップS109にお
いて、採取した検体に関する検体情報(例えば、検体を
採取した患者の情報、検体番号等)を検体情報データー
ベース4に登録する。
When the hospital researcher receives informed consent from the patient, the doctor collects primary samples (samples) such as blood, serum, buffy coat, tissues, cells, etc. from the patient, and in step S108 , The collection history information in the collection history information database 5, for example,
The date when the sample was collected and the history information are registered in the collection history information database 5. Next, in step S109, sample information on the collected sample (for example, information on the patient from which the sample was collected, the sample number, etc.) is registered in the sample information database 4.

【0021】なお、マスタ情報データーベース1には、
遺伝子解析研究システムを運用するのに必要な各種情報
が登録される。例えば、次のような情報が登録される。 1−1)標準傷病名マスタ 1−2)分類用病名マスタ保守 1−3)検査項目マスタ保守 分析物マスタ、識別マスタ、材料マスタ、測定法マス
タ、結果識別マスタ、結果識別マスタ、検査項目事例マ
スタ、検査項目事例グループマスタ 1−4)研究プロジェクト情報 プロジェクト情報、チーム情報、研究員情報、端末管理 ログインユーザ管理、プロジェクト・チーム別患者一覧
情報管理 1−5)その他情報項目名 その他患者情報項目名、その他チーム情報項目名、その
他プロジェクト情報項目名、その他採取情報項目名、そ
の他診察情報項目名、その他診療情報項目名グループ
The master information database 1 contains:
Various information required to operate the gene analysis research system is registered. For example, the following information is registered. 1-1) Standard wound name master 1-2) Disease name master maintenance for classification 1-3) Inspection item master maintenance Analyte master, identification master, material master, measurement method master, result identification master, result identification master, inspection item example Master, examination item case group master 1-4) Research project information Project information, team information, researcher information, terminal management Login user management, patient list information management by project / team 1-5) Other information item names Other patient information item names , Other team information item names, other project information item names, other collection information item names, other medical examination information item names, other medical treatment information item name groups

【0022】研究プロジェクト情報データーベース2に
は、研究プロジェクト情報が登録される。例えば、次の
ような情報が登録される。 2−1)プロジェクト情報 2−2)チーム情報 2−3)研究員情報 2−4)端末情報 2−5)ログインユーザ情報 2−6)プロジェクト・チーム別患者一覧情報
Research project information is registered in the research project information database 2. For example, the following information is registered. 2-1) Project information 2-2) Team information 2-3) Researcher information 2-4) Terminal information 2-5) Login user information 2-6) Patient list information by project / team

【0023】患者情報データーベース3には、例えば、
次のような情報が登録される。 3−1)患者基本情報(氏名、住所、年齢、性別など) 3−2)その他患者情報(家族暦、喫煙、飲酒など) 3−3)診察結果 3−4)疾病履歴情報
The patient information database 3 includes, for example,
The following information is registered. 3-1) Basic patient information (name, address, age, gender, etc.) 3-2) Other patient information (family calendar, smoking, drinking, etc.) 3-3) Examination results 3-4) Disease history information

【0024】検体が採取された後、検体情報データーベ
ース4には、例えば、次のような情報が登録される。 4−1)検体番号 4−2)検体区分 4−3)採取量 4−4)同意書情報
After the sample is collected, the following information is registered in the sample information database 4, for example. 4-1) Sample number 4-2) Sample classification 4-3) Collection amount 4-4) Consent form information

【0025】採取履歴情報データーベース5には、例え
ば、次のような情報が登録される。 5−1)検体を採取した日付 5−2)検体番号 5−3)検体区分
The following information is registered in the collection history information database 5, for example. 5-1) Date when the sample was collected 5-2) Sample number 5-3) Sample classification

【0026】各データーベースはRDBMS (relational d
atabase management system)により構築されており、
各データーベースに登録された情報は、必要に応じて検
索することができる。
Each database is an RDBMS (relational d
atabase management system)
Information registered in each database can be searched as needed.

【0027】だたし、これらのデーターベースにアクセ
スする場合、ユーザ認証が行われる。例えば、プロジェ
クトID、チームID、ユーザID、パスワードを入力
し、ユーザ認証に成功した場合にのみ、これらのデータ
ーベースにアクセス可能となる。
When accessing these databases, user authentication is performed. For example, a project ID, a team ID, a user ID, and a password are input, and only when the user authentication succeeds, these databases can be accessed.

【0028】ステップS109において登録された検体
情報、及び患者情報は、匿名化システムに引き渡され
る。そして、匿名化システムにおいて、検体情報及び患
者情報に対する匿名化処理が実行される。(S201
〜)
The sample information and patient information registered in step S109 are transferred to the anonymization system. Then, in the anonymization system, anonymization processing is performed on the sample information and the patient information. (S201
~)

【0029】匿名化システムは、図示しないパーソナル
コンピュータにより構成され、連絡可能匿名化コード表
が登録される連絡可能匿名化コード表データベース21
と、受渡情報が登録される受渡情報データーベース22
を有している。
The anonymization system comprises a personal computer (not shown), and a contactable anonymization code table database 21 in which a contactable anonymization code table is registered.
And a delivery information database 22 in which delivery information is registered
have.

【0030】まず最初は、ステップS201において、
検体情報に対する匿名化処理が行われる。患者情報管理
システムにおいて、患者から採取した検体を識別するた
めに、検体毎に検体番号が付けられる。この検体番号と
患者情報とは対応付けられており、検体番号から患者情
報を特定することができる。そこで、この検体番号(匿
名前検体番号)に対応する新たな検体番号(匿名検体番
号)を生成し、匿名前検体番号と匿名検体番号とを対応
付けた対応表(連結可能匿名化コード表)を作成するこ
とにより、検体番号の匿名化を行う。作成された対応表
は、連結可能匿名化コード表データベース21に登録さ
れる。
First, in step S201,
Anonymization processing is performed on the sample information. In the patient information management system, a sample number is assigned to each sample in order to identify a sample collected from a patient. The sample number and the patient information are associated with each other, and the patient information can be specified from the sample number. Therefore, a new sample number (anonymous sample number) corresponding to this sample number (anonymous sample number) is generated, and a correspondence table (linkable anonymization code table) in which the anonymous sample number and the anonymous sample number are associated with each other The sample number is anonymized. The created correspondence table is registered in the linkable anonymized code table database 21.

【0031】次に、匿名検体番号に対応するバーコード
を図示せぬバーコードプリンタを用いラベルに印刷す
る。そして、匿名検体番号に対応するバーコードが印刷
されたラベルを対応する検体を入れた容器に貼り付け
る。その後、匿名検体番号に対応するバーコードを印刷
したラベルが貼付された匿名化された検体は、ステップ
S204において、研究側に提供される。
Next, a barcode corresponding to the anonymous sample number is printed on a label using a barcode printer (not shown). Then, the label on which the barcode corresponding to the anonymous sample number is printed is attached to the container containing the corresponding sample. Thereafter, the anonymized sample attached with the label printed with the barcode corresponding to the anonymous sample number is provided to the research side in step S204.

【0032】一方、ステップS202においては、患者
情報に対する匿名化が行われる。患者情報は、例えば、
診療情報(カルテ等の情報)と、患者の氏名、生年月
日、性別、住所、電話番号、指紋、カルテ番号等の、患
者個人を識別するための個人識別情報と、疾病履歴情報
等からなる。従って、これらの情報のうちの一部を削除
したり、加工することにより、患者情報を匿名化するこ
とができる。例えば、氏名、住所、指紋等を削除すれ
ば、患者を特定することは困難となる。さらに、電話番
号、生年月日等の他の情報を削除すれば、削除した分だ
け患者を特定することはさらに困難となる。
On the other hand, in step S202, anonymization of the patient information is performed. Patient information, for example,
It consists of medical treatment information (information such as medical records), personal identification information for identifying patients individually, such as the patient's name, date of birth, gender, address, telephone number, fingerprint, medical record number, and disease history information. . Therefore, the patient information can be anonymized by deleting or processing a part of the information. For example, if the name, address, fingerprint, and the like are deleted, it becomes difficult to identify the patient. Further, if other information such as a telephone number and a date of birth is deleted, it becomes more difficult to specify a patient by the amount deleted.

【0033】そして、匿名化された患者情報は、ステッ
プS203において、フロッピー(登録商標)ディスク
等の記録媒体に記録された後、研究側に提供される。記
録媒体に記録された内容は暗号化されている。或いは、
例えば、DES (data encryption standard)等の暗号化方
式により暗号化された後、インターネット等のネットワ
ークを介して研究側に提供される。そのとき、受渡情報
データーベース22に、例えば、次のような情報が登録
される。 22−1)連結可能匿名化検体番号 22−2)連結不可能匿名化検体番号 22−3)受渡日付 22−4)受渡履歴情報
Then, in step S203, the anonymized patient information is recorded on a recording medium such as a floppy (registered trademark) disk and then provided to the research side. The content recorded on the recording medium is encrypted. Or,
For example, after being encrypted by an encryption method such as DES (data encryption standard), it is provided to the research side via a network such as the Internet. At that time, the following information is registered in the delivery information database 22, for example. 22-1) Linkable anonymized sample number 22-2) Linkable anonymized sample number 22-3) Delivery date 22-4) Delivery history information

【0034】研究側の実験試料管理システムは、図示し
ないパーソナルコンピュータにより構成され、匿名患者
情報が登録される匿名患者情報データベース31と、研
究プロジェクト情報が登録される研究プロジェクト情報
データーベース32と、バーコード発行履歴情報が登録
されるバーコード発行履歴情報データーベース33と、
実験試料情報が登録される実験試料情報データベース3
4を有している。
The experimental sample management system on the research side is constituted by a personal computer (not shown), and stores an anonymous patient information database 31 in which anonymous patient information is registered, a research project information database 32 in which research project information is registered, and a bar. A barcode issue history information database 33 in which code issue history information is registered;
Experimental sample information database 3 in which experimental sample information is registered
Four.

【0035】実験試料管理システムは、ステップS30
1において、病院側から提供された検体の受付処理を行
う。即ち、病院側から提供された検体に貼付されたバー
コードで表される匿名検体番号を図示せぬバーコードリ
ーダを用いて読み取り、ステップS302において、読
み取った匿名検体番号を研究プロジェクト情報データベ
ース32に登録する。また、患者情報、匿名化システム
からインポートされたプロジェクト情報、又は新規プロ
ジェクト情報の登録・更新を行う。また、研究プロジェ
クト情報管理には、プロジェクト情報管理、チーム情報
管理、研究員情報管理、端末管理、ログインユーザ管理
などがある。
The experimental sample management system performs step S30.
In 1, the reception processing of the sample provided from the hospital is performed. That is, the anonymous sample number represented by the barcode attached to the sample provided by the hospital is read using a barcode reader (not shown), and the read anonymous sample number is stored in the research project information database 32 in step S302. register. Also, it registers and updates patient information, project information imported from the anonymization system, or new project information. The research project information management includes project information management, team information management, researcher information management, terminal management, login user management, and the like.

【0036】研究プロジェクト情報データベース32に
は、プロジェクト情報、チーム情報、研究員情報、端末
情報、ログインユーザ情報、プロジェクト・チーム別患
者一覧情報等が登録される。
In the research project information database 32, project information, team information, researcher information, terminal information, login user information, patient list information for each project / team, and the like are registered.

【0037】また、受付処理を終了した匿名化された検
体(匿名検体番号に対応するバーコードを印刷したラベ
ルが貼付された検体(匿名検体))は、ステップS30
4において、各解析機器に供給される。Sステップ30
7においては、細胞分離が行われる。例えば、匿名化さ
れた検体が血液である場合、まず、遠心分離により細胞
画分が分離され、さらに磁気細胞分離システムによって
T細胞、好中球、好酸球、B細胞などが分離される。
The anonymized sample (the sample to which the label printed with the bar code corresponding to the anonymous sample number is affixed (anonymous sample)) for which the reception process has been completed is processed in step S30.
At 4, it is supplied to each analytical instrument. S step 30
At 7, cell separation is performed. For example, when the anonymized sample is blood, first, a cell fraction is separated by centrifugation, and then T cells, neutrophils, eosinophils, B cells, and the like are separated by a magnetic cell separation system.

【0038】次にステップS309において、mRNA抽出
が行われる。即ち、上記分離された細胞(T細胞、好中
球、好酸球、B細胞など)のうち、T細胞、好中球、好
酸球の各々から、RNA(トータルRNA)を抽出し、
採取時の細胞中に存在するいろいろな遺伝子のmRNA
量を調べる。また、mRNA抽出の前にステップS30
8において、薬剤による刺激を行う場合がある。即ち、
ステップS307において分離された細胞に対して、特
殊な抗体、又は薬を投入することによって、細胞を刺激
してからRNAの抽出を行う場合がある。主に、刺激前
後の比較に利用される。
Next, in step S309, mRNA is extracted. That is, among the separated cells (T cells, neutrophils, eosinophils, B cells, etc.), RNA (total RNA) is extracted from each of the T cells, neutrophils, and eosinophils,
MRNA of various genes present in cells at the time of collection
Check the amount. Before the mRNA extraction, step S30
In 8, there may be a case where stimulation by a drug is performed. That is,
In some cases, RNA is extracted after stimulating the cells by adding a special antibody or drug to the cells separated in step S307. It is mainly used for comparison before and after stimulation.

【0039】また、ステップS307における細胞分離
を行わず、ステップS309において、直後、匿名化さ
れた検体からmRNAの抽出が行われる場合がある。
In some cases, immediately after step S309, mRNA is extracted from the anonymized specimen without performing cell separation in step S307.

【0040】ステップS309においてmRNAの抽出
が行われた後、ステップS310に進み、cDNA(co
mplementary DNA (相補的DNA))ライブラリが生成さ
れる。即ち、後述するゲノム基本データ管理システムに
おいて配列決定(解析)、発現解析、SNP解析などを
行うために、ステップS309において抽出されたmR
NAがDNAに変更される。実際には、mRNAを鋳型
として、mRNAに対応する(相補的な)DNAを逆転
写酵素反応によって合成する。これら合成されたDNA
の集合を、cDNA(complementary DNA (相補的DNA
))ライブラリという。
After the mRNA is extracted in step S309, the process proceeds to step S310, where the cDNA (co
A mplementary DNA (complementary DNA) library is generated. That is, in order to perform sequence determination (analysis), expression analysis, SNP analysis, and the like in the genome basic data management system described later, the mR extracted in step S309
NA is changed to DNA. In practice, using the mRNA as a template, a DNA (complementary) corresponding to the mRNA is synthesized by a reverse transcriptase reaction. These synthesized DNAs
The set of cDNAs is called cDNA (complementary DNA).
)) The library.

【0041】また、ステップS301において受付が行
われた匿名検体がDNAである場合、ステップS305
においてそのままアーカイブとして保存される。また、
ステップS306においては、PCR(Polymerace Cha
in Roaction)による目的配列の増幅が行われる。これ
は、合成されたDNAは、解析するには十分な量がない
ため、通常、DNAを大量に増幅して解析を行うからで
ある。PCRは、遺伝子解析に不可欠な技術である。
If the anonymous sample accepted in step S301 is DNA, step S305
Is stored as it is in the archive. Also,
In step S306, the PCR (Polymerace Cha
in Roaction). This is because the synthesized DNA does not have a sufficient amount for analysis, and thus the DNA is usually amplified and analyzed in large quantities. PCR is an essential technology for gene analysis.

【0042】匿名患者情報データーベース31には、匿
名化された患者情報が登録される。研究プロジェクト情
報データーベース32には、患者情報管理システムの研
究プロジェクト情報データーベース32に登録されてい
る情報がフロッピーディスク等の記録媒体を介してコピ
ーされる。即ち、プロジェクト情報、チーム情報、研究
員情報、端末情報、ログインユーザ情報、プロジェクト
・チーム別患者一覧情報等が登録される。
Anonymized patient information is registered in the anonymous patient information database 31. Information registered in the research project information database 32 of the patient information management system is copied to the research project information database 32 via a recording medium such as a floppy disk. That is, project information, team information, researcher information, terminal information, login user information, patient list information for each project / team, and the like are registered.

【0043】バーコード発行履歴情報データーベース3
3には、例えば、過去において、バーコードをラベルに
印刷して発行した日付、発行したバーコードに対応する
匿名検体番号等の情報が登録される。実験試料情報デー
タベース34には、試験区分、ライブラリ、プレート管
理、バーコード情報などが登録される。
Barcode issuance history information database 3
For example, in the past, information such as a date when a barcode was printed on a label and issued in the past, an anonymous sample number corresponding to the issued barcode, and the like are registered. In the experimental sample information database 34, test categories, libraries, plate management, barcode information, and the like are registered.

【0044】ゲノム基本データ管理システムは、図示し
ないUNIX(登録商標)サーバより構成され、配列情
報相同性検索情報が登録される配列情報相同性検索情報
データベース41と、発現情報が登録される発現情報デ
ータベース42と、SNP情報が登録されるSNP情報
データベース43を有しており、遺伝子解析に必要な各
種測定機器が接続されている。
The genome basic data management system comprises a UNIX (registered trademark) server (not shown), and a sequence information homology search information database 41 in which sequence information homology search information is registered, and expression information in which expression information is registered. It has a database 42 and a SNP information database 43 in which SNP information is registered, and is connected to various measuring devices required for gene analysis.

【0045】ゲノム基本データ管理システムは、ステッ
プS401において、実験試料管理システムにおいて生
成されたcDNAライブラリの提供を受け、cDNAの
配列を決定する。また、ステップS405において、実
験試料管理システムからDNAの提供を受け、目的領域
の配列を決定する。即ち、ポリアクリルアミドゲル電気
泳動を応用した自動シーケンサ(Applied Biosystems I
nc..377など)を用いて、増幅されたPCR産物の配
列決定を行う。
In step S401, the genome basic data management system receives the cDNA library generated by the experimental sample management system, and determines the sequence of the cDNA. In step S405, the DNA is provided from the experimental sample management system, and the sequence of the target region is determined. That is, an automatic sequencer to which polyacrylamide gel electrophoresis is applied (Applied Biosystems I
nc..377), and the amplified PCR product is sequenced.

【0046】ステップS402においては、Stanford
型マイクロアレイによる発現解析が行われる。また、ス
テップS403においては、GeneChip(Affymctrix)によ
る発現解析が行われる。マイクロアレイ技術は、非多孔
性の担体(表面を特殊加工したスライドガラスを用いる
場合が多い)上に、高密度でプローブDNAを固定し、
蛍光色素でラベルしたDNA、著しくはRNAをそこに
ハイブリダイゼーションさせ、蛍光スキャナで定量的に
mRNAの発現量を検出する方法である。代表的なものに、
上述したStanford大学のBrownらのグループによって提
案された方式と、米国Affymetrix社によって商品化され
た方式などがある。
In step S402, Stanford
Expression analysis is performed using a microarray. In step S403, expression analysis using GeneChip (Affymctrix) is performed. Microarray technology involves immobilizing probe DNA at high density on a non-porous carrier (often using a glass slide with a specially processed surface)
Fluorescent dye-labeled DNA, notably RNA, is hybridized thereto and quantitatively analyzed with a fluorescent scanner.
This is a method for detecting the expression level of mRNA. In a typical one,
There is a method proposed by the group of Brown et al. Of Stanford University mentioned above, and a method commercialized by Affymetrix in the United States.

【0047】また、ステップS404においては、SN
Pタイピングが行われる。SNP(Singlec Nucleotide
Polymorphism)は、DNA配列上−塩基の置換・挿
入、又は欠失による差異を意味する。タイピングとは、
各々の個人(団体)が標準に対して−塩基の差異(又は
差異の頻度)を調べることである。
In step S404, SN
P typing is performed. SNP (Singlec Nucleotide
Polymorphism) means a difference due to substitution / insertion or deletion of a base in a DNA sequence. What is typing?
Each individual (organization) is to check for base differences (or frequency of differences) against the standard.

【0048】配列情報相同性検索情報データベース41
には、配列管理、自動実行ジョブ管理、配列データベー
ス管理、相同性検索(ホモロジー検索)結果などの情報
が登録される。また、発現情報データベース42には、
Stanford型マイクロアレイ、又はGeneChip(Affymetrix)
によって発現解析した結果(蛍光強度を表す数値)等の
情報が登録される。また、SNP情報データベース43
には、SNP解析によって得られた結果(SNP位置情
報、Allelc数、遺伝子型頻度、ヘテロ頻度など)の情報
が登録される。
Sequence information homology search information database 41
Information such as sequence management, automatic execution job management, sequence database management, and homology search (homology search) results is registered in. The expression information database 42 includes
Stanford type microarray or GeneChip (Affymetrix)
Thus, information such as the result of expression analysis (a numerical value representing the fluorescence intensity) is registered. Also, the SNP information database 43
, Information on the results obtained by the SNP analysis (SNP position information, Allelc number, genotype frequency, hetero frequency, etc.) is registered.

【0049】また、上述したような処理を実行するプロ
グラムは、CD−ROM(Compactdisc road only memo
ry)、DVD(digital versatilc disc)、フロッピデ
ィスク、メモリカード等の様々な記憶媒体に記憶して提
供することができる。そして、そのプログラムは、コン
ピュータの動作を制御し、プログラム制御されたそのコ
ンピュータが上記プログラムにより指令される所定の処
理を実行する。
The program for executing the above-described processing is a CD-ROM (Compactdisc road only memo).
ry), a DVD (digital versatilc disc), a floppy disk, a memory card, and other various storage media. The program controls the operation of the computer, and the computer controlled by the program executes a predetermined process instructed by the program.

【0050】なお、上記実施の形態の構成及び動作は例
であって、本発明の趣旨を逸脱しない範囲で適宜変更す
ることができることは言うまでもない。
It should be noted that the configuration and operation of the above embodiment are examples, and it is needless to say that the configuration and operation can be appropriately changed without departing from the spirit of the present invention.

【0051】[0051]

【発明の効果】以上の如く、本発明に係る遺伝子解析等
の匿名臨床研究支援方法およびそのシステムによれば、
病院側は、被験者の個人情報を記憶し、被験者に対して
診察を行い、被験者に対する診察によって得られた診察
結果を記憶し、被験者から、検体の提供に関してインフ
ォームド・コンセントを受け、被験者から検体を採取
し、採取された検体を識別するための検体番号を検体に
付与し、検体番号に代えて、検体番号を匿名化して得ら
れた匿名検体番号を検体に付与し、検体番号と匿名検体
番号とを対応付けたデータを記憶し、被験者の個人情報
および診察結果を匿名化し、匿名検体番号が付与された
検体と、匿名化された個人情報および診察結果を研究側
に提供する。研究側は、病院側から提供された匿名検体
番号が付与された検体を受け付け、病院側から提供され
た患者の匿名化された個人情報および診察結果を、匿名
検体番号と対応けて記憶し、匿名検体番号が付与された
検体に対して遺伝子解析等の臨床研究を行うようにした
ので、匿名性を要する遺伝子解析等の臨床研究の方法を
確立し、被験者のプライバシーや人権を保護した上、診
察情報とゲノム情報と合わせた総合解析が可能となる。
特に、検体や情報の識別記号列に個人情報識別子や処理
段階識別情報といった付加情報を組み込むことにより、
データフロー型のローカルな物流制御を可能となり、匿
名性の向上とともに、操作性の改善を図ることができ
る。
As described above, according to the method and system for supporting anonymous clinical research such as gene analysis according to the present invention,
The hospital memorizes the subject's personal information, conducts a medical examination on the subject, memorizes the medical examination results obtained by the medical examination on the subject, receives informed consent from the subject regarding the provision of the sample, and A sample is collected, a sample number for identifying the collected sample is assigned to the sample, and an anonymous sample number obtained by anonymizing the sample number is assigned to the sample instead of the sample number, and the sample number and the anonymous The system stores data associated with the sample number, anonymizes the personal information and the examination result of the subject, and provides the sample to which the anonymous sample number is assigned and the anonymized personal information and the examination result to the research side. The research side accepts the sample provided with the anonymous sample number provided by the hospital, and stores the anonymized personal information and the examination result of the patient provided by the hospital in association with the anonymous sample number, Since clinical research such as genetic analysis is performed on samples to which anonymous sample numbers have been assigned, methods of clinical research such as genetic analysis that require anonymity have been established, protecting the privacy and human rights of subjects, Comprehensive analysis combining diagnosis information and genome information becomes possible.
In particular, by incorporating additional information such as personal information identifiers and processing stage identification information into the identification symbol strings of samples and information,
Local distribution control of a data flow type becomes possible, and an operability can be improved as well as anonymity.

【0052】[0052]

【図面の簡単な説明】[Brief description of the drawings]

【図1】本発明の匿名化臨床研究方法を遺伝子解析研究
に適用した場合の遺伝子解析研究システムの全体構成と
その処理手順を説明するための図である。
FIG. 1 is a diagram for explaining an overall configuration of a gene analysis research system and a processing procedure when the anonymized clinical research method of the present invention is applied to gene analysis research.

【図2】本発明の検体識別用の記号列の構成を説明する
ための図である。
FIG. 2 is a diagram for explaining a configuration of a symbol string for specimen identification according to the present invention.

【図3】本発明の検体識別用の記号列に付加情報を組み
込んだ場合の構成を説明するための図である。
FIG. 3 is a diagram for explaining a configuration when additional information is incorporated into a symbol string for specimen identification according to the present invention.

【図4】本発明の匿名化システムの構成とその処理手順
を説明するための図である。
FIG. 4 is a diagram for explaining a configuration of an anonymization system and a processing procedure thereof according to the present invention;

【図5】本発明の患者情報管理システムの構成とその処
理手順を説明するための図である。
FIG. 5 is a diagram for explaining a configuration of a patient information management system of the present invention and a processing procedure thereof.

【図6】本発明の実験試料管理システムの構成とその処
理手順を説明するための図である。
FIG. 6 is a diagram for explaining a configuration of an experimental sample management system of the present invention and a processing procedure thereof.

【図7】本発明のゲノム基本データ管理システムの構成
とその処理手順を説明するための図である。
FIG. 7 is a diagram for explaining a configuration of a genome basic data management system of the present invention and a processing procedure thereof.

【0053】[0053]

【符号の説明】[Explanation of symbols]

1 マスタ情報データベース 2 研究プロジェクト情報データベース 3 患者情報データベース 4 検体情報データベース 5 採取履歴情報データベース 21 連結可能匿名化コード表 22 受渡情報データベース 31 匿名患者情報データベース 32 研究プロジェクト情報データベース 33 バーコード発行履歴情報データベース 34 実験試料情報データベース 41 配列情報相同性検索情報データベース 42 発現情報データベース 43 SNP情報データベース 1 Master Information Database 2 Research Project Information Database 3 Patient Information Database 4 Specimen Information Database 5 Collection History Information Database 21 Connectable Anonymization Code Table 22 Delivery Information Database 31 Anonymous Patient Information Database 32 Research Project Information Database 33 Barcode Issue History Information Database 34 Experimental sample information database 41 Sequence information homology search information database 42 Expression information database 43 SNP information database

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 武田 徹哉 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (72)発明者 三橋 信孝 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (72)発明者 桑原 秀也 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (72)発明者 柳沢 宏次 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (72)発明者 鹿内 俊秀 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (72)発明者 福田 泉 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (72)発明者 所 有子 東京都中野区東中野2丁目7番14号 三 井情報開発株式会社内 (56)参考文献 特開 平8−263577(JP,A) 特開 平11−154185(JP,A) 特開 平9−179923(JP,A) 特開 平11−295318(JP,A) 実開 平6−59937(JP,U) 特表 平11−505352(JP,A) 武井仁,バーコードラベルの活用によ る検査処理の省力化,医療とコンピュー タ,日本,有限会社ネットワーク,1994 年 7月25日,第6巻第4号,第31−37 頁 谷重喜,病院における二次元バーコー ドの活用,医療とコンピュータ,日本, 有限会社ネットワーク,1994年 7月25 日,第6巻第4号,第2−8頁 長谷川利典,登録システム:循環器疾 患の登録システムにおける患者プライバ シ保護の問題点,日循協誌,日本,1990 年 4月,第25巻第1号,第60−63頁 (58)調査した分野(Int.Cl.7,DB名) G06F 17/60 G06F 17/30 C12N 15/09 JICSTファイル(JOIS)──────────────────────────────────────────────────続 き Continuing on the front page (72) Inventor Tetsuya Takeda 2-7-14 Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo Inside Mitsui Information and Development Co., Ltd. (72) Inventor Nobutaka Mitsuhashi 2-7-14 Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo Mitsui Information Development Co., Ltd. (72) Hideya Kuwahara, Inventor 2-7-14 Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo Mitsui Information Development Co., Ltd. (72) Koji Yanagisawa 2-chome, Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo No. 14 Mitsui Information Development Co., Ltd. (72) Inventor Toshihide Kauchi 2-7-1 Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo Mitsui Information Development Co., Ltd. (72) Inventor Izumi Fukuda 2-7-1, Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo No. 14 Mitsui Information Development Co., Ltd. (72) Inventor Yuko 2-7-14 Higashinakano, Nakano-ku, Tokyo Mitsui Information Development Co., Ltd. (56) References JP-A-8-26357 JP-A-11-154185 (JP, A) JP-A-9-179923 (JP, A) JP-A-11-295318 (JP, A) JP-A-6-59937 (JP, U) Tokuhyo Hei 11-505352 (JP, A) Hitoshi Takei, Labor saving of inspection processing by using barcode labels, Medical care and computer, Japan, Limited Company Network, July 25, 1994, Volume 6, No. 6. No.4, pp.31-37 Shigeyoshi Tani, Utilization of Two-Dimensional Barcode in Hospital, Medical and Computer, Japan, Limited Network, July 25, 1994, Volume 6, No.4, pp.2-8 Hasegawa References, registration system: Problems of patient privacy protection in the registration system for cardiovascular diseases, Nikkei Cooperative Journal, Japan, April 1990, Vol. 25, No. 1, pp. 60-63 (58) (Int.Cl. 7 , DB name) G06F 17/60 G06F 17/30 C12N 15/09 JICST file (JOIS)

Claims (4)

(57)【特許請求の範囲】(57) [Claims] 【請求項1】被験者に対して診察を行い、前記被験者か
ら検体を採取し、前記患者から採取された検体に対して
臨床研究を行うための匿名化臨床研究支援システムであ
って、被験者に関する個人情報の入力時に、所要の桁数
をもって構成され、各被験者を識別可能な記号列からな
る、個人識別子を出力する個人識別子出力手段と、 前記被験者に関する個人情報を、対応する前記個人識別
子により検索可能に記憶する第1記憶手段と、 前記被験者からの検体提供に関するインフォームド・コ
ンセントを受けて、対応する被験者から採取される検体
についての処理手順情報の入力を受け付けるための処理
手順情報入力手段と、 該検体についての処理手順情報を前記個人識別子に基づ
いて検索可能に記憶する第2記憶手段と、 少なくとも前記個人識別子の記号列および初期化された
処理段階識別情報をその一部に含みかつ所要の桁数をも
って構成される各検体を識別可能な検体識別記号列を出
力する検体識別記号列出力手段と、 前記出力された検体識別記号列を前記検体に対し付与す
る指示を表示する第1指示手段と、 該付与された検体識別記号列を検出し、該検体識別記号
中の個人識別子および処理段階識別情報に相当する記号
列を検出する第1検出手段と、 該個人識別子に対応する診断所見情報の入力を受け付け
るための診断所見情報入力手段と、 前記被験者に対する診断所見情報を、当該被験者にかか
る前記個人識別子に基づいて検索可能に記憶する第3記
憶手段と、 前記個人識別子の記号列と1対1に対応しかつ前記個人
識別子の記号列を類推不可能である記号列をその一部に
含む、匿名個人識別子を出力する匿名個人識別子出力手
段と、 前記個人識別子と前記匿名個人識別子との対応関係を記
憶する第4記憶手段と、前記検体識別記号列と1対1に
対応しかつ前記検体識別記号列中の個人識別子の記号列
に対応する、前記匿名個人識別子の記号列をその一部に
含むとともに、匿名化処理済であることを識別可能な処
理段階識別情報の記号列をその一部に含む、匿名検体識
別記号列を出力する匿名検体識別記号列出力手段と、 前記検体識別記号列と前記匿名検体識別記号列とを対応
関係を記憶する第5記憶手段と、 前記検体識別記号列に代えて前記匿名検体識別記号列を
前記検体に付与する指示を表示する第1匿名化手段と、 前記第1記憶手段、第2記憶手段及び第3記憶手段に、
前記個人識別子に基づいて検索可能に記憶された前記個
人情報、前記検体の処理手順情報および前記診断所見情
報について、それぞれ対応する前記匿名個人識別子によ
り検索可能となるように該第1記憶手段、第2記憶手段
及び第3記憶手段の内容を記憶し直す第2匿名化手段
と、 該検体に付与された匿名検体識別記号列を検出し、該匿
名検体識別記号列中の匿名個人識別子および段階識別情
報に相当する記号列を検出する第2検出手段と、該第2
検出手段により検出された匿名識別子と段階識別情報に
基づいて、対応する該検体の処理手順情報を匿名化処理
された第2記憶手段から読み出し、該処理手順情報によ
って指定される移送先に対し、前記匿名検体識別記号列
が付与された検体の移送の指示を表示する第2指示手段
と、 該移送する検体に対応する診断所見情報および処理手順
情報を、その対応する匿名識別子および段階識別情報に
基づいて、読み出された処理手順情報において指定され
た移送先に対し送信する送信手段と、 前記被験者の匿名識別子により検索可能な診断所見情報
及び処理手順情報を受信する受信手段と、 前記受信した前記処理手順情報および診察診断情報を、
前記第2記憶手段および第3記憶手段とは別に該匿名識
別子により検索可能に記憶する第6記憶手段と、前記匿
名検体識別記号列が付与された前記検体の到着を検出す
るとともに、その検体に付与されている匿名検体識別記
号列の検出を行い、該匿名検体記号列中の匿名識別子及
び段階識別情報に相当する部分の記号列を検出する第3
検出手段と、該第3検出手段により検出された匿名検体
識別記号列中の匿名識別子及び段階識別情報に相当する
部分の記号列に基づいて、前記第6記憶手段に記憶した
処理手順情報から該当する処理手順情報を読み出し、該
検体に対し、該指定される臨床研究処理の指示を表示す
る臨床研究処理指示手段とを備え、 前記匿名検体識別記号列中の匿名識別子および段階識別
記号列に基づいて、該被験者の診断所見情報および処理
手順を参照しつつ、該検体に対し、所要の臨床研究を行
うことを特徴とする匿名化臨床研究支援システム。
An anonymized clinical research support system for performing an examination on a subject, collecting a sample from the subject, and performing a clinical study on the sample collected from the patient, the system comprising: At the time of inputting information, a personal identifier output means for outputting a personal identifier, which is composed of a required number of digits and is composed of a symbol string capable of identifying each subject, and personal information relating to the subject can be searched by the corresponding personal identifier A first storage means for storing in the memory, a processing procedure information input means for receiving an informed consent regarding the provision of the sample from the subject, and receiving an input of processing procedure information on the sample collected from the corresponding subject; A second storage means for storing processing procedure information for the sample in a searchable manner based on the personal identifier; Sample identification symbol string output means for outputting a sample identification symbol string capable of identifying each sample having a required number of digits, including a symbol string of an identifier and initialized processing stage identification information as a part thereof, First instruction means for displaying an instruction to assign the outputted sample identification symbol string to the sample, detecting the assigned sample identification symbol string, and converting the sample identifier into a personal identifier and processing step identification information. First detection means for detecting a corresponding symbol string; diagnostic finding information input means for accepting input of diagnostic finding information corresponding to the personal identifier; and diagnostic finding information for the subject, the personal identifier for the subject. A third storage unit that stores the symbol string of the personal identifier in a one-to-one correspondence with the symbol string of the personal identifier, and the symbol string of which the analog string of the personal identifier cannot be inferred. An anonymous personal identifier output means for outputting an anonymous personal identifier, a fourth storage means for storing a correspondence between the personal identifier and the anonymous personal identifier, a one-to-one correspondence with the specimen identification symbol string, and The symbol string of the anonymous personal identifier corresponding to the symbol string of the personal identifier in the specimen identification symbol string is included in a part thereof, and the symbol string of the processing stage identification information capable of identifying that the anonymization processing has been completed is performed. An anonymous sample identification symbol string output means for outputting an anonymous sample identification symbol string, a fifth storage means for storing a correspondence between the sample identification symbol string and the anonymous sample identification symbol string, A first anonymizing unit that displays an instruction to assign the anonymous sample identification symbol string to the sample instead of an identification symbol string; and the first storage unit, the second storage unit, and the third storage unit.
The first storage unit, the first storage unit, the second storage unit, and the second storage unit, so that the personal information stored in a searchable manner based on the personal identifier, the processing procedure information of the sample, and the diagnostic finding information can be searched by the corresponding anonymous personal identifier. A second anonymizing means for re-storing the contents of the second storage means and the third storage means, detecting an anonymous sample identification symbol string given to the sample, and identifying an anonymous individual identifier and a stage identification in the anonymous sample identification symbol string Second detecting means for detecting a symbol string corresponding to information;
Based on the anonymous identifier and the stage identification information detected by the detection means, read the corresponding processing procedure information of the sample from the anonymized second storage means, and for the transfer destination specified by the processing procedure information, Second instruction means for displaying an instruction to transfer the sample to which the anonymous sample identification symbol string has been assigned; and diagnostic finding information and processing procedure information corresponding to the sample to be transferred to the corresponding anonymous identifier and step identification information. Transmitting means for transmitting to the transfer destination specified in the read processing procedure information, based on the received processing procedure information, receiving means for receiving diagnostic finding information and processing procedure information that can be searched for by the anonymous identifier of the subject, and The processing procedure information and consultation diagnosis information,
A sixth storage unit, which is separate from the second storage unit and the third storage unit, so as to be searchable by the anonymous identifier, and detects arrival of the sample to which the anonymous sample identification symbol string has been added; A third method of detecting the assigned anonymous sample identification symbol string and detecting a symbol string corresponding to the anonymous identifier and the stage identification information in the anonymous sample symbol string.
Detecting means, based on the anonymous identifier in the anonymous specimen identification symbol string detected by the third detection means and the symbol string corresponding to the step identification information, from the processing procedure information stored in the sixth storage means. Reading out the processing procedure information to be performed, and displaying the designated clinical research processing instruction for the sample, based on the anonymous identifier and the stage identification symbol string in the anonymous sample identification symbol string. An anonymized clinical research support system characterized in that necessary clinical research is performed on the sample while referring to the diagnostic finding information and processing procedure of the subject.
【請求項2】前記第5記憶手段に記憶された前記検体識
別記号列と前記匿名検体識別記号列との対応関係を削除
する第3匿名化手段をさらに備えることを特徴とする請
求項1に記載の匿名化臨床研究支援システム。
2. The apparatus according to claim 1, further comprising third anonymizing means for deleting a correspondence between the sample identification symbol string and the anonymous sample identification symbol string stored in the fifth storage means. Anonymized clinical research support system as described.
【請求項3】前記匿名検体識別記号列出力手段におい
て、前記匿名個人識別子は、前記個人識別子とは無関係
にランダムに発生された記号列により構成されることを
特徴とする請求項1または2の何れか1項に記載の匿名
化臨床研究支援システム。
3. The anonymous sample identification symbol string output means, wherein the anonymous personal identifier is constituted by a symbol string randomly generated independently of the personal identifier. An anonymized clinical research support system according to any one of the preceding claims.
【請求項4】前記第1指示手段又は第1匿名化指示手段
における前記検体識別記号列乃至前記匿名検体識別記号
列を検体に付与する指示とは、該記号列に対応するバー
コードをバーコードプリンターを用いてラベルに印刷
し、該バーコードが印刷されたラベルを前記検体の容器
に貼付させるための指示であって、これら指示手段と
は、該指示に関する表示手段であり、一方、前記第1か
ら第3の検出手段とは、バーコードリーダであって、前
記検体の容器に貼付され、前記検体識別記号列乃至前記
匿名検体識別記号列が印刷されたラベルから、該検体識
別記号列乃至匿名検体識別記号列を検出するものである
ことを特徴とする請求項1〜3の何れか1項に記載の匿
名化臨床研究支援システム。
4. The instruction for giving the sample identification symbol string or the anonymous sample identification symbol string to a sample in the first instruction means or the first anonymization instruction means is a bar code corresponding to the symbol string. It is an instruction for printing on a label using a printer and attaching the label printed with the barcode to the container of the sample, and these instruction means are display means for the instruction, while the The first to third detection means are bar code readers, which are attached to the container of the sample, and the sample identification symbol string or the anonymous sample identification symbol string is printed on the sample identification symbol string or the label. The anonymized clinical research support system according to any one of claims 1 to 3, wherein the system detects anonymous sample identification symbol strings.
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