JP2024520427A - Ｒａｓ変異を標的とするｔ細胞受容体およびその使用 - Google Patents

Ｒａｓ変異を標的とするｔ細胞受容体およびその使用 Download PDF

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スミタ エス． チャンドラン，
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Abstract

本開示の主題は、変異ＲＡＳプロトオンコジーンを標的とする新規Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。本開示の主題は、そのようなＴＣＲを含む細胞、およびＲＡＳに関連する癌を処置するためにそのような細胞を使用する方法をさらに提供する。本開示の主題は、変異を含むＲＡＳペプチドを標的とするＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２変異を含む。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｄ変異を含む。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０２１年５月２５日に出願された米国仮出願第６３／１９２，７８３号に基づく優先権を主張し、その内容全体が参照により組み込まれ、優先権が主張される。
配列表
本出願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出された配列表を含有し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０２２年５月２５日に作成された当該ＡＳＣＩＩコピーの名称は０７２７３４．１３５４＿ＳＴ２５．ｔｘｔであり、サイズは７５，１１６バイトである。
１．序論
本開示の主題は、変異ＲＡＳプロトオンコジーンを標的とする新規Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。本開示の主題は、そのようなＴＣＲを含む細胞、および変異ＲＡＳに関連する癌を処置するためにそのような細胞を使用する方法をさらに提供する。
２．発明の背景
細胞ベースの免疫療法は、癌を処置するための治癒可能性を有する療法である。免疫応答性細胞（例えば、Ｔ細胞）は、選択された抗原に特異的なＴＣＲをコードする遺伝物質の導入によって腫瘍抗原を標的とするように改変され得る。特異的ＴＣＲを使用する標的化Ｔ細胞療法は、多様な固形および血液悪性腫瘍の処置における臨床的成功を示している。
まとめると、ＲＡＳタンパク質は、ヒト癌において最も変異した癌タンパク質ファミリーである。ＲＡＳタンパク質（例えば、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、およびＨＲＡＳ）をコードする発癌性変異を有する患者は、典型的には、標準的な療法にあまり応答しない。発癌性ＲＡＳ変異の活性化は、癌患者の残基位置１２、１３および６１で頻繁に観察される。これらの中で、Ｇ１２は最も頻繁に変異した残基（８９％）であり、最も頻繁にはアスパラギン酸（Ｇ１２Ｄ）、バリン（Ｇ１２Ｖ）またはシステイン（Ｇ１２Ｃ）に変異する。したがって、変異ＲＡＳタンパク質に由来するＴＣＲ標的化エピトープを同定するための新規な治療戦略が必要とされている。さらに、最小限の毒性および免疫原性で強力な癌根絶を誘導することができる戦略を開発する必要性が満たされていない。
３．発明の要旨
本開示の主題は、変異を含むＲＡＳペプチドを標的とするＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２変異を含む。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｄ変異を含む。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、９ｍｅｒまたは１０ｍｅｒである。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、１０ｍｅｒである。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、配列番号１または配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、ＨＬＡクラスＩ複合体と会合している。特定の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ複合体は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃから選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡクラスＩ複合体は、ＨＬＡ－Ａである。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊１１である。
特定の実施形態では、ＴＣＲは、ＲＡＳペプチドに結合する細胞外ドメインを含み、細胞外ドメインはα鎖およびβ鎖を含み、α鎖はα鎖可変領域およびα鎖定常領域を含み、β鎖はβ鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含む。
特定の実施形態では、細胞外ドメインはα鎖可変領域およびβ鎖可変領域を含み、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、β鎖可変領域は、配列番号９に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号１６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、β鎖可変領域は、配列番号１９に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、β鎖可変領域は、配列番号２８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、β鎖可変領域は、配列番号３８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、β鎖可変領域は、配列番号４６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、β鎖可変領域は、配列番号８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号１５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、β鎖可変領域は、配列番号１８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号１５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、β鎖可変領域は、配列番号２７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、β鎖可変領域は、配列番号３７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、β鎖可変領域は、配列番号４６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、
ａ）β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｂ）β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｃ）β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｄ）β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
ｅ）β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１０、配列番号２０、配列番号２９、配列番号３９または配列番号４８に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１０、配列番号２０、配列番号２９、配列番号３９または配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号１１、配列番号２１、配列番号３０、配列番号４０、または配列番号４９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号１１、配列番号２１、配列番号３０、配列番号４０または配列番号４９に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号３０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号４９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列を含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号３０に示されるアミノ酸配列を含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域が、配列番号４９に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、
ａ）α鎖は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列を含む；
ｂ）α鎖は、配列番号２２に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号２３に示されるアミノ酸配列を含む；
ｃ）α鎖は、配列番号３１に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号３２に示されるアミノ酸配列を含む；
ｄ）α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号４２に示されるアミノ酸配列を含む；または
ｅ）α鎖は、配列番号５０に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号５１に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号４２に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、細胞外ドメインは、参照ＴＣＲまたはその機能的断片と同じＲＡＳペプチドに結合し、参照ＴＣＲまたはその機能的断片は、α鎖可変領域およびβ鎖可変領域を含み、
ａ）α鎖可変領域は、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｂ）α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｃ）α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
ｄ）α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
ｅ）α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲは組換え発現される、および／またはベクターから発現される。特定の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３に示されるアミノ酸配列を含むまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合しない。
特定の実施形態では、α鎖定常領域は、配列番号５３または配列番号５４に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖定常領域は、配列番号５３または配列番号５４に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、β鎖定常領域は、配列番号５５、配列番号５６、または配列番号５７に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖定常領域は、配列番号５５、配列番号５６または配列番号５７に示されるアミノ酸配列を含む。
本開示の主題は、本明細書に開示のＴＣＲをコードする核酸を提供する。本開示の主題は、本明細書に開示のＴＣＲまたは本明細書に開示の核酸を含む細胞をさらに提供する。特定の実施形態では、細胞にＴＣＲを形質導入する。特定の実施形態では、ＴＣＲは、細胞の表面に構成的に発現される。特定の実施形態では、細胞は免疫応答性細胞である。特定の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞、およびリンパ系細胞が分化され得る多能性幹細胞からなる群から選択される。特定の実施形態では、細胞はＴ細胞である。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、制御性Ｔ細胞、γδ Ｔ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞（ＮＫ－Ｔ）、幹細胞メモリーＴ細胞（ＴＳＣＭ）、セントラルメモリーＴ細胞（ＴＣＭ）、およびエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ）からなる群から選択される。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、γδ Ｔ細胞である。特定の実施形態では、Ｔ細胞は、ＮＫ－Ｔ細胞である。特定の実施形態では、ＴＣＲまたは核酸は、細胞のゲノム内の遺伝子座（例えば、Ｔ細胞）に組み込まれる。特定の実施形態では、遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、ＴＲＤＣ遺伝子座、およびＴＲＧＣ遺伝子座から選択される。特定の実施形態では、遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座である。
本開示の主題はまた、本明細書に開示される細胞を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は、薬学的に許容され得る担体をさらに含む医薬組成物である。
さらに、本開示の主題は、本明細書に開示の核酸を含むベクターを提供する。特定の実施形態では、ベクターは、γ－レトロウイルスベクターである。
さらに、本開示の主題は、Ｇ１２変異を含むＲＡＳペプチドに結合する細胞を産生するための方法を提供する。特定の実施形態では、本方法は、本明細書に開示される核酸またはベクターを細胞に導入することを含む。
さらに、本開示の主題は、対象におけるＲＡＳに関連する腫瘍を処置および／または予防する方法を提供する。特定の実施形態では、本方法は、本明細書に開示される細胞または組成物を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、腫瘍は、ＲＡＳ変異に関連する。特定の実施形態では、ＲＡＳ変異は、Ｇ１２Ｄ変異である。
特定の実施形態では、腫瘍は、膵臓癌、乳癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、肛門癌、膀胱癌、結腸直腸癌、胆管細胞癌／胆管癌、肺癌、卵巣癌、食道癌、胃癌、頭頸部扁平上皮癌腫、非黒色腫皮膚癌、唾液腺癌、黒色腫、および多発性骨髄腫からなる群から選択される。特定の実施形態では、腫瘍は、膵臓癌である。特定の実施形態では、腫瘍は、結腸直腸癌である。特定の実施形態では、対象は、ヒトである。特定の実施形態では、対象は、ＨＬＡ－Ａを含む。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊１１である。
さらに、ここに開示される主題は、ＲＡＳに関連する腫瘍を対象において処置および／または予防するための、本明細書に開示される細胞または組成物の使用を提供する。特定の実施形態では、腫瘍は、ＲＡＳ変異に関連する。特定の実施形態では、ＲＡＳ変異は、Ｇ１２Ｄ変異である。特定の実施形態では、腫瘍は、膵臓癌、乳癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、肛門癌、膀胱癌、結腸直腸癌、胆管細胞癌／胆管癌、肺癌、卵巣癌、食道癌、胃癌、頭頸部扁平上皮癌腫、非黒色腫皮膚癌、唾液腺癌、黒色腫、および多発性骨髄腫からなる群から選択される。特定の実施形態では、腫瘍は、膵臓癌である。特定の実施形態では、対象は、ヒトである。特定の実施形態では、対象は、ＨＬＡ－Ａを含む。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊１１である。
４．図面の簡単な説明
以下の詳細な説明は、例として与えられるが、本発明を記載された特定の実施形態に限定することを意図するものではなく、添付の図面と併せて理解され得る。
図１Ａ～図１Ｃは、変異型ＫＲＡＳタンパク質から生じる、内因的にプロセシングされ、提示された共有または「公開」のネオ抗原（ＮｅｏＡｇｓ）のＨＬＡ拘束性免疫ペプチドームを解明するための機能的スクリーニングを示す。図１Ａは、ＣＯＳ－７を人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）として使用するＨＬＡ免疫沈降（ＩＰ）／タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）スクリーニングの概略図を示す。図１Ｂは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１およびＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）を生理学的に発現する膵臓癌細胞株であるＰＡＮＣ１の表面から溶出したＨＬＡ－Ａ＊１１：０１拘束性ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）ペプチドの検証ＭＳ「鏡」プロットを示す（上パネル）。合成ペプチドを対照として実行した（下のパネル）。図１Ｃは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をコードするインビトロ転写ＲＮＡをエレクトロポレーションしたＴＡＰ１／２欠損Ｔ２細胞の細胞表面上のネオペプチド／ＨＬＡ複合体の相対安定性の測定を示す。Ｘ＝好ましいＨＬＡアンカー残基；Ｘ＝ホットスポット変異の位置。配列番号１～３を表す。 図１Ａ～図１Ｃは、変異型ＫＲＡＳタンパク質から生じる、内因的にプロセシングされ、提示された共有または「公開」のネオ抗原（ＮｅｏＡｇｓ）のＨＬＡ拘束性免疫ペプチドームを解明するための機能的スクリーニングを示す。図１Ａは、ＣＯＳ－７を人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）として使用するＨＬＡ免疫沈降（ＩＰ）／タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）スクリーニングの概略図を示す。図１Ｂは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１およびＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）を生理学的に発現する膵臓癌細胞株であるＰＡＮＣ１の表面から溶出したＨＬＡ－Ａ＊１１：０１拘束性ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）ペプチドの検証ＭＳ「鏡」プロットを示す（上パネル）。合成ペプチドを対照として実行した（下のパネル）。図１Ｃは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をコードするインビトロ転写ＲＮＡをエレクトロポレーションしたＴＡＰ１／２欠損Ｔ２細胞の細胞表面上のネオペプチド／ＨＬＡ複合体の相対安定性の測定を示す。Ｘ＝好ましいＨＬＡアンカー残基；Ｘ＝ホットスポット変異の位置。配列番号１～３を表す。
図２は、癌タンパク質のＲＡＳファミリーにおけるホットスポット変異のアミノ酸配列相同性および位置のグラフによる比較を示す。＊＝ホットスポット変異の位置；縦棒＝ＲＡＳファミリーメンバー間の配列変異の部位。ズームエリアは、４つ全てのＲＡＳタンパク質（配列番号１４３～１４６）の超可変領域の配列を示す。
図３Ａおよび図３Ｂは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１拘束性変異型ＲＡＳ特異的ＴＣＲ遺伝子配列のパネルの発見および可変鎖の説明を示す。図３Ａは、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）を提示する自己抗原提示細胞でインビトロ刺激されたＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）癌の病歴を有するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋健康ドナー（ＨＤ）またはＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋患者のいずれかに由来するＴ細胞を示す。個々の培養物を、質量分析により同定された変異型１０ｍｅｒエピトープ（配列番号２）が負荷された高次ペプチド／ＨＬＡ－Ｉ試薬を使用して、変異型ＲＡＳ特異的Ｔ細胞の存在についてスクリーニングした。陽性ウェルをバーコード化デキストラマーで標識し、単一細胞Ｖ（Ｄ）Ｊシーケンシングに供して、変異型ＲＡＳ特異的Ｔ細胞クローン型の対のαβＴＣＲ遺伝子配列を検索した。図３Ｂは、健康なドナー（ｎ＝１）または患者由来の試料（ｎ＝４）から回収された５つのユニークな変異型ＲＡＳ特異的ＴＣＲを示す。５つ全てのＴＣＲは、ユニークなアルファおよびベータ可変鎖セグメントならびにＣＤＲ３ループ長から構成されていた。
図４Ａおよび図４Ｂは、健康なドナー（ＨＤ）およびＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）公開ＮｅｏＡｇに特異的な患者由来ＴＣＲ遺伝子配列の共受容体依存性の機能的検証および測定を示す。図４Ａは、５つの遺伝的に異なるＨＤおよび患者由来のＴＣＲ遺伝子配列の機能性を検証するＦＡＣＳプロットを示す。非特異的Ｔ細胞に、示されたＴＣＲを個別に形質導入した。細胞内ＴＮＦα産生の頻度は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をコードする遺伝子およびＷＴ ＫＲＡＳまたはＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）のいずれかをエレクトロポレーションしたＣｏｓ７標的細胞と共培養した後の形質導入Ｔ細胞でゲーティングした後に示される。図４Ｂは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をコードする遺伝子およびＷＴ ＫＲＡＳまたはＫＲＡＳのいずれかをエレクトロポレーションしたＣｏｓ７標的細胞（Ｇ１２Ｄ）と共培養した後の、個々のＲＡＳ特異的ＴＣＲを発現するオープンレパートリーＣＤ８＋（左）またはＣＤ４＋（右）Ｔ細胞における細胞内ＴＮＦα産生の頻度（平均の±標準誤差、ＳＥＭ）を示す要約棒グラフを示す（条件ごとにｎ＝３複製）。 図４Ａおよび図４Ｂは、健康なドナー（ＨＤ）およびＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）公開ＮｅｏＡｇに特異的な患者由来ＴＣＲ遺伝子配列の共受容体依存性の機能的検証および測定を示す。図４Ａは、５つの遺伝的に異なるＨＤおよび患者由来のＴＣＲ遺伝子配列の機能性を検証するＦＡＣＳプロットを示す。非特異的Ｔ細胞に、示されたＴＣＲを個別に形質導入した。細胞内ＴＮＦα産生の頻度は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をコードする遺伝子およびＷＴ ＫＲＡＳまたはＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）のいずれかをエレクトロポレーションしたＣｏｓ７標的細胞と共培養した後の形質導入Ｔ細胞でゲーティングした後に示される。図４Ｂは、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をコードする遺伝子およびＷＴ ＫＲＡＳまたはＫＲＡＳのいずれかをエレクトロポレーションしたＣｏｓ７標的細胞（Ｇ１２Ｄ）と共培養した後の、個々のＲＡＳ特異的ＴＣＲを発現するオープンレパートリーＣＤ８＋（左）またはＣＤ４＋（右）Ｔ細胞における細胞内ＴＮＦα産生の頻度（平均の±標準誤差、ＳＥＭ）を示す要約棒グラフを示す（条件ごとにｎ＝３複製）。
図５は、個々のＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）特異的ＴＣＲパネルメンバーによる異なる長さの最小エピトープ（１０ｍｅｒ対９ｍｅｒ）に対する反応性を示す。 図５は、個々のＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）特異的ＴＣＲパネルメンバーによる異なる長さの最小エピトープ（１０ｍｅｒ対９ｍｅｒ）に対する反応性を示す。
図６Ａおよび図６Ｂは、ＲＡＳ特異的ＴＣＲを形質導入されたＴ細胞の機能的アビディティーを示す。図６Ａは、ＣＤ８＋（左）またはＣＤ４＋（右）ＴＣＲ＋Ｔ細胞において測定された細胞内ＴＮＦα産生を示す。図６Ｂは、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞における各個々のＴＣＲのＥＣ５０値を示す。
図７Ａおよび図７Ｂは、変異型ＲＡＳ特異的ＴＣＲパネルメンバーによる膵臓腫瘍株におけるＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）の内因性レベルの認識を示す。図７Ａは、個々の回収されたＴＣＲ遺伝子配列でレトロウイルス形質導入され、ｐａｎ－ＨＬＡ ｃｌａｓｓ－Ｉブロッキング抗体の存在下または非存在下で胆管細胞癌ＨｕＣＣＴ１細胞株のいずれかと共培養されたオープンレパートリーＴ細胞を示す。図７Ｂは、個々の回収されたＴＣＲ遺伝子配列でレトロウイルス形質導入され、ｐａｎ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ－Ｉブロッキング抗体の存在下または非存在下で膵臓癌ＰＡＮＣ－１細胞株のいずれかと共培養されたオープンレパートリーＴ細胞を示す。
図８Ａおよび図８Ｂは、ＲＡＳ特異的ＴＣＲパネルメンバーによる、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１発現ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）腫瘍株（ＰＡＮＣ－１）の腫瘍細胞溶解を示す。図８Ａは、ｐａｎ－クラスＩブロッキング抗体の存在下または非存在下での個々のライブラリーメンバーの腫瘍溶解曲線を示す。図８Ｂは、共培養の４８時間後に測定されたピーク腫瘍溶解を示す。
図９Ａおよび図９Ｂは、代替的な変異型ＲＡＳタンパク質に対するＲＡＳ公開ネオ抗原（ＮｅｏＡｇ）特異的ＴＣＲの交差保護可能性を示す。図９Ａは、ＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）特異的ＴＣＲ（ＴＣＲ４）の交差保護機能を実証する代表的なＦＡＣＳプロットを示す。図９Ｂは、変異型ＲＡＳアイソフォームに対するＷＴに応答した細胞内ＴＮＦα産生ＴＣＲ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度の要約棒グラフ（条件ごとにｎ＝３反復）を示す。 図９Ａおよび図９Ｂは、代替的な変異型ＲＡＳタンパク質に対するＲＡＳ公開ネオ抗原（ＮｅｏＡｇ）特異的ＴＣＲの交差保護可能性を示す。図９Ａは、ＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）特異的ＴＣＲ（ＴＣＲ４）の交差保護機能を実証する代表的なＦＡＣＳプロットを示す。図９Ｂは、変異型ＲＡＳアイソフォームに対するＷＴに応答した細胞内ＴＮＦα産生ＴＣＲ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度の要約棒グラフ（条件ごとにｎ＝３反復）を示す。
図１０Ａ～図１０Ｅは、各インデックスアミノ酸に対するＩＮＦ－γ産生のレベルを示すヒートマップを示す。天然のＲＡＳ変異ペプチドの配列および位置を、個々のヒートマップの先頭に列挙する（配列番号２）。置換アミノ酸は、個々のＹ軸列に沿って同定される。各位置のインデックスペプチドを点線の四角で識別する。あらゆる位置における各アミノ酸の相対的影響を使用して、ペプチド内のあらゆる位置におけるそのアミノ酸置換のＴＣＲ「優先度」を決定した。このようにして生成されたＴＣＲロゴプロットは、個々のＴＣＲヒートマップの上に示されている。図１０Ａは、ＴＣＲ１のヒートマップを示す。図１０Ｂは、ＴＣＲ２のヒートマップを示す。図１０Ｃは、ＴＣＲ３のヒートマップを示す。図１０Ｄは、ＴＣＲ４のヒートマップを示す。図１０Ｅは、ＴＣＲ５のヒートマップを示す。 図１０Ａ～図１０Ｅは、各インデックスアミノ酸に対するＩＮＦ－γ産生のレベルを示すヒートマップを示す。天然のＲＡＳ変異ペプチドの配列および位置を、個々のヒートマップの先頭に列挙する（配列番号２）。置換アミノ酸は、個々のＹ軸列に沿って同定される。各位置のインデックスペプチドを点線の四角で識別する。あらゆる位置における各アミノ酸の相対的影響を使用して、ペプチド内のあらゆる位置におけるそのアミノ酸置換のＴＣＲ「優先度」を決定した。このようにして生成されたＴＣＲロゴプロットは、個々のＴＣＲヒートマップの上に示されている。図１０Ａは、ＴＣＲ１のヒートマップを示す。図１０Ｂは、ＴＣＲ２のヒートマップを示す。図１０Ｃは、ＴＣＲ３のヒートマップを示す。図１０Ｄは、ＴＣＲ４のヒートマップを示す。図１０Ｅは、ＴＣＲ５のヒートマップを示す。 図１０Ａ～図１０Ｅは、各インデックスアミノ酸に対するＩＮＦ－γ産生のレベルを示すヒートマップを示す。天然のＲＡＳ変異ペプチドの配列および位置を、個々のヒートマップの先頭に列挙する（配列番号２）。置換アミノ酸は、個々のＹ軸列に沿って同定される。各位置のインデックスペプチドを点線の四角で識別する。あらゆる位置における各アミノ酸の相対的影響を使用して、ペプチド内のあらゆる位置におけるそのアミノ酸置換のＴＣＲ「優先度」を決定した。このようにして生成されたＴＣＲロゴプロットは、個々のＴＣＲヒートマップの上に示されている。図１０Ａは、ＴＣＲ１のヒートマップを示す。図１０Ｂは、ＴＣＲ２のヒートマップを示す。図１０Ｃは、ＴＣＲ３のヒートマップを示す。図１０Ｄは、ＴＣＲ４のヒートマップを示す。図１０Ｅは、ＴＣＲ５のヒートマップを示す。
図１１Ａ～図１１Ｅは、ＲＡＳ特異的ＴＣＲの交差反応性の可能性を示す。ＩＦＮ－γのレベルをＥＬＩＳＡによって決定した。ＩＦＮ－γレベルをｙ軸上にｐｇ／ｍＬで示し、点線によって識別されるように、バックグラウンド閾値を５０ｐｇ／ｍＬに設定した。図１１Ａは、表７に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ１によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｂは、表８に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ２によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｃは、表９に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ３によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｄは、表１０に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ４によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｅは、表１１に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ５によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。 図１１Ａ～図１１Ｅは、ＲＡＳ特異的ＴＣＲの交差反応性の可能性を示す。ＩＦＮ－γのレベルをＥＬＩＳＡによって決定した。ＩＦＮ－γレベルをｙ軸上にｐｇ／ｍＬで示し、点線によって識別されるように、バックグラウンド閾値を５０ｐｇ／ｍＬに設定した。図１１Ａは、表７に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ１によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｂは、表８に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ２によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｃは、表９に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ３によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｄは、表１０に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ４によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｅは、表１１に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ５によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。 図１１Ａ～図１１Ｅは、ＲＡＳ特異的ＴＣＲの交差反応性の可能性を示す。ＩＦＮ－γのレベルをＥＬＩＳＡによって決定した。ＩＦＮ－γレベルをｙ軸上にｐｇ／ｍＬで示し、点線によって識別されるように、バックグラウンド閾値を５０ｐｇ／ｍＬに設定した。図１１Ａは、表７に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ１によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｂは、表８に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ２によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｃは、表９に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ３によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｄは、表１０に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ４によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。図１１Ｅは、表１１に記載の個々のペプチドとインキュベートしたＴＣＲ５によって産生されたＩＦＮ－γのレベルを示す。
５．発明の詳細な説明
本開示の主題は、変異、例えばＧ１２Ｄ変異を含むＲＡＳを標的とするＴＣＲを提供する。さらに、本開示の主題は、ＲＡＳ標的化ＴＣＲを含む細胞（例えば、Ｔ細胞）、およびＲＡＳ変異（複数可）に関連する腫瘍を処置するためにそのような細胞を使用する方法を提供する。
限定ではなく、開示を明確にする目的で、詳細な説明は以下のサブセクションに分割される。
５．１．定義；
５．２．ＲＡＳ；
５．３．ＴＣＲ；
５．４．細胞
５．５．核酸および細胞の遺伝子改変；
５．６．製剤および投与；ならびに
５．７．処置の方法。
５．１．定義
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有する。以下の参考文献は、当業者に、本発明で使用される多くの用語の一般的な定義を提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ ｅｄ．１９９４）；Ｔｈｅ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ ｅｄ．，１９８８）；Ｔｈｅ Ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；およびＨａｌｅ＆Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。
本明細書で使用される場合、「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」という用語は、当業者によって決定される特定の値の許容可能な誤差範囲内を意味し、これは値がどのように測定または決定されるか、すなわち測定システムの制限に部分的に依存する。例えば、「約」は、当技術分野の慣例に従って、３標準偏差以内または３標準偏差を超えることを意味することができる。あるいは、「約」は、所与の値の２０％まで、好ましくは１０％まで、より好ましくは５％まで、より好ましくはさらに１％までの範囲を意味することができる。あるいは、特に生物学的システムまたはプロセスに関して、この用語は、ある値の１桁以内、好ましくは５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味し得る。
本明細書で使用される場合、「細胞集団」という用語は、類似または異なる表現型を発現する少なくとも２つの細胞の群を指す。非限定的な例では、細胞集団は、類似または異なる表現型を発現する少なくとも約１０個、少なくとも約１００個、少なくとも約２００個、少なくとも約３００個、少なくとも約４００個、少なくとも約５００個、少なくとも約６００個、少なくとも約７００個、少なくとも約８００個、少なくとも約９００個、少なくとも約１０００個の細胞を含み得る。
本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、染色体、ウイルス、ビリオン等の任意の遺伝要素を指し、適切な制御要素と会合すると複製することができ、細胞に遺伝子配列を移入することができる。したがって、この用語は、クローニングおよび発現ビヒクル、ならびにウイルスベクターおよびプラスミドベクターを含む。
本明細書で使用される場合、「発現ベクター」という用語は、所望のコード配列と、特定の宿主生物における作動可能に連結されたコード配列の発現に必要な適切な核酸配列とを含む組換え核酸配列、例えば組換えＤＮＡ分子を指す。原核生物での発現に必要な核酸配列は、通常、他の配列と共に、プロモーター、オペレーター（任意）、およびリボソーム結合部位を含む。真核細胞は、プロモーター、エンハンサー、ならびに終結シグナルおよびポリアデニル化シグナルを利用することが公知である。
本明細書で使用される場合、「ＣＤＲ」は、ＴＣＲ α鎖およびβ鎖の超可変領域であるＴＣＲの相補性決定領域アミノ酸配列として定義される。一般に、ＴＣＲは、α鎖可変領域に３つのＣＤＲを含み、β鎖可変領域に３つのＣＤＲを含む。ＣＤＲは、抗原またはエピトープへのＴＣＲの結合のための接触残基の大部分を提供する。ＣＤＲ領域は、Ｋａｂａｔシステム（Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２）、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングシステム（Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．（１９８７）１９６：９０１－１７）、ＡｂＭナンバリングシステム（Ａｂｈｉｎａｎｄａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００８，４５，３８３２－３８３９）、またはＩＭＧＴナンバリングシステム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ／ＩＭＧＴＩＧＶＬｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．ｈｔｍｌ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｉｎｄｅｘ／ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ．ｐｈｐでアクセス可能）を使用して描写することができる。特定の実施形態では、ＣＤＲ領域は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。
「実質的に相同」または「実質的に同一」という用語は、参照アミノ酸配列（例えば、本明細書中に記載されるアミノ酸配列のいずれか１つ）または核酸配列（例えば、本明細書中に記載される核酸配列のいずれか１つ）に対して少なくとも５０％の相同性または同一性を示すポリペプチドまたは核酸分子を意味する。例えば、そのような配列は、比較のために使用される配列とアミノ酸レベルまたは核酸で少なくとも約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％またはさらに約９９％相同または同一である。
配列相同性または配列同一性は、典型的には、配列分析ソフトウェア（例えば、５３７０５ウィスコンシン州マディソン、ユニバーシティアベニュー１７１０のウィスコンシン大学バイオテクノロジーセンターのＧｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐの配列解析ソフトウェアパッケージ、ＢＬＡＳＴ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、またはＰＩＬＥＵＰ／ＰＲＥＴＴＹＢＯＸプログラム）を使用して測定される。そのようなソフトウェアは、様々な置換、欠失および／または他の改変に対して相同性の程度を割り当てることによって、同一または類似の配列とマッチさせる。同一性の程度を決定するための例示的なアプローチでは、ＢＬＡＳＴプログラムを使用することができ、ｅ－３とｅ－１００との間の確率スコアは密接に関連する配列を示す。
本明細書で使用される場合、２つのアミノ酸配列間の相同性パーセントは、２つの配列間の同一性パーセントと同等である。２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、配列によって共有される同一の位置の数（すなわち、相同性％＝同一位置の数／位置の総数×１００）の関数である。配列の比較および２つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。
２つのアミノ酸配列間の相同性パーセントは、ＰＡＭ１２０重み残基表、ギャップ長ペナルティ１２およびギャップペナルティ４を使用して、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれたＥ．ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズム（Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．，４：１１－１７（１９８８））を使用して決定することができる。さらに、２つのアミノ酸配列間の相同性パーセントは、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、および１６、１４、１２、１０、８、６、または４のギャップ重みおよび１、２、３、４、５、または６の長さ重みを使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４－４５３（１９７０））アルゴリズムを使用して決定することができる。
追加的または代替的に、本開示の主題のアミノ酸配列は、例えば関連配列を同定するために公開データベースに対して検索を実行するための「クエリ配列」としてさらに使用することができる。このような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて行うことができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３を用いて実施して、本明細書に開示される特定の配列に相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的のためにギャップのあるアラインメントを得るために、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されているように、ギャップのあるＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラムのデフォルトパラメータ（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）を使用することができる。
本明細書で使用される場合、「保存的配列改変」という用語は、アミノ酸配列を含む本開示のＴＣＲの結合特性に有意に影響を及ぼさない、または変化させないアミノ酸改変を指す。保存的改変には、アミノ酸の置換、付加および欠失が含まれ得る。アミノ酸は、電荷および極性等の物理化学的特性によってグループに分類することができる。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が同じ群内のアミノ酸で置換されたものである。例えば、アミノ酸は電荷によって分類することができる：正に荷電したアミノ酸にはリジン、アルギニン、ヒスチジンが挙げられ、負に荷電したアミノ酸にはアスパラギン酸、グルタミン酸が挙げられ、中性荷電アミノ酸にはアラニン、アスパラギン、システイン、グルタミン、グリシン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシンおよびバリンが挙げられる。さらに、アミノ酸は極性によって分類することができる：極性アミノ酸としては、アルギニン（塩基性極性）、アスパラギン、アスパラギン酸（酸性極性）、グルタミン酸（酸性極性）、グルタミン、ヒスチジン（塩基性極性）、リジン（塩基性極性）、セリン、トレオニンおよびチロシンが挙げられ、非極性アミノ酸としては、アラニン、システイン、グリシン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、トリプトファンおよびバリンが挙げられる。したがって、ＣＤＲ領域内の１またはそれを超えるアミノ酸残基は、同じ群からの他のアミノ酸残基で置き換えることができ、変化したＴＣＲは、本明細書に記載の機能アッセイを使用して、保持された機能（すなわち、上記（ｃ）～（ｌ）に示される機能）について試験することができる。特定の実施形態では、特定の配列またはＣＤＲ領域内の１個以下、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下の残基が変更される。
本明細書で使用される場合、「疾患」という用語は、細胞、組織、または器官の正常な機能を損なうかまたは妨げる任意の症状または障害を指す。疾患の例としては、細胞の新生物または病原体感染が挙げられる。
「有効量」（または「治療有効量」）は、処置時に有益なまたは所望の臨床結果に影響を及ぼすのに十分な量である。有効量は、１またはそれを超える用量で対象に投与することができる。処置に関して、有効量は、疾患の進行を緩和、改善、安定化、逆転もしくは遅延させる（例えば、腫瘍）、腫瘍の再発を予防もしくは遅延させる、または疾患の病理学的結果を軽減する（例えば、腫瘍）のに十分な量である。有効量は、一般に、症例ごとに医師によって決定され、当業者の技術の範囲内である。有効量を達成するための適切な投与量を決定するとき、いくつかの要因が通常考慮される。これらの因子には、対象年齢、性別および体重、処置される症状、症状の重症度ならびに投与される免疫応答性細胞の形態および有効濃度が含まれる。
本明細書で使用される場合、「腫瘍」という用語は、細胞が本来あるべき以上に増殖および分裂した場合、または本来あるべきときに死滅しない場合に形成される異常な組織塊を指す。腫瘍には、良性腫瘍および悪性腫瘍（「癌」として知られる）が含まれる。良性腫瘍は大きく成長し得るが、近傍の組織または身体の他の部分には広がらないか、または浸潤しない。悪性腫瘍は、近くの組織に広がるか、または浸潤し得る。悪性腫瘍はまた、血液およびリンパ系を介して身体の他の部分に広がることができる。腫瘍は新生物とも呼ばれる。特定の実施形態では、腫瘍は癌である。
本明細書で使用される場合、「免疫応答性細胞」という用語は、免疫応答において機能する細胞またはその前駆体または子孫のことを指す。
本明細書で使用される場合、「調節する」という用語は、正または負に変化することを指す。例示的な調節には、約１％、約２％、約５％、約１０％、約２５％、約５０％、約７５％、または約１００％の変化が含まれる。
本明細書で使用される場合、「増加」という用語は、少なくとも約５％正に変化することを指し、これには、約５％、約１０％、約２５％、約３０％、約５０％、約７５％、または約１００％正に変化することが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「減少させる」という用語は、少なくとも約５％負に変化することを指し、これには、約５％、約１０％、約２５％、約３０％、約５０％、約７５％、または約１００％負に変化することが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「単離された」、「精製された」または「生物学的に純粋な」という用語は、その天然の状態で見られるように通常それに付随する成分から様々な程度まで遊離している物質を指す。「単離」は、元の供給源または周囲からの分離の程度を示す。「精製する」は、単離よりも高い分離度を意味する。「精製された」または「生物学的に純粋な」タンパク質は、いかなる不純物もタンパク質の生物学的特性に実質的に影響を与えず、または他の有害な結果を引き起こさないように、他の材料を十分に含まない。すなわち、本明細書に開示される主題の核酸またはポリペプチドは、組換えＤＮＡ技術によって産生される場合、細胞材料、ウイルス材料もしくは培地、または化学合成される場合、化学前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない場合、精製される。純度および均一性は、典型的には、分析化学技術、例えばポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィーを用いて決定される。「精製された」という用語は、核酸またはタンパク質が電気泳動ゲル中に本質的に１つのバンドを生じることを意味し得る。改変、例えばリン酸化またはグリコシル化に供することができるタンパク質の場合、異なる改変は、別々に精製することができる異なる単離されたタンパク質を生じ得る。
本明細書で使用される場合、「単離細胞」という用語は、細胞に天然に付随する分子および／または細胞成分から分離された細胞を指す。
本明細書で使用される場合、「処置する」または「処置」という用語は、処置されている個体または細胞の疾患経過を変化させる試みにおける臨床的介入を指し、予防のためまたは臨床病理の過程のいずれかで実行することができる。処置の治療効果には、限定されないが、疾患の発生または再発の予防、症候の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的結果の減少、転移の予防、疾患進行速度の低下、疾患状態の改善または緩和、ならびに寛解または予後の改善が含まれる。疾患または障害の進行を予防することによって、治療は、罹患したもしくは診断された対象または障害を有すると疑われる対象における障害による悪化を予防することができるが、処置はまた、障害のリスクがあるまたは障害を有すると疑われる対象における障害または障害の症候の発症を予防することができる。
本明細書における「個体」または「対象」は、脊椎動物、例えばヒトまたは非ヒト動物、例えば哺乳動物である。哺乳動物には、ヒト、霊長類、家畜、スポーツ動物、げっ歯類およびペットが含まれるが、これらに限定されない。非ヒト動物対象の非限定的な例としては、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギ、イヌ、ネコ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウシ、ウマ等のげっ歯類、ならびに非ヒト霊長類、例えば類人猿およびサルが挙げられる。
５．２．ＲＡＳ
ＲＡＳは、細胞の成長、分化および生存の調節に関与する小型ＧＴＰアーゼをコードする腫瘍タンパク質のファミリーである。ヒトでは、ＲＡＳファミリーには、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、およびＫＲＡＳが含まれる。ＫＲＡＳ遺伝子は、２つのスプライスバリアント、ＫＲＡＳ４ＡおよびＫＲＡＳ４Ｂを有する。全てのアイソフォームの発現はほぼ遍在的であるが、それらは組織および／または発達段階に応じて発現の定量的および定性的な差を示す。
ＲＡＳタンパク質は、２つのドメイン：グアノシンヌクレオチドに結合するＧドメインおよびＣ末端超可変領域を含む。Ｇドメインは、ＨＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＫＲＡＳ４ＡおよびＫＲＡＳ４Ｂの間で高度に保存されており、グアニンヌクレオチドの結合および加水分解を担う。超可変領域は、アイソフォーム特異的な細胞内組織化を導く差次的な翻訳後修飾を受ける。ＲＡＳタンパク質は、不活性なＧＤＰ結合状態と活性なＧＴＰ結合状態との間のバイナリ分子スイッチおよびサイクルとして作用する。活性化されると、ＲＡＳタンパク質は、細胞増殖、遊走およびアポトーシスからの保護をもたらすｃ－ＲａｆおよびＰＩ３－キナーゼのようなタンパク質を動員および活性化する。
ＲＡＳ変異は、とりわけ、膵臓癌、肺癌、および結腸直腸癌を含む最も一般的で致命的な癌腫のいくつかを駆動するのに重要な役割を果たす。図２に示すように、保存されたＧドメインは、Ｇ１２、Ｇ１３およびＱ６１を含むホットスポット変異のためのいくつかの位置を含む。ＲＡＳ遺伝子の最も高頻度の変異はコドン１２（すなわち、Ｇ１２Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｆ／Ｌ／Ｒ／Ｓ／Ｖ）で起こり、これはＲＡＳ変異の９８％を占める。癌間で最も一般的なＲＡＳ変異はＧ１２Ｄであり、これはコドン１２にグリシンからアスパラギン酸への置換を有する単一の点変異である。
５．３．Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）
ＴＣＲは、不変ＣＤ３鎖分子との非共有結合複合体の一部として発現される２つの可変鎖からなるジスルフィド結合ヘテロ二量体タンパク質である（ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３ζ）。ＴＣＲは、Ｔ細胞の表面に見られ、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に結合した抗原の認識を担う。特定の実施形態では、ＴＣＲは、α鎖およびβ鎖（それぞれＴＲＡおよびＴＲＢによってコードされる）を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、γ鎖およびδ鎖（それぞれＴＲＧおよびＴＲＤによってコードされる）を含む。
ＴＣＲの各鎖は、２つの細胞外ドメイン：可変領域および定常領域を含む。定常領域は細胞膜の近位にあり、続いて膜貫通ドメインおよび短い細胞質尾部（すなわち、細胞内ドメイン）がある。可変領域は、ペプチド／ＭＨＣ複合体に結合する。両鎖の可変領域は、それぞれ３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有する。
特定の実施形態では、ＴＣＲは、３つの二量体シグナル伝達モジュールＣＤ３δ／ε、ＣＤ３γ／εおよびＣＤ２４７ζ／ζまたはζ／ηと受容体複合体を形成することができる。ＴＣＲ複合体がその同族ペプチド抗原／ＭＨＣ（ペプチド／ＭＨＣ）と係合すると、ＴＣＲ複合体を発現するＴ細胞が活性化される。
本開示の主題は組換えＴＣＲを提供する。特定の実施形態では、組換えＴＣＲは、少なくとも１つのアミノ酸残基が任意の天然に存在するＴＣＲとは異なる。特定の実施形態では、組換えＴＣＲは、任意の天然に存在するＴＣＲと、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００またはそれを超えるアミノ酸残基が異なる。特定の実施形態では、組換えＴＣＲは、少なくとも１つのアミノ酸残基によって天然に存在するＴＣＲから改変される。特定の実施形態では、組換えＴＣＲは、天然に存在するＴＣＲから、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００またはそれを超えるアミノ酸残基によって改変されている。
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、変異を含むＲＡＳペプチド（「変異型ＲＡＳペプチド」）を標的とするか、またはそれに結合する。特定の実施形態では、変異は、点変異である。特定の実施形態では、変異は、Ｇ１２変異である。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＲＡＳペプチドは、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、野生型ＲＡＳに結合しない。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号３に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合しない。配列番号１～３を以下に提供する。
ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ［配列番号１］
ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ［配列番号２］
ＶＶＶＧＡＧＧＶＧＫ［配列番号３］
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなるＲＡＳペプチドを含むＫＲＡＳを標的とするか、またはそれに結合する。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなるＲＡＳペプチドを含むＫＲＡＳを標的とするか、またはそれに結合する。
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなるＲＡＳペプチドを含むＮＲＡＳを標的とするか、またはそれに結合する。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなるＲＡＳペプチドを含むＮＲＡＳを標的とするか、またはそれに結合する。
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなるＲＡＳペプチドを含むＨＲＡＳを標的とするか、またはそれに結合する。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなるＲＡＳペプチドを含むＨＲＡＳを標的とするか、またはそれに結合する。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、ＨＬＡクラスＩ複合体、例えばＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃに関連するＲＡＳペプチドを標的とするかまたはそれに結合する。
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーに関連するＲＡＳペプチド（例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリー依存的様式で）を標的とするか、またはこれに結合する。特定の実施形態では、ＨＬＡ＊Ａ０３スーパーファミリーメンバーには、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４の対立遺伝子およびサブアレルが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ＊１１分子に関連するＲＡＳペプチドを標的とするかまたはそれに結合する。
５．３．１．ＴＣＲ
５．３．１．１．可変領域
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むα鎖可変領域を含む。配列番号４～６を表１に開示する。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むβ鎖可変領域を含む。配列番号７～９を表１に開示する。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号１０を表１に示す。
特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖可変領域は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号１１を表１に示す。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号１１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は配列番号１１に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域およびα鎖定常領域を含むα鎖を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、β鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含むβ鎖を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号１３に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は配列番号１３に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、「ＴＣＲ１」と呼ばれる。特定の実施形態では、ＴＣＲ１は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。
特定の実施形態では、表１を含む上記のＣＤＲ配列は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。
Figure 2024520427000002
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むα鎖可変領域を含む。配列番号１４～１６を表２に開示する。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むβ鎖可変領域を含む。配列番号１７～１９を表２に開示する。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号２０を表２に示す。
特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖可変領域は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号２１を表２に示す。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号２１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２０に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域およびα鎖定常領域を含むα鎖を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号２２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖は、配列番号２２に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号２２に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、β鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含むβ鎖を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号２３に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖は、配列番号２３に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号２３に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖は、配列番号２２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号２３に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号２２に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は配列番号２３に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、「ＴＣＲ２」と呼ばれる。特定の実施形態では、ＴＣＲ２は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。
特定の実施形態では、表２を含む上記のＣＤＲ配列は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。
Figure 2024520427000003
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むα鎖可変領域を含む。配列番号１５、２４および２５を表３に開示する。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むβ鎖可変領域を含む。配列番号２６～２８を表３に開示する。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号２９を表３に示す。
特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号３０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖可変領域は、配列番号３０に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号３０に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号３０を表３に示す。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号３０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号２９に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は配列番号３０に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域およびα鎖定常領域を含むα鎖を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号３１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖は、配列番号３１に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号３１に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、β鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含むβ鎖を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号３２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖は、配列番号３２に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号３２に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖は、配列番号３１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号３２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号３１に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は配列番号３２に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、「ＴＣＲ３」と呼ばれる。特定の実施形態では、ＴＣＲ３は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。
特定の実施形態では、表３を含む上記のＣＤＲ配列は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。
Figure 2024520427000004
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３３に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むα鎖可変領域を含む。配列番号３３～３５を表４に開示する。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むβ鎖可変領域を含む。配列番号３６～３８を表４に開示する。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含むα鎖を含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号３９を表４に示す。
特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号４０を表４に示す。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号４０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域およびα鎖定常領域を含むα鎖を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、β鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含むβ鎖を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号４２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖は、配列番号４２に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号４２に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号４２に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号４１に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は配列番号４２に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、「ＴＣＲ４」と呼ばれる。特定の実施形態では、ＴＣＲ４は、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。特定の実施形態では、ＴＣＲ４は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。
特定の実施形態では、表４を含む上記のＣＤＲ配列は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。
Figure 2024520427000005
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４３に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むα鎖可変領域を含む。配列番号４３～４５を表５に開示する。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号５８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含むβ鎖可変領域を含む。配列番号５８、４６および４７を表５に開示する。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、β鎖可変領域は、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含むα鎖を含む。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号４８を表５に示す。
特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号４９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖可変領域は、配列番号４９に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖可変領域は、配列番号４９に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号４９を表５に示す。
特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は、配列番号４９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖可変領域は、配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖可変領域は配列番号４９に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域およびα鎖定常領域を含むα鎖を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号５０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、α鎖は、配列番号５０に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号５０に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、β鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含むβ鎖を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号５１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、β鎖は、配列番号５１に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖は、配列番号５１に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、α鎖は、配列番号５０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含み、β鎖は、配列番号５１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖は、配列番号５０に示されるアミノ酸配列を含み、β鎖は配列番号５１に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、「ＴＣＲ５」と呼ばれる。特定の実施形態では、ＴＣＲ５は、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。特定の実施形態では、ＴＣＲ５は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合する。
特定の実施形態では、表５を含む上記のＣＤＲ配列は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。
Figure 2024520427000006
特定の実施形態では、α鎖可変領域および／またはβ鎖可変領域のアミノ酸配列は、指定された配列（例えば、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４８および配列番号４９）と少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％（例えば、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％）の相同性または同一性を有し、指定された配列（複数可）に対する置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含むがこれらに限定されない改変を含むが、変異ＲＡＳペプチド（例えば、Ｇ１２Ｄ変異型ＲＡＳペプチド）に結合する能力を保持する。特定の実施形態では、そのような改変は、可変領域のＣＤＲドメイン内にはない。
特定の実施形態では、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４８または配列番号４９において合計１～１０個のアミノ酸が置換、挿入および／または欠失される。特定の実施形態では、置換、挿入または欠失は、細胞外ドメインのＣＤＲの外側の領域において生じる。特定の実施形態では、細胞外ドメインは、配列の翻訳後修飾（配列番号１０、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４８または配列番号４９）を含む、配列番号１０、配列番号１１、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４８および配列番号４９からなる群から選択されるα鎖可変領域および／またはβ鎖可変領域配列を含む。
５．３．１．２．定常領域
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、配列番号５３または配列番号５４に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖定常領域を含む。特定の実施形態では、α鎖定常領域は、配列番号５３に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、α鎖定常領域は、配列番号５４に示されるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示されるＴＣＲは、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖定常領域を含む。特定の実施形態では、β鎖定常領域は、配列番号５５に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖定常領域は、配列番号５６に示されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、β鎖定常領域は、配列番号５７に示されるアミノ酸配列を含む。配列番号５３～５７を以下に示す：
Figure 2024520427000007
５．３．２．ＴＣＲクローン型と同じＲＡＳペプチドに結合するＴＣＲ
本開示の主題は、本明細書に開示のＴＣＲ（例えば、セクション５．３．１に開示されているＴＣＥ）と同じＲＡＳペプチド（例えば、Ｇ１２Ｄ変異型ＲＡＳペプチド）に結合するＴＣＲをさらに提供する。特定の実施形態では、ＴＣＲは、参照ＴＣＲまたはその機能的断片と同じＲＡＳペプチド（例えば、Ｇ１２Ｄ変異型ＲＡＳペプチド）に結合し、このＲＡＳペプチドは、例えば、本明細書中に開示されるＴＣＲのいずれか１つ（例えば、セクション５．３．１に開示されているもの）のα鎖可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列ならびにβ鎖可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲは、参照ＴＣＲと同じＲＡＳペプチド（例えば、Ｇ１２Ｄ変異型ＲＡＳペプチド）、または、例えば、本開示のＴＣＲ（例えば、セクション５．３．１に開示されているもの）のいずれか１つのα鎖可変領域およびβ鎖可変領域配列を含むその機能的断片に結合する。
５．３．３．特異的ＣＤＲ ３配列を有するＴＣＲ
ＣＤＲ３ドメインは、ＣＤＲ１および／またはＣＤＲ２ドメイン（複数可）とは独立して、単独で、同族抗原に対するＴＣＲまたはその機能的断片の結合特異性を決定することができ、共通のＣＤＲ３配列に基づいて同じ結合特異性を有する複数のＴＣＲを予測可能に生成することができることは当技術分野で周知である。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号９に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号１９に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号１８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号１７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号２８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号２７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号２６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号３８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３３に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号３６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。
特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４５に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号４７に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４４に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号４６に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。特定の実施形態では、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４３に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号５８に示されるアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。
５．３．４．ＣＤＲ内の改変を有するＴＣＲ
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲ（またはその機能的断片）は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列を含むα鎖可変領域と、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列を含むβ鎖可変領域とを含み、１またはそれを超えるこれらのＣＤＲ配列は、本明細書に記載のＴＣＲ（またはその機能的断片）（表１～５を参照）に基づく特定のアミノ酸配列またはその改変を含み、ＴＣＲ（またはその機能的断片）は、本開示の主題の変異型ＲＡＳペプチド特異的ＴＣＲ（またはその機能的断片）の所望の機能的特性を保持する。
特定の実施形態では、本明細書中に開示されるＴＣＲ（またはその機能的断片）は、α鎖定常領域およびβ鎖定常領域を含み、定常領域の少なくとも１つは、本明細書中に記載されるＴＣＲ（またはその機能的断片）（表１～５を参照）またはその改変に基づく特定のアミノ酸配列を含み、ＴＣＲ（またはその機能的断片）は、本明細書中に開示される主題の変異型ＲＡＳペプチド特異的ＴＣＲ（またはその機能的断片）の所望の機能的特性を保持する。
特定の実施形態では、そのような改変は、アミノ酸配列を含むＴＣＲの結合特性に有意に影響を及ぼさないかまたは変化させない。そのような改変の非限定的な例としては、アミノ酸の置換、付加および欠失が挙げられる。改変は、部位特異的突然変異誘発およびＰＣＲ媒介突然変異誘発等の当技術分野で公知の標準的な技術によって、本開示のＴＣＲまたはその機能的断片に導入することができる。
改変は、保存的改変、非保存的改変、または保存的改変と非保存的改変の混合であり得る。上述のように、保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されたものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。例示的な保存的アミノ酸置換を表６に示す。特定の実施形態では、アミノ酸置換を目的のＴＣＲに導入し、産物を所望の活性、例えば、保持された／改善された抗原結合、免疫原性の低下、または改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣについてスクリーニングすることができる。
Figure 2024520427000008
アミノ酸は、一般的な側鎖特性に従って分類され得る。
・疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
・中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
・酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
・塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
・鎖の配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
・芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
特定の実施形態では、ＣＤＲ領域内の１またはそれを超えるアミノ酸残基は、同じ群からの他のアミノ酸残基で置き換えられ得、変化したＴＣＲは、本明細書中に記載される機能アッセイを使用して、保持された機能について試験され得る。
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
特定の実施形態では、特定の配列またはＣＤＲ領域内の１個以下、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下の残基が変更される。
特定の実施形態では、ＴＣＲの定常領域内の１またはそれを超えるアミノ酸残基は、ＴＣＲの安定性および／または細胞表面発現を増強するように改変することができる。特定の実施形態では、特定の配列または定常領域内の１個以下、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下の残基が変更される。特定の実施形態では、改変には、マウス化（ｍｕｒｉｎｉｚａｔｉｏｎ）、システイン改変および膜貫通改変（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｍｕｒｉｎｅ－ｈｕｍａｎ ｈｙｂｒｉｄ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＴＣＲ）ｉｎ ｈｕｍａｎ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｐａｉｒｉｎｇ ａｎｄ ＴＣＲ／ＣＤ３ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００６；６６（１７）：８８７８－８８８６；Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｔｏ ｅｘｐｒｅｓｓ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｗｉｔｈ ａ ｓｅｃｏｎｄ ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ ｂｏｎｄ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００７；６７（８）：３８９８－３９０３；Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．Ｆａｃｉｌｉｔａｔｉｎｇ ｍａｔｃｈｅｄ ｐａｉｒｉｎｇ ａｎｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＴＣＲ ｃｈａｉｎｓ ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ ｉｎｔｏ ｈｕｍａｎ Ｔ ｃｅｌｌｓ，Ｂｌｏｏｄ ２００７；１０９（６）：２３３１－２３３８；Ｈａｇａ－Ｆｒｉｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ＴＣＲ ｅｎｈａｎｃｅ ｉｔｓ ｓｕｒｆａｃｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｖｉｄｉｔｙ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１２；１８８（１１）：５５３８－５５４６を参照（これらの各々の内容は、その全体が参照により組み込まれる））が含まれるが、これらに限定されない。
５．３．５．二重特異性分子
本開示の主題は、本開示のＴＣＲ（またはその機能的断片）を含む二重特異性分子を提供する。本開示のＴＣＲまたはその機能的断片は、別の機能的分子、例えば別のペプチドまたはタンパク質（例えば、受容体に対する別の抗体またはリガンド）に誘導体化または連結されて、少なくとも２つの異なる結合部位または標的分子に結合する二重特異性分子を生成することができる。本開示のＴＣＲまたはその機能的断片は、実際には、１つを超える異なる結合部位および／または標的分子に結合する多重特異性分子を生成するために、２つを超える他の機能的分子に誘導体化または連結することができ、そのような多重特異性分子は、本明細書で使用される「二重特異性分子」という用語に包含されることも意図されている。二重特異性分子を作製するために、本開示のＴＣＲまたはその機能的断片を、別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣物等の１またはそれを超える他の結合分子に機能的に連結（例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合または他の方法によって）することができる。
本開示の主題は、変異型ＲＡＳペプチドに対する第１の結合特異性および第２の標的ペプチド領域に対する第２の結合特異性を少なくとも含む二重特異性分子を提供する。第２の標的エピトープ領域は、第２のＲＡＳペプチド、または非ＲＡＳペプチド、例えば異なる抗原であり得る。特定の実施形態では、二重特異性分子は多重特異性であり、例えば、分子は第３の結合特異性をさらに含むことができる。二重特異性分子、例えば抗体の第１の部分が例えば腫瘍細胞上の抗原に結合し、二重特異性分子の第２の部分がヒト免疫エフェクター細胞の表面上の抗原を認識する場合、二重特異性分子は、ヒト免疫エフェクター細胞上のエフェクター抗原に特異的に結合することによってそのエフェクター細胞の活性を動員することができる。特定の実施形態では、二重特異性分子は、エフェクター細胞、例えばＴ細胞と腫瘍細胞との間に連結を形成し、それによってエフェクター機能を増強することができる。特定の実施形態では、本開示の二重特異性分子は、変異型ＲＡＳペプチドへの少なくとも第１の結合と、免疫細胞または免疫細胞に関連する分子への少なくとも第２の結合とを含む。
本開示の主題の二重特異性分子は、当技術分野で公知の方法を使用して構成成分結合特異性をコンジュゲートすることによって調製することができる。例えば、二重特異性分子の各結合特異性を別々に生成し、次いで互いにコンジュゲート化させることができる。結合特異性がタンパク質またはペプチドである場合、様々なカップリング剤または架橋剤を共有結合コンジュゲーションに使用することができる。架橋剤の非限定的な例としては、プロテインＡ、カルボジイミド、Ｎ－スクシンイミジル－Ｓ－アセチル－チオアセテート（ＳＡＴＡ）、５，５’－ジチオビス（２－ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）、ｏ－フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）およびスルホスクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロハキサン－１－カルボキシレート（スルホ－ＳＭＣＣ）（例えば、Ｋａｒｐｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６０：１６８６；Ｌｉｕ，ＭＡ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：８６４８を参照）が挙げられる。他の方法としては、Ｐａｕｌｕｓ（１９８５）Ｂｅｈｒｉｎｇ Ｉｎｓ．Ｍｉｔｔ．Ｎｏ．７８，１１８－１３２；Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：８１－８３）、およびＧｌｅｎｎｉｅ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：２３６７－２３７５）に記載のものが挙げられる。コンジュゲート剤は、両方ともＰｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（イリノイ州ロックフォード）から入手可能なＳＡＴＡおよびスルホ－ＳＭＣＣであり得る。
結合特異性が抗体である場合、それらは、２つの重鎖のＣ末端ヒンジ領域のスルフヒドリル結合を介してコンジュゲート化され得る。特定の実施形態では、ヒンジ領域は、コンジュゲーション前に、奇数のスルフヒドリル残基、好ましくは１つのスルフヒドリル残基を含有するように改変される。
あるいは、両方の結合特異性を同じベクター中にコードし、同じ宿主細胞中で発現させ、組み立てることができる。この方法は、二重特異性分子がｍＡｂおよびｍＡｂ、ｍＡｂおよびＦａｂ、ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２、またはリガンドおよびＦａｂ融合タンパク質である場合に特に有用である。
二重特異性分子の特異的標的への結合は、例えば、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、ＦＡＣＳ分析、バイオアッセイ（例えば、増殖阻害）またはウエスタンブロットアッセイによって確認することができる。これらのアッセイの各々は、一般に、目的の複合体に特異的な標識試薬（例えば、抗体）を使用することによって、特定の目的のタンパク質－抗体複合体の存在を検出する。あるいは、複合体は、様々な他のイムノアッセイのいずれかを用いて検出することができる。例えば、抗体を放射性標識し、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）（例えば、参照により本明細書に組み込まれるＷｅｉｎｔｒａｕｂ，Ｂ．，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ｓｅｖｅｎｔｈ Ｔｒａｉｎｉｎｇ Ｃｏｕｒｓｅ ｏｎ Ｒａｄｉｏｌｉｇａｎｄ Ａｓｓａｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｔｈｅ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｍａｒｃｈ，１９８６を参照）に使用することができる。放射性同位体は、γカウンターやシンチレーションカウンター等の手段やオートラジオグラフィーによって検出することができる。
５．４．細胞
本開示の主題は、本開示のＴＣＲ（例えば、セクション５．３に開示されているもの）を含む細胞を提供する。特定の実施形態では、細胞は、リンパ系の細胞、骨髄系の細胞、リンパ系の細胞が由来し得る幹細胞、および骨髄系の細胞が由来し得る幹細胞からなる群から選択される。特定の実施形態では、細胞は免疫応答性細胞である。特定の実施形態では、免疫応答性細胞はリンパ系の細胞である。
特定の実施形態では、細胞はリンパ系の細胞である。リンパ系統の細胞は、抗体の産生、細胞免疫系の調節、血液中の異物の検出、宿主に外来の細胞の検出等を提供することができる。リンパ系の細胞の非限定的な例としては、リンパ系細胞が分化され得るＴ細胞および／または幹細胞が挙げられる。特定の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞（例えば、胚性幹細胞）である。
特定の実施形態では、細胞はＴ細胞である。Ｔ細胞は、胸腺で成熟し、主に細胞性免疫を担うリンパ球であり得る。Ｔ細胞は適応免疫系に関与している。本開示の主題のＴ細胞は、ヘルパーＴ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ細胞（セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞様メモリーＴ細胞（または幹様メモリーＴ細胞）を含む）、ならびに２つのタイプのエフェクターメモリーＴ細胞：例えば、ＴＥＭ細胞およびＴＥＭＲＡ細胞、制御性Ｔ細胞（サプレッサーＴ細胞としても知られる）、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ナチュラルキラーＴ細胞、粘膜関連インバリアントＴ細胞およびγδ Ｔ細胞を含むが、これらに限定されない任意の種類のＴ細胞であり得る。細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬまたはキラーＴ細胞）は、感染した体細胞または腫瘍細胞の死を誘導することができるＴリンパ球のサブセットである。患者自身のＴ細胞は、抗原認識受容体、例えばＣＡＲの導入によって特異的抗原を標的とするように遺伝子改変され得る。特定の実施形態では、免疫応答性細胞は、Ｔ細胞である。Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る。特定の実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞である。特定の実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態では、ＴＣＲ発現Ｔ細胞は、Ｆｏｘｐ３を発現してＴ調節表現型を達成し維持する。
特定の実施形態では、Ｔ細胞は、ＮＫ－Ｔ細胞である。ナチュラルキラー（ＮＫ）Ｔ細胞は、細胞媒介性免疫の一部であり、自然免疫応答中に作用するリンパ球であり得る。ＮＫ－Ｔ細胞は、標的細胞に対するそれらの細胞傷害効果を行うために事前の活性化を必要としない。
本開示の主題のヒトリンパ球のタイプとしては、限定されないが、末梢ドナーリンパ球、例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ（２００３）；３：３５－４５（ＣＡＲを発現するように遺伝子改変された末梢ドナーリンパ球を開示）、Ｍｏｒｇａｎ，Ｒ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．２００６ Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１４：１２６－１２９（αおよびβヘテロ二量体を含む全長腫瘍抗原認識Ｔ細胞受容体複合体を発現するように遺伝子改変された末梢ドナーリンパ球を開示）、Ｐａｎｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２０００）；１６４：４９５－５０４；Ｐａｎｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２０００）；１６４：４３８２－４３９２（腫瘍生検における腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）に由来するリンパ球培養物を開示）、およびＤｕｐｏｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００５）；６５：５４１７－５４２７；Ｐａｐａｎｉｃｏｌａｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ（２００３）；１０２：２４９８－２５０５（人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）またはパルス樹状細胞を使用して、インビトロで選択的に増殖させた抗原特異的末梢血白血球を開示）に開示されるものが挙げられる。
細胞（例えば、Ｔ細胞）は、自己、非自己（例えば、同種異系）、または操作された前駆細胞もしくは幹細胞からインビトロで誘導され得る。
本開示の主題の細胞は、骨髄系統の細胞であり得る。骨髄系統の細胞の非限定的な例としては、単球、マクロファージ、好中球、樹状細胞、好塩基球、好中球、好酸球、巨核球、肥満細胞、赤血球、血小板、および骨髄系細胞を分化させることができる幹細胞が挙げられる。特定の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞（例えば、胚性幹細胞または人工多能性幹細胞）である。
特定の実施形態では、細胞は、少なくとも１つの組換えまたは外因性共刺激リガンドをさらに含む。例えば、本開示の細胞は、細胞が本開示のＴＣＲおよび少なくとも１つの共刺激リガンドを共発現するように、または共発現するように誘導されるように、少なくとも１つの共刺激リガンドをさらに形質導入することができる。本開示のＴＣＲと少なくとも１つの共刺激リガンドとの間の相互作用は、免疫応答性細胞（例えば、Ｔ細胞）の完全な活性化に重要な非抗原特異的シグナルを提供する。共刺激リガンドには、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）スーパーファミリーおよび免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーリガンドのメンバーが含まれるが、これらに限定されない。ＴＮＦは全身性炎症に関与するサイトカインであり、急性期反応を刺激する。その主な役割は、免疫細胞の調節にある。ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーは、いくつかの共通の特徴を共有する。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーの大部分は、短い細胞質セグメントおよび比較的長い細胞外領域を含むＩＩ型膜貫通タンパク質（細胞外Ｃ末端）として合成される。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーとしては、限定されないが、神経成長因子（ＮＧＦ）、ＣＤ４０Ｌ（ＣＤ４０Ｌ）／ＣＤ１５４、ＣＤ１３７Ｌ／４－１ＢＢＬ、ＴＮＦ－α、ＣＤ１３４Ｌ／ＯＸ４０Ｌ／ＣＤ２５２、ＣＤ２７Ｌ／ＣＤ７０、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）、ＣＤ３０Ｌ／ＣＤ１５３、腫瘍壊死因子ベータ（ＴＮＦ－β）／リンホトキシンアルファ（ＬＴα）、リンホトキシンベータ（ＬＴβ）、ＣＤ２５７／Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）／Ｂｌｙｓ／ＴＨＡＮＫ／Ｔａｌｌ－１、グルココルチコイド誘発ＴＮＦ受容体リガンド（ＧＩＴＲＬ）、およびＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＲＡＩＬ）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４）が挙げられる。免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーは、細胞の認識、結合、または接着プロセスに関与する細胞表面および可溶性タンパク質の大きな群である。これらのタンパク質は、免疫グロブリンと構造的特徴を共有する－それらは免疫グロブリンドメイン（ｆｏｌｄ）を有する。免疫グロブリンスーパーファミリーリガンドとしては、限定されないが、ＣＤ８０およびＣＤ８６、両方ともＣＤ２８のリガンド、ＰＤ－Ｌ１／（Ｂ７－Ｈ１）ＰＤ－１のリガンドが挙げられる。特定の実施形態では、少なくとも１つの共刺激リガンドは、４－１ＢＢＬ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ７０、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ４８、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＰＤ－Ｌ１、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。特定の実施形態では、細胞は、４－１ＢＢＬである１つの組換え共刺激リガンドを含む。特定の実施形態では、細胞は、４－１ＢＢＬおよびＣＤ８０である２つの組換え共刺激リガンドを含む。
特定の実施形態では、本開示の細胞は、少なくとも１つの外因性サイトカインをさらに含む。例えば、本開示の細胞は、細胞が少なくとも１つのサイトカインを分泌し、本開示のＴＣＲを発現するように、少なくとも１つのサイトカインをさらに形質導入することができる。特定の実施形態では、少なくとも１つのサイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８およびＩＬ－２１からなる群から選択される。特定の実施形態では、サイトカインは、ＩＬ－１２である。
５．５．核酸および細胞の遺伝子改変
本開示の主題は、本開示のＴＣＲ（例えば、第５．３項に開示されているもの）をコードする核酸を提供する。そのような核酸を含む細胞がさらに提供される。特定の実施形態では、プロモーターは、本開示のＴＣＲに作動可能に連結される。
特定の実施形態では、プロモーターは内因性または外因性である。特定の実施形態では、外因性プロモーターは、長末端反復配列（ＬＴＲ）プロモーター、伸長因子（ＥＦ）－１プロモーター、サイトメガロウイルス前初期プロモーター（ＣＭＶ）プロモーター、シミアンウイルス４０初期プロモーター（ＳＶ４０）プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）プロモーター、およびメタロチオネインプロモーターからなる群から選択される。特定の実施形態では、外因性プロモーターは、ＬＴＲプロモーターである。特定の実施形態では、プロモーターは、誘導性プロモーターである。特定の実施形態では、誘導性プロモーターは、ＮＦＡＴ転写応答エレメント（ＴＲＥ）プロモーター、ＣＤ６９プロモーター、ＣＤ２５プロモーターおよびＩＬ－２プロモーターからなる群から選択される。
特定の実施形態では、核酸は、本開示のＴＣＲのα鎖およびβ鎖の両方をコードする。特定の実施形態では、α鎖およびβ鎖は、自己切断ペプチド、例えば２Ａペプチドによって分離される。特定の実施形態では、α鎖およびβ鎖は、フリン－２Ａ－ペプチドによって分離されている。特定の実施形態では、ペプチドは、配列番号５２に示されるアミノ酸配列を含む。
ＲＡＫＲＳＧＳＧＡＴＮＦＳＬＬＫＱＡＧＤＶＥＥＮＰＧＰ［配列番号５２］
特定の実施形態では、核酸は、本開示のＴＣＲの機能的部分／断片をコードする。本明細書で使用される場合、「機能的部分」または「機能的断片」という用語は、現在開示されているＴＣＲの任意の部分、部分または断片を指し、その部分、部分または断片は、ＴＣＲ（親ＴＣＲ）の生物学的活性を保持する。例えば、機能的部分は、ＲＡＳペプチド（例えば、Ｇ１２Ｄ変異を含むＲＡＳペプチド）を親ＴＣＲと同様の、同じ、またはさらに高い程度まで認識する能力を保持する、本開示のＴＣＲの部分、部分または断片を包含する。特定の実施形態では、現在開示されているＴＣＲの機能的部分をコードする核酸は、例えば親ＴＣＲの約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、および約９５％、またはそれを超えるタンパク質をコードする。
細胞の遺伝子改変（例えば、Ｔ細胞）は、実質的に均一な細胞組成物を組換えＤＮＡまたはＲＮＡコンストラクトで形質導入することによって達成することができる。特定の実施形態では、レトロウイルスベクター（例えば、ガンマレトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクター）は、細胞へのＤＮＡまたはＲＮＡコンストラクトの導入に用いられる。例えば、現在開示されているＴＣＲをコードするポリヌクレオチドをレトロウイルスベクターにクローニングすることができ、発現を、その内因性プロモーターから、レトロウイルス長末端反復配列から、または代替の内部プロモーターから、または目的の標的細胞型に特異的なプロモーターから駆動することができる。非ウイルスベクターまたはＲＮＡも同様に使用することができる。ランダムな染色体インテグレーション、または標的化されたインテグレーション（例えば、ヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、および／またはクラスター化され、規則的に配置された短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）を使用する）、または導入遺伝子発現（例えば、天然または化学的に改変されたＲＮＡを使用すること）を使用することができる。現在開示されているＴＣＲを含むように細胞を最初に遺伝子改変するために、レトロウイルスベクターを形質導入に使用することができるが、任意の他の適切なウイルスベクターまたは非ウイルス送達系を使用することができる。ＴＣＲは、単一のマルチシストロニック発現カセット、単一ベクターの複数の発現カセット、または複数のベクターで構築することができる。ポリシストロニック発現カセットを作製するエレメントの例としては、種々のウイルスおよび非ウイルスの内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ、例えば、ＦＧＦ－１ ＩＲＥＳ、ＦＧＦ－２ ＩＲＥＳ、ＶＥＧＦ ＩＲＥＳ、ＩＧＦ－ＩＩ ＩＲＥＳ、ＮＦ－κＢ ＩＲＥＳ、ＲＵＮＸ１ ＩＲＥＳ、ｐ５３ ＩＲＥＳ、Ａ型肝炎ＩＲＥＳ、Ｃ型肝炎ＩＲＥＳ、ペスチウイルスＩＲＥＳ、アフトウイルスＩＲＥＳ、ピコルナウイルスＩＲＥＳ、ポリオウイルスＩＲＥＳおよび脳心筋炎ウイルスＩＲＥＳ）、ならびに切断可能なリンカー（例えば、２Ａペプチド、例えば、Ｐ２Ａ、Ｔ２Ａ、Ｅ２ＡおよびＦ２Ａペプチド）が挙げられるが、これらに限定されない。レトロウイルスベクターと適切なパッケージングラインとの組み合わせも適しており、カプシドタンパク質はヒト細胞を感染させるために機能的である。限定されないが、ＰＡ１２（Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９８５）Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ（１９８５）；５：４３１－４３７）；ＰＡ３１７（Ｍｉｌｌｅｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ（１９８６）；６：２８９５－２９０２）；およびＣＲＩＰ（Ｄａｎｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ（１９８８）；８５：６４６０－６４６４）を含む様々なアンフォトロピックウイルス産生細胞株が知られている。非両性粒子、例えば、ＶＳＶＧ、ＲＤ１１４またはＧＡＬＶエンベロープおよび当技術分野で公知の他の任意のものでシュードタイプ化された粒子も適している。
形質導入の可能な方法には、産生細胞との細胞の直接共培養（Ｂｒｅｇｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ（１９９２）；８０：１４１８－１４２２）、または適切な増殖因子およびポリカチオンを含むまたは含まないウイルス上清単独または濃縮ベクターストックとの培養（Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔ（１９９４）；２２：２２３－２３０；およびＨｕｇｈｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ（１９９２）；８９：１８１７）も含まれる。
他の形質導入ウイルスベクターを使用して、細胞を改変することができる。特定の実施形態では、選択されたベクターは、高い感染効率ならびに安定した組込みおよび発現を示す（例えば、Ｃａｙｏｕｅｔｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ８：４２３－４３０，１９９７；Ｋｉｄｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｅｙｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １５：８３３－８４４，１９９６；Ｂｌｏｏｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７１：６６４１－６６４９，１９９７；Ｎａｌｄｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７２：２６３－２６７，１９９６；およびＭｉｙｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９４：１０３１９，１９９７を参照）。使用することができる他のウイルスベクターとしては、例えば、アデノウイルス、レンチウイルスおよびアデナ関連ウイルスベクター、ワクシニアウイルス、ウシパピローマウイルス、またはエプスタイン・バー・ウイルス（例えば、Ｍｉｌｌｅｒ，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａ（１９９０）；１５－１４；Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１２７５－１２８１，１９８９；Ｅｇｌｉｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９８８）；６：６０８－６１４；Ｔｏｌｓｔｏｓｈｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ（１９９０）；１：５５－６１；Ｓｈａｒｐ，Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ（１９９１）；３３７：１２７７－７８；Ｃｏｒｎｅｔｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３６：３１１－２２，１９８７；Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８４）；２２６：４０１－４０９；Ｍｏｅｎ，Ｂｌｏｏｄ Ｃｅｌｌｓ １７：４０７－１６，１９９１；Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ（１９８９）；７：９８０－９０；ＬｅＧａｌ Ｌａ Ｓａｌｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９３）；２５９：９８８－９０；ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎ，Ｃｈｅｓｔ（１９９５）１０７：７７Ｓ－８３Ｓのベクターも参照）等のヘルペスウイルスが挙げられる。レトロウイルスベクターは特によく開発されており、臨床現場で使用されている（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ（１９９０）；３２３：３７０，１９９０；Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，３９９，３４６号）。
非ウイルスアプローチは、細胞の遺伝子改変にも使用することができる。例えば、リポフェクションの存在下で核酸を投与することによって（Ｆｅｉｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ．Ｓ．Ａ．（１９８７）；８４：７４１３；Ｏｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｓｃｉ Ｌｅｔｔ（１９９０）；１７：２５９；Ｂｒｉｇｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｍｅｄ Ｓｃｉ（１９８９）；２９８：２７８；Ｓｔａｕｂｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ（１９８３）；１０１：５１２，Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ（１９８８）；２６３：１４６２１；Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ（１９８９）；２６４：１６９８５）、または外科的条件下でのマイクロインジェクションによって（Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９０）；２４７：１４６５）、核酸分子を細胞に導入することができる。遺伝子導入のための他の非ウイルス的手段としては、リン酸カルシウム、ＤＥＡＥデキストラン、エレクトロポレーションおよびプロトプラスト融合を用いたインビトロでのトランスフェクションが挙げられる。リポソームはまた、細胞へのＤＮＡの送達に潜在的に有益であり得る。対象の罹患組織への正常遺伝子の移植は、正常核酸をエクスビボで培養可能な細胞型（例えば、自己または異種の初代細胞またはその子孫）に移入し、その後、細胞（またはその子孫）を標的組織に注射するか、または全身注射することによっても達成することができる。組換え受容体は、トランスポザーゼまたは標的ヌクレアーゼ（例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、またはＴＡＬＥヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ）を使用して誘導または取得することもできる。一過性発現は、ＲＮＡエレクトロポレーションによって得ることができる。
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、細胞のゲノムの選択された遺伝子座に組み込まれ得る。任意の標的化ゲノム編集方法を使用して、現在開示されているＴＣＲを細胞または対象に送達することもできる。特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲシステムが、現在開示されているＴＣＲを送達するために使用される。特定の実施形態では、ジンクフィンガーヌクレアーゼは、本開示のＴＣＲを送達するために使用される。特定の実施形態では、ＴＡＬＥＮシステムを使用して、現在開示されているＴＣＲを送達する。
特定の実施形態では、本開示のＴＣＲは、Ｔ細胞受容体をコードする遺伝子座に組み込まれ得る。遺伝子座の非限定的な例としては、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、ＴＲＤＣ遺伝子座、およびＴＲＧＣ遺伝子座が挙げられる。特定の実施形態では、遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座である。ＴＣＲをＴ細胞のゲノム内の部位に標的化する方法は、国際公開第２０１７１８０９８９号およびＥｙｑｕｅｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．（２０１７ Ｍａｒ ２）；５４３（７６４３）：１１３－１１７に記載されており、両方とも参照によりその全体が組み込まれる。特定の実施形態では、ＴＣＲの発現は、遺伝子座内または遺伝子座付近の内因性プロモーター／エンハンサーによって駆動される。特定の実施形態では、ＴＣＲの発現は、遺伝子座に組み込まれた外因性プロモーターによって駆動される。ＴＣＲが組み込まれる遺伝子座は、遺伝子座内の遺伝子の発現レベルおよび遺伝子座内の遺伝子の遺伝子発現のタイミングに基づいて選択される。発現レベルおよび発現タイミングは、選択を行うときに考慮される因子の１つである、細胞分化およびマイトジェン／サイトカイン微小環境の異なる段階の下で変動し得る。
特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲシステムは、細胞のゲノムの選択された遺伝子座にＴＣＲを組み込むために使用される。特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲシステムは、定義された遺伝子座、例えばＴＲＡＣ遺伝子座でのＤＮＡドナー－鋳型誘導相同性指向修復を使用する。クラスター化した規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）系は、原核細胞で発見されたゲノム編集ツールである。ゲノム編集に利用される場合、システムは、Ｃａｓ９（ｃｒＲＮＡをそのガイドとして利用してＤＮＡを改変することができるタンパク質）、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡは、それを宿主ＤＮＡの正しい部分に導くためにＣａｓ９によって使用されるＲＮＡを、ｔｒａｃｒＲＮＡに結合する領域（一般にヘアピンループ形態）と共に含有し、Ｃａｓ９と活性複合体を形成する）、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ、ｃｒＲＮＡに結合し、Ｃａｓ９と活性複合体を形成する）、およびＤＮＡ修復鋳型の任意の部分（特定のＤＮＡ配列の挿入を可能にする細胞修復プロセスをガイドするＤＮＡ）を含む。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９は、標的細胞をトランスフェクトするためにプラスミドを使用することが多い。特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９は、標的細胞にトランスフェクトされる組換えリボ核タンパク質複合体である。ｃｒＲＮＡは、Ｃａｓ９が細胞内の標的ＤＮＡを同定し、標的ＤＮＡに直接結合するために使用する配列であるため、用途ごとに設計する必要がある。ＴＣＲ発現カセットを担持する修復テンプレートはまた、挿入配列のためのカットおよびコードの両側の配列と重複しなければならないので、用途ごとに設計される必要がある。複数のｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡを一緒にパッケージングして、単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）を形成することができる。このｓｇＲＮＡは、Ｃａｓ９遺伝子と一緒に連結され、細胞にトランスフェクトされるためにプラスミドに作製され得る。ＣＲＩＳＰＲシステムを使用する方法は、例えば、国際公開第２０１４０９３６６１号Ａ２、国際公開第２０１５１２３３３９号Ａ１および国際公開第２０１５０８９３５４号Ａ１に記載されており、それらの全体が参照により組み込まれる。
特定の実施形態では、ジンクフィンガーヌクレアーゼを使用して、細胞のゲノムの選択された遺伝子座にＴＣＲを組み込む。ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）は、ジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメインとＤＮＡ切断ドメインとを組み合わせることによって生成される人工制限酵素である。ジンクフィンガードメインは、ジンクフィンガーヌクレアーゼがゲノム内の所望の配列を標的化することを可能にする特定のＤＮＡ配列を標的化するように操作することができる。個々のＺＦＮのＤＮＡ結合ドメインは、典型的には、複数の個々のジンクフィンガーリピートを含み、それぞれが複数の塩基対を認識することができる。新しいジンクフィンガードメインを生成する最も一般的な方法は、既知の特異性のより小さいジンクフィンガー「モジュール」を組み合わせることである。ＺＦＮにおける最も一般的な切断ドメインは、ＩＩｓ型制限エンドヌクレアーゼＦｏｋＩ由来の非特異的切断ドメインである。内因性相同組換え（ＨＲ）機構およびＴＣＲ発現カセットを担持する相同ＤＮＡ鋳型を使用して、ＺＦＮを使用してＴＣＲ発現カセットをゲノムに挿入することができる。標的配列がＺＦＮによって切断されると、ＨＲ機構は、損傷した染色体と相同ＤＮＡ鋳型との間の相同性を検索し、次いで染色体の２つの切断された末端の間で鋳型の配列をコピーし、それによって相同ＤＮＡ鋳型がゲノムに組み込まれる。ＺＦＮ系を使用する方法は、例えば、国際公開第２００９１４６１７９号Ａ１、国際公開第２００８０６０５１０号Ａ２および中国特許出願公開第１０２１７４５７６号Ａに記載されており、それらの全体が参照により組み込まれる。
特定の実施形態では、ＴＡＬＥＮシステムは、免疫応答性細胞のゲノムの選択された遺伝子座にＴＣＲを組み込むために使用される。転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）は、ＤＮＡの特定の配列を切断するように操作することができる制限酵素である。ＴＡＬＥＮシステムは、ＺＦＮとほぼ同じ原理で動作する。それらは、転写アクチベーター様エフェクターＤＮＡ結合ドメインをＤＮＡ切断ドメインと組み合わせることによって生成される。転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）は、特定のヌクレオチドに対する強い認識を有する２つの可変位置を有する３３～３４個のアミノ酸反復モチーフから構成される。これらのＴＡＬＥのアレイを組み立てることによって、ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメインは、所望のＤＮＡ配列に結合し、それによってヌクレアーゼがゲノムの特定の位置で切断するように誘導するように操作することができる。ＴＡＬＥＮシステムを使用する方法は、例えば、国際公開第２０１４１３４４１２号Ａ１、国際公開第２０１３１６３６２８号Ａ２および国際公開第２０１４０４０３７０号Ａ１に記載されており、それらの全体が参照により組み込まれる。
ポリヌクレオチド治療法で使用するためのｃＤＮＡ発現は、任意の適切なプロモーター（例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、またはメタロチオネインプロモーター）に由来し、任意の適切な哺乳動物調節エレメントまたはイントロン（例えば、伸長因子１ａエンハンサー／プロモーター／イントロン構造）によって調節され得る。例えば、所望であれば、特定の細胞型における遺伝子発現を優先的に指示することが知られているエンハンサーを使用して、核酸の発現を指示することができる。使用されるエンハンサーには、組織または細胞特異的エンハンサーとして特徴付けられるものが含まれ得るが、これらに限定されない。あるいは、ゲノムクローンが治療用コンストラクトとして使用される場合、調節は、同族調節配列によって、または所望であれば、上記のプロモーターまたは調節エレメントのいずれかを含む異種供給源に由来する調節配列によって媒介され得る。
ゲノム編集剤／系を送達するための方法は、必要に応じて異なり得る。特定の実施形態では、選択されたゲノム編集方法の構成要素は、１またはそれを超えるプラスミドにおいてＤＮＡコンストラクトとして送達される。特定の実施形態では、成分はウイルスベクターを介して送達される。一般的な送達方法には、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、遺伝子銃、衝突、静水圧、連続注入、超音波処理、マグネトフェクション、アデノ随伴ウイルス、ウイルスベクターのエンベロープタンパク質シュードタイピング、複製適格性ベクターシスおよびトランス作用要素、単純ヘルペスウイルス、および化学ビヒクル（例えば、オリゴヌクレオチド、リポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックス、デンドリマー、無機ナノ粒子、および細胞透過性ペプチド）が含まれるが、これらに限定されない。
改変は、選択された遺伝子座内のどこでも、または組み込まれたＴＣＲの遺伝子発現に影響を及ぼし得るどこでも行うことができる。特定の実施形態では、改変は、組み込まれたＴＣＲの転写開始部位の上流に導入される。特定の実施形態では、改変は、転写開始部位と組み込まれたＴＣＲのタンパク質コード領域との間に導入される。特定の実施形態では、改変は、組み込まれたＴＣＲのタンパク質コード領域の下流に導入される。
５．６．製剤および投与
本開示の主題はまた、本開示の細胞（例えば、セクション５．４に開示されているもの）を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は、薬学的に許容され得る担体をさらに含む医薬組成物である。
本開示の細胞を含む組成物は、滅菌液体製剤、例えば、選択されたｐＨに緩衝され得る等張水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液または粘性組成物として都合よく提供され得る。液体調製物は、通常、ゲル、他の粘性組成物、および固体組成物よりも調製が容易である。さらに、液体組成物は、特に注射によって投与するのに幾分便利である。一方、粘性組成物は、特定の組織とのより長い接触期間を提供するために、適切な粘度範囲内で配合することができる。液体または粘性組成物は担体を含むことができ、担体は、例えば、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール等）およびそれらの適切な混合物を含有する溶媒または分散媒体であり得る。
本開示の細胞を含む組成物は、抗原に対する免疫応答を誘導および／もしくは増強するため、ならびに／または腫瘍を処置および／もしくは予防するために、対象に腫瘍全身的にまたは直接提供することができる。特定の実施形態では、本開示の細胞またはそれを含む組成物は、目的の器官（例えば、新生物によって影響を受ける器官）に直接注入される。あるいは、本開示の細胞またはそれを含む組成物は、例えば循環系（例えば、腫瘍血管系）への投与によって、目的の器官に間接的に提供される。増殖剤および分化剤は、インビトロまたはインビボでの細胞の産生を増加させるために、細胞または組成物の投与前、投与中または投与後に提供することができる。
投与される細胞の量は、処置されている対象によって異なり得る。特定の実施形態では、約１０４～約１０１１個、約１０４～約１０７個、約１０５～約１０７個、約１０５～約１０９個または約１０６～約１０８個の本開示の細胞が、対象に投与される。特定の実施形態では、少なくとも約１×１０５個の細胞を投与することができ、最終的に約１×１０１０個またはそれを超える。特定の実施形態では、少なくとも約１×１０６個の細胞を投与することができる。特定の実施形態では、約１０４～約１０１１個、約１０５～約１０９個または約１０６～約１０８個の本開示の細胞が、対象に投与される。より有効な細胞は、さらに少ない数で投与され得る。特定の実施形態では、少なくとも約１×１０８個、約２×１０８個、約３×１０８個、約４×１０８個および約５×１０８個の本開示の細胞が、対象に投与される。有効用量と考えられるものの正確な決定は、特定の対象のサイズ、年齢、性別、体重および症状を含む、各対象別の因子に基づくことができる。投与量は、本開示および当業者の知識から当業者によって容易に確認され得る。
本開示の細胞および組成物は、静脈内投与、皮下投与、節内投与、腫瘍内投与、髄腔内投与、胸膜内投与、骨内投与、腹腔内投与、胸膜投与、および対象への直接投与を含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の方法によって投与され得る。本開示の細胞は、任意の生理学的に許容され得るビヒクル中に、通常は血管内に投与することができるが、細胞が再生および分化のための適切な部位を見出すことができる骨または他の好都合な部位（例えば、胸腺）に導入することもできる。
５．７．処置の方法
本開示の主題は、本開示の細胞またはそれを含む組成物を使用する様々な方法を提供する。本開示の細胞およびそれを含む組成物を、治療または医薬に使用することができる。例えば、本開示の主題は、免疫応答の誘導および／または増大を必要とする対象において免疫応答を誘導および／または増大させるための方法を提供する。本開示の細胞およびそれを含む組成物は、対象における腫瘍負荷を軽減するために使用することができる。本開示の細胞およびそれを含む組成物を、対象において腫瘍細胞の数を減少させ、腫瘍サイズを減少させ、および／または腫瘍を根絶することができる。本開示の細胞およびそれを含む組成物を、対象の腫瘍を処置および／または予防するために使用することができる。本開示の細胞およびそれを含む組成物を、腫瘍に罹患している対象の生存を延長するために使用することができる。
特定の実施形態では、上記の方法のそれぞれは、所望の効果、例えば、既存の症状の緩和または腫瘍の再発の予防を達成するために、本開示の細胞またはそれを含む組成物（例えば、医薬組成物）を投与することを含む。処置のために、投与される量は、所望の効果をもたらすのに有効な量である。有効量は、１回または一連の投与で提供することができる。有効量は、ボーラスまたは連続灌流によって提供することができる。
特定の実施形態では、腫瘍は、ＲＡＳに関連する。特定の実施形態では、腫瘍は、ＲＡＳ変異またはＲＡＳ変異体に関連する。特定の実施形態では、ＲＡＳ変異は、Ｇ１２変異である。特定の実施形態では、ＲＡＳ変異は、Ｇ１２Ｄ変異である。
特定の実施形態では、腫瘍は、癌である。特定の実施形態では、腫瘍は、膵臓癌、乳癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、肛門癌、膀胱癌、結腸直腸癌、胆管細胞癌／胆管癌、肺癌、卵巣癌、食道癌、胃癌（「胃の癌」としても知られる）、頭頸部扁平上皮癌腫、非黒色腫皮膚癌、唾液腺癌、黒色腫、および多発性骨髄腫からなる群から選択される。特定の実施形態では、癌は、膵臓癌である。
特定の実施形態では、対象は、ヒト対象である。対象は進行した形態の疾患を有することができ、その場合、処置の目的は、疾患進行の緩和もしくは逆転、および／または副作用の改善を含むことができる。対象は、既に処置されている症状の病歴を有することがあり、その場合、治療目的は、典型的には再発のリスクの減少または遅延を含む。
特定の実施形態では、対象は、ＨＬＡ－Ａを含む。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーは、ＨＬＡ－Ａ＊１１である。
本発明の実施は、特に明記しない限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の従来の技術を使用し、これらは十分に当業者の範囲内である。そのような技術は、文献、例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；”Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｇａｉｔ，１９８４）；”Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ” ”Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｗｅｉｒ，１９９６）；”Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ”（Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｃａｌｏｓ，１９８７）；”Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；”ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；”Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）に十分に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの産生に適用可能であり、したがって、本発明の作製および実施において考慮され得る。特定の実施形態のための特に有用な技術は、以下のセクションで説明される。
以下の実施例は、当業者に、本発明の組成物、ならびにアッセイ、スクリーニング、および治療方法を作製および使用する方法の完全な開示および説明を提供するために記載されており、本発明者らが本発明と見なすものの範囲を限定することを意図するものではない。
実施例１．
ＫＲＡＳに由来する天然にプロセシングされ提示されたエピトープ（複数可）を同定するために、ＣＯＳ－７を人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）として使用した。ＣＯＳ－７細胞に、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１および全長ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）または野生型（ＷＴ）ＫＲＡＳをコードするｍＲＮＡを同時にエレクトロポレーションした。変異型ＫＲＡＳタンパク質から生じる内因的にプロセシングされ提示された「公開」ネオ抗原（ＮｅｏＡｇｓ）のＨＬＡ拘束性免疫ペプチドームを、ＨＬＡ免疫沈殿（ＩＰ）およびタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）を用いてスクリーニングした。図１Ａは、ＫＲＡＳタンパク質から生じるＩＰ／ＭＳ－ＭＳスクリーニング検出ペプチドを要約した表を示す。（Ｇ１２Ｄ）ホットスポット変異を包含する１０ｍｅｒおよび９ｍｅｒペプチドの両方が検出された。１０ｍｅｒのＷＴバリアントも検出された。ＰＡＮＣ－１細胞は、天然にＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）を発現し、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋およびＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋である。図１Ｂは、ＰＡＮＣ－１膵臓癌細胞株由来の溶出ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１拘束性ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）ペプチド（上）および確認合成ペプチド（下）についての検証ＭＳ「ミラー」プロットを示す。図１Ｃは、細胞表面上のネオペプチド／ＨＬＡ複合体の安定性の評価を示す。ＴＡＰ欠損細胞株であるＴ２細胞にＨＬＡ－Ａ＊１１：０１をエレクトロポレーションし、滴定量のＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）９ｍｅｒおよび１０ｍｅｒネオペプチドバリアントをパルスした。ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１の細胞表面発現を、ｐ／ＨＬＡ複合体安定性の相関としてフローサイトメトリーによって測定した。
図２に示されるように、ＲＡＳファミリーの４つのメンバーは全て、それらのＧドメイン全体にわたって９０％の配列相同性を共有するが、それらのＮ末端膜標的化ドメインにおいて有意に異なる。注目すべきことに、コドン１２ホットスポット領域を取り囲むアミノ酸配列は、ＲＡＳファミリーメンバー間で１００％の配列相同性を共有する。これは、ＫＲＡＳに特異的なＴＣＲ（Ｇ１２Ｄ）が、他の変異型ＲＡＳタンパク質に対する交差保護をもたらし得ることを示唆している。
次に、ユニークなＨＬＡ－Ａ＊１１：０１拘束性ＲＡＳ特異的ＴＣＲクローン型を発見するための研究を行った。図３Ａに示すように、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋健康ドナー（ＨＤ）またはＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）癌の病歴を有するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋患者に由来するＴ細胞を、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）を提示する自己抗原提示細胞でインビトロで刺激した。個々の培養物を、質量分析で同定された１０ｍｅｒエピトープを負荷した高次ペプチド／ＨＬＡデキストラマー試薬を使用してＲＡＳ特異的Ｔ細胞の存在についてスクリーニングした。陽性ウェルをバーコード化デキストラマーで標識し、組み合わせた単一細胞Ｖ（Ｄ）Ｊとフィーチャバーコードシーケンシング（ｆｅａｔｕｒｅ ｂａｒｃｏｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）に供し、ＲＡＳ特異的Ｔ細胞クローン型のＴＣＲ遺伝子配列を検索した。健康なドナー（ｎ＝１）および患者由来試料（ｎ＝４）から、５つの固有のＲＡＳ特異的ＴＣＲを検索した。図３Ｂに示すように、５つのＴＣＲは全て、固有のアルファおよびベータ可変鎖セグメントならびにＣＤＲ３ループ長から構成されていた。
次に、健康なドナー（ＨＤ）およびＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）公開ＮｅｏＡｇに特異的な患者由来ＴＣＲの共受容体依存性を機能的に検証および測定するための研究を行った。オープンレパートリー（非特異的）Ｔ細胞に、個々の回収されたＴＣＲ遺伝子配列をレトロウイルスにより形質導入した。ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞の機能を、全長野生型（ＷＴ）ＫＲＡＳまたはＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）のいずれかをコードするｍＲＮＡと同時トランスフェクトしたＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋標的細胞との共培養によって測定した。細胞内ＴＮＦ－α産生を、形質導入されたＴＣＲを発現するＣＤ４＋（青色）およびＣＤ８＋（赤色）Ｔ細胞において測定した。図４Ａおよび図４Ｂに示すように、４つの患者由来ＴＣＲは全て、共受容体非依存性を示した。
個々のＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）特異的ＴＣＲライブラリーメンバーの最小エピトープを決定するために、オープンレパートリーＴ細胞に、個々の回収されたＴＣＲ遺伝子配列をレトロウイルスにより形質導入した。ＴＣＲを形質導入されたＴ細胞を、ＫＲＡＳに由来する９ｍｅｒまたは１０ｍｅｒのネオエピトープ（Ｇ１２Ｄ）または対応するＷＴ対応物のいずれかをパルスした（１０μｇ／ｍＬ）ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋標的細胞と共培養した。ｘ細胞内ＴＮＦ－α産生を、形質導入されたＴＣＲを発現するＣＤ４＋（青色）およびＣＤ８＋（赤色）Ｔ細胞において測定した。図５のＦＡＣＳプロットによって示されるように、１０ ｍｅｒのネオペプチドは全てのＴＣＲライブラリーメンバーによって認識されたが、９ｍｅｒのネオエピトープの認識は患者由来のＴＣＲのみに限定された。
これらのデータに基づいて、ＲＡＳ特異的ＴＣＲを形質導入されたＴ細胞の機能的アビディティーを決定した。オープンレパートリーＴ細胞に、個々の回収されたＴＣＲ遺伝子配列をレトロウイルスにより形質導入し、漸増量の１０ｍｅｒ ＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）ネオペプチドでパルスしたＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋標的と共培養した。ＷＴペプチドを対照（１０μｇ／ｍＬ）として含めた。細胞内ＴＮＦ－α産生をＣＤ８＋（左）およびＣＤ４＋（右）ＴＣＲ＋Ｔ細胞で測定し、図６Ａに示す。ＣＤ８＋およびＣＤ４＋Ｔ細胞における各個々のＴＣＲのＥＣ５０値を図６Ｂに列挙する。
次に、ＲＡＳ特異的ＴＣＲライブラリーメンバーによる２つのＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋腫瘍株におけるＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）の内因性レベルの認識を評価するための研究を行った。オープンレパートリーＴ細胞に、個々の回収されたＴＣＲ遺伝子配列をレトロウイルスにより形質導入し、ｐａｎ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ－Ｉブロッキング抗体の存在下または非存在下で、ＨｕＣＣＴ１（図７Ａ）またはＰＡＮＣ－１（図７Ｂ）細胞のいずれかと共培養した。ＨｕＣＣＴ１は胆管細胞癌株であり、ＰＡＮＣ－１は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋および変異型ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）の両方である膵臓腫瘍株である。Ｔ細胞単独を生物学的対照として含めて、ベースラインＴ細胞サイトカインレベルを測定した。細胞内ＴＮＦ－α産生をＣＤ８＋ＴＣＲ＋Ｔ細胞で測定し、図７に示す。ＴＣＲライブラリーメンバーは、クラスＩ制限様式で内因的にプロセシングされ、ＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）レベルを提示することを認識することができた。
個々のライブラリーメンバーの細胞溶解能力を測定するために、ｐａｎクラスＩブロッキング抗体の存在下または非存在下で、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞をＰＡＮＣ１と共培養した。５４時間にわたって腫瘍インピーダンスベースアッセイを使用して細胞溶解を測定した。図８Ａは、個々のライブラリーメンバーの腫瘍曲線を示す。図８Ｂは、共培養４８時間後のピーク細胞溶解を示す。
個々のライブラリーメンバーが代替的な変異型ＲＡＳタンパク質に対する交差保護を与えることができるかどうかを試験するために、ＴＣＲを形質導入されたＴ細胞を、個々のＧ１２Ｄ ＲＡＳアイソフォーム（ＫＲＡＳ、ＨＲＡＳおよびＮＲＡＳ）を共発現するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋標的と共培養した。ＷＴ ＲＡＳアイソフォームを特異性対照として使用した。細胞内ＴＮＦ－α産生を、形質導入されたＴＣＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞において測定した。図９Ａおよび図９Ｂに示されるように、５つ全てのＲＡＳ（Ｇ１２Ｄ）特異的ＴＣＲの交差保護機能が観察された。
実施例２．
ＴＣＲ交差反応性プロファイルを同定するために、位置ライブラリー走査実験を行った。配列番号２（例えば、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ）に示されるインデックス１０ｍｅｒのＲＡＳ変異ペプチド配列における各アミノ酸（ＡＡ）を１アミノ酸おきに置換してポジショナルスキャニングライブラリー（ＰＳＬ）を合成した。標的ＣＯＳ－７細胞に、完全長ヒトＨＬＡ＊１１：０１をコードするｍＲＮＡをエレクトロポレーションし、３７度で一晩インキュベートして、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１タンパク質発現を可能にした。次いで、ＨＬＡ＊１１：０１＋標的ウェルに、ＰＳＬ由来の個々のペプチド（１μＭの濃度）をパルスし、野生型ＲＡＳペプチド（ＷＴ）および変異ＲＡＳペプチドを機能的対照として含めた。個々のＲＡＳ ＴＣＲ１～５を発現するＲＡＳ ＴＣＲ－Ｔ細胞を１：１のＥ：Ｔ比で添加し、３７°Ｃで２４時間インキュベートした。共培養ウェルから採取した上清についてＥＬＩＳＡアッセイを実施して、ＩＦＮ－γ産生レベルを決定した。各位置におけるインデックスアミノ酸に対するＩＦＮ－γ産生のレベルを計算し、図１０Ａ～１０Ｅのヒートマップに示すようにプロットした。図１０Ａ～図１０Ｅに示すように、各個々のＴＣＲヒートマップの上のＴＣＲロゴプロットは、各位置における各アミノ酸の相対的影響を示す。
次に、ＲＡＳ特異的ＴＣＲの交差反応性の可能性を決定するための研究を行った。個々のＴＣＲペプチドモチーフをヒトプロテオームに対してスキャンして、潜在的な交差反応性配列を同定した。標的ＣＯＳ－７細胞に、完全長ヒトＨＬＡ＊１１：０１をコードするｍＲＮＡをエレクトロポレーションし、３７度で一晩インキュベートして、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１タンパク質発現を可能にした。ＨＬＡ＊１１：０１＋標的ウェル。次いで、細胞に、そのＲＡＳ特異的ＴＣＲに対応する個々のペプチド（表７～１１を参照）を１μＭの濃度でパルスし、最後に、野生型（ＷＴ）および変異ＲＡＳペプチドを機能的対照として含めた。個々のＲＡＳ ＴＣＲ１～５を発現するＲＡＳ ＴＣＲ－Ｔ細胞を１：１のＥ：Ｔ比で添加し、３７°Ｃで２４時間インキュベートした。上清を共培養ウェルから採取してＥＬＩＳＡアッセイを実施し、ＩＦＮ－γ産生レベルを決定した。ＩＦＮ－γ産生を図１１Ａ～図１１Ｅに示す。
Figure 2024520427000009
Figure 2024520427000010
Figure 2024520427000011
Figure 2024520427000012
Figure 2024520427000013
図１１Ａ～図１１Ｅに示されるように、各ＴＣＲは、変異ＲＡＳペプチドを提示するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋細胞（例えば、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなる変異ＲＡＳペプチド）とインキュベートした場合に機能的応答を示したが、対応する野生型配列（ＶＶＶＧＡＧＧＶＧＫ）とインキュベートした場合には機能的応答を示さなかった。ＴＣＲ１、２、４および５は、図１０Ａ～１０Ｅで解明された認識モチーフを有する代替ヒトペプチド配列に対する反応性を示さなかった。ＴＣＲ３は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＋標的細胞集団に非生理学的濃度でパルスした場合、単一の代替ペプチド（ＴＣＲ３、ペプチド２２；表９）に対して低レベルの反応性を示した。したがって、これらのデータは、現在開示されているＴＣＲが変異ＲＡＳペプチドに特異的に結合し、代替ペプチド種に対する反応性が無視できる程度で特異的Ｔ細胞活性化を誘導することができることを実証している。
本開示の主題の実施形態
上記の説明から、本明細書に記載の発明を様々な用途および条件に採用するために変形および修正を行うことができることは明らかであろう。そのような実施形態も、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
本明細書における変数の任意の定義における要素のリストの列挙は、列挙された要素の任意の単一の要素または組み合わせ（またはサブコンビネーション）としてのその変数の定義を含む。本明細書における実施形態の列挙は、その実施形態を任意の単一の実施形態として、または任意の他の実施形態もしくはその一部と組み合わせて含む。
本明細書で言及されるアクセッションまたは参照番号によって言及される全ての特許および刊行物および配列は、あたかも各独立した特許および刊行物および配列が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (75)

  1. ＲＡＳペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）であって、前記ＲＡＳペプチドがＧ１２変異を含む、Ｔ細胞受容体。
  2. 前記ＲＡＳペプチドが、Ｇ１２Ｄ変異を含む、請求項１に記載のＴＣＲ。
  3. 前記ＲＡＳペプチドが、９ｍｅｒまたは１０ｍｅｒである、請求項１または２に記載のＴＣＲ。
  4. 前記ＲＡＳペプチドが、配列番号１または配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１～３のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  5. 前記ＲＡＳペプチドが、配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１～４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  6. 前記ＲＡＳペプチドが、ＨＬＡクラスＩ複合体と関連している、請求項１～５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  7. 前記ＨＬＡクラスＩ複合体が、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃから選択される、請求項６に記載のＴＣＲ。
  8. 前記ＨＬＡクラスＩ複合体が、ＨＬＡ－Ａである、請求項６または７に記載のＴＣＲ。
  9. 前記ＨＬＡ－Ａが、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである、請求項７または８に記載のＴＣＲ。
  10. 前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーが、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される、請求項９に記載のＴＣＲ。
  11. 前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーが、ＨＬＡ－Ａ＊１１である、請求項９または１０に記載の方法。
  12. 前記ＲＡＳペプチドに結合する細胞外ドメインを含み、前記細胞外ドメインがα鎖およびβ鎖を含み、前記α鎖がα鎖可変領域およびα鎖定常領域を含み、前記β鎖がβ鎖可変領域およびβ鎖定常領域を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  13. 前記細胞外ドメインがα鎖可変領域およびβ鎖可変領域を含み、
    ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号９に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号１６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１９に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号４６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ３を含む、請求項１２に記載のＴＣＲ。
  14. ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号１５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号１５に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号４６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ２を含む、請求項１２または１３に記載のＴＣＲ。
  15. ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号４１に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号１４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１７に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２４に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３３に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３６に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４３に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号５８に示されるアミノ酸配列もしくはその保存的改変を含むＣＤＲ１を含む、請求項１２～１４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  16. ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む、請求項１２～１５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  17. ａ）前記β鎖可変領域が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｂ）前記β鎖可変領域が、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｃ）前記β鎖可変領域が、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｄ）前記β鎖可変領域が、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
    ｅ）前記β鎖可変領域が、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む、請求項１２～１６のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  18. ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む、請求項１２～１７のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  19. 前記α鎖可変領域が、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む、請求項１２～１８のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  20. 前記α鎖可変領域が、配列番号１０、配列番号２０、配列番号２９、配列番号３９または配列番号４８に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１２～１９のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  21. 前記α鎖可変領域が、配列番号１０、配列番号２０、配列番号２９、配列番号３９または配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載のＴＣＲ。
  22. 前記α鎖可変領域が、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含む、請求項２１に記載のＴＣＲ。
  23. 前記β鎖可変領域が、配列番号１１、配列番号２１、配列番号３０、配列番号４０、または配列番号４９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１２～２２のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  24. 前記β鎖可変領域が、配列番号１１、配列番号２１、配列番号３０、配列番号４０または配列番号４９に示されるアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載のＴＣＲ。
  25. 前記β鎖可変領域が、配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む、請求項２４に記載のＴＣＲ。
  26. ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号２０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２１に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号４０に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４８に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号４９に示されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％相同もしくは同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１２～２５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  27. ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１１に示されるアミノ酸配列を含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号２０に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２９に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３０に示されるアミノ酸配列を含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３９に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号４０に示されるアミノ酸配列を含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４８に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号４９に示されるアミノ酸配列を含む、請求項１２～２６のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  28. 前記α鎖可変領域が、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１１に示されるアミノ酸配列を含む、請求項２７に記載のＴＣＲ。
  29. ａ）前記α鎖が、配列番号１２に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖が、配列番号１３に示されるアミノ酸配列を含む；
    ｂ）前記α鎖が、配列番号２２に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖が、配列番号２３に示されるアミノ酸配列を含む；
    ｃ）前記α鎖が、配列番号３１に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖が、配列番号３２に示されるアミノ酸配列を含む；
    ｄ）前記α鎖が、配列番号４１に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖が、配列番号４２に示されるアミノ酸配列を含む；または
    ｅ）前記α鎖が、配列番号５０に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖が、配列番号５１に示されるアミノ酸配列を含む、請求項１２～２８のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  30. 前記α鎖が、配列番号４１に示されるアミノ酸配列を含み、前記β鎖が、配列番号４２に示されるアミノ酸配列を含む、請求項２９に記載のＴＣＲ。
  31. 前記細胞外ドメインが、参照ＴＣＲまたはその機能的断片と同じＲＡＳペプチドに結合し、前記参照ＴＣＲまたはその機能的断片が、α鎖可変領域およびβ鎖可変領域を含み、
    ａ）前記α鎖可変領域が、配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｂ）前記α鎖可変領域が、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号１７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号１９に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｃ）前記α鎖可変領域が、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号１５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号２６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号２７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号２８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；
    ｄ）前記α鎖可変領域が、配列番号３３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号３６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号３７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号３８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む；または
    ｅ）前記α鎖可変領域が、配列番号４３に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４４に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４５に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含み、前記β鎖可変領域が、配列番号５８に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１と、配列番号４６に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２と、配列番号４７に示されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３とを含む、請求項１２～３０のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  32. 前記ＴＣＲが組換え発現される、および／またはベクターから発現される、請求項１～３１のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  33. 配列番号３に示されるアミノ酸配列を含むまたはそれからなるＲＡＳペプチドに結合しない、請求項１～３２のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  34. 前記α鎖定常領域が、配列番号５３または配列番号５４に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１２～３４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  35. 前記α鎖定常領域が、配列番号５３または配列番号５４に示されるアミノ酸配列を含む、請求項３４に記載のＴＣＲ。
  36. 前記β鎖定常領域が、配列番号５５、配列番号５６、または配列番号５７に示されるアミノ酸配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１２～３５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  37. 前記β鎖定常領域が、配列番号５５、配列番号５６または配列番号５７に示されるアミノ酸配列を含む、請求項３６に記載のＴＣＲ。
  38. 請求項１～３７のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする、核酸。
  39. 請求項１～３７のいずれか一項に記載のＴＣＲまたは請求項３８に記載の核酸を含む、細胞。
  40. 前記細胞が、前記ＴＣＲによって形質導入されている、請求項３９に記載の細胞。
  41. 前記ＴＣＲが、前記細胞の表面に構成的に発現される、請求項３９または４０に記載の細胞。
  42. 前記細胞が、免疫応答性細胞である、請求項３９～４１のいずれか一項に記載の細胞。
  43. 前記細胞が、Ｔ細胞、およびリンパ系細胞を分化させることができる多能性幹細胞からなる群から選択される、請求項３８～４１のいずれか一項に記載の免疫応答性細胞。
  44. 前記細胞が、Ｔ細胞である、請求項４３に記載の細胞。
  45. 前記Ｔ細胞が、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、制御性Ｔ細胞、γδ Ｔ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞（ＮＫ－Ｔ）、幹細胞メモリーＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、およびエフェクターメモリーＴ細胞からなる群から選択される、請求項４４に記載の細胞。
  46. 前記Ｔ細胞が、γδ Ｔ細胞である、請求項４５に記載の細胞。
  47. Ｔ細胞が、ＮＫ－Ｔ細胞である、請求項４５に記載の細胞。
  48. 前記ＴＣＲまたは前記核酸が、前記細胞のゲノム内の遺伝子座に組み込まれている、請求項３９～４６のいずれか一項に記載の細胞。
  49. 前記遺伝子座が、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、ＴＲＤＣ遺伝子座、およびＴＲＧＣ遺伝子座から選択される、請求項４８に記載の細胞。
  50. 前記遺伝子座が、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座である、請求項４８または４９に記載の細胞。
  51. 請求項３９～５０のいずれか一項に記載の細胞を含む、組成物。
  52. 薬学的に許容され得る担体をさらに含む医薬組成物である、請求項５１に記載の組成物。
  53. 請求項３８に記載の核酸を含む、ベクター。
  54. 前記ベクターが、γ－レトロウイルスベクターである、請求項５３に記載のベクター。
  55. Ｇ１２変異を含むＲＡＳペプチドに結合する細胞を産生するための方法であって、請求項３８に記載の核酸または請求項５３もしくは５４に記載のベクターを前記細胞に導入することを含む、方法。
  56. 対象におけるＲＡＳに関連する腫瘍を処置および／または予防する方法であって、請求項３９～５０のいずれか一項に記載の細胞または請求項５１もしくは５２に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、方法。
  57. 前記腫瘍が、ＲＡＳ変異に関連する、請求項５６に記載の方法。
  58. 前記ＲＡＳ変異が、Ｇ１２Ｄ変異である、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記腫瘍が、膵臓癌、乳癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、肛門癌、膀胱癌、結腸直腸癌、胆管細胞癌／胆管癌、肺癌、卵巣癌、食道癌、胃癌、頭頸部扁平上皮癌腫、非黒色腫皮膚癌、唾液腺癌、黒色腫、および多発性骨髄腫からなる群から選択される、請求項５６～５８のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記腫瘍が、膵臓癌である、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記対象が、ヒトである、請求項５６～６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記対象が、ＨＬＡ－Ａを含む、請求項５６～６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記ＨＬＡ－Ａが、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーが、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーが、ＨＬＡ－Ａ＊１１である、請求項６３または６４に記載の方法。
  66. 対象におけるＲＡＳに関連する腫瘍の処置および／または予防において使用するための、請求項３９～５０のいずれか一項に記載の細胞または請求項５１もしくは５２に記載の組成物。
  67. 前記腫瘍が、ＲＡＳ変異に関連する、請求項６６に記載の使用のための細胞または組成物。
  68. 前記ＲＡＳ変異が、Ｇ１２Ｄ変異である、請求項６７に記載の使用のための細胞または組成物。
  69. 前記腫瘍が、膵臓癌、乳癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、肛門癌、膀胱癌、結腸直腸癌、胆管細胞癌／胆管癌、肺癌、卵巣癌、食道癌、胃癌、頭頸部扁平上皮癌腫、非黒色腫皮膚癌、唾液腺癌、黒色腫、および多発性骨髄腫からなる群から選択される、請求項６６～６８のいずれか一項に記載の使用のための細胞または組成物。
  70. 前記腫瘍が、膵臓癌である、請求項６９に記載の使用のための細胞または組成物。
  71. 前記対象がヒトである、請求項６６～７０のいずれか一項に記載の使用のための細胞または組成物。
  72. 前記対象が、ＨＬＡ－Ａを含む、請求項６６～７１のいずれか一項に記載の使用のための細胞または組成物。
  73. 前記ＨＬＡ－Ａが、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーである、請求項７２に記載の使用のための細胞または組成物。
  74. 前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーが、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される、請求項７３に記載の使用のための細胞または組成物。
  75. 前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーメンバーが、ＨＬＡ－Ａ＊１１である、請求項７３または７４に記載の使用のための細胞または組成物。
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