JP2024518421A - キメラ抗原受容体（ｃａｒ）ｔ細胞治療に関連する血清メタボロミクス - Google Patents

キメラ抗原受容体（ｃａｒ）ｔ細胞治療に関連する血清メタボロミクス Download PDF

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Abstract

【課題】メタボロミクスを用いて細胞療法に対する応答の可能性を決定し改善する、及び／又は毒性の可能性を決定し減少させるための方法および組成物を提供する。【解決手段】本開示の実施形態には、個体が細胞療法に対する、または細胞療法の毒性に対する応答性表現型を有するか非応答性表現型を有するかを決定するために、個体の生物学的試料中の特定の代謝物を測定するための方法が含まれる。実施形態はまた、細胞治療に対する反応を増加させるため、あるいは細胞治療に伴う毒性を減少させるための組成物を含む。実施形態はまた、血漿メタボロミクスが、癌に対するＣＡＲ－Ｔ療法に関連する有効性および毒性と相関することを示す。本開示は、被験体の血漿メタボロミクスを分析することによって、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対する被験体の応答を予測するための組成物および方法に関する。本開示はさらに、ＣＡＲ Ｔ細胞療法の有効性を改善するために、がんを有する被験体を治療するための治療組成物および方法を提供する。【選択図】なし

Description

連邦政府支援の研究開発に関する声明
本発明は、ＮＩＨ－ＮＣＩから授与されたＰ３０ ＣＡ０１６６７２の政府支援を受けてなされたものである。政府は本発明について一定の権利を有する。
関連出願との相互参照
本出願は、２０２１年５月７日に出願された米国仮特許出願シリアル第６３／１８５，４１２号の優先権を主張し、また、２０２１年１０月２０日に出願された米国仮特許出願シリアル第６３／２５７，６２１号の優先権を主張し、これら両出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示の実施形態は、少なくとも細胞生物学、分子生物学、免疫学、および医学の分野を包含する。
最近、癌治療において、有効で毒性が少ない標的化戦略によってかなりの進歩がなされている。免疫療法およびキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞は、主に血液悪性腫瘍において、再発／難治性および最前線の疾患設定の様々な腫瘍でますます評価されている。一部の患者において目覚ましい治療成績が得られているにもかかわらず、ＣＡＲ Ｔ細胞に対する臨床反応には依然として大きな不均一性がある。代謝産物は、免疫療法に対する反応を高めるだけでなく、免疫療法に関連する毒性を軽減するために調節できる可能性のある重要な宿主因子の一つとして浮上してきた。免疫チェックポイント阻害剤治療などの免疫療法戦略を評価した最近のいくつかのヒト研究では、より多様な腸内細菌叢を有する患者において、奏効と生存が有意に優れていることが示された。現在のところ、血漿メタボロミクスがＣＡＲ Ｔ細胞に関する抗腫瘍反応や毒性を調節するかどうかは不明である。血中代謝産物の役割とＣＡＲ－Ｔ療法の転帰を関連付ける研究は不足している。
本開示は、様々な免疫療法、例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）またはＴ細胞受容体を発現する免疫細胞が含まれる養子細胞療法などに関連づけられるメタボロミクスを包含するシステム、組成物および方法に関する。ある特定の実施形態が、個体を処置するための方法、および免疫療法（例えば、ＣＡＲ関連療法など）を受ける個体についてリスクを軽減させるための方法を包含する。ある特定の実施形態が、細胞療法の毒性の可能性を低下させることを包含する。いくつかの実施形態において、方法は、１つまたは複数の組成物を、治療法を受ける前に、治療法を受けている期間中に、かつ／または治療法を受けた後であることを含めて、個体において測定することを含む。組成物には、バイオマーカー、代謝産物または同様なものが含まれることがあり、いくつかの場合において、１つまたは複数の代謝産物が、個体のための治療法の効力および／または毒性に関連づけられるバイオマーカーとして働く。具体的な実施形態において、１つまたは複数の代謝産物が、ＣＡＲ関連療法に関連づけられる成績のための予測バイオマーカーとして働く。いくつかの実施形態において、代謝産物は、インドールおよび／または関連インドール誘導体、ならびにトリメチルアミンオキシド（ＴＭＡＯ）が含まれる微生物関連代謝産物、あるいは１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリン、６－ホスホグルコン酸、トリアシルグリセロール、Ｎ－アルファ－Ｌ－アセチルＬ－アスパラギン、デオキシカルニチンまたはそれらの組み合わせが含まれる非微生物代謝産物を含む。インドール誘導体は、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドキシルスルファートまたはそれらの組み合わせを含む場合がある。ポリアミンは、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン（ａｃｅｔｙｌｐｕｔｒｅｓｃｅｉｎｅ）、アセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む場合がある。
本開示のある特定の実施形態が、組成物（例えば、１つまたは複数の代謝産物など）をどのようなサンプルであれ個体からの生物学的サンプルにおいて測定するための方法に関する。いくつかの実施形態において、サンプルは血液サンプルを含む。血液サンプルは、全血、血清および／または血漿を含めて、血液の構成成分をどのようなものであれ含む場合がある。特定の実施形態において、１つまたは複数の代謝産物を測定することにより、個体がＣＡＲ関連療法に対する応答において毒性を有するであろうか否かを示している測定値がもたらされる。特定の実施形態において、１つまたは複数の代謝産物を測定することにより、個体がＣＡＲ関連療法に対する有効な治療応答を有するであろうか否かを示している測定値がもたらされる。いくつかの実施形態において、組成物を測定することにより、個体が、応答者表現型を有するとして、または非応答者表現型を有するとして特定される。治療法が、１つまたは複数の代謝産物のレベルを個体において低下させること、あるいは１つまたは複数の代謝産物のレベルを個体において増大させることなどの調節を含めて、個体のために調節されなければならないことを測定値が指示する実施形態もまた含まれる。同じ個体についてのいくつかの場合において、測定値により、１つまたは複数の代謝産物が当該個体については増大したレベルを有する必要があり、１つまたは複数の他の代謝産物が当該個体については減少したレベルを有する必要があることが明らかにされる。
ある特定の実施形態が、所定量の細胞療法を、本明細書中に包含される個体をどのような個体であれ含めて、個体に施すことを含む方法に関する。当該量は細胞療法の治療効果的な量を含む場合がある。いくつかの実施形態において、治療効果的な量は、個体由来のサンプルからの１つまたは複数の代謝産物のレベルを測定することに基づいて決定される。いくつかの実施形態において、治療効果的な量は、応答者表現型または非応答者表現型を有する個体に依存している。ある特定の実施形態において、応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を生物学的サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の、どのようなタイプの血液サンプルも含まれる生物学的サンプルにおける前記代謝産物の濃度に統計学的に等しい濃度である。ある特定の実施形態において、非応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を生物学的サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の、どのようなタイプの血液サンプルも含まれる生物学的サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に高い濃度である。ある特定の実施形態において、非応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を生物学的サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の、どのようなタイプの血液サンプルも含まれる生物学的サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低い濃度である。いくつかの実施形態において、例えば、個体が非応答者表現型を有するときなどにおいて、個体は治療法を受けず、あるいは治療法が送達に先立って調節され、および／または補足される；そのような補足には、代謝産物の少なくとも１つを個体において増大させることが可能である、または低下させることが可能である１つまたは複数の組成物の送達が含まれる場合がある。
いくつかの実施形態において、血液サンプルが、細胞療法が個体に施される前、細胞療法が個体に施されている期間中、および／または細胞療法が個体に施された後において個体から採取される。少なくとも１つの代謝産物が血液サンプルにおいて測定される場合がある。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの代謝産物が第２の血液サンプルにおいて測定される。第２の血液サンプルは、細胞療法を含めて治療法が施されたことがある個体から採取される血液サンプルを含む場合がある。個体は、血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度が第２の血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度に等しいときには応答者表現型を有する場合がある。個体は、血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度が第２の血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度と異なるときには非応答者表現型を有する場合がある。
ある特定の実施形態が、細胞療法の毒性の可能性を個体において低下させるための方法に関する。細胞療法は、ＣＡＲ Ｔ細胞療法をどのようなものであれ含めて、どのような細胞療法であれ本明細書中に包含される細胞療法である場合がある。毒性は、サイトカイン応答症候群、免疫エフェクター細胞関連神経毒性、またはそれらの組み合わせを含む場合がある。いくつかの実施形態において、個体は、治療法が送達されている期間中、および／またはいくつかの場合には治療法が送達された直後を含めて、毒性についてモニターされる。
ある特定の実施形態が１つまたは複数の細胞療法を包含する。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の細胞療法はＴ細胞療法を含む。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の細胞療法は、少なくとも１つの操作された受容体を含む細胞を含む。操作された受容体はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む場合がある。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の細胞療法は、どのような代謝産物であれ本明細書中に包含される代謝産物を含めて、少なくとも１つの代謝産物を増大させることが可能である酵素または低下させることが可能である酵素、ならびに／あるいはそのような酵素をコードする核酸を含む細胞を含む。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の細胞療法は、転写因子として作用することが可能であるタンパク質をコードする核酸（ＲＮＡまたはＤＮＡ）、および／またはそのようなタンパク質を含む細胞を含む。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の細胞療法は、１つまたは複数の非哺乳動物タンパク質を含む細胞を含む。細胞は、前記の酵素、タンパク質および／または核酸を含むように遺伝子改変される場合がある。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の細胞療法は、どのような代謝産物であれ本明細書中に包含される代謝産物を含めて、少なくとも１つの代謝産物を増大させることが可能である酵素または低下させることが可能である酵素を過剰発現するように遺伝子改変される細胞を含む。酵素は細胞に対して内因性または外因性である場合がある。細胞療法を生じさせることが、ＣＡＲ関連療法に応答する個体の能力が判定された後である場合があり、または細胞療法は、凍結保存されるなどして貯蔵所に備わり、当該療法についての必要性が判定されたときに利用される場合がある。
酵素および／または転写因子を含めて、本明細書中に包含される実施形態において使用されるタンパク質には、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、および／またはＧｃｎ２が含まれるが、これらに限定されない。
本開示の実施形態には、個体を処置するための方法であって、（ａ）個体からの血液サンプル（血清サンプルが含まれる）における少なくとも１つの代謝産物の濃度を、応答者表現型を有するとして、または非応答者表現型を有するとして個体を特定するために測定する工程と、（ｂ）治療効果的な量の細胞療法（１つまたは複数の操作された受容体を発現する細胞が少なくとも含まれる）を単独で、あるいは細胞療法に関連づけられる効果的な抗腫瘍応答または限定的な毒性を生じさせるための治療法としての他の薬物または代謝産物または化学化合物との組み合わせでのどちらかで個体に施し、治療効果的な量が、応答者表現型または非応答者表現型を有する個体と相関づけられる、工程とを含む方法が含まれる。具体的な実施形態において、少なくとも１つの代謝産物は、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリンおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む。インドール誘導体は、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドール－３－ラクタート、インドール－３－アセタート、インドールアクリル酸、インドキシルスルファートまたはそれらの組み合わせを含む場合がある。ポリアミンは、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン、アセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む場合がある。具体的な実施形態において、応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度に統計学的に等しい濃度である。具体的な実施形態において、非応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に高い濃度である。非応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を血液サンプルにおいて含む場合があり、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低い濃度である。特定の場合において、個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、治療法は個体に与えられない。いくつかの場合において、個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、細胞療法は調節される。いくつかの場合において、個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、細胞療法は、例えば、１つまたは複数の代謝産物または薬物によるなどで補足される。方法の具体的な実施形態において、１つまたは複数の代謝産物のうちの少なくとも１つが、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低いと判定された。細胞療法の細胞は、免疫細胞、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、マクロファージ、または他の造血細胞などである場合がある。細胞療法の細胞は、１つまたは複数の操作された受容体、例えば、キメラ抗原受容体、非生来型ＴＣＲ、または両方などを発現する場合がある。細胞はさらに、代謝産物の少なくとも１つを個体において増大させることが可能であるタンパク質または低下させることが可能であるタンパク質を含む場合がある。細胞は、前記のタンパク質または代謝産物を発現するように遺伝子改変される場合がある。具体的な実施形態において、タンパク質は、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２またはそれらの組み合わせを含む。方法はさらに、代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能である組成物または低下させることが可能である組成物を投与することを含む場合がある。組成物が、代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能であるとき、組成物は代謝産物の少なくとも１つを含む場合がある。特定の実施形態において、血液サンプルは、細胞療法を施す前の個体からのものである。方法には、代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することをさらに含む方法であって、第２の血液サンプルが、個体に細胞療法が施された後の個体からの血液サンプルを含み、個体が、血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度が第２の血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度に等しいときには応答者表現型を有する、方法が含まれる。方法はさらに、代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することを含む場合があり、第２の血液サンプルは、個体に細胞療法が施された後の個体からの血液サンプルを含み、個体は、血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度が第２の血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度と異なるときには非応答者表現型を有する。
本開示の実施形態には、細胞療法（１つまたは複数の操作された受容体、例えば、キメラ抗原受容体、ＴＣＲ、または両方などを発現する細胞が含まれる）の毒性（例えば、サイトカイン放出症候群、免疫エフェクター細胞関連神経毒性、長引いた血球減少症、血球貪食性リンパ組織球症、またはそれらの組み合わせ）の可能性、あるいは細胞療法（１つまたは複数の操作された受容体、例えば、キメラ抗原受容体、ＴＣＲ、または両方などを発現する細胞が含まれる）の毒性（例えば、サイトカイン放出症候群、免疫エフェクター細胞関連神経毒性、長引いた血球減少症、血球貪食性リンパ組織球症、またはそれらの組み合わせ）についてのリスクを低下させるための方法であって、（ａ）個体からの血液サンプル（血清サンプルが含まれ、治療法に先立って採取されることがある）における少なくとも１つの代謝産物の濃度を、応答者表現型を有するとして、または非応答者表現型を有するとして個体を特定するために測定する工程と、（ｂ）治療効果的な量の細胞療法を個体に施し、治療効果的な量が、応答者表現型または非応答者表現型を有する個体に依存している、工程とを含む方法が含まれる。個体は毒性についてモニターされる場合があり、またはモニターされない場合がある。少なくとも１つの代謝産物は、インドール誘導体、ＴＭＡＯ、トリプトファン、セロトニン、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニンおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む場合がある。インドール誘導体には、インドール－３－アセトアルデヒド、インドール、インドールアクリル酸、インドール－３－ラクタート、インドール－３－アセタート、インドキシルスルファートまたはそれらの組み合わせが含まれる。ポリアミンは、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン、アセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む場合がある。応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を血液サンプルにおいて含む場合があり、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度に統計学的に等しい濃度である。非応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を血液サンプルにおいて含む場合があり、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に高い濃度である。いくつかの場合において、非応答者表現型は所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低い濃度である。個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、治療法は与えられない場合がある。治療法の細胞は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、マクロファージ、または他の造血細胞を含めて、どのようなタイプの細胞であってもよい。
いくつかの実施形態において、細胞療法の細胞はさらに、代謝産物の少なくとも１つを個体において増大させることが可能であるタンパク質または低下させることが可能であるタンパク質を含む。細胞は、少なくともオルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２またはそれらの組み合わせを含めて、１つまたは複数のタンパク質を発現するように遺伝子改変される場合がある。いくつかの場合において、方法はさらに、代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能である組成物または低下させることが可能である組成物を投与することを含む。組成物が、代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能であるとき、組成物は代謝産物の少なくとも１つを含む場合がある。
いくつかの実施形態において、方法はさらに、代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することを含み、第２の血液サンプルは、個体に細胞療法が施された後の個体からの血液サンプルを含み、個体は、血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度が第２の血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度に等しいときには応答者表現型を有する。方法はさらに、代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することを含む場合があり、第２の血液サンプルは、個体に細胞療法が施された後の個体からの血液サンプルを含み、個体は、血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度が第２の血液サンプルにおける代謝産物（複数可）の濃度と異なるときには非応答者表現型を有する。
いくつかの実施形態において、１つまたは複数の操作された受容体（１つまたは複数のキメラ抗原受容体ならびに／あるいは１つまたは複数の非生来型ＴＣＲ）を発現する細胞と、本明細書中に包含されるような１つまたは複数の代謝産物とを含む治療用組成物が存在する。治療用組成物の細胞は、１つまたは複数の代謝産物を増大させることが可能である、または低下させることが可能である少なくとも１つのタンパク質を発現させるための遺伝子改変を含む場合がある。１つまたは複数の代謝産物が、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体（例えば、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドキシルスルファートまたはそれらの組み合わせ）、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン（例えば、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン、アセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせ）、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリンおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される場合がある。タンパク質は、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２またはそれらの組み合わせを含む場合がある。
本開示の実施形態には、第１の細胞療法が施されている個体を処置するための方法であって、（ａ）１つまたは複数の代謝産物の濃度を個体からの少なくとも１つの血液サンプルにおいて測定する工程と、（ｂ）代謝産物、細菌、第２の細胞療法、またはそれらの組み合わせを含む治療用組成物を、代謝産物（複数可）の濃度がベースラインレベルよりも高いときまたは低いときに投与する工程とを含む方法が含まれる。少なくとも１つの代謝産物が、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体（例えば、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドキシルスルファートまたはそれらの組み合わせ）、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン（例えば、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン、アセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせ）、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリンおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む場合がある。いくつかの場合において、ベースラインレベルは、所定量の細胞療法に応答することが知られている個体の血液サンプルにおける少なくとも１つの代謝産物の所定濃度を含む。第１の細胞療法および／または第２の細胞療法は、１つまたは複数の操作された受容体（１つまたは複数のキメラ抗原受容体、非生来型ＴＣＲ、または両方）を発現する細胞を含む場合がある。治療法の細胞は、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、マクロファージ、または他の造血細胞などの免疫細胞を含めて、どのようなタイプの細胞であってもよい。第２の細胞療法はさらに、代謝産物の少なくとも１つを個体において増大させることが可能であるタンパク質または低下させることが可能であるタンパク質を含む場合がある。細胞療法はどれも、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２またはそれらの組み合わせを含めて、１つまたは複数のタンパク質を発現するように遺伝子改変される場合がある。血液サンプルは血清サンプルを含む場合がある。少なくとも１つの血液サンプルが、第１の細胞療法を施す前の個体からのものである場合がある。代謝産物のレベルは、ベースラインレベルの少なくとも２倍超、５倍超、１０倍超、２５倍超、５０倍超、７５倍超、１００倍超、１５０倍超、２００倍超、５００倍超、１０００倍超または１００００倍超、あるいはベースラインレベルの少なくとも２分の１未満、５分の１未満、１０分の１未満、２５分の１未満、５０分の１未満、７５分の１未満、１００分の１未満、１５０分の１未満、２００分の１未満、５００分の１未満、１０００分の１未満、または１００００分の１未満である場合がある。
本開示の実施形態には、細胞療法に対する応答を予測する方法であって、（ａ）少なくとも１つの代謝産物の濃度を個体からの血液サンプルにおいて測定する工程と、（ｂ）細胞療法に対する応答を、代謝産物がベースラインレベルよりも高いときまたは低いときに予測する工程とを含む、方法が含まれる。具体的な実施形態において、応答が、個体に対して有害であると予測されるときには、細胞療法は個体に施されず、その有害性をより小さくするために、個体に施す前に改変され、個体には、異なる治療法、またはその組み合わせが与えられる。具体的な実施形態において、応答が、個体に対して有害であると予測されるとき、個体には、治療効果的な量の（１）１つまたは複数の代謝産物、あるいは（２）代謝産物もしくはそのレベルを変化させることができる、または他のその合成誘導体／生成物もしくはそのレベルを変化させることができる細菌組成物、あるいは（３）代謝産物を、治療法に対する応答または毒性を引き起こすように身体内で変化させることができる遺伝子改変された免疫細胞が与えられる。具体的な場合において、応答が、個体に対して有害でないと予測されるときには、治療効果的な量の細胞療法が個体に施される。代謝産物のレベルは、ベースラインレベルの少なくとも２倍超、５倍超、１０倍超、２５倍超、５０倍超、７５倍超、１００倍超、１５０倍超、２００倍超、５００倍超、１０００倍超または１００００倍超、あるいはベースラインレベルの少なくとも２分の１未満、５分の１未満、１０分の１未満、２５分の１未満、５０分の１未満、７５分の１未満、１００分の１未満、１５０分の１未満、２００分の１未満、５００分の１未満、１０００分の１未満、または１００００分の１未満である場合がある。
上記では、本開示の特徴および技術的利点が、下記の詳細な説明がよりよく理解され得るためにかなり広く概説されている。本明細書中における請求項の主題を形成するさらなる特徴および利点が本明細書中下記において記載されるであろう。開示される概念および具体的な実施形態は、本発明の設計の同じ目的を実施するために他の構成を変更するための、または設計するための基礎として容易に利用され得ることが、当業者によって理解されなければならない。そのような同等な組立ては、添付された請求項において示されるような精神および範囲から逸脱しないこともまた、当業者によって認識されなければならない。さらなる目的および利点と一緒にではあるが、構成および操作方法の両方に関して、本明細書中に開示される設計に特徴的であると考えられる新規な特徴が、添付されている図面に関連して検討されたとき、下記の説明からよりよく理解されるであろう。しかしながら、図面のそれぞれが例示および説明のためだけに提供されており、本開示の限界の定義として意図されないことが、明確に理解されなければならない。
本開示のより完全な理解のために、次に、添付されている図面と併せて理解される下記の説明が参照される。
サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）に関連づけられる血清中の代謝産物を示す。
免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群（ＩＣＡＮＳ）に関連づけられる血清中の代謝産物を示す。
ＣＡＲ－Ｔにより処置されるＢ細胞リンパ腫の患者における無増悪生存期間および全生存期間との、循環リゾリン脂質および循環ポリアミンの間での関連を示す。
ＣＡＲ－Ｔにより処置されるＢ細胞リンパ腫の患者における無増悪生存期間および全生存期間についての予後用６マーカー代謝産物パネルの一例の開発および検証を提供する。
図５Ａは、Ｂ細胞リンパ腫がポリアミン代謝酵素の上昇したｍＲＮＡ発現を示すこと、および高いスペルミジンシンターゼ遺伝子発現が全生存期間の不良について予後であることを示す。Ｂａｓｓｏリンパ腫データセット（Ｂａｓｓｏ他、２００５）でのびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫および正常なＢリンパ球におけるポリアミン代謝酵素（ＰＭＥ）のｍＲＮＡ発現を例示するバイオリン図。統計学的有意性が両側ウィルコクソン順位和検定によって求められた。略語：ＯＤＣ１－オルニチンデカルボキシラーゼ１；ＡＭＤ１－アデノシルメチオニンデカルボキシラーゼ１；ＳＲＭ－スペルミジンシンターゼ；ＳＭＳ－スペルミンシンターゼ；ＳＡＴ１－スペルミジン／スペルミンＮ１－アセチルトランスフェラーゼ１。 図５Ｂは、Ｂ細胞リンパ腫がポリアミン代謝酵素の上昇したｍＲＮＡ発現を示すこと、および高いスペルミジンシンターゼ遺伝子発現が全生存期間の不良について予後であることを示す。ガンゲノムアトラス（Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ、ＴＣＧＡ）－びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）トランスクリプトームデータセットにおけるＰＭＥのｍＲＮＡ発現および無増悪生存期間（ＰＦＳ）での１単位の増大あたりのハザード比（ＨＲ）（９５％ＣＩ）、ならびにＬｅｎｚ（Ｌｅｎｚ他、２００８）Ｂ細胞リンパ腫トランスクリプトームデータセットおよびＳｈｉｐｐ（Ｓｈｉｐｐ他、２００２）Ｂ細胞リンパ腫トランスクリプトームデータセットにおける全生存期間を例示するドットプロット。 図５Ｃは、Ｂ細胞リンパ腫がポリアミン代謝酵素の上昇したｍＲＮＡ発現を示すこと、および高いスペルミジンシンターゼ遺伝子発現が全生存期間の不良について予後であることを示す。ＴＣＧＡ－ＤＬＢＣＬデータセットにおける、最適変化点値（Ｃｅｃｉｌｅ Ｃｏｎｔａｌ、１９９９）を超える、またはそれ以下であるＳＲＭのｍＲＮＡ発現、およびＰＦＳ、ならびにＬｅｎｚ（Ｌｅｎｚ他、２００８）Ｂ細胞リンパ腫データセットおよびＳｈｉｐｐ（Ｓｈｉｐｐ他、２００２）Ｂ細胞リンパ腫データセットにおける全生存期間の間での関連についてそれぞれ、カプラン・マイヤー生存曲線。 図５Ｄは、Ｂ細胞リンパ腫がポリアミン代謝酵素の上昇したｍＲＮＡ発現を示すこと、および高いスペルミジンシンターゼ遺伝子発現が全生存期間の不良について予後であることを示す。ドットプロットは、ＴＣＧＡ－ＤＬＢＣＬトランスクリプトームデータセットおよびＭａ ＤＬＢＣＬトランスクリプトームデータセット（Ｍａ他、２０１９）における免疫細胞浸潤物および免疫チェックポイント遮断関連遺伝子の遺伝子に基づくシグナチャーに関しての、ポリアミン代謝酵素（ＯＤＣ１、ＳＲＭおよびＳＭＳ）のｍＲＮＡ発現の間での関連についてのスピアマンのｒｈｏ係数（９５％ＣＩ）を例示する。遺伝子に基づくシグナチャーはＢｉｎｄｅａ他（Ｂｉｎｄｅａ他、２０１３）に従った。略号：ＯＤＣ１：オルニチンデカルボキシラーゼ１；ＡＭＤ１：アデノシルメチオニンデカルボキシラーゼ１；ＳＲＭ：スペルミジンシンターゼ；ＳＭＳ：スペルミンシンターゼ；ＳＡＴ１：スペルミジン／スペルミンＮ１－アセチルトランスフェラーゼ１。
発見コホートおよび検証コホートにおける応答者および非応答者についての無増悪生存期間曲線および全生存期間曲線を示す。
ＣＡＲ－Ｔ応答者を非応答者から識別するための６マーカー代謝産物パネルの予測成績を与える。
ＣＡＲ－Ｔ細胞処置後のＬＢＣＬの患者におけるアセチル化ポリアミンの循環レベルを示す。
Ｉ 定義の例
長年にわたる特許法の慣例に従い、本明細書において、特許請求の範囲を含め、ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇという単語と組み合わせて使用される場合、「ａ」および「ａｎ」という単語は、「１つ以上」を表す。 本開示のいくつかの実施形態は、本開示の１つ以上の要素、方法ステップ、および／または方法から構成されるか、または本質的に構成され得る。具体的な実施形態において、本明細書の任意の実施形態は、マーカーの任意の組み合わせを含むか、それらから構成されるか、またはそれらから本質的に構成され得る。本明細書に記載される任意の方法または組成物は、本明細書に記載される任意の他の方法または組成物に関して実施され得、異なる実施形態が組み合わされ得ることが企図される。
本明細書で使用される場合、「または」および「および／または」という用語は、複数の構成要素を組み合わせて、または互いに排他的に記述するために利用される。例えば、“ｘ、ｙ、および／またはｚ”は、”ｘ”単独、”ｙ”単独、”ｚ”単独、”ｘ、ｙ、およびｚ”、”（ｘおよびｙ）またはｚ”、”ｘまたは（ｙおよびｚ）”、または”ｘまたはｙまたはｚ”を指すことができる。ｘ、ｙ、またはｚが実施形態から特に除外され得ることが特に企図される。
本出願を通して、用語「約」は、値を決定するために採用される装置または方法についての誤差の標準偏差を含むことを示すために、細胞および分子生物学の領域におけるその平明かつ通常の意味に従って使用される。
本明細書で使用する用語「操作された（ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ）」または「工学的（ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ）」は、細胞、核酸、ポリペプチド、ベクターなどを含む、人の手（または同じものを生成するプロセス）によって生成された実体を指す。少なくともいくつかの場合において、操作された実体は合成されたものであり、本開示において利用される態様では天然には存在しない、または構成されていない要素からなる。細胞に関しては、１つ以上の内因性遺伝子の発現が低下しているため、および／または１つ以上の異種遺伝子（合成抗原受容体など）を発現しているため、細胞が操作されることがあり、この場合、操作は人の手によって行われる。抗原レセプターに関しては、抗原レセプターは、遺伝的に組み替えられ、自然界に存在しない方法で構成された複数の構成要素、例えば、そのように構成された自然界に存在しない構成要素の融合タンパク質の形態で構成されているため、工学的に操作されたと考えられる。
本明細書で使用する場合、「濃度」という用語は、個体から採取した生物学的試料中に存在するバイオマーカーまたは代謝産物の量を含め、個体中に存在するバイオマーカーまたは代謝産物の量を指す場合、「レベル」という用語と互換的に使用することができる。例えば、測定された代謝産物の「レベル」は、いくつかの実施形態において、測定された代謝産物の「濃度」と互換的に使用される場合がある。
本明細書で使用されるように、２つの値が「統計的に」等しいかまたは異なる場合、値を比較するのに適した統計的方法によって決定されるように、値は等しいかまたは異なる。例えば、ある代謝産物のレベルを最初の生物学的サンプルで１回以上測定して、最初の生物学的サンプル中の代謝産物について設定された最初の値を得ることができる。その代謝産物のレベルを第二の生物学的試料で１回以上測定して、第二の値セットを得ることができる。第１の値セットが第２の値セットと統計的に等しいか、または異なるかを決定するために、例えばスチューデントのｔ検定などの統計的検定が２つのセットに対して実行されることがある。当業者であれば、２つの値セットが統計的に等しいか異なるかを決定するために、統計的有意性に達するために必要なｐ値などの結果の値を決定することができる。複数の代謝産物をより比較するため、または２つ以上の値セットを比較するために、他の統計的検定を採用することができる。いくつかの実施形態では、ｐ値が０．１、０．０５、０．０１、０．００１、０．０００１以下であれば、１つまたは複数の値セットの間に統計的有意性があると判定される。
本明細書で使用する場合、「治療上有効な量」という用語は、「有効量」、「治療上有効な用量」、および／または「有効量」と同義であり、それを必要とする個体において当業者が求める生物学的または臨床的応答を引き出す療法の量を指す。開示された方法の特定の適用に対して投与されるべき適切な有効量は、本明細書において提供される指針を用いて、当業者によって決定され得る。例えば、有効量は、本明細書に記載されるように、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏアッセイまたは臨床データの解釈から外挿することができる。当業者であれば、治療の経過を通じて個体の状態をモニターすることができ、投与される本明細書に開示される化合物または組成物の有効量をそれに応じて調節することができることを認識するであろう。
本明細書で使用する場合、「治療」、「処置」または「処置する」という用語は、処置される個体または細胞の自然経過を変化させる試みにおける介入を意味し、予防のため、または疾患もしくは状態の病態の経過中のいずれかで実施され得る。治療は、例えば、疾患の発生または再発の予防、症状の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的結果の軽減、転移の予防、疾患の進行速度の低下、疾患状態の改善または緩和、寛解または予後の改善など、様々な所望の結果の１つ以上を達成するために行われる。
本明細書全体を通して、「一実施形態」、「ある実施形態」、「特定の実施形態」、「関連する実施形態」、「ある実施形態」、「追加の実施形態」、または「さらなる実施形態」、またはそれらの組み合わせへの言及は、実施形態に関連して記載される特定の特徴、構造、または特性が、本発明の少なくとも１つの実施形態に含まれることを意味する。したがって、本明細書を通じて様々な場所に前述の語句が現れるが、必ずしもすべてが同じ実施形態を指すわけではない。さらに、特定の特徴、構造、または特性は、１つまたは複数の実施形態において任意の適切な方法で組み合わせることができる。
本開示の様々な態様を範囲形式で示すことができる。範囲形式での説明は、単に便宜および簡潔性のためであり、本開示の範囲に対する融通の利かない限定として解釈されるべきではないことが理解されるべきである。従って、範囲の記述は、その範囲内の個々の数値と同様に、可能なすべての部分範囲を、明示的に書き出されたかのように具体的に開示したとみなされるべきである。例えば、１から６までのような範囲の記述は、１から３まで、１から４まで、１から５まで、２から４まで、２から６まで、３から６までのような部分範囲、およびその範囲内の個々の数値、例えば、１、２、３、４、５、および６を具体的に開示したとみなされるべきである。これは範囲の広さに関係なく適用される。範囲が存在する場合、範囲は範囲の端点を含んでもよい。
「個体」という用語は、治療を必要とする個体を指す。個体は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ブタまたはげっ歯類などの哺乳動物であり得る。個体は、例えば、血液学的癌または固形腫瘍などの任意の癌を含む疾患または病状を有するか、または有する疑いのある患者であることができる。血液がんは、Ｂ細胞リンパ腫を含むリンパ腫であってもよい。個人は、がんを含む疾患を有するか、またはその疑いがある。無症状の場合もある。性別は問わない。ある年齢、例えば少なくとも５歳、１０歳、１５歳、２０歳、２５歳、３０歳、３５歳、４０歳、４５歳、５０歳、５５歳、６０歳、６５歳、７０歳、７５歳、８０歳、８５歳、９０歳、９５歳、１００歳以上である。
ＩＩ．一般的な実施形態
本明細書中に開示される様々な実施形態は、血漿メタボロミクスが、疾患（例えば、ガンなど）を、少なくともＣＡＲ－Ｔ療法を含めて様々な細胞療法により処置することに関連づけられる効力および毒性と相関することを示す。本開示は、どのような種類のガンであれガンを含めて様々な疾患を、ある特定の代謝産物を調節して、ＣＡＲ－Ｔ療法を含めて様々な細胞療法の効力を高めることによって処置するための方法および組成物に関する。本開示はまた、血漿中および血清中の代謝産物存在量を、ＣＡＲ－Ｔ療法に関連づけられる効力および／または毒性を予測するためのバイオマーカーとして判定することに関連する。養子細胞療法によって処置されているガンは、どのようなタイプのものであってもよく、原発性、再発型、難治性、転移性およびその他である場合がある。ガンは、固形腫瘍または血液学的悪性腫瘍（リンパ腫または白血病が含まれる）である場合がある。予測的な代謝産物シグナチャー
本開示の実施形態には、どのような種類の養子細胞療法であれ、ＣＡＲ発現細胞（Ｔ細胞、ＮＫ細胞などが含まれる）が含まれる養子細胞療法に対する効果的な応答を達成するであろう個体、または達成しないであろう個体を特定する、または予測する方法が含まれる。具体的な実施形態において、方法では、どのような種類の養子細胞療法であれ養子細胞療法による永続的応答を達成しそうにない個体が予測される。様々な実施形態において、方法では、養子細胞療法に対する効果的な応答を達成する可能性が低下している個体が、例えば、そのように特定されない個体（例えば、可能性が低下していると判定される個体と同じマーカー（複数可）を欠く個体）と比較されるなどして特定される。具体的な実施形態において、方法では、個体がＣＡＲ－Ｔ細胞療法に対する不良な応答を有するであろうか否かを予測することを、１つまたは複数の血漿中の代謝産物を測定することを含めて、１つまたは複数の代謝産物を測定したときに可能にする。具体的な場合において、代謝産物には、１つまたは複数のポリアミンおよび／またはリゾリン脂質が含まれ、特定の局面においては、上昇したレベルのいくつかのポリアミンおよび／またはリゾリン脂質の存在（例えば、一般的な集団と比較してのそのような存在）は、個体が、例えば、上昇したレベルの当該ポリアミンおよび／またはリゾリン脂質を有しなかった個体と比較された場合など、より不良な無増悪生存期間（ＰＦＳ）および全生存期間（ＯＳ）を有するであろうことを示している。
ある特定の実施形態において、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤療法が、本明細書中のいかなる方法においてもまた利用され、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤療法には、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤｌ－１阻害剤、ＴＩＭ３阻害剤、ＬＡＧ３阻害剤（これらに限定されない）を含めて、１つまたは複数のリンパ系チェックポイント阻害剤が含まれることが可能であり、ならびに／あるいは、ＣＤ４７阻害剤、ＳＩＲアルファ阻害剤（これらに限定されない）を含めて、１つまたは複数の骨髄系チェックポイント阻害剤が含まれることが可能である。商用承認された薬物には、利用されるかもしれないニボルマブ、ペムブロズリマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブなどが含まれる。
具体的な場合において、応答は、１つまたは複数の症状が緩和されるときに、ならびに／あるいは１つまたは複数の症状が遅延させられるときに効果的である。効力は、（検出不能なレベルへの減少を含めて）ガン細胞の数の減少、腫瘍量における減少、腫瘍サイズにおける減少、個体の生活の質における改善、個体の寿命の延長、転移のリスクにおける低減、転移の防止、転移の発症を遅らせること、それらの組み合わせ、およびその他を含む場合がある。いくつかの実施形態において、個体はまた、本明細書中に包含されるマーカーとは別のマーカー（複数可）、例えば、例として、ベースラインにおける上昇した乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）、ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、増大した腫瘍インターフェロンシグナル伝達、および／または上昇したＩＬ－６などの存在を判定する工程に供される。
様々な実施形態において、１つまたは複数のある特定のマーカーが個体からのサンプルに存在する、または非存在である個体には、効果的な量の１つまたは複数の処置（例えば、手術、化学療法、放射線、ホルモン療法、薬物療法、抗体、およびその他）が与えられ、当該個体には、当該処置が、当該１つまたは複数のマーカーのそれぞれの存在または非存在の判定の結果として与えられる。方法には、個体がガンを有することを判定する工程が含まれる場合があり、または含まれない場合がある。
細胞療法を（ＣＡＲ－Ｔ療法およびそれにおいて関連づけられる毒性を含めて）調節して、当該治療法の効力を高めるための代謝産物／タンパク質の測定および介入が有用である。本明細書中の様々な実施形態が、個体からの血液サンプル、血清サンプルまたは血漿サンプルにおけるメタボロミクスを含めて、様々なメタボロミクス方法を包含する。そのような方法は、ＣＡＲ－Ｔ療法を含めて様々な細胞療法のレシピエントを選択する際または管理する際の臨床的意思決定において使用される場合がある。本明細書中の様々な実施形態がまた、組成物、例えば、細胞療法および／または代謝産物などを包含する。細胞療法は、具体的な場合においてＣＡＲ－Ｔ細胞を含むことがある。細胞療法は、代謝産物レベルを調節するための１つまたは複数の酵素を発現させることが可能である遺伝子操作された細胞を含む場合がある。いくつかの実施形態において、細胞療法（例えば、ＣＡＲ－Ｔ療法など）を受ける個体が、本明細書中に包含される組成物から利益を得ることがある。
本明細書中には、１つまたは複数の代謝産物を測定する、あるいは１つまたは複数の代謝産物を、個体が必要としている細胞療法の効力または毒性と相関させる方法であって、１つまたは複数の代謝産物のレベルが個体からのサンプルから判定される、方法が含まれる。具体的な実施形態において、方法には、治療法が、前記測定することに基づいて、または前記相関させることに基づいて判定される治療工程、および当該治療法がその後で施される治療工程が含まれる。具体的な実施形態において、１つまたは複数の代謝産物のレベルは、個体のための臨床治療法意思決定を容易にするために個体において評価される。いくつかの場合において、治療法は評価後に送達され、これに対して、他の場合において、治療法は、評価後にであって、個体に施される前に修正される。例えば、個体が、低下した効力を１つまたは複数のある特定の代謝産物の存在に基づいて有するかもしれない、または有するであろうという判定の後で、ＣＡＲ細胞療法の細胞は別のタイプの細胞に変えられる場合があり、および／または細胞は遺伝子的に、もしくは他の方法で改変される場合がある。
具体的な場合において、細胞は、１つまたは複数の特定のタンパク質（酵素を含む）および／または核酸を発現するように改変されることがある。タンパク質および／または核酸は、細胞の内部および／または外部において、どのような代謝産物であれ本明細書中に包含される代謝産物を含めて、１つまたは複数の代謝産物を変化させることが可能である場合がある。タンパク質は、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、アルギナーゼ、リシンデカルボキシラーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２またはそれらの組み合わせを含む場合がある。いくつかの実施形態において、細胞は、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２またはそれらの組み合わせをコードする核酸を含む。
加えて、または代替において、ＣＡＲは、例えば、異なる細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび／または細胞内ドメインを利用するなどして改変される場合がある。具体的な場合において、ＣＡＲは、異なるｓｃＦｖ、異なる膜貫通ドメイン、ならびに／あるいは１つまたは複数の異なる共刺激ドメインを利用するために改変されることがある。加えて、または代替において、治療法はＣＡＲ関連細胞を含み、しかし、１つまたは複数の他の組成物、例えば、レベルにおいて不足していると判定された、あるいはレベルにおいて不足していると疑われる１つまたは複数の代謝産物を含む１つまたは複数の他の組成物が、細胞に加えて与えられる。本開示の方法には、個体のための細胞療法に対する応答を予測する方法が含まれる。個体は、例えば、個体がガンを有しており、ＣＡＲが個体のガンの１つまたは複数の抗原に向けられるＣＡＲ関連療法を必要としているので、細胞療法が効果的または毒性であるか否かを予測することを必要としている場合がある。１つまたは複数の代謝産物の、少なくともそれらのレベルを含めた分析に基づいて、ＣＡＲ細胞療法が個体に対して有効でないであろう、および／または毒性であろうことが判定されるならば、いくつかの場合において、個体には、ＣＡＲ細胞療法が与えられない。他の場合において、ＣＡＲ細胞療法が個体に対して有効でないであろう、および／または毒性であろうことが判定されるときには、個体には、異なるガン療法が与えられることがある。いくつかの場合において、ＣＡＲ細胞療法が個体に対して有効でないであろう、および／または毒性であろうことが判定されるときには、ＣＡＲ細胞療法は、より有効であるように、および／またはより毒性でないように改変される。
ある特定の実施形態において、個体には、どのような代謝産物であれ本明細書中に包含される代謝産物を含めて、１つまたは複数の代謝産物が投与される。具体的な実施形態は、代謝産物療法が、１つまたは複数の代謝産物を測定することに基づいて、または相関させることに基づいて判定される治療工程、および当該代謝産物療法がその後で施される治療工程が含まれる方法を包含する。いくつかの場合において、代謝産物療法は評価後に送達され、これに対して、他の場合において、代謝産物療法は、評価後にであって、個体への投与に先立って修正される。代謝産物療法は、代謝産物を、例えば、経口的に、（食事を介してであることを含めて）、注射によって（少なくとも静脈内を含めて）、あるいはどのような方法であれ１つまたは複数の代謝産物を投与するための他の好適な方法によって投与することを含む場合がある。具体的な実施形態において、本明細書中に包含される１つまたは複数の代謝産物が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法の効力を高めるために、および／またはＣＡＲ Ｔ療法の毒性を低下させるために投与される。
ある特定の実施形態において、個体には、１つまたは複数の細菌株が投与される。具体的な実施形態は、細菌療法が、１つまたは複数の代謝産物を測定することに基づいて、または相関させることに基づいて判定される治療工程、および当該細菌療法がその後で施される治療工程が含まれる方法を包含する。いくつかの場合において、細菌療法は評価後に送達され、これに対して、他の場合において、細菌療法は、評価後にであって、個体への投与に先立って修正される。細菌療法は、細菌を、例えば、経口的に、（食事を介してであることを含めて）、注射によって（少なくとも静脈内を含めて）、またはどのような方法であれ細菌を投与するための他の好適な方法によって投与することを含む場合がある。細菌療法は、代謝産物を個体において増大させることが可能である細菌株または低下させることが可能である細菌株をどのようなものであれ含む場合がある。
これらの代謝産物を投与する、またはヒト体内で操作する多くの方法が存在し、これらの方法には、限定されないが、下記が含まれる：（１）代謝産物（複数可）を直接に、例えば、ｉ．ｖ．経由または経口などにより投与すること；（２）食事もまた、これらの代謝産物を操作することができる；（３）これらの代謝産物を変化させることができる改変された遺伝子を有する細菌を投与すること；および／または（４）便微生物移植（ＦＭＴ）はこれらの代謝産物を改変することができる。
いくつかの実施形態において、ガンを有する個体についての生存成績が、治療を必要としている個体における１つまたは複数の代謝産物のレベルを測定することに基づいて判定される。生存成績は、治療が行われないもとでの、または治療の結果としての代謝産物（複数可）のレベルに基づいて判定される場合がある。判定されると、治療についての臨床経過が、成績に応じて変更される場合があり、または変更されない場合がある。生存成績は、治療が後で与えられるように、陽性であると判定される場合があり、あるいは生存成績は、治療が与えられないように、または変更されるように、陽性でないと判定される場合がある。
いくつかの実施形態において、細胞療法は、当該療法を受ける個体における１つまたは複数の代謝産物のレベルを測定することによって効力についてモニターされる。具体的な場合において、１つまたは複数の代謝産物のレベルが、細胞療法が施される前に、および細胞療法が施された後で判定されることがある。細胞療法が効力を失いつつあること、または効力を失っていること、または毒性になることについてリスクがあること、または毒性であることを１つまたは複数の代謝産物が示していることが明らかにされるときには、１つまたは複数の対策を、変化に対処するために取ることができる。代謝産物のモニターリングは、例えば、治療法によるある特定の継続期間においてである場合がある。いくつかの場合において、モニターリングには、１つまたは複数の代謝産物のレベルを、ＣＲＳおよび／またはＩＣＡＮＳについてのリスクあるいはＣＲＳおよび／またはＩＣＡＮＳの存在を評価するために測定することが含まれる。
ＩＩＩ．代謝産物の測定
本開示のある特定の実施形態が、１つまたは複数の代謝産物のレベルを個体からの生物学的サンプルにおいて測定することを含めて、１つまたは複数の代謝産物を個体からの生物学的サンプルにおいて検出するための方法を包含する。この技術分野で知られている方法はどれも、質量分析、核磁気共鳴（ＮＭＲ）、イオン移動度分光分析、電気化学的検出、ラマン分光法、免疫アッセイおよび／または放射性標識化（これらに限定されない）を含めて、代謝産物を測定するために使用されることがある。質量分析方法はどれも、飛行時間型、四重極型、イオントラップ型、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴型、電子イオン化型、大気圧化学的イオン化型、エレクトロスプレーイオン化型、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化型、またはそれらの組み合わせ（これらに限定されない）を含めて、本明細書中の実施形態において用いられることがある。いくつかの実施形態において、サンプル中の代謝産物が、どのような方法であれ、クロマトグラフィー（例えば、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー（例えば、高速液体クロマトグラフィーおよび超高速液体クロマトグラフィーなど）など）、キャピラリー電気泳動、またはそれらの組み合わせ（これらに限定されない）が含まれる方法を使用して分離される。いくつかの実施形態において、代謝産物の分離および測定が連動して、例えば、ＧＣ－ＭＳ、ＬＣ－ＭＳ、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ、および／またはＨＰＬＣ－ＭＳによって行われる。
いくつかの実施形態において、第１の生物学的サンプルにおいて測定される代謝産物は、測定された代謝産物についての正常な値と比較される。いくつかの実施形態において、正常な値は、所望の表現型を有することが知られている個体からの第２の生物学的サンプルにおいて当該代謝産物を測定することによって決定される。限定されない一例として、ある特定の代謝産物が、細胞療法に応答するという所望の表現型を有することが知られている個体からの第２の生物学的サンプルにおいて測定される。いくつかの実施形態において、そのような個体は応答者表現型を有する。いくつかの実施形態において、前記個体において測定される代謝産物レベルはベースラインレベルである。前記個体において測定される代謝産物レベルはその後、第１の生物学的サンプルにおいて測定される代謝産物レベルと比較される。第１および第２の生物学的サンプルにおける代謝産物レベルが、統計学的に等しいことを含めて、等しいならば、第１の生物学的サンプルが採取された個体は、所望の表現型を有していると言われることがある。第１および第２の生物学的サンプルにおける代謝産物レベルが、統計学的に異なることを含めて、異なるならば、第１の生物学的サンプルが採取された個体は、所望の表現型を有していないと言われることがある。いくつかの実施形態において、所望の表現型を有していないと言われる個体が、非応答者表現型を有するとして特定される。いくつかの場合において、１つまたは複数の特定の代謝産物についての正常な値は、例えば、標準的な手段によって決定されるかもしれない、またはこの技術分野で知られているかもしれない、一般的な集団からの値に基づいている。
いくつかの実施形態において、第１の生物学的サンプルにおいて測定される代謝産物は、測定された代謝産物についての正常な値と比較される。いくつかの実施形態において、正常な値は、代謝産物のベースライン値を測定することによって決定される。ベースライン値は、どのような時点であれ、細胞療法（例えば、ＣＡＲ－Ｔ療法など）を含めて処置の前または期間中の所与の時点で測定される場合がある。例えば、生物学的サンプルが、１つまたは複数の代謝産物についてのベースライン測定値を確立するために、個体が細胞療法を開始する前の個体から採取される場合がある。いくつかの実施形態において、ある特定の代謝産物のベースラインレベルを確立した後で、個体には、本明細書中に包含される治療法（または治療法の組み合わせ）をどのようなものであれ含めて、少なくとも１つの治療法が施される。治療法を施した後で、少なくとも１つのさらなる生物学的サンプルを個体から採取される。ある特定の代謝産物が、例えば、第１のベースラインサンプルにおいて測定される代謝産物などが、さらなる生物学的サンプル（複数可）において測定される場合がある。その後、それぞれのサンプルにおけるそれぞれの代謝産物のレベルが比較される場合がある。
いくつかの実施形態において、１つまたは複数の代謝産物が、ベースラインサンプルと、さらなるサンプルの１つまた複数との間で変化していない（例えば、統計学的に等しいことを含めて、等しい、または、統計的学に異なっていないことを含めて、異なっていない）とき、個体は、応答者表現型を有すると言われることがある。いくつかの実施形態において、ベースラインサンプルからの１つまたは複数の代謝産物のレベルが、さらなるサンプルの少なくとも１つにおけるレベルと、統計学的に異なることを含めて、異なるとき、個体は、非応答者表現型を有すると言われることがある。
本明細書中に包含される実施形態のために有用である代謝産物には、ＴＭＡＯ、インドキシルスルファート、アセチルカダベリン、１－メチルニコチンアミド、ジアセチルスペルミン、Ｎｇ，Ｎｇ－ジメチル－ｌ－アルギニン、５，６－ジヒドロウリジン、ニコチンアミド、４，７－ジオキソ－オクタン酸、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プラスホスファチジルコリン（ｏ－４０：７）および／またはプラスホスファチジルコリン（ｐ－４０：６）、ｎ－アセチル－ｌ－フェニルアラニン、２－ヒドロキシフェニル酢酸；４－ヒドロキシフェニルアセタート、ベンジルアルコール、ホスファチジルコリン（３７：５）、ｌ－バリン、ホスファチジルコリン（３８：５）、ｌ－ノルバリン、オレアミド、ノルロイシン、ホスファチジルコリン（３６：４）、リゾホスファチジルコリン（２０：４）、ホスファチジルコリン（３８：４）；ホスファチジルグリセロール（４０：０）、スフィンゴミエリン（３８：１）、アデノシン５’－一リン酸、２’－デオキシグアノシン５’－一リン酸、コレステロールエステル（２０：４）、タウリン、３－メトキシ－ｌ－チロシン、２’－デオキシグアノシン５’－二リン酸；アデノシン３’，５’－二リン酸；アデノシン５’－二リン酸、デオキシコルチコステロンアセタートホスファチジルコリン（３３：２）、グルコシルセラミド（３６：０）、２－ヒドロキシピリジン、ベータ－ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸、アゼライン酸、プラスホスファチジルコリン（ｐ－３６：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３４：３）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３４：２）、１０－ヒドロキシデカノアート、ｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：６）および／またはｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：５）、ホスファチジルコリン（ｐ－３３：２）、１－（ヒドロキシメチル）－５，５－ジメチル－２，４－イミダゾリジンジオン＿外因性、ホスファチジルエタノールアミン（４４：１１）、ｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３６：５）および／またはｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３６：４）、シトルリン、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：６）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：５）、ホモセリン、チロキシン、ｎ－オレオイルエタノールアミン、プラスホスファチジルコリン（ｏ－３０：１）および／またはプラスホスファチジルコリン（ｐ－３０：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：４）、リゾホスファチジルエタノールアミン（１８：２）、ｎｅｐｓｉｌｏｎ．ｎｅｐｓｉｌｏｎ．ｎｅｐｓｉｌｏｎ－トリメチルリシン、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３６：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３６：４）、８－メトキシキヌレナート、リゾホスファチジルイノシトール（１８：１）、ｌ－ｎ．ｇａｍｍａ．－モノメチルアルギニン、ｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：７）および／またはｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：６）、リゾホスファチジルコリン（１７：２）、ｌ－アスパラギン、プロスタグランジンｅ２、スフィンゴミエリン（３４：０）、クレアチンホスファート、リゾホスファチジルコリン（１８：２）、グルコシルセラミド（４０：１）、１２（ｓ）－ｈｅｔｅ；１５（ｓ）－ｈｅｔｅ；５（ｓ）－ｈｅｔｅ、ラクトシルセラミド（１８：１／１６：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：４）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：３）、ラクトシルセラミド（３２：１）、トリアシルグリセロール（５８：４）、スフィンガニン、ｄ－リボース５－リン酸；キナート、デオキシカルニチン、アスパルチル－トレオニン、ホスファチジルコリン（２８：０）、メトホルミン、ホスファチジルコリン（４０：８）、アシルカルニチン（ｃ１８：０）、フィロキノン、デオキシカルニチン；ホスホコリン、インドール－３－アセトアルデヒド、６－ホスホグルコン酸、スフィンゴミエリン（３２：０）、グリシル－トレオニン、アシルカルニチン（ｃ４：０）、ヒポキサンチン、１－メチルヒスチジン；３－メチルヒスチジン；ｎ（ｐａｉ）－メチル－ｌ－ヒスチジン、ｄｌ－５－ヒドロキシリシン、インドール、ｌ－メチオニン、アスコルバート、プロスタグランジンｆ２ａ、セロトニン；セロトニン、グリセロホスホコリン、１－アミノシクロプロパン－１－カルボキシラート、ホスファチジルエタノールアミン（３６：１）；ホスファチジルエタノールアミン（３６：１）、セラミド（４２：０）、３－アミノ－５－ヒドロキシ安息香酸、ｄ－トリプトファン；ｌ－トリプトファン、ｎ－アセチル－ｄｌ－セリン；ｏ－アセチル－ｌ－セリン、ホスファチジルイノシトール（４３：２）、トリアシルグリセロール（４７：０）、セラミド（４２：０）ｉｓｏ、ｌｌ－２，６－ジアミノヘプタンジオアート、ピリドキサール５’－リン酸、キノリン、インドールアクリル酸、ｌ－アンセリン、メチルピラジン、ｏ－ブタノイル－ｒ－カルニチン、２’－デオキシグアノシン５’－一リン酸；アデノシン５’－一リン酸；ｎ－アセチルノイラミナート、ウラート、セラミド（４０：０）、３－（４－ヒドロキシフェニル）プロピオン酸、グリセロホスホコリン；ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、ｎ－メチル－ｄ－アスパラギン酸、シトラート、プラスリゾホスファチジルエタノールアミン（ｐ－２２：０）、プラスリゾホスファチジルコリン（ｐ－１６：０）、ｌ－トリプトファン、リゾホスファチジルコリン（２２：５）、リゾホスファチジルコリン（ｐ－１８：０／０：０）および／またはリゾホスファチジルコリン（ｏ－１８：１）、５’－デオキシアデノシンジアセチルスペルミン、トリアシルグリセロール（５１：６）、（３’－スルホ）ｇａｌβ－ｃｅｒ（ｄ１８：１／１８：０（２ｏｈ））、ホスファチジルコリン（３５：２）、ホスファチジルコリン（３３：３）、ホスファチジルコリン（３４：４）、トリアシルグリセロール（５１：５）、４－ピリドキサート、ホスファチジルコリン（３２：２）、チミジン－５’－ジホスホ－アルファ－ｄ－グルコース、ニコチンアミドモノヌクレオチド、ホスファチジルコリン（３３：２）、ｃｌ（１’－［１５：０／１５：０］，３’－［１５：０／１６：１（９ｚ）］）［ｒａｃ］、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：４）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：３）；プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：７）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：６）、遊離脂肪酸（１４：１）（ミリステライジン酸）；遊離脂肪酸（１４：１）（ミリストレイン酸）、３－ｃｉｓ－ヒドロキシ－ｂ，ｅ－カロテン－３’－オン、ホスファチジルコリン（３３：１）、ホスファチジルコリン（３１：０）、トリアシルグリセロール（５１：４）、トリアシルグリセロール（５６：４）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３４：３）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３４：２）、ガラクトシルセラミド（３６：１）および／またはグルコシルセラミド（３６：１）、ｃｉｓ－キンセオキセパン、ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：４）、推定＿ｋｄｎａｌｐｈａ２－３ｇａｌｂｅｔａ１－４ｇｌｃｂｅｔａ－ｃｅｒ（ｄ１８：１／２４：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３６：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３６：４）、１，２－ジデカノイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、リゾホスファチジルイノシトール（１８：１）、トリアシルグリセロール（１６：０＿１６：１＿１８：２）、トリアシルグリセロール（５１：３）、トリアシルグリセロール（５５：７）、（ｒ，ｒ）－酒石酸；（ｓ，ｓ）－酒石酸、デオキシウリジン、ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－４ｇａｌβ１－４ｇｌｃβ－ｃｅｒ（４２：２）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：４）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：３）、ラクトシルセラミド（３２：１）、セラミド（４２：１）ｉｓｏ、スフィンガニン、ｄ－リボース５－リン酸；キナート、トリアシルグリセロール（４９：３）、デオキシカルニチン、ｎ－アルファ－アセチル－ｌ－アスパラギン、ホスファチジルコリン（４０：８）、フィロキノン、アセチルコリン；デオキシカルニチン、セラミド（４３：１）、トリアシルグリセロール（４９：２）、ホスファチジルコリン（３５：４）、ｄ－グルコノ－１．５－ラクトン、リゾホスファチジルコリン（１５：０）、トリアシルグリセロール（５６：３）、リゾホスファチジルコリン（ｏ－１６：２（９ｅ，１０ｅ）／０：０）［ｕ］、セラミド（４２：０）、スフィンゴミエリン（４２：１）、セラミド（４２：０）ｉｓｏ、セラミド（４０：０）、ｎ－メチル－ｄ－アスパラギン酸、ｌ－カルニチン、トリアシルグリセロール（６１：６）、またはそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態において、ＴＭＡＯ、インドキシルスルファート、アセチルカダベリン、１－メチルニコチンアミド、ジアセチルスペルミン、Ｎｇ，Ｎｇ－ジメチル－ｌ－アルギニン、５，６－ジヒドロウリジン、ニコチンアミド、４，７－ジオキソ－オクタン酸、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プラスホスファチジルコリン（ｏ－４０：７）および／またはプラスホスファチジルコリン（ｐ－４０：６）、ｎ－アセチル－ｌ－フェニルアラニン、２－ヒドロキシフェニル酢酸；４－ヒドロキシフェニルアセタート、ベンジルアルコール、ホスファチジルコリン（３７：５）、ｌ－バリン、ホスファチジルコリン（３８：５）、ｌ－ノルバリン、オレアミド、ノルロイシン、ホスファチジルコリン（３６：４）、リゾホスファチジルコリン（２０：４）、ホスファチジルコリン（３８：４）；ホスファチジルグリセロール（４０：０）、スフィンゴミエリン（３８：１）、アデノシン５’－一リン酸、２’－デオキシグアノシン５’－一リン酸、コレステロールエステル（２０：４）、タウリン、３－メトキシ－ｌ－チロシン、２’－デオキシグアノシン５’－二リン酸；アデノシン３’．５’－二リン酸；アデノシン５’－二リン酸、デオキシコルチコステロンアセタート、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の代謝産物が、個体が所望の表現型を有するかどうかを判定するために、個体の生物学的サンプルにおいてであることを含めて、個体において測定される。所望の表現型は、細胞療法（ＣＡＲ－Ｔ細胞療法が含まれる）に対する応答、例えば、完全奏効または永続的完全奏効などである場合がある。
いくつかの実施形態において、ホスファチジルコリン（３３：２）、グルコシルセラミド（３６：０）、２－ヒドロキシピリジン、ベータ－ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸、アゼライン酸、プラスホスファチジルコリン（ｐ－３６：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３４：３）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３４：２）、１０－ヒドロキシデカノアート、ｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：６）および／またはｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：５）、プラスホスファチジルコリン（ｐ－３３：２）、１－（ヒドロキシメチル）－５，５－ジメチル－２，４－イミダゾリジンジオン＿外因性、ホスファチジルエタノールアミン（４４：１１）、ｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３６：５）および／またはｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３６：４）、シトルリン、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：６）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：５）、ホモセリン、チロキシン、ｎ－オレオイルエタノールアミン、プラスホスファチジルコリン（ｏ－３０：１）および／またはプラスホスファチジルコリン（ｐ－３０：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：４）、リゾホスファチジルエタノールアミン（１８：２）、ｎｅｐｓｉｌｏｎ．ｎｅｐｓｉｌｏｎ．ｎｅｐｓｉｌｏｎ－トリメチルリシン、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３６：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３６：４）、８－メトキシキヌレナート、リゾホスファチジルイノシトール（１８：１）、ｌ－ｎ．ｇａｍｍａ．－モノメチルアルギニン、ｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：７）および／またはｐｌａｓ＿ホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：６）、リゾホスファチジルコリン（１７：２）、ｌ－アスパラギン、プロスタグランジンｅ２、スフィンゴミエリン（３４：０）、クレアチンホスファート、リゾホスファチジルコリン（１８：２）、グルコシルセラミド（４０：１）、１２（ｓ）－ｈｅｔｅ；１５（ｓ）－ｈｅｔｅ；５（ｓ）－ｈｅｔｅ、ラクトシルセラミド（１８：１／１６：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：４）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：３）、ラクトシルセラミド（３２：１）、トリアシルグリセロール（５８：４）、スフィンガニン、ｄ－リボース５－リン酸；キナート、デオキシカルニチン、アスパルチル－トレオニン、ホスファチジルコリン（２８：０）、メトホルミン、ホスファチジルコリン（４０：８）、アシルカルニチン（ｃ１８：０）、フィロキノン、デオキシカルニチン；ホスホコリン、インドール－３－アセトアルデヒド、６－ホスホグルコン酸、スフィンゴミエリン（３２：０）、グリシル－トレオニン、アシルカルニチン（ｃ４：０）、ヒポキサンチン、１－メチルヒスチジン；３－メチルヒスチジン；ｎ（ｐａｉ）－メチル－ｌ－ヒスチジン、ｄｌ－５－ヒドロキシリシン、インドール、ｌ－メチオニン、アスコルバート、プロスタグランジンｆ２ａ、セロトニン；セロトニン、グリセロホスホコリン、１－アミノシクロプロパン－１－カルボキシラート、ホスファチジルエタノールアミン（３６：１）；ホスファチジルエタノールアミン（３６：１）、セラミド（４２：０）、３－アミノ－５－ヒドロキシ安息香酸、ｄ－トリプトファン；ｌ－トリプトファン、ｎ－アセチル－ｄｌ－セリン；ｏ－アセチル－ｌ－セリン、ホスファチジルイノシトール（４３：２）、トリアシルグリセロール（４７：０）、セラミド（４２：０）ｉｓｏ、ｌｌ－２．６－ジアミノヘプタンジオアート、ピリドキサール５’－リン酸、キノリン、インドールアクリル酸、ｌ－アンセリン、メチルピラジン、ｏ－ブタノイル－ｒ－カルニチン、２’－デオキシグアノシン５’－一リン酸；アデノシン５’－一リン酸；ｎ－アセチルノイラミナート、ウラート、セラミド（４０：０）、３－（４－ヒドロキシフェニル）プロピオン酸、グリセロホスホコリン；ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、ｎ－メチル－ｄ－アスパラギン酸、シトラート、プラスリゾホスファチジルエタノールアミン（ｐ－２２：０）、プラスリゾホスファチジルコリン（ｐ－１６：０）、ｌ－トリプトファン、リゾホスファチジルコリン（２２：５）、リゾホスファチジルコリン（ｐ－１８：０／０：０）および／またはリゾホスファチジルコリン（ｏ－１８：１）、５’－デオキシアデノシン、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の代謝産物が、個体が所望の表現型を有するかどうかを判定するために、個体の生物学的サンプルにおいてであることを含めて、個体において測定される。所望の表現型は、どのような細胞療法であれ本明細書中に包含される細胞療法を含めて、細胞療法が施された後における発症途中のＣＲＳまたは発症途中でないＣＲＳである場合がある。
いくつかの実施形態において、ジアセチルスペルミン、トリアシルグリセロール（５１：６）、（３’－スルホ）ｇａｌβ－ｃｅｒ（ｄ１８：１／１８：０（２ｏｈ））、ホスファチジルコリン（３５：２）、ホスファチジルコリン（３３：３）、ホスファチジルコリン（３４：４）、トリアシルグリセロール（５１：５）、４－ピリドキサート、ホスファチジルコリン（３２：２）、チミジン－５’－ジホスホ－アルファ－ｄ－グルコース、ニコチンアミドモノヌクレオチド、ホスファチジルコリン（３３：２）、ｃｌ（１’－［１５：０／１５：０］，３’－［１５：０／１６：１（９ｚ）］）［ｒａｃ］、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：４）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：３）；プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－４０：７）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－４０：６）、遊離脂肪酸（１４：１）（ミリステライジン酸）；遊離脂肪酸（１４：１）（ミリストレイン酸）、３－ｃｉｓ－ヒドロキシ－ｂ，ｅ－カロテン－３’－オン、ホスファチジルコリン（３３：１）、ホスファチジルコリン（３１：０）、トリアシルグリセロール（５１：４）、トリアシルグリセロール（５６：４）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３４：３）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３４：２）、ガラクトシルセラミド（３６：１）および／またはグルコシルセラミド（３６：１）、ｃｉｓ－キンセオキセパン、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：４）、仮想＿ｋｄｎａｌｐｈａ２－３ｇａｌｂｅｔａ１－４ｇｌｃｂｅｔａ－ｃｅｒ（ｄ１８：１／２４：０）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３６：５）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３６：４）、１，２－ジデカノイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、リゾホスファチジルイノシトール（１８：１）、トリアシルグリセロール（１６：０＿１６：１＿１８：２）、トリアシルグリセロール（５１：３）、トリアシルグリセロール（５５：７）、（ｒ，ｒ）－酒石酸；（ｓ，ｓ）－酒石酸、デオキシウリジン、ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－３ｇａｌβ１－４ｇａｌβ１－４ｇｌｃβ－ｃｅｒ（４２：２）、プラスホスファチジルエタノールアミン（ｏ－３８：４）および／またはプラスホスファチジルエタノールアミン（ｐ－３８：３）、ラクトシルセラミド（３２：１）、セラミド（４２：１）ｉｓｏ、スフィンガニン、ｄ－リボース５－リン酸；キナート、トリアシルグリセロール（４９：３）、デオキシカルニチン、ｎ－アルファ－アセチル－ｌ－アスパラギン、ホスファチジルコリン（４０：８）、フィロキノン、アセチルコリン；デオキシカルニチン、セラミド（４３：１）、トリアシルグリセロール（４９：２）、ホスファチジルコリン（３５：４）、ｄ－グルコノ－１．５－ラクトン、リゾホスファチジルコリン（１５：０）、トリアシルグリセロール（５６：３）、リゾホスファチジルコリン（ｏ－１６：２（９ｅ，１０ｅ）／０：０）［ｕ］、セラミド（４２：０）、スフィンゴミエリン（４２：１）、セラミド（４２：０）ｉｓｏ、セラミド（４０：０）、ｎ－メチル－ｄ－アスパラギン酸、ｌ－カルニチン、トリアシルグリセロール（６１：６）、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の代謝産物が、個体が所望の表現型を有するかどうかを判定するために、個体の生物学的サンプルにおいてであることを含めて、個体において測定される。所望の表現型は、どのような細胞療法であれ本明細書中に包含される細胞療法を含めて、細胞療法が施された後における発症途中のＩＣＡＮＳまたは発症途中でないＩＣＡＮＳである場合がある。
生物学的サンプルは、代謝産物を測定するために好適である個体由来の生物学的サンプルをどのようなものであれ含む場合がある。生物学的サンプルは、血液サンプル（全血、血清および／または血漿が含まれる）、尿サンプル、唾液サンプル、生検物、組織サンプル、腫瘍サンプル、脳脊髄液サンプル、またはそれらの組み合わせを含む場合がある。
ＩＶ．サンプル調製
ある特定の局面において、方法は、サンプルを対象から得ることを要する。方法は、血液サンプルを得ることを含む場合がある。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供される得る方法には、細針吸引、コア針生検、真空補助生検、切開生検、切除生検、パンチ生検、削りとり生検または皮膚生検などの生検の方法が含まれる。他の実施形態において、サンプルは、非ガン性またはガン性の組織、すなわち、血清、胆嚢、粘膜、皮膚、心臓、肺、乳房、膵臓、血液、肝臓、筋肉、腎臓、平滑筋、膀胱、結腸、腸、脳、前立腺、食道または甲状腺の組織からの非ガン性またはガン性の組織（これらに限定されない）が含まれる本明細書中に提供される組織のどれからでも得られる場合がある。代替において、サンプルは、血液、汗、毛包、頬側組織、涙、月経、便または唾液（これらに限定されない）を含めて、どのような供給源であれ他の供給源から得られる場合がある。現時点の方法のある特定の局面において、どのような医療専門家であれ、医師、看護師または医療技術者などの医療専門家が、試験のための生物学的サンプルを得る場合がある。なおさらには、そのような生物学的サンプルは、医療専門家の助けを借りることなく得ることができる。
サンプルには、組織、細胞、あるいは対象の細胞からの生物学的材料、または対象の細胞に由来する生物学的材料が含まれる場合があり、しかし、これらに限定されない。生物学的サンプルは細胞または組織の不均一な集団または均一な集団である場合がある。生物学的サンプルは、本明細書中に記載される分析方法のために好適であるサンプルを提供することができるこの技術分野で知られているいずれかの方法を使用して得られる場合がある。サンプルは、皮膚または子宮頸部のこすり取り、頬の拭き取り、唾液採取、尿採取、便採取、月経物、涙または精液の採取（これらに限定されない）が含まれる非侵襲的方法によって得られる場合がある。
サンプルは、この技術分野で知られている方法によって得られる場合がある。ある特定の実施形態において、サンプルは生検によって得られる。他の実施形態において、サンプルは、スワブ採取、内視鏡検査、こすり取り、静脈切開、またはどのような方法であれこの技術分野で知られている他の方法によって得られる。いくつかの場合において、サンプルは、本方法のキットの構成成分を使用して得られる場合があり、または貯蔵される場合があり、または輸送される場合がある。いくつかの場合において、多数のサンプルが、例えば、多数の食道サンプルなどが、本明細書中に記載される方法によって診断のために得られる場合がある。他の場合において、多数のサンプルが、例えば、１つの組織タイプ（例えば、食道）からの１つまたは複数のサンプル、および別の検体（例えば、血清）からの１つまたは複数のサンプルなどが、本明細書中に記載される方法によって診断のために得られる場合がある。いくつかの場合において、多数のサンプルが、例えば、１つの組織タイプ（例えば、食道）からの１つまたは複数のサンプル、および別の検体（例えば、血清）からの１つまたは複数のサンプルなどが、同時に、または異なるときに得られる場合がある。様々なサンプルが、異なるときに得られ、かつ貯蔵され、かつ／または異なる方法によって分析される場合がある。例えば、サンプルが得られ、日常的な染色方法、またはどのような方法であれ他の細胞学的分析方法によって分析される場合がある。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、内科医、看護師、あるいは他の医療専門家、例えば、医療技術者、内分泌医、細胞学者、瀉血士、放射線科医または呼吸器科医などによって得られる場合がある。医療専門家は、サンプルに対して実施するための適切な試験またはアッセイを指示する場合がある。ある特定の局面において、分子プロファイリング事業者が、どのアッセイまたは試験が最も適切に指示されるかについて相談を受ける場合がある。現時点の方法のさらなる局面において、患者または対象が、例えば、全血サンプル、尿サンプル、便サンプル、頬側サンプルまたは唾液サンプルを得るなど、試験のための生物学的サンプルを、医療専門家の助けを借りることなく得る場合がある。
他の場合において、サンプルは、生検、針吸引、内視鏡検査または静脈切開（これらに限定されない）が含まれる侵襲的手順によって得られる。針吸引の方法にはさらに、細針吸引、コア針生検、真空補助生検またはラージコア生検が含まれる場合がある。いくつかの実施形態において、多数のサンプルが、十分な量の生物学的材料を確保するために本明細書中の方法によって得られる場合がある。
生物学的サンプルを得るための一般的な方法もまたこの技術分野では知られている。Ｒａｍｚｙ、Ｉｂｒａｈｉｍ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｓｐｉｒａｔｉｏｎ Ｂｉｏｐｓｙ ２００１（これは参照によってその全体が本明細書中に組み込まれる）などの刊行物には、生検および細胞学的方法のための一般的な方法が記載されている。１つの実施形態において、サンプルは、食道の腫瘍または新生物あるいは疑わしい食道の腫瘍または新生物の細針吸引物である。いくつかの場合において、細針吸引物サンプル採取手順は、超音波、Ｘ線、または他の画像化デバイスの使用によって導かれる場合がある。
本方法のいくつかの実施形態において、分子プロファイリング事業者が生物学的サンプルを対象から直接的に、医療専門家から、第三者から、あるいは分子プロファイリング事業者または第三者によって提供されるキットから得る場合がある。いくつかの場合において、生物学的サンプルが、対象、医療専門家または第三者が生物学的サンプルを取得し、分子プロファイリング事業者に送付した後で分子プロファイリング事業者によって得られる場合がある。いくつかの場合において、分子プロファイリング事業者が、生物学的サンプルの保存および分子プロファイリング事業者への輸送のための好適な容器および賦形剤を提供する場合がある。
本明細書中に記載される方法のいくつかの実施形態において、医療専門家は、初期診断またはサンプル取得に関わる必要はない。代わりに、個体が、店頭販売（ＯＴＣ）キットの使用を介してサンプルを得る場合がある。ＯＴＣキットは、本明細書中に記載されるような前記サンプルを得るための手段、前記サンプルを検査のために貯蔵するための手段、およびキットの適切な使用のための説明書を含有する場合がある。いくつかの場合において、分子プロファイリング業務費がキットの購入価格に含まれる。他の場合において、分子プロファイリング業務費が別個に請求される。分子プロファイリング事業者による使用のために好適であるサンプルとしては、どのような材料であれ、試験されることになる個体の組織、細胞、核酸、遺伝子、遺伝子フラグメント、発現産物、遺伝子発現産物または遺伝子発現産物フラグメントを含有する材料である場合がある。サンプルの適合性および／または妥当性を判断するための様々な方法が提供される。
いくつかの実施形態において、対象は、専門家に、例えば、腫瘍専門医、外科医または内分泌医などに紹介される場合がある。専門家は同じように、試験のための生物学的サンプルを得る場合があり、あるいは個体を生物学的サンプルの送付のための試験センターまたは研究室に紹介する場合がある。いくつかの場合において、医療専門家は、対象を生物学的サンプルの送付のための試験センターまたは研究室に紹介する場合がある。他の場合において、対象がサンプルを提供する場合がある。いくつかの場合において、分子プロファイリング事業者がサンプルを得る場合がある。
Ｖ．細胞療法
ある特定の実施形態が１つまたは複数の細胞療法を包含する。いくつかの実施形態において、細胞療法は、少なくとも１つの操作された受容体を含む細胞を含む。操作された受容体は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）（どのようなガン抗原であれガン抗原に向かうものが含まれる）を含む場合があり、いくつかの場合において、ＣＡＲは、抗ＣＤ１９ ＣＡＲである。操作された受容体は、１つまたは複数の代謝産物を細胞の内部および／または外部において増大させることが可能である、または低下させることが可能であるタンパク質（酵素および／または転写因子が含まれる）を含む場合がある。細胞療法は、血液学的ガン、例えば、白血病またはリンパ腫（少なくともＢ細胞リンパ腫が含まれる）などを含めて１つまたは複数のガンを処置することにおいて有用である場合がある。いくつかの実施形態において、細胞療法はガン細胞を標的とする。いくつかの実施形態において、細胞療法は、例えば、抗ＣＤ１９ ＣＡＲを含むことなどによって、ＣＤ１９を標的とする。いくつかの実施形態において、細胞療法は、１つまたは複数のＣＡＲを含むＴ細胞を含めて、Ｔ細胞を含む。
いくつかの実施形態において、細胞療法は、どのような代謝産物であれ本明細書中に包含される代謝産物を含めて少なくとも１つの代謝産物を増大させることが可能である、または低下させることが可能である１つまたは複数の酵素を含む細胞を含む。細胞は、当該酵素（複数可）の発現を増大させるために、または減少させるために遺伝子操作または遺伝子改変される場合がある。酵素は、どのような個体であれ本明細書中に包含される個体、例えば、応答者表現型または非応答者表現型を有する個体などを含めて、個体において代謝産物を増大させることが可能である場合があり、または減少させることが可能である場合がある。いくつかの実施形態において、酵素は細胞に対して内因性である。いくつかの実施形態において、酵素は細胞に対して外因性である。いくつかの実施形態において、酵素を含む細胞はまた、操作された受容体を含む。いくつかの実施形態において、酵素を含む細胞は、操作された受容体を含まない。細胞は、１つまたは複数の代謝産物のレベルをレシピエント個体において低下させることができる、または増大させることができる１つまたは複数のＣＡＲおよび１つまたは複数のタンパク質を発現するようにヒトの手によって操作される場合がある。
ある特定の実施形態が、本開示のポリペプチドまたは核酸を含む細胞に関する。いくつかの実施形態において、細胞は免疫細胞である。免疫細胞としては、どのような細胞であれＣＤ３を発現する細胞、例えば、Ｔヘルパー細胞、インバリアントナチュラルキラーＴ（ｉＮＫＴ）細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）ガンマ・デルタＴ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）Ｔ細胞、好中球またはマクロファージなどを含めて、どのようなタイプの免疫細胞である場合がある。いくつかの実施形態において、細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴ細胞を含む。
好適な哺乳動物細胞には、初代細胞および不死化細胞株が含まれる。好適な哺乳動物細胞株には、ヒト細胞株、非ヒト霊長類細胞株、げっ歯類（例えば、マウス、ラット）細胞株、および同様なものが含まれる。好適な哺乳動物細胞株には、ＨｅＬａ細胞（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）番号ＣＣＬ－２）、ＣＨＯ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ９６１８、同ＣＣＬ６１、同ＣＲＬ９０９６）、ヒト胚性腎臓（ＨＥＫ）２９３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１５７３）、Ｖｅｒｏ細胞、ＮＩＨ３Ｔ３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１６５８）、Ｈｕｈ－７細胞、ＢＨＫ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ１０）、ＰＣ１２細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１７２１）、ＣＯＳ細胞、ＣＯＳ－７細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１６５１）、ＲＡＴＩ細胞、マウスＬ細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬＩ．３）、ＨＬＨｅｐＧ２細胞、Ｈｕｔ－７８、Ｊｕｒｋａｔ、ＨＬ－６０、ＮＫ細胞株（例えば、ＮＫＬ、ＮＫ９２およびＹＴＳ）、および同様なものが含まれるが、これらに限定されない。
場合により、細胞は不死化細胞株ではなく、その代わりに、個体から得られる細胞（例えば、初代細胞）である。例えば、いくつかの場合において、細胞は、個体から得られる免疫細胞である。一例として、細胞は、個体から得られるＴリンパ球である。別の一例として、細胞は、個体から得られる細胞傷害性細胞である。別の一例として、細胞は、個体から得られる幹細胞（例えば、末梢血幹細胞）または始原体細胞である。
ＶＩ．キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）
本開示の実施形態には、細胞が１つまたは複数のＣＡＲを発現する細胞療法が含まれる。いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、ａ）１つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインと、ｂ）膜貫通ドメインと、ｃ）１つまたは複数の抗原結合領域を含む細胞外ドメインとを含む。
いくつかの実施形態において、操作された抗原受容体には、活性化のためのＣＡＲ、もしくは刺激性ＣＡＲ、共刺激性ＣＡＲ（国際公開ＷＯ２０１４／０５５６６８を参照のこと）、および／または阻害性ＣＡＲ（ｉＣＡＲ、Ｆｅｄｏｒｏｖ他（２０１３）を参照のこと）を含めて様々なＣＡＲが含まれる。ＣＡＲには一般に、いくつかの局面においてはリンカーおよび／または膜貫通ドメイン（複数可）を介して１つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分に連結される細胞外の抗原（またはリガンド）結合ドメインが含まれる。そのような分子は典型的には、天然の抗原受容体を介するシグナル、共刺激性受容体との組み合わせでそのような受容体を介するシグナル、および／または共刺激性受容体だけを介するシグナルを模倣するか、または近似する。
本開示のある特定の実施形態が、細胞内シグナル伝達ドメインと、膜貫通ドメインと、１つまたは複数のシグナル伝達モチーフを含む細胞外ドメインとを含む、免疫原性を低下させるためにヒト化されているＣＡＲ（ｈＣＡＲ）がいくつかの場合には含まれる抗原特異的ＣＡＲポリペプチドをコードする核酸を含めて、核酸の使用に関する。ある特定の実施形態において、結合領域は、モノクローナル抗体の相補性決定領域、モノクローナル抗体の可変領域、および／またはその抗原結合フラグメントを含むことができる。別の実施形態において、その特異性は、受容体に結合するペプチド（例えば、サイトカイン）に由来する。
ヒトＣＡＲ核酸は、ヒト患者のための細胞免疫療法を増強するために使用されるヒト遺伝子である場合があることが意図される。具体的な実施形態において、本開示には、全長ＣＡＲのｃＤＮＡまたはコード領域が含まれ、また、当該ＣＡＲをコードするベクターが含まれる。いくつかの場合において、抗原結合領域または抗原結合ドメインは、特定のヒトモノクローナル抗体、例えば、米国特許第７，１０９，３０４号（これは参照によって本明細書中に組み込まれる）に記載されるヒトモノクローナル抗体などに由来する単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）のＶＨ鎖およびＶＬ鎖のフラグメントを含むことができる。フラグメントはまた、ヒト抗原特異的抗体の、多くの異なる抗原結合ドメインであることが可能である。より具体的な実施形態において、フラグメントは、ヒト細胞における発現のためにヒトでのコドン使用頻度について最適化される配列によってコードされる抗原特異的ｓｃＦｖである。配置は、ジアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）またはマルチマーなどの多量体型であり得るであろう。マルチマーはおそらくは、軽鎖および重鎖の可変部分をジアボディにクロスペアリング（ｃｒｏｓｓ ｐａｉｒｉｎｇ）することによって形成される。構築物のヒンジ部分は、完全に削除されることから、最初のシステインが維持されることまで、セリン置換ではなくプロリン置換にすることまで、最初のシステインまで切り詰められることまでの多数の代替を有することができる。Ｆｃ部分は削除することができる。安定である、かつ／または二量体化するタンパク質はどれも、この目的に役立ち得る。Ｆｃドメインの１つだけが、例えば、ヒト免疫グロブリンからのＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインのどちらかが使用され得るであろう。二量体化を改善するために改変されているヒト免疫グロブリンのヒンジ領域、ＣＨ２領域およびＣＨ３領域もまた使用され得るであろう。免疫グロブリンのヒンジ部分だけもまた使用され得るであろう。ＣＤ８アルファの一部分もまた使用され得るであろう。
いくつかの実施形態において、特異性を特定の抗原（またはマーカーもしくはリガンド）について有するＣＡＲ、例えば、養子療法によって標的化されることになる特定の細胞タイプにおいて発現する抗原（例えば、ガン抗原）、および／または弱まった応答を誘発するために意図される抗原（例えば、正常な、または非疾患の細胞タイプの表面において発現する抗原など）などについて特異性を有するＣＡＲが構築される。したがって、ＣＡＲには典型的には、その細胞外部分に、１つまたは複数の抗原結合分子、例えば、１つまたは複数の抗原結合フラグメント、抗原結合ドメインまたは抗原結合部分など、あるいは１つまたは複数の抗体可変ドメイン、ならびに／あるいは抗体分子が含まれる。いくつかの実施形態において、ＣＡＲには、抗体分子の抗原結合部分（１つまたは複数）、例えば、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）に由来する単鎖抗体フラグメント（ｓｃＦｖ）などが含まれる。
キメラ抗原受容体のある特定の実施形態において、受容体の抗原特異的部分（これは、抗原結合領域を含む細胞外ドメインとして示されることがある）は、ガン関連抗原結合ドメインまたは病原体特異的抗原結合ドメインを含む。ガン関連抗原としては、ガン細胞の細胞表面に発現する限り、どのような種類のものであってもよい。抗原の例示的な実施形態には、ＣＤ１９、ＣＤ７０、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＬＬ１、ＥＢＮＡ、ＣＤ１２３、ＨＥＲ２、ＣＡ－１２５、ＴＲＡＩＬ／ＤＲ４、ＣＤ２０、ガン胎児性抗原、アルファフェトプロテイン、ＣＤ５６、ＡＫＴ、Ｈｅｒ３、上皮腫瘍抗原、ＣＤ３１９（ＣＳ１）、ＲＯＲ１、葉酸結合タンパク質、ＨＩＶ－１エンベロープ糖タンパク質ｇｐ１２０、ＨＩＶ－１エンベロープ糖タンパク質ｇｐ４１、ＣＤ５、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＩＬ－１１Ｒアルファ、カッパ鎖、ラムダ鎖、ＣＳＰＧ４、ＣＤ３３、ＣＤ４７、ＣＬＬ－１、Ｕ５ｓｎＲＮＰ２００、ＣＤ２００、ＢＡＦＦ－Ｒ、ＢＣＭＡ、ＣＤ９９、ｐ５３、変異型ｐ５３、Ｒａｓ、変異型ｒａｓ、ｃ－Ｍｙｃ、細胞質セリン／トレオニンキナーゼ（例えば、Ａ－Ｒａｆ、Ｂ－ＲａｆおよびＣ－Ｒａｆ、サイクリン依存性キナーゼ）、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＭＡＲＴ－１、メラノーマ関連抗原、ＢＡＧＥ、ＤＡＭ－６、ＤＡＭ－１０、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－８、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７Ｂ、ＮＡ８８－Ａ、ＭＣ１Ｒ、ｍｄａ－７、ｇｐ７５、Ｇｐ１００、ＰＳＡ、ＰＳＭ、チロシナーゼ、チロシナーゼ関連タンパク質、ＴＲＰ－１、ＴＲＰ－２、ＡＲＴ－４、ＣＡＭＥＬ、ＣＥＡ、Ｃｙｐ－Ｂ、ｈＴＥＲＴ、ｈＴＲＴ、ｉＣＥ、ＭＵＣ１、ＭＵＣ２、ホスホイノシチド３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）、ＴＲＫ受容体、ＰＲＡＭＥ、Ｐ１５、ＲＵ１、ＲＵ２、ＳＡＲＴ－１、ＳＡＲＴ－３、ウィルムス腫瘍抗原（ＷＴ１）、ＡＦＰ、－カテニン／ｍ、カスパーゼ－８／ｍ、ＣＤＫ－４／ｍ、ＥＬＦ２Ｍ、ＧｎＴ－Ｖ、Ｇ２５０、ＨＡＧＥ、ＨＳＰ７０－２Ｍ、ＨＳＴ－２、ＫＩＡＡ０２０５、ＭＵＭ－１、ＭＵＭ－２、ＭＵＭ－３、ミオシン／ｍ、ＲＡＧＥ、ＳＡＲＴ－２、ＴＲＰ－２／ＩＮＴ２、７０７－ＡＰ、アネキシンＩＩ、ＣＤＣ２７／ｍ、ＴＰＩ／ｍｂｃｒ－ａｂｌ、ＢＣＲ－ＡＢＬ、インターフェロン調節因子４（ＩＲＦ４）、ＥＴＶ６／ＡＭＬ、ＬＤＬＲ／ＦＵＴ、Ｐｍｌ／ＲＡＲ、腫瘍関連カルシウムシグナル伝達因子１（ＴＡＣＳＴＤ１）ＴＡＣＳＴＤ２、受容体チロシンキナーゼ（例えば、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）（特にＥＧＦＲｖＩＩＩ）、血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ））、ＶＥＧＦＲ２、細胞質チロシンキナーゼ（例えば、ｓｒｃファミリー、ｓｙｋ－ＺＡＰ７０ファミリー）、インテグリン結合キナーゼ（ＩＬＫ）、シグナル伝達・転写活性化因子ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴＳ、およびＳＴＡＴＥ、低酸素誘導因子（例えば、ＨＩＦ－１およびＨＩＦ－２）、核因子－カッパＢ（ＮＦ－Ｂ）、Ｎｏｔｃｈ受容体（例えば、Ｎｏｔｃｈ１～４）、ＮＹ ＥＳＯ １、ｃ－Ｍｅｔ、ラパマイシンの哺乳動物標的（ｍＴＯＲ）、ＷＮＴ、細胞外シグナル制御キナーゼ（ＥＲＫ）およびその調節サブユニット、ＰＭＳＡ、ＰＲ－３、ＭＤＭ２、メソテリン、腎細胞ガン－５Ｔ４、ＳＭ２２－アルファ、炭酸脱水酵素Ｉ（ＣＡＩ）およびＩＸ（ＣＡＩＸ）（これはまた、Ｇ２５０として知られている）、ＳＴＥＡＤ、ＴＥＬ／ＡＭＬ１、ＧＤ２、プロテイナーゼ３、ｈＴＥＲＴ、肉腫転位ブレークポイント、ＥｐｈＡ２、ＭＬ－ＩＡＰ、ＥｐＣＡＭ、ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２とＥＴＳとの融合遺伝子）、ＮＡ１７、ＰＡＸ３、ＡＬＫ、アンドロゲン受容体、サイクリンＢ１、ポリシアル酸、ＭＹＣＮ、ＲｈｏＣ、ＧＤ３、フコシルＧＭ１、メソテリアン、ＰＳＣＡ、ｓＬｅ、ＰＬＡＣ１、ＧＭ３、ＢＯＲＩＳ、Ｔｎ、ＧＬｏｂｏＨ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＲＧｓＳ、ＳＡＧＥ、ＳＡＲＴ３、ＳＴｎ、ＰＡＸ５、ＯＹ－ＴＥＳ１、精子タンパク質１７、ＬＣＫ、ＨＭＷＭＡＡ、ＡＫＡＰ－４、ＳＳＸ２、ＸＡＧＥ１、Ｂ７Ｈ３、レグマイン、ＴＩＥ２、Ｐａｇｅ４、ＭＡＤ－ＣＴ－１、ＦＡＰ、ＭＡＤ－ＣＴ－２、ｆｏｓ関連抗原１、ＣＢＸ２、ＣＬＤＮ６、ＳＰＡＮＸ、ＴＰＴＥ、ＡＣＴＬ８、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＭＡＤ２Ｌ１、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＳＵＮＣ１、ならびにＬＲＲＮ１、またはそれらの組み合わせが含まれる。
キメラ受容体をコードするオープンリーディングフレームの配列をゲノムＤＮＡ源またはｃＤＮＡ源から得ることができ、あるいは合成することができ（例えば、ＰＣＲを介して）、あるいはそれらの組み合わせが可能である。ゲノムＤＮＡのサイズおよびイントロンの数に依存するが、イントロンがｍＲＮＡを安定化させることが見出されるので、ｃＤＮＡまたはその組み合わせを使用することが望ましい場合がある。また、内因性または外因性の非コード領域を、ｍＲＮＡを安定化させるために使用することがさらに好都合である場合がある。
キメラ構築物はネイクドＤＮＡとして、または好適なベクターにおいて免疫細胞に導入され得ることが意図される。ネイクドＤＮＡを使用するエレクトロポレーションによって細胞を安定的にトランスフェクションする様々な方法がこの技術分野では知られている。例えば、米国特許第６，４１０，３１９号を参照のこと。ネイクドＤＮＡは一般には、発現のための適切な配向でプラスミド発現ベクターに含有されるキメラ受容体をコードするＤＮＡを示す。
代替において、ウイルスベクター（例えば、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターまたはレンチウイルスベクター）を、キメラ構築物を免疫細胞に導入するために使用することができる。本開示の方法に従った使用のための好適なベクターは免疫細胞において非複製性である。ウイルスに基づくベクターであって、細胞において維持されるウイルスのコピー数が、細胞の生存能を維持するために十分に少ないベクターが数多く知られている：例えば、ＨＩＶ、ＳＶ４０、ＥＢＶ、ＨＳＶまたはＢＰＶに基づくベクターなど。
いくつかの局面において、抗原特異的な結合成分または認識成分が１つまたは複数の膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。いくつかの実施形態において、ＣＡＲには、当該ＣＡＲの細胞外ドメインに融合される膜貫通ドメインが含まれる。１つの実施形態において、ＣＡＲにおけるドメインの１つと生来的に関連する膜貫通ドメインが使用される。場合により、膜貫通ドメインは、同じ表面膜タンパク質または異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに対するそのようなドメインの結合を回避して、受容体複合体の他の構成成分との相互作用を最小限にするために選択され、またはアミノ酸置換によって改変される。
膜貫通ドメインはいくつかの実施形態においては、天然供給源または合成供給源のどちらであれそれらに由来する。供給源が天然である場合、ドメインはいくつかの局面においては、どのような膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質であれそれらに由来する。膜貫通領域には、Ｔ細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３ゼータ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＧＩＴＲ／ＣＤ３５７、ＮＫＧ２ＤおよびＤＡＰ分子に由来する膜貫通領域が含まれる（すなわち、膜貫通領域は、細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３ゼータ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＧＩＴＲ／ＣＤ３５７、ＮＫＧ２ＤおよびＤＡＰ分子の膜貫通領域（複数可）を少なくとも含む）。代替において、膜貫通ドメインはいくつかの実施形態においては合成である。いくつかの局面において、合成された膜貫通ドメインは、主に疎水性の残基（例えば、ロイシンおよびバリンなど）を含む。いくつかの局面において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンの三つ組が、合成された膜貫通ドメインのそれぞれの末端に見出されるであろう。
どのような共刺激性ドメインであれ１つまたは複数の共刺激性ドメインが、少なくともＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＤ２７およびその他からであるが、ＣＡＲにおいて利用される場合がある。
ＶＩＩ．遺伝子工学
本開示のある態様は、細胞における１つ以上の遺伝子改変の生成に有用な、遺伝子編集（「遺伝子工学」でもある）のための方法および組成物に関する。本明細書で使用される場合、「遺伝子改変」は、そのネイティブ（すなわち、内因性）配列から改変された細胞のゲノム領域を記述する。遺伝子編集のための種々の方法およびシステムは、当該技術分野において公知であり、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの遺伝子編集、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ベースの遺伝子編集、およびＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの遺伝子編集が挙げられる。いくつかの実施形態において、本開示の方法は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの遺伝子編集を含み、これは、ＣＲＩＳＰＲシステムの構成要素、例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）およびＣａｓヌクレアーゼの使用を含む。
一般に、「ＣＲＩＳＰＲ系」は、集合的に、Ｃａｓ遺伝子をコードする配列、ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）配列（例えば、ｔｒａｃｒＲＮＡまたは活性部分ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ｔｒａｃｒ－ｍａｔｅ配列（「直接反復」、内因性ＣＲＩＳＰＲ系の文脈においてｔｒａｃｒＲＮＡプロセスド部分直接反復を包含する）、ガイド配列（内因性ＣＲＩＳＰＲ系の文脈において「スペーサ」とも称される）、ならびに／またはＣＲＩＳＰＲ遺伝子座からの他の配列および転写物が挙げられる、ＣＲＩＳＰＲ関連（「Ｃａｓ」）遺伝子の発現に関与するか、またはＣＲＩＳＰＲ関連（「Ｃａｓ」）遺伝子の活性を指示する転写物および他の要素を指す。
ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓヌクレアーゼまたはＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ系は、ＤＮＡに配列特異的に結合する非コードＲＮＡ分子（ガイド）ＲＮＡ、およびヌクレアーゼ機能性（例えば２つのヌクレアーゼドメイン）を有するＣａｓタンパク質（例えばＣａｓ９）を含み得る。ＣＲＩＳＰＲ系の１つ以上の要素が、Ｉ型、ＩＩ型、またはＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ系に由来し得、例えば、化膿連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）等の、内因性ＣＲＩＳＰＲ系を含む特定の生物に由来する。
一部の態様において、ＣａｓヌクレアーゼおよびｇＲＮＡ（標的配列に特異的なｃｒＲＮＡ、および固定ｔｒａｃｒＲＮＡの融合物が挙げられる）が細胞中に導入される。ＣａｓヌクレアーゼおよびｇＲＮＡは、Ｃａｓヌクレアーゼおよび／またはｇＲＮＡをコードする１つ以上の核酸（例えば、ベクター）の導入により、間接的に細胞に導入することができる。ＣａｓヌクレアーゼとｇＲＮＡは、Ｃａｓヌクレアーゼタンパク質とｇＲＮＡ分子の導入により、細胞に直接導入することができる。一般に、ｇＲＮＡの５’末端の標的部位が、相補的塩基対合を用いて、Ｃａｓヌクレアーゼを標的部位、例えば遺伝子に標的化する。標的部位は、典型的にはＮＧＧまたはＮＡＧ等のプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列のすぐ５’側の位置に基づいて選択され得る。この点において、ｇＲＮＡは、ガイドＲＮＡの最初の２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１４、１２、１１、または１０ヌクレオチドを、標的ＤＮＡ配列に対応するように修飾することによって、所望の配列に標的化される。一般に、ＣＲＩＳＰＲ系は、標的配列の部位にてＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進する要素を特徴とする。典型的には、「標的配列」は、一般に、ガイド配列が相補性を有するように設計されている配列であって、標的配列とガイド配列との間のハイブリダイゼーションがＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進する配列を指す。ハイブリダイゼーションを引き起こして、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進するのに十分な相補性があるならば、完全な相補性は必ずしも必要とされない。
ＣＲＩＳＰＲ系は、本明細書中で論じられるように、標的部位にて二本鎖切断（ＤＳＢ）を、続いて破壊を誘導することができる。他の実施形態において、「ニッカーゼ」とみなされるＣａｓ９バリアントが用いられて、標的部位にて一本鎖にニックを入れる。対になったニッカーゼは、例えば特異性を向上させるのに用いられ得、それぞれ、ニックが同時に導入されると、５’オーバーハングが導入されるように、一対の異なるｇＲＮＡ標的化配列によって導かれる。他の実施形態において、触媒的に不活性なＣａｓ９は、遺伝子発現に影響を及ぼすように、転写リプレッサまたは活性化因子等の異種エフェクタドメインに融合される。
標的配列は、あらゆるポリヌクレオチド、例えばＤＮＡまたはＲＮＡポリヌクレオチドを含み得る。標的配列は、細胞の核または細胞質内、例えば細胞の細胞小器官内に位置決めされ得る。一般に、標的配列を含む標的遺伝子座中への組換えに使用され得る配列または鋳型が、「編集鋳型」または「編集ポリヌクレオチド」または「編集配列」と称される。一部の態様において、外因性鋳型ポリヌクレオチドが、編集鋳型と称される場合がある。一部の態様において、組換えは相同組換えである。
典型的には、内因性ＣＲＩＳＰＲ系の文脈において、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成（標的配列にハイブリダイズされて、１つ以上のＣａｓタンパク質と複合体形成されるガイド配列を含む）は、標的配列内またはその近傍（例えば、標的配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、またはそれを超える塩基対以内）で一方または双方の鎖の切断をもたらす。また、ｔｒａｃｒ配列は、野生型ｔｒａｃｒ配列（例えば、野生型ｔｒａｃｒ配列の約２０、２６、３２、４５、４８、５４、６３、６７、８５、またはそれを超えるヌクレオチド）の全部または一部を含み得るか、またはそれからなり得るが、例えば、ｔｒａｃｒ配列の少なくとも一部に沿った、ガイド配列に作動可能に連結されたｔｒａｃｒ ｍａｔｅ配列の全部または一部とのハイブリダイゼーションによって、ＣＲＩＳＰＲ複合体の一部を形成し得る。ｔｒａｃｒ配列は、ハイブリダイズしてＣＲＩＳＰＲ複合体の形成に関与するのに十分な、ｔｒａｃｒ ｍａｔｅ配列に対する相補性（最適にアラインメントされたときのｔｒａｃｒ ｍａｔｅ配列の長さに沿って少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または９９％の配列相補性等）を有する。
ＣＲＩＳＰＲ系の要素の発現が１つ以上の標的部位にてＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を指示するように、ＣＲＩＳＰＲ系の１つ以上の要素の発現を駆動する１つ以上のベクターが細胞中に導入され得る。また、構成要素は、タンパク質および／またはＲＮＡとして細胞に送達され得る。例えば、Ｃａｓ酵素、ｔｒａｃｒ－ｍａｔｅ配列に連結されたガイド配列、およびｔｒａｃｒ配列がそれぞれ、別個のベクター上の別個の調節要素に作動可能に連結され得る。これ以外にも、同じまたは異なる調節要素から発現される要素の２つ以上が、単一のベクター内で、第１のベクター内に含まれないＣＲＩＳＰＲ系のあらゆる構成要素を提供する１つ以上の追加のベクターと組み合わされ得る。ベクターは、制限エンドヌクレアーゼ認識配列等の１つ以上の挿入部位（「クローニング部位」とも称される）を含み得る。一部の実施形態において、１つ以上の挿入部位は、１つ以上のベクターの１つ以上の配列要素の上流および／または下流に位置決めされている。多数の異なるガイド配列が用いられる場合、単一の発現構築物が用いられて、ＣＲＩＳＰＲ活性を、細胞内の多数の異なる、対応する標的配列に標的化し得る。
ベクターは、Ｃａｓタンパク質（Ｃａｓヌクレアーゼともいう）をコードする酵素コード配列に作動可能に連結された調節要素を含み得る。Ｃａｓタンパク質の非限定的な例として、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ６、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１およびＣｓｘ１２としても知られている）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆｌ、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、それらのホモログ、またはそれらの修飾バージョンが挙げられる。これらの酵素は知られている。例えば、化膿連鎖球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９タンパク質のアミノ酸配列は、受託番号Ｑ９９ＺＷ２でＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース内に見出され得る。
Ｃａｓヌクレアーゼは、Ｃａｓ９（例えば、化膿連鎖球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）または肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）由来）であってよい。Ｃａｓヌクレアーゼは、Ｃａｓ１２ａであり得る。Ｃａｓヌクレアーゼは、標的配列内かつ／または標的配列の相補体内等の標的配列の位置での一方または双方の鎖の切断を指示し得る。ベクターは、変異ＣＲＩＳＰＲ酵素が、標的配列を含有する標的ポリヌクレオチドの一方または双方の鎖を切断する能力を欠くように、対応する野生型酵素に対して変異したＣＲＩＳＰＲ酵素をコードし得る。例えば、化膿連鎖球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）由来のＣａｓ９のＲｕｖＣＩ触媒ドメインにおけるアスパラギン酸からアラニンへの置換（Ｄ１０Ａ）が、Ｃａｓ９を、双方の鎖を切断するヌクレアーゼからニッカーゼ（一本鎖を切断する）に変換する。一部の実施形態において、Ｃａｓ９ニッカーゼが、ＤＮＡ標的のセンス鎖およびアンチセンス鎖をそれぞれ標的とするガイド配列、例えば２つのガイド配列と組み合わせて用いられ得る。この組合せは、双方の鎖にニックを入れて、ＮＨＥＪまたはＨＤＲを誘導するのに用いられるのを可能にする。
一部の実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列が、真核細胞等の特定の細胞における発現のためにコドン最適化されている。真核細胞は、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、または非ヒト霊長類が挙げられるがこれらに限定されない哺乳動物等の特定の生物のものであり得るか、またはそれらに由来し得る。一般に、コドン最適化とは、目的の宿主細胞における発現を、ネイティブアミノ酸配列を維持しながら、ネイティブ配列の少なくとも１つのコドンを、当該宿主細胞の遺伝子においてより頻繁に、または最も頻繁に用いられるコドンで置換することによって増強するために核酸配列を修飾するプロセスを指す。種々の種が、特定のアミノ酸の特定のコドンについて、特定のバイアスを示す。コドンバイアス（生物間のコドン使用頻度の差異）は、多くの場合、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の翻訳効率と相関し、これは、とりわけ、翻訳されることとなるコドンの特性、および特定の転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）分子の利用可能性に依存すると考えられる。細胞における選択されたｔＲＮＡの優位性は、一般に、ペプチド合成において最も頻繁に用いられるコドンの反映である。したがって、コドン最適化に基づいて、所与の生物における最適な遺伝子発現のために遺伝子を調整することができる。
一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズして、標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指示するのに十分な、標的ポリ塩基配列との相補性を有するあらゆるポリ塩基配列である。一部の実施形態において、ガイド配列とその対応する標的配列との間の相補性の程度は、適切なアラインメントアルゴリズムを用いて最適にアラインメントされた場合、５０％、６０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７．５％、９９％、またはそれを超える。
最適なアラインメントは、配列をアラインするのに適したあらゆるアルゴリズムの使用により決定することができ、その非限定的な例として、Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム、Ｂｕｒｒｏｗｓ－Ｗｈｅｅｌｅｒ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍに基づくアルゴリズム（例えば、Ｂｕｒｒｏｗｓ Ｗｈｅｅｌｅｒ Ａｌｉｇｎｅｒ）、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗ、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ、ＢＬＡＴ、Ｎｏｖｏａｌｉｇｎ（Ｎｏｖｏｃｒａｆｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ＥＬＡＮＤ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、ＳＯＡＰ（ｓｏａｐ．ｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｏｒｇ．ｃｎにて入手可能）、およびＭａｑ（ｍａｑ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔにて入手可能）が挙げられる。
Ｃａｓヌクレアーゼは、１つ以上の異種タンパク質ドメインを含む融合タンパク質の一部であり得る。Ｃａｓヌクレアーゼ融合タンパク質は、追加のあらゆるタンパク質配列、および任意選択で２つのあらゆるドメイン間のリンカー配列を含み得る。Ｃａｓヌクレアーゼに融合され得るタンパク質ドメインの例として、限定されないが、エピトープタグ、レポーター遺伝子配列、ならびに以下の活性：メチラーゼ活性、デメチラーゼ活性、転写活性化活性、転写抑制活性、転写放出因子活性、ヒストン修飾活性、ＲＮＡ切断活性、および核酸結合活性のうちの１つ以上を有するタンパク質ドメインが挙げられる。エピトープタグの非限定的な例として、ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグ、Ｖ５タグ、ＦＬＡＧタグ、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）タグ、Ｍｙｃタグ、ＶＳＶ－Ｇタグ、およびチオレドキシン（Ｔｒｘ）タグが挙げられる。レポーター遺伝子の例として、グルタチオン－５－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）ベータガラクトシダーゼ、ベータ－グルクロニダーゼ、ルシフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＨｃＲｅｄ、ＤｓＲｅｄ、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）が挙げられる自己蛍光タンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。Ｃａｓヌクレアーゼは、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、Ｓタグ、Ｌｅｘ Ａ ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）融合物、ＧＡＬ４Ａ ＤＮＡ結合ドメイン融合物、および単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ＢＰ１６タンパク質融合物が挙げられるがこれらに限定されないＤＮＡ分子または他の細胞分子に結合するタンパク質またはタンパク質の断片をコードする遺伝子配列に融合され得る。Ｃａｓヌクレアーゼを含む融合タンパク質の一部を形成し得る追加のドメインが、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１１／００５９５０２号明細書に記載されている。
ＶＩＩＩ．治療組成物の投与
特定の実施形態は、１つまたは複数の代謝産物を測定した後を含む、１つまたは複数の治療用組成物（「医薬組成物」と呼ばれ得る）の投与を包含する。いくつかの実施形態において、治療用組成物は、個体が１つまたは複数の代謝産物のレベルについて１つまたは複数のサンプルを分析する前または後に、個体に投与される。異なる態様は、有効量の組成物を個体に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書における任意の細胞療法などの少なくとも１つの細胞療法が、状態（例えば、癌）から保護または治療するために個体に投与され得る。いくつかの実施形態において、１つ以上の代謝産物は、状態または毒性から保護または治療するために個体に投与される。いずれの細胞療法も、逐次または同時を含む組み合わせで個体に投与することができる。場合によっては、ＣＡＲ療法は、個体のサンプル分析に基づいてレベルが欠乏していると決定された１つ以上の代謝産物を含む、１つ以上の代謝産物の投与に続いて、および／または投与前に、および／または投与中に提供される。いずれの治療組成物も、１つ以上の追加の治療剤（例えば、１つ以上の化学治療剤、１つ以上の免疫治療剤、１つ以上の生物治療剤、それらの組み合わせなど）と組み合わせて投与することができる。このような組成物は、一般に、薬学的に許容される担体または水性媒体に溶解または分散される。
いくつかの実施形態では、細胞療法は、１００万細胞／ｋｇから１０億細胞／ｋｇの間の用量で個体に投与される。いくつかの実施形態では、細胞療法は、以下の用量で個体に投与される。約１００万細胞／ｋｇ、２００万細胞／ｋｇ、３００万細胞／ｋｇ 百万細胞／ｋｇ、４００万細胞／ｋｇ 百万細胞／ｋｇ、５００万細胞／ｋｇ 百万細胞／ｋｇ、６００万細胞／ｋｇ 百万細胞／ｋｇ、７００万細胞／ｋｇ 百万細胞／ｋｇの用量で個体に投与される、 ８００万個／ｋｇ 百万個／ｋｇ， ９００万個／ｋｇ 百万個／ｋｇ， １０００万個／ｋｇ 百万個／ｋｇ， １１００万個／ｋｇ 百万個／ｋｇ， １２００万個／ｋｇ 百万個／ｋｇ， １３００万個／ｋｇ 百万個／ｋｇ， １４００万個／ｋｇ， １５００万個／ｋｇ， １６００万個／ｋｇ， １７００万個／ｋｇ、 １８百万個／ｋｇ、１９百万個／ｋｇ、２０百万個／ｋｇ、２１百万個／ｋｇ、２２百万個／ｋｇ、２３百万個／ｋｇ、２４百万個／ｋｇ、２５百万個／ｋｇ、２６百万個／ｋｇ、２７百万個／ｋｇ、２８百万個／ｋｇ、２９百万個／ｋｇ、３０百万個／ｋｇ、３１百万個／ｋｇ、３２百万個／ｋｇ、３３百万個／ｋｇ ３４百万個／ｋｇ、３５百万個／ｋｇ、３６百万個／ｋｇ、３７百万個／ｋｇ、３８百万個／ｋｇ、３９百万個／ｋｇ、４０百万個／ｋｇ、４１百万個／ｋｇ、４２百万個／ｋｇ、４３百万個／ｋｇ、４４百万個／ｋｇ、４５百万個／ｋｇ、４６百万個／ｋｇ、４７百万個／ｋｇ、４８百万個／ｋｇ、 ４９百万個／ｋｇ、５０百万個／ｋｇ、５１百万個／ｋｇ、５２百万個／ｋｇ、５３百万個／ｋｇ、５４百万個／ｋｇ、５５百万個／ｋｇ、５６百万個／ｋｇ、５７百万個／ｋｇ、５８百万個／ｋｇ、５９百万個／ｋｇ、６０百万個／ｋｇ、６１百万個／ｋｇ、６２百万個／ｋｇ、６３百万個／ｋｇ、６４百万個／ｋｇ ６５百万個／ｋｇ、６６百万個／ｋｇ、６７百万個／ｋｇ、６８百万個／ｋｇ、６９百万個／ｋｇ、７０百万個／ｋｇ、７１百万個／ｋｇ、７２百万個／ｋｇ、７３百万個／ｋｇ、７４百万個／ｋｇ、７５百万個／ｋｇ、７６百万個／ｋｇ、７７百万個／ｋｇ、７８百万個／ｋｇ、７９百万個／ｋｇ ８０百万個／ｋｇ、８１百万個／ｋｇ、８２百万個／ｋｇ、８３百万個／ｋｇ、８４百万個／ｋｇ、８５百万個／ｋｇ、８６百万個／ｋｇ、８７百万個／ｋｇ、８８百万個／ｋｇ、８９百万個／ｋｇ、９０百万個／ｋｇ、９１百万個／ｋｇ、９２百万個／ｋｇ、９３百万個／ｋｇ、９４百万個／ｋｇ ９５百万個／ｋｇ、９６百万個／ｋｇ、９７百万個／ｋｇ、９８百万個／ｋｇ、９９百万個／ｋｇ、１億個／ｋｇ、２億個／ｋｇ、３億個／ｋｇ、４億個／ｋｇ、５億個／ｋｇ、６億個／ｋｇ、７億個／ｋｇ、８億個／ｋｇ、９億個／ｋｇ、または１０億個／ｋｇ。
「薬学的に許容される」または「薬理学的に許容される」という語句は、動物またはヒトに投与した場合に、有害、アレルギー性、または他の有害な反応を生じない分子実体および組成物を指す。本明細書において、「薬学的に許容される担体」には、あらゆる溶媒、分散媒体、コーティング剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張化剤および吸収遅延剤などが含まれる。医薬活性物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該技術分野において周知である。従来の培地や薬剤が活性成分と不適合である場合を除き、免疫原性組成物や治療用組成物への使用が企図されている。他の抗感染剤およびワクチンなどの補助的な活性成分もまた、組成物に組み込むことができる。
活性化合物は、非経口投与のために製剤化することができ、例えば、静脈内、筋肉内、皮下、または腹腔内経路での注射のために製剤化することができる。典型的には、このような組成物は、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製され得る；注射前に液体を添加して溶液または懸濁液を調製するために使用するのに適した固体形態もまた調製され得る；そして調製物はまた、乳化され得る。
注射可能な使用に適した医薬形態には、無菌の水溶液または分散液；例えば、水性プロピレングリコールを含む製剤；および無菌の注射可能な溶液または分散液を即座に調製するための無菌の粉末が含まれる。どのような場合でも、製剤は無菌でなければならず、容易に注射できる程度に流動性がなければならない。また、製造および保存の条件下で安定でなければならず、細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保存されなければならない。
組成物は、中性または塩の形態に製剤化することができる。薬学的に許容される塩としては、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基と形成される）が挙げられ、これは、例えば、塩酸またはリン酸などの無機酸、または酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸などの有機酸と形成される。遊離カルボキシル基で形成される塩はまた、例えばナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、または水酸化第二鉄などの無機塩基、およびイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩基から誘導され得る。
医薬組成物は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液状ポリエチレングリコールなど）、それらの適切な混合物、および植物油を含む溶媒または分散媒体を含むことができる。適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティング剤の使用、分散液の場合の必要な粒子径の維持、界面活性剤の使用によって維持することができる。微生物の作用の防止は、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなどの様々な抗菌剤および抗真菌剤によってもたらされ得る。多くの場合、等張剤、例えば糖類や塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射用組成物の吸収の延長は、例えばモノステアリン酸アルミニウムやゼラチンなどの吸収遅延剤の組成物への使用によってもたらされ得る。
無菌の注射液は、必要な量の活性化合物を適切な溶媒に、必要に応じて上記で列挙した様々な他の成分と一緒に取り込み、次いで濾過滅菌または同等の手順を行うことによって調製される。一般に、分散液は、様々な滅菌された活性成分を、基本的な分散媒と上記に列挙した成分の中から必要な他の成分を含む無菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射液調製用の滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は真空乾燥および凍結乾燥技術であり、これにより活性成分の粉末と、あらかじめ滅菌濾過した溶液から任意の追加所望成分が得られる。
組成物の投与は、典型的には、任意の一般的な経路で行われる。これには、経口投与または静脈内投与が含まれるが、これらに限定されない。あるいは、投与は、同所投与、皮内投与、皮下投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または鼻腔内投与であってもよい。このような組成物は、通常、生理学的に許容される担体、緩衝剤または他の賦形剤を含む薬学的に許容される組成物として投与されるであろう。
製剤化された溶液は、剤形に適合した方法で、治療上または予防上有効な量だけ投与される。製剤は、上記のタイプの注射溶液のような種々の剤形で容易に投与される。
ＩＸ．キット
本開示の特定の局面がまた、本開示の組成物または本明細書中に開示される方法を実行するための組成物を含有するキットに関する。いくつかの実施形態において、様々なキットを、１つまたは複数の代謝産物を評価するために使用することができる。具体的な実施形態において、キットは、１つまたは複数の代謝産物、あるいは１つまたは複数の代謝産物を産生させるための１つまたは複数の試薬を含む。キットは、どのような手段であれ、血液を得るための、または分析するための手段を含む場合がある。キットは、ベクターを、ウイルス性（レトロウイルス型、レンチウイルス型、アデノウイルス型またはアデノ随伴ウイルス型）または非ウイルス性（プラスミド、トランスポゾン等）を含めてどのような種類のものであれ、例えば、ＣＡＲの一部またはすべて、ならびに／あるいは代謝産物（複数可）のレベルを増大させる、または低下させる１つまたは複数の酵素をコードするベクターなどを含む場合がある。ある特定の実施形態において、キットは、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、１００個、５００個、１，０００個またはそれ以上の標識、プローブ、合成分子もしくは阻害剤、試薬、溶離剤、標準物、またはどのようなものであれそれらにおいて導かれ得る値または範囲および組み合わせを含有し、あるいは少なくともそのような数の標識、プローブ、合成分子もしくは阻害剤、試薬、溶離剤、標準物、またはどのようなものであれそれらにおいて導かれ得るどのような値または範囲および組み合わせを含有し、あるいは多くてもそのような数の標識、プローブ、合成分子もしくは阻害剤、試薬、溶離剤、標準物、またはどのようなものであれそれらにおいて導かれ得るどのような値または範囲および組み合わせを含有する。
キットは、容器（例えば、チューブ、ボトル、バイアル、シリンジ、または他の好適な容器手段など）に個々に包装されることがある、または入れられることがある様々な構成成分を含む場合がある。個々の構成成分がまた、濃縮量でキットにおいて提供される場合があり、いくつかの実施形態においては、構成成分が、他の構成要素との溶液においてであるのと同じ濃度で個々に提供される。構成成分の濃度が、１倍、２倍、５倍、１０倍、または２０倍もしくはそれ以上として提供される場合がある。
本開示のプローブ、試薬、合成分子または阻害剤、溶離剤、標準物を予後用途または診断用途のために使用するための様々なキットが、本開示の一部として含まれる。どのような代謝産物であれ本明細書中で特定される代謝産物に対応するそのような分子はどれも特に意図される。
本開示の実施形態には、ことを含む、サンプルについての代謝産物プロフィルを評価することによる病理学的サンプルの分析のためのキットが含まれる。キットはさらに、サンプル中の代謝産物を標識するための試薬を含むことができる。キットにはまた、標識試薬が含まれる場合がある。標識試薬には、例えば、アミン反応性色素が含まれることが可能である。
下記の実施例は、本発明の特定の実施形態を明らかにするために含まれる。下記の実施例において開示される技術は、本開示の方法の実施において十分に機能することが本発明者らによって見出される技術を表しており、したがって、その実施のための好ましい態様を構成するとみなされ得ることが、当業者によって理解されなければならない。しかしながら、当業者は本開示に照らして、多くの変化を、開示される具体的な実施形態において行うことができ、また、多くの変化が依然として、同じような結果または類似する結果を本開示の精神および範囲から逸脱することなくもたらし得ることを理解しなければならない。
実施例１：メタボロミクスは永続的完全奏効および毒性を予測する
ベースラインの血清サンプルおよび血漿サンプルを、抗ＣＤ１９ ＣＡＲ－Ｔ療法による処置を受ける再発型／難治性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫患者から集めた。メタボロミクスプロファイリングを、応答、生存成績および毒性との関連を明らかにするためにベースライサンプルに対して行った。図３に示されるように、ある特定の血漿中の代謝産物（タウリン、１－メチルニコチンアミド、ジアセチルスペルミン、Ｎｇ－Ｎｇ－ジメチル－Ｌ－アルギニン、ニコチンアミドおよびＮ８－アセチルスペルミジン、ＴＭＡＯ、インドキシルサルファート、アセチルカダベリンが含まれる）が、完全奏効が不良である、または認められないことに関連づけられた。また、ＰＦＳまたはＯＳのどちらかについて予後となる代謝産物の中では、ポリアミンおよびリゾリン脂質が高く示された。アセチルスペルミジン（ＡｃＳｐｍｄ）、ジアセチルスペルミジン（ＤｉＡｃＳｐｍｄ）およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のポリアミンの上昇したレベルが、より不良なＰＦＳおよびＯＳに関連づけられることが見出され、これに対して、リゾリン脂質の様々な化学種の高いレベルが逆に、良好な予後に関連づけられた。ｎ＝４３名の患者からの血漿サンプルをＣＡＲ－Ｔ注入前のベースラインで集め、ターゲットを絞らないメタボロミクス分析を、Ｘｅｖｏ ＧＳ－Ｘ２四重極飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計（ＭＳ）を標準化された操作手順のもとで使用して行った。図３は、個々の注釈付き代謝産物についての受信者動作特性曲線下面積（ＡＵＣ）（ｘ軸）、および永続的ＣＲを６ヶ月の追跡調査のときに有する患者を、有しない患者から区別するための－ｌｏｇ（両側ウィルコクソン順位和検定ｐ値）（ｙ軸）を例示するボルケーノプロットを明らかにする。増大したポリアミンが、ＣＡＲ－Ｔ療法を受ける患者における不良な応答に関連づけられた。とりわけ、増大した１－メチルニコチンアミドおよび他の相関したポリアミン（例えば、ジアセチルスペルミンおよびＮ８－アセチルスペルミンなど）が、不良な応答に関連づけられる。そのうえ、タウリンおよび他のヌクレオチドが、増大した応答に関連づけられた。タウリンは、リンパ球の増殖と相関することが示されている。高レベルのリゾリン脂質、とりわけ、奇数鎖脂肪酸が、良好な応答に関連づけられた。
図１に示されるように、ある特定の代謝産物（インドールアクリル酸および６－ホスホグルコン酸が含まれる）が、サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）を予測している。ｎ＝４３名の患者からの血漿サンプルをＣＡＲ－Ｔ注入前のベースラインで集め、ターゲットを絞らないメタボロミクス分析を、Ｘｅｖｏ ＧＳ－Ｘ２四重極飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計（ＭＳ）を標準化された操作手順のもとで使用して行った。図１は、個々の注釈付き代謝産物についての受信者動作特性曲線下面積（ＡＵＣ）（ｘ軸）、およびＣＲを６ヶ月の追跡調査のときに有する患者を、有しない患者から区別するための－ｌｏｇ（両側ウィルコクソン順位和検定ｐ値）（ｙ軸）を例示するボルケーノプロットを明らかにする。
図２に示されるように、ある特定の代謝産物（デオキシカルニチン、トリアシルグリセロールおよびＮ－アルファ－Ｌ－アセチルＬ－アスパラギンが含まれる）が、免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群（ＩＣＡＮＳ）を予測している。ｎ＝４３名の患者からの血漿サンプルをＣＡＲ－Ｔ注入前のベースラインで集め、ターゲットを絞らないメタボロミクス分析を、Ｘｅｖｏ ＧＳ－Ｘ２四重極飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計（ＭＳ）を標準化された操作手順のもとで使用して行った。図２は、個々の注釈付き代謝産物についての受信者動作特性曲線下面積（ＡＵＣ）（ｘ軸）、およびＩＣＡＮＳを６ヶ月の追跡調査のときに有する患者を、有しない患者から区別するための－ｌｏｇ（両側ウィルコクソン順位和検定ｐ値）（ｙ軸）を例示するボルケーノプロットを明らかにする。
実施例２：ＣＡＲ－Ｔ療法に対する応答を予測するためのパネル
ポリアミンおよびリゾリン脂質に集中して、ＬＡＳＳＯ正則化を伴うコックス比例ハザードモデルを、ＰＦＳを予測するための特徴を選択するために、かつ、ＡｃＳｐｍｄ、ＤｉＡｃＳｐｍｄおよび４つのリゾリン脂質（リゾホスファチジルコリン（１６：０）、リゾホスファチジルコリン（１４：０）、プラスマニルリゾホスファチジコリン（ｐｌａｓｍａｎｙｌｌｙｓｏｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｃｈｏｌｉｎｅｓ）（Ｐ－１８：０またはＯ－１８：１）およびプラスマニル－リゾホスファチジコリン（ｐｌａｓｍａｎｙｌ－ｌｙｓｏｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｃｈｏｌｉｎｅ）（Ｐ－１８：１またはＯ－１８：２））からなる、ＰＦＳを予測するための６マーカー代謝産物パネル（Ｍ６Ｐ）を開発するために使用した。多変量コックス比例ハザードモデルにおいて、他の有意な（両側ｐ＜０．０５の）変数について調節すると、Ｍ６Ｐスコアは、１単位の増大あたり３．６５（９５％ＣＩ：１．３８～９．６７）のハザード比（ＨＲ）を与えた。代謝産物の存在量を、質量分析を使用してアッセイした。要約すると、血漿メタボロミクスが、ＣＡＲ－Ｔ細胞療法後の応答の永続性ならびに生存および毒性の強力な予測因子であることが本明細書中の実施形態において示される。血漿中の代謝産物レベルの調節は、ＣＡＲ－Ｔ細胞療法後の効力および毒性に影響を及ぼすことについて大きな可能性を有する。
実施例３：Ｂ細胞リンパ腫の攻撃的表現型およびＣＡＲ－Ｔ療法に対する不良な応答を予測している、血液に基づく代謝産物シグナチャー
ＣＡＲ－Ｔ応答を予測する代謝産物バイオマーカーの特定、およびモデル開発
抗ＣＤ１９ ＣＡＲ－Ｔ療法により処置される、ｒ／ｒ ＬＢＣＬの４３名の患者から集められる血漿からなる発見コホートを、ＣＡＲ－Ｔ療法に対する応答を予測している代謝産物シグナチャーについてプロファイリングするために組み立てた。患者および腫瘍の特徴が表１に提供される。アキシカブタゲンシロロイセルおよびチサゲンレクロイセルがそれぞれ３９名および４名の患者のためのＣＡＲ－Ｔ産物であった。統計学的差異が、年齢、性別、ステージ、ＣＲＳ状態またはＩＣＡＮｓ状態、ＬＤＨまたはＣＲＰの循環レベルにおいて、これら２群の間で認められなかった（Ｖｅｒｃｅｌｌｉｎｏ他、２０２０）（表１）。３名の患者が、応答が評価され得る前の毒性のために早期に死亡した。４０名の評価可能な患者の間では全体として、６ヶ月の追跡調査期間でそれぞれ、４０名の患者のうちの１５名（３７％）が進行中の完全奏効（ＣＲ）を有し、２４名（６３％）が進行性疾患（ＰＤ）を有した。１名の残る患者が、６ヶ月の追跡調査期間での進行中の部分奏効（ＰＲ）であり続けた。
これらの血漿のマルチアッセイ・アンターゲッテド・メタボロミクス分析では、７４６個の一意的に注釈付けされた代謝産物特徴が得られた。コックス比例ハザードモデルを使用して、関連を、無増悪生存期間および全生存期間に関して、定量化された代謝産物についてスクリーニングした。ＰＦＳまたはＯＳのどちらかについて予後となる代謝産物の中では、ポリアミンおよびリゾリン脂質が高く示された。アセチルスペルミジン（ＡｃＳｐｍｄ）、ジアセチルスペルミジン（ＤｉＡｃＳｐｍｄ）およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のポリアミンの上昇したレベルが、より不良な無増悪生存期間および全生存期間に関連づけられることが見出され、これに対して、リゾリン脂質の様々な化学種の高いレベルが逆に、良好な予後に関連づけられた。
循環ポリアミンの上昇したレベルが、ガン状態について報告し、疾患攻撃性と関連することが示されている（Ｆａｈｒｍａｎｎ，Ｂａｎｔｉｓ他、２０１９；Ｆａｈｒｍａｎｎ他、２０２１；Ｆａｈｒｍａｎｎ Ｖｙｋｏｕｋａｌ他、２０１９）。リゾリン脂質、特にリゾホスファチジルコリンは、ガン細胞の成長を促進させるためにガン細胞によって捕捉され、代謝される生理活性脂質である（Ｆａｈｒｍａｎｎ，Ｂａｎｔｉｓ他、２０１９；Ｋａｍｐｈｏｒｓｔ他、２０１３；Ｒａｙｎｏｒ他、２０１５）。低下したレベルのリゾリン脂質が、膵臓ガン、肺ガン、卵巣ガンおよび結腸直腸ガンを含めて様々な悪性腫瘍が現れる個体の血漿においてしばしば報告される（Ｆａｈｒｍａｎｎ，Ｂａｎｔｉｓ他、２０１９；Ｋｕｅｈｎ他、２０１６；Ｚｈａｏ他、２００７）。
ポリアミンおよびリゾリン脂質に集中して、ＬＡＳＳＯ正則化を伴うコックス比例ハザードモデルを、無増悪生存を予測するための特徴を選択するために、かつ、無増悪生存期間を予測するためのバイオマーカーパネルを開発するために使用した。得られた６マーカーパネル（６ＭｅｔＰ）は、ＡｃＳｐｍｄ、ＤｉＡｃＳｐｍｄおよび４つのリゾリン脂質からなるものであり、単変量コックス比例ハザードモデルにおいてＰＦＳについて１単位の増大あたり４．５３（９５％ＣＩ：２．０７～９．９２）のハザード比（ＨＲ）を与えた（図７）。非比例ハザードモデル検定は、統計学的に有意でないＰ値を与えた。６ＭｅｔＰは、その後でＣＡＲ－Ｔに対して非応答性であった個体を、処置に対して応答性であった個体から識別することについて９５％の特異性で４０％の感度とともに０．７９（９５％ＣＩ：０．６５～０．９３）の受信者動作特性曲線下面積を有した（図７）。次に、コックスモデルからのログランク検定統計量を使用して、最適変化点を、６ＭｅｔＰが２つの既に定義された群（疾患進行対疾患非進行）における個体間の最大差を与えるように計算した。カプラン・マイヤー生存曲線は、６ＭＰスコアが変化点値を上回る患者が統計学的有意な（ログランク・マンテル・コックス検定両側ｐ＜０．０００１の）より不良なＰＦＳおよびより不良なＯＳを有することを明らかにした（図４Ａおよび図４Ｂ）。
ＣＡＲ－Ｔ療法を受ける個体の独立した試験セットにおける代謝産物バイオマーカーパネルの試験
抗ＣＤ１９ ＣＡＲ－Ｔ処置の後におけるＰＦＳを予測するための発見セットにおいて開発される、定まった係数および変化点値を使用する６ＭＰパネルと同様に、個々の候補代謝産物の試験を、ｒ／ｒＬＢＣＬの２８名の患者からなる独立した試験セットにおいて行った（表１）。検証コホートにおける追跡調査のメジアン継続期間が１２ヶ月であった（０．３～２４．８ヶ月の範囲）。検証セットにおいて、２８名の患者のうちの１１名（３９％）が進行中のＣＲを６ヶ月の追跡調査のときに有し、これに対して、それ以外の１７名（６１％）の患者がＰＤを有し、または死亡した。非応答者の間でのメジアンＰＦＳおよびメジアンＯＳがそれぞれ２．９ヶ月および８．２５ヶ月であった（図６）。統計学的有意差がこれら２群の間で、年齢、性別、ステージ、ＣＲＳ状態またはＩＣＡＮｓ状態、ＬＤＨまたはＣＲＰの循環レベルに関して認められなかった。ＣＡＲ－Ｔ処置に対して非応答性であった患者は、より高い（２＋）ＥＣＯＧ状態（フィッシャーの正確検定での両側ｐ：０．０４）を有する傾向があった（表１）。
試験セットにおいて、上昇した血漿中ポリアミンが不良なＰＦＳおよびＯＳに関連づけられ、これに対して、上昇したリゾリン脂質が良好な予後指標であった（図３）。確定した６ＭｅｔＰは、その後で処置に応答しなかった患者を、客観的応答を有した患者から区別することについて９５％の特異性で４１％の感度とともに０．７１（９５％ＣＩ：０．５２～０．９０）のＡＵＣを与えた。発見セットにおいて確立される変化点値を上回る６ＭｅｔＰスコアは、試験セットにおけるより不良なＰＦＳおよびＯＳの統計学的有意な（ログランク・マンテル・コックス検定両側ｐ＜０．０５の）予後指標であることが見出された（図４Ａおよび図４Ｂ）。
スペルミジンシンターゼおよびアデノシルメチオニンデカルボキシラーゼ１の上昇したｍＲＮＡ発現がＢ細胞リンパ腫の患者における不良な全生存期間に関連づけられる。
分析により、上昇したレベルの循環ポリアミンが、ＣＡＲ－Ｔ療法を受ける患者の間での不良なＰＦＳおよびＯＳについて予後であることが明らかにされた。循環ポリアミンシグナチャーが、ＣＡＲ－Ｔ処置に対して応答性である可能性がより少ない攻撃的表現型を反映しているかもしれないかを評価した。この目的のために、Ｂａｓｓｏリンパ腫遺伝子発現データセット（Ｂａｓｓｏ他、２００５）を評価し、ポリアミン代謝酵素（ＰＭＥ）のｍＲＮＡ発現が、健常なＢリンパ球と比較されるＤＬＢＣＬ細胞では統計学的に有意により高いこと（ウィルコクソン順位和検定両側ｐ＜０．０５）が見出された（図５Ａ）：このことは、増大したポリアミン生合成がＤＬＢＣＬの代謝的特徴であることを示している。次に、関連を２つの独立したＢ細胞リンパ腫トランスクリプトームデータセット（Ｓｈｉｐｐ他、２００２；Ｌｅｎｚ他、２００８）においてＰＭＥの遺伝子発現および全生存期間の間で評価した。両方のデータセットにおいて、スペルミジンシンターゼ（ＳＲＭ）およびアデノシルメチオニンデカルボキシラーゼ１（ＡＭＤ１）（ポリアミン代謝における律速酵素）の上昇したｍＲＮＡ発現が、不良な全生存期間に統計学的有意に関連づけられた（図５Ｂ～図５Ｃ）。したがって、血漿中ポリアミン、同様にまた、ＰＭＥのｍＲＮＡ発現の両方が一致して、Ｂ細胞リンパ腫の個体の間における不良な予後に関連づけられる。
ｒ／ｒ ＬＢＣＬ患者におけるＣＡＲ－Ｔ細胞注入後の循環ポリアミンレベル
ランダムな切片および傾きを有する線形混合モデルが、ＣＡＲ－Ｔ注入後のポリアミンレベルの間での関連を計算するために組み込まれた。表における報告値（傾きおよび切片）は、それぞれの患者についてのすべての計算された係数の平均表示である。ｐ値を、応答者と非応答者との間でのデルタ値の１０，０００回のブートストラップから計算した。
ＡｃＳｐｍｄ、ＤｉＡｃＳｐｍｄおよびＤＡＳの患者内レベルをＣＡＲ－Ｔ細胞注入後１６日までさらに評価した。その結果は、ポリアミンが、進行性疾患を有した患者またはＣＡＲ－Ｔ細胞処置後６ヶ月以内に死亡した患者では、進行中の完全奏効を有する患者と比較して高いままであったことを示した（図８）。
材料および方法
ヒト対象
ヒト血漿サンプルを、ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ（ＭＤＡＣＣ）（Ｈｏｕｓｔｏｎ、米国）と、Ｇｅｒｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒ（ＤＫＦＺ）（Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ、ドイツ）との間での国際協力を通じて集めた。臨床データおよび患者の血漿サンプルはそれぞれの施設において既存の施設内研究委員会（ＩＲＢ）承認プロトコルのもとで集められ、施設のガイドラインおよびヘルシンキ宣言の原則に従って管理された。応答状態をＬｕｇａｎｏ分類（２０１４）によって判定した。ＣＲＳおよびＩＣＡＮＳをＣＡＲ－Ｔ細胞療法関連毒性ガイドラインに従って将来に向けてグレード判定し、これらに対処した。ＭＤＡＣＣコホート分析のために、ＥＤＴＡ血漿をＣＡＲ－Ｔ注入の当日（０日目）に４３名のｒ／ｒ ＬＢＣＬ患者から得た。検証目的のために、ドイツ（ＤＫＦＺ）のｒ／ｒ ＬＢＣＬコホートからのＣＡＲ－Ｔ療法の０日目におけるさらに２０名の患者の血漿サンプルを分析した。
メタボロミクス分析
サンプル抽出
一次代謝産物および生体アミン
血漿中代謝産物および血清中代謝産物を９６ウエルマイクロプレート（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）において、４５μＬのＬＣＭＳ等級メタノール（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を用いて、事前に分注された生体試料（１５μＬ）から抽出した。プレートをヒートシールし、７５０ｒｐｍで５分間ボルテックスし、室温で１０分間にわたって２０００×ｇで遠心分離した。上清（３０μＬ）を慎重に９６ウエルプレートに移し、沈殿したタンパク質を残した。上清を６０μＬの１００ｍＭギ酸アンモニウム（ｐＨ３）（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によりさらに希釈した。親水性相互作用液体クロマトグラフィー（ＨＩＬＩＣ）陽イオン分析のために、上清とギ酸アンモニウムとの混合物の１５μＬを１：３：８：１４４の水（ＧｅｎＰｕｒｅ超純水システム、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）：ＬＣＭＳ等級メタノール（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）：１００ｍＭギ酸アンモニウム（ｐＨ３）（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）：ＬＣＭＳ等級アセトニトリル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）の１９５μＬにより希釈し、これに対して、ＨＩＬＩＣ陰イオン分析のためには、上清とギ酸アンモニウムとの混合物の１５μＬを９０μＬのＬＣＭＳ等級アセトニトリル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）により希釈した。Ｃ１８分析のために、上清とギ酸アンモニウムとの混合物の１５μＬを陽イオンモードおよび陰イオンモードについてそれぞれ、９０μＬの水（ＧｅｎＰｕｒｅ超純水システム、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）により希釈した。それぞれのサンプル溶液をＬＣＭＳ分析のために３８４ウエルマイクロプレート（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）に移した。
複合脂質
事前に分注された血清サンプルまたは血漿サンプル（１０μＬ）を９６ウエルマイクロプレート（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）において３０μＬのＬＣＭＳ等級２－プロパノール（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）により抽出した。プレートをヒートシールし、７５０ｒｐｍで５分間ボルテックスし、室温で１０分間にわたって２０００×ｇで遠心分離した。上清（１０μＬ）を慎重に９６ウエルプレートに移し、沈殿したタンパク質を残した。上清を１：３：２の１００ｍＭギ酸アンモニウム（ｐＨ３）（Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）：ＬＣＭＳ等級アセトニトリル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）：ＬＣＭＳ等級２－プロパノール（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）の９０μＬによりさらに希釈し、ＬＣＭＳを使用する脂質分析のために３８４ウエルマイクロプレート（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）に移した。
一次代謝産物および生体アミンのアンターゲッテド分析
ターゲットを絞らないメタボロミクス分析を、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計につながれる、２Ｄカラム再生構成（ＩクラスおよびＨクラス）を伴うＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ（商標）ＵＰＬＣシステムで行った。クロマトグラフィー分離を、ＨＩＬＩＣカラム（Ａｃｑｕｉｔｙ（商標）ＵＰＬＣ ＢＥＨアミド、１００Å、１．７μｍ、２．１×１００ｍｍ、Ｗａｔｅｒｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、米国）およびＣ１８カラム（Ａｃｑｕｉｔｙ（商標）ＵＰＬＣ ＨＳＳ Ｔ３、１００Å、１．８μｍ、２．１×１００ｍｍ、Ｗａｔｅｒ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、米国）を使用して４５℃で行った。
四元溶媒系移動相が、（Ａ）０．１％ギ酸／水、（Ｂ）０．１％ギ酸／アセトニトリル、および（Ｄ）１００ｍＭギ酸アンモニウム（ｐＨ３）であった。サンプルを、下記の勾配プロフィルを使用して分離した：ＨＩＬＩＣ分離のために、９５％Ｂ／５％Ｄの開始勾配を０．４ｍＬ／分の流速で５分間かけて７０％Ａ／２５％Ｂ／５％Ｄに、そして１分かけて１００％Ａに直線的に変化させ、その後、０．４ｍＬ／分の流速における１００％Ａでのさらに１分の定組成勾配を、次回のＣ１８運転のための開始勾配を開始するために続けた。Ｃ１８分離のために、のクロマトグラフィー勾配は下記の通りであった：開始条件、１００％Ａ、５分間かけて０．４ｍＬ／分の流速での５％Ａ／９５％Ｂへの直線変化、１分かけて９５％Ｂ／５％Ｄに戻し、その後、０．４ｍＬ／分における９５％Ｂ／５％Ｄでの１分の定組成勾配を次回のＨＩＬＩＣ運転のために続けた。
二連ポンプをカラムの再生および平衡化のために使用した。溶媒系移動相が、（Ａ１）１００ｍＭギ酸アンモニウム（ｐＨ３）、（Ａ２）０．１％ギ酸／２－プロパノール、および（Ｂ１）０．１％ギ酸／アセトニトリルであった。ＨＩＬＩＣカラムを、９０％Ａ２を使用して、０．２５ｍＬ／分の流速で５分間にわたってストリッピング処理し、続いて、１００％Ｂ１を使用する２分の平衡化を０．３ｍＬ／分の流速で行った。逆相Ｃ１８カラムの再生を０．４ｍＬ／分の流速で、９５％Ａ１／５％Ｂ１を使用して２分間行い、続いて、カラム平衡化を、５％Ａ１／９５％Ｂ１を使用して５分間行った。
複合脂質のアンターゲッテド分析
リピドミクスアッセイのために、ターゲットを絞らないメタボロミクス分析を、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計につながれるＷａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ（商標）ＵＰＬＣシステムで行った。クロマトグラフィー分離を、Ｃ１８カラム（Ａｃｑｕｉｔｙ（商標）ＵＰＬＣ ＨＳＳ Ｔ３、１００Å、１．８μｍ、２．１×１００ｍｍ、Ｗａｔｅｒ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、米国）を使用して５５℃で行った。移動相が、（Ａ）水、（Ｂ）アセトニトリル、（Ｃ）２－プロパノール、および（Ｄ）５００ｍＭギ酸アンモニウム（ｐＨ３）であった。２０％Ａ／３０％Ｂ／４９％Ｃ／１％Ｄの開始溶出勾配を４．５分間にわたって４％Ａ／１４％Ｂ／８１％Ｃ／１％Ｄに直線的に変化させ、続いて、４％Ａ／１４％Ｂ／８１％Ｃ／１％Ｄでの定組成溶出を２．１分間行い、初期条件によるカラム平衡化を１．４分間行った。
質量分析データの取得
質量分析データを一次代謝産物については５０～８００Ｄａの範囲内で、複合脂質については１００～２０００Ｄａの範囲内で、正および負のエレクトロスプレーイオン化モードでの「感度」モードを使用して取得した。エレクトロスプレー取得のために、キャピラリー電圧を１．５ｋＶ（正）、３．０ｋＶ（負）で設定し、サンプルコーン電圧を３０Ｖで設定し、供給源温度を１２０℃で設定し、コーンガス流量を５０Ｌ／ｈで設定し、脱溶媒ガス流速を８００Ｌ／ｈで設定し、スキャン時間が連続モードで０．５秒であった。ロイシンエンケファリン；５５６．２７７１Ｄａ（正）および５５４．２６１５Ｄａ（負）をロックスプレー補正のために使用し、スキャンを０．５秒で行った。それぞれのサンプルについての注入量が複合脂質については３μＬであり、一次代謝産物については６μＬであった。取得は、装置感度をサンプル取得時間にわたって最適化するために装置オート・ゲイン・コントロールにより行われた。
データ処理
ＬＣ－ＭＳおよびＬＣ－ＭＳｅのデータを、Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＱＩ（Ｎｏｎｌｉｎｅａｒ、Ｗａｔｅｒｓ）を使用して処理した。ＬＣ－ＭＳデータおよびＭＳｅデータのピーク選択および保持時間アラインメントを、Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＱＩソフトウェア（Ｎｏｎｌｉｎｅａｒ、Ｗａｔｅｒｓ）を使用して行った。データ処理およびピーク注釈付けを、前述のように社内の自動化パイプラインを使用して行った。注釈を、真正標準物から作成されるカスタマイズされたライブラリーを使用して正確な質量および保持時間を一致させることによって、そして、実験のタンデム質量分析データを、ＮＩＳＴ ＭＳＭＳ、ＬｉｐｉｄＢｌａｓｔ、またはＨＭＤＢ ｖ３の理論的フラグメント化と対比して一致させることによって決定した。複合脂質については、脂質サブクラスに特徴的な保持時間パターンもまた考慮した。注入順序ドリフトについて補正するために、それぞれの特徴を、運転シーケンス全体にわたって１０回の注入毎に集められる品質管理サンプルの繰り返し注入からのデータを使用して正規化した。測定データを、前述のように、局所重み付き散布図平滑化（Ｌｏｃａｌｌｙ Ｗｅｉｇｈｔｅｄ Ｓｃａｔｔｅｒｐｌｏｔ Ｓｍｏｏｔｈｉｎｇ；ＬＯＥＳＳ）シグナル補正（ＱＣ－ＲＬＳＣ）によって平滑化した。値が、所与の分析物についての分析バッチ毎に処理される歴史的（ｈｉｓｔｏｒｉｃａｌ）品質管理参照サンプルの中央値に対する比として報告される。
統計学的分析
Ｒ統計学ソフトウェアにおけるｇｌｍｎｅｔパッケージを使用するＬＡＳＳＯ正則化を伴うコックス比例ハザードモデルを、ＰＦＳを予測するための代謝産物特徴を選択するために、かつ、ＰＦＳを予測するためのバイオマーカーパネルを開発するために使用した。選択された特徴の係数を試験セットにおいて導き出し、検証セットに適用した。コックス回帰のハザード仮定の比例性について試験するために、本発明者らはＰａｔｒｉｃｉａらの方法を利用した。
ＣｏｎｔａｌおよびＯ’Ｑｕｉｇｌｅｙによって記載されるような、ログランク統計量に基づく方法を、進行性疾患を有した患者を、完全奏効をＣＡＲ－Ｔ処置後に有した患者から区別するためのモデルについて最適変化点値を決定するために使用した。カプラン・マイヤー生存分析を、Ｒバージョン１．１．４４２を使用して行った。ログランク（マンテル・コックス）検定を、生存曲線間の統計学的差異について評価するために使用した。
受信者動作特性曲線下面積（ＡＵＣ）を、Ｒ（Ｒバージョン３．６．０）を使用して得た。それぞれのバイオマーカーの個々の成績について提示される９５％信頼区間は、本発明者らが復元リサンプリングを１０００回行うブートストラップ手順に基づいた。２つのクラスを比較するために、統計学的有意性を、ウィルコクソン順位和検定を使用して判定した。統計学的有意性を、別途明記される場合を除いて、すべての分析について０．０５未満のｐ値で判定した。図を、Ｇｒａｐｈ Ｐａｄ Ｐｒｉｓｍ Ｖｅｒｓｉｏｎ ８．０（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、米国）で作成した。
参考文献
以下の参考文献および本明細書の他の箇所で引用された文献は、それらが本明細書に記載されたものを補足する例示的な手順または他の詳細を提供する限りにおいて、参照により本明細書に具体的に組み込まれる。
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本開示およびその利点について詳細に説明したが、添付の特許請求の範囲によって定義される設計の精神および範囲から逸脱することなく、本明細書において様々な変更、置換および改変を行うことができることを理解されたい。 さらに、本出願の範囲は、本明細書に記載されたプロセス、機械、製造、物質組成、手段、方法およびステップの特定の実施形態に限定されることを意図するものではない。 当業者であれば、本開示から容易に理解されるように、本明細書に記載される対応する実施形態と実質的に同じ機能を果たすか、または実質的に同じ結果を達成する、現在存在するか、または後に開発されるプロセス、機械、製造、物質組成物、手段、方法、またはステップが、本開示に従って利用され得る。したがって、添付の特許請求の範囲は、そのようなプロセス、機械、製造、物質組成物、手段、方法、またはステップをその範囲内に含むことが意図される。
本明細書に記載される任意の方法または組成物は、本明細書に記載される任意の他の方法または組成物に関して実施され得、異なる実施形態が組み合わされ得ることが企図される。当初出願された特許請求の範囲は、任意の出願された特許請求の範囲または出願された特許請求の範囲の組み合わせに多重に従属する特許請求の範囲をカバーすることが企図されている。

Claims (81)

  1. 個体を処置するための方法であって、下記の工程：
    （ａ）前記個体からの血液サンプルにおける少なくとも１つの代謝産物の濃度を、応答者表現型を有するとして、または非応答者表現型を有するとして前記個体を特定するために測定する工程、および
    （ｂ）治療効果的な量の細胞療法を前記個体に施す工程で、前記治療効果的な量が、応答者表現型または非応答者表現型を有する前記個体と相関づけられ、前記施すことが単独で、あるいは応答を調節するための、および／または毒性を軽減するための１つまたは複数の代謝産物、薬物、化学化合物、生物製剤および／または細菌との組み合わせでのどちらかで行われ、少なくとも１つの代謝産物が、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリン、リゾリン脂質、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む、工程
    を含む方法。
  2. 前記インドール誘導体が、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドキシルスルファート、インドール－３－ラクタート、インドール－３－アセタートまたはそれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ポリアミンが、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン（ａｃｅｔｙｌｐｕｔｒｅｓｃｅｉｎｅ）、アセチルスペルミジン、ジアセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記リゾリン脂質が、リゾホスファチジエタノールアミン（ｌｙｓｏｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ）、リゾホスファチジルコリン、プラスマニル－リゾホスファチジコリン（ｐｌａｓｍａｎｙｌ－ｌｙｓｏｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｃｈｏｌｉｎｅｓ）またはそれらの組み合わせを含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 応答者表現型が所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を前記血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度に統計学的に等しい濃度である、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 非応答者表現型が所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を前記血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に高い濃度である、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  7. 非応答者表現型が所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を前記血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低い濃度である、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、前記療法が前記個体に与えられない、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、前記細胞療法が調節される、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、前記細胞療法が補足される、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記細胞療法が１つまたは複数の代謝産物により補足される、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記１つまたは複数の代謝産物のうちの少なくとも１つが、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低いと判定された、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記細胞療法が、１つまたは複数の操作された受容体を発現する細胞を含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記細胞が、免疫細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、マクロファージ、または他の造血細胞である、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記操作された受容体が、キメラ抗原受容体、ＴＣＲ、または両方を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
  16. 前記細胞療法がＣＡＲ－Ｔ細胞療法を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記細胞がさらに、前記代謝産物の少なくとも１つを前記個体において増大させることが可能であるタンパク質または低下させることが可能であるタンパク質を含む、請求項１３～１５のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記細胞が、前記タンパク質を発現するように遺伝子改変される、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記タンパク質が、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２、またはそれぞれの前記タンパク質の変異型形態、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１７または１８に記載の方法。
  20. 前記代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能である組成物または低下させることが可能である組成物を投与することをさらに含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記組成物が、前記代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能であるとき、前記組成物は前記代謝産物の少なくとも１つを含む、請求項２０に記載の方法。
  22. 応答を調節するための、または毒性を低減させるための薬剤の効果的な量を前記個体に与える工程をさらに含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記薬剤が、代謝産物、薬物、または化学化合物、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記薬剤がポリアミン代謝調節剤またはリゾリン脂質代謝調節剤あるいはそれらの組み合わせを含む、請求項２２に記載の方法。
  25. 前記ポリアミン代謝調節剤が、ＯＤＣ１阻害剤またはポリアミントランスポーター阻害剤、スペルミンシンターゼ阻害剤、あるいはそれらの組み合わせを含む、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記ＯＤＣ１阻害剤がジフルオロメチルオルニチン（ＤＦＭＯ）であり、かつ／または前記スペルミンシンターゼ阻害剤がＳＢＰ－１０１（ジエチルジヒドロキシホモスペルミン）である、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記ポリアミントランスポーター阻害剤がＡＭＸＴ－１５０１である、請求項２５に記載の方法。
  28. 前記リゾリン脂質代謝調節剤が、アルキル－リゾリン脂質、例えば、エデルホシン（ｅｄｅｌｆｏｓｉｎｅ）などを含む、請求項２４に記載の方法。
  29. １つまたは複数のチェックポイント療法を前記代謝産物の１つまたは複数とともに施すことをさらに含む、請求項２２～２８に記載の方法。
  30. 前記血液サンプルが血清サンプルを含む、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記血液サンプルが、前記細胞療法を施す前の前記個体からのものである、請求項１～３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することをさらに含み、前記第２の血液サンプルが、前記個体に前記細胞療法が施された後の前記個体からの血液サンプルを含み、前記個体が、前記血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度が前記第２の血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度に等しいときには応答者表現型を有する、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することをさらに含み、前記第２の血液サンプルが、前記個体に前記細胞療法が施された後の前記個体からの血液サンプルを含み、前記個体が、前記血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度が前記第２の血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度と異なるときには非応答者表現型を有する、請求項３１に記載の方法。
  34. 細胞療法の毒性の可能性、または細胞療法の毒性についてのリスクを低下させるための方法であって、下記の工程：
    （ａ）前記個体からの血液サンプルにおける少なくとも１つの代謝産物の濃度を、応答者表現型を有するとして、または非応答者表現型を有するとして前記個体を特定するために測定する工程、および
    （ｂ）治療効果的な量の前記細胞療法を前記個体に施す工程で、前記治療効果的な量が、応答者表現型または非応答者表現型を有する前記個体に依存しており、少なくとも１つの代謝産物が、インドール誘導体、トリプトファン、セロトニン、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリン、リゾリン脂質、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む、工程
    を含む方法。
  35. 前記細胞療法についての必要性を判定する工程をさらに含む、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記インドール誘導体が、インドール－３－アセトアルデヒド、インドール、インドールアクリル酸、インドール－３－ラクタート、インドール－３－アセタートまたはそれらの組み合わせを含む、請求項４に記載の方法。
  37. 前記ポリアミンが、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン（ａｃｅｔｙｌｐｕｔｒｅｓｃｅｉｎｅ）、アセチルスペルミジン、ジアセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む、請求項３５４に記載の方法。
  38. 応答者表現型が所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を前記血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度に統計学的に等しい濃度である、請求項３４～３７のいずれか一項に記載の方法。
  39. 非応答者表現型が所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を前記血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に高い濃度である、請求項３４～３７のいずれか一項に記載の方法。
  40. 非応答者表現型が所定濃度の少なくとも１つの代謝産物を前記血液サンプルにおいて含み、前記濃度が、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている様々な個体の血液サンプルにおける前記代謝産物の濃度よりも統計学的に低い濃度である、請求項３４～３７のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記個体が、非応答者表現型を有するとして特定されるときには、前記療法が施されない、請求項３４～４０のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記細胞療法が、１つまたは複数の操作された受容体を含む細胞を含む、請求項３４～４１のいずれか一項に記載の方法。
  43. 前記細胞が、免疫細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、マクロファージ、または他の造血細胞を含む、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記操作された受容体が、キメラ抗原受容体、ＴＣＲ、または両方を含む、請求項４２または４３に記載の方法。
  45. 前記細胞がさらに、前記代謝産物の少なくとも１つを前記個体において増大させることが可能であるタンパク質または低下させることが可能であるタンパク質を含む、請求項４２～４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記細胞が、前記タンパク質を発現するように遺伝子改変される、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記タンパク質が、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２、またはそれぞれの前記タンパク質の変異型形態、またはそれらの組み合わせを含む、請求項４５または４６に記載の方法。
  48. 前記代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能である組成物または低下させることが可能である組成物を投与することをさらに含む、請求項３４～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記組成物が、前記代謝産物の少なくとも１つを増大させることが可能であるとき、前記組成物は前記代謝産物の少なくとも１つを含む、請求項４７に記載の方法。
  50. 前記毒性が、サイトカイン放出症候群、免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群、長引いた血球減少症、血球貪食性リンパ組織球症、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３４～４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記個体が前記毒性についてモニターされる、請求項３４～５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 前記血液サンプルが血清サンプルを含む、請求項３４～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 前記血液サンプルが、前記細胞療法を施す前の前記個体からのものである、請求項３４～５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することをさらに含み、前記第２の血液サンプルが、前記個体に前記細胞療法が施された後の前記個体からの血液サンプルを含み、前記個体が、前記血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度が前記第２の血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度に等しいときには応答者表現型を有する、請求項５３に記載の方法。
  55. 前記代謝産物（複数可）の濃度を第２の血液サンプルにおいて測定することをさらに含み、前記第２の血液サンプルが、前記個体に前記細胞療法が施された後の前記個体からの血液サンプルを含み、前記個体が、前記血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度が前記第２の血液サンプルにおける前記代謝産物（複数可）の前記濃度と異なるときには非応答者表現型を有する、請求項５３に記載の方法。
  56. 操作された受容体を発現する細胞、および
    １つまたは複数の代謝産物
    を含む治療用組成物。
  57. 前記細胞が、１つまたは複数の代謝産物を増大させることが可能である、または低下させることが可能である少なくとも１つのタンパク質を発現させるための遺伝子改変を含む、請求項５６に記載の治療用組成物。
  58. 前記１つまたは複数の代謝産物が、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリン、リゾリン脂質およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項５６または５７に記載の治療用組成物。
  59. 前記インドール誘導体が、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドキシルスルファート、インドール－３－ラクタート、インドール－３－アセタートまたはそれらの組み合わせを含む、請求項５８に記載の治療用組成物。
  60. 前記ポリアミンが、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン（ａｃｅｔｙｌｐｕｔｒｅｓｃｅｉｎｅ）、アセチルスペルミジン、ジアセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む、請求項５８に記載の治療用組成物。
  61. 前記操作された受容体が１つまたは複数のキメラ抗原受容体を含む、請求項５６～６０のいずれか一項に記載の治療用組成物。
  62. 前記タンパク質が、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２、またはそれぞれの前記タンパク質の変異型形態、またはそれらの組み合わせを含む、請求項５７～６１のいずれか一項に記載の治療用組成物。
  63. 第１の細胞療法が施されている個体を処置するための方法であって、下記の工程：
    （ａ）１つまたは複数の代謝産物の濃度を前記個体からの少なくとも１つの血液サンプルにおいて測定する工程；および
    （ｂ）代謝産物、細菌、第２の細胞療法、またはそれらの組み合わせを含む治療用組成物を、前記代謝産物（複数可）の前記濃度がベースラインレベルよりも高いときまたは低いときに投与する工程で、前記少なくとも１つの代謝産物が、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリン、リゾリン脂質およびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む、工程
    を含む方法。
  64. 前記細胞療法についての必要性を判定する工程をさらに含む、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記インドール誘導体が、トリプトファン、セロトニン、インドール－３－アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドキシルスルファート、インドール－３－ラクタート、インドール－３－アセタートまたはそれらの組み合わせを含む、請求項６４に記載の方法。
  66. 前記ポリアミンが、ジアセチルスペルミン、Ｎ８－アセチルスペルミジン、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、アセチルプトレセイン（ａｃｅｔｙｌｐｕｔｒｅｓｃｅｉｎｅ）、アセチルスペルミジン、ジアセチルスペルミジン、アセチルスペルミン、Ｎ３ＡＰ、カダベリン、アセチルカダベリン、ジアセチルカダベリンまたはそれらの組み合わせを含む、請求項６４に記載の方法。
  67. ベースラインレベルが、所定量の前記細胞療法に応答することが知られている個体の前記血液サンプルにおける少なくとも１つの代謝産物の所定濃度を含む、請求項６３～６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記第１の細胞療法および／または前記第２の細胞療法が、１つまたは複数の操作された受容体を発現する細胞を含む、請求項６３～６７のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記細胞が、免疫細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、マクロファージ、または他の造血細胞である、請求項６８に記載の方法。
  70. 前記操作された受容体が、キメラ抗原受容体、ＴＣＲ、または両方を含む、請求項６８または６９に記載の方法。
  71. 前記第２の細胞療法がさらに、前記代謝産物の少なくとも１つを前記個体において増大させることが可能であるタンパク質または低下させることが可能であるタンパク質を含む、請求項６８～７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記細胞が、前記タンパク質を発現するように遺伝子改変される、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記タンパク質が、オルニチンデカルボキシラーゼ（ＯＤＣ）、リシンデカルボキシラーゼ、アルギナーゼ、アグマチナーゼ、スペルミジンシンターゼ、スペルミンシンターゼ、スペルミンオキシダーゼ、スペルミジン／スペルミン－Ｎ１－アセチルトランスフェラーゼ（ＳＳＡＴ１）、Ｓ－アデノシル－メチオニンデカルボキシラーゼ（ＡｄｏＭｅｔＤＣ）、デオキシヒプシンシンターゼ（ＤＨＰＳ）、デオキシヒプシンヒドロキシラーゼ（ＤＯＨＨ）、アンチザイム阻害剤（ＡＺＩ）、真核生物翻訳開始因子５Ａ（ｅＩＦ５Ａ）、ＡＴＦ４、Ｇｃｎ２、またはそれぞれの前記タンパク質の変異型形態、またはそれらの組み合わせを含む、請求項７１または７２に記載の方法。
  74. 前記血液サンプルが血清サンプルを含む、請求項６３～７４のいずれか一項に記載の方法。
  75. 少なくとも１つの血液サンプルが、前記第１の細胞療法を施す前の前記個体からのものである、請求項６３～７５のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記代謝産物の前記レベルが、ベースラインレベルの少なくとも２倍超、５倍超、１０倍超、２５倍超、５０倍超、７５倍超、１００倍超、１５０倍超、２００倍超、５００倍超、１０００倍超または１００００倍超、あるいはベースラインレベルの少なくとも２分の１未満、５分の１未満、１０分の１未満、２５分の１未満、５０分の１未満、７５分の１未満、１００分の１未満、１５０分の１未満、２００分の１未満、５００分の１未満、１０００分の１未満、または１００００分の１未満である、請求項６３～７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 細胞療法に対する応答を予測する方法であって、下記の工程：
    （ａ）少なくとも１つの代謝産物の濃度を前記個体からの血液サンプルにおいて測定する工程；および
    （ｂ）前記細胞療法に対する応答を、前記代謝産物がベースラインレベルよりも高いときまたは低いときに予測する工程で、少なくとも１つの代謝産物が、ＴＭＡＯ、インドール、インドール誘導体、１－メチルニコチンアミド、ニコチンアミド、ポリアミン、非対称ジメチルアルギニン、対称ジメチルアルギニン、タウリン、リゾリン脂質およびそれらの組み合わせからなる群から選択される代謝産物を含む、工程
    を含む方法。
  78. 前記応答が、前記個体に対して有害であると予測されるときには、前記細胞療法が前記個体に施されず、その有害性をより小さくするために、前記個体に施す前に改変され、個前記体には、異なる療法、またはその組み合わせが与えられる、請求項７７に記載の方法。
  79. 前記応答が、前記個体に対して有害であると予測されるとき、前記個体には、治療効果的な量の（１）１つまたは複数の代謝産物、あるいは（２）前記代謝産物もしくはそのレベルを変化させることができる、または他のその合成誘導体／生成物もしくはそのレベルを変化させることができる細菌組成物、あるいは（３）前記代謝産物を身体内において変化させて、前記療法に対する応答または毒性を引き起こし得る遺伝子改変された免疫細胞が与えられる、請求項７７または７８に記載の方法。
  80. 前記応答が、前記個体に対して有害でないと予測されるときには、治療効果的な量の前記細胞療法が前記個体に施される、請求項７７に記載の方法。
  81. 前記代謝産物の前記レベルが、ベースラインレベルの少なくとも２倍超、５倍超、１０倍超、２５倍超、５０倍超、７５倍超、１００倍超、１５０倍超、２００倍超、５００倍超、１０００倍超または１００００倍超、あるいはベースラインレベルの少なくとも２分の１未満、５分の１未満、１０分の１未満、２５分の１未満、５０分の１未満、７５分の１未満、１００分の１未満、１５０分の１未満、２００分の１未満、５００分の１未満、１０００分の１未満、または１００００分の１未満である、請求項７７～８０のいずれか一項に記載の方法。
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