JP2024517618A - Ｈａ－２抗原を認識する結合タンパク質及びその使用 - Google Patents

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Abstract

本出願では、ＨＡ－２抗原を認識する結合タンパク質、及びその使用を提供する。【選択図】図１

Description

［関連出願の相互参照］
本出願は２０２１年４月１４日に出願された米国仮出願第６３／１７４，８１８号、２０２１年６月２８日に出願された米国仮出願第６３／２１５，７６０号、２０２１年１２月１０日に出願された米国仮出願第６３／２８８，０７８号、及び２０２２年４月１１日に出願された米国仮出願第６３／３２９，５６０号の利益を主張する；当該出願の各々の全体内容は、この参照によって、その全体が本出願に取り込まれる。
ＡＭＬ患者の約５０％は、同種系の造血幹細胞移植療法後に再発し、治療選択肢は、非常に僅かしかない（Ｒａｕｔｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．（２０１９） Ｉｎｔ． Ｊ．Ｍｏｌ． Ｓｃｉ． ２０：２２８）。軽度の抗原特異的移植片対白血病Ｔ細胞応答を自然に発症する稀な患者では、実質的に低い再発率を示す（Ｍａｒｉｊｔ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １００：２７４２－２７４７；Ｓｐｉｅｒｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｂｉｏｌ． ＢｌｏｏｄＭａｒｒｏｗＴｒａｎｓｐｌａｎｔ． １９：１２４４－１２５３）。ＨＡ－２（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ、遺伝子型ＲＳ＿６１７３９５３１ Ｃ／ＣまたはＴ／Ｃ）は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１－及び、造血面で制限を受ける重大でない組織適合抗原（クラスＩミオシンタンパク質、ＭＹＯ１Ｇに由来する；Ｐｉｅｒｃｅ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １６７：３２２３－３２３０）であり、液体腫瘍のＴＣＲ免疫療法の理想的な候補となっている。ＨＡ－２特異的Ｔ細胞を発症するＨＡ－２不適合ドナーからドナーリンパ球注入を受けている患者は、移植片対白血病反応を示し、及び、長期寛解を経験する（Ｍａｒｉｊｔ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １００：２７４２－２７４７）。Ｍａｒｉｊｔ ｅｔａｌ。（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １００：２７４２－２７４７）。ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする障害を治療するなど、ＨＡ－２特異的ＴＣＲ免疫療法の開発が必要である。
Ｒａｕｔｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．（２０１９） Ｉｎｔ． Ｊ．Ｍｏｌ． Ｓｃｉ． ２０：２２８ Ｍａｒｉｊｔ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １００：２７４２－２７４７ Ｓｐｉｅｒｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｂｉｏｌ． ＢｌｏｏｄＭａｒｒｏｗＴｒａｎｓｐｌａｎｔ． １９：１２４４－１２５３ Ｐｉｅｒｃｅ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １６７：３２２３－３２３０ Ｍａｒｉｊｔ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １００：２７４２－２７４７） Ｍａｒｉｊｔ ｅｔａｌ。（２００３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １００：２７４２－２７４７
本発明は、少なくとも部分的に、ＨＡ－２抗原（例えば、ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ及び／またはＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）を認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む結合タンパク質の発見に基づく。
１つの態様では、以下を含む結合タンパク質：
ａ）表１に列挙されるＴ細胞レセプター（Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＴＣＲ））アルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／または、
ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列、ここで、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する、
を提供する。
別の態様では、以下を含む結合タンパク質：
ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖαドメイン配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖαドメイン配列；及び／または、
ｂ）表１に列挙されるＴＣＲ ベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖβドメイン配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖβドメイン配列、ここで、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する、
を提供する。
更に別の態様では、以下を含む結合タンパク質：
ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖配列；及び／または、
ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖配列、ここで、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する、
を提供する。
更に別の態様では、以下を含む結合タンパク質：
ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／または、
ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列、ここで、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する、
を提供する。
別の態様では、以下を含む結合タンパク質：
ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖαドメイン配列；及び／または、
ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖβドメイン配列、ここで、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する、
を提供する。
更に別の態様では、以下を含む結合タンパク質：
ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖配列；及び／または、
ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖配列、ここで、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する、
を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、
１）当該ＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖαドメイン、及び／またはＴＣＲアルファ鎖は、表１に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、によってコードされる、及び／または、
２）当該ＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖβドメイン、及び／またはＴＣＲベータ鎖は、表１に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、によってコードされる、及び／または、
３）当該結合タンパク質のそれぞれのＣＤＲは、同種の参考ＣＤＲ配列と比較して、最大５個の、アミノ酸置換、挿入、欠失、またはそれらの組み合わせを有しており、このことを、表１に示している。別の実施形態では、ＨＡ－２免疫原性ペプチドは、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む。更に別の実施形態では、結合タンパク質は、キメラ、ヒト化、またはヒト、である。なおも別の実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）、またはＴＣＲ及びエフェクター・ドメインを含む融合タンパク質、である、任意選択的に、ここで、当該結合ドメインは、膜貫通ドメイン及び細胞内にあるエフェクター・ドメイン、を含む。なおも別の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖、及び当該ＴＣＲベータ鎖は、共有結合している、任意選択的に、ここで、当該ＴＣＲアルファ鎖、及び当該ＴＣＲベータ鎖は、リンカー・ペプチドを介して共有結合している。別の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖、及び／または当該ＴＣＲベータ鎖は、部分構造に共有結合的に連結している、任意選択的に、ここで、その共有結合的に連結した部分構造は、親和性タグまたは標識、を含む。更に別の実施形態では、親和性タグは、ＣＤ３４濃縮タグ、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、カルモジュリン結合タンパク質（ＣＢＰ）、タンパク質Ｃタグ、Ｍｙｃタグ、Ｈａｌｏタグ、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、ビオチン・タグ、及びＶ５タグ、からなる群より選択される、及び／または、ここで、当該標識は、蛍光タンパク質である。別の実施形態では、なおも共有結合的に連結した部分構造は、炎症性薬剤、サイトカイン、毒素、細胞傷害性分子、放射性同位体、または抗体若しくはその抗原結合フラグメント、からなる群より選択される。別の実施形態では、結合タンパク質は、細胞表面上にある当該ｐＭＨＣ複合体に結合する。なおも別の実施形態では、ＭＨＣは、ＭＨＣ多量体である、任意選択的に、ここで、当該ＭＨＣ多量体は、四量体である。なおも別の実施形態では、ＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩ分子である。別の実施形態では、ＭＨＣは、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。更に別の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊２０７対立遺伝子、からなる群より選択される。なおも別の実施形態では、本出願に記載される結合タンパク質の、ＨＡ－２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体への結合は、免疫応答を誘発する、任意選択的に、ここで、当該免疫応答は、Ｔ細胞応答である。別の実施形態では、Ｔ細胞応答は、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害、からなる群より選択される。別の実施形態では、結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、約１×１０－４Ｍ以下、約５×１０－５Ｍ以下、約１×１０－５Ｍ以下、約５×１０－６Ｍ以下、約１×１０－６Ｍ以下、約５×１０－７Ｍ以下、約１×１０－７Ｍ以下、約５×１０－８Ｍ以下、約１×１０－８Ｍ以下、約５×１０－９Ｍ以下、約１×１０－９Ｍ以下、約５×１０－１０Ｍ以下、約１×１０－１０Ｍ以下、約５×１０－１１Ｍ以下、約１×１０－１１Ｍ以下、約５×１０－１２Ｍ以下、または約１×１０－１２Ｍ以下、のＫｄで、特異的に及び／または選択的に、結合することができる。更に別の実施形態では、結合タンパク質は、ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対して、既知のＴ－細胞レセプターよりも、より高い結合親和性を有する。別の実施形態では、結合タンパク質は、ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対して、既知のＴ－細胞レセプターよりも、少なくとも１．０５倍高い結合親和性を有する。更に別の実施形態では、結合タンパク質は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、既知のＴ－細胞レセプターよりも、より高い、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害、を誘導する。更に別の実施形態では、結合タンパク質は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、既知のＴ－細胞レセプターよりも、少なくとも１．０５倍増加した、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害、を誘導する。本出願で使用する場合、倍率変化への言及は、いくつかの実施形態では、任意の関心とする参考モダリティとの比較（例えば、異なる結合タンパク質との比較；異なる免疫細胞での、異なるレベルでの、本出願に記載される他の薬剤との組み合わせでの、同じ結合タンパク質の発現、のような異なる状況下での、同じ結合タンパク質との比較；等）であることがある。別の実施形態では、ターゲット細胞は、ＤＥＬ、ＴＨＰ－１またはＴＦ－１細胞株、である。更に別の実施形態では、ターゲット細胞は、がん細胞である。更に別の実施形態では、がんは、血液悪性腫瘍である。別の態様では、血液悪性腫瘍は、白血病、リンパ腫、骨髄異形成障害、骨髄増殖性腫瘍、または骨髄腫である。
更に別の態様では、表１に列挙された、ＴＣＲアルファ鎖の配列、及びＴＣＲベータ鎖の配列、からなる群より選択される、ＴＣＲアルファ鎖、及び／またはＴＣＲベータ鎖、を提供する。
別の態様では、表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸の相補体と、または表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に対して、少なくとも約８０％の相同性を有する配列と、ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）下で、ハイブリダイズする単離された核酸分子、
任意選択的に、ここで、当該単離された核酸分子は、
１） 表１に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ 遺伝子の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、及び／または、
２） 表１に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、を含む、
を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、核酸は、宿主細胞における発現の為に、コドンが最適化されている。
更に別の態様では、本出願に記載される単離された核酸を含むベクター、を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、ベクターは、クローニング・ベクター、発現ベクター、またはウイルス・ベクター、である。別の実施形態では、ベクターは、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列、を更に含む。更に別の実施形態では、ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグをコードする核酸に作動可能に連結されている。更に別の実施形態では、タグをコードする核酸は、当該ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列の５’上流にあり、その結果、当該タグは、ＣＤ８αのまたはＣＤ８βの、Ｎ末端で融合している。別の実施形態では、タグは、ＣＤ３４濃縮タグである。更に別の実施形態では、本出願に記載される単離された核酸、ならびに、当該ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、配列内リボソーム進入部位（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ）と、または自己切断ペプチドをコードする核酸配列と、相互連結している。更に別の実施形態では、自己切断ペプチドは、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２Ａ、またはＴ２Ａ、である。
更に別の態様では、本出願に記載される単離された核酸を含む、本出願に記載されるベクターを含む、及び／または本出願に記載される結合タンパク質を発現する、宿主細胞、任意選択的に、ここで、当該細胞は、遺伝子操作されている、
を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、宿主細胞は、ＴＣＲ遺伝子の、ＨＬＡ遺伝子の、またはその両方の、染色体遺伝子の、ノックアウトを含む。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１ミクログロブリン遺伝子、β２ミクログロブリン遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＨＬＡ遺伝子、のノックアウトを含む。なおも別の実施形態では、宿主細胞は、ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＴＣＲ遺伝子、のノックアウトを含む。別の実施形態では、宿主細胞は、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βを、発現する。別の実施形態では、ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βは、ＣＤ３４濃縮タグに融合している。更に別の実施形態では、宿主細胞は、ＣＤ３４濃縮タグを用いて富化されている。なおも別の実施形態では、宿主細胞は、造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌ（ＰＢＭＣ））、臍帯血細胞、または免疫細胞、である。別の実施形態では、免疫細胞は、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞（ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８ダブル・ネガティブＴ細胞、ガンマ・デルタ（γδ）Ｔ細胞、ナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ－Ｔ細胞、樹状細胞、またはそれらの組み合わせ、である。さらに別の実施形態では、Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、エフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、またはそれらの組み合わせ、である。更に別の実施形態では、Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞、またはＴ細胞株の細胞、である。なおも別の実施形態では、Ｔ細胞は、内因性のＴＣＲを発現しない、または内因性のＴＣＲの細胞表面発現がより低い。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２ペプチド・エピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞と接触した場合に、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。更に別の実施形態では、宿主細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏ、でターゲット細胞と接触する。別の実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、及び／またはＩＦＮ－γ、である。別の実施形態では、細胞傷害性分子は、パーフォリン類及び／またはグランザイム類である、任意選択的に、ここで、当該細胞傷害性分子は、グランザイムＢである。なおも別の実施形態では、宿主細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。更に別の実施形態では、宿主細胞は、少なくとも１．０５倍高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２ペプチド・エピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞を傷害することができる。なおも別の実施形態では、傷害を、傷害アッセイによって測定する。別の実施形態では、傷害アッセイにおける、宿主細胞とターゲット細胞との比率は、２０：１から０．６２５：１である。さらに別の実施形態では、ターゲット細胞は、１μｇ／ｍＬから５０ｐｇ／ｍＬのＨＡ－２ペプチドでパルスしたＴ２細胞である。なおも別の実施形態では、宿主細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より多数のターゲット細胞を傷害することができる。別の実施形態では、宿主細胞は、少なくとも１．０５倍多数のターゲット細胞を傷害することができる。更に別の実施形態では、ターゲット細胞は、ＴＨＰ－１またはＴＦ１細胞株である。なおも別の実施形態では、ＨＡ－２免疫原性ペプチドは、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む。更に別の実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＭＨＣクラスＩ分子である。別の実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。なおも別の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊０２０７対立遺伝子、からなる群より選択される。別の実施形態では、ターゲット細胞は、Ｄｅｌ、ＴＨＰ－１、及びＴＦ－１細胞株からなる群より選択される細胞株である、ＨＡ－２を発現する造血系がん細胞である、またはＮＢ４ではない。なおも別の実施形態では、宿主細胞は、ＨＡ－２抗原を発現しない、本出願に記載の結合タンパク質によって認識されない、血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２の細胞ではない、及び／またはＨＬＡ－Ａ＊０２対立遺伝子（例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１及び／またはＨＬＡ－Ａ＊０２０６、等）を発現しない。
別の態様では、本出願に記載される宿主細胞の集団、を提供する。
更に別の態様では、
以下を含む組成物：
ａ） 本出願に記載の結合タンパク質、
ｂ） 本出願に記載の単離された核酸、
ｃ） 本出願に記載のベクター、
ｄ） 本出願に記載の宿主細胞、及び／または、
ｅ） 本出願に記載の宿主細胞の集団、
ならびに担体、
を提供する。
なおも別の態様では、
以下を含むデバイスまたはキット：
ａ） 本出願に記載の結合タンパク質、
ｂ） 本出願に記載の単離された核酸、
ｃ） 本出願に記載のベクター、
ｄ） 本出願に記載の宿主細胞、及び／または、
ｅ） 本出願に記載の宿主細胞の集団、
ここで、当該デバイスまたはキットは、任意選択的に、ａ）、ｄ）及び／またはｅ）がｐＭＨＣ複合体に結合すること、を検出する為の試薬、を含む、
を提供する。
別の態様では、
本出願に記載される結合タンパク質を産生する方法、ここで、当該方法は、以下のステップを含む：
（ｉ）本出願に記載される結合タンパク質をコードする配列を含む核酸によって形質転換された、形質転換済み宿主細胞を、当該結合タンパク質が発現することが可能になるのに適した条件下で、培養するステップ；及び、
（ｉｉ）発現した結合タンパク質を回収するステップ、
を提供する。
更に別の態様では、
本出願に記載される結合タンパク質を発現する宿主細胞を産生する方法、ここで、当該方法は、以下のステップを含む：
（ｉ）本出願に記載される結合タンパク質をコードする配列を含む核酸を、当該宿主細胞に導入するステップ；
（ｉｉ）その形質転換済み宿主細胞を、当該結合タンパク質が発現することが可能になるのに適した条件下で、培養するステップ、
を提供する。
なおも別の態様では、
ＨＡ－２抗原の、及び／またはＨＡ－２を発現する細胞の、存在をまたは不存在を、検出する方法、任意選択的に、ここで、当該細胞は、過剰増殖性細胞である、当該方法は、本出願に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、または本出願に記載の少なくとも１種の宿主細胞、を使用することによって、サンプル中の当該ＨＡ－２抗原の、存在をまたは不存在を、検出するステップを含む、ここで、当該ＨＡ－２抗原を検出することは、ＨＡ－２抗原、及び／またはＨＡ－２を発現する細胞、が存在することの指標である、
を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、本出願に記載される少なくとも１種の結合タンパク質、または本出願に記載される少なくとも１種の宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中のＨＡ－２ペプチドと複合体を形成する、及び当該複合体を、蛍光活性化細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫化学的、ウェスタン・ブロット、または細胞内フロー・アッセイ、の形態で検出する。別の実施形態では、方法は、対象からサンプルを得るステップを更に含む。更に別の実施形態では、方法は、骨髄生検によって、ＨＡ－２を発現する細胞を確認するステップを更に含む。
別の態様では、
以下を含む、対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、のレベルを検出する方法：
ａ）当該対象から得られたサンプルを、本出願に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、本出願に記載の少なくとも１種の宿主細胞、または本出願に記載の宿主細胞の集団、と接触させるステップ；及び、
ｂ）応答性のレベルを検出するステップ、ここで、コントロールのレベルと比較して、より高いレベルの応答性は、当該対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、のレベルを示す。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、コントロールのレベルは、参考数字である。別の実施形態では、コントロールのレベルは、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を有さない対象のレベルである。
更に別の態様では、
対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の進行をモニタリングする為の方法、ここで、当該方法は、以下を含む：
ａ）本出願に記載の、ＨＡ－２抗原の、またはＨＡ－２を発現する関心とする細胞の、レベルを、対象のサンプルにおいて、第１の時点で、検出するステップ；
ｂ）後続の時点で、ステップａ）を反復するステップ；ならびに、
ｃ）当該対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の進行をモニタリングする為に、ステップａ）及びステップｂ）において検出した、ＨＡ－２抗原の、またはＨＡ－２を発現する関心とする細胞の、レベルを比較するステップ、ここで、ステップａ）と比較した、ステップｂ）において検出した、ＨＡ－２抗原の、またはＨＡ－２を発現する関心とする細胞の、存在しない、または減少したレベルは、当該対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の進行が、阻害されていることを示す、ことを提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、当該第１の時点と当該後続の時点との間で、対象は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を治療する為の治療を受けたことがある。
更に別の態様では、
以下を含む、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する療法の有効性を評価する方法：
ａ） 対象から得られたサンプルと、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する療法の少なくとも１部を当該対象に提供する前に、当該対象から取得した第１のサンプルにおける、本出願に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、本出願に記載の少なくとも１種の宿主細胞、または本出願に記載の宿主細胞の集団、との間の、応答性の、存在またはレベル、を決定するステップ、ならびに、
ｂ） 当該対象から得られたサンプルと、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する療法の少なくとも１部を提供した後に、当該対象から取得した第２のサンプルにおける、本出願に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、本出願に記載の少なくとも１種の宿主細胞、または本出願に記載の宿主細胞の集団、との間の、応答性の、存在またはレベル、を決定するステップ、
ここで、当該第２のサンプルにおける応答性が、第１のサンプルと比較して、存在しないことは、またはレベルが減少していることは、当該療法が、当該対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を治療することに対して有効である、ことを示す、
を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、応答性のレベルは、ａ）結合の存在、及び／またはｂ）Ｔ細胞活性化、及び／またはエフェクター機能、任意選択で、Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能は、Ｔ細胞の増殖、殺傷、またはサイトカイン放出することで示される。別の実施形態では、Ｔ細胞活性化は、またはエフェクター機能は、Ｔ細胞増殖、傷害、またはサイトカイン放出、である。更に別の実施形態では、Ｔ細胞結合を、活性化を、及び／またはエフェクター機能を、蛍光活性化細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫化学的、ウェスタン・ブロット、または細胞内フロー・アッセイ、を使用して検出する。
別の態様では、
対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を予防する、及び／または、を治療する、方法、ここで、当該方法は、本出願に記載される少なくとも１種の結合タンパク質を発現する細胞を含む組成物の治療有効量を、当該対象に投与するステップを含む。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、細胞は、同種異系細胞、同系細胞、または自己細胞、である。別の実施形態では、細胞は、遺伝子改変をされている。更に別の実施形態では、細胞は、ＴＣＲ遺伝子の、ＨＬＡ遺伝子の、またはＴＣＲ遺伝子及びＨＬＡ遺伝子の両方の、染色体遺伝子の、ノックアウトを含む。更に別の実施形態では、細胞は、α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１ミクログロブリン遺伝子、β２ミクログロブリン遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＨＬＡ遺伝子、のノックアウトを含む。なおも別の実施形態では、細胞は、ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＴＣＲ遺伝子、のノックアウトを含む。別の実施形態では、細胞は、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βを、発現する、任意選択的に、ここで、当該ＣＤ８αは及び／またはＣＤ８βは、ＣＤ３４濃縮タグに融合している。更に別の実施形態では、細胞は、ＣＤ３４濃縮タグを用いて富化されている。なおも別の実施形態では、細胞は、造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄＭｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌ（ＰＢＭＣ））、臍帯血細胞、または免疫細胞、である。別の実施形態では、免疫細胞は、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞（ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８ダブル・ネガティブＴ細胞、ガンマ・デルタ（γδ）Ｔ細胞、ナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ－Ｔ細胞、樹状細胞、またはそれらの組み合わせ、である。別の実施形態では、Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）、エフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）、またはそれらの組み合わせ、である。さらに別の実施形態では、Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞、またはＴ細胞株の細胞、である。なおも別の実施形態では、Ｔ細胞は、内因性のＴＣＲを発現しない、または内因性のＴＣＲの細胞表面発現がより低い。別の実施形態では、細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２を含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞と接触した場合に、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。なおも別の実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、及び／またはＩＦＮ－γである。なおも別の実施形態では、細胞傷害性分子は、パーフォリン及び／またはグランザイムであり、任意選択で、細胞傷害性分子はグランザイムＢである。別の実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、及び／またはＩＦＮ－γ、である。更に別の実施形態では、細胞傷害性分子は、パーフォリン類及び／またはグランザイム類である、任意選択的に、ここで、当該細胞傷害性分子は、グランザイムＢである。なおも別の実施形態では、細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。別の実施形態では、細胞は、少なくとも１．０５倍高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。なおも別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２を含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞を傷害することができる。更に別の実施形態では、宿主細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より多数のターゲット細胞を傷害することができる。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、少なくとも１．０５倍多数のターゲット細胞を傷害することができる。なおも別の実施形態では、ＨＡ－２免疫原性ペプチドは、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む。別の実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＭＨＣクラスＩ分子である。なおも別の実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。なおも別の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊０２０７対立遺伝子、からなる群より選択される。別の実施形態では、ターゲット細胞は、対象においてＨＡ－２抗原を発現する、非－悪性細胞または過剰増殖性細胞、である。更に別の実施形態では、組成物は、薬学的に許容可能な担体を更に含む。なおも別の実施形態では、対象においてＨＡ－２抗原を発現する、非－悪性細胞または過剰増殖性細胞、に対する、抗原特異的なＴ細胞免疫応答を誘導する。別の実施形態では、組成物は、対象においてＨＡ－２抗原を発現する非－悪性細胞または過剰増殖細胞に対する抗原特異的Ｔ細胞免疫応答を誘導する。さらに別の実施形態では、抗原特異的なＴ細胞免疫応答は、ＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答のうちの少なくとも１種を含む。なおも別の実施形態では、過剰増殖性障害は、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）を含む。なおも別の実施形態では、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、白血病、リンパ腫、骨髄異形成障害、骨髄増殖性新生物、または骨髄腫、を含む。別の実施形態では、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、白血病を含む。更に別の実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅＭｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＡＭＬ））、急性リンパ球性白血病（ａｃｕｔｅ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＡＬＬ））、混合表現型急性白血病（ｍｉｘｅｄ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ ａｃｕｔｅ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＭＰＡＬ））、慢性骨髄性白血病（ｃｈｒｏｎｉｃＭｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＣＭＬ））、Ｂ細胞前リンパ球性白血病（ｐｒｏｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、ヘアリー細胞白血病（ｈａｉｒｙ ｃｅｌｌ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、または慢性リンパ球性白血病（ｃｈｒｏｎｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＣＬＬ））、より選択される。更に別の実施形態では、血液障害は、リンパ腫を含む。なおも別の実施形態では、リンパ腫は、ホジキン・リンパ腫（Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＨＬ））、非－ホジキン・リンパ腫（ｎｏｎ－Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＮＨＬ））、中枢神経系リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫（ｓｍａｌｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＳＬＬ））、ＣＤ３７＋樹状細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、粘膜関連（ＭＡＬＴ）リンパ組織の節外辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、濾胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、前駆Ｂ－リンパ芽球性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、またはバーキット・リンパ腫、より選択される。更に別の実施形態では、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄異形成障害（ｍｙｅｌｏｄｙｓｐｌａｓｔｉｃ ｄｉｓｏｒｄｅｒ（ＭＤＳ））を含む、任意選択的に、ここで、当該ＭＤＳは、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（不応性貧血、不応性好中球減少症、及び不応性血小板減少症）、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＡＲＳ））、環状鉄芽球を伴う不応性貧血－血小板増加症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ －Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＲＡＲＳ－ｔ））、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈＭｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ（ＲＣＭＤ））、多血球系異形成と環状鉄芽球を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈＭｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ ａｎｄ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＣＭＤ－ＲＳ））、芽球増加を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｅｘｃｅｓｓ ｂｌａｓｔｓ（ＲＡＥＢ））、分類不能型骨髄異形成症候群、小児不応性血球減少症、５番染色体長腕の単独欠失を伴う骨髄異形成症候群（ＭＤＳ ｗｉｔｈ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｄｅｌ（５ｑ））、より選択される。更に別の実施形態では、非－悪性障害は、免疫不全障害である、任意選択的に、ここで、当該免疫不全障害は、重度複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット－アルドリッチ症候群（Ｗｉｓｋｏｔｔ－Ａｌｄｒｉｃｈ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、オーメン症候群（Ｏｍｅｎｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、Ｘ－連鎖リンパ増殖症候群、慢性肉芽腫病、白血球接着不全症、ディジョージ症候群（ＤｉＧｅｏｒｇｅ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、及び造血幹細胞移植（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌＴｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ（ＨＣＴ））の適応症、からなる群より選択される。さらに別の実施形態では、非－悪性障害は、非－悪性血液障害である、任意選択的に、ここで、当該非－悪性血液障害は、鎌状赤血球貧血，サラセミア、再生不良性貧血、血球貪食性リンパ組織症（ｈｅｍｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｈｉｓｔｉｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＨＬＨ））、重度の再生不良性貧血、骨髄不全症候群、ファンコニ貧血（Ｆａｎｃｏｎｉ ａｎｅｍｉａ）、ダイアモンド－ブラックファン貧血（Ｄｉａｍｏｎｄ－Ｂｌａｃｋｆａｎ ａｎｅｍｉａ）、及びシュワックマン・ダイアモンド症候群（Ｓｃｈｗａｃｈｍａｎ Ｄｉａｍｏｎｄ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、からなる群より選択される。別の実施形態では、非－悪性障害は、自己免疫障害である、任意選択的に、ここで、当該自己免疫障害は、全身性硬化症または多発性硬化症である。更に別の実施形態では、対象は、造血細胞移植（ＨＣＴ）を受けている、または以前に受けた、任意選択的に、ここで、当該ＨＣＴは、ＨＡ－２抗原を発現しない、本出願に記載される結合タンパク質によって認識されない、血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２の細胞ではない、及び／またはＨＬＡ－Ａ＊０２：０１対立遺伝子を発現しない、細胞を含む。なおも別の実施形態では、ＨＣＴは、ＨＬＡ構成要素をコードする遺伝子の染色体ノックアウト、ＴＣＲ構成要素をコードする遺伝子の染色体ノックアウト、またはその両方、を含むドナー（ｄｏｎｏｒ）造血細胞を含む。別の実施形態では、対象は、以前にリンパ球除去化学療法を受けたことがある。更に別の実施形態では、リンパ球除去化学療法は、シクロフォスファミド、フルダラビン、抗－胸腺細胞グロブリン、またはそれらの組み合わせ、を含む。なおも別の実施形態では、方法は、当該非－悪性障害、当該過剰増殖性障害、または当該過剰増殖性障害の再発、に対する少なくとも１種の追加的な治療を、対象に、処方するステップを更に含む。別の実施形態では、当該非－悪性障害、当該過剰増殖性障害、または当該過剰増殖性障害の再発、に対する当該少なくとも１種の追加的な治療は、当該組成物と、同時に、または連続して、処方される。さらに別の実施形態では、対象は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または当該対象は、哺乳動物である、任意選択的に、ここで、当該哺乳動物は、ヒト、霊長類、または齧歯類、である。
更に別の態様では、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列に、作動可能に連結されたプロモーター、を含む発現ベクター、を提供する。
本発明によって包含される任意の態様に適用され得る、及び／または本出願に記載される任意の他の実施形態と組み合わせ得る、多数の実施形態を更に提供する。例えば、１つの実施形態では、ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグをコードする核酸に作動可能に連結し、その結果、当該タグは、ＣＤ８αにまたはＣＤ８βに、融合している。別の実施形態では、タグをコードする核酸は、当該ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列の５’上流にあり、その結果、当該タグは、ＣＤ８αのまたはＣＤ８βの、Ｎ末端で融合している。更に別の実施形態では、タグは、ＣＤ３４濃縮タグである。更に別の実施形態では、ベクターは、ＴＣＲαを及び／またはＴＣＲβをコードする核酸配列、を更に含む。別の実施形態では、ＴＣＲαは及び／またはＴＣＲβは、変異を有する膜貫通ドメインを、及び／または変異を有する定常ドメインを、含む。更に別の実施形態では、変異を有する膜貫通ドメイン、及び／または変異を有する定常ドメインは、内因性の、ＴＣＲαの及び／またはＴＣＲβの発現を減少させながらも、ＴＣＲαの及び／またはＴＣＲβの細胞表面発現を増強する。更に別の実施形態では、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、ならびに、ＴＣＲαを及び／またはＴＣＲβをコードする核酸配列は、配列内リボソーム進入部位（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ）と、または自己切断ペプチドをコードする核酸配列と、相互連結している。別の実施形態では、自己切断ペプチドは、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２Ａ、またはＴ２Ａ、である。更に別の実施形態では、ベクターは、表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列、または表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に対して、少なくとも約８０％の相同性を有する配列、を更に含む、任意選択的に、ここで、当該単離された核酸分子は、１）表１に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、及び／または２）表１に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、を含む。なおも別の実施形態では、ベクターは、表２に記載の核酸配列を有する。
ＴＣＲ探索プラットフォームの模式図を示す。当該ＴＣＲ探索プラットフォームによって、１，３０２個の新規ＨＡ－２ＴＣＲが同定された。ＣＤ１４＋単球を、－４日目に６人のＨＡ－２－ネガティブ健常ドナー（ｄｏｎｏｒ）のＰＢＭＣから単離し、成熟ＤＣに分化させた。－１日目に、ナイーブＣＤ８Ｔ細胞を自己ＰＢＭＣから単離し、一晩静置した。１μｇ／ｍＬのＨＡ－２ＲＥＦペプチド（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）でＤＣを３時間パルスした後、ＣＤ８Ｔ細胞及びＤＣの共－培養を行い、その後１１日間、細胞増殖相とした。Ａ＊０２：０１－特異的なＨＡ－２ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）及びＨＡ－２ ＳＮＰ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）デキストラマーを用いて、デキストラマー染色を実施して、クローンを同定し、次いで、シングルセルＴＣＲシーケンシングのために判別をした。
図１に示すように同定された３８０個のＴＣＲに関して、個別にクローニングしたＨＡ－２ＴＣＲウイルスのライブラリを使用した機能評価を実施したＤｅｘＳｃａｎの結果を示す。簡潔に説明すると、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０３／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲのプールを発現させ、及び、ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマーのさまざまな希釈液で染色した。デキストラマーが結合した細胞を選別し、及び、配列決定した。ＴＣＲ濃縮（すなわち、選別したサンプルと材料でのＴＣＲの割合の変化）を使用して、機能評価するためにＴＣＲを選んだ。この図面は、機能評価に向けてＤｅｘＳｃａｎが選択したＴＣＲを示す。
ＨＡ－２ＴＣＲが、遺伝子操作されたＴ細胞の表面に発現していることを示す。Ｐａｎ－Ｔ細胞は、ＤｅｘＳｃａｎスクリーンで選択された１５個のＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現するように形質導入した。ドット・プロットは、Ａ＊０２：０１－特異的ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマー染色で評価したＴＣＲの表面発現を示す。
ＨＡ－２ＴＣＲの機能評価結果を示す。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０３／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、ＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現するように形質導入し、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に対する機能応答について評価した。Ａ＊２：１２特異的ＨＡ－０２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマー染色で評価した３つのＨＡ－２特異的ＴＣＲの代表的な発現を実証するドット・プロットを示す。
ＨＡ－２ＴＣＲの機能評価結果を示す。ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＊ターゲット細胞株、ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）、ＴＦ－１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）、及び陰性対照細胞株、及びＮＢ４（無関係なＭＨＣ）に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す。明示したＥ：Ｔ比で、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）、ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）赤色ラベルを付けたターゲット細胞株と共培養した操作したＴ細胞の結果を示す。細胞の生存は、Ｔ細胞の細胞毒性の読み出しとして、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で定量化した。
ＨＡ－２ＴＣＲの機能評価結果を示す。ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＊ターゲット細胞株、ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）、ＴＦ－１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）、及び陰性対照細胞株、及びＮＢ４（無関係なＭＨＣ）に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す。２４時間の共培養上清におけるＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの状態でのサイトカインの最高レベルを表す。 同上。
ＨＡ－２ＴＣＲの機能評価結果を示す。ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＊ターゲット細胞株、ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）、ＴＦ－１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）、及び陰性対照細胞株、及びＮＢ４（無関係なＭＨＣ）に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を示す。操作したＴ細胞を、増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ４＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーによる分析の前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。点線は、Ｔ細胞だけの場合の最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。これらの実験は、２～３名のドナーで行っており、及び、１名のドナーから得た代表的なデータを示している。 同上。
同種反応性アッセイで試験したＭＪ２－ＤＰ８及びＭＪ７－ＤＰ１９ＴＣＲの同種反応性ランドスケープの結果を示す。内因性ＭＨＣは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９－ｇＲＮＡリボヌクレオタンパク質送達を使用してＨＥＫ２９３Ｔ細胞をノックアウトした。ＭＨＣ－ヌルＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）、ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ、及びレンチウイルス形質導入を使用して最も普及しているＨＬＡタイプを表現する独立した１１０個のＭＨＣで形質導入した。Ａ＊０２：０１を安定に発現する細胞株、及びＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）配列を含む９０残基のタンパク質フラグメントを、ポジティブコントロールとして使用した。９６ウェルフォーマットに入れた細胞を、ＭＪ２－ＤＰ９及びＭＪ７－ＤＰ１９ＴＣＲを発現するヒト初代ＣＤ８＋Ｔ細胞と４８時間インキュベーションさせた。ターゲット細胞の数は、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標） ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）赤色陽性細胞の数を測定することで、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器を使用して経時的に測定した。アッセイでのそれぞれのＭＨＣに関するＴＣＲの４８時間の細胞阻害は、１－（ターゲット細胞の倍加数［ＴＣＲ発現Ｔ細胞と共にインキュベーション］／ターゲット細胞の倍加数［Ｔ細胞培地と共にインキュベーション］）として算出した。アッセイでのそれぞれのＭＨＣでのそれぞれのＴＣＲの４８時間の細胞阻害は、１－（ターゲット細胞の倍加［ＴＣＲ発現Ｔ細胞と共にインキュベーション］／ターゲット細胞の倍加［Ｔ細胞培地と共にインキュベーション］）として算出した。Ｔ細胞の栄養競争及びドナーＴ細胞の非特異的細胞殺傷などの非ＭＨＣ関連ターゲット細胞増殖阻害の効果を差し引いて、９６ウェル・プレートそれぞれのバッチ効果を補正して、９６ウェル・プレートそれぞれのウェル（それぞれのＭＨＣ）の細胞阻害値から、９６ウェル・プレートの各ウェルの細胞阻害の中央値で差し引いた。
ＨＡ－２ＴＣＲウイルスのライブラリープールを使用した機能評価のために、図１に示したように同定した１，１７４２個のＴＣＲに関して実施したＤｅｘＳｃａｎの結果を示す。簡潔に説明すると、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２ＴＣＲのライブラリープールを発現させ、及び、ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマーで染色した。デキストラマーが結合した細胞を選別し、及び、配列決定した。ＴＣＲ濃縮（すなわち、選別したサンプルと材料でのＴＣＲの割合の変化）を使用して、機能評価するためにＴＣＲを選んだ。この図面は、機能評価に向けてＤｅｘＳｃａｎが選択したＴＣＲを示す。
標準誤差平均（ＳＥＭ）値を使用して示したＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ａ＊０２：０１特異的ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマー染色で評価した１５個のＨＡ－２特異的ＴＣＲの代表的な発現を示すドット・プロットを示す。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ａ）Ｂの左側のパネルの棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ９－ＤＰ５、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたことを示す（Ｐ＜０．０５）。 ｂ）Ｂの右側のパネルの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ２－ＤＰ８、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたことを示す（Ｐ＜０．０５）。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｃ）Ｃのインターフェロン－γの棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ２－ＤＰ２４、ＭＪ１３－ＤＰ１４８、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたことを示しており（Ｐ＜０．０５）、一方で、ＭＪ１４－ＤＰ１３７を除いて、ＭＪ９－ＤＰ５及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果は、すべてのＴＣＲの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。 ｄ）ＣのＩＬ－２及びＴＮＦ－αの棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ２－ＤＰ８、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ２－ＤＰ２４、ＭＪ１３－ＤＰ１４８、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたことを示している（Ｐ＜０．０５）。 ｅ）ＣのグランザイムＢの棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ２－ＤＰ８、及びそれぞれの結果を示すＭＪ７－ＤＰ１９はＭＪ１４－ＳＰ４，ＭＪ１３－ＳＰ４３，ＭＪ１４－ＤＰ１３７，ＭＪ１４－ＤＰ１６２，ＭＪ１４－ＤＰ３３，ＭＪ２－ＤＰ２４，ＭＪ１３－ＤＰ１４８，ＭＪ１３－ＤＰ３２、ＮＴＤのそれぞれと有意に異なっていた（Ｐ＜０．０５）が，ＭＪ９－ＤＰ５の結果はＭＪ１４－ＤＰ１３７を除くすべてのＴＣＲの結果と有意に異なっていた（Ｐ＜０．０５）。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｆ）ＤのＣＤ８Ｔ細胞増殖の棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ８、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ１３７を除いて、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ２－ＤＰ２４、ＭＪ１３－ＤＰ１４８、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違してたいたことを示している（Ｐ＜０．０５）。 ｇ）ＤのＣＤ４Ｔ細胞増殖の棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ２－ＤＰ２４、ＭＪ１３－ＤＰ１４８、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違っしている（Ｐ＜０．０５）のに対して、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ９－ＤＰ５、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果は、ＭＪ１４－ＤＰ１３７を除いて、すべてのＴＣＲの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｈ）Ｅの左側のパネルの棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ９－ＤＰ５、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していることを示す（Ｐ＜０．０５）。 ｉ）Ｅの右側のパネルの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ２－ＤＰ８、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ１２－ＤＰ２４、ＭＪ１３－ＤＰ１４８、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたたことを示す（Ｐ＜０．０５）。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｊ）Ｆのインターフェロン－γ，ＴＮＦ－α，グランザイムＢの棒グラフは，ＭＪ２－ＤＰ２２，ＭＪ９－ＤＰ５，ＭＪ１４－ＤＰ３１７，ＭＪ２－ＤＰ８，及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４，ＭＪ１３－ＳＰ４３，ＭＪ１４－ＤＰ１３７，ＭＪ１４－ＤＰ１６２，ＭＪ１４－ＤＰ３３，ＭＪ２－ＤＰ２４，ＭＪ１３－ＤＰ１４８，ＭＪ１３－ＤＰ３２，及びＮＴＤのそれぞれの結果と相違しており（Ｐ＜０．０５），及び、ＭＪ９－ＤＰ５，ＭＪ１４－ＤＰ３１７，及びＭＪ２－ＤＰ８だけが、バックグラウンドレベル以を超えるＩＬ－２を産生していた。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｋ）ＧのＣＤ８Ｔ細胞増殖グラフ及びＣＤ４Ｔ細胞増殖グラフは、それぞれ、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ８、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、ＭＪ１４－ＤＰ３３、ＭＪ２－ＤＰ２４、ＭＪ１３－ＤＰ１４８、ＭＪ１３－ＤＰ３２、及びＮＴＤの結果と有意に相違していたたことを示す（Ｐ＜０．０５）。
以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｌ）Ｈの左側のパネルの棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ９－ＤＰ５、及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４、ＭＪ１３－ＳＰ４３、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ１６２、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたたことを示す（Ｐ＜０．０５）。 Ｍ）Ｈの右側のパネルの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ２－ＤＰ８，及びＭＪ７－ＤＰ１９のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ３３，ＭＪ１２－ＤＰ２４，ＭＪ１３－ＤＰ１４８，ＭＪ１３－ＤＰ３２，及びＮＴＤの結果と有意に相違していたことを示す（Ｐ＜０．０５）。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ａ＊０２：０１特異的ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマー染色で評価した７つのＨＡ－２特異的ＴＣＲの代表的な発現を示すドット・プロットを示す。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ａ）Ｂの左側のパネルと右側のパネルの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＳＰ４及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していたことを示す（Ｐ＜０．０５）。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｂ）Ｃの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果について、両方のドナーでのすべてのサイトカインに関する結果と有意に相違していたことを示す（Ｐ＜０．０５）一方で、ＭＪ１４－ＤＰ３１７の結果だけが、ドナー３のＴＮＦ－αに関するＭＪ１４－ＤＰ１３７の結果と相違していなかった。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ―２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｃ）Ｄのドナー２に関するＣＤ８Ｔ細胞増殖パネルＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、及び、ＭＪ２－ＤＰ２２のそれぞれの結果は、ＭＪ１４－ＳＰ４及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）一方で、ＭＪ７－ＤＰ１９及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果は、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意差（Ｐ＜０．０５）は無かった。 ｄ）Ｄのドナー２に関するＣＤ４Ｔ細胞増殖パネルＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及び、ＭＪ２－ＤＰ８の結果は、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）一方で、ＭＪ９－ＤＰ５の結果は、ＭＪ１４－ＳＰ４、及び、ＮＴＤのそれぞれの結果と有意差（Ｐ＜０．０５）は無かった。 ｅ）Ｄのドナー３に関するＣＤ８Ｔ細胞増殖パネル及びＣＤ４Ｔ細胞増殖パネルは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及び、ＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果は、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及び、ＮＴＤの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｆ）Ｅの左側のパネルと右側のパネルの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、それぞれのドナーに関するＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｇ）Ｆの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、両方のドナーのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、及び、ＴＮＦ－αに関するＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＤＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果は、ドナー２のグランザイムＢに関して、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）、及び、ＭＪ９－ＤＰ５，ＭＪ７－ＤＰ１９、及び、ＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果は，ドナー３のグランザイムＢに関して、ＭＪ１４－ＤＰ１３７，ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｈ）Ｇの棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、両方のドナーのＣＤ８Ｔ細胞増殖及びＣＤ４Ｔ細胞増殖のそれぞれに関して、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている： ｉ）Ｈのドナー２に関する棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及びＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。 ｊ）Ｈのドナー３に関する棒グラフは、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ７－ＤＰ１９、及び、ＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果が、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）一方で、ＭＪ２－ＤＰ２２の結果は、ＭＪ１４－ＤＰ１３７及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意差（Ｐ＜０．０５）は無かった。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている：ｋ）Ｊのドナー２に関するＣＤ８Ｔ細胞増殖棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及び、ＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）一方で、Ｊのドナー２に関するＣＤ４Ｔ細胞増殖棒グラフは、ＴＣＲの間では有意差（Ｐ＜０．０５）はなかった。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている：ｋ）Ｊのドナー２に関するＣＤ８Ｔ細胞増殖棒グラフは、ＭＪ１４－ＤＰ３１７、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ７－ＤＰ１９、及び、ＭＪ２－ＤＰ８のそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）一方で、Ｊのドナー２に関するＣＤ４Ｔ細胞増殖棒グラフは、ＴＣＲの間では有意差（Ｐ＜０．０５）はなかった。ｌ）Ｊのドナー３に関するＣＤ８Ｔ細胞増殖及びＣＤ４Ｔ細胞増殖棒グラフは、ＭＪ２－ＤＰ８の結果が、ＭＪ１４－ＤＰ１３７、ＭＪ１４－ＳＰ４、及び、ＮＴＤのいずれの結果とも有意に相違しており（Ｐ＜０．０５）、及び、ＭＪ２－ＤＰ２２の結果は、ＭＪ１４－ＤＰ１３７及びＮＴＤのそれぞれの結果と有意に相違していた（Ｐ＜０．０５）。
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている：
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている：
同様に、図７Ａ－図７Ｍのデータに基づいて選択した２つの固有のドナーに関する７つのＨＡ－２ＴＣＲに対するＨＡ－２ＴＣＲ機能評価の結果を示す。棒グラフは、平均の標準誤差平均（ＳＥＭ）値を示している。ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離したＰａｎ－Ｔ細胞を、形質導入してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させ、及び、ＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するターゲット細胞に関する機能応答を評価した。Ｂ－Ｍは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ＨＡ－２＋ターゲット細胞株に対するＨＡ２特異的ＴＣＲの機能応答を示す：ＤＥＬ（高度のＭＨＣ、高度のＨＡ－２）（Ｂ～Ｄ）、ＴＨＰ－１（中度のＭＨＣ、程度のＨＡ－２）（Ｅ～Ｇ）、ＴＦ１（低度のＭＨＣ、低度のＨＡ－２）（Ｈ～Ｊ）、及び陰性対照細胞株ＮＢ４（無関係なＭＨＣ）（Ｋ－Ｍ）。操作したＴ細胞をＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで標識したターゲット細胞株と、示したＥ：Ｔ比で共培養し、及び、Ｔ細胞の細胞毒性の読み取り値としてＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器で、それらの生存を定量化した。２４時間の共培養の上清でのＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びグランザイムＢの産生を示す（Ｅ：Ｔ １：１）。サイトカイン産生のバックグラウンドレベルを決定するために、Ｔ細胞だけの条件を使用した。点線は、Ｔ細胞だけの条件でのサイトカインの最高レベルを表す。ＨＡ－２特異的ＴＣＲ発現Ｔ細胞の増殖を測定するために、操作したＴ細胞を増殖色素で標識し、及び、ターゲット細胞株と９６時間共培養した（Ｅ：Ｔ １：１）。色素希釈は、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を評価するために使用した。フロー・サイトメトリーで分析する前に、計数ビーズをサンプルに添加し、及び、分裂したＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の絶対数を求めた。Ｔ細胞だけの条件を使用して、増殖のバックグラウンドレベルを決定した。上述したように、点線はＴ細胞だけの条件での最高レベルの増殖を表す。ＴＣＲは、ＡＮＯＶＡと、それに続くテューキーの多重比較検定で比較した。Ｐ＜０．０５は。統計的有意性を示し、主要な統計は、次のようにそれぞれの図で報告をしている：
同種反応性アッセイで試験したＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、及び、ＭＪ１４ーＤＰ３１７の同種反応性ランドスケープの結果を示す。内因性ＭＨＣは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９－ｇＲＮＡリボヌクレオタンパク質送達を使用してＨＥＫ２９３Ｔ細胞をノックアウトした。ＭＨＣ－ヌルＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）、ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ、及びレンチウイルス形質導入を使用して最も普及しているＨＬＡタイプを表現する独立した１１０個のＭＨＣで形質導入した。Ａ＊０２：０１を安定に発現する細胞株、及びＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）配列を含む９０残基のタンパク質フラグメントを、ポジティブコントロールとして使用した。３８４ウェルフォーマットに入れた細胞を、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、及び、ＭＪ１４ーＤＰ３１７を現するヒト初代ＣＤ８＋Ｔ細胞と４８時間インキュベーションさせた。ターゲット細胞の数は、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標） ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）赤色陽性細胞の数を測定することで、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）機器を使用して経時的に測定した。アッセイでのそれぞれのＭＨＣに関するＴＣＲの４８時間の細胞阻害は、１－（ターゲット細胞の倍加数［ＴＣＲ発現Ｔ細胞と共にインキュベーション］／ターゲット細胞の倍加数［Ｔ細胞培地と共にインキュベーション］）として算出した。Ｔ細胞の栄養競争及びドナーＴ細胞の非特異的細胞殺傷などの非ＭＨＣ関連ターゲット細胞増殖阻害の効果を差し引いて、３８４ウェル・プレートそれぞれのバッチ効果を補正して、３９４ウェル・プレートそれぞれのウェル（それぞれのＭＨＣ）の細胞阻害値から、３８４ウェル・プレートの各ウェルの細胞阻害の中央値で差し引いた。
（図１０Ａ）オフターゲットスクリーンアッセイの実施及び成果のための戦略を示す。Ａは、使用したゲノムワイドの安全性スクリーニング・アッセイの概略概要を示す。このゲノムワイドな安全性スクリーニングでは、ＨＡ２－ＭＪ１４－ＤＰ３１７を発現するＴ細胞を、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＋ターゲット細胞のライブラリと共培養し、そのようなターゲット細胞それぞれが、異なる９０アミノ酸（９０－ａａ）タンパク質フラグメントを発現する。要するに、このライブラリには、２２アミノ酸ステップで、どのようなタンパク質にでも対応できるタイルであるフラグメントを含んでいる。フラグメントは、ターゲット細胞によって自然に処理され、及び、得られたペプチドは、細胞表面ＭＨＣに出現する。Ｔ細胞が、そのターゲットを認識すると、ターゲット細胞を殺傷しようとする、それにより 蛍光レポーターが活性化する。蛍光細胞を単離し、それらの発現カセットを配列決定することによって、ＴＣＲの天然ターゲット（複数可）が明らかになる。このスクリーニングは、完全長タンパク質よりも効率的に処理される９０－ａａタンパク質フラグメントを過剰発現させることによってオフターゲットを過剰予測するように設計されているので、同定されてヒットしたものは、生理学的に適切なオフターゲットであるとは期待し得ない。Ｋｕｌａ ｅｔ ａｌ．（２０１９） Ｃｅｌｌ １７８：１０１６－１０２８ ｐｒｏｖｉｄｅ ａｄｄｉｔｉｏｎａｌ ｄｅｔａｉｌｓ．は、さらなる詳細を提供する。
（図１０Ｂ）オフターゲットスクリーンアッセイの実施及び成果のための戦略を示す。ＨＡ－２エピトープを含む複数のタイルが、ＨＡ２－ＭＪ１４－ＤＰ３１７（ＴＣＲ－１０１）を有するスクリーンにおいて有意に濃縮されたことを示しており、さらに、複数の遺伝子が、潜在的なオフターゲットとして同定されたことを示す。ｘ軸は、ペプチドドームライブラリ内のタンパク質フラグメントを表しており、及び、Ｙ軸は入力ライブラリの個々のタイルの濃縮倍率を表す。
（図１１Ａ）ＴＳＣ－１０１が、ターゲットＨＡ－２ペプチドと比較して、推定オフターゲットペプチドに対して少なくとも１００～３，０００倍も小さな親和性を有することを示す。ＴＳＣ－１０１ＴＣＲ－Ｔ細胞の細胞傷害活性を、異なるオンターゲットペプチド及びオフターゲットペプチドでパルスしたＴ２細胞に対して試験した。Ａは、オンターゲット及びオフターゲットペプチドに対するＴＣＲ－１０１の親和性を、ＴＳＣ－１０１Ｔ細胞と共培養したＴ２ターゲット細胞の増殖に関する曲線下面積（ＡＵＣ）を計算して測定し、ペプチドの用量の関数として、７２時間にわたって測定したことを示す。
（図１１Ｂ）ＴＳＣ－１０１が、ターゲットＨＡ－２ペプチドと比較して、推定オフターゲットペプチドに対して少なくとも１００～３，０００倍も小さな親和性を有することを示す。ＴＳＣ－１０１ＴＣＲ－Ｔ細胞の細胞傷害活性を、異なるオンターゲットペプチド及びオフターゲットペプチドでパルスしたＴ２細胞に対して試験した。ＨＡ－２＋ペプチド、ＨＡ－２－ペプチド、推定オフターゲットＭＹＯ３Ａ／Ｂペプチド、推定オフターゲットＭＡＬＴＩペプチドの８点滴定に関する個々のＥＣ５０を示す。残りのペプチド（ＭＴＡ１、ＫＬＨＬ３０、及びＨＵＷＥ１）のＥＣ５０の測定は、それらの３点滴定では、ＥＣ５０の計算ができなかったため、表示していない、ことに留意されたい。
ＴＳＣ－１０１が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、及び、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）腫瘍サンプルなどの原発性血液腫瘍サンプルに対して強力な細胞毒性を有することを示す。ＴＳＣ－１０１と遺伝子操作していない対照（ＮＣ）Ｔ細胞を、ＡＭＬ（図１２Ａ）またはＡＬＬ（図１２Ｂ）患者由来のＨＬＡ－Ａ＊０１：１２陽性ＰＢＭＣまたはＢＭＭＣを、Ｅ：Ｔ １０：１で、１時間、共培養した。次に、ＴＳＣ－１０１Ｔ細胞との共培養でのターゲットの生存率を、フロー・サイトメトリーで評価し、ＮＣＴ細胞との共培養でのターゲットの生存率で正規化した。データは、３名のドナーの事例である。
ＴＳＣ－１０１が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、及び、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）腫瘍サンプルなどの原発性血液腫瘍サンプルに対して強力な細胞毒性を有することを示す。ＴＳＣ－１０１と遺伝子操作していない対照（ＮＣ）Ｔ細胞を、ＡＭＬ（図１２Ａ）またはＡＬＬ（図１２Ｂ）患者由来のＨＬＡ－Ａ＊０１：１２陽性ＰＢＭＣまたはＢＭＭＣを、Ｅ：Ｔ １０：１で、１時間、共培養した。次に、ＴＳＣ－１０１Ｔ細胞との共培養でのターゲットの生存率を、フロー・サイトメトリーで評価し、ＮＣＴ細胞との共培養でのターゲットの生存率で正規化した。データは、３名のドナーの事例である。
要約データを示す。 同上。 同上。 同上。 同上。
Ａ及びＢは、ＴＳＣ－１０１が非造血初代ヒト細胞に対する反応性欠失していることを示す。データは、バックグラウンドに関して補正した異なるターゲット細胞と共に、ＴＳＣ－１０１と４８時間共培養して得た上清につうて測定したＩＦＮ－ｙ濃度を示す（バックグラウンドＩＦＮ－γは、エフェクター細胞だけで測定した（図１４Ａ））。
Ａ及びＢは、ＴＳＣ－１０１が非造血初代ヒト細胞に対する反応性欠失していることを示す。ターゲット細胞として、ＮＢ－４（陰性対照）、及びＴＨＰ－１（陽性対照）、及びＨＬＡ－Ａ＊０２：０１陽性初代ヒト細胞、例えば、ＰＢＭＣ（緑色の棒）、内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）、骨格筋細胞（ＳＫＭＣ）、ケラチノサイト（ＮＨＥＫ）、気管支上皮細胞（ＨＢＥＣ）、メラニン細胞（ＮＨＥＭ）、色素網膜上皮細胞（ＲＰＥＣ）、小腸上皮細胞（ＳＩＥＣ）、Ｇａｂａニューロン、肝細胞、胃上皮細胞（ＧＥＣ）、星状細胞、心筋細胞（ＨＣＭ）、心臓線維芽細胞（ＨＣＦ）、皮膚線維芽細胞（ＨＤＦ）、及び、肺線維芽細胞（ＨＰＦ）がある。実施したそれぞれの共培養は、破線で区切って示している。非造血は、共培養の前に、１００ｎｇ／ｍＬのＨＡ－２＋ペプチドをパルスした（図１４Ｂ）。
［発明の詳細な説明］
本発明は、ＨＡ－２抗原（例えば、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む免疫原性ペプチド）を認識する、例えば、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）等の、結合タンパク質の発見に、少なくとも部分的に、基づく。
本発明は、部分的に、単離した結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）を発現する宿主細胞、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）及び結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）を発現する宿主細胞を含む組成物、当該ＨＡ－２抗原を発現する細胞に対するＴ細胞応答を、診断する方法、予後予測する方法、及びモニタリングする方法、ならびに結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）を発現する宿主細胞を投与することによって、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を予防する、及び／または、を治療する、方法、に関する。
Ｉ． 定義
便宜の為に、本明細書、実施例、及び添付の特許請求の範囲において使用する、ある特定の用語を、本明細書にまとめる。
冠詞「ａ」及び「ａｎ」を、本冠詞の文法的な目的物の１つまたは２つ以上（即ち、少なくとも１つ）を指す為に、本出願で使用する。例として、「ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ」は、１つのｅｌｅｍｅｎｔを、または２つ以上のｅｌｅｍｅｎｔを、意味する。
用語「投与する」は、対象に、医薬品を、または医薬組成物を、提供することを意味する、及び、限定されるものではないが、医療専門家による投与、及び自己－投与、を含む。これには、当業者に既知の様々な方法及び送達システムのいずれかを用いて、治療薬剤を含む組成物を対象に、物理的に導入すること、が含まれる。いくつかの実施形態では、本出願に記載される結合タンパク質の為の投与経路としては、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、脊髄または他の非経口投与経路、例えば、注射投与または点滴、が挙げられる。本出願で使用される用語「非経口投与」は、経腸及び局所投与以外の投与様式、通常は注射投与による投与、を意味する、ならびに、限定されるものではないが、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔（ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ）、リンパ内、病巣内、関節包内（ｉｎｔｒａｃａｐｓｕｌａｒ）、眼窩内、心臓内、皮内、経気管（ｔｒａｎｓｔｒａｃｈｅａｌ）、皮下、表皮下（ｓｕｂｃｕｔｉｃｕｌａｒ）、関節内（ｉｎｔｒａａｒｔｉｃｕｌａｒ）、被膜下（ｓｕｂｃａｐｓｕｌａｒ）、くも膜下（ｓｕｂａｒａｃｈｎｏｉｄ）、髄腔内（ｉｎｔｒａｓｐｉｎａｌ）、硬膜外及び胸骨内の注射投与及び点滴投与、ならびにｉｎ ｖｉｖｏ エレクトロポレーション、が挙げられる。或いは、本出願に記載される結合タンパク質を、非－非経口経路（ｎｏｎ－ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｒｏｕｔｅ）、例えば、局所、表皮または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下または局所投与、により投与することがある。投与をまた、例えば、１回、複数回、及び／または１回以上の延長期間にわたって、実施することもある。
本出願で使用する場合、用語「抗原」は、任意の、天然免疫原性物質または合成免疫原性物質、例えば、タンパク質、ペプチド、またはハプテンなど、を指す。抗原は、ＨＡ－２抗原、またはそのフラグメントであってよく、それに対して、防御的な免疫応答または治療的な免疫応答、が望まれる。
本出願で使用する場合、用語「アジュバント」は、抗原の投与、の前に、と一緒に、または、の後に、投与すると、当該抗原単独の投与と比較して、当該抗原に対する免疫応答の、質を及び／または強度を、加速する、延長する、及び／または増強する、物質を指す。アジュバントは、ワクチン接種によって誘導される免疫応答の、強度を及び持続時間を、増加させることができる。
本出願で使用する場合、用語「抗体」は、全抗体、及び任意の抗原結合フラグメント（即ち、「抗原結合部分」）、またはその単鎖、を含む。「抗体」は、１つの実施形態では、ジスルフィド結合によって相互に連結した、少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖、またはその抗原結合部位、を含む糖タンパク質を指す。それぞれの重鎖は、重鎖可変領域（本出願ではＶＨと略記する）及び重鎖定常領域から構成される。ある特定の天然に存在する抗体では、当該重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３、から構成される。ある特定の天然に存在する抗体では、それぞれの軽鎖は、軽鎖可変領域（本出願ではＶＬと略記される）及び軽鎖定常領域から構成される。当該軽鎖定常領域は、１つのドメイン、ＣＬ、で構成される。当該ＶＨ及びＶＬ領域を、相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ（ＣＤＲ））と呼ぶ超可変性の領域に更に細分することがあり、骨格領域（ＦＲ）と呼ばれる、より保存された領域が散在することがある。それぞれのＶＨ及びＶＬは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲから構成され、アミノ末端からカルボキシ末端まで、以下の順序で配列する：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。当該抗体の定常領域は、宿主組織または因子［例えば、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）、及び古典的補体システムの第１成分（Ｃｌｑ）等］への、免疫グロブリンの結合を、媒介することがある。
用語「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」は、専門の抗原提示細胞（例えば、Ｂリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞）、ならびに他の抗原提示細胞（例えば、ケラチノサイト、内皮細胞、アストロサイト、線維芽細胞、及びオリゴデンドロサイト）、を含む。
本出願で使用する場合、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ等）に関する用語「抗原結合部分」は、抗原（例えば、ＨＡ－２抗原）に（例えば、特異的に、及び／または選択的に）結合する能力を保持するＴＣＲの１つ以上の部分を指す。そのような部分は、例えば、約８アミノ酸長と約１５００アミノ酸長との間、好適には約８アミノ酸長と約７４５アミノ酸長との間、好適には約８アミノ酸長と約３００アミノ酸長との間、例えば約８アミノ酸長から約２００アミノ酸長まで、または約１０アミノ酸長から約５０アミノ酸長若しくは１００アミノ酸長まで、である。ＴＣＲの抗原結合機能は、全長ＴＣＲのフラグメントによって行われ得ることが示されている。ＴＣＲの用語「抗原結合部分」内に包含される結合部分の例としては、（ｉ）ＴＣＲのＶα及びＶβドメインからなるＦｖフラグメント、（ｉｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、または（ｉｉｉ）合成リンカーによって任意選択的に連結した２つ以上の単離されたＣＤＲの組み合わせ、が挙げられる。更に、Ｖα及びＶβは別々の遺伝子によってコードされているが、組み換え方法を用いて、Ｖα及びＶβを、単一のタンパク質鎖（この単一のタンパク質鎖中では、Ｖα及びＶβ領域が対合して、一価の分子［単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）として知られる］が形成される）になることを可能にする合成リンカーによって、Ｖα及びＶβを連結することがある。そのような単鎖ＴＣＲはまた、ＴＣＲに関する用語「抗原結合部分」内に、包含されることも意図される。これらのＴＣＲフラグメントを、当業者に既知の従来の技術を用いて得ることができる、及び当該フラグメントを、完全な結合タンパク質と同じ様式で、有用性についてスクリーニングする。抗原結合部分を、組み換えＤＮＡ技術によって、またはインタクトな免疫グロブリンを酵素的に若しくは化学的に切断することによって、産生することがある。
用語「相補性決定領域」及び「ＣＤＲ」は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」、と同義である、ならびに抗原特異性及び／または結合親和性を付与する、ある特定の結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ可変領域等）内のアミノ酸の非－連続的な配列を指すことが、当技術分野では知られている。ＴＣＲについては、一般的に、各α－鎖可変領域に３つのＣＤＲ（αＣＤＲｌ、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３）がある、ならびに各β－鎖可変領域に３つのＣＤＲ（βＣＤＲｌ、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３）がある。ＣＤＲ３は、プロセシングされた抗原を認識することに関与する、主なＣＤＲであると考えられている。ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は、主に、ＭＨＣと相互作用する。
用語「体液」は、身体から、排泄される、または分泌される、流体、ならびに身体から、通常、排泄されない、または分泌されない、流体（例えば、羊膜流体、房水、胆汁、血液及び血漿、脳脊髄流体、耳垢（ｃｅｒｕｍｅｎ ａｎｄ ｅａｒｗａｘ）、カウパー流体または尿道球腺液、乳糜、糜粥、糞便、雌射精液（潮吹き）、間質液、細胞内流体、リンパ液、月経、母乳、粘液、胸膜液、膿、唾液、皮脂、精液、血清、汗、滑膜流体、涙、尿、膣潤滑、硝子体液、嘔吐物）を指す。いくつかの実施形態では、体液は免疫細胞を含む、任意選択的に、ここで、当該免疫細胞は、細胞傷害性リンパ球、例えば、細胞傷害性Ｔ細胞、及び／またはＮＫ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞などである。
用語「コーディング領域（ｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）」は、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域を指す、一方、用語「ノン－コーディング領域（ｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）」は、アミノ酸に翻訳されないヌクレオチド配列の領域（例えば、５’及び３’非翻訳領域）を指す。
用語「相補的」は、２本の核酸鎖の領域間の、または同じ核酸鎖の２つの領域間の、配列相補性に関する広範な概念を指す。第１の核酸領域のアデニン残基は、第１の領域と逆－平行である第２の核酸領域の残基と、その残基がチミンまたはウラシルである場合、特異的な水素結合（「塩基対合」）を形成することができることが知られている。同様に、第１の核酸鎖のシトシン残基は、第１の領域と逆－平行である第２の核酸領域の残基と、その残基がグアニンである場合、特異的な水素結合（「塩基対合」）を形成することができることが知られている。核酸の第１の領域は、同じまたは異なる核酸の第２の領域に対して、その２つの領域が逆平行に配置していて、当該第１の領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基が当該第２の領域の残基と塩基対合することができる場合、相補的である。いくつかの実施形態では、当該第１の領域は第１の部分を含む、及び当該第２の領域は第２の部分を含む、それによって、当該第１の部分及び当該第２の部分が逆平行に配置している場合、第１の部分のヌクレオチド残基の少なくとも約５０％、及び他の実施形態では、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、少なくとも約８０％－１００％等、は、当該第２の部分のヌクレオチド残基と、塩基対合することができる。いくつかの実施形態では、当該第１の部分のヌクレオチド残基は、当該第２の部分内のヌクレオチド残基と、塩基対合することができる。
本出願で使用する場合、活性化した免疫細胞に関して、用語「共－刺激する」としては、共－刺激分子が、増殖またはエフェクター機能を誘導する、第２の、非－活性化レセプター媒介シグナル（「共－刺激シグナル」）、を提供することができること、が挙げられる。例えば、共－刺激シグナルは、例えば、Ｔ細胞－レセプター－媒介シグナルを受け取ったＴ細胞において、サイトカイン分泌をもたらすことがある。例えば、活性化レセプターを介して、細胞－レセプター媒介シグナルを受け取った免疫細胞を、本出願では、「活性化免疫細胞」と呼ぶ。
「ＣＤ３」は、６本の鎖の多－タンパク質複合体として、当技術分野で既知である（Ａｂｂａｓ ａｎｄ Ｌｉｃｈｔｍａｎ、Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（９ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）（２０１８）；Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ）（９ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）（２０１６）を参照のこと）。哺乳動物では、当該複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２本のＣＤ３ε鎖、及びＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、を含む。当該ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ε鎖は、単一の免疫グロブリン・ドメインを含む免疫グロブリン・スーパーファミリーの、関連する細胞表面タンパク質である。当該ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ε鎖の膜貫通領域は負に荷電している、この特徴により、これらの鎖が、Ｔ細胞レセプター鎖の正に荷電した領域または残基と、会合することを可能になると考えられている。当該ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ε鎖の細胞内尾部は、それぞれ、免疫レセプター・チロシン－ベースの活性化モチーフ（ｉｍｍｕｎｏｒｅｃｅｐｔｏｒＴｙｒｏｓｉｎｅ－ｂａｓｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎＭｏｔｉｆ）またはＩＴＡＭ、として知られる単一の保存されたモチーフを含有し、一方、各ＣＤ３ζ鎖は、３つのＩＴＡＭを有する。理論に拘束されることを望むものではないが、当該ＩＴＡＭは、ＴＣＲ複合体のシグナリング容量にとって重要であると考えられる。本発明に従って使用されるＣＤ３は、例えば、ヒト、マウス、ラット、または他の哺乳動物等の、様々な動物種に由来することがある。
本出願で使用する場合、「ＴＣＲ複合体の構成要素」は、ＴＣＲ鎖（即ち、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγまたはＴＣＲδ）、ＣＤ３鎖（即ち、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３εまたはＣＤ３ζ）、または２つ以上のＴＣＲ鎖若しくはＣＤ３鎖によって形成される複合体（例えば、ＴＣＲα及びＴＣＲβの複合体、ＴＣＲγ及びＴＣＲδの複合体、ＣＤ３ε及びＣＤ３δの複合体、ＣＤ３γ及びＣＤ３εの複合体、若しくはＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ及び２つのＣＤ３ε鎖のサブ－ＴＣＲ複合体）を指す。
用語「キメラ抗原レセプター（ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）」または「ＣＡＲ」は、天然には存在しない様式で、または宿主細胞中に天然には存在しない様式で、互いに連結した、２つ以上のアミノ酸配列を含むように操作した融合タンパク質、を指す、その融合タンパク質は、細胞の表面上に存在する場合に、レセプターとして機能することができる。本発明によって包含されるＣＡＲは、膜貫通ドメイン、及び１つ以上の細胞内シグナリング・ドメイン（例えば、エフェクター・ドメイン、任意選択的に、共－刺激ドメイン（複数可）を含む）に連結した、抗原結合ドメインを含む、細胞外部分（即ち、これらは、免疫グロブリン、または免疫グロブリン－様分子、例えば、ＨＡ－２抗原に特異的なＴＣＲ、単鎖ＴＣＲ－由来の結合タンパク質、抗体に由来するｓｃＦｖ、ＮＫ細胞のキラー免疫レセプターから、派生する、若しくは取得する、抗原結合ドメイン、等、から、取得する、または派生する）を含む（例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ． ３：３８８を参照；Ｈａｒｒｉｓ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ（２０１６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｓｃｉ． ３７： ２２０；Ｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４） Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ６３：１１６３も参照）。
本出願で使用する場合、用語「細胞傷害性Ｔリンパ球（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃＴ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ（ＣＴＬ））の応答」は、細胞傷害性Ｔ細胞によって誘導される免疫応答を指す。ＣＴＬ応答は主にＣＤ８＋Ｔ細胞によって媒介される。
用語「から本質的になる」は、「含む」と均等ではない、及びある請求項の特定の材料若しくはステップ、または特許請求される主題の基本的特徴に実質的に影響を及ぼさない材料若しくはステップ、を指す。例えば、タンパク質のドメイン、領域、若しくはモジュール（例えば、結合ドメイン、ヒンジ領域、リンカー・モジュール）またはタンパク質（これは、１つ以上のドメイン、領域、またはモジュールを有することがある）は、以下の場合、特定のアミノ酸配列から本質的になる：ドメインの、領域の、モジュールの、またはタンパク質のアミノ酸配列が、（例えば、アミノ末端で、若しくはカルボキシ末端で、またはドメイン間で、アミノ酸の）伸長、欠失、変異、またはそれらの組み合わせ、を含み、それら伸長、欠失、変異、またはそれらの組み合わせ、が、組み合わさって、ドメインの、領域の、モジュールの、またはタンパク質の長さの最大２０％で（例えば、最大１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％または１％で）寄与する、及びドメイン（複数可）の、領域（複数可）の、モジュール（複数可）の、またはタンパク質の活性（例えば、結合タンパク質のターゲット結合親和性）に実質的に影響しない（即ち、５０％を超えて、当該活性を減少させない、例えば、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％以下）場合。
用語「対象の為の好適な治療レジメンを決定すること（ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ａ ｓｕｉｔａｂｌｅＴｒｅａｔｍｅｎｔ ｒｅｇｉｍｅｎ ｆｏｒＴｈｅ ｓｕｂｊｅｃｔ）」は、本発明に係る解析の結果に、基づいて、または本質的に基づいて、若しくは少なくとも部分的に基づいて、開始する、改変する、及び／または終了する、対象の為の治療レジメン（即ち、対象におけるウイルス感染症を、予防する、及び／または治療する、為に使用する、単一の療法、または様々な療法の組み合わせ）を決定することを、意味すると解釈される。例えば、再発のリスクを減らすことを目的として、術後にアジュバント療法を開始すること、別の例としては、特定の化学療法の用量を変更すること、が挙げられる。当該決定は、本発明に係る解析の結果に加えて、治療するべき対象の個人的な特徴に基づくことがある。ほとんどの場合、担当医または医師が、当該対象に適した治療レジメンを、実際に、決定するであろう。
本出願で使用する場合、「造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）」は、造血幹細胞または胎児組織に由来することがある、及び成熟細胞型（例えば、免疫系細胞）に更に分化することができる、細胞である。例示的な造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）としては、ＣＤ２４Ｌｏ Ｌｉｎ－ＣＤ１１７＋表現型を有するもの、または胸腺において見出されるもの（始原胸腺細胞と呼ばれる）、が挙げられる。
本出願で使用される「相同」は、同じ核酸鎖の２つの領域間の、または２つの異なった核酸鎖の領域間の、ヌクレオチド配列の類似性を指す。両方の領域のヌクレオチド残基の位置が同じヌクレオチド残基によって占められる場合、その領域はその位置で相同である。第１の領域は、第２の領域に対して、各領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基の位置が同じ残基によって占められている場合、相同である。２つの領域間の相同性は、同じヌクレオチド残基によって占められる、２つの領域のヌクレオチド残基の位置の割合として、表される。例えば、ヌクレオチド配列５’－ＡＴＴＧＣＣ－３’を有する領域とヌクレオチド配列５’－ＴＡＴＧＧＣ－３’を有する領域とは、５０％の相同性を共有する。いくつかの実施形態では、第１の領域は第１の部分を含む、及び第２の領域は第２の部分を含む、それによって、当該部分の各々の核酸残基の位置の少なくとも約５０％、及び、他の実施形態では、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、または少なくとも約８０％－１００％など、間の、包含的な、任意の範囲、は、同じヌクレオチド残基によって占められる。いくつかの実施形態では、当該部位の各々の全てのヌクレオチド残基の位置は、同じヌクレオチド残基によって占められる。
本出願で使用される場合、用語「ＨＡ－２抗原」または「ＨＡ－２ペプチド抗原」または「ＨＡ－２含有ペプチド抗原」または「ＨＡ－２エピトープ」または「ＨＡ－２ペプチド・エピトープ」または「ＨＡ－２ペプチド」は、ＭＹＯ１Ｇ（Ｐｉｅｒｃｅ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １６７：３２２３－３２３０）として公知のクラスＩミオシンファミリーのメンバーの天然に産生される、または合成的に産生される、ペプチド部分を指す。この遺伝子は、ヒトの７番染色体のみ短いアームに位置しており、及び、その発現は、造血起源の細胞に限定されている。ＭＹ０１Ｇは、ＭＹ０１Ｇ（Ｖ）とＭＹ０１Ｇ（Ｍ）と称する２つの遺伝的変異をコードする ダイアレリック遺伝子である。ＭＹＯ１Ｇ（Ｖ）はＹＩＧＥＶＬＶＳＶ ＨＡ－２エピトープをコードし、及び、ＭＹＯ１Ｇ（Ｍ）は、ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ ＨＡ－２エピトープをコードする。２つのペプチド間の単一アミノ酸の変化は、クラスＩＭＨＣ制限エレメントＨＬＡ－Ａ（例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１）に対するペプチド結合、及びターゲット細胞に外因的に添加した場合のＴ細胞の認識にさほど影響を及ぼさない。しかし、ＭＹＯ１Ｇ（Ｍ）がコードするペプチドは、ＭＹＯ１Ｇ（Ｍ）対立遺伝子を内因的に発現する細胞の表面に提示されないと考えられる。ＨＡ－２抗原タンパク質は、約７アミノ酸長、約８アミノ酸長、約９アミノ酸長、約１０アミノ酸長、最大約２０アミノ酸長の範囲にあり得、かつ、ＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ）分子と複合体を形成し、その結果、ＨＡ－２ペプチド：ＭＨＣ（例えばＨＬＡ）複合体に特異的な本開示の結合タンパク質が、そのような複合体に（特異的に及び／または選択的に）結合することができる。例示的なＨＡ－２ペプチド抗原は、アミノ酸ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを有するペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＹＩＧＥＶＬＶＳＶペプチド配列を「ＨＡ－２ ＲＥＦ」と称しており、及び、ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ配列を「ＨＡ－２ ＳＮＰ」と称している。
用語「ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする過剰増殖性障害」は、当該ＨＡ－２抗原が、対象において、少なくともいくつかの過剰増殖している細胞が発現するＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ）複合体の中に存在する、任意の過剰増殖性障害であることがある。ＨＡ－２：ＨＬＡ複合体を特徴とする過剰増殖性障害の例としては、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）、が挙げられる。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）としては、白血病（例えば、急性白血病または慢性白血病）、が挙げられる。特定の実施形態では、当該白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、混合表現型急性白血病（ＭＰＡＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、Ｂ細胞前リンパ球性白血病（ｐｒｏｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、ヘアリー細胞白血病（ｈａｉｒｙ ｃｅｌｌ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、を含む。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、リンパ腫を含む。ある特定の実施形態では、当該リンパ腫は、ホジキン・リンパ腫（Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＨＬ））、非－ホジキン・リンパ腫（ｎｏｎ－Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＮＨＬ））、中枢神経系リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫（ｓｍａｌｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＳＬＬ））、ＣＤ３７＋樹状細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、形質細胞骨髄腫、骨外性形質細胞腫、粘膜関連（ＭＡＬＴ）リンパ組織の節外辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、濾胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、前駆Ｂ－リンパ芽球性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、バーキット・リンパ腫／白血病、悪性度不明なＢ－細胞増殖症、リンパ腫様肉芽腫症（ｌｙｍｐｈｏｍａｔｏｉｄ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｓｉｓ）、及び移植後リンパ球増殖性障害、を含む。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄異形成障害（ＭＤＳ）、例えば、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（不応性貧血、不応性好中球減少症、及び不応性血小板減少症）、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＡＲＳ））、環状鉄芽球を伴う不応性貧血－血小板増加症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ －Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＲＡＲＳ－ｔ））、多血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈＭｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ（ＲＣＭＤ））、多血球系統の異形成と環状鉄芽球を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈＭｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ ａｎｄ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＣＭＤ－ＲＳ））、芽球増加を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｅｘｃｅｓｓ ｂｌａｓｔｓ（ＲＡＥＢ））、分類不能型骨髄異形成症候群、及び小児不応性血球減少症、５番染色体長腕の単独欠失を伴う骨髄異形成症候群（ＭＤＳ ｗｉｔｈ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｄｅｌ（５ｑ））、ならびに他の既知のＭＤＳサブタイプ（例えば、ｎｂｃｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｍｃ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／ＰＭＣ６５５４６０／、のＷｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ で、利用可能な、２０１６ Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ ＯｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎＭＤＳ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎを参照）、を含む。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄増殖性新生物（ｍｙｅｌｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ ｎｅｏｐｌａｓｍｓ（ＭＰＮ））（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症、本態性血小板血症（ｅｓｓｅｎｔｉａｌＴｈｒｏｍｂｏｃｙｔｈｅｍｉａ）、慢性骨髄単球性白血病、慢性骨髄増殖性疾患－分類不能、慢性好中球性白血病、慢性好酸球性白血病、及びＭＰＮ－特に特定無し、等）を含む。更なる実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄腫を含む。
用語「免疫応答」としては、Ｔ細胞媒介性の、及び／またはＢ細胞媒介性の免疫応答、が挙げられる。例示的な免疫応答としては、Ｔ細胞応答、例えば、サイトカイン産生及び細胞傷害性、が挙げられる。加えて、用語免疫応答としては、Ｔ細胞活性化によって間接的に有効となる免疫応答、例えば、抗体産生（体液性応答）、及びサイトカイン応答性細胞（例えば、マクロファージ）の活性化、が挙げられる。
免疫応答または免疫系を刺激する能力が増加することは、Ｔ細胞共－刺激レセプターのアゴニスト活性が高まること、及び／または阻害レセプターのアンタゴニスト活性が高まること、から生じることがある。免疫応答または免疫系を刺激する能力が増加することは、免疫応答を測定するアッセイ、例えば、サイトカインまたはケモカイン放出、細胞溶解活性（ターゲット細胞について直接的に、またはＣＤ１０７ａを、若しくはグランザイムを検出することを介して間接的に、測定される）及び増殖、の変化を測定するアッセイ、における、ＥＣ５０の倍数増加によって、または活性の最大レベルによって、反映されることがある。免疫応答または免疫系を刺激する能力は、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、５００％、またはそれを超えて、高まることがある。
用語「免疫療法剤」としては、宿主の免疫系を刺激して、対象におけるウイルス感染に対する免疫応答を生じさせることができる、任意の分子、ペプチド、抗体または他の薬剤、を挙げることができる。様々な免疫療法剤が、本出願に記載される組成物及び方法において、有用である。
用語「免疫細胞」は、骨髄における造血幹細胞［これは、２つの主要な系統：骨髄性始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）（例えば、単球、マクロファージ、樹状細胞、巨核球及び顆粒球、等の骨髄性細胞を生じる）；及びリンパ系始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）（例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、及びナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞、等のリンパ細胞を生じる）、を生じる］から生じる、当該免疫系の任意の細胞、を指す。例示的な免疫系細胞としては、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４ ＣＤ８ダブル・ネガティブＴ細胞、ｇｄＴ細胞、調節性Ｔ細胞、ナチュラル・キラー細胞、及び樹状細胞、が挙げられる。マクロファージ及び樹状細胞は、「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」と呼ばれることがあり、これらは、ペプチドと複合体を形成したＡＰＣの表面上の主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）レセプターが、Ｔ細胞の表面上のＴＣＲと相互作用する場合に、Ｔ細胞を活性化することができる、特殊化した細胞、である。
「単離されたタンパク質」は、細胞から単離した場合では、若しくは組み換えＤＮＡ技術によって産生した場合、他のタンパク質、細胞物質、分離培地、及び培養培地、を実質的に含まない、または化学的に合成した場合では、化学的前駆体、若しくは他の化学物質、を実質的に含まない、タンパク質を指す。「単離された」、または「精製された」、タンパク質、またはその生物学的に活性な部分は、当該結合タンパク質の、抗体の、ポリペプチドの、ペプチドまたは融合タンパク質の由来源である、細胞、若しくは組織、に由来する、細胞物質若しくは他の混入タンパク質を、実質的に含まない、または化学的に合成した場合では、化学的前駆体若しくは他の化学物質を、実質的に含まない。「細胞物質を実質的に含まない」という言葉は、当該タンパク質を単離する細胞の、または当該タンパク質を組み換えにより産生する細胞の、細胞構成要素から、当該タンパク質を分離する、という、バイオマーカー・ポリペプチドの調製、またはそのフラグメントの調製、を含む。１つの実施形態では、「細胞物質を実質的に含まない」という言葉は、約３０％（乾燥重量で）未満の非－バイオマーカー・タンパク質（本出願では、「混入タンパク質」とも呼ぶ）、若しくは、いくつかの実施形態では、約２５％、２０％、１５％、１０％、５％、１％、若しくはそれ未満、または約１％から５％未満など、間の、包含的な、任意の範囲の、非－バイオマーカー・タンパク質、を有する、バイオマーカー・タンパク質の調製、またはそのフラグメントの調製、を含む。結合タンパク質、抗体、ポリペプチド、ペプチド若しくは融合タンパク質、またはそれらのフラグメント、例えば、生物学的に活性なそれらのフラグメント、を組み換えにより生成する場合、それは、培養培地を実質的に含まないことがある、即ち、培養培地は、当該タンパク質調製物の体積の、約２０％、１５％、１０％、５％、１％、若しくはそれ未満、または約１％から５％未満など、間の、包含的な、任意の範囲、を表す。
本出願で使用する場合、用語「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体のクラス（例えば、ＩｇＭ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ｃ等）を指す。
本出願で使用する場合、用語「ＫＤ」は、特定の結合タンパク質－抗原相互作用の解離平衡定数を指すことが意図される。本発明によって包含される結合タンパク質の結合親和性を、標準的な結合タンパク質－ターゲット結合アッセイ、例えば、競合アッセイ、飽和アッセイ、または標準的なイムノアッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡ若しくはＲＩＡ等、によって、測定することがある、または決定することがある。相対的により低いＫｄ値は、相対的により高い結合親和性を示す（例えば、約５×１０－４Ｍ（５００ｕＭ）以下のＫｄ値は、１×１０－４Ｍ（１００ｕＭ）のＫｄ値を含み、１００ｕＭのＫｄは、５００ｕＭのＫｄと比較して、相対的により高い結合親和性を示す）。
「キット」は、少なくとも１種の試薬（例えば、本発明によって包含されるマーカーの発現、を特異的に検出する為の、及び／または、に影響を及ぼす為の、プローブまたは低分子）を含む任意の製造物（例えば、パッケージ、または容器）である。当該キットを、本発明によって包含される方法を実施する為のユニットとして、宣伝する、配布する、または販売する、ことがある。当該キットは、本発明によって包含される方法において有用な組成物を表すのに必要な、１種以上の試薬を、含むことがある。いくつかの実施形態では、当該キットは、参考基準（例えば、細胞増殖、分裂、移動、生存またはアポトーシス、を制御するシグナリング経路に影響を及ぼさない、または調節しない、タンパク質をコードする核酸）を更に含むことがある。当業者は、多くのそのようなコントロール・タンパク質、例えば、限定されるものではないが、一般的な分子タグ（例えば、緑色蛍光タンパク質及びベータ－ガラクトシダーゼ）、ＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙを参照して、細胞増殖、分裂、移動、生存若しくはアポトーシス、を包含する任意の経路の中で、分類されないタンパク質類、またはユビキタスなハウスキーピング・タンパク質（ｕｂｉｑｕｉｔｏｕｓ ｈｏｕｓｅｋｅｅｐｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎｓ）等、を想定することができる。当該キット中の試薬を、個々の容器に入れて、または２種以上の試薬の混合物を単一の容器に入れて、提供することがある。更に、キット内に、当該組成物の使用を記載する、説明資料、が含まれることがある。
本出願で使用する場合、用語「連結した」は、２つ以上の分子の会合を指す。その結合は、共有結合であっても非－共有結合であってもよい。当該結合はまた、遺伝的（即ち、組み換え的に融合した）であってもよい。そのような結合を、例えば、化学的なコンジュゲーション、及び組み換えタンパク質の産生などの、当技術分野で認識されている、多種多様な技術を用いて達成することができる。
「リンカー」は、いくつかの実施形態では、２つの、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ドメイン、領域、またはモチーフ、を連結する、アミノ酸配列を指すことがある、及び２つのサブ－結合ドメインの相互作用に適合するスペーサー機能を提供することがあり、その結果、得られるポリペプチドは、ターゲット分子に対する特異的な結合親和性（例えば、ｓｃＴＣＲ）を保持する、またはシグナリング活性（例えば、ＴＣＲ複合体）を保持する。いくつかの実施形態では、リンカーは、約２から約３５個のアミノ酸、例えば、約４から約２０個のアミノ酸、若しくは約８から約１５個のアミノ酸、または約１５から約２５個のアミノ酸、から構成される。
「主要組織適合性遺伝子複合体」（ＭＨＣ）は、ペプチド抗原を細胞表面に送達する糖タンパク質を指す。ＭＨＣクラスＩ分子は、膜を貫通する鎖（３つのドメインを有する）及び非－共有結合的に会合したｂ２ミクログロブリン、を有するヘテロ二量体である。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、２つの膜貫通糖タンパク質、ａ及びｂから構成され、両方とも膜を貫通する。それぞれの鎖には２つのドメインがある。ＭＨＣクラスＩ分子は、細胞質ゾルに由来するペプチドを細胞表面に送達し、その細胞表面で、ペプチド抗原－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、小胞システムに由来するペプチドを細胞表面に送達し、その細胞表面で、それらは、ＣＤ４＋Ｔ細胞によって認識される。ヒトＭＨＣは、ヒト白血球抗原（ｈｕｍａｎ ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ ａｎｔｉｇｅｎ（ＨＬＡ））と呼ばれる。
用語「予防する（ｐｒｅｖｅｎｔ）」、「予防すること（ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ）」、「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）」、「予防的治療（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃＴｒｅａｔｍｅｎｔ）」等は、疾患、障害、または症状、を発症する可能性を、対象（この対象は、疾患、障害、または症状、を有さないが、疾患、障害、または症状、を発症するリスクがある、または発症しやすい）において、低下させることを指す。
用語「予後予測（ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ）」は、ウイルス感染症の可能性のある経過及び結果、またはその疾患からの回復の可能性、に関する予測を含む。いくつかの実施形態では、統計的アルゴリズムを使用することで、個体におけるウイルス感染の予後予測を行う。例えば、当該予後予測は、手術、ウイルス感染症の臨床的なサブタイプの発症、１種以上の臨床的な因子の発生、またはその疾患からの回復、であることがある。
本出願で使用する場合、アミノ酸配列間の「同一性パーセント（ｐｅｒｃｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」は、「相同性パーセント（ｐｅｒｃｅｎｔ ｈｏｍｏｌｏｇｙ）」と同義であり、これを、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９０） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７：２２６４－２２６８の、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０：５８７３－５８７７によって改変を受けた、アルゴリズムを用いて、決定する。この記載されたアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０） Ｊ．Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２１５：４０３－４１０の、ＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴ、のプログラムの中に組み込まれている。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２、を用いて行い、本出願に記載されるポリヌクレオチドに相同なヌクレオチド配列を得る。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３、を用いて行い、参考ポリペプチドに相同なアミノ酸配列を得る。比較の為のギャップが入ったアラインメント（ｇａｐｐｅｄ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）を得る為には、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７） Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９－３４０２に記載されているように、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを利用する。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ及びＮＢＬＡＳＴ）の既定パラメーターを、使用しても良い。
語句「薬学的に許容される担体」は、薬学的に許容される物質、組成物または媒体、例えば、身体のある臓器、または部分から、身体の別の臓器、または部分に、対象化合物を運搬すること、または輸送すること、に関与する、物質を封入する、液状または固形の充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒、等、を意味する。
用語「組み換え宿主細胞」（または、単に「宿主細胞」）は、細胞中に天然に存在しない核酸を含む細胞、例えば、組み換え発現ベクターを導入した細胞等、を指す。本発明に係る細胞は、特定の対象細胞だけでなく、そのような細胞の後代も含む、ということは理解されるべきである。ある特定の改変は、変異または環境の影響のいずれかにより、後の世代において起こることがあるので、そのような後代は、実際には、その親細胞と同一ではないかもしれないが、依然として本発明に係る細胞の用語の範囲内に含まれる。
用語「がん応答」、「免疫療法に対する応答」、または「Ｔ－細胞媒介性の細胞傷害の調節剤／免疫療法の併用療法に対する応答（ｒｅｓｐｏｎｓｅＴｏＭｏｄｕｌａｔｏｒｓ ｏｆＴ－ｃｅｌｌＭｅｄｉａｔｅｄ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ／ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎＴｈｅｒａｐｙ）」は、がん薬剤、例えば、Ｔ－細胞媒介性の細胞傷害の調節剤、及び免疫療法、に対する、過剰増殖性障害（例えば、がん）の任意の応答、好ましくは、ネオアジュバントまたはアジュバント療法を開始した後の、腫瘍重量及び／または体積の変化、に関する。用語「ネオアジュバント療法」は、一次治療の前に与えられる治療を指す。ネオアジュバント療法の例としては、化学療法、放射線療法、及びホルモン療法、を挙げることができる。過剰増殖性障害の応答性を、例えば、有効性について、またはネオアジュバント、若しくはアジュバント、の状況において、評価することがあるが、その場合、ＣＴ、ＰＥＴ、マンモグラム、超音波または触診、によって測定して、全身性に介入を行った後の腫瘍のサイズを、初期のサイズ及び寸法と、比較することがある。応答はまた、生検または外科的切除後の腫瘍を、キャリパー測定することによって、または病理学的な検査をすることによって、評価することもある。応答を、腫瘍体積におけるパーセンテージ変化のような定量的様式で、または「病理学的完全奏功」（“ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ”（ｐＣＲ））、「臨床的完全寛解」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ”（ｃＣＲ））、「臨床的部分寛解」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐａｒｔｉａｌ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ”（ｃＰＲ））、「臨床的安定」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓｔａｂｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ”（ｃＳＤ））、「臨床的進行」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｄｉｓｅａｓｅ”（ｃＰＤ））、若しくは他の定性的基準のような定性的様式で、記録することがある。過剰増殖性障害への応答性の評価を、ネオアジュバント療法またはアジュバント療法、の開始後早期に、例えば、数時間後、数日後、数週間後、または好ましくは数ヶ月後に、行うことがある。応答性の評価の為の典型的なエンドポイントは、ネオアジュバント化学療法の終了時、または残存腫瘍細胞、及び／または腫瘍床、を外科的に切除した時、である。これは、典型的には、ネオアジュバント療法の開始後３ヶ月である。いくつかの実施形態では、本出願に記載される治療的処置の臨床的な有効性を、臨床的有用率（ｃｌｉｎｉｃａｌ ｂｅｎｅｆｉｔ ｒａｔｅ（ＣＢＲ））を測定することによって、決定することがある。臨床的有用率は、治療終了から少なくとも６ヶ月の時点で、完全寛解（ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ（ＣＲ））にある患者のパーセンテージ、部分寛解（ｐａｒｔｉａｌ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ（ＰＲ））にある患者の数、及び安定（ｓｔａｂｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ（ＳＤ））である患者の数、の合計を決定することによって、測定する。この式を簡潔に表すと、６ヶ月にわたるＣＢＲ＝ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤである。いくつかの実施形態では、ある特定のがん治療レジメンのＣＢＲは、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、またはそれを超える。がん療法に対する応答性を評価する為の更なる基準は、「生存」に関する、これは、以下の全てを含む：死亡までの生存、全生存としても知られる（ここで、当該死亡は、因果関係または腫瘍関連のいずれかにもよらない）；「無再発生存（ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ－ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）」（ここで、用語再発は、局所再発及び遠隔再発、の両方を含む）；無転移生存（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）；無病生存（ｄｉｓｅａｓｅ ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）（ここで、用語疾患は、がん及びそれに関連する疾患、を含む）。当該生存の長さを、定義した開始点（例えば、診断の時間または治療の開始）及び終了点（例えば、死亡、再発または転移）を参考とすることによって、計算することがある。更に、治療の有効性の基準を、化学療法に対する応答性、生存の確率、所与の時間期間内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率、を含むように、拡張することがある。例えば、適切な敷居値を決定する為に、ある特定のがん治療レジメンを、対象の集団に処方することがある、及びそのアウトカム（ｏｕｔｃｏｍｅ）は、任意のがん治療を処方する前に決定したバイオマーカー測定値と、相関することがある。アウトカムの測定は、ネオアジュバントの設定において、処方される治療に対する病理学的な応答性であることがある。或いは、例えば、全生存及び無病生存等の、アウトカムの測定値を、バイオマーカー測定値が知られているがん療法後の対象について、ある期間にわたってモニタリングすることがある。ある特定の実施形態では、投与する用量は、がん治療薬剤について、当技術分野で既知の、標準的な用量である。対象をモニタリングする時間の期間は、変動することがある。例えば、対象を、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０ヶ月間、モニタリングすることがある。がん療法のアウトカムと相関するバイオマーカー測定の閾値は、実施例のセクションに記載されているものなど、当技術分野で周知の方法を用いて、決定することがある。
示されるように、これらの用語はまた、例えば、再発までの時間（これは、最初のイベントとしての二次原発がん、若しくは再発のエビデンスを伴わない死亡、によって打ち切られる、最初の再発までの期間、である）の増加によって反映されるような、または全生存（これは、治療から任意の要因による死亡までの期間である）の増加によって反映されるような、改善した予後、を指すこともある。応答すること、または応答性があることは、刺激に曝露されたときに、達成される有益なエンドポイントが存在すること、を意味する。或いは、刺激への曝露時に、ネガティブなまたは有害な症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）は、最小化する、緩和する、または減弱する。腫瘍または対象が好ましい応答を示す可能性を評価することは、腫瘍または対象が好ましい応答性を示さない（即ち、応答の欠如を示すか、または非－応答性、を示す）可能性を評価する、均等であることが理解される。
用語「抵抗性」は、がん療法に対する、がんサンプルまたは哺乳動物の、後天的なまたは自然の、抵抗性（即ち、治療的処置に応答しないか、または治療的処置への応答が減少している、若しくは限定的である）を指し、例えば、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、若しくはそれを超えて、例えば、２－倍、３－倍、４－倍、５－倍、１０－倍、１５－倍、２０－倍 若しくはそれを超えて、または間の、包含的な、任意の範囲、で．治療的処置への応答性が減少する。応答性の低下を、抵抗性が獲得される前の、同じがんサンプル若しくは哺乳動物、と比較することによって、または当該治療的処置に対して抵抗性を有さないことが知られている、種々のがんサンプル若しくは哺乳動物、と比較することによって、測定することがある。化学療法に対する典型的な後天的な抵抗性は「多剤耐性」と呼ばれる。多剤耐性は、Ｐ－糖タンパク質によって媒介されることがある、若しくは他のメカニズムによって媒介されることがある、または哺乳動物が、多剤耐性微生物若しくは微生物の組み合わせ、に感染した場合に生じることがある。治療的処置に対する抵抗性を判定することは、当技術分野においてルーチンである、及び当業者である臨床医の技術の範囲内である、例えば、「感作（ｓｅｎｓｉｔｉｚｉｎｇ）」として、本出願に記載されるような、細胞増殖アッセイ及び細胞死アッセイ、によって測定することがある。いくつかの実施形態では、用語「抵抗性を逆転させる（ｒｅｖｅｒｓｅｓ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）」は、一次がん療法（例えば、化学療法または放射線療法）と併せて、第２の薬剤を使用することによって、一次がん療法（例えば、化学療法または放射線療法）単独では、非処置の腫瘍の腫瘍体積と比較して、腫瘍体積を統計的有意に減少させることができない状況において、非処置の腫瘍の腫瘍体積と比較して、統計的有意なレベル（例えば、ｐ＜０．０５）で、腫瘍体積を有意に減少させることができること、を意味する。これを、一般に、未処置の腫瘍が対数的に成長しているときに、腫瘍体積の測定を行うことに、適用する。
少なくとも１種のバイオマーカーの、不存在若しくは存在、またはレベルを、検出する、または決定する、為に使用される用語「サンプル」は、典型的には、脳組織、脳脊髄流体、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（ｓｔｏｏｌ）（例えば、糞便（ｆｅｃｅｓ））、涙、及び任意の他の身体の流体（例えば、「体液」としての定義のもとで上述される）、または組織サンプル（例えば、生検）、例えば、小腸、大腸サンプル、または外科的切除組織である。いくつかの実施形態では、本発明によって包含される方法は、当該サンプル中の少なくとも１種のマーカーの、不存在若しくは存在、またはレベルを、検出する、または決定する、前に、その個体から当該サンプルを得るステップ、を更に含む。
用語「感受性にする」は、がん細胞または腫瘍細胞を、がん療法（例えば、抗－免疫チェックポイント、化学療法、及び／または放射線療法）を使って、その関連がんを、より効果的に治療することができるようにする為の方法で、変化させることを意味する。いくつかの実施形態では、当該治療によって、正常な細胞が過度に傷つく程には、当該正常な細胞は、影響を受けない。治療的処置に対する、感受性の増加を、または感受性の減少を、例えば、限定されるものではないが、細胞増殖アッセイ（Ｔａｎｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．（１９８２） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ４２：２１５９－２１６４）、及び細胞死アッセイ（Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ｅｔ ａｌ．（１９８４） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ９４：１６１－１７３；Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ｅｔ ａｌ．（１９８５） ＣａｎｃｅｒＴｒｅａｔ Ｒｅｐ． ６９：６１５－６３２；Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ｅｔ ａｌ．、Ｉｎ： Ｋａｓｐｅｒｓ Ｇ Ｊ Ｌ、Ｐｉｅｔｅｒｓ Ｒ，Ｔｗｅｎｔｙｍａｎ Ｐ Ｒ、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ＬＭ、Ｖｅｅｒｍａｎ Ａ Ｊ Ｐ、ｅｄｓ． Ｄｒｕｇ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ Ｌｅｕｋｅｍｉａ ａｎｄ Ｌｙｍｐｈｏｍａ． Ｌａｎｇｈｏｒｎｅ、Ｐ Ａ： Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、１９９３：４１５－４３２；Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ（１９９４） Ｃｏｎｔｒｉｂ． Ｇｙｎｅｃｏｌ． Ｏｂｓｔｅｔ． １９：８２－９０） 等、本出願において以下に記載する、特定の治療及び方法の為の、当技術分野における既知の方法に従って、測定する。感受性または抵抗性をまた、動物において、ある期間（例えば、ヒトについては６月、及びマウスについては４～６週）での腫瘍サイズの減少を測定することによって、測定することもある。組成物はまたは方法は、そのような組成物がまたはそのような方法が無い場合での治療への感受性または抵抗性と比較して、治療への感受性の増加が、または抵抗性の減少が、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、若しくはそれを超えて、例えば、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、若しくはそれを超えて、または間の、包含的な、任意の範囲、になる場合、治療的処置への応答性を感受性にする。治療的処置に対する、感受性の決定は、または抵抗性の決定は、当技術分野において、ルーチンである、及び通常の技術を有する臨床医の技術の範囲内である。がん療法の有効性を高める為の、本出願に記載される任意の方法を、過剰増殖性の細胞を、またはその他のがん性細胞（例えば、抵抗性細胞）を、当該がん療法に対して感受性にさせる為の方法に、等しく適用することができることを、理解されたい。
用語「低分子」は、当技術分野の用語である、及び分子量約１０００未満の分子、または分子量約５００未満の分子、を含む。１つの実施形態では、低分子は、ペプチド結合だけで構成されているわけではない。別の実施形態では、低分子は、オリゴマーではない。活性をスクリーニングすることがある例示的な低分子化合物としては、限定されるものではないが、ペプチド、ペプチドミメティック（ｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃｓ）、核酸、糖類（ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅｓ）、有機低分子（例えば、ポリケチド（ｐｏｌｙｋｅｔｉｄｅｓ））（Ｃａｎｅ ｅｔ ａｌ．（１９９８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８２：６３－６８）、及び天然物抽出ライブラリ、が挙げられる。別の実施形態では、当該化合物は、低分子有機非－ペプチド化合物である。更なる実施形態では、低分子は、生合成的ではない。
用語「特異的結合」は、結合タンパク質が所定の抗原に結合することを指す。典型的には、結合アッセイ、例えば、分析物として関心とする抗原を、及びリガンドとして結合タンパク質を、使用する、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）アッセイ装置での表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術、で測定した場合、当該結合タンパク質は、凡そ、約５×１０－４Ｍ以下、約１×１０－４Ｍ以下、約５×１０－５Ｍ以下、約１×１０－５Ｍ以下、約５×１０－６Ｍ以下、約１×１０－６Ｍ以下、約５×１０－７Ｍ以下、約１×１０－７Ｍ以下、約５×１０－８Ｍ以下、約１×１０－８Ｍ以下、約５×１０－９Ｍ以下、約１×１０－９Ｍ以下、約５×１０－１０Ｍ以下、約１×１０－１０Ｍ以下、約５×１０－１１Ｍ以下、約１×１０－１１Ｍ以下、約５×１０－１２Ｍ以下、約１×１０－１２Ｍ以下、若しくは更により小さな値の、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、約１－５０μＭ（マイクロモラ）、１－１００μＭ（マイクロモラ）、０．１－５００μＭ（マイクロモラ）等、という親和性（ＫＤ）で結合する。いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、所定の抗原以外の、または密接に関連する抗原以外の、非－特異的抗原（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）への結合に対するその親和性よりも、少なくとも１．１－、１．２－、１．３－、１．４－、１．５－、１．６－、１．７－、１．８－、１．９－、２．０－、２．５－、３．０－、３．５－、４．０－、４．５－、５．０－、６．０－、７．０－、８．０－、９．０－、若しくは１０．０－倍、またはより大きい、親和性で、所定の抗原に結合する。語句「抗原を認識する結合タンパク質」及び「抗原に特異的な結合タンパク質」を、本出願では、用語「抗原に特異的に結合する結合タンパク質」と互換的に使用する。選択的な結合は、ある抗原の結合を、別の抗原の結合から（例えば、特定のファミリーのメンバーまたは抗原ターゲットの結合を、関連するファミリーのメンバーまたは抗原ターゲットの結合から）識別する結合タンパク質の能力を指す、関連する用語である。例えば、実施例のセクションで提供する解析データは、本出願に記載される結合タンパク質が、ＨＡ－２免疫原性エピトープに特異的に結合すること、及び／または多くの関連するエピトープ（例えば、ＨＡ－２免疫原性エピトープ及び密接な関連する配列）に選択的に結合すること（そのようなターゲットを、大多数の、ヒト・ゲノムにおいて利用可能な他の考えられるエピトープから区別する）、を実証する。
用語「対象」は、任意の健常な動物、哺乳動物若しくはヒト、またはＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に罹患している、任意の動物、哺乳動物若しくはヒト、を指す。用語「対象」は、「患者」と互換である。
用語「生存（ｓｕｒｖｉｖｅ）」は、以下の全てを含む：全生存としても知られる、死亡までの生存（ここで、当該死亡は、原因または腫瘍関連のいずれとも無関係であっても良い）；「無再発生存（ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ－ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）」（ここで、再発という用語は、局所での再発及び遠隔での再発、の両方を含む）；無転移生存（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）；無病生存（ｄｉｓｅａｓｅ ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）（ここで、病（疾患）（ｄｉｓｅａｓｅ）という用語は、がん及びそれに関連する疾患、を含む）。当該生存の長さを、定義した開始点（例えば、診断または治療の開始、の時間）及び終了点（例えば、死亡、再発または転移）を参照することによって、計算することができる。更に、治療の有効性の基準を、拡張して、化学療法に対する応答性、生存の確率、所与の時間期間内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率、を挙げることができる。
用語「相乗効果」は、がん薬剤／療法単独の別個の効果の合計よりも大きい、２種以上の薬剤（例えば、本出願に記載されるＨＡ－２－関連薬剤、及びＨＡ－２の発現を特徴とする障害を治療する為の別の療法）の併用効果、を指す。
本出願で使用される場合、用語「Ｔ細胞－媒介性応答（Ｔ ｃｅｌｌ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ）」は、Ｔ細胞、例えば、エフェクターＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋細胞）及びヘルパーＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋細胞）等、によって媒介される応答を指す。Ｔ細胞－媒介性応答としては、例えば、Ｔ細胞の細胞傷害及び増殖、が挙げられる。
「転写されたポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド転写物」は、バイオマーカー核酸の転写、ならびに、もしあれば、ＲＮＡ転写物の正常な転写後プロセシング（例えば、スプライシング）、及び当該ＲＮＡ転写物の逆転写、によって作製される、成熟ｍＲＮＡの、全部とまたは一部と、相補的であるまたは相同的である、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはそのようなＲＮＡの若しくはｃＤＮＡのアナログ）である。
「Ｔ細胞」は、胸腺において成熟する、及びＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）を産生する、免疫系細胞である。Ｔ細胞は、ナイーブ（抗原に曝露されていない；ＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ１２７、及びＣＤ４５ＲＡの発現が増加している、ならびにＣＤ４５ＲＯの発現が減少している）、メモリーＴ細胞（ＴＭ）（抗原経験済み、及び長く生存している）、ならびにエフェクター細胞（抗原経験済み、細胞傷害性）、であることがある。ＴＭは、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）（ＴＣＭ、ナイーブＴ細胞と比較した場合、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＯ、及びＣＤ９５の発現が増加している、ならびにＣＤ５４ＲＡの発現が減少している）、ならびにエフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）（ＴＥＭ、ナイーブＴ細胞またはＴＣＭと比較した場合、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ４５ＲＡの発現が減少している、ならびにＣＤ１２７の発現が増加している）、のサブセットに、更に分けることができる。エフェクターＴ細胞（ＴＥ）は、ＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８の発現が減少している、ならびにグランザイム及びパーフォリンについてポジティブである、抗原経験済みのＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球、を指す。他の例示的なＴ細胞としては、調節性Ｔ細胞、例えばＣＤ４＋ ＣＤ２５＋（Ｆｏｘｐ３＋）調節性Ｔ細胞、及びＴｒｅｇｌ７細胞、ならびにＴｒｌ、Ｔｈ３、ＣＤ８＋ ＣＤ２８、及びＱａ－１拘束性Ｔ細胞（Ｑａ－１ ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄＴ ｃｅｌｌ）、が挙げられる。
従来のＴ細胞（ＴｃｏｎｖまたはＴｅｆｆとしても知られる）は、エフェクター機能（例えば、サイトカイン分泌、細胞傷害活性、抗－自己－認識、等）を有し、１種以上のＴ細胞レセプターが発現することによって、免疫応答を増大させる。ＴｃｏｎまたはＴｅｆｆは、一般に、Ｔｒｅｇではない任意のＴ細胞集団として定義され、例えば、ナイーブＴ細胞、活性化Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、休止Ｔｃｏｎ（ｒｅｓｔｉｎｇＴｃｏｎ）、または、例えば、Ｔｈ１系統に若しくはＴｈ２系統に向かって分化したＴｃｏｎ、が挙げられる。いくつかの実施形態では、Ｔｅｆｆは、非－ＴｒｅｇＴ細胞のサブセットである。いくつかの実施形態では、Ｔｅｆｆは、ＣＤ４＋Ｔｅｆｆ、またはＣＤ８＋Ｔｅｆｆ、例えばＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（例えば、Ｔｈ０、Ｔｈ１、Ｔｆｈ、若しくはＴｈ１７）、及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球、である。本出願で更に記載されるように、細胞傷害性Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球である。「ナイーブＴｃｏｎ」は、骨髄で分化したＣＤ４＋Ｔ細胞である、ならびに胸腺における中心選択（ｃｅｎｔｒａｌ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）の、ポジティブ・プロセス及びネガティブ・プロセスを、首尾よく経たが、抗原への曝露によってまだ活性化されていない。ナイーブＴｃｏｎは、一般に、Ｌ－セレクチン（ＣＤ６２Ｌ）の表面発現、ＣＤ２５、ＣＤ４４またはＣＤ６９等の活性化マーカーが存在しないこと、及びＣＤ４５ＲＯ等のメモリー・マーカーが存在しないこと、を特徴とする。従って、ナイーブＴｃｏｎは、静止している、及び非－分裂である、ホメオスタシス生存の為に、インターロイキン－７（ＩＬ－７）及びインターロイキン－１５（ＩＬ－１５）、を必要とすると考えられている（少なくとも、ＷＯ ２０１０／１０１８７０を参照されたい）。そのような細胞の、存在及び活性は、免疫応答を抑制する状況において、望ましくない。Ｔｒｅｇとは異なり、Ｔｃｏｎは、アネルギー性（ａｎｅｒｇｉｃ）ではない、及び抗原に基づくＴ細胞レセプター活性化に応じて、増殖することがある（Ｌｅｃｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｐｈｉｌｏｓ．Ｔｒａｎｓ． Ｒ． Ｓｏｃ．Ｌｏｎｄ． Ｂｉｏｌ． Ｓｃｉ． ３５６：６２５－６３７）。
「Ｔエフェクター」（「Ｔｅｆｆ」または「ＴＥ」）細胞は、細胞溶解活性を有するＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞）、ならびにＴヘルパー（Ｔｈ）細胞を指し、サイトカインを分泌する、ならびに他の免疫細胞を活性化する及び他の免疫細胞に指令を送る、しかし、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ細胞）を含まない。
「Ｔ細胞レセプター」または「ＴＣＲ」は、ＭＨＣレセプターに結合した抗原ペプチドに（例えば、特異的に、及び／または選択的に）結合することができる、免疫グロブリン・スーパーファミリーのメンバー（可変結合ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域、及び短い細胞質尾部、を有する；例えば、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９７） Ｃｕｒｒ． Ｂｉｏｌ． Ｐｕｂｌ． ４：３３、を参照）である。ＴＣＲは、細胞の表面上に、または可溶型として、見出すことができる、及び一般的に、アルファ鎖及びベータ鎖（それぞれ、ＴＣＲα及びＴＣＲβ、としても知られる）を、またはγ鎖及びδ鎖（それぞれ、ＴＣＲγ及びＴＣＲδ、としても知られる）を、有するヘテロ二量体からなる。免疫グロブリン（例えば、抗体）のように、ＴＣＲ鎖（例えば、α鎖及びβ鎖）の細胞外部分は、２つの免疫グロブリン・ドメイン：Ｎ－末端に、可変ドメイン（例えば、α－鎖可変ドメインまたはＶα、及びβ－鎖可変ドメインまたはＶβ；典型的には、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいたアミノ酸１から１１６（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（１９９１） ”Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｌｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、ＵＳ Ｄｅｐｔ． Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、第５版））、ならびにＣ－末端に及び細胞膜に近接して、１つの定常ドメイン（例えば、α－鎖定常ドメインまたはＣα、典型的には、Ｋａｂａｔに基づいたアミノ酸１１７から２５９、β－鎖定常ドメインまたはＣβ、典型的には、Ｋａｂａｔに基づいたアミノ酸１１７から２９５）、を含む。免疫グロブリンとまた同様に、当該可変ドメインは、骨格領域（「ＦＲ」）によって分離された、相補性決定領域（「ＣＤＲ」、超可変領域または「ＨＶＲ」とも呼ばれる）を含む（例えば、Ｆｏｒｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９０） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ Ｓｃｉ． ＵＳ．Ａ． ８７：９１３８；Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．（１９８８） ＥＭＢＯ Ｊ． ７：３７４５；Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｄｅｖ． Ｃｏｍｐ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２７：５５、を参照）。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、Ｔ細胞（またはＴリンパ球）の表面上に見出され、ＣＤ３複合体と会合する。本発明によって包含されるＴＣＲの供給源は、様々な動物種、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、または他の哺乳動物等、に由来することがある。
用語「Ｔ細胞レセプター」または「ＴＣＲ」は、完全なＴＣＲ、ならびにその抗原結合部分または抗原結合フラグメント、を包含すると理解されるべきである。いくつかの実施形態では、当該ＴＣＲは、インタクトなまたは完全長のＴＣＲ、例えば、αβ型のＴＣＲまたはγδ型のＴＣＲ等、である。いくつかの実施形態では、当該ＴＣＲは、完全長ＴＣＲよりも短いが、ＭＨＣ分子中に結合した特定のペプチドに結合する、例えば、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、抗原結合部分である。いくつかの場合では、ＴＣＲの抗原結合部分またはフラグメントは、完全長のＴＣＲのまたはインタクトなＴＣＲの、構造ドメインの一部分しか含まないが、完全長のＴＣＲが結合する、ペプチド・エピトープ（例えば、ＭＨＣ－ペプチド複合体等）に、依然として結合することができる。いくつかの場合では、抗原結合部分は、特定のＭＨＣ－ペプチド複合体への結合の為の結合部位を形成するのに十分な、ＴＣＲの可変ドメイン（例えば、ＴＣＲの、可変α鎖及び可変β鎖等）を含む。一般的に、ＴＣＲの可変鎖は、ペプチド、ＭＨＣ及び／またはＭＨＣ－ペプチド複合体の認識に関与する、相補性決定領域（ＣＤＲ）、を含む。
命名法は、国際免疫遺伝学情報システム（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ＩＭＧＴ））によって確立された（Ｓｃａｖｉｎｅｒ ａｎｄ Ｌｅｆｒａｎｃ（２０００） Ｅｘｐ． Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ． １７：８３－９６ ａｎｄ ９７－１０６；Ｆｏｌｃｈ ａｎｄ Ｌｅｆｒａｎｃ（２０００） Ｅｘｐ． Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ、１７：１０７－１１４；Ｔ Ｃｅｌｌ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｆａｃｔｓｂｏｏｋ”，（２００１） ＬｅＦｒａｎｃ ａｎｄ ＬｅＦｒａｎｃ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、ＩＳＢＮ ０－１２－４４１３５２－８も参照）。当該ＩＭＧＴは、ＴＣＲを記載する為に使用される固有の配列を提供する、及び本出願で記載される配列を、本出願で提供されるそのような固有の配列を参考とすることによって、同定することがある。ＴＣＲ配列は、ｉｍｇｔ．ｏｒｇのＩＭＧＴデータベースで、公に入手可能である。
上記のように、天然のアルファ／ベータ・ヘテロ二量体ＴＣＲは、アルファ鎖及びベータ鎖を有する。概して、それぞれの鎖は、可変領域、連結領域（ｊｏｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）、及び定常領域を含む、ならびに当該ベータ鎖はまた、通常、可変領域と連結領域との間に、短い多様性領域（ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｒｅｇｉｏｎ）を含む、しかし、この多様性領域は、しばしば、連結領域の一部とみなされる。各々の可変領域は、骨格配列に埋め込まれた、３つの超可変ＣＤＲ（相補性決定領域）を含む。ＣＤＲ３は、抗原認識の主なメディエーター（ｍｅｄｉａｔｏｒ）であることがよく知られている。いくつかのタイプのアルファ鎖可変（Ｖα）領域、及びいくつかのタイプのベータ鎖可変（Ｖβ）領域があり、これらは、それらの骨格、ＣＤＲ１及びＣＤＲ２配列によって、ならびに部分的に定義されたＣＤＲ３配列によって、区別される。当該Ｖαタイプを、ＩＭＧＴ命名法において、固有のＴＲＡＶ番号によって、参照する。例えば、「ＴＲＡＶ４」は、固有の骨格、ならびにＣＤＲ１及びＣＤＲ２配列、を有する、ならびにＴＣＲからＴＣＲまで保存されるアミノ酸配列によって部分的に定義されるが、ＴＣＲからＴＣＲまで変化するアミノ酸配列も含む、ＣＤＲ３配列を有する、ＴＣＲ Ｖα領域を定義する。同様に、「ＴＲＢＶ２」は、固有の骨格、ならびにＣＤＲ１及びＣＤＲ２配列、を有するが、部分的に定義されたＣＤＲ３配列のみを有する、ＴＣＲ Ｖβ領域を定義する。それぞれ、アルファ遺伝子座内に、及びベータ遺伝子座内に、５４種のアルファ可変遺伝子が存在すること（そのうち４４種が機能的である）、及び６７種のベータ可変遺伝子が存在すること（そのうち４２種が機能的である）、が知られている。
同様に、当該ＴＣＲの連結領域は、固有のＩＭＧＴＴＲＡＪ及びＴＲＢＪ命名法によって、定義される、ならびに当該定常領域は、ＩＭＧＴＴＲＡＣ及びＴＲＢＣ命名法によって、定義される。ベータ鎖の多様性領域は、ＩＭＧＴ命名法では、略語ＴＲＢＤと呼ばれる、及び、記載したように、連結したＴＲＢＤ／ＴＲＢＪ領域は、しばしば、一緒に連結領域とみなされる。
ＴＣＲアルファ及びベータ鎖をコードする遺伝子プールは、種々の染色体上に位置し、別個のＶ、（Ｄ）、Ｊ及びＣ遺伝子セグメントを含み、これらは、Ｔ細胞発生の過程での再配列化によって、一緒になる。これは、５４種のＴＣＲアルファ可変遺伝子と６１種のアルファＪ遺伝子との間、または６７種のベータ可変遺伝子、２種のベータＤ遺伝子と１３種のベータＪ遺伝子との間、で起こる得る多数の組み換え事象の為に、Ｔ細胞アルファ及びベータ鎖に対して、非常に高度な多様性をもたらす。組み換えプロセスは正確ではなく、当該ＣＤＲ３領域内に更なる多様性を導入する。各々のアルファ及びベータ可変遺伝子はまた、ＩＭＧＴ命名法において、それぞれＴＲＡＶｘｘ＊０１及び＊０２、またはＴＲＢＶｘ－ｘ＊０１及び＊０２、と命名される対立遺伝子バリアントを含むこともあり、それ故に、多様性の量が更に増加する。同様に、ＴＲＢＪ配列のいくつかは、２種の既知の多様性を有する。（なお、「＊」修飾子がないことは、関連する配列について、１種の対立遺伝子のみが知られていることを意味する）。組み換え及び胸腺での選択から生じるヒトＴＣＲの天然のレパートリーは、ＣＤＲ３多様性から決定される、約１０６種の固有のベータ鎖配列を含むと推定されており（Ａｒｓｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．（１９９９） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８６：９５８－９６１）、更に高くなることすらあり得る（Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００９） Ｂｌｏｏｄ １１４：４０９９－４１０７）。各々のベータ鎖は、少なくとも２５種の異なったアルファ鎖と対合すると推定され、それ故に、種々の多様性が生じる（Ａｒｓｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．（１９９９） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８６：９５８－９６１）。
従って、用語「ＴＣＲアルファ可変ドメイン」は、ＴＲＡＶ及びＴＲＡＪ領域が連結したもの；ＴＲＡＶ領域のみ；またはＴＲＡＶ及び一部のＴＲＡＪ領域、を指す、ならびに用語ＴＣＲアルファ定常ドメインは、細胞外ＴＲＡＣ領域、またはＣ－末端が切り取られた若しくは全長のＴＲＡＣ配列、を指す。同様に、用語「ＴＣＲベータ可変ドメイン」は、ＴＲＢＶ及びＴＲＢＤ／ＴＲＢＪ領域が連結したもの；ＴＲＢＶ及びＴＲＢＤ領域のみ；ＴＲＢＶ及びＴＲＢＪ領域のみ；またはＴＲＢＶならびに一部のＴＲＢＤ及び／またはＴＲＢＪ領域、を指す。そして、用語ＴＣＲベータ定常ドメインは、細胞外ＴＲＢＣ領域、またはＣ－末端が切り取られた若しくは全長のＴＲＢＣ配列、を指す。これらのＴＣＲアルファ可変ドメイン及びＴＣＲベータ可変ドメインの命名法は、ガンマ／デルタＴＣＲについて、それぞれ、ＴＣＲガンマ鎖及びＴＣＲデルタ鎖の可変ドメインに、同様に、適用される。当業者は、例えば、公的に利用可能なＩＭＧＴデータベースを介して等、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣの遺伝子配列を、得ることができる。
用語「ＴＣＲ複合体」は、ＣＤ３とＴＣＲとの会合によって形成される複合体を指す。例えば、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲα鎖、及びＴＣＲβ鎖、から構成されることがある。或いは、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲγ鎖、及びＴＣＲδ鎖、から構成されることがある。
用語「治療効果」は、薬学的に活性な物質によって引き起こされる、動物、特に哺乳動物、より具体的にはヒト、における、局所的なまたは全身的な効果、を指す。それ故に、その用語は、疾患の診断、治癒、軽減、治療または予防、の際に、または動物若しくはヒトにおける、望ましい、身体的な若しくは精神的な、発達及び状態、を向上させる際に、使用することを意図した任意の物質、を意味する。
用語「治療有効量」及び「有効量」は、任意の治療に適用可能な、合理的な利益／リスク比で、動物の中の細胞の少なくともサブ集団において、何らかの所望の効果（例えば、所望の局所的なまたは全身的な治療効果等）をもたらす物質の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、当該物質の、治療指数、溶解性、薬物動態、半減期、等に依存する。対象化合物の毒性及び治療有効性を、細胞培養または実験動物における、標準的な薬学的な方法（例えば、ＬＤ５０及びＥＤ５０を決定する為の方法）によって、決定することがある。いくつかの実施形態では、大きな治療指数を示す化合物を使用する。いくつかの実施形態では、ＬＤ５０（致死用量）を、測定することがあり、例えば、当該薬剤を投与しない場合と比較して、当該薬剤について、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、またはそれを超えて、減少することがある。同様に、ＥＤ５０（即ち、症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）を、最大の半分で、阻害することができる濃度）を、測定することがあり、例えば、当該薬剤を投与しない場合と比較して、当該薬剤について、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、またはそれを超えて、増加することがある。また、同様に、ＩＣ５０を測定することがあり、例えば、当該薬剤を投与しない場合と比較して、当該薬剤について、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、またはそれを超えて、増加することがある。いくつかの実施形態では、アッセイにおけるＴ細胞免疫応答は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または更に１００％、増加することがある。別の実施形態では、ウイルス負荷は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％すら、減少することがある。
用語「治療する」は、関心とする症状（例えば、疾患または障害）の、治療的な管理または改善、を指す。治療としては、限定されるものではないが、薬剤または組成物（例えば、医薬組成物）を対象に投与すること、が挙げられる。治療は、典型的には、当該対象に有益な様式で、疾患（この用語は、任意の疾患、障害、症候群、または療法を正当化する若しくは潜在的に正当化する望ましくない症状、を示す為に使用される）の経過を変える為に行われる。治療の効果としては、疾患、または疾患の１つ以上の症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）若しくは兆候（ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ）、を逆転すること、を軽減すること、の重症度を低減すること、の発症を遅延させること、を治癒すること、の進行を阻害すること、及び／または、の発生若しくは再発の可能性を低減すること、が挙げられる。治療の望ましい効果としては、限定されるものではないが、疾患の発症または再発の予防、症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）の緩和、疾患に関する任意の直接的なまたは間接的な病態結果の減少、転移の予防、疾患進行の速度の減少、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後の改善、が挙げられる。治療薬剤を、一般集団のメンバーと比較して、疾患を有する、または疾患を発症するリスクが高い、対象に投与することがある。いくつかの実施形態では、治療薬剤を、疾患を有していたが、もはや疾患のエビデンスを示さない、対象に投与することがある。当該薬剤を、例えば、疾患がはっきりと再発する可能性を低減する為に、投与することがある。治療薬剤を、予防的に、即ち、疾患の任意の症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）または兆候（ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ）を発症する前に、投与することがある。「予防的治療（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃＴｒｅａｔｍｅｎｔ）」とは、例えば、疾患が発生する可能性を減らす為に、または疾患が発生した場合に疾患の重症度を減らす為に、疾患を発症していないか、または疾患の証拠を示さない、対象に内科的な及び／または外科的な治療を提供すること、を指す。当該対象は、当該疾患を発症するリスクがあるとして（例えば、一般集団と比較してリスクが高い、または疾患を発症する可能性を増大させるリスク・ファクターを有する、として）、同定されていることがある。
用語「不応答性」としては、治療に対するがん細胞の不応性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）、または刺激（例えば、活性化レセプターまたはサイトカインを介する刺激）に対する治療用細胞（例えば、免疫細胞等）の不応性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）、が挙げられる。不応答性は、例えば、免疫抑制剤への曝露、または高用量の抗原への曝露の為に、生じることがある。本出願で使用する場合、用語「アネルギー」または「寛容」としては、活性化レセプター媒介性刺激に対する不応性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）、が挙げられる。そのような不応性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）は、広く抗原特異的であり、寛容化抗原への曝露が止んだ後も持続する。例えば、Ｔ細胞におけるアネルギー（不応答性とは対照的に）は、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）産生の欠如、を特徴とする。Ｔ細胞アネルギーは、Ｔ細胞が抗原に曝露され、且つ第２のシグナル（共－刺激シグナル）の非存在下で第１のシグナル（Ｔ細胞レセプターまたはＣＤ－３媒介シグナル）を受ける場合に、起こる。これらの条件下では、同じ抗原に当該細胞が再曝露されると（たとえ共－刺激ポリペプチドの存在下で再曝露が起こったとしても）、サイトカインを産生することができず、それ故に増殖することができない。しかしながら、アネルギー性Ｔ細胞は、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）と共に培養した場合、増殖することがある。例えば、Ｔ細胞アネルギーはまた、ＥＬＩＳＡまたは指標細胞株を使用する増殖アッセイによって測定する場合、Ｔリンパ球によるＩＬ－２産生の欠如によって、観察されることもある。或いは、レポーター遺伝子構築物を使用してもよい。例えば、アネルギー性Ｔ細胞は、５’ ＩＬ－２遺伝子エンハンサーの制御下でヘテロなプロモーターによって、または当該エンハンサー内に見出され得るＡＰ１配列の多量体によって、誘導されるＩＬ－２遺伝子の転写を、開始することができない（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９２） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１１３４）。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、免疫グロブリン・スーパーファミリー結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）が抗原に結合することに関与する、免疫グロブリン・スーパーファミリー結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ α－鎖若しくはβ－鎖［またはγδＴＣＲのγ鎖及びδ鎖］）のドメインを指す。天然ＴＣＲのα－鎖及びβ－鎖の可変ドメイン（それぞれ、Ｖα及びＶβ）は、一般に、類似した構造を有し、各々のドメインは、４つの保存された骨格領域（ＦＲ）及び３つのＣＤＲ、を含む。Ｖαドメインは、２つの別々のＤＮＡセグメント、可変遺伝子セグメント及び連結遺伝子セグメント（Ｖ－Ｊ）によってコードされる；Ｖβドメインは、３つの別々のＤＮＡセグメント、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント、及び連結遺伝子セグメント（Ｖ－Ｄ－Ｊ）によってコードされる。単一のＶαまたはＶβドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。更に、特定の抗原に結合するＴＣＲを、当該抗原に結合するＴＣＲに由来するＶαまたはＶβドメインを使用して、単離し、それぞれ、相補的なＶαまたはＶβドメインのライブラリをスクリーニングすることがある。
用語「ベクター」は、それに連結している別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。いくつかの実施形態では、ベクターは、エピソーム、即ち、染色体－外の複製が可能な核酸である。いくつかの実施形態では、ベクターは、それに連結している核酸を、自律的に複製することが、及び／または発現することが、可能なベクター、である。遺伝子の発現を指示することができるベクター（その遺伝子は、ベクターに、作動可能に、連結している）を、本出願において、「発現ベクター」と呼ぶ。概して、組み換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしば、「プラスミド」（これは、一般に環状二本鎖ＤＮＡループを指し、それらのベクターの形態では、染色体に結合していない）の形態である。本明細書では、プラスミドがベクターの最も一般的に使用される形態であるので、「プラスミド」及び「ベクター」を、互換的に使用する。しかし、当業者によって理解されるように、本発明は、均等な機能を果たし、その後当技術分野で既知になるような、他の形態の発現ベクター、を含むことが意図される。
特定のタンパク質のアミノ酸配列と、当該タンパク質をコードすることができるヌクレオチド配列との間には、遺伝コードによって定義されるように（以下に示す）、既知の明確な対応がある。同様に、特定の核酸のヌクレオチド配列と、その核酸によってコードされるアミノ酸配列との間には、遺伝コードによって定義されるように、既知の明確な対応がある。
当該遺伝コードの、重要な且つ周知の特徴は、その冗長性であり、それによって、タンパク質を作製する為に使用されるアミノ酸の大部分について、２つ以上のコーディング・ヌクレオチド・トリプレットが使用され得る（上記した）。従って、いくつかの様々なヌクレオチド配列が、所与のアミノ酸配列をコードし得る。そのようなヌクレオチド配列は、すべての生物において、同じアミノ酸配列の産生をもたらすので、機能的に均等であると考えられる（しかし、ある種の生物は、ある種の配列を、他の生物よりも効率的に、翻訳することができる）。更に、時折、プリンまたはピリミジンのメチル化バリアントが、所与のヌクレオチド配列中に見出されることがある。そのようなメチル化は、トリヌクレオチド・コドンとその対応するアミノ酸との間のコード関係に、影響を及ぼすことは無い。
上記を考慮して、バイオマーカー核酸（またはその任意の一部）をコードするＤＮＡまたはＲＮＡのヌクレオチド配列を使用して、ＤＮＡまたはＲＮＡをアミノ酸配列に翻訳する為の遺伝コードを使用しながら、ポリペプチド・アミノ酸配列を導くことがある。同様に、ポリペプチド・アミノ酸配列について、当該ポリペプチドをコードすることがある対応するヌクレオチド配列を、当該遺伝コードから推定することができる（これは、その冗長性の為に、任意の所与のアミノ酸配列について、複数の核酸配列が生成される）。従って、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に関する本出願における記載及び／または開示には、当該ヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列の記載及び／または開示も含まれる、と考えるべきである。同様に、本出願におけるポリペプチド・アミノ酸配列の記載及び／または開示には、当該アミノ酸配列をコードすることができる、全ての考えられるヌクレオチド配列の記載及び／または開示も含まれる、と考えるべきである。
ＩＩ． 結合タンパク質
本発明によって包含される態様では、本出願は、ＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ分子）の中にＨＡ－２免疫原性ペプチドを含む、ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体（例えば、安定的にペプチドを提供するＭＨＣ複合体）に結合する、結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、約５×１０－４Ｍ以下、約１×１０－４Ｍ以下、約５×１０－５Ｍ以下、約１×１０－５Ｍ以下、約５×１０－６Ｍ以下、約１×１０－６Ｍ以下、約５×１０－７Ｍ以下、約１×１０－７Ｍ以下、約５×１０－８Ｍ以下、約１×１０－８Ｍ以下、約５×１０－９Ｍ以下、約１×１０－９Ｍ以下、約５×１０－１０Ｍ以下、約１×１０－１０Ｍ以下、約５×１０－１１Ｍ以下、約１×１０－１１Ｍ以下、約５×１０－１２Ｍ以下、約１×１０－１２Ｍ以下、または、間の、包含的な、任意の範囲、例えば、約１－５０μＭ、１－１００μＭ、０．１－５００μＭ、の間等の、Ｋｄで、ＨＡ－２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、（例えば、特異的に及び／または選択的に）結合することができる。いくつかの実施形態では、当該ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖、を含む。いくつかの実施形態では、当該ＨＬＡ対立遺伝子を、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊２０７対立遺伝子からなる群より選択する。特定の実施形態では、当該ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１である。いくつかの実施形態では、本出願で提供される結合タンパク質は、遺伝子操作されている、単離されている、及び／または精製されている。
いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対して、既知のＴ－細胞レセプターが有しているよりも、より高い結合親和性を有する。例えば、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対して、既知のＴ－細胞レセプター（例えば、ａ ＴＣＲ ｆｒｏｍ ｖａｎ Ｌｏｅｎｅｎ ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． １０７：１０９７２－１０９７７ または本出願に記載されるその他のもの）が有しているよりも、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍、５０００倍、１００００倍、５００００倍、１０００００倍、５０００００倍、１００００００倍、若しくはそれを超えて、または、間の、包含的な、任意の範囲、例えば、１．２倍から２倍まで、等、より高い結合親和性を有する。
いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２の発現が一定以下であるターゲット細胞と接触させた場合、既知のＴ－細胞レセプターが有しているよりも、より高いＴ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ ｋｉｌｌｉｎｇ）、を誘導する（例えば、様々なレベルでＨＡ－２を発現する代表的な細胞株については表４を参照されたい）。例えば、本出願に記載される任意の態様のいくつかの実施形態では、ＨＡ－２レベルを、１００万当たりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒＭｉｌｌｉｏｎ）、として、表すことがある、ならびに、例えば、約１０００の、１００万個の転写物当たりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒＭｉｌｌｉｏｎＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ（ＴＰＭ））（約１０００ＴＰＭ）以下、９５０ＴＰＭ、９００ＴＰＭ、８５０ＴＰＭ、８００ＴＰＭ、７５０ＴＰＭ、７００ＴＰＭ、６５０ＴＰＭ、６００ＴＰＭ、５５０ＴＰＭ、５００ＴＰＭ、４５０ＴＰＭ、４００ＴＰＭ、３５０ＴＰＭ、３００ＴＰＭ、２５０ＴＰＭ、２００ＴＰＭ、１５０ＴＰＭ、１００ＴＰＭ、９５ＴＰＭ、９０ＴＰＭ、８５ＴＰＭ、８０ＴＰＭ、７５ＴＰＭ、７０ＴＰＭ、６５ＴＰＭ、６０ＴＰＭ、５５ＴＰＭ、５０ＴＰＭ、４５ＴＰＭ、４０ＴＰＭ、３５ＴＰＭ、３４ＴＰＭ、３３ＴＰＭ、３２ＴＰＭ、３１ＴＰＭ、３０ＴＰＭ、２９ＴＰＭ、２８ＴＰＭ、２７ＴＰＭ、２６ＴＰＭ、２５ＴＰＭ、２４ＴＰＭ、２３ＴＰＭ、２２ＴＰＭ、２１ＴＰＭ、２０ＴＰＭ、１９ＴＰＭ、１８ＴＰＭ、１７ＴＰＭ、１６ＴＰＭ、１５ＴＰＭ、１４ＴＰＭ、１３ＴＰＭ、１２ＴＰＭ、１１ＴＰＭ、１０ＴＰＭ、９ＴＰＭ、８ＴＰＭ、７ＴＰＭ、６ＴＰＭ、５ＴＰＭ、４ＴＰＭ、３ＴＰＭ、２ＴＰＭ、及び１ＴＰＭ、以下、または、間の、包含的な、任意の範囲、例えば、約１０００ＴＰＭ以下から約３５ＴＰＭ以下まで、であることがある。いくつかの実施形態では、低いＨＡ－２発現レベルは、「ヘテロ接合性発現」と呼ばれ、約１ＴＰＭと約３５ＴＰＭとの間、または、間の、包含的な、任意の範囲、例えば、３２ＴＰＭ若しくは１－３２ＴＰＭ、等、を意味する。より高い発現は、３６ＴＰＭ以上である。本出願に更に記載されるように、ＴＰＭを、周知の技術（例えば、ＲＮＡ－Ｓｅｑ等）に従って測定する、及び遺伝子発現ＴＰＭデータは、様々な細胞株、組織型、等について、当技術分野で周知である（例えば、ｐｏｒｔａｌｓ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇのワールド・ワイド・ウェブ［Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ］上にある、ｔｈｅ Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ（ＣＣＬＥ）を参照されたい）。いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現しているターゲット細胞に接触させた場合、Ｔ細胞の増殖、サイトカインの放出、及び／または細胞傷害性傷害は、既知のＴ－細胞レセプターが増加させるよりも、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍、若しくはそれを超えて、または、間の、包含的な、任意の範囲、例えば、１．２倍から２倍まで、増加する。
いくつかの実施形態では、ＨＡ－２の発現を、ＲＮＡ－シークエンシング（ＲＮＡ－ｓｅｑ）を用いて、検出する。ＲＮＡ－ｓｅｑは、一般に、以下のステップを含む：遺伝物質を含むサンプルを得るステップ、その得られたサンプルから全ＲＮＡを単離するステップ、当該全ＲＮＡから増幅済みｃＤＮＡライブラリを調製するステップ、当該増幅済みｃＤＮＡライブラリをシークエンシングするステップ、及び様々な転写物の発現レベルを評価する為に、当該増幅済みｃＤＮＡを、解析するステップ及びプロファイリングするステップ。当該サンプルは、細胞の集団、組織サンプル、生検サンプル、細胞培養物、または単一の細胞、であることがある。全ＲＮＡを、当技術分野で既知の任意の方法を用いて、生物学的サンプルから単離することができる。ある特定の実施形態では、全ＲＮＡを、血漿から抽出する。血漿ＲＮＡの抽出は、Ｅｎｄｅｒｓ ｅｔ ａｌ．、“Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ Ｃｏｒｔｉｃｏｔｒｏｐｉｎ－Ｒｅｌｅａｓｉｎｇ ＨｏｍｅｒＭＲＮＡ ｉｎＭａｔｅｒｉａｌ Ｐｌａｓｍａ Ｉｓ Ｉｎｃｌｉｎｅｄ ｉｎ Ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ，” Ｃｌｉｎｒ、に記載されている。そこに記載されているように、遠心分離ステップ後に回収した血漿を、Ｔｒｉｚｏｌ ＬＳ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びクロロホルムと、混合する。その混合物を、遠心分離し、その水層を新しいチューブに移す。この水層に、エタノールを加える。次いで、その混合物を、ＲＮｅａｓｙミニカラム（Ｑｉａｇｅｎ）に入れ、製造業者の推奨に従って、処理する。
いくつかの実施形態では、本出願に記載されるＲＮＡ－ｓｅｑは、全ＲＮＡから増幅済みｃＤＮＡを調製するステップを含む。例えば、ｃＤＮＡを調製し、単離したＲＮＡサンプルを希釈せずに無作為に増幅する、または単離したＲＮＡ中の遺伝物質の混合物を、個々の反応サンプルの中に分散させる。ある特定の実施形態では、ｍＲＮＡ及び非－ポリアデニル化転写物の両方を増幅する為に、当該サンプル中の、転写物の３’末端で、及び転写物全体にわたって、増幅を、無作為に開始させる。このようにして、次世代シークエンシング・プラットフォームの為のシークエンシング・ライブラリを生成する為に、二本鎖ｃＤＮＡ増幅産物を、最適化する。本発明によって包含される方法による、ｃＤＮＡの増幅に適したキットとしては、例えば、Ｏｖａｔｉｏｎ（登録商標）ＲＮＡ－Ｓｅｑシステム、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本出願に記載されるＲＮＡ－ｓｅｑは、当該増幅済みｃＤＮＡをシークエンシングするステップを含む。任意の既知のシークエンシング方法を用いて、増幅済みｃＤＮＡ混合物をシークエンシングすることがあり、例えば、単一分子シークエンシング法、等が挙げられる。ある特定の実施形態では、当該増幅済みｃＤＮＡを、全トランスクリプトーム・ショットガン・シークエンシング（ｗｈｏｌｅＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）によって、シークエンシングする。全トランスクリプトーム・ショットガン・シークエンシングを、様々な次世代シークエンシング・プラットフォーム（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒプラットフォーム、ＡＢＩ ＳＯＬｉＤ（商標）シークエンシング・プラットフォーム、またはＬｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅの４５４シークエンシング・プラットフォーム、等）を使用して、行うことがある。
いくつかの実施形態では、本出願に記載されるＲＮＡ－ｓｅｑは、更に、ｃＤＮＡに対して、デジタル計数を行うことを、及び解析を行うことを、含む。増幅済みサンプル中の各々の転写物についての増幅済み配列の数を、配列リーディング（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅａｄｉｎｇ）（増幅済みストランド（ｓｔｒａｎｄ）当たりの１つのリーディング［ｒｅａｄｉｎｇ］）によって、定量化することがある。いくつかの実施形態では、１００万当たりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒＭｉｌｌｉｏｎ（ＴＰＭ））を使用して、特定の転写物の発現レベルを、定量化する。ＴＰＭを、Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｔｈｅｏｒｙ ｉｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ １３１：２８１－２８５に示されるように、計算することができ、その内容は、その全体が本出願に参照により取り込まれる。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）：ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、の同一性を有する、ＴＣＲアルファ鎖配列；及び／またはｂ） 表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、の同一性を有する、ＴＣＲベータ鎖配列。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）： ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖配列；及び／またはｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖配列。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）： ａ）表１に列挙されるＴＣＲ Ｖαドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列；及び／またはｂ） 表１に列挙されるＴＣＲ Ｖβドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、の同一性を有するＴＣＲベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）：ａ）表１に列挙されるＴＣＲ Ｖαドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列；及び／またはｂ）表１に列挙されるＴＣＲ Ｖβドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、の同一性を有する、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ、例えば、ＣＤＲ３単独、またはＣＤＲ１及びＣＤＲ２との組み合わせ）のＴＣＲアルファ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）配列、を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。ＣＤＲ３は、プロセシングを受けた抗原を認識することを担う主要なＣＤＲであると考えられる、ならびにＣＤＲ１及びＣＤＲ２は、ＭＨＣと主に相互作用する。そうして、いくつかの実施形態では、表１に列挙される、ＴＣＲアルファ鎖由来のＣＤＲ３単独、及び／またはＴＣＲベータ鎖由来のＣＤＲ３単独、を含む結合タンパク質、が提供される（各々のＣＤＲ３は、この段落に列挙されるような配列相同性を有する）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質はまた、表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、の同一性を有する、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ、例えば、ＣＤＲ３単独、またはＣＤＲ１及びＣＤＲ２との組み合わせ）のＴＣＲベータ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）配列、を含むこともある（例えば、を含むこともある、から本質的になることもある、または、からなることもある）。上記のように、ＣＤＲ３は、プロセシングを受けた抗原を認識することを担う主要なＣＤＲであると考えられる、ならびにＣＤＲ１及びＣＤＲ２は、ＭＨＣと主に相互作用する。そうして、いくつかの実施形態では、表１に列挙される、ＴＣＲベータ鎖由来のＣＤＲ３単独、及び／またはＴＣＲアルファ鎖由来のＣＤＲ３単独、を含む結合タンパク質、が提供される（各々のＣＤＲ３は、この段落に列挙されるような配列相同性を有する）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、表１に列挙される、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ）のＴＣＲアルファ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）、を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質はまた、表１に列挙される、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ）のＴＣＲベータ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）、を含むこともある（例えば、を含むこともある、から本質的になることもある、または、からなることもある）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、表１に列挙される、ＴＣＲ Ｃα配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、の同一性を有する、ＴＣＲアルファ鎖定常領域（Ｃα）配列、を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、表１に列挙される、ＴＣＲ Ｃβ配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、の同一性を有する、ＴＣＲベータ鎖定常領域（Ｃβ）配列、を含むこともある（例えば、を含むこともある、から本質的になることもある、または、からなることもある）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、表１に列挙される、ＴＣＲ Ｃα 配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖定常領域（Ｃα）配列、を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、表１に列挙される、ＴＣＲ Ｃβ 配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖定常領域（Ｃβ）配列、を含むこともある（例えば、を含むこともある、から本質的になることもある、または、からなることもある）。
いくつかの実施形態では、本出願が提供する結合タンパク質は、キメラ、ヒト化、ヒト、霊長類、またはげっ歯類（例えば、ラットまたはマウス）である、定常領域を含む。例えば、ヒト可変領域を、マウス定常領域を使って、キメラ化することがある、またはマウス可変領域を、ヒト定常領域及び／またはヒト骨格領域を使って、ヒト化することがある。いくつかの実施形態では、当該定常領域に変異を入れて、機能を改変することがある（例えば、ＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖との間の親和性を増大させるのに有用なジスルフィド結合を提供する為に、ＴＣＲアルファ鎖及びＴＣＲベータ鎖の中の、対向する残基位置の中に、非－天然のシステイン置換を導入する）。同様に、当該定常領域の膜貫通ドメインの中に変異を入れて、機能を改変することがある（例えば、ある残基に、疎水性アミノ酸を使った、天然に存在しない置換を導入することによって、疎水性を増大させる）。いくつかの実施形態では、変異を当該定常領域に入れて、細胞表面での発現を増大させることがある。
ＴＳＣ－１０１ ｎｐＤＮＡトランスポゾン・ベクター・カセットの模式図：
ＴＳＣ－１００ ｎｐＤＮＡトランスポゾン・ベクター・カセットの地図：
ＴＳＣ－１０１ ｎｐＤＮＡトランスポゾンは、５，７２１－ｂｐのスーパーコイル状の、最小限Ｒ６Ｋバクテリア複製起点を、及びアンチ－センスＲＮＡ－ベースの抗生物質フリー選択マーカー（ＲＮＡ－ＯＵＴ）を、有する、Ｎａｎｏｐｌａｓｍｉｄ（商標）ＤＮＡ（ｎｐＤＮＡ）である。アワヨトウの幼虫（ａｒｍｙｗｏｒｍ）のスポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）トランスポゾンの末端逆方向反復（ＩＴＲ）（トランスポザーゼ－媒介の組み込みに必要）を、外因性ＤＮＡ配列の２つの末端に、繋げる。ＴＳＣ－１０１ ＨＡ－２－特異的なＴＣＲ α－及びβ－鎖遺伝子、ならびにコドン多様化ＣＤ８ α－及びβ－鎖遺伝子を、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）プロモーターの制御下に置く。ＴＣＲ α－及びβ－鎖の定常領域は、操作したＴ細胞の表面上でのそれらの発現を安定化するアミノ酸置換を含み、及び、内因性ＴＣＲのα－及びβ－鎖のペアリングの誤りの予防を補助する。これらの４つのオープン・リーディング・フレーム（ＴＣＲβ、ＴＣＲα、ＣＤ８α、及びＣＤ８β）は、遺伝子発現を増強することが知られているウッドチャック転写後調節エレメント（ｗｏｏｄｃｈｕｃｋ ｐｏｓｔ－ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｅｌｅｍｅｎｔ（ＷＰＲＥ））のオープン・リーディング・フレームと共に、単一のｍＲＮＡ分子上にコードされる（Ｌｏｅｂ、１９９９）。自己－切断ペプチドＰ２Ａ上で起こるリボソーム・スキッピングによって、４つの別々のポリペプチドを産生するようになる。マウス・モノクローナル抗体ＱＢｅｎｄ／１０によって認識される１６個のアミノ酸のＣＤ３４エピトープを、外因性のＣＤ８ α－鎖のＮ末端に融合し、これにより、導入遺伝子を発現する細胞を精製することが可能になり、その結果、製剤原料の安全性及び効力が増大する。ナノプラスミド・ベクターのバックボーン（＜５００塩基対）は、従来のプラスミド（＞１５００塩基対）よりも実質的に小さい。それは、抗生物質抵抗性遺伝子を含まない、及びプラスミド調製に必要な複製起点（Ｒ６Ｋ）は、一般的に使用される起点ｐＵＣよりも狭いバクテリア種での伝搬をサポートすることができる。
＊表１には、表１に列挙した任意の配列番号のアミノ酸配列との、またはその一部との、それらの全長にわたって、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超えて、の配列同一性を有するアミノ酸配列、を含む、ペプチド・エピトープ、ならびにポリペプチド分子、が含まれる。そのようなポリペプチドは、本出願において更に記載されるような、全長ペプチドの、またはポリペプチドの、機能を有することがある。
＊表２には、表２に列挙した任意の配列の、またはその一部の、核酸配列と、それらの全長にわたって、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超えて、の同一性を有する核酸配列、を含む、ＲＮＡ核酸分子（例えば、チミンがウリジン（ｕｒｅｄｉｎｅ）で置換されている）、そのコードされたタンパク質のオルソログをコードする核酸分子、ならびにＤＮＡまたはＲＮＡ核酸配列、が含まれる。そのような核酸分子は、本出願において更に記載されるような、全長核酸の機能を有することがある。
いくつかの実施形態では、本出願に開示される結合タンパク質は、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはキメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）、を含むことがある。いくつかの実施形態では、本出願に開示される結合タンパク質は、２つのポリペプチド鎖を含むことがある、その各々は、ＴＣＲアルファ鎖のＣＤＲ３及びＴＣＲベータ鎖のＣＤＲ３、またはＴＣＲアルファ鎖及びＴＣＲベータ鎖の両方のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３、を含む可変領域、を含む。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は、単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）を含む、それは、ＴＣＲ Ｖα及びＴＣＲ Ｖβドメインの両方を含むが、ＴＣＲ定常ドメインは１つだけ（ＣαまたはＣβ）を含む。用語「キメラ抗原レセプター（ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）」（ＣＡＲ）は、天然に存在しない方法で、または宿主細胞中に天然に存在しない方法で、一緒に連結した、２つ以上の天然に存在するアミノ酸配列、を含むように操作した融合タンパク質を指す、ここで、その融合タンパク質は、細胞の表面上に存在する場合に、レセプターとして機能することがある。本発明によって包含されるＣＡＲは、膜貫通ドメイン及び１つ以上の細胞内シグナリング・ドメイン（任意選択的に、共－刺激ドメイン（複数可）を含む）、に連結した、抗原結合ドメイン（即ち、免疫グロブリンまたは免疫グロブリン様分子［例えば、抗体若しくはＴＣＲ、またはＮＫ細胞由来のキラー免疫レセプター、に由来する、または、から取得した、抗原結合ドメイン］から取得した、または、に由来する）を含む細胞外部分、を含むことがある（例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ． ３：３８８、Ｈａｒｒｉｓ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ（２０１６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｓｃｉ． ３７：２２０、及び Ｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４） Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ６３：１１６３、を参照）。
いくつかの実施形態では、１）ＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖαドメイン、及び／またはＴＣＲアルファ鎖は、表１に列挙される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ遺伝子、の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、によってコードされる、及び／または２）ＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖβドメイン、及び／またはＴＣＲベータ鎖は、表１に列挙される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子、の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、によってコードされる、及び／または３）当該結合タンパク質の各々のＣＤＲは、表１に列挙される同種の参考ＣＤＲ配列と比較して、最大５個のアミノ酸置換、挿入、欠失、若しくはそれらの組み合わせ、を有する。
いくつかの実施形態では、本出願に開示される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはキメラ抗原レセプター（ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＣＡＲ））は、キメラ（例えば、２つ以上のドナー（ｄｏｎｏｒ）または種由来の、アミノ酸残基またはモチーフ、を含む）、ヒト化（例えば、ヒトにおける免疫原性のリスクを低減するように、改変されたまたは置換された、非－ヒト生物由来の残基を含む）、またはヒト、である。
操作した結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＣＡＲ、及びそれらの抗原結合フラグメント、等）を産生する為の方法は、当技術分野において周知である（例えば、Ｂｏｗｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ５：３０００；Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ６，４１０，３１９；Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ７，４４６，１９１；Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｐｕｂｌ． Ｎｏ． ２０１０／０６５８１８；Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ８，８２２，６４７；ＰＣＴ Ｐｕｂｌ． Ｎｏ． ＷＯ ２０１４／０３１６８７；Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ７，５１４，５３７；及びＢｒｅｎｔｊｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００７） Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ７３：５４２６）。
いくつかの実施形態では、本出願に記載される結合タンパク質は、細胞表面上に発現する、ＴＣＲ、またはその抗原結合フラグメント、である、ここで、その細胞表面上に発現するＴＣＲは、内因性のＴＣＲと比較して、ＣＤ３タンパク質と、より効率的に会合することができる。本発明によって包含される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ等）は、Ｔ細胞のような細胞の表面上に発現させた場合、内因性の結合タンパク質（例えば、内因性のＴＣＲ等）と比較して、当該細胞上で、より高く表面発現をする。いくつかの実施形態では、本出願において、ＣＡＲが提供される、ここで、当該ＣＡＲの結合ドメインは、抗原特異的なＴＣＲ結合ドメインを含む（例えば、Ｗａｌｓｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７） Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ７：１０７１３を参照されたい）。
また、出発結合タンパク質から特性が変わっていることがある、改変済み結合タンパク質を操作する為の出発材料として、本出願に開示されるＶα及び／またはＶβ配列の１つ以上を有する結合タンパク質を使用して、周知の方法に従って、調製することがある、改変済み結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはＣＡＲ）も提供される。１つまたは両方の可変領域（即ち、Ｖα及び／またはＶβ）内の、例えば、１つ以上のＣＤＲ領域内の、及び／または１つ以上の骨格領域内の、１つ以上の残基を改変することによって、結合タンパク質を操作することがある。追加的にまたは代替的に、結合タンパク質を、当該定常領域（複数可）内の残基を改変することによって、操作することがある。
別のタイプの可変領域の改変は、Ｖα及び／またはＶβのＣＤＲ１、ＣＤＲ２及び／またはＣＤＲ３領域内のアミノ酸残基を変異させて、それによって、関心とする結合タンパク質の１つ以上の結合特性（例えば、親和性）を改善すること、である。部位－指向的な変異（複数可）誘発、またはＰＣＲ－媒介の変異誘発を、実施して、変異を導入することがある、ならびにタンパク質結合に対する効果を、または関心とする他の機能的な特性を、本出願に記載されるように、及び実施例において提供されるように、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏアッセイにおいて、評価することがある。いくつかの実施形態では、（上述のような）保存的な改変を導入することがある。当該変異は、アミノ酸置換、付加または欠失であってもよい。いくつかの実施形態では、当該変異は、置換である。更に、典型的には、ＣＤＲ領域内の１、２、３、４または５個以下の残基を、改変する。
いくつかの実施形態では、本出願に記載される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはＣＡＲ）は、天然に存在するＴＣＲと比較して、１つ以上のアミノ酸置換、欠失、または付加、を有することがある。いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質の各々のＣＤＲは、表１に列挙した同種の参考ＣＤＲ配列と比較して、最大５個の、アミノ酸置換、挿入、欠失、またはそれらの組み合わせ、を有する。アミノ酸の保存的な置換は、周知である、及び、天然に存在しても良い、または当該結合タンパク質を組み換えにより産生する場合に、導入されてもよい。アミノ酸置換、欠失、及び付加を、当技術分野で既知の変異誘発法を使用して、タンパク質に導入することがある（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、第３版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ）。オリゴヌクレオチド－指向性の部位－特異的（または、セグメント－特異的）変異誘発法を用いて、所望の置換、欠失、または挿入に従って改変した特定のコドン、を有する改変したポリヌクレオチド、を提供することがある。或いは、ランダム変異誘発技術または飽和変異誘発技術、例えば、アラニン・スキャニング変異誘発、エラーを引き起こしやすいポリメラーゼ連鎖反応の変異誘発、及びオリゴヌクレオチド－指向性の変異誘発、などを使用して、免疫原ポリペプチド・バリアントを調製することがある（例えば、前掲のＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ． を参照）。
当業者に既知の様々な基準によって、ペプチド中のまたはポリペプチド中の特定の位置で置換されるアミノ酸が保存的（または類似）であるかどうかが示される。例えば、類似アミノ酸の置換または保存的アミノ酸の置換は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、置換である。類似のアミノ酸は、以下のカテゴリーに含まれることがある：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）；酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）；非荷電の極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、ヒスチジン）；非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）；ベータ－分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン）。プロリン（これは、分類がより困難と考えられる）は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸（例えば、ロイシン、バリン、イソロイシン、及びアラニン）と特性を共通する。いくつかの実施形態では、グルタミンをグルタミン酸に置換することは、またはアスパラギンをアスパラギン酸に置換することは、グルタミン及びアスパラギンが、それぞれグルタミン酸及びアスパラギン酸のアミド誘導体である点で、類似の置換と考えることができる。当技術分野で理解されるように、２つのポリペプチド間の「類似性」を、当該ポリペプチドのアミノ酸配列及びそれに対する保存されたアミノ酸置換を、第２のポリペプチドの配列と比較することによって（例えば、ＧＥＮＥＷＯＲＫＳ（商標）、Ａｌｉｇｎ、ＢＬＡＳＴアルゴリズム、または本出願に記載される、及び当技術分野で実施される他のアルゴリズム、を使用して）、決定する。
いくつかの実施形態では、コードされた結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはＣＡＲ）は、「シグナル・ペプチド」（リーダー配列、リーダー・ペプチド、または移行ペプチド（ｔｒａｎｓｉｔ ｐｅｐｔｉｄｅ）、としても知られる）を含むことがある。シグナル・ペプチドは、新たに合成されたポリペプチドを、細胞の内部または外部の適切な位置へ、ターゲット化する。シグナル・ペプチドは、局在化若しくは分泌の過程で、または局在化若しくは分泌が一度完了すると、当該ポリペプチドから除去されることがある。シグナル・ペプチドを有するポリペプチドは、本出願では、「プレ－タンパク質」と呼ばれる、及びシグナル・ペプチドが除去されたポリペプチドは、本出願では、「成熟」タンパク質またはポリペプチドと呼ばれる。いくつかの実施形態では、本出願に記載される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはＣＡＲ）は、成熟Ｖαドメイン、成熟Ｖβドメイン、またはその両方、を含む。いくつかの実施形態では、本出願に記載される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、またはＣＡＲ）は、成熟ＴＣＲ β－鎖、成熟ＴＣＲ α－鎖、またはその両方、を含む。
いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、以下を含む融合タンパク質である：（ａ）ＴＣＲまたはその抗原結合フラグメントを含む細胞外構成要素；（ｂ）エフェクター・ドメインまたはその機能的部分を含む細胞内構成要素；及び（ｃ）細胞外の及び細胞内の構成要素を繋げる膜貫通ドメイン。いくつかの実施形態では、当該融合タンパク質は、ＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ分子）の中にＨＡ－２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、（例えば、特異的に及び／または選択的に）結合することができる。いくつかの実施形態では、当該ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。いくつかの実施形態では、当該ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊２０７対立遺伝子からなる群より選択される。特定の実施形態では、当該ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１である。
本出願で使用する場合、「エフェクター・ドメイン」または「免疫エフェクター・ドメイン」は、適切なシグナルを受け取ったときに、細胞における免疫応答を、直接的にまたは間接的に、促進することがある、融合タンパク質のまたはレセプターの、細胞内の部分またはドメイン、である。いくつかの実施形態では、エフェクター・ドメインは、結合（例えば、ＣＤ３ζ）したときに、または免疫細胞タンパク質若しくはその部分若しくは免疫細胞タンパク質複合体がターゲット分子に直接的に結合し、免疫細胞において、当該エフェクター・ドメインからのシグナル伝達が誘発されるときに、シグナルを受け取る、免疫細胞タンパク質若しくはその部分または免疫細胞タンパク質複合体、に由来する。
エフェクター・ドメインは、それが、１つ以上のシグナリング・ドメインまたはモチーフ、（例えば、細胞内チロシン－ベースの活性化モチーフ（ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒＴｙｒｏｓｉｎｅ－ｂａｓｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎＭｏｔｉｆ（ＩＴＡＭ））等［例えば、共－刺激分子中に見られるモチーフ等］）を含む場合、細胞応答を、直接的に促進することがある。理論に拘束されることを望むものではないが、ＩＴＡＭは、Ｔ細胞レセプターによる、またはＴ細胞エフェクター・ドメインを含む融合タンパク質による、リガンド係合後のＴ細胞活性化に有益であると考えられる。いくつかの実施形態では、当該細胞内構成要素またはその機能的部位は、ＩＴＡＭを含む。例示的な免疫エフェクター・ドメインとしては、限定されるものではないが、ＣＤ３ε、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ２５、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＤＡＰ１０、ＦｃＲα、ＦｃＲβ、ＦｃＲγ、Ｆｙｎ、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、Ｌｃｋ、ＬＡＧ３、ＬＡＴ、ＬＲＰ、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＯＴＣＨ３、ＮＯＴＣＨ４、Ｗｎｔ、ＲＯＲ２、Ｒｙｋ、ＳＬＡＭＦ１、Ｓｌｐ７６、ｐＴα，ＴＣＲα，ＴＣＲβ，ＴＲＩＭ、Ｚａｐ７０、ＰＴＣＨ２、またはこれらの任意の組み合わせ、に由来する免疫エフェクター・ドメインが挙げられる。いくつかの実施形態では、エフェクター・ドメインは、リンパ球レセプター・シグナリング・ドメイン（例えば、ＣＤ３ζ、またはその機能的部位若しくはバリアント）を含む。
更なる実施形態では、当該融合タンパク質の細胞内構成要素は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＣＤ２、ＣＤ５、ＩＣＡＭ－ｌ（ＣＤ５４）、ＬＦＡ－ｌ（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦ－Ｒ、ＨＶＥＭ、ＬＩＧＨＴ，ＭＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３，ＣＤ８３と（例えば、特異的に及び／または選択的に）結合するリガンド、若しくはそれらの機能的バリアント、またはそれらの任意の組み合わせ、より選択される、共－刺激ドメインまたはそれらの機能的部分、を含む。いくつかの実施形態では、当該細胞内構成要素は、ＣＤ２８共－刺激ドメイン、若しくはその機能的部分若しくはバリアント（これらは、天然ＣＤ２８タンパク質の１８６－１８７位でのＬＬ－ＧＧ変異を、任意選択的に、含むことがある［例えば、Ｎｇｕｙｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｂｌｏｏｄ ７０２：４３２０］）、４－１ＢＢ共－刺激ドメイン、若しくはその機能的部分若しくはバリアント、またはその両方、を含む。
いくつかの実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＣＤ３εエンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＣＤ２７エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＣＤ２８エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。なお更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、４－１ＢＢエンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＯＸ４０エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＣＤ２エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＣＤ５エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＩＣＡＭ－１エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＬＦＡ－１エンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。更なる実施形態では、エフェクター・ドメインは、ＩＣＯＳエンドドメイン若しくはその機能的（例えば、シグナリング）部分、またはその機能的バリアント、を含む。
本発明によって包含される、細胞外構成要素及び細胞内構成要素は、膜貫通ドメインによって、繋がっている。「膜貫通ドメイン」は、本出願で使用する場合、細胞膜の中に挿入されることが可能な、または細胞膜を貫通することが可能な、膜貫通タンパク質の一部分である。膜貫通ドメインは、細胞膜中で熱力学的に安定である、及び一般的に長さが約１５アミノ酸から約３０アミノ酸までの範囲である、三次元構造を有する。膜貫通ドメインの構造は、アルファ・ヘリックス、ベータ・バレル、ベータ・シート、ベータ・ヘリックス、またはそれらの任意の組み合わせ、を含むことがある。いくつかの実施形態では、当該膜貫通ドメインは、既知の膜貫通タンパク質（例えば、ＣＤ４膜貫通ドメイン、ＣＤ８膜貫通ドメイン、ＣＤ２７膜貫通ドメイン、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、若しくはそれらの任意の組み合わせ）、を含む、または、に由来する。
いくつかの実施形態では、当該融合タンパク質の細胞外構成要素は、当該結合ドメインと当該膜貫通ドメインとの間に配置されたリンカー、を更に含む。当該結合ドメイン及び当該膜貫通ドメインが繋がっている融合タンパク質の構成要素に言及する時に、本出願で使用される場合、「リンカー」は、約２個のアミノ酸から約５００個のアミノ酸までを有する、アミノ酸配列であることがある、これは、当該リンカーによって繋がる、２つの、領域、ドメイン、モチーフ、フラグメント、またはモジュール、の間のコンフォメーション運動の為の、柔軟性を、及び、余地を、提供することがある。例えば、本発明によって包含されるリンカーは、当該結合ドメインを、当該融合タンパク質を発現する宿主細胞の表面から離れた位置に配置して、宿主細胞とターゲット細胞との間の適切な接触、抗原結合、及び活性化、を可能にすることがある（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．（１９９９） ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ ６：４１２－４１９）。選択したターゲット分子、選択した結合エピトープ、または抗原結合ドメインの捕捉性及び親和性、に基づいて、抗原認識を最大化するように、リンカー長を、変化させることができる（例えば、Ｇｕｅｓｔ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ２８：２０３－１１ 及び ＰＣＴ Ｐｕｂｌ． Ｎｏ． ＷＯ ２０１４／０３１６８７）。例示的なリンカーとしては、ＧｌｙｘＳｅｒｙの１個から約１０個の繰り返しを有する、グリシン－セリン・アミノ酸鎖を有するリンカーが挙げられる、ここで、ｘ及びｙは、それぞれ独立して、０から１０までの整数である、但し、ｘ及びｙは、両方ともが０ではない（例えば、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）２、（Ｇｌｙ３Ｓｅｒ）２、Ｇｌｙ２Ｓｅｒ、またはそれらの組み合わせ［例えば、（（Ｇｌｙ３Ｓｅｒ）２Ｇｌｙ２Ｓｅｒ）等］）。
本発明によって包含される結合タンパク質は、いくつかの実施形態では、部分構造に共有結合することがある。いくつかの実施形態では、共有結合した部分構造は、親和性タグ（ａｆｆｉｎｉｔｙＴａｇ）または標識を含む。当該親和性タグを、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、カルモジュリン結合タンパク質（ＣＢＰ）、タンパク質Ｃタグ、Ｍｙｃタグ、ＨａｌｏＴａｇ、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、ビオチン・タグ、及びＶ５タグ、からなる群より選択することがある。当該標識は、蛍光タンパク質であることがある。いくつかの実施形態では、当該共有結合した部分構造を、炎症性薬剤、抗－炎症性薬剤、サイトカイン、毒素、細胞傷害性分子、放射性同位体、または単鎖Ｆｖなどの抗体、からなる群より選択する。
結合タンパク質を、イメージング、研究、治療、セラノスティクス（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓ）、医薬品、化学療法、キレート療法、ターゲット化した薬物送達、及び放射線療法、において使用する薬剤に、コンジュゲートすることがある。いくつかの実施形態では、結合タンパク質を、検出可能な薬剤、例えば、蛍光色素分子、近－赤外色素、造影剤、ナノ粒子、含金属ナノ粒子、金属キレート、Ｘ－線造影剤、ＰＥＴ剤、金属、放射性同位体、色素、放射性核種キレート化剤、またはイメージングに使用することがある別の好適な物質、と、コンジュゲートすることがある、または融合することがある。いくつかの実施形態では、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多く、の検出可能な部分構造を、結合タンパク質に連結することがある。放射性同位体の非－限定的な例としては、アルファ放射体、ベータ放射体、陽電子放射体、及びガンマ放射体、が挙げられる。いくつかの実施形態では、当該金属または放射性同位体を、アクチニウム、アメリシウム、ビスマス、カドミウム、セシウム、コバルト、ユーロピウム、ガドリニウム、イリジウム、鉛、ルテチウム、マンガン、パラジウム、ポロニウム、ラジウム、ルテニウム、サマリウム、ストロンチウム、テクネチウム、タリウム、及びイットリウム、からなる群より選択する。いくつかの実施形態では、当該金属は、アクチニウム、ビスマス、鉛、ラジウム、ストロンチウム、サマリウム、またはイットリウム、である。いくつかの実施形態では、当該放射性同位体は、アクチニウム－２２５または鉛－２１２である。いくつかの実施形態では、当該近－赤外色素は、生物学的な組織及び流体によって容易にクエンチ（ｑｕｅｎｃｈ）しない。いくつかの実施形態では、当該蛍光色素分子は、６５０ ｎｍと４０００ ｎｍとの間の波長で、電磁波を放出する蛍光薬剤であり、そのような電磁波を利用して、そのような薬剤を検出する。コンジュゲート分子として使用することがある蛍光色素の非－限定的な例としては、ＤｙＬｉｇｈｔ－６８０、ＤｙＬｉｇｈｔ－７５０、ＶｉｖｏＴａｇ－７５０、ＤｙＬｉｇｈｔ－８００、ＩＲＤｙｅ－８００、ＶｉｖｏＴａｇ－６８０、Ｃｙ５．５、ＺＱ８００、またはインドシアニン・グリーン（ＩＣＧ）、が挙げられる。いくつかの実施形態では、しばしば、近赤外色素として、シアニン色素（例えば、Ｃｙ７、Ｃｙ５．５、及びＣｙ５）が挙げられる。本発明に従ってコンジュゲート分子として使用する為の蛍光色素に関する追加の非－限定的な例としては、アクラジン・オレンジまたはイエロー（ａｃｒａｄｉｎｅ ｏｒａｎｇｅ ｏｒ ｙｅｌｌｏｗ）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒｓ（登録商標）（例えば、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）７９０、７５０、７００、６８０、６６０、及び６４７）ならびにそれらの任意の誘導体、７－アクチノマイシンＤ、８－アニリノナフタレン－１－スルホン酸、ＡＴＴＯ（登録商標）色素及びその任意の誘導体、オーラミン－ローダミン染色剤及びその任意の誘導体、ベンサントロン（ｂｅｎｓａｎｔｒｈｏｎｅ）、ビマン、９－１０－ビス（フェニルエチニル）アントラセン、５，１２－ビス（フェニルエチニル）ナタセン（５，１２－ｂｉｓ（ｐｈｅｎｙｌｅｔｈｙｎｙｌ）ｎａｔｈｔｈａｃｅｎｅ）、ビスベンズイミド、ブレインボウ（ｂｒａｉｎｂｏｗ）、カルセイン、カルボディフルオレセイン（ｃａｒｂｏｄｙｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ ）及びその任意の誘導体、１－クロロ－９，１０－ビス（フェニルエチニル）アントラセン及びその任意の誘導体、ＤＡＰＩ、ＤｉＯＣ６、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）Ｆｌｕｏｒｓ（登録商標）及びその任意の誘導体、エピコッコノン（ｅｐｉｃｏｃｃｏｎｏｎｅ）、エチジウム・ブロマイド、ＦｌＡｓＨ－ＥＤＴ２（登録商標）、Ｆｌｕｏ色素及びその任意の誘導体、ＦｌｕｏＰｒｏｂｅ（登録商標）及びその任意の誘導体、フルオレセイン及びその任意の誘導体、Ｆｕｒａ（登録商標）及びその任意の誘導体、ＧｅｌＧｒｅｅｎ（登録商標）及びその任意の誘導体、ＧｅｌＲｅｄ（登録商標）及びその任意の誘導体、蛍光タンパク質及びその任意の誘導体、例えば、ｍＣｈｅｒｒｙ等のｍアイソフォーム・タンパク質及びその任意の誘導体、ヘタメチン色素（ｈｅｔａｍｅｔｈｉｎｅ ｄｙｅ）及びその任意の誘導体、ヘキスト染色（ｈｏｅｓｃｈｓｔ ｓｔａｉｎ）、イミノクマリン（ｉｍｉｎｏｃｏｕｍａｒｉｎ）、インディアン・イエロー（ｉｎｄｉａｎ ｙｅｌｌｏｗ）、ｉｎｄｏ－１及びその任意の誘導体、ラウルダン（ｌａｕｒｄａｎ）、ルシファー・イエロー及びその任意の誘導体、ルシフェリン及びその任意の誘導体、ルシフェラーゼ及びその任意の誘導体、メルコシアニン及びその任意の誘導体、ナイル色素及びその任意の誘導体、ペリレン（ｐｅｒｙｌｅｎｅ）、フロキシン、フィコ色素（ｐｈｙｃｏ ｄｙｅ）及びその任意の誘導体、ヨウ化プロピウム、ピラニン、ローダミン及びその任意の誘導体、リボグリーン、ＲｏＧＦＰ、ルブレン、スチルベン及びその任意の誘導体、スルホローダミン及びその任意の誘導体、ＳＹＢＲ及びその任意の誘導体、シナプト－フルオニン（ｓｙｎａｐｔｏ－ｐＨｌｕｏｒｉｎ）、テトラフェニル・ブタジエン、トリス四ナトリウム（ｔｅｔｒａｓｏｄｉｕｍＴｒｉｓ）、テキサス・レッド、チタン・イエロー、ＴＳＱ、ウンベリフェロン（ｕｍｂｅｌｌｉｆｅｒｏｎｅ）、ビオラントロン（ｖｉｏｌａｎｔｈｒｏｎｅ）、黄色蛍光タンパク質（ｙｅｌｌｏｗ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）及びＹＯＹＯ－１、が挙げられる。他の好適な蛍光色素としては、限定されるものではないが、フルオレセイン及びフルオレセイン色素（例えば、フルオレセイン・イソチオシアニンまたはＦＩＴＣ、ナフトフルオレセイン、４’，５’－ジクロロ－２’，７’－ジメトキシフルオレセイン、６－カルボキシフルオレセインまたはＦＡＭ、等）、カルボシアニン、メロシアニン、スチリル系色素、オキソノール色素、フィコエリスリン（ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ）、エリスロシン、エオシン、ローダミン色素（例えば、カルボキシテトラメチル－ローダミンまたはＴＡＭＲＡ、カルボキシルローダミン６Ｇ、カルボキシ－Ｘ－ローダミン（ＲＯＸ）、リサミン・ローダミンＢ、ローダミン６Ｇ、ローダミン・グリーン（ｒｈｏｄａｍｉｎｅ Ｇｒｅｅｎ）、ローダミン・レッド（ｒｈｏｄａｍｉｎｅ Ｒｅｄ）、テトラメチルローダミン（ＴＭＲ）、等）、クマリン及びクマリン色素（例えば、メトキシクマリン、ジアルキルアミノクマリン、ヒドロキシクマリン、アミノメチルクマリン（ＡＭＣＡ）、等）、オレゴン・グリーン（Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ（商標））色素（例、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ（商標）４８８、５００、５１４、等）、テキサス・レッド（Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ（登録商標））、テキサス・レッド（Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ（登録商標））－Ｘ、スペクトラム・レッド（ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＲＥＤ（登録商標））、スペクトラム・グリーン（ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ（登録商標））、シアニン色素（例えば、ＣＹ－３、Ｃｙ－５、ＣＹ－３．５、ＣＹ－５．５、等）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）色素（例えば、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標） ３５０、４８８、５３２、５４６、５６８、５９４、６３３、６６０、６８０、等）、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）色素（例えば、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＦＬ、Ｒ６Ｇ、ＴＭＲ、ＴＲ、５３０／５５０、５５８／５６８、５６４／５７０、５７６／５８９、５８１／５９１、６３０／６５０、６５０／６６５、等）、ＩＲＤ色素（例えば、ＩＲＤ４０（商標）、ＩＲＤ７００（商標）、ＩＲＤ８００（商標）、等）、等が挙げられる。更なる好適な検出可能な薬剤は、当技術分野において周知である（例えば、ＰＣＴ公開番号ＰＣＴ／ＵＳ１４／５６１７７）。放射性同位体の非－限定的な例としては、アルファ放射体、ベータ放射体、陽電子放射体、及びガンマ放射体、が挙げられる。いくつかの実施形態では、当該金属または放射性同位体を、アクチニウム、アメリシウム、ビスマス、カドミウム、セシウム、コバルト、ユーロピウム、ガドリニウム、イリジウム、鉛、ルテチウム、マンガン、パラジウム、ポロニウム、ラジウム、ルテニウム、サマリウム、ストロンチウム、テクネチウム、タリウム、及びイットリウム、からなる群より選択する。いくつかの実施形態では、当該金属は、アクチニウム、ビスマス、鉛、ラジウム、ストロンチウム、サマリウム、またはイットリウムである。いくつかの実施形態では、当該放射性同位体は、アクチニウム－２２５または鉛－２１２である。
結合タンパク質を、放射線増感剤または光増感剤にコンジュゲートすることがある。放射線増感剤としては、限定されるものではないが、以下が挙げられる：ＡＢＴ－２６３、ＡＢＴ－１９９、ＷＥＨＩ－５３９、パクリタキセル、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、ゲムシタビン、エタニダゾール、ミソニダゾール、チラパザミン、及び核酸塩基誘導体（例えば、５－フルオロデオキシウリジン等のハロゲン化プリンまたはピリミジン）。光増感剤の例としては、限定されるものではないが、照射した場合に熱を生成する蛍光分子またはビーズ、ナノ粒子、ポルフィリン類及びポルフィリン誘導体類（例えば、クロリン類、バクテリオクロリン類、イソバクテリオクロリン類、フタロシアニン類、及びナフタロシアニン類）、メタロポルフィリン類、メタロフタロシアニン類、アンゲリシン類、カルコゲンアピリリウム色素（ｃｈａｌｃｏｇｅｎａｐｙｒｒｉｌｌｉｕｍ ｄｙｅｓ）、クロロフィル類、クマリン類、フラビン類ならびにアロキサジン及びリボフラビン等の関連化合物、フラーレン類、フェオホルビド類、ピロフェオホルビド類、シアニン類（例えば、メロシアニン５４０）、フェオフィチン類、サフィリン類、テキサフィリン類、プルプリン類、ポルフィセン類、フェノチアジニウム類、メチレン・ブルー誘導体、ナフタルイミド類、ナイル・ブルー誘導体、キノン類、ペリレンキノン類（例えば、ヒペリシン類、ヒポクレリン類、及びセルコスポリン類）、ソラレン類、キノン類、レチノイド類、ローダミン類、チオフェン類、ベルジン類、キサンテン色素（例えば、エオシン類、エリスロシン類、ローズ・ベンガル類）、ポルフィリン類の二量体及びオリゴマー体、ならびに５－アミノレブリン酸のようなプロドラッグ、が挙げられる。有利なことに、この手法によって、治療薬剤（例えば、薬物）及び電磁気的なエネルギー（例えば、照射または光）の両方を同時に使用して、関心とする細胞（例えば、免疫細胞）を、非常に特異的にターゲット化することが可能になる。いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質を、例えば、直接的にまたはリンカーを介して、当該薬剤と融合する、または共有結合的に若しくは非－共有結合的に連結する。
いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質を化学的に改変することがある。例えば、結合タンパク質に変異を加えて、ペプチド特性、例えば、検出可能性、安定性、体内分布、薬物動態、半減期、表面荷電、疎水性、コンジュゲーション部位、ｐＨ、機能等を改変することがある。Ｎ－メチル化は、本発明によって包含される結合タンパク質において起こり得るメチル化の１つの例である。いくつかの実施形態では、結合タンパク質を、遊離アミン上のメチル化によって、例えば、ホルムアルデヒド及びシアノ水素化ホウ素ナトリウムによる還元性メチル化等によって、改変することがある。
化学的な改変は、ポリマー、ポリエーテル、ポリエチレン・グリコール、バイオポリマー、両性ポリマー、ポリ・アミノ酸、脂肪酸、デンドリマー、Ｆｃ領域、パルミチン酸若しくはミリストレイン酸等の単飽和炭素鎖、またはアルブミン、を含むことがある。結合タンパク質のＦｃ領域による化学的な改変は、融合Ｆｃ－タンパク質であることがある。ポリ・アミノ酸としては、例えば、単一アミノ酸が反復するポリ・アミノ酸配列（例えば、ポリ・グリシン）、及びパターンに従っていることもある、若しくは従っていないこともある、入り混じったポリ・アミノ酸配列を有するポリ・アミノ酸配列、または前述の任意の組み合わせ、を挙げることができる。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含される結合タンパク質を改変することがある。いくつかの実施形態では、当該改変は、親結合タンパク質と実質的なまたは有意な配列同一性を有し、当該親結合タンパク質の１つ以上の生物物理学的な及び／または生物学的な活性を維持する（例えば、ｐＭＨＣ結合特異性を維持する）機能的バリアントを生成する。いくつかの実施形態では、当該変異は、保存的なアミノ酸置換である。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含される結合タンパク質は、１つ以上の天然アミノ酸の代わりに、合成アミノ酸を含むことがある。そのような合成アミノ酸は、当該技術分野において周知である、及び、例えば、アミノシクロヘキサン・カルボン酸、ノルロイシン、ａ－アミノｎ－デカン酸、ホモセリン、Ｓ－アセチルアミノメチル－システイン、トランス－３－及びトランス－４－ヒドロキシプロリン、４－アミノフェニルアラニン、４－ニトロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、４－カルボキシフェニルアラニン、β－フェニルセリン β－ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、ａ－ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン－２－カルボン酸、１、２、３、４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’－ベンジル－Ｎ’－メチル－リジン、Ν’，Ν’－ジベンジル－リジン、６－ヒドロキシリジン、オルニチン、ａ－アミノシクロペンタン・カルボン酸、ｏｃ－アミノシクロヘキサン・カルボン酸、ａ－アミノシクロヘプタン・カルボン酸、ａ－（２－アミノ－２－ノルボルナン）－カルボン酸、α，γ－ジアミノブチル酸、β－ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、及びｏｃ－ｔｅｒｔ－ブチルグリシン、が挙げられる。
本発明によって包含される結合タンパク質は、グリコシル化、アミド化、カルボキシル化、リン酸化、エステル化、Ｎ－アシル化、環化（例えば、ジスルフィド架橋を介して）、若しくは酸付加塩への変換、及び／または任意選択的に二量体化若しくはポリマー化、若しくはコンジュゲート化、を受けていることがある。
いくつかの実施形態では、疎水性部分構造のアタッチメント（ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ）、例えば、Ｎ－末端への、Ｃ－末端への、または内部アミノ酸へのアタッチメント（ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ）を利用して、本発明によって包含されるペプチドの半減期を延ばすことがある。他の実施形態では、結合タンパク質は、例えば、血清半減期に影響を及ぼし得る、翻訳後修飾（例えば、メチル化及び／またはアミド化）を含むことがある。いくつかの実施形態では、（例えば、ミリストイル化及び／またはパルミチル化によって）簡単な炭素鎖を当該結合タンパク質にコンジュゲートすることがある。いくつかの実施形態では、当該簡単な炭素鎖によって、当該結合タンパク質は、コンジュゲートしていない物質から、容易に分離可能になることがある。例えば、当該結合タンパク質を、コンジュゲートしていない物質から分離する為に使用することがある方法としては、限定されるものではないが、溶媒抽出及び逆相クロマトグラフィ、が挙げられる。脂溶性の部分構造によって、血清アルブミンへの可逆的結合を介して、半減期が延びることがある。コンジュゲートした部分構造は、血清アルブミンへの可逆的結合を介して、ペプチドの半減期を延ばす脂溶性の部分構造であることがある。いくつかの実施形態では、当該脂溶性の部分構造は、コレステロールまたはコレステロール誘導体、例えば、コレステン類、コレスタン類、コレスタジエン類及びオキシステロール類、等、であることがある。いくつかの実施形態では、当該結合タンパク質は、ミリスチン酸（テトラデカン酸）またはその誘導体、にコンジュゲートすることがある。他の実施形態では、結合タンパク質は、半減期を改変する薬剤にカップリング（例えば、コンジュゲート）することがある。半減期を改変する薬剤としては、限定されるものではないが、以下が挙げられる：ポリマー、ポリエチレン・グリコール（ＰＥＧ）、ヒドロキシエチル・デンプン、ポリビニル・アルコール、水溶性ポリマー、両性イオン水溶性ポリマー、水溶性ポリ（アミノ酸）、プロリン、アラニン、及びセリンの水溶性ポリマー、グリシン、グルタミン酸、及びセリンを含む水溶性ポリマー、Ｆｃ領域、脂肪酸、パルミチン酸、またはアルブミンに結合する分子。いくつかの実施形態では、スペーサーまたはリンカーは、結合タンパク質に、カップリングすることがあり、例えば、別の分子へのコンジュゲートまたは融合を容易にする為に、及びそのようなコンジュゲートしたまたは融合した分子からのペプチドの切断を容易にする為に、スペーサーまたはリンカーとして働く、１、２、３、４、またはそれより多くの、アミノ酸残基等、である。いくつかの実施形態では、結合タンパク質は、例えば、当該結合タンパク質の特性を改変することができる他の部分構造に、または変化させることができる他の部分構造に、コンジュゲートすることがある。
結合タンパク質を、組み換え的にまたは合成的に、例えば、固相ペプチド合成または液相ペプチド合成、等によって、生成することがある。ポリペプチド合成を、既知の合成方法によって、例えば、フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）化学を使用して、またはブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）化学によって、実施することがある。ポリペプチド・フラグメントを、酵素的にまたは合成的に、一緒に連結することがある。
本発明によって包含される態様では、本出願に記載される結合タンパク質を産生する方法を、本出願は提供する、ここで、当該方法は、以下のステップを含む：（ｉ）本出願に記載される結合タンパク質をコードする配列を含む核酸によって形質転換をした、形質転換済み宿主細胞を、当該結合タンパク質の発現を可能にするのに適した条件下で、培養するステップ；及び（ｉｉ）その発現した結合タンパク質を回収するステップ。
組み換え的に産生した結合タンパク質を、単離する為に及び精製する為に、有用な方法は、例えば、当該結合タンパク質を培養培地中に分泌することに適した宿主細胞／ベクター・システムから上清を得るステップ、次いで市販のフィルターを用いて、当該培地を濃縮するステップ、を含むことがある。濃縮した後、その濃縮物は、単一の好適な精製マトリックス、または一連の好適なマトリックス、例えば、親和性マトリックス若しくはイオン交換樹脂、等、に適用することがある。１つ以上の逆相ＨＰＬＣのステップを利用して、組み換えポリペプチドを更に精製することがある。これらの精製方法をまた、免疫原を、その自然環境から単離する場合に、使用することがある。本出願に記載される１種以上の結合タンパク質を大規模に産生させる為の方法は、バッチ細胞培養を含むことがある、そのバッチ細胞培養を、適切な培養条件を維持する為に、モニタリングする、及び制御する。当該結合タンパク質の精製を、本出願に記載された、及び当技術分野で既知である、方法に従って、実施することがある。
本出願に開示される実施形態のいずれかにおいて、コードされる結合タンパク質は、ＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ分子）の中にＨＡ－２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、結合することができる。いくつかの実施形態では、当該ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖、を含む。いくつかの実施形態では、そのＨＬＡ対立遺伝子を、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊２０７対立遺伝子からなる群より選択する。
結合親和性を評価する為の、及び／または結合分子が特定のリガンド（例えば、ペプチド抗原－ＭＨＣ複合体）に、（例えば、特異的に及び／または選択的に）結合するかどうかを決定する為の、様々なアッセイが周知である。ターゲット、例えば、Ｔ細胞ペプチド・エピトープというターゲット・ポリペプチド、に対する結合タンパク質の結合親和性を、例えば、当技術分野で周知の任意の多数の結合アッセイを使用すること等によって、決定することは、当業者のレベルの範囲内である。例えば、いくつかの実施形態では、ＢｉａｃｏｒｅＴＭ装置を使用して、２つのタンパク質間の複合体の結合定数を決定することがある。当該複合体の解離定数（ＫＤ）を、バッファーがチップ上を通過するときの屈折率の経時変化をモニタリングすることによって、決定することがある。あるタンパク質が別のタンパク質に結合することを測定する為の他の好適なアッセイとしては、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）等のイムノアッセイ、または蛍光、ＵＶ吸収、円偏光二色性若しくは核磁気共鳴（ＮＭＲ）によって、タンパク質の、分光学的な若しくは光学的な特性の変化をモニタリングすることによる結合の測定、が挙げられる。他の例示的なアッセイとしては、限定されるものではないが、ウェスタン・ブロット、ＥＬＩＳＡ、分析的超遠心分離、分光法及び表面プラズモン共鳴（ＢｉａｃｏｒｅＴＭ）解析（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９４９） Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ５１：６６０、Ｗｉｌｓｏｎ（２００２） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３、Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．（１９９３） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５３：２５６０、ならびに米国特許第５，２８３，１７３号及び第５，４６８，６１４号、を参照）、フロー・サイトメトリー、シークエンシング及び発現した核酸を検出する為の他の方法、が挙げられる。１つの例では、ターゲットに対する見かけの親和性を、種々の濃度の四量体への結合を評価することによって、例えば、ラベルした多量体を、例えば、ＭＨＣ－抗原四量体等を、用いたフロー・サイトメトリーによって、測定する。１つの代表的な例では、結合タンパク質の見かけのＫＤを、ある濃度範囲で、標識した四量体の２倍希釈を用いて、測定する、続いて、非－線形回帰による結合曲線の決定を行う。見かけのＫＤを、最大結合の半分の結合を生じるリガンドの濃度として決定する。
ＩＩＩ． 核酸及びベクター
本発明によって包含される態様では、本出願に記載される、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、ＣＡＲ、等）、ペプチド、及びそれらのフラグメント、をコードする核酸分子が、本出願で提供される。
いくつかの実施形態では、当該核酸分子は、ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）下で、表１に列挙したポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、の同一性を、例えば全長に渡って、有する、配列に対して、相補的にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、当該核酸分子は、ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）下で、表１に列挙したポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に対して、相補的にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、当該核酸分子は、表１に列挙したポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。
いくつかの実施形態では、当該核酸は、表１に記載した少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、または３つ）のＴＣＲ α－鎖ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。いくつかの実施形態では、当該核酸は、表１に記載したＴＣＲ Ｖαドメイン配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、同一であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ Ｖαドメインをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。いくつかの実施形態では、当該核酸は、表１に記載したＴＣＲ α－鎖配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、同一であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ α－鎖をコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。
いくつかの実施形態では、当該核酸は、表１に記載した少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、または３つ）のＴＣＲ β－鎖ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。いくつかの実施形態では、当該核酸は、表１に記載したＴＣＲ Ｖβドメイン配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、同一であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ Ｖβドメインをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。いくつかの実施形態では、当該核酸は、表１に記載したＴＣＲ β－鎖配列に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、同一であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ β－鎖をコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、を含む、から本質的になる、または、からなる）。
用語「核酸」は、「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、及び「核酸分子」を含み、一般に、ＤＮＡまたはＲＮＡのポリマーを意味する。これは、一本鎖または二本鎖であることがある、合成されることがある、または天然の起源から取得されることがある（例えば、単離されることがある、及び／または、精製されることがある）、これは、天然の、非－天然の、または改変した、ヌクレオチドを含むことがある、ならびにこれは、天然の、非－天然の、または改変した、ヌクレオチド間の結合を、例えば、改変していないオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間に見られるホスホジエステルの代わりの、ホスホロアミデート結合またはホスホロチオエート結合等を、含むことがある。１つの実施形態では、当該核酸は、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含される核酸は、組み換えである。本出願で使用される場合、用語「組み換え」は、（ｉ） 生きている細胞中で複製することができる核酸分子に、天然のまたは合成の核酸セグメントを繋げることによって、生きている細胞の外で構築される分子、または（ｉｉ） 上記（ｉ）に記載した分子の複製から生じる分子、を指す。本出願の目的の為に、当該複製は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ／ｅｘ ｖｉｖｏ複製またはｉｎ ｖｉｖｏ複製であることがある。
当該核酸を、当技術分野で既知の手順を用いて、化学合成及び／または酵素的なライゲーション反応に基づいて、構築することができる。例えば、上述のＧｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．を参照されたい。例えば、天然に存在するヌクレオチドを使用して、またはその分子の生物学的安定性を増加させるように、またはハイブリダイゼーション時に形成される二重鎖の物理的安定性を増加させるように、設計した、様々に改変したヌクレオチドを使用して、核酸を、化学的に合成することがある（例えば、ホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチド）。当該核酸を生成する為に使用することがある改変したヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、５－フルウロウラシル（５－ｆｉｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ）、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ－Ｄ－ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１ －メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－置換アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、ベータ－Ｄ－マンノシルキューオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、キューオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、及び２，６－ジアミノプリン、が挙げられる。或いは、本発明によって包含される核酸の１種以上を、例えば、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ、ＩＡ）等の会社から購入することができる。
１つの実施形態では、当該核酸は、コドン－最適化したヌクレオチド配列を含む。特定の理論またはメカニズムに束縛されるものではないが、ヌクレオチド配列のコドン最適化は、ｍＲＮＡ転写物の翻訳効率を増大させると考えられる。ヌクレオチド配列のコドン最適化としては、天然のコドンを、同じアミノ酸をコードするが、細胞内でより容易に利用可能なｔＲＮＡによって翻訳されることがある、それ故に、翻訳効率が増加する、別のコドンに置換すること、が挙げられる。ヌクレオチド配列の最適化はまた、翻訳を妨害することがあるｍＲＮＡの二次構造を減少させることもあり、それ故に、翻訳効率が増加することがある。いくつかの実施形態では、本出願に記載されるヌクレオチド配列は、宿主細胞（例えば、Ｔ細胞等の免疫細胞）における発現の為に、コドン－最適化がなされる。
本発明は、本出願に記載される任意の核酸のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、または本出願に記載される任意の核酸のヌクレオチド配列に、ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）下で、ハイブリダイズするヌクレオチド配列、を含む核酸も提供する。
ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）下でハイブリダイズするヌクレオチド配列は、高ストリンジェンシーな条件（ｈｉｇｈ ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ）下でハイブリダイズすることがある。「高ストリンジェンシーな条件（ｈｉｇｈ ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ）」とは、当該ヌクレオチド配列が、非－特異的ハイブリダイゼーションよりも、より強く検出することができる量で、ターゲット配列（本出願に記載される任意の核酸のヌクレオチド配列）に、特異的にハイブリダイズすること、を意味する。高ストリンジェンシーな条件としては、全く正確に相補的な配列を有する、または散在する僅かなミスマッチのみを含む、ポリヌクレオチドを、当該ヌクレオチド配列に対して、僅かな領域（例えば、３－１０塩基）がたまたまマッチするランダムな配列から、区別できるであろう条件、が挙げられる。そのような僅かな相補性領域は、１４－１７塩基以上の全長の相補体よりも、容易に融解する、及び高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって、それらを容易に区別することが可能である。比較的な高ストリンジェンシーな条件としては、例えば、低塩の及び／または高温の条件、例えば、約０．０２－０．１Ｍ ＮａＣｌまたは均等物によって、約５０－７０℃の温度で、提供されるような条件、が挙げられるであろう。そのような高ストリンジェンシーな条件は、当該ヌクレオチド配列と鋳型またはターゲット鎖との間のミスマッチを、もしあれば、ほとんど許容しない、そして、本発明のＴＣＲのいずれかの発現を検出することに、特に適している。ホルムアミドの添加量を増やすことによって、条件をよりストリンジェントにすることが可能であると、広く理解される。
本発明は、本出願に記載される任意の核酸に対して、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、同一であるヌクレオチド配列を含む核酸、も提供する。
典型的には、当該核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子である、これは、好適なベクター、例えば、プラスミド、コスミド、エピソーム、人工染色体、ファージ、またはウイルス・ベクター等、に含まれることがある。
用語「ベクター」、「クローニング・ベクター」及び「発現ベクター」は、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列（例えば、外来遺伝子）を宿主細胞の中に導入することができ、その結果、その宿主を形質転換し、その導入された配列の発現（例えば、転写及び翻訳）を促進する、ことができる媒体、を意味する。従って、本発明によって包含される更なる目的は、本発明によって包含される核酸を含むベクター、に関する。いくつかの実施形態では、ベクターは、表２に示したベクターの群から選択する。
そのようなベクターは、調節エレメント、例えば、プロモーター、エンハンサー、ターミネータ―等、を含み、対象への投与時に当該ポリペプチドの発現を、引き起こす、または指令を出す、ことがある。動物細胞の発現ベクターに用いられるプロモーター及びエンハンサーの例としては、ＳＶ４０の初期プロモーター及びエンハンサー（ＭｉｚｕｋａｍｉＴ． ｅｔ ａｌ． １９８７）、モロニー・マウス白血病ウイルスのＬＴＲプロモーター及びエンハンサー（Ｋｕｗａｎａ Ｙ ｅｔ ａｌ． １９８７）、免疫グロブリンＨ鎖のプロモーター（Ｍａｓｏｎ Ｊ Ｏ ｅｔ ａｌ． １９８５）及びエンハンサー（Ｇｉｌｌｉｅｓ Ｓ Ｄ ｅｔ ａｌ． １９８３）等、が挙げられる。
動物細胞の為の任意の発現ベクターを使用することができる。好適なベクターの例としては、ｐＡＧＥ１０７（Ｍｉｙａｊｉ Ｈ ｅｔ ａｌ． １９９０）、ｐＡＧＥ１０３（ＭｉｚｕｋａｍｉＴ ｅｔ ａｌ． １９８７）、ｐＨＳＧ２７４（Ｂｒａｄｙ Ｇ ｅｔ ａｌ．１９８４）、ｐＫＣＲ（Ｏ’Ｈａｒｅ Ｋ ｅｔ ａｌ． １９８１）、ｐＳＧ１ ベータ ｄ２－４－（Ｍｉｙａｊｉ Ｈ ｅｔ ａｌ． １９９０）等、が挙げられる。プラスミドの他の代表的な例としては、複製起点を含む複製プラスミド、または例えば、ｐＵＣ、ｐｃＤＮＡ、ｐＢＲ等の組み込みプラスミド（ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ ｐｌａｓｍｉｄ）、が挙げられる。ウイルス・ベクターの代表的な例としては、例えば、アデノウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、ヘルペス・ウイルス、及びＡＡＶ、のベクター、が挙げられる。そのような組み換えウイルスを、当技術分野で既知の技術、例えば、パッケージング細胞をトランスフェクションすることによって、またはヘルパー・プラスミド若しくはウイルスを用いた一過性トランスフェクションによって、産生することがある。ウイルス・パッケージング細胞の典型的な例としては、ＰＡ３１７細胞、ＰｓｉＣＲＩＰ細胞、ＧＰｅｎｖ－ポジティブ細胞、２９３細胞等、が挙げられる。そのような複製－欠損の組み換えウイルスを産生する為の詳細なプロトコルは、当技術分野において既知であり、例えば、ＰＣＴ公開 ＷＯ ９５／１４７８５、ＰＣＴ公開ＷＯ ９６／２２３７８、米国特許第５，８８２，８７７号、米国特許第６，０１３，５１６号、米国特許第４，８６１，７１９号、米国特許第 ５，２７８，０５６号、及びＰＣＴ公開 ＷＯ ９４／１９４７８、の記載に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、当該組成物は、本出願に記載される、結合タンパク質若しくはポリペプチド、またはそのフラグメント、をコードするオープン・リーディング・フレーム（ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ）を含む、発現ベクター、を含む。いくつかの実施形態では、当該核酸は、当該オープン・リーディング・フレーム（ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ）の発現に必須の調節エレメントを含む。このようなエレメントとしては、例えば、プロモーター、開始コドン、終止コドン、及びポリアデニル化シグナル、が挙げられる。更に、エンハンサーが挙げられる。これらの要素を、結合タンパク質、ポリペプチドまたはそのフラグメント、をコードする配列に、作動可能に連結することがある。
いくつかの実施形態では、当該ベクターは、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列、を更に含む。ある特定の実施形態では、ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグ（例えば、ＣＤ３４濃縮タグ）をコードする核酸に、作動可能に連結する。特定の実施では、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、配列内リボソーム進入部位（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ）と、または自己－切断ペプチドをコードする核酸配列、例えば、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２Ａ若しくはＴ２Ａ等、と、相互連結している。
いくつかの実施形態では、本出願で提供される発現ベクターは、表２に記載される核酸のいずれかと、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて、同一であるヌクレオチド配列を含む。
プロモーターの例としては、限定されるものではないが、サル・ウイルス４０（Ｓｉｍｉａｎ Ｖｉｒｕｓ ４０（ＳＶ４０））、マウス乳がんウイルス（ＭｏｕｓｅＭａｍｍａｒｙＴｕｍｏｒ Ｖｉｒｕｓ（ＭＭＴＶ））プロモーター、ヒト免疫不全ウイルス（Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ Ｖｉｒｕｓ（ＨＩＶ））、例えば、ＨＩＶ 長い末端反復（ＬｏｎｇＴｅｒｍｉｎａｌ Ｒｅｐｅａｔ（ＬＴＲ））プロモーター等、モロニー・ウイルス、サイトメガロウイルス（Ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ（ＣＭＶ））、例えば、ＣＭＶ最初期プロモーター（ＣＭＶ ｉｍｍｅｄｉａｔｅ ｅａｒｌｙ ｐｒｏｍｏｔｅｒ）、エプスタイン・バー・ウイルス（Ｅｐｓｔｅｉｎ Ｂａｒｒ Ｖｉｒｕｓ（ＥＢＶ））、ラウス肉腫ウイルス（Ｒｏｕｓ Ｓａｒｃｏｍａ Ｖｉｒｕｓ（ＲＳＶ））、由来のプロモーター、ならびに、例えば、ヒト・アクチン、ヒト・ミオシン、ヒト・ヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、及びヒト・メタロチオネイン、等のヒト遺伝子由来のプロモーター、が挙げられる。好適なポリアデニル化シグナルの例としては、限定されるものではないが、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナル及びＬＴＲポリアデニル化シグナル、が挙げられる。
発現に必要な調節エレメントに加えて、他のエレメントが当該核酸分子に含まれることもある。そのような付加的な要素としては、エンハンサーが挙げられる。エンハンサーとしては、本出願に記載されるプロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、エンハンサー／プロモーターとしては、例えば、ヒト・アクチン、ヒト・ミオシン、ヒト・ヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、ならびにＣＭＶ、ＲＳＶ及びＥＢＶ由来のウイルス・エンハンサー等のウイルス・エンハンサー、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、当該核酸を、以下に更に記載されるように、担体または送達ベクターに、作動可能に組み込むことがある。有用な送達ベクターとしては、限定されるものではないが、生分解性マイクロカプセル、免疫－刺激複合体（ｉｍｍｕｎｏ－ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ（ＩＳＣＯＭｓ））またはリポソーム、及びウイルス若しくはバクテリア等の、遺伝子操作をした、弱毒化した生物担体、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、当該ベクターは、ウイルス・ベクター、例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、ヘルペス・ウイルス、アデノウイルス、アデノ－随伴ウイルス、ワクシニア・ウイルス、バキュロウイルス、鶏痘、ＡＶ－痘、改変ワクシニア・アンカラ（ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｖａｃｃｉｎｉａ Ａｎｋａｒａ（ＭＶＡ））、及び他の組み換えウイルス、等、である。例えば、レンチウイルス・ベクターを用いて、Ｔ細胞に感染させることがある。
いくつかの実施形態では、組み換え発現ベクターは、適切な宿主細胞、例えば、Ｔ細胞または抗原提示細胞、即ち、その細胞表面においてペプチド／ＭＨＣ複合体を提示する細胞（例えば、樹状細胞）及びＣＤ８を欠く細胞、に、ポリヌクレオチドを送達することができる。いくつかの実施形態では、当該宿主細胞は、造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）またはヒト免疫系細胞である。例えば、当該免疫系細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８ダブル・ネガティブＴ細胞、ｇｄＴ細胞、ナチュラル・キラー細胞、樹状細胞、またはそれらの任意の組み合わせ、であることがある。いくつかの実施形態では、ここで、Ｔ細胞は宿主である、当該Ｔ細胞は、ナイーブ、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）、エフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）、またはそれらの任意の組み合わせ、であることがある。従って、組み換え発現ベクターは、リンパ組織－特異的な転写調節エレメント（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｅｌｅｍｅｎｔｓ（ＴＲＥｓ））、例えば、Ｂリンパ球に、Ｔリンパ球に、または樹状細胞に特異的なＴＲＥ、等、も含むことがある。リンパ組織特異的なＴＲＥは、当技術分野で既知である（例えば、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ． ７２：１０４３，Ｔｏｄｄ ｅｔ ａｌ．（１９９３） Ｊ． Ｅｘｐ．Ｍｅｄ． ７７７：１６６３、及び Ｐｅｎｉｘ ｅｔ ａｌ．（１９９３） Ｊ． Ｅｘｐ．Ｍｅｄ． ７７５：１４８３、を参照）．
いくつかの実施形態では、組み換え発現ベクターは、ＴＣＲ α鎖、ＴＣＲ β鎖、及び／またはリンカー・ペプチド、をコードするヌクレオチド配列、を含む。例えば、いくつかの実施形態では、当該組み換え発現ベクターは、当該結合タンパク質の全長ＴＣＲアルファ及びＴＣＲベータ鎖をコードするヌクレオチド配列と、それらの間に位置するリンカーとを、含む、ここで、当該ベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、当該アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列の５’に位置する。いくつかの実施形態では、当該ヌクレオチド配列は、当該全長ＴＣＲアルファ及びＴＣＲベータ鎖と、それらの間に位置するリンカーとを、コードする。ここで、当該ＴＣＲベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、当該ＴＣＲアルファ鎖をコードするヌクレオチド配列の３’に位置する。いくつかの実施形態では、当該全長ＴＣＲアルファ及び／またはＴＣＲベータ鎖を、それらのフラグメントで置き換える。
以下に更に記載されるように、本発明によって包含される別の態様は、本発明による核酸及び／またはベクターによって、トランスフェクションされた、感染を受けた、または形質転換された細胞、に関する。宿主細胞としては、ベクター、または核酸及び／またはタンパク質の取り込み、を受け取ることができる、任意の個々の細胞または細胞培養物、ならびに任意の後代細胞、を挙げることができる。当該用語はまた、遺伝的にまたは表現型的に、同じであるかまたは異なっているかにかかわらず、宿主細胞の後代も包含する。好適な宿主細胞は、当該ベクターに依存することがある、ならびに好適な宿主細胞としては、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、及びバクテリア細胞、を挙げることができる。これらの細胞は、ウイルス・ベクターの使用、リン酸カルシウム沈殿、ＤＥＡＥ－デキストラン、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、または他の方法、を介した形質転換、によって、当該ベクターまたは他の物質を取り込むように誘導され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｌ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ ２ｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）を参照されたい）。用語「形質転換」は、宿主細胞への「外来」（即ち、外因性のまたは細胞外の）遺伝子、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列の導入を意味し、その結果、当該宿主細胞は、導入された遺伝子または配列を発現して、所望の物質、典型的には、当該導入された遺伝子または配列によってコードされる、タンパク質または酵素、を産生する。導入されるＤＮＡまたはＲＮＡを受け取り、発現する宿主細胞は、「形質転換されている」
本発明によって包含される核酸を使用して、好適な発現システムにおいて、本発明によって包含される組み換えポリペプチドを産生することがある。用語「発現システム」は、例えば、当該ベクターによって運ばれた、及び当該宿主細胞に導入された外来ＤＮＡがコードするタンパク質を発現する為の、好適な条件下にある、宿主細胞及び適合性ベクター、を意味する。
よくある発現システムとしては、Ｅ．ｃｏｌｉ（大腸菌）宿主細胞及びプラスミド・ベクター、昆虫宿主細胞及びバキュロウイルス・ベクター、ならびに哺乳動物宿主細胞及びベクター、が挙げられる。宿主細胞の他の例としては、限定されるものではないが、原核生物細胞（例えば、バクテリア等）及び真核生物細胞（例えば、酵母細胞、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞等）、が挙げられる。具体的な例としては、大腸菌、クルイベロミセスまたはサッカロミセス酵母（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｏｒ Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｙｅａｓｔｓ）、哺乳動物細胞株（例えば、Ｖｅｒｏ細胞、ＣＨＯ細胞、３Ｔ３細胞、ＣＯＳ細胞、等）、ならびに初代または確立された哺乳動物細胞培養物（例えば、リンパ芽球、線維芽細胞、胚性細胞、上皮細胞、神経細胞、脂肪細胞、等から産生される）、が挙げられる。例としてはまた、マウスＳＰ２／０－Ａｇ１４細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ１５８１）、マウスＰ３Ｘ６３－Ａｇ８．６５３細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ１５８０）、ジヒドロ葉酸レダクターゼ遺伝子（以下、「ＤＨＦＲ遺伝子」という）を欠損しているＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ Ｇ ｅｔ ａｌ．（１９８０））、ラットＹＢ２／３ＨＬ．Ｐ２．Ｇ１１．１６Ａｇ．２０細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６６２、以下、「ＹＢ２／０細胞」という）、等が挙げられる。いくつかの実施形態では、当該ＹＢ２／０細胞を、キメラまたはヒト化結合タンパク質のＡＤＣＣ活性が、この細胞において発現される場合に、増強されるので、使用する。
本発明はまた、結合タンパク質、ペプチド、及びそのフラグメント、を発現する組み換え宿主細胞を産生する方法を包含する、ここで、当該方法は、以下からなるステップを含む、（ｉ）上記のような組み換え核酸またはベクターを、コンピテントな宿主細胞（ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ ｈｏｓｔ ｃｅｌｌ）の中に、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで導入するステップ、（ｉｉ）得られた組み換え宿主細胞を、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで培養するステップ、ならびに（ｉｉｉ）任意選択的に、当該結合タンパク質、ペプチド、及びそれらのフラグメント、を発現する細胞を選択するステップ。そのような組み換え宿主細胞を、本発明によって包含される、診断方法に、予後予測方法に、及び／または治療方法に、使用することができる。
別の態様では、本発明は、選択的なハイブリダイゼーション条件下で、本出願に開示されるポリヌクレオチドにハイブリダイズする、単離された核酸を提供する。従って、この実施形態のポリヌクレオチドを、そのようなポリヌクレオチドを含む核酸を、単離する為に、検出する為に、及び／または定量する為に、使用することがある。例えば、本発明によって包含されるポリヌクレオチドを使用して、保管ライブラリ中の、部分的クローンまたは全長クローンを、同定する、単離する、または増幅する。いくつかの実施形態では、当該ポリヌクレオチドは、ヒトのまたは哺乳動物の核酸ライブラリ由来であるｃＤＮＡ、から単離された、またはその他、に対して相補的な、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列、である。いくつかの実施形態では、そのｃＤＮＡライブラリは、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくはそれを超えて、または、間の、包含的な、任意の範囲、例えば、少なくとも約８０％－１００％等、全長配列、を含む。当該ｃＤＮＡライブラリを正規化して、稀な配列が表現されることを増大させる。低ストリンジェンシーなまたは中ストリンジェンシーなハイブリダイゼーション条件は、典型的には、しかし排他的ではなく、相補的配列との比較で低い配列同一性を有する配列で、使用される。中ストリンジェンシーな及び高ストリンジェンシーな条件を、より高い同一性に関する配列の為に、任意選択的に使用することができる。低ストリンジェンシーな条件は、約７０％の配列同一性を有する配列に関する選択的なハイブリダイゼーションを可能にし、オルソロガスな（ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ）配列またはパラロガスな（ｐａｒａｌｏｇｏｕｓ）配列を同定する為に使用されることがある。任意選択的に、本発明によって包含されるポリヌクレオチドは、本出願に記載されるポリヌクレオチドによってコードされる結合タンパク質の少なくとも一部をコードする。本発明によって包含されるポリヌクレオチドは、本発明によって包含される結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドへの選択的なハイブリダイゼーションの為に用いることができる核酸配列、を包含する（例えば、上掲のＡｕｓｕｂｅｌ、及び上掲のＣｏｌｌｉｇａｎを参照されたい）。
ＩＶ． 宿主細胞
本発明によって包含される態様では、本出願に記載される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、ＣＡＲ、またはＴＣＲ及びエフェクター・ドメインを含む融合タンパク質）を発現する宿主細胞、が本出願において提供される。いくつかの実施形態では、当該宿主細胞は、本出願に記載される、核酸またはベクター、を含む。
いくつかの実施形態では、結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを使用して、養子移入療法における使用の為に宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）を、形質転換する、トランスフェクションする、または形質導入する。核酸シークエンシング及び特定のＴＣＲシークエンシングにおける進歩は、記載されている（例えば、Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００９） Ｂｌｏｏｄ １１４：４０９９；Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２０１０） Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌａｔ．Ｍｅｄ． ２：４７ｒａ６４、Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｊ． Ｉｍｍ．Ｍｅｔｈ．、及びＷａｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ． ２１：７９０）、ならびに本発明によって包含される実施形態を実施する過程で、用いられることがある。同様に、所望の核酸で、Ｔ細胞を、トランスフェクションする為のまたは形質導入する為の方法は、当技術分野で既知であり（例えば、米国特許出願公開第２００４／００８７０２５号）、所望の抗原特異性のＴ細胞を使用する養子移入法を可能にする（例えば、Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．（２００９） Ｈｕｍ． Ｇｅｎ． ２０：１２４０、Ｄｏｓｓｅｔｔ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ． ７７：７４２，Ｔｉｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｂｌｏｏｄ ７７２：２２６１、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００７） Ｈｕｍ． ＧｅｎｅＴｈｅｒ． １８：１１２、Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００７） Ｂｌｏｏｄ ７０９：２３３１、Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｐｕｂｌ． ２０１１／０２４３９７２、Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｐｕｂｌ． ２０１１／０１８９１４１、及びＬｅｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００７） Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２５：２４３）。
任意の好適な免疫細胞を、本発明によって包含されるヘテロなポリヌクレオチドを含むように改変することがあり、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫ－Ｔ細胞、等が挙げられる。いくつかの実施形態では、当該細胞は、初代細胞または細胞株の細胞、であってもよい。いくつかの実施形態では、当該改変した免疫細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、またはその両方、を含む。本出願の目的の為には、当該Ｔ細胞は、任意のＴ細胞、例えば、培養Ｔ細胞、例えば、初代Ｔ細胞、若しくは培養Ｔ細胞株由来の細胞、例えば、Ｊｕｒｋａｔ、ＳｕｐＴ１、等、または哺乳動物から得られるＴ細胞、であってよい。哺乳動物から得る場合、当該Ｔ細胞を、多数の起源、例えば、限定されるものではないが、血液、骨髄、リンパ節、胸腺、または他の組織若しくは流体、等、から得ることができる。Ｔ細胞をまた、富化することもあるまたは精製することもある。いくつかの実施形態では、当該Ｔ細胞は、ヒトＴ細胞である。いくつかの実施形態では、当該Ｔ細胞は、ヒトから単離したＴ細胞である。当該Ｔ細胞は、任意のタイプのＴ細胞であってもよく、任意の発生段階のものであってもよい。例えば、限定されるものではないが、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞（ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋ダブル・ポシティブＴ細胞（ｄｏｕｂｌｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅＴ ｃｅｌｌｓ）、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、例えば、Ｔｈ１及びＴｈ２細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）、腫瘍浸潤リンパ球（ｔｕｍｏｒ ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ（ＴＩＬｓ））、メモリーＴ細胞（例えば、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ）及びエフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒＭｅｍｏｒｙＴ ｃｅｌｌ））、ナイーブＴ細胞、等、が挙げられる。
任意の適切な方法を使用して、当該細胞（例えば、Ｔ細胞）、にトランスフェクションすることがある、若しくは、に形質導入することがある、または本出願に記載される方法によって包含される、ヌクレオチド配列物若しくは組成物、を投与することがある。ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達する為の方法としては、例えば、カチオン性ポリマー、脂質様分子、及びある特定の市販品、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏ－ｊｅｔＰＥＩ（登録商標）、の使用、が挙げられる。他の方法としては、ｅｘ ｖｉｖｏ形質導入、注入、エレクトロポレーション、ＤＥＡＥ－デキストラン、音波処理負荷、リポソーム－媒介性トランスフェクション、レセプター－媒介性形質導入、微粒子銃（ｍｉｃｒｏｐｒｏｊｅｃｔｉｌｅ ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）、トランスポゾン－媒介性移入、等、が挙げられる。宿主細胞をトランスフェクションするまたは形質導入する、尚更なる方法は、本出願において更に詳しく記載されるベクターを用いる。
本出願に記載される改変した免疫細胞を、Ｔ細胞活性をアッセイする（例えば、Ｔ細胞結合の、活性化の、または誘導の測定、及び抗原特異的であるＴ細胞応答の測定、等も）為の方法論を使用して、機能的に特徴付けることがある。例としては、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞サイトカイン放出、抗原特異的Ｔ細胞刺激、ＭＨＣ拘束性Ｔ細胞刺激、ＣＴＬ活性（例えば、５１Ｃｒ放出を、予め負荷したターゲット細胞から検出することによる）、Ｔ細胞表現型マーカー発現の変化、及びＴ－細胞機能の他の尺度、の測定等が挙げられる。
これらの及び類似のアッセイを実施する為の手順は、例えば、Ｌｅｆｋｏｖｉｔｓ（ＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙＭｅｔｈｏｄｓＭａｎｕａｌ： Ｈｉｅ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｓｏｕｒｃｅｂｏｏｋ ｏｆＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、１９９８）、ならびにＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｗｅｉｒ，（１９８６） Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ；Ｍｉｓｈｅｌｌ ａｎｄ Ｓｈｉｇｉｉ（ｅｄｓ．）（１９７９） ＳｅｌｅｃｔｅｄＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ；Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｒｅｅｄ（１９９８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８１：１３０９、及びそこで引用された参考文献、に記載されていることがある。
いくつかの実施形態では、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合部分等）に対する見かけの親和性を、様々な濃度のＭＨＣ多量体への結合を評価することによって、測定することができる。「ＭＨＣ－ペプチド多量体染色」とは、抗原特異的Ｔ細胞を検出する為に使用するアッセイを指し、これは、いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子の四量体を特徴とし、各々は、少なくとも１つの抗原（例えば、ＨＡ－２免疫原性ペプチド）と同種である（例えば、同一であるまたは関連する）アミノ酸配列を有する同一のペプチドを含む、ここで、当該複合体は、その同種抗原を認識する結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合部分等）に結合することができる。当該ＭＨＣ分子の各々は、ビオチン分子でタグ付けされることがある。ビオチン化ＭＨＣ／ペプチドは、ストレプトアビジン（これは、蛍光標識されていることがある）を加えることによって、多量体化（例えば、四量体化）することがある。
当該多量体を、蛍光標識を介したフロー・サイトメトリーによって、検出することができる。いくつかの実施形態では、ｐＭＨＣ多量体アッセイを用いて、本発明によって包含される、親和性が増強した結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合部分）を、検出するまたは選択する。いくつかの例では、結合タンパク質（例えばＴＣＲまたはその抗原結合部分）の見かけのＫＤを、ある範囲の濃度で標識された多量体の２倍希釈を用いて、測定する、その後、非－線形回帰によって結合曲線を決定することによって、見かけのＫＤを、最大結合の半分を生じるリガンドの濃度として、決定する。
サイトカインのレベルを、本出願に記載される方法、例えばＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳＰＯＴ、細胞内サイトカイン染色、及びフロー・サイトメトリー、ならびにそれらの組み合わせ（例えば、細胞内サイトカイン染色及びフロー・サイトメトリー）等、を用いて決定することがある。
抗原特異的な、免疫応答の、誘発または刺激、から生じる、免疫細胞増殖及びクローン増殖を、リンパ球（例えば、末梢血細胞のサンプル中の循環しているリンパ球、またはリンパ節由来の細胞、等）を単離し、その細胞を抗原で刺激し、ならびにサイトカイン産生、細胞増殖、及び／または細胞生存性を測定することによって（例えば、トリチウム化チミジンの取り込み、または非－放射性アッセイ［例えば、ＭＴＴアッセイ等］によって等）、決定することがある。Ｔｈｌ免疫応答とＴｈ２免疫応答との間のバランスへの、本出願に記載される免疫原の効果を、例えば、Ｔｈｌサイトカイン（例えば、ＩＦＮ－ｇ、ＩＬ－１２、ＩＬ－２、及びＴＮＦ－ｂ等）、ならびにタイプ２サイトカイン（例えば、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、及びＩＬ－ｌ３等）、のレベルを決定することによって、検討することがある。
本発明によって包含される宿主細胞は、本出願に記載される結合タンパク質をコードする単一のポリヌクレオチドを含むことがある、または当該結合タンパク質は、２つ以上のポリヌクレオチドによってコードされることがある。言い換えれば、結合タンパク質の構成要素または部分は、２つ以上のポリヌクレオチド（これは、単一の核酸分子上に含まれ得る、または２つ以上の核酸分子上に含まれ得る）によってコードされることがある。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含される結合タンパク質の、２つ以上の構成要素または部分、をコードするポリヌクレオチドは、単一のオープン・リーディング・フレームの中で、作動可能に関連付けられた、２つ以上のコーディング配列を含む。有利なことに、このような配置によって、所望の遺伝子産物を、連係を取りながら発現させる（例えば、ＴＣＲのアルファ－鎖及びベータ－鎖を同時に発現させ、その結果それらは、約１：１の比で産生される、等）ことが、可能になる。いくつかの実施形態では、本発明によって包含される結合タンパク質の２つ以上の置換可能な遺伝子産物（例えば、ＴＣＲ［例えば、アルファ－鎖及びベータ－鎖］またはＣＡＲ等）は、別々の分子として発現し、翻訳後に会合する。更なる実施形態では、本発明によって包含される結合タンパク質のうちの２つ以上の置換可能な遺伝子は、切断可能なまたは除去可能な、セグメントによって分離された部分を有する単一のペプチドとして、発現する。例えば、単一のポリヌクレオチドまたはベクターによってコードされる、分離可能なポリペプチドを発現させるのに有用な自己－切断ペプチドは、当技術分野において既知である、ならびに、例えば、ブタ・テッショウウイルス－１ ２ Ａ（ｐｏｒｃｉｎｅＴｅｓｃｈｏｖｉｒｕｓ－１ ２ Ａ（Ｐ２Ａ））ペプチド、ゾセアアシグナ・ウイルス２Ａ（ｔｈｏｓｅａａｓｉｇｎａ ｖｉｒｕｓ ２Ａ（Ｔ２Ａ））ペプチド、ウマ鼻炎Ａウイルス（ｅｑｕｉｎｅ ｒｈｉｎｉｔｉｓ Ａ ｖｉｒｕｓ（ＥＲＡＶ））２Ａ（Ｅ２Ａ）ペプチド、及び口蹄疫ｖｉｍｓ ２Ａ（Ｆ２Ａ）ペプチド、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含される結合タンパク質は、１つ以上の結合アミノ酸を含む。「結合アミノ酸」または「結合アミノ酸残基」とは、ポリペプチドの、２つの隣接するモチーフの、領域の、またはドメインの間（例えば、結合ドメインと隣接する定常ドメインとの間、またはＴＣＲ鎖と隣接する自己－切断ペプチドとの間、等）の１個以上（例えば、２から約１０個）のアミノ酸残基、を指す。結合アミノ酸は、融合タンパク質をコードする構築物の設計から（例えば、融合タンパク質をコードする核酸分子を構築する過程で、制限酵素部位を使用すること、から生じるアミノ酸残基）、または、例えば、本発明によって包含される、コードされた結合タンパク質の１つ以上のドメインに隣接する自己－切断ペプチドの切断から（例えば、ＴＣＲ ａ－鎖とＴＣＲ β－鎖との間に配置されたＰ２Ａペプチド、その自己－切断によって、ａ－鎖、ＴＣＲ β－鎖、または両方において、１つ以上の結合アミノ酸が残ることがある）、生じることがある。
本発明によって包含される操作した免疫細胞を、例えば、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の為の治療剤として、投与することがある。いくつかの状況では、細胞性の免疫療法に関連する活性を、低減させることが、または停止させることが、望ましい場合がある。従って、いくつかの実施形態では、本発明によって包含される操作した免疫細胞は、所望の場合、そのような細胞の活性を選択的に調節する（例えば、低下させるまたは除去する）為に、同種の薬物をまたは他の化合物を使用して、ターゲット化することが可能である、結合タンパク質及びアクセサリー・タンパク質（例えば、安全スイッチ・タンパク質等）、をコードするヘテロなポリヌクレオチド、を含む。この点に関して使用される安全スイッチ・タンパク質としては、例えば、細胞外Ｎ－末端リガンド結合ドメイン及び細胞内レセプター・チロシン・キナーゼ活性を欠くが、天然アミノ酸配列、タイプＩ膜貫通細胞表面局在化、及び医薬品－グレードの抗－ＥＧＦＲモノクローナル抗体［セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）］に対する、コンフォメーション的にインタクトな結合エピトープ、を保持する、切り取りを受けたＥＧＦレセプター・ポリペプチド（ｈｕＥＧＦＲｔ）ｔＥＧＦレセプター（ｔＥＧＦｒ；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｂｌｏｏｄ １１８：１２５５－１２６３））、カスパーゼ・ポリペプチド（例えば、ｉＣａｓｐ９；Ｓｔｒａａｔｈｏｆ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｂｌｏｏｄ １０５：４２４７－４２５４、Ｄｉ Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ．Ｍｅｄ． ３６５：１６７３－１６８３、Ｚｈｏｕ ａｎｄ Ｂｒｅｎｎｅｒ（２０１６） Ｈｅｍａｔｏｌ． ｐｉｉ：Ｓ０３０１－４７２Ｘ：３０５１３－３０５１６）、ＲＱＲ８（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．（２０１４） Ｂｌｏｏｄ １２４：１２７７－１２８７）、及びヒトｃ－ｍｙｃタンパク質タグ（Ｋｉｅｂａｃｋ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １０５：６２３－６２８）、が挙げられる。
治療用細胞に有用な他のアクセサリ構成要素は、当該細胞を、同定する、選別する、単離する、富化する、または追跡する、ことを可能にする、タグまたは選択マーカー（例えば、ＣＤ３４濃縮タグ）、を含む。例えば、所望の特性（例えば、抗原特異的なＴＣＲ及び安全スイッチ・タンパク質）を有する、印を付けた免疫細胞を、サンプル中の印が付けられていない細胞から選別し、より効率的に、活性化することができる、及び、所望の純度の治療用製品の中に含有させる為に増殖させることができる。
本出願で使用する場合、用語「選択マーカー」は、選択マーカーを含むポリヌクレオチドで形質導入された免疫細胞を、検知できるようにする為の、及びポジティブな選択を可能にする為の、細胞に同定可能な変化を与える核酸構築物、を含む。例えば、ＲＱＲは、ＣＤ２０の主要な細胞外ループ及び２つの最小限ＣＤ３４結合部位を含む選択マーカーである。いくつかの実施形態では、ＲＱＲをコードするポリヌクレオチドは、１６アミノ酸のＣＤ３４最小エピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態（例えば、本出願の実施例において提供されるある特定の実施形態等）では、当該ＣＤ３４最小エピトープは、ＣＤ８ストーク・ドメイン（ｓｔａｌｋ ｄｏｍａｉｎ）（Ｑ８）のアミノ末端位置に組み込まれる。更なる実施形態では、そのＣＤ３４最小結合部位配列を、ＣＤ２０のターゲット・エピトープと組み合わせて、Ｔ細胞にとってのコンパクトなマーカー／自殺遺伝子（ＲＱＲ８）を形成することができる（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ． ２０１４）。この構築物によって、例えば、磁気ビーズに結合したＣＤ３４－特異的抗体（ミルテニー）を使って、その構築物を発現する免疫細胞の選択が可能になる、及び、臨床的に承認済みの医薬品抗体であるリツキシマブを利用して、導入遺伝子を発現する操作したＴ細胞を選択的に除くことが可能になる（例えば、Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．（２０１４） Ｂｌｏｏｄ １２４：１２７７－１２８７、米国特許出願公開２０１５－００９３４０１、及び米国特許出願公開２０１８－００５１０８９）。
更なる例示的な選択マーカーとしては、Ｔ細胞上で通常発現していない、いくつかの切り取りを受けたタイプＩ膜貫通タンパク質：切り取りを受けた低－親和性神経増殖因子、切り取りを受けたＣＤ１９、及び切り取りを受けたＣＤ３４、が挙げられる（例えば、Ｄｉ Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ．Ｍｅｄ． ３６５：１６７３－１６８３，Ｍａｖｉｌｉｏ ｅｔ ａｌ．（１９９４） Ｂｌｏｏｄ ８３：１９８８－１９９７、及び Ｆｅｈｓｅ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ． ７：４４８－４５６）。ＣＤ１９及びＣＤ３４の特に魅力的な特徴は、臨床－グレードを選別する為に、これらのマーカーをターゲットとすることができる、既成のＭｉｌｔｅｎｙｉ ＣｌｉｎｉＭＡＣｓ（商標）選択システムが利用可能であることである。しかしながら、ＣＤ１９及びＣＤ３４は比較的大きな表面タンパク質であり、ベクターのパッケージング能、及び組み込みベクターの転写効率、を損なう可能性がある。細胞外、非－シグナリング・ドメイン、または様々なタンパク質（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ３４、ＬＮＧＦＲ、等）を含む表面マーカーを使用することもある。任意の選択マーカーを、使用することができ、医薬品の製造管理及び品質管理の基準（ｇｏｏｄＭａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ｐｒａｃｔｉｃｅｓ）に認められるべきである。いくつかの実施形態では、選択マーカーは、関心とする遺伝子産物をコードするポリヌクレオチド（例えば、本発明によって包含される結合タンパク質、例えば、ＴＣＲ若しくはＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント等）と一緒に発現する。選択マーカーの更なる例としては、例えば、ＧＦＰ、ＥＧＦＰ、β－ｇａｌまたはクロラムフェニコール・アセチルトランスフェラーゼ（ｃｈｌｏｒａｍｐｈｅｎｉｃｏｌ ａｃｅｔｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＣＡＴ））などのレポーター、が挙げられる。いくつかの実施形態では、例えば、細胞はＣＤ３４などの選択マーカーを発現する、及び当該ＣＤ３４を使用して、本出願に記載される方法における使用の為の、関心とする形質導入された細胞を、選択し富化することがある、または単離することがある（例えば、免疫磁気選択によって）。本出願で使用する場合、ＣＤ３４マーカーは、抗－ＣＤ３４抗体、または、例えば、ＣＤ３４に結合するｓｃＦｖ、ＴＣＲ、または他の抗原認識部分、と区別される。
いくつかの実施形態では、選択マーカーは、ＲＱＲポリペプチド、切り取りを受けた低－親和性神経増殖因子（ｔＮＧＦＲ）、切り取りを受けたＣＤ１９（ｔＣＤ１９）、切り取りを受けたＣＤ３４（ｔＣＤ３４）、またはそれらの任意の組み合わせ、を含む。
背景として、ＣＤ４＋Ｔ細胞を免疫療法細胞産物に含めることにより、抗原誘導性にＩＬ－２を分泌させることが可能になり、移入した細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞の、持続性及び機能、を増強することができる（例えば、Ｋｅｎｎｅｄｙ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． ２２２：１２９ 及びＮａｋａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ（２００９） ５２：５１０）。いくつかの実施形態では、クラスＩ ＨＬＡペプチド複合体に対するＴＣＲの感度を高める為に、ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるクラスＩ－拘束性ＴＣＲは、ＣＤ８共－レセプターの移入を必要とすることがある。ＣＤ４共－レセプターは、ＣＤ８とは構造が異なり、ＣＤ８共－レセプターを効果的に置換することができない（例えば、Ｓｔｏｎｅ ＆ Ｋｒａｎｚ（２０１３） Ｆｒｏｎｔ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４：２４４ 及びＣｏｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ７３７：１３９）。それ故に、本発明によって包含される、組成物及び方法、の中で使用する為の別のアクセサリー・タンパク質は、ＣＤ８共－レセプターまたはその構成要素、を含む。本発明によって包含される結合タンパク質をコードするヘテロなポリヌクレオチドを含む操作した免疫細胞は、いくつかの実施形態では、ＣＤ８共－レセプター・タンパク質、またはそのベータ－鎖の、若しくはアルファ－鎖の、構成要素、をコードするヘテロなポリヌクレオチドを、更に含むことがある。
宿主細胞は、効率的に形質導入を受けて、当該結合タンパク質、安全スイッチ・タンパク質、選択マーカー、及びＣＤ８共－レセプター・タンパク質、をコードする単一のポリヌクレオチドを、含むようになることがある、及び効率的に発現することがある。
１つの実施形態では、本発明によって包含される宿主細胞は、共－刺激分子をコードする核酸を更に含み、その結果、当該改変したＴ細胞は、当該共－刺激分子を発現する。いくつかの実施形態では、共－刺激ドメインを、ＣＤ３、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ１２７、４－１ＢＢ、４－１ＢＢＬ、ＰＤ１及びＰＤ１Ｌ、より選択する。
前述の実施形態のいずれかでは、本出願に記載される結合タンパク質を発現する宿主細胞は、汎用免疫細胞であることがある。「汎用免疫細胞（ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｅｌｌ）」は、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ分子、ＴＣＲ分子、またはそれらの任意の組み合わせ、より選択されるポリペプチド産物をコードする１つ以上の内因性遺伝子の発現を、低減するように、または排除するように、改変した免疫細胞を含む。理論に拘束されることを望むものではないが、特定の内因性に発現した免疫細胞タンパク質は、改変した免疫細胞の免疫活性を下方制御することがある（例えば、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ）、または本発明によって包含されるヘテロに発現した結合タンパク質の結合活性を妨害することがある（例えば、非－ＨＡ－２抗原に結合する、及びＨＡ－２抗原［例えば、ＭＨＣ分子の中にアミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含むＨＡ－２免疫原性ペプチド等］を発現するターゲット細胞に、改変した免疫細胞が結合することを妨害する、内因性のＴＣＲ）。更に、ドナー（ｄｏｎｏｒ）免疫細胞上で発現する内因性タンパク質（例えば、免疫細胞タンパク質、例えば、ＨＬＡ対立遺伝子等）は、同種異系の宿主によって、異物として認識されることがある、これにより、その改変したドナー（ｄｏｎｏｒ）免疫細胞は、同種異系の宿主によって、結果的に、除去されることがある、または抑制されることがある。
従って、そのような内因性遺伝子またはタンパク質の、発現または活性を、減少させることにより、または排除することにより、自己のまたは同種の宿主環境において、改変した免疫細胞の活性、寛容性または持続性を改善することができる、及び当該細胞を（例えば、ＨＬＡタイプにかかわらず、任意のレシピエント（ｒｅｃｉｐｉｅｎｔ）に）汎用的に投与することが可能になる。いくつかの実施形態では、本発明に係る細胞は同系である、即ち、それらは、遺伝的に同一であるか、または十分に同一である、及び免疫学的に互換的であり、その結果、移植が可能になる。いくつかの実施形態では、汎用免疫細胞は、ドナー（ｄｏｎｏｒ）細胞（例えば、同種異系）、または自己細胞、である。いくつかの実施形態では、本発明によって包含される改変した免疫細胞（例えば、汎用免疫細胞）は、ＰＤ－１、ＬＡＧ－３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ構成要素（例えば、α１マクログロブリン、α２マクログロブリン、α３マクログロブリン、β１ミクログロブリン、若しくはβ２ミクログロブリンをコードする遺伝子）、またはＴＣＲ構成要素（例えば、ＴＣＲ可変領域若しくはＴＣＲ定常領域をコードする遺伝子）、をコードする１種以上の遺伝子に関する、染色体遺伝子ノックアウトを含む（例えば、Ｔｏｒｉｋａｉ ｅｌ ａｌ．（２０１６） Ｎａｔｕｒｅ Ｓｃｉ． Ｒｅｐ． ６：２１７５７；Ｔｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ｂｌｏｏｄ １７９：５６９７；及びＴｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｂｌｏｏｄ ７２２：１３４１、を参照、これらはまた、本発明に係る有用な、代表的な、例示的な、遺伝子編集技術、組成物、及び養子細胞療法、も提供する。）
本出願で使用する場合、用語「染色体遺伝子ノックアウト」とは、宿主細胞における、遺伝子改変または導入された阻害的な作用因子を指し、これらは、当該宿主細胞による、機能的に活性な内因性ポリペプチド産物の産生を防止する（例えば、減少させる、遅延させる、抑制する、または消失させる）。染色体遺伝子ノックアウトをもたらす改変としては、例えば、ナンセンス変異（ｎｏｎｓｅｎｓｅＭｕｔａｔｉｏｎ）（例えば、終止コドンを途中に導入すること等）、ミスセンス変異（ｍｉｓｓｅｎｓｅＭｕｔａｔｉｏｎ）、遺伝子欠失、及び鎖切断、ならびに当該宿主細胞における内因性遺伝子発現を阻害する阻害性核酸分子のヘテロな発現、を導入すること、が挙げることができる。
いくつかの実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトまたは遺伝子ノックインを、宿主細胞の染色体編集によって作製することがある。染色体編集を、例えば、エンドヌクレアーゼを用いて行うことができる。本出願で使用する場合、「エンドヌクレアーゼ」とは、ポリヌクレオチド鎖内のホスホジエステル結合の切断を触媒することができる酵素を指す。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、ターゲット遺伝子を切断し、それによって、当該ターゲット遺伝子を不活性化または「ノックアウト」することができる。エンドヌクレアーゼは、天然、組み換え、遺伝子改変、または融合エンドヌクレアーゼ、であることがある。当該エンドヌクレアーゼによって引き起こされる核酸鎖の切断は一般に、相同組み換えまたは非－相同末端結合（ｎｏｎ－ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｅｎｄ ｊｏｉｎｉｎｇ）（ＮＨＥＪ）という異なるメカニズムを介して修復される。相同組み換えの過程で、ドナー（ｄｏｎｏｒ）の核酸分子を、ドナー（ｄｏｎｏｒ）の遺伝子の「ノックイン」の為に、ターゲット遺伝子の「ノックアウト」の為に、及び任意選択的に、ドナー（ｄｏｎｏｒ）遺伝子のノックインというイベントまたはターゲット遺伝子のノックアウトというイベント事象を介してターゲット遺伝子を不活性化する為に、使用することがある。ＮＨＥＪは、しばしば、切断部位でのＤＮＡ配列の変化（例えば、少なくとも１つのヌクレオチドの置換、欠失、または付加）をもたらすエラーを引き起こし易い修復プロセスである。ＮＨＥＪを利用して、ターゲット遺伝子を「ノックアウト」することがある。エンドヌクレアーゼの例としては、ジンク・フィンガー・ヌクレアーゼ（ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｎｕｃｌｅａｓｅ）、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、メガＴＡＬ（ｍｅｇａＴＡＬ）、等が挙げられる。
本出願で使用する場合、「ジンク・フィンガー・ヌクレアーゼ（ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｎｕｃｌｅａｓｅ）」（ＺＦＮ）とは、非－特異的なＤＮＡ切断ドメイン（例えば、Ｆｏｋ１エンドヌクレアーゼ等）に融合したジンク・フィンガーＤＮＡ結合ドメインを含む融合タンパク質を指す。約３０アミノ酸の各ジンク・フィンガー・モチーフは、約３塩基対のＤＮＡに結合し、特定の残基のアミノ酸はトリプレット配列特異性を変更するように変わる（例えば、Ｄｅｓｊａｒｌａｉｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ９０：２２５６－２２６０ 及び Ｗｏｌｆｅ ｅｔ ａｌ．（１９９９） Ｊ．Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２５５：１９１７－１９３４）。複数のジンク・フィンガー・モチーフをタンデムに連結して、所望のＤＮＡ配列（例えば、約９から約１８塩基対までの範囲の長さを有する領域等）に対する結合特異性を作り出すことができる。背景として、ＺＦＮは、ゲノム中に部位－特異的なＤＮＡ二本鎖切断（ｄｏｕｂｌｅ ｓｔｒａｎｄ ｂｒｅａｋ（ＤＳＢ））の生成を触媒することによって、ゲノム編集を媒介する、及びＤＳＢの部位でのゲノムに対して相同な隣接配列を含む導入遺伝子のターゲット化した組み込みは、相同組み換え修復（ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒｅｐａｉｒ）によって促進される。或いは、ＺＦＮによって生成されるＤＳＢは、非－相同末端結合（ｎｏｎ－ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｅｎｄ ｊｏｉｎｉｎｇ）（ＮＨＥＪ）による修復を介して、ターゲット遺伝子のノックアウトをもたらすことがある。これは、切断部位におけるヌクレオチドの挿入または欠失をもたらす、エラーを引き起こし易い細胞修復経路である。いくつかの実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＺＦＮ分子を用いて作製された、挿入、欠失、変異、またはそれらの組み合わせ、を含む。
本出願で使用する場合、「転写活性化因子－様エフェクター・ヌクレアーゼ（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｃｔｉｖａｔｏｒ－ｌｉｋｅ ｅｆｆｅｃｔｏｒ ｎｕｃｌｅａｓｅ）」（ＴＡＬＥＮ）は、ＴＡＬＥ ＤＮＡ－結合ドメイン及びＤＮＡ切断ドメイン（例えば、Ｆｏｋ１エンドヌクレアーゼ等）を含む融合タンパク質を指す。「ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメイン」または「ＴＡＬＥ」は、１つ以上のＴＡＬＥ反復ドメイン／単位から構成され、各々は、一般に、多様な第１２及び第１３アミノ酸を有する、高度に保存された３３－３５アミノ酸配列を有する。そのＴＡＬＥ反復ドメインは、ＴＡＬＥがターゲットＤＮＡ配列に結合することに関与する。当該多様なアミノ酸の残基は（繰り返し可変性二残基（ｒｅｐｅａｔ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｉｒｅｓｉｄｕｅ（ＲＶＤ））と呼ぶ）、特異的なヌクレオチド認識と相関する。これらのＴＡＬＥのＤＮＡ認識の為の天然（カノニカル（ｃａｎｏｎｉｃａｌ））コードが決定されてきていて、ＴＡＬＥの１２位及び１３位のＨＤ（ヒスチン－アスパラギン酸）配列によって、ＴＡＬＥがシトシン（Ｃ）に結合するようになる、ＮＧ（アスパラギン－グリシン）によって、Ｔヌクレオチドに結合するようになる、ＮＩ（アスパラギン－イソロイシン）によって、Ａに結合するようになる、ＮＮ（アスパラギン－アスパラギン）によって、ＧまたはＡヌクレオチドに結合するようになる、及びＮＧ（アスパラギン－グリシン）によって、Ｔヌクレオチドに結合するようになる。非－カノニカル（非定型）ＲＶＤもまた、当技術分野において既知である（例えば、米国特許出願公開第２０１１／０３０１０７３号、非定型ＲＶＤの全体が本出願に参照により取り込まれる）。ＴＡＬＥＮを、Ｔ細胞のゲノム中の部位特異的な二本鎖切断（ＤＳＢ）を指示する為に使用することがある。非－相同末端結合（Ｎｏｎ－ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｅｎｄ ｊｏｉｎｉｎｇ）（ＮＨＥＪ）は、アニーリングする為の配列重複がほとんどまたは全く無い、二本鎖切断の両側のＤＮＡを、ライゲート（ｌｉｇａｔｅ）する、それによって、遺伝子発現をノックアウトするエラーが導入される。或いは、相同組み換え修復（ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒｅｐａｉｒ）によって、ＤＳＢの部位（当該導入遺伝子中に存在する相同隣接配列を提供する）に導入遺伝子を導入することがある。いくつかの実施形態では、遺伝子ノックアウトは、挿入、欠失、変異またはそれらの組み合わせ、を含み、ＴＡＬＥＮ分子を用いて作製される。
本出願で使用する場合、「クラスター化された規則的に間隔を置いて配置された短いパリンドローム・リピート（ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｒｅｇｕｌａｒｌｙ ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ ｓｈｏｒｔ ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ ｒｅｐｅａｔｓ）／Ｃａｓ」（ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）ヌクレアーゼ・システムとは、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）－ガイドＣａｓヌクレアーゼを使用して、塩基－対合の相補性を介してゲノム内のターゲット部位（プロトスペーサー（ｐｒｏｔｏｓｐａｃｅｒ）として知られる）を認識し、次いで、短い、保存されたプロトスペーサー関連モチーフ（ｐｒｏｔｏｓｐａｃｅｒ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄＭｏｔｉｆ（ＰＡＭ））が相補的ターゲット配列の３’のすぐ後に続く場合、ＤＮＡを切断するシステム、を指す。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓヌクレアーゼの配列と構造に基づいて、３つのタイプ（即ち、タイプＩ、タイプＩＩ、及びタイプＩＩＩ）に分類される。タイプＩ及びタイプＩＩＩのｃｒＲＮＡ－ガイドを受けるサーベイランス複合体は、複数のＣａｓサブユニットを必要とする。タイプＩＩシステム（最も研究されている）は、少なくとも３つの構成要素を含む：ＲＮＡ－ガイドを受けるＣａｓ９ヌクレアーゼ、ｃｒＲＮＡ、及びトランス作用性ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）。当該ｔｒａｃｒＲＮＡは、二本鎖形成領域を含む。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡは、二重鎖を形成し、これは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと相互作用することができる、及びｃｒＲＮＡ上のスペーサーと、ＰＡＭから上流のターゲットＤＮＡ上のプロトスペーサーとの間の、ワトソン－クリック（Ｗａｔｓｏｎ－Ｃｒｉｃｋ）塩基－対合を介して、ターゲットＤＮＡ上の特定部位に、Ｃａｓ９／ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体をガイドすることができる。Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、当該ｃｒＲＮＡスペーサーによって画定される領域内で、二本鎖切断を切断する。ＮＨＥＪによる修復の結果、挿入及び／または削除が生じ、そのターゲット遺伝子座の発現が破壊される。或いは、相同隣接配列を有する導入遺伝子が、相同組み換え修復（ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒｅｐａｉｒ）を介して、ＤＳＢの部位に導入されることがある。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡを、操作して、単一のガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡまたはｇＲＮＡ）へとすることがある（例えば、Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３７：８１６－８２１）。更に、当該ターゲット部位に相補的なガイドＲＮＡの領域を、所望の配列をターゲットとするように改変することがある、またはプログラムすることがある（Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４） ＰＬＯＳ Ｏｎｅ ９：ｅｌ００４４８、米国特許出願公開ＵＳ ２０１４／００６８７９７、米国特許出願公開ＵＳ ２０１４／０１８６８４３、米国特許８，６９７，３５９、及びＰＣＴ出願公開ＷＯ ２０１５／０７１４７４）。いくつかの実施形態では、遺伝子ノックアウトは、挿入、欠失、変異、またはそれらの組み合わせ、を含み、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ・システムを用いて作製される。
例示的なｇＲＮＡ配列、及び免疫細胞タンパク質をコードする内因性遺伝子をノックアウトする為にｇＲＮＡ配列を使用する例示的な方法としては、Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１７） Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２３：２２５５－２２６６（これは、代表的な、例示的な、ｇＲＮＡ、ＣＡＳ９ＤＮＡ、ベクター、及び遺伝子ノックアウト技術、を提供する）に記載されるものが挙げられる。
本出願で使用する場合、「メガヌクレアーゼ（ｍｅｇａｎｕｃｌｅａｓｅ）」（「ホーミング・エンドヌクレアーゼ（ｈｏｍｉｎｇ ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ）」とも呼ぶ）とは、大きな認識部位（約１２から約４０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列）を特徴とするエンドデオキシリボヌクレアーゼ、を指す。メガヌクレアーゼは、配列及び構造モチーフに基づいて、５つのファミリーに分けることができる：ＬＡＧＬＩＤＡＤＧ、ＧＩＹ－ＹＩＧ、ＨＮＨ、Ｈｉｓ－Ｃｙｓ ボックス（ｂｏｘ）、及び ＰＤ－（Ｄ／Ｅ）ＸＫ。例示的なメガヌクレアーゼとしては、Ｉ－Ｓｃｅｌ、Ｉ－Ｃｅｕｌ、ＰＩ－ＰｓｐＩ、ＲＩ－Ｓｃｅ、Ｉ－ＳｃｅｌＶ、Ｉ－Ｃｓｍｌ、Ｉ－Ｐａｎｌ、Ｉ－Ｓｃｅｌｌ、Ｉ－Ｐｐｏｌ、Ｉ－ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ－Ｃｒｅｌ、Ｉ－Ｔｅｖｌ、Ｉ－ＴｅｖＩＩ 及び Ｉ－ＴｅｖＩＩＩ、が挙げられる、そして、それらの認識配列は既知である（例えば、米国特許５，４２０，０３２ 及び ６，８３３，２５２、Ｂｅｌｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．（１９９７） Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３７９－３３８８、Ｄｕｊｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８９） Ｇｅｎｅ ５２：１１５－１１８、Ｐｅｒｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４） Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２２：１１２５－１１２７、Ｊａｓｉｎ（１９９６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ． ７２：２２４－２２８、Ｇｉｍｂｌｅ ｅｔ ａｌ．（１９９６） Ｊ．Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２６３：１６３－１８０、ならびに Ａｒｇａｓｔ ｅｔ ａｌ．（１９９８） Ｊ．Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２８０： ３４５－３５３）。
いくつかの実施形態では、天然に存在するメガヌクレアーゼを使用して、関心とするターゲット（例えば、免疫チェックポイント、ＨＬＡ－コード遺伝子、またはＴＣＲ構成要素－コード遺伝子等）の部位－特異的なゲノム改変を促進することがある。
他の実施形態では、ターゲット遺伝子に対する新規な結合特異性を有する、操作したメガヌクレアーゼを、部位特異的なゲノム改変に使用する（例えば、Ｐｏｒｔｅｕｓ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ２３：９６７－７３、Ｓｕｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００４） Ｊ．Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３４２：３１－４１、Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３７：２９５２－２９６２、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ ７０：８９５－９０５、Ａｓｈｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｎａｔｕｒｅ ４４１：６５６－６５９、Ｐａｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００７） Ｃｕｒｒ． ＧｅｎｅＴｈｅｒ． ７：４９－６６、ならびに 米国特許出願公開ＵＳ ２００７／０１１７１２８、ＵＳ ２００６／０２０６９４９、ＵＳ ２００６／０１５３８２６、ＵＳ ２００６／００７８５５２、及び ＵＳ ２００４／０００２０９２、を参照）。更なる実施形態では、ｍｅｇａＴＡＬとして知られる融合タンパク質を作製するように、ＴＡＬＥＮのモジュラーＤＮＡ結合ドメインを改変したホーミング・エンドヌクレアーゼ（ｈｏｍｉｎｇ ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ）を使用して、染色体遺伝子ノックアウトを作製する。ｍｅｇａＴＡＬを、１つ以上のターゲット遺伝子をノックアウトする為にだけでなく、関心とするポリペプチドをコードする外因性のドナー（ｄｏｎｏｒ）の鋳型と併用する場合、異種性のまたは外因性のポリヌクレオチドを導入（ノックイン）する為にも、利用することがある。
いくつかの実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトは、ＨＡ－２抗原に（例えば、特異的に及び／または選択的に）結合する抗原特異的なレセプターをコードするヘテロなポリヌクレオチドを含む宿主細胞（例えば、免疫細胞）に導入された阻害性核酸分子を含む、ここで、当該阻害性核酸分子は、ターゲット－特異的なインヒビターをコードする、及びここで、そのコードされたターゲット－特異的なインヒビターは、当該宿主免疫細胞における内因性遺伝子（即ち、免疫チェックポイント、ＨＬＡ構成要素、またはＴＣＲ構成要素、またはそれらの任意の組み合わせ）の発現を阻害する。
染色体遺伝子ノックアウトを、そのノックアウト手順をまたは作用因子を使用した後に、当該宿主免疫細胞のＤＮＡシークエンシングを行うことによって、直接的に確認することがある。
染色体遺伝子ノックアウトをまた、ノックアウト後の遺伝子発現の非存在（例えば、当該遺伝子によってコードされる、ｍＲＮＡまたはポリペプチド産物の非存在）から推測することもある。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含される宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含むターゲット細胞を、特異的に、及び／または選択的に、５０％以上を死滅させること含むことがある。
いくつかの実施形態では、当該改変した免疫細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含むターゲット細胞と接触した場合に、サイトカインを産生することができる。
いくつかの実施形態では、当該サイトカインは、ＩＦＮ－γまたはＩＬ２を含む。いくつかの実施形態では、当該サイトカインは、ＴＮＦ－αを含む。
いくつかの実施形態では、当該宿主細胞は、約１０００の、１００万個の転写物当たりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒＭｉｌｌｉｏｎＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ（ＴＰＭ））（約１０００ＴＰＭ）以下、９５０ＴＰＭ、９００ＴＰＭ、８５０ＴＰＭ、８００ＴＰＭ、７５０ＴＰＭ、７００ＴＰＭ、６５０ＴＰＭ、６００ＴＰＭ、５５０ＴＰＭ、５００ＴＰＭ、４５０ＴＰＭ、４００ＴＰＭ、３５０ＴＰＭ、３００ＴＰＭ、２５０ＴＰＭ、２００ＴＰＭ、１５０ＴＰＭ、１００ＴＰＭ、９５ＴＰＭ、９０ＴＰＭ、８５ＴＰＭ、８０ＴＰＭ、７５ＴＰＭ、７０ＴＰＭ、６５ＴＰＭ、６０ＴＰＭ、５５ＴＰＭ、５０ＴＰＭ、４５ＴＰＭ、４０ＴＰＭ、３５ＴＰＭ、３４ＴＰＭ、３３ＴＰＭ、３２ＴＰＭ、３１ＴＰＭ、３０ＴＰＭ、２９ＴＰＭ、２８ＴＰＭ、２７ＴＰＭ、２６ＴＰＭ、２５ＴＰＭ、２４ＴＰＭ、２３ＴＰＭ、２２ＴＰＭ、２１ＴＰＭ、２０ＴＰＭ、１９ＴＰＭ、１８ＴＰＭ、１７ＴＰＭ、１６ＴＰＭ、１５ＴＰＭ、１４ＴＰＭ、１３ＴＰＭ、１２ＴＰＭ、１１ＴＰＭ、１０ＴＰＭ、９ＴＰＭ、８ＴＰＭ、７ＴＰＭ、６ＴＰＭ、５ＴＰＭ、４ＴＰＭ、３ＴＰＭ、２ＴＰＭ、及び １ＴＰＭ、以下、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、約１０００ＴＰＭ以下から約３５ＴＰＭ以下まで等、のレベルで、ＨＡ－２の発現があるターゲット細胞と接触した場合に、より高いレベルのサイトカイン、または細胞傷害性分子を産生することができる。いくつかの実施形態では、低いＨＡ－２発現レベルは、「ヘテロ接合性発現」と呼ばれ、約１ＴＰＭと約３５ＴＰＭとの間、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、１－３２ＴＰＭ等、を意味する。例えば、当該宿主細胞は、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍、若しくはそれを超えて、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、１．２倍から２倍まで等、より高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子、を産生することができる。
いくつかの実施形態では、当該宿主細胞は、ＨＡ－２を発現するターゲット細胞（例えば、ＨＡ－２を発現する過剰増殖性細胞）を、特異的に及び／または選択的に、傷害することができる。ある特定の実施形態では、当該ターゲット細胞は、以下を発現する：（ｉ）アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭ、を含む、または、からなる、ポリペプチド；及び（ｉｉ）マッチしたＭＨＣ分子。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ＨＡ－２抗原を発現しない、請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質によって認識されない、血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２ではない、及び／またはＨＬＡ－Ａ＊０２対立遺伝子、例えばＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、若しくはＨＬＡ－Ａ＊０２０７対立遺伝子、を発現しない。例えば、患者は、ＨＡ－２ ＲＥＦ－ネガティブである（例えば、ＨＡ－２ ＳＮＰ／ＳＮＰ遺伝子型、及び／または、ＨＡ２－ＲＥＦを発現しない）、またはＨＬＡ－Ａ＊０２：０１－ネガティブである、健常なドナー（ｄｏｎｏｒ）から宿主細胞を受けることがある。当該ドナー（ｄｏｎｏｒ）から単離した幹細胞（例えば、造血幹細胞等）を（または操作した自己細胞を）、移植物質の供給源として使用することがある。並行して、同じドナー（ｄｏｎｏｒ）から単離したＴ細胞を、遺伝子的に改変して、例えば、本出願に記載されるＨＡ－２結合タンパク質を発現させることによって等、ＨＡ－２を認識するようにすることがある。ドナー（Ｄｏｎｏｒ）幹細胞を使用して、当該患者の中に、細胞集団（例えば、再構成された免疫系等）を生着させることがある、及び宿主細胞を、高度に特異的な抗－腫瘍効果を誘発する目的で、当該患者の中に注射投与することがある。その操作したドナー（ｄｏｎｏｒ）Ｔ細胞を、ＨＡ－２－発現細胞、例えば、全ての患者の天然の血中細胞等、例えば、残存白血病細胞のようながん細胞（これは、ＨＡ－２－ポジティブである）等、を認識するように、及び除去するように、設計することがある、それによって再発が防止され、完全な治癒が促進される。患者の新しい健康な血液細胞は、当該ドナー（ｄｏｎｏｒ）に由来し、それ故に、ＨＡ－２－ネガティブ、ＨＬＡ－Ａ＊０２血清型ネガティブ、及び／またはＨＬＡ－Ａ＊０２：０１－ネガティブ、のいずれかであるので、本出願に記載される操作した細胞が有する毒性副作用を、最小限にすることができる。そのような患者－適合化した、宿主細胞を及び治療方法を、以下に更に記載される治療方法に従って、使用することがある。
いくつかの実施形態では、傷害を、傷害アッセイによって、決定する。いくつかの実施形態では、当該宿主細胞とターゲット細胞とを、２０：１から０．６２５：１までの比で（例えば、１５：１から１．２５：１まで、１０：１から１．５：１まで、８：１から３：１まで、６：１から５：１まで、２０：１から５：１まで、１０：１から２．５：１まで、の比等で）、共培養することによって、当該傷害アッセイを、実施する。いくつかの実施形態では、当該ターゲット細胞を、１μｇ／ｍＬから５０ ｐｇ／ｍＬまで（例えば、１ ｕｇ／ｍＬから１０ ｎｇ／ｍＬまで、５００ ｎｇ／ｍＬから０．５ ｎｇ／ｍＬまで、１０ｎｇ／ｍＬから１０ｐｇ／ｍＬまで、２５０ ｎｇ／ｍＬから１ ｎｇ／ｍＬまで、５０ ｎｇ／ｍＬから５ ｎｇ／ｍＬまで、２０ ｎｇ／ｍＬから１０ ｎｇ／ｍＬまで、等）のＨＡ－２ペプチドを使って、パルスする。
いくつかの実施形態では、当該宿主細胞は、約１０００の、１００万個の転写物当たりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒＭｉｌｌｉｏｎＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ（ＴＰＭ））（約１０００ＴＰＭ）以下、９５０ＴＰＭ、９００ＴＰＭ、８５０ＴＰＭ、８００ＴＰＭ、７５０ＴＰＭ、７００ＴＰＭ、６５０ＴＰＭ、６００ＴＰＭ、５５０ＴＰＭ、５００ＴＰＭ、４５０ＴＰＭ、４００ＴＰＭ、３５０ＴＰＭ、３００ＴＰＭ、２５０ＴＰＭ、２００ＴＰＭ、１５０ＴＰＭ、１００ＴＰＭ、９５ＴＰＭ、９０ＴＰＭ、８５ＴＰＭ、８０ＴＰＭ、７５ＴＰＭ、７０ＴＰＭ、６５ＴＰＭ、６０ＴＰＭ、５５ＴＰＭ、５０ＴＰＭ、４５ＴＰＭ、４０ＴＰＭ、３５ＴＰＭ、３４ＴＰＭ、３３ＴＰＭ、３２ＴＰＭ、３１ＴＰＭ、３０ＴＰＭ、２９ＴＰＭ、２８ＴＰＭ、２７ＴＰＭ、２６ＴＰＭ、２５ＴＰＭ、２４ＴＰＭ、２３ＴＰＭ、２２ＴＰＭ、２１ＴＰＭ、２０ＴＰＭ、１９ＴＰＭ、１８ＴＰＭ、１７ＴＰＭ、１６ＴＰＭ、１５ＴＰＭ、１４ＴＰＭ、１３ＴＰＭ、１２ＴＰＭ、１１ＴＰＭ、１０ＴＰＭ、９ＴＰＭ、８ＴＰＭ、７ＴＰＭ、６ＴＰＭ、５ＴＰＭ、４ＴＰＭ、３ＴＰＭ、２ＴＰＭ、及び １ＴＰＭ、以下、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、約１０００ＴＰＭ以下から約１６ＴＰＭ以下まで等、のＨＡ－２のレベルであるターゲット細胞と接触した場合に、より多くのターゲット細胞を傷害することができる。いくつかの実施形態では、低いＨＡ－２発現レベルは、「ヘテロ接合性発現」と呼ばれ、約１ＴＰＭと約３５ＴＰＭとの間、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、１－３２ＴＰＭ等、を意味する。例えば、当該宿主細胞は、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍、若しくはそれを超えて、または間の、包含的な、任意の範囲、例えば、１．２倍から２倍まで等、より多くのターゲット細胞を傷害することができる。
本発明は、更に、本出願に記載される少なくとも１つの宿主細胞を含む細胞の集団を提供する。細胞の集団は、記載された組み換え発現ベクターの何れかを含む宿主細胞を、少なくとも１つの他の細胞［例えば、宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）、これは、組み換え発現ベクターの何れも含まない、またはＴ細胞以外の細胞（例えば、Ｂ細胞、マクロファージ、好中球、赤血球、肝細胞、内皮細胞、上皮細胞、筋肉細胞、脳細胞、等）］に加えて、含むヘテロな集団であってもよい。或いは、当該細胞の集団は、実質的にホモな集団（その中で、当該集団は、当該組み換え発現ベクターを含む宿主細胞を主に含む［例えば、本質的に、それからなる］）であってもよい。当該集団はまた、細胞のクローン集団（その中で、当該集団の全ての細胞は、組み換え発現ベクターを含む単一宿主細胞のクローンであり、その結果、当該集団の全ての細胞は、組み換え発現ベクターを含む）であってもよい。本発明によって包含される１つの実施形態では、当該細胞の集団は、本出願に記載される組み換え発現ベクターを含む宿主細胞を含むクローン集団である。
本発明によって包含される実施形態では、当該集団中の細胞の数を、素早く拡大することがある。Ｔ細胞の数の拡大を、当技術分野で既知の多数の方法によって、達成することがある（例えば、米国特許８，０３４，３３４ 及び ８，３８３，０９９、米国特許出願公開． ２０１２／０２４４１３３、Ｄｕｄｌｅｙ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ２６：３３２－２４２、ならびに Ｒｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １２８：１８９－２０１）。例えば、Ｔ細胞の数の拡大を、ＯＫＴ３抗体、ＩＬ－２、及びフィーダーＰＢＭＣ（例えば、照射を受けた同種異系ＰＢＭＣ）を使って、Ｔ細胞を培養することによって、実施することがある。
Ｖ． 医薬組成物
本発明によって包含される別の態様では、本出願は、本出願に記載される組成物（例えば、結合タンパク質、核酸、細胞、等）及び薬学的に許容可能な担体、希釈剤、または賦形剤、を含む医薬組成物を提供する。
用語「薬学的に許容される」は、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激性、アレルギー反応、または他の問題若しくは合併症を伴わずに、合理的な利益／リスク比に相応して、ヒト及び動物の組織と接触して使用するのに適した、薬剤、材料、組成物、及び／または剤形、を指す。
本発明によって包含される、薬剤及び他の組成物を、固体で、または液体で、例えば、様々な投与経路［例えば、（１）経口投与、例えば、ドレンチ（水性の若しくは非－水性の、溶液若しくは懸濁液）、錠剤、ボーラス、粉末、顆粒、ペースト；（２）非経口投与、例えば、滅菌溶液若しくは懸濁液として、例えば、皮下、筋肉内若しくは静脈内注射投与；（３）局所投与、例えば、皮膚に適用する、クリーム、軟膏若しくはスプレー；（４）膣内投与若しくは直腸内投与、例えば、ペッサリー、クリーム若しくはフォーム（ｆｏａｍ）として；または（５）エアロゾル、例えば、当該化合物を含む水性エアロゾル、リポソーム製剤若しくは固体粒子として、等］に適合した固体、または液体、等で、投与する為に、特別に製剤化することがある。本出願に記載される、薬剤または組成物、の為の任意の適切な形態ファクターが企図される（例えば、限定されるものではないが、錠剤、カプセル、液体シロップ、ソフト・ゲル、座薬、または浣腸、等）。
本発明によって包含される医薬組成物を、離散的な剤形（ｄｉｓｃｒｅｔｅ ｄｏｓａｇｅ ｆｏｒｍ）（例えば、カプセル剤、サシェ剤、若しくは錠剤、または液体若しくはエアロゾル・スプレー、等、各々は、粉、または顆粒、溶液、または水性若しくは非－水性の懸濁液、水中油型乳化、油中水型液体乳化、再構成用粉末、経口摂取用粉末、ボトル（例えば、ボトルに入った粉末または液体、等）、口腔内溶融フィルム、トローチ、ペースト、チューブ、ガム、及びパック、として所定量の活性成分を含む）として、提供することがある。そのような剤形を、薬学の方法の何れかによって調製することができる。
好適な賦形剤としては、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロール等、及びこれらの組み合わせ、が挙げられる。いくつかの実施形態では、本出願に開示される宿主細胞、結合タンパク質、または融合タンパク質を含む組成物は、好適な注入媒体を更に含む。好適な注入媒体は、任意の等張媒体配合であってよく、典型的には通常の生理食塩水、Ｎｏｒｍｏｓｏｌ（商標）－Ｒ（Ａｂｂｏｔｔ）またはＰｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ（商標）Ａ（Ｂａｘｔｅｒ）、５％デキストロース水溶液、乳酸リンゲル液を利用することができる。注入媒体に、ヒト血清アルブミンまたは他のヒト血清構成要素を補充することがある。有効量の宿主細胞を含む単位用量もまた企図される。
また、本出願は、有効量の宿主細胞を、または宿主細胞を含む有効量の組成物を、含む単位用量を提供もする。本出願に記載される場合、宿主細胞としては、免疫細胞、Ｔ細胞（ＣＤ４＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）、細胞傷害性リンパ球（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞及び／またはナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞）、等、が挙げられる。例えば、いくつかの実施形態では、単位用量は、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の操作した細胞を、単独で、または他の細胞と組み合わせて（例えば、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の他の細胞を含む）、含む組成物を含む。いくつかの実施形態では、望ましくない細胞は、減少した量で存在するか、または実質的に存在しない（例えば、当該組成物中の細胞の集団の約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、約５％未満、または約１％未満、等）。
組成物中のまたは単位用量中の細胞の量は、少なくとも１つの細胞（例えば、少なくとも１つの改変したＣＤ８＋Ｔ細胞、改変したＣＤ４＋Ｔ細胞、及び／またはＮＫ細胞）である、またはより典型的には、１０２細胞より多く、例えば、最大１０６、最大１０７、最大１０８細胞、最大１０９細胞、または１０１０細胞より多い。いくつかの実施形態では、当該細胞を、約１０６から約１０１０細胞／ｍ２までの範囲、例えば、約１０５から約１０９細胞／ｍ２までの範囲、で投与する。細胞の数は、最終的な用途（その用途の為に、当該配合物が意図される、ならびにその中に含まれる細胞の種類が意図される）に依存する。例えば、特定の抗原に対して特異的な結合タンパク質を含むように改変した細胞は、少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれを超えたそのような細胞を含む細胞集団、を含む。本出願で提供される使用の為に、細胞は一般に、１リットル以下、５００Ｍｌ以下、２５０Ｍｌ以下、または１００Ｍｌ以下の体積である。実施形態では、所望の細胞の密度は、典型的には、１０４細胞／ｍｌを超え、及び一般的には、１０７細胞／ｍｌを超え、一般的には、１０８細胞／ｍｌ以上である。当該細胞を、ある範囲の時間をかけた、単回の点滴として、または複数回の点滴として、投与することがある。臨床的に関連する数の免疫細胞を、累積的に、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、または１０１１細胞以上になるように、複数回の点滴に割り当てることがある。いくつかの実施形態では、操作した免疫細胞の単位用量を、同種ドナー（ｄｏｎｏｒ）由来の造血幹細胞と一緒に（例えば、同時に（ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓｌｙ）または同時に（ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｎｅｏｕｓｌｙ））共－投与することがある。
医療分野の当業者によって決定されるように、医薬組成物を、治療するべき（または、予防するべき）疾患にまたは症状に適した様式で、投与することがある。適切な用量、ならびに当該組成物の投与の好適な期間及び頻度を、当該患者の健康状態、当該患者のサイズ（即ち、体重、大きさ、または体表）、当該患者の症状のタイプ及び重症度、活性成分の特定の形態、及び投与方法、等の因子によって、決定する。一般的に、適切な用量及び治療レジメンは、治療的利益及び／または予防的利益（例えば、本出願に記載されるような、改善した臨床アウトカム（ｃｌｉｎｉｃａｌ ｏｕｔｃｏｍｅ）、例えば、より頻繁に完全寛解する若しくは部分寛解する、若しくは、無－疾患及び／または全生存がより長くなる、または症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）重症度の軽減、等）を、提供するのに十分な量の組成物（複数可）、を提供する。
医薬組成物の有効量とは、本出願に記載される場合、所望の臨床結果または有益な治療を達成する為に、必要とされる投薬量での及び時間期間にとっての、十分な量を指す。有効量を、１回以上の投与で送達することがある。当該投与が、疾患をまたは疾患－状態を有することが、既に知られているかまたは確認されている対象に対する投与である場合、用語「治療的有効量」を、治療に関して使用することがある、一方で、「予防的有効量」を、予防過程として、疾患をまたは疾患－状態（例えば、再発）を発症しやすいかまたは発症するリスクがある対象に、有効量を投与することを説明する為に、使用することがある。
本出願に記載される医薬組成物を、単位－用量のまたは複数－用量の容器（例えば、密封アンプルまたはバイアル等）で、提供することがある。そのような容器を、その製剤の安定性を維持する為に、当該患者に注入されるまで、凍結することがある。いくつかの実施形態では、単位用量は、本出願に記載される宿主細胞を、約１０７細胞／ｍ２から約１０１１細胞／ｍ２までの用量で、含む。様々な治療レジメンにおいて、本出願に記載される特定の組成物を使用する為の、好適な投薬及び治療レジメンが開発される（例えば、非経口のまたは静脈内の、投与または製剤、等）。
対象組成物を非経口的に投与する場合、当該組成物はまた、無菌の、水性のまたは油性の、溶液または懸濁液、を含むこともある。好適な非－毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒としては、水、リンゲル液、等張食塩水、１，３－ブタンジオール、エタノール、水との混合物中の、プロピレン・グリコールまたはポリエチレン・グリコール、が挙げられる。水性の溶液または懸濁液は、１種以上の緩衝薬剤（例えば、酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウムまたは酒石酸ナトリウム、等）を更に含むことがある。もちろん、任意の投薬単位製剤を調製する際に使用される任意の材料は、薬学的に純粋であるべきである、及び使用される量で実質的に非－毒性であるべきである。更に、活性化合物を、徐放性の調合（ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ）及び製剤（ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）に取り込ませることがある。投薬単位形態とは、本出願で使用する場合、治療するべき対象の為の単位投薬量として適した物理的に別個の単位を指す；各単位は、適切な薬学的担体との関係において、所望の効果を生じるように計算された、所定量の操作した免疫細胞または活性化合物、を含むことがある。
いくつかの実施形態では、記載された医薬組成物は、対象に投与される場合、ＨＡ－２を発現する関心とする細胞、に対する免疫応答を誘発することができる。そのような医薬組成物は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の予防的な及び／または治療的な処置の為のワクチンとして有用であることがある。
いくつかの実施形態では、当該医薬組成物は、生理学的に許容されるアジュバントを更に含む。いくつかの実施形態では、当該アジュバントを使用することによって、当該医薬組成物の免疫原性を増加させる。このような更なる免疫応答刺激化合物またはアジュバントは、（ｉ）当該ペプチドを再構成した後に、本発明による医薬組成物と混合されることがあり、任意選択的に、上記で定義される油ベースのアジュバントと一緒に乳化していることがある、（ｉｉ）上記で定義される本発明によって包含される再構成組成物の一部であることがある、（ｉｉｉ）再構成するべきペプチド（複数可）に物理的に連結することがある、または（ｉｖ）治療するべき対象、哺乳動物またはヒト、に別々に投与されることがある。当該アジュバントは、抗原を徐放化するものであってもよく（例えば、アジュバントは、リポソームであることがある）、またはそれ自体が免疫原性であり、それによって抗原と相乗的に機能するアジュバントであってもよい。例えば、当該アジュバントは、抗原の取り込みを促進する、免疫系細胞を投与部位に動員する、または応答するリンパ系細胞の免疫活性化を促進する、既知のアジュバントまたは他の物質、であることがある。アジュバントとしては、限定されるものではないが、免疫調節分子（例えば、サイトカイン）、油及び水のエマルジョン、水酸化アルミニウム、グルカン、デキストラン硫酸、酸化鉄、アルギン酸ナトリウム、バクト－アジュバント、ポリ・アミノ酸などの合成ポリマー及びアミノ酸の共－ポリマー、サポニン、パラフィン・オイル、ならびにムラミル・ジペプチド、が挙げられる。いくつかの実施形態では、当該アジュバントは、アジュバント６５、α－ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β－グルカン・ペプチド、ＣｐＧ ＤＮＡ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＧＰＩ－０１００、ＩＦＡ、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１７、脂質Ａ、リポ多糖、リポバント（Ｌｉｐｏｖａｎｔ）、モンタナイド（ＭｏｎｔａｎｉｄｅＴＭ）、Ｎ－アセチル－ムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミン、ｐａｍ３ＣＳＫ４、キルＡ（ｑｕｉｌ Ａ）、トレハロース・ジマイコレート（ｔｒｅｈａｌｏｓｅ ｄｉｍｙｃｏｌａｔｅ）、またはザイモサン、である。
いくつかの実施形態では、当該アジュバントは、免疫調節分子である。例えば、当該免疫調節分子は、免疫応答を増強するように設計された、組み換えタンパク質サイトカイン、ケモカイン、若しくは免疫刺激性作用因子、またはサイトカイン、ケモカイン、若しくは免疫刺激性作用因子をコードする核酸、であることがある。
免疫調節性サイトカインの例としては、インターフェロン（例えば、ＩＦＮα、ＩＦＮβ及びＩＦＮγ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７及びＩＬ－２０）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦα及びＴＮＦβ）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＬＴ－３リガンド、ｇＩｐ１０、ＴＣＡ－３、ＭＣＰ－１、ＭＩＦ、ＭＩＰ－１．アルファ、ＭＩＰ－１β、ランテス（Ｒａｎｔｅｓ）、マクロファージ・コロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、及び顆粒球－マクロファージ・コロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ならびに当該の何れかの機能的なフラグメント、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、ケモカイン・レセプター（即ち、ＣＸＣ、ＣＣ、Ｃ、またはＣＸ３Ｃケモカイン・レセプター）に結合する免疫調節性ケモカインもまた、本出願で提供される組成物に含まれることがある。ケモカインの例としては、限定されるものではないが、Ｍｉｐ１α，Ｍｉｐ－１β，Ｍｉｐ－３α（Ｌａｒｃ），Ｍｉｐ－３β、ランテス（Ｒａｎｔｅｓ）、Ｈｃｃ－１，Ｍｐｉｆ－１，Ｍｐｉｆ－２，Ｍｃｐ－１，Ｍｃｐ－２，Ｍｃｐ－３，Ｍｃｐ－４，Ｍｃｐ－５、エオタキシン（Ｅｏｔａｘｉｎ）、タルク（Ｔａｒｃ）、Ｅｌｃ、Ｉ３０９、ＩＬ－８、Ｇｃｐ－２ Ｇｒｏ－α、Ｇｒｏ－β、Ｇｒｏ－γ、Ｎａｐ－２、Ｅｎａ－７８、Ｇｃｐ－２、Ｉｐ－１０，Ｍｉｇ、Ｉ－Ｔａｃ、Ｓｄｆ－１、及び Ｂｃａ－１（Ｂｌｃ）、ならびに当該の何れかの機能的なフラグメント、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、当該組成物は、本出願に記載される、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、ＣＡＲ、若しくはＴＣＲ及びエフェクター・ドメインを含む融合タンパク質）、ＴＣＲα及び／またはＴＣＲβポリペプチド、を含む。いくつかの実施形態では、当該組成物は、本出願に記載される、結合タンパク質を、ＴＣＲα及び／またはＴＣＲβポリペプチドを、コードする核酸、例えば、結合タンパク質を、ＴＣＲα及び／またはＴＣＲβポリペプチドを、コードするＤＮＡ分子、を含む。いくつかの実施形態では、当該組成物は、結合タンパク質、ＴＣＲα及び／またはＴＣＲβポリペプチド、をコードするオープン・リーディング・フレームを含む発現ベクター、を含む。
細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、等）によって取り込まれる場合、ＤＮＡ分子は、染色体外分子として細胞中に存在することがある、及び／または染色体中に組み込まれることがある。ＤＮＡを、別々の遺伝物質のままであるプラスミドの形態で、細胞の中に導入することがある。或いは、染色体に組み込まれ得る線状ＤＮＡを、当該細胞の中に導入することがある。任意選択的に、ＤＮＡを細胞の中に導入する場合、染色体の中にＤＮＡが組み込まれることを促進する試薬を添加してもよい。
ＶＩ． 使用と方法
本出願に記載される組成物を、様々な診断用途、予後予測用途、及び治療用途に使用することができる。本出願に記載される任意の方法（例えば、診断方法、予後予測方法、治療方法、またはそれらの組み合わせ、等）では、当該方法の全てのステップを、単一の行為者によって、或いは２名以上の行為者によって、実施することがある。例えば、診断は、治療的処置を提供する行為者によって直接的に、行われることがある。或いは、治療薬剤を提供する者が、診断アッセイを実施することを、要請することがある。診断医及び／または治療介入医は、診断アッセイの結果を解釈して治療戦略を決定することがある。同様に、そのような代替プロセスを、他のアッセイ（例えば、予後予測アッセイ等）に適用することがある。
本発明によって包含されるいくつかの使用及び方法では、対象または対象サンプルが利用される。いくつかの実施形態では、当該対象は、動物である。当該動物は、いずれの性別の動物であってもよく、発生発達の任意の段階にあってもよい。いくつかの実施形態では、当該動物は、脊椎動物（例えば、哺乳動物等）である。いくつかの実施形態では、当該対象は、非－ヒト哺乳動物である。いくつかの実施形態では、当該対象は、飼いならされた動物（ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｅｄ ａｎｉｍａｌ）（例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、またはヤギ、等）である。いくつかの実施形態では、当該対象は、コンパニオン動物（例えば、イヌまたはネコ、等）である。いくつかの実施形態では、当該対象は、家畜（ｌｉｖｅｓｔｏｃｋ ａｎｉｍａｌ）（例えば、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、またはヤギ、等）である。いくつかの実施形態では、当該対象は、動物園の動物である。いくつかの実施形態では、当該対象は、研究用動物（例えば、齧歯類［例えば、マウスまたはラット］、イヌ、ブタ、または非－ヒト霊長類、等）である。いくつかの実施形態では、当該動物は、遺伝子操作をした動物である。いくつかの実施形態では、当該動物は、トランスジェニック動物（例えば、トランスジェニック・マウス及びトランスジェニック・ブタ）である。いくつかの実施形態では、当該対象は、魚類または爬虫類である。
いくつかの実施形態では、当該対象は、げっ歯類（例えば、マウス等）である。いくつかのそのような実施形態では、当該マウスは、トランスジェニック・マウス（例えば、ヒトＭＨＣ［即ち、ＨＬＡ］分子を発現するマウス等）である（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ａｄｖ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ２０１２：４０４０８１）。いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒトＴＣＲを発現するトランスジェニック・マウスである、または抗原ネガティブなマウスである（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０） Ｎａｔ．Ｍｅｄ． １６：１０２９－１０３４ 及び Ｏｂｅｎａｕｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５） Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ３３：４０２－４０７）。いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒトＨＬＡ分子及びヒトＴＣＲを発現する、トランスジェニック・マウスである。いくつかの実施形態では、例えば、当該対象が遺伝子組み換えＨＬＡマウスである場合、その同定されたＴＣＲは改変されている（例えば、キメラである、またはヒト化されている）。いくつかの実施形態では、ＴＣＲスキャフォールドは、改変されている（例えば、既知の結合タンパク質ヒト化方法に類似する等）。
いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、当該対象は、ＨＡ－２の発現を特徴とする疾患（例えば、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発）の動物モデルである。例えば、当該動物モデルは、ヒト－由来がんに関する同所性異種移植動物モデルであることがある。
いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒト（例えば、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害を有するヒト等）である。
本出願に記載される方法を使用して、それを必要とする対象を治療することがある。本出願で使用する場合、「それを必要とする対象（ｓｕｂｊｅｃｔ ｉｎ ｎｅｅｄＴｈｅｒｅｏｆ）」としては、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害を有する対象、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の再発を有する対象、及び／またはＨＡ－２の発現を特徴とする障害を起こしやすい対象、が挙げられる。本出願に記載されるように、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、であることがある。
本発明によって包含される方法のいくつかの実施形態では、当該対象は、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の為の治療（例えば、化学療法、放射線療法、ターゲット化療法（ｔａｒｇｅｔｅｄＴｈｅｒａｐｙ）、及び／または免疫療法、等）を受けたことがない。いくつかの実施形態では、当該対象は、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の為の治療（例えば、化学療法、放射線療法、ターゲット化療法（ｔａｒｇｅｔｅｄＴｈｅｒａｐｙ）、及び／または免疫療法、等）を受けたことがある。
いくつかの実施形態では、当該対象は、がん性組織または前がん性組織を除去する為の外科的処置を受けたことがある。いくつかの実施形態では、当該がん性組織は、除去されていない（例えば、当該がん性組織は、身体の手術不能な領域に［例えば、生命に不可欠な組織等に］、または外科的処置が、当該患者に対して危害に関するかなりのリスクを引き起こすであろう領域に、位置していることがある）。
いくつかの実施形態では、当該対象またはその細胞は、関連性のある療法に対して抵抗性である（例えば、標準治療療法、免疫チェックポイント・インヒビター療法、等に対して抵抗性である）。例えば、本発明によって包含される１種以上のバイオマーカーを調節することは、免疫チェックポイント・インヒビター療法に対する抵抗性を克服することがある。
いくつかの実施形態では、当該対象は、例えば、ＨＡ－２発現の、望ましくない、非存在、存在、または異常、を有すると同定されているように、本出願に記載される組成物及び方法に係る調節を必要としている。
ａ． 診断方法
本発明によって包含される態様では、ＨＡ－２抗原の、及び／またはＨＡ－２を発現する関心とする細胞の、存在をまたは不存在を、検出する為の診断方法、ここで、当該方法は、本出願に記載される、少なくとも１種の結合タンパク質、または少なくとも１種の宿主細胞、を使用することによって、サンプル中の当該ＨＡ－２抗原の、存在をまたは不存在を、検出ステップを含む、が本出願で提供される。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該サンプルを（例えば、対象から）得るステップを更に含む。いくつかの実施形態では、当該少なくとも１種の結合タンパク質または少なくとも１種の宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中でＨＡ－２ペプチド・エピトープとの複合体を形成し、当該複合体を、蛍光活性化細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫化学的、ウェスタン・ブロット、または細胞内フロー・アッセイ、の形態で、検出する。
本発明によって包含される態様では、
対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、のレベルを検出する為の診断方法、ここで当該方法は、以下を含む：
ａ）当該対象から得られたサンプルを、本出願に記載される、少なくとも１種の結合タンパク質、少なくとも１種の宿主細胞、または宿主細胞の集団、と接触させるステップ；及び、
ｂ）応答性のレベルを検出するステップ、ここで、コントロールのレベルと比較して、より高いレベルの応答性は、当該対象における、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、のレベルを示す、
が本出願で提供される。
いくつかの実施形態では、応答性のレベルを、Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能、例えば、限定されるものではないが、Ｔ細胞増殖、傷害、またはサイトカイン放出、等、によって、示す。コントロール・レベルは、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に曝露されていない健常対象の、参考数字またはレベル、であることがある。
本出願に記載されるペプチド抗原（例えば、ＨＡ－２抗原）に対する免疫応答の、存在及びレベル、を決定する為に、生物学的サンプルを、対象から得ることがある。本出願で使用される「生物学的サンプル」は、血液サンプル（それから血清または血漿を調製することがある）、生検標本、体液（例えば、血液、単離したＰＢＭＣ、単離したＴ細胞、肺洗浄（ｌｕｎｇ ｌａｖａｇｅ）、腹水、粘膜洗浄液、滑膜流体、等）、骨髄、リンパ節、組織の外植片、臓器培養物、または当該対象若しくは生物学的供給源に由来する任意の他の組織若しくは細胞調製物、であることがある。生物学的サンプルをまた、任意の医薬組成物を受ける前の対象から得ることもあり、その生物学的サンプルは、ベースライン・データを確立する為のコントロールとして有用である。
抗原特異的なＴ細胞応答を、典型的には、適切な状況にある同種抗原（例えば、免疫適合性抗原提示細胞によって提示されると、Ｔ細胞を、プライミングする、または活性化する、ように使用される抗原）に曝露されたＴ細胞と、代わりに構造的に異なる、または無関係なコントロール抗原に曝露された、起源が同じ集団由来のＴ細胞との、間で、生じた、本出願に記載されるＴ細胞の機能パラメーター（例えば、増殖、サイトカイン放出、ＣＴＬ活性、細胞表面マーカー表現型の変化、等）の何れかに係る、観察されたＴ細胞応答を、比較することによって、決定する。コントロール抗原に対する応答性よりも、統計的有意性をもって、より大きな、同種抗原に対する応答性は、抗原特異性を意味する。
免疫応答（例えば、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の免疫応答等）のレベルを、本出願に記載され、当技術分野でルーチンに実施される、多数の免疫学的方法の何れか１つによって、決定することがある。例えば、ＣＴＬ免疫応答のレベルを、例えば、Ｔ細胞が発現する本出願に記載される何れか１種の結合タンパク質を投与する前に及び後に、決定することがある。ＣＴＬ活性を決定する為の細胞傷害アッセイを、当技術分野でルーチンに実施されている、いくつかの技術及び方法の何れか１つを用いて、実施することがある（例えば、Ｈｅｎｋａｒｔ ｅｌ ａｌ．、“ＣｙｔｏｔｏｘｉｃＴ－Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ’ ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｐａｕｌ（ｅｄ．）（２００３ Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＰＡ）、頁 １１２７－５０、及びそこに引用されている参考文献）。
本発明は、部分的には、生物学的サンプルが、ＨＡ－２等の関心とするターゲットの発現等の、関心とするアウトプットに関連しているかどうかを、正確に分類する為の、方法、システム、及び体系、を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の療法に、応答すること、または応答しないこと、に関連性がある、または、のリスクがある、サンプル（例えば、対象由来）を、統計的アルゴリズム及び／または経験的データを用いて、分類する目的に、本発明は有用である。
ＨＡ－２の、量または活性、を検出する為の例示的な方法、それ故に、サンプルが、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の療法に、応答する可能性があるか、または応答する可能性が低いか、を分類する目的に有用な例示的な方法は、生物学的サンプルを、薬剤（例えば、当該生物学的サンプル中のＨＡ－２の、量または活性、を検出することができる、本出願に記載される、ＨＡ－２免疫原性ペプチドまたは結合剤、等）と接触させるステップを含む。いくつかの実施形態では、当該方法は、例えば、試験対象から等の、生物学的サンプルを得るステップを更に含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の薬剤が使用され、ここで、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超えた種の、このような薬剤を、組み合わせて（例えば、サンドイッチＥＬＩＳＡにおいて）または連続して、使用することがある。ある特定の例では、当該統計的アルゴリズムは、単一学習統計分類子システム（ｓｉｎｇｌｅ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）である。例えば、単一学習統計分類子システム（ｓｉｎｇｌｅ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）を使用して、バイオマーカーの予測値または確率値及び存在またはレベルに基づいて、サンプルを分類することがある。単一学習統計分類子システム（ｓｉｎｇｌｅ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）を使用することで、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の、感度、特異性、ポジティブ予測値、ネガティブ予測値、及び／または全精度、をもって、当該サンプルが分類される。
他の好適な統計的アルゴリズムは、当業者に既知である。例えば、学習統計分類子システム（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）としては、複雑なデータセット（例えば、関心とするマーカーのパネル）に適応し、そのようなデータセットに基づいて決定を行うことができる、機械学習アルゴリズム技術、が挙げられる。いくつかの実施形態では、分類ツリー（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎＴｒｅｅ）（例えば、ランダム・フォレスト（ｒａｎｄｏｍ ｆｏｒｅｓｔ））のような単一学習統計分類子システム（ｓｉｎｇｌｅ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）を使用する。他の実施形態では、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超えた数の学習統計分類子システムを組み合わせて、好ましくはタンデムに、使用する。学習統計分類子システム（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）の例としては、限定されるものではないが、帰納的学習（例えば、決定／分類ツリー（ｄｅｃｉｓｉｏｎ／ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎＴｒｅｅ）、例えば、ランダム・フォレスト（ｒａｎｄｏｍ ｆｏｒｅｓｔ）、分類及び回帰ツリー（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎＴｒｅｅ（Ｃ＆ＲＴ））、ブースト・ツリー（ｂｏｏｓｔｅｄＴｒｅｅ）、等）、確率的で近似的に正しい学習（Ｐｒｏｂａｂｌｙ Ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ Ｃｏｒｒｅｃｔ（ＰＡＣ） ｌｅａｒｎｉｎｇ）、コネクショニスト学習（ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎｉｓｔ ｌｅａｒｎｉｎｇ）（例えば、ニューラル・ネットワーク（ｎｅｕｒａｌ ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＮ））、人工ニューラル・ネットワーク（ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｎｅｕｒａｌ ｎｅｔｗｏｒｋ（ＡＮＮ））、ニューロ・ファジー・ネットワーク（ｎｅｕｒｏ ｆｕｚｚｙ ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＦＮ））、ネットワーク構造、マルチ層パーセプトロン等のパーセプトロン、マルチ層フィード－フォワード・ネットワーク、ニューラル・ネットワークの応用、信念ネットワークにおけるベイズ学習（Ｂａｙｅｓｉａｎ ｌｅａｒｎｉｎｇ ｉｎ ｂｅｌｉｅｆ ｎｅｔｗｏｒｋ）、等）、強化学習（例えば、ナイーブ学習、適応型動的学習、及び時間的差分学習などの既知の環境における受動的学習、未知の環境における受動的学習、未知の環境における能動的学習、行動－価値関数の学習（ｌｅａｒｎｉｎｇ ａｃｔｉｏｎ－ｖａｌｕｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎ）、強化学習の応用、等）、ならびに遺伝的アルゴリズム及び進化的プログラミング、を使用するシステムが挙げられる。他の学習統計分類子システム（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｙｓｔｅｍ）としては、サポート・ベクター・マシン（ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒＭａｃｈｉｎｅ）（例えば、カーネル法（ＫｅｒｎｅｌＭｅｔｈｏｄ））、多変量適応的回帰スプライン（ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ａｄａｐｔｉｖｅ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｓｐｌｉｎｅ（ＭＡＲＳ））、レーベンバーグ－マルカート・アルゴリズム（Ｌｅｖｅｎｂｅｒｇ－Ｍａｒｑｕａｒｄｔ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、ガウス－ニュートン・アルゴリズム（Ｇａｕｓｓ－Ｎｅｗｔｏｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、ガウシアンの混合（ｍｉｘｔｕｒｅｓ ｏｆ Ｇａｕｓｓｉａｎ）、勾配降下アルゴリズム（ｇｒａｄｉｅｎｔ ｄｅｓｃｅｎｔ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、及び学習ベクトル量子化（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｖｅｃｔｏｒ ｑｕａｎｔｉｚａｔｉｏｎ（ＬＶＱ））、が挙げられる。ある特定の実施形態では、本発明によって包含される方法は、サンプルの分類結果を臨床医、例えば、腫瘍医、に送信することを更に含む。
いくつかの実施形態では、対象を診断した後に、その診断に基づいて、規定される治療の治療有効量を、その個人に処方する。
いくつかの実施形態では、当該方法は、コントロールの生物学的サンプル（例えば、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害を有しない対象、寛解状態にある対象、治療に感受性のある障害を有する対象、障害が進行している対象、または他の関心とする対象、由来の生物学的サンプル）を得ることを、更に含む。
本出願に記載される解析方法のいくつかの実施形態では、（例えば、対象由来のサンプルにおける）ＨＡ－２の発現を、所定のコントロール（基準）サンプルと比較する。当該対象由来のサンプルは、典型的には、がん細胞またはがん組織等の疾患組織に由来する。当該コントロール・サンプルは、同じ対象に由来してもよいし、別の対象に由来してもよい。当該コントロール・サンプルは、典型的には、正常な、非－疾患サンプルである。しかしながら、いくつかの実施形態（例えば、病期分類の為の実施形態、または治療の有効性を評価する為の実施形態、等）では、当該コントロール・サンプルは、病変組織由来であってもよい。当該コントロール・サンプルは、いくつかの別の対象由来のサンプルの組み合わせであってもよい。いくつかの実施形態では、対象からのＨＡ－２の発現測定値（複数可）を、所定のレベルと比較する。この所定のレベルは、典型的には、正常サンプルから得られる。本出願に記載されるように、「所定の」という表現を使用して、単なる例示ではあるが、治療の為に選択され得る対象を評価することがある、がんに対する応答性を評価することがある、及び／または併用がん療法に対する応答性を評価することがある。所定のバイオマーカーの、量及び／または活性、の測定値（複数可）を、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害を、有するまたは有さない、患者の集団において、決定することがある。当該所定のバイオマーカーの、量及び／または活性、の測定値（複数可）は、どの患者にも等しく適用可能な単一の数字であってもよく、または当該所定のバイオマーカーの、量及び／または活性、の測定値（複数可）は、患者の、特定のサブ－集団に応じて変化してもよい。対象の、年齢、体重、身長、及び他の要因は、その個人の、所定のバイオマーカーの、量及び／または活性、の測定値（複数可）、に影響を与えることがある。更に、所定のバイオマーカーの、量及び／または活性、を、各対象について個々に決定することがある。１つの実施形態では、本出願に記載される方法において、決定される及び／または比較される、量は、絶対的な測定値に基づく。
別の実施形態では、本出願に記載される方法において、決定される及び／または比較される、量は、相対的な測定値、例えば、比率（例えば、治療前対治療後の、バイオマーカーのコピー数、レベル、及び／または活性、例えば、スパイクした制御または人為的な制御、に対するバイオマーカーの測定値、ハウスキーピング遺伝子の発現に対するバイオマーカー測定値、等）等、に基づく。例えば、その相対解析は、治療後バイオマーカー測定値と比較した治療前バイオマーカー測定値の比率に基づくことがある。治療前バイオマーカー測定を、療法を開始する前の任意の時点で行うことがある。治療後バイオマーカー測定を、療法を開始した後の任意の時点で行うことがある。いくつかの実施形態では、治療後バイオマーカー測定を、療法を開始した後１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０週間、またはより長く、無期限に、継続的なモニタリングの為に、行う。治療は、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害を治療する為の療法を、単独で、または他の薬剤（例えば、化学療法若しくは免疫チェックポイント・インヒビター、のような抗－がん薬剤）と併用して、含むことがある。
所定のＨＡ－２の発現は、任意の適切な基準であってよい。例えば、所定のＨＡ－２の発現を、対象選択が評価されている、同じ対象または異なる対象、から得ることがある。１つの実施形態では、当該所定のバイオマーカーの、量及び／または活性、の測定値（複数可）を、同一の患者の、以前の評価から得ることがある。このようにして、患者の選択の進行を、時間経過でモニタリングすることがある。更に、当該コントロールを、当該対象がヒトである場合、別のヒトまたは複数のヒト、例えば、選択されたヒトの群、の評価から得ることがある。このようにして、選択が評価されているヒトの選択の程度を、好適な他のヒト、例えば、関心とするヒトと類似の状況にある他のヒト、例えば、類似した症状若しくは同一の症状（複数可）、に罹患している他のヒト、及び／または同一の民族集団の他のヒト、等、と比較することがある。
いくつかの実施形態では、所定のレベルからのＨＡ－２の発現の変化は、約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、若しくは ５．０倍以上、または間の、包括的な、任意の範囲である。そのようなカット－オフ値を、その測定値が、相対的な変化に基づく（例えば、治療後バイオマーカー測定値と比較した治療前バイオマーカー測定値の比率に基づく等）場合、等しく適用する。
いくつかの実施形態では、ＨＡ－２ポリペプチドをまたはその抗原を、検出することによって、または定量することによって、例えば、本出願に記載される組成物を使用することによって、ＨＡ－２の発現を、検出することがある、及び／または定量することがある。当該ポリペプチドを、当業者にとって既知の多くの手段の何れかによって（例えば、免疫拡散、免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光アッセイ、ウェスタン・ブロッティング、結合剤－リガンド・アッセイ、免疫組織化学的技術、凝集（ａｇｇｌｕｔｉｎａｔｉｏｎ）、補体アッセイ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィー（ｈｙｐｅｒｄｉｆｆｕｓｉｏｎ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）、等によって）、検出することがある、及び定量することがある（例えば、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｓｉｔｅｓ ａｎｄＴｅｒｒ、ｅｄｓ．、Ａｐｐｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｌａｎｇｅ、Ｎｏｒｗａｌｋ、Ｃｏｎｎ． ｐｐ ２１７－２６２、１９９１）。
ｂ． 治療方法
本発明によって包含される態様において、本出願は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、若しくは過剰増殖性障害の再発、を、予防する為の、及び／または治療する為の、方法、及び／またはＨＡ－２抗原を発現する関心とする細胞、例えば過剰増殖性細胞等、に対する免疫応答を誘導する為の方法、を提供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、本出願に記載される結合タンパク質を少なくとも１種発現する細胞を含む組成物の治療有効量を、対象に投与するステップ、を含む。本発明によって包含される方法を使用して、対象におけるＨＡ－２の発現を特徴とする多くの様々な障害（例えば、本出願に記載される障害等）の療法に対する応答性を決定することもある。
いくつかの実施形態では、本出願は、ある特定の過剰増殖性障害（例えば、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ））を、予防する為の、及び／または治療する為の、方法、を提供する。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、白血病（例えば、急性白血病または慢性白血病）を含む。特定の実施形態では、当該白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、混合表現型急性白血病（ＭＰＡＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、Ｂ細胞前リンパ球性白血病（ｐｒｏｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、ヘアリー細胞白血病（ｈａｉｒｙ ｃｅｌｌ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、を含む。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、リンパ腫を含む。ある特定の実施形態では、当該リンパ腫は、ホジキン・リンパ腫（Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＨＬ））、非－ホジキン・リンパ腫（ｎｏｎ－Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＮＨＬ））、中枢神経系リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫（ｓｍａｌｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＳＬＬ））、ＣＤ３７＋樹状細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、形質細胞骨髄腫、髄外性形質細胞腫、粘膜関連（ＭＡＬＴ）リンパ組織の節外辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、濾胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、前駆Ｂ－リンパ芽球性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、バーキット・リンパ腫／白血病、悪性度不明なＢ－細胞増殖症、リンパ腫様肉芽腫症（ｌｙｍｐｈｏｍａｔｏｉｄ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｓｉｓ）、及び移植後リンパ球増殖性障害、が挙げられる。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄異形成障害（ＭＤＳ）、例えば、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（不応性貧血、不応性好中球減少症、及び不応性血小板減少症）、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＡＲＳ））、環状鉄芽球を伴う不応性貧血－血小板増加症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ －Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＲＡＲＳ－ｔ））、多血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈ Ｍｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ（ＲＣＭＤ））、多血球系統の異形成と環状鉄芽球を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈ Ｍｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ ａｎｄ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＣＭＤ－ＲＳ））、芽球増加を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｅｘｃｅｓｓ ｂｌａｓｔｓ（ＲＡＥＢ））、分類不能型骨髄異形成症候群、小児不応性血球減少症、５番染色体長腕の単独欠失を伴う骨髄異形成症候群（ＭＤＳ ｗｉｔｈ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｄｅｌ（５ｑ））、ならびに他の既知のＭＤＳサブタイプ（例えば、ｎｂｃｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｍｃ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／ＰＭＣ６５５４６０／、のＷｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ で、利用可能な、２０１６ Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ ＯｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎＭＤＳ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎを参照）、を含む。ある特定の実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄増殖性新生物（ｍｙｅｌｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ ｎｅｏｐｌａｓｍｓ（ＭＰＮ））（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症、本態性血小板血症（ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｈｅｍｉａ）、慢性骨髄単球性白血病、慢性骨髄増殖性疾患－分類不能、慢性好中球性白血病、慢性好酸球性白血病、及びＭＰＮ－特に特定無し、等）を含む。更なる実施形態では、当該血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄腫を含む。
いくつかの実施形態では、本出願は、非－悪性障害を、予防する為の、及び／または治療する為の、方法、を提供する。ある特定の実施形態では、これらの非－悪性障害に罹患している対象は、造血細胞移植を受けたことがあるか、または受けている。いくつかの実施形態では、当該非－悪性障害を、非－悪性血液障害（例えば、鎌状赤血球貧血、サラセミア、再生不良性貧血、血球貪食性リンパ組織症（ｈｅｍｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｈｉｓｔｉｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＨＬＨ））、重度の再生不良性貧血、骨髄不全症候群［例えば、ファンコニ貧血（Ｆａｎｃｏｎｉ ａｎｅｍｉａ）、ダイアモンド－ブラックファン貧血（Ｄｉａｍｏｎｄ－Ｂｌａｃｋｆａｎ ａｎｅｍｉａ）、シュワックマン・ダイアモンド症候群（Ｓｃｈｗａｃｈｍａｎ Ｄｉａｍｏｎｄ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、及びその他等］）；免疫不全障害（例えば、重度複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット－アルドリッチ症候群（Ｗｉｓｋｏｔｔ－Ａｌｄｒｉｃｈ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、オーメン症候群（Ｏｍｅｎｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、Ｘ－連鎖リンパ増殖症候群、慢性肉芽腫病、白血球接着不全症、ディジョージ症候群（ＤｉＧｅｏｒｇｅ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、及びその他の既知の障害、例えば、ｂｅｔｈｅｍａｔｃｈｃｌｉｎｉｃａｌ．ｏｒｇ／ｗｏｒｋａｒｅａ／ｄｏｗｎｌｏａｄａｓｓｅｔ．ａｓｐｘ？ｉｄ－３５４５で列挙されている障害のような造血幹細胞移植（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ（ＨＣＴ））の適応症）；ならびに自己免疫障害（例えば、全身性硬化症、糸球体腎炎、関節炎、拡張型心筋症－様疾患、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｏｕｓ ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、クローン病、全身性エリテマトーデス、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、乾癬、アレルギー性接触皮膚炎、多発性筋炎（ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｉｓ）、皮膚肥厚、結節性動脈周囲炎、リウマチ熱、尋常性白斑、インスリン依存性糖尿病、ベーチェット病（Ｂｅｈｃｅｔ ｄｉｓｅａｓｅ）、橋本病（Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ ｄｉｓｅａｓｅ）、アジソン病（Ａｄｄｉｓｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、皮膚筋炎、重症筋無力症、ライター症候群（Ｒｅｉｔｅｒ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、グレーブス病（Ｇｒａｖｅｓ’ ｄｉｓｅａｓｅ）、悪性貧血（ａｎａｅｍｉａ ｐｅｒｎｉｃｉｏｓａ）、グッドパスチャー症候群（Ｇｏｏｄｐａｓｔｕｒｅ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、不妊症、慢性活動性肝炎、天疱瘡、自己免疫性血小板減少性紫斑病、及び自己免疫性溶血性貧血、活動性慢性肝炎、アジソン病（Ａｄｄｉｓｏｎ ｄｉｓｅａｓｅ）、抗－リン脂質症候群、アトピー性アレルギー、自己免疫性萎縮性胃炎、無酸自己免疫（ａｃｈｌｏｒｈｙｄｒａ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ）、セリアック病、クッシング症候群、皮膚筋炎、円板状ループス、エリテマトーデス、グッドパスチャー症候群（Ｇｏｏｄｐａｓｔｕｒｅ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、橋本甲状腺炎（Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ’ｓ Ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、特発性副腎萎縮症、特発性血小板減少症、インスリン依存性糖尿病、ランバート－イートン症候群（Ｌａｍｂｅｒｔ－Ｅａｔｏｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、ルポイド肝炎、リンパ球減少症のある症例、混合性結合組織病、類天疱瘡、尋常性天疱瘡、悪性貧血（ｐｅｒｎｉｃｉｏｕｓ ａｎｅｍａ）、水晶体起因性ブドウ膜炎、結節性多発動脈炎、多腺性自己免疫症候群（ｐｏｌｙｇｌａｎｄｕｌａｒ ａｕｔｏｓｙｎｄｒｏｍｅｓ）、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、レイノー症候群（Ｒａｙｎａｕｄ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、再発性多発性軟骨炎、シュミット症候群（Ｓｃｈｍｉｄｔ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、限局性強皮症（またはクレスト症候群（ｃｒｅｓｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ））、交感性眼炎（ｓｙｍｐａｔｈｅｔｉｃ ｏｐｈｔｈａｌｍｉａ）、全身性エリテマトーデス、高安動脈炎（Ｔａｋａｙａｓｕ’ｓ ａｒｔｅｒｉｔｉｓ）、側頭動脈炎、甲状腺機能亢進症、タイプｂインスリン抵抗性、潰瘍性大腸炎、及びウェゲナー肉芽腫症）、からなる群より選択する。特定の実施形態では、当該自己免疫障害は、全身性硬化症または多発性硬化症である。
更に、本出願に記載される組成物を、所望の活性を更に調節する為に、併用療法として投与することもある。更なる薬剤としては、限定されるものではないが、化学療法薬剤、ホルモン、抗血管新生剤、放射性標識化合物、または手術、凍結療法、及び／または放射線療法、が挙げられる。前述の治療方法を、従来の療法（例えば、当業者に既知である、がんの為の標準治療）の他の形態と併せて、従来の療法の前または従来の療法の後、のいずれかで、連続的に処方することがある。例えば、これらの調節薬剤を、治療有効用量の化学療法薬剤と共に、投与することがある。別の実施形態では、これらの調節薬剤を、化学療法と併せて投与し、化学療法薬剤の活性及び有効性を増強する。Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ（ＰＤＲ）は、各種がんの治療に使用されている化学療法薬剤の投与量を開示する。治療的に効果的であるこれらの当該の化学療法薬物の、投薬レジメン及び投薬量は、治療する特定のメラノーマ、その疾患の程度、及び当業者である医師には良く分かる他の要因、に依存し、当該医師によって決定されることがある。
本出願に記載される１つ以上の組成物を使用する療法を、単独で、若しくはがん療法等の他の療法との併用で、使用して、ＨＡ－２発現細胞と接触させることがある、及び／または所望の対象（例えば、療法に対する応答者である可能性が示されている対象）に処方することがある。別の実施形態では、そのような療法を、対象が当該療法に対する応答者ではない可能性が示されると（例えば、本出願に記載される、診断方法または予後予測方法、に従って評価されると）、回避することができ、代替の治療レジメン（例えば、ターゲット化がん療法、及び／または非ターゲット化がん療法、等）が、推奨されることがある、及び／または処方されることがある。
用語「ターゲット化療法（ｔａｒｇｅｔｅｄＴｈｅｒａｐｙ）」とは、選択された生体分子と選択的に相互作用し、それによってがんを治療する、薬剤の投与を指す。例えば、免疫チェックポイント・インヒビターを阻害することに関するターゲット化療法（ｔａｒｇｅｔｅｄＴｈｅｒａｐｙ）は、本発明によって包含される方法との併用の際に、有用である。
用語「免疫療法（ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ）」または「免疫療法（ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｉｅｓ）」とは、一般に、免疫応答を、有益な様式で、調節する為の任意の方策を指し、免疫応答を誘導するステップ、増強するステップ、抑制するステップ、またはその他、改変するステップ、を含む方法によって、疾患に罹患している、または疾患を再発するリスクがある、若しくは疾患の再発を経験している、対象を治療すること、ならびにがん等の疾患と戦う為に、対象の免疫系の特定の部分を使用する任意の治療、を包含する。対象自身の免疫系は、刺激される（または抑制される）（その目的の為の１種以上の薬剤の投与を、伴う、または伴わない）。免疫応答を、誘発するように、または増幅するように、設計された免疫療法を、「活性化免疫療法（ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ）」と呼ぶ。免疫応答を、低減するように、または抑制するように、設計された免疫療法を、「抑制化免疫療法（ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ）」と呼ぶ。いくつかの実施形態では、免疫療法は、がん細胞等の、関心とする細胞に特異的である。いくつかの実施形態では、免疫療法は、「非ターゲット化（ｕｎｔａｒｇｅｔｅｄ）」ことがある、これは、免疫系細胞との相互作用は選択的ではないが、免疫系機能を調節する、薬剤を投与すること、を指す。非ターゲット化治療の代表的な例としては、限定されるものではないが、化学療法、遺伝子治療、及び放射線療法、が挙げられる。
免疫療法のいくつかの形態は、例えば、がんワクチンの使用、及び／または感作済み抗原提示細胞の使用、を含むことがあるターゲット化療法（ｔａｒｇｅｔｅｄＴｈｅｒａｐｙ）、である。例えば、腫瘍溶解性ウイルスは、がん細胞に感染し、がん細胞を溶解することができるウイルスである、その一方で、正常な細胞を損なわずに残し、それらをがん治療において有益にすることがある。腫瘍溶解性ウイルスが複製すると、腫瘍細胞の破壊が促進される、及びまた、腫瘍部位で、用量が増幅される。それらはまた、抗がん遺伝子のベクターとしても働き、それら遺伝子が、腫瘍部位に特異的に送達されることを可能にする。当該免疫療法としては、宿主を短期に保護する為の受動免疫が挙げられ、これは、がん抗原または疾患抗原、に対する予め形成された抗体の投与（例えば、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体［任意選択的に、化学療法薬剤に、または毒素に連結している］の投与）によって達成される。免疫療法は、細胞傷害性リンパ球が認識する、がん細胞株のエピトープを使用することに焦点を当てることもある。或いは、アンチセンス・ポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチド、等を使用して、腫瘍またはがん、の開始、進行、及び／または病態、に関連する生体分子を、選択的に調節することがある。同様に、免疫療法は、細胞－ベースの療法の形態をとることがある。例えば、養子細胞免疫療法は、患者のがんに対して、天然の、または遺伝子操作をした、応答性を有する、生成される、及び次いでそのがん患者に戻される、Ｔ細胞等の免疫細胞、を使用する免疫療法の一種である。多数の活性化した腫瘍－特異的Ｔ細胞を注射投与すると、がんの完全で持続的な退縮を誘導することがある。
当該免疫療法としては、宿主を短期に保護する為の受動免疫が挙げられ、これは、がん抗原または疾患抗原、に対する予め形成された抗体の投与（例えば、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体［任意選択的に、化学療法薬剤に、または毒素に連結している］の投与）によって達成される。免疫療法は、細胞傷害性リンパ球が認識する、がん細胞株のエピトープを使用することに焦点を当てることもある。或いは、アンチセンス・ポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチド、等を使用して、腫瘍またはがん、の開始、進行、及び／または病態、に関連する生体分子を、選択的に調節することがある。
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫－刺激性分子のアゴニスト；免疫－阻害性分子のアンタゴニスト；ケモカインのアンタゴニスト；Ｔ細胞活性化を刺激するサイトカインのアゴニスト；Ｔ細胞活性化を阻害するサイトカイン、に拮抗する、若しくは、を阻害する、薬剤；及び／または、Ｂ７ファミリーの膜結合タンパク質に結合する薬剤、である。いくつかの実施形態では、当該免疫療法剤は、免疫－阻害性分子のアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、当該免疫療法剤は、サイトカイン、ケモカイン及び増殖因子、の為の薬剤（例えば、腫瘍関連サイトカイン、ケモカイン、増殖因子及び他の可溶性因子、例えば、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β及びＶＥＧＦ等、の阻害効果を中和する中和抗体）、であることがある。
いくつかの実施形態では、免疫療法は、１種以上の免疫チェックポイントのインヒビターを含む。用語「免疫チェックポイント」とは、抗－がん免疫応答を調節することによって、免疫応答を微調整する（例えば、抗－腫瘍免疫応答を、下方調節する、または阻害する）、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞表面上の分子の群を指す。免疫チェックポイント・タンパク質は当技術分野で既知であり、限定されるものではないが、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、ＰＤ－１１、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ－１２、ＣＤ２００Ｒ、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＲＬＧ－１、ＫＩＲファミリー・レセプター，ＴＩＭ－１，ＴＩＭ－３，ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３（ＣＤ２２３）、ＩＤＯ、ＧＩＴＲ、４－ＩＢＢ、ＯＸ－４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰａｌｐｈａ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４，ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン（ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎｓ）、及びＡ２ａＲ 、が挙げられる（例えば、ＷＯ ２０１２／１７７６２４を参照のこと）。当該用語は、生物学的に活性なタンパク質フラグメントを、及び全長の免疫チェックポイント・タンパク質をコードする核酸を更に包含する。
いくつかの免疫チェックポイントは、免疫系の機能（例えば、免疫応答）を阻害する、下方制御する、または抑制する、分子（例えば、タンパク質）を包含する「免疫－阻害性の免疫チェックポイント」である。例えば、ＣＤ２７４またはＢ７－Ｈ１としても知られる、ＰＤ－１１（プログラム死－リガンド１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｄｅａｔｈ－ｌｉｇａｎｄ １））は、免疫系を抑制する為に、Ｔ細胞の増殖を減少させる阻害性シグナルを伝達するタンパク質である。ＣＤ１５２としても知られる、ＣＴＬＡ－４（細胞傷害性Ｔ－リンパ球－関連タンパク質４（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃＴ－ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ４））は、免疫応答を下方制御する為の免疫チェックポイント（「オフ」スイッチ）として働く、抗原提示細胞の表面上のタンパク質レセプターである。ＨＡＶＣＲ２としても知られる、ＴＩＭ－３（Ｔ－細胞免疫グロブリン及びムチン－ドメイン含有－３（Ｔ－ｃｅｌｌ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ａｎｄＭｕｃｉｎ－ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ－３））は、マクロファージ活性化を調節する免疫チェックポイントとして働く、細胞表面タンパク質である。ＶＩＳＴＡ（Ｔ細胞活性化のＶ－ドメインＩｇサプレッサー（Ｖ－ｄｏｍａｉｎ Ｉｇ ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ ｏｆＴ ｃｅｌｌ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ））は、Ｔ細胞のエフェクター機能を阻害する、及び末梢のトレランスを維持する、免疫チェックポイントとして機能する、タイプＩ膜貫通タンパク質である。ＬＡＧ－３（リンパ球－活性化遺伝子３（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ－ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｇｅｎｅ ３））は、Ｔ細胞の、増殖、活性化、及び恒常性、を負に調節する、免疫チェックポイント・レセプターである。ＢＴＬＡ（Ｂ－及びＴ－リンパ球アテニュエーター（Ｂ ａｎｄＴ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ａｔｔｅｎｕａｔｏｒ））は、腫瘍壊死ファミリー・レセプター（ＴＮＦ－Ｒ）との相互作用を介して、Ｔ細胞抑制を示すタンパク質である。ＫＩＲ（キラー細胞免疫グロブリン－様レセプター（ｋｉｌｌｅｒ－ｃｅｌｌ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ））は、ＮＫ細胞、及び少数のＴ細胞上に発現し、ＮＫ細胞の細胞傷害活性を抑制する、タンパク質のファミリーである。いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫抑制性の酵素に対して特異的な薬剤、例えば、アルギナーゼ（ＡＲＧ）及びインドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の活性を遮断することがあるインヒビター、Ｔ細胞及びＮＫ細胞、を抑制する免疫チェックポイント・タンパク質、であることがある（これらは、免疫抑制性の腫瘍微小環境において、アミノ酸であるアルギニン及びトリプトファンの異化を変化させる）。当該インヒビターとしては、限定されるものではないが、ＡＲＧ発現Ｍ２マクロファージをターゲットとするＮ－ヒドロキシ－Ｌ－Ａｒｇ（ＮＯＨＡ）、ＡＲＧ及び一酸化窒素合成酵素（ＮＯＳ）を同時に遮断するニトロアスピリンまたはシルデナフィル（Ｖｉａｇｒａ（登録商標））、ならびに１－メチル－トリプトファン等のＩＤＯ阻害剤、が挙げられる。当該用語は、生物学的に活性なタンパク質フラグメント、ならびに全長の免疫チェックポイント・タンパク質及びその生物学的に活性なタンパク質フラグメントをコードする核酸、を更に包含する。いくつかの実施形態では、当該用語は、本出願に提供されるホモロジー記載に従う任意のフラグメントを更に包含する。
対照的に、他の免疫チェックポイントは、免疫系の機能（例えば、免疫応答）を活性化する、刺激する、または促進する、分子（例えば、タンパク質）を包含する「免疫－刺激性」である。いくつかの実施形態では、当該免疫－刺激性分子は、ＣＤ２８、ＣＤ８０（Ｂ７．１）、ＣＤ８６（Ｂ７．２）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ（ＣＤ１３７Ｌ）、ＣＤ２７、ＣＤ７０、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ１２２、ＣＤ２２６、ＣＤ３０、ＣＤ３０Ｌ、ＯＸ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ、ＧＩＴＲ ａｎｄ ｉｔｓ ｌｉｇａｎｄ ＧＩＴＲＬ、ＬＩＧＨＴ、ＬＴβＲ、ＬＴαβ、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＩＣＯＳＬ（Ｂ７－Ｈ２）、及び ＮＫＧ２Ｄ、である。ＣＤ４０（分化クラスター４０）は、抗原提示細胞上に見出される、それらの活性化に必要な、共－刺激タンパク質である。ＯＸ４０（腫瘍壊死因子レセプター・スーパーファミリー・メンバー４（ＴＮＦＲＳＦ４）またはＣＤ１３４としても知られる）は、Ｔ－細胞死を防ぐことによって、及び続いてサイトカイン産生を増加させることによって、活性化後の免疫応答の維持に関与する。ＣＤ１３７は、活性化したＴ細胞を共－刺激して、増殖及びＴ細胞生存を増強する、腫瘍壊死因子レセプター（ＴＮＦ－Ｒ）ファミリーのメンバーである。ＣＤ１２２は、インターロイキン－２レセプター（ＩＬ－２）タンパク質のサブユニットであり、これは、未成熟Ｔ細胞が、調節性、エフェクター、またはメモリーＴ細胞へと分化することを促進する。ＣＤ２７は、腫瘍壊死因子レセプター・スーパーファミリーのメンバーである、及び共－刺激免疫チェックポイント分子として働く。ＣＤ２８（分化クラスター２８）は、Ｔ細胞の活性化及び生存に必要な、共－刺激シグナルを提供する、Ｔ細胞上で発現するタンパク質である。ＧＩＴＲ（グルココルチコイド－誘導性ＴＮＦＲ－関連タンパク質（ｇｌｕｃｏｃｏｒｔｉｃｏｉｄ－ｉｎｄｕｃｅｄＴＮＦＲ－ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ））（ＴＮＦＲＳＦ１８及びＡＩＴＲとしても知られる）は、調節性Ｔ細胞によって維持される優性免疫自己－寛容（ｄｏｍｉｎａｎｔ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｅｌｆ－ｔｏｌｅｒａｎｃｅ）において、重要な役割を果たすタンパク質である。ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ－細胞共－刺激因子（ｉｎｄｕｃｉｂｌｅＴ－ｃｅｌｌ ｃｏ－ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒ））（ＣＤ２７８としても知られる）は、活性化Ｔ細胞上で発現する、ならびにＴ細胞シグナリング及び免疫応答において役割を果たす、ＣＤ２８－スーパーファミリー共－刺激分子である。
免疫チェックポイント及びそれらの配列は、当技術分野において既知であり、代表的な実施形態を以下に更に記載する。免疫チェックポイントは、一般に、阻害性レセプター及び天然の結合パートナー（例えば、リガンド）、の対合に関する。例えば、ＰＤ－１ポリペプチドは、例えば、水溶性、モノマー形態で存在する場合、阻害性シグナルを免疫細胞に伝達し、それによって免疫細胞エフェクター機能を阻害することができる、または免疫細胞の共刺激を（例えば、競合的阻害によって）促進することができる、阻害レセプターである。好ましいＰＤ－１ファミリーのメンバーは、ＰＤ－１と配列同一性を共有する、及び１種以上のＢ７ファミリーのメンバー、例えば、Ｂ７－１、Ｂ７－２、ＰＤ－１リガンド、及び／または抗原提示細胞上の他のポリペプチド、に結合する。用語「ＰＤ－１活性」としては、例えば、抗原提示細胞上の天然のＰＤ－１リガンドと結合することによって、活性化した免疫細胞における阻害性シグナルを調節するという、ＰＤ－１ポリペプチドの作用能、が挙げられる。免疫細胞における阻害性シグナルの調節は、免疫細胞の増殖の調節、及び／または免疫細胞によるサイトカイン分泌の調節、をもたらす。従って、用語「ＰＤ－１活性」には、ＰＤ－１ポリペプチドがその天然リガンド（複数可）に結合する作用能、免疫細胞阻害性シグナルを調節する作用能、及び免疫応答を調節する作用能、が含まれる。用語「ＰＤ－１リガンド」とは、ＰＤ－１レセプターの結合パートナーを指し、ＰＤ－１１（Ｆｒｅｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０００） Ｊ． Ｅｘｐ．Ｍｅｄ． １９２：１０２７－１０３４）及びＰＤ－１２（Ｌａｔｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｎａｔ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２：２６１）の両方が含まれる。用語「ＰＤ－１リガンド活性」としては、ＰＤ－１リガンド・ポリペプチドがその天然のレセプター（複数可）（例えば、ＰＤ－１またはＢ７－１）に結合する作用能、免疫細胞阻害性シグナルを調節する作用能、及び免疫応答を調節する作用能、が挙げられる。
本出願で使用する場合、用語「免疫チェックポイント療法」とは、免疫－阻害性の免疫チェックポイントを阻害する（例えば、それらの核酸及び／またはタンパク質を阻害する）薬剤を使用すること、を指す。１種以上のそのような免疫チェックポイントの阻害は、阻害性シグナリングを遮断することがある、またはその他、中和することがある、それによって、がんをより有効に治療する為に、免疫応答を上方制御する。免疫チェックポイントを阻害するのに有用な例示的な薬剤としては、抗体、低分子、ペプチド、ペプチドミメティック、天然リガンド、及び天然リガンドの誘導体、それらは、免疫チェックポイント・タンパク質、またはそのフラグメント、に結合することができる、及び／または不活性化することができる、若しくは阻害することができる；ならびに免疫チェックポイント核酸の、またはそのフラグメントの、発現及び／または活性、を下方制御することができる、ＲＮＡ干渉、アンチセンス、核酸アプタマー、等、が挙げられる。免疫応答を上方制御する為の例示的な薬剤としては、１種以上の免疫チェックポイント・タンパク質に対する抗体（これは、当該タンパク質とその天然レセプター（複数可）との間の相互作用を遮断する）；１種以上の免疫チェックポイント・タンパク質の非－活性化形態（例えば、ドミナント・ネガティブ・ポリペプチド（ｄｏｍｉｎａｎｔ ｎｅｇａｔｉｖｅ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ））；１種以上の免疫チェックポイント・タンパク質とその天然レセプター（複数可）との間の相互作用を遮断する、低分子またはペプチド；融合タンパク質（例えば、抗体または免疫グロブリンのＦｃ部分に融合した、免疫チェックポイント抑制タンパク質の細胞外部分）（これは、その天然レセプター（複数可）に結合する）；免疫チェックポイント核酸の、転写または翻訳、を遮断する核酸分子；等、が挙げられる。そのような薬剤（例えば、抗体）は、１種以上の免疫チェックポイントとその天然レセプター（複数可）との間の相互作用を、直接的に遮断して、阻害性シグナリングを阻止することがある、及び免疫応答を上方制御することがある。或いは、薬剤は、１種以上の免疫チェックポイント・タンパク質とその天然レセプター（複数可）との間の相互作用を、間接的に遮断して、阻害性シグナリングを阻止することがある、及び免疫応答を上方制御することがある。例えば、安定化した細胞外ドメイン等の、免疫チェックポイント・タンパク質リガンドの可溶型は、そのレセプターに結合し、適切なリガンドに結合するレセプターの実効濃度を、間接的に低下させることがある。１つの実施形態では、抗－ＰＤ－１抗体、抗－ＰＤ－１１抗体、及び／または抗－ＰＤ－１２抗体を、単独または併用、のいずれかで使用して、免疫チェックポイントを阻害する。ＰＤ－１経路を遮断する為に使用する治療薬剤としては、アンタゴニスト抗体及び可溶性ＰＤ－１１リガンド、が挙げられる。ＰＤ－１及びＰＤ－１１／２阻害性経路に対するアンタゴニスト薬剤としては、限定されるものではないが、ＰＤ－１またはＰＤ－１１／２、に対するアンタゴニスト抗体（例えば、米国特許第８，００８，４４９号に開示される、１７Ｄ８、２Ｄ３、４Ｈ１、５Ｃ４［ニボルマブまたはＢＭＳ－９３６５５８としても知られる］、４Ａ１１、７Ｄ３及び５Ｆ４；ＡＭＰ－２２４、ピジリズマブ（ＣＴ－０１１）、ペムブロリズマブ、ならびに米国特許８，７７９，１０５；８，５５２，１５４；８，２１７，１４９；８，１６８，７５７；８，００８，４４９；７，４８８，８０２；７，９４３，７４３；７，６３５，７５７；及び ６，８０８，７１０、に開示される抗体）、が挙げられる。同様に、更なる代表的なチェックポイント・インヒビターは、限定されるものではないが、阻害性調節因子ＣＴＬＡ－４（抗－細胞傷害性Ｔ－リンパ球抗原４抗－細胞傷害性Ｔ－リンパ球抗原４）に対する抗体、例えばイピリムマブ、トレメリムマブ（完全ヒト化）、抗－ＣＤ２８抗体、抗－ＣＴＬＡ－４アドネクチン、抗－ＣＴＬＡ－４ドメイン抗体、一本鎖抗－ＣＴＬＡ－４抗体フラグメント、重鎖抗－ＣＴＬＡ－４フラグメント、軽鎖抗－ＣＴＬＡ－４フラグメント、及び他の抗体、例えば、米国特許８，７４８，８１５；８，５２９，９０２；８，３１８，９１６；８，０１７，１１４；７，７４４，８７５；７，６０５，２３８；７，４６５，４４６；７，１０９，００３；７，１３２，２８１；６，９８４，７２０；６，６８２，７３６；６，２０７，１５６；及び ５，９７７，３１８、ならびに欧州特許１２１２４２２、米国特許出願公開２００２／００３９５８１ 及び ２００２／０８６０１４、ならびに Ｈｕｒｗｉｔｚ ｅｔ ａｌ．（１９９８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ９５：１００６７－１００７１、に開示される抗体、である。
ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、及びＣＴＬＡ－４について例示される、免疫チェックポイント活性、リガンド、遮断、等に関する典型的な定義は、一般に、他の免疫チェックポイントに、適用される。
用語「非ターゲット化療法（ｕｎｔａｒｇｅｔｅｄＴｈｅｒａｐｙ）」とは、選択された生体分子と選択的に相互作用をしないが、それでもがんを治療する、薬剤を投与すること、を指す。非ターゲット化療法の代表的な例としては、限定されるものではないが、化学療法、遺伝子治療、及び放射線療法、が挙げられる。
１つの実施形態では、化学療法を使用する。化学療法は、化学療法薬剤を投与すること、を含む。そのような化学療法薬剤は、限定されるものではないが、以下の化合物の群の中より選択されるものであってもよい：白金化合物、細胞傷害性抗生物質、代謝拮抗剤、抗－有糸分裂剤、アルキル化剤、ヒ素化合物、ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤、タキサン類、ヌクレオシド類似体、植物アルカロイド、及び毒素；ならびにそれらの合成誘導体。例示的な薬剤としては、限定されるものではないが、アルキル化剤：ナイトロジェン・マスタード類（例えば、シクロホスファミド、イホスファミド（ｉｆｏｓｆａｍｉｄｅ）、トロホスファミド、クロラムブシル、エストラムスチン、及びメルファラン）、ニトロソウレア類（例えば、カルムスチン（ＢＣＮＵ）及びロムスチン（ＣＣＮＵ））、アルキルスルホン酸塩類（例えば、ブスルファン及びトレオスルファン）、トリアゼン類（例えば、ダカルバジン、テモゾロミド）、シスプラチン、トレオスルファン、及びトロホスファミド；植物アルカロイド類：ビンブラスチン、パクリタキセル、ドセタキソール；ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤：テニポシド、クリスナトール、及びマイトマイシン；抗－葉酸剤：メトトレキサート、ミコフェノール酸、及びヒドロキシウレア；ピリミジン類似体： ５－フルオロウラシル、ドキシフルリジン、及びシトシン・アラビノシド；プリン類似体：メルカプトプリン及びチオグアニン；ＤＮＡ代謝拮抗剤：２’－デオキシ－５－フルオロウリジン、アフィジコリン・グリシネート、及びピラゾロイミダゾール；及び抗有糸分裂剤：ハリコンドリン、コルヒチン、ならびにリゾキシン、が挙げられる。同様に、更なる例示的な薬剤としては、白金－含有化合物（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン）、ビンカアルカロイド類（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン、及びビノレルビン）、タキソイド類（例えば、パクリタキセル、またはナノ粒子アルブミン－結合パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ）等のパクリタキセルの均等物、ドコサヘキサエン酸結合－パクリタキセル（ＤＨＡ－パクリタキセル、タキソプレキシン）、ポリグルタミン酸結合－パクリタキセル（ＰＧ－パクリタキセル、パクリタキセル・ポリグルメックス、ＣＴ－２１０３、ＸＹＯＴＡＸ）、腫瘍－活性化プロドラッグ（ＴＡＰ）ＡＮＧ１００５（パクリタキセル３分子と結合したＡｎｇｉｏｐｅｐ－２）、パクリタキセル－ＥＣ－１（ｅｒｂＢ２－認識ペプチドＥＣ－１に結合したパクリタキセル）、及びグルコース－コンジュゲート・パクリタキセル、例えば、２’－パクリタキセル・メチル２－グルコピラノシル・サクシネート；ドセタキセル、タキソール）、エピポドフィリン（例えば、エトポシド、エトポシド・リン酸塩、テニポシド、トポテカン、９－アミノカンプトテシン、カンプトイリノテカン、イリノテカン、クリスナトール、マイトマイシン Ｃ）、抗－代謝剤、ＤＨＦＲ阻害剤（例えば、メトトレキサート、ジクロロメトトレキサート、トリメトレキサート、エダトレキサート）、ＩＭＰデヒドロゲナーゼ阻害剤（例えば、ミコフェノール酸、チアゾフリン、リバビリン、及びＥＩＣＡＲ）、リボヌクレオチド還元酵素阻害剤（ｒｉｂｏｎｕｃｌｏｔｉｄｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ）（例えば、ヒドロキシウレア、及びデフェロキサミン）、ウラシル類縁体（例えば、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、フロクスウリジン、ドキシフルリジン、ラルチトレキセド（ｒａｔｉｔｒｅｘｅｄ）、テガフール－ウラシル、カペシタビン）、シトシン類縁体（例えば、シタラビン（ａｒａ Ｃ）、シトシン・アラビノシド、及びフルダラビン）、プリン類縁体（例えば、メルカプトプリン及びチオグアニン）、ビタミンＤ３類縁体（例えば、ＥＢ １０８９、ＣＢ １０９３、及びＫＨ １０６０）、イソプレニル化阻害剤（例えば、ロバスタチン）、ドーパミン作動性神経毒（例えば、１－メチル－４－フェニルピリジニウム・イオン）、細胞周期阻害剤（例えば、スタウロスポリン）、アクチノマイシン（例えば、アクチノマイシンＤ、ダクチノマイシン）、ブレオマイシン（例えば、ブレオマイシンＡ２、ブレオマイシンＢ２、ペプロマイシン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ペグ化リポソーム・ドキソルビシン、イダルビシン、エピルビシン、ピラルビシン、ゾルビシン、ミトキサントロン）、ＭＤＲ阻害剤（例えば、ベラパミル）、Ｃａ２＋ ＡＴＰａｓｅ阻害剤（例えば、タプシガルギン）、イマチニブ、サリドマイド、レナリドマイド、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、アキシチニブ（ＡＧ０１３７３６）、ボスチニブ（ＳＫＩ－６０６）、セディラニブ（レセンチン（ＲＥＣＥＮＴＩＮ）（商標）、ＡＺＤ２１７１）、ダサチニブ（スプリセル（ＳＰＲＹＣＥＬ）（商標登録）、ＢＭＳ－３５４８２５）、エルロチニブ（タルセバ（ＴＡＲＣＥＶＡ）（登録商標））、ゲフィチニブ（イレッサ（ＩＲＥＳＳＡ）（登録商標））、イマチニブ（グリベック（Ｇｌｅｅｖｅｃ）（登録商標）、ＣＧＰ５７１４８Ｂ、ＳＴＩ－５７１）、ラパチニブ（タイカーブ（ＴＹＫＥＲＢ）（登録商標）、タイバーブ（ＴＹＶＥＲＢ）（登録商標））、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、ネラチニブ（ＨＫＩ－２７２）、ニロチニブ（タシグナ（ＴＡＳＩＧＮＡ）（登録商標））、セマキサニブ（セマキシニブ、ＳＵ５４１６）、スニチニブ（スーテント（ＳＵＴＥＮＴ）（登録商標））、ＳＵ１１２４８）、トセラニブ（パラディア（ＰＡＬＬＡＤＩＡ）（登録商標））、バンデタニブ（ザクティマ（ＺＡＣＴＩＭＡ）（登録商標））、ＺＤ６４７４）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７、ＰＴＫ／ＺＫ）、トラスツズマブ（ハーゼプチン（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ）（登録商標））、ベバシズマブ（アバスチン（ＡＶＡＳＴＩＮ）（登録商標））、リツキシマブ（リツキサン（ＲＩＴＵＸＡＮ）（登録商標））、セツキシマブ（アービタックス（ＥＲＢＩＴＵＸ）（登録商標））、パニツムマブ（ベクティビックス（ＶＥＣＴＩＢＩＸ）（登録商標））、ラニビズマブ（ルセンティス（Ｌｕｃｅｎｔｉｓ）（登録商標））、ニロチニブ（タシグナ（ＴＡＳＩＧＮＡ）（登録商標））、ソラフェニブ（ネクサバール（ＮＥＸＡＶＡＲ）（登録商標））、エベロリムス（アフィニトール（ＡＦＩＮＩＴＯＲ）（登録商標））、アレムツズマブ（キャンパス（ＣＡＭＰＡＴＨ）（登録商標））、ゲムツズマブ ・オゾガマイシン（マイロターグ（ＭＹＬＯＴＡＲＧ）（登録商標））、テムシロリムス（トーリセル（ＴＯＲＩＳＥＬ）（登録商標））、ＥＮＭＤ－２０７６、ＰＣＩ－３２７６５、ＡＣ２２０、ドビチニブ乳酸塩（ＴＫＩ２５８、ＣＨＩＲ－２５８）、ＢＩＢＷ ２９９２（ＴＯＶＯＫ（商標））、ＳＧＸ５２３、ＰＦ－０４２１７９０３、ＰＦ－０２３４１０６６、ＰＦ－２９９８０４、ＢＭＳ－７７７６０７、ＡＢＴ－８６９、ＭＰ４７０、ＢＩＢＦ １１２０（バルガテフ（ＶＡＲＧＡＴＥＦ）（登録商標））、ＡＰ２４５３４、ＪＮＪ－２６４８３３２７、ＭＧＣＤ２６５、ＤＣＣ－２０３６、ＢＭＳ－６９０１５４、ＣＥＰ－１１９８１、チボザニブ（ＡＶ－９５１）、ＯＳＩ－９３０、ＭＭ－１２１、ＸＬ－１８４、ＸＬ－６４７、及び／またはＸＬ２２８）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ（ベルケイド（ＶＥＬＣＡＤＥ）（登録商標））、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、ラパマイシン、テムシロリムス（ＣＣＩ－７７９）、エベロリムス（ＲＡＤ－００１）、リダホロリムス、ＡＰ２３５７３（Ａｒｉａｄ）、ＡＺＤ８０５５（アストラゼネカ）、ＢＥＺ２３５（ノバルティス）、ＢＧＴ２２６（ノルバルティス）、ＸＬ７６５（サノフィ・アベンティス）、ＰＦ－４６９１５０２（ファイザー）、ＧＤＣ０９８０（ジェネンテック）、ＳＦ１１２６（セマフォ（Ｓｅｍａｆｏｅ））、及びＯＳＩ－０２７（ＯＳＩ））、オブリメルセン、ゲムシタビン、カルミノマイシン、ロイコボリン、ペメトレキセド、シクロホスファミド、ダカルバジン、プロカルビジン、プレドニゾロン、デキサメタゾン、カンパテシン、プリカマイシン、アスパラギナーゼ、アミノプテリン、メトプテリン、ポルフィロマイシン、メルファラン、ロイロシジン（ｌｅｕｒｏｓｉｄｉｎｅ）、ロイロシン（ｌｅｕｒｏｓｉｎｅ）、クロラムブシル、トラベクテジン、プロカルバジン、ディスコデルモライド、カルミノマイシン、アミノプテリン、ならびにヘキサメチル・メラミン、が挙げられる。１種以上の化学療法薬剤を含む組成物を使用することもある（例えば、ＦＬＡＧ、ＣＨＯＰ）。ＦＬＡＧは、フルダラビン、シトシン・アラビノシド（Ａｒａ－Ｃ）及びＧ－ＣＳＦ、を含む。ＣＨＯＰは、シクロフォスファミド、ビンクリスチン、ドキソルビシン、及びプレドニゾン、を含む。別の実施形態では、ＰＡＲＰ（例えば、ＰＡＲＰ－１及び／またはＰＡＲＰ－２）阻害剤を使用する、ならびにそのような阻害剤は当該分野で既知である（例えば、オラパリブ、ＡＢＴ－８８８、ＢＳＩ－２０１、ＢＧＰ－１５（Ｎ－Ｇｅｎｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｉｎｃ．）；ＩＮＯ－１００１（Ｉｎｏｔｅｋ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．）；ＰＪ３４（Ｓｏｒｉａｎｏ ｅｔ ａｌ．、２００１；Ｐａｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．、２００２ｂ）；３－アミノベンズアミド（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）；４－アミノ－１，８－ナフタルイミド；（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）；６（５Ｈ）－フェナントリジノン（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）；ベンズアミド（米国特許第３６，３９７号）；及びＮＵ１０２５（Ｂｏｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．））。その作用機序は、一般に、ＰＡＲＰ阻害剤がＰＡＲＰに結合し、その活性を低下させる作用能に関連する。ＰＡＲＰは、ベータ－ニコチンアミド・アデニン・ジヌクレオチド（ＮＡＤ＋）が、ニコチンアミド及びポリ－ＡＤＰ－リボース（ＰＡＲ）、へ転換することを触媒する。ポリ（ＡＤＰ－リボース）及びＰＡＲＰの両方は、転写、細胞増殖、ゲノムの安定性、及び発がん、の調節に、関連付いている（Ｂｏｕｃｈａｒｄ ｅｔ．ａｌ．（２００３） Ｅｘｐ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ３１：４４６－４５４）；Ｈｅｒｃｅｇ（２００１）Ｍｕｔ． Ｒｅｓ． ４７７：９７－１１０）。ポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ１（ＰＡＲＰ１）は、ＤＮＡ一本鎖切断（ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄ ｂｒｅａｋ（ＳＳＢ））の修復における、重要な分子である（ｄｅＭｕｒｃｉａ Ｊ． ｅｔ ａｌ．（１９９７） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ９４：７３０３－７３０７；Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｎａｔ． Ｒｅｖ．Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ． ７：５１７－５２８；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９７） Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ． １１：２３４７－２３５８）。ＰＡＲＰ１機能の抑制によってＳＳＢ修復をノックアウトすると、ＤＮＡ二本鎖切断（ｄｏｕｂｌｅ－ｓｔｒａｎｄ ｂｒｅａｋ（ＤＳＢ））が誘導される、これは、相同性－指向性ＤＳＢ修復に欠陥があるがん細胞においては、合成致死性（ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｌｅｔｈａｌｉｔｙ）を引き起こすことがある（Ｂｒｙａｎｔ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｎａｔｕｒｅ ４３４：９１３－９１７；Ｆａｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｎａｔｕｒｅ ４３４：９１７－９２１）。化学療法薬剤の前述の例は、例示的なものである、及び限定することを意図するものではない。
別の実施形態では、放射線療法が使用される。当該放射線療法に使用される放射線は、電離放射線であることがある。放射線療法はまた、ガンマ線、Ｘ－線、または陽子線であることがある。放射線療法の例としては、限定されるものではないが、外部－ビーム照射療法、放射性同位体（Ｉ－１２５、パラジウム、イリジウム）の組織内移植、ストロンチウム－８９等の放射性同位体、胸部放射線療法、腹腔内Ｐ－３２放射線療法、及び／または全体の腹部及び骨盤の放射線療法、が挙げられる。放射線療法の概略については、Ｈｅｌｌｍａｎ、第１６章： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ＣａｎｃｅｒＭａｎａｇｅｍｅｎｔ： ＲａｄｉａｔｉｏｎＴｈｅｒａｐｙ、第６版、２００１、ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．、ｅｄｓ．、Ｊ． Ｂ． Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ を参照。当該放射線療法は、外部ビーム放射線または遠隔治療として処方されることがある、ここで、当該放射線は、遠隔の発生源から向けられて来る。その放射線治療をまた、内部療法または近接照射療法として処方されることもある、ここで、放射線発生源を、がん細胞または腫瘤に近接して、体内に配置する。また、ヘマトポルフィリン及びその誘導体、ベルトポルフィン（Ｖｅｒｔｏｐｏｒｆｉｎ）（ＢＰＤ－ＭＡ）、フタロシアニン、光増感剤Ｐｃ４、デメトキシ－ヒポクレリンＡ；及び２ＢＡ－２－ＤＭＨＡ、等の光増感剤の投与を含む光線力学療法の使用も包含される。
別の実施形態では、ホルモン療法が使用される。ホルモン療法的な治療は、例えば、ホルモン・アゴニスト、ホルモン・アンタゴニスト（例えば、フルタミド、ビカルタミド、タモキシフェン、ラロキシフェン、ロイプロリド酢酸塩（ＬＵＰＲＯＮ）、ＬＨ－ＲＨアンタゴニスト）、ホルモンの生合成及びプロセシングの阻害剤、ならびにステロイド（例えば、デキサメタゾン、レチノイド、デルトイド、ベタメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、プレドニゾン、デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、ミネラルコルチコイド、エストロゲン、テストステロン、プロゲスチン）、ビタミンＡ誘導体（例えば、オール－トランス・レチノイン酸（ａｌｌ－ｔｒａｎｓ ｒｅｔｉｎｏｉｃ ａｃｉｄ（ＡＴＲＡ）））；ビタミンＤ３類似体；抗ゲスターゲン（例えば、ミフェプリストン、オナプリストン）、または抗アンドロゲン（例えば、シプロテロン酢酸塩）、を含むことがある。
１つの態様では、ＨＡ－２抗原を発現する細胞に対する免疫応答を、対象において、誘発する方法を、本出願は提供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、本出願に記載される医薬組成物を、当該対象に投与するステップを含む、ここで、当該医薬組成物は、当該対象に投与されると、ＨＡ－２抗原を発現する細胞に対する免疫応答を、誘発する。
いくつかの実施形態では、当該免疫応答としては、細胞－媒介性の免疫応答を、挙げることができる。細胞性免疫応答は、Ｔ細胞を含む応答である、及びｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで、測定されることがある。例えば、全般的な細胞性免疫応答を、医薬組成物の投与後の好適な時に、当該対象からサンプリングした細胞（例えば、末梢血リンパ球（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ（ＰＢＬ）））における、Ｔ細胞増殖活性として測定することがある。例えば、ＰＢＭＣを刺激剤と共に適切な時間のインキュベーションを行った後、［３Ｈ］チミジン取り込みを測定することがある。増殖しているＴ細胞のサブセットを、フロー・サイトメトリーを用いて、決定することがある。
本発明によって包含される別の態様では、本出願で提供される方法は、上記のように、ヒトの及び非－ヒトの哺乳動物の両方に、処方するステップを含む。獣医学的用途も企図される。いくつかの実施形態では、当該対象は、免疫応答が誘発され得る、任意の生命体であることがある。
いくつかの実施形態では、当該医薬組成物を、適切な任意の時点で投与することができる。例えば、当該投与するステップを、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を有する対象の、治療前にまたは治療過程に、実施することがある、及び、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を臨床的に検出できなくなった後に、継続することがある。当該投与するステップをまた、再発の徴候を示す対象において、継続することもある。
いくつかの実施形態では、当該医薬組成物を、治療的にまたは予防的に有効な量で、投与することがある。当該医薬組成物を当該対象に投与するステップを、既知の手順を用いて、ならびに所望の効果を達成するのに十分な、投薬量及び時間期間、で行うことがある。
いくつかの実施形態では、当該医薬組成物を、任意の好適な部位で、当該対象に投与することがある。投与を、当技術分野において一般的に知られている方法を用いて、実施することがある。細胞を含む薬剤を、直接的な注射投与によって、または当技術分野で使用される任意の他の方法（例えば、限定されるものではないが、血管内、大脳内（ｉｎｔｒａｃｅｒｅｂｒａｌ）、非経口、腹腔内、静脈内、硬膜外、髄腔内（ｉｎｔｒａｓｐｉｎａｌ）、胸骨内、関節内、滑膜内、くも膜下腔（ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ）、動脈内、心臓内、または筋肉内、の投与等）によって、所望の部位に導入することができる。例えば、関心とする対象に、様々な経路によって移植された細胞が生着することがある。そのような経路としては、限定されるものではないが、静脈内投与、皮下投与、特定の組織への投与（例えば、病巣への移植）、大腿骨骨髄腔の中への注射投与、脾臓の中への注射投与、胎児肝臓の腎被膜下への投与（ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ ｕｎｄｅｒＴｈｅ ｒｅｎａｌ ｃａｐｓｕｌｅ ｏｆ ｆｅｔａｌ ｌｉｖｅｒ）、等、が挙げられる。ある特定の実施形態では、本発明によって包含されるがんワクチンを、腫瘍内にまたは皮下に、当該対象に、注射投与することがある。細胞を、１回の点滴によって、または所望の効果を生じさせるのに十分な、規定の時間期間をかけた連続的な点滴によって、投与することがある。移植、生着評価、及び移植された細胞のマーカー表現型解析、の為の例示的な方法は、当技術分野において既知である（例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｃｕｒｒ． Ｐｒｏｔｏｃ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ８１：１５．２１．１－１５．２１．２１；Ｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２００２） Ｂｌｏｏｄ １００：３１７５－３１８２；Ｔｒａｇｇｉａｉ ｅｔ ａｌ．（２００４） Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０４：１０４－１０７；Ｉｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ． Ｂｌｏｏｄ（２００５） １０６：１５６５－１５７３；Ｓｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７４：６４７７－６４８９；及び Ｈｏｌｙｏａｋｅ ｅｔ ａｌ．（１９９９） Ｅｘｐ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ２７：１４１８－１４２７、を参照）。いくつかの実施形態では、当該用量を、所望の応答を引き起こすのに有効な、量で及び時間期間で、投与することがある、それは、当該免疫応答を誘発することがある、または、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、若しくは過剰増殖性障害の再発、及び／またはそれらに関連した症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）、の予防的な若しくは治療的な処置、であることがある。
当該薬学的組成物を、他の療法（例えば、当該対象において免疫応答も誘発する療法等）、に続いて、に先行して、または、と同時に、投与することがある。例えば、当該対象は、他の形態の免疫調節薬剤によって、以前にまたは同時に、治療されてもよく、そのような他の療法は、本出願に記載される組成物の免疫原性を妨害しないような方法で提供されることがある。
投与を、介護者（例えば、医師、獣医師）は、適切に計時することができる、ならびに投与は、当該対象の臨床症状、投与の目的、及び／または、企図される若しくは投与される他の療法、に依存することがある。いくつかの実施形態では、初回投与量を投与し、当該対象を、免疫学的な及び／または臨床的な応答について、モニタリングすることがある。免疫学的モニタリングの好適な方法は、応答者としての患者の末梢血リンパ球（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ（ＰＢＬ））の使用、及び刺激剤としての本出願に記載される免疫原性ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣ複合体の使用、が挙げられる。免疫学的な応答をまた、投与部位での遅延性の炎症反応によって、測定することもある。初回用量に続く１回以上の用量を、所望の効果が達成されるまで、必要に応じて、典型的には毎月、半毎月、または毎週、投与することがある。その後、必要に応じて、特に、免疫学的なまたは臨床的な利益が弱まってきていると思われる場合には、更なる、ブースター用量または維持用量、を投与することがある。
概して、適切な投薬量及び治療レジメンによって、利益を提供するのに十分な量の、活性分子または細胞、が提供される。そのような応答を、治療した対象において、非－治療の対象と比較して、改善された臨床アウトカム（例えば、より頻繁な寛解、完全な若しくは部分的な、またはより長い無病生存）を確立することによって、モニタリングすることがある。ウイルス・タンパク質に対する既存の免疫応答の増大は、一般に、改善された臨床アウトカムと相関する。そのような免疫応答を、標準的な、増殖アッセイ、細胞傷害アッセイまたはサイトカイン・アッセイ、を用いて、一般的に、評価することがあり、これは、ルーチンである。
予防的使用の場合、疾患に若しくは障害に関連する、疾患の発症を、予防するのに、遅延させるのに、または疾患に若しくは障害に関連する、疾患の重症度を減少させるのに、用量は十分であるべきである。本出願に記載される方法に従って投与される免疫原性組成物に関する予防的利益を、前－臨床（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、及びｉｎ ｖｉｖｏ、の動物研究、等）及び臨床研究を実施し、そこから得られたデータを、適切な、統計的、生物学的、及び臨床的、方法及び技術、によって解析することによって、測定することができる。これらのすべてを、当業者は、容易に実施することができる。
本出願で使用する場合、組成物の投与は、同物を、送達の経路または様式にかかわらず、対象に送達すること、を指す。投与を、連続的にまたは断続的に、及び非経口的に、行うことがある。投与は、認識された症状、疾患若しくは疾患状態を有すると既に確認済みの対象を治療する為、またはそのような症状、疾患若しくは疾患状態、に対して感受性である、若しくはを発症するリスクがある、対象を治療する為、であることがある。補助療法との共－投与としては、任意の順序で、及び任意の投薬スケジュールで、複数の薬剤を、同時に及び／または連続的に、送達すること（例えば、操作した免疫細胞と１種以上のサイトカイン；カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはそれらの任意の組み合わせ、等の免疫抑制療法）、が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本出願に記載される宿主細胞（例えば、操作した免疫細胞）の複数の用量を、当該対象に投与する、それを、約２週間から約４週間までの投与の間の間隔で、投与することがある。
本発明によって包含される、治療方法をまたは予防方法を、治療コースの一部または治療レジメンの一部として、対象に処方することがある、それは、本開示の単位用量の投与の、細胞の投与の、または組成物の投与の、前にまたは後に、追加的な治療を含むことがある。例えば、いくつかの実施形態では、当該宿主細胞（例えば、操作した免疫細胞）の単位用量を受ける対象は、造血細胞移植（ＨＣＴ；例えば、骨髄破壊的ＨＣＴ及び非－骨髄破壊的ＨＣＴ、等）を受けているか、または以前に受けたことがある。前述の実施形態の何れかでは、ＨＣＴにおいて使用される造血細胞は、ＭＨＣ、抗原、及び結合タンパク質、より選択されるポリペプチド産物をコードする１つ以上の内因性遺伝子の発現を、低減させるまたは除去する、ように（例えば、本出願に記載される方法による、染色体遺伝子ノックアウトによって）改変した「ユニバーサル・ドナー（ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｄｏｎｏｒ）」細胞、であることがある。
細胞移植を実施する為の、技術は及びレジメンは、当技術分野において既知である、及び任意の好適なドナー（ｄｏｎｏｒ）細胞（例えば、臍帯血、骨髄、または末梢血に由来する細胞、造血幹細胞、動員した幹細胞、または羊膜流体由来の細胞、等）の移植を含むことがある。従って、いくつかの実施形態では、本発明によって包含される宿主細胞（例えば、操作した免疫細胞）を、幹細胞療法と一緒に、またはその直後に、投与することがある。
本発明によって包含される方法は、いくつかの実施形態では、併用療法において、疾患または障害（例えば、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発）を治療する為の、１つ以上の追加的な薬剤を投与するステップを、更に含むことがある。例えば、いくつかの実施形態では、併用療法は、抗ウイルス薬剤と一緒に（同時に（ｃｏｎｃｕｒｒｅｎｔｌｙ）、同時に（ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓｌｙ）、または連続して）、本発明によって包含される、宿主細胞または結合タンパク質、を投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、併用療法は、ロピナビル／リトナビル、クロロキン、リバビリン、ステロイド薬、ヒドロキシクロロキン、及び／またはインターフェロンα、と一緒に、本発明によって包含される、宿主細胞または結合タンパク質、を投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、併用療法は、二次的な療法（例えば、外科手術、抗体、ワクチン、またはそれらの任意の組み合わせ、等）と一緒に、本発明によって包含される、宿主細胞、組成物、または当該宿主細胞の単位用量、を投与するステップを含む。
いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒト（例えば、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を有するヒト等）である。いくつかの実施形態では、当該対象は、げっ歯類（例えば、マウス等）である。いくつかのそのような実施形態では、当該マウスは、トランスジェニック・マウス（例えば、ヒトＭＨＣ（即ち、ＨＬＡ）分子［例えば、ＨＬＡ－Ａ２（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ａｄｖ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ２０１２：４０４０８１）等］を発現するマウス等）である。
いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒトＴＣＲを発現するトランスジェニック・マウスである、または抗原ネガティブ・マウスである（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０） Ｎａｔ．Ｍｅｄ． １６：１０２９－１０３４ 及び Ｏｂｅｎａｕｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５） Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ３３：４０２－４０７）。いくつかの実施形態では、当該対象は、ヒトＨＬＡ分子及びヒトＴＣＲ、を発現するトランスジェニック・マウスである。
いくつかの実施形態では、例えば、当該対象が、トランスジェニックＨＬＡマウスである場合、その同定されたＴＣＲは、例えば、キメラであるようにまたはヒト化であるように、改変される。いくつかの実施形態では、そのＴＣＲスキャフォールドを、例えば、既知の結合タンパク質ヒト化方法に類似するように、改変する。
ｃ． スクリーニング方法
本発明によって包含される別の態様は、スクリーニング・アッセイを包含する。
本発明は、ＨＡ－２またはその抗原、に結合する、または、の活性を調節する、試験タンパク質等の薬剤をスクリーニングする為のアッセイを包含する。そのような薬剤としては、限定されるものではないが、抗体、タンパク質、融合タンパク質、低分子、及び核酸、が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫応答を調節する薬剤を同定する為の方法は、ＨＡ－２活性を調節し、更に関心とする免疫応答を調節する（例えば、調節された、細胞傷害性Ｔ細胞の活性化、及び／または細胞傷害性Ｔ細胞の活性、免疫チェックポイント療法に対するがん細胞の感受性、等）候補薬剤の作用能を測定するステップ、を伴う。
いくつかの実施形態では、アッセイは、無細胞の、または細胞に基づく、アッセイである、ここで、当該アッセイは、ターゲットを試験薬剤と接触させるステップ、ならびに当該ターゲットの、量及び／または活性、を調節する（例えば、上方制御するまたは下方制御する）という、当該試験薬剤の作用能を、例えば、以下に記載するように、直接的パラメーターまたは間接的パラメーター、を測定すること等によって、測定するステップ、を含む。
いくつかの実施形態では、アッセイは、細胞に基づくアッセイである、例えば、当該アッセイは、（ａ）関心とする細胞を試験薬剤と接触させるステップ、ならびに当該ターゲットの、量及び／または活性、を調節するという、当該試験薬剤の作用能（例えば、結合特性等）を、測定するステップ、を含む。当該ポリペプチドが、互いに、結合する、または相互作用する、という作用能を決定するステップを、例えば、直接的な結合を測定することによって、または免疫細胞の、活性化若しくは機能、のパラメーターを測定することによって、実施することがある。
別の実施形態では、アッセイは、細胞に基づくアッセイである、ここで、当該アッセイは、がん細胞等の細胞を、免疫細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）及び試験薬剤、と接触させるステップ、ならびに、以下に記載するように、直接的パラメーターをまたは間接的パラメーターを、測定すること等によって、当該ターゲットの、量及び／または活性、を調節するという、当該試験薬剤の作用能を、及び／または、例えば、調節された免疫応答を、測定するステップ、を含む。
上記及び本出願に記載される方法をまた採用して、本出願に記載される１種以上のバイオマーカーの、量及び／または活性、を調節することが既に知られている、１種以上の薬剤を試験することがある、及び／または所望の表現型の測定値に対する薬剤の作用（例えば、調節された免疫応答、免疫チェックポイント遮断に対する感受性、等）を確認することがある。
いくつかの実施形態では、所与のポリペプチドセット間の相互作用を調節するという試験薬剤（例えば、抗体、融合タンパク質、ペプチド、または低分子）の作用能を測定するステップは、ポリペプチドのセットの１つ以上のメンバーの活性を測定することによって、行うことがある。例えば、タンパク質の活性を、及び／または１つ以上の結合パートナーの活性を、細胞セカンド・メッセンジャー（例えば、細胞内シグナリング）の誘導を検出することによって、適切な基質の触媒活性／酵素活性を検出することによって、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー［例えば、クロラムフェニコール・アセチル・トランスフェラーゼ］をコードする核酸に作動可能に連結したターゲット－応答性の調節エレメントを含む）の誘導を検出することによって、または当該タンパク質及び／または１つ以上の結合パートナーによって調節される細胞応答を検出することによって、測定することがある。当該ポリペプチドに結合する、または当該ポリペプチドと相互作用する、という当該試験薬剤の作用能を測定するステップを、例えば、増殖アッセイにおいて、免疫細胞の、共刺激または抑制、を調節するという、化合物の作用能、を測定することによって、または当該ポリペプチドの一部を認識する抗体に結合するという、当該ポリペプチドの作用能、を妨害することによって、行うことがある。
ターゲットの、量及び／または活性（例えば、１種以上の結合パートナーとの相互作用等）を調節する薬剤を、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイに添加した場合に、免疫細胞の増殖、及び／またはエフェクター機能、を阻害するという薬剤の作用能によって、またはアネルギー、クローン欠失、及び／または疲弊、を誘導するという薬剤の作用能によって、同定することがある。例えば、細胞を、活性化レセプターを介してシグナル伝達を刺激する薬剤の存在下で、培養することがある。細胞活性化に関する、多くの認識された測定値を用いて、当該薬剤の存在下で、細胞増殖またはエフェクター機能（例えば、抗体産生、サイトカイン産生、ファゴサイトーシス）を測定することがある。この活性化を遮断するという試験薬剤の作用能を、当該技術分野において既知の技術を用いて、測定される増殖またはエフェクター機能が低下するという当該薬剤の作用能を測定することによって、容易に測定することができる。
例えば、本発明によって包含される薬剤は、Ｆｒｅｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０００） Ｊ． Ｅｘｐ．Ｍｅｄ． １９２：１０２７ 及び Ｌａｔｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｎａｔ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２：２６１に記載されるように、Ｔ細胞アッセイにおいて、共刺激を阻害するという、または増強するという作用能について試験をすることがある。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ヒトＰＢＭＣから単離し、活性化させる抗－ＣＤ３抗体を使って刺激することがある。Ｔ細胞の増殖を、３Ｈチミジン取り込みによって、測定することがある。アッセイを、当該アッセイにおいて、ＣＤ２８共－刺激を、伴って、または伴わずに、実施することがある。同様のアッセイを、ＪｕｒｋａｔＴ細胞及びＰＢＭＣ由来のＰＨＡ－芽球を用いて、実施することがある。
或いは、本発明によって包含される薬剤は、細胞でのサイトカイン産生を変調する作用能について、試験をすることがある（このサイトカインは、１種以上のバイオマーカーの変調によって産生する、またはこのサイトカインの産生は、１種以上のバイオマーカーの変調に応じて、増強する、若しくは阻害を受ける）。（例えば、本実施例のセクションに記載されているように）関心とする免疫細胞によって放出される指標サイトカインを、ＥＬＩＳＡによって、または抗体（この抗体は、当該サイトカインを遮断し、その結果、当該サイトカインによって誘導される、免疫細胞の増殖、若しくは他の細胞型の増殖、を阻害する）の作用能によって、同定することがある。ｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫細胞共刺激アッセイを、１種以上のバイオマーカーの変調によって変調を受けることがあるサイトカインを同定する為の方法において、使用することもある。例えば、共刺激時に誘導される特定の活性（例えば、免疫細胞増殖）を、既知のサイトカインに対する遮断抗体の添加によって、阻害することができない場合、当該活性は、未知のサイトカインの作用から生じている可能性がある。共刺激後、このサイトカインを、従来の方法によって、媒体から精製することがある、及びその活性を、免疫細胞増殖を誘導するというその作用能によって、測定することがある。トレランスの誘導において役割を果たすことがあるサイトカインを同定する為に、上記のｉｎ ｖｉｔｒｏＴ細胞共刺激アッセイを使用することがある。このケースでは、Ｔ細胞は、一次活性化シグナルが与えられる、及び選択したサイトカインに接触させる、しかし、共刺激シグナルは与えられない。当該免疫細胞を洗って一旦置いた後、当該細胞を、一次活性化シグナル及び共刺激シグナルの両方で、再刺激する。当該免疫細胞が応答（例えば、増殖するまたはサイトカイン類を産生する）をしない場合、それらはトレランス状態になっている、及び当該サイトカインは、トレランスの誘導を阻んではいない。しかしながら、当該免疫細胞が応答する場合、トレランスの誘導は、当該サイトカインによって阻まれている。トレランスの誘導を阻むことができるこれらのサイトカインを、移植レシピエント（ｒｅｃｉｐｉｅｎｔ）または自己免疫疾患を有する対象において、より効率的にトレランスを誘導する方法として、Ｂリンパ球抗原を遮断する試薬と組み合わせて、ｉｎ ｖｉｖｏでの遮断のターゲットとすることができる。
いくつかの実施形態では、本発明によって包含されるアッセイは、バイオマーカー及び／または１つ以上の結合パートナー間の相互作用を調節する薬剤をスクリーニングする為の無細胞アッセイである、ここで、当該アッセイは、ポリペプチド、及び１つ以上の天然の結合パートナー、またはそれらの生物学的な活性部分を、試験薬剤と接触させるステップ、ならびに当該ポリペプチドと、１つ以上の天然の結合パートナーとの、またはそれらの生物学的な活性部分との間の相互作用を調節する試験化合物の作用能を測定するステップ、を含む。試験化合物の結合を、上記のように、直接的にまたは間接的に、の何れかで測定することがある。１つの実施形態では、当該アッセイは、アッセイ混合物を形成する為に、当該ポリペプチドを、またはその生物学的な活性部分を、その結合パートナーと接触させるステップ、当該アッセイ混合物を試験化合物と接触させるステップ、及び当該アッセイ混合物中のポリペプチドと相互作用するという当該試験薬剤の作用能を測定するステップ、を含む、ここで、当該ポリペプチドと相互作用するという当該試験薬剤の作用能を測定するステップは、当該ポリペプチドまたはその生物学的な活性部分に、当該結合パートナーと比較して、選択的に結合するという当該試験薬剤の作用能を測定するステップ、を含む。
いくつかの実施形態では、細胞に基づくアッセイまたは無細胞のアッセイのいずれについても、試験薬剤を更にアッセイして、当該ポリペプチドと１つ以上の結合パートナーとの間の、他の結合パートナーとの、結合及び／または相互作用の活性、に影響を及ぼすかどうかを測定することがある。他の有用な結合解析方法としては、リアルタイム生体分子相互作用解析（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＩＡ））の使用が挙げられる（Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ ａｎｄ Ｕｒｂａｎｉｃｚｋｙ（１９９１） Ａｎａｌ． Ｃｈｅｍ． ６３：２３３８－２３４５ 及び Ｓｚａｂｏ ｅｔ ａｌ．（１９９５） Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ． ５：６９９－７０５）。本出願で使用する場合、「ＢＩＡ」は、任意の相互作用物質を標識することなく、生体特異的な相互作用をリアルタイムで研究する為の技術である（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））。表面プラズモン共鳴（ｓｕｒｆａｃｅ ｐｌａｓｍｏｎ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ（ＳＰＲ））の光学現象における変化を、生物学的ポリペプチド間のリアルタイムな反応の指標として、使用することがある。関心とするポリペプチドを、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）チップ上に固定化し、多数の薬剤（遮断抗体、融合タンパク質、ペプチド、または低分子）を、関心とするポリペプチドへの結合について、試験することがある。ＢＩＡ技術を使用する例は、Ｆｉｔｚ ｅｔ ａｌ．（１９９７） Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：６１３に記載されている。
本発明によって包含される無細胞のアッセイは、タンパク質の、可溶型及び／または膜結合型、の両方の使用に適している。膜結合型タンパク質を使用する無細胞のアッセイでは、当該タンパク質の膜結合型が溶液状態に維持されるように、可溶化薬剤を利用することが望ましいことがある。そのような可溶化薬剤の例としては、非－イオン性界面活性剤（例えば、ｎ－オクチルグルコシド、ｎ－ドデシルグルコシド、ｎ－ドデシルマルトシド、オクタノイル－Ｎ－メチルグルカミド、デカノイル－Ｎ－メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ－１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ－１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレン・グリコール・エーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ ｅｔｈｅｒ）ｎ）、３－［（３－コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］－１－プロパン・スルホン酸塩（ＣＨＡＰＳ）、３－［（３－コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］－２－ヒドロキシ－１－プロパン・スルホン酸塩（ＣＨＡＰＳＯ）、またはＮ－ドデシル＝Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－アンモニオ－１－プロパン・スルホン酸塩、等）が挙げられる。
上記のアッセイ方法の１つ以上の実施形態では、何れかのポリペプチドを固定化して、タンパク質の一方または両方に関して、複合体化されていない形態から複合体化されている形態を分離し易くすること、ならびに当該アッセイの自動化に適応させること、が望ましいことがある。試験化合物のポリペプチドへの結合は、その反応物を含有するのに適した任意の容器中で行うことがある。そのような容器の例としては、マイクロタイター・プレート、試験チューブ、及びマイクロ遠心分離チューブ、が挙げられる。１つの実施形態では、タンパク質の一方または両方がマトリクスに結合することを可能にするドメインを加える融合タンパク質が提供されることがある。例えば、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼをベースとしたポリペプチド融合タンパク質、またはグルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ／ターゲット融合タンパク質を、グルタチオン・セファロース・ビーズ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化したマイクロタイター・プレート上に吸着させることがある、次いで、これらを当該試験化合物と合わせ、その混合物を、複合体形成が促進される条件下で（例えば、塩及びｐＨについて、生理学的な条件）、インキュベーションを行う。インキュベーションを行った後、当該ビーズまたはマイクロタイター・プレートのウェルを洗浄して、あらゆる結合していない構成要素を除去し、ビーズの場合では、そのマトリックスに固定化された複合体を、例えば上記のように、直接的にまたは間接的に、測定する。或いは、当該複合体を、当該マトリックスから解離させ、ポリペプチドの、結合または活性、のレベルを、標準的な技術を用いて、測定することができる。
本発明は更に、上記のスクリーニング・アッセイによって同定される新規薬剤に関する。従って、本出願に記載されるように同定した薬剤を、適切なモデル・システムにおいて、更に使用することは、本発明の範囲内である。例えば、本出願に記載されるように同定した薬剤をモデル・システムで使用して、そのような薬剤を使った治療に関する、有効性、毒性、または副作用、を決定することがある。或いは、本出願に記載されるように同定した薬剤を使用して、そのような薬剤の作用機序を決定することがある。更に、本発明は、本出願に記載される治療の為の、上記スクリーニング・アッセイによって同定した新規薬剤の使用、に関する。
ｄ． 臨床試験中での効果のモニタリング
免疫応答性（例えば、Ｔ細胞の応答性［例えば、結合の存在及び／またはＴ細胞活性化及び／またはエフェクター機能］等）に対する、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の療法（例えば、化合物、薬物、ワクチン、細胞療法、等）の影響をモニタリングすることを、基本的な候補ＨＡ－２抗原結合分子のスクリーニングにおいてだけでなく、臨床試験においても、適用することがある。例えば、ＨＡ－２抗原を発現する関心とする細胞（例えば、過剰増殖性細胞等）に対する免疫応答性（例えば、Ｔ細胞の免疫応答性）を増大させるという、本出願に記載される、結合タンパク質及び関連する組成物（例えば、核酸、宿主細胞、医薬製剤、等）の効果を、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に罹患している対象に関する、臨床試験において、モニタリングすることがある。そのような臨床試験では、結合の存在、及び／またはＴ細胞活性化、及び／またはエフェクター機能（例えば、Ｔ細胞増殖、傷害、及び／またはサイトカイン放出）を、特定の細胞、組織、またはシステムの表現型に関する、「測定値（ｒｅａｄ ｏｕｔ）」またはマーカー、として使用することがある。同様に、ＨＡ－２抗原を発現する関心とする細胞（例えば、過剰増殖性細胞等）に対する免疫応答性を増大させるという、本出願に記載される結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、ＣＡＲ、またはＴＣＲ及びエフェクター・ドメインを含む融合タンパク質）を発現するように操作したＴ細胞を用いた適応性Ｔ細胞療法（ａｄａｐｔｉｖｅＴ ｃｅｌｌＴｈｅｒａｐｙ）の効果を、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を有する対象に関する、臨床試験において、モニタリングすることがある。そのような臨床試験では、結合の存在、及び／またはＴ細胞活性化、及び／またはエフェクター機能（例えば、Ｔ細胞増殖、傷害、及び／またはサイトカイン放出）を、特定の細胞、組織、またはシステムの表現型に関する、「測定値（ｒｅａｄ ｏｕｔ）」またはマーカー、として使用することがある。
例えば、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の療法の処方を増加させることは、当該対象から得られるサンプルと、１つ以上の結合タンパク質または関連組成物との間の応答性の、存在またはレベル、を増大させる為に（例えば、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の療法の効果を増大させる為に）、望ましいことがある。そのような実施形態によれば、当該対象から得られるサンプルと、１つ以上の結合タンパク質または関連組成物との間の応答性の、存在またはレベル、を、表現型応答が観察できない場合であっても、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の療法の効果の指標として、使用することがある。同様に、当該対象から得られるサンプルと、１つ以上の結合タンパク質または関連組成物との間の応答性の、存在をまたはレベルを、（例えば、直接結合アッセイ、蛍光活性化細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫化学的、ウェスタン・ブロット、または細胞内フロー・アッセイ、等によって）解析して、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の療法を受けるであろう患者を選択することもある。
例えば、直接結合アッセイでは、免疫原性ペプチドまたは抗原ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を、放射性同位体標識または酵素標識、とカップリングさせて、その結果、その標識した、免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体、を検出することによって、結合を測定することがある。例えば、免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体を、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで、直接的にまたは間接的に、標識することがある、及び当該放射性同位体を、放射放出の直接計数によって、またはシンチレーション計数によって、検出することがある。或いは、当該免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体を、例えば、西洋ワサビ・ペルオキシダーゼで、アルカリ・ホスファターゼで、またはルシフェラーゼで、酵素的に標識することがある、及びその酵素標識を、適切な基質から生成物への変換を測定することによって、検出することがある。免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体と、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞及び／またはＮＫ細胞、等）との間の相互作用、を測定することを、標準的な結合アッセイまたは酵素解析アッセイを用いて、行うこともある。上記アッセイ方法の１つ以上の実施形態では、当該アッセイの自動化に適応する為に、免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体を固定化することが望ましいことがある。
任意の相互作用物質を標識することなく、関心とするパラメーターを変調するという薬剤の作用能を測定することも、本発明の範囲内である。例えば、マイクロフィジオメーターを使用して、モニタリングするべきポリペプチドを標識することなく、ポリペプチド間の相互作用を検出することができる（ＭｃＣｏｎｎｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（１９９２） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１９０６－１９１２）。本出願で使用する場合、「マイクロフィジオメーター」（例えば、Ｃｙｔｏｓｅｎｓｏｒ（登録商標））は、光アドレス可能な電位差センサー（ｌｉｇｈｔ－ａｄｄｒｅｓｓａｂｌｅ ｐｏｔｅｎｔｉｏｍｅｔｒｉｃ ｓｅｎｓｏｒ（ＬＡＰＳ））を使用して、細胞がその周囲を酸性化する速度を測定する、分析機器である。この酸性化速度の変化を、化合物とレセプターとの間の相互作用の指標として、使用することがある。
免疫細胞（例えばＴ細胞及び／またはＮＫ細胞、等）に対する、免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体の結合は、その反応物を収容するのに適した任意の容器中で、行うことがある。そのような容器の非－限定的な例としては、マイクロタイター・プレート、試験チューブ、及びマイクロ遠心分離チューブ、が挙げられる。免疫原性ペプチドの、またはｐＭＨＣ複合体の固定化形態としては、孔性、ミクロ孔性（平均の孔直径が約１ミクロン未満）またはマクロ孔性（平均の孔直径が約１０ミクロンを超える）材料のような、固相（例えば、膜、セルロース、ニトロセルロース、若しくはガラス繊維、等；ビーズ、例えば、アガロース、若しくはポリアクリルアミド、若しくはラテックスでできているビーズ等；または、例えば、ポリスチレンでできている、ディッシュ、プレート、若しくはウェル、の表面、等）に結合した、免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣ複合体、も挙げられる。
いくつかの実施形態では、本出願に記載される、１つ以上の結合タンパク質または１つ以上の宿主細胞、に対する、対象から得られるサンプルの応答性を、結合の存在、及び／またはＴ細胞活性化、及び／またはエフェクター機能、を検出することによって、測定することがある。用語「Ｔ細胞活性化」とは、増殖、分化、サイトカイン分泌、細胞傷害性エフェクター分子の放出、細胞傷害活性、及び活性化マーカーの発現、から選択されるＴリンパ球を指し、特に細胞傷害性Ｔリンパ球の１種以上の細胞応答を指す。
サイトカイン産生及び／または放出を、当技術分野で既知の方法［例えば、ＥＬＩＳＡ、酵素結合免疫吸収性スポット（ｅｎｚｙｍｅ－ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｅ ａｂｓｏｒｂｅｎｔ ｓｐｏｔ（ＥＬＩＳＰＯＴ））、Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）アッセイ、細胞内サイトカイン染色、及びフロー・サイトメトリー、ならびにそれらの組み合わせ（例えば、細胞内サイトカイン染色とフロー・サイトメトリー）］によって、測定することがある。それを、実施する方法に従って、測定することがある。
本出願で使用される、用語「サイトカイン」とは、生物学的なまたは細胞的な、機能またはプロセス（例えば、免疫、炎症、及び造血）、を媒介する、及び／または、を調節する、分子を指す。本出願で使用される、用語「サイトカイン」としては、「リンホカイン」、「ケモカイン」、「モノカイン」、及び「インターロイキン」、が挙げられる。有用なサイトカインの例は、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１α、ＩＬ－１β、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－γ，ＭＩＰ－１α，ＭＩＰ－１β，ＴＧＦ－β，ＴＮＦ－α、及びＴＮＦ－β、である。
抗原特異的な免疫応答の誘導または刺激から生じる、Ｔ細胞の、増殖及びクローン増殖を、例えば、トリチウム化チミジン・アッセイまたはＭＴＴアッセイ等の非－放射性アッセイの取り込みを介して、測定することがある。
ＣＴＬ活性を測定する為の細胞毒性アッセイを、当技術分野においてルーチンに実施されている、いくつかの技術及び方法のうちの、何れか１つを用いて、実施することがある（例えば、Ｈｅｎｋａｒｔ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｆｕｎｄ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １１２７－１１５０）。抗原特異的なＴ細胞応答性を測定する為の方法に関する更なる記載を、例えば、米国特許第１０，２０８，０８６号及び米国特許出願公開第２０１７／０２０９５７３号、において、見出すことができる。
ｅ． 予測医療
本発明はまた、予測医療の分野に関する。当該予測医療では、診断アッセイ、予後予測アッセイ、及び臨床試験のモニタリングを、予後予測（ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ）［予測（ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ）］の目的の為に使用し、それによって個体を予防的に治療する。従って、本発明によって包含される１つの態様は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、または組織）の中の、ＨＡ－２の存在、非存在、量、及び／または活性レベル、またはＨＡ－２に対する応答性、を測定する為の（例えば、検出する為の）診断アッセイを、包含する。それによって、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害に罹患した個体が、療法に応答する可能性が高いかどうか、元の状態にあるかどうか、または再発であるかどうか、を決定する。そのようなアッセイを、予後予測目的または予測目的の為に使用し、それによって、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の、発症前にまたは再発後に、個体を予防的に治療することがある。
本出願に記載される診断方法を更に利用して、ＨＡ－２の発現に、またはＨＡ－２の発現の欠損に、関連する障害を、有する、または発症するリスクがある、対象を同定することがある。本出願で使用する場合、用語「異常である」としては、ＨＡ－２に関して、正常レベルからの、上方制御または下方制御、が挙げられる。異常な、発現または活性、としては、増加したまたは減少した、発現または活性、ならびに、発現の正常な発生パターンまたは発現の正常な細胞内パターン、に従わない、発現または活性、が挙げられる。例えば、異常なレベルには、バイオマーカー遺伝子における変異が若しくは調節配列における変異が、またはその染色体遺伝子の増幅が、関心とするバイオマーカーの上方制御または下方制御を引き起こす場合、が含まれることが意図される。本出願で使用する場合、用語「望ましくない」としては、免疫細胞活性等の生物学的応答性に関与する望ましくない現象、が挙げられる。
本出願に記載されるアッセイ、例えば、前診断アッセイ（ｐｒｅｃｅｄｉｎｇ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ａｓｓａｙ）または後アッセイ（ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ａｓｓａｙ）等、を利用して、ＨＡ－２の誤調節に関連する障害を、有する、または発症するリスクがある、対象を同定することがある。従って、本発明は、異常な、または望ましくない、ＨＡ－２の調節に、関連する障害を同定する為の方法（当該方法では、試験サンプルを対象から取得する、及びＨＡ－２の発現を検出する）を提供する、ここで、ＨＡ－２の発現の存在は、異常な、または望ましくない、ＨＡ－２の発現に、関連する障害を有する、または発症するリスクがある、対象にとって診断となる。本出願で使用する場合、「試験サンプル」とは、関心とする対象から得られる生物学的サンプルを指す。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、脳脊髄液または血清）、細胞サンプル、または組織、例えば、腫瘍微小環境、腫瘍周囲領域、及び／または腫瘍内領域の、組織病理学的スライド等、であることがある。
更に、本出願に記載される予後予測アッセイを用いて、異常な、または望ましくない、ＨＡ－２の発現に、関連するそのような障害を治療する為に、対象に、本出願に記載される薬剤を投与できるかどうかを決定することがある。例えば、そのような方法を使用して、薬剤に関して、単独でまたは組み合わせで、対象を効果的に治療され得るかどうかを決定することがある。従って、本発明は、対象が、異常な、または望ましくない、ＨＡ－２の発現に、関連する障害を治療する為に、本出願に記載される１種以上の薬剤で、効果的に治療され得るかどうかを決定する為の方法、を提供する。
例えば、本出願に記載される少なくとも１種の抗体試薬を含む、予め包装された診断用キットを利用することによって、本出願に記載される方法を実施することがある。これは、例えば、関心とするバイオマーカーが関与する、疾患（ｄｉｓｅａｓｅ）または疾病（ｉｌｌｎｅｓｓ）の、症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）または家族歴を、示す患者を診断する為の臨床状況において、使用するのに便利であることがある。
更に、関心とするバイオマーカーが発現する、任意の細胞型または組織を、本出願に記載される予後予測アッセイにおいて、利用することがある。
加えて、本出願に記載される予後予測方法を使用して、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害を治療する為の治療薬剤を、対象に投与され得るかどうかを決定することがある。
ｆ． 臨床的有効性
臨床的有効性を、当技術分野で既知の任意の方法によって、測定することができる。例えば、療法に対する応答性は、当該療法に対する、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害（例えば、腫瘍）の任意の応答性に関する。好ましくは、ネオアジュバント化学療法をまたはアジュバント化学療法を開始した後等での、がん細胞、腫瘍塊、及び／または腫瘍体積、の変化に関する。腫瘍応答性を、ネオアジュバント化学療法において、またはアジュバント化学療法において、評価することがある、ここで、ＣＴ、ＰＥＴ、マンモグラム、超音波または触診、によって測定する場合、全身的な介入の後の腫瘍のサイズを、最初のサイズ及び寸法と比較することがある、ならびに腫瘍の細胞性を、組織学的に推定することがある、及び治療を開始する前に採取した腫瘍生検の細胞性と、比較することがある。応答性を、生検後の腫瘍をまたは外科的切除後の腫瘍を、キャリパー測定することによって、または病理学的検査をすることによって、評価することもある。応答性を、定量的な様式（例えば、腫瘍体積のまたは細胞性の、変化率等）で、または半定量的なスコアリング・システム（ｓｃｏｒｉｎｇ ｓｙｓｔｅｍ）を、例えば、残存がん量を（Ｓｙｍｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００７） Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｏｎｃｏｌ． ２５：４４１４－４４２２）、若しくは「病理学的完全応答」（“ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ”（ｐＣＲ））、「臨床的完全寛解」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ”（ｃＣＲ））、「臨床的部分寛解」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐａｒｔｉａｌ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ”（ｃＰＲ））、「臨床的安定疾患」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓｔａｂｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ”（ｃＳＤ））、「臨床的進行性疾患」（“ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｄｉｓｅａｓｅ”（ｃＰＤ））、または他の定性的基準、のような定性的様式であるミラー－ペイン・スコア（Ｍｉｌｌｅｒ－Ｐａｙｎｅ ｓｃｏｒｅ）（Ｏｇｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｂｒｅａｓｔ（Ｅｄｉｎｂｕｒｇｈ、Ｓｃｏｔｌａｎｄ） １２：３２０－３２７）等）を、使用することによって、記録することがある。腫瘍応答性の評価を、ネオアジュバント療法のまたはアジュバント療法の、開始後早期に（例えば、数時間後、数日後、数週間後、または好ましくは数ヶ月後に）、実施することがある。応答性評価の為の典型的なエンドポイントは、ネオアジュバント化学療法の終了時、または残存腫瘍細胞及び／または腫瘍床（ｔｕｍｏｒ ｂｅｄ）の外科的切除時、である。追加のガイダンスを、上記セクションＩに列挙した用語の定義として、提供する。
ＶＩＩ． 細胞療法
本発明によって包含される別の態様では、本方法は、養子細胞療法を含む、それによって、提供するＭＨＣ－拘束性エピトープをターゲティングする分子を発現する、遺伝子改変をした細胞［例えば、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）を、またはその抗原結合フラグメントを、発現する細胞］を、対象に投与する。そのような投与によって、抗原ターゲット化の様式で、免疫細胞の活性化（例えば、Ｔ細胞の活性化）が促進され、その結果、ＨＡ－２抗原を発現する、関心とする細胞（例えば、過剰増殖性細胞等）は、破壊のターゲットとなる。
従って、提供される方法及び使用としては、養子細胞療法の為の、方法及び使用、が挙げられる。いくつかの実施形態では、当該方法は、対象への、組織への、または細胞への、例えば、当該疾患、症状、または障害、を有する、のリスクがある、または、を有することが疑われる、対象への、組織への、または細胞への、当該細胞をまたは当該細胞を含む組成物を、投与することを含む。いくつかの実施形態では、当該細胞を、集団を、及び組成物を、治療するべき特定の、疾患または症状、を有する対象に（例えば、養子細胞療法を介して、例えば、養子Ｔ細胞療法によって、等）投与する。いくつかの実施形態では、当該細胞をまたは組成物を、対象（例えば、疾患または症状、を有する、または、のリスクがある、対象等）に、投与する。いくつかの実施形態では、当該方法は、それによって、疾患のまたは症状（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の、１つ以上の症状（ｓｙｍｐｔｏｍ）を、治療する、例えば、改善する。
養子細胞療法の為の細胞を投与する為の方法は、既知である、ならびに、養子細胞療法の為の細胞を投与する為の方法を、提供する方法に及び組成物に、関連して使用することがある（例えば、米国特許出願公開第２００３／０１７０２３８号、米国特許第４，６９０，９１５号、Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ（２０１１） Ｎａｔ． Ｒｅｖ． Ｃｌｉｎ． Ｏｎｃｏｌ． ８：５７７－５８５，Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ３１：９２８－９３３，Ｔｓｕｋａｈａｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ． ４３８：８４－８９、及び Ｄａｖｉｌａ ｅｔ ａｌ．（２０１３） ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８：ｅ６１３３８））。
いくつかの実施形態では、細胞療法（例えば、養子細胞療法、例えば、養子Ｔ細胞療法等）を、自家移植（この自家移植では、当該細胞を、当該細胞療法を受けようとする対象から、または、そのような対象に由来するサンプルから、単離する、及び／またはその他、調製する）によって実施することがある。従って、いくつかの実施形態では、当該細胞は、治療を必要とする、対象（例えば、患者）に由来する、及び当該細胞を、単離して処理した後に、同じ対象に投与する。
いくつかの実施形態では、当該細胞療法（例えば、養子細胞療法、例えば、養子Ｔ細胞療法等）を、同種異系移植（この同種異系移植では、当該細胞を、当該細胞療法を、受けようとする対象以外の、または究極的に受ける対象以外の、対象［例えば、第１の対象］から、単離する、及び／またはその他、調製する）によって実施することがある、そのような実施形態では、当該細胞を次いで、同じ種の別の対象［例えば、第２の対象］に投与する。いくつかの実施形態では、当該第１及び第２の対象は、遺伝的に同一である（同系）。いくつかの実施形態では、当該第１及び第２の対象は、遺伝的に類似している。いくつかの実施形態では、当該第２の対象は、当該第１の対象と同じＨＬＡクラスまたはスーパータイプ（ｓｕｐｅｒｔｙｐｅ）を発現する。
いくつかの実施形態では、当該細胞を、細胞集団を、または組成物を、投与する対象は、ヒトなどの霊長類である。いくつかの実施形態では、当該霊長類は、サルまたは類人猿、である。当該対象は、雄性または雌性であってもよい、ならびに任意の適切な年齢（例えば、乳児の、若年の、青年の、成人の、及び高齢の、対象等）であってもよい。いくつかの実施形態では、当該対象は、げっ歯類等の非－霊長類哺乳動物である。いくつかの実施例では、当該患者または対象は、疾患の為の、養子細胞療法の為の、及び／またはサイトカイン放出症候群（ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｒｅｌｅａｓｅ ｓｙｎｄｒｏｍｅ（ＣＲＳ））等の毒性アウトカムを評価する為の、有効な動物モデルである。
当該結合分子（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント［例えば、ｓｃＴＣＲ］及び当該ＴＣＲを含むキメラ・レセプター［例えば、ＣＡＲ］等）を、ならびに同分子を発現する細胞を、任意の好適な方法によって、例えば、注射投与、例えば、静脈内注射投与若しくは皮下注射投与、眼内注射投与、眼球周囲注射投与、網膜下注射投与、硝子体内注射投与、経中隔注射投与、強膜下注射投与、脈絡膜内注射投与、前房内注射投与、結膜下注射投与（ｓｕｂｃｏｎｊｅｃｔｖａｌ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、結膜下注射投与（ｓｕｂｃｏｎｊｕｎｔｉｖａｌ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、テノン叢下注射投与（ｓｕｂ－Ｔｅｎｏｎ’ｓ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、球後注射投与（ｒｅｔｒｏｂｕｌｂａｒ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、球周囲注射投与（ｐｅｒｉｂｕｌｂａｒ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、または、後強膜近傍送達（ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ ｊｕｘｔａｓｃｌｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ）、によって、投与することがある。いくつかの実施形態では、それらを、非経口、肺内、及び鼻腔内、ならびに、局所治療の為に所望であれば、病巣内投与、によって、投与する。非経口投与にとしては、筋肉内投与、静脈内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または皮下投与、が挙げられる。投薬及び投与は、その投与が、短期であるか、または慢性であるか、に部分的に依存することがある。様々な投薬スケジュールとしては、限定されるものではないが、様々な時点にわたる、単回投与または複数回投与、ボーラス投与、及びパルス投与、が挙げられる。
疾患の、予防または治療、を目的として、結合分子のまたは細胞の適切な投薬量は、治療するべき疾患の種類、結合分子の種類、当該疾患の重症度及び経過、当該結合分子が予防目的または治療目的の為に投与されるかどうか、過去の治療、患者の臨床歴及び当該結合分子に対する応答性、ならびに担当医の裁量、に依存する。当該組成物、及び分子、ならびに細胞を、いくつかの実施形態では、一度に、または一連の治療にわたって、当該患者に、適切に、投与する。
いくつかの実施形態では、細胞を、対象の体重１キログラム当たり、０．１×１０６、０．２×１０６、０．３×１０６、０．４×１０６、０．５×１０６、０．６×１０６、０．７×１０６、０．８×１０６、０．９×１０６、１．０×１０６、５．０×１０６、１．０×１０７、５．０×１０７、１．０×１０８、５．０×１０８、若しくはそれを超えて、または間の任意の範囲、若しくは間の任意の値、の細胞個数、で投与することがある。移植する細胞個数を、所与の期間における生着の所望のレベルに基づいて、調整することがある。一般的に、１×１０５ から約１×１０９ 細胞／ｋｇ体重、約１×１０６ から約１×１０８ 細胞／ｋｇ体重、または約１×１０７ 細胞／ｋｇ体重、若しくはそれを超えて、の細胞を、必要に応じて、移植することがある。いくつかの実施形態では、平均的なサイズのマウスに対して、少なくとも約０．１×１０６、０．５×１０６、１．０×１０６、２．０×１０６、３．０×１０６、４．０×１０６、または５．０×１０６ 個の総細胞の移植は、効果的である。例えば、いくつかの実施形態では、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団を、約１００万から約１０００億細胞の範囲で、及び／または体重１キログラム当たりの細胞の量で、例えば、１００万から約５００億細胞（例えば、約５００万細胞、約２５００万細胞、約５億細胞、約１０億細胞、約５０億細胞、約２００億細胞、約３００億細胞、約４００億細胞、または前述の値のいずれか２つによって定義される範囲）、例えば、約１０００万から約１０００億細胞（例えば、約２０００万細胞、約３０００万細胞、約４０００万細胞、約６０００万細胞、約７０００万細胞、約８０００万細胞、約９０００万細胞、約１００億細胞、約２５０億細胞、約５００億細胞、約７５０億細胞、約９００億細胞、または、当該値の任意の２つによって画定される範囲）、及び、いくつかの場合では、約１億細胞から約５００億細胞（例えば、約１．２億細胞、約２．５億細胞、約３．５億細胞、約４．５億細胞、約６．５億細胞、約８億細胞、約９億細胞、約３０億細胞、約３００億細胞、約４５０億細胞）、若しくはこれらの範囲の間の任意の値、及び／または体重１キログラム当たり、で、当該対象に、投与することがある。投薬量は、当該疾患若しくは障害、及び／または患者、に特有の属性、及び／または他の治療、に応じて、変化することがある。
移植した細胞の生着を、様々な方法のうちの任意の方法によって、例えば、限定されるものではないが、腫瘍体積、サイトカイン・レベル、投与の時、移植後の１つ以上の時点で対象から得られた、関心とする細胞のフロー・サイトメトリー解析、等によって、評価することができる。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８日間待機する時間ベースの解析は、腫瘍採取の為の時間を知らせることがある。任意のそのような測定指標は、抗－がん免疫療法に対する応答性に対する、変数の影響を決定する為に、既知のパラメーターに従って調整することがある変数である。更に、その移植した細胞は、サイトカイン、細胞外マトリックス、細胞培養支持体、等の、他の薬剤と、共－移植されてもよい。
細胞はまた、他の抗－がん薬剤、の前に、と同時に、または、の後に、投与することもある。
例えば、細胞ベースの療法及び幹細胞の養子細胞移入、がんワクチン及び細胞ベースの療法、等、２つ以上の細胞タイプを組み合わせて投与することがある。例えば、養子細胞ベースの免疫療法を、本発明によって包含される細胞ベースの療法と、組み合わせることがある。いくつかの実施形態では、その細胞ベースの薬剤は、単独で、または追加の細胞ベースの薬剤（例えば、養子Ｔ細胞療法（ａｄｏｐｔｉｖｅＴ ｃｅｌｌＴｈｅｒａｐｙ（ＡＣＴ））のような免疫療法等）と併用して、使用することがある。例えば、ＣＤ１９を認識するように操作したＴ細胞を使用して、濾胞性Ｂ細胞リンパ腫を治療する。ＡＣＴの為の免疫細胞は、樹状細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞等のＴ細胞、ナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞、ＮＫＴ細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、腫瘍浸潤リンパ球（ｔｕｍｏｒ ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ（ＴＩＬ））、リンホカイン活性化キラー（ｌｙｍｐｈｏｋｉｎｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｋｉｌｌｅｒ（ＬＡＫ））細胞、メモリーＴ細胞、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、ヘルパーＴ細胞、サイトカイン－誘導化キラー（ｃｙｔｏｋｉｎｅ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｋｉｌｌｅｒ（ＣＩＫ））細胞、及びそれらの任意の組み合わせ、であることがある。限定されるものではないが、例えば、放射線照射された、自己のまたは同種異系の腫瘍細胞、腫瘍溶解物またはアポトーシス腫瘍細胞、抗原提示細胞に基づく免疫療法、樹状細胞に基づく免疫療法、養子Ｔ細胞移入、養子ＣＡＲＴ細胞療法、自己免疫強化療法（ａｕｔｏｌｏｇｏｕｓ ｉｍｍｕｎｅ ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔＴｈｅｒａｐｙ（ＡＩＥＴ））、がんワクチン、及び／または抗原提示細胞、等の、養子細胞に基づく免疫療法のモダリティが良く知られている。そのような細胞ベースの免疫療法を、更に改変して、１種以上の遺伝子産物を発現し、更に免疫応答性（例えば、ＧＭ－ＣＳＦのようなサイトカインを発現すること等）を調節することがある、及び／または腫瘍関連抗原（ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｔｉｇｅｎ（ＴＡＡ））抗原（例えば、Ｍａｇｅ－１、ｇｐ－１００、等）を発現することがある。本発明によって包含される薬剤（例えば、がん細胞）の、本発明によって包含される別の薬剤、または他の組成物、に対する割合は、互いに１：１（例えば、等量の２薬剤、３薬剤、４薬剤、等）であってもよいが、任意の所望の量に調節することができる（例えば、１：１、１．１：１、１．２：１、１．３：１、１．４：１、１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、３．５：１、４：１、４．５：１、５：１、５．５：１、６：１、６．５：１、７：１、７．５：１、８：１、８．５：１、９：１、９．５：１、１０：１、またはより大きい）。
いくつかの実施形態では、例えば、当該対象がヒトである場合、当該用量は、全部で約１×１０８未満の、結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）－発現細胞、Ｔ細胞、または末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄＭｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌｓ（ＰＢＭＣ））を含む、例えば、約１×１０６から１×１０８の範囲のそのような細胞、例えば、２×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、若しくは１×１０８若しくは全部の、そのような細胞等、または当該の数値の何れか２つの間の範囲である。
いくつかの実施形態では、本出願に記載される細胞または関連組成物、例えば、核酸、宿主細胞、医薬製剤、等、を併用治療の一部として、別の治療的介入、例えば、別の抗体または操作した細胞またはレセプターまたは薬剤等、例えば、細胞傷害性薬剤または治療薬剤等、と、例えば、同時に、または任意の順序で逐次的に、投与することがある。
いくつかの実施形態では、当該細胞または関連組成物を、１種以上の追加の治療薬剤と、または別の治療的介入と関連して、同時に、または任意の順序で逐次的に、共－投与することがある。いくつかの状況では、当該細胞または関連組成物を、その細胞集団が、１種以上の追加的な治療薬剤の効果を増強するように、またはその逆であるように、十分に近い時点で、別の療法と、共－投与する。いくつかの実施形態では、当該細胞または関連組成物を、１種以上の追加的な治療薬剤の前に、投与する。いくつかの実施形態では、当該細胞または関連組成物を、１種以上の追加的な治療薬剤の後に、投与する。
いくつかの実施形態では、当該細胞の生物学的活性をまたは関連組成物の生物学的活性を、当該細胞をまたは関連組成物を対象（例えば、ヒト）に投与する、多くの既知の方法の何れかによって、測定する。評価するパラメーターとしては、ｉｎ ｖｉｖｏでの（例えば、イメージングによって）、またはｉｎ ｖｉｔｒｏ／ｅｘ ｖｉｖｏでの（例えばＥＬＩＳＡまたはフロー・サイトメトリーによって）、操作したＴ細胞の若しくは天然のＴ細胞の、または他の免疫細胞の、抗原に対する特異的な結合、が挙げられる。いくつかの実施形態では、ターゲット細胞を破壊するという当該細胞の作用能（細胞傷害性）を、好適なアッセイまたは当該技術分野において既知の任意の方法、を用いて測定することがある（例えば、Ｋｏｃｈｅｎｄｅｒｆｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ３２： ６８９－７０２ 及び Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００４） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ． ２８５：２５－４０）。いくつかの実施形態では、当該細胞の生物学的活性を、ある特定のサイトカイン（例えば、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、及びＴＮＦアルファ等）の発現、及び／または、の分泌、をアッセイすることによって、測定することもある。いくつかの実施形態では、当該生物学的活性を、臨床アウトカム、例えば、ウイルス量（ｂｕｒｄｅｎ）または負荷（ｌｏａｄ）の低減等、を評価することによって、測定する。
いくつかの実施形態では、細胞を、それらの治療的有効性または予防的有効性が、増加するように、あらゆる数の複数回方法で改変する。例えば、当該集団が発現する結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）は、ターゲティング部分構造へ、直接的に、またはリンカーを介して間接的に、コンジュゲートすることがある。化合物をターゲティング部分構造へコンジュゲートする実務は、当技術分野において、既知である（例えば、Ｗａｄｗａ ｅｔ ａｌ．（１９９５） Ｊ． ＤｒｕｇＴａｒｇｅｔｉｎｇ ３：１１１ 及び米国特許第５，０８７，６１６号）。
免疫細胞（例えば、細胞傷害性リンパ球等）を、任意の好適な供給源（例えば、末梢血、脾臓、及びリンパ節等）から取得することがある。当該免疫細胞を、粗調製物として、または部分的に精製された若しくは実質的に精製された調製物として、使用することがある、そしてこれを、標準的な技術、例えば、限定されるものではないが、抗体を使用する、免疫磁気技術またはフロー・サイトメトリー技術等、によって、取得することがある。
本発明によって包含される別の態様では、本出願は、ＨＡ－２抗原を発現する細胞に対する免疫応答を誘発する為の方法、を提供する、ここで当該方法は、当該免疫応答を誘発するのに十分な有効量で、結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）を発現する本出願に記載される細胞を、当該対象に投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、本出願は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を、治療する為の、または予防する為の、方法を提供する、ここで当該方法は、結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）を発現する本出願に記載される細胞の有効量を、当該対象に投与するステップを含む。１つの実施形態では、当該細胞を、例えば、注射投与等によって、全身的に投与する。或いは、全身的ではなく局所的に、組織の中への直接的な注射投与を介して（例えば、デポ（ｄｅｐｏｔ）または徐放性製剤等として）、投与することがある。
いくつかの実施形態では、結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）を発現する本出願に記載される細胞を、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の予防的治療または治療的治療の為の、免疫調節組成物中の活性化合物として、使用することがある。いくつかの実施形態では、ＨＡ－２－プライミングした抗原提示細胞を、リンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球、ＣＤ４＋Ｔリンパ球、及び／またはＢリンパ球）を生成する為に、結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）を発現する本出願に記載される細胞を、当該対象への養子移入において、更に使用する為に、使用することがある。
いくつかの実施形態では、結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）を発現する本出願に記載される細胞を、単独またはリンパ球との併用の何れかで、免疫応答を誘発する為に、特に、ＨＡ－２抗原を発現している細胞に対する免疫応答を誘発する為に、対象に投与することがある。
上記のように、結合タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合フラグメント）を発現する本出願に記載される細胞の、単回投与または複数回投与を、単独またはリンパ球との併用の何れかで、ケア提供者（例えば、医師）によって選択される、細胞数及び治療、と共に、実施することがある。同様に、当該細胞を、単独またはリンパ球との併用の何れかで、薬学的に許容可能な担体の中に入れて、投与することがある。好適な担体は、当該細胞を増殖させた増殖培地、またはリン酸緩衝生理食塩水等の任意の好適な緩衝培地、であることがある。細胞を、単独で、または他の治療薬と併用した補助療法として、投与することがある。
ＶＩＩＩ． キット及びデバイス
本発明はまた、キット及びデバイスを包含する。例えば、当該キットまたはデバイスは、結合タンパク質、結合タンパク質をコードする配列を含む核酸またはベクター、核酸若しくはベクターを含む及び／または本出願に記載される当該結合タンパク質を発現する宿主細胞、安定的なＭＨＣ－ペプチド複合体、アジュバント、検出試薬、及びそれらの組み合わせ、を、好適な容器に包装されて、含むことがある、ならびにそのような試薬を使用する為の説明書を更に含むことがある。当該キットまたはデバイスはまた、他の構成要素（例えば、別の容器に包装された投与ツール等）を含むこともある。当該キットまたはデバイスを、本発明によって包含される方法を実行する為の単位として、宣伝する、配布する、または販売する、ことがある。
本開示を、限定として解釈されるべきではない以下の実施例によって、更に説明する。
実施例１：実施例２の為の材料と方法
ａ． ヒト末梢血単核細胞の採取
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１－ポジティブの健常ドナー（ｄｏｎｏｒ） ｌｅｕｋｏｐａｋは、ＨｅｍａＣａｒｅ（Ｌｏｓ Ａｎｇｅｌｅｓ、ＣＡ） または ＳｔｅｍＥｘｐｒｅｓｓ（Ｐｌａｃｅｒｖｉｌｌｅ、ＣＡ）、及び、Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ （Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ， ＡＬ）によって、ＩＲＢ認可のプロトコルを用いて、採取されたものである。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、リンパ球分離培地（Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ＳｅｐａｒａｔｉｏｎＭｅｄｉｕｍ（Ｃｏｒｎｉｎｇ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、ＮＹ）を使用する密度勾配遠心分離によって、ＨｅｍａＣａｒｅ及びＤｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓから入手した新しいｌｅｕｋｏｐａｋから単離した。リンパ球層に含まれるＰＢＭＣを、遠心分離後に回収し、ＤＰＢＳ（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）で３回洗浄し、計数した。上記の密度勾配遠心分離によって、またはＣｕｓｔｏｍ Ｌｅｕｋｏｐａｋ ＰＢＭＣ単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、Ａｕｂｕｒｎ、ＣＡ）を、ＭｕｌｔｉＭＡＣＳ（商標）Ｃｅｌｌ２４ Ｓｅｐａｒａｔｏｒ Ｐｌｕｓ装置、バージョン ３（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）で、製造業者の説明書に従って、使用することによって、ＰＢＭＣをＳｔｅｍＥｘｐｒｅｓｓ ｌｅｕｋｏｐａｋから単離した。単離したＰＢＭＣを、ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳ１０（ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）中で凍結し、液体窒素中で保存した。
ｂ． ＨＡ－２ ジェノタイピング
ＤＮＡを、ＧｅｎｅＪＥＴ（商標）Ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）またはＱＩＡａｍｐ（登録商標） ＤＮＡ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ （Ｑｉａｇｅｎ， Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ， ＭＤ）を、製造者の説明書に従って使用して、Ａ＊０２：０１－発現の健常ドナー（ｄｏｎｏｒ）のＰＢＭＣから、抽出した。ＰＣＲを、プライマー（５’ ＧＴＧＡＣＴＴＧＴＡＧＧＣＣＧＣＡＴＣＴＡＣＡＣＣＴＡＣＡＴ ３’ 及び ５’ ＧＴＧＡＧＧＣＴＡＣＧＡＧＡＧＡＡＴＣＡＧＣＣＡＧＧＴＴＣＧ ３’）を使用して実施し、ＨＡ－２ ＳＮＰ（ＲＳ＿６１７３９５３１）を含むゲノム領域を、Ｐｈｕｓｉｏｎ（登録商標）Ｈｉｇｈ－Ｆｉｄｅｌｉｔｙ ＰＣＲＭａｓｔｅｒＭｉｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して、以下のサイクリング条件によって、増幅した：９８℃で３分間、変性させた後、９８℃で５秒間、６８℃で１０秒間、７２℃で３０秒間、を３７サイクル行い、最後の伸長を７２℃で５分間。ＰＣＲ産物を、Ｍｏｎａｒｃｈ（登録商標）ＰＣＲ 及び ＤＮＡ Ｃｌｅａｎｕｐ Ｋｉｔ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を製造業者の説明書に従って使用し、精製した。ＤＮＡ濃度を、Ｑｕｂｉｔ（商標）４ Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を使用して決定し、その精製済み産物のシークエンシングを、ＧＥＮＥＷＩＺ社（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）で、実施した。
ｃ．ＴＣＲ探索スクリーニング（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｓｃｒｅｅｎｓ）
（ｉ） ＤＣ培養
単球単離を、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１－ポジティブの健常ＨＡ－２－ネガティブ（ＲＳ＿６１７３９５３１、Ｔ／Ｔ）ドナー（ｄｏｎｏｒ）から単離したＰＢＭＣを使用して、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ ＣＤ１４ Ｐｏｓｉｔｉｖｅ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ ＩＩ（ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を製造業者の説明書に従って使用して、－４日目に、行った。純度及び共－刺激分子の発現を、ＣＤ１４（Ｍ５Ｅ２、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、Ｄｅｄｈａｍ，ＭＡ）、ＨＬＡ－Ａ２（ＢＢ７．２、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ８０（２Ｄ１０、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ８３（ＨＢ１５ｅ、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、及びＣＤ８６（ＩＴ２．２、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、に対して特異的な、蛍光－標識した抗体を用いて、評価した；ＣＤ１４の発現は＞９０％であった。ＣＤ１４＋単球を、組み換えヒトＧＭ－ＣＳＦ及びＩＬ－４（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）を、それぞれ、８００ ＩＵ／ｍＬ及び１０００ ＩＵ／ｍＬ、の最終濃度で、補充した、ＡＩＭ－Ｖ（登録商標）培地（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中で、再懸濁した。－２日目に、組み換えヒトＴＮＦ－α（１０ ｎｇ／ｍＬ）、ＩＬ－６（１０００ ＩＵ／ｍＬ）、及びＩＬ－１β（２ ｎｇ／ｍＬ）（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ならびにＰＧＥ２（１μｇ／ｍＬ、ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、培養単球に、添加した。
（ｉｉ） ＣＤ８ナイーブＴ細胞の単離
－１日目に、自己のＣＤ８ナイーブＴ細胞を、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現する健常ＨＡ－２－ネガティブ（ＲＳ＿６１７３９５３１、Ｔ／Ｔ）ドナー（ｄｏｎｏｒ）由来のＰＢＭＣから、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ Ｎａｉｖｅ ＣＤ８＋Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ ＩＩ（ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を製造業者の説明書に従って使用して、単離した。ナイーブＣＤ８α＋Ｔ細胞の純度は＞９０％であった。細胞を、１０％ヒト血清［Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ］、１％ペニシリン－ストレプトマイシン［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ］、及び１％ＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ］、１０ｎｇ／ｍｌ組み換えヒトＩＬ－７（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を補充した、ＲＰＭＩ－１６４０（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）中、３７℃、５％ ＣＯ２、で、一晩静置した。５０μＭ β－メルカプトエタノール（ＭＰ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、Ｓａｎｔａ Ａｎａ、ＣＡ）を含み、１０ ｎｇ／ｍｌ組み換えヒトＩＬ－７（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を補充した、ＲＰＭＩ－１６４０（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）中、３７℃、５％ ＣＯ２、で、一晩静置した。ナイーブＣＤ８α＋Ｔ細胞の純度は＞９０％であった。細胞を、１０％ヒト血清［Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ］、１％ペニシリン－ストレプトマイシン［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ］、１％ＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ］を含み）、１０ｎｇ／ｍｌ組換えヒトＩＬ－７（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を補充した）Ｔ細胞培地（Ｘ－ＶＩＶＯ（商標）１５無血清培地［Ｌｏｎｚａ，Ｒｏｃｋｌａｎｄ、ＭＤ］で、３７℃、５％ＣＯ２で、一晩、休ませた。
（ｉｉｉ） 共－培養
０日目に、３日目と同じ抗体パネルを用いて、ＣＤ８Ｔ細胞の純度を再評価し、ＨＬＡ－Ａ２、ＣＤ８０、ＣＤ８３、及びＣＤ８６の上方制御、ならびにＣＤ１４の下方制御によって、ＤＣ成熟を確認した。ＤＣを、１μＭ ＨＡ－２ペプチド（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭ、ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ ［Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ］）によって、３時間、３７℃、５％ ＣＯ２で、パルスした。パルスしたＤＣを、組み換えヒトＩＬ－１２（１０ ｎｇ／ｍＬ）及びＩＬ－２１（６０ ｎｇ／ｍＬ）（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を補充したＴ細胞培地中で、静置していたＣＤ８ナイーブＴ細胞と、共－培養した。共－培養物に、３日目から１０日目の間に、組み換えヒトＩＬ－７及びＩＬ－１５（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を補充した。ＨＡ－２－特異的な細胞のデキストラマー染色を、Ａ＊０２：０１ ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）またはＨＡ－２ ＳＮＰ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）デキストラマー（Ｉｍｍｕｄｅｘ、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ、Ｄｅｎｍａｒｋ）、ＣＤ８α及びＴＣＲα／β（ＩＰ２６、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ならびにＤＡＰＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、製造業者の説明書に従って用いて、１１日目に、行った。
（ｉｖ）抗原特異的な細胞選別
１２日目に、細胞を採取し、及び１１日目に、Ａ＊０２：０１ ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）またはＨＡ－２ ＳＮＰ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）デキストラマー、ならびに、ＣＤ８α及びＴＣＲα／βに対して特異的な抗体、ＤＡＰＩ、で染色し、及びＨＡ－２－ポジティブな細胞（ＣＤ８α＋、ＤＡＰＩ－、ＴＣＲα／β＋、ＨＡ－２＋）を、Ｓｏｎｙ ＳＨ８００Ｓセル・ソーター（Ｓｏｎｙ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）を用いて、選別した。選別した細胞を、１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓプラットフォーム（Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ、ＣＡ）を用いる単一細胞ＴＣＲα／βシークエンシングに供した。
（ｖ） フロー・サイトメトリー
細胞を、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（商標）フロー・サイトメーター（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）を用いて取得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（バージョン１０、ＴｒｅｅＳｔａｒ、Ａｓｈｌａｎｄ、ＯＲ）を用いて解析した。細胞選別を、Ｓｏｎｙ ＳＨ８００Ｓセル・ソーター（Ｓｏｎｙ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を用いて、行った。
ｄ．１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓプラットフォームを用いた単一細胞ＴＣＲα／βシークエンシング
単一細胞ＴＣＲ－ｓｅｑ（ｓｃＴＣＲ－ｓｅｑ）ライブラリを、１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ Ｖ（Ｄ）Ｊ Ｒｅａｇｅｎｔ Ｋｉｔ（ｖ１） プロトコル（１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）に従って、調製した。目標数が１サンプルあたり１０，０００の細胞を、１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｃｈｒｏｍｉｕｍ装置内の液滴（ＧＥＭ）中に捕捉した後、逆転写を行った。逆転写後、ＧＥＭを破壊し、シラン磁気ビーズを用いて、サンプルから、バーコード化したｃＤＮＡを精製した。ｃＤＮＡを以下のように増幅した：９８℃で４５秒間；９８℃で２０秒間、６７℃で３０秒間、７２℃で１分間、を１３サイクル；７２℃で１分間。０．６Ｘ ＳＰＲＩｓｅｌｅｃｔビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を用いてサンプルを精製した後、それぞれのライブラリ２ ｕＬを、ＴＣＲ配列を富化する為に使用した。ＴＣＲ配列を富化することは、ＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖の転写物の両方を増幅する為のＰＣＲを２ラウンド行うした。その後、ＴＣＲ－富化したライブラリをフラグメント化し、末端修復をし、インデックス・プライマー（ｉｎｄｅｘｉｎｇ ｐｒｉｍｅｒ）で増幅した。その完全に組立てたライブラリを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑ（商標）装置（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）で、Ｈｉｇｈ Ｏｕｔｐｕｔ ｖ２．５ ｋｉｔ（１５０サイクル）を用いて、リード長：２６ｂｐ（リード１）、８ｂｐ（ｉ７インデックス）、及び９８ｂｐ（リード２）、でシークエンシングを行った。シークエンシングを行った ｓｃＴＣＲｓｅｑリードを、ｃｅｌｌｒａｎｇｅｒ ３．１．０パイプラインを用いて処理した。リードを、ＧＲＣｈ３８参考ゲノムに対してアライメントをし、ｃｅｌｌｒａｎｇｅｒ ｖｄｊモジュールを用いて、ＴＣＲコンセンサス配列に注釈を付けた。
ｅ． レンチウイルス・パッケージング（Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｐａｃｋａｇｉｎｇ）及びレンチウイルス力価の定量化
Ｌｅｎｔｉ－Ｘ（商標）細胞（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ ＵＳＡ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ）を、７５％のコンフルエンシー（ｃｏｎｆｌｕｅｎｃｙ）で播種し、ｊｅｔＰＲＩＭＥ（登録商標）トランスフェクション試薬（Ｐｏｌｙｐｌｕｓ、Ｉｌｌｋｉｒｃｈ、Ｆｒａｎｃｅ）を用いて、トランスフェクションした。簡潔に述べると、ＨＡ－２構築物をパッケージング・プラスミド（ｐＲＥＶ／ｐＴＡＴ／ｐＶＳＶＧ／ｐＧＡＧＰＯＬ）と混合し、製造業者のプロトコルに従ってｊｅｔＰＲＩＭＥ（登録商標）試薬と共にインキュベーションを行い、トランスフェクション後２４時間に、Ｏｐｔｉ－Ｐｒｏ（登録商標）ＳＦＭ培地を添加した。ウイルス上清をトランスフェクションの４８時間後に採取し、Ｖｉｖａｓｐｉｎ（登録商標）２０遠心濃縮器またはＶｉｖａｆｌｏｗ（登録商標）５０カセット（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ、Ｂｏｈｅｍｉａ、ＮＹ）の何れかを用いて、濃縮した。レンチウイルス力価を、ＴＣＲ－／－ Ｊｕｒｋａｔ細胞株を用いて、ＧＦＰまたはＴＣＲα／βの何れかの発現によって、決定した。ウイルス力価を定量する為に、ＴＣＲ－／－ Ｊｕｒｋａｔ細胞に、ＨＡ－２－特異的なＴＣＲ発現ウイルスの段階希釈物を使って形質導入し、形質導入の４８から７２時間後、ＧＦＰまたはＴＣＲα／βの発現を、フロー・サイトメトリー解析によって、評価した。サンプルを、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（商標）フロー・サイトメーター（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を用いて、解析した。力価を、ＧＦＰまたはＴＣＲα／βを発現する細胞の割合として、次式を用いるＴＵ／ｍｌとして、計算した：
ＴＵ／ｍｌ＝（％ＴＣＲα／β＋）×（形質導入に用いた細胞の個数）×（希釈係数）×１０００
あるいは、レンチウイルス力価は、製造業者のプロトコルに従って、ｑＰＣＲレンチウイルス完全滴定キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ Ｉｎｃ、Ｒｉｃｈｍｏｎｄ，Ｃａｎａｄａ）を用いたＲＴ－ｑＰＣＲによって決定した。力価は以下の式に従って算出した：
ウイルスの力価＝５×１０７／２３（Ｃｔｘ－Ｃｔ１）（Ｃｔ２－Ｃｔ１）
Ｃｔｘ ＝ 未知のサンプルの３ Ｃｔ値の平均
Ｃｔ１ ＝ 標準１の３ Ｃｔ値の平均
Ｃｔ２ ＝ 標準２の３ Ｃｔ値の平均
ｆ． ＤｅｘＳｃａｎ
（ｉ）ＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させるＴ細胞の操作
Ｐａｎ Ｔ細胞を、製造業者の指示に従って、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）ヒトＴ細胞分離（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｘｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１陽性の健康なドナーＰＢＭＣから単離した。単離したＴ細胞を、ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔ（商標）ＣＤ３／ＣＤ２８／ＣＤ２ Ｔ細胞活性化カクテル（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｘｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で活性化し、及び、５％ヒト血清［Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ］、１％ペニシリン－ストレプトマイシン［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｃ］、ＩＸ ＧｌｕｔａＭａｘ（商標）プリメント［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｃ］、５ ｎｇ／ｍＬ ＩＬ－７ ［Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ］、及び５０ ｌＵ／ｍＬ ＩＬ－２［Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ］を含む完全Ｔ細胞培地（Ｘ－ＶＩＶＯ（商標）１５［Ｌｏｎｚａ］に一晩培養した。活性化して２４時間後に、Ｔ細胞を、個々にクローニングしたＨＡ－２ ＴＣＲウイルスのライブラリまたはＨＡ－２ ＴＣＲウイルスのライブラリープールのいずれかで形質導入した。形質導入して２４時間後に、Ｔ細胞を洗浄し、及び、Ｇ－Ｒｅｘ（登録商標）プレート（Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ、Ｎｅｗ Ｂｒｉｇｈｔｏｎ、ＭＮ）に移し、活性化させて７～８日間後拡大した。Ｔ細胞培養物に、２～３日ごとに、新たなＩＬ－２（５０ ｌＵ／ｍＬ）及びＩＬ－７（５ ｎｇ／ｍＬ）を加えた。細胞ソーティングの３日前に、ＨＡ－２ ＴＣＲのライブラリープールで操作したＴ細胞を、製造業者の指示に従って、ＣＤ３４マイクロビーズキット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）で濃縮した。
（ｉｉ）操作したＨＡ－２ ＴＣＲ形質導入Ｐａｎ Ｔ細胞のソーティング
操作したＰａｎ Ｔ細胞を、ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマー、ＴＣＲα／β ＰＥ－Ｃｙ（商標）７（ＩＰ２６、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ８ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ（商標）５．５（ＨＴＴ８ａ、Ｂｉｏ Ｌｅｇｅｎｄ）及びＣＤ４ ＡＰＣ－Ｃｙ（商標）７（ＯＫＴ４、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ３４ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８（ＱＢＥＮＤ／１０、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、及びＤＡＰＩで、製造業者の指示に従って染色した。次に、ＨＡ－２発現細胞を、ＭｏＦｌｏ（登録商標）Ａｓｔｒｉｏｓ（商標）細胞ソーター（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で、２５，０００個の細胞の２つのサンプルに分類した。未ソートの母集団を表す２つの追加の入力サンプルも、濃縮サンプルとの比較のために取り置いた。
（ｉｉｉ）ゲノムＤＮＡ単離、及びシーケンシングライブラリの調製
ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）は、ＧｅｎｅＪＥＴ（商標）ゲノムＤＮＡ精製キット（Ｔｈｅｒｍｏ ＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して選別した細胞から抽出した。抗原カセットは、抽出したｇＤＮＡを、ヒト定常領域フォーワードプライマー、（ＴＣＲ Ｐ２Ａ Ｆ Ｒｄ２、ＧＡＣＴＧＧＡＧＴＴＣＡＧＡＣＧＴＧＴＧＣＴＣＴＴＣＣＧＡＴＣＴＡＣＧＴＴＧＡＡＧＡＧＡＡＣＣＣＣＧＧＡＣＣＴ、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ＩＤＴ）、Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ、Ｉｏｗａ）、及びヒト定常領域リバースプライマー、ＴＣＲ＿ＨＣＡ＿Ｒ、ＡＣＡＣＴＣＴＴＴＣＣＣＴＡＣＡＣＧＡＣＧＣＴＣＴＴＣＣＧＡＴＣＴＣＴＧＴＣＴＣＴＣＡＧＣＴＧＧＴＡＣＡＣＧＧＣ， ＩＤＴ）を使用して、Ｑ５（登録商標）Ｈｉｇｈ－Ｆｉｄｅｌｉｔｙ２×Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＮＥＢ、ＭＡ）を使用したＰＣＲで増幅し、次いで、Ｐｈｕｓｉｏｎ（登録商標）Ｈｉｇｈ－Ｆｅｄｌｔｙ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｃ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用した２回目のＰＣＲ反応において、シーケンシングアダプター及びサンプル特異的インデックス配列を付加した。アンプリコンは、標準的なイルミナシーケンシングプライマーを用いてイルミナＭｉＳｅｑ（商標）上でシーケンシングした。
（ｉｖ） シーケンシングとデータ解析
アンプリコンは、蛍光コンジュケートしたデキストラマーで染色した後に単離したＰＣＲ増幅したＨＡ－２特異的Ｔ細胞に由来しており、１５１×８×８の読み取りリード構造を使用してＩｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ（商標）（ｎｈｉｍｉｎａ， Ｉｎｃ．）で配列決定した。読み取りを、その５‘端から４１ｂｐをトリミングし、Ｂｏｗｔｉｅ２ソフトウェアを使用して、１，３０２個のＨＡ－２特異的ＴＣＲ配列を含む基準に対して整列させた。ＴＣＲ計数は、手動のＰｙｔｈｏｎスクリプトで得て、ミスマッチ（ＮＭ）が５つ未満、マッピング品質（ＭＡＰＱ）が１０を超えており、及び、アライメントスコア（ＡＳ）が－２０を超えておれば、読み取り値を、計数とみなした。ＴＣＲ計数の変化、ならびにＴＣＲ濃縮（すなわち、ソートしたサンプルとインプットにおけるＴＣＲとの割合の変化）を使用して、機能評価のためにＴＣＲを指名した。
ｇ．ＨＡ－２－特異的なＴＣＲ機能の評価
（ｉ）Ｔ細胞を操作してＨＡ－２－特異的なＴＣＲを発現させる
Ｐａｎ Ｔ細胞を、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１／Ａ＊０３：０１－ポジティブな健康なドナー（ｄｏｎｏｒ）ＰＢＭＣから、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）ＨｕｍａｎＴ Ｃｅｌｌ単離キット（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、製造業者の説明書に従って使用して、単離した。単離したＴ細胞を、ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔ（商標）ＣＤ３／ＣＤ２８／ＣＤ２Ｔ細胞活性化剤カクテル（ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で活性化し、完全Ｔ細胞培地（５％ ヒト血清 ［Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ］、１％ ペニシリン－ストレプトマイシン［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ］、１Ｘ ＧｌｕｔａＭａｘ（商標）サプリメント（ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ） ［Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ］、５ ｎｇ／ｍＬ ＩＬ－７ ［Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ］ 及び ５０ＩＵ／ｍＬ ＩＬ－２ ［Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ］）．を補充したＸ－ＶＩＶＯ（商標）１５ ［Ｌｏｎｚａ，Ｍｏｒｒｉｓｔｏｗｎ、ＮＪ］）中で、一晩、培養した。活性化の２４時間後、Ｔ細胞に、ＭＯＩ（感染多重度［ｍｕｌｔｉｐｌｉｃｉｔｙ ｏｆ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ］）を５または１０として、ＨＡ－２ ＴＣＲウイルスの上清を使って形質導入した。形質導入して２４時間に、Ｔ細胞を洗浄し、Ｇ－Ｒｅｘ（登録商標）プレート（Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ）に移し、活性化後７から８日間、増殖させた。Ｔ細胞培養物に、新たにＩＬ－２（５０ ＩＵ／ｍＬ）及びＩＬ－７（５ ｎｇ／ｍＬ）を、２から３日毎に、補充した。示した場合、ＣＤ３４＋形質導入細胞の富化を、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ ＣＤ３４ Ｍｉｃｒｏｂｅａｄ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を、製造業者の説明書に従って使用して、行った。富化した後、Ｔ細胞を、完全Ｔ細胞培地中で、３から５日間、更に増殖させ、続いて、ＨＡ－２－特異的なＴＣＲの、純度及び発現を、フロー・サイトメトリー解析した。
（ｉｉ） 操作したＨＡ－２ ＴＣＲ－形質導入したｐａｎ Ｔ細胞のフロー・サイトメトリー
操作したｐａｎ Ｔ細胞を、製造業者の指示にしたがって、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＨＡ－２ （ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマー、及びＨＡ－２ （ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ） （Ｉｍｍｕｄｅｘ）デキストラマー、ＴＣＲ α／β ＰＥ－Ｃｙ（商標）７ （ＩＰ２６， ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）， ＣＤ８ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ（商標）５．５ （ＨＩＴ８ａ， ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）， ＣＤ４ ＡＰＣ－Ｃｙ（商標）７ （ＯＫＴ４， Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）， ａｎｄ ＣＤ３４ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標） ４８８ （ＱＢＥＮＤ／１０， Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ） 及び ＤＡＰＩで染色した。次いで、細胞を、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（商標）フロー・サイトメトリー（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）、及び、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（バージン１０， ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用して解析した。
（ｉｉｉ） 細胞株
Ｔリンパ芽球細胞株Ｔ２（ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１９９２）、ＡＭＬ細胞株ＴＦ－１（ＡＴＣＣ ＣＲＬ－２００３）及びＴＨＰ－１（ＡＴＣ ＴＩＢ２０２）を、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡｍｅｒｉｃａｎＴｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ， Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ））から購入した。皮膚原発未分化大細胞リンパ腫細胞株ＤＥＬ（ＡＣＣ ３３８）を、Ｄｅｕｔｓｃｈｅ Ｓａｍｍｌｕｎｇ ｖｏｎ Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ ｕｎｄ Ｚｅｌｌｋｕｌｔｕｒｅｎ （ＤＳＭＺ， Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ， Ｇｅｒｍａｎｙ）から購入した。急性前骨髄球性白血病細胞株ＮＢ４（ＣＳＣ－Ｃ０３２８）は、Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏａｒｒａｙ （Ｓｈｉｒｌｅｙ， ＮＹ）から購入した。Ｔ２細胞を、２０％熱不活化ＦＢＳを含むＩＭＤＭで培養した。ＴＦ－１細胞を、１０％熱不活化ＦＢＳ、及び２ｎｇ／ｍＬの組換えヒトＧＭ－ＣＳＦを含むＲＰＭＩ １６４０で培養した。ＴＨＰ－１細胞は、１０％熱不活化ＦＢＳ、及び０．０５０ｍＭ ２－メルカプトエタノールを含むＲＰＭＩ １６４０培地で維持した。ＤＥＬ及びＮＢ４細胞は、１０％熱不活化ＦＢＳを含むＲＰＭＩ １６４０培地で維持した。
（ｉｖ）Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄを発現する安定的な細胞株の作製
Ｔ２、ＴＦ－１、ＴＨＰ－１、ＤＥＬ、及びＮＢ４細胞に、無血清培地中、３と５の間のＭＯＩで、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）Ｎｕｃｌｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄレンチウイルス試薬（ＥＦ－１αプロモーター、ピューロマイシン選択）（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ）を使って形質導入した。形質導入の２４時間後、細胞を、それぞれの細胞株の培地で、洗浄し、再懸濁し、３７℃、５％ ＣＯ２で培養した。形質導入の３日後、形質導入を受けた細胞を選択する為に、ピューロマイシン（Ｇｉｂｃｏ，ＭＡ）を、所定の濃度（０．５ ｕｇ／ｍＬから１ ｕｇ／ｍＬの範囲）で、その培養物に、添加した。培養物を、フロー・サイトメトリー解析によって決定する場合に、Ｎｕｃｌｉｇｈｔ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ－ポジティブが少なくとも９８％になるまで、ピューロマイシン選択のもとで、増殖させた。
（ｖ）Ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞傷害性アッセイ
ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞傷害性アッセイを、ポリ－１－オルニチンでコートされた９６－ウェル平底組織培養プレート（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）で、室温で、３０分間実施し、その後、コーティング液を除去し、及び、プレートを、室温で更に３０分間乾燥させた。示した場合、Ｔ細胞を、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ－発現ＴＨＰ－１、ＤＥＬ、ＴＦ－１、ＮＢ、またはペプチド－パルスしたＴ２細胞（１００ ｎｇ／ｍｌから１ ｐｇ／ｍｌの範囲の濃度であるＨＡ－２ペプチド［ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ］と２０：１から０．６２５：１の範囲のＥ：Ｔ比で共培養した。Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）Ｓ３機器（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ）でデータを取得し、Ｔ細胞の細胞傷害性の測定値として、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）Ｓ３で、細胞増殖を定量した。
（ｖｉ） サイトカイン産生アッセイ
Ｔ細胞を、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄを発現するＴＨＰ－１、ＤＥＬ、ＴＦ－１、ＮＢ４、及びペプチド－パルスしたＴ２細胞（１００ ｎｇ／ｍＬまたは１ｎｇ／ｍＬ ＨＡ－２ペプチド［ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ］）と、１：１のＥ：Ｔで、共－培養した。上清を、２４時間後に採取し、－８０℃で凍結した。上清を解凍し、及び、ＰｒｏｔｅｉｎＳｉｍｐｌｅ（登録商標）多検体カートリッジ（ＰｒｏｔｅｉｎＳｉｍｐｌｅ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）にロードして、Ｅｌｌａ装置（ＰｒｏｔｅｉｎＳｉｍｐｌｅ）を使用して、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、及びグランザイムＢのレベルを評価した。
（ｖｉｉｉ） 増殖アッセイ
Ｔ細胞を、２．５μＭ ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で、製造業者の説明書に従って、標識した。Ｔ細胞を、ＴＨＰ－１、ＤＥＬ、ＴＦ－１、ＮＢ４、及びペプチドパルスしたＴ２細胞（１００ ｎｇ／ｍＬまたは１ｎｇ／ｍＬ ＨＡ―２ペプチド［ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ］）と、１：１のＥ：Ｔで共培養した。９６時間後に、細胞を回収し、及び、固定可能な生死判別用色素ｅＦｌｕｏｒ（商標）６６０（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、ＴＣＲα／β、ＰＥ－Ｃｙ（商標）７（ＩＰ２６、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）．ＣＤ４ ＡＰＣ―Ｃｙ（商標）７（ＯＫＴ４、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）及び、ＣＤ８ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ（商標）５．５（ＨＩＴ８ａ、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）抗体で、染色した。細胞を、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）バッファーで洗浄し、及び、ＢＤ Ｃｙｔｏｆｉｘ（商標）固定バッファー（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ、ＮＪ）で固定した。ＣｏｕｎｔＢｒｉｇｈｔ（商標）Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ｃｏｕｎｔｉｎｇ Ｂｅａｄｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）バッファーで希釈し、及び、サンプルに加えてから、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（商標）フロー・サイトメーターで、Ｔ細胞増殖の指標である、ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔで希釈して評価した。ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（バージョン１０、ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用してデータを解析し、及び、分裂したＣＤ８及びＣＤ４ Ｔ細胞の絶対数を、以下の式を使用して決定した：サンプル内のＣＤ８またはＣＤ４Ｔ細胞の数＝（ゲート内でのＣＤ８またはＣＤ４Ｔ細胞の事象数／ゲート内でのビーズの事象数）×ロット－特異的に割り当てたビーズ数
ｈ． 同種反応性及び安全性スクリーニング
（ｉ）Ｔ細胞を操作してＨＡ－２特異的ＴＣＲを発現させる
Ａ＊０２：０１陰性ドナーからのＣＤ８＋ Ｔ細胞を、ヒトＣＤ８Ｍｉｃｒｏｂｅａｄ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｉｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して、または全血ＣＤ８マイクロビーズ、ヒト（Ｍｉｌｉｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）から直接に、メーカーの指示に従って単離した。単離した細胞は、直ちに、または凍結して液体窒素中で保存して使用した。
ＭＪ２－ＤＰ８及びＭＪ７－ＤＰ１９ ＴＣＲなどに関して同種反応性スクリーニングを実施した。－１日目に、新たに単離したＣＤ８ Ｔ細胞を、Ｔ細胞培地（１０％熱不活化ウシ胎児血清［ＦＢＳ］、１００ ｌＵ／ｍＬペニシリン、１００ μｇ／ｍＬストレプトマイシン、組換えヒトＩＬ－２ ［５０Ｕ／ｍＬ、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ、Ｃｒａｎｂｕｒｙ、ＮＪ］、組換えヒトＩＬ－１５ ［５ ｎｇ／ｍＬ、Ｒ＆Ｄ ＳＹＳＴＥＭＳ］、及び組換えヒトＩＬ－７ ［５ｎｇ／ｍＬ、（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ］を補充したＲＰＭＩ １６４０）に一晩静置させた。０日目に、ＣＤ８ Ｔ細胞を、ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔ（商標）ＣＤ３／ＣＤ２８／ＣＤ２ Ｔ細胞アクチベーターカクテル（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して活性化した。１日目に、細胞を洗浄し、及び、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１５を含むＴ細胞培地に再懸濁し、及び、レンチウイルス粒子で形質導入してＨＡ－２反応性ＴＣＲを発現させた。２日目に、細胞を洗浄し、及び、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１５を含むＴ細胞培地に再懸濁して、５日目まで増殖させた。５日目に、細胞を回収し、ＭＡＣＳバッファー（Ｍｉｌｉｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）に再懸濁し、及び、ＦｃＲブロッキング試薬（１００ｕＬ／ｍＬ、ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と共に、室温で、５分間インキュベーションした。細胞濃度を、６０ｅ６細胞／ｍＬに調整し、及び、Ａ＊０２０１ ＨＡ－２（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマーＡＰＣ（Ｉｍｍｕｄｅｘ）を、室温で、１：２５に希釈して、１０分間添加した。ＨＡ－２デキストラマーＡＰＣ陽性細胞は、製造業者の指示に従って、抗ＡＰＣ Ｍｉｃｒｏｂｅａｄｓ（Ｍｉｌｉｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して単離した。単離した細胞を、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１５と共にＴ細胞培地に再懸濁し、及び１２日目まで増殖させ、その時点で細胞を凍結した。
安全スクリーン（ＭＪ２－ＤＰ８またはＭＪ７－ＤＰ１９ ＴＣＲ、ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２及びＭＪ１４－ＤＰ３１７）、同種反応性スクリーン（ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ１４－ＤＰ３１７）。－１日目に、ＣＤ８ Ｔ細胞を解凍し、及び、Ｔ細胞培地（１０％熱不活化ウシ胎児血清［ＦＢＳ］、１００ ｌＵ／ｍＬペニシリン、１００ μｇ／ｍＬストレプトマイシン、組換えヒトＩＬ－２ ［５０Ｕ／ｍＬ、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ、Ｃｒａｎｂｕｒｙ、ＮＪ］、組換えヒトＩＬ－１５ ［５ ｎｇ／ｍＬ、Ｒ＆Ｄ ＳＹＳＴＥＭＳ］、及び組換えヒトＩＬ－７ ［５ｎｇ／ｍＬ、（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ］を補充したＲＰＭＩ １６４０）に一晩静置させた。０日目に、ＣＤ８ Ｔ細胞を、ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔ（商標）ＣＤ３／ＣＤ２８／ＣＤ２ Ｔ細胞アクチベーターカクテル（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して活性化した。１日目に、細胞を洗浄し、及び、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１５を含むＴ細胞培地に再懸濁し、及び、レンチウイルス粒子で形質導入してＨＡ－２反応性ＴＣＲを発現させた。２日目に、細胞を洗浄し、及び、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１５を含むＴ細胞培地に再懸濁して、５日目まで増殖させた。５日目に、細胞を回収し、ＭＡＣＳバッファー（Ｍｉｌｉｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）に再懸濁し、及び、ＦｃＲブロッキング試薬（１００ｕＬ／ｍＬ、ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と共に、室温で、５分間インキュベーションした。細胞濃度を、６０ｅ６細胞／ｍＬに調整し、及び、Ａ＊０２０１ ＨＡ－２（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）デキストラマーＡＰＣ（Ｉｍｍｕｄｅｘ）を、室温で、１：２５に希釈して、２０分間添加した。ＨＡ－２デキストラマーＡＰＣ陽性細胞は、細胞選別（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ Ａｓｔｒｉｏｓ ＥＱ）して単離した。餞別した細胞を、ＩＬ－２、ＩＬ－７、及びＩＬ－１５と共にＴ細胞培地に再懸濁し、及び１２日目まで増殖させ、その時点で細胞を凍結した。
（ｉｉ）同種反応性スクリーニングのための９６ウェルベースのＭＨＣ発現アレイの作製
ＣＲＩＳＰＲを使用して内因性ＨＬＡ－Ａ／Ｂ／ＣをＨＥＫ２９３Ｔ細胞でノックアウトした。 Ｇｕｉｄｅ ＲＮＡは、マルチクリスパーネットツールを使用して、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ遺伝子座全体で保存された配列に対して設計した（Ｐｉｙｋｈｏｚｈｉｊ ｅｔ ａｌ． （２０１５） ＰＬｏＳ Ｏｎｅ １０：ｅ０１１９３７２）。次のガイドを選択した：ＣＲＩＳＰＲ－ＡＬＬ－１： ＣＧＧＣＴＡＣＴＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＧ、ＣＲＩＳＰＲ－ＡＬＬ－２：ＡＧＡＴＣＡＣＡＣＴＧＡＣＣＴＧＧＣＡＧ、ＣＲＩＳＰＲ－ＡＬＬ－３：ＡＧＧＴＣＡＧＴＧＴＧＡＴＣＴＣＣＧＣＡ。ｇＲＮＡは、ＢｓｍＢＩサイトを使用して、ＬｅｎｔｉＣＲＩＳＰＲ Ｖ２ベクターにクローニングした。ＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を、Ｍｉｒａｓ ＴｒａｎｓＩＴ（登録商標）（Ｍｉｒａｓ Ｂｉｏ、Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を使用してプラスミドガイド構築物をトランスフェクトした。７日後に、ＭＨＣ－陰性細胞をｐａｎ－ＭＨＣ抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を使用して選別した。単一細胞クローンを増殖させ、及び、ＭＨＣの非存在を、フローサイトメトリー及びウェスタン・ブロットで検証した。
ＭＨＣ－ヌルＨＥＫ２９３Ｔ細胞に、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄウイルスで形質導入した。形質導入したウェルは、Ｓｏｎｙ ＳＨ８００ソーターを用いてＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ発現のために選別した。ＭＨＣ発現アレイを作製するために、ＭＨＣ－ヌルＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ発現ＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を、最も一般的な１１０個のＭＨＣ（ｐＨＡＧＥ－ＥＦ１ａ－ＭＨＣ－ＵＢＣ－ＮＡＴ）を使用して９６ウェル・プレートの個々のウェルに形質導入した。形質導入細胞をヌルセオトリシン（４００ｎｇ／ｍｌ）で１週間選択した。最も一般的な１１０個のＭＨＣを発現する細胞を継代し、アレイとして９６ウェル・プレートに保存した。
アッセイのためのポジティブコントロールを生成するために、上記したアレイのＡ＊０２：０１発現細胞をＨＡ－２ ９０マー発現構築物（ｐＨＡＧＥ－ＣＭＶ－ＦＨＡ－ＨＡ２Ｖ－ｄｌ－ＥＦＳ－ＡｍＣｙａｎ）で形質導入し、ＭｏＦｌｏ（登録商標）Ａｓｔｒｉｏｓ ＥＱ（商標）を使用してＡｍＣｙａｎ発現について選別した。
（ｉｉｉ）同種反応性スクリーニングのための共培養
０日目に、ｌｅ６ Ｔ細胞、２０ｅ６照射ＰＢＭＣ、組換えヒトＩＬ－２、及びＣＤ３モノクローナル抗体（ＯＫＴ３）［０．１ｕｇ／ｍＬ，ｅＢＩＯＳＣＩＥＮＣＥ］が入った直立Ｔ３フラスコでＴ細胞を再刺激した。培地の半分の体積を、１０％熱不活化ウシ胎児血清［ＦＢＳ］、１００ ｌＵ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン、及び組換えヒトＩＬ－２ ［５０Ｕ／ｍＬ、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ、Ｃｒａｎｂｕｒｙ、ＮＪ］を添加したＲＰＭＩ １６４０で、２、４、及び５日目に交換した。アッセイのために、細胞を６日目に回収した。
アッセイは、ＴＣＲ、ＭＪ２－ＤＰ８、及びＭＪ７－ＤＰ１９に関して何度も実施した。５日目に、９６ウェル・アレイ内のターゲット細胞を継代し、９６ウェル・プレートに播種した。６日目に、ＴＣＲを発現するヒトＣＤ８ Ｔ細胞を、４：１のＥ：Ｔで添加し、及び、ターゲットターゲッティング細胞と共に４８時間インキュベーションした。ターゲット細胞数は、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ陽性細胞の数を測定して、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）を使用して経時的に測定した。アッセイにおける各ＭＨＣでの各ＴＣＲの４８時間における細胞阻害は、１－（細胞倍加数［ＴＣＲ発現するＴ細胞でインキュベーションしたもの］／細胞倍加数［Ｔ細胞培地でインキュベションしたもの］）として計算した。Ｔ細胞の栄養競争及びドナーＴ細胞の非特異的細胞殺傷などの非ＭＨＣ関連ターゲット細胞増殖阻害の効果を差し引いて、９６ウェル・プレートそれぞれのバッチ効果を補正して、９６ウェル・プレートそれぞれのウェル（それぞれのＭＨＣ）の細胞阻害値から、９６ウェル・プレートの各ウェルの細胞阻害の中央値で差し引いた。
アッセイは、ＴＣＲ ＭＪ９－ＤＰ５、ＭＪ２－ＤＰ２２、ＭＪ１４－ＤＰ３１７について三連で行った。５日目に、９６ウェル・アレイ内のターゲッティング細胞を継代し、３８４ウェル・プレートに播種した。６日目に、ＴＣＲを発現するヒトＣＤ８ Ｔ細胞を、Ｅ：Ｔを５：１で添加し、ターゲッティング細胞と共に４８時間インキュベーションした。ターゲッティング細胞数は、ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ陽性細胞の数を測定することにより、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）を用いて経時的に測定した。アッセイにおける各ＭＨＣ上の各ＴＣＲの４８時間における細胞阻害は、１－（細胞倍加数［ＴＣＲ発現するＴ細胞でインキュベーションしたもの］／細胞倍加数［Ｔ細胞培地でインキュベションしたもの］）として計算した。３８４個のそれぞれのウェル・プレートのバッチ効果を補正して、３８４個のそれぞれのウェル・プレートの各ウェル（っそれぞれのＭＨＣ）の細胞阻害値を、３８４ウェル・プレートそれぞれのウェルでの細胞阻害の中央値で差し引いた。
（ｉｖ） 安全性スクリーニングに関するゲノムワイドペプチドライブラリーを使用したＨＥＫ ２９３Ｔ細胞の形質導入
ＭＨＣ－ヌルＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を、Ｔ細胞死滅によって活性化された蛍光レポーター及び細胞表面レポーターであるＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するように操作した。レポーター細胞は、ヒトプロテオームを表す、それぞれ９０個のアミノ酸からなるペプチドの＞６００，０００個の重複したタイルを含むライブラリを発現するように形質導入した。
（ｖ） 安全スクリーニングのためのＨＡ－２含有構築物を有するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の形質導入
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現するように操作したＨＥＫ ２９３Ｔ細胞は、それぞれ、ＨＡ－２エピトープ（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）を含む、それぞれ９０個のアミノ酸からなる８つのタイルのうちの１つを発現するように形質導入した。形質導入細胞を、ピューロマイシンで選択した。
（ｖｉ）安全スクリーン用レポーター細胞
個々のＨＡ－２タイルを発現するＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を発現するＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を、それぞれ１：６５０，０００の頻度でゲノムワイドペプチドライブラリーで形質導入したものと組み合わせた。細胞を増殖させた後に、操作したＣＤ８＋ Ｔ細胞との共培養に使用した。
（ｖｉｉ） 共－培養後のレポーター細胞の選別
関連するＴＣＲで操作したＣＤ８＋Ｔ細胞を、放射線（６０Ｇｙ）照射をした同種異系ＰＢＭＣと、０．１μｇ／ｍＬ抗－ＣＤ３（ＯＫＴ３、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）及び５０ Ｕ／ｍＬ組み換えＩＬ－２（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）の存在下で、共－培養することによって、増殖させた。７日間の増殖後、細胞を回収し、ライブラリ－形質導入したレポーター細胞と共－培養し、３７℃で、４時間、インキュベーションを行った。インキュベーションを行った後、細胞をトリプシン処理により回収し、アネキシンＶ磁気マイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）で、製造業者の説明書に従って、標識した。アネキシン－標識した細胞を、ＡｕｔｏＭＡＣＳ Ｐｒｏ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を用いて単離し、レポーター－ポジティブ細胞を、ＭｏＦｌｏ Ａｓｔｒｉｏｓ（商標）ＥＱセル・ソーター（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を用いて、選別した。
（ｖｉｉｉ） 安全スクリーのためのゲノムＤＮＡの単離及びシークエンシング・ライブラリの調製
ＧｅｎｅＪＥＴ（商標）ゲノムＤＮＡ精製キット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）．を用いて、選別した細胞から、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）を抽出した。抗原カセットを、その抽出したｇＤＮＡから、ＰＣＲにより増幅し、次に、第二のＰＣＲ反応で、シークエンシング・アダプターとサンプル－特異的なインデックス配列を、付加した。標準的なＩｌｌｕｍｉｎａシークエンシング・プライマーを用いて、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑで、アンプリコンのシークエンシングを行った。
（ｉｘ） 安全スクリーのための配列のアラインメント及びエピトープの同定
ヌクレオチド配列を、個々のヌクレオチド・タイルにマッピングした。各タイルについてのリードの数の割合を、各スクリーニング複製（ｎ＝８）について、及び形質導入したレポーター細胞の各プールについてのインプットについて、計算し、各タイルの富化を、スクリーニング複製におけるタイルの割合を、インプット・ライブラリにおけるタイルの割合で割ることによって、計算した。８つのスクリーニング複製にわたる同一のタイルの富化の修正した幾何平均を使用して、再現可能なスクリーニング・ヒットを同定した。２倍富化の閾値を超える、それぞれのタイルについて特異的なＭＨＣ－結合エピトープを、ＮｅｔＭＨＣ４．０を用いて、予測した。それぞれのタイルについての候補エピトープを、当該スクリーニングにおいて富化された、重複して隣り合う及び冗長なタイルにわたって共有される、予測される強－結合エピトープを同定することによって、選択した。
ｉ．推定オフターゲットの結合活性を評価するためのＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）をベースとした細胞毒性アッセイ
（ｉ）Ｔ細胞
臨床的に代表的なＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞を、ＴＳｃａｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）で、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１陰性の健康なドナーの細胞から、治験薬の計画された製造プロトコルの簡略スケールを使用して製造した。ここで使用した最終的なベクターとして、定常領域を変えたＨＡ－２ ＴＣＲのα及びβ鎖を含んでいた（マウス移植、膜貫通最適化用、ＭＧＴＭ）；外因性ＣＤ８コレセプター（ａ及びβ鎖）；及び、ＣＤ８α鎖のＮ末端に融合したタグ（すなわち、Ｑｂｅｎｄ１０抗体が認識するＣＤ３４エピトープをコードする１６アミノ酸）がある。目的のＴＣＲを発現するように操作したＴ細胞は「ＴＳＣ」と称しており、及び、基礎となるＴＣＲは「ＴＣＲ」コンストラクトと称する。例えば、ＴＳＣ－１０１は、ＴＣＲ－１０１を使用して操作したＴ細胞産物のことを指し、そして、ＴＣＲ－１０１とは、ＴＣＲだけを指す。簡潔に説明すると、新たなアフェレーシス産物からＰＢＭＣを単離した後に、トランスポゼーゼｍＲＮＡ及びベクタートランスポゾンｎｐＤＮＡを、エレクトロポレーションで送達した。次に、Ｔ細胞を活性化し、増殖させ、操作したヒトＣＤ３４タグ（すなわち、ＣＤ３４＋選択）を使用して精製した。さらに増殖した後に、細胞を凍結し、液体窒素中で保存した。
（ｉｉ）Ｔ２ペプチドパルス及びＩｎｃｕｃｙｔｅアッセイ
Ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞毒性アッセイを、ポリ－Ｌ－オルニチン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ－Ｓｉｇｍａ）でコーティングした９６ウェル平底組織培養プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）で、室温で、４０分間実施し、その後、コーティング溶液を除去し、及び、プレートを、室温で、３０分間乾燥させた。Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ発現Ｔ２細胞を、７つの異なるペプチド：ＨＡ－２＋ペプチド（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）、ＨＡ－２－（ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）ペプチド、またはＭＹＯ３Ａ／ＭＹＯ３Ｂ（ＹＶＧＤＩＬＩＡＬ）、ＭＡＬＴ１（ＡＶＤＥＦＬＬＬＬ）、ＭＴＡ１（ＫＱＩＤＱＦＬＶＶ）、ＫＬＨＬ３０（ＫＬＥＥＶＬＶＶＶ）、及びＨＵＷＥ１（ＧＬＴＥＤＭＶＴＶ）に由来する推定オフターゲットペプチドを様々な濃度で滴定して２時間パルスした。これらのＴ細胞を、ペプチドパルスしたＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ発現Ｔ２細胞と、Ｅ：Ｔを５：１として、３日間共培養した。データは、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）Ｓ３生細胞解析システム（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ、Ｇｏｅｔｔｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）で取得及び分析した。分析したデータ（ソフトウェアＧＵＩバージョン２０２１Ａ）を、ｔ＝４時間に正規化し、及びターゲッティング細胞増殖のパーセントとして表した。それぞれのペプチド用量に関するＴ２細胞増殖の曲線下面積（ＡＵＣ）を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（バージョン９．１．２［２２６］）を使用して計算した。ＡＵＣをペプチド用量の関数としてプロットし、及び、非線形回帰曲線（式Ｓｉｇｍｏｉｄａｌ、４ＰＬ、Ｘは濃度である）を使用して、Ｔ２細胞増殖阻害のＥＣ５０（図１１Ｂでは、細胞毒性のＥＣ５０と示した）を計算した。
ｊ ．原発血液癌サンプルを使用したフローをベースとした細胞毒性アッセイ
（ｉ）Ｔ細胞
臨床的に代表的なＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞を、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）をベースとした細胞毒性アッセイを記載した上節の記載にしたがって産生して、推定オフターゲットの活性を評価した。
（ｉｉ）原発性ＡＭＬ及びＡＬＬサンプル
ＡＬＬまたはＡＭＬと診断された患者由来の一次サンプル（ＰＢＭＣ及びＢＭＭＣ）は、Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅから凍結バイアルで購入した。細胞を、ＨＡ－２遺伝子型を説明する上記セクション２に記載したように、ＨＡ－２について遺伝子型を決定した。ＨＬＡ遺伝子型は、供給業者が提供する、または抗体、抗ＨＬＡ－Ａ２（クローンＢＢ７．２）を使用するフローサイトメトリー、それに続く、標準的なフロー染色プロトコルに従って決定した。
（ｉｉｉ）共培養用のＴ細胞及び初代ＡＭＬ及びＡＬＬサンプルの調製
Ｔ細胞ならびに初代ＡＬＬ及びＡＭＬサンプルを、アッセイの前日に解凍し、及び、３７℃及び５％ＣＯ２で一晩静置した。ＡＬＬ及びＡＭＬサンプルを、ＤＮＡｓｅ Ｉ（１００ Ｕ／ｍＬ、ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を含有するターゲッティング細胞培地（１０％熱不活化ウシ胎児血清、１００ ｌＵ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシンを添加したＲＰＭＩ １６４０）で解凍して、室温で、１０分間インキュベーションし、及び、Ｔ７５フラスコにプレーティングする前に、０．５－１．０Ｅ＋６生細胞／ｍＬのターゲッティング細胞培地で洗浄及び再懸濁した。Ｔ細胞（ＴＳＣ－１０１または適合したドナー由来の非形質導入コントロールＴ細胞）をサイトカイン不含Ｔ細胞培地（５％ヒト血清、１００ ｌＵ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン、及び１×ＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）を添加したＸ－Ｖｉｖｏ（商標）１５）で解凍し、サイトカイン不含Ｔ細胞培地で１回洗浄した後に、２５ｎｇ／ｍＬ ＩＬ２（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）及び５ｎｇ／ｍＬ ＩＬ７（ＲＤ Ｓｙｓｔｅｍ）を加えたＴ細胞培地を入れたＧ－Ｒｅｘ（登録商標）２５ウェル・プレートに、１．０Ｅ＋６生細胞の密度で播種した。
（ｉｖ）共培養
アッセイ当日、ターゲット細胞を、ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）で標識し、及び、エフェクターＴ細胞をＣＦＳＥ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）で標識した。この目的のために、細胞をＥａｓｙｓｅｐ（商標）（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で１回洗浄し、及び、２．０Ｅ＋６／ｍＬの細胞濃度で、Ｅａｓｙｓｅｐ（商標）で２．５μＭに希釈した色素を使用して、７分間染色した。細胞を２回洗浄し、続いて、標識付けを行い、プレートに入れる前に、ターゲッティング細胞培地（ターゲッティング）またはサイトカイン不含Ｔ細胞培地（Ｔ細胞）に再懸濁した。ＡＭＬ及びＡＬＬサンプルは、さまざまな生存率（２０～６０％）を示した。故に、ＣＴＶ標識に続いて、原発腫瘍サンプルに、密度遠心分離を行って生細胞用に濃縮した。簡潔に説明すると、ＣＴＶ色素を洗い流した後に、原発腫瘍サンプルを、４．０Ｅ＋６生細胞／ｍＬまでの濃度でターゲット細胞培地に再懸濁した。５ｍＬ丸底チューブを使用して、１ｍＬの細胞懸濁液を、１ｍＬのＦｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ（商標）ＰＬＵＳ（Ｃｙｔｉｖａ）の上に重ねた。細胞を、１，８９０ｒｐｍで、室温で、ブレーキを０（制動無し）に設定して、１５分間遠心分離を行い、及び、加速度を３（低速加速）に設定した。続いて、バフィーコートを回収し、及び、ターゲッティング細胞培地で２回洗浄した。ターゲッティング細胞密度は、１．０Ｅ＋５生細胞／ｍＬに調整し、及び、Ｔ細胞密度は、１．０Ｅ＋６生細胞／ｍＬに調整した。１００μＬのＣＦＳＥ標識エフェクター細胞と、１００μＬのＣＴＶ標識ターゲッティング細胞とを、９６ウェル丸底プレートで組み合わせ、それにより、１０：１のＥ：Ｔ（ウェルあたり、１．０Ｅ＋５ Ｔ細胞、及び１．０Ｅ＋４ターゲッティング細胞）となった。
（ｖ）生死染色及びフローサイトメトリーによる細胞毒性解析
細胞を、フロー染色及び洗浄バッファー（すなわち、Ｅａｓｙｓｅｐ（商標）、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で洗浄し、及び、１／１０００に希釈した固定可能な近赤外ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（商標）色素（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で、４℃で、２０分間染色した。２回洗浄した後に、ＢＤ Ｃｙｔｏｆｉｘ（商標）で細胞を、４℃で２０分間固定した。固定剤を洗い流した後に、細胞は、取得の準備ができるまで、４℃で保存した。サンプルは、Ｃｙｔｅｘｐｅｒｔソフトウェア（ｖ２．４）を使用してＣｙｔｏＦＬＥＸ Ｓ機器（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）から得て、及び、ＦｌｏｗＪｏ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ１０．７２＿ＣＬ）で分析した。ＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞との共培養での生のターゲット（すなわち、生死染色陰性／ＣＦＳＥ陰性／ＣＴＶ陽性細胞）の割合を決定し、及び、一致した非形質導入Ｔ細胞との共培養で認められた生のターゲットの割合に正規化した。
ｋ． 初代細胞及び人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞でのＴ細胞反応性
ＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞と初代／ｉＰＳ由来細胞を、臨床的に普及しているＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞と４８時間共培養して、ＩＦＮγ産生を定量して、初代／ｉＰＳ由来細胞に対するＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞の反応性を評価した。
１３個の異なる組織／細胞タイプの初代ヒト細胞を、供給業者から購入した（以下の「ターゲッティング細胞」リストを参照されたい）。ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１の状態は、業者から得たもの、ＨＡ－２遺伝子型に関して記載したセクション２に記載したようなフローサイトメトリーでスクリーニングされたもの、これらのいずれかであった。細胞を復活させ、及び、メーカーの推奨に従って培養した。
共培養の前に、すべての初代／ｉＰＳ由来細胞（ＰＢＭＣを除く）に、２時間かけて、ＨＡ－２ ＳＮＰ＋ペプチド（「ＨＡ－２パルス」）をロードする、あるいは、そのまま（「非パルス」）にする。ＨＡ－２パルス細胞は、同族ペプチド－ＭＨＣクラスＩ複合体を発現する初代／ｉＰＳ由来細胞によるＴＳＣ－１０１細胞の活性化を確認するためのポジティブコントロールである。すべてのＴＳＣ－１０１／ｉＰＳ由来共培養実験において、ＮＢ－４（ＨＡ－２ ＳＮＰ陰性、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１陽性）、及びＴＨＰ－１（ＨＡ－２ ＳＮＰ陽性、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１陽性）細胞を、それぞれ、追加の陰性対照及び陽性対照として並行して共培養した。
ＮＢ－４及びＴＨＰ－１細胞は、共培養当日に２５ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に、２５，０００または５０，０００細胞／ウェルで播種した。同様に、ＰＢＭＣは共培養当日に５０，０００細胞／ウェルで播種を行い、接着性の初代／ｉＰＳ由来細胞は共培養の時点でコンフルエントに存在していた。接着性のあるコンフルエントな単分子膜を実現するために、供給業者の培養ガイドラインに別段の定めがない限り、初代／ｉＰＳ由来細胞を、共培養の２４時間前に播種した。共培養及びＴＳＣ－１０１／初代／ｉＰＳ由来単独培養を含むすべての条件は、エフェクター培地と初代／ｉＰＳ由来培地またはＮＢ４及びＴＨＰ－１共培養培地の５０：５０混合液に設定した。
臨床的に代表的なＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞を、推定オフターゲットに対する結合活性を評価するために、上記したＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）をベースとした細胞毒性アッセイを記載したセクションに記載のようにして作製及び調製した。ＨＡ－２ ＴＣＲ Ｔ細胞は、共培養当日に、ターゲッティング細胞の上に５０，０００細胞を播種した。
共培養の４８時間後のアッセイ上清でのＩＦＮγレベルを、ＴＲ－ＦＲＥＴで定量した。ＴＲ－ＦＲＥＴ試薬はＣｉｓｂｉｏから購入し、及び、メーカーの指示に従って使用した。インキュベーションした後に、蛍光値を、ＢＭＧ ＰＨＥＲＡＳｔａｒプレートリーダーを使用して得た。上清でのＩＦＮγレベルは、ＢＭＧ ＭＡＲＳデータ解析ソフトウェアを使用して、４パラメータロジスティック曲線適合を有する標準曲線から補間した。定量下限（ＬＬＯＱ）は、ブランク補正値を超える生値を示したＩＦＮγ標準の最低濃度として定義した。


１． 材料
細胞株
・ Ｌｅｎｔｉ－Ｘ（商標）：Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ ＵＳＡ、６３２１８０
・ Ｊｕｒｋａｔ： ＡＴＣＣ，ＴＩＢ－１５２
・ ＨＥＫ ２９３Ｔ 細胞： ＡＴＣＣ、ＣＲＬ－３２１６
・ Ｔ２： ＡＴＣＣ、ＣＲＬ－１９９２
・ ＴＦ－１： ＡＴＣＣ、ＣＲＬ－２００３
・ ＴＨＰ－１： ＡＴＣＣ，ＴＩＢ２０２
・ ＮＢ４： Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏａｒｒａｙ， ＣＳＣ－Ｃ０３２８
・ ＤＥＬ： ＡＣＣ ３３８， ＤＳＭＺ
・ 初代ＡＭＬ及びＡＬＬサンプル：組織溶液， Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ
培地及びサプリメント
・ Ｘ－ＶＩＶＯ（商標）１５、無血清造血細胞培地、Ｌ－グルタミン、ゲンタマイシン、及びフェノール・レッド、を添加：Ｌｏｎｚａ、０４－４１８Ｑ
・ ヒト雄型ＡＢ血清（熱－非働化）： Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｈ３６６７－１００ＭＬ
・ ペニシリン－ストレプトマイシン：Ｇｉｂｃｏ、１５１４９－１２２
・ ＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）サプリメント： Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、３５０５００６１
・ ＲＰＭＩ－１６４０ 培地： ＡＴＣＣ、３０－２００１
・ ウシ胎児血清（ＦＢＳ）、熱－非働化： Ｇｉｂｃｏ、Ａ３８４０１０２
・ ＩＭＤＭ： ＡＴＣＣ、３０－２００５
・ ＲＰＭＩ 培地 １６４０（１ｘ） ［＋］ ４．５ ｇ／Ｌ Ｄ－グルコース、［＋］ ２．３８３ ｇ／Ｌ ＨＥＰＥＳバッファー、［＋］ Ｌ－グルタミン、［＋］ １．５ ｇ／Ｌ 重炭酸ナトリウム、［＋］ １１０Ｍｇ／Ｌ ピルビン酸ナトリウム： Ｇｉｂｃｏ、Ａ１０４９１－０１
・ ＡＩＭＶ（登録商標）培地： ［＋］ Ｌ－グルタミン、［＋］ ５０μｇ／ｍＬ ストレプトマイシン硫酸塩、［＋］ １０μｇ／ｍＬ ゲンタマイシン硫酸： Ｇｉｂｃｏ、１２０５５－０８３
・ ＰＢＳ中３０％ ＢＳＡ： Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、Ａ９５７６－５０ＭＬ
・ β－メルカプトエタノール：ＭＰ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、０２１９０２４２
・ ＤＭＥＭ 培地（１Ｘ） ［＋］ ４．５ ｇ／Ｌ Ｄ－グルコース、［＋］ Ｌ－グルタミン、［＋］ ３．７ ｇ／Ｌ 重炭酸ナトリウム：Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、１１９６５０８４
・ ＤＭＥＭ（１ｘ） ［＋］ ４．５ ｇ／Ｌ Ｄ－グルコース、［＋］ Ｌ－グルタミン、［－］ ピルビン酸ナトリウム： Ｇｉｂｃｏ、１１９６５
・ ＯｐｔｉＰＲＯ（商標）ＳＦＭ 培地：Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、１２３０９０１９
バッファー
・ ＥａｓｙＳｅｐ（商標）バッファー： ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、２０１４４
・ ＤＰＢＳ（Ｃａ２＋／Ｍｇ２＋不含）： Ｇｉｂｃｏ、１４１９０－１２２
・ ＤＰＢＳ（Ｃａ２＋／Ｍｇ２＋不含）： Ｃｙｔｉｖａ、ＳＨ３００２８．０３
・ ＡｕｔｏＭＡＣＳ（登録商標）ランニング・バッファー：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ、１３０－０９１－２２１
サイトカイン
・ 組み換えヒトＩＬ－２： Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、１１１４７５２８００１
・ 組み換えヒトＩＬ－２： ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ、２００－０２
・ 組み換えＩＬ－７： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２０７―ＩＬ／ＣＦ
・ 組み換えヒトＩＬ－１２： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２１９－ＩＬ－００５
・ 組み換えヒトＩＬ－１５： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２４７－ＩＬＢ－００５
・ 組み換えヒトＧＭ－ＣＳＦ： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２１５－ＧＭ－０５０
・ 組み換えヒトＩＬ－４： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２０４－ＩＬ－０５０
・ 組み換えヒトＴＮＦ－α： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２１０－ＴＡ－０５０
・ 組み換えヒトＩＬ－１β／ＩＬ－１Ｆ２： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２０１－ＬＢ－０２５
・ 組み換えヒトＩＬ－６： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、２０６－ＩＬ－０５０
・ ＰＧＥ２： ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、７２１９４
キット
・ ＥａｓｙＳｅｐ（商標）ヒトＴ細胞単離キット： ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ： １７９５１
・ ＥａｓｙＳｅｐ（商標）ヒト・ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞単離キットＩＩ： ＳＴＥＭＣＥＬＬＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、１７９６８
・ ＥａｓｙＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ ＣＤ１４ポジティブ選択キットＩＩ： ＳＴＥＭＣＥＬＬＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、１７８５８
・ ＣＤ８マイクロビーズ：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１３０－０４５－２０１
・ ＣＤ３４マイクロビーズ・キット：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１３０－０４６－７０２
・ 抗－ＡＰＣマイクロビーズ：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１３０－０９０－８５５
・ ＬＳカラム，Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１３０－０４２－４０
・ ３２サンプル用Ｅｌｌａ Ｓｉｍｐｌｅ Ｐｌｅｘ（商標）：ＳＰＣＫＣ－ＰＳ－００３０２７
・ ｑＰＣＲレンチウィルス完全滴定キット：Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ：Ｌ９００―ＬＲ
抗体及び染色試薬
・ ＣＤ３モノクローナル抗体（ＯＫＴ）、機能性グレード、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ １６－００３７－８１
・ 抗－ヒト ＣＤ８α ＰｅｒＣｐ－Ｃｙ（商標）５．５（クローン： ＨＩＴ８ａ）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ： ３００９２４
・ 抗－ヒト ＣＤ８α ＡＰＣ－Ｃｙ（商標）７（クローン： ＯＫＴ４）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ： ３１７４１８
・ 抗－ヒト ＣＤ４ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５（クローン ＯＫＴ４）： Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ： ３１７４２８
・ 抗－ヒト ＣＤ５６ ＰＥ（クローン： ５．１Ｈ１１）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ： ３６２５０８
・ 抗－ヒト ＣＤ５７ ＰＥ（クローン： ＨＣＤ５７）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ： ３２２３１２
・ 抗－ヒト ＣＤ３４ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）（クローン： ＱＢＥＮＤ／１０）： Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，ＦＡＢ７２２７Ｇ
・ 抗－ヒトＴＣＲα／β ＰＥ－Ｃｙ７（クローン： ＩＰ２６）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ： ３０６７２０
・ 抗－ヒト ＣＤ３４ ＦＩＴＣ（クローン： ＱＢＥＮＤ／１０）： Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ：ＭＡ１－１０２０４
・ 抗－ヒト ＣＤ３４ ＡＰＣ：（クローン： ＱＢＥＮＤ／１０）： ＲＤ Ｓｙｓｔｅｍｓ、ＦＡＢ７２２７Ａ
・ 抗－ヒト ＣＤ４５ＲＯ ＦＩＴＣ（クローン： ＵＣＨＬ１）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０４２０４
・ 抗－ヒト ＣＤ４５ＲＡ ＡＰＣ（クローン： ＨＩ１００）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０４１１２
・ 抗－ヒト ＣＣＲ７ ＢＶ６０５（クローン： Ｇ０４３Ｈ７）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３５３２２４
・ 抗－ヒト ＣＤ１４ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８（登録商標）（クローン：Ｍ５Ｅ２）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０１８１１
・ 抗－ヒト ＣＤ８３ ＰＥ－Ｃｙ７（クローン： ＨＢ１５ｅ）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０５３２６
・ 抗－ヒト ＨＬＡ－Ａ２ ＰＥ（クローン： ＢＢ７．２）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３４３３０６
・ 抗－ヒト ＣＤ８０ ＡＰＣ（クローン： ２Ｄ１０）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０５２２０
・ 抗－ヒト ＣＤ８６ Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ ６０５（商標）（クローン ＩＴ２．２）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０５４３０
・ 抗－ヒトＴＣＲα／β ＦＩＴＣ（クローン： ＩＰ２６）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、２２１０５８
・ 抗－ヒトＴＣＲα／β ＰＥ－Ｃｙ（商標）７（クローン： ＩＰ２６）： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３０６７２０
・ 抗－ヒト ＨＬＡ－Ａ，Ｂ，Ｃ ＡＰＣ 抗体： ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、３１１４１０
・ 抗－ヒト ＣＤ３２（Ｆｃ ガンマ ＲＩＩ）ブロッカー： ＳＴＥＭＣＥＬＬＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、１８５２０
・ ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）： Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ： Ｃ３４５７１
・ ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＴＶ）： Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ： Ｃ３４５５７
・ ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔ（ＣＦＳＥ）： Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ： Ｃ３４５５４
・ 固定可能な生存率色素ｅＦｌｕｏｒ（商標）６６０（Ｆｉｘａｂｌｅ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｄｙｅ ｅＦｌｕｏｒ ６６０）（ＡＰＣチャネル）Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ： ６５－０８６４－１４
・ ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（商標）Ｆｉｘａｂｌｅ Ｎｅａｒ－ＩＲ死滅細胞染色キット（ＡＰＣ－Ｃｙチャンネル）：ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ；Ｌ３４９７６
・ ＤＡＰＩ：Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ：Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、６２２４８
・ ＣｏｕｎｔＢｒｉｇｈｔ（商標）Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ｃｏｕｎｔｉｎｇビーズ： Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ： Ｃ３６９５０
・ Ｃｙｔｏｆｉｘ（商標）： ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、５５４６５５
ペプチド
・ ＭＡＲＴ１（ＥＬＡＧＩＧＩＬＴＶ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＨＡ－２ ＲＥＦ （ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＨＡ－２ ＳＮＰ （ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＫＬＨＬ３０ （ＫＬＥＥＶＬＶＶＶ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＭＡＬＴ１ （ＡＶＤＥＦＬＬＬＬ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＭＴＡ１ （ＫＱＩＤＱＦＬＶＶ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＭＹＯ３Ａ／ＭＹＯ３Ｂ （ＹＶＧＤＩＬＩＡＬ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
・ ＨＵＷＥ１ （ＧＬＴＥＤＭＶＴＶ）： ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ
デキストラマー
・ ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ ＨＡ－２ ＲＥＦデキストラマー： Ｉｍｍｕｄｅｘ、ＷＢ３７０４
・ ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＹＩＧＥＶＬＶＳＭ ＨＡ－２ ＳＮＰ デキストラマー， ＷＢ５７３２
・ ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＥＬＡＧＩＧＩＬＴＶ ＭＡＲＴ１ デキストラマーｒ： Ｉｍｍｕｄｅｘ， ＷＢ２１６２
ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９及びエレクトロポレーション試薬
・ Ａｌｔ－Ｒ（登録商標） Ｓ．ｐ． Ｃａｓ９ ヌクレアーゼ Ｖ３（Ｌｏｔ ＃００００４１７８２７）： ＩＤＴ、１０８１０５９
・ Ａｌｔ－Ｒ（登録商標） ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ＴｒａｃｒＲＮＡ（Ｌｏｔ ＃００００４１５４３８）： ＩＤＴ、１０７２５３４
・ ４Ｄ－Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（商標）コア・ユニット： Ｌｏｎｚａ、ＡＡＦ－１００２Ｂ
・ ４Ｄ－Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（商標）Ｘ ユニット： Ｌｏｎｚａ、ＡＡＦ－１００２Ｘ
・ ＳＥ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ ４Ｄ－Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（商標） Ｘ キット Ｌ： Ｌｏｎｚａ Ｖ４ＸＣ－１０１２
組織培養プレート
・ Ｇ－Ｒｅｘ（登録商標） ２４－ウェル・プレート： Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ、８０１９２Ｍ
・ Ｇ－Ｒｅｘ（登録商標） ６－ウェル・プレート： Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ、８０２４０Ｍ
・ Ｇ－Ｒｅｘ（登録商標）１００： Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ， ８０５００
・ Ｔ７５ ｃｍ２ Ｎｕｎｃ ＥａｓＹＦｌａｓｋ（商標） ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， １５６４９９
・ ＶＥＣＥＬＬ ９６－ウェル・プレート： Ｃｏｓｍｏ Ｂｉｏ、ＶＣＬ－Ｖ９６ＷＧＰＢ－１０－ＥＸ
・ ＴＣ－処理 ６－ウェル・プレート： Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ、３５０６
・ ＴＣ－処理２４－ウェル・プレートｓ： Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ、３５２４
・ 非－処理 ６－ウェル・プレート： Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ、３７３６
・ 非－処理２４－ウェル・プレート： Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ、３７３８
・ ９６－ウェル丸底プレート： Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ， ３８９４
・ ３８４－ウェル平底プレート： Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ， ３７６４
Ｌｅｕｋｏｐａｋ処理試薬：
・ Ｍｕｌｔｉ－２４カラム・ブロック（Ｍｕｌｔｉ－２４ Ｃｏｌｕｍｎ Ｂｌｏｃｋ）：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１３０－０９５－６９２
・ シングル－ウエル・ディープ・ウェル・プレート（Ｓｉｎｇｌｅ－ｗｅｌｌ Ｄｅｅｐ Ｗｅｌｌ Ｐｌａｔｅ）：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１３０－１１４－９６６
・ Ｃｕｓｔｏｍ Ｌｅｕｋｏｐａｋ ＰＢＭＣ単離キット、ヒト：Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、１２０－０５１－１１５
・ リンパ球分離培地（Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ＳｅｐａｒａｔｉｏｎＭｅｄｉｕｍ）： Ｃｏｒｎｉｎｇ、２５－０７２－ＣＶ
・ ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳ１０： ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、０７９３０
・ ＳｔｒａｉｇｈｔＦｒｏｍ 全血ＣＤ８マイクロビーズ，ヒトＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ， １３０－０９０－８７８
ジェノタイピング試薬
・ ＧｅｎｅＪＥＴ（商標）ゲノムＤＮＡ精製キット：Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｋ０７２２
・ ＱＩＡａｍｐ（登録商標）ＤＮＡミニキット：Ｑｉａｇｅｎ、５１３０４
・ Ｐｈｕｓｉｏｎ（登録商標）・ハイ－フィデリティＰＣＲ マスター・ミックス（ＨＦバッファー付き）（Ｐｈｕｓｉｏｎ Ｈｉｇｈ－Ｆｉｄｅｌｉｔｙ ＰＣＲＭａｓｔｅｒＭｉｘ ｗｉｔｈ ＨＦ Ｂｕｆｆｅｒ）：Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｆ５３１Ｌ
・ Ｍｏｎａｒｃｈ（登録商標）ＰＣＲ ＆ ＤＮＡ クリーンアップ・キット（５μｇ）： Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｔ１０３０Ｌ
・ ヌクレアーゼ不含水： Ａｍｂｉｏｎ、ＡＭ９９３７
・ Ｑ５ Ｈｉｇｈ－Ｆｉｄｅｌｉｔｙ ２ｘ マスターミックス；ＮＥＢ，Ｍ０４９２１
１０ｘゲノム試薬
・ Ｃｈｒｏｍｉｕｍ（商標）Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’ ライブラリ＆ ゲル・ビーズ・キット ｖ１： １０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、ＰＮ１０００００６
・ Ｃｈｒｏｍｉｕｍ（商標）Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ Ｖ（Ｄ）Ｊ 富化キット、ヒトＴ細胞： １０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、ＰＮ１０００００５
・ Ｃｈｒｏｍｉｕｍ（商標）Ｃｈｉｐ Ａ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌキット： １０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、ＰＮ１０００１５２
・ Ｓｉｎｇｌｅ ＩｎｄｅｘキットＴ セット Ａ： １０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、ＰＮ１０００２１３
・ ＳＰＲＩｓｅｌｅｃｔ 試薬キット： Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｂ２３３１８
・ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｄ５０００ ＳｃｒｅｅｎＴａｐｅ： ＡｇｉｌｅｎｔＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、５０６７－５５９２
・ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｄ５０００ 試薬： ＡｇｉｌｅｎｔＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、５０６７－５５９３
・ Ｑｕｂｉｔ（商標）ｄｓＤＮＡ ＨＳアッセイ・キット： Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｑ３２８５４
パッケージング及びレンチウイルス産生試薬
・ ｊｅｔＰＲＩＭＥ（登録商標）トランスフェクション試薬： Ｐｏｌｙｐｌｕｓ－トランスフェクション、１１４－７５
・ Ｖｉｖａｓｐｉｎ（登録商標） ２０： Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ、ＶＳ２０４１
・ Ｖｉｖａｆｌｏｗ（登録商標） ５０ カセット： Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ、ＶＦ０５Ｐ４
その他の試薬
・ ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔ（商標）ヒト ＣＤ３／ＣＤ２８／ＣＤ２Ｔ細胞活性化剤： ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、１０９７０
・ ポリ－Ｌ－オルニチン溶液 ０．０１％：Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ－Ｓｉｇｍａ、Ｐ４９５７－５０ＭＬ
・ ＰＢＳ中のＶｉａＳｔａｉｎ（商標）ＡＯ／ＰＩ 染色溶液： Ｎｅｘｃｅｌｏｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ＣＳ２－０１０６－５ｍＬ
・ ピューロマイシン： Ｇｉｂｃｏ、Ａ１１１３８－０３
・ ノーセオスリシン： ＧｏｌｄＢｉｏ、Ｎ－５００－１
・ Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄレンチウイルス試薬 （ＥＦ－１ アルファプロモーター， ピューロマイシン選択）， Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ， ４４７６
・ Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ（商標）ＰＬＵＳ： Ｃｙｔｉｖａ， １７１４４００３
・ ＤＮＡｓｅ Ｉ： ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， ０７４７４
ＰＣＲ プライマー
・ ヒト定常領域フォーワードプライマー， ＴＣＲ Ｐ２Ａ Ｆ Ｒｄ２， ＧＡＣＴＧＧＡＧＴＴＣＡＧＡＣＧＴＧＴＧＣＴＣＴＴＣＣＧＡＴＣＴＡＣＧＴＴＧＡＡＧＡＧＡＡＣＣＣＣＧＧＡＣＣＴ： Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ
・ ヒト定常領域リバースプライマー， ＴＣＲ＿ＨＣＡ＿Ｒ， ＡＣＡＣＴＣＴＴＴＣＣＣＴＡＣＡＣＧＡＣＧＣＴＣＴＴＣＣＧＡＴＣＴＣＴＧＴＣＴＣＴＣＡＧＣＴＧＧＴＡＣＡＣＧＧＣ： Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ
実施例２：ＨＡ－２結合タンパク質の同定
健康なドナー由来の抗原特異的ＴＣＲの迅速なクローニングを可能にするハイスループットＴＣＲ探索プラットフォームを開発した（図１）。次いで、このプラットフォームを使用して、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１陽性の健康なＨＡ－２陰性（ＲＳ＿６１７３９５３１、Ｔ／Ｔ）ドナー由来のナイーブＣＤ８＋ Ｔ細胞をスクリーニングし、及び、１，３０２個のＨＡ－２特異的ＴＣＲを同定した（図１）。次に、これらのＴＣＲのサブセット（３８０個のＴＣＲ－図２または１，１７４個のＴＣＲ－図６）をさらにスクリーニングして、ＨＡ－２ ＲＥＦ（ＹＩＦＥＶＬＶＳＶ）デキストラマーに対する結合を同定し（図２及び図６）、及び、追加の機能分析を行うためにクローンを選択した。表１で説明されているように、ＴＣＲ－１０１などのＨＡ－２のＳＮＰ及びＲＥＦ（ターゲット）ペプチドの両方を認識するＴＣＲ、またはＲＥＦ（ターゲット）ペプチドを認識することが認められた。ＳＮＰペプチドは細胞表面に提示されないことが文献において質量分析を使用して示されているので、ＲＥＦ（ターゲット）ペプチド（ＹＩＧＥＶＬＶＳＶ）は自ずとプロセシングされるのに対し、ＲＥＦ（ターゲット）ペプチドに結合するＴＣＲは、ＳＮＰペプチドに結合する能力に関係なく有用である。また、ＳＮＰペプチドとＲＥＦペプチドの両方を認識する「ＤＰ」ＴＣＲは、ペプチドを外因的に添加した場合、ＳＮＰペプチドよりもはるかに良好にＲＥＦペプチド（ターゲット）を認識することが認められている。ＴＣＲ ＨＡ２－ＭＪ１－ＤＰ５７、ＨＡ２－ＭＪ１－ＤＰ２、ＨＡ２－ＭＪ１－ＤＰ３７、ＨＡ２－ＭＪ７－ＤＰ１９、ＨＡ２－ＭＪ３－ＤＰ１２、ＨＡ２－ＭＪ２－ＤＰ８、ＨＡ２－ＭＪ２－ＤＰ１、及びＨＡ２－ＭＪ１－ＤＰ１の場合、ＲＥＦペプチドパルス細胞は、同じペプチド用量、及びＥ：Ｔで、ＳＮＰペプチドパルス細胞よりも速く死滅します。
形質導入によって図２及び６に示したクローンのそれぞれを発現するように操作したＰａｎ－Ｔ細胞が生成されており（図３、４Ａ、７Ａ、及び８Ａ）、及び、これらの操作したＴ細胞は、多数の異なるがんタイプに関してターゲットがん細胞を死滅させ、共培養経験からＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－２、ＴＮＦ－アルファ、及びグランザイムＢの産生を刺激することが実証された。ターゲット細胞による刺激に応答して増殖する（図４Ｂ－４Ｄ、７Ｂ－７Ｍ、及び８Ｂ－８Ｍ）。加えて、代表的な同種反応性ランドスケープ解析により、これらの機能的に検証されたＨＡ－２ ＴＣＲクローンは、テストした他の主要なＨＬＡ－Ｉ対立遺伝子に対して最小限の同種反応性または同種反応性が皆無であることを示した（図５及び９）。ＣＣＬＥ由来のＨＡ－２及びＨＬＡ－Ａ細胞株のＲＮＡ発現を、以下の表３に示しており、試験した細胞株が、様々なレベルのターゲットＨＡ２及びＨＬＡ－Ａ発現を有することを実証している。
本明細書に記載の抗ＨＡ－２ ＴＣＲは希少なものであり、独特の特性を有する。例えば、ＨＡ２ ＳＮＰ／ＳＮＰ遺伝子型ヒトドナー由来の約２億６８００万個のナイーブＴ細胞のスクリーニングして１，３０２個のＴＣＲが同定した。これらのＴＣＲは、レンチウイルスを使用してＴ細胞で外因的に発現した場合の表面発現について系統的かつ厳密に試験した。これらのＴＣＲをアッセイして、広範囲のＨＬＡ及びＨＡ２ ＲＥＦペプチド発現（例えば、高レベルから低レベルのＨＬＡ及びＨＡ２ ＲＥＦペプチド）を発現する細胞株に応答して、ターゲッティング細胞の死滅、サイトカイン分泌、及び増殖をさらに確認した。加えて、ＴＣＲは、１１０の異なるＨＬＡの広範なパネルに対して最小限の同種反応性を示した。完全長タンパク質よりも効率的に処理され、かつ、ヒト野生型プロテオーム全体をカバーする９０－ａａタンパク質フラグメントを過剰発現させてオフターゲットを過大予測するように設計された安全性スクリーニング（図１０Ａ）をＴＣＲに適用した。例えば、ＨＡ２－ＭＪ１４－ＤＰ３１７（ＴＣＲ－１０１）ＴＣＲについては、高感度スクリーン（図１０Ｂ）を使用して、いくつかの推定オフターゲットフラグメントを同定したが、これらのフラグメントに由来する推定オフターゲットペプチドは、ターゲットＨＡ－２ペプチドに対して少なくとも１００～３，０００倍低い親和性を示しており（図１１Ａ及び１１Ｂ）、このことは、例示的なＴＣＲの強い安全性プロファイルを強調している。いくつかの実施形態では、本発明に含まれる結合タンパク質は、少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１５５０、１６００、１６５０、１７００、１７５０、１８００、１８５０、１９００、１９５０、２０００、２０５０、２１００、２１５０、２２００、２２５０、２３００、２３５０、２４００、２４５０、２５００、２５５０、２６００、２６５０、２７００、２７５０、２８００、２８５０、２９００、２９５０、３０００倍、もしくはそれを越える倍数、またはその間の任意の範囲、例えば、１９９～３０００倍、１００～１０００倍，５０～３００倍など、ターゲッティングに対しては、１つ以上の非ターゲットペプチド（例えば、１つ以上の推定オフターゲットペプチド）よりも協力である。さらに、ＴＣＲは、原発性血液腫瘍サンプルに対する細胞毒性を確認するアッセイなどにおいて、安定した機能活性を示す（図１２Ａ及び１２Ｂ）。図１３は、要約データを提供しており、図１４Ａ及び１４Ｂは、ＴＳＣ－１０１が、非造血初代ヒト細胞に対する反応性を欠いていることを確認している。


参照による取り込み
本明細書で言及される、全ての刊行物、特許、及び特許出願は、各々の個々の刊行物、特許、または特許出願が、具体的且つ個々に示され、参照により取り込まれるかのように、その全体が本出願に参照により取り込まれる。相反する場合には、本出願（任意の定義を含む）が優先される。
公開データベース中のエントリーに対応するアクセッション番号を参照する、任意のポリヌクレオチド配列及びポリペプチド配列（例えば、ワールド・ワイド・ウェブ（Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ）にあるｔｉｇｒ．ｏｒｇのＪ．Ｃ．ベンター研究所［Ｔｈｅ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＴＩＧＲ）］、及び／またはワールド・ワイド・ウェブ（Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ）にあるｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖのアメリカ国立生物工学情報センター［ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）］によって、維持されている配列等）もまた、その全体が本出願に参照により取り込まれる。
均等物及び範囲
本発明によって包含される１つ以上の実施形態の詳細は、上記の明細書に記載されている。以上、代表的な、例示的な材料及び方法について説明したが、本出願に記載されるそれらと、類似なまたは均等な、任意の材料を及び方法を、本発明によって包含される実施形態の、実施にまたは試験に、使用することがある。本発明に関連する、他の特徴、目的及び効果は、本明細書から明らかである。別段定義しない限り、本出願で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解される意味と、同じ意味を有する。相反する場合には、上記で提供した本明細書が優先される。
当業者は、本出願に記載される本発明によって包含される、特定の実施形態に対する、多くの均等物を、ルーチンにしかすぎない実験を使用して、認識するか、または確認することができる。本発明によって包含される範囲は、本出願で提供される明細書に限定されることを、意図しない、及びそのような均等物は、添付の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」はオープンであることが意図され、追加の要素またはステップの包含を、許容するが、必要としないことにも留意されたい。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」を本出願で使用する場合、用語「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」も包含される、及び開示される。
範囲が与えられている場合、端点が含まれる。更に、別段に示されていない限り、またはその他、状況及び当業者の理解から明白な場合、範囲として表される値は、本発明によって包含される種々の実施形態において記載された範囲内の、状況が明らかに別段を定めない場合、当該範囲の下限の単位の１０分の１までの、任意の特定の値または部分範囲を想定し得ることを理解されたい。
更に、先行技術の範囲内になる、本発明によって包含される任意の特定の実施形態は、何れの１つ以上の特許請求の範囲からも明示的に除外され得ることが理解されるべきである。そのような実施形態は、当業者に既知であるとみなされるので、それらは、除外が本出願において明確に記載されていないとしても、除外され得る。本発明によって包含される組成物の任意の特定の実施形態（例えば、任意の抗生物質、治療的なまたは活性のある成分；任意の製造方法；任意の使用方法；等）は、先行技術の有無に関係なく、任意の理由で、任意の１つ以上の特許請求の範囲から除外されることがある。
使用された語は限定というよりも説明に関する語である、及びそのより広い態様において、本発明によって包含される、真の範囲及び趣旨から逸脱することなく、添付の特許請求の範囲の範囲内で変更を行うことができることを理解されたい。
本発明は、いくつかの記載された実施形態に関して、ある程度の長さで、及びある程度の具体性をもって、記載されているが、任意のそのような具体性若しくは実施形態または任意の特定の実施形態に限定されるべきではなく、先行技術を考慮してそのような特許請求の範囲の最も広範な解釈を提供するように、及び、それ故に、本発明によって包含される意図された範囲を効果的に包含するように、添付の特許請求の範囲を参照して解釈されるべきである。

Claims (149)

  1. 以下を含む結合タンパク質：
    ａ）表１に列挙されるＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）アルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／または、
    ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する。
  2. 以下を含む結合タンパク質：
    ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖαドメイン配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖαドメイン配列；及び／または、
    ｂ）表１に列挙されるＴＣＲ ベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖβドメイン配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖβドメイン配列、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する。
  3. 以下を含む結合タンパク質：
    ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖配列；及び／または、
    ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖配列に対して、少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖配列、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する。
  4. 以下を含む結合タンパク質：
    ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／または、
    ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する。
  5. 以下を含む結合タンパク質：
    ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖα）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖαドメイン配列；及び／または、
    ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖβ）ドメイン配列からなる群より選択されるＴＣＲ Ｖβドメイン配列、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する。
  6. 以下を含む結合タンパク質：
    ａ）表１に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲアルファ鎖配列；及び／または、
    ｂ）表１に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群より選択されるＴＣＲベータ鎖配列、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる、任意選択的に、ここで、その結合親和性は、約５×１０－４Ｍ以下のＫｄを有する。
  7. 請求項１から６のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、
    １）前記ＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖαドメイン、及び／またはＴＣＲアルファ鎖は、表１に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、によってコードされる、及び／または、
    ２）前記ＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖβドメイン、及び／またはＴＣＲベータ鎖は、表１に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、によってコードされる、及び／または、
    ３）前記結合タンパク質のそれぞれのＣＤＲは、表１に列挙される同種の参考ＣＤＲ配列と比較して、最大５個の、アミノ酸置換、挿入、欠失、またはそれらの組み合わせ、を有する。
  8. 請求項１から７のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記ＨＡ－２免疫原性ペプチドは、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む。
  9. 請求項１から８のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、キメラ、ヒト化、またはヒトである。
  10. 請求項１から９のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合フラグメント、単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）、またはＴＣＲ及びエフェクター・ドメインを含む融合タンパク質、である、任意選択的に、ここで、前記結合ドメインは、膜貫通ドメイン及び細胞内にあるエフェクター・ドメイン、を含む。
  11. 請求項１から１０のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記ＴＣＲアルファ鎖、及び前記ＴＣＲベータ鎖は、共有結合している、任意選択的に、ここで、前記ＴＣＲアルファ鎖、及び前記ＴＣＲベータ鎖は、リンカー・ペプチドを介して共有結合している。
  12. 請求項１から１１のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記ＴＣＲアルファ鎖、及び／または前記ＴＣＲベータ鎖は、部分構造に共有結合的に連結している、任意選択的に、ここで、その共有結合的に連結した前記部分構造は、親和性タグまたは標識、を含む。
  13. 請求項１２に記載の結合タンパク質、ここで、前記親和性タグは、ＣＤ３４濃縮タグ、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、カルモジュリン結合タンパク質（ＣＢＰ）、タンパク質Ｃタグ、Ｍｙｃタグ、Ｈａｌｏタグ、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、ビオチン・タグ、及びＶ５タグ、からなる群より選択される、及び／または、ここで、前記標識は、蛍光タンパク質である。
  14. 請求項１から１３のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記共有結合的に連結した部分構造は、炎症性薬剤、サイトカイン、毒素、細胞傷害性分子、放射性同位体、または抗体若しくはその抗原結合フラグメント、からなる群より選択される。
  15. 請求項１から１４のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、細胞表面上にある前記ｐＭＨＣ複合体に結合する。
  16. 請求項１から１５のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記ＭＨＣは、ＭＨＣ多量体である、任意選択的に、ここで、前記ＭＨＣ多量体は、四量体である。
  17. 請求項１から１６のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記ＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩ分子である。
  18. 請求項１から１７のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記ＭＨＣは、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。
  19. 請求項１から１８のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊２０７対立遺伝子、からなる群より選択される。
  20. 請求項１から１９のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質の、前記ＨＡ－２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体への結合は、免疫応答を誘発する、任意選択的に、ここで、前記免疫応答は、Ｔ細胞応答である。
  21. 請求項１から２０のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記Ｔ細胞応答は、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害、からなる群より選択される。
  22. 請求項１から２１のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、前記ＨＡ－２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、約１×１０－４Ｍ以下、約５×１０－５Ｍ以下、約１×１０－５Ｍ以下、約５×１０－６Ｍ以下、約１×１０－６Ｍ以下、約５×１０－７Ｍ以下、約１×１０－７Ｍ以下、約５×１０－８Ｍ以下、約１×１０－８Ｍ以下、約５×１０－９Ｍ以下、約１×１０－９Ｍ以下、約５×１０－１０Ｍ以下、約１×１０－１０Ｍ以下、約５×１０－１１Ｍ以下、約１×１０－１１Ｍ以下、約５×１０－１２Ｍ以下、または約１×１０－１２Ｍ以下、のＫｄで、特異的に、結合することができる。
  23. 請求項１から２２のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、前記ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対して、既知のＴ－細胞レセプターよりも、より高い結合親和性を有する。
  24. 請求項１から２３のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、前記ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対して、既知のＴ－細胞レセプターよりも、少なくとも１．０５倍高い結合親和性を有する。
  25. 請求項１から２４のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、既知のＴ－細胞レセプターよりも、より高い、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害、を誘導する。
  26. 請求項１から２５のいずれか１項に記載の結合タンパク質、ここで、前記結合タンパク質は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、既知のＴ－細胞レセプターよりも、少なくとも１．０５倍増加した、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出、及び／または細胞傷害性傷害、を誘導する。
  27. 請求項２５または２６に記載の結合タンパク質、ここで、前記ターゲット細胞は、ＤＥＬ、ＴＨＰ－１またはＴＦ１細胞株、である。
  28. 請求項２５または２６に記載の結合タンパク質、ここで、前記ターゲット細胞は、がん細胞である。
  29. 請求項２８に記載の結合タンパク質、ここで、前記がんは、血液系悪性腫瘍である。
  30. 請求項２９に記載の結合タンパク質、ここで、前記血液系悪性腫瘍は、白血病、リンパ腫、骨髄異形成障害、骨髄増殖性疾患、または骨髄腫である。
  31. 表１に列挙された、ＴＣＲアルファ鎖の配列、及びＴＣＲベータ鎖の配列、からなる群より選択される、ＴＣＲアルファ鎖、及び／またはＴＣＲベータ鎖。
  32. 表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸の相補体と、または表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に対して、少なくとも約８０％の相同性を有する配列と、ストリンジェントな条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）下で、ハイブリダイズする、単離された核酸分子、
    任意選択的に、ここで、前記単離された核酸分子は、
    １） 表１に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ 遺伝子の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、及び／または、
    ２） 表１に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、
    を含む。
  33. 請求項３２に記載の単離された核酸、ここで、前記核酸は、宿主細胞における発現の為に、コドンが最適化されている。
  34. 請求項３２または３３に記載の単離された核酸を含む、ベクター。
  35. 請求項３４に記載のベクター、ここで、前記ベクターは、クローニング・ベクター、発現ベクター、またはウイルス・ベクター、である。
  36. 請求項３４または３５に記載のベクター、ここで、前記ベクターは、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列、を更に含む。
  37. 請求項３４から３６のいずれか１項に記載のベクター、ここで、ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグをコードする核酸に作動可能に連結されている。
  38. 請求項３４から３７のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記タグをコードする核酸は、前記ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列の５’上流にあり、その結果、前記タグは、ＣＤ８αのまたはＣＤ８βの、Ｎ末端で融合している。
  39. 請求項３４から３８のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記タグは、ＣＤ３４濃縮タグである。
  40. 請求項３４から３９のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記請求項２３または２４に記載の単離された核酸、ならびに、前記ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、配列内リボソーム進入部位（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ）と、または自己切断ペプチドをコードする核酸配列と、相互連結している。
  41. 請求項３４から４０のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記自己切断ペプチドは、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２Ａ、またはＴ２Ａ、である。
  42. 前記請求項３２または３３に記載の単離された核酸を含む、前記請求項３４から４１のいずれか１項に記載のベクターを含む、及び／または前記請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質を発現する、宿主細胞、任意選択的に、ここで、前記細胞は、遺伝子操作されている。
  43. 請求項４２に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＴＣＲ遺伝子の、ＨＬＡ遺伝子の、またはその両方の、染色体遺伝子の、ノックアウトを含む。
  44. 請求項４２または４３に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１ミクログロブリン遺伝子、β２ミクログロブリン遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＨＬＡ遺伝子、のノックアウトを含む。
  45. 請求項４２から４４のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＴＣＲ遺伝子、のノックアウトを含む。
  46. 請求項４２から４５のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βを、発現する。
  47. 請求項４６に記載の宿主細胞、ここで、前記ＣＤ８αは及び／またはＣＤ８βは、ＣＤ３４濃縮タグに融合している。
  48. 請求項４７に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、前記ＣＤ３４濃縮タグを用いて富化されている。
  49. 請求項４２から４８のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｅｉｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄＭｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌ（ＰＢＭＣ））、臍帯血細胞、または免疫細胞、である。
  50. 請求項４２から４９のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記免疫細胞は、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞（ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８ダブル・ネガティブＴ細胞、ガンマ・デルタ（γδ）Ｔ細胞、ナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ－Ｔ細胞、樹状細胞、またはそれらの組合せ、である。
  51. 請求項４２から５０のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、エフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、またはそれらの組み合わせ、である。
  52. 請求項４２から５１のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞、またはＴ細胞株の細胞、である。
  53. 請求項４２から５２のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記Ｔ細胞は、内因性のＴＣＲを発現しない、または内因性のＴＣＲの細胞表面発現がより低い。
  54. 請求項４２から５３のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２ペプチド・エピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞と接触した場合に、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。
  55. 請求項５４に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏ、で前記ターゲット細胞と接触する。
  56. 請求項５４または５５に記載の宿主細胞、ここで、前記サイトカインは、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、及び／またはＩＦＮ－γ、である。
  57. 請求項５４から５６のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記細胞傷害性分子は、パーフォリン類及び／またはグランザイム類である、任意選択的に、ここで、前記細胞傷害性分子は、グランザイムＢである。
  58. 請求項５４から５７のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。
  59. 請求項５８に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、少なくとも１．０５倍高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。
  60. 請求項５４から５９のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２ペプチド・エピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞を傷害することができる。
  61. 請求項６１に記載の宿主細胞、ここで、前記傷害を、傷害アッセイによって測定する。
  62. 請求項６０または６１に記載の宿主細胞、ここで、前記傷害アッセイにおける、前記宿主細胞と前記ターゲット細胞との比率は、２０：１から０．６２５：１である。
  63. 請求項６０から６２のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記ターゲット細胞は、１μｇ／ｍＬから５０ｐｇ／ｍＬのＨＡ－２ペプチドでパルスしたＴ２細胞である。
  64. 請求項６０から６２のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より多数のターゲット細胞を傷害することができる。
  65. 請求項６４に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、少なくとも１．０５倍多数のターゲット細胞を傷害することができる。
  66. 請求項６０、６１、６４及び６５のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記ターゲット細胞は、ＤＥＬ、ＴＨＰ－１またはＴＦ－１細胞株である。
  67. 請求項５４から６６のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記ＨＡ－２免疫原性ペプチドは、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む。
  68. 請求項５４から６７のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記ＭＨＣ分子は、ＭＨＣクラスＩ分子である。
  69. 請求項５４から６８のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで前記ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。
  70. 請求項５４から６９のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊０２０７対立遺伝子、からなる群より選択される。
  71. 請求項５４から７０のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記ターゲット細胞は、Ｄｅｌ、ＴＨＰ－１、及びＴＦ－１細胞株からなる群より選択される細胞株である、ＨＡ－２を発現する造血系がん細胞である、またはＮＢ４ではない。
  72. 請求項７１に記載の宿主細胞、ここで、前記がん細胞は、白血病、リンパ腫、骨髄異形成障害、骨髄増殖性新生物、または骨髄腫、からなる群より選択される血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ）の細胞である。
  73. 請求項５４から７１のいずれか１項に記載の宿主細胞、ここで、前記宿主細胞は、ＨＡ－２抗原を発現しない、請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質によって認識されない、及び」、血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２対立遺伝子を発現しない。
  74. 請求項４２から７３のいずれか１項に記載の宿主細胞の集団。
  75. 以下を含む組成物：
    ａ）請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質、
    ｂ）請求項３２または３３に記載の単離された核酸、
    ｃ）請求項３４から４１のいずれか１項に記載のベクター、
    ｄ）請求項４２から７３のいずれか１項に記載の宿主細胞、及び／または、
    ｅ）請求項７４に記載の宿主細胞の集団、
    ならびに担体。
  76. 以下を含むデバイスまたはキット：
    ａ）請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質、
    ｂ）請求項３２または３３に記載の単離された核酸、
    ｃ）請求項３４から４１のいずれか１項に記載のベクター、
    ｄ）請求項４２から７３のいずれか１項に記載の宿主細胞、及び／または、
    ｅ）請求項７４に記載の宿主細胞の集団、
    ここで、前記デバイスまたはキットは、任意選択的に、ａ）、ｄ）及び／またはｅ）がｐＭＨＣ複合体に結合すること、を検出する為の試薬、を含む。
  77. 請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質を産生する方法、ここで、前記方法は、以下のステップを含む：
    （ｉ）請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質をコードする配列を含む核酸によって形質転換された、形質転換済み宿主細胞を、前記結合タンパク質が発現することが可能になるのに適した条件下で、培養するステップ；及び、
    （ｉｉ）発現した結合タンパク質を回収するステップ。
  78. 請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質を発現する宿主細胞を産生する方法、ここで、前記方法は、以下のステップを含む：
    （ｉ）請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質をコードする配列を含む核酸を、前記宿主細胞に導入するステップ；
    （ｉｉ）その形質転換済み宿主細胞を、前記結合タンパク質が発現することが可能になるのに適した条件下で、培養するステップ。
  79. ＨＡ－２抗原の、及び／またはＨＡ－２を発現する細胞の、存在をまたは不存在を、検出する方法、任意選択的に、ここで、前記細胞は、過剰増殖性細胞である、前記方法は、請求項１から３０のいずれか１項に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、または請求項４２から７３のいずれか１項に記載の少なくとも１種の宿主細胞、を使用することによって、サンプル中の前記ＨＡ－２抗原の、存在をまたは不存在を、検出するステップを含む、ここで、前記ＨＡ－２抗原を検出することは、ＨＡ－２抗原、及び／またはＨＡ－２を発現する細胞、が存在することの指標である。
  80. 請求項７９に記載の方法、ここで、前記少なくとも１種の結合タンパク質、または前記少なくとも１種の宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中の前記ＨＡ－２ペプチドと複合体を形成する、及び前記複合体を、蛍光活性化細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫化学的、ウェスタン・ブロット、または細胞内フロー・アッセイ、の形態で検出する。
  81. 請求項７９または８０に記載の方法、ここで、前記方法は、対象から前記サンプルを得るステップを更に含む。
  82. 請求項７９から８１のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記方法は、骨髄生検によって、ＨＡ－２を発現する細胞を確認するステップを更に含む。
  83. 以下を含む、対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、のレベルを検出する方法：
    ａ）前記対象から得られたサンプルを、請求項１から３０のいずれか１項に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、請求項４２から７３のいずれか１項に記載の少なくとも１種の宿主細胞、または請求項７４に記載の宿主細胞の集団、と接触させるステップ；及び、
    ｂ）応答性のレベルを検出するステップ、ここで、対照のレベルと比較して、より高いレベルの応答性は、前記対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、のレベルを示す。
  84. 請求項８３に記載の方法、ここで、前記対照のレベルは、参考数字である。
  85. 請求項８３に記載の方法、ここで、前記対照のレベルは、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を有さない対象のレベルである。
  86. 対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の進行をモニタリングする為の方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
    ａ）請求項７９から８５のいずれか１項に記載の、ＨＡ－２抗原のレベルを、またはＨＡ－２を発現する関心とするの細胞のレベルを、対象のサンプルにおいて、第１の時点で、検出するステップ；
    ｂ）後続の時点で、ステップａ）を反復するステップ；ならびに、
    ｃ）前記対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の進行をモニタリングする為に、ステップａ）及びステップｂ）において検出した、ＨＡ－２抗原のレベルを、またはＨＡ－２を発現する関心とする細胞のレベルを、比較するステップ、ここで、ステップａ）と比較した、ステップｂ）において検出した、ＨＡ－２抗原の、またはＨＡ－２を発現する関心とする細胞の、存在しない、または減少したレベルは、前記対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、の進行が、阻害されていることを示す。
  87. 請求項８６に記載の方法、ここで、前記第１の時点と前記後続の時点との間で、前記対象は、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を治療する為の治療を受けたことがある。
  88. 以下を含む、ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する療法の有効性を評価する方法：
    ａ）ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する療法の少なくとも１部を対象に提供する前に、前記対象から取得した第１のサンプルにおける、前記対象から得られたサンプルと、請求項１から３０のいずれか１項に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、請求項４２から７３のいずれか１項に記載の少なくとも１種の宿主細胞、または請求項７４に記載の宿主細胞の集団、との間の、応答性の、存在またはレベル、を決定するステップ、ならびに、
    ｂ） ＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する療法の少なくとも１部を提供した後に、前記対象から取得した第２のサンプルにおける、前記対象から得られたサンプルと、請求項１から３０のいずれか１項に記載の少なくとも１種の結合タンパク質、請求項４２から７３のいずれか１項に記載の少なくとも１種の宿主細胞、または請求項７４に記載の宿主細胞の集団、との間の、応答性の、存在またはレベル、を決定するステップ、
    ここで、前記第２のサンプルにおける応答性が、第１のサンプルと比較して、存在しないことは、またはレベルが減少していることは、前記療法が、前記対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を治療することに対して有効である、ことを示す。
  89. 請求項８３から８８のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記応答性のレベルは、ａ）結合の存在、及び／またはｂ）Ｔ細胞活性化、及び／またはエフェクター機能、によって示される、任意選択で、Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能は、Ｔ細胞増殖、傷害、またはサイトカイン放出する。
  90. 請求項８９に記載の方法、ここで、前記Ｔ細胞活性化は、またはエフェクター機能は、Ｔ細胞増殖、傷害、またはサイトカイン放出、である。
  91. 請求項８３から９０のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記Ｔ細胞結合を、活性化を、及び／またはエフェクター機能を、蛍光活性化細胞選別（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ）（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫化学的、ウェスタン・ブロット、または細胞内フロー・アッセイ、を使用して検出する。
  92. 対象におけるＨＡ－２抗原の発現を特徴とする、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、を予防する、及び／または治療する、方法、ここで、前記方法は、請求項１から３０のいずれか１項に記載の少なくとも１種の結合タンパク質を発現する細胞を含む組成物の治療有効量を、前記対象に投与することを含む。
  93. 請求項９２に記載の方法、ここで、前記細胞は、同種異系細胞、同系細胞、または自己細胞、である。
  94. 請求項９２または９３に記載の方法、ここで、前記細胞は、遺伝子操作をされている。
  95. 請求項９２から９４のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、ＴＣＲ遺伝子の、ＨＬＡ遺伝子の、またはＴＣＲ遺伝子及びＨＬＡ遺伝子の両方の、染色体遺伝子の、ノックアウトを含む。
  96. 請求項９２から９５のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１ミクログロブリン遺伝子、β２ミクログロブリン遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＨＬＡ遺伝子、のノックアウトを含む。
  97. 請求項９２から９６のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子、及びそれらの組み合わせ、より選択されるＴＣＲ遺伝子、のノックアウトを含む。
  98. 請求項９２から９７のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βを、発現する、任意選択的に、ここで、前記ＣＤ８αは及び／またはＣＤ８βは、ＣＤ３４濃縮タグに融合している。
  99. 請求項９８に記載の方法、ここで、前記細胞は、ＣＤ３４濃縮タグを用いて富化されている。
  100. 請求項９２から９９のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｅｉｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌ（ＰＢＭＣ））、臍帯血細胞、または免疫細胞、である。
  101. 細胞項９２から１００のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記免疫細胞は、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞（ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球始原細胞（ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８ダブル・ネガティブＴ細胞、ガンマ・デルタ（γδ）Ｔ細胞、ナチュラル・キラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ－Ｔ細胞、樹状細胞、またはそれらの組合せ、である。
  102. 請求項９２から１０１のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、セントラル・メモリーＴ細胞（ｃｅｎｔｒａｌ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、エフェクター・メモリーＴ細胞（ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）、またはそれらの組み合わせ、である。
  103. 請求項９２から１０２のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞、またはＴ細胞株の細胞、である。
  104. 請求項９２から１０３のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記Ｔ細胞は、内因性のＴＣＲを発現しない、または内因性のＴＣＲの細胞表面発現がより低い。
  105. 請求項９２から１０４のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２を含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞と接触した場合に、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。
  106. 請求項９２から１０５のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記サイトカインは、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、及び／またはＩＦＮ－γ、である。
  107. 請求項９２から１０６のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞傷害性分子は、パーフォリン類及び／またはグランザイム類である、任意選択的に、ここで、前記細胞傷害性分子は、グランザイムＢである。
  108. 請求項９２から１０７のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。
  109. 請求項１０８に記載の方法、ここで、前記細胞は、少なくとも１．０５倍高いレベルの、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。
  110. 請求項９２から１０９のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記宿主細胞は、ＭＨＣ分子の中にＨＡ－２を含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、を含むターゲット細胞を傷害することができる。
  111. 請求項９２から１１０のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記宿主細胞は、ＨＡ－２をヘテロ接合性に発現するターゲット細胞と接触した場合に、より多数のターゲット細胞を傷害することができる。
  112. 請求項１１１に記載の方法、ここで、前記宿主細胞は、少なくとも１．０５倍多数のターゲット細胞を傷害することができる。
  113. 請求項９２から１１２のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記ＨＡ－２免疫原性ペプチドは、アミノ酸配列ＹＩＧＥＶＬＶＳＶまたはＹＩＧＥＶＬＶＳＭを含む。
  114. 請求項９２から１１３のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記ＭＨＣ分子は、ＭＨＣクラスＩ分子である。
  115. 請求項９２から１１４のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２であるＭＨＣアルファ鎖を含む。
  116. 請求項９２から１１５のいずれか１項に記載の方法、ここで、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、及びＨＬＡ－Ａ＊０２０７対立遺伝子、からなる群より選択される。
  117. 請求項９２から１１６のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記ターゲット細胞は、前記対象において前記ＨＡ－２抗原を発現する、非－悪性細胞または過剰増殖性細胞、である。
  118. 請求項９２から１１７のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記組成物は、薬学的に許容可能な担体を更に含む。
  119. 請求項９２から１１８のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記組成物は、前記対象において前記ＨＡ－２抗原を発現する、前記非－悪性細胞または前記過剰増殖性細胞、に対する、免疫応答を誘導する。
  120. 請求項９２から１１９のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記組成物は、前記対象において前記ＨＡ－２抗原を発現する、前記非－悪性細胞または前記過剰増殖性細胞、に対する、抗原特異的なＴ細胞免疫応答を誘導する。
  121. 請求項９２から１２０のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記抗原特異的なＴ細胞免疫応答は、ＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答のうちの少なくとも１種を含む。
  122. 請求項８３から１２１のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記過剰増殖性障害は、血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ）を含む。
  123. 請求項８３から１２２のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、白血病、リンパ腫、骨髄異形成障害、骨髄増殖性新生物、または骨髄腫、を含む。
  124. 請求項８３から１２３のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌＭａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、白血病を含む。
  125. 請求項８３から１２４のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記白血病は、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ Ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＡＭＬ））、急性リンパ球性白血病（ａｃｕｔｅ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＡＬＬ））、混合表現型急性白血病（ｍｉｘｅｄ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ ａｃｕｔｅ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＭＰＡＬ））、慢性骨髄性白血病（ｃｈｒｏｎｉｃ Ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＣＭＬ））、Ｂ細胞前リンパ球性白血病（ｐｒｏｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、ヘアリー細胞白血病（ｈａｉｒｙ ｃｅｌｌ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、または慢性リンパ球性白血病（ｃｈｒｏｎｉｃ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ（ＣＬＬ））、より選択される。
  126. 請求項８３から１２５のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記血液障害は、リンパ腫を含む。
  127. 請求項８３から１２５のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記リンパ腫は、ホジキン・リンパ腫（Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＨＬ））、非－ホジキン・リンパ腫（ｎｏｎ－Ｈｏｄｇｋｉｎ’ｓ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＮＨＬ））、中枢神経系リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫（ｓｍａｌｌ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｍａ（ＳＬＬ））、ＣＤ３７＋樹状細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、粘膜関連（ＭＡＬＴ）リンパ組織の節外辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ－細胞リンパ腫、濾胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、縦隔（胸腺）大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、前駆Ｂ－リンパ芽球性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ－細胞リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、またはバーキット・リンパ腫、より選択される。
  128. 請求項８３から１２３のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記血液悪性腫瘍（ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ）は、骨髄異形成障害（ｍｙｅｌｏｄｙｓｐｌａｓｔｉｃ ｄｉｓｏｒｄｅｒ（ＭＤＳ））を含む、任意選択的に、ここで、前記ＭＤＳは、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（不応性貧血、不応性好中球減少症、及び不応性血小板減少症）、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＡＲＳ））、環状鉄芽球を伴う不応性貧血－血小板増加症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ －Ｔｈｒｏｍｂｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＲＡＲＳ－ｔ））、多血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈＭｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ（ＲＣＭＤ））、多血球系統の異形成と環状鉄芽球を伴う不応性血球減少症（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｃｙｔｏｐｅｎｉａ ｗｉｔｈＭｕｌｔｉｎｉｅａｇｅ ｄｙｓｐｌａｓｉａ ａｎｄ ｒｉｎｇ ｓｉｄｅｒｏｂｌａｓｔｓ（ＲＣＭＤ－ＲＳ））、芽球増加を伴う不応性貧血（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ａｎｅｍｉａ ｗｉｔｈ ｅｘｃｅｓｓ ｂｌａｓｔｓ（ＲＡＥＢ））、分類不能型骨髄異形成症候群、小児不応性血球減少症、５番染色体長腕の単独欠失を伴う骨髄異形成症候群（ＭＤＳ ｗｉｔｈ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｄｅｌ（５ｑ））、より選択される。
  129. 請求項８３から１２３のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記非－悪性障害は、免疫不全障害である、任意選択的に、ここで、前記免疫不全障害は、重度複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィスコット－アルドリッチ症候群（Ｗｉｓｋｏｔｔ－Ａｌｄｒｉｃｈ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、オーメン症候群（Ｏｍｅｎｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、Ｘ－連鎖リンパ増殖症候群、慢性肉芽腫病、白血球接着不全症、ディジョージ症候群（ＤｉＧｅｏｒｇｅ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、及び造血幹細胞移植（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌＴｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ（ＨＣＴ））の適応症、からなる群より選択される。
  130. 請求項８３から１２１のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記非－悪性障害は、非－悪性血液障害である、任意選択的に、ここで、前記非－悪性血液障害は、鎌状赤血球貧血、サラセミア、再生不良性貧血、血球貪食性リンパ組織症（ｈｅｍｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ ｌｙｍｐｈｏｈｉｓｔｉｏｃｙｔｏｓｉｓ（ＨＬＨ））、重度の再生不良性貧血、骨髄不全症候群、ファンコニ貧血（Ｆａｎｃｏｎｉ ａｎｅｍｉａ）、ダイアモンド－ブラックファン貧血（Ｄｉａｍｏｎｄ－Ｂｌａｃｋｆａｎ ａｎｅｍｉａ）、及びシュワックマン・ダイアモンド症候群（Ｓｃｈｗａｃｈｍａｎ Ｄｉａｍｏｎｄ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、からなる群より選択される。
  131. 請求項８３から１２１のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記非－悪性障害は、自己免疫障害である、任意選択的に、ここで、前記自己免疫障害は、全身性硬化症または多発性硬化症である。
  132. 請求項９２から１３１のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記対象は、造血細胞移植（ＨＣＴ）を受けている、または以前に受けたことがある、任意選択的に、ここで、前記ＨＣＴは、ＨＡ－２抗原を発現しない、請求項１から３０のいずれか１項に記載の結合タンパク質によって認識されない、血清型ＨＬＡ－Ａ＊０２の細胞ではない、及び／またはＨＬＡ－Ａ＊０２：０１対立遺伝子を発現しない、細胞を含む。
  133. 請求項１３２に記載の方法、ここで、前記ＨＣＴは、ＨＬＡ構成要素をコードする遺伝子の染色体ノックアウト、ＴＣＲ構成要素をコードする遺伝子の染色体ノックアウト、またはその両方、を含むドナー（ｄｏｎｏｒ）造血細胞を含む。
  134. 請求項９２から１３３のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記対象は、以前にリンパ球除去化学療法を受けたことがある。
  135. 請求項１３４に記載の方法、ここで、前記リンパ球除去化学療法は、シクロフォスファミド、フルダラビン、抗－胸腺細胞グロブリン、またはそれらの組み合わせ、を含む。
  136. 請求項９２から１３５のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記方法は、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する少なくとも１種の追加的な治療を、前記対象に、処方するステップを更に含む。
  137. 請求項９２から１３６のいずれか１項に記載の方法、ここで、非－悪性障害、過剰増殖性障害、または過剰増殖性障害の再発、に対する前記少なくとも１種の追加的な治療は、前記組成物と、同時に、または連続して、処方される。
  138. 請求項８１から１３７のいずれか１項に記載の方法、ここで、前記対象は、ＨＡ－２の発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物である、任意選択的に、ここで、前記哺乳動物は、ヒト、霊長類、または齧歯類、である。
  139. ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列に、作動可能に連結されたプロモーター、を含む発現ベクター。
  140. 請求項１３９に記載のベクター、ここで、前記ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグをコードする核酸に作動可能に連結し、その結果、前記タグは、前記ＣＤ８αにまたはＣＤ８βに、融合している。
  141. 請求項１３９または１４０に記載のベクター、ここで、前記タグをコードする核酸は、前記ＣＤ８αをまたはＣＤ８βをコードする核酸配列の５’上流にあり、その結果、前記タグは、ＣＤ８αのまたはＣＤ８βの、Ｎ末端で融合している。
  142. 請求項１３９から１４１のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記タグは、ＣＤ３４濃縮タグである。
  143. 請求項１３９から１４２のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記ベクターは、ＴＣＲαを及び／またはＴＣＲβをコードする核酸配列、を更に含む。
  144. 請求項１３９から１４３のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記ＴＣＲαは及び／またはＴＣＲβは、変異を有する膜貫通ドメインを、及び／または変異を有する定常ドメインを、含む。
  145. 請求項１３９から１４４のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記変異を有する膜貫通ドメイン、及び／または変異を有する定常ドメインは、内因性の、ＴＣＲαの及び／またはＴＣＲβの発現を減少させながらも、ＴＣＲαの及び／またはＴＣＲβの細胞表面発現を増強する。
  146. 請求項１３９から１４５のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記ＣＤ８αを及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、ならびに、前記ＴＣＲαを及び／またはＴＣＲβをコードする核酸配列は、配列内リボソーム進入部位（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ）と、または自己切断ペプチドをコードする核酸配列と、相互連結している。
  147. 請求項１３９から１４６のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記自己切断ペプチドは、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２Ａ、またはＴ２Ａ、である。
  148. 請求項１３９から１４７のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記ベクターは、表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列、または表１に列挙されるポリペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に対して、少なくとも約８０％の相同性を有する配列、を更に含む、任意選択的に、ここで、前記単離された核酸分子は、１）表１に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及びＴＲＡＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、及び／または２）表１に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及びＴＲＢＣ遺伝子の群より選択される、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ、及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、若しくはそれらのフラグメント、を含む。
  149. 請求項１３９から１４８のいずれか１項に記載のベクター、ここで、前記ベクターは、表３に記載の核酸配列を有する。
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