JP2024515902A - 組織向性が改善されたアデノ随伴ウイルスベクターカプシド - Google Patents
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Abstract
本発明は、新規なキメラＡＡＶカプシドタンパク質、並びにアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、例えば、組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ベクター、及びその組み合わせにおける、その使用を提供する。キメラＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドの場合と異なる向性を含む有利な特性を有する。本開示は、親ＡＡＶカプシドの向性特性と異なる向性特性を含む有利な特性を示す新規なキメラＡＡＶカプシドを提供する。さらに、新規なキメラＡＡＶカプシドは、標準プロトコルでの生成に適合可能であり、親ＡＡＶ血清型の場合に一致する力価をもたらす。別の態様では、新規なキメラＡＡＶカプシドは、臨床的遺伝子療法プログラムのための原体を作製するための標準プロトコル下での精製に適合可能である。
Description
配列表の参照
本願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的にファイルされていて、．ｔｘｔ形式で電子的に提出された配列表を含む。．ｔｘｔファイルは、２０２２年２月１５日に作成され、２５４ＫＢのサイズを有する「ＰＣ０７２７１９＿ＳｅｑｕｅｎｃｅＬｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という表題の配列表を含む。この．ｔｘｔファイルに含まれる配列表は、本明細書の一部であり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的にファイルされていて、．ｔｘｔ形式で電子的に提出された配列表を含む。．ｔｘｔファイルは、２０２２年２月１５日に作成され、２５４ＫＢのサイズを有する「ＰＣ０７２７１９＿ＳｅｑｕｅｎｃｅＬｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という表題の配列表を含む。この．ｔｘｔファイルに含まれる配列表は、本明細書の一部であり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、キメラＡＡＶカプシドタンパク質の分野、及びアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、例えば組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ベクターにおけるその使用に関する。具体的に、本発明は、親ＡＡＶカプシドの向性と異なる向性を含む有利な特性を有するキメラＡＡＶカプシドに関する。
治療用導入遺伝子を送達するために組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ベクターを使用するような治療法を含む遺伝子療法は、治療法がなく、多くの症例において治療が限られているような広範囲の重篤な疾患を治療する可能性を有する（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ １８：３５８－３７８）。ｒＡＡＶベクターを含む遺伝子療法は、欠陥遺伝子の健常なコピーを患者に導入し、次いで正常な構造又は機能を有するタンパク質を発現させる。
ｒＡＡＶベクターは、ＡＡＶの天然、合成又はキメラ血清型にいずれかを用いて産生することができる。血清型は、１つの血清型のウイルスカプシドタンパク質に反応性を示す抗体が別の血清型を中和できないことによって定義可能である（Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５（３）：２９９－３１０）。中和の欠如は、より新しいＡＡＶの血清がサブグループ又は変異体と同じであることを示す。新しいＡＡＶ単離物は、カプシド構造、抗原多様性、及び変動する組織向性における差異を示し得る（Ａｓｏｋａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒ．２０（４）６９９－７０８）。一部のＡＡＶ血清型についての向性は特徴づけられており、それには、ＡＡＶ１、ＡＡＶ６及びＡＡＶ９の骨格筋向性、ＡＡＶ１、ＡＡＶ６及びＡＡＶ９の心筋向性、ＡＡＶ５の肺向性、ＡＡＶ８の肝臓向性、ＡＡＶ４及びＡＡＶ８の眼向性、ＡＡＶ１、ＡＡＶ５、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｖ６６及びその他のＣＮＳ向性が含まれる（Ａｓｏｋａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒ．２０（４）６９９－７０８；Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．１１：３２７９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｖｉｒｏｌ．２１：７５－８０）。ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ６、ＡＡ８及びＡＡＶ９の混合物を有するキメラカプシドは、線条体オリゴデンドロサイトに対する＞９５％の向性を示す（Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２３：８０７－８１４）。キメラカプシドは、ＡＡＶ１２のＶＰ１／２配列及びＡＡＶ６のＶＰ３配列から得られており、ヒトＴ細胞、造血幹細胞及び神経細胞株の感染増強を示す（Ｖｉｎｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０２１）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．９５（７）：１－１５）。特定の細胞型若しくは組織を標的にする、又は細胞型若しくは組織を通じて特定の向性特性を有するＡＡＶカプシドは、遺伝子療法プログラムにおける使用にとって有利である。
ｒＡＡＶベクターは、ＡＡＶの天然、合成又はキメラ血清型にいずれかを用いて産生することができる。血清型は、１つの血清型のウイルスカプシドタンパク質に反応性を示す抗体が別の血清型を中和できないことによって定義可能である（Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５（３）：２９９－３１０）。中和の欠如は、より新しいＡＡＶの血清がサブグループ又は変異体と同じであることを示す。新しいＡＡＶ単離物は、カプシド構造、抗原多様性、及び変動する組織向性における差異を示し得る（Ａｓｏｋａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒ．２０（４）６９９－７０８）。一部のＡＡＶ血清型についての向性は特徴づけられており、それには、ＡＡＶ１、ＡＡＶ６及びＡＡＶ９の骨格筋向性、ＡＡＶ１、ＡＡＶ６及びＡＡＶ９の心筋向性、ＡＡＶ５の肺向性、ＡＡＶ８の肝臓向性、ＡＡＶ４及びＡＡＶ８の眼向性、ＡＡＶ１、ＡＡＶ５、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｖ６６及びその他のＣＮＳ向性が含まれる（Ａｓｏｋａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒ．２０（４）６９９－７０８；Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．１１：３２７９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｖｉｒｏｌ．２１：７５－８０）。ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ６、ＡＡ８及びＡＡＶ９の混合物を有するキメラカプシドは、線条体オリゴデンドロサイトに対する＞９５％の向性を示す（Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２３：８０７－８１４）。キメラカプシドは、ＡＡＶ１２のＶＰ１／２配列及びＡＡＶ６のＶＰ３配列から得られており、ヒトＴ細胞、造血幹細胞及び神経細胞株の感染増強を示す（Ｖｉｎｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０２１）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．９５（７）：１－１５）。特定の細胞型若しくは組織を標的にする、又は細胞型若しくは組織を通じて特定の向性特性を有するＡＡＶカプシドは、遺伝子療法プログラムにおける使用にとって有利である。
Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ １８：３５８－３７８
Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５（３）：２９９－３１０
Ａｓｏｋａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒ．２０（４）６９９－７０８
Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．１１：３２７９
Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｖｉｒｏｌ．２１：７５－８０
Ｖｉｎｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０２１）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．９５（７）：１－１５
本開示は、親ＡＡＶカプシドの向性特性と異なる向性特性を含む有利な特性を示す新規なキメラＡＡＶカプシドを提供する。さらに、新規なキメラＡＡＶカプシドは、標準プロトコルでの生成に適合可能であり、親ＡＡＶ血清型の場合に一致する力価をもたらす。別の態様では、新規なキメラＡＡＶカプシドは、臨床的遺伝子療法プログラムのための原体を作製するための標準プロトコル下での精製に適合可能である。
いくつかの態様では、本開示は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、約２２２～約２３５アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、βシートＧとβシートＨとの間の領域は、βシートＧ及びβシートＨ内部からのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨ及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨは、Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ、又はＭであり；Ｘ２は、Ｉ又はＭであり；Ｘ３は、Ｌ、Ｍ又はＦである）（配列番号６５）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列又はその両方は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列又はその両方は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域又はその両方は、配列ＶＰＦＨＳ（配列番号７５）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）又はＭＫＨＰＰＰ（配列番号７７）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９又はＡＡＶｒｈ１０であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５及びＡＡＶ９からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域又はその両方は、配列ＧＮＮＦＸ１Ｆ（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴである）（配列番号７８）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７及びＡＡＶ８からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つと少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域又はその両方は、配列ＬＹＲＦＶＳＴ（配列番号７９）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＰＰＰＭ（配列番号８０）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶブタ５である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４７と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号４７のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの態様では、本開示は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを提供する。いくつかの実施形態では、βシートＧとβシートＩとの間の領域は、βシートＧ及びβシートＩ内部からのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｋ、Ｎ又はＴである）（配列番号８１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰＩ、別のＡＡＶ ＶＰ１又はその両方は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ８、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩ及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３Ｘ４ＷＥＸ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ、Ｋ又はＱであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｄ又はＥであり；Ｘ５は、Ｉ又はＬであり；Ｘ６は、Ｑ又はＫである）（配列番号７１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰＩ、別のＡＡＶ ＶＰ１又はその両方は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、又はその両方は、配列番号１、配列番号３、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列又はその両方は、配列番号２、配列番号４、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域は、配列ＭＬＲＴＧＮＮＦ（配列番号８２）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶ（配列番号８３）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶウシ又はＡＡＶブタ４である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４３又は配列番号４５と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４３又は配列番号４５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの態様では、本開示は、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを提供し、ここで該ポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｅ５４７ Ｓ５５２、Ｎ５５３、Ａ５５５、Ｎ５５８ Ｖ５５９のいずれか１つ以上並びにＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｎ７１０、Ｎ７１１及びＶ７２１のいずれか１つ以上は、ＰＫＤ１受容体と相互作用する。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｗ５０４及びＴ５０５のいずれか１つ以上、並びにＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｓ２６３、Ｓ２６９、Ｓ３８６、Ｑ３８７、Ｄ３８４、Ｎ２７０のいずれか１つ以上は、ＰＫＤ２受容体と相互作用する。
いくつかの態様では、本開示は、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５及び配列番号４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチドを提供する。
いくつかの態様では、本開示は、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６及び配列番号４８からなる群から選択される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチドを提供する。
いくつかの態様では、本開示は、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドを含む組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクターを提供する。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶベクターは、導入遺伝子を含む核酸をさらに含む。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、レポータータンパク質は、ＧＦＰタンパク質である。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶベクターの向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターの向性と異なる。
いくつかの態様では、本開示は、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を提供する。いくつかの実施形態では、核酸は、プラスミドである。
いくつかの態様では、本開示は、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む。
いくつかの態様では、本開示は、ｉ）本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチド及びベクターゲノムを含むｒＡＡＶベクター、並びにｉｉ）薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ｉ）本明細書で開示されるｒＡＡＶベクター及びｉｉ）薬学的に許容される賦形剤を含む。
いくつかの態様では、本開示は、ｒＡＡＶベクターを作製する方法であって、ｉ）培養中の宿主細胞に、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むプラスミド、及び治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする核酸を含むプラスミドをトランスフェクトすることと、ｉｉ）ｒＡＡＶベクターを宿主細胞、培地又はその両方から単離することと、を含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量と実質的に類似する。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量の約８０％～１４０％である。いくつかの実施形態では、親血清型は、ＡＡＶ９である。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶベクターは、配列番号３３、配列番号３５又は配列番号３７のアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量よりも５～１００倍多い。いくつかの実施形態では、親血清型は、ＡＡＶ５である。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶベクターは、配列番号４３、配列番号４５又は配列番号４７のアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む。
いくつかの態様では、本開示は、標的細胞を形質導入する方法であって、標的細胞を、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、本明細書で開示されるｒＡＡＶベクター又は本明細書で開示される医薬組成物と接触させることを含み、それによりｒＡＡＶベクターは標的細胞に導入される、方法を提供する。いくつかの実施形態では、標的細胞は、肝臓（例えば、肝細胞、類洞内皮細胞）、膵臓（例えば、ベータ島細胞、外分泌）、肺、中枢若しくは末梢神経系、例えば、脳（例えば、神経若しくは上衣細胞、オリゴデンドロサイト）若しくは脊椎、腎臓、眼（例えば、網膜）、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心（心臓）、筋肉若しくは腰筋、又は腸（例えば、内分泌）、脂肪組織（白色、褐色若しくはベージュ）、筋肉（例えば、線維芽細胞、筋細胞）、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞、造血（例えば、血液若しくはリンパ）又は幹（例えば、多能性若しくは複能性前駆）細胞である。いくつかの実施形態では、標的細胞は、単離された細胞であり、形質導入はエクスビボでなされる。いくつかの実施形態では、標的細胞は、生物内の細胞であり、形質導入はインビボでなされる。いくつかの実施形態では、形質導入された標的細胞は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質を発現する。いくつかの実施形態では、レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は増強された緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）である。いくつかの実施形態では、生物内の形質導入細胞は、治療用タンパク質をコードする導入遺伝子を発現する。
いくつかの態様では、本開示は、疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防に使用するための、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、本明細書で開示されるｒＡＡＶベクター又は本明細書で開示される医薬組成物を提供する。いくつかの態様では、本開示は、疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防のための薬剤の製造における、本明細書で開示されるＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、本明細書で開示されるｒＡＡＶベクター又は本明細書で開示される医薬組成物の使用を提供する。
本開示は、遺伝子療法のためのｒＡＡＶベクターの作製における使用のための新規なキメラＡＡＶカプシドを提供する。新規なキメラカプシドは、別のＡＡＶカプシド血清型からのβシートＧドメイン及びβシートＨドメイン、又はβシートＩドメインの間の領域の置換を伴う親ＡＡＶカプシド血清型を含む。本開示の新規なキメラＡＡＶカプシドは、例えば親ＡＡＶカプシドの向性特性と異なる向性特性を含む有利な特性を示す。さらに、新規なキメラＡＡＶカプシドは、標準の細胞培養プロトコル下での作製に適合可能であり、親ＡＡＶ血清型の場合に一致する力価をもたらす。さらに、新規なキメラＡＡＶカプシドは、臨床的遺伝子療法プログラムのための原体を作製するために用いられる標準プロトコル下での精製に適合可能である。
当業者であれば、新規なＡＡＶカプシド、例えば本明細書で開示されるもの、その上、特定の細胞型若しくは組織を標的にするか、又は細胞型若しくは組織を通じた特定の向性特性を有するものの開発が、臨床的遺伝子療法プログラムにおける使用にとって有利となることを理解するであろう。特定の疾患又は病態によって影響される組織に対応する組織向性を有する新規なＡＡＶカプシドであれば、特に有利となろう。
Ｉ．定義
特段の定義がされていない限り、本明細書で用いられる全ての科学技術用語は、本発明が属する当業者によって一般に理解されている意味を有する。本明細書で用いられる用語は、あくまで特定の実施形態を説明することを目的とし、本発明を限定することは意図されない。本発明及び添付の特許請求の範囲の記載において使用する場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上明らかに別の意味を示していない限り、複数形を同様に含むことが意図される。数値範囲は、その範囲を規定する数値を包含する。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「有する（ｈａｖｉｎｇ）」は、包括的であることが意図され、列記された要素以外の追加的要素が存在し得ることを意味する。実施形態が本明細書で「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語を用いて説明される場合は常に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」及び／又は「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」の観点で説明されるそれ以外の類似する実施形態も提供されることが理解される。以下の用語は、以下の所与の意味を有する。
特段の定義がされていない限り、本明細書で用いられる全ての科学技術用語は、本発明が属する当業者によって一般に理解されている意味を有する。本明細書で用いられる用語は、あくまで特定の実施形態を説明することを目的とし、本発明を限定することは意図されない。本発明及び添付の特許請求の範囲の記載において使用する場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上明らかに別の意味を示していない限り、複数形を同様に含むことが意図される。数値範囲は、その範囲を規定する数値を包含する。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「有する（ｈａｖｉｎｇ）」は、包括的であることが意図され、列記された要素以外の追加的要素が存在し得ることを意味する。実施形態が本明細書で「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語を用いて説明される場合は常に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」及び／又は「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」の観点で説明されるそれ以外の類似する実施形態も提供されることが理解される。以下の用語は、以下の所与の意味を有する。
本明細書で使用する場合、「約」又は「およそ」という用語を用いて、ある値がその値を決定するために利用されている装置又は方法に対する誤差の標準偏差を含むことを示す。いくつかの実施形態では、「約」という用語は、本明細書で列挙される任意の数値にその数値が測定時に誤差の標準偏差を有すると思われる範囲で付記することができる。
本明細書で使用する場合、「及び／又は」という用語は、関連する列記項目の１つ以上のありとあらゆる可能な組み合わせ、並びに別の可能性（「又は」）で解釈される場合の組み合わせがないことを指し、包含する。
本明細書で使用する場合、「製剤」、「医薬製剤」又は「医薬組成物」という用語は、それらがｒＡＡＶベクターに関連する場合、例えば、ｐＨが規定された、緩衝剤、塩、凍結保護剤、界面活性剤を含む薬学的に許容される賦形剤と組み合わせたｒＡＡＶベクターを表すことを意味する。「医薬製剤」又は「医薬組成物」は、活性成分の生物学的活性が有効であることを可能にするような形態の製剤である。
ｒＡＡＶベクターは、カプシドが導入遺伝子を含む完全なベクターゲノムを含む場合、「完全」、「完全カプシド」、「完全ベクター」又は「完全にパッケージングされたベクター」と称される。宿主細胞によるｒＡＡＶベクターの産生中、完全カプシドほどにはパッケージングされない核酸を有し、例えば部分的な又は切断されたベクターゲノムを含むベクターが産生され得る。これらのベクターは、「中間」、「中間カプシド」、「部分的」又は部分的にパッケージングされたベクター」と称される。また、中間カプシドは、分析的超遠心分離によって分析される場合に、完全カプシドの沈降速度と中空カプシドの沈降速度との間の沈降速度である、中程度の沈降速度を有するカプシドであり得る。宿主細胞は、検出可能な核酸材料を全く含まないウイルスカプシドも生成し得る。これらのカプシドは、「中空」又は「中空カプシド」と称される。完全カプシドは、ＳＥＣ－ＨＰＬＣであって、それによってＡ２６０／Ａ２８０比が分析的超遠心分離によって分析されたカプシド（すなわち、完全、中間及び中空）に対して予め較正されているものによって決定されたＡ２６０／Ａ２８０比に基づいて、中空カプシドと区別することができる。カプシドを特徴づけるための当該技術分野で公知の他の方法は、ＣｒｙｏＴＥＭ、キャピラリー等電点電気泳動及び電荷検出質量分析を含む。中空及び完全ＡＡＶ９カプシドについての計算された等電点がそれぞれ約６．２及び約５．８であることは報告されている（Ｖｅｎｋａｔａｋｒｉｓｈｎａｎ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８７．９：４９７４－４９８４）。
本明細書で使用する場合、「遺伝子」という用語は、転写及び翻訳の後、特定のポリペプチド又はタンパク質をコードし得る少なくとも１つのオープンリーディングフレームを含むポリヌクレオチドを指す。「遺伝子導入」又は「遺伝子送達」は、外来ＤＮＡを宿主細胞に確実に挿入するための方法又はシステムを指す。こうした方法では、組み込まれていない移入されたＤＮＡの一過性発現、移入されたレプリコン（例えば、エピソーム）の染色体外複製及び発現、並びに／又は移入された遺伝物質の宿主細胞のゲノムＤＮＡへの組み込みをもたらし得る。
本明細書で使用する場合、「宿主細胞」という用語は、中に外因性核酸が導入されている細胞を指し、そのような細胞の子孫を含む。宿主細胞は、「トランスフェクタント」、「形質転換体」、「形質転換細胞」及び「形質導入細胞」を含み、一次トランスフェクト、形質転換又は形質導入された細胞、及び継代の数と無関係のそれに由来する子孫を含む。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ｒＡＡＶベクターの産生のためのパッケージング細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、それに由来するその子孫を含む、「宿主細胞株」、又は「宿主細胞培養物」である。
本明細書で使用する場合、「同一性」又は「と同一」という用語は、重合体分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／又はＲＮＡ分子）間及び／又はポリペプチド分子間の全体的な関係を指す。「同一性」は、コンピュータプログラムの特定の数学モデル（すなわち、「アルゴリズム」）によって対処されるギャップアライメントとの２つ以上の配列間の同一マッチのパーセントを測定する。
いくつかの実施形態では、重合体分子は、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％同一である場合、互いに「実質的に同一」であると考えられる。
例えば、２つの核酸又はポリペプチド配列のパーセント同一性の計算は、最適な比較を目的として、２つの配列を整列することによって実施することができる（例えば、最適なアライメントのため、第１及び第２配列の一方又は両方にギャップを導入することができ、比較を目的として、同一でない配列は無視することができる）。特定の実施形態では、比較を目的として整列された配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％である。次に、対応位置のヌクレオチドが比較される。第１配列内の位置が第２配列内の対応位置と同じ残基（例えば、ヌクレオチド又はアミノ酸）によって占有される場合、それらの分子は、その位置で同一である。２つの配列間のパーセント同一性は、２つの配列の最適なアライメントのために導入される必要がある、ギャップの数、及び各ギャップの長さを考慮に入れる、それら配列によって共有される同一位置の数の関数である。配列の比較及び２つの配列間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成することができる。
パーセント同一性を決定するため、配列は、それらの方法及びワールドワイドウェブ上のｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／で利用可能なＢＬＡＳＴを含むコンピュータプログラムを用いて整列することができる。他のアライメントプログラムとして、バイオインフォマティクスソフトウェア（ＤＮＡＳＴＡＲ（登録商標），Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）のＬａｓｅｒｇｅｎｅ（登録商標）スイートにおけるＭｅｇＡｌｉｇｎ（登録商標）プログラムが挙げられる。別のアライメントアルゴリズムが、Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．，ＵＳＡからのＧｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）パッケージにおいて利用可能なＦＡＳＴＡである。アライメントのための他の技術は、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．２６６：Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ（１９９６），ｅｄ．Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．に記載されている。特に興味深いのは、配列内のギャップを許容するアライメントプログラムである。Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎは、配列アライメントにおけるギャップを許容するアルゴリズムの一種である。Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．７０：１７３－１８７（１９９７）を参照されたい。また、ニードルマン・ブンシュのアライメント法を用いるギャッププログラムを利用し、配列を整列することができる。Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３－４５３（１９７０）を参照されたい。
また、興味深いのは、スミス・ウォーターマンの局所的相同性アルゴリズム（１９８１，Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃｓ ２：４８２－４８９）を用いて配列同一性を決定するためのＢｅｓｔＦｉｔプログラムである。ギャップ生成ペナルティは、一般に１～５、通常は２～４の範囲となり、いくつかの実施形態では、３となる。ギャップエクステンションペナルティは、一般に約０．０１～０．２０の範囲となり、場合によっては０．１０となる。プログラムは、比較のためにインプットされた配列によって決定されるデフォルトパラメータを有する。好ましくは、配列同一性は、プログラムによって決定されるデフォルトパラメータを用いて決定される。また、このプログラムは、Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ，ＵＳＡからのＧｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）パッケージから利用可能である。興味深い別のプログラムは、ＦａｓｔＤＢアルゴリズムである。ＦａｓｔＤＢは、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．１２７－１４９，１９８８，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．に記載されている。
本明細書で使用する場合、「逆位末端配列」、「ＩＴＲ」、「末端反復」及び「ＴＲ」という用語は、多くは相補的な対称的に配列された配列を含む、ＡＡＶウイルスゲノムの末端部又はその近傍のパリンドローム末端反復配列を指す。これらのＩＴＲは、折り重なって、ＤＮＡ複製の初期段階でプライマーとして機能するＴ型ヘアピン構造を形成し得る。それらは、宿主ゲノムからの救出；及び成熟ウイルス粒子へのウイルス核酸のキャプシド形成のための、ウイルスゲノムの宿主ゲノムへの組み込みにも必要とされる。ＩＴＲは、ベクターゲノム複製及びそのウイルス粒子へのパッケージングのため、シスで必要とされる。「５’ＩＴＲ」は、ＡＡＶゲノムの５’末端部及び／又は組換え導入遺伝子の５’側のＩＴＲを指す。「３’ＩＴＲ」は、は、ＡＡＶゲノムの３’末端部及び／又は組換え導入遺伝子の３’側のＩＴＲを指す。野生型ＩＴＲは、長さがおよそ１４５ｂｐである。修飾、又は組換えＩＴＲは、野生型ＡＡＶ ＩＴＲ配列の断片又は部分を含み得る。当業者は、連続回のＤＮＡ複製中、ＩＴＲ配列は、交換によって、５’ＩＴＲが３’ＩＴＲになり得、その逆も生じ得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＩＴＲが組換えベクターゲノムの５’及び／又は３’末端部に存在することで、ベクターゲノムをカプシドにパッケージングし、ベクターゲノムを含むｒＡＡＶベクター（本明細書で「ｒＡＡＶベクター粒子」又は「ｒＡＡＶウイルス粒子」とも称される）を産生することができる
本明細書で使用する場合、「核酸構築物」という用語は、組換えＤＮＡ技術の使用から得られる天然に存在しない核酸分子（例えば、組換え核酸）を指す。核酸構築物は、天然に見出されない様式で組み合わされ、配列されている核酸配列のセグメントを含むように修飾されている、一本鎖又は二本鎖のいずれかの核酸分子である。核酸構築物は、「ベクター」（例えば、プラスミド、ｒＡＡＶベクターゲノム、発現ベクターなど）、すなわち、外因的に作出されたＤＮＡを宿主細胞に送達するように設計された核酸分子であってもよい。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される」及び「生理学的に許容される」という用語は、投与経路、インビボ送達又は接触の１つ以上に適した、生物学的に許容される配合物、気体、液体若しくは固体、又はそれらの混合物を指す。「薬学的に許容される賦形剤」（媒体、添加剤）は、対象に安全に投与し、使用される活性成分を有効用量で提供できるものである。「賦形剤」又は「担体」という用語は、本明細書で使用する場合、薬剤用の希釈剤、媒体、保存剤、結合剤又は安定化剤として一般に使用される不活性物質を指す。本明細書で使用する場合、「希釈剤」という用語は、薬学的に許容される（ヒトへの投与にとって安全で非毒性である）溶媒を指し、本明細書中の液体配合物の調製にとって有用である。例示的な希釈剤としては、限定はされないが、滅菌水及び注射用静菌水（ＢＷＦＩ）が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「ポリヌクレオチド」又は「核酸」という用語は、ヌクレオチドの高分子形態、リボヌクレオチド若しくはデオキシヌクレオチドのいずれか、又はヌクレオチドのいずれかのタイプの修飾形態を指し、一本鎖又は二本鎖形態であってもよい。「ポリヌクレオチド」又は「核酸」配列は、特に指定されない限り、その相補体を包含する。本明細書で使用する場合、「単離されたポリヌクレオチド」、「単離された核酸」又は「単離された組換え核酸」という用語は、ゲノム、ｃＤＮＡ、若しくは合成起源のポリヌクレオチド、又はそれらのいくつかの組み合わせを意味し、その起源又は誘導源が理由で、以下の１～３つを有する：（１）「単離されたポリヌクレオチド」が天然に見出される場合のポリヌクレオチドの全部若しくは一部と関連しない、（２）天然に関連のないポリヌクレオチドに作動可能に連結される、又は（３）天然により大きい配列の一部として存在しない。
本明細書で使用する場合、「組換え」という用語は、ベクター、ポリヌクレオチド（例えば、組換え核酸）、ポリペプチド若しくは細胞であって、クローニング、制限若しくはライゲーションステップの様々な組み合わせ（例えば、それに含まれるポリヌクレオチド又はポリペプチドに関連する）、及び／又は天然に見出される産物と異なる構築物をもたらす他の方法の産物であるものを指す。組換えウイルス又はベクター（例えば、ｒＡＡＶベクター）は、組換え核酸（例えば、導入遺伝子及び導入遺伝子の発現のための１つ以上の調節エレメントを含む核酸）を含むベクターゲノムを含む。それぞれの用語は、元のポリヌクレオチド構築物の複製物及び元のウイルス構築物の子孫を含む。
本明細書で使用する場合、「対象」という用語は、生物、例えば哺乳動物（例えば、ヒト、非ヒト哺乳動物、非ヒト霊長類、霊長類、実験動物、マウス、ラット、ハムスター、スナネズミ、ネコ、イヌ）を指す。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、成人、青年、又は小児対象である。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害又は病態、例えば、本明細書に提供されるように治療可能である疾患、障害又は病態を患っている。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害、又は病態に罹りやすい。いくつかの実施形態では、感受性対象は、（参照対象又は集団において認められる平均リスクと比較して）増加した、疾患、障害又は病態を発現するリスクを受けやすく、及び／又は示す。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害又は病態の１つ以上の症状を呈する。いくつかの実施形態では、対象は、特定の症状（例えば、疾患の臨床症状）又は疾患、障害、若しくは病態の特徴を呈しない。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害、又は病態の症状又は特徴を全く呈しない。いくつかの実施形態では、対象は、ヒト患者である。いくつかの実施形態では、対象は、診断及び／又は治療法が施されている最中であり、及び／又は施されている対象の個人である。いくつかの実施形態では、対象は、遺伝性疾患を有するヒト患者である。
本明細書で使用する場合、「実質的な」又は「実質的に」という用語は、目的の特徴又は特性の全体的又はほぼ全体的な範囲又は程度での提示の定性的状態を指す。当業者は、生物学的及び化学的現象が、完了に至り及び／又は完全性へ進むか若しくは絶対的結果を達成することが皆無ではないとしても稀であることを理解するであろう。したがって、「実質的な」又は「実質的に」という用語は、多くの生物学的及び化学的現象に固有の完全性の潜在的欠如を捉えている。
本明細書で使用する場合、「治療用タンパク質」という用語は、標的細胞（例えば、単離された細胞）又は生物（例えば、対象）におけるタンパク質の不在又は欠損に起因する症状を軽減又は低減し得る、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質（例えば、酵素、構造タンパク質、膜貫通タンパク質、輸送タンパク質）である。導入遺伝子によってコードされる治療用ポリペプチド又はタンパク質は、例えば、遺伝子異常を修正し、発現又は機能に関連する遺伝子の欠損を修正するような利益を対象に与えるものである。同様に、「治療用導入遺伝子」は、治療用ポリペプチドをコードする導入遺伝子である。いくつかの実施形態では、標的細胞内で発現される治療用ポリペプチドは、導入遺伝子（すなわち、標的細胞に導入されている外因性核酸）から発現される酵素である。
本明細書で使用する場合、「トランスフェクション」という用語は、ウイルスベクターの使用を伴わない、組換え核酸（例えば、発現プラスミド）の細胞（例えば、宿主細胞）への移入を指す。組換え核酸が導入されている細胞は、「トランスフェクト細胞」と称される。トランスフェクト細胞は、組換えＡＡＶベクターを産生するための発現プラスミド／ベクターを含む宿主細胞（例えば、ＣＨＯ細胞、Ｐｒｏ１０細胞、ＨＥＫ２９３細胞）であってもよい。いくつかの実施形態では、トランスフェクト細胞（例えば、パッキング細胞）は、導入遺伝子（例えば、治療用タンパク質をコードする導入遺伝子）を含むプラスミド、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子及びＡＡＶ ｃａｐ遺伝子（例えば、ＧＨループ置換又はＧＩループ置換を有するＡＡＶ ｃａｐ遺伝子）を含むプラスミド、並びにヘルパー遺伝子を含むプラスミドを含んでもよい。多くのトランスフェクション技術が当該技術分野で公知であり、限定はされないが、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム沈殿、マイクロインジェクション、カチオン性又はアニオン性リポソーム、及び核局在化シグナルと組み合わせたリポソームが挙げられる。
本明細書で使用する場合、「形質導入」という用語は、ウイルスベクター（例えば、ｒＡＡＶベクター）による細胞（例えば、限定はされないが哺乳動物内の細胞を含む標的細胞）への核酸（例えば、ベクターゲノム）の移入を指す。いくつかの実施形態では、疾患を治療するための遺伝子療法は、治療用タンパク質をコードする修飾核酸を含むベクターゲノムを標的細胞に形質導入することを含む。導入遺伝子がウイルス又はウイルスベクターによって導入されている細胞は、「形質導入細胞」と称される。いくつかの実施形態では、形質導入細胞は、単離された細胞であり、形質導入はエクスビボでなされる。いくつかの実施形態では、形質導入細胞は、生物（例えば、対象）内の細胞であり、形質導入はインビボでなされる。形質導入細胞は、組換えＡＡＶベクターによって形質導入されている生物の標的細胞であってもよく、生物の標的細胞は、ポリヌクレオチド（例えば、治療用タンパク質をコードする導入遺伝子）を発現する。
形質導入され得る細胞は、任意の組織若しくは臓器タイプ、又は任意の起源（例えば、中胚葉、外胚葉又は内胚葉）の細胞を含む。細胞の非限定的な例としては、肝臓（例えば、肝細胞、類洞内皮細胞）、膵臓（例えば、ベータ島細胞、外分泌）、肺、中枢若しくは末梢神経系、例えば脳（例えば、神経又は上衣細胞、オリゴデンドロサイト）若しくは脊椎、腎臓、眼（例えば、網膜）、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心（心臓）、筋肉若しくは腰筋、又は腸（例えば、内分泌）、脂肪組織（白色、褐色若しくはベージュ）、筋肉（例えば、線維芽細胞、筋細胞）、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞又は造血（例えば、血液若しくはリンパ）細胞が挙げられる。追加的な例としては、肝臓（例えば、肝細胞、類洞内皮細胞）、膵臓（例えば、ベータ島細胞、外分泌細胞）、肺、中枢若しくは末梢神経系、例えば脳（例えば、神経若しくは上衣細胞、オリゴデンドロサイト）若しくは脊椎、腎臓、眼（例えば、網膜）、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心（心臓）、筋肉若しくは腰筋、又は腸（例えば、内分泌）、脂肪組織（白色、褐色若しくはベージュ）、筋肉（例えば、線維芽細胞、筋細胞）、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞又は造血（例えば、血液若しくはリンパ）細胞へと発生又は分化する幹細胞、例えば多能性若しくは複能性前駆細胞が挙げられる。
いくつかの実施形態では、組織又は臓器（例えば、肝臓）の特定領域内に存在する細胞は、組織又は臓器に投与されるｒＡＡＶベクター（例えば、治療用導入遺伝子、レポーター導入遺伝子を含むｒＡＡＶ）によって形質導入することができる。
本明細書で使用する場合、「導入遺伝子」という用語は、宿主細胞、標的細胞若しくは生物（例えば、対象）への送達及び／又はそれにおける発現のための任意の異種ポリヌクレオチドを意味するように使用される。こうした「導入遺伝子」は、ベクター（例えば、ｒＡＡＶベクター）を用いて、宿主細胞、標的細胞又は生物に送達することができる。導入遺伝子は、プロモーターなどの制御配列に作動可能に連結することができる。発現制御配列が、宿主細胞、標的細胞又は生物における導入遺伝子の発現を促進する能力に基づいて選択できることは、当業者によって理解されるであろう。一般に、導入遺伝子は、天然に導入遺伝子と会合された内因性プロモーターに作動可能に連結され得るが、より典型的には、導入遺伝子は、導入遺伝子が天然に会合されないプロモーターに作動可能に連結される。導入遺伝子の例が、治療用ポリペプチドをコードする核酸である。
本明細書で使用する場合、「ベクター」という用語は、核酸（例えば、組換え核酸）の挿入若しくは組み込みによって操作可能である、プラスミド、ウイルス（例えば、ｒＡＡＶ）、コスミド、又は他の媒体を指す。ベクターを例えば遺伝子操作を含む様々な目的のために使用し（例えば、クローニングベクター）、核酸を細胞に導入／移入し、挿入された核酸を細胞内で転写又は翻訳することができる。いくつかの実施形態では、ベクター核酸配列は、少なくとも細胞内での増殖のための複製起点を含む。いくつかの実施形態では、ベクター核酸は、異種核酸配列、発現制御エレメント（例えば、プロモーター、エンハンサー）、選択可能マーカー（例えば、抗生物質耐性）、ポリアデノシン（ポリＡ）シグナル配列及び／又はＩＴＲを含む。いくつかの実施形態では、宿主細胞に送達されると、核酸配列は、増殖される。いくつかの実施形態では、インビトロ又はインビボのいずれかで宿主細胞に送達されると、細胞は、異種核酸配列（例えば、導入遺伝子）によってコードされるポリペプチドを発現する。いくつかの実施形態では、宿主細胞に送達されると、核酸配列、又は核酸配列の一部は、カプシド（例えば、ＧＨループ置換又はＧＩループ置換を含むキメラカプシド）にパッケージングされる。宿主細胞は、単離された細胞又は宿主生物内の細胞であり得る。ポリペプチド又はタンパク質をコードする核酸配列（例えば、導入遺伝子）に加えて、追加的な配列（例えば、調節配列）が、同じベクター内に（すなわち、遺伝子に対してシスで）存在し、その遺伝子に隣接し得る。いくつかの実施形態では、調節配列は、トランスで作用する別の（例えば、第２の）ベクター上に存在することで、遺伝子の発現を調節することができる。プラスミドベクターは、本明細書中で「発現ベクター」と称してもよい。
本明細書で使用する場合、「ベクターゲノム」という用語は、ｒＡＡＶベクターを形成するため、ＡＡＶカプシドにパッケージング／カプシド形成され得るがその必要がない核酸を指す。典型的に、ベクターゲノムは、異種ポリヌクレオチド配列（例えば、導入遺伝子、調節エレメントなど）及び少なくとも１つのＩＴＲを含む。組換えプラスミドを使用し、組換えベクター（例えば、ｒＡＡＶベクター）を構築又は作製する場合、ベクターゲノムは、全プラスミドを含まず、むしろウイルスベクターによる送達が意図される配列のみを含む。組換えプラスミドのこの非ベクターゲノム部分は、「プラスミド骨格」と称され、それは、組換えウイルスベクター産生の増殖にとって必要であるが、単独ではｒＡＡＶベクターにパッケージング又はカプシド形成されないプロセスとして、プラスミドのクローニング、選択及び増幅にとって重要である。典型的に、カプシドにパッケージングされるべき異種配列は、ＩＴＲによって隣接されることにより、異種配列は、プラスミド骨格から切断されると、カプシドにパッケージングされる。
本明細書で使用する場合、「ウイルスベクター」という用語は、一般に、核酸送達媒体として機能し、ウイルス粒子（すなわち、カプシド）内にパッケージングされたベクターゲノム（例えば、野生型ｒｅｐ及びｃａｐを置換している導入遺伝子を含む）を含み、例えばレンチ及びパルボウイルス、例えばＡＡＶ血清型及び変異体（例えば、ｒＡＡＶベクター）を含む、ウイルス粒子を指す。本明細書中の他の箇所で述べるように、組換えウイルスベクターは、ｒｅｐ及び／又はｃａｐ遺伝子を有するウイルスゲノムを含まず；むしろ、これらの配列を除去することにより、ベクターゲノムが目的の導入遺伝子を運ぶ能力を提供している。
特段の定義がされていない限り、本明細書で用いられる全ての科学技術用語は、本発明が属する当業者によって一般に理解されている意味と同じ意味を有する。
本発明の態様又は実施形態がマーカッシュグループ又は他の代替的分類の観点で説明される場合、本発明は、全体として列記される全グループというよりも、個別のグループの各メンバー及びメイングループの全ての可能なサブグループだけでなく、グループメンバーの１つ以上が欠けたメイングループを包含する。本発明はまた、特許請求された発明におけるグループメンバーのいずれかの１つ以上の明確な除外を想定する。
本開示は、遺伝子療法のためのｒＡＡＶベクターの作製における使用のための新規なキメラＡＡＶカプシドを提供する。新規なキメラカプシドは、別のＡＡＶカプシド血清型からのβシートＧドメイン及びβシートＨドメイン、又はＩドメインの間の領域の置換を伴う親ＡＡＶカプシド血清型を含む。本開示のこれら態様のそれぞれは、以下のセクションにおいてさらに考察される。
ＩＩ．一般的技術
本発明の実施においては、別段の指示がない限り、当該技術に含まれる、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来技術が利用される。こうした技術は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９） Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８） Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）；Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８） Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３－１９９８） Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）；Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）；Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）；Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ ＵｎＩＶｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）；Ｕｓｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）；Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄ Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）などの文献において十分に説明されている。
本発明の実施においては、別段の指示がない限り、当該技術に含まれる、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来技術が利用される。こうした技術は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９） Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８） Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）；Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８） Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３－１９９８） Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）；Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）；Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）；Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ ＵｎＩＶｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）；Ｕｓｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）；Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄ Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）などの文献において十分に説明されている。
ＩＩＩ．ＡＡＶ及びｒＡＡＶ
Ａ．ＡＡＶ
アデノ随伴ウイルスは、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）のディペンドウイルス（Ｄｅｐｅｎｄｏｖｉｒｕｓ）属における、直径が２０～２５ｎｍの非エンベロープの一本鎖ＤＮＡを含むウイルスである。本明細書で使用する場合、「アデノ随伴ウイルス」及び／又は「ＡＡＶ」という用語は、これらのパルボウイルス（ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ）及びそれらの変異体を指す。該用語は、全てのサブタイプ、並びに天然に存在する形態及び組換え形態の両方を、それ以外を必要とする場合を除いて包含する。ＡＡＶは、ヒト集団に広く蔓延しているが、疾患と関連していない。ヘルパーウイルス（Ｈｅｌｐｅｒ ｖｉｒｕｓ）感染又はＤＮＡ損傷ストレスは、潜伏ＡＡＶプロウイルスを誘起し、活性化し、ウイルス複製を引き起こすことになる。
Ａ．ＡＡＶ
アデノ随伴ウイルスは、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）のディペンドウイルス（Ｄｅｐｅｎｄｏｖｉｒｕｓ）属における、直径が２０～２５ｎｍの非エンベロープの一本鎖ＤＮＡを含むウイルスである。本明細書で使用する場合、「アデノ随伴ウイルス」及び／又は「ＡＡＶ」という用語は、これらのパルボウイルス（ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ）及びそれらの変異体を指す。該用語は、全てのサブタイプ、並びに天然に存在する形態及び組換え形態の両方を、それ以外を必要とする場合を除いて包含する。ＡＡＶは、ヒト集団に広く蔓延しているが、疾患と関連していない。ヘルパーウイルス（Ｈｅｌｐｅｒ ｖｉｒｕｓ）感染又はＤＮＡ損傷ストレスは、潜伏ＡＡＶプロウイルスを誘起し、活性化し、ウイルス複製を引き起こすことになる。
ＡＡＶを含むパルボウイルス（Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ）は、細胞に侵入し、核酸（例えば、導入遺伝子）を核に導入し得ることから、遺伝子療法ベクターとして有用である。いくつかの実施形態では、導入された核酸（例えば、ｒＡＡＶベクターゲノム）は、形質導入細胞の核におけるエピソームとして存続する環状コンカテマーを形成する。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、宿主細胞ゲノム中の特定部位、例えばヒト染色体１９上のある部位に挿入される。部位特異的な組み込みは、ランダムな組み込みと異なり、予測可能な長期発現特性をもたらす可能性が高いと考えられる。ヒトゲノムへのＡＡＶの挿入部位は、ＡＡＶＳ１と称される。その核酸によってコードされるポリペプチドは、一旦細胞に導入されると、細胞によって発現され得る。ＡＡＶがヒトのあらゆる病原性疾患と関連しないことから、ＡＡＶによって送達される核酸を用いて、ヒト対象における疾患、障害及び／又は病態の治療のための治療用ポリペプチドを発現させることができる。
基準のＡＡＶ野生型ゲノムは、４６８１塩基（Ｂｅｒｎｓ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３２：２４３－３０７）を含み、ＤＮＡ複製の起源として、またウイルスにおけるパッケージングシグナルとしてシスで機能する各末端で末端反復配列（例えば、逆位末端配列（ＩＴＲ）を含む。ゲノムは、ＡＡＶ複製（「ＡＡＶ ｒｅｐ」又は「ｒｅｐ」）及びカプシド（「ＡＡＶ ｃａｐ」又は「ｃａｐ」）遺伝子としてそれぞれ知られる、２つの大きいオープンリーディングフレームを含む。ＡＡＶ ｒｅｐ及びｃａｐは、本明細書でＡＡＶ「パッケージング遺伝子」とも称され得る。これらの遺伝子は、ウイルスゲノムの複製及びパッケージングに関与するウイルスタンパク質をコードする。
野生型ＡＡＶは、３つのタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３から構成される小さい（２０～２５ｎｍ）正二十面体のウイルスカプシドを、カプシドを含む６０のカプシドタンパク質とともに含む。各ウイルス粒子は、２倍軸、３倍軸及び５倍軸対称性を有する。３つのカプシド遺伝子ＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３は、単一のオープンリーディングフレーム内で相互に重複し、選択的スプライシングは、ＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３の産生を引き起こす（Ｇｒｉｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７９（１５）：９９３３－９９４４．）。ＶＰ３は、全サブユニットの最大で８０～９０％を形成する。ＶＰ１は、ホスホリパーゼ活性及び核局在化シグナルを含む本質的機能を有する。
単一のＰ４０プロモーターは、３つ全てのカプシドタンパク質の、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３それぞれの約１：１：１０の比での発現を可能にし、ＡＡＶカプシドの生成を補完する。より具体的に、ＶＰ１は、全長タンパク質であり、ＶＰ２及びＶＰ３は、Ｎ末端の切断増加に起因し、次第に短縮される。周知の例が、米国特許第７，９０６，１１１号明細書に記載のようなＡＡＶ９のカプシドであり、ＶＰ１は、配列番号１２３として同定された配列のアミノ酸残基１～７３６を含み、ＶＰ２は、配列番号１２３として同定された配列のアミノ酸残基１３８～７３６を含み、ＶＰ３は、配列番号１２３として同定された配列のアミノ酸残基２０３～７３６を含む。ＡＡＶ２カプシドタンパク質配列は、ＧｅｎＢａｎｋで入手可能である：ＶＰ１（７３５ａａ；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＡＣ０３７８０）、ＶＰ２（５９８ａａ；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＡＣ０３７７８）及びＶＰ３（５３３ａａ；ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＡＣ０３７７９）。本明細書で使用する場合、「ＡＡＶ ｃａｐ」又は「ｃａｐ」という用語は、ＡＡＶカプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２及び／又はＶＰ３、並びにそれらの変異体及び類似体を指す。
カプシド遺伝子の第２のオープンリーディングフレームは、カプシドアセンブリプロセスに必須である、アセンブリ活性化タンパク質（ＡＡＰ）と呼ばれるアセンブリ因子をコードする（Ｓｏｎｎｔａｇ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８５（２３）：１２６８６－１２６９７）。
少なくとも４種のウイルスタンパク質、すなわち、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２及びＲｅｐ４０（それらの見かけ上の分子量に応じて名付けられた）が、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子から合成される。本明細書で使用する場合、「ＡＡＶ ｒｅｐ」又は「ｒｅｐ」は、ＡＡＶ複製タンパク質のＲｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２及び／又はＲｅｐ４０、並びにそれらの変異体及び類似体を意味する。本明細書で使用する場合、ｒｅｐ及びｃａｐは、野生型及び組換え（例えば、修飾キメラなど）両方のｒｅｐ及びｃａｐ遺伝子、並びにそれらがコードするポリペプチドを指す。いくつかの実施形態では、ｒｅｐをコードする核酸は、２つ以上のＡＡＶ血清型からのヌクレオチドを含む。例えば、ｒｅｐタンパク質をコードする核酸は、ＡＡＶ２血清型からのヌクレオチド及びＡＡＶ３血清型からのヌクレオチドを含んでもよい（Ｒａｂｉｎｏｗｉｔｚ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７６（２）：７９１－８０１）。
ＡＡＶの複数の血清型は、これまでヒトから同定されている少なくとも１５の野生型血清型（すなわち、ＡＡＶ１～ＡＡＶ１５）で天然に存在する。１５０を超える固有のＡＡＶ血清型が同定されている。天然に存在する血清型及び変異血清型は、他のＡＡＶ血清型と血清学的に異なるタンパク質カプシドを有することによって区別される。天然に存在するＡＡＶ血清型及び天然に存在しないＡＡＶ血清型は、多くの中で以下を含む：ＡＡＶ１型（ＡＡＶ１）、ＡＡＶ２型（ＡＡＶ２）、ＡＡＶ３型（ＡＡＶ３）、例えばＡＡＶ３Ａ型（ＡＡＶ３Ａ）及びＡＡＶ３Ｂ型（ＡＡＶ３Ｂ）、ＡＡＶ４型（ＡＡＶ４）、ＡＡＶ５型（ＡＡＶ５）、ＡＡＶ６型（ＡＡＶ６）、ＡＡＶ７型（ＡＡＶ７）、ＡＡＶ８型（ＡＡＶ８）、ＡＡＶ９型（ＡＡＶ９）、ＡＡＶ１０型（ＡＡＶ１０）、ＡＡＶ１２型（ＡＡＶ１２）、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４（国際公開第２０１６／２１０１７０号パンフレットを参照されたい）、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１（国際公開第２０１５／０１３３１３号パンフレットの配列番号５）、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、トリＡＡＶ、ウシＡＡＶ、イヌＡＡＶ、ウマＡＡＶ、霊長類ＡＡＶ、非霊長類ＡＡＶ、及びヒツジＡＡＶ、ＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９（例えば、Ｆｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，“Ｖｉｒｏｌｏｇｙ”，ｖｏｌｕｍｅ ２，ｃｈａｐｔｅｒ ６９（４ｔｈｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ）；米国特許第７，９０６，１１１号明細書；Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７８：６３８１；Ｍｏｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｖｉｒｏｌ．３３：３７５；国際公開第２０１３／０６３３７９号パンフレット；国際公開第２０１４／１９４１３２号パンフレット；国際公開第２０１５／１２１５０１号パンフレット；国際公開第２０１５／０１３３１３号パンフレットを参照されたい、これらの全ては本明細書によって参照により組み込まれる）。ヒトＣＤ３４＋細胞から単離されたＡＡＶ変異体は、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４及びＡＡＶＨＳＣ１５を含む（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ２２（９）：１６２５－１６３４，本明細書によって参照により組み込まれる）。ロングリード配列決定によってヒト組織から単離された天然に存在するＡＡＶは、ＣＮＳに対する向性を有するＡＡＶｖ６６、並びにＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０を含む（Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．１１：３２７９）。
血清型の独自性は、一方のＡＡＶに対する抗体間の交差反応性の、もう一方のＡＡＶと比較しての欠如に基づいて判定される。こうした交差反応性の差異は、通常はカプシドタンパク質配列及び抗原決定基における差異に起因する（例えば、ＡＡＶ血清型のＶＰ１、ＶＰ２、及び／又はＶＰ３配列の差異に起因する）。しかし、一部の天然に存在するＡＡＶ又は人工のＡＡＶ突然変異体（例えば、組換えＡＡＶ）は、現在知られている血清型のいずれかとの血清学的差異を示すことはない。そこで、これらのウイルスは、対応する型のサブグループ、又はより単純には変異体ＡＡＶと考えることができる。したがって、本明細書で使用する場合、「血清型」という用語は、血清学的に異なるウイルス、例えばＡＡＶと、血清学的に異ならないが、所与の血清型のサブグループ又は変異体に含まれ得るウイルス、例えばＡＡＶの両方を指す。
公知のＡＡＶ血清型のカプシドのアミノ酸配列の包括的なリスト及びアライメントは、Ｍａｒｓｉｃ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ２２（１１）：１９００－１９０９、特に付録の図１によって提供され；その出版物全体は本明細書によって参照により組み込まれる。
ＡＡＶの様々な血清型のゲノム配列、並びに天然逆位末端配列（ＩＴＲ）、ｒｅｐタンパク質、及びカプシドサブユニットの配列は、当該技術分野で公知である。こうした配列は、文献中又はＧｅｎＢａｎｋなどの公的データベース内で見出すことができる。例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００２０７７（ＡＡＶ１）、ＡＦ０６３４９７（ＡＡＶ１）、ＮＣ＿００１４０１（ＡＡＶ２）、ＡＦ０４３３０３（ＡＡＶ２）、ＮＣ＿００１７２９（ＡＡＶ３）、ＡＦ０２８７０５．１（ＡＡＶ３Ｂ）、ＮＣ＿００１８２９（ＡＡＶ４）、Ｕ８９７９０（ＡＡＶ４）、ＮＣ＿００６１５２（ＡＡＶ５）、ＡＦ０２８７０４（ＡＡＶ６）、ＡＦ５１３８５１（ＡＡＶ７）、ＡＦ５１３８５２（ＡＡＶ８）、ＮＣ＿００６２６１（ＡＡＶ８）、ＡＹ５３０５７９（ＡＡＶ９）、ＡＹ６３１９６５（ＡＡＶ１０）、ＡＹ６３１９６６（ＡＡＶ１１）、及びＤＱ８１３６４７（ＡＡＶ１２）を参照されたい；これらの開示は参照により本明細書に組み込まれる。例えば、ＳｒＩＶｉｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．（１９８３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ４５：５５５；Ｃｈｉｏｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７１：６８２３；Ｃｈｉｏｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７３：１３０９；Ｂａｎｔｅｌ－Ｓｃｈａａｌ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７３：９３９；Ｘｉａｏ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７３：３９９４；Ｍｕｒａｍａｔｓｕ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２２１：２０８；Ｓｈａｄｅ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５８：９２１；Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９９：１１８５４；Ｍｏｒｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３３：３７５－３８３；国際特許公開の国際公開第００／２８０６１号パンフレット、国際公開第９９／６１６０１号パンフレット、国際公開第９８／１１２４４号パンフレット；国際公開第２０１３／０６３３７９号パンフレット；国際公開第２０１４／１９４１３２号パンフレット；国際公開第２０１５／１２１５０１号パンフレット、並びに米国特許第６，１５６，３０３号明細書及び米国特許第７，９０６，１１１号明細書（これらの全ては本明細書によって参照により組み込まれる）も参照されたい。
Ｂ．キメラＡＡＶ
いくつかの実施形態では、２つ以上のＡＡＶ血清型（例えば、野生型ＡＡＶ血清型、変異体ＡＡＶ血清型）に由来するヌクレオチド配列によってコードされるカプシドタンパク質は、「キメラベクター」又は「キメラカプシド」と称される（米国特許第６，４９１，９０７号明細書を参照されたい、この全開示は参照により本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、キメラカプシドタンパク質は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡＡＶ血清型に由来する核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、キメラカプシド配列は、例えば、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３Ａ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ２ｉ８、又はそれらの変異体に由来し、結果として、前述のＡＡＶ血清型のいずれかからのアミノ酸の組み合わせを含むキメラカプシドタンパク質が得られる（Ｖｉｎｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０２１）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．９５：１－１５；Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５（３）：２９９－３１０を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、２つ以上のＡＡＶ血清型（例えば、野生型ＡＡＶ血清型、変異体ＡＡＶ血清型）に由来するヌクレオチド配列によってコードされるカプシドタンパク質は、「キメラベクター」又は「キメラカプシド」と称される（米国特許第６，４９１，９０７号明細書を参照されたい、この全開示は参照により本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、キメラカプシドタンパク質は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡＡＶ血清型に由来する核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、キメラカプシド配列は、例えば、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３Ａ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ２ｉ８、又はそれらの変異体に由来し、結果として、前述のＡＡＶ血清型のいずれかからのアミノ酸の組み合わせを含むキメラカプシドタンパク質が得られる（Ｖｉｎｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０２１）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．９５：１－１５；Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５（３）：２９９－３１０を参照されたい）。
ＡＡＶカプシドのＶＰ１ポリペプチドは、可変領域（例えば、ＶＲ Ｉ～ＶＲ ＩＸ）及びβシート領域（例えば、Ａ～Ｉ）を含む。（本明細書で「ＧＨループ」とも称される）βシートＧとβシートＨとの間のアミノ酸配列は、可変領域ＩＶ～可変領域ＶＩＩＩを包含し、ＡＡＶ血清型中及び全てのパルボウイルス（Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ）中での最高レベルの多様性を含む。ＧＨループは、３倍軸対称性であり、カプシドの約３０％を構成し、プライマリーグリカンの付着受容体と相互作用する。ＧＨループ内の領域は、約２２２～約２３５アミノ酸を含む。ＧＨループ内であってそれを含む領域は、約２３５～約２４８アミノ酸を含む。
ＡＡＶのβシートＧは、ＡＡＶ２についてはＦＴＦＳＹＴ（配列番号４９）、ＡＡＶ４についてはＦＥＩＴＹＳ（配列番号５０）、及びＡＡＶ８についてはＦＱＦＴＹＴ（配列番号５１）として定義されている（Ｎａｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８１（２２）：１２２６０－１２２７１）。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及び／又はＡＡＶブタ５である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＩであり；Ｘ３は、Ｓ又はＴであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５３）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０及び／又はＡＡＶブタ５である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＴＦＳＹＴ（配列番号４９）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＱＦＳＹＴ（配列番号５４）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ３Ｂである。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＥＩＴＹＳ（配列番号５０）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ４である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＥＦＴＹＮ（配列番号５５）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ５である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドは、ＦＴＦＳＹＴ（配列番号５６）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ６である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＥＦＳＹＳ（配列番号５７）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ７である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＱＦＴＹＴ（配列番号５１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ８である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＱＦＳＹＥ（配列番号５８）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ９である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＥＦＳＹＱ（配列番号５９）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶｒｈ１０である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＥＭＶＹＫ（配列番号６０）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶウシである。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＴＦＳＹＴ（配列番号６１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶブタ４である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＦＥＦＴＹＳ（配列番号６２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＧを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶブタ５である。
ＡＡＶのβシートＨは、ＡＡＶ２及びＡＡＶ８についてはＱＩＬＩＫＮＴ（配列番号６３）、及びＡＡＶ４についてはＱＩＦＩＫＮＴ（配列番号６４）として定義されている（Ｎａｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８１（２２）：１２２６０－１２２７１）。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ、又はＭであり；Ｘ２は、Ｉ又はＭであり；Ｘ３は、Ｌ、Ｍ又はＦである）（配列番号６５）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＨを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ウシ、ブタ４及び／又はブタ５である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＱＸ１Ｘ２ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｉ又はＭであり、Ｘ２は、Ｆ、Ｌ又はＭである）（配列番号６６）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＨを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ウシ及び／又はＡＡＶブタ４である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＱＩＬＩＫＮＴ（配列番号６３）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＨを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、及び／又はＡＡＶブタ４である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＱＩＭＩＫＮＴの配列（配列番号６７）を含むか又はそれからなるβシートＨを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ３Ｂである。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＱＩＦＩＫＮＴ（配列番号６４）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＨを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ４及び／又はＡＡＶウシである。いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＭＭＬＩＫＮＴ（配列番号６８）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＨを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ５及び／又はＡＡＶブタ５である。
ＡＡＶのβシートＩは、ＡＡＶ２及びＡＡＶ８についてはＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＥＩＥＷＥＬＱ（配列番号６９）、ＡＡＶ４についてはＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＱＩＤＷＥＩＱ（配列番号７０）として定義されている（Ｎａｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８１（２２）：１２２６０－１２２７１）。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３Ｘ４ＷＥＸ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ、Ｋ又はＱであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｄ又はＥであり；Ｘ５は、Ｉ又はＬであり；Ｘ６は、Ｑ又はＫである）（配列番号７１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＩを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ウシ、ブタ４及び／又はブタ５である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３ＥＷＥＸ４Ｘ５（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ又はＫであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｉ又はＬであり；Ｘ５は、Ｑ又はＫである）（配列番号７２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＩを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ５、ウシ及び／又はブタ４である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＥＩＥＷＥＬＱ（配列番号６９）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＩを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ６、ＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０及び／又はブタ４（ｐｏｒｃｉｎ４）である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＳＶＱＩＤＷＥＩＱ（配列番号７０）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＩを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ４である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＴＶＥＭＥＷＥＬＫ（配列番号７３）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＩを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶ５又はＡＡＶブタ５である。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＡＶＫＩＥＷＥＩＱ（配列番号７４）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるβシートＩを含み、任意選択的に、ＡＡＶは、血清型ＡＡＶウシである。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。こうしたキメラカプシドは、「ＧＨループ置換を有するＡＡＶカプシド」又は「ＧＨループ置換カプシド」と称することができる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＩからのアミノ酸を含む。こうしたキメラカプシドは、「ＧＩループ置換を有するＡＡＶカプシド」又は「ＧＩループ置換カプシド」と称することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される新規なキメラＡＡＶカプシドポリペプチド（例えば、ＧＨループ置換又はＧＩループ置換を有するＡＡＶカプシド）は、例えば親ＡＡＶカプシドの向性特性と異なる向性特性を含む有利な特性を示す。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される新規なキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、標準の細胞培養プロトコル下での生成に適合可能であり、親ＡＡＶ血清型の場合と一致する力価をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される新規なキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、臨床的遺伝子療法プログラムのための原体を作製するために使用される標準プロトコル下での精製に適合可能である。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される新規なキメラカプシドポリペプチドは、遺伝子療法のためのｒＡＡＶベクターの作製において使用することができる。
任意の特定理論によって拘束されることを望まないが、キメラカプシドの修飾された向性特性は、３倍軸成分の多様性に起因することがあり、産生値の維持は、５倍軸成分とＲｅｐタンパク質との結合に起因することがある。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択されるＡＡＶ血清型に由来する。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＨは、Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ、又はＭであり；Ｘ２は、Ｉ又はＭであり；Ｘ３は、Ｌ、Ｍ又はＦである）（配列番号６５）のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号１）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号３）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号５）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号７）、ＡＡＶ６（例えば、配列番号９）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１１）、ＡＡＶ８（例えば、配列番号１３）、ＡＡＶ９（例えば、配列番号１５）、ＡＡＶｒｈ１０（例えば、配列番号１２）、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号１９）、ＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２１）及びＡＡＶブタ５（例えば、配列番号１３）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号２）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号４）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号６）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号８）、ＡＡＶ６（例えば、配列番号１０）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１２）、ＡＡＶ８（例えば、配列番号１４）、ＡＡＶ９（例えば、配列番号１６）、ＡＡＶｒｈ１０（例えば、配列番号１８）、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号２０）、ＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２２）及びＡＡＶブタ５（例えば、配列番号２４）からなる群から選択される核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＩであり；Ｘ３は、Ｓ又はＴであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５３）のアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＨは、ＱＸ１Ｘ２ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｉ又はＭであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｌ又はＭである）（配列番号６６）のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号１）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号３）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号５）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号７）、ＡＡＶ６（例えば、配列番号９）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１１）、ＡＡＶ８（例えば、配列番号１３）、ＡＡＶ９（例えば、配列番号１５）、ＡＡＶｒｈ１０（例えば、配列番号１２）及びＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２１）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号２）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号４）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号６）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号８）、ＡＡＶ６（例えば、配列番号１０）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１２）、ＡＡＶ８（例えば、配列番号１４）、ＡＡＶ９（例えば、配列番号１６）、ＡＡＶｒｈ１０（例えば、配列番号１８）及びＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２２）からなる群から選択される核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＶＰＦＨＳ（配列番号７５）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）又はＭＫＨＰＰＰ（配列番号７７）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチド（例えば、配列番号１５）又はｒｈ１０ＶＰ１ポリペプチド（例えば、配列番号１７）である。いくつかの実施形態では、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号１）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号３）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号５）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号７）又はＡＡＶ９ ＶＰ１（例えば、配列番号１５）ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号２５（ＡＡＶ９ＧＨ２）、配列番号２７（ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂ）、配列番号２９（ＡＡＶ９ＧＨ４）、配列番号３１（ＡＡＶ９ＧＨ５）、配列番号３９（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ３９）、及び配列番号４１（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９）のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号２５（ＡＡＶ９ＧＨ２）、配列番号２７（ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂ）、配列番号２９（ＡＡＶ９ＧＨ４）、配列番号３１（ＡＡＶ９ＧＨ５）、配列番号３９（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ３９）、及び配列番号４１（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９）のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号２６（ＡＡＶ９ＧＨ２）、配列番号２８（ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂ）、配列番号３０（ＡＡＶ９ＧＨ４）、配列番号３２（ＡＡＶ９ＧＨ５）、配列番号４０（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ４）、及び配列番号４２（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９）のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号２６（ＡＡＶ９ＧＨ２）、配列番号２８（ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂ）、配列番号３０（ＡＡＶ９ＧＨ４）、配列番号３２（ＡＡＶ９ＧＨ５）、配列番号４０（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ４）、及び配列番号４２（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９）のいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ２ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２５を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ３Ｂ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２７を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２９を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３１を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３９を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４１を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＧＮＮＦＸ１Ｆ（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴである）（配列番号７８）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチド（例えば、配列番号１５）である。いくつかの実施形態では、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ６（例えば、配列番号９）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１１）又はＡＡＶ８（例えば、配列番号１３）ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号３３（ＡＡＶ９ＧＨ６）、配列番号３５（ＡＡＶ９ＧＨ７）及び配列番号３７（ＡＡＶ９ＧＨ８）のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号３３（ＡＡＶ９ＧＨ６）、配列番号３５（ＡＡＶ９ＧＨ７）及び配列番号３７（ＡＡＶ９ＧＨ８）のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号３４（ＡＡＶ９ＧＨ６）、配列番号３６（ＡＡＶ９ＧＨ７）、配列番号３８（ＡＡＶ９ＧＨ８）のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号３４（ＡＡＶ９ＧＨ６）、配列番号３６（ＡＡＶ９ＧＨ７）、配列番号３８（ＡＡＶ９ＧＨ８）のいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３３を含むか又はそれからなり、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ７ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３５を含むか又はそれからなり、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ８ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３７を含むか又はそれからなり、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＬＹＲＦＶＳＴ（配列番号７９）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＰＰＰＭ（配列番号８０）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチド（例えば、配列番号７）である。いくつかの実施形態では、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶブタ５（例えば、配列番号２３）ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４７のアミノ酸配列（ＡＡＶ５ＧＨブタ５）と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４７のアミノ酸配列（ＡＡＶ５ＧＨブタ５）を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４８の核酸配列（ＡＡＶ５ＧＨブタ５）と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４８の核酸配列（ＡＡＶ５ＧＨブタ５）を含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶブタ５ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４７を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＩからのアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択されるＡＡＶ血清型に由来する。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３Ｘ４ＷＥＸ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ、Ｋ又はＱであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｄ又はＥであり；Ｘ５は、Ｉ又はＬであり；Ｘ６は、Ｑ又はＫである）（配列番号７１）のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号１）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号３）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号５）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号７）、ＡＡＶ６（例えば、配列番号９）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１１）、ＡＡＶ８（例えば、配列番号１３）、ＡＡＶ９（例えば、配列番号１５）、ＡＡＶｒｈ１０（例えば、配列番号１２）、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号１９）、ＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２１）及びＡＡＶブタ５（例えば、配列番号１３）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ２（例えば、配列番号２）、ＡＡＶ３Ｂ（例えば、配列番号４）、ＡＡＶ４（例えば、配列番号６）、ＡＡＶ５（例えば、配列番号８）、ＡＡＶ６（例えば、配列番号１０）、ＡＡＶ７（例えば、配列番号１２）、ＡＡＶ８（例えば、配列番号１４）、ＡＡＶ９（例えば、配列番号１６）、ＡＡＶｒｈ１０（例えば、配列番号１８）、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号２０）、ＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２２）及びＡＡＶブタ５（例えば、配列番号２４）からなる群から選択される核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｋ、Ｎ又はＴである）（配列番号８１）のアミノ酸配列を含み、任意選択的に、βシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３ＥＷＥＸ４Ｘ５（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ又はＫであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｉ又はＬであり；Ｘ５は、Ｑ又はＫである）（配列番号７２）のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、該置換は、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのいずれかのβシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ５（例えば、配列番号７）、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号１９）、ＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２１）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ５（例えば、配列番号８）、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号２０）及びＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２２）からなる群から選択される核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＭＬＲＴＧＮＮＦ（配列番号８２）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶ（配列番号８３）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチド（例えば、配列番号７）である。いくつかの実施形態では、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドは、ＡＡＶウシ（例えば、配列番号１９）又はＡＡＶブタ４（例えば、配列番号２１）ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４３（ＡＡＶ５ＧＨウシ）又は配列番号４５（ＡＡＶ５ＧＨブタ４）のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４３（ＡＡＶ５ＧＨウシ）又は配列番号４５（ＡＡＶ５ＧＨブタ４）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、任意選択的に、該置換は、βシートＧ及び／又はβシートＨからのアミノ酸を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４４（ＡＡＶ５ＧＨウシ）又は配列番号４６（ＡＡＶ５ＧＨブタ４）のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、配列番号４４（ＡＡＶ５ＧＨウシ）又は配列番号４６（ＡＡＶ５ＧＨブタ４）のいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶウシＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４３を含むか又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶブタ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４５を含むか又はそれからなる。
本開示のキメラＡＡＶカプシドは、当業者に公知の方法によって作製することができる（例えば、国際公開第２０１３／０６３３７９号パンフレットを参照されたい）。例示的な非限定的方法が、Ｇｒｉｅｇｅｒ，ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ２４（２）：２８７－２９７（その内容はあらゆる目的として参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。キメラＡＡＶカプシドは、哺乳動物細胞ＡＡＶ産生系（例えば、２９３Ｔ又はＨＥＫ２９３細胞に基づくもの）及び昆虫細胞ＡＡＶ産生系（例えば、ｓｆ９昆虫細胞に基づくもの及び／又はバキュロウイルスヘルパーベクターを使用するもの）によって作製することができる。
ＨＥＫ２９３細胞のトランスフェクションは、迅速且つスケーラブルなＡＡＶ及びｒＡＡＶ産生を可能にする。ＨＥＫ２９３などのパッケージング細胞を用いる三重トランスフェクション法（例えば、国際公開第９６／４０２４０号パンフレット）を用いて、本開示のＡＡＶ ｒｅｐ及びキメラカプシドをコードするプラスミド、ヘルパー機能をコードするプラスミド（例えば、アデノウイルス又はＨＳＶタンパク質、例えば、Ｅ１ａ、Ｅ１ｂ、Ｅ２ａ、Ｅ４、及びＶＡ ＲＮＡ）、及び導入遺伝子（例えば、治療導入遺伝子、レポーター導入遺伝子（例えば、緑色蛍光タンパク質）及び導入遺伝子の発現を制御するための様々なエレメントをコードするプラスミド、本開示のキメラカプシドを含むｒＡＡＶベクターを産生することができる。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧ及びβシートＨ（又はβシートＩ）の間の領域からのアミノ酸と別のＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及びβシートＨ（又はβシートＩ）の間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むキメラＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸並びに導入遺伝子を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、約１Ｅ＋１ｖｇ／細胞～約１Ｅ＋１０ｖｇ／細胞を産生する。いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６又は４８）を含むプラスミド及び導入遺伝子を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、約１Ｅ＋１ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋２ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋３ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋４ｖｇ／細胞、１Ｅ＋５ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋６ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋７ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋８ｖｇ／細胞、約１Ｅ＋９ｖｇ／細胞又は約１Ｅ＋１０ｖｇ／細胞を産生する。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６又は４８）を含むプラスミド及び導入遺伝子を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチド（例えば、ＡＡＶ９）をコードする核酸を含むプラスミドを含む他の同一の宿主細胞によって産生されるｒＡＡＶベクターの量と実質的に類似する量のｒＡＡＶベクターを産生する。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６又は４８）を含むプラスミド及び導入遺伝子を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチド（例えば、ＡＡＶ９）をコードする核酸を含むプラスミドを含む他の同一の宿主細胞によって産生されるｒＡＡＶベクターの量の約８０％～１４０％の量のｒＡＡＶベクターを産生する。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号３４、３６、３８、）を含むプラスミド及び導入遺伝子を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、ＡＡＶ９カプシドポリペプチドをコードする核酸を含むプラスミドを含む他の同一の宿主細胞によって産生されるｒＡＡＶベクターの量の約８０％～１４０％の量のｒＡＡＶベクターを産生する。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ６ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３３）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、ＡＡＶ９カプシド（例えば、配列番号１５）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞によって産生されるｖｇ／細胞の量と比較して実質的に類似するｖｇ／細胞の量を産生する。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ６ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３３）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、１Ｅ＋３ｖｇ超／細胞を産生する。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ７ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシドをコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、ＡＡＶ９カプシド（例えば、配列番号１５）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞によって産生されるｖｇ／細胞の量と比較して実質的に類似するｖｇ／細胞の量を産生する。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ７ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３５）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、１Ｅ＋３ｖｇ超／細胞を産生する。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ７ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３５）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、１Ｅ＋１０ｖｇ超／ｍＬを産生する。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ８ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３７）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、ＡＡＶ９カプシド（例えば、配列番号１５）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞によって産生されるｖｇ／細胞の量と比較して、実質的に類似する量のｖｇ／細胞を産生する。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ８ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３７）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、１Ｅ＋３ｖｇ超／細胞を産生する。いくつかの実施形態では、親ＡＡＶ９アミノ酸配列及びＡＡＶ８ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号３７）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、１Ｅ＋１０ｖｇ超／ｍＬを産生する。
いくつかの実施形態では、親ＡＡＶｒｈ１０アミノ酸配列及びＡＡＶ９ ＧＨループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド（例えば、配列番号４１）をコードする核酸を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、１．５Ｅ＋１ｖｇ超／細胞を産生する。
いくつかの実施形態では、キメラＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６又は４８）を含むプラスミド及び導入遺伝子を含むプラスミドがトランスフェクトされた宿主細胞は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むプラスミドを含む他の同一の宿主細胞によって産生されるｒＡＡＶベクターの量より５～１００倍多い量のｒＡＡＶベクターを産生する。
いくつかの実施形態では、キメラベクターは、変更された向性又は特定の組織又は細胞型に対する向性を示すように改変されている。「向性」という用語は、ウイルスの特定の細胞型若しくは組織型への優先的侵入及び／又は特定の細胞型若しくは組織型への侵入を促進する細胞表面との優先的相互作用を指す。ＡＡＶの向性は、一般に異なるウイルスカプシドタンパク質及びそれらの同族細胞受容体の間の特異的相互作用によって決定される（Ｌｙｋｋｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｊ．Ｎｅｕｒｏｄｅｖ．Ｄｉｓｏｒｄ．１０：１６）。ＡＡＶ血清型の組織向性及び体内分布は、インビボで試験されており、肝臓に対するＡＡＶ８、心臓に対するＡＡＶ１、ＡＡＶ６及びＡＡＶ９、骨格筋に対するＡＡＶ１、ＡＡＶ６及びＡＡＶ９、肺に対するＡＡＶ５、ＣＮＳに対するＡＡＶ１、ＡＡＶ５、ＡＡＶ８及びＡＡＶ９、並びに眼に対するＡＡＶ４及びＡＡＶ８の優先的向性を示している（Ａｓｏｋａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒａｐｙ ２０（４）：６９９－７０８）
いくつかの実施形態では、本開示のＡＡＶカプシド、すなわち、ＧＨループ置換又はＧＩループ置換を有するＡＡＶカプシドの組織向性は、キメラカプシド及びレポーター導入遺伝子（例えば、ＧＦＰ）を含むｒＡＡＶベクターの動物、例えばマウスへの投与によって実証することができる。
「向性特性」は、１つ以上の標的細胞、組織及び／又は臓器の形質導入のパターンを指す。例えば、ＡＡＶカプシドは、筋細胞の効率的形質導入とともに、例えば脳細胞の単なる低い形質導入によって特徴づけられる向性特性を有し得る。
いくつかの実施形態では、ＧＨループ置換を含む本開示のキメラカプシドは、親ＡＡＶカプシドと異なる向性特性を有する。いくつかの実施形態では、（例えば、配列番号３３のアミノ酸を含むか又はそれからなる）ＡＡＶ６ ＧＨループ置換を含むＡＡＶ９カプシドは、骨格筋及び／又は心筋に対する向性を有する。いくつかの実施形態では、（例えば、配列番号３３のアミノ酸を含むか又はそれからなる）ＡＡＶ６ ＧＨループ置換を含むＡＡＶ９カプシドは、ＡＡＶ９カプシド又はＡＡＶ７カプシドと比較して、肝組織に対して低下した向性を有する。いくつかの実施形態では、（例えば、配列番号３３のアミノ酸を含むか又はそれからなる）ＡＡＶ６ ＧＨループ置換を含むＡＡＶ９カプシドは、ＡＡＶ９カプシド又はＡＡＶ７カプシドの向性と比較して、脳組織に対して低下した向性を有する。
いくつかの実施形態では、（例えば、配列番号３５のアミノ酸を含むか又はそれからなる）ＡＡＶ７ ＧＨループ置換を含むＡＡＶ９カプシドは、骨格筋、心筋及び肝臓に対する向性を有する。
いくつかの実施形態では、（例えば、配列番号３７のアミノ酸を含むか又はそれからなる）ＡＡＶ８ ＧＨループ置換を含むＡＡＶ９カプシドは、ＡＡＶ９カプシドの向性と比較して、肝臓、心臓及び筋肉に対して低下した向性を有する。
いくつかの実施形態では、（例えば、配列番号３５のアミノ酸を含むか又はそれからなる）ＡＡＶ７ ＧＨループ置換を含むＡＡＶ９カプシドは、任意選択的にＩＣＶによって投与される場合、脳、心臓、骨格筋、肝臓及び脊椎に対する向性を有する。
Ｃ．組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）
「組換えアデノ随伴ウイルス」又は「ｒＡＡＶ」（本明細書で「ｒＡＡＶベクター」、「ｒＡＡＶウイルス粒子」、及び／又は「ｒＡＡＶベクター粒子」とも称される）は、特に具体的に明示されない限り、ベクターゲノムを含むＡＡＶカプシドを指す。ベクターゲノムは、少なくとも部分的に、天然に存在するＡＡＶに由来しないポリヌクレオチド配列（例えば、野生型ＡＡＶ中に存在しない異種ポリヌクレオチド）を含み、野生型ＡＡＶゲノムのｒｅｐ及び／又はｃａｐ遺伝子は、ベクターゲノムから除去されている。ＡＡＶからのＩＴＲは、付加されているか又はベクターゲノム中に残存する。したがって、ｒＡＡＶベクターという用語は、（本明細書で開示されるようなキメラカプシドを含む）カプシドを含むが、完全ＡＡＶゲノムを含まないｒＡＡＶウイルス粒子を包含し；代わりに、組換えウイルス粒子は、異種の、すなわち元来カプシド内に存在しない、核酸、ベクターゲノムを含み得る。したがって、「ｒＡＡＶベクターゲノム」（又は「ベクターゲノム」）は、ＡＡＶカプシド内に含まれ得るが、その必要がない異種ポリヌクレオチド配列（少なくとも１つのＩＴＲを含む）を指す。ｒＡＡＶベクターゲノムは、二本鎖（ｄｓＡＡＶ）、一本鎖（ｓｓＡＡＶ）又は自己相補的なもの（ｓｃＡＡＶ）であり得る。典型的に、ベクターゲノムは、治療用導入遺伝子をコードすることが多い異種核酸、又はｅＧＦＰなどのレポーター導入遺伝子を含む。
「組換えアデノ随伴ウイルス」又は「ｒＡＡＶ」（本明細書で「ｒＡＡＶベクター」、「ｒＡＡＶウイルス粒子」、及び／又は「ｒＡＡＶベクター粒子」とも称される）は、特に具体的に明示されない限り、ベクターゲノムを含むＡＡＶカプシドを指す。ベクターゲノムは、少なくとも部分的に、天然に存在するＡＡＶに由来しないポリヌクレオチド配列（例えば、野生型ＡＡＶ中に存在しない異種ポリヌクレオチド）を含み、野生型ＡＡＶゲノムのｒｅｐ及び／又はｃａｐ遺伝子は、ベクターゲノムから除去されている。ＡＡＶからのＩＴＲは、付加されているか又はベクターゲノム中に残存する。したがって、ｒＡＡＶベクターという用語は、（本明細書で開示されるようなキメラカプシドを含む）カプシドを含むが、完全ＡＡＶゲノムを含まないｒＡＡＶウイルス粒子を包含し；代わりに、組換えウイルス粒子は、異種の、すなわち元来カプシド内に存在しない、核酸、ベクターゲノムを含み得る。したがって、「ｒＡＡＶベクターゲノム」（又は「ベクターゲノム」）は、ＡＡＶカプシド内に含まれ得るが、その必要がない異種ポリヌクレオチド配列（少なくとも１つのＩＴＲを含む）を指す。ｒＡＡＶベクターゲノムは、二本鎖（ｄｓＡＡＶ）、一本鎖（ｓｓＡＡＶ）又は自己相補的なもの（ｓｃＡＡＶ）であり得る。典型的に、ベクターゲノムは、治療用導入遺伝子をコードすることが多い異種核酸、又はｅＧＦＰなどのレポーター導入遺伝子を含む。
ｒＡＡＶベクター、及び上に提示されるような用語は、組換えでなく、ｒｅｐ及びｃａｐ遺伝子をコードするウイルスゲノムを含む「ＡＡＶウイルス粒子」又は「ＡＡＶウイルス」と区別されるべきであり、ここでＡＡＶウイルスは、ヘルパーウイルス（ｈｅｒｐｅｒ ｖｉｒｕｓ）、例えばアデノウイルス（ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ）及び／若しくは単純ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ）、及び／又はそれらからの要求されるヘルパー遺伝子も含む細胞内に存在する場合、複製する能力がある。したがって、ｒＡＡＶベクターの産生は、組換えＤＮＡ技術を用いての組換えベクターゲノムの産生を必然的に含み、組換えベクターゲノムは、ｒＡＡＶベクターを形成するため、ＡＡＶカプシド内に含まれる。
本開示は、ＧＨループ置換又はＧＩループ置換を含むキメラＡＡＶカプシド、並びに例えばｒＡＡＶベクターとしてのその使用方法を提供する。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶベクターの対象（例えば、患者）への送達又は投与により、コード化タンパク質及びペプチドが対象に提供される。したがって、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５及び配列番号４７のいずれか１つのアミノ酸を含むか又はそれからなるキメラカプシドを含むｒＡＡＶベクターを使用し、疾患、障害及び／又は病態の治療のため、発現に向けて異種ポリヌクレオチドを移入／送達することができる。
ｒＡＡＶベクターゲノムは、一般に１３０～１４５個の塩基ＩＴＲを、ウイルスのｒｅｐ及びｃａｐ遺伝子を置換する異種核酸配列に対してシスで保持する。こうしたＩＴＲは、ＡＡＶゲノムの複製及びパッケージングを媒介する場合、組換えＡＡＶベクターを産生するのに必要である。しかし、部分的に又は完全に合成された配列を含む修飾されたＡＡＶ ＩＴＲ及び非ＡＡＶ末端リピートも、このプロセスに寄与し得る。ＩＴＲは、ヘアピン構造を形成し、例えば、感染後の相補的ＤＮＡ鎖の宿主細胞媒介性の合成のためのプライマーとして役立つように機能する。ＩＴＲはまた、ウイルスパッケージング、統合などにおける役割を果たす。ＩＴＲは、ＡＡＶゲノムの複製及びｒＡＡＶベクターへのパッケージングにシスで必要とされる唯一のＡＡＶウイルス配列である。ｒＡＡＶベクターゲノムは、任意選択的に、一般に異種配列（例えば、目的の遺伝子をコードする導入遺伝子）を含むベクターゲノムの５’及び３’末端に存在する２つのＩＴＲを含む。５’及び３’ＩＴＲは、共に同じ配列を含み得るか、又はそれぞれ異なる配列を含み得る。
ｒＡＡＶベクターゲノムは、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５、ＡＡＶｒｈ１０）及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド（例えば、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５）の血清型と異なる、ＡＡＶ血清型（例えば、野生型ＡＡＶ２、その断片又は変異体）からのＩＴＲを含み得る。１つの血清型からの少なくとも１つのＩＴＲを含むが、異なる血清型からのカプシドを含む、こうしたｒＡＡＶベクターゲノムは、ハイブリッドウイルスベクターと称することができる（米国特許第７，１７２，８９３号明細書；Ｒａｂｉｎｏｗｉｔｚ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７６（２）：７９１－８０１を参照されたい）。ｒＡＡＶ ＩＴＲは、野生型ＩＴＲ配列全体を含み得るか、又はその変異体、断片、若しくは修飾であり得るが、機能性を保持する。
導入遺伝子及び少なくとも１つのＩＴＲに加えて、ベクターゲノムは、様々な調節又は制御エレメントも含み得る。典型的に、調節エレメントは、作動可能に連結されたポリヌクレオチド（例えば、導入遺伝子）の発現に影響を及ぼす核酸配列である。例えば、プロモーター、エンハンサー、イントロンなどを含む、遺伝子発現に有用な調節エレメントの正確な性質は、適切な異種ポリヌクレオチドの転写及び翻訳を促進する目的で、生物から生物及び細胞型から細胞型にかけて変動することになる。調節制御は、転写、翻訳、スプライシング、メッセージ安定性などのレベルで影響され得る。いくつかの実施形態では、組換え核酸を含むｒＡＡＶベクターは、少なくとも１つのＩＴＲ、導入遺伝子、プロモーター及びポリアデニル化シグナル（ポリＡ）配列を含む。
本開示のキメラＡＡＶカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択される、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド、又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含み得る。
本明細書に記載のｒＡＡＶベクターは、任意の公知の産生系、例えば、哺乳動物細胞ＡＡＶ産生系（例えば、２９３Ｔ又はＨＥＫ２９３細胞に基づくもの）及び昆虫細胞ＡＡＶ産生系（例えば、ｓｆ９昆虫細胞に基づくもの及び／又はバキュロウイルスヘルパーベクターを使用するもの）によって得ることができる。
ｒＡＡＶベクターは、いくつものカラムクロマトグラフィー法（例えば、親和性クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー）又は塩化セシウム勾配法などの当該技術分野で標準の方法によって精製することができる。ｒＡＡＶベクターを精製するための方法は、当該技術分野で公知であり、Ｃｌａｒｋ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １０（６）：１０３１－１０３９；Ｓｃｈｅｎｐｐ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．６９：４２７－４４３；米国特許第６，５６６，１１８号明細書及び国際公開第９８／０９６５７号パンフレットに記載の方法を含む。
ｒＡＡＶベクターが産生及び精製された後、それらを滴定し（ｔｉｔｅｒｅｄ）（例えば、サンプル中のｒＡＡＶベクターの量を定量し）、疾患を有するヒト対象などの対象への投与のための組成物を調製することができる。ｒＡＡＶベクターの滴定（ｔｉｔｅｒｉｎｇ）は、当該技術分野で公知の方法を用いて達成することができる。
本明細書中で特段の定義がされていない限り、本開示に関連して使用される科学技術用語は、当業者によって一般に理解されている意味を有するものとする。本明細書で言及される全ての出版物及び他の参考文献は、それら全体が参照により組み込まれる。多くの文書が本明細書で引用されているが、この引用は、これらの文書のいずれかが当該技術分野において共通した一般的知見の一部を形成することの承認ということではない。
当業者は、本明細書に記載の本発明の具体的な実施形態に対する多くの均等物を、単なるルーチン的な実験を用いて理解し、又は確認できるであろう。こうした均等物は、以下の実施形態（Ｅ）によって包含されることが意図される。
実施形態
Ｅ１．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、約２２２～約２３５アミノ酸を含む、Ｅ１のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３．βシートＧとβシートＨとの間の領域は、βシートＧ及びβシートＨ内部からのアミノ酸を含む、Ｅ１のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及びβシートＨの内部及び間の領域は、約２３５～約２４８アミノ酸を含む、Ｅ１又はＥ３のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ７．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ６のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ８．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＩであり；Ｘ３は、Ｓ又はＴであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５３）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ９．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ８のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１０．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨは、Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ、又はＭであり；Ｘ２は、Ｉ又はＭであり；Ｘ３は、Ｌ、Ｍ又はＦである）（配列番号６５）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１１．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ１０のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１２．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨは、ＱＸ１Ｘ２ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｉ又はＭであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｌ又はＭである）（配列番号６６）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１１のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１３．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１の血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ及びＡＡＶブタ４からなる群から選択される、Ｅ１２のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される、Ｅ１～Ｅ１３のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１５．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１６．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＶＰＦＨＳ（配列番号７５）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）又はＭＫＨＰＰＰ（配列番号７７）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ１～Ｅ１５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１７．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９又はＡＡＶｒｈ１０であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５及びＡＡＶ９からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ１６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１８．配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ１７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１９．配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２０．配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４０、及び配列番号４２のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２１．配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４０、及び配列番号４２のいずれか１つを含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ２０のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２２．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ２ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号２５のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２３．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ３Ｂ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号２７のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２４．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号２９のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２５．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３１のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２６．ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２７．ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４１のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２８．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＧＮＮＦＸ１Ｆ（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴである）（配列番号７８）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ１～Ｅ１５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２９．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７及びＡＡＶ８からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３０．配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つと少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ１５、Ｅ２８又はＥ２９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３１．配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８～Ｅ３０のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３２．配列番号３４、配列番号３６及び配列番号３８のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８～Ｅ３１のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３３．配列番号３４、配列番号３６及び配列番号３８のいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８～Ｅ３２のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３４．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３３のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３５．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ７ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３５のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３６．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ８ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３７のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３７．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＬＹＲＦＶＳＴ（配列番号７９）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＰＰＰＭ（配列番号８０）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ１～Ｅ１５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３８．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶブタ５である、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３９．配列番号４７と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ３８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４０．配列番号４７のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ３９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４１．配列番号４８と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ４０のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４２．配列番号４８の核酸を含むか又はそれからなる核酸によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ４１のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４３．ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶブタ５ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４７のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４５．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択される、Ｅ４４のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４６．βシートＧとβシートＩとの間の領域は、βシートＧ及びβシートＩ内部からのアミノ酸を含む、Ｅ４４～Ｅ４５のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４７．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｋ、Ｎ又はＴである）（配列番号８１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ４６のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４８．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ８、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ４７のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４９．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３Ｘ４ＷＥＸ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ、Ｋ又はＱであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｄ又はＥであり；Ｘ５は、Ｉ又はＬであり；Ｘ６は、Ｑ又はＫである）（配列番号７１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ４８のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５０．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ４９のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５１．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３ＥＷＥＸ４Ｘ５（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ又はＫであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｉ又はＬであり；Ｘ５は、Ｑ又はＫである）（配列番号７２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ５０のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５２．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ５１のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５３．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１、配列番号３、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される、Ｅ４４～Ｅ５２のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる、Ｅ４４～Ｅ５３のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５５．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域は、配列ＭＬＲＴＧＮＮＦ（配列番号８２）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶ（配列番号８３）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ４４～Ｅ５４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５６．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶウシ又はＡＡＶブタ４である、Ｅ３３のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５７．配列番号４３又は配列番号４５と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ４４～Ｅ５６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５８．配列番号４３又は配列番号４５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ５７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５９．配列番号４４又は配列番号４６と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸によってコードされる、Ｅ４４～Ｅ５８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６０．配列番号４４又は配列番号４６を含むか又はそれからなる核酸によってコードされる、Ｅ４４～Ｅ５９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６１．ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶウシＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４３のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６２．ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶブタ４ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４６のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６３．ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｅ５４７ Ｓ５５２、Ｎ５５３、Ａ５５５、Ｎ５５８ Ｖ５５９のいずれか１つ以上、並びにＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｎ７１０、Ｎ７１１及びＶ７２１のいずれか１つ以上は、ＰＫＤ１受容体と相互作用する、Ｅ２８～Ｅ３４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６４．ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｗ５０４及びＴ５０５のいずれか１つ以上、並びにＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｓ２６３、Ｓ２６９、Ｓ３８６、Ｑ３８７、Ｄ３８４、Ｎ２７０のいずれか１つ以上は、ＰＫＤ２受容体と相互作用する、Ｅ２８～Ｅ３４又はＥ６３のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６５．配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５及び配列番号４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６６．配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６及び配列番号４８からなる群から選択される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６７．Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含む組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクター
Ｅ６８．導入遺伝子を含む核酸をさらに含む、Ｅ６７のｒＡＡＶベクター
Ｅ６９．導入遺伝子は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする、Ｅ６８のｒＡＡＶベクター
Ｅ７０．レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は増強された緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）である、Ｅ６９のｒＡＡＶベクター
Ｅ７１．Ｅ６７～Ｅ７０のいずれか１つのｒＡＡＶベクターであって、その向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターの向性と異なる、ｒＡＡＶベクター
Ｅ７２．肝臓、心臓、骨格筋又は中枢神経系（例えば、脳、脊髄）のいずれか１つに対するベクターの向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターと比較して低下する、Ｅ７１のｒＡＡＶベクター
Ｅ７３．肝臓、心臓、骨格筋又は中枢神経系（例えば、脳、脊髄）のいずれか１つに対するベクターの向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターと比較して増加する、Ｅ７１のｒＡＡＶベクター
Ｅ７４．Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸
Ｅ７５．プラスミドである、Ｅ７４の核酸
Ｅ７６．Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞
Ｅ７７．ｉ）Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド及びベクターゲノムを含むｒＡＡＶベクター並びにｉｉ）薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物
Ｅ７８．ｉ）Ｅ６７～Ｅ７３のいずれか１つのｒＡＡＶベクター及びｉｉ）薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物
Ｅ７９．ｒＡＡＶベクターを作製する方法であって、ｉ）培養中の宿主細胞に、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むプラスミド、及び治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする核酸を含むプラスミドをトランスフェクトすることと、ｉｉ）ｒＡＡＶベクターを宿主細胞及び／又は培地から単離することと、を含む方法
Ｅ８０．宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量と実質的に類似する、Ｅ７９の方法
Ｅ８１．宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量の約８０％～１４０％である、Ｅ８０の方法
Ｅ８２．親血清型は、ＡＡＶ９又はｒｈ１０である、Ｅ７９～Ｅ８１のいずれか１つの方法
Ｅ８３．ｒＡＡＶベクターは、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む、Ｅ７９～Ｅ８２のいずれか１つの方法
Ｅ８４．宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量より５～１００倍多い、Ｅ７９の方法
Ｅ８５．親血清型は、ＡＡＶ５である、Ｅ８４の方法
Ｅ８６．ｒＡＡＶベクターは、配列番号４３、配列番号４５又は配列番号４７のアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む、Ｅ８４又はＥ８５の方法
Ｅ８７．標的細胞を形質導入する方法であって、標的細胞を、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、Ｅ６７～Ｅ７３のいずれか１つのｒＡＡＶベクター又はＥ７７若しくはＥ７８の医薬組成物と接触させることを含み、それによりｒＡＡＶベクターは標的細胞に導入される、方法
Ｅ８８．標的細胞は、肝臓（例えば、肝細胞、類洞内皮細胞）、膵臓（例えば、ベータ島細胞、外分泌）、肺、中枢若しくは末梢神経系、例えば、脳（例えば、神経若しくは上衣細胞、オリゴデンドロサイト）若しくは脊椎、腎臓、眼（例えば、網膜）、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心（心臓）、筋肉若しくは腰筋、又は腸（例えば、内分泌）、脂肪組織（白色、褐色若しくはベージュ）、筋肉（例えば、線維芽細胞、筋細胞）、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞、造血（例えば、血液若しくはリンパ）又は幹（例えば、多能性若しくは複能性前駆）細胞である、Ｅ８７の方法
Ｅ８９．標的細胞は、単離された細胞であり、形質導入は、エクスビボでなされる、Ｅ８７又はＥ８８の方法
Ｅ９０．標的細胞は、生物内の細胞であり、形質導入は、インビボでなされる、Ｅ８７又はＥ８９の方法
Ｅ９１．形質導入される細胞は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質を発現する、Ｅ８７～Ｅ９０のいずれか１つの方法
Ｅ９２．レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は増強された緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）である、Ｅ９１の方法
Ｅ９３．生物内の形質導入細胞は、治療用タンパク質をコードする導入遺伝子を発現する、Ｅ９０～Ｅ９２のいずれか１つの方法
Ｅ９４．疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防における使用のための、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、Ｅ６７～Ｅ７３のｒＡＡＶベクター又はＥ７７若しくはＥ７８の医薬組成物
Ｅ９５．疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防のための薬剤の製造における、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、Ｅ６７～Ｅ７３のｒＡＡＶベクター又はＥ７７若しくはＥ７８の医薬組成物の使用
Ｅ１．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、約２２２～約２３５アミノ酸を含む、Ｅ１のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３．βシートＧとβシートＨとの間の領域は、βシートＧ及びβシートＨ内部からのアミノ酸を含む、Ｅ１のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及びβシートＨの内部及び間の領域は、約２３５～約２４８アミノ酸を含む、Ｅ１又はＥ３のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む）、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ７．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ６のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ８．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＩであり；Ｘ３は、Ｓ又はＴであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５３）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ９．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ８のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１０．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨは、Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ、又はＭであり；Ｘ２は、Ｉ又はＭであり；Ｘ３は、Ｌ、Ｍ又はＦである）（配列番号６５）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１１．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ１０のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１２．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨは、ＱＸ１Ｘ２ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｉ又はＭであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｌ又はＭである）（配列番号６６）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１１のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１３．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１の血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ及びＡＡＶブタ４からなる群から選択される、Ｅ１２のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される、Ｅ１～Ｅ１３のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１５．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１６．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＶＰＦＨＳ（配列番号７５）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）又はＭＫＨＰＰＰ（配列番号７７）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ１～Ｅ１５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１７．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９又はＡＡＶｒｈ１０であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５及びＡＡＶ９からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ１６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１８．配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ１７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ１９．配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２０．配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４０、及び配列番号４２のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２１．配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４０、及び配列番号４２のいずれか１つを含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ２０のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２２．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ２ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号２５のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２３．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ３Ｂ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号２７のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２４．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号２９のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２５．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３１のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２６．ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ４ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２７．ＡＡＶｒｈ１０ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４１のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２８．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＧＮＮＦＸ１Ｆ（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴである）（配列番号７８）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ１～Ｅ１５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ２９．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７及びＡＡＶ８からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３０．配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つと少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ１５、Ｅ２８又はＥ２９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３１．配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８～Ｅ３０のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３２．配列番号３４、配列番号３６及び配列番号３８のいずれか１つの核酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８～Ｅ３１のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３３．配列番号３４、配列番号３６及び配列番号３８のいずれか１つの核酸配列を含むか又はそれからなる核酸配列によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ２８～Ｅ３２のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３４．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３３のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３５．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ７ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３５のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３６．ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ８ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３７のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３７．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域並びに／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、配列ＬＹＲＦＶＳＴ（配列番号７９）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＰＰＰＭ（配列番号８０）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ１～Ｅ１５のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３８．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶブタ５である、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ３９．配列番号４７と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ３８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４０．配列番号４７のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ３９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４１．配列番号４８と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ４０のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４２．配列番号４８の核酸を含むか又はそれからなる核酸によってコードされる、Ｅ１～Ｅ１５又はＥ３７～Ｅ４１のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４３．ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶブタ５ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４７のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４５．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３（ＡＡＶ３Ａ及びＡＡＶ３Ｂを含む、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１２、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶｒｈ３９、ＡＡＶｒｈ４３、ＡＡＶｒｈ７４、ＡＡＶｒｈ３２．２２、ＡＡＶ１．１、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．３．１、ＡＡＶ９．４５、ＡＡＶＳｈＨ１０、ＨＳＣ１５／１７、ＲＨＭ４－１、ＲＨＭ１５－１、ＲＨＭ１５－２、ＲＨＭ１５－３／ＲＨＭ１５－５、ＲＨＭ１５－４、ＲＨＭ１５－６、ＡＡＶｈｕ．２６、ＡＡＶ２ｉ８、ＡＡＶ２９Ｇ、ＡＡＶ２，８Ｇ９、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ２－ＴＴ、ＡＡＶ２－ＴＴ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶ３Ｂ－Ｓ３１２Ｎ、ＡＡＶトリ、ＡＡＶコウモリ、ＡＡＶウシ、ＡＡＶイヌ、ＡＡＶウマ、ＡＡＶ霊長類、ＡＡＶ非霊長類、ＡＡＶヒツジ、ＡＡＶバリケン、ＡＡＶブタ４、ＡＡＶブタ５、ＡＡＶヘビのＮＰ４、ＮＰ２２、ＮＰ６６、ＡＡＶＤＪ、ＡＡＶＤＪ／８、ＡＡＶＤＪ／９、ＡＡＶＨＳＣ１、ＡＡＶＨＳＣ２、ＡＡＶＨＳＣ３、ＡＡＶＨＳＣ４、ＡＡＶＨＳＣ５、ＡＡＶＨＳＣ６、ＡＡＶＨＳＣ７、ＡＡＶＨＳＣ８、ＡＡＶＨＳＣ９、ＡＡＶＨＳＣ１０、ＡＡＶＨＳＣ１１、ＡＡＶＨＳＣ１２、ＡＡＶＨＳＣ１３、ＡＡＶＨＳＣ１４、ＡＡＶＨＳＣ１５、ＡＡＶｖ６６、ＡＡＶｖ３３、ＡＡＶｖ３７、ＡＡＶｖ４０、ＡＡＶｖ６７、ＡＡＶｖ７０、ＡＡＶｖ７２、ＡＡＶｖ８４、ＡＡＶｖ８６、ＡＡＶｖ８７及びＡＡＶｖ９０からなる群から選択される、Ｅ４４のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４６．βシートＧとβシートＩとの間の領域は、βシートＧ及びβシートＩ内部からのアミノ酸を含む、Ｅ４４～Ｅ４５のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４７．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｋ、Ｎ又はＴである）（配列番号８１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ４６のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４８．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ８、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ４７のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ４９．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３Ｘ４ＷＥＸ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ、Ｋ又はＱであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｄ又はＥであり；Ｘ５は、Ｉ又はＬであり；Ｘ６は、Ｑ又はＫである）（配列番号７１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ４８のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５０．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ４９のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５１．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３ＥＷＥＸ４Ｘ５（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ又はＫであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｉ又はＬであり；Ｘ５は、Ｑ又はＫである）（配列番号７２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ５０のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５２．親ＡＡＶ ＶＰＩ及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、Ｅ５１のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５３．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１、配列番号３、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される、Ｅ４４～Ｅ５２のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５４．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列及び／又は別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる、Ｅ４４～Ｅ５３のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５５．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域並びに別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域は、配列ＭＬＲＴＧＮＮＦ（配列番号８２）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶ（配列番号８３）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、Ｅ４４～Ｅ５４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５６．親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶウシ又はＡＡＶブタ４である、Ｅ３３のＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５７．配列番号４３又は配列番号４５と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、Ｅ４４～Ｅ５６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５８．配列番号４３又は配列番号４５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、Ｅ４４～Ｅ５７のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ５９．配列番号４４又は配列番号４６と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一の核酸によってコードされる、Ｅ４４～Ｅ５８のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６０．配列番号４４又は配列番号４６を含むか又はそれからなる核酸によってコードされる、Ｅ４４～Ｅ５９のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６１．ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶウシＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４３のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６２．ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶブタ４ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号４６のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６３．ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｅ５４７ Ｓ５５２、Ｎ５５３、Ａ５５５、Ｎ５５８ Ｖ５５９のいずれか１つ以上、並びにＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｎ７１０、Ｎ７１１及びＶ７２１のいずれか１つ以上は、ＰＫＤ１受容体と相互作用する、Ｅ２８～Ｅ３４のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６４．ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｗ５０４及びＴ５０５のいずれか１つ以上、並びにＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｓ２６３、Ｓ２６９、Ｓ３８６、Ｑ３８７、Ｄ３８４、Ｎ２７０のいずれか１つ以上は、ＰＫＤ２受容体と相互作用する、Ｅ２８～Ｅ３４又はＥ６３のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６５．配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５及び配列番号４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６６．配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６及び配列番号４８からなる群から選択される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチド
Ｅ６７．Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含む組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクター
Ｅ６８．導入遺伝子を含む核酸をさらに含む、Ｅ６７のｒＡＡＶベクター
Ｅ６９．導入遺伝子は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする、Ｅ６８のｒＡＡＶベクター
Ｅ７０．レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は増強された緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）である、Ｅ６９のｒＡＡＶベクター
Ｅ７１．Ｅ６７～Ｅ７０のいずれか１つのｒＡＡＶベクターであって、その向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターの向性と異なる、ｒＡＡＶベクター
Ｅ７２．肝臓、心臓、骨格筋又は中枢神経系（例えば、脳、脊髄）のいずれか１つに対するベクターの向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターと比較して低下する、Ｅ７１のｒＡＡＶベクター
Ｅ７３．肝臓、心臓、骨格筋又は中枢神経系（例えば、脳、脊髄）のいずれか１つに対するベクターの向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターと比較して増加する、Ｅ７１のｒＡＡＶベクター
Ｅ７４．Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸
Ｅ７５．プラスミドである、Ｅ７４の核酸
Ｅ７６．Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞
Ｅ７７．ｉ）Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチド及びベクターゲノムを含むｒＡＡＶベクター並びにｉｉ）薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物
Ｅ７８．ｉ）Ｅ６７～Ｅ７３のいずれか１つのｒＡＡＶベクター及びｉｉ）薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物
Ｅ７９．ｒＡＡＶベクターを作製する方法であって、ｉ）培養中の宿主細胞に、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むプラスミド、及び治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする核酸を含むプラスミドをトランスフェクトすることと、ｉｉ）ｒＡＡＶベクターを宿主細胞及び／又は培地から単離することと、を含む方法
Ｅ８０．宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量と実質的に類似する、Ｅ７９の方法
Ｅ８１．宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量の約８０％～１４０％である、Ｅ８０の方法
Ｅ８２．親血清型は、ＡＡＶ９又はｒｈ１０である、Ｅ７９～Ｅ８１のいずれか１つの方法
Ｅ８３．ｒＡＡＶベクターは、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む、Ｅ７９～Ｅ８２のいずれか１つの方法
Ｅ８４．宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量より５～１００倍多い、Ｅ７９の方法
Ｅ８５．親血清型は、ＡＡＶ５である、Ｅ８４の方法
Ｅ８６．ｒＡＡＶベクターは、配列番号４３、配列番号４５又は配列番号４７のアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む、Ｅ８４又はＥ８５の方法
Ｅ８７．標的細胞を形質導入する方法であって、標的細胞を、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、Ｅ６７～Ｅ７３のいずれか１つのｒＡＡＶベクター又はＥ７７若しくはＥ７８の医薬組成物と接触させることを含み、それによりｒＡＡＶベクターは標的細胞に導入される、方法
Ｅ８８．標的細胞は、肝臓（例えば、肝細胞、類洞内皮細胞）、膵臓（例えば、ベータ島細胞、外分泌）、肺、中枢若しくは末梢神経系、例えば、脳（例えば、神経若しくは上衣細胞、オリゴデンドロサイト）若しくは脊椎、腎臓、眼（例えば、網膜）、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心（心臓）、筋肉若しくは腰筋、又は腸（例えば、内分泌）、脂肪組織（白色、褐色若しくはベージュ）、筋肉（例えば、線維芽細胞、筋細胞）、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞、造血（例えば、血液若しくはリンパ）又は幹（例えば、多能性若しくは複能性前駆）細胞である、Ｅ８７の方法
Ｅ８９．標的細胞は、単離された細胞であり、形質導入は、エクスビボでなされる、Ｅ８７又はＥ８８の方法
Ｅ９０．標的細胞は、生物内の細胞であり、形質導入は、インビボでなされる、Ｅ８７又はＥ８９の方法
Ｅ９１．形質導入される細胞は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質を発現する、Ｅ８７～Ｅ９０のいずれか１つの方法
Ｅ９２．レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は増強された緑色蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ）である、Ｅ９１の方法
Ｅ９３．生物内の形質導入細胞は、治療用タンパク質をコードする導入遺伝子を発現する、Ｅ９０～Ｅ９２のいずれか１つの方法
Ｅ９４．疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防における使用のための、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、Ｅ６７～Ｅ７３のｒＡＡＶベクター又はＥ７７若しくはＥ７８の医薬組成物
Ｅ９５．疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防のための薬剤の製造における、Ｅ１～Ｅ６６のいずれか１つのＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、Ｅ６７～Ｅ７３のｒＡＡＶベクター又はＥ７７若しくはＥ７８の医薬組成物の使用
本発明は、以下の実験例を参照することによってさらに詳しく説明される。これらの例は、あくまで例示を目的として提示され、特に指定されない限り、限定することが意図されない。したがって、本発明は、決して以下の実施例に限定されるものとして解釈されるべきでないばかりか、本明細書に提供される教示の結果として明らかになるありとあらゆるバリエーションを包含するように解釈されるべきである。
以下の実施例は、発明者が、親ＶＰ１ポリペプチド（例えば、ＡＡＶ９）中の特定のドメインを別のＡＡＶ血清型（例えば、ＡＡＶ６）からの相同性ドメインと置換することにより、新規な向性特性を有する新規なＡＡＶカプシドを開発することができることを発見した試験について説明する。発明者はまた、これらのキメラＡＡＶカプシドが、ｒＡＡＶベクターの産生にとって有用であり、ｒＡＡＶベクターが、遺伝子療法適用に適したベクターの産生のための標準的方法によって精製可能であることを発見した。
実施例１：ＧＨループ置換を有するキメラＡＡＶカプシド
キメラＡＡＶカプシドを開発するため、大きいドメインの置換のためのガイドとして結晶及びｃｒｙｏＥＭ構造を使用した。親ＡＡＶ血清型５、９及びｒｈ１０を使用し、βシートＧ（アミノ酸ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴであり、Ｘ２は、Ｆ、Ｉ又はＭであり、Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり、Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである））～βシートＨ（Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ又はＭであり、Ｘ２は、Ｉ又はＭであり、Ｘ３は、Ｆ、Ｌ又はＭである））（ＧＨループと称される）及びβシートＧ～βシートＩ（ＴＱＴＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３ＥＷＥＸ４Ｘ５（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり、Ｘ２は、Ｅ又はＫであり、Ｘ３は、Ｉ又はＭであり、Ｘ４は、Ｉ又はＬであり、Ｘ５は、Ｋ又はＱである））（ＧＩループと称される）を含む領域に対応する核酸を同定した（Ｎａｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８１（２２）：１２２６０－１２２７１）。
キメラＡＡＶカプシドを開発するため、大きいドメインの置換のためのガイドとして結晶及びｃｒｙｏＥＭ構造を使用した。親ＡＡＶ血清型５、９及びｒｈ１０を使用し、βシートＧ（アミノ酸ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴであり、Ｘ２は、Ｆ、Ｉ又はＭであり、Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり、Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである））～βシートＨ（Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ又はＭであり、Ｘ２は、Ｉ又はＭであり、Ｘ３は、Ｆ、Ｌ又はＭである））（ＧＨループと称される）及びβシートＧ～βシートＩ（ＴＱＴＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３ＥＷＥＸ４Ｘ５（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり、Ｘ２は、Ｅ又はＫであり、Ｘ３は、Ｉ又はＭであり、Ｘ４は、Ｉ又はＬであり、Ｘ５は、Ｋ又はＱである））（ＧＩループと称される）を含む領域に対応する核酸を同定した（Ｎａｍ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ８１（２２）：１２２６０－１２２７１）。
ＧＨループ置換を有するＡＡＶカプシドの場合、３つのカプシド血清型を親血清型として使用した：ＡＡＶ５、ＡＡＶ９、及びＡＡＶｒｈ１０。ＧＨループ置換を有するキメラカプシドは、親ＡＡＶ ＶＰ１（例えば、ＡＡＶ９）のβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸を別のＡＡＶ血清型（例えば、ＡＡＶ６）からのＶＰ１ポリペプチドの同じ領域からのアミノ酸と置換することによって作製した（図１）。このため、ＧＨループ断片を、ＡＡＶカプシド配列を含むプラスミドから、例えばＢｓｉＷＩ及びＡｆｅＩを用いて切断した。その断片を、ＢｓｉＷＩ及びＡｆｅＩ部位で、プラスミド内部の親ＶＰ１カプシド配列への標準のライゲーションによって組み込んだ。配列挿入の成功を、ＢａｅＩ消化（ＡＡＶ９ ＧＨループ領域内に存在する）、ＭｌｕＩ消化（ＡＡＶ８ ＧＨループ領域内に存在する）、ＳｃａＩ消化（ＡＡＶ７ ＧＨループ領域内に存在する）及びＢｓｐＥＩ消化（ＡＡＶ６ ＧＨループ内に存在する）によって確認した。キメラＶＰ１ヌクレオチド配列を含むプラスミドを、配列検証した。
親ＡＡＶ ＶＰ１配列から別のＡＡＶ ＶＰ１配列の置換領域にかけてのクロスオーバー領域は、ＶＰ１アミノ酸配列のβシートＧ領域の内部、又は下流のアミノ酸と対応するＤＮＡ配列領域で開始し、別のＶＰ１アミノ酸配列のβシートＨ領域、又はβシートＩ領域の内部、又は上流のアミノ酸と対応するＤＮＡ配列領域で終了する（表１）。得られたキメラＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドと異なる向性特性、親ＡＡＶ血清型の場合と一致する産生値、及び親ＡＡＶ血清型に共通する方法を用いた精製を可能にする特徴を含む有利な特性を示した。
以下のＧＨループ又はＧＩ置換を有する１２の新規なカプシドを作製した：ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ２（ＡＡＶ９ＧＨ２とも称される）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ３Ｂ（ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂとも称される）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ４（ＡＡＶ９ＧＨ４とも称される）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ５（ＡＡＶ９ＧＨ５とも称される）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６（ＡＡＶ９ＧＨ６とも称される）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ７（ＡＡＶ９ＧＨ７とも称される）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ８（ＡＡＶ９ＧＨ８とも称される）、ＡＡＶｒｈ１０－ＧＨ－ＡＡＶ９（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９とも称される）、ＡＡＶｒｈ１０－ＧＨ－ＡＡＶ４（ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ４とも称される）、ＡＡＶ５－ＧＩ－ＡＡＶブタ４（ＡＡＶ５ＧＩブタ４とも称される）、ＡＡＶ５－ＧＨ－ＡＡＶブタ５（ＡＡＶ５ＧＨブタ５とも称される）及びＡＡＶ５－ＧＩ－ＡＡＶウシ（ＡＡＶ５ＧＩウシとも称される）。親ＡＡＶ９ ＶＰ１カプシドアミノ酸配列とＧＨループ置換を有するカプシドのＶＰ１アミノ酸配列の一部との間のパーセント距離（すなわち、１－％同一性）によって測定した場合の類似性を表２に示す。
親ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドアミノ酸配列とＧＨループ置換を有するカプシドのＶＰ１アミノ酸配列の一部との間の保存されたパーセント（すなわち、同一アミノ酸の百分率＋類似アミノ酸の百分率）によって測定した場合の類似性を表３に示す。
キメラカプシドを使用し、懸濁液ＨＥＫ２９３培養系においてｒＡＡＶベクターを３０ｍＬの規模で産生し、パッケージング能及び力価を判定した。次に、親カプシドと比較して良好な力価をもたらすようなキメラカプシドを、双方向ＣＭＶを用いるインビボ試験のために高性能で生成し、増強されたＧＦＰ（ｅＧＦＰ）及びホタルルシフェラーゼ導入遺伝子を駆動した。
ｅＧＦＰ導入遺伝子を有するｒＡＡＶベクターを、体内分布試験のため、Ｂａｌｂ／ｃマウスに、３Ｅ＋１３ｖｇ／ｋｇの用量で静脈内に、又は２Ｅ＋１０ｖｇ／室の用量で両室（脳室内、「ｉｃｖ」）ＣＮＳ投与によって投与した。４週後、マウスに、生物発光イメージングのため、ルシフェリンを静脈内注射した。
また、Ｃ５７Ｂｌ／６マウスに、５Ｅ＋１２ｖｇ／ｋｇの各ベクターを静脈内注射し、注射の４週後、動物組織を収集した。動物組織を収集し、プロセシングのために液体窒素で凍結させるか、又は免疫蛍光イメージングのためにホルマリンで固定した。目的の組織を、ＤＮＡ及びＲＮＡプロセシング前に、Ｑｉａｇｅｎキットを使用し、製造業者のプロトコルに従い、粉末に微粉砕した。ＤＮＡ分布及びＲＮＡ発現レベルの両方を、ＧＦＰプライマー－プローブセットを使用する液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）によって定量した。固定された組織をパラフィン包埋し、切片を作成した。次に、組織をＧＦＰについてプローブした。
結果
３０ｍＬの産生規模で、ＧＨループ置換を有するカプシドを含むキメラベクターにおけるｖｇ／細胞の力価収量は、ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂ、ＡＡＶ９ＧＨ４、及びＡＡＶ９ＧＨｒｈ１０を除いてＡＡＶ９と類似した。ＡＡＶ５へのＧＨループ置換及びＧＩループ置換は、ＡＡＶ５より高い力価をもたらした（図２）。より大規模な２リットルの懸濁培養で、ＡＡＶ９ＧＨ６、ＡＡＶ９ＧＨ７、及びＡＡＶ９ＧＨ８は、ＡＡＶ９の場合と類似する産生力価をもたらした。ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９の力価は、ＡＡＶ９の場合より低かった（図３）。
３０ｍＬの産生規模で、ＧＨループ置換を有するカプシドを含むキメラベクターにおけるｖｇ／細胞の力価収量は、ＡＡＶ９ＧＨ３Ｂ、ＡＡＶ９ＧＨ４、及びＡＡＶ９ＧＨｒｈ１０を除いてＡＡＶ９と類似した。ＡＡＶ５へのＧＨループ置換及びＧＩループ置換は、ＡＡＶ５より高い力価をもたらした（図２）。より大規模な２リットルの懸濁培養で、ＡＡＶ９ＧＨ６、ＡＡＶ９ＧＨ７、及びＡＡＶ９ＧＨ８は、ＡＡＶ９の場合と類似する産生力価をもたらした。ＡＡＶｒｈ１０ＧＨ９の力価は、ＡＡＶ９の場合より低かった（図３）。
ＧＨループ置換を有するカプシドを有するｒＡＡＶベクターは、親ＡＡＶ９カプシドを含むｒＡＡＶベクターの向性特性と異なる組織向性特性を示した。生物発光データに基づき、静脈内に投与されたＡＡＶ９ＧＨ６ベクターは、全動物の胸部領域及び肢に生物発光が集中されることを示し、それは心臓及び骨格筋に対する向性を意味した。興味深いことに、肝臓領域における生物発光の観察が減少した（図４）。また、ＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを静脈内注射したマウスからの組織の生体外分析により、ＡＡＶ９ベクター及びＡＡＶ９ＧＨ７ベクターを注射したマウスの肝臓と比較して、肝臓における生物発光が減少することが示された（図４）。また、ＡＡＶ９ベクター、ＡＡＶ９ＧＨ６ベクター及びＡＡＶ９ＧＨ７ベクターを注射したマウスからの組織生物発光の定量により、親ｒＡＡＶ９ベクター及びＡＡＶ７ ＧＨループ置換を有するｒＡＡＶ９（ＡＡＶ９ＧＨ７）と比較して、肝臓及び脳におけるｒＡＡＶ９ＧＨ６ベクターの体内分布が減少することが示された（図５）。ｒＡＡＶ９ＧＨ８ベクターは、特異性を有するあらゆる組織を標的にすることが認められなかった。データは、光子／秒で測定され、非注射対照マウスに対して正規化された。
ｅＧＦＰ導入遺伝子を含むｒＡＡＶ９ＧＨ７ベクターのＩＣＶ注射による投与により、ＡＡＶ９ＧＨ８ベクター及びＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを同じ経路によって投与したマウスと比較して、脊椎及び脳における有意なレベルの生物発光がもたらされた。これは、全動物（図６）及び生体外組織（図７）の両方における生物発光の評価によって実証された。また、ＡＡＶ９ＧＨ７キメラベクターを投与したマウスは、肝臓及び脳における有意な生物発光を示した（表４）。データは、光子／秒で測定され、非注射対照マウスに対して正規化された。
また、ＩＶ投与した親ＡＡＶ９ベクター及びキメラベクターの体内分布を、骨格筋、心臓、脳及び肝臓組織における二倍体ゲノムあたりの発現されたＧＦＰ（ｅＧＦＰ）のコピーの数を測定することによって決定した（図９）。ｒＡＡＶ９ベクター又はＡＡＶ９ＧＨ７キメラベクターを投与したマウスの肝臓におけるコピーの数において、キメラｒＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを投与したマウスと比較して、有意差が認められた。体内分布におけるこの差異は、５Ｅ＋１２ｖｇ／ｋｇを投与したマウス及び３Ｅ＋１３ｖｇ／ｋｇを投与したマウスにおいて認められた。また、より高い用量を投与したマウスは、用量反応を表す、二倍体ゲノムあたりの全体的により高い数のｅＧＦＰコピーを示した。試験したベクターの中で、心臓における二倍体ゲノムあたりのｅＧＦＰコピーの数における有意差は認められなかった。
３Ｅ＋１３ｖｇ／ｋｇ投与したマウスにおいて、肝臓におけるｅＧＦＰの発現をｄｄＰＣＲによって測定した（図１０）。二倍体ゲノムあたりに測定されたｅＧＦＰのコピーの数と比較して、発現レベルにおける有意差が認められた。すなわち、肝臓におけるｅＧＦＰのＲＮＡ発現は、ＡＡＶ９又はＡＡＶ９ＧＨ７ベクターを投与したマウスにおいて最高であり、ＡＡＶ９ＧＨ６ベクター又はＡＡＶ９ＧＨ８ベクターを投与したマウスの肝臓において有意により低かった。
３Ｅ＋１３ｖｇ／ｋｇのｒＡＡＶ９、ｒＡＡＶ９ＧＨ７又はｒＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを静脈内投与したマウスの心臓及び肝臓組織に対して、ＧＦＰタンパク質に対する染色により、免疫組織化学（ＩＨＣ）を実施した（図１１）。全心臓及び心室におけるＧＦＰ陽性領域のみを定量化した（図１２）。ｒＡＡＶ９ベクター及びｒＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを投与したマウスの全心臓又は心室におけるＧＦＰ陽性領域において、有意差は認められなかった。ｒＡＡＶ９ベクターを投与したマウス及びｒＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを投与したマウスの全心臓又は心室において、ｒＡＡＶ９ＧＨ７ベクターを投与したマウスと比較して、有意により大きいＧＦＰ陽性領域が認められた（ｐ＜０．０００１）。
ｒＡＡＶ９ベクター及びｒＡＡＶ９ＧＨ７ベクターを投与したマウスの肝臓におけるＧＦＰ陽性領域において、有意差は認められなかった。ｒＡＡＶ９ベクターを投与したマウス（ｐ＜０．０１）及びｒＡＡＶ９ＧＨ７ベクターを投与したマウス（ｐ＜０．０５）の肝臓において、ｒＡＡＶ９ＧＨ６ベクターを投与したマウスと比較して、有意により大きいＧＦＰ陽性領域が認められた（図１２）。
実施例２：ＧＨループ置換を有するＡＡＶカプシドのクライオ電子顕微鏡（ＣｒｙｏＥＭ）分析
方法
グラフェンオキシドフィルムで支持された電子顕微鏡グリッドを調製した。Ｖｉｔｒｏｂｏｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用し、ＡＡＶサンプル溶液をガラス化した。凍結したグリッドを、３００ｋＶで作動するＦＥＩ Ｔｉｔａｎ Ｋｒｉｏｓ透過型電子顕微鏡に移した。標的位置を、ＳｅｒｉａｌＥＭプログラムにおいてセットアップし、高拡大率（１６５ＫＸ）画像を、超解像度の動画モードを用いてＫ２直接検出器カメラ（Ｇａｔａｎ）を使用するプログラムにより自動的に収集した。ビニングなしのピクセルサイズは、０．８６８Åであり、ビーム強度は、約８ｅ／非ビニングピクセル／秒であった。各動画についてのサンプルに対する総電子線量は、約４０ｅ／Å２であった。それぞれが２０フレームを有する、全部で８１３の動画を収集した。
方法
グラフェンオキシドフィルムで支持された電子顕微鏡グリッドを調製した。Ｖｉｔｒｏｂｏｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用し、ＡＡＶサンプル溶液をガラス化した。凍結したグリッドを、３００ｋＶで作動するＦＥＩ Ｔｉｔａｎ Ｋｒｉｏｓ透過型電子顕微鏡に移した。標的位置を、ＳｅｒｉａｌＥＭプログラムにおいてセットアップし、高拡大率（１６５ＫＸ）画像を、超解像度の動画モードを用いてＫ２直接検出器カメラ（Ｇａｔａｎ）を使用するプログラムにより自動的に収集した。ビニングなしのピクセルサイズは、０．８６８Åであり、ビーム強度は、約８ｅ／非ビニングピクセル／秒であった。各動画についてのサンプルに対する総電子線量は、約４０ｅ／Å２であった。それぞれが２０フレームを有する、全部で８１３の動画を収集した。
ｃｉｓＴＥＭプログラム（Ｇｒａｎｔ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｅｌｉｆｅ ７：ｅ３５３８３８）を用いて、データを処理し、それは、動画整列、ＣＴＦ補正、粒子ピッキング、２Ｄ分類及び自動精密化及びポストプロセシングのステップを含んだ。これらのステップ後、解像度が約２．６Åの電子密度マップを取得した。これらの密度マップ及び既知のＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６アミノ酸配列に基づき、原子モデルを、Ｃｏｏｔプログラム（Ｅｍｓｌｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｄ－Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ）を用いて構築した。そのモデルを、「Ｐｈｅｎｉｘ．ｒｅａｌ－ｓｐａｃｅ－ｒｅｆｉｎｅ」ツール（Ａｆｏｎｉｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．）を用いて改良した。
結果
ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６サンプルでは、最終的な２．６Åの解像度構造マップが得られた。カプシドの直径は約２８０Åであったが、それは他の野生型ＡＡＶ血清型からのカプシドの直径に類似する。その構成溶液は、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６カプシドが、その非天然配列にもかかわらず、インタクトであることを示した。ＥＭ密度マップからの特徴は、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６カプシドのモデル構築を支持した（図１２Ａ）。側鎖配置の大半は、十分に確定しており、密度マップに十分にフィットする（図１２Ｂ）。カプシド表面で、ＧＨ領域からの交換された配列は、主に、曝露され、３倍軸を中心に構成された表面である（図１２Ｃ）。
ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６サンプルでは、最終的な２．６Åの解像度構造マップが得られた。カプシドの直径は約２８０Åであったが、それは他の野生型ＡＡＶ血清型からのカプシドの直径に類似する。その構成溶液は、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６カプシドが、その非天然配列にもかかわらず、インタクトであることを示した。ＥＭ密度マップからの特徴は、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６カプシドのモデル構築を支持した（図１２Ａ）。側鎖配置の大半は、十分に確定しており、密度マップに十分にフィットする（図１２Ｂ）。カプシド表面で、ＧＨ領域からの交換された配列は、主に、曝露され、３倍軸を中心に構成された表面である（図１２Ｃ）。
ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６及び公表されたＡＡＶ９（ＰＤＢコード：３ＵＸ１）からの構造を比較した。その２つは、１．２７５Åの全体的な平均二乗偏差（ＲＭＳＤ）の類似性を示した（図１３Ａ）。しかし、ループＩＶ及びＶＩＩＩ領域において、差異はより明白であった（図１３Ｂ及び図１３Ｃ）。
また、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６構造を、ＡＡＶ６の公表された構造（ＰＤＢコード：３ＳＨＭ）と比較した。その２つの間の全体的なＲＭＳＤは、１．１０３Åであり（図１４Ａ）、明白な局所構造の差異も、ループＩＶ及びＶＩＩＩ領域内に見出された（図１４Ｂ及び図１４Ｃ）。カプシドのループＩＶ及びＶＩＩＩが、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（ＨＳＰＧ）及びシアル酸（ＳＩＡ）などの細胞表面グリカンとの相互作用に関与することは公知である（Ａｇｂａｎｄｊｅ－ＭｃＫｅｎｎａ ａｎｄ Ｋｌｅｉｎｓｃｈｍｉｄｔ（２０１２）ＡＡＶ Ｃａｐｓｉｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．Ｉｎ：Ｓｎｙｄｅｒ Ｒ．，Ｍｏｕｌｌｉｅｒ Ｐ．（ｅｄｓ） Ａｄｅｎｏ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｖｉｒｕｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ），ｖｏｌ８０７．Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）。野生型ＡＡＶ血清型カプシドとのＧＨループ置換を有するキメラカプシドの全体構造の類似性の観察によると、キメラカプシドが機能的カプシドであり、ウイルスの完全性を維持することが示される。表面に曝露されたループにおいて認められる差異は、表面特性における多様性がカプシドの向性特性における変化に寄与し得ることを示す。
ＡＡＶウイルスによる初期会合のための細胞表面グリカン（ヘパラン硫酸プロテオグリカン、Ｎ末端ガラクトース及びシアル酸部分を含む）の使用に加えて、最近、５つの多発性嚢胞腎疾患（ＰＫＤ）反復ドメインを含む糖タンパク質がＡＡＶ受容体として同定された。この受容体の異なるサブドメインがＡＡＶ血清型と異なる親和性で結合することが示されている。したがって、ＡＡＶカプシドの表面特性は、細胞表面受容体とのその相互作用を決定し、体内分布を変更し得る。ＡＡＶ５のＰＫＤ１及びＡＡＶ１のＰＫＤ２との既知の受容体結合領域を用いて（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１９）Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．１０：３７６０）（図１５Ａ及び図１６Ａ）、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６カプシド酸配列の対応する領域及び残基を同定した（図１５Ｂ及び図１６Ｂ）。これらの対応する領域は、親ＡＡＶ９ ＶＰ１配列及びＡＡＶ６ ＧＨループ置換配列に起因するアミノ酸から構成される。したがって、ＡＡＶ９－ＧＨ－ＡＡＶ６カプシドとＡＡＶ受容体との相互作用は、ＡＡＶ９カプシド配列及びＡＡＶ６カプシド配列の両方からの領域及びアミノ酸残基によって媒介される可能性が高く、それはＧＨ又はＧＩループ置換を有するキメラカプシドの変更された体内分布についての説明を提供する。
均等物
上記の書面の明細書は、当業者が本開示を実施することができるために十分であると考えられる。上記の説明及び実施例は、本開示の特定の例示的な実施形態を詳述している。しかし、本文中で上記がいかに詳細に見え得るとしても、本開示が多くの方法で実施することができ、本開示が添付の特許請求の範囲及びその任意の均等物に従って解釈されるべきであることは理解されるであろう。
上記の書面の明細書は、当業者が本開示を実施することができるために十分であると考えられる。上記の説明及び実施例は、本開示の特定の例示的な実施形態を詳述している。しかし、本文中で上記がいかに詳細に見え得るとしても、本開示が多くの方法で実施することができ、本開示が添付の特許請求の範囲及びその任意の均等物に従って解釈されるべきであることは理解されるであろう。
特許、特許出願、論文、教科書などを含む本明細書で引用される全ての参考文献、及びそれらの中で引用される参考文献は、それら全体が参照により本明細書にまだ組み込まれていない範囲で組み込まれる。
Claims (62)
- 親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチド及び前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域は、約２２２～約２３５アミノ酸を含む、請求項１に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ、又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ、Ｉ、又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｅ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ又はＴである）（配列番号５２）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項１又は２に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨ及び前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＨは、Ｘ１Ｘ２Ｘ３ＩＫＮＴ（式中、Ｘ１は、Ｑ、又はＭであり；Ｘ２は、Ｉ又はＭであり；Ｘ３は、Ｌ、Ｍ又はＦである）（配列番号６５）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項１～３のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、請求項１～４のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、請求項１～５のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列又はその両方は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される、請求項１～６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列又はその両方は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる、請求項１～７のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域又はその両方は、配列ＶＰＦＨＳ（配列番号７５）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）又はＭＫＨＰＰＰ（配列番号７７）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、請求項１～８のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９又はＡＡＶｒｈ１０であり、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５及びＡＡＶ９からなる群から選択される、請求項１～９のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３９、及び配列番号４１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項１～１１のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域又はその両方は、配列ＧＮＮＦＸ１Ｆ（式中、Ｘ１は、Ｅ、Ｑ又はＴである）（配列番号７８）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＫＨＰＰＰ（配列番号７６）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、請求項１～１２のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ９であり、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７及びＡＡＶ８からなる群から選択される、請求項１３に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つと少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１３又は１４に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号３３、配列番号３５及び配列番号３７のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項１３～１５のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域又はその両方は、配列ＬＹＲＦＶＳＴ（配列番号７９）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＰＰＰＭ（配列番号８０）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、請求項１～８のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶブタ５である、請求項１７に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号４７と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１７又は１８に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号４７のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項１７～１９のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸と別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域からのアミノ酸との置換を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧ及び前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧは、ＦＸ１Ｘ２Ｘ３ＹＸ４（式中、Ｘ１は、Ｅ又はＴであり；Ｘ２は、Ｆ又はＭであり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ又はＶであり；Ｘ４は、Ｋ、Ｎ又はＴである）（配列番号８１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項２１に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰＩ、前記別のＡＡＶ ＶＰ１又はその両方は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ８、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、請求項２１又は２２に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩ及び前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＩは、ＴＱＹＳＴＧＱＶＸ１ＶＸ２Ｘ３Ｘ４ＷＥＸ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、Ａ、Ｓ又はＴであり；Ｘ２は、Ｅ、Ｋ又はＱであり；Ｘ３は、Ｉ又はＭであり；Ｘ４は、Ｄ又はＥであり；Ｘ５は、Ｉ又はＬであり；Ｘ６は、Ｑ又はＫである）（配列番号７１）のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項２１～２３のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰＩ、前記別のＡＡＶ ＶＰ１又はその両方は、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶウシ、ＡＡＶブタ４及びＡＡＶブタ５からなる群から選択される、請求項２４に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、又はその両方は、配列番号１、配列番号３、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１及び配列番号２３のいずれか１つで表される、請求項２１～２５のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列、又はその両方は、配列番号２、配列番号４、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２及び配列番号２４のいずれか１つで表される核酸によってコードされる、請求項２１～２６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域並びに前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＩとの間の領域は、配列ＭＬＲＴＧＮＮＦ（配列番号８２）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってアミノ末端で隣接され、配列ＦＩＴＱＹＳＴＧＱＶ（配列番号８３）を含むか又はそれからなるアミノ酸配列によってカルボキシ末端で隣接される、請求項２１～２７のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記親ＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶ５であり、前記別のＡＡＶ ＶＰ１ポリペプチドの血清型は、ＡＡＶウシ又はＡＡＶブタ４である、請求項２８に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号４３又は配列番号４５と少なくとも９０％、９５％、９８％若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２１～２９のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号４３又は配列番号４５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなる、請求項２１～３０のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドのアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドであって、βシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸とＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドのβシートＧとβシートＨとの間の領域からのアミノ酸との置換を含み、配列番号３３のアミノ酸配列を含む、ＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｅ５４７ Ｓ５５２、Ｎ５５３、Ａ５５５、Ｎ５５８ Ｖ５５９のいずれか１つ以上、並びに前記ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｎ７１０、Ｎ７１１及びＶ７２１のいずれか１つ以上は、前記ＰＫＤ１受容体と相互作用する、請求項３２に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 前記ＡＡＶ６ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｗ５０４及びＴ５０５のいずれか１つ以上、並びに前記ＡＡＶ９ ＶＰ１ポリペプチドからのアミノ酸Ｓ２６３、Ｓ２６９、Ｓ３８６、Ｑ３８７、Ｄ３８４、Ｎ２７０のいずれか１つ以上は、前記ＰＫＤ２受容体と相互作用する、請求項３２又は３３に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５及び配列番号４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６及び配列番号４８からなる群から選択される核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むか又はそれからなるＡＡＶカプシドポリペプチド。
- 請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクター。
- 導入遺伝子を含む核酸をさらに含む、請求項３７に記載のｒＡＡＶベクター。
- 前記導入遺伝子は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする、請求項３７又は３８に記載のｒＡＡＶベクター。
- 前記ベクターの向性は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドを含む他の同一のｒＡＡＶベクターの向性と異なる、請求項３７～３９のいずれか一項に記載のｒＡＡＶベクター。
- 請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸。
- プラスミドである、請求項４１に記載の核酸。
- 請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞。
- 請求項４１又は４２に記載の核酸を含む宿主細胞。
- ｉ）請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチド及びベクターゲノムを含むｒＡＡＶベクター、並びにｉｉ）薬学的に許容される賦形剤、を含む医薬組成物。
- ｉ）請求項３７～４０のいずれか一項に記載のｒＡＡＶベクター、及びｉｉ）薬学的に許容される賦形剤、を含む医薬組成物。
- ｒＡＡＶベクターを作製する方法であって、ｉ）培養中の宿主細胞に、請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むプラスミド、及び治療用タンパク質又はレポータータンパク質をコードする核酸を含むプラスミドをトランスフェクトすることと、ｉｉ）前記ｒＡＡＶベクターを前記宿主細胞、培地又はその両方から単離することと、を含む方法。
- 前記宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量と実質的に類似する、請求項４７に記載の方法。
- 前記宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量の約８０％～１４０％である、請求項４７に記載の方法。
- 前記親血清型は、ＡＡＶ９である、請求項４７～４９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ｒＡＡＶベクターは、配列番号３３、配列番号３５又は配列番号３７のアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む、請求項４７～５０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量は、親血清型のＡＡＶカプシドポリペプチドをコードする核酸を含む他の同一の宿主細胞によって産生されたｒＡＡＶベクターの量より５～１００倍多い、請求項４７に記載の方法。
- 前記親血清型は、ＡＡＶ５である、請求項５２に記載の方法。
- 前記ｒＡＡＶベクターは、配列番号４３、配列番号４５又は配列番号４７のアミノ酸配列を含むＡＡＶカプシドポリペプチドを含む、請求項５２又は５３に記載の方法。
- 標的細胞を形質導入する方法であって、前記標的細胞を、請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、請求項３７～４０のいずれか一項に記載のｒＡＡＶベクター又は請求項４５若しくは４６に記載の医薬組成物と接触させることを含み、それにより前記ｒＡＡＶベクターは前記標的細胞に導入される、方法。
- 前記標的細胞は、肝臓（例えば、肝細胞、類洞内皮細胞）、膵臓（例えば、ベータ島細胞、外分泌）、肺、中枢若しくは末梢神経系、例えば、脳（例えば、神経若しくは上衣細胞、オリゴデンドロサイト）若しくは脊椎、腎臓、眼（例えば、網膜）、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心（心臓）、筋肉若しくは腰筋、又は腸（例えば、内分泌）、脂肪組織（白色、褐色若しくはベージュ）、筋肉（例えば、線維芽細胞、筋細胞）、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞、造血（例えば、血液若しくはリンパ）又は幹（例えば、多能性若しくは複能性前駆）細胞である、請求項５５に記載の方法。
- 前記標的細胞は、単離された細胞であり、形質導入はエクスビボでなされる、請求項５５又は５６に記載の方法。
- 前記標的細胞は、生物内の細胞であり、形質導入はインビボでなされる、請求項５５又は５６に記載の方法。
- 前記形質導入された標的細胞は、治療用タンパク質又はレポータータンパク質を発現する、請求項５５～５８のいずれか一項に記載の方法。
- 生物内の前記形質導入細胞は、治療用タンパク質をコードする導入遺伝子を発現する、請求項５５～５９のいずれか一項に記載の方法。
- 疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防における使用のための、請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、請求項３７～４０のいずれか一項に記載のｒＡＡＶベクター又は請求項４５若しくは４６に記載の医薬組成物。
- 疾患、障害又は病態の治療及び／又は予防のための薬剤の製造における、請求項１～３６のいずれか一項に記載のＡＡＶカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶベクター、請求項３７～４０のいずれか一項に記載のｒＡＡＶベクター又は請求項４５若しくは４６に記載の医薬組成物の使用。
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