JP2024515575A - コロナウイルスタンパク質に結合する核酸化合物 - Google Patents

コロナウイルスタンパク質に結合する核酸化合物 Download PDF

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Abstract

本明細書には、コロナウイルスタンパク質（複数可）に結合可能なアプタマー、コロナウイルスタンパク質結合アプタマー及びコロナウイルスタンパク質を含む組成物、ならびにその製造方法及び使用方法が記載されている。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年４月１４日に出願された米国仮出願第６３／１７４，７４７号の優先権の利益を主張するものであり、その全体があらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、概して、核酸の分野に関し、より具体的には、１つまたは複数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合することができるアプタマー、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質結合アプタマー及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を含む組成物、そのようなアプタマーを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の検出方法、及びそのようなアプタマーを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の治療及び予防方法に関する。
２０１９年末に初めてヒト集団に出現して以来、新型コロナウイルス感染症（Ｃｏｖｉｄ－１９）は急速に世界中に蔓延し、感染死亡率が１０％にも達し、ヒトの健康に多大な被害をもたらし、世界経済に壊滅的な影響を与えている。多くの進歩にもかかわらず、複雑な機器を必要としない、より良好な治療的処置の選択肢のために、迅速なポイント・オブ・ケア診断検査の差し迫ったニーズが残っている。この世界的な取り組みに対して、化学的に異なる非タンパク質ベースの親和性試薬に寄与するために、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を標的とするＤＮＡベースのアプタマーの同定を提供する。これらのアプタマー試薬は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメインを標的とし、このドメイン（スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン）を含むスパイクタンパク質の様々な構築物に結合することができる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異株の出現により、スパイクタンパク質内に多数の点突然変異が同定された。ここで同定されたＤＮＡアプタマー試薬は、これらの突然変異スパイクタンパク質のいくつかと、より生理学的に関連性の高いスパイク三量体タンパク質に対して高い親和性結合を維持する。さらに、これらのＤＮＡアプタマー試薬は、スパイクタンパク質がその細胞表面受容体ＡＣＥ２に結合することを阻害する。
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合できるアプタマーについて記載する。本アプタマーは、ＡＣＥ２受容体に結合するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の阻害剤であることが示されており、さらに、これらのアプタマーはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染力を低下させることが示されており、それゆえ診断薬及び治療薬として有用となり得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質結合アプタマーを含む医薬組成物、及びその製造方法及び使用方法が記載される。
以下の番号付き段落１～５６は、本明細書に開示されている発明の技術的特徴の広範な組み合わせの記述を含む：
１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列５’－ＧＤＲＡＴＲＸＴＡＨＲＸＲＴＸＨＲＡＸＨＲＸＴＸＲＲＡＸＤＤＤ－３’（配列番号５）を含み、式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃ、Ｔ、及びＸは、それぞれ独立して、Ｃ－５修飾ピリミジンヌクレオシドを表し、
Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
Ｈは、独立してｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドから選択され、
Ｄは、独立してｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドから選択される、前記アプタマー。
２．Ｃが独立してＣ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣを表す、態様１に記載のアプタマー。
３．Ｔが独立してＣ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、態様１または２に記載のアプタマー。
４．Ｘが独立して、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択されるＣ－５修飾ピリミジンを表す、態様１～３のいずれか１つに記載のアプタマー。
５．Ｘが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣを表す、態様４に記載のアプタマー。
６．Ｘが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、態様４に記載のアプタマー。
７．Ｈが独立して、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択されるＣ－５修飾ピリミジンを表す、態様１～６のいずれか１つに記載のアプタマー。
８．Ｈが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣを表す、態様７に記載のアプタマー。
９．Ｈが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、態様７に記載のアプタマー。
１０．Ｄが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、態様１～９のいずれか１つに記載のアプタマー。
１１．前記アプタマーが、配列５’－ＧＧＧＡＴＡＣＴＡＴＧＣＧＴＣＣＧＡＣＣＧＣＴＣＧＧＡＣＧＧＡ－３’（配列番号４）を含み、式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表す、態様１に記載のアプタマー。
１２．前記アプタマーが、配列番号４、６～２０、及び２８～１２２から選択される配列を含む、態様１に記載のアプタマー。
１３．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するヘテロ二量体アプタマーであって、前記ヘテロ二量体アプタマーは、配列５’－ＧＧＧＡＹＡｐＹＡＹＧｐＧＹｐｐＧＡｐｐＧｐＹｐＧＧＡｐＧ－３’（配列番号７）を含む第１のアプタマーと、前記第１のアプタマーを第２のアプタマーに共有結合する結合と、及び前記第１のアプタマーの結合部位に対して重複しない結合部位でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合する第２のアプタマーと、を含み、式中、
Ｙ及びｐは、それぞれ独立して、Ｃ－５修飾ピリミジンヌクレオシドを表す、前記ヘテロ二量体アプタマー。
１４．Ｙが独立して前記Ｃ－５修飾修飾ピリミジン５－（ｐ－ヒドロキシフェネチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジンを表す、態様１３に記載のヘテロ二量体アプタマー。
１５．ｐが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジン５－（１－ナフチルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシシチジンを表す、態様１３に記載のヘテロ二量体アプタマー。
１６．前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの５’に結合している、態様１３～１５のいずれか１つに記載のヘテロ二量体アプタマー。
１７．前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの３’に結合している、態様１３～１５のいずれか１つに記載のヘテロ二量体アプタマー。
１８．前記結合がヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ）結合である、態様１３～１７のいずれか１つに記載のヘテロ二量体アプタマー。
１９．前記アプタマーが、第１のアプタマーであり、さらに、前記第１のアプタマーは、前記第１のアプタマーの結合部位に対して重複しない結合部位でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合する第２のアプタマーに共有結合している、態様１～１２のいずれか１つ記載のアプタマー。
２０．前記第１のアプタマーが、配列番号４、６～２０、及び２８～１２２から選択される配列を含む、態様１９に記載のアプタマー。
２１．前記第１のアプタマーが配列番号４のヌクレオチド配列を含む、態様２０に記載のアプタマー。
２２．前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの５’に結合している、態様１９～２１のいずれか１つに記載のアプタマー。
２３．前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの３’に結合している、態様１９～２１のいずれか１つに記載のアプタマー。
２４．前記結合がヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ）結合である、態様１９～２３のいずれか１つに記載のアプタマー。
２５．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシンバリアント（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジンバリアント（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、態様１～２４のいずれか１つに記載のアプタマー。
２６．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が配列番号２１～２７のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、態様１～２５のいずれか１つに記載のアプタマー。
２７．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列番号４、６～２０及び２８～１２２から選択される配列と、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む、前記アプタマー。
２８．前記アプタマーが、２ｐＭ～１０ｎＭのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質についての解離定数（Ｋｄ）を有する、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
２９．各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－フェネチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ））、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－イミジゾリルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－－Ｒ－スレオニニルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３０．各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３１．５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である少なくとも１つのＣ－５修飾ピリミジンを含む、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３２．前記アプタマーが少なくとも１つの２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチドを含む、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３３．前記アプタマーが、２４～１００ヌクレオチド長、または３０～６０ヌクレオチド長、または２８～６０ヌクレオチド長、または２８～５０ヌクレオチド長、または２８～４０ヌクレオチド長、または４０～５０ヌクレオチド長、または２８～３２ヌクレオチド長である、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３４．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）である、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３５．前記アプタマーが、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤのアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する、態様３４に記載のアプタマー。
３６．前記アプタマーが宿主細胞とのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス細胞膜融合を阻害する、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３７．前記アプタマーがヒト細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染を阻害する、先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー。
３８．前記アプタマーのＩＣ５０が２．０Ｅ－９（Ｍ）未満である、態様３７に記載のアプタマー。
３９．先行態様のいずれか１つに記載のアプタマー及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を含む組成物。
４０．治療有効量の態様１～３８のいずれか１つに記載のアプタマー及び少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
４１．ヒトにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を治療または予防する方法であって、治療有効量の態様１～３８のいずれか１つに記載の前記アプタマー、または態様４０に記載の前記医薬組成物を、前記ヒトに投与することを含む、前記方法。
４２．サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在を検出するための方法であって、前記サンプルを態様１～３８のいずれか１つに記載の前記アプタマーと接触させることを含む、前記方法。
４３．前記サンプルが、インビトロである、態様４２記載の方法。
４４．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に対する結合親和性を有するアプタマーを選択するための方法であって、（ａ）候補混合物をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質と接触させることであって、前記候補混合物は、前記候補混合物の少なくとも１つまたはそれぞれの核酸中の１つ、いくつか、またはすべてのピリミジンが、Ｃ－５修飾ピリミジンヌクレオシドを含む、修飾核酸を含む、前記接触させることと、（ｂ）前記候補混合物を遅い解離速度の濃縮プロセスにさらすことであって、前記候補混合物中の他の核酸と比較して標的分子からの解離速度が遅い核酸がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合して核酸標的分子複合体を形成する、前記さらすことと、（ｃ）前記候補混合物から遅い解離速度の核酸を分配することと、（ｄ）、遅い解離速度でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合できる核酸配列が豊富な核酸の混合物を生成し、それによってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質分子への遅い解離速度のアプタマーが選択されるように、前記遅い解離速度の核酸を増幅することと、を含む、前記方法。
４５．各核酸が、独立して、２４～１００のヌクレオチド長、または３０～６０のヌクレオチド長、または２８～６０のヌクレオチド長、または４０～５０のヌクレオチド長、または２８のヌクレオチド長である、態様４４に記載の方法。
４６．各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－フェネチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ））、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－イミジゾリルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－－Ｒ－スレオニニルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、態様４４または４５に記載の方法。
４７．各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、態様４４～４６のいずれか１つに記載の方法。
４８．少なくとも１つのＣ－５修飾ピリミジンが５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である、態様４４～４７のいずれか１つに記載の方法。
４９．前記混合物中の複数の核酸が少なくとも１つの２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチドを含む、態様４４～４８のいずれか１つに記載の方法。
５０．前記混合物中の複数の核酸が、３炭素スペーサー、ヘキサエチレングリコールリンカー、ポリエチレングリコールリンカー、またはそれらの任意の組み合わせから選択されるリンカーを含む、態様４４～４９のいずれか１つに記載の方法。
５１．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、態様４４～５０のいずれか１つに記載の方法。
５２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を態様１～３８のいずれか１つに記載のアプタマーと接触させることを含む、前記方法。
５３．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がインビトロでサンプル中に存在する、態様５２に記載の方法。
５４．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がヒトに存在する、態様５２に記載の方法。
５５．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、態様５２～５４のいずれか１つに記載の方法。
５６．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤである、態様５２～５５のいずれか１つに記載の方法。
５７．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列５’－ＤＲＨＲＲＸＷＸＷＴＧＲＸＷＸＸＴＸＤＷＤＴＸＲＡＲＨＲ－３’（配列番号２５３）または５’－ＴＲＸＤＲＸＲＸＷＸＸＷＴＷＴＴＨＲＲＸＨＴＲＲＲＮＤＢ－３’（配列番号２５５）を含み、
式中、
ＡはｄＡであり、
ＧはｄＧであり、
各Ｃは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｔは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｒは独立して、各出現においてｄＡまたはｄＧであり、各Ｗは独立して、各出現においてｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｘは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｈは独立して、各出現においてｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｄは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｂは独立して、各出現においてｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンｄＵであり、
各Ｎは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドである、前記アプタマー。
５８．Ｃが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣである、態様５７に記載のアプタマー。
５９．Ｔが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵである、態様５７または５８に記載のアプタマー。
６０．ＷがｄＡまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵである、態様５７～５９のいずれか１つに記載のアプタマー。
６１．Ｘが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵである、態様５７～６０のいずれか１つに記載のアプタマー。
６２．ＨがｄＡまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣもしくはＴｙｒ－ｄＵである、態様５７～６１に記載のアプタマー。
６３．ＤがｄＡ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵである、態様５７～６２のいずれか１つに記載のアプタマー。
６４．ＢがｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵである、態様５７～６３のいずれか１つに記載のアプタマー。
６５．ＮがｄＡ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣもしくはＴｙｒ－ｄＵである、態様５７～６４のいずれか１つに記載のアプタマー。
６６．前記アプタマーが、前記配列５’－ＧＧＣＧＧＣＡＣＡＴＧＧＣＡＣＴＴＣＡＴＡＴＣＧＡＧＣＧ－３’（配列番号２５２）または前記配列５’－ＴＧＣＡＡＣＧＣＡＣＣＴＴＡＴＴＣＧＧＣＴＴＧＡＡＴＧＴ－３’（配列番号２５４）を含み、式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表す、態様５７に記載のアプタマー。
６７．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、前記配列５’－ＴＣＤＨＣＨＸＣＸＷＲＸＴＡＲＸＲＡＲＴＲＴＣＴＲＡＤＴＴＧＧＡＸＸＲＲＴＣＸＴＭＸＧＧ－３’（配列番号２５７）または５’－ＨＸＢＷＤＷＷＲＡＲＴＧＴＣＴＶＮＸＴＴＧＣＡＸＴＶＧＴＧＸＢＤＸＮＮ（配列番号２５９）－３’を含み、式中、
ＡはｄＡであり、
ＧはｄＧであり、
ＣはｄＣであり、
各Ｔは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
各Ｒは独立して、各出現においてｄＡまたはｄＧであり、
各Ｍは独立して、各出現においてｄＡまたはｄＣであり、
各Ｗは独立して、各出現においてｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
Ｘは独立して、各出現においてｄＣまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
Ｈは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＣまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
Ｄは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
Ｖは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＣまたはｄＧであり、
Ｂは独立して、各出現においてｄＣ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
Ｎは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＣ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドである、前記アプタマー。
６８．Ｔが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐｄＵである、態様６７に記載のアプタマー。
６９．ＲがｄＡまたはｄＧである、態様６７または６８に記載のアプタマー。
７０．ＭがｄＡまたはｄＣである、態様６７～６９のいずれか１つに記載のアプタマー。
７１．ＷがｄＡまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、態様６７～７０のいずれか１つに記載のアプタマー。
７２．ＸがｄＣまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、態様６７～７１のいずれか１つに記載のアプタマー。
７３．ＨがｄＡ、ｄＣまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、態様６７～７２のいずれか１つに記載のアプタマー。
７４．ＤがｄＡ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、態様６７～７３のいずれか１つに記載のアプタマー。
７５．ＶがｄＡ、ｄＣまたはｄＧである、態様６７～７４のいずれか１つに記載のアプタマー。
７６．ＢがｄＣ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、態様６７～７５のいずれか１つに記載のアプタマー。
７７．ＮがｄＡ、ｄＣ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、態様６７～７６のいずれか１つに記載のアプタマー。
７８．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列番号１２８～２５２、２５４、２５６及び２５８から選択される配列と、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む、前記アプタマー。
７９．各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－フェネチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ））、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－イミジゾリルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－－Ｒ－スレオニニルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、態様５７～７８のいずれか１つに記載のアプタマー。
８０．各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル））カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、態様５７～７８のいずれか１つに記載のアプタマー。
８１．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、ならびにスパイクＳ１及びＳ２ ＥＣＤ安定三量体から選択される態様５７～８０のいずれか１つに記載のアプタマー。
８２．前記アプタマーが、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤのアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する、先行態様５７～８１のいずれか１つに記載のアプタマー。
８３．前記アプタマーが宿主細胞とのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス細胞膜融合を阻害する、先行態様５７～８２のいずれか１つに記載のアプタマー。
８４．前記アプタマーがヒト細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染を阻害する、先行態様５７～８３のいずれか１つに記載のアプタマー。
８５．先行態様５７～８４のいずれか１つに記載の前記アプタマーを含む組成物。
８６．治療有効量の請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマー及び少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
８７．対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を治療または予防する方法であって、治療有効量の請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマー、または請求項８６に記載の前記医薬組成物を、前記対象に投与することを含む、前記方法。
８８．サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在を検出するための方法であって、前記サンプルを請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマーと接触させることを含む、前記方法。
８９．前記サンプルが、インビトロである、態様８８に記載の方法。
９０．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシンバリアント（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、態様８７～８９のいずれか１つに記載の方法。
９１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する方法であって、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を請求項５７～８４のいずれか一項に記載のアプタマーと接触させることを含む、前記方法。
９２．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がインビトロでサンプル中に存在する、態様９１に記載の方法。
９３．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がインビボである、態様９１に記載の方法。
アプタマー２６８７４－２９＿４（配列番号５）のコンセンサス配列を示す。行（Ａ）は、Ｃ１アプタマーファミリーの３１個の保存された位置のそれぞれでｄＡが観察される頻度を示す。行（Ｃ）は、Ｃ１アプタマーファミリーの３１個の保存された位置のそれぞれでＮａｐ－ｄＣが観察される頻度を示す。行（Ｇ）は、Ｃ１アプタマーファミリーの３１個の保存された位置のそれぞれでｄＧが観察される頻度を示す。行（Ｔ）は、Ｃ１アプタマーファミリーの３１個の保存された位置のそれぞれでＴｙｒ－ｄＵが観察される頻度を示す。行（推奨）は、３１個の保存された位置のそれぞれで最も高い頻度のヌクレオチドを示す。行（コンセンサス）はアプタマーのコンセンサス配列を示し、Ａ＝ｄＡ、Ｇ＝ｄＧ、Ｃ＝Ｎａｐ－ｄＣ、Ｔ＝Ｔｙｒ－ｄＵ、Ｒ＝ｄＡまたはｄＧ、Ｘ＝Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｈ＝ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣ、またはＴｙｒ－ｄＵ、Ｄ＝ｄＡ、ｄＧ、またはＴｙｒ－ｄＵである。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿４結合ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を示す。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿４結合ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１を示す。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿４に結合するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）を示す。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿２０と結合するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１及びＳ２ ＥＣＤを示す。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿２０結合ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１及びＳ２ ＥＣＤ安定三量体を示す。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿２０がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１アスパラギン酸６１４をグリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）に結合することを示す 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿４のチロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）に対するＲＢＤアスパラギン５０１結合スパイクを示す。 様々な形態のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に対するアプタマー２６８７４－２９＿４及びアプタマー２６８７４－２９＿２０の用量依存的結合を示す。各結合曲線について、アプタマー－タンパク質複合体の画分をスパイクタンパク質濃度の関数としてプロットした。平衡結合定数（Ｋｄ値）は、データを４パラメーターのシグモイド用量応答モデルに当てはめることによって決定される。２６８７４－２９＿２０のリジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）へのスパイクＲＢＤグルタミン酸４８４の結合を示す。 ９６ウェルプレートベースのアッセイにおける、アプタマー２６８７４－２９＿４によるスパイクＲＢＤ－ＡＣＥ２相互作用の用量依存的阻害を示す。スパイクＲＢＤ活性のパーセントを、アプタマーなしの対照と比較した２６８７４－２９＿４濃度の関数としてプロットした。 病巣減少中和アッセイにおける２６８７４－２９＿４による真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの用量依存性中和を示す。対照に対する試験アプタマーによる焦点形成単位の割合を、アプタマー濃度の関数としてプロットした。ＩＣ５０値は、データを可変傾斜用量対応答曲線に当てはめることによって決定した。２６８７４～２９＿４についての３連の測定値から算出されるＩＣ５０値は、１．２ｎＭである。 病巣減少中和アッセイにおける２６８７４－２９＿２０による真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの用量依存性中和を示す。対照に対する試験アプタマーによる焦点形成単位の割合を、アプタマー濃度の関数としてプロットした。ＩＣ５０値は、データを可変傾斜用量対応答曲線に当てはめることによって決定した。２６８７４～２９＿２０についての３連の測定値から算出されるＩＣ５０値は、１．１ｎＭである。 アプタマー中に組み込まれ得る、例示的な５位修飾ウラシル及びシトシンを例示する。 アプタマー中に組み込まれ得る、例示的な５位修飾ウラシル及びシトシンを例示する。 アプタマー中に組み込まれ得る、例示的な５位修飾ウラシル及びシトシンを例示する。 ウラシルの５位に存在し得る例示的修飾を例示する。Ｃ－５修飾の化学構造は、修飾をウラシルの５位に結合する例示的なアミド結合を含む。示される５位部分としては、ベンジル部分（例えば、Ｂｎ、ＰＥ及びＰＰ）、ナフチル部分（例えば、Ｎａｐ、２Ｎａｐ、ＮＥ、２ＮＥ）、ブチル部分（例えば、ｉＢｕ）、フルオロベンジル部分（例えば、ＦＢｎ）、チロシル部分（例えば、Ｔｙｒ）、３，４－メチレンジオキシベンジル（例えば、ＭＢｎ）、モルホリノ部分（例えば、ＭＯＥ）、インドール部分（例えば、Ｔｒｐ）ならびにヒドロキシプロピル部分（例えば、Ｔｈｒ）が挙げられる。 ウラシルの５位に存在し得る例示的修飾を例示する。Ｃ－５修飾の化学構造は、修飾をウラシルの５位に結合する例示的なアミド結合を含む。示される５位部分としては、ベンジル部分（例えば、Ｂｎ、ＰＥ及びＰＰ）、ナフチル部分（例えば、Ｎａｐ、２Ｎａｐ、ＮＥ、２ＮＥ）、ブチル部分（例えば、ｉＢｕ）、フルオロベンジル部分（例えば、ＦＢｎ）、チロシル部分（例えば、Ｔｙｒ）、３，４－メチレンジオキシベンジル（例えば、ＭＢｎ）、モルホリノ部分（例えば、ＭＯＥ）、インドール部分（例えば、Ｔｒｐ）ならびにヒドロキシプロピル部分（例えば、Ｔｈｒ）が挙げられる。 シトシンの５位に存在し得るヌクレオシド及び修飾を含む例示的なＣ－５修飾ピリミジンを示す。Ｃ－５修飾の化学構造は、修飾をシトシンの５位に結合する例示的なアミド結合を含む。示される５位部分としては、ベンジル部分（例えば、Ｂｎ、ＰＥ及びＰＰ）、ナフチル部分（例えば、Ｎａｐ、２Ｎａｐ、ＮＥ、及び２ＮＥ）ならびにチロシル部分（例えば、Ｔｙｒ）が挙げられる。 シトシンの５位に存在し得るヌクレオシド及び修飾を含む例示的なＣ－５修飾ピリミジンを示す。Ｃ－５修飾の化学構造は、修飾をシトシンの５位に結合する例示的なアミド結合を含む。示される５位部分としては、ベンジル部分（例えば、Ｂｎ、ＰＥ及びＰＰ）、ナフチル部分（例えば、Ｎａｐ、２Ｎａｐ、ＮＥ、及び２ＮＥ）ならびにチロシル部分（例えば、Ｔｙｒ）が挙げられる。 柔軟なヘキサエチレングリコールリンカー（ＨＥＧ）を介して第２のアプタマー配列に共有結合したアプタマー２６８７４－２９＿２０のヘテロ二量体構築物を示す。（図８Ａ）アプタマー２６８７４－２９＿２０はヘテロ二量体の５’末端に位置し、３’末端に第２のアプタマー配列がある。（図８Ｂ）アプタマー２６８７４－２９＿２０はヘテロ二量体の３’末端に位置し、５’末端に第２のアプタマー配列がある。 柔軟なヘキサエチレングリコールリンカー（ＨＥＧ）を介して第２のアプタマー配列に共有結合したアプタマー２６８７４－２９＿２０のヘテロ二量体構築物を示す。（図８Ａ）アプタマー２６８７４－２９＿２０はヘテロ二量体の５’末端に位置し、３’末端に第２のアプタマー配列がある。（図８Ｂ）アプタマー２６８７４－２９＿２０はヘテロ二量体の３’末端に位置し、５’末端に第２のアプタマー配列がある。 アプタマー２６８７６－３＿１８のコンセンサス配列（配列番号２３５）を示す。行（Ａ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでｄＡが観察される頻度を示す。行（Ｃ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでＮａｐ－ｄＣが観察される頻度を示す。行（Ｇ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでｄＧが観察される頻度を示す。行（Ｔ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでＴｙｒ－ｄＵが観察される頻度を示す。行（推奨）は２８個の保存された位置のそれぞれで最も高い頻度のヌクレオチドを示す。行（コンセンサス）はアプタマーのコンセンサス配列を示し、Ａ＝ｄＡ、Ｇ＝ｄＧ、Ｃ＝Ｎａｐ－ｄＣ、Ｔ＝Ｔｙｒ－ｄＵ、Ｒ＝ｄＡまたはｄＧ、Ｗ＝ｄＡまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｘ＝Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｈ＝ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵ、及びＤ＝ｄＡ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵである。 アプタマー２６８７６－１３＿４のコンセンサス配列（配列番号２３９）を示す。行（Ａ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでｄＡが観察される頻度を示す。行（Ｃ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでＮａｐ－ｄＣが観察される頻度を示す。行（Ｇ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでｄＧが観察される頻度を示す。行（Ｔ）は、アプタマーファミリーの２８個の保存された位置のそれぞれでＴｙｒ－ｄＵが観察される頻度を示す。行（推奨）は２８個の保存された位置のそれぞれで最も高い頻度のヌクレオチドを示す。行（コンセンサス）はアプタマーのコンセンサス配列を示し、Ａ＝ｄＡ、Ｇ＝ｄＧ、Ｃ＝Ｎａｐ－ｄＣ、Ｔ＝Ｔｙｒ－ｄＵ、Ｒ＝ｄＡまたはｄＧ、Ｗ＝ｄＡまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｘ＝Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｈ＝ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｄ＝ｄＡ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵ、Ｂ＝Ｎａｐ－ｄＣ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵ、及びＮ＝ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵである。 アプタマー２６８６０－７５＿３（配列番号２０７）のコンセンサス配列を示す。行（Ａ）は、アプタマーファミリーの４４個の保存された位置のそれぞれでｄＡが観察される頻度を示す。行（Ｃ）は、アプタマーファミリーの４４個の保存された位置のそれぞれでｄＣが観察される頻度を示す。行（Ｇ）は、４４個の保存された位置のそれぞれでｄＧが観察される頻度を示す。行（Ｔ）は、アプタマーファミリーの４４個の保存された位置のそれぞれでＮａｐ－ｄＵが観察される頻度を示す。行（推奨）は４４個の保存された位置のそれぞれで最も高い頻度のヌクレオチドを示す。行（コンセンサス）はアプタマーのコンセンサス配列を示し、Ａ＝ｄＡ、Ｇ＝ｄＧ、Ｃ＝ｄＣ、Ｔ＝Ｎａｐ－ｄＵ、Ｒ＝ｄＡまたはｄＧ、Ｍ＝ｄＡまたはｄＣ、Ｗ＝ｄＡまたはＮａｐ－ｄＵ、Ｘ＝ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵ、Ｈ＝ｄＡ、ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵ、及びＤ＝ｄＡ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵである。 アプタマー２６８６０－１６＿１８のコンセンサス配列（配列番号２０３）を示す。行（Ａ）は、アプタマーファミリーの３５個の保存された位置のそれぞれでｄＡが観察される頻度を示す。行（Ｃ）は、アプタマーファミリーの３５個の保存された位置のそれぞれでｄＣが観察される頻度を示す。行（Ｇ）は、３５個の保存された位置のそれぞれでｄＧが観察される頻度を示す。行（Ｔ）は、アプタマーファミリーの３５個の保存された位置のそれぞれでＮａｐ－ｄＵが観察される頻度を示す。行（推奨）は３５個の保存された位置のそれぞれで最も高い頻度のヌクレオチドを示す。行（コンセンサス）はアプタマーのコンセンサス配列を示し、Ａ＝ｄＡ、Ｇ＝ｄＧ、Ｃ＝ｄＣ、Ｔ＝Ｎａｐ－ｄＵ、Ｒ＝ｄＡまたはｄＧ、Ｍ＝ｄＡまたはｄＣ、Ｗ＝ｄＡまたはＮａｐ－ｄＵ、Ｘ＝ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵ、Ｈ＝ｄＡ、ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵ、Ｄ＝ｄＡ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵ、Ｖ＝ｄＡ、ｄＣまたはｄＧ、Ｂ＝ｄＣ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵ、及びＮ＝ｄＡ、ｄＣ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵである。 ５つのスパイクタンパク質バリアントによる選択から生じる部分的に切断された選択ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の親和性を示す。ＳＯＭＡｍｅｒは、それぞれのＳＥＬＥＸ標的、スパイクＳ１／Ｓ２ＥＣＤ（１３Ａ）、スパイクＳ１ドメイン（１３Ｂ）、スパイクＳ２ドメイン（１３Ｃ）、スパイク受容体結合ドメイン（１３Ｄ）、及びスパイクＳ１ ｎＣｏＶ－１／ｎＣｏＶ－２トグル（１３Ｅ）に、単一修飾の場合は５０－ｍｅｒ（４０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）として、または二重修飾配列の場合は４０－ｍｅｒ（３０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）としてのいずれかで、結合するかどうかスクリーニングした。平衡結合解離定数（Ｋｄ）は、放射性標識ＳＯＭＡｍｅｒを用いたフィルター結合アッセイで測定した。箱ひげ図の線は、Ｋｄ値の中央値を表す。 ５つのスパイクタンパク質バリアントによる選択から生じる部分的に切断された選択ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の親和性を示す。ＳＯＭＡｍｅｒは、それぞれのＳＥＬＥＸ標的、スパイクＳ１／Ｓ２ＥＣＤ（１３Ａ）、スパイクＳ１ドメイン（１３Ｂ）、スパイクＳ２ドメイン（１３Ｃ）、スパイク受容体結合ドメイン（１３Ｄ）、及びスパイクＳ１ｎＣｏＶ－１／ｎＣｏＶ－２トグル（１３Ｅ）に、単一修飾の場合は５０－ｍｅｒ（４０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）として、または二重修飾配列の場合は４０－ｍｅｒ（３０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）としてのいずれかで、結合するかどうかスクリーニングした。平衡結合解離定数（Ｋｄ）は、放射性標識ＳＯＭＡｍｅｒを用いたフィルター結合アッセイで測定した。箱ひげ図の線は、Ｋｄ値の中央値を表す。 ５つのスパイクタンパク質バリアントによる選択から生じる部分的に切断された選択ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の親和性を示す。ＳＯＭＡｍｅｒは、それぞれのＳＥＬＥＸ標的、スパイクＳ１／Ｓ２ＥＣＤ（１３Ａ）、スパイクＳ１ドメイン（１３Ｂ）、スパイクＳ２ドメイン（１３Ｃ）、スパイク受容体結合ドメイン（１３Ｄ）、及びスパイクＳ１ｎＣｏＶ－１／ｎＣｏＶ－２トグル（１３Ｅ）に、単一修飾の場合は５０－ｍｅｒ（４０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）として、または二重修飾配列の場合は４０－ｍｅｒ（３０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）としてのいずれかで、結合するかどうかスクリーニングした。平衡結合解離定数（Ｋｄ）は、放射性標識ＳＯＭＡｍｅｒを用いたフィルター結合アッセイで測定した。箱ひげ図の線は、Ｋｄ値の中央値を表す。 ５つのスパイクタンパク質バリアントによる選択から生じる部分的に切断された選択ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の親和性を示す。ＳＯＭＡｍｅｒは、それぞれのＳＥＬＥＸ標的、スパイクＳ１／Ｓ２ＥＣＤ（１３Ａ）、スパイクＳ１ドメイン（１３Ｂ）、スパイクＳ２ドメイン（１３Ｃ）、スパイク受容体結合ドメイン（１３Ｄ）、及びスパイクＳ１ｎＣｏＶ－１／ｎＣｏＶ－２トグル（１３Ｅ）に、単一修飾の場合は５０－ｍｅｒ（４０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）として、または二重修飾配列の場合は４０－ｍｅｒ（３０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）としてのいずれかで、結合するかどうかスクリーニングした。平衡結合解離定数（Ｋｄ）は、放射性標識ＳＯＭＡｍｅｒを用いたフィルター結合アッセイで測定した。箱ひげ図の線は、Ｋｄ値の中央値を表す。 ５つのスパイクタンパク質バリアントによる選択から生じる部分的に切断された選択ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の親和性を示す。ＳＯＭＡｍｅｒは、それぞれのＳＥＬＥＸ標的、スパイクＳ１／Ｓ２ＥＣＤ（１３Ａ）、スパイクＳ１ドメイン（１３Ｂ）、スパイクＳ２ドメイン（１３Ｃ）、スパイク受容体結合ドメイン（１３Ｄ）、及びスパイクＳ１ｎＣｏＶ－１／ｎＣｏＶ－２トグル（１３Ｅ）に、単一修飾の場合は５０－ｍｅｒ（４０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）として、または二重修飾配列の場合は４０－ｍｅｒ（３０Ｎランダム領域と５’及び３’プライマー領域の両方からの５ヌクレオチド）としてのいずれかで、結合するかどうかスクリーニングした。平衡結合解離定数（Ｋｄ）は、放射性標識ＳＯＭＡｍｅｒを用いたフィルター結合アッセイで測定した。箱ひげ図の線は、Ｋｄ値の中央値を表す。 選択されたＳＯＭＡｍｅｒ及び抗体によるスパイクタンパク質のＡＣＥ２受容体への結合の阻害を示す。ＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、１０－７～１０－１２Ｍの濃度範囲にわたってスパイクＡＣＥ２の用量依存的な阻害を示し、半分最大阻害濃度（ＩＣ５０）は市販のスパイク抗体と同じ範囲にある。活性パーセントは、陽性対照シグナル（ＡＣＥ２プラススパイクＲＢＤ）の割合を計算することによって決定した。データを４パラメーターの用量反応曲線に当てはめた。 病巣中和アッセイにおけＳＯＭＡｍｅｒ試薬を示す。（１５Ａ）１０ｎＭの単一濃度で試験した９２種類のＳＯＭＡｍｅｒ試薬の存在下での正規化された感染力データ。プラーク数が２０％を超えて減少した１３個の試薬（緑色の網掛け内）を完全な滴定に供した。病巣中和アッセイにおける１３の試薬の滴定では、ＳＬ２６８７６－１３＿４（１５Ｂ）は中和効果を持たず、ＳＬ２６８７４－２９＿４（１５Ｃ）が最も強力であり、ＳＬ２６８４５－６３＿３（１５Ｄ）は二相プロファイルを有するという一連の効果が示された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣中和アッセイにおけＳＯＭＡｍｅｒ試薬を示す。（１５Ａ）１０ｎＭの単一濃度で試験した９２種類のＳＯＭＡｍｅｒ試薬の存在下での正規化された感染力データ。プラーク数が２０％を超えて減少した１３個の試薬（緑色の網掛け内）を完全な滴定に供した。病巣中和アッセイにおける１３の試薬の滴定では、ＳＬ２６８７６－１３＿４（１５Ｂ）は中和効果を持たず、ＳＬ２６８７４－２９＿４（１５Ｃ）が最も強力であり、ＳＬ２６８４５－６３＿３（１５Ｄ）は二相プロファイルを有するという一連の効果が示された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 病巣減少アッセイにおけるＳＯＭＡｍｅｒ試薬の滴定が一連の効果を示したことを示す。（１６Ａ）ＳＬ１１１０及び（１６Ｂ）ＳＬ１１０７は二相性であり、高効力成分と低効力成分の両方を有する。（１６Ｃ）ＳＬ１１０９、（１６Ｄ）ＳＬ１１０６、（１６Ｅ）ＳＬ１１０５、（１６Ｆ）ＳＬ１１１２、（１６Ｇ）ＳＬ１１１３、及び（１６Ｈ）ＳＬ１１０８は、中和効果、及びヒル勾配が－０．７～－１の阻害曲線を有する。（１６Ｉ）ＳＬ１１１４及び（１６Ｊ）ＳＬ１１１６は中和効果を有しない。パネル（１６Ａ）～（１６Ｈ）のＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、スパイクＲＢＤに対して選択されるか、またはスパイクＲＢＤに対する結合親和性を有するかのいずれかである。パネル（１６Ｉ）及び（１６Ｊ）のＳＯＭＡｍｅｒは、スパイクＳ２のために選択された。アッセイを３連で３回繰り返し、データをＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍにプロットし、二相曲線または４パラメーターの用量反応曲線のいずれかに当てはめた。 ２６８６０－７５＿３（１７Ａ）の焦点還元中和アッセイの結果を示す。 ２６８６０－１６＿３（１７Ｂ）の焦点還元中和アッセイの結果を示す。 ２６８７６－１３＿４（１７Ｃ）の焦点還元中和アッセイの結果を示す。 ２６８７６－３＿４（１７Ｄ）の焦点還元中和アッセイの結果を示す。 放射性標識ＳＬ１１１１リガンド及び標識されていない競合物による中和アッセイリードの競合を示す。（１８Ａ）ＳＯＭＡｍｅｒの競合物は、ＳＬ１１１１とスパイクＳ１／Ｓ２タンパク質の結合について直接競合する。（１８Ｂ）６つのＳＯＭＡｍｅｒリードは、スパイクＳ１／Ｓ２タンパク質を結合する場合、ＳＬ１１１１を置換しない。データを、競合物質の濃度と競合物質のない割合の１サイト競合モデルに当てはめた。 放射性標識ＳＬ１１１１リガンド及び標識されていない競合物による中和アッセイリードの競合を示す。（１８Ａ）ＳＯＭＡｍｅｒの競合物は、ＳＬ１１１１とスパイクＳ１／Ｓ２タンパク質の結合について直接競合する。（１８Ｂ）６つのＳＯＭＡｍｅｒリードは、スパイクＳ１／Ｓ２タンパク質を結合する場合、ＳＬ１１１１を置換しない。データを、競合物質の濃度と競合物質のない割合の１サイト競合モデルに当てはめた。 構造的に特徴付けられた抗体を用いたＳＬ１１１１＿２０エピトープマッピングを示す。（１９Ａ）。競合Ｅｌｉｓａの結果は、ＳＬ１１１１＿２０がクラス３及び４抗体のサブセットのスパイクＲＢＤへの結合を部分的にブロックするが、クラス１または２抗体とは競合しないことを示している。データは平均±ＳＥＭとして表示される。（１９Ｂ）ＳＬ１１１＿２０によるＲＢＤの事前平衡化によって影響を受けたスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｃ）ＳＬ１１１１＿２０と非競合的なスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｄ）ＳＬ１１１１＿２０と競合しないクラス１及びクラス２の抗体エピトープの表示。エピトープは、抗体の４Å以内のスパイクＲＢＤ上の残基を定義することによって決定した。次に、残基をスパイクＲＢＤ／ＡＣＥ２結晶構造、ＰＤＢ６Ｍ０Ｊにマッピングした。ＲＢＤエピトープの決定に使用されるＰＤＢ構造：ＶＨＨ７２、６ＷＡＱ；ＣＲ３０２２、６ＹＬＡ；ＲＥＧＮ１０９８７、６ＸＤＧ；ＥＹ６Ａ、６ＺＥＲ；Ｓ３０９、７Ｒ６Ｗ；ｃｃ１２１、６ＸＣ２；ＲＥＧＮ１０９３３、６ＸＤＧ。 構造的に特徴付けられた抗体を用いたＳＬ１１１１＿２０エピトープマッピングを示す。（１９Ａ）。競合Ｅｌｉｓａの結果は、ＳＬ１１１１＿２０がクラス３及び４抗体のサブセットのスパイクＲＢＤへの結合を部分的にブロックするが、クラス１または２抗体とは競合しないことを示している。データは平均±ＳＥＭとして表示される。（１９Ｂ）ＳＬ１１１＿２０によるＲＢＤの事前平衡化によって影響を受けたスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｃ）ＳＬ１１１１＿２０と非競合的なスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｄ）ＳＬ１１１１＿２０と競合しないクラス１及びクラス２の抗体エピトープの表示。エピトープは、抗体の４Å以内のスパイクＲＢＤ上の残基を定義することによって決定した。次に、残基をスパイクＲＢＤ／ＡＣＥ２結晶構造、ＰＤＢ６Ｍ０Ｊにマッピングした。ＲＢＤエピトープの決定に使用されるＰＤＢ構造：ＶＨＨ７２、６ＷＡＱ；ＣＲ３０２２、６ＹＬＡ；ＲＥＧＮ１０９８７、６ＸＤＧ；ＥＹ６Ａ、６ＺＥＲ；Ｓ３０９、７Ｒ６Ｗ；ｃｃ１２１、６ＸＣ２；ＲＥＧＮ１０９３３、６ＸＤＧ。 構造的に特徴付けられた抗体を用いたＳＬ１１１１＿２０エピトープマッピングを示す。（１９Ａ）。競合Ｅｌｉｓａの結果は、ＳＬ１１１１＿２０がクラス３及び４抗体のサブセットのスパイクＲＢＤへの結合を部分的にブロックするが、クラス１または２抗体とは競合しないことを示している。データは平均±ＳＥＭとして表示される。（１９Ｂ）ＳＬ１１１＿２０によるＲＢＤの事前平衡化によって影響を受けたスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｃ）ＳＬ１１１１＿２０と非競合的なスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｄ）ＳＬ１１１１＿２０と競合しないクラス１及びクラス２の抗体エピトープの表示。エピトープは、抗体の４Å以内のスパイクＲＢＤ上の残基を定義することによって決定した。次に、残基をスパイクＲＢＤ／ＡＣＥ２結晶構造、ＰＤＢ６Ｍ０Ｊにマッピングした。ＲＢＤエピトープの決定に使用されるＰＤＢ構造：ＶＨＨ７２、６ＷＡＱ；ＣＲ３０２２、６ＹＬＡ；ＲＥＧＮ１０９８７、６ＸＤＧ；ＥＹ６Ａ、６ＺＥＲ；Ｓ３０９、７Ｒ６Ｗ；ｃｃ１２１、６ＸＣ２；ＲＥＧＮ１０９３３、６ＸＤＧ。 構造的に特徴付けられた抗体を用いたＳＬ１１１１＿２０エピトープマッピングを示す。（１９Ａ）。競合Ｅｌｉｓａの結果は、ＳＬ１１１１＿２０がクラス３及び４抗体のサブセットのスパイクＲＢＤへの結合を部分的にブロックするが、クラス１または２抗体とは競合しないことを示している。データは平均±ＳＥＭとして表示される。（１９Ｂ）ＳＬ１１１＿２０によるＲＢＤの事前平衡化によって影響を受けたスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｃ）ＳＬ１１１１＿２０と非競合的なスパイクＲＢＤ上のクラス３及びクラス４抗体エピトープ。（１９Ｄ）ＳＬ１１１１＿２０と競合しないクラス１及びクラス２の抗体エピトープの表示。エピトープは、抗体の４Å以内のスパイクＲＢＤ上の残基を定義することによって決定した。次に、残基をスパイクＲＢＤ／ＡＣＥ２結晶構造、ＰＤＢ６Ｍ０Ｊにマッピングした。ＲＢＤエピトープの決定に使用されるＰＤＢ構造：ＶＨＨ７２、６ＷＡＱ；ＣＲ３０２２、６ＹＬＡ；ＲＥＧＮ１０９８７、６ＸＤＧ；ＥＹ６Ａ、６ＺＥＲ；Ｓ３０９、７Ｒ６Ｗ；ｃｃ１２１、６ＸＣ２；ＲＥＧＮ１０９３３、６ＸＤＧ。 スパイクＲＢＤ上のＳＬ１１１１＿２０の潜在的な接触残留物を示している。以下に示すＶＯＣからの変異を有するスパイクＲＢＤタンパク質のアミノ酸配列（配列番号２１）。競合Ｅｌｉｓａデータと組み合わせた、スパイクＲＢＤに結合した抗体の既知の結晶構造から決定されたＳＬ１１１１＿２０の潜在的な接触残基を上に示す。ＳＬ１１１１＿２０の潜在的な接触残基は、ＳＬ１１１１＿２０によってブロックされる抗体にのみ見られるスパイクＲＢＤ上の固有の残基を同定することによって決定された。Ｘは削除を示す。 スパイクＲＢＤ上のＳＬ１１１１＿２０の潜在的な接触残留物を示している。ＳＬ１１１１によって阻害されるｍＡＢの接触部位。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク試薬及び未修飾類似体の血清安定性を示す。（２１Ａ）修飾リードＳＯＭＡｍｅｒとそれらの対応するｄＴ及びｄＴ／ｄＣアナログを９０％プールヒト血清中でインキュベートし、サンプルをさまざまな時点（３時間～９６時間）で取り出し、変性ＰＡＧＥで分析した。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク試薬及び未修飾類似体の血清安定性を示す。図２１Ａのサンプル時点を無傷試薬のパーセントとしてプロットし、一相指数関数的減衰モデルに当てはめて、二重修飾配列とそのｄＴ／ｄＣ類似体の半減期を決定した。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク試薬及び未修飾類似体の血清安定性を示す。図２１Ａのサンプル時点を無傷試薬のパーセントとしてプロットし、一相指数関数的減衰モデルに当てはめて、単一修飾配列とそのｄＴ類似体の半減期を決定した。 ＳＬ１１１１＿２０がプロトタイプの本物のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＢＶｉｃｔｏｒｉａ、丸）、デルタ（三角形）、ガンマ（逆三角形）、及びオミクロン（四角）のＶＯＣを強力に中和することを示している。ＳＬ１１１１＿２０は、プロトタイプのクレードＢ、ＶＩＣ０１と比較して、オミクロン、ガンマ、及びデルタのバリアントに対して強化された中和活性を示す。 組換え野生型スパイクＳ１／Ｓ２単量体タンパク質、スパイクＳ１／Ｓ２安定三量体タンパク質、及びスパイクＳ１／Ｓ２三量体バリアントに結合する切断型ＳＯＭＡｍｅｒ試薬のＫｄ値及び親和性比を示す。
別段の注記がない限り、専門用語は従来の使用法に従って使用される。分子生物学における一般的な用語の定義は、Ｂｅｎｊａｍｉｎ Ｌｅｗｉｎ，Ｇｅｎｅｓ Ｖ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓにより出版，１９９４（ＩＳＢＮ ０－１９－８５４２８７－９）、Ｋｅｎｄｒｅｗ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｔｈｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ．により出版，１９９４（ＩＳＢＮ ０－６３２－０２１８２－９）、及びＲｏｂｅｒｔ Ａ．Ｍｅｙｅｒｓ（ｅｄ．），Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ａ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ，ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．により出版，１９９５（ＩＳＢＮ １－５６０８１－５６９－８）にて参照され得る。
本開示の様々な実施形態の検討を容易にするため、特定の用語について以下のように説明する。
アプタマー：本明細書で使用される場合、用語アプタマーは標的分子に対して望ましい作用を有する天然に存在しない核酸を指す。望ましい作用には、標的の結合、標的の活性の増強、及び標的の活性の阻害が含まれるが、これらに限定されない。アプタマーは「核酸リガンド」とも称される。いくつかの実施形態において、アプタマーはＳＯＭＡｍｅｒである。本明細書で使用される場合、用語「アプタマー」には、特に断らない限り、アプタマー及びその薬学的に許容される塩が含まれる。
いくつかの実施形態では、アプタマーは、ワトソン／クリック塩基対形成または三重らせん形成とは独立した機構を通じてスパイクに特異的に結合し、アプタマーは、スパイクによって結合される既知の生理学的機能を有さない。いくつかの実施形態において、核酸の候補混合物から同定される核酸を含むスパイクを結合するアプタマーであり、同定は、以下を含む方法による：（ａ）候補混合物を標的と接触させることであり、候補混合物中の他の核酸と比較して標的に対して高い親和性を有する核酸が、候補混合物の残部から分割され得る、接触させること、（ｂ）候補混合物の残部から高い親和性の核酸を分割すること、及び（ｃ）高い親和性の核酸を増幅することであって核酸のリガンド濃縮混合物を生成し、それによって標的分子のアプタマーが同定される、増幅させること。親和性相互作用は、程度の問題であることが認識されるが、この文脈において、その標的を「特異的に結合する」アプタマーとは、アプタマーが混合物またはサンプル中の他の非標的成分に結合するよりも、はるかに高い度合いの親和性でアプタマーがその標的に結合することを意味する。「アプタマー」または「核酸リガンド」は、特定のヌクレオチド配列を有する核酸分子の１つの種類または種のコピーのセットである。アプタマーは、任意の好適な数のヌクレオチドを含み得る。「アプタマー」は、そのような分子の２つ以上のセットを指す。異なるアプタマーは、同じ数または異なる数のいずれかのヌクレオチドを有し得る。アプタマーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡとＲＮＡの両方、及びいずれかまたは両方の修飾バージョンを含んでもよく、一本鎖、二本鎖であってもよく、または二本鎖もしくは三本鎖領域、または任意の他の三次元構造を含んでもよい。
生物活性：本明細書で使用される生物活性という用語は、生理学的または病態生理学的プロセスに影響を与える可能性がある１つまたは複数の細胞間、細胞内または細胞外プロセス（例えば、細胞間結合、リガンド受容体結合、細胞シグナル伝達など）を指す。
Ｃ－５修飾ピリミジン：本明細書中で使用されるＣ－５修飾ピリミジンという用語は、Ｃ－５位に修飾を有するピリミジンを指す。Ｃ－５修飾ピリミジンの例としては、米国特許第５，７１９，２７３号及び同５，９４５，５２７号に記載されているものが挙げられる。Ｃ－５修飾ピリミジンの特定の非限定的な例が本明細書に提供される。
スパイクアプタマー：本明細書で使用される「スパイクアプタマー」とは、スパイクタンパク質に結合することができるアプタマーを指す。
修飾された：本明細書で使用される場合、「修飾する」、「修飾された」、「修飾」という用語、及びそれらの任意の変形は、オリゴヌクレオチドに関して使用される場合、オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの非天然部分、例えば少なくとも１つの非天然糖部分、少なくとも１つの非天然ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの非天然ヌクレオチド塩基部分、及び／またはオリゴヌクレオチド中に天然には存在しない少なくとも１つの部分（例えば、３つの炭素スペーサーまたはヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ））を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの４つの構成ヌクレオチド塩基（すなわち、Ａ、Ｇ、Ｔ／Ｕ、及びＣ）のうちの少なくとも１つが修飾ヌクレオチドである。いくつかのそのような実施形態において、修飾ヌクレオチドは、天然に存在する塩基よりも疎水性の高い塩基部分を含む。いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドにヌクレアーゼ耐性を付与する。いくつかの実施形態において、アプタマーが疎水性塩基部分を含む１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む場合、アプタマーは主に疎水性相互作用を通じてタンパク質などのその標的に結合する。いくつかの実施形態において、このような疎水性相互作用により、高い結合効率と安定した共結晶複合体が得られる。Ｃ－５位に置換のあるピリミジンは修飾ヌクレオチドの例である。修飾としては、キャッピングなどの３’及び５’修飾も挙げられ得る。他の修飾としては、天然に存在するヌクレオチドのうち１つ以上と類似体との置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、非荷電結合（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）による修飾及び荷電結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）による修飾、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）による修飾、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属など）を含有する修飾、アルキル化剤を含有する修飾、ならびに修飾結合（例えば、アルファアノマー核酸など）による修飾などが挙げられ得る。さらに、通常はヌクレオチドの糖上に存在するヒドロキシル基のいずれかが、ホスホネート基もしくはリン酸基で置き換えられてよいか、標準的な保護基によって保護されてよいか、または追加のヌクレオチドへの、もしくは固体支持体への追加の結合を調製するために活性化されてよい。５’末端及び３’末端のＯＨ基がリン酸化され得るか、あるいはアミン、約１～約２０個の炭素原子の有機キャッピング基部分、いくつかの実施形態では、約１０～約８０ｋＤａの範囲のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）ポリマー、いくつかの実施形態では、約２０～約６０ｋＤａの範囲のＰＥＧポリマー、または他の親水性もしくは疎水性の生体ポリマーもしくは合成ポリマーで置換され得る。一実施形態では、修飾はピリミジンのＣ－５位のものである。これらの修飾は、Ｃ－５位で直接アミド結合を介して、または他のタイプの結合によって生成可能である。
ポリヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル－、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ－または２’－アジド－リボース、炭素環糖の類似体、α－アノマー糖、アラビノース、キシロースまたはリキソースなどのエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、アクリル酸類似体、及びメチルリボシドなどの脱塩基ヌクレオシド類似体を含む、当該分野において一般的に既知であるリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含むことができる。上述のように、１つ以上のホスホジエステル結合が、代替連結基で置き換えられてよい。これらの代替連結基としては、リン酸塩がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯまたはＣＨ２（「ホルムアセタール」）に置き換えられる実施形態を含み、各ＲまたはＲ’は、独立してＨであるか、または置換もしくは非置換アルキル（１－２０Ｃ）（任意にエーテル（－Ｏ－）結合を含む）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルである。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同一である必要はない。糖、プリン、及びピリミジンの類似形態の置換は、例えば、ポリアミド骨格のような代替的骨格構造が有利であり得るように、最終生成物の設計に有利であり得る。
調節する：本明細書で使用される場合、「調節する」とは、標的のレベル、安定性、処理、及び／または活性を増加または減少させることによって変化させることを意味する。
核酸：本明細書で使用される場合、「核酸」、「オリゴヌクレオチド」、及び「ポリヌクレオチド」は、ヌクレオチドのポリマーを指すために同義に使用され、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、及びそのような実体の修飾バージョンが含まれる。「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、及び「核酸」という用語は、二本鎖または一本鎖分子に加えて三重らせん分子を含む。核酸という用語にはアプタマーが含まれるが、これに限定されない（すなわち、この用語にはヌクレオチドの他のポリマーが含まれる）。
ヌクレアーゼ：本明細書で使用される場合、「ヌクレアーゼ」という用語は、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドサブユニット間のホスホジエステル結合を切断することができる酵素を指す。本明細書で使用される場合、「エンドヌクレアーゼ」という用語は、オリゴヌクレオチドの内部部位でホスホジエステル結合（複数）を切断する酵素を指す。本明細書で使用される場合、「エキソヌクレアーゼ」という用語は、オリゴヌクレオチドの末端ヌクレオチドを結合するホスホジエステル結合（複数可）を切断する酵素を指す。体液には通常、エンドヌクレアーゼとエキソヌクレアーゼの両方の混合物が含まれる。
ヌクレアーゼ耐性：本明細書で使用される場合、「ヌクレアーゼ耐性」及び「ヌクレアーゼ耐性」という用語は、エンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼの基質として機能するオリゴヌクレオチドの低下した能力を指し、そのような酵素と接触すると、オリゴヌクレオチドはヌクレアーゼ耐性が測定されているオリゴヌクレオチドの１つまたは複数の修飾を欠いているが、同様の長さと配列を有する対照オリゴヌクレオチドよりも分解されないか、または分解がよりゆっくりまたはより低い程度であるかのいずれかである。
ヌクレオチド：本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチド、またはそれらの修飾形態を指す。ヌクレオチドとしては、プリン（例えば、アデニン、ヒポキサンチン、グアニン等）に加えて、ピリミジン（例えば、シトシン、ウラシル、チミン等）を含む種が挙げられる。塩基が「Ａ」、「Ｃ」、「Ｇ」、「Ｕ」、または「Ｔ」として示される場合、それはリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの両方、及びそれらの修飾型を包含することを意図する。
薬学的に許容される：本明細書で使用される、「薬学的に許容される」とは、連邦政府または州政府の規制当局によって承認されているか、動物、より具体的にはヒトでの使用について米国薬局方またはその他の一般に認められている薬局方に収載されていることを意味する。
薬学的に許容される塩：本明細書で使用される化合物（例えば、アプタマー）の薬学的に許容される塩は、化合物と、イオン結合（複数可）を介して化合物に結合した１つまたは複数の追加の薬学的に許容される原子または基を含む生成物を指す。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、化合物を酸または塩基と接触させることによって生成される。薬学的に許容される塩としては、塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩、硫酸水素塩、アルキルスルホン酸塩、アリールスルホン酸塩、アリールアルキルスルホン酸塩、酢酸塩、安息香酸塩、クエン酸塩、マレイン酸塩、フマル酸塩、コハク酸塩、乳酸塩、及び酒石酸塩を含む酸付加塩；Ｌｉ、Ｎａ、Ｋなどのアルカリ金属カチオン、ＭｇまたはＣａなどのアルカリ土類金属塩、有機アミン塩等が挙げられるが、これらに限定されない。
医薬組成物：本明細書で使用される医薬組成物は、個体への投与に適した形態の化合物（アプタマーなど）を含む製剤を指す。医薬組成物は通常、意図された投与経路に適合するように処方される。投与経路の例としては、硝子体内、経腸及び非経口（例えば、皮下注射または注入、静脈内注射または注入、関節内注射、動脈内注射及び注入、房水内注射を及び移植、及び硝子体内注射及び移植）が挙げられるが、これらに限定されない。
タンパク質：本明細書で使用される場合、「タンパク質」は、「ペプチド」、「ポリペプチド」、または「ペプチド断片」と同義に使用される。「精製された」ポリペプチド、タンパク質、ペプチド、またはペプチド断片は、精製されたタンパク質が得られる細胞、組織、もしくは無細胞源からの細胞材料もしくは他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、または化学的に合成される場合に化学前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。
「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク」、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質」、「スパイクタンパク質」及び「スパイク」という用語は、全体を通じて同義に使用され、同じ意味を有し得る。
ＳＥＬＥＸ：本明細書で使用される「ＳＥＬＥＸ」という用語は、一般に、例えば、タンパク質と高親和性で結合するなど所望の様式で標的分子と相互作用する核酸についての選択、及び、それらの選択された核酸の増幅との組み合わせを指す。ＳＥＬＥＸは、特定の標的分子に対して高親和性を有するアプタマーを同定するために使用され得る。ＳＥＬＥＸ及び「ＳＥＬＥＸプロセス」という用語は同義に使用され得る。いくつかの実施形態では、スパイクに結合するアプタマーを選択する方法が提供され、本方法は、（ａ）核酸の候補混合物を調製することであって、候補混合物は、少なくとも１つ、またはそれぞれの候補混合物の核酸の少なくとも１つのピリミジンがＣ５位で化学修飾されている修飾された核酸を含む、調製することと、（ｂ）候補混合物をスパイクと接触させることであって、候補混合物中の他の核酸と比較してスパイクに対する親和性が増加した核酸がスパイクに結合し、核酸－スパイク複合体を形成する、接触焦ることと、（ｃ）親和性が増大した核酸を候補混合物の残りの部分から分配することと、（ｄ）増加した親和性の核酸を増幅して、増加した親和性でスパイクに結合できる核酸配列が豊富な核酸の混合物を生成することと、を含み、それによってスパイクに結合するアプタマーが同定される。特定の実施形態において、本方法は、遅い解離速度の濃縮プロセスを実行することをさらに含む。
配列同一性：２つ以上の核酸配列の文脈において本明細書で使用される配列同一性は、配列によって共有される同一ヌクレオチド位置の数の関数であり（すなわち、％同一性＝同一位置の数／比較される２つの配列のより短い配列中の位置の総数ｘ１００）ギャップの数と、２つ以上の配列のアラインメントを最適化するために導入する必要がある各ギャップの長さが考慮される。配列の比較及び２つ以上の配列間の同一性パーセントの決定は、デフォルトパラメータでのＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄＢＬＡＳＴプログラムなどの数学的アルゴリズムを使用して達成することができる（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３，１９９０；ＢＬＡＳＴＮａｔｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴも参照のこと）。配列比較のために、典型的には、１つの配列が参照配列として機能し、これと試験配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要に応じてサブシーケンス座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。その後、配列比較アルゴリズムは、指定のプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列（複数可）の配列同一性パーセントを算出する。比較のための配列の最適なアラインメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，２：４８２（１９８１）の局所的同一性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８５：２４４４（１９８８）の類似性方法の検索によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化実装によって（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ内のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、または目視検査（一般にはＡｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ． ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｐｕｂ． Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃ．ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅにより出版（１９８７）を参照のこと）によって行われてもよい。本明細書で使用される場合、その配列が参照核酸塩基配列と少なくとも、例えば約９５％同一であるアプタマーなどの核酸の同一性パーセントを記載する場合、核酸配列が同一であることが意図されるが、ただし、核酸配列は、参照核酸配列の各１００ヌクレオチド当たり最大５つの点突然変異を含み得る。換言すれば、その配列が参照核酸配列と少なくとも約９５％同一である所望の核酸配列を得るには、参照配列中のヌクレオチドの最大５％が欠失される、または別のヌクレオチドで置換され得るか、または、参照配列中のヌクレオチドの総数の最大５％のいくつかのヌクレオチドが参照配列に挿入され得る（本明細書では挿入と呼ばれる）。所望の配列を生成するための参照配列のこれらの変異は、参照核酸塩基配列の５’末端位置または３’末端位置、またはこれらの末端位置の間の任意の位置で、参照配列内のヌクレオチド間に個別に、または参照配列内の１つまたは複数の連続するグループに散在して発生し得る。
ＳＯＭＡｍｅｒ：本明細書で使用される場合、「ＳＯＭＡｍｅｒ」または遅い解離速度のアプタマーは、≧３０分、≧６０分、≧９０分、≧１２０分、≧１５０分、≧１８０分、≧２１０分、または≧２４０分の解離速度（ｔ１／２）を有するアプタマー（疎水性修飾を有する少なくとも１つのヌクレオチドを含むアプタマーが含まれる）を指す。いくつかの実施形態において、ＳＯＭＡｍｅｒは、「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ Ａｐｔａｍｅｒｓ ｗｉｔｈ Ｉｍｐｒｏｖｅｄ Ｏｆｆ－Ｒａｔｅｓ」と題した米国特許第７，９４７，４４７号に記載されている改良されたＳＥＬＥＸ法を使用して生成される。
標的分子：本明細書で使用される標的分子（または標的）とは、アプタマーが望ましい様式で作用することができる、ポリヌクレオチド以外の三次元化学構造を有する任意の化合物または分子を指す。非限定的な標的分子の例には、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、病原体、有害物質、基質、代謝産物、遷移状態類似体、補因子、阻害剤、薬物、色素、栄養素、成長因子、細胞、組織、前述したいずれかの任意の部分または断片が挙げられる。実質的には、化学的または生物学的実行分子が好適な標的であり得る。任意のサイズの分子が標的として機能し得る。標的はまた、標的と核酸との間における相互作用の可能性または強度を高めるために、ある特定の方法で改変され得る。標的はまた、特定の化合物または分子の任意のわずかな変化、例えば、タンパク質の場合、アミノ酸配列のわずかな変化、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作もしくは修飾、例えば、分子の同一性を実質的に変化させない標識化成分との複合化などを含み得る。「標的分子」または「標的」は、アプタマーに結合できる分子または多分子構造の１種類または１種のコピーセットである。「標的分子」または「標的」は、そのような分子の２つ以上のセットを指す。いくつかの実施形態において、標的分子はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質である。
治療有効量：本明細書で使用される場合、「治療有効量」という用語は、一般に、本明細書に記載のように予防、軽減、または治療される障害または状態の少なくとも１つの症状を改善するのに必要な量を意味する。本開示のアプタマーに関する「治療有効量」という語句は、そのような治療を必要とするかなりの数の個体にアプタマーが投与される特定の薬理学的応答を提供するアプタマー用量を意味する。特定の事例において特定の個人に投与されるアプタマーの治療上有効な量は、そのような投与量が当業者によって治療上有効な量と見なされていても、本明細書に記載される状態／疾患の治療において常に有効であるとは限らないことが強調される。
単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、その内容に別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を含む。「ＡまたはＢを含む」とは、Ａ、またはＢ、またはＡ及びＢを含むことを意味する。核酸またはポリペプチドについて与えられる、全ての塩基サイズまたはアミノ酸サイズ、及び全ての分子量または分子質量の値は概算であり、説明のために提供されることがさらに理解されるべきである。
さらに、本明細書で提供される範囲は、その範囲内の全ての値の簡略表記であると理解される。例えば、１～５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０からなる群の任意の数、数の組合せ、または部分範囲（そして内容による別段の明確な定めがない限り、これらの分数）を含むものと理解されたい。いずれの濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲、または整数範囲も、別段の指示がない限り、列挙される範囲内の任意の整数、ならびに適切な場合、その分数（整数の１０分の１及び１００分の１など）の値も含むと理解されるべきである。また、本明細書に記載されている任意の物理的特色に関する任意の数字範囲、例えば、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さは、別段の指示がない限り、記載範囲内の任意の整数を含むものと理解されたい。本明細書で使用される場合、「約」または「から本質的になる」とは、別段の指示がない限り、示される範囲、値、または構造の±２０％を意味する。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という用語はオープンエンド形式であり、同義語として使用される。本明細書で使用される「ａ」及び「ａｎ」という用語は、列挙される構成成分のうちの「１つ以上」を指すことを理解されたい。選択肢（例えば、「または」）の使用は、選択肢のうちの１つ、両方、またはその任意の組合せのいずれかを意味するものと理解されたい。
本明細書に記載されるものと類似または同等の方法及び材料が本開示の実施または試験に使用され得るが、好適な方法及び材料が以下に記載される。本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、それら全体が参照によって組み込まれる。矛盾する場合には、用語の説明を含む本明細書が優先されることになる。加えて、材料、方法、及び実施例は例示にすぎず、限定することを意図するものではない。
例示的な実施形態
いくつかの実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーは、配列番号４、６～２０及び２８～１２２から選択される配列と、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む。いくつかの実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーは、配列番号１２８～２５２、２５４、２５６及び２５８から選択される配列と、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む。
いくつかの実施形態において、アプタマーは、３５～６０のヌクレオチド長、または３５～５０のヌクレオチド長、または４０～５０のヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、アプタマーは、２５～６０のヌクレオチド長、または２８～５０のヌクレオチド長、または３０～５０のヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態において、アプタマーが結合するスパイクタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質である。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に結合する。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１に結合する。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）に結合する。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体に結合する。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１アスパラギン酸６１４をグリシンバリアント（Ｄ６１４Ｇ）に結合する。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤアスパラギン５０１をチロシンバリアント（Ｎ５０１Ｙ）に結合する。特定の態様において、アプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤグルタミン酸４８４をリジンバリアント（Ｅ４８４Ｋ）に結合する。特定の態様において、アプタマーは、Ｂ１．１．７バリアント（アルファ）、Ｂ１．３５１バリアント（ベータ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（ガンマ）、Ｂ．１．６１７．２バリアント（デルタ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（オミクロン）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する。
本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、アプタマーは、３５～６０のヌクレオチド長、または３５～５０のヌクレオチド長、または４０～５０のヌクレオチド長である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、アプタマーは、２５～６０のヌクレオチド長、または２８～５０のヌクレオチド長、または３０～５０のヌクレオチド長である。
いくつかの態様において、スパイクアプタマーは、最大１００ヌクレオチド、最大９５ヌクレオチド、最大９０ヌクレオチド、最大８５ヌクレオチド、最大８０ヌクレオチド、最大７５ヌクレオチド、最大７０ヌクレオチド、最大６５ヌクレオチド、最大６０ヌクレオチド、最大５５ヌクレオチド、最大５０ヌクレオチド、最大４５ヌクレオチド、最大４０ヌクレオチド、最大３５ヌクレオチド、または最大３０ヌクレオチドを含み得る。
本開示の別の態様では、スパイクアプタマーは、約１０ｎＭ以下のスパイクに対する解離定数（Ｋｄ）を有し得る。別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約１５ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約２０ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約２５ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約３０ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約３５ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約４０ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約４５ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約５０ｎＭ以下のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、約２ｐＭ～約１０ｎＭ（または２ｐＭ、３ｐＭ、４ｐＭ、５ｐＭ、６ｐＭ、７ｐＭ、８ｐＭ、９ｐＭ、１０ｐＭ、１５ｐＭ、２０ｐＭ、２５ｐＭ、３０ｐＭ、３５ｐＭ、４０ｐＭ、４５ｐＭ、５０ｐＭ、６０ｐＭ、７０ｐＭ、８０ｐＭ、９０ｐＭ、１００ｐＭ、１５０ｐＭ、２００ｐＭ、２５０ｐＭ、３００ｐＭ、３５０ｐＭ、４００ｐＭ、４５０ｐＭ、５００ｐＭ、５５０ｐＭ、６００ｐＭ、６５０ｐＭ、７００ｐＭ、７５０ｐＭ、８００ｐＭ、８５０ｐＭ、９００ｐＭ、９５０ｐＭ、１０００ｐＭ、２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭまたは１０ｎＭ）の範囲のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。さらに別の例示的な実施形態では、スパイクアプタマーは、少なくとも約２ｐＭ（または少なくとも２ｐＭ、３ｐＭ、４ｐＭ、５ｐＭ、６ｐＭ、７ｐＭ、８ｐＭ、９ｐＭ、１０ｐＭ、１５ｐＭ、２０ｐＭ、２５ｐＭ、３０ｐＭ、３５ｐＭ、４０ｐＭ、４５ｐＭ、５０ｐＭ、６０ｐＭ、７０ｐＭ、８０ｐＭ、９０ｐＭ、１００ｐＭ、１５０ｐＭ、２００ｐＭ、２５０ｐＭ、３００ｐＭ、３５０ｐＭ、４００ｐＭ、４５０ｐＭ、５００ｐＭ、５５０ｐＭ、６００ｐＭ、６５０ｐＭ、７００ｐＭ、７５０ｐＭ、８００ｐＭ、８５０ｐＭ、９００ｐＭ、９５０ｐＭ、１０００ｐＭ、２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭまたは１０ｎＭ）の範囲のスパイクタンパク質に対する解離定数（Ｋｄ）を有する。適切な解離定数は、実施例２に記載の式ｙ＝（最大－最小）（タンパク質）／（Ｋｄ＋タンパク質）＋最小を当てはめる、多点滴定を使用する結合アッセイにより決定できる。解離定数の決定は、それらが測定される条件に大きく依存するため、これらの数は、平衡時間等の要因に関して大きく変化し得ることが理解されるべきである。
本明細書に記載される実施形態のいずれかにおいて、アプタマー、核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの組み合わせのヌクレオチドを含む。
ＳＥＬＥＸ
ＳＥＬＥＸは、一般に、候補の核酸混合物を調製すること、候補混合物を所望の標的分子に結合させて、親和性複合体を形成させること、当該親和性複合体を結合していない候補核酸から分離すること、当該親和性複合体から核酸を分離及び単離すること、核酸を精製すること、ならびに特異的なアプタマー配列を同定することを含む。選択されたアプタマーの親和性を更に改良するために、本プロセスは、複数ラウンド行われ得る。本プロセスは、プロセスの１つ以上の時点での増幅ステップを含み得る。例えば、「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ」という表題の米国特許第５，４７５，０９６号を参照のこと。ＳＥＬＥＸプロセスは、標的に共有結合するアプタマーだけでなく、標的に非共有結合するアプタマーを生成するためにも使用され得る。例えば、「Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ Ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ：Ｃｈｅｍｉ－ＳＥＬＥＸ」という表題の米国特許第５，７０５，３３７号を参照のこと。
ＳＥＬＥＸプロセスは、例えば、改善されたインビボ安定性または改善された送達特性などの改善された特性をアプタマーに付与する修飾ヌクレオチドを含有する高親和性アプタマーを同定するために使用され得る。かかる修飾の例としては、リボース及び／またはリン酸及び／または塩基の位置での化学的置換が挙げられる。ＳＥＬＥＸプロセスにより同定された修飾ヌクレオチドを含有するアプタマーは、ピリミジンの５’位及び２’位で化学修飾されたヌクレオチド誘導体を含有するオリゴヌクレオチドを記載している、「Ｈｉｇｈ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」という表題の米国特許第５，６６０，９８５号に記載されている。米国特許第５，５８０，７３７号（上記を参照のこと）は、２’－アミノ（２’－ＮＨ２）、２’－フルオロ（２’－Ｆ）、及び／または２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）で修飾された１つ以上のヌクレオチドを含有する高度に特異的なアプタマーを記載している。物理的及び化学的特性が高められた核酸ライブラリならびにＳＥＬＥＸ及びフォトＳＥＬＥＸ（ｐｈｏｔｏＳＥＬＥＸ）におけるその使用を記載している、「ＳＥＬＥＸ ａｎｄ ＰＨＯＴＯＳＥＬＥＸ」という表題の米国特許出願公開番号第２００９００９８５４９号も参照のこと。
ＳＥＬＥＸは、所望の解離速度特性を有するアプタマーを同定するためにも使用され得る。標的分子に結合することができるアプタマーを作製するための改善されたＳＥＬＥＸプロセスを記載している、「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ Ａｐｔａｍｅｒｓ ｗｉｔｈ Ｉｍｐｒｏｖｅｄ Ｏｆｆ－Ｒａｔｅｓ」という表題の米国特許出願公開第２００９０００４６６７号を参照のこと。上述したように、これらの遅い解離速度アプタマーは、「ＳＯＭＡｍｅｒｓ」として知られている。それぞれの標的分子からのより遅い解離速度を有するアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒ及びフォトアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒを作製する方法が記載される。本方法は、候補混合物を標的分子と接触させ、核酸－標的複合体を形成させ、かつ遅い解離速度の濃縮するプロセスを実行することを含み、速い解離速度を有する核酸－標的複合体は解離し、再形成しないが、遅い解離速度を有する複合体は無傷のままである。加えて、この方法は、解離速度性能が改善されたアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒｓを産生するために、候補核酸混合物の生成において修飾ヌクレオチドを使用することを含む。
本アッセイの変形は、アプタマーがその標的分子に共有結合するか、またはそれに「光架橋する」ことを可能にする光反応性官能基を含むアプタマーを用いる。例えば「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｂｉｏｃｈｉｐ」という表題の米国特許第６，５４４，７７６号を参照のこと。これらの光反応性アプタマーは、フォトアプタマーとも称される。例えば、それぞれ「Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ Ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ：Ｐｈｏｔｏｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ ａｎｄ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ ＳＥＬＥＸ」という表題の米国特許第５，７６３，１７７号、米国特許第６，００１，５７７号、及び米国特許第６，２９１，１８４号を参照のこと。例えば「Ｐｈｏｔｏｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ」という表題の米国特許第６，４５８，５３９号も参照のこと。マイクロアレイがサンプルと接触され、フォトアプタマーがその標的分子に結合する機会が与えられた後、フォトアプタマーが光活性化され、固体支持体が洗浄され、任意の非特異的に結合した分子が除去される。フォトアプタマー上の光活性化された官能基（複数可）により生成された共有結合のために、フォトアプタマーに結合している標的分子は通常除去されないため、厳格な洗浄条件が使用され得る。
これらのアッセイフォーマットの両方において、アプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒは、サンプルと接触させる前に固体支持体に固定化される。しかしながら、特定の状況下では、サンプルと接触させる前にアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒを固定化すると、最適なアッセイを提供しない可能性がある。例えば、アプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒの事前の固定化は、固体支持体表面上でのアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒの標的分子との非効率的な混合をもたらし得、反応時間が長期化する可能性があり、従って、インキュベート時間の延長により、アプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒのその標的分子との効率的な結合が可能となる。さらに、フォトアプタマーまたはフォトＳＯＭＡｍｅｒがアッセイで使用される場合、また固体支持体として利用される材料に応じて、固体支持体は、フォトアプタマーまたはフォトＳＯＭＡｍｅｒとその標的分子との間の共有結合の形成に影響を及ぼすように使用される光を散乱または吸収する傾向があり得る。更に用いられる方法に応じて、固体支持体の表面が使用される任意の標識薬剤にも曝露され得、それにより影響も受け得るため、アプタマーまたはフォトＳＯＭＡｍｅｒに結合したその標的分子の検出は不正確になりやすい。最後に、固体支持体上へのアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒの固定化は、一般に、アプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒのサンプルへの曝露前のアプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒ調製ステップ（すなわち、固定）を含み、この調製ステップは、アプタマーまたはＳＯＭＡｍｅｒの活性または官能性に影響を及ぼし得る。
ＳＯＭＡｍｅｒが溶液中でその標的を捕捉するのを可能にし、次いで、検出前にＳＯＭＡｍｅｒ－標的混合物の特定の成分を除去するように設計されている分離ステップを用いるＳＯＭＡｍｅｒアッセイも記載されている（「Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ａｎａｌｙｓｅｓ ｏｆ Ｔｅｓｔ Ｓａｍｐｌｅｓ」という表題の米国特許出願公開第２００９００４２２０６号を参照のこと）。記載されるＳＯＭＡｍｅｒアッセイは、核酸（すなわち、ＳＯＭＡｍｅｒ）を検出及び定量化することにより、試験サンプル中の非核酸標的（例えば、タンパク質標的）の検出及び定量化を可能にする。記載された方法は、非核酸標的を検出及び定量化するための核酸代替物（すなわち、ＳＯＭＡｍｅｒ）を作出し、よって、増幅を含む広範な種々の核酸技術が、タンパク質標的を含むより広範な所望の標的に適用されることを可能にする。
標的がペプチドであるＳＥＬＥＸプロセスの実施形態は、「Ｍｏｄｉｆｉｅｄ ＳＥＬＥＸ Ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ Ｗｉｔｈｏｕｔ Ｐｕｒｉｆｉｅｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ」と題した米国特許第６，３７６，１９０号に記載されている。本願の場合、標的はＲＩＧ－Ｉタンパク質である。
アプタマーにおける化学修飾
アプタマーには、その特性や特徴を改善する修飾ヌクレオチドが含まれ得る。このような改善の非限定的な例としては、インビボでの安定性、分解に対する安定性、その標的に対する結合親和性、及び／または送達特性の改善が挙げられる。
かかる修飾の例としては、リボース及び／またはリン酸及び／またはヌクレオチドの塩基位置での化学的置換が挙げられる。ＳＥＬＥＸプロセスにより同定された修飾ヌクレオチドを含有するアプタマーは、ピリミジンの５’位及び２’位で化学修飾されたヌクレオチド誘導体を含有するオリゴヌクレオチドを記載している、「Ｈｉｇｈ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｌｉｇａｎｄｓ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」という表題の米国特許第５，６６０，９８５号に記載されている。米国特許第５，５８０，７３７号（上記を参照のこと）は、２’－アミノ（２’－ＮＨ２）、２’－フルオロ（２’－Ｆ）、及び／または２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）で修飾された１つまたは複数のヌクレオチドを含有する高度に特異的なアプタマーを記載している。物理的及び化学的特性が高められた核酸ライブラリならびにＳＥＬＥＸ及びフォトＳＥＬＥＸ（ｐｈｏｔｏＳＥＬＥＸ）におけるその使用を記載している、「ＳＥＬＥＸ ａｎｄ ＰＨＯＴＯＳＥＬＥＸ」という表題の米国特許出願公開番号第２００９００９８５４９号も参照のこと。
Ｃ－５修飾を含むヌクレオシドの具体例には、すぐ下に示す、ベンジルカルボキシアミド（あるいはベンジルアミノカルボニル）（Ｂｎ）、ナフチルメチルカルボキシアミド（あるいはナフチルメチルアミノカルボニル）（Ｎａｐ）、トリプタアミノカルボキシアミド（あるいはトリプタアミノカルボニル）（Ｔｒｐ）、及びイソブチルカルボキシアミド（あるいはイソブチルアミノカルボニル）（ｉＢｕ）から独立して選択される置換基によるＣ－５位のデオキシウリジンの置換が含まれる。
Figure 2024515575000002
本明細書に記載されるＣ－５修飾ピリミジンの化学修飾もまた、単独でまたは任意の組合せで、２’位の糖修飾、環外アミンでの修飾、及び４－チオシチジンの置換などと組み合わされ得る。
ヌクレオシドを含む代表的なＣ－５修飾ピリミジンには、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジンまたは５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）が挙げられる。
存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリヌクレオチドの組立て前または後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって割り込まれ得る。ポリヌクレオチドは、重合後、例えば、標識化成分との複合化などによってさらに修飾され得る。
さらに、Ｃ－５修飾ピリミジン含有ヌクレオチドには次のものが含まれる。
Figure 2024515575000003
いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドにヌクレアーゼ耐性を付与する。Ｃ－５位に置換のあるピリミジンは修飾ヌクレオチドの例である。修飾としては、骨格修飾、メチル化、稀な塩基対合の組合せ、例えば、イソ塩基のイソシチジン及びイソグアニジンなどが挙げられ得る。修飾としては、キャッピングなどの３’及び５’修飾も挙げられ得る。他の修飾としては、天然に存在するヌクレオチドのうち１つ以上と類似体との置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、非荷電結合（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）による修飾及び荷電結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）による修飾、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）による修飾、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属など）を含有する修飾、アルキル化剤を含有する修飾、ならびに修飾結合（例えば、アルファアノマー核酸など）による修飾などが挙げられ得る。さらに、通常はヌクレオチドの糖上に存在するヒドロキシル基のいずれかが、ホスホネート基もしくはリン酸基で置き換えられてよいか、標準的な保護基によって保護されてよいか、または追加のヌクレオチドへの、もしくは固体支持体への追加の結合を調製するために活性化されてよい。５’末端及び３’末端のＯＨ基がリン酸化され得るか、あるいはアミン、約１～約２０個の炭素原子の有機キャッピング基部分、一実施形態では、約１０～約８０ｋＤａの範囲のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）ポリマー、別の実施形態では、約２０～約６０ｋＤａの範囲のＰＥＧポリマー、または他の親水性もしくは疎水性生体ポリマーもしくは合成ポリマーで置換され得る。一実施形態では、修飾はピリミジンのＣ－５位のものである。これらの修飾は、Ｃ－５位で直接アミド結合を介して、または他のタイプの結合によって生成可能である。
ポリヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル－、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ－または２’－アジド－リボース、炭素環糖の類似体、α－アノマー糖、アラビノース、キシロースまたはリキソースなどのエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、アクリル酸類似体、及びメチルリボシドなどの脱塩基ヌクレオシド類似体を含む、当該分野において一般的に既知であるリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含むことができる。上述のように、１つまたは複数のホスホジエステル結合が、代替連結基で置き換えられ得る。これらの代替連結基には、リン酸が、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯまたはＣＨ２（「ホルムアセタール」）に置き換えられる実施形態を含み、各ＲまたはＲ’は、独立してＨであるか、または置換もしくは非置換アルキル（１－２０Ｃ）（任意にエーテル（－Ｏ－）結合を含む）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルである。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同一である必要はない。糖、プリン、及びピリミジンの類似形態の置換は、例えば、ポリアミド骨格のような代替的骨格構造が有利であり得るように、最終生成物の設計に有利であり得る。
本開示はさらに、配列番号４、６～２０、及び２８～１２２から選択される核酸配列を含む製剤を提供する。本開示はさらに、配列番号１２８～２５２、２５４、２５６及び２５８から選択される配列から選択される核酸配列を含む製剤を提供する。
別の態様では、ヌクレオシドを含む各Ｃ－５修飾ピリミジンは、以下から独立して選択される：
５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｂｎ－Ｕ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｂｎ－Ｕ）、５－（Ｎ－フェネチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－フェネチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＰＥ－Ｕ）、５－（Ｎ－フェネチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＰＥ－Ｕ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｔｈ－Ｕ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｔｈ－Ｕ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン、５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ｉＢｕ－Ｕ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ｉＢｕ－Ｕ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｔｙｒ－Ｕ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｔｙｒ－Ｕ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＭＢｎ－Ｕ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＭＢｎ－Ｕ）、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＦＢｎ－Ｕ）、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＦＢｎ－Ｕ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＰＰ－Ｕ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＰＰ－Ｕ）、５－（Ｎ－イミド－ポリエチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イミド－ポリエチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｉｍ－Ｕ）、５－（Ｎ－イミド－ポリエチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｉｍ－Ｕ）、５－（Ｎ－トリピノカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタミノカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｔｒｐ－Ｕ）、５－（Ｎ－トリプタミノカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｔｒｐ－Ｕ）、５－（Ｎ－Ｒ－スレオニルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－Ｒ－スレオニルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｔｈｒ－Ｕ）、５－（Ｎ－Ｒ－スレオニルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｔｈｒ－Ｕ）、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアモニウム）プロピル］カルボキサミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアモニウム）プロピル］カルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジンクロリド、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアモニウムプロピル）カルボキサミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－Ｎａｐ－Ｕ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－Ｎａｐ－Ｕ）、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキサミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン）５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキサミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－２Ｎａｐ－Ｕ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－２Ｎａｐ－Ｕ）、５－（Ｎ－１－ナフチルカルボキサミド）２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＮＥ－Ｕ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＮＥ－Ｕ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－２ＮＥ－Ｕ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－２ＮＥ－Ｕ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＢＦ－Ｕ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＢＦ－Ｕ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン（２’－ＯＭｅ－ＢＴ－Ｕ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキサミド）－２’－フルオロウリジン（２’－Ｆ－ＢＴ－Ｕ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－Ｂｎ－Ｃ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－Ｂｎ－Ｃ）、５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）、５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’ －ＯＭｅ－ＰＥ－Ｃ）、５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－ＰＥ－Ｃ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－ＰＰ－Ｃ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ’－ＰＰ－Ｃ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－Ｎａｐ－Ｃ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－Ｎａｐ－Ｃ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－２Ｎａｐ－Ｃ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－２Ｎａｐ－Ｃ）、５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）、５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－ＮＥ－Ｃ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－ＮＥ－Ｃ）、５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）、５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－２ＮＥ－Ｃ）、５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－２ＮＥ－Ｃ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－Ｏ－メチルシチジン（２’－ＯＭｅ－Ｔｙｒ－Ｃ）、及び５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－フルオロシチジン（２’－Ｆ－Ｔｙｒ－Ｃ）。
別の態様では、ヌクレオシドを含むＣ－５修飾ピリミジンは、以下から独立して選択される：
５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、及び５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン。
別の態様では、ヌクレオシドを含むＣ－５修飾ピリミジンは、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）である。
別の態様では、製剤の２つ以上の核酸分子は、それぞれ独立して、３５～６０ヌクレオチド長、または３５～５０ヌクレオチド長、または４０～５０ヌクレオチド長であるか、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０個の追加のヌクレオチドをさらに含む。
アプタマーを含む医薬組成物
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの本明細書に記載のアプタマー及び少なくとも１つの薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が提供される。好適な担体は、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ発行の「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｒｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ」に記載されており、これは参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載されるアプタマーは、注射可能な剤形、液体分散系、ゲル系、エアロゾル系、軟膏系、クリーム系、凍結乾燥製剤、乾燥粉末、錠剤、カプセル系、制御放出製剤、速溶液製剤、遅延放出製剤、徐放製剤、脈動放出製剤、混合即時放出製剤、及び制御放出製剤などを含むが、これらに限定されない、任意の薬学的に許容される剤形で利用することができる。具体的には、本明細書に記載のアプタマーは、（ａ）硝子体内、経口、肺、静脈内、動脈内、髄腔内、関節内、直腸、眼、結腸、非経口、嚢内、膣内、腹腔内、局所、頬部、鼻内、及び局所投与から選択される投与用として、（ｂ）液体分散体、ゲル、エアロゾル、軟膏、クリーム、錠剤、小袋及びカプセルから選択される剤形に、（ｃ）凍結乾燥製剤、乾燥粉末、急速溶融製剤、制御放出製剤、遅延放出製剤、持続放出製剤、パルス放出製剤、及び混合即時放出製剤と制御放出製剤のいずれかから選択される剤形に、または（ｄ）それらの任意の組み合わせで製剤化することができる。
非経口、皮内、皮下適用に使用される溶液または懸濁液は、以下の成分のうちの１つまたは複数を含み得る：（１）注射用蒸留水、生理食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の合成溶媒等の滅菌希釈剤、（２）ベンジルアルコール及びメチルパラベン等の抗微生物剤、（３）アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウム等の抗酸化剤、（４）エチレンジアミン四酢酸などのキレート剤、（５）酢酸塩、クエン酸塩、及びリン酸塩等の緩衝液、ならびに（５）塩化ナトリウムまたはデキストロースなどの等張性調節のための薬剤。ｐＨは、塩酸や水酸化ナトリウムなどの酸または塩基で調整することができる。非経口調製物は、アンプル、使い捨てシリンジ、またはガラスもしくはプラスチックから作製された複数用量バイアルに封入され得る。
注射用途に好適な医薬組成物には、注入可能な滅菌溶液または滅菌分散液を即時調製するための滅菌水溶液（水溶性の）または滅菌分散液及び滅菌粉末が含まれ得る。静脈内投与の場合、好適な担体には、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ ＥＬ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、本組成物は、無菌でなければならず、容易に注射できる程度の流動性を有する必要がある。医薬組成物は、製造及び保管の条件下で安定でなければならず、細菌及び真菌等の微生物の混入作用から保護されなければならない。
本明細書で使用される「安定な」という用語は、対象への投与に適した状態（ｓｔａｔｅ）または状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）に留まることを意味する。
担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、及び液体ポリエチレングリコール等）、及びそれらの好適な混合物を含む、溶媒または分散媒であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチン等のコーティングの使用によって、分散の場合には必要とされる粒径の維持によって、及び界面活性剤の使用によって、維持することができる。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサール等によって達成され得る。多くの場合、等張剤、例えば、砂糖、ポリアルコール（マンニトールまたはソルビトールなど）、及び無機塩類（塩化ナトリウムなど）を組成物中に含むことが好ましいであろう。注射用組成物の持続的吸収は、組成物中に、吸収を遅延させる薬剤、例えば、アステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを含むことによって、もたらすことができる。
滅菌注射液は、適切な量の活性試薬（例えば、アプタマー）を、希望に応じて、上に列挙された成分のうちの１つまたはその組み合わせを有する適切な溶媒中に組み込み、続いて濾過滅菌することによって、調製することができる。一般に、分散液は、少なくとも１つのアプタマーを、基本的な分散媒及びその他の所望の成分を含有する滅菌ビヒクル中に組み込むことによって、調製される。滅菌注射液の調製のための滅菌粉末の場合、例示的な調製方法は、アプタマーに、その事前に滅菌濾過された溶液からの任意の追加的な所望の成分を添加した粉末をもたらす、真空乾燥及びフリーズドライを含む。
いくつかの実施形態では、アプタマーは硝子体内注射用に製剤化される。硝子体内投与に好適な製剤は、例えば、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ発行の「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｒｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ」に記載されている。眼への薬物送達は、例えば、Ｒａｗａｓ－Ｑａｌａｊｉ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃｕｒｒ．ＥｙｅＲｅｓ．３７：３４５；Ｂｏｃｈｏｔ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ１６１：６２８；Ｙａｓｕｋａｗａ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｒｅｃｅｎｔ Ｐａｔ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｆｏｒｍｕｌ．５：１、及びＤｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｓｅｍｉｎ．Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．２６：１０４に詳述されている。いくつかの実施形態では、アプタマーを含む医薬組成物は、硝子体内注射により１週間に１回、２週間に１回、３週間に１回、４週間に１回、５週間に１回、６週間に１回、７週間に１回、８週間に１回、９週間に１回、１０週間に１回、１１週間に１回、１２週間に１回、または１２週間に１回未満の頻度で投与される。
経口組成物は一般に、不活性希釈剤または食用担体を含む。それらは、例えば、ゼラチンカプセルに封入されるか、または錠剤に圧縮され得る。経口治療投与の目的では、アプタマーを賦形剤と組み込んで、錠剤、トローチ、またはカプセルの形態で使用することができる。経口組成物は、うがい薬として使用するための流体担体を使用して調製することもでき、流体担体中の化合物を経口適用し、すすぎ、吐き出し、または飲み込む。薬学的に適合性のある結合剤及び／またはアジュバント材料を組成物の一部として含めることができる。
吸入による投与の場合、化合物は、好適な噴射剤、例えば、二酸化炭素などのガス、噴霧液体、または好適な装置からの乾燥粉末を含む加圧容器またはディスペンサーからエアロゾルスプレーの形態で送達される。経粘膜投与または経皮投与のために、浸透すべき障壁に適切な浸透剤が製剤に使用される。このような浸透剤は当技術分野で一般に知られており、例えば、経粘膜投与の場合、界面活性剤、胆汁酸塩、及びフシジン酸誘導体を含む。経粘膜投与は、点鼻スプレーまたは座薬の使用によって達成することができる。経皮投与の場合、当該技術分野で一般に知られているように、活性試薬は軟膏、軟膏、ゲル、またはクリームに製剤化される。試薬はまた、直腸送達用の坐剤（例えば、ココアバター及び他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を含む）または停留浣腸の形態で調製することもできる。
いくつかの実施形態では、アプタマーは、身体からの急速な排出を防ぐ担体とともに調製される。例えば、インプラント及びマイクロカプセル化送達システムを含む放出制御製剤を使用することができる。エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、及びポリ乳酸などの生分解性、生体適合性ポリマーを使用することができる。このような製剤の調製方法は、当業者には明らかであろう。材料は、Ａｌｚａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ及びＮｏｖａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手することもできる。
リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を用いて感染細胞を標的としたリポソームを含む）も、薬学的に許容される担体として使用することができる。これらは、例えば米国特許第４，５２２，８１１号に記載されているような、当業者に知られている方法に従って調製することができる。
さらに、アプタマーの懸濁液は、適切な油性注射懸濁液として調製され得る。好適な親油性溶媒またはビヒクルには、ゴマ油などの脂肪油、またはオレイン酸エチル、トリグリセリド、またはリポソームなどの合成脂肪酸エステルが含まれる。非脂質ポリカチオン性アミノポリマーも、送達に使用することができる。任意に、懸濁液は、好適な安定剤または高度に濃縮された溶液の調製を可能にする化合物の溶解度を増加させるための薬剤も含み得る。
いくつかの場合において、投与の容易性及び投薬量の均一性のために、経口または非経口組成物を単位剤形で処方することがとりわけ有利である。本明細書で使用される単位剤形は、対象を治療するための単位の投薬（ｕｎｉｔａｒｙ ｄｏｓａｇｅｓ）として適した、物理的に別々の単位を指し、各単位は、必要とされる医薬担体に関連して所望の治療効果をもたらすように算出された、既定量のアプタマーを含有する。本明細書に記載のアプタマー単位剤形の仕様は、特定のアプタマーの特徴及び達成されるべき特定の治療効果、ならびに個体の治療のためにかかる薬剤を調合する技術分野の本質的な制限によって決定付けられ、またそれに直接依存する。
少なくとも１つのアプタマーを含む医薬組成物は、１つまたは複数の医薬賦形剤を含むことができる。このような賦形剤の例には、結合剤、充填剤、潤滑剤、懸濁化剤、甘味料、香味料、保存剤、緩衝液、湿潤剤、崩壊剤、発泡剤、及び他の賦形剤が挙げられるが、これらに限定されない。このような賦形剤は当技術分野で知られている。例示的な賦形剤には、（１）様々なセルロース及び架橋ポリビニルピロリドン、アビセルＰＨ１０１及びアビセルＰＨＩ０２などの微結晶セルロース、ケイ化微結晶セルロース（ＰｒｏＳｏｌｖＳＭＣＣ（商標））、トラガカントゴム及びゼラチンを含む結合剤、（２）充填剤としては、各種デンプン、乳糖、乳糖一水和物、乳糖無水物、（３）アルギン酸、プリモゲル、コーンスターチ、軽度に架橋したポリビニルピロリドン、ジャガイモデンプン、トウモロコシデンプン、及び変性デンプン、クロスカルメロースナトリウム、クロスポビドン、デンプングリコール酸ナトリウム、及びそれらの混合物などの崩壊剤、（４）圧縮される粉末の流動性に作用する薬剤を含み、ステアリン酸マグネシウム、コロイド状二酸化ケイ素、例えばアエロジル２００、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸カルシウム、及びシリカゲルを含む潤滑剤、（５）コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤、（６）ソルビン酸カリウム、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸及びその塩などの防腐剤、ブチルパラベンなどのパラヒドロキシ安息香酸の他のエステル、エチルまたはベンジルアルコールなどのアルコール、フェノールなどのフェノール化合物、または塩化ベンザルコニウムなどの第四級化合物、（７）微結晶セルロース、乳糖、二塩基性リン酸カルシウム、糖類、及び／又はこれらのいずれかの混合物などの薬学的に許容される不活性充填剤などの希釈剤；希釈剤の例には、アビセルＰＨ１０１及びアビセルＰＨＩ０２などの微結晶セルロース、乳糖一水和物、無水乳糖、及びファーマトースＤＣＬ２１などの乳糖；Ｅｍｃｏｍｐｒｅｓｓなどの第二リン酸カルシウム；マンニトール；スターチ；ソルビトール；スクロース；そしてブドウ糖、が含まれ、（８）スクロース、サッカリンスクロース、キシリトール、サッカリンナトリウム、シクラメート、アスパルテーム、及びアセスルファムなどの任意の天然または人工甘味料を含む甘味料、（９）ペパーミント、サリチル酸メチル、オレンジ香料、マグナスイート（ＭＡＦＣＯ社の商標）、風船ガム香料、フルーツ香料等などの香料、（１０）有機酸と炭酸塩または重炭酸塩などの発泡性対を含む発泡剤が挙げられる。適切な有機酸としては、例えば、クエン酸、酒石酸、リンゴ酸、フマル酸、アジピン酸、コハク酸、及びアルギン酸、ならびに無水物及び酸塩が挙げられる。適切な炭酸塩及び重炭酸塩としては、例えば、炭酸ナトリウム、重炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、重炭酸カリウム、炭酸マグネシウム、炭酸ナトリウムグリシン、炭酸Ｌ－リジン、及び炭酸アルギニンが挙げられる。あるいは、発泡性カップルの重炭酸ナトリウム成分のみが存在してもよい。
様々な実施形態において、本明細書に記載の製剤は実質的に純粋である。本明細書で使用する場合、「実質的に純粋」とは、活性成分（例えば、アプタマー）が存在する主要な種である（すなわち、モルベースで組成物中の他の個々の種よりも豊富である）ことを意味する。いくつかの実施形態では、実質的に精製された画分は、活性成分が存在する全高分子種の少なくとも約５０パーセント（モル基準で）を含む組成物である。一般に、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在するすべての高分子種の約８０％超を含む。様々な実施形態において、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在する全高分子種の少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、または少なくとも約９９％を含むであろう。様々な実施形態において、活性成分は、均一になるまで精製され（従来の検出方法によって、組成物中に汚染種を検出することができない）、組成物は、単一の巨大分子種から本質的になる。
アプタマーを含むキット
本開示は、本明細書に記載のアプタマーのいずれかを含むキットを提供する。このようなキットは、例えば、（１）少なくとも１つのアプタマー、及び（２）溶媒または溶液などの少なくとも１つの薬学的に許容される担体を含み得る。追加のキット構成要素には、任意に、例えば：（１）安定剤、緩衝液などの、本明細書で特定される薬学的に許容される賦形剤のいずれか、（２）キット構成要素を保持及び／または混合するための少なくとも１つの容器、バイアルまたは同様の装置、及び（３）送達装置を含み得る。
以下の実施例は、ある特定の特徴及び／または実施形態を示すために示されるものである。これらの実施例が、記載された特定の特徴または実施形態に本開示を限定するように解釈されるべきではない。
以下の実施例は、本発明のいくつかの実施形態をより十分に例証するために提示される。しかし、それらは、決して本発明の広範な範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。当業者は、本発明の趣旨から逸脱することなく、本発見の基礎となる原理を容易に採用し、様々な混合物を設計することができる。
図及び実施例を通して、アプタマーは、以下の表１に示す「アプタマーＩＤ」または対応する「ＳＬ」番号によって識別され得る。
Figure 2024515575000004
実施例１：コロナウイルスタンパク質に対する結合特異性を有するアプタマーの選択と同定
この実施例では、コロナウイルススパイクタンパク質に対するＤＮＡアプタマーの選択と生成の代表的な方法を提供する。
候補混合物の調製
部分的にランダム化されたｓｓＤＮＡオリゴヌクレオチドの候補混合物を、ビオチン化ｓｓＤＮＡテンプレートにアニールしたＤＮＡプライマーのポリメラーゼ伸長によって調製した（以下の表２に示す）。候補混合物には、ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、Ｎａｐ－ｄＣＴＰ、及び５－（ｐ－ヒドロキシフェネチル）－１－アミノカルボニルデオキシウリジン三リン酸（Ｔｙｒ－ｄＵＴＰ）を含む３０ヌクレオチドのランダム化カセットが含まれていた。
Figure 2024515575000005
Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ Ｐｌｕｓ ＵｌｔｒａＬｉｎｋ樹脂（ＰＩＥＲＣＥ）の５０％スラリー１，０７５マイクロリットルを、１０ｍＬの２０ｍＭ水酸化ナトリウム（ＮａＯＨ）で１回、１０ｍＬのＳＢ１８Ｔ０．０１（４０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）ピペラジン－１－エタンスルホン酸）ＮａＯＨ、１０２ｍＭ ＮａＣｌ、５ｍＭ ＫＣｌ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２及び０．０１％ＴＷＥＥＮ２０でｐＨ７．５に調整した緩衝液）で２回、１０ｍＬの１６ｍＭ ＮａＣｌで２回洗浄した。樹脂を、最終体積１．０７５ｍＬ １６ｍＭのＮａＣｌに再懸濁させた。２つのビオチン残基（配列中ではＢ’として示される）及び３０のランダム化された位置（配列中ではＮ３０として示される）を有する４３ナノモルのテンプレート１（配列番号１）を、洗浄したＵｌｔｒａＬｉｎｋ ＳＡビーズに添加し、室温で９０分間回転させた。次いで、ビーズをＳＢ１８Ｔ０．０１で３回、１６ｍＭ ＮａＣｌで２回洗浄した。各洗浄の間に、ビーズを遠心分離によって回収した。捕捉されたテンプレートを含むビーズを、２．１５ｍＬの伸長反応緩衝液［６４．５ｎｍｏｌのプライマー１（配列番号２）、１×ＳＱ２０緩衝液（１２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．８、１０ｍＭ ＫＣｌ、７ｍＭ ＭｇＳＯ４、６ｍＭ（ＮＨ４）２ＳＯ４、０．００１％ＢＳＡ及び０．１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００）、２６９単位のＫＯＤ ＸＬ ＤＮＡポリメラーゼ（ＥＭＤ ＭＩＬＬＩＰＯＲＥ）、及びそれぞれ１ｍＭのｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、Ｎａｐ－ｄＣＴＰ及びＴｙｒ－ｄＵＴＰに懸濁した。ビーズを６８℃で２時間インキュベートした。次いで、ビーズをＳＢ１８Ｔ０．０１で１回、１６ｍＭ ＮａＣｌで３回洗浄した。アプタマーライブラリを、２１ｍＬの２０ｍＭ ＮａＯＨを用いてビーズから溶出させた。溶出したライブラリを、３２０μＬの１Ｎ ＨＣｌ、１００μＬ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．５、及び２μＬ １０％ＴＷＥＥＮ－２０で直ちに中和した。ライブラリをＡＭＩＣＯＮ Ｕｌｔｒａｃｅｌ ＹＭ－１０フィルターで約０．６２ｍＬまで濃縮し、ライブラリの濃度を紫外吸光度分光法で測定した。
標的タンパク質の固定化
Ｈｉｓタグ付き生成標的タンパク質をＨｉｓ－ｔａｇ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）常磁性ビーズ（ＭｙＯｎｅ ＳＡ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、以下Ｈｉｓビーズ）上に固定化してＳＥＬＥＸ（ラウンド１～１０）に用いた。２０ｍＬのＳＢ１８Ｔ０．０１で３回洗浄することによりビーズ（４０ｍｇ）を調製した。最後に、ビーズをＳＢ１８Ｔ０．０１に２．５ｍｇ／ｍＬで懸濁し、使用するまで４℃で保存した。
遅い解離速度の濃縮プロセスによるアプタマーの選択
親和性と遅い解離速度を選択して、合計１０ラウンドのＳＥＬＥＸプロセスを完了させた。各ラウンドの前に、バックグラウンドを低減し、タンパク質への非特異的結合を有するアプタマーを得る可能性を低減するために、カウンター選択を実施した。カウンター選択は次のように行った。
ラウンド１では、ＳＢ１８Ｔ０．０１に約１ｎｍｏｌｅのＤＮＡを含むＤＮＡ候補混合物１００μＬを９５℃で５分間加熱し、次に７０℃に５分間冷却し、次に４８℃に５分間冷却し、次に、３７℃のブロックに５分間移した。次に、サンプルを１０μＬのタンパク質競合混合物（ＳＢ１８Ｔ０．０１中の０．１％ＨＳＡ、１０μＭカゼイン、及び１０μＭプロトロンビン）、及びＨＥＸＡ－Ｈｉｓ（Ａｎａｓｐｅｃ、カタログ＃２４４２０）でコーティングされた０．０２５ｍｇ（１０μＬ）のＨｉｓビーズを合わせ、３７℃で１０分間混合しながらインキュベートした。ビーズを磁気分離により除去した。
ラウンド２～１０では、前のラウンドで得たＤＮＡ候補混合物の６５μＬアリコート（前のラウンドで得たｅＤＮＡの６５％）を１６μＬの５ｘＳＢ１８Ｔ０．０１と混合した。サンプルを３分間９５℃に加熱し、０．１℃／秒の速度で３７℃に冷却した。次に、サンプルを９μＬのタンパク質競合混合物（ＳＢ１８Ｔ０．０１中の０．１％ＨＳＡ、１０μＭカゼイン、及び１０μＭプロトロンビン）、及び０．０２５ｍｇ（１０ｕＬ）のＨｉｓビーズを合わせ、３７℃で１０分間混合しながらインキュベートした。ビーズを磁気分離により除去した。
第１のカウンター選択に続いて、ラウンド１選択プロセスのために標的タンパク質をＨｉｓビーズ上に事前に固定化した。これを達成するために、０．１２５ｍｇのプロテインＨｉｓビーズを５０ピコモルの標的タンパク質と混合し、３７℃で３０分間インキュベートした。結合していない標的は、ビーズをＳＢ１８Ｔ０．０１で洗浄することによって除去した。カウンター選択されたＤＮＡ候補混合物（１００μＬ）をビーズに添加し、混合しながら３７℃で６０分間インキュベートした。第１のラウンドでは遅い解離速度の濃縮プロセスは使用せず、ビーズを１００μＬ ＳＢ１８Ｔ０．０１で５回単純に洗浄した。洗浄後、１７０μＬの２ｍＭ ＮａＯＨを添加し、混合しながら３７℃で５分間インキュベートすることにより、結合したアプタマーをビーズから溶出した。ビーズを磁気分離した後、アプタマーを含む溶出液（１７０μＬ）を新しいチューブに移し、４０μＬの中和緩衝液（５００ｍＭＴｒｉｓ－ＨＣｌｐＨ７．５、８ｍＭＨＣｌ）を加えて溶液を中和した。
ラウンド２～１０では、下記のようにＤＮＡ候補混合物及び標的タンパク質を用いて選択を実行し、並行して、標的タンパク質は含まない、ＤＮＡ候補混合物を用いて同一の選択を実行した。標的タンパク質を含むサンプル（シグナルＳ）と標的タンパク質を含まないサンプル（バックグラウンドＢ）のＰＣＲから得られたＣｔ値の比較を、次のラウンドで標的濃度を下げるためのガイドとして使用した。デルタＣｔ値が４より大きく８未満の場合、標的タンパク質は次のラウンドで３分の１に減少させた。デルタＣｔ値が８より大きい場合、次のラウンドでは標的を１０分の１に減少させた。
ラウンド２では、標識された標的タンパク質（１０μＬ中５ピコモル）を４０μＬのカウンター選択されたＤＮＡ候補混合物と混合し、３７℃で１５分間インキュベートした。遅い解離速度の濃縮プロセスを、５０μＬの１０ｍＭのデキストラン硫酸を添加し、続いて０．０１２５ｍｇのＨｉｓビーズを即座に添加することにより開始した。これを混合しながら３７℃で１５分間インキュベートした。次いで、ビーズを１００μＬのＳＢ１８Ｔ０．０１で５回洗浄した。１００μＬの過塩素酸ナトリウムを添加し、混合しながら３７℃で１０分間インキュベートすることにより、アプタマー鎖をビーズから溶出した。磁気分離によってビーズを除去し、１００μＬのアプタマー溶出液を新しいチューブに移した。
ラウンド３～１０は、ラウンド２で説明したとおりに実行したが、ただし、標的タンパク質の量がラウンド３及び４では５ピコモル、ラウンド５では１．６ピコモル、ラウンド６では０．５ピコモル、ラウンド７及び８では０．１６ピコモル、ラウンド９及び１０ラウンドでは０．０５ピコモルであった。デキストラン硫酸は、Ｈｉｓビーズを添加する１５分（ラウンド３及び４）、３０分（ラウンド５及び６）、４５分（ラウンド８～１０）前に添加した。
ラウンド９～１０では、遅いオフレート濃縮プロセスの前に、タンパク質とカウンターセレクトされたＤＮＡ候補混合物を３７℃で１０秒間インキュベートした。
ラウンド２～１０では、過塩素酸塩溶出に続いて、アプタマー溶出液１００μＬを、プライマー２（配列番号３）とあらかじめ結合したＳＡビーズ０．０６２５ｍｇ（２５μＬ）で捕捉した（以下、プライマービーズと称する）、振盪させながら５０℃で１０分間インキュベートし、続いて振盪させながら２５℃で１０分間インキュベートした。ビーズを１００μＬ ＳＢ１８Ｔ０．０１で２回、１６ｍＭ ＮａＣｌで１回洗浄した。結合したアプタマーを１２０μＬの水で溶出し、７５℃で２分間インキュベートした。磁気分離によってビーズを除去し、１２０μＬのアプタマー溶出液を新しいチューブに移した。プライマービーズは、１５ｍｇ ＳＡビーズ（１．５ｍＬの１０ｍｇ／ｍＬ ＳＡビーズを２ｍＬ ２０ｍＭ ＮａＯＨで１回、２ｍＬ ＳＢ１８Ｔ０．０１で２回洗浄）を０．５ｍＬ １ＭＮａＣｌ、０．０１％ｔｗｅｅｎ－２０に再懸濁し、７ナノモルのプライマー２（配列番号３）を添加することによって調製した。混合物を３７℃で１時間インキュベートした。インキュベーション後、ビーズを１ｍＬのＳＢ１８Ｔ０．０１で２回、１ｍＬの１６ｍＭＮａＣｌで２回洗浄した。ビーズを５Ｍ ＮａＣｌ、０．０１％ｔｗｅｅｎ－２０中に２．５ｍｇ／ｍｌまで再懸濁した。
アプタマーの増幅と精製
各ラウンドから選択されたアプタマーＤＮＡをＱＰＣＲによって増幅し、定量した。４８μＬのＤＮＡを１２μＬのＱＰＣＲミックス（１０Ｘ ＫＯＤ ＤＮＡポリメラーゼ緩衝液；Ｎｏｖａｇｅｎ＃７１１５７、５Ｘに希釈、２５ｍＭ ＭｇＣｌ２、５μＭフォワードＰＣＲプライマー（プライマー１、配列番号２）、５μＭビオチン化リバースＰＣＲプライマー（プライマー２、配列番号３）、５Ｘ ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ Ｉ、０．０７５Ｕ／μＬ ＫＯＤ ＸＬ ＤＮＡポリメラーゼ、及びｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、及びｄＴＴＰ各１ｍＭ）に添加し、以下のプロトコールでＢｉｏ－Ｒａｄ ＭｙＩＱ ＱＰＣＲ機器で熱サイクルした：９６℃で１５秒間及び６８℃で３０分間を１サイクル；続いて、９６℃で１５秒間、６８℃で１分間を２５サイクル。定量化は機器ソフトウェアを使用して行い、標的タンパク質の有無で選択されたＤＮＡのコピー数を比較して、シグナル／バックグラウンド比を決定した。
増幅後、ＰＣＲ産物はビオチン化アンチセンス鎖を介してＳＡビーズ上に捕捉した。２５ｍＬのＳＡビーズ（１０ｍｇ／ｍＬ）を２５ｍＬの２０ｍＭ ＮａＯＨで１回、２５ｍＬのＳＢ１８Ｔ０．０１で２回洗浄し、２５ｍＬのＳＢ１８Ｔ０．０１に再懸濁し、４℃で保存した。２５μＬのＳＡビーズ（ＳＢ１８Ｔ０．０１中１０ｍｇ／ｍＬ）を５０μＬの二本鎖ＱＰＣＲ産物に添加し、混合しながら２５℃で５分間インキュベートした。１００μＬの２０ｍＭ ＮａＯＨを添加し、混合しながら２５℃で１分間インキュベートすることにより、「センス」鎖をビーズから溶出した。溶出した鎖を廃棄し、ビーズをＳＢ１８Ｔ０．０１で２回、１６ｍＭ ＮａＣｌで１回洗浄した。
Ｔｙｒ－ｄＵＴＰ及びＮａｐ－ｄＣＴＰを含むアプタマーセンス鎖を、固定化されたアンチセンス鎖からのプライマー伸長によって調製した。ビーズを４０μＬのプライマー伸長反応混合物（１Ｘプライマー伸長緩衝液（１２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ７．８、１０ｍＭ ＫＣｌ、７ｍＭ ＭｇＳＯ４、６ｍＭ （ＮＨ４）２ＳＯ４、０．１％ＴＲＩＴＯＮＸ－１００及び０．００１％ウシ血清アルブミン）、４μＭフォワードプライマー（プライマー１、配列番号２）、０．５ｍＭの各ｄＡＴＰ、Ｎａｐ－ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、及びＴｙｒ－ｄＵＴＰ、及び０．０７５Ｕ／μＬ ＫＯＤ ＸＬ ＤＮＡポリメラーゼ）中に懸濁し、混合しながら６８℃で４５分間インキュベートした。ビーズをＳＢ１８Ｔ０．０１で２回、１６ｍＭ ＮａＣｌで１回洗浄し、８５μＬの２０ｍＭ ＮａＯＨを添加し、混合しながら３７℃で２分間インキュベートすることによってアプタマー鎖をビーズから溶出した。磁気分離後、８３μＬのアプタマー溶出液を新しいチューブに移し、２０μＬの８０ｍＭ ＨＣｌで中和し、５μＬの０．１Ｍ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．５）で緩衝した。
選択の厳密性とフィードバック
選択ステップの相対標的タンパク質濃度は、以下の規則に従ってＱＰＣＲシグナル（ΔＣｔ）に応答してラウンドごとに低下した。
ΔＣｔ＜４の場合、［Ｐ］（ｉ＋１）＝［Ｐ］（ｉ）
４≦ΔＣｔ＜８の場合、［Ｐ］（ｉ＋１）＝［Ｐ］（ｉ）／３．２
ΔＣｔ≧８の場合、［Ｐ］（ｉ＋１）＝［Ｐ］（ｉ）／１０
式中、［Ｐ］＝タンパク質濃度、ｉ＝現在のラウンド数。
各選択ラウンドの後、濃縮されたＤＮＡ混合物の収束状態を決定した。１０μＬの二本鎖ＱＰＣＲ産物を、１Ｘ ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ Ｉを含む４ｍＭ ＭｇＣｌ２で２００μＬに希釈した。二本鎖オリゴヌクレオチドの複雑な混合物のハイブリダイゼーション時間を測定するＣ０ｔ分析を使用して、サンプルの収束を分析した。サンプルは次のプロトコールで熱サイクル処理した：９８℃で１分間、８５℃で１分間を３サイクル。９８℃で１分間、その後８５℃で３０分間を２サイクル。８５℃で３０分間、５秒間隔で蛍光画像を測定した。蛍光強度を時間の対数の関数としてプロットしたところ、各ＳＥＬＥＸラウンドでのハイブリダイゼーション速度の増加が観察され、配列の収束が示された。
濃縮プール配列決定及びアプタマー同定
ＳＥＬＥＸの１０ラウンド後、ラウンド８及びラウンド１０からの収束プールをシーケンスした。配列の調製は以下のように行った。ＳＥＬＥＸプールをＰＣＲによってＡＧＣＴに変換した。プールされた配列決定テンプレートを作成するために、ＡＧＣＴサンプルを、デュアルユニークバーコード及び部分的なＩｌｌｕｍｉｎａアダプター配列を含むＳＥＬＥＸライブラリ特異的プライマーを使用したリアルタイムｑＰＣＲによるＰＣＲ１で再度増幅した。ＰＣＲ１サイクルはリアルタイムで観察され、すべてのサンプルが１，０００ＲＦＵを超えて指数関数的に増幅したとき（プラトーの前）に手動で停止した。次に、個々のＰＣＲ１産物を１０％ＴＢＥ尿素ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で可視化し、産物のサイズと純度を確認した。次に、Ａｍｐｕｒｅビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用してＰＣＲ１産物を２回精製し、各サンプルのｑＰＣＲ１エンドポイントＲＦＵによる定量に基づいて等モル混合物を得るためにプールした。プールしたＰＣＲ１混合物を単一のユニバーサルプライマー対を使用してＰＣＲ２で増幅してＩｌｌｕｍｉｎａアダプターの追加を完了し、ＰＣＲ２プール産物をＡｍｐｕｒｅビーズで精製し、純度を確認するために１０％ＴＢＥ尿素ゲルで可視化した。最終サンプル（配列決定テンプレート）を、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ（商標）ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ（登録商標）ｄｓＤＮＡ試薬（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）及びＱｕｂｉｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）アッセイ、及びＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）の純度分析を使用して定量した。サンプルをｉＳｅｑ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）で配列決定した。生配列データを、有効なデュアルバーコードの組み合わせに関して計算によりフィルタリングすると、１プールにつき４２，０６０～１２６，１４０個の有効なシーケンスが得られ、そのうち１０００個をランダムに選択し、シーケンスカウント／コピー数を決定し、ローカルアライメントアルゴリズムを使用して共通の収束パターンを識別するカスタムソフトウェアを使用して収束のために分析した。プール内で最大の表現数／コピー数を持つ配列、及び、すべての収束パターンから少なくとも１つの配列を、さらなる特性評価のために選択した。
アプタマーの合成
結合能を決定するために、固相合成によって個々のアプタマーを調製した。固相合成に使用される修飾デオキシウリジン－５－カルボキサミドアミダイト試薬を、適切な［１－ナフチルメチルアミン］第一級アミン（ＲＮＨ２、１．２当量；Ｅｔ３Ｎ、３当量；アセトニトリル；６０℃；４時間）；２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホロアミダイトによる３’－Ｏ－ホスホルアミダイト（１．２当量；ｉＰｒ２ＥｔＮ、３当量；ＣＨ２Ｃｌ２；－１０～０℃；４時間）を用いた、５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－５－トリフルオロエトキシカルボニル－２’－デオキシウリジンの縮合（Ｎｏｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２７８４）、及び、中性シリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィーによる精製（Ｓｔｉｌｌ，ｅｔ ａｌ．（１９７８）Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．４３：２９２３）を調製した。アプタマーは、本明細書に記載される独特の塩基修飾を説明するためにプロトコールに若干の調整を加えて、ホスホルアミダイト法（Ｂｅａｕｃａｇｅ ａｎｄ Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ（１９８１）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．２２：１８５９）を用いた固相合成によって調製した。脱トリチル化は、トルエン中の１０％ジクロロ酢酸を用いて４５秒間行い、カップリングは、５－ベンジルメルカプトテトラゾールによって活性化された１：１アセトニトリル：ジクロロメタン中の０．１Ｍホスホルアミダイトを、５分間で３回反応させることことで達成し、キャッピング及び酸化は、機器ベンダーの推奨に従って実行した。脱保護は、Ｐａｒｒステンレス鋼反応器内で最適化された圧力、時間、温度下で気体アンモニアまたはメチルアミンを用いて作用させた。生成物を蒸留水で適切な９６ウェルプレートに溶出し、ＬＣＭＳ特性評価のために統計的にサンプリング（√Ｎ＋１）し、ＵＶ分光測光法で定量し、緩衝水溶液中でのタンパク質結合親和性を試験した。
実施例２：コロナウイルスタンパク質に対する結合特異性を有するアプタマーの選択と同定
この実施例は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の複数のエピトープに結合するための、多様な組成を持つＤＮＡアプタマーの選択と生成のための代表的な方法を提供する。
広範囲のエピトープのカバレッジを得るために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓ１ドメイン、Ｓ２ドメイン、Ｓ１及びＳ２ドメインの両方（全体エクトドメイン）、ならびに受容体結合ドメイン（ＲＢＤ））からの４つ、及び元のＳＡＲＳコロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）からの１つ（Ｓ１ドメイン）の５つの異なるスパイクタンパク質の単量体構造を標的とし、保存されたエピトープを認識するリガンドを取得するためのトグル戦略を使用した、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２からのＳ１ドメインとの交互の選択ラウンドで使用した。これら５つのタンパク質のそれぞれについて、ピリミジン塩基上の異なる５位修飾を含む５つの化学的に多様なランダムＤＮＡライブラリを使用して個別のＳＥＬＥＸ実験を実行した：４０Ｎランダム領域内のすべてのｄＵ残基上の単一修飾として、１－ナフチルメチル（Ｎａｐ）、３－インドール－２－エチル（Ｔｒｐ）、フェニルベンジル（ＰＢｎ）、またはジフェニルプロピル（ＤＰＰ）側鎖、または３０Ｎランダム領域内のすべてのｄＵ残基上の、ヒドロキシフェニル－２－エチル（Ｔｙｒ）側鎖及びすべてのｄＣ残基上のＮａｐ側鎖を含む二重修飾。
ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の選択
組換えスパイクタンパク質。スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ（ＳｉｎｏＢｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０５８９－Ｖ０８Ｂ１）、スパイクＳ１サブユニットＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１（ＳｉｎｏＢｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１５０－Ｖ０８Ｂ１）、スパイクＳ２ＥＣＤ（ＳｉｎｏＢｉｏｌｏｇｉｃａｌカタログ番号４０５９０－Ｖ０８Ｂ）、スパイクＳ１受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏｍａｒｔ、カタログ番号Ｓｐｉｋｅ－１９０Ｖ）、及びスパイクＳ１サブユニットＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏｍａｒｔ、カタログ番号Ｓｐｉｋｅ－１９１Ｖ）を標的とするＳＯＭＡｍｅｒ試薬は、ＳＥＬＥＸプロセス１７，２７を介して、ｄＴをＴｒｐｄＵ、ＮａｐｄＵ、ＰＢｎｄＵ、またはＤＰＰｄＵで置換した４０ヌクレオチドのランダム領域、またはｄＴをＴｙｒｄＵで置換し、ｄＣをＮａｐｄＣで置換した３０ヌクレオチドのランダム領域のいずれかを含むライブラリから発見された。４０ヌクレオチドのランダム領域には、２０ヌクレオチドのフォワードプライマー（５’ＧＧＴＣＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＣＧＣＡＴＣ）（配列番号２６０）及び２１ヌクレオチドのリバースプライマー（５’ＧＧＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＡＡＧ）（配列番号２６１）が隣接しており、一方、３０ヌクレオチドのライブラリのランダム領域には、２０ヌクレオチドのフォワードプライマー（５’ＧＧＴＣＧＧＧＣＡＣＡＣＴＡＣＧＣＡＴＣ）（配列番号２６２）及び２１ヌクレオチドのリバースプライマー（５’ＧＧＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＡＡＧ）（配列番号２６３）が隣接していた。各ＳＥＬＥＸライブラリの全長は、３’末端に８ヌクレオチドのポリｄＡ領域を含む８９ヌクレオチド（４０Ｎライブラリ）または７９ヌクレオチド（３０Ｎライブラリ）のいずれかであった。ＳＥＬＥＸは、１ＸＳＢ１８Ｔ緩衝液（４０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、１０２ｍＭ ＮａＣｌ、５ｍ ＭＫＣｌ、５ｍＭ ＭｇＣｌ２、０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０）中で実施した。遅い解離速度の修飾アプタマーを優先的に選択するために、タンパク質／ＤＮＡ複合体をポリアニオン性競合物質である硫酸デキストランの存在下で、３７℃でインキュベートする速度論的チャレンジを含めた。速度論的チャレンジの継続時間は、ラウンド２の３０秒から、ラウンド３～４では１５分、ラウンド５～６では３０分、ラウンド７～８では４５分に増加させた。ポリアニオン性競合物質のチャレンジと同時に、タンパク質濃度が低下した。
ＳＥＬＥＸを以下のように実行した。ＳＥＬＥＸライブラリを９５℃で５分間加熱／冷却し、その後０．１℃／秒で３７℃まで冷却した。加熱／冷却後、ライブラリをタンパク質競合緩衝液（１０ｕＭプロトロンビン、１０ｕＭカゼイン、０．０１％ヒト血清アルブミン）及び２５ｕｇ Ｈｅｘａ－Ｈｉｓ結合Ｈｉｓ－ｔａｇ Ｄｙｎａビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号１０１－０４Ｄ）を用いてライブラリを３７℃で１０分間インキュベートし、カウンター選択した。１０分後、上清を除去し、清潔なプレートに移した。ＳＥＬＥＸのみのラウンド１については、５０ピコモルのタンパク質を１２５μＧのＨｉｓタグＤｙｎａビーズに固定化し、カウンター選択ライブラリに移し、振盪しながら３７℃で１時間インキュベートした。ラウンド２～８では、ライブラリを振盪せずに３７℃で１０分間インキュベートする間、タンパク質は溶液中にあった。ラウンド２～８でＨｉｓ－ｔａｇ Ｄｙｎａビーズを使用してタンパク質－ＤＮＡ複合体を捕捉する前に、５ｍＭ デキストラン硫酸（最終濃度）を使用して速度論的チャレンジを開始した。次いで、ビーズを１ＸＳＢ１８Ｔ緩衝液で５回洗浄した。２ｍＭ ＮａＯＨで溶出を達成し、ＨＣｌで中和し、Ｔｒｉｓ（ラウンド１）または過塩素酸塩溶出緩衝液（４０ｍＭ ＰＩＰＥＳｐＨ６．８、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％Ｔｒｉｔｏｎ）でｐＨ７．５に緩衝化し、その後２５サイクル、またはサンプルがプラトーになるまでＱＰＣＲが行われた。ＱＰＣＲ後、ＤＮＡをＤｙｎａｌＭｙＯｎｅストレプトアビジンビーズ上に捕捉し、センス鎖を２０ｍＭＮａＯＨで溶出して廃棄した。修飾されたヌクレオチドセンス鎖を、固定化されたアンチセンス鎖からのプライマー伸長によって適切なヌクレオチド組成で調製した。８ラウンドのＳＥＬＥＸの後、収束したプールをシーケンスした。
スパイクタンパク質ＳＯＭＡｍｅｒ試薬の用途によっては高速オンレートが必要な場合があるため、以下の例外を除いて上記のとおり、ラウンド８に続いてさらに２ラウンドのＳＥＬＥＸを実行した。標的タンパク質をＳＥＬＥＸライブラリと１０秒間インキュベートした後、ポリアニオン性競合デキストラン硫酸を添加した。さらに、すべてのタンパク質濃度はラウンド８の濃度から０．５ｌｏｇ減少した。ラウンド１０のプールがシーケンスされ、ラウンド８配列決定結果と比較した。
修飾アプタマーの合成
固相合成に使用される修飾デオキシウリジン－５－カルボキサミドホスホロアミダイト試薬を、以下の方法で調製した：５’－Ｏ－（４，４’－ジメトキシトリチル）－５－トリフルオロエトキシカルボニル－２’－デオキシウリジンと適切な第一級アミンとの縮合；２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトライソプロピルホスフィンによる３’－Ｏ－ホスフィチル化；及び実施例１に記載された中性シリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィーによる精製。
固相合成に使用される修飾デオキシシチジン－５－カルボキサミドホスホルアミダイト試薬を、適切な第一級アミンと縮合した５’－ＯＨ－５－ヨード－２’－デオキシシチジンから４段階の合成戦略を使用して調製した：シチジンの３アミノ位のＮ－保護；５，５’－ジメトキシトリチルによる５’アルコールのＯ－保護；２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトライソプロピルホスフェンによる３’－Ｏ－ホスフィチル化；実施例１に記載のとおり、中性シリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィーによる精製。
修飾されたアプタマーを、ホスホルアミダイト法を使用した従来の固相オリゴヌクレオチド合成によって生成した。（Ｂｅａｕｃａｇｅ，Ｓ．Ｌ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ ２２，１８５９－１８６２（１９８１）。アプタマーを、それに含まれる独特の塩基修飾を考慮してプロトコールを若干調整して、Ｍｅｒｍａｄｅ １９２Ｘ ＤＮＡ合成機のプレートベースのシステムで、５０ｎｍｏｌｅスケールで合成した。脱トリチル化は、トルエン中の１０％ジクロロ酢酸を用い、カップリングは、５－ベンジルメルカプトテトラゾールによって活性化されたストレートアセトニトリルまたはアセトニトリルの混合物：ジクロロメタン中の０．１Ｍホスホルアミダイトを、３回反応させることことで達成し、キャッピング及び酸化は、機器ベンダーの推奨に従って実行した。得られたオリゴヌクレオチドを脱保護し、合成塔を含むプレートを反応器に入れ、最適化された時間、圧力、及び温度を用いてガス状メチルアミンとそれらをインキュベートすることにより、制御細孔ガラス（ＣＰＧ）から切断した。脱保護副生成物は、切断されたアプタマーを含むカラムと使用済みのＣＰＧを、真空マニホールドを介してベッドを通して引き出される高有機洗浄液で洗浄することによって除去し、その後完全に乾燥させた。次に、真空マニホールドを介して高純度水を使用して所望の生成物をＣＰＧから溶出し、マトリックスチューブに回収した。得られた生成物は追加の精製は行わず、単一四重極質量分析計（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ６１３０）を備えたＡｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓウルトラパフォーマンス液体クロマトグラフ（１２９０Ｉｎｆｉｎｉｔｙ ＩＩ）を使用したＬＣＭＳと緩衝水溶液中でのタンパク質結合親和性によって特性評価を行った。
さらなる特徴付けのために選択された配列の１つは２６８７４－２９であり、この配列が選択された配列プールに対して追加の配列決定研究を行った。この配列の４３６コピー、または密接に関連した配列が配列プールから同定され、スパイクアプタマーの優先配列及びコンセンサス配列を定義するために使用した。図１に示されるように、好ましい配列は：
ＧＧＧＡＴＡＣＴＡＴＧＣＧＴＣＣＧＡＣＣＧＣＴＣＧＧＡＣＧＧＡ（配列番号４）
コンセンサス配列は：
ＧＤＲＡＴＲＸＴＡＨＲＸＲＴＸＨＲＡＸＨＲＸＴＸＲＲＡＸＤＤＤ（配列番号５）であり、
式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表し、
Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
Ｘは、独立して、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｈは、独立して、ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣ、またはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｄは、独立して、ｄＡ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵから選択される。
さらなる特徴付けのために選択され別の配列は２６８７６－３であり、この配列が選択された配列プールに対して追加の配列決定研究を行った。この配列の１９１コピー、または密接に関連した配列が配列プールから同定され、スパイクアプタマーの優先配列及びコンセンサス配列を定義するために使用した。コンセンサス配列を定義するには、各位置で２．５％超のヌクレオチド頻度を必要とした。図９に示されるように、好ましい配列は：
ＧＧＣＧＧＣＡＣＡＴＧＧＣＡＣＴＴＣＡＴＡＴＣＧＡＧＣＧ（配列番号２５２）
コンセンサス配列は：
ＤＲＨＲＲＸＷＸＷＴＧＲＸＷＸＸＴＸＤＷＤＴＸＲＡＲＨＲ（配列番号２５３）であり、
式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表し、
Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
Ｗは、独立して、ｄＡまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｘは、独立して、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｈは、独立して、ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣ、またはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｄは、独立して、ｄＡ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵから選択される。
さらなる特徴付けのために選択された別の配列は２６８７６－１３であり、この配列が選択された配列プールに対して追加の配列決定研究を行った。この配列の５８５コピー、または密接に関連した配列が配列プールから同定され、スパイクアプタマーの優先配列及びコンセンサス配列を定義するために使用した。コンセンサス配列を定義するには、各位置で２．５％超のヌクレオチド頻度を必要とした。図１０に示されるように、好ましい配列は：
ＴＧＣＡＡＣＧＣＡＣＣＴＴＡＴＴＣＧＧＣＴＴＧＡＡＴＧＴ（配列番号２５４）
コンセンサス配列は：
ＴＲＸＤＲＸＲＸＷＸＸＷＴＷＴＴＨＲＲＸＨＴＲＲＲＮＤＢ（配列番号２５５）であり、
式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表し、
Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
Ｗは、独立して、ｄＡまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｘは、独立して、Ｎａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｈは、独立して、ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣ、またはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｄは、独立して、ｄＡ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｂは、独立して、Ｎａｐ－ｄＣ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵから選択され、
Ｎは、独立して、ｄＡ、Ｎａｐ－ｄＣ、ｄＧまたはＴｙｒ－ｄＵから選択される。
さらなる特徴付けのために選択された別の配列は２６８６０－７５であり、この配列が選択された配列プールに対して追加の配列決定研究を行った。この配列の９２０コピー、または密接に関連した配列が配列プールから同定され、スパイクアプタマーの優先配列及びコンセンサス配列を定義するために使用した。コンセンサス配列を定義するには、各位置で２．５％超のヌクレオチド頻度を必要とした。図１１に示されるように、好ましい配列は：
ＴＣＡＴＣＴＣＣＣＡＧＣＴＡＡＴＧＡＧＴＧＴＣＴＧＡＡＴＴＧＧＡＣＴＧＧＴＣＣＴＣＴＧＧ（配列番号：２５６）
コンセンサス配列は：
ＴＣＤＨＣＨＸＣＸＷＲＸＴＡＲＸＲＡＲＴＲＴＣＴＲＡＤＴＴＧＧＡＸＸＲＲＴＣＸＴＭＸＧＧ（配列番号：２５７）であり、
式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、ｄＣを表し、
Ｔは、Ｎａｐ－ｄＵを表し、
Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
Ｍは、独立して、ｄＡまたはｄＣから選択され、
Ｗは、独立して、ｄＡまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｘは、独立して、ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｈは、独立して、ｄＡ、ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｄは、独立して、ｄＡ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵから選択される。
さらなる特徴付けのために選択された別の配列は２６８６０－１６であり、この配列が選択された配列プールに対して追加の配列決定研究を行った。この配列２５５コピー、または密接に関連した配列が配列プールから同定され、スパイクアプタマーの優先配列及びコンセンサス配列を定義するために使用した。コンセンサス配列を定義するには、各位置で２．５％超のヌクレオチド頻度を必要とした。図１２に示されるように、好ましい配列は：
ＡＴＣＴＡＡＴＧＡＡＴＧＴＣＴＧＣＣＴＴＧＣＡＣＴＧＧＴＧＣＧＴＴＣＣ（配列番号２５８）
コンセンサス配列は：
ＨＸＢＷＤＷＷＲＡＲＴＧＴＣＴＶＮＸＴＴＧＣＡＸＴＶＧＴＧＸＢＤＸＮＮ（配列番号：２５９）であり、
式中、
Ａは、ｄＡを表し、
Ｇは、ｄＧを表し、
Ｃは、ｄＣを表し、
Ｔは、Ｎａｐ－ｄＵを表し、
Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
Ｍは、独立して、ｄＡまたはｄＣから選択され、
Ｗは、独立して、ｄＡまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｘは、独立して、ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｈは、独立して、ｄＡ、ｄＣまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｄは、独立して、ｄＡ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｖは、独立して、ｄＡ、ｄＣまたはｄＧから選択され、
Ｂは、独立して、ｄＣ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵから選択され、
Ｎは、独立して、ｄＡ、ｄＣ、ｄＧまたはＮａｐ－ｄＵから選択される。
実施例３：コロナウイルスタンパク質に対するアプタマーの平衡結合定数（Ｋｄ）
この実施例は、アプタマー－コロナウイルスタンパク質結合親和性を測定し、Ｋｄを決定するために本明細書で使用される方法を提供する。修飾アプタマーの結合定数（Ｋｄ値）を、スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１ドメイン、スパイク活性三量体及び特定のアミノ酸残基に点突然変異を含むスパイクタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質への結合についてのフィルター結合アッセイによって決定した。結合アッセイに使用したスパイクタンパク質は業者から購入した：スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０５８９－Ｖ０８Ｂ１）、スパイクＳ１受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏｍａｒｔ、カタログ番号Ｓｐｉｋｅ－１９０Ｖ）、スパイクＳ１サブユニットＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏｍａｒｔ、カタログ番号Ｓｐｉｋｅ－１９１Ｖ）、スパイクＳ１及びＳ２安定三量体（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＳＰＮ－Ｃ５２Ｈ９－５０ｕｇ）、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４からグリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ＃Ｓ１Ｎ－Ｃ５２５６－１００ｕｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１からチロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０５９２－Ｖ０８Ｈ８２）、スパイクＲＢＤグルタミン酸４８４からリジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＳＲＤ－Ｃ５２Ｈ３－１００μｇ）。
修飾されたアプタマーのＫｄ値は、１Ｘ ＳＢ１８Ｔ０．０１で測定した。修飾されたアプタマーを、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）及びγ－［３２Ｐ］ＡＴＰ（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を使用して５’末端標識した。放射性標識アプタマー（２０，０００ＣＰＭ、約０．０３ｎＭ）を、１０－７または１０－８～１０－１２Ｍの範囲の濃度でスパイクタンパク質と混合し、３７℃で４５分～２４時間インキュベートした。インキュベーション後、反応液を等量の１０ｍＭデキストラン硫酸及び０．０１４ｍｇのＨｉｓ－ｔａｇ Ｄｙｎａビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）と混合し、混合しながら３７℃で５分間インキュベートした。結合した複合体をＤｕｒａｐｏｒｅフィルタープレート（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）上で捕捉し、結合したアプタマーの画分をホスホイメージャー（ＴｙｐｈｏｏｎＦＬＡ９５００、ＧＥ）で定量し、データをＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（ＧＥ）で分析した。
結合親和性を決定するために、次の方程式を使用してデータを当てはめた。
ｙ＝（最大値－最小値）（タンパク質）／（Ｋｄ＋タンパク質）＋最小値。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍバージョン７．００を使用してプロットした。
濃縮プールで同定された２６８７４－２９配列は、３０Ｎ修飾ヌクレオチド含有領域、プライマー１の最後の５ヌクレオチド、及びプライマー２配列の最初の５ヌクレオチドを含む４０ヌクレオチド配列として合成した（アプタマーＩＤ２６８７４－２９＿４）。フィルター結合アッセイを使用して、スパイクＲＢＤ、スパイクＳ１、及びスパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤに対する配列２６８７４－２９＿４の親和性は、それぞれ３．０×１０－１０Ｍ、３．１×１０－１０Ｍ及び７．３×１０－１０Ｍであると決定された。次いで、スパイクタンパク質に対する高い親和性の結合を維持するのに必要な最小配列長を同定するために、５’及び３’末端からヌクレオチドを体系的に除去することにより、２６８７４－２９＿４のより短い配列を合成した（アプタマーＩＤ２６８７４－２９＿６～アプタマーＩＤ２６８７４－２９＿２５）。これらの配列をフィルター結合アッセイでも評価し、２９ヌクレオチド配列であるアプタマーＩＤ２６８７４－２９＿２０が、スパイクタンパク質への高親和性結合を維持するために必要な最小限の配列であることが判明した。結合について試験した配列を以下の表３に示し、アプタマーの結合親和性を以下の表４に示す。
過去１年間にわたり、スパイクタンパク質に対するいくつかの重大な変異が一般集団に蔓延していることが発見された。スパイクタンパク質の変異はＡＣＥ２受容体との相互作用に影響を与える可能性があり、場合によってはより強力な変異や伝染性の高い変異が生じることがある。これらの変異したスパイクバリアントの多くは、より生理学的に関連性の高いスパイク三量体タンパク質と同様に市販されている。したがって、２６８７４－２９＿２０配列をいくつかの変異スパイクタンパク質及びスパイク三量体への結合の維持について試験したところ、高い親和性結合が維持されることが判明した。結合について試験した配列を表３に示し、アプタマーの結合親和性を以下の表４に示す。結合アッセイで使用したスパイクタンパク質のアミノ酸配列を表５に示す。
アプタマーＩＤ２６８７４－２９＿４と同じスパイクタンパク質への結合親和性を維持する最も短い配列をアプタマーＩＤ２６８７４－２９＿２０として同定した後、、上記のフィルター結合アッセイを用いて、より親和性の高い試薬を同定するために、２９ｍｅｒ配列のすべてのｄＵ位置で追加の修飾置換を連続して実行した。２６８７４－２９＿２０の５つのｄＵ位置で２２の異なる修飾を置換した。いくつかの配列は、アプタマーＩＤ２６８７４－２９＿２０と比較して、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ（２６８７４－２９＿６０、２６８７４－２９＿５２、２６８７４－２９＿１５３、２６８７４－２９＿６２、２６８７４－２９＿７７、２６８７４－２９＿７２、及び２６８７４－２９＿９０）に対する結合親和性の約３倍の向上を示した。残りの配列は、親２６８７４－２９＿２０とほぼ等しい結合親和性を有していた。この最適化スクリーニングで試験した配列及びスパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤタンパク質への結合親和性を表６Ａ及び６Ｂに示す。
Figure 2024515575000006
表３には、以下のＣ－５修飾ピリミジンが示されている：Ｙ：５－（ｐ－ヒドロキシフェニルエチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（Ｔｙｒ－ｄＵ）；ｐ：５－（１－ナフチルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシシチジン（Ｎａｐ－ｄＣ）
Figure 2024515575000007
Figure 2024515575000008
Figure 2024515575000009
Figure 2024515575000010
Figure 2024515575000011
Figure 2024515575000012
表６Ａ及び６Ｂは、ｄＵ位置でスパイク糖タンパク質（ＲＢＤ）に結合することが確認されたアプタマーのＳＥＬＥＸ後の最適化を示している。
Figure 2024515575000013
Figure 2024515575000014
Figure 2024515575000015
表６Ａには、以下のＣ－５修飾ピリミジンが示されている：Ｙ：５－（ｐ－ヒドロキシフェニルエチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）；ｐ：５－（１－ナフチルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；ｈ：５－（２－チオフェニルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）；Ｏ：Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；ｎ：５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；ｉ：５－（Ｎ－２－ナフチルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）；ｓ：５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）；Ｂａ：５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）；ｔ：５－（Ｎ－２－ナフチルエチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）；Ｉ：５－（Ｎ－イソブチルアミノカルボニル）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）；Ｍ：５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルアミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ）；Ｐ３：５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）；Ｆ：５－ｐ－フルオロベンジルアミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）；Ｐ：５－ナフチルメチルアミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）；Ｗ：５－トリプタアミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）；Ｚ：５－ベンジルアミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）；Ｆ＾：５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）；ｅ：５－（１－ナフチルエチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）；Ｅ：５－フェニルエチル－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）；ｆ：５－（３－ベンゾフリルエチル）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）；Ｊ：５－フェンプロピル－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）。
Figure 2024515575000016
Figure 2024515575000017
Figure 2024515575000018
Figure 2024515575000019
Figure 2024515575000020
Figure 2024515575000021
表７は、ｄＣ位置でスパイク糖タンパク質（ＲＢＤ）に結合することが確認されたアプタマーのＳＥＬＥＸ後の最適化を示している。
Figure 2024515575000022
Figure 2024515575000023
Figure 2024515575000024
表８には、以下のＣ－５修飾ピリミジンが示されている：Ｙ＝Ｔｙｒ－ｄＵ；ｒ＝ＰＰ－ｄＣ；ｚ＝Ｂｎ－ｄＣ；ｐ＝Ｎａｐ－ｄＣ；ｉａ＝２Ｎａｐ－ｄＣ；Ｙａ＝Ｔｙｒ－ｄＣ；ｆ＾＝ＰＢｎ－ｄＣ；ｐ＾＝ＤＰＰ－ｄＣ；ｃ＾＝ＤＣＰＥ－ｄＣ。
多くの高親和性結合剤（Ｋｄ＜１０ｎＭ）が、フィルター結合アッセイ評価を通じて、実施例２に記載の２５のＳＥＬＥＸ実験のそれぞれから同定された（図１３Ａ～１３Ｅ）。結合についてスクリーニングされた合計２８７個のＳＯＭＡｍｅｒ試薬のうち、試薬の３分の１以上が、それらの標的タンパク質に対してＫｄ＜１ｎＭを有した（スパイクＳ１／Ｓ２外部ドメインに対して３９個、スパイクＳ１に対して４８個、及びスパイクＳ２に対して１７個）。さらに、結合試薬をスパイクＳ１ドメイン上の保存されたエピトープに誘導するために採用されたＳＥＬＥＸトグル戦略により、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１の両方に対して１０ｎＭ未満の親和性を持つ３１種類のＳＯＭＡｍｅｒ試薬を同定することに成功した（図１３）。
第８表は、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤに結合すると同定されたアプタマーのＳＥＬＥＸ後の最適化を示す
Figure 2024515575000025
Figure 2024515575000026
Figure 2024515575000027
Figure 2024515575000028
Figure 2024515575000029
表８には、以下のＣ－５修飾ピリミジンが示されている：Ｙ：５－（ｐ－ヒドロキシフェネチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン；ｐ：５－（１－ナフチルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシシチジン
表９は、変異スパイクタンパク質と懸念されるバリアントに結合するアプタマーを示している。
Figure 2024515575000030
Figure 2024515575000031
実施例４：ＡＣＥ２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク抑制アッセイ
この実施例は、アプタマー－コロナウイルスタンパク質の半分最大阻害濃度を測定し、プレートベースの阻害アッセイにおいてＩＣ５０を決定するために本明細書で使用される方法を提供する。スパイクＲＢＤ修飾アプタマー２６８７４－２９＿４を、ＡＣＥ２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク阻害アッセイ（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、カタログ番号７９９３６）で試験し、アプタマーがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質とその受容体であるＡＣＥ２との結合を阻害できるかを判定した。このような能力により、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスがヒト細胞に侵入することを防止することができる。阻害アッセイを、いくつかの例外を除いて製造業者のプロトコールに従って実施した。ＡＣＥ２－Ｈｉｓタンパク質を１ｕｇ／ｍｌに希釈し、５０ｕＬを付属のＮｉコート９６ウェルマイクロプレートの１２ウェルに添加した。修飾アプタマーを、１０－７～１０－１２Ｍの範囲のタンパク質濃度で試験し、０．２５ｎＭスパイクＲＢＤｍＦＣタグタンパク質を添加する前に、ＡＣＥ２を含むウェルに添加した。ＨＲＰ標識二次抗体を付属のブロッキング緩衝液で１：１０００に希釈し、すべてのウェルに添加した。提供されたＥＬＩＳＡＥＣＬ基質を１：１で混合し、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）の化学発光モードでプレートを読み取る直前に各ウェルに添加した。アッセイで使用した緩衝液は、２．５ｍＭ ＭｇＣｌ２を添加した１ＸＳＢ１８Ｔであった。すべてのインキュベーションは室温で１時間、ゆっくりと振盪しながら行った。各インキュベーション後、プレートを付属の１Ｘ免疫緩衝液で３回洗浄し、付属のブロッキング緩衝液で１０分間ブロックし、その後再度３回洗浄した。すべての試薬の体積は、製造業者によって推奨された試薬に対応していた。データは次のように分析した：ブランクウェル（ＡＣＥ２のみのウェル）からの読み取り値をすべてのデータポイントから差し引いた。修飾アプタマーについての活性パーセントは、陽性対照シグナル（ＡＣＥ２プラススパイクＲＢＤ）の割合を計算することによって決定した。データはＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍにプロットされ、４パラメーター用量反応曲線に当てはめた。
上記の阻害アッセイを使用して、アプタマーＩＤ２６８７４－２９＿４は、４．２ｘ１０－９ＭのＥＣ５０で、スパイクＲＢＤタンパク質がＡＣＥ２受容体に結合するのを用量依存的に阻害できることが判明した。阻害アッセイの結果を表１０に示す。
Figure 2024515575000032
ＲＢＤに対する親和性が１０ｎＭ未満である８７種類の追加ＳＯＭＡｍｅｒ試薬をＡＣＥ２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク阻害アッセイ（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、カタログ番号７９９３６）で試験し、アプタマーがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質とその受容体であるＡＣＥ２との結合を阻害できるかを判定した。スパイクＲＢＤタンパク質に対するＳＯＭＡｍｅｒ試薬の高い親和性を考慮して、低濃度のＲＢＤ－Ｆｃ融合タンパク質（２５０ｐＭ）を使用し、１２５ｐＭと低いＩＣ５０値の理論的な測定を可能にした。阻害アッセイを、スパイクＲＢＤ修飾アプタマー２６８７４－２９＿４について上記したいくつかの例外を除き、製造業者のプロトコールに従って実施した。
試験した８７種類のＳＯＭＡｍｅｒ試薬のうち、３６種類の試薬がＩＣ５０＝０．０９～２０ｎＭで濃度依存的に受容体結合を阻害することを示した。比較のため、４つの市販の抗スパイクＳ１モノクローナル抗体を含まれており、多くのＳＯＭＡｍｅｒ試薬は抗体と同等以上の効力でスパイク／ＡＣＥ２相互作用を阻害した。代表的な阻害曲線を図１３Ａ～１３Ｅに示す。
実施例５：焦点還元中和アッセイ
この実施例は、アプタマー－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの半分最大阻害濃度を測定し、焦点還元中和アッセイにおいてＩＣ５０を決定するための本明細書で使用される方法を提供する。１日目：既知のウイルス濃度（１００焦点形成単位に相当）をＳＯＭＡｍｅｒ試験試薬とともに室温で３０分間インキュベート（１：１体積）。既知の濃度のベロ細胞を各ウェルに播種し、３７℃で２時間インキュベートした（各化合物を３連で試験した）。オーバーレイ（１．５％カルボキシメチルセルロース）を添加し、プレートをさらに３７℃で１８時間インキュベートした。２日目：培地を慎重に取り出し、ウイルスをＰＢＳで１回洗浄した。細胞を４％のパラホルムアルデヒドで固定し、プラーク形成単位を数え、対照と比較する。
焦点還元中和アッセイで真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスがヒト細胞に感染するのを阻害するアプタマー２６８７４－２９＿４及び２６８７４－２９＿２０の有効性を評価する。１０－６～１０－１０Ｍの濃度範囲にわたるアプタマー試薬２６８７４－２９＿４及び２６８７４－２９＿２０の１２点滴定を評価した。
Figure 2024515575000033
追加のＳＯＭＡｍｅｒ試薬はインビトロで真正ウイルスに対して強い阻害活性を示す。
真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスがＡＣＥ２受容体（ベロ細胞）を発現する上皮細胞に感染することを阻害するためのＳＯＭＡｍｅｒ試薬の代表的なセットの能力を評価するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＶＩＣ０１、Ｐａｎｇｏ Ｃｌａｄｅ Ｂ）の最初のパンデミックウェーブを表す分離株に対する焦点還元中和アッセイで９２個のＳＯＭＡｍｅｒを評価した。このスクリーニングでは、サンドイッチアッセイでスパイク／ＡＣＥ２相互作用を効果的に遮断する３６種類の試薬、ならびにＲＢＤ外またはＲＢＤ内でスパイクＳ２及びスパイクＳ１に対して高い親和性結合を示したが、直接的なＡＣＥ２阻害を示さない５６種類の追加の試薬が含まれていた。これらの試薬を選択して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質における広範囲のエピトープを網羅し、受容体結合の間接的な閉塞または感染に必要なスパイクタンパク質の構造変化との干渉を含む、ウイルス侵入の潜在的な阻害のすべてのメカニズムを調査した。さらに、ＳＯＭＡｍｅｒ試薬を各種類の化学修飾に含めて、スパイクタンパク質に広い範囲のエピトープを占有する可能性を高めた。初期スクリーニングを、各ＳＯＭＡｍｅｒ試薬について１０ｎＭの単一濃度で行い、固定濃度のウイルス（１００フォーカス）を用いて３連で実施した。試験ウェル中のプラーク形成ユニットの数をカウントし、有効な中和閾値を、対照と比較してプラークカウントの２０％の減少に設定した（図１５Ａ）。１点試験により、１３種のＳＯＭＡｍｅｒ試薬が、明らかに１種の試薬ＳＬ１１１１を用いて効果的な中和範囲にあり、明確に最も説得力のある阻害活性（感染性の７０％低下）を示した。シングルポイントアッセイの後に、１３種類のＳＯＭＡｍｅｒ試薬を１０－６～１０－１０Ｍ（ＳＬ１１１１）の濃度範囲で、残りの１２試薬については１０－５～１０－１１Ｍの濃度範囲で１２点滴定を行った。スパイクＲＢＤに結合するＳＯＭＡｍｅｒ試薬のほとんどは、滴定範囲にわたって感染力を低下させるのに効果的であり、ヒルスロープが－１の阻害曲線を生成した（図１５Ｂ及び図１６Ａ～１６Ｊ）。ＳＯＭＡｍｅｒ試薬のサブセットは、明らかに二相性阻害曲線を有しており、これは、おそらく表面上の受容体立体配座の多様性のために、ＳＯＭＡｍｅｒ試薬が中和のためにアクセスすることができる順応性のスパイクエピトープを有するウイルスの集団と、アクセスしにくいエピトープのサブセットとが存在することを示している。スパイクＳ２を標的とした試薬は、感染力の中和をほとんど示さなかった。スパイクＲＢＤに結合するように選択されたＳＬ１１１１は、このアッセイにおいて、ＩＣ５０＝１．２ｎＭで、ウイルス感染の最も強力な阻害剤として確認された（図１５Ｂ）。図１７Ａ～１７Ｄは、２６８６０－７５＿３（１７Ａ）、２６８６０－１６＿３（１７Ｂ）、２６８７６－１３＿４（１７Ｃ）、２６８７６－３＿４（１７Ｄ）の焦点還元中和アッセイの結果を示す。
実施例６：ヘテロダイマー構築物
２６８７４－２９＿２０アプタマーは、焦点中和アッセイで実証されているように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの強力な阻害剤である。このアプタマーは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン、現在流行しているウイルスのより毒性が高く感染性の高い株、例えばＢ．１．１．７ＵＫ変異株で変異したタンパク質の領域に結合する。ウイルスのランダムな変異は、治療耐性のメカニズムを提供するなど、ウイルスにとって他の有利な結果をもたらす可能性がある。薬剤耐性につながる突然変異の可能性を減らす１つの方法は、スパイクタンパク質の固有の結合部位を同時に占める２つの別個のアプタマーを有することである。このような薬剤耐性は、両方の部位でタンパク質の同時突然変異を必要とし、この事象の確率は、個々の確率の積である。この目的のために、本発明者らは、連続ヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ）などの柔軟なリンカーを介して、スパイク上の非重複部位に結合する第２のアプタマーに共有結合したアプタマー２６８７４－２９＿２０からなる試薬を開示する。リンカーに必要なＨＥＧの数は、結合アッセイを通じて経験的に決定され、この結合アッセイでは、２つの結合部位が同時に占有される場合、効力が劇的に増加することが観察される。この結合活性効果は、最適なリンカー長さを決定した場合に得られる。ヘテロ二量体アプタマーの親和性は、個々の親和性の積に等しい。特定の態様では、２６８７４－２９＿２０アプタマーはヘテロ二量体の５’末端にあるであろう（図８Ａ）。特定の態様では、２６８７４－２９＿２０アプタマーはヘテロ二量体の３’末端にあるであろう（図８Ｂ）。焦点中和アッセイにおけるヘテロダイマーの中和活性を評価して、最適な候補を決定する。
実施例７：競合結合
修飾されたアプタマーＳＬ１１１を、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）及びγ－［３２Ｐ］ＡＴＰ（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を使用して５’末端標識した。競合アッセイは、１０－５～１０－１０Ｍの範囲の濃度で放射性標識ＳＬ１１１１（２０ｎＭ）及びコールド競合ＳＯＭＡｍｅｒ試薬を、組換え単量体スパイクＳ１／Ｓ２タンパク質（ＳｉｎｏＢｉｏｌｏｇｉｃａｌ）（１０ｎＭ）と３７℃で、６０分間ＳＢ１８Ｔ緩衝液中でインキュベートすることによって実行した。インキュベーション後、等量の１０ｍＭデキストラン硫酸を添加し、結合複合体を３７℃、１８５０ＲＰＭで５分間振盪しながらＨｉｓ－ｔａｇ Ｄｙｎａビーズ上に分配し、Ｄｕｒａｐｏｒｅ ィルタープレート（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）上で捕捉した。結合したＳＬ１１１１の画分をＰｈｏｓｐｈｏｒ Ｉｍａｇｅｒ（Ｔｙｐｈｏｏｎ、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で定量化し、データをＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で分析した。競合の平衡解離定数（Ｋｉ）は、次の方程式を使用した非線形回帰分析によって決定した：
Figure 2024515575000034
ＳＬ１１１１及び他の１２種類の試薬を使用して競合アッセイを実行し、スパイクタンパク質上の異なるエピトープに結合し、結合スパイクに関してＳＬ１１１１と競合しないＳＯＭＡｍｅｒを同定した。本発明者らは、１２種類の試薬のうちの６種類が、スパイクＳ１／Ｓ２の結合についてＳＬ１１１１と直接競合していることを見出した（図１８Ａ）。これら６種類のＳＯＭＡｍｅｒはすべて、スパイクＲＢＤにも結合する。残りの６種類のＳＯＭＡｍｅｒは、結合スパイクＳ１／Ｓ２タンパク質に関してＳＬ１１１１と競合せず（図１８Ｂ）、これらのうちＳＬ１１０７、ＳＬ１１０８、ＳＬ１１１４、及びＳＬ１１１５を選択してさらなる最適化を追求した。これら４つの試薬は、標的とするスパイクタンパク質上の親和性、修飾、エピトープに基づいて選択され、ＳＬ１１０７及びＳＬ１１０８は、ＳＬ１１１１結合エピトープの外側のスパイクＲＢＤを標的とし、ＳＬ１１１４及びＳＬ１１１５はスパイクＳ２を標的とする。
最適化の第１の手段として、スパイクＳ１／Ｓ２への高親和性結合に必要な最短配列を同定するために、５つのリード試薬を使用してトランケーション研究を実施した。各試薬について、５’末端と３’末端からヌクレオチドを順次除去して一連の配列を合成し、それぞれの結合親和性をフィルター結合アッセイで測定した。３つの二重修飾含有配列は、トランケーションを非常に受けやすく、最終的な高親和性結合試薬は２８ヌクレオチド長（ＳＬ１１１４＿１８及びＳＬ１１１５＿１８）及び２９ヌクレオチド長（ＳＬ１１１１＿２０）であった。単一修飾配列は、トランケーションに対してより耐性を有するが、３５－ｍｅｒ（ＳＬ１１０８＿１８）及び４４－ｍｅｒ（ＳＬ１１０７＿１８）へと減少可能である。結合親和性については表８を参照されたい。
トランケートされたＳＯＭＡｍｅｒ試薬は変異スパイクタンパク質に結合し、インビトロで懸念されるバリアントを阻害する
デルタバリアントとその起源及び新たに出現したオミクロンバリアントの蔓延性と高い伝播性を考慮して、５つのトランケートされたリード試薬を調査し、これらの試薬が、５つのＶＯＣに見られる変異を含む組換えスパイクタンパク質単量体及び安定化三量体に対する高い親和性結合を維持するかどうかを調査した。注目すべきことに、発明者らの５つのＳＯＭＡｍｅｒ試薬のうち４つでは、対象となる５つのスパイク三量体バリアントすべてに結合するため、非変異スパイク単量体及び三量体タンパク質と比較して、結合親和性の有意な損失は観察されなかった。これらの試薬には、ＳＬ１１１１＿２０、他の２つのＲＢＤ結合試薬、ＳＬ１１０７＿１８及びＳＬ１１０８＿１８、及びＳ２ターゲティング試薬ＳＬ１１１４＿１８が含まれる。逆に、ＳＬ１１１５＿１８試薬は、タンパク質濃度５０ｎＭまでは組換えスパイク三量体に対して測定可能な結合親和性を持たず、したがってどの組換えスパイク三量体バリアントにも結合しない。観察された結合親和性の欠如は、スパイク三量体化時の結合エピトープの閉塞、または組換え三量体タンパク質に挿入された多くの安定化変異の存在に起因し得る。これには、Ｔ４フィブリチン三量体化モチーフ、ならびにＳ２ドメインにおけるいくつかの突然変異（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ、Ｒ６８３Ａ及びＲ６８５Ａ）及びＳ１／Ｓ２境界２１でのフューリン切断部位の欠失が含まれる。本発明者らの結合研究で使用される組換えスパイク三量体タンパク質はすべて、これらの安定化変異を含む。図２３を参照されたい。
実施例７：競合Ｅｌｉｓａ
アプタマーの結合エピトープを決定するために使用される競合ＥＬＩＳＡを、わずかな変更を加えて上に記載したように行った（Ｒｉｊａｌ ｅｔ ａｌ．，２０１９ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０２１ Ｐｌｏｓ Ｐａｔｈｏｇｅｎ）。手短に言えば、１×ＰＢＳに希釈した５０ｎｇの親和性で精製したＨｅｘａＰｒｏスパイク（Ｗｕｈａｎ）タンパク質を、９６ウェルのＴｈｅｒｍｏ ＭａｘｉＳｏｒｐプレート上に室温で２時間コーティングし、１×ＰＢＳで洗浄し、２ｘＰＢＳ中で３００μＬの５％（ｗ／ｖ）の乾燥スキムミルクで、４℃で一晩ブロックした。４連の競合するｍＡｂ（１×ＰＢＳ／０．１％ＢＳＡで５μｇ／ｍＬに希釈）を、丸底９６ウェルプレート内でＳＬ１１１１＿２０（１０倍モル過剰）と混合し、ＨｅｘａＰｒｏスパイクでコーティングされたブロックされた、及び洗浄されたプレートに移した。各モノクローナル抗体の最大結合を得るために、それぞれの抗体のみ（アプタマーなし）を含む３つのウェルを含めた。最小結合（アッセイバックグラウンド）を得るために、アプタマーを含むウェルを含めた。アッセイで使用されるｍＡｂのｗｗＰＢＤアクセッションコード：ＥＹ－６Ａ（６ＺＥＲ）、ＣＲ３０２２（６Ｗ４１）、ＶＨＨ７２（６ＷＡＱ）、ＲＥＧＮ１０９８７（６ＸＤＧ）、Ｓ３０９（６ＷＰＳ）、ＦＤ－１１Ａ（７ＰＺＱ）、ＦＤ－５Ｄ（７ＰＲ０）、Ｃ１２１（７Ｋ８Ｙ）、ＲＥＧＮ１０９３３（６ＸＤＧ）、Ｓ２Ｘ－２５９（７Ｍ７２）及びＦＩ－３Ａ（７Ｑ０Ｇ）。プレートを室温で１時間インキュベートした。次にプレートを洗浄し、１×ＰＢＳ／０．１％ＢＳＡで１：１，６００に希釈した５０μＬの二次抗体（ウサギ抗ヒト、ＨＲＰ結合、ＤａｋｏＰ０２１４０２－２）を添加し、プレートを室温でさらに１時間インキュベートした。次いで、プレートを１×ＰＢＳで洗浄し、ＰＯＤ基質（１１４８４２８１００１、Ｒｏｃｈｅ）を５分間添加することによって発色させた後、１ＭＨ２ＳＯ４で反応を停止した。吸光度ＯＤ４５０は、Ｃｌａｒｉｏｓｔａｒプレートリーダー（ＢＭＧＬａｂｔｅｃｈ）を使用して測定した。競合を、以下の式を用いて測定した。
Figure 2024515575000035
ＳＬ１１１１＿２０は、抗体エピトープとは異なるＲＢＤの保存部位に結合し、Ｏｍｉｃｒｏｎを強力に中和する
Ｏｍｉｃｒｏｎのスパイクタンパク質に見られる置換は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のより以前のバリアントに対する免疫応答によって生成された抗体による中和から実質的に逃げる結果となる（Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２１－０４３８５－３（２０２１））。リード中和アプタマーがＯｍｉｃｒｏｎのＲＢＤに結合する能力は、抗体と比較して非常に有望であった。この交差反応性の根拠を理解するために、競合ＥＬＩＳＡを使用してＳＬ１１１１＿２０を試験し、その結合部位が構造的によく特徴づけられた抗体のパネルの結合部位に対応するかどうかを判定した。結果は、ＳＬ１１１１＿２０が１つのクラス１抗体、ＦＩ－３ＡとＲＢＤ結合に関して適度に競合し、試験したクラス２抗体とは競合しないことが示された（図１９Ａ）。これらのクラスはどちらも、最も強力なＡＣＥ２競合性中和抗体を表す。ＳＬ１１１１＿２０の存在下でのスパイクＲＢＤへの結合の強力な阻害が、クラス３抗体、ＦＤ－１１Ａ及びクラス４抗体、ＣＲ３０２２について観察されたが、追加のクラス３及びクラス４抗体についてはそれほど顕著な効果は観察されなかった（図１９Ｂ～１９Ｄ）。また、ＳＬ１１１１＿２０によるスパイクＲＢＤ／ＡＣＥ２相互作用の阻害も確認した。スパイクＲＢＤ上のＳＬ１１１＿２０の結合エピトープがクラス３及び４エピトープと重なり、ＡＣＥ２結合領域と一部重なる可能性があることを示す証拠が得られた。
実施例８：水素／重水素交換質量分析（ＨＤＸ－ＭＳ）
配列決定（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）
スパイクＲＤＢタンパク質の消化性フラグメントを同定するために、１５４ピコモルのタンパク質（２μＬ）を４８μＬのリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、ｐＨ７．２）と混合し、次いで５０μＬの消光緩衝液（６．６７Ｍの尿素、０．２ＭのＴＣＥＰ、ｐＨ３．０）と混合した。混合物（合計１００μＬ）を６℃で３分間インキュベートし、Ｗａｔｅｒｓ ＨＤＸ－ＬＣｂｏｘ（Ｗａｔｅｒｓ）に注入し、その中でタンパク質をオンラインペプシンカラム（Ｗａｔｅｒｓ Ｅｎｚｙｍａｔｅ ＢＥＨ ｐｅｐｓｉｎ ｃｏｌｕｍｎ、５μｍ、２．１×３０ｍｍ）で消化し、得られたペプチドを捕捉し、Ｗａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣＢＥＨＣ４１．７μｍ ＶａｎＧｕａｒｄ Ｐｒｅ－ｃｏｌｕｍｎ（２．１×５ｍｍ）カラムで１００μｌ／分緩衝液Ａ（水中で０．１％のギ酸）で３分間脱塩した。消化チャンバを１５℃、トラップ及び分析カラムを０℃に保った。ペプチドは、３～３３％緩衝液Ｂ（アセトニトリル中０．１％ギ酸）で０～６分、３３～４０％Ｂで６～６．５分、及び４０～８５％Ｂで６．５～７分で溶出した。溶出したペプチドをＷａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＢＥＨ Ｃ４カラム（３００Å、１．７μｍ、１ｍｍ×５０ｍｍ）で分離した。ＭＳ／ＭＳスペクトルを、Ｔｈｅｒｍｏ ＬＴＱ ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｖｅｌｏｓ質量分析計で実行した。ペプチドを、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）を使用して、電源電圧＝４．５ｋＶ、Ｓ－レンズＲＦレベル＝６０％でイオン化した。キャピラリー温度は２７５℃、ソースヒーターは８０℃であった。シースガス流量は１０であった。前駆体イオンを、ＡＧＣ１×１０６（最大イオン充填時間＝５００ｍｓ）を使用して６０，０００の解像度で３５０～１，８００ｍ／ｚの間でスキャンした。前駆体スキャンから、動的除外（１０ｐｐｍの除外ウィンドウ、繰り返し回数＝１）が１８０秒であるＭＳ／ＭＳ及びＡＧＣ１×１０４（最大イオン充填時間＝１００ミリ秒）用に、上位１０個の最も強度の高いイオンを選択した。荷電状態が割り当てられていないイオンは、ＭＳ／ＭＳでは却下した。正規化された衝突エネルギーは３５％、活性化Ｑ＝０．２５（１０ミリ秒）であった。
ＭＳ／ＭＳスペクトルを、Ｍａｘ Ｐｌａｎｃｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ ＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙのＣｏｘ Ｌａｂにより開発されたＭａｘＱｕａｎｔ／Ａｎｄｒｏｍｅｄａプログラム（バージョン１．６．３．４）を使用して、ＦＡＳＴＡフォーマットでのスパイクＲＢＤタンパク質配列からなるデータベースに対して検索した。消化モードは「非特異的」であり、メチオニンの酸化を可変の変更として設定した。非特異的探索の最小ペプチド長は５であった。ＭａｘＱｕａｎｔ／Ａｎｄｒｏｍｅｄａは、主要探索ペプチド耐性に４．５ｐｐｍを使用し、ＭＳ／ＭＳ耐性に０．５Ｄａを使用した。誤発見率は０．０１であった。検索により同定されたペプチドのリストは、次のラウンドのＬＣ－ＭＳ／ＭＳの除外リストとして使用し、各タンパク質に対して合計３回のＬＣ－ＭＳ／ＭＳを実行した。
水素／重水素交換
５００μＬのＰＢＳを、真空遠心分離を使用して乾燥し、等量の重水素酸化物（「Ｄ２Ｏ緩衝液」）で再構成した。スパイクタンパク質（１５μＬ）を同量の化合物（水中５９μＭ）または水と混合し、複合体形成を確実にするために氷上で少なくとも１時間プレインキュベートした。ＨＤＸ反応開始の１０分前に、プレインキュベートしたサンプル５μＬを０．５ｍｌチューブに移し、室温でインキュベートした。ＨＤＸ反応は、Ｄ２Ｏ緩衝液（４５μＬ）を５μＬサンプル（最終Ｄ２Ｏ９０％）に添加することによって開始させた。反応を、開始後１分及び１０分でクエンチ緩衝液（５０μＬ）を添加することによってクエンチした。クエンチしたサンプルを６℃で３分間インキュベートし、サンプル全体（１００μＬ）をＷａｔｅｒｓ ＨＤＸ－ＬＣボックスに注入し、上のセクションで説明したようにＬＣ－ＭＳを実行した。ＨＤＸサンプルの場合、ＭＳ１スペクトルのみを記録した。
データ分析
ＨＤＸ－ＭＳデータを、カルガリー大学のＳｃｈｒｉｅｍｅｒ研究室によって開発されたＭａｓｓ Ｓｐｅｃ Ｓｔｕｄｉｏ（バージョン２．４．０．３４８４）を使用して分析した。ＭａｘＱｕａｎｔ／Ａｎｄｒｏｍｅｄａ検索結果の「Ｐｅｐｔｉｄｅ．ｔｘｔ」及び「ｅｖｉｄｅｎｃｅ．ｔｘｔ」を使用して、社内のＰｙｔｈｏｎスクリプトを使用してＭａｓｓ Ｓｐｅｃ Ｓｔｕｄｉｏの「識別」表を生成した。Ｔｈｅｒｍｏ ＬＴＱ ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｖｅｌｏｓの生ファイルを、Ｐｒｏｔｅｏ Ｗｉｚａｒｄ（バージョン３．０．２０２１６、６４ビット）を使用してｍｚＭＬファイルに変換した。質量許容値＝１５ｐｐｍ、総保持時間幅＝０．１５分、ＸＩＣスムージング＝Ｓａｖｉｔｚｋｙ Ｇｏｌａｙスムージング、及びデコンボリューション方法＝重心を除き、デフォルトの処理パラメーターを使用した。処理したデータはすべて手動で検証した。
実施例７の抗体競合実験を補足し、スパイクＲＢＤ上のＳＬ１１１１＿２０の潜在的結合エピトープに関するさらなる洞察を得るために、水素重水素交換質量分析法（ＨＤＸ－ＭＳ）を実施した。スパイクＲＢＤの一次配列の７７％を包含する含む合計５３個のペプチドが同定された。おそらくグリコシル化のため、アミノ酸３１９～３５１及び３６３～３７４の２つの領域を同定できなかった。スパイクＲＢＤ／ＳＬ１１１１＿２０複合体を分析したところ、５つのペプチドが遊離スパイクＲＢＤと比較して重水素化の有意な変化を示し、これらのペプチドがＳＬ１１１＿２０の結合によって直接保護されているか、結果的に影響を受けているかのいずれかを示している。これらの５つのペプチドを図２０Ａに示し、以下の表１１に列挙する。５つのペプチドのうちの３つは、アプタマーによってＲＢＤ結合が阻害される抗体の部位に対応する（影響を受けていない抗体と共有されない場合）（図２０Ｂ）。ＲＢＤとＳＬ１１１１＿２０の事前の平衡化によって結合が影響を受けないＲＢＤとすべての抗体の既知の接触部位、及びアプタマーによってＲＢＤ結合が阻害された抗体の接触部位（影響を受けていない抗体と共有されない場合）をマッピングすることにより、ＳＬ１１１１＿２０がほとんどのクラス３及び４抗体のフットプリントの間のＲＢＤの「後部」と、基部に向かうＲＢＤの前部の両方で結合を妨害すると思われる（図２０）。これらの部位はＶＯＣ内で比較的保存されているため、抗体による免疫選択を受けない可能性がある。
既知の抗体とは異なるものの、このＲＢＤバリアントへの結合の保存が抗ウイルス効果の保存に反映されているかどうかを試験するために、生きたＯｍｉｃｒｏｎＶＯＣを用いた中和アッセイを実施した。結果は、ＳＬ１１１１＿２０がプロトタイプ（クレードＢ、ＶＩＣ０１）及びデルタ分離株と少なくとも同等の効力でオミクロンを中和したことを示した（図２２）。
Figure 2024515575000036
実施例９：血清安定性アッセイ
血清安定性研究を、５００ｎＭアプタマーを使用して９０％プールされたヒト血清（１０％リン酸緩衝生理食塩水）で実施し、サンプルはＧｕｐｔａ ｅｔ ａｌ，（Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．２０１４ Ｍａｒ ２１；２８９（１２）：８７０６－８７１９）の記載に従って処理した。簡単に説明すると、アリコートをフェノール－クロロホルムで抽出し、ＹＭ－１０分子量カットオフフィルター（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用して濃縮した。すべての研究の消化産物は、８Ｍ尿素を含む１５％ポリアクリルアミドゲルを使用するＰＡＧＥによって全長アプタマーから分離した。トリスホウ酸緩衝液システムを使用した電気泳動を、２００ボルトで２０分間実施した。バンドを定量化するために、ゲルを２μＭＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｏｌｄ核酸染色剤（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）で１０分間染色した。染色されたアプタマーの画像は、Ｔｙｐｈｏｏｎ９５００（ＧＥＨｅａｌｔｈｃａｒｅ．Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用して取得し、ＩｍａｇｅＱｕａｎｔ ＴＬソフトウェア（バックグラウンド減算付き）で定量化した。無傷のアプタマーの割合を時間の関数としてプロットし、一相指数関数的減衰モデルに当てはめて半減期を決定した。これらの研究で使用されたすべてのアプタマーは、ＨＰＬＣまたはゲル精製によって精製され、３’－３’－結合ｄＴキャップ及び５’－ヒドロキシル基を有していた。
阻害性ＳＯＭＡｍｅｒ試薬は血清中でかなりの程度のヌクレアーゼ耐性を示す
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の野生型及び変異株に対するＳＬ１１１１＿２０の強力な中和能力により、ＳＬ１１１１＿２０はさらなる開発の非常に魅力的な候補となっている。ヒトの体液中に存在するヌクレアーゼに対する核酸ベースの試薬の代謝安定性を決定するために、プールされたヒト血清中のＳＬ１１１１＿２０及び他のリード候補のインビトロ半減期を測定し、ＮａｐｄＵがｄＴ（ＳＬ１１０７＿１８及びＳＬ１１０８＿１８）に置き換えられ、ＴｙｒｄＵ及びＮａｐｄＣがそれぞれｄＵ及びｄＣ（ＳＬ１１１１＿２０、ＳＬ１１１４＿１８、ＳＬ１１１５＿１８）に置換された未修飾ＤＮＡ類似体と比較した。精製したＳＯＭＡｍｅｒを９０％プールヒト血清とともに３７℃でインキュベートし、最大９６時間の様々な時点で分析のためにサンプルを取り出した（図２１Ａ～２１Ｃ）。試験したすべての試薬には、３’－５’エキソヌクレアーゼ活性を阻害する３’－反転ｄＴが含まれていた。サンプルを変性－ＰＡＧＥで分析し、無傷のアプタマーの割合を時間の関数としてプロットし、一相指数関数的減衰モデルに当てはめて半減期を決定した。ＮａｐｄＵ修飾のみを含む２つの最長の配列ＳＬ１１０８＿１８（３５－ｍｅｒ）及びＳＬ１１０７＿１８（４４ｍｅｒ）は、それぞれ３４時間及び７５時間の最短半減期を有していた。２つの修飾を含む配列の半減期は、ＳＬ１１１５＿１８で９９時間、ＳＬ１１１１＿２０で１６１時間、ＳＬ１１１４＿１８で３１７時間と、より長く、より多様であった。すべてのリード試薬で明確な分解バンドが存在することは、特定のヌクレオチド位置がヌクレアーゼ活性に対してより敏感であることを示しており、２’Ｏ－メチルやホスホロチオエートなどの追加のヌクレアーゼ安定化修飾によって半減期がさらに改善される可能性があることを示唆している。驚くべきことではないが、リード試薬の未修飾類似体はヒト血清中で急速に分解した（半減期は３０時間）。これらの結果は、より短い、高度に修飾された配列は、最も長い半減期を有する傾向がある一方、未修飾ＤＮＡは迅速に切断されるという従来の観察と一致する。

Claims (93)

  1. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列５’－ＧＤＲＡＴＲＸＴＡＨＲＸＲＴＸＨＲＡＸＨＲＸＴＸＲＲＡＸＤＤＤ－３’（配列番号５）を含み、式中、
    Ａは、ｄＡを表し、
    Ｇは、ｄＧを表し、
    Ｃ、Ｔ、及びＸは、それぞれ独立して、Ｃ－５修飾ピリミジンヌクレオシドを表し、
    Ｒは、独立して、ｄＡまたはｄＧから選択され、
    Ｈは、独立してｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドから選択され、
    Ｄは、独立してｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドから選択される、前記アプタマー。
  2. Ｃが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣを表す、請求項１に記載のアプタマー。
  3. Ｔが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、請求項１または２に記載のアプタマー。
  4. Ｘが独立してＮａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択されるＣ－５修飾ピリミジンを表す、請求項１～３のいずれか一項に記載のアプタマー。
  5. Ｘが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣを表す、請求項４に記載のアプタマー。
  6. Ｘが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、請求項４に記載のアプタマー。
  7. Ｈが独立してＮａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵから選択されるＣ－５修飾ピリミジンを表す、請求項１～６のいずれか一項に記載のアプタマー。
  8. Ｈが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣを表す、請求項７に記載のアプタマー。
  9. Ｈが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、請求項７に記載のアプタマー。
  10. Ｄが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵを表す、請求項１～９のいずれか一項に記載のアプタマー。
  11. 前記アプタマーが、配列５’－ＧＧＧＡＴＡＣＴＡＴＧＣＧＴＣＣＧＡＣＣＧＣＴＣＧＧＡＣＧＧＡ－３’（配列番号４）を含み、式中、
    Ａは、ｄＡを表し、
    Ｇは、ｄＧを表し、
    Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
    Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表す、請求項１に記載のアプタマー。
  12. 前記アプタマーが、配列番号４、６～２０、及び２８～１２２から選択される配列を含む、請求項１に記載のアプタマー。
  13. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するヘテロ二量体アプタマーであって、前記ヘテロ二量体アプタマーは、配列５’－ＧＧＧＡＹＡｐＹＡＹＧｐＧＹｐｐＧＡｐｐＧｐＹｐＧＧＡｐＧ－３’（配列番号７）を含む第１のアプタマーと、前記第１のアプタマーを第２のアプタマーに共有結合する結合と、及び前記第１のアプタマーの結合部位に対して重複しない結合部位でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合する第２のアプタマーと、を含み、式中、
    Ｙ及びｐは、それぞれ独立して、Ｃ－５修飾ピリミジンヌクレオシドを表す、前記ヘテロ二量体アプタマー。
  14. Ｙが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジン５－（ｐ－ヒドロキシフェニルエチル）－１－アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（Ｔｙｒ－ｄＵ）を表す、請求項１３に記載のヘテロ二量体アプタマー。
  15. ｐが独立して前記Ｃ－５修飾ピリミジン５－（１－ナフチルメチル）アミノカルボニル－２’－デオキシシチジン（Ｎａｐ－ｄＣ）を表す、請求項１３に記載のヘテロ二量体アプタマー。
  16. 前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの５’に結合している、請求項１３～１５のいずれか一項に記載のヘテロ二量体アプタマー。
  17. 前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの３’に結合している、請求項１３～１５のいずれか一項に記載のヘテロ二量体アプタマー。
  18. 前記結合がヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ）結合である、請求項１３～１７のいずれか一項に記載のヘテロ二量体アプタマー。
  19. 前記アプタマーが、第１のアプタマーであり、さらに、前記第１のアプタマーは、前記第１のアプタマーの結合部位に対して重複しない結合部位でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合する第２のアプタマーに共有結合している、請求項１～１２のいずれか一項に記載のアプタマー。
  20. 前記第１のアプタマーが、配列番号４、６～２０、及び２８～１２２から選択される配列を含む、請求項１９に記載のアプタマー。
  21. 前記第１のアプタマーが配列番号４のヌクレオチド配列を含む、請求項２０に記載のアプタマー。
  22. 前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの５’に結合している、請求項１９～２１のいずれか一項に記載のアプタマー。
  23. 前記第１のアプタマーが前記第２のアプタマーの３’に結合している、請求項１９～２１のいずれか一項に記載のアプタマー。
  24. 前記結合がヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ）結合である、請求項１９～２３のいずれか一項に記載のアプタマー。
  25. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～２４のいずれか一項に記載のアプタマー。
  26. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が配列番号２１～２７及び１２３～１２７から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載のアプタマー。
  27. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列番号４、６～２０及び２８～１２２から選択される配列と、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む、前記アプタマー。
  28. 前記アプタマーが、２ｐＭ～１０ｎＭのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質についての解離定数（Ｋｄ）を有する、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  29. 各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－フェネチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－イミジゾリルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－－Ｒ－スレオニニルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  30. 各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  31. ５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である少なくとも１つのＣ－５修飾ピリミジンを含む、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  32. 前記アプタマーが少なくとも１つの２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチドを含む、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  33. 前記アプタマーが、２４～１００ヌクレオチド長、または３０～６０ヌクレオチド長、または２８～６０ヌクレオチド長、または２８～５０ヌクレオチド長、または２８～４０ヌクレオチド長、または４０～５０ヌクレオチド長、または２８～３２ヌクレオチド長である、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  34. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）である、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  35. 前記アプタマーが、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤのアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する、請求項３４に記載のアプタマー。
  36. 前記アプタマーが宿主細胞とのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス細胞膜融合を阻害する、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  37. 前記アプタマーがヒト細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染を阻害する、先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー。
  38. 前記アプタマーのＩＣ５０が２．０Ｅ－９（Ｍ）未満である、請求項３７に記載のアプタマー。
  39. 先行請求項のいずれか一項に記載のアプタマー及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を含む組成物。
  40. 治療有効量の請求項１～３８のいずれか一項に記載の前記アプタマー及び少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
  41. ヒトにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を治療または予防する方法であって、治療有効量の請求項１～３８のいずれか一項に記載の前記アプタマー、または請求項４０に記載の前記医薬組成物を、前記ヒトに投与することを含む、前記方法。
  42. サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在を検出するための方法であって、前記サンプルを請求項１～３８のいずれか一項に記載の前記アプタマーと接触させることを含む、前記方法。
  43. 前記サンプルが、インビトロである、請求項４２記載の方法。
  44. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に対する結合親和性を有するアプタマーを選択するための方法であって、（ａ）候補混合物をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質と接触させることであって、前記候補混合物は、前記候補混合物の少なくとも１つまたはそれぞれの核酸中の１つ、いくつか、またはすべてのピリミジンが、Ｃ－５修飾ピリミジンヌクレオシドを含む、修飾核酸を含む、前記接触させることと、（ｂ）前記候補混合物を遅い解離速度の濃縮プロセスにさらすことであって、前記候補混合物中の他の核酸と比較して標的分子からの解離速度が遅い核酸がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合して核酸標的分子複合体を形成する、前記さらすことと、（ｃ）前記候補混合物から遅い解離速度の核酸を分配することと、（ｄ）前記遅い解離速度の核酸を増幅して、遅い解離速度でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合できる核酸配列が豊富な核酸の混合物を生成し、それによってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質分子への遅い解離速度のアプタマーが選択される、前記増幅することと、を含む、前記方法。
  45. 各核酸が、独立して、２４～１００のヌクレオチド長、または３０～６０のヌクレオチド長、または２８～６０のヌクレオチド長、または４０～５０のヌクレオチド長、または２８のヌクレオチド長である、請求項４４に記載の方法。
  46. 各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－フェネチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ））、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－イミジゾリルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－－Ｒ－スレオニニルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、請求項４４または４５に記載の方法。
  47. 各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、請求項４４～４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 少なくとも１つのＣ－５修飾ピリミジンが５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である、請求項４４～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記混合物中の複数の核酸が少なくとも１つの２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチドを含む、請求項４４～４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記混合物中の複数の核酸が、３炭素スペーサー、ヘキサエチレングリコールリンカー、ポリエチレングリコールリンカー、及びそれらの任意の組み合わせから選択されるリンカーを含む、請求項４４～４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４４～５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を請求項１～３８のいずれか一項に記載のアプタマーと接触させることを含む、前記方法。
  53. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がインビトロでサンプル中に存在する、請求項５２に記載の方法。
  54. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がヒトに存在する、請求項５２に記載の方法。
  55. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項５２～５４のいずれか一項に記載の方法。
  56. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤである、請求項５２～５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列５’－ＤＲＨＲＲＸＷＸＷＴＧＲＸＷＸＸＴＸＤＷＤＴＸＲＡＲＨＲ－３’（配列番号２５３）または５’－ＴＲＸＤＲＸＲＸＷＸＸＷＴＷＴＴＨＲＲＸＨＴＲＲＲＮＤＢ－３’（配列番号２５５）を含み、
    式中、
    ＡはｄＡであり、
    ＧはｄＧであり、
    各Ｃは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｔは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｒは独立して、各出現においてｄＡまたはｄＧであり、
    各Ｗは独立して、各出現においてｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｘは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｈは独立して、各出現においてｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｄは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｂは独立して、各出現においてｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンｄＵであり、
    各Ｎは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドである、前記アプタマー。
  58. Ｃが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣである、請求項５７に記載のアプタマー。
  59. Ｔが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７または５８に記載のアプタマー。
  60. ＷがｄＡまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７～５９のいずれか一項に記載のアプタマー。
  61. Ｘが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７～６０のいずれか一項に記載のアプタマー。
  62. ＨがｄＡまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣもしくはＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７～６１のいずれか一項に記載のアプタマー。
  63. ＤがｄＡ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７～６２のいずれか一項に記載のアプタマー。
  64. ＢがｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣまたはＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７～６３のいずれか一項に記載のアプタマー。
  65. ＮがｄＡ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＣもしくはＴｙｒ－ｄＵである、請求項５７～６４のいずれか一項に記載のアプタマー。
  66. 前記アプタマーが、前記配列５’－ＧＧＣＧＧＣＡＣＡＴＧＧＣＡＣＴＴＣＡＴＡＴＣＧＡＧＣＧ－３’（配列番号２５２）または前記配列５’－ＴＧＣＡＡＣＧＣＡＣＣＴＴＡＴＴＣＧＧＣＴＴＧＡＡＴＧＴ－３’（配列番号２５４）を含み、式中、
    Ａは、ｄＡを表し、
    Ｇは、ｄＧを表し、
    Ｃは、Ｎａｐ－ｄＣを表し、
    Ｔは、Ｔｙｒ－ｄＵを表す、請求項５７に記載のアプタマー。
  67. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、前記配列５’－ＴＣＤＨＣＨＸＣＸＷＲＸＴＡＲＸＲＡＲＴＲＴＣＴＲＡＤＴＴＧＧＡＸＸＲＲＴＣＸＴＭＸＧＧ－３’（配列番号２５７）または５’－ＨＸＢＷＤＷＷＲＡＲＴＧＴＣＴＶＮＸＴＴＧＣＡＸＴＶＧＴＧＸＢＤＸＮＮ（配列番号２５９）－３’を含み、式中、
    ＡはｄＡであり、
    ＧはｄＧであり、
    ＣはｄＣであり、
    各Ｔは独立して、各出現においてＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    各Ｒは独立して、各出現においてｄＡまたはｄＧであり、
    各Ｍは独立して、各出現においてｄＡまたはｄＣであり、
    各Ｗは独立して、各出現においてｄＡまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    Ｘは独立して、各出現においてｄＣまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    Ｈは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＣまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    Ｄは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    Ｖは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＣまたはｄＧであり、
    Ｂは独立して、各出現においてｄＣ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドであり、
    Ｎは独立して、各出現においてｄＡ、ｄＣ、ｄＧまたはＣ－５修飾ピリミジンヌクレオシドである、前記アプタマー。
  68. Ｔが前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐｄＵである、請求項６７に記載のアプタマー。
  69. ＲがｄＡまたはｄＧである、請求項６７または６８に記載のアプタマー。
  70. ＭがｄＡまたはｄＣである、請求項６７～６９のいずれか一項に記載のアプタマー。
  71. ＷがｄＡまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、請求項６７～７０のいずれか一項に記載のアプタマー。
  72. ＸがｄＣまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、請求項６７～７１のいずれか一項に記載のアプタマー。
  73. ＨがｄＡ、ｄＣまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、請求項６７～７２のいずれか一項に記載のアプタマー。
  74. ＤがｄＡ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、請求項６７～７３のいずれか一項に記載のアプタマー。
  75. ＶがｄＡ、ｄＣまたはｄＧである、請求項６７～７４のいずれか一項に記載のアプタマー。
  76. ＢがｄＣ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、請求項６７～７５のいずれか一項に記載のアプタマー。
  77. ＮがｄＡ、ｄＣ、ｄＧまたは前記Ｃ－５修飾ピリミジンＮａｐ－ｄＵである、請求項６７～７６のいずれか一項に記載のアプタマー。
  78. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に結合するアプタマーであって、配列番号１２８～２５２、２５４、２５６及び２５８から選択される配列と、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む、前記アプタマー。
  79. 各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ベンジルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－フェネチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－チオフェニルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、Ｎ－（Ｓ－２－ヒドロキシプロピル）－１－カルボキサミド－２’－デオキシウリジン；５－（Ｎ－エチルモルホリノ）アミノカルボニル－２’－デオキシウリジン（ＭＯＥｄＵ）；５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５－（Ｎ－チロシルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５－（Ｎ－３，４－メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ））、５－（Ｎ－４－フルオロベンジルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５－（Ｎ－イミジゾリルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－イソブチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５－（Ｎ－－Ｒ－スレオニニルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－トリプタアミノカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（３－トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジンクロリド、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－［１－（２，３－ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、請求項５７～７８のいずれか一項に記載のアプタマー。
  80. 各Ｃ－５修飾ピリミジンが、独立して、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－１－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－２－ナフチルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド））－２’－Ｏ－メチルウリジン、５－（Ｎ－３－ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）－２’－フルオロウリジン、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＢｎｄＵ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＰＯＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＰＰｄＵ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル））カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＤＣＰＥ－ｄＵ）、５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシウリジン（ＢＰＥｄＵ）、５－（Ｎ－ベンジルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＢｎｄＣ）；５－（Ｎ－２－フェニルエチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＥｄＣ）；５－（Ｎ－３－フェニルプロピルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＰＰｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチルメチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮａｐｄＣ）；５－（Ｎ－１－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－２－ナフチル－２－エチルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（２ＮＥｄＣ）；５－（Ｎ－チロシルカルボキサミド）－２’－デオキシシチジン（ＴｙｒｄＣ）、５－［Ｎ－（ｐ－フェニルベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＢｎｄＣ）、５－［Ｎ－（４－フェノキシベンジル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＰＯＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，３－ジフェニルプロピル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＰＰｄＣ）、５－［Ｎ－（３，４－ジクロロフェニルエチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＤＣＰＥ－ｄＣ）、及び５－［Ｎ－（２－（（１，１’－ビフェニル）－４－イル）エチル）カルボキサミド］－２’－デオキシシチジン（ＢＰＥｄＣ）から選択される、請求項５７～７８のいずれか一項に記載のアプタマー。
  81. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、ならびにスパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体から選択される請求項５７～８０のいずれか一項に記載のアプタマー。
  82. 前記アプタマーが、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＲＢＤのアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する、先行請求項５７～８１のいずれか一項に記載のアプタマー。
  83. 前記アプタマーが宿主細胞とのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス細胞膜融合を阻害する、先行請求項５７～８２のいずれか一項に記載のアプタマー。
  84. 前記アプタマーがヒト細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染を阻害する、先行請求項５７～８３のいずれか一項に記載のアプタマー。
  85. 先行請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマーを含む組成物。
  86. 治療有効量の請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマー及び少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
  87. 対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を治療または予防する方法であって、治療有効量の請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマー、または請求項８６に記載の前記医薬組成物を、前記対象に投与することを含む、前記方法。
  88. サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在を検出するための方法であって、前記サンプルを請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマーと接触させることを含む、前記方法。
  89. 前記サンプルが、インビトロである、請求項８８記載の方法。
  90. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクレセプター結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１、スパイクＳ１及びＳ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、スパイクＳ１及びＳ２ＥＣＤ安定三量体、スパイクＳ１アスパラギン酸６１４～グリシン突然変異（Ｄ６１４Ｇ）、スパイクＲＢＤアスパラギン５０１～チロシン突然変異（Ｎ５０１Ｙ）、ＲＢＤグルタミン酸４８４～リジン突然変異（Ｅ４８４Ｋ）、Ｂ１．１．７バリアント（Ａｌｐｈａ）、Ｂ１．３５１バリアント（Ｂｅｔａ）、ＥＣＤＰ．１バリアント（Ｇａｍｍａ）、Ｂ１．６１７．２バリアント（Ｄｅｌｔａ）、及びＢ．１．１．５２９バリアント（Ｏｍｉｃｒｏｎ）から選択されるバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項８７～８９のいずれか一項に記載の方法。
  91. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体への結合を阻害する方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を請求項５７～８４のいずれか一項に記載の前記アプタマーと接触させることを含む、前記方法。
  92. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がインビトロでサンプル中に存在する、請求項９１に記載の方法。
  93. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質がインビボである、請求項９１に記載の方法。
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