JP2024504566A - 核酸ワクチン - Google Patents
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Abstract
本発明は、疾患及び障害の予防及び/または治療に特に有用な、DNA及びRNAなどの核酸に基づくナノ粒子ベースのモジュラー組成物に関連する。【選択図】図1
Description
本発明は、疾患及び障害の予防及び/または治療に特に有用な、DNA及びRNAなどの核酸に基づくナノ粒子ベースのモジュラー組成物に関連する。
ワクチンは依然として、感染症の蔓延を防止及び制御するための最も効果的な手段である。弱毒生ワクチンは免疫原性が高く、1回の予防接種でも長寿命の抗体反応を誘導する。対照的に、最新のサブユニットワクチン(すなわち、可溶性タンパク質抗原に基づく)は高い安全性を示すが、免疫原性低く、ヒトにおいて同様の持続的な抗体反応を誘導できない。従って、単純なサブユニットワクチンでは、病原体や疾患関連抗原に対する強力かつ持続的な免疫応答を誘導することは非常に困難である。
しかし、認可されたヒトパピローマウイルス(HPV)ワクチン(Cervarix(登録商標)、Gardasil(登録商標)、及びGardasil 9(登録商標))は弱毒生ワクチンに匹敵する免疫原性を持ち、単回投与でもヒトにおいて非常に強力かつ耐久性のある抗体反応を誘導する可能性があるため、これは重要な例外である(Schiller et al., 2018, Schiller et al., 2012, De Vincenzo et al., 2014)。重要なことに、このワクチンはウイルス様粒子(VLP)へのHPV主要カプシドタンパク質の自己組織化によって形成され、これがこのワクチンの高い効力の原因であると考えられている。
実際多くの研究により、VLPの高い免疫原性と、ネイティブウイルスとの構造的類似性との間の強い因果関係が確立されており、自己抗原を含む異種抗原提示のための足場としてVLPを利用するいくつかの戦略が追求されてきた。これらの研究は、多価、反復抗原表示が、実際に抗原の免疫原性を大幅に増加させ、長期にわたる免疫を誘導することも可能であることを総合的に示している。
以前、VLPの表面に一方向的、多価的及び反復的な方法で抗原を付着させるための分割タンパク質(タグ/キャッチャー)コンジュゲーション技術を使用したVLPベースのモジュラーワクチンプラットフォームの開発について記載した(WO 2016/112921)。今日まで、この技術は非常に強力かつ汎用性の高いワクチンプラットフォームとなっている。
DNA及び/またはRNAベースのワクチンは、タンパク質ベースのワクチンとは対照的に、ワクチン抗原の組換発現及び精製のステップが省略される簡便かつ低コストな製造により、大きな利点を有している。実際、臨床ワクチンのバッチは通常、抗原をコードする配列が利用可能になった直後には、すでに生成可能である。更なる利点は、製造工程の拡張性が高く、細胞を使用しないことである。更に、一施設で複数の異なるワクチンを製造するには、製造工程を特定のワクチン製剤に対して最小限に適合させるだけで済む。最後に、現在の発現系では組み換えによる生成が困難または不可能な複雑なタンパク質のin vivo発現が、これらのワクチンでは可能である。
しかしこれまでのところ、DNAワクチンは、ヒト及びヒト以外の霊長類で試験した場合、抗原に対して比較的弱い免疫応答しか誘導しないことが示されているため、商業的利用が制限されている。
従って、多価微粒子ワクチンの高い免疫原性と、核酸ベースのワクチンに関連する製造上の利点とを組み合わせたワクチンが緊急に必要とされている。
本発明は、核酸ベースのワクチンを提供し、これは、ワクチン接種中に真核細胞に送達されると、分割タンパク質タグ/キャッチャーのコンジュゲーションシステムを利用することにより、一方向的、反復的及び多価的な方法でワクチン抗原を表示する自己集合ナノ粒子に翻訳される。
反復的な多価抗原表示は、ワクチン抗原の免疫原性を高め、ワクチン接種後の強力な抗原特異的免疫応答の誘導を可能にする。同時に、核酸(DNA及び/またはmRNA)ベースのワクチン技術は、ワクチン抗原の組換生産に関連する上流及び下流工程を省略できるため、製造において大きな利点を有する。更に、核酸配列としてのワクチン抗原の送達は、コードされたタンパク質のin vivo翻訳を可能にし、さもなければ組み換え生成が困難または不可能になる場合がある。
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、組成物が提供される。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、組成物が提供される。
本明細書では、組成物を必要とする対象の疾患の予防及び/または治療に使用するための、本明細書に開示される前記組成物も提供される。
本明細書では、前記組成物を必要とする対象の疾患を予防または治療する方法も提供される。
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、発現系も提供される。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、発現系も提供される。
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記細胞も提供される。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記細胞も提供される。
本明細書では、本明細書に開示される発現系を含む宿主細胞も提供される。
本明細書では、組成物を必要とする対象の疾患の予防及び/または治療に使用するための前記組成物の投与方法であって、
i. 本明細書に開示される少なくとも1つの前記組成物を得るステップと、
ii. 本明細書で定義される疾患の予防及び/または治療のために、前記組成物を対象に少なくとも1回投与するステップと、を含む前記投与方法も提供される。
i. 本明細書に開示される少なくとも1つの前記組成物を得るステップと、
ii. 本明細書で定義される疾患の予防及び/または治療のために、前記組成物を対象に少なくとも1回投与するステップと、を含む前記投与方法も提供される。
本明細書では、
i. 本明細書で定義される組成物または発現系と、
ii. 任意的に、前記組成物を投与するための医療器具またはその他の手段と、
iii. 使用説明書と、を含むパーツのキットも提供される。
i. 本明細書で定義される組成物または発現系と、
ii. 任意的に、前記組成物を投与するための医療器具またはその他の手段と、
iii. 使用説明書と、を含むパーツのキットも提供される。
本開示は、核酸ベースのワクチンを提供し、これは、ワクチン接種中に真核細胞に送達されると、分割タンパク質タグ/キャッチャーのコンジュゲーションシステムを利用することにより、一方向的、反復的及び多価的な方法でワクチン抗原を表示する自己集合ナノ粒子に翻訳される。
反復的な多価抗原表示は、ワクチン抗原の免疫原性を高め、ワクチン接種後の強力な抗原特異的免疫応答の誘導を可能にする。同時に、核酸(DNA及び/またはmRNA)ベースのワクチン技術は、ワクチン抗原の組換生産に関連する上流及び下流工程を省略できるため、製造において大きな利点を有する。更に、核酸配列としてのワクチン抗原の送達は、コードされたタンパク質のin vivo翻訳を可能にし、さもなければ組換え生成が困難または不可能になる場合がある。
本発明の解決策は、抗原エピトープを効率的に表示し、長期の防御免疫を誘導することができる多用途の核酸ベースのワクチン送達プラットフォームを作成するための新規アプローチを示す。
定義
本明細書で使用される「イソペプチド結合」という用語は、カルボキシル基とアミノ基との間のアミド結合を指し、そのうちの少なくとも1つはタンパク質主鎖に由来しないか、またはタンパク質骨格の一部ではないと考えられる。イソペプチド結合は、単一のタンパク質内で形成される場合、または2つのペプチドの間もしくはペプチドとタンパク質との間で発生し得る。従ってイソペプチドは、単一のタンパク質内で分子内に、または分子間、すなわち2つのペプチド/タンパク質分子間で形成される場合がある。通常イソペプチド結合は、2つの反応性アミノ酸 (リジン及びアスパラギンまたはアスパラギン酸)の間で分子内で発生し得る。この工程を発生させるには、2つの反応性アミノ酸が、しばしば芳香族残基を含む疎水性環境で近接している必要がある。最後に、自己触媒工程は、それ自体はイソペプチド結合に関与しない触媒アスパラギン酸塩またはグルタミン酸残基によって促進され得る。
本明細書で使用される「イソペプチド結合」という用語は、カルボキシル基とアミノ基との間のアミド結合を指し、そのうちの少なくとも1つはタンパク質主鎖に由来しないか、またはタンパク質骨格の一部ではないと考えられる。イソペプチド結合は、単一のタンパク質内で形成される場合、または2つのペプチドの間もしくはペプチドとタンパク質との間で発生し得る。従ってイソペプチドは、単一のタンパク質内で分子内に、または分子間、すなわち2つのペプチド/タンパク質分子間で形成される場合がある。通常イソペプチド結合は、2つの反応性アミノ酸 (リジン及びアスパラギンまたはアスパラギン酸)の間で分子内で発生し得る。この工程を発生させるには、2つの反応性アミノ酸が、しばしば芳香族残基を含む疎水性環境で近接している必要がある。最後に、自己触媒工程は、それ自体はイソペプチド結合に関与しない触媒アスパラギン酸塩またはグルタミン酸残基によって促進され得る。
分子間イソペプチド結合の場合、結合は典型的に、リジン残基と、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、もしくはグルタミン酸残基、またはタンパク質もしくはペプチド鎖の末端カルボキシル基との間で発生するか、またはタンパク質もしくはペプチド鎖のαアミノ末端と、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、またはグルタミン酸との間で発生し得る。イソペプチド結合に関与する対の各残基は、本明細書では反応性残基と称される。従ってイソペプチド結合は、リジン残基とアスパラギン残基との間、またはリジン残基とアスパラギン酸残基との間で形成され得る。特にイソペプチド結合は、リジンの側鎖アミンとアスパラギンのカルボキサミド基との間で発生する場合がある。
本明細書で使用される「オープンリーディングフレーム」という用語は、1)翻訳開始コドン、2)対象の1つ以上の遺伝子産物であって、好ましくは1つ以上のタンパク質をコードする1つ以上のコドン、及び3)翻訳終止コドンの5’から3’方向に含まれるヌクレオチド配列を指し、これにより1)、2)及び3)がフレーム内で動作可能に連結されていることが理解される。従ってオープンリーディングフレームは、3つのヌクレオチド(トリプレット)の倍数で構成される。
「配列変異体」という用語は、ポリペプチド及び/またはポリヌクレオチド配列に対する、少なくとも70%、例えば75%、例えば80%、例えば85%、例えば90%、例えば95%、例えば96%、例えば97%、例えば98%、例えば99%、例えば99.5%、例えば100%の配列同一性を有する前記ポリペプチド及び/またはポリヌクレオチド配列を指す。
「抗原性変異体」という用語は、ポリペプチドの全長または前記ポリペプチドの断片の変異体を指し、断片は、宿主の細胞障害性T細胞、ヘルパーT細胞及び/またはB細胞によって認識されるエピトープを含む。前記断片はより免疫原性が高いため、由来する元のポリペプチドよりも強力及び/またはより長く持続する免疫反応を誘導し得る。好ましくは、抗原変異体の免疫原性部分は、参照配列のアミノ酸配列の少なくとも30%、好ましくは少なくとも50%、特に少なくとも75%及び特に少なくとも90%(例えば、95%または98%)を含む。免疫原性部分は、好ましくは参照配列のエピトープ領域のすべてを含む。前記抗原変異体の免疫原性は、Wadhwa et al., 2015に記載されている方法など、当技術分野において周知のいずれかの方法によって検証され得る。
本明細書で説明するように、第1のペプチドタグ及び第2のペプチドタグ(または結合パートナー)は、イソペプチド結合、好ましくは自発的イソペプチド結合を介して互いに結合する第1及び第2のペプチドタグを指す。好ましくは、第1のペプチドタグはイソペプチド結合に関与する反応性残基の1つを含み、第2のペプチドタグはそのイソペプチド結合に関与する他の反応性残基を含む。
本明細書で使用される「自発的」という用語は、他の薬剤(例えば、酵素触媒)が存在しない及び/またはタンパク質もしくはペプチドの化学修飾を伴わず、例えばネイティブケミカルライゲーションまたは化学的結合を伴わない、タンパク質内またはペプチド間もしくはタンパク質間(例えば、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間)で形成され得る結合、特に急ペプチド結合を指す。従って自発的なイソペプチド結合は、酵素または他の外因性物質の非存在下もしくは化学修飾なしで、自然に形成され得る。しかし、特に自発的なイソペプチドまたは共有結合は、結合の形成を可能にするために、結合に関与するペプチド/タンパク質の1つにグルタミン酸またはアスパラギン酸残基の存在を必要とする場合がある。
「ウイルス様粒子」または「VLP」という用語は、ウイルスコートの形態を模倣するが感染性遺伝物質を欠く、高分子微粒子構造に自発的に集合する、ウイルスカプシドタンパク質などの1つまたは複数の組換え発現ウイルスタンパク質を指す。
本明細書における「粒子」という用語は、本明細書に記載するように、表面に抗原を表示することができるウイルス様粒子またはナノ粒子を指す。表面は、内部表面、すなわち粒子の内部に面する表面、または外部表面、すなわち粒子の周囲に面する表面であり得る。
「自己集合」という用語は、既存のコンポーネントのシステムが、特定の条件下で、コンポーネント自体の間の相互作用を通じて、より組織化された構造を採用する工程を指す。本文脈において、自己集合とは、特定の条件にさらされた場合、ウイルスタンパク質、例えばカプシドタンパク質、及び/またはファージタンパク質などのタンパク質が、粒子、特に他のウイルスタンパク質が不在のウイルス様粒子に自己集合する固有の能力を指す。「自己集合」は、細胞タンパク質、例えばシャペロンが、細胞内VLPまたはナノ粒子集合の工程に関与する可能性を排除するものではない。自己集合工程は敏感で壊れやすい可能性があり、発現宿主の選択、発現条件の選択、及びウイルス様粒子の成熟条件などの要因の影響を受ける場合があるが、これらに限定されるものではない。ウイルスカプシドタンパク質は、単独で、またはいくつかのウイルスカプシドタンパク質と組み合わせてVLPを形成することができ、これらは任意ですべて同一である。
本明細書で使用される「一貫した配向」という用語は、本明細書で開示される粒子の表面、すなわち、粒子の内面または外面、好ましくは少なくとも外面上の抗原の配向及びその空間的配向を指す。本明細書に開示されるように、第2のペプチドタグに融合した抗原を第2のペプチドタグを含むタンパク質に連結する場合、抗原の1つの分子は、抗原及びタンパク質の両方の固有の部位で単一の粒子形成タンパク質にしか連結することができないため、一貫した配向を有する前記抗原の均一及び/または一貫した提示を作成する。対照的に、例えば、ストレプトアビジンホモ四量体は、ビオチン化VLPの外表面上でいくつかのタンパク質を架橋する場合があるため、前記抗原の不規則かつ一貫性のない配向を作成する。更に、複数のビオチン結合部位がビオチン化VLPの架橋及び凝集を可能にするため、例えばビオチン化抗原をビオチン化VLPにコンジュゲーションするための架橋分子としてストレプトアビジンを使用することは非常に困難である。
本明細書で使用される「等間隔」という用語は、VLPまたはナノ粒子の表面上にパターンを形成する本発明の抗原を指す。そのようなパターンは、抗原の対称、円状、及び/または花束状のパターンであり得る。
「治療」という用語は、健康問題の改善を指す。また治療は、防御的及び/または予防的であるか、もしくは疾患及び/または感染の発生リスクを低減し得る。また治療は、疾患及び/または感染症を治癒もしくは改善し得る。
「予防的」という用語は、疾患及び/または感染の発生リスクを軽減することを指す。また予防的とは、疾患及び/または感染の発生の防止を指す場合もある。
「ループ」という用語は、ポリペプチド鎖がその全体的な方向を逆にするポリペプチドの二次構造を指し、ターンと呼ばれることもある。
「ワクチンカクテル」という用語は、一緒に投与される抗原の混合物を指す。ワクチンカクテルは、単回投与として、または一定期間にわたって投与される数回投与として投与され得る。時間間隔は、同じ年、月、週、日、時間及び/または分内の投与であり得るが、これらに限定されるものではない。同時ワクチン接種及びワクチンカクテルは、同義で使用され得る。
「自己抗原」という用語は、異常な細胞代謝の結果として以前は正常だった細胞内で生成された内因性抗原を指す。
組成物
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、組成物が提供される。
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、組成物が提供される。
前記組成物は、本明細書において以下に記載されるように、疾患または障害の予防及び/または治療に有用である。
前記第1及び第2のポリヌクレオチドを含む前記組成物の対象への投与は、前記第1及び第2のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む組成物の投与と比較して、前記被験体においてより強い免疫応答を誘導する場合があり、前記第1及び第2のっポリペプチドは、対象への投与前に、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して結合されている。
第1のペプチドタグ及び第2のペプチドタグは、イソペプチド結合またはエステル結合を形成する固有の能力を有するペプチドから選択され、これにより互いに結合する。第1のポリヌクレオチドは、好ましくは自発的に、ナノ粒子またはウイルス様粒子(VLP)などの粒子を形成する能力を有するタンパク質をコードする。従って、細胞内で発現すると、第1のポリヌクレオチドは、第1のペプチドタグに融合されたタンパク質によって形成される粒子の形成をもたらし、一方で、第2のポリヌクレオチドは、第2のペプチドタグに融合された抗原を含むまたは抗原からなる融合タンパク質の発現をもたらす。集合粒子は、免疫系によって認識されるウイルスまたはその他の病原性生物に非常に似ている場合があるが、病原性遺伝物質を含まないため非感染性である。第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合の自発形成により粒子が形成され、その表面、好ましくは外表面に抗原を表示する。重要なことは、一貫した抗原の配向に加えて、このようなナノ粒子及びVLPは、一貫した抗原の配向、高密度、及び規則的な間隔を含む、非常に有益な抗原表示特性を予期せず有していることである。従って、得られたナノ粒子及びVLPは、強力な液性応答を誘導し、B細胞耐性を克服することができる。このようなナノ粒子またはVLPの形成の成功は、本開示の実施例2及び3に開示されている方法など、当業者に既知の関連する方法で評価され得る。このようなナノ粒子またはVLPは驚くべきことに、化学結合法と比較して抗原結合の効率が向上し、大型及び小型抗原の両方に対して、一貫した抗原配向、高密度、及び規則的な間隔を有する抗原表示を可能にする。
第1及び第2のポリヌクレオチドは、DNAまたはRNAであり、好ましくは、第1のポリヌクレオチド及び第2のポリヌクレオチドは、両方ともDNA、または両方ともRNAであり得る。
RNA構築物及び/またはDNA構築物から転写されたmRNAは、多シストロン性であり得る。いくつかの実施形態において、第1及び第2のポリヌクレオチドは、同じリボ核酸分子上にコードされる。いくつかの実施形態において、第1及び第2のポリヌクレオチドは同じオープンリーディングフレーム内にあり、これにより両方のポリヌクレオチドを転写するために1つのプロモーター配列のみが必要とされる。いくつかの実施形態において、第1及び第2のポリヌクレオチドは別々のオープンリーディングフレーム内にあるため、別々のプロモーターによって制御され得る。
タンパク質
好ましい実施形態において、タンパク質は粒子形成タンパク質である。例えばタンパク質は、糖タンパク質などのウイルスカプシドタンパク質またはウイルスエンベロープタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、タンパク質は、哺乳動物ウイルス、例えばヒトウイルスに由来する。
好ましい実施形態において、タンパク質は粒子形成タンパク質である。例えばタンパク質は、糖タンパク質などのウイルスカプシドタンパク質またはウイルスエンベロープタンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、タンパク質は、哺乳動物ウイルス、例えばヒトウイルスに由来する。
いくつかの実施形態において、タンパク質は、B型またはE型肝炎などの肝炎ウイルス由来のタンパク質、例えばB型肝炎ウイルス由来のコアタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質はNoVなどのノロウイルス由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、ヒトパピローマウイルス(HPV)、好ましくはHPV L1などの、HPV16またはHPV18などのパピローマウイルス由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、ポリオーマウイルスvp1(PyV)などのポリオーマウイルス由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、ネコカリシウイルス(FCV)、好ましくはFCV VP1などのカリシウイルス由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、ブタサーコウイルス(PCV)、好ましくはPCV2 ORF2などのサーコウイルス由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、NNVコートタンパク質などの神経壊死ウイルス(NNV)由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、イヌパルボウイルス(CVP)、好ましくはCPV VP2、ガチョウパルボウイルス(GPV)またはブタパルボウイルス(PPV)、好ましくはGPVまたはPPV由来の構造タンパク質、もしくはパルボウイルスB19などのパルボウイルス由来のタンパク質である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、腸炎ウイルス、例えばミンク腸炎ウイルス(MEV)、好ましくはMEV VP2、またはアヒルペストウイルス(DPV)、好ましくはDPV構造タンパク質などのプロトパルボウイルス由来のタンパク質である。
タンパク質は、ササゲウイルス、タバコウイルス、トマトウイルス、キュウリウイルスまたはジャガイモウイルスなどの植物ウイルスからのタンパク質であってもよい。いくつかの実施形態において、植物ウイルスはモザイクウイルス、好ましくはササゲモザイクウイルス(CPMV)である。いくつかの実施形態において、植物ウイルスはタバコモザイクウイルス(TMV)である。いくつかの実施形態において、植物ウイルスはトマト黄化壊疽ウイルス(TSWV)である。いくつかの実施形態において、植物ウイルスはトマト黄化葉巻ウイルス(TYLCV)である。いくつかの実施形態において、植物ウイルスはキュウリモザイクウイルス(CMV)である。いくつかの実施形態において、植物ウイルスはジャガイモYウイルス(PVY)である。
いくつかの実施形態において、タンパク質は、サルモネラウイルスP22、MS2、QBeta、PRR1、PP7、バクテリオファージR17、バクテリオファージfr、バクテリオファージGA、バクテリオファージSP、バクテリオファージM11、バクテリオファージMX1、バクテリオファージNL95、バクテリオファージf2またはCb5などの、バクテリオファージタンパク質である。追加の関連バクテリオファージタンパク質は、Lieknina et al., 2019 に記載されている。
いくつかの実施形態において、タンパク質は、哺乳動物、特にヒトに共通するウイルス由来のタンパク質である。理論に束縛されるものではないが、そのようなウイルスは、哺乳類以外の生物で一般的に見られるウイルスよりも、哺乳動物細胞、特にヒト細胞での発現に適している可能性がある。従って、いくつかの実施形態において、ウイルスはB型またはE型肝炎ウイルスなどの肝炎ウイルスである。いくつかの実施形態において、ウイルスはノロウイルスである。いくつかの実施形態において、ウイルスは、ヒトパピローマウイルス(HPV)などのパピローマウイルス、好ましくはHPV16またはHPV18である。いくつかの実施形態において、ウイルスはポリオーマウイルスである。いくつかの実施形態において、ウイルスはパルボウイルスである。
いくつかの実施形態において、タンパク質は、フェリチン、i301、レプリカーゼポリタンパク質1a(pp1a)またはルマジンシンターゼなどの粒子形成タンパク質である。その他の粒子形成タンパク質は当技術分野において既知であり、使用される場合もある。
第1及び第2のペプチドタグ
イソペプチド結合の(自発的)形成を介して互いに結合することができる第1のペプチドタグ及び第2のペプチドタグからなるペプチド対は、当技術分野において既知であるか、または当技術分野において既知の方法、特にZakeri et al., 2012及びZakeri et al., 2010に記載される方法で設計または取得することができる。
イソペプチド結合の(自発的)形成を介して互いに結合することができる第1のペプチドタグ及び第2のペプチドタグからなるペプチド対は、当技術分野において既知であるか、または当技術分野において既知の方法、特にZakeri et al., 2012及びZakeri et al., 2010に記載される方法で設計または取得することができる。
本明細書で使用される「ペプチドタグ」という用語は、一般に、分子内イソペプチド結合を自然に形成するタンパク質から直接設計または誘導され得る小さなペプチド断片を指す。またペプチドタグは、ペプチドライブラリをスクリーニングするために、例えば分子内イソペプチド結合を自然に形成するタンパク質に由来する既知の結合パートナーを使用することによって同定され得る。従って、候補ペプチドタグは、候補ペプチドタグをスクリーニングすることができるライブラリ、例えばペプチドライブラリ由来のものであり得る。また候補ペプチドタグは、in silicoでも設計され得る。
従って、本明細書で理解されるペプチド対は、イソペプチド結合の自発的形成を介して、またはエステル結合を介して相互作用することができる2つのペプチドタグからなる。一般的に、これらは「タグ及びキャッチャー」システムとも呼ばれ、2つのペプチドタグの長い方を「キャッチャー」と呼び、2つのペプチドタグの短い方を「タグ」と呼ぶ。たとえば、SpyTag/SpyCatcherシステムは、第1のペプチドタグ(SpyTag)及び第2のペプチドタグ(SpyCatcher)で構成される。
いくつかの実施形態において、本明細書で理解されるペプチド対は、エステル結合の自発的形成を介して相互作用することができる2つのペプチドタグからなる。このような自発的なエステル結合を形成することができる有用なペプチドタグは、Young et al., 2017に更に記載されている。
「タグ」は、長さが5~50アミノ酸、例えば長さが10、20、30、40~50アミノ酸であり、本明細書で定義される結合パートナーにイソペプチド結合を介して共有結合し得る。従って「タグ」は、本明細書に記載されるように、結合パートナーを設計するために使用されるイソペプチドタンパク質中のイソペプチド結合に関与する1つの反応性残基を含み得る(結合パートナーは、その結合に関与する他の反応性残基を含み得る)。
いくつかの実施形態において、「タグ」は、7~47個の間のアミノ酸、例えば8から46個の間のアミノ酸、例えば9から45個の間のアミノ酸、例えば10から44個の間のアミノ酸、例えば11から43個の間のアミノ酸、例えば12から42個の間のアミノ酸、例えば13から41個の間のアミノ酸、例えば14から40個の間のアミノ酸、例えば15から39個の間のアミノ酸、例えば16から38個の間のアミノ酸、例えば17~37個の間のアミノ酸、例えば18~36個の間のアミノ酸、例えば19~35個の間のアミノ酸、例えば20~34個の間のアミノ酸、例えば21~33個の間のアミノ酸、例えば22~32個の間のアミノ酸、例えば23~31個の間のアミノ酸、例えば24~30個の間のアミノ酸、例えば25~29個の間のアミノ酸、例えば26~28個の間のアミノ酸、例えば27個のアミノ酸の長さを有する。いくつかの実施形態において、「タグ」は、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45または46個のアミノ酸の長さを有する。
いくつかの実施形態において、「キャッチャー」は、長さが少なくとも20個のアミノ酸である。好ましくは「キャッチャー」は、5個以上のアミノ酸、例えば10個以上のアミノ酸、例えば15個以上のアミノ酸、例えば20個以上のアミノ酸、例えば25個以上のアミノ酸、例えば30個以上のアミノ酸、例えば35個以上のアミノ酸、例えば40個以上のアミノ酸、例えば45個以上のアミノ酸、例えば50個以上のアミノ酸、例えば60、70、80、90、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、または350個以上のアミノ酸などの長さを有する。いくつかの実施形態において、「キャッチャー」は、長さが少なくとも20個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、「キャッチャー」は、長さが75~125個の間のアミノ酸である。
好ましくは「キャッチャー」は、「タグ」よりも多くのアミノ酸残基からなるアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態において、第1及び第2のペプチドタグの1つは、SpyTag(配列番号1)、SdyTag(配列番号2)、SnoopTag(配列番号3)、PhoTag(配列番号4)、EntTag(配列番号5)、KTag、BacTag(配列番号15)、Bac2Tag(配列番号16)、Bac3Tag(配列番号17)、Bac4Tag(配列番号18)、RumTrunkTag(配列番号13または配列番号14)、Rum7Tag(配列番号12)、RumTag(配列番号6)、Rum2Tag(配列番号7)、Rum3Tag(配列番号8)、Rum4Tag(配列番号9)、Rum5Tag(配列番号10)、Rum6Tag(配列番号11)及びBac5Tag(配列番号19)からなる群から選択される。前記タグをコードする核酸配列は以下の通りである。SpyTag(配列番号35)、SdyTag(配列番号36)、SnoopTag(配列番号37)、PhoTag(配列番号38)、EntTag(配列番号39)、KTag、BacTag(配列番号49)、Bac2Tag(配列番号50)、Bac3Tag(配列番号51)、Bac4Tag(配列番号52)、RumTrunkTag(配列番号47または配列番号48)、Rum7Tag(配列番号46)、RumTag(配列番号40)、Rum2Tag(配列番号41)、Rum3Tag(配列番号42)、Rum4Tag(配列番号43)、Rum5Tag(配列番号44)、Rum6Tag(配列番号45)及びBac5Tag(配列番号46)。
いくつかの実施形態において、第1及び第2のペプチドタグの他方は、SpyCatcher(配列番号55)、SdyCatcher(配列番号56)、SnoopCatcher(配列番号57)及びエステル形成分割タンパク質対からなる群から選択される。エステル形成分割タンパク質対の例は、cpe0147(Uniprot B1R775)(配列番号34、DNA配列:配列番号68)のアミノ酸残基439~587に対応する断片及びcpe0147(Uniprot B1R775)(配列番号20、DNA配列:配列番号54)のアミノ酸残基565~587に対応する断片である。その他の第1または第2のペプチドタグは、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、及び配列番号33に提示され、対応するDNA配列は、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号64、配列番号65、配列番号66、及び配列番号67である。
いくつかの実施形態において、ペプチド対は、SpyTag及びSpyCatcherを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態において、ペプチド対は、SpyTag及びSdyCatcherを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態において、ペプチド対は、SnoopTag及びSnoopCatcherを含むか、またはそれらからなる。
いくつかの実施形態において、ペプチド対は、上記いずれかの切断版または改変版、すなわち、イソペプチド結合を形成する能力を保持しているが、更に操作されたペプチド対を含むか、またはそれらからなる。
ペプチド対は、例えば、変異または変更を、第1または第2のペプチドタグのいずれか1つもしくは2つ、すなわちタグ及びキャッチャーのいずれか1つまたは2つに導入して、変更されてもよい。ペプチドタグ、すなわち第1または第2のペプチドタグは、自発的に、イソペプチド結合を介してまたはエステル結合を介して、対応する結合パートナーに共有結合することができはずである。この点において、各ペプチドタグは、好ましくはイソペプチドタンパク質におけるイソペプチド結合の形成に関与する反応性アミノ酸残基の1つを含む。従って各ペプチドタグは、イソペプチド結合からの反応性残基を1つだけ含み、関与する両方の反応性残基を含まない。更に、ペプチドタグが改変または変異されている場合、その断片中の反応性残基は、好ましくは変更されないままである。これは、ペプチドタグのホモログが使用される場合、ホモログは好ましくは元のペプチドタグに最初に存在した反応性残基を依然として含むことを意味する。しかしいくつかの実施形態において、ペプチドタグが改変または変異された場合、その断片中の反応性残基も変化する。
好ましくは、タグに存在する反応性残基はアスパラギンまたはアスパラギン酸残基であり、上述したように、結合パートナーまたは修飾結合パートナー(キャッチャー)の反応性残基とイソペプチド結合を形成することができる。従って、1つのペプチドタグには1つの反応性残基が含まれ、他方のペプチドタグにはもう1つの反応性残基が含まれるため、単一のペプチドタグが両方の反応性残基を含むことはない。
いくつかの実施形態において、両方の反応性残基がイソペプチド結合の形成に関与する。いくつかの実施形態において、第1のペプチドタグの反応性残基は、第2のペプチドタグの反応性残基とは異なる。好ましくは、「キャッチャー」に存在する反応性残基はリジン残基である。いくつかの実施形態において、「キャッチャー」に存在する反応性残基はアスパラギンまたはアスパラギン酸残基である。好ましくは、「タグ」に存在する反応性残基はアスパラギンまたはアスパラギン酸残基である。いくつかの実施形態において、「タグ」に存在する反応性残基はリジン残基である。これらの残基が一緒になって、イソペプチド結合を形成し得る。
理論に束縛されるものではないが、イソペプチド結合の形成には第3の残基が関与してもよい。結合に直接参加するものではないが、この第3の残基は結合の形成を仲介してもよい。典型的に、第3の残基はグルタミン酸残基である。修飾結合パートナーは、好ましくはこの第3の残基を含む。換言すれば、ペプチドタグ、すなわち第1、第2または第3のペプチドタグのいずれかは、好ましくは、代わりに修飾結合パートナーに存在するこの第3の残基を含まない。
従って、ペプチド対がイソペプチド結合を形成する能力を保持している限り、ペプチド対は、前述のペプチドタグのいずれかの切断版または修飾版を含むか、またはそれらから構成されてもよい。
従って、いくつかの実施形態において、第1及び第2のペプチドタグの1つは、SpyTag(配列番号1)、SdyTag(配列番号2)、SnoopTag(配列番号3)、PhoTag(配列番号4)、EntTag(配列番号5)、KTag、BacTag(配列番号15)、Bac2Tag(配列番号16)、Bac3Tag(配列番号17)、Bac4Tag(配列番号18)、RumTrunkTag(配列番号13または配列番号14)、Rum7Tag(配列番号12)、RumTag(配列番号6)、Rum2Tag(配列番号7)、Rum3Tag(配列番号8)、Rum4Tag(配列番号9)、Rum5Tag(配列番号10)、Rum6Tag(配列番号11)、Bac5Tag(配列番号19)及びそれらに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれらに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体からなる群から選択される。同様に、第1及び第2のペプチドタグの1つの核酸配列は、SpyTag(配列番号35)、SdyTag(配列番号36)、SnoopTag(配列番号37)、PhoTag(配列番号38)、EntTag(配列番号39)、KTag、BacTag(配列番号49)、Bac2Tag(配列番号50)、Bac3Tag(配列番号51)、Bac4Tag(配列番号52)、RumTrunkTag(配列番号47または配列番号48)、Rum7Tag(配列番号46)、RumTag(配列番号40)、Rum2Tag(配列番号41)、Rum3Tag(配列番号42)、Rum4Tag(配列番号43)、Rum5Tag(配列番号44)、Rum6Tag(配列番号45)、Bac5Tag(配列番号46)及びそれらに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれらに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体からなる群から選択され得る。
いくつかの実施形態において、第1及び第2のペプチドタグの他方は、SpyCatcher(配列番号21)、SdyCatcher(配列番号22)、SnoopCatcher(配列番号23)、エステル形成分割タンパク質対(cpe0147(Uniprot B1R775)のアミノ酸残基439~587に対応する断片(配列番号34、DNA配列:配列番号68)及びcpe0147(Uniprot B1R775)(配列番号20、DNA配列:配列番号54)のアミノ酸残基565~587に対応する断片など)、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32及び配列番号33、ならびにそれらに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれらに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体からなる群から選択される。同様に、第1及び第2のペプチドタグの他方の核酸配列は、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67及びそれらに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれらに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、ペプチド対は、SpyTag(配列番号1)またはそれに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体、及びSpyCatcher(配列番号21)またはそれに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体を含むか、もしくはそれらから構成される。同様に、ペプチド対の核酸配列は、SpyTag(配列番号35)またはそれに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体、及びSpyCatcher(配列番号55)またはそれに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体を含むか、もしくはそれらから構成されてもよい。
いくつかの実施形態において、ペプチド対は、SpyTag(配列番号2)またはそれに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体、及びSdyCatcher(配列番号22)またはそれに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するその相同体を含むか、もしくはそれらから構成される。同様に、ペプチド対の核酸配列は、SpyTag(配列番号36)またはそれに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体、及びSpyCatcher(配列番号56)またはそれに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体を含むか、もしくはそれらから構成されてもよい。
いくつかの実施形態において、ペプチド対は、SnoopTag(配列番号3)またはそれに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれらに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体、及びSnoopCatcher(配列番号23)またはそれに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれらに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有するそれらの相同体を含むか、もしくはそれらからなる。同様に、ペプチド対の核酸配列は、SnoopTag(配列番号37)またはそれに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体、及びSnoopCatcher(配列番号57)またはそれに対して少なくとも60%の配列同一性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するそれらの変異体を含むか、もしくはそれらから構成されてもよい。
第1のペプチドタグのタンパク質への融合及び第2のペプチドタグの抗原への融合
第1のペプチドタグがタンパク質に融合される位置を変更することにより、粒子上の抗原の配向を変更でき得る。これは、抗原の最も重要なエピトープの最適な表示を可能にするために実施され得る。最適な配向は、抗原ごとに異なってもよい。
第1のペプチドタグがタンパク質に融合される位置を変更することにより、粒子上の抗原の配向を変更でき得る。これは、抗原の最も重要なエピトープの最適な表示を可能にするために実施され得る。最適な配向は、抗原ごとに異なってもよい。
特定のモノクローナル抗体のエピトープは、抗原構造上にマッピングされてもよく、これにより、粒子への抗原のコンジュゲーション後にどのエピトープが接近可能であるかを決定することが可能になる。具体的には、ELISAまたは別の親和性測定技術(例えばAttana)を使用するなどして、特定のモノクローナル抗体と、粒子に結合した抗原の複合体(抗原:粒子複合体)との間の結合を測定することで、抗原の配向を決定してもよい。クライオ電子顕微鏡法は、抗原:粒子複合体全体の構造を決定するために使用してもよい。抗原が機能的結合エピトープを含む場合、エピトープが最終的な抗原:粒子複合体で曝露されているかまたは隠れているかを判断するために結合アッセイを実施してもよい。
第2のペプチドタグが抗原に融合される位置を変更することにより、粒子上の抗原の配向を変更できる。これは、抗原の最も重要なエピトープの最適な表示を可能にするために実施され得る。最適な配向は、抗原ごとに異なってもよい。
いくつかの実施形態において、第1のペプチドタグはタンパク質のN末端に融合される。その他の実施形態において、第1のペプチドタグはタンパク質のC末端に融合される。その他の実施形態において、第1のポリヌクレオチドは、タンパク質のコード配列にインフレームで挿入される。融合タンパク質は、第1のペプチドタグとタンパク質との間にリンカーを含んでもよい。
同様に、いくつかの実施形態において、第2のペプチドタグは抗原のN末端に融合される。その他の実施形態において、第2のペプチドタグは抗原のC末端に融合される。その他の実施形態において、第2のポリヌクレオチドは、タンパク質のコード配列にインフレームで挿入される。融合タンパク質は、第2のペプチドタグと抗原との間にリンカーを含んでもよい。
疾患と医学的適応
本発明は、ナノ粒子またはVLPが発現される細胞内、すなわちin vivoで、直接様々な抗原をナノ粒子またはVLPにコンジュゲートするための、新規かつ汎用的で使いやすいアプローチである。抗原に応じて、本組成物は広範囲の疾患の予防及び/または治療に使用することができる。本発明を予防及び/または治療に使用できる疾患には、がん、心血管疾患、アレルギー疾患、慢性疾患、神経疾患、及び/または感染症が含まれるが、これらに限定されるものではない。抗原は、典型的には、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質もしくはそれらの断片であり、すなわちそれらはアミノ酸配列を含むか、またはそれから構成される。
本発明は、ナノ粒子またはVLPが発現される細胞内、すなわちin vivoで、直接様々な抗原をナノ粒子またはVLPにコンジュゲートするための、新規かつ汎用的で使いやすいアプローチである。抗原に応じて、本組成物は広範囲の疾患の予防及び/または治療に使用することができる。本発明を予防及び/または治療に使用できる疾患には、がん、心血管疾患、アレルギー疾患、慢性疾患、神経疾患、及び/または感染症が含まれるが、これらに限定されるものではない。抗原は、典型的には、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質もしくはそれらの断片であり、すなわちそれらはアミノ酸配列を含むか、またはそれから構成される。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つのがん疾患に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態において、本組成物は、がん及び/または抗原が関連するがんの予防及び/または治療のために使用され得る。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つの心血管疾患に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態では、本組成物は、心血管疾患及び/または抗原が関連する心血管疾患の予防及び/または治療に使用され得る。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つのアレルギー疾患に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態において、本組成物は、アレルギー疾患及び/または抗原が関連するアレルギー疾患の予防及び/または治療のために使用することができる。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つの感染症に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態において、本組成物は、感染症及び/または抗原が関連する感染症の予防及び/または治療のために使用することができる。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つの慢性疾患に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態において、本組成物は、慢性疾患及び/または抗原が関連する慢性疾患の予防及び/または治療のために使用することができる。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つの神経疾患に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態において、本組成物は、神経疾患及び/または抗原が関連する神経疾患の予防及び/または治療のために使用することができる。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つのウイルス性疾患に関連する抗原は、第1のペプチドタグと第2のペプチドタグとの間の相互作用を介して、本明細書に記載される粒子形成タンパク質などのタンパク質に連結される。更なる実施形態において、本組成物は、抗原が関連する慢性疾患の予防及び/または治療のために使用することができる。いくつかの実施形態において、ウイルス性疾患は、SARS-CoV-2などのコロナウイルス、マラリア、結核、HIVまたはインフルエンザによって引き起こされる。
本発明で使用され得る抗原の非網羅的な一覧を表1及び表2に概説する。更に表1は、抗原が関連する特定の疾患の例に加えて、本組成物を用いた予防及び/または治療の必要がある可能性のある患者群の例を示す。
関連する抗原には、ヘマグルチニン、GD2、EGF-R、CEA、CD52、CD21、ノイラミニダーゼ、ヒト黒色腫タンパク質gp100、ヒト黒色腫タンパク質melan-A/MART1、HIVエンベロープタンパク質、M2e、VAR2CSA、ICAM1、CSP、デングウイルスNS1、デングウイルスエンベロープタンパク質、チクングニアウイルスエンベロープタンパク質、チロシナーゼ、HCV E2、NA17-A nt、MAGE-3、HPV 16 E7、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、p53、hCG、Fel d1、EGRFvIII、エンドグリン、ANGPTL-3、CSPG4、CTLA-4、HER2、IgE、IL-1ベータ、IL-5、IL-13、IL-17、IL-22、IL-31、IL-33、TSLP、NGF及び(IHNV)Gタンパク質、リンホトキシンαまたはβなどのリンホトキシン、リンホトキシン受容体、核因子kBリガンドの受容体活性化因子、血管内皮増殖因子VEGF、VEGF受容体、IL-23 p19、グレリン、CCL21、CXCL12、SDF-1、M-CSF、MCP-1、エンドグリン、GnRH、TRH、エオタキシン、ブラジキニン、BLC、TNF-α、アミロイドβペプチドA、アンギオテンシン、ガストリン、プロガストリン、CETP、CCR5、C5a、CXCR4、Des-Arg-ブラジキニン、GnRHペプチド、アンジオテンシンペプチドまたはTNFペプチドが挙げられる。
いくつかの実施形態において、抗原は、ヘマグルチニン、GD2、EGF-R、CEA、CD52、CD21、ノイラミニダーゼ、ヒト黒色腫タンパク質gp100、ヒト黒色腫タンパク質melan-A/MART1、HIVエンベロープタンパク質、M2e、VAR2CSA、ICAM1、CSP、デングウイルスNS1、デングウイルスエンベロープタンパク質、チクングニアウイルスエンベロープタンパク質、チロシナーゼ、HCV E2、NA17-A nt、MAGE-3、HPV 16 E7、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、p53、hCG、Fel d1、EGRFvIII、エンドグリン、ANGPTL-3、CSPG4、CTLA-4、HER2、IgE、IL-1ベータ、IL-5、IL-13、IL-17、IL-22、IL-31、IL-33、TSLP、NGF及び(IHNV)Gタンパク質、リンホトキシンαまたはβなどのリンホトキシン、リンホトキシン受容体、核因子kBリガンドの受容体活性化因子、血管内皮増殖因子VEGF、VEGF受容体、IL-23 p19、グレリン、CCL21、CXCL12、SDF-1、M-CSF、MCP-1、エンドグリン、GnRH、TRH、エオタキシン、ブラジキニン、BLC、TNF-α、アミロイドβペプチドA、アンギオテンシン、ガストリン、プロガストリン、CETP、CCR5、C5a、CXCR4、Des-Arg-ブラジキニン、GnRHペプチド、アンジオテンシンペプチドもしくはTNFペプチドの、抗原断片または抗原変異体である。この抗原性断片または抗原性変異体は、対応する抗原よりも強力な免疫応答を誘導するのに優れている場合がある。
従って、いくつかの実施形態において、抗原断片または抗原変異体のタンパク質配列は、対応する抗原の相同体であって、それに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有する。いくつかの実施形態において、抗原断片または抗原変異体は、ポリペプチドによってコードされる。前記ポリペプチドは、対応する天然抗原の核酸配列変異体から構成されるか、またはそれを含んでもよく、核酸配列変異体は、それに対して少なくとも60%、例えば対応する抗原に対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有する。
従って、いくつかの実施形態において、抗原断片または抗原変異体のタンパク質配列は、対応する抗原の相同体であって、それに対して少なくとも60%の相同性、例えばそれに対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の相同性を有する。いくつかの実施形態において、抗原断片または抗原変異体は、ポリペプチドによってコードされる。前記ポリペプチドは、対応する天然抗原の核酸配列変異体から構成されるか、またはそれを含んでもよく、核酸配列変異体は、それに対して少なくとも60%、例えば対応する抗原に対して少なくとも65%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも91%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも93%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%の配列同一性を有する。
細胞は、本明細書に記載されるタグにそれぞれが融合された、抗原及び粒子形成タンパク質のトランスフェクション及び発現時に、粒子形成タンパク質に連結された抗原を表示する自己集合粒子を形成できることが望ましい。これは、本開示の実施例2及び3に開示されている方法など、当業者に既知の関連する方法で評価され得る。
本発明の組成物は、他の疾患に対して使用してもよく、及び/または本明細書に列挙したもの以外のその他の抗原を使用してもよい。
本発明の一実施形態において、医学的適応は、心血管疾患、免疫炎症性疾患、慢性疾患、神経疾患、感染症及びがんからなる群から選択される。特定の実施形態において、医学的適応は免疫炎症性疾患である。別の特定の実施形態において、医学的適応は心血管疾患である。別の実施形態において、医学的適応は慢性疾患である。別の実施形態において、医学的適応は神経疾患である。別の実施形態において、医学的適応は感染症である。別の実施形態において、医学的適応はがんである。
別の実施形態において、抗原は、心血管疾患及び/またはアレルギー反応/疾患などの異常な生理学的反応に関連するポリペプチド、ペプチド及び/またはポリペプチドの抗原断片である。特定の実施形態において、異常な生理学的反応はがんである。
更なる実施形態において、抗原は、本明細書に開示される医学的適応に関連するタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。
がん及び関連抗原
2012年には、世界中で1,400万人以上の成人ががんと診断され、800万人以上ががんで死亡した。従って、効率的ながん治療法が必要とされている。
2012年には、世界中で1,400万人以上の成人ががんと診断され、800万人以上ががんで死亡した。従って、効率的ながん治療法が必要とされている。
がん細胞の特徴の一つに、遺伝子及びタンパク質の異常な発現レベルがある。がん関連遺伝子の一例はHER2で、これは全乳癌の20%で過剰発現しており、高い転移能及び患者の生存率の低下に関連している。がん細胞は、免疫学的に正常細胞と区別する方法でがん関連抗原を発現するが、ほとんどのがん関連抗原は、一般的に宿主によって許容される「自己」タンパク質であるため、ほとんどのがん関連抗原は免疫原性が弱いのみである。本組成物は、対象の細胞において、抗原、例えばがん関連抗原に反応して、そのような抗原に対する免疫寛容を克服するために、免疫系を活性化することができる抗原を表示する粒子を発現させるために使用することができる。異なるがんは、異なるがん関連抗原を有することによって特徴付けられる。サバイビンは、ほとんどのがん細胞で過剰発現していると考えられており、本発明でも使用され得る。従って本発明は、腫瘍関連抗原を過剰発現するほとんどの種類のがんの治療/予防に使用してもよい。
これにより本発明は、例えばがん関連抗原に対して反応し、そのような抗原に対する免疫寛容を克服するために免疫系を活性化することができる組成物を提供する。更なる実施形態において、本組成物は、抗原が関連するがんの予防及び/または治療のために使用され得る。
別の実施形態において、本発明は、抗原を過剰発現するいかなる種類のがんの治療/予防に使用される。本発明が使用され得るがんの種類は、抗原の選択によって決定される。
オンコウイルスががんを引き起こすことは既知である。従って一実施形態において、本発明のワクチンは、イソペプチド結合またはエステル結合を介してタンパク質、好ましくは粒子形成タンパク質に連結されたオンコウイルス関連抗原を含む。
更なる実施形態において、本組成物は、抗原が関連するがんの予防及び/または治療のために使用され得る。
一実施形態において、抗原は、副腎癌、肛門癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、成人の脳/CNS腫瘍、小児の脳/CNS腫瘍、乳癌、男性の乳癌、青年のがん、小児のがん、若年成人のがん、原発不明がん(CUP)、キャッスルマン病、子宮頸癌、結腸/直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、ユーイング腫瘍ファミリー、目のがん、胆嚢癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、妊娠性絨毛性疾患、ホジキン病、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭及び下咽頭癌、白血病、成人の急性リンパ球性、白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、小児白血病、肝臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肺カルチノイド腫瘍、リンパ腫、皮膚リンパ腫、悪性中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、鼻腔及び副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、小児の非ホジキンリンパ腫、口腔及び中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、陰茎癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、成人軟部組織癌肉腫、皮膚癌、基底及び扁平上皮細胞皮膚癌、黒色腫皮膚癌、メルケル細胞皮膚癌、小腸癌、胃癌、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、子宮肉腫、膣癌、外陰癌、原発性マクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍からなる群から選択されるがんに関連するタンパク質もしくはペプチドまたはポリペプチドの抗原断片である。
いくつかの実施形態において、がんは、乳癌、胃癌、卵巣癌、及び子宮体部漿液性癌からなる群から選択される。
それらのHer2/Neu(ERBB2)及び/またはサバイビンもしくはその抗原断片を、本明細書に記載されるVLPまたはナノ粒子に連結することにより、例えばHer2/Neu(ERBB2)及び/またはサバイビンの高発現を有する細胞に対して反応し、免疫寛容を克服するために免疫系を活性化することができるVLPまたはナノ粒子を形成する。一実施形態において、Her2/Neu(ERBB2)及び/またはサバイビンは、本明細書に開示されるがん疾患及び/または他のがん疾患の予防及び/または治療のために使用され得る。同様の推論を使用して、その他のがん疾患関連抗原を任意のがん疾患に対して使用してもよい。そのような抗原は、インターロイキン-17、ヘマグルチニン、GD2、EGF-R、CEA、CD52、CD21、ヒト黒色腫タンパク質gp100、ヒト黒色腫タンパク質メラン-A/MART1、チロシナーゼ、NA17-A nt、MAGE-3、HPV 16 E7、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、p53、hCG、Fel d1、及び(IHNV)Gタンパク質からなる群から選択され得る。
一実施形態において、本発明の抗原は、Her2/Neu(ERBB2)及び/またはサバイビンもしくはその抗原断片であって、抗原は、本明細書に開示される種類のがんの少なくとも1つに関連し、それを対象とする。一実施形態において、本開示の抗原は、そのインターロイキン-17、赤血球凝集素、GD2、EGF-R、CEA、CD52、CD21、ヒト黒色腫タンパク質gp100、ヒト黒色腫タンパク質melan-A/MART1、チロシナーゼ、NA17-A nt、MAGE-3、HPV 16 E7、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、p53、hCG、Fel d1及び(IHNV)Gタンパク質または抗原断片であって、抗原は、本明細書に開示される種類のがんの少なくとも1つに関連し、それを対象とする。
心血管疾患及び関連抗原
2008年には推定1,730万人が心血管疾患で死亡し、これは全世界の死亡者数の30%に相当する。タバコの使用、不健康な食事と肥満、運動不足、高血圧、糖尿病、脂質の上昇などのリスク要因に対処することは、心血管疾患の予防にとって重要である。しかし、予防的な医薬品対策の必要性はますます重要になっている。本発明は、ほとんどの種類の心血管疾患の治療/予防に使用され得る。本発明が使用され得る心血管疾患の種類は、抗原の選択によって決定される。
2008年には推定1,730万人が心血管疾患で死亡し、これは全世界の死亡者数の30%に相当する。タバコの使用、不健康な食事と肥満、運動不足、高血圧、糖尿病、脂質の上昇などのリスク要因に対処することは、心血管疾患の予防にとって重要である。しかし、予防的な医薬品対策の必要性はますます重要になっている。本発明は、ほとんどの種類の心血管疾患の治療/予防に使用され得る。本発明が使用され得る心血管疾患の種類は、抗原の選択によって決定される。
本発明の一実施形態において、抗原は、高脂血症、I型、II型、III型、IV型、またはV高脂血症、続発性高トリグリセリド血症、高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、黄色腫症、コレステロールアセチルトランスフェラーゼ欠乏症、動脈硬化状態(例えば、アテローム性動脈硬化症)、冠動脈疾患、心血管疾患などの脂質疾患を含む群から選択される疾患に関連するタンパク質もしくはペプチドまたはポリペプチドの抗原断片である。
本発明の一実施形態において、抗原は、心血管疾患に関連するタンパク質もしくはペプチドまたはポリペプチドの抗原断片である。更なる実施形態において、心血管疾患は、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、及び高コレステロール血症からなる群から選択される。
心血管疾患に関連するポリペプチドの一例は、コレステロール恒常性に作用するPCSK9である。PCSK9の阻害には医学的意義があり、血漿及び/または血清の低密度リポタンパク質コレステロール(LDL-C)値を低下させることができる。LDL-Cを減らすと、心臓発作などのリスクが軽減される。
PCSK9抗原をVLPまたはナノ粒子に連結すると、PCSK9の結合及び血流からのPCSK9の除去またはPCSK9のLDL受容体への結合の妨害のいずれかを行う抗体を産出するために免疫系を活性化することができるPCSK9-VLP/ナノ粒子ベースのワクチンが形成される。一実施形態において、本組成物は、本明細書に開示される心血管疾患及び/またはその他の心血管疾患の予防及び/または治療のために使用することができる。同様の推論を使用して、その他の心血管疾患関連抗原を、任意の心血管疾患に対して使用してもよい。
好ましい実施形態において、抗原は、PSCK9またはその抗原断片を含み、抗原は、本明細書に開示される心血管疾患及び/またはその他の心血管疾患の少なくとも1つに関連し、それを対象とする。
心血管疾患に関連するポリペプチドの別の例は、コレステロール恒常性に作用するANGPTL3である。ANGPTL3の阻害には医学的意義があり、血漿及び/または血清の低密度リポタンパク質コレステロール(LDL-C)値を低下させることができる。LDL-Cを減らすと、心臓発作などのリスクが軽減される。
ANGPTL3抗原をVLPまたはナノ粒子に連結すると、ANGPTL3の結合及び血流からのANGPTL3の除去またはANGPTL3のLDL受容体への結合の妨害のいずれかを行う抗体を産出するために免疫系を活性化することができるANGPTL3-VLP/ナノ粒子ベースのワクチンが形成されるため、LDL-C値及び心臓発作のリスクが低下する。一実施形態において、本組成物は、本明細書に開示される心血管疾患及び/またはその他の心血管疾患の予防及び/または治療のために使用され得る。同様の推論を使用して、その他の心血管疾患関連抗原を任意の心血管疾患に対して使用してもよい。
好ましい実施形態において、抗原は、ANGPTL3またはその抗原断片を含み、抗原は、本明細書に開示される心血管疾患及び/またはその他の心血管疾患の少なくとも1つに関連し、それを対象とする。
免疫炎症性疾患及び関連抗原
世界中の免疫炎症性疾患の有病率は、先進国と発展途上国の両方で劇的に上昇している。世界保健機関の統計によると、世界で数億人もの対象がアレルギー性鼻炎に苦しんでおり、3億人が、個人の生活の質に著しく影響を与え、社会の社会経済的福祉に悪影響を及ぼしている喘息を患っていると推定される。
世界中の免疫炎症性疾患の有病率は、先進国と発展途上国の両方で劇的に上昇している。世界保健機関の統計によると、世界で数億人もの対象がアレルギー性鼻炎に苦しんでおり、3億人が、個人の生活の質に著しく影響を与え、社会の社会経済的福祉に悪影響を及ぼしている喘息を患っていると推定される。
インターロイキン5(IL-5)は、重度の好酸球性喘息を含む、様々な種類のアレルギーにおける好酸球性炎症において重要な役割を果たすことが示されている。好酸球は、その動員、活性化、成長、分化、及び生存に関してIL-5によって調節されており、その結果、このサイトカインが治療的介入の主な標的として特定された。
IL-5抗原またはその断片を本発明の粒子形成タンパク質に連結すると、IL-5に対して反応するために免疫系を活性化することができるIL-5-VLP/ナノ粒子ベースのワクチンが形成される。従って、本発明に記載のIL-5ベースの組成物は、好酸球性喘息またはその他の免疫炎症性疾患の治療/予防に使用され得る。その他の免疫炎症性疾患関連抗原(例えば、IgEもしくはインターロイキン17またはIL-17)は、同様の推論を使用して本発明によって使用され得る。従って、本発明に記載されるIL-17ベースの組成物は、好酸球性喘息またはその他の免疫炎症性疾患の治療/予防に使用され得る。発明が使用され得る喘息またはアレルギーもしくはその他の免疫炎症性疾患の種類は、抗原の選択によって決定される。一実施形態において、抗原は、本明細書に開示される1つまたは複数の喘息または免疫炎症性疾患に関連するタンパク質またはペプチドもしくはポリペプチドの抗原断片である。好ましい実施形態において、喘息または免疫炎症性疾患は、好酸球性喘息、アレルギー、鼻ポリープ、アトピー性皮膚炎、好酸球性食道炎、好酸球増加症候群、及びチャーグ・シュトラウス症候群からなる群から選択される。
好ましい実施形態において、抗原は、IL-5、IL-17、またはその抗原断片を含み、抗原は、本明細書に開示される喘息またはアレルギー疾患及び/もしくは他の免疫炎症性疾患の少なくとも1つに関連し、それを対象とする。
感染症及び関連抗原
結核及びマラリアは、2つの主要な感染症である。2012年には、推定2億700万例のマラリアが発生し、50万人以上が死亡した。また、2012年には推定860万人が結核を発症し、130万人がこの疾患で死亡した。現在の治療法は不十分であり、いくつかは薬剤耐性につながっている。従って、結核及びマラリアを治療/予防するための新しく効率的な薬剤が必要とされている。マラリアまたは結核関連抗原もしくはその断片を本発明のVLPまたはナノ粒子に連結すると、例えばマラリアまたは結核に対して反応するために免疫系を活性化することができるVLPまたはナノ粒子ベースのワクチンが形成される。同様の推論を使用して、本発明は、ほとんどの感染症の治療/予防に使用され得る。本発明が使用され得る感染症の種類は、抗原の選択によって決定される。
結核及びマラリアは、2つの主要な感染症である。2012年には、推定2億700万例のマラリアが発生し、50万人以上が死亡した。また、2012年には推定860万人が結核を発症し、130万人がこの疾患で死亡した。現在の治療法は不十分であり、いくつかは薬剤耐性につながっている。従って、結核及びマラリアを治療/予防するための新しく効率的な薬剤が必要とされている。マラリアまたは結核関連抗原もしくはその断片を本発明のVLPまたはナノ粒子に連結すると、例えばマラリアまたは結核に対して反応するために免疫系を活性化することができるVLPまたはナノ粒子ベースのワクチンが形成される。同様の推論を使用して、本発明は、ほとんどの感染症の治療/予防に使用され得る。本発明が使用され得る感染症の種類は、抗原の選択によって決定される。
2020年はSARS-CoV-2/COVID-19のパンデミックによって特徴付けられ、世界中で数百万人もの感染者が発生したため、この感染症は非常に注目されている。インフルエンザは、対象となる別の感染症である。
一実施形態において、本発明の第2のペプチドタグに融合された抗原は、結核及び/またはマラリアなどの感染症に関連するタンパク質またはペプチドもしくはポリペプチドの抗原断片である。
一実施形態において、熱帯熱マラリア原虫からの抗原は、マラリアの治療/予防に使用するために第2のペプチドタグに融合する。
更なる実施形態において、結核菌からの抗原は、結核の治療/予防に使用するために第2のペプチドタグに融合する。
更なる実施形態において、抗原は、結核菌からのAg85A、熱帯熱マラリア原虫からのPfRH5、熱帯熱マラリア原虫からのVAR2CSA(ドメイン、ID1-ID2a)、CIDR1aドメイン、熱帯熱マラリア原虫からのPfEMP1、熱帯熱マラリア原虫からのGLURP、熱帯熱マラリア原虫からのMSP3、熱帯熱マラリア原虫からのPfs25、熱帯熱マラリア原虫からのCSP、熱帯熱マラリア原虫からのPfSEA-1、または開示される抗原の抗原断片からなる群から選択される。別の実施形態において、抗原は、熱帯熱マラリア原虫からのMSP3とGLURP(GMZ2)との間に融合構築物を含む。
更なる実施形態において、抗原は、インフルエンザウイルスからのヘマグルチニン(HA)抗原またはその抗原断片である。
別の実施形態において、本発明の抗原は、感染症を引き起こす病原生物からのタンパク質、またはその抗原断片を含む。
一実施形態において、抗原は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)のタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。従って、いくつかの実施形態において、抗原は、SARS-CoV-2エンベロープタンパク質のタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。いくつかの実施形態において、抗原は、SARS-CoV-2スパイクタンパク質のタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。いくつかの実施形態において、抗原は、SARS-CoV-2ヌクレオカプシドタンパク質のタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。いくつかの実施形態において、抗原は、SARS-CoV-2エンベロープタンパク質のタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。特定の実施形態において、抗原は、SARS-CoV-2スパイクタンパク質RBD(GenBankアクセッション番号:QIA20044.1)のアミノ酸319~591である。前記抗原は、キャッチャーまたはタグに融合されてもよく、更にCタグ精製タグを含んでもよい。
従って、いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. 第1のペプチドタグに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記SARS-CoV-2抗原を表示する粒子を形成する、前記組成物である。
i. 第1のペプチドタグに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記SARS-CoV-2抗原を表示する粒子を形成する、前記組成物である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. SpyCatcherに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SpyTagに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
i. SpyCatcherに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SpyTagに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. SpyCatcherに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SdyTagに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
i. SpyCatcherに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SdyTagに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. SnoopCatcherに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SpyTagに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
i. SnoopCatcherに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SpyTagに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. SpyTagに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SpyCatcherに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
i. SpyTagに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SpyCatcherに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. SpyTagに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SdyCatcherに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
i. SpyTagに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SdyCatcherに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物は、
i. SnoopTagに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SnoopCatcherに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
i. SnoopTagに融合したタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. SnoopCatcherに融合したSARS-CoV-2抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む。
一実施形態において、抗原は、インフルエンザウイルスのタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である。
異種発現系での発現が困難であることが既知の抗原
いくつかの抗原は、異種発現系での発現が困難である(例えば、大腸菌で産生される哺乳動物抗原)。また多数の抗原も多タンパク質複合体として存在し、生成及び配合を更に複雑にしている。生成及び結合中のタンパク質の分解または凝集も、粒子表示、特にVLP表示の問題を引き起こす場合がある。これにより抗原が不溶性になり、in vitroでの生成及びVLP技術のワクチンとしての使用が非常に複雑または不可能になる可能性がある。
いくつかの抗原は、異種発現系での発現が困難である(例えば、大腸菌で産生される哺乳動物抗原)。また多数の抗原も多タンパク質複合体として存在し、生成及び配合を更に複雑にしている。生成及び結合中のタンパク質の分解または凝集も、粒子表示、特にVLP表示の問題を引き起こす場合がある。これにより抗原が不溶性になり、in vitroでの生成及びVLP技術のワクチンとしての使用が非常に複雑または不可能になる可能性がある。
従ってこれらの抗原は、in vivoでDNA/mRNAによって生成され、in vivoでVLPに直接結合されることから恩恵を受ける可能性がある。これにより、最初にタンパク質/タンパク質複合体を生産および精製する必要がなくなり、最適ではない可能性があるバッファーでの長時間の保存も防ぐ。以下は、このような技術の恩恵を受ける可能性のある数種類の抗原のいくつかの例である。
インターロイキン:アレルギー及び喘息の文脈では、インターロイキンのレベルが疾患の重症度に関与している。粒子技術、特にVLP技術は、免疫寛容の突破を可能にしてインターロイキンのレベルを制御するため、いくつかの疾患の症状のを緩和する。しかし多くのインターロイキンは、(特に大腸菌において、しかし他の様々な発現系においても)生成が困難であり、不溶性であることが多い。これらのうち、IL-13、IL-31及びIL-17Aは、現在のmRNA/DNA技術の恩恵を受ける可能性がある。
従っていくつかの実施形態において、抗原はIL-13である。いくつかの実施形態において、抗原はIL-31である。いくつかの実施形態において、抗原はIL-17である。
同様に、PCSK9はコレステロール値に関与しているため、研究はPCSK9ワクチンの作成に焦点を当ててきた。SARS-CoV-2のパンデミックでは、ウイルスの変異率が非常に高いため、様々な変異体から保護するために新しいワクチンが必要になる可能性がある。しかし、これらの抗原は両方とも真核細胞で生成する必要があり、生産ラインにはコストと時間がかかる。更にPCSK9は、VLPを含む粒子に安定して結合することが非常に困難であることが証明されており、タンパク質の凝集及び分解の問題により開発が大幅に遅れており、成功するには新しいPCSK9設計が必要である。従ってこの抗原は、生産時間及びコストを削減するために、mRNA/DNA送達技術の恩恵を受ける可能性がある。
従っていくつかの実施形態において、抗原はPCSK9である。
最後に、HIVトリマー及びインフルエンザステム三量体も非常に大きなタンパク質であるため、VLPなどの粒子に結合するのが難しいタンパク質であり、人工的に設計されたステム三量体には固有の安定性の問題がある。また、多くのHIV変異体配列は、不安定性の問題により、ステムのみのHIVワクチン設計に組み込むことが不可能であることが証明されていることも文献から既知である(Zhang et al., 2021)。これらの抗原がDNA/mRNAとして送達される(結合効率及び圧力が異なると同時に、粒子に結合する前に不安定な抗原を長期間処理する必要がなくなる)in vivo系では、DNA/mRNA粒子技術が解決策になり得る。
従っていくつかの実施形態において、抗原はHIV三量体である。いくつかの実施形態において、抗原はインフルエンザウイルス三量体である。
発現系
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、発現系も提供される。
本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、発現系も提供される。
発現系は、そこから転写されたmRNAがポリシストロン性の、ポリシストロン性RNA構築物及び/またはDNA構築物からなるか、またはそれを含んでもよい。従っていくつかの実施形態において、発現系の第1及び第2のポリヌクレオチドは、同じリボ核酸分子上にコードされる。いくつかの実施形態において、発現系の第1及び第2のポリヌクレオチドは同じオープンリーディングフレーム内にあり、これにより両方のポリヌクレオチドを転写するために1つのプロモーター配列のみが必要となる。いくつかの実施形態において、発現系の第1及び第2のポリヌクレオチドは別々のオープンリーディングフレーム内にあるため、別々のプロモーターによって制御され得る。
第1のペプチドタグ、第2のペプチドタグ、タンパク質及び/または抗原は、本明細書の他の場所で定義される通りであり得る。
「発現系」という用語は、細胞内でタンパク質及び/またはRNAを生成するように設計された遺伝子構築物を指す。従って発現系は、細胞内でそれぞれタンパク質またはDNAに翻訳または転写されるRNA及び/またはDNAを含み得る。
発現系は、細胞における遺伝子発現に必要な配列を含み得る。これらには、プロモーター、リボソーム結合部位などの翻訳開始配列、開始コドン、終止コドン、及び転写終結配列が含まれてもよい。原核生物と真核生物とではタンパク質合成に関与する酵素に違いがあるため、発現ベクターは、選択した宿主に適した発現エレメントを含まなければならない。例えば原核生物の発現系は、リボソーム結合のための翻訳開始部位にシャイン・ダルガーノ配列を含んでもよいが、真核生物の発現系は、コザックコンセンサス配列を含んでもよい。
発現系は、選択マーカーなどのマーカー、すなわち人工選択に適した形質を与える遺伝子を追加で含んでもよく、これにより発現系を含む細胞が選択されるか、またはレポーター遺伝子などのスクリーニング可能なマーカー、すなわち、発現系を含む細胞と含まない細胞との区別を可能にする遺伝子であってもよいため、発現系を含む細胞が同定され得る。そのようなマーカーの実施例には、抗生物質耐性遺伝子、栄養要求性マーカー、ならびに有色及び/または蛍光化合物などの検出可能な化合物を発現する遺伝子が含まれる。
いくつかの実施形態において、第1のポリヌクレオチド及び第2のポリヌクレオチドは、両方ともDNAポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、第1のポリヌクレオチド及び第2のポリヌクレオチドは、両方ともRNAポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、第1のポリヌクレオチドまたは第2のポリヌクレオチドはDNAポリヌクレオチドであり、他方はRNAポリヌクレオチドである。
第1のポリヌクレオチド及び/または第2のポリヌクレオチドは、誘導性プロモーターまたは構成的プロモーターなどのプロモーターの制御下にあってもよい。第1及び/または第2のポリヌクレオチドは、それぞれ第1及び/または第2のプロモーターの制御下にあってもよく、これらは同一であっても異なっていてもよい。またこれらは、単一のプロモーターの制御下にあってもよい。
発現系の第1及び第2のポリヌクレオチドは、同じ分子内に含まれてもよい。あるいは、発現系の第1及び第2のポリヌクレオチドは、2つ以上の別々の分子内など、異なる分子内に含まれていてもよい。
第1及び/または第2のポリヌクレオチドは、分泌または排出シグナルを含む融合タンパク質を取得するためにこのようなシグナルを更に含んでもよく、これにより、第1のペプチドタグに融合されたタンパク質及び/または第2のペプチドタグに融合された抗原は、小胞体から、更に任意的に細胞から分泌または排出される。
本発明の発現系は、本明細書において上記で開示された広範囲の疾患の予防及び/または治療のために使用され得る。
細胞及び宿主細胞
本発明は、本明細書に開示されるポリヌクレオチド及び/または発現系を含む、宿主細胞などの細胞に更に関連する。ポリヌクレオチド及び/または発現系は、コドン最適化された配列を有してもよい。コドン最適化法は当技術分野において既知であり、異種宿主生物または細胞における最適化された発現を可能にする。一実施形態において、細胞は、細菌、酵母、真菌、植物、哺乳動物及び/または昆虫細胞を含む群から選択され得る。
本発明は、本明細書に開示されるポリヌクレオチド及び/または発現系を含む、宿主細胞などの細胞に更に関連する。ポリヌクレオチド及び/または発現系は、コドン最適化された配列を有してもよい。コドン最適化法は当技術分野において既知であり、異種宿主生物または細胞における最適化された発現を可能にする。一実施形態において、細胞は、細菌、酵母、真菌、植物、哺乳動物及び/または昆虫細胞を含む群から選択され得る。
宿主細胞などの細胞内で第1のポリペプチド及び/または第2のポリペプチドを発現させる方法は、当技術分野で周知である。第1または第2のポリペプチドは、細胞のゲノムにクローン化された対応するポリヌクレオチド配列から異種発現されてもよく、または第1または第2のポリペプチドは、ベクター内に含まれていてもよい。例えば、第1及び/または第2のポリペプチドをコードする第1及び/または第2のポリヌクレオチドがゲノムにクローン化され、第1及び/または第2のポリペプチドをコードする第1及び/または第2のポリヌクレオチドが、細胞に変換またはトランスフェクトされたベクター内に含まれる。
細胞における第1及び第2のポリペプチドの発現は、一時的方法で起こり得る。ポリペプチドの1つをコードするポリヌクレオチドがゲノムにクローン化される場合、ポリペプチドの発現を制御するために誘導性プロモーターも同様にクローン化され得る。このような誘導性プロモーターは当技術分野で周知である。あるいは、遺伝子サイレンシングのサプレッサーをコードする遺伝子を、ゲノムに、または細胞内でトランスフェクトされたベクターにクローン化することもできる。
従って、更に本明細書では、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記細胞が提供される。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義される前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記細胞が提供される。
いくつかの実施形態において、細胞は細菌細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は酵母細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は真菌細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は植物細胞である。いくつかの実施形態において、細胞はヒト細胞などの哺乳動物細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は昆虫細胞である。
特定の実施形態において、宿主細胞などの細胞は、Escherichia coli, Spodoptera frugiperda(sf9)、Trichoplusia ni (BTI-TN-5B1-4)、Pichia Pastoris、Saccharomyces cerevisiae、Hansenula polymorpha、Drosophila Schneider 2(S2)、Lactococcus lactis、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)、ヒト胎児腎臓293、Nicotiana tabacumcv. Samsun NN及びSolanum tuberosumcv. Solaraを含む群から選択され得る。従って一実施形態において、細胞はEscherichia coliである。別の実施形態において、細胞はSpodoptera frugiperdaである。別の実施形態において、細胞はPichia Pastorisである。別の実施形態において、細胞はSaccharomyces cerevisiaeである。別の実施形態において、細胞はHansenula polymorphaである。別の実施形態において、細胞はDrosophila Schneider2である。別の実施形態において、細胞はLactococcus lactisである。別の実施形態において、細胞はチャイニーズハムスター卵巣(CHO)である。別の実施形態において、細胞はヒト胎児腎臓293である。別の実施形態において、細胞はTrichoplusia ni(BTI-TN-5B1-4)である。別の実施形態において、細胞はNicotiana tabacumcv. Samsun NNである。別の実施形態において、細胞はSolanum tuberosumcv. Solaraである。
いくつかの実施形態において、宿主細胞などの細胞は、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を発現し、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成し、前記細胞は、細菌、酵母、真菌、植物、哺乳動物及び/または昆虫細胞を含む群から選択される。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を発現し、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成し、前記細胞は、細菌、酵母、真菌、植物、哺乳動物及び/または昆虫細胞を含む群から選択される。
宿主細胞などの本細胞は、本明細書で上記に開示されているように、広範囲の疾患の予防および/または治療に使用することができる。
実施例1-実施例2及び3の材料及び方法
Spytagged B型肝炎コア抗原、SpytaggedアシネトバクターバクテリオファージAP205主要コートタンパク質及びSpyCatcher融合高感度緑色蛍光タンパク質(eGFP)の遺伝子配列は、Geneartによってコドン最適化及び合成した。
Spytagged B型肝炎コア抗原、SpytaggedアシネトバクターバクテリオファージAP205主要コートタンパク質及びSpyCatcher融合高感度緑色蛍光タンパク質(eGFP)の遺伝子配列は、Geneartによってコドン最適化及び合成した。
配列:
>pVax1_ SpyTag-AP205
AHIVMVDAYKPTKGSGTAGGGSGSANKPMQPITSTANKIVWSDPTRLSTTFSASLLRQRVKVGIAELNNVSGQYVSVYKRPAPKPEGCADACVIMPNENQSIRTVISGSAENLATLKAEWETHKRNVDTLFASGNAGLGFLDPTAAIVSSDTTA*(配列番号85、配列番号88のDNA配列)
>pVAX1_ HBc-SpyTag
MDIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHVSPHHTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLEDPASRELVVSYVNVNMGLKLRQILWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPTAYRPPNAPILSTLPETTVVGGGGGSPGGGTPSPGGGGSQSPGGGGSQSGESQCGSAHIVMVDAYKPTK*(配列番号86、配列番号89のDNA配列)
>pVAX1-SPYCEGFP
GAMVDTLSGLSSEQGQSGDMTIEEDSATHIKFSKRDEDGKELAGATMELRDSSGKTISTWISDGQVKDFYLYPGKYTFVETAAPDGYEVATAITFTVNEQGQVTVNGKATKGDAHIGGSGSMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK*(配列番号87、配列番号90のDNA配列)
DNA免疫化に適したプラスミドベクター(pVAX1-図5を参照)への構築物のモジュール組み合せINFUSIONシャフリング及びクローン化を実行した。
>pVax1_ SpyTag-AP205
AHIVMVDAYKPTKGSGTAGGGSGSANKPMQPITSTANKIVWSDPTRLSTTFSASLLRQRVKVGIAELNNVSGQYVSVYKRPAPKPEGCADACVIMPNENQSIRTVISGSAENLATLKAEWETHKRNVDTLFASGNAGLGFLDPTAAIVSSDTTA*(配列番号85、配列番号88のDNA配列)
>pVAX1_ HBc-SpyTag
MDIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHVSPHHTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLEDPASRELVVSYVNVNMGLKLRQILWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPTAYRPPNAPILSTLPETTVVGGGGGSPGGGTPSPGGGGSQSPGGGGSQSGESQCGSAHIVMVDAYKPTK*(配列番号86、配列番号89のDNA配列)
>pVAX1-SPYCEGFP
GAMVDTLSGLSSEQGQSGDMTIEEDSATHIKFSKRDEDGKELAGATMELRDSSGKTISTWISDGQVKDFYLYPGKYTFVETAAPDGYEVATAITFTVNEQGQVTVNGKATKGDAHIGGSGSMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYK*(配列番号87、配列番号90のDNA配列)
DNA免疫化に適したプラスミドベクター(pVAX1-図5を参照)への構築物のモジュール組み合せINFUSIONシャフリング及びクローン化を実行した。
マウス由来のC2C12筋芽細胞前駆細胞を、以下とトランスフェクトした(リバーストランスフェクション、Lipofectamine 2000試薬を使用した2x24ウェルプレート)。
A) SPYCEGFP(n=3)
B) SPYCEGFP及びSpyTAP205(n=3)
C) SPYCEGFP及びHBcSpyT(n=3)
A) SPYCEGFP(n=3)
B) SPYCEGFP及びSpyTAP205(n=3)
C) SPYCEGFP及びHBcSpyT(n=3)
実施例2-トランスフェクションした哺乳動物細胞における明確な細胞内粒子の形成
eGFP(N末端でSpyCatcherと遺伝子的に融合)及びB型肝炎コア抗原(C末端でSpyTagと遺伝子的に融合)を有する真核細胞のコトランスフェクションは、両方の成分の明らかな発現をもたらし、その後互いに(SpyTag及びSpyCatcherの相互作用を介して)結合して、eGFPを表示する微粒子複合体を形成することができた。具体的には、SpyCatcher-eGFP及びSpytagged HBcoreでそれぞれコトランスフェクションしてから72時間後に収穫したマウス細胞の共焦点レーザー顕微鏡(CLSM)により、eGFP蛍光シグナルの明確な核周囲分布が明らかになり、eGFPの特異化が示された(図1を参照)。
eGFP(N末端でSpyCatcherと遺伝子的に融合)及びB型肝炎コア抗原(C末端でSpyTagと遺伝子的に融合)を有する真核細胞のコトランスフェクションは、両方の成分の明らかな発現をもたらし、その後互いに(SpyTag及びSpyCatcherの相互作用を介して)結合して、eGFPを表示する微粒子複合体を形成することができた。具体的には、SpyCatcher-eGFP及びSpytagged HBcoreでそれぞれコトランスフェクションしてから72時間後に収穫したマウス細胞の共焦点レーザー顕微鏡(CLSM)により、eGFP蛍光シグナルの明確な核周囲分布が明らかになり、eGFPの特異化が示された(図1を参照)。
対照的に、SpyCatcher-eGFP及びSpytagged AP205コートタンパク質(大腸菌での発現時に自発的にVLPを形成することが前に示した)によるトランスフェクションは、細胞全体に拡散/不鮮明なeGFP蛍光シグナルをもたらした(図2を参照)。
全体として、これらの結果は、SpyCatcher eGFP及びHBcSpyTタンパク質の両方が正常に発現され、eGFPが(spyTag/SpyCatcherを介して)HBcSpyTカプシドタンパク質によって形成された微粒子構造に結合できたことを示している。
実施例3-哺乳動物細胞におけるコードされたタンパク質への微粒子複合体の同時発現及び集合
Spytaggedコートタンパク質(AP205及びHBcore)が 発現してウイルス様粒子を形成できるかどうか、及びSpyCatcher-eGFPタンパク質もそのような粒子に(spyTag/SpyCatcherを介して)結合できるかどうかを更に調査するために、本発明者らはコトランスフェクションしたC2C12細胞を(トランスフェクションの48時間後に)収穫し、その後45秒間(3回、30%)超音波処理し、イオジキサノール超遠心密度勾配カラムを使用した超遠心分離(UC)によって画分した。UC後の画分(コントロールを含む)をSDS-PAGEで実行し、ニトロセルロース膜に転写し、最終的にポリクローナルHRPコンジュゲート抗GFP抗体でプローブした。
Spytaggedコートタンパク質(AP205及びHBcore)が 発現してウイルス様粒子を形成できるかどうか、及びSpyCatcher-eGFPタンパク質もそのような粒子に(spyTag/SpyCatcherを介して)結合できるかどうかを更に調査するために、本発明者らはコトランスフェクションしたC2C12細胞を(トランスフェクションの48時間後に)収穫し、その後45秒間(3回、30%)超音波処理し、イオジキサノール超遠心密度勾配カラムを使用した超遠心分離(UC)によって画分した。UC後の画分(コントロールを含む)をSDS-PAGEで実行し、ニトロセルロース膜に転写し、最終的にポリクローナルHRPコンジュゲート抗GFP抗体でプローブした。
コンジュゲートの理論上のサイズ(すなわち59kDA)のおおよそのサイズを有するUC入力レーン(/ペレットレーン)におけるタンパク質のバンドの出現によって示されるように、この実験は、SpyCatcher eGFP及びSpyTagged AP205のコトランスフェクションが2つのタンパク質の発現及びコンジュゲーションを導いた可能性があることを示した。しかし、微粒子タンパク質が含まれていた可能性のあるUC画分(F3-F21)のいずれにも、そのサイズのタンパク質のバンドは見られなかった(図3)。
しかし、SpyT-HBc及びSpyCatcher-eGFPでコトランスフェクトしたC2C12細胞の同様の分析は、微粒子タンパク質複合体(図4)を含むと予想される高密度画分を含む、UC入力サンプル及びUC後の画分(F3~21、F31及びF32)の両方において、約64 kDa(すなわち、SpyTHBc:SpyCatcher-eGFPコンジュケートの理論上のサイズ)の透明なタンパク質のバンドを示している。これらの結果は更に、Spytagged HBcore抗原及びSpyCatcher-eGFPのコトランスフェクションが哺乳動物細胞で同時に発現し、微粒子複合体に集合できることを示している。
実施例5-プラスミドDNAからの可溶性抗原及び粒子形成タンパク質の発現
方法
DNAをpVAX1ベクター(V26020、thermoFisher)にクローン化し、大腸菌(One shot Top10、Invitrogen、C404006)にクローン化した。ベクターは、ミディプレップキットを用いて精製した。
方法
DNAをpVAX1ベクター(V26020、thermoFisher)にクローン化し、大腸菌(One shot Top10、Invitrogen、C404006)にクローン化した。ベクターは、ミディプレップキットを用いて精製した。
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37.5ugを30mLの培養液でトランスフェクトまたはコトランスフェクションした。
6日間のインキュベーション後、細胞及び上清を収穫した。上清を-20oCで凍結し、上清(SN)と呼ばれるサンプルとした。細胞を1200RPMで5分間遠心分離してペレット化し、Complete(商標)、Mini、EDTA不含のプロテアーゼ阻害剤カクテル(Sigma、11836170001)でPBSに再懸濁した。細胞を30%、45秒、3回超音波処理し、20.000g、10分間、4℃で遠心分離した。上清は-20℃で凍結し、「細胞」と呼ばれるサンプルとした。
細胞及びSNの両方を変性SDS+DTTゲル(15uLロード)上で泳動し、その後SDSゲルをニトロセルロース膜に転写して、TBS-T中の5%ミルク中で一晩ブロッキングした。膜上のタンパク質は、(各ゲルに指定された)一次抗体及び必要に応じて(各ゲルに指定された)二次抗体で検出した。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄した。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像した。
結果及び結論
in vitroでの哺乳動物細胞におけるDNAトランスフェクション後、粒子及び可溶性抗原の発現及び(分泌シグナルによる)分泌は、細胞のWB及びトランスフェクションした細胞からのSNによって検出することができた。ウエスタンブロットは、粒子または可溶性抗原の予想されるサイズでバンドの出現を示している。
in vitroでの哺乳動物細胞におけるDNAトランスフェクション後、粒子及び可溶性抗原の発現及び(分泌シグナルによる)分泌は、細胞のWB及びトランスフェクションした細胞からのSNによって検出することができた。ウエスタンブロットは、粒子または可溶性抗原の予想されるサイズでバンドの出現を示している。
これは、以下で示された。
・Sign3-SpyC-i301-ctag
・Sign8-tandemHBc-SpyC
・Sign8-HBc-SpyT
・Sign9-Ferritin-SpyC
・Sign8-SpyT-eGFP
・Sign8-SpyT-eGFP
・Sign8-SpyC-His
・Sign7-Pfs25-SpyT-Ctag
・Sign8-SpyT-eGFP
・Sign3-SpyC-i301-ctag
・Sign8-tandemHBc-SpyC
・Sign8-HBc-SpyT
・Sign9-Ferritin-SpyC
・Sign8-SpyT-eGFP
・Sign8-SpyT-eGFP
・Sign8-SpyC-His
・Sign7-Pfs25-SpyT-Ctag
・Sign8-SpyT-eGFP
図6及び7に見られるように、すべての構築物の細胞及び上清サンプルで予想されるサイズのバンドが観察されたため、プラスミドDNAトランスフェクション後の、ヒト(HEK)における細胞粒子形成サブユニットタンパク質及び可溶性タンパク質の発現及び分泌が示された。
実施例6-プラスミドDNAから発現した粒子及びタンパク質の結合
方法
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent (16447100、Life Technologies)を使用して、37.5ugを30mLの培養液でコトランスフェクションした。
方法
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent (16447100、Life Technologies)を使用して、37.5ugを30mLの培養液でコトランスフェクションした。
細胞は、粒子をコードするベクター及び結合に適合するtag-catcherを持つタンパク質をコードするベクターとコトランスフェクションした。
6日間のインキュベーション後、細胞及び上清を収穫した。上清を-20℃で凍結し、上清(SN)と呼ばれるサンプルとした。細胞を1200RPMで5分間遠心分離してペレット化し、Complete(商標)、Mini、EDTA不含のプロテアーゼ阻害剤カクテル(Sigma、11836170001)でPBSに再懸濁した。細胞を30%、45秒、3回超音波処理し、20 000g、10分間、4℃で遠心分離した。上清は-20℃で凍結し、「細胞」と呼ばれるサンプルとした。
細胞及びSNの両方を変性SDS+DTTゲル(15uLロード)上で泳動し、その後SDSゲルをニトロセルロース膜に転写して、TBS-T中の5%ミルク中で一晩ブロッキングした。膜上のタンパク質は、(各ゲルに指定された)一次抗体及び必要に応じて(各ゲルに指定された)二次抗体で検出した。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄した。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像した。
結果及び結論
哺乳動物(HEK293)細胞のin vitroでのDNAコトランスフェクション後、個々に発現した抗原及び粒子形成タンパク質のイソペプチド結合により媒介されるコンジュゲーションは、コンジュゲーションした抗原及び粒子形成タンパク質の予想されるサイズのバンドを検出することによって、WBで検証することができた。
哺乳動物(HEK293)細胞のin vitroでのDNAコトランスフェクション後、個々に発現した抗原及び粒子形成タンパク質のイソペプチド結合により媒介されるコンジュゲーションは、コンジュゲーションした抗原及び粒子形成タンパク質の予想されるサイズのバンドを検出することによって、WBで検証することができた。
これは、以下で示された。
・Sign8-SpyT-eGFP及びsign9-SpyC-Ferritin
・Sign8-SpyC-eGFP及びsign8-Hbc-SpyT
・Sign8-tandemHBc-SpyC及びsign8-SpyT-eGFP
・Sign3-SpyC-i301-ctag及びsign8-SpyT-eGFP
・Sign9-SpyT-E2及びsign8-SpyC-eGFP
・Sign9-SpyT-LS及びsign8-SpyC-eGFP
・Sign8-SpyC-His及びsign9-SpyT-E2
・Sign8-SpyC-His及びsign9-LS-SpyT
・Sign8-SpyC-His及びsign8-Hbc-SpyT
・Sign8-SpyC-Ferritin及びsign7-Pfs25-SpyT
・Sign3-SpyC-i301-Ctag及びsign7-Pfs25-SpyT
・Sign8-Norovirus-SpyT及びsign8-SpyC-His
・Sign8-SpyT-eGFP及びsign9-SpyC-Ferritin
・Sign8-SpyC-eGFP及びsign8-Hbc-SpyT
・Sign8-tandemHBc-SpyC及びsign8-SpyT-eGFP
・Sign3-SpyC-i301-ctag及びsign8-SpyT-eGFP
・Sign9-SpyT-E2及びsign8-SpyC-eGFP
・Sign9-SpyT-LS及びsign8-SpyC-eGFP
・Sign8-SpyC-His及びsign9-SpyT-E2
・Sign8-SpyC-His及びsign9-LS-SpyT
・Sign8-SpyC-His及びsign8-Hbc-SpyT
・Sign8-SpyC-Ferritin及びsign7-Pfs25-SpyT
・Sign3-SpyC-i301-Ctag及びsign7-Pfs25-SpyT
・Sign8-Norovirus-SpyT及びsign8-SpyC-His
図8、9、及び10に見られるように、すべての構築物の細胞及び上清中の異なる粒子形成サブユニットタンパク質に結合したeGFP、SpyCatcher、及びPfs25(モデル抗原)の予想されるサイズのバンドが観察された。これは、ヒト(HEK)細胞にコトランスフェクションした後に、対応するタグ/キャッチャーを持つ抗原及び粒子をin vitroで結合することができることを示している。
実施例7-超遠心分離及びウェスタンブロッティングによるナノ粒子形成の検証
方法
HEK細胞のトランスフェクション及び収穫後、上清をOptiprepステップ勾配(23、29及び35%)にロードし、続いて47800g、16℃で3時間30分間遠心分離した。次に勾配を画分(F1~F12)に滴下し、各画分に約250uLを含めた。
方法
HEK細胞のトランスフェクション及び収穫後、上清をOptiprepステップ勾配(23、29及び35%)にロードし、続いて47800g、16℃で3時間30分間遠心分離した。次に勾配を画分(F1~F12)に滴下し、各画分に約250uLを含めた。
粒子が形成された場合、中間画分(F3~F8)で見られると予想される。
すべての画分を変性SDS+DTTゲル(15uLロード)上で泳動し、その後SDSゲルをニトロセルロース膜に転写して、TBS-T 5%ミルク中で一晩ブロッキングした。膜上のタンパク質は、(各ゲルに指定された)一次抗体及び必要に応じて(各ゲルに指定された)二次抗体で検出した。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄した。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像した。
結果及び結論
in vitroでの哺乳動物細胞でのDNAのコトランスフェクションまたはトランスフェクションの後、本発明者らは、粒子の形成及び分泌の可能性を検出することができた。タンパク質が、密度勾配から3~8番目の画分内に見られる場合、粒子形成を期待することができる。これは、以下の場合に当てはまった。
・Sign3-SpyC-i301-Ctag
・Sign8-tandemHBc-SpyCatcher
・Sign9-Ferritin-SpyC
・Sign8-SpyT-eGFP+sign9-SpyC-Ferritin
・Sign8-SpyC-His+sign9-SpyT-E2
・Sign8-SpyC-His+sign9-LS-SpyT
・Sign9-SpyC-Ferritin+sign7-Pfs25-SpyT
・Sign3-SpyC-i301+sign7-Pfs25-SpyT
・Sign9-SpyT-E2+sign8-SpyC-eGFP
・Sign9-LS-SpyT+sign8-SpyC-eGFP
in vitroでの哺乳動物細胞でのDNAのコトランスフェクションまたはトランスフェクションの後、本発明者らは、粒子の形成及び分泌の可能性を検出することができた。タンパク質が、密度勾配から3~8番目の画分内に見られる場合、粒子形成を期待することができる。これは、以下の場合に当てはまった。
・Sign3-SpyC-i301-Ctag
・Sign8-tandemHBc-SpyCatcher
・Sign9-Ferritin-SpyC
・Sign8-SpyT-eGFP+sign9-SpyC-Ferritin
・Sign8-SpyC-His+sign9-SpyT-E2
・Sign8-SpyC-His+sign9-LS-SpyT
・Sign9-SpyC-Ferritin+sign7-Pfs25-SpyT
・Sign3-SpyC-i301+sign7-Pfs25-SpyT
・Sign9-SpyT-E2+sign8-SpyC-eGFP
・Sign9-LS-SpyT+sign8-SpyC-eGFP
図11及び12に見られるように、関連する画分(画分3~8)に存在する予想されるサイズのバンドが見られるため、粒子形成及び抗原に結合した粒子の形成がすべての描写された構築物で観察された。従ってこれは、ヒト(HEK)細胞にプラスミドDNAをトランスフェクションした後、in vivoで粒子サブユニット及び可溶性抗原の発現及び分泌があっただけでなく、in vitroで粒子及び抗原に結合した粒子の形成もあったことを示している。
実施例8-透過型電子顕微鏡による粒子形成の可視化
HEK細胞のトランスフェクション、収穫、及び超遠心分離による精製の後、サンプルを透過型電子顕微鏡(TEM)で実行した。
HEK細胞のトランスフェクション、収穫、及び超遠心分離による精製の後、サンプルを透過型電子顕微鏡(TEM)で実行した。
DNAをin vitroで哺乳動物細胞にコトランスフェクションまたはトランスフェクションした後、分泌された粒子の形成をTEMで可視化した。
これは、以下で示された。
・Sign9-Ferritin-SpyC
・Sign8-SpyC-His+sign9-LS-SpyT
・Sign9-SpyT-E2+sign8-SpyC-His
・Sign8-SpyT-eGFP+sign9-SpyC-Ferritin
・Sign3-SpyC-i301-Ctag+sign7-Pfs25-SpyT-Ctag
・Sign9-SpyC-Ferritin+sign7-Pfs25-SpyT-Ctag
・Sign9-Ferritin-SpyC
・Sign8-SpyC-His+sign9-LS-SpyT
・Sign9-SpyT-E2+sign8-SpyC-His
・Sign8-SpyT-eGFP+sign9-SpyC-Ferritin
・Sign3-SpyC-i301-Ctag+sign7-Pfs25-SpyT-Ctag
・Sign9-SpyC-Ferritin+sign7-Pfs25-SpyT-Ctag
図13から分かるように、予想されるサイズの粒子が、トランスフェクションまたはコトランスフェクションされた細胞の上清に形成された。従って、プラスミドDNAからin vitroでトランスフェクションまたはコトランスフェクションした細胞の上清で、粒子及び結合粒子を形成することができることが更に確認された。
実施例9-ナノ粒子形成タンパク質への抗原の細胞内コンジュゲーションの検証
方法
DNAをpVAX1(V26020、thermoFisher)ベクターにクローン化し、大腸菌(One shot Top10、Invitrogen、C404006)にクローン化した。ベクターは、ミディプレップキットを用いて精製した。
方法
DNAをpVAX1(V26020、thermoFisher)ベクターにクローン化し、大腸菌(One shot Top10、Invitrogen、C404006)にクローン化した。ベクターは、ミディプレップキットを用いて精製した。
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37.5ugを30mLの培養液でトランスフェクションまたはコトランスフェクションした。
6日間のインキュベーション後、細胞及び上清を収穫した。上清を-20℃で凍結し、上清(SN)と呼ばれるサンプルとした。細胞を1200RPMで5分間遠心分離してペレット化し、1x SDS+DTTに再懸濁して-20℃で凍結し、「細胞」と呼ばれるサンプルとした。
細胞及びSNの両方を変性SDS+DTTゲル(15uLロード)上で泳動し、その後SDSゲルをニトロセルロース膜に転写して、TBS-T 5%ミルク中で一晩ブロッキングした。膜上のタンパク質は、(各ゲルに指定された)一次抗体及び必要に応じて(各ゲルに指定された)二次抗体で検出した。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄した。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像した。
結果及び結論
この技術は、細胞内の粒子と可溶性抗原との間の結合の可視化を可能にする。本発明者らは以前、いくつかの粒子がいくつかの抗原と結合できることを示したが、それが分泌後に起こっているのか、それともすでに細胞内で起こっているのかはわからなかった。この実験は、本発明者らがSDS+DTTで収穫された細胞基質からの結合バンドを観察すると、結合が細胞内で起こっていることを示している(これらの化合物は、収穫後の結合を禁止する)。
この技術は、細胞内の粒子と可溶性抗原との間の結合の可視化を可能にする。本発明者らは以前、いくつかの粒子がいくつかの抗原と結合できることを示したが、それが分泌後に起こっているのか、それともすでに細胞内で起こっているのかはわからなかった。この実験は、本発明者らがSDS+DTTで収穫された細胞基質からの結合バンドを観察すると、結合が細胞内で起こっていることを示している(これらの化合物は、収穫後の結合を禁止する)。
これは、以下で示された。
・Sign8-SpyC-His及びsign9-LS-SpyT
・Sign8-SpyT-eGFP+sign9-SpyC-Ferritin
・Sign3-SpyC-i301-ctag及びsign8-SpyT-eGFP
・Sign8-eGFP-SpyC及びsign9-LS-SpyT
・Sign8-SpyC-His及びsign9-LS-SpyT
・Sign8-SpyT-eGFP+sign9-SpyC-Ferritin
・Sign3-SpyC-i301-ctag及びsign8-SpyT-eGFP
・Sign8-eGFP-SpyC及びsign9-LS-SpyT
図14に見られるように、粒子及び可溶性抗原は、上清だけでなく細胞内でも結合させることができた。実際、SDS+DTTで収穫した細胞で予想される結合サイズのバンドが可視化されたため、in vitro培養において細胞内で結合が発生したことが示された。
実施例10-マウスにおけるプラスミドDNAの免疫化
方法
粒子及び/または可溶性抗原をコードするDNAを、マウスのワクチン接種に使用した。Balb/cマウスを、30μgのLS-SpyT及び30μgのSpyC(N=6)、または30μgのSpyC(N=4)、または30μgのE2-SpyT及び30μgのSpyC(N=6)で免疫化した。DNAをPBS中で製剤化し、右大腿筋に注射した。
方法
粒子及び/または可溶性抗原をコードするDNAを、マウスのワクチン接種に使用した。Balb/cマウスを、30μgのLS-SpyT及び30μgのSpyC(N=6)、または30μgのSpyC(N=4)、または30μgのE2-SpyT及び30μgのSpyC(N=6)で免疫化した。DNAをPBS中で製剤化し、右大腿筋に注射した。
マウスは0日目及び5週目に免疫化し、初回後及びブースト後の3週目及び4週目に血液を採取した。血液から血清を分離し、抗SpyC IgGの検出のためにELISAを実行した。この目的のために、96ウェルプレート(Nunc MaxiSorp)を、PBS中の0.1μg/ウェルのSpyCで、4℃で一晩コーティングした。プレートは、PBS中のスキムミルク0.5%を使用して、室温(RT)で1時間ブロッキングした。マウス血清を、ブロッキングバッファーで1:50または1:10に希釈し、2倍希釈でプレートに加えた後、室温で1時間インキュベーションした。プレートを、ステップの間にPBSで3回洗浄した。総血清IgGを測定するために、ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)結合ヤギ抗マウスIgG(Life technologies、A16072)をブロッキングバッファーで1:1000に希釈した後、室温で1時間インキュベーションした。プレートをTMB X-tra基質(Kem-En-Tec、4800A)で現像し、吸光度を450nmで測定した。BioSan HiPo MPP-96マイクロプレートリーダーでデータを収集し、GraphPad Prism(バージョン8.4.3、米国、サンディエゴ)を使用して分析した。
結果及び結論
マウスのDNA免疫化後、粒子をコードするDNA及びSpyCをコードするDNAを投与されたマウスは、SpyCをコードするDNAのみを投与されたマウスと比較して、最初の免疫化後のみSpyCに対するIgG力価が高くなることが示された。更に、この傾向は追加免疫化後に更に高くなる。これは、LS粒子またはE2粒子のいずれかと組み合わせてSpyCを投与されたマウスの両方のグループに当てはまる。
マウスのDNA免疫化後、粒子をコードするDNA及びSpyCをコードするDNAを投与されたマウスは、SpyCをコードするDNAのみを投与されたマウスと比較して、最初の免疫化後のみSpyCに対するIgG力価が高くなることが示された。更に、この傾向は追加免疫化後に更に高くなる。これは、LS粒子またはE2粒子のいずれかと組み合わせてSpyCを投与されたマウスの両方のグループに当てはまる。
これは図15に示されており、粒子をコードするDNA及びSpyCをコードするDNAを投与されたマウスは、ELISAで示されるように、SpyCをコードするDNAのみを投与されたマウスと比較して、最初の免疫化後のSpyCに対するIgG力価が高くなる。
実施例11-mRNAからの可溶性抗原及び粒子形成タンパク質の発現
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37,5μgを30mLの培養液でトランスフェクションまたはコトランスフェクションすることになる。
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37,5μgを30mLの培養液でトランスフェクションまたはコトランスフェクションすることになる。
6日間のインキュベーション後、細胞及び上清を収穫することになる。上清を-20oCで凍結し、上清(SN)と呼ばれるサンプルとすることになる。細胞を1200RPMで5分間遠心分離してペレット化し、Complete(商標)、Mini、EDTA不含のプロテアーゼ阻害剤カクテル(Sigma、11836170001)でPBSに再懸濁することになる。細胞を30%、45秒、3回超音波処理し、20000g、10分間、4℃で遠心分離することになる。上清は-20℃で凍結し、「細胞」と呼ばれるサンプルとする。
細胞及びSNの両方を、変性SDS+DTTゲル(15μLロード)で泳動することになる。SDSゲルをニトロセルロース膜に転写し、TBS-T中の5%ミルクで一晩ブロッキングすることになる。膜上のタンパク質は、一次抗体及び必要に応じて二次抗体で検出することになる。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄することになる。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像することになる。
in vitroでの哺乳動物細胞におけるmRNAのトランスフェクション後、粒子及び可溶性抗原の発現及び(分泌シグナルによる)分泌は、実施例5に記載したものと同様のウェスタンブロッティングによって検出されることになる。
すべての構築物(粒子形成サブユニットタンパク質または可溶性タンパク質抗原)の細胞及び上清で予想されるサイズのバンドは、mRNAトランスフェクション後のヒト(HEK)細胞における可溶性タンパク質の発現及び分泌を示すことになる。
実施例12-mRNAから発現した異なる粒子形成タンパク質への可溶性抗原のコンジュゲーションの検証
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37,5μg(各RNAの18.75μg)を30mLの培養液でコトランスフェクションすることになる。
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37,5μg(各RNAの18.75μg)を30mLの培養液でコトランスフェクションすることになる。
細胞は、粒子をコードするベクター及び結合に適合するtag-catcherを持つタンパク質をコードするベクターとコトランスフェクションすることになる。
6日間のインキュベーション後、細胞及び上清を収穫することになる。上清を-20oCで凍結し、上清(SN)と呼ばれるサンプルとすることになる。細胞を1200RPMで5分間スピンダウンしてペレット化し、Complete(商標)、Mini、EDTA不含のプロテアーゼ阻害剤カクテル(Sigma、11836170001)でPBSに再懸濁する。細胞を30%で、45秒、3回超音波処理し、20000g、10分間、4℃で遠心分離する。上清は-20℃で凍結し、「細胞」と呼ばれるサンプルとする。
細胞及びSNの両方を、変性SDS+DTTゲル(15μLロード)で泳動することになる。SDSゲルをニトロセルロース膜に転写し、TBS-T中の5%ミルクで一晩ブロッキングすることになる。膜上のタンパク質は、一次抗体及び必要に応じて二次抗体で検出することになる。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄することになる。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像することになる。
in vitroでの哺乳動物細胞におけるmRNAのコトランスフェクション後、発現、分泌及び可溶性抗原への粒子の結合は、実施例6に記載されたものと同様に、粒子及び抗原の予想されるサイズのバンドを検出することによって、WBで検出されることになる。
実施例13-超遠心分離及びウェスタンブロッティングによる、トランスフェクションしたmRNAから発現した場合のナノ粒子形成の検証
mRNAでHek細胞をトランスフェクション及び収穫した後、上清をOptiprepステップ勾配(23、29及び35%)にロードし、続いて47800g、16℃で3時間30分間遠心分離することになる。次に勾配を画分(F1~F12)に滴下し、各画分に約250uLを含めることになる。
mRNAでHek細胞をトランスフェクション及び収穫した後、上清をOptiprepステップ勾配(23、29及び35%)にロードし、続いて47800g、16℃で3時間30分間遠心分離することになる。次に勾配を画分(F1~F12)に滴下し、各画分に約250uLを含めることになる。
粒子が形成される場合、中間画分(F3~F8)で見られると予想される。
すべての画分は、変性SDS+DTTゲル(15μLロード)で泳動されることになる。SDSゲルをニトロセルロース膜に転写し、TBS-T中の5%ミルクで一晩ブロッキングすることになる。膜上のタンパク質は、一次抗体及び必要に応じて二次抗体で検出することになる。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄することになる。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像することになる。
in vitroでの哺乳動物細胞におけるmRNAのコトランスフェクションまたはトランスフェクション後、実施例7に記載されたものと同様に、粒子形成及び分泌の可能性が検出されることになる。タンパク質が、密度勾配から3~8番目の画分内に見られる場合、粒子形成を期待することができる。
実施例14-透過型電子顕微鏡による粒子形成の可視化
実施例8に記載されるように、HEK細胞内のmRNA構築物から発現した、分泌され集合した粒子は、透過型電子顕微鏡によって検出されることになる。
実施例8に記載されるように、HEK細胞内のmRNA構築物から発現した、分泌され集合した粒子は、透過型電子顕微鏡によって検出されることになる。
実施例15-mRNAから発現した場合のナノ粒子形成タンパク質への抗原の細胞内コンジュゲーションの検証
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37.5μgのRNAを30mLの培養液でトランスフェクションまたはコトランスフェクションすることになる。
HEK293-Freestyle細胞は、FreeStyle(商標)MAX Reagent(16447100、Life Technologies)を使用して、37.5μgのRNAを30mLの培養液でトランスフェクションまたはコトランスフェクションすることになる。
6日間のインキュベーション後、細胞及び上清を収穫することになる。上清を-20℃で凍結し、上清(SN)と呼ばれるサンプルとすることになる。細胞を1200RPMで5分間遠心分離してペレット化し、1xSDS+DTTに再懸濁して-20℃で凍結し、「細胞」と呼ばれるサンプルとすることになる。
細胞及びSNの両方を、変性SDS+DTTゲル(15μLロード)で泳動することになる。SDSゲルをニトロセルロース膜に転写し、TBS-T中の5%ミルクで一晩ブロッキングすることになる。膜上のタンパク質は、一次抗体及び必要に応じて二次抗体で検出することになる。膜は、各抗体間及びTBS-Tで現像する前に3回洗浄することになる。膜は、製造者の指示に従ってECL基板で現像する。
これにより、実施例9に示したものと同様に、細胞内の粒子と可溶性抗原との間の結合を可視化することができるようになる。これは、構築物がmRNAから発現する場合、結合が細胞内で起こることを示すことになる。
実施例16-マウスにおけるmRNA免疫化
粒子及び/または可溶性抗原(それぞれ別々のペプチドタグに融合された粒子及び抗原)をコードするmRNAは、実施例10に記載されたものと同様に、マウスにおけるワクチン接種に使用されることになる。
粒子及び/または可溶性抗原(それぞれ別々のペプチドタグに融合された粒子及び抗原)をコードするmRNAは、実施例10に記載されたものと同様に、マウスにおけるワクチン接種に使用されることになる。
Balb/cマウスは、粒子をコードするmRNA及び可溶性抗原をコードするmRNAの組み合わせ、または可溶性抗原をコードするmRNAのみのいずれかで免疫化されることになる。マウスは0日目及び5週目に免疫化し、初回後及びブースト後の3週目及び4週目に血液を採取することになる。
血液から血清を分離し、抗原特異的IgGの検出のためにELISAを実行することになる。この目的のために、96ウェルプレート(Nunc MaxiSorp)を、PBS中の0.1μg/ウェルのSpyCで、4℃で一晩コーティングすることになる。プレートは、PBS中のスキムミルク0.5%を使用して、室温(RT)で1時間ブロッキングすることになる。マウス血清を、ブロッキングバッファーで1:50に希釈し、2倍希釈でプレートに加えた後、室温で1時間インキュベーションすることになる。プレートを、ステップの間にPBSで3回洗浄することになる。総血清IgGを測定するために、ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)結合ヤギ抗マウスIgG(Life technologies、A16072)をブロッキングバッファーで1:1000に希釈した後、室温で1時間インキュベーションすることになる。プレートをTMB X-tra基質(Kem-En-Tec、4800A)で現像し、吸光度を450nMで測定することになる。BioSan HiPo MPP-96マイクロプレートリーダーでデータを収集し、GraphPad Prism(バージョン8.4.3、米国、サンディエゴ)を使用して分析することになる。
マウスでのmRNA免疫化後、粒子及び可溶性抗原をコードするRNAを投与された(従って、結合した抗原粒子複合体を形成する)マウスは、可溶性抗原をコードするRNAのみを投与されたマウスと比較して、可溶性抗原に対するIgG力価が高くなる。実施例10に示した結果と同様に、この傾向はブースト免疫化後に更に高くなると予想される。
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項目
1. 疾患の予防及び/または治療に使用するための組成物であって、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記組成物。
1. 疾患の予防及び/または治療に使用するための組成物であって、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記組成物。
2. 前記タンパク質が、糖タンパク質などのウイルスカプシドタンパク質またはウイルスエンベロープタンパク質などの粒子形成タンパク質である、項目1に記載の使用のための組成物。
3. 前記タンパク質が、B型またはE型肝炎などの肝炎ウイルスからのタンパク質、例えばB型肝炎ウイルスからのコアタンパク質、NoVなどのノロウイルスからのタンパク質、ヒトパピローマウイルス(HPV)、好ましくはHPV L1などのHPV16またはHPV18などのパピローマウイルスからのタンパク質、ポリオーマウイルスvp1(PyV)などのポリオーマウイルスからのタンパク質、ネコカリシウイルス(FCV)、好ましくはFCV VP1などのカリシウイルスからのタンパク質、ブタサーコウイルス(PCV)、好ましくはPCV2 ORF2などのサーコウイルスからのタンパク質、NNVコートタンパク質などの神経壊死ウイルス(NNV)からのタンパク質、イヌパルボウイルス(CVP)、好ましくはCPV VP2、ガチョウパルボウイルス(GPV)またはブタパルボウイルス(PPV)、好ましくはGPVもしくはPPV、またはパルボウイルスB19からの構造タンパク質などのパルボウイルスからのタンパク質、腸炎ウイルス、例えばミンク腸炎ウイルス(MEV)、好ましくはMEV VP2、またはアヒルペストウイルス(DPV)、好ましくはDPV構造タンパク質などのプロトパルボウイルスからのタンパク質である、項目2に記載の使用のための組成物。
4. 前記タンパク質が、サルモネラウイルスP22から、MS2から、QBeta、PRR1、PP7、バクテリオファージR17、バクテリオファージfr、バクテリオファージGA、バクテリオファージSP、バクテリオファージM11、バクテリオファージMX1、バクテリオファージNL95、バクテリオファージf2またはCb5からのタンパク質などのバクテリオファージタンパク質である、先行項目のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
5. 前記第1及び/または前記第2のペプチドタグが、イソペプチド結合形成に関与する反応性アミノ酸をそれぞれ含む相補的結合パートナーを得るために、分子内イソペプチド結合を含むタンパク質の分割に由来するか、既知の結合パートナーを使用することによりライブラリから同定されるか、またはin silicoで設計される、前記組成物であって、好ましくは前記第1または前記第2のペプチドタグが、SpyTag(配列番号1)、SdyTag(配列番号2)、SnoopTag(配列番号3)、PhoTag(配列番号4)、EntTag(配列番号5)、KTag、a BacTag(配列番号15)、Bac2Tag(配列番号16)、Bac3Tag(配列番号17)、Bac4Tag(配列番号18)、RumTrunkTag(配列番号13または配列番号14)、Rum7Tag(配列番号12)、RumTag(配列番号6)、Rum2Tag(配列番号7)、Rum3Tag(配列番号8)、Rum4Tag(配列番号9)、Rum5Tag(配列番号10)、Rum6Tag(配列番号11)及びBac5Tag(配列番号19)からなる群から選択されるタグを含み、及び/または好ましくは前記第1または前記第2のペプチドタグは、SpyCatcher(配列番号21)、SdyCatcher(配列番号22)、SnoopCatcher(配列番号23)、及びエステル形成分割タンパク質対からなる群から選択されるタグを含む、先行項目のいずれか一項に記載の使用のための組成物。
6. 疾患が、がん、脂質障害、心血管疾患、免疫炎症性疾患、慢性疾患、神経疾患、アレルギー反応/疾患並びに/もしくはマラリア、結核、及びコロナウイルス、例えばSARS-CoV-2、マラリア、結核、HIV、HCV、デング熱、チクングニア熱、黄熱病、HBVまたはインフルエンザなどのウイルスによって引き起こされる疾患からなる群から 選択される感染症などの感染症である、先行項目のいずれか1項に記載の使用のための前記組成物。
7. 前記抗原が、がん特異的なポリペプチド、心血管疾患に関連するポリペプチド、喘息に関連するポリペプチド、ポリペプチド、鼻ポリープに関連するポリペプチド、アトピー性皮膚炎に関連するポリペプチド、好酸球性食道炎に関連するポリペプチド、好酸球増加症候群に関連するポリペプチド、チャーグ・ストラウス症候群に関連するポリペプチド、及び病原性生物に関連するポリペプチドからなる群のタンパク質、ペプチド、及び/または抗原断片であって、好ましくは前記抗原が、タンパク質、ペプチド及び/または重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)の抗原断片である、先行項目のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
8. 前記抗原が、ヘマグルチニン、GD2、EGF-R、CEA、CD52、CD21、ノイラミニダーゼ、ヒト黒色腫タンパク質gp100、ヒト黒色腫タンパク質メラン-A/MART1、HIVエンベロープタンパク質、M2e、VAR2CSA、ICAM1、CSP、デングウイルスNS1、デングウイルスエンベロープタンパク質、チクングニアウイルスエンベロープタンパク質、チロシナーゼ、HCV E2、NA17-A nt、MAGE-3、HPV 16 E7、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、p53、hCG、Fel d1、EGRFvIII、エンドグリン、ANGPTL-3、CSPG4、CTLA-4、HER2、IgE、IL-1ベータ、IL-5、IL-13、IL-17、IL-22、IL-31、IL-33、TSLP、NGF、(IHNV)Gタンパク質、リンホトキシンαまたはβなどのリンホトキシン、リンホトキシン受容体、核因子kBリガンドの受容体活性化因子、血管内皮増殖因子VEGF、VEGF受容体、IL-23 p19、グレリン、CCL21、CXCL12、SDF-1、M-CSF、MCP-1、エンドグリン、GnRH、TRH、エオタキシン、ブラジキニン、BLC、TNF-α、アミロイドβペプチドA、アンギオテンシン、ガストリン、プロガストリン、CETP、CCR5、C5a、CXCR4、Des-Arg-ブラジキニン、GnRHペプチド、アンギオテンシンペプチド、TNFペプチド、またはその抗原断片もしくは抗原性変異体からなる群から選択される、前記組成物であって、好ましくは前記抗原が、SARS-CoV-2エンベロープタンパク質、SARS-CoV-2スパイクタンパク質、SARS-CoV-2ヌクレオカプシドタンパク質、及びSARS-CoV-2エンベロープタンパク質からなる群から選択される、先行項目のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
9. 先行項目のいずれか1項に記載の組成物。
10.
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む発現系であって、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成し、任意的に、前記第1のペプチドタグ、前記第2のペプチドタグ、前記タンパク質及び/または前記抗原は、項目1~8のいずれか1項に定義されるとおりである、前記発現系。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む発現系であって、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成し、任意的に、前記第1のペプチドタグ、前記第2のペプチドタグ、前記タンパク質及び/または前記抗原は、項目1~8のいずれか1項に定義されるとおりである、前記発現系。
11.
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行項目のいずれか1項に定義される、前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行項目のいずれか一項に定義される、前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成し、任意的に、前記細胞が項目10に記載される前記発現系を含む、前記細胞。
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行項目のいずれか1項に定義される、前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行項目のいずれか一項に定義される、前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成し、任意的に、前記細胞が項目10に記載される前記発現系を含む、前記細胞。
12. 宿主細胞が、項目10に記載される前記発現系を含む、前記宿主細胞。
13. 対象における免疫反応を誘導する方法における使用のための、項目10に記載の前記発現系、及び/または項目11~12に記載のいずれか1項に記載の前記細胞または前記宿主細胞であって、前記方法が、前記組成物、前記ポリヌクレオチドまたは前記発現系を前記対象に対して少なくとも1回投与するステップを含む、項目1~8のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
14. 組成物を必要とする対象の疾患の予防及び/または治療に使用するための前記組成物の投与方法であって、
i. 項目1~9のいずれか1項に定義される少なくとも1つの前記組成物を得るステップと、
ii. 先行項目のいずれか1項に定義された疾患の予防及び/または治療のために、前記組成物を対象に少なくとも1回投与するステップと、を含む前記投与方法。
i. 項目1~9のいずれか1項に定義される少なくとも1つの前記組成物を得るステップと、
ii. 先行項目のいずれか1項に定義された疾患の予防及び/または治療のために、前記組成物を対象に少なくとも1回投与するステップと、を含む前記投与方法。
15.
i. 項目1~9のいずれか1項に記載の組成物または項目10に記載の発現系と、
ii. 任意的に、前記組成物を投与するための医療器具またはその他の手段と、
iii. 使用説明書と、を含むパーツのキット。
i. 項目1~9のいずれか1項に記載の組成物または項目10に記載の発現系と、
ii. 任意的に、前記組成物を投与するための医療器具またはその他の手段と、
iii. 使用説明書と、を含むパーツのキット。
Claims (73)
- 疾患の予防及び/または治療に使用するための組成物であって、
i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含み、
前記抗原及び前記タンパク質は、細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記組成物。 - 前記粒子がウイルス様粒子である、請求項1に記載の使用のための組成物。
- 前記粒子がナノ粒子である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1及び/または前記第2のポリヌクレオチドがDNAである、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1及び/または前記第2のポリヌクレオチドがRNAである、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記RNAが脂質粒子製剤に製剤化されている、請求項5に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が粒子形成タンパク質である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、糖タンパク質などのウイルスカプシドタンパク質またはウイルスエンベロープタンパク質である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、ヒトウイルスなどの哺乳動物ウイルスからのウイルスカプシドタンパク質またはウイルスエンベロープタンパク質である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、B型またはE型肝炎などの肝炎ウイルスからのタンパク質、例えばB型肝炎ウイルスからのコアタンパク質、NoVなどのノロウイルスからのタンパク質、ヒトパピローマウイルス(HPV)、好ましくはHPV L1などのHPV16またはHPV18などのパピローマウイルスからのタンパク質、ポリオーマウイルスvp1(PyV)などのポリオーマウイルスからのタンパク質、ネコカリシウイルス(FCV)、好ましくはFCV VP1などのカリシウイルスからのタンパク質、ブタサーコウイルス(PCV)、好ましくはPCV2 ORF2などのサーコウイルスからのタンパク質、NNVコートタンパク質などの神経壊死ウイルス(NNV)からのタンパク質、イヌパルボウイルス(CVP)、好ましくはCPV VP2、ガチョウパルボウイルス(GPV)またはブタパルボウイルス(PPV)、好ましくはGPVもしくはPPV、またはパルボウイルスB19からの構造タンパク質などのパルボウイルスからのタンパク質、腸炎ウイルス、例えばミンク腸炎ウイルス(MEV)、好ましくはMEV VP2、またはアヒルペストウイルス(DPV)、好ましくはDPV構造タンパク質などのプロトパルボウイルスからのタンパク質である、請求項9に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、ササゲウイルス、タバコウイルス、トマトウイルス、キュウリウイルスまたはジャガイモウイルスなどの植物ウイルスからのタンパク質である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記植物ウイルスが、モザイクウイルス、好ましくはササゲモザイクウイルス(CPMV)、タバコモザイクウイルス(TMV)、トマト黄化壊疽ウイルス(TSWV)、トマト黄化葉巻ウイルス(TYLCV)、キュウリモザイクウイルス(CMV)、またはジャガイモウイルスY(PVY)である、請求項11に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、バクテリオファージタンパク質、例えばサルモネラウイルスP22から、MS2から、QBetaから、PRR1、PP7、バクテリオファージR17、バクテリオファージfr、バクテリオファージGA、バクテリオファージSP、バクテリオファージM11、バクテリオファージMX1、バクテリオファージNL95、バクテリオファージf2またはCb5からのタンパク質である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、配列番号69に記載のフェリチン、配列番号72に記載のi301、レプリカーゼポリタンパク質1a(pp1a)、配列番号70に記載のルマジンシンターゼ、配列番号92に記載のHbc、配列番号93に記載のtandemHBc、配列番号97に記載の2-オキソ酸デヒドロゲナーゼサブユニットE2、または配列番号98に記載のノロウイルスカプシドタンパク質などの粒子形成タンパク質である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1または前記第2のペプチドタグが、配列番号1に記載のSpyTag、配列番号2に記載のSdyTag、配列番号3に記載のSnoopTag、配列番号4に記載のPhoTag、配列番号5に記載のEntTag、配列番号15に記載のBacTag、配列番号16に記載のBac2Tag、配列番号17に記載のBac3Tag、配列番号18に記載のBac4Tag、配列番号13または配列番号14に記載のRumTrunk D9N tag、配列番号12に記載のRum7Tag、配列番号6に記載のRumTag、配列番号7に記載のRum2Tag、配列番号8に記載のRum3Tag、配列番号9に記載のRum4Tag、配列番号10に記載のRum5Tag、配列番号11に記載のRum6Tag及び配列番号19に記載のBac5Tagからなる群から選択されるタグを含む、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1または前記第2のペプチドタグが、配列番号21に記載のSpyCatcher、配列番号22に記載のSdyCatcher、配列番号23に記載のSnoopCatcher 、及びエステル形成分割タンパク質対からなる群から選択されるタグを含む、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記組成物がSpyLigaseを更に含み、これにより前記2つのペプチドタグが互いにロックされ得る、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1及び前記第2のペプチドタグの一方がSdyTagであり、前記第1及び前記第2のペプチドタグの他方がSdyCatcherである、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1及び前記第2のペプチドタグの1つは、配列番号1に記載のSpyTagまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体などのSpyTagであり、前記第1及び前記第2のペプチドタグの他方は、配列番号21に記載のSpyCatcherまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体などのSpyCatcherである、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1及び前記第2のペプチドタグの一方がSnoopTagであり、前記第1及び前記第2のペプチドタグの他方がSnoopCatcherである、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 1つまたは複数の前記第1のペプチドタグが、前記タンパク質のN末端、C末端に融合され、及び/または前記タンパク質のコード配列に、任意的にリンカーによってインフレームで挿入される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 1つまたは複数の前記第2のペプチドタグが、前記抗原のN末端、C末端に融合され、及び/または前記抗原のコード配列に、任意的にリンカーによってインフレームで挿入される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記疾患が、がん、脂質異常症、心血管疾患、免疫炎症性疾患、慢性疾患、神経疾患、感染症及び/またはアレルギー反応/疾患である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記がんが、乳癌、胃癌、卵巣癌、神経膠芽腫、骨癌、皮膚癌及び子宮体部漿液性癌からなる群から選択される、請求項23に記載の使用のための組成物。
- 前記脂質障害が、I型、II型、III型、IV型、またはV型高脂血症、続発性高トリグリセリド血症、高コレステロール血症、家族性高コレステロール血症、黄色腫症及びコレステロールアセチルトランスフェラーゼ欠損症などの脂質障害からなる群から選択される、請求項23から24のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記心血管疾患が、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、冠動脈疾患及び/または高コレステロール血症からなる群から選択される、請求項23から25のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記慢性または免疫炎症性疾患が、好酸球性喘息、アレルギー、鼻ポリープ、アトピー性皮膚炎、好酸球性食道炎、好酸球増加症候群、接触性アレルギー及びチャーグ・ストラウス症候群からなる群から選択される、請求項23から26のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記神経疾患がアルツハイマー病である、請求項23から27のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記感染症が、マラリア、結核、及びコロナウイルス、例えばSARS-CoV-2、マラリア、結核、HIV、HCV、デング熱、チクングニア熱、黄熱病、HBVまたはインフルエンザなどのウイルスによって引き起こされる疾患からなる群から選択される、請求項23から28のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、ポリペプチド、ペプチド、及び/または異常な生理学的反応に関連または特異的なポリペプチドの抗原断片である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記異常な生理学的反応が、自己免疫疾患、アレルギー反応及び/またはがんである、請求項30に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、がん特異的なポリペプチド、心血管疾患に関連するポリペプチド、喘息に関連するポリペプチド、ポリペプチド、鼻ポリープに関連するポリペプチド、アトピー性皮膚炎に関連するポリペプチド、好酸球性食道炎に関連するポリペプチド、好酸球増加症候群に関連するポリペプチド、チャーグ・ストラウス症候群に関連するポリペプチド、及び病原性生物に関連するポリペプチドからなる群のタンパク質、ペプチド、及び/または抗原断片である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)のタンパク質、ペプチド及び/または抗原断片である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原は、ヘマグルチニン、GD2、EGF-R、CEA、CD52、CD21、ノイラミニダーゼ、ヒト黒色腫タンパク質gp100、ヒト黒色腫タンパク質melan-A/MART1、HIVエンベロープタンパク質、M2e、VAR2CSA、ICAM1、CSP、デングウイルスNS1、デングウイルスエンベロープタンパク質、チクングニアウイルスエンベロープタンパク質、チロシナーゼ、HCV E2、NA17-A nt、MAGE-3、HPV 16 E7、HPV L2、PD1、PD-L1、CTLA-4、p53、hCG、Fel d1、EGRFvIII、エンドグリン、ANGPTL-3、CSPG4、CTLA-4、HER2、IgE、IL-1ベータ、IL-5、IL-13、IL-17、IL-22、IL-31、IL-33、TSLP、NGF、(IHNV)Gタンパク質、リンホトキシンαまたはβなどのリンホトキシン、リンホトキシン受容体、核因子kBリガンドの受容体活性化因子、血管内皮増殖因子VEGF、VEGF受容体、IL-23 p19、グレリン、CCL21、CXCL12、SDF-1、M-CSF、MCP-1、エンドグリン、GnRH、TRH、エオタキシン、ブラジキニン、BLC、TNF-α、アミロイドβペプチドA、アンギオテンシン、ガストリン、プロガストリン、CETP、CCR5、C5a、CXCR4、Des-Arg-ブラジキニン、GnRHペプチド、アンジオテンシンペプチドもしくはTNFペプチド、またはその抗原断片もしくは抗原変異体からなる群から選択される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原は、SARS-CoV-2エンベロープタンパク質、SARS-CoV-2スパイクタンパク質、SARS-CoV-2ヌクレオカプシドタンパク質及びSARS-CoV-2エンベロープタンパク質からなる群から選択される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、IL-13、IL-31、IL-17A、PSCK9、HIV三量体、及びインフルエンザウイルス三量体からなる群から選択される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、配列番号94に記載のeGFPまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号96に記載のPfs25またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、及び配列番号95に記載のHis浄化タグまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体からなる群から選択される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、前記感染症を引き起こす前記病原生物に特異的なタンパク質またはペプチド、もしくはその断片である、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原が、ホモサピエンス、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ラマ、マウス、ラット、サルなどの哺乳動物、及び/またはニワトリなどのトリ及び/またはサケなどのサカナなどの動物における免疫反応を誘導することができる、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記抗原がポリヒスチジンタグを更に含む、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記タンパク質が、配列番号72に記載のi301またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号92に記載のHbc、またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号93に記載のtandemHBcまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号69に記載のヒトフェリチン、またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号97に記載の前記2-オキソ酸デヒドロゲナーゼサブユニットE2またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号70に記載のルマジンシンターゼ、またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、及び配列番号98に記載の前記ノロウイルスカプシドタンパク質またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体からなる群から選択される、先行請求項のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 前記第1及び前記第2のペプチドタグが、配列番号1に記載のSpyTagまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、及び配列番号21に記載のSpyCatcherまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体からなる群から選択される、請求項41に記載の組成物。
- 前記抗原が、配列番号94に記載のeGFPまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、配列番号96に記載のPfs25またはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体、及び配列番号95に記載のHis浄化タグまたはそれに対して少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%の配列同一性を有するその相同体からなる群から選択される、請求項41から42のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含む発現系であって、
前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが細胞内で発現すると、前記抗原及び前記タンパク質は、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記発現系。 - 前記第1のペプチドタグ、前記第2のペプチドタグ、前記タンパク質及び/または前記抗原が、請求項1から40のいずれか1項に定義されるとおりである、請求項44に記載の発現系。
- 前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドが、両方ともDNAポリヌクレオチドまたはRNAポリヌクレオチドである、請求項44のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが、ウイルスベクターまたはプラスミドなどの1つのベクター内に含まれるか、または前記第1及び前記第2のポリヌクレオチドが、2つのウイルスベクター、2つのプラスミド、もしくは1つのウイルス及び1つのプラスミドなどの2つのベクター内に含まれる、請求項44から46のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記ウイルスベクターが、修飾アデノウイルスベクター、例えば複製欠損サルアデノウイルスベクターChAdOx1、または修飾ワクシニアアンカラ(MVA)ベクターなどのアデノウイルスベクターである、請求項47に記載の発現系。
- 前記発現系がプラスミドを含むか、またはそれで構成される、請求項44から47のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記プラスミドがpVAX1である、請求項49に記載の発現系。
- 前記発現系がプラスミドを含むか、またはmRNAで構成される、請求項44から50のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1のポリヌクレオチドが、第1のペプチドタグを含むタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドを含むか、またはそれで構成され、前記第2のポリヌクレオチドが、第2のペプチドタグを含む抗原をコードする第2のポリヌクレオチドを含むか、またはそれで構成される、請求項44から51のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドが、同じ核酸分子内、または2つの異なる核酸分子内に含まれる、請求項44から52のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1のポリヌクレオチドの上流に第1のプロモーターを更に含む、請求項44から53のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第2のポリヌクレオチドの上流に第2のプロモーターを更に含む、請求項44から54のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1のプロモーターが構成的プロモーターであり、前記第2のプロモーターがビタミンD誘導性プロモーターなどの誘導性プロモーターである、請求項44から55のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1及び前記第2のプロモーターが前記構成的プロモーターである、請求項44から55のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第1のポリヌクレオチドが分泌または排出シグナルを更に含み、これにより、前記第1のペプチドタグに融合された前記タンパク質が、前記細胞の小胞体から分泌または排出される、請求項44から57のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記第2のポリヌクレオチドが分泌または排出シグナルを更に含み、これにより、前記第2のペプチドタグに融合された前記抗原が、前記細胞の前記小胞体から分泌または排出される、請求項44から58のいずれか1項に記載の発現系。
- 前記分泌または前記排出シグナルが、配列番号79、配列番号80、配列番号81、配列番号82、配列番号83もしくは配列番号84を含むか、またはそれで構成される、請求項44から59のいずれか1項に記載の発現系。
- i. 第1のペプチドタグに融合されたタンパク質をコードする第1のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義された、前記第1のポリヌクレオチドと、
ii. 第2のペプチドタグに融合された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドであって、好ましくは先行請求項のいずれか1項に定義された、前記第2のポリヌクレオチドと、を発現する細胞であって、
前記抗原及び前記タンパク質は、前記細胞内で発現すると、前記第1のペプチドタグと前記第2のペプチドタグとの間のイソペプチド結合、またはエステル結合を介して連結され、これにより、i-iiが前記抗原を表示する粒子を形成する、前記細胞。 - 請求項44から60のいずれか1項に記載の前記発現系を含む、請求項61に記載の細胞。
- 宿主細胞が、請求項44から60のいずれか1項に記載の発現系を含む、前記宿主細胞。
- 前記宿主細胞が、細菌細胞、酵母細胞、真菌細胞、植物細胞、哺乳動物細胞及び昆虫細胞からなる群から選択される、請求項63に記載の宿主細胞。
- 対象で免疫反応を誘導する方法における使用のための、請求項44から60のいずれか1項に記載の前記発現系、及び/または請求項61から64のいずれか1項に記載の前記細胞または前記宿主細胞であって、前記方法が、前記組成物、前記ポリヌクレオチドまたは前記発現系を前記対象に対して少なくとも1回投与するステップを含む、請求項1から40のいずれか1項に記載の使用のための組成物。
- 組成物を必要とする対象の疾患の予防及び/または治療に使用するための前記組成物の投与方法であって、
先行請求項のいずれか1項に定義される疾患の予防及び/または治療のために、請求項1から40のいずれか1項に定義される少なくとも1つの前記組成物を対象に少なくとも1回投与するステップを含む、前記投与方法。 - 前記組成物は、以前の投与とは異なる形態または身体部位での投与によって増強される、請求項66に記載の使用のための組成物の投与方法。
- 前記組成物は、提示された疾患の受容体である可能性が高い領域に投与される、請求項66から67のいずれか1項に記載の使用のための組成物の投与方法。
- 前記対象が、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ラマ、マウス、ラット、サルなど、最も好ましくはヒトなどの哺乳動物、またはニワトリなどのトリもしくはサケなどのサカナである、請求項66から68のいずれか1項に記載の使用のための組成物の投与方法。
- 前記組成物をその他のワクチンと組み合わせて投与する、請求項66から69のいずれか1項に記載の使用のための組成物の投与方法。
- 前記組成物がワクチンカクテルの一部を形成する、請求項66から70のいずれか1項に記載の使用のための組成物の投与方法。
- i. 先行請求項のいずれか1項に定義される組成物または請求項44から60のいずれか1項に記載の発現系と、
ii. 任意的に、前記組成物を投与するための医療器具またはその他の手段と、
iii. 使用説明書と、を含むパーツのキット。 - 第2の有効成分を含む、請求項72に記載のパーツのキット。
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