JP2024501383A - エピジェネティック編集のための組成物および方法 - Google Patents

エピジェネティック編集のための組成物および方法 Download PDF

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Abstract

エピジェネティック編集のためのエピジェネティックエディターを含む組成物および方法、またはそれを含む細胞、核酸、およびベクターが、本明細書において開示される。エピジェネティック改変された染色体もまた、開示される。【選択図】図６－２

Description

相互参照
[0001]本出願は、２０２０年１２月２２日に出願された米国仮出願第６３／１２９，２８３号および２０２１年１１月１７日に出願された米国仮出願第６２／２８０，４５２号の利益を主張し、これらは、それぞれ、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
[0002]ゲノム編集は、１０年以上、遺伝子疾患の処置の有望な治療的アプローチと考えられている。しかしながら、ＤＮＡレベルでの操作は、望ましくない二本鎖切断、意図される部位における大小の挿入および欠失を含む不均一な修復、ならびに毒性の可能性を考えると、依然として危険を伴う。
[0003]エピジェネティックエディターに関連するエピジェネティック改変のための組成物、ならびにそれを使用して、ゲノム配列に変化を導入することなく、宿主細胞および生物におけるものを含めた標的ゲノムにエピジェネティック改変を生成する方法が、本明細書に提供される。
[0004]融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、融合タンパク質が、（ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）第１のリプレッサードメインと、（ｄ）第２のリプレッサードメインとを含む、エピジェネティックエディターが、本明細書に記載される。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合する。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインは、標的遺伝子を含む細胞内のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合し、エピジェネティックエディターを標的遺伝子へと導いて、標的遺伝子内のヌクレオチドまたは標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす。
[0005]いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、第２のＤＮＭＴドメインをさらに含む。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメイン、ＤＮＭＴ３Ｂドメイン、ＤＮＭＴ３Ｃドメイン、およびＤＮＭＴ３Ｌドメインからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴドメインである。いくつかの実施形態において、ヒトＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、ヒトＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。
[0006]いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である。いくつかの実施形態において、第２のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインおよび第２のＤＮＭＴドメインは、配列番号３２～６６からなる群から選択される。
[0007]いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、ＺＩＭ３、ＺＮＦ４３６、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ６８０、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ５５４、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ２６４、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ８、ＺＮＦ５８２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ５９６、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＦＰ８２、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ５９５、ＺＮＦ１８４、ＺＮＦ４１９、ＺＦＰ２８－１、ＺＦＰ２８－２、ＺＮＦ１８、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３９４、ＺＦＰ１、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ７２９、ＺＩＭ２、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７８５、ＺＮＦ１０、ＣＢＸ５、ＲＹＢＰ、ＹＡＦ２、ＭＧＡ、ＣＢＸ１、ＳＣＭＨ１、ＭＰＰ８、ＳＵＭＯ３、ＨＥＲＣ２、ＢＩＮ１、ＰＣＧＦ２、ＴＯＸ、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＡ２、ＩＲＦ２ＢＰ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＦ２ＢＰＬ ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２ Ｎ末端ドメイン、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＢ１３、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＢ９、ＨＯＸＡ９、ＺＦＰ２８、ＺＮ３３４、ＺＮ５６８、ＺＮ３７Ａ、ＺＮ１８１、ＺＮ５１０、ＺＮ８６２、ＺＮ１４０、ＺＮ２０８、ＺＮ２４８、ＺＮ５７１、ＺＮ６９９、ＺＮ７２６、ＺＩＫ１、ＺＮＦ２、Ｚ７０５Ｆ、ＺＮＦ１４、ＺＮ４７１、ＺＮ６２４、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ７、ＺＮ８９１、ＺＮ３３７、Ｚ７０５Ｇ、ＺＮ５２９、ＺＮ７２９、ＺＮ４１９、Ｚ７０５Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮ３０２、ＺＮ４８６、ＺＮ６２１、ＺＮ６８８、ＺＮ３３Ａ、ＺＮ５５４、ＺＮ８７８、ＺＮ７７２、ＺＮ２２４、ＺＮ１８４、ＺＮ５４４、ＺＮＦ５７、ＺＮ２８３、ＺＮ５４９、ＺＮ２１１、ＺＮ６１５、ＺＮ２５３、ＺＮ２２６、ＺＮ７３０、Ｚ５８５Ａ、ＺＮ７３２、ＺＮ６８１、ＺＮ６６７、ＺＮ６４９、ＺＮ４７０、ＺＮ４８４、ＺＮ４３１、ＺＮ３８２、ＺＮ２５４、ＺＮ１２４、ＺＮ６０７、ＺＮ３１７、ＺＮ６２０、ＺＮ１４１、ＺＮ５８４、ＺＮ５４０、ＺＮ７５Ｄ、ＺＮ５５５、ＺＮ６５８、ＺＮ６８４、ＲＢＡＫ、ＺＮ８２９、ＺＮ５８２、ＺＮ１１２、ＺＮ７１６、ＨＫＲ１、ＺＮ３５０、ＺＮ４８０、ＺＮ４１６、ＺＮＦ９２、ＺＮ１００、ＺＮ７３６、ＺＮＦ７４、ＣＢＸ１、ＺＮ４４３、ＺＮ１９５、ＺＮ５３０、ＺＮ７８２、ＺＮ７９１、ＺＮ３３１、Ｚ３５４Ｃ、ＺＮ１５７、ＺＮ７２７、ＺＮ５５０、ＺＮ７９３、ＺＮ２３５、ＺＮＦ８、ＺＮ７２４、ＺＮ５７３、ＺＮ５７７、ＺＮ７８９、ＺＮ７１８、ＺＮ３００、ＺＮ３８３、ＺＮ４２９、ＺＮ６７７、ＺＮ８５０、ＺＮ４５４、ＺＮ２５７、ＺＮ２６４、ＺＦＰ８２、ＺＦＰ１４、ＺＮ４８５、ＺＮ７３７、ＺＮＦ４４、ＺＮ５９６、ＺＮ５６５、ＺＮ５４３、ＺＦＰ６９、ＳＵＭＯ１、ＺＮＦ１２、ＺＮ１６９、ＺＮ４３３、ＳＵＭＯ３、ＺＮＦ９８、ＺＮ１７５、ＺＮ３４７、ＺＮＦ２５、ＺＮ５１９、Ｚ５８５Ｂ、ＺＩＭ３、ＺＮ５１７、ＺＮ８４６、ＺＮ２３０、ＺＮＦ６６、ＺＦＰ１、ＺＮ７１３、ＺＮ８１６、ＺＮ４２６、ＺＮ６７４、ＺＮ６２７、ＺＮＦ２０、Ｚ５８７Ｂ、ＺＮ３１６、ＺＮ２３３、ＺＮ６１１、ＺＮ５５６、ＺＮ２３４、ＺＮ５６０、ＺＮＦ７７、ＺＮ６８２、ＺＮ６１４、ＺＮ７８５、ＺＮ４４５、ＺＦＰ３０、ＺＮ２２５、ＺＮ５５１、ＺＮ６１０、ＺＮ５２８、ＺＮ２８４、ＺＮ４１８、ＭＰＰ８、ＺＮ４９０、ＺＮ８０５、Ｚ７８０Ｂ、ＺＮ７６３、ＺＮ２８５、ＺＮＦ８５、ＺＮ２２３、ＺＮＦ９０、ＺＮ５５７、ＺＮ４２５、ＺＮ２２９、ＺＮ６０６、ＺＮ１５５、ＺＮ２２２、ＺＮ４４２、ＺＮＦ９１、ＺＮ１３５、ＺＮ７７８、ＲＹＢＰ、ＺＮ５３４、ＺＮ５８６、ＺＮ５６７、ＺＮ４４０、ＺＮ５８３、ＺＮ４４１、ＺＮＦ４３、ＣＢＸ５、ＺＮ５８９、ＺＮＦ１０、ＺＮ５６３、ＺＮ５６１、ＺＮ１３６、ＺＮ６３０、ＺＮ５２７、ＺＮ３３３、Ｚ３２４Ｂ、ＺＮ７８６、ＺＮ７０９、ＺＮ７９２、ＺＮ５９９、ＺＮ６１３、ＺＦ６９Ｂ、ＺＮ７９９、ＺＮ５６９、ＺＮ５６４、ＺＮ５４６、ＺＦＰ９２、ＹＡＦ２、ＺＮ７２３、ＺＮＦ３４、ＺＮ４３９、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１９、ＺＮ４０４、ＺＮ２７４、ＣＢＸ３、ＺＮＦ３０、ＺＮ２５０、ＺＮ５７０、ＺＮ６７５、ＺＮ６９５、ＺＮ５４８、ＺＮ１３２、ＺＮ７３８、ＺＮ４２０、ＺＮ６２６、ＺＮ５５９、ＺＮ４６０、ＺＮ２６８、ＺＮ３０４、ＺＩＭ２、ＺＮ６０５、ＺＮ８４４、ＳＵＭＯ５、ＺＮ１０１、ＺＮ７８３、ＺＮ４１７、ＺＮ１８２、ＺＮ８２３、ＺＮ１７７、ＺＮ１９７、ＺＮ７１７、ＺＮ６６９、ＺＮ２５６、ＺＮ２５１、ＣＢＸ４、ＰＣＧＦ２、ＣＤＹ２、ＣＤＹＬ２、ＨＥＲＣ２、ＺＮ５６２、ＺＮ４６１、Ｚ３２４Ａ、ＺＮ７６６、ＩＤ２、ＴＯＸ、ＺＮ２７４、ＳＣＭＨ１、ＺＮ２１４、ＣＢＸ７、ＩＤ１、ＣＲＥＭ、ＳＣＸ、ＡＳＣＬ１、ＺＮ７６４、ＳＣＭＬ２、ＴＷＳＴ１、ＣＲＥＢ１、ＴＥＲＦ１、ＩＤ３、ＣＢＸ８、ＣＢＸ４、ＧＳＸ１、ＮＫＸ２２、ＡＴＦ１、ＴＷＳＴ２、ＺＮＦ１７、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、ＺＭＹＭ３、Ｉ２ＢＰ１、ＲＨＸＦ１、ＳＳＸ２、Ｉ２ＢＰＬ、ＺＮ６８０、ＣＢＸ１、ＴＲＩ６８、ＨＸＡ１３、ＰＨＣ３、ＴＣＦ２４、ＣＢＸ３、ＨＸＢ１３、ＨＥＹ１、ＰＨＣ２、ＺＮＦ８１、ＦＩＧＬＡ、ＳＡＭ１１、ＫＭＴ２Ｂ、ＨＥＹ２、ＪＤＰ２、ＨＸＣ１３、ＡＳＣＬ４、ＨＨＥＸ、ＨＥＲＣ２、ＧＳＸ２、ＢＩＮ１、ＥＴＶ７、ＡＳＣＬ３、ＰＨＣ１、ＯＴＰ、Ｉ２ＢＰ２、ＶＧＬＬ２、ＨＸＡ１１、ＰＤＬＩ４、ＡＳＣＬ２、ＣＤＸ４、ＺＮ８６０、ＬＭＢＬ４、ＰＤＩＰ３、ＮＫＸ２５、ＣＥＢＰＢ、ＩＳＬ１、ＣＤＸ２、ＰＲＯＰ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＭＢＴ１、ＨＸＣ１１、ＨＸＣ１０、ＰＲＳ６Ａ、ＶＳＸ１、ＮＫＸ２３、ＭＴＧ１６、ＨＭＸ３、ＨＭＸ１、ＫＩＦ２２、ＣＳＴＦ２、ＣＥＢＰＥ、ＤＬＸ２、ＺＭＹＭ３、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＩＣ１、ＵＮＣ４、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ３、ＴＣＦ１５、ＴＥＲＡ、ＶＳＸ２、ＨＸＤ１２、ＣＤＸ１、ＴＣＦ２３、ＡＬＸ１、ＨＸＡ１０、ＲＸ、ＣＸＸＣ５、ＳＣＭＬ１、ＮＦＩＬ３、ＤＬＸ６、ＭＴＧ８、ＣＢＸ８、ＣＥＢＰＤ、ＳＥＣ１３、ＦＩＰ１、ＡＬＸ４、ＬＨＸ３、ＰＲＩＣ２、ＭＡＧＩ３、ＮＥＬＬ１、ＰＲＲＸ１、ＭＴＧ８Ｒ、ＲＡＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ１、ＮＫＸ２６、ＮＡＢ１、ＳＡＭＤ７、ＰＩＴＸ３、ＷＤＲ５、ＭＥＯＸ２、ＮＡＢ２、ＤＨＸ８、ＦＯＸＡ２、ＣＢＸ６、ＥＭＸ２、ＣＰＳＦ６、ＨＸＣ１２、ＫＤＭ４Ｂ、ＬＭＢＬ３、ＰＨＸ２Ａ、ＥＭＸ１、ＮＣ２Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＲＹ、ＺＮ７７７、ＮＥＬＬ１、ＺＮ３９８、ＧＡＴＡ３、ＢＳＨ、ＳＦ３Ｂ４、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＲＧＡＰ１、ＰＨＦ１、ＦＯＸＡ１、ＧＡＴＡ２、ＦＯＸＯ３、ＺＮ２１２、ＩＲＸ４、ＺＢＥＤ６、ＬＨＸ４、ＳＩＮ３Ａ、ＲＢＢＰ７、ＮＫＸ６１、ＴＲＩ６８、Ｒ５１Ａ１、ＭＢ３Ｌ１、ＤＬＸ５、ＮＯＴＣ１、ＴＥＲＦ２、ＺＮ２８２、ＲＧＳ１２、ＺＮ８４０、ＳＰＩ２Ｂ、ＰＡＸ７、ＮＫＸ６２、ＡＳＸＬ２、ＦＯＸＯ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＺＭＹＭ５、ＺＮ７８３、ＳＰＩ２Ｂ、ＬＲＰ１、ＭＩＸＬ１、ＳＧＴ１、ＬＭＣＤ１、ＣＥＢＰＡ、ＧＡＴＡ２、ＳＯＸ１４、ＷＴＩＰ、ＰＲＰ１９、ＣＢＸ６、ＮＫＸ１１、ＲＢＢＰ４、ＤＭＲＴ２、ＳＭＣＡ２、およびこれらのフラグメントからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、配列番号６７～５９５からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、ＺＩＭ３、ＺＮＦ２６４、ＺＮ５７７、ＺＮ７９３、ＺＦＰ２８、ＺＮ６２７、ＲＹＢＰ、ＴＯＸ、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、Ｉ２ＢＰ１、ＳＣＭＨ１、ＳＣＭＬ２、ＣＤＹＬ２、ＣＢＸ８、ＣＢＸ５、およびＣＢＸ１、ならびにこれらのフラグメントからなる群から選択される。
[0008]いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの１つは、ＫＲＡＢドメインである。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＢドメインは、ＫＯＸ１ ＫＲＡＢドメインである。
[0009]いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーモチーフを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーアレイを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、標的配列とハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９は、ｄＳｐＣａｓ９である。いくつかの実施形態において、ｄＳｐＣａｓ９は、配列番号３として定義される。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む。
[0010]いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ｄＳｐＣａｓ９－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－第２のリプレッサードメインを含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、融合タンパク質のドメインを接続する。いくつかの実施形態において、リンカーは、ＸＴＥＮリンカーである。いくつかの実施形態において、ＸＴＥＮリンカーは、ＸＴＥＮ－１６、ＸＴＥＮ－１８、およびＸＴＥＮ－８０からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＸＴＥＮ８０－ｄＳｐＣａｓ９－ ＸＴＥＮ１６－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－ ＸＴＥＮ１８－第２のリプレッサードメインを含む。
[0011]融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、融合タンパク質が、（ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）リプレッサードメインとを含み、リプレッサードメインが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ４３６、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ６８０、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ５５４、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ２６４、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ８、ＺＮＦ５８２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ５９６、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＦＰ８２、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ５９５、ＺＮＦ１８４、ＺＮＦ４１９、ＺＦＰ２８－１、ＺＦＰ２８－２、ＺＮＦ１８、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３９４、ＺＦＰ１、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ７２９、ＺＩＭ２、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７８５、ＺＮＦ１０、ＣＢＸ５、ＲＹＢＰ、ＹＡＦ２、ＭＧＡ、ＣＢＸ１、ＳＣＭＨ１、ＭＰＰ８、ＳＵＭＯ３、ＨＥＲＣ２、ＢＩＮ１、ＰＣＧＦ２、ＴＯＸ、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＡ２、ＩＲＦ２ＢＰ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＦ２ＢＰＬ ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２ Ｎ末端ドメイン、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＢ１３、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＢ９、ＨＯＸＡ９、ＺＦＰ２８、ＺＮ３３４、ＺＮ５６８、ＺＮ３７Ａ、ＺＮ１８１、ＺＮ５１０、ＺＮ８６２、ＺＮ１４０、ＺＮ２０８、ＺＮ２４８、ＺＮ５７１、ＺＮ６９９、ＺＮ７２６、ＺＩＫ１、ＺＮＦ２、Ｚ７０５Ｆ、ＺＮＦ１４、ＺＮ４７１、ＺＮ６２４、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ７、ＺＮ８９１、ＺＮ３３７、Ｚ７０５Ｇ、ＺＮ５２９、ＺＮ７２９、ＺＮ４１９、Ｚ７０５Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮ３０２、ＺＮ４８６、ＺＮ６２１、ＺＮ６８８、ＺＮ３３Ａ、ＺＮ５５４、ＺＮ８７８、ＺＮ７７２、ＺＮ２２４、ＺＮ１８４、ＺＮ５４４、ＺＮＦ５７、ＺＮ２８３、ＺＮ５４９、ＺＮ２１１、ＺＮ６１５、ＺＮ２５３、ＺＮ２２６、ＺＮ７３０、Ｚ５８５Ａ、ＺＮ７３２、ＺＮ６８１、ＺＮ６６７、ＺＮ６４９、ＺＮ４７０、ＺＮ４８４、ＺＮ４３１、ＺＮ３８２、ＺＮ２５４、ＺＮ１２４、ＺＮ６０７、ＺＮ３１７、ＺＮ６２０、ＺＮ１４１、ＺＮ５８４、ＺＮ５４０、ＺＮ７５Ｄ、ＺＮ５５５、ＺＮ６５８、ＺＮ６８４、ＲＢＡＫ、ＺＮ８２９、ＺＮ５８２、ＺＮ１１２、ＺＮ７１６、ＨＫＲ１、ＺＮ３５０、ＺＮ４８０、ＺＮ４１６、ＺＮＦ９２、ＺＮ１００、ＺＮ７３６、ＺＮＦ７４、ＣＢＸ１、ＺＮ４４３、ＺＮ１９５、ＺＮ５３０、ＺＮ７８２、ＺＮ７９１、ＺＮ３３１、Ｚ３５４Ｃ、ＺＮ１５７、ＺＮ７２７、ＺＮ５５０、ＺＮ７９３、ＺＮ２３５、ＺＮＦ８、ＺＮ７２４、ＺＮ５７３、ＺＮ５７７、ＺＮ７８９、ＺＮ７１８、ＺＮ３００、ＺＮ３８３、ＺＮ４２９、ＺＮ６７７、ＺＮ８５０、ＺＮ４５４、ＺＮ２５７、ＺＮ２６４、ＺＦＰ８２、ＺＦＰ１４、ＺＮ４８５、ＺＮ７３７、ＺＮＦ４４、ＺＮ５９６、ＺＮ５６５、ＺＮ５４３、ＺＦＰ６９、ＳＵＭＯ１、ＺＮＦ１２、ＺＮ１６９、ＺＮ４３３、ＳＵＭＯ３、ＺＮＦ９８、ＺＮ１７５、ＺＮ３４７、ＺＮＦ２５、ＺＮ５１９、Ｚ５８５Ｂ、ＺＩＭ３、ＺＮ５１７、ＺＮ８４６、ＺＮ２３０、ＺＮＦ６６、ＺＦＰ１、ＺＮ７１３、ＺＮ８１６、ＺＮ４２６、ＺＮ６７４、ＺＮ６２７、ＺＮＦ２０、Ｚ５８７Ｂ、ＺＮ３１６、ＺＮ２３３、ＺＮ６１１、ＺＮ５５６、ＺＮ２３４、ＺＮ５６０、ＺＮＦ７７、ＺＮ６８２、ＺＮ６１４、ＺＮ７８５、ＺＮ４４５、ＺＦＰ３０、ＺＮ２２５、ＺＮ５５１、ＺＮ６１０、ＺＮ５２８、ＺＮ２８４、ＺＮ４１８、ＭＰＰ８、ＺＮ４９０、ＺＮ８０５、Ｚ７８０Ｂ、ＺＮ７６３、ＺＮ２８５、ＺＮＦ８５、ＺＮ２２３、ＺＮＦ９０、ＺＮ５５７、ＺＮ４２５、ＺＮ２２９、ＺＮ６０６、ＺＮ１５５、ＺＮ２２２、ＺＮ４４２、ＺＮＦ９１、ＺＮ１３５、ＺＮ７７８、ＲＹＢＰ、ＺＮ５３４、ＺＮ５８６、ＺＮ５６７、ＺＮ４４０、ＺＮ５８３、ＺＮ４４１、ＺＮＦ４３、ＣＢＸ５、ＺＮ５８９、ＺＮＦ１０、ＺＮ５６３、ＺＮ５６１、ＺＮ１３６、ＺＮ６３０、ＺＮ５２７、ＺＮ３３３、Ｚ３２４Ｂ、ＺＮ７８６、ＺＮ７０９、ＺＮ７９２、ＺＮ５９９、ＺＮ６１３、ＺＦ６９Ｂ、ＺＮ７９９、ＺＮ５６９、ＺＮ５６４、ＺＮ５４６、ＺＦＰ９２、ＹＡＦ２、ＺＮ７２３、ＺＮＦ３４、ＺＮ４３９、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１９、ＺＮ４０４、ＺＮ２７４、ＣＢＸ３、ＺＮＦ３０、ＺＮ２５０、ＺＮ５７０、ＺＮ６７５、ＺＮ６９５、ＺＮ５４８、ＺＮ１３２、ＺＮ７３８、ＺＮ４２０、ＺＮ６２６、ＺＮ５５９、ＺＮ４６０、ＺＮ２６８、ＺＮ３０４、ＺＩＭ２、ＺＮ６０５、ＺＮ８４４、ＳＵＭＯ５、ＺＮ１０１、ＺＮ７８３、ＺＮ４１７、ＺＮ１８２、ＺＮ８２３、ＺＮ１７７、ＺＮ１９７、ＺＮ７１７、ＺＮ６６９、ＺＮ２５６、ＺＮ２５１、ＣＢＸ４、ＰＣＧＦ２、ＣＤＹ２、ＣＤＹＬ２、ＨＥＲＣ２、ＺＮ５６２、ＺＮ４６１、Ｚ３２４Ａ、ＺＮ７６６、ＩＤ２、ＴＯＸ、ＺＮ２７４、ＳＣＭＨ１、ＺＮ２１４、ＣＢＸ７、ＩＤ１、ＣＲＥＭ、ＳＣＸ、ＡＳＣＬ１、ＺＮ７６４、ＳＣＭＬ２、ＴＷＳＴ１、ＣＲＥＢ１、ＴＥＲＦ１、ＩＤ３、ＣＢＸ８、ＣＢＸ４、ＧＳＸ１、ＮＫＸ２２、ＡＴＦ１、ＴＷＳＴ２、ＺＮＦ１７、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、ＺＭＹＭ３、Ｉ２ＢＰ１、ＲＨＸＦ１、ＳＳＸ２、Ｉ２ＢＰＬ、ＺＮ６８０、ＣＢＸ１、ＴＲＩ６８、ＨＸＡ１３、ＰＨＣ３、ＴＣＦ２４、ＣＢＸ３、ＨＸＢ１３、ＨＥＹ１、ＰＨＣ２、ＺＮＦ８１、ＦＩＧＬＡ、ＳＡＭ１１、ＫＭＴ２Ｂ、ＨＥＹ２、ＪＤＰ２、ＨＸＣ１３、ＡＳＣＬ４、ＨＨＥＸ、ＨＥＲＣ２、ＧＳＸ２、ＢＩＮ１、ＥＴＶ７、ＡＳＣＬ３、ＰＨＣ１、ＯＴＰ、Ｉ２ＢＰ２、ＶＧＬＬ２、ＨＸＡ１１、ＰＤＬＩ４、ＡＳＣＬ２、ＣＤＸ４、ＺＮ８６０、ＬＭＢＬ４、ＰＤＩＰ３、ＮＫＸ２５、ＣＥＢＰＢ、ＩＳＬ１、ＣＤＸ２、ＰＲＯＰ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＭＢＴ１、ＨＸＣ１１、ＨＸＣ１０、ＰＲＳ６Ａ、ＶＳＸ１、ＮＫＸ２３、ＭＴＧ１６、ＨＭＸ３、ＨＭＸ１、ＫＩＦ２２、ＣＳＴＦ２、ＣＥＢＰＥ、ＤＬＸ２、ＺＭＹＭ３、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＩＣ１、ＵＮＣ４、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ３、ＴＣＦ１５、ＴＥＲＡ、ＶＳＸ２、ＨＸＤ１２、ＣＤＸ１、ＴＣＦ２３、ＡＬＸ１、ＨＸＡ１０、ＲＸ、ＣＸＸＣ５、ＳＣＭＬ１、ＮＦＩＬ３、ＤＬＸ６、ＭＴＧ８、ＣＢＸ８、ＣＥＢＰＤ、ＳＥＣ１３、ＦＩＰ１、ＡＬＸ４、ＬＨＸ３、ＰＲＩＣ２、ＭＡＧＩ３、ＮＥＬＬ１、ＰＲＲＸ１、ＭＴＧ８Ｒ、ＲＡＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ１、ＮＫＸ２６、ＮＡＢ１、ＳＡＭＤ７、ＰＩＴＸ３、ＷＤＲ５、ＭＥＯＸ２、ＮＡＢ２、ＤＨＸ８、ＦＯＸＡ２、ＣＢＸ６、ＥＭＸ２、ＣＰＳＦ６、ＨＸＣ１２、ＫＤＭ４Ｂ、ＬＭＢＬ３、ＰＨＸ２Ａ、ＥＭＸ１、ＮＣ２Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＲＹ、ＺＮ７７７、ＮＥＬＬ１、ＺＮ３９８、ＧＡＴＡ３、ＢＳＨ、ＳＦ３Ｂ４、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＲＧＡＰ１、ＰＨＦ１、ＦＯＸＡ１、ＧＡＴＡ２、ＦＯＸＯ３、ＺＮ２１２、ＩＲＸ４、ＺＢＥＤ６、ＬＨＸ４、ＳＩＮ３Ａ、ＲＢＢＰ７、ＮＫＸ６１、ＴＲＩ６８、Ｒ５１Ａ１、ＭＢ３Ｌ１、ＤＬＸ５、ＮＯＴＣ１、ＴＥＲＦ２、ＺＮ２８２、ＲＧＳ１２、ＺＮ８４０、ＳＰＩ２Ｂ、ＰＡＸ７、ＮＫＸ６２、ＡＳＸＬ２、ＦＯＸＯ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＺＭＹＭ５、ＺＮ７８３、ＳＰＩ２Ｂ、ＬＲＰ１、ＭＩＸＬ１、ＳＧＴ１、ＬＭＣＤ１、ＣＥＢＰＡ、ＧＡＴＡ２、ＳＯＸ１４、ＷＴＩＰ、ＰＲＰ１９、ＣＢＸ６、ＮＫＸ１１、ＲＢＢＰ４、ＤＭＲＴ２、ＳＭＣＡ２、およびこれらのフラグメントからなる群から選択される、エピジェネティックエディターもまた、本明細書に記載される。
[0012]いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、配列番号６７～５９５からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合する。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインは、標的遺伝子を含む細胞内のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合し、エピジェネティックエディターを標的遺伝子へと導いて、標的遺伝子内のヌクレオチドまたは標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインは、ＺＩＭ３、ＺＮＦ２６４、ＺＮ５７７、ＺＮ７９３、ＺＦＰ２８、ＺＮ６２７、ＲＹＢＰ、ＴＯＸ、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、Ｉ２ＢＰ１、ＳＣＭＨ１、ＳＣＭＬ２、ＣＤＹＬ２、ＣＢＸ８、ＣＢＸ５、およびＣＢＸ１、ならびにこれらのフラグメントからなる群から選択される。
[0013]いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、第２のＤＮＭＴドメインをさらに含む。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメイン、ＤＮＭＴ３Ｂドメイン、ＤＮＭＴ３Ｃドメイン、およびＤＮＭＴ３Ｌドメインからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴドメインである。いくつかの実施形態において、第１のヒトＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、ヒトＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である。いくつかの実施形態において、第２のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインおよび第２のＤＮＭＴドメインは、配列番号３２～６６からなる群から選択される。
[0014]いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーモチーフを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーアレイを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、標的配列とハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９は、ｄＳｐＣａｓ９である。いくつかの実施形態において、ｄＳｐＣａｓ９は、配列番号３として定義される。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む。
[0015]いくつかの実施形態において、融合タンパク質ドメインは、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ｄＳｐＣａｓ９－リプレッサードメインを含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、融合タンパク質のドメインを接続する。いくつかの実施形態において、リンカーは、ＸＴＥＮリンカーである。いくつかの実施形態において、ＸＴＥＮリンカーは、ＸＴＥＮ－１６、ＸＴＥＮ－１８、およびＸＴＥＮ－８０からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＸＴＥＮ８０－ｄＳｐＣａｓ９－ＸＴＥＮ１６－リプレッサードメインを含む。
[0016]融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、融合タンパク質が、（ａ）デメチラーゼドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）活性化因子ドメインとを含む、エピジェネティックエディターもまた、本明細書に記載される。いくつかの実施形態において、先行する請求項のいずれかに記載のエピジェネティックエディターと接触させた場合に、エピジェネティックエディターと接触していない標的遺伝子と比較して、標的遺伝子の発現が増加する。
[0017]融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、融合タンパク質が、（ａ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｂ）リプレッサードメインと、（ｃ）ＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメインおよびＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインからなる群から選択される、第１の触媒ドメインと、（ｄ）ＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメインおよびＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインからなる群から選択される、第２の触媒ドメインとを含み、第１の触媒ドメインが、３８０個未満のアミノ酸を有し、第２の触媒ドメインが、３８０個未満のアミノ酸を有する、エピジェネティックエディターもまた、本明細書に記載される。
[0018]標的染色体内の標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変するための方法であって、標的染色体を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、（ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）第１のリプレッサードメインと、（ｄ）第２のリプレッサードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、標的染色体内の標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変する、方法もまた、本明細書に記載される。
[0019]標的染色体内の標的遺伝子の発現をモジュレートするための方法であって、標的染色体を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、（ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）第１のリプレッサードメインと、第２のリプレッサードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、標的染色体内の標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、標的遺伝子のエピジェネティック状態をモジュレートする、方法もまた、本明細書に記載される。
[0020]疾患の処置を必要とする対象において疾患を処置するための方法であって、対象に、エピジェネティックエディターを投与するステップを含み、エピジェネティックエディターが、（ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）第１のリプレッサードメインと、（ｄ）第２のリプレッサードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、標的染色体内の標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、疾患を処置し、標的遺伝子が、疾患と関連し、部位特異的エピジェネティック改変が、標的遺伝子の発現をモジュレートし、それによって、疾患を処置する、方法もまた、本明細書に記載される。
[0021]いくつかの実施形態において、部位特異的エピジェネティック改変は、標的配列の上流または下流３０００塩基対以内である。いくつかの実施形態において、部位特異的エピジェネティック改変は、標的配列の上流または下流２０００塩基対以内である。いくつかの実施形態において、部位特異的エピジェネティック改変は、発現調節配列の上流または下流３０００塩基対以内である。いくつかの実施形態において、部位特異的エピジェネティック改変は、発現調節配列の上流または下流２０００塩基対以内である。いくつかの実施形態において、部位特異的エピジェネティック改変は、発現調節配列の上流または下流１０００塩基対以内である。
[0022]いくつかの実施形態において、本方法は、対象に、エピジェネティックエディターを含む細胞を投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、細胞は、同種細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は、自家細胞である。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、標的遺伝子のコーディング領域内である。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、疾患と関連する対立遺伝子を含む。
[0023]いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、第２のＤＮＭＴドメインをさらに含む。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメイン、ＤＮＭＴ３Ｂドメイン、ＤＮＭＴ３Ｃドメイン、およびＤＮＭＴ３Ｌドメインからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴドメインである。いくつかの実施形態において、ヒトＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、ヒトＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインである。いくつかの実施形態において、マウスＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、第２のＤＮＭＴドメインは、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである。
[0024]いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である。いくつかの実施形態において、第２のＤＮＭＴドメインは、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である。いくつかの実施形態において、第１のＤＮＭＴドメインおよび第２のＤＮＭＴドメインは、配列番号３２～６６からなる群から選択される。
[0025]いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、ＺＩＭ３、ＺＮＦ４３６、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ６８０、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ５５４、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ２６４、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ８、ＺＮＦ５８２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ５９６、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＦＰ８２、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ５９５、ＺＮＦ１８４、ＺＮＦ４１９、ＺＦＰ２８－１、ＺＦＰ２８－２、ＺＮＦ１８、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３９４、ＺＦＰ１、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ７２９、ＺＩＭ２、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７８５、ＺＮＦ１０、ＣＢＸ５、ＲＹＢＰ、ＹＡＦ２、ＭＧＡ、ＣＢＸ１、ＳＣＭＨ１、ＭＰＰ８、ＳＵＭＯ３、ＨＥＲＣ２、ＢＩＮ１、ＰＣＧＦ２、ＴＯＸ、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＡ２、ＩＲＦ２ＢＰ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＦ２ＢＰＬ ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２ Ｎ末端ドメイン、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＢ１３、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＢ９、ＨＯＸＡ９、ＺＦＰ２８、ＺＮ３３４、ＺＮ５６８、ＺＮ３７Ａ、ＺＮ１８１、ＺＮ５１０、ＺＮ８６２、ＺＮ１４０、ＺＮ２０８、ＺＮ２４８、ＺＮ５７１、ＺＮ６９９、ＺＮ７２６、ＺＩＫ１、ＺＮＦ２、Ｚ７０５Ｆ、ＺＮＦ１４、ＺＮ４７１、ＺＮ６２４、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ７、ＺＮ８９１、ＺＮ３３７、Ｚ７０５Ｇ、ＺＮ５２９、ＺＮ７２９、ＺＮ４１９、Ｚ７０５Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮ３０２、ＺＮ４８６、ＺＮ６２１、ＺＮ６８８、ＺＮ３３Ａ、ＺＮ５５４、ＺＮ８７８、ＺＮ７７２、ＺＮ２２４、ＺＮ１８４、ＺＮ５４４、ＺＮＦ５７、ＺＮ２８３、ＺＮ５４９、ＺＮ２１１、ＺＮ６１５、ＺＮ２５３、ＺＮ２２６、ＺＮ７３０、Ｚ５８５Ａ、ＺＮ７３２、ＺＮ６８１、ＺＮ６６７、ＺＮ６４９、ＺＮ４７０、ＺＮ４８４、ＺＮ４３１、ＺＮ３８２、ＺＮ２５４、ＺＮ１２４、ＺＮ６０７、ＺＮ３１７、ＺＮ６２０、ＺＮ１４１、ＺＮ５８４、ＺＮ５４０、ＺＮ７５Ｄ、ＺＮ５５５、ＺＮ６５８、ＺＮ６８４、ＲＢＡＫ、ＺＮ８２９、ＺＮ５８２、ＺＮ１１２、ＺＮ７１６、ＨＫＲ１、ＺＮ３５０、ＺＮ４８０、ＺＮ４１６、ＺＮＦ９２、ＺＮ１００、ＺＮ７３６、ＺＮＦ７４、ＣＢＸ１、ＺＮ４４３、ＺＮ１９５、ＺＮ５３０、ＺＮ７８２、ＺＮ７９１、ＺＮ３３１、Ｚ３５４Ｃ、ＺＮ１５７、ＺＮ７２７、ＺＮ５５０、ＺＮ７９３、ＺＮ２３５、ＺＮＦ８、ＺＮ７２４、ＺＮ５７３、ＺＮ５７７、ＺＮ７８９、ＺＮ７１８、ＺＮ３００、ＺＮ３８３、ＺＮ４２９、ＺＮ６７７、ＺＮ８５０、ＺＮ４５４、ＺＮ２５７、ＺＮ２６４、ＺＦＰ８２、ＺＦＰ１４、ＺＮ４８５、ＺＮ７３７、ＺＮＦ４４、ＺＮ５９６、ＺＮ５６５、ＺＮ５４３、ＺＦＰ６９、ＳＵＭＯ１、ＺＮＦ１２、ＺＮ１６９、ＺＮ４３３、ＳＵＭＯ３、ＺＮＦ９８、ＺＮ１７５、ＺＮ３４７、ＺＮＦ２５、ＺＮ５１９、Ｚ５８５Ｂ、ＺＩＭ３、ＺＮ５１７、ＺＮ８４６、ＺＮ２３０、ＺＮＦ６６、ＺＦＰ１、ＺＮ７１３、ＺＮ８１６、ＺＮ４２６、ＺＮ６７４、ＺＮ６２７、ＺＮＦ２０、Ｚ５８７Ｂ、ＺＮ３１６、ＺＮ２３３、ＺＮ６１１、ＺＮ５５６、ＺＮ２３４、ＺＮ５６０、ＺＮＦ７７、ＺＮ６８２、ＺＮ６１４、ＺＮ７８５、ＺＮ４４５、ＺＦＰ３０、ＺＮ２２５、ＺＮ５５１、ＺＮ６１０、ＺＮ５２８、ＺＮ２８４、ＺＮ４１８、ＭＰＰ８、ＺＮ４９０、ＺＮ８０５、Ｚ７８０Ｂ、ＺＮ７６３、ＺＮ２８５、ＺＮＦ８５、ＺＮ２２３、ＺＮＦ９０、ＺＮ５５７、ＺＮ４２５、ＺＮ２２９、ＺＮ６０６、ＺＮ１５５、ＺＮ２２２、ＺＮ４４２、ＺＮＦ９１、ＺＮ１３５、ＺＮ７７８、ＲＹＢＰ、ＺＮ５３４、ＺＮ５８６、ＺＮ５６７、ＺＮ４４０、ＺＮ５８３、ＺＮ４４１、ＺＮＦ４３、ＣＢＸ５、ＺＮ５８９、ＺＮＦ１０、ＺＮ５６３、ＺＮ５６１、ＺＮ１３６、ＺＮ６３０、ＺＮ５２７、ＺＮ３３３、Ｚ３２４Ｂ、ＺＮ７８６、ＺＮ７０９、ＺＮ７９２、ＺＮ５９９、ＺＮ６１３、ＺＦ６９Ｂ、ＺＮ７９９、ＺＮ５６９、ＺＮ５６４、ＺＮ５４６、ＺＦＰ９２、ＹＡＦ２、ＺＮ７２３、ＺＮＦ３４、ＺＮ４３９、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１９、ＺＮ４０４、ＺＮ２７４、ＣＢＸ３、ＺＮＦ３０、ＺＮ２５０、ＺＮ５７０、ＺＮ６７５、ＺＮ６９５、ＺＮ５４８、ＺＮ１３２、ＺＮ７３８、ＺＮ４２０、ＺＮ６２６、ＺＮ５５９、ＺＮ４６０、ＺＮ２６８、ＺＮ３０４、ＺＩＭ２、ＺＮ６０５、ＺＮ８４４、ＳＵＭＯ５、ＺＮ１０１、ＺＮ７８３、ＺＮ４１７、ＺＮ１８２、ＺＮ８２３、ＺＮ１７７、ＺＮ１９７、ＺＮ７１７、ＺＮ６６９、ＺＮ２５６、ＺＮ２５１、ＣＢＸ４、ＰＣＧＦ２、ＣＤＹ２、ＣＤＹＬ２、ＨＥＲＣ２、ＺＮ５６２、ＺＮ４６１、Ｚ３２４Ａ、ＺＮ７６６、ＩＤ２、ＴＯＸ、ＺＮ２７４、ＳＣＭＨ１、ＺＮ２１４、ＣＢＸ７、ＩＤ１、ＣＲＥＭ、ＳＣＸ、ＡＳＣＬ１、ＺＮ７６４、ＳＣＭＬ２、ＴＷＳＴ１、ＣＲＥＢ１、ＴＥＲＦ１、ＩＤ３、ＣＢＸ８、ＣＢＸ４、ＧＳＸ１、ＮＫＸ２２、ＡＴＦ１、ＴＷＳＴ２、ＺＮＦ１７、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、ＺＭＹＭ３、Ｉ２ＢＰ１、ＲＨＸＦ１、ＳＳＸ２、Ｉ２ＢＰＬ、ＺＮ６８０、ＣＢＸ１、ＴＲＩ６８、ＨＸＡ１３、ＰＨＣ３、ＴＣＦ２４、ＣＢＸ３、ＨＸＢ１３、ＨＥＹ１、ＰＨＣ２、ＺＮＦ８１、ＦＩＧＬＡ、ＳＡＭ１１、ＫＭＴ２Ｂ、ＨＥＹ２、ＪＤＰ２、ＨＸＣ１３、ＡＳＣＬ４、ＨＨＥＸ、ＨＥＲＣ２、ＧＳＸ２、ＢＩＮ１、ＥＴＶ７、ＡＳＣＬ３、ＰＨＣ１、ＯＴＰ、Ｉ２ＢＰ２、ＶＧＬＬ２、ＨＸＡ１１、ＰＤＬＩ４、ＡＳＣＬ２、ＣＤＸ４、ＺＮ８６０、ＬＭＢＬ４、ＰＤＩＰ３、ＮＫＸ２５、ＣＥＢＰＢ、ＩＳＬ１、ＣＤＸ２、ＰＲＯＰ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＭＢＴ１、ＨＸＣ１１、ＨＸＣ１０、ＰＲＳ６Ａ、ＶＳＸ１、ＮＫＸ２３、ＭＴＧ１６、ＨＭＸ３、ＨＭＸ１、ＫＩＦ２２、ＣＳＴＦ２、ＣＥＢＰＥ、ＤＬＸ２、ＺＭＹＭ３、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＩＣ１、ＵＮＣ４、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ３、ＴＣＦ１５、ＴＥＲＡ、ＶＳＸ２、ＨＸＤ１２、ＣＤＸ１、ＴＣＦ２３、ＡＬＸ１、ＨＸＡ１０、ＲＸ、ＣＸＸＣ５、ＳＣＭＬ１、ＮＦＩＬ３、ＤＬＸ６、ＭＴＧ８、ＣＢＸ８、ＣＥＢＰＤ、ＳＥＣ１３、ＦＩＰ１、ＡＬＸ４、ＬＨＸ３、ＰＲＩＣ２、ＭＡＧＩ３、ＮＥＬＬ１、ＰＲＲＸ１、ＭＴＧ８Ｒ、ＲＡＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ１、ＮＫＸ２６、ＮＡＢ１、ＳＡＭＤ７、ＰＩＴＸ３、ＷＤＲ５、ＭＥＯＸ２、ＮＡＢ２、ＤＨＸ８、ＦＯＸＡ２、ＣＢＸ６、ＥＭＸ２、ＣＰＳＦ６、ＨＸＣ１２、ＫＤＭ４Ｂ、ＬＭＢＬ３、ＰＨＸ２Ａ、ＥＭＸ１、ＮＣ２Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＲＹ、ＺＮ７７７、ＮＥＬＬ１、ＺＮ３９８、ＧＡＴＡ３、ＢＳＨ、ＳＦ３Ｂ４、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＲＧＡＰ１、ＰＨＦ１、ＦＯＸＡ１、ＧＡＴＡ２、ＦＯＸＯ３、ＺＮ２１２、ＩＲＸ４、ＺＢＥＤ６、ＬＨＸ４、ＳＩＮ３Ａ、ＲＢＢＰ７、ＮＫＸ６１、ＴＲＩ６８、Ｒ５１Ａ１、ＭＢ３Ｌ１、ＤＬＸ５、ＮＯＴＣ１、ＴＥＲＦ２、ＺＮ２８２、ＲＧＳ１２、ＺＮ８４０、ＳＰＩ２Ｂ、ＰＡＸ７、ＮＫＸ６２、ＡＳＸＬ２、ＦＯＸＯ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＺＭＹＭ５、ＺＮ７８３、ＳＰＩ２Ｂ、ＬＲＰ１、ＭＩＸＬ１、ＳＧＴ１、ＬＭＣＤ１、ＣＥＢＰＡ、ＧＡＴＡ２、ＳＯＸ１４、ＷＴＩＰ、ＰＲＰ１９、ＣＢＸ６、ＮＫＸ１１、ＲＢＢＰ４、ＤＭＲＴ２、ＳＭＣＡ２、およびこれらのフラグメントからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、配列番号６７～５９５からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの少なくとも１つは、ＺＩＭ３、ＺＮＦ２６４、ＺＮ５７７、ＺＮ７９３、ＺＦＰ２８、ＺＮ６２７、ＲＹＢＰ、ＴＯＸ、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、Ｉ２ＢＰ１、ＳＣＭＨ１、ＳＣＭＬ２、ＣＤＹＬ２、ＣＢＸ８、ＣＢＸ５、およびＣＢＸ１、ならびにこれらのフラグメントからなる群から選択される。
[0026]いくつかの実施形態において、リプレッサードメインのうちの１つは、ＫＲＡＢドメインである。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＢドメインは、ＫＯＸ１ ＫＲＡＢドメインである。
[0027]いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーモチーフを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーアレイを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、標的配列とハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９は、ｄＳｐＣａｓ９である。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む。いくつかの実施形態において、ｄＳｐＣａｓ９は、配列番号３として定義される。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む。
[0028]いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ｄＳｐＣａｓ９－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－第２のリプレッサードメインを含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、融合タンパク質のドメインを接続する。いくつかの実施形態において、リンカーは、ＸＴＥＮリンカーである。いくつかの実施形態において、ＸＴＥＮリンカーは、ＸＴＥＮ－１６、ＸＴＥＮ－１８、およびＸＴＥＮ－８０からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＸＴＥＮ８０－ｄＳｐＣａｓ９－ＸＴＥＮ１６－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－ＸＴＥＮ１８－第２のリプレッサードメインを含む。
[0029]対象の処置において使用するための組成物であって、融合タンパク質を含み、融合タンパク質が、（ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、（ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、（ｃ）第１のリプレッサードメインと、（ｄ）第２のリプレッサードメインとを含む、組成物もまた、本明細書に記載される。
[0030]本開示のさらなる態様および利点は、以下の詳細な説明から当業者に容易に明らかとなるが、本開示の例示的な実施形態のみが示され、記載されている。理解されるように、本開示は、その他の異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、すべてが本開示から逸脱することなく、様々な自明の事項における改変形態が可能である。したがって、図面および説明は、制限的ではなく、例示的な性質と解釈されるものである。
参照による組込み
[0031]本明細書において言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれ個別の刊行物、特許、または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照によって組み込まれる刊行物および特許または特許出願が本明細書に含まれる本開示と相反する場合には、本明細書が、任意のそのような相反する材料よりも優先される、および／または優位となることが意図される。
[0032]本発明の新規な特性は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本発明の特性および利点のより良好な理解は、例示的な実施形態について記載し、本発明の原理が用いられている、以下の詳細な説明、ならびに添付の図面（ｄｒａｗｉｎｇ）（本明細書における「図（ＦＩＧＵＲＥ．）または「図（ＦＩＧＵＲＥＳ．）」）を参照することによって得られるであろう。
[0033]図１は、ＤＮＭＴドメイン、ＸＴＥＮ８０リンカー、およびｄＳｐＣａｓ９を含む、例示的なＤＮＡメチル化系列プラスミドの概略図である。 [0034]図２は、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を低減させる、代替哺乳動物ＤＮＭＴエフェクターおよびエフェクター融合体の能力の比較を示す。 [0035]図３Ａ～Ｂは、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を低減させる、代替ＤＮＭＴエフェクターおよびエフェクター融合体の能力の比較を示す。図３Ａは、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を低減させる、哺乳動物エフェクター融合体、ヒトＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメイン－マウスＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインおよびヒトＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメイン－ヒトＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインの能力を、植物エフェクターおよびエフェクター融合体のものと比較する。図３Ｂ、図３Ａは、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を低減させる、哺乳動物エフェクター融合体、ヒトＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメイン－マウスＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインおよびヒトＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメイン－ヒトＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインの能力を、細菌、真菌、およびショウジョウバエエフェクターおよびエフェクター融合体のものと比較する。 [0035]図３Ａ～Ｂは、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を低減させる、代替ＤＮＭＴエフェクターおよびエフェクター融合体の能力の比較を示す。 [0036]図４は、ｄＳｐＣａｓ９、ＸＴＥＮ８０リンカー、およびリプレッサードメインを含む、例示的なリプレッサー系列プラスミドの概略図である。 [0037]図５は、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を効果的にサイレンシングする、代替ＫＲＡＢおよび非ＫＲＡＢリプレッサーの能力の比較を示す。 [0037]図５は、ＨＥＫ２９３細胞におけるＶＩＭ発現を効果的にサイレンシングする、代替ＫＲＡＢおよび非ＫＲＡＢリプレッサーの能力の比較を示す。 [0038]図６Ａ～Ｂは、代替ＫＲＡＢおよび非ＫＲＡＢリプレッサードメインの使用の概略図である。図６Ａは、ＤＮＭＴ３Ａ／３Ｌドメイン、ＸＴＥＮ８０リンカー、ｄＳｐＣａｓ９、ＸＴＥＮ１６リンカー、および代替ＫＲＡＢまたは非ＫＲＡＢリプレッサードメインを含む、ＯＦＦ系列プラスミドの概略図である。図６Ｂは、ＤＮＭＴ３Ａ／３Ｌドメイン、ＸＴＥＮ８０リンカー、ｄＳｐＣａｓ９、ＸＴＥＮ１６リンカー、ＫＯＸ１ ＫＲＡＢドメイン、ＸＴＥＮ１８リンカー、および代替ＫＲＡＢまたは非ＫＲＡＢリプレッサードメインを含む、ＯＦＦ系列プラスミドの概略図である。 [0038]図６Ａ～Ｂは、代替ＫＲＡＢおよび非ＫＲＡＢリプレッサードメインの使用の概略図である。 [0039]図７Ａ～７Ｄは、ＫＥＨ２９３細胞におけるＣＤ１５１発現をサイレンシングする、様々な非ＫＲＡＢリプレッサードメインを有するＯＦＦ系列プラスミドの能力を示す。図７Ａは、ＫＯＸ１－ＫＲＡＢドメインをさらに含まないプラスミドの結果を示し、図７Ｂは、ＫＯＸ１－ＫＲＡＢドメインも含むプラスミドの結果を示す。図７Ｃは、ＫＯＸ１－ＫＲＡＢドメインをさらに含まないプラスミドのさらなる結果を示し、図７Ｄは、ＫＯＸ１－ＫＲＡＢドメインも含むプラスミドのさらなる結果を示す。 [0039]図７Ａ～７Ｄは、ＫＥＨ２９３細胞におけるＣＤ１５１発現をサイレンシングする、様々な非ＫＲＡＢリプレッサードメインを有するＯＦＦ系列プラスミドの能力を示す。
[0040]本開示の様々な実施形態が本明細書において示され、説明されているが、そのような実施形態が例示として提供されるにすぎないことは、当業者には明らかであろう。当業者であれば、本開示から逸脱することなく、多数の変化形、変更、および置換を想起し得る。本明細書に記載される本開示の実施形態に対する様々な代替形を、用いることができることを理解されたい。
[0041]本発明の実施は、別途示されない限り、当業者の技能の範囲内である、化学、生化学、分子生物学、微生物学、および免疫学の従来的な技法を用いるであろう。そのような技法は、文献において説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ．， Ｆｒｉｔｓｃｈ， Ｅ．Ｆ．， ａｎｄ Ｍａｎｉａｔｉｓ， Ｔ． （１９８９） Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、Ａｕｓｕｂｅｌ， Ｆ．Ｍ． ｅｔ ａｌ． （１９９５ ａｎｄ ｐｅｒｉｏｄｉｃ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔｓ） Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｃｈ． ９， １３ ａｎｄ １６， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、Ｒｏｅ， Ｂ．， Ｃｒａｂｔｒｅｅ， Ｊ．， ａｎｄ Ｋａｈｎ， Ａ． （１９９６） ＤＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ： Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、Ｐｏｌａｋ， Ｊ．Ｍ．， ａｎｄ ＭｃＧｅｅ， Ｊ．Ｏ’Ｄ． （１９９０） Ｉｎ Ｓｉｔｕ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｇａｉｔ， Ｍ．Ｊ． （１９８４） Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ、およびＬｉｌｌｅｙ， Ｄ．Ｍ．， ａｎｄ Ｄａｈｌｂｅｒｇ， Ｊ．Ｅ． （１９９２） Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ： ＤＮＡ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ Ｐａｒｔ Ａ： Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＤＮＡ， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓを参照されたい。これらの一般的な教本のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
[0042]一連の２つまたはそれ以上の数値における最初の数値に「少なくとも」、「を上回る」、または「以上」という用語が先行する場合は常に、「少なくとも」、「を上回る」、または「以上」という用語が、その一連の数値内の数値のそれぞれに適用される。例えば、１、２、または３以上は、１以上、２以上、または３以上と同等である。
[0043]一連の２つまたはそれ以上の数値における最初の数値に「を上回らない」、「未満」、または「以下」という用語が先行する場合は常に、「を上回らない」、「未満」、または「以下」という用語が、その一連の数値内の数値のそれぞれに適用される。例えば、３、２、または１以下は、３以下、２以下、または１以下と同等である。
[0044]絶対的な用語または順序に関する用語、例えば、「～となる」、「～とならない」、「～すべきである」、「～すべきでない」、「～しなければならない」、「～してはならない」、「第１の」、「最初に」、「次に」、「続いて」、「前に」、「後に」、「最後に」、および「最終的に」の使用は、本明細書に開示される本実施形態の範囲を制限することを意図するものではなく、例示としてのものである。
[0045]本明細書において使用される場合、単数形の「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈により明確にそうでないことが示されない限り、複数形を同様に含むことが意図される。さらに、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「有する（ｗｉｔｈ）」、またはこれらの変化形が、詳細な説明および／または特許請求の範囲のいずれかにおいて使用される範囲内で、そのような用語は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語と同様の様式で、包含的であることが意図される。
[0046]本明細書において使用される場合、「臨床」、「臨床環境」、「研究室」、または「研究室環境」という用語は、生物学的サンプルおよび／または環境サンプルを処理および／または分析するために訓練を受けた人物が雇用されている、病院、診療所、薬局、研究施設、病理研究室、または他の営利事業環境を指す。これらの用語は、医療現場、遠隔位置、自宅、学校、およびそれ以外では非営利非施設環境と対比される。
[0047]「判定すること」、「測定すること」、「評価すること」、「評定すること」、「アッセイすること」、および「分析すること」という用語は、多くの場合、測定の形態を指して本明細書に互換可能に使用される。これらの用語は、ある要素が存在するかどうかを判定すること（例えば、検出）を含む。これらの用語は、定量的判定、定性的判定、または定量的かつ定性的判定を含み得る。評価は、相対的または絶対的である。「～の存在を検出すること」は、内容に応じて、それが存在するか不在であるかを判定することに加えて、存在するものの量を判定することを含み得る。
[0048]「対象」、「患者」、または「個体」という用語は、多くの場合、本明細書において互換可能に使用される。「対象」は、発現される遺伝子材料を含む生物学的実体であり得る。生物学的実体は、植物、動物、または微生物であり得、例えば、細菌、ウイルス、真菌、および原虫を含み得る。対象は、インビボで得られたかまたはインビトロで培養された生物学的実体の組織、細胞、およびそれらの子孫であり得る。対象は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、ヒトであり得る。対象は、疾患の高い危険性にあることが診断されていてもよく、またはそれが疑われ得る。いくつかの場合には、対象は、必ずしも、疾患の高い危険性にあることが診断されておらず、それが疑われていない。対象は、本明細書に記載される目的の病原体に曝露されている場合もいない場合もあり、症状がある場合も、本明細書に記載される病原体の感染またはその曝露と関連する疾患または状態の症状がある場合もある。いくつかの実施形態において、対象は、病原体、例えば、ウイルスに曝露されたことが疑われる。いくつかの実施形態において、対象は、抗原、または特定の病原体、例えば、ウイルスの抗原を表すかもしくはそれと交差反応するタンパク質に、曝露されている。いくつかの実施形態において、対象は、本明細書に記載される病原体の感染またはそれへの曝露と関連する疾患または状態の指標である１つまたは複数の症状を有する。いくつかの実施形態において、対象は、現在、本明細書に記載される病原体、例えば、ウイルスに感染している。いくつかの実施形態において、対象は、以前に、本明細書に記載される病原体に感染している。いくつかの実施形態において、対象は、本明細書に記載されるウイルスの保有者である。いくつかの実施形態において、対象は、本明細書に記載されるウイルスのフラグメントまたは残存物の保有者である。いくつかの例において、対象は、本明細書に記載されるウイルスに以前または現在に感染していることにより生じた適応免疫の保有者である。いくつかの実施形態において、対象は、目的のウイルスまたは病原体以外の異なるウイルスまたは病原体への以前または現在の曝露により生じた適応免疫の保有者である。
[0049]「対象」という用語は、哺乳動物を包含する。哺乳動物の例としては、哺乳網の任意のメンバー：ヒト、非ヒト霊長類、例えば、チンパンジー、および他の類人猿およびサル種、畜産動物、例えば、畜牛、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、家畜動物、例えば、ウサギ、イヌ、およびネコ、研究室動物、例えば、げっ歯動物、例えば、ラット、マウス、およびモルモットなどが挙げられるが、これらに限定されない。
[0050]「約」または「およそ」という用語は、当業者によって判定される、特定の値に対する許容可能な誤差の範囲内であることを意味し、これは、部分的に、その値が、どのように測定または判定されるか、例えば、測定システムの制限に依存するであろう。例えば、「約」は、所与の値における慣例に従い、１または１を上回る標準偏差以内を意味し得る。特定の値が、本出願および特許請求の範囲において記載される場合、別途示されない限り、「約」という用語は、その特定の値の許容可能な誤差の範囲内を意味することを想定すべきである。
[0051]本明細書において使用される場合、「少なくとも１つ」、「１つまたは複数」、および「および／または」という語句は、操作において合接的（ｃｏｎｊｕｎｃｔｉｖｅ）および離接的（ｄｉｓｊｕｎｃｔｉｖｅ）の両方である拡張可能な表現である。例えば、「Ａ、Ｂ、およびＣのうちの少なくとも１つ］、「Ａ、Ｂ、またはＣのうちの少なくとも１つ」、「Ａ、Ｂ、およびＣのうちの１つまたは複数」、「Ａ、Ｂ、またはＣのうちの１つまたは複数」、ならびに「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」という表現のそれぞれは、Ａ単独、Ｂ単独、Ｃ単独、ＡおよびＢを一緒に、ＡおよびＣを一緒に、ＢおよびＣを一緒に、またはＡ、Ｂ、およびＣを一緒に、を意味する。
[0052]「核酸」という用語は、本明細書において使用される場合、一本鎖または二本鎖のいずれかの形態の少なくとも２つのヌクレオチド（すなわち、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド）を含むポリマーを指し、これは、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。「ヌクレオチド」は、糖デオキシリボース（ＤＮＡ）またはリボース（ＲＮＡ）、塩基、およびリン酸基を含む。ヌクレオチドは、リン酸基を通じて互いに連結される。「塩基」は、プリンおよびピリミジンを含み、これらは、さらに、天然の化合物であるアデニン、チミン、グアニン、シトシン、ウラシル、イノシン、および天然のアナログ、ならびにプリンおよびピリミジンの合成誘導体を含み、これらは、アミン、アルコール、チオール、カルボン酸、およびハロゲン化アルキルなどであるがこれらに限定されない新しい反応基をもたらす改変を含むが、これらに限定されない。核酸は、合成である、天然に存在する、および天然に存在しない、参照核酸に類似の結合特性を有する、公知のヌクレオチドアナログまたは改変された骨格残基または連結部を含む核酸を含む。そのようなアナログおよび／または改変された残基の例としては、限定することなく、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、メチルホスホネート、キラル－メチルホスホネート、２’－Ｏ－メチルリボヌクレオチド、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。
[0053]「核酸」という用語は、任意のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを含み、最大６０個までのヌクレオチドを含むフラグメントは、一般にオリゴヌクレオチドと称され、より長いフラグメントは、ポリヌクレオチドと称される。デオキシリボオリゴヌクレオチドは、デオキシリボースと称される５炭糖が、糖の５’および３’炭素においてリン酸に共有結合で結合して、交互の分岐していないポリマーを形成したものからなる。ＤＮＡは、例えば、アンチセンス分子、プラスミドＤＮＡ、前縮合ＤＮＡ、ＰＣＲ産物、ベクター、発現カセット、キメラ配列、染色体ＤＮＡ、またはこれらの群の誘導体および組合せの形態であり得る。リボオリゴヌクレオチドは、５炭糖がリボースである、類似の反復構造からなる。したがって、「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語は、天然に存在する塩基、糖、および糖間（骨格）連結からなるヌクレオチドまたはヌクレオシドモノマーのポリマーまたはオリゴマーを指し得る。「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語はまた、同様の機能を果たすそれらの天然に存在しないモノマーを含むポリマーもしくはオリゴマーまたはその一部も含み得る。そのような改変または置換されたオリゴヌクレオチドは、多くの場合例えば、増強された細胞取り込み、低減された免疫原性、およびヌクレアーゼの存在下における増加した安定性などの特性に起因して、天然の形態よりも好ましい。
[0054]本明細書に記載される「核酸」は、非標準ヌクレオチド、非天然のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、および／または改変されたヌクレオチドを含む、１つまたは複数のヌクレオチドバリアントを含み得る。改変されたヌクレオチドの例としては、ジアミノプリン、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ－Ｄ－ガラクトシルクエオシン、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、ベータ－Ｄ－マンノシルクエオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ウィブトキシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、シュードウラシル、クエオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、５－メチル－２－チオウラシル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６－ジアミノプリンなどが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの場合には、ヌクレオチドは、三リン酸部分への改変を含め、それらのリン酸部分に改変を含み得る。そのような改変の非限定的な例としては、より長い長さのリン酸鎖（例えば、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれ以上のリン酸部分を有するリン酸鎖）およびチオール部分での改変（例えば、アルファ－チオ三リン酸およびベータ－チオ三リン酸）が挙げられる。
[0055]本明細書に記載される核酸は、塩基部分（例えば、典型的には相補的なヌクレオチドと水素結合を形成するために利用可能な１つもしくは複数の原子および／または典型的には相補的なヌクレオチドと水素結合を形成することができない１つもしくは複数の原子）、糖部分、またはリン酸骨格において、改変され得る。骨格改変としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホロアニラデート、ホスホロアミデート、およびホスホロジアミデート連結を挙げることができるが、これらに限定されない。ホスホロチオエート連結は、リン酸骨格において、硫黄原子を非架橋酸素と置換し、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ分解を遅延させる。ホスホロジアミデート連結（Ｎ３’→Ｐ５’）は、ヌクレアーゼ認識および分解を防止する。骨格改変はまた、骨格構造におけるにおけるリンの代わりのペプチド結合（例えば、ペプチド核酸においてペプチド結合によって連結されるＮ－（２－アミノエチル）－グリシン単位）、またはカルバメート、アミド、ならびに直鎖および環状炭化水素基を含む連結基を有することも含み得る。改変された骨格を有するオリゴヌクレオチドは、Ｍｉｃｋｌｅｆｉｅｌｄ， Ｂａｃｋｂｏｎｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ： ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｃｕｒｒ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ．， ８ （１０）： １１５７－７９， ２００１およびＬｙｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ－ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ．， １ （３）： ３４４－３５８， １９９９において考察されている。本明細書に記載される核酸分子は、天然に存在するヌクレオチドに存在するようなリボースもしくはデオキシリボースを含む糖部分、または改変された糖部分もしくは糖アナログを含み得る。改変された糖部分の例としては、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル、２’－Ｏ－アミノエチル、２’－フルオロ、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－グアニジニジウム（ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’－Ｏ－グアニジニウムエチル、カルバメート改変糖、および二環式改変糖が挙げられるが、これらに限定されない。２’－Ｏ－メチルまたは２’－Ｏ－メトキシエチル改変は、オリゴヌクレオチドにおいてＡ形態またはＲＮＡ様立体構造を促進し、ＲＮＡに対する結合親和性を増加させ、増強されたヌクレアーゼ耐性を有する。改変された糖部分はまた、余剰架橋結合（例えば、ロックド核酸においてリボースの２’－Ｏおよび４’－Ｃ原子を結合するメチレン架橋）、または糖アナログ、例えば、モルホリン環（例えば、ホスホロジアミデートモルホリノにおけるものなど）を有することも含み得る。
[0056]別途示されない限り、特定の核酸配列はまた、保存的に改変されたそのバリアント（例えば、縮重コドン置換）、対立遺伝子、オルソログ、ＳＮＰ、および相補配列、ならびに明確に示されている配列を黙示的に包含する。具体的には、縮重コドン置換は、１つまたは複数の選択された（またはすべての）コドンの３番目の位置が、混合塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することによって達成され得る（Ｂａｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．， １９：５０８１ （１９９１）、Ｏｈｔｓｕｋａ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２６０：２６０５－２６０８ （１９８５）、Ｒｏｓｓｏｌｉｎｉ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｐｒｏｂｅｓ， ８：９１－９８ （１９９４））。
[0057]本開示は、単離または実質的に精製された核酸分子、およびそれらの分子を含む組成物を包含する。本明細書において使用される場合、「単離された」または「精製された」ＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子は、その生来の環境から離れて存在する、ＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子である。単離されたＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子は、精製された形態で存在してもよく、または生来のものではない環境、例えば、トランスジェニック宿主細胞などにおいて存在してもよい。例えば、「単離された」または「精製された」核酸分子またはその生物学的に活性な部分は、他の細胞材料、もしくは組換え技法によって産生された場合には培養培地を実質的に含まないか、または化学的に合成された場合には化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。一実施形態において、「単離された」核酸は、その核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡにおいてその核酸に天然に隣接する配列（すなわち、その核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、その核酸が由来する細胞のゲノムＤＮＡにおいてその核酸分子に天然に隣接するヌクレオチド配列のうちの約５ｋｂ未満、４ｋｂ未満、３ｋｂ未満、２ｋｂ未満、１ｋｂ未満、０．５ｋｂ未満、または０．１ｋｂ未満を含み得る。
[0058]本明細書において使用される場合、「タンパク質」、「ポリペプチド」、および「ペプチド」という用語は、互換可能に使用され、２つまたはそれ以上のポリペプチド鎖から構成され得る、ペプチド結合によって連結された、アミノ酸残基のポリマーを指す。「ポリペプチド」、「タンパク質」、および「ペプチド」という用語は、アミド結合を通じて互いに結合された少なくとも２つのアミノ酸モノマーのポリマーを指す。アミノ酸は、Ｌ－光学異性体またはＤ－光学異性体であり得る。より具体的には、「ポリペプチド」、「タンパク質」、および「ペプチド」という用語は、特定の順序、例えば、遺伝子またはタンパク質をコードするＲＮＡにおけるヌクレオチドの塩基配列によって決定される順序の２つまたはそれ以上のアミノ酸から構成される分子を指す。タンパク質は、身体の細胞、組織、および器官の構造、機能、および調節に必須であり、それぞれのタンパク質は、固有の機能を有する。例としては、ホルモン、酵素、抗体、およびそれらの任意のフラグメントがある。いくつかの場合には、タンパク質は、タンパク質の一部分、例えば、タンパク質のドメイン、サブドメイン、またはモチーフであり得る。いくつかの場合には、タンパク質は、１つまたは複数のアミノ酸残基が、タンパク質の天然に存在する（または少なくとも公知の）アミノ酸配列に挿入された、そこから欠失した、および／または置換された、タンパク質のバリアント（または突然変異）であり得る。ポリペプチドは、隣接するアミノ酸残基のカルボキシル基とアミノ基との間でペプチド結合によって互いに結合された、アミノ酸の単一の直鎖状ポリマー鎖であり得る。ポリペプチドは、例えば、炭水化物の付加またはリン酸化などによって、改変され得る。タンパク質は、１つまたは複数のポリペプチドを含み得る。
[0059]タンパク質またはそのバリアントは、天然に存在してもよく、または組換えであってもよい。生物学的材料中のポリペプチドの検出および／または測定のための方法は、当該技術分野において公知であり、これには、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、および様々なプロテオミクス技法が挙げられるが、これらに限定されない。ポリペプチドを測定または検出するための例示的な方法は、イムノアッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡである。このタイプのタンパク質定量は、特定の抗原を捕捉することができる抗体、および捕捉された抗原を検出することができる第２の抗体に基づき得る。ポリペプチドの検出および／または測定のための例示的なアッセイは、Ｈａｒｌｏｗ， Ｅ． ａｎｄ Ｌａｎｅ， Ｄ． Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， （１９８８）， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓに記載されている。
[0060]本明細書において使用される場合、「フラグメント」という用語または同等の用語は、全長よりも短いタンパク質を有し、任意選択で、タンパク質の機能を維持する、タンパク質の一部分を指し得る。さらに、タンパク質の一部分を、タンパク質に対してｂｌａｓｔを行うと、タンパク質配列の一部分が、例えば、少なくとも、８０％の同一性でタンパク質配列の一部にアライメントし得る。
[0061]本明細書に記載されるいずれのシステム、方法、およびプラットフォームも、モジュール式であり、逐次的ステップに限定されない。したがって、「第１」および「第２」などの用語は、必ずしも優先度、重要性の順序、または動作の順序を意味するものではない。
[0062]「モジュレートする」という用語は、機能の量、程度、または範囲における変化を指す。例えば、本明細書に開示されるエピジェネティック改変のための組成物は、プロモーター内のモチーフに結合することによってプロモーター配列の活性をモジュレートし、それによって、プロモーター配列に作動可能に連結された遺伝子の転写を誘導、増強、または抑制することができる。あるいは、モジュレーションは、遺伝子の転写の阻害を含み得、ここで、エピジェネティックエディターは、構造遺伝子に結合し、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼが遺伝子を読み取ることを遮断し、それによって、遺伝子の転写を阻害する。構造遺伝子は、例えば、正常な細胞遺伝子または腫瘍遺伝子であり得る。あるいは、モジュレーションは、転写産物の翻訳の阻害を含み得る。したがって、遺伝子発現の「モジュレーション」は、遺伝子活性化および遺伝子抑制の両方を含む。
[0063]本明細書において使用される「投与すること」という用語およびその文法上の同等物は、１つまたは複数の複製コンピテントな組換えアデノウイルスまたは本明細書に記載される医薬組成物を、対象または患者に提供することを指し得る。例としてであり限定するものではなく、「投与すること」は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射、血管内注射、注入（ｉｎｆ．）、経口経路（ｐ．ｏ．）、局所（ｔｏｐ．）投与、または直腸（ｐ．ｒ．）投与によって行うことができる。１つまたは複数のそのような経路を、利用することができる。非経口投与は、例えば、ボーラス注射によるもの、または経時的な勾配灌流によるものであり得る。
[0064]本明細書において使用される「処置する」、「処置すること」、または「処置」という用語、および文法上の同等物は、予防的および／または治療的にのいずれかで、疾患もしくは状態の少なくとも１つの症状を緩和すること、軽減すること、もしくは改善すること、追加の症状を予防すること、疾患もしくは状態を阻害すること、例えば、疾患もしくは状態の発症を停止させること、疾患もしくは状態を緩和すること、疾患もしくは状態の退縮を引き起こすこと、疾患もしくは状態によって引き起こされる状態を緩和すること、または疾患もしくは状態の症状を停止させることを含み得る。「処置すること」は、疾患または状態の発生または発生疑い後の、ベクター、核酸（例えば、ｍＲＮＡ）、またはＬＮＰ組成物の対象への投与を指し得る。「処置すること」は、疾患もしくは状態に関連する任意の症状もしくは他の病的作用および／または疾患もしくは状態と関連する副作用の、発生もしくは再発の頻度、または重症度を軽減することを指す。「処置すること」という用語は、患者における特定の疾患もしくは障害の重症度を低減させること、または疾患を罹患していた患者においてその再発を遅延させること、例えば、寛解期間を延長することを指す、「管理する」という概念も包含する。「処置すること」という用語は、「予防する」、「予防すること」、および「予防」の概念をさらに包含する。除外するものではないが、障害または状態を処置することは、その障害、状態、またはそれらと関連する症状が完全に排除されることを必要とするものではないことが、理解される。「処置」という用語は、本明細書において使用される場合、哺乳動物、特に、ヒトにおける疾患のあらゆる処置を包含し、これは、（ａ）疾患の素因があり得るがまだ疾患を有すると診断されていない対象において、疾患が発生するのを予防すること、（ｂ）疾患を阻害すること、すなわち、その発症を停止させること、または（ｃ）疾患を緩和すること、すなわち、疾患および／もしくはその症状もしくは状態を軽減もしくは改善することを含む。「予防」という用語は、疾患または状態の予防または部分的な予防のためにとられる措置を指して、本明細書において使用される。
[0065]「状態を処置または予防すること」とは、状態、または障害が発生する前もしくは後の障害と関連する兆候もしくは症状のうちのいずれかを改善することを意味する。例えば、同等な未処置対照と比較して、障害の症状を緩和することは、任意の標準的な技法によって測定される、少なくとも３％、５％、１０％、２０％、４０％、５０％、６０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の低減または予防の程度を含み得る。いくつかの実施形態において、障害の症状を緩和することは、同等な未処置対照と比較して、２分の１以下、３分の１以下、４分の１以下、５分の１以下、１０分の１以下、２０分の１以下、２５分の１以下、３０分の１以下、４０分の１以下、５０分の１以下、６０分の１以下、７０分の１以下、８０分の１以下、９０分の１以下、１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下、１０００分の１以下、２０００分の１以下、３０００分の１以下、４０００分の１以下、５０００分の１以下、６０００分の１以下、７０００分の１以下、８０００分の１以下、９０００分の１以下、または１００００分の１以下への低減または予防の程度を含み得る。
[0066]本明細書において使用される「医薬組成物」という用語およびその文法上の同等物は、それを必要とする対象、例えば、ヒトに投与される、１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤、担体、および／または治療剤と一緒に治療有効量の活性医薬成分を含む混合物または溶液を指し得る。
[0067]本明細書において使用される「薬学的に許容される」という用語およびその文法上の同等物は、概して安全で非毒性、かつ生物学的にもそれ以外にも望ましくないことのない獣医学ならびにヒトでの薬学的使用に許容される、医薬組成物を調製するのに有用である、材料の属性を指し得る。「薬学的に許容される」は、化合物の生物学的活性または特性を抑止せず、比較的非毒性である、すなわち、材料を望ましくない生物学的作用を引き起こすことも、それが含まれる医薬組成物の成分のうちのいずれかと有害な様式で相互作用することもなく、対象に投与することができる、材料、例えば、担体または希釈剤を指し得る。
[0068]「薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤」は、薬剤と一緒に対象に投与することができ、治療量の薬剤を送達するのに十分な用量で投与した場合に、その薬理学的活性を破壊せず、非毒性である、賦形剤、担体、または希釈剤を指す。
[0069]「薬学的に許容される塩」は、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは併発症を伴うことなく、ヒトまたは動物の組織と接触して使用するのに好適であると一般に考えられる、酸性塩または塩基性塩であり得る。そのような塩としては、アミンなど、塩基性残基の無機酸塩および有機酸塩、ならびにカルボン酸など、酸性残基のアルカリ塩または有機塩が挙げられる。具体的な薬学的塩としては、塩酸、リン酸、臭化水素酸、リンゴ酸、グリコール酸、フマル酸、硫酸、スルファミン酸、スルファニル酸、ギ酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、エタンジスルホン酸、２－ヒドロキシエチルスルホン酸、硝酸、安息香酸、２－アセトキシ安息香酸、クエン酸、酒石酸、乳酸、ステアリン酸、サリチル酸、グルタミン酸、アスコルビン酸、パモ酸、コハク酸、フマル酸、マレイン酸、プロピオン酸、ヒドロキシマレイン酸、ヨウ化水素酸、フェニル酢酸、アルカン酸、例えば、酢酸、ＨＯＯＣ－（ＣＨ２）ｎ－ＣＯＯＨ（式中、ｎは、０～４である）などといった酸の塩が挙げられるが、これらに限定されない。同様に、薬学的に許容されるカチオンとしては、ナトリウム、カリウム、カルシウム、アルミニウム、リチウム、およびアンモニウムが挙げられるが、これらに限定されない。当業者であれば、本開示および当該技術分野における知識から、さらなる薬学的に許容される塩が、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， １７ｔｈ ｅｄ．， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ， Ｅａｓｔｏｎ， ＰＡ， ｐ． １４１８ （１９８５）に列挙されているものを含むことを認識するであろう。一般に、薬学的に許容される酸性塩または塩基性塩は、任意の従来的な化学的方法によって、塩基性または酸性部分を含む親化合物から合成することができる。簡単に述べると、そのような塩は、これらの化合物の遊離酸または塩基形態を、適切な溶媒中で、化学量論量の適切な塩基または酸と反応させることによって、調製することができる。
[0070]本明細書において使用される場合、「治療有効量」という用語は、送達しようとする薬剤（例えば、核酸、薬物、ペイロード、組成物、治療剤、診断剤、予防剤など）が、感染、疾患、障害、および／または病態に罹患しているまたはそれに罹り易い対象に投与されたときに、感染、疾患、障害、および／または状態を処置する、その症状を改善する、それを診断する、予防する、および／またはその発生を遅延させるのに十分である、その薬剤の量を意味する。
[0071]「リプレッサードメイン」または「抑制ドメイン」という用語は、当該技術分野において公知の用語である。そのようなドメインは、典型的には、例えば、ＤＮＡまたはクロマチンにおける反応（例えば、メチル化）に関与することによって、核内からの薬剤に結合して、標的遺伝子の転写の抑制をもたらすことによって、または標的遺伝子を転写する天然の転写機序におけるタンパク質の動員を阻害することによって、標的遺伝子に対する転写抑制作用を提供する転写抑制タンパク質の一部を指す。本発明のリプレッサードメインの例は、本明細書を通じて提供される。
[0072]「ＫＲＡＢ」または「ＫＲＡＢドメイン」という用語は、当該技術分野において公知の用語である。ＫＲＡＢは、Ｋｒｕｐｐｅｌ関連ボックス、転写リプレッサードメインとしても知られている。ＫＲＡＢドメインの説明は、その機能および使用を含め、例えば、Ｅｃｃｏ， Ｇ．， Ｉｍｂｅａｕｌｔ， Ｍ．， Ｔｒｏｎｏ， Ｄ．， ＫＲＡＢ ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ １４４， ２０１７およびＬａｍｂｅｒｔ ＳＡ， Ｊｏｌｍａ Ａ， Ｃａｍｐｉｔｅｌｌｉ ＬＦ， Ｄａｓ ＰＫ， Ｙｉｎ Ｙ， Ａｌｂｕ Ｍ， Ｃｈｅｎ Ｘ， Ｔａｉｐａｌｅ Ｊ， Ｈｕｇｈｅｓ ＴＲ， Ｗｅｉｒａｕｃｈ ＭＴ， ２０１８， Ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ， Ｃｅｌｌ １７２： ６５０－６６５， １０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１８．０１．０２９において見出すことができ、これらは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。ＫＲＡＢドメインの例もまた、本明細書を通じて提供される。
[0073]「ＤＮＭＴ」という用語は、当該技術分野において公知の用語である。ＤＮＭＴは、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼとしても知られている。ＤＮＭＴは、ＤＮＡのメチル基の転位を触媒する酵素を指す。ＤＮＡメチルトランスフェラーゼの非限定的な例としては、ＤＮＭＴ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｃ、およびＤＮＭＴ３Ｌが挙げられる。１つの好ましい実施形態において、ＤＮＭＴの触媒ドメインが、本発明において使用される。
[0074]「ＤＮＡ結合ドメイン」という用語は、当該技術分野において公知の用語である。ＤＮＡ結合ドメインは、典型的に、核内のＤＮＡに結合するタンパク質の一部を指す。本発明の一実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ＣＲＩＳＰＲ Ｃａｓタンパク質、ＴＡＬタンパク質、亜鉛フィンガータンパク質、転写抑制タンパク質、転写活性化タンパク質、またはＤＮＡに結合するそれらのバリアントから選択されるタンパク質のＤＮＡ結合領域である。
[0075]本明細書に提供される範囲は、範囲内の値のすべての短縮形であると理解される。例えば、１～５０という範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０、ならびに前述の整数の間のすべての介在する小数値、例えば、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、および１．９などからなる群からの任意の数字、数字の組合せ、または部分範囲を含むことが理解される。部分範囲に関して、範囲のいずれかの端点から拡張された「入れ子の部分範囲（ｎｅｓｔｅｄ ｓｕｂ－ｒａｎｇｅ）」が、具体的に企図される。例えば、１～５０という例示的な範囲の入れ子の部分範囲は、一方の方向では１～１０、１～２０、１～３０、および１～４０、または他方の方向では５０～４０、５０～３０、５０～２０、および５０～１０を含み得る。
[0076]「治療剤」という用語は、対象に投与された場合に、治療的、診断的、および／もしくは予防的作用を有し、かつ／または所望される生物学的および／もしくは薬理学的作用を誘起する、任意の薬剤を指し得る。治療剤は、「活性物」または「活性剤」とも称され得る。そのような薬剤としては、細胞毒素、放射性イオン、化学療法剤、小分子薬、タンパク質、および核酸が挙げられるが、これらに限定されない。
[0077]本明細書において使用される「改善する」という用語は、疾患の発症または進行を減少、抑制、減弱、軽減、停止、または安定化させることを指し得る。
[0078]本明細書において使用される場合、疾患の発症を「遅延させること」とは、疾患の進行を延期、阻止、減速、遅延、安定化、および／または留保することを意味する。この遅延は、処置されている疾患の経過および／または個体に応じて、様々な時間の長さのものであり得る。疾患の発症を「遅延」もしくは緩和するかまたは疾患の発生を遅延する方法は、その方法を使用しない場合と比較して、所与の時間フレームにおいて疾患の１つまたは複数の症状が発症する確率を低減する、および／または所与の時間フレームにおいて症状の程度を低減させる方法である。そのような比較は、典型的に、統計学的に有意な結果を得るのに十分な数の対象を使用し、臨床試験に基づいて行われる。
[0079]疾患の「発症」または「進行」は、疾患の最初の兆候および／またはその後の進行を意味する。疾患の発症は、検出可能であり得、当該技術分野において周知の標準的な臨床技法を使用して評価され得る。しかしながら、発症は、検出不可能であり得る進行も指す。本開示の目的で、発症または進行は、症状の生物学的過程を指す。「発症」は、出現、再発、および発生を含む。
[0080]本明細書において使用される場合、疾患の「発生」または「出現」は、最初の発生および／または再発を含む。処置しようとする疾患のタイプまたは疾患の部位に応じて、医薬の分野における当業者に公知の従来的な方法を使用して、単離されたポリペプチドまたは医薬組成物を、対象に投与することができる。本組成物はまた、他の従来的な経路を通じて投与されてもよく、例えば、経口、非経口、吸入スプレーによって、局所的に、直腸、鼻内、頬内、腟内、または留置されたリザーバを介して、投与され得る。
[0081]「非経口」という用語は、本明細書において使用される場合、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑液嚢内、胸骨内（ｉｎｔｒａｓｔｅｍａｌ）、髄腔内、病変内、および頭蓋内注射または注入技法を含む。加えて、それは、１ヶ月間、３ヶ月間、または６ヶ月間のデポー注射可能または生体分解性の材料および方法を使用するなど、デポー注射の投与経路を介して対象に投与することができる。
[0082]本明細書において言及される特定のタンパク質およびヌクレオチドに加えて、本発明はまた、それらのバリアント、誘導体、ホモログ、およびフラグメントの使用も企図することが、理解されるであろう。本明細書において使用される場合、任意の所与の配列のバリアントは、残基（アミノ酸残基か核酸残基か）の特定の配列が、問題のポリペプチドまたはポリヌクレオチドがその内因性機能のうちの少なくとも１つを実質的に保持するような様式で改変されている、配列である。バリアント配列は、天然に存在するタンパク質に存在する少なくとも１つの残基の付加、欠失、置換、改変、置き換え、および／または変更によって得ることができる。本明細書において使用される場合、企図される任意の所与の配列の誘導体は、その配列からのまたはその配列への１つ（または複数）のアミノ酸残基の任意の置換、変更、改変、置き換え、欠失、および／または付加を含むが、ただし、結果として得られるタンパク質またはポリペプチドが、その内因性機能のうちの少なくとも１つを実質的に保持することを条件とする。アミノ酸置換、例えば、１つ、２つ、または３つから、１０個または２０個までの置換が、行われ得るが、ただし、改変された配列が、必要とされる活性または能力を実質的に保持することを条件とする。アミノ酸置換は、天然に存在しないアナログの使用を含み得る。本開示において使用されるタンパク質はまた、タンパク質の機能に影響を及ぼさず、機能的に同等なタンパク質をもたらすアミノ酸残基の欠失、挿入、または置換を有し得る。意図的なアミノ酸置換は、内因性機能が保持される限り、残基の極性、電荷、可溶性、疎水性、親水性、および／または両親媒性質に基づいて行われてもよい。例えば、負に荷電したアミノ酸としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸が挙げられ、正に荷電したアミノ酸としては、リジンおよびアルギニンが挙げられ、類似の親水性値を有する荷電していない極性頭部基を有するアミノ酸としては、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、およびチロシンが挙げられる。
[0083]本明細書において使用される場合、任意の本明細書に企図されるタンパク質または核酸配列のホモログは、野生型アミノ酸および核酸配列とのある特定の相同性を有する配列を含む。相同性配列は、対象配列に対して少なくとも５０％、５５％、６５％、７５％、８５％、または９０％同一であり得る配列、例えば、アミノ酸配列を含み得る。特定の実施形態において、相同性配列は、対象配列に対して少なくとも９５％、または９７％、または９９％同一なアミノ酸配列を含み得る。
[0084]配列同一性は、配列分析ソフトウェア（例えば、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｅｎｔｅｒ、１７１０ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｖｅｎｕｅ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ． ５３７０５、ＢＬＡＳＴ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、またはＰＩＬＥＵＰ／ＰＲＥＴＴＹＢＯＸプログラム）を使用して、測定することができる。そのようなソフトウェアは、様々な置換、欠失、および／または他の改変に、相同性の程度を割り当てることによって、同一または類似の配列を対応させる。保存的置換は、典型的には、以下の群内での置換を含む：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リジン、アルギニン；およびフェニルアラニン、チロシン。同一性の程度を判定するための例示的なアプローチにおいて、ＢＬＡＳＴプログラムが使用され得、確率スコアｅ－３～ｅ－１００は、緊密に関連する配列を示す。
[0085]それぞれの配列における特定の位置または残基の番号付けは、使用される具体的なタンパク質および番号付けスキームに依存することが、理解されるであろう。番号付けは、例えば、成熟タンパク質の前駆体と成熟タンパク質自体とでは、異なる場合があり、種間の配列の差は、番号付けに影響を及ぼし得る。当業者であれば、当該技術分野において周知の方法、例えば、配列アライメントおよび相同性残基の判定によって、任意の相同性タンパク質およびそれぞれのコードする核酸において、それぞれの残基を特定することができるであろう。
核酸結合ドメイン
[0086]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターおよびエピジェネティック編集複合体は、エピジェネティックエディターをある特定の状態と関連する標的遺伝子へと導き得る１つまたは複数の核酸結合タンパク質ドメイン、例えば、ＤＮＡ結合ドメインを含み得る。
[0087]本明細書において使用される場合、標的遺伝子は、目的の遺伝子のすべてのヌクレオチド配列を含み得る。例えば、標的遺伝子の配列またはヌクレオチドは、コーディング配列および非コーディング配列を含み得る。標的遺伝子の配列は、エクソンまたはイントロンを含み得る。標的遺伝子の配列は、プロモーター、エンハンサー、終結因子、５’または３’非翻訳領域を含む調節領域を含み得る。いくつかの実施形態において、標的遺伝子の配列は、遠位エンハンサー配列を含む。
[0088]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、任意のポリヌクレオチド結合ドメインを含み得る。いくつかの実施形態において、核酸結合ドメインは、１つまたは複数のＤＮＡ結合タンパク質、例えば、亜鉛フィンガータンパク質（ＺＦＰ）または転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）を含む。いくつかの実施形態において、核酸結合ドメインは、ポリヌクレオチドにガイドされるＤＮＡ結合タンパク質、例えば、ガイドＲＮＡによってガイドされるヌクレアーゼ不活性ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む。
[0089]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターの核酸結合ドメインは、目的の任意の遺伝子、例えば、疾患または障害と関連する標的遺伝子を認識しそれに結合することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、疾患または障害と関連する標的遺伝子は、野生型遺伝子と比較して、突然変異を含む。いくつかの実施形態において、疾患または障害と関連する標的遺伝子は、疾患または障害と関連する突然変異を有するコピーを含む。いくつかの実施形態において、疾患または障害と関連する標的遺伝子は、野生型ＤＮＡ配列の一方または両方のコピーを有する。
[0090]ＤＮＡ結合ドメインは、モジュール式および／またはプログラム可能であり得る。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガードメイン、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）ドメイン、メガヌクレアーゼＤＮＡ結合ドメイン、またはポリヌクレオチドにガイドされる核酸結合ドメインを含む。ＤＮＡ結合ドメインの例は、米国特許第１１，１６２，１１４号に見出すことができ、これは、参照によりその全体が組み込まれる。
[0091]転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）は、事実上あらゆる所望されるＤＮＡ配列に結合するように操作することができる。ＴＡＬＥをプログラミングする方法は、当業者には熟知されている。例えば、そのような方法は、Ｃａｒｒｏｌｌ ｅｔ ａｌ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ， １８８ （４）： ７７３－７８２， ２０１１、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２５ （７）： ７７８－７８５， ２００７、Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ ｅｔ ａｌ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １８６ （２）： ７５７－６１， ２００８； Ｌｉ ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３９ （１）： ３５９－３７２， ２０１０、およびＭｏｓｃｏｕ ｅｔ ａｌ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２６ （５９５９）： １５０１， ２００９に記載されており、これらのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。
[0092]ＤＮＡ結合ドメインは、核酸配列、例えば、ＲＮＡ配列によって、標的遺伝子を特定するように導かれ得る。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、プログラム可能なヌクレアーゼを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、低減または抑止されたヌクレアーゼ活性を有するプログラム可能なヌクレアーゼを含む。例えば、プログラム可能なヌクレアーゼは、その触媒ドメインに、ヌクレアーゼを不活性にするが、ヌクレアーゼのＤＮＡ結合活性を維持する１つまたは２つの突然変異を有し得る。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質ドメインは、ヌクレアーゼ活性が欠如しているか、または低減されたヌクレアーゼ活性を有する。
[0093]いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、Ｃａｓタンパク質、例えば、Ｃａｓ９タンパク質ドメインを含む。Ｃａｓ９ドメインは、本明細書に提供されるＣａｓ９ドメインまたはＣａｓ９タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９もしくはＣａｓ９ニッカーゼ、または任意の種に由来するＣａｓ９バリアント）であり得る。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるＣａｓドメインまたはＣａｓタンパク質のうちのいずれかが、本明細書に記載される１つまたは複数の任意のエフェクタータンパク質ドメインと融合され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるＣａｓタンパク質ドメインのうちのいずれかは、本明細書に記載される２つまたはそれ以上のエフェクタータンパク質ドメインと融合され得る。Ｃａｓ９は、野生型Ｃａｓ９ポリペプチド（例えば、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ． ｐｙｏｇｅｎｅｓ）に由来する）に対して少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％の配列同一性および／または配列類似性を有するポリペプチドを指し得る。Ｃａｓ９は、野生型の例示的なＣａｓ９タンパク質、またはアミノ酸変化、例えば、欠失、挿入、置換、バリアント、突然変異、融合、キメラ、もしくはこれらの任意の組合せを含み得るＣａｓ９タンパク質の改変された形態を指し得る。
[0094]Ｃａｓ９配列およびバリアントＣａｓ９オルソログの構造は、様々な種において説明されている。Ｃａｓ９タンパク質または他の成分が由来し得る例示的な種としては、ストレプトコッカス・ピオゲネス、ストレプトコッカス・サーモフィルス、ストレプトコッカス種、スタフィロコッカス・アウレウス、リステリア・イノクア、ラクトバチルス・ガセリ、フランシセラ・ノビシダ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｎｏｖｉｃｉｄａ）、ウォリネラ・スクシノゲネス、ステレラ・ワズワースエンシス、ガンマプロテオバクテリウム、ナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、カンピロバクター・ジェジュニ、パスツレラ・ムルトシダ、フィブロバクター・スクシノゲネス、ロドスピリラム・ラブラム、ノカルジオプシス・ダッソンビレイ、ストレプトマイセス・プリスチネスピラス、ストレプトマイセス・ビリドクロモゲネス、ストレプトマイセス・ビリドクロモゲネス、ストレプトスポランジウム・ロゼウム、アリシクロバチルス・アシドカルダリウス、バチルス・シュードマイコイデス、バチルス・セレニチレダセンス、エキシグオバクテリウム・シビリカム、ラクトバチルス・デルブルエッキイー、ラクトバチルス・サリバリウス、ラクトバチルス・ブフネリ、トレポネーマ・デンチコラ、ミクロシラ・マリナ、バークホルデリア菌、ポラロモナス・ナフタレニボランス、ポラロモナス種、クロコスフェラ・ワッソニ（Ｃｒｏｃｏｓｐｈａｅｒａ ｗａｔｓｏｎｉｉ）、シアノテセ種、ミクロシスティス・アルギノサ（Ｍｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、シネココッカス種、アセトハロビウム・ラバチカム、アモニフェクス・デジェンシー、カルジセルロシルプトル・ベクシ（Ｃａｌｄｉｃｅｌｕｌｏｓｉｒｕｐｔｏｒ ｂｅｃｓｃｉｉ）、カンジダ・デスルフォルディス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｄｅｓｕｌｆｏｒｕｄｉｓ）、クロストリジウム・ボツリヌス、クロストリジウム・ディフィシル、フィネゴルディア・マグナ、ナトラナエロビウス・サーモフィルス（Ｎａｔｒａｎａｅｒｏｂｉｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ペロトマキュラム・サーモプロピオニカム、アシディチオバチルス・カルダス、アシディチオバチルス・フェロオキシダンス、アロクロマチウム・ビノスム、マリノバクター種、ニトロソコッカス・ハロフィルス（Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、ニトロソコッカス・ワッソニ（Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｃｕｓ ｗａｔｓｏｎｉ）、シュードアルテロモナス・ハロプランクティス、クテドノバクテル・ラセミファー（Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒ ｒａｃｅｍｉｆｅｒ）、メタノハロビウム・エベスチガタム（Ｍｅｔｈａｎｏｈａｌｂｉｕｍ ｅｖｅｓｔｉｇａｔｕｍ）、アナベナ・バリアビリス、ノジュラリア・スプミゲナ、ノストック種、アルスロスピラ・マキシマ、アルスロスピラ・プラテンシス、アルスロスピラ種、リングビア種、ミクロコレス・クソノプラステス（Ｍｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓ ｃｈｔｈｏｎｏｐｌａｓｔｅｓ）、オシラトリア種、ペトロトガ・モビリス、サーモシホ・アフリカヌス、ストレプトコッカス・パステウリアヌス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ）、ナイセリア・シネレア、カンピロバクター・ラリ、パルビバクルム・ラヴァメンティボランス（Ｐａｒｖｉｂａｃｕｌｕｍ ｌａｖａｍｅｎｔｉｖｏｒａｎｓ）、コリネバクテリウム・ジフテリア、またはアカリオクロリス・マリーナが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９タンパク質は、ストレプトコッカス・ピオゲネスに由来する。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９タンパク質は、ストレプトコッカス・サーモフィルスに由来する。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９タンパク質は、スタフィロコッカス・アウレウスに由来する。
[0095]追加の好適なＣａｓ９タンパク質、オルソログ、バリアントは、ヌクレアーゼ不活性バリアントおよび配列を含め、本開示に基づいて、当業者には明らかであり、そのようなＣａｓ９ヌクレアーゼおよび配列は、Ｃｈｙｌｉｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．， （２０１３） ＲＮＡ Ｂｉｏｌｏｇｙ １０：５， ７２６－７３７に開示される生物および遺伝子座に由来するＣａｓ９配列を含み、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
[0096]いくつかの実施形態において、野生型Ｃａｓ９は、ストレプトコッカス・ピオゲネスに由来するＣａｓ９に対応する（ＮＣＢＩ参照配列：ＮＣ＿００２７３７．２（配列番号１）、およびＵｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２（配列番号２）。
[0097]エピジェネティックエディターは、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９ドメイン（死Ｃａｓ９またはｄＣａｓ９）を含み得る。ｄＣａｓ９タンパク質ドメインは、野生型Ｃａｓ９と比較して、そのヌクレアーゼ活性を抑止するが、ＤＮＡ結合活性を保持する１つ、２つ、またはそれ以上の突然変異を含み得る。例えば、Ｃａｓ９のＤＮＡ切断ドメインは、ＨＮＨヌクレアーゼサブドメインおよびＲｕｖＣ１サブドメインという２つのサブドメインを含むことが知られている。ＨＮＨサブドメインは、ｇＲＮＡに相補的な鎖を切断し、一方でＲｕｖＣ１サブドメインは、非相補的な鎖を切断する。これらのサブドメイン内の突然変異は、Ｃａｓ９のヌクレアーゼ活性をサイレンシングし得る。例えば、突然変異Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａは、Ｓ．ピオゲネスＣａｓ９のヌクレアーゼ活性を完全に不活性化する。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９は、ＨＮＨサブドメインおよびＲｕｖＣサブドメインに、ヌクレアーゼ活性を低減または抑止する少なくとも１つの突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９は、ＲｕｖＣサブドメインのみを含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９は、ＨＮＲサブドメインのみを含む。ＲｕｖＣまたはＨＮＨドメインを不活性化する任意の突然変異、例えば、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインにおける挿入、欠失、または単一もしくは複数のアミノ酸置換が、ｄＣａｓ９において含まれ得ることを理解されたい。
[0098]いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９タンパク質は、Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列Ｑ９９ＺＷ２において番号付けされる野生型Ｃａｓ９配列において番号付けされるＤ１０位に突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９タンパク質は、Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２において番号付けされるＨ８４０位に突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９タンパク質は、Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２において番号付けされるＤ１０Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９タンパク質は、Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２において番号付けされるＨ８４０Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓ９タンパク質は、Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２において番号付けされるＤ１０ＡおよびＨ８４０Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９は、ｄＣａｓ９のアミノ酸配列（Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａ）（配列番号３）を含む。
[0099]Ｃａｓ９を不活性化する追加の好適な突然変異は、本開示および当該技術分野における知識に基づいて、当業者に明らかであり、本開示の範囲内である。そのような追加の例示的な好適なヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９ドメインとしては、Ｄ８３９Ａ、Ｎ８６３Ａ、および／またはＫ６０３Ｒが挙げられるが、これらに限定されない。Ｃａｓ９、ｄＣａｓ９、またはＣａｓ９バリアントはまた、任意の生物に由来するＣａｓ９、ｄＣａｓ９、またはＣａｓ９バリアントを包含する。任意の生物に由来するｄＣａｓ９、Ｃａｓ９ニッカーゼ、または他の適切なＣａｓ９バリアントも、本開示に従って使用され得る。
[0100]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、高忠実度Ｃａｓ９ドメインを含む。例えば、Ｃａｓ９ドメインとＤＮＡの糖－リン酸骨格との間の静電相互作用を減少させる１つまたは複数の突然変異を含む高忠実度Ｃａｓ９ドメインは、対応する野生型Ｃａｓ９ドメインと比較して、増加した標的結合特異性を付与するために、エピジェネティックエディターに組み込まれ得る。いずれの特定の理論によっても束縛されることを望むものではないが、ＤＮＡの糖－リン酸骨格との静電相互作用が減少した高忠実度Ｃａｓ９ドメインは、低い標的外作用を有し得る。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、Ｃａｓ９ドメインとＤＮＡの糖－リン酸骨格との間の会合を減少させる１つまたは複数の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、Ｃａｓ９とＤＮＡの糖－リン酸骨格との間の会合を少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、またはそれ以上減少させる、１つまたは複数の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、高忠実度Ｃａｓ９ドメインは、野生型Ｃａｓ９アミノ酸配列Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２、または別のＣａｓ９における対応するアミノ酸において番号付けされる、Ｎ４９７Ｘ、Ｒ６６１Ｘ、Ｑ６９５Ｘ、および／またはＱ９２６Ｘ突然変異のうちの１つまたは複数を含むみ、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、高忠実度Ｃａｓ９ドメインは、野生型Ｃａｓ９配列において提供されるアミノ酸配列のＮ４９７Ａ、Ｒ６６１Ａ、Ｑ６９５Ａ、および／もしくはＱ９２６Ａ突然変異のうちの１つまたは複数、または野生型Ｃａｓ９アミノ酸配列Ｕｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２もしくは別のＣａｓ９における対応するアミノ酸において番号付けされる対応する突然変異を含む。本明細書に提供されるエピジェネティックエディターのうちのいずれか、例えば、本明細書に提供されるエピジェネティック活性化因子またはリプレッサーのうちのいずれかは、記載されるＣａｓ９ドメインを改変することによって、高忠実度エピジェネティックエディターに変換され得る。好ましい実施形態において、高忠実度Ｃａｓ９ドメインは、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９ドメインである。
[0101]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるＤＮＡ結合ドメインは、標的遺伝子内のプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列を認識するＣＲＩＳＰＲタンパク質である。ＣＲＩＳＰＲタンパク質は、天然に存在するもしくはカノニカルＰＡＭ配列を認識し得るか、または改変されたＰＡＭ特異性を有し得る。非カノニカルＰＡＭ配列に結合するＣａｓ９ドメインは、当該技術分野において説明されており、当業者には明らかであろう。例えば、非カノニカルＰＡＭ配列に結合するＣａｓ９ドメインは、Ｋｌｅｉｎｓｔｉｖｅｒ， Ｂ． Ｐ．， ｅｔ ａｌ．， “Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ ｎｕｃｌｅａｓｅｓ ｗｉｔｈ ａｌｔｅｒｅｄ ＰＡＭ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｉｅｓ” Ｎａｔｕｒｅ ５２３， ４８１－４８５ （２０１５）およびＫｌｅｉｎｓｔｉｖｅｒ， Ｂ． Ｐ．， ｅｔ ａｈ， “Ｂｒｏａｄｅｎｉｎｇ ｔｈｅ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｒａｎｇｅ ｏｆ Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ ｂｙ ｍｏｄｉｆｙｉｎｇ ＰＡＭ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ” Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３３， １２９３－１２９８ （２０１５）に記載されており、それぞれの全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
[0102]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、Ｓ．ピオゲネスに由来するＣａｓ９ドメイン（ＳｐＣａｓ９）である。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９は、カノニカルＮＧＧ ＰＡＭ配列を認識するが、ここで、「ＮＧＧ」の「Ｎ」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、グアニン（Ｇ）、またはシトシン（Ｃ）であり、Ｇは、グアニンである。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターまたは融合タンパク質は、カノニカル（例えば、ＮＧＧ）ＰＡＭ配列を含まないヌクレオチド配列に結合することができるＳｐＣａｓ９ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメイン、ヌクレアーゼ不活性ＳｐＣａｓ９ドメイン、またはＳｐＣａｓ９ニッカーゼドメインは、ＮＧＧ、ＮＧＡ、またはＮＧＣＧ ＰＡＭ配列を有する核酸配列に結合し得る。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｘ、Ｒ１３３５Ｘ、およびＴ１３３７Ｘ突然変異のうちの１つもしくは複数、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含み、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異のうちの１つもしくは複数、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型Ｃａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤｌ １３４Ｖ、Ｒ１３３４Ｑ、およびＴ１３３６Ｒ突然変異のうちの１つもしくは複数、またはその対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｖ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｘ、Ｇ１２１８Ｘ、Ｒ１３３５Ｘ、およびＴ１３３７Ｘ突然変異のうちの１つもしくは複数、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含み、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｖ、Ｇ１２１８Ｒ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異のうちの１つもしくは複数、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｖ、Ｇ１２１８Ｒ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。
[0103]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、５’－ＮＧＣＧ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインであり、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、５’－ＮＧＣＧ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｖ、Ｇ１２１８Ｒ、Ｒ１３３５Ｅ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む（「ＶＲＥＲ」ＳｐＣａｓ９）。いくつかの実施形態において、ＶＲＥＲ ＳｐＣａｓ９は、そのヌクレアーゼ活性を低減または消失させる１つまたは複数の突然変異をさらに含む。例えば、ＳｐＣａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａ突然変異をさらに含み得、ヌクレアーゼ不活性ＳｐＣａｓ９である。例示的なヌクレアーゼ不活性ＶＲＥＲ ＳｐＣａｓ９のアミノ酸配列は、配列番号４に提供されている。
[0104]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、５’－ＮＧＡＧ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインであり、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、５’－ＮＧＡＧ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む（「ＥＱＲ」ＳｐＣａｓ９）。いくつかの実施形態において、ＥＱＲ ＳｐＣａｓ９は、そのヌクレアーゼ活性を低減または消失させる１つまたは複数の突然変異をさらに含む。例えば、ＳｐＣａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａ突然変異をさらに含み得、ヌクレアーゼ不活性ＳｐＣａｓ９である。
[0105]例示的なヌクレアーゼ不活性ＥＱＲ ＳｐＣａｓ９のアミノ酸配列は、配列番号５に提供されている。
[0106]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、５’－ＮＧＡＮ－３’または５－ＮＧＮＧ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインであり、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、５’－ＮＧＡＮ－３’または５－ＮＧＮＧ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｖ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む（「ＶＱＲ」ＳｐＣａｓ９）。いくつかの実施形態において、ＶＱＲ ＳｐＣａｓ９は、そのヌクレアーゼ活性を低減または消失させる１つまたは複数の突然変異をさらに含む。例えば、ＳｐＣａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａ突然変異をさらに含み得、ヌクレアーゼ不活性ＳｐＣａｓ９である。
[0107]例示的なヌクレアーゼ不活性ＶＱＲ ＳｐＣａｓ９のアミノ酸配列は、配列番号６に提供されている。
[0108]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、５’－ＮＧＮ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインであり、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、５’－ＮＧＮ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＤ１１３５Ｌ、Ｓ１１３６Ｗ、Ｇ１２１８Ｋ、Ｅ１２１９Ｑ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｄ１１３５Ｖ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む（「ＳｐＧＣａｓ９」）。いくつかの実施形態において、ＳｐＧ Ｃａｓ９は、そのヌクレアーゼ活性を低減または消失させる１つまたは複数の突然変異をさらに含む。例えば、ＳｐＧＣａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａ突然変異をさらに含み得、ヌクレアーゼ不活性ＳｐＧＣａｓ９である。
[0109]例示的なヌクレアーゼ不活性ＳｐＧ Ｃａｓ９のアミノ酸配列は、配列番号７に提供されている。
[0110]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、５’－ＮＲＮ－３’または５’－ＮＹＮ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインであり、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つであり、Ｒは、ヌクレオチドＡまたはＧであり、Ｙは、ヌクレオチドＣまたはＴである。いくつかの実施形態において、５’－ＮＲＮ－３’または５’－ＮＹＮ－３’ ＰＡＭ配列に対して特異性を有する改変されたＳｐＣａｓ９ドメインは、野生型ＳｐＣａｓ９アミノ酸配列において番号付けされるＡ６１Ｒ、Ｌ１１１１Ｒ、Ｄ１１３５Ｌ、Ｓ１１３６Ｗ、Ｇ１２１８Ｋ、Ｅ１２１９Ｑ、Ｎ１３１７Ｒ、Ａ１３２２Ｒ、Ｒ１３３３Ｐ、Ｒ１３３５Ｑ、およびＴ１３３７Ｒ突然変異、または別のＳｐＣａｓ９タンパク質の対応する突然変異を含む（「ＳｐＲＹＣａｓ９」）。いくつかの実施形態において、ＳｐＲＹ Ｃａｓ９は、そのヌクレアーゼ活性を低減または消失させる１つまたは複数の突然変異をさらに含む。例えば、ＳｐＣａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＨ８４０Ａ突然変異をさらに含み得、ヌクレアーゼ不活性ＳｐＲＹＣａｓ９である。
[0111]例示的なヌクレアーゼ不活性ＳｐＲＹ Ｃａｓ９のアミノ酸配列は、配列番号８に提供されている。
[0112]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、スタフィロコッカス・アウレウスに由来するＣａｓ９ドメイン（ＳａＣａｓ９）である。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメインは、ヌクレアーゼ不活性ＳａＣａｓ９（ｄＳａｃａｓ９）である。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９は、野生型ＳａＣａｓ９配列において番号付けされるＮ５７９Ａ突然変異、または別のＳａＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９は、野生型ＳａＣａｓ９配列において番号付けされるＤ１０Ａ突然変異、または別のＳａＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＳａＣａｓ９は、野生型ＳａＣａｓ９配列において番号付けされるＤ１０Ａ突然変異およびＮ５７９Ａ突然変異、または別のＳａＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。
[0113]例示的な野生型ＳａＣａｓ９タンパク質は、配列番号９に提供されている。
[0114]いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメイン、ヌクレアーゼ不活性ＳａＣａｓ９ドメイン、またはＳａＣａｓ９ニッカーゼドメインは、非カノニカルＰＡＭを有する核酸配列に結合し得る。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメイン、ＳａＣａｓ９ｄドメイン、またはＳａＣａｓ９ｎドメインは、ＮＮＧＲＲＴ ＰＡＭ配列を有する核酸配列に結合し得、ここで、Ｎ＝Ａ、Ｔ、Ｃ、またはＧであり、Ｒ＝ＡまたはＧである。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメインは、野生型ＳａＣａｓ９配列において番号付けされるＥ７８１Ｋ、Ｎ９６７Ｋ、およびＲ１０１４Ｈ突然変異のうちの１つもしくは複数、または別のＳａＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む（「ＫＫＨ」ＳａＣａｓ９）。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメインは、野生型ＳａＣａｓ９配列において番号付けされるＥ７８１Ｋ、Ｎ９６７Ｋ、もしくはＲ１０１４Ｈ突然変異、または別のＳａＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメイン、ＳａＣａｓ９ｄドメイン、またはＳａＣａｓ９ｎドメインは、非カノニカルＰＡＭを有する核酸配列に結合し得る。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメインまたはヌクレアーゼ不活性ＳａＣａｓ９ｄドメインは、ＮＮＧＲＲＴ ＰＡＭ配列を有する核酸配列に結合し得る。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメインは、Ｅ７８１Ｋ、Ｎ９６７Ｋ、およびＲ１０１４Ｈ突然変異のうちの１つもしくは複数、または本明細書に提供されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける１つもしくは複数の対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＳａＣａｓ９ドメインは、Ｅ７８１Ｋ、Ｎ９６７Ｋ、またはＲ１０１４Ｈ突然変異、または本明細書に提供されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＫＫＨ ＳａＣａｓ９は、そのヌクレアーゼ活性を低減または消失させる１つまたは複数の突然変異をさらに含む。例えば、ＫＫＨＳａＣａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＮ５７９Ａ突然変異をさらに含み得、ヌクレアーゼ不活性ＫＫＨ ＳａＣａｓ９である。例示的なヌクレアーゼ不活性ＫＫＨ ｄＳａＣａｓ９のアミノ酸配列は、配列番号１０に提供されている。
[0115]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、ナイセリア・メニンギティディスに由来するＣａｓ９ドメイン（ＮｍｅＣａｓ９）である。いくつかの実施形態において、ＮｍｅＣａｓ９ドメインは、ヌクレアーゼ不活性ＮｍｅＣａｓ９（ｄＮｍｅＣａｓ９）である。ＮｍｅＣａｓ９は、５’－ＮＮＮＧＡＴＴ－３’ ＰＡＭに対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、ＮｍｅＣａｓ９は、Ｄ１６Ａ突然変異、または野生型ＮｍｅＣａｓ９配列において番号付けされるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＮｍｅＣａｓ９は、野生型ＮｍｅＣａｓ９配列において番号付けされるＨ５８８Ａ突然変異、または別のＮｍｅＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＮｍｅＣａｓ９は、Ｄ１６ＡおよびＨ５８８Ａ突然変異を含む。
[0116]例示的なｄＮｍｅＣａｓ９タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１１に提供されている。
[0117]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、カンピロバクター・ジェジュニに由来するＣａｓ９ドメイン（ＣｊＣａｓ９）である。いくつかの実施形態において、ＣｊＣａｓ９ドメインは、ヌクレアーゼ不活性ＣｊＣａｓ９（ｄＣｊＣａｓ９）である。Ｃｊ Ｃａｓ９は、５’－ＮＮＮＶＲＹＭ－３’ ＰＡＭに対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つであり、Ｖは、ヌクレオチドＡ、Ｃ、またはＧであり、Ｒは、ヌクレオチドＡまたはＧであり、Ｙは、ヌクレオチドＣまたはＴであり、Ｍは、ヌクレオチドＡまたはＣである。いくつかの実施形態において、ＣｊＣａｓ９は、Ｄ８Ａ突然変異、または野生型ＣｊＣａｓ９配列において番号付けされるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ＣｊＣａｓ９は、野生型ＣｊＣａｓ９配列において番号付けされるＨ５５９Ａ突然変異、または別のＣｊＣａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣｊＣａｓ９は、Ｄ１６ＡおよびＨ５８８Ａ突然変異を含む。
[0118]例示的なｄＣｊＣａｓ９タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１２に提供されている。
[0119]いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９ドメインは、ストレプトコッカス・サーモフィルスに由来するＣａｓ９ドメイン（ＳｔＣａｓ９）である。いくつかの実施形態において、ＳｔＣａｓ９は、ストレプトコッカス・サーモフィルスのＳｔ ＣＲＩＳＰＲ１遺伝子座によってコードされる（Ｓｔ１Ｃａｓ９）。いくつかの実施形態において、Ｓｔ１Ｃａｓ９ドメインは、ヌクレアーゼ不活性Ｓｔ１Ｃａｓ９（ｄＳｔ１Ｃａｓ９）である。Ｓｔ１Ｃａｓ９は、５’－ＮＮＡＧＡＡＷ－３’ ＰＡＭに対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つであり、Ｗは、ヌクレオチドＡまたはＴである。いくつかの実施形態において、Ｓｔ１Ｃａｓ９は、Ｄ１０Ａ突然変異、または野生型Ｓｔ１Ｃａｓ９配列において番号付けされるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、Ｓｔ１Ｃａｓ９は、野生型Ｓｔ１Ｃａｓ９配列において番号付けされるＨ６００Ａ突然変異、または別のＳｔ１Ｃａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、Ｓｔ１Ｃａｓ９ｄは、Ｄ１０ＡおよびＨ６００Ａ突然変異を含む。
[0120]いくつかの実施形態において、ＳｔＣａｓ９は、ストレプトコッカス・サーモフィルスのＳｔ ＣＲＩＳＰＲ３遺伝子座によってコードされる（Ｓｔ３Ｃａｓ９）。いくつかの実施形態において、Ｓｔ３Ｃａｓ９ドメインは、ヌクレアーゼ不活性Ｓｔ３Ｃａｓ９（ｄＳｔ３Ｃａｓ９）である。Ｓｔ３Ｃａｓ９は、５’－ＮＧＧＮＧ－３’ ＰＡＭに対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｃ、またはＴのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、Ｓｔ３Ｃａｓ９は、Ｄ１０Ａ突然変異、または野生型Ｓｔ３Ｃａｓ９配列において番号付けされるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、Ｓｔ３Ｃａｓ９は、野生型Ｓｔ３Ｃａｓ９配列において番号付けされるＮ８７０Ａ突然変異、または別のＳｔ３Ｃａｓ９タンパク質における対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＳｔ３Ｃａｓ９は、Ｄ１０ＡおよびＮ８７０Ａ突然変異を含む。
[0121]例示的なｄＳｔ１Ｃａｓ９タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１３に提供されている。
[0122]例示的なｄＳｔ３Ｃａｓ９タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１４に提供されている。
[0123]いくつかの実施形態において、本明細書に提供される融合タンパク質のうちのいずれかのＣａｓ９ドメインは、本明細書に提供されるＣａｓ９配列のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも９９．５％同一であるアミノ酸配列を含む。
[0124]いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、Ｃｐｆ１（またはＣａｓ１２ａ）タンパク質ドメインを含む。例えば、エピジェネティックエディターは、ヌクレアーゼ不活性Ｃｐｆ１タンパク質またはそのバリアントを含み得る。Ｃｐｆ１タンパク質は、Ｃａｓ９のＲｕｖＣドメインに類似であるが、ＨＮＨエンドヌクレアーゼドメインを有さず、Ｃｐｆ１のＮ末端が、Ｃａｓ９のアルファヘリックス認識ローブを有さない、ＲｕｖＣ様エンドヌクレアーゼドメインを有する。いくつかの実施形態において、Ｃｐｆ１は、フランシセラ・ノビシダＣｐｆ１タンパク質（ＦｎＣｐｆ１）において番号付けされるＤ９１７Ａ、Ｅ１００６Ａ、またはＤ１２５５Ａに対応する１つまたは複数の突然変異を含む。ＦｎＣｐｆ１は、５’－ＴＴＮ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｔ、Ｇ、またはＣのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、Ｃｐｆ１タンパク質は、低減されたヌクレアーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、Ｃｐｆ１タンパク質のヌクレアーゼ活性は、消失される（ｄＣｐｆ１）。いくつかの実施形態において、ｄＣｐｆ１タンパク質は、本明細書に提供される野生型ＦｎＣｐｆ１配列において番号付けされる、Ｄ９１７Ａ、Ｅ１００６Ａ、Ｄ１２５５Ａ、Ｄ９１７Ａ／Ｅ１００６Ａ、Ｄ９１７Ａ／Ｄ１２５５Ａ、Ｅ１００６Ａ／Ｄ１２５５Ａ、もしくはＤ９１７Ａ／ Ｅ１００６Ａ／Ｄ１２５５Ａに対応する突然変異、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＣｐｆ１は、野生型ＦｎＣｐｆ１配列において番号付けされるＤ９１７Ａ突然変異、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。
[0125]いくつかの実施形態において、Ｃｐｆ１タンパク質は、本明細書に提供されるＦｎＣｐｆ１配列に対して少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも９９．５％同一であるアミノ酸配列を含む。他の細菌種に由来するＣｐｆ１もまた、本開示に従って使用され得ることを、理解されたい。
[0126]例示的な野生型フランシセラ・ノビシダＣｐｆ１アミノ酸配列は、配列番号１５に提供されている。
[0127]例示的なヌクレアーゼ不活性ＦｎＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１６に提供されている。
[0128]いくつかの実施形態において、Ｃｐｆ１は、ラクノスピラ・バクテリウム（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）に由来するＣｐｆ１タンパク質（ＬｂＣｐｆ１）である。ＬｂＣｐｆ１は、５’－ＴＴＴＶ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有し得、ここで、Ｖは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、またはＣのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、ＬｂＣｐｆ１タンパク質は、低減されたヌクレアーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、ＬｂＣｐｆ１タンパク質のヌクレアーゼ活性は、消失される（ｄＬｂＣｐｆ１）。いくつかの実施形態において、ｄＬｂＣｐｆ１タンパク質は、本明細書に提供される野生型ＬｂＣｐｆ１配列において番号付けされるＤ８３２Ａに対応する突然変異、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。
[0129]例示的なヌクレアーゼ不活性ｄＬｂＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１７に提供されている。
[0130]いくつかの実施形態において、Ｃｐｆ１は、アシダミノコッカス種に由来するＣｐｆ１タンパク質（ＡｓＣｐｆ１）である。ＡｓＣｐｆ１は、５’－ＴＴＴＶ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有し得、ここで、Ｖは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、またはＣのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、ＡｓＣｐｆ１タンパク質は、低減されたヌクレアーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、ＡｓＣｐｆ１タンパク質のヌクレアーゼ活性は、消失される（ｄＡｓＣｐｆ１。いくつかの実施形態において、ｄＬｂＣｐｆ１タンパク質は、本明細書に提供される野生型ＡｓＣｐｆ１配列において番号付けされるＤ９０８Ａに対応する突然変異、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、ｄＡｓＣｐｆ１またはＡｓＣｐｆ１は、標的化および編集効率を改善する突然変異をさらに含む。例えば、ＡｓＣｐｆ１は、本明細書に提供される野生型ＡｓＣｐｆ１配列において番号付けされる、突然変異Ｅ１７４Ｒ、Ｓ５４２Ｒ、およびＫ５４８Ｒ（「ｅｎＡｓＣｐｆ１」）、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含み得る。
[0131]例示的なヌクレアーゼ不活性ＡｓＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１８に提供されている。
[0132]例示的なヌクレアーゼ不活性ｅｎＡｓＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１９に提供されている。
[0133]いくつかの実施形態において、ｄＡｓＣｐｆ１またはＡｓＣｐｆ１タンパク質は、タンパク質の標的認識の忠実度を改善する突然変異をさらに含む。例えば、ＡｓＣｐｆ１は、本明細書に提供される野生型ＡｓＣｐｆ１配列において番号付けされる、突然変異Ｅ１７４Ｒ、Ｎ２８２Ａ、Ｓ５４２Ｒ、およびＫ５４８Ｒ（「ＨＦＡｓＣｐｆ１」）、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含み得る。
[0134]例示的なヌクレアーゼ不活性ＨＦＡｓＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２０に提供されている。
[0135]いくつかの実施形態において、ｄＡｓＣｐｆ１またはＡｓＣｐｆ１タンパク質は、タンパク質のＰＡＭ特異性の変更をもたらす突然変異をさらに含む。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される野生型ＡｓＣｐｆ１配列において番号付けされる、突然変異Ｓ５４２Ｒ、Ｋ５４８Ｖ、およびＮ５５２Ｒ（「ＲＶＲＡｓＣｐｆ１」）、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含むＡｓＣｐｆ１は、５’－ＴＡＴＶ－３’ ＰＡＭに対する特異性を有し得、ここで、Ｖは、ヌクレオチドＡ、Ｃ、またはＧのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される野生型ＡｓＣｐｆ１配列において番号付けされる、突然変異Ｓ５４２ＲおよびＫ６０７Ｒ（「ＲＲＡｓＣｐｆ１」）、またはＣｐｆ１アミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含むＡｓＣｐｆ１は、５’－ＴＹＣＶ－３’ ＰＡＭに対する特異性を有し得、ここで、Ｙは、ヌクレオチドＣまたはＴのうちのいずれか１つであり、Ｖは、ヌクレオチドＡ、Ｃ、またはＧのうちのいずれか１つである。
[0136]例示的なヌクレアーゼ不活性ＲＶＲＡｓＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２１に提供されている。
[0137]例示的なヌクレアーゼ不活性ＲＲＡｓＣｐｆ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２２に提供されている。
[0138]いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、Ｃａｓ９以外のＣａｓタンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９タンパク質は、不活性化されたヌクレアーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃａｓ１２ｄ、Ｃａｓ１２ｅ、Ｃａｓ１２ｈ、またはＣａｓ１２ｉドメインを含む。いくつかの実施形態において、Ｃａｓ９タンパク質は、ＲＮＡヌクレアーゼまたは不活性化ＲＮＡヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、またはＣａｓ１３ｄドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、アルゴノートタンパク質ドメインを含む。
[0139]本明細書に提供されるエピジェネティックエディター系におけるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系またはＣａｓタンパク質は、クラス１またはクラス２ Ｃａｓタンパク質を含み得る。エピジェネティックエディターにおいて使用されるクラス１またはクラス２タンパク質は、そのヌクレアーゼ活性が不活性化され得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＩＩ型、ＩＩＡ型、ＩＩＢ型、ＩＩＣ型、Ｖ型、またはＶＩ型Ｃａｓヌクレアーゼに由来するＣａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ６、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１４ａ、Ｃａｓ１４ｂ、Ｃａｓ１４ｃ、ＣａｓＸ、ＣａｓＹ、ＣａｓＰｈｉ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃ２ｃ１０、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１Ｓ、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、ＣｓＯ、Ｃｓｆ４、またはこれらのホモログもしくは改変されたバージョンに由来するクラス２ Ｃａｓヌクレアーゼに由来するＣａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるＣａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性化Ｃａｓタンパク質である。
[0140]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）タンパク質を含む。ＣａｓＸタンパク質は、５’－ＴＴＣＮ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｔ、またはＣのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、ＣａｓＸタンパク質は、低減または消失されたヌクレアーゼ活性を有する（ｄＣａｓＸ）。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓＸタンパク質は、以下に提供されるＣａｓＸ参照配列と比較して、Ｅ６７２Ｘ、Ｅ７６９Ｘ、Ｄ９３５Ｘアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含み、ここで、Ｘは、野生型アミノ酸以外の任意のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓＸタンパク質は、以下に提供されるＣａｓＸ参照配列と比較して、Ｅ６７２Ａ、Ｅ７６９Ａ、Ｄ９３５Ａアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態において、ＣａｓＸタンパク質は、野生型と比較して、短縮されたＣａｓＸタンパク質である。いくつかの実施形態において、ＣａｓＸタンパク質は、標的鎖ローディングドメイン（ＴＳＬＤ）が欠如している。米国特許第１０，５７０，４１５号およびＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０２００２３５２９号、同第ＷＯ２０２００４１４５６号に記載されるＣａｓＸタンパク質および配列は、全体が本明細書に組み込まれる。
[0141]例示的なＣａｓＸアミノ酸配列は、配列番号２３に提供されている。
[0142]例示的なｄＣａｓＸアミノ酸配列は、配列番号２４に提供されている。
[0143]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）タンパク質を含む。ＣａｓＹタンパク質は、５’－ＴＡ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有し得る。いくつかの実施形態において、ＣａｓＹタンパク質は、低減または消失されたヌクレアーゼ活性を有する（ｄＣａｓＹ）。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓＹタンパク質は、以下に提供されるＣａｓＹ参照配列と比較して、Ｄ８２８Ｘ、Ｅ９１４Ｘ、Ｄ１０７４Ｘアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含み、ここで、Ｘは、野生型アミノ酸以外の任意のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓＹタンパク質は、以下に提供されるＣａｓＹ参照配列と比較して、Ｄ８２８Ａ、Ｅ９１４Ａ、Ｄ１０７４Ａアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む。米国特許出願公開第ＵＳ２０２００２５５８５８号および同第ＵＳ２０１９０３００９０８号に記載されているＣａｓＹタンパク質および配列は、全体が本明細書に組み込まれる。
[0144]例示的なＣａｓＹアミノ酸配列は、配列番号２５に提供されている。
[0145]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｃａｓφ（ＣａｓＰｈｉ）タンパク質を含む。Ｃａｓφタンパク質は、５’－ＴＴＮ－３’ ＰＡＭ配列に対する特異性を有し得、ここで、Ｎは、ヌクレオチドＡ、Ｔ、Ｇ、またはＣのうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態において、Ｃａｓφタンパク質は、低減または消失されたヌクレアーゼ活性を有する（ｄＣａｓφ）。いくつかの実施形態において、ｄＣａｓφタンパク質は、本明細書に提供される野生型Ｃａｓφ配列において番号付けされる、Ｄ３９４Ａ突然変異、またはＣａｓφアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する突然変異を含む。
[0146]Ｃａｓ φタンパク質および配列は、Ｐａｕｓｃｈ ｅｔ ａｌ．， ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ φ ｆｒｏｍ ｈｕｇｅ ｐｈａｇｅｓ ｉｓ ａ ｈｙｐｅｒｃｏｍｐａｃｔ ｇｅｎｏｍｅ ｅｄｉｔｏｒ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６９， ３３３－３３７ （２０２０）に記載されており、これは、その全体が本明細書に組み込まれる。
[0147]例示的な野生型Ｃａｓφ（ＣａｓＰｈｉ）アミノ酸配列は、配列番号２６に提供されている。
[0148]例示的なｄＣａｓφ（ｄＣａｓＰｈｉ）アミノ酸配列は、配列番号２７に提供されている。
[0149]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、配列番号２８にあるようなＣａｓ１２ｆ１（Ｃａｓ１４ａ）タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、配列番号２９にあるようなＣａｓ１２ｆ２（Ｃａｓ１４ｂ）タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、配列番号３０にあるようなＣａｓ１２ｆ３（Ｃａｓ１４ｃ）タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、配列番号３１にあるようなＣ２ｃ８タンパク質を含む。
[0150]いくつかの実施形態において、Ｃａｓタンパク質は、円順列置換Ｃａｓタンパク質である。例えば、エピジェネティックエディターは、Ｏａｋｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ １７６， ２５４－２６７ （２０１９）に記載される円順列置換Ｃａｓ９を含み得、これはその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書において使用される場合、「円順列置換」という用語は、一次アミノ酸配列の１つのセクションが、ポリペプチドの一次アミノ酸配列内の別の位置へと移動されているが、アミノ酸の局所的な順序は変化しておらず、タンパク質の三次元アーキテクチャが保存されている、（例えば、対象のＣａｓタンパク質の）バリアントポリペプチドを指す。例えば、野生型の１０００アミノ酸のポリペプチドの円順列置換は、残基番号５００（野生型タンパク質に対して）のＮ末端残基を有し得、野生型タンパク質の残基１～４９９は、Ｃ末端に付加される。野生型タンパク質配列に対するそのような円順列置換は、Ｎ末端からＣ末端へ、アミノ酸番号５００～１０００、続いて、１～４９９となり、結果として、アミノ酸４９９がＣ末端残基である円順列置換タンパク質が得られる。したがって、そのような例示的な円順列置換は、野生型参照タンパク質と同じアミノ酸総数を有し、アミノ酸は、円順列置換の特定の領域で局所的に同じ順序であるが、全体的な一次アミノ酸配列は変化する。
[0151]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、円順列置換されたＣａｓタンパク質、例えば、円順列置換されたＣａｓ９タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、エピジェネティックエフェクタードメインが、円順列置換されたＣａｓタンパク質に、野生型Ｃａｓタンパク質のものとは異なるＮ末端またはＣ末端に融合された、円順列置換されたＣａｓタンパク質とエピジェネティックエフェクタードメインとの融合体を含む。
[0152]いくつかの実施形態において、円順列置換されたＣａｓタンパク質は、野生型Ｃａｓタンパク質のＮ末端フラグメントのＮ末端が、野生型Ｃａｓタンパク質のＣ末端フラグメントのＣ末端に融合され、それによって、新しいＮ末端およびＣ末端を生じたものを含む。いずれの理論によっても束縛されることを望むものではないが、野生型Ｃａｓタンパク質のＮ末端およびＣ末端は、小さな領域に固定され得、これが、Ｃａｓタンパク質がエフェクトドメインに融合された場合に立体障害、および標的ＤＮＡ配列へのアクセスの低減をもたらし得る。いくつかの実施形態において、円順列置換Ｃａｓタンパク質を含むエピジェネティックエディターは、野生型Ｃａｓタンパク質対応物を含むエピジェネティックエディターと比較して、低減された立体不適合性を有する。いくつかの実施形態において、円順列置換Ｃａｓタンパク質を含むエピジェネティックエディターは、野生型Ｃａｓタンパク質対応物を含むエピジェネティックエディターと比較して、改善された有効性を有する。いくつかの実施形態において、円順列置換Ｃａｓタンパク質を含むエピジェネティックエディターは、野生型Ｃａｓタンパク質対応物を含むエピジェネティックエディターと比較して、改善されたエピジェネティック編集正確度を有する。いくつかの実施形態において、円順列置換Ｃａｓタンパク質を含むエピジェネティックエディターは、野生型Ｃａｓタンパク質対応物を含むエピジェネティックエディターと比較して、低減された標的外編集作用を有する。
[0153]いくつかの実施形態において、円順列置換Ｃａｓタンパク質は、円順列置換Ｃａｓ９タンパク質である。いくつかの実施形態において、円順列置換されたＣａｓ９タンパク質は、野生型Ｃａｓ９タンパク質のＮ末端フラグメントが、Ｃａｓ９タンパク質のＣ末端に融合されたもの（例えば、いくつかの場合には、リンカー、例えば、切断性リンカーを介して）を含み、ここで、Ｎ末端フラグメントのＣ末端アミノ酸（すなわち、Ｎ末端フラグメントのＣ末端）は、野生型Ｃａｓ９タンパク質配列のアミノ酸１８２Ｄ、２００Ｐ、２３１Ｇ、２７１Ｙ、３１１Ｅ、１０１１Ｇ、１０１７Ｄ、１０２４Ｋ、１０２９Ｉ、１０３０Ｇ、１０３２Ａ、１０４２Ｉ、１２４５Ｌ、１２４９Ｐ、１２５０Ｅ、または１２８３Ａに対応するアミノ酸を含む。いくつかの場合には、円順列置換されたＣａｓ９タンパク質は、野生型Ｃａｓ９タンパク質のＮ末端フラグメントが、野生型Ｃａｓ９タンパク質のＣ末端フラグメントのＣ末端に融合されたもの（例えば、いくつかの場合には、リンカー、例えば、切断性リンカーを介して）を含み、ここで、Ｎ末端フラグメントは、野生型Ｃａｓ９タンパク質のアミノ酸１～１８２、１～２００、１～２３１、１～２７１、１～３１１、１～１０１１、１～１０１７、１～１０２４、１～１０２９、１～１０３０、１～１０３２、１～１０４２、１～１２４５、１～１２４９、１～１２５０、または１～１２８３に対応するアミノ酸配列を含む。米国特許出願第ＵＳ２０１９０２３３８４７号に記載される追加の円順列置換されたＣａｓ９タンパク質は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ガイドポリヌクレオチド
[0154]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ガイドポリヌクレオチド（またはガイド核酸）を含む。例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含むＤＮＡ結合ドメインを有するエピジェネティックエディターはまた、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質と複合体を形成することができるガイド核酸も含み得る。
[0155]ガイドヌクレオチド配列－プログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質、例えば、Ｃａｓ９を部位特異的ＤＮＡ標的化（例えば、ゲノムを改変するため）に使用する方法は、当該技術分野において公知である。ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）は、プログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質、例えば、クラス２ Ｃａｓタンパク質、例えば、Ｃａｓ９を、標的核酸分子上の標的配列へとガイドし得、そこで、ｇＲＮＡがハイブリダイズし、プログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質が、標的配列またはその近傍に改変を生成する。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡおよびエピジェネティックエディター融合タンパク質は、リボヌクレオタンパク質（ＲＮＰ）、例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ複合体を形成し得る。
[0156]ガイドヌクレオチド配列、例えば、ガイドＲＮＡ配列は、１）標的核酸に対する相同性を共有する（例えば、ガイドヌクレオチド配列－プログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質を標的へと導く）ヌクレオチド配列、および２）核酸にガイドされるプログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質、例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質に結合する、ヌクレオチド配列の２つの部分を含み得る。１）のヌクレオチド配列は、標的配列とハイブリダイズするスペーサー配列を含み得る。２）のヌクレオチド配列は、ガイド核酸のスキャフォールド配列、ｔｒａｃｒＲＮＡ、またはガイド核酸の活性化領域と称され得、ステム－ループ構造を含み得る。Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３７：８１６－８２１（２０１２）、米国特許出願公開第ＵＳ２０１６０２０８２８８号および米国特許出願公開第ＵＳ２０１６０２００７７９号に記載されるガイド核酸のスキャフォールド配列は、それぞれ、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ガイドポリヌクレオチドは、単一分子であってもよく、または２つの別個の分子を含んでもよい。例えば、上述の１）および２）の部分は、融合して、１つの単一のガイド（例えば、単一のガイドＲＮＡもしくはｓｇＲＮＡ）を形成してもよく、または２つの別個の分子であってもよい。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、リンカーによって接続された二重ポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、非核酸リンカー、例えば、ペプチドリンカーまたは化学的リンカーによって接続された二重ポリヌクレオチドである。
[0157]ｇＲＮＡおよび標的化配列（またはスペーサー配列）を選択、設計、および検証するための方法は、本明細書に記載され、当業者に公知である。ソフトウェアツールを使用して、標的核酸配列に対応するｇＲＮＡを最適化する、例えば、ゲノム全体にわたる総標的外活性を最小限に抑えることができる。例えば、ＤＮＡ配列検索アルゴリズムを使用して、Ｃａｓ９とともに使用するためのｇＲＮＡのｃｒＲＮＡ内の標的配列を特定することができる。Ｂａｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｃａｓ－ＯＦＦｉｎｄｅｒ： Ａ ｆａｓｔ ａｎｄ ｖｅｒｓａｔｉｌｅ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｔｈａｔ ｓｅａｒｃｈｅｓ ｆｏｒ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｏｆｆ－ｔａｒｇｅｔ ｓｉｔｅｓ ｏｆ Ｃａｓ９ ＲＮＡ－ｇｕｉｄｅｄ ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅｓ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３０， １４７３－１４７５ （２０１４））に記載されているものを含む、例示的なｇＲＮＡ設計ツールは、その全体が本明細書に組み込まれる。
[0158]ガイドポリヌクレオチドは、様々な長さのものであり得る。いくつかの実施形態において、スペーサーまたは標的化配列の長さは、使用されるエピジェネティックエディター系および成分のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ成分に依存する。例えば、異なる細菌種に由来する異なるＣａｓタンパク質は、様々な最適な標的化配列長を有する。したがって、スペーサー配列は、長さが５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、または５０個を上回るヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、スペーサーは、長さが１８～２４個のヌクレオチドを含んでいた。いくつかの実施形態において、スペーサーは、長さが１９～２１個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、スペーサー配列は、長さが２０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ガイド核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、１５～１００個のヌクレオチドの長さであり、標的配列に相補的である少なくとも１０個の連続したヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡは、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、または５０個のヌクレオチドの長さである。いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡは、標的配列に相補的である１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、または５０個の連続したヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施形態において、標的配列は、ＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡの標的化配列と、標的核酸分子上の標的配列との間の相補性の程度は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡの標的化配列および標的核酸分子上の標的配列は、１００％相補的であり得る。他の実施形態において、ｇＲＮＡの標的化配列および標的核酸分子上の標的配列は、少なくとも１つのミスマッチを含み得る。例えば、ｇＲＮＡの標的化配列および標的核酸分子上の標的配列は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のミスマッチを含み得る。
いくつかの実施形態において、標的配列は、哺乳動物のゲノム内の配列である。いくつかの実施形態において、標的配列は、ヒトのゲノム内の配列である。いくつかの実施形態において、標的配列の３’末端は、カノニカルＰＡＭ配列（ＮＧＧ）にすぐ隣接している。いくつかの実施形態において、ガイド核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、疾患または障害と関連する配列に相補的である。
[0159]いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡは、短縮されている。短縮は、任意の数のヌクレオチド欠失を含み得る。例えば、短縮は、１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、４０個、５０個、またはそれ以上のヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、ＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、ガイドポリヌクレオチドは、ＤＮＡとＲＮＡとの混合物を含む。
[0160]ガイドポリヌクレオチドは、改変され得る。改変は、化学的変更、合成改変、ヌクレオチド付加、および／またはヌクレオチド減数を含み得る。改変されたヌクレオシドまたはヌクレオチドは、ｇＲＮＡに存在し得る。例えば、ｇＲＮＡは、カノニカルＡ、Ｇ、Ｃ、およびＵ残基の代わりにまたはそれに加えて使用される、１つまたは複数の天然に存在しないおよび／または天然に存在する成分または構成を含み得る。改変されたＲＮＡは、ホスホジエステル骨格連結における非連結リン酸酸素のうちの一方もしくは両方および／または連結リン酸酸素のうちの１つもしくは複数の変更もしくは置き換え、リボース糖、例えば、リボース糖の２’ヒドロキシルの変更（例示的な糖改変）、リン酸部分の変更、天然に存在する核酸塩基の改変もしくは置き換え、リボース－リン酸骨格の置き換えもしくは改変、オリゴヌクレオチドの３’末端もしくは５’末端の改変、または末端リン酸基の置き換え、または部分、キャップ、もしくはリンカーのコンジュゲーション、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数を含み得る。
[0161]いくつかの実施形態において、リボース基（または糖）は、改変され得る。いくつかの実施形態において、改変されたリボース基は、相補鎖に対するオリゴヌクレオチド結合親和性、二重鎖形成、またはヌクレアーゼとの相互作用を制御し得る。リボース基に対する化学的改変の例としては、２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）、２’－フルオロ（２’－Ｆ）、２’－デオキシ、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’－ＭＯＥ）、２’－ＮＨ２、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｏ－エチルアミン、２’－Ｏ－シアノエチル、２’－Ｏ－アセタールエステル、または二環式ヌクレオチド、例えば、ロックド核酸（ＬＮＡ）、２’－（５－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ））、拘束ＭＯＥ、または２’－０，４’－Ｃ－アミノメチレン架橋核酸（２’，４’－ＢＮＡＮＣ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、２’－Ｏ－メチル改変は、オリゴヌクレオチドの結合親和性を増加させ得る。いくつかの実施形態において、２’－Ｏ－メチル改変は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ安定性を増強させ得る。いくつかの実施形態において、２’－フルオロ改変は、オリゴヌクレオチド結合親和性およびヌクレアーゼ安定性を増加させ得る。
[0162]いくつかの実施形態において、リン酸基は、化学的に改変され得る。リン酸基に対する化学的改変の例としては、ホスホロチオエート（ＰＳ）、ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、チオホスホノアセテート（チオＰＡＣＥ）、アミド、トリアゾール、ホスホネート、またはホスホトリエステル改変が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ＰＳ連結は、硫黄が、例えば、ヌクレオチド間のホスホジエステル連結における１つの非架橋リン酸酸素と置換される結合を指し得る。「ｓ」は、ｇＲＮＡ配列におけるＰＳ改変を示すために使用され得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端または３’末端にホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端にホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、３’末端にホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端および３’末端にホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端または３’末端に１つ、２つ、もしくは３つ、または３つよりも多くのホスホロチオエート連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端または３’末端に３つのホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、３’末端に３つのホスホロチオエート連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端または３’末端に、２つかつ２つを上回らない（すなわち、２つだけの）連続したホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、５’末端または３’末端に３つの連続したホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡは、３’末端または５’末端に配列５’－ＵｓＵｓＵ－３’を含み得、ここで、Ｕは、ウリジンを示し、ｓは、ホスホロチオエート（ＰＳ）連結を示す。
いくつかの実施形態において、核酸塩基は、化学的に改変され得る。核酸塩基に対する化学的改変の例としては、２－チオウリジン、４－チオウリジン、Ｎ６－メチルアデノシン、シュードウリジン、２，６－ジアミノプリン、イノシン、チミジン、５－メチルシトシン、５－置換ピリミジン、イソグアニン、イソシトシン、またはハロゲン化芳香族基が挙げられるが、これらに限定されない。
化学的改変は、ガイドポリヌクレオチドの一部またはガイドポリヌクレオチド全体に行われ得る。いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡの合計１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個の塩基対が、化学的に改変される。いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡの合計１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、または５０個の塩基対が、化学的に改変される。いくつかの実施形態において、ガイドＲＮＡの合計５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１０１個、１０２個、１０３個、１０４個、１０５個、１０６個、１０７個、１０８個、１０９個、１１０個、１１１個、１１２個、１１３個、１１４個、１１５個、１１６個、１１７個、１１８個、１１９個、１２０個、１２１個、１２２個、１２３個、１２４個、１２５個、１２６個、１２７個、１２８個、１２９個、１３０個、１３１個、１３２個、１３３個、１３４個、１３５個、１３６個、１３７個、１３８個、１３９個、１４０個、１４１個、１４２個、１４３個、１４４個、１４５個、１４６個、１４７個、１４８個、１４９個、または１５０個の塩基対が、化学的に改変される。化学的改変は、プロトスペーサー領域、トレーサーＲＮＡ、ｃｒＲＮＡ、ステムループ、またはこれらの任意の組合せに行われ得る。
亜鉛フィンガータンパク質
[0163]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、亜鉛フィンガードメインを含む核酸結合ドメインを含む。
[0164]亜鉛フィンガータンパク質は、１つまたは複数の亜鉛フィンガーを含むＤＮＡ結合タンパク質である。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガー（ＺＦ）は、およそ３０個のアミノ酸を含む比較的小さなポリペプチドドメインを含む。亜鉛フィンガーは、以下にさらに記載されるように、４つのＣｙｓおよび／またはＨｉｓ残基間で亜鉛イオンと配位結合し得る逆平行β－シートに隣接するα－ヘリックス（ββα－フォールドとして知られる）を含み得る。いくつかの実施形態において、ＺＦドメインは、二本鎖ＤＮＡ標的配列において、核酸トリプレットまたはオーバーラップするクアドルプレットを認識しそれに結合する。ある特定の実施形態において、ＺＦは、ＲＮＡおよびタンパク質にも結合し得る。
[0165]本明細書において使用される場合、「亜鉛フィンガー」（ＺＦ）または「亜鉛フィンガーモチーフ」（ＺＦモチーフ）という用語は、個々の「フィンガー」を指し、これは、本明細書の他の箇所に記載されるように、亜鉛イオンによって安定化されるベータ－ベータ－アルファ（ββα）－タンパク質フォールドを含む。いくつかの実施形態において、それぞれのフィンガーは、およそ３０個のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態において、ＺＦタンパク質またはＺＦタンパク質ドメインは、標的分子とのタンデム接触を行う複数のフィンガーまたはフィンガー様突起を含むタンパク質モチーフである。例えば、ＺＦフィンガーは、トリプレットまたは（オーバーラッピング）クアドルプレットヌクレオチド配列に結合し得る。したがって、ＺＦフィンガーのタンデムアレイは、所望される標的に結合するために天然に存在しないＺＦタンパク質のために設計され得る。
[0166]亜鉛フィンガータンパク質は、真核生物細胞に広く存在する。これらのタンパク質の１つのクラス（Ｃ２Ｈ２クラス）を特徴付ける例示的なモチーフは、－Ｃｙｓ－（Ｘ）２－４－Ｃｙｓ－（Ｘ）１２－Ｈｉｓ－（Ｘ）３－５Ｈｉｓであり、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸である。単一のフィンガードメインは、長さが約３０個のアミノ酸であり得る。いくつかの実施形態において、単一のフィンガーは、亜鉛を通じて単一のベータターンの２つのシステインと配位結合した２つの不変ヒスチジン残基を含むアルファヘリックスを含む。
[0167]いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガータンパク質、例えば、Ｚｉｆ２６８タンパク質のアミノ酸配列は、亜鉛フィンガー認識ヘリックスのヘリックス位置（例えば、Ｚｉｆ２６８の－１位、２位、３位、および６位）にアミノ酸置換を行うことによって、変更され得る。例えば、天然に存在しないＤＮＡ認識特異性を有する改変された亜鉛フィンガーは、ファージディスプレイおよびＺｉｆ２６８の第１または中央のいずれかのフィンガーにランダム化された側鎖を有するコンビナトリアルライブラリーによって生成され得、次いで、適切なＤＮＡサブ部位が変更されたＤＮＡトリプレットによって置き換えられた、変更されたＺｉｆ２６８結合部位とともに単離され得る。
[0168]いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーは、Ｃ２Ｈ２フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガータンパク質は、それぞれが３つまたはそれ以上の連続した塩基と接触する連続したＣ２Ｈ２－ＺＦを含むＺＦアレイを含む。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガータンパク質構造体、例えば、ＤＮＡに結合した亜鉛フィンガータンパク質Ｚｉｆ２６８およびそのバリアントは、典型的には亜鉛フィンガーのアルファヘリックスに由来する３つのアミノ酸がＤＮＡの３つの隣接する塩基対と接触する、半保存的な相互作用パターンを示す。したがって、複数の実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、亜鉛フィンガーと、ＤＮＡ配列内の３塩基対３ヌクレオチドの配列との間の一対一の相互作用を有するモジュール様式で機能する。
[0169]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、配列：Ｎ’－－（ヘリックス１）－－（ヘリックス２）－－（ヘリックス３）－－（ヘリックス４）－－（ヘリックス５）－－（ヘリックス６）－－Ｃ’から構成される亜鉛フィンガーモチーフを含み、ここで、（ヘリックス）は、短いアルファヘリックスを形成する６個の連続したアミノ酸残基のペプチドである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、配列：Ｎ’－－（ヘリックス１）－－（ヘリックス２）－－（ヘリックス３）－－（ヘリックス４）－－（ヘリックス５）－－－Ｃ’から構成される亜鉛フィンガーモチーフを含み、ここで、（ヘリックス）は、短いアルファヘリックスを形成する６つの連続したアミノ酸残基ペプチドである。
[0170]いくつかの実施形態において、連続したＤＮＡ配列の特異的な認識および結合を達成するように、２つまたはそれ以上の亜鉛フィンガーが、タンデムアレイにおいて互いに連結される。エピジェネティックエディターにおける亜鉛フィンガーまたは亜鉛フィンガーアレイは、天然に存在してもよく、または所望されるＤＮＡ結合特異性のために人工的に操作されてもよい。例えば、個々の亜鉛フィンガーのＤＮＡ結合特徴は、ＤＮＡ結合に関与する亜鉛フィンガーのアルファヘリックス位置におけるアミノ酸をランダム化すること、およびファージディスプレイなどの選択手法を使用して、目的のＤＮＡ標的部位に結合することができる所望されるバリアントを特定することによって、操作され得る。
[0171]操作された亜鉛フィンガー結合ドメインは、天然に存在する亜鉛フィンガータンパク質と比較して、新規な結合特異性を有し得る。所望されるＤＮＡ結合特異性を有する亜鉛フィンガーは、様々なアプローチを介して設計および選択され得る。例えば、それぞれのトリプレットまたはクアドルプレットヌクレオチド配列が、特定のトリプレットまたはクアドルプレット配列に結合する亜鉛フィンガーの１つまたは複数のアミノ酸配列と関連付けられた、トリプレット（またはクアドルプレット）ヌクレオチド配列および個々の亜鉛フィンガーアミノ酸配列を含むデータベースを使用して、特定のＤＮＡ配列のための亜鉛フィンガーアレイを設計してもよい。例えば、米国特許第６，４５３，２４２号、同第６，５３４，２６１号、および同第８，７７２，４５３号を参照されたく、これらは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアレイは、亜鉛フィンガーのライブラリー、例えば、ランダム化された亜鉛フィンガーのライブラリーから設計および選択され得る。いくつかの実施形態において、新規なＤＮＡ結合特異性を有する亜鉛フィンガーは、コンビナトリアルライブラリーにおける選択に基づく方法によって生成される。例えば、亜鉛フィンガーは、ファージディスプレイを用いて選択され得、これは、繊維状ファージの表面上に亜鉛フィンガータンパク質を提示し、続いて、ビオチン化された標的ＤＮＡを用いて親和性選択を連続的に数回行って、特定の標的配列に結合することができるタンパク質を発現するファージを濃縮することを伴う。細菌ツーハイブリッド（Ｂ２Ｈ）系もまた、ランダム化されたライブラリーからの特定の標的部位に結合する亜鉛フィンガーの選択に使用され得る。例えば、亜鉛フィンガー結合部位は、宿主細胞、例えば、大腸菌細胞において２つの選択可能なマーカーの発現を作動させる弱いプロモーターの上流に配置され得る。レポータータンパク質、例えば、酵母Ｇａｌ１１Ｐタンパク質のフラグメントに融合された亜鉛フィンガーのライブラリーは、細胞において発現され得、亜鉛フィンガーの標的部位への結合が、ＲＮＡポリメラーゼ－Ｇａｌ４融合体を動員し、したがって、転写を活性化させ、選択培地上での細胞の生存を可能にする。亜鉛フィンガーの合理的な設計および選択は、Ｍａｅｄｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２００８， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ， ３１：２９４－３０１、Ｊｏｕｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１０， Ｎａｔ． Ｍｅｔｈｏｄｓ， ７：９１－９２、Ｉｓａｌａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００１， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．， １９：６５６－６６０， Ｒｅｂａｒ， ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６３， ６７１－６７３ （１９９４）、およびＪｏｕｎｇ， ｅｔ ａｌ． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ９７， ７３８２－７３８７ （２０００）に記載されており、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
[0172]いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーは、宿主細胞、例えば、大腸菌細胞、すべての宿主細胞に存在し、１つのファージタンパク質（例えば、ｇ３ｐタンパク質）を除くすべてのファージタンパク質をコードする、「ヘルパーファージミド」、すべての宿主細胞に存在し、活性ライブラリーメンバーに応答してｇ３ｐタンパク質を発現する、「アクセサリープラスミド」、ならびに進化しているタンパク質または核酸のライブラリーを発現し、複製され、分泌されるファージ粒子にパッケージングされる、「選択ファージミド」を含む連続進化系（ＰＡＣＥ）を用いて、進化および選択され得る。ヘルパープラスミドおよびアクセサリープラスミドは、単一のプラスミドに組み合わされ得る。新しい宿主細胞は、ｇ３ｐを含むファージ粒子によってのみ感染され得る。アクセサリープラスミドからのｇ３ｐ発現を誘導するライブラリーメンバーをコードする適合選択ファージミドは、ｇ３ｐを含むファージ粒子にパッケージングすることができる。ｇ３ｐを含むファージ粒子は、新しい細胞に感染し、適合選択ファージミドのさらなる複製をもたらし得るが、一方でｇ３ｐ欠損ファージ粒子は、非感染性であり、したがって、低適合の選択ファージミドは、増殖することができない。選択系は、ファージミドの複製を許容するが宿主細胞の複製は許容しないラグーンを通じた宿主細胞の連続流と組み合わせて、亜鉛フィンガーを高速で選択するために使用され得る。米国特許第９，０２３，５９４号に記載されるＰＡＣＥ系は、参照によりその全体が組み込まれる。
[0173]エピジェネティックエディターの亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、１つまたは複数の亜鉛フィンガーを含み得る。例えば、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、またはそれ以上の亜鉛フィンガーを含み得る。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、少なくとも３個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、少なくとも４個、５個、または６個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、３個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、少なくとも２個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、２フィンガーのユニットのアレイを有する。
[0174]エピジェネティックエディターの亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、最適化された特異性のために設計され得る。いくつかの実施形態において、逐次的選択戦略を使用して、複数フィンガーのＺＦドメインを設計する。例えば、複数フィンガーのＺＦドメインにおいて、第１のフィンガーは、ファージディスプレイによりランダム化され、選択されてもよく、選択されたフィンガーの小さなプールを、次のステージへと進め、そこで、第２のフィンガーが、ランダム化され、選択される。このプロセスは、ＺＦドメイン内のフィンガーの数に応じて、複数回反復され得る。いくつかの実施形態において、並行最適化を使用して、複数フィンガーのＺＦドメインを設計する。例えば、マスターランダム化ライブラリーを、低い選択ストリンジェンシー下においてＢ２Ｈ系を使用して調べて、標的部位のそれぞれの３塩基対のサブ部位に結合することができる様々な個々のフィンガーを特定する。３つの選択された集団を、次いで、ランダムにシャッフルして、複数フィンガータンパク質のライブラリーを生成してもよく、これを、続いて、高いストリンジェンシーの選択条件下において調べて、特定の９塩基対の部位へと標的化される３フィンガーのタンパク質を特定してもよい。追加の実施形態において、多数の低ストリンジェンシー選択を使用して、単一フィンガーのマスターライブラリーを生成してもよく、そこから、複数フィンガーのタンパク質、例えば、３フィンガーのＺＦタンパク質が、選択され得る。例えば、マスターライブラリーまたはアーカイブは、それぞれが３フィンガーのＺＦタンパク質内の定義される位置におけるＤＮＡ配列の異なる３塩基対サブ部位へと標的化されるフィンガーの混合物を含む、予め選択された亜鉛フィンガープールを含み得る。ある特定の実施形態において、亜鉛フィンガーアーカイブは、少なくとも１９２個のフィンガープール（３フィンガーのタンパク質におけるそれぞれの位置について、６４個の可能性のある３ｂｐの標的サブ部位）を含む。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアーカイブは、少なくとも少なくとも１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、９５個、１００個、またはそれ以上の異なるフィンガーを含む、少なくとも１つの亜鉛フィンガープールを含む。いくつかの実施形態において、小さなライブラリーが、レポート系、例えば、細菌ツーハイブリッド選択系を用いた調査のために、アーカイブから作製される。
[0175]いくつかの実施形態において、複数フィンガーのＺＦドメイン、例えば、３フィンガーのＺＦドメインは、２つの相補的なライブラリーを使用して設計および選択され得る。例えば、３フィンガーのＺＦドメインは、２つの事前に作製された亜鉛フィンガーファージディスプレイライブラリーを用いて設計され得、ここで、第１のライブラリーは、フィンガー１および２においてランダム化されたＤＮＡ結合アミノ酸位置を含み、第２のライブラリーは、フィンガー２および３においてランダム化されたＤＮＡ結合アミノ酸位置を含む。第１のライブラリーが、フィンガー１のすべての塩基接触位置およびフィンガー２のある特定の塩基接触位置にランダム化を含み、一方で第２のライブラリーは、フィンガー２の残りの塩基接触位置およびフィンガー３のすべての塩基接触位置にランダム化を含むため、２つのライブラリーは、相補的である。それぞれのマスターライブラリーからの「１．５個」のフィンガーの選択は、５個のヌクレオチドが目的の配列に対して固定されているＤＮＡ配列を使用して、並行に行われ得る。続いて、亜鉛フィンガーをコードする配列を、ＰＣＲを使用して回収したファージから増幅させ、「１．５個」のフィンガーのセットを、対合させて、組換え３フィンガーのＤＮＡ結合ドメインを得ることができる。
[0176]いくつかの実施形態において、複数フィンガーのＺＦドメインは、隣接するフィンガーの状況作用に応じて設計され得る。いくつかの実施形態において、複数フィンガーのＺＦドメインは、選択なしで設計される。例えば、３フィンガーのＺＦドメインは、予め選択されおよび／または試験された３フィンガーアレイを含む、３フィンガーのＺＦアレイのアーカイブを含むライブラリーを使用して、共通した中央のフィンガーを含む他のアレイにおいて特定されたＮ末端およびＣ末端フィンガーを使用してアセンブルされ得る。
[0177]ＺＦアレイを設計および選択するためのソフトウェア、例えば、ＺｉＦｉｔ（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｎｄｒ．ｇｄｃｂ．ｉａｓｔａｔｅ．ｅｄｕ／ＺｉＦｉＴ／； ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｚｉｎｃｆｉｎｇｅｒｓ．ｏｒｇ／ｓｏｆｔｗａｒｅ－ｔｏｏｌｓ．ｈｔｍ）が、入手可能であり、当業者に公知である。
[0178]したがって、エピジェネティックエディターの亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、１つまたは複数の亜鉛フィンガーを含み得る。例えば、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、またはそれ以上の亜鉛フィンガーを含み得る。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、少なくとも３個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、少なくとも４個、５個、または６個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、３個の亜鉛フィンガーを有する。いくつかの実施形態において、少なくとも３個の亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、９個または１０個のヌクレオチドの標的ＤＮＡ配列を認識する。いくつかの実施形態において、少なくとも４個の亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、１２個～１４個のヌクレオチドの標的ＤＮＡ配列を認識する。いくつかの実施形態において、少なくとも６個の亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインは、１８個～２１個のヌクレオチドの標的ＤＮＡ配列を認識する。
[0179]いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるエピジェネティックエディターは、非天然であり、好適には３個またはそれ以上の亜鉛フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、タンデムで互いに隣接して配置され、ＺＦモチーフのアレイを形成する、４個、５個、６個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、またはそれ以上（例えば、最大でおよそ３０個もしくは３２個）の亜鉛フィンガーモチーフを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、核酸結合ドメインに少なくとも３個のＺＦモチーフ、少なくとも４個のＺＦモチーフ、少なくとも５個のＺＦモチーフ、または少なくとも６個のＺＦモチーフ、少なくとも７個のＺＦモチーフ、少なくとも８個のＺＦモチーフ、少なくとも９個のＺＦモチーフ、少なくとも１０個のＺＦモチーフ、少なくとも１１個、または少なくとも１２個のＺＦモチーフを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、核酸結合ドメインに最大で６個、７個、８個、１０個、１１個、１２個、１６個、１７個、１８個、２２個、２３個、２４個、２８個、２９個、３０個、３４個、３５個、３６個、４０個、４１個、４２個、４６個、４７個、４８個、５４個、５５個、５６個、５８個、５９個、または６０個のＺＦモチーフを含む。
[0180]いくつかの実施形態において、特定のＤＮＡ配列を標的とする亜鉛フィンガーまたは亜鉛フィンガーアレイは、モジュラーアセンブリアプローチを用いて設計される。例えば、２つまたはそれ以上の予め選択された亜鉛フィンガーを、タンデム様式で融合させてもよい。
[0181]いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアレイは、ペプチド結合を介して融合された複数の亜鉛フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアレイは、複数の亜鉛フィンガーを含み、そのうちの１つまたは複数が、ペプチドリンカーによって接続される。例えば、複数フィンガーのアレイ内の亜鉛フィンガーは、長さが３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、またはそれを上回るアミノ酸のペプチドリンカーによって連結され得る。いくつかの実施形態において、複数フィンガーのアレイ内の亜鉛フィンガーは、長さが５個のアミノ酸のペプチドリンカーによって連結される。いくつかの実施形態において、複数フィンガーのアレイ内の亜鉛フィンガーは、長さが６個のアミノ酸のペプチドリンカーによって連結される。いくつかの実施形態において、２フィンガーのユニットは、隣接する塩基に結合し、配列ＴＧＳＱＫＰ（配列番号１１５４）を有するリンカーによって接続される。いくつかの実施形態において、２フィンガーのユニットは、１個または２個のヌクレオチドによって分離された配列に結合し、２フィンガーのユニットは、配列ＴＧＧＧＧＳＱＫＰ（配列番号１１５５）を有するリンカーによって分離される。
[0182]いくつかの実施形態において、ＺＦを含むタンパク質は、２つまたはそれ以上のＺＦモチーフのＺＦアレイを含み得、これは、互いに直接的に隣接していてもよい（すなわち、短い（カノニカル）リンカー配列によって分離されていてもよい）か、または長い可動性もしくは構造化ポリペプチド配列によって分離されてもよい。いくつかの実施形態において、直接的に隣接するフィンガーは、連続した核酸配列、すなわち、隣接するトリヌクレオチド／トリプレットに結合する。いくつかの実施形態において、隣接するフィンガーは、互いのそれぞれの標的トリプレット間で交差結合し、これは、標的配列の認識を強化または増強するのに役立ち得、オーバーラップするクアドルプレット配列の結合をもたらす。いくつかの実施形態において、同じタンパク質内の遠位ＺＦドメインは、非連続的核酸配列、またはさらには異なる分子（例えば、核酸ではなくタンパク質）を認識し得る（またはそれに結合し得る）。
[0183]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、３個を上回るフィンガーを含む亜鉛フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメインに少なくとも６個の亜鉛フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、１８ｂｐの標的配列に結合するＤＮＡ結合ドメインに、６個の亜鉛フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、１８ｂｐの標的配列は、ヒトゲノムにおいて固有である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、少なくとも７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、またはそれ以上の亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーを含む。いくつかの実施形態において、３フィンガーのタンパク質の強力な親和性は、長いアレイのサブセットがＤＮＡに結合することを可能にし、したがって、特異性を減少させるであろう。いずれの理論によっても束縛されることを望むものではないが、拡張リンカーによって結合された複数の２フィンガーのユニットまたは３フィンガーのユニットを含む亜鉛フィンガータンパク質は、より少ないフィンガー、またはペプチド結合を介して単純に結合した同じ数のフィンガーを有するアレイと比較して、高いＤＮＡ結合特異性を付与し得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも３個の２フィンガーのユニットを含み、ここで、２フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも４個の２フィンガーのユニットを含み、ここで、２フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも５個の２フィンガーのユニットを含み、ここで、２フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれを上回る２フィンガーのユニットを含み、ここで、２フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも２個の３フィンガーのユニットを含み、ここで、３フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも３個の３フィンガーのユニットを含み、ここで、３フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも４個の３フィンガーのユニットを含み、ここで、３フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも５個の３フィンガーのユニットを含み、ここで、３フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ペプチドリンカーによって接続された少なくとも６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれを上回る３フィンガーのユニットを含み、ここで、３フィンガーのユニットのそれぞれは、標的ＤＮＡ配列内のサブ部位に結合する。
[0184]いくつかの実施形態において、それぞれ３つの特異的なＤＮＡヌクレオチド、またはトリヌクレオチド「サブ部位」を認識する、複数の亜鉛フィンガーは、標的遺伝子内の特定のＤＮＡ配列を標的とするようにアセンブルされる。いくつかの実施形態において、そのようなＤＮＡサブ部位は、標的遺伝子内の連続した配列である。いくつかの実施形態において、ＤＮＡサブ部位のうちの１つまたは複数は、標的遺伝子内のギャップによって分離される。例えば、複数フィンガーのＺＦは、隣接するサブ部位の間のサブ部位間ギャップの１個、２個、３個、またはそれ以上の塩基対にまたがるＤＮＡサブ部位を認識し得る。いくつかの実施形態において、複数フィンガーのＺＦ内の亜鉛フィンガーは、ペプチドリンカーを介して接続される。ペプチドリンカーは、長さが２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれを上回るアミノ酸のものであり得る。いくつかの実施形態において、リンカーは、５個またはそれ以上のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、７～１７個のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、可動性リンカーである。いくつかの実施形態において、リンカーは、剛性リンカー、例えば、１つまたは複数のプロリンを含むリンカーである。
[0185]配列特異的ＤＮＡ結合活性を有する亜鉛フィンガーアレイは、標的遺伝子内のＤＮＡ配列または関連するヒストンにエピジェネティック改変を付与するために、機能的エフェクタードメイン、例えば、本明細書に記載されるエピジェネティックエフェクタードメインに融合され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、標的ＤＮＡ配列に対する特異性を有する亜鉛フィンガーアレイを含む。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアレイは、配列：
ＳＲＰＧＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＮＮＮＮＮＮＮＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＮＮＮＮＮＮＮＨＬＲＴＨ［リンカー］ＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＮＮＮＮＮＮＮＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＮＮＮＮＮＮＮＨＬＲＴＨ［リンカー］ＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＮＮＮＮＮＮＮＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳＮＮＮＮＮＮＮＨＬＲＴＨＬＲＧＳ（配列番号１１５７）
を有し得る。
ここで、ＮＮＮＮＮＮＮは、亜鉛フィンガー認識ヘリックスのアミノ酸を表し、これが、亜鉛フィンガーにＤＮＡ結合特異性を付与する。そして、［リンカー］は、リンカー配列を表す。いくつかの実施形態において、リンカー配列は、ＴＧＳＱＫＰ（配列番号１１５４）であり得る。いくつかの実施形態において、リンカー配列は、ＴＧＧＧＧＳＱＫＰ（配列番号１１５５）であり得る。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアレイの２つのリンカーは、同じである。いくつかの実施形態において、亜鉛フィンガーアレイの２つのリンカーは、異なる。
[0186]いくつかの実施形態において、プログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質は、アルゴノートタンパク質を含む。そのような核酸プログラム可能なＤＮＡ結合タンパク質の１つの例は、ナトロノバクテリウム・グレゴリイ（Ｎａｔｒｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒｅｇｏｒｙｉ）に由来するアルゴノートタンパク質である（ＮｇＡｇｏ）。ＮｇＡｇｏは、ｓｓＤＮＡにガイドされるエンドヌクレアーゼである。ＮｇＡｇｏは、約２４個のヌクレオチドの５’リン酸化ｓｓＤＮＡ（ｇＤＮＡ）に結合して、それを標的部位へとガイドし、さらに、ｇＤＮＡ部位においてＤＮＡ二本鎖切断を行うであろう。Ｃａｓ９とは対照的に、ＮｇＡｇｏ－ｇＤＮＡ系は、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を必要としない。ヌクレアーゼ不活性ＮｇＡｇｏ（ｄＮｇＡｇｏ）を使用することは、標的とされ得る塩基を大きく拡大し得る。ＮｇＡｇｏの特徴付けおよび使用は、Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．， ２０１６ Ｊｕｌ；３４（７）：７６８－７３． ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ： ２７１３６０７８、Ｓｗａｒｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ． ５０７（７４９１） （２０１４）：２５８－６１、およびＳｗａｒｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ４３（１０） （２０１５）：５１２０－９に記載されており、これらのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。
[0187]いくつかの実施形態において、核酸結合ドメインは、標的遺伝子に結合するようにＲＮＡ配列によってガイドされるウイルス由来のＲＮＡ結合ドメインを含む。いくつかの実施形態において、核酸結合ドメインは、Ｋホモロジー（ＫＨ）ドメイン、ＭＳ２コートタンパク質ドメイン、ＰＰ７コートタンパク質ドメイン、ＳｆＭｕ Ｃｏｍコートタンパク質ドメイン、滅菌アルファモチーフ、テロメラーゼＫｕ結合モチーフおよびＫｕタンパク質、テロメラーゼＳｍ７結合モチーフおよびＳｍ７タンパク質、または任意の他のＲＮＡ認識モチーフを含む。
[0188]いくつかの実施形態において、核酸結合ドメインは、不活性化ヌクレアーゼ、例えば、不活性化メガヌクレアーゼを含む。ＤＮＡ結合ドメインの追加の非限定的な例としては、テトラサイクリン制御型リプレッサー（ｔｅｔＲ）ＤＮＡ結合ドメイン、ロイシンジッパー、ヘリックス－ループヘリックス（ＨＬＨ）ドメイン、ヘリックス－ターン－ヘリックスドメイン、亜鉛フィンガー、β－シートモチーフ、ステロイド受容体モチーフ、ｂＺＩＰドメインホメオドメイン、およびＡＴフックが挙げられる。
エフェクタードメイン
[0189]本明細書に提供されるエピジェネティックエディターまたはエピジェネティック編集複合体は、標的遺伝子の発現をモジュレ－トする１つまたは複数のエフェクタータンパク質ドメインを含み得る。エフェクタードメインを使用して、標的遺伝子内の標的ポリヌクレオチド配列に接触して、エピジェネティック改変、例えば、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドのメチル化状態の変化をもたらすことができる。したがって、１つまたは複数のエフェクタードメインを有するエピジェネティックエディターは、標的遺伝子のＤＮＡ配列を変更することなく、標的遺伝子の発現をモジュレートする作用を提供し得る。例えば、いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現の抑制またはサイレンシングをもたらす。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現の活性化または増加をもたらす。
[0190]ある態様において、本明細書に記載されるエピジェネティック改変は、配列特異的であるか、または対立遺伝子特異的である。例えば、エピジェネティックエディターは、エピジェネティックエディターのＤＮＡ結合ドメインによって認識されるＤＮＡ配列を特異的に標的とし得る。いくつかの実施形態において、標的ＤＮＡ配列は、標的遺伝子の１つのコピーに特異的である。いくつかの実施形態において、標的遺伝子配列は、標的遺伝子の１つの対立遺伝子に特異的である。したがって、エピジェネティック改変およびその発現のモジュレーションは、標的遺伝子の１つのコピーまたは１つの対立遺伝子に特異的であり得る。例えば、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメインによって認識される標的配列を有する特定のコピーの発現を抑制または活性化させ得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の特定のコピーの発現を抑制し、ここで、コピーは、疾患または障害と関連する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の特定のコピーの発現を抑制し、ここで、コピーは、疾患または障害と関連する突然変異を有する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の特定のコピーの発現を活性化させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、野生型コピーである標的遺伝子の特定のコピーの発現を活性化させる。エピジェネティックエディターによって媒介されるエピジェネティック改変は、標的遺伝子の近傍であり得るか、または標的遺伝子に対して遠位であり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドにおける化学的改変、例えば、ＤＮＡメチル化を開始させ得る。そのようなメチル化は、標的配列の近傍で開始され得、続いて、標的配列から遠位の標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり得る。
[0191]エピジェネティックエフェクターは、標的遺伝子の位置におけるクロマチンの化学的改変をもたらし得る。化学的改変の非限定的な例としては、ＤＮＡまたはクロマチンのヒストン残基のメチル化、脱メチル化、アセチル化、脱アセチル化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、および／またはユビキチン化が挙げられる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターは、ヒストンテール改変を行い得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターは、ヒストンテールに活性化マークを付加し得るかまたはそれを除去し得る。いくつかの実施形態において、活性マークとしては、Ｈ３Ｋ４メチル化、Ｈ３Ｋ９アセチル化、Ｈ３Ｋ２７アセチル化、Ｈ３Ｋ３６メチル化、Ｈ３Ｋ７９メチル化、Ｈ４Ｋ５アセチル化、Ｈ４Ｋ８アセチル化、Ｈ４Ｋ１２アセチル化、Ｈ４Ｋ１６アセチル化、および／またはＨ４Ｋ２０メチル化を挙げることができる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターは、ヒストンテールに抑制マークを付加し得るかまたはそれを除去し得る。いくつかの実施形態において、これらの抑制マークとしては、Ｈ３Ｋ９メチル化および／またはＨ３Ｋ２７メチル化を挙げることができる。
[0192]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるエフェクタードメインは、標的配列を有する標的遺伝子の化学的改変状態を変更する。例えば、エフェクタードメインは、標的遺伝子内のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子内のヌクレオチドの化学的改変をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンの化学的改変をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子内のヌクレオチドの化学的改変を除去する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンの化学的改変を除去する。いくつかの実施形態において、化学的改変は、標的遺伝子の発現を増加させる。例えば、エピジェネティックエディターは、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するエフェクタードメインを含み得る。いくつかの実施形態において、化学的改変は、標的遺伝子の発現を減少させる。例えば、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有するエフェクタードメインを含み得る。
[0193]化学的改変は、標的遺伝子の任意の領域において、エピジェネティックエディターによって付与または除去され得る。いくつかの実施形態において、化学的改変は、単一のヌクレオチドにおいて付与または除去される。いくつかの実施形態において、化学的改変は、単一のヒストンにおいて付与または除去される。いくつかの実施形態において、化学的改変は、１０個を上回る、２０個を上回る、３０個を上回る、４０個を上回る、５０個を上回る、６０個を上回る、７０個を上回る、８０個を上回る、９０個を上回る、１００個を上回る、２００個を上回る、３００個を上回る、４００個を上回る、５００個を上回る、６００個を上回る、７００個を上回る、８００個を上回る、９００個を上回る、１０００個を上回る、１５００個を上回る、２０００個を上回る、２５００個を上回る、３０００個を上回る、またはそれ以上のヌクレオチドに付与される。いくつかの実施形態において、化学的改変は、１０個を上回る、２０個を上回る、３０個を上回る、４０個を上回る、５０個を上回る、６０個を上回る、７０個を上回る、８０個を上回る、９０個を上回る、１００個を上回る、２００個を上回る、３００個を上回る、４００個を上回る、５００個を上回る、６００個を上回る、７００個を上回る、８００個を上回る、９００個を上回る、１０００個を上回る、１５００個を上回る、２０００個を上回る、２５００個を上回る、３０００個を上回る、またはそれ以上のヌクレオチドから除去される。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のプロモーター領域内のヌクレオチドにおける化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のプロモーター領域内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおける化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のエンハンサー領域内のヌクレオチドにおける化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のエンハンサー領域内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のコーディング領域内のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のコーディング領域内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のエクソン内のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のエクソン内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のイントロン内のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子のイントロン内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子または染色体のインシュレーター領域内のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子または染色体のインシュレーター領域内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子または染色体のサイレンサー領域内のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、標的遺伝子または染色体のサイレンサー領域内の少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、１５００個、２０００個、２５００個、３０００個、またはそれ以上のヌクレオチドにおいて化学的改変を変更する。いくつかの実施形態において、化学的改変は、標的遺伝子または染色体のＣＴＣＦ結合領域において変更される。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、転写開始部位（ＴＳＳ）またはその近傍におけるものである。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、ＴＳＳの上流１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００、１５００、２０００、２５００、３０００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、ＴＳＳの側方１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、ＤＮＡメチル化状態、例えば、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有するエフェクタードメインを含むエピジェネティックエディターによるＴＳＳの近傍のＤＮＡのメチル化であり、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。
[0194]エピジェネティックエディターによって媒介されるエピジェネティック改変は、標的遺伝子の近傍におけるものであり得るか、または標的遺伝子に対して遠位であり得るか、または標的遺伝子の標的配列内の１つもしくは複数のヌクレオチドにおいてエピジェネティックエディターによって開始される初期エピジェネティック改変から拡がり得る。例えば、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドにおける化学的改変、例えば、ＤＮＡメチル化を開始させ得る。そのようなメチル化は、標的配列の近傍で開始され得、続いて、標的配列から遠位の標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子内の標的配列の単一のヌクレオチドにおいて改変を配置、付与、または除去し、これが、続いて、その単一のヌクレオチドの上流または下流の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がる。いくつかの例において、追加のタンパク質または転写因子、例えば、転写リプレッサー、メチルトランスフェラーゼ、または転写調節スキャフォールドタンパク質が、化学的改変の拡がりに関与する。いくつかの例において、遠位改変は、単に、エピジェネティックエディターによって媒介される。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、エピジェネティック編集標的配列から５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、または５００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、エピジェネティック編集標的配列の上流５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、または５００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、エピジェネティック編集標的配列の下流５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、または５００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、エピジェネティック編集標的配列から少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、エピジェネティック編集標的配列の上流少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、エピジェネティック編集標的配列の下流少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上である。
[0195]標的遺伝子または染色体領域に付与され得るかまたはそこから除去され得る化学的改変としては、ＤＮＡまたはヒストンのメチル化、脱メチル化、アセチル化、脱アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、またはこれらの任意の組合せが挙げられるが、これらに限定されない。
[0196]いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、ＤＮＡメチル化状態である。例えば、メチル化は、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有するエフェクタードメインによって導入され得るか、またはＤＮＡデメチラーゼ活性を有するエフェクタードメインによって除去され得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターによって媒介されるメチル化状態の変更は、標的遺伝子または染色体内のＣｐＧジヌクレオチド配列におけるものである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターによって媒介されるメチル化状態の変更は、標的遺伝子または染色体内の１個、２個、３個、４個、５個、６個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、または１０００個のＣｐＧジヌクレオチド配列におけるものである。いくつかの実施形態において、ＣｐＧジヌクレオチド配列は、メチル化される。いくつかの実施形態において、ＣｐＧジヌクレオチド配列は、脱メチル化される。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによってメチル化されるＣｐＧジヌクレオチド配列は、ＣｐＧアイランドとして知られる標的遺伝子または染色体領域内にある。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによってメチル化されるＣｐＧジヌクレオチド配列は、ＣｐＧアイランド内にはない。ＣｐＧアイランドは、一般に、高頻度のＣｐＧジヌクレオチドを含む核酸配列または染色体領域を指す。例えば、ＣｐＧアイランドは、ＧＣ含量の少なくとも５０％を含み得る。複数の実施形態において、ＣｐＧアイランドは、高い観察対予測ＣｐＧ比、例えば、少なくとも６０％の観察対予測ＣｐＧ比を有する。本明細書において使用される場合、観察対予測ＣｐＧ比は、ＣｐＧの数＊（配列の長さ）／（Ｃの数＊Ｇの数）によって決定される。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれを上回る観察対予測ＣｐＧ比を有する。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも２００ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも２５０ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも３００ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも３５０ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも４００ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも４５０ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも５００ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも５５０ヌクレオチドの配列または領域である。いくつかの実施形態において、ＣｐＧアイランドは、少なくとも５５０、少なくとも６００、少なくとも６５０、少なくとも７００、少なくとも７５０、少なくとも８００ヌクレオチド、またはそれ以上の配列または領域である。いくつかの実施形態において、１個、２個、３個、４個、５個、６個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、または５０個未満のＣｐＧジヌクレオチドだけが、エピジェネティックエディターによってメチル化される。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって脱メチル化されるＣｐＧジヌクレオチド配列は、ＣｐＧアイランドとして知られる標的遺伝子または染色体領域内にある。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターによって脱メチル化されるＣｐＧジヌクレオチド配列は、ＣｐＧアイランド内にはない。いくつかの実施形態において、１個、２個、３個、４個、５個、６個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、３０個、４０個、または５０個未満のＣｐＧジヌクレオチドだけが、エピジェネティックエディターによって脱メチル化される。いくつかの実施形態において、標的配列の約３０００塩基対内の配列が、エピジェネティックエディターによってメチル化される。いくつかの実施形態において、標的配列の約３０００、２９００、２８００、２７００、２６００、２５００、２４００、２３００、２２００、２１００、２０００、１９００、１８００、１７００、１６００、１５００、１４００、１３００、１２００、１１００、１０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、２００、または１００塩基対以内である配列が、エピジェネティックエディターによってメチル化される。
[0197]いくつかの実施形態において、化学的改変の変更、例えば、メチル化は、低メチル化核酸配列におけるものである。例えば、標的遺伝子または染色体領域内の化学的に改変された配列は、標準対照と比較して、５－メチルシトシンヌクレオチド（例えば、ＣｐＧ内）上のメチル基が欠如している。低メチル化は、例えば、若齢細胞または非がん細胞と比べて、老齢細胞またはがん（例えば、新生物の初期段階）において、生じ得る。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣｐＧアイランド内にある。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、疾患または状態と関連していることが知られている。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、疾患関連配列の特定のコピーを含む。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、疾患に関連する標的配列を有する。
[0198]いくつかの実施形態において、化学的改変の変更、例えば、メチル化は、高メチル化核酸配列におけるものである。いくつかの実施形態において、化学的改変は、ＣｐＧアイランド内にある。
[0199]標的遺伝子内の化学的に改変されるクロマチンまたはＤＮＡ配列は、エピジェネティックエディターによって認識される標的配列内またはその近傍にあり得る。いくつかの実施形態において、標的核酸配列の約３０００塩基対以内のＤＮＡ配列が、エピジェネティックエディターによって、化学的に改変される、例えば、メチル化される。いくつかの実施形態において、標的核酸配列の約３０００、２９００、２８００、２７００、２６００、２５００、２４００、２３００、２２００、２１００、２０００、１９００、１８００、１７００、１６００、１５００、１４００、１３００、１２００、１１００、１０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、２００、または１００塩基対以内のＤＮＡ配列が、エピジェネティックエディターによって化学的に改変される。
[0200]いくつかの実施形態において、化学的改変、例えば、メチル化または脱メチル化は、改変がＣｐＧジヌクレオチドにない標的遺伝子においてエピジェネティックエディターによって導入され得る。例えば、標的遺伝子配列は、ＣｐＡ、ＣｐＴ、またはＣｐＣ配列のＣヌクレオチドにおいて脱メチル化され得る。いずれの理論によっても束縛されることを望むものではないが、ＤＮＭＴ３Ａは、非ＣｐＧ部位においてヌクレオチドをメチル化することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＭＴ３Ａドメインを含み、ＣｐＧ、ＣｐＡ、ＣｐＴ、および／またはＣｐＣ配列においてメチル化をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、調節サブドメインが欠如しており、触媒ドメインだけを維持するＤＮＭＴ３Ａドメインを含む。いくつかの実施形態において、触媒ドメインのみを有するＤＮＭＴ３Ａを含むエピジェネティックエディターは、排他的にＣｐＧ配列においてメチル化をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、突然変異、例えば、Ｒ８３６Ａ突然変異を含むＤＮＭＴ３Ａドメインを含み、野生型ＤＮＭＴ３Ａドメインを含むエピジェネティックエディターと比較して、ＣｐＡ、ＣｐＣ、および／またはＣｐＴ配列において高いメチル化活性を有する。
[0201]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、転写関連タンパク質を含む。例えば、エフェクタードメインは、転写因子、転写活性化因子、または転写リプレッサーを含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるエフェクタードメインは、１つまたは複数の転写関連タンパク質を、標的配列を有する標的遺伝子へと動員する。例えば、エフェクタードメインは、転写因子、転写活性化因子、または転写リプレッサーを、標的配列を有する標的遺伝子へと動員し得る。いくつかの実施形態において、転写関連タンパク質は、内因性である。いくつかの実施形態において、転写関連タンパク質は、エピジェネティックエディターと一緒にまたはそれと順に、導入される。いくつかの実施形態において、転写関連タンパク質は、標的配列の近位の標的遺伝子の領域へと動員される。いくつかの実施形態において、転写関連タンパク質は、標的配列に対して１００～２００ｂｐ、２００～３００ｂｐ、３００～４００ｂｐ、４００～５００ｂｐ、５００～６００ｂｐ、６００～７００ｂｐ、７００～８００ｂｐ、８００～９００ｂｐ、９００～１０００ｂｐ、またはそれ以上５’側である領域へと動員される。いくつかの実施形態において、転写関連タンパク質は、標的配列の近位の標的遺伝子の領域へと動員される。いくつかの実施形態において、転写関連タンパク質は、標的配列に対して１００～２００ｂｐ、２００～３００ｂｐ、３００～４００ｂｐ、４００～５００ｂｐ、５００～６００ｂｐ、６００～７００ｂｐ、７００～８００ｂｐ、８００～９００ｂｐ、９００～１０００ｂｐ、またはそれ以上３’側である領域へと動員される。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列を有する標的遺伝子への転写因子のアクセスを遮断する１つまたは複数のタンパク質を遮断または動員するタンパク質を含む。
[0202]エフェクタードメインは、標的遺伝子内のＤＮＡまたはＤＮＡと会合したヒストン残基の化学的改変状態を変更する。例えば、エフェクタードメインは、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドまたは標的遺伝子に結合したヒストン残基における化学的改変、例えば、ＤＮＡメチル化、ヒストンテールメチル化、またはヒストンテールアセチル化を付与し得るか、またはそれを除去し得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドまたは標的遺伝子に結合したヒストン残基における化学的改変、例えば、ＤＮＡメチル化、ヒストンテールメチル化、またヒストンテールアセチル化を直接的もしくは間接的に媒介もしくは誘導し得るか、またはそれを除去し得る。例えば、エフェクタードメインは、標的遺伝子の標的配列内の１つまたは複数のヌクレオチドにおける最初のエピジェネティック改変、例えば、ＤＮＡメチル化を配置、付与、または除去し得、エピジェネティック改変状態は、次いで、最初のエピジェネティック改変部位の上流または下流１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００塩基対、またはそれ以上のヌクレオチドへと拡がり得る。標的遺伝子ＤＮＡヌクレオチドまたはヒストン残基に付与された化学的改変は、標的遺伝子内の標的配列（エピジェネティックエディターのＤＮＡ結合部分によって認識される配列）の近位であってもよく、または標的配列から遠位であってもよい。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００ヌクレオチド以内のヌクレオチドまたはヌクレオチドに結合したヒストンテールの化学的改変状態を変更する。本明細書において使用される場合、「側方」とは、特定の配列、例えば、標的配列の５’側から５’末端および３’側から３’末端までのヌクレオチド位置を指す。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列から遠位のヌクレオチドまたはヌクレオチドに結合したヒストンテールの化学的改変の変化を媒介または誘導する。いずれの理論によっても束縛されることを望むものではないが、エピジェネティックエディターエフェクタードメインは、標的遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドにおける化学的改変、例えば、ＤＮＡメチル化を開始させ得る。そのような改変は、標的配列の近傍で開始され得、続いて、標的配列から遠位の標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり得る。いくつかの例において、追加のタンパク質または転写因子、例えば、転写リプレッサー、メチルトランスフェラーゼ、または転写調節スキャフォールドタンパク質が、化学的改変の拡がりに関与する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチド、またはそれに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態の変更を開始させ、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内の標的配列から、標的配列の上流または下流いずれかの少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチドまたは、それ以上の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がる。ある特定の実施形態において、化学的改変、例えば、メチル化または脱メチル化は、標的遺伝子内の２未満、３未満、５未満、１０未満、２０未満、３０未満、４０未満、５０未満、または１００未満のヌクレオチドにおいて開始され得、標的遺伝子内の少なくとも１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、またはそれ以上のヌクレオチドへと拡がる。いくつかの実施形態において、化学的改変は、標的遺伝子全体のヌクレオチドへと拡がる。いくつかの実施形態において、改変状態の変更は、ＤＮＡメチル化状態である。いくつかの実施形態において、改変状態の変更は、ヒストンメチル化状態である。いくつかの実施形態において、改変状態の変更は、ヒストンアセチル化状態である。
[0203]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子において、標的遺伝子の発現を増加または活性化させるエピジェネティック改変を行う。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列を有する標的遺伝子内のＤＮＡまたはＤＮＡと会合したヒストン残基の化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドからのメチル基の除去を含む。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンテールのアセチル化を含む。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンテールのメチル化、例えば、Ｈ３Ｋ４ｍｅ１メチル化を含む。いくつかの実施形態において、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンテールからのアセチル基の除去、例えば、Ｈ３Ｋ９ｍｅ２メチル化を含む。エピジェネティックエディターは、標的配列の近傍で、標的遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドにおいて化学的改変を開始させ得、これが、続いて、標的配列から遠位の標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり得、それによって、標的遺伝子の発現を増加または活性化させ得る。いくつかの例において、遠位改変は、単に、エピジェネティックエディターによって媒介される。いくつかの例において、追加のタンパク質または転写因子、例えば、転写活性化因子が、化学的改変の拡がりに関与する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列の側方５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００ヌクレオチドのヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチドまたはその１つもしくは複数のヌクレオチドに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態の変更を開始させ、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内の標的配列の側方少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を増加または活性化させる。
[0204]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態、例えば、脱メチル化を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチドまたはその１つもしくは複数のヌクレオチドに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態の変更を開始させ、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内の標的配列の少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’側の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を増加または活性化させ、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。
[0205]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態、例えば、ヌクレオチドの脱メチル化を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、化学的改変状態は、メチル化状態である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターのエフェクタードメインは、標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドの脱メチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチドまたはその１つもしくは複数のヌクレオチドに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態、例えば、ＤＮＡ脱メチル化の変更を開始させ、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内の標的配列に対して少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上３’側の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を増加または活性化させ、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。
[0206]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子と会合または結合したヒストンのヒストン改変状態を変更する。例えば、エフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンのヒストンテールの１つまたは複数のリジン残基に改変を付与し得る。改変されるヒストンアミノ酸残基は、標的遺伝子内の標的配列の近傍内にあり得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド５’側でヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド５’側でヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド３’側でヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド３’側でヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、ヒストン改変状態は、アセチル化状態である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターのエフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンの１つまたは複数のヒストンテールのアセチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、ヒストン改変状態は、メチル化状態である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターは、標的遺伝子と会合した１つまたは複数のヒストンテールにおいて、Ｈ３Ｋ４またはＨ３Ｋ７９メチル化（例えば、Ｈ３Ｋ４ｍｅ２、Ｈ３Ｋ４ｍｅ３、およびＨ３Ｋ７９ｍｅ３メチル化のうちの１つまたは複数）をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。
[0207]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子において、標的遺伝子の発現を抑制、減少、またはサイレンシングするエピジェネティック改変を行う。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列を有する標的遺伝子内のＤＮＡまたはＤＮＡと会合したヒストン残基の化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。標的遺伝子の発現を減少させるエピジェネティックエディターは、標的遺伝子に対して複数の改変、例えば、ＤＮＡメチル化およびヒストンテール脱アセチル化の両方をもたらす、複数のエフェクタードメインを含み得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の近傍の標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいてＤＮＡの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を減少させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列から遠位の標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいてＤＮＡの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を減少させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列から遠位である標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいてＤＮＡの化学的改変状態を媒介または誘導する。例えば、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドにおける化学的改変、例えば、ＤＮＡメチル化を開始させ得る。そのような改変は、標的配列の近傍で開始され得、続いて、標的配列から遠位の標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり得、それによって、標的遺伝子の発現を減少させ得る。いくつかの例において、遠位改変は、単に、エピジェネティックエディターによって媒介される。いくつかの例において、追加のタンパク質または転写因子、例えば、転写リプレッサー、メチルトランスフェラーゼ、または転写調節スキャフォールドタンパク質が、化学的改変の拡がりに関与する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００ １１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の近位にある１つまたは複数のヌクレオチドの化学的改変状態、例えば、ＤＮＡメチル化を変更し、変更された化学的改変状態は、続いて、標的遺伝子内の標的配列に対して１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。
[0208]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチド、または１つもしくは複数のヌクレオチドに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態、例えば、ＤＮＡメチル化を変更し、変更された化学的改変状態は、続いて、標的遺伝子内の標的配列に対して１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。
[0209]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングせる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド５’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。
[0210]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチドまたはその１つもしくは複数のヌクレオチドに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態、例えば、ＤＮＡメチル化の変更を開始させ、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内の標的配列の少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上３’側の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。
[0211]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド３’側のヌクレオチドの化学的改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、化学的改変状態は、メチル化状態である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターのエフェクタードメインは、標的遺伝子内の１つまたは複数のヌクレオチドのメチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列の側方１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００ヌクレオチド以内の１つもしくは複数のヌクレオチドまたはその１つもしくは複数のヌクレオチドに結合した１つもしくは複数のヒストン残基の化学的改変状態、例えば、ＤＮＡメチル化の変更を開始させ、化学的改変状態の変更は、標的遺伝子内の標的配列の少なくとも５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’側の１つまたは複数のヌクレオチドへと拡がり、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。
[0212]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子と会合または結合したヒストンのヒストン改変状態を変更する。例えば、エフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンのヒストンテールの１つまたは複数のリジン残基に改変を付与し得る。改変されるヒストンアミノ酸残基は、標的遺伝子内の標的配列の近傍内にあり得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド５’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００ヌクレオチド、またはそれ以上５’または３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して１００～２００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して２００～３００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して３００～４００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して４００～５００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して５００～６００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して６００～７００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子内の標的配列に対して７００～８００ヌクレオチド３’側のヒストン改変状態を変更し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、ヒストン改変状態は、アセチル化状態である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターのエフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンの１つまたは複数のヒストンテールの脱アセチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、ヒストン改変状態は、メチル化状態である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターは、標的遺伝子と会合した１つまたは複数のヒストンテールにおいて、Ｈ３Ｋ９、Ｈ３Ｋ２７、またはＨ４Ｋ２０メチル化（例えば、Ｈ３Ｋ９ｍｅ２、Ｈ３Ｋ９ｍｅ３、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ２、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３、およびＨ４Ｋ２０ｍｅ３メチル化のうちの１つまたは複数）をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。
[0213]ある態様において、エピジェネティック編集された染色体、またはエピジェネティック編集された染色体を含むエピジェネティック編集されたゲノムもしくは細胞であって、エピジェネティック編集された染色体内の１つまたは複数の標的ヌクレオチドが、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターによって媒介または誘導されるエピジェネティック改変を含む、エピジェネティック編集された染色体、またはエピジェネティック編集された染色体を含むエピジェネティック編集されたゲノムもしくは細胞もまた、本明細書に提供される。例えば、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない染色体と比較して、１つまたは複数のメチル化されたヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、メチル化されたＣｐＧを含む。エピジェネティック編集された染色体は、同じ種の未編集対照染色体と比較して、１つまたは複数のタイプのエピジェネティック改変、例えば、染色体のＤＮＡヌクレオチドまたはヒストンテールに対するエピジェネティック改変を含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない対照染色体と比較して、１つまたは複数のメチル化されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない対照染色体と比較して、１つまたは複数の脱メチル化されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない対照染色体と比較して、１つまたは複数のメチル化されたヒストンテールを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない対照染色体と比較して、１つまたは複数の脱メチル化されたヒストンテールを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない対照染色体と比較して、１つまたは複数のアセチル化されたヒストンテールを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、エピジェネティックエディターと接触していない対照染色体と比較して、１つまたは複数の脱アセチル化されたヒストンテールを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティック編集された染色体は、染色体領域、例えば、本明細書に記載される染色体領域のうちのいずれかにおける、エピジェネティック改変のうちの１つまたは複数または任意の組合せ、例えば、ＤＮＡメチル化およびヒストン脱アセチル化、ＤＮＡメチル化およびヒストンＨ３Ｋ９メチル化、ＤＮＡメチル化およびヒストンＨ３Ｋ４脱メチル化、ＤＮＡ脱メチル化およびヒストンアセチル化、ＤＮＡ脱メチル化およびヒストンＨ３Ｋ９脱メチル化、ＤＮＡ脱メチル化およびヒストンＨ３Ｋ４メチル化、またはこれらの任意の組合せを含む。本明細書において使用される場合、対照染色体は、染色体が本明細書に記載されるエピジェネティックエディターと接触していない、もともとのエピジェネティック状態または未編集状態を指し得る。いくつかの実施形態において、対照染色体は、エピジェネティックエディターと接触することなく、すでに、エピジェネティックマーク、例えば、ＤＮＡメチル化を有し得る。
[0214]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0215]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0216]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0217]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0218]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0219]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５５０個、５００個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0220]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0221]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0222]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0223]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0224]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0225]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0226]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0227]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0228]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0229]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0230]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0231]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0232]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0233]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0234]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0235]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0236]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0237]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0238]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0239]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子の転写開始部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0240]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0241]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0242]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0243]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0244]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0245]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0246]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５５０個、５００個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0247]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0248]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0249]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0250]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0251]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0252]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0253]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0254]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0255]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0256]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0257]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0258]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0259]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0260]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0261]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0262]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0263]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0264]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0265]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0266]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0267]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0268]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0269]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0270]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0271]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0272]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0273]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0274]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0275]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５５０個、５００個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0276]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0277]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0278]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0279]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0280]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0281]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0282]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0283]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0284]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0285]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0286]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0287]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0288]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0289]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0290]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0291]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0292]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0293]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0294]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0295]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0296]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0297]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のエンハンサー配列、アイソレーター配列、またはＣＴＣＦ結合部位の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0298]いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変された染色体は、染色体を、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターと接触させることにより得られる。例えば、エピジェネティックエディターは、染色体内の標的遺伝子における標的配列を標的とし得、染色体内の１つもしくは複数のヌクレオチドまたは１つもしくは複数のヒストンテールのエピジェネティック改変状態を変化させ得る。エピジェネティックエディターによって配置または除去されるエピジェネティック改変は、標的配列の近位であり得るか、またはそのような標的配列の上流または下流５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００塩基対もしくはそれ以上であり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的配列の近位の１つまたは複数のヌクレオチドにおいて、エピジェネティック改変、例えば、ＤＮＡメチル化を開始させる。初期エピジェネティック改変は、標的配列の上流または下流、例えば、そのような標的配列の上流または下流５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００塩基対、またはそれ以上のヌクレオチドまたはヒストンへと拡がり得る。
[0299]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0300]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0301]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0302]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0303]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0304]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0305]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５５０個、５００個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0306]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0307]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0308]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0309]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0310]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0311]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0312]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0313]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0314]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0315]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0316]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方１０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0317]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、メチル化されている。
[0318]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１５０個、２００個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0319]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0320]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0321]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0322]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方５００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0323]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、またはそれ以上のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内の単一のＣｐＧジヌクレオチドは、遺伝子のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における遺伝子と比較して、脱メチル化されている。
[0324]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２０００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0325]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱メチル化されている。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン９におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の抑制のためのマークを付ける。いくつかの実施形態において、ヒストンは、ヒストンＨ３であり、メチル化は、リジン４におけるものであり、エピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子に、発現の増加のためのマークを付ける。
[0326]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、アセチル化されている。
[0327]いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的遺伝子のプロモーター配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡヌクレオチドに結合したヒストンのすべてのヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれ以上のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンのヒストンテールのうちの少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合したヒストンの単一のヒストンテールは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。いくつかの実施形態において、細胞におけるエピジェネティック編集された染色体内の標的配列の側方２００ｂｐ以内のＤＮＡに結合した単一のヒストンオクタマーは、染色体のもともとの状態またはエピジェネティックエディターと接触していない同等の細胞における染色体と比較して、脱アセチル化されている。
[0328]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストンメチルトランスフェラーゼドメインを含む。例えば、抑制（またはサイレンシング）は、標的核酸配列を含むクロマチン上の抑制性クロマチンマーカー、ＤＮＡのメチル化、ヒストン残基（例えば、Ｈ３Ｋ９、Ｈ３Ｋ２７）のメチル化、またはヒストン残基の脱アセチル化）から生じ得る。いずれの理論によっても束縛されることを意図するものではないが、本方法を使用して、例えば、メチル化を介してクロマチンを閉鎖させるか、または標的核酸配列（例えば、遺伝子）を含むクロマチンに抑制性クロマチンマーカーを導入することによって、エピジェネティック状態を変化させことができる。
[0329]特定のエピジェネティックインプリントは、遺伝子転写または遺伝子サイレンシングを誘導する。例えば、ＤＮＡメチル化、ヒストン改変、サイレンサー領域へのリプレッサータンパク質の結合、および他の転写活性は、根底にあるＤＮＡ配列を変化させることなく、遺伝子発現を変更する。したがって、転写調節は、他の遺伝子を抑制しながら、特定の様式で特定の遺伝子の発現を可能にする。ある特定の例において、細胞運命または機能は、初期分化のため（例えば、生物の発生の間）または細胞もしくは細胞型を再プログラミングするため（例えば、疾患、例えば、がん、慢性炎症、自己免疫疾患、生物の様々なマイクロバイオームと関連する疾病などの間）のいずれかで、制御され得る。ヒストン改変は、主な手段としてヒストンに結合し遺伝子転写を防止するヌクレオソーム構造体の形成または破壊によって、遺伝子転写において構造的および生化学的役割を果たす。ヒストンは、ヒトを含む多細胞生物から、真菌（カビおよび酵母）に代表される単細胞生物までの範囲に及ぶ真核生物細胞の核において一般に見出され、ゲノムＤＮＡにイオン結合する、塩基性タンパク質である。ヒストンは、通常、５つの構成要素（Ｈ１、Ｈ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、およびＨ４）からなり、生物学的種にまたがって高度に類似である。ヒストンＨ４の場合には、例えば、出芽酵母ヒストンＨ４（全長１０２アミノ酸配列）およびヒトヒストンＨ４（全長１０２アミノ酸配列）は、アミノ酸配列の９２％が同一であり、８個の残基のみが異なる。数万種類の生物に存在すると考えられている天然のタンパク質のなかでも、ヒストンは、真核生物種間でもっとも高度に保存されているタンパク質であることが知られている。ゲノムＤＮＡは、秩序ある結合によってヒストンとともにフォールディングされ、両方の複合体が、ヌクレオソームと称される塩基性構造ユニットを形成する。加えて、ヌクレオソームの凝集が、染色体クロマチン構造を形成する。ヒストンは、ヒストンテールと称されるそれらのＮ末端において、改変、例えば、アセチル化、メチル化、リン酸化、ユビキチン化、ＳＵＭＯ化などに供され、クロマチン構造を維持するかまたは特異的に変換し、それによって、遺伝子発現、ＤＮＡ複製、ＤＮＡ修復など、染色体ＤＮＡで生じる応答を制御する。ヒストンの翻訳後改変は、エピジェネティックな調節機序であり、真核生物細胞の遺伝子調節に必須であると考えられる。近年の研究により、ヌクレオソーム構造を改変することによって転写因子へのＤＮＡのアクセスを促すクロマチンリモデリング因子、例えば、ＳＷＩ／ＳＮＦ、ＲＳＣ、ＮＵＲＦ、ＮＲＤなど、ヒストンのアセチル化状態を調節するヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）、およびヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）が、重要調節因子として作用することが明らかとなった。ＤＮＡメチル化は、主として、ＣｐＧ部位（「Ｃ－リン酸－Ｇ－」または「シトシン－リン酸－グアニン」の短縮形）において生じる。ＤＮＡの高度にメチル化された領域は、あまりメチル化されていない部位よりも、転写活性が低い傾向にある。多数の哺乳動物遺伝子は、ＣｐＧアイランド（高頻度のＣｐＧ部位を有する領域）の近傍またはそれを含むプロモーター領域を有する。
[0330]特に、ヒストンの非構造化Ｎ末端は、アセチル化、メチル化、ユビキチン化、リン酸化、ｓｕｍｏ化、リボシル化、シトルリン化Ｏ－ＧｌｃＮアシル化、またはクロトニル化のうちの少なくとも１つによって改変され得る。例えば、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ酵素によるヒストンＨ３のＫ１４またはＫ９リジンのアセチル化は、ヒトにおける転写コンピテンスに関連付けられ得る。リジンアセチル化は、直接的または間接的に、転写活性化を調節するクロマチン改変酵素の結合部位を作出し得る。例えば、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）は、アセチル－ＣｏＡを補因子として利用し、リジン側鎖のイプシロンアミノ基へのアセチル基の転移を触媒する。これは、リジンの正電荷を中和し、ヒストンとＤＮＡとの間の相互作用を弱め、それによって、転写因子が結合する染色体を開いて転写を開始させる。同様に、ヒストンＨ３のリジン９のヒストンメチル化は、ヘテロクロマチン、または転写的にサイレントなクロマチンと関連付けられ得る。特定のＤＮＡメチル化パターンは、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、およびＤＮＭＴ３Ｂを含む、少なくとも１つもしくは複数、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の独立したＤＮＡメチルトランスフェラーゼによって構築および改変され得る。
[0331]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストンメチルトランスフェラーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＯＴ１Ｌドメイン、ＳＥＴドメイン、ＳＵＶ３９Ｈ１ドメイン、Ｇ９ａ／ＥＨＭＴ２タンパク質ドメイン、ＥＺＨ１ドメイン、ＥＺＨ２ドメイン、ＳＥＴＤＢ１ドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストン－リジン－Ｎ－メチルトランスフェラーゼＳＥＴＤＢ１ドメインを含む。
[0332]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインまたはヒストンメチルトランスフェラーゼドメインを含む。ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、ＤＮＡヌクレオチド、例えば、Ａ、Ｔ、Ｇ、またはＣヌクレオチドのうちのいずれかにおいて、メチル化を媒介し得る。いくつかの実施形態において、メチル化されたヌクレオチドは、Ｎ６－メチルアデノシン（ｍ６Ａ）である。いくつかの実施形態において、メチル化されたヌクレオチドは、５－メチルシトシン（５ｍＣ）である。いくつかの実施形態において、メチル化は、ＣＧ（またはＣｐＧ）ジヌクレオチド配列におけるものである。いくつかの実施形態において、メチル化は、ＣＨＧまたはＣＨＨ配列におけるものであり、ここで、Ｈは、Ａ、Ｔ、またはＣのうちのいずれか１つである。
[0333]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、メチル基のシトシンへの転移を触媒し、それによって、抑制性調節タンパク質の動員を通じて標的遺伝子の発現を抑制する、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼＤＮＭＴドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＤＮＭＴ）ファミリータンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＴＲＤＭＴ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３Ｂドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３Ｃドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌドメインの融合体を含む。
[0334]エピジェネティックエフェクタードメインの一部であり得る例示的なメチルトランスフェラーゼは、以下の表１に提供されている。
Figure 2024501383000002
[0335]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現を抑制する１つまたは複数のタンパク質ドメインを動員する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現を抑制する１つまたは複数のタンパク質ドメインを動員するスキャフォールドタンパク質ドメインと相互作用する。例えば、エフェクタードメインは、ＰＲＭＴタンパク質、ＨＤＡＣタンパク質、ＳＥＴＤＢ１タンパク質、またはＮｕＲＤタンパク質ドメインを動員する、スキャフォールドタンパク質ドメインを動員し得るか、またはそれと相互作用する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、Ｋｒｕｐｐｅｌ関連ボックス（ＫＲＡＢ）抑制ドメイン、リプレッサーエレメントサイレンシング転写因子（ＲＥＳＴ）抑制ドメイン、ＫＲＡＢ関連タンパク質１（ＫＡＰ１）ドメイン、ＭＡＤドメイン、ＦＫＨＲ（横紋筋肉腫（ｒｈａｂｄｏｓａｒｃｏｍａ）におけるフォークヘッド遺伝子）リプレッサードメイン、ａＥＧＲ－１（早期成長応答遺伝子産物－１）リプレッサードメイン、ｅｔｓ２リプレッサー因子リプレッサードメイン（ＥＲＤ）、ＭＡＤ ｓｍＳＩＮ３相互作用ドメイン（ＳＩＤ）、ヘアリー関連塩基性ヘリックス－ループ－ヘリックス（ｂＨＬＨ）リプレッサータンパク質のＷＲＰＷモチーフ、ＨＰ１アルファクロモシャドウ抑制ドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＫＲＡＢドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、三要素モチーフ含有２８（ＴＲＩＭ２８、ＴＩＦ１－ベータ、またはＫＡＰ１）タンパク質を含む。
[0336]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現を抑制するタンパク質ドメインを含む。例えば、エフェクタードメインは、亜鉛フィンガーリプレッサータンパク質に由来する機能性ドメインを含み得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＫＯＸ１／ＺＮＦ１０ドメイン、ＫＯＸ８／ＺＮＦ７０８ドメイン、ＺＮＦ４３ドメイン、ＺＮＦ１８４ドメイン、ＺＮＦ９１ ＫＲＡＢドメイン、ＨＰＦ４ドメイン、ＨＴＦ１０ドメイン、またはＨＴＦ３４ドメイン、またはこれらの任意の組合せに由来する機能性抑制ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＺＩＭ３タンパク質ドメイン、ＺＮＦ４３６ドメイン、ＺＮＦ２５７ドメイン、ＺＮＦ６７５ドメイン、ＺＮＦ４９０ドメイン、ＺＮＦ３２０ドメイン、ＺＮＦ３３１ドメイン、ＺＮＦ８１６ドメイン、ＺＮＦ６８０ドメイン、ＺＮＦ４１ドメイン、ＺＮＦ１８９ドメイン、ＺＮＦ５２８ドメイン、ＺＮＦ５４３ドメイン、ＺＮＦ５５４ドメイン、ＺＮＦ１４０ドメイン、ＺＮＦ６１０ドメイン、ＺＮＦ２６４ドメイン、ＺＮＦ３５０ドメイン、ＺＮＦ８ドメイン、ＺＮＦ５８２ドメイン、ＺＮＦ３０ドメイン、ＺＮＦ３２４ドメイン、ＺＮＦ９８ドメイン、ＺＮＦ６６９ドメイン、ＺＮＦ６７７ドメイン、ＺＮＦ５９６ドメイン、ＺＮＦ２１４ドメイン、ＺＮＦ３７Ａドメイン、ＺＮＦ３４ドメイン、ＺＮＦ２５０ドメイン、ＺＮＦ５４７ドメイン、ＺＮＦ２７３ドメイン、ＺＮＦ３５４Ａドメイン、ＺＦＰ８２ドメイン、ＺＮＦ２２４ドメイン、ＺＮＦ３３Ａドメイン、ＺＮＦ４５ドメイン、ＺＮＦ１７５ドメイン、ＺＮＦ５９５ドメイン、ＺＮＦ１８４ドメイン、ＺＮＦ４１９ドメイン、ＺＦＰ２８－１ドメイン、ＺＦＰ２８－２ドメイン、ＺＮＦ１８ドメイン、ＺＮＦ２１３ドメイン、ＺＮＦ３９４ドメイン、ＺＦＰ１ドメイン、ＺＦＰ１４ドメイン、ＺＮＦ４１６ドメイン、ＺＮＦ５５７ドメイン、ＺＮＦ５６６ドメイン、ＺＮＦ７２９ドメイン、ＺＩＭ２ドメイン、ＺＮＦ２５４ドメイン、ＺＮＦ７６４ドメイン、ＺＮＦ７８５ドメイン、またはこれらの任意の組合せに由来する機能性抑制ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ドメインは、ＺＩＭ３ドメイン、ＺＮＦ５５４ドメイン、ＺＮＦ２６４ドメイン、ＺＮＦ３２４ドメイン、ＺＮＦ３５４Ａドメイン、ＺＮＦ１８９ドメイン、ＺＮＦ５４３ドメイン、ＺＦＰ８２ドメイン、ＺＮＦ６６９ドメイン、またはＺＮＦ５８２ドメイン、またはこれらの任意の組合せである。いくつかの実施形態において、ドメインは、ＺＩＭ３ドメイン、ＺＮＦ５５４ドメイン、ＺＮＦ２６４ドメイン、ＺＮＦ３２４ドメイン、またはＺＮＦ３５４Ａドメイン、またはこれらの任意の組合せである。いくつかの実施形態において、ドメインは、ＺＩＭ３ドメインである。
[0337]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、代替ＫＲＡＢドメイン（例えば）であり得る。代替的に、または追加として、エフェクタードメインは、非ＫＲＡＢドメイン（例えば）であり得る。
[0338]いくつかの実施形態において、タンパク質融合構築物は、１つのエフェクタードメイン、２つのエフェクタードメイン、３つのエフェクタードメイン、４つのエフェクタードメイン、５つのエフェクタードメイン、６つのエフェクタードメイン、７つのエフェクタードメイン、８つのエフェクタードメイン、９つのエフェクタードメイン、または１０個のエフェクタードメインを有し得る。
[0339]標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングし得る例示的な機能性ドメインの配列は、以下の表２に提供されている。リプレッサーおよびリプレッサードメインのさらなる例は、出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２１／０３０６４３号、およびＴｙｃｋｏら（Ｔｙｃｋｏ Ｊ， ＤｅｌＲｏｓｓｏ Ｎ， Ｈｅｓｓ ＧＴ， Ａｒａｄｈａｎａ， Ｂａｎｅｒｊｅｅ Ａ， Ｍｕｋｕｎｄ Ａ， Ｖａｎ ＭＶ， Ｅｇｏ ＢＫ， Ｙａｏ Ｄ， Ｓｐｅｅｓ Ｋ， Ｓｕｚｕｋｉ Ｐ， Ｍａｒｉｎｏｖ ＧＫ， Ｋｕｎｄａｊｅ Ａ， Ｂａｓｓｉｋ ＭＣ， Ｂｉｎｔｕ Ｌ． Ｈｉｇｈ－Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ Ｅｆｆｅｃｔｏｒｓ． Ｃｅｌｌ． ２０２０ Ｄｅｃ ２３；１８３（７）：２０２０－２０３５．ｅ１６． ｄｏｉ： １０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２０．１１．０２４． Ｅｐｕｂ ２０２０ Ｄｅｃ １５． ＰＭＩＤ： ３３３２６７４６； ＰＭＣＩＤ： ＰＭＣ８１７８７９７．）において見出すことができ、これらは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
Figure 2024501383000003
Figure 2024501383000004
Figure 2024501383000005
[0340]標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングし得る追加の例示的な機能性ドメインの配列は、以下の表３に提供されている。
Figure 2024501383000006
Figure 2024501383000007
Figure 2024501383000008
Figure 2024501383000009
Figure 2024501383000010
Figure 2024501383000011
Figure 2024501383000012
Figure 2024501383000013
Figure 2024501383000014
Figure 2024501383000015
Figure 2024501383000016
[0341]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、遺伝子発現を抑制またはサイレンシングする機能性ドメインを含み、機能性ドメインは、より大きなタンパク質、例えば、亜鉛フィンガーリプレッサータンパク質の一部である。遺伝子発現をモジュレート、例えば、遺伝子発現を抑制または増加させることができる機能性ドメインは、公知の方法および本明細書に提供される方法を用いて、より大きなタンパク質から特定することができる。例えば、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングし得る機能性エフェクタードメインは、リプレッサーまたは活性化因子タンパク質の配列に基づいて特定され得る。遺伝子発現をモジュレートする機能を有するタンパク質のアミノ酸配列は、利用可能なゲノムブラウザ、例えば、ＵＣＳＤゲノムブラウザまたはＥｎｓｅｍｂｌゲノムブラウザから得ることができる。例えば、ＺＮＦ１０タンパク質の全長５７３アミノ酸配列は、配列番号５９６に提供されている。
[0342]タンパク質アノテーションデータベース、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔまたはＰｆａｍを使用して、全長タンパク質配列内の機能性ドメインを特定することができる。これらのツールを使用して、抑制ドメインを、ＺＮＦ１０タンパク質配列内で特定することができる。いくつかの例において、より大きなタンパク質から特定された様々な機能性ドメインが、試験され得る。データベースは、具体的な境界ドメインが異なり得る。例えば、いくつかの実施形態において、ＺＮＦ１０に由来する抑制ドメインは、上記で参照されるＺＮＦ１０配列のアミノ酸１４～８５を含む。いくつかの実施形態において、ＺＮＦ１０に由来する抑制ドメインは、上記で参照されるＺＮＦ１０配列のアミノ酸１４～８５からなる。いくつかの実施形態において、ＺＮＦ１０に由来する抑制ドメインは、上記で参照されるＺＮＦ１０配列のアミノ酸１３～５４を含む。いくつかの実施形態において、ＺＮＦ１０に由来する抑制ドメインは、上記で参照されるＺＮＦ１０配列のアミノ酸１３～５４からなる。開始点として、異なるデータベースによって特定されるすべての領域を含むもっとも大きな配列を、遺伝子発現のモジュレーション活性について試験してもよく、例えば、アミノ酸１３～８５を含むＺＮ１０タンパク質の領域が、開始点として試験される。さらなる実施形態において、開始点領域は、Ｎ末端またはＣ末端において、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、またはそれ以上のアミノ酸が短縮されてもよく、様々な短縮形態を試験して、最小機能性単位を特定してもよい。
[0343]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストンデアセチラーゼタンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＨＤＡＣファミリータンパク質ドメイン、例えば、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ３、ＨＤＡＣ５、ＨＤＡＣ７、またはＨＤＡＣ９タンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、アセチル基を除去する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヌクレオソームリモデリングドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヌクレオソームリモデリングおよびデアセチラーゼ複合体（ＮＵＲＤ）を含み、これは、ヒストンからアセチル基を除去する。
[0344]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、三要素モチーフ含有２８（ＴＲＩＭ２８、ＴＩＦ１－ベータ、またはＫＡＰ１）タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、１つまたは複数のＫＡＰ１タンパク質を含む。エピジェネティックエディターにおけるＫＡＰ１タンパク質は、エピジェネティックエディターの１つもしくは複数の他のエフェクタードメイン、または細胞環境内の遺伝子発現のモジュレーションに関与する１つもしくは複数のタンパク質と複合体を形成し得る。例えば、ＫＡＰ１は、転写リプレッサーのＫＲＡＢドメインによって動員され得る。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１は、ヒストンデアセチラーゼタンパク質、ヒストン－リジンメチルトランスフェラーゼタンパク質（例えば、ヒストンＨ３テール［Ｈ３Ｋ９］のリジン９［Ｋ９］にメチル基を付与する）、クロマチンリモデリングタンパク質、および／またはヘテロクロマチンタンパク質と相互作用するか、またはそれを動員する。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１タンパク質は、遺伝子発現を低減またはサイレンシングする１つまたは複数のタンパク質複合体と相互作用するか、またはそれを動員する。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１タンパク質は、ヘテロクロマチンタンパク質１（ＨＰ１）タンパク質（例えば、ＨＰ１タンパク質のクロモシャドウドメインを介して）、ＳＥＴＤＢ１タンパク質、ＨＤＡＣタンパク質、および／またはＮｕＲＤタンパク質複合体成分と相互作用するか、またはそれを動員する。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１タンパク質は、ヌクレオソームリモデリングおよび脱アセチル化（ＮｕＲＤ）複合体のＣＨＤ３サブユニットを動員し、それによって、標的遺伝子の発現を減少またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１タンパク質は、ＳＥＴＤＢ１タンパク質を（例えば、標的遺伝子のプロモーター領域に）動員し、それによって、例えば、標的遺伝子のプロモーター領域と関連するＨ３Ｋ９メチル化を介して、標的遺伝子の発現を減少またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、ＳＥＴＤＢ１タンパク質の動員は、標的遺伝子を有する染色体領域のヘテロクロマチン化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１タンパク質は、ＨＰ１タンパク質と相互作用するかまたはそれを動員し、それによって、標的遺伝子と会合したヒストンテール上のＨ３Ｋ９またはＨ３Ｋ１４のアセチル化の低減を介して、標的遺伝子の発現を減少またはサイレンシングする。ＳＥＴＤＢ１の動員は、ヘテロクロマチン化を誘導する。いくつかの実施形態において、ＫＡＰ１タンパク質は、ＺＦＰ９０タンパク質（例えば、ＺＦＰ９０のアイソフォーム２）、および／またはＦＯＸＰ３タンパク質と相互作用するか、またはそれを動員する。
[0345]例示的なＫＡＰ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号５９７に提供されている。
[0346]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、１つまたは複数のＤＮＡエピジェネティックマークと相互作用するかまたはそれによって動員されるタンパク質ドメインを含む。例えば、エフェクタードメインは、標的遺伝子内のメチル化されたＤＮＡヌクレオチドと相互作用するメチルＣｐＧ結合タンパク質２（ＭＥＣＰ２）タンパク質を含み得る。いくつかの実施形態において、ＭＥＣＰ２タンパク質は、標的遺伝子のＣｐＧアイランド内のメチル化されたＤＮＡヌクレオチドと相互作用する。いくつかの実施形態において、ＭＥＣＰ２タンパク質は、標的遺伝子のＣｐＧアイランド内ではないメチル化されたＤＮＡヌクレオチドと相互作用する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるＭＥＣＰ２タンパク質は、凝縮されたクロマチン構造をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるＭＥＣＰ２タンパク質は、ヒストンデアセチラーゼ（例えば、ＨＤＡＣ）と相互作用し、それによって、標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるＭＥＣＰ２タンパク質は、標的遺伝子への転写因子または転写活性化因子のアクセスを遮断し、それによって、標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングする。
[0347]例示的なＭＥＣＰ２タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号５９８に提供されている。
[0348]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、クロモシャドウドメイン、ユビキチン－２様Ｒａｄ６０ ＳＵＭＯ様（Ｒａｄ６０－ＳＬＤ／ＳＵＭＯ）ドメイン、クロマチン組織化改変因子ドメイン（Ｃｈｒｏｍｏ）ドメイン、Ｙａｆ２／ＲＹＢＰ Ｃ末端結合モチーフドメイン（ＹＡＦ２＿ＲＹＢＰ）、ＣＢＸファミリーＣ末端モチーフドメイン（ＣＢＸ７＿Ｃ）、亜鉛フィンガーＣ３ＨＣ４型（ＲＩＮＧフィンガー）ドメイン（ｚｆ－Ｃ３ＨＣ４＿２）、シトクロムｂ５ドメイン（Ｃｙｔ－ｂ５）、ヘリックス－ループ－ヘリックスドメイン（ＨＬＨ）、高移動度群ボックスドメイン（ＨＭＧ－ボックス）、滅菌アルファモチーフドメイン（ＳＡＭ＿１）、塩基性ロイシンジッパードメイン（ｂＺＩＰ＿１）、Ｍｙｂ＿ＤＮＡ－結合ドメイン、ホメオドメイン、ＦＣＳ配列を有するＭＹＭ型亜鉛フィンガードメイン（ｚｆ－ＦＣＳ）、インターフェロン調節因子２－結合タンパク質亜鉛フィンガードメイン（ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２）、ＳＳＸ抑制ドメイン（ＳＳＸＲＤ）、Ｂ－ボックス型亜鉛フィンガードメイン（ｚｆ－Ｂ＿ｂｏｘ）、滅菌アルファモチーフドメイン（ＳＡＭ＿２）、ＣＸＸＣ亜鉛フィンガードメイン（ｚｆ－ＣＸＸＣ）、染色体凝縮の調節因子１ドメイン（ＲＣＣ１）、ＳＲＣ相同性３ドメイン（ＳＨ３＿９）、滅菌アルファモチーフ／ポインテッドドメイン（ＳＡＭ＿ＰＮＴ）、Ｖｅｓｔｉｇｉａｌ／Ｔｏｎｄｕファミリードメイン（Ｖｇ＿Ｔｄｕ）、ＬＩＭドメイン、ＲＮＡ認識モチーフドメイン（ＲＲＭ＿１）、塩基性ロイシンジッパードメイン（ｂＺＩＰ＿２）、対合型両親媒性ヘリックスドメイン（ＰＡＨ）、プロテアソームＡＴＰａｓｅ ＯＢ Ｃ末端ドメイン（Ｐｒｏｔ＿ＡＴＰ＿ＩＤ＿ＯＢ）、ｎｅｒｖｙ相同性２ドメイン（ＮＨＲ２）、ヘリックス－ヘアピン－ヘリックスモチーフドメイン（ＨＨＨ＿３）、切断刺激因子サブユニットのヒンジドメイン２（ＣＳＴＦ２＿ヒンジ）、ＰＰＡＲガンマＮ末端領域ドメイン（ＰＰＡＲｇａｍｍａ＿Ｎ）、ＣＤＣ４８ Ｎ末端ドメイン（ＣＤＣ４８＿２）、ＷＤ４０リピートドメイン（ＷＤ４０）、Ｆｉｐ１モチーフドメイン（Ｆｉｐ１）、ＰＤＺドメイン（ＰＤＺ＿６）、フォン・ヴィレブランド因子Ｃ型ドメイン（ＶＷＣ）、ＮＡＢ保存領域１ドメイン（ＮＣＤ１）、Ｓ１ ＲＮＡ結合ドメイン（Ｓ１）、ＨＮＦ３ Ｃ末端ドメイン（ＨＮＦ＿Ｃ）、テューダードメイン（Ｔｕｄｏｒ＿２）、ヒストン様転写因子（ＣＢＦ／ＮＦ－Ｙ）および古細菌ヒストンドメイン（ＣＢＦＤ＿ＮＦＹＢ＿ＨＭＦ）、亜鉛フィンガータンパク質ドメイン（ＤＵＦ３６６９）、ＥＧＦ様ドメイン（ｃＥＧＦ）、ＧＡＴＡ亜鉛フィンガードメイン（ＧＡＴＡ）、ＴＥＡ／ＡＴＴＳドメイン（ＴＥＡ）、ホルボールエステル／ジアシルグリセロール結合ドメイン（Ｃ１－１）、ポリコーム様ＭＴＦ２因子２ドメイン（Ｍｔｆ２＿Ｃ）、ＦＯＸＯタンパク質ファミリーのトランス活性化ドメイン（ＦＯＸＯ－ＴＡＤ）、ホメオボックスＫＮドメイン（Ｈｏｍｅｏｂｏｘ＿ＫＮ）、ＢＥＤ亜鉛フィンガードメイン（ｚｆ－ＢＥＤ）、Ｃ３ＨＣ４型ＲＩＮＧドメインの亜鉛フィンガー（ｚｆ－Ｃ３ＨＣ４＿４）、ＲＡＤ５１相互作用モチーフドメイン（ＲＡＤ５１＿ｉｎｔｅｒａｃｔ）、メチル－ＣｐＧ－結合ドメインタンパク質ＭＢＤのｐ５５結合領域（ＭＢＤａ）、Ｎｏｔｃｈドメイン、Ｒａｆ様Ｒａｓ結合ドメイン（ＲＢＤ）、Ｓｐｉｎ／Ｓｓｔｙファミリードメイン（Ｓｐｉｎ－Ｓｓｔｙ）、ＰＨＤフィンガードメイン（ＰＨＤ＿３）、低密度リポタンパク質受容体ドメインクラスＡ（Ｌｄｌ＿ｒｅｃｅｐｔ＿ａ）、ＣＳドメイン、ＤＭ ＤＮＡ結合ドメイン、またはＱＬＱドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＹＡＦ２＿ＲＹＢＰドメイン、またはそのホメオドメインもしくはその任意の組合せを含む、タンパク質ドメインである。いくつかの実施形態において、ＹＡＦ２＿ＲＹＢＰドメインのホメオドメインは、ＰＲＤドメイン、ＮＫＬドメイン、ＨＯＸＬドメイン、またはＬＩＭドメインである。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＳＵＭＯ３ドメイン、Ｍ期のホスホタンパク質８（ＭＰＰ８）に由来するクロモドメイン、クロモボックス１（ＣＢＸ１）に由来するクロモシャドウドメイン、Ｓｃｍポリコーム群タンパク質ホモログ１（ＳＣＭＨ１）に由来するＳＡＭ＿１／ＳＰＭからなる群から選択されるタンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＨＮＦ３ Ｃ末端ドメイン（ＨＮＦ＿Ｃ）を含む。いくつかの実施形態において、ＨＮＦ＿Ｃドメインは、ＦＯＸＡ１またはＦＯＸＡ２に由来する。いくつかの実施形態において、ＨＮＦ＿Ｃドメインは、ＥＨ１（エングレイルド（ｅｎｇｒａｉｌｅｄ）相同性１）モチーフを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、インターフェロン調節因子２結合タンパク質亜鉛フィンガードメイン（ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２）を含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＡ修復因子ＨＥＲＣ２ Ｅ３リガーゼに由来するＣｙｔ－ｂ５ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ブリッジングインテグレーター（Ｂｒｉｄｇｉｎｇ Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ）１（ＢＩＮ１）に由来するバリアントＳＨ３ドメイン（ＳＨ３＿９）を含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、転写因子ＴＯＸに由来するＨＭＧ－ボックスドメインまたはポリコーム成分ＰＣＧＦ２に由来するｚｆ－Ｃ３ＨＣ４＿２ ＲＩＮＧフィンガードメインである。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、クロモドメイン－ヘリカーゼ－ＤＮＡ結合タンパク質３（ＣＨＤ３）を含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＺＮＦ７８３ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＹＡＦ２＿ＲＹＢＰドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＹＡＦ２＿ＲＹＢＰドメインは、３２アミノ酸Ｙａｆ２／ＲＹＢＰ Ｃ末端結合モチーフドメイン（３２ ＡＡ ＲＹＢＰ）を含む。
[0349]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子において、標的遺伝子の発現を活性化させるエピジェネティック改変を行う。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的配列を有する標的遺伝子においてＤＮＡまたはＤＮＡと会合したヒストン残基の化学的改変を改変し、それによって、標的遺伝子の発現を活性化または増加させる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＡデメチラーゼ、ＤＮＡジオキシゲナーゼ、ＤＮＡヒドロキシラーゼ、またはヒストンデメチラーゼドメインを含む。
[0350]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＡヌクレオチドからメチル基を除去し、それによって、標的遺伝子の発現を増加または活性化させる、ＤＮＡデメチラーゼドメインを含む。
[0351]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、メチル化形態にあるシトシンを脱メチル化させ、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる、ＴＥＴ（１０－１１転位メチルシトシンジオキシゲナーゼ）ファミリータンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、またはＴＥＴ３タンパク質ドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＴＥＴ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＡに会合したヒストンにおいてリジンを脱メチル化させ、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる、ＫＤＭファミリータンパク質ドメインを含む。
[0352]エピジェネティックエフェクタードメインの一部であり得る例示的なデメチラーゼドメインは、以下の表４に提供されている。
Figure 2024501383000017
[0353]エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現を活性化させ得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、１つまたは複数の転写活性化因子ドメインを動員するタンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、１つまたは複数の転写因子を動員するタンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、転写活性化因子または転写因子ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、単純ヘルペスウイルスタンパク質１６（ＶＰ１６）活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、複数のＶＰ１６活性化ドメインのタンデムリピートを含む活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＶＰ１６の４つのタンデムコピーであるＶＰ６４活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＮＦκＢのｐ６５活性化ドメイン；エプスタイン・バーウイルスＲトランス活性化因子（Ｒｔａ）活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、複数の活性化因子の融合体、例えば、ＶＰ６４、ｐ６５、およびＲｔａ活性化ドメインの三要素活性化因子（ＶＰＲ活性化ドメイン）を含む。
[0354]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＦＯＸＯタンパク質ファミリーのトランス活性化ドメイン（ＦＯＸＯ－ＴＡＤ）、ＬＭＳＴＥＮモチーフドメイン（ＬＭＳＴＥＮ）、調節型ＣＲＥＢ活性の形質導入因子Ｃ末端ドメイン（ＴＯＲＣ＿Ｃ）、ＱＬＱドメイン、核受容体共活性化因子ドメイン（Ｎｕｃ＿ｒｅｃ＿ｃｏ－ａｃｔ）、オートファジー受容体亜鉛フィンガー－Ｃ２Ｈ２ドメイン（Ｚｎ－Ｃ２Ｈ２－１２）， 、後期促進複合体サブユニット１６（ＡＮＡＰＣ１６）、Ｄｐｙ－３０ドメイン、ＡＮＣ１相同性ドメイン（ＡＨＤ）、シグナル伝達因子および転写の活性化因子２ Ｃ末端（ＳＴＡＴ２＿Ｃ）、Ｉ－カッパ－キナーゼ－ベータＮＥＭＯ結合ドメイン（ＩＫＫｂｅｔａＮＥＭＯｂｉｎｄ）、初期成長応答Ｎ末端ドメイン（ＤＵＦ３４４６）、ＴＦＩＩＥベータサブユニットコアドメイン（ＴＦＩＩＥ＿ｂｅｔａ）、ＤＰＦ２／ＲＥＱのＮ末端ドメイン（Ｒｅｑｕｉｅｍ＿Ｎ）、ＬＮＲドメイン（Ｎｏｔｃｈ）、非定型アームリピート（Ａｔｙｐｉｃａｌ Ａｒｍ ｒｅｐｅａｔ）（Ａｒｍ＿３）、タンパク質キナーゼＣ末端ドメイン（ＰＫｉｎａｓｅ＿Ｃ）、ＷＷドメイン、ＳＨ３ドメイン（ＳＨ３＿１）、Ｍｙｂ様ＤＮＡ結合ドメイン、ＷＤドメインＧ－ベータリピート（ＷＤ４０）、ＰＨＤ－フィンガー（ＰＨＤ）、ＲＮＡ認識モチーフドメイン（ＲＲＭ＿１）、ＧＡＴＡ亜鉛フィンガードメイン（ＧＡＴＡ）、Ｖｐｓ４ Ｃ末端オリゴマー化ドメイン（Ｖｐｓ４＿Ｃ）、またはこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子の発現を活性化させるＫＲＡＢドメインを含む。例えば、ＫＲＡＢドメインは、ＺＮＦ４７３ ＫＲＡＢドメイン、ＺＦＰ２８ ＫＲＡＢドメイン、ＺＮＦ４９６ ＫＲＡＢドメイン、もしくはＺＮＦ５９７ ＫＲＡＢドメイン、またはこれらの任意の組合せであり得る。いくつかの実施形態において、ＫＲＡＢドメインは、４１アミノ酸のＺＮＦ４７３ ＫＲＡＢドメイン（４１ ＡＡ ＺＮＦ４７３）を含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＦＯＸＯ－ＴＡＤドメイン、ＬＭＳＴＥＮドメイン、またはＴＯＲＣ＿Ｃドメインを含む。いくつかの実施形態において、タンパク質ドメインは、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ転写媒介因子複合体サブユニット９（Ｍｅｄ９）、ＴＦＩＩＥベータサブユニットコアドメイン（ＴＦＩＩＥβ）、核受容体共活性化因子３ドメイン（ＮＣＯＡ３）、ＦＯＸＯタンパク質ファミリーのトランス活性化ドメイン（ＦＯＸＯ－ＴＡＤ）、ＬＭＳＴＥＮモチーフドメイン、初期成長応答Ｎ末端ドメイン（ＤＵＦ３４４６）、ＱＬＱドメイン、もしくはＤｐｙ－３０モチーフドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＺＮＦ４７３ ＫＲＡＢドメインまたはＭｅｄ９ドメインを含む。
[0355]標的遺伝子の発現を活性化または増加させ得る例示的なドメインは、以下の表５に提供される。
Figure 2024501383000018
[0356]標的遺伝子の発現を活性化または増加させ得る追加の例示的なドメインは、以下の表６に提供されている。
Figure 2024501383000019
Figure 2024501383000020
[0357]いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、標的遺伝子と会合したヒストンのアセチル化を調節する。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストンアセチルトランスフェラーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストンアセチルトランスフェラーゼドメインと相互作用して、ヒストンアセチル化をもたらす、タンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ１（ＨＡＴ１）ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ヒトＥ１Ａ関連タンパク質ｐ３００のヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）コアドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＣＢＰ／ｐ３００ヒストンアセチルトランスフェラーゼまたはその触媒ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＣＲＥＢＢＰ、ＧＣＮ４、ＧＣＮ５、ＳＡＧＡ、ＳＡＬＳＡ、ＨＡＰ２、ＨＡＰ３、ＨＡＰ４、ＰＣＡＦ、ＫＭＴ２Ａ、またはこれらの任意の組合せを含む。
[0358]例示的なヒストンアセチルトランスフェラーゼドメインの配列は、以下に提供されている：
例示的なｐ３００アミノ酸配列：配列番号６７７。
[0359]例示的なＣＲＥＢＢＰアミノ酸配列：配列番号６７８。
[0360]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、標的配列を有する標的遺伝子の化学的改変を変更する。例えば、メチルトランスフェラーゼドメインを含むエピジェネティックエディターは、標的配列の近傍、または標的配列の側方１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００塩基対以内のヌクレオチド（またはヒストン）において、標的遺伝子のＤＮＡまたはヒストン残基をメチル化し得、それによって、標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングし得る。ＤＮＡまたはヒストンデメチラーゼを含むエピジェネティックエディターは、ＤＮＡまたは標的遺伝子と会合もしくは結合したヒストン残基のメチル化を除去し得、それによって、標的遺伝子の発現を活性化または増加させ得る。
[0361]エピジェネティックエディターによって媒介される化学的改変は、標的遺伝子の標的配列の近傍であり得る。例えば、そのような改変は、標的配列の側方５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００塩基対以内で生じ得る。いくつかの実施形態において、化学的改変は、標的配列の５’末端の上流５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００塩基対以内で生じる。
エピジェネティックエディター
[0362]標的遺伝子のエピジェネティック改変および発現調節のためのエピジェネティックエディターが、本明細書に記載される。本明細書において使用される場合、エピジェネティックエディターは、標的ポリヌクレオチドに結合し、エピジェネティックモジュレーション活性を有する、任意の作用物質であり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメインを使用して、特定の配列でポリヌクレオチドに結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、核酸にガイドされるＤＮＡ結合タンパク質を使用して、特定の配列でポリヌクレオチドに結合する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的ポリヌクレオチドにおけるかまたはそれに隣接する核酸配列のエピジェネティック状態をモジュレートすることができるエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的ポリヌクレオチドにおけるかまたはそれに隣接する、クロマチン領域、核酸配列、またはヒストンアミノ酸残基にエピジェネティック編集マークを付与することができる。例えば、エピジェネティックエディターは、標的ポリヌクレオチドにおけるかまたはそれに隣接するクロマチン領域、核酸配列、またはヒストンアミノ酸残基を、メチル化、脱メチル化、アセチル化、脱アセチル化、ユビキチン化、または脱ユビキチン化することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的ポリヌクレオチドにおけるかまたはそれに隣接する、クロマチン領域、核酸配列、またはヒストンアミノ酸残基に、転写調節に関与する１つまたは複数のタンパク質または複合体、例えば、転写因子、転写活性化因子、転写リプレッサー、またはインシュレーターを動員することができる。
[0363]本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、記載される１つまたは複数のエフェクタードメインを含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、複数のエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、１つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、またはそれ以上のエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、少なくとも２つのエフェクタードメイン、例えば、２つのリプレッサードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、少なくとも２つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、２つまたはそれ以上のエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、２つまたはそれ以上のエフェクタードメインは、標的遺伝子のモジュレーションの増強をもたらすように相乗的に機能する。例えば、エピジェネティックエディターは、２つのエフェクタードメインを含み得、そのうちの一方は、ヒストン脱アセチル化を誘導し、他方は、標的遺伝子のＤＮＡメチル化をもたらす。
[0364]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡメチル化ドメインおよびヒストン脱アセチル化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡメチル化ドメイン、および追加のＤＮＡメチル化、ヒストンメチル化、またはヒストン脱アセチル化タンパク質を動員する抑制ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡメチル化ドメイン、および追加のＤＮＡメチル化、ヒストンメチル化、またはヒストン脱アセチル化タンパク質を動員するスキャフォールドタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡメチル化ドメイン、ヒストン脱アセチル化ドメイン、および追加のＤＮＡメチル化、ヒストンメチル化、またはヒストン脱アセチル化タンパク質を動員するスキャフォールドタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、２つまたはそれ以上のＤＮＡメチル化ドメイン、ヒストン脱アセチル化ドメイン、および追加のＤＮＡメチル化、ヒストンメチル化、またはヒストン脱アセチル化タンパク質を動員するスキャフォールドタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、２つまたはそれ以上のＤＮＡメチル化ドメイン、２つまたはそれ以上のヒストン脱アセチル化ドメイン、および／または追加のＤＮＡメチル化、ヒストンメチル化、またはヒストン脱アセチル化タンパク質を動員する２つまたはそれ以上のスキャフォールドタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＲＡＢドメインおよびＤＮＭＴ３ドメインを含み、これらの両方が、２つのリプレッサードメインのうちの１つしか有さないエピジェネティックエフェクターと比較して、標的遺伝子の発現の低減またはサイレンシングの増強を相乗的にもたらし得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＲＡＢドメイン、Ｄｎｍｔ３Ａドメイン、およびＤｎｍｔ３Ｌドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメインの側方にＫＲＡＢドメインおよびＤｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインがある構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ－［ＫＲＡＢ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ］－Ｃを含み、ここで、「］－［」は、任意の核局在化シグナル、任意のタグ配列、または本明細書に提供される任意のリンカーである。
[0365]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ脱メチル化ドメインおよびヒストンアセチル化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ脱メチル化ドメイン、および追加のＤＮＡ脱メチル化またはヒストンアセチル化タンパク質を動員する活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ脱メチル化ドメイン、ヒストンアセチル化ドメイン、および追加のＤＮＡ脱メチル化またはヒストンアセチル化タンパク質を動員するスキャフォールドタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、２つまたはそれ以上のＤＮＡ脱メチル化ドメイン、２つまたはそれ以上のヒストンアセチル化ドメイン、および／または追加のＤＮＡ脱メチル化もしくはヒストン脱アセチル化タンパク質を動員する２つまたはそれ以上のスキャフォールドタンパク質を含む。
[0366]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰ６４活性化ドメイン、ｐ６５活性化ドメイン、およびＲｔａ活性化ドメイン（まとめて、ＶＰＲ活性化ドメイン）を含み得、これらのすべては、３つの活性化ドメインのうちの１つしか有さないエピジェネティックエフェクターと比較して、標的遺伝子の発現の活性化の増強を相乗的にもたらす。
[0367]エピジェネティックエディターのエフェクタードメインは、直接的な融合を介して、または本明細書に記載される任意のリンカーを介して、別のエフェクタードメインに連結され得る。エピジェネティックエディターのエフェクタードメインおよびＤＮＡ結合ドメインはまた、直接的な融合または本明細書に記載される任意のリンカーを介して、連結され得る。
[0368]いくつかの実施形態において、２つまたはそれ以上のエフェクタードメインは、同一である。いくつかの実施形態において、２つまたはそれ以上のエフェクタードメインは、同じタンパク質ファミリーに属する。いくつかの実施形態において、２つまたはそれ以上のエフェクタードメインは、同じ転写機序または調節機序に関与する異なるタンパク質である。
[0369]複数のエピジェネティックエディター、例えば、エピジェネティックエディター融合タンパク質または複合体を使用して、標的遺伝子または複数の標的遺伝子の活性化または抑制をもたらしてもよい。例えば、ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、ｄＣａｓ９ドメイン）およびメチル化ドメインを含むエピジェネティックエディター融合タンパク質は、それぞれが異なる標的ＤＮＡ配列を標的とする２つまたはそれ以上のガイドＲＮＡと共送達され得る。２つまたはそれ以上の標的ＤＮＡ配列は、同じ標的遺伝子内にあってもよく、または異なる標的遺伝子内にあってもよい。ＤＮＡ結合ドメインによって認識される２つまたはそれ以上の標的ＤＮＡ配列は、オーバーラップするものであってもよく、またはオーバーラップしないものであってもよい。ＤＮＡ結合ドメインの２つの標的部位は、例えば、約１００塩基対、約２００塩基対、約３００塩基対、約４００塩基対、約５００塩基対、約６００塩基対、またはそれ以上離れていてもよい。加えて、内因性ゲノムなど、二本鎖ＤＮＡを標的とする場合、人工転写因子のＤＮＡ結合ドメインは、同じ鎖または異なる鎖を標的とし得る（１つもしくは複数のプラス鎖および／または１つもしくは複数のマイナス鎖）。さらに、同じかまたは異なるＤＮＡ結合ドメインが、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターにおいて使用され得る。
リンカー
[0370]本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、エピジェネティックエディターの１つまたは複数の成分を接続する１つまたは複数のリンカーを含み得る。リンカーは、共有結合であってもよく、または多数の原子の長さを有するポリマーリンカーであってもよい。リンカーは、ペプチドリンカーであってもよく、または非ペプチドリンカーであってもよい。
[0371]ある特定の実施形態において、リンカーは、エピジェネティックエディターのペプチドまたはペプチドドメインのうちのいずれかを連結させるために使用され得る。リンカーは、共有結合ほどの単純なものであってもよく、または多数の原子の長さのポリマーリンカーであってもよい。ある特定の実施形態において、リンカーは、ポリペプチドであるか、またはアミノ酸に基づく。他の実施形態において、リンカーは、ペプチド様ではない。ある特定の実施形態において、リンカーは、共有結合である（例えば、炭素－炭素結合、ジスルフィド結合、炭素－ヘテロ原子結合など）。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミド連結の炭素－窒素結合である。ある特定の実施形態において、リンカーは、環式または非環式、置換または非置換、分岐状または非分岐状の脂肪族またはヘテロ脂肪族リンカーである。ある特定の実施形態において、リンカーは、ポリマー状である（例えば、ポリエチレン、ポリエチレングリコール、ポリアミド、ポリエステルなど）。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミノアルカン酸のモノマー、ダイマー、またはポリマーを含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミノアルカン酸（例えば、グリシン、エタン酸、アラニン、ベータ－アラニン、３－アミノプロパン酸、４－アミノブタン酸、５－ペンタン酸など）を含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミノヘキサン酸（Ａｈｘ）のモノマー、ダイマー、またはポリマーを含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、炭素環部分に基づく（例えば、シクロペンタン、シクロヘキサン）。他の実施形態において、リンカーは、ポリエチレングリコール部分（ＰＥＧ）を含む。他の実施形態において、リンカーは、アミノ酸を含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、ペプチドを含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、アリールまたはヘテロアリール部分を含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、フェニル環に基づく。リンカーは、ペプチドからの求核剤（例えば、チオール、アミノ）のリンカーへの結合を促進する官能化部分を含み得る。任意の求電子剤が、リンカーの部分として使用され得る。例示的な求電子剤としては、活性化エステル、活性化アミド、マイケルアクセプター、ハロゲン化アルキル、ハロゲン化アリール、ハロゲン化アシル、およびイソチオシアネートが挙げられるが、これらに限定されない。
[0372]いくつかの実施形態において、リンカーは、非ペプチドリンカーである。例えば、リンカーは、炭素結合、ジスルフィド結合、または炭素－ヘテロ原子結合であり得る。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミド連結の炭素－窒素結合である。ある特定の実施形態において、リンカーは、環式または非環式、置換または非置換、分岐状または非分岐状の脂肪族またはヘテロ脂肪族リンカーである。
[0373]ある特定の実施形態において、リンカーは、ポリマー状である（例えば、ポリエチレン、ポリエチレングリコール、ポリアミド、ポリエステルなど）。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミノアルカン酸のモノマー、ダイマー、またはポリマーを含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミノアルカン酸（例えば、グリシン、エタン酸、アラニン、ベータ－アラニン、３－アミノプロパン酸、４－アミノブタン酸、５－ペンタン酸など）を含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、アミノヘキサン酸（Ａｈｘ）のモノマー、ダイマー、またはポリマーを含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、炭素環部分に基づく（例えば、シクロペンタン、シクロヘキサン）。他の実施形態において、リンカーは、ポリエチレングリコール部分（ＰＥＧ）を含む。他の実施形態において、リンカーは、アミノ酸を含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、ペプチドを含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、アリールまたはヘテロアリール部分を含む。ある特定の実施形態において、リンカーは、フェニル環に基づく。リンカーは、ペプチドからの求核剤（例えば、チオール、アミノ）のリンカーへの結合を促進する官能化部分を含み得る。任意の求電子剤が、リンカーの部分として使用され得る。例示的な求電子剤としては、活性化エステル、活性化アミド、ハロゲン化アルキル、ハロゲン化アリール、ハロゲン化アシル、およびイソチオシアネートが挙げられるが、これらに限定されない。
[0374]いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターの１つまたは複数のリンカーは、ペプチドリンカーである。例えば、亜鉛フィンガーアレイおよびリプレッサードメインは、ペプチドリンカーによって接続され、亜鉛フィンガー－リプレッサー融合タンパク質を形成し得る。ペプチドリンカーは、本明細書に記載されるエピジェネティックエディター融合タンパク質に適用可能な任意の長さであり得る。いくつかの実施形態において、リンカーは、１～２００個のアミノ酸のペプチドを含み得る。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメイン、例えば、亜鉛フィンガーアレイおよびエフェクタードメインは、長さが１～５個、１～１０個、１～２０個、１～３０個、１～４０個、１～５０個、１～６０個、１～８０個、１～１００個、１～１５０個、１～２００個、５～１０個、５～２０個、５～３０個、５～４０個、５～６０個、５～８０個、５～１００個、５～１５０個、５～２００個、１０～２０個、１０～３０個、１０～４０個、１０～５０個、１０～６０個、１０～８０個、１０～１００個、１０～１５０個、１０～２００個、２０～３０個、２０～４０個、２０～５０個、２０～６０個、２０～８０個、２０～１００個、２０～１５０個、２０～２００個、３０～４０個、３０～５０個、３０～６０個、３０～８０個、３０～１００個、３０～１５０個、３０～２００個、４０～５０個、４０～６０個、４０～８０個、４０～１００個、４０～１５０個、４０～２００個、５０～６０個、５０～８０個、５０～１００個、５０～１５０個、５０～２００個、６０～８０個、６０～１００個、６０～１５０個、６０～２００個、８０～１００個、８０～１５０個、８０～２００個、１００～１５０個、１００～２００個、または１５０～２００個のアミノ酸を含むリンカーを介して融合される。より長いかまたは短いリンカーもまた、企図される。いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、４個、１６個、３２個、または１０４個のアミノ酸の長さである。いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、可動性リンカーである。いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、剛性リンカーである。
[0375]いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、配列番号６７９～６８３のアミノ酸配列を含む。
[0376]いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、ＸＴＥＮリンカーである。いくつかの実施形態において、ペプチドリンカーは、配列番号６８４のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、長さが２４個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、リンカーは、配列番号６８５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、長さが４０個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、リンカーは、配列番号６８６のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、長さが６４個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、リンカーは、配列番号６８７のアミノ酸配列を含む。
[0377]いくつかの実施形態において、リンカーは、長さが９２個のアミノ酸である。いくつかの実施形態において、リンカーは、配列番号６８８のアミノ酸配列を含む。
[0378]具体的な用途のエフェクタードメイン活性に最適な長さを達成するために、エフェクタードメイン（例えば、リプレッサードメイン）とＤＮＡ結合タンパク質（例えば、Ｃａｓ９ドメイン）との間、エフェクタードメインと第２のエフェクタードメインとの間、またはエピジェネティックエディターの任意の２つの成分の間で、様々なリンカーの長さおよび可動性が用いられ得る（例えば、形式（ＧＧＧＧＳ）ｎ、（ＧＧＧＧＳ）ｎ、および（Ｇ）ｎの非常に可動性のリンカーから、形式（ＥＡＡＡＫ）ｎ、（ＳＧＧＳ）ｎ、および（ＸＰ）ｎのより剛性のリンカーまでの範囲に及ぶ）。いくつかの実施形態において、ｎは、３～３０の任意の整数である。いくつかの実施形態において、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５である。いくつかの実施形態において、リンカーは、（ＧＧＳ）ｎモチーフを含み、ここで、ｎは、１、３、または７である。
[0379]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるリンカーは、例えば、配列番号６８９～６９４のペプチド配列の核局在化シグナルを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるリンカーは、切断性ペプチド、例えば、Ｔ２Ａペプチド、ｐ２Ａペプチド、またはフューリン／ｐ２Ａペプチドを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターにおけるリンカーは、発現タグ、例えば、検出可能なタグ、例えば、緑色蛍光タンパク質を含む。
[0380]いくつかの実施形態において、リンカーは、核酸を含む。例えば、エピジェネティックエディターの１つまたは複数のリンカーは、ポリペプチドに結合するか、それと相互作用するか、それと会合するか、またはそれと複合体を形成することができる、核酸を含み得る。いくつかの実施形態において、核酸リンカーは、ＲＮＡ結合タンパク質ドメイン、例えば、期由来ＲＮＡ結合ドメインに結合することができる、および／またはそれと相互作用することができる、ＲＮＡリンカーであり得る。いくつかの実施形態において、核酸リンカーは、エピジェネティックエディターのＣａｓタンパク質に結合することができるガイドポリヌクレオチドに融合され得る。いくつかの実施形態において、核酸リンカーは、Ｋ相同性（ＫＨ）ドメイン結合配列、ＭＳ２コートタンパク質結合配列、ＰＰ７コートタンパク質結合配列、ＳｆＭｕ ＣＯＭコートタンパク質結合配列、テロメラーゼＫｕ結合モチーフ結合配列、ｓｍ７タンパク質結合配列、またはそれらの他のＲＮＡ認識モチーフ結合配列を含む。
[0381]いくつかの実施形態において、リンカーは、エピジェネティックエフェクターの成分に特異的に結合する親和性ドメインを含む。例えば、エピジェネティックエフェクターは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメイン、エピジェネティックエフェクタードメインに対する特異的結合親和性を有する親和性ドメインを含むリンカーを含み得る。親和性ドメインは、抗体、一本鎖抗体、ナノボディ、および抗原結合配列、抗体、ナノボディ、機能性抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ＶＮＡＲドメイン、ＶＨＨドメイン、二重特異性抗体、ダイアボディ、またはこれらの機能性フラグメントもしくは組合せを含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＫＡＰ１タンパク質に結合するＫＡＰ１抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＫＲＡＢタンパク質に結合するＫＲＡＢ抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＤＮＭＴ１タンパク質に結合するＤＮＭＴ１抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＤＮＭＴ３Ａタンパク質に結合するＤＮＭＴ３Ａ抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＤＮＭＴ３Ｌタンパク質に結合するＤＮＭＴ３Ｌ抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＺＩＭ３タンパク質に結合するＺＩＭ３抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＴＥＴ１タンパク質に結合するＴＥＴ１抗体を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクタードメインは、プログラム可能なＤＮＡ結合ドメインおよびＶＰ１６またはＶＰ６４タンパク質に結合するＶＰ１６またはＶＰ６４抗体を含む。
[0382]いくつかの実施形態において、リンカーは、リピートペプチドアレイを含む。いくつかの実施形態において、リンカーは、エピトープタグ、例えば、ＳｕｎＴａｇを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、エピトープタグを認識するペプチドに結合または融合された複数のエフェクタードメインを連結させることができる、エピトープタグの複数のコピーを含む１つまたは複数のペプチドアレイを含む。例えば、エピトープタグアレイは、ＤＮＡ結合ドメイン、およびエピトープタグを認識する抗体配列に融合または結合した複数のエフェクタードメインまたはエフェクタードメインの複数のコピーを連結させることができる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、またはそれ以上のエフェクタードメインまたはエフェクタードメインのコピーを連結させる、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、またはそれ以上のエピトープタグリピートを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、複数のエフェクタードメインおよび検出可能な発現タグドメイン、例えば、ＧＦＰを連結させる、複数のエピトープタグリピートを含む。いくつかの実施形態において、リピートペプチドアレイは、遺伝子制御非抑制性４（ＧＣＮ４）ペプチド配列を含む。いくつかの実施形態において、リピートペプチドアレイは、１５～５０個のアミノ酸のペプチド配列を連結させることによって、さらに連結される。米国特許出願第ＵＳ２０１７０２１９５９６号および米国特許第１０，６１２，０４４号に記載されるリピートペプチドアレイは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
核局在化シグナル
[0383]いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、１つまたは複数の核標的化配列を含む。例えば、本明細書に記載される亜鉛フィンガー－リプレッサー融合タンパク質は、１つまたは複数の核標的化配列、例えば、核局在化配列（ＮＬＳ）をさらに含み得る。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、複数のＮＬＳを含む。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、融合タンパク質のＮ末端またはＣ末端に、ＮＬＳを含む。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、Ｎ末端およびＣ末端の両方に、ＮＬＳを含む。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、融合タンパク質の中央に埋め込まれる。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、ＮＬＳを含むタンパク質の細胞核への輸送を促進するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、融合タンパク質のＮ末端に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、融合タンパク質のＣ末端に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、核酸結合タンパク質、例えば、Ｃａｓ９または亜鉛フィンガーアレイのＮ末端に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、核酸結合タンパク質のＣ末端に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、エフェクタードメイン、例えば、リプレッサードメインのＮ末端に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、エフェクタードメイン、例えば、リプレッサードメインのＣ末端に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、１つまたは複数のリンカーを介して、融合タンパク質に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、リンカーなしで融合タンパク質に融合される。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、本明細書に提供または参照されるＮＬＳ配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＮＬＳは、配列番号６８７または配列番号６９２のアミノ酸配列を含む。追加の核局在化配列は、当該技術分野において公知であり、当業者には明らかであろう。
タグ
[0384]本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、エディターの追跡、検出、および局在化のための１つまたは複数の追加の配列、ドメイン、タグを含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、１つまたは複数の検出可能なタグを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、またはそれ以上の検出可能なタグを含む。検出可能なタグのそれぞれは、同じであっても異なってもよい。
[0385]例えば、エピジェネティックエディター融合タンパク質は、細胞質局在化配列、外部輸送配列、例えば、核外輸送配列、または他の局在化配列、ならびに融合タンパク質の可溶化、精製、もしくは検出に有用である配列タグを含み得る。本明細書に提供される好適なタンパク質タグとしては、ビオチンカルボキシラーゼ担体タンパク質（ＢＣＣＰ）タグ、ｍｙｃタグ、カルモジュリンタグ、ＦＬＡＧタグ、ヘマグルチニン（ＨＡ）タグ、ヒスチジンタグまたはＨｉｓタグとも称されるポリヒスチジンタグ、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）タグ、ｎｕｓタグ、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）タグ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）タグ、チオレドキシンタグ、Ｓタグ、Ｓｏｆｔａｇ（例えば、Ｓｏｆｔａｇ １、Ｓｏｆｔａｇ ３）、ｓｔｒｅｐタグ、ビオチンリガーゼタグ、ＦｌＡｓＨタグ、Ｖ５タグ、およびＳＢＰタグが挙げられるが、これらに限定されない。追加の好適な配列は、当業者には明らかであろう。
[0386]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、１～２つの検出可能なタグを含む。複数の態様において、融合タンパク質は、１つの検出可能なタグを含む。複数の態様において、融合タンパク質は、２つの検出可能なタグを含む。複数の態様において、融合タンパク質は、３つの検出可能なタグを含む。複数の態様において、融合タンパク質は、４つの検出可能なタグを含む。複数の態様において、融合タンパク質は、５つの検出可能なタグを含む。
エピジェネティックエディター構造
[0387]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターの複数の成分は、任意の順序であり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、構造：Ｎ’］－［Ｄ１］－［Ｄ２］－［Ｃ’を含み、ここで、Ｄ１およびＤ２のうちのいずれか１つは、ＤＮＡ結合ドメインまたはエフェクタードメインである。
[0388]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、構造：Ｎ’］－［Ｄ１］－［Ｄ２］－［Ｄ３］－［Ｃ’を含み、ここで、Ｄ１、Ｄ２、およびＤ３のうちのいずれか１つは、ＤＮＡ結合ドメインまたはエフェクタードメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ１は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ２は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ３は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ１は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ２は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ３は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。
[0389]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、構造：Ｎ’］－［Ｄ１］－［Ｄ２］－［Ｄ３］－［Ｄ４］－［Ｃ’を含み、ここで、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３、およびＤ４のうちのいずれか１つは、ＤＮＡ結合ドメインまたはエフェクタードメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ１は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ２は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ３は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ４は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ１は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ２は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ３は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ４は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。
[0390]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、構造：Ｎ’］－［Ｄ１］－［Ｄ２］－［Ｄ３］－［Ｄ４］－［Ｄ５］－［Ｃ’を含み、ここで、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３、Ｄ４、およびＤ５のうちのいずれか１つは、ＤＮＡ結合ドメインまたはエフェクタードメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ１は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ２は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ３は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ４は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ５は、ＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ１は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ２は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ３は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ４は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。いくつかの実施形態において、Ｄ５は、唯一のＤＮＡ結合ドメインである。
[0391]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＭＴドメインである少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＲＡＢドメインである少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエフェクターは、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌドメインの融合体である少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。
[0392]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＴＥＴ１ドメインである少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰ１６ドメインである少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰ６４ドメインである少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＲＴＡドメインである少なくとも１つのエフェクタードメインを含む。
[0393]エピジェネティックエディターの成分は、異なる構成で構造化され得る。例えば、ＤＮＡ結合ドメインは、Ｃ末端にあってもよく、Ｎ末端にあってもよく、または２つもしくはそれ以上のエピジェネティックエフェクタードメインもしくは追加のドメインの間にあってもよい。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、エピジェネティックエディターのＣ末端にある。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、エピジェネティックエディターのＮ末端にある。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、１つまたは複数の核局在化シグナルに連結される。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、２つまたはそれ以上の核局在化シグナルに連結される。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ結合ドメインは、両方の末端が、エピジェネティックエフェクタードメインまたは追加のドメインに隣接している。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［エピジェネティックエフェクタードメイン１］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［エピジェネティックエフェクタードメイン２］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［エピジェネティックエフェクタードメイン１］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［エピジェネティックエフェクタードメイン２］－［エピジェネティックエフェクタードメイン３］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［エピジェネティックエフェクタードメイン１］－［エピジェネティックエフェクタードメイン２］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［エピジェネティックエフェクタードメイン３］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［エピジェネティックエフェクタードメイン１］－［エピジェネティックエフェクタードメイン２］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［エピジェネティックエフェクタードメイン３］－［エピジェネティックエフェクタードメイン４］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＫＲＡＢ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＫＲＡＢ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＳＥＴＤＢ１］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＳＥＴＤＢ１］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＫＲＡＢ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、Ｄｎｍｔ３ＡおよびＤｎｍｔ３Ｌは、ペプチド結合を介して直接的に融合される。
[0394]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［ＫＲＡＢ］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［ＫＲＡＢ］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［ＫＲＡＢ］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、Ｄｎｍｔ３ＡおよびＤｎｍｔ３Ｌは、ペプチド結合を介して直接的に融合される。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［Ｄｎｍｔ３Ａ］－［Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｃ’の構成を含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ］－［ＤＮＡ結合ドメイン］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、Ｄｎｍｔ３ＡおよびＤｎｍｔ３Ｌは、ペプチド結合を介して直接的に融合される。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディター構造のうちのいずれか１つにおける接続構造「］－［」は、リンカー、例えば、ペプチドリンカーである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディター構造のうちのいずれか１つにおける接続構造「］－［」は、検出可能なタグである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディター構造のうちのいずれか１つにおける接続構造「］－［」は、ペプチド結合である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディター構造のうちのいずれか１つにおける接続構造「］－［」は、核局在化シグナルである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディター構造のうちのいずれか１つにおける接続構造「］－［」は、プロモーターまたは調節配列である。エピジェネティックエディター構造において、複数の接続構造「］－［」は、同じであってもよく、またはそれぞれが異なるリンカー、タグ、ＮＬＳ、もしくはペプチド結合であってもよい。
[0395]エピジェネティックエディターのＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）は、本明細書に記載されるかまたは当業者に公知であるＤＮＡ結合ドメインのうちのいずれか１つを含み得る。いくつかの実施形態において、ＤＢＤは、１つまたは複数の亜鉛フィンガーアレイを含む。いくつかの実施形態において、ＤＢＤは、ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＢＤは、ＲＮＡにガイドされるプログラム可能なＤＮＡ結合ドメイン、例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質ドメインである。好適なＣａｓタンパク質は、本明細書に提供されており、これは、標的ＤＮＡ鎖の切断を引き起こすことのないエピジェネティック編集の目的でヌクレアーゼ不活性Ｃａｓタンパク質を含む。エピジェネティックエディターにおけるＣａｓタンパク質は、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）、ＳａＣａｓ９ｄ、ＳｐＣａｓ９ｄ、改変されたＰＡＭ特異性を有するｄＣａｓ９、高忠実度ｄＣａｓ９、ヌクレアーゼ不活性Ｃｐｆ１（ｄＣｐｆ１）、改変されたＰＡＭ特異性を有するｄＣｐｆ１、高忠実度ｄＣｐｆ１、ｄＣａｓ１２ｅ、ｄＣａｓＹ、または本明細書に記載される任意の他のＣａｓタンパク質であり得る。
[0396]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）および標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングするエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［抑制ドメイン］－［ＤＢＤ］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＢＤ］－［抑制ドメイン］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0397]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）、および標的遺伝子に１つまたは複数のメチル化マークを付与し、それによって標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングする、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン］－［ＤＢＤ］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＢＤ］－［ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0398]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン、および標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングするエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン］－［ＤＢＤ］－［抑制ドメイン］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［抑制ドメイン］－［ＤＢＤ］－［ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0399]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン］－［抑制ドメイン］－［ＤＢＤ］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［抑制ドメイン］－［ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン］－［ＤＢＤ］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0400]エピジェネティックエディターにおける抑制ドメインは、当業者に公知であり本明細書に記載される発現抑制タンパク質のうちのいずれか１つ、またはその任意のホモログもしくは組合せを含み得る。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、ヒストンデアセチラーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、標的遺伝子の発現を抑制する１つまたは複数のタンパク質ドメインを動員するスキャフォールドタンパク質ドメインと相互作用する。例えば、抑制ドメインは、ＰＲＭＴタンパク質、ＨＤＡＣタンパク質、ＳＥＴＤＢ１タンパク質、またはＮｕＲＤタンパク質ドメインを動員するスキャフォールドタンパク質ドメインを動員し得るか、またはそれと相互作用し得る。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、標的遺伝子内のエピジェネティックにマークされたＤＮＡヌクレオチドと相互作用し、それによって、標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、ＭＥＣＰ２ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、ＫＡＰ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、表２もしくは表３のドメインのうちのいずれか１つ、またはそれらの任意の組合せもしくはホモログを含む。
[0401]エピジェネティックエディターにおけるＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、当業者に公知であり本明細書に記載されるＤＮＡメチルトランスフェラーゼタンパク質のうちのいずれか１つ、またはそれらの任意のホモログもしくは組合せを含み得る。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、ＤＮＭＴ３ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、ＤＮＭＴ３Ａドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、ＤＮＭＴ３Ｂドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、ＤＮＭＴ３Ｃドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、ＤＮＭＴ３Ｌドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌドメインの融合体を含む。本明細書に記載される場合、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ融合体ドメインは、いずれの順序、例えば、Ｎ－ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＣまたはＮ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＤＮＭＴ３Ａ－Ｃであってもよい。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインは、表１のドメインのうちのいずれか１つ、またはそれらの任意の組合せもしくはホモログを含む。
[0402]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）および標的遺伝子の発現を増加させるエフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［活性化ドメイン］－［ＤＢＤ］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＢＤ］－［活性化ドメイン］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0403]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）、および標的遺伝子において１つまたは複数のメチル化マークを除去し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる、ＤＮＡ脱メチル化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＮＡデメチラーゼドメイン］－［ＤＢＤ］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＢＤ］－［ＤＮＡデメチラーゼドメイン］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0404]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）、ＤＮＡデメチラーゼドメイン、および標的遺伝子の発現を増加させる活性化エフェクタードメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＮＡデメチラーゼドメイン］－［ＤＢＤ］－［活性化ドメイン］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［活性化ドメイン］－［ＤＢＤ］－［ＤＮＡデメチラーゼドメイン］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0405]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［ＤＮＡデメチラーゼドメイン］－［活性化ドメイン］－［ＤＢＤ］－［－Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｎ’］－［活性化ドメイン］－［ＤＮＡデメチラーゼドメイン］－［ＤＢＤ］－［Ｃ’の構成を含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に記載されるリンカーのうちのいずれか１つ、検出可能なタグ、親和性ドメイン、ペプチド結合、核局在化シグナル、プロモーター、および／または調節配列である。
[0406]エピジェネティックエディターにおける活性化ドメインは、当業者に公知であり本明細書に記載される発現活性化タンパク質のうちのいずれか１つ、またはその任意のホモログもしくは組合せを含み得る。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、ヒストンアセチルトランスフェラーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、標的遺伝子の発現を活性化させる１つまたは複数のタンパク質ドメインを動員するスキャフォールドタンパク質ドメインと相互作用する。例えば、活性化ドメインは、１つまたは複数の転写因子または活性化因子を動員するスキャフォールドタンパク質ドメインを動員し得るか、またはそれと相互作用し得る。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、単純ヘルペスウイルスタンパク質１６（ＶＰ１６）活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、複数のＶＰ１６活性化ドメインのタンデムリピートを含む活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、ＶＰ１６の４つのタンデムコピーであるＶＰ６４活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、ＶＰ１６の８つのタンデムコピーであるＶＰ１２８活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、ＶＰ１６の１０個のタンデムコピーであるＶＰ１６０活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、ＮＦκＢのｐ６５活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、エプスタイン・バーウイルスＲトランス活性化因子（Ｒｔａ）活性化ドメインを含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、複数の活性化因子の融合体、例えば、ＶＰ６４、ｐ６５、およびＲｔａ活性化ドメインの三要素活性化因子（ＶＰＲ活性化ドメイン）を含む。いくつかの実施形態において、活性化ドメインは、表５もしくは表６のドメインのうちのいずれか１つ、またはそれらの任意のホモログもしくは組合せを含む。
[0407]エピジェネティックエディターにおけるＤＮＡ脱メチル化ドメインは、当業者に公知であり本明細書に記載されるＤＮＡ脱メチル化タンパク質のうちのいずれか１つ、またはそれらの任意のホモログもしくは組合せを含み得る。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ脱メチル化ドメインは、ＴＥＴファミリータンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ脱メチル化ドメインは、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、またはＴＥＴ３タンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ脱メチル化ドメインは、ＴＥＴ１タンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ脱メチル化ドメインは、表４のドメインのうちのいずれか１つ、またはそれらの任意のホモログもしくは組合せを含む。
[0408]いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングし得るエピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、抑制スキャフォールドまたは動員タンパク質ドメイン、例えば、ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、またはＭＥＣＰ２ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体ドメイン、および標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする追加の抑制ドメインを含む。エピジェネティックエディターにおける抑制ドメインは、当業者に公知であり本明細書に記載される発現抑制タンパク質のうちのいずれか１つ、またはその任意のホモログもしくは組合せを含み得る。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、ヒストンデアセチラーゼドメインを含む。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、標的遺伝子の発現を抑制する１つまたは複数のタンパク質ドメインを動員するスキャフォールドタンパク質ドメインと相互作用する。例えば、抑制ドメインは、ＰＲＭＴタンパク質、ＨＤＡＣタンパク質、ＳＥＴＤＢ１タンパク質、またはＮｕＲＤタンパク質ドメインを動員するスキャフォールドタンパク質ドメインを動員し得るか、またはそれと相互作用し得る。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、標的遺伝子内のエピジェネティックにマークされたＤＮＡヌクレオチドと相互作用し、それによって、標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、ＭＥＣＰ２ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、ＫＡＰ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抑制ドメインは、表２もしくは表３のドメインのうちのいずれか１つ、またはそれらの任意の組合せもしくはホモログを含む。
[0409]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体ドメインおよびＫＡＰ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＫＡＰ１］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＫＡＰ１］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＫＡＰ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［ＫＡＰ１］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＫＡＰ１］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［ＫＡＰ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。
[0410]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体ドメインおよびＭＥＣＰ２ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＭＥＣＰ２］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＭＥＣＰ２］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＭＥＣＰ２］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［ＭＥＣＰ２］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＭＥＣＰ２］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［ＭＥＣＰ２］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。
[0411]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体ドメインおよびヘテロクロマチンタンパク質１（ＨＰ１）ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＨＰ１］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＨＰ１］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＨＰ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［ＨＰ１］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＨＰ１］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［ＨＰ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。
[0412]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体ドメインおよびＳＥＴＤＢ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＳＥＴＤＢ１］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＳＥＴＤＢ１］－［ＤＢＤ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［Ｄｎｍｔ３Ａ－３Ｌ］－［ＤＢＤ］－［ＳＥＴＤＢ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。
[0413]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体ドメイン、ならびにＳＥＴＤＢ１ドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＫＲＡＢドメイン、および／またはＭＥＣＰ２ドメインを、その任意の順序および組合せで含む。
[0414]いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングするエピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよび抑制ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む。例えば、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよび抑制ドメイン抗体を含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＫＡＰ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＫＲＡＢ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＳＥＴＤＢ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＭＥＣＰ２親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼおよび抑制ドメイン結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合体および抑制ドメイン結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合体およびＫＡＰ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合体およびＫＲＡＢ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合体およびＳＥＴＤＢ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合体およびＭＥＣＰ２親和性ドメインを含む。本明細書において使用される場合、親和性ドメインは、抗体、一本鎖抗体、ナノボディ、および抗原結合配列、抗体、ナノボディ、機能性抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ＶＮＡＲドメイン、ＶＨＨドメイン、二重特異性抗体、ダイアボディ、またはこれらの機能性フラグメントもしくは組合せであり得る。
[0415]いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングするエピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む。例えば、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＤＮＡメチルトランスフェラーゼ抗体を含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＤｎｍｔ３Ａ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＤｎｍｔ３Ｌ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、抑制ドメインおよびＤＮＡメチルトランスフェラーゼ結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、抑制ドメインおよびＤｎｍｔ３Ａ結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、抑制ドメインおよびＤｎｍｔ３Ｌ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＡＰ１、ＫＲＡＢ、およびＭＥＣＰ２ドメインのうちの１つまたは複数、ならびにＤｎｍｔ３Ａ結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＡＰ１ドメインの１つまたは複数、およびＤｎｍｔ３Ａ結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＡＰ１、ＫＲＡＢ、およびＭＥＣＰ２ドメインのうちの１つまたは複数、ならびにＤｎｍｔ３Ｌ結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＫＡＰ１ドメインの１つまたは複数、およびＤｎｍｔ３Ｌ結合親和性ドメインを含む。親和性ドメインは、抗体、一本鎖抗体、ナノボディ、および抗原結合配列、抗体、ナノボディ、機能性抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ＶＮＡＲドメイン、ＶＨＨドメイン、二重特異性抗体、ダイアボディ、またはこれらの機能性フラグメントもしくは組合せであり得る。
[0416]いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングするエピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、およびＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインに特異的に結合する第１の親和性ドメイン、および抑制ドメインに特異的に結合する第２の親和性ドメインを含む。例えば、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、およびＤＮＡメチルトランスフェラーゼ抗体、および抑制ドメイン抗体を含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、ＫＡＰ１親和性ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、ＫＡＰ１親和性ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ｌ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、ＭＥＣＰ２親和性ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、ＭＥＣＰ２親和性ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ｌ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、ＫＲＡＢ親和性ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤ、ＫＲＡＢ親和性ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ｌ親和性ドメインを含む。親和性ドメインは、抗体、一本鎖抗体、ナノボディ、および抗原結合配列、抗体、ナノボディ、機能性抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ＶＮＡＲドメイン、ＶＨＨドメイン、二重特異性抗体、ダイアボディ、またはこれらの機能性フラグメントもしくは組合せであり得る。
[0417]いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現を増加させ得るエピジェネティックエディターは、ＴＥＴ１タンパク質ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、活性化タンパク質ドメイン、例えば、ＶＰ１６ドメイン、ＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、またはＲｔａドメインをさらに含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰ６４－ｐ６５－Ｒｔａ活性化ドメイン（ＶＰＲ活性化ドメイン）およびＴＥＴ１ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＴＥＴ１］－［ＶＰＲ］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＶＰＲ］－［ＴＥＴ１］－［ＤＢＤ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［ＴＥＴ１］－［ＶＰＲ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＤＢＤ］－［ＶＰＲ］－［ＴＥＴ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＶＰＲ］－［ＤＢＤ］－［ＴＥＴ１］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、以下の構成：Ｎ］－［ＴＥＴ１］－［ＤＢＤ］－［ＶＰＲ］－［Ｃを含み、ここで、接続構造］－［は、本明細書に提供されるリンカーのうちのいずれか１つ、例えば、ペプチドリンカー、エピトープタグのアレイ、またはスキャフォールド核酸（例えば、ＤＢＤ、ＴＥＴ、またはＶＰＲドメインに融合されたＭＳ２ドメインを認識するＲＮＡ）であり得る。
[0418]いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現を増加させるエピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよび活性化ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む。例えば、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよび活性化ドメイン抗体を含み得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＶＰ１６親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびｐ６５親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＲｔａ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＮＡデメチラーゼおよび活性化ドメイン結合親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、活性化ドメインおよびデメチラーゼ親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＤＢＤおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰ１６ドメインおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰ６４ドメインおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＲｔａドメインおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ｐ６５ドメインおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、ＶＰＲ活性化ドメインおよびＴＥＴ１親和性ドメインを含む。親和性ドメインは、抗体、一本鎖抗体、ナノボディ、および抗原結合配列、抗体、ナノボディ、機能性抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ＶＮＡＲドメイン、ＶＨＨドメイン、二重特異性抗体、ダイアボディ、またはこれらの機能性フラグメントもしくは組合せであり得る。
追加のドメイン
[0419]エピジェネティックエディター系は、ガイドポリヌクレオチドの部分またはセグメント（例えば、ポリヌクレオチドモチーフ）と相互作用するか、それと会合するか、またはそれと複合体を形成することができる、追加の異種部分またはドメイン（例えば、ポリヌクレオチド結合ドメイン、例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ結合タンパク質）をさらに含み得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分またはドメイン（例えば、ポリヌクレオチド結合ドメイン、例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ結合タンパク質）は、ＤＮＡ結合ドメインまたはエフェクタードメインに融合または連結され得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分は、ポリペプチドに結合するか、それと相互作用するか、それと会合するか、またはそれと複合体を形成することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分は、ポリヌクレオチドに結合するか、それと相互作用するか、それと会合するか、またはそれと複合体を形成することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分は、ガイドポリヌクレオチドに結合することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分は、ポリペプチドリンカーに結合することが可能であり得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分は、ポリヌクレオチドリンカーに結合することが可能であり得る。追加の異種部分は、タンパク質ドメインであり得る。いくつかの実施形態において、追加の異種部分は、Ｋホモロジー（ＫＨ）ドメイン、ＭＳ２コートタンパク質ドメイン、ＰＰ７コートタンパク質ドメイン、ＳｆＭｕ Ｃｏｍコートタンパク質ドメイン、滅菌アルファモチーフ、テロメラーゼＫｕ結合モチーフおよびＫｕタンパク質、テロメラーゼＳｍ７結合モチーフおよびＳｍ７タンパク質、または任意の他のＲＮＡ認識モチーフであり得る。
標的配列
[0420]本明細書において使用される場合、「標的ポリヌクレオチド配列」は、目的の遺伝子に存在する核酸配列であり得る。標的配列は、細胞のゲノム内にあり得るか、または細胞において発現され得る。ある態様において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、標的ポリヌクレオチド配列に結合し、標的遺伝子のエピジェネティック改変および／または転写モジュレーションをもたらすために、使用される。例えば、標的配列は、エピジェネティックエディターの亜鉛フィンガーアレイによって認識され得るか、またはエピジェネティックエディターのヌクレアーゼ不活性ＣＲＩＳＰＲタンパク質と複合体を形成したガイドＲＮＡ配列とハイブリダイズし得る。エピジェネティックエディターが、ｇＲＮＡ－ｄＣａｓ－エフェクタードメイン複合体を含む複数の実施形態において、ｇＲＮＡは、標的配列との相補性（または標的配列の対抗する鎖、例えば、プロトスペーサー配列に対する同一性）を有するように設計される。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡは、標的配列におけるプロトスペーサー配列に対して１００％同一であるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ配列は、標的配列におけるプロトスペーサー配列に対して約９５％、９０％、８５％、または８０％同一であるスペーサー配列を含む。
[0421]いくつかの実施形態において、標的配列は、宿主細胞の内因性遺伝子の内因性配列である。いくつかの実施形態において、標的配列は、外因性配列である。
[0422]標的配列は、エピジェネティック編集に好適なポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ配列）の任意の領域であり得る。例えば、標的ポリヌクレオチド配列は、標的遺伝子の任意の部分であり得る。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、転写調節配列の一部である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、プロモーター、エンハンサー、またはサイレンサーの一部である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、プロモーターの一部である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、エンハンサーの一部である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、サイレンサーの一部である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、転写開始部位の側方約３０００、２９００、２８００、２７００、２６００、２５００、２４００、２３００、２２００、２１００、２０００、１９００、１８００、１７００、１６００、１５００、１４００、１３００、１２００、１１００、１０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、２００、または１００塩基対（ｂｐ）以内である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、転写開始部位の側方約１０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、２００、または１００塩基対（ｂｐ）以内である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、転写開始部位の側方約５００、４００、３００、２００、または１００塩基対（ｂｐ）以内である。
[0423]いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、転写開始部位の側方約１００塩基対（ｂｐ）以内である。
[0424]いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、低メチル化核酸配列である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、高メチル化核酸配列である。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、プロモーター配列にあるか、プロモーター配列の近傍にあるか、またはプロモーター配列内にある。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、プロモーター配列にあるか、プロモーター配列の近傍にあるか、またはプロモーター配列内にある。複数の態様において、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣｐＧアイランドに隣接している。複数の態様において、標的ポリヌクレオチド配列は、疾患または状態と関連していることが知られている。
標的遺伝子の発現のモジュレーション
[0425]いくつかの実施形態において、本開示は、タンパク質をコードする標的遺伝子内の標的ポリヌクレオチドにおけるエピジェネティック改変のためのエピジェネティックエディター系、組成物、および方法を提供する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子のコーディング領域においてエピジェネティック改変、例えば、ＤＮＡメチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の調節配列、例えば、プロモーターまたはエンハンサーにおいて、エピジェネティック改変、例えば、ＤＮＡメチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子のコーディング領域に転写抑制をもたらすか、または転写リプレッサーを動員し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の調節配列、例えば、プロモーターまたはエンハンサーに転写リプレッサーを動員し、それによって、標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子のコーディング領域においてエピジェネティック改変、例えば、ＤＮＡ脱メチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の調節配列、例えば、プロモーターまたはエンハンサーにおいて、エピジェネティック改変、例えば、ＤＮＡ脱メチル化をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子のコーディング領域に転写活性化をもたらすか、または転写活性化因子を動員し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子の調節配列、例えば、プロモーターまたはエンハンサーに転写活性化因子を動員し、それによって、標的遺伝子の発現を増加させる。
[0426]いくつかの実施形態において、標的遺伝子および／またはコードされるタンパク質は、疾患、障害、または病的状態と関連する。
[0427]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターによってもたらされるエピジェネティック改変は、配列特異的である。いくつかの実施形態において、改変は、標的ポリヌクレオチドの特定の部位におけるものである。いくつかの実施形態において、改変は、標的遺伝子の特定の対立遺伝子におけるものである。したがって、エピジェネティック改変は、特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子の１つのコピーのモジュレートされた発現、例えば、低減または増加した発現をもたらし得、標的遺伝子の他のコピーについてはもたらさない。いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子は、疾患、状態、または障害と関連する。
[0428]エピジェネティック改変は、目的のゲノム、例えば、原核生物ゲノム、植物ゲノム、哺乳動物またはヒトゲノムの任意の標的遺伝子において行われ得る。標的遺伝子は、任意の生物およびそのゲノムのものであってもよく、またはそれに由来してもよい。例えば、標的遺伝子は、原核生物遺伝子、真核生物遺伝子、動物遺伝子、植物遺伝子、マウス遺伝子、ラット遺伝子、ウサギ遺伝子、魚類遺伝子、鳥類遺伝子、サル遺伝子、またはヒト遺伝子であり得る。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、その発現を容易に追跡およびモニタリングすることができるレポーター遺伝子である。レポーター遺伝子およびレポーター系としては、例えば、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、強化型黄色もしくは強化型シアンタンパク質、またはルシフェラーゼタンパク質をコードする配列が挙げられる。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、選択可能なマーカー、例えば、ベータ－ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、または抗生物質耐性マーカーをコードする。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、疾患、状態、または障害と関連する１つまたは複数の突然変異と関連するか、またはそれを有する。非限定的な例示的な標的遺伝子としては、ＨＢＢ、ＨＢＡ、ｈＭＳＨ２、ＨＭＬＨ１、成長因子ＧＭ－ＳＣＦ、ＶＥＧＦ、ＥＰＯ、Ｅｒｂ－Ｂ２、およびｈＧＨが挙げられる。
[0429]標的遺伝子はまた、その抑制または活性化が植物の特徴の改善、例えば、作物産生、疾患または除草剤耐性の改善をもたらす、植物遺伝子も含む。例えば、ＦＡＤ２－１遺伝子の発現の抑制は、有益なオレイン酸の増加およびリノールおよびリノール酸の減少をもたらす。
[0430]いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるエピジェネティックエディターは、標的配列を有する遺伝子においてエピジェネティック改変をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、遺伝子によってコードされるタンパク質の発現をモジュレートする。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを低減させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを増加させる。
[0431]標的遺伝子においてエピジェネティック編集を生成するために、標的遺伝子ポリヌクレオチドを、標的ＤＮＡ結合ドメイン、エピジェネティックエフェクタードメイン、例えば、エピジェネティックリプレッサードメインを含む本明細書に開示されるエピジェネティック編集組成物と接触させてもよく、ここで、ＤＮＡ結合ドメインは、エピジェネティックエフェクタードメインを標的遺伝子内の標的ポリヌクレオチド配列へと導き、エピジェネティック改変、例えば、メチル化状態改変をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子内の標的ＤＮＡ配列のメチル化状態の変更をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子内の特定の対立遺伝子のメチル化状態の変更をもたらす。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子と会合したヒストンタンパク質のメチル化状態の変更をもたらす。
[0432]いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、標的配列を有する標的遺伝子の転写を低減させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、標的配列を有する標的遺伝子の転写を停止させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、エピジェネティックエディターによって認識される特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子のコピーの転写を低減させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、エピジェネティックエディターによって認識される特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子のコピーの転写を停止させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを低減させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子によってコードされるタンパク質の発現を排除する。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、エピジェネティックエディターによって認識される特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子のコピーによってコードされるタンパク質のレベルを低減させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、エピジェネティックエディターによって認識される特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子のコピーによってコードされるタンパク質の発現を排除する。
[0433]いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、標的配列を有する標的遺伝子の転写を増加させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、エピジェネティックエディターによって認識される特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子のコピーの転写を増加させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、標的遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルを増加させる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、エピジェネティックエディターによって認識される特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子のコピーによってコードされるタンパク質のレベルを増加させる。
[0434]標的遺伝子は、インビトロ、エキソビボ、またはインビボでエピジェネティック改変され得る。したがって、標的遺伝子のエピジェネティック改変は、エキソビボで細胞においてまたはインビボで対象において標的遺伝子またはその対立遺伝子の発現をモジュレートし得る。いくつかの実施形態において、標的ポリヌクレオチド配列は、細胞のゲノムＤＮＡにおける遺伝子の遺伝子座である。いくつかの実施形態において、細胞は、培養細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は、インビトロである。いくつかの実施形態において、細胞は、エキソビボである。いくつかの実施形態において、細胞は、インビボである。例えば、エピジェネティックエディター、例えば、亜鉛フィンガーアレイおよびエフェクタードメイン、またはＣａｓタンパク質－エフェクタードメイン融合体と複合体を形成したｓｇＲＮＡを含む融合タンパク質は、標的遺伝子のモジュレートされた発現が所望される細胞において発現され、それによって、標的遺伝子の本明細書に記載されるエピジェネティックエディターとの接触が可能となる。いくつかの実施形態において、細胞は、哺乳動物に由来する。いくつかの実施形態において、哺乳動物は、ヒトである。いくつかの実施形態において、哺乳動物は、げっ歯動物である。いくつかの実施形態において、げっ歯動物は、マウスである。いくつかの実施形態において、げっ歯動物は、ラットである。
[0435]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、細胞、組織、または対象における標的遺伝子の転写によって測定した場合に、標的遺伝子の発現を、対照細胞、対照組織、または対照対象と比較して、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、またはそれ以上低減させる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、細胞、組織、または対象における標的遺伝子のコピーの転写によって測定した場合に、標的遺伝子のコピーの発現を、対照細胞、対照組織、または対照対象と比較して、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、またはそれ以上低減させる。いくつかの実施形態において、標的遺伝子のコピーは、エピジェネティックエディターによって認識される特定の配列または対立遺伝子を有する。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変されたコピーは、機能性タンパク質をコードする。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるエピジェネティックエディター組成物は、標的遺伝子によってコードされる機能性タンパク質の発現を低減または停止させることによって、標的遺伝子によってコードされるタンパク質の発現および／または機能を低減または停止させる。例えば、本明細書に開示される方法および組成物は、細胞、組織、または対象において、標的遺伝子によってコードされるタンパク質の発現および／または機能を、対照細胞、対照組織、または対照対象と比較して、３分の１以下、４分の１以下、５分の１以下、６分の１以下、７分の１以下、８分の１以下、９分の１以下、１０分の１以下、１１分の１以下、１２分の１以下、１３分の１以下、１４分の１以下、１５分の１以下、２０分の１以下、２５分の１以下、３０分の１以下、３５分の１以下、４０分の１以下、４５分の１以下、５０分の１以下、６０分の１以下、７０分の１以下、８０分の１以下、９０分の１以下、または１００分の１以下に低減させ得る。
[0436]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、細胞、組織、または対象における標的遺伝子の転写によって測定した場合に、標的遺伝子の発現を、対照細胞、対照組織、または対照対象と比較して、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、少なくとも１００％、少なくとも１１０％、少なくとも１２０％、少なくとも１３０％、少なくとも１４０％、少なくとも１５０％、少なくとも１６０％、少なくとも１７０％、少なくとも１８０％、少なくとも１９０％、少なくとも２００％、少なくとも２５０％、少なくとも３００％、少なくとも３５０％、少なくとも４００％、少なくとも４５０％、少なくとも５００％、またはそれ以上増加させる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、細胞、組織、または対象における標的遺伝子のコピーの転写によって測定した場合に、標的遺伝子のコピーの発現を、対照細胞、対照組織、または対照対象と比較して、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、少なくとも１００％、少なくとも１１０％、少なくとも１２０％、少なくとも１３０％、少なくとも１４０％、少なくとも１５０％、少なくとも１６０％、少なくとも１７０％、少なくとも１８０％、少なくとも１９０％、少なくとも２００％、少なくとも２５０％、少なくとも３００％、少なくとも３５０％、少なくとも４００％、少なくとも４５０％、少なくとも５００％、またはそれ以上増加させる。いくつかの実施形態において、標的遺伝子のコピーは、エピジェネティックエディターによって認識される特定の配列または対立遺伝子を有する。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変されたコピーは、機能性タンパク質をコードする。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるエピジェネティックエディター組成物は、標的遺伝子によってコードされる機能性タンパク質の発現を増加させることによって、標的遺伝子によってコードされるタンパク質の発現および／または機能を増加させる。例えば、本明細書に開示される方法および組成物は、細胞、組織、または対象において、標的遺伝子によってコードされるタンパク質の発現および／または機能を、対照細胞、対照組織、または対照対象と比較して、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１１倍、少なくとも１２倍、少なくとも１３倍、少なくとも１４倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも３５倍、少なくとも４０倍、少なくとも４５倍、少なくとも５０倍、少なくとも６０倍、少なくとも７０倍、少なくとも８０倍、少なくとも９０倍、または少なくとも１００倍増加させ得る。
[0437]遺伝子、例えば、エピジェネティックエディターの標的の発現レベルを判定するための方法は、当該技術分野において公知である。例えば、遺伝子の転写レベルは、逆転写ＰＣＲ、定量的ＲＴ－ＰＣＲ、液滴ディジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、ノーザンブロット、ＲＮＡシーケンシング、ＤＮＡシーケンシング（例えば、ＲＮＡから得られた相補的デオキシリボ核酸（ｃＤＮＡ）のシーケンシング）、次世代（Ｎｅｘｔ－Ｇｅｎ）シーケンシング、ナノポアシーケンシング、ピロシーケンシング、またはナノストリングシーケンシングによって判定され得る。遺伝子から発現されるタンパク質レベルは、ウエスタンブロッティング、酵素結合免疫吸着アッセイ、質量分析、免疫組織化学、またはフローサイトメトリー分析によって判定され得る。遺伝子発現産物のレベルは、内部標準、例えば、総メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）または特定の遺伝子、例えば、ハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して、正規化され得る。
[0438]いくつかの実施形態において、標的遺伝子発現をモジュレートすることにおけるエピジェネティックエディターの作用は、レポーター系を使用して試験され得る。例えば、エピジェネティックエディターは、レポータータンパク質、例えば、蛍光タンパク質をコードするレポーター遺伝子を標的とするように設計され得る。そのようなモデル系におけるレポーター遺伝子の発現は、例えば、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）、または蛍光顕微鏡法によってモニタリングされ得る。いくつかの実施形態において、細胞の集団に、レポーター遺伝子を有するベクターがトランスフェクトされ得る。ベクターは、ベクターを細胞にトランスフェクトした場合にレポーター遺伝子が発現されるように、構築され得る。好適なレポーター遺伝子としては、蛍光タンパク質、例えば、緑色、黄色、チェリー、シアン、またはオレンジ色の蛍光タンパク質をコードする遺伝子が挙げられる。レポーター系を担持する細胞の集団に、レポーター遺伝子を標的とするエピジェネティックエディターをコードするＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはベクターがトランスフェクトされ得る。レポーター遺伝子の発現のレベルは、好適な技法、例えば、ＦＡＣＳを使用して定量され得る。
[0439]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、宿主細胞において一過的に発現され得るか、または宿主細胞のゲノムに組み込まれてもよい。一過的に発現されるエピジェネティックエディターおよび組み込まれたエピジェネティックエディターのいずれも、安定なエピジェネティック改変をもたらし得る。例えば、標的遺伝子に特異的なＤＮＡ結合ドメインおよびエピジェネティック抑制ドメインを含むエピジェネティックエディターを宿主細胞に導入した後、宿主細胞における標的遺伝子は、安定または恒久的に抑制され得る。いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも５ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または細胞もしくは細胞を保持する対象の全寿命の間、エピジェネティックエディターの不在下における発現レベルと比較して、低減される。いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも５ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または細胞もしくは細胞を保持する対象の全寿命の間、エピジェネティックエディターの不在下における発現レベルと比較して、サイレンシングされる。いくつかの実施形態において、標的遺伝子に特異的なＤＮＡ結合ドメインおよびエピジェネティック活性化ドメインを含むエピジェネティックエディターを宿主細胞に導入した後、宿主細胞における標的遺伝子は、安定または恒久的に活性化される。いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも５ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または細胞もしくは細胞を保持する対象の全寿命の間、エピジェネティックエディターの不在下における発現レベルと比較して、増加する。
[0440]本明細書に記載されるエピジェネティック改変は、エピジェネティックエディターと接触されたかまたはそれが導入された宿主細胞の子孫によって受け継がれ得る。例えば、いくつかの実施形態において、標的遺伝子に特異的なＤＮＡ結合ドメインおよびエピジェネティック抑制ドメインを含むエピジェネティックエディターを幹細胞、例えば、造血幹細胞に導入した後、標的遺伝子の発現はまた、その幹細胞から分化した細胞において、エピジェネティックエディターの不在下において対照幹細胞から分化した細胞と比較して、抑制される。いくつかの実施形態において、標的遺伝子の発現は、幹細胞から分化した細胞において、サイレンシングされる。いくつかの実施形態において、標的遺伝子に特異的なＤＮＡ結合ドメインおよびエピジェネティック活性化ドメインを含むエピジェネティックエディターを幹細胞、例えば、造血幹細胞に導入した後、標的遺伝子の発現はまた、その幹細胞から分化した細胞において、エピジェネティックエディターの不在下において対照幹細胞から分化した細胞と比較して、増加する。
[0441]標的遺伝子発現のモジュレーションは、標的遺伝子の発現によって間接的または直接的に影響を受ける任意のパラメーターを判定することによって、評価することができる。そのようなパラメーターとしては、例えば、ＲＮＡもしくはタンパク質レベルにおける変化、タンパク質活性における変化、産物レベルにおける変化、下流遺伝子発現における変化、レポーター遺伝子、例えば、ルシフェラーゼ、ＣＡＴ、ベータ－ガラクトシダーゼ、もしくはＧＦＰなどの転写もしくは活性における変化、シグナル伝達における変化、リン酸化および脱リン酸化における変化、受容体－リガンド相互作用における変化、第２のメッセンジャー、例えば、ｃＧＭＰ、ｃＡＭＰ、ＩＰ３、およびＣａ２＋の濃度における変化、細胞成長における変化、血管新生における変化、ならびに／または遺伝子発現の任意の機能的作用における変化が挙げられる。測定は、インビトロ、インビボ、および／またはエキソビボにおいて行われ得る。そのような機能的作用は、従来的な方法、例えば、ＲＮＡもしくはタンパク質レベルの測定、ＲＮＡ安定性の測定、および／または下流もしくはレポーター遺伝子発現の特定によって測定され得る。読み取りは、例えば、化学発光、蛍光、比色反応、抗体結合、誘導性マーカー、リガンド結合アッセイ、細胞内の第２のメッセンジャー、例えば、ｃＧＭＰおよびイノシトール三リン酸（ＩＰ３）における変化、細胞内カルシウムレベルにおける変化、サイトカイン放出などによるものであり得る。
[0442]ＺＦＰによる遺伝子発現モジュレーションのレベルを判定するために、ＺＦＰと接触させた細胞を、対照細胞、例えば、亜鉛フィンガータンパク質を用いないかまたは非特異的ＺＦＰを用いたものと比較して、阻害または活性化の程度を試験する。対照サンプルには、１００％の相対遺伝子発現活性値を割り当てる。遺伝子発現のモジュレーション／阻害は、対照と比べた遺伝子発現活性値が、約８０％、好ましくは、５０％（すなわち、０．５×対照の活性）、より好ましくは、２５％、より好ましくは、５～０％である場合に、達成される。遺伝子発現のモジュレーション／活性化は、対照と比べた遺伝子発現活性値が、１１０％、好ましくは、１５０％（すなわち、１．５×対照の活性）、より好ましくは、２００～５００％、より好ましくは、１０００～２０００％またはそれ以上である場合に、達成される。
送達
[0443]ある態様において、標的遺伝子においてエピジェネティック改変を生成する本明細書に提供されるエピジェネティックエディターを含む遺伝子発現モジュレーションのための組成物が、本明細書に提供される。エピジェネティックエディター、またはエピジェネティックエディターもしくはその成分をコードする核酸（例えば、亜鉛フィンガー－リプレッサー融合体、Ｃａｓ９－リプレッサー融合体を含むエピジェネティックエディター融合タンパク質をコードする核酸、およびまたは１つもしくは複数のガイドＲＮＡをコードする核酸）は、当該技術分野において公知の様々な手段を介して、細胞に導入され得る。例えば、いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、宿主細胞に送達されるか、宿主細胞のゲノムに組み込まれるか、または宿主細胞における一過的発現のためのものである。
[0444]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターまたはその成分をコードする核酸は、プロモーターおよび／または調節配列に作動可能に連結される。「作動可能に連結される」という用語は、本明細書において使用される場合、目的のヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で、調節配列に連結されることを意味する。「調節配列」という用語は、本明細書において使用される場合、プロモーター、エンハンサー、および他の発現制御エレメントを含むが、これらに限定されない。そのような調節配列は、当該技術分野において周知であり、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ； Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ （１９９０）に記載されている。
[0445]いくつかの実施形態において、組成物は、エピジェネティックエディタータンパク質をコードする核酸配列を含むベクターをさらに含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、発現ベクターであり得る。いくつかの実施形態において、ベクターは、プラスミドまたはウイルスベクターである。「ベクター」という用語は、本明細書において使用される場合、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。いくつかの例において、ベクターは、作動可能に連結された核酸の発現を導くことができる発現ベクターである。発現ベクターの例としては、プラスミドベクター、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ＳＶ４０、単純ヘルペスウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、レトロウイルス（例えば、マウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、ならびにラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、レンチウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、および乳腺腫瘍ウイルスなどのレトロウイルスに由来するベクター）に基づくウイルスベクター、ならびに他の組換えベクターが挙げられるが、これらに限定されない。
[0446]非ウイルス送達系としては、ＤＮＡトランスフェクション方法が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において、トランスフェクションは、非ウイルスベクターを使用して遺伝子を標的細胞へと送達するプロセスを含む。典型的なトランスフェクション方法としては、エレクトロポレーション、ＤＮＡ遺伝子銃、脂質に媒介されるトランスフェクション、コンパクトＤＮＡに媒介されるトランスフェクション、リポソーム、イムノリポソーム、リポフェクション、カチオン性剤に媒介されるトランスフェクション、カチオン性表面両親媒性物質（ＣＦＡ、ｃａｔｉｏｎｉｃ ｆａｃｉａｌ ａｍｐｈｉｐｈｉｌｅ）が挙げられる。
[0447]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、一過的発現のために、例えば、一過的発現ベクターを介して、宿主細胞に送達される。エピジェネティックエディターの一過的発現は、標的遺伝子の長期または恒久的なエピジェネティック改変をもたらし得る。例えば、エピジェネティック改変は、エピジェネティックエディターを宿主細胞に導入した後、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１１週間、１２週間、３ヶ月間、４ヶ月間、５ヶ月間、６ヶ月間、７ヶ月間、８ヶ月間、９ヶ月間、１０ヶ月間、１１ヶ月間、１２ヶ月間、またはそれ以上の間、安定であり得る。エピジェネティック改変は、宿主細胞の１回または複数回の有糸分裂事象の後に、維持され得る。エピジェネティック改変は、宿主細胞の１回または複数回の減数分裂事象の後に、維持され得る。いくつかの実施形態において、エピジェネティック改変は、宿主細胞から発生するかまたはそれに由来する子孫における生成にわたって、維持される。
[0448]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターまたはその成分をコードする核酸配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、もしくはｍＲＮＡ、または改変された核酸配列である。例えば、エピジェネティックエディター融合タンパク質をコードするｍＲＮＡ配列は、化学的に改変され得るか、または５’キャップまたは１つもしくは複数の３’改変を含み得る。
[0449]エピジェネティックエディターをコードする核酸は、例えば、トランスフェクションもしくはエレクトロポレーションを用いてネイキッドＤＮＡもしくはＲＮＡなどの細胞に直接的に送達され得るか、または標的細胞による取り込みを促進する分子（例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン）にコンジュゲートされ得る。核酸ベクター、例えば、ベクターもまた、使用され得る。特定の実施形態において、ポリヌクレオチド、例えば、エピジェネティックエディターまたはその機能的成分をコードするｍＲＮＡは、本明細書に記載される複数のガイドＲＮＡの組合せとともにコエレクトロポレーションされ得る。
[0450]核酸ベクターは、本明細書に記載される融合タンパク質またはエピジェネティックエディターのドメインをコードする１つまたは複数の配列を含み得る。ベクターはまた、タンパク質をコードする配列と会合した（例えば、そこに挿入または融合された）シグナルペプチドをコードする配列（例えば、核局在化、核小体局在化、またはミトコンドリア局在化のため）も含み得る。１つの例として、核酸ベクターは、１つまたは複数の核局在化配列（例えば、ＳＶ４０に由来する核局在化配列）を含むＣａｓ９コーディング配列、および１つまたは複数のエフェクタードメイン、例えば、抑制ドメインを含み得る。
[0451]特定の実施形態において、融合タンパク質、タンパク質ドメイン、またはエピジェネティックエディター成分の全体もしくは一部は、ウイルスベクター（例えば、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ８、ＡＡＶ１０、およびこれらのバリアント）、または任意のウイルスベクターの好適なキャプシドタンパク質に存在するポリヌクレオチドによってコードされる。したがって、いくつかの態様本開示は、融合タンパク質のウイルス送達に関する。ウイルスベクターの例としては、レトロウイルスベクター（例えば、マロニーマウス白血病ウイルス（Ｍａｌｏｎｅｙ ｍｕｒｉｎｅ ｌｅｕｋｅｍｉａ ｖｉｒｕｓ）、ＭＭＬ－Ｖ）、アデノウイルスベクター（例えば、ＡＤ１００）、レンチウイルスベクター（ＨＩＶおよびＦＩＶに基づくベクター）、ヘルペスウイルスベクター（例えば、ＨＳＶ－２）が挙げられる。
[0452]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディタータンパク質は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターに存在するポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディタータンパク質は、ＤＮＡ結合ドメインに亜鉛フィンガーアレイを含む。いずれの理論によっても束縛されることを望むものではないが、より大きなＤＮＡ結合ドメイン、例えば、Ｃａｓタンパク質ドメインの代わりに亜鉛フィンガーアレイを使用するエピジェネティックエディターは、亜鉛フィンガーの小さなサイズを考慮すると、好都合なことに、ウイルスベクター、例えば、ＡＡＶベクターにパッケージングすることができる。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターをコードするポリヌクレオチドは、約１０００ｂｐ、１．１キロ塩基（ｋｂ）、１．２ｋｂ、１．３ｋｂ、１．４ｋｂ、１．５ｋｂ、１．６ｋｂ、１．７ｋｂ、１．８ｋｂ、１．９ｋｂ、２．０ｋｂ、２．１ｋｂ、２．２ｋｂ、２．３ｋｂ、２．４ｋｂ、２．５ｋｂ、２．６ｋｂ、２．７ｋｂ、２．８ｋｂ、２．９ｋｂ、３．０ｋｂ、３．１ｋｂ、３．２ｋｂ、３．３ｋｂ、３．４ｋｂ、３．５ｋｂ、３．６ｋｂ、３．７ｋｂ、３．８ｋｂ、３．９ｋｂ、４．０ｋｂ、またはそれ以下の長さのものである。いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターをコードするポリヌクレオチドは、約２．０ｋｂ、２．１ｋｂ、２．２ｋｂ、２．３ｋｂ、２．４ｋｂ、２．５ｋｂ、２．６ｋｂ、２．７ｋｂ、２．８ｋｂ、２．９ｋｂ、３．０ｋｂ、３．１ｋｂ、３．２ｋｂ、３．３ｋｂ、３．４ｋｂ、３．５ｋｂ、３．６ｋｂ、３．７ｋｂ、３．８ｋｂ、３．９ｋｂ、４．０ｋｂ、４．１ｋｂ、４．２ｋｂ、４．３ｋｂ、４．４ｋｂ、４．５ｋｂ、４．６ｋｂ、４．７ｋｂ、４，８ｋｂ、４．９ｋｂ、５ｋｂ、またはそれ以下の長さのものである。
[0453]ＡＡＶ血清型１（ＡＡＶ１）、ＡＡＶ血清型２（ＡＡＶ２）、ＡＡＶ血清型３（ＡＡＶ３）、ＡＡＶ血清型４（ＡＡＶ４）、ＡＡＶ血清型５（ＡＡＶ５）、ＡＡＶ血清型６（ＡＡＶ６）、ＡＡＶ血清型７（ＡＡＶ７）、ＡＡＶ血清型８（ＡＡＶ８）、ＡＡＶ血清型９（ＡＡＶ９）、ＡＡＶ血清型１０（ＡＡＶ１０）、ＡＡＶ血清型１１（ＡＡＶ１１）、ＡＡＶ血清型１１（ＡＡＶ１１）、これらのバリアント、またはこれらのシャッフル型バリアント（例えば、これらのキメラバリアント）を含むがこれらに限定されない、任意のＡＡＶ血清型、例えば、ヒトＡＡＶ血清型を、使用することができる。いくつかの実施形態において、ＡＡＶバリアントは、野生型ＡＡＶに対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有する。ＡＡＶ１バリアントは、野生型ＡＡＶ１に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ２バリアントは、野生型ＡＡＶ２に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ３バリアントは、野生型ＡＡＶ３に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ４バリアントは、野生型ＡＡＶ４に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ５バリアントは、野生型ＡＡＶ５に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ６バリアントは、野生型ＡＡＶ６に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ７バリアントは、野生型ＡＡＶ７に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ８バリアントは、野生型ＡＡＶ８に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ９バリアントは、野生型ＡＡＶ９に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ１０バリアントは、野生型ＡＡＶ１０に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ１１バリアントは、野生型ＡＡＶ１１に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。ＡＡＶ１２バリアントは、野生型ＡＡＶ１２に対して、少なくとも９０％、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有し得る。
[0454]いくつかの例において、少なくとも２つの異なるＡＡＶ血清型ウイルスの１つまたは複数の領域は、ＡＡＶキメラウイルスを生成するようにシャッフルされ、再アセンブリされる。例えば、キメラＡＡＶは、キャプシドの血清型と比較して異種である血清型のものである末端逆位反復配列（ＩＴＲ）を含み得る。結果として得られるキメラＡＡＶウイルスは、その親血清型と比較して、異なる抗原反応性または認識を有し得る。いくつかの実施形態において、ＡＡＶのキメラバリアントは、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上の異なるＡＡＶ血清型に由来するアミノ酸配列を含む。
[0455]ＡＡＶバリアントおよびそれを生成する方法の説明は、例えば、Ｗｅｉｔｚｍａｎ ａｎｄ Ｌｉｎｄｅｎ． Ｃｈａｐｔｅｒ １－Ａｄｅｎｏ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｖｉｒｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｉｎ Ａｄｅｎｏ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｖｉｒｕｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ｖｏｌ． ８０７． Ｓｎｙｄｅｒ ａｎｄ Ｍｏｕｌｌｉｅｒ， ｅｄｓ．， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ， ２０１１、Ｐｏｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ－Ｍｅｔｈｏｄｓ ＆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ， ２０１４， １， １４０３４、Ｂａｒｔｅｌ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ， ２０１２， １９， ６９４－７００； Ｗａｒｄ ａｎｄ Ｗａｌｓｈ， Ｖｉｒｏｌｏｇｙ， ２００９， ３８６（２）：２３７－２４８、およびＬｉ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ， ２００８， １６（７）：１２５２－１２６０において見出され、それぞれ、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書に記載されるＡＡＶビリオン（例えば、ウイルスベクターまたはウイルス粒子）は、エピジェネティックエディターまたはその任意の成分を細胞に導入するために、細胞に形質導入され得る。エピジェネティックエディターは、当業者に公知の任意の方法に従って、ＡＡＶウイルスベクターにパッケージングされ得る。有用な方法の例は、ＭｃＣｌｕｒｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ， ２００１， ５７：３３７８に記載されている。
[0456]本明細書に記載される核酸ベクターはまた、任意の好適な数の調節／制御エレメント、例えば、プロモーター、エンハンサー、イントロン、ポリアデニル化シグナル、Ｋｏｚａｋコンセンサス配列、または内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含み得る。これらのエレメントは、当該技術分野において周知である。
[0457]本開示による核酸ベクターは、組換えウイルスベクターを含む。例示的なウイルスベクターは、本明細書の上記に記載されている。当該技術分野において公知の他のウイルスベクターもまた、使用することができる。加えて、ウイルス粒子は、ゲノム編集系成分を核酸および／またはペプチド形態で送達するために使用され得る。例えば、「空の」ウイルス粒子は、任意の好適なカーゴを含むようにアセンブリすることができる。ウイルスベクターおよびウイルス粒子はまた、標的化リガンドを組み込んで、標的組織特異性を変更するように設計することもできる。
[0458]ウイルスベクターに加えて、非ウイルスベクターは、本開示によるゲノム編集系をコードする核酸を送達するために使用することができる。非ウイルス核酸ベクターの１つの重要なカテゴリーは、ナノ粒子であり、これは、有機または無機であり得る。ナノ粒子は、当該技術分野において周知である。任意の好適なナノ粒子設計は、ゲノム編集系成分またはそのような成分をコードする核酸を送達するために使用することができる。例えば、有機（例えば、脂質および／またはポリマー）ナノ粒子は、本開示のある特定の実施形態において送達ビヒクルとして使用するのに好適であり得る。
処置の方法
[0459]また、状態の処置または予防を必要とする対象において状態を処置または予防するための方法であって、対象に、本明細書に記載されるエピジェネティックエディター組成物を投与するステップを含み、エピジェネティックエディター複合体またはタンパク質が、対象における疾患、状態、または障害と関連する標的遺伝子内の標的ポリヌクレオチドのエピジェネティック改変をもたらし、標的の発現をモジュレートし、それによって、疾患、状態、または障害を処置または予防する、方法も、本明細書に提供される。
[0460]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターによってもたらされるエピジェネティック改変は、配列特異的である。いくつかの実施形態において、改変は、標的ポリヌクレオチドの特定の部位におけるものである。いくつかの実施形態において、改変は、標的遺伝子の特定の対立遺伝子におけるものである。したがって、エピジェネティック改変は、特定の対立遺伝子を有する標的遺伝子の１つのコピーのモジュレートされた発現、例えば、低減または増加した発現をもたらし得、標的遺伝子の他のコピーについてはもたらさない。いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子は、疾患、状態、または障害と関連する。
[0461]いくつかの実施形態において、エピジェネティックエディターは、疾患、状態、または障害と関連する標的遺伝子の発現を低減させる。
[0462]本明細書に記載されるエピジェネティックエディターは、疾患、状態、または障害を処置するために、治療有効量で、それを必要とする対象に投与され得る。
[0463]別の態様において、状態の処置または予防を必要とする対象において状態を処置または予防するための方法であって、対象に、本明細書に提供されるエピジェネティック編集複合体、ベクター、核酸、タンパク質、または組成物を投与するステップを含み、エピジェネティックエディターの核酸結合ドメインが、エフェクタードメインを導いて、対象の細胞内の標的ポリヌクレオチド配列におけるエピジェネティック改変を生成し、それによって、標的遺伝子の発現をモジュレートし、状態を処置または予防する、方法が、提供される。
[0464]いくつかの実施形態において、改変は、対象における標的遺伝子によってコードされる機能的タンパク質の発現を低減させる。
[0465]状態、疾患、または障害に関して処置されている患者は、医療従事者が、そのような状態を有するとして診断したものである。診断は、任意の好適な手段によるものであり得る。診断およびモニタリングは、例えば、生物学的サンプル（例えば、組織生検、血液検査、または尿検査）における罹患した細胞、死亡していく細胞、もしくは死亡した細胞の存在を検出すること、プラークの存在を検出すること、生物学的サンプルにおける代理マーカーのレベルを検出すること、または状態と関連する症状を検出することを含み得る。状態の発症が予防されている患者は、そのような診断を受けていてもよく、または受けていなくてもよい。当業者であれば、これらの患者が、上記に記載されるものと同じ標準試験に供されていてもよいか、または試験なしで、１つもしくは複数の危険因子（例えば、家族の病歴もしくは遺伝的素因）に起因して高い危険性にあるものとして特定されていてもよいことを、理解するであろう。
[0466]対象は、疾患、疾患の症状、または疾患に対する素因を有し、疾患、疾患の症状、または疾患に対する素因を治療、治癒、緩和、軽減、変更、寛解、改善（ａｍｅｌｉｏｒａｔｅ）、改善（ｉｍｐｒｏｖｅ）、またはそれに影響を与えることを目的とし得る。いくつかの実施形態において、対象は、高コレステロール血症を有する。いくつかの実施形態において、対象は、アテローム性動脈硬化性血管疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、高トリグリセリド血症を有する。いくつかの実施形態において、対象は、糖尿病を有する。いくつかの実施形態において、対象は、哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、非ヒト霊長類である。いくつかの実施形態において、対象は、ヒトである。疾患を軽減させることは、疾患の発症もしくは進行を遅延させること、または疾患重症度を低減させることを含む。疾患を軽減させることは、必ずしも治療的結果を必要とするものではない。
[0467]本明細書において使用される場合、疾患の発症を「遅延させること」とは、疾患の進行を延期、阻止、減速、遅延、安定化、および／または留保することを意味する。この遅延は、処置されている疾患の経過および／または個体に応じて、様々な時間の長さのものであり得る。疾患の発症を「遅延」もしくは緩和するかまたは疾患の発生を遅延する方法は、その方法を使用しない場合と比較して、所与の時間フレームにおいて疾患の１つまたは複数の症状が発症する確率を低減する、および／または所与の時間フレームにおいて症状の程度を低減させる方法である。そのような比較は、典型的に、統計学的に有意な結果を得るのに十分な数の対象を使用し、臨床試験に基づいて行われる。
[0468]疾患の「発症」または「進行」は、疾患の最初の兆候および／またはその後の進行を意味する。疾患の発症は、検出可能であり得、当該技術分野において周知の標準的な臨床技法を使用して評価され得る。しかしながら、発症は、検出不可能であり得る進行も指す。本開示の目的で、発症または進行は、症状の生物学的過程を指す。「発症」は、出現、再発、および発生を含む。
[0469]本明細書において使用される場合、疾患の「発生」または「出現」は、最初の発生および／または再発を含む。処置しようとする疾患のタイプまたは疾患の部位に応じて、医薬の分野における当業者に公知の従来的な方法を使用して、単離されたポリペプチドまたは医薬組成物を、対象に投与することができる。本組成物はまた、他の従来的な経路を通じて投与されてもよく、例えば、経口、非経口、吸入スプレーによって、局所的に、直腸、鼻内、頬内、腟内、または留置されたリザーバを介して、投与され得る。
[0470]本開示の治療方法は、疾患または状態から生じる病理を示している対象、疾患または状態から生じる病理を示していると疑われる対象、および疾患または状態から生じる病理を示す危険性にある対象において、実行され得る。例えば、疾患または状態に対する遺伝的素因を有する対象は、予防的に処置され得る。状態、疾患、または障害と関連する症状を示している対象は、症状を減少させるため、または症状のさらなる進行を減速もしくは予防するために、処置され得る。疾患または状態の重症度の増加に付随する物理的変化は、進行性であることが本明細書において示される。したがって、本開示の実施形態において、状態または疾患と関連する病理の軽度な兆候を示す対象は、症状を改善する、および／または症状のさらなる進行を予防するために、処置され得る。
[0471]哺乳動物に投与される投薬量および頻度（単回または複数回投薬）は、様々な因子、例えば、哺乳動物が別の疾患に罹患しているかどうかおよびその投与経路、レシピエントのサイズ、年齢、性別、健康状態、体重、肥満度指数、および食事、処置されている疾患の症状の性質および程度、同時処置の種類、処置されている疾患による併発症、または他の健康関連の問題に応じて、変動し得る。確立された投薬量（例えば、頻度および期間）の調節および操作は、十分に当業者の技能の範囲内である。処置、例えば、本明細書に開示されるものは、対象に、毎日、１日２回、２週間に１回、１ヶ月に１回、または治療的に有効である任意の適切な基準で、投与され得る。複数の実施形態において、処置は、必要基準、例えば、状態または疾患の兆候または症状の出現に基づくものでしかない。
[0472]本開示の組成物の毒性および治療有効性は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％が死に至る用量）およびＥＤ５０（集団の５０％に治療的に有効な用量）を判定するための、細胞培養物または実験動物における標準的な薬学的手技によって判定することができる。毒性作用と治療作用との間の用量比（比ＬＤ５０／ＥＤ５０）は、治療指数である。高い治療指数を示す薬剤が、好ましい。薬剤の投薬量は、毒性がほとんどないかまたはまったくないＥＤ５０を含む循環濃度範囲内とすることが好ましい。毒性副作用を呈する薬剤を使用することはできるが、感染していない細胞への損傷の可能性を最小限に抑え、それによって副作用を低減させるために、そのような薬剤の標的を、罹患した組織の部位に定める送達系を設計するように注意を払う必要がある。
[0473]当業者であれば、疾患または障害の重症度、これまでの処置、対象の健康状態、性別、体重、および／または年齢を含む、対象の全般的な特徴、ならびに存在する他の疾患を含むがこれらに限定されない、ある特定の因子が、対象を効果的に治療するために必要とされる投薬量および投与頻度に影響を及ぼし得ることを理解するであろう。さらに、治療有効量の組成物での対象の処置は、単回処置を含み得るか、または好ましくは、一連の処置を含み得る。処置に使用される本開示の組成物の有効投薬量は、具体的な処置の過程にわたって増加または減少し得ることもまた、理解されるであろう。投薬量における変化は、本明細書に記載される診断アッセイの結果からもたらされ、それによって明らかとなり得る。治療有効投薬量は、一般に、投与時点における患者のステータスに依存するであろう。正確な量は、慣例的な実験によって判定することができるが、例えば、疾患の兆候について患者をモニタリングし、それに応じて処置を調節することによって、最終的には、臨床医の判断に従い得る。
[0474]投与の頻度は、治療の過程にわたって判定および調節され得、概して、必須ではないが、疾患の処置および／または抑制および／または改善および／または遅延に基づく。代替的には、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの連続的持続放出製剤が、適切な場合がある。持続放出を達成するための様々な製剤およびデバイスが、当該技術分野において公知である。いくつかの実施形態において、投薬は、毎日、１日おき、３日ごと、４日ごと、５日ごと、または６日ごとである。いくつかの実施形態において、投薬頻度は、２週間に１回、４週間に１回、５週間に１回、６週間に１回、７週間に１回、８週間に１回、９週間に１回、もしくは１０週間に１回、または１ヶ月に１回、２ヶ月に１回、もしくは３ヶ月に１回、またはそれよりも長い期間に１回である。この治療の進行は、従来的な技法およびアッセイによって容易にモニタリングされる。
[0475]投薬レジメン（本明細書に開示される組成物を含む）は、時間とともに変動し得る。いくつかの実施形態において、正常な体重の成体対象については、約０．０１～１０００ｍｇ／ｋｇの範囲の用量が、投与され得る。いくつかの実施形態において、用量は、１～２００ｍｇである。具体的な投薬量レジメン、すなわち、用量、タイミング、および繰り返しは、具体的な対象およびその対象の病歴、ならびにポリペプチドまたはポリヌクレオチドの特性（例えば、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの半減期、および当該技術分野において周知の他の検討事項）に依存するであろう。
[0476]本開示の目的に関して、本明細書に記載される組成物の適切な治療的投薬量は、用いられる具体的な薬剤（またはその組成物）、製剤および投与経路、疾患の種類および重症度、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドが予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、これまでの治療、対象の臨床病歴およびアンタゴニストに対する応答、ならびに担当医師の判断に依存するであろう。典型的には、臨床医は、所望される結果を達成する投薬量に達するまで、ポリペプチドを投与するであろう。
[0477]１つまたは複数の組成物の投与は、例えば、レシピエントの身体条件、投与の目的が治療的であるか予防的であるか、および熟練した従事者に公知の他の因子に応じて、連続的または間欠的であり得る。組成物の投与は、本質的に、事前に選択された期間にわたって連続的であってもよく、または間隔を開けた一連の用量で、例えば、疾患の発症前、間、または後のいずれかであってもよい。
[0478]その実施形態を含めて本明細書に記載される本開示の方法および組成物は、１つまたは複数の追加の治療レジメンまたは薬剤または処置とともに投与されてもよく、これは、哺乳動物に共投与され得る。「共投与すること」とは、１つまたは複数の追加の治療レジメン、薬剤、または処置、ならびに本開示の組成物を、１つまたは複数の追加の治療剤の作用を増強させるのに十分に近い時間で投与することを意味し、逆もまた同様である。この点に関して、本明細書に記載される本開示の組成物は、１つまたは複数の追加の治療レジメンまたは薬剤または処置と同時に、異なる時点で、または完全に異なる治療スケジュールで（例えば、第１の処置は毎日であり得、一方で追加の処置は週ごとである）投与されてもよい。例えば、複数の実施形態において、二次治療レジメンまたは薬剤または処置は、本開示の組成物と同時に、その前に、またはその後に、投与される。
医薬組成物
[0479]いくつかの態様において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターもしくはエピジェネティックエディター複合体、またはエピジェネティックエディター複合体の成分をコードする１つもしくは複数の核酸配列、例えば、エピジェネティックエディター融合タンパク質をコードする核酸、および／またはガイドＲＮＡ、ならびに薬学的に許容される担体を含む、エピジェネティック改変のための医薬組成物が、本明細書に提供される。本明細書に記載されるエピジェネティック改変のための組成物は、医薬組成物に製剤化され得る。医薬組成物は、活性成分の薬学的に使用することができる調製物へのプロセシングを促進する１つまたは複数の薬学的に許容される不活性成分を使用して、従来的な様式で製剤化される。本開示において使用するのに好適な製剤および送達の方法は、概して、当該技術分野において周知である。適切な製剤化は、選択された投与の経路に依存する。本明細書に記載される医薬組成物の概要は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ， Ｎｉｎｅｔｅｅｎｔｈ Ｅｄ （Ｅａｓｔｏｎ， Ｐａ．： Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ， １９９５）、Ｈｏｏｖｅｒ， Ｊｏｈｎ Ｅ．， Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．， Ｅａｓｔｏｎ， Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ １９７５； Ｌｉｂｅｒｍａｎ， Ｈ．Ａ． ａｎｄ Ｌａｃｈｍａｎ， Ｌ．， Ｅｄｓ．， Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ， Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｃｋｅｒ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｎ．Ｙ．， １９８０、およびＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ， Ｓｅｖｅｎｔｈ Ｅｄ． （Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ１９９９）において見出すことができ、そのような開示に関して参照により本明細書に組み込まれる。
[0480]医薬組成物は、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターまたはそれをコードする核酸と、１つまたは複数の他の化学的構成成分（すなわち、薬学的に許容される成分）、例えば、担体、賦形剤、結合剤、増量剤、懸濁化剤、香味剤、甘味剤、崩壊剤、分散剤、界面活性剤、滑沢剤、着色剤、希釈剤、可溶化剤、保湿剤、可塑剤、安定剤、透過促進剤、湿潤剤、消泡剤、抗酸化剤、保存剤、またはこれらの１つもしくは複数の組合せとの混合物であり得る。医薬組成物は、本明細書に記載されるエピジェネティックエディター、例えば、亜鉛フィンガー－エピジェネティックエフェクター融合タンパク質またはＣａｓ９－エピジェネティックエフェクター融合タンパク質をコードする核酸、およびｇＲＮＡまたはｓｇＲＮＡの、それを必要とする生物または対象への投与を促進する。
[0481]本開示の医薬組成物は、当該技術分野において公知の任意の好適な方法を使用して、対象に投与することができる。本明細書に記載される医薬組成物は、非経口、静脈内、皮内、筋肉内、結腸内、直腸内、または腹腔内を含む、様々な手段で、対象に投与することができる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、対象の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって、投与することができる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、非経口、静脈内、筋肉内、または経口で投与することができる。
[0482]吸入による投与については、本明細書に記載されるアデノウイルスは、エアロゾル、ミスト、または粉末として、使用のために製剤化され得る。頬内または舌下投与については、医薬組成物は、従来的な様式で製剤化される錠剤、ロゼンジ、またはゲルの形態で製剤化され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアデノウイルスは、経皮投薬形態として調製され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアデノウイルスは、筋肉内、皮下、または静脈内注射に好適な医薬組成物へと製剤化され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアデノウイルスは、局所的に投与されてもよく、様々な局所投与可能な組成物、例えば、溶液、懸濁液、ローション、ゲル、ペースト、薬用スティック、バーム、クリーム、または軟膏へと製剤化され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアデノウイルスは、直腸組成物、例えば、浣腸剤、直腸用ゲル、直腸用泡沫剤、直腸用エアロゾル、坐剤、ゼリー坐剤、または停留浣腸で製剤化され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるアデノウイルスは、経口投与用、例えば、錠剤、カプセル、または水性経口分散剤、エマルション、溶液、エリキシル、ゲル、およびシロップ剤を含むがこれらに限定されない群から選択される水性懸濁液もしくは溶液の形態の液剤に製剤化され得る。
[0483]いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるエピジェネティックエディターまたはそれをコードする核酸配列を含むエピジェネティック改変のための医薬組成物は、治療剤をさらに含む。追加の治療剤は、処置されている疾患、障害、または状態の異なる態様をモジュレートし得、複製コンピテントな組換えアデノウイルスまたは治療剤単独のいずれかの投与よりも優れた全体的な利益を提供する。治療剤としては、化学療法剤、放射線療法剤、ホルモン療法剤、および／または免疫療法剤が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、治療剤は、放射線療法剤であり得る。いくつかの実施形態において、治療剤は、ホルモン療法剤であり得る。いくつかの実施形態において、治療剤は、免疫療法剤であり得る。いくつかの実施形態において、治療剤は、化学療法剤である。追加の治療剤の調製および投薬スケジュールは、製造業者の説明に従って使用され得るか、または当業者によって経験的に判定され得る。例えば、化学療法薬の調製および投薬スケジュールはまた、Ｔｈｅ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ Ｓｏｕｒｃｅ Ｂｏｏｋ， ４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ， ２００８， Ｍ． Ｃ． Ｐｅｒｒｙ， Ｅｄｉｔｏｒ， Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， ＰＡに記載されている。
[0484]エピジェネティック改変組成物で処置することができる対象は、疾患または状態を有する任意の対象であり得る。例えば、対象は、真核生物対象、例えば、動物であり得る。いくつかの実施形態において、対象は、哺乳動物、例えば、ヒトである。いくつかの実施形態において、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態において、対象は、非ヒト動物である。いくつかの実施形態において、対象は、胎児、胚、または小児である。いくつかの実施形態において、対象は、非ヒト霊長類、例えば、チンパンジーおよび他の類人猿およびサル種、畜産動物、例えば、畜牛、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、家畜動物、例えば、ウサギ、イヌ、およびネコ、げっ歯動物、例えば、ラット、マウス、およびモルモットを含む実験室動物などである。
[0485]いくつかの実施形態において、対象は、出生前（例えば、胎児）、小児（例えば、新生児、乳児、幼児、前思春期）、思春期、青年期、成体（例えば、若齢成体、中間齢成体、高齢者）である。ヒト対象は、約０ヶ月～約１２０歳、またはそれ以上であり得る。ヒト対象は、約０～約１２ヶ月齢、例えば、約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、または１２ヶ月齢であり得る。ヒト対象は、約０～１２歳、例えば、約０～３０日齢、約１ヶ月～１２ヶ月齢、約１歳～３歳、約４歳～５歳、約４歳～１２歳、約１歳、２歳、３歳、４歳、５歳、６歳、７歳、８歳、９歳、１０歳、１１歳、または１２歳であり得る。ヒト対象は、約１３歳～１９歳、例えば、約１３歳、１４歳、１５歳、１６歳、１７歳、１８歳、または１９歳であり得る。ヒト対象は、約２０～約３９歳、例えば、約２０歳、２１歳、２２歳、２３歳、２４歳、２５歳、２６歳、２７歳、２８歳、２９歳、３０歳、３１歳、３２歳、３３歳、３４歳、３５歳、３６歳、３７歳、３８歳、または３９歳であり得る。ヒト対象は、約４０～約５９歳、例えば、約４０歳、４１歳、４２歳、４３歳、４４歳、４５歳、４６歳、４７歳、４８歳、４９歳、５０歳、５１歳、５２歳、５３歳、５４歳、５５歳、５６歳、５７歳、５８歳、または５９歳であり得る。ヒト対象は、５９歳を上回る、例えば、約６０歳、６１歳、６２歳、６３歳、６４歳、６５歳、６６歳、６７歳、６８歳、６９歳、７０歳、７１歳、７２歳、７３歳、７４歳、７５歳、７６歳、７７歳、７８歳、７９歳、８０歳、８１歳、８２歳、８３歳、８４歳、８５歳、８６歳、８７歳、８８歳、８９歳、９０歳、９１歳、９２歳、９３歳、９４歳、９５歳、９６歳、９７歳、９８歳、９９歳、１００歳、１０１歳、１０２歳、１０３歳、１０４歳、１０５歳、１０６歳、１０７歳、１０８歳、１０９歳、１１０歳、１１１歳、１１２歳、１１３歳、１１４歳、１１５歳、１１６歳、１１７歳、１１８歳、１１９歳、または１２０歳であり得る。ヒト対象は、男性対象および／または女性対象を含み得る。
[0486]別の態様において、本明細書に提供される組成物を含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）が、本明細書に提供される。本明細書において使用される場合、「脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）組成物」または「ナノ粒子組成物」は、１つまたは複数の記載される脂質を含む組成物である。ＬＮＰ組成物は、典型的に、マイクロメートル単位またはそれよりも小さいサイズであり、脂質二重層を含み得る。ナノ粒子組成物は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、リポソーム（例えば、脂質小胞）、およびリポプレックスを包含する。いくつかの実施形態において、ＬＮＰは、１０００ｎｍ未満、５００ｎｍ未満、２５０ｎｍ未満、２００ｎｍ未満、１５０ｎｍ未満、１００ｎｍ未満、７５ｎｍ未満、５０ｎｍ未満、または２５ｎｍ未満の直径を有する任意の粒子を指す。いくつかの実施形態において、ナノ粒子は、１～１０００ｎｍ、１～５００ｎｍ、１～２５０ｎｍ、２５～２００ｎｍ、２５～１００ｎｍ、３５～７５ｎｍ、または２５～６０ｎｍのサイズの範囲であり得る。
[0487]いくつかの実施形態において、ＬＮＰは、カチオン性、アニオン性、または中性脂質から作製され得る。いくつかの実施形態において、ＬＮＰは、中性脂質、例えば、フソゲンリン脂質１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）または膜構成コレステロールを、トランスフェクション活性およびナノ粒子安定性を増強させるためのヘルパー脂質として含み得る。いくつかの実施形態において、ＬＮＰは、疎水性脂質、親水性脂質、または疎水性脂質および親水性脂質の両方を含み得る。当技術分野で公知の、任意の脂質または脂質の組合せを使用して、ＬＮＰを作製することができる。ＬＮＰを産生させるために使用される脂質の例としては、ＤＯＴＭＡ（Ｎ［１－（２，３－ジオレイルオキシ）プロピル］－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルアンモニウムクロリド）、ＤＯＳＰＡ（Ｎ，Ｎ－ジメチル－Ｎ－（［２－スペルミンカルボキサミド］エチル）－２，３－ビス（ジオレイルオキシ）－１－プロパニミニウムペンタヒドロクロリド）、ＤＯＴＡＰ（１，２－ジオレオイル－３－トリメチルアンモニウムプロパン）、ＤＭＲＩＥ（Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（テトラデシルオキシ－１－プロパンアミニウムブロミド）、ＤＣ－コレステロール（３β－［Ｎ－（Ｎ’，Ｎ’－ジメチルアミノエタン）－カルバモイル］コレステロール）、ＤＯＴＡＰ－コレステロール、ＧＡＰ－ＤＭＯＲＩＥ－ＤＰｙＰＥ、およびＧＬ６７Ａ－ＤＯＰＥ－ＤＭＰＥ（，２－ビス（ジメチルホスフィノ）エタン）－ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が挙げられるが、これらに限定されない。カチオン性脂質の例としては、９８Ｎ１２－５、Ｃ１２－２００、ＤＬｉｎ－ＫＣ２－ＤＭＡ（ＫＣ２）、ＤＬｉｎ－ＭＣ３－ＤＭＡ（ＭＣ３）、ＸＴＣ、ＭＤ１、および７Ｃ１が挙げられるが、これらに限定されない。中性脂質の例としては、ＤＰＳＣ、ＤＰＰＣ（ジパルミトイルホスファチジルコリン）、ＰＯＰＣ（１－パルミトイル－２－オレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン）、ＤＯＰＥ、およびＳＭ（スフィンゴミエリン）が挙げられるが、これらに限定されない。ＰＥＧ改変脂質の例としては、ＰＥＧ－ＤＭＧ（ジミリストイルグリセロール）、ＰＥＧ－ＣｅｒＣ１４、およびＰＥＧ－ＣｅｒＣ２０が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、脂質は、任意の数のモル比で組み合わせて、ＬＮＰを産生することができる。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドを、脂質と、広範なモル比で組み合わせて、ＬＮＰを産生することができる。
[0488]ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の方法で使用するためのキットおよび製品もまた、本明細書に開示される。そのようなキットは、それぞれの容器が、本明細書に記載される方法において使用しようとする別個のエレメントのうちの１つを含む、１つまたは複数の容器、例えば、バイアル、チューブなどを受容するようにコンパートメント化された、担体、パッケージ、または容器を含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、および試験管が挙げられる。一実施形態において、容器は、様々な材料、例えば、ガラスまたはプラスチックから形成される。
[0489]本明細書に提供される製品は、パッケージング材料を含む。薬学的パッケージング材料の例としては、ブリスターパック、ボトル、チューブ、バッグ、容器、ならびに選択された製剤および意図される投与様式および処置に好適な任意のパッケージング材料が挙げられるが、これらに限定されない。
[0490]例えば、容器は、本開示の組成物、および任意選択でそれに加えて本明細書に開示される治療レジメンまたは治療剤を含む。そのようなキットは、任意選択で、本明細書に記載される方法におけるその使用に関して特性する説明またはラベルまたは説明書を含む。
[0491]キットは、典型的に、内容物を列挙するラベルおよび／または使用のための説明書、ならびに使用のための説明書を有する添付文書を含む。説明書のセットもまた、典型的に含まれるであろう。
[0492]複数の実施形態において、ラベルは、容器の上にあるか、またはそれに付随する。一実施形態において、ラベルは、ラベルを形成する文字、数字、または他の特徴が容器自体に貼付、成形、またはエッチングされている場合には容器上にあり、ラベルは、それが容器も保持する入れ物または担体内に存在する場合には、例えば、添付文書として、容器に付随する。一実施形態において、ラベルは、内容物が、特定の治療用途のために使用されることを示すために使用される。ラベルはまた、内容物の使用、例えば、本明細書に記載される方法における使用のために案内も含む。
[0493]以下の実施例は、例示目的で含まれるにすぎず、本開示の範囲を制限することを意図するものではない。
[0494]
実施例１
亜鉛フィンガーの設計
[0495]亜鉛フィンガー結合部位を、目的の標的遺伝子における亜鉛フィンガーモジュールの利用可能性、それらの位置、および配向に基づいて選択した。例えば、ＧＦＰの発現を作動させるＥＦ１アルファプロモーターを含む配列において、例示的な配列は、ＥＦ１アルファプロモーターの３’側の２００個の塩基対、プロモーターとＧＦＰ開始コドンとの間の２３個の塩基対、およびＧＦＰコーディング配列の５’側の１７７個の塩基対を含む。６フィンガーの亜鉛フィンガータンパク質の例示的な結合部位は、「標的部位の表」にあり、結合部位が、以下に示される配列番号６９５において別の結合部位とオーバーラップする場合には太字または斜体で示される。
Figure 2024501383000022
亜鉛フィンガー配列を、上記の標的部位の結合のために設計した。例示的な亜鉛フィンガー配列は、次の通りである：
ＳＲＰＧＥＲＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳ［Ｆ１］ＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳ［Ｆ２］ＨＬＲＴＨ［リンカー１］ＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳ［Ｆ３］ＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳ［Ｆ４］ＨＬＲＴＨ［リンカー２］ＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳ［Ｆ５］ＨＴＲＴＨＴＧＥＫＰＦＱＣＲＩＣＭＲＮＦＳ［Ｆ６］ＨＬＲＴＨＬＲＧＳ（配列番号７０３）
所与の標的部位のための亜鉛フィンガータンパク質は、以下のリンカーを有し、
Figure 2024501383000023
所与の標的部位の認識ヘリックスは、以下の配列番号７１６～９６１から選択され得る。
Figure 2024501383000024
[0496]
実施例２
エピジェネティックエディターの配列。
[0497]例示的なエピジェネティックエディターのアミノ酸配列を、以下に提供する。
亜鉛フィンガーがＧＦＰ１－ＺＦ１である例示的な融合タンパク質ＤＮＭＴ３Ａ－３Ｌ－ＺＦ－ＫＲＡＢ（配列番号９７８）：
[0498]
実施例３
ガイドＲＮＡの設計。
[0499]Ｃａｓ９プロトスペーサーを、標的ＤＮＡ配列内のスペーサー配列と完全に一致するかまたはほぼ完全に一致する配列から、相同性に基づいて選択し、ＭＩＴ特異性スコア（ｈｔｔｐ：／／ｃｒｉｓｐｏｒ．ｔｅｆｏｒ．ｎｅｔ／によって計算）によって予測する。
[0500]ストレプトコッカス・ピオゲネスＣａｓ９、またはＮＧＧ ＰＡＭを使用し得る別のＣａｓを含むエピジェネティックエディターが標的遺伝子全体にわたって特定されたプロトスペーサー配列を認識することを許容するであろうｇＲＮＡ プロトスペーサー配列。２０ヌクレオチドのスペーサーおよび合計１００ヌクレオチドの長さを含むｇＲＮＡを合成する。ｇＲＮＡを、Ｃａｓ９エピジェネティックエディター融合タンパク質をコードするｍＲＮＡとともに、ＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭａｘ試薬（リポフェクタミン）によって初代ヒト肝細胞にコトランスフェクトする。トランスフェクションの後に、肝細胞からゲノムＤＮＡを採取し、標的遺伝子の転写産物発現レベルを、ｑＲＴ－ＰＣＲによって評価した。
[0501]
実施例４
エピジェネティックエディターに媒介される標的遺伝子の抑制
[0502]候補亜鉛フィンガーを、ＺｉＦｉｔ（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｎｄｒ．ｇｄｃｂ．ｉａｓｔａｔｅ．ｅｄｕ／ＺｉＦｉＴ／）を使用して、記載されるようにスクリーニングする。ヒトＫ５６２細胞を、１０％ ＨＩ－ＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）、１％ Ｇｌｕｔａｍａｘ（Ｇｉｂｃｏ）、および１％ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ（Ｇｉｂｃｏ）を有するＲＰＭＩ １６４０培地（Ｇｉｂｃｏ）において培養し、１×１０＾６個の分裂細胞にＮｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ ２ｂデバイス（Ｌｏｎｚａ）でプログラムＴ－０１６を使用して１００μｌのＫｉｔ Ｖ溶液（Ｌｏｎｚａ）中の１０μｇのＤＮＡをヌクレオフェクトすることによって、様々なＫＲＡＢ－ＺＦ－Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質をコードするプラスミドをトランスフェクトする。ヌクレオフェクトした細胞を、ヌクレオフェクションに続いて３７℃で４日間６ウェルプレートにおいてインキュベートする。ゲノムＤＮＡおよび全ＲＮＡを、トランスフェクションの４日後に採取する。ゲノムＤＮＡを、メチル化分析に使用する。全ＲＮＡを抽出し、標的遺伝子および２つの参照遺伝子（ＡＴＰ５ｂおよびＲＰＬ３８）の発現を、リアルタイムＲＴ－ｑＰＣＲを使用してモニタリングする。
[0503]メチル化状態の判定：これらのトランスフェクトした細胞集団から、標的遺伝子の遺伝子座のバイサルファイトＤＮＡシーケンシングを、次のように行う。ゲノムＤＮＡを、Ｑｉａｇｅｎ Ｂｌｏｏｄ Ｍｉｎｉキットを使用して、トランスフェクトした細胞から単離する。２００～１０００ｎｇのゲノムＤＮＡを、ＥＺ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎキット（Ｚｙｍｏ）、ＥＺ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇキット（Ｚｙｍｏ）、またはＣｅｌｌｓ－ｔｏ－ＣｐＧ Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ Ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）のいずれかを、推奨されるプロトコールに従って使用して、バイサルファイト処置する。Ｂｉｓ－ＤＮＡのＰＣＲ増幅を、Ｐｙｒｏｍａｒｋ ＰＣＲキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して行う。Ｉｌｌｕｍｉｎａアダプターおよびバーコードを、Ｐｈｕｓｉｏｎ Ｈｉｇｈ－Ｆｉｄｅｌｉｔｙ ＰＣＲ酵素（ＮＥＢ）を用いたＰＣＲによって付加し、アンプリコンを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑシステムでシーケンシングした。全ＲＮＡを、ＰｕｒｅＬｉｎｋ ＲＮＡミニキット（Ａｍｂｉｏｎ）を製造業者の説明書に従って用いて同じ細胞から単離する。逆転写を、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔｌｌｌ ＲＴキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて行い、Ｔａｑｍａｎアッセイを、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ ＰＣＲ機器で実行した。
[0504]抑制ドメインの試験：候補抑制ドメインの機能性を試験するために、ドメインを、ヒト細胞における試験のためにＤＮＡ結合ドメインに融合する。全タンパク質配列から特定および抽出したエフェクタードメインを、様々なリンカーを使用して、任意のＤＮＡ結合ドメインのＮ末端またはＣ末端に融合してもよい。例えば、リプレッサードメインを、Ｃａｓ９に融合してもよい。この融合タンパク質を、次いで、標準的な細胞培養技法を使用して、ｇＲＮＡとともに、細胞に共送達する。これは、プラスミドトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、ｍＲＮＡトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、またはウイルス形質導入を含み得る。エフェクタードメインの初回試験は、容易なＦＡＣＳに基づく読み取りを可能にするために蛍光マーカーが組み込まれているレポーター細胞系において容易に行うことができる。あるいは、内因性遺伝子を標的としてもよい。細胞表面マーカーをコードする遺伝子は、フローサイトメトリーによって容易に定量することができ、任意の遺伝子標的の発現は、標準的な分子生物学技法、例えば、ＲＴ－ｑＰＣＲ、ｄｄＰＣＲ、ウエスタンブロットなどによって定量することができる。候補抑制ドメインを試験するために、標的遺伝子の発現の減少を、これらの方法によって定量する。短縮および突然変異を、エフェクタードメインに導入して、試験のための複数のバリアントを生成してもよい。
[0505]活性化ドメインの試験：候補活性化ドメインの機能性を試験するために、ドメインを、ヒト細胞における試験のためにＤＮＡ結合ドメインに融合する。全タンパク質配列から特定および抽出したエフェクタードメインを、様々なリンカーを使用して、任意のＤＮＡ結合ドメインのＮ末端またはＣ末端に融合してもよい。例えば、活性化ドメインを、Ｃａｓ９に融合してもよい。この融合タンパク質を、次いで、標準的な細胞培養技法を使用して、ｇＲＮＡとともに、細胞に共送達する。これは、プラスミドトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、ｍＲＮＡトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、またはウイルス形質導入を含み得る。エフェクタードメインの初回試験は、容易なＦＡＣＳに基づく読み取りを可能にするために蛍光マーカーが組み込まれているレポーター細胞系において容易に行うことができる。あるいは、内因性遺伝子を標的としてもよい。細胞表面マーカーをコードする遺伝子は、フローサイトメトリーによって容易に定量することができ、任意の遺伝子標的の発現は、標準的な分子生物学技法、例えば、ＲＴ－ｑＰＣＲ、ｄｄＰＣＲ、ウエスタンブロットなどによって定量することができる。候補活性化ドメインを試験するために、標的遺伝子の発現の増加を、これらの方法によって定量する。短縮および突然変異を、エフェクタードメインに導入して、試験のための複数のバリアントを生成してもよい。
[0506]ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインの試験：候補ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインの機能性を試験するために、ドメインを、ヒト細胞における試験のためにＤＮＡ結合ドメインに融合する。全タンパク質配列から特定および抽出したエフェクタードメインを、様々なリンカーを使用して、任意のＤＮＡ結合ドメインのＮ末端またはＣ末端に融合してもよい。例えば、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインを、Ｃａｓ９に融合してもよい。この融合タンパク質を、次いで、標準的な細胞培養技法を使用して、ｇＲＮＡとともに、細胞に共送達する。これは、プラスミドトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、ｍＲＮＡトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、またはウイルス形質導入を含み得る。ＤＮＡメチル化は、標的遺伝子の発現を低減させることが予測されるため、これを、標準的な技法、例えば、ＲＴ－ｑＰＣＲ、細胞表面マーカーの染色、ならびにフローサイトメトリー、ｄｄＰＣＲ、およびウエスタンブロッティングによる定量によって、アッセイすることができる。追加として、ＤＮＡメチル化の直接的な読み取りが、バイサルファイトシーケンシングを通じて得られる。この方法では、ＤＮＡのバイサルファイト処置は、シトシン残基をウラシルに変換するが、５－メチルシトシン残基は影響を受けないままとなる。次いで、標準的なサンガーシーケンシングまたは次世代シーケンシングを行って、ＣｐＧジヌクレオチドにおけるメチル化率を判定することができる。
ＤＮＡ脱メチル化ドメインの試験：ＤＮＡメチル化を除去することに関する候補ドメインの機能性を試験するために、ドメインを、ヒト細胞における試験のためにＤＮＡ結合ドメインに融合する。全タンパク質配列から特定および抽出したエフェクタードメインを、様々なリンカーを使用して、任意のＤＮＡ結合ドメインのＮ末端またはＣ末端に融合してもよい。例えば、ドメインを、Ｃａｓ９に融合してもよい。この融合タンパク質を、次いで、標準的な細胞培養技法を使用して、ｇＲＮＡとともに、細胞に共送達する。これは、プラスミドトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、ｍＲＮＡトランスフェクションもしくはエレクトロポレーション、またはウイルス形質導入を含み得る。ＣｐＧジヌクレオチドにおけるＤＮＡメチル化マークの除去は、標的遺伝子の発現を増加させることが予測されるため、これを、標準的な技法、例えば、ＲＴ－ｑＰＣＲ、細胞表面マーカーの染色、ならびにフローサイトメトリー、ｄｄＰＣＲ、およびウエスタンブロッティングによる定量によって、アッセイすることができる。追加として、ＤＮＡメチル化の直接的な読み取りが、バイサルファイトシーケンシングを通じて得られる。この方法では、ＤＮＡのバイサルファイト処置は、シトシン残基をウラシルに変換するが、５－メチルシトシン残基は影響を受けないままとなる。次いで、標準的なサンガーシーケンシングまたは次世代シーケンシングを行って、ＣｐＧジヌクレオチドにおけるメチル化率を判定することができる。
[0507]
実施例５
代替ＤＮＭＴエフェクターおよびエフェクター融合体。
[0508]ＧｒｉｐＴｉｔｅ２９３細胞を、９６ウェルプレートに播種し、２５ｎｇのｇＲＮＡ発現プラスミド（ＶＩＭを標的とする）、５０ｎｇのエフェクター－ＤＢＤ融合プラスミド、および５ｎｇのピューロマイシン耐性プラスミドを、Ｍｉｒｕｓ ＴｒａｎｓＩＴトランスフェクション試薬を使用してトランスフェクトした。使用したＶＩＭを標的とするｇＲＮＡは、配列番号９６２～９６９に見出すことができる。エフェクター－ＤＢＤ融合体は、配列番号１１１２～１１５３に見出すことができる。
[0509]トランスフェクション後１日目に、細胞を、ピューロマイシンとともに培養して、トランスフェクト陽性細胞を選択した。トランスフェクション後６日目または７日目に、細胞を、ＦＡＣＳによってＶＩＭ発現に関して分析した（図２）。
[0510]ヒト－ヒトおよびヒト－マウス融合体を、植物ＤＮＭＴエフェクターおよびエフェクター融合体に対して試験した場合、哺乳動物融合体が、より高いＶＩＭサイレンシングを示し（図３Ａ）、哺乳動物融合体を、細菌、真菌、およびショウジョウバエ由来のＤＮＭＴエフェクターおよびエフェクター融合体と比較した場合に、同様の結果が見出された（図３Ｂ）。
[0511]
実施例６
代替ＫＲＡＢおよび非ＫＲＡＢリプレッサー。
[0512]ＧｒｉｐＴｉｔｅ２９３細胞を、９６ウェルプレートに播種し、２５ｎｇのｇＲＮＡ発現プラスミド（ＶＩＭを標的とする）、５０ｎｇのＤＢＤ－エフェクター融合プラスミド、および５ｎｇのピューロマイシン耐性プラスミドを、Ｍｉｒｕｓ ＴｒａｎｓＩＴトランスフェクション試薬を使用してトランスフェクトした。使用したＶＩＭを標的とするｇＲＮＡは、配列番号９６２～９６９に見出すことができる。ＤＢＤ－エフェクター融合体は、配列番号１０２２～１１１１に見出すことができる。
[0513]トランスフェクション後１日目に、細胞を、ピューロマイシンとともに培養して、トランスフェクト陽性細胞を選択した。トランスフェクション後６日目に、細胞を、ＦＡＣＳによってＶＩＭ発現に関して分析した（図５）。多数の代替ＫＲＡＢおよび非ＫＲＡＢリプレッサーが、ＶＩＭ発現を効果的にサイレンシングした。
[0514]
実施例７
遺伝子抑制。
[0515]ＧｒｉｐＴｉｔｅ２９３細胞を、９６ウェルプレートに播種し、２５ｎｇのｇＲＮＡ発現プラスミド（ＣＤ１５１またはＣＬＴＡを標的とする単一のｇＲＮＡまたは４ｘ（クアッド）ｇＲＮＡプラスミドのいずれか）、５０ｎｇのＤＢＤ－エフェクター融合プラスミド、および５ｎｇのピューロマイシン耐性プラスミドを、Ｍｉｒｕｓ ＴｒａｎｓＩＴトランスフェクション試薬を使用してトランスフェクトした。使用したＣＤ１５１を標的とするｇＲＮＡは、配列番号９７０～９７７に見出すことができる。使用したＤＢＤ－エフェクター融合プラスミドは、配列番号９７９～１０２１に見出すことができる。
[0516]トランスフェクション後１日目に、細胞を、ピューロマイシンとともに培養して、トランスフェクト陽性細胞を選択した。トランスフェクション後６日目に、細胞を、ＦＡＣＳによってＣＤ１５１またはＣＬＴＡ発現に関して分析した。図６～７は、代替ＫＲＡＢの組合せの多くが、ＣＤ１５１を効果的にサイレンシングすることを示す。
[0517]本開示の好ましい実施形態が本明細書に示され、説明されているが、そのような実施形態が単なる例示として提供されていることは、当業者には明らかであろう。当業者であれば、本開示から逸脱することなく、多数の変動形、変化、および置換を想起するであろう。本明細書に記載される本開示の実施形態に対する様々な代替形態を、本開示の実施に用いることができることを理解すべきである。以下の特許請求の範囲が本開示の範囲を定めること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物が、それによって網羅されることが意図される。
他の実施形態
[0518]前述の説明から、変動および改変を、本明細書に記載される本開示を様々な用途および条件に適合させるために、それに対して行うことができることが、明らかであろう。そのような実施形態もまた、以下の特許請求の範囲内に含まれる。
[0519]本明細書における変数の任意の定義における要素の列挙の引用は、列挙された要素の任意の単一の要素または組合せ（または部分的組合せ）としてのその変数の定義を含む。本明細書における実施形態の記述は、その実施形態を、任意の単一の実施形態、実施形態の任意の部分、または任意の他の実施形態との組合せ、またはそれらの任意の部分として含む。
[0520]本明細書に記載されるように、本開示は、遺伝子に核酸塩基変更をもたらすための塩基編集系、ならびにそのような塩基編集系を含む組成物、設計、およびそれに対する改変を含む、疾患の処置のためにそれを使用する方法の具体的な実施形態および実施例、ならびに疾患の処置、ならびに記載される条件下での哺乳動物細胞への活性剤のインビボおよびインビトロ送達のための医薬組成物としてを含む、個別および組合せでの前述のものの合成、製造、使用、および有効性について記載する具体的な実施例および実施形態を含むことが、理解されるであろう。
[0521]具体的な実施例および多数の実施形態は、前述のものの態様および態様の組合せを例示するために提供されているが、例示的または開示される実施形態の任意の態様またはその組合せが、限定することなく別の実施形態を構成するためにそこから除外され得ること、ならびに任意のそのような実施形態が別個かつ独立した請求項を構成することが企図されることを、認識および理解されたい。同様に、１つまたは複数の実施形態の任意の態様または態様の組合せが，１つまたは複数の実施形態の任意の態様または態様の組合せに含まれ得るかまたはそれと組み合わされ得ること、ならびにそれらのすべてのそのような組合せが、本開示の範囲内に含まれ、制限することなく別個かつ独立した請求項として提示され得ることが企図されることを、認識および理解されたい。したがって、１つの請求項に提示される任意の特徴が、別の請求項に含まれ得ること、１つの請求項に提示される任意の特徴が、その特徴を有さない請求項を構成するためにその請求項から除去され得ること、および１つの請求項に提示される任意の特徴が、別の請求項における任意の特徴と組み合わされ得ることを、認識されたく、これらのそれぞれは、本明細書において企図される。以下に列挙される付記は、前述の実施形態および実施例の態様および態様の組合せのさらなる例示的実施例である。
１．標的染色体内の標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変するための方法であって、標的染色体を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、標的染色体内の標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変する、方法。
２．細胞における標的染色体内の標的遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、標的遺伝子を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、標的遺伝子の発現をモジュレートする、方法。
３．疾患の処置を必要とする対象において疾患を処置する方法であって、対象に、エピジェネティックエディターを投与するステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、対象における標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、標的遺伝子または標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、標的遺伝子が、疾患と関連しており、部位特異的エピジェネティック改変が、標的遺伝子の発現をモジュレートし、それによって、疾患を処置する、方法。
４．部位特異的エピジェネティック改変が、標的配列の上流または下流３０００塩基対以内である、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
５．部位特異的エピジェネティック改変が、標的配列の上流または下流２０００塩基対以内である、請求項４に記載の方法。
６．部位特異的エピジェネティック改変が、発現調節配列の上流または下流３０００塩基対以内である、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
７．部位特異的エピジェネティック改変が、発現調節配列の上流または下流２０００塩基対以内である、請求項６に記載の方法。
８．部位特異的エピジェネティック改変が、発現調節配列の上流または下流１０００塩基対以内である、請求項７に記載の方法。
９．標的染色体内の標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変する方法であって、標的遺伝子を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインが、標的ゲノム内の標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドまたはヌクレオチドと結合したすべてのヒストンテールのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらす、方法。
１０．細胞における標的染色体内の標的遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、標的遺伝子を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインが、細胞における標的ゲノム内の標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドまたはヌクレオチドと結合したすべてのヒストンテールのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらす、方法。
１１．疾患の処置を必要とする対象において疾患を処置する方法であって、対象に、エピジェネティックエディターを投与するステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、対象における標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインが、対象における標的ゲノム内の標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも１０％またはヌクレオチドと結合したすべてのヒストンテールのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらし、標的遺伝子が、疾患と関連しており、エピジェネティック改変が、標的遺伝子の発現をモジュレートし、それによって、疾患を処置する、方法。
１２．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも２０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。
１３．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも５０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。
１４．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。
１５．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも２０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。
１６．標的染色体内の標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変する方法であって、標的遺伝子を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインが、標的ゲノム内の標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらす、方法。
１７．細胞における標的染色体内の標的遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、標的遺伝子を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインが、細胞における標的ゲノム内の標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらす、方法。
１８．疾患の処置を必要とする対象において疾患を処置する方法であって、対象に、エピジェネティックエディターを投与するステップを含み、エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインとエピジェネティックエフェクタードメインとを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、対象における標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインが、対象における標的ゲノム内の標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらし、標的遺伝子が、疾患と関連しており、エピジェネティック改変が、標的遺伝子の発現をモジュレートし、それによって、疾患を処置する、方法。
１９．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも２０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
２０．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
２１．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも１０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
２２．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも２０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
２３．エピジェネティックエフェクタードメインが、標的配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも８０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
２４．エピジェネティックエフェクタードメインが、発現調節配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも５０％においてエピジェネティック改変をもたらす、請求項９～１４のいずれか一項に記載の方法。
２５．対象に、エピジェネティックエディターを含む細胞を投与するステップを含む、請求項３～８または１１～２４のいずれか一項に記載の方法。
２６．細胞が、同種細胞である、請求項２５に記載の方法。
２７．細胞が、自家細胞である、請求項２５に記載の方法。
２８．発現調節配列が、プロモーターを含む、請求項６～８または１５～２７のいずれか一項に記載の方法。
２９．発現調節配列が、転写開始部位を含む、請求項６～８または１５～２７のいずれか一項に記載の方法。
３０．発現調節配列が、エンハンサーを含む、請求項６～８または１５～２７のいずれか一項に記載の方法。
３１．エピジェネティック改変が、標的遺伝子のコーディング領域内である、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
３２．標的遺伝子が、疾患と関連する対立遺伝子を含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
３３．標的遺伝子が、２つのヘテロ接合性コピーを含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
３４．標的遺伝子が、対立遺伝子においてヘテロ接合性である、請求項３３に記載の方法。
３５．エピジェネティック改変が、２つのヘテロ接合性コピーのうちの一方にあり、他方にはない、請求項３３または３４に記載の方法。
３６．エピジェネティック改変が、ヘテロ接合性対立遺伝子にある、請求項３４に記載の方法。
３７．ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーモチーフを含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
３８．ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーアレイを含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
３９．亜鉛フィンガーアレイが、少なくとも６つの亜鉛フィンガーを含む、請求項３８に記載の方法。
４０．亜鉛フィンガーアレイが、それぞれが少なくとも２つの亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーの少なくとも３つのサブセットを含む、請求項３９に記載の方法。
４１．ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む、請求項１～３６のいずれか一項に記載の方法。
４２．ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む、請求項４１に記載の方法。
４３．ガイドポリヌクレオチドが、標的配列とハイブリダイズする、請求項４１に記載の方法。
４４．ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む、請求項４１に記載の方法。
４５．ＣＲＩＳＲＰ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）またはヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む、請求項４１に記載の方法。
４６．エピジェネティックエフェクタードメインが、エピジェネティックエディターと接触していない対照細胞と比較して、標的遺伝子の発現の低減またはサイレンシングをもたらす、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
４７．エピジェネティックエフェクタードメインが、エピジェネティックエディターと接触していない細胞における対照遺伝子と比較して、標的遺伝子のヘテロ接合性コピーのうちの１つからの発現を特異的に低減またはサイレンシングする、請求項４６に記載の方法。
４８．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、ＤＮＡメチル化を含む、請求項４６または４７に記載の方法。
４９．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、ＣｐＧジヌクレオチドにおけるものである、請求項４８に記載の方法。
５０．ＣｐＧジヌクレオチドが、ＣｐＧアイランド内にある、請求項４８に記載の方法。
５１．ＣｐＧジヌクレオチドが、ＣｐＧアイランド内にはない、請求項４８に記載の方法。
５２．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンの脱アセチル化を含む、請求項４６または４７に記載の方法。
５３．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンのメチル化を含み、任意選択で、ヒストンのメチル化が、Ｈ３Ｋ９メチル化である、請求項４６または４７に記載の方法。
５４．部位特異的エピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンの脱メチル化を含み、任意選択で、ヒストンの脱メチル化が、Ｈ３Ｋ４脱メチル化である、請求項４６または４７に記載の方法。
５５．エピジェネティックエフェクタードメインが、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインを含む、請求項４６～５４のいずれか一項に記載の方法。
５６．エピジェネティックエフェクタードメインが、Ｄｎｍｔ１ドメイン、Ｄｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、またはＤｎｍｔ３Ｂドメインを含む、請求項５５に記載の方法。
５７．エピジェネティックエフェクタードメインが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質を含む、請求項５６に記載の方法。
５８．エピジェネティックエフェクタードメインが、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項４６～５５のいずれか一項に記載の方法。
５９．エピジェネティックエフェクタードメインが、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項４６～５５のいずれか一項に記載の方法。
６０．エピジェネティックエフェクタードメインが、ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＭＥＣＰ２ドメイン、クロモシャドウドメイン、またはＨＰ１ドメインを含む、請求項５８または５９に記載の方法。
６１．エピジェネティックエフェクタードメインが、表２または表３からのタンパク質を含む、請求項５８～５９のいずれか一項に記載の方法。
６２．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現の低減またはサイレンシングをもたらす第２のエピジェネティックエフェクタードメインをさらに含む、請求項４６～６１のいずれか一項に記載の方法。
６３．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインを含む、請求項６２に記載の方法。
６４．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項６２に記載の方法。
６５．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項６２に記載の方法。
６６．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＨＰ１ドメイン、Ｄｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項６２に記載の方法。
６７．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、表２または表３のタンパク質を含む、請求項６２に記載の方法。
６８．エピジェネティックエフェクタードメインおよび第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、標的遺伝子の発現を相乗的に低減またはサイレンシングする、請求項６２～６７のいずれか一項に記載の方法。
６９．エピジェネティックエディターが、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン、および標的遺伝子の発現を低減またはサイレンシングする抑制ドメインを含む、請求項４６～６８のいずれか一項に記載の方法。
７０．エピジェネティックエディターが、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン、および転写リプレッサータンパク質を標的遺伝子に動員する抑制スキャフォールドタンパク質ドメインを含む、請求項４６～６８のいずれか一項に記載の方法。
７１．エピジェネティックエディターが、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインおよびヒストンデアセチラーゼドメインを含む、請求項４６～６８のいずれか一項に記載の方法。
７２．エピジェネティックエディターが、ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＨＰ１ドメイン、クロモシャドウドメイン、またはＭＥＣＰ２ドメインをさらに含む、請求項７１に記載の方法。
７３．エピジェネティックエディターが、Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＨＰ１ドメイン、またはＭＥＣＰ２ドメインを含む、請求項４６～７２のいずれか一項に記載の方法。
７４．エピジェネティックエディターが、Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＨＰ１ドメイン、またはＭＥＣＰ２ドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインを含む、請求項４６～７２のいずれか一項に記載の方法。
７５．Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌを含む、請求項７３または７４に記載の方法。
７６．Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｄｎｍｔ３Ｌ－Ｄｎｍｔ３Ａを含む、請求項７３または７４に記載の方法。
７７．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現を、野生型発現レベルと比較して、少なくとも５０％低減させる、請求項４６～７６のいずれか一項に記載の方法。
７８．標的遺伝子の発現の低減が、少なくとも１週間、４週間、６ヶ月間、または１年間維持される、請求項４６～７７のいずれか一項に記載の方法。
７９．標的遺伝子の発現の低減が、標的遺伝子を含む細胞に由来する子孫細胞において維持される、請求項４６～７８のいずれか一項に記載の方法。
８０．エピジェネティックエディターが、エピジェネティックエディターと接触していない細胞における対照遺伝子と比較して、標的遺伝子の発現を増加させる、エピジェネティックエフェクタードメインを含む、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
８１．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、ＤＮＡ脱メチル化を含む、請求項８０に記載の方法。
８２．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、ＣｐＧジヌクレオチドにおけるものである、請求項８０または８１に記載の方法。
８３．ＣｐＧジヌクレオチドが、ＣｐＧアイランド内にある、請求項８２に記載の方法。
８４．ＣｐＧジヌクレオチドが、ＣｐＧアイランド内にはない、請求項８２に記載の方法。
８５．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンのアセチル化を含む、請求項８３に記載の方法。
８６．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンのメチル化を含み、任意選択で、ヒストンのメチル化が、Ｈ３Ｋ４メチル化である、請求項８０に記載の方法。
８７．部位特異的エピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンの脱メチル化を含み、任意選択で、ヒストンの脱メチル化が、Ｈ３Ｋ９脱メチル化である、請求項８０に記載の方法。
８８．エピジェネティックエフェクタードメインが、ＤＮＡデメチラーゼドメインを含む、請求項８０～８７のいずれか一項に記載の方法。
８９．ＤＮＡデメチラーゼドメインが、ＴＥＴファミリータンパク質ドメインを含む、請求項８８に記載の方法。
９０．ＤＮＡデメチラーゼドメインが、ＴＥＴ１タンパク質を含む、請求項８９に記載の方法。
９１．エピジェネティックエフェクタードメインが、ヒストンアセチラーゼドメインを含む、請求項８８に記載の方法。
９２．エピジェネティックエフェクタードメインが、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項８０～８７のいずれか一項に記載の方法。
９３．エピジェネティックエフェクタードメインが、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項８０～８７のいずれか一項に記載の方法。
９４．エピジェネティックエフェクタードメインが、ＶＰ１６ドメイン、ＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、またはＲＴＡドメインを含む、請求項９２または９３に記載の方法。
９５．エピジェネティックエフェクタードメインが、表５または表６からのタンパク質を含む、請求項８０～８７のいずれか一項に記載の方法。
９６．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現を増加させる第２のエピジェネティックエフェクタードメインをさらに含む、請求項８０～９５のいずれか一項に記載の方法。
９７．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、ＤＮＡデメチラーゼドメインを含む、請求項９６に記載の方法。
９８．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項９６に記載の方法。
９９．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項９６に記載の方法。
１００．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、ＴＥＴ１ドメイン、ＶＰ１６ドメイン、ＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、ＲＴＡドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項９８または９９に記載の方法。
１０１．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、表５または表６からのタンパク質を含む、請求項９６に記載の方法。
１０２．エピジェネティックエディターが、ＤＮＡデメチラーゼドメイン、ならびにＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、およびＲＴＡドメインの融合体を含む、請求項８０～１０１のいずれか一項に記載の方法。
１０３．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現を、野生型発現レベルと比較して、少なくとも５０％増加させる、請求項８０～１０２のいずれか一項に記載の方法。
１０４．標的遺伝子発現の発現の増加が、少なくとも１週間、４週間、６ヶ月間、または１年間維持される、請求項８０～１０３に記載の方法。
１０５．標的遺伝子の発現の増加が、標的遺伝子を含む細胞に由来する子孫細胞において維持される、請求項８０～１０４のいずれか一項に記載の方法。
１０６．エピジェネティックエディターが、第２の標的遺伝子内の第２の標的配列に結合する第２のＤＮＡ結合ドメインをさらに含み、ＤＮＡ結合ドメインが、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、第２の標的遺伝子または第２の標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
１０７．エピジェネティックエディターが、ＤＮＡ結合ドメインに結合し、第２の標的遺伝子内の第２の標的配列とハイブリダイズし、エピジェネティックエディターを導いて、第２の標的遺伝子または第２の標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、第２のガイドポリヌクレオチドをさらに含む、請求項４１～１０６のいずれか一項に記載の方法。
１０８．第２の標的遺伝子が、標的遺伝子と同じである、請求項１０６または１０７に記載の方法。
１０９．第２の標的配列が、標的配列とオーバーラップする、請求項１０８に記載の方法。
１１０．第２の標的配列が、標的配列の上流または下流１０００塩基対以内である、請求項１０８に記載の方法。
１１１．第２の標的配列が、標的配列の上流または下流５００塩基対以内である、請求項１０８に記載の方法。
１１２．第２の標的遺伝子が、標的遺伝子とは異なる、請求項１０６または１０７に記載の方法。
１１３．標的遺伝子および第２の標的遺伝子が、同じ代謝経路または機能に関連する、請求項１１２に記載の方法。
１１４．標的遺伝子および第２の標的遺伝子が、同じ疾患または状態と関連する、請求項１１２に記載の方法。
１１５．エピジェネティックエディターが、リンカーをさらに含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
１１６．リンカーが、ペプチドリンカーである、請求項１１５に記載の方法。
１１７．リンカーが、ＸＴＥＮリンカーを含む、請求項１１６に記載の方法。
１１８．接触させることが、エキソビボである、先行する請求項のいずれか一項に記載の方法。
１１９．接触させることが、対象においてインビボである、請求項１～１１４のいずれか一項に記載の方法。
１２０．対象が、ヒトである、請求項１１９に記載の方法。
１２１．目的の遺伝子（ＧＯＩ）を含むエピジェネティック改変された染色体であって、ＧＯＩの発現調節配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも１０％またはヌクレオチドと結合したすべてのヒストンテールのうちの少なくとも１０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、エピジェネティック改変された染色体。
１２２．発現調節配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも２０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１２３．発現調節配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも５０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１２４．発現調節配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも１０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１２５．発現調節配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのヌクレオチドのうちの少なくとも２０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１１５に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１２６．目的の遺伝子（ＧＯＩ）を含むエピジェネティック改変された染色体であって、ＧＯＩの発現調節配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも１０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、エピジェネティック改変された染色体。
１２７．発現調節配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも２０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２６に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１２８．発現調節配列の上流または下流２００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２６に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１２９．発現調節配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも１０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２６に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３０．発現調節配列の上流または下流５００塩基対以内のすべてのＣｐＧジヌクレオチドのうちの少なくとも２０％が、目的の遺伝子を含む未改変の対照染色体と比較して、エピジェネティック改変を含む、請求項１２６に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３１．エピジェネティック改変を含むＣｐＧジヌクレオチドが、ＣｐＧアイランド内にある、請求項１２６～１３０のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３２．エピジェネティック改変を含むＣｐＧジヌクレオチドが、ＣｐＧアイランド内にはない、請求項１２６～１３０のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３３．発現調節配列が、プロモーターを含む、請求項１２１～１３２のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３４．発現調節配列が、転写開始部位を含む、請求項１２１～１３２のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３５．発現調節配列が、エンハンサーを含む、請求項１２１～１３２のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３６．エピジェネティック改変が、ＧＯＩのコーディング領域内である、請求項１２１～１３５のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３７．標的遺伝子が、疾患と関連する対立遺伝子を含む、請求項１２１～１３６のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３８．標的遺伝子が、２つのヘテロ接合性コピーを含む、請求項１２１～１３６のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１３９．標的遺伝子が、対立遺伝子においてヘテロ接合性である、請求項１２１～１３７のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４０．エピジェネティック改変が、２つのヘテロ接合性コピーのうちの一方にあり、他方にはない、請求項１３９に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４１．エピジェネティック改変が、ヘテロ接合性対立遺伝子にある、請求項１４０に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４２．エピジェネティック改変された染色体が、細胞内にある、請求項１２１～１４０のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４３．エピジェネティック改変が、対照細胞における未改変の対照染色体におけるＧＯＩと比較して、ＧＯＩの発現の低減またはサイレンシングをもたらす、請求項１４１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４４．エピジェネティック改変が、ＤＮＡメチル化を含む、請求項１４３に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４５．エピジェネティック改変が、ヒストンテールの脱アセチル化を含む、請求項１４３に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４６．部位特異的エピジェネティック改変またはエピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンのメチル化を含み、任意選択で、ヒストンのメチル化が、Ｈ３Ｋ９メチル化である、請求項１４３に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４７．部位特異的エピジェネティック改変が、標的遺伝子に結合したヒストンの脱メチル化を含み、任意選択で、ヒストンの脱メチル化が、Ｈ３Ｋ４脱メチル化である、請求項１４３に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４８．ＧＯＩの発現が、野生型発現レベルと比較して、少なくとも５０％低減される、請求項１４３～１４７のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１４９．ＧＯＩの発現の低減が、少なくとも１週間、４週間、６ヶ月間、または１年間維持される、請求項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５０．ＧＯＩの発現の低減が、細胞に由来する子孫細胞において維持される、請求項１４３～１４９のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５１．エピジェネティック改変が、対照細胞における未改変の対照染色体におけるＧＯＩと比較して、ＧＯＩの発現の増加をもたらす、請求項１４１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５２．エピジェネティック改変が、ＤＮＡ脱メチル化を含む、請求項１５１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５３．エピジェネティック改変が、ヒストンテールのアセチル化を含む、請求項１５１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５４．エピジェネティック改変が、ヒストンテールのメチル化を含み、任意選択で、ヒストンのメチル化が、Ｈ３Ｋ４メチル化である、請求項１５１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５５．エピジェネティック改変が、ヒストンテールの脱メチル化を含み、任意選択で、ヒストンの脱メチル化が、Ｈ３Ｋ９脱メチル化である、請求項１５１に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５６．ＧＯＩの発現が、野生型発現レベルと比較して、少なくとも５０％増加する、請求項１５１～１５５のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５７．ＧＯＩの発現の増加が、少なくとも１週間、４週間、６ヶ月間、または１年間維持される、請求項１５１～１５６のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５８．ＧＯＩの発現の増加が、細胞に由来する子孫細胞において維持される、請求項１５１～１５７のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１５９．請求項１２１～１５８のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体を含む細胞。
１６０．細胞が、非分裂細胞である、請求項１５９に記載の細胞。
１６１．細胞が、初代細胞である、請求項１５９に記載の細胞。
１６２．細胞が、哺乳動物細胞である、請求項１５９に記載の細胞。
１６３．細胞が、ヒト細胞である、請求項１５９に記載の細胞。
１６４．エピジェネティック改変された染色体が、対象内にある、請求項１２１～１５８のいずれか一項に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１６５．対象が、ヒトである、請求項１６４に記載のエピジェネティック改変された染色体。
１６６．ＤＮＡ結合ドメインと、ＤＮＡメチル化調節タンパク質と、親和性ドメインとを含むエピジェネティックエディターであって、ＤＮＡ結合ドメインが、標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合し、親和性ドメインが、標的遺伝子を含む細胞内のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合し、エピジェネティックエフェクタータンパク質を標的遺伝子へと導いて、標的染色体と接触すると、標的遺伝子内のヌクレオチドまたは標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、エピジェネティックエディター。
１６７．ＤＮＡ結合ドメインと、エピジェネティックエフェクタータンパク質と、親和性ドメインとを含むエピジェネティックエディターであって、ＤＮＡ結合ドメインが、標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合し、親和性ドメインが、標的遺伝子を含む細胞内のＤＮＡメチル化調節タンパク質に特異的に結合し、ＤＮＡメチル化調節タンパク質を標的遺伝子へと導いて、標的遺伝子内のヌクレオチドにおいてエピジェネティック改変をもたらす、エピジェネティックエディター。
１６８．ＤＮＡメチル化調節タンパク質が、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインを含む、請求項１６６または１６７に記載のエピジェネティックエディター。
１６９．ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインが、Ｄｎｍｔ１ドメイン、Ｄｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、またはＤｎｍｔ３Ｂドメインを含む、請求項１６８に記載のエピジェネティックエディター。
１７０．ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体を含む、請求項１６８に記載のエピジェネティックエディター。
１７１．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、エピジェネティックエディターと接触していない標的遺伝子と比較して、標的遺伝子の発現の減少またはサイレンシングをもたらす、請求項１６６～１７０のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７２．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンデアセチラーゼを含む、請求項１６６～１７１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７３．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項１６６～１７１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７４．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、細胞における転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項１６６～１７１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７５．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＫＲＡＢタンパク質、ＫＡＰ１タンパク質、ＭＥＣＰ２タンパク質、またはＨＰ１タンパク質を含む、請求項１６６～１７１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７６．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、表２または表３からのタンパク質を含む、請求項１６６～１７１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７７．エピジェネティックエディターが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、およびＫＡＰ１に特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６６または１６８～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７８．エピジェネティックエディターが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、およびＫＲＡＢに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６６または１６８～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１７９．エピジェネティックエディターが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、およびＭＥＣＰ２に特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６６または１６８～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８０．エピジェネティックエディターが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、およびＨＰ１に特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６６または１６８～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８１．エピジェネティックエディターが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、およびクロモシャドウドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６６または１６８～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８２．エピジェネティックエディターが、Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）親和性ドメインを含む、請求項１７７～１８１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８３．エピジェネティックエディターが、Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）親和性ドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインを含む、請求項１７７～１８１のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８４．Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌを含む、請求項１７７～１８３のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８５．Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｄｎｍｔ３Ｌ－Ｄｎｍｔ３Ａを含む、請求項１７７～１８３のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８６．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンデアセチラーゼドメインを含み、親和性ドメインが、Ｄｎｍｔ３Ａドメインに特異的に結合する、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８７．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンデアセチラーゼドメインを含み、親和性ドメインが、Ｄｎｍｔ３Ｌドメインに特異的に結合する、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８８．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンデアセチラーゼドメインを含み、親和性ドメインが、Ｄｎｍｔ３Ｂドメインに特異的に結合する、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１８９．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンデアセチラーゼドメインを含み、親和性ドメインが、Ｄｎｍｔ１ドメインに特異的に結合する、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９０．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＫＡＰ１ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｂドメイン、またはＤｎｍｔ１ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９１．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＫＲＡＢドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｂドメイン、またはＤｎｍｔ１ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９２．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＭＥＣＰ２ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｂドメイン、またはＤｎｍｔ１ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９３．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＨＰ１ドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｂドメイン、またはＤｎｍｔ１ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９４．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、クロモシャドウドメイン、およびＤｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｂドメイン、またはＤｎｍｔ１ドメインに特異的に結合する親和性ドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９５．エピジェネティックエディターが、Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）ＫＡＰ１ドメイン、ＫＲＡＢドメイン、ＨＰ１ドメイン、ＭＥＣＰ２ドメイン、またはクロモシャドウドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）親和性ドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９６．エピジェネティックエディターが、Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）親和性ドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）（ｉ）ＫＡＰ１ドメイン、ＫＲＡＢドメイン、ＨＰ１ドメイン、ＭＥＣＰ２ドメイン、またはクロモシャドウドメインを含む、請求項１６７～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９７．エピジェネティックエディターが、細胞における第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合する第２の親和性ドメインをさらに含み、第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、標的遺伝子の発現の低減またはサイレンシングをもたらす、請求項１６６または１６８～１７５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
１９８．第２のエフェクタータンパク質が、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインを含む、請求項１９７に記載のエピジェネティックエディター。
１９９．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項１９７に記載のエピジェネティックエディター。
２００．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項１９７に記載のエピジェネティックエディター。
２０１．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＫＲＡＢドメイン、ＫＡＰ１ドメイン、ＨＰ１ドメイン、Ｄｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、クロモシャドウドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項１９７に記載のエピジェネティックエディター。
２０２．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、表２または表３のタンパク質を含む、請求項１９７に記載のエピジェネティックエディター。
２０３．ＤＮＡメチル化調節タンパク質が、ＤＮＡデメチラーゼドメインを含む、請求項１６６または１６７に記載のエピジェネティックエディター。
２０４．ＤＮＡデメチラーゼドメインが、ＴＥＴファミリータンパク質を含む、請求項２０３に記載のエピジェネティックエディター。
２０５．ＤＮＡデメチラーゼドメインが、ＴＥＴ１を含む、請求項２０４に記載のエピジェネティックエディター。
２０６．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、エピジェネティックエディターと接触していない標的遺伝子と比較して、標的遺伝子の発現の増加をもたらす、請求項２０３～２０５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２０７．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンアセチルトランスフェラーゼを含む、請求項２０３～２０６のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２０８．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項２０３～２０６のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２０９．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＶＰ１６ドメイン、ＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、またはＲＴＡドメインを含む、請求項２０３～２０６のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２１０．エピジェネティックエフェクタータンパク質が、表５または表６からのタンパク質を含む、請求項２０３～２０６のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２１１．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現を増加させる第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合する第２の親和性ドメインをさらに含む、請求項２０３～２１０のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２１２．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＤＮＡデメチラーゼドメインを含む、請求項２１１に記載のエピジェネティックエディター。
２１３．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、ヒストンアセチルトランスフェラーゼドメインを含む、請求項２１１に記載のエピジェネティックエディター。
２１４．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを動員する、請求項２１１に記載のエピジェネティックエディター。
２１５．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、ＴＥＴ１ドメイン、ＶＰ１６ドメイン、ＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、ＲＴＡドメイン、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項２１１に記載のエピジェネティックエディター。
２１６．第２のエピジェネティックエフェクタータンパク質が、表５または表６からのタンパク質を含む、請求項２１１に記載のエピジェネティックエディター。
２１７．親和性ドメインが、一本鎖抗体、ナノボディ、抗原結合配列、抗体、ナノボディ、機能性抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、ＶＮＡＲドメイン、ＶＨＨドメイン、二重特異性抗体、ダイアボディ、またはこれらの機能性フラグメントもしくは組合せを含む、請求項１６６～２１６のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２１８．ＤＮＡ結合ドメイン、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン、およびエピジェネティックエフェクタードメインを含むエピジェネティックエディターであって、エピジェネティックエフェクタードメインが、ＫＡＰ１ドメイン、ＨＰ１ドメイン、クロモシャドウドメイン、またはＭＥＣＰ２ドメインである、エピジェネティックエディター。
２１９．ＤＮＡ結合ドメイン、表１から選択されるＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン、および表２または表３から選択されるエピジェネティックエフェクタードメインを含むエピジェネティックエディター。
２２０．ＤＮＡ結合ドメイン、表４から選択されるＤＮＡデメチラーゼドメイン、および表５または表６から選択されるエピジェネティックエフェクタードメインを含むエピジェネティックエディター。
２２１．ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインが、Ｄｎｍｔ１ドメイン、Ｄｎｍｔ３Ａドメイン、Ｄｎｍｔ３Ｌドメイン、またはＤｎｍｔ３Ｂドメインを含む、請求項２１８または２２０のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２２２．ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメインが、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合体を含む、請求項２１８または２２０のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２２３．Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌを含む、請求項２２２に記載のエピジェネティックエディター。
２２４．Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、Ｄｎｍｔ３Ｌ－Ｄｎｍｔ３Ａを含む、請求項２２２に記載のエピジェネティックエディター。
２２５．Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）エピジェネティックエフェクタードメインを含む、請求項２２２～２２４のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２２６．Ｎ末端からＣ末端へ、（ｉ）エピジェネティックエフェクタードメイン、（ｉｉ）ＤＮＡ結合ドメイン、および（ｉｉｉ）Ｄｎｍｔ３Ａ－Ｄｎｍｔ３Ｌ融合タンパク質ドメインを含む、請求項２２２～２２５のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２２７．ＤＮＡ結合ドメインが、標的遺伝子内の標的配列に結合し、エピジェネティックエフェクタードメインを、標的遺伝子へと導いて、標的遺伝子と接触すると、標的遺伝子内のヌクレオチドまたは標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、請求項２１８～２２６のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２２８．エピジェネティックエフェクタードメインが、エピジェネティックエディターと接触していない標的遺伝子と比較して、標的遺伝子の発現の減少またはサイレンシングをもたらす、請求項２２７のいずれか一項に記載の方法。
２２９．エピジェネティックエフェクタードメインが、エピジェネティックエディターと接触していない標的遺伝子と比較して、標的遺伝子の発現の増加をもたらす、請求項２２７のいずれか一項に記載の方法。
２３０．エピジェネティック改変が、標的遺伝子のコーディング領域内である、請求項１６６～２２９のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２３１．エピジェネティック改変が、標的遺伝子の発現調節配列内である、請求項１６６～２２９のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２３２．エピジェネティック改変が、標的遺伝子の発現調節配列の上流または下流３０００塩基対以内である、請求項１６６～２２９のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２３３．発現調節配列が、プロモーターを含む、請求項２３１または２３２に記載のエピジェネティックエディター。
２３４．発現調節配列が、転写開始部位を含む、請求項２３１または２３２に記載のエピジェネティックエディター。
２３５．発現調節配列が、エンハンサーを含む、請求項２３１または２３２に記載のエピジェネティックエディター。
２３６．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現の低減またはサイレンシングをもたらす第２のエピジェネティックエフェクタードメインをさらに含む、請求項２１９または２２１～２３５のいずれか一項に記載の方法。
２３７．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写リプレッサー、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含むかまたはそれを動員する、請求項２３６に記載の方法。
２３８．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、表２または表３のタンパク質を含む、請求項２３６に記載の方法。
２３９．エピジェネティックエフェクタードメインおよび第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、標的遺伝子の発現を相乗的に低減またはサイレンシングする、請求項２３２～２３８のいずれか一項に記載の方法。
２４０．エピジェネティックエディターが、標的遺伝子の発現の増加をもたらす第２のエピジェネティックエフェクタードメインをさらに含む、請求項２１８または２２０～２３４のいずれか一項に記載の方法。
２４１．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項２４０に記載の方法。
２４２．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、転写活性化因子、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、またはこれらの任意の組合せを標的遺伝子に動員する、請求項２４０に記載の方法。
２４３．第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、表５または表６のタンパク質を含む、請求項２４０に記載の方法。
２４４．エピジェネティックエフェクタードメインおよび第２のエピジェネティックエフェクタードメインが、標的遺伝子の発現を相乗的に低減またはサイレンシングする、請求項２４１～２４３のいずれか一項に記載の方法。
２４５．標的遺伝子が、疾患と関連する対立遺伝子を含む、請求項１６６～２４４のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２４６．標的遺伝子が、２つのヘテロ接合性コピーを含み、ＤＮＡ結合ドメインが、２つのヘテロ接合性コピーのうちの一方に結合し、他方には結合しない、請求項１６６～２４４のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２４７．標的遺伝子が、対立遺伝子においてヘテロ接合性である、請求項１６６～２４４のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２４８．ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーモチーフを含む、請求項１６６～２４７のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２４９．ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーアレイを含む、請求項１６６～２４８のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２５０．亜鉛フィンガーアレイが、少なくとも６つの亜鉛フィンガーを含む、請求項２４９に記載のエピジェネティックエディター。
２５１．亜鉛フィンガーアレイが、それぞれが少なくとも２つの亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーの少なくとも３つのサブセットを含む、請求項２４９に記載のエピジェネティックエディター。
２５２．ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む、請求項１６６～２４７のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２５３．ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む、請求項２５２に記載のエピジェネティックエディター。
２５４．ガイドポリヌクレオチドが、標的配列とハイブリダイズする、請求項２５２に記載のエピジェネティックエディター。
２５５．ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む、請求項２５３または２５４に記載のエピジェネティックエディター。
２５６．ＣＲＩＳＲＰ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む、請求項２５３または２５４に記載のエピジェネティックエディター。
２５７．ＣＲＩＳＲＰ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む、請求項２３７または２３８に記載のエピジェネティックエディター。
２５８．エピジェネティックエディターが、第２の標的遺伝子内の第２の標的配列に結合する第２のＤＮＡ結合ドメインをさらに含み、第２のＤＮＡ結合ドメインが、エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、第２の標的遺伝子または第２の標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、請求項２４８～２５７のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２５９．第２のＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーアレイを含む、請求項２５８に記載のエピジェネティックエディター。
２６０．亜鉛フィンガーアレイが、少なくとも６つの亜鉛フィンガーを含む、請求項２５９に記載のエピジェネティックエディター。
２６１．亜鉛フィンガーアレイが、それぞれが少なくとも２つの亜鉛フィンガーを含む亜鉛フィンガーの少なくとも３つのサブセットを含む、請求項２５９に記載のエピジェネティックエディター。
２６２．第２のＤＮＡ結合ドメインが、第２のガイドポリヌクレオチドに結合した、第２の核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む、請求項２５８に記載のエピジェネティックエディター。
２６３．第２のガイドポリヌクレオチドが、第２の標的遺伝子内の第２の標的配列とハイブリダイズする、請求項２６２に記載のエピジェネティックエディター。
２６４．第２の標的遺伝子が、標的遺伝子と同じである、請求項２５８～２６３のいずれか一項に記載の方法。
２６５．第２の標的配列が、標的配列とオーバーラップする、請求項２６４に記載の方法。
２６６．第２の標的配列が、標的配列の側方１０００塩基対以内である、請求項２６４または２６５に記載の方法。
２６７．第２の標的配列が、標的配列の側方５００塩基対以内である、請求項２６４または２６５に記載の方法。
２６８．第２の標的遺伝子が、標的遺伝子とは異なる、請求項２５８～２６３のいずれか一項に記載の方法。
２６９．標的遺伝子および第２の標的遺伝子が、同じ代謝経路または機能に関連する、請求項２６８に記載の方法。
２７０．標的遺伝子および第２の標的遺伝子が、同じ疾患または状態と関連する、請求項２６８に記載の方法。
２７１．エピジェネティックエディターが、リンカーをさらに含む、請求項１６６～２７０のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター。
２７２．リンカーが、ペプチドリンカーであり、それによって、融合タンパク質を形成する、請求項２７１に記載のエピジェネティックエディター。
２７３．請求項２７２に記載の融合タンパク質をコードする核酸。
２７４．請求項２７２に記載の融合タンパク質の第１の部分をコードする第１の核酸と、第２の部分をコードする第２の核酸とを含む、核酸のセットであって、第１の部分および第２の部分が、組み合わされると、請求項２７２に記載の融合タンパク質を構成する、核酸のセット。
２７５．第１の核酸が、さらに、インテインのＮ末端部分をコードし、第２の核酸が、さらに、インテインのＣ末端部分を構成する、請求項２７４に記載の核酸のセット。
２７６．請求項２７３に記載の核酸を含む、ベクター。
２７７．請求項２７４に記載の第１の核酸を含む第１のベクター、および請求項２７４に記載の第２の核酸を含む、第２のベクターを含む、ベクターのセット。
２７８．ベクターが、ウイルスベクターである、請求項２７６に記載のベクター。
２７９．ベクターが、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項２７８に記載のベクター。
２８０．ベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、またはＡＡＶ１０ベクターである、請求項２７９に記載のベクター。
２８１．第１のベクターおよび第２のベクターが、ウイルスベクターである、請求項２７７に記載のベクターのセット。
２８２．第１のベクターおよび第２のベクターが、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項２７７に記載のベクターのセット。
２８３．第１のベクターまたは第２のベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、またはＡＡＶ１０ベクターである、請求項２７９に記載のベクター。
２８４．請求項１６１～２７２のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター、請求項２７３に記載の核酸、請求項２７４もしくは２７５に記載の核酸のセット、請求項２７６もしくは２７８～２８０のいずれか一項に記載のベクター、または請求項２７７もしくは２８１～２８３のいずれか一項に記載のベクターのセットを含む細胞。
２８５．細胞が、初代細胞である、請求項１５９～１６３または２８４のいずれか一項に記載の細胞。
２８６．細胞が、非分裂細胞である、請求項１５９～１６３または２８４のいずれか一項に記載の細胞。
２８７．細胞が、幹細胞である、請求項１５９～１６３または２８４のいずれか一項に記載の細胞。
２８８．細胞が、哺乳動物細胞である、請求項１５９～１６３または２８４～２８７のいずれか一項に記載の細胞。
２８９．細胞が、ヒト細胞である、請求項２８８に記載の細胞。
２９０．細胞が、エキソビボまたはインビボである、請求項２８５～２８９のいずれか一項に記載の細胞。
２９１．請求項１６１～２７２のいずれか一項に記載のエピジェネティックエディター、請求項２７３に記載の核酸、請求項２７４もしくは２７５に記載の核酸のセット、請求項２７６もしくは２７８～２８０のいずれか一項に記載のベクター、請求項２７７もしくは２８１～２８３のいずれか一項に記載のベクターのセット、または請求項２８４～２９０のいずれか一項に記載の細胞を含む組成物。
２９２．薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項２９１に記載の組成物。
２９３．エピジェネティックエディターであって、
標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエディターを導いて標的遺伝子の発現を抑制またはサイレンシングすることができるＤＮＡ結合ドメインと、
ＤＮＡメチルトランスフェラーゼドメイン、およびＤＮＡメチルトランスフェラーゼを動員するエフェクタードメインからなる群から選択される、１つまたは複数のエフェクタードメインと、
標的遺伝子において転写を低減させるヒストンメチルトランスフェラーゼドメイン、標的遺伝子において転写を低減させるヒストンデメチラーゼドメイン、ヒストンデアセチラーゼドメイン、標的遺伝子において転写を低減させるヒストンメチルトランスフェラーゼを動員するエフェクタードメイン、標的遺伝子において転写を低減させるヒストンデメチラーゼを動員するエフェクタードメイン、およびヒストンデアセチラーゼを動員するエフェクタードメインからなる群から選択される、１つまたは複数のエフェクタードメインと、
を含む、エピジェネティックエディター。
２９４．エピジェネティックエディターが、転写リプレッサードメイン、および転写リプレッサーを動員するエフェクタードメインからなる群から選択される１つまたは複数のエフェクタードメインをさらに含む、請求項２９３に記載のエピジェネティックエディター。
２９５．転写リプレッサードメインまたは転写リプレッサーを動員するエフェクタードメインが、請求項２９３の（ｃ）に由来するエフェクタードメインではない、請求項２９４に記載のエピジェネティックエディター。
２９６．（ｃ）に由来するエフェクタードメインが、ＫＲＡＢ抑制ドメインである、請求項２９３～２９５に記載のエピジェネティックエディター。
２９７．ＫＲＡＢ抑制ドメインが、ＫＯＸ１／ＺＮＦ１０ドメインまたはＺＩＭ３ドメインである、請求項２９６に記載のエピジェネティックエディター。
２９８．エピジェネティックエディターであって、
標的染色体内の標的配列に結合し、エピジェネティックエディターを導いて標的遺伝子の発現を増加させることができるＤＮＡ結合ドメインと、
ＤＮＡデメチラーゼドメイン、およびＤＮＡデメチラーゼを動員するエフェクタードメインからなる群から選択される、１つまたは複数のエフェクタードメインと、
標的遺伝子において転写を増加させるヒストンメチルトランスフェラーゼドメイン、標的遺伝子において転写を増加させるヒストンデメチラーゼドメイン、ヒストンアセチラーゼドメイン、標的遺伝子において転写を増加させるヒストンメチルトランスフェラーゼを動員するエフェクタードメイン、標的遺伝子において転写を増加させるヒストンデメチラーゼを動員するエフェクタードメイン、およびヒストンアセチラーゼを動員するエフェクタードメインからなる群から選択される、１つまたは複数のエフェクタードメインと、
を含む、エピジェネティックエディター。
２９９．エピジェネティックエディターが、転写活性化ドメイン、および転写活性化因子を動員するエフェクタードメインからなる群から選択される１つまたは複数のエフェクタードメインをさらに含む、請求項２９８に記載のエピジェネティックエディター。
３００．選択されるエフェクタードメインが、請求項２９８（ｃ）に由来するエフェクタードメインではない、請求項２９９に記載のエピジェネティックエディター。
３０１．選択されるエフェクタードメインが、ＶＰ１６ドメイン、ＶＰ６４ドメイン、ｐ６５ドメイン、またはＲＴＡドメインである、請求項３００に記載のエピジェネティックエディター。
３０２．エピジェネティックエディターが、ポリペプチドである、請求項２９３～３０１に記載のエピジェネティックエディター。
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Claims (134)

  1. 融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、前記融合タンパク質は、
    （ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）第１のリプレッサードメインと、
    （ｄ）第２のリプレッサードメインと
    を含む、エピジェネティックエディター。
  2. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合する、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  3. 前記リプレッサードメインが、標的遺伝子を含む細胞内のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合し、前記エピジェネティックエディターを前記標的遺伝子へと導いて、前記標的遺伝子内のヌクレオチドまたは前記標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  4. 前記融合タンパク質が、第２のＤＮＭＴドメインをさらに含む、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  5. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ａドメイン、ＤＮＭＴ３Ｂドメイン、ＤＮＭＴ３Ｃドメイン、およびＤＮＭＴ３Ｌドメインからなる群から選択される、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  6. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項５に記載のエピジェネティックエディター。
  7. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５に記載のエピジェネティックエディター。
  8. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴドメインである、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  9. 前記ヒトＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項８に記載のエピジェネティックエディター。
  10. 前記ヒトＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項８に記載のエピジェネティックエディター。
  11. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴドメインである、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  12. 前記マウスＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項１１に記載のエピジェネティックエディター。
  13. 前記マウスＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１１に記載のエピジェネティックエディター。
  14. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項４に記載のエピジェネティックエディター。
  15. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１４に記載のエピジェネティックエディター。
  16. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１４に記載のエピジェネティックエディター。
  17. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１４に記載のエピジェネティックエディター。
  18. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１４に記載のエピジェネティックエディター。
  19. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  20. 前記第２のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  21. 前記第１のＤＮＭＴドメインおよび前記第２のＤＮＭＴドメインが、配列番号３２～６６からなる群から選択される、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  22. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ４３６、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ６８０、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ５５４、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ２６４、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ８、ＺＮＦ５８２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ５９６、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＦＰ８２、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ５９５、ＺＮＦ１８４、ＺＮＦ４１９、ＺＦＰ２８－１、ＺＦＰ２８－２、ＺＮＦ１８、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３９４、ＺＦＰ１、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ７２９、ＺＩＭ２、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７８５、ＺＮＦ１０、ＣＢＸ５、ＲＹＢＰ、ＹＡＦ２、ＭＧＡ、ＣＢＸ１、ＳＣＭＨ１、ＭＰＰ８、ＳＵＭＯ３、ＨＥＲＣ２、ＢＩＮ１、ＰＣＧＦ２、ＴＯＸ、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＡ２、ＩＲＦ２ＢＰ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＦ２ＢＰＬ ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２ Ｎ末端ドメイン、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＢ１３、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＢ９、ＨＯＸＡ９、ＺＦＰ２８、ＺＮ３３４、ＺＮ５６８、ＺＮ３７Ａ、ＺＮ１８１、ＺＮ５１０、ＺＮ８６２、ＺＮ１４０、ＺＮ２０８、ＺＮ２４８、ＺＮ５７１、ＺＮ６９９、ＺＮ７２６、ＺＩＫ１、ＺＮＦ２、Ｚ７０５Ｆ、ＺＮＦ１４、ＺＮ４７１、ＺＮ６２４、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ７、ＺＮ８９１、ＺＮ３３７、Ｚ７０５Ｇ、ＺＮ５２９、ＺＮ７２９、ＺＮ４１９、Ｚ７０５Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮ３０２、ＺＮ４８６、ＺＮ６２１、ＺＮ６８８、ＺＮ３３Ａ、ＺＮ５５４、ＺＮ８７８、ＺＮ７７２、ＺＮ２２４、ＺＮ１８４、ＺＮ５４４、ＺＮＦ５７、ＺＮ２８３、ＺＮ５４９、ＺＮ２１１、ＺＮ６１５、ＺＮ２５３、ＺＮ２２６、ＺＮ７３０、Ｚ５８５Ａ、ＺＮ７３２、ＺＮ６８１、ＺＮ６６７、ＺＮ６４９、ＺＮ４７０、ＺＮ４８４、ＺＮ４３１、ＺＮ３８２、ＺＮ２５４、ＺＮ１２４、ＺＮ６０７、ＺＮ３１７、ＺＮ６２０、ＺＮ１４１、ＺＮ５８４、ＺＮ５４０、ＺＮ７５Ｄ、ＺＮ５５５、ＺＮ６５８、ＺＮ６８４、ＲＢＡＫ、ＺＮ８２９、ＺＮ５８２、ＺＮ１１２、ＺＮ７１６、ＨＫＲ１、ＺＮ３５０、ＺＮ４８０、ＺＮ４１６、ＺＮＦ９２、ＺＮ１００、ＺＮ７３６、ＺＮＦ７４、ＣＢＸ１、ＺＮ４４３、ＺＮ１９５、ＺＮ５３０、ＺＮ７８２、ＺＮ７９１、ＺＮ３３１、Ｚ３５４Ｃ、ＺＮ１５７、ＺＮ７２７、ＺＮ５５０、ＺＮ７９３、ＺＮ２３５、ＺＮＦ８、ＺＮ７２４、ＺＮ５７３、ＺＮ５７７、ＺＮ７８９、ＺＮ７１８、ＺＮ３００、ＺＮ３８３、ＺＮ４２９、ＺＮ６７７、ＺＮ８５０、ＺＮ４５４、ＺＮ２５７、ＺＮ２６４、ＺＦＰ８２、ＺＦＰ１４、ＺＮ４８５、ＺＮ７３７、ＺＮＦ４４、ＺＮ５９６、ＺＮ５６５、ＺＮ５４３、ＺＦＰ６９、ＳＵＭＯ１、ＺＮＦ１２、ＺＮ１６９、ＺＮ４３３、ＳＵＭＯ３、ＺＮＦ９８、ＺＮ１７５、ＺＮ３４７、ＺＮＦ２５、ＺＮ５１９、Ｚ５８５Ｂ、ＺＩＭ３、ＺＮ５１７、ＺＮ８４６、ＺＮ２３０、ＺＮＦ６６、ＺＦＰ１、ＺＮ７１３、ＺＮ８１６、ＺＮ４２６、ＺＮ６７４、ＺＮ６２７、ＺＮＦ２０、Ｚ５８７Ｂ、ＺＮ３１６、ＺＮ２３３、ＺＮ６１１、ＺＮ５５６、ＺＮ２３４、ＺＮ５６０、ＺＮＦ７７、ＺＮ６８２、ＺＮ６１４、ＺＮ７８５、ＺＮ４４５、ＺＦＰ３０、ＺＮ２２５、ＺＮ５５１、ＺＮ６１０、ＺＮ５２８、ＺＮ２８４、ＺＮ４１８、ＭＰＰ８、ＺＮ４９０、ＺＮ８０５、Ｚ７８０Ｂ、ＺＮ７６３、ＺＮ２８５、ＺＮＦ８５、ＺＮ２２３、ＺＮＦ９０、ＺＮ５５７、ＺＮ４２５、ＺＮ２２９、ＺＮ６０６、ＺＮ１５５、ＺＮ２２２、ＺＮ４４２、ＺＮＦ９１、ＺＮ１３５、ＺＮ７７８、ＲＹＢＰ、ＺＮ５３４、ＺＮ５８６、ＺＮ５６７、ＺＮ４４０、ＺＮ５８３、ＺＮ４４１、ＺＮＦ４３、ＣＢＸ５、ＺＮ５８９、ＺＮＦ１０、ＺＮ５６３、ＺＮ５６１、ＺＮ１３６、ＺＮ６３０、ＺＮ５２７、ＺＮ３３３、Ｚ３２４Ｂ、ＺＮ７８６、ＺＮ７０９、ＺＮ７９２、ＺＮ５９９、ＺＮ６１３、ＺＦ６９Ｂ、ＺＮ７９９、ＺＮ５６９、ＺＮ５６４、ＺＮ５４６、ＺＦＰ９２、ＹＡＦ２、ＺＮ７２３、ＺＮＦ３４、ＺＮ４３９、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１９、ＺＮ４０４、ＺＮ２７４、ＣＢＸ３、ＺＮＦ３０、ＺＮ２５０、ＺＮ５７０、ＺＮ６７５、ＺＮ６９５、ＺＮ５４８、ＺＮ１３２、ＺＮ７３８、ＺＮ４２０、ＺＮ６２６、ＺＮ５５９、ＺＮ４６０、ＺＮ２６８、ＺＮ３０４、ＺＩＭ２、ＺＮ６０５、ＺＮ８４４、ＳＵＭＯ５、ＺＮ１０１、ＺＮ７８３、ＺＮ４１７、ＺＮ１８２、ＺＮ８２３、ＺＮ１７７、ＺＮ１９７、ＺＮ７１７、ＺＮ６６９、ＺＮ２５６、ＺＮ２５１、ＣＢＸ４、ＰＣＧＦ２、ＣＤＹ２、ＣＤＹＬ２、ＨＥＲＣ２、ＺＮ５６２、ＺＮ４６１、Ｚ３２４Ａ、ＺＮ７６６、ＩＤ２、ＴＯＸ、ＺＮ２７４、ＳＣＭＨ１、ＺＮ２１４、ＣＢＸ７、ＩＤ１、ＣＲＥＭ、ＳＣＸ、ＡＳＣＬ１、ＺＮ７６４、ＳＣＭＬ２、ＴＷＳＴ１、ＣＲＥＢ１、ＴＥＲＦ１、ＩＤ３、ＣＢＸ８、ＣＢＸ４、ＧＳＸ１、ＮＫＸ２２、ＡＴＦ１、ＴＷＳＴ２、ＺＮＦ１７、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、ＺＭＹＭ３、Ｉ２ＢＰ１、ＲＨＸＦ１、ＳＳＸ２、Ｉ２ＢＰＬ、ＺＮ６８０、ＣＢＸ１、ＴＲＩ６８、ＨＸＡ１３、ＰＨＣ３、ＴＣＦ２４、ＣＢＸ３、ＨＸＢ１３、ＨＥＹ１、ＰＨＣ２、ＺＮＦ８１、ＦＩＧＬＡ、ＳＡＭ１１、ＫＭＴ２Ｂ、ＨＥＹ２、ＪＤＰ２、ＨＸＣ１３、ＡＳＣＬ４、ＨＨＥＸ、ＨＥＲＣ２、ＧＳＸ２、ＢＩＮ１、ＥＴＶ７、ＡＳＣＬ３、ＰＨＣ１、ＯＴＰ、Ｉ２ＢＰ２、ＶＧＬＬ２、ＨＸＡ１１、ＰＤＬＩ４、ＡＳＣＬ２、ＣＤＸ４、ＺＮ８６０、ＬＭＢＬ４、ＰＤＩＰ３、ＮＫＸ２５、ＣＥＢＰＢ、ＩＳＬ１、ＣＤＸ２、ＰＲＯＰ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＭＢＴ１、ＨＸＣ１１、ＨＸＣ１０、ＰＲＳ６Ａ、ＶＳＸ１、ＮＫＸ２３、ＭＴＧ１６、ＨＭＸ３、ＨＭＸ１、ＫＩＦ２２、ＣＳＴＦ２、ＣＥＢＰＥ、ＤＬＸ２、ＺＭＹＭ３、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＩＣ１、ＵＮＣ４、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ３、ＴＣＦ１５、ＴＥＲＡ、ＶＳＸ２、ＨＸＤ１２、ＣＤＸ１、ＴＣＦ２３、ＡＬＸ１、ＨＸＡ１０、ＲＸ、ＣＸＸＣ５、ＳＣＭＬ１、ＮＦＩＬ３、ＤＬＸ６、ＭＴＧ８、ＣＢＸ８、ＣＥＢＰＤ、ＳＥＣ１３、ＦＩＰ１、ＡＬＸ４、ＬＨＸ３、ＰＲＩＣ２、ＭＡＧＩ３、ＮＥＬＬ１、ＰＲＲＸ１、ＭＴＧ８Ｒ、ＲＡＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ１、ＮＫＸ２６、ＮＡＢ１、ＳＡＭＤ７、ＰＩＴＸ３、ＷＤＲ５、ＭＥＯＸ２、ＮＡＢ２、ＤＨＸ８、ＦＯＸＡ２、ＣＢＸ６、ＥＭＸ２、ＣＰＳＦ６、ＨＸＣ１２、ＫＤＭ４Ｂ、ＬＭＢＬ３、ＰＨＸ２Ａ、ＥＭＸ１、ＮＣ２Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＲＹ、ＺＮ７７７、ＮＥＬＬ１、ＺＮ３９８、ＧＡＴＡ３、ＢＳＨ、ＳＦ３Ｂ４、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＲＧＡＰ１、ＰＨＦ１、ＦＯＸＡ１、ＧＡＴＡ２、ＦＯＸＯ３、ＺＮ２１２、ＩＲＸ４、ＺＢＥＤ６、ＬＨＸ４、ＳＩＮ３Ａ、ＲＢＢＰ７、ＮＫＸ６１、ＴＲＩ６８、Ｒ５１Ａ１、ＭＢ３Ｌ１、ＤＬＸ５、ＮＯＴＣ１、ＴＥＲＦ２、ＺＮ２８２、ＲＧＳ１２、ＺＮ８４０、ＳＰＩ２Ｂ、ＰＡＸ７、ＮＫＸ６２、ＡＳＸＬ２、ＦＯＸＯ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＺＭＹＭ５、ＺＮ７８３、ＳＰＩ２Ｂ、ＬＲＰ１、ＭＩＸＬ１、ＳＧＴ１、ＬＭＣＤ１、ＣＥＢＰＡ、ＧＡＴＡ２、ＳＯＸ１４、ＷＴＩＰ、ＰＲＰ１９、ＣＢＸ６、ＮＫＸ１１、ＲＢＢＰ４、ＤＭＲＴ２、ＳＭＣＡ２、およびこれらのフラグメント
    からなる群から選択される、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  23. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、配列番号６７～５９５からなる群から選択される、請求項２２に記載のエピジェネティックエディター。
  24. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ２６４、ＺＮ５７７、ＺＮ７９３、ＺＦＰ２８、ＺＮ６２７、ＲＹＢＰ、ＴＯＸ、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、Ｉ２ＢＰ１、ＳＣＭＨ１、ＳＣＭＬ２、ＣＤＹＬ２、ＣＢＸ８、ＣＢＸ５、およびＣＢＸ１、ならびにこれらのフラグメントからなる群から選択される、請求項２２に記載のエピジェネティックエディター。
  25. 前記リプレッサードメインのうちの１つが、ＫＲＡＢドメインである、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  26. 前記ＫＲＡＢドメインが、ＫＯＸ１ ＫＲＡＢドメインである、請求項２５に記載のエピジェネティックエディター。
  27. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーモチーフを含む、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  28. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーアレイを含む、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  29. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  30. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、前記ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む、請求項２９に記載のエピジェネティックエディター。
  31. 前記ガイドポリヌクレオチドが、標的配列とハイブリダイズする、請求項２９に記載のエピジェネティックエディター。
  32. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む、請求項３０または３１に記載のエピジェネティックエディター。
  33. 前記ｄＣａｓ９が、ｄＳｐＣａｓ９である、請求項３２に記載のエピジェネティックエディター。
  34. 前記ｄＳｐＣａｓ９が、配列番号３として定義される、請求項３２に記載のエピジェネティックエディター。
  35. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む、請求項３０または３１に記載のエピジェネティックエディター。
  36. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む、請求項３０または３１に記載のエピジェネティックエディター。
  37. 前記融合タンパク質が、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ｄＳｐＣａｓ９－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－前記第２のリプレッサードメインを含む、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  38. リンカーが、前記融合タンパク質の前記ドメインを接続する、請求項１に記載のエピジェネティックエディター。
  39. 前記リンカーが、ＸＴＥＮリンカーである、請求項３８に記載のエピジェネティックエディター。
  40. 前記ＸＴＥＮリンカーが、ＸＴＥＮ－１６、ＸＴＥＮ－１８、およびＸＴＥＮ－８０からなる群から選択される、請求項３９に記載のエピジェネティックエディター。
  41. 前記融合タンパク質が、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＸＴＥＮ８０－ｄＳｐＣａｓ９－ ＸＴＥＮ１６－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－ ＸＴＥＮ１８－前記第２のリプレッサードメインを含む、請求項３７に記載のエピジェネティックエディター。
  42. 融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、前記融合タンパク質は、
    （ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）リプレッサードメインと
    を含み、
    前記リプレッサードメインが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ４３６、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ６８０、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ５５４、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ２６４、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ８、ＺＮＦ５８２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ５９６、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＦＰ８２、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ５９５、ＺＮＦ１８４、ＺＮＦ４１９、ＺＦＰ２８－１、ＺＦＰ２８－２、ＺＮＦ１８、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３９４、ＺＦＰ１、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ７２９、ＺＩＭ２、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７８５、ＺＮＦ１０、ＣＢＸ５、ＲＹＢＰ、ＹＡＦ２、ＭＧＡ、ＣＢＸ１、ＳＣＭＨ１、ＭＰＰ８、ＳＵＭＯ３、ＨＥＲＣ２、ＢＩＮ１、ＰＣＧＦ２、ＴＯＸ、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＡ２、ＩＲＦ２ＢＰ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＦ２ＢＰＬ ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２ Ｎ末端ドメイン、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＢ１３、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＢ９、ＨＯＸＡ９、ＺＦＰ２８、ＺＮ３３４、ＺＮ５６８、ＺＮ３７Ａ、ＺＮ１８１、ＺＮ５１０、ＺＮ８６２、ＺＮ１４０、ＺＮ２０８、ＺＮ２４８、ＺＮ５７１、ＺＮ６９９、ＺＮ７２６、ＺＩＫ１、ＺＮＦ２、Ｚ７０５Ｆ、ＺＮＦ１４、ＺＮ４７１、ＺＮ６２４、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ７、ＺＮ８９１、ＺＮ３３７、Ｚ７０５Ｇ、ＺＮ５２９、ＺＮ７２９、ＺＮ４１９、Ｚ７０５Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮ３０２、ＺＮ４８６、ＺＮ６２１、ＺＮ６８８、ＺＮ３３Ａ、ＺＮ５５４、ＺＮ８７８、ＺＮ７７２、ＺＮ２２４、ＺＮ１８４、ＺＮ５４４、ＺＮＦ５７、ＺＮ２８３、ＺＮ５４９、ＺＮ２１１、ＺＮ６１５、ＺＮ２５３、ＺＮ２２６、ＺＮ７３０、Ｚ５８５Ａ、ＺＮ７３２、ＺＮ６８１、ＺＮ６６７、ＺＮ６４９、ＺＮ４７０、ＺＮ４８４、ＺＮ４３１、ＺＮ３８２、ＺＮ２５４、ＺＮ１２４、ＺＮ６０７、ＺＮ３１７、ＺＮ６２０、ＺＮ１４１、ＺＮ５８４、ＺＮ５４０、ＺＮ７５Ｄ、ＺＮ５５５、ＺＮ６５８、ＺＮ６８４、ＲＢＡＫ、ＺＮ８２９、ＺＮ５８２、ＺＮ１１２、ＺＮ７１６、ＨＫＲ１、ＺＮ３５０、ＺＮ４８０、ＺＮ４１６、ＺＮＦ９２、ＺＮ１００、ＺＮ７３６、ＺＮＦ７４、ＣＢＸ１、ＺＮ４４３、ＺＮ１９５、ＺＮ５３０、ＺＮ７８２、ＺＮ７９１、ＺＮ３３１、Ｚ３５４Ｃ、ＺＮ１５７、ＺＮ７２７、ＺＮ５５０、ＺＮ７９３、ＺＮ２３５、ＺＮＦ８、ＺＮ７２４、ＺＮ５７３、ＺＮ５７７、ＺＮ７８９、ＺＮ７１８、ＺＮ３００、ＺＮ３８３、ＺＮ４２９、ＺＮ６７７、ＺＮ８５０、ＺＮ４５４、ＺＮ２５７、ＺＮ２６４、ＺＦＰ８２、ＺＦＰ１４、ＺＮ４８５、ＺＮ７３７、ＺＮＦ４４、ＺＮ５９６、ＺＮ５６５、ＺＮ５４３、ＺＦＰ６９、ＳＵＭＯ１、ＺＮＦ１２、ＺＮ１６９、ＺＮ４３３、ＳＵＭＯ３、ＺＮＦ９８、ＺＮ１７５、ＺＮ３４７、ＺＮＦ２５、ＺＮ５１９、Ｚ５８５Ｂ、ＺＩＭ３、ＺＮ５１７、ＺＮ８４６、ＺＮ２３０、ＺＮＦ６６、ＺＦＰ１、ＺＮ７１３、ＺＮ８１６、ＺＮ４２６、ＺＮ６７４、ＺＮ６２７、ＺＮＦ２０、Ｚ５８７Ｂ、ＺＮ３１６、ＺＮ２３３、ＺＮ６１１、ＺＮ５５６、ＺＮ２３４、ＺＮ５６０、ＺＮＦ７７、ＺＮ６８２、ＺＮ６１４、ＺＮ７８５、ＺＮ４４５、ＺＦＰ３０、ＺＮ２２５、ＺＮ５５１、ＺＮ６１０、ＺＮ５２８、ＺＮ２８４、ＺＮ４１８、ＭＰＰ８、ＺＮ４９０、ＺＮ８０５、Ｚ７８０Ｂ、ＺＮ７６３、ＺＮ２８５、ＺＮＦ８５、ＺＮ２２３、ＺＮＦ９０、ＺＮ５５７、ＺＮ４２５、ＺＮ２２９、ＺＮ６０６、ＺＮ１５５、ＺＮ２２２、ＺＮ４４２、ＺＮＦ９１、ＺＮ１３５、ＺＮ７７８、ＲＹＢＰ、ＺＮ５３４、ＺＮ５８６、ＺＮ５６７、ＺＮ４４０、ＺＮ５８３、ＺＮ４４１、ＺＮＦ４３、ＣＢＸ５、ＺＮ５８９、ＺＮＦ１０、ＺＮ５６３、ＺＮ５６１、ＺＮ１３６、ＺＮ６３０、ＺＮ５２７、ＺＮ３３３、Ｚ３２４Ｂ、ＺＮ７８６、ＺＮ７０９、ＺＮ７９２、ＺＮ５９９、ＺＮ６１３、ＺＦ６９Ｂ、ＺＮ７９９、ＺＮ５６９、ＺＮ５６４、ＺＮ５４６、ＺＦＰ９２、ＹＡＦ２、ＺＮ７２３、ＺＮＦ３４、ＺＮ４３９、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１９、ＺＮ４０４、ＺＮ２７４、ＣＢＸ３、ＺＮＦ３０、ＺＮ２５０、ＺＮ５７０、ＺＮ６７５、ＺＮ６９５、ＺＮ５４８、ＺＮ１３２、ＺＮ７３８、ＺＮ４２０、ＺＮ６２６、ＺＮ５５９、ＺＮ４６０、ＺＮ２６８、ＺＮ３０４、ＺＩＭ２、ＺＮ６０５、ＺＮ８４４、ＳＵＭＯ５、ＺＮ１０１、ＺＮ７８３、ＺＮ４１７、ＺＮ１８２、ＺＮ８２３、ＺＮ１７７、ＺＮ１９７、ＺＮ７１７、ＺＮ６６９、ＺＮ２５６、ＺＮ２５１、ＣＢＸ４、ＰＣＧＦ２、ＣＤＹ２、ＣＤＹＬ２、ＨＥＲＣ２、ＺＮ５６２、ＺＮ４６１、Ｚ３２４Ａ、ＺＮ７６６、ＩＤ２、ＴＯＸ、ＺＮ２７４、ＳＣＭＨ１、ＺＮ２１４、ＣＢＸ７、ＩＤ１、ＣＲＥＭ、ＳＣＸ、ＡＳＣＬ１、ＺＮ７６４、ＳＣＭＬ２、ＴＷＳＴ１、ＣＲＥＢ１、ＴＥＲＦ１、ＩＤ３、ＣＢＸ８、ＣＢＸ４、ＧＳＸ１、ＮＫＸ２２、ＡＴＦ１、ＴＷＳＴ２、ＺＮＦ１７、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、ＺＭＹＭ３、Ｉ２ＢＰ１、ＲＨＸＦ１、ＳＳＸ２、Ｉ２ＢＰＬ、ＺＮ６８０、ＣＢＸ１、ＴＲＩ６８、ＨＸＡ１３、ＰＨＣ３、ＴＣＦ２４、ＣＢＸ３、ＨＸＢ１３、ＨＥＹ１、ＰＨＣ２、ＺＮＦ８１、ＦＩＧＬＡ、ＳＡＭ１１、ＫＭＴ２Ｂ、ＨＥＹ２、ＪＤＰ２、ＨＸＣ１３、ＡＳＣＬ４、ＨＨＥＸ、ＨＥＲＣ２、ＧＳＸ２、ＢＩＮ１、ＥＴＶ７、ＡＳＣＬ３、ＰＨＣ１、ＯＴＰ、Ｉ２ＢＰ２、ＶＧＬＬ２、ＨＸＡ１１、ＰＤＬＩ４、ＡＳＣＬ２、ＣＤＸ４、ＺＮ８６０、ＬＭＢＬ４、ＰＤＩＰ３、ＮＫＸ２５、ＣＥＢＰＢ、ＩＳＬ１、ＣＤＸ２、ＰＲＯＰ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＭＢＴ１、ＨＸＣ１１、ＨＸＣ１０、ＰＲＳ６Ａ、ＶＳＸ１、ＮＫＸ２３、ＭＴＧ１６、ＨＭＸ３、ＨＭＸ１、ＫＩＦ２２、ＣＳＴＦ２、ＣＥＢＰＥ、ＤＬＸ２、ＺＭＹＭ３、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＩＣ１、ＵＮＣ４、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ３、ＴＣＦ１５、ＴＥＲＡ、ＶＳＸ２、ＨＸＤ１２、ＣＤＸ１、ＴＣＦ２３、ＡＬＸ１、ＨＸＡ１０、ＲＸ、ＣＸＸＣ５、ＳＣＭＬ１、ＮＦＩＬ３、ＤＬＸ６、ＭＴＧ８、ＣＢＸ８、ＣＥＢＰＤ、ＳＥＣ１３、ＦＩＰ１、ＡＬＸ４、ＬＨＸ３、ＰＲＩＣ２、ＭＡＧＩ３、ＮＥＬＬ１、ＰＲＲＸ１、ＭＴＧ８Ｒ、ＲＡＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ１、ＮＫＸ２６、ＮＡＢ１、ＳＡＭＤ７、ＰＩＴＸ３、ＷＤＲ５、ＭＥＯＸ２、ＮＡＢ２、ＤＨＸ８、ＦＯＸＡ２、ＣＢＸ６、ＥＭＸ２、ＣＰＳＦ６、ＨＸＣ１２、ＫＤＭ４Ｂ、ＬＭＢＬ３、ＰＨＸ２Ａ、ＥＭＸ１、ＮＣ２Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＲＹ、ＺＮ７７７、ＮＥＬＬ１、ＺＮ３９８、ＧＡＴＡ３、ＢＳＨ、ＳＦ３Ｂ４、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＲＧＡＰ１、ＰＨＦ１、ＦＯＸＡ１、ＧＡＴＡ２、ＦＯＸＯ３、ＺＮ２１２、ＩＲＸ４、ＺＢＥＤ６、ＬＨＸ４、ＳＩＮ３Ａ、ＲＢＢＰ７、ＮＫＸ６１、ＴＲＩ６８、Ｒ５１Ａ１、ＭＢ３Ｌ１、ＤＬＸ５、ＮＯＴＣ１、ＴＥＲＦ２、ＺＮ２８２、ＲＧＳ１２、ＺＮ８４０、ＳＰＩ２Ｂ、ＰＡＸ７、ＮＫＸ６２、ＡＳＸＬ２、ＦＯＸＯ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＺＭＹＭ５、ＺＮ７８３、ＳＰＩ２Ｂ、ＬＲＰ１、ＭＩＸＬ１、ＳＧＴ１、ＬＭＣＤ１、ＣＥＢＰＡ、ＧＡＴＡ２、ＳＯＸ１４、ＷＴＩＰ、ＰＲＰ１９、ＣＢＸ６、ＮＫＸ１１、ＲＢＢＰ４、ＤＭＲＴ２、ＳＭＣＡ２、およびこれらのフラグメント
    からなる群から選択される、エピジェネティックエディター。
  43. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、配列番号６７～５９５からなる群から選択される、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  44. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、標的遺伝子を含む標的染色体内の標的配列に結合する、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  45. 前記リプレッサードメインが、標的遺伝子を含む細胞内のエピジェネティックエフェクタータンパク質に特異的に結合し、前記エピジェネティックエディターを前記標的遺伝子へと導いて、前記標的遺伝子内のヌクレオチドまたは前記標的遺伝子に結合したヒストンにおいてエピジェネティック改変をもたらす、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  46. 前記リプレッサードメインが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ２６４、ＺＮ５７７、ＺＮ７９３、ＺＦＰ２８、ＺＮ６２７、ＲＹＢＰ、ＴＯＸ、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、Ｉ２ＢＰ１、ＳＣＭＨ１、ＳＣＭＬ２、ＣＤＹＬ２、ＣＢＸ８、ＣＢＸ５、およびＣＢＸ１、ならびにこれらのフラグメントからなる群から選択される、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  47. 前記融合タンパク質が、第２のＤＮＭＴドメインをさらに含む、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  48. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ａドメイン、ＤＮＭＴ３Ｂドメイン、ＤＮＭＴ３Ｃドメイン、およびＤＮＭＴ３Ｌドメインからなる群から選択される、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  49. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項４８に記載のエピジェネティックエディター。
  50. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項４８に記載のエピジェネティックエディター。
  51. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴドメインである、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  52. 前記第１のヒトＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項５１に記載のエピジェネティックエディター。
  53. 前記ヒトＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５２に記載のエピジェネティックエディター。
  54. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴドメインである、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  55. 前記マウスＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項５４に記載のエピジェネティックエディター。
  56. 前記マウスＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５４に記載のエピジェネティックエディター。
  57. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項４４に記載のエピジェネティックエディター。
  58. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５７に記載のエピジェネティックエディター。
  59. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５７に記載のエピジェネティックエディター。
  60. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５７に記載のエピジェネティックエディター。
  61. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項５７に記載のエピジェネティックエディター。
  62. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴドメインの触媒部分である、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  63. 前記第２のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  64. 前記第１のＤＮＭＴドメインおよび前記第２のＤＮＭＴドメインが、配列番号３２～６６からなる群から選択される、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  65. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーモチーフを含む、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  66. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーアレイを含む、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  67. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  68. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、前記ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む、請求項６７に記載のエピジェネティックエディター。
  69. 前記ガイドポリヌクレオチドが、標的配列とハイブリダイズする、請求項６７に記載のエピジェネティックエディター。
  70. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む、請求項６８または６９に記載のエピジェネティックエディター。
  71. 前記ｄＣａｓ９が、ｄＳｐＣａｓ９である、請求項７０に記載のエピジェネティックエディター。
  72. 前記ｄＳｐＣａｓ９が、配列番号３として定義される、請求項７１に記載のエピジェネティックエディター。
  73. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む、請求項６８または６９に記載のエピジェネティックエディター。
  74. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む、請求項６８または６９に記載のエピジェネティックエディター。
  75. 前記融合タンパク質ドメインが、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ｄＳｐＣａｓ９－前記リプレッサードメインを含む、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  76. リンカーが、前記融合タンパク質の前記ドメインを接続する、請求項４２に記載のエピジェネティックエディター。
  77. 前記リンカーが、ＸＴＥＮリンカーである、請求項７６に記載のエピジェネティックエディター。
  78. 前記ＸＴＥＮリンカーが、ＸＴＥＮ－１６、ＸＴＥＮ－１８、およびＸＴＥＮ－８０からなる群から選択される、請求項７７に記載のエピジェネティックエディター。
  79. 前記融合タンパク質が、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＸＴＥＮ８０－ｄＳｐＣａｓ９－ ＸＴＥＮ１６－前記リプレッサードメインを含む、請求項７５に記載のエピジェネティックエディター。
  80. 融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、前記融合タンパク質は、
    （ａ）デメチラーゼドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）活性化因子ドメインと
    を含む、エピジェネティックエディター。
  81. 先行する請求項のいずれかに記載のエピジェネティックエディターと接触させた場合に、前記エピジェネティックエディターと接触していない前記標的遺伝子と比較して、前記標的遺伝子の発現が増加する、請求項７４に記載のエピジェネティックエディター。
  82. 融合タンパク質を含むエピジェネティックエディターであって、前記融合タンパク質は、
    （ａ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｂ）リプレッサードメインと、
    （ｃ）ＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメインおよびＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインからなる群から選択される、第１の触媒ドメインと、
    （ｄ）ＤＮＭＴ３Ａ触媒ドメインおよびＤＮＭＴ３Ｌ触媒ドメインからなる群から選択される、第２の触媒ドメインと、
    を含み、
    前記第１の触媒ドメインが、３８０個未満のアミノ酸を有するか、または
    前記第２の触媒ドメインが、３８０個未満のアミノ酸を有する、
    エピジェネティックエディター。
  83. 標的染色体内の標的遺伝子のエピジェネティック状態を改変する方法であって、前記標的染色体を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、前記エピジェネティックエディターが、
    （ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）第１のリプレッサードメインと、
    （ｄ）第２のリプレッサードメインと
    を含み、
    前記ＤＮＡ結合ドメインが、前記標的染色体内の標的配列に結合し、前記エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、前記標的染色体内の前記標的遺伝子または前記標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、前記標的遺伝子の前記エピジェネティック状態を改変する、
    方法。
  84. 標的染色体内の標的遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、前記標的染色体を、エピジェネティックエディターと接触させるステップを含み、前記エピジェネティックエディターが、
    （ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）第１のリプレッサードメインと、
    （ｄ）第２のリプレッサードメインと
    を含み、
    前記ＤＮＡ結合ドメインが、前記標的染色体内の標的配列に結合し、前記エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、前記標的染色体内の前記標的遺伝子または前記標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、前記標的遺伝子のエピジェネティック状態をモジュレートする、
    方法。
  85. 疾患の処置をを必要とする対象において疾患を処置する方法であって、前記対象に、エピジェネティックエディターを投与するステップを含み、前記エピジェネティックエディターが、
    （ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）第１のリプレッサードメインと、
    （ｄ）第２のリプレッサードメインと
    を含み、
    前記ＤＮＡ結合ドメインが、前記標的染色体内の標的配列に結合し、前記エピジェネティックエフェクタードメインを導いて、前記標的染色体内の前記標的遺伝子または前記標的遺伝子に結合したヒストンにおいて部位特異的エピジェネティック改変をもたらし、それによって、前記疾患を処置し、
    前記標的遺伝子が、疾患と関連しており、
    前記部位特異的エピジェネティック改変が、前記標的遺伝子の発現をモジュレートし、それによって、前記疾患を処置する、
    方法。
  86. 前記部位特異的エピジェネティック改変が、前記標的配列の上流または下流３０００塩基対以内である、請求項８３～８５のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記部位特異的エピジェネティック改変が、前記標的配列の上流または下流２０００塩基対以内である、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記部位特異的エピジェネティック改変が、発現調節配列の上流または下流３０００塩基対以内である、請求項８３～８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 前記部位特異的エピジェネティック改変が、前記発現調節配列の上流または下流２０００塩基対以内である、請求項８８に記載の方法。
  90. 部位特異的エピジェネティック改変が、発現調節配列の上流または下流１０００塩基対以内である、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記対象に、前記エピジェネティックエディターを含む細胞を投与するステップを含む、請求項８３～９０のいずれか一項に記載の方法。
  92. 前記細胞が、同種細胞である、請求項９１に記載の方法。
  93. 前記細胞が、自家細胞である、請求項９２に記載の方法。
  94. 前記エピジェネティック改変が、前記標的遺伝子のコーディング領域内である、請求項８３～９３のいずれか一項に記載の方法。
  95. 前記標的遺伝子が、疾患と関連する対立遺伝子を含む、請求項８３～９４のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記融合タンパク質が、第２のＤＮＭＴドメインをさらに含む、請求項８３～９５のいずれか一項に記載の方法。
  97. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ａドメイン、ＤＮＭＴ３Ｂドメイン、ＤＮＭＴ３Ｃドメイン、およびＤＮＭＴ３Ｌドメインからなる群から選択される、請求項８３～９６のいずれか一項に記載の方法。
  98. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項８３～９７のいずれか一項に記載の方法。
  99. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、前記ＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項８３～９８のいずれか一項に記載の方法。
  100. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴドメインである、請求項８３～９９のいずれか一項に記載の方法。
  101. 前記ヒトＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項１００に記載の方法。
  102. 前記ヒトＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１００に記載の方法。
  103. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴドメインである、請求項８３～１０２のいずれか一項に記載の方法。
  104. 前記マウスＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインである、請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記マウスＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項１０３に記載の方法。
  106. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項８３～１０５のいずれか一項に記載の方法。
  107. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項９６に記載の方法。
  108. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項９６に記載の方法。
  109. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、ヒトＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項９６に記載の方法。
  110. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ａドメインであり、前記第２のＤＮＭＴドメインが、マウスＤＮＭＴ３Ｌドメインである、請求項９６に記載の方法。
  111. 前記第１のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である、請求項８３～１１０のいずれか一項に記載の方法。
  112. 前記第２のＤＮＭＴドメインが、ＤＮＭＴドメインの触媒部分である、請求項８３～１１１のいずれか一項に記載の方法。
  113. 前記第１のＤＮＭＴドメインおよび前記第２のＤＮＭＴドメインが、配列番号３２～６６からなる群から選択される、請求項８３～１１２に記載の方法。
  114. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ４３６、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ６８０、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ５５４、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ２６４、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ８、ＺＮＦ５８２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ５９６、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＦＰ８２、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ５９５、ＺＮＦ１８４、ＺＮＦ４１９、ＺＦＰ２８－１、ＺＦＰ２８－２、ＺＮＦ１８、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３９４、ＺＦＰ１、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ７２９、ＺＩＭ２、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７８５、ＺＮＦ１０、ＣＢＸ５、ＲＹＢＰ、ＹＡＦ２、ＭＧＡ、ＣＢＸ１、ＳＣＭＨ１、ＭＰＰ８、ＳＵＭＯ３、ＨＥＲＣ２、ＢＩＮ１、ＰＣＧＦ２、ＴＯＸ、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＡ２、ＩＲＦ２ＢＰ１、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＦ２ＢＰＬ ＩＲＦ－２ＢＰ１＿２ Ｎ末端ドメイン、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＢ１３、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＢ９、ＨＯＸＡ９、ＺＦＰ２８、ＺＮ３３４、ＺＮ５６８、ＺＮ３７Ａ、ＺＮ１８１、ＺＮ５１０、ＺＮ８６２、ＺＮ１４０、ＺＮ２０８、ＺＮ２４８、ＺＮ５７１、ＺＮ６９９、ＺＮ７２６、ＺＩＫ１、ＺＮＦ２、Ｚ７０５Ｆ、ＺＮＦ１４、ＺＮ４７１、ＺＮ６２４、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ７、ＺＮ８９１、ＺＮ３３７、Ｚ７０５Ｇ、ＺＮ５２９、ＺＮ７２９、ＺＮ４１９、Ｚ７０５Ａ、ＺＮＦ４５、ＺＮ３０２、ＺＮ４８６、ＺＮ６２１、ＺＮ６８８、ＺＮ３３Ａ、ＺＮ５５４、ＺＮ８７８、ＺＮ７７２、ＺＮ２２４、ＺＮ１８４、ＺＮ５４４、ＺＮＦ５７、ＺＮ２８３、ＺＮ５４９、ＺＮ２１１、ＺＮ６１５、ＺＮ２５３、ＺＮ２２６、ＺＮ７３０、Ｚ５８５Ａ、ＺＮ７３２、ＺＮ６８１、ＺＮ６６７、ＺＮ６４９、ＺＮ４７０、ＺＮ４８４、ＺＮ４３１、ＺＮ３８２、ＺＮ２５４、ＺＮ１２４、ＺＮ６０７、ＺＮ３１７、ＺＮ６２０、ＺＮ１４１、ＺＮ５８４、ＺＮ５４０、ＺＮ７５Ｄ、ＺＮ５５５、ＺＮ６５８、ＺＮ６８４、ＲＢＡＫ、ＺＮ８２９、ＺＮ５８２、ＺＮ１１２、ＺＮ７１６、ＨＫＲ１、ＺＮ３５０、ＺＮ４８０、ＺＮ４１６、ＺＮＦ９２、ＺＮ１００、ＺＮ７３６、ＺＮＦ７４、ＣＢＸ１、ＺＮ４４３、ＺＮ１９５、ＺＮ５３０、ＺＮ７８２、ＺＮ７９１、ＺＮ３３１、Ｚ３５４Ｃ、ＺＮ１５７、ＺＮ７２７、ＺＮ５５０、ＺＮ７９３、ＺＮ２３５、ＺＮＦ８、ＺＮ７２４、ＺＮ５７３、ＺＮ５７７、ＺＮ７８９、ＺＮ７１８、ＺＮ３００、ＺＮ３８３、ＺＮ４２９、ＺＮ６７７、ＺＮ８５０、ＺＮ４５４、ＺＮ２５７、ＺＮ２６４、ＺＦＰ８２、ＺＦＰ１４、ＺＮ４８５、ＺＮ７３７、ＺＮＦ４４、ＺＮ５９６、ＺＮ５６５、ＺＮ５４３、ＺＦＰ６９、ＳＵＭＯ１、ＺＮＦ１２、ＺＮ１６９、ＺＮ４３３、ＳＵＭＯ３、ＺＮＦ９８、ＺＮ１７５、ＺＮ３４７、ＺＮＦ２５、ＺＮ５１９、Ｚ５８５Ｂ、ＺＩＭ３、ＺＮ５１７、ＺＮ８４６、ＺＮ２３０、ＺＮＦ６６、ＺＦＰ１、ＺＮ７１３、ＺＮ８１６、ＺＮ４２６、ＺＮ６７４、ＺＮ６２７、ＺＮＦ２０、Ｚ５８７Ｂ、ＺＮ３１６、ＺＮ２３３、ＺＮ６１１、ＺＮ５５６、ＺＮ２３４、ＺＮ５６０、ＺＮＦ７７、ＺＮ６８２、ＺＮ６１４、ＺＮ７８５、ＺＮ４４５、ＺＦＰ３０、ＺＮ２２５、ＺＮ５５１、ＺＮ６１０、ＺＮ５２８、ＺＮ２８４、ＺＮ４１８、ＭＰＰ８、ＺＮ４９０、ＺＮ８０５、Ｚ７８０Ｂ、ＺＮ７６３、ＺＮ２８５、ＺＮＦ８５、ＺＮ２２３、ＺＮＦ９０、ＺＮ５５７、ＺＮ４２５、ＺＮ２２９、ＺＮ６０６、ＺＮ１５５、ＺＮ２２２、ＺＮ４４２、ＺＮＦ９１、ＺＮ１３５、ＺＮ７７８、ＲＹＢＰ、ＺＮ５３４、ＺＮ５８６、ＺＮ５６７、ＺＮ４４０、ＺＮ５８３、ＺＮ４４１、ＺＮＦ４３、ＣＢＸ５、ＺＮ５８９、ＺＮＦ１０、ＺＮ５６３、ＺＮ５６１、ＺＮ１３６、ＺＮ６３０、ＺＮ５２７、ＺＮ３３３、Ｚ３２４Ｂ、ＺＮ７８６、ＺＮ７０９、ＺＮ７９２、ＺＮ５９９、ＺＮ６１３、ＺＦ６９Ｂ、ＺＮ７９９、ＺＮ５６９、ＺＮ５６４、ＺＮ５４６、ＺＦＰ９２、ＹＡＦ２、ＺＮ７２３、ＺＮＦ３４、ＺＮ４３９、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１９、ＺＮ４０４、ＺＮ２７４、ＣＢＸ３、ＺＮＦ３０、ＺＮ２５０、ＺＮ５７０、ＺＮ６７５、ＺＮ６９５、ＺＮ５４８、ＺＮ１３２、ＺＮ７３８、ＺＮ４２０、ＺＮ６２６、ＺＮ５５９、ＺＮ４６０、ＺＮ２６８、ＺＮ３０４、ＺＩＭ２、ＺＮ６０５、ＺＮ８４４、ＳＵＭＯ５、ＺＮ１０１、ＺＮ７８３、ＺＮ４１７、ＺＮ１８２、ＺＮ８２３、ＺＮ１７７、ＺＮ１９７、ＺＮ７１７、ＺＮ６６９、ＺＮ２５６、ＺＮ２５１、ＣＢＸ４、ＰＣＧＦ２、ＣＤＹ２、ＣＤＹＬ２、ＨＥＲＣ２、ＺＮ５６２、ＺＮ４６１、Ｚ３２４Ａ、ＺＮ７６６、ＩＤ２、ＴＯＸ、ＺＮ２７４、ＳＣＭＨ１、ＺＮ２１４、ＣＢＸ７、ＩＤ１、ＣＲＥＭ、ＳＣＸ、ＡＳＣＬ１、ＺＮ７６４、ＳＣＭＬ２、ＴＷＳＴ１、ＣＲＥＢ１、ＴＥＲＦ１、ＩＤ３、ＣＢＸ８、ＣＢＸ４、ＧＳＸ１、ＮＫＸ２２、ＡＴＦ１、ＴＷＳＴ２、ＺＮＦ１７、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、ＺＭＹＭ３、Ｉ２ＢＰ１、ＲＨＸＦ１、ＳＳＸ２、Ｉ２ＢＰＬ、ＺＮ６８０、ＣＢＸ１、ＴＲＩ６８、ＨＸＡ１３、ＰＨＣ３、ＴＣＦ２４、ＣＢＸ３、ＨＸＢ１３、ＨＥＹ１、ＰＨＣ２、ＺＮＦ８１、ＦＩＧＬＡ、ＳＡＭ１１、ＫＭＴ２Ｂ、ＨＥＹ２、ＪＤＰ２、ＨＸＣ１３、ＡＳＣＬ４、ＨＨＥＸ、ＨＥＲＣ２、ＧＳＸ２、ＢＩＮ１、ＥＴＶ７、ＡＳＣＬ３、ＰＨＣ１、ＯＴＰ、Ｉ２ＢＰ２、ＶＧＬＬ２、ＨＸＡ１１、ＰＤＬＩ４、ＡＳＣＬ２、ＣＤＸ４、ＺＮ８６０、ＬＭＢＬ４、ＰＤＩＰ３、ＮＫＸ２５、ＣＥＢＰＢ、ＩＳＬ１、ＣＤＸ２、ＰＲＯＰ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＭＢＴ１、ＨＸＣ１１、ＨＸＣ１０、ＰＲＳ６Ａ、ＶＳＸ１、ＮＫＸ２３、ＭＴＧ１６、ＨＭＸ３、ＨＭＸ１、ＫＩＦ２２、ＣＳＴＦ２、ＣＥＢＰＥ、ＤＬＸ２、ＺＭＹＭ３、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＩＣ１、ＵＮＣ４、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ３、ＴＣＦ１５、ＴＥＲＡ、ＶＳＸ２、ＨＸＤ１２、ＣＤＸ１、ＴＣＦ２３、ＡＬＸ１、ＨＸＡ１０、ＲＸ、ＣＸＸＣ５、ＳＣＭＬ１、ＮＦＩＬ３、ＤＬＸ６、ＭＴＧ８、ＣＢＸ８、ＣＥＢＰＤ、ＳＥＣ１３、ＦＩＰ１、ＡＬＸ４、ＬＨＸ３、ＰＲＩＣ２、ＭＡＧＩ３、ＮＥＬＬ１、ＰＲＲＸ１、ＭＴＧ８Ｒ、ＲＡＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ１、ＮＫＸ２６、ＮＡＢ１、ＳＡＭＤ７、ＰＩＴＸ３、ＷＤＲ５、ＭＥＯＸ２、ＮＡＢ２、ＤＨＸ８、ＦＯＸＡ２、ＣＢＸ６、ＥＭＸ２、ＣＰＳＦ６、ＨＸＣ１２、ＫＤＭ４Ｂ、ＬＭＢＬ３、ＰＨＸ２Ａ、ＥＭＸ１、ＮＣ２Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＲＹ、ＺＮ７７７、ＮＥＬＬ１、ＺＮ３９８、ＧＡＴＡ３、ＢＳＨ、ＳＦ３Ｂ４、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＲＧＡＰ１、ＰＨＦ１、ＦＯＸＡ１、ＧＡＴＡ２、ＦＯＸＯ３、ＺＮ２１２、ＩＲＸ４、ＺＢＥＤ６、ＬＨＸ４、ＳＩＮ３Ａ、ＲＢＢＰ７、ＮＫＸ６１、ＴＲＩ６８、Ｒ５１Ａ１、ＭＢ３Ｌ１、ＤＬＸ５、ＮＯＴＣ１、ＴＥＲＦ２、ＺＮ２８２、ＲＧＳ１２、ＺＮ８４０、ＳＰＩ２Ｂ、ＰＡＸ７、ＮＫＸ６２、ＡＳＸＬ２、ＦＯＸＯ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＺＭＹＭ５、ＺＮ７８３、ＳＰＩ２Ｂ、ＬＲＰ１、ＭＩＸＬ１、ＳＧＴ１、ＬＭＣＤ１、ＣＥＢＰＡ、ＧＡＴＡ２、ＳＯＸ１４、ＷＴＩＰ、ＰＲＰ１９、ＣＢＸ６、ＮＫＸ１１、ＲＢＢＰ４、ＤＭＲＴ２、ＳＭＣＡ２、およびこれらのフラグメント
    からなる群から選択される、請求項８３～１１３のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、配列番号６７～５９５からなる群から選択される、請求項１１４に記載の方法。
  116. 前記リプレッサードメインのうちの少なくとも１つが、ＺＩＭ３、ＺＮＦ２６４、ＺＮ５７７、ＺＮ７９３、ＺＦＰ２８、ＺＮ６２７、ＲＹＢＰ、ＴＯＸ、ＴＯＸ３、ＴＯＸ４、Ｉ２ＢＰ１、ＳＣＭＨ１、ＳＣＭＬ２、ＣＤＹＬ２、ＣＢＸ８、ＣＢＸ５、およびＣＢＸ１、ならびにこれらのフラグメントからなる群から選択される、請求項１１４に記載の方法。
  117. 前記リプレッサードメインのうちの１つが、ＫＲＡＢドメインである、請求項８３～１１６のいずれか一項に記載の方法。
  118. 前記ＫＲＡＢドメインが、ＫＯＸ１ ＫＲＡＢドメインである、請求項１１７に記載の方法。
  119. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーモチーフを含む、請求項８３～１１８のいずれか一項に記載の方法。
  120. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、亜鉛フィンガーアレイを含む、請求項８３～１１９のいずれか一項に記載の方法。
  121. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、ガイドポリヌクレオチドに結合した、核酸にガイドされるＤＮＡ結合ドメインを含む、請求項８３～１２０のいずれか一項に記載の方法。
  122. 前記ＤＮＡ結合ドメインが、前記ガイドポリヌクレオチドに結合したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質を含む、請求項１２１に記載の方法。
  123. 前記ガイドポリヌクレオチドが、標的配列とハイブリダイズする、請求項１２１に記載の方法。
  124. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）を含む、請求項１２２または１２３に記載の方法。
  125. 前記ｄＣａｓ９が、ｄＳｐＣａｓ９である、請求項１２４に記載の方法。
  126. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓ１２ａ（ｄＣａｓ１２ａ）を含む、請求項１２２または１２３に記載の方法。
  127. 前記ｄＳｐＣａｓ９が、配列番号３として定義される、請求項３２に記載のエピジェネティックエディター。
  128. 前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質が、ヌクレアーゼ不活性ＣａｓＸ（ｄＣａｓＸ）を含む、請求項１２２または１２３に記載の方法。
  129. 前記融合タンパク質が、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ｄＳｐＣａｓ９－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－前記第２のリプレッサードメインを含む、請求項８３～１２８のいずれか一項に記載の方法。
  130. リンカーが、前記融合タンパク質の前記ドメインを接続する、請求項８３～１２９のいずれか一項に記載の方法。
  131. 前記リンカーが、ＸＴＥＮリンカーである、請求項１３０に記載の方法。
  132. 前記ＸＴＥＮリンカーが、ＸＴＥＮ－１６、ＸＴＥＮ－１８、およびＸＴＥＮ－８０からなる群から選択される、請求項１３１に記載の方法。
  133. 前記融合タンパク質が、Ｎ末端からＣ末端へ、ＤＮＭＴ３Ａ－ＤＮＭＴ３Ｌ－ＸＴＥＮ８０－ｄＳｐＣａｓ９－ ＸＴＥＮ１６－ＫＯＸ１ＫＲＡＢ－ ＸＴＥＮ１８－前記第２のリプレッサードメインを含む、請求項１２９に記載の方法。
  134. 対象の処置において使用するための組成物であって、前記組成物は、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質は、
    （ａ）第１のＤＮＭＴドメインと、
    （ｂ）ＤＮＡ結合ドメインと、
    （ｃ）第１のリプレッサードメインと、
    （ｄ）第２のリプレッサードメインと
    を含む、組成物。
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