JP2024500571A - 質量分析試料処理方法、クロマトグラフィーデバイス、及びバイオマーカー分析のためのデータ分析技術 - Google Patents

質量分析試料処理方法、クロマトグラフィーデバイス、及びバイオマーカー分析のためのデータ分析技術 Download PDF

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Abstract

特定の態様では、本開示は、質量分析のために試料を処理するための方法、デバイス、及びその構成要素を含むプラットフォームを対象とする。他の態様では、本明細書に記載の方法及びデバイスから得られた、試料の質量分析から得られたデータを含む、質量分析データを分析するための分析プラットフォームが本明細書に提供される。他の態様において、提供されるのは、冠動脈疾患（ＣＡＤ）プロテオミクスシグネチャーなどの、個体における状態の特定されたプロテオミクスシグネチャーである。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年１２月１５日に出願された米国仮特許出願第６３／１２５，９５５号の優先権及び利益を主張し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
技術分野
特定の態様では、本開示は、質量分析のために試料を処理するための方法、デバイス、及びその構成要素を含むプラットフォームを対象とする。他の態様では、本明細書に記載の方法及びデバイスから得られた試料の質量分析から得られたデータを含む、質量分析データを分析するための分析プラットフォームが本明細書に提供される。
背景
質量分析は、小分子から核酸、ポリペプチドに及ぶ一連の異なる種類の成分を含む試料を分析するための有用なツールである。生物学的または環境的起源のものなどの試料は、非常に複雑であり得、異なる物理的及び化学的特性を有する極めて異なる濃度の成分を含有し得る。例えば、一般的な試料は、ダイナミックレンジが１０桁を超える成分を含み、親水性及び疎水性のペプチド及びタンパク質、一次及び二次代謝産物、天然ペプチド、小分子代謝産物、ならびにマイクロＲＮＡ、環状及び長鎖非コードＲＮＡ、及びミトコンドリアＲＮＡを含むＲＮＡ及びＤＮＡなどの核酸で構成されることが知られている。既存の方法は、流体試料中の広範囲のタンパク質及び他の生体分子の不偏捕捉において完全に満足できるものではない。疾患などの生物学的現象に関連するバイオマーカーとしての生物学的試料からの生体分子の発見には、改善された方法が必要である。提供される実施形態は、これらの必要性に対処する。
概要
いくつかの態様では、試験試料を処理するための方法が本明細書に提供され、この方法は、（ａ）試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供することであって、試験試料が、１つまたは複数の生体分子及びカオトロピック剤を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含む、供すること、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した１つまたは複数の画分を収集すること、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの画分の１つまたは複数をタンパク質分解技術に供すること、及び、（ｄ）画分の１つまたは複数を逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術に供して、質量分析計への導入のための画分を調製することであって、１つまたは複数のＲＰＬＣ画分が、（ｉ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られたゼロまたは複数の画分、及び（ｉｉ）タンパク質分解技術に供されるゼロまたは複数の画分を含む、調製すること、を含む。
いくつかの態様では、本明細書では、質量分析のために試験試料を処理する方法が提供され、この方法は、（ａ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用する試験試料をサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）技術に供することであって、試験試料が、１つまたは複数の生体分子及びカオトロピック剤を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含む、供すること、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集すること、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分の１つまたは複数をタンパク質分解技術に供すること、及び、（ｄ）ステップ（ｂ）及び（ｃ）の一方または両方からの１つまたは複数の画分を、質量分析計に導入するために１つまたは複数の画分のそれぞれの成分を調製するための条件下で、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に個別に供することであって、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、逆相媒体を含む複数の相互接続されたチャネルを含み、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、エレクトロスプレーイオン化源に連結される、供すること、を含む。
いくつかの実施形態において、試験試料は生物学的試料である。いくつかの実施形態において、試験試料は個体に由来する。いくつかの実施形態では、試験試料は、カオトロピック剤の濃度が約５Ｍ～約８Ｍである。いくつかの実施形態では、カオトロピック剤は、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、カリウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む。いくつかの実施形態では、カオトロピック剤は塩酸グアニジンまたは塩化グアニジニウムである。いくつかの実施形態では、試験試料中のカオトロピック剤は液体固定剤からのものである。
いくつかの実施形態において、試験試料は、約５％～約４０％の粘度調整剤の濃度を有する。いくつかの実施形態では、粘度調整剤はグリセロールである。いくつかの実施形態では、試験試料は、少なくとも約６Ｍのグアニジン及び約１０％～約３０％のグリセロールを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供される試験試料は、約１μＬ～約２００μＬの体積を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤の濃度の範囲は、試験試料のカオトロピック剤の所定の濃度の約±４０％以内である。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、試験試料中のカオトロピック剤の範囲内の移動相カオトロピック剤の濃度を有するＳＥＣ移動相の使用を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤は、試験試料のカオトロピック剤と同じである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤は、試験試料のカオトロピック剤とは異なる。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約４Ｍ～約８Ｍの濃度の移動相カオトロピック剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤は、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤は、塩酸グアニジン、塩化グアニジニウム、チオシアン酸グアニジニウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、酢酸カリウム及びヨウ化ナトリウムからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、移動相粘度調整剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤は、約５％～約４０％の濃度を有する。いくつかの実施形態では、粘度調整剤はグリセロールである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤は、液体固定剤の粘度調整剤と同じである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤は、液体固定剤の粘度調整剤とは異なる。いくつかの実施形態では、試験試料は、少なくとも約６Ｍのグアニジン及び約１０％～約３０％のグリセロールを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、アイソクラティックＳＥＣ技術である。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約１μＬ／分～約５μＬ／分の移動相流量の使用を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は上昇した温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約４５℃から約６０℃の温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、実質的に一定の温度で実施される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスはＳＥＣ媒体を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ媒体は、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する材料である。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ媒体は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面である。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルの内面材料は、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、開放管状フォーマットで構成されている。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８つ以上のチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２個のチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４個のチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの上流ネットワークを介してＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、接続チャネルの上流ネットワークまたは接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集することは、フラクションコレクターを使用して実施される。いくつかの実施形態では、複数の画分のそれぞれは、時間に基づいてＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される。いくつかの実施形態では、複数の画分のそれぞれが、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから約３０秒から約５分の期間にわたって収集される。いくつかの実施形態では、複数の画分のそれぞれは、均一な時間にわたってＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される。いくつかの実施形態では、複数の画分の一部は、複数の画分の別の画分とは異なる時間にわたってＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される。
いくつかの実施形態では、複数の画分のそれぞれが、ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの溶出液の体積に基づいてＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された複数の画分のそれぞれは、約１μＬ～約２０μＬの体積を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された複数の画分は、均一な体積を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された複数の画分のうちのある画分は、複数の画分のうちの別の画分とは異なる体積を有する。
いくつかの実施形態において、複数の画分は、約５個～約５０個の画分である。いくつかの実施形態において、複数の画分は、約１２個～約２４個の画分である。
いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、酵素に基づく消化技術を含む。いくつかの態様では、酵素に基づく消化技術は、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、ＬｙｓＣ、ＬｙｓＮ、ＡｓｐＮ、ＧｌｕＣ及びＡｒｇＣ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される酵素の使用を含む。
いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した画分を希釈するステップを含む。いくつかの実施形態では、希釈は、カオトロピック剤のある濃度に達するために、ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した画分を水と混合することを含む。いくつかの実施形態では、酵素消化のためのカオトロピック剤の濃度の最終濃度は、約０．５Ｍである。
いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、緩衝液交換ステップを含まない。いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、アルキル化ステップを含まない。いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、還元ステップを含まない。
いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、酵素に基づかないアプローチを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分の１つもしくは複数及び／またはタンパク質分解技術に供される複数の画分の１つもしくは複数を定量的標識技術に供することをさらに含み、定量的標識技術は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術の前に実施される。
いくつかの実施形態では、定量的標識技術は、等圧質量タグの使用を含む。いくつかの実施形態では、定量的標識技術はタンデム質量タグ（ＴＭＴ：Ｔａｎｄｅｍ Ｍａｓｓ Ｔａｇ）の使用を含む。
いくつかの実施形態では、定量的標識技術は脱塩ステップを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、内部標準を、ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分のうちの１つもしくは複数及び／またはタンパク質分解技術に供される複数の画分のうちの１つもしくは複数と混合することをさらに含み、内部標準の混合は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術の前に実施される。いくつかの実施形態では、内部標準は同位体標識ペプチドである。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される１つまたは複数の画分は、（ｉ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られるゼロまたは複数の画分、（ｉｉ）前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分のうちの１つまたは複数、から得られる１つまたは複数の画分またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される１つまたは複数の画分のそれぞれは、水溶液と混合されたそれぞれの起源画分を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は、約１μＬ～約５０μＬの体積を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、ＲＰＬＣ移動相の使用を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、約０．０５μＬ／分～約２μＬ／分のＲＰＬＣ移動相の移動相流量を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は勾配ＲＰＬＣ技術である。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は上昇した温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、約３０℃～約１００℃の温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、実質的に一定の温度で実施される。
いくつかの実施形態では、逆相媒体は、次のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物は、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの３つ以上を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物は、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物のアルキル部分は、等モル量で存在する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物のアルキル部分は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面に共有結合される。いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面は、シリカ（ＳｉＯ２）を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８つ以上のチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２のチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４のチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの上流ネットワークを介してＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、接続チャネルの上流ネットワークまたは接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが含む複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、オンライン分流機構を含む。いくつかの実施形態では、オンライン分流機構は、バルブ及び／またはチャネルである。いくつかの実施形態では、オンライン分流機構は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルとエレクトロスプレーイオン化デバイスとの間に配置される。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、開放管状フォーマットで構成されている。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、オンライン脱塩用に構成されている。
いくつかの実施形態では、イオン化源はナノエレクトロスプレーイオン化源である。いくつかの実施形態において、エレクトロスプレーイオン化源は加熱エレクトロスプレーイオン化源である。
いくつかの実施形態では、試料は、血液試料、脳脊髄液（ＣＳＦ）試料、腹水試料、精漿試料、及び乳頭吸引液試料からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、試料は、約１０μＬ～約２００μＬの体積を有する。いくつかの実施形態において、試料は血液試料である。
いくつかの実施形態では、個体からの試料が血液試料である場合、方法は、血漿試料を調製することをさらに含む。いくつかの実施形態では、血漿試料を調製することは、血液試料を血漿生成技術に供することを含む。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、試料をポリスルホン媒体に供することを含む。いくつかの実施形態では、ポリスルホン媒体は非対称ポリスルホン材料である。
いくつかの実施形態では、血漿生成技術は毛管作用濾過技術である。いくつかの実施形態では、血漿生成技術に供される血液試料の体積は、約１０μＬ～約２００μＬである。
いくつかの実施形態では、方法は、生成された血漿試料を液体固定剤と混合して試験試料を生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、試験試料をＳＥＣ技術に供する前に、試験試料をさらに枯渇処理しない。
いくつかの実施形態では、血漿生成技術は周囲温度で実施される。
いくつかの実施形態では、試料は、血漿生成技術の前に枯渇処理ステップに供されていない。
いくつかの実施形態では、方法は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスから溶出した成分またはその生成物を質量分析計に供する工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、質量分析計を使用して、試料の成分またはその生成物の質量分析を実施することをさらに含む。いくつかの実施形態では、質量分析は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供される各画分の分析を含む。いくつかの実施形態では、質量分析は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供される各画分について質量分析計から得られた情報を含む１つまたは複数のデータセットを取得することを含む。
いくつかの実施形態では、単一のデータセットは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供される単一の画分から質量分析計から得られた情報を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータセットのそれぞれは、質量分析計に導入された成分またはその生成物のイオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）及び存在量情報を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれかから得られる組成物の集合体の各組成物は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイス溶出液である。
いくつかの態様では、組成物を分析する方法であって、（ａ）組成物を質量分析計に供するステップと、（ｂ）前記組成物の質量分析を実施するステップであって、前記組成物が、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試料の分画を含む処理技術と、それに続く各画分またはその生成物のＲＰＬＣ技術への適用から得られる、ステップと、を含む方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、質量分析を使用して組成物の集合体を分析する方法であって、（ａ）組成物の集合体の各組成物を質量分析計に供するステップと、（ｂ）前記組成物の集合体の各組成物の質量分析を実施するステップであって、前記組成物の集合体は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試験試料の分画を含む処理技術から得られ、続いて各画分またはその生成物を、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＲＰＬＣ技術に適用するステップと、を含む方法が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ画分は、タンパク質分解技術によってさらに処理される。
いくつかの実施形態では、方法は、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの同一性を決定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、方法は、決定された同一性から、１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、特定は、１つまたは複数の特定された生体分子の測定された量に基づいて、１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットを選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットは、参照試料と比較した１つまたは複数の特定された生体分子の差分測定量に基づいて選択される。
いくつかの実施形態では、方法は、１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定することをさらに含み、特定することは、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定することと、測定された量に基づいて、試料中の１つまたは複数の生体分子の複数のサブセットを選択することと、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のサブセットのそれぞれの同一性を決定することを含む。
いくつかの実施形態では、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のサブセットは、参照試料と比較した試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子の差分測定量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、試験試料は、罹患した対象からの試料であり、参照試料は、健康な対象または対照対象からの試料である。いくつかの実施形態において、試験試料は、疾患に関連する前提条件を有する対象からの試料であり、参照試料は、健康な対象または対照対象からの試料である。いくつかの実施形態では、試験試料は、活性状態にある疾患を有する対象からの試料であり、参照試料は、不活性状態にある疾患を有する対象からの試料であり、任意で、不活性状態は寛解である。いくつかの実施形態では、試験試料は、進行期の疾患を有する対象からの試料であり、参照試料は、初期の疾患を有する対象からの試料である。
いくつかの実施形態では、複数の特定された生体分子またはそのサブセットを含むシグネチャーは、本明細書に記載の方法によって特定される。いくつかの実施形態では、特定された生体分子のサブセットを含むシグネチャーは、本明細書に記載の方法によって特定される。
いくつかの実施形態では、本方法は、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力として、シグネチャーの特定された生体分子の全てまたはサブセットを提供することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、試料の生体分子を分析する方法は、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力としてシグネチャーの特定された生体分子を提供することを含む。いくつかの実施形態では、シグネチャーの１つまたは複数の分子型の特定された生体分子が入力として提供される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型はタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型は、タンパク質のみからなる。
いくつかの態様では、遺伝子濃縮分析、経路分析、及びネットワーク分析を任意の順序で行うことを含む、特定された成分のシグネチャーを分析する方法が本明細書で提供され、ここで、特定された成分のシグネチャーは、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含み、実施することは、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、経路分析を行うプロセスと、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、薬物標的を特定するためにネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、を含む。
いくつかの実施形態において、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子の少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の細胞成分遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス、または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子の少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子の少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の生物学的プロセス遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態において、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの、１つもしくは複数の調節因子を特定するように構成されたプロセスを含む。
いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するように構成されたプロセス、を含む。
いくつかの実施形態では、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の経路を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の代謝経路を特定するように構成されたプロセスを含む。
いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセスを含む。
いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークの１つまたは複数のハブを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成されたプロセスを含む。ここで、プロセスは、入力として提供されたシグネチャーの複数の特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成されている。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成された２つのプロセスを含み、任意で、２つのプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの複数の特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成される。
いくつかの態様では、遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するようにそれぞれ構成された複数のプロセスのそれぞれに、複数の特定された生体分子を提供することを含む、特定された生体分子のシグネチャーを分析する方法が本明細書に提供され、任意の順序で実施される。複数の特定された生体分子は、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含み、複数のプロセスは、入力として提供された複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、入力として提供された複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つの遺伝子産物またはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、ネットワーク分析を実施して、入力として提供された複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成された２つのプロセスのそれぞれを含む。
いくつかの態様では、タンパク質シグネチャーを分析する方法が本明細書に提供され、方法は、それぞれが遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するように構成された複数のプロセスのそれぞれに複数のタンパク質を提供することを含み、提供することは任意の順序で実施され、複数のプロセスは、入力として提供された複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、または入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供される前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供される前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれと、を含む。
いくつかの態様では、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスが本明細書に提供され、デバイスは、入力ポート、接続チャネルの上流ネットワーク、及び複数の相互接続されたチャネルを含み、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルは開放管状フォーマットであり、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルはＳＥＣ媒体を含む内面を含み、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルは、接続チャネルの上流ネットワークを介して入力ポートと流体連通している。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスのＳＥＣ媒体を含む内面は、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスのＳＥＣ媒体は、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する材料である。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８～１００個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８個以上の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４個の相互接続されたチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの接続チャネルの上流ネットワークは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの接続チャネルの下流ネットワークは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスのピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスのピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスのピラーアレイは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
いくつかの態様では、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスであって、入力ポート、接続チャネルの上流ネットワーク、及び複数の相互接続されたチャネルであって、前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが開放管状フォーマットであり、前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルがＲＰＬＣ媒体を含む内面を含み、前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、接続チャネルの前記上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、複数の相互接続されたチャネルを含むデバイスを本明細書で提供する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ媒体は、約２～約２０個の炭素を有するアルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ媒体は、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ媒体は、次のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ部分混合物は、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうち３つ以上を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ部分混合物は、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ部分混合物のアルキル部分は、等モル量で存在する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのＲＰＬＣ媒体は、シリカ（ＳｉＯ２）を介して複数の相互接続されたチャネルの各チャネルの内面に結合される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８～１００個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８個以上の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４個の相互接続されたチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの接続チャネルの上流ネットワークは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの接続チャネルの下流ネットワークは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスのピラーアレイは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
他の態様では、遺伝子濃縮分析、経路分析、及びネットワーク分析を任意の順序で実施することを含む、特定された成分のシグネチャーを分析する方法が本明細書で提供され、ここで、特定された成分のシグネチャーは、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含むみ、前記実施することは、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、経路分析を行うプロセス、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、及び薬物標的を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスを含む。
他の態様では、個体を冠動脈疾患（ＣＡＤ）診断の決定に供する方法が本明細書に提供され、この方法は、（ａ）個体から得た試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得すること、（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む分析すること、及び（ｃ）個体がＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有しているかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態では、個体がＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有する場合、個体はＣＡＤを有すると診断される。
他の態様では、個体が冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有すると診断する方法であって、（ａ）個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得することと、（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析することであって、前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、分析すること、及び（ｃ）前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に基づいて、前記個体がＣＡＤを有すると診断することと、を含む方法が本明細書で提供される。
他の態様では、冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有する個体を治療する方法が本明細書に提供され、本方法は、（ａ）個体から得られた試料またはその派生物中のＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に従って、個体がＣＡＤを有すると診断することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、診断すること、及び（ｂ）個体にＣＡＤ治療を施すことと、を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在は、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することによって決定される。
いくつかの実施形態では、方法は、個体から得られた試料またはその派生物からＭＳデータを取得することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤ治療はライフスタイルの調整を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤ治療は薬学的介入を含む。いくつかの実施形態では、薬学的介入は、カルシウムチャネル遮断薬、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤（ＨＤＡＣ６など）、Ｃａ２＋／カルモジュリン（ＣａＭ）依存性プロテインキナーゼＩＩ（ＣａＭＫＩＩ）阻害剤、グアニリルシクラーゼ（ｓＧＣ）活性化剤、ＭＭＰ阻害剤、スタチン、及び降圧剤からなる群から選択される薬物の投与を含む。いくつかの実施形態では、薬学的介入は、アムロジピン、ツバスタチン－ａ、フォルスコリン、トリコスタチンＡ、ＫＮ－９３、ＣＦＭ－１５７１、イロマスタット、ＣＡＹ－１０６０３、及びロスバスタチン、またはその薬学的塩からなる群から選択される薬物を含む。いくつかの実施形態では、薬物は、ＢＲＤ－Ｋ５２３０６７２６、ＢＲＤ－Ｋ７１３６１１５４、アセタゾラミド、ロリプラム、ルキソリチニブ、ＢＲＤ－Ａ５９８０８１２９－００１－０１－７、ＢＲＤ－Ｋ７６８７６０３７、ＺＭ３３６３７２、トレハロース、ＳＣＨＥＭＢＬ３０９２６５２、ＢＭＳ－３８７０３２、ＢＲＤ－Ｋ０１４２５４３１、４－ヒドロキシレチノイン酸、ＣＨＥＭＢＬ５８５９５１、ＣＨＥＭＢＬ１６７３０３９、ＨＹ－１１００７、プリミドン、ＢＲＤ－Ｋ８１４１７９１９、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿０００８２６、タモキシフェン、ＢＲＤ－Ｋ００５４４９９６、ＣＩＤ６７０６６８８９、ＣＸ－５４６１、ＢＲＤ－Ｋ６３９４４５６３、ＳＣＨＥＭＢＬ６８５１８０９、ＢＲＤ－Ａ８６１４６７０６、ＦＲ－１８０２０４、ＣＨＥＭＢＬ５５２４２５、ヘキサクロロフェン、Ａｇｇｃ、ＳＵＧＡ１＿００８４２４、ＢＲＤ－Ｋ９６６４０８１１、アナストロゾール、ワートマニン、バンデタニブ、ＡＣ１ＮＷＡＬＦ、ＯＴＳＳＰ１６７、ＷＺ３１０５、ジヒドロエルゴタミン、ＢＲＤ－Ｋ９９８３９７９３、ＳＲ３３８０５オキサレート、ＡＴ－７５１９、スルファドキシン、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿００１３１９、ＭＬＳ００３３２９２１９、トリコスタチンＡ、及びロテノン、またはその薬学的塩からなる群から選択される。
他の態様では、個体の冠動脈疾患（ＣＡＤ）プロテオミクスシグネチャーを検出するための方法が提供される。（ａ）個体から得られた試料及びその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得すること、及び（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを検出するために、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む分析すること。いくつかの実施形態では、個人はＣＡＤを有する疑いがある。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１による１つまたは複数のバイオマーカーの、参照と比較して増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１による１つまたは複数のバイオマーカーの、参照と比較して減少した発現を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、カルシウムシグナル伝達経路、ヒストン調節、ＨＩＦ－１シグナル伝達経路、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、βアドレナリンシグナル伝達経路、ＰＩ３Ｋ－Ａｋｔシグナル伝達経路、補体及び／または凝固カスケード、スフィンゴ脂質シグナル伝達経路、ナチュラルキラー細胞媒介性細胞毒性、アディポサイトカインシグナル伝達経路、ＤＮＡ損傷、カルシウムエネルギー、代謝、細胞接着、炎症、低酸素症、及びヒストンメチル化と関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、転写因子に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、キナーゼに関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、表１の少なくとも１０個のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、表１の少なくとも２５個のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、少なくとも５０個のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、表１の全てのバイオマーカーを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、個体から試料を取得することをさらに含む。いくつかの実施形態では、試料またはその派生物は、血液試料またはその派生物である。いくつかの実施形態において、試料またはその派生物は、血漿試料である。いくつかの実施形態では、試料またはその派生物は、液体固定剤を含む。
いくつかの実施形態では、試料またはその派生物からＭＳデータを取得することは、質量分析計を使用して、試料またはその派生物の質量分析を実施することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析は、質量分析を実施するために本明細書で提供される方法のいずれかに従って実施される。いくつかの実施形態では、質量分析は、実施形態１４０～１４３の方法に従って実施される。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することは、ＭＳデータを実施形態１６１～１７７のいずれか１つの方法に供することを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することは、ＭＳデータにおけるＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーのそれぞれの有無またはレベルを評価することを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、個体の以下の要因評価のうちの１つまたは複数を実施することをさらに含む。性別、年齢、体格指数（ＢＭＩ）、収縮期血圧、拡張期血圧、総コレステロール、ＨＤＬ、ＬＤＬ、トリグリセリド、高脂血症、高血圧、真性糖尿病、インスリン抵抗性、腎臓病、喫煙状況、身体活動のレベル、睡眠のレベル、または栄養の質。
いくつかの実施形態では、この方法は、ＣＡＤの存在を評価するために個体に医療処置を施すことをさらに含む。
試料を取得し、質量分析を使用してその中の成分を分析するための例示的なワークフロー１００を示す。図１に示すように、例示的なワークフロー１００は、試料取得１０５、予備試料処理１１０、液体クロマトグラフィー及び場合によりタンパク質分解１１５、質量分析のためのイオン化１２０、質量分析データ取得１２５、及び質量分析データ分析１３０を含む。 試料を取得し、質量分析を使用してその中の成分を分析するための例示的なワークフロー２００を示す図２に示すように、例示的なワークフロー２００は、血液試料取得２０５、血漿生成２１０、サイズ排除クロマトグラフィー２１５、酵素消化を使用するタンパク質分解２２０、質量分析のためのオンラインイオン化と組み合わせた逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）２２５、質量分析データ取得２３０、及び質量分析データ分析２３５を含む。 試料の成分の分離のために構成された例示的なマイクロ流体デバイス３００の概略図を示す。 枯渇処理していないヒト血漿の代表的なサイズ排除トラックを示す。画分サイズは、破線を使用して例示されている。 例示的なサイズ排除クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスの概略図を示す。 ＴｏｐｐＧｅｎｅソフトウェアを使用した２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーの例示的な細胞成分分析を示す。 ＴｏｐｐＧｅｎｅソフトウェアを使用した２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーの例示的な分子経路分析を示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーの例示的な転写因子濃縮分析（ＴＦＥＡ）アルゴリズムを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーの例示的なキナーゼ濃縮分析（ＫＥＡ）を示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的な２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャー相互作用ネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤ補体経路タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤヒストン調節タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤ ＤＮＡ損傷タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤカルシウムエネルギータンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤメタボロミクスタンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤ細胞接着タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤ炎症タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤ低酸素タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーからＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズムを使用して生成された例示的なＣＡＤヒストンメチル化タンパク質相互作用サブネットワークを示す。 ２９２－タンパク質ＣＡＤシグネチャー（Ａ）で表されるタンパク質ネットワークのハブ（Ｂ）を標的とするＦＤＡ承認薬を特定する例示的なＬ１０００ＦＷＤアルゴリズム分析を示す。 ２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーで表されるタンパク質ネットワークのハブを標的とする新規薬物を特定する例示的なＩＬＩＮＣ化学摂動型アルゴリズム分析を示す。
詳細な説明
いくつかの態様では、質量分析のために試験試料を処理する方法が本明細書で提供される。他の態様では、成分の分離に有用なマイクロ流体デバイス、例えばサイズ排除クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスまたは逆相液体クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスが本明細書で提供される。他の態様では、本明細書に記載の方法及び／またはデバイスを使用して得られた組成物の集合体が本明細書に提供される。他の態様では、本明細書では、質量分析技術を使用して組成物の集合体を分析する方法が提供される。他の局面において、本明細書において提供されるのは、１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定する方法である。他の態様では、本明細書に開示される方法及び／またはデバイスを使用して識別されるシグネチャーが本明細書に提供される。他の態様では、本明細書で提供されるのは、機能、活動、及び／または属性についてシグネチャーの構成要素を分析する方法である。
提供される実施形態は、分泌された内因性切断生成物、可溶性タンパク質、及びエキソソームまたは脂質マイクロベシクル濃縮タンパク質などの多様なタンパク質セット、ならびに試料の他の非タンパク質成分の捕捉を含む、高いプロテオミクス被覆率を達成するための質量分析を使用する非事前の不可知論的方法に関する。これらの生体分子は、大きな線形ダイナミックレンジ（例えば、通常は１２桁以上）に及ぶ可能性がある。提供された方法及び／またはデバイスによって達成されるような分析戦略は、多様な物理化学的及び生物学的特性を有する広範囲のタンパク質ならびに試料の他の非タンパク質成分の偏りのない捕捉及び分析を可能にする。提供される方法はまた、低存在量レベルで天然に存在するタンパク質を含むプロテオミクスなどの試料の観察可能な成分の大部分を再現可能に分析するために、事前分析変数を最小限に抑える。
いくつかの実施形態では、提供される方法及び／またはデバイスは、単なる刺症試験で調達された血液検体を含む小さな生物学的試料からの、タンパク質生体信号（例えば、疾患特異的タンパク質生体信号）を含む特定の分子シグネチャーの不偏の発見及び追跡標的分析に使用することができる。単一の血液滴からの血漿抽出は、市販の材料による毛管作用濾過によって達成され、カオトロピック液体固定剤と直接混合され得る。いくつかの実施形態では、液体固定剤は、一次及び二次代謝産物、天然ペプチド、及びマイクロＲＮＡを含む、血液試料からのタンパク質及び他の生物学的分析物を可溶化し、保存する。その強いカオトロピック活性のために、この液体固定剤はプロテアーゼ活性を排除し、代謝産物の化学的完全性の最大保存を達成し、タンパク質間結合を排除し、それらの効率的なサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）分離のための最大流体力学半径及び液体粘度を与える。さらに、標本調達及び保存デバイスは、最小限の化学的または毒物学的危険で、全てのヒト病原体（例えば、ウイルス、バクテリア、菌類など）を完全に中和する。この構成は、血漿または血清、ならびにそのタンパク質、天然ペプチド、代謝物内容物、及び核酸、例えばＲＮＡ内容物の調達及び化学固定のためのポイントオブケアデバイスに適している。
いくつかの実施形態では、方法及び／またはデバイスは、効率的な流動力学（最小乱流）、低い操作背圧、最適な表面対体積比を達成し、タンパク質、内因性ペプチド、代謝産物、及び核酸、例えばＲＮＡを含む全非枯渇処理血漿／血清などの試料に見られる生体分子種の多様なセットで観察される広範囲の流体力学的半径または分子量の優れたサンプリングを提供するマイクロ流体サイズ排除クロマトグラフィーを提供する。重要なことに、そのようなマイクロ流体に基づく分配は、高度に統合された直交するパイプラインを作成するために、試料調達からの液体固定剤を利用する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるバイオマーカー発見方法は、化学量論的に正規化された等圧安定同位体タグ付けによる、分画された試料の相対定量分析をさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は無標識アプローチにも修正可能である。プロテアーゼによる標準的なタンパク質消化とは対照的に、タンパク質分解に供される試料またはその画分に存在する液体固定特性のために、還元ステップ及び／またはアルキル化ステップは必要とされない。元の試料から生成された画分は、本明細書で提供される開放管状構成を有する改変逆相液体クロマトグラフィーデバイスを使用してさらに分離することができる。本明細書に記載のデバイスは、例えば、タンパク質由来のタンパク質分解性ペプチド、天然ペプチド（例えば、ＭＨＣクラスＩ及びＩＩ、インスリン、グルカゴン、トロポニンなど）、ならびに一次（例えば、酵素補因子、糖、アミノ酸、核酸、脂質など）または二次代謝産物（例えば、薬物または他の生体異物などから誘導される）及び核酸、例えばＲＮＡ種の分離に有用であり得る。天然ペプチド、代謝産物及びＲＮＡ種を、例えばエキソソームまたは血漿もしくは血清などの生物学的流体中に天然に存在する他の脂質微小胞に存在するように共分析する能力は、酵素またはキナーゼ補因子を構成し、したがってそれらの機能状態を解読及び検証するのを助け、それらの代用マーカーとして機能し得る。いくつかの実施形態では、開放管状逆相液体クロマトグラフィーが構成されてもよく、ラボチップデバイス上で実施される。
本開示に記載されるように、いくつかの実施形態では、開放管状逆相液体クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスは、長い結合カラム長を含み、石英材料、ならびにＣ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８アルキル基のいずれか１つまたは複数を有する化学的に修飾された表面から構築することができる。本明細書に記載の開放管状逆相液体クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスは、理論段数の増加、したがってより高い結合容量での分離効率、ならびに広範囲の疎水性、両親媒性及び疎水性ペプチドについて分離する能力を提供し、したがってそれらの下流分析（例えば、エレクトロスプレーイオン化及び質量分析）が容易になる。
いくつかの実施形態では、疾患、病期または重症度、特定の薬物に対する応答性などの特定の生物学的現象に関連するバイオマーカーのロバストかつ包括的な発見のための方法が本明細書に提供され、生物学的現象の評価、監視または予測を可能にするために重要である。特に、バイオマーカーは、診断マーカー、予後マーカーまたは層別化マーカーとして役立ち得る。例えば、バイオマーカーは、疾患のリスク及び進行の評価、ならびに治療に対する患者の反応の監視または予測にとって重要である。天然ペプチド、代謝産物及びＲＮＡ種を、例えばエキソソームまたは血漿もしくは血清などの生物学的流体中に天然に存在する他の脂質微小胞に存在するように共分析する能力は、酵素またはキナーゼ補因子を構成し、したがってそれらの機能状態を解読及び検証するのを助け、それらの代用マーカーとして機能し得る。タンパク質は、人体内の生化学反応を調節し、遺伝子の効果を環境、年齢、併存症、行動、及び薬物に関連するエピジェネティック因子と統合することができる。したがって、タンパク質は、大きなエンドフェノタイプバイオマーカーの可能性を示す。
それにもかかわらず、バイオマーカーとして診療所で使用されるタンパク質は、循環プロテオミクスのごく一部に過ぎない。さらに、血液などの流体試料中の特定の代謝産物などの他の生体分子もまた、疾患などの生物学的現象の関連バイオマーカーであり得る。したがって、既存の方法は、一般に、関連バイオマーカーの範囲の程度を捕捉することができない。さらに、多次元データ統合アルゴリズム及び他のコンピュータに基づく機械学習ツールの開発の進歩にもかかわらず、バイオマーカーへの機構的洞察を抽出するためのデータ統合の柔軟性、有効性及びロバスト性は制限されたままである。したがって、多くの既存の方法は、特定の疾患などの特定の生物学的現象に病態生理学的に関連する生物学的試料中に存在するタンパク質を捕捉することができない。したがって、バイオマーカー発見及び機構的分析のために利用可能なアプローチは、完全に満足のいくものではない。
さらに、既存の質量分析方法の有用性は、成分種が質量分析計の検出器に到達して分析されるような濃縮形態で試料の成分種（試料からの単一種類のペプチドの低豊富な集団など）を質量分析計に導入する能力を含む多くの態様によって制限される。この課題は、非常に豊富な成分種、例えばヒト血液試料及び比較的高濃度の、例えばアルブミン、ＩｇＧ、抗トリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン及びフィブリノーゲンの存在下で交絡する。試料の成分を効率的に分離及び濃縮するという課題に加えて、質量分析前の試料調製中に多くの成分が失われる可能性がある。
提供される実施形態は、これらの問題の１つまたは複数に対処する。例えば、いくつかの態様では、本明細書に記載されるのは、親和性枯渇処理及び親和性濃縮ステップとは完全に無関係であり、枯渇処理していない血清及び／または血漿における多様な生物医学的用途への定量的適用を表す包括的な血漿発見及び検証パイプラインである。さらに、特定された成分は、本明細書に記載の方法に従って分析され、例えば診断及び／または予後価値を有する新規かつ高度に正確なツールとして疾患特異的バイオシグネチャーを特定及び／または使用することができる。
さらに、本明細書で提供される方法及びデバイスは、自動化及びスケールアップに適した技術プラットフォームを含む。そのような前提は、数百または数千の試料の包括的な分析によって統計的パワーを達成するために不可欠となる。提供される実施形態によって達成される血漿プロテオミクスなどの試料の大量かつ再現性のある分析は、初期、開始段階及びその後の安全かつ効果的な治療において高リスク患者の臨床症状の大きな不均一性にもかかわらず、タンパク質及び誘導体代謝産物レベル（例えば、本明細書中に記載される組み込まれたプロテオメタボロミクスプロファイル）で例えば機能的及び臨床的に関連するエンドフェノタイプの証拠を解読することができる人工知能、機械学習アルゴリズムの多様性の最大限の活用を可能にする。
いくつかの態様では、提供される方法によって具現化されるプラットフォームの追加の利点は、その技術コンポーネントが、高度に補完的な動作原理を考慮して、単一の垂直統合されたパイプラインを構成することである。さらに、パイプラインは自動化に非常に適しているため、最小限の人間の介入で分析能力を高めるためにスケールアップすることができる。そのような特徴は、任意の疾患に由来する血漿中のタンパク質生体信号の効果的かつ包括的な分析を集合的に促進する。重要なことに、プラットフォームは、タンパク質などの広範囲の成分が疾患特異的に差次的に発現される／存在するので、タンパク質などの広範囲の成分の不偏または不可知論的定量化のための発見モード、あるいは発見分析から特定された成分のハイスループット並行質問のための標的化絶対定量分析モードの両方で動作することができる。プラットフォームの発見及び派生的標的分析モードの両方は、測定前の高価で信頼性が低い抗体及び／またはアプタマーに基づくタンパク質の枯渇処理または濃縮を利用しない。
開示された方法及び／またはデバイスの結果は、エキソソームなどからの困難なものを含むタンパク質などの試料からの成分を識別及び／または定量化することができる、高感度で、ロバストで、再現可能な結果を提供するプラットフォームである。さらに、方法及び／またはデバイスは、必要に応じて一体型ラボチップデバイスを含む、小型化及び統合に適している。
したがって、いくつかの態様では、質量分析のために試験試料を処理する方法であって、（ａ）試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供することであって、試験試料が１つまたは複数の生体分子及びカオトロピック剤を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含む、供すること、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集すること、（ｃ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分のうちの１つまたは複数をタンパク質分解技術に供すること、及び（ｄ）ステップ（ｂ）及び（ｃ）の一方または両方からの１つまたは複数の画分を、質量分析計への導入のために１つまたは複数の画分のそれぞれの成分を調製する条件下で、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術に個別に供することであって、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、逆相媒体を含む複数の相互接続されたチャネルを含み、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、エレクトロスプレーイオン化源に結合されている、供することと、を含む方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様において、本明細書において提供されるのは、質量分析のために生物学的試料などの試料の成分またはその生成物を処理するための方法である。いくつかの実施形態では、本方法は、（ａ）試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供することと、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集することと、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分の１つまたは複数をタンパク質分解技術に供すること、及び（ｄ）質量分析計に導入する試料の成分またはその生成物を調製するために、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用する逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術に、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）を適用できる一連の画分を供することと、を含む。
他の態様では、本明細書では、質量分析のために生物学的試料の成分またはその生成物を処理する方法が提供され、この方法は、（ａ）試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣに供することであって、試験試料は、液体固定剤と混合された試料を含み、試験試料は、液体固定剤に由来する所定の濃度のカオトロピック剤を有し、ＳＥＣ技術は、試験試料中のカオトロピック剤の所定の濃度の範囲内の移動相カオトロピック剤の濃度を有するＳＥＣ移動相の使用を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルは約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する内側表面材料を有する開放管状フォーマットで構成されている、供すること、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集すること、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分の１つまたは複数をタンパク質分解技術に供することと、及び（ｄ）質量分析計に導入する試料の成分またはその生成物を調製するために、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術にＲＰＬＣ適合画分のセットのそれぞれを供することであって、ＲＰＬＣ適合画分のセットは、（ｉ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分の０または複数、及び（ｉｉ）タンパク質分解技術に供された複数の画分の１つまたは複数から得られる画分を含み、ここでＲＰＬＣ技術及びＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、オンライン脱塩用に構成され、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルは、逆相媒体を含む内面材料を有する開放管状フォーマットで構成され、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがエレクトロスプレーイオン化源に結合されている、供することを含む。
他の態様では、本明細書に記載の方法のいずれかから得られた組成物の集合体が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、組成物の集合体の各組成物は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイス溶出液である。
他の態様では、質量分析を使用して組成物の集合体を分析する方法であって、（ａ）組成物の集合体の各組成物を質量分析計に供することと、（ｂ）組成物の集合体の各組成物の質量分析を実施すること、を含み、前記組成物の集合体は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試験試料の分画を含む処理技術から得られ、続いて各画分またはその生成物を、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＲＰＬＣ技術に適用する、方法、が本明細書で提供される。
他の態様では、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスであって、入力ポートと、接続チャネルの上流ネットワークと、複数の相互接続されたチャンネルであって、複数の相互接続されたチャンネルの各チャンネルは、開放管状フォーマットであり、複数の相互接続されたチャンネルの各チャンネルは、ＳＥＣ媒体を含む内面を含み、複数の相互接続されたチャンネルの各チャンネルは、接続チャンネルの上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、複数の相互接続されたチャンネルと、を含む、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイス、が本明細書で提供される。
他の態様では、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスであって、入力ポートと、接続チャネルの上流ネットワークと、複数の相互接続されたチャネルであって、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが開放管状フォーマットであり、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルがＲＰＬＣ媒体を含む内面を含み、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、接続チャネルの前記上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、複数の相互接続されたチャネルと、を含む逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスが本明細書で提供される。
本明細書で言及される特許文献、科学論文及びデータベースを含めた全ての刊行物は、特許、特許出願、または科学論文を含めた各個別の刊行物が、具体的かつ個別に参照により組み込まれることが示されているのと同程度に、全ての目的のため、参照により全体として本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の定義が、参照により本明細書に組み込まれる特許、出願、公開出願及び他の刊行物に記載の定義に反するかまたは矛盾する場合、本明細書に記載の定義は、参照により本明細書に組み込まれる定義よりも優先する。
本明細書で使用される節の見出しは、構成目的のみのためであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。
Ｉ．定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記、ならびに他の技術的及び科学的用語または用語法は、特許請求の範囲の主題が関連する当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有することが意図される。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語は、明確に及び／またはすぐに参照するために本明細書で定義され、そのような定義を本明細書に含めることは、必ずしも、当該技術分野で一般に理解されているものに対する実質的な差異を表すと解釈されるべきではない。
「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書で使用される場合、アミノ酸残基を含むポリマーを指すために交換可能に使用することができ、最小の長さに限定されない。そのようなポリマーは、天然もしくは非天然のアミノ酸残基、またはそれらの組み合わせを含有してもよく、それらとして、アミノ酸残基のペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、二量体、三量体、及び多量体が挙げられるが、これらに限定されない。全長のポリペプチドまたはタンパク質、及びそれらの断片が、この定義に包含される。この用語には、それらの改変種、例えば、１つまたは複数の残基の翻訳後修飾、例えば、メチル化、リン酸化、グリコシル化、シアリル化、またはアセチル化も含まれる。
本開示を通じて、特許請求される主題の様々な態様が範囲形式で提示される。範囲形式での説明は、便宜上及び簡潔にするためだけのものであり、特許請求される主題の範囲に対する柔軟性のない制限として解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、全ての可能な部分範囲ならびにその範囲内の個々の数値を具体的に開示したと見なされるべきである。例えば、値の範囲が提供される場合、文脈上明確に指示されない限り、その範囲の上限と下限との間の下限の単位の１０分の１までの各介在値、及びその記載された範囲内の任意の他の記載された値または介在値は、記載された範囲内の任意の具体的に除外された制限を条件として、本開示内に包含されることが理解される。表示範囲が一方または両方の限界値を含む場合、それらの含まれる限定値の片方または両方を除外する範囲もまた、本開示に含まれる。いくつかの実施形態では、特徴に対して２つの反対のオープンエンド範囲が提供され、そのような説明では、これら２つの範囲の組み合わせが本明細書で提供されることが想定される。例えば、いくつかの実施形態では、特徴が約１０単位より大きいと記載され、（別の文などで）特徴が約２０単位未満であると記載されているため、約１０単位～約２０単位の範囲が本明細書に記載されている。
本明細書で使用される「約」という用語は、この技術分野で容易に知られているそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体に対する変動を含む（かつ記載する）。例えば、「約Ｘ」について言及する記載は、「Ｘ」の記載を含む。
添付の特許請求の範囲を含めて、本明細書で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「または（ｏｒ）」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他に指示しない限り、複数の指示対象を含む。例えば、「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」は、「少なくとも１つ」または「１つまたは複数」を意味する。本明細書に記載の態様及び変形は、そのような態様及び変形「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」及び／または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」実施形態を含むことが理解される。
本明細書で使用する場合、「対象」または「個体」は交換可能に使用され、哺乳動物である。いくつかの実施形態では、「哺乳動物」はヒト、非ヒト霊長類、家畜及び動物園の動物、競技用動物またはイヌ、ウサギ、ウシ、ブタ、ハムスター、アレチネズミ、フェレット、ネズミ、ネコ、サルなどの愛玩動物を含む。いくつかの実施態様では、対象または個体はヒトである。
本明細書で使用される場合、「治療すること」及び「治療」という用語は、被験体が疾患の少なくとも１つの症状の減少または疾患の改善、例えば有益または所望の臨床結果を有するように、有効量の本明細書に記載の薬剤を被験体に投与すること、または喫煙の中止などの生活様式の調整を処方することを含む。この技術の目的のために、有益なまたは所望の臨床結果には、検出可能であろうと検出不能であろうと、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、疾患の安定化（すなわち、悪化しない）状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または緩和、及び寛解（部分的であろうと全体的であろうと）が含まれるが、これらに限定されない。治療することは、治療を受けない場合に予想される生存と比較して生存を延長することを指し得る。したがって、当業者は、治療が疾患状態を改善し得るが、疾患の完全な治癒ではない可能性があることを認識している。いくつかの実施形態では、疾患または障害の１つまたは複数の症状は、疾患の治療時に少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％緩和される。
当業者は、本開示の範囲及び精神の範囲内でいくつかの実施形態が可能であることを認識するであろう。以下の説明は、本開示を例示しており、当然のことながら、本明細書に記載の発明の範囲を限定するものとして決して解釈されるべきではない。
ＩＩ．試料の成分またはその生成物を処理する方法
いくつかの態様では、本明細書では、下流用途のために、試料の構成要素またはその生成物を少なくともある程度互いに分離するために、構成要素またはその生成物を処理する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の処理方法は、質量分析のために成分またはその生成物を効率的かつ効果的に分離及び濃縮するのに有用である。
いくつかの実施形態では、質量分析のために試料の成分またはその生成物を処理する方法は、試料取得から成分またはその生成物の質量分析計への導入までの全てのステップを包括的に含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、１つまたは複数の液体クロマトグラフィーステップ及び／または予備処理ステップなど、質量分析のための成分またはその生成物の全体的な処理に関与する特定の態様を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される処理のための方法は、質量分析を含む下流の適用の直前などにインターフェースするように構成される。本明細書で開示される方法の態様は、モジュール方式で以下により詳細に説明される。このような提示は、試料の成分またはその生成物を処理する方法を形成するために、本出願の開示によって包含される様々な態様の組み合わせの範囲を限定すると解釈されるべきではない。
Ａ．試料、そのコンポーネント、試料の取得、及び試料の予備処理
本明細書に開示される方法は、成分の多数の異なる組み合わせを含むソースの多様な配列からの様々な試料の成分またはその生成物を処理するのに有用である。
いくつかの実施形態では、試料は、生物またはその一部もしくは生成物を含む試料などの生物学的試料である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、ヒトなどの個体に由来する。いくつかの実施形態では、個体は、ヒト、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、げっ歯類、または霊長類などの哺乳動物である。いくつかの実施形態において、試料はヒト試料である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、真正細菌界、古細菌界、原生生物界、植物界、真菌界、または動物界に分類される生物由来の材料を含む。いくつかの実施形態において、試料は環境試料である。
いくつかの実施形態では、試料は、個体の流体及び／または固体（例えば、細胞）を含む。いくつかの実施形態では、試料は液体生検である。いくつかの実施形態では、試料は、体液、例えば血液試料を含む試料、血清試料、回復期血漿試料、中咽頭試料（中咽頭スワブから得られたものを含む）、鼻咽頭試料（鼻咽頭スワブから得られたものを含む）、口腔試料、気管支肺胞洗浄試料（気管内吸引器から得られたものを含む）、汗試料、痰試料、唾液試料、涙試料、身体排泄試料または脳脊髄液試料を含む。いくつかの実施形態では、試料は、固体、例えば糞便試料を含む試料を含む。いくつかの態様では、試料は、血液試料、脳脊髄液（ＣＳＦ）試料、腹水試料（臓器に隣接する近位液）、精漿試料、及び乳頭吸引液試料からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、試料は、複合生物学的試料などの複合試料である。いくつかの実施形態では、試料は、少なくとも約３桁、４桁、５桁、６桁、７桁、８桁、９桁、または１０桁のいずれかなど、少なくとも約２桁の大きさに及ぶ濃度を有する成分を含む。
いくつかの実施形態では、試料は、生体分子またはその派生物などの成分を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質、ペプチド、核酸、代謝産物、または派生物などの、本明細書に記載の試料及び／または任意の画分（本明細書に記載の方法ステップ及び／またはデバイスから得られる流体の一部など）の特徴それらの（その処理された及び／または標識された形態などの）構成要素として記述され得る。
いくつかの実施形態では、成分は、ポリペプチド（タンパク質、天然ペプチド、もしくは内因性タンパク質切断産物など）、ポリヌクレオチド（ＤＮＡもしくはＲＮＡなど）、または代謝産物である。いくつかの実施形態では、試料は、タンパク質、天然ペプチド、及び代謝物を含む。いくつかの実施形態において、構成要素は翻訳後修飾を含む。
いくつかの実施形態では、試料の成分の生成物は、試料取得時または取得後に生成された成分の任意の派生物である。例えば、いくつかの実施形態では、試料のタンパク質成分の生成物は、変化した物理的構造または組成（例えば、翻訳後修飾を有する）を有するタンパク質成分、タンパク質成分のタンパク質分解から生じるポリペプチドまたはペプチド、及び組成（例えば、翻訳後修飾及び／または定量的標識を有する）の変化した物理的構造を有するポリペプチドまたはペプチドを含む、試料処理中及び／または試料処理の結果として生じるタンパク質成分または得られる部分に対する任意の修飾を含む。
いくつかの実施形態において、試料は、枯渇処理していない試料、例えば、豊富なタンパク質などのその特定の成分を除去するために処理されていない試料である。
いくつかの実施形態では、試料は、血液試料またはそれに由来する試料、例えば血漿試料である。いくつかの実施形態において、試料は血液試料を含む。いくつかの実施形態において、血液試料は全血試料である。いくつかの実施形態では、血液試料は、非枯渇処理血液試料、例えば、高含量タンパク質などの特定の成分を除去するために処理されていない血液試料である。いくつかの実施形態において、試料は、血漿試料である。いくつかの実施形態では、血漿試料は、枯渇処理していない血漿試料、例えば、高含量タンパク質などの特定の成分を除去するために処理されていないが、全血試料から血漿試料を生成するときに一般的に除去される他の成分を除去するために処理された血漿試料である。いくつかの実施形態において、血液試料は血清試料を含む。いくつかの実施形態では、血清試料は、非枯渇処理血清試料、例えば高豊富なタンパク質などの特定の成分を除去するために処理されていない血清試料である。いくつかの実施形態では、血漿試料またはそれから得られた血清試料を含む血液試料は、７つの一般的な非常に豊富な血液タンパク質（アルブミン、ＩｇＧ、アンチトリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン、フィブリノーゲン）のいずれか１つまたは複数を除去するように処理されていない。いくつかの実施形態では、血漿試料またはそれから得られた血清試料を含む血液試料は、１４の一般的な非常に豊富な血液タンパク質（アルブミン、ＩｇＧ、抗トリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン、フィブリノーゲン、α２－マクログロブリン、α１－酸性糖タンパク質、ＩｇＭ、アポリポタンパク質ＡＩ、アポリポタンパク質ＡＩＩ、補体Ｃ３、トランスサイレチン）のいずれか１つまたは複数を除去するプロセスではなかった。
いくつかの実施形態では、試料は、約１０μＬ～約２００μＬ、例えば約１０μＬ～約１００μＬ、約１０μＬ～約７５μＬ、約２５μＬ～約７５μＬ、または約３０μＬ～約６０μＬのいずれかの体積（個体から得られた試料の体積など）を有する。いくつかの実施形態において、試料は、少なくとも約１０μＬ、例えば少なくとも約１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、５０μＬ、５５μＬ、６０μＬ、６５μＬ、７０μＬ、７５μＬ、８０μＬ、８５μＬ、９０μＬ、９５μＬ、１００μＬ、１０５μＬ、１１０μＬ、１１５μＬ、１２０μＬ、１２５μＬ、１３０μＬ、１３５μＬ、１４０μＬ、１４５μＬ、１５０μＬ、１５５μＬ、１６０μＬ、１６５μＬ、１７０μＬ、１７５μＬ、１８０μＬ、１８５μＬ、１９０μＬ、１９５μＬ、または２００μＬのいずれかの体積を有する。いくつかの実施形態では、試料は、約２００μＬ未満、例えば約１９５μＬ、１９０μＬ、１８５μＬ、１８０μＬ、１７５μＬ、１７０μＬ、１６５μＬ、１６０μＬ、１５５μＬ、１５０μＬ、１４５μＬ、１４０μＬ、１３５μＬ、１３０μＬ、１２５μＬ、１２０μＬ、１１５μＬ、１１０μＬ、１０５μＬ、１００μＬ、９５μＬ、９０μＬ、８５μＬ、８０μＬ、７５μＬ、７０μＬ、６５μＬ、６０μＬ、５５μＬ、５０μＬ、４５μＬ、４０μＬ、３５μＬ、３０μＬ、２５μＬ、２０μＬ、１５μＬ、または１０μＬのいずれか未満の体積を有する。いくつかの実施形態において、試料は、約１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、５０μＬ、５５μＬ、６０μＬ、６５μＬ、７０μＬ、７５μＬ、８０μＬ、８５μＬ、９０μＬ、９５μＬ、１００μＬ、１０５μＬ、１１０μＬ、１１５μＬ、１２０μＬ、１２５μＬ、１３０μＬ、１３５μＬ、１４０μＬ、１４５μＬ、１５０μＬ、１５５μＬ、１６０μＬ、１６５μＬ、１７０μＬ、１７５μＬ、１８０μＬ、１８５μＬ、１９０μＬ、１９５μＬ、または２００μＬのいずれかの体積を有する。
いくつかの実施形態では、本方法は、個体から試料を取得することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、１つまたは複数の予備試料処理ステップを含む。いくつかの実施形態では、予備試料処理ステップは、後の分析のための状態で試料を保存する薬剤と試料を混合することを含む。いくつかの実施形態では、予備試料処理ステップは、試料（血液試料など）を抗凝固剤と混合することを含む。いくつかの実施形態では、予備試料処理ステップは、試料（血液試料など）を酵素阻害剤、例えばプロテアーゼ阻害剤と混合することを含む。いくつかの実施形態では、予備試料処理ステップは、後の分析のための状態で試料を保存するための条件に試料を供することを含む。いくつかの実施形態では、予備試料処理ステップは、試料を約１０℃以下、４℃以下、０℃以下、－２０℃以下、または－８０℃以下のいずれかの温度などの低温に供することを含む。
いくつかの実施形態において、試料は、ポイントオブケアで得られる。
いくつかの実施形態では、予備試料処理ステップは、試料を液体固定剤と混合して試験試料を生成することを含む。いくつかの実施形態では、液体固定剤成分及び／またはその濃度及び／または液体固定剤体積に対する試料体積の比は、本明細書に記載の方法の必要性を満たすように、例えば試験試料中の液体固定剤の１つまたは複数の成分の所定の濃度を達成するように調整することができる。
いくつかの実施形態では、液体固定剤はカオトロピック剤を含む。いくつかの実施形態では、カオトロピック剤は、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、カリウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む。いくつかの実施形態では、カオトロピック剤は、塩酸グアニジン、塩化グアニジニウム、チオシアン酸グアニジニウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、酢酸カリウム及びヨウ化ナトリウムからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、カオトロピック剤はグアニジン塩である。いくつかの実施形態では、カオトロピック剤は塩酸グアニジンである。
いくつかの実施形態では、試験試料は、約５Ｍ～約８Ｍ、例えば約５．５Ｍ～約８Ｍ、約５．５Ｍ～約７Ｍ、または約５．５Ｍ～約６．５Ｍのいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、少なくとも約５．５Ｍ、例えば少なくとも約６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、約８Ｍ以下、例えば約７．５Ｍ以下、６．５Ｍ以下、または６Ｍ以下のいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、約５．５Ｍ、６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤の濃度を含む。
いくつかの実施形態では、液体固定剤は粘度調節剤を含む。一部の実施形態において、ポリオールは、グリセロール、プロピレングリコール、ソルビトール、及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、粘度調節剤はグリセロールである。
いくつかの実施形態において、試験試料は、約５％～約４０％、例えば、約５％～約２０％、約１０％～約３０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約４０％のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、少なくとも約５％、例えば少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、または４０％のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、約４０％以下、例えば約３５％以下、３０％以下、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、または５％以下のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤の濃度を含む。いくつかの実施形態において、試験試料中の粘度調整剤の量は、試験試料の所望の粘度（例えば、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを含む、本明細書に記載の方法の態様による処理のための）に基づく。
いくつかの実施形態では、試験試料は、約５Ｍ～約８Ｍ、例えば約５．５Ｍ～約７．５Ｍ、約５．５Ｍ～約７Ｍ、または約５．５Ｍ～約６．５Ｍのいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）の濃度、及び約５％～約４０％、例えば約５％～約２０％、約１０％～約３０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約４０％のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤（グリセロールなど）の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、少なくとも約５Ｍ、例えば少なくとも約５．５Ｍ、６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）の濃度、及び少なくとも約５％、例えば少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、または４０％のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤（グリセロールなど）の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、約８Ｍ以下、例えば約７．５Ｍ以下、６．５Ｍ以下、または６Ｍ以下のいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）の濃度、及び約４０％以下、例えば約３５％以下、３０％以下、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、または５％以下の液体固定剤に由来する粘度調整剤（グリセロールなど）の濃度を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、約５Ｍ、５．５Ｍ、６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかの液体固定剤に由来するカオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）の濃度、及び約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％のいずれかの液体固定剤に由来する粘度調整剤（グリセロールなど）の濃度を含む。
いくつかの実施形態では、試験試料は、液体固定剤に由来する約５．５Ｍ～約８Ｍ、例えば約６Ｍ以上の濃度のカオトロピック剤（例えば塩酸グアニジン）、及び約５％～約４０％、例えば約１０％～約３０％の液体固定剤に由来する粘度調整剤（例えば、グリセロール）の濃度を含む。
いくつかの実施形態では、試験試料は、非枯渇処理試料、例えば、高含量タンパク質などの特定の成分を除去するために処理されていない試験試料である。いくつかの実施形態では、血液試料、血漿試料、または血清試料から得られた試験試料を含む試験試料は、７つの一般的な非常に豊富な血液タンパク質（アルブミン、ＩｇＧ、アンチトリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン、フィブリノーゲン）のいずれか１つまたは複数を除去するプロセスではなかった。いくつかの実施形態では、血液試料、血漿試料、または血清試料から得られた試験試料を含む試験試料は、１４個の一般的な非常に豊富な血液タンパク質（アルブミン、ＩｇＧ、抗トリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン、フィブリノーゲン、α２－マクログロブリン、α１－酸性糖タンパク質、ＩｇＭ、アポリポタンパク質ＡＩ、アポリポタンパク質ＡＩＩ、補体Ｃ３、トランスサイレチン）のいずれか１つまたは複数を除去するプロセスではなかった。
いくつかの実施形態では、液体固定剤は、水などの溶液で希釈して、例えばストック製剤（湿式または乾燥式）から調製する場合などに、所望の濃度に達することができる。いくつかの実施形態において、液体固定剤の粘度調整剤は、所望の濃度の液体固定剤を達成するために水と混合される。例えば、いくつかの実施形態では、液体固定剤は、１０％粘度調整剤／９０％水溶液中で混合される７Ｍのカオトロピック剤を含む。
本明細書で論じるように、液体固定剤の１つまたは複数の成分の濃度は、試験試料中の液体固定剤からの所望の成分濃度及び／または液体固定剤体積に対する試料体積の比に基づいてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、液体固定剤は、試験試料を生成するために試料と混合されたときに、液体固定剤に由来するカオトロピック剤及び／または粘度調整剤が本明細書に記載の濃度であるような濃度のカオトロピック剤及び／または濃度の粘度調整剤を含む。
いくつかの態様では、個体の血液試料から血漿の試験試料を調製する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、血漿の試験試料を調製するための方法は、本明細書に記載の他の方法と統合される。いくつかの実施形態では、個体からの試料が血液試料である場合、方法は、血漿試料を調製することをさらに含む。いくつかの実施形態では、血漿試料を調製することは、血液試料を血漿生成技術に供することを含む。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、試料をポリスルホン媒体に供することを含む。いくつかの実施形態では、ポリスルホン媒体は、非対称ポリスルホン材料である。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は毛管作用濾過技術である。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、ポリスルホン（非対称ポリスルホンなど）毛管作用濾過技術である。
血漿試料を生成するための追加の技術が当技術分野で公知であり、そのような技術は、本明細書に記載の方法で使用され得る。例えば、いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、個体からの血液試料を遠心分離に供することを含み、血液試料の遠心分離は、抗凝固剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ヘパリン、及びクエン酸塩のいずれか１つまたは複数）の存在下で行われて、全血からの血漿の分離を可能にする。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、個体からの血液試料を凝集に供することを含む。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、個体からの血液試料を受動的または能動的なマイクロ流体に基づく分離に供することを含む。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、個体からの血液試料を、ポリスルホン、ポリエーテルスルホン、及び酢酸セルロースのいずれか１つまたは複数を含む媒体に供することを含む。
いくつかの実施形態では、血漿生成技術に供される血液試料の体積は、約１０μＬ～約２００μＬ、例えば１０μＬ～約１００μＬのいずれか、例えば約２５μＬ～約７５μＬである。いくつかの実施形態では、血漿生成技術に供される血液試料の量は、少なくとも約１０μＬ、例えば少なくとも約２０μＬ、３０μＬ、４０μＬ、５０μＬ、６０μＬ、７０μＬ、８０μＬ、９０μＬ、１００μＬ、１１０μＬ、１２０μＬ、１３０μＬ、１４０μＬ、１５０μＬ、１６０μＬ、１７０μＬ、１８０μＬ、１９０μＬ、または２００μＬのいずれかである。いくつかの実施形態では、血漿生成技術に供される血液試料の体積は、少なくとも約１０μＬ、例えば少なくとも約２０μＬ、３０μＬ、４０μＬ、５０μＬ、６０μＬ、７０μＬ、８０μＬ、９０μＬ、１００μＬ、１１０μＬ、１２０μＬ、１３０μＬ、１４０μＬ、１５０μＬ、１６０μＬ、１７０μＬ、１８０μＬ、１９０μＬ、または２００μＬのいずれか、及び約５００μＬ未満である。いくつかの実施形態では、血漿生成技術に供される血液試料の体積は、約２００μＬ未満、例えば１９０μＬ、１８０μＬ、１７０μＬ、１６０μＬ、１５０μＬ、１４０μＬ、１３０μＬ、１２０μＬ、１１０μＬ、１００μＬ、９０μＬ、８０μＬ、７０μＬ、６０μＬ、５０μＬ、４０μＬ、３０μＬ、２０μＬ、または１０μＬのいずれか未満である。いくつかの実施形態では、血漿生成技術に供される血液試料の体積は、約１０μＬ、２０μＬ、３０μＬ、４０μＬ、５０μＬ、６０μＬ、７０μＬ、８０μＬ、９０μＬ、１００μＬ、１１０μＬ、１２０μＬ、１３０μＬ、１４０μＬ、１５０μＬ、１６０μＬ、１７０μＬ、１８０μＬ、１９０μＬ、または２００μＬのいずれかである。
いくつかの実施形態では、生成された血漿の体積は、約１μＬ～約１００μＬである。いくつかの実施形態では、生成される血漿の体積は、少なくとも約１μＬ、例えば少なくとも約２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、５０μＬ、５５μＬ、６０μＬ、６５μＬ、７０μＬ、７５μＬ、８０μＬ、８５μＬ、９０μＬ、９５μＬ、または１００μＬのいずれかである。いくつかの実施形態では、生成される血漿の体積は、約１μＬ、２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、５０μＬ、５５μＬ、６０μＬ、６５μＬ、７０μＬ、７５μＬ、８０μＬ、８５μＬ、９０μＬ、９５μＬ、または１００μＬのいずれかである。
いくつかの実施形態では、生成された血漿試料などの血漿試料は、試験試料（試験血漿試料）を生成するために液体固定剤と混合される。いくつかの実施形態では、血漿試料は、血漿試料の調製直後に（例えば、直ちに）液体固定剤と混合される。いくつかの実施形態では、方法は、血漿試料（生成された血漿試料など）を液体固定剤と混合して試験試料（試験血漿試料）を生成することを含む。本明細書で論じるように、液体固定剤の成分の濃度は、液体固定剤に由来する試験試料中の成分（カオトロピック剤及び／または粘度調整剤など）の所望の濃度に少なくとも部分的に基づいて調整することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で混合された液体固定剤に対する試料（血漿試料など）の体積は、液体固定剤に由来する試験試料中の成分（カオトロピック剤及び／または粘度調整剤など）の所望の濃度、試験試料の所望の最終体積、及び／または液体固定剤中の特定の成分の濃度の制限に少なくとも部分的に基づいてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して生成された試験血漿試料などの試験試料は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの本明細書に記載の分離技術に試験試料を供する前にさらに枯渇処理しない。いくつかの実施形態では、そのような枯渇処理方法は、抗体、アプタマー、他の親和性試薬、及び分子膜限外濾過のうちの任意の１つまたは複数の使用を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して生成された試験血漿試料などの試験試料は、試験試料を、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの本明細書に記載の分離技術に供する前に、７つの一般的な非常に豊富な血液タンパク質（アルブミン、ＩｇＧ、アンチトリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン、フィブリノーゲン）のいずれか１つまたは複数を除去するためにさらに枯渇処理されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して生成された試験血漿試料などの試験試料は、試験試料を、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの本明細書に記載の分離技術に供する前に、１４の一般的な高含量血液タンパク質（アルブミン、ＩｇＧ、抗トリプシン、ＩｇＡ、トランスフェリン、ハプトグロビン、フィブリノーゲン、α２－マクログロブリン、α１－酸性糖タンパク質、ＩｇＭ、アポリポタンパク質ＡＩ、アポリポタンパク質ＡＩＩ、補体Ｃ３、トランスサイレチン）のいずれか１つまたは複数を除去するためにさらに枯渇処理されない。
いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、室温またはその付近などの周囲温度で実施される。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、約２０℃から約４０℃の温度で実施される。いくつかの実施形態では、血漿生成技術は、約２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、３８℃、３９℃、または４０℃のいずれかの温度で行われる。
Ｂ．液体クロマトグラフィー
特定の態様では、本明細書に記載の方法は、試料の成分またはその生成物を分離及び／または濃縮するように設計された液体クロマトグラフィー法（液体クロマトグラフィーステップなど）を含む。いくつかの実施形態では、質量分析のために個体由来の試料などの生物学的試料の成分またはその生成物を処理する方法は、クロマトグラフィーの二次元、三次元、及び四次元を含む、１つまたは複数の次元のクロマトグラフィーを含む。いくつかの実施形態では、クロマトグラフィーの２つ以上の次元を含む方法について、クロマトグラフィーの次元はオフラインで実施され、前、後、または間に１つまたは複数の処理ステップを任意で含んでもよい。いくつかの実施形態では、複数の次元のクロマトグラフィーを含む方法について、クロマトグラフィーの次元はオンラインで実施される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のクロマトグラフィーの次元は直交している。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の液体クロマトグラフィー法は、本明細書に記載の複数の相互接続されたチャネルを有するマイクロ流体デバイスを使用して完成する。
いくつかの実施形態では、２つ以上のクロマトグラフィーステップ（サイズ排除クロマトグラフィーステップ、引き続いて逆相クロマトグラフィーステップなど）は、中間的なタンパク質分解ステップを必要としない用途のために（例えば、タンパク質経路及びネットワークの代用マーカーとして機能することができる天然のペプチドまたは代謝産物の分析のために）、例えば同じチップ上で連続的に完了する。いくつかの実施形態では、そのような統合された二次元μＳＥＣ－ＲＰラボチップは、質量分析計の大気圧イオン化源に直接接続することができる。
ｉ．サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）
本明細書では、特定の態様において、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用して完成されるＳＥＣ技術などのサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）技術を含む方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、流体入力をＳＥＣマイクロ流体デバイスに導入することを含む。いくつかの実施形態では、流体入力は、何らかのさらなる処理ステップの生成物など、試験試料またはその派生物である。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供される試験試料などの流体入力は、約１μＬ～約２００μＬの体積を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供された試験試料などの流体入力は、少なくとも約１μＬ、例えば少なくとも約５μＬ、１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、５０μＬ、５５μＬ、６０μＬ、６５μＬ、７０μＬ、７５μＬ、８０μＬ、８５μＬ、９０μＬ、９５μＬ、１００μＬ、１１０μＬ、１２０μＬ、１３０μＬ、１４０μＬ、１５０μＬ、１６０μＬ、１７０μＬ、１８０μＬ、または１９０μＬのいずれかの体積を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供される試験試料などの流体入力は、約２００μＬ未満、例えば約１９０μＬ、１８０μＬ、１７０μＬ、１６０μＬ、１５０μＬ、１４０μＬ、１３０μＬ、１２０μＬ、１１０μＬ、１００μＬ、９５μＬ、９０μＬ、８５μＬ、８０μＬ、７５μＬ、７０μＬ、６５μＬ、６０μＬ、５５μＬ、５０μＬ、４５μＬ、４０μＬ、３５μＬ、３０μＬ、２０μＬ、１０μＬ、または５μＬのいずれか未満の体積を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供される試験試料などの流体入力は、約１μＬ、５μＬ、１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、５０μＬ、５５μＬ、６０μＬ、６５μＬ、７０μＬ、７５μＬ、８０μＬ、８５μＬ、９０μＬ、９５μＬ、１００μＬ、１１０μＬ、１２０μＬ、１３０μＬ、１４０μＬ、１５０μＬ、１６０μＬ、１７０μＬ、１８０μＬ、１９０μＬ、または２００μＬのいずれかの体積を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、試験試料中のカオトロピック剤の所定濃度の範囲内の移動相カオトロピック剤の濃度を有するＳＥＣ移動相の使用を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤の濃度の範囲は、試験試料のカオトロピック剤の所定の濃度の約±４０％以内、例えば約±３５％、±３０％、±２５％、±２０％、±１５％、±１０％、±８％、±６％、±５％、±４％、±３％、±２％、±１％のいずれかである。例えば、いくつかの実施形態では、６Ｍグアニジン塩酸塩を含む試験試料について、ＳＥＣ移動相は、６Ｍを含む６Ｍの±１０％でグアニジンを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤は、液体固定剤のカオトロピック剤と同じである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤は、液体固定剤のカオトロピック剤とは異なる。いくつかの実施形態では、移動相カオトロピック剤は、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、カリウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む。いくつかの実施形態では、移動相カオトロピック剤は、塩酸グアニジン、塩化グアニジニウム、チオシアン酸グアニジニウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、酢酸カリウム及びヨウ化ナトリウムからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、移動相カオトロピック剤はグアニジン塩である。いくつかの実施形態では、移動相カオトロピック剤は塩酸グアニジンである。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約５．５Ｍ～約８Ｍ、約５．５Ｍ～約７Ｍ、または約５．５Ｍ～約６．５Ｍのいずれかなど、約５Ｍ～約８Ｍの濃度の移動相カオトロピック剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、少なくとも約６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかなど、少なくとも約５．５Ｍの濃度の移動相カオトロピック剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約７．５Ｍ以下、６．５Ｍ以下、または６Ｍ以下のいずれかなど、約８Ｍ以下の濃度の移動相カオトロピック剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、５．５Ｍ、６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍの濃度の移動相カオトロピック剤を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、移動相粘度調整剤を含む。いくつかの実施形態では、移動相粘度調整剤は、グリセロール、プロピレングリコール、ソルビトール、及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、移動相粘度調整剤はグリセロールである。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約５％～約４０％、例えば約５％～約２０％、約１０％～約３０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約４０％のいずれかの濃度の移動相粘度調整剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、少なくとも約５％、例えば少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、または４０％のいずれかの移動相粘度調整剤の濃度を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約４０％以下、例えば約３５％以下、３０％以下、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、または５％以下のいずれかの濃度の移動相粘度調整剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％の濃度の移動相粘度調節剤を含む。いくつかの実施形態では、移動相中の粘度調整剤の量は、移動相の所望の粘度（例えば、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを含む、本明細書に記載の方法の態様による処理のための）に基づく。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約５Ｍ～約８Ｍ、例えば約５．５Ｍ～約７．５Ｍ、約５．５Ｍ～約７Ｍ、または約５．５Ｍ～約６．５Ｍのいずれかの濃度の移動相カオトロピック剤（例えばグアニジン塩酸塩）と、約５％～約４０％、例えば約５％～約２０％、約１０％～約３０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約４０％のいずれかの濃度の移動相粘度調整剤（例えばグリセロール）とを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、少なくとも約５Ｍ、例えば少なくとも約５．５Ｍ、６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかの濃度の移動相カオトロピック剤（例えばグアニジン塩酸塩）と、少なくとも約５％、例えば少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、または４０％のいずれかの濃度の移動相粘度調整剤（例えばグリセロール）とを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約８Ｍ以下、例えば約７．５Ｍ以下、６．５Ｍ以下、または６Ｍ以下のいずれかの濃度の移動相カオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）と、約４０％以下、例えば約３５％以下、３０％以下、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、または５％以下の移動相粘度調整剤（グリセロールなど）の濃度とを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約５Ｍ、５．５Ｍ、６Ｍ、６．５Ｍ、７Ｍ、７．５Ｍ、または８Ｍのいずれかの濃度の移動相カオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）と、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％のいずれかの濃度の移動相粘度調整剤（グリセロールなど）とを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ移動相は、約５．５Ｍ～約８Ｍ、例えば約６Ｍ以上の濃度の移動相カオトロピック剤（例えば、塩酸グアニジン）と、約５％～約４０％、例えば約１０％～約３０％の濃度の移動相粘度調整剤（例えば、グリセロール）とを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤は、液体固定剤の粘度調整剤と同じである。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤は、液体固定剤の粘度調整剤とは異なる。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術はアイソクラティックＳＥＣ技術である（すなわち、単一のＳＥＣ移動相が使用され、成分濃度の勾配は行われない）。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約１μＬ／分～約５μＬ／分、例えば約１μＬ／分、１．５μＬ／分、２μＬ／分、２．５μＬ／分、３μＬ／分、３．５μＬ／分、４μＬ／分、４．５μＬ／分、または５μＬ／分のいずれかの移動相流量の使用を含む。いくつかの実施形態では、移動相を導入し、シリンジポンプまたは超高速液体クロマトグラフィーポンプなどの当技術分野で知られているシステムによって流速を制御することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＥＣ技術は、室温またはその付近などの周囲温度（カラム温度に基づくなど）で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は上昇した温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約１５℃～約６０℃、例えば約１５℃～約４５℃、約２３℃～約４５℃、約３０℃～約５０℃、または約４５℃～約６０℃のいずれかの温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、少なくとも約１５℃、例えば少なくとも約２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、５５℃、または６０℃のいずれかの温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約６０℃未満、例えば約５５℃、５０℃、４５℃、４０℃、３５℃、３０℃、２５℃、２０℃、または１５℃のいずれか未満の温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約１５℃、２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、５５℃、または６０℃のいずれかで実施される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、実質的に一定の温度で実施される。例えば、いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、所望の温度範囲で実施される。いくつかの実施形態では、範囲は、所望の温度の約±８℃、±６℃、±５℃、±４℃、±３℃、±２℃、または±１℃のいずれかである。例えば、いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、２１℃±５℃の範囲で実施される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、所望の分離に基づいて選択されたＳＥＣ媒体の使用を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの構成要素及び／または細孔サイズとの適合性などのその特性に基づいてＳＥＣ媒体を選択することを含む。
ｉｉ．逆相高圧液体クロマトグラフィー
本明細書に記載の逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術、例えば、本明細書に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用して完成されるＲＰＬＣ技術を含む方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスに流体入力を導入することを含む。いくつかの実施形態では、流体入力は、ＲＰＬＣ適合性画分などのＲＰＬＣ適合性流体であり、本明細書に記載の方法、例えば本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用して完成されたＳＥＣ技術から得られ、場合によりタンパク質分解技術に供されるものを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は、その源から調節される。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は、ＳＥＣ画分の少なくとも一部を含み、ＳＥＣ画分は、ＲＰＬＣ技術に供される前にさらに処理される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は、タンパク質分解技術に供される画分の少なくとも一部を含み、タンパク質分解技術に供される画分は、ＲＰＬＣ技術に供される前にさらに処理される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は、定量的標識技術に供される画分の少なくとも一部を含み、定量的標識技術に供される画分は、ＲＰＬＣ技術に供される前にさらに処理される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は脱塩ステップを経ている。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術に供される画分は、ＲＰＬＣ適合性溶液による希釈などの希釈ステップを経ている。
いくつかの実施形態では、画分のセットまたはその一部のそれぞれは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用して完成されたＲＰＬＣクロマトグラフィー技術を含む、本明細書に記載のＲＰＬＣ技術に供される。いくつかの実施形態では、画分のセットは、ＳＥＣ技術に従ってＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られる画分、またはその処理された派生物を含む。いくつかの実施形態では、画分のセットは、タンパク質分解技術から得られた画分、またはその処理された派生物を含む。いくつかの実施形態では、画分のセットは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの画分の一部と、タンパク質分解技術に供されたＳＥＣマイクロ流体デバイスからの画分の別の部分とを含む。
いくつかの実施形態では、画分などのＲＰＬＣマイクロ流体デバイスへの流体入力は、約１μＬ～約２５μＬまたは約５μＬ～約２０μＬなど、約１μＬから約５０μＬの体積を有する。いくつかの実施形態では、画分などのμＲＰＬＣマイクロ流体デバイスへの流体入力は、少なくとも約２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、または５０μＬのいずれかなど、少なくとも約１μＬの体積を有する。いくつかの実施形態では、画分などのＲＰＬＣにマイクロ流体デバイスへの流体入力は、約４５μＬ、４０μＬ、３５μＬ、３０μＬ、２５μＬ、２０μＬ、１５μＬ、１０μＬ、９μＬ、８μＬ、７μＬ、６μＬ、５μＬ、４μＬ、３μＬ、２μＬ、１μＬのいずれか未満など、約５０μＬ未満の体積を有する。いくつかの実施形態では、画分などのＲＰＬＣマイクロ流体デバイスへの流体入力は、約１μＬ、２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μμＬ、９μＬ、１０μＬ、１５μＬ、２０μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ、または５０μＬ、のいずれかの体積を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、ＲＰＬＣ移動相の使用を含む。ＲＰＬＣ移動相は当技術分野で周知であり、本明細書に記載の方法及びデバイスに適合する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ移動相は、試料の成分またはその生成物の溶出を容易にするなど、ＲＰＬＣ技術の過程で調整される動的移動相である。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ移動相は、ある濃度の水溶液及びある濃度の有機溶液を含む。いくつかの実施形態では、水溶液は、超純水などの水を含む。いくつかの実施形態では、有機溶液はアセトニトリルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ移動相は、ＲＰＬＣ技術及び／または質量分析に有用な追加の成分を含む。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ移動相は、酸性ｐＨを有するように弱酸で調整される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ移動相は、ギ酸、トリフルオロ酢酸、または酢酸などの弱酸を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ移動相中の弱酸の濃度は、約０．４％、０．３％、０．２％、または０．１％など、約０．５％未満である。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は勾配ＲＰＬＣ技術である（すなわち、移動相の有機相の量を増加させるなどの移動相成分の勾配が溶出に使用される）。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、約０．０５μＬ／分～約２μＬ／分、例えば約０．１μＬ／分、０．２μＬ／分、０．３μＬ／分、０．４μＬ／分、０．５μＬ／分、０．６μＬ／分、０．７μＬ／分、０．８μＬ／分、０．９μＬ／分、１μＬ／分、１．１μＬ／分、１．２μＬ／分、１．３μＬ／分、１．４μＬ／分、１．５μＬ／分、１．６μＬ／分、１．７μＬ／分、１．８μＬ／分、１．９μＬ／分、または２μＬ／分のいずれかの移動相流量の使用を含む。いくつかの実施形態では、移動相を導入し、シリンジポンプまたは超高速液体クロマトグラフィーポンプなどの当技術分野で知られているシステムによって流速を制御することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＰＬＣ技術は、室温またはその付近などの周囲温度で実施される（例えば、カラム温度によって評価される）。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は上昇した温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約１５℃～約１００℃、例えば約１５℃～約４５℃、約２３℃～約４５℃、約３０℃～約５０℃、または約４５℃～約６０℃のいずれかの温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、少なくとも約１５℃、例えば少なくとも約２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、５５℃、６０℃、６５℃、７０℃、７５℃、８０℃、８５℃、９０℃、９５℃、または１００℃のいずれかの温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ技術は、約１００℃未満、例えば約９５℃、９０℃、８５℃、８０℃、７５℃、７０℃、６５℃、６０℃、５５℃、５０℃、４５℃、４０℃、３５℃、３０℃、２５℃、２０℃、または１５℃のいずれか未満の温度で実施される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、約１５℃、２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、５５℃、６０℃、６５℃、７０℃、７５℃、８０℃、８５℃、９０℃、９５℃、または１００℃のいずれかで実施される。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、実質的に一定の温度で実施される。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、所望の温度の範囲で実施される。いくつかの実施形態では、範囲は、所望の温度の約±８℃、±６℃、±５℃、±４℃、±３℃、±２℃、または±１℃のいずれかである。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ技術は、２１℃の±５℃の範囲で実施される。
Ｃ．画分収集
いくつかの態様では、本明細書に記載のクロマトグラフィー技術を使用してある程度分離した後、試料の分画（例えば、個々のセグメント）を捕捉するのに有用な画分収集技術及び画分収集デバイスが本明細書に提供される。
いくつかの実施形態では、画分特性（サイズまたは収集期間など）は、少なくとも部分的に、本明細書に記載の液体クロマトグラフィー技術によって実施される分離の所望の分割に基づく。いくつかの実施形態では、この方法は、溶出時間に基づいて画分を選択することを含む。例えば、いくつかの実施形態では、画分は、約３０秒～約５分、例えば約３０秒～約３分、約１分～約２分、約１分～約４分、または約２分～約５分のいずれかの期間、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から収集される。いくつかの実施形態では、画分は、少なくとも約３０秒間、例えば少なくとも約１分、１．５分、２分、２．５分、３分、３．５分、４分、４．５分、または５分のいずれかの期間、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から収集される。いくつかの実施形態では、画分は、約５分以下の期間、例えば約４．５分以下、４分以下、３．５分以下、３分、２．５分、２分、１．５分、１分、または３０秒のいずれか未満の期間、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から収集される。いくつかの実施形態では、画分は、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から、約３０秒、１分、１．５分、２分、２．５分、３分、３．５分、４分、４．５分、または５分のいずれかの期間にわたって収集される。いくつかの実施形態では、複数の画分のそれぞれは、約１分～約２分の期間にわたってＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される。
いくつかの実施形態では、複数の画分のそれぞれが、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から均一な時間収集される。いくつかの実施形態では、複数の画分のうちの１つの画分は、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から、複数の画分の別の画分とは異なる時間にわたって収集される。
いくつかの実施形態では、画分は、そこからの溶出液の体積に基づいて、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から収集される。いくつかの実施形態では、画分は、約１μＬ～約８μＬ、約５μＬ～約１５μＬ、または約１０μＬ～約２０μＬのいずれかなど、約１μＬ～約２０μＬの体積を有する。いくつかの実施形態では、画分は、少なくとも約１μＬ、例えば少なくとも約２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１１μＬ、１２μＬ、１３μＬ、１４μＬ、１５μＬ、１６μＬ、１７μＬ、１８μＬ、１９μＬ、または２０μＬのいずれかの体積を有する。いくつかの実施形態では、画分は、約２０μＬ以下、例えば約１９μＬ以下、１８μＬ以下、１７μＬ以下、１６μＬ以下、１５μＬ以下、１４μＬ以下、１３μＬ以下、１２μＬ以下、１１μＬ以下、１０μＬ以下、９μＬ以下、８μＬ以下、７μＬ以下、６μＬ以下、５μＬ以下、４μＬ以下、３μＬ以下、２μＬ以下、または１μＬ以下のいずれかの体積を有する。いくつかの実施形態では、画分は、約１μＬ、２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１１μＬ、１２μＬ、１３μＬ、１４μＬ、１５μＬ、１６μＬ、１７μＬ、１８μＬ、１９μＬ、または２０μＬのいずれかの体積を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から収集された複数の画分のそれぞれは、均一な体積を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から収集された複数の画分の１つの画分は、複数の画分の別の画分とは異なる体積を有する。
いくつかの実施形態では、この方法は、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術などの液体クロマトグラフィー技術から複数の画分を収集することを含む。いくつかの実施形態において、複数の画分は、約５個の画分～約５０個の画分、例えば約５個の画分～約３０個の画分、約１２個の画分～約２４個の画分、または約３０個の画分～約５０個の画分である。いくつかの実施形態では、複数の画分は、少なくとも約５個の画分、例えば少なくとも約１０個の画分、１１個の画分、１２個の画分、１３個の画分、１４個の画分、１５個の画分、１６個の画分、１７個の画分、１８個の画分、１９個の画分、２０個の画分、２１個の画分、２２個の画分、２３個の画分、２４個の画分、２５個の画分、３０個の画分、３５個の画分、４０個の画分、４５個の画分、または５０個の画分のいずれかである。いくつかの実施形態では、複数の画分は、約５０個以下の画分、例えば約４５個以下の画分、４０個以下の画分、３５個以下の画分、３０個以下の画分、２５個以下の画分、２４個以下の画分、２３個以下の画分、２２個以下の画分、２１個以下の画分、２０個以下の画分、１９個以下の画分、１８個以下の画分、１７個以下の画分、１６個以下の画分、１５個以下の画分、１４個以下の画分、１３個以下の画分、１２個以下の画分、１１個以下の画分、１０個以下の画分、または５個以下の画分のいずれかである。いくつかの実施形態では、複数の画分は、約５個の画分、１０個の画分、１１個の画分、１２個の画分、１３個の画分、１４個の画分、１５個の画分、１６個の画分、１７個の画分、１８個の画分、１９個の画分、２０個の画分、２１個の画分、２２個の画分、２３個の画分、２４個の画分、２５個の画分、３０個の画分、３５個の画分、４０個の画分、４５個の画分、または５０個の画分のいずれかである。いくつかの実施形態では、複数の画分は、約１２個の画分を含む約１２個の画分～約２４個の画分である。
いくつかの実施形態では、画分は、フラクションコレクターを使用して収集される。いくつかの実施形態では、フラクションコレクターは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスなどの本明細書に記載の液体クロマトグラフィーデバイスに接続される。いくつかの実施形態では、画分は、マイクロ流体デバイス（例えば、ラボオンチップデバイス）の区画などのマイクロ流体またはチップに基づく特徴を介して収集される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分は、チップに基づくフラクションコレクター（例えば、ラボチップデバイス）を使用して収集される。
Ｄ．溶解技術
いくつかの実施形態では、方法は、タンパク質分解技術などの溶解技術を含む。いくつかの実施形態では、溶解技術は、試料の成分またはその生成物の一部の分離をもたらす。例えば、いくつかの実施形態では、溶解技術は、ポリペプチドを２つ以上の生成物に分解するタンパク質分解技術である。いくつかの実施形態では、溶解技術は、代謝産物（翻訳後修飾など）をポリペプチドから分離する。いくつかの実施形態では、溶解技術は、代謝産物を２つ以上の産物に分離する。
ペプチドなどのポリペプチド、質量分析技術による分析のための試料の親ポリペプチドの生成物を生成するためのタンパク質分解技術は、当技術分野で知られている。いくつかの実施形態では、親ポリペプチドのペプチドなどのポリペプチド生成物は、ポリペプチド生成物を質量分析計に供する前に、タンパク質分解（例えば、試料消化）によって得られる。いくつかの実施形態では、ペプチドなどのポリペプチド、親ポリペプチドの生成物は、質量分析計内で得られる。いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、本明細書に記載の方法から得られた複数の画分の１つまたは複数、例えば全てに対して実施される。いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、本明細書に記載の方法から得られた試料または画分の一部に対して実施される。
いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、酵素に基づく消化技術を含む。いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、プロテアーゼなどのタンパク質分解酵素の使用を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質分解酵素は、トリプシン、キモトリプシン、サーモリシン、ペプシン、エラスターゼ、Ｌｙｓ－Ｃ、Ｌｙｓ－Ｎ、Ａｓｐ－Ｎ、Ｇｌｕ－Ｃ、Ａｒｇ－Ｃ、ＴＥＶ、ＩｄｅＳ、ＩｄｅＺ、ＰＮＧａｓｅ Ｆ、Ｆａｃｔｏｒ Ｘａ、またはそれらの組み合わせである。
いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、化学に基づくタンパク質分解技術である。いくつかの実施形態では、化学に基づくタンパク質分解技術は、強酸などの酸の使用を含む。
いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は溶液相タンパク質分解技術である。いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術は、固相または固体タンパク質分解技術である。いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術はゲル相タンパク質分解技術である。
本願の開示に含まれる溶解技術またはその一部を実施するための技術は、当技術分野で周知である。いくつかの実施形態では、そのような技術の考慮事項には、溶液及びその成分などの反応の環境、温度、持続時間、試料の成分に対するプロテアーゼなどの消化成分の比率が含まれる。例えば、いくつかの実施形態では、液相トリプシンタンパク質分解技術は、約１：３０の比でトリプシンを希釈画分と混合すること、及び約３７℃で約８時間インキュベートすることを含む。
いくつかの実施形態では、タンパク質分解技術などの溶解技術は、本明細書に記載の方法から得られる画分など、技術への入力を希釈するステップを含む。いくつかの実施形態では、希釈は、水、有機溶媒、弱緩衝液、適合緩衝液、またはそれらの組み合わせを使用して実施される。いくつかの実施形態では、希釈は、得られた希釈材料の溶解技術との適合性を確実にするために行われる。いくつかの実施形態では、希釈ステップは、約０．１～約２Ｍ、例えば約０．１Ｍ～約０．５Ｍ、約０．５Ｍ～約１．５Ｍ、または約１Ｍ～約２Ｍのいずれかのカオトロピック剤（塩酸グアニジンなど）の最終濃度を得ることに基づく。いくつかの実施形態では、希釈ステップは、約１Ｍ未満、例えば約０．９Ｍ、０．８Ｍ、０．７Ｍ、０．６Ｍ、０．５Ｍ、０．４Ｍ、０．３Ｍ、０．２Ｍ、０．１Ｍ、または０．０５Ｍのいずれか未満のカオトロピック剤の最終濃度を得ることに基づく。
いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、緩衝液交換ステップを含まない。いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、アルキル化ステップを含まない。いくつかの実施形態では、酵素に基づく消化技術は、還元ステップを含まない。
Ｅ．定量化技術
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は定量化技術を含む。いくつかの実施形態では、定量化方法は、試料中の成分またはその生成物の存在量の尺度を提供する。いくつかの実施形態では、定量法は相対定量法である。いくつかの実施形態において、定量化方法は半相対定量化方法である。いくつかの実施形態において、定量化方法は絶対定量化方法である。いくつかの実施形態において、定量化方法は標識を含まない定量化方法である。いくつかの実施形態では、定量化方法は、等圧タグ、例えばタンデム質量タグの使用を含むなど、標識に基づく定量化方法である。いくつかの実施形態では、定量化方法は、例えば同位体標識ペプチドなどの１つまたは複数の標準の使用を伴うようなスパイクイン方法である。いくつかの実施形態では、定量化方法は、定量化方法の任意の組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、定量化方法は、方法の下流ステップを開始する前に浄化ステップを含む。例えば、いくつかの実施形態では、定量化方法は、試料の成分またはその生成物に結合していない過剰な標識を除去するなどのための脱塩ステップを含む。
質量分析による定量化方法は、当技術分野で周知である。例えば、Ｂａｎｔｓｃｈｅｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌ Ｂｉｏａｎａｌ Ｃｈｅｍ，３８９，２００７に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
Ｆ．試料の成分またはその生成物の質量分析計への導入
本明細書では、試料の成分またはその生成物を質量分析に導入するための技術及びデバイス（エミッターなど）が提供される。導入技術及びそのデバイスは、当技術分野で周知であり、本明細書に記載の方法と互換性がある。いくつかの実施形態では、導入技術はイオン化技術を含む。いくつかの実施形態では、イオン化技術はエレクトロスプレーイオン化技術である。いくつかの実施形態では、エレクトロスプレーイオン化技術は、この技術で使用される流速に基づく。例えば、いくつかの実施形態では、イオン化技術はナノエレクトロスプレーイオン化技術である。いくつかの実施形態では、エレクトロスプレーイオン化技術は、ナノエレクトロスプレーイオン化源などのエレクトロスプレーイオン化源の使用を含む。いくつかの実施形態では、イオン化技術は大気圧化学イオン化技術である。いくつかの実施形態では、イオン化法は大気圧光イオン化技術である。いくつかの実施形態では、イオン化技術はオフライン脱離エレクトロスプレーイオン化（ＤＥＳＩ）技術である。いくつかの実施形態では、イオン化技術は、オフラインマトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）技術である。
いくつかの実施形態において、エレクトロスプレーイオン化源は加熱エレクトロスプレーイオン化源である。いくつかの実施形態では、エレクトロスプレーイオン化源は、窒素流またはカーテンなどのガス乾燥機構と結合される。
いくつかの実施形態では、オンラインイオン化技術などのイオン化技術は、質量分析計を備えた大気圧高電界非対称波形イオン移動度分析（ＦＡＩＭＳ）システムと結合される。
Ｇ．質量分析及びデータ取得技術
本出願は、質量分析プロファイルを決定することを含む、本明細書に開示される方法及び方法ステップでの使用に適した多様な一連の質量分析技術を企図する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１つまたは複数の質量分析技術を使用して試料を分析することを含む。本明細書で説明するように、一部の実施形態では、質量分析技術を使用してデータを取得し、ＭＳイオン情報（ｍ／ｚ及び存在量）、ペプチド及び／またはタンパク質の識別／配列情報、翻訳後修飾情報、代謝産物の同一性などの識別／配列情報、及び定量化情報の任意の組み合わせを含む試料の成分または生成物に関する膨大な量の情報を提供及び／または取得するのに有用である。
いくつかの実施形態において、質量分析技術は質量分析技術の使用を含む。本出願によって企図される質量分析計には、高分解能質量分析計及び低分解能質量分析計が含まれる。いくつかの実施形態では、質量分析計は飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計である。いくつかの実施形態では、質量分析計は、四重極飛行時間型（Ｑ－ＴＯＦ）質量分析計である。いくつかの実施形態では、質量分析計は、シングル四重極である。いくつかの実施形態では、質量分析計は、トリプル四重極（ＱＱＱ）である。いくつかの実施形態では、質量分析計は、四重極イオントラップ飛行時間型（ＱＩＴ－ＴＯＦ）質量分析計である。いくつかの実施形態では、質量分析計は四重極線形イオントラップ（Ｑ－ＬＩＴ）である。いくつかの実施形態では、質量分析計は、ハイブリッド四重極オービトラップ、リニアイオントラップオービトラップ、またはトライブリッド四重極リニアイオントラップオービトラップバリアントなど、その構成イオン光学コンポーネントの１つとしてフーリエ変換オービトラップに依存する。いくつかの実施形態では、質量分析計はＦＴイオンサイクロトロン共鳴（ＦＴ）質量分析計である。いくつかの実施形態では、質量分析計は四重極ＦＴ－イオンサイクロトロン共鳴（Ｑ－ＦＴ）質量分析計である。いくつかの実施形態では、質量分析計は磁気セクタ質量分析計である。
いくつかの実施形態において、質量分析技術は陽イオンモードの使用を含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、陰イオンモードを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、イオン移動度質量分析技術を含む。
いくつかの実施形態では、質量分析技術は、トップダウン質量分析技術を含む。いくつかの実施形態において、質量分析技術はミドルダウン質量分析技術を含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、ボトムアップ質量分析技術を含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、タンデム質量分析技術を含む。いくつかの実施形態では、タンデム質量分析技術はフラグメンテーション技術を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、それらの任意の組み合わせを包含する。
種々の質量分析データ取得技術は、本明細書に記載の方法に適している。例えば、いくつかの実施形態では、質量分析データ取得技術は、データ依存データ取得、データ非依存データ取得、標的データ取得、またはそれらの組み合わせを含む。
いくつかの態様では、質量分析を使用して組成物の集合体を分析する方法であって、（ａ）組成物の集合体の各組成物を質量分析計に供すること、（ｂ）組成物の集合体の各組成物の質量分析を実施すること、を含み、前記組成物の集合体は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試験試料の分画を含む処理技術から得られ、続いて各画分またはその生成物を、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＲＰＬＣ技術に適用する、方法、が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ画分は、タンパク質分解技術によってさらに処理される。
Ｈ．本明細書に記載の方法の発見及び標的に基づくモード
本明細書に記載の方法には、発見モードの方法、準標的モードの方法、標的モードの方法、及びそれらの組み合わせが含まれる。モードのタイプの使用及びその選択は、試料において評価するための所望の情報に基づくことができる。例えば、いくつかの実施形態では、例えば試料の無仮説評価において、試料の多数の成分を研究することが望ましい（例えば、発見モードまたは半標的モードにより適している可能性があるなど）。いくつかの実施形態では、試料の構成要素の小さな選択を研究することが望ましい（標的モードにより適している可能性があるなど）。目的及び／または所望の情報に基づいて、当業者は、本明細書で提供される教示に基づいて、本明細書で説明される方法をどのように設計及び実施するかを容易に理解するであろう。例えば、目的及び／または所望の情報を使用して、ＳＥＣ技術からいくつの画分が生成され得られるか、いくつのＳＥＣ画分がさらに分析されるか、及びもしあれば、さらなる処理が実施されるか（タンパク質分解技術など）、ならびにどの質量分析計及び質量分析技術が使用されるかを設計することができる。
Ｉ．試料の成分を分析するための例示的な方法
いくつかの実施形態では、質量分析のために生物学的試料の成分またはその生成物を処理する方法であって、（ａ）試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供することであって、試験試料が液体固定剤と混合された試料を含み、試験試料が液体固定剤に由来する所定の濃度のカオトロピック剤を有し、ＳＥＣ技術が、試験試料中のカオトロピック剤の所定の濃度の範囲内の移動相カオトロピック剤の濃度を有するＳＥＣ移動相の使用を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルが、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する内面材料を有する開放管状フォーマットで構成されている、供することと、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集することと、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分のうちの１つまたは複数をタンパク質分解技術に供することと、（ｄ）一組のＲＰＬＣ適合性画分のそれぞれを、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供して、質量分析計への導入のために試料の成分またはその生成物を調製することであって、一組のＲＰＬＣ適合性画分が、（ｉ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分のゼロまたは複数から得られた画分、（ｉｉ）タンパク質分解技術に供される複数の画分の１つまたは複数であって、ＲＰＬＣ技術及びＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがオンライン脱塩用に構成され、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルが逆相媒体を含む内面材料を有する開放管状フォーマットで構成され、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがエレクトロスプレーイオン化源に結合されている、複数の画分の１つまたは複数から得られる、供することを含む。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、ヒトなどの個体からの血漿試料である。いくつかの実施形態では、液体固定剤及びＳＥＣ移動相に見られるようなカオトロピック剤は塩酸グアニジンである。いくつかの実施形態では、方法は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスからの溶出液を質量分析計に供することをさらに含む。いくつかの実施形態では、個体は、ヒトである。
いくつかの実施形態では、質量分析のためにヒト由来の血漿試料の成分またはその生成物を処理する方法が本明細書で提供され、本方法は、（ａ）試験血漿試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供することであって、試験試料が液体固定剤と混合された試料を含み、試験試料が少なくとも約５．５Ｍ、例えば少なくとも約６Ｍの、液体固定剤に由来するグアニジン（例えば、塩酸グアニジンから）を有し、ＳＥＣ技術が少なくとも約５．５Ｍ、例えば少なくとも約６Ｍの、グアニジン（例えば、塩酸グアニジンから）を有するＳＥＣ移動相の使用を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルが約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する内面材料を有する開放管状フォーマットで構成されている、供することと、（ｂ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集することと、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分のうちの１つまたは複数を、トリプシンなどのタンパク質分解酵素を使用するタンパク質分解技術に供することと、（ｄ）一組のＲＰＬＣ適合性画分のそれぞれを、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供して、質量分析計への導入のために試料の成分またはその生成物を調製することであって、一組のＲＰＬＣ適合性画分が、（ｉ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分のゼロまたは複数から得られた画分を含む、ことと、（ｉｉ）タンパク質分解技術に供される画分の１つまたは複数であって、ＲＰＬＣ技術及びＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがオンライン脱塩用に構成され、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルが逆相媒体を含む内面材料を有する開放管状フォーマットで構成され、逆相媒体がＣ２、Ｃ４、Ｃ８、またはＣ１８の１つまたは複数を含み、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがエレクトロスプレーイオン化源に結合されている、供することと、を含む。いくつかの実施形態では、方法は、血漿試料を生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスからの溶出液を質量分析計に供することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、質量分析のためにヒトからの血液試料の成分またはその生成物を処理する方法が本明細書で提供され、本方法は、（ａ）血液試料から試験血漿試料を生成することであって、試験血漿試料が、液体固定剤と混合された血液試料からの血漿試料を含み、試験血漿試料が、少なくとも約６Ｍなどの少なくとも約５．５Ｍ、液体固定剤に由来するグアニジン（例えば、塩酸グアニジンから）を有する、生成することと、（ｂ）試験血漿試料を、ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用するサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）技術に供することであって、ＳＥＣ技術が、少なくとも約６Ｍなどの少なくとも約５．５Ｍ、グアニジン（例えば、塩酸グアニジンから）を有するＳＥＣ移動相の使用を含み、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルが、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する内面材料を有する開放管状フォーマットで構成されている、供することと、（ｃ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集することと、（ｄ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分のうちの１つまたは複数を、トリプシンなどのタンパク質分解酵素を使用するタンパク質分解技術に供することと、（ｅ）一組のＲＰＬＣ適合性画分のそれぞれを、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供して、質量分析計への導入のために試料の成分またはその生成物を調製することであって、一組のＲＰＬＣ適合性画分が、（ｉ）ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの複数の画分のゼロまたは複数、及び（ｉｉ）タンパク質分解技術に供される複数の画分の１つまたは複数であって、ＲＰＬＣ技術及びＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがオンライン脱塩用に構成され、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが複数の相互接続されたチャネルを含み、各チャネルが逆相媒体を含む内面材料を有する開放管状フォーマットで構成され、前記逆相媒体がＣ２、Ｃ４、Ｃ８、またはＣ１８の１つまたは複数を含み、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスがエレクトロスプレーイオン化源に結合されている、１つまたは複数の画分と、から得られた画分を含む、供することと、を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスからの溶出液を質量分析計に供することをさらに含む。
ＩＩＩ．冠動脈疾患（ＣＡＤ）の特徴とその使用方法
特定の態様では、健康な個人と比較した冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有する個人からの試料の評価に基づいて、本明細書に記載の方法及びデバイスを使用して特定された複数のバイオマーカーを含む、冠動脈疾患（ＣＡＤ）シグネチャーが本明細書に提供される。心血管疾患（ＣＶＤ）の主要な疾患サブタイプは冠動脈疾患（ＣＡＤ）であり、アテローム性動脈硬化症として知られる心臓動脈の狭窄及び硬直を特徴とする。アテローム性動脈硬化症は、内皮損傷及び内皮下アポＢ－リポタンパク質保持、インスリン抵抗性、酸化ストレス、ＤＮＡ損傷及び加齢、オートファジー、脂質代謝調節不全、炎症、及び血栓症を含む複数の病理学的機構によって引き起こされ、そのシグネチャーを特定することは困難である。
ＣＡＤシグネチャーの発見は、例えば、個体におけるＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを検出するための分析方法、診断方法、及び治療方法において、その１つまたは複数のバイオマーカーの使用を可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、ＣＡＤシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーなど、特定されたＣＡＤシグネチャーのバイオマーカーのサブセットのみを利用する。いくつかの実施形態では、提供されるのは、表１（以下に提供）で提供されるＣＡＤシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーを含むＣＡＤプロテオミクスシグネチャーである。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、質量分析技術などを使用して、試料中のポリペプチドを介して評価される。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、ＥＬＩＳＡなどの非質量分析に基づく技術によって評価される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って質量分析（ＭＳ）データを分析することを含み、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの各バイオマーカーは、参照（１人以上の健康な個体、例えばＣＡＤを有しない個体におけるタンパク質のレベル）と比較して、タンパク質の同一性及びタンパク質の発現の増加または減少の状態（表１のＣＡＤシグネチャーの列に記載されているように）を含む。例えば、いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを評価するための本明細書で提供される方法は、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーの存在について個体から得られた試料またはその派生物、及びＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーが表１の発現増加または発現減少分類と実質的に一致する（例えば、少なくとも約７０％（１つまたは複数のバイオマーカーの少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％のいずれかを含む））かどうかを評価する。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを評価するための本明細書で提供される方法は、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーの存在について個体から得られた試料またはその派生物、及びＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーが表１の発現増加または発現減少分類と一致するかどうかを評価する。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの各バイオマーカーは、参照（１人以上の健康な個体、例えばＣＡＤを有しない個体におけるタンパク質のレベル）と比較して、タンパク質の同一性及びタンパク質の発現の増加または減少のレベル（例えば、発現の増加または減少に対して定義された設定閾値を超えるレベル）を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質の発現増加は、参照と比較して個体において測定される場合、少なくとも約０．２、例えば少なくとも約０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、または２．０のいずれかの平均ｌｏｇ２比である。いくつかの実施形態では、タンパク質の発現低下は、参照と比較して個体において測定される場合、約－０．２以下、例えば約－０．３、－０．４、－０．５、－０．６、－０．７、－０．８、－０．９、－１．０、－１．１、－１．２、－１．３、－１．４、－１．５、－１．６、－１．７、－１．８、－１．９、または－２．０のいずれか以下の平均ｌｏｇ２比である。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーの発現上昇または低下は、表１の平均ｌｏｇ２比の約０．１以下の標準偏差内にある。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーの発現上昇または低下は、表１の平均ｌｏｇ２比の約０．０５以下の標準偏差内にある。
いくつかの実施形態において、発現の増加または減少の状態及び／または程度は、参照、例えば健康な個体、例えばＣＡＤを有さない個体との比較に基づく。いくつかの実施形態では、参考文献は、科学参考文献で発表されたものなどの文献値である。いくつかの実施形態では、参照は、健康な個体、例えばＣＡＤを有さない個体の集団に基づく。いくつかの実施形態では、参照は、健康な個体、例えばＣＡＤを有さない個体の集団から測定された平均発現レベルである。
いくつかの実施形態では、方法は、個体から得られた１つまたは複数の試料またはその派生物からの１つまたは複数の測定値に基づく。いくつかの実施形態では、バイオマーカーを評価するために１つまたは複数の測定が行われる場合、方法は、上記バイオマーカーの平均測定値に基づくことができる。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、カルシウムシグナル伝達経路、ヒストン調節、ＨＩＦ－１シグナル伝達経路、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、β－アドレナリン作動性シグナル伝達経路、ＰＩ３Ｋ－Ａｋｔシグナル伝達経路、補体及び／または凝固カスケード、スフィンゴ脂質シグナル伝達経路、ナチュラルキラー細胞媒介性細胞傷害、アディポサイトカインシグナル伝達経路、ＤＮＡ損傷、カルシウムエネルギー、代謝産物、細胞接着、炎症、低酸素、及びヒストンメチル化に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーは、転写因子に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む。いくつかの実施形態では、転写因子に関連する１つまたは複数のバイオマーカーはそれぞれ、ＮＦ４Ａ、ＦＯＸＡ２、ＬＭＯ２、ＲＵＮＸ１、ＦＬＩ１、ＥＧＲ１、ＶＤＲ、ＲＣＦ２１、ＧＡＴＡ２、ＴＰ６３、ＥＬＫ３、ＦＬＩ１、ＧＡＴＡ１、ＣＴＮＮＢ１、ＳＩＮ３Ｂ、ＳＴＡＴ３、ＴＡＰ１、ＡＨＲ、ＭＴＦ２、及びＳＲＹからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーは、キナーゼに関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む。いくつかの実施形態において、キナーゼに伴う１つまたは複数のバイオマーカーはそれぞれ、ＨＩＰＫ２、ＭＡＰＫ１、ＭＡＰＫ３、ＧＳＫ３Ｂ、ＭＡＰＫ８、ＴＡＦ１、ＡＫＴ１、ＣＤＫ１、ＭＡＰＫ１４、ＣＤＫ９、ＣＳＮＫ２Ａ１、ＣＨＵＫ、ＮＬＫ、ＡＢＬ１、ＣＤＫ６、ＣＤＫ２、ＣＤＫ７、ＣＤＫ４、ＴＲＩＭ２４及びＰＲＫＣＺからなる群より選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１の１０個のバイオマーカー、１５個のバイオマーカー、２０個のバイオマーカー、２５個のバイオマーカー、３０個のバイオマーカー、３５個のバイオマーカー、４０個のバイオマーカー、４５個のバイオマーカー、５０個のバイオマーカー、５５個のバイオマーカー、６０個のバイオマーカー、６５個のバイオマーカー、７０個のバイオマーカー、７５個のバイオマーカー、８０個のバイオマーカー、８５個のバイオマーカー、９０個のバイオマーカー、９５個のバイオマーカー、１００個のバイオマーカー、１１０個のバイオマーカー、１２０個のバイオマーカー、１３０個のバイオマーカー、１４０個のバイオマーカー、１５０個のバイオマーカー、１６０個のバイオマーカー、１７０個のバイオマーカー、１８０個のバイオマーカー、１９０個のバイオマーカー、２００個のバイオマーカー、２１０個のバイオマーカー、２２０個のバイオマーカー、２３０個のバイオマーカー、２４０個のバイオマーカー、２５０個のバイオマーカー、２６０個のバイオマーカー、２７０個のバイオマーカー、２８０個のバイオマーカー、または２９０個のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１の全てのバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１に従って、その中のバイオマーカーの発現の増加または減少の状態に基づいて分析される。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、表１に従って、その中のバイオマーカーの発現の増加または減少のレベルに基づいて分析される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、及びＰ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）を含む。
いくつかの実施形態において、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、Ｐ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）、Ｑ５Ｔ８Ａ７（ＰＰＰ１Ｒ２６）、Ｑ９ＮＸ０２（ＮＬＲＰ２）、Ｐ０２１４４（ＭＢ）、Ｑ９ＢＱＳ２（ＳＹＴ１５）及びＰ６２８０５（ＨＩＳＴ１Ｈ４Ａ）を含む。
いくつかの実施形態において、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、Ｐ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）、Ｑ５Ｔ８Ａ７（ＰＰＰ１Ｒ２６）、Ｑ９ＮＸ０２（ＮＬＲＰ２）、Ｐ０２１４４（ＭＢ）、Ｑ９ＢＱＳ２（ＳＹＴ１５）、Ｐ６２８０５（ＨＩＳＴ１Ｈ４Ａ）、Ｐ８０３７０（ＤＬＫ１）、Ｐ６８３６６（ＴＵＢＡ４Ａ）、Ｐ２７７９７（ＣＡＬＲ）、Ｐ０５１６４（ＭＰＯ）及びＱ９９４３９（ＣＮＮ２）を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ８６ＹＩ８（ＰＨＦ１３）、Ｑ９Ｙ４Ｄ８（ＨＥＣＴＤ４）、Ｑ９ＵＩＷ２（ＰＬＸＮＡ１）、Ｑ６ＺＳ８１（ＷＤＦＹ４）、及びＱ９Ｈ３２９（ＥＰＢ４１Ｌ４Ｂ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ８６ＹＩ８（ＰＨＦ１３）、Ｑ９Ｙ４Ｄ８（ＨＥＣＴＤ４）、Ｑ９ＵＩＷ２（ＰＬＸＮＡ１）、Ｑ６ＺＳ８１（ＷＤＦＹ４）、Ｑ９Ｈ３２９（ＥＰＢ４１Ｌ４Ｂ）、Ａ２ＲＵＢ１（Ｃ１７ｏｒｆ１０４）、Ｏ１５０３１（ＰＬＸＮＢ２）、Ｑ９ＮＹＦ３（ＦＡＭ５３Ｃ）、Ｏ７５１４６（ＨＩＰ１Ｒ）及びＰ８０３６２（Ｉｇκ鎖Ｖ－Ｉ領域ＷＡＴ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ８６ＹＩ８（ＰＨＦ１３）、Ｑ９Ｙ４Ｄ８（ＨＥＣＴＤ４）、Ｑ９ＵＩＷ２（ＰＬＸＮＡ１）、Ｑ６ＺＳ８１（ＷＤＦＹ４）、Ｑ９Ｈ３２９（ＥＰＢ４１Ｌ４Ｂ）、Ａ２ＲＵＢ１（Ｃ１７ｏｒｆ１０４）、Ｏ１５０３１（ＰＬＸＮＢ２）、Ｑ９ＮＹＦ３（ＦＡＭ５３Ｃ）、Ｏ７５１４６（ＨＩＰ１Ｒ）、Ｐ８０３６２（Ｉｇκ鎖Ｖ－Ｉ領域ＷＡＴ）、Ｐ０１８８０（ＩＧＨＤ）、Ｑ９Ｃ０Ｋ０（ＢＣＬ１１Ｂ）、Ａ０ＡＶＩ２（ＦＥＲ１Ｌ５）、Ｑ８６ＸＪ１（ＧＡＳ２Ｌ３）及びＱ００６８８（ＦＫＢＰ３）を含む。
いくつかの実施形態において、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、Ｐ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）、Ｑ８６ＹＩ８（ＰＨＦ１３）、Ｑ９Ｙ４Ｄ８（ＨＥＣＴＤ４）、Ｑ９ＵＩＷ２（ＰＬＸＮＡ１）、Ｑ６ＺＳ８１（ＷＤＦＹ４）及びＱ９Ｈ３２９（ＥＰＢ４１Ｌ４Ｂ）を含む。
いくつかの実施形態において、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、Ｐ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）、Ｑ５Ｔ８Ａ７（ＰＰＰ１Ｒ２６）、Ｑ９ＮＸ０２（ＮＬＲＰ２）、Ｐ０２１４４（ＭＢ）、Ｑ９ＢＱＳ２（ＳＹＴ１５）、Ｐ６２８０５（ＨＩＳＴ１Ｈ４Ａ）、Ｑ８６ＹＩ８（ＰＨＦ１３）、Ｑ９Ｙ４Ｄ８（ＨＥＣＴＤ４）、Ｑ９ＵＩＷ２（ＰＬＸＮＡ１）、Ｑ６ＺＳ８１（ＷＤＦＹ４）、Ｑ９Ｈ３２９（ＥＰＢ４１Ｌ４Ｂ）、Ａ２ＲＵＢ１（Ｃ１７ｏｒｆ１０４）、Ｏ１５０３１（ＰＬＸＮＢ２）、Ｑ９ＮＹＦ３（ＦＡＭ５３Ｃ）、Ｏ７５１４６（ＨＩＰ１Ｒ）及びＰ８０３６２（Ｉｇκ鎖Ｖ－Ｉ領域ＷＡＴ）を含む。
いくつかの実施形態において、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーは、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、Ｐ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）、Ｑ５Ｔ８Ａ７（ＰＰＰ１Ｒ２６）、Ｑ９ＮＸ０２（ＮＬＲＰ２）、Ｐ０２１４４（ＭＢ）、Ｑ９ＢＱＳ２（ＳＹＴ１５）、Ｐ６２８０５（ＨＩＳＴ１Ｈ４Ａ）、Ｐ８０３７０（ＤＬＫ１）、Ｐ６８３６６（ＴＵＢＡ４Ａ）、Ｐ２７７９７（ＣＡＬＲ）、Ｐ０５１６４（ＭＰＯ）、Ｑ９９４３９（ＣＮＮ２）、Ｑ９６９Ｅ１（ＬＥＡＰ２）、Ｑ８ＮＦ３７（ＬＰＣＡＴ１）、Ｑ０１０８２（ＳＰＴＢＮ１）、Ｑ７Ｚ３３３（ＳＥＴＸ）、Ｐ３０４８１（ＨＬＡ－Ｂ）、Ｑ５Ｔ８Ａ７（ＰＰＰ１Ｒ２６）、Ｑ９ＮＸ０２（ＮＬＲＰ２）、Ｐ０２１４４（ＭＢ）、Ｑ９ＢＱＳ２（ＳＹＴ１５）、Ｐ６２８０５（ＨＩＳＴ１Ｈ４Ａ）、Ｑ８６ＹＩ８（ＰＨＦ１３）、Ｑ９Ｙ４Ｄ８（ＨＥＣＴＤ４）、Ｑ９ＵＩＷ２（ＰＬＸＮＡ１）、Ｑ６ＺＳ８１（ＷＤＦＹ４）、Ｑ９Ｈ３２９（ＥＰＢ４１Ｌ４Ｂ）、Ａ２ＲＵＢ１（Ｃ１７ｏｒｆ１０４）、Ｏ１５０３１（ＰＬＸＮＢ２）、Ｑ９ＮＹＦ３（ＦＡＭ５３Ｃ）、Ｏ７５１４６（ＨＩＰ１Ｒ）及びＰ８０３６２（Ｉｇκ鎖Ｖ－Ｉ領域ＷＡＴ）を含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、安全性、有効性、診断、予後、疾患の進行、治療に対する反応、またはそれらの任意の組み合わせを示す。
いくつかの態様では、個体を冠動脈疾患（ＣＡＤ）診断の決定に供する方法であって、（ａ）個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得することと、（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、分析することと、（ｃ）個体がＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有するかどうかを決定することと、を含む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、個体がＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有する場合、個体はＣＡＤを有すると診断される。
いくつかの態様では、個体が冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有すると診断する方法であって、（ａ）個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得することと、（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、分析することと、（ｃ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に基づいて、個体がＣＡＤを有すると診断することと、を含む方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有する個体を治療する方法であって、（ａ）個体から得られた試料またはその派生物中のＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に従って、個体がＣＡＤを有すると診断することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、診断することと、（ｂ）個体にＣＡＤ治療を施すことと、を含む方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様において、個体の冠動脈疾患（ＣＡＤ）プロテオミクスシグネチャーを検出するための方法であって、（ａ）個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得することと、（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを検出するために、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することであって、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、分析することと、を含む方法が本明細書中で提供される。いくつかの実施形態では、個体はＣＡＤを有すると疑われる。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在は、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することによって決定される。
いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に記載の質量分析技術を実施することなどによって、個体から得られた試料またはその派生物からＭＳデータを取得することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤ治療はライフスタイルの調整を含む。いくつかの実施形態では、ライフスタイルの調整は、ダイエット、運動ルーチンの実施、禁煙、及び／またはアルコール消費の停止である。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤ治療は薬学的介入を含む。ＣＡＤを治療するための医薬及び薬剤は知られている。対象の治療に適切な薬物を選択することは、当業者のレベルの範囲内である。いくつかの実施形態では、薬学的介入は、カルシウムチャネル遮断薬、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤（ＨＤＡＣ６など）、Ｃａ２＋／カルモジュリン（ＣａＭ）依存性プロテインキナーゼＩＩ（ＣａＭＫＩＩ）阻害剤、グアニリルシクラーゼ（ｓＧＣ）活性化剤、ＭＭＰ阻害剤、スタチン、及び降圧剤からなる群から選択される薬物の投与を含む。いくつかの実施形態では、薬学的介入は、アムロジピン、ツバスタチン－ａ、フォルスコリン、トリコスタチンＡ、ＫＮ－９３、ＣＦＭ－１５７１、イロマスタット、ＣＡＹ－１０６０３、及びロスバスタチン、またはその薬学的塩からなる群から選択される薬物を含む。いくつかの実施形態では、薬物は、ＢＲＤ－Ｋ５２３０６７２６、ＢＲＤ－Ｋ７１３６１１５４、アセタゾラミド、ロリプラム、ルキソリチニブ、ＢＲＤ－Ａ５９８０８１２９－００１－０１－７、ＢＲＤ－Ｋ７６８７６０３７、ＺＭ３３６３７２、トレハロース、ＳＣＨＥＭＢＬ３０９２６５２、ＢＭＳ－３８７０３２、ＢＲＤ－Ｋ０１４２５４３１、４－ヒドロキシレチノイン酸、ＣＨＥＭＢＬ５８５９５１、ＣＨＥＭＢＬ１６７３０３９、ＨＹ－１１００７、プリミドン、ＢＲＤ－Ｋ８１４１７９１９、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿０００８２６、タモキシフェン、ＢＲＤ－Ｋ００５４４９９６、ＣＩＤ６７０６６８８９、ＣＸ－５４６１、ＢＲＤ－Ｋ６３９４４５６３、ＳＣＨＥＭＢＬ６８５１８０９、ＢＲＤ－Ａ８６１４６７０６、ＦＲ－１８０２０４、ＣＨＥＭＢＬ５５２４２５、ヘキサクロロフェン、Ａｇｇｃ、ＳＵＧＡ１＿００８４２４、ＢＲＤ－Ｋ９６６４０８１１、アナストロゾール、ワートマニン、バンデタニブ、ＡＣ１ＮＷＡＬＦ、ＯＴＳＳＰ１６７、ＷＺ３１０５、ジヒドロエルゴタミン、ＢＲＤ－Ｋ９９８３９７９３、ＳＲ３３８０５オキサレート、ＡＴ－７５１９、スルファドキシン、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿００１３１９、ＭＬＳ００３３２９２１９、トリコスタチンＡ、及びロテノン、またはその薬学的塩からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、薬物は、６－メルカプトプリン、ビンクリスチン、ベバシズマブ、プレドニゾン、サリドマイド、ゾレドロン酸、パクリタキセル、ペメトレキセド、トポテカン、カバジタキセル、プレドニゾロン、カペシタビン、カペシタビン、ゲムシタビン、カペシタビン、ドセタキセル、オキサリプラチン、セビパブリン、コルヒチン、プロベネシド、シクロホスファミド、ダウノルビシン、イマチニブ、５－フルオロウラシル、エピルビシン、トラスツズマブ、ビノレルビン、リツキシマブ、エトポシド、エトポシド、ゲムシタビン、ミトキサントロン、ミトキサントロン、トポテカン、ビノレルビン、ダブネチド、デキサメタゾン、ゲムシタビン、ゲムシタビン、ゲムシタビン、ビノレルビン、ヒドロコルチゾン、イリノテカン、パミドロン酸、ビノレルビン、エポチロンＢ、エリブリン、ゲムシタビン、ゲムシタビン、ゲムシタビン、ビノレルビン、イリノテカン、テモゾロミド、イリノテカン、シタラビン、Ｌ－アスパラギナーゼ、プレドニゾン、ラロタキセル、ミラタキセル、トポテカン、プリナブリン、ポドフィロトキシン、ビノレルビン、ビンブラスチン、ビンフルニン、ビノレルビン、ビンタフォリド、ＡＺＤ４８３１、ＧＣＳ－１、ＧＲ－ＭＤ－２、ＢＩ７６５６３、ＣＣ－９５２５１、エクリズマブ、ＩＦＸ－１、ＩｇＧ、ラブリズマブ、ペグセタコプラン、ＣＮＧＲＣペプチド－ＴＮＦαコンジュゲート、スタムルマブ、ＢＩ８３６８４５、ＭＥＤＩ－５７３、ＭＯＲＡｂ－４、ラベンダスチンＣ、アリロクマブ、ＢＭＳ－８４４４２１、エビナクマブ、ＰＣＳＫ９阻害剤、ＣＡＬＡＡ－１、ＣＸ－２２９、エミシズマブ、モロクトコグα、Ｌ１９－ＩＬ２モノクローナル抗体サイトカイン融合タンパク質、Ｌ１９ＴＮＦα、オクリプラスミン、カロツキシマブ、ＡＰＯ１、ＡＳＰ８２３２、ヒドララジン、ヒドロクロロチアジド、ヒドララジン、レセルピン、二硝酸イソソルビド、アムリノン、アナグレリド、シロスタゾール、ジピリダモール、ジフィリン、エノキシモン、メドリノン、ミルリノン、ニトログリセリン、ペントキシフィリン、テオフィリン、トルブタミド、アルベスピマイシン、シスプラチン、ルミネスピブ、レタスピマイシン、ＴＡＳ－１１６、バピヌズマブ、フロルベタベンＦ、フロルベタピルＦ１８、コラゲナーゼクロストリジウムヒストリチクム、トリロスタン、活性化組換えヒト第ＶＩＩ因子、アピキサバン、クロピドグレル、リバロキサバン、エノキサパリン、アスピリン、リバロキサバン、リバロキサバン、チクロピジン、ベトリキサバン、ダルテパリン、デリゴパリン、ＤＰＣ４２３、エドキサバン、エミシズマブ、エノキサパリン、Ｆ８、Ｆ９、フォンダパリヌクス、ワルファリン、ヘパリン、イドラパリヌクス、線虫抗凝固タンパク質ｃ２、リバロキサバン、ＲＰＲ１２８４４、ＲＰＲ２８５６６、チファコギン、ＡＧＮ２１９４、ＡＲ－Ｈ４７１８、クラリスロマイシン、デキスランソプラゾール、ジクロフェナク、エソメプラゾールマグネシウム、エソメプラゾール、ナプロキセン、イラプラゾール、ランソプラゾール、水酸化マグネシウム、重炭酸ナトリウム、オメプラゾール、重炭酸ナトリウム、パントプラゾール、ラベプラゾール、テナトプラゾール、ＡＺＤ４２５、バリシチニブ、メトトレキサート、ブレポシチニブ、エルロチニブ、ルキソリチニブ、フィルゴチニブ、ＩＮＣＢ５２７９３、イタシチニブ、ＪＡＫ１阻害剤、ジャクチニブ、メトトレキサート、トファシチニブ、モメロチニブ、トファシチニブ、ウパダシチニブ、セダズリジン、シチジンデアミナーゼ阻害剤、及びロシプター、またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される薬物を含む。
いくつかの実施形態では、治療方法は、ＣＡＤ治療を監視することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、治療後にＣＡＤプロテオミクスシグネチャー分析を実施し、健康状態への復帰などのＣＡＤの改善を示す変化を評価することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＣＡＤの１つまたは複数の症状を監視することを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、個体から試料を取得することをさらに含む。いくつかの実施形態では、試料またはその派生物は、血液試料またはその派生物である。いくつかの実施形態において、試料またはその派生物は、血漿試料である。いくつかの実施形態では、試料またはその派生物は、液体固定剤を含む。いくつかの実施形態では、試料は、本出願の他のセクションに記載されるように取得及び処理される。
いくつかの実施形態では、試料またはその派生物からＭＳデータを取得することは、質量分析計を使用して試料またはその派生物の質量分析を実施することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析は、本明細書に提供される説明に従って実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することは、ＭＳデータを本明細書に記載の方法に供することを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することは、ＭＳデータ中のＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーのそれぞれの有無またはレベルを評価することを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーとの一致は、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの１つまたは複数のバイオマーカーが表１の発現増加または発現減少分類と実質的に一致する（例えば、少なくとも約７０％（１つまたは複数のバイオマーカーの少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％のいずれかを含む））かどうかに基づく。
いくつかの実施形態では、方法は、個体の：性別、年齢、ボディーマス指数（ＢＭＩ）、収縮期血圧、拡張期血圧、総コレステロール、ＨＤＬ、ＬＤＬ、トリグリセリド、高脂血症、高血圧、真性糖尿病、インスリン抵抗性、腎臓疾患、喫煙状態、身体活動レベル、睡眠レベル、または栄養の質、の因子評価の１つまたは複数を行うことをさらに含む。
いくつかの実施形態では、方法は、心臓カテーテル法または冠動脈ＣＴ血管造影法などのＣＡＤの存在を評価するために、個体に対して医療処置を行うことをさらに含む。
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ＩＶ．デバイス及びシステム
本明細書に記載の方法に有用なデバイス及びシステムが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、試料の成分またはその生成物を分離するためのマイクロ流体デバイス、例えば、サイズ排除クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスまたは逆相液体クロマトグラフィーマイクロ流体デバイスが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のステップを統合したシステムが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、システムは、試料の成分またはその生成物を分離するためのマイクロ流体デバイス、及び本明細書に記載の方法のステップを完了及び／または統合するのに有用な他の機構を備える。いくつかの実施形態では、システムは、ロボット工学などの自動化のための機構を含む。
Ａ．試料の成分を分離するためのマイクロ流体デバイス
いくつかの態様では、試料の成分を分離するように構成されたマイクロ流体デバイスが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスは、分離に有用な媒体（多孔質媒体または逆相媒体など）を含む複数の相互接続されたチャネルを含む。複数の相互接続されたチャネルを含むマイクロ流体デバイスは、試料の多様な構成要素アレイの効率的かつ有効な分離に有用であり、したがって、例えば複雑な生物学的試料の同時プロテオミクス、ペプチドミクス、及びメタボロミクス分析を可能にする。
例示的なマイクロ流体デバイス３００の概略図を図３に提供する。マイクロ流体デバイス３００は、入力ポート３０５を複数の相互接続されたチャネル３１５と接続する接続チャネル３１０の上流ネットワークと流体連通している入力ポート３０５を備える。マイクロ流体デバイス３００は、入力ポート３０５を介して流体を受け取り、接続チャネル３１０の上流ネットワークを介して相互接続されたチャネル３１５のそれぞれに流体の一部を導くように構成される。相互接続されたチャネル３１５はまた、出力ポート３２５で終端する接続チャネル３２０の下流ネットワークと流体連通している。マイクロ流体デバイスは、接続チャネル３２０の下流ネットワークを介して、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれからの溶出物を、単一の出力ポート３２５などの出力機構に導くように構成される。いくつかの実施形態では、入力ポートは、試料注入器及び／または移動相源（ポンプなど）とインターフェースするように構成される。いくつかの実施形態では、出力ポートは、本明細書に記載の方法に有用な下流のツールまたは機構とインターフェースするように構成されている。いくつかの実施形態では、出力ポートは、フラクションコレクターなどの収集デバイスとインターフェースするように構成されている。いくつかの実施形態では、出力ポートは、エレクトロスプレーイオン化源とインターフェースするように構成される。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルは、複数の相互接続された並列チャネルとして構成される。そのような実施形態では、「平行」という用語は、マイクロ流体デバイスへの流体入力が分割され、流体の一部が、相互接続されたチャネルの異なるチャネルまたはその異なるセクションを同時に通過することを示し、相互接続されたチャネルの形状に関する制限（例えば、相互接続された平行なチャネルは、幾何学的に平行な方法で構成された直線のみであり得るなど）として解釈されることは意図されていない。いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルは、チャネルの実質的に直線状の特徴を含む１つまたは複数のチャネルを含む。いくつかの実施形態では、相互接続された複数のチャネルは、分岐した、互い違い、または波形形状を含むなど、チャネルの直線状ではない特徴を含む１つまたは複数のチャネルを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のマイクロ流体デバイスは、相互接続されたチャネルがマイクロ流体デバイスの入力ポート（複数可）と流体連通するように、任意の数の相互接続されたチャネルを備えてもよく、相互接続されたチャネルは、入力ポート（複数可）を介してマイクロ流体デバイスに導入される流体の一部を受け入れるように構成される。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態において、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９個、または１００個のうち任意の数の相互接続されたチャネルを有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４個の相互接続されたチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、マイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの上流ネットワークを介してマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、流体の一部が各相互接続されたチャネルに送達されるように、マイクロ流体デバイスの入力ポートを介して導入された流体の流れを方向付けて分割するように構成される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの近位領域は、マイクロ流体デバイスの入力ポートを介して導入された流体に最初にさらされる相互接続されたチャネルの領域である。接続チャネルの上流ネットワークは、多数の方法で構成することができ、流体を相互接続されたチャネルに誘導することに加えて、例えば混合機能及び／または濾過機能及び／または希釈機能などの１つまたは複数の機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、マイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークの一連の分岐チャネルは、１対２の分割を使用して構造化されている（例えば、意図された流体の流れに基づいて上流から下流方向へ、１つのチャネルが２つのチャネルに分割される）。例えば、いくつかの実施形態では、単一の入力ポート及び３２個の相互接続されたチャネルを有するマイクロ流体デバイスの場合、接続チャネルの上流ネットワークは、２つのチャネルに分割される単一のチャネルを含み、２つのチャネルのそれぞれが２つのチャネルに分割される（ここで合計４つのチャネル）。４つのチャネルのそれぞれが２つのチャネル（ここで合計８つのチャネル）に分割され、８つのチャネルのそれぞれが２つのチャネル（ここで１６チャネル）に分割され、１６個のチャネルのそれぞれが２つのチャネル（ここで３２チャネル）に分割され、ここで３２チャネルのそれぞれは、３２個の相互接続されたチャネルの１つに接続される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、１対２の分割、１対３の分割、１対４の分割、１対５の分割、１対６の分割、１対７の分割、１対８の分割、１対９の分割、１対１０の分割、１対１１の分割、１対１２の分割、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、分割後の接続チャネルの上流ネットワークのチャネル（すなわち、分割チャネル）は、元のチャネルと比較して、より小さな断面寸法（高さ及び／または幅など）を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、マイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれからの流体の流れを、マイクロ流体デバイスの出力ポート（例えば、マイクロ流体デバイスの２つ以上の出力ポートを含む）に向けて結合するように構成される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの遠位領域は、流体が相互接続されたチャネルを出て下流の特徴に至る相互接続されたチャネルの領域である。接続チャネルの下流ネットワークは、多数の方法で構成することができ、流体を出力ポートに誘導することに加えて、例えば混合機能及び／または濾過機能及び／または希釈機能などの１つまたは複数の機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークの一連の収束チャネルは、２対１の分割を使用して構造化されている（例えば、意図された流体の流れに基づいて上流から下流方向へ、２つのチャネルが１つのチャネルに収束される）。例えば、いくつかの実施形態では、単一の出力ポート及び３２個の相互接続されたチャネルを有するマイクロ流体デバイスの場合、接続チャネルの下流ネットワークは３２個のチャネルを含み、接続チャネルの下流ネットワークの３２個のチャネルのそれぞれは、３２個の相互接続されたチャネルに接続され、接続チャネルの下流ネットワークの３２チャネルのペアが単一のチャネル（ここで１６チャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの１６チャネルのペアが単一のチャネル（ここで８チャネル）に収束する。ここで、接続チャネルの下流ネットワークの８つのチャネルのペアが単一のチャネル（ここで４チャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの４つのチャネルのペアが単一のチャネル（ここで２チャネル）に収束する。ここで、接続チャネルの下流ネットワークの２つのチャネルは、出力ポートと流体連通している単一のチャネルに収束する。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、２対１の収束、３対１の収束、４対１の収束、５対１の収束、６対１の収束、７対１の収束、８対１の収束、９対１の収束、１０対１の収束、１１対１の収束、１２対１の収束、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、収束後の接続チャネルの下流ネットワークのチャネル（すなわち、収束チャネル）は、それらが由来するチャネルと比較して、より大きな断面寸法（高さ及び／または幅など）を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、接続チャネルの上流ネットワーク及び／または接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される。例えば、いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワーク及び／または接続チャネルの下流ネットワークを介する場合を除いて、１つの相互接続されたチャネルは別の相互接続されたチャネルに接続されない。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約５０ｃｍ、例えば約５ｃｍ～約２０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、少なくとも約５ｃｍ、例えば少なくとも約６ｃｍ、７ｃｍ、８ｃｍ、９ｃｍ、１０ｃｍ、１１ｃｍ、１２ｃｍ、１３ｃｍ、１４ｃｍ、１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２１ｃｍ、２２ｃｍ、２３ｃｍ、２４ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、３０ｃｍ、３１ｃｍ、３２ｃｍ、３３ｃｍ、３４ｃｍ、３５ｃｍ、３６ｃｍ、３７ｃｍ、３８ｃｍ、３９ｃｍ、４０ｃｍ、４１ｃｍ、４２ｃｍ、４３ｃｍ、４４ｃｍ、４５ｃｍ、４６ｃｍ、４７ｃｍ、４８ｃｍ、４９ｃｍ、または５０ｃｍのいずれかである。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、約５０ｃｍ未満、例えば約４９ｃｍ、４８ｃｍ、４７ｃｍ、４６ｃｍ、４５ｃｍ、４４ｃｍ、４３ｃｍ、４２ｃｍ、４１ｃｍ、４０ｃｍ、３９ｃｍ、３８ｃｍ、３７ｃｍ、３６ｃｍ、３５ｃｍ、３４ｃｍ、３３ｃｍ、３２ｃｍ、３１ｃｍ、３０ｃｍ、２９ｃｍ、２８ｃｍ、２７ｃｍ、２６ｃｍ、２５ｃｍ、２４ｃｍ、２３ｃｍ、２２ｃｍ、２１ｃｍ、２０ｃｍ、１９ｃｍ、１８ｃｍ、１７ｃｍ、１６ｃｍ、１５ｃｍ、１４ｃｍ、１３ｃｍ、１２ｃｍ、１１ｃｍ、１０ｃｍ、９ｃｍ、８ｃｍ、７ｃｍ、６ｃｍ、５ｃｍ、４ｃｍ、３ｃｍ、または２ｃｍのいずれか未満である。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、約任意の５ｃｍ、６ｃｍ、７ｃｍ、８ｃｍ、９ｃｍ、１０ｃｍ、１１ｃｍ、１２ｃｍ、１３ｃｍ、１４ｃｍ、１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２１ｃｍ、２２ｃｍ、２３ｃｍ、２４ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、３０ｃｍ、３１ｃｍ、３２ｃｍ、３３ｃｍ、３４ｃｍ、３５ｃｍ、３６ｃｍ、３７ｃｍ、３８ｃｍ、３９ｃｍ、４０ｃｍ、４１ｃｍ、４２ｃｍ、４３ｃｍ、４４ｃｍ、４５ｃｍ、４６ｃｍ、４７ｃｍ、４８ｃｍ、４９ｃｍ、または５０ｃｍである。
いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルの全長は、約２０ｃｍ～約３，２００ｃｍである。いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルの全長は、約２０ｃｍを超え、例えば、約５０ｃｍ、７５ｃｍ、１００ｃｍ、１５０ｃｍ、２００ｃｍ、２５０ｃｍ、３００ｃｍ、３５０ｃｍ、４００ｃｍ、４５０ｃｍ、５００ｃｍ、６００ｃｍ、７００ｃｍ、８００ｃｍ、９００ｃｍ、１，０００ｃｍ、１，２５０ｃｍ、１，５００ｃｍ、１，７５０ｃｍ、２，０００ｃｍ、２，２５０ｃｍ、２，５００ｃｍ、２，７５０ｃｍ、または３，０００ｃｍのいずれかより大きい。
本明細書に記載の相互接続されたチャネル、接続チャネルの上流ネットワーク、及び接続チャネルの下流ネットワークのチャネルは、様々な断面形状及びサイズを有するように形成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のチャネルの断面形状及びサイズは、チャネルの異なる点で変化し得る。いくつかの実施形態では、チャネルは、長方形、正方形、または円を含む断面形状を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約３μｍ～約１０μｍなど、約１μｍ～約１５μｍの断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかなど、約１５μｍ以下の断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ以上、例えば約２μｍ以上、３μｍ以上、４μｍ以上、５μｍ以上、６μｍ以上、７μｍ以上、８μｍ以上、９μｍ以上、または１０μｍ以上のいずれかの最小断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最小断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍの最大断面寸法のいずれかに垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法、及び約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約６μｍ、約３μｍ～約１０μｍまたは約６μｍ～約１２μｍのいずれかなど、約１μｍ～約１５μｍの幅（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの幅（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの幅（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約１μｍ～約６μｍ、約３μｍ～約１０μｍ、または約６μｍ～約１２μｍのいずれかの高さ（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの高さ（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの高さ（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは、マイクロ流体デバイスが含む複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、開放管状フォーマットである。いくつかの実施形態では、マイクロ流体デバイスのチャネルは内面材料を含む。いくつかの実施形態では、内面材料は、サイズ排除クロマトグラフィー媒体などの分離媒体として構成される。いくつかの実施形態では、内面材料は、所望の分離に基づく厚さなどの寸法を有する。
本明細書では、いくつかの態様において、本明細書に記載のマイクロ流体デバイスを作製する方法が提供される。マイクロ流体デバイスを作製する方法は、当技術分野で周知である。例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｇａｌｅ ｅｔ ａｌ．、ＭＤＰＩ Ｉｎｖｅｎｔｉｏｎｓ、３、２０１８年、を参照されたい。いくつかの実施形態では、方法はマスキング技術を含む。いくつかの実施形態では、方法はエッチング技術を含む。いくつかの実施形態では、方法は、三次元（３Ｄ）印刷技術を含む。
ｉ．サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイス
いくつかの実施形態では、試料の成分を分離するために構成されたマイクロ流体デバイスは、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスである。そのような実施形態では、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスは、少なくともＳＥＣクロマトグラフィーデバイスの複数の相互接続されたチャネル内に配置されたＳＥＣ媒体を含み、例えば、チャネルの内面に結合される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ媒体は、接続チャネルの上流ネットワークにさらに配置される。いくつかの実施形態では、ＳＥＣ媒体は、接続チャネルの下流ネットワークにさらに配置される。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣ媒体は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルの内面材料である。いくつかの実施形態では、内面は、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を含む。いくつかの実施形態では、内面は、少なくとも約２０ｎｍ、３０ｎｍ、４０ｎｍ、５０ｎｍ、６０ｎｍ、７０ｎｍ、８０ｎｍ、９０ｎｍ、１００ｎｍ、１２５ｎｍ、１５０ｎｍ、１７５ｎｍ、２００ｎｍ、２２５ｎｍ、２５０ｎｍ、２７５ｎｍ、３００ｎｍ、３２５ｎｍ、３５０ｎｍ、３７５ｎｍ、４００ｎｍ、４２５ｎｍ、４５０ｎｍ、４７５ｎｍ、５００ｎｍのいずれかなど、少なくとも約１０ｎｍの平均孔径を含む。いくつかの実施形態では、内面は、約５００ｎｍ未満、例えば約４７５ｎｍ、４５０ｎｍ、４２５ｎｍ、４００ｎｍ、３７５ｎｍ、３５０ｎｍ、３２５ｎｍ、３００ｎｍ、２７５ｎｍ、２５０ｎｍ、２２５ｎｍ、２００ｎｍ、１７５ｎｍ、１５０ｎｍ、１２５ｎｍ、１００ｎｍ、９０ｎｍ、８０ｎｍ、７０ｎｍ、６０ｎｍ、５０ｎｍ、４０ｎｍ、３０ｎｍ、２０ｎｍ、または１０ｎｍのいずれか未満の平均孔径を含む。いくつかの実施形態では、内面は、約１０ｎｍ、２０ｎｍ、３０ｎｍ、４０ｎｍ、５０ｎｍ、６０ｎｍ、７０ｎｍ、８０ｎｍ、９０ｎｍ、１００ｎｍ、１２５ｎｍ、１５０ｎｍ、１７５ｎｍ、２００ｎｍ、２２５ｎｍ、２５０ｎｍ、２７５ｎｍ、３００ｎｍ、３２５ｎｍ、３５０ｎｍ、３７５ｎｍ、４００ｎｍ、４２５ｎｍ、４５０ｎｍ、４７５ｎｍ、または５００ｎｍのいずれかの平均孔径を含む。
いくつかの実施形態では、内面材料は、開放管状フォーマットで見られるような、複数の相互接続されたチャネルの各チャネルに開いた空間を残すように構成される。いくつかの実施形態では、内面材料は、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する。いくつかの実施形態では、内面材料は、少なくとも約０．５μｍ、例えば少なくとも約０．６μｍ、０．７μｍ、０．８μｍ、０．９μｍ、１μｍ、１．１μｍ、１．２μｍ、１．３μｍ、１．４μｍ、１．５μｍ、１．６μｍ、１．７μｍ、１．８μｍ、１．９μｍ、または２μｍのいずれかの厚さを有する。いくつかの実施形態では、内面材料は、約２μｍ未満、例えば約１．９μｍ、１．８μｍ、１．７μｍ、１．６μｍ、１．５μｍ、１．４μｍ、１．３μｍ、１．２μｍ、１．１μｍ、１μｍ、０．９μｍ、０．８μｍ、０．７μｍ、０．６μｍ、または０．５μｍのいずれか未満の厚さを有する。いくつかの実施形態では、内面材料は、約０．５μｍ、０．６μｍ、０．７μｍ、０．８μｍ、０．９μｍ、１μｍ、１．１μｍ、１．２μｍ、１．３μｍ、１．４μｍ、１．５μｍ、１．６μｍ、１．７μｍ、１．８μｍ、１．９μｍ、または２μｍのいずれかの厚さを有する。
いくつかの実施形態では、内面材料は、プラズマエッチング技術及び／または三次元（３Ｄ）印刷技術を使用して作られる。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイスは、相互接続されたチャネルがＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通し、相互接続されたチャネルが入力ポートを介してＳＥＣマイクロ流体デバイスに導入された流体の一部を受け入れるように構成されるように、任意の数の相互接続されたチャネルを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００個の相互接続されたチャネルのいずれかを有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４個の相互接続されたチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの上流ネットワークを介してＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、流体の一部が各相互接続されたチャネルに送達されるように、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートを介して導入された流体の流れを方向付けて分割するように構成される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの近位領域は、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートを介して導入された流体に最初にさらされる相互接続されたチャネルの領域である。接続チャネルの上流ネットワークは、多数の方法で構成することができ、流体を相互接続されたチャネルに誘導することに加えて、例えば、混合機能及び／または濾過機能及び／または希釈機能などの１つまたは複数の機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークの一連の分岐チャネルは、１対２の分割を使用して構造化されている（例えば、意図された流体の流れに基づいて上流から下流方向へ、１つのチャネルが２つのチャネルに分割される）。例えば、いくつかの実施形態では、単一の入力ポート及び３２個の相互接続されたチャネルを有するＳＥＣマイクロ流体デバイスの場合、接続チャネルの上流ネットワークは、２つのチャネルに分割する単一のチャネルを含み、２つのチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで合計４つのチャネル）に分割し、４つのチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで合計８つのチャネル）に分割し、８つのチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで１６個のチャネル）に分割し、１６個のチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで３２個のチャネル）に分割し、３２個のチャネルのそれぞれは３２個の相互接続されたチャネルのうちの１つに接続される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、１対２の分割、１対３の分割、１対４の分割、１対５の分割、１対６の分割、１対７の分割、１対８の分割、１対９の分割、１対１０の分割、１対１１の分割、１対１２の分割、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、分割後の接続チャネルの上流ネットワークのチャネル（すなわち、分割チャネル）は、元のチャネルと比較して、より小さな断面寸法（高さ及び／または幅など）を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれからＳＥＣマイクロ流体デバイス（例えば、マイクロ流体デバイスの２つ以上の出力ポートを含む）の出力ポートへの流体の流れを導き且つ組み合わせるように構成されている。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの遠位領域は、流体が相互接続されたチャネルを出て下流の特徴に至る相互接続されたチャネルの領域である。接続チャネルの下流ネットワークは、多くの方法で構成され、流体を出力ポートに導くことに加えて、１つまたは複数の機能、例えば混合機能及び／またはフィルタリング機能及び／または希釈機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークの一連の収束チャネルは、２対１の分割（例えば、意図された流体の流れに基づいて上流方向から下流方向に、２つのチャネルが１つのチャネルに収束する。）を使用して構造化されている。例えば、いくつかの実施形態では、単一の出力ポートと３２個の相互接続されたチャネルとを有するＳＥＣマイクロ流体デバイスの場合、接続チャネルの下流ネットワークは３２個のチャネルを含み、接続チャネルの下流ネットワークの３２個のチャネルのそれぞれは３２個の相互接続されたチャネルのチャネルに接続され、接続チャネルの下流ネットワークの３２個のチャネルの対は単一チャネル（ここで１６個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの１６個のチャネルの対は単一チャネル（ここで８個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの８個のチャネルの対は単一チャネル（ここで４個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの４個のチャネルの対は単一チャネル（ここで２個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの２個のチャネルは出力ポートと流体連通している単一チャネルに収束する。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、２対１の収束、３対１の収束、４対１の収束、５対１の収束、６対１の収束、７対１の収束、８対１の収束、９対１の収束、１０対１の収束、１１対１の収束、１２対１の収束、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、収束後の接続チャネルの下流ネットワークのチャネル（すなわち、収束チャネル）は、それらが由来するチャネルと比較して、より大きな断面寸法（高さ及び／または幅など）を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、接続チャネルの上流ネットワーク及び／または接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される。例えば、いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワーク及び／または接続チャネルの下流ネットワークを介する場合を除いて、１つの相互接続されたチャネルは別の相互接続されたチャネルに接続されない。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約３０ｃｍ、例えば約５ｃｍ～約２０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、少なくとも約５ｃｍ、例えば少なくとも約６ｃｍ、７ｃｍ、８ｃｍ、９ｃｍ、１０ｃｍ、１１ｃｍ、１２ｃｍ、１３ｃｍ、１４ｃｍ、１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２１ｃｍ、２２ｃｍ、２３ｃｍ、２４ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、３０ｃｍのいずれかである。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、約３０ｃｍ未満、例えば約２９ｃｍ、２８ｃｍ、２７ｃｍ、２６ｃｍ、２５ｃｍ、２４ｃｍ、２３ｃｍ、２２ｃｍ、２１ｃｍ、２０ｃｍ、１９ｃｍ、１８ｃｍ、１７ｃｍ、１６ｃｍ、１５ｃｍ、１４ｃｍ、１３ｃｍ、１２ｃｍ、１１ｃｍ、１０ｃｍ、９ｃｍ、８ｃｍ、７ｃｍ、６ｃｍ、５ｃｍ、４ｃｍ、３ｃｍ、または２ｃｍのいずれか未満である。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、約任意の５ｃｍ、６ｃｍ、７ｃｍ、８ｃｍ、９ｃｍ、１０ｃｍ、１１ｃｍ、１２ｃｍ、１３ｃｍ、１４ｃｍ、１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２１ｃｍ、２２ｃｍ、２３ｃｍ、２４ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、または３０ｃｍである。
いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルの全長は、約２０ｃｍ～約３，２００ｃｍである。いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルの全長は、約２０ｃｍを超え、例えば、約５０ｃｍ、７５ｃｍ、１００ｃｍ、１５０ｃｍ、２００ｃｍ、２５０ｃｍ、３００ｃｍ、３５０ｃｍ、４００ｃｍ、４５０ｃｍ、５００ｃｍ、６００ｃｍ、７００ｃｍ、８００ｃｍ、９００ｃｍ、１，０００ｃｍ、１，２５０ｃｍ、１，５００ｃｍ、１，７５０ｃｍ、２，０００ｃｍ、２，２５０ｃｍ、２，５００ｃｍ、２，７５０ｃｍ、または３，０００ｃｍのいずれかより大きい。
本明細書に記載の相互接続されたチャネル、接続チャネルの上流ネットワーク、及び接続チャネルの下流ネットワークのチャネルは、様々な断面形状及びサイズを有するように形成されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のチャネルの断面形状及びサイズは、チャネルの異なる点で変化し得る。いくつかの実施形態では、チャネルは、長方形、正方形、または円を含む断面形状を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ以上、例えば約２μｍ以上、３μｍ以上、４μｍ以上、５μｍ以上、６μｍ以上、７μｍ以上、８μｍ以上、９μｍ以上、または１０μｍ以上のいずれかの最小断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最小断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法、及び約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約１μｍ～約６μｍ、約３μｍ～約１０μｍ、または約６μｍ～約１２μｍのいずれかの幅（例えば、断面寸法にわたって測定される）を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの幅（例えば、断面寸法にわたって測定される）を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの幅（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約１μｍ～約６μｍ、約３μｍ～約１０μｍ、または約６μｍ～約１２μｍのいずれかの高さ（例えば、断面寸法にわたって測定される）を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの高さ（例えば、断面寸法にわたって測定される）を有する。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの高さ（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは、ＳＥＣマイクロ流体デバイスが含む複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、開放管状フォーマットである。
ｉｉ．逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイス
いくつかの実施形態では、試料の成分を分離するように構成されたマイクロ流体デバイスは、逆相クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスである。そのような実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、ＲＰＬＣクロマトグラフィーデバイスの複数の相互接続されたチャネル内に少なくとも配置されたサイズ排除クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）媒体を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ媒体は、接続チャネルの上流ネットワークにさらに配置される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ媒体は、接続チャネルの下流ネットワークにさらに配置される。
いくつかの実施形態では、逆相媒体は、任意の炭素鎖長のアルキル部分などのアルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、逆相媒体は、Ｃ２～Ｃ２０の炭素鎖長を有するアルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、逆相媒体は、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、またはＣ１８のいずれかの炭素鎖長を有するアルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、逆相媒体は、Ｃ２～Ｃ２０の炭素鎖長を有する２つ以上のアルキル部分を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む。いくつかの実施形態では、逆相媒体は、次のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む。いくつかの実施形態では、逆相媒体は、Ｃ２～Ｃ２０の炭素鎖長を有するアルキル部分の３つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む。いくつかの実施形態では、逆相媒体は、次のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの３つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物は、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む。
逆相媒体のアルキル部分は、所望の分離に基づくことができる。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物のアルキル部分は、等モル量で存在する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣ部分混合物などの逆相媒体のアルキル部分は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面に共有結合される。例えば、いくつかの実施形態では、相互接続された複数の平行チャネルの内面は、シリカ（ＳｉＯ２）を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、相互接続されたチャネルがＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通するように、任意の数の相互接続されたチャネルを含むことができ、相互接続されたチャネルは、入力ポートを介してＲＰＬＣマイクロ流体デバイスに導入された流体の一部を受け取るように構成される。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態において、複数の相互接続されたチャネルは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９個または１００個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、３２個の相互接続されたチャネルを含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、６４個の相互接続されたチャネルを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの上流ネットワークを介してＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、流体の一部が各相互接続されたチャネルに送達されるように、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートを介して導入された流体の流れを誘導及び分割するように構成される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、相互接続された並列チャネルの近位領域は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートを介して導入された流体に最初にさらされる相互接続されたチャネルの領域である。接続チャネルの上流ネットワークは、多くの方法で構成され、相互接続されたチャネルに流体を導くことに加えて、１つまたは複数の機能、例えば混合機能及び／またはフィルタリング機能及び／または希釈機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートから複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークの一連の分岐チャネルは、１対２の分割を使用して構造化されている（例えば、意図された流体の流れに基づいて上流から下流方向へ、１つのチャネルが２つのチャネルに分割される）。例えば、いくつかの実施形態では、単一の入力ポート及び３２個の相互接続されたチャネルを有するＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの場合、接続チャネルの上流ネットワークは、２つのチャネルに分割する単一のチャネルを含み、２つのチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで合計４つのチャネル）に分割し、４つのチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで合計８つのチャネル）に分割し、８つのチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで１６個のチャネル）に分割し、１６個のチャネルのそれぞれは２つのチャネル（ここで３２個のチャネル）に分割し、３２個のチャネルのそれぞれは３２個の相互接続されたチャネルのうちの１つに接続される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークは、１対２の分割、１対３の分割、１対４の分割、１対５の分割、１対６の分割、１対７の分割、１対８の分割、１対９の分割、１対１０の分割、１対１１の分割、１対１２の分割、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、分割後の接続チャネルの上流ネットワークのチャネル（すなわち、分割チャネル）は、元のチャネルと比較して、より小さな断面寸法（高さ及び／または幅など）を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、接続チャネルの下流ネットワークを介してＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれからの流体の流れをＲＰＬＣマイクロ流体デバイス（例えば、マイクロ流体デバイスの２つ以上の出力ポートを含む）の出力ポートに導いて結合するように構成される。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部は、複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの遠位領域は、流体が相互接続されたチャネルを出て下流の特徴に至る相互接続されたチャネルの領域である。接続チャネルの下流ネットワークは、多数の方法で構成することができ、流体を相互接続されたチャネルに誘導することに加えて、混合機能及び／または濾過機能及び／または希釈機能などの１つまたは複数の機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルから出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む。いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワークの一連の分岐チャネルは、２対１の分割を使用して構造化されている（例えば、意図された流体の流れに基づいて上流から下流方向へ、２つのチャネルが１つのチャネルに収束される）。例えば、いくつかの実施形態では、単一の出力ポート及び３２個の相互接続されたチャネルを有するＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの場合、接続チャネルの下流ネットワークは３２個のチャネルを含み、接続チャネルの下流ネットワークの３２個のチャネルのそれぞれは３２個の相互接続されたチャネルのチャネルに接続され、接続チャネルの下流ネットワークの３２個のチャネルの対は単一チャネル（ここで１６個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの１６個のチャネルの対は単一チャネル（ここで８個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの８個のチャネルの対は単一チャネル（ここで４個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの４個のチャネルの対は単一チャネル（ここで２個のチャネル）に収束し、接続チャネルの下流ネットワークの２個のチャネルは出力ポートと流体連通している単一チャネルに収束する。いくつかの実施形態では、接続チャネルの下流ネットワークは、２対１の収束、３対１の収束、４対１の収束、５対１の収束、６対１の収束、７対１の収束、８対１の収束、９対１の収束、１０対１の収束、１１対１の収束、１２対１の収束、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、収束後の接続チャネルの下流ネットワークのチャネル（すなわち、収束チャネル）は、それらが由来するチャネルと比較して、より大きな断面寸法（高さ及び／または幅など）を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、接続チャネルの上流ネットワーク及び／または接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される。例えば、いくつかの実施形態では、接続チャネルの上流ネットワーク及び／または接続チャネルの下流ネットワークを介する場合を除いて、１つの相互接続されたチャネルは別の相互接続されたチャネルに接続されない。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルのそれぞれは、約２ｃｍ～約３０ｃｍ、例えば約５ｃｍ～約２０ｃｍの長さを有する。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、少なくとも約５ｃｍ、例えば少なくとも約６ｃｍ、７ｃｍ、８ｃｍ、９ｃｍ、１０ｃｍ、１１ｃｍ、１２ｃｍ、１３ｃｍ、１４ｃｍ、１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２１ｃｍ、２２ｃｍ、２３ｃｍ、２４ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、３０ｃｍのいずれかである。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、約３０ｃｍ未満、例えば約２９ｃｍ、２８ｃｍ、２７ｃｍ、２６ｃｍ、２５ｃｍ、２４ｃｍ、２３ｃｍ、２２ｃｍ、２１ｃｍ、２０ｃｍ、１９ｃｍ、１８ｃｍ、１７ｃｍ、１６ｃｍ、１５ｃｍ、１４ｃｍ、１３ｃｍ、１２ｃｍ、１１ｃｍ、１０ｃｍ、９ｃｍ、８ｃｍ、７ｃｍ、６ｃｍ、５ｃｍ、４ｃｍ、３ｃｍ、または２ｃｍのいずれか未満である。いくつかの実施形態では、相互接続されたチャネルの長さは、約５ｃｍ、６ｃｍ、７ｃｍ、８ｃｍ、９ｃｍ、１０ｃｍ、１１ｃｍ、１２ｃｍ、１３ｃｍ、１４ｃｍ、１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２１ｃｍ、２２ｃｍ、２３ｃｍ、２４ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、または３０ｃｍのいずれかである。
いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルの全長は、約２０ｃｍ～約３，２００ｃｍである。いくつかの実施形態では、複数の相互接続されたチャネルの全長は、約２０ｃｍを超え、例えば、約５０ｃｍ、７５ｃｍ、１００ｃｍ、１５０ｃｍ、２００ｃｍ、２５０ｃｍ、３００ｃｍ、３５０ｃｍ、４００ｃｍ、４５０ｃｍ、５００ｃｍ、６００ｃｍ、７００ｃｍ、８００ｃｍ、９００ｃｍ、１，０００ｃｍ、１，２５０ｃｍ、１，５００ｃｍ、１，７５０ｃｍ、２，０００ｃｍ、２，２５０ｃｍ、２，５００ｃｍ、２，７５０ｃｍ、または３，０００ｃｍのいずれかより大きい。
本明細書に記載の相互接続されたチャネル、接続チャネルの上流ネットワーク、及び接続チャネルの下流ネットワークのチャネルは、様々な断面形状及びサイズを有するように形成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のチャネルの断面形状及びサイズは、チャネルの異なる点で変化し得る。いくつかの実施形態では、チャネルは、長方形、正方形、または円を含む断面形状を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ以上、例えば約２μｍ以上、３μｍ以上、４μｍ以上、５μｍ以上、６μｍ以上、７μｍ以上、８μｍ以上、９μｍ以上、または１０μｍ以上のいずれかの最小断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最小断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約３μｍ～約１０μｍの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍの最大断面寸法のいずれかに垂直な断面寸法を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法、及び約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの最大断面寸法に垂直な断面寸法を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約１μｍ～約６μｍ、約３μｍ～約１０μｍ、または約６μｍ～約１２μｍのいずれかの幅（例えば、断面寸法にわたって測定される）を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの幅（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの幅（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ～約１５μｍ、例えば約１μｍ～約６μｍ、約３μｍ～約１０μｍ、または約６μｍ～約１２μｍのいずれかの高さ（例えば、断面寸法にわたって測定される）を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１５μｍ以下、例えば約１４μｍ以下、１３μｍ以下、１２μｍ以下、１１μｍ以下、１０μｍ以下、９μｍ以下、８μｍ以下、７μｍ以下、６μｍ以下、５μｍ以下、４μｍ以下、３μｍ以下、２μｍ以下、または１μｍ以下のいずれかの高さ（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、約１μｍ、２μｍ、３μｍ、４μｍ、５μｍ、６μｍ、７μｍ、８μｍ、９μｍ、１０μｍ、１１μｍ、１２μｍ、１４μｍ、または１５μｍのいずれかの高さ（断面寸法にわたって測定されるなど）を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの複数の相互接続されたチャネルは、ピラーアレイによって形成されている。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは非晶質ではないピラーアレイである。いくつかの実施形態では、ピラーアレイは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが含む複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは石英基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは石英モノリシック基板を含む。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの相互接続されたチャネルは、開放管状フォーマットである。
いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスは、オンライン分流機構を含む。いくつかの実施形態では、オンライン分流機構は、バルブ及び／または流体の流れを受けるチャネルなどのチャネルである。いくつかの実施形態では、オンライン分流機構は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスとエレクトロスプレーイオン化デバイスの複数の相互接続されたチャネルとの間に配置される。いくつかの実施形態では、オンライン分流機構は、例えば、ＲＰＬＣ溶出液の特定の部分を質量分析計インターフェースから分流させることができるように、廃棄物と流体連通している。
Ｖ．本明細書に記載の方法及び／またはデバイスから得られる組成物
本明細書では、特定の態様において、本明細書に記載の方法及び／またはデバイスのいずれかから得られる組成物の集合体が提供される。いくつかの実施形態では、組成物の集合体の各組成物は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイス溶出液である。
いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、組成物は、タンパク質、ペプチド、核酸、代謝産物、他の生体分子、及びそれらの派生物を含む、２つ以上の製品、物質、液体、及び／または成分の任意の混合物を指す。いくつかの実施形態では、組成物は、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
ＶＩ．キット、コンポーネント、組成物（消耗品など）
いくつかの態様では、本明細書に記載の方法、デバイス、及びシステムのキット、構成要素、及び組成物（消耗品など）が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、キットは、ＳＥＣマイクロ流体デバイス及び／またはＲＰＬＣマイクロ流体デバイスなどのマイクロ流体液体クロマトグラフィーデバイスを含む。いくつかの実施形態では、キットは、試薬、例えば液体固定剤など、本明細書に記載の方法、デバイス、及びシステムに有用な組成物及び／または組成物を含む。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書の開示に従って使用するための説明書を含む。
ＶＩＩ．分析方法
いくつかの実施形態では、質量分析技術は、成分またはその亜集団に関連するシグナルの評価、例えばピーク検出を含む。質量分析計によって測定されたシグナルを評価するための多くの適切な技術が当技術分野で知られている。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、成分またはその亜集団に関連するイオン化強度を決定することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、成分またはその亜集団に関連するピーク高さを決定することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、成分またはその亜集団に関連するピーク面積を決定することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、成分またはその亜集団に関連するピーク体積を決定することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、アミノ酸配列によってペプチド生成物を同定することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、ペプチド生成物のアミノ酸配列の割り当てを手動で解釈及び検証することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、タンパク質識別子によって第１のポリペプチドを同定することを含む。いくつかの実施形態では、質量分析技術は、タンパク質識別子によって複数のポリペプチドのうちの１つまたは複数を同定することを含み、タンパク質識別子は、（組換えタンパク質またはペプチドまたは代謝産物の他の合成標準から）市販または社内で生成されたデータベースで同定され得る。検索またはライブラリ検索。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドの生成物の同定は、スペクトルライブラリを使用して達成される。スペクトルライブラリの使用により、ポリペプチドシステムに関して得られた知識の帰属が可能になり、結果としてデータ分析の速度が向上し、エラーが減少する。
記載されている質量分析技術のいずれも、本明細書に記載されている方法に適用することができる。いくつかの実施形態では、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスから溶出した１つまたは複数の生体分子及び／または成分は、質量分析計に供される。いくつかの実施形態では、質量分析計を使用して、試験試料の１つまたは複数の生体分子及び／または成分に対して質量分析が行われる。いくつかの実施形態では、質量分析は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供される画分の分析を含む。いくつかの実施形態では、質量分析は、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に供される各画分について質量分析計から得られた情報を含む１つまたは複数のデータセットを取得することを含む。いくつかの実施形態では、単一のデータセットは、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する、本明細書に記載のＲＰＬＣ技術などのＲＰＬＣ技術に供される単一の画分からの、質量分析計から得られた情報を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータセットのそれぞれは、質量分析計に導入された１つまたは複数の生体分子及び／または成分のイオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）及び存在量情報を含む。
いくつかの態様では、本明細書で提供される方法は、質量分析技術の１つまたは複数の出力を分析するステップをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、提供される方法は、質量分析計から得られた情報を含む１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つを分析することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つを使用して、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの同一性を決定する。本明細書における「同一性」への言及は、試験試料中の生体分子の名前を指す。例えば、いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つは、質量分析計に導入された試験試料またはその生成物から任意のタンパク質のタンパク質名を決定するためのものである。いくつかの実施形態において、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つにおけるｍ／ｚ情報は、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの同一性を決定するために使用される。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つを使用して、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を決定する。いくつかの実施形態では、特定された１つまたは複数の生体分子の量が決定される。本明細書における「特定された生体分子」への言及は、その同一性が決定された試験試料の生体分子を指す。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つの存在量情報を使用して、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を決定する。後続の質量分析技術の出力、例えば、ｍ／ｚまたは存在量情報に基づいて、質量分析計に導入される試験試料またはその生成物から生体分子を特定または定量化するための適切な技術を決定することは、当業者のレベルの範囲内である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのデータセットを使用して、試験試料の１つまたは複数の生体分子を特定または定量化する。例えば、単一のデータセットは、単一の画分（例えば、セクションＩＩ－Ｃで説明した画分のいずれか）に関連するデータを含むことができ、単一のデータセットを使用して、その画分に存在する生体分子またはその生成物を特定または定量化することができ、質量分析計に導入され得る。いくつかの実施形態では、例えば、質量分析計に導入された複数の画分に存在する生体分子またはその生成物を特定または定量化するために、複数のデータセットを使用して、試験試料の１つまたは複数の生体分子を特定または定量化する。質量分析計に導入された任意の数のフラクションに関連する任意の数のデータセットを使用して、関連する生体分子またはその生成物を特定または定量化することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、決定された同一性から、１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定することをさらに含む。本明細書における「シグネチャー」への言及は、特定された生体分子のセットを指す。シグネチャーは、試験試料中の特定された生体分子の全てまたはサブセットを含むことができる。いくつかの実施形態では、シグネチャーを特定することは、最初にシグネチャーにあった１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットを選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットは、１つまたは複数の特定された生体分子の測定された量に基づいて選択される。例えば、１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットは、高含量の生体分子を含むように選択することができる。
他の実施形態では、本明細書で提供される方法は、１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定することによってシグネチャーを特定することをさらに含む。前記測定された量に基づいて、前記試験試料中の前記複数の前記１つまたは複数の生体分子のサブセットを選択することと、前記試験試料中の前記複数の前記１つまたは複数の生体分子の前記サブセットのそれぞれの同一性を決定することとを含む、方法。すなわち、試験試料中の複数の生体分子の量は、複数の生体分子を特定することなく最初に決定することができ、測定された量に基づいて複数の生体分子のサブセットを選択することができる。次いで、複数の生体分子のサブセットの同一性を決定することができる。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットは、参照試料と比較した１つまたは複数の特定された生体分子の差分測定量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、試験試料中の１つまたは複数の生体分子の複数のサブセットは、参照試料と比較した試験試料中の１つまたは複数の生体分子の複数の差分測定量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の特定された生体分子のサブセット（あるいは１つまたは複数の生体分子の複数のサブセット）は、複数の参照試料と比較した差分測定量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、特定された生体分子及び関連する測定量は、複数の試験試料について決定され、シグネチャーに含まれる１つまたは複数の特定された生体分子のサブセット（あるいは複数の生体分子またはその生成物のサブセット）は、複数の試験試料と複数の参照試料との間の差分測定量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、シグネチャーは、参照試料または複数の参照試料と比較して、量の多い特定された生体分子、量の少ない特定された生体分子、またはその両方を含む。
いくつかの実施形態では、試験試料及び参照試料は、異なる健康状態または疾患状態を有する対象または対象群の間で、示差的に発現されるかまたは異なる量を有する、特定された生体分子の特徴を特定するために選択される。いくつかの実施形態では、参照試料は、健康な対象または対照対象からの試料である。例えば、いくつかの実施形態では、試験試料は罹患した対象からの試料であり、参照試料は健康な対象または対照対象からの試料である。いくつかの実施形態において、試験試料は、疾患に関連する前提条件を有する対象からの試料であり、参照試料は、健康な対象または対照対象からの試料である。本明細書における「対照被験体」への言及は、健康であるか、または試験試料を提供する被験体のものとは無関係の疾患または前状態を有する被験体を指す。いくつかの実施形態では、試験試料及び参照試料の両方が罹患した対象からの試料であるが、罹患した対象は異なる状態の疾患を有する。例えば、いくつかの実施形態では、試験試料は活性状態の疾患を有する対象からの試料であり、参照試料は不活性状態の疾患を有する対象からの試料である。いくつかの実施形態では、不活性状態は寛解である。寛解とは、病気の兆候や症状が軽減または消失することである。この用語は、この減少が発生する期間を指すためにも使用できる。寛解は、部分寛解または完全寛解と見なすことができる。いくつかの実施形態では、試験試料と参照試料の両方が罹患した対象からの試料であるが、罹患した対象は異なる段階の疾患を有する。患者は、病因、病態生理学、及び重症度に基づいて特定の病期に分類され、同じ病期にある患者は同様の治療を必要とし、同様の期待される結果をもたらす可能性がある。いくつかの実施形態において、試験試料は、進行期の疾患を有する対象からの試料であり、参照試料は、初期の疾患を有する対象からの試料である。他の例示的な病期には、ステージ１（例えば、合併症のない疾患）、ステージ２（例えば、局所的な合併症を伴う疾患）、及びステージ３（例えば、疾患が複数の系に関与するか、または全身の合併症を有する）が含まれる。
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される方法のいずれかを使用して特定された、複数の特定された分子またはそのサブセットを含む、シグネチャーである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される方法のいずれかを使用して特定された、特定された生体分子のサブセットを含む、シグネチャーである。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、シグネチャーの特定された生体分子の全てまたはサブセットをさらなる分析に供することをさらに含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、それぞれが提供されるデータのタイプを分析するように構成された１つまたは複数のプロセスへの入力として、シグネチャーの特定された生体分子の全てまたはサブセットを提供することをさらに含む。例えば、特定された生体分子はタンパク質名を含むことができ、タンパク質名は、提供されたタンパク質またはその生成物の側面または関係を分析するように構成されたプロセスへの入力として提供され得る（例えば、タンパク質間ネットワーク分析を実施するために）。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、それぞれが遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、それぞれが経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはそれぞれがネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力としてシグネチャーの特定された生体分子の全てまたはサブセットを提供することをさらに含む。いくつかの実施形態では、試料の生体分子を分析する方法も本明細書に提供され、この方法は、それぞれが遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、それぞれが経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはそれぞれがネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力として、任意のシグネチャーの特定された生体分子を提供することをさらに含む。このようなプロセスは、入力として提供される特定された生体分子内のペアまたはグループ全体のパターン及び関係を特定するために使用できる。
いくつかの実施形態では、シグネチャーの特定された生体分子は、遺伝子濃縮分析を実施するようにそれぞれ構成された１つまたは複数のプロセス、それぞれが経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセス、及びそれぞれがネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスへの入力として提供される。
いくつかの実施形態では、シグネチャーの１つまたは複数の分子型の特定された生体分子が入力として提供される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型はタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型には、コード及び／または非コードＲＮＡを含むＲＮＡが含まれる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型はペプチドを含む。いくつかの実施形態において、１つまたは複数の分子型は代謝産物を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型には、タンパク質、ＲＮＡ（コード及び／または非コードＲＮＡ）、ペプチド、及び代謝産物の任意の組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の分子型は、タンパク質のみからなる。
いくつかの実施形態では、シグネチャーの特定された生体分子は、それぞれが遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスへの入力として提供される。遺伝子濃縮分析（遺伝子セット濃縮分析または機能濃縮分析とも呼ばれる）には、提供された生体分子のセットで過剰に表現される生体分子のグループ（遺伝子またはタンパク質のグループなど）を特定するために使用できる方法が含まれる。これらの方法は、提供された生体分子の調節因子、例えば、その活性が入力として提供された遺伝子またはタンパク質の発現または活性に影響を与える転写因子またはキナーゼを特定するためにも使用できる。これらの方法は、統計的アプローチに依存して、入力として提供される生体分子の中で、生体分子の大幅に濃縮または枯渇処理したグループを特定する。場合によっては、生体分子は、同じ生物学的経路への関与に基づいてグループ化される。これらの方法は、生体分子をグループ化するために、遺伝子オントロジー（ＧＯ）にも依存している。ＧＯは、当技術分野で知られており、様々な生体分子間の関係を人が精選した表現を含む。ＧＯには、細胞成分、分子機能、または生物学的プロセスを記述するものが含まれる。本明細書における特定のＧＯ、例えばセルラーコンポーネントＧＯへの言及は、より大きなオントロジー内に含まれる全てのサブオントロジーも指す（例えば、セルラーコンポーネントＧＯへの言及は、セルラーコンポーネントＧＯ内のサブオントロジーへの言及を含む）。
いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数のＧＯを特定するように構成されたプロセスを含む（すなわち、入力として提供される特定された生体分子の生成物の少なくとも１つ）。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の細胞成分ＧＯを特定するように構成されたプロセス、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の分子経路ＧＯを特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の生物学的プロセスＧＯを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の細胞成分ＧＯを特定するように構成されたプロセス、及び入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の分子経路ＧＯを特定するように構成されたプロセスを含む。
前述の実施形態のいずれかにおいて、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供される特定された生体分子またはその生成物において濃縮または高度に表されるＧＯを特定する。いくつかの実施形態では、特定されたＧＯは、入力として提供される特定された生体分子の複数または大部分またはその生成物と関連付けられる。いくつかの実施形態では、特定されたＧＯに関連する特定された生体分子またはその生成物の数は、偶然に予想されるよりも多い（例えば、ランダムに選択されたＧＯに平均的に関連する数よりも多い）。
いくつかの実施形態において、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの、１つもしくは複数の調節因子を特定するように構成されたプロセスを含む。調節因子には、転写因子、小分子、小さな調節ＲＮＡ（例えば、マイクロＲＮＡまたはｓｉＲＮＡ）、キナーゼ、及びホスファターゼを含む、試験試料中の生体分子の存在量または活性に影響を与えることができる生体分子が含まれる。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態において、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態において、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するように構成されたプロセス、及び入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するように構成されたプロセスを含む。
前述の実施形態のいずれかにおいて、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供される特定された生体分子の複数または大部分を調節する調節因子（例えば、転写因子またはキナーゼ）、またはその生成物を特定する。いくつかの実施形態では、特定された調節因子によって調節される特定された生体分子またはその生成物の数は、偶然に予想されるよりも多い（例えば、無作為に選択された調節因子によって平均的に調節される数よりも多い）。
遺伝子濃縮分析を実施するための例示的な方法には、標準遺伝子セット濃縮分析（ＧＳＥＡ）アルゴリズム、単純濃縮分析（ＳＥＡ）アルゴリズム、及びスペクトル遺伝子セット濃縮（ＳＧＳＥ）アルゴリズムが含まれる。遺伝子濃縮分析を行うための例示的なツールとしては、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ ＳｅＱｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ（ＮＡＳＱＡＲ）、ＰｌａｎｔＲｅｇＭａｐ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓデータベース（ＭＳｉｇＤＢ）、Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＷｅｂＧｅｓｔａｌｔ（例えば、超表現分析（ＯＲＡ）、ＧＳＥＡ、またはネットワークトポロジーベースの分析（ＮＳＡ）アルゴリズムを使用する）、Ｅｎｒｉｃｈｒ、ＧｅｎｅＳＣＦ、ＤＡＶＩＤ、Ｍｅｔａｓｃａｐｅ、ＡｍｉＧＯ２、Ｇｅｎｏｍｉｃ ｒｅｇｉｏｎ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎｓ ｔｏｏｌ（ＧＲＥＡＴ）、Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＦｕｎＲｉｃｈ）、ＦｕｎｃＡｓｓｏｃｉａｔｅ、ＩｎｔｅｒＭｉｎｅ、ＴｏｐｐＧｅｎｅ、Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｓｅｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＱｕＳＡＧＥ）、Ｂｌａｓｔ２ＧＯ及びｇ：Ｐｒｏｆｉｌｅｒ）が挙げられ、または提供される。遺伝子濃縮分析を実施するための例示的なツールには、それぞれ転写因子濃縮分析（ＴＦＥＡ）及びキナーゼ濃縮分析（ＫＥＡ）を含む、入力として提供されるタンパク質を調節する転写因子またはキナーゼを特定することができるものも含まれる。
いくつかの実施形態では、シグネチャーの特定された生体分子は、それぞれが経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスへの入力として提供される。経路分析は、入力として生体分子のリストが与えられた場合、提供された生体分子の間に表されるかまたはそれに富む任意の生物学的経路を特定するために使用することができる方法を含む。生物学的経路には、代謝経路及びシグナル伝達経路が含まれる。これらの方法は、ＧＯならびにヒト制御経路収集及び相互作用ネットワーク、例えば、リソースＫＥＧＧ、ＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓ、Ｒｅａｃｔｏｍｅ、Ｐａｔｈｗａｙ Ｓｔｕｄｉｏ、及びＩｎｇｅｎｕｉｔｙ Ｐａｔｈｗａｙ Ａｎａｌｙｓｉｓからのものに依存することができる。これらの経路収集及び相互作用ネットワークは、公開された材料から編集することができ、特定の生物に関連する遺伝子、タンパク質、代謝経路、分子相互作用、及び生化学反応に関する情報を含むことができる。それらはまた、これらの様々な生体分子及び経路が細胞構造またはより大きな反応経路においてどのように組織化されるかをマッピングすることができる。経路分析は、経路に基づくモデリングの方法も含む。経路に基づくモデル及びこれらのモデルを開発するための利用可能なツールのタイプは、偏微分方程式／ブールモデルを含む（利用可能なツールは、ＣｅｌｌＮｅｔＡｎａｌｙｚｅｒを含む）。ネットワークフローモデル（利用可能なツールには、ＮｅｔＰｈｏｒｅｓｔ及びＮｅｔｗｏｒＫＩＮが含まれる）；転写調節ネットワークに基づく再構成法（利用可能なツールにはＡＲＡＣＮｅが含まれる）；及び確率的グラフモデル（ＰＧＭ、利用可能なツールにはＰＡＲＡＤＩＧＭが含まれる。）。
いくつかの実施形態では、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の経路、例えば分子、シグナル伝達、または代謝経路を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数の代謝経路を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つに関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセスを含む。
先の実施形態のいずれかにおいて、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供された特定された生体分子またはその生成物において濃縮されているかまたは高度に表されている１つまたは複数の経路を特定する。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の特定された経路（例えば、シグナル伝達経路）はそれぞれ、入力として提供される特定された生体分子またはその生成物の複数または大部分を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の特定された経路のそれぞれに含まれる特定された生体分子またはその生成物の数は、偶然に予想されるよりも多い（例えば、無作為に選択された経路に平均して含まれるであろう数よりも多い）。
経路分析を実施するための例示的な方法には、過剰表現分析（ＯＲＡ）、機能クラススコアリング（ＦＣＳ）、Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｐａｔｈｗａｙ Ｉｍｐａｃｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＳＰＩＡ）、ＥｎｒｉｃｈＮｅｔ、Ｇｅｎｅ Ｇｒａｐｈ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＧＧＥＡ）、ＴｏｐｏＧＳＡを含む経路トポロジー分析（ＰＴＡ）、及びネットワークエンリッチメント分析（ＮＥＡ）を含む。経路分析を行うための例示的なツールには、ＳＴＲＩＮＧ、Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ、Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ、Ｐａｔｈｗａｙｓ Ｓｔｕｄｉｏ、Ｐａｔｈｗａｙｓ Ｓｔｕｄｉｏ Ｖｉｅｗｅｒ、ＰＴＡ：ＰａｔｈｗａｙＧｕｉｄｅ、ＭｅｔａＣｏｒｅ、Ｗｉｋｉ Ｐａｔｈｗａｙｓ、ＣｅｌｌＮｅｔＡｎａｌｙｚｅｒ、ＮｅｔＰｈｏｒｅｓｔ／ＮｅｔｗｏｒＫＩＮ、ＡＲＡＣＮｅ及びＰａｒａｄｉｇｍを介して提供されるものが含まれる。
いくつかの実施形態では、シグネチャーの特定された生体分子は、ネットワーク分析を実施するようにそれぞれ構成された１つまたは複数のプロセスへの入力として提供される。ネットワーク分析は、入力として生体分子のリストが与えられると、入力として提供される生体分子間の関係を特定するために使用することができる方法を含む。関係には、物理的または機能的な相互作用が含まれる。これらのネットワークは、例えば、予測された共発現、共局在、遺伝的相互作用、物理的相互作用、ならびに予測され共有されたタンパク質ドメインデータに基づいて構築することができる。ノードまたは頂点を使用して、入力として提供された特定された生体分子を表すことができ、２つのノード（またはノード自体）をそれぞれ接続するエッジを使用して、接続されたノード間の予測または特定された関係を表すことができる。ネットワークのタイプには、転写調節ネットワーク、ウイルス－宿主ネットワーク、代謝ネットワーク、タンパク質間相互作用ネットワーク、疾患ネットワーク、及び薬物効果ネットワーク（例えば、その発現または活性が特定の薬物によって影響される生体分子のネットワーク）が含まれる。ネットワークは、自動的にまたは人間のキュレーションを介して構築することができる相互作用データベースを使用して、生体分子の提供されたリストで特定することができる。ヒト管理対話データベースには、ＢｉｏＧＲＩＤ及びＩｎｔＡｃｔが含まれる。ネットワーク分析を使用して、提供された特定された生体分子（すなわち、）の相互接続性を分析することができ、これには、密接に接続されたグループ、例えば、互いに接続する多数のエッジを有するノードのグループの類似または一部であるノードのクラスタ（すなわち、特定された生体分子）を検出することが含まれる。ネットワーク分析を使用して、ネットワークのハブを特定することもできる。ネットワークのハブは、それらをネットワーク内の他のノードに接続するエッジの平均数よりも多いまたは多いエッジを有するノードである。生物学的ネットワークでは、これらのハブは、それらの関連経路の中央制御デバイスであり得る。したがって、いくつかの態様では、これらのハブを標的とする薬物の特定は、疾患に罹患している経路またはプロセスに広く影響を及ぼし得る。
いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークの１つもしくは複数のハブを特定するように構成されたプロセスを含む。
いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス、及び／または入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス、及び入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセスを含む。
いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のタンパク質間相互作用ネットワークを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、プロセスは、１つまたは複数の特定されたタンパク質間相互作用ネットワークに関連する１つまたは複数のハブを特定するようにさらに構成される。
いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供されたシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成された２つのプロセスを含む。いくつかの実施形態では、プロセスまたは２つのプロセスのそれぞれは、入力として提供されるシグネチャーの複数の特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成される。いくつかの実施形態では、プロセスまたは２つのプロセスのそれぞれは、（１）入力として提供されるシグネチャーの特定された生体分子のうちの少なくとも１つに関連する１つまたは複数のネットワークを特定するように、（２）１つまたは複数の特定されたネットワーク、の１つまたは複数のハブを特定するよう、及び（３）特定されたハブの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成されている。前述の実施形態のいずれかにおいて、ネットワークまたは１つまたは複数のネットワークは、タンパク質間相互作用ネットワークである。
前述の実施形態のいずれかにおいて、プロセスは、入力として提供されるシグネチャーの複数の特定された生体分子、またはその複数の生成物にそれぞれ関連する１つまたは複数のネットワークまたはそのハブを特定するように構成される。いくつかの実施形態では、特定された１つまたは複数のネットワークに関連する特定された生体分子またはその生成物の数は、偶然に予想されるよりも多い。
例示的なネットワーククラスタリングアルゴリズムには、Ｇｉｒｖｉｎ－Ｎｅｗｍａｎ法、Ｍａｒｋｏｖ Ｃｌｕｓｔｅｒアルゴリズム、ＨｏｔＮｅｔアルゴリズム、ＨｙｐｅｒＭｏｄｕｌｅｓ Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ Ａｐｐ、及びＲｅａｃｔｏｍｅ ＦＩ Ｎｅｔｗｏｒｋ及びＲｅａｃｔｏｍｅＦＩＶｉｚが含まれるか、またはそれらを通じて利用可能である。ネットワーク分析を行うための例示的なツールには、ＧｅｎｅＭＡＮＩＡ（これは、例えば、タンパク質間相互作用ネットワークを特定するために使用することができる。）、ＨｏｔＮｅｔ、ＨｙｐｅｒＭｏｄｕｌｅｓ、及びＲｅａｃｔｏｍｅ Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ ＦＩ Ａｐｐ、ならびにＬ１０００ Ｆｉｒｅｗｏｒｋｓ Ｄｉｓｐｌａｙ（Ｌ１０００ＦＷＤ）及びｉＬＩＮＣＳ化学摂動型（ｐｉＮＥＴ）アルゴリズムが含まれ、これらは両方とも入力として提供される遺伝子またはタンパク質を標的とする薬物を特定するために使用することができる。
いくつかの実施形態では、シグネチャーの特定された生体分子は、それぞれが遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセス（例えば、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された上記のプロセスのいずれか）、それぞれが経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセス（例えば、経路分析を実施するように構成された上記のプロセスのいずれか）、及びネットワーク分析を実施するようにそれぞれ構成された１つまたは複数のプロセス（例えば、ネットワーク分析を実施するように構成された上記のプロセスのいずれか）への入力として提供される。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供された特定された成分のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の細胞成分遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供された特定された成分のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供される特定された成分のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供される特定された成分のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、経路分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供される特定された構成要素のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供された特定された構成要素のうちの少なくとも１つ、またはその製品のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つまたは複数のネットワークを特定するように構成されたプロセスを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のネットワークは、タンパク質間相互作用ネットワークである。いくつかの実施形態では、ネットワーク分析を実施するように構成された１つまたは複数のプロセスは、入力として提供された特定された構成要素の少なくとも１つ、またはその製品の少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成された１つまたは複数のプロセスを含む。いくつかの実施形態では、入力として提供される特定された成分のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物またはその生成物のうちの少なくとも１つを特定するように構成された１つもしくは複数のプロセスは、入力として提供される複数の特定された成分、またはその複数の生成物を含むタンパク質間相互作用ネットワークのハブをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成される。
いくつかの実施形態では、特定された生体分子のシグネチャーを分析する方法も本明細書で提供され、上記方法は、遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するようにそれぞれ構成された複数のプロセスのそれぞれに複数の特定された生体分子を提供することを含み、提供することは任意の順序で行われ、複数の特定された生体分子は、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含むみ、前記複数のプロセスは、入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれとを含む、方法。
いくつかの実施形態では、複数の特定された生体分子は、タンパク質セットを含む。いくつかの実施形態では、複数の特定された生体分子はタンパク質のみを含む。いくつかの実施形態において、１つまたは複数のネットワークはタンパク質間相互作用ネットワークである。いくつかの実施形態では、入力として提供される複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれは、入力として提供される複数の特定された生体分子またはその複数の生成物を含むタンパク質間相互作用ネットワークのハブをそれぞれ標的とする１つまたは複数の薬物を特定するように構成される。
いくつかの実施形態では、タンパク質シグネチャーを分析する方法であって、それぞれが遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するように構成された複数のプロセスのそれぞれに複数のタンパク質を提供することを含み、提供することが任意の順序で行われ、複数のプロセスは、入力として提供された複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供される前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセス、入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセス、及び入力として提供される前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれと、を含む、方法もまた本明細書で提供される。
いくつかの実施形態において、１つまたは複数のネットワークはタンパク質間相互作用ネットワークである。いくつかの実施形態では、入力として提供される複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれは、入力として提供される複数の特定された生体分子またはその複数の生成物を含むタンパク質間相互作用ネットワークのハブをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成される。
ＶＩＩＩ．例示的な実施形態
本出願の主題の実施形態がここに提供される。
実施形態１．
質量分析のために試験試料を処理するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
（ａ）前記試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供する工程であって、
前記試験試料が、１つまたは複数の生体分子、及びカオトロピック剤を含み、
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含む、
前記供する工程；
（ｂ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集する工程；
（ｃ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分のうちの１つまたは複数を、タンパク質分解技術に供する工程；及び
（ｄ）ステップ（ｂ）及び（ｃ）の一方または両方からの１つまたは複数の画分を、質量分析計への導入のために前記１つまたは複数の画分のそれぞれの成分を調製するための条件下で、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に個別に供する工程であって、
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、逆相媒体を含む複数の相互接続されたチャネルを含み、
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、エレクトロスプレーイオン化源に連結されている、前記個別に供する工程。
実施形態２．
前記試験試料が、生物学的試料である、実施形態１の方法。
実施形態３．
前記試験試料が、個体由来である、実施形態１または２の方法。
実施形態４．
前記試験試料が、約５Ｍ～約８Ｍのカオトロピック剤の濃度を有する、実施形態１～３のいずれか１つの方法。
実施形態５．
前記カオトロピック剤が、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、カリウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む、実施形態１～４のいずれか１つの方法。
実施形態６．
前記カオトロピック剤が、塩酸グアニジンまたは塩化グアニジニウムである、実施形態１～３のいずれか１つの方法。
実施形態７．
前記試験試料中のカオトロピック剤が、液体固定剤に由来する、実施形態１～６のいずれか１つの方法。
実施形態８．
前記試験試料が、約５％～約４０％の粘度調整剤の濃度を有する、実施形態１～７のいずれか１つの方法。
実施形態９．
前記粘度調整剤が、グリセロールである、実施形態８の方法。
実施形態１０．
前記試験試料が、少なくとも約６Ｍのグアニジン及び約１０％～約３０％のグリセロールを含む、実施形態８または９の方法。
実施形態１１．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＳＥＣ技術に供される前記試験試料が、約１μＬ～約２００μＬの体積を有する、実施形態１～１０のいずれか１つの方法。
実施形態１２．
前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤の濃度の範囲が、前記試験試料のカオトロピック剤の所定の濃度の約±４０％以内である、実施形態１～１１のいずれか１つの方法。
実施形態１３．
前記ＳＥＣ技術が、前記試験試料中のカオトロピック剤の範囲内の移動相カオトロピック剤の濃度を有するＳＥＣ移動相の使用を含む、実施形態１～１２のいずれか１つの方法。
実施形態１４．
前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、前記試験試料のカオトロピック剤と同じである、実施形態１～１３のいずれか１つの方法。
実施形態１５．
前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、前記試験試料のカオトロピック剤とは異なる、実施形態１～１３のいずれか１つの方法。
実施形態１６．
前記ＳＥＣ移動相が、約４Ｍ～約８Ｍの濃度の移動相カオトロピック剤を含む、実施形態１～１５のいずれか１つの方法。
実施形態１７．
前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む、実施形態１～１６のいずれか１つの方法。
実施形態１８．
前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、塩酸グアニジン、塩化グアニジニウム、チオシアン酸グアニジニウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、酢酸カリウム及びヨウ化ナトリウムからなる群から選択される、実施形態１～１７のいずれか１つの方法。
実施形態１９．
前記ＳＥＣ移動相が、移動相粘度調整剤を含む、実施形態１～１８のいずれか１つの方法。
実施形態２０．
前記ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤が、約５％～約４０％の濃度を有する、実施形態２０の方法。
実施形態２１．
前記粘度調整剤が、グリセロールである、実施形態１９または２０の方法。
実施形態２２．
前記ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤が、前記液体固定剤の粘度調整剤と同じである、実施形態１９～２１のいずれか１つの方法。
実施形態２３．
前記ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤が、前記液体固定剤の粘度調整剤とは異なる、実施形態１９～２１のいずれか１つの方法。
実施形態２４．
前記試験試料が、少なくとも約６Ｍのグアニジン及び約１０％～約３０％のグリセロールを含む、実施形態１９～２１のいずれか１つの方法。
実施形態２５．
前記ＳＥＣ技術が、アイソクラティックＳＥＣ技術である、実施形態１～２４のいずれか１つの方法。
実施形態２６．
前記ＳＥＣ技術が、約１μＬ／分～約５μＬ／分の移動相流量の使用を含む、実施形態１～２５のいずれか１つの方法。
実施形態２７．
前記ＳＥＣ技術が、上昇した温度で実施される、実施形態１～２６のいずれか１つの方法。
実施形態２８．
前記ＳＥＣ技術が、約４５℃～約６０℃の温度で実施される、実施形態１～２７のいずれか１つの方法。
実施形態２９．
前記ＳＥＣ技術が、実質的に一定の温度で実施される、実施形態２７または２８の方法。
実施形態３０．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、ＳＥＣ媒体を含む、実施形態１～２９のいずれか１つの方法。
実施形態３１．
前記ＳＥＣ媒体が、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する材料である、実施形態３０の方法。
実施形態３２．
前記ＳＥＣ媒体が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面である、実施形態３０または３１の方法。
実施形態３３．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルの前記内面材料が、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する、実施形態１～３２のいずれか１つの方法。
実施形態３４．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、開放管状フォーマットで構成されている、実施形態１～３３のいずれか１つの方法。
実施形態３５．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む、実施形態１～３４のいずれか１つの方法。
実施形態３６．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態３５の方法。
実施形態３７．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態３５の方法。
実施形態３８．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの上流ネットワークを介して前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している、実施形態１～３７のいずれか１つの方法。
実施形態３９．
前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、実施形態３８の方法。
実施形態４０．
前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、実施形態３８または３９の方法。
実施形態４１．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、実施形態１～４０のいずれか１つの方法。
実施形態４２．
前記接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている、実施形態４１の方法。
実施形態４３．
前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、実施形態４１または４２の方法。
実施形態４４．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、前記接続チャネルの上流ネットワークまたは前記接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される、実施形態４１～４３のいずれか１つの方法。
実施形態４５．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する、実施形態１～４４のいずれか１つの方法。
実施形態４６．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、実施形態１～４５のいずれか１つの方法。
実施形態４７．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、実施形態１～４６のいずれか１つの方法。
実施形態４８．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、実施形態１～４７のいずれか１つの方法。
実施形態４９．
前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、実施形態４８の方法。
実施形態５０．
前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、実施形態４８の方法。
実施形態５１．
前記ピラーアレイが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、実施形態３２～５０のいずれか１つの方法。
実施形態５２．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、実施形態１～５１のいずれか１つの方法。
実施形態５３．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、実施形態１～４２のいずれか１つの方法。
実施形態５４．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、実施形態１～５３のいずれか１つの方法。
実施形態５５．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む、実施形態１～４４のいずれか１つの方法。
実施形態５６．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集する工程が、フラクションコレクターを使用して実施される、実施形態１～５５のいずれか１つの方法。
実施形態５７．
前記複数の画分のそれぞれが、時間に基づいて前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、実施形態１～５６のいずれか１つの方法。
実施形態５８．
前記複数の画分のそれぞれが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから約３０秒～約５分の期間にわたって収集される、実施形態５７の方法。
実施形態５９．
前記複数の画分のそれぞれが、均一な量の時間にわたって前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、実施形態５７または５８の方法。
実施形態６０．
前記複数の画分のうちのある画分が、前記複数の画分のうちの別の画分とは異なる量の時間にわたって前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、実施形態４７または５８の方法。
実施形態６１．
前記複数の画分のそれぞれが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの溶出液の体積に基づいて前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、実施形態１～５６のいずれか１つの方法。
実施形態６２．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された前記複数の画分のそれぞれが、約１μＬ～約２０μＬの体積を有する、実施形態６１の方法。
実施形態６３．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された前記複数の画分のそれぞれが、均一な体積を有する、実施形態６１または６２の方法。
実施形態６４．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された前記複数の画分のうちのある画分が、前記複数の画分のうちの別の画分とは異なる体積を有する、実施形態６２または６３の方法。
実施形態６５．
前記複数の画分が、約５個～約５０個の画分である、実施形態１～６４のいずれか１つの方法。
実施形態６６．
前記複数の画分が、約１２個～約２４個の画分である、実施形態６５の方法。
実施形態６７．
前記タンパク質分解技術が、酵素に基づく消化技術を含む、実施形態１～６６のいずれか１つの方法。
実施形態６８．
前記酵素に基づく消化技術が、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、ＬｙｓＣ、ＬｙｓＮ、ＡｓｐＮ、ＧｌｕＣ及びＡｒｇＣ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される酵素の使用を含む、実施形態６７の方法。
実施形態６９．
前記酵素に基づく消化技術が、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した画分を希釈するステップを含む、実施形態６７または６８の方法。
実施形態７０．
前記希釈することが、
前記カオトロピック剤のある濃度に達するために、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した前記画分を水と混合すること
を含む、実施形態６９の方法。
実施形態７１．
前記酵素消化のための前記カオトロピック剤の濃度の最終濃度が、約０．５Ｍである、実施形態７０の方法。
実施形態７２．
前記酵素に基づく消化技術が、緩衝液交換ステップを含まない、実施形態６７～７１のいずれか１つの方法。
実施形態７３．
前記酵素に基づく消化技術が、アルキル化ステップを含まない、実施形態６７～７２のいずれか１つの方法。
実施形態７４．
前記酵素に基づく消化技術が、還元ステップを含まない、実施形態６７～７２のいずれか１つの方法。
実施形態７５．
前記タンパク質分解技術が、酵素に基づかないアプローチを含む、実施形態１～６６のいずれか１つの方法。
実施形態７６．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分の１つもしくは複数及び／または前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分の１つもしくは複数を定量的標識技術に供する工程をさらに含み、
前記定量的標識技術が、前記逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術の前に実施される、
実施形態１～７５のいずれか１つの方法。
実施形態７７．
前記定量的標識技術が、等圧質量タグの使用を含む、実施形態７６の方法。
実施形態７８．
前記定量的標識技術が、タンデム質量タグ（ＴＭＴ）の使用を含む、実施形態７６または７７の方法。
実施形態７９．
前記定量的標識技術が、脱塩ステップを含む、実施形態７６～７８のいずれか１つの方法。
実施形態８０．
内部標準を、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分の１つもしくは複数及び／または前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分の１つもしくは複数と混合する工程をさらに含み、
前記内部標準の前記混合工程が、前記逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術の前に実施される、
実施形態１～７９のいずれか１つの方法。
実施形態８１．
前記内部標準が、同位体標識ペプチドである、実施形態７９の方法。
実施形態８２．
前記ＲＰＬＣ技術に供される前記１つまたは複数の画分が、以下：
（ｉ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られるゼロまたは複数の画分、及び
（ｉｉ）前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分のうちの１つまたは複数
から得られる１つまたは複数の画分またはその一部
を含む、実施形態１～８１のいずれか１つの方法。
実施形態８３．
前記ＲＰＬＣ技術に供される前記１つまたは複数の画分のそれぞれが、水溶液と混合された前記それぞれの起源画分を含む、実施形態１～８２のいずれか１つの方法。
実施形態８４．
前記ＲＰＬＣ技術に供される前記画分が、約１μＬ～約５０μＬの体積を有する、実施形態１～８３のいずれか１つの方法。
実施形態８５．
前記ＲＰＬＣ技術が、ＲＰＬＣ移動相の使用を含む、実施形態１～８４のいずれか１つの方法。
実施形態８６．
前記ＲＰＬＣ技術が、約０．０５μＬ／分～約２μＬ／分の前記ＲＰＬＣ移動相の移動相流量を含む、実施形態８５の方法。
実施形態８７．
前記ＲＰＬＣ技術が、勾配ＲＰＬＣ技術である、実施形態１～８６のいずれか１つの方法。
実施形態８８．
前記ＲＰＬＣ技術が、上昇した温度で実施される、実施形態１～８７のいずれか１つの方法。
実施形態８９．
前記ＲＰＬＣ技術が、約３０℃～約１００℃の温度で実施される、実施形態１～３７のいずれか１つの方法。
実施形態９０．
前記ＲＰＬＣ技術が、実質的に一定の温度で実施される、実施形態８８または８９の方法。
実施形態９１．
前記逆相媒体が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む、実施形態１～９０のいずれか１つの方法。
実施形態９２．
前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの３つ以上を含む、実施形態９１の方法。
実施形態９３．
前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む、実施形態９１の方法。
実施形態９４．
前記ＲＰＬＣ部分混合物の前記アルキル部分が、等モル量で存在する、実施形態９１～９３のいずれか１つの方法。
実施形態９５．
前記ＲＰＬＣ部分混合物の前記アルキル部分が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面に共有結合している、実施形態９１～９４のいずれか１つの方法。
実施形態９６．
前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面が、シリカ（ＳｉＯ２）を含む、実施形態９５の方法。
実施形態９７．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む、実施形態１～９６のいずれか１つの方法。
実施形態９８．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態９７の方法。
実施形態９９．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態９７の方法。
実施形態１００．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの上流ネットワークを介して前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している、実施形態１～８５のいずれか１つの方法。
実施形態１０１．
前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、実施形態１００の方法。
実施形態１０２．
前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、実施形態１００または１０１の方法。
実施形態１０３．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、実施形態１～１０２のいずれか１つの方法。
実施形態１０４．
前記接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている、実施形態１０３の方法。
実施形態１０５．
前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、実施形態１０３及び１０４の方法。
実施形態１０６．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、接続チャネルの前記上流ネットワークまたは接続チャネルの前記下流ネットワークを介してのみ接続される、実施形態１０３～１０５のいずれか１つの方法。
実施形態１０７．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する、実施形態１～１０６のいずれか１つの方法。
実施形態１０８．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、実施形態１～１０７のいずれか１つの方法。
実施形態１０９．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、実施形態１～１０８のいずれか１つの方法。
実施形態１１０．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、実施形態１～１０９のいずれか１つの方法。
実施形態１１１．
前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、実施形態１１０の方法。
実施形態１１２．
前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、実施形態１１０の方法。
実施形態１１３．
前記ピラーアレイが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが含む前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、実施形態１１０～１１２のいずれか１つの方法。
実施形態１１４．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、オンライン分流機構を含む、実施形態１～１１３のいずれか１つの方法。
実施形態１１５．
前記オンライン分流機構が、バルブ及び／またはチャネルである、実施形態１１４の方法。
実施形態１１６．
前記オンライン分流機構が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルと前記エレクトロスプレーイオン化デバイスとの間に配置される、実施形態１１４または１１５の方法。
実施形態１１７．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、実施形態１～１１６のいずれか１つの方法。
実施形態１１８．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、実施形態１～１１７のいずれか１つの方法。
実施形態１１９．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、実施形態１～１１８のいずれか１つの方法。
実施形態１２０．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む、実施形態１～１１９のいずれか１つの方法。
実施形態１２１．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、開放管状フォーマットで構成されている、実施形態１～１２０のいずれか１つの方法。
実施形態１２２．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、オンライン脱塩用に構成されている、実施形態１～１２１のいずれか１つの方法。
実施形態１２３．
前記エレクトロスプレーイオン化源が、ナノエレクトロスプレーイオン化源である、実施形態１～１２２のいずれか１つの方法。
実施形態１２４．
前記エレクトロスプレーイオン化源が、加熱エレクトロスプレーイオン化源である、実施形態１～１２３のいずれか１つの方法。
実施形態１２５．
前記試料が、血液試料、脳脊髄液（ＣＳＦ）試料、腹水試料、精漿試料、及び乳頭吸引液試料からなる群から選択される、実施形態１～１２４のいずれか１つの方法。
実施形態１２６．
前記試料が、約１０μＬ～約２００μＬの体積を有する、実施形態１～１２５のいずれか１つの方法。
実施形態１２７．
前記試料が、血液試料である、実施形態１～１２６のいずれか１つの方法。
実施形態１２８．
前記個体からの前記試料が血液試料である場合、血漿試料を調製する工程をさらに含む、実施形態１～１０７のいずれか１つの方法。
実施形態１２９．
前記血漿試料を調製する工程が、前記血液試料を血漿生成技術に供することを含む、実施形態１２８の方法。
実施形態１３０．
前記血漿生成技術が、前記試料をポリスルホン媒体に供することを含む、実施形態１２９の方法。
実施形態１３１．
前記ポリスルホン媒体が、非対称ポリスルホン材料である、実施形態１３０の方法。
実施形態１３２．
前記血漿生成技術が、毛管作用濾過技術である、実施形態１２９～１３１のいずれか１つの方法。
実施形態１３３．
前記血漿生成技術に供される前記血液試料の体積が、約１０μＬ～約２００μＬである、実施形態１２９～１３２のいずれか１つの方法。
実施形態１３４．
前記試験試料を生成するために、生成された前記血漿試料を前記液体固定剤と混合する工程をさらに含む、実施形態１２９～１３３のいずれか１つの方法。
実施形態１３５．
前記試験試料を前記ＳＥＣ技術に供する前に、前記試験試料をさらに枯渇処理しない、実施形態１３４の方法。
実施形態１３６．
前記血漿生成技術が、周囲温度で実施される、実施形態１２９～１３５のいずれか１つの方法。
実施形態１３７．
前記試料が、前記血漿生成技術の前に枯渇処理ステップに供されたことがない、実施形態１２９～１３６のいずれか１つの方法。
実施形態１３８．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスから溶出した前記成分またはその生成物を前記質量分析計に供する工程をさらに含む、実施形態１～１３７のいずれか１つの方法。
実施形態１３９．
前記質量分析計を使用して前記試料の前記成分またはその生成物の質量分析を実施する工程をさらに含む、実施形態１３８の方法。
実施形態１４０．
前記質量分析が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術に供される各画分の分析を含む、実施形態１３９の方法。
実施形態１４１．
前記質量分析が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術に供される各画分について前記質量分析計から得られた情報を含む１つまたは複数のデータセットを取得することを含む、実施形態１３９または１４０の方法。
実施形態１４２．
単一のデータセットが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術に供される単一画分からの前記質量分析計から得られた情報を含む、実施形態１４１の方法。
実施形態１４３．
前記１つまたは複数のデータセットのそれぞれが、前記質量分析計に導入された前記成分のイオンまたはその生成物についての質量電荷比（ｍ／ｚ）及び存在量情報を含む、実施形態１４１または１４２の方法。
実施形態１４４．
実施形態１～１４３のいずれか１つの方法から得られる組成物の集合体であって、前記組成物の集合体の各組成物が、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイス溶出液である、前記組成物の集合体。
実施形態１４５．
質量分析技術を使用して組成物の集合体を分析する方法であって、以下：
（ａ）組成物の集合体の各組成物を質量分析計に供する工程；及び
（ｂ）前記組成物の集合体の各組成物の質量分析を実施する工程
を含み、
前記組成物の集合体が、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試験試料の分画を含む処理技術から得られ、続いて各画分またはその生成物を、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＲＰＬＣ技術に適用する、前記方法。
実施形態１４６．
前記ＳＥＣ画分が、タンパク質分解技術によってさらに処理される、実施形態１４５の方法。
実施形態１４７．
前記１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、前記試験試料中の複数の前記１つまたは複数の生体分子のそれぞれの同一性を決定する工程をさらに含む、実施形態１４１～１４３のいずれか１つの方法。
実施形態１４８．
前記１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、前記試験試料中の複数の前記１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定する工程をさらに含む、実施形態１４１～１４３及び１４７のいずれか１つの方法。
実施形態１４９．
前記決定された同一性から、１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定する工程をさらに含む、実施形態１４７または１４８の方法。
実施形態１５０．
前記特定する工程が、前記１つまたは複数の特定された生体分子の前記測定された量に基づいて、前記１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットを選択することをさらに含む、実施形態１４９の方法。
実施形態１５１．
前記１つまたは複数の特定された生体分子の前記サブセットが、参照試料と比較した前記１つまたは複数の特定された生体分子の差分測定量に基づいて選択される、実施形態１４８～１５０のいずれか１つの方法。
実施形態１５２．
１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定する工程をさらに含み、
前記特定する工程が、
前記１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、前記試験試料中の複数の前記１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定することと、
測定された量に基づいて、前記試料中の前記１つまたは複数の生体分子の複数のサブセットを選択することと、
試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のサブセットのそれぞれの同一性を決定することと
を含む、実施形態１４１～１４３のいずれか１つの方法。
実施形態１５３．
前記試験試料中の前記複数の前記１つまたは複数の生体分子の前記サブセットが、参照試料と比較した前記試験試料中の前記複数の前記１つまたは複数の生体分子の差分測定量に基づいて選択される、実施形態１５２の方法。
実施形態１５４．
前記試験試料が、罹患した対象からの試料であり、前記参照試料が、健康な対象または対照対象からの試料である、実施形態１５１または１５３の方法。
実施形態１５５．
前記試験試料が、疾患に関連する前提条件を有する対象からの試料であり、前記参照試料が、健康な対象または対照対象からの試料である、実施形態１５１または１５３の方法。
実施形態１５６．
前記試験試料が、活性状態にある疾患を有する対象からの試料であり、前記参照試料が、不活性状態にある疾患を有する対象からの試料であり、任意で、前記不活性状態が、寛解である、実施形態１５１または１５３の方法。
実施形態１５７．
前記試験試料が、進行期の疾患を有する対象からの試料であり、前記参照試料が、初期の疾患を有する対象からの試料である、実施形態１５１または１５３の方法。
実施形態１５８．
実施形態１４９～１５７のいずれか１つの方法によって特定された複数の特定された生体分子またはそのサブセットを含む、シグネチャー。
実施形態１５９．
実施形態１５０～１５８のいずれか１つの方法によって特定された、特定された生体分子のサブセットを含む、シグネチャー。
実施形態１６０．
遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力として、前記シグネチャーの前記特定された生体分子の全てまたはサブセットを提供する工程をさらに含む、実施形態１４７～１５７のいずれか１つの方法。
実施形態１６１．
試料の生体分子を分析する方法であって、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力として、実施形態１５８または１５９のシグネチャーの特定された生体分子を提供する工程を含む、前記方法。
実施形態１６２．
前記シグネチャーの１つまたは複数の分子型の特定された生体分子が、入力として提供される、実施形態１６０または１６１の方法。
実施形態１６３．
前記１つまたは複数の分子型が、タンパク質を含む、実施形態１６２の方法。
実施形態１６４．
前記１つまたは複数の分子型が、タンパク質のみからなる、実施形態１６３の方法。
実施形態１６５．
遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１６４のいずれか１つの方法。
実施形態１６６．
遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の細胞成分遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス；
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス；及び／または
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の生物学的プロセス遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１６５のいずれか１つの方法。
実施形態１６７．
遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つのうちの１つもしくは複数の調節因子を特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１６６のいずれか１つの方法。
実施形態１６８．
遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するように構成されたプロセス；及び／または
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１６７のいずれか１つの方法。
実施形態１６９．
経路分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の経路を特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１６８のいずれか１つの方法。
実施形態１７０．
経路分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス；
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセス；及び／または
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の代謝経路を特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１６９のいずれか１つの方法。
実施形態１７１．
ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１７０のいずれか１つの方法。
実施形態１７２．
ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス；及び／または
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１７１のいずれか１つの方法。
実施形態１７３．
ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークの１つもしくは複数のハブを特定するように構成されたプロセス
を含む、実施形態１６０～１７２のいずれか１つの方法。
実施形態１７４．
ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成されたプロセス
を含み、任意で、前記プロセスが、入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成される、実施形態１６０～１７３のいずれか１つの方法。
実施形態１７５．
ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成された２つのプロセス
を含み、任意で、前記２つのプロセスが、入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成される、実施形態１６０～１７４のいずれか１つの方法。
実施形態１７６．
特定された生体分子のシグネチャーを分析する方法であって、
複数の特定された生体分子を、それぞれが遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するように構成された複数のプロセスのそれぞれに提供する工程を含み、
前記提供する工程が、任意の順序で実施され、
前記複数の特定された生体分子が、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含み、
前記複数のプロセスが、
入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれと
を含む、前記方法。
実施形態１７７．
遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するようにそれぞれ構成された複数のプロセスのそれぞれに複数のタンパク質を提供する工程を含む、タンパク質シグネチャーを分析する方法であって、
前記提供する工程が、任意の順序で実施され、
前記複数のプロセスが、
入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供される前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、
入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれと
を含む、前記方法。
実施形態１７８．
以下：
入力ポートと；
接続チャネルの上流ネットワークと；
複数の相互接続されたチャネルであって、
前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、開放管状フォーマットであり、
前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、ＳＥＣ媒体を含む内面を含み、
前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、前記接続チャネルの上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、
前記複数の相互接続されたチャネルと
を含む、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイス。
実施形態１７９．
前記ＳＥＣ媒体を含む前記内面が、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する、実施形態１７８のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８０．
前記ＳＥＣ媒体が、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する材料である、実施形態１７８または１７９のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８１．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８～１００個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態１７８～１８０のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８２．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８個以上の相互接続されたチャネルを含む、実施形態１７８～１８１のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８３．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態１７８～１８２のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８４．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態１７８～１８２のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８５．
前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、実施形態１７８～１８４のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８６．
前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、実施形態１７８～１８５のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８７．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、実施形態１７８～１８６のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８８．
前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、実施形態１８７のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１８９．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約３０ｃｍの長さを有する、実施形態１７８～１８８のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９０．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、実施形態１７８～１８９のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９１．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、実施形態１７８～１９０のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９２．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、実施形態１７８～１９１のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９３．
前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、実施形態１９２のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９４．
前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、実施形態１９２のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９５．
前記ピラーアレイが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、実施形態１９２～１９４のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９６．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、実施形態１７８～１９５のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９７．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、実施形態１７８～１９６のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９８．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、実施形態１７８～１９７のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態１９９．
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）印刷基板を含む、実施形態１７８～１９８のいずれか１つのＳＥＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２００．
以下：
入力ポートと；
接続チャネルの上流ネットワークと；
複数の相互接続されたチャネルであって、
前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、開放管状フォーマットであり、
前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、ＲＰＬＣ媒体を含む内面を含み、
前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、接続チャネルの前記上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、
前記複数の相互接続されたチャネルと
を含む、前記逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイス。
実施形態２０１．
前記ＲＰＬＣ媒体が、約２～約２０個の炭素を有するアルキル部分を含む、実施形態２００のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０２．
前記ＲＰＬＣ媒体が、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの１つまたは複数を含む、実施形態２００または２０１のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０３．
ＲＰＬＣ媒体が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む、実施形態２００～２０２のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０４．
前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの３つ以上を含む、実施形態２０３のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０５．
前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む、実施形態２０３または２０４のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０６．
前記ＲＰＬＣ部分混合物の前記アルキル部分が、等モル量で存在する、実施形態２０３～２０５のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０７．
前記ＲＰＬＣ媒体が、シリカ（ＳｉＯ２）を介して前記複数の相互接続された並列チャネルの各チャネルの前記内面に結合している、実施形態２００～２０６のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０８．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８～１００個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態２００～２０７のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２０９．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８個以上の相互接続されたチャネルを含む、実施形態２００～２０８のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１０．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態２００～２０９のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１１．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、実施形態２００～２０９のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１２．
前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、実施形態２００～２１１のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１３．
前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、実施形態２００～２１２のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１４．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、実施形態２００～２１３のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１５．
前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、実施形態２１４のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１６．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約３０ｃｍの長さを有する、実施形態２００～２１５のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１７．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、実施形態２００～２１６のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１８．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、実施形態２００～２１７のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２１９．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、実施形態２００～２１８のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２０．
前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、実施形態２１９のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２１．
前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、実施形態２１９のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２２．
前記ピラーアレイが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、実施形態２１９～２２１のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２３．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、実施形態２１９～２２１のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２４．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、実施形態２１９～２２３のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２５．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、実施形態２１９～２２４のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２６．
前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む、実施形態２１９～２２５のいずれか１つのＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
実施形態２２７．
試験試料を処理するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
（ａ）前記試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供する工程であって、
前記試験試料が、１つまたは複数の生体分子及びカオトロピック剤を含み、
前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含む、
前記供する工程；
（ｂ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した１つまたは複数の画分を収集する工程；
（ｃ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された画分の１つまたは複数をタンパク質分解技術に供する工程；及び
（ｄ）質量分析計に導入するための画分を調製するために、１つまたは複数の画分を逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術に供する工程であって、
前記１つまたは複数のＲＰＬＣ画分が、（ｉ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られたゼロまたは複数の画分と、（ｉｉ）タンパク質分解技術に供されるゼロまたは複数の画分と、を含む、前記供する工程。
実施形態２２８．
組成物を分析する方法であって、以下：
（ａ）前記組成物を質量分析計に供する工程；
（ｂ）前記組成物の質量分析を実施する工程
を含み、
前記組成物が、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試料の分画を含む処理技術から得られ、その後、前記ＳＥＣマイクロ流体技術からの１つまたは複数の画分またはその生成物をＲＰＬＣ技術に適用する、前記方法。
実施形態２２９．
遺伝子濃縮分析、経路分析、及びネットワーク分析を任意の順序で実施する工程を含む、特定された成分のシグネチャーを分析する方法であって、
特定された成分の前記シグネチャーが、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含み、
前記実施する工程が、
遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
経路分析を実施するように構成されたプロセスと、
遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
薬物標的を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、
を含む、前記方法。
実施形態２３０．
個体を冠動脈疾患（ＣＡＤ）診断の決定に供する方法であって、以下の工程を含む、方法：
（ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得する工程；
（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する工程であって、
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記分析する工程；及び
（ｃ）前記個体が、前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有しているかどうかを決定する工程。
実施形態２３１．
前記個体が前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有する場合、前記個体はＣＡＤを有すると診断される、実施形態２３０の方法。
実施形態２３２．
個体が冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有すると診断する方法であって、以下の工程を含む、方法：
（ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得する工程；
（ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する工程であって、
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記分析する工程；及び
（ｃ）前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に基づいて、前記個体をＣＡＤを有すると診断する工程。
実施形態２３３．
冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有する個体を治療する方法であって、以下の工程を含む、方法：
（ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物中のＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に従って、前記個体がＣＡＤを有すると診断する工程であって、
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記診断する工程；及び
（ｂ）前記個体にＣＡＤ治療を施す工程。
実施形態２３４．
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在が、前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することによって決定される、実施形態２３３の方法。
実施形態２３５．
前記個体から得られた前記試料またはその派生物から前記ＭＳデータを取得する工程をさらに含む、実施形態２３４の方法。
実施形態２３６．
前記ＣＡＤ治療が、ライフスタイル調整を含む、実施形態２３３～２３５のいずれか１つの方法。
実施形態２３７．
前記ＣＡＤ治療が、薬学的介入を含む、実施形態２３３～２３６のいずれか１つの方法。
実施形態２３８．
前記薬学的介入が、カルシウムチャネル遮断薬、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤（ＨＤＡＣ６など）、Ｃａ２＋／カルモジュリン（ＣａＭ）依存性プロテインキナーゼＩＩ（ＣａＭＫＩＩ）阻害剤、グアニリルシクラーゼ（ｓＧＣ）活性化剤、ＭＭＰ阻害剤、スタチン、及び降圧剤からなる群から選択される薬物の投与を含む、実施形態２３７の方法。
実施形態２３９．
前記薬学的介入が、アムロジピン、ツバスタチン－ａ、フォルスコリン、トリコスタチンＡ、ＫＮ－９３、ＣＦＭ－１５７１、イロマスタット、ＣＡＹ－１０６０３及びロスバスタチンまたはその薬学的塩からなる群から選択される薬物を含む、実施形態２３７または２３８の方法。
実施形態２４０．
前記薬物が、ＢＲＤ－Ｋ５２３０６７２６、ＢＲＤ－Ｋ７１３６１１５４、アセタゾラミド、ロリプラム、ルキソリチニブ、ＢＲＤ－Ａ５９８０８１２９－００１－０１－７、ＢＲＤ－Ｋ７６８７６０３７、ＺＭ３３６３７２、トレハロース、ＳＣＨＥＭＢＬ３０９２６５２、ＢＭＳ－３８７０３２、ＢＲＤ－Ｋ０１４２５４３１、４－ヒドロキシ－レチノイン酸、ＣＨＥＭＢＬ５８５９５１、ＣＨＥＭＢＬ１６７３０３９、ＨＹ－１１００７、プリミドン、ＢＲＤ－Ｋ８１４１７９１９、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿０００８２６、タモキシフェン、ＢＲＤ－Ｋ００５４４９９６、ＣＩＤ６７０６６８８９、ＣＸ－５４６１、ＢＲＤ－Ｋ６３９４４５６３、ＳＣＨＥＭＢＬ６８５１８０９、ＢＲＤ－Ａ８６１４６７０６、ＦＲ－１８０２０４、ＣＨＥＭＢＬ５５２４２５、ヘキサクロロフェン、Ａｇｇｃ、ＳＵＧＡ１＿００８４２４、ＢＲＤ－Ｋ９６６４０８１１、アナストロゾール、ワートマニン、バンデタニブ、ＡＣ１ＮＷＡＬＦ、ＯＴＳＳＰ１６７、ＷＺ３１０５、ジヒドロエルゴタミン、ＢＲＤ－Ｋ９９８３９７９３、ＳＲ３３８０５オキサレート、ＡＴ－７５１９、スルファドキシン、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿００１３１９、ＭＬＳ００３３２９２１９、トリコスタチンＡ及びロテノン、またはそれらの薬学的塩からなる群から選択される、実施形態２３７または２３８の方法。
実施形態２４１．
個体の冠動脈疾患（ＣＡＤ）プロテオミクスシグネチャーを検出するための方法：
（ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得する工程；及び
（ｂ）前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを検出するために、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する工程であって、
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記分析する工程。
実施形態２４２．
前記個体が、ＣＡＤを有する疑いがある、実施形態２４１の方法。
実施形態２４３．
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、参照と比較して、表１の１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加を含む、実施形態２３０～２４２のいずれか１つの方法。
実施形態２４４．
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、参照と比較して、表１の１つまたは複数のバイオマーカーの発現の減少を含む、実施形態２３０～２４３のいずれか１つの方法。
実施形態２４５．
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャが、カルシウムシグナル伝達経路、ヒストン調節、ＨＩＦ－１シグナル伝達経路、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、β－アドレナリン作動性シグナル伝達経路、ＰＩ３Ｋ－Ａｋｔシグナル伝達経路、補体及び／または凝固カスケード、スフィンゴ脂質シグナル伝達経路、ナチュラルキラー細胞媒介性細胞傷害性、アディポサイトカインシグナル伝達経路、ＤＮＡ損傷、カルシウムエネルギー、代謝産物、細胞接着、炎症、低酸素及びヒストンメチル化に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含む、実施形態２３０～２４４のいずれか１つの方法。
実施形態２４６．
前記１つまたは複数のバイオマーカーが、転写因子に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む、実施形態２３０～２４５のいずれか１つの方法。
実施形態２４７．
前記１つまたは複数のバイオマーカーが、キナーゼに関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む、実施形態２３０～２４６のいずれか１つの方法。
実施形態２４８．
前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の少なくとも１０個のバイオマーカーを含む、実施形態２３０～２４７のいずれか１つの方法。
実施形態２４９．
前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の少なくとも２５個のバイオマーカーを含む、実施形態２３０～２４８のいずれか１つの方法。
実施形態２５０．
前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の少なくとも５０個のバイオマーカーを含む、実施形態２３０～２４９のいずれか１つの方法。
実施形態２５１．
前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の全てのバイオマーカーを含む、実施形態２３０～２５０のいずれか１つの方法。
実施形態２５２．
前記個体から前記試料を取得する工程をさらに含む、実施形態２３０～２５１のいずれか１つの方法。
実施形態２５３．
前記試料またはその派生物が、血液試料またはその派生物である、実施形態２３０～２５２のいずれか１つの方法。
実施形態２５４．
前記試料またはその派生物が、血漿試料である、実施形態２５３の方法。
実施形態２５５．
前記試料またはその派生物が、液体固定剤を含む、実施形態２５４の方法。
実施形態２５６．
前記試料またはその派生物からＭＳデータを取得する前記工程が、質量分析計を使用して前記試料またはその派生物の質量分析を実施することを含む、実施形態２３０～２５５のいずれか１つの方法。
実施形態２５７．
前記質量分析が、実施形態１４０～１４３のいずれか１つの方法に従って実施される、実施形態２５６の方法。
実施形態２５８．
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する前記工程が、前記ＭＳデータを実施形態１６１～１７７のいずれか１つの方法に供することを含む、実施形態２３０～２５７のいずれか１つの方法。
実施形態２５９．
前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する前記工程が、前記ＭＳデータ中の前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの前記１つまたは複数のバイオマーカーのそれぞれの有無またはレベルを評価することを含む、実施形態２３０～２５８のいずれか１つの方法。
実施形態２６０．
前記個体の以下の因子評価：性別、年齢、肥満度指数（ＢＭＩ）、収縮期血圧、拡張期血圧、総コレステロール、ＨＤＬ、ＬＤＬ、トリグリセリド、高脂血症、高血圧、真性糖尿病、インスリン抵抗性、腎臓疾患、喫煙状態、身体活動レベル、睡眠レベル、または栄養の質の１つまたは複数を実施することをさらに含む、実施形態２３０～２５９のいずれか１つの方法。
実施形態２６１．
ＣＡＤの存在を評価するために前記個体に対して医療処置を実施する工程をさらに含む、実施形態２３０～２６０のいずれか１つの方法。
ＩＸ．実施例
以下の実施例は、例示の目的のためにのみ含まれ、本発明の範囲を限定することを意図していない。
実施例１：血漿プロテオミクスの発見方法
この例では、プリックテストで調達した血液標本からの疾患特異的タンパク質バイオシグネチャーの公平な発見とフォローアップの対象分析のための包括的で定量的な血漿プロテオミクス法を示している。この例は、協調して機能する複数の革新的なテクノロジーを統合して、提示されていないレベルの分析精度、精度、感度、及び特異性を達成する方法を示している。
血液１滴（約１０～１５μＬ）に含まれる新たに入手した非枯渇処理ヒト血漿に相当する量を、室温（ＲＴ）で液体固定剤と直ちに混合して、そのタンパク質と、一次及び二次代謝産物、ネイティブペプチド、マイクロＲＮＡ、環状及び長い非コードＲＮＡ、ミトコンドリアＲＮＡを含む他の生物学的分析物を可溶化し、保存した。単一の血液滴からの血漿抽出は、市販の非対称ポリスルホン（商標）材料を介した毛細管現象濾過によって達成され、９０％水／１０％グリセロール中の７ＭグアニジンＨＣｌの液体固定剤４０μＬと直接混合された。この溶液は、その強いカオトロピック活性のために液体固定剤として機能し、したがってプロテアーゼ活性を排除し、代謝産物の化学的完全性の最大保存を達成し、タンパク質間結合を排除し、その構成分析物に最大流体力学半径を付与し、液体粘度を高めて、効率的なサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）分離を行う。さらに、液体固定剤は、化学的または毒物学的危険性を伴う全てのヒト病原体（例えば、ウイルス、細菌など）を効果的に中和する。この構成は、血漿とそのタンパク質及び代謝産物の含有量の調達と化学固定のためのポイントオブケアデバイスに適している。
次に、約５μＬの保存血漿標本を、マイクロ流体超高性能ＳＥＣ（μＵＨＳＥＣ）を使用した直接マルチセグメント分画に供した。この分画は、開いた管状デバイス（Ｂｉｏｉｎｓｐｉｒｅｄ Ａｒｔｅｒｉａｌ ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ（ＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標））（図５））を用いて達成された。ここで使用されるＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣデバイスの開放管形状は、長さ１０ｃｍ、幅５μｍ、深さ５μｍの相互接続された３２個のチャネルを有する石英で構成されていた。これらの各チャネルの内面は、標準的なＯ２プラズマエッチング手順を使用した結果、平均孔径が５０～８０ｎｍの非晶質サブネットワークで構成されていた。この寸法により、発見及び標的プロテオミクス法全体に必要な感度、特異性、及び再現性を達成するために必要な、様々なクロマトグラフィー容量、分析物の分離効率、及び分析物のピーク密度の調整が可能になった。さらに、１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣデバイスのマイクロ流体寸法により、少量の試料開始量での分析感度が向上した。１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣデバイスにより、無傷の親水性及び疎水性タンパク質、天然ペプチド、及び代謝物を含む幅広い生物学的分析物の分割と化学的保存が可能になり、高分解能質量分析検出による下流の発見分析に適している。
ＳＥＣ移動相は液体固定剤と同じ成分で構成されているため、クリーンアップステップなどの分析前ステップが不要である。このように、本明細書に示される方法は、分析前の変数を最小限に抑え、したがって測定標準偏差を低減する。各セグメントのタンパク質含有量は、２８０ｎｍでのＵＶ吸光度、または２９０ｎｍでの蛍光励起と３２０～４００ｎｍでの発光によって決定された。代表的なμＵＨＳＥＣトレースを図４に示す。
１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣデバイスの強化された性能は、市販の充填済みμＳＥＣカラム ＴＳＫｇｅｌ Ｓｕｐｅｒ ＳＷ３０００ １ｍｍ ｘ ３０ｃｍ ｘ ４μｍ粒子に対してベンチマークされた。定義された総タンパク質量を含む同じセグメントと、以下に説明する同一の下流分析手順をこの分析に使用した。さらに、分析には、定義された分子量のタンパク質、ペプチド、及び定義された濃度レベルの代謝産物混合物を含む市販のシステム適合性標準も含まれていた。１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣデバイスを使用した場合、市販の充填済みμＳＥＣカラムＴＳＫｇｅｌ Ｓｕｐｅｒ ＳＷ３０００と比較して、感度とその後のプロテオミクスカバレッジの最小増加は２０～３０倍であった。強化された性能は、その後、方法の感度と再現性を確保するために、システム適合性基準で１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣ性能を監視するために利用された。
１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣ画分のそれぞれからのアリコートを精製水で１：１０に希釈し、液相トリプシンタンパク質分解（Ｐｒｏｍｅｇａ）に供した。アリコートを化学量論的に１：３０のタンパク質含有量に修正し、トリプシンとともに３７℃で８時間インキュベートした。すなわち、セグメントあたりのタンパク質量は０．１ｍｇから１０ｎｇの範囲で、トリプシン量は各アリコートのタンパク質の３０分の１になるように調整された。液相タンパク質分解に使用される液体固定剤の特性により、還元及びアルキル化のステップは必要なかった。各画分の残りは、フォローアップの標的タンパク質分析目的のために保存した（実施例２を参照）。相対定量分析を発見するために、各セグメントは、化学量論的に正規化された等圧安定同位体標識試薬で、試薬とタンパク質の比率が１：３で標識された。ＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣ画分は、標準的なデータ非依存取得（ＤＤＡ）またはデータ非依存取得（ＤＩＡ）アプローチを使用したラベルフリーの相対定量的プロテオミクスにも適している。
タンパク質分解後、１２のＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）μＵＨＳＥＣ画分のそれぞれをＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）ＲＰＬＣデバイスに供した。ＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）ＲＰＬＣデバイスは、相互接続された３２のチャネルを備えたクォーツラボチップであった。各チャネルは、長さ１０ｃｍ、幅５μｍ、深さ５μｍであった。内部チャネル表面は、等モル濃度のＣ２－Ｃ４－Ｃ８－Ｃ１８アルキル基で化学的に修飾された。Ｃ２－４－８－１８表面化学により、広範囲の疎水性、両親媒性、及び疎水性ペプチドを分離できるため、下流のエレクトロスプレーイオン化及び質量分析が容易になる。ＢｉｏＡｒｔｅｒｉ（商標）ＲＰＬＣデバイスを使用して、各試料をオンラインで脱塩し、オンラインダイバートバルブで質量分析計から分流させ、分離した。ＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）ＲＰＬＣデバイスは、質量分析計に試料を導入するためのエレクトロスプレーイオン化ソースと結合された。エレクトロスプレーイオン化は、加熱エレクトロスプレーソースと窒素ネブライザーで実施された。
ＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）ＲＰＬＣデバイスの性能は、市販の２ｍ長のモノリシックＣ１８キャピラリーカラム（１００μｍ ＩＤ；ＧＬ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）に対してベンチマークされた。ＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）ＲＰＬＣデバイスを使用すると、通常、トリプシンペプチド数の６０～７０％の増加が観察された。このベンチマークの実施により、提案されたＢｉｏＡｒｔｅｒｙ（商標）ＲＰＬＣデバイスが市販のオープンチューブラーカラムに対して優れた性能を発揮することが実証された。
超高分解能質量分析パラメータは、以下に説明されるように、Ｇａｒａｙ－Ｂａｑｕｅｒｏ ｅｔ ａｌ．、２０２０年、ＪＣＩインサイト５、で報告されたものに基づいていた。簡単に言えば、高エネルギー衝突解離（ＨＣＤ）及び衝突誘起解離（ＣＩＤ）フラグメンテーションを、各ＳＥＣ画分に対応する各標識及び脱塩試料に対して実施した。ペプチド及びその他のより大きな分子の場合、ＭＳ観測ウィンドウは３８０～１５００ｍ／ｚに設定された。上位１０個の＋２及び＋３多価イオンは、タンデムＭＳ（ＭＳ／ＭＳ）によってさらに特徴付けられた。小分子（代謝物）の場合、ＭＳ観測ウィンドウは８０～６００ｍ／ｚに設定され、＋１イオンと２価イオンのみが監視された。フルＭＳスキャンは半値全幅（ＦＷＨＭ）１２０，０００で取得し、ＭＳ／ＭＳスキャンは３０，０００ＦＷＨＭの解像度で取得した。質量精度を向上させるために、ロック質量オプションが４４５．１２００２５ｍ／ｚイオン（ＤＭＳＯ）に対して有効になった。発見プラットフォームの例示的なワークフローが図２に示されている。
差次的に発現するタンパク質を特定するためのスペクトル処理及び偽発見率（ＦＤＲ）補正統計分析を実施した。Ｓｅｑｕｅｓｔを使用した標的のおとり検索のために、未処理の生ファイルを Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｅｒ１．４に送信した。２０，１５９エントリを含むＵｎｉＰｒｏｔＫＢホモサピエンスデータベースが利用された。検索により、最大２回の切断ミス、１０ｐｐｍの前駆体質量許容値、最小ペプチド長６、最大２つの変数（１つは等しい）修飾：酸化（Ｍ）、脱アミド化（Ｎ、Ｑ）、またはリン酸化が可能になった。（Ｓ、Ｔ、Ｙ）。メチルチオ（Ｃ）及びＴＭＴ（Ｋ、ペプチドＮ末端）は固定修飾として設定された。ペプチドレベルでのＦＤＲ補正ｐ値は＜０．０５に設定された。定量化からペプチドを除外する共分離の割合は５０に設定された。固有のペプチドのみからのレポーターイオン存在量は、それぞれのタンパク質の定量化のために考慮された。
統計分析は、グループ間の有意差を評価するための不等分散に対するウェルチの２標本ｔ検定に基づいており、その後、多重補正検定のためのＦＤＲ補正が行われた（ｐ≦０．０１）。このウェルチの２試料ｔ検定は適切であった。グループ内の試料のバランスが取れており、各グループはグループあたり１５という推奨レベルをはるかに上回っており、非正規分布でもタイプＩ過誤率を制御できるからである。ＣｏｍＢａｔ方法を使用してバッチ効果補正を実施した。
分析の結果は、幅広いプロテオミクスカバレッジを示し、ハイスループット方式で、少量の非枯渇処理血漿または血清（例えば、１５０μＬ未満）から、大きな線形ダイナミックレンジ（例えば、１２桁以上）にまたがる多様なタンパク質セット（分泌型、内因性切断生成物、分泌型－可溶性タンパク質、エキソソームまたは脂質マイクロベシクル濃縮タンパク質など）の捕捉を含んだ。この方法は、デバイス間の操作の高度な補完原理を考慮して、単一の垂直統合パイプラインを構成した。さらに、パイプラインは、自動化に非常に適しており、最小限の人間の介入で分析能力を高めるようにスケールアップすることができる。
実施例２：ＰＲＯＭＩＮＩＡ計算生物学プラットフォーム
「ＰＲＯＭＩＮＩＡ」（ＰＲＯｔｅｉｎ ＭＩＮｉｎｇ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）と名付けられた計算生物学プラットフォームが開発された。ＰＲＯＭＩＮＩＡは、実施例１に記載されるような発見プロテオミクス法によって捕捉された、発現差のあるタンパク質に由来する疾患特異的シグナル伝達経路及び分子ネットワークを特定する。例えば、発見プロテオミクスプラットフォームは、適した対照と比較して、疾患を有する患者のプロテオミクスシグネチャーを特定するために適用でき、プロテオミクスシグネチャーは、提供されたＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームを使用してさらに分析できる。ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームは、疾患の分子ポートレートを特定するために、あらゆるヒト疾患のプロテオミクスシグネチャーに適用できる。いくつかの例では、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームは、疾患の分子像を薬剤固有の分子プロファイルと照合し、所与の疾患の治療法（ＦＤＡ承認済みまたは既知の治療法、または所与の疾患の新規治療法など）を特定する。したがって、いくつかの態様では、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームのアウトプットは、生物学的試料（例えば、血漿）が分析された患者に対して治療の可能性を有する薬物ヒットを含む。
ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームを使用するには、プロテオミクスシグネチャーを入力として提供でき、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームには、プロテオミクスシグネチャーを分析するための様々なステップが含まれている。これらの分析ステップには、（ｉ）プロテオミクスシグネチャーで高度に表される細胞成分、分子経路、及びシグナル伝達経路、（ｉｉ）プロテオミクスシグネチャーのタンパク質を調節する転写因子とキナーゼ、（ｉｉｉ）プロテオミクスシグネチャーのタンパク質間の機能的関係を説明するタンパク質間相互作用ネットワーク、及びそのサブネットワークとハブ、及び（ｉｖ）プロテオミクスシグネチャーのタンパク質間相互作用ネットワークのハブを標的とするものを含む、プロテオミクスシグネチャーのタンパク質を標的とする既知及び新規の薬物、を特定するステップが含まれる。
以下は、例示的な疾患について特定されたプロテオミクスシグネチャーに対して実施されたＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームの使用について説明している。プロテオミクスシグネチャーは、実施例１に記載の発見プロテオミクスプラットフォームを使用して特定された。
Ａ．ＰＲＯＭＩＮＩＡを使用した例示的なプロテオミクスシグネチャーの分析
実施例１に記載された発見プロテオミクスプラットフォームを使用して、例示的な疾患についてプロテオミクスシグネチャーが特定された。血漿試料は、例示的な疾患を有する８人の対象、ならびに８人の性別及び年齢が一致した健康な対照対象から、実施例１に記載されるように収集及び処理された。検出プロテオミクスプラットフォームを使用して試料タンパク質を特定し、疾患のある被験者と健康な被験者のタンパク質量を比較すると、発現差のあるタンパク質のプロテオミクスシグネチャーが特定された。タンパク質の量は、試料を使用して生成された質量分析データ（例えば、質量スペクトルプロット）で検出されたピークの面積を定量化することによって決定された。プロテオミクスのシグネチャーは、例示的な疾患においてアップレギュレートされたタンパク質、及び例示的な疾患においてダウンレギュレートされたタンパク質を含んでいた。
特定後、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームを使用してプロテオミクスシグネチャーを分析した。最初に、プロテオミクスシグネチャーに関連する細胞成分を特定するために、プロテオミクスシグネチャーをＴｏｐｐＧｅｎｅ Ｓｕｉｔｅ（Ｃｈｅｎ Ｊ ｅｔ ａｌ．、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ、３７：Ｗ３０５－１１、２００９）に挿入した。この分析により、プロテオミクスシグネチャーが高度に濃縮され、試料の供給源（すなわち、血漿）と高度に関連する細胞成分が明らかになった。ＴｏｐｐＧｅｎｅ Ｓｕｉｔｅは、プロテオミクスシグネチャーに関連する分子経路の特定にも使用された。
次に、ＳＰＩＡ Ｒパッケージ（Ｔａｒｃａ ＡＬ ｅｔ ａｌ．、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、２５：７５－８２、２００９）を使用してプロテオミクスシグネチャーを分析し、血漿タンパク質が豊富で統計的に有意な（ｐ＜０．０５）シグナル伝達経路を特定した。
プロテオミクスシグネチャーは、転写因子濃縮分析（ＴＦＥＡ、ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｗｚｔｈｕ／ｅｎｒｉｃｈＴＦ）及びキナーゼ濃縮分析（ＫＥＡ、Ｌａｃｈｍａｎｎ Ａ ＆ Ｍａ’ａｙａｎ Ａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、２５：６８４－６、２００９）（プロテオミクスシグネチャーの調節因子である転写因子とキナーゼをそれぞれ識別するアルゴリズム。）でさらに分析された。
次に、タンパク質シグネチャーをＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズム（Ｗａｒｄｅ－Ｆａｒｌｅｙ Ｄ ｅｔ ａｌ．、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ、３８：Ｗ２１４－２２０、２０１０）に挿入して、主要なサブネットワークのタンパク質ネットワーク、サブネットワーク、及びハブタンパク質を特定した。ハブは、疾患細胞モデル及び動物モデルにおける機能的重要性について評価できる（例えば、新しい疾患遺伝子の特定など）。この分析により、何百ものタンパク質間相互作用を持つ緊密に接続されたタンパク質ネットワークが明らかになり、プロテオミクスシグネチャーのタンパク質間の高度な機能的相互作用が示された。
最終的に、プロテオミクスシグネチャーをＬ１０００ＦＷＤ（Ｗａｎｇ Ｚ ｅｔ ａｌ．、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、３４：２１５０－５２、２０１８）アルゴリズムとＩＬＩＮＣｓ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／８２６２７１ｖ１）化学摂動型アルゴリズムに挿入して、プロテオミクスシグネチャーで表されるタンパク質ネットワークのハブを標的とするＦＤＡ承認薬と、ハブを標的とする新薬を特定する。この分析により、プロテオミクスシグネチャーを標的とするために使用できる薬剤が明らかになった。これらの特定された薬物には、例示的な疾患の治療にすでに使用されているものだけでなく、例示的な疾患の治療に以前に使用されたことのないものも含まれていた。これらの薬物は、発見プロテオミクス分析が行われた患者の治療薬として使用できる。新薬の治療可能性は、疾患の細胞モデル及び動物モデルでさらに評価するために選択できる。
まとめると、これらの結果は、プロテオミクスシグネチャーに疾患特異的タンパク質が含まれていること、及び発見プロテオミクスプラットフォームがわずか約１０～１５μＬの血漿試料でこれらのタンパク質を特定及び定量化したことを示している。ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームは、例示的な疾患の病因に関与する既知の経路と調節因子だけでなく、治療の標的となる可能性のある新しい経路と調節因子も特定した。同様に、例示的な疾患で例証されたように、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームは、これまで疾患の治療に使用されたことのない、将来の治療法として使用できる可能性のある新薬を特定した。したがって、これらの結果は、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームの予測力と発見プロテオミクスプラットフォームの予測力を示している。実施例１に示すように、本明細書に記載の方法及び／またはデバイスを使用して達成される試料からの成分のより完全な特定は、ＰＲＯＭＩＮＩＡを使用する疾患特異的シグナル伝達経路及び分子ネットワークの特定をさらに可能にする。
実施例３：ＰＲＯＭＩＮＩＡを使用した冠動脈疾患（ＣＡＤ）の特徴の分析
次の例では、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを特定するために、ヒト冠動脈疾患（ＣＡＤ）のプロテオミクスシグネチャーに対して実施されたＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームの使用について説明する。
実施例１に記載の発見プロテオミクスプラットフォームを使用して、ＣＡＤについてプロテオミクスシグネチャーを特定した。ＣＡＤを有する８人の対象ならびに性別及び年齢が一致する３人の健康な対照対象から実施例１に記載されるように血漿試料を収集し、処理した。これらのＣＡＤ研究参加者の特徴を表２に示す。
Figure 2024500571000027
検出プロテオミクスプラットフォームを使用して試料タンパク質を特定し、疾患のある被験者と健康な被験者のタンパク質量を比較すると、発現差のあるタンパク質のプロテオミクスシグネチャーが特定された。タンパク質の量は、試料を使用して生成された質量分析データ（例えば、質量スペクトルプロット）で検出されたピークの面積を定量化することによって決定された。プロテオミクス研究により、１，４０７の固有のタンパク質グループが定量化された（ｐ＜０．０５）。２９２の示差的に発現するタンパク質のシグネチャーは、健康な対照とＣＡＤ患者に由来する試料からのプロテオミクス血漿分析で特定された。プロテオミクスシグネチャーには、健康な対照と比較して、ＣＡＤ患者で上方制御された１３９のタンパク質と下方制御された１５３のタンパク質が含まれていた。
Ａ．２９２タンパク質のＣＡＤシグネチャーに関連する ＴｏｐｐＧｅｎｅソフトウェアの細胞成分及び経路計算分析
特定後、ＣＡＤ患者及び健康な個人からの血漿試料の分析から得られた２９２ＣＡＤ血漿タンパク質プロテオミクスシグネチャーが、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームを使用して分析された。最初に、ＣＡＤシグネチャーに関連する細胞成分を特定するために、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーをＴｏｐｐＧｅｎｅ Ｓｕｉｔｅ（Ｃｈｅｎ Ｊ ｅｔ ａｌ．、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ、３７：Ｗ３０５－１１、２００９）に挿入した。この分析により、プロテオミクスシグネチャー内で高度に濃縮され、試料の供給源（すなわち、血漿）と高度に関連する細胞成分が明らかになった。血液微粒子、細胞外マトリックス、分泌小胞、及び小胞内腔の細胞コンパートメントに関連する最も濃縮された経路は全て、試験試料の実際の供給源と非常に関連している（図６）。ＴｏｐｐＧｅｎｅ Ｓｕｉｔｅを使用して、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーに関連する分子経路を特定した。免疫系関連（好中球、血小板、補体）経路、細胞外マトリックス、及びカルシウム関連経路は、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーで高度に濃縮されていた（図７）。
これらのデータは、特定の２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーが「バイオマーカー」機能を備えているだけでなく、ＣＡＤ疾患の病理生物学に関連するタンパク質シグネチャーであることを示している。
Ｂ．２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーに関連するＳＰＩＡアルゴリズムで特定されたシグナル伝達経路
次に、シグナル伝達経路影響分析（ＳＰＩＡ）Ｒパッケージ（Ｔａｒｃａ ＡＬ ｅｔ ａｌ．、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、２５：７５－８２、２００９）を使用して２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーを分析し、血漿タンパク質が豊富で統計的に有意なタンパク質を特定した（ｐ＜０．０５）ＣＡＤの病因及び病理生物学と相関するシグナル伝達経路。表３に示すように、分析により、ＣＡＤに関連する病因の分子メカニズムと高度に関連するシグナル伝達経路が特定された。
Figure 2024500571000028
これらの経路は、２つの主要なグループに分けることができる。最初のグループには、カルシウム、ｃＡＭＰ、β－アドレナリン及びスフィンゴ脂質シグナル伝達経路などの心血管関連経路が含まれる。２番目のグループには、補体、ＨＩＦ１、ナチュラルキラー免疫細胞、アディポサイトカインシグナル伝達経路などの免疫関連経路が含まれる。
まとめると、これらのデータは、血漿血液プロテオミクス技術の力と、ランダムまたは代理のバイオマーカーだけでなく、ＣＡＤ病因に非常に特異的なタンパク質を特定するための特定の２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーの価値も明らかにしている。
Ｃ．２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーに関連する転写因子濃縮分析（ＴＦＥＡ）アルゴリズム及びキナーゼ濃縮分析
２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーは、転写因子濃縮分析（ＴＦＥＡ、ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｗｚｔｈｕ／ｅｎｒｉｃｈＴＦ）アルゴリズムを使用してさらに分析され、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーの調節因子である転写因子とキナーゼをそれぞれ特定した。分析により、２９２タンパク質ＣＡＤネットワークに富む２０の転写因子が明らかになった（図８）。ＣＡＤ ＤＥＰネットワークを調節することが確認された上位３つの転写因子は、ＨＮＦ４Ａ、ＦＯＸＡ２、及びＬＭＯ２であった。ＨＮＦ４ＡとＦＯＸＡ２は両方とも、主に肝臓で発現し、一般的には消化管で発現する転写因子である。
まとめると、ＣＡＤ病因と高度に関連し、２９２タンパク質シグネチャーの重要な調節因子である転写因子の特定は、特定されたタンパク質シグネチャーとＣＡＤ病因との相関関係を示唆している。
次に、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーをキナーゼ濃縮分析（ＫＥＡ、Ｌａｃｈｍａｎｎ Ａ ＆ Ｍａ’ａｙａｎ Ａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、２５：６８４－６、２００９）に挿入して、ＣＡＤシグネチャーを潜在的なキナーゼレギュレーターと関連付けた。２９２個のＣＡＤタンパク質の入力リストに関連することがわかったキナーゼ－基質比率の分布に基づいてキナーゼ濃縮確率を計算するために、様々なキナーゼ－基質データベースが使用された。２０個のタンパク質が、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーにおいて統計的に有意に濃縮された（図９）。２９２タンパク質のＣＡＤネットワークを調節すると予測された上位２つのキナーゼは、ＨＩＰＫ２とＭＡＰＫ１であった。
転写因子及びキナーゼ濃縮分析により、血漿プロテオミクス分析は、ＣＡＤを特定する予測能力を持つタンパク質シグネチャーを特定する能力に加えて、ＣＡＤ病理生物学に関連する可能性のある新規遺伝子の特定にも寄与することが明らかになった。
Ｄ．２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーのタンパク質間相互作用ネットワークへの編成と、そのサブネットワーク内の主要なサブネットワークと主要なハブの特定
次に、２９２タンパク質のＣＡＤシグネチャーをＧｅｎｅＭＡＮＩＡアルゴリズム（Ｗａｒｄｅ－Ｆａｒｌｅｙ Ｄ ｅｔ ａｌ．、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ、３８：Ｗ２１４－２２０、２０１０）に挿入して、タンパク質ネットワークを特定した。クエリと予測タンパク質との間の機能的関係の予測ネットワークは、予測された共発現、共局在化、遺伝的相互作用、物理的相互作用、予測された及び共有されたタンパク質ドメインデータに基づいて特定された。図１０に示すように、分析により、緊密なタンパク質ネットワークと数百のタンパク質間相互作用が明らかになり、２９２個のＣＡＤタンパク質間の機能的重要性と相互作用が示唆された。
タンパク質サブネットワーク分析を実施し、重要なサブネットワークのハブタンパク質を特定した。ハブを、疾患細胞及び動物モデル（例えば、新規疾患遺伝子特定のために、）における機能的重要性について評価した。分析により、以下の９つのサブネットワークが特定された：ａ）補体サブネットワーク（ハブタンパク質：Ｃ５）（図１１）、ｂ）ヒストン調節サブネットワーク（ハブタンパク質：ＰＨＦ１３）（図１２）、ｃ）ＤＮＡ損傷サブネットワーク（ハブタンパク質：ＳＥＴＸ）（図１３）、ｄ）カルシウムエネルギーサブネットワーク（ハブタンパク質：ＡＴＰ２Ａ１）（図１４）、ｅ）メタボロミクスサブネットワーク（ハブタンパク質：ＧＰＬＤ１）（図１５）、ｆ）細胞接着サブネットワーク（ハブタンパク質：ＩＮＰＰ５Ｄ）（図１６）、ｇ）炎症サブネットワーク（ハブタンパク質：ＪＡＫ１）（図１７）、ｈ）低酸素サブネットワーク（ハブタンパク質：ＨＩＦ１Ａ）（図１８）及びｉ）ヒストンメチル化サブネットワーク（ハブタンパク質：ＫＤＭ５Ｄ）（図１９）。
免疫関連、代謝関連、低酸素関連、及びヒストン関連のサブネットワークは、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーにおいて高度に濃縮されている。炎症、低酸素及び代謝の役割はよく知られており、ＣＡＤ病因に関与すると記載されているが、データは、ヒストン調節遺伝子、例えばＰＨＦ１３、ＪＡＲＩＤ２及びＡＲＩＤ３ＢがＣＡＤ病理生物学に関与し得ることを初めて実証している。
まとめると、この分析は、数百のタンパク質間相互作用を有する密接に接続されたタンパク質ネットワークを明らかにし、プロテオミクスシグネチャーのタンパク質間の高度の機能的相互作用を示した。これらの知見は、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームが、疾患の病因及び血漿が由来する患者に関与する新規遺伝子も明らかにすることができることを示唆している。
Ｅ．薬物－ＣＡＤタンパク質ネットワーク分析により、２９２タンパク質のＣＡＤネットワークを標的とすることで、ＣＡＤで治療の可能性がある既知及び新規の薬物が明らかになる
最終的に、プロテオミクスシグネチャーをＬ１０００ＦＷＤ（Ｗａｎｇ Ｚ ｅｔ ａｌ．、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、３４：２１５０－５２、２０１８）アルゴリズムに挿入して、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーに表されるタンパク質ネットワークのハブを標的とするＦＤＡ承認薬を特定した。この分析により、Ｎｏｒｖａｓｃ（登録商標）（カルシウムチャネル遮断薬）、ツバスタチンＡ（ＨＤＡＣ６阻害剤）、フォルスコリン（天然生成物）、トリコスタチンＡ（ＨＤＡＣ阻害剤）、ＫＮ－９３（ＣａＭＫＩＩ阻害剤）、ＣＦＭ－１５７１（グアニリルシクラーゼ活性化剤）、Ｇａｌａｒｄｉｎ（登録商標）（メタロプロテイナーゼ阻害剤）及びＣｒｅｓｔｏｒ（登録商標）（ロスバスタチン）（図２０Ｂ）を含む、２９２タンパク質ＣＡＤネットワーク（図２０Ａ）を標的とするために使用できる８つの薬物（ｐ＜０．００１）が明らかになった。これらの特定された薬剤には、ＣＡＤの治療にすでに使用されているもの（Ｎｏｒｖａｓｃ（登録商標）やＣｒｅｓｔｏｒ（登録商標）など）だけでなく、以前にＣＡＤの治療に使用されたことのないもの（ツバスタチンＡなど）も含まれていた。これらの結果は、発見プロテオミクス分析が行われた患者の治療薬として使用するための薬物の特定を実証する。
ＩＬＩＮＣｓ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／８２６２７１ｖ１）化学摂動型アルゴリズムを使用して、ＣＡＤ患者の治療の可能性があるハブを標的とする新薬を特定した。この分析は、ＨＤＡＣ６阻害剤でもあるＣＡＹ－１０６０３（図２１）を、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーを標的とするトップ薬物の１つとして特定し、このカテゴリーのエピジェネティック薬物がＣＡＤ患者に対して治療の可能性を有し得ることを示唆している。
まとめると、これらの結果は、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーがＣＡＤ特異的タンパク質を含んでいたこと、及び発見プロテオミクスプラットフォームがわずか約１０～１５μＬの血漿試料中のこれらのタンパク質を特定及び定量化したことを実証している。ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームは、ＣＡＤの病因に関与する既知の経路及び調節因子だけでなく、ＣＡＤ療法の標的となり得る新規の経路及び調節因子も特定した。同様に、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームは、治療薬として使用することができるＣＡＤの治療にこれまで使用されたことのない新規薬物を特定した。したがって、これらの結果は、ＰＲＯＭＩＮＩＡプラットフォームの予測力と発見プロテオミクスプラットフォームの予測力を示している。実施例１に示すように、本明細書に記載の方法及び／またはデバイスを使用して達成される試料からの成分のより完全な特定は、ＰＲＯＭＩＮＩＡを使用する疾患特異的シグナル伝達経路及び分子ネットワークの特定をさらに可能にする。このような分析を繰り返し、２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーを確認し、このワークフローが再現可能な結果を提供することを実証した。２９２タンパク質ＣＡＤシグネチャーは、不適合性及び特定されたバイオマーカーの全てを測定する実施可能性の欠如のために、ＥＬＩＳＡまたはＬｕｍｉｎｏｘなどの他の技術によって独立して検証されなかった。
本発明は、例えば、本発明の様々な態様を説明するために提供される特定の開示された実施形態に範囲を限定することを意図していない。本記載の組成物及び方法に対する様々な変更は、本明細書の記載及び教示から明らかになるであろう。かかる変形は、本開示の真の範囲及び趣旨から逸脱することなく行われ得るとともに、本開示の範囲に含まれることが意図されている。

Claims (261)

  1. 質量分析のために試験試料を処理するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
    （ａ）前記試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供する工程であって、
    前記試験試料が、１つまたは複数の生体分子、及びカオトロピック剤を含み、
    前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含む、
    前記供する工程；
    （ｂ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集する工程；
    （ｃ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分のうちの１つまたは複数を、タンパク質分解技術に供する工程；及び
    （ｄ）ステップ（ｂ）及び（ｃ）の一方または両方からの１つまたは複数の画分を、質量分析計への導入のために前記１つまたは複数の画分のそれぞれの成分を調製するための条件下で、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＲＰＬＣ技術に個別に供する工程であって、
    前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、逆相媒体を含む複数の相互接続されたチャネルを含み、
    前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、エレクトロスプレーイオン化源に連結されている、前記個別に供する工程。
  2. 前記試験試料が、生物学的試料である、請求項１に記載の方法。
  3. 前記試験試料が、個体由来である、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記試験試料が、約５Ｍ～約８Ｍのカオトロピック剤の濃度を有する、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記カオトロピック剤が、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、カリウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記カオトロピック剤が、塩酸グアニジンまたは塩化グアニジニウムである、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記試験試料中のカオトロピック剤が、液体固定剤に由来する、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記試験試料が、約５％～約４０％の粘度調整剤の濃度を有する、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記粘度調整剤が、グリセロールである、請求項８に記載の方法。
  10. 前記試験試料が、少なくとも約６Ｍのグアニジン及び約１０％～約３０％のグリセロールを含む、請求項８または９に記載の方法。
  11. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＳＥＣ技術に供される前記試験試料が、約１μＬ～約２００μＬの体積を有する、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤の濃度の範囲が、前記試験試料のカオトロピック剤の所定の濃度の約±４０％以内である、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記ＳＥＣ技術が、前記試験試料中のカオトロピック剤の範囲内の移動相カオトロピック剤の濃度を有するＳＥＣ移動相の使用を含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、前記試験試料のカオトロピック剤と同じである、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、前記試験試料のカオトロピック剤とは異なる、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記ＳＥＣ移動相が、約４Ｍ～約８Ｍの濃度の移動相カオトロピック剤を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、グアニジンもしくはその塩、グアニジニウムもしくはその塩、リチウムもしくはその塩、マグネシウムもしくはその塩、またはナトリウムもしくはその塩を含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記ＳＥＣ技術の移動相カオトロピック剤が、塩酸グアニジン、塩化グアニジニウム、チオシアン酸グアニジニウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、酢酸カリウム及びヨウ化ナトリウムからなる群から選択される、請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記ＳＥＣ移動相が、移動相粘度調整剤を含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤が、約５％～約４０％の濃度を有する、請求項１９に記載の方法。
  21. 前記粘度調整剤が、グリセロールである、請求項１９または２０に記載の方法。
  22. 前記ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤が、前記液体固定剤の粘度調整剤と同じである、請求項１９～２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記ＳＥＣ技術の移動相粘度調整剤が、前記液体固定剤の粘度調整剤とは異なる、請求項１９～２１のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記試験試料が、少なくとも約６Ｍのグアニジン及び約１０％～約３０％のグリセロールを含む、請求項１９～２１のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記ＳＥＣ技術が、アイソクラティックＳＥＣ技術である、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記ＳＥＣ技術が、約１μＬ／分～約５μＬ／分の移動相流量の使用を含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記ＳＥＣ技術が、上昇した温度で実施される、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記ＳＥＣ技術が、約４５℃～約６０℃の温度で実施される、請求項１～２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記ＳＥＣ技術が、実質的に一定の温度で実施される、請求項２７または２８に記載の方法。
  30. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、ＳＥＣ媒体を含む、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記ＳＥＣ媒体が、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する材料である、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記ＳＥＣ媒体が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面である、請求項３０または３１に記載の方法。
  33. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルの前記内面材料が、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する、請求項１～３２のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、開放管状フォーマットで構成されている、請求項１～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む、請求項１～３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、請求項３５に記載の方法。
  38. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの上流ネットワークを介して前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している、請求項１～３７のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、請求項３８または３９に記載の方法。
  41. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、請求項１～４０のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、請求項４１または４２に記載の方法。
  44. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、前記接続チャネルの上流ネットワークまたは前記接続チャネルの下流ネットワークを介してのみ接続される、請求項４１～４３のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する、請求項１～４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、請求項１～４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、請求項１～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、請求項４８に記載の方法。
  51. 前記ピラーアレイが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、請求項３２～５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、請求項１～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、請求項１～４２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、請求項１～５３のいずれか一項に記載の方法。
  55. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む、請求項１～４４のいずれか一項に記載の方法。
  56. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した複数の画分を収集する工程が、フラクションコレクターを使用して実施される、請求項１～５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 前記複数の画分のそれぞれが、時間に基づいて前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、請求項１～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 前記複数の画分のそれぞれが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから約３０秒～約５分の期間にわたって収集される、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記複数の画分のそれぞれが、均一な量の時間にわたって前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、請求項５７または５８に記載の方法。
  60. 前記複数の画分のうちのある画分が、前記複数の画分のうちの別の画分とは異なる量の時間にわたって前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、請求項４７または５８に記載の方法。
  61. 前記複数の画分のそれぞれが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの溶出液の体積に基づいて前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集される、請求項１～５６のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された前記複数の画分のそれぞれが、約１μＬ～約２０μＬの体積を有する、請求項６１に記載の方法。
  63. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された前記複数の画分のそれぞれが、均一な体積を有する、請求項６１または６２に記載の方法。
  64. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された前記複数の画分のうちのある画分が、前記複数の画分のうちの別の画分とは異なる体積を有する、請求項６２または６３に記載の方法。
  65. 前記複数の画分が、約５個～約５０個の画分である、請求項１～６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記複数の画分が、約１２個～約２４個の画分である、請求項６５に記載の方法。
  67. 前記タンパク質分解技術が、酵素に基づく消化技術を含む、請求項１～６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記酵素に基づく消化技術が、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、ＬｙｓＣ、ＬｙｓＮ、ＡｓｐＮ、ＧｌｕＣ及びＡｒｇＣ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される酵素の使用を含む、請求項６７に記載の方法。
  69. 前記酵素に基づく消化技術が、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した画分を希釈するステップを含む、請求項６７または６８に記載の方法。
  70. 前記希釈することが、
    前記カオトロピック剤のある濃度に達するために、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した前記画分を水と混合すること
    を含む、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記酵素消化のための前記カオトロピック剤の濃度の最終濃度が、約０．５Ｍである、請求項７０に記載の方法。
  72. 前記酵素に基づく消化技術が、緩衝液交換ステップを含まない、請求項６７～７１のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記酵素に基づく消化技術が、アルキル化ステップを含まない、請求項６７～７２のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記酵素に基づく消化技術が、還元ステップを含まない、請求項６７～７２のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記タンパク質分解技術が、酵素に基づかないアプローチを含む、請求項１～６６のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分の１つもしくは複数及び／または前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分の１つもしくは複数を定量的標識技術に供する工程をさらに含み、
    前記定量的標識技術が、前記逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術の前に実施される、
    請求項１～７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 前記定量的標識技術が、等圧質量タグの使用を含む、請求項７６に記載の方法。
  78. 前記定量的標識技術が、タンデム質量タグ（ＴＭＴ）の使用を含む、請求項７６または７７に記載の方法。
  79. 前記定量的標識技術が、脱塩ステップを含む、請求項７６～７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 内部標準を、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスからの前記複数の画分の１つもしくは複数及び／または前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分の１つもしくは複数と混合する工程をさらに含み、
    前記内部標準の前記混合工程が、前記逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術の前に実施される、
    請求項１～７９のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記内部標準が、同位体標識ペプチドである、請求項７９に記載の方法。
  82. 前記ＲＰＬＣ技術に供される前記１つまたは複数の画分が、以下：
    （ｉ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られるゼロまたは複数の画分、及び
    （ｉｉ）前記タンパク質分解技術に供される前記複数の画分のうちの１つまたは複数
    から得られる１つまたは複数の画分またはその一部
    を含む、請求項１～８１のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記ＲＰＬＣ技術に供される前記１つまたは複数の画分のそれぞれが、水溶液と混合された前記それぞれの起源画分を含む、請求項１～８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記ＲＰＬＣ技術に供される前記画分が、約１μＬ～約５０μＬの体積を有する、請求項１～８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記ＲＰＬＣ技術が、ＲＰＬＣ移動相の使用を含む、請求項１～８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記ＲＰＬＣ技術が、約０．０５μＬ／分～約２μＬ／分の前記ＲＰＬＣ移動相の移動相流量を含む、請求項８５に記載の方法。
  87. 前記ＲＰＬＣ技術が、勾配ＲＰＬＣ技術である、請求項１～８６のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記ＲＰＬＣ技術が、上昇した温度で実施される、請求項１～８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 前記ＲＰＬＣ技術が、約３０℃～約１００℃の温度で実施される、請求項１～３７のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記ＲＰＬＣ技術が、実質的に一定の温度で実施される、請求項８８または８９に記載の方法。
  91. 前記逆相媒体が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む、請求項１～９０のいずれか一項に記載の方法。
  92. 前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの３つ以上を含む、請求項９１に記載の方法。
  93. 前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む、請求項９１に記載の方法。
  94. 前記ＲＰＬＣ部分混合物の前記アルキル部分が、等モル量で存在する、請求項９１～９３のいずれか一項に記載の方法。
  95. 前記ＲＰＬＣ部分混合物の前記アルキル部分が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面に共有結合している、請求項９１～９４のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの表面が、シリカ（ＳｉＯ２）を含む、請求項９５に記載の方法。
  97. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８つ以上の相互接続されたチャネルを含む、請求項１～９６のいずれか一項に記載の方法。
  98. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、請求項９７に記載の方法。
  99. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、請求項９７に記載の方法。
  100. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの上流ネットワークを介して前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの入力ポートと流体連通している、請求項１～８５のいずれか一項に記載の方法。
  101. 前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、請求項１００に記載の方法。
  102. 前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、請求項１００または１０１に記載の方法。
  103. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、請求項１～１０２のいずれか一項に記載の方法。
  104. 前記接続チャネルの下流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの遠位領域に接続されている、請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、請求項１０３及び１０４に記載の方法。
  106. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、接続チャネルの前記上流ネットワークまたは接続チャネルの前記下流ネットワークを介してのみ接続される、請求項１０３～１０５のいずれか一項に記載の方法。
  107. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約５０ｃｍの長さを有する、請求項１～１０６のいずれか一項に記載の方法。
  108. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、請求項１～１０７のいずれか一項に記載の方法。
  109. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、請求項１～１０８のいずれか一項に記載の方法。
  110. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、請求項１～１０９のいずれか一項に記載の方法。
  111. 前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、請求項１１０に記載の方法。
  112. 前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、請求項１１０に記載の方法。
  113. 前記ピラーアレイが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが含む前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、請求項１１０～１１２のいずれか一項に記載の方法。
  114. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、オンライン分流機構を含む、請求項１～１１３のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記オンライン分流機構が、バルブ及び／またはチャネルである、請求項１１４に記載の方法。
  116. 前記オンライン分流機構が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルと前記エレクトロスプレーイオン化デバイスとの間に配置される、請求項１１４または１１５に記載の方法。
  117. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、請求項１～１１６のいずれか一項に記載の方法。
  118. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、請求項１～１１７のいずれか一項に記載の方法。
  119. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、請求項１～１１８のいずれか一項に記載の方法。
  120. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む、請求項１～１１９のいずれか一項に記載の方法。
  121. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、開放管状フォーマットで構成されている、請求項１～１２０のいずれか一項に記載の方法。
  122. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、オンライン脱塩用に構成されている、請求項１～１２１のいずれか一項に記載の方法。
  123. 前記エレクトロスプレーイオン化源が、ナノエレクトロスプレーイオン化源である、請求項１～１２２のいずれか一項に記載の方法。
  124. 前記エレクトロスプレーイオン化源が、加熱エレクトロスプレーイオン化源である、請求項１～１２３のいずれか一項に記載の方法。
  125. 前記試料が、血液試料、脳脊髄液（ＣＳＦ）試料、腹水試料、精漿試料、及び乳頭吸引液試料からなる群から選択される、請求項１～１２４のいずれか一項に記載の方法。
  126. 前記試料が、約１０μＬ～約２００μＬの体積を有する、請求項１～１２５のいずれか一項に記載の方法。
  127. 前記試料が、血液試料である、請求項１～１２６のいずれか一項に記載の方法。
  128. 前記個体からの前記試料が血液試料である場合、血漿試料を調製する工程をさらに含む、請求項１～１２７のいずれか一項に記載の方法。
  129. 前記血漿試料を調製する工程が、前記血液試料を血漿生成技術に供することを含む、請求項１２８に記載の方法。
  130. 前記血漿生成技術が、前記試料をポリスルホン媒体に供することを含む、請求項１２９に記載の方法。
  131. 前記ポリスルホン媒体が、非対称ポリスルホン材料である、請求項１３０に記載の方法。
  132. 前記血漿生成技術が、毛管作用濾過技術である、請求項１２９～１３１のいずれか一項に記載の方法。
  133. 前記血漿生成技術に供される前記血液試料の体積が、約１０μＬ～約２００μＬである、請求項１２９～１３２のいずれか一項に記載の方法。
  134. 前記試験試料を生成するために、生成された前記血漿試料を前記液体固定剤と混合する工程をさらに含む、請求項１２９～１３３のいずれか一項に記載の方法。
  135. 前記試験試料を前記ＳＥＣ技術に供する前に、前記試験試料をさらに枯渇処理しない、請求項１３４に記載の方法。
  136. 前記血漿生成技術が、周囲温度で実施される、請求項１２９～１３５のいずれか一項に記載の方法。
  137. 前記試料が、前記血漿生成技術の前に枯渇処理ステップに供されたことがない、請求項１２９～１３６のいずれか一項に記載の方法。
  138. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスから溶出した前記成分またはその生成物を前記質量分析計に供する工程をさらに含む、請求項１～１３７のいずれか一項に記載の方法。
  139. 前記質量分析計を使用して前記試料の前記成分またはその生成物の質量分析を実施する工程をさらに含む、請求項１３８に記載の方法。
  140. 前記質量分析が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術に供される各画分の分析を含む、請求項１３９に記載の方法。
  141. 前記質量分析が、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術に供される各画分について前記質量分析計から得られた情報を含む１つまたは複数のデータセットを取得することを含む、請求項１３９または１４０に記載の方法。
  142. 単一のデータセットが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスを使用する前記ＲＰＬＣ技術に供される単一画分からの前記質量分析計から得られた情報を含む、請求項１４１に記載の方法。
  143. 前記１つまたは複数のデータセットのそれぞれが、前記質量分析計に導入された前記成分のイオンまたはその生成物についての質量電荷比（ｍ／ｚ）及び存在量情報を含む、請求項１４１または１４２に記載の方法。
  144. 請求項１～１４３のいずれか一項に記載の方法から得られる組成物の集合体であって、前記組成物の集合体の各組成物が、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイス溶出液である、前記組成物の集合体。
  145. 質量分析技術を使用して組成物の集合体を分析する方法であって、以下：
    （ａ）組成物の集合体の各組成物を質量分析計に供する工程；及び
    （ｂ）前記組成物の集合体の各組成物の質量分析を実施する工程
    を含み、
    前記組成物の集合体が、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試験試料の分画を含む処理技術から得られ、続いて各画分またはその生成物を、ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＲＰＬＣ技術に適用する、前記方法。
  146. 前記ＳＥＣ画分が、タンパク質分解技術によってさらに処理される、請求項１４５に記載の方法。
  147. 前記１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、前記試験試料中の複数の前記１つまたは複数の生体分子のそれぞれの同一性を決定する工程をさらに含む、請求項１４１～１４３のいずれか一項に記載の方法。
  148. 前記１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、前記試験試料中の複数の前記１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定する工程をさらに含む、請求項１４１～１４３及び１４７のいずれか一項に記載の方法。
  149. 前記決定された同一性から、１つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定する工程をさらに含む、請求項１４７または１４８に記載の方法。
  150. 前記特定する工程が、前記１つまたは複数の特定された生体分子の前記測定された量に基づいて、前記１つまたは複数の特定された生体分子のサブセットを選択することをさらに含む、請求項１４９に記載の方法。
  151. 前記１つまたは複数の特定された生体分子の前記サブセットが、参照試料と比較した前記１つまたは複数の特定された生体分子の差分測定量に基づいて選択される、請求項１４８～１５０のいずれか一項に記載の方法。
  152. １つまたは複数の特定された生体分子を含むシグネチャーを特定する工程をさらに含み、
    前記特定する工程が、
    前記１つまたは複数のデータセットのうちの少なくとも１つに基づいて、前記試験試料中の複数の前記１つまたは複数の生体分子のそれぞれの量を測定することと、
    測定された量に基づいて、前記試料中の前記１つまたは複数の生体分子の複数のサブセットを選択することと、
    試験試料中の複数の１つまたは複数の生体分子のサブセットのそれぞれの同一性を決定することと
    を含む、請求項１４１～１４３のいずれか一項に記載の方法。
  153. 前記試験試料中の前記複数の前記１つまたは複数の生体分子の前記サブセットが、参照試料と比較した前記試験試料中の前記複数の前記１つまたは複数の生体分子の差分測定量に基づいて選択される、請求項１５２に記載の方法。
  154. 前記試験試料が、罹患した対象からの試料であり、前記参照試料が、健康な対象または対照対象からの試料である、請求項１５１または１５３に記載の方法。
  155. 前記試験試料が、疾患に関連する前提条件を有する対象からの試料であり、前記参照試料が、健康な対象または対照対象からの試料である、請求項１５１または１５３に記載の方法。
  156. 前記試験試料が、活性状態にある疾患を有する対象からの試料であり、前記参照試料が、不活性状態にある疾患を有する対象からの試料であり、任意で、前記不活性状態が、寛解である、請求項１５１または１５３に記載の方法。
  157. 前記試験試料が、進行期の疾患を有する対象からの試料であり、前記参照試料が、初期の疾患を有する対象からの試料である、請求項１５１または１５３に記載の方法。
  158. 請求項１４９～１５７のいずれか一項に記載の方法によって特定された複数の特定された生体分子またはそのサブセットを含む、シグネチャー。
  159. 請求項１５０～１５８のいずれか一項に記載の方法によって特定された、特定された生体分子のサブセットを含む、シグネチャー。
  160. 遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力として、前記シグネチャーの前記特定された生体分子の全てまたはサブセットを提供する工程をさらに含む、請求項１４７～１５７のいずれか一項に記載の方法。
  161. 試料の生体分子を分析する方法であって、遺伝子濃縮分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、経路分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセス、及び／またはネットワーク分析を実施するように構成された１つもしくは複数のプロセスへの入力として、請求項１５８または１５９に記載のシグネチャーの特定された生体分子を提供する工程を含む、前記方法。
  162. 前記シグネチャーの１つまたは複数の分子型の特定された生体分子が、入力として提供される、請求項１６０または１６１に記載の方法。
  163. 前記１つまたは複数の分子型が、タンパク質を含む、請求項１６２に記載の方法。
  164. 前記１つまたは複数の分子型が、タンパク質のみからなる、請求項１６３に記載の方法。
  165. 遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１６４のいずれか一項に記載の方法。
  166. 遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の細胞成分遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス；
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス；及び／または
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の生物学的プロセス遺伝子オントロジーを特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１６５のいずれか一項に記載の方法。
  167. 遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つのうちの１つもしくは複数の調節因子を特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１６６のいずれか一項に記載の方法。
  168. 遺伝子濃縮分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するように構成されたプロセス；及び／または
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１６７のいずれか一項に記載の方法。
  169. 経路分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の経路を特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１６８のいずれか一項に記載の方法。
  170. 経路分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス；
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセス；及び／または
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の代謝経路を特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１６９のいずれか一項に記載の方法。
  171. ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１７０のいずれか一項に記載の方法。
  172. ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の分子経路を特定するように構成されたプロセス；及び／または
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１７１のいずれか一項に記載の方法。
  173. ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークの１つもしくは複数のハブを特定するように構成されたプロセス
    を含む、請求項１６０～１７２のいずれか一項に記載の方法。
  174. ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成されたプロセス
    を含み、任意で、前記プロセスが、入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成される、請求項１６０～１７３のいずれか一項に記載の方法。
  175. ネットワーク分析を実施するように構成された前記１つまたは複数のプロセスが、
    入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成された２つのプロセス
    を含み、任意で、前記２つのプロセスが、入力として提供された前記シグネチャーの前記特定された生体分子を含むネットワークの少なくとも１つのハブをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するように構成される、請求項１６０～１７４のいずれか一項に記載の方法。
  176. 特定された生体分子のシグネチャーを分析する方法であって、
    複数の特定された生体分子を、それぞれが遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するように構成された複数のプロセスのそれぞれに提供する工程を含み、
    前記提供する工程が、任意の順序で実施され、
    前記複数の特定された生体分子が、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含み、
    前記複数のプロセスが、
    入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数の特定された生体分子のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれと
    を含む、前記方法。
  177. 遺伝子濃縮分析、経路分析、またはネットワーク分析を実施するようにそれぞれ構成された複数のプロセスのそれぞれに複数のタンパク質を提供する工程を含む、タンパク質シグネチャーを分析する方法であって、
    前記提供する工程が、任意の順序で実施され、
    前記複数のプロセスが、
    入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数の遺伝子オントロジーを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連する１つもしくは複数のシグナル伝達経路を特定するために、経路分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つを調節する１つもしくは複数の転写因子を特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供される前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つの遺伝子産物を調節する１つもしくは複数のキナーゼを特定するために、遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つにそれぞれ関連付けられた１つもしくは複数のネットワークを特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、
    入力として提供された前記複数のタンパク質のうちの少なくとも１つまたはその生成物のうちの少なくとも１つをそれぞれ標的とする１つもしくは複数の薬物を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成された２つのプロセスのそれぞれと
    を含む、前記方法。
  178. 以下：
    入力ポートと；
    接続チャネルの上流ネットワークと；
    複数の相互接続されたチャネルであって、
    前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、開放管状フォーマットであり、
    前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、ＳＥＣ媒体を含む内面を含み、
    前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、前記接続チャネルの上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、
    前記複数の相互接続されたチャネルと
    を含む、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイス。
  179. 前記ＳＥＣ媒体を含む前記内面が、約０．５μｍ～約２μｍの厚さを有する、請求項１７８に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  180. 前記ＳＥＣ媒体が、約１０ｎｍ～約５００ｎｍの平均孔径を有する材料である、請求項１７８または１７９に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  181. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８～１００個の相互接続されたチャネルを含む、請求項１７８～１８０のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  182. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８個以上の相互接続されたチャネルを含む、請求項１７８～１８１のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  183. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、請求項１７８～１８２のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  184. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、請求項１７８～１８２のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  185. 前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、請求項１７８～１８４のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  186. 前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、請求項１７８～１８５のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  187. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、請求項１７８～１８６のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  188. 前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、請求項１８７に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  189. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約３０ｃｍの長さを有する、請求項１７８～１８８のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  190. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、請求項１７８～１８９のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  191. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、請求項１７８～１９０のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  192. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、請求項１７８～１９１のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  193. 前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、請求項１９２に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  194. 前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、請求項１９２に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  195. 前記ピラーアレイが、前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、請求項１９２～１９４のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  196. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、請求項１７８～１９５のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  197. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、請求項１７８～１９６のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  198. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、請求項１７８～１９７のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  199. 前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）印刷基板を含む、請求項１７８～１９８のいずれか一項に記載のＳＥＣマイクロ流体デバイス。
  200. 以下：
    入力ポートと；
    接続チャネルの上流ネットワークと；
    複数の相互接続されたチャネルであって、
    前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、開放管状フォーマットであり、
    前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、ＲＰＬＣ媒体を含む内面を含み、
    前記複数の相互接続されたチャネルの各チャネルが、接続チャネルの前記上流ネットワークを介して前記入力ポートと流体連通している、
    前記複数の相互接続されたチャネルと
    を含む、前記逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）マイクロ流体デバイス。
  201. 前記ＲＰＬＣ媒体が、約２～約２０個の炭素を有するアルキル部分を含む、請求項２００に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  202. 前記ＲＰＬＣ媒体が、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの１つまたは複数を含む、請求項２００または２０１に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  203. ＲＰＬＣ媒体が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの２つ以上を含むＲＰＬＣ部分混合物を含む、請求項２００～２０２のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  204. 前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８のうちの３つ以上を含む、請求項２０３に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  205. 前記ＲＰＬＣ部分混合物が、以下のアルキル部分：Ｃ２、Ｃ４、Ｃ８、及びＣ１８を含む、請求項２０３または２０４に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  206. 前記ＲＰＬＣ部分混合物の前記アルキル部分が、等モル量で存在する、請求項２０３～２０５のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  207. 前記ＲＰＬＣ媒体が、シリカ（ＳｉＯ２）を介して前記複数の相互接続された並列チャネルの各チャネルの前記内面に結合している、請求項２００～２０６のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  208. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８～１００個の相互接続されたチャネルを含む、請求項２００～２０７のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  209. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、８個以上の相互接続されたチャネルを含む、請求項２００～２０８のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  210. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、３２個の相互接続されたチャネルを含む、請求項２００～２０９のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  211. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、６４個の相互接続されたチャネルを含む、請求項２００～２０９のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  212. 前記接続チャネルの上流ネットワークまたはその一部が、前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの近位領域に接続されている、請求項２００～２１１のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  213. 前記接続チャネルの上流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記入力ポートから前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれへの流体の流れを分割するように構成された一連の分岐チャネルを含む、請求項２００～２１２のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  214. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、接続チャネルの下流ネットワークを介して前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの出力ポートと流体連通している、請求項２００～２１３のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  215. 前記接続チャネルの下流ネットワークが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルから前記出力ポートへの流体の流れを合わせるように構成された一連の収束チャネルを含む、請求項２１４に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  216. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約２ｃｍ～約３０ｃｍの長さを有する、請求項２００～２１５のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  217. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの幅を有する、請求項２００～２１６のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  218. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれが、約１μｍ～約１５μｍの深さを有する、請求項２００～２１７のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  219. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルが、ピラーアレイによって形成されている、請求項２００～２１８のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  220. 前記ピラーアレイが、非晶質ピラーアレイである、請求項２１９に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  221. 前記ピラーアレイが、非晶質ではないピラーアレイである、請求項２１９に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  222. 前記ピラーアレイが、前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスの前記複数の相互接続されたチャネルのそれぞれの内面を形成している、請求項２１９～２２１のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  223. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英基板を含む、請求項２１９～２２１のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  224. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、前記複数の相互接続されたチャネルを形成するモノリシック基板を含む、請求項２１９～２２３のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  225. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、石英モノリシック基板を含む、請求項２１９～２２４のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  226. 前記ＲＰＬＣマイクロ流体デバイスが、三次元（３Ｄ）プリント基板を含む、請求項２１９～２２５のいずれか一項に記載のＲＰＬＣマイクロ流体デバイス。
  227. 試験試料を処理するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
    （ａ）前記試験試料を、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）マイクロ流体デバイスを使用するＳＥＣ技術に供する工程であって、
    前記試験試料が、１つまたは複数の生体分子及びカオトロピック剤を含み、
    前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスが、複数の相互接続されたチャネルを含む、
    前記供する工程；
    （ｂ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから溶出した１つまたは複数の画分を収集する工程；
    （ｃ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから収集された画分の１つまたは複数をタンパク質分解技術に供する工程；及び
    （ｄ）質量分析計に導入するための画分を調製するために、１つまたは複数の画分を逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰＬＣ）技術に供する工程であって、
    前記１つまたは複数のＲＰＬＣ画分が、（ｉ）前記ＳＥＣマイクロ流体デバイスから得られたゼロまたは複数の画分と、（ｉｉ）タンパク質分解技術に供されるゼロまたは複数の画分と、を含む、前記供する工程。
  228. 組成物を分析する方法であって、以下：
    （ａ）前記組成物を質量分析計に供する工程；
    （ｂ）前記組成物の質量分析を実施する工程
    を含み、
    前記組成物が、ＳＥＣマイクロ流体デバイスの使用を含むＳＥＣ技術を使用した試料の分画を含む処理技術から得られ、その後、前記ＳＥＣマイクロ流体技術からの１つまたは複数の画分またはその生成物をＲＰＬＣ技術に適用する、前記方法。
  229. 遺伝子濃縮分析、経路分析、及びネットワーク分析を任意の順序で実施する工程を含む、特定された成分のシグネチャーを分析する方法であって、
    特定された成分の前記シグネチャーが、タンパク質セット、トランスクリプトームセット、ペプチドセット、及び／または代謝産物セットを含み、
    前記実施する工程が、
    遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    経路分析を実施するように構成されたプロセスと、
    遺伝子濃縮分析を実施するように構成されたプロセスと、
    薬物標的を特定するために、ネットワーク分析を実施するように構成されたプロセスと、
    を含む、前記方法。
  230. 個体を冠動脈疾患（ＣＡＤ）診断の決定に供する方法であって、以下の工程を含む、方法：
    （ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得する工程；
    （ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する工程であって、
    前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記分析する工程；及び
    （ｃ）前記個体が、前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有しているかどうかを決定する工程。
  231. 前記個体が前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを有する場合、前記個体はＣＡＤを有すると診断される、請求項２３０に記載の方法。
  232. 個体が冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有すると診断する方法であって、以下の工程を含む、方法：
    （ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得する工程；
    （ｂ）ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する工程であって、
    前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記分析する工程；及び
    （ｃ）前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に基づいて、前記個体をＣＡＤを有すると診断する工程。
  233. 冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有する個体を治療する方法であって、以下の工程を含む、方法：
    （ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物中のＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在に従って、前記個体がＣＡＤを有すると診断する工程であって、
    前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記診断する工程；及び
    （ｂ）前記個体にＣＡＤ治療を施す工程。
  234. 前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの存在が、前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従ってＭＳデータを分析することによって決定される、請求項２３３に記載の方法。
  235. 前記個体から得られた前記試料またはその派生物から前記ＭＳデータを取得する工程をさらに含む、請求項２３４に記載の方法。
  236. 前記ＣＡＤ治療が、ライフスタイル調整を含む、請求項２３３～２３５のいずれか一項に記載の方法。
  237. 前記ＣＡＤ治療が、薬学的介入を含む、請求項２３３～２３６のいずれか一項に記載の方法。
  238. 前記薬学的介入が、カルシウムチャネル遮断薬、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤（ＨＤＡＣ６など）、Ｃａ２＋／カルモジュリン（ＣａＭ）依存性プロテインキナーゼＩＩ（ＣａＭＫＩＩ）阻害剤、グアニリルシクラーゼ（ｓＧＣ）活性化剤、ＭＭＰ阻害剤、スタチン、及び降圧剤からなる群から選択される薬物の投与を含む、請求項２３７に記載の方法。
  239. 前記薬学的介入が、アムロジピン、ツバスタチン－ａ、フォルスコリン、トリコスタチンＡ、ＫＮ－９３、ＣＦＭ－１５７１、イロマスタット、ＣＡＹ－１０６０３及びロスバスタチンまたはその薬学的塩からなる群から選択される薬物を含む、請求項２３７または２３８に記載の方法。
  240. 前記薬物が、ＢＲＤ－Ｋ５２３０６７２６、ＢＲＤ－Ｋ７１３６１１５４、アセタゾラミド、ロリプラム、ルキソリチニブ、ＢＲＤ－Ａ５９８０８１２９－００１－０１－７、ＢＲＤ－Ｋ７６８７６０３７、ＺＭ３３６３７２、トレハロース、ＳＣＨＥＭＢＬ３０９２６５２、ＢＭＳ－３８７０３２、ＢＲＤ－Ｋ０１４２５４３１、４－ヒドロキシ－レチノイン酸、ＣＨＥＭＢＬ５８５９５１、ＣＨＥＭＢＬ１６７３０３９、ＨＹ－１１００７、プリミドン、ＢＲＤ－Ｋ８１４１７９１９、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿０００８２６、タモキシフェン、ＢＲＤ－Ｋ００５４４９９６、ＣＩＤ６７０６６８８９、ＣＸ－５４６１、ＢＲＤ－Ｋ６３９４４５６３、ＳＣＨＥＭＢＬ６８５１８０９、ＢＲＤ－Ａ８６１４６７０６、ＦＲ－１８０２０４、ＣＨＥＭＢＬ５５２４２５、ヘキサクロロフェン、Ａｇｇｃ、ＳＵＧＡ１＿００８４２４、ＢＲＤ－Ｋ９６６４０８１１、アナストロゾール、ワートマニン、バンデタニブ、ＡＣ１ＮＷＡＬＦ、ＯＴＳＳＰ１６７、ＷＺ３１０５、ジヒドロエルゴタミン、ＢＲＤ－Ｋ９９８３９７９３、ＳＲ３３８０５オキサレート、ＡＴ－７５１９、スルファドキシン、ＳＰＥＣＴＲＵＭ＿００１３１９、ＭＬＳ００３３２９２１９、トリコスタチンＡ及びロテノン、またはそれらの薬学的塩からなる群から選択される、請求項２３７または２３８に記載の方法。
  241. 個体の冠動脈疾患（ＣＡＤ）プロテオミクスシグネチャーを検出するための方法：
    （ａ）前記個体から得られた試料またはその派生物から質量分析（ＭＳ）データを取得する工程；及び
    （ｂ）前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーを検出するために、ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する工程であって、
    前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、表１の１つまたは複数のバイオマーカーを含む、前記分析する工程。
  242. 前記個体が、ＣＡＤを有する疑いがある、請求項２４１に記載の方法。
  243. 前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、参照と比較して、表１に記載の１つまたは複数のバイオマーカーの発現の増加を含む、請求項２３０～２４２のいずれか一項に記載の方法。
  244. 前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーが、参照と比較して、表１に記載の１つまたは複数のバイオマーカーの発現の減少を含む、請求項２３０～２４３のいずれか一項に記載の方法。
  245. 前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャが、カルシウムシグナル伝達経路、ヒストン調節、ＨＩＦ－１シグナル伝達経路、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、β－アドレナリン作動性シグナル伝達経路、ＰＩ３Ｋ－Ａｋｔシグナル伝達経路、補体及び／または凝固カスケード、スフィンゴ脂質シグナル伝達経路、ナチュラルキラー細胞媒介性細胞傷害性、アディポサイトカインシグナル伝達経路、ＤＮＡ損傷、カルシウムエネルギー、代謝産物、細胞接着、炎症、低酸素及びヒストンメチル化に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含む、請求項２３０～２４４のいずれか一項に記載の方法。
  246. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、転写因子に関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む、請求項２３０～２４５のいずれか一項に記載の方法。
  247. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、キナーゼに関連する１つまたは複数のバイオマーカーを含むそのサブセットを含む、請求項２３０～２４６のいずれか一項に記載の方法。
  248. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の少なくとも１０個のバイオマーカーを含む、請求項２３０～２４７のいずれか一項に記載の方法。
  249. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の少なくとも２５個のバイオマーカーを含む、請求項２３０～２４８のいずれか一項に記載の方法。
  250. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の少なくとも５０個のバイオマーカーを含む、請求項２３０～２４９のいずれか一項に記載の方法。
  251. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、表１の全てのバイオマーカーを含む、請求項２３０～２５０のいずれか一項に記載の方法。
  252. 前記個体から前記試料を取得する工程をさらに含む、請求項２３０～２５１のいずれか一項に記載の方法。
  253. 前記試料またはその派生物が、血液試料またはその派生物である、請求項２３０～２５２のいずれか一項に記載の方法。
  254. 前記試料またはその派生物が、血漿試料である、請求項２５３に記載の方法。
  255. 前記試料またはその派生物が、液体固定剤を含む、請求項２５４に記載の方法。
  256. 前記試料またはその派生物からＭＳデータを取得する前記工程が、質量分析計を使用して前記試料またはその派生物の質量分析を実施することを含む、請求項２３０～２５５のいずれか一項に記載の方法。
  257. 前記質量分析が、請求項１４０～１４３のいずれか一項に記載の方法に従って実施される、請求項２５６に記載の方法。
  258. 前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する前記工程が、前記ＭＳデータを請求項１６１～１７７のいずれか一項に記載の方法に供することを含む、請求項２３０～２５７のいずれか一項に記載の方法。
  259. 前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーに従って前記ＭＳデータを分析する前記工程が、前記ＭＳデータ中の前記ＣＡＤプロテオミクスシグネチャーの前記１つまたは複数のバイオマーカーのそれぞれの有無またはレベルを評価することを含む、請求項２３０～２５８のいずれか一項に記載の方法。
  260. 前記個体の以下の因子評価：性別、年齢、肥満度指数（ＢＭＩ）、収縮期血圧、拡張期血圧、総コレステロール、ＨＤＬ、ＬＤＬ、トリグリセリド、高脂血症、高血圧、真性糖尿病、インスリン抵抗性、腎臓疾患、喫煙状態、身体活動レベル、睡眠レベル、または栄養の質の１つまたは複数を実施することをさらに含む、請求項２３０～２５９のいずれか一項に記載の方法。
  261. ＣＡＤの存在を評価するために前記個体に対して医療処置を実施する工程をさらに含む、請求項２３０～２６０のいずれか一項に記載の方法。
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Chen et al. Comparative and targeted proteomic analyses of urinary microparticles from bladder cancer and hernia patients
Chen et al. In-depth site-specific analysis of N-glycoproteome in human cerebrospinal fluid and glycosylation landscape changes in Alzheimer's disease
Decramer et al. Urine in clinical proteomics
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Pernemalm et al. Mass spectrometry-based plasma proteomics: state of the art and future outlook
Pan et al. Protein alterations associated with pancreatic cancer and chronic pancreatitis found in human plasma using global quantitative proteomics profiling
Ahn et al. Body fluid proteomics: Prospects for biomarker discovery
Nguyen et al. Platelet factor 4 as a novel exosome marker in MALDI-MS analysis of exosomes from human serum
Chen et al. Proteomics for biomarker identification and clinical application in kidney disease
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Sigdel et al. Profiling the proteome in renal transplantation
Zheng et al. Integrated pipeline of rapid isolation and analysis of human plasma exosomes for cancer discrimination based on deep learning of MALDI-TOF MS fingerprints
Trinh et al. Nanoparticle biomolecular corona-based enrichment of plasma glycoproteins for N-glycan profiling and application in biomarker discovery
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Christians et al. The role of proteomics in the study of kidney diseases and in the development of diagnostic tools
Kovacevic et al. Urine proteomic analysis in cystinuric children with renal stones
Zhou et al. Oncoproteomics: trials and tribulations
Huh et al. Novel diagnostic biomarkers for high-grade serous ovarian cancer uncovered by data-independent acquisition mass spectrometry
Siwy et al. Clinical proteomics: current techniques and potential applications in the elderly
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