JP2023552199A - コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を特定する方法及びその治療法 - Google Patents

Abstract

コロナウイルス感染症を患っている対象を処置する方法、及びコロナウイルス感染症のリスクが増大している対象を特定する方法が本明細書に提供される。

Description

本開示は、コロナウイルス感染症を有するか、またはコロナウイルス感染症に罹りやすい対象を処置する方法、コロナウイルス感染症に罹患しているか、またはコロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を特定する方法、ならびにコロナウイルス感染症の診断のための方法を提供する。

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）は、２０１９年末に中国の武漢で発見され、コロナウイルス病２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）を引き起こす。ＣＯＶＩＤ－１９の症状は、発熱、咳、及び頭痛などのインフルエンザのような症状から、呼吸不全、急性免疫反応、及び死亡までにわたるが、ほとんどの感染者は症状があったとしてもほとんど示さないと推定されている。２０２０年９月の時点で、この病気は世界中で既知の感染者が３，０００万人を超え、既知の死者数が９４万人を超えており、さらに多くの症例及び死亡者が検出されていない可能性がある。既知の危険因子としては、特に、男性、高齢、人種、肥満、心血管疾患及び腎臓疾患、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、及び認知症などが挙げられる。

ＣＯＶＩＤ－１９感染症の特徴の１つは、一部の人にとっては致命的になる可能性がある一方で、同等の年齢及び全体的な健康状態を有する他の人にはまったく無症状である場合もあるということである。重症疾患のリスクの増大は、他の危険因子の中でもとりわけ、男性という性別、人種、年齢、肥満と関連している。ただし、現時点ではそのような差異の根拠は不明であるが、ＣＯＶＩＤ－１９感染の症例の個人の症状の重症度を予測する能力は、リスクのある集団を特定するための貴重なツールとなるであろう。この集団を特定し、監視し、必要に応じて隔離する能力は、現在のＣＯＶＩＤ－１９のパンデミックの管理において大きな進歩となるであろう。

本開示は、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤で対象を処置する方法を提供し、対象はコロナウイルス感染症に罹患しているか、またはコロナウイルス感染症を発症しやすい状態であり、この方法は、以下のステップ：ｉ）対象の多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）を決定することであって、ａ）この対象から生体試料を取得するかまたは取得していること；及びｂ）対象がコロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する１つ以上の遺伝的バリアントを含む遺伝子型を有するか否かを判定するために、生体試料に対して遺伝子型決定アッセイを実施するかまたは実施していることによって、決定し；ここで、このＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性を反映すること、ｉｉ）対象のＰＲＳスコアが所望の閾値を下回るならば、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤を標準用量で対象に投与するまたは投与を継続すること、及び／またはコロナウイルス感染症の発症、及び／またはコロナウイルス感染症の重症化について対象をモニタリングすること；あるいは、ｉｉｉ）対象が所望の閾値を超えるＰＲＳスコアを有するならば、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤を、標準用量と同じかそれより多い量で対象に投与するかまたは投与を継続することであって、ここで、所望の閾値を超えるＰＲＳスコアの存在は、対象がコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している、及び／または重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大していることを示すこと、を含む。

本開示は、コロナウイルス感染症を発症するか、または重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している対象を特定する方法を提供し、この方法は、対象の多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）を決定することであって、以下：ａ）対象から生体試料を取得するかまたは取得していること；及びｂ）対象が、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する１つ以上の遺伝的バリアントを含む遺伝子型を有するか否かを判定するために、生体試料に対して遺伝子型決定アッセイを実施するかまたは実施していることによって、決定することであって；ここで、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、及び各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性を反映し；対象のＰＲＳスコアが所望の閾値を下回っているならば、この対象はコロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが低下しており；ならびに、対象のＰＲＳスコアが所望の閾値を超えているならば、この対象がコロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大していること、を含む。

本明細書に組み込まれ、その一部を構成する添付の図面は、いくつかの態様を示し、本開示の説明とともに本開示の原理を説明するのに役立つ。

１つ以上の確立されたＣＯＶＩＤ－１９危険因子を有するＣＯＶＩＤ－１９陽性患者における高いＣＯＶＩＤ－１９遺伝的リスクスコア（ＧＲＳ）と入院または重症化率との関連を示している。 いくつかのコホートにわたって、年齢、性別、確認されたＣＯＶＩＤ－１９の併存疾患ごとに分類された、ＣＯＶＩＤ－１９陽性患者及び入院を必要とするＣＯＶＩＤ－１９患者を示している。 いくつかのコホートにわたるさまざまなＣＯＶＩＤ－１９患者カテゴリーのサンプルサイズを示している。 同上。 以前のＧＷＡＳにおいてＣＯＶＩＤ－１９のリスクと関連することが示された遺伝的バリアントを示している。 同上。 同上。 異なる祖先のＣＯＶＩＤ－１９陽性患者の入院リスクを、ＧＲＳ及び多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）によってグループ化して示している。 同上。 同上。 同上。 さまざまな祖先のＣＯＶＩＤ－１９陽性患者における重症のリスクを、ＧＲＳとＰＲＳによってグループ化して示している。 同上。 同上。 同上。

本開示の態様に関連する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲を通して使用される。別段に示されていない限り、このような用語には、当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。他の具体的に定義される用語は、本明細書において提供される定義と合致した様式で解釈されるものとする。

別段明確に述べられない限り、本明細書において説明される任意の方法または態様は、そのステップが特定の順序で遂行されることを要求するものとして解釈されるようには一切意図されない。したがって、方法クレームが、ステップが特定の順序に限定されるべきことを、特許請求の範囲または記載中で具体的に述べない場合には、いかなる点でも、順序が暗示されることは一切意図されない。これは、解釈のためのあらゆる可能性のある不明確な基準（ステップもしくは動作フローのアレンジに関する論理の問題、文法構成もしくは句読点に由来する平明な意味、または本明細書中に記載される態様の数もしくは型が挙げられる）についても当てはまる。

本明細書で使用する場合、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」という単数形には、複数の参照対象が含まれる。
本明細書で使用する場合、用語「対象」及び「患者」は相互交換可能に使用される。対象には、哺乳動物を含む任意の動物が含まれ得る。哺乳動物には、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ）、ペット動物（例えば、イヌ、ネコ）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ）、及び非ヒト霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。

本明細書で使用する場合、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含んでもよく、一本鎖、二本鎖または多重鎖であってもよい。核酸の一方の鎖はその相補鎖も指す。

本明細書で使用する場合、「含む」という用語は、特定の実施形態では、所望に応じて、「からなる」または「から本質的になる」と置き換えてよい。
本明細書で使用する場合、「治療する、処置する（ｔｒｅａｔ）」、「治療すること、処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、及び「治療、処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」及び「阻害する、予防する（ｉｎｈｉｂｉｔ）」、「阻害すること、予防すること（ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ）」、及び「阻害、予防（ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ）」という用語は、それぞれ、治療効果及び予防効果のような所望の生物学的応答を引き出すことを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、ＣＯＶＩＤ－１９感染などのコロナウイルス感染症の減少／軽減、ＣＯＶＩＤ－１９感染などのコロナウイルス感染症の重症度の減少／軽減（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９感染の発症の減少または阻害など）、症状及び感染関連の影響の減少／軽減、症状の発症及び感染関連の影響の遅延、感染関連の影響の症状の重症度の軽減、急性エピソードの重症度の軽減、症状及び感染関連の影響の数の軽減、症状及び感染関連の影響の潜伏の減少、症状及び感染関連の影響の改善、二次症状の軽減、二次感染の軽減、ＣＯＶＩＤ－１９感染などのコロナウイルス感染症の再発の防止、再発エピソードの数または頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期間の増大、持続的な進行までの時間の増大、回復の加速、もしくは代替治療剤の有効性の増大もしくは耐性の減少、及び／または罹患した宿主動物の生存期間の増大のうちの１つ以上を含む。予防効果は、治療プロトコールを施した後のＣＯＶＩＤ－１９感染などのコロナウイルス感染症の発症／進行の完全なまたは部分的な回避／抑制または遅延（例えば、完全なまたは部分的な回避／抑制または遅延）、及び罹患した宿主動物の生存時間の増加を含んでもよい。ＣＯＶＩＤ－１９感染症などのコロナウイルス感染症の処置には、臨床段階または臨床症状のいずれかでＣＯＶＩＤ－１９感染症などの何らかの形態のコロナウイルス感染症を有するとすでに診断された対象の処置、ＣＯＶＩＤ－１９感染などのコロナウイルス感染症の症状または徴候の発症または進展または増悪または悪化の遅延、及び／あるいはＣＯＶＩＤ－１９感染などのコロナウイルス感染症の重症度の予防及び／または軽減が包含される。

本明細書で使用する場合、「コロナウイルス感染症」または「ＣｏＶ感染」という用語は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶなどのコロナウイルスによる感染を指す。この用語には、多くの場合、下気道で発生するコロナウイルス気道感染症が含まれる。症状には、高熱、空咳、息切れ、肺炎、下痢などの消化器症状、臓器不全（腎不全及び腎機能不全）、敗血症性ショックなどが含まれ、重症の場合は死亡する。重症のコロナウイルス感染症は、入院、サイトカインストーム、息切れ、肺炎、臓器不全、敗血症性ショック、胸痛もしくは胸部圧迫感、及び／または言語障害もしくは運動喪失のうちの１つ以上を伴うこととして特徴付けられ得る。

本明細書で使用する場合、「共存症、併存疾患（ｃｏｍｏｒｂｉｄｉｔｙ）」という用語は、コロナウイルス感染症の重症度を高め得る、または重症のコロナウイルス感染症を有するリスクの増大と関連し得る、対象における１つ以上の疾患または状態を指す。併存疾患としては、限定するものではないが、高血圧、冠状動脈疾患、心不全、２型糖尿病、慢性腎臓病、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、及びアルツハイマー病が挙げられる。

本開示は、概して、ＣＯＶＩＤ－１９多遺伝子性リスクスコア（ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳまたはＰＲＳ）による対象の層別化が、高齢または他の併存疾患（例えば、心血管疾患）などの従来の臨床基準とは独立して、抗スパイクＳＡＲＳ－ＣＯＶ２モノクローナル抗体カクテル（ＲＥＧＮ１０９３３＋ＲＥＧＮ１０９８７；カシリビマブ及びイムデビマブ）による処置から利益を受ける可能性がより高い対象の特定に有用であり得るという発見に関する。

本開示は、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤で対象を処置する方法を提供し、この対象はコロナウイルス感染症に罹患しているか、またはコロナウイルス感染症を発症しやすい。この方法は、対象の多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、ＰＲＳは、対象から生体試料を取得するかまたは取得していること、及び、コロナウイルス感染症を発症する感受性に関連している及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連している１つ以上の遺伝的バリアントを含む遺伝子型を対象が有するか否かを決定するために、生体試料に対して遺伝子型決定アッセイを実施するかまたは実施していることによって決定される。ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、及び各遺伝的バリアントに対する対象のホモ接合性及びヘテロ接合性を反映する。対象のＰＲＳスコアが所望の閾値を下回るならば、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤を標準用量で対象に投与するまたは投与を継続するか、及び／または、コロナウイルス感染症の発症及び／またはコロナウイルス感染症の重症化について対象をモニタリングする。対象が所望の閾値を超えるＰＲＳスコアを有するならば、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤を、標準用量と同じかまたはそれを超える量で、対象に投与するかまたは投与を継続する。所望の閾値を超えるＰＲＳスコアの存在は、対象がコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している、及び／または重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大していることを示す。

遺伝的要因は、コロナウイルス感染症の発症リスクにおいて重要な役割を果たす可能性があり、薬物処置に対する対象の応答に潜在的に影響を与え得る。ＰＲＳは、感染関連研究から得られた多数の遺伝的バリアントからの情報を組み合わせて、各対象の遺伝的由来の感染リスクを反映する、単一の複合定量的尺度を作成する。コロナウイルス感染症のリスク対立遺伝子の数が多い対象は、対立遺伝子の数が少ない対象よりもＰＲＳが高くなる。リスクは、母集団分布のパーセンタイルまたは標準偏差単位など、いくつかの閾値で評価され得る。本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントなど、コロナウイルス感染症リスクに関連する遺伝子座は、ＰＲＳによって対象を層別化するために使用でき、これは、従来の臨床基準とは関係なく、本明細書に記載の阻害剤のいずれかによる処置から利益を得る可能性が高い対象を特定するのに有用であろう。

ＰＲＳの計算により、Ｃｏｖｉｄ－１９感染症などのコロナウイルス感染症を最も発症しやすい対象を特定し得る。さらに、ＰＲＳ計算により、本明細書に記載の阻害剤のいずれか１つに応答する可能性が最も高い対象の特定が可能になる場合がある。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象は、ＰＲＳに基づいて選択してもよく、ＰＲＳは、コロナウイルス感染症の発症に関連する複数の遺伝的バリアントの加重和を含み、少なくとも約２、少なくとも約３、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約６、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９、少なくとも約１０、少なくとも約２０、少なくとも約３０、少なくとも約４０、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約１００、少なくとも約１２０、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、または少なくとも約１，０００個の遺伝的バリアントを用いて計算され、患者が閾値スコアを超えるＰＲＳを有する場合、本明細書に記載の阻害剤のいずれか１つを投与するか、及び／または本明細書に記載のいずれかの分離手法を実践する。

いくつかの実施形態では、本開示は、リスク評価における多数の対立遺伝子、例えば、１つ以上の遺伝的バリアントデータベース由来の少なくとも約５００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約３，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約４，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，５００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約７，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約８，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約９，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約１０，０００，０００個の遺伝的バリアントを含む。

いくつかの実施形態では、本開示は、対象におけるＰＲＳを判定する方法を提供し、この方法は、コロナウイルスリスクデータベースからの少なくとも約２個の遺伝的バリアント、少なくとも約３個の遺伝的バリアント、少なくとも約４個の遺伝的バリアント、少なくとも約５個の遺伝的バリアント、少なくとも約６個の遺伝的バリアント、少なくとも約７個の遺伝的バリアント、少なくとも約８個の遺伝的バリアント、少なくとも約９個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０個の遺伝的バリアント、少なくとも約１５個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０個の遺伝的バリアント、少なくとも約３０個の遺伝的バリアント、少なくとも約４０個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０個の遺伝的バリアント、少なくとも約６０個の遺伝的バリアント、少なくとも約７０個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約７５，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約３，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約４，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５，０００，０００遺伝的バリアント、または少なくとも約６，０００，０００の遺伝的バリアントが対象由来の生体試料中に存在するか否かを特定することを含み、ここで、リスク対立遺伝子の存在はＰＲＳを増大させ、代替対立遺伝子の存在はＰＲＳを減少させる。

いくつかの実施形態では、本開示は、対象においてコロナウイルス感染症を発症するリスクを判定する方法であって、コロナウイルス遺伝的バリアントが対象由来の生体試料中に存在するか否かを特定することと、特定された遺伝的バリアントに基づいて対象のＰＲＳを計算することとを含む方法を提供し、ここで、ＰＲＳは、特定された各遺伝的バリアントに関連付けられた加重リスクスコアを合計することによって計算される。特定された遺伝的バリアントの数は、少なくとも約２個の遺伝的バリアント、少なくとも約３個の遺伝的バリアント、少なくとも約４個の遺伝的バリアント、少なくとも約５個の遺伝的バリアント、少なくとも約６個の遺伝的バリアント、少なくとも約７個の遺伝的バリアント、少なくとも約８個の遺伝的バリアント、少なくとも約９個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０個の遺伝的バリアント、少なくとも約１５個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０個の遺伝的バリアント、少なくとも約３０個の遺伝的バリアント、少なくとも約４０個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０個の遺伝的バリアント、少なくとも約９５個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約７５，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約３，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約４，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，５００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約７，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約８，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約９，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約１０，０００，０００個の遺伝的バリアントであり得る。

いくつかの実施形態では、本開示は、対象においてコロナウイルス感染症を発症するリスクを判定する方法を提供し、この方法は、コロナウイルス遺伝的バリアントが対象由来の生体試料中に存在するか否かを特定することと、特定された遺伝的バリアントに基づいて対象のＰＲＳを計算することと、ＰＲＳに基づいて対象をリスクグループに割り当てることとを含む。ＰＲＳは、例えば、上位五分位、中間五分位、下位五分位のような五分位に分割されてもよく、その際、多遺伝子スコアの上端五分位は最も高い遺伝子リスクグループに相当し、多遺伝子スコアの下端五分位は最も低い遺伝子リスク群に相当する。特定された遺伝的バリアントの数は、少なくとも約２個の遺伝的バリアント、少なくとも約３個の遺伝的バリアント、少なくとも約４個の遺伝的バリアント、少なくとも約５個の遺伝的バリアント、少なくとも約６個の遺伝的バリアント、少なくとも約７個の遺伝的バリアント、少なくとも約８個の遺伝的バリアント、少なくとも約９個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０個の遺伝的バリアント、少なくとも約１５個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０個の遺伝的バリアント、少なくとも約３０個の遺伝的バリアント、少なくとも約４０個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０個の遺伝的バリアント、少なくとも約９５個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約７５，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約３，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約４，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，５００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約７，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約８，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約９，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約１０，０００，０００個の遺伝的バリアントであり得る。

いくつかの実施形態では、本開示は、コロナウイルス感染症を発症するリスクを有する対象または候補者を選択するための方法であって、コロナウイルスに関連する少なくとも約２個の遺伝的バリアント、少なくとも約３個の遺伝的バリアント、少なくとも約４個の遺伝的バリアント、少なくとも約５個の遺伝的バリアント、少なくとも約６個の遺伝的バリアント、少なくとも約７個の遺伝的バリアント、少なくとも約８個の遺伝的バリアント、少なくとも約９個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０個の遺伝的バリアント、少なくとも約１５個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０個の遺伝的バリアント、少なくとも約３０個の遺伝的バリアント、少なくとも約４０個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０個の遺伝的バリアント、少なくとも約９５個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約７５，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約１，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約２，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約３，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約４，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも約５，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約６，５００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約７，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約８，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約９，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも約１０，０００，０００個の遺伝的バリアントが、各対象または候補者由来の生体試料内に存在するか否かを特定することと、この特定された遺伝的バリアントに基づいて各対象または候補者の多遺伝子リスクスコアＰＲＳを計算することと、所望のリスクグループの対象または候補者を選択することと、を含む方法を提供する。

すべてのコロナウイルスリスク評価については、多数の遺伝的バリアントを組み込むことは予測力が向上するという利点を提供する。本開示はさらに、例えば、コロナウイルスに関連する、少なくとも５００，０００、少なくとも１，０００，０００、少なくとも２，０００，０００、少なくとも３，０００，０００、少なくとも４，０００，０００、少なくとも５，０００，０００、または少なくとも６，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも６，５００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも７，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも８，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも９，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも１０，０００，０００個の遺伝的バリアントを組み込んだ、上記で概説したリスク評価を提供する。

いくつかの実施形態では、本開示は、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象または候補者の集団を選択するための方法であって、コロナウイルスに関連する少なくとも約２個の遺伝的バリアント、少なくとも約３個の遺伝的バリアント、少なくとも約４個の遺伝的バリアント、少なくとも約５個の遺伝的バリアント、少なくとも約６個の遺伝的バリアント、少なくとも約７個の遺伝的バリアント、少なくとも約８個の遺伝的バリアント、少なくとも約９個の遺伝的バリアント、少なくとも約１０個の遺伝的バリアント、少なくとも約１５個の遺伝的バリアント、約２０個の遺伝的バリアント、少なくとも約３０個の遺伝的バリアント、少なくとも約４０個の遺伝的バリアント、少なくとも５０個の遺伝的バリアント、少なくとも９５個の遺伝的バリアント、少なくとも１００個の遺伝的バリアント、少なくとも２００個の遺伝的バリアント、少なくとも５００個の遺伝的バリアント、少なくとも１０００個の遺伝的バリアント、少なくとも２０００個の遺伝的バリアント、少なくとも５０００個の遺伝的バリアント、少なくとも１０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも２０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも５０，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも７５，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも１００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも５００，０００遺伝的バリアント、少なくとも１，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも２，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも３，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも４，０００，０００個の遺伝的バリアント、少なくとも５，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも６，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも６，５００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも７，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも８，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも９，０００，０００個の遺伝的バリアント、または少なくとも１０，０００，０００個の遺伝的バリアントが、各対象または候補者由来の生体試料中に存在するか否かを特定することと、この特定された遺伝的バリアントに基づいて各対象または候補者由来のＰＲＳを算出することと、高リスクグループの対象または候補者を選択することと、を含む方法を提供する。

いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも２個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも３個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも４個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも６個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも７個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも８個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも９個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも２０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも２０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも３０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも４０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも７０個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも２，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１０，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも２０，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５０，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも７５，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも２，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも３，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも４，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも５，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも６，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも６，５００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも７，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも８，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも９，０００，０００個の遺伝的バリアントである。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントの数は少なくとも１０，０００，０００個の遺伝的バリアントである。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ７３０６４４２５、ｒｓ２５３１７４３、ｒｓ１４３３３４１４３、ｒｓ９４１１３７８、ｒｓ１０７３５０７９、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ７４９５６６１５、及びｒｓ２２３６７５７のうちのいずれか１つ以上（または全て）を含む。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ７３０６４４２５である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ２５３１７４３である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ１４３３３４１４３である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ９４１１３７８である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ１０７３５０７９である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ２１０９０６９である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ７４９５６６１５である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する遺伝的バリアントは、ｒｓ２２３６７５７である。これらのＳＮＰは、１，０００件を超えるＣＯＶＩＤ－１９症例を含むＧＷＡＳの文献を調べることによって特定され、ｐ値は５ｅ－８であった。

本開示のいくつかの実施形態では、リスク評価は、患者集団のＰＲＳスコアの上位５０％、５５％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％を含むが、これらに限定されない最も高い加重ＰＲＳスコアを含む。

いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントは、コロナウイルスに関連する遺伝的バリアントのうち最もリスクの高い遺伝的バリアントまたは上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％の加重リスクスコアを有する遺伝的バリアントを含む。

いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントは、ｐ値範囲の上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％のコロナウイルス感染症を発症することと関連する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、特定された各遺伝的バリアントは、約１０^－１、約１０^－２、約１０^－３、約１０^－４、約１０^－５、約１０^－６、約１０^－７、１０^－８、約１０^－９、約１０^－１０、約１０^－１１、約１０^－１２、約１０^－１３、または約１０^－１４、または約１０^－１５以下のｐ値を有する、コロナウイルス感染症発症と関連する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントは、５×１０^－８未満のｐ値を有するコロナウイルス感染症の発症と関連する遺伝的バリアントを含む。

いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントは、高リスク患者において、参照母集団の残りと比べて、オッズ比（ＯＲ）が分布の最大５０％までの上位について約１．０以上、約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、もしくは約２．２５以上；または約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、約２．２５以上、約２．５以上、もしくは約２．７５以上であるコロナウイルス感染症発症と関連する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、オッズ比（ＯＲ）は、約１．０～約１．５、約１．５～約２．０、約２．０～約２．５、約２．５～約３．０、約３．０～約３．５、約３．５～約４．０、約４．０～約４．５、約４．５～約５．０、約５．０～約５．５、約５．５～約６．０、約６．０～約６．５、または約６．５～約７．０の範囲であり得る。いくつかの実施形態では、高リスク患者は、参照母集団にて上端の十分位数、五分位数、または三分位数のＰＲＳスコアを有する患者を含む。

いくつかの実施形態では、特定された遺伝的バリアントは、参照母集団にて最も高い遺伝的バリアント能力を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力は、統計的有意性、関連の強さ、及び／または確率分布に基づいて、コロナウイルス感染症発症のリスクに関して算出される。

いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントスコアは、ＬＤＰｒｅｄ法（またはその変形及び／またはバージョン）のようなＰＲＳ計算法を使用して計算され、それは、連鎖不平衡に基づく事前（事前のＧＷＡＳにおける効果サイズ）及び事後縮小に基づいてすべてのバリアントの事後平均効果を計算するベイズ的アプローチである。ＬＤＰｒｅｄは、一連のＧＷＡＳ要約統計量から導出された重みを有するゲノムワイドの多様性を使用してＰＲＳを作り出す。Ｖｉｌｈｊａｌｍｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１５，９７，５７６－９２を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＳＢａｙｅｓＲ（Ｌｌｏｙｄ－Ｊｏｎｅｓ，ＬＲ，ｗｏｒｌｄ ｗｉｄｅ ｗｅｂ ａｔ“ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／ｂｉｏｒｘｉｖ／ｅａｒｌｙ／２０１９／０１／１７／５２２９６１．ｆｕｌｌ．ｐｄｆ”），Ｐｒｕｎｉｎｇ ａｎｄ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄｉｎｇ（Ｐ＆Ｔ）（Ｐｕｒｃｅｌｌ，Ｎａｔｕｒｅ，２００９，４６０，７４８－７５２）、及びＣＯＪＯ（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１２，４４，３６９－３７５）を含む、遺伝的バリアントスコアを計算する代替のアプローチが使用されてもよい。ＳＢａｙｅｓＲは、ＬＤＰｒｅｄに似たベイズ的アプローチであるが、事後平均効果にてさらなる柔軟性が可能になる。Ｐｒｕｎｉｎｇ ａｎｄ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄｉｎｇには、バリアント間の最小ｐ値閾値（ソースデータファイルからのバリアントに関連付けられたｐ値）とｒ^２閾値（ＬＤの基準）を指定する必要がある。Ｐ＆Ｔは、各領域で最小のｐ値を有するバリアントを特定し、次にそのバリアントの下で、指定されたｒ^２よりも大きいｒ^２値を有する領域内の他のすべてのバリアントを「集合」させる。ＰＲＳでは、指標バリアントは集合内のすべてのバリアントを表す（指標バリアントのみがＰＲＳに含まれ、他のすべてのバリアントは除外される）。ＣＯＪＯ、または条件付き共同関連分析は、概念的にはＰ＆Ｔに類似するが、指標バリアントで条件付けした後、それらがコロナウイルス感染症の発症のリスクへの独立した寄与を示す場合、所与のＬＤブロックにおける追加のバリアントをスコアに組み込む。

いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．０００１～約０．５である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．５である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．１である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．０５である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．０１である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．００５である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は、約０．００１である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．０００５である。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントの能力はＬＤＰｒｅｄ法を使用して計算され、その際、ρ値は約０．０００１である。

いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症に対する感受性との関連を反映する。いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する。いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症の感受性及びコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性は、感染が確認されたこと（すなわち、検査陽性）を特徴とする。
いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、入院、サイトカインストーム、息切れ、肺炎、臓器不全、敗血症性ショック、胸痛もしくは胸部圧迫感、及び／または言語障害もしくは運動喪失によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、入院によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、サイトカインストームによって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、息切れを特徴とする。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、肺炎によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、臓器不全によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、敗血症性ショックによって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、胸痛または胸部圧迫感によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症の重症度は、言語障害または運動喪失によって特徴付けられる。

いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは併存疾患スコアと組み合わされる。対象のＰＲＳスコア及び併存疾患スコアの組み合わせが所望の閾値を下回るならば、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤を標準用量で対象に投与するまたは投与を継続する、及び／またはコロナウイルス感染症の発症及び／またはコロナウイルス感染症の重症化について対象をモニタリングする。対象のＰＲＳスコア及び併存疾患スコアの組み合わせが、所望の閾値を上回る場合、対象は、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤を、標準用量と同じかまたはそれより高い量で投与されるかまたは投与が継続される。ＰＲＳスコア及び併存疾患スコアの組み合わせが所望の閾値を超えれば、対象がコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している、及び／または重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大していることを示す。いくつかの実施形態では、対象は１～５つの併存疾患のみを有する。いくつかの実施形態では、対象は１～４つの併存疾患のみを有する。いくつかの実施形態では、対象は１～３つの併存疾患のみを有する。いくつかの実施形態では、対象は２または３つの併存疾患のみを有する。

いくつかの実施形態では、併存疾患スコアは、高血圧、冠動脈疾患、心不全、２型糖尿病、慢性腎臓病、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）及び、アルツハイマー病、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される併存疾患の有無、またはその重症度を反映する。いくつかの実施形態では、併存疾患は高血圧である。いくつかの実施形態では、併存疾患は冠状動脈疾患である。いくつかの実施形態では、併存疾患は心不全である。いくつかの実施形態では、併存疾患は２型糖尿病である。いくつかの実施形態では、併存疾患は慢性腎臓病である。いくつかの実施形態では、併存疾患は喘息である。いくつかの実施形態では、併存疾患はＣＯＰＤである。いくつかの実施形態では、併存疾患は、アルツハイマー病である。

対象由来の生体試料における本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントの有無の検出、及び／または対象が本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを有するか否かの決定は、本明細書に記載の方法のいずれかによって行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インサイチュで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで実行され得る。任意のこれらの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。

本明細書に記載の任意の実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。
本明細書に記載される任意の実施形態では、遺伝子型決定アッセイはインビトロで実行され得る。

いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする１つ以上の核酸分子及び／またはそれに隣接する核酸の領域のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中の核酸分子全体を配列決定することを含む。

いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、ａ）ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／もしくはＩＦＮＡＲ２をコードする核酸分子、ならびに／またはそれに隣接する核酸の領域の少なくとも一部を増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を変異特異的プローブを含む支持体と接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／又はＩＦＮＡＲ２をコードする核酸分子、及び／又はそれに隣接する核酸の領域を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。

いくつかの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、インビトロで行われる。
本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症は、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、またはコロナウイルス病２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）であり得る。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症はＭＥＲＳであってもよい。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症はＳＡＲＳであってもよい。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症はＣＯＶＩＤ－１９であってもよい。

本明細書に記載される任意の実施形態では、本方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の存在について対象を試験することをさらに含んでもよい。
本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ロピナビル／リトナビル、クロロキン、ヒドロキシクロロキン、レムデシビル、リバビリン、アジスロマイシン、ファラピリビル、イベルメクチン、エンフビルチド、アマンタジン、リマンタジン、プレコナリル、アシクロビル、ジドブジン、ラミブジン、フォルミビルセン、リファンピシン、ザナミビル、オセルタミビル、ペラミビル、ＮＰ－１２０（イフェンプロジル）、ファビラビル／ファビピラビル、ＴＭＪ２（ＴＪ００３２３４）、ＴＺＬＳ－５０１、ＡＰＮ０１、トシリズマブ、ガリデシビル、サリルマブ、ＳＮＧ００１、アムニオブースト（ＡｍｎｉｏＢｏｏｓｔ）、ＡＴ－１００、コルヒチン、レロンリマブ、ＢＰＩ－００２、ＯＹＡ１、アルテミシニン、ＯＴ－１０１、セプシバック（Ｓｅｐｓｉｖａｃ）、プレジコビックス（ダルナビル及びコビシスタット）、バリシチニブ、ＢＸＴ－２５、デキサメタゾン、デュベリシブ、または組換えインターフェロンなどのインターフェロン、またはそれらの任意の組み合わせである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤はロピナビル／リトナビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、クロロキンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ヒドロキシクロロキンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、レムデシビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、リバビリンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、アジスロマイシンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ファビピラビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、イベルメクチンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、エンフビルチドである。

本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、アマンタジンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、リマンタジンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、プレコナリルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、アシクロビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ジドブジンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ラミブジンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ホミビルセンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、リファンピシンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ザナミビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、オセルタミビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ペラミビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＮＰ－１２０（イフェンプロジル）である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ファビラビル／ファビピラビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＴＭＪ２（ＴＪ００３２３４）である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＴＺＬＳ－５０１である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＡＰＮ０１である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、トシリズマブである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ガリデシビルである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、サリルマブである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＳＮＧ００１である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、アムニオブースト（ＡｍｎｉｏＢｏｏｓｔ）である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＡＴ－１００である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、コルヒチンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、レロンリマブである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＢＰＩ－００２である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＯＹＡ１である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、アルテミシニンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＯＴ－１０１である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、セプシバック（Ｓｅｐｓｉｖａｃ）である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、プレズコビックス（ダルナビル及びコビシスタット）である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、バリシチニブである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、ＢＸＴ－２５である。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、デキサメタゾンである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、デュベリシブである。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、組換えインターフェロンなどのインターフェロンである。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、抗炎症薬、抗マラリア剤、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス粒子に特異的に結合する抗体もしくはその抗原結合断片、またはＣＯＶＩＤ－１９ワクチン、塩酸ブロムヘキシン（ＢＨＨ）、塩酸４－（２－アミノメチル）ベンゼンスルホニルフルオリド（ＡＥＢＳＦ）、メシル酸ナファモスタット、またはポリアミドである。いくつかの実施形態では、抗マラリア剤は、クロロキンまたはヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、抗炎症剤は、メシル酸カモスタットである。いくつかの実施形態では、抗炎症剤は、例えば、サリルマブ、トシリズマブ、またはギムシルマブなどの抗体である。いくつかの実施形態では、ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンは、不活化／死滅ウイルスワクチン、弱毒化生ウイルスワクチン、またはウイルスサブユニットワクチンである。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、または抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２内の一方または両方のモノクローナル抗体の抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、米国特許第１０，７８７，５０１号に開示されている任意の抗ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２－スパイク糖タンパク質抗体、もしくはその抗原結合断片、またはそれらの任意の組み合わせである。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２もしくは抗ＩＬ－６抗体、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、抗体バムラニビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ５５５）である。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤は、抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、抗ＩＬ－６抗体、もしくは抗体バムラニビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ５５５）、またはそれらの任意の組み合わせ、または任意選択で、本明細書に記載の任意の他の治療剤との組み合わせである。

いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤の用量は、本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを有しない対象（標準投与量を受けてもよい）と比較して、本明細書に記載される任意の遺伝的バリアントの１つ以上についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象については、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％増大されてもよい（すなわち、標準投与量よりも多い）。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤の用量は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％増大させてもよい。さらに、本明細書に記載される任意の遺伝的バリアントの１つ以上についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象におけるコロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤の用量は、本明細書に記載される遺伝的バリアントの任意の１つ以上を有しない対象と比較してより高頻度で投与されてもよい。

コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週間後、２週間後、３週間後、１ヶ月後、５週間後、６週間後、７週間後、８週間後、２ヶ月後、または３ヶ月後に反復してもよい。反復投与は、同じ用量であっても、または異なる用量であってもよい。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上反復され得る。例えば、特定の投薬レジメンに従って、対象は、長期間（例えば６か月、１年、またはそれ以上等）にわたって治療法を受けてもよい。

コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤の投与は、限定するものではないが、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内を含む任意の好適な経路で行ってもよい。投与のための医薬組成物は、望ましくは滅菌済みで実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位剤形（すなわち単回投与のための投薬量）で提供され得る。医薬組成物は、１つ以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈物質、賦形剤、または補助物を使用して製剤化され得る。この製剤化は、選ばれた投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈物質、賦形剤、または補助物が、製剤の他の成分と適合性があり、且つそれらのレシピエントに実質的に有害でないことを意味する。

本開示はまた、コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を特定する方法も提供する。この方法は、対象から生体試料を取得するかまたは取得していることによって、対象のＰＲＳを決定することと、生体試料に対して遺伝子型決定アッセイを実施するかまたは実施しており、この対象が、コロナウイルス感染症を発症する感受性に関連している及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連している１つ以上の遺伝的バリアントを含む遺伝子型を有するか否かを決定することと、を含む。ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、及び各遺伝的バリアントに対する対象のホモ接合性及びヘテロ接合性を反映する。対象のＰＲＳスコアが所望の閾値を下回っているならば、対象は、コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが低下している。対象が所望の閾値を超えるＰＲＳスコアを有するならば、その対象は、コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している。

いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症に対する感受性との関連を反映する。いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する。いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは、遺伝的バリアントの有無、ならびに各遺伝的バリアントについての対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症の感受性及びコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する。コロナウイルス感染症の重症度は本明細書に記載されている。本明細書に記載の任意の遺伝的バリアント、またはそれらの任意の組み合わせ（ｒｓ７３０６４４２５、ｒｓ２５３１７４３、ｒｓ１４３３３４１４３、ｒｓ９４１１３７８、ｒｓ１０７３５０７９、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ７４９５６６１５、及びｒｓ２２３６７５７など）を利用してＰＲＳを生成してもよい。

いくつかの実施形態では、ＰＲＳスコアは併存疾患スコアと組み合わされ、対象のＰＲＳスコア及び併存疾患スコアの組み合わせが所望の閾値を下回るならば、その対象は、コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルスを発症するリスクが低下しており、その対象のＰＲＳスコアと併存疾患スコアの組み合わせが所望の閾値を超えているならば、その対象は、コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している。いくつかの実施形態では、対象は１～５つの併存疾患のみを有する。いくつかの実施形態では、対象は１～４つの併存疾患のみを有する。いくつかの実施形態では、対象は１～３つの併存疾患のみを有する。いくつかの実施形態では、対象は２または３つの併存疾患のみを有する。併存疾患は、本明細書に記載されているもののいずれかから選択され得る。

遺伝子型決定アッセイは、本明細書に記載の任意のアッセイなどの任意の遺伝子型決定アッセイであってもよい。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする１つ以上の核酸分子及び／またはそれに隣接する核酸の領域のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中の核酸分子全体を配列決定することを含む。

いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、ａ）ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／もしくはＩＦＮＡＲ２ポリペプチドをコードする核酸分子、ならびに／またはそれに隣接する核酸の領域の少なくとも一部を増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を変異特異的プローブを含む支持体と接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする核酸分子、及び／又はそれに隣接する核酸の領域を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。

いくつかの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定アッセイはインビトロで行われる。
いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症は、本明細書に記載される任意のコロナウイルス感染症である。

いくつかの実施形態では、方法は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の存在について対象を検査することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を高リスクグループに分けること、ならびに／またはコロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を隔離及び／もしくはモニタリングすることをさらに含む。

対象が対象由来の生体試料において本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを有するか否かの決定、及び／または対象が本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを有するか否かの決定は、本明細書に記載の任意の方法によって行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インサイチュで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで実行され得る。任意のこれらの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。

生体試料は、対象由来の任意の細胞、組織、または生体液に由来し得る。この試料は、骨髄試料、腫瘍生検標本、細針吸引生検標本、または血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿などの体液の試料のような任意の臨床的に適切な組織を含んでもよい。場合によっては、試料は、口腔スワブを含む。本明細書に開示されている方法で使用する試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用する組織、細胞または抽出物に基づいて、変化することになる。用いられるアッセイ次第で、生体試料は異なって処理されてもよい。例えば、本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを検出する場合、ゲノムＤＮＡについて試料を単離するまたは濃縮するように設計した予備処理を採用してもよい。様々な技法を、この目的のために使用してもよい。任意のバリアントｍＲＮＡ分子のレベルを検出する場合、さまざまな技術を使用して生体試料のｍＲＮＡを濃縮し得る。ｍＲＮＡの存在もしくはレベル、または特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するために、さまざま方法を使用し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、例えば、対象から生体試料を取得することをさらに含み得る。

本明細書に記載される任意の実施形態では、アッセイまたは決定ステップは、核酸分子全体の配列決定を含み得る。いくつかの実施形態では、バリアントゲノム核酸分子のみを分析する。いくつかの実施形態では、バリアントｍＲＮＡ分子のみを分析する。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ分子から得られたバリアントｃＤＮＡ分子のみを分析する。

核酸を配列決定する技法の例示的な例としては、限定するものではないが、チェーンターミネーター（サンガー）シーケンシング及びダイターミネーターシーケンシングが挙げられる。他の方法は、精製されたＤＮＡ、増幅されたＤＮＡ、及び固定された細胞調製物（蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））に対する、標識されたプライマーまたはプローブを使用することを含む、シーケンシング以外の核酸ハイブリダイゼーション法を包含する。いくつかの方法では、標的核酸分子は、検出の前に増幅されても、または検出と同時に増幅されてもよい。核酸増幅技法の例示的な例としては、限定するものではないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられる。他の方法としては、限定するものではないが、リガーゼ連鎖反応、鎖置換増幅、及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられる。

ハイブリダイゼーション技術では、プローブまたはプライマーがその標的へ特異的にハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件を用いてもよい。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、他の非標的配列よりも検出可能に高い程度（バックグラウンドよりも少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上等、バックグラウンドよりも１０倍を含む）で、その標的配列へハイブリダイズする。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、異なる状況において異なる。

ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシー条件（例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、続いて５０℃での２×ＳＳＣの洗浄）は、公知であり、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６中で見出され得る。典型的には、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３で約１．５Ｍ未満のＮａ^＋イオン、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａ^＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド等）について少なくとも約３０℃及びより長プローブ（例えば５０ヌクレオチド超等）について少なくとも約６０℃である条件であろう。ストリンジェントな条件は、不安定化剤（ホルムアミド等）の添加によっても達成され得る。任意選択で、洗浄バッファーは、約０．１％～約１％のＳＤＳを含んでもよい。ハイブリダイゼーションの持続期間は、概して約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄持続期間は、少なくとも平衡に達するのに十分な時間の長さであろう。

本明細書に記載される任意の実施形態では、変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して、本明細書に記載される任意のバリアントを検出し得る。鋳型とのミスマッチが存在する場合にＤＮＡポリメラーゼは伸長させないので、変異特異的プライマーを使用してもよい。

本明細書に記載の任意の実施形態では、アッセイまたは決定ステップは、生体試料を、ストリンジェントな条件下では、対応する参照核酸分子ではなく、本明細書に記載の遺伝的バリアントのいずれかに特異的にハイブリダイズする、変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブなどのプライマーまたはプローブと接触させることと、ハイブリダイゼーションが起こったか否かを判定することとを含み得る。

いくつかの実施形態では、アッセイまたは決定するステップは、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、アッセイまたは決定するステップは、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）等によってｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写することも含む。

いくつかの実施形態では、この方法は、標的核酸配列に結合し、本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを特異的に検出及び／または特定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。操作者はハイブリダイゼーション条件または反応条件を決定して、この結果を達成し得る。ヌクレオチド長は、本明細書において記載または例示される任意のアッセイを含めた選択した検出方法における使用のために十分な任意の長さであり得る。かかるプローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列へ高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下で特異的にハイブリダイズし得る。プローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列内の連続したヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有し得るが、標的ヌクレオチド配列とは異なり且つ標的ヌクレオチド配列を特異的に検出及び／または特定する能力を保持するプローブは、従来の方法によってデザインされ得る。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有し得る。

変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、本明細書に記載の任意の遺伝的バリアント、またはその相補体に相補的であるか、及び／またはハイブリダイズするか、または特異的にハイブリダイズする核酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、または少なくとも約５０のヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、少なくとも１５ヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、少なくとも１５ヌクレオチド～少なくとも約３５ヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ストリンジェントな条件下で、任意のバリアントゲノム核酸分子、任意のバリアントｍＲＮＡ分子、及び／または任意のバリアントｃＤＮＡ分子にハイブリダイズする。

いくつかの実施形態では、生体試料内の核酸分子のいずれかが本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントを含むか否かを決定するために、この生体試料を、バリアント位置に隣接する５’隣接配列由来の第１のプライマーを含むプライマー対を使用する増幅方法に供して、変動の存在を示すアンプリコンを生成してもよい。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、バリアント位置と、バリアント位置の各側の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のヌクレオチドとを含む位置を含む領域に隣接する。

類似のアンプリコンは、ｍＲＮＡ配列及び／またはｃＤＮＡ配列から生成され得る。ＰＣＲプライマー対は、例えば、その目的のために意図されるコンピュータープログラム、例えば、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０中のＰＣＲプライマー分析ツール（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）；ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）；及びＰｒｉｍｅｒ３（バージョン０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１，Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）の使用によって、公知の配列から導き出され得る。さらに、既知のガイドラインを用いて、配列を目視で精査し、プライマーを手動で特定することができる。

本明細書に記載される任意の実施形態では、単離された変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、少なくとも約１５ヌクレオチドを含み、ここで前記変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントのヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、このような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、または少なくとも約５０００のヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、このような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、または少なくとも約２５ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、少なくとも約１８ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、少なくとも約１５ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１０～３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、または約１８～約２２ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１８～３０ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、少なくとも約１５ヌクレオチド～少なくとも約３５ヌクレオチドを含むかまたはそれらからなる。

本明細書に記載の任意の実施形態では、単離された核酸分子は、本明細書に記載の任意の遺伝的バリアントと、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続ヌクレオチドにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１５～約１００ヌクレオチド、または約１５～約３５ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１５～１００ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１５～３５ヌクレオチドからなるかまたはそれらを含む。

いくつかの実施形態では、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、ＲＮＡを含む。

いくつかの実施形態では、本明細書において記載されるプローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）は、本明細書において開示される任意の核酸分子、またはその相補物へ特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブ及びプライマーは、ストリンジェントな条件下で本明細書において開示される任意の核酸分子へ特異的にハイブリダイズする。

いくつかの実施形態では、プライマー（変異特異的プライマーを含む）は、第二世代シーケンシングまたはハイスループットシーケンシングにおいて使用され得る。いくつかの場合には、プライマー（変異特異的プライマーを含む）は、修飾され得る。特に、プライマーは、例えば、超並列シグネチャシークエンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、及び４５４パイロシーケンシングの異なるステップで使用される、様々な修飾を含み得る。修飾プライマーはプロセスの複数のステップで使用され得、クローニングステップにおけるビオチン化プライマー、ならびにビーズローディングステップ及び検出ステップで使用される蛍光標識プライマーが挙げられる。ポロニーシーケンシングは、概して、ＤＮＡ鋳型の各々の分子が約１３５ｂｐの長さであるペアエンドタグライブラリーを使用して遂行される。ビオチン化プライマーは、ビーズローディングステップ及びエマルションＰＣＲで使用される。蛍光標識された縮重ノナマーオリゴヌクレオチドは、検出ステップで使用される。アダプターは、ストレプトアビジンコートビーズの上へのＤＮＡライブラリーの固定化のために、５’－ビオチンタグを含んでもよい。

本明細書に記載の任意の実施形態では、プローブ（例えば、変異特異的プローブなど）は、標識を含み得る。いくつかの実施形態では、標識は、蛍光標識、放射性同位体標識、またはビオチンである。

本明細書に記載のプローブ及び／またはプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）は、約１５～約１００、約１５～約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、本明細書において記載されるプローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）は、本明細書において開示される任意の遺伝的バリアント、またはその相補物へ特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）は、ストリンジェントな条件下で、本明細書に開示される任意の遺伝的バリアントに特異的にハイブリダイズする。本開示の文脈では、「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを含む）が、コロナウイルスに関連しない本明細書に記載の任意のゲノム核酸分子、本明細書に記載の参照ｍＲＮＡ分子、及び／または本明細書に記載の任意の参照ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列にハイブリダイズしないことを意味する。

単離された核酸分子（例えば、プローブ及びプライマー）はまた、異種核酸配列（例えば、ベクター中）または異種標識へ連結されてもよいし、または融合もされてもよい。例えば、本明細書において開示される単離された核酸分子は、単離された核酸分子及び異種核酸配列を含むベクター内にあってもよいし、または単離された核酸分子及び異種核酸配列を含む外来性ドナー配列としてであってもよい。単離された核酸分子は、異種標識へ連結されても、または融合もされてもよい。標識は、直接検出可能（例えばフルオロフォアなど）、または間接検出可能（例えば、ハプテン、酵素、またはフルオロフォアクエンチャーなど）であってもよい。このような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって検知可能であり得る。このような標識としては、例えば、放射性標識、色素、染料、色原体、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識とはまた、例えば、化学発光物質；金属含有物質；または酵素であってもよく、酵素依存性のシグナルの二次生成が生じる。「標識」という用語は、共役分子であって、続いて基質と一緒に添加されると、検出可能なシグナルを生成するために使用される共役分子に選択的に結合し得る、「タグ」またはハプテンを指してもよい。例えば、ビオチンは、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジン結合体とともにタグとして使用して、タグに結合し得、比色基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）など）または蛍光発生基質を使用して調べて、ＨＲＰの存在を検出し得る。精製を促進するためのタグとして使用し得る例示的な標識としては、限定するものではないが、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧもしくは３ＸＦＬＡＧ、６ＸＨｉｓもしくはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられる。多数の標識としては、例えば、粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素、及びそれらの比色基質、蛍光発生基質、及び化学発光基質、ならびに他の標識が挙げられる。

開示される核酸分子（例えば、プローブ及びプライマー）は、例えばヌクレオチド、または非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチド（ヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体など）を含んでもよい。かかるヌクレオチドとしては、修飾された塩基、糖、もしくはリン酸基を含有するヌクレオチド、またはその構造中に非天然部分を組み込んでいるヌクレオチドが挙げられる。非天然ヌクレオチドの例としては、限定するものではないが、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド、及びフルオロフォア標識されたヌクレオチドが挙げられる。

本明細書において開示される核酸分子（例えば、プローブ及びプライマー）は、１つ以上のヌクレオチド類似体または置換体も含み得る。ヌクレオチド類似体は、塩基部分、糖部分、またはリン酸部分のいずれかへの修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分への修飾としては、限定するものではないが、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然修飾及び合成修飾、ならびに異なるプリン塩基またはピリミジン塩基（例えば、シュードウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イルなど）が挙げられる。修飾塩基としては、限定するものではないが、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、ならびに２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば、５－ブロモなど）、５－トリフルオロメチル、及び他の５－置換ウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、ならびに３－デアザアデニンが挙げられる。

ヌクレオチド類似体にはまた、糖部分の修飾も含まれ得る。糖部分への修飾はとしては、限定するものではないが、リボース及びデオキシリボースの天然修飾ならびに合成修飾が挙げられる。糖修飾としては、２’位における、ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－もしくはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキルという修飾であって、アルキル、アルケニル、及びアルキニルが、置換または非置換の、Ｃ_１～１０アルキルもしくはＣ_２～１０アルケニル、及びＣ_２～１０アルキニルであり得る修飾が挙げられるが、これらに限定されない。例示的２’糖修飾としてはまた、ｎ及びｍが１～約１０である、－Ｏ［（ＣＨ_２）_ｎＯ］_ｍＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＯＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＮＨ_２、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎ－ＯＮＨ_２、及び－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＯＮ［（ＣＨ_２）_ｎＣＨ_３）］_２も挙げられるが、これらに限定されない。２’位における他の修飾としては、Ｃ_１～１０アルキル、置換された低級のアルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリールもしくはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ_３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ_３、ＯＣＦ_３、ＳＯＣＨ_３、ＳＯ_２ＣＨ_３、ＯＮＯ_２、ＮＯ_２、Ｎ_３、ＮＨ_２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性を改善するための基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改善するための基、及び同様の特性を有する他の置換基が挙げられるが、これらに限定されない。類似する修飾は、糖上の他の位置、特に３’末端ヌクレオチド上または２’－５’結合オリゴヌクレオチド中の糖の３’位置、及び５’末端ヌクレオチドの５’位でも行われ得る。修飾糖には、ＣＨ_２及びＳなど、架橋環の酸素に修飾を含む糖も含まれ得る。ヌクレオチド糖類似体にはまた、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル部分などの糖模倣物を有してもよい。

ヌクレオチド類似体は、リン酸部分でも修飾され得る。修飾ホスフェート部分としては、限定するものではないが、２つのヌクレオチド間の結合に、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチル及びその他のアルキルホスホネート（３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含む）、ホスフィネート、ホスホルアミデート（３’－アミノホスホルアミデート及びアミノアルキルホスホルアミデートを含む）、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートが含まれるように修飾され得る部分が挙げられる。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸結合または修飾リン酸結合は、３’－５’結合または２’－５’結合を介してもよく、この結合は逆向きの極性、例えば、３’－５’から５’－３’へまたは２’－５’から５’－２’へを含んでもよい。様々な塩、混合塩、及び遊離酸形態も含まれる。ヌクレオチド置換体としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）も挙げられる。

本開示はまた、本明細書において開示されるプローブのうちの任意の１つ以上が結合される基質を含む支持体も提供する。固体支持体は、分子、例えば、本明細書において開示される任意のプローブが会合され得る固相基質または支持体である。固体支持体の形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブがアレイ、グリッド、または他の編制されたパターンでカップリングされた固体支持体である。固体状態の基質のための形態は、マイクロタイターディッシュ（標準的な９６ウェルタイプ等）である。いくつかの実施形態では、通常１ウェルあたり１つのアレイを含有するマルチウェルスライドグラスを使用してもよい。

本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症は、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、またはコロナウイルス病２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）であり得る。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症はＭＥＲＳであり得る。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症はＳＡＲＳであり得る。本明細書に記載される任意の実施形態では、コロナウイルス感染症はＣＯＶＩＤ－１９であってもよい。

本明細書に記載される任意の実施形態では、方法のいずれかは、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の存在について対象を試験することをさらに含み得る。

本明細書に記載の任意の実施形態では、方法のいずれかは、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を高リスクグループに分けること、ならびに／またはコロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を隔離及び／もしくはモニタリングすることをさらに含み得る。本明細書に記載される任意の実施形態では、方法のいずれかは、コロナウイルス感染症を発症するリスクが増加した対象を待機隔離（ｑｕａｒａｎｔｉｎｅ）することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象は、待機隔離エリアもしくは病棟に隔離されるか、または個室が提供されるか、または感染した対象の移動もしくは非保菌もしくは非感染の対象もしくは保護されていない医療従事者へのアクセスが限定もしくは制限されているか、及び／または専用の患者ケア機器が提供されている。いくつかの実施形態では、隔離が実施される場合、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象と接触する医療従事者には防護服の使用が義務付けられる。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される方法は、コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象の状態をモニタリングすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、対象の状態をモニタリングすることは、コロナウイルス感染症の存在について対象を定期的に検査すること、及び／またはコロナウイルス感染症の症状の存在について対象を、本明細書に記載されるように、定期的に評価することを含む。いくつかの実施形態では、隔離または待機隔離措置は、一定期間（例えば、２週間、３週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、または６ヶ月を超える期間など）実施される。いくつかの実施形態では、隔離または待機隔離措置は、対象がコロナウイルス感染症の存在について陽性反応を示さなくなった後、一定期間維持される。いくつかの実施形態では、隔離または待機隔離措置は、対象がコロナウイルス感染症の症状を示す限り維持される。いくつかの実施形態では、隔離または待機隔離措置は、対象がコロナウイルス感染症の症状を示さなくなった後、一定期間維持される。

本明細書に記載される任意の実施形態では、対象がコロナウイルス感染症を発症するリスクが高いと特定されると、対象は、本明細書に記載されているように、コロナウイルス感染症を治療もしくは阻害する治療剤で処置され得る。

上または下で引用されるすべての特許文書、ウェブサイト、他の出版物、アクセッション番号などは、あたかも各々の個別の項目が、参照によってそのように援用されることが具体的且つ個別に示されたかのように、同じ程度までそれらの全体がすべての目的のために参照によって援用される。異なるバージョンの配列が、異なる時点でのアクセッション番号と関連しているならば、本出願の有効出願日でのアクセッション番号と関連したバージョンが意図される。有効出願日とは、実際の出願日または優先権出願の出願日のうちの早いほうを意味し、該当するならばアクセッション番号が参照される。同様に、出版、ウェブサイト、などの異なるバージョンが異なる時点で出版されるならば、別段指摘されない限り、本出願の有効出願日での最新の出版バージョンが意味される。本開示の任意の特色、ステップ、要素、実施形態、または態様は、別段具体的に指摘されない限り、他の特色、ステップ、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用され得る。本開示は、明瞭性及び理解の目的のために、例証及び実施例によってある程度詳細に記載されてきたが、ある特定の変化及び改変が添付の特許請求の範囲内で実践され得ることは明らかであろう。

以下の実施例は、実施形態をより詳細に記載するために提供される。これらは、請求される実施形態を例証することを意図しており、限定することを意図しない。以下の実施例は、本明細書において記載される化合物、組成物、物品、デバイス及び／または方法が、どのように作製及び評価されるかについての開示及び記載を当業者に提供するものであり、純粋に例示的であることが意図され、任意の特許請求の範囲を限定することは意図されない。数値（例えば量、温度等等）に関して正確性を確実にする取り組みがなされているが、ある程度の誤差及び偏差が考慮され得る。別段に示されていない限り、部は、重量部であり、温度は、℃または周囲温度であり、圧力は、大気圧または大気圧近傍である。

実施例１：ＣＯＶＩＤ－１９の転帰の遺伝的関連研究
ＣＯＶＩＤ－１９の個体及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染歴のない個体にまたがるＣＯＶＩＤ－１９の転帰に関する遺伝的関連研究は、３つの研究と４つの祖先から集計された。ＣＯＶＩＤ－１９の症例のうち、入院患者は、高齢で、非ヨーロッパ系の祖先で、心血管疾患及び肺疾患を患っている可能性がより高かった（図２を参照のこと）。これらのデータを使用して、ＣＯＶＩＤ－１９の転帰の２つのグループを定義した：ＣＯＶＩＤ－１９症例における疾患リスクに関連する５つの表現型、及び疾患の重症度に関連する２つの表現型（図３を参照のこと）。

実施例２：ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２感染後の疾患重症度を調節する遺伝的バリアントの特定
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染後の疾患の重症度を調節する遺伝的バリアントを特定するために、１，０００人を超える症例を含む最近のＧＷＡＳで報告された疾患リスクとの８つの独立した関連性（ｒ^２＜０．０５）の結果を再現し（図４を参照のこと）、これらの公表されたリスクバリアントの一部はまた疾患の重症度を調節もし得るという仮説を立てた。複数の試験を考慮した結果、６つのバリアントは、本発明者らの５つの疾患リスク表現型のうちの少なくとも１つと、方向的に一貫した有意な関連性を示した：ＬＺＴＦＬ１のｒｓ７３０６４４２５（３ｐ２１．３１；ＭＡＦ＝７％，ＯＲ＝１．４２，ｐ＝７ｘ１０^－１１）；ＳＬＣ６Ａ２０付近のｒｓ２５３１７４３（３ｐ２１．３１；ＭＡＦ＝４２％，ＯＲ＝１．０６，ｐ＝９ｘ１０^－４）；ＭＨＣのｒｓ１４３３３４１４３（６ｐ２１．３３；ＭＡＦ＝７％，ＯＲ＝１．３６，ｐ＝６ｘ１０^－４）；ＡＢＯのｒｓ９４１１３７８（９ｑ３４．２；ＭＡＦ＝２３％，ＯＲ＝１．１２，ｐ＝６ｘ１０^－１０）；ＤＰＰ９のｒｓ２１０９０６９（１９ｐ１３．３；ＭＡＦ＝３１％，ＯＲ＝１．０６，ｐ＝１０^－４）；及びＩＦＮＡＲ２のｒｓ２２３６７５７（２１ｑ２２．１；ＭＡＦ＝２９％，ＯＲ＝１．１３，ｐ＝２ｘ１０^－４）。図４の「参照」とラベル付けされた列は、Ｐａｉｒｏ－Ｃａｓｔｉｎｅｒｉａ ｅｔ ａｌ．，「Ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ｃｒｉｔｉｃａｌ ｉｌｌｎｅｓｓ ｉｎ Ｃｏｖｉｄ－１９」、ｍｅｄＲｘｉｖ，２０２０（ワールドワイドウェブ「ｍｅｄｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／２０２０．０９．２４．２０２０００４８ｖ２．ｆｕｌｌ．ｐｄｆ＋ｈｔｍｌ」及びＳｈｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，「Ｔｒａｎｓ－ｅｔｈｎｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｖｅａｌｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎｄ ｎｏｎ－ｇｅｎｅｔｉｃ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ ｗｉｔｈ ＣＯＶＩＤ－１９ ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｓｅｖｅｒｉｔｙ」，ｍｅｄＲｘｉｖ，２０２０（ワールドワイドウェブ「ｍｅｄｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／２０２０．０９．０４．２０１８８３１８ｖ１」）を指す。

実施例３：高いＣＯＶＩＤ－１９ ＧＲＳは、入院または重症の疾患に関連する
この研究はまた、遺伝学が、予防的または治療的介入を優先できる重症化リスクの高い個人の特定に資するか否かを判断することも目的としている。特に、ＣＯＶＩＤ－１９感受性との関連が確認され、ＣＯＶＩＤ－１９の重症度も調節する４つのバリアント（ＬＺＴＦＬ１、ＭＨＣ、ＤＰＰ９、ＩＦＮＡＲ２の内／近傍）に焦点が当てられた。これらのバリアントを使用して、ＣＯＶＩＤ－１９の個体のＧＲＳを作成し、確立された危険因子（年齢、性別、併存疾患など）を調整した後、ＧＲＳが高い患者と他のすべての症例との間で入院及び重症疾患のリスクを比較した。この分析によって、高いＧＲＳ（上位１０％）が１つ（ＯＲ＝３．９１、９５％ＣＩ １．９４－８．３６、ｐ＝２ｘ１０^－４）または２つ（ＯＲ＝５．３２、９５％ＣＩ １．８９－１９．７、ｐ＝０．００４）の確立された危険因子を有する個体の入院リスクと強く関連していることが示された（図１を参照のこと）。しかし、注目すべきことに、多く（３つ以上）の危険因子を有する個体では、高いＧＲＳと入院リスクとの間に関連性はなかった（ＯＲ＝０．９８、９５％ＣＩ ０．４７－２．２１、ｐ＝０．９６）。これらの個体では、ＧＲＳに関係なく、入院のリスクが非常に高かった（約８０％）。同様の結果が重症の疾患のリスクについても観察された（図１を参照のこと）。まとめると、これらの結果によって、疾患の重症度に関連するバリアントを使用して計算されたＧＲＳを使用して、重症のＣＯＶＩＤ－１９に対する確立された危険因子がまったくまたはほとんどない患者の中で、不良な疾患転帰を発症するリスクが高いＣＯＶＩＤ－１９症例を特定し得ることが示される。これらの個体の多くは、現在のガイドラインでは予防的または治療的介入が優先されていない可能性があるため、これは重要である。

実施例４：多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）は、ＵＫＢヨーロッパ系祖先コホートにおけるＣＯＶＩＤ－１９疾患の重症度及び入院リスクを予測する
ＰＲＳは、感染関連研究に由来する多数の遺伝的バリアントからの情報を組み合わせて、各個体の遺伝的に由来する感染リスクを反映する各個体についての単一の複合定量的評価基準を作り出す。コロナウイルス感染症のリスク対立遺伝子の数が多い個体は、対立遺伝子が少ない個体よりも高いＰＲＳを有する。ＰＲＳは、ＣＯＶＩＤ－１９患者について計算され、各コホートの各患者祖先グループに対するＣＯＶＩＤ－１９転帰のロジスティック回帰モデルに組み込まれた。高いＰＲＳスコアは、ＵＫＢコホートのヨーロッパ系祖先グループにおける入院リスクの増大を予測し、ＧＲＳと組み合わせると予測力が増大した（図５を参照のこと）。この分析をＣＯＶＩＤ－１９症例の重症化リスクについて繰り返した場合にも、同様の結果が得られた（図６を参照のこと）。

実施例５：スパイクＳＡＲＳ－ＣＯＶ２モノクローナル抗体カクテル処置の対象を特定するためのＣＯＶＩＤ－１９多遺伝子リスクスコア（ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳ）の使用（予測的）
ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳは、サリルマブ（ケブザラ）及び／または抗スパイク臨床試験において、重症または重篤なＣＯＶＩＤ－１９で入院している患者（重症でない対照群と比較）を評価して、重症のＣＯＶＩＤ－１９疾患のリスクに関連する遺伝的要因をさらに解明し得る。さらに、抗スパイクＳＡＲＳ－ＣＯＶ２モノクローナル抗体試験（カシリビマブ及びイムデビマブ）に登録されている患者において、ウイルス学的有効性及び臨床的有効性の評価項目を使用してＣＯＶＩＤ－ＰＲＳを評価し得る。具体的には、ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳは以下の評価項目（ただしこれらに限定されない）で試験され得る：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質及び／またはＮタンパク質に対するベースラインでの抗体の存在（すなわち、「ＳｅｒｏＡｂ陽性」対「ＳｅｒｏＡｂ陰性」状態）；ＮＰスワブにおけるＲＴ－ｑＰＣＲによって測定された、ベースラインのウイルス排出量（ｌｏｇ１０コピー／ｍＬ）；ウイルス排出評価項目のベースラインからの変化；及びベースラインからの臨床状態の変化（７段階の順序スケールで）。

ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳは、ＳｅｒｏＡｂ陽性患者の割合の相違、及び／またはベースラインでのウイルス排出の相違に関連している場合がある。プラセボ群と治療群にわたるウイルス排出または臨床状態のベースラインからの変化の差は、ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳ層によって異なる場合がある。これらの分析により、ＣＯＶＩＤ－１９病の根底にある生物学的機構に対するＰＲＳの影響が評価され得、抗スパイクＳＡＲＳ－ＣＯＶ２モノクローナル抗体処置からより大きな利益を得られる可能性のある患者のサブセットが特定され得る。

ＣＯＶＩＤ－ＰＲＳの評価において任意選択で利用され得る追加の評価項目変数を以下に示す。臨床、人口統計、検査、ＰＫ／ＰＤ、バイオマーカー／安全性の評価項目としては、限定するものではないが、ベースラインの人口統計及び臨床的特徴；ベースラインの検査値及びバイオマーカー値、及びベースラインからの変化；血清中のカシリビマブ及びイムデビマブの濃度及び対応するＰＫパラメーター；カシリビマブ及びイムデビマブに対する免疫原性ＡＤＡ；ならびに処置中に発生したＳＡＥを有する患者の割合が挙げられる。

一般的な有効性評価項目としては、限定するものではないが、ウイルス排出におけるベースラインからの時間加重平均変化；すべての検査済みサンプルで陰性ＲＴ－ｑＰＣＲが発生するまで（その後、どの検査サンプルでも陽性ＲＴ ｑＰＣＲが発生しない）の時間；各来院時のウイルス量が検出限界未満の患者の割合；各来院時のウイルス量が定量下限を下回る患者の割合、が挙げられる。

入院患者の評価項目としては、限定するものではないが、臨床状態が少なくとも１ポイントまたは２ポイント改善した患者の割合；高強度酸素療法を開始する患者の割合；酸素補給、高強度酸素療法、人工呼吸器の日数；入院日数；退院後に再入院した患者の割合；集中治療室（ＩＣＵ）に入院する患者の割合；ＩＣＵ滞在日数；及び全死因の死亡率、が挙げられる。

外来患者の評価項目としては、限定するものではないが：ＣＯＶＩＤ－１９に関連して医療機関を受診した回数が１回以上または２回以上である患者の割合；ＣＯＶＩＤ－１９関連の医療機関受診の総数；ＣＯＶＩＤ－１９に起因して入院した患者の割合；ＣＯＶＩＤ－１９に起因して外来受診または遠隔診療を１回以上受けた患者の割合；ＣＯＶＩＤ－１９に起因して酸素使用、高強度酸素療法、人工呼吸器を必要とする患者の割合（該当する場合）；ＣＯＶＩＤ－１９に起因する入院日数（該当する場合）；全死因死亡率の患者の割合；ＣＯＶＩＤ－１９と一致する症状が最初に発現するまでの時間（無症候性コホートのみ）；ＣＯＶＩＤ処置と一致した症状の持続期間、が挙げられる。

本明細書に記載されるものに加えて、記載されている主題の様々な改変形態が、前述の説明から当業者には明らかとなろう。かかる改変も添付の特許請求の範囲内に入るものとする。本出願において引用される各々の参照文献（限定するものではないが、文献記事、米国特許及び非米国特許、特許出願公開、国際特許出願公開、ジーンバンクアクセッション番号などを含む）は、その全体を参照することによって及びすべての目的のために本明細書に援用される。

Claims (50)

1. コロナウイルス感染症を処置または阻害する治療剤で対象を処置する方法であって、前記対象がコロナウイルス感染症に罹患しているか、またはコロナウイルス感染症を発症し易く、以下のステップを含む：
   前記対象の多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）を
   前記対象から生体試料を得るかまたは得ていること、及び
   前記対象が、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する１つ以上の遺伝的バリアントを含む遺伝子型を有するか否かを判定するために、前記生体試料に対して遺伝子型決定アッセイを実施するかまたは実施していること、
   によって決定すること、
   ここで、前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象のホモ接合性及びヘテロ接合性を反映し、
   前記対象が所望の閾値を下回るＰＲＳスコアを有するならば、前記コロナウイルス感染症を処置または阻害する前記治療剤を、標準用量で前記対象に投与するまたは投与を継続する、及び／または、前記コロナウイルス感染症の発症及び／または前記コロナウイルス感染症の重症度の増大について前記対象をモニタリングすること、及び
   前記対象が所望の閾値を超えるＰＲＳスコアを有するならば、前記コロナウイルス感染症を処置または阻害する前記治療剤を、標準用量と同じかまたはそれを超える量で前記対象に投与するかまたは投与を継続すること、
   ここで、前記所望の閾値を超えるＰＲＳスコアの存在は、前記対象が前記コロナウイルス感染症を発症するリスクが増大していること、及び／または重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大していることを示す、
   前記方法。
2. 前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象の前記ホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症に対する感受性との関連を反映する、請求項１に記載の方法。
3. 前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象の前記ホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する、請求項１に記載の方法。
4. 前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象の前記ホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症に対する感受性及びコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する、請求項１に記載の方法。
5. 前記コロナウイルス感染症の重症度が、入院、サイトカインストーム、息切れ、肺炎、臓器不全、敗血症性ショック、胸痛もしくは胸部圧迫感、及び／または言語障害もしくは運動喪失によって特徴付けられる、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
6. コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する前記遺伝的バリアントが、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ７３０６４４２５、ｒｓ２５３１７４３、ｒｓ１４３３３４１４３、ｒｓ９４１１３７８、ｒｓ１０７３５０７９、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ７４９５６６１５、及びｒｓ２２３６７５７を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
7. 請求項１～６のいずれか１項に記載の方法であって、前記ＰＲＳスコアが併存疾患スコアと組み合わされ；前記対象が、ＰＲＳスコアと併存疾患スコアを合わせて、所望の閾値を下回るならば、前記コロナウイルス感染症を処置または阻害する前記治療剤を標準用量で前記対象に投与するまたは投与を継続するか、及び／または前記コロナウイルス感染症の発症及び／または前記コロナウイルス感染症の重症化について前記対象をモニタリングし；前記対象が、ＰＲＳスコアと併存疾患スコアを合わせて、所望の閾値を上回るならば、前記コロナウイルス感染症を処置または阻害する前記治療剤を前記対象に標準投与量と同じかまたはそれを超える量で投与するまたは投与を継続し；ここで、ＰＲＳスコアと併存疾患スコアを合わせて前記所望の閾値を超えることは、前記対象が前記コロナウイルス感染症を発症するリスクが増加していること、及び／または重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増加していることを示す、前記方法。
8. 前記対象が１～５つの併存疾患のみを有する、請求項７に記載の方法。
9. 前記対象が１～４つの併存疾患のみを有する、請求項７に記載の方法。
10. 前記対象が１～３つの併存疾患のみを有する、請求項７に記載の方法。
11. 前記対象が２または３つの併存疾患のみを有する、請求項７に記載の方法。
12. 前記併存疾患スコアが、高血圧、冠動脈疾患、心不全、２型糖尿病、慢性腎臓病、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）及び、アルツハイマー病からなる群から選択される併存疾患の有無、またはその重症度を反映する、請求項７～１１のいずれか１項に記載の方法。
13. 前記治療剤が、ロピナビル／リトナビル、クロロキン、ヒドロキシクロロキン、レムデシビル、リバビリン、アジスロマイシン、ファラピリビル、イベルメクチン、エンフビルチド、アマンタジン、リマンタジン、プレコナリル、アシクロビル、ジドブジン、ラミブジン、フォルミビルセン、リファンピシン、ザナミビル、オセルタミビル、ペラミビル、ＮＰ－１２０（イフェンプロジル）、ファビラビル／ファビピラビル、ＴＭＪ２（ＴＪ００３２３４）、ＴＺＬＳ－５０１、ＡＰＮ０１、トシリズマブ、ガリデシビル、サリルマブ、ＳＮＧ００１、アムニオブースト（ＡｍｎｉｏＢｏｏｓｔ）、ＡＴ－１００、コルヒチン、レロンリマブ、ＢＰＩ－００２、ＯＹＡ１、アルテミシニン、ＯＴ－１０１、セプシバック（Ｓｅｐｓｉｖａｃ）、プレジコビックス（ダルナビル及びコビシスタット）、バリシチニブ、ＢＸＴ－２５、デキサメタゾン、デュベリシブ、またはインターフェロン、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
14. 前記治療剤が、抗ＩＬ－６抗体の抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２、またはそれらの組み合わせである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
15. 前記治療剤が、
    ロピナビル／リトナビル、クロロキン、ヒドロキシクロロキン、レムデシビル、リバビリン、アジスロマイシン、ファラピリビル、イベルメクチン、エンフビルチド、アマンタジン、リマンタジン、プレコナリル、アシクロビル、ジドブジン、ラミブジン、フォルミビルセン、リファンピシン、ザナミビル、オセルタミビル、ペラミビル、ＮＰ－１２０（イフェンプロジル）、ファビラビル／ファビピラビル、ＴＭＪ２（ＴＪ００３２３４）、ＴＺＬＳ－５０１、ＡＰＮ０１、トシリズマブ、ガリデシビル、サリルマブ、ＳＮＧ００１、アムニオブースト（ＡｍｎｉｏＢｏｏｓｔ）、ＡＴ－１００、コルヒチン、レロンリマブ、ＢＰＩ－００２、ＯＹＡ１、アルテミシニン、ＯＴ－１０１、セプシバック（Ｓｅｐｓｉｖａｃ）、プレジコビックス（ダルナビル及びコビシスタット）、バリシチニブ、ＢＸＴ－２５、デキサメタゾン、デュベリシブ、またはインターフェロンのうちのいずれか１つ以上、及び
    前記抗体カクテルＲＥＧＮ－ＣＯＶ２もしくは抗ＩＬ－６抗体、またはそれらの組み合わせ
    の組み合わせである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
16. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中のゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
17. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
18. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中のｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
19. 前記遺伝子型決定アッセイが、ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする１つ以上の核酸分子及び／またはそれに隣接する核酸の領域のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項１～１６のいずれか１項に記載の方法。
20. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中の核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項１９に記載の方法。
21. 前記遺伝子型決定アッセイが、
    ａ）ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする前記核酸分子及び／またはそれに隣接する核酸の領域の少なくとも一部を増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１９に記載の方法。
22. 前記遺伝子型決定アッセイが、
    ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／もしくはＩＦＮＡＲ２をコードする前記核酸分子、ならびに／またはそれに隣接する核酸の領域を、前記生体試料中で、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項１９に記載の方法。
23. 前記核酸分子が前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項１～２２のいずれか１項に記載の方法。
24. 前記遺伝子型決定アッセイが、インビトロで行われる、請求項１～２３のいずれか１項に記載の方法。
25. 前記コロナウイルス感染症が、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、またはコロナウイルス病２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）である、請求項１～２４のいずれか１項に記載の方法。
26. 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の存在について前記対象を検査することをさらに含む、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
27. コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を特定する方法であって、
    前記対象の多遺伝子リスクスコア（ＰＲＳ）を
    前記対象から生体試料を得るかまたは得ていること、及び
    前記対象が、コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連する、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する１つ以上の遺伝的バリアントを含む遺伝子型を有するか否かを判定するために、前記生体試料に対して遺伝子型決定アッセイを実施するかまたは実施していること、
    によって決定することを含み、
    ここで、前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象のホモ接合性及びヘテロ接合性を反映し、
    前記対象が所望の閾値を下回るＰＲＳスコアを有するならば、前記対象はコロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが低下しており、かつ
    前記対象が所望の閾値を超えるＰＲＳスコアを有するならば、前記対象は、コロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している、
    前記方法。
28. 前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症に対する感受性との関連を反映する、請求項２７に記載の方法。
29. 前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する、請求項２７に記載の方法。
30. 前記ＰＲＳスコアが、前記遺伝的バリアントの有無、ならびに前記遺伝的バリアントのそれぞれについての前記対象のホモ接合性及びヘテロ接合性、ならびにそれらとコロナウイルス感染症に対する感受性及びコロナウイルス感染症の重症度との関連を反映する、請求項２７に記載の方法。
31. 前記コロナウイルス感染症の重症度が、入院、サイトカインストーム、息切れ、肺炎、臓器不全、敗血症性ショック、胸痛もしくは胸部圧迫感、及び／または言語障害もしくは運動喪失によって特徴付けられる、請求項２７～３０のいずれか１項に記載の方法。
32. コロナウイルス感染症の発症に対する感受性に関連するか、及び／またはコロナウイルス感染症の重症度に関連する前記遺伝的バリアントが、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ７３０６４４２５、ｒｓ２５３１７４３、ｒｓ１４３３３４１４３、ｒｓ９４１１３７８、ｒｓ１０７３５０７９、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ７４９５６６１５、及びｒｓ２２３６７５７を含む、請求項２７～３１のいずれか１項に記載の方法。
33. 前記ＰＲＳスコアは併存疾患スコアと組み合わされ、前記対象がＰＲＳスコア及び併存疾患スコアを合わせて所望の閾値を下回るならば、前記対象はコロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが低下しており、前記対象が、ＰＲＳスコアと併存疾患スコアを合わせて所望の閾値を超えているならば、前記対象はコロナウイルス感染症を発症するかまたは重症のコロナウイルス感染症を発症するリスクが増大している、請求項２７～３２のいずれか１項に記載の方法。
34. 前記対象が１～５つの併存疾患のみを有する、請求項３３に記載の方法。
35. 前記対象が１～４つの併存疾患のみを有する、請求項３３に記載の方法。
36. 前記対象が１～３つの併存疾患のみを有する、請求項３３に記載の方法。
37. 前記対象が２または３つの併存疾患のみを有する、請求項３３に記載の方法。
38. 前記併存疾患スコアが、高血圧、冠動脈疾患、心不全、２型糖尿病、慢性腎臓病、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）及び、アルツハイマー病からなる群から選択される併存疾患の有無、またはその重症度を反映する、請求項３３～３７のいずれか１項に記載の方法。
39. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中のゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２７～３８のいずれか１項に記載の方法。
40. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中のｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２７～３８のいずれか１項に記載の方法。
41. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中のｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２７～１５のいずれか１項に記載の方法。
42. 前記遺伝子型決定アッセイが、ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする１つ以上の核酸分子及び／またはそれに隣接する核酸の領域のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２７～４１のいずれか１項に記載の方法。
43. 前記遺伝子型決定アッセイが、前記生体試料中の核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項４２に記載の方法。
44. 前記遺伝子型決定アッセイが、
    ａ）ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／またはＩＦＮＡＲ２をコードする前記核酸分子及び／またはそれに隣接する核酸の領域の少なくとも一部を増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項４２に記載の方法。
45. 前記遺伝子型決定アッセイが、
    ＬＺＴＦＬ１、ＳＬＣ６Ａ２０、ＣＣＨＣＲ１、ＡＢＯ、ＯＡＳ３、ＤＰＰ９、ＲＡＶＥＲ１、及び／もしくはＩＦＮＡＲ２をコードする前記核酸分子、ならびに／またはそれに隣接する核酸の領域を、前記生体試料中で、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、
    を含む、請求項４２に記載の方法。
46. 前記核酸分子が前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項２７～４５のいずれか１項に記載の方法。
47. 前記遺伝子型決定アッセイが、インビトロで行われる、請求項２７～４６のいずれか１項に記載の方法。
48. 前記コロナウイルス感染症が、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、またはコロナウイルス病２０１９（ＣＯＶＩＤ－１９）である、請求項２７～４７のいずれか１項に記載の方法。
49. 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の存在について前記対象を検査することをさらに含む、請求項２７～４８のいずれか１項に記載の方法。
50. コロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を高リスクグループに分けること、ならびに／またはコロナウイルス感染症を発症するリスクが高い対象を隔離及び／もしくはモニタリングすることをさらに含む、請求項１～４９のいずれか１項に記載の方法。