JP2023546298A - 多機能性及び多価インターロイキン-tgf-ベータ受容体融合ポリペプチド - Google Patents

多機能性及び多価インターロイキン-tgf-ベータ受容体融合ポリペプチド Download PDF

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Abstract

インターロイキンポリペプチドと、2つ以上のTGFβリガンド結合ポリペプチドと、を含む、多機能性及び多価融合ポリペプチドが提供される。本明細書に提供される組成物及び方法は、腫瘍形成の予防及びがんの治療用途に有用である。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2020年10月20日に出願された米国仮出願第63/094,277号の利益を主張し、本出願は、参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。2021年10月15日に作成された当該ASCIIコピーの名称は、57949-701_601_SL.txtで、サイズは82,739バイトである。
がんを駆動し、がんの発症をもたらす腫瘍形成は、例えば、持続的な増殖性シグナル伝達、成長抑制因子に対する応答の減少、細胞死に対する耐性の増加、複製的不死性、及び血管新生の増加をもたらす異常な細胞プロセスによって一般的に特徴付けられ得る。これらのプロセスは、腫瘍の浸潤及び転移を促進すると考えられる。したがって、これらのプロセスに関連する分子を標的とする能力は、がん治療薬の開発にとって重要であり得る。
形質転換成長因子β(TGF-β)ファミリー又はタンパク質は、腫瘍形成環境における血管新生及び/又は免疫抑制を促進する多面発現性サイトカインである。TGF-βタンパク質は、もともと、正常な線維芽細胞を固定非依存的な成長が可能な細胞に変換するそれらの能力にちなんで命名された。主に造血細胞及び腫瘍細胞によって産生されるTGF-βタンパク質は、正常又は腫瘍性組織起源の多様性からの細胞の成長及び分化を調節(例えば、刺激又は阻害)することができる。特に、TGF-βタンパク質は、例えば、細胞増殖及び分化、胚発達、細胞外マトリックス形成、骨発達、創傷治癒、造血、並びに免疫及び炎症反応などの多くの増殖性及び非増殖性細胞プロセスに関与することが知られている。TGF-β発現及び活性の増加したレベルは、腫瘍形成を含むが、これに限定されない多数の病理学的状態に関与し、TGF-βタンパク質ファミリーのメンバーは、腫瘍形成プロセス(例えば、血管新生及び免疫抑制)及び転移に関連する多数の生物学的活性を有することが知られている。
インターロイキン-2(IL-2)は、主に細胞媒介性免疫応答を生成するために免疫系に作用する強力なサイトカインである。一般に、IL-2は、抗原の部位の近くの高濃度の免疫細胞によって局所的に産生され、抗原に対する免疫系応答を生成するために必要な共刺激シグナルを供給する。したがって、IL-2は、免疫活性化分子であり、腫瘍の治療において免疫療法応答を促進する可能性があり得る。例えば、T細胞を刺激することに加えて、IL-2はまた、リンパ球(T細胞、B細胞、NK細胞、NKT細胞)を刺激することが示されている。しかしながら、高用量のIL-2ベースの療法は、以前に、IL-2全身投与で観察された毒性と関連していた。このような有害な影響は、効果的な治療薬としてIL-2を首尾よく利用するための障害となる。
本明細書で提供されるのは、免疫応答を活性化させ、腫瘍形成誘発性(pro-tumorigenic)免疫抑制シグナル伝達を阻害するように機能する融合タンパク質である。本明細書に記載されるように、免疫活性化及び免疫抑制の阻害は、一般に、TGF-β活性を阻害する2つ以上のポリペプチド(例えば、TGF-βタンパク質に結合する2つ以上のポリペプチド)に融合(例えば、連結)したインターロイキンポリペプチドを含む融合タンパク質によって達成される。本明細書に提供される組成物は、腫瘍形成(例えば、血管新生又は転移)の阻害のため又は阻害においても有用である。したがって、本明細書に開示される融合タンパク質を使用してがんを阻害及び/又は治療する方法もまた、本明細書に開示される。
本明細書では、インターロイキン(IL)ポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドが提供される。また、本明細書では、IL受容体に結合し、かつそれを作動させるILポリペプチドと、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドも提供される。
いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2ポリペプチド又はIL-15を含む。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2を含む。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2からなる。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2ポリペプチド又はIL-15を含む。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3を含む。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3からなる。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-15ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5を含む。いくつかの実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5からなる。
いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、アクチビン受容体ポリペプチド若しくはその断片、骨形成タンパク質(BMP)受容体ポリペプチド若しくはその断片、グリア細胞由来神経栄養因子(GDNF)受容体ポリペプチド若しくはその断片、又はTGFβ受容体IIポリペプチド若しくはその断片を含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチド又はその断片を含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、可溶性TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチド又はその断片を含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号8、配列番号9、又はそれらの組み合わせを含む可溶性TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号8のアミノ酸配列を含み、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号9のアミノ酸配列の切断を含む。いくつかの実施形態では、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドは、配列番号8又は配列番号9に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGF-β1ポリペプチド、TGF-β2ポリペプチド、TGF-β3ポリペプチド、アクチビンβAポリペプチド、アクチビンβBポリペプチド、アクチビンβCポリペプチド、アクチビンβEポリペプチド、骨形成タンパク質(BMP)2ポリペプチド、BMP3ポリペプチド、BMP4ポリペプチド、BMP5ポリペプチド、BMP6ポリペプチド、BMP7ポリペプチド、BMP8ポリペプチド、BMP9ポリペプチド、BMP10ポリペプチド、BMP11ポリペプチド、BMP12ポリペプチド、BMP13ポリペプチド、BMP14ポリペプチド、BMP15ポリペプチド、成長分化因子(GDF)1ポリペプチド、GDF3ポリペプチド、GDF8ポリペプチド、GDF9ポリペプチド、GDF15ポリペプチド、ノーダル(Nodal)ポリペプチド、インヒビンαポリペプチド、抗ミュラー管ホルモンポリペプチド、Lefty1ポリペプチド、Lefty2ポリペプチド、アルテマン(arteman)ポリペプチド、ペルセフィンポリペプチド、又はニュールツリンポリペプチドを結合する。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はこれらの任意の組み合わせを結合する。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチドを結合する。
いくつかの実施形態では、切断型TGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、切断型TGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、切断型可溶性TGFβ受容体II(sTβRII)ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、切断は、2、5、7、10、15、20、25、又は30個を超えるアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、切断型ILポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、切断型ILポリペプチドは、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、切断型ILポリペプチドは、切断型IL-2ポリペプチド又はIL-15ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドを結合するリンカーポリペプチド又はリンカー分子を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、ILポリペプチド及び第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドを融合するリンカーポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、薬物動態(PK)調節物質を含む。
いくつかの実施形態では、薬物動態調節物質は、免疫グロブリン定常(Fc)領域ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、免疫グロブリンFc領域ポリペプチドは、ヒト免疫グロブリンFc領域ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、免疫グロブリンFc領域は、IgG Fc領域である。いくつかの実施形態では、IgG Fc領域は、IgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4 Fc領域である。いくつかの実施形態では、PK調節物質は、アルブミンポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、アルブミンポリペプチドは、ヒトアルブミンポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10~25のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10~25のうちのいずれか1つからなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、IL-2又はIL-15受容体を発現する標的細胞を活性化させる。いくつかの実施形態では、標的細胞は、免疫細胞である。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞、NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞である。薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む融合ポリペプチドを含む、薬学的組成物が更に提供される。
また、がんを有する個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減する方法であって、インターロイキン(IL)ポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドを個体に投与し、それによって、個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減することを含む、方法も本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍は、原発腫瘍である。いくつかの実施形態では、腫瘍は、転移性腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞を活性化させる。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、IL-2を発現する。
いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する。いくつかの実施形態では、がんは、血液がんである。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍を含むがんである。がんを有する個体における腫瘍細胞の中和又は殺傷する方法であって、インターロイキン(IL)ポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドを個体に投与し、それによって、個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍は、原発腫瘍である。いくつかの実施形態では、腫瘍は、転移性腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞を活性化させる。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、IL-2又はIL-15受容体を発現する。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する。いくつかの実施形態では、がんは、血液がんである。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。
更に、がんを有する対象におけるがんを治療又は改善する方法であって、インターロイキン(IL)ポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドを対象に投与し、それによって、対象におけるがんを治療又は改善することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍は、原発腫瘍である。いくつかの実施形態では、腫瘍は、転移性腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞を活性化させる。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、IL-2又はIL-15受容体を発現する。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する。いくつかの実施形態では、がんは、血液がんである。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はこれらの任意の組み合わせを結合する。
IL受容体を発現する細胞を活性化させる方法であって、インターロイキン(IL)ポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドと細胞を接触させることを含む、方法が更に提供される。いくつかの実施形態では、細胞は、免疫細胞である。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞、NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、インビボで接触される。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、エクスビボで接触される。いくつかの実施形態では、白血球パック(leukopack)又は白血球アフェレーシス(leukapheresis)製品は、免疫細胞を含む。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、アフェレーシス試料に由来する。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、その後、細胞ベースの療法に使用される。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2又はIL-15である。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、可溶性TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチド又は断片を含む。本明細書に記載するような組換え融合ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸分子を含む、宿主細胞。
参照による組み込み
本明細書に記載されている全ての刊行物、特許、及び特許出願は、各個々の刊行物、特許、又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に具体的に記載される。本開示の特徴及び利点のよりよい理解は、本開示の原理が利用される例示的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、及び以下の添付の図面を参照することによって得られるであろう。
ヒト一価FIST(インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチド、単一のsTBRII受容体ポリペプチドを含む融合タンパク質)又は二価FIST(bFISTとも呼ばれる-インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、第1のsTBRII受容体ポリペプチドと、第2のsTBRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチド)によって以前に刺激されたヒトT細胞によるIFN-ガンマ産生の定量、及びヒトFIST(一価FIST)又はヒト二価FISTで刺激されたヒトNK細胞によるCXCL10産生を示すデータを示す。 同上。 5~20ナノモルのヒト一価FIST(一価FIST)、二価FIST(bFIST)、又はsTBRIIとの30分間のインキュベーション期間後に溶液中で検出された活性TGFβ1の定量を示すデータを示す。 例示的な二価FIST(bFIST)融合ポリペプチドの概略図を示す。 TGFβアイソフォームの遮断における二価FISTタンパク質と一価FISTとの比較を示す。 同上。 同上。 細胞傷害性T細胞増殖のTGFb1媒介性抑制の阻害を示す。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 エフェクターメモリーT細胞及び末端分化エフェクターメモリー細胞の増殖、並びに二価FIST、一価FIST(一価FIST)、及び対照で刺激されたT細胞によるIFNγ産生の定量を示す。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 初代NK細胞増殖並びにIFNγ及びCXC10産生のTGFb1媒介性抑制の二価FIST阻害及び/又は低減を示す。 同上。 同上。 同上。 同上。 NK細胞を二価FISTで処置すると、NK細胞の細胞傷害性及び活性化並びにがん細胞に対する細胞傷害性が増加することを示す。 同上。 B細胞を二価FISTで処置すると、成熟、増殖、及びIFNγ産生が増加することを示す。 同上 同上 同上 肺がん細胞を二価FISTで処置すると、肺がん細胞上でのTGFb1誘発性の上皮から間葉への移行(EMT)マーカーの上方調節が阻害されることを示す。 同上。 同上。
本明細書で提供されるのは、例えば、免疫応答を活性化させ、免疫抑制シグナル伝達を阻害及び/若しくは低減し、かつ/又は血管新生若しくは侵襲的シグナル伝達を抑制若しくは阻害することができる多機能性融合タンパク質である。がんとの関連で、免疫活性化は、形質転換された細胞が腫瘍に成長する前にそれらの細胞の認識及び中和を促進するか、又は腫瘍が形成された後にそれらを殺傷する(例えば、中和する)生理学的機能であると考えられる。異質性、分子量、複雑さ、発現レベル、及び分解性に基づく抗原の特異的認識は、腫瘍増殖を制限する免疫系の能力を生じさせると考えられる。反対に、腫瘍細胞は、例えば、免疫抑制因子又は分子(例えば、免疫抑制サイトカイン)の産生により、様々なメカニズムを介して応答性を制限する能力を有すると考えられる。
免疫応答を活性化させ、免疫抑制シグナル伝達を阻害するために、本明細書に開示される融合タンパク質は、一般に、TGFβ活性を阻害する2つ以上のポリペプチド(例えば、TGFβタンパク質を結合する2つ以上のポリペプチド)に融合(例えば、連結)したインターロイキンポリペプチドを含む。活性化シグナルと阻害シグナルのバランスは、免疫恒常性の維持に重要な要素である。腫瘍形成中、免疫刺激(例えば、免疫活性化)シグナル(例えば、炎症誘発性サイトカイン)は、腫瘍由来の免疫抑制シグナル伝達分子(例えば、免疫抑制サイトカイン)によって拮抗される。腫瘍形成の駆動に重要であると考えられる免疫抑制サイトカイン群の中には、タンパク質のTGFスーパーファミリーのメンバー(例えば、TGFβ)がある。
形質転換成長因子ベータ(TGFβ)スーパーファミリーは、TGFβタンパク質、骨形成タンパク質(BMP)、成長分化因子(GDF)、グリア由来神経栄養因子(GDNF)、アクチビン、インヒビン、ノーダル(Nodal)、Lefty、及びミュラー管阻害物質(MIS)を含む。一般に、TGFβスーパーファミリーのリガンドは、セリン/スレオニンキナーゼドメインを有するI型及びII型受容体サブユニットからなるヘテロ二量体受容体複合体に結合する二量体を形成する。
タンパク質の形質転換成長因子β(TGFβ)スーパーファミリーは、増殖、分化、アポトーシス、組織リモデリング、血管新生、免疫応答、及び細胞接着などの必須細胞機能に関与するサイトカインである(例えば、Massague,J.TGFβ signaling in context.Nat Rev Mol Cell Biol 13,616-630(2012)を参照のこと)。TGFβスーパーファミリータンパク質はまた、慢性炎症性状態及びがんなどの疾患状態の病態生理学における重要な要因である。このファミリーのメンバーには、TGFβの3つのアイソフォームであるβ1、β2、β3、骨形成タンパク質(BMP)及びアクチビンが含まれる。免疫抑制に加えて、TGFβタンパク質は、上皮から間葉への移行(EMT)及び腫瘍関連血管新生を構成的に誘導することによって、後期がんにおける転移促進性(prometastatic)及び血管新生促進性(proangiogenic)因子として作用することができる。
治療提案のための腫瘍由来活性TGFβの遮断は広く探索されてきた。多くの治療アプローチは、乳がん及び黒色腫などの浸潤がんの治療のためのTGFβ経路を標的としている。例えば、そのヘテロマー受容体に結合するTGFβアンタゴニストは、乳がんの3つの実験モデルにおいて、腫瘍細胞運動性、血管内浸潤、及び転移の低減を示した。しかしながら、これらの治療戦略は、一般的に、細胞増殖に影響を及ぼさず、このことは、TGFβ遮断剤が腫瘍細胞の中和又は殺傷を促進するのに十分ではないことを示す。
本明細書に開示される融合タンパク質におけるインターロイキンポリペプチド(例えば、インターロイキン-2又はインターロイキン-15)の利用は、TGFβの阻害に加えて、免疫応答を活性化させるのに有用である。タンパク質のインターロイキンファミリーは、一般に、免疫細胞(例えば、T細胞、NK細胞、及び他のリンパ球)の活性化、発達、及び分化を促進し、先天性及び適応性免疫の両方において不可欠な役割を果たす。したがって、免疫細胞の活性化、発生、及び分化は、本明細書に開示される融合タンパク質によって達成され得る。
炎症誘発性又は免疫刺激性インターロイキン(例えば、インターロイキン-2又はインターロイキン-15)は、免疫応答を活性化させるための有用なアジュバントを構成する。例えば、インターロイキン-2(IL-2)は、リンパ球活性化及びクローン増殖のための因子であり、細胞傷害性T細胞の活性化、発達、及び分化を促進する。IL-2及びIL-15はまた、NK細胞の増殖及び細胞傷害性を刺激する。しかしながら、IL-2は、免疫刺激(例えば、免疫活性化)剤及び免疫抑制剤の両方として作用し得る。免疫抑制因子として、IL-2は、調節細胞の生成を誘導することによって末梢性寛容を維持する。これらの理由により、IL-2は、両刃の剣と考えられる。インターロイキン機能の汎用性は、環境及びシグナル伝達剤との相互作用によって影響される。
したがって、本明細書に開示される融合タンパク質は、融合タンパク質が、免疫活性化、免疫抑制の阻害、及び/又は血管新生若しくは侵襲的シグナル伝達の抑制若しくは阻害に有用であるという点で多機能性である。いくつかの実施形態では、免疫活性化、免疫抑制の阻害、及び/又は血管新生若しくは侵襲的シグナル伝達の抑制若しくは阻害は、腫瘍を治療するために使用され得る。いくつかの実施形態では、免疫を活性化させること(例えば、IL-2受容体を発現する細胞を活性化させること)、免疫細胞の免疫抑制を阻害すること(例えば、細胞とTGFβaとの間の相互作用を遮断若しくは阻害すること)、及び/又は対象における血管新生若しくは侵襲的シグナル伝達の抑制若しくは阻害は、腫瘍若しくはがんを治療するために使用され得る。開示されるように、免疫応答の活性化及び免疫抑制応答の阻害は、少なくとも部分的に、インターロイキンポリペプチドによって達成される。順番に、免疫抑制シグナル伝達若しくはシグナル伝達分子の阻害若しくは低減、及び/又は血管新生若しくは侵襲的シグナル伝達若しくはシグナル伝達分子の阻害は、少なくとも部分的に、TGFβタンパク質の活性を阻害する1つ以上のポリペプチドの使用によって達成される。
本明細書で使用される場合、「融合タンパク質」という用語は、一般に、2つ以上の親タンパク質又はポリペプチドに由来するポリペプチド成分を含むタンパク質を指す。一般に、融合タンパク質は、あるタンパク質からのポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列が、別のタンパク質からのポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列をフレーム内に付加され、任意選択的にそのヌクレオチド配列からリンカーによって分離される融合遺伝子から発現される。次いで、融合遺伝子は、単一のタンパク質として組換え宿主細胞によって発現され得る。
本明細書で使用される場合、タンパク質の「ドメイン」は、一般に、タンパク質全体のいずれかの部分であり、完全なタンパク質を含むが、典型的には、完全なタンパク質よりも少ない。ドメインは、タンパク質鎖の残りの部分とは独立して折り畳むことができ、かつ/又は特定の生物学的、生化学的、若しくは構造的機能若しくは位置(例えば、リガンド結合ドメイン、又は細胞質、膜貫通、若しくは細胞外ドメイン)と相関する必要はない。
「組換え」という用語は、材料(例えば、核酸又はポリペプチド)が、ヒトの介入によって人工的又は合成的に(例えば、非天然に)変更されていることを示す。変更は、その自然環境又は状態内の材料に対して、又はその自然環境又は状態から除去され得る。例えば、「組換え核酸」は、例えば、クローニング、DNAシャッフリング、又は他の周知の分子生物学的手順中に、核酸を組換えることによって作製されるものである。「組換えDNA分子」は、そのような分子生物学的技術によって一緒に接合されたDNAのセグメントから構成される。本明細書で使用される場合、「組換えタンパク質」又は「組換えポリペプチド」という用語は、組換えDNA分子を使用して発現されるタンパク質分子を指す。「組換え宿主細胞」は、組換え核酸を含有及び/又は発現する細胞である。
本明細書で互換的に使用される場合、「ポリヌクレオチド配列」又は「ヌクレオチド配列」又は「核酸配列」は、文脈に応じて、オリゴヌクレオチド、DNA、及びRNA、核酸、又はヌクレオチドポリマーを表す文字列を含む、ヌクレオチドのポリマーである。任意の特定のポリヌクレオチド配列から、所与の核酸又は相補的ポリヌクレオチド配列のいずれかを決定することができる。一本鎖又は二本鎖であってもよく、センス又はアンチセンス鎖を表すゲノム又は合成起源のDNA又はRNAが含まれる。
本開示のポリヌクレオチド及びポリペプチド配列は、本明細書に記載される特定のポリヌクレオチド及びポリペプチドとの特定の同一性及び/又は類似性に関して定義することができる。いくつかの実施形態では、配列同一性は、典型的には、60%を超える、75%を超える、80%を超える、90%を超える、及び/又は95%を超える。配列の同一性及び/又は類似性は、本明細書に開示される配列と比較して、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、又は99%であり得る。最適なアライメントは、配列をアライメントするための任意の好適なアルゴリズムの使用によって決定することができ、その非限定的な例としては、スミス-ウォーターマン(Smith-Waterman)アルゴリズム、ニードルマン-ブンシュ(Needleman-Wunsch)アルゴリズム、バローズ-ホイーラー変換(Burrows-Wheeler Transform)に基づくアルゴリズム(例えば、バローズホイーラーアライナー(Burrows Wheeler Aligner))、クラスタル(Clustal)W、クラスタルX、BLAST、Novoalign(Novocraft Technologies、ELAND(Illumina,San Diego,California))、SOAP(soap.genomics.org.cnで入手可能)、及びMaq(maq.sourceforge.netで入手可能)が挙げられる。いくつかの実施形態では、BLAST検索は、所望のパーセント配列同一性を有する配列を得るために、BLASTプログラム、スコア=100、単語長=12で実行される。いくつかの実施形態では、比較目的のためにギャップありアライメントを得るために、ギャップありBLAST。BLAST及びギャップありBLASTプログラムを使用する場合は、それぞれのプログラム(NBLAST及びXBLAST)のデフォルトパラメータを使用できる。いくつかの実施形態では、クラスタルオメガ(Clustal Omega)が使用される。
本明細書で使用される場合、「核酸分子コード」、「DNA配列コード」、「核酸配列コード」又は「DNAコード」という用語は、デオキシリボ核酸鎖に沿ったデオキシリボヌクレオチドの順序又は配列を指す。これらのデオキシリボヌクレオチドの順序は、mRNA鎖に沿ったリボヌクレオチドの順序を決定し、また、ポリペプチド(タンパク質)鎖に沿ったアミノ酸の順序を決定する。したがって、DNA配列は、RNA配列及びアミノ酸配列をコードする。
「遺伝子の発現」又は「核酸の発現」とは、文脈によって示されるように、RNAへのDNAの転写(任意選択的に、RNAの修飾、例えば、スプライシングを含む)、ポリペプチドへのRNAの翻訳(おそらくは、ポリペプチドのその後の翻訳後修飾を含む)、又は転写と翻訳の両方を意味する。
「遺伝子」という用語は、生物学的機能に関連する任意の核酸を指すために広く使用される。遺伝子は、典型的には、そのようなコード配列の発現に必要なコード配列及び/又は調節配列を含む。「遺伝子」という用語は、特定のゲノム又は組換え配列、並びにその配列によってコードされるcDNA又はmRNAに適用される。「融合遺伝子」は、導入遺伝子をコードするコード領域を含む。遺伝子はまた、例えば、他のタンパク質の認識配列を形成する非発現核酸セグメントを含む。転写因子などの調節タンパク質が結合し、隣接又は近傍の配列の転写をもたらす転写制御要素を含む非発現調節配列。
本明細書で使用される場合、「コード領域」又は「コード配列」という用語は、構造遺伝子に関して使用される場合、mRNA分子の翻訳の結果として、新生ポリペプチド内に見出されるアミノ酸をコードするヌクレオチド配列を指す。コード領域は、真核生物において、イニシエーターメチオニンをコードするヌクレオチドトリプレット「ATG」によって5’側に、終止コドン(例えば、TAA、TAG、TGA)を特定する3つのトリプレットのうちの1つによって3’側に境界される。真核生物における転写制御シグナルは、「プロモーター」及び「エンハンサー」要素を含む。プロモーター及びエンハンサーは、転写に関与する細胞タンパク質と特異的に相互作用するDNA配列の短いアレイからなる。プロモーター及びエンハンサー要素は、酵母、昆虫、並びに哺乳動物細胞及びウイルスの遺伝子を含む様々な真核生物源から単離されている(類似の制御要素、例えば、プロモーターも原核生物に見出される)。特定のプロモーター及びエンハンサーの選択は、目的のタンパク質を発現するために使用される細胞タイプに依存する。一部の真核生物プロモーター及びエンハンサーは、広い宿主範囲を有するが、他のものは、細胞タイプの限定されたサブセットにおいて機能する。
「発現ベクター」という用語は、特定の宿主細胞内での作動可能に連結されたコード配列の発現に必要な所望のコード配列及び適切な核酸配列を含む組換えDNA分子を指す。原核生物における発現に必要な核酸配列としては、プロモーター、任意選択的に、オペレーター配列、リボソーム結合部位、及び場合によっては他の配列が挙げられる。真核細胞は、プロモーター、エンハンサー、並びに終結及びポリアデニル化シグナルを利用することが知られている。本発明の毒素ペプチド類似体のコード配列に作動可能に連結された発現ベクターによって、任意選択的に、分泌シグナルペプチド配列をコードすることもでき、その結果、組換え宿主細胞が、発現された毒素ペプチド類似体を分泌することができ、必要に応じて、細胞から毒素ペプチド類似体をより容易に単離することができる。かかる技術は当業者に周知である。
本明細書で使用される場合、個体は、患者及び/又は対象と同義であり、ヒトを含む、及び/又はヒトを指し、本明細書で開示されるような疾患又は状態を治療する必要があると診断されたヒトであってもよい。しかしながら、例は、ヒトに限定されず、チンパンジー、マーモセット、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウサギ、イヌ、ネコ、ラット、マウス、モルモットなどを含む。個体は、典型的には、ヒトであり、本明細書に開示されるような疾患又は状態を治療する必要があると診断されたヒトであってもよい。
本明細書で使用される場合、「阻害」又は「阻害すること」という用語は、所与の状態、症状、障害、若しくは疾患の低減若しくは抑制、及び/又は生物学的活性若しくはプロセスのベースライン活性の低下を含む、及び/又は指す。
本明細書で使用される場合、「治療すること」又は「治療」という用語は、疾患若しくは障害又はその症状を改善すること(例えば、疾患又はその臨床症状のうちの少なくとも1つの発症を遅らせるか、停止させるか、又は低減すること)を含む、及び/又は指す。ある特定の実施形態では、「治療すること」又は「治療」はまた、患者によって識別できないものを含む、少なくとも1つの物理的及び/又は生物学的パラメータを緩和又は改善することを含む、及び/又は指す。ある特定の実施形態では、「治療すること」又は「治療」は、疾患、障害、若しくは生物学的プロセスを、物理的に(例えば、識別可能な症状の安定化)、生理学的に(例えば、物理的及び/若しくは生物学的パラメータの安定化)、又はその両方のいずれかで調節することを含む、及び/又は指す。ある特定の実施形態では、「治療すること」又は「治療」は、疾患又は障害の発症(onset)若しくは発症(development)又は進行を予防又は遅延することを含む、及び/又は指す。ある特定の実施形態では、「治療すること」又は「治療」は、(i)健常な生理学的状態、又は(ii)ベースラインの生理学的状態(例えば、疾患又は障害の進行)の悪化を予防するか、遅延させるか、又は阻害することを含む、及び/又は指す。
本明細書で使用される場合、「a」又は「an」は、特許請求の範囲及び/又は明細書内の「含む」という用語と併用して使用される場合、「1つ」を含み、及び/又は「1つ」を指し、「1つ以上(one or more)」、「少なくとも1つ」、及び「1つ以上(one or more than one)」の意味と一致する。同様に、「別の」という単語は、少なくとも1つ以上の他のもの(a second or more)を意味し得る。
本明細書で使用される場合、「含む(comprising)」(並びに含むの任意の形態、例えば、「含む(comprise)」及び「含む(comprises)」)、「有する(having)」(並びに有するの任意の形態、例えば、「有する(have)」及び「有する(has)」)、「含む(including)」(並びに含むの任意の形態、例えば、「含む(includes)」及び「含む(includes)」、又は「含有する(containing)」(並びに含有するの任意の形態、例えば、「含有する(contain)」及び「含有する(contains)」)という用語は、包括的又はオープンエンドであり、記載されていない追加の要素又はプロセスステップを除外しない。
本明細書で使用される場合、所与の値又は範囲の文脈における「約」という用語は、所与の値又は範囲の20%以内、10%以内、及び/又は5%以内の値又は範囲を含む、及び/又は指す。
本明細書で使用される場合、「及び/又は」という用語は、他のものの有無にかかわらず、2つの特定された特徴又は構成要素のそれぞれの具体的な開示と見なされるべきである。例えば、「A及び/又はB」は、(i)A、(ii)B、並びに(iii)A及びBのそれぞれが、あたかも本明細書において個別に記載されているかのような、それぞれの具体的な開示と見なされるべきである。
本明細書で使用される場合、「試料」は、分析対象物を検出及び/又は定量するために分析されている任意の流体又は液体試料を含む、及び/又は指す。いくつかの実施形態では、試料は、生物学的試料である。試料の例としては、体液、抽出物、タンパク質及び/又はDNAを含有する溶液、細胞抽出物、細胞溶解物、又は組織溶解物が挙げられるが、これらに限定されない。体液の非限定的な例としては、尿、唾液、血液、血清、血漿、脳脊髄液、涙、精液、汗、胸水、液化糞便物質、及び涙腺分泌物が挙げられる。
本明細書で使用される場合、本明細書で説明される任意の事例又は実施形態では、「含む(comprising)」は、「から本質的になる(consisting essentially of)」及び/又は「からなる(consisting of)」と置き換えられ得る。本明細書で説明される任意の事例又は実施形態では、「含む(comprises)」は、「から本質的になる(consists essentially of)」及び/又は「からなる(consists of)」と置き換えられ得る。
インターロイキン
本明細書で提供する融合タンパク質は、一般に、TGFβ活性を阻害する2つ以上のポリペプチド(例えば、TGFβタンパク質を結合する2つ以上のポリペプチド)に融合(例えば、連結)したインターロイキンポリペプチドを含む。インターロイキン(IL)は、最初は白血球単独によって発現されると考えられていたが、後に他の多くの体細胞によって産生されることが見出されたサイトカインのクラスである。インターロイキンは、例えば、免疫細胞の活性化及び分化、並びに細胞の増殖、成熟、移行、及び接着において重要な役割を果たす。したがって、インターロイキンの機能は、炎症性及び免疫応答中の成長、分化、及び活性化を調節することである。したがって、融合タンパク質のインターロイキンポリペプチドは、免疫応答の調節(例えば、活性化)に有用である。
インターロイキン-2(IL-2)は、TGFβ活性を阻害する2つ以上のポリペプチドに融合(例えば、連結)したインターロイキンポリペプチドを含む融合タンパク質との関連において、免疫応答の活性化に有用なインターロイキンである。インターロイキン-2(IL-2)は、抗原刺激によって誘導される多面発現性サイトカインであり、したがって、免疫応答を調節する上で重要な役割を果たす(例えば、Spolski,R.,Li,P.& Leonard,W.J.Biology and regulation of IL-2:from molecular mechanisms to human therapy.Nat Rev Immunol 18,648-659(2018)を参照されたい)。例えば、局所領域腫瘍拒絶を誘導し、T細胞に対する自己分泌因子として作用し、細胞傷害性T細胞の発達をサポートし、NK細胞の増殖及び細胞溶解活性を刺激するのに有効であるため、先天的な抗腫瘍応答を促進することができる。
IL-2は、15.5kDaの4つのαヘリックス束の小さなサイトカインである。これは、主に抗原シミュレートされたCD4+T細胞によって産生されるが、CD8+細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、及び活性化された樹状細胞(DC)によっても産生され得る。IL-2は、CD4+調節性T細胞の維持のための重要な因子であり、CD4+T細胞の様々なT細胞サブセットへの分化において重要な役割を果たす。これは、CD8+T細胞及びNK細胞の細胞傷害性活性を促進し、抗原に応答してT細胞分化プログラムを調節し、Tヘルパー17(Th17)分化を阻害しながら、Tヘルパー1(Th1)及びTヘルパー2(Th2)細胞へのナイーブCD4+T細胞分化を促進することができる。特に、IL-2は、転移性黒色腫及び腎細胞がんのための最初のFDA承認免疫療法薬のうちの1つであった。しかしながら、IL-2免疫療法は、その短いインビボ半減期及び治療投与量での重度の毒性のために広く適用されていない。
「インターロイキン-2」又は「IL-2」という用語は、別途示されない限り、霊長類(例えば、ヒト)及びげっ歯類(例えば、マウス及びラット)などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物源に由来する任意の天然IL-2を指す。IL-2は、未処理のIL-2、並びに細胞内での処理から生じるIL-2の任意の形態を含む。この用語はまた、IL-2の天然に存在するバリアント、例えば、スプライスバリアント又は対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトIL-2のアミノ酸配列は、配列番号1に示される。未処理のヒトIL-2は、成熟IL-2分子には存在しないN末端20アミノ酸シグナルペプチドを更に含む。IL-2はまた、「野生型IL-2」又は天然に存在するIL-2も含む。天然ヒトIL-2分子の配列は、配列番号1に示される。本開示の目的のため、野生型という用語は、1つ以上のアミノ酸変異を含むIL-2の形態も包含する。例えば、本明細書に記載の融合タンパク質は、配列番号1のアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%を超える配列同一性を有するIL-2ポリペプチドを含むことができる。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号1に対して約85%~約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号1に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号1に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号1に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。
IL-2ポリペプチドは、全長の天然配列又はその切断を含むことができる。いくつかの実施形態では、IL-2ポリペプチドは、切断型IL-2ポリペプチドである。切断型IL-2ポリペプチドは、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-2ポリペプチドと比べて)約2個のアミノ酸~約20個のアミノ酸が切断されたIL-2を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-2ポリペプチドと比べて)約2アミノ酸~約5アミノ酸、約2アミノ酸~約7アミノ酸、約2アミノ酸~約8アミノ酸、約2アミノ酸~約10アミノ酸、約2アミノ酸~約15アミノ酸、約2アミノ酸~約20アミノ酸、約5アミノ酸~約7アミノ酸、約5アミノ酸~約8アミノ酸、約5アミノ酸~約10アミノ酸、約5アミノ酸~約15アミノ酸、約5アミノ酸~約20アミノ酸、約7アミノ酸~約8アミノ酸、約7アミノ酸~約10アミノ酸、約7アミノ酸~約15アミノ酸、約7アミノ酸~約20アミノ酸、約8アミノ酸~約10アミノ酸、約8アミノ酸~約15アミノ酸、約8アミノ酸~約20アミノ酸、約10アミノ酸~約15アミノ酸、約10アミノ酸~約20アミノ酸、又は約15アミノ酸~約20アミノ酸が切断されたIL-2を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-2ポリペプチドと比べて)約2個のアミノ酸、約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、又は約20個のアミノ酸が切断されたIL-2を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-2ポリペプチドと比べて)少なくとも約2個のアミノ酸、約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、又は約15個のアミノ酸が切断されたIL-2を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-2ポリペプチドに対して)最大でも約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、又は約20個のアミノ酸が切断されたIL-2を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列を有するIL-2ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号3のアミノ酸配列を有するIL-2ポリペプチドを含む。好適なIL-2配列又はバリアント配列(例えば、1つ以上のアミノ酸欠失、置換、及び/又は挿入を有する)は、本明細書に記載される(例えば、実施例1~3のいずれか1つに記載されるような)方法のうちのいずれかによって同定することができる。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号2に対して約85%~約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号2に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号2に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号2に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。好適なIL-2配列又はバリアント配列(例えば、1つ以上のアミノ酸欠失、置換、及び/又は挿入を有する)は、本明細書に記載される(例えば、実施例1~3のいずれか1つに記載されるような)方法のうちのいずれかによって同定することができる。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号3に対して約85%~約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号3に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号3に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号3に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するIL-2配列を含む。好適なIL-2配列又はバリアント配列(例えば、1つ以上のアミノ酸欠失、置換、及び/又は挿入を有する)は、本明細書に記載される(例えば、実施例1~3のいずれか1つに記載されるような)方法のうちのいずれかによって同定することができる。
インターロイキン-15(IL-15)もまた、TGFβ活性を阻害する2つ以上のポリペプチドに融合(例えば、連結)したインターロイキンポリペプチドを含む融合タンパク質との関連において、免疫応答の活性化に有用なインターロイキンである。インターロイキン15(IL-15)は、4つのαヘリックス構造を含む約12~14キロダルトンのサイトカインである。IL-15は、インターロイキンIL-2、IL-4、IL-7、IL-9、及びIL-21からなるサイトカインファミリーに属する。IL-15は、IL-2と共有されるIL-2/IL-15受容体β(IL-15Rβ)(CD122)サブユニットと、追加のファミリーメンバーの全てによっても利用される共通ガンマ鎖(γC)(CD132)受容体サブユニットと、から構成される受容体複合体を介してシグナル伝達する。特に、IL-15は、T細胞及びNK細胞の成長因子であり、これらの免疫細胞の発達、増殖、及び活性化において重要な役割を果たす。IL-15には治療的使用の可能性があるが、天然IL-15には治療的発達の問題、すなわち低い生物学的効力及び短い半減期がある。
「インターロイキン-15」又は「IL-15」という用語は、別途示されない限り、霊長類(例えば、ヒト)及びげっ歯類(例えば、マウス及びラット)などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物源に由来する任意の天然IL-15を指す。IL-15は、未処理のIL-15、並びに細胞内での処理から生じるIL-15の任意の形態を含む。この用語はまた、IL-15の天然に存在するバリアント、例えば、スプライスバリアント又は対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトIL-15のアミノ酸配列は、配列番号4に示される。IL-15はまた、「野生型IL-15」又は天然に存在するIL-15も含む。天然ヒトIL-15分子の配列は、配列番号4に示される。本開示の目的のため、野生型IL-15という用語は、1つ以上のアミノ酸変異を含むIL-15の形態も包含する。例えば、本明細書に記載の融合タンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%を超える配列同一性を有するIL-15ポリペプチドを含むことができる。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号4に対して約85%~約100%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号4に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号4に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号4に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。好適なIL-15配列又はバリアント配列(例えば、1つ以上のアミノ酸欠失、置換、及び/又は挿入を有するIL-15ポリペプチド配列)は、本明細書に記載される(例えば、実施例1~3のいずれか1つに記載されるような)方法のうちのいずれかによって同定することができる。
IL-15ポリペプチドは、全長の天然配列又はその切断を含むことができる。いくつかの実施形態では、IL-15ポリペプチドは、切断型IL-15ポリペプチドである。切断型IL-15ポリペプチドは、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-15ポリペプチドと比べて)約2個のアミノ酸~約20個のアミノ酸が切断されたIL-15を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-15ポリペプチドと比べて)約2アミノ酸~約5アミノ酸、約2アミノ酸~約7アミノ酸、約2アミノ酸~約8アミノ酸、約2アミノ酸~約10アミノ酸、約2アミノ酸~約15アミノ酸、約2アミノ酸~約20アミノ酸、約5アミノ酸~約7アミノ酸、約5アミノ酸~約8アミノ酸、約5アミノ酸~約10アミノ酸、約5アミノ酸~約15アミノ酸、約5アミノ酸~約20アミノ酸、約7アミノ酸~約8アミノ酸、約7アミノ酸~約10アミノ酸、約7アミノ酸~約15アミノ酸、約7アミノ酸~約20アミノ酸、約8アミノ酸~約10アミノ酸、約8アミノ酸~約15アミノ酸、約8アミノ酸~約20アミノ酸、約10アミノ酸~約15アミノ酸、約10アミノ酸~約20アミノ酸、又は約15アミノ酸~約20アミノ酸が切断されたIL-15を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-15ポリペプチドと比べて)約2個のアミノ酸、約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、又は約20個のアミノ酸が切断されたIL-15を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-15ポリペプチドと比べて)少なくとも約2個のアミノ酸、約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、又は約15個のアミノ酸が切断されたIL-15を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長IL-15ポリペプチドに対して)最大でも約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、又は約20個のアミノ酸が切断されたIL-15を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号5のアミノ酸配列を有するIL-15ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号5に対して約85%~約100%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号5に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号5に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号5に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するIL-15配列を含む。
TGFβ阻害ポリペプチド
本明細書に記載されるように、本明細書で提供する融合タンパク質は、一般に、TGFβ活性を阻害する2つ以上のポリペプチド(例えば、TGFβタンパク質を結合する2つ以上のポリペプチド)に融合(例えば、連結)したインターロイキンポリペプチド(例えば、IL-2又はIL-15)を含む。形質転換成長因子β(TGFβ)スーパーファミリーは、多くの細胞タイプの活性化、増殖、及び分化を開始及び制御し、したがって、胚発達及び恒常性において重要な役割を果たす可溶性因子(例えば、タンパク質)の大群である。TGFβスーパーファミリーは、いくつかのサブファミリーを含む:アクチビン/インヒビンファミリー、骨形成タンパク質(BMP)、成長分化因子(GDF)、TGFβサブファミリー、及びグリア細胞株由来神経栄養因子(GDNF)ファミリー。TGFβスーパーファミリーには3つの種類がある:TGFβ1、TGFβ2、及びTGFβ3。TGFβスーパーファミリータンパク質は、無脊椎動物及び脊椎動物を含む様々な種で発見されている。TGFβの機能不全は、発達障害、臓器機能の重度の欠陥を引き起こす可能性があり、様々な種類のがんを含むいくつかの疾患に関連している。
TGFβスーパーファミリー活性の阻害及び抑制は、インターロイキンポリペプチドに加えて、2つ以上のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドを含む融合タンパク質の使用によって達成することができる。本明細書に記載の融合タンパク質との関連で、2つ以上のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、2つ以上のTGFβタンパク質を結合することができる多価の一本鎖ポリペプチドを産生する。一般に、TGFβスーパーファミリーのリガンドは、I型及びII型受容体サブユニットからなる受容体複合体に結合する。本明細書に開示されるように、TGFβスーパーファミリー受容体に由来するポリペプチドは、TGFβスーパーファミリーリガンドの阻害又は抑制に有用である。例えば、いくつかの実施形態では、TGFβスーパーファミリー受容体は、アクチビン受容体ポリペプチド又はその断片、骨形成タンパク質(BMP)受容体ポリペプチド又はその断片、グリア細胞由来神経栄養因子(GDNF)受容体ポリペプチド又はその断片、及びTGFβ受容体ポリペプチド又はその断片からなる群から選択される。
タンパク質のTGFβスーパーファミリー内で、タンパク質のTGFβサブファミリーは、TGFβ1、TGFβ2、及びTGFβ3を含む。TGFβタンパク質の生物学的効果のうちの1つは、自己分泌作用機序を使用したほとんどの正常な上皮細胞の増殖の阻害であり、これはTGFβの腫瘍抑制因子の役割を示唆している。外因性TGFβに対する自己分泌TGFβ活性及び/又は応答性の喪失は、悪性進行につながる成長優位性を有するいくつかの上皮細胞を提供するようである。これは、TGFβの腫瘍抑制因子の役割に加えて、腫瘍形成促進(pro-oncogenic)の役割を示唆している。TGFβの中で、β1、β2、β3、TGFβ1は、これまでに記載された中で最も強力な免疫抑制サイトカインであり、がん細胞に対する免疫系応答のいくつかの成分に有害な影響(例えば、免疫抑制)を及ぼし、がんによって最も頻繁に過剰発現される。特に、TGFβタンパク質(例えば、TGFβ1)は、マクロファージ、B細胞、細胞傷害性T細胞、樹状細胞、及びNK細胞のエフェクター機能を減少又は低下させ、ここで、TGFβは、そのメディエータであるSMAD2、SMAD3、及びSMAD4を介してIFNγ産生の負の調節因子として作用する。免疫抑制に加えて、TGFβタンパク質は、上皮から間葉への移行(EMT)及び腫瘍関連血管新生を構成的に誘導することによって、後期がんにおける転移促進性及び血管新生促進性因子として作用することができる。
ほとんどの細胞タイプは、I型(53kDa)、II型(70~85kDa)、及びIII型(250~350kDa)と呼ばれる3つのサイズのTGFβ受容体を発現する。I型受容体は、TGFβを結合するためにII型受容体の存在を明らかに必要とする、膜結合セリン/スレオニンキナーゼである。II型受容体はまた、膜結合セリン/スレオニンキナーゼであり、高い親和性でTGFβ1及びTGFβ3を結合し、はるかに低い親和性でTGFβ2を結合する。I型及びII型受容体は共に、TGFβの抗増殖性シグナルの形質導入に不可欠なヘテロ二量体シグナル伝達複合体を形成する。III型受容体は、大きな細胞外ドメイン及び43個のアミノ酸残基細胞質ドメインを有する膜貫通プロテオグリカンである。III型受容体の細胞質ドメインは、明らかなシグナル伝達モチーフを欠き、受容体は、シグナル伝達に直接関与しない場合がある。特に、受容体の細胞外ドメインからなるTβRIIの可溶性細胞外ドメインは、高い親和性でTGF-β1及びTGF-β3を結合する。
したがって、TGFβ受容体TβRIIポリペプチドは、本明細書に記載される多機能性融合タンパク質のTGFβ結合ポリペプチドに有用である。特に、TGFβ受容体TβRIIポリペプチドは、TGFβ1活性又はそれに関連するシグナル伝達を阻害又は低減するのに有用である。本明細書で使用される場合、「可溶性形質転換成長因子(TGF)β受容体IIB型又はsTβRII型」という用語は、代替的にスプライシングされた形質転換成長因子βII型受容体、好ましくは、任意の種若しくは供給源からのTGFβII型受容体のエクトドメインの可溶性又は非膜形態を指し、全長エクトドメイン及びエクトドメインの断片又は部分を含む。いくつかの実施形態では、sTβRIIBは、ヒト又はマウスである。ヒトTGFβ受容体IIは、配列番号5又は6のアミノ酸配列(それぞれ短アイソフォーム及び長アイソフォーム)を有する。本明細書で使用される場合、「sTβRII断片」という用語は、参照ポリペプチドの全長の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又はそれ以上を意味する。一実施形態では、IL-2は、クローニングを可能にするために、N末端又はC末端で切断される。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号6に対して約85%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号6に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号6に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号6に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号7に対して約85%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号7に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号7に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号7に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。
本明細書に記載されるように、2つ以上のsTBRII受容体ポリペプチドは、天然sTBRII受容体のエクトドメインを利用する。したがって、本明細書で使用するsTBRII受容体ポリペプチドは、配列番号8(例えば、sTBRIIの短アイソフォーム)、配列番号9(例えば、sTBRIIの長アイソフォーム)、又はそれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号8に対して約85%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号8に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号8に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号8に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するTBRII配列を含む。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号9に対して約85%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号9に対して約85%~約90%、約85%~約95%、約85%~約96%、約85%~約97%、約85%~約98%、約85%~約99%、約85%~約100%、約90%~約95%、約90%~約96%、約90%~約97%、約90%~約98%、約90%~約99%、約90%~約100%、約95%~約96%、約95%~約97%、約95%~約98%、約95%~約99%、約95%~約100%、約96%~約97%、約96%~約98%、約96%~約99%、約96%~約100%、約97%~約98%、約97%~約99%、約97%~約100%、約98%~約99%、約98%~約100%、又は約99%~約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号9に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は約100%の配列同一性を有するsTBRII配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号9に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するTBRII配列を含む。
配列番号8又は配列番号9のsTBRIIポリペプチドは、その追加の切断を含むことができる。いくつかの実施形態では、sTBRIIポリペプチドは、切断型sTBRIIポリペプチドである。切断型sTBRIIポリペプチドは、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長sTBRIIポリペプチドと比べて)約2個のアミノ酸~約20個のアミノ酸が切断されたsTBRIIを含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長sTBRIIポリペプチドと比べて)約2アミノ酸~約5アミノ酸、約2アミノ酸~約7アミノ酸、約2アミノ酸~約8アミノ酸、約2アミノ酸~約10アミノ酸、約2アミノ酸~約15アミノ酸、約2アミノ酸~約20アミノ酸、約5アミノ酸~約7アミノ酸、約5アミノ酸~約8アミノ酸、約5アミノ酸~約10アミノ酸、約5アミノ酸~約15アミノ酸、約5アミノ酸~約20アミノ酸、約7アミノ酸~約8アミノ酸、約7アミノ酸~約10アミノ酸、約7アミノ酸~約15アミノ酸、約7アミノ酸~約20アミノ酸、約8アミノ酸~約10アミノ酸、約8アミノ酸~約15アミノ酸、約8アミノ酸~約20アミノ酸、約10アミノ酸~約15アミノ酸、約10アミノ酸~約20アミノ酸、又は約15アミノ酸~約20アミノ酸が切断されたsTBRIIを含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、約2個のアミノ酸、約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、又は約20個のアミノ酸が切断されたsTBRIIを含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、少なくとも約2個のアミノ酸、約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、又は約15個のアミノ酸が切断されたsTBRIIを含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、(例えば、全長sTBRIIポリペプチドに対して)最大でも約5個のアミノ酸、約7個のアミノ酸、約8個のアミノ酸、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、又は約20個のアミノ酸が切断されたsTBRIIを含む。
好適なsTBRII配列又はバリアント配列(例えば、1つ以上のアミノ酸欠失、置換、及び/又は挿入を有するsTBRIIポリペプチド配列)は、本明細書に記載される(例えば、実施例1~3のいずれか1つに記載されるような)TGFβを封鎖又は結合する方法のうちのいずれかによって同定することができる。
多機能性及び多価融合タンパク質組成物
本明細書では、融合ポリペプチドであって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドが提供される。また、本明細書では、IL受容体に結合し、かつそれを作動させる第1のILポリペプチドと、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第2のポリペプチドと、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第3のポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドも提供される。
いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2である。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-15である。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2を含む。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2である。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-15である。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3を含む。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5を含む。ある特定の実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、ILポリペプチドは、切断型ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、IL-2配列は、(例えば、配列番号3におけるように)62位にアラニンを含む。
いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号8、配列番号9、又はそれらの組み合わせを含む可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号8のアミノ酸配列を含み、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号9のアミノ酸配列の切断を含む。ある特定の実施形態では、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドは、配列番号8又は配列番号9に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第2のポリペプチド、及び/又は可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第3のポリペプチドは、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第2のポリペプチド、及び/又は可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第3のポリペプチドは、配列番号8、配列番号9、又はそれらの組み合わせを含む可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドを含む。ある特定の実施形態では、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドは、配列番号8又は配列番号9に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGF-β1ポリペプチド、TGF-β2ポリペプチド、TGF-β3ポリペプチド、アクチビンβAポリペプチド、アクチビンβBポリペプチド、アクチビンβCポリペプチド、アクチビンβEポリペプチド、骨形成タンパク質(BMP)2ポリペプチド、BMP3ポリペプチド、BMP4ポリペプチド、BMP5ポリペプチド、BMP6ポリペプチド、BMP7ポリペプチド、BMP8ポリペプチド、BMP9ポリペプチド、BMP10ポリペプチド、BMP11ポリペプチド、BMP12ポリペプチド、BMP13ポリペプチド、BMP14ポリペプチド、BMP15ポリペプチド、成長分化因子(GDF)1ポリペプチド、GDF3ポリペプチド、GDF8ポリペプチド、GDF9ポリペプチド、GDF15ポリペプチド、ノーダルポリペプチド、インヒビンαポリペプチド、抗ミュラー管ホルモンポリペプチド、Lefty1ポリペプチド、Lefty2ポリペプチド、アルテマンポリペプチド、ペルセフィンポリペプチド、又はニュールツリンポリペプチドを標的とする。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はこれらの任意の組み合わせを結合する。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチドを結合する。
別の実施形態では、第2のポリペプチド及び/又は第3のポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はそれらの任意の組み合わせに結合し、かつそれを封鎖する。ある特定の実施形態では、第2のポリペプチド及び/又は第3のポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチドに結合し、かつそれを封鎖する。
融合ポリペプチドのポリペプチドは、リンカーアミノ酸配列を介して「融合」又は「連結」され得る。リンカーは、いずれかの標的化ポリペプチド(例えば、IL2ポリペプチド又はTBRII受容体ポリペプチド)の結合を阻害しないように、ポリペプチドリンカー又は好適な可撓性の他のリンカーであってもよい。リンカーポリペプチドは、非構造化(例えば、二次構造を欠く)、構造化、又はそれらの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、ILポリペプチド又は可溶性TBRIIポリペプチドの天然アミノ酸配列である。いくつかの実施形態では、リンカーは、ILポリペプチド又はTGF受容体ポリペプチドに対して天然ではない。例えば、非天然リンカーは、ポリグリシン、ポリアラニン、ポリセリンアミノ酸、又はそれらの組み合わせ(例えば、GSSG(配列番号26)、GGSS(配列番号27)、GSAGG(配列番号28)など)を含むことができる。
いくつかの実施形態では、リンカーは、非天然又は合成リンカーである。本明細書で使用される場合、「合成リンカー」という用語は、標的化剤に共有結合され、かつ細胞傷害性部分にも共有結合される原子群を含むか、又は原子群に由来する化学部分を含む。リンカーとしては、二価ラジカル、例えば、アルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、-(CR2)nO(CR2)n-などの部分(式中、R2が、独立して、アルキルオキシ(例えば、ポリエチレノキシ(polyethylenoxy)、PEG、ポリメチレンオキシ)及びアルキルアミノ(例えば、ポリエチレンアミノ、Jeffamine(商標)などのポリエーテルアミン)の繰り返し単位であり、nが、独立して、1を超える、具体的には、nが、1~15であり得る)を含むか、それらに由来する化合物;実施例1に記載されるリンカー、N-スクシンイミジル4-(マレイミドメチル)シクロヘキサンカルボキシレート(SMCC)、及びN-スクシンイミジル4-(2-ピリジルジチオ)ブタノエート(SPDB)を含む化合物;並びにスクシネート、スクシンアミド、ジグリコレート、マロネート、及びカプロアミドを含む二酸エステル及びアミド、並びにペプチド(例えば、1つ以上のlys残基又は標的化剤及び細胞傷害性部分に連結するための他の好適な化学基を有する、G、A及びCの繰り返し単位(例えば、10個まで)などであるが、これらに限定されない)が挙げられる。任意選択的に、リンカーは、非置換であるか又は1つ以上の置換基で置換され、かつ/又は任意選択的に、O、S、NR1から独立して選択される1つ以上のヘテロ部分で中断され、かつ/又は任意選択的に、C(O)及びC(S)(式中、R1が、独立して、H及びC1-6アルキルから選択される)のうちの1つ以上で中断される、C1-30アルキレンである。リンカーは、ペプチド結合又はジスルフィド結合などの切断不可能な(安定なリンカー)又は切断可能な単位(不安定なリンカー)を含むことができる。リンカーは、反応性官能基を介して、標的化剤及び/又は細胞傷害性部分にコンジュゲートすることができる。
切断可能なリンカー及び切断不可能なリンカーの両方を、融合タンパク質(ADC)の合成に使用することができる。切断可能なリンカーとしては、リソソームプロテアーゼに感受性であるか、若しくは酸性pHに感受性であるかのいずれかであるモチーフ(例えば、加水分解されて、ゲムツズマブオゾガマイシン及びイノツズマブオゾガマイシン中でリンカーを切断するヒドラゾン)が挙げられるか、又はそれらは、グルタチオンによって還元され得るジスルフィド架橋を含有することができる。ジスルフィド架橋の立体障害は、細胞内の早期切断を制限するように最適化され得る。一般に、ジスルフィドリンカーは、最初に切断されてチオール化合物を放出する。ヒドラゾンなどの酸切断可能なリンカーは、血液循環中の中性pHで安定したままであるように設計されているが、酸性細胞区画では加水分解を受け、細胞傷害性薬物を放出する。
いくつかの実施形態では、リンカー(例えば、ペプチドリンカー)は、約10個のアミノ酸~約100個のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、約10個のアミノ酸~約15個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約20個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約25個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約30個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約40個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約50個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約10個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約20個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約25個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約30個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約40個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約50個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約15個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、約20個のアミノ酸~約25個のアミノ酸、約20個のアミノ酸~約30個のアミノ酸、約20個のアミノ酸~約40個のアミノ酸、約20個のアミノ酸~約50個のアミノ酸、約20個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約20個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、約25個のアミノ酸~約30個のアミノ酸、約25個のアミノ酸~約40個のアミノ酸、約25個のアミノ酸~約50個のアミノ酸、約25個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約25個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、約30個のアミノ酸~約40個のアミノ酸、約30個のアミノ酸~約50個のアミノ酸、約30個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約30個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、約40個のアミノ酸~約50個のアミノ酸、約40個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約40個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、約50個のアミノ酸~約75個のアミノ酸、約50個のアミノ酸~約100個のアミノ酸、又は約75個のアミノ酸~約100個のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、約20個のアミノ酸、約25個のアミノ酸、約30個のアミノ酸、約40個のアミノ酸、約50個のアミノ酸、約75個のアミノ酸、又は約100個のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、少なくとも約10個のアミノ酸、約15個のアミノ酸、約20個のアミノ酸、約25個のアミノ酸、約30個のアミノ酸、約40個のアミノ酸、約50個のアミノ酸、又は約75個のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、最大でも約15個のアミノ酸、約20個のアミノ酸、約25個のアミノ酸、約30個のアミノ酸、約40個のアミノ酸、約50個のアミノ酸、約75個のアミノ酸、又は約100個のアミノ酸を含む。
一般に、融合ポリペプチドの異なるポリペプチド要素は、N末端からC末端まで、任意の数の異なる組み合わせで配置又は順序付けられ得る。例えば、本明細書に記載されるのは、N末端からC末端まで、ILポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドである。更なる例として、本明細書に記載の融合ポリペプチドはまた、N末端からC末端まで、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、ILポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含むことができる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、薬物動態エクステンダーポリペプチド(例えば、Fcポリペプチド又はHSAポリペプチド)を更に含み、薬物動態エクステンダーを更に含む融合ポリペプチドは、N末端からC末端まで、任意の数の異なる組み合わせで配置又は順序付けられ得る。図3は、ILポリペプチドと、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチド(例えば、配列番号10~25)の例示的な実施形態の非限定的な概略図を示す。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10~20のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号10を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号11を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号12を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号13を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号14を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号15を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号16を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号17を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号18を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号19を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号20を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号21を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号22を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号23を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号24を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25のものに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも80%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも98%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25に対して少なくとも99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合物は、配列番号25を含む。
いくつかの実施形態では、二価FIST融合ポリペプチドは、1つ以上のアミノ酸修飾(例えば、置換、欠失、切断など)を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチド配列は、約5個を超えるアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約25個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチド配列は、約5個を超えるアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約10個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約5個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約15個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約5個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約20個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約5個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約25個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約10個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約15個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約10個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約20個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約10個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約25個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約15個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約20個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約15個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約25個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、又は約20個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)~約25個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチド配列は、約5個を超えるアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約10個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約15個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、約20個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)、又は約25個のアミノ酸修飾変異(例えば、置換、欠失、切断など)を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、IL-2受容体に対する親和性を増加させる。特定の実施形態では、IL-2受容体は、IL-2Rα(CD25と称される)を含む。ある特定の実施形態では、IL-2受容体は、IL-2Rβを含む。ある特定の実施形態では、IL-2受容体は、IL-2Rγを含む。ある特定の実施形態では、修飾は、IL-2Rβに対する親和性を増加させ、IL-2Rαに対する親和性を減少させる。IL-2受容体に対するIL-2親和性に影響を及ぼすこのような変異としては、当該分野で既知のものが挙げられる。好適な二価FIST配列又はバリアント配列(例えば、1つ以上のアミノ酸欠失、置換、及び/若しくは挿入を有する融合ポリペプチド配列)は、本明細書に記載の(例えば、実施例1~5のいずれか1つに記載されるような)免疫細胞を活性化させる(例えば、IFN-ガンマ分泌の増加、増殖の増加など)方法及びTGFβを封鎖若しくは結合する(例えば、TGFβ結合など)方法のうちのいずれかによって同定することができる。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25のアミノ酸配列からなる。
本明細書に開示される融合ポリペプチドは、薬物動態調節ポリペプチド(例えば、治療剤の薬物動態プロファイルを改善するポリペプチド)を更に含むことができる。例えば、融合タンパク質は、ILポリペプチドのN末端に融合した免疫グロブリンFcポリペプチド又はヒト血清アルブミン(HAS)ポリペプチドを更に含むことができる。いくつかの実施形態では、免疫グロブリンFc領域ポリペプチドは、ヒト免疫グロブリンFc領域ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、免疫グロブリンFc領域は、IgG Fc領域である。いくつかの実施形態では、IgG Fc領域は、IgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4 Fc領域である。いくつかの実施形態では、PK調節物質は、アルブミンポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、アルブミンポリペプチドは、ヒトアルブミンポリペプチドである。
ある特定の実施形態では、本開示の融合ポリペプチドは、1つ以上の薬学的に許容される賦形剤、担体、及び希釈剤を含む薬学的組成物に含まれる。ある特定の実施形態では、本開示の融合タンパク質は、滅菌溶液中に懸濁して投与される。ある特定の実施形態では、溶液は、約0.9%のNaClを含む。ある特定の実施形態では、溶液は、約5.0%のデキストロースを含む。ある特定の実施形態では、溶液は、緩衝液、例えば、アセテート、シトレート、ヒスチジン、スクシネート、ホスフェート、バイカーボネート、及びヒドロキシメチルアミノメタン(Tris);界面活性剤、例えば、ポリソルベート80、ポリソルベート20、及びポロキサマー188;ポリオール/二糖/多糖類、例えば、グルコース、デキストロース、マンノース、マンニトール、ソルビトール、スクロース、トレハロース、及びデキストラン40;アミノ酸、例えば、グリシン又はアルギニン;抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸、メチオン、又はキレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸又はエチレングリコール-ビス(β-アミノエチルエーテル)-N,N,N’,N’-四酢酸のうちの1つ以上を更に含む。
ある特定の実施形態では、本開示の融合タンパク質は、出荷/貯蔵され、凍結乾燥され、再構成されてから投与される。ある特定の実施形態では、凍結乾燥された融合ポリペプチド製剤は、マンニトール、ソルビトール、スクロース、トレハロース、デキストラン40、又はそれらの組み合わせなどの増量剤を含む。凍結乾燥製剤は、ガラス又は他の好適な非反応性材料から構成されるバイアルに含有され得る。再構成されたか否かにかかわらず、製剤化されると、融合タンパク質は、特定のpH、一般に7.0未満で緩衝され得る。ある特定の実施形態では、pHは、4.5~6.5、4.5~6.0、4.5~5.5、4.5~5.0、又は5.0~6.0であり得る。
ある特定の実施形態では、1つ以上の薬学的に許容される賦形剤、担体、又は希釈剤と、本開示の融合ポリペプチドとを混合することを含む、がん治療剤(cancer treatment)を調製する方法を本明細書に記載する。ある特定の実施形態では、本開示の1つ以上の融合ポリペプチドを凍結乾燥することを含む、貯蔵又は出荷のためのがん治療剤を調製する方法を本明細書に記載する。
本明細書に記載の融合ポリペプチド(例えば、配列番号10~25)は、核酸によってコードされ得る。核酸は、2つ以上のヌクレオチド塩基を含む種類のポリヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、核酸は、ポリヌクレオチドをコードするポリペプチドを細胞に移入するために使用することができるベクターの成分である。本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。ベクターの1つの種類は、ゲノム組み込み型ベクター(integrated vector)、又は「組み込み型ベクター」であり、これは、宿主細胞の染色体DNAに組み込まれ得る。ベクターの別の種類は、「エピソーム」ベクター、例えば、染色体外複製が可能な核酸である。それらが作動可能に連結されている遺伝子の発現を誘導することができるベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。好適なベクターは、プラスミド、細菌人工染色体、酵母人工染色体、ウイルスベクターなどを含む。プロモーター、エンハンサー、転写の制御に使用するためのポリアデニル化シグナルなどの発現ベクター調節要素は、哺乳動物、微生物、ウイルス又は昆虫遺伝子に由来し得る。通常、複製起点によって付与される、宿主において複製する能力、及び形質転換体の認識を容易にする選択遺伝子は、追加的に組み込まれ得る。レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルスなどのウイルスに由来するベクターを用いてもよい。プラスミドベクターは、染色体位置への組み込みのために線形化され得る。ベクターは、ゲノム内の定義された位置又は制限されたセットの部位への部位特異的組み込み(例えば、AttP-AttB組換え)を指示する配列を含むことができる。更に、ベクターは、転位因子(transposable element)に由来する配列を含むことができる。
使用方法
本明細書に開示される融合ポリペプチドは、がん療法のための有効な血管新生抑制及び抗がん化合物として有用である。例えば、開示された融合ポリペプチドは、その単一の成分又は組み合わせによって達成されないIL-2受容体の下流の独自の遺伝子発現プロファイルを誘導する有効な免疫療法であり、これは新しい薬理学的特性をもたらす。これらの新規の多機能性タンパク質は、がん細胞を効果的に排除するために相乗的に作用するいくつかの免疫系メカニズム及びシグナル伝達経路を同時に活性化させることができる。細胞レベルでは、免疫療法プラットフォームは、部分的に、GM-CSF誘導が悪性細胞に対する特異的免疫反応のカスケードを誘発することに起因して、リンパ系細胞(例えば、T、B、NK、及びNK-T細胞)及び間接的にプライム抗原提示細胞(例えば、樹状細胞及びマクロファージ)の全体(panoply)を活性化させる。分子レベルでは、それは先天性及び適応性免疫応答を増強するために不可欠な重要な転写因子及びシグナル伝達分子を活性化させる。本明細書に記載される融合ポリペプチドは、がんに対して免疫系の様々なアームを標的とし、同期させる。
したがって、本明細書に開示されるのは、がんを有する個体における腫瘍の成長、血管新生、及び/又は進行を阻害又は低減する方法であって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを個体に投与し、それにより、個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減することを含む、方法である。更に、提供されるのは、がんを有する個体における腫瘍の成長、血管新生、及び/又は進行を阻害又は低減する方法で使用するための融合ポリペプチドであって、当該方法が、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを個体に投与し、それにより、個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減することを含む、融合ポリペプチドである。
また、本明細書に開示されるのは、がんを有する個体における腫瘍の成長、血管新生、及び/又は進行を阻害又は低減する方法であって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを個体に投与することを含み、融合ポリペプチドが、免疫細胞を活性化させる、方法である。更に、提供されるのは、がんを有する個体における腫瘍の成長、血管新生、及び/又は進行を阻害又は低減する方法で使用するための融合ポリペプチドであって、当該方法が、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを個体に投与することを含み、融合ポリペプチドが、免疫細胞を活性化させる、融合ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、NK細胞、B細胞、又はそれらの組み合わせからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、活性化は、細胞増殖の増加、サイトカインシグナル伝達(例えば、IFNγ)の増加、及び/又はTGFβ1媒介性抑制の低減を含む。
更に、開示されるのは、がんを有する個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷する方法であって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを個体に投与し、それによって、個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷することを含む、方法である。更に、提供されるのは、がんを有する個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷する方法で使用するための融合ポリペプチドであって、当該方法が、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを個体に投与し、それによって、個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷することを含む、融合ポリペプチドである。
また、開示されるのは、がんを有する個体におけるがんを治療又は改善する方法であって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを対象に投与し、それによって、個体におけるがんを治療又は改善することを含む、方法である。更に、提供されるのは、がんを有する個体におけるがんを治療又は改善する使用方法のための融合ポリペプチドであって、当該方法が、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを対象に投与し、それによって、個体におけるがんを治療又は改善することを含む、融合ポリペプチドである。
また、提供されるのは、IL受容体を発現する細胞を活性化させる方法であって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを細胞と接触させることを含む、方法である。いくつかの実施形態では、細胞は、免疫細胞である。免疫細胞は、インビボ又はエクスビボで接触させ、その後活性化させることができる。インビボで、免疫細胞は、腫瘍微小環境内に存在し得る。更に、提供されるのは、IL受容体を発現する細胞を活性化させる方法で使用するための融合ポリペプチドであって、当該方法が、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチドを細胞と接触させることを含む、融合ポリペプチドである。
本明細書に開示される融合ポリペプチドを使用した免疫細胞のエクスビボ活性化を利用する方法もまた実施される。例えば、開示されるのは、免疫細胞をエクスビボで活性化させる方法であって、(a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、(b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、(c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、組成物を免疫細胞と接触させることを含む、方法である。このような方法は、活性化させた免疫細胞をがん又は腫瘍を有する個体に投与することによって、がん又は腫瘍の治療に適用することができる。例えば、本明細書に記載の融合ポリペプチドは、免疫細胞のエクスビボ活性化のための方法において有用である。免疫細胞のエクスビボ処置は、キメラ抗原受容体細胞療法の創成のための免疫細胞(例えば、CAR-T又はCAR-NK細胞及びB細胞)の生成及び増殖にも有用である。例えば、免疫細胞を含む白血球パック(例えば、白血球アフェレーシス製品)を、本明細書に開示される融合ポリペプチドと接触させて、キメラ抗原受容体細胞療法で使用されるT細胞又はNK細胞を増殖させることができる。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、IL-2又はIL-15受容体を発現する。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する。いくつかの実施形態では、がんは、血液がんである。
いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2である。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-15である。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2を含む。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号2に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-2である。いくつかの実施形態では、ILポリペプチドは、IL-15である。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3を含む。ある特定の実施形態では、IL-2ポリペプチドは、配列番号3に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5を含む。ある特定の実施形態では、IL-15ポリペプチドは、配列番号5に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、ILポリペプチドは、切断型ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号8、配列番号9、又はそれらの組み合わせを含む可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号8のアミノ酸配列を含み、第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、配列番号9のアミノ酸配列の切断を含む。ある特定の実施形態では、可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドは、配列番号8又は配列番号9に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGF-β1ポリペプチド、TGF-β2ポリペプチド、TGF-β3ポリペプチド、アクチビンβAポリペプチド、アクチビンβBポリペプチド、アクチビンβCポリペプチド、アクチビンβEポリペプチド、骨形成タンパク質(BMP)2ポリペプチド、BMP3ポリペプチド、BMP4ポリペプチド、BMP5ポリペプチド、BMP6ポリペプチド、BMP7ポリペプチド、BMP8ポリペプチド、BMP9ポリペプチド、BMP10ポリペプチド、BMP11ポリペプチド、BMP12ポリペプチド、BMP13ポリペプチド、BMP14ポリペプチド、BMP15ポリペプチド、成長分化因子(GDF)1ポリペプチド、GDF3ポリペプチド、GDF8ポリペプチド、GDF9ポリペプチド、GDF15ポリペプチド、ノーダルポリペプチド、インヒビンαポリペプチド、抗ミュラー管ホルモンポリペプチド、Lefty1ポリペプチド、Lefty2ポリペプチド、アルテマンポリペプチド、ペルセフィンポリペプチド、又はニュールツリンポリペプチドを標的とする。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はこれらの任意の組み合わせを結合する。いくつかの実施形態では、第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドは、TGFβ1ポリペプチドを結合する。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号11のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号12のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号13のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号14のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号15のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号16のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号17のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号19のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号21のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号22のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号23のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号24のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号25のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、配列番号10~20のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
「がん」という用語は、原発性悪性腫瘍(例えば、その細胞が元の腫瘍の部位以外の対象の体内の部位に移行していないもの)及び二次性悪性腫瘍(例えば、転移、元の腫瘍の部位とは異なる二次部位への腫瘍細胞の移行から生じるもの)を含む。
「腫瘍」は、悪性であるか良性であるかにかかわらず、腫瘍性細胞の成長及び増殖、並びに全ての前がん性及びがん性細胞及び組織を指す。
本明細書に開示される方法は、固形腫瘍を含むがんの治療又は固形腫瘍の治療に有用である。「固形腫瘍」という用語は、例えば、乳がん、卵巣がん、結腸がん、及び概してGI(胃腸)管、子宮頸がん、肺がん、特に小細胞肺がん及び非小細胞肺がん、頭頸部がん、膀胱がん、前立腺がん、又はカポジ肉腫を指す。融合ポリペプチドは、固形腫瘍の成長を中和及び/又は阻害する。更に、腫瘍の種類及び使用される特定の組み合わせに応じて、腫瘍体積の減少を得ることができる。本明細書に開示される組み合わせはまた、腫瘍の転移性拡散及び微小転移の成長又は発達を防止するのに適している。本明細書に開示される組み合わせは、特に、予後不良の患者、特に転移性黒色腫又は膵臓がんを有するそのような予後不良の患者の治療に適している。
更に、本明細書に開示される方法は、血液がんの治療に有用である。「血液がん」という用語は、血液のがんを指し、とりわけ、白血病及び悪性リンパ増殖性障害を含む。「白血病」は、あまりにも多くの白血球又は赤血球が作られるため、血小板及び正常な赤血球などの、血液を構成する他の部分が圧迫される血液のがんを指す。白血病の症例は、急性又は慢性に分類されることが理解される。急性白血病におけるがん細胞は、未成熟期に遮断されるが、増殖を続ける。慢性白血病は、よりゆっくりと進行し、がん細胞は、完全に成熟するまで発達する。更に、白血球は、骨髄性又はリンパ性であり得る。したがって、ある特定の形態の白血病は、例として、急性リンパ性(又はリンパ芽球性)白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ性白血病(CLL)、又は慢性骨髄性白血病(CML)、及び骨髄異形成症候群であり得る。「悪性血液障害」は、とりわけ、ホジキンリンパ腫、及び非ホジキンリンパ腫、又は多発性骨髄腫などのリンパ腫を指し得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に開示されるのは、がん又は腫瘍の治療に有用な融合タンパク質である。治療は、治療中の状態を改善(improve)又は改善(ameliorate)しようとする方法を指す。がんに関して、治療には、腫瘍体積の減少、腫瘍体積の増加の減少、無増悪生存期間又は全体的な平均余命の増加が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、治療は、治療中のがんの寛解に影響を及ぼし得る。ある特定の実施形態では、治療は、以前に治療されたがん又は腫瘍の再発又は進行を防止することを意図した予防用量又は維持用量としての使用を包含する。当業者であれば、全ての個体が施される治療に等しく又はまったく応答するわけではないことが理解され、それにもかかわらず、これらの個体は治療されていると見なされる。
本明細書で提供する融合ポリペプチドは、免疫応答(例えば、抗腫瘍免疫応答)の活性化に有用である。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、IL-2又はIL-15受容体を発現する。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む。いくつかの実施形態では、融合ポリペプチドは、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する。したがって、いくつかの実施形態では、治療すること又は治療は、腫瘍細胞を標的とする免疫エフェクター細胞を活性化させること、及び/又は免疫抑制細胞(例えば、Treg細胞、腫瘍関連マクロファージ(TAM)、骨髄由来抑制細胞(MDSC)、腫瘍関連好中球(TAN)、及びがん関連線維芽細胞(CAF))の活性化を低減することを含む。
「T細胞」という用語は、PBMC中に存在し、「CD3」(T細胞受容体)の表面マーカーを発現するリンパ球細胞のサブセットを指す。別途示されない限り、T細胞は、CD4+(例えば、Tヘルパー細胞)及びCD8+(例えば、細胞傷害性キラー細胞)を含むことが意図される。
本明細書に提供される方法は、T調節細胞などの免疫抑制免疫細胞の抑制又は低減にも有用である。「Treg」又は「調節性T細胞」という用語は、CD4+CD25-及びCD8+T細胞の増殖及び/又はエフェクター機能を抑制する、及び/又はそうでなければ免疫応答を下方調節するCD4+CD25+FOxP3+T細胞を指す。特に、Tregは、CD8T細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーT細胞、及び他の免疫細胞によって媒介される免疫応答を下方制御し得る。いくつかの実施形態では、免疫抑制細胞の分化又は活性化の遮断又は防止を更に包含する。
特定の実施形態では、がん又は腫瘍は、固形がん又は腫瘍である。特定の実施形態では、がん又は腫瘍は、血液がん又は腫瘍である。ある特定の実施形態では、がん又は腫瘍は、乳房、心臓、肺、小腸、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭部、頸部、卵巣、前立腺、脳、膵臓、皮膚、骨、骨髄、血液、胸腺、子宮、精巣、及び肝臓腫瘍を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の融合タンパク質で治療することができる腫瘍は、腺腫、腺がん、血管肉腫、星細胞腫、上皮がん、胚細胞腫、膠芽腫、神経膠腫、血管内皮腫、血管肉腫、血腫、肝芽腫、白血病、リンパ腫、髄芽腫、黒色腫、神経芽腫、骨肉腫、網膜芽腫、横紋筋肉腫、肉腫及び/又は奇形腫を含む。ある特定の実施形態では、腫瘍/がんは、末端性黒子性黒色腫、日光角化症、腺がん、腺様嚢胞がん、腺腫、腺肉腫、腺扁平上皮がん、星細胞系腫瘍、バルトリン腺がん、基底細胞がん、気管支腺がん、毛細血管がん、がん腫、がん肉腫、胆管がん、軟骨肉腫、嚢胞腺腫、内胚葉洞腫瘍、子宮内膜異型増殖症、子宮内膜間質肉腫、類子宮内膜腺がん、上衣肉腫(ependymal sarcoma)、スイングの肉腫(Swing’s sarcoma)、限局性結節性過形成、ガストロノーマ、生殖細胞腫瘍(germ line tumor)、膠芽腫、グルカゴノーマ、血管芽腫、血管内皮腫、血管腫、肝細胞腺腫、肝腺種症(hepatic adenomatosis)、肝細胞がん、インスリン炎(insulinite)、上皮内腫瘍、上皮内扁平上皮内腫瘍(intraepithelial squamous cell neoplasia)、浸潤性扁平上皮がん、大細胞がん、脂肪肉腫、肺がん、リンパ芽球性白血病、リンパ性白血病、平滑筋肉腫、黒色腫、悪性黒色腫、悪性中皮腫、神経鞘腫瘍、髄芽腫、髄上皮腫、中皮腫、粘表皮がん、骨髄性白血病、神経芽細胞腫、神経上皮腺がん、結節性黒色腫、骨肉腫、卵巣がん、乳頭漿液性腺がん、下垂体腫瘍、形質細胞腫、偽肉腫、前立腺がん、肺芽腫、腎細胞がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、肉腫、漿液性がん、扁平上皮がん(squamous cell carcinoma)、小細胞がん、軟部組織がん、ソマトスタチン分泌腫瘍、扁平上皮がん(squamous carcinoma)、扁平上皮がん(squamous cell carcinoma)、未分化がん、ブドウ膜黒色腫、疣贅性がん、膣/外陰がん、VIPpoma、及びウィルムス腫瘍からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の1つ以上の融合タンパク質で治療される腫瘍/がんは、脳がん、頭頸部がん、結腸直腸がん、急性骨髄性白血病、前B細胞急性リンパ芽球性白血病、膀胱がん、星細胞腫、好ましくはグレードII、III若しくはIV星細胞腫、膠芽腫、多形性膠芽腫、小細胞がん及び非小細胞がん、好ましくは非小細胞肺がん、肺腺がん、転移性黒色腫、アンドロゲン非依存性転移性前立腺がん、アンドロゲン依存性転移性前立腺がん、前立腺がん、並びに乳がん(breast cancer)、好ましくは乳管がん、及び/若しくは乳がん(breast carcinoma)を含む。特定の実施形態では、本開示の融合タンパク質で治療されたがんは、膠芽腫を含む。特定の実施形態では、本開示の1つ以上の融合タンパク質で治療されたがんは、膵臓がんを含む。特定の実施形態では、本開示の1つ以上の融合タンパク質で治療されたがんは、卵巣がんを含む。特定の実施形態では、本開示の1つ以上の融合タンパク質で治療されたがんは、肺がんを含む。特定の実施形態では、本開示の1つ以上の融合タンパク質で治療されたがんは、前立腺がんを含む。特定の実施形態では、本開示の1つ以上の融合タンパク質で治療されたがんは、結腸がんを含む。ある特定の実施形態では、治療されるがんは、膠芽腫、膵臓がん、卵巣がん、結腸がん、前立腺がん、又は肺がんを含む。ある特定の実施形態では、がんは、他の治療に対して不応性である。ある特定の実施形態では、治療されたがんは、再発する。ある特定の実施形態では、がんは、再発性/難治性膠芽腫、膵臓がん、卵巣がん、結腸がん、前立腺がん、又は肺がんである。
「腫瘍微小環境」という用語は、腫瘍細胞の成長及び転移をサポートするために、固形腫瘍の中及び周囲の微小環境(例えば、悪性細胞又は悪性細胞のクラスターが位置する領域/領域)を指す。腫瘍微小環境としては、周囲の血管、免疫細胞、線維芽細胞、他の細胞、可溶性因子、シグナル伝達分子、細胞外マトリックス、及び腫瘍性形質転換を促進し、腫瘍の成長及び浸潤をサポートし、宿主免疫から腫瘍を保護し、治療抵抗性を促進し、休眠転移(dormant metastases)が成功するためのニッチを提供することができる機械的手がかりを含む。腫瘍とその周囲の微小環境は密接に関連しており、絶えず相互作用している。腫瘍は、細胞外シグナルを放出し、腫瘍血管新生を促進し、末梢性免疫寛容を誘導することによってその微小環境に影響を与えることができるが、微小環境中の免疫細胞は、がん細胞の成長及び進化に影響を与えることができる。
ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、腫瘍内、又は脳内などの融合タンパク質含有薬学的組成物の投与に好適な任意の経路によって、それを必要とする対象に投与され得る。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、静脈内に投与される。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、皮下に投与される。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、腫瘍内投与される。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、好適な投与スケジュール、例えば、毎週、毎週2回、毎月、毎月2回、2週間に1回、3週間に1回、又は月に1回などで投与される。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、3週間に1回投与される。融合タンパク質は、任意の治療有効量で投与され得る。ある特定の実施形態では、治療上許容される量は、約0.1mg/kg~約50mg/kgである。ある特定の実施形態では、治療上許容される量は、約1mg/kg~約40mg/kgである。ある特定の実施形態では、治療上許容される量は、約5mg/kg~約30mg/kgである。治療有効量には、治療される疾患又は苦痛に関連する1つ以上の症状を改善するのに十分な量が含まれる。
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記、並びに他の技術及び科学用語(term)又は用語(terminology)は、特許請求された主題が関係する技術分野の当業者に一般に理解される意味と同じ意味を有することが意図される。一部の場合では、一般に理解される意味を有する用語は、明確にするために、及び/又は容易に参照できるように本明細書に定義され、本明細書にそのような定義を含めることは、必ずしも、当該技術分野において一般に理解されるものとは実質的な違いを表すと解釈されるべきではない。
本明細書で使用される場合、「治療」又は「治療すること」という用語は、レシピエントにおいて有益な又は所望の結果を得るための薬学的又は他の介入レジメンに関連して使用される。有益な又は所望の結果としては、治療上の利益及び/又は予防的利益が挙げられるが、これらに限定されない。治療上の利益は、症状の根絶又は改善、又は治療中の基礎障害の根絶又は改善を指し得る。また、治療上の利益は、対象が依然として基礎障害に罹患している可能性があるにもかかわらず、対象において改善が観察されるように、基礎障害に関連する生理学的症状のうちの1つ以上の根絶又は改善とともに達成され得る。予防効果としては、疾患若しくは状態の出現を遅らせるか、予防するか、又は排除すること、疾患若しくは状態の症状の発症を遅らせるか、又は排除すること、疾患若しくは状態の進行を遅らせるか、停止させるか、又は逆転させること、あるいはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。予防的利益については、特定の疾患を発症するリスクのある対象、又は疾患の生理学的症状のうちの1つ以上を報告する対象は、この疾患の診断がなされていないにもかかわらず、治療を受けてもよい。
本出願の化合物の「治療有効量」という用語は、対象の生物学的又は医学的応答、例えば、腫瘍細胞増殖の低減若しくは阻害、又は症状の改善、状態の緩和、疾患進行の遅延(slow)若しくは遅延(delay)、又は疾患の予防などを誘発する本出願の化合物の量を指す。1つの非限定的な実施形態では、「治療有効量」という用語は、対象に投与されたときに、状態、又は障害若しくは疾患を少なくとも部分的に緩和、阻害、予防及び/若しくは改善する、又は標的となった酵素若しくは受容体の活性を少なくとも部分的に阻害するのに有効である、本出願の化合物の量を指す。
「標的細胞」という用語は、本開示によって収集、単離、又は分離される所望の細胞である細胞の細胞タイプ、細胞集団、又は組成を指す。標的細胞は、本明細書に記載される種々の手順が、精製、収集、操作などを必要とするか、又はそれを行うように設計される細胞を表す。特定のセルが何であるかは、用語が使用される文脈に依存する。例えば、手順の目的が特定の種類の幹細胞を単離することである場合、その細胞が、手順の標的細胞となる。「標的細胞」及び「所望の細胞」という用語は、互換可能であり、本開示に関して同じ意味を有する。標的細胞は、属-種関係で存在することができる。例えば、標的細胞が白血球を含む場合、標的細胞は、T細胞を含むであろう。
本明細書に開示される方法は、特に有用であるか、又は免疫細胞の活性化を含む。「免疫細胞」という用語は、一般に、免疫系の細胞を指す。免疫細胞は、骨髄細胞又はリンパ球細胞系統に由来する。一般に、本明細書に開示される方法は、免疫エフェクター細胞の活性化を対象とするが、これらに限定されない。
「免疫エフェクター細胞」という用語は、免疫応答、例えば、免疫エフェクター応答の促進に関与する細胞を指す。免疫エフェクター細胞の例としては、T細胞、例えば、アルファ/ベータT細胞及びガンマ/デルタT細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、肥満細胞、及び骨髄由来の貪食細胞が挙げられる。ある特定の実施形態では、T細胞、NK細胞、B細胞、NKT細胞、及びガンマ/デルタT細胞、又はそれらの組み合わせは、融合ポリペプチドによって活性化させる。
「免疫エフェクター機能」又は「免疫エフェクター応答」という用語は、その用語が本明細書で使用される場合、標的細胞への免疫攻撃を増強又は促進する、例えば免疫エフェクター細胞の機能又は応答を指す。例えば、免疫エフェクター機能又は応答は、標的細胞の殺傷、又は標的細胞の成長若しくは増殖の阻害を促進するT細胞又はNK細胞の特性を指す。免疫エフェクター機能は、直接的な細胞傷害性、サイトカイン放出、ケモカイン放出、食作用、又は免疫応答をプライミング又は永続化する他の免疫機能を含む。
「エフェクター機能」という用語は、細胞の特殊化された機能を指す。T細胞のエフェクター機能は、例えば、サイトカインの分泌を含む細胞溶解活性又はヘルパー活性であり得る。
「骨髄細胞」という用語は、骨髄系統の末端分化細胞を指す。これらの細胞には、好中球、好酸球及び単球/マクロファージ、骨髄性樹状細胞が含まれる。本開示の任意の態様の一実施形態では、骨髄細胞は、好中球、好酸球、又は単球/マクロファージ/樹状細胞である。
「マクロファージ」及び/又は「マクロファージ様細胞」という用語は、一般に、マクロファージ、単球、及びマクロファージ/単球系統の細胞、並びにウイルス、細菌細胞、他の外来細胞、がん細胞、及び他の望ましくない増殖細胞を含むが、これらに限定されない特定の標的にこれらの細胞を感作するために、T細胞及びB細胞などの免疫細胞の他のクラスへの貪食又は抗原提示などの、マクロファージに一般的に関連する機能を実行する任意の他の類似の細胞を指す。
本明細書で使用される場合、「リンパ球」という用語は、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、又はB細胞を含む。NK細胞は、固有の免疫系の主要な成分を表す細胞傷害性(細胞傷害性(cell toxic))リンパ球の一種である。NK細胞は、ウイルスに感染した腫瘍及び細胞を殺傷する。
「ナチュラルキラー(NK)細胞」という用語は、特定の抗原刺激の不在下で、かつMHCクラスに従って制限なしに標的細胞を殺傷する免疫系の細胞を指す。標的細胞は、腫瘍細胞又はウイルスを保有する細胞であってもよい。NK細胞は、CD56の存在及びCD3表面マーカーの不在によって特徴付けられる。
「T細胞」という用語は、「CD3」(T細胞受容体)の表面マーカーを発現するリンパ球細胞のサブセットを指す。別途示されない限り、T細胞は、CD4(例えば、Tヘルパー細胞)及びCD8(例えば、細胞傷害性キラー細胞)を含むことが意図される。
「内因性細胞」という用語は、細胞株からの細胞から区別される、ドナー(又は患者)由来の細胞を指すために使用される。内因性細胞は、一般に、特定の細胞タイプを単離又は濃縮することができる細胞の不均一な集団である。内因性細胞は、患者の自己又は同種の治療を意図してもよい。
本出願全体を通して、様々な実施形態は、範囲形式で提示されてもよい。範囲形式の説明は、単に便宜上及び簡潔さのためであり、本開示の範囲に対する柔軟性のない制限として解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、その範囲内の全ての可能なサブ範囲並びに個々の数値を具体的に開示したと見なされるべきである。例えば、1~6などの範囲の説明は、1~3、1~4、1~5、2~4、2~6、3~6などのサブ範囲、及びその範囲内の個々の数、例えば、1、2、3、4、5、及び6などのサブ範囲を具体的に開示したものと見なされるべきである。これは、範囲の広さに関係なく適用される。
本明細書及び特許請求の範囲で使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈が明示的に別様に示さない限り、複数参照を含む。例えば、「試料(a sample)」という用語は、複数の試料(その混合物を含む)を含む。
「決定すること」、「測定すること」、「評価すること(evaluating)」、「評価すること(assessing)」、「アッセイすること」、及び「分析すること」という用語は、測定の形態を指すために、本明細書で互換的に使用されることが多い。これらの用語は、要素が存在するかどうかを判定すること(例えば、検出)を含む。これらの用語には、定量的、定性的又は定量的及び定性的な決定を含めることができる。評価することは、相対的又は絶対的であり得る。「の存在を検出すること」は、文脈に応じて存在するか否かを判定することに加えて、存在するものの量を決定することを含むことができる。
「対象」、「個体」、又は「患者」という用語は、本明細書において互換的に使用されることが多い。「対象」は、発現した遺伝物質を含有する生物学的実体であり得る。生物学的実体は、例えば、細菌、ウイルス、真菌、及び原生動物を含む、植物、動物、又は微生物であり得る。対象は、インビボで得られた、又はインビトロで培養された生物学的実体の組織、細胞及びそれらの子孫であり得る。対象は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、ヒトであり得る。いくつかの実施形態では、対象は、がんのリスクが高いと診断され得るか、又はその疑いがあり得る。いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍を有するリスクが高いと診断され得るか、又はその疑いがあり得る。いくつかの実施形態では、対象は、必ずしもがんのリスクが高いと診断されるか、又はその疑いがあるわけではない。
「インビボ」という用語は、対象の体内で起こる事象を表すために使用される。
「エクスビボ」という用語は、対象の体外で起こる事象を表すために使用される。エクスビボアッセイは、対象に対して実行されない。むしろ、それは、対象から分離した試料上で実行される。試料に対して実行されるエクスビボアッセイの例は、「インビトロ」アッセイである。
「インビトロ」という用語は、材料が得られる生物源から分離されるように、実験室試薬を保持するための容器内に含まれる場所を占める事象を説明するために使用される。インビトロアッセイは、生細胞又は死細胞が用いられる細胞ベースのアッセイを包含することができる。インビトロアッセイはまた、無傷の細胞が使用されない無細胞アッセイを包含することができる。
本明細書で使用される場合、「約」数という用語は、その数のプラス又はマイナス10%を指す。「約」範囲という用語は、その最小値のマイナス10%の範囲と、その最大値のプラス10%の範囲を指す。
本明細書で使用されるセクション見出しは、単に組織的な目的のためのものであり、記載される主題を限定するものとして解釈されるべきではない。
加えて、以下の実施例は、単に例示的な目的のために含まれ、本開示の範囲を限定することを意図しない。
実施例1-免疫細胞の改善されたIL-2活性化
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、第1のsTBRII受容体ポリペプチドと、第2のsTBRII受容体ポリペプチド(bFIST)と、を含む融合ポリペプチドが、IL-2ポリペプチド及び単一のsTBRII受容体ポリペプチド(一価FIST)を含む融合タンパク質と比較して、ヒトNK細胞においてより高いレベルのIFN-ガンマ及びCXCL10を活性化させることを実証する。
ヒトT細胞及びNK細胞を陰性選択によってPBMCから単離し、FIST(IL2-sTBRII、一価)又は二価のsTBRIIトラップを有するFISTバリアント(IL2-sTBRII-sTBRII)で48時間刺激した。インキュベーションの48時間後、条件培地を収集して、ELISAにより、T細胞からのIFN-ガンマ及びNK細胞からのCXCL10のレベルを定量した。図1のデータに示されるように、bFISTは、FIST(一価FIST)よりも有意に高いIL-2受容体活性化を示す。
実施例2-改善されたTGFβ1結合
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、第1のsTBRII受容体ポリペプチドと、第2のsTBRII受容体ポリペプチド(bFIST)と、を含む融合ポリペプチドが、IL-2ポリペプチド及び単一のsTBRII受容体ポリペプチド(一価FIST)を含む融合タンパク質と比較して、より効果的に活性TGFβ1を結合することを実証する。
0.1%ヒト又はウシ血清アルブミン(BSA)を含有する4mMのHClで予め活性化されたヒト活性TGFβ1(2ng/mL)を、sTBRIIアイソフォーム2(長)、FIST(一価FIST)又はbFIST(5~20nmoL)と30分間室温でインキュベートし、溶液中の遊離活性TGFβをELISA(ヒトTGFβ1イムノアッセイのELISA)によって定量した。
bFISTは、図2に示すように、sTBRIIよりも有意に低い濃度で、溶液中の活性TGFβ1を効果的に遮断する。これらの結果は、融合タンパク質の一部としてのIL-2もまた、sTBRII部分及び活性TGFβへのその結合特性を修飾することを示す。更に、二価sTBRIIトラップバリアントは、より有効なTGFβ遮断活性を有する。
実施例3-溶液中のTGFβアイソフォームの遮断
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、第1のsTBRII受容体ポリペプチドと、第2のsTBRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、TGFβアイソフォームをより効果的に結合することを実証する。
等モル濃度のbFISTv3及びFIST(一価FIST)を、CTLL-2増殖(IL-2依存性Tリンパ球細胞株)のTGFβ1媒介性抑制を阻害するそれらの能力について比較した。bFISTv3、FIST(一価FIST)、又は対照(TbRIIアイソフォーム2)による溶液中のTGFβアイソフォームの遮断活性は、bFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照を1ng/mLの活性TGFβアイソフォームとインキュベートすることによって決定した。等モル濃度(5~5×10-6nmoLの範囲)のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(TβRIIアイソフォーム2)を、溶液中の活性TGFβアイソフォームを遮断する能力について比較した。bFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照を、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)中で希釈された1ng/mLの活性TGFβアイソフォームと30分間インキュベートし、遊離TGFβ(非遮断)を、各TGFβアイソフォームに特異的なELISAによって定量した。
bFISTv3は、FIST及び対照TβRIIアイソフォーム2(図4A~図4C)と比較して、TGFb1(9ピコモル)及びTGFβ3(70ピコモル)に対するピコモル力価との親和性が有意に増加したことを示した。図4Aは、TGFb1結合の遮断を示す。図4Bは、TGFb2結合の遮断を示す。図4Cは、TGFb3結合の遮断を示す。表1は、溶液中のTGFβ遮断活性の結合値を示す。TGFβ1及びTGFβ3アイソフォームは、最も腫瘍形成性であるアイソフォームであり、腫瘍免疫抵抗性、血管新生、転移、及び免疫抑制の強力な誘導因子である。TGFβ1及びTGFβ3アイソフォームはまた、線維性疾患の既知の誘導因子である。対照的に、TGFβ2は、融合タンパク質又は対照によって遮断されなかった。TGFβ2は、造血、心血管機能、グルコース及び脂肪酸代謝の重要な調節因子である。
表1:溶液中の活性TGFβ遮断活性のIC50値
実施例4-CTLL-2増殖のTGFb1媒介性抑制の阻害
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、sTβRII受容体ポリペプチドと、第2のsTβRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、細胞傷害性T細胞増殖をより効果的に誘導し、かつTGFβ1媒介性抑制を防止することを実証する。
等モル濃度(50~5×10-5nmoLの範囲)のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(IL-2及びTβRIIアイソフォーム2)を、CTLL-2増殖の活性TGFβ1媒介性抑制を阻害するそれらの能力について比較した。CTLL-2細胞(5×10細胞/ウェル)を、活性TGFβ1(1ng/mL)を伴って/伴わずに、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照で、72時間37℃で刺激した。インキュベーション期間後、発光細胞生存率アッセイによって、細胞増殖を決定した。絶対IC50は、シグモイド用量応答を伴う非線形回帰モデルを使用して、用量応答曲線を用いて決定した。生存率(%)=(Lum試験品-Lum培地対照)/(Lumビヒクル対照-Lum培地対照)×100%。細胞数を、発光シグナル対細胞用量曲線によって定量した。bFISTv3は、CTLL-2細胞増殖を誘導したが、FIST(一価FIST)よりも効果的に、CTLL-2増殖のTGFβ1媒介性抑制を防止した。図5A:bFISTv3で刺激されたCTLL-2の増殖。図5B:活性TGFβ1(1ng/mL)の存在下で、bFISTv3で刺激されたCTLL-2の増殖。図5C:FIST(一価FIST)で刺激されたCTLL-2の増殖。図5D:活性TGFβ1(1ng/mL)の存在下で、FIST(一価FIST)で刺激されたCTLL-2の増殖。図5E:IL-2で刺激されたCTLL-2の増殖。図5F:CTLL-2の増殖は、活性TGFβ1(1ng/mL)の存在下でIL-2を刺激した。データは、平均+SD、**p<0.005として示す。TGFβ1は、IL-2シグナル伝達及び複数の経路を介したT細胞の増殖を阻害することが知られている。TGFβ1は、IL-2Rの下流にあるJAK/STATカスケードの成分のリン酸化及び活性化を阻害するとともに、c-Myc、サイクリンD2、及びサイクリンを含むIL-2標的遺伝子のサブセット上で、核レベルで阻害活性を発揮する。
表2:融合タンパク質又は対照の刺激に応答したCTLL-2細胞増殖のためのIC50値
表3:CTLL-2細胞増殖のTGFb1依存性抑制の阻害のためのIC50値
実施例5-エフェクターメモリーT細胞及び末端分化エフェクターメモリー細胞のbFIST増殖
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、sTβRII受容体ポリペプチドと、第2のsTβRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、エフェクターメモリー(TEM)及び末端分化エフェクターメモリー(TEMRA)CD8T細胞の両方のサイトカイン産生及び増殖をより効果的に誘導することを実証する。
CEFペプチドプールで刺激されたPBMC由来の精製されたヒトT細胞を、CellTrace(商標)Violetで標識して、T細胞増殖(CellTrace(商標)平均蛍光(MFI)は、細胞増殖が増加するにつれて低下する)を追跡した。等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)、又はTbRIIアイソフォーム2で刺激された、CD8T細胞、エフェクターメモリーT細胞(CCR7-CD45RA-CD62L-CD8T細胞)、及び末端分化エフェクターメモリーCD8T細胞(CCR7-CD45RACD62L-CD8T細胞)の増殖。健常なドナーからのヒトPBMCをCEFペプチドプールで一晩刺激して、抗原特異的T細胞の生成を誘導した。T細胞(CD3)を、ヒトT細胞単離キットを使用した免疫磁気陰性選択によって、健常なドナーに由来するPBMCから精製した。精製したT細胞をCellTrace(商標)Violetで標識した後、5nmoLのbFISTv3、FIST(一価FIST)及びIL-2で48時間刺激した。刺激したT細胞を、メモリーT細胞集団に特異的な蛍光コンジュゲート抗体で標識した。インキュベーション期間の後、細胞上清を収集して、ELISAによりIFNγの濃度を定量し、細胞を収集して、フローサイトメトリーにより各T細胞亜集団の細胞増殖を決定した。bFISTv3は、T細胞からのIFNγ産生を誘導し、エフェクターメモリー(TEM)及び末端分化エフェクターメモリー(TEMRA)の両方のCD8T細胞の有意に高い増殖を誘導する(例えば、FISTと比較した場合)。図6Aは、エフェクターメモリーT細胞(TEM)及び末端分化エフェクターメモリー細胞(TEMRA)のbFISTv3誘導増殖を示す。図6Bは、エフェクターメモリーT細胞(TEM)及び末端分化エフェクターメモリー細胞(TEMRA)のFIST誘導増殖を示す。図6Cは、エフェクターメモリーT細胞(TEM)及び末端分化エフェクターメモリー細胞(TEMRA)のIL-2誘導増殖を示す。図6Dは、2人のドナーに由来する刺激したTEMのCellTrace(商標)MFI値の平均を示す(MFIの減少は増殖の増加を示す)。図6Eは、2人のドナーに由来する刺激したTEMRAの平均CellTrace(商標)MFI値を示す(MFIの減少は増殖の増加を示す)。図6Fは、bFISTv3、FIST(一価FIST)、又はIL-2で刺激されたT細胞によるIFNγ産生の48時間の定量を示す。データは、平均+SD、*p<0.05として示す。エフェクターメモリーTリンパ球は、腫瘍関連抗原による第2のチャレンジに対して迅速な免疫保護を付与することができる、抗原プライミングされたリンパ球である。記憶T細胞亜集団CCR7-は、炎症を起こす組織(例えば、腫瘍部位)に移行し、がん細胞に対する細胞傷害性のような即時エフェクター機能を発揮することができる。CCR7-メモリーCD8T細胞は、抗腫瘍細胞溶解活性に不可欠なIFNγ及びパーフォリン含有顆粒の産生を特徴とする。特に、パーフォリン発現は、末端分化エフェクターメモリーT細胞(CD45RACCR7-CD62L-)において顕著である。
実施例6-bFISTは、初代NK細胞増殖のTGFb1媒介性抑制を阻害し、IFNγ産生を増加させる
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、sTβRII受容体ポリペプチドと、第2のsTβRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、初代NK細胞増殖及びIFNγ産生のTGFb1媒介をより効果的に阻害及び/又は低減することを実証する。
ヒトNK細胞を、ヒトNK細胞単離キットを使用した免疫磁気陰性選択によって、健常なドナー由来のPBMCから精製した。精製したNK細胞を、等モル濃度(25nM、12.5nM及び6.25nM)のbFISTv3、FIST(一価FIST)及びIL-2で5日間刺激されたと標識した。インキュベーション期間後、細胞培養上清を回収して、ELISAによるIFNγの濃度を定量した。生存細胞の数を、細胞数/発光曲線を使用して蛍光ベースのアッセイで定量し、細胞増殖のパーセンテージを、これらの実験条件についてのNK細胞増殖の最大刺激として、陽性対照(IL-2+TbRII)に対して計算した。
末梢単核細胞(PBMC)由来の精製されたヒトNK細胞を、活性TGFb1(1ng/mL)を伴って/伴わずに、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(IL-2+TbRII)で5日間刺激した。培養上清を収集して、ELISAによりIFNγの量を定量し、存在するATPの量を定量することによって、培養中の生存細胞数を決定した。これは、代謝的に活性な細胞を示す。図7Aは、活性TGFb1の不在下におけるNK細胞増殖のパーセンテージを示す。図7Bは、活性TGFb1の存在下でのNK細胞増殖のパーセンテージを示す。図7Cは、活性TGFb1の不在下で培養した刺激NK細胞によって産生されるIFNγの定量を示す。図7Dは、活性TGFb1(1ng/mL)で培養した刺激NK細胞によって産生されるIFNγの定量。図7Eは、活性TGFb1(1ng/mL)で培養した刺激NK細胞によって産生されるCXCL10の定量。データは、重複して行われた2つの独立した実験を表す。bFISTv3とFISTとの統計比較が示される(データは、平均+SD、*p<0.05、**p<0.005、***p<0.0005として示される)。
実施例7-bFISTは、NK細胞媒介性の細胞傷害性及び活性化を増加させる
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、sTβRII受容体ポリペプチドと、第2のsTβRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、ナチュラルキラー(NK)細胞媒介性の細胞傷害及び活性化をより効果的に増加及び/又は刺激することを実証する。
NK92細胞を9時間血清飢餓状態にした後、活性TGFβ1(1ng/mL)を伴って/伴わずに、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)及びTβRIIアイソフォーム2(対照)で48時間刺激した。インキュベーション期間後、ELISAによりIFNγの量を定量した。NK92細胞を収集し、異なるエフェクター:標的比(1:1、3:1、6:1)で標的細胞(K-562細胞、慢性骨髄性白血病)と共培養した。がん細胞に対するNK92細胞溶解活性は、NK:K-562共培養(37℃、5%COインキュベーターで3時間)後、固定可能な生存率染色によって特定の腫瘍標的死の%を測定することによって決定した。死細胞の%は、次の式に基づいて計算した。
TGF-βは、NK細胞活性化、IFN-γ産生、及び活性化受容体NKG2D及びNKp30の発現を含む免疫細胞機能に深刻な影響を与え、それによって、NK細胞の細胞傷害性能力を低下させ、かつそれらの抗腫瘍機能を損なう、強力な免疫抑制サイトカインである。bFISTは、活性TGFb1の堅牢な免疫細胞活性化及び有効な遮断(ピコモル効力を有する)の両方を誘導する。これらの2つの効果は、がん細胞に対するより高いNK細胞増殖、活性化、及び細胞傷害性を促進する。図8Aは、NK92細胞によるIFNγ産生の定量を、NK92細胞活性化の指標として示す(上述したように、ヒトNK92細胞を9時間血清飢餓状態にした後、活性TGFβ1(1ng/mL)を伴って/伴わずに、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(IL-2+TβRII)で48時間刺激し、細胞上清を回収した)。図8Bは、6:1の比(エフェクター:標的)でのK-562細胞に対するbFISTv3又はFIST刺激NK92細胞の誘導細胞傷害性を示す。bFISTv3とFISTとの統計比較を示す。データは、平均+SD、*p<0.05として示す。
実施例8-bFISTは、B細胞の成熟、増殖、及びIFNγ産生を刺激し、増加させる
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、sTβRII受容体ポリペプチドと、第2のsTβRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、(1)B細胞の成熟、増殖及びIFNγ産生をより効果的に刺激及び/又は増加させ、(2)B細胞の成熟、増殖及びIFNγ産生のTGFb1抑制を低減及び/又は阻害することを実証する。
ヒトB細胞を、ヒトB細胞単離キットを使用した免疫磁性陰性選択によって、健常なドナー由来のPBMCから精製した。精製したB細胞をCFSEで予め標識して、細胞増殖(マーカー強度は細胞増殖が増加するにつれて低下する)を追跡した後、等モル濃度(20nM、10nM、及び5nM)のbFISTv3、FIST、及びIL-2で5日間刺激した。インキュベーション期間後、B細胞をCD86及びHLA-DRで標識し、二重陽性(CD86HLA-DR)B細胞及び増殖のパーセンテージをフローサイトメトリーによって定量した。細胞培養上清を回収し、ELISAによるIFNγの濃度を定量した。bFISTv3とFISTとの統計比較を示す。データは、平均+SD、*p<0.05、**p<0.005、***p<0.0005として示す。
二価FISTは、B細胞の活性化、増殖、及びIFNγの産生を効果的に増加及び/又は刺激する(例えば、FIST又はIL-2と比較して)。二価FISTはまた、二価FIST刺激効果に対するB細胞応答性を示す共刺激分子(CD86)及びHLA-DR(MHCクラスII)分子発現の上方制御を誘導する。更に、二価FISTはまた、抗原提示細胞(APC)成熟マーカー及びIFNγ産生の高発現を有するエフェクター細胞にB細胞を活性化させる。
図9A~図9Dは、末梢単核細胞(PBMC)由来の精製ヒトB細胞(CD19-CD3-)からのデータを示し、カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CFSE)で標識して細胞増殖を追跡した後、活性TGFb1(1ng/mL)を伴って/伴わずに、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(IL-2+TbRII)で5日間刺激した。刺激B細胞を、HLA-DR及びCD86に特異的なコンジュゲート抗体で標識して、フローサイトメトリーによって成熟B細胞のパーセンテージを定量した。図9Aは、活性TGFb1を伴って/伴わずに培養された二重陽性CD86HLA-DRB細胞の誘導におけるbFISTv3(20nmoL)とFIST(20nmoL)との比較を示す。図9Bは、活性TGFb1を伴って/伴わずに、20、10、5nmoLのbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(IL-2+TbRII)で刺激されたCD86HLA-DRB細胞のパーセンテージを示す。図9Cは、活性TGFb1を伴った/伴わない、CD86HLA-DRB細胞増殖の誘導におけるbFISTv3(20nmoL)とFIST(20nmoL)との比較を示す。CFSE(細胞トレーサー)の平均蛍光強度(MFI)値を示す。図9Dは、活性TGFb1を伴って/伴わずに培養した刺激B細胞の上清におけるIFNγ産生の定量を示す。
実施例9--bFISTは、肺がん細胞上の上皮から間葉への移行(EMT)マーカーの上方制御を阻害する
本明細書に開示される融合ポリペプチド組成物及び方法を例示すると、流れる実施例は、インターロイキン-2(IL-2)ポリペプチドと、sTβRII受容体ポリペプチドと、第2のsTβRII受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドが、肺がん細胞上の上皮から間葉への移行(EMT)マーカーの上方調節をより効果的に阻害及び/又は低減することを実証する。
A-549肺がん細胞を、活性TGFb1を伴って/伴わずに、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)、又は対照(IL2及びIL2+TbRII)で72時間処置した。インキュベーション期間後、細胞を収集し、E-カドヘリン、N-カドヘリン、及びPD-L1に特異的なコンジュゲート抗体で標識した。これらのEMTマーカーを発現する細胞のパーセンテージを、フローサイトメトリーによって定量した。上皮から間葉への移行(EMT)は、がん細胞が間葉細胞に変化する上皮特徴を抑制することを可能にする。EMTプロセスの結果、がん細胞は、移動性を獲得し、原発腫瘍部位から遠隔臓器に移動して転移を形成する能力を得る。E-カドヘリン発現の喪失は、EMTにおける重要なステップであり、非転移性から転移性がん細胞への変換を特徴付ける間葉系表現型の特徴である。bFISTによる処置は、TGFb1媒介性のEMTマーカーの上方制御(E-カドヘリンの減少、N-カドヘリンの増加、及びPD-L1発現の増加)を減少させる。図10Aは、等モル濃度のbFISTv3、FIST(一価FIST)又は対照(IL-2及びIL-2+TbRII)で、活性TGFb1を伴って/伴わずに72時間処置した後の、E-カドヘリンを発現するA-549細胞(肺がん細胞)のパーセンテージを示す。図10Bは、N-カドヘリンを発現するA-549細胞のパーセンテージを示し、図10Cは、PD-L1を発現するA-549細胞のパーセンテージを示す。データは、重複して行われた2つの独立した実験を表す。示されるように、bFISTによる肺がん細胞の処置は、E-カドヘリン発現の増加、N-カドヘリンの減少、及びPD-L1発現の減少を増加させる。
本開示の好ましい実施形態が本明細書に示され、説明されているが、そのような実施形態が例としてのみ提供されることは、当業者には明らかであろう。多くの変形、変更、及び置換が、本開示から逸脱することなく、ここで、当業者に生じるであろう。本明細書に記載される本開示の実施形態に対する様々な代替案が、本開示を実施する際に用いられ得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は、本開示の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲及びそれらの等価物の範囲内の方法及び構造は、それによってカバーされることが意図される。

Claims (111)

  1. 融合ポリペプチドであって、
    インターロイキン(IL)ポリペプチドと、
    第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチド。
  2. 融合ポリペプチドであって、
    IL受容体に結合し、かつそれを作動させるILポリペプチドと、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、可溶性TGFβに結合し、かつそれを封鎖する第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む、融合ポリペプチド。
  3. 前記ILポリペプチドが、IL-2ポリペプチド又はIL-15を含む、請求項1又は2に記載の融合ポリペプチド。
  4. 前記ILポリペプチドが、IL-2ポリペプチドを含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  5. 前記IL-2ポリペプチドが、配列番号2又は配列番号3を含む、請求項4に記載の融合ポリペプチド。
  6. 前記IL-2ポリペプチドが、配列番号2に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列、又は配列番号3に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項4に記載の融合ポリペプチド。
  7. 前記IL-2ポリペプチドが、配列番号2又は配列番号3からなる、請求項4に記載の融合ポリペプチド。
  8. 前記ILポリペプチドが、IL-15ポリペプチドを含む、請求項1~3のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  9. 前記IL-15ポリペプチドが、配列番号5を含む、請求項8に記載の融合ポリペプチド。
  10. 前記IL-15ポリペプチドが、配列番号5に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項8に記載の融合ポリペプチド。
  11. 前記IL-15ポリペプチドが、配列番号5からなる、請求項8に記載の融合ポリペプチド。
  12. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、アクチビン受容体ポリペプチド若しくはその断片、骨形成タンパク質(BMP)受容体ポリペプチド若しくはその断片、グリア細胞由来神経栄養因子(GDNF)受容体ポリペプチド若しくはその断片、又はTGFβ受容体IIポリペプチド若しくはその断片を含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  13. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチド又はその断片を含む、請求項1~12のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  14. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、可溶性TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチド又はその断片を含む、請求項1~13のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  15. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、配列番号8、配列番号9、又はそれらの組み合わせを含む可溶性TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチドを含む、請求項1~14のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  16. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、配列番号8のアミノ酸配列を含み、前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、配列番号9のアミノ酸配列の切断を含む、請求項1~15のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  17. 前記可溶性TGFβ受容体IIポリペプチドが、配列番号8又は配列番号9に対して80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項14~16のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  18. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、TGF-β1ポリペプチド、TGF-β2ポリペプチド、TGF-β3ポリペプチド、アクチビンβAポリペプチド、アクチビンβBポリペプチド、アクチビンβCポリペプチド、アクチビンβEポリペプチド、骨形成タンパク質(BMP)2ポリペプチド、BMP3ポリペプチド、BMP4ポリペプチド、BMP5ポリペプチド、BMP6ポリペプチド、BMP7ポリペプチド、BMP8ポリペプチド、BMP9ポリペプチド、BMP10ポリペプチド、BMP11ポリペプチド、BMP12ポリペプチド、BMP13ポリペプチド、BMP14ポリペプチド、BMP15ポリペプチド、成長分化因子(GDF)1ポリペプチド、GDF3ポリペプチド、GDF8ポリペプチド、GDF9ポリペプチド、GDF15ポリペプチド、ノーダル(Nodal)ポリペプチド、インヒビンαポリペプチド、抗ミュラー管ホルモンポリペプチド、Lefty1ポリペプチド、Lefty2ポリペプチド、アルテマン(arteman)ポリペプチド、ペルセフィンポリペプチド、又はニュールツリンポリペプチドを結合する、請求項1~17のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  19. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はこれらの任意の組み合わせを結合する、請求項1~18のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  20. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、TGFβ1ポリペプチドを結合する、請求項1~19のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  21. 切断型TGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含む、請求項1~20のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  22. 前記切断型TGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、切断型可溶性TGFβ受容体II(sTβRII)ポリペプチドである、請求項21に記載の融合タンパク質。
  23. 前記切断が、2、5、7、10、15、20、25、又は30個を超えるアミノ酸を含む、請求項22に記載の融合ポリペプチド。
  24. 前記ILポリペプチドが、切断型ILポリペプチドを含む、請求項1~23のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  25. 前記切断型ILポリペプチドが、N末端切断、C末端切断、又はそれらの組み合わせを含む、請求項24に記載の融合ポリペプチド。
  26. 前記切断型ILポリペプチドが、切断型IL-2ポリペプチド又はIL-15ポリペプチドを含む、請求項24に記載の融合ポリペプチド。
  27. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドを結合するリンカーポリペプチド又はリンカー分子を更に含む、請求項1~26のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  28. 前記ILポリペプチド及び前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドを融合させるリンカーポリペプチドを更に含む、請求項1~27のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  29. 薬物動態(PK)調節物質を更に含む、請求項1~28のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  30. 前記薬物動態調節物質が、免疫グロブリン定常(Fc)領域ポリペプチドを含む、請求項29に記載の融合ポリペプチド。
  31. 前記免疫グロブリンFc領域ポリペプチドが、ヒト免疫グロブリンFc領域ポリペプチドである、請求項30に記載の融合ポリペプチド。
  32. 前記免疫グロブリンFc領域が、IgG Fc領域である、請求項30に記載の融合ポリペプチド。
  33. 前記IgG Fc領域が、IgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4 Fc領域である、請求項30に記載の融合ポリペプチド。
  34. 前記PK調節物質が、アルブミンポリペプチドを含む、請求項29に記載の融合ポリペプチド。
  35. 前記アルブミンポリペプチドが、ヒトアルブミンポリペプチドである、請求項34に記載の融合ポリペプチド。
  36. 前記融合ポリペプチドが、配列番号10~25のうちのいずれか1つに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1~35のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  37. 前記融合ポリペプチドが、配列番号10のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  38. 前記融合ポリペプチドが、配列番号11のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  39. 前記融合ポリペプチドが、配列番号12のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  40. 前記融合ポリペプチドが、配列番号13のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  41. 前記融合ポリペプチドが、配列番号14のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  42. 前記融合ポリペプチドが、配列番号15のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  43. 前記融合ポリペプチドが、配列番号16のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  44. 前記融合ポリペプチドが、配列番号17のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  45. 前記融合ポリペプチドが、配列番号18のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  46. 前記融合ポリペプチドが、配列番号19のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  47. 前記融合ポリペプチドが、配列番号20のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  48. 前記融合ポリペプチドが、配列番号21のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  49. 前記融合ポリペプチドが、配列番号22のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  50. 前記融合ポリペプチドが、配列番号23のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  51. 前記融合ポリペプチドが、配列番号24のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  52. 前記融合ポリペプチドが、配列番号25のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の融合ポリペプチド。
  53. 前記融合ポリペプチドが、配列番号10~25のうちのいずれか1つからなる、請求項1~52のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  54. 前記融合ポリペプチドが、IL-2又はIL-15受容体を発現する標的細胞を活性化させる、請求項1~53のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  55. 前記標的細胞が、免疫細胞である、請求項54に記載の融合ポリペプチド。
  56. 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞である、請求項55に記載の融合ポリペプチド。
  57. 薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む、薬学的組成物。
  58. がんを有する個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減する方法であって、
    (a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、
    (b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    (c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    を含む融合ポリペプチドを前記個体に投与し、それにより、前記個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減することを含む、方法。
  59. 前記腫瘍が、原発腫瘍である、請求項58に記載の方法。
  60. 前記腫瘍が、転移性腫瘍である、請求項58又は59に記載の方法。
  61. 前記がんが、固形腫瘍を含む、請求項58~60のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記融合ポリペプチドが、腫瘍微小環境内の免疫細胞を活性化させる、請求項58~61のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記免疫細胞が、IL-2を発現する、請求項62に記載の方法。
  64. 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー細胞、NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む、請求項63に記載の方法。
  65. 前記融合ポリペプチドが、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は前記腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する、請求項58~64のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記がんが、血液がんである、請求項58~65のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記がんが、固形腫瘍を含むがんである、請求項58~66のいずれか一項に記載の方法。
  68. がんを有する個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷する方法であって、
    (a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、
    (b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    (c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    を含む融合ポリペプチドを前記個体に投与し、それにより、前記個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷することを含む、方法。
  69. 前記腫瘍が、原発腫瘍である、請求項68に記載の方法。
  70. 前記腫瘍が、転移性腫瘍である、請求項68又は69に記載の方法。
  71. 前記がんが、固形腫瘍を含む、請求項68~70のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記融合ポリペプチドが、腫瘍微小環境内の免疫細胞を活性化させる、請求項68~71のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記免疫細胞が、IL-2又はIL-15受容体を発現する、請求項72に記載の方法。
  74. 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む、請求項72に記載の方法。
  75. 前記融合ポリペプチドが、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は前記腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する、請求項68~74のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記がんが、血液がんである、請求項68~75のいずれか一項に記載の方法。
  77. 前記がんが、固形腫瘍を含む、請求項68~76のいずれか一項に記載の方法。
  78. がんを有する対象におけるがんを治療又は改善する方法であって、
    (a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、
    (b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    (c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    を含む融合ポリペプチドを前記対象に投与し、それにより、前記対象における前記がんを治療又は改善することを含む、方法。
  79. 前記腫瘍が、原発腫瘍である、請求項78に記載の方法。
  80. 前記腫瘍が、転移性腫瘍である、請求項78又は79に記載の方法。
  81. 前記がんが、固形腫瘍を含む、請求項78~80のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記融合ポリペプチドが、腫瘍微小環境内の免疫細胞を活性化させる、請求項78~81のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記免疫細胞が、IL-2又はIL-15受容体を発現する、請求項82に記載の方法。
  84. 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む、請求項82に記載の方法。
  85. 前記融合ポリペプチドが、腫瘍微小環境内の免疫細胞の免疫抑制を阻害若しくは低減し、かつ/又は前記腫瘍微小環境内の免疫抑制細胞の活性化を低減若しくは阻害する、請求項78~84のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記がんが、血液がんである、請求項78~85のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記がんが、固形腫瘍を含む、請求項78~86のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、TGFβ1ポリペプチド、TGFβ2ポリペプチド、TGFβ3ポリペプチド、又はこれらの任意の組み合わせを結合する、請求項78~87のいずれか一項に記載の方法。
  89. IL受容体を発現する細胞を活性化させる方法であって、
    (a)インターロイキン(IL)ポリペプチドと、
    (b)第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、
    (c)第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドと、を含む融合ポリペプチドと細胞を接触させることを含む、方法。
  90. 前記細胞が、免疫細胞である、請求項89に記載の方法。
  91. 前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー細胞NKT細胞、B細胞、又はガンマデルタT細胞を含む、請求項90に記載の方法。
  92. 前記免疫細胞が、インビボで接触される、請求項89~91のいずれか一項に記載の方法。
  93. 前記免疫細胞が、エクスビボで接触される、請求項89~91のいずれか一項に記載の方法。
  94. 白血球パック(leukopack)又は白血球アフェレーシス(leukapheresis)製品が、前記免疫細胞を含む、請求項93に記載の方法。
  95. 前記免疫細胞が、アフェレーシス試料に由来する、請求項93に記載の方法。
  96. 前記免疫細胞が、その後、細胞ベースの療法に使用される、請求項93に記載の方法。
  97. 前記ILポリペプチドが、IL-2又はIL-15である、請求項89~96のいずれか一項に記載の方法。
  98. 前記第1のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチド及び/又は前記第2のTGFβスーパーファミリー受容体ポリペプチドが、可溶性TGFβ受容体II(TBRII)ポリペプチド又は断片を含む、請求項89~97のいずれか一項に記載の方法。
  99. 請求項1~56のいずれか一項に記載の組換え融合ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸分子を含む、宿主細胞。
  100. がんを有する個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  101. がんを有する個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  102. がんを有する対象におけるがんを治療又は改善するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  103. IL受容体を発現する細胞を活性化させるための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  104. がんを有する個体における腫瘍の成長及び/又は進行を阻害又は低減するための医薬品の製造における、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  105. がんを有する個体における腫瘍細胞を中和又は殺傷するための医薬品の製造における、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  106. がんを有する対象におけるがんを治療又は改善するための医薬品の製造における、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  107. IL受容体を発現する細胞を活性化させるための医薬品の製造における、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドの使用。
  108. がんを有する個体における腫瘍の成長及び/又は進行の阻害又は低減に使用するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  109. がんを有する個体における腫瘍細胞の中和又は殺傷に使用するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  110. がんを有する対象におけるがんの治療又は改善に使用するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
  111. IL受容体を発現する細胞の活性化に使用するための、請求項1~56のいずれか一項に記載の融合ポリペプチド。
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