JP2023528992A - Ｈｉｖ－１抗体 - Google Patents

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Abstract

本出願は、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）の処置、弱毒化および／または防止のための、広域中和抗ＨＩＶ抗原結合部位、抗体およびその断片、加えて組成物、キットおよびその使用に関する。さらなる実施形態は、残基３６６、３７１、４５７および４７１でｇｐ１２０エンベロープタンパク質に結合する広域中和抗ＨＩＶウシ抗体に関する。

Description

本発明は、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）の処置、弱毒化および／または防止のための、抗原結合部位、抗体およびその断片、加えて組成物、キットおよびその使用に関する。
関連出願
本出願は、オーストラリア仮出願ＡＵ２０２０９０１９０７およびＡＵ２０２１９０１０７１の優先権を主張し、その両方の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる。
ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）は主要な世界的な健康問題であり続けており、２０１６年には約１８０万人の子供を含む３５００万人より多くの個体が、ＨＩＶ感染と共に生きており、２０１５年には成人において世界的なＨＩＶ罹患率は０．８％であった。
それ自身の複製および伝染に有利になるようにＨＩＶ－１がどのように宿主の機構を操作するかを含むＨＩＶ－１の病因の理解が改善されてきたにもかかわらず、機能的な治癒または予防ワクチンは未だに得られていない。
抗レトロウイルス療法（ART）は、感染の発生率を低減させ、感染した者の生活の質を改善したが、治療中断のときにウイルスリバウンドが実証されたことから、治療は一生継続しなければならない。さらに、ＡＲＴは感染性の複製しているウイルスを標的化するものであり、多くの場合、細胞分裂によって増殖可能なプロウイルスとしてウイルスリザーバーで休眠したままのウイルスに接近することができない。したがって、現行のＡＲＴは疾患発生率の低減に必須であるにもかかわらず、それ単独では、ＨＩＶ－１発生率を低減させること、および／または機能的な治癒を提供することにおいて不十分である。
ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に感染した患者の血清において、抗ウイルス性抗体は、後天性免疫不全症候群（AIDS）のいかなる臨床症状もなく、感染後の特定の期間にわたり検出される可能性がある。この活性な免疫応答の状況において、循環中に多数の抗原特異的Ｂ細胞が期待される。これらのＢ細胞は、ヒトモノクローナル抗ＨＩＶ－１抗体生成のための融合パートナーとして使用される。ヒト個体のＨＩＶ－１感染からのより信頼できる防御、および／または感染した患者のより成功する治療的処置に好適なワクチン組成物を同定することにおける１つの主要な欠点は、遺伝学的変異によって、抗体による捕捉から逃れるＨＩＶ－１ウイルスの能力である。このようなエスケープ変異体は、標的化された抗原決定基の１つ以内の１つのみまたは数個のアミノ酸の変化によって特徴付けることができ、例えば、ＨＩＶ－１ウイルスの自発的な、または誘発された突然変異の結果として生じる可能性がある。遺伝学的変異に加えて、ＨＩＶ－１エンベロープ糖タンパク質の特定の他の特性、例えば高いレベルのグリコシル化は、中和抗体の惹起を難しくする。
ＨＩＶ－１は、最も遺伝学的に多様なウイルス病原体の一つである。ＨＩＶ－１系統樹の３つの主要な派生株であるＭ（主系統（main））、Ｎ（新型（new））、および０（分類外（outlier））グループのなかでも、グループＭウイルスが最も普及しており、世界的な感染の９９％超を占める。このグループは現在、全長配列に基づいて９つの別個の遺伝的サブタイプ、またはクレード（Ａ～Ｋ）に分けられる。Ｅｎｖは、最も可変なＨＩＶ－１遺伝子であり、クレード間で最大３５％の配列多様性を有し、クレード内で２０％の配列多様性を有し、一人の感染した人で最大１０％の配列多様性を有する。クレードＢは、欧州、アメリカ大陸、およびオーストラリアで優勢である。クレードＣは、アフリカ南部、中国、およびインドで一般的であり、現在、他のどのクレードより世界でより多くの人に感染している。クレードＡおよびＤは、中央および東アフリカにおいて顕著である。
しかしながら、ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープに挿入されるＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質は、感染性ビリオンおよび感染細胞において、抗体により方向付けられる免疫性を獲得できる唯一のウイルスタンパク質である。抗体は、ビリオンの感染力の直接的な中和を媒介するウイルス感染の排除、および抗体により方向付けられる細胞性免疫に関する優勢なメカニズムであり、化学ベースの処置と比べて、改善された特異性および安全性などの数々の利益を有する。しかしながら、これまでのヒトおよび動物モデルにおけるＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質に対するワクチン接種における試みでは、活性な中和Ａｂはほとんど得られなかった。
上記の限界を考えれば、ＨＩＶ－１感染の処置、弱毒化および／または防止のための改善された療法の必要が未だある。
本明細書中のあらゆる先行技術への言及は、この先行技術があらゆる法域における共通の一般知識の一部を形成すること、またはこの先行技術が、当業者によって理解される、関連するとみなされる、および／もしくは先行技術の他の部分と組み合わされると合理的に予測できることの承認または示唆ではない。
発明の概要
本発明は、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に結合するかまたはそれに特異的に結合する抗原結合部位を提供する。好ましくは、抗原結合部位は、抗体の抗原結合ドメインを含み、抗原結合ドメインは、ＨＩＶ－１に結合するかまたはそれに特異的に結合する。本発明の一態様において、抗原結合部位は、ＨＩＶ－１感染を中和または阻害することが可能である。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合部位は、ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープタンパク質に結合するかまたはそれに特異的に結合し、好ましくは、ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープタンパク質はｇｐ１２０である。一実施形態において、抗原結合部位は、単量体ＨＩＶ－１ ｇｐ１２０、非切断ｇｐ１４０（gp160）、ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０、およびＨＩＶ－１ウイルスエンベロープ糖タンパク質の三量体形態、好ましくはＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰの１つ以上に結合するかまたはそれに特異的に結合することが可能である。一実施形態において、抗原結合部位は、配列番号６５～６９のいずれか１つ、２つ、３つ、４つまたは５つによるウイルスエンベロープタンパク質に結合するかまたはそれに特異的に結合することが可能である。この態様において、抗原結合部位は、それぞれ配列番号７０および７１による抗体ＶＲＣ０１のＶＨおよびＶＬを含む抗体より、効果的に上記のウイルスエンベロープタンパク質のいずれかに結合することが可能であり得る。一実施形態において、抗原結合部位は、それぞれ配列番号７０および７１による抗体ＶＲＣ０１のＶＨおよびＶＬを含む抗体の、２、４、６、８、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００倍効果的に結合することが可能である。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合部位は、ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープタンパク質、好ましくはｇｐ１２０の外部ドメインに、好ましくはｇｐ１２０のＣＤ４結合部位の内部に結合する。好ましくは、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＣ２、Ｖ３、Ｃ３、Ｃ４および／またはＣ５ドメインに結合する。一実施形態において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＣ２ドメインのループＤ、ｇｐ１２０のＶ３ドメインの先端またはベース領域、ｇｐ１２０のＣ３ドメインのＣＤ４結合部位（CD4bs）、ｇｐ１２０のＣ４ドメインのβ２３ドメインおよび／またはｇｐ１２０のＣ５ドメインのβ２４－α５接続(connection)に結合するかまたはそれに特異的に結合する。好ましい態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＣ３ドメインのＣＤ４ｂｓ、Ｃ４ ｇｐ１２０タンパク質のβ２３ドメインおよび／またはｇｐ１２０のＣ５ドメインのβ２４－α５接続の内部に結合する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＣ２ドメインの残基２６２、２７６、２７９、２８２、２８３の１つ以上、好ましくはｇｐ１２０のＣ２ドメインの残基２６２に結合する。別の態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＶ３ドメインの残基３１３、３２９および３３２の１つ以上、好ましくはｇｐ１２０のＶ３ドメインの残基３２９に結合する。別の態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＣ３ドメインの残基３６３、３６４、３６５、３６６、３６７、３６８、３６９、３７０、３７１、３７２および３７３の１つ以上、好ましくはｇｐ１２０のＣ３ドメインの残基３６６、３６７、３６８および３７１の１つ以上に結合する。別の態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０のＣ４ドメインの残基４１９、４５５および４５７の１つ以上、好ましくはｇｐ１２０タンパク質のＣ４ドメインの残基４５５および４５７の１つ以上に結合する。別の態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０タンパク質のＣ５ドメインの残基４７１、４７２、４７３、４７４、４７５および４７６の１つ以上、好ましくはｇｐ１２０タンパク質のＣ５ドメインの残基４７１、４７２、４７３および４７４の１つ以上、より好ましくはｇｐ１２０タンパク質の残基４７１に結合する。
別の態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０の残基３６６、３７１、４５７および４７１の少なくとも１つ、またはそれらの全てに結合する。さらに別の態様において、抗原結合部位は、ｇｐ１２０タンパク質の残基３６６および４７１に結合する。
別の態様において、抗原結合部位は、突然変異していないｇｐ１２０タンパク質への結合と比較して、残基Ｇ３６６、Ｉ３７１、Ｄ４５７およびＧ４７１のいずれか１つで突然変異したｇｐ１２０タンパク質への、３０％以下の結合を呈し得る。一実施形態において、抗原結合部位は、突然変異していないｇｐ１２０タンパク質への結合と比較して、Ｎ２６２、Ｄ２７９、Ｔ４５５、Ｇ４７２、Ｇ４７３およびＤ４７４のいずれか１つ以上の残基で突然変異したｇｐ１２０タンパク質への、３０％以下の結合を呈し得る。好ましい実施形態において、ｇｐ１２０タンパク質は、配列番号６５に記載の配列を有する。
本発明のいずれかの態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、それぞれ配列番号７０および７１によるＶＨおよびＶＬ配列を含むｂ１２、ＨＪ１６、３ＢＮＣ１１７またはＶＲＣ０１抗体からなるリストから選択されるヒト広域中和抗体（BrNAb）との結合に関して競合することが可能である。この態様において、本明細書に記載される抗原結合部位は、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれより多くヒトＢｒＮＡｂ結合を阻害することが可能である。
本発明の一態様において、ＨＩＶ－１に結合し、本明細書に記載される１８４２、１８７２および２１２９抗体の結合を競合的に阻害するいずれかの抗原結合部位（すなわち配列番号１５に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号６３に記載の配列を含むＶＬを含む；配列番号１５に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号７３に記載の配列を含むＶＬを含む；配列番号３１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号６３に記載の配列を含むＶＬを含む；配列番号３１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号７３に記載の配列を含むＶＬを含む；配列番号６１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号６３に記載の配列を含むＶＬを含む；または配列番号６１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号７３に記載の配列を含むＶＬを含む）が提供される。
本発明の別の態様において、配列番号１５、３１および６１のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むＶＨドメイン、ならびに配列番号６３または７３に記載のアミノ酸配列を含むＶＬドメインを含む抗体と、ＨＩＶ－１上の同じエピトープに結合する抗原結合部位が提供される。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合部位は、ＨＩＶ－１に結合することができ、ＨＩＶ－２に検出可能に結合しないかまたはＨＩＶ－２に有意に結合しない。抗原結合部位のＨＩＶ－１およびＨＩＶ－２への結合は、本明細書に記載される、または当業界において公知のあらゆる方法によって決定することができる。
本発明のいずれかの態様において、本発明のいずれの抗原結合部位も、ＨＩＶ－１に結合し、０．５μｇ／ｍｌ未満、０．４μｇ／ｍｌ未満、０．３μｇ／ｍｌ未満、０．２μｇ／ｍｌ未満、０．１μｇ／ｍｌ未満、０．０８μｇ／ｍｌ未満、０．０６μｇ／ｍｌ未満、０．０５μｇ／ｍｌ未満、０．０３μｇ／ｍｌ未満、０．０１μｇ／ｍｌ未満、０．００８μｇ／ｍｌ未満、０．００６μｇ／ｍｌ未満、０．００５μｇ／ｍｌ未満、０．００３μｇ／ｍｌ未満または０．００１μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０でＨＩＶ－１の中和を呈することができる。好ましくは、抗原結合部位のＩＣ５０は、０．２μｇ／ｍｌ未満または０．０１μｇ／ｍｌ未満である。ＩＣ５０値は、本明細書に記載される方法を含む当業界におけるあらゆる手段によって決定することができる。一態様において、ＨＩＶ－１の中和は、５０％の組織培養感染性用量（200TCID-50）の用量でのＨＩＶ－１感染の中和に関する。
別の態様において、本発明の抗原結合部位は、配列番号１５に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号６３に記載の配列を含むＶＬを含むか；または配列番号１５に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号７３に記載の配列を含むＶＬを含み、約０．０６μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１２０への結合、約０．０３μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１４０への結合、約０．０５μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ＳＯＳＩＰへの結合、および／または約０．０２μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰへの結合を呈する。別の態様において、これらのＩＣ５０値を有する抗原結合部位は、本明細書に記載される抗体１８４２である。
別の態様において、本発明の抗原結合部位は、配列番号３１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号６３に記載の配列を含むＶＬを含むか；または配列番号３１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号７３に記載の配列を含むＶＬを含み、約０．０３μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１２０への結合、約０．０２μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１４０への結合、約０．０４μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ＳＯＳＩＰへの結合、および／または約０．０２μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰへの結合を呈する。別の態様において、これらのＩＣ５０値を有する抗原結合部位は、本明細書に記載される抗体１８７２である。
別の態様において、本発明の抗原結合部位は、配列番号６１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号６３に記載の配列を含むＶＬを含むか；または配列番号６１に記載の配列を含むＶＨおよび配列番号７３に記載の配列を含むＶＬを含み、約０．０４μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１２０への結合、約０．０２μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１４０への結合、約０．０１μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＡＤ８ ＳＯＳＩＰへの結合、および／または約０．０１μｇ／ｍｌのＥＣ５０でのＨＩＶ－１ ＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰへの結合を呈する。別の態様において、これらのＩＣ５０値を有する抗原結合部位は、本明細書に記載される抗体２１２９である。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合部位は、配列番号３、１９、３５、８２、８９、１０３、１１７または１３０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
いずれかの態様において、抗原結合部位は、
－ 配列番号１のアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
－ 配列番号２、１８、３４、または８１のいずれか１つのアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；
－ 配列番号３、１９、３５、または８２のいずれか１つのアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域３（CDRH3）；および
－ 軽鎖可変領域の相補性決定領域
を含む。
いずれかの態様において、抗原結合部位は、
－ 配列番号８７のアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
－ 配列番号８８、１０２、１１６または１２９のいずれか１つのアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；
－ 配列番号８９、１０３、１１７または１３０のいずれか１つのアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域３（CDRH3）；および
－ 軽鎖可変領域の相補性決定領域
を含む。
この態様において、軽鎖可変領域の相補性決定領域は抗原結合に必須ではなく、抗原結合は、優勢には重鎖相補性決定領域によって促進されることが理解されるであろう。この態様において、あらゆる好適な軽鎖可変領域が使用できる。好ましくは、抗原結合部位は、軽鎖可変領域と対になった重鎖可変領域に、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む。好ましくは、軽鎖は、Ｖλ１遺伝子によってコードされ、より好ましくは、Ｖλ１ｘ、Ｖλ１ｄおよびＶλ１ｅ遺伝子によってコードされる。
一態様において、軽鎖可変領域は、配列番号８３による軽鎖相補性決定領域１（CDRL1）、配列番号８４による軽鎖相補性決定領域２（CDRL2）および配列番号８５による軽鎖相補性決定領域３（CDRL3）を含む。
別の態様において、軽鎖可変領域は、配列番号３９または７４による軽鎖相補性決定領域１（CDRL1）、配列番号４０または７５による軽鎖相補性決定領域２（CDRL2）および配列番号４１または７６による軽鎖相補性決定領域３（CDRL3）を含む。
別の態様において、軽鎖可変領域は、配列番号１３１による軽鎖相補性決定領域１（CDRL1）、配列番号１３２による軽鎖相補性決定領域２（CDRL2）および配列番号１３３による軽鎖相補性決定領域３（CDRL3）を含む。
本発明の実施形態において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）を中和することが可能なヒト定常領域およびウシ可変領域を含む。それゆえに本発明は広域中和抗体（BrNAb）を提供することが理解されるであろう。
本発明は、ＨＩＶ－１への結合のための抗原結合部位であって、抗原結合部位は、
ＦＲ１－ＣＤＲ１－ＦＲ２－ＣＤＲ２－ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４、および
ＦＲ１ａ－ＣＤＲ１ａ－ＦＲ２ａ－ＣＤＲ２ａ－ＦＲ３ａ－ＣＤＲ３ａ－ＦＲ４ａ
を含み、
式中、
ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４は、各フレームワーク領域であり；
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、各相補性決定領域であり；
ＦＲ１ａ、ＦＲ２ａ、ＦＲ３ａおよびＦＲ４ａは、各フレームワーク領域であり；
ＣＤＲ１ａ、ＣＤＲ２ａおよびＣＤＲ３ａは、各相補性決定領域であり；
フレームワーク領域または相補性決定領域のいずれかの配列は、本明細書に記載される通りである、抗原結合部位を提供する。
本発明は、ＨＩＶ－１への結合のための抗原結合部位であって、抗原結合部位は、
ＦＲ１－ＣＤＲ１－ＦＲ２－ＣＤＲ２－ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４－リンカー－ＦＲ１ａ－ＣＤＲ１ａ－ＦＲ２ａ－ＣＤＲ２ａ－ＦＲ３ａ－ＣＤＲ３ａ－ＦＲ４ａ
を含み、
式中、
ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４は、各フレームワーク領域であり；
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、各相補性決定領域であり；
ＦＲ１ａ、ＦＲ２ａ、ＦＲ３ａおよびＦＲ４ａは、各フレームワーク領域であり；
ＣＤＲ１ａ、ＣＤＲ２ａおよびＣＤＲ３ａは、各相補性決定領域であり；
相補性決定領域のいずれかの配列は、以下の表１に記載されるアミノ酸配列を有する（例えばCDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、CDRL3）、抗原結合部位を提供する。好ましくは、フレームワーク領域は、各抗体由来の様々なフレームワーク領域をアライメントすることによって決定できる特定の残基におけるアミノ酸バリエーションを含む、以下の表１にも記載されるアミノ酸配列を有する。本発明はまた、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３が、ＶＨからの配列であり、ＣＤＲ１ａ、ＣＤＲ２ａおよびＣＤＲ３ａが、ＶＬからの配列である場合、またはＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３が、ＶＬからの配列であり、ＣＤＲ１ａ、ＣＤＲ２ａおよびＣＤＲ３ａが、ＶＨからの配列である場合も含む。
リンカーは、本明細書において定義されるように、化学的な１つ以上のアミノ酸（ポリペプチドを含む）であってもよいし、または２つのシステイン残基の間に形成されたジスルフィド結合であってもよい。
別の態様において、抗原結合部位は、配列番号１、１７または３３のいずれか１つによる重鎖相補性決定領域１（CDRH1）、配列番号２、１８または３４のいずれか１つによるＣＤＲＨ２、および配列番号３、１９または３５のいずれか１つによるＣＤＲＨ３を含む。別の態様において、抗原結合部位は、配列番号１、１７または３３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号２、１８または３４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ２；および配列番号３、１９または３５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ３を含む。
別の態様において、抗原結合部位は、配列番号１５、３１または６１のいずれか１つの重鎖可変領域を含む。さらなる態様において、抗原結合部位は、配列番号１５、３１または６１のいずれか１つに記載の重鎖可変領域に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む。
いずれかの態様において、抗原結合部位は、配列番号３９または７４による軽鎖相補性決定領域１（CDRL1）、配列番号４０または７５によるＣＤＲＬ２、および配列番号４１または７６によるＣＤＲＬ３を含む。別の態様において、抗原結合部位は、配列番号３９または７４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号４０または７５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ２、および配列番号４１または７６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ３を含む。
別の態様において、抗原結合部位は、配列番号６３または７３の軽鎖可変領域を含む。さらなる態様において、抗原結合部位は、配列番号６３または７３に記載の軽鎖可変領域に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む。
一態様において、抗原結合部位は、（Ｎ末端からＣ末端またはＣ末端からＮ末端の順番で）配列番号１５および６３または配列番号１５および７３のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる。
一態様において、抗原結合部位は、（Ｎ末端からＣ末端またはＣ末端からＮ末端の順番で）配列番号３１および６３または配列番号３１および７３のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる。
一態様において、抗原結合部位は、（Ｎ末端からＣ末端またはＣ末端からＮ末端の順番で）配列番号６１および６３または配列番号６１および７３のアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる。
本発明はまた、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位であって、抗原結合ドメインは、ＨＩＶ－１に結合するかまたはそれに特異的に結合し、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号１に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む相補性決定領域（CDR）１、配列番号２に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号１５に記載の配列に、少なくとも約９５％または９６％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含むＶＨ；
（ｉｉｉ）配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｉｖ）配列番号６３または７３に記載の配列に、少なくとも約９５％同一な配列を含むＶＬ；
（ｖ）配列番号１に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号２に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｖｉ）配列番号１５に記載の配列を含むＶＨ；
（ｖｉｉ）配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｖｉｉｉ）配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ；
（ｉｘ）配列番号１に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号２に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；および配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；または
（ｘ）配列番号１５に記載の配列を含むＶＨ、および配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ
の少なくとも１つを含む、抗原結合部位も提供する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号５３または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；
（ｉｉｉ）配列番号７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｖ）配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
（ｖ）配列番号７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；ならびに配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
の少なくとも１つをさらに含む。
本発明はまた、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位であって、抗原結合ドメインは、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に結合するかまたはそれに特異的に結合し、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号１７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む相補性決定領域１（CDRH1）、配列番号１８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ２、および配列番号１９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ３を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号３１に記載の配列に、少なくとも約９５％または９６％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含むＶＨ；
（ｉｉｉ）配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｉｖ）配列番号６３または７３に記載の配列に、少なくとも約９５％同一な配列を含むＶＬ；
（ｖ）配列番号１７に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１８に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１９に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｖｉ）配列番号３１に記載の配列を含むＶＨ；
（ｖｉｉ）配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｖｉｉｉ）配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ；
（ｉｘ）配列番号１７に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１８に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１９に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；ならびに配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７５または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；または
（ｘ）配列番号３１に記載の配列を含むＶＨ、および配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ
の少なくとも１つを含む、抗原結合部位も提供する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号２３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号２４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号２５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号２６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号５３または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；
（ｉｉｉ）配列番号２３に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号２４に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号２５に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号２６に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｖ）配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
（ｖ）配列番号２３に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号２４に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号２５に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号２６に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；ならびに配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
の少なくとも１つをさらに含む。
本発明はまた、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位であって、抗原結合ドメインは、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に結合するかまたはそれに特異的に結合し、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号３３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む相補性決定領域（CDR）１、配列番号３４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号６１に記載の配列に、少なくとも約９５％または９６％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含むＶＨ；
（ｉｉｉ）配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｉｖ）配列番号６３または７３に記載の配列に、少なくとも約９５％同一な配列を含むＶＬ；
（ｖ）配列番号３３に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号３４に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３５に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｖｉ）配列番号６１に記載の配列を含むＶＨ；
（ｖｉｉ）配列番号３９、７４または８３に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７５または８４に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７６または８５に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｖｉｉｉ）配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ；
（ｉｘ）配列番号３３に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号３４に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３５に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；ならびに配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号４０、７４または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号４１、７５または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；または
（ｘ）配列番号６１に記載の配列を含むＶＨ、および配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ
の少なくとも１つを含む、抗原結合部位も提供する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号４５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号４６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号４７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号４８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号５３または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；
（ｉｉｉ）配列番号４５に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号４６に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号４７に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号４８に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｖ）配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
（ｖ）配列番号４５に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号４６に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号４７に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号４８に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；ならびに配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
の少なくとも１つをさらに含む。
別の態様において、抗原結合部位は、配列番号８７、１０１または１１５のいずれか１つに記載の配列による重鎖相補性決定領域１（CDRH1）、配列番号８８、１０２、１１６または１２９のいずれか１つに記載の配列によるＣＤＲＨ２、および配列番号８９、１０３、１１７、または１３０のいずれか１つに記載の配列によるＣＤＲＨ３を含む。別の態様において、抗原結合部位は、配列番号８７、１０１または１１５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ１、配列番号８８、１０２、１１６または１２９のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ２；および配列番号８９、１０３、１１７、または１３０のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ３を含む。
いずれかの態様において、抗原結合部位は、配列番号１３１または７４に記載の配列による軽鎖相補性決定領域１（CDRL1）、配列番号１３２または７５に記載の配列によるＣＤＲＬ２、および配列番号１３３または７６に記載の配列によるＣＤＲＬ３を含む。別の態様において、抗原結合部位は、配列番号１３１または７４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号１３２または７５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ２および配列番号１３３または７６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ３を含む。
本発明はまた、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位であって、抗原結合ドメインは、ＨＩＶ－１に結合するかまたはそれに特異的に結合し、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号８７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む相補性決定領域（CDR）１、配列番号８８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号８９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号１５に記載の配列に、少なくとも約９５％または９６％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含むＶＨ；
（ｉｉｉ）配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｉｖ）配列番号６３または７３に記載の配列に、少なくとも約９５％同一な配列を含むＶＬ；
（ｖ）配列番号８７に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号８８に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号８９に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｖｉ）配列番号１５に記載の配列を含むＶＨ；
（ｖｉｉ）配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｖｉｉｉ）配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ；
（ｉｘ）配列番号８７に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号８８に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号８９に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；および配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；または
（ｘ）配列番号１５に記載の配列を含むＶＨ、および配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ
の少なくとも１つを含む、抗原結合部位も提供する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号９３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号９４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号９５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号９６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号１３７または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；
（ｉｉｉ）配列番号９３に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号９４に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号９５に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号９６に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｖ）配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
（ｖ）配列番号９３に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号９４に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号９５に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号９６に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；ならびに配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
の少なくとも１つをさらに含む。
本発明はまた、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位であって、抗原結合ドメインは、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に結合するかまたはそれに特異的に結合し、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号１０１に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む相補性決定領域１（CDRH1）、配列番号１０２に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ２、および配列番号１０３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＨ３を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号３１に記載の配列に、少なくとも約９５％または９６％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含むＶＨ；
（ｉｉｉ）配列番号１３１、７４または８３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｉｖ）配列番号６３または７３に記載の配列に、少なくとも約９５％同一な配列を含むＶＬ；
（ｖ）配列番号１０１に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１０２に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１０３に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｖｉ）配列番号３１に記載の配列を含むＶＨ；
（ｖｉｉ）配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｖｉｉｉ）配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ；
（ｉｘ）配列番号１０１に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１０２に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１０３に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；ならびに配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７５または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；または
（ｘ）配列番号３１に記載の配列を含むＶＨ、および配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ
の少なくとも１つを含む、抗原結合部位も提供する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号１０７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号１０８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１０９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１１０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号１３７または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；
（ｉｉｉ）配列番号１０７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１０８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１０９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１１０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｖ）配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
（ｖ）配列番号１０７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１０８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１０９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１１０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；ならびに配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
の少なくとも１つをさらに含む。
本発明はまた、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位であって、抗原結合ドメインは、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に結合するかまたはそれに特異的に結合し、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号１１５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む相補性決定領域（CDR）１、配列番号１１６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１１７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号６１に記載の配列に、少なくとも約９５％または９６％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含むＶＨ；
（ｉｉｉ）配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｉｖ）配列番号６３または７３に記載の配列に、少なくとも約９５％同一な配列を含むＶＬ；
（ｖ）配列番号１１５に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１１６に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１１７に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；
（ｖｉ）配列番号６１に記載の配列を含むＶＨ；
（ｖｉｉ）配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；
（ｖｉｉｉ）配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ；
（ｉｘ）配列番号１１５に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１１６に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１１７に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；ならびに配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号１３２、７４または８４のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号１３３、７５または８５のいずれか１つに記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬ；または
（ｘ）配列番号６１に記載の配列を含むＶＨ、および配列番号６３または７３に記載の配列を含むＶＬ
の少なくとも１つを含む、抗原結合部位も提供する。
本発明のいずれかの態様において、抗原結合ドメインは、
（ｉ）配列番号１２１に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号１２２に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１２３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１２４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｉ）配列番号１３７または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；
（ｉｉｉ）配列番号１２１に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１２２に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１２３に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１２４に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
（ｉｖ）配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
（ｖ）配列番号１２１に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１２２に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１２３に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１２４に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；ならびに配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
の少なくとも１つをさらに含む。
抗原結合部位は、本明細書に記載される場合、
（ｉ）単一ドメイン抗体（sdAb）；
（ｉｉ）単鎖Ｆｖ断片（scFv）；
（ｉｉｉ）二量体ｓｃＦｖ（ジ-scFv）；
（ｉｖ）抗体の定常領域、Ｆｃまたは重鎖定常ドメイン（CH）２および／もしくはＣＨ３に連結された（ｉｉ）または（ｉｉｉ）の１つ；
（ｖ）免疫エフェクター細胞に結合するタンパク質に連結された（ｉ）～（ｉｖ）の１つ；
（ｖｉ）修飾された免疫細胞受容体、例えば修飾されたＴ細胞受容体に連結された（ｉ）～（ｉｖ）の１つ；または
（ｖｉｉ）キメラ抗原受容体（CAR）またはバリアントＴ細胞受容体の状況下における(in the context of)（ｉ）～（ｉｖ）の１つ
の形態であってもよい。
さらに、抗原結合部位は、本明細書に記載される場合、
（ｉ）ダイアボディ；
（ｉｉ）トリアボディ；
（ｉｉｉ）テトラボディ；
（ｉｖ）Ｆａｂ；
（ｖ）Ｆ（ａｂ’）２；
（ｖｉ）Ｆｖ；
（ｖｉｉ）二重特異性抗体または多重特異性抗体の他の形態；
（ｖｉｉｉ）抗体の定常領域、Ｆｃまたは重鎖定常ドメイン（CH）２および／もしくはＣＨ３に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；または
（ｉｘ）免疫エフェクター細胞に結合するタンパク質に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；
（ｘ）免疫エフェクター細胞に結合するタンパク質に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；
（ｘｉ）修飾された免疫細胞受容体、例えば修飾されたＴ細胞受容体に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；または
（ｘｉｉｉ）キメラ抗原受容体（CAR）またはバリアントＴ細胞受容体の状況下における（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ
の形態であってもよい。
前述の抗原結合部位は、抗体の抗原結合ドメインとも称することができる。さらにその上、本明細書に記載されるいずれの実施形態または態様においても、用語「抗原結合部位」は、用語「抗原結合タンパク質」と同義的に使用することができる。したがって、本発明は、本明細書に記載される定義された特徴および配列を有する抗原結合タンパク質、またはその抗原結合断片に関することが理解されるであろう。
本発明のいずれかの態様において、本明細書に記載される抗原結合部位は、抗体またはその抗原結合断片である。好ましくは、抗原結合部位は、抗体、好ましくはモノクローナル抗体である。
抗原結合部位は、本明細書で使用される場合、可変ドメインであり得る。
本発明はまた、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含むヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、前記軽鎖可変領域は、配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３を含み；前記重鎖可変領域は、配列番号１に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号２に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号３に記載のＣＤＲ Ｈ３を含む、抗体も提供する。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号６３または７３の配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号１５の配列を含む重鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号５３または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号５４または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号５５または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号５６または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号７に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号８に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号９に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号１０に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む。
本発明はまた、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含むヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、前記軽鎖可変領域は、配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３を含み；前記重鎖可変領域は、配列番号１７に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号１８に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号１９に記載のＣＤＲ Ｈ３を含む、抗体も提供する。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号６３または７３の配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号３１の配列を含む重鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号５３または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号５４または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号５５または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号５６または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号２３に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号２４に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号２５に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号２６に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む。
本発明はまた、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含むヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、前記軽鎖可変領域は、配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３を含み；前記重鎖可変領域は、配列番号３３に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号３４に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号３５に記載のＣＤＲ Ｈ３を含む、抗体も提供する。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号６３または７３の配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号６１の配列を含む重鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号５３または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号５４または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号５５または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号５６または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号４５に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号４６に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号４７に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号４８に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む。
本発明はまた、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含むヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、前記軽鎖可変領域は、配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３を含み；前記重鎖可変領域は、配列番号８７に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号８８に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号８９に記載のＣＤＲ Ｈ３を含む、抗体も提供する。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号１３７または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号１３８または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号１３９または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号１４または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号９３に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号９４に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号９５に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号９６に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む。
本発明はまた、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含むヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、前記軽鎖可変領域は、配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３を含み；前記重鎖可変領域は、配列番号１０１に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号１０２に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号１０３に記載のＣＤＲ Ｈ３を含む、抗体も提供する。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号１３７または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号１３８または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号１３９または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号１４０または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号１０７に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号１０８に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号１０９に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号１１０に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む。
本発明はまた、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含むヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、前記軽鎖可変領域は、配列番号１３１、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号１３２、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号１３３、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３を含み；前記重鎖可変領域は、配列番号１１５に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号１１６に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号１１７に記載のＣＤＲ Ｈ３を含む、抗体も提供する。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号１３７または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号１３８または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号１３９または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号１４０または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明のいずれかの態様において、ＨＩＶ－１抗体は、配列番号１２１に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号１２２に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号１２３に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号１２４に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む。
いずれかの態様または実施形態において、抗体は、裸の抗体である。具体的には、抗体は、コンジュゲートしていない形態であり、コンジュゲートを形成するように適応していない。
本明細書における、ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に「結合する」タンパク質または抗体への言及は、ＨＩＶ－１に「特異的に結合する（binds specifically to）」または「特異的に結合する（specifically binds to）」タンパク質または抗体のための文字上の支持を提供する。
本発明はまた、前述の抗体の抗原結合ドメインまたは抗原結合断片も提供する。
本発明はまた、本明細書に記載される抗原結合部位、免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ（単一ドメイン抗体）、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、または多重特異性抗体を含む融合タンパク質も提供する。
本発明はまた、標識または細胞傷害性物質にコンジュゲートした、本明細書に記載される抗原結合部位、免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、もしくは多重特異性抗体、または融合タンパク質の形態のコンジュゲートも提供する。
本発明はまた、本明細書に記載される抗原結合部位、免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、もしくは多重特異性抗体、融合タンパク質、またはコンジュゲートへの結合のための抗体も提供する。
本発明はまた、本明細書に記載される抗原結合部位、免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、もしくは多重特異性抗体、融合タンパク質、またはコンジュゲートをコードする核酸も提供する。いずれかの実施形態において、核酸は、以下の表１に記載される相補性決定領域（例えばＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、および／またはＣＤＲＬ３）のいずれかのヌクレオチド配列を含む。好ましくは、核酸は、特定の残基におけるアミノ酸バリエーションを含む以下の表１に記載されるフレームワーク領域（例えばFRH1、FRH2、FRH3、FRH4、FRL1、FRL2、FRL3および/またはFRL4）、のいずれかのヌクレオチド配列をさらに含み、このようなバリエーションは、各抗体由来の様々なフレームワーク領域をアライメントすることによって決定できる。
一例において、このような核酸は、発現構築物に含まれ、それにおいて核酸は、プロモーターに作動可能に連結されている。このような発現構築物は、ベクター、例えば、プラスミドの形態であってもよい。
単一のポリペプチド鎖の抗原結合部位に向けられた本発明の例において、発現構築物は、そのポリペプチド鎖をコードする核酸に連結されたプロモーターを含んでいてもよい。
抗原結合部位を形成する複数のポリペプチド鎖に向けられた例において、発現構築物は、例えば、プロモーターに作動可能に連結したＶＨを含むポリペプチドをコードする核酸、および例えば、プロモーターに作動可能に連結したＶＬを含むポリペプチドをコードする核酸を含む。
別の例において、発現構築物は、バイシストロン性発現構築物であり、例えば、５’から３’の順番で、以下の作動可能に連結した成分：
（ｉ）プロモーター；
（ｉｉ）第１のポリペプチドをコードする核酸；
（ｉｉｉ）内部リボソーム進入部位；および
（ｉｖ）第２のポリペプチドをコードする核酸
を含むバイシストロン性発現構築物であり、
第１のポリペプチドはＶＨを含み、第２のポリペプチドはＶＬを含むか、またはその逆である。
本発明はまた、別々の発現構築物であって、そのうちの一方がＶＨを含む第１のポリペプチドをコードし、他方がＶＬを含む第２のポリペプチドをコードする、発現構築物も予期する。例えば、本発明はまた、
（ｉ）プロモーターに作動可能に連結したＶＨを含むポリペプチドをコードする核酸を含む第１の発現構築物；および
（ｉｉ）プロモーターに作動可能に連結したＶＬを含むポリペプチドをコードする核酸を含む第２の発現構築物
を含む組成物も提供する。
本発明は、本明細書に記載されるベクターまたは核酸を含む細胞を提供する。好ましくは、細胞は、単離されているか、実質的に精製されているか、または組換えである。一例において、細胞は、本発明の発現構築物、または：
（ｉ）プロモーターに作動可能に連結したＶＨを含むポリペプチドをコードする核酸を含む第１の発現構築物；および
（ｉｉ）プロモーターに作動可能に連結したＶＬを含むポリペプチドをコードする核酸を含む第２の発現構築物
を含み、
第１および第２のポリペプチドが会合して、本発明の抗原結合部位を形成する。
本発明の細胞の例としては、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞またはヒト細胞を含む哺乳類細胞が挙げられる。
本発明はまた、本明細書に記載される、抗原結合部位、またはＣＤＲおよび／もしくはＦＲ配列、もしくは本明細書に記載される免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ（単一ドメイン抗体）、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、もしくは多重特異性抗体、融合タンパク質、もしくはコンジュゲート、および医薬的に許容される担体、希釈剤もしくは賦形剤を含む医薬組成物も提供する。
本発明はまた、本明細書に記載される、抗原結合部位、またはＣＤＲおよび／もしくはＦＲ配列、もしくは本明細書に記載される抗原結合部位、免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、もしくは多重特異性抗体、融合タンパク質もしくはコンジュゲート、希釈剤および任意選択で標識を含む、診断組成物も提供する。
本発明はまた、本明細書に記載される、抗原結合部位、またはＣＤＲおよび／もしくはＦＲ配列、または本明細書に記載される免疫グロブリン可変ドメイン、抗体、ｄａｂ、ジ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、もしくは多重特異性抗体、融合タンパク質もしくはコンジュゲートを含む、キットもしくは製造品も提供する。
本明細書に記載される抗原結合部位、タンパク質または抗体は、好ましくは、ヒト定常領域、例えば、ＩｇＧ定常領域、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３もしくはＩｇＧ４定常領域またはそれらの混合物を含み、好ましくはＩｇＧ１定常領域を含む。ＶＨおよびＶＬを含む抗体またはタンパク質の場合、ＶＨは、ヒト重鎖定常領域に連結されていてもよいし、ＶＬは、ヒト軽鎖定常領域に連結されていてもよい。
本明細書に記載される抗体のＣＤＲおよびＦＲの境界を決定するために、Ｓｔａｎｆｉｅｌｄ、ＷｉｌｓｏｎおよびＳｍｉｄｅｒに記載される手法に従った（Stanfield, Wilson and Smider Sci Immunol. （2016） Jul; 1（1）: aaf7962）。当業者は、どのように代替方法を使用して本明細書に記載される抗体のＣＤＲおよびＦＲの境界を同定するかを理解しているであろう。
本発明の抗原結合部位の機能的な特徴は、必要な変更を加えて本発明の抗原結合ドメインまたは抗体に適用するために考慮されるであろう。
本明細書に記載される抗原結合部位は、精製されていてもよいし、実質的に精製されていてもよいし、単離されていてもよいし、および／または組換えであってもよい。
本発明の抗原結合部位は、本発明の抗原結合部位を発現するハイブリドーマを増殖させた培地から採取した上清の一部であってもよい。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位に結合するエピトープが提供される。一態様において、エピトープは、ｇｐ１２０のＣ３ドメインのＣＤ４結合部位（CD4bs）、Ｃ４ ｇｐ１２０タンパク質のβ２３ドメインおよび／またはｇｐ１２０のＣ５ドメインのβ２４－α５接続の内部に配置されている。別の態様において、エピトープは、ｇｐ１２０の残基３６６、３７１、４５７および４７１を含む。さらに別の態様において、エピトープは、ｇｐ１２０の、残基３６６および４７１、好ましくは残基４７１を含む。
本発明のいずれかの態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、自己抗原に対して実質的に多反応性または自己反応性がない。さらなる態様において、本明細書に記載される抗原結合部位のいずれも、Ｕ１－ＲＮＰ、ｓｎＲＮＰ／Ｓｍ、Ｓｍ、ＳＳ＿Ａ、ＳＳ－Ｂ、Ｓｃｌ－７０、ＣｅｎｐＢおよびＪｏ－１の１つ以上を含むヒト自己抗原に対して、実質的に多反応性または自己反応性を示さない。
本発明の一態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、配列番号７０および７１によるＶＨおよびＶＬを含む抗体の少なくとも３０倍、４０倍、５０倍またはそれより高い効力でＨＩＶ－１を中和することが可能である。別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、配列番号７２および７３によるＶＨおよびＶＬを含む抗体の少なくとも１０倍またはそれより高い効力でＨＩＶ－１を中和することが可能である。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、少なくとも１つのクレード、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたはそれより多くのクレードのＨＩＶ－１種を中和することが可能である。別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、クレードＡ、Ｂ、Ｃ、ＡＣ、Ｇ、ＣＲＦ０７＿ＢＣまたはＣＦＲ０１＿ＡＥの１つ以上に属するＨＩＶ－１種を中和することが可能である。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、ＭＮ、６５３５、ＨＸＢ－２、ＱＨ０６９２、ｐＲＥＪＯ４５４１、ｐＲＨＰＡ４２５９、ＡＤ８、ＪＲＣＳＦ、ＹＵ－２、ＺＭ５３Ｍ．ＰＢ１２、Ｘ２２７８およびＴＲＯ１１からなるリストから選択されるクレードＢに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、ＢＧ５０５および３９８Ｆ１を含むクレードＡに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、Ｄｕ１５６、ＺＭ１３５Ｍ．ＰＬ１０ａ、ＣＡＰ２１０．２００．Ｅ８、ＣＡＰ４５．２．００．Ｇ３、２５７１０、ＣＥ１１７６およびＣＥＯ２１７を含む、好ましくは２５７１０、ＣＥ１１７６およびＣＥＯ２１７を含むクレードＣに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、Ｘ１６３２を含むクレードＧに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である。
別の態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、ＣＮＥ８およびＣＮＥ５５を含む、好ましくはＣＮＥ５５を含むクレードＣＲＦ０１＿ＡＥに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である。
別の態様において、抗原結合部位は、本明細書に記載される、または当業界において公知のＨＩＶ－１株のいずれかの変異していない抗原に結合するかまたはそれに特異的に結合する。
好ましい態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位は、上述したＨＩＶ－１種の少なくとも６０％、少なくとも６５％または少なくとも７０％を中和することが可能である。
本発明の別の態様において、本明細書の例で概説した通りの１つ以上の工程を含む、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位を生産する方法が提供される。一態様において、本方法は、抗原結合部位または抗体の発現に好適な条件下で、本明細書に記載される抗原結合部位または抗体をコードする核酸を発現させる工程を含む。
本発明のいずれかの態様において、それを必要とする対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害するための方法であって、有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位を対象に投与し、それによって、それを必要とする対象におけるＨＩＶ－１感染を処置する、防止する、または阻害することを含む方法が提供される。
別の態様において、本発明は、それを必要とする対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を中和するための方法であって、有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位を対象に投与し、それによって、それを必要とする対象におけるＨＩＶ－１感染を中和することを含む方法を提供する。
いずれかの態様において、本方法は、ＨＩＶ－１感染を有する対象の同定をさらに含んでいてもよい。ＨＩＶ－１感染の存在は、血液、痰および／もしくは尿中の検出可能なＨＩＶ－１ウイルス負荷量、またはＨＩＶ－１感染に応答して対象によって生産された検出可能な抗体を含む当業界におけるあらゆる公知の手段によって決定することができる。一態様において、ＨＩＶ－１感染を有する対象はまた、頭痛、発熱、疲れ、腫れたリンパ節、咽頭痛、鵞口瘡、発疹、筋肉および関節痛、口中の潰瘍、寝汗および／または下痢、呼吸困難、咳、体重の減少、吐き気、口中の白斑、生殖器のただれ、疲労、肺炎および認知力低下を含む１つ以上の症状も提示する可能性がある。
いずれかの態様において、本明細書に記載される抗原結合部位は、当業界において公知の、または本明細書に記載されるＨＩＶ－１感染に関連する１つ以上の症状を低減させることが可能である。
一態様において、対象は、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（NRTI）、例えばアバカビル、エムトリシタビン、ラミブジン、フマル酸テノホビルジソプロキシル、ジドブジン；非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（NNRTI）、例えばドラビリン、エファビレンズ、エトラビリン、ネビラピンまたはリルピビリン；プロテアーゼ阻害剤、例えばアタザナビル、ダルナビル、ホスアンプレナビル、リトナビル、サキナビルまたはチプラナビルなど；融合阻害剤、例えばエンフビルタイド；ＣＣＲ５アンタゴニスト、例えばマラビロク、インテグラーゼ阻害剤、例えばドルテグラビルおよびラルテグラビル（raltgravir）など；付着後阻害剤、例えばイバリズマブ－ｕｉｙｋ（ibalixumab-uiyk）、薬物動態学的なエンハンサー、例えばコビシスタットおよびそれらの併用療法など、または当業界において公知の組合せＨＩＶ薬を含むＨＩＶ－１感染のための処置を受けていてもよい。この態様において、抗原結合部位および処置は、逐次的に送達されてもよいし、または同時に送達されてもよい。
本発明のいずれかの態様において、本明細書に記載される抗原結合部位は、局所的、経口的、静脈内、筋肉内または皮膚に送達することができる。別の態様において、抗原結合部位は、１回、２回、３回、４回、５回、６回またはそれより多くの回数で投与してもよい。
いずれかの態様において、本発明は、対象の生存を長くするための方法であって、有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位を対象に投与し、それによってそれを必要とする対象の生存を長くすることを含む方法を提供する。
本発明の一態様において、対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害するための医薬の調製における有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位の使用が提供される。
さらなる態様において、
－ 対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を中和するため；および／または
－ ＨＩＶ－１感染を有する対象の生存を長くするため
の医薬の調製における有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位の使用が提供される。
本発明の一態様において、対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害するための有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位の使用が提供される。
別の態様において、対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害することにおける使用のための有効量の本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位が提供される。
本発明のいずれかの態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位、および医薬的に許容される担体、希釈剤または賦形剤を含む組成物が提供される。
本発明のいずれかの態様において、本明細書に記載されるいずれかの抗原結合部位の量は、約０．１～約１００μｇ、約０．１～約２５０μｇ、約０．１～約５００μｇ、約０．１～約７５０μｇ、約０．１～約１０００μｇ、約０．１～約０．２５ｍｇ、約０．１～約０．５ｍｇ、約０．１～約０．７５ｍｇ、約０．１～約１．０ｍｇ、約０．１～約１．２５ｍｇまたは約０．１～約１．５ｍｇ、約０．１～約１０ｍｇ、約０．１～約５０ｍｇ、約０．１～約１００ｍｇ、約０．１～約１５０ｍｇ、約０．１～約２００ｍｇ、約０．１～約２５０ｍｇ、約０．１～約３００ｍｇ、約０．１～約３５０ｍｇ、約０．１～約４００ｍｇ、約０．１～約４５０ｍｇ、約０．１～約５００ｍｇ、約０．１～約５５０ｍｇ、約０．１～約６００ｍｇ、約０．１～約６５０ｍｇ、約０．１～約７００ｍｇ、約０．１～約７５０ｍｇ、約０．１～約８００ｍｇ、約０．１～約８５０ｍｇ、約０．１～約９００ｍｇ、約０．１～約９５０ｍｇ、約０．１～約１０００ｍｇの範囲内の用量で投与されてもよい。
本発明はまた、本明細書に記載されるベクターまたは核酸分子を含む細胞も提供する。
本明細書で使用される場合、文脈上それ以外に解釈すべき場合を除き、用語「含む（comprise）」およびこの用語の変化形、例えば「含むこと（comprising）」、「含む（comprises）」および「含まれる（comprised）」は、さらなる添加剤、成分、整数または工程を排除することが意図されない。
本発明のさらなる態様および前の段落に記載される態様のさらなる実施形態は、一例として、さらに添付の図面を参照しながら、以下の説明から明らかであろう。
妊娠中のウシのワクチン接種レジメンおよびクレードＡワクチンを接種したウシからのクロスクレード中和抗体の単離を示す図である。（Ａ）ウシを、第０週、７週、１５週、３８週および５４週に、Ｓｅｐｐｉｃ Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ（ISA206）アジュバント中で製剤化されたＨＩＶ Ｅｎｖ抗原で皮下において免疫化した。スキームで指定された週に血液サンプリングを実行した。ウシ＃１（本明細書ではウシ＃６１７とも称される）に、ＫＮＨ１１４４ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０およびＢＧ５０５ ｇｐ１４０をワクチン接種し、一方でウシ＃２（本明細書ではまたウシ＃８４３４とも称される）および＃３（本明細書ではまたウシ＃３５とも称される）に、ＡＤ８非切断ｇｐ１４０をワクチン接種し、続いてそれぞれＢＧ５０５非切断ｇｐ１４０およびＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０をワクチン接種した。 （Ｂ）クレードＡでのウシのワクチン接種およびクレードＢのＨＩＶウイルスでのＢ細胞ソーティングは、有力なＢｒＮＡｂの単離をもたらした。 （Ｃ）ウシＰＢＭＣを、ＰＥおよびＡＰＣフルオロフォアにコンジュゲートしたビオチン化ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ－ＡｖｉＴａｇに結合したＩｇＧ＋細胞に関してソーティングした。 （Ｄ）ウシＢｒＮＡｂは、列１および列２のウイルスに対して有力なクロスクレード中和を示した。 （Ｅ）ワクチン接種したウシの血清中のウシＩｇＧの自己Ｅｎｖ結合。直接のＥＬＩＳＡによってＥｎｖワクチンに対する結合を測定した。 （Ｆ）クレードＡ、ＢおよびＣ、ならびに列１Ａ、１Ｂおよび２からの７つのシュードウイルスに対する中和アッセイを実行した；陰性対照として、ＭｕＬＶシュードウイルスを使用した。値は、ＩＤ５０を示す。ヒートマップスケールは、ＩＤ５０＝１０の値（白色の値）から、ＩＤ５０＝１０００で達成された最大の中和（赤色の値）まで中和を示さなかった。 ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ三量体の設計および特徴付けを示す図である。（Ａ）成熟ＡＤ８ ｇｐ１６０、ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１（６６４位におけるＣ末端における６ｘＨｉｓ、Ｄ７３２４、またはＡｖｉタグのいずれかを有する）、およびｇｐ１２０の直線状の表示。全てのＥｎｖを、それらの野生型シグナルペプチドを用いて発現させた。ＳＯＳＩＰ ｖ４．１突然変異を、これまでに記載された通りに導入した（de Taeye, S.W., et al., Cell, 2015. 163（7）: p. 1702-15）。 （Ｂ）Ｓｕｐｅｒｄｅｘ Ｓ２００ １６／６００カラムで泳動した２Ｇ１２で精製したＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１ ６×ＨｉｓのＳＥＣプロファイル。 （Ｃ）２Ｇ１２／ＳＥＣで精製した６×Ｈｉｓタグを有するＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１の３つの別個のロット（１～３と番号付けされた）の８～１６％トリス－グリシンゲルを使用したＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析。タンパク質を、還元剤有りまたは無しで泳動した。レーンＭに、スペクトラマルチカラー広範囲タンパク質ラダー（Spectra Multicolor Broad Range Protein Ladder）と共にローディングした。 （Ｄ）４～１６％ビストリスネイティブＰＡＧＥ（Bis-Tris NativePAGE）ゲルを使用したＢＮ－ＰＡＧＥ分析。Ａｖｉ、６×Ｈｉｓ（３つの別個のロット）、またはＤ７３２４タグを有する三量体ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１、加えて単量体ＡＤ８ ｇｐ１２０を分析した。レーンＭに、ネイティブマーク（NativeMark）未染色タンパク質標準と共にローディングした。（Ｃ）と（Ｄ）の両方については、ゲルをクーマシーブルーで染色した。 ヒトＢｒＮＡｂを使用したＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｖ４．１Ｈｉｓタグ（Ｅ）およびＤ７３２４タグ（Ｆ）での捕捉ＥＬＩＳＡ。 （Ｇ）小角Ｘ線散乱データ。 （Ｈ）新たにグロー放電した炭素コーティングされた銅グリッド上の１％酢酸ウラニルを使用した陰性染色。ＦＥＩ Ｔａｌｏｓ Ｌ１２０Ｃ顕微鏡で画像を撮った。ピクセルサイズ：１．９Å ７３０００×倍率。 （Ｉ）異なる見た目を示す２Ｄクラス。 （Ｊ）ＡＤ８－ＳＯＳＩＰの３Ｄ体積マップ。 抗ＨＩＶウシ抗体の単離のワークフローを示す図である。（Ａ）単離されたモノクローナル抗体の機能的なスクリーニング。増幅したウシ可変遺伝子を発現ベクターにクローニングし、一対の重鎖／軽鎖を発現するプラスミドを２９３細胞にコトランスフェクトした。モノクローナル抗体の発現を抗Ｆｃ ＥＬＩＳＡで確認し、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰへの結合を、Ｄ７３２４タグを有するＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１を使用した捕捉ＥＬＩＳＡで調査した。次いで精製された抗体を、ＴＺＭ－ｂｌ中和アッセイで評価した。１８４２および１８７２モノクローナル抗体の重鎖が、２１２９抗体の軽鎖と対になっていた。ｎＡｂ：中和抗体。 （Ｂ）捕捉ＥＬＩＳＡにおける精製されたウシｍＡｂのＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１への結合。 （Ａ）単離されたウシｍＡｂの重鎖のアライメントを示す図である。 （Ｂ）ＣＤＲＨ３配列ならびに２１２９、１８４２および１８７２ＣＤＲＨ３のアライメント。 ウシ抗体の中和プロファイルを示す図である。中和幅および効力に関する精製されたキメラウシ－ヒトｍＡｂの評価、（Ａ）ＩＣ５０。 （Ｂ）ＩＣ８０。 （Ｃ）クレードＡ、Ｂ、Ｃ、ＡＥ、ＢＣ、ＡＣおよびＧ ＨＩＶウイルスに対するウシＢｒＮＡｂの中和活性の類別。 （Ｄ）単離されたモノクローナル抗体における中和およびＥｎｖ結合の相関。ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ結合抗体の中和幅と中和活性（IC50）との相関。ウシ＃１からの抗体の中和幅と中和活性（IC50）との相関。ＡＤ８株に対するモノクローナル抗体のＩＣ５０とＥＣ５０との相関。 （Ｅ）ＢｒＮＡｂ ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９の中和プロファイル。単離されたモノクローナルｍＡｂのＩＣ５０およびＩＣ８０値の、ＢｒＮＡｂ ＮＣ－ウシ１との比較。ＩＣ５０およびＩＣ８０値を使用した異なるＨＩＶクレードに対する中和活性の類別および比較。黒線は、相乗平均ＩＣ５０およびＩＣ８０を表す。 ウシモノクローナル抗体のエピトープマッピングを示す図である。（Ａ）ウシは、Ｅｎｖ結合に関してヒトＢｒＮＡｂと競合する。表は、ウシ抗体によるヒトＢｒＮＡｂのＥｎｖ結合阻害（パーセンテージ）を実証する値と共に競合ＥＬＩＳＡアッセイを示す。 （Ｂ）抗体ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９間の競合ＥＬＩＳＡは、これらの抗体が同じまたは近似するエピトープに結合することを示した。より高い阻害値は赤色で示され、阻害値が低くなるにつれて、より薄くオレンジ色の陰影が付けられる。データは２つの反復アッセイを代表するものである。 （Ｃ）ウシＢｒＮＡｂは、ＨＩＶ Ｅｎｖの異なる形態に結合する。ウシＢｒＮＡｂを直接ＥＬＩＳＡアッセイで試験して、それらのＥｎｖの異なる形態（単量体ｇｐ１２０、非切断ｇｐ１４０およびＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０）、加えて全てのＨＩＶ－１グループＭ単離株のコンセンサス配列をベースとしたＥｎｖ三量体であるＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰへの結合を評価した。 （Ｄ）溶解させたビリオンから捕捉したＡＤ８ ｇｐ１２０へのウシ抗体の結合に対するアラニン変異誘発の作用。ＥＬＩＳＡアッセイを、ＡＤ８ ＷＴ Ｅｎｖに対する各抗体の一定の最大半量有効濃度（EC50）を使用して実行した。星印はまた、ＷＴウイルスと比較した突然変異ウイルスに対する各抗体の有意な中和ＩＣ５０の増加も示す（１９８を除き全てのｍＡｂについて５倍）。比較のために、ＰＧＴ１２１（V3-グリカンエピトープ）およびｂ１２およびＶＲＣ０１（CD4bsエピトープ）を含めた。 ウシＢｒＮＡｂはＨＩＶ Ｅｎｖの異なる形態に結合することを示す図である。ウシＢｒＮＡｂを直接ＥＬＩＳＡアッセイで試験して、それらのＥｎｖの異なる形態（単量体ｇｐ１２０、非切断ｇｐ１４０およびＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０）、加えて全てのＨＩＶ－１グループＭ単離株のコンセンサス配列をベースとしたＥｎｖ三量体であるＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰへの結合を評価した。表形式のＥＣ５０値は、試験された各抗体ごとにμｇ／ｍｌの単位で提供される。データは２つの反復アッセイを代表するものである。 ＡＤ８ Ｅｎｖ突然変異体に対するモノクローナル抗体の相対的な結合親和性および中和活性のヒートマップを示す図である。（Ａ）ＡＤ８ Ｅｎｖ突然変異体に対するモノクローナル抗体の相対的な結合親和性のヒートマップ。ＥＬＩＳＡアッセイを、ＡＤ８ ＷＴ Ｅｎｖに対する各抗体の一定の最大半量有効濃度（EC50）を使用して実行した。比較のために、ＰＧＴ１２１（V3-グリカンエピトープ）ならびにｂ１２およびＶＲＣ０１（CD4bsエピトープ）を含めた。溶解させたウイルスの量／添加したＥｎｖの量を、２Ｇ１２捕捉ＥＬＩＳＡ結合に従って平衡化させた。２Ｇ１２によく結合しなかった突然変異体に対して、ＩｇＧポリクローナル血清（NIH、#3957）を使用した。 （Ｂ）ＡＤ８ Ｅｎｖ突然変異体に対するモノクローナル抗体の相対的な中和活性のヒートマップ。陰影は、０．００１μｇ／ｍｌ（明るい陰影）から１０μｇ／ｍｌ（暗い陰影）の範囲のＩＣ５０およびＩＣ８０における変化を指す。より薄い陰影の値は、低いＩＣ５０およびより優れた中和を示し、一方で、より暗い陰影の値は、高いＩＣ５０値およびより少ない中和活性を示す。陰影のない値は、＞４または＞１０の値を示し、Ｅｎｖへのその特定の突然変異を有するウイルスに関してＩＣ５０が達成できなかったことを意味する。比較のために、ＰＧＴ１２１（V3-グリカンエピトープ）ならびにｂ１２およびＶＲＣ０１（CD4bsエピトープ）を含めた。データは２つの反復アッセイを代表するものである。 ウシＢｒＮＡｂ多反応性の評価を示す図である。（Ａ）ヒト抗原に対する抗体多反応性の評価。ＥＬＩＳＡアッセイを、試験したｍＡｂからの１００μｇ／ｍｌの一定量を使用して、ヒト抗原に対して実行した。 （Ｂ）Ｈｅｐ－２細胞における多反応性試験。ウシＢｒＮＡｂ ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２、ＭＥＬ－２１２９およびＭＥＬ－１９８は、ヒトＨｅｐ－２細胞に対していかなる多反応性も示さなかった。２Ｆ５は、多反応性を有するヒト抗ＨＩＶ ＢｒＮＡｂであり、一方で抗ＨＩＶ ＢｒＮＡｂ ＰＧＴ１２１は、多反応性ではない。 ウシＢｒＮＡｂは異なる抗体軽鎖を使用してその機能を維持することを示す図である。Ａ．抗体ＮＣ－ウシ１の重鎖および軽鎖配列。 Ｂ．抗体２１２９およびＮＣ－ウシ１の可変軽鎖のアミノ酸配列アライメント；ならびに抗体ＮＣ－ウシ１；２１２９、１８７２および１８４２の可変重鎖のアミノ酸配列アライメント。 Ｃ．ウシＢｒＮＡｂを直接ＥＬＩＳＡアッセイで試験して、異なる可変軽鎖を使用して、それらのＥｎｖの単量体ｇｐ１２０形態への結合を評価した。 ＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂの重鎖および軽鎖配列の、生殖細胞系遺伝子とのアライメントを示す図である。ＩＧＬＶ３０生殖細胞系遺伝子、ＩＧＬＪ４＊０１生殖細胞系遺伝子、ＩＧＨＶ１－７＊０２生殖細胞系遺伝子、ＩＧＨＤ８－２＊０１生殖細胞系遺伝子、ＩＧＨＪ２～４＊０１生殖細胞系遺伝子のアライメント。 単離されたモノクローナル抗体の重鎖配列のアライメントを示す図である。 クロスクレードＨＩＶウイルスにおけるＣＤ４ｂｓ突然変異に対するウシＢｒＮＡｂの中和活性を示す図である。 ウシｂＮＡｂのＣＤ４ｂｓへの結合を示す図である。ＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ．６６４三量体（左上）に、Ｄループ（２７５～２８３：SNFTDNAKN）、ＣＤ４結合ループ（３６２～３７５：NQSSGGDPEIVMHS）、およびＶ５ループ（４５８～４６９：GGNNHNNDTETFR）からの残基が示される。ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ Ｖ４．１への抗体ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２、ＭＥＬ－２１２９およびＶＲＣ０１の結合部位残基も示される。
本明細書で開示および定義された発明は、本文または図面で述べられた、またはそれらから明白な個々の特徴の２つまたはそれより多くの全ての代替の組合せに及ぶことが理解されるであろう。これらの異なる組合せの全てが、本発明の様々な代替の態様を構成する。
本発明のさらなる態様および前の段落に記載される態様のさらなる実施形態は、一例として、さらに添付の図面を参照しながら、以下の説明から明らかであろう。
以下、本発明の特定の実施形態について詳細に述べる。本発明は実施形態と共に記載されることになるが、その意図は、これらの実施形態に本発明を限定することではないことが理解されるであろう。それとは逆に、本発明は、特許請求の範囲で定義される通りの本発明の範囲内に含まれ得る全ての代替案、改変、および均等物をカバーすることが意図される。
本発明者らは、本明細書において、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質に対する広域中和抗体（BrNAb）の生成に基づいたＨＩＶ－１感染の処置への新しい治療アプローチをもたらした。特に、本発明者らは、ウシＢｒＮＡｂに基づく抗原結合部位であって、Ｅｎｖタンパク質上に保存された深く埋め込まれた標的部位との密接な接触を生じるその長いフィンガー様のＣＤＲＨ３領域に起因してヒトＢｒＮＡｂより高い効力を有する、抗原結合部位を作製した。
本明細書において開発された抗原結合部位および抗体は、以下の技術的な利点の１つもしくは複数、またはそれらの全てに関連する：
・それらは、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質の保存されたエピトープを標的化することによって複数のＨＩＶ－１ウイルス株を中和することが可能な広域中和ＨＩＶ－１抗体である。
・それらは、ヒト定常領域およびウシ可変領域を含んでいてもよく、これはヒトにおける使用に有用性を提供する。
・それらは、感染性ビリオンおよび感染細胞上のＥｎｖ ｇｐ１２０単量体および三量体の多数のバリアントに結合する高親和性を有する。
・それらは、抗体ＶＲＣ０１などのＨＩＶ－１感染の処置に使用される商業的に入手可能な治療抗体より最大５０倍優れた効力を有することが示されている。
・それらは、単量体ｇｐ１２０、非切断ｇｐ１４０およびＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０などのＨＩＶ－１ Ｅｎｖの複数の形態に結合することが可能である。
・それらは、全てのＨＩＶ－１グループＭ単離株に共通のコンセンサス配列を有するＥｎｖ三量体ＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰに結合することが可能である。
・それらは、ＩＣ５０値によって示される場合、他のＨＩＶ－１抗体より低い濃度でＨＩＶ－１ウイルスを中和することができる。
・それらは、抗体ＶＲＣ０１とは異なり多反応性または自己反応性ではなく、それらの抗ＨＩＶ治療剤としての安全性が強調される。
・例えば本明細書に示される本発明の重鎖可変領域と共に異なる軽鎖可変領域を使用しても抗体の機能を保持するため、それらの活性は軽鎖可変領域に依存しない。
上記の利点は、本明細書に記載される抗原結合部位および抗体がＨＩＶ－１感染の防止、弱毒化、処置、中和および／または阻害において有用性を保持することをそれらが実証する限りは有意である。
全般
本明細書にわたり、特に別段の規定がない限り、または文脈上それ以外に解釈すべき場合を除き、単一の工程、物質の組成物、工程のグループまたは物質の組成物のグループへの言及は、１つおよび複数の（すなわち１つ以上の）そのような工程、物質の組成物、工程のグループまたは物質の組成物のグループを包含すると解釈されるものとする。したがって、本明細書で使用される場合、単数形「１つの（a）」、「１つの（an）」および「その（the）」は、文脈上明らかに別段の指示がない限り、複数形の態様を含み、逆もまた同様である。例えば、「１つの（a）」への言及は、単一であることに加えて２つまたはそれより多くであることを含み；「１つの（an）」への言及は、単一であることに加えて２つまたはそれより多くであることを含み；「その（the）」への言及は、単一であることに加えて２つまたはそれより多くなどであることを含む。
当業者は、本発明が具体的に記載されたもの以外のバリエーションおよび改変を許容できることを理解しているであろう。本発明は、全てのこのようなバリエーションおよび改変を含むことが理解されるであろう。本発明はまた、個々に、または集合的に、本明細書で言及された、または示された工程、特徴、組成物および化合物の全て、ならびに前記工程または特徴のありとあらゆる組合せまたはいずれか２つもしくはそれより多くも含む。
当業者は、本明細書に記載されたものに類似した、または同等な多くの方法および材料を認識すると予想され、これらは、本発明の実施において使用できる。本発明は、記載された方法および材料にまったく限定されない。
本明細書で言及された特許および公報の全ては、参照によりそれら全体が本明細書に組み入れられる。
本発明は、本明細書に記載される具体的な例によって範囲を限定されず、このような例は、単に例証の目的を意図したものである。機能的に同等の生成物、組成物および方法は明らかに本発明の範囲内である。
本明細書に記載の本発明のいずれの例または実施形態も、特に別段の規定がない限り、必要な変更を加えて本発明の他のいずれかの例または実施形態に適用されると解釈されるものとする。
別段の具体的な規定がない限り、本明細書において使用される全ての専門用語や科学用語は、当該分野における（例えば、細胞培養、分子遺伝学、免疫学、免疫組織化学、タンパク質化学、および生化学における）当業者により一般的に理解されるのと同じ意味を有すると解釈されるものとする。
別段の指定がない限り、本発明の開示において利用される組換えタンパク質、細胞培養、および免疫学的な技術は、当業者周知の標準的手順である。このような技術は、Ｊ．Ｐｅｒｂａｌ、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９８４）、Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｕｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ （１９８９）、Ｔ．Ａ．Ｂｒｏｗｎ（編集者），Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，１巻および２巻，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ（１９９１）、Ｄ．Ｍ．ＧｌｏｖｅｒおよびＢ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ（編集者），ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ、１巻～４巻、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ（１９９５および１９９６）、およびＦ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（編集者），Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ．Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８、現在までの全てのアップデートを含む）、ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ編（編集者）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｕｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，（１９８８）、およびＪ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．（編集者）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（現在までの全てのアップデートを含む）などの情報源に記載の文献にわたり記載され、説明されている。
本明細書における可変領域およびその部分、免疫グロブリン、抗体およびその断片の説明および定義は、Ｋａｂａｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９８７および１９９１、Ｂｏｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４２，３０９－３２０，１９９４，Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７，１９８７，Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３４２，８７７－８８３，１９８９ならびに／またはＡｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２７３，９２７－９４８，１９９７における議論によってさらに明確にすることができる。
用語「および／または」、例えば、「Ｘおよび／またはＹ」は、「ＸおよびＹ」または「ＸまたはＹ」のいずれかを意味すると理解されるものとし、両方の意味またはどちらかの意味の明示的な支持を提供すると解釈されるものとする。
用語「～から導かれた」は、本明細書で使用される場合、特定された整数が、特定の源から得ることができるが、必ずしもその源から直接的でなくともよいことを示すと解釈されるものとする。
本明細書における範囲への言及、例えば残基の範囲への言及は、包括的であることが理解されるであろう。例えば、「アミノ酸５６～６５を含む領域」への言及は、包括的な方式であると理解され、すなわち、この領域は、特定された配列における５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４および６５と番号付けされたアミノ酸の配列を含むと理解されるであろう。
選択された定義
用語「ヒト免疫不全ウイルス１型」または「ＨＩＶ－１」は、本明細書で提供される場合、ＨＩＶ－１の天然に存在する形態、ＨＩＶ－１の活性（例えば、天然のタンパク質と比較して、少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するホモログまたはバリアントのいずれかを含む。一部の実施形態において、バリアントまたはホモログは、天然に存在する形態と比較して、配列全体または配列の一部（例えば５０、１００、１５０または２００個の連続するアミノ酸の部分）にわたり少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。
用語「単離されたタンパク質」または「単離されたポリペプチド」は、その起源または由来に基づいて、その天然の状態でそれに伴う天然に関連する成分が付随していないタンパク質またはポリペプチドであり、同じ源からの他のタンパク質を実質的に含まない。タンパク質は、当業界において公知のタンパク質精製技術を使用して、単離により、天然に関連する成分を実質的に含まない状態にされる場合もあり、または実質的に精製された状態にされる場合もある。「実質的に精製された」は、タンパク質が汚染物質を実質的に含まないこと、例えば、汚染物質の少なくとも約７０％または７５％または８０％または８５％または９０％または９５％または９６％または９７％または９８％または９９％を含まないことを意味する。
用語「組換え体」は、人工的な遺伝子組換えの生成物を意味すると理解されるものとする。したがって、抗体抗原結合ドメインを含む組換えタンパク質の文脈で、この用語は、Ｂ細胞成熟中に起こる天然の組換えの生成物である対象の体内に天然に存在する抗体を包含しない。しかしながら、このような抗体が単離される場合、それは抗体抗原結合ドメインを含む単離されたタンパク質とみなされることになる。同様に、タンパク質をコードする核酸が単離され、組換え手段を使用して発現される場合、得られたタンパク質は、抗体抗原結合ドメインを含む組換えタンパク質である。組換えタンパク質はまた、それが細胞、組織または対象内である場合、例えば、それが発現される細胞、組織または対象内である場合、人工組換え手段によって発現されるタンパク質も包含する。
用語「タンパク質」は、単一のポリペプチド鎖、すなわち、ペプチド結合によって連結された一連の連続するアミノ酸、または互いに共有結合または非共有結合で連結された一連のポリペプチド鎖（すなわち、ポリペプチド複合体）を含むと解釈されるものとする。例えば、一連のポリペプチド鎖は、好適な化学結合またはジスルフィド結合を使用して、共有結合で連結されていてもよい。非共有結合の例としては、水素結合、イオン結合、ファンデルワールス力、および疎水性相互作用が挙げられる。
用語「ポリペプチド」または「ポリペプチド鎖」は、前述の段落から、ペプチド結合によって連結された一連の連続するアミノ酸を意味すると理解されるであろう。
用語「抗原結合部位」は、本明細書で使用される場合、「抗原結合ドメイン」と同義的に使用され、抗原に特異的に結合することが可能な抗体の領域、すなわち、ＶＨもしくはＶＬまたはＶＨとＶＬの両方を含むＦｖを意味すると解釈されるものとする。抗原結合ドメインは必ずしも、抗体全体の状態でなくてもよく、例えばそれは、単離された形態であってもよいし（例えば、ドメイン抗体）、または別の形態で、例えば、本明細書に記載されるように、ｓｃＦｖなどの形態であってもよい。
本発明の開示の目的に関して、用語「抗体」は、Ｆｖ内に含有される抗原結合ドメインによって１種または数種の密接に関連した抗原（例えば、HIV-1に存在するもの）に特異的に結合することが可能なタンパク質を含む。この用語は、４つの鎖の抗体（例えば、２つの軽鎖および２つの重鎖）、組換えまたは修飾された抗体（例えば、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ＣＤＲグラフト化抗体、霊長類化抗体、脱免疫化抗体、合成ヒト化（synhumanized）抗体、半抗体（half-antibodies）、二重特異性抗体）を含む。抗体は、一般的に、定常ドメインを含み、これは、定常領域もしくは定常断片または結晶化可能な断片（Fc）に配置され得る。抗体の例示的な形態は、その基本単位として４つの鎖の構造を含む。全長抗体は、共有結合で連結された２つの重鎖（約５０～７０ｋＤ）および２つの軽鎖（それぞれ約２３ｋＤａ）を含む。軽鎖は、一般的に、可変領域（存在する場合）および定常ドメインを含み、哺乳動物では、κ軽鎖またはλ軽鎖のいずれかである。重鎖は、一般的に、可変領域と、ヒンジ領域によって追加の定常ドメインに連結された１または２つの定常ドメインとを含む。
哺乳動物の重鎖は、以下のタイプα、δ、ε、γ、またはμの１つである。各軽鎖も、重鎖の一方に共有結合で連結されている。例えば、２つの重鎖ならびに重鎖および軽鎖は、鎖間のジスルフィド結合によって、さらに非共有結合の相互作用によって一緒に保持される。鎖間のジスルフィド結合の数は、抗体の異なるタイプ間で変化し得る。各鎖は、Ｎ末端可変領域（VHまたはVL、ここでそれぞれが約１１０アミノ酸の長さである）を有し、Ｃ末端に１つ以上の定常ドメインを有する。軽鎖の定常ドメイン（CL、これは、約１１０アミノ酸の長さである）は、重鎖の第１の定常ドメイン（CH1、これは、３３０～４４０アミノ酸の長さである）と共にアライメントされ、それにジスルフィド結合される。軽鎖可変領域は、重鎖の可変領域と共にアライメントされる。抗体重鎖は、２つまたはそれより多くの追加のＣＨドメイン（例えば、ＣＨ２、ＣＨ３など）を含んでいてもよいし、ＣＨ１およびＣＨ２定常ドメインの間にヒンジ領域を含んでいてもよい。抗体は、あらゆるタイプ（例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA、およびIgY）、クラス（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2）またはサブクラスのものであってもよい。一例において、抗体は、ネズミ科動物（マウスまたはラット）の抗体または霊長類（例えばヒト）の抗体である。一例において、抗体は、ヒト化、合成ヒト化、キメラ、ＣＤＲグラフト化または脱免疫化である。
用語「全長抗体」、「無傷抗体」または「全抗体」は同義的に使用され、抗体の抗原結合断片とは対照的に、その実質的に無傷の形態での抗体を指す。具体的には、全抗体としては、Ｆｃ領域を含む重鎖および軽鎖を有するものが挙げられる。定常ドメインは、野生型配列の定常ドメイン（例えば、ヒト野生型配列の定常ドメイン）またはそれらのアミノ酸配列バリアントであり得る。
「可変領域」は、本明細書で使用される場合、抗原に特異的に結合することが可能な、本明細書で定義される抗体の軽鎖および／または重鎖の部分を指し、相補性決定領域（CDR）；すなわち、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびにフレームワーク領域（FR）のアミノ酸配列を含む。例えば、可変領域は、３つまたは４つのＦＲ（例えば、FR1、FR2、FR3および任意選択でFR4）を、３つのＣＤＲと共に含む。ＶＨは、重鎖の可変領域を指す。ＶＬは、軽鎖の可変領域を指す。
本明細書で使用される場合、用語「相補性決定領域」（syn.CDR；すなわち、CDR1、CDR2、およびCDR3）は、抗体可変領域のアミノ酸残基を指し、その存在は、特異的な抗原結合への主要な寄与因子である。各可変領域ドメイン（VHまたはVL）は、典型的には、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３として識別される３つのＣＤＲを有する。ＶＨのＣＤＲは、本明細書ではまた、それぞれＣＤＲ Ｈ１、ＣＤＲ Ｈ２およびＣＤＲ Ｈ３とも称され、ＣＤＲ Ｈ１は、ＶＨのＣＤＲ１に対応し、ＣＤＲ Ｈ２は、ＶＨのＣＤＲ２に対応し、ＣＤＲ Ｈ３は、ＶＨのＣＤＲ３に対応する。同様に、ＶＬのＣＤＲは、本明細書では、それぞれＣＤＲ Ｌ１、ＣＤＲ Ｌ２およびＣＤＲ Ｌ３と称され、ＣＤＲ Ｌ１は、ＶＬのＣＤＲ１に対応し、ＣＤＲ Ｌ２は、ＶＬのＣＤＲ２に対応し、ＣＤＲ Ｌ３は、ＶＬのＣＤＲ３に対応する。
「フレームワーク領域」（FR）は、ＣＤＲ残基以外の可変領域残基である。ＶＨのＦＲは、本明細書ではまた、それぞれＦＲ Ｈ１、ＦＲ Ｈ２、ＦＲ Ｈ３およびＦＲ Ｈ４とも称され、ＦＲ Ｈ１は、ＶＨのＦＲ１に対応し、ＦＲ Ｈ２は、ＶＨのＦＲ２に対応し、ＦＲ Ｈ３は、ＶＨのＦＲ３に対応し、ＦＲ Ｈ４は、ＶＨのＦＲ４に対応する。同様に、ＶＬのＦＲは、本明細書では、それぞれＦＲ Ｌ１、ＦＲ Ｌ２、ＦＲ Ｌ３およびＦＲ Ｌ４と称され、ＦＲ Ｌ１は、ＶＬのＦＲ１に対応し、ＦＲ Ｌ２は、ＶＬのＦＲ２に対応し、ＦＲ Ｌ３は、ＶＬのＦＲ３に対応し、ＦＲ Ｌ４は、ＶＬのＦＲ４に対応する。
用語「Ｆｖ」は、本明細書で使用される場合、複数のポリペプチドまたは単一のポリペプチドで構成されるかどうかにかかわらず、ＶＬおよびＶＨが抗原結合ドメインと会合して、抗原結合ドメインを有する複合体を形成しているあらゆるタンパク質、すなわち、抗原に特異的に結合することが可能なあらゆるタンパク質を意味すると解釈されるものとする。抗原結合ドメインを形成するＶＨおよびＶＬは、単一のポリペプチド鎖にあってもよいし、または異なるポリペプチド鎖にあってもよい。さらに、本発明のＦｖ（加えて本発明のあらゆるタンパク質）は、同じ抗原と結合してもよいしまたはそうでなくてもよい複数の抗原結合ドメインを有していてもよい。この用語は、抗体に直接由来する断片、加えて組換え手段を使用して生産されたこのような断片に対応するタンパク質を包含すると理解されるものとする。一部の例において、ＶＨは、重鎖定常ドメイン（CH）１に連結されておらず、および／またはＶＬは、軽鎖定常ドメイン（CL）に連結されていない。
例示的なＦｖを含有するポリペプチドまたはタンパク質としては、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）断片、ｓｃＦｖ、ダイアボディ（diabody）、トリアボディ（triabody）、テトラボディ（tetrabody）もしくはより高次の複合体、または定常領域もしくはそのドメイン、例えば、ＣＨ２もしくはＣＨ３ドメインに連結された前述のもののいずれか、例えば、ミニボディ（minibody）が挙げられる。「Ｆａｂ断片」は、免疫グロブリンの１価抗原結合断片からなり、無傷の軽鎖および重鎖の一部からなる断片が得られるようにパパイン酵素での全抗体の消化によって生産してもよいし、または組換え手段を使用して生産してもよい。抗体の「Ｆａｂ’断片」は、無傷の軽鎖およびＶＨを含む重鎖の一部および単一の定常ドメインからなる分子が得られるようにペプシンで全抗体を処理し、続いて還元することにより得ることができる。この方式で処理した抗体１つ当たり２つのＦａｂ’断片が得られる。Ｆａｂ’断片はまた、組換え手段によっても生産できる。
抗体の「Ｆ（ａｂ’）２断片」は、２つのジスルフィド結合によって一緒に保持される２つのＦａｂ’断片の二量体からなり、後続の還元を行わずにペプシン酵素で全抗体分子を処理することにより得られる。「Ｆａｂ２」断片は、例えばロイシンジッパーまたはＣＨ３ドメインを使用して連結された２つのＦａｂ断片を含む組換え断片である。「単鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」は、軽鎖の可変領域と重鎖の可変領域とが好適なフレキシブルなポリペプチドリンカーによって共有結合で連結されている抗体の可変領域断片（Fv）を含有する組換え分子である。リンカーは、１つ以上のアミノ酸またはジスルフィド結合であり得る。
用語「結合する」は、本明細書で使用される場合、抗原結合部位またはその抗原結合ドメインと抗原との相互作用への言及において、相互作用が抗原上の特定の構造（例えば、抗原決定基またはエピトープ）の存在に依存することを意味する。例えば、抗体は、全般的なタンパク質ではなく特異的なタンパク質構造を認識し、それに結合する。抗体がエピトープ「Ａ」に結合する場合、標識された「Ａ」およびタンパク質を含有する反応におけるエピトープ「Ａ」を含有する分子（または遊離の標識されていない「Ａ」）の存在は、抗体に結合した標識された「Ａ」の量を低減することになる。
本明細書で使用される場合、用語「特異的に結合する（specifically binds）」または「特異的に結合する（binds specifically）」は、本発明の抗原結合部位が、代替の抗原または細胞とのそれより、特定の抗原またはそれを発現する細胞と、より長い期間で、および／またはより大きい親和性で、より頻繁に、より迅速に反応または会合することを意味すると解釈されるものとする。例えば、抗原結合部位は、他の公知の抗原結合部位より著しく大きい（例えば、１．５倍または２倍または５倍または１０倍または２０倍または４０倍または６０倍または８０倍から１００倍までまたは１５０倍または２００倍の）親和性でＨＩＶ－１のＥｎｖタンパク質に結合する。本発明の一例において、抗原結合部位は、別のタイプのＨＩＶ、例えばＨＩＶ－２への結合に比べて、少なくとも１．５倍もしくは２倍またはそれより大きい（例えば、５倍または１０倍または２０倍または５０倍または１００倍または２００倍）の親和性でＨＩＶ－１と「特異的に結合する」。一般的に、ただし必ずではないが、結合への言及は、特異的な結合を意味し、各用語は、他の用語の明示的な支持を提供すると理解されるものとする。
用語「検出可能に結合しない」は、本明細書で使用される場合、抗原結合部位、例えば抗体が、バックグラウンドを超えて１０％、または８％または６％または５％未満のレベルで候補抗原に結合することを意味すると理解されるものとする。バックグラウンドは、タンパク質の非存在下および／または陰性対照タンパク質（例えば、アイソタイプ対照抗体）の存在下で検出される結合シグナルのレベル、および／または陰性対照抗原の存在下で検出される結合のレベルであり得る。結合のレベルは、抗原結合部位が固定されており抗原と接触させるバイオセンサー分析（例えばBiacore）を使用して検出される。
用語「エピトープ」（同義語「抗原決定基」）は、本明細書で使用される場合、抗体の抗原結合ドメインを含む抗原結合部位が結合するＨＩＶ－１（例えばHIV-1 Envタンパク質）の領域を意味すると理解されるものとする。この用語は、別段の指定がない限り、抗原結合部位が接触する特異的な残基または構造に必ずしも限定されない。例えば、この用語は、抗原結合部位と接触しているアミノ酸にわたる領域、およびこの領域の外側の５～１０（またはそれより多く）または２～５または１～３アミノ酸を含む。一部の例において、エピトープは、抗原結合部位が折り畳まれているときに互いに近くに位置する一連の不連続なアミノ酸、すなわち、「コンフォメーショナルエピトープ」を含む。当業者はまた、用語「エピトープ」はペプチドまたはポリペプチドに限定されないことも承知しているであろう。例えば、用語「エピトープ」は、分子の化学的に活性な表面基群、例えば糖側鎖、ホスホリル側鎖、またはスルホニル側鎖を含み、特定の例において、特異的な３次元構造の特徴、および／または特異的な電荷の特徴を有していてもよい。
用語「モノクローナル抗体」は、本明細書で使用される場合、実質的に均一な抗体の集団から得られた抗体を指し、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、わずかな量で存在する可能性がある天然に存在する突然変異を除いて、同一である。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一の抗原性部位に対して向けられている。さらに、異なる決定基（エピトープ）に対して向けられた異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して向けられている。モノクローナル抗体は、その特異性に加えて、他の抗体によって汚染されていない状態でそれらを合成できるという点で有利である。修飾後「モノクローナル」は、いずれかの特定の方法による抗体の生産を必要とすると解釈されないものとする。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、本明細書に記載される方法に従って、または当業界において公知の方法によって、例えばＫｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）などによって記載されたハイブリドーマ手法によって調製してもよい。代替として、それらは、細菌、真核動物または植物細胞における組換えＤＮＡ方法を使用して作製してもよい（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照）。「モノクローナル抗体」はまた、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８（１９９１）およびＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１－５９７（１９９１）に記載される技術を使用して、ファージ抗体ライブラリーから単離してもよい。
本明細書におけるモノクローナル抗体は、重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種由来の、または特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一であるかまたはそれに相同であり、同時に鎖の残部が、別の種由来の、または別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一であるかまたはそれに相同である「キメラ」抗体を含み、加えて、望ましい生物学的活性を呈するのであればこのような抗体の断片も含む（米国特許第４，８１６，５６７号；およびMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855(1984)を参照）。
本発明は、ウシ抗体由来の可変領域抗原結合配列を提供する。したがって、本明細書において一番興味のあるキメラ抗体としては、１つ以上のウシ抗原結合配列（例えば、CDR）を有し、ヒト抗体由来の１つ以上の配列、例えば、ＦＲまたはＣ領域配列を含有する抗体が挙げられる。加えて、本明細書において一番興味のあるキメラ抗体としては、１つの抗体クラスまたはサブクラスのウシ可変領域抗原結合配列、および別の抗体クラスまたはサブクラス由来の、好ましくはヒト由来の別の配列、例えば、ＦＲまたはＣ領域配列を含むものが挙げられる。
「ヒト化抗体」は、一般的に、ヒト抗体に非ヒトの源からの１つ以上のアミノ酸残基が導入されているヒト抗体であるとみなされる。これらの非ヒトアミノ酸残基は、「移入」残基と称されることが多く、このような残基は、典型的には「移入」可変領域から取られたものである。ヒト化は、従来、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者の方法（Jones et al., Nature, 321:522-525（1986）; Reichmann et al., Nature, 332: 323-327（1988）; Verhoeyen et al., Science, 239: 1534-1536（1988））に従って、ヒト抗体の対応する配列に移入高度可変領域配列を置換することによって実行される。
したがって、このような「ヒト化」抗体は、無傷のヒト可変領域より実質的に少ない部分が、非ヒト種からの対応する配列によって置換されているキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）である。
「抗体断片」は、無傷の抗体の部分、好ましくは無傷の抗体の抗原結合または可変領域を含む。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片；ダイアボディ；直鎖状抗体（米国特許第５，６４１，８７０号；Zapata et al., Protein Eng. 8（10）: 1057-1062 [1995]を参照）；単鎖抗体分子；および抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられる。
抗体の「機能的な断片またはアナログ」というフレーズは、全長抗体と比較して結合能力を保持する断片またはアナログである。
本明細書に記載される中和抗体は、宿主（すなわちヒト）において、および／またはインビトロにおける標的細胞において感染を開始させる、および／または永続させるＨＩＶ－１ウイルスの能力を中和できるものである。本明細書に記載される抗原結合部位は、様々な方法でウイルスの感染力を中和できることが理解されるであろう。それらは、受容体へのビリオン結合に干渉し、細胞へのウイルスの取り込みをブロックし、エンドソームにおけるウイルスゲノムの脱外被を防止するか、またはウイルス粒子の凝集を生じさせることができる。
用語「広域中和抗体（BrNAb）」は、１つより多くのＨＩＶ－１ウイルス種（多様なクレードおよびクレード内の異なる株からの）を中和する中和抗体を指し、これは、当業界において公知の、または本明細書に記載されるいずれかの中和アッセイで実証できることが理解されるであろう。ＢｒＮＡｂは、ウイルスの保存されたエピトープを標的化するという点で独特であり、ウイルスが突然変異する可能性がある一方で、標的化されたエピトープがそれでもなお存在するであろうということが一般的に理解されている。広域中和抗体は、ＨＩＶ－１の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０またはそれより多くの異なる株を中和でき、これらの株は、同一または異なるクレードに属する。広域中和抗体は、クレードＡ、Ｂ、Ｃ、ＡＣ、Ｇ、ＣＲＦ０７＿ＢＣおよびＣＲＦ０１＿ＡＥなどの少なくとも２、３、４、５、または６つの異なるクレードに属する複数のＨＩＶ－１種を中和することができる。
本明細書で使用される場合、用語「防止すること」、「防止する」または「防止」は、本発明の抗原結合部位を投与して、それによってＨＩＶ－１の少なくとも１つ症状の発生を止めるかまたは妨害することを含む。この用語はまた、再発を防止または妨害するための寛解状態の対象の処置も包含する。
用語「処置すること／治療すること(treating)」、「処置する／治療する(treat)」または「処置／治療(treatment)」は、本明細書で使用される場合、本明細書に記載される抗原結合部位を投与して、それによってＨＩＶ－１の少なくとも１つ症状を低減または排除することを含む。
本明細書で使用される場合、用語「対象」は、あらゆる動物、好ましくはヒトを意味すると解釈されるものとする。
ＢＧ５０５．ＳＯＳＩＰは、成熟融合前Ｅｎｖの閉じた状態(closed state)の構造的な抗原性模擬体であり、これは、クレードＡ ＨＩＶ－１株ＢＧ５０５の派生株である可溶性ｇｐ１４０分子であり、成熟融合前Ｅｎｖの閉じた状態の適した構造的な抗原性の模擬を可能にする多数の安定化突然変異を有する。具体的には、ＢＧ５０５．ＳＯＳＩＰは、ｇｐ４１中の残基６６４で短縮化されており、残基５０１と６０５との間に三量体を安定化するｇｐ１２０－ｇｐ４１ジスルフィド架橋（SOSと呼ばれる）およびｇｐ４１の残基５５９にＩｌｅからＰｒｏへの突然変異（IPと呼ばれる）を含み、加えて、グリコシル化部位を導入するための残基３３２におけるＴｈｒからＡｓｎへの突然変異および切断の改善のための天然５０８ＲＥＫＲ５１１フーリン切断部位の６つのＡｒｇ残基への修飾を含む。
ＡＤ８．ＳＯＳＩＰ．６Ｒ．６４４タンパク質は、ＢＧ５０５．ＳＯＳＩＰで利用された突然変異の類似のセットを取り込む。ＡＤ８．ＳＯＳＩＰ．６Ｒ．６４４は、ＮＬ（AD8）のＥｎｖ配列由来であり（Freed EO, et al （1995）. J Virol 69:3949-54）、残基６６４からＭＰＥＲ、ＴＭおよびＣＴを短縮化することによって、可溶性ｇｐ１４０タンパク質を生成した（ここで、さらにこの後、HXB-2の番号付けが使用される）。Ａ５０１Ｃ、Ｉ５５９Ｐ、およびＴ６０５Ｃ置換の導入を使用して、ｇｐ１４０を閉じた状態で安定化させ、野生型切断部位（R508EKR）を６つのアルギニン残基で置き換えて、より効率的な切断を容易にした。Ｃ末端リンカーおよび６×Ｈｉｓタグ（ASGSGHHHHHH）を導入して、タンパク質の精製を容易にした。
抗体
一例において、いずれかの例による本明細書に記載される抗原結合部位は、抗体である。
抗体を生成するための方法は、当業界において公知であり、および／またはＨａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（編集者）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，（１９８８）に記載されている。一般的に、このような方法において、ＨＩＶ－１もしくはその領域（例えば、細胞外の領域）またはその免疫原性断片もしくはエピトープまたはそれを発現および提示する細胞（すなわち、免疫原）は、任意選択でいずれかの好適な、もしくは望ましい担体、アジュバント、または医薬的に許容される賦形剤と共に製剤化され、非ヒト動物、好ましくはウシに投与される。免疫原は、鼻腔内、筋肉内、皮下、静脈内、皮内、腹腔内に投与してもよいし、または他の公知の経路によって投与してもよい。
ポリクローナル抗体の生産は、免疫化後の様々なポイントで免疫動物の血液をサンプリングすることによってモニターすることができる。望ましい抗体力価を達成するのに必要があれば、１回以上のさらなる免疫化を与えてもよい。ブースティングおよび力価測定のプロセスは、好適な力価が達成されるまで繰り返される。免疫原性の望ましいレベルが達成されたら、免疫動物から採血し、血清を単離し、貯蔵するか、および／またはその動物を使用して、モノクローナル抗体（mAb）を生成する。
モノクローナル抗体は、本発明によって予期される抗体の１つの例示的な形態である。用語「モノクローナル抗体」または「ｍＡｂ」は、同じ抗原に、例えば抗原内の同じエピトープに結合することが可能な均一な抗体集団を指す。この用語は、抗体の源またはそれを生成する方式に関して限定されることを意図しない。
ｍＡｂの生産のために、例えば、ＵＳ４１９６２６５または上記のＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（１９８８）で例示された手順などの多数の公知の技術のいずれか１つが使用され得る。
一例において、ｍＡｂは、Ｈａｙｄａｒｃｈｉ ｅｔ ａｌ（２０１６）ｍＡｂｓ，９：３，ｐｐ Ｐａｇｅｓ ５５０－５６６またはＴｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ（２００８）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｊａｎ １；３２９（１－２）：１１２－１２４で上述したように生成することができ、それによって、単一のＨＩＶ特異的Ｂ細胞をソーティングし、続いて単一細胞のＲＴ－ＰＣＲおよびクローニングを行った。
別の例において、ウシなどの好適な動物は、抗体産生細胞を刺激するのに十分な条件下で、免疫原で免疫化される。免疫化後、抗体を生産する可能性がある体細胞、具体的にはＢリンパ球（B細胞）が、ｍＡｂ生成プロトコールにおける使用のために選択される。これらの細胞は、脾臓、扁桃またはリンパ節の生検から、または末梢血液サンプルから得ることができる。
ハイブリッドは、組織培養培地中でのヌクレオチドのデノボ合成をブロックする薬剤を含む選択的な培地での培養によって増幅される。例示的な薬剤は、アミノプテリン、メトトレキセートおよびアザセリンである。
増幅したハイブリドーマは、例えば、フローサイトメトリーおよび／または免疫組織化学および／またはイムノアッセイ（例えばラジオイムノアッセイ、酵素免疫検査法、細胞傷害性アッセイ、プラークアッセイ、ドットイムノアッセイなど）などによる、抗体の特異性および／または力価に関する機能的な選択に供される。
代替として、ＡＢＬ－ＭＹＣ技術（NeoClone、Madison WI 53713、USA）が、ＭＡｂを分泌する細胞株を生産するのに使用される（例えば、Largaespada et al, J. Immunol. Methods. 197: 85-95, 1996に記載された通り）。抗体はまた、例えば、ＵＳ６３０００６４および／またはＵＳ５８８５７９３に記載されたように、ディスプレイライブラリー、例えば、ファージディスプレイライブラリーをスクリーニングすることによって生産または単離することもできる。
本発明の抗体は、合成抗体であってもよい。例えば、抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、合成ヒト化抗体、霊長類化抗体または脱免疫化抗体である。
抗体結合ドメインを含有するタンパク質
単一ドメイン抗体
一部の例において、本発明のタンパク質は、単一ドメイン抗体（これは、用語「ドメイン抗体」または「ｄＡｂ」と同義的に使用される）であるかまたはそれを含む。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変領域の全部または一部を含む単一のポリペプチド鎖である。特定の例において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Domantis, Inc.、Waltham、MA；例えば、ＵＳ６２４８５１６を参照）。
ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ
一部の例において、本発明のタンパク質は、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディまたはより高次のタンパク質複合体、例えばＷＯ９８／０４４００１および／またはＷＯ９４／００７９２１に記載されるものであるかまたはそれを含む。
例えば、ダイアボディは、２つの関連するポリペプチド鎖を含むタンパク質であり、各ポリペプチド鎖は、構造ＶＬ－Ｘ－ＶＨまたはＶＨ－Ｘ－ＶＬを含み、式中、ＶＬは、抗体軽鎖可変領域であり、ＶＨは、抗体重鎖可変領域であり、Ｘは、単一のポリペプチド鎖中でＶＨおよびＶＬが会合する（またはＦｖを形成する）ことを許容するには不十分な残基を含むリンカーであるか、または存在せず、一方のポリペプチド鎖のＶＨは、他方のポリペプチド鎖のＶＬに結合して、抗原結合ドメインを形成する、すなわち、１つ以上の抗原に特異的に結合することが可能なＦｖ分子を形成する。二重特異性ダイアボディ（すなわち、異なる特異性を有する２つＦｖを含む）が形成されるように、ＶＬおよびＶＨは、各ポリペプチド鎖中で同じであってもよいし、またはＶＬおよびＶＨ各ポリペプチド鎖中で異なっていてもよい。
単鎖Ｆｖ（scFv）
当業者は、ｓｃＦｖｓが、単一のポリペプチド鎖中のＶＨおよびＶＬ領域、ならびにｓｃＦｖが抗原結合のために（すなわち、単一のポリペプチド鎖のＶＨおよびＶＬが互いに会合してＦｖを形成するために）望ましい構造を形成することを可能にするＶＨとＶＬとの間のポリペプチドリンカーを含むことを認識しているであろう。例えば、リンカーは、１２個を超えるアミノ酸残基を含み、ｓｃＦｖのためのより好ましいリンカーの１つは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３である。
本発明はまた、単一のシステイン残基がＶＨのＦＲおよびＶＬのＦＲに導入され、システイン残基がジスルフィド結合によって連結されて安定なＦｖを生じるジスルフィド安定化Ｆｖ（またはdiFvまたはdsFv）も予期している。
代替として、または加えて、本発明は、二量体ｓｃＦｖ、すなわち、非共有結合または共有結合による連結によって、例えば、ロイシンジッパードメイン（例えば、FosまたはJun由来の）によって連結された２つのｓｃＦｖ分子を含むタンパク質を包含する。代替として、２つのｓｃＦｖｓは、例えばＵＳ２００６０２６３３６７に記載されたように、ｓｃＦｖの形成と抗原への抗原の両方を許容するのに十分な長さを有するペプチドリンカーによって連結される。
重鎖抗体
重鎖抗体は、重鎖を含むが軽鎖を含まない限り、抗体の他の多くの形態とは構造的に異なる。したがって、これらの抗体はまた、「重鎖のみの抗体」とも称される。重鎖抗体は、例えば、ラクダや軟骨魚類に見出される（IgNARとも称される）。
他の抗体およびその抗原結合ドメインを含むタンパク質
本発明はまた、他の抗体およびその抗原結合ドメインを含むタンパク質、例えば：
（ｉ）ＵＳ５７３１１６８に記載されたような「キー・アンド・ホール（key and hole）」二重特異性タンパク質；
（ｉｉ）例えば、ＵＳ４６７６９８０に記載されたような、ヘテロコンジュゲートタンパク質；
（ｉｉｉ）例えば、ＵＳ４６７６９８０に記載されたような、化学的架橋剤を使用して生産されたヘテロコンジュゲートタンパク質；および
（ｉｖ）Ｆａｂ３（例えば、ＥＰ１９９３０３０２８９４に記載されたような）
も予期する。
軽鎖
本明細書に記載される抗原結合部位または抗体は、これらに限定されないが、本明細書の実施例で例示されたものなどのあらゆる軽鎖を利用できることが理解されるであろう。
本明細書に記載される抗原結合部位または抗体の重鎖ＣＤＲ（CDRH1～CDRH3）は、異なる相補性決定領域を含有する配列番号６３および７３によって定義されたものなどの多数の異なる軽鎖可変領域を用いて試験されてきた。図１０を含む本明細書に記載のデータは、本明細書に記載される抗原結合部位または抗体が、それゆえに、配列番号８３～８５に記載の相補性決定領域によって定義されたものなどのあらゆる軽鎖と使用できることを実証する。
当業者は、本発明による使用に好適な軽鎖に必要な最小の特徴を理解しているであろう。例えば、超長ＣＤＲ３は、軽鎖のペアリングが制限されていることが示されており（Saini et al., 2003）、これは、超長ＣＤＲＨ３を支持するための構造的なフレームワークを特異的に提供する可能性がある（Wang et al., Cell 153, 1379-1393 （2013））。これは、異常に長いＣＤＲ３Ｈを有するＩｇＭにおける３つのＶλ１遺伝子（Vλ1xならびに２つの新しいVλ1dおよびVλ1e遺伝子）の使用のための選択圧力であると考えられる（Saini et al., Int. Immunol., 15 （2003）, pp. 845-853）。
タンパク質への突然変異
本発明はまた、本明細書で開示された配列に少なくとも８０％の同一性を有する抗原結合部位またはそれをコードする核酸も提供する。一例において、本発明の抗原結合部位または核酸は、本明細書で開示された配列に、少なくとも約８５％または９０％または９５％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含む。
代替として、または加えて、抗原結合部位は、いずれかの例による本明細書に記載されるＶＨまたはＶＬのＣＤＲに、少なくとも約８０％または８５％または９０％または９５％または９７％または９８％または９９％同一なＣＤＲ（例えば、３つのCDR）を含む。
別の例において、本発明の核酸は、いずれかの例による本明細書に記載される機能を有する抗原結合部位をコードする配列に、少なくとも約８０％または８５％または９０％または９５％または９７％または９８％または９９％同一な配列を含む。本発明はまた、遺伝子コードの縮重の結果として本明細書で例示された配列とは異なる本発明の抗原結合部位をコードする核酸も包含する。
核酸またはポリペプチドの同一性のパーセンテージは、ＧＡＰ（Needleman and Wunsch. Mol. Biol. 48, 443-453, 1970）分析（GCGプログラム）によって、ギャップ挿入ペナルティー＝５、およびギャップ伸長ペナルティー＝０．３を用いて決定される。クエリー配列は、少なくとも５０残基の長さであり、ＧＡＰ分析は、２つ配列を少なくとも５０残基の領域にわたりアライメントする。例えば、クエリー配列は、少なくとも１００残基の長さであり、ＧＡＰ分析は、２つ配列を少なくとも１００残基の領域にわたりアライメントする。例えば、２つ配列は、それらの全長にわたりアライメントされる。
本発明はまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で本明細書に記載される抗原結合部位をコードする核酸にハイブリダイズする核酸も予期する。「中程度のストリンジェンシー」は、４５℃～６５℃の範囲内の温度で、２×ＳＳＣ緩衝液、０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ中で、または等しい条件で行われるハイブリダイゼーションおよび／または洗浄であるとして本明細書で定義される。「高いストリンジェンシー」は、０．１×ＳＳＣ緩衝液、０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ中で、もしくはそれより低い塩濃度で、少なくとも６５℃の温度で、または等しい条件で行われるハイブリダイゼーションおよび／または洗浄として本明細書で定義される。本明細書におけるストリンジェンシーの特定のレベルへの言及は、当業者公知のＳＳＣ以外の洗浄／ハイブリダイゼーション溶液を使用する等しい条件を包含する。例えば、二本鎖になった核酸の鎖が解離すると予想される温度（融解温度、またはＴｍとしても公知）を計算するための方法は、当業界において公知である。核酸のＴｍに類似しているか（例えば、５℃以内または１０℃以内）または核酸のＴｍに等しい温度は、高いストリンジェンシーであるとみなされる。中程度のストリンジェンシーは、核酸の計算されたＴｍの１０℃～２０℃以内または１０℃～１５℃以内であるとみなされる。
本発明はまた、本明細書に記載の配列と比較して１つ以上の保存的アミノ酸置換を含む本発明の抗原結合部位の突然変異形態も予期する。一部の例において、抗原結合部位は、１０個以下、例えば、９または８または７または６または５または４または３または２または１個の保存的アミノ酸置換を含む。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖および／または疎水性（hydropathicity）および／または親水性を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。
類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当業界で定義されており、その例としては、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β－分岐側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が挙げられる。疎水性指標は、例えばＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、１５７：１０５～１３２、１９８２に記載され、親水性指標は、例えば、ＵＳ４５５４１０１に記載されている。
本発明はまた、非保存的アミノ酸の変化も予期する。例えば、なかでも特に重要なものは、電荷を有するアミノ酸の、別の電荷を有するアミノ酸での置換、および中性または正電荷を有するアミノ酸での置換である。一部の例において、抗原結合部位は、１０個以下、例えば、９または８または７または６または５または４または３または２または１個の非保存的アミノ酸置換を含む。
一例において、突然変異は、本発明の抗原結合部位の抗原結合ドメインのＦＲ内に生じる。別の例において、突然変異は、本発明の抗原結合部位のＣＤＲ内に生じる。
抗原結合部位の突然変異形態を生産するための例示的な方法としては、以下が挙げられる：
・ＤＮＡの変異誘発（Thie et al., Methods Mol. Biol. 525: 309-322, 2009）またはＲＮＡの変異誘発（Kopsidas et al., Immunol. Lett. 107:163-168, 2006；Kopsidas et al. BMC Biotechnology, 7: 18, 2007；およびＷＯ１９９９／０５８６６１）；
・ポリペプチドをコードする核酸を、ミューテーター細胞、例えば、ＸＬ－１Ｒｅｄ、ＸＬ－ｍｕｔＳおよびＸＬ－ｍｕｔＳ－Ｋａｎｒ細菌細胞（Stratagene）に導入すること；
・例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ ３７０：３８９－９１，１９９４で開示されたような、ＤＮＡシャフリング；および
・例えば、Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈ（編）およびＤｖｅｋｓｌｅｒ（編）に記載されたような、部位特異的変異誘発（In：PCR Primer: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, NY, 1995）。
本発明の突然変異抗原結合部位の生物学的活性を決定するための、例えば、抗原結合を決定するための例示的な方法は、当業者に明らかであるか、および／または本明細書で説明されることになる。例えば、抗原結合、結合の競合阻害、親和性、会合、解離および治療効能を決定するための方法が本明細書に記載される。
定常領域
本発明は、抗体の定常領域を含む本明細書に記載される抗原結合部位および／または抗体を包含する。これは、Ｆｃに融合した抗体の抗原結合断片を含む。
本発明のタンパク質を生産するのに有用な定常領域の配列は、多数の異なる源から得ることができる。一部の例において、タンパク質の定常領域またはその一部は、ヒト抗体由来される。定常領域またはその一部は、ＩｇＭ、ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＡおよびＩｇＥを含むあらゆる抗体クラス、ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４を含むあらゆる抗体アイソタイプ由来であってもよい。一例において、定常領域は、ヒトアイソタイプＩｇＧ４または安定化されたＩｇＧ４定常領域である。
一例において、定常領域のＦｃ領域は、例えば、天然または野生型ヒトＩｇＧ１またはＩｇＧ３のＦｃ領域と比較してエフェクター機能を誘導する能力が低減されている。一例において、エフェクター機能は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ADCC）および／または抗体依存性細胞媒介貪食（ADCP）および／または補体依存性細胞傷害（CDC）である。Ｆｃ領域を含有するタンパク質のエフェクター機能のレベルを評価するための方法は、当業界において公知であるか、および／または本明細書で説明される。
一例において、Ｆｃ領域は、ＩｇＧ４のＦｃ領域（すなわち、IgG4定常領域からの）であり、例えば、ヒトＩｇＧ４のＦｃ領域である。好適なＩｇＧ４のＦｃ領域の配列は、当業者に明らかであるか、および／または公的に利用可能なデータベースで入手可能であると予想される（例えば、国立バイオテクノロジー情報センター（National Center for Biotechnology Information）より入手可能である）。
一例において、定常領域は、安定化されたＩｇＧ４定常領域である。用語「安定化されたＩｇＧ４定常領域」は、Ｆａｂアーム交換、またはＦａｂアーム交換もしくは半抗体の形成を受けやすい傾向、または半抗体を形成する傾向が低減されるように修飾されたＩｇＧ４定常領域を意味することが理解されるであろう。「Ｆａｂアーム交換」は、ＩｇＧ４重鎖および付着した軽鎖（半分子）が別のＩｇＧ４分子からの重鎖－軽鎖対で取り換えられているヒトＩｇＧ４に関するタンパク質修飾のタイプを指す。したがって、ＩｇＧ４分子は、２つの別個の抗原を認識する２つの別個のＦａｂアームを獲得することができる（結果として二重特異性分子が生じる）。Ｆａｂアーム交換は、インビボでは自然に起こり、インビトロでは精製された血液細胞または還元剤、例えば還元グルタチオンによって誘導することができる。ＩｇＧ４抗体が解離して、それぞれ単一の重鎖および単一の軽鎖を含有する２つの分子を形成するときに「半抗体」が形成される。
一例において、安定化されたＩｇＧ４定常領域は、Ｋａｂａｔのシステムに従って、ヒンジ領域の２４１位にプロリンを含む（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest Washington DC United States Department of Health and Human Services, 1987 and/or 1991）。この位置は、ＥＵ番号付けシステムに従って、ヒンジ領域の２２８位に対応する（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest Washington DC United States Department of Health and Human Services, 2001 and Edelman et al., Proc. Natl. Acad. USA, 63, 78-85, 1969）。ヒトＩｇＧ４において、この残基は、一般的に、セリンである。セリンをプロリンで置換した後、ＩｇＧ４ヒンジ領域は、配列ＣＰＰＣを含む。これに関して、当業者は、「ヒンジ領域」は、抗体の２つＦａｂアームに可動性を付与するＦｃおよびＦａｂ領域を連結する、抗体重鎖定常領域のプロリンリッチな部分であることを認識しているであろう。ヒンジ領域は、重鎖間ジスルフィド結合に関与するシステイン残基を含む。これは、一般的に、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って、ヒトＩｇＧ１のＧｌｕ２２６からＰｒｏ２４３への延伸と定義される。他のＩｇＧアイソタイプのヒンジ領域は、重鎖間ジスルフィド（Ｓ－Ｓ）結合を形成する最初と最後のシステイン残基を同じ位置に置くことによって、ＩｇＧ１配列とアライメントすることができる（例えばＷＯ２０１０／０８０５３８を参照）。
安定化されたＩｇＧ４抗体のさらなる例は、ヒトＩｇＧ４の重鎖定常領域における４０９位のアルギニン（EU番号付けシステムに従って）がリジン、スレオニン、メチオニン、またはロイシンで置換されている抗体である（例えば、ＷＯ２００６／０３３３８６に記載された通り）。定常領域のＦｃ領域は、加えて、または代替として、４０５に対応する位置に（EU番号付けシステムに従って）アラニン、バリン、グリシン、イソロイシンおよびロイシンからなる群から選択される残基を含んでいてもよい。任意選択で、ヒンジ領域は、２４１位にプロリンを含む（すなわち、CPPC配列）（上述した通り）。
別の例において、Ｆｃ領域は、エフェクター機能が低減されるように修飾された領域であり、すなわち、「非免疫刺激性Ｆｃ領域」である。例えば、Ｆｃ領域は、２６８、３０９、３３０および３３１からなる群から選択される１つ以上の位置に置換を含むＩｇＧ１のＦｃ領域である。別の例において、Ｆｃ領域は、以下の変更Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ｖ、Ｌ２３５Ａ、およびＧ２３６の欠失の１つ以上、ならびに／または以下の変更Ａ３２７Ｇ、Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓの１つ以上を含むＩｇＧ１のＦｃ領域である（Armour et al., Eur J Immunol. 29:2613-2624, 1999; Shields et al., J Biol Chem. 276（9）:6591-604, 2001）。非免疫刺激性Ｆｃ領域のさらなる例は、例えば、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７７：１１２９－１１３８ ２００６；および／またはＨｅｚａｒｅｈ Ｊ Ｖｉｒｏｌ；７５：１２１６１－１２１６８，２００１に記載される。
別の例において、Ｆｃ領域は、キメラＦｃ領域、例えば、ＩｇＧ４抗体からの少なくとも１つのＣＨ２ドメインおよびＩｇＧ１抗体からの少なくとも１つのＣＨ３ドメインを含むキメラＦｃ領域であり、この場合、Ｆｃ領域は、２４０、２６２、２６４、２６６、２９７、２９９、３０７、３０９、３２３、３９９、４０９および４２７（EU番号付け）からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸位置に置換を含む（例えば、ＷＯ２０１０／０８５６８２に記載された通り）。例示的な置換としては、２４０Ｆ、２６２Ｌ、２６４Ｔ、２６６Ｆ、２９７Ｑ、２９９Ａ、２９９Ｋ、３０７Ｐ、３０９Ｋ、３０９Ｍ、３０９Ｐ、３２３Ｆ、３９９Ｓ、および４２７Ｆが挙げられる。
追加の修飾
本発明はまた、Ｆｃ領域もしくは定常領域を含む抗体または抗原結合部位への追加の修飾も予期する。
例えば、抗体は、タンパク質の半減期を増加させる１つ以上のアミノ酸置換を含む。例えば、抗体は、胎児性Ｆｃ領域（FcRn）に対してＦｃ領域の親和性を増加させる１つ以上のアミノ酸置換を含むＦｃ領域を含む。例えば、Ｆｃ領域は、エンドソームにおけるＦｃ／ＦｃＲｎ結合を容易にするために、より低いｐＨで、例えば、約ｐＨ６．０で、ＦｃＲｎに対して増加した親和性を有する。一例において、Ｆｃ領域は、約ｐＨ７．４でのその親和性と比較して、約ｐＨ６でＦｃＲｎに対して増加した親和性を有し、これは、細胞でのリサイクリング後の血液へのＦｃの再放出を容易にする。これらのアミノ酸置換は、血液からのクリアランスを低減することによって、タンパク質の半減期を延長するのに有用である。
例示的なアミノ酸置換としては、ＥＵ番号付けシステムに従って、Ｔ２５０Ｑおよび／またはＭ４２８ＬもしくはＴ２５２Ａ、Ｔ２５４ＳおよびＴ２６６ＦもしくはＭ２５２Ｙ、Ｓ２５４ＴおよびＴ２５６ＥもしくはＨ４３３ＫおよびＮ４３４Ｆが挙げられる。追加の、または代替のアミノ酸置換は、例えば、ＵＳ２００７０１３５６２０またはＵＳ７０８３７８４に記載される。
タンパク質生産
一例において、いずれかの例による本明細書に記載される抗原結合部位は、タンパク質を生産するのに十分な条件下で、例えば、本明細書に記載される、および／または当業界において公知の条件下でハイブリドーマを培養することによって生産される。
組換え発現
別の例において、いずれかの例による本明細書に記載される抗原結合部位は、組換えである。
組換えタンパク質の場合において、それをコードする核酸は、発現構築物またはベクターにクローニングしてもよく、次いでこれを、別の状況ではタンパク質を生産しない、宿主細胞、例えばＥ．ｃｏｌｉ細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞、例えば類人猿ＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞、ヒト胎児腎臓（HEK）細胞、もしくは骨髄腫細胞にトランスフェクトしてもよい。タンパク質の発現に使用される例示的な細胞は、ＣＨＯ細胞、骨髄腫細胞またはＨＥＫ細胞である。これらの目的を達成するための分子クローニング技術は、当業界において公知であり、例えばＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，（編集者）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ．Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８、現在までの全てのアップデートを含む）またはＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（１９８９）で説明されている。多種多様のクローニングおよびインビトロでの増幅方法は、組換え核酸の構築に好適である。組換え抗体を生産する方法もまた、当業界において公知であり、例えば、ＵＳ４８１６５６７またはＵＳ５５３０１０１を参照されたい。
単離後、核酸は、さらなるクローニング（DNAの増幅）のために、または無細胞系もしくは細胞における発現のために、プロモーターに作動可能に連結されて、発現構築物または発現ベクターに挿入される。
用語「プロモーター」は、本明細書で使用される場合、その最も広い状況で解釈されるものとし、ゲノム遺伝子の転写調節配列、例えば、正確な転写開始に必要なＴＡＴＡボックスまたはイニシエーターエレメントなどを含み、核酸の発現を、例えば発生および／または外部の刺激に応答して、または組織特異的な方式で変更する追加の調節エレメント（例えば、上流活性化配列、転写因子結合部位、エンハンサーおよびサイレンサー）を有していてもよいし、または有していなくてもよい。本発明の文脈において、用語「プロモーター」はまた、それに作動可能に連結されている核酸の発現を付与する、活性化する、または強化する、組換え、合成もしくは融合核酸、または誘導体を記載するのにも使用される。例示的なプロモーターは、前記核酸の発現をさらに強化する、および／または空間的な発現および／または一時的な発現を変更するために、１つ以上の特異的な調節エレメントの追加のコピーを含有していてもよい。
用語「に作動可能に連結した(operably linked to)」は、本明細書で使用される場合、核酸の発現がプロモーターによって制御されるように核酸に関連してプロモーターを配置させることを意味する。
細胞における発現のための多くのベクターが入手可能である。ベクター成分としては、一般的に、これらに限定されないが、以下：シグナル配列、タンパク質をコードする配列（例えば、本明細書で提供される情報から得られる）、エンハンサーエレメント、プロモーター、および転写終結配列の１つ以上が挙げられる。当業者は、タンパク質の発現のための好適な配列を認識しているであろう。例示的なシグナル配列としては、原核生物分泌シグナル（例えば、pelB、アルカリホスファターゼ、ペニシリナーゼ、Ipp、または熱安定性エンテロトキシンII）、酵母分泌シグナル（例えば、インベルターゼリーダー、α因子リーダー、または酸性ホスファターゼリーダー）または哺乳動物分泌シグナル（例えば、単純ヘルペスｇＤシグナル）が挙げられる。
哺乳類細胞において活性な例示的なプロモーターとしては、サイトメガロウイルス前初期プロモーター（CMV-IE）、ヒト伸長因子１－αプロモーター（EF1）、核内低分子ＲＮＡプロモーター（U1aおよびU1b）、α－ミオシン重鎖プロモーター、シミアンウイルス４０プロモーター（SV40）、ラウス肉腫ウイルスプロモーター（RSV）、アデノウイルス主要後期プロモーター、β－アクチンプロモーター；ＣＭＶエンハンサー／β－アクチンプロモーターを含むハイブリッド調節エレメント、もしくは免疫グロブリンプロモーターまたはその活性な断片が挙げられる。有用な哺乳類宿主細胞株の例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（COS-7、ATCC CRL1651）；ヒト胎児腎臓株（懸濁培養中での増殖のためにサブクローニングした２９３または２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（BHK、ATCC CCL10）；またはチャイニーズハムスター卵巣細胞（CHO）である。
例えばＰｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅおよびＳ．ｐｏｍｂｅを含む群から選択される酵母細胞などの酵母細胞における発現に好適な典型的なプロモーターとしては、これらに限定されないが、ＡＤＨ１プロモーター、ＧＡＬ１プロモーター、ＧＡＬ４プロモーター、ＣＵＰ１プロモーター、ＰＨＯ５プロモーター、ｎｍｔプロモーター、ＲＰＲ１プロモーター、またはＴＥＦ１プロモーターが挙げられる。
発現のために単離された核酸またはそれを含む発現構築物を細胞に導入するための手段は、当業者公知である。所与の細胞のために使用される技術は、公知の成功した技術に依存する。組換えＤＮＡを細胞に導入するための手段としては、なかでも、マイクロインジェクション、ＤＥＡＥ－デキストランによって媒介されるトランスフェクション、例えばリポフェクトアミン（lipofectamine）（Gibco、MD、USA）および／またはセルフェクチン（cellfectin）（Gibco、MD、USA）を使用することによる、リポソームによって媒介されるトランスフェクション、ＰＥＧ媒介のＤＮＡ取り込み、エレクトロポレーション、および例えばＤＮＡでコーティングされたタングステンまたは金粒子を使用することによるマイクロパーティクルボンバードメント（Agracetus Inc.、WI、USA）が挙げられる。
タンパク質を生産するのに使用される宿主細胞は、使用される細胞のタイプに応じて、様々な培地で培養することができる。商業的に入手可能な培地、例えばＨａｍ’ｓ Ｆ１０（Sigma）、最小必須培地（（MEM）、Sigma）、ＲＰＭｌ－１６４０（Sigma）、およびダルベッコ改変イーグル培地（（DMEM）、Sigma）が、哺乳類細胞を培養するのに好適である。本明細書で論じられる他の細胞タイプの培養のための培地は、当業界において公知である。
タンパク質の単離
タンパク質を単離するための方法は、当業界において公知であり、および／または本明細書で説明される。
培養培地に抗原結合部位が分泌される場合、このような発現系からの上清はまず、商業的に入手可能なタンパク質濃縮フィルター、例えば、ＡｍｉｃｏｎまたはＭｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｐｅｌｌｉｃｏｎ限外ろ過ユニットを使用して濃縮してもよい。前述の工程のいずれかにおいて、タンパク質分解を阻害するためにＰＭＳＦなどのプロテアーゼ阻害剤が含まれていてもよいし、偶発的な汚染菌の増殖を防止するために抗生物質が含まれていてもよい。代替として、または加えて、上清は、例えば連続的な遠心分離を使用して、タンパク質を発現する細胞からろ過および／または分離してもよい。
細胞から調製された抗原結合部位は、例えば、イオン交換、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、親和性クロマトグラフィー（例えば、プロテインＡ親和性クロマトグラフィーまたはプロテインＧクロマトグラフィー）、または前述のもののあらゆる組合せを使用して精製することができる。これらの方法は、当業界において公知であり、例えばＷＯ９９／５７１３４またはＥｄ ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ（編集者）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，（１９８８）にお説明されている。
当業者は、タンパク質は、精製または検出を容易にするためのタグ、例えば、ポリヒスチジンタグ、例えば、ヘキサヒスチジンタグ、またはインフルエンザウイルスヘマグルチニン（HA）タグ、またはシミアンウイルス５（V5）タグ、またはＦＬＡＧタグ、またはグルタチオンＳ－トランスフェラーゼ（GST）タグを含むように修飾できることを認識しているであろう。次いで得られたタンパク質は、当業界において公知の方法、例えば親和性精製を使用して精製される。例えば、ヘキサｈｉｓタグを含むタンパク質は、タンパク質を含むサンプルを、固体または半固体支持体上に固定されたヘキサｈｉｓタグと特異的に結合するニトリロ三酢酸ニッケル（Ni-NTA）と接触させること、サンプルを洗浄して未結合タンパク質を除去すること、およびその後、結合したタンパク質溶出させることによって精製される。代替として、または加えて、タグに結合するリガンドまたは抗体が、親和性精製方法で使用される。
抗原結合部位の活性のアッセイ
ＨＩＶ－１ Ｅｎｖおよびその突然変異体への結合
本発明の抗原結合部位がＨＩＶ－１ Ｅｎｖ抗原に結合することは、本明細書に記載の開示から当業者に明らかであると予想される。タンパク質への結合を評価するための方法は、当業界において公知であり、例えば、Ｓｃｏｐｅｓ（In：Protein purification: principles and practice, Third Edition, Springer Verlag, 1994）に記載された通りである。このような方法は、一般的に、抗原結合部位を固定すること、およびそれを標識した抗原（HIV-1 Env）と接触させることを含む。洗浄して非特異的に結合したタンパク質を除去した後、標識の量、および結果として結合した抗原が検出される。当然ながら、抗原結合部位は、標識されてもよく、抗原は、固定されてもよい。パニングタイプのアッセイも使用することができる。代替として、または加えて、表面プラズモン共鳴アッセイを使用することができる。
任意選択で、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖまたはそのエピトープの固定された抗原結合部位の解離定数（Kd）、会合定数（Ka）および／または親和定数（KD）が決定される。ＨＩＶ－１ Ｅｎｖの「Ｋｄ」または「Ｋａ」または「ＫＤ」は、一例において、放射標識または蛍光標識ＨＩＶ－１ Ｅｎｖリガンド結合アッセイによって測定される。「Ｋｄ」の場合、このアッセイは、標識されていないＨＩＶ－１ Ｅｎｖの一連の滴定の存在下で、抗原結合部位を、最小濃度の標識ＨＩＶ－１ Ｅｎｖまたはそのエピトープと平衡させる。洗浄して未結合のＨＩＶ－１ Ｅｎｖまたはそのエピトープを除去した後、標識の量が決定され、これがタンパク質のＫｄを示す。
別の例によれば、Ｋｄ、ＫａまたはＫＤは、表面プラズモン共鳴アッセイを使用することによって、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ表面プラズモン共鳴（BIAcore, Inc.、Piscataway、NJ）を固定されたＨＩＶ－１ Ｅｎｖもしくはその抗原または固定された抗原結合部位と共に使用することによって測定される。
ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）
本明細書に記載される抗原結合部位または抗体は、それを必要とする対象におけるＨＩＶ－１の処置、弱毒化、または防止に有用である。特に、本明細書に記載される抗原結合部位または抗体は、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質の標的化に特に有用である。ＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質は、ウイルスエンベロープを形成し、これは、抗体により方向付けられる免疫性を獲得可能な唯一のタンパク質の１つである。ｅｎｖ遺伝子は、約１６０ｋＤａのグリコシル化されたＥｎｖポリペプチド（gp160）をコードしており、ｇｐ１６０はその後、宿主細胞のプロテアーゼによって切断されてウイルスエンベロープタンパク質ｇｐ１２０およびｇｐ４１を生成する。これらの２つの鎖は、三量体で非共有結合によって会合して、ビリオンエンベロープから伸長するウイルスエンベロープスパイクを形成する。
多くの様々なタイプのＨＩＶ－１の株または種があり、これらは、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＡＣ、Ｇ、ＣＲＦ０７＿ＢＣまたはＣＦＲ０１＿ＡＥを含む特定のクレードに属する。クレードＢに属するＨＩＶ－１種としては、ＭＮ、６５３５、ＨＸＢ－２、ＱＨ０６９２、ｐＲＥＪＯ４５４１、ｐＲＨＰＡ４２５９、ＡＤ８、ＪＲＣＳＦ、ＹＵ－２、ＺＭ５３Ｍ．ＰＢ１２、Ｘ２２７８およびＴＲＯ１１が挙げられる。クレードＡに属するＨＩＶ－１種としては、ＢＧ５０５および３９８Ｆ１が挙げられる。クレードＣに属するＨＩＶ－１種としては、Ｄｕ１５６、ＺＭ１３５Ｍ．ＰＬ１０ａ、ＣＡＰ２１０．２００．Ｅ８、ＣＡＰ４５．２．００．Ｇ３、２５７１０、ＣＥ１１７６およびＣＥＯ２１７が挙げられ、好ましくは２５７１０、ＣＥ１１７６およびＣＥＯ２１７が挙げられる。クレードＧに属するＨＩＶ－１種としては、Ｘ１６３２が挙げられる。クレードＣＲＦ０１＿ＡＥに属するＨＩＶ－１種としては、ＣＮＥ８およびＣＮＥ５５が挙げられ、好ましくはＣＮＥ５５が挙げられる。
異なるＨＩＶ－１株間の、特にｇｐ１２０における広範なバリエーション、および単回の感染の経過中に進化したり、迅速に薬物や免疫学的な攻撃に適合したりするウイルスの能力は、療法およびワクチン開発において問題となる。ＨＩＶの株間の可変性のほとんどは、Ｖ１～Ｖ５と名付けられたｇｐ１２０の５つの可変ドメイン（それぞれアミノ酸１２８～１５２、１８２～１９５、３００～３３０、３９５～４１５、および４６０～４６７を含む）におけるエンベロープ配列で生じる。第３の可変領域は、Ｖ３ループと呼ばれ（２つのシステイン残基を合体させることによって形成される）、これは、ｇｐ１２０の優勢な抗体中和ドメインであり、ウイルス親和性を決定することにおいて重要な役割を果たす。相対的に不変の４つの領域は、Ｃ１～Ｃ４（アミノ酸３３～６０、８７～１２６、２３１～２７６、および４６０～４６７）と名付けられている。恐らくこれらの領域が必須のウイルス構造を維持している。ウイルスエンベロープは、最終的に、標的細胞へのウイルス侵入を可能にする融合装置として理解されなければならない。融合は、ｇｐ１２０のＣＤ４およびケモカイン受容体への逐次的な結合に依存するが、融合性ドメインはｇｐ４１に配置されている。標的細胞膜に挿入される融合ペプチドは、ｇｐ１６０前駆タンパク質のタンパク質分解による切断によって生じた新しいアミノ末端で形成される。
本明細書に記載される抗原結合部位または抗体は、ｇｐ１２０、非切断ｇｐ１４０およびＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０を含む複数の形態のＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質を標的化することが可能である。本明細書で使用される場合、文脈上特定されない限り、またはそうではないことを必要としない限り、ＨＩＶ－１に結合するかまたはそれに特異的に結合する本発明の抗原結合部位への言及はまた、本明細書に記載されるものを含むｇｐ１２０もしくはそのあらゆるバリアント、本明細書に記載されるものを含むｇｐ１４０もしくはそのあらゆるバリアント、本明細書に記載されるものを含むｇｐ１６０もしくはそのあらゆるバリアント、または他のあらゆるｅｎｖ遺伝子産物もしくはそのバリアントに結合するかまたはそれに特異的に結合する本発明の抗原結合部位への言及でもある。
ＨＩＶ－１に感染している対象は、無症状であってもよいし、または徴候を示していてもよい。感染から最初の数カ月、対象は、頭痛、発熱、疲れ、腫れたリンパ節、咽頭痛、鵞口瘡、発疹、筋肉および関節痛、口中の、または生殖器上の潰瘍、寝汗および／または下痢を含むインフルエンザのような症状を示す可能性がある。臨床的に、これは、典型的には、血液、痰および／または尿中の検出可能なＨＩＶ－１ウイルス負荷量、加えてＨＩＶ－１感染に応答して対象によって生産された検出可能な抗体と相関すると予想される。ＨＩＶ－１感染後期における症状としては、高熱、寒気および寝汗、発疹、呼吸困難および持続的な咳、重度の体重の減少、吐き気、口中の白斑、生殖器のただれ、疲労、肺炎ならびに認知力低減が挙げられる。
したがって、本明細書に記載される抗原結合部位および抗体は、上述されたＨＩＶ－１感染に関連する症状の１つ以上を治療することが可能なことが想定される。
ＨＩＶ－１感染の存在、それにおける改善、またはその処置は、本明細書に記載される、または当業界において公知のあらゆる臨床的または生化学的に関連する方法、例えばＨＩＶ－１ウイルス負荷量およびＨＩＶ－１抗体に関する血液、痰および／または尿の評価などによって決定することができる。いずれかの抗原結合部位または抗体での処置への好ましい応答は、当業界において公知のあらゆる方法によって決定でき、その例としては、以下を挙げることができる：
－ 低減されたウイルス負荷量；
－ 低減されたＨＩＶ－１抗体力価；
－ 低減された頭痛、発熱、疲れ；
－ 低減された腫れたリンパ節；
－ 低減された咽頭痛；
－ 低減された鵞口瘡、発疹、筋肉および／もしくは関節痛；
－ 低減された口中の、もしくは生殖器上の潰瘍；
－ 低減された寝汗、寒気および／もしくは下痢；
－ 低減された高熱；
－ 低減された呼吸困難および／もしくは持続的な咳；
－ 低減された重度の体重の減少、吐き気および／もしくは口中の白斑；
－ 低減された生殖器のただれ；
－ 低減された疲労；
－ 肺炎からの回復；ならびに／または
－ 改善された認知能力。
上記のいずれかの決定は、本明細書に記載される抗原結合部位、抗体および／または組成物に対する好ましい応答（すなわち処置）であるとみなすことができる。代替として、症状緩和をもたらす標準的なＨＩＶ－１薬物療法への要求の低減は、本明細書に記載される化合物および／または組成物に対する好ましい応答であるとみなすことができる。
同様に、本明細書に記載される抗原結合部位および抗体は、上述した臨床的な相関または症状の１つ以上に増大することを防止することによって、高いリスクにある対象を含む対象におけるＨＩＶ－１感染を防止することが可能であると想定される。
本発明の一態様において、所与のＨＩＶ－１感染のための処置を受けている対象は、上述したように、上述した症状のいずれかの測定可能なパラメーターが、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれより大きく低減していてもよく、これは、身体検査で、または上述した臨床試験のいずれかによって決定することができる。代替として、感染が根絶される場合、対象が、上述したパラメーターまたは当業界において公知のその他のものに従って感染の検出可能な徴候をまったく有さなくなるように、ＨＩＶ－１感染の全ての検出可能な兆候を、完全に、永続的に消失させることが可能である。対象は、ＨＩＶ－１感染の実質的に検出不能な徴候を有していてもよい。「実質的に検出不能な」ＨＩＶ－１感染は、一般的に、療法が、ＨＩＶ－１感染の程度、重症度または他の身体的な尺度を激減させ、よって、処置の結果としてそれが、上述した１つ以上の症状の存在を決定するための当業界において公知の関連する標準的な評価技術の使用を介して、はっきりと検出できない状況を指す。
一実施形態において、本方法は、全生存、加えて無憎悪生存(progression free survival)などを含めて対象の生存を延長するのに特に有用である。全生存は、ＨＩＶ－１感染の診断の日または処置開始のいずれかからの、ＨＩＶ－１と診断された患者がまだ生きている時間の長さであることが理解されるであろう。無進行生存は、患者がＨＩＶ－１感染と共に生きているが感染が悪化しない、ＨＩＶ－１感染の処置中およびその後の時間の長さであることが理解されるであろう。
生存分析は、カプラン－マイヤー法などの当業界において周知の技術を使用して実行することができる。カプラン－マイヤー法は、寿命データから生存関数を推測する。医療調査において、これは、処置後の一定時間生きた患者の割合を測定するために使用することができる。生存関数のカプラン－マイヤー法のプロットは、大きさが減少していく一連の水平的なステップであり、十分大きいサンプルが採取される場合、その集団にとって真の生存関数に近づく。連続した別個のサンプリングした観察（「クリック」）間の生存関数値は、一定と仮定される。
カプラン－マイヤー曲線の重要な利点は、この方法が、「打ち切り」データ、すなわち、最終的なアウトカムが観察される前（例えば、患者が研究から離脱するとき）のサンプルからの損失を考慮できることである。プロット上において、小さい垂直のチェック印は損失を示し、この場合、患者データは、打ち切られている。切り捨てまたは打ち切りが起こらない場合、カプラン－マイヤー曲線は、経験分布と同等である。
診断
本発明の一態様において、ＨＩＶ－１を発現する細胞またはウイルスは、標準的な生物学的な技術を使用して、ＨＩＶ－１ポリペプチドを発現する細胞に優先的に結合する抗体の存在に関して、ＨＩＶ－１に感染した患者から得られた生物学的サンプルをスクリーニングするのに使用することができる。例えば、特定の実施形態において、抗体を標識し、例えば、ＦＭＡＴまたはＦＡＣｓ分析を使用して、細胞に関連する標識の存在を検出してもよい。特定の実施形態において、生物学的サンプルは、血液、血清、血漿、気管支洗浄液、または唾液である。本発明の方法は、ハイスループット技術を使用して実施することができる。
組成物
一部の例において、本明細書に記載される抗原結合部位または抗体は、経口的に、非経口的に、吸入スプレーによって、吸着によって、吸収によって、局所的に、直腸に、経鼻的に、口腔内に、経膣的に、心室内に、従来の非毒性の医薬的に許容される担体を含有する投薬配合での埋め込まれたリザーバーを介して、または他のあらゆる便利な剤形によって投与することができる。用語「非経口の」は、本明細書で使用される場合、皮下、静脈内、筋肉内、腹膜内、髄腔内、心室内、胸骨内、および頭蓋内への注射または輸注技術を含む。
抗原結合部位を対象への投与に好適な形態（例えば医薬組成物）に調製するための方法は当業界において公知であり、その例としては、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（18th ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1990）および米国薬局方：国民医薬品集（U. S. Pharmacopeia: National Formulary）（Mack Publishing Company, Easton, Pa., 1984）に記載されたような方法が挙げられる。
この発明の医薬組成物は、非経口投与、例えば静脈内投与、または体腔もしくは臓器もしくは関節の内腔への投与に特に有用である。投与のための組成物は、一般的に、医薬的に許容される担体、例えば水性担体に溶解させた抗原結合部位の溶液を含むと予想される。様々な水性担体、例えば緩衝生理食塩水などを使用することができる。組成物は、生理学的条件に近づけるのに必要な場合、医薬的に許容される補助剤、例えばｐＨ調整剤および緩衝剤、毒性調整剤など、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウムなどを含有していてもよい。これらの配合物中での本発明の抗原結合部位の濃度は、広く変更することができ、選択された特定の投与様式および患者の要求に従って、主として流体の体積、粘度、体重などに基づいて選択されることになる。例示的な担体としては、水、生理食塩水、リンゲル液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられる。混合油およびオレイン酸エチルなどの非水性ビヒクルも使用できる。リポソームも担体として使用できる。ビヒクルは、等張性および化学的安定性を強化する少量の添加剤、例えば、緩衝液および保存剤を含有していてもよい。
配合されたら、本発明の抗原結合部位は、投薬配合物に適合する方式で、治療的／予防的に有効であるような量で投与されることになる。配合物は、様々な剤形で、例えば上述したタイプの注射用溶液で容易に投与することができるが、他の医薬的に許容される形態、例えば、錠剤、丸剤、カプセル剤または経口投与のための他の固体、坐剤、ペッサリー、鼻用溶液またはスプレー、エアロゾル、吸入剤、リポソームの形態なども予期される。医薬用の「遅延放出」カプセル剤または組成物も使用することができる。遅延放出製剤は、一般的に、長期間にわたり一定の薬物レベルをもたらすように設計され、本発明の抗原結合部位を送達するのに使用することができる。
ＷＯ２００２／０８０９６７は、本発明の抗原結合部位の投与にも好適な、治療のための、例えば喘息の治療のための抗体を含むエアロゾル化された組成物を投与するための組成物および方法を記載している。
投薬量および投与
本発明の抗原結合部位の好適な投薬量は、具体的な抗原結合部位および／または処置されている対象に応じて様々であると予想される。例えば、最適な量より少ない投薬量から始めて漸増的に投薬量を変更して、最適な、または有用な投薬量を決定することによって好適な投薬を決定することは、熟練した医師の能力の範囲内である。代替として、処置／予防のための適切な投薬量を決定するために、細胞培養アッセイまたは動物実験からのデータが使用され、この場合、好適な用量は、毒性がほとんどない、活性化合物のＥＤ５０を含む循環中の濃度の範囲内である。投薬量は、採用された剤形および利用される投与経路に応じてこの範囲内で変更することができる。治療的／予防的有効量は、最初に細胞培養アッセイから推測することができる。用量は、細胞培養で決定されたＩＣ５０（すなわち、症状の半最大阻害を達成する化合物の濃度または量）を含む循環血漿濃度範囲が達成されるように、動物モデルで決めることができる。このような情報は、より正確には、ヒトにおける有用な用量を決定するために使用することができる。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定してもよい。
一部の例において、本発明の方法は、予防または治療有効量の本明細書に記載されるタンパク質を投与することを含む。
用語「治療有効量」は、処置（治療）が必要な対象に投与される場合、対象の予後および／または状態を改善する量、および／またはその状態の臨床上診断に役立つ、または臨床上特徴的であると観察および容認されたレベル未満のレベルに、本明細書に記載される臨床症状の１つ以上の症状を低減または阻害する量である。対象に投与しようとする量は、処置（治療）しようとする状態の特定の特徴、処置（治療）されている状態のタイプおよびステージ、投与様式、ならびに対象の特徴、例えば全身の健康状態、他の疾患、年齢、性別、遺伝子型、および体重に依存すると予想される。当業者は、これらの、および他の要因に応じて適切な投薬量を決定することが可能であると予想される。したがって、この用語は、タンパク質の具体的な数量に、例えば重量または量に本発明を限定すると解釈されないものとし、そうではなく本発明は、対象において述べられている結果を達成するのに十分な、抗原結合部位のあらゆる量を包含する。
用語「予防有効量」は、本明細書で使用される場合、臨床症状の１つ以上の検出可能な症状の発症を防止する、または阻害する、または遅延させるのに十分なタンパク質の量を意味すると解釈されるものとする。当業者は、このような量が、例えば、投与される具体的な抗原結合部位、および／または特定の対象、および／または状態のタイプもしくは重症度もしくはレベル、および／または状態に対する素因（遺伝学的またはそれ以外）に応じて様々であることを認識しているであろう。したがって、この用語は、抗原結合部位の具体的な数量、例えば、重量または量に本発明を限定すると解釈されないものとし、そうではなく本発明は、対象において述べられている結果を達成するのに十分な、抗原結合部位のあらゆる量を包含する。
キット
本発明は加えて、以下：
（ｉ）本発明の抗原結合部位またはそれをコードする発現構築物；
（ｉｉ）本発明の細胞；
（ｉｉｉ）本発明の複合体；または
（ｉｉｉ）本発明の医薬組成物
の１つ以上を含むキットを含む。
ＨＩＶ－１ Ｅｎｖを検出するためのキットの場合において、キットは、加えて、検出手段、例えば、本発明の抗原結合部位に連結された検出手段を含んでいてもよい。
治療的／予防的使用のためのキットの場合において、キットは、加えて、医薬的に許容される担体を含んでいてもよい。
任意選択で、本発明のキットは、いずれかの例による本明細書に記載される方法での使用のために説明書と共にパッケージ化される。
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実施例１－ウシＢｒＮＡｂの生成および検証
本発明者らはここで、ＨＩＶワクチンとしての有用性を有する新規のＨＩＶ治療剤／予防剤として抗ＨＩＶウシＢｒＮＡｂを生成し検証することを試みた。
方法
ウシ免疫化：ホルスタイン種のウシ（Bos taurus）のわき腹皮下に、Ｓｅｐｐｉｃ Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ（ISA206）アジュバントを使用してワクチン接種した。妊娠期間の前およびその間に雌牛を免疫化し、分娩後に再びワクチン接種した（図１Ａ）。ウシ＃６１７は、１００μｇのＫＮＨ１ ＳＯＳＩＰ．ｖ１またはＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ ６Ｒ６６４三量体を受け、それに続いて、分娩後に５０ｕｇのＢＧ５０５ ６Ｒ ＳＯＳＩＰ６６４を受けた。ウシ＃３５および＃８４３４は、妊娠中に５００ｕｇのＡＤ８非切断ｇｐ１４０三量体を受け、同時にそれぞれ５０μｇのＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ ６Ｒ６６４および１００μｇのＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ６Ｒ６６４で再びワクチン接種した。上述したように（Heydarchi, B., et al. MAbs, 2017. 9(3): p. 550-566）、分娩の後の第５４週（フェーズ１）および第５９週（フェーズ２）に血清サンプルを収集した。フェーズ１およびフェーズ２の後に収集された血液から、各ウシからの末梢血単核細胞（PBMC）も単離した。
血清ＥＬＩＳＡおよび血清サンプルの中和：自己Ｅｎｖワクチン抗原に対する血清中のＩｇＧ力価を、述べられない限りインキュベーションを室温（RT）で実行する直接ＥＬＩＳＡによって測定した。１×カゼイン緩衝液（Sigma）を、各工程のためのサンプル希釈剤として使用した。簡単に言えば、９６－ウェルプレートを、コーティング緩衝液（２００ｍＭのトリス－ＨＣｌ、１００ｍＭのＮａＣｌ、ｐＨ８．８）中の１μｇ／ｍｌの組換えＥｎｖ ｇｐ１４０タンパク質（BG505 SOSIP gp140、AD8 Unc gp140）で、４℃で一晩コーティングした。プレートをＰＢＳ＋０．１％Ｔｗｅｅｎで４回およびＰＢＳで４回洗浄し、次いで１×カゼイン緩衝液（Sigma）でブロックした。血清サンプルを、ｌｏｇ１０の半分の希釈率で添加し、室温で３時間インキュベートした。その後、１／１０００希釈のＨＲＰ－コンジュゲートヒツジ抗ウシＩｇＧ（BioRad、#AAI23P）をローディングし、室温で１時間インキュベートした。最後に、発色を、ＴＭＢ（Sigma、カタログ番号：T5525）を製造元の説明書に従って使用して実行し、１ＭのＨ２ＳＯ４を使用して反応を止めた。吸光度を、６９０ｎｍの参照に対して４５０ｎｍで測定した。
血清サンプルの中和アッセイのために、ＨＩＶ－１シュードウイルスを上述したように生産した（Kramski, M., et al. Antimicrob Agents Chemother, 2012. 56(8): p. 4310-9; Montefiori, D.C. Curr Protoc Immunol, 2005. Chapter 12: p. Unit 12 11）。主鎖プラスミドをＥｎｖ発現プラスミドの１つと共にコトランスフェクトすることによって、シュードウイルスをＨＥＫ２９３Ｔ細胞で生産した。免疫化前、フェーズ１（第５４週）およびフェーズ２（第５９週）に収集された血清サンプルにＴＺＭ－ｂｌ中和アッセイを実行した。アッセイを上述したように実行した（Montefiori, D.C., Curr Protoc Immunol, 2005. Chapter 12: p. Unit 12 11）。簡単に言えば、完全ＤＭＥＭ（DMEM+10%FBS）（200のTCID50）中の５０μｌのシュードウイルスを、９６－ウェルプレート（Corning、平底、非発熱性）において１００μｌの最終体積で血清サンプルの連続希釈物と混合し、３７℃で１時間インキュベートした。その後、各ウェルに、１０４個のＴＺＭ－ｂｌ細胞（125mMのDEAE-デキストラン（Sigma）を含有する）を添加し、プレートを３７℃で７２時間インキュベートした。ＦＬＵＯｓｔａｒ Ｏｍｅｇａ（BMG Labtech）プレートリーダーでＢｒｉｔｅｌｉｔｅ ｐｌｕｓ（PerkinElmer）を使用して相対発光単位（RLU）を測定することによって、感染の阻害を計算した。ＩＤ５０中和抗体力価は、ＲＬＵを５０％低減するのに必要なサンプル希釈率の逆数として発現される。
ＨＩＶ－１ Ｅｎｖの生産、発現および精製：
ＨＩＶ－１ ＮＬ ＡＤ８（AD8）Ｕｎｃ ｇｐ１４０ Ｅｎｖ（クレードＢ）を含むワクチンタンパク質を、安定してトランスフェクトされたＨｅＬａ細胞株を使用して発現させ、ＡＤ８ ６Ｒ ＳＯＳＩＰ．６６４を、ＨｅＬａおよびＨＥＫ２９３Ｔ細胞（Center, R.J., et al., Vaccine, 2009. 27(47):p. 6605-6612）またはＥｘｐｉ２９３細胞の一過性トランスフェクションによって生産した。（Kang, Y., et al., Vaccine, 2009. 27(37): p. 5120-5132）に記載の通り生産されたＫＮＨ１１４４ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０（クレードＡ）、およびＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０（クレードＡ）。これまでに記載されたようにしてレンチルレクチンカラムおよびサイズ排除クロマトグラフィーを用いてタンパク質を精製した（Sanders, R.W., et al., PLoS Pathog, 2013. 9(9): p. e1003618;およびCenter, R.J., et al., Vaccine, 2009. 27(47): p. 6605-12）。
ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１を、これまでに記載された「ｖ４．１」突然変異（de Taeye, S.W., et al., Cell, 2015. 163(7): p. 1702-15）に従ってＣ末端Ｄ７３２４エピトープタグまたはＡｖｉＴａｇのいずれかで修飾された、ＮＬ（AD8）からのＥｎｖをコードするＥｎｖ発現プラスミドを使用して生産した（Freed, E.O., G. Englund, and M.A. Martin, J Virol, 1995. 69(6): p. 3949-54）。Ｅｎｖ発現プラスミドをヒトフーリンプロテアーゼ発現プラスミドと共にコトランスフェクトすることによってＥｘｐｉ２９３Ｆ細胞でタンパク質を発現させた。２Ｇ１２－セファロース親和性樹脂（抗HIV-1mAb 2G12をCNBr-セファロース樹脂にカップリングすることによって調製された）を使用して培養上清からＥｎｖを精製し、３ＭのＭｇＣｌ２を使用して溶出させた。Ｅｎｖの緩衝液を即座にＰＢＳに交換し、三量体Ｅｎｖを、ＨｉＬｏａｄ １６／６００ Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ｐｒｅｐグレードカラム（GE Healthcare Life Sciences）を使用したサイズ排除クロマトグラフィーによってさらに精製した。ＡｖｉＴａｇ三量体のビオチン化のために、ＢｉｒＡ酵素を製造元の説明書に従って使用した（Avidity、LLC）。
単量体ＡＤ８ ｇｐ１２０も、上述したように生産した（Center, R.J., et al., Vaccine, 2009. 27(47): p. 6605-12; Center, R.J., et al. J Virol, 2000. 74(10): p. 4448-55; Gonelli, C.A., et al. Viruses, 2019. 11(6)）。ＢＧ５０５ ＷＴ．ＳＥＫＳ（非切断gp140）を、Ｅｎｖ発現プラスミド（Ringe, R.P., et al. Proc Natl Acad Sci U S A, 2013. 110(45): p. 18256-61）をフーリン発現プラスミドと共にコトランスフェクトしなかったことを除いて、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０タンパク質に関して上述したように生産した。
小角Ｘ線散乱：小角Ｘ線散乱（SAXS）測定を、放射線損傷を回避し、より大きいＸ線束（11,500eV）を可能にするための並行流システムと、タンパク質サンプルの希釈を制限するためのインラインのサイズ排除クロマトグラフィー（SEC）とを備えたＡｕｓｔｒａｌｉａｎ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ ＳＡＸＳ／ＷＡＸＳビームラインを用いて実行した（Kirby, N., et al., Acta Crystallogr D Struct Biol, 2016. 72(Pt 12): p. 1254-1266; Kirby, N.M., et al., J. Appl. Crystallogr, 2013. 46: p. 1670-1680; Ryan, T.M., et al., J. Appl. Crystallogr, 2018. 51: p. 97-111）。５０マイクロリットルの精製されたＡＤ８ ＳＯＳＩＰ（２ｍｇ／ｍｌ）を、１ｍＭのＥＤＴＡおよび０．２％アジ化ナトリウムを含有する溶液を含むＰＢＳ（ｐＨ７．４）で平衡化および溶出させたｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｓｕｐｅｒｏｓｅ ６ ５／１５０ ｉｎｃｒｅａｓｅカラム（GE Healthcare）上に注入した。使用されたサンプルから検出器への長さは３２５６ｍｍであり、０．００７～０．５１５Å－１のｑ範囲を提供した。収集されたＳＡＸＳデータをＳａｃｔｔｅｒｂｒａｉｎソフトウェアを使用して縮小し、ＣＨＲＯＭＩＸＳ（Panjkovich, A. and D.I. Svergun, Bioinformatics, 2018. 34(11): p. 1944-1946）、およびＡＴＳＡＳ３．０．２ソフトウェアパッケージ（Franke, D., et al. J Appl Crystallogr, 2017. 50(Pt 4): p. 1212-1225）によって分析した。ＳＡＸＳパターン、回転半径（Rg）、最大粒子寸法（Dmax）、およびペアワイズ距離分布ヒストグラム［Ｐ（ｒ）プロット］を、ＡＴＳＡＳソフトウェアスイート（PV, K., et al. Journal of Applied Crytallography, 2003. 36: p. 1277-1282）を使用することによって分析した。非経験的モデル化を、ＤＡＭＭＩＦ（Franke, D. and D.I. Svergun, J Appl Crystallogr, 2009. 42(Pt 2): p. 342-346）を使用して実行し、モデルをＤＡＭＡＶＥＲによって平均した。表２にＳＡＸＳデータ収集パラメーターの要約を示す。最初の１００個のデータポイント（空隙体積の前）を緩衝液の散乱データとして平均し、対応するタンパク質散乱データから引いた。
Figure 2023528992000019
Figure 2023528992000020
単一粒子陰性染色電子顕微鏡法（Single Particle Negative Stain Electron Microscopy）：精製されたＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｖ４．１（１００ｎｇ／μｌ）をグロー放電した炭素コーティング銅メッシュグリッドに設置し、１％ギ酸ウラニルで染色した。
グリッドを適切な染色厚さに関してスクリーニングし、ＦＥＩ Ｔａｌｏｓ Ｌ１２０Ｃ電子顕微鏡を使用して粒子分布および画像を収集した。７３，０００×の倍率で、１．９Å／ピクセルの最終的な拡大されたピクセルサイズにつき－１．８μｍのデフォーカスで、画像を収集した。次いで陰性染色されたＡＤ８粒子を、１１０Åの最大粒子半径、８０Åの特徴的な粒子半径の実験的な評価に基づき、ｃｉｓＴＥＭソフトウェアバージョン１．０．０－ベータを使用してノイズを超える５標準偏差の閾値ピーク高さで自動的にピックアップした（Grant, T., A. Rohou, and N. Grigorieff, Elife, 2018. 7）。さらに、ｃｉｓＴＥＭで３８，０００粒子に対して２Ｄ分類を実行したところ、５０個のクラスが得られた。初期のモデルをデータセットを使用して非経験的に作成し、ｃｉｓＴＥＭ内での第１の分類工程で、２０Åから８Åの粒子についてフィルター下で処理した。Ｃ３対称性下でのさらなる反復の３Ｄ分類のために、ＡＤ８の異なる方向を表す最良の１８個のクラスを選択した。これに続いて、ｃｉｓＴＥＭで局所洗練および最終的な３Ｄ洗練を行った。ＵＣＳＦキメラを使用して、図を作成した（Pettersen, E.F., et al. J Comput Chem, 2004. 25(13): p. 1605-12）。
蛍光活性化セルソーティング（FACS）による単回のセルソーティング：ウシＰＢＭＣのソーティングを、上述した通り、ただしわずかな改変を加えて実行した（Heydarchi, B., et al., MAbs, 2017. 9(3): p. 550-566）（図２Ｂ）。簡単に言えば、２５０万個の低温保存したＰＢＭＣを融解させ、１０ｍｌの予め温めた３７℃のＲＰＭＩ１６４０培地（Life Technologies）（１０％ＦＢＳ、２０μｇ／ｍｌまたは１０Ｕ／ｍｌのＤＮアーゼＩを含有する）に室温で５分間かけて再懸濁し、続いて５００×ｇで、４℃で１０分遠心分離した。細胞を冷却したＰＢＳに再懸濁し、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（商標）Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ（Thermo Fisher Scientific）を添加し、氷上で１０分間インキュベートした。次いで、Ａｌｅｘａ－ｆｌｏｕｒ ４８８コンジュゲート抗ウシＩｇＧ（Sigma、B6901）と、ストレプトアビジン－ＡＰＣおよびＰＥ（Life Technologies）にカップリングされた５０ｎＭのビオチン化Ａ８ ＳＯＳＩＰ．ｖ４．１－ａｖｉ ｇｐ１４０とで、等モル比でＰＢＭＣを染色した。細胞を、１ｍＭのＥＤＴＡおよび１％ウマ血清（Sigma）を含有するＰＢＳ中で４℃で１時間インキュベートした。次いで、ＩｇＧ＋ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１－ＰＥ＋／ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１－ＡＰＣ＋細胞を、溶解緩衝液（３．７μｌ／ウェルのＰＢＳ、１０ｍＭのＤＴＴおよび８ＵのＲＮａｓｉｎ（Promega））を含有する９６－ウェルプレートに、ＡＲＩＡ ＩＩＩソーターで単回ソーティングし、－８０℃で即座に凍結した。
単一細胞ｃＤＮＡ合成、ＲＴ－ＰＣＲおよびクローニング：各単一細胞のｍＲＮＡからｃＤＮＡを合成し（Tiller, T., et al., Journal of Immunological Methods, 2008. 329(1-2): p. 112-124）、抗体可変遺伝子を、上述したように（Heydarchi, B., et al., MAbs, 2017. 9(3): p. 550-566）、ただしわずかな改変を加えて増幅した。簡単に言えば、抗体重鎖ガンマ（γ）および軽鎖ラムダ（λ）可変遺伝子を、ＭｙＴａｑ ＨＳレッドミックス（Bioline）を使用したネステッドＰＣＲで、製造元の説明書に従って、独立して増幅した。表３にＰＣＲ反応プライマーおよび条件を列挙する。ＰＣＲ１反応を、２．５μｌのｃＤＮＡを含む２５μｌで設定し、一方でＰＣＲ２反応の体積は、５μｌのＰＣＲ１産物を使用して５０μｌであった。ＰＣＲ反応を、９４℃で５分、９４℃で４５秒、６０℃で４５秒および７２℃で４５秒を５０サイクル、ならびに最後に７２℃で１０分の伸長として実行した。ラムダ遺伝子のためのＰＣＲ１のアニーリング温度は５８℃であった。増幅したウシＶＨ／ＶＬ遺伝子を、ｐＦＵＳＥｓｓＣＨＩｇ－ｈＧ１およびｐＦＵＳＥ２ｓｓ－ＣＬＩｇ－ｈＬ２（Invivogen）におけるヒト定常重鎖（CH）および定常軽鎖（CL）領域発現ベクターに、それぞれＥｃｏＲＩ／ＮｈｅＩおよびＥｃｏＲＩ／ＡｖｒＩＩ制限酵素を使用してクローニングした。
Figure 2023528992000021
Figure 2023528992000022
抗体産生および精製：Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ（Thermo Fisher Scientific）を製造元の説明書に従って使用して、Ｅｘｐｉ２９３Ｆ細胞において、重鎖および軽鎖遺伝子を含有する抗体プラスミドを共にコトランスフェクトした（２：３の比率）。トランスフェクションの４日後に抗体を含有する上清を回収し、０．２２μｍフィルターを使用して滅菌した。プロテインＧアガロースファストフロー（Merck Millipore）上で抗体上清を精製した。ＮＣ－ウシ１抗体を、ＧｅｎＢａｎｋより入手可能な遺伝子（MF167446.1およびMF167436.1）のコドン最適化によって、抗ＨＩＶ－１ウシ抗体対照として生産した。抗体上清を、プロテインＧアガロースファストフロー（Merck Millipore）を使用して精製した。抗体を、５０ｍＭのグリシン（ｐＨ＝２．７）を使用してクロマトグラフィーカラムから溶出させ、即座に１／１０体積の１Ｍトリス（ｐＨ＝８．０）の添加によって中和し、その後、緩衝液をＰＢＳに交換し、Ａｍｉｃｏｎ ５０ｋＤａスピンメンブレン（Millipore）を使用して濃縮し、０．２２μｍフィルターを使用して滅菌した。
ＨＩＶ－１ ＡＤ８シュードウイルス突然変異体の生成：ＨＩＶ－１ ＡＤ８ ｇｐ１６０ Ｅｎｖへの特定のアミノ酸変化を、以下のＰＣＲ反応設定を使用して導入した：１００ｎｇの全長ＡＤ８ ｇｐ１６０Ｅｎｖプラスミド、５％ジメチルスルホキシド（DMSO）、１０μｌの５×Ｐｈｕｓｉｏｎ反応緩衝液（New England BioLabs）、１μｌのｄＮＴＰミックス（１０ｍＭ、Promega）、３ＵのＰｈｕｓｉｏｎ ＨＦ ＤＮＡポリメラーゼ（New England BioLabs、（ＭＥＬ－２０００ユニット／ｍｌ））、各フォワードおよびリバースプライマーからの０．５μｌ（２０μＭ）（表４）および５０μｌの総体積までのヌクレアーゼ非含有のＨ２Ｏ。ＰＣＲ反応を以下の通り実行した：９５℃で５分、９５℃で３０秒、４８℃で３０秒、７２℃で８分を３０サイクル、および最後に７２℃で１５分の伸長。突然変異を配列分析によって確認した。
Figure 2023528992000023
Figure 2023528992000024
Figure 2023528992000025
Figure 2023528992000026
ＨＩＶ－１モノクローナル抗体のＥＬＩＳＡアッセイ：ＨＩＶ Ｅｎｖ結合ｍＡｂをスクリーニングするために、ＥＬＩＳＡプレートを、２μｇ／ｍｌのＤ７３２４ヒツジ抗ｇｐ１２０（Aalto Bio Reagents）で、４℃で、１×ＰＢＳ中で一晩コーティングした。プレートを、ＰＢＳ＋０．１％Ｔｗｅｅｎで４回、ＰＢＳで２回洗浄し、次いで１×ＰＢＳ中の５％スキムミルクで、室温で１時間ブロックした。プレートを洗浄し、６００ｎｇ／ｍｌのＤ７３２４タグを有するＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１三量体を添加し、室温で１時間インキュベートした。プレートを洗浄し、ヤギ抗ヒトＩｇＧガンマＨＲＰ（KPLカタログ番号474～1002）の１／１０００希釈物（２％正常ヒツジ血清と共にプレインキュベートした）をウェルに添加した。プレートを室温で１時間インキュベートし、洗浄し、次いで製造元の説明書に従ってＳｕｒｅＢｌｕｅ ＴＭＢ（Australian Biosearch）を添加することによって発色させた。吸光度を、６９０ｎｍの参照に対して４５０ｎｍで測定した。
ｍＡｂの突然変異したＨＩＶ Ｅｎｖ ｇｐ１６０への結合を評価するために、回収したシュードウイルスを、１×Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００界面活性剤（Astral Scientific）で溶解させた。プレートをＤ７３２４ヒツジ抗ｇｐ１２０でコーティングし、スキムミルクでブロックし、溶解させたシュードウイルスを、ＥＬＩＳＡで、３７℃で２時間捕捉した。次いでｍＡｂの連続希釈物を添加し、その後、ヤギ抗ヒトガンマＨＲＰを添加した。
タグを有さないＨＩＶ Ｅｎｖ（単量体AD8 gp120、AD8非切断gp140、AD8 SOSIP gp140 v4.1およびConM SOSIP gp140）への抗体結合を含む実験のために、プレートを、１μｇ／ｍｌのＥｎｖタンパク質で、４℃、１×ＰＢＳ中で一晩、直接コーティングし、次いで洗浄し、ブロックして、その後、ｍＡｂおよびヤギ抗ヒトガンマＨＲＰを添加した。
競合ＥＬＩＳＡ：ＡＤ８ Ｅｎｖ結合ｍＡｂのエピトープを調査するために、競合ＥＬＩＳＡを、ＥＺ－Ｌｉｎｋ Ｓｕｌｆｏ－ＮＨＳ－ＬＣ－Ｂｉｏｔｉｎキット（Thermo Fisher Scientific）でビオチン化された競合抗体を使用して実行した。プレートを抗６×Ｈｉｓ抗体（Abcam #9108）の１／１０００希釈物でコーティングし、４℃で一晩インキュベートした。次いで、プレートを洗浄し、ＰＢＳ＋０．１％Ｔｗｅｅｎ Ｔ（０．１％）中の５％スキムミルクで、室温で１時間ブロックした。洗浄した後、５００ｎｇ／ｍｌのＨｉｓタグを有するＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１三量体を添加し、プレートを室温で２時間インキュベートした。次いで、ウシｍＡｂを以下の量で添加した：１μｇ／ｍｌ（MEL-1842、MEL-1872、MEL-2129、MEL-2000、MEL-2028およびMEL-782）、２μｇ／ｍｌ（MEL-2010、MEL-33、MEL-130、MEL-563およびMEL-663）、および５μｇ／ｍｌ（MEL-1905、MEL-1967、MEL-2114、MEL-F2、MEL-198およびMEL-D1）。洗浄後、ビオチン化ヒトｍＡｂを以下の量で添加して、十分なシグナルを得た：１μｇ／ｍｌ（PGT121、PGT145、10-1074、PGT151）、２μｇ／ｍｌ（VRC01および3BNC117）、５μｇ／ｍｌ（b12、HJ16）。次いで、ストレプトアビジンホースラディッシュペルオキシダーゼの１／１０００希釈物を添加し、室温で１時間インキュベートし、続いてＳｕｒｅＢｌｕｅを製造元の説明書に従って添加した。
ウシＢｒＮＡｂの自己競合に関して、ビオチン化ウシｍＡｂを以下の量で使用したことを除いて上述した通りにアッセイを実行した：ＭＥＬ－２０２８、ＭＥＬ－２０００、ＭＥＬ－７８２、ＭＥＬ－２１２９、ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２のために、１μｇ／ｍｌ、ＭＥＬ－２０１０、ＭＥＬ－３３、ＭＥＬ－１３０、ＭＥＬ－５６３のために、２μｇ／ｍｌ、ＭＥＬ－１９０５、ＭＥＬ－１９６７、ＭＥＬ－２１１４、ＭＥＬ－Ｆ２、ＭＥＬ－１９８およびＭＥＬ－Ｄ１のために、５μｇ／ｍｌ。
抗ＨＩＶ－１モノクローナル抗体の中和アッセイ：ＴＺＭ－ｂｌの中和アッセイを上述したように実行した（Heydarchi, B., et al., MAbs, 2017. 9(3): p. 550-566）。野生型および単一突然変異ＨＩＶシュードウイルスを、全長Ｅｎｖ発現プラスミドとプロウイルスのレポータープラスミド（pNL-4.3DenvNefEGFP）のコトランスフェクションによって生産した。７２時間後に上清を回収し、０．２２μｍフィルターに通過させて滅菌ろ過した。ｍＡｂをシュードウイルスと共に３７℃で１時間インキュベートすることによって中和活性を測定し、その後、ＴＺＭ－ｂｌ細胞上に移動させた。
多反応性アッセイ：ＨＥｐ－２細胞染色アッセイ。ＨＥｐ－２細胞染色キット（Aesku Diagnostics）を製造元の説明書に従って使用した。簡単に言えば、２．５μｇのｍＡｂおよび対照を、ＨＥｐ－２細胞を含有するウェルに添加し、湿潤したチャンバーで、室温で３０分インキュベートした。スライドをＰＢＳで洗浄し、次いで２５μｌのＦＩＴＣコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧを、室温で３０分インキュベートしながら適用した。スライドを洗浄し、提供されたマウント培地を使用してカバーガラス上にマウントした。スライドを２０×の倍率で可視化し、ＺｅｉｓｓのＬＳＭ７８０共焦点顕微鏡で画像化した。全ての画像を以下の条件でキャプチャーした：デジタルゲイン８００、レーザーパワー２．０％。陰性対照（製造元によって提供される）より大きい蛍光を示すサンプルを、ＨＥｐ－２染色に関して陽性とみなした。
多反応性アッセイ：単一の自己抗原反応性。単一の抗原ＥＬＩＳＡアッセイを、Ｕ１－リボ核タンパク質（RNP）、ＳｎＲＮＰ／Ｓｍ、Ｓｍ、ＳＳ－Ａ、ＳＳ－Ｂ、Ｊｏ－１、ＳｃＩ－７０、およびＣｅｎｐＢについて、ＡＥＳＫＵＬＩＳＡ ＡＮＡ－８Ｐｒｏ（Aesku）を使用して実行した。ｍＡｂ反応性の定性検出のために、９６ウェルを、これらの細胞および核抗原でコーティングした。カットオフ較正物質、陰性対照および陽性対照は、製造元によって提供された。
結果
血清結合および中和。ホルスタイン種のウシに、妊娠の前、その間およびその後に、異なるＨＩＶ Ｅｎｖタンパク質でワクチン接種した。ＨＩＶ－１ワクチンに対する抗体応答を評価するために、異なるタイムポイントからの血清を収集し、ウシＩｇＧの自己Ｅｎｖ免疫原への結合を直接ＥＬＩＳＡによって測定した（図１Ｅ）。免疫前の血清は低い結合を示したが、フェーズ１における全てのサンプルは１００の結合力価を示した。フェーズ２において、ウシ＃１（本明細書ではウシ＃６１７とも称される）におけるＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０での再ワクチン接種は、３０００を超えるまで結合を増加させたが、ウシ＃３において免疫原を変化させること（フェーズ１におけるAD8 Unc gp140からフェーズ２におけるAD8 SOSIP gp140に）は、抗体力価において中程度の増加を示した（１０００）。一方でウシ＃２は、フェーズ１におけるＡＤ８ Ｕｎｃ ｇｐ１４０からフェーズ２におけるＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０に免疫原を変化させたにもかかわらず、改善された抗体力価を示さなかった。ワクチン接種した動物からの血清の中和活性も、自己Ｅｎｖを含む７つのシュードウイルスのパネルに対する中和アッセイで調査した（図１Ｆ）。ウシ＃１および＃２は、免疫化前のフェーズでＪＲ－ＣＳＦに対する中和を示したが、免疫化後に中和は減少した。免疫化後のみに、他の試験されたウイルスに対する中和を誘導した。ウシ＃１は、フェーズ１で、２つのシュードウイルスに対して最大の中和活性を示し（ZM109F.PB4およびBG505、ＩＤ５０値はそれぞれ２６．７および６７．２）、フェーズ２で、両方の効力および幅は、シュードウイルスＭＮ、ＳＦ１６２、ＢＧ５０５、およびＡＤ８に対する中和活性（それぞれ２７４．３、２６２．３、１０００、および２５７．５のＩＤ５０値）と共に増加した。
ＡＤ８ Ｕｎｃ ｇｐ１４０でワクチン接種したウシの両方が自己中和を誘導できなかったにもかかわらず、ウシ＃２および＃３の両方は、複数のシュードウイルスに対する中和抗体を誘導した。フェーズ１において、ウシ＃２は、ＭＮに対する中和を誘導し（２５．９のＩＤ５０）、フェーズ２において、これは、ＭＮに対して増加した（１２７．４のＩＤ５０）。ウシ＃３は、フェーズ１において、ＭＮ、ＳＦ１６２、ＢＧ５０５およびＪＲ－ＣＳＦに対する中和を示し（それぞれ５６．９、２７．６、３１．６および８８のＩＤ５０）、フェーズ＃２において、中和活性は、全ての述べられたウイルスに対して強化された（それぞれ１０００、５５．９、４７．３および１０８．９のＩＤ５０値）。
ＨＩＶ－１特異的ウシモノクローナル抗体。分泌されたＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１ Ｅｎｖタンパク質を、２Ｇ１２抗体、それに続いてＳｕｐｅｒｄｅｘ Ｓ２００ １６／６００カラムでのＳＥＣを使用して親和性精製し、還元／非還元ＳＤＳゲル、ＢＮ－ＰＡＧＥ分析および捕捉ＥＬＩＳＡで特徴付けた（図２）。ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ Ｖ４．１の特徴付けにより、タンパク質は優勢に三量体であり、ヒトＢｒＮＡｂのエピトープを露出させていたことが確認された。ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｖ ４．１に陰性染色電子顕微鏡法および小角Ｘ線散乱を実行することによって（図２）、ＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ．６６４に類似しており、天然のＥｎｖスパイクと酷似するＥｎｖの三量体構造が確認された。捕捉ＥＬＩＳＡにおいて、ヒトｂＮＡｂに結合するＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１が確認された。
ＨＩＶ－１ Ｅｎｖ特異的単一Ｂ細胞を、ＦＡＣＳによって、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１を使用して、動物＃３５、＃８４３４および＃６１７のＰＢＭＣからソーティングした。ＡＤ８株（クレードＢ）は、なかでもＨＩＶ－１ウイルスを中和することが難しく、本発明者らはこのＥｎｖベイトを使用して、ＡＤ８でワクチン接種した動物（ウシ＃２および＃３）からＢ細胞を単離し、クレードＡ Ｅｎｖでワクチン接種した動物（ウシ＃１）から、クロスクレード抗ＨＩＶ－１抗体を生産するＢ細胞を単離した（図１Ｂ）。ＨＩＶ Ｅｎｖ特異的単一Ｂ細胞（IgG+およびAD8 SOISP gp140三量体+）を、ＨＩＶワクチン接種したウシのＰＢＭＣからソーティングし（図１Ｃ）、抗体可変遺伝子増幅およびこのような遺伝子のヒト抗体定常領域発現ベクターへのさらなるクローニングの後、ウシ＃１から４７種のキメラｍＡｂをうまく生産し、そのうち２７種が、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰへの結合を示し、このウシから単離されたもののうち４種は、ＡＤ８シュードウイルスに対する自己中和を示した。ウシ＃３５から構築された８７種のキメラｍＡｂのうち、４６種のｍＡｂが、捕捉ＥＬＩＳＡにおいて、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１三量体に結合することができた（図３Ａ）。
しかしながら、これらのｍＡｂのどれも、自己ＨＩＶ ＡＤ８シュードウイルスを中和できなかった。ウシ＃８４３４から６０種のキメラｍＡｂを生産し、１９種のｍＡｂのみがＳＯＳＩＰ ＡＤ８ ｇｐ１４０への結合を示したが、これらの抗体のうち２つは、ＴＺＭ－ｂｌ中和アッセイにおいて、ＡＤ８シュードウイルスに対する自己中和を示した。ＭＥＬ－１８４２およびＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂは、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０に対して、ＶＲＣ０１抗体より大きいＥｎｖ結合を示した（図３Ｂ）。ウシ＃６１７からの生産された４７種のｍＡｂのうち、２７種のキメラｍＡｂが、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１への結合を示した。それにもかかわらず、このウシから単離した４種のｍＡｂは、ＡＤ８シュードウイルスに対する自己中和を示した。図４に、単離されたｍＡｂの重鎖および軽鎖配列の配列およびアライメントを列挙する。
超長ＣＤＲＨ３を有するウシ抗ＨＩＶ ＢｒＮＡｂ：ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１結合抗体の中和特性を理解するために、ＴＺＭ－ｂｌ中和を、ＨＩＶ１２－ウイルスグローバルパネルに加えて数々のクレードＡ、ＢおよびＣウイルスを含むウイルスパネルを使用して実行した。ウシ＃３５から単離した抗ＨＩＶ ｍＡｂは狭い幅を示したが、ウシ＃８４３４のｍＡｂは、クレードＢウイルスに対して中程度の幅を示した（図５Ａ、図５Ｂおよび図５Ｃ）。全ての３頭のウシからの単離されたｂＮＡｂのほとんどが、０．０９μｇ／ｍＬを超える相乗平均ＩＣ５０でＨＩＶ－１ウイルスの＜５０％を中和したが（図５Ｄ）、ウシ＃６１７からのＭＥＬ－２１２９、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－１８４２の３種のｍＡｂは、最大の幅（それぞれ６４％、６６％および５１％）を示した（図５Ａ）。それらのなかでも、ＭＥＬ－１８４２およびＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂは、最大の効力を実証した（それぞれ、０．０１３μｇ／ｍｌおよび０．００９μｇ／ｍｌの相乗平均ＩＣ５０、ならびに０．０４５μｇ／ｍｌおよび０．０３３μｇ／ｍｌのＩＣ８０で；図５Ａおよび図５Ｂ）。ウシ＃６１７から単離したｍＡｂ間で、低い相乗平均ＩＣ５０と大きい幅との相関があった（図５Ｄ）。しかしながら、ＡＤ８中和ｍＡｂに関して、この株ではＩＣ５０とＥＣ５０との間に相関はなかった。抗体ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９は全て、ティア１およびティア２のウイルスに対してクロスクレード中和を示したｗｉｔｈＭＥＬ－１８７２は、ティア２のウイルスのほとんどを０．１μｇ／ｍｌのＩＣ５０値で中和した（図１Ｄ）。
抗体ＭＥＬ－１８４２およびＭＥＬ－１８７２は、ＮＣ－ウシ１と比較して（６０％の幅、０．０９μｇ／ｍｌのＩＣ５０）、試験したウイルスに対して、より広範でより有効なＨＩＶ－１中和活性を実証した（図５Ｅ）。ＭＥＬ－１８４２およびＭＥＬ－１８７２は、クレードＢのウイルスに対して最大の効力を示し、相乗平均ＩＣ５０は０．００４μｇ／ｍｌであり、それに続いてクレードＡのウイルスに対しては、それぞれ０．０１１μｇ／ｍｌおよび０．００５μｇ／ｍｌの相乗平均ＩＣ５０を示した（図５Ｅ）。抗体ＭＥＬ－１８７２は、試験したクレードＢのウイルスに対して、ＶＲＣ０１（０．１１７μｇ／ｍｌの相乗平均ＩＣ５０）より２９倍有効であり（図５Ｃ）、試験したクレードＡのウイルス（０．０４２μｇ／ｍｌの相乗平均ＩＣ５０）に対してＣＨＯ１～３１より２１倍有効であった。
図１２および表１に、単離された抗体可変遺伝子の配列を列挙する。３種のｍＡｂ（MEL-1842、MEL-1872およびMEL-2129）は、ＭＥＬ－２１２９ ｍＡｂでは、５８アミノ酸の、ＭＥＬ－１８４２およびＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂでは、５７アミノ酸の長さの、超長ＣＤＲＨ３と同じ抗体クローンファミリーに属していた。図１１に、ＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂを生産するのに使用される生殖細胞系遺伝子と重鎖および軽鎖遺伝子とのアライメントを示す。次いで、ＩＭＧＴ Ｈｉｇｈ Ｖ－Ｑｕｅｓｔ（http://www.imgt.org/HighV-QUEST/）を用いて配列に注釈を付けた（表５）。示した通り、軽鎖遺伝子ならびに重鎖遺伝子のＶＨおよびＪＨにおいて限定的な体細胞超突然変異があるが、生殖細胞系ＤＨ（IGHD8-2*01）と比較して、ＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂのＣＤＲＨ３領域に有意な突然変異がある。
Figure 2023528992000027
ウシＢｒＮＡｂは、ＨＩＶ Ｅｎｖ上のＣＤ４結合部位（CD4bs）に結合する：４つの公知のエピトープを標的化する参照ヒトＢｒＮＡｂとの競合ＥＬＩＳＡを実行して、ＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１に結合するウシｍＡｂでの干渉を評価した。図６Ａで示される通り、ウシＢｒＮＡｂ（2129、1842および1872 mAb）は、ヒトＣＤ４ｂｓ ＢｒＮＡｂ（b12、VRC01、HJ16および3BNC117）のＥｎｖ結合を阻害したが、２１２９は、ＨＪ１６結合の不完全な阻害を示した。ウシ非ＢｒＮＡｂ（Envにのみ結合するmAb）の一部は、Ｖ２－ａｐｅｘヒトＢｒＮＡｂ（PGT145）およびｇｐ１２０－ｇｐ４１境界ヒトＢｒＮＡｂ（PGT151）と部分的な競合（２５～５０％）を実証した。図６Ｂで示される通り、ウシＢｒＮＡｂ間の競合ＥＬＩＳＡは、ＭＥＬ－１８４２とＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂとの間の強い競合を示したことから、これらのｍＡｂは、共通の、または近傍の結合部位を共有する可能性があることが実証される。一方で、ＭＥＬ－２１２９ ｍＡｂは、ＭＥＬ－１８４２およびＭＥＬ－１８７２ ｍＡｂのＥｎｖ結合に対して、より低い阻害作用を示した。
ウシＢｒＮＡｂは、ＨＩＶ Ｅｎｖの異なる形態に結合する。図６Ｃで示される通り、ウシＢｒＮＡｂは、単量体ＡＤ８ ｇｐ１２０、非切断ＨＩＶ ｇｐ１４０およびＡＤ８ ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０ ｖ４．１への結合を呈したことから、それらのエピトープが、ｇｐ１２０単量体ならびに切断および非切断Ｅｎｖ三量体の両方の上に存在することが確認される。これらのｍＡｂはまた、全てのＨＩＶ－１グループＭ単離株のコンセンサス配列をベースとしたＥｎｖ三量体であるＣｏｎＭ ＳＯＳＩＰにも結合することができる。この三量体は、ＢｒＮＡｂのエピトープのほとんどを呈し、クレード特異的な、および株特異的な抗原決定基を最小化するように作製されている。
ウシＢｒＮＡｂのＨＩＶ Ｅｎｖ突然変異体とのエピトープマッピング：ウシＢｒＮＡｂの、３３種のＡＤ８ Ｅｎｖ突然変異体（HIV AD8溶解ビリオン）のパネルへの親和性結合は、主としてＥｎｖのＣＤ４結合部位（CD4bs）、Ｃ４およびＣ５領域に配置された突然変異が、これらのｍＡｂの結合を妨げたことを示した（図６Ｄ、図１４、図８Ａおよび図８Ｂ）。ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９ ｍＡｂ（これらは、同じクローン系統の抗体ファミリーに由来する）の場合、ＷＴ Ｅｎｖと比較して≦３０％の結合をもたらした突然変異Ｇ３６６Ａ、Ｉ３７１Ａ、Ｄ４５７ＡおよびＧ４７１Ａについて結合の最も有意な損失が観察された。突然変異Ｎ２６２Ａ、Ｔ４５５ＡおよびＧ４７２Ａも、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９ ｍＡｂの結合を阻害した。加えて、突然変異Ｄ２７９Ａ、Ｇ４７３ＡおよびＤ４７４Ａも、ＭＥＬ－２１２９について結合の実質的な損失をもたらした（全て、WT AD8 Envと比較して≦３０％の結合）。対照としてＶＲＣ０１およびｂ１２を使用したところ、予想通りに、ＣＤ４結合部位（CD4bs）に導入された突然変異に対して最も低い結合パーセンテージを呈した。ＶＲＣ０１は、２７９位におけるＮ－結合型グリカンへの突然変異、ならびに残基Ｇ３６７Ａ、およびＧ３６８Ａに応答して、Ｅｎｖ結合における有意な減少を示した（≦３０％の結合）。ｂ１２も同様に、Ｇ３６８Ａへの結合への結合における低い減少を実証した（≦３０％の結合）。ＰＧＴ１２１の場合、３３２位におけるグリカンの突然変異は、結合における最も実質的な減少をもたらした。
ウシＢｒＮＡｂの中和活性も、２７種の突然変異したＡＤ８シュードウイルスのパネルを使用したＴＺＭ－ｂｌ中和アッセイで評価した。図６Ｄで示される通り、Ｇ４７１Ａ突然変異は、ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９ｍＡｂの中和に対して最も有意な作用をもたらし、ＩＣ５０およびＩＣ８０値を≧４μｇ／ｍｌに増加させた。Ｉ３７１Ａ突然変異も、ＭＥＬ－２１２９およびＭＥＬ－１８７２ｍＡｂの中和活性を効果的に妨げ、その一方でＭＥＬ－１８４２ｍＡｂは、この突然変異に対して非感受性であった。ＥＬＩＳＡアッセイと一致して、述べられた突然変異に加えて、ＣＤ４結合部位（CD4bs）、Ｃ４（T455A）およびＣ５（D474A）におけるさらに数個の突然変異が、これらのウシＢｒＮＡｂに関して不完全な中和の妨害を示した。予想通りに、Ｄ２７９Ａ突然変異は、ＶＲＣ０１を、ＡＤ８突然変異シュードウイルスを中和できないものにした。Ｇ４７１Ａ突然変異に加えて、Ｇ３６６ＡおよびＶ３７２Ａ突然変異も、ｂ１２の中和活性を阻害した。ＰＧＴ１２１は、Ｅ３７０ＡおよびＮ３３２Ｔ突然変異の影響を受けた。
ウイルスおよびその対応するＣＤ４ｂｓマッピング突然変異（N279A、N280D、G458Y）のマルチクレードパネルを用いた中和アッセイは、ウイルスの少なくとも３つで、ＭＥＬ－１８４２、ＭＥＬ－１８７２およびＭＥＬ－２１２９に関して、ＣＤ４ｂｓ特異性の証拠を示した（図１３）。
ウシＢｒＮＡｂは、多反応性ではない：２１２９、１８４２および１８７９ｍＡｂの自己反応性および多反応性を、一部のヒト自己抗原に対するＨＥｐ－２染色およびＥＬＩＳＡアッセイで評価した。これらのウシＢｒＮＡｂは、試験した抗原に対して自己反応性または多反応性を示さなかった（図９ＡおよびＢ）。
ウシＢｒＮＡｂは、異なる軽鎖を利用する場合、その機能を保持する。図１０Ａ～Ｂで示される通り、２１２９およびＮＣ－ウシ１のＶＬの配列アライメントは、これらの配列が異なっていること、および抗体ＮＣ－ウシ１；２１２９、１８７２および１８４２の可変重鎖のアミノ酸配列アライメントが、これらの配列における一部の差も立証することを示す。ウシＢｒＮＡｂを直接ＥＬＩＳＡアッセイで試験して、異なる可変軽鎖を使用するＥｎｖの単量体ｇｐ１２０形態へのそれらの結合を評価した。「＋」記号が付いたｍＡｂは、ＮＣ－ウシ軽鎖を使用して生産されるが、記号がまったく付いていないものは、２１２９軽鎖を用いて生産される。ＶＲＣ０１は、ＶＲＣ０１重鎖およびＶＲＣ０１軽鎖を用いて生産される。このデータは、ｍＡｂが異なる抗体軽鎖を使用してもその機能を維持することを示し、これは、その機能が抗体の重鎖に依存していることを強調する（図１０Ｃ）。
これまで、報告された抗ＨＩＶ－１中和抗体のなかでも、ＣＡＰ２５６－ＶＲＣ２６．２５（V1V2 apexを標的化する）が、０．０１２μｇ／ｍＬ（中央値ＩＣ５０＝０．００６μｇ／ｍｌ、幅５９％）の相乗平均ＩＣ５０を有する最も有力な抗体であり続けている。ＣＡＰ２５６－ＶＲＣ２６．２５のＣＤＲＨ３は、３６アミノ酸を含み、同定された最長のヒトＣＤＲＨ３の１つである。中和効力とＣＤＲＨ３の長さとの間には相関がある。ＣＡＰ２５６－ＶＲＣ２６．２５は、ジスルフィド結合で安定化された二本鎖逆平行βシートを含む突出したＣＤＲＨ３を有する。ＣＡＰ２５６－ＶＲＣ２６．２５は、クレードＣウイルスに対しておよそ７０％の幅を有するにもかかわらず、それぞれ１６４および１６９位における、抗体によって認識される酸性および塩基性残基の相対的な希少性のために、クレードＢウイルスに対して限定的な幅（＜３０％）を示す。ＮＣ－ウシ１はまた、唯一の有力な抗ＨＩＶ－１ウシＣＤ４ｂｓ ＢｒＮＡｂでもあり、これは、６０アミノ酸の突出したＣＤＲＨ３を有し、クレードＡウイルスに対する広範な中和を有するが、クレードＢおよびＣウイルスに対しては中程度の中和である。この研究における単離されたウシ抗体（MEL-1872）は、ＣＡＰ２５６－ＶＲＣ２６．２５より高い効力を示し、０．００９μｇ／ｍｌ（中央値ＩＣ５０＝０．００６μｇ／ｍｌ）の相乗平均ＩＣ５０および幅（６６％）であった。加えて、それは、試験したウイルスに対して、ＮＣ－ウシ１と比較してより大きい幅および効力を示した（６６％対６０％の幅；０．００９μｇ／ｍｌ対０．０９０μｇ／０ｍｌの相乗平均ＩＣ５０）。ＭＥＬ－１８７２およびＮＣ－ウシ１ｍＡｂはクレードＡおよびＣウイルスに対して類似の幅を示したが、前者の抗体は、より大きい効力（それぞれ８倍および４倍）を示した。ＭＥＬ－１８７２ｍＡｂはまた、ＮＣ－ウシ１より大きい効力（２３倍を超える）および幅（１００％対５０％）でクレードＢウイルスも中和した。ＮＣ－ウシ１のように、ＭＥＬ－１８７２ｍＡｂは、ＢＧ５０５ ＳＯＳＩＰ（クレードＡ）でワクチン接種したウシから単離されたが、ＨＩＶ－１特異的Ｂ細胞ソーティングのための異なるクレード（AD8 SOSIP；クレードＢ）を用いたティア－２のＨＩＶ－１ Ｅｎｖの使用は、Ｅｎｖ結合ベースのＨＩＶ－１特異的Ｂ細胞選択を使用して単離されたＮＣ－ウシ１や他のＣＤ４ｂｓ抗体より、なぜＭＥＬ－１８７２中和がより幅広であり、より有効であるかの説明である可能性がある。
ＨＩＶ－１感染に対して多数の承認された薬物があるが、それらは富裕国に限られ、生涯にわたる治療は、著しい毒性と経済的な費用を伴う可能性がある。受動的な抗体予防および免疫療法は、ＨＩＶ－１感染の防止と処置（治療）の両方において価値のある位置を確保する可能性がある。ウシＣＤＲＨ３におけるジスルフィド結合は、ヒトＢｒＮＡｂより優れて粘膜環境の酸性環境から生き残ることを可能にする硬い構造をもたらす［９］。このウシＣＤＲＨ３における硬い構造は、ヒトＢｒＮＡｂより効率的にＨＩＶ－１ Ｅｎｖにおける深い埋め込まれたエピトープに接近する新規の小分子薬物阻害剤を設計する素晴らしい機会を提供する。
結論として、これらのデータは、定義された広域中和ＨＩＶ－１抗体が、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖタンパク質の保存されたエピトープを標的化することによって複数のＨＩＶ－１ウイルス株を中和することが可能であること、それらは、商業的に入手可能な治療抗体より高い効力を有すること、それらは、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖの複数の形態への結合が可能であること、およびそれらは、抗体ＶＲＣ０１とは異なり多反応性または自己反応性ではないことなどの本発明者らによって確認された技術的な利点を強調しており、これは、抗ＨＩＶ治療剤としてのそれらの安全性を強調している。これらの発見は、本明細書に記載される抗原結合部位および抗体がＨＩＶ－１感染の防止、弱毒化、処置および中和においてそれらが有用性保持することを実証する限りは有意である。

Claims (109)

  1. ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）に結合するための抗原結合部位であって、ｇｐ１２０タンパク質の残基３６６、３７１、４５７および４７１の１つ以上に結合する、抗原結合部位。
  2. 自己抗原に対して実質的に多反応性または自己反応性がない、請求項１に記載の抗原結合部位。
  3. 自己抗原が、Ｕ１－ＲＮＰ、ｓｎＲＮＰ／Ｓｍ、Ｓｍ、ＳＳ＿Ａ、ＳＳ－Ｂ、Ｓｃｌ－７０、ＣｅｎｐＢおよびＪｏ－１の１つ以上を含む、請求項２に記載の抗原結合部位。
  4. 配列番号７０および７１によるＶＨおよびＶＬを含む抗体ＶＲＣ０１の少なくとも３０倍、４０倍、５０倍の効力またはそれより高い効力でＨＩＶ－１を中和することが可能である、請求項１から３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  5. 配列番号７２および７３によるＶＨおよびＶＬを含む抗体ＮＣ－ウシ１の少なくとも１０倍またはそれより高い効力でＨＩＶ－１を中和することが可能である、請求項１から３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  6. クレードＡ、Ｂ、Ｃ、ＡＣ、Ｇ、ＣＲＦ０７＿ＢＣまたはＣＦＲ０１＿ＡＥの１つ以上に属するＨＩＶ－１種を中和することが可能である、請求項１から５のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  7. ＭＮ、６５３５、ＨＸＢ－２、ＱＨ０６９２、ｐＲＥＪＯ４５４１、ｐＲＨＰＡ４２５９、ＡＤ８、ＪＲＣＳＦ、ＹＵ－２、ＺＭ５３Ｍ．ＰＢ１２、Ｘ２２７８およびＴＲＯ１１からなるリストから選択されるクレードＢに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である、請求項６に記載の抗原結合部位。
  8. ＢＧ５０５および３９８Ｆ１を含むクレードＡに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である、請求項６に記載の抗原結合部位。
  9. Ｄｕ１５６、ＺＭ１３５Ｍ．ＰＬ１０ａ、ＣＡＰ２１０．２００．Ｅ８、ＣＡＰ４５．２．００．Ｇ３、２５７１０、ＣＥ１１７６およびＣＥＯ２１７を含む、好ましくは２５７１０、ＣＥ１１７６およびＣＥＯ２１７を含むクレードＣに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である、請求項６に記載の抗原結合部位。
  10. Ｘ１６３２を含むクレードＧに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である、請求項６に記載の抗原結合部位。
  11. ＣＮＥ８およびＣＮＥ５５を含む、好ましくはＣＮＥ５５を含むクレードＣＲＦ０１＿ＡＥに属する１つ以上のＨＩＶ－１種を中和することが可能である、請求項６に記載の抗原結合部位。
  12. ＨＩＶ－１種の少なくとも６０％、少なくとも６５％または少なくとも７０％を中和することが可能である、請求項６に記載の抗原結合部位。
  13. － 配列番号８７、１０１または１１５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
    － 配列番号８８、１０２、１１６または１２９のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；および
    － 配列番号８９、１０３、１１７または１３０のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域３（CDRH3）
    を含む、請求項１から１２のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  14. － 配列番号８７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
    － 配列番号８８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；
    － 配列番号８９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域３（CDRH3）
    を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  15. － 配列番号１０１に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
    － 配列番号１０２に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；
    － 配列番号１０３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域３（CDRH3）
    を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  16. － 配列番号１１５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
    － 配列番号１１６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；
    － 配列番号１１７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域３（CDRH3）
    を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  17. 配列番号８７、１０１または１１５のいずれか１つに記載のＣＤＲＨ１、配列番号８８、１０２、１１６または１２９のいずれか１つに記載のＣＤＲＨ２、および配列番号８９、１０３、１１７または１３０のいずれか１つに記載のＣＤＲＨ３を含む、請求項１から１２のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  18. 配列番号８７に記載のＣＤＲＨ１、配列番号８８に記載のＣＤＲＨ２および配列番号８９に記載のＣＤＲＨ３を含む、請求項１７に記載の抗原結合部位。
  19. 配列番号１０１に記載のＣＤＲＨ１、配列番号１０２に記載のＣＤＲＨ２および配列番号１０３に記載のＣＤＲＨ３を含む、請求項１７に記載の抗原結合部位。
  20. 配列番号１１５に記載のＣＤＲＨ１、配列番号１１６に記載のＣＤＲＨ２および配列番号１１７に記載のＣＤＲＨ３を含む、請求項１７に記載の抗原結合部位。
  21. 配列番号８７に記載のＣＤＲＨ１、配列番号１２９に記載のＣＤＲＨ２および配列番号１３０に記載のＣＤＲＨ３を含む、請求項１７に記載の抗原結合部位。
  22. 軽鎖可変領域の相補性決定領域をさらに含む、請求項１３から２１のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  23. 軽鎖可変領域が、配列番号１３１、７４および８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む軽鎖相補性決定領域１（CDRL1）、配列番号１３２、７５および８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む軽鎖相補性決定領域２（CDRL2）；および配列番号１３３、７６および８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む軽鎖相補性決定領域３（CDRL3）を含む、請求項２２に記載の抗原結合部位。
  24. 軽鎖可変領域が、配列番号１３１、７４または８３に記載のＣＤＲＬ１、配列番号１３２、７５または８４に記載のＣＤＲＬ２および配列番号１３３、７６または８５に記載のＣＤＲＬ３を含む、請求項２３に記載の抗原結合部位。
  25. 軽鎖可変領域が、配列番号１３１に記載のＣＤＲＬ１、配列番号１３２に記載のＣＤＲＬ２および配列番号１３３に記載のＣＤＲＬ３を含む、請求項２３に記載の抗原結合部位。
  26. 軽鎖可変領域が、配列番号７４によるＣＤＲＬ１、配列番号７５によるＣＤＲＬ２および配列番号７６によるＣＤＲＬ３を含む、請求項２３に記載の抗原結合部位。
  27. 軽鎖可変領域が、配列番号８３によるＣＤＲＬ１、配列番号８４によるＣＤＲＬ２および配列番号８５によるＣＤＲＬ３を含む、請求項２３に記載の抗原結合部位。
  28. － 配列番号１、１７または３３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域１（CDRH1）；
    － 配列番号２、１８、３４または８１のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域２（CDRH2）；
    － 配列番号３、１９、３５または８２のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む重鎖相補性決定領域３（CDRH3）
    を含む、請求項１から１２のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  29. 軽鎖可変領域の相補性決定領域をさらに含む、請求項２８に記載の抗原結合部位。
  30. 配列番号１、１７または３３によるＣＤＲＨ１、配列番号２、１８、３４または８１によるＣＤＲＨ２および配列番号３、１９、３５または８２によるＣＤＲＨ３を含む、請求項２０、２８、２９に記載の抗原結合部位。
  31. 配列番号１によるＣＤＲＨ１、配列番号２によるＣＤＲＨ２および配列番号３によるＣＤＲＨ３を含む、請求項３０に記載の抗原結合部位。
  32. 配列番号１７によるＣＤＲＨ１、配列番号１８によるＣＤＲＨ２および配列番号１９によるＣＤＲＨ３を含む、請求項３０に記載の抗原結合部位。
  33. 配列番号３３によるＣＤＲＨ１、配列番号３４によるＣＤＲＨ２および配列番号３５によるＣＤＲＨ３を含む、請求項３０に記載の抗原結合部位。
  34. 配列番号１によるＣＤＲＨ１、配列番号８１によるＣＤＲＨ２および配列番号８２によるＣＤＲＨ３を含む、請求項３０に記載の抗原結合部位。
  35. 軽鎖可変領域が、配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＣＤＲＬ３を含む、請求項２９から３４のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  36. 軽鎖可変領域が、配列番号３９、７４または８３のいずれか１つによるＣＤＲＬ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つによるＣＤＲＬ２、および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つによるＣＤＲＬ３を含む、請求項３５に記載の抗原結合部位。
  37. 軽鎖可変領域が、配列番号３９によるＣＤＲＬ１、配列番号４０によるＣＤＲＬ２および配列番号４１によるＣＤＲＬ３を含む、請求項３６に記載の抗原結合部位。
  38. 軽鎖可変領域が、配列番号７４によるＣＤＲＬ１、配列番号７５によるＣＤＲＬ２および配列番号７６によるＣＤＲＬ３を含む、請求項３６に記載の抗原結合部位。
  39. 軽鎖可変領域が、配列番号８３によるＣＤＲＬ１、配列番号８４によるＣＤＲＬ２および配列番号８５によるＣＤＲＬ３を含む、請求項３６に記載の抗原結合部位。
  40. 配列番号６３または７３に記載の軽鎖可変領域に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む、請求項２９に記載の抗原結合部位。
  41. 配列番号６３または７３に記載の軽鎖可変領域を含む、請求項４０に記載の抗原結合部位。
  42. 配列番号１５、３１または６１のいずれか１つに記載の重鎖可変領域に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含む、請求項２８に記載の抗原結合部位。
  43. 配列番号１５、３１または６１のいずれか１つに記載の重鎖可変領域を含む、請求項４２に記載の抗原結合部位。
  44. 配列番号１５に記載の重鎖可変領域を含む、請求項４３に記載の抗原結合部位。
  45. 配列番号３１に記載の重鎖可変領域を含む、請求項４３に記載の抗原結合部位。
  46. 配列番号６１に記載の重鎖可変領域を含む、請求項４３に記載の抗原結合部位。
  47. 配列番号１に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号２に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号３に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＨ；ならびに配列番号８３に記載の配列を含むＣＤＲ１、配列番号８４に記載の配列を含むＣＤＲ２、および配列番号８５に記載の配列を含むＣＤＲ３を含むＶＬを含む、請求項２９に記載の抗原結合部位。
  48. （ｉ）配列番号７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；または
    （ｉｉ）配列番号７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
    ならびに
    （ｉｉｉ）配列番号５３または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
    （ｉｖ）配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
    をさらに含む、請求項４４に記載の抗原結合部位。
  49. （ｉ）配列番号２３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号２４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号２５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号２６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；または
    （ｉｉ）配列番号２３に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号２４に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号２５に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号２６に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
    ならびに
    （ｉｉｉ）配列番号５３または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
    （ｉｖ）配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
    をさらに含む、請求項４５に記載の抗原結合部位。
  50. （ｉ）配列番号４５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号４６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号４７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号４８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；または
    （ｉｉ）配列番号４５に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号４６に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号４７に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号４８に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
    ならびに
    （ｉｉｉ）配列番号５３または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
    （ｉｖ）配列番号５３または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号５４または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号５５または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号５６または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
    をさらに含む、請求項４６に記載の抗原結合部位。
  51. （ｉ）配列番号９３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号９４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号９５に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号９６に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；または
    （ｉｉ）配列番号９３に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号９４に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号９５に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号９６に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
    ならびに
    （ｉｉｉ）配列番号１３７または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
    （ｉｖ）配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
    をさらに含む、請求項４４に記載の抗原結合部位。
  52. （ｉ）配列番号１０７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号１０８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１０９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１１０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；または
    （ｉｉ）配列番号１０７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１０８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１０９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１１０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
    ならびに
    （ｉｉｉ）配列番号１３７または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
    （ｉｖ）配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
    をさらに含む、請求項４５に記載の抗原結合部位。
  53. （ｉ）配列番号１２１に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むフレームワーク領域（FR）１、配列番号１２２に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１２３に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１２４に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；または
    （ｉｉ）配列番号１２１に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１２２に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１２３に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１２４に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＨ；
    ならびに
    （ｉｉｉ）配列番号１３７または７７に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列に、少なくとも約８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％同一な配列を含むＦＲ４を含むＶＬ；または
    （ｉｖ）配列番号１３７または７７に記載の配列を含むＦＲ１、配列番号１３８または７８に記載の配列を含むＦＲ２、配列番号１３９または７９に記載の配列を含むＦＲ３、および配列番号１４０または８０に記載の配列を含むＦＲ４を含むＶＬ
    をさらに含む、請求項４６に記載の抗原結合部位。
  54. それぞれ配列番号７０および７１によるＶＨおよびＶＬを含む、ｂ１２、ＨＪ１６、３ＢＮＣ１１７またはＶＲＣ０１抗体からなるリストから選択される広域中和抗体（BrNAb）との結合に関して競合することが可能な抗原結合部位。
  55. 抗体の抗原結合ドメイン、好ましくはモノクローナル抗体の抗原結合ドメインを含む、請求項１から５４のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  56. ＨＩＶ－１感染を中和することが可能である、請求項１から５５のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  57. ＨＩＶ－１に結合するかまたはそれに特異的に結合する、請求項１から５６のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  58. ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープタンパク質に結合するかまたはそれに特異的に結合する、請求項５７に記載の抗原結合部位。
  59. 単量体ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープタンパク質ｇｐ１２０、非切断ｇｐ１４０（gp160）、ＳＯＳＩＰ ｇｐ１４０または三量体ＨＩＶ－１ウイルスエンベロープタンパク質の１つ以上に結合するかまたはそれに特異的に結合する、請求項５８に記載の抗原結合部位。
  60. 配列番号６５～６９による、好ましくは配列番号６５による１つ以上のウイルスエンベロープタンパク質に結合するかまたはそれに特異的に結合する、請求項５９に記載の抗原結合部位。
  61. ｇｐ１２０のＣ３ドメインのＣＤ４結合部位（CD4bs）、Ｃ４ ｇｐ１２０タンパク質のβ２３ドメインおよび／またはｇｐ１２０タンパク質のＣ５ドメインのβ２４－α５接続の内部に結合する、請求項６０に記載の抗原結合部位。
  62. ｇｐ１２０タンパク質の残基３６６および４７１、好ましくは残基４７１に結合する、請求項１から６１のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  63. ＨＩＶ－１に結合し、ＨＩＶ－２に検出可能に結合しないかまたはＨＩＶ－２に有意に結合しない、請求項１から６２のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  64. ０．２μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０を有する、請求項１から６３のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  65. ０．０１μｇ／ｍｌ未満のＩＣ５０を有する、請求項６４に記載の抗原結合部位。
  66. ヒト定常領域およびウシ可変領域を含む、請求項１から６５のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  67. （ｉ）単一ドメイン抗体（sdAb）；
    （ｉｉ）単鎖Ｆｖ断片（scFv）；
    （ｉｉｉ）二量体ｓｃＦｖ（ジ-scFv）；
    （ｉｖ）抗体の定常領域、Ｆｃまたは重鎖定常ドメイン（CH）２および／もしくはＣＨ３に連結された（ｉｉ）または（ｉｉｉ）の１つ；
    （ｖ）免疫エフェクター細胞に結合するタンパク質に連結された（ｉ）～（ｉｉｉ）の１つ；
    （ｖｉ）修飾された免疫細胞受容体、例えば修飾されたＴ細胞受容体に連結された（ｉ）～（ｉｉｉ）の１つ；または
    （ｖｉｉ）キメラ抗原受容体（CAR）またはバリアントＴ細胞受容体の状況下における（ｉ）～（ｉｉｉ）の１つ
    の形態である、請求項１から６６のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  68. （ｉ）ダイアボディ；
    （ｉｉ）トリアボディ；
    （ｉｉｉ）テトラボディ；
    （ｉｖ）Ｆａｂ；
    （ｖ）Ｆ（ａｂ’）２；
    （ｖｉ）免疫グロブリン可変ドメイン（Ｆｖ）もしくはその断片；
    （ｖｉｉ）二重特異性抗体もしくは多重特異性抗体の他の形態；
    （ｖｉｉｉ）抗体の定常領域、Ｆｃもしくは重鎖定常ドメイン（CH）２および／もしくはＣＨ３に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；または
    （ｉｘ）免疫エフェクター細胞に結合するタンパク質に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；
    （ｘ）免疫エフェクター細胞に結合するタンパク質に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；
    （ｘｉ）修飾された免疫細胞受容体、例えば修飾されたＴ細胞受容体に連結された（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ；または
    （ｘｉｉｉ）キメラ抗原受容体（CAR）もしくはバリアントＴ細胞受容体の状況下における（ｉ）～（ｖｉｉ）の１つ
    の形態である、請求項１から６６のいずれか一項に記載の抗原結合部位。
  69. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む抗ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、
    前記軽鎖可変領域は、
    配列番号３９、７４または８３に記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号４０、７５または８４に記載のＣＤＲ Ｌ２、および配列番号４１、７６または８５に記載のＣＤＲ Ｌ３
    を含み；
    前記重鎖可変領域は、
    配列番号１に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号２に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号３に記載のＣＤＲ Ｈ３
    を含む、抗ＨＩＶ－１抗体。
  70. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号６３または７３の配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項６９に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  71. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号１５の配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項７０に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  72. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号５３または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号５４または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号５５または７９に記載のＦＲ Ｌ３および配列番号５６または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む、請求項６９から７１のいずれか一項に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  73. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号７に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号８に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号９に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号１０に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む、請求項６９から７１のいずれか一項に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  74. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む抗ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、
    前記軽鎖可変領域は、
    配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３
    を含み；
    前記重鎖可変領域は、
    配列番号１７に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号１８に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号１９に記載のＣＤＲ Ｈ３
    を含む、抗ＨＩＶ－１抗体。
  75. 軽鎖可変領域が、配列番号６３または７３の配列を含む、請求項７４に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  76. 重鎖可変領域が、配列番号３１の配列を含む、請求項７５に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  77. 軽鎖可変領域が、配列番号５３または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号５４または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号５５または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号５６または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む、請求項７４から７６のいずれか一項に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  78. 重鎖可変領域が、配列番号２３に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号２４に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号２５に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号２６に記載のＦＲ Ｈ４を含む、請求項７４から７７のいずれか一項に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  79. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む抗ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、
    前記軽鎖可変領域は、
    配列番号３９、７４または８３のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号４０、７５または８４のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ２および配列番号４１、７６または８５のいずれか１つに記載のＣＤＲ Ｌ３
    を含み；および
    前記重鎖可変領域は、
    配列番号３３に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号３４に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号３５に記載のＣＤＲ Ｈ３
    を含む、抗ＨＩＶ－１抗体。
  80. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号６３または７３の配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項７９に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  81. 重鎖可変領域が、配列番号６１の配列を含む、請求項８０に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  82. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号５３または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号５４または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号５５または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号５６または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む、請求項７９から８１のいずれか一項に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  83. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号４５に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号４６に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号４７に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号４８に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む、請求項７９から８２のいずれか一項に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  84. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む抗ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、
    前記軽鎖可変領域は、
    配列番号１３１、７４または８３に記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号１３２、７５または８４に記載のＣＤＲ Ｌ２、および配列番号１３３、７６または８５に記載のＣＤＲ Ｌ３
    を含み；および
    前記重鎖可変領域は、
    配列番号８７に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号８８に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号８９に記載のＣＤＲ Ｈ３
    を含む、抗ＨＩＶ－１抗体。
  85. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号１３７または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号１３８または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号１３９または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号１４０または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む、請求項８４に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  86. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号９３に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号９４に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号９５に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号９６に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む、請求項８４または８５に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  87. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む抗ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、
    前記軽鎖可変領域は、
    配列番号１３１、７４または８３に記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号１３２、７５または８４に記載のＣＤＲ Ｌ２、および配列番号１３３、７６または８５に記載のＣＤＲ Ｌ３
    を含み；および
    前記重鎖可変領域は、
    配列番号１０１に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号１０２に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号１０３に記載のＣＤＲ Ｈ３
    を含む、抗ＨＩＶ－１抗体。
  88. 軽鎖可変領域が、配列番号１３７または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号１３８または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号１３９または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号１４０または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む、請求項８７に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  89. 重鎖可変領域が、配列番号１０７に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号１０８に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号１０９に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号１１０に記載のＦＲ Ｈ４を含む、請求項８７または８８に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  90. 軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む抗ヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）抗体であって、
    前記軽鎖可変領域は、
    配列番号１３１、７４または８３に記載のＣＤＲ Ｌ１、配列番号１３２、７５または８４に記載のＣＤＲ Ｌ２、および配列番号１３３、７６または８５に記載のＣＤＲ Ｌ３
    を含み；および
    前記重鎖可変領域は、
    配列番号１１５に記載のＣＤＲ Ｈ１、配列番号１１６に記載のＣＤＲ Ｈ２、および配列番号１１７に記載のＣＤＲ Ｈ３
    を含む、抗ＨＩＶ－１抗体。
  91. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号１３７または７７に記載のＦＲ Ｌ１、配列番号１３８または７８に記載のＦＲ Ｌ２、配列番号１３９または７９に記載のＦＲ Ｌ３、および配列番号１４０または８０に記載のＦＲ Ｌ４を含む軽鎖可変領域を含む、請求項９０に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  92. ＨＩＶ－１抗体が、配列番号１２１に記載のＦＲ Ｈ１、配列番号１２２に記載のＦＲ Ｈ２、配列番号１２３に記載のＦＲ Ｈ３および配列番号１２４に記載のＦＲ Ｈ４を含む重鎖可変領域を含む、請求項９０または９１に記載の抗ＨＩＶ－１抗体。
  93. 請求項１から９２のいずれか一項に記載の抗原結合部位または抗体を含む融合タンパク質。
  94. 標識または細胞傷害性物質にコンジュゲートした、請求項１から９２のいずれか一項に記載の抗原結合部位または抗体の形態のコンジュゲート。
  95. 請求項１から９３のいずれか一項に記載の抗原結合部位もしくは抗体、または融合タンパク質をコードする核酸。
  96. 請求項９５に記載の核酸を含むベクター。
  97. ５’から３’の順番で、以下の作動可能に連結した成分：
    （ｉ）プロモーター；
    （ｉｉ）第１のポリペプチドをコードする核酸；
    （ｉｉｉ）内部リボソーム進入部位；および
    （ｉｖ）第２のポリペプチドをコードする核酸
    を含むバイシストロン性発現構築物であり、
    第１のポリペプチドはＶＨを含み、第２のポリペプチドはＶＬを含む、請求項９６に記載のベクター。
  98. 請求項９５から９７のいずれか一項に記載のベクターまたは核酸を含む細胞。
  99. 請求項１から９２のいずれか一項に記載の抗原結合部位または抗体、および医薬的に許容される担体、希釈剤または賦形剤を含む医薬組成物。
  100. 請求項１から９２のいずれか一項に記載の抗原結合部位または抗体に結合するエピトープ。
  101. ｇｐ１２０の残基４７１を含む、請求項１００に記載のエピトープ。
  102. それを必要とする対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害するための方法であって、有効量の請求項１から９２のいずれか一項に記載の抗原結合部位または抗体を対象に投与し、それによって、それを必要とする対象におけるＨＩＶ－１感染を処置する、防止する、または阻害することを含む方法。
  103. それを必要とする対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を中和するための方法であって、有効量の請求項１から９２のいずれか一項に記載のいずれかの抗原結合部位または抗体を対象に投与し、それによって、それを必要とする対象におけるＨＩＶ－１感染を中和することを含む方法。
  104. 対象の生存を長くするための方法であって、有効量の請求項１から９２のいずれか一項に記載の抗原結合ドメインまたは抗体を対象に投与し、それによって、それを必要とする対象の生存を長くすることを含む方法。
  105. ＨＩＶ－１感染を有する対象を同定することをさらに含む、請求項１０２から１０４のいずれか一項に記載の方法。
  106. ＨＩＶ－１感染を有する対象が、頭痛、発熱、疲れ、腫れたリンパ節、咽頭痛、鵞口瘡、発疹、筋肉および関節痛、口中の潰瘍、寝汗および／または下痢、呼吸困難、咳、体重の減少、吐き気、口中の白斑、生殖器のただれ、疲労、肺炎および認知力低減を含む１つ以上の症状を提示する、請求項１０５に記載の方法。
  107. 対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害するための医薬の調製における、有効量の請求項１から９２のいずれか一項に記載のいずれかの抗原結合部位または抗体の使用。
  108. 対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害するための、有効量の請求項１から９２のいずれか一項に記載のいずれかの抗原結合部位または抗体の使用。
  109. 対象におけるヒト免疫不全ウイルス１型（HIV-1）感染を処置する、防止する、または阻害することにおける使用のための、有効量の請求項１から９２のいずれか一項に記載のいずれかの抗原結合部位または抗体。
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