JP2023525552A - ワクチン抗原としてのコロナウイルススパイクタンパク質の操作、その設計及び使用 - Google Patents

Abstract

ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンは、ＳＩ領域の完全欠失若しくは部分欠失又はＳＩ領域の部分置換若しくは完全置換である少なくとも１つの修飾を有するＳタンパク質のための少なくとも１つのＤＮＡ、ＲＮＡ又はタンパク質配列を含む。ＣｏＶの少なくとも１つの群からの感染に対して哺乳動物対象にワクチン接種する方法は、ＣｏＶの広範な群を相同群に分離すること、そのＳＩ領域に少なくとも１つの修飾を含有する修飾されたＳタンパク質を生成すること、及び相同群の他の全てのメンバーと６０％を超える配列同一性を有する各相同群について少なくとも１つのコンセンサス配列を同定することを含む。コンセンサス配列は、修飾されたＳタンパク質のタンパク質配列、修飾されたＳタンパク質をコードするＤＮＡ配列、及び修飾されたＳタンパク質をコードするＲＮＡ配列である。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年５月１２日に出願された仮出願第６３／０２３，５９９号の優先権を主張し、その仮出願ではなく、その全内容が本明細書に参照により援用される。

本開示は、コロナウイルスのワクチンを開発するためのワクチンプラットフォームに関し、より詳細には、操作されたコロナウイルススパイクタンパク質を含有するワクチンに関する。別の実施形態では、本開示は、コロナウイルスのスパイクタンパク質を操作するための方法、及び操作されたコロナウイルスのスパイクタンパク質を含有するワクチンを作製するための方法に関する。

配列表の提出
２０２１年５月１１日に作成された、サイズ５４ｋｂの「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ」という名称のテキストファイルの配列表の電子提出物の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

コロナウイルス（ＣｏＶ）は、アルファ－、ベータ－、ガンマ－及びデルタ－コロナウイルスの４つの属に分類される。β－ＣｏＶは、哺乳動物、一般にはコウモリ及びげっ歯類に感染することができるエンベロープ型のプラス鎖ＲＮＡウイルスであるが、多くのβ－ＣｏＶもヒトに感染することが知られている。ヒト及び動物におけるＣｏＶによる感染は、一般に、短期間の軽度から中等度の上気道疾患を引き起こす。例外は、重症でしばしば致死的な症状を特徴とする重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ－１）、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、及び武漢起源のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＳＡＲＳ－２）（ＣＯＶＩＤ－１９とも呼ばれる）である。ＳＡＲＳ－２感染の最初の症例は２０１９年１２月に見られた。２０２０年４月１６日現在、米国だけで、疾病対策予防センター（ＣＤＣ）によって報告された推定６３２，０００例の症例及び推定３１，０００例の死亡があり、４．９％の致死率をもたらした。ＳＡＲＳ－２はヒトに対して非常に感染性である。世界保健機関（ＷＨＯ）は、２０２０年１月３０日に、ＳＡＲＳ－２の世界的なパンデミックを国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態と宣言した。

ＳＡＲＳ－２のための具体的な治療法は確立されていないが、研究中である。疾患の更なる伝播を防ぐための最良の手法は、特定のワクチンの開発である。ＳＡＲＳ－２に対する集団免疫は、活性型ＳＡＲＳ－２ウイルスによる自然感染ではなく、良性ワクチンによる免疫化でより良好に達成される。回復中の患者に見られる低レベルの免疫応答についての１つの説明は、ＳＡＲＳ－２による消耗性免疫抑制の機能であり得る。しかし、ウイルスの不活性型を使用する伝統的なワクチンを用いた動物研究は、不活性化ウイルスワクチンが疾患の抗体依存性増強（ＡＤＥ）の誘導を特に受けやすい可能性があることを示唆している。これらのワクチン接種の場合、Ｔｈ２型疾患増強は抗ヌクレオカプシド（ＮＰ）応答によって引き起こされ得る。ワクチンレシピエントにおいてＡＤＥを刺激しないＳＡＲＳ－２ワクチンを開発することが望ましい。

社会的距離の確保は、ＳＡＲＳ－２の攻撃的な拡散を首尾よく抑制しているが、社会の再開は、短期間での感染の急増、並びに起こり得る季節的発生につながると予想される。いくつかの地域では、変異型のＳＡＲＳ－２ウイルスによる感染の急増が既に見られている。ＳＡＲＳ関連β－ＣｏＶ（ＳＡＲＳｒ）の全体的な変異率は、世代あたり０．１個という低い変異で計算されている。最近の変異の出現にもかかわらず、ＳＡＲＳ－２ウイルスは同様に安定しているようである。任意のＳＡＲＳ－２ワクチンが、短期の変異体に対する防御も提供することが望ましい。

関連するＳＡＲＳ－及びＭＥＲＳ－ＣｏＶを用いた多数の動物試験及び治験は、より一般的なβ－ＣｏＶ感染に対して有効なワクチンを産生することができることを示唆している。ＳＡＲＳ－２（ＣＯＶＩＤ－１９）は、動物宿主からヒトにジャンプした３番目の致死性β－ＣｏＶである。１，８００個のＳＡＲＳｒが動物で既に同定されており、その一部は最終的にヒトに感染する可能性があることを考慮すると、将来のパンデミックを回避するために群特異的ＳＡＲＳｒワクチンも作成することが望ましい。

ＳＡＲＳ－２変異体及びＳＡＲＳｒウイルス株に対する防御を提供するための広域反応性ワクチンの必要性を支持する更なる要因がある。ＳＡＲＳｒ動物配列を分析すると、Ｓタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列の小さな変化がヒトＡＣＥ２へのウイルスの結合を増強し、したがってそのような変化がヒト集団へのβ－ＣｏＶのジャンプを促進し得ることが明らかになる。ＲＢＤ配列は、Ｓタンパク質の高度に可変な領域に位置する。ウイルスはまた、変異することが知られている。何十億人もの人々がＳＡＲＳ－２に感染しているので、多数の変異が予想される。Ｓタンパク質のより保存領域に対する免疫応答を誘導するワクチンは、異なるＳＡＲＳｒによる感染に対するより広範な保護を提供する。

一実施形態では、本開示は、ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを提供する。本開示の実施形態によれば、ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンは、ＣｏＶの修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部をコードするＣｏＶ ＤＮＡ配列、ＣｏＶの修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部をコードするＣｏＶ ＲＮＡ配列、及びＣｏＶの修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部のタンパク質配列からなる群から選択される少なくとも１つの配列を含み、修飾されたＳタンパク質は少なくとも１つの修飾を含む。

一実施形態では、Ｓタンパク質はＳ１領域を有し、少なくとも１つの修飾は、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全置換、及びＳ１領域の部分置換からなる群から選択される。更なる実施形態では、Ｓ１領域は少なくとも１つの可変領域を有し、少なくとも１つの修飾は、少なくとも１つの可変領域の完全欠失、少なくとも１つの可変領域の部分欠失、少なくとも１つの可変領域の完全置換、及び少なくとも１つの可変領域の部分置換からなる群から選択される。なお更なる実施形態では、ＣｏＶはＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶであり、少なくとも１つの可変領域はアミノ酸残基３４２と５３３との間にある。別の実施形態では、少なくとも１つの可変領域は受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。一実施形態では、少なくとも１つの修飾は、可変領域の部分置換又は可変領域の完全置換であり、可変領域はペプチドリンカーによって置換されている。

一実施形態では、ＣｏＶはα－ＣｏＶである。別の実施形態では、ＣｏＶはβ－ＣｏＶである。更なる実施形態では、配列はＣｏＶ ＤＮＡ配列又はβ－ＣｏＶ ＤＮＡ配列である。別の実施形態では、配列はＣｏＶ ＲＮＡ配列又はβ－ＣｏＶ ＲＮＡ配列である。一実施形態では、ＲＮＡはｍＲＮＡである。更に別の実施形態では、配列は、ＣｏＶタンパク質配列又はβ－ＣｏＶタンパク質配列である。更なる実施形態では、配列は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ配列である。

一実施形態では、本開示は、修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質を提供する。本開示の実施形態によれば、修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質は、Ｓ１領域と、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分置換、及びＳ１領域の完全置換からなる群から選択されるＳ１領域中の少なくとも１つの修飾とを含む。

一実施形態では、Ｓ１領域は少なくとも１つの可変領域を有し、少なくとも１つの修飾は、少なくとも１つの可変領域の完全欠失、少なくとも１つの可変領域の部分欠失、少なくとも１つの可変領域の完全置換、及び少なくとも１つの可変領域の部分置換からなる群から選択される。更なる実施形態では、ＣｏＶはＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶであり、少なくとも１つの可変領域はアミノ酸残基３４２と５３３との間にある。なお更なる実施形態では、少なくとも１つの可変領域は受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。別の実施形態では、少なくとも１つの修飾は、可変領域の部分置換又は可変領域の完全置換であり、可変領域はペプチドリンカーによって置換されている。

一実施形態では、本開示は、少なくとも１つのＣｏＶによる感染から保護するためのワクチンを作製する方法を提供する。本開示の実施形態によれば、少なくとも１つのＣｏＶによる感染から保護するためにワクチンを作製する方法は、Ｓ１領域及びＳ１領域中の少なくとも１つの修飾を含む修飾されたＳタンパク質を生成することを含み、少なくとも１つの修飾は、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分置換、及びＳ１領域の完全置換からなる群から選択される。

一実施形態では、本開示は、ＣｏＶの少なくとも１つの群からの感染に対して哺乳動物対象にワクチン接種する方法を提供する。本開示の実施形態によれば、ＣｏＶの少なくとも１つの群からの感染に対して哺乳動物対象にワクチン接種する方法は、ＣｏＶ Ｓタンパク質の類似性に基づいてＣｏＶの広範な群を相同群に分離すること、各相同群のための修飾Ｓタンパク質を生成することであって、修飾されたＳタンパク質が、Ｓ１領域と、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分置換、及びＳ１領域の完全置換からなる群から選択される少なくとも１つの修飾とを含む、生成すること、相同群の他の全てのメンバーと６０％を超える配列同一性を有する各相同群についての少なくとも１つのコンセンサス配列を同定することであって、少なくとも１つのコンセンサス配列が、修飾されたＳタンパク質のタンパク質配列、修飾されたＳタンパク質をコードするＤＮＡ配列、及び修飾されたＳタンパク質をコードするＲＮＡ配列からなる群から選択される、同定することを含む。

別の実施形態では、本方法は、少なくとも１つのコンセンサス配列を含むウイルスベクターを調製することを更に含む。別の実施形態では、ＣｏＶの広い群を相同群に分離する工程は、哺乳動物から少なくとも１つのＣｏＶを採取することを含む。別の実施形態では、哺乳動物はヒトである。

更なる実施形態では、Ｓ１領域は少なくとも１つの可変領域を有し、少なくとも１つの修飾は、少なくとも１つの可変領域の完全欠失、少なくとも１つの可変領域の部分欠失、少なくとも１つの可変領域の完全置換、及び少なくとも１つの可変領域の部分置換からなる群から選択される。

一実施形態では、ＣｏＶはＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶであり、少なくとも１つの可変領域はアミノ酸残基３４２と５３３との間にある。更なる実施形態では、少なくとも１つの可変領域は受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。なお更なる実施形態では、少なくとも１つの修飾は、可変領域の部分置換又は可変領域の完全置換であり、可変領域はペプチドリンカーによって置換されている。

別の実施形態では、ＣｏＶはα－ＣｏＶである。なお更なる実施形態では、ＣｏＶはβ－ＣｏＶである。

一実施形態では、コンセンサス配列は、ＣｏＶ ＤＮＡ配列、又はβ－ＣｏＶ ＤＮＡ配列である。更に別の実施形態では、コンセンサス配列は、ＣｏＶ ＲＮＡ配列又はβ－ＣｏＶ ＲＮＡ配列である。一実施形態では、ＲＮＡはｍＲＮＡである。更なる実施形態では、コンセンサス配列は、ＣｏＶタンパク質配列又はβ－ＣｏＶタンパク質配列である。一実施形態では、配列は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ配列である。

一実施形態では、本方法は、ワクチンを哺乳動物対象に注射することを更に含む。

本開示の実施形態による、Ｓタンパク質をコードするＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡセグメントの機能的部分を、最大の可変性の部分及び最大の免疫応答を誘発する部分と共に示す概略図である。 本開示の実施形態による修飾されたＳタンパク質の設計を示す図である。 ＭＥＲＳ－ＣｏＶワクチンの活性を示す図である。

本開示の任意の実施形態を詳細に説明する前に、本開示は、その適用において、以下の説明に記載されるか又は図面に示される構成の詳細及び構成要素の配置に限定されないことを理解されたい。本開示は、他の実施形態が可能であり、様々な方法で実施又は実行することができる。また、本明細書で使用される表現及び用語は、説明のためのものであり、限定するものと見なされるべきではないことが理解される。本明細書における「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」又は「有する（ｈａｖｉｎｇ）」及びそれらの変形の使用は、その後に列挙される項目及びその均等物並びに追加の項目を包含することを意味する。本明細書における「本質的に含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」及び「本質的にからなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」並びにその変形の使用は、その後に列挙される項目、並びに全体の特性、使用又は製造を本質的に変更しないようにそのような等価物及び追加の項目を提供する等価物及び追加の項目を網羅することを意味する。本明細書における「からなる」及びその変形の使用は、その後に列挙される項目及びそれらの項目のみを含むことを意味する。

図面を参照すると、全体を通して、同様の番号は同様の要素を指す。第１、第２などの用語は、様々な要素、構成要素、領域、及び／又はセクションを説明するために本明細書で使用することができるが、これらの要素、構成要素、領域、及び／又はセクションは、これらの用語によって限定されるべきではないことが理解されよう。これらの用語は、１つの要素、構成要素、領域及び／又はセクションを別の要素、構成要素、領域及び／又はセクションと区別するためにのみ使用される。したがって、第１の要素、構成要素、領域又はセクションは、本開示から逸脱することなく、第２の要素、構成要素、領域又はセクションと呼ぶことができる。

本開示における数値範囲は近似値であり、別途指示がない限り範囲外の値を含んでもよい。数値範囲は、任意のより低い値と任意のより高い値との間に少なくとも２つの単位の分離があるという条件で、（特に明記しない限り）１単位の増分で、より低い値及びより高い値からの、及びこれらを含む全ての値を含む。一例として、例えば重量による成分の量などの組成、物理的又は他の特性が１０～１００である場合、１０、１１、１２などの全ての個々の値、及び１０～４４、５５～７０、９７～１００などの部分範囲が明示的に列挙されることが意図される。明示的な値を含む範囲（例えば、１、又は２、又は３から５、又は６、又は７までの範囲）の場合、任意の２つの明示的な値の間の任意の部分範囲が含まれる（例えば、上記の範囲１～７は、部分範囲１～２、２～６、５～７、３～７、５～６などを含む）。１未満の値を含む範囲又は１より大きい分数を含む範囲（例えば、１．１、１．５など）については、１単位は、適切には０．０００１、０．００１、０．０１又は０．１であると考えられる。１０未満の一桁の数を含む範囲（例えば、１～５）では、１単位は通常０．１であると見なされる。これらは、具体的に意図されるものの例にすぎず、列挙された最低値と最高値との間の数値の全ての可能な組み合わせは、本開示において明示的に述べられていると見なされるべきである。

「真下（ｂｅｎｅａｔｈ）」、「下方（ｂｅｌｏｗ）」、「下方（ｌｏｗｅｒ）」、「上方（ａｂｏｖｅ）」、「上方（ｕｐｐｅｒ）」などの空間的用語は、本明細書では、図に示すように、１つの要素又は特徴と別の要素又は特徴との関係を説明するための説明を容易にするために使用することができる。空間的に相対的な用語は、使用又は例示における向きに応じて異なる向きを包含することを意図していることが理解されよう。例えば、図中の装置がひっくり返された場合、他の要素又は特徴の「下」又は「真下」にあると記載された要素は、他の要素又は特徴の「上」に配向される。したがって、例示的な「下方」という用語は、上方及び下方の両方の向きを包含することができる。装置は、他の方向に向けられ（９０°又は他の向きに回転され）てもよく、本明細書で使用される空間的に相対的な記述子はそれに応じて解釈される。

本明細書で使用される場合、「及び／又は」という用語は、関連する列挙された項目のうちの１つ又は複数のありとあらゆる組み合わせを含む。例えば、「Ａ及び／又はＢ」などの語句で使用される場合、「及び／又は」という語句は、ＡとＢの両方；Ａ又はＢ；Ａ（単独）；及びＢ（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ及び／又はＣ」などの語句で使用される「及び／又は」という用語は、以下の実施形態Ａ、Ｂ及びＣ；Ａ、Ｂ、又はＣ；Ａ又はＣ；Ａ又はＢ；Ｂ又はＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；及びＣ（単独）のそれぞれを包含することを意図している。

一実施形態では、本開示は、対象、特に哺乳動物対象、より具体的にはヒト対象において、少なくとも１つのＣｏＶ感染又は少なくとも１つのβ－ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを調製する方法を提供する。

β－ＣｏＶの同定
本開示の実施形態によれば、対象、特に哺乳動物対象、より具体的にはヒト対象における少なくとも１つのβ－ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを調製する方法は、動物宿主、特に哺乳動物宿主から少なくとも１つのβ－ＣｏＶを同定することを含む。特に一実施形態では、対象、特に哺乳動物対象、より具体的にはヒト対象における少なくとも１つのβ－ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを調製するための方法は、コウモリ、ラット、ヒト、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される哺乳動物宿主から少なくとも１つのβ－ＣｏＶを同定することを含む。一実施形態では、少なくとも１つのβ－ＣｏＶは、少なくとも１つのＳＡＲＳｒを含む。別の実施形態では、少なくとも１つのβ－ＣｏＶは、少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶを含む。

相同群の同定
本開示の実施形態によれば、対象、特に哺乳動物対象、より具体的にはヒト対象における少なくとも１つのβ－ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを調製するための方法は、遺伝子配列の類似性に基づいて、同定されたβ－ＣｏＶ、例えば動物宿主から同定されたβ－ＣｏＶを相同群に分離すること、及び相同群ごとに少なくとも１つのコンセンサス配列を調製することを含む。相同群は、β－ＣｏＶ’遺伝子配列の全体、β－ＣｏＶ’遺伝子配列の複数の部分、又はβ－ＣｏＶ’遺伝子配列の単一の部分の類似性に基づくことができる。遺伝子配列は、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、タンパク質配列、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。単一のβ－ＣｏＶが同定された場合、それは単一の相同群の唯一のメンバーであることが理解されよう。

特定の実施形態では、β－ＣｏＶは複数のＳＡＲＳｒを含み、複数のＳＡＲＳｒは１つ、又は少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つ、又は少なくとも５つの相同群に分離される。一実施形態では、相同群は、スパイクタンパク質（Ｓタンパク質）、Ｓ ＡＲＳ受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、エンベロープタンパク質、核タンパク質、及びそれらの組み合わせに関連する遺伝子配列の少なくとも一部、又は少なくとも２つ以上の部分、又は全部に基づく。

更なる実施形態では、少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶが同定され、少なくとも１つの相同群に分離される。

一実施形態では、各相同群内で、遺伝子配列は、相同群内の他の全てのメンバーと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上、又は９０％以上、又は９５％以上、又は９６％以上、又は９７％以上、又は９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有する。

一実施形態では、各相同群内で、遺伝子配列は、相同群内の他の全てのメンバーと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上～９０％、又は９５％、又は９６％、又は９７％、又は９８％、又は９９％、又は１００％以下の配列同一性を有する。

一実施形態では、各相同群の遺伝子配列は、相同群の異なるタンパク質配列を定義する。一実施形態では、異なるタンパク質は、Ｓタンパク質、エンベロープタンパク質、核タンパク質、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。更なる実施形態では、異なるタンパク質はＳタンパク質である。

特定の実施形態では、複数のＳＡＲＳｒが分析され、５つの相同群に分離され、各相同群内で、遺伝子配列は６５％超～９９％の配列同一性を有する。

相同群及びコンセンサス配列を同定するための例示的なプロセスが本明細書で提供される。

ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶは、約３０ｋｂのプラスセンス一本鎖ＲＮＡゲノム及び４つの構造タンパク質を有する。構造タンパク質の１つはスパイク（Ｓ）ペプロマーである。これらのＳタンパク質は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶの表面に見られ、細胞受容体結合を媒介し、したがってウイルスの宿主指向性を決定する。Ｓタンパク質をコードするＲＮＡのタンパク質部分は、図１に示すように、Ｓ１鎖１０とＳ２鎖２０とがフランカット部位２５で隔てられた状態で、Ｓ１鎖とＳ２鎖とに分けられる。ＲＢＤ ３０は、Ｓ１鎖１０に位置する。ＲＢＤの変動は、アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）へのウイルスの結合に影響を及ぼし、この結合の増強は、動物宿主からヒト宿主へのウイルスのジャンプを促進することによることが発見された。膜融合部分４０は、Ｓ２鎖２０内に位置する。図１には、ヘプタペプチドＨＲ１及びＨＲ２、膜貫通ＴＭ及びＳタンパク質の細胞質ドメインが更に示されている。

ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ Ｓタンパク質は、Ｓ１鎖１０とＳ２鎖２０とに分割される。Ｓ２鎖２０のコンフォメーション変化は、宿主細胞内でのウイルスの融合をもたらす。これにより、ＲＢＤを含むＳタンパク質コードＲＮＡ配列と組み合わせて、Ｓタンパク質コードＲＮＡ配列が抗ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶワクチンレジメンで使用するための重要な候補になる。

図１はまた、より大きな免疫応答を誘発するＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶのＳタンパク質部分を示す（６０）。示されるように、部分６０ｂはＲＢＤ ３０と重複し、かなり大きい部分であり、これはＲＢＤ ３０に関連する有意な免疫応答が存在することを意味する。部分６０ｄ及び６０ｅは、可変性の低い膜融合部分４０と重なり合っているが、より小さく、したがって、免疫応答をそれほど強く誘発しない。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＭＥＲＳ－ＣｏＶなどの異なるβ－ＣｏＶに対する免疫応答を分析する際に、これらのコロナウイルスの活性を中和する能力を有する抗体が、Ｓタンパク質のより保存された領域、すなわち、Ｓ２ドメイン２０内のＳタンパク質ステム領域内にも結合することができることが観察された。図１に更に例示されるように、様々なＳＡＲＳｒからのＲＮＡのＳタンパク質コード配列をアラインメントすることは、遺伝子全体にわたって有意な相違を示す（５０）。したがって、本発明のＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡに基づくワクチンは、他のＳＡＲＳｒによって引き起こされる感染から効率的に保護することができない可能性がある。しかし、複数のＳＡＲＳｒからのＲＮＡのＳタンパク質コード配列を分析すると、表１に示すように、ＳＡＲＳｒを相同群に分離することができる。

表１の情報を得るために、配列を、ＶｉＰＲ及びＮＣＢＩを使用して見出した。全体的なアラインメントは、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａを使用して行った。関連するアラインメント（＞９２％）を抽出してグループ分けを作成し、これをＣｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａを用いてアラインメントし、ＢＬＡＳＴ多重配列アラインメントを用いて確認した。

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ群については、元のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１をカバーするＧｅｎＢａｎｋ及びＶｉＰＲからの１１３０配列を分析した。いくつかの配列は、ギャップを担う可能性が高いランダムインサートを含んでいたが、小さな変異体は全て抗体結合を維持していた。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ２群については、新しいクレード２０Ｈ、２０１及び２０Ｊを含む３０００を超える配列を分析した（それぞれ南アフリカ、カリフォルニア及び英国の変異体に対応する）。ＷＩＶ－１は、コウモリでは顕著なＳＡＲＳｒであるが、ヒト細胞では複製することが示されている。ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶを生じさせたと考えられるＲａＴＧ１３株を含む５６のＷＩＶ－１株を分析した。１６株のみが完全ＣＤＳを有していた。ＮＣＢＩ保存タンパク質ドメインファミリーｃｄ２１４７７及びＣｎ３Ｄによって示されるように、構造は変異体間で安定に見えた。ＹＮＬＦ群では、７１個の配列（３９は完全なＣＤＳである）がコウモリ、センザンコウ及びラクダから得られた。これらのＳＡＲＳｒ株は、ＷＩＶ１ファミリーよりもＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶとの類似性が低いが、特定の領域においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ群及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ ２群とのいくつかの強い類似性を有する。全体的なスパイクアラインメントは並であるが、ＲＢＤアラインメントは強い類似性を示す。コウモリ２０１３群については、高い類似性を有する１９個の試料を分析した。コウモリ２０１３群は他の群よりも高い変動性を示すが、多くの株が同じ抗体に対して交差反応性を示している。

コンセンサス配列
本開示の実施形態によれば、対象、特に哺乳動物対象、より具体的にはヒト対象における少なくとも１つのＣｏＶ、好ましくは少なくとも１つのβ－ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを調製する方法は、各相同群について少なくとも１つのコンセンサス配列を同定することを含む。コンセンサス配列は、配列中の各位置に統計的に最も高頻度の残基を含む群に対して開発されたＤＮＡ、ＲＮＡ又はタンパク質配列である。一実施形態では、相同群に対するコンセンサス配列は、対応する相同群の各メンバーと少なくとも６５％、又は少なくとも７０％、又は少なくとも７５％、又は少なくとも８０％、又は少なくとも８５％、又は少なくとも９０％、又は少なくとも９５％、又は少なくとも９９％の共通性を有する。

特定の実施形態では、コンセンサス配列は、対応する相同群の他の全てのメンバーと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上、又は９０％以上、又は９５％以上、又は９６％以上、又は９７％以上、又は９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有するＤＮＡ配列である。

特定の実施形態では、コンセンサス配列は、対応する相同群の他の全てのメンバーと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上、又は９０％以上、又は９５％以上、又は９６％以上、又は９７％以上、又は９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有するＲＮＡ配列である。

特定の実施形態では、コンセンサス配列は、対応する相同群の他の全てのメンバーと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上、又は９０％以上、又は９５％以上、又は９６％以上、又は９７％以上、又は９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有するタンパク質配列である。

一実施形態では、各相同群のコンセンサス配列は、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、タンパク質配列、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。一実施形態では、相同群の少なくとも１つのコンセンサス配列は、ＲＮＡである。更なる実施形態では、ＲＮＡはｍＲＮＡである。

一実施形態では、分析されるβ－ＣｏＶは、ＳＡＲＳｒである。更なる実施形態では、ＳＡＲＳｒは、少なくとも１つの相同群に分離された少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶを含み、少なくとも１つの相同群のコンセンサス配列は、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、又はタンパク質配列である。単一のＳＡＲＳｒ、例えば単一のＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶが同定され、単一のＳＡＲＳｒが相同群の唯一のメンバーである実施形態では、コンセンサス配列はＤＮＡ配列であってもよく、ＲＮＡ配列又はタンパク質配列は、ＳＡＲＳｒと１００％の共通性を有することが理解されよう。

一実施形態では、コンセンサス配列は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ配列であり、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ配列は、Ｓタンパク質コード配列の少なくとも一部である。

一実施形態では、コンセンサス配列は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡ配列であり、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡ配列は、Ｓタンパク質コード配列の少なくとも一部である。

一実施形態では、コンセンサス配列は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶタンパク質配列であり、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶタンパク質配列は、Ｓタンパク質の少なくとも一部である。

スパイクタンパク質の修飾
一実施形態では、コンセンサス配列は、ＣｏＶのＳタンパク質の少なくとも一部のタンパク質配列、又はＳタンパク質の少なくとも一部をコードするＣｏＶ ＤＮＡ若しくはＲＮＡ配列であり、Ｓタンパク質は少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、コンセンサス配列がタンパク質配列である場合、それは修飾されたＳタンパク質に対するものである。同様に、コンセンサス配列がＤＮＡ又はＲＮＡ配列である場合、それは修飾されたＳタンパク質をコードする。

図２Ａは、全長Ｓタンパク質配列を示す概略図であり、図２Ｂ～図２Ｄは、Ｓタンパク質配列の例示的な修飾を示す概略図である。

一実施形態では、Ｓタンパク質のＳ１領域１０は、タンパク質末端のアミノ末端で始まり、ＳＡＲＳ－２ Ｓタンパク質に見られるペプチダーゼ認識部位６９４に対応するアミノ酸配列で終わるタンパク質の領域として定義される。一実施形態では、少なくとも１つの修飾はＳ１領域１０内にある（すなわち、少なくとも１つの修飾は、アミノ末端から６９４アミノ酸配列までのタンパク質配列の全部又は少なくとも一部である）。

一実施形態では、少なくとも１つの修飾は、Ｓ１領域１０全体、例えばＳタンパク質のアミノ末端から６９４アミノ酸配列の欠失である。別の実施形態では、少なくとも１つの修飾は、図２Ｂ及び図２Ｄに示すように、Ｓ１領域１０の全部よりも少ない１つ又は複数の配列の欠失である。

一実施形態では、Ｓタンパク質の「可変領域」は、天然に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルス及び／又はＳＡＲＳ－２変異体のＳＡＲＳｒ配列を比較した場合に高い配列可変性を示すＳタンパク質の領域として定義される。Ｓタンパク質の例示的な可変領域は図１に示されており、５０に示される高頻度変異領域が例示的な可変領域である。一実施形態では、Ｓタンパク質は、「可変領域」と呼ばれる単一の高度に可変な領域を有する。

一実施形態では、少なくとも１つの修飾は、図２Ｂに示されるように、少なくとも１つの可変領域又は可変領域の完全欠失又は部分欠失である。

特定の実施形態では、Ｓタンパク質の可変領域は、ＳＡＲＳ－２のアミノ酸残基３４２及び５３３に対応するアミノ酸残基の間に位置する（ＮＣ＿０４５５１２．２）。そのような実施形態では、少なくとも１つの修飾は、アミノ酸残基３４２及び５３３に対応するアミノ酸残基の間に位置する可変領域の完全欠失又は部分欠失である。

特定の実施形態では、Ｓタンパク質は、ＲＤＢ領域の大部分又は全部に対応する可変領域を有する。そのような実施形態では、少なくとも１つの修飾は、ＲＤＢ領域の完全欠失又は部分欠失である。一実施形態では、ＲＤＢ領域は、ＳＡＲＳ－２の３４２及び５３３のアミノ酸残基に対応するアミノ酸残基間、又は更に４４６及び５２０のアミノ酸残基間に位置する（ＮＣ＿０４５５１２．２）。

一実施形態では、少なくとも１つの修飾は、少なくとも１つの可変領域、又は可変領域の完全置換又は全部の置換であり、可変領域は、上述の任意の実施形態又は実施形態の組み合わせに従う。少なくとも１つの可変領域、又は可変領域は、図２Ｃに示されるように、欠失によって形成されたギャップを架橋するように設計されたペプチドリンカー配列で置き換えることができる。

ウイルスベクター
本開示の実施形態によれば、対象、特に哺乳動物対象、より具体的にはヒト対象における少なくとも１つのＣｏＶ感染、好ましくはβ－ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンを調製する方法は、少なくとも１つのコンセンサス配列をウイルスベクターに挿入することを含む。一実施形態では、ウイルスベクターはアデノウイルスベクター成分である。

既存の及び誘導された干渉抗アデノウイルス免疫応答を最小限に抑えるために、全ての内因性の遺伝子が、アデノウイルスベクター成分であるウイルスベクター成分から欠失されている。すなわち、一実施形態では、ウイルスベクター成分は完全欠失（ｆｄ）アデノウイルスベクターである。

一実施形態では、コンセンサス配列は、修飾されたＳタンパク質コード配列の少なくとも一部であるＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ配列、修飾されたＳタンパク質コード配列の少なくとも一部であるＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡ配列、又はＳＡＲＳ－２β－ＣｏＶ ＤＮＡ配列であり、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶタンパク質配列は、修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部であり、修飾されたＳタンパク質は、本明細書に提供される任意の実施形態又は実施形態の組み合わせに従って１つ又は複数の修飾を含む。

ワクチンの組成物
一実施形態では、本開示は、ＣｏＶ、好ましくはβ－ＣｏＶ、より好ましくはＳＡＲＳｒからの感染を防ぐためのワクチン、より具体的にはワクチンの組成物を提供する。

本開示の実施形態によれば、ワクチンは、少なくとも１つのウイルスベクターに担持された１つ又は複数のＣｏＶ、又はβ－ＣｏＶ、又は好ましくは１つ又は複数のＳＡＲＳｒに由来する１つ又は複数のコンセンサス配列を含む。コンセンサス配列は、本明細書に記載の任意の実施形態又は実施形態の組み合わせに従うことができる。

一実施形態では、１つ又は複数のコンセンサス配列は、β－ＣｏＶ ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、タンパク質配列、又はそれらの組み合わせ、好ましくはＳＡＲＳｒ ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、タンパク質配列、又はそれらの組み合わせである。更に、一実施形態では、１つ又は複数のコンセンサス配列は、修飾されたＳタンパク質に対するものである。

本開示の実施形態によれば、１つ又は複数のコンセンサス配列は、少なくとも１つのＳＡＲＳｒ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列、又は好ましくは少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列を含む。一実施形態では、ＳＡＲＳｒ ＤＮＡ若しくはＲＮＡ配列、又はＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ若しくはＲＮＡ配列は、修飾されたＳタンパク質コード配列の少なくとも一部である。

修飾されたＳタンパク質は、本明細書で提供される任意の実施形態又は実施形態の組み合わせに従う。特定の実施形態では、Ｓタンパク質は、少なくとも１つの可変領域、好ましくはＳ１領域中の少なくとも１つの可変領域の部分欠失又は完全欠失又は置換である少なくとも１つの修飾を含む。特定の実施形態では、１つ又は複数のコンセンサス配列は、少なくとも１つのＳＡＲＳｒ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列、好ましくは少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列を含み、これは修飾されたＳタンパク質コード配列の少なくとも一部であり、少なくとも１つの修飾はＲＢＤの部分又は完全除去又は置換である。

一実施形態では、コンセンサス配列の発現はプロモーターによって駆動される。プロモーターは、コンセンサス配列、ワクチン接種動物、及びワクチンの特定の組成物に特異的であってもよい。一実施形態では、プロモーターは、ヒトサイトメガロウイルス最初期プロモーター／エンハンサー、ヒト成長遺伝子に由来するポリアデニル化部位、伸長因子１－アルファ、ホスホグリセレートキナーゼ、ユビキチンＣ、ベータアクチン遺伝子、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。実施形態では、プロモーターの活性は、限定されないが、抗生物質などの化学物質によって影響され得る。テトラサイクリンは、プロモーターの活性に影響を及ぼす抗生物質の非限定的な例である。

特定の実施形態では、ワクチンは、少なくともＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶからの感染を予防するように特に設計される。そのような実施形態では、１つ又は複数のコンセンサス配列は、少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列を含む。好ましくは、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列は、修飾されたＳタンパク質をコードするＤＮＡ又はＲＮＡ配列であり、修飾されたＳタンパク質は、少なくとも１つの修飾を含有するＳタンパク質であり、少なくとも１つの修飾は、Ｓ１領域における少なくとも１つの欠失又は置換である。更なる実施形態では、ＳＡＲＳ－２β－ＣｏＶのＤＮＡ配列又はＲＮＡ配列は、修飾されたＳタンパク質コード配列（一部又は全体）であるＲＮＡ配列であり、Ｓタンパク質は、ＲＢＤの全部又は一部の欠失又は置換である少なくとも１つの修飾を有する。

コンセンサス配列が、Ｓ１領域の可変領域の少なくとも一部が欠失又は置換されているＳタンパク質をコードするＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡ配列（一部又は全体）である実施形態では、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ配列はヒトコドン最適化されており、特異的ＲＮＡの発現は、ヒトサイトメガロウイルス最初期プロモーター／エンハンサー、続いてヒト成長遺伝子に由来するポリアデニル化部位によって駆動される。他の実施形態では、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡの発現は、他のプロモーター、例えば限定されないが、伸長因子１－アルファ、ホスホグリセレートキナーゼ、ユビキチンＣ、ベータアクチン遺伝子、及びそれらの組み合わせに由来するプロモーターによって駆動される。別の実施形態では、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＲＮＡの発現は、その活性が、限定されないが、抗生物質テトラサイクリンなどの化学物質によって影響され得るプロモーターによって駆動される。

更なる実施形態では、ワクチンは、１つ又は複数のウイルスベクター中に２つ以上のコンセンサス配列を含む。本開示の実施形態によれば、１つのコンセンサス配列は、ＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＳタンパク質配列であり、ワクチンは、ＳＡＲＳｒ ＤＮＡ、ＲＮＡ又はタンパク質配列である少なくとも１つの追加のコンセンサス配列を含む。

ワクチン接種する方法
一実施形態では、本開示は、ＣｏＶ、好ましくはβ－ＣｏＶの少なくとも１つの群からの感染に対して動物対象、好ましくは哺乳動物対象、より好ましくはヒト対象にワクチン接種する方法を提供する。

本開示の実施形態によれば、本方法は、ＣｏＶ、好ましくはβ－ＣｏＶ、より好ましくはＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶのＳタンパク質を修飾して、修飾されたＳタンパク質を生成することを含む。修飾されたＳタンパク質は、Ｓタンパク質のＳ１領域の完全欠失、部分欠失、完全置換又は部分置換である少なくとも１つの修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたＳタンパク質は、アミノ末端から部位６９４へのＳ１配列の少なくとも１つの欠失又は置換を含む。更なる実施形態では、修飾されたＳタンパク質は、可変領域の部分欠失、可変領域の完全欠失、可変領域の部分置換、又は可変領域の完全置換を有する。一実施形態では、可変領域は、Ｓタンパク質のアミノ残基３４２から５３３である。更なる実施形態では、可変領域は、ＲＢＤの一部又は全部に対応する。修飾が可変領域の完全置換又は部分置換である場合、可変領域はペプチドリンカーによって置換されてもよい。

修飾されたＳタンパク質は、例えば、単独で又はウイルスベクターと組み合わせて、ワクチン中で直接使用することができる。更なる実施形態では、修飾されたＳタンパク質をコードするＣｏＶ ＤＮＡ又はＲＮＡのコンセンサス配列を使用することができる。

本開示の実施形態によれば、本方法は、少なくとも１つのＣｏＶコンセンサス配列、又は少なくとも１つのβ－ＣｏＶコンセンサス配列、又は少なくとも１つのＳＡＲＳｒコンセンサス配列、又は少なくとも１つのＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶコンセンサス配列を含む少なくとも１つのウイルスベクターを含むワクチンを提供することを含み、コンセンサス配列は修飾されたＳタンパク質に対するものである。少なくとも１つのコンセンサス配列は、少なくとも１つのウイルスベクターに含まれ得る。ワクチンは、プラスミドを更に含み得る。ウイルスベクター（コンセンサス配列を含む）及びプラスミドをパッケージング細胞にトランスフェクトし、パッケージング細胞をカプシドにカプシド化する。

一実施形態では、少なくとも１つのＣｏＶコンセンサス配列は、本明細書に記載の任意の実施形態又は組み合わせ若しくは複数の実施形態に従う。特定の実施形態では、少なくとも１つのＣｏＶコンセンサス配列は、修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部をコードするβ－ＣｏＶ ＤＮＡ又はＲＮＡ配列である。

コンセンサス配列を動物対象、好ましくは哺乳動物対象、例えばヒトに注射することを更に含む方法。一実施形態では、単回用量は、少なくとも１つのＣｏＶ、好ましくは少なくとも１つのβ－ＣｏＶに対する保護を提供するのに十分であり、より具体的には、ワクチンに含まれるコンセンサス配列の少なくとも１つと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上、又は９０％以上、又は９５％以上、又は９６％以上、又は９７％以上、又は９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有する任意のＣｏＶに対する保護を提供する。

他の実施形態では、保護を提供するために２回以上の用量が必要とされ得る。特に、２回、又は３回、又は４回の用量は、少なくとも１つのＣｏＶに対する、より具体的にはワクチンに含まれるコンセンサス配列の少なくとも１つと６０％以上、又は６５％以上、又は７０％以上、又は７５％以上、又は８０％以上、又は８５％以上、又は９０％以上、又は９５％以上、又は９６％以上、又は９７％以上、又は９８％以上、又は９９％以上の配列同一性を有する任意のＣｏＶに対する保護を提供するのに十分である。

実施例１
５匹のマウス（ＢＡＬＢ／ｃマウス）の対照群にプラセボをワクチン接種する。５匹のマウスの実験群（ＢＡＬＢ／ｃマウス）に、ベクター懸濁バッファー（ＰＢＳ、ＭｇＣｌ_２ ５ｍＭ、ＥＤＴＡ ０．１ｍＭ、スクロース５％）に懸濁した３×１０^７ゲノム当量のＧｒｅＭＥＲＳｆｌワクチン（ＥＭＸ／２０１２ ＭＥＲＳ－ＣｏＶと少なくとも６０％の共通性を有するコンセンサス配列を有するウイルスベクターを含む）をワクチン接種する。コンセンサス配列は、ＭＥＲＳ－ＣｏＶの全長Ｓタンパク質である。対照群及び実験群は、１日目に１回目の筋肉内注射が行われ、続いて１７日目に同じそれぞれの調製物でブースター用量を接種された。１９日目に、両群にＬＤ５０のＭＥＲＳを鼻腔内感染させた。両群を２１日目に混合した。マウスを、ＥＭＸ／２０１２ ＭＥＲＳ－ＣｏＶによる試験細胞の感染を中和する抗体の存在について試験した。図３に示すように、対照マウスは抗体を示さなかったが、実験群は有意なウイルス中和を示した。

ウイルスベクター及び関連するワクチンの複数の実施形態が本明細書に詳細に記載されているが、それらの改変及び変形が可能であり、それらの全てが本発明の真の精神及び範囲内に入ることは明らかである。特に、本ウイルスベクター及びワクチンは、β－ＣｏＶ、より具体的にはＳＡＲＳ－２及びＳＡＲＳｒウイルスに関して詳細に記載されているが、ウイルスベクター及びワクチンは、他のクラスのコロナウイルス、例えばα－ＣｏＶ、γ－ＣｏＶ、及びδ－ＣｏＶに適用するために当該技術分野に従って修飾することができることが理解されよう。更に、多数の修正及び変更が当業者には容易に思い浮かぶので、図示及び説明された正確な構成及び動作に本発明を限定することは望ましくなく、したがって、全ての適切な修正及び等価物が本開示の範囲内にあり、それに頼ることができる。

Claims (41)

1. ＣｏＶ感染を予防するためのワクチンであって、
   ＣｏＶの修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部をコードするＣｏＶ ＤＮＡ配列、ＣｏＶの修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部をコードするＣｏＶ ＲＮＡ配列、及びＣｏＶの修飾されたＳタンパク質の少なくとも一部のタンパク質配列からなる群から選択される少なくとも１つの配列を含み、修飾されたＳタンパク質が少なくとも１つの修飾を含む、ワクチン。
2. Ｓタンパク質が、Ｓ１領域を有し、少なくとも１つの修飾が、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全置換、及びＳ１領域の部分置換からなる群から選択される、請求項１に記載のワクチン。
3. Ｓ１領域が、少なくとも１つの可変領域を有し、少なくとも１つの修飾が、少なくとも１つの可変領域の完全欠失、少なくとも１つの可変領域の部分欠失、少なくとも１つの可変領域の完全置換、及び少なくとも１つの可変領域の部分置換からなる群から選択される、請求項２に記載のワクチン。
4. ＣｏＶがＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶであり、少なくとも１つの可変領域がアミノ酸残基３４２と５３３との間にある、請求項３に記載のワクチン。
5. 少なくとも１つの可変領域が受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項４に記載のワクチン。
6. 少なくとも１つの修飾が、可変領域の部分置換又は可変領域の完全置換であり、可変領域がペプチドリンカーによって置換されている、請求項１から５のいずれか一項に記載のワクチン。
7. ＣｏＶがα－ＣｏＶである、請求項１から３のいずれか一項に記載のワクチン。
8. ＣｏＶがβ－ＣｏＶである、請求項１から６のいずれか一項に記載のワクチン。
9. 配列がＣｏＶ ＤＮＡ配列である、請求項１から８のいずれか一項に記載のワクチン。
10. ＣｏＶ ＤＮＡ配列がβ－ＣｏＶ ＤＮＡ配列である、請求項９に記載のワクチン。
11. 配列がＣｏＶ ＲＮＡ配列である、請求項１から８のいずれか一項に記載のワクチン。
12. ＣｏＶ ＲＮＡ配列がβ－ＣｏＶ ＲＮＡ配列である、請求項１１に記載のワクチン。
13. ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１１から１２のいずれか一項に記載のワクチン。
14. 配列がＣｏＶタンパク質配列である、請求項１から８のいずれか一項に記載のワクチン。
15. 配列がβ－ＣｏＶタンパク質配列である、請求項１４に記載のワクチン。
16. 配列がＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ配列である、請求項１から６及び８から１５のいずれか一項に記載のワクチン。
17. Ｓ１領域と、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分置換、及びＳ１領域の完全置換からなる群から選択されるＳ１領域中の少なくとも１つの修飾とを含む、修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質。
18. Ｓ１領域が、少なくとも１つの可変領域を有し、少なくとも１つの修飾が、少なくとも１つの可変領域の完全欠失、少なくとも１つの可変領域の部分欠失、少なくとも１つの可変領域の完全置換、及び少なくとも１つの可変領域の部分置換からなる群から選択される、請求項１７に記載の修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質。
19. ＣｏＶがＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶであり、少なくとも１つの可変領域がアミノ酸残基３４２と５３３との間にある、請求項１８に記載の修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質。
20. 少なくとも１つの可変領域が受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項１９に記載の修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質。
21. 少なくとも１つの修飾が、可変領域の部分置換又は可変領域の完全置換であり、可変領域がペプチドリンカーによって置換されている、請求項１８から２０のいずれか一項に記載の修飾されたＣｏＶ Ｓタンパク質。
22. 少なくとも１つのＣｏＶによる感染から保護するためのワクチンを作製する方法であって、
    Ｓ１領域及びＳ１領域中の少なくとも１つの修飾を含む修飾されたＳタンパク質を生成することを含み、少なくとも１つの修飾が、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分置換、及びＳ１領域の完全置換からなる群から選択される、方法。
23. ＣｏＶの少なくとも１つの群からの感染に対して哺乳動物対象にワクチン接種する方法であって、
    ＣｏＶ Ｓタンパク質の類似性に基づいてＣｏＶの広範な群を相同群に分離する工程と、
    各相同群のための修飾Ｓタンパク質を生成することであって、修飾されたＳタンパク質が、Ｓ１領域と、Ｓ１領域の部分欠失、Ｓ１領域の完全欠失、Ｓ１領域の部分置換、及びＳ１領域の完全置換からなる群から選択される少なくとも１つの修飾とを含む、生成する工程と、
    相同群の他の全てのメンバーと６０％を超える配列同一性を有する各相同群についての少なくとも１つのコンセンサス配列を同定することであって、少なくとも１つのコンセンサス配列が、修飾されたＳタンパク質のタンパク質配列、修飾されたＳタンパク質をコードするＤＮＡ配列、及び修飾されたＳタンパク質をコードするＲＮＡ配列からなる群から選択される、同定する工程と、
    を含む、方法。
24. 少なくとも１つのコンセンサス配列を含むウイルスベクターを調製することを更に含む、請求項２３に記載の方法。
25. ＣｏＶの広範な群を相同群に分離する工程が、哺乳動物から少なくとも１つのＣｏＶを採取することを含む、請求項２３から２４のいずれか一項に記載の方法。
26. 哺乳動物がヒトである、請求項２５に記載の方法。
27. Ｓ１領域が、少なくとも１つの可変領域を有し、少なくとも１つの修飾が、少なくとも１つの可変領域の完全欠失、少なくとも１つの可変領域の部分欠失、少なくとも１つの可変領域の完全置換、及び少なくとも１つの可変領域の部分置換からなる群から選択される、請求項２３から２６のいずれか一項に記載の方法。
28. ＣｏＶがＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶであり、少なくとも１つの可変領域がアミノ酸残基３４２と５３３との間にある、請求項２７に記載の方法。
29. 少なくとも１つの可変領域が受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項２８に記載の方法。
30. 少なくとも１つの修飾が、可変領域の部分置換又は可変領域の完全置換であり、可変領域がペプチドリンカーによって置換されている、請求項２７から２９のいずれか一項に記載の方法。
31. ＣｏＶがα－ＣｏＶである、請求項２３から２７のいずれか一項に記載の方法。
32. ＣｏＶがβ－ＣｏＶである、請求項２３から３０のいずれか一項に記載の方法。
33. コンセンサス配列がＣｏＶ ＤＮＡ配列である、請求項２３から３２のいずれか一項に記載の方法。
34. ＣｏＶ ＤＮＡ配列がβ－ＣｏＶ ＤＮＡ配列である、請求項３３に記載の方法。
35. コンセンサス配列がＣｏＶ ＲＮＡ配列である、請求項２３から３２のいずれか一項に記載の方法。
36. ＣｏＶ ＲＮＡ配列がβ－ＣｏＶ ＲＮＡ配列である、請求項３５に記載の方法。
37. ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項３５又は３６に記載の方法。
38. コンセンサス配列がＣｏＶタンパク質配列である、請求項２３から３２のいずれか一項に記載の方法。
39. 配列がβ－ＣｏＶタンパク質配列である、請求項３８に記載の方法。
40. 配列がＳＡＲＳ－２ β－ＣｏＶ配列である、請求項２３から３０及び３２から３９のいずれか一項に記載の方法。
41. ワクチンを哺乳動物対象に注射することを更に含む、請求項２３から４０のいずれか一項に記載の方法。
    

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