JP2023524882A - 再発性／転移性頭頸部扁平上皮細胞癌腫における全生存を予測するためのバイオマーカー - Google Patents

Abstract

本開示は、広義には、血液に基づく腫瘍遺伝子変異量、ＰＤ－Ｌ１発現、免疫調節剤の発現レベル、血管新生促進マーカー、及び炎症促進マーカーの使用、並びに／又は循環腫瘍ＤＮＡ中の変異の同定に基づいて、頭頸部扁平上皮細胞癌腫患者を処置するための方法に関する。

Description

本開示は、広義には、血液に基づく腫瘍遺伝子変異量、ＰＤ－Ｌ１発現、血液に基づくマーカー、免疫調節剤の発現レベル、血管新生促進マーカー、及び炎症促進マーカーの使用、並びに／又は循環腫瘍ＤＮＡ中の変異の同定に基づいて、頭頸部扁平上皮細胞癌腫患者を処置するための方法に関する。

再発性／転移性頭頸部扁平上皮細胞癌腫（Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣ）は、処置の困難ながんである。第一選択設定における標準治療（ＳｏＣ）は、セツキシマブを用いる白金二重化学療法であり、これは、一般的に生存利益が限定される。

免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ－１遮断療法を用いたＲ／Ｍ ＨＮＳＣＣの処置における臨床的有効性を実証しており、第一選択設定及び第二選択設定において認可されている。デュルバルマブは、プログラム細胞死リガンド１、すなわちＰＤ－Ｌ１とその受容体との間の相互作用を遮断する免疫チェックポイント阻害剤である。デュルバルマブの細胞毒性活性は様々な固形腫瘍で見出されており、複数の認可をもたらした。トレメリムマブは、細胞毒性Ｔ－リンパ球関連抗原４、すなわち抗ＣＴＬＡ－４モノクローナル抗体である。ＣＴＬＡ－４及びＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１経路は概して非冗長であるため、これらを一体に組み合わせることは相加効果を有する場合があり、異なる固形腫瘍型におけるこれらの臨床活性を評価するための研究が進行中である（非特許文献１を参照されたい）。

複数の抗ＰＤ－Ｌ１免疫チェックポイント阻害剤が成功しているにもかかわらず、少数の患者では臨床応答が限定され、全生存の改善が中程度であり、利益を受ける可能性が最も高い患者を選択するための効率的なバイオマーカーが必要とされていることは注目に値する。Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣの単一処置群又はリアルワールドエビデンス研究は、腫瘍組織中で測定される腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）（ｔＴＭＢ）は、免疫チェックポイント阻害剤処置による臨床転帰とより良好に関連する場合があることを示している。しかしながら、これらの研究は、ＴＭＢが予測的であるか又は予後的であるかを決定して、ＴＭＢの明確な予測性カットポイントを定義することに失敗している。

Ｂｕｒｔｎｅｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ，Ｖｏｌ．３９４，Ｉｓｓｕｅ １０２１２，Ｐ１９１５－１９２８，２０１９

本開示は、頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、患者の腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）を決定することを含み、高いＴＭＢの場合に処置の成功が予測される、方法を提供する。

本開示は、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、患者のＴＭＢを決定すること、ＴＭＢが高いか又は低いかを決定すること、及びＴＭＢが高い場合には処置をするか若しくは処置を継続し、又はＴＭＢが低い場合には処置をしないか若しくは処置を中止することを含む、方法を更に提供する。

本開示は、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、患者が、リジンメチルトランスフェラーゼ２Ｄ（ＫＭＴ２Ｄ）遺伝子又は毛細血管拡張性失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子のうち少なくとも１つにおいて体細胞変異を有するかどうかを決定すること、及び患者が、リジンメチルトランスフェラーゼ２Ｄ（ＫＭＴ２Ｄ）遺伝子又は毛細血管拡張性失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子のうち少なくとも１つにおいて体細胞変異を有する場合は、処置をするか又は処置を継続することを含む方法を更に提供する。

本開示は、頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、方法が、患者の腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現を決定することを含み、腫瘍細胞の≧５０％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は腫瘍関連免疫細胞の≧２５％がＰＤ－Ｌ１を発現する場合に処置の成功が予測される、方法を更に提供する。

本開示は、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、患者の腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現を決定すること、及び腫瘍細胞の≧５０％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は腫瘍関連免疫細胞の≧２５％がＰＤ－Ｌ１を発現する場合には、処置をするか又は処置を継続すること、を含む方法を更に提供する。

本開示は、頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、方法が、タンパク質バイオマーカーのうち１つ又は複数のレベルを決定することを含み、タンパク質バイオマーカーが、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、又はプラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１）であり、ＩＬ－２３若しくはオステオカルシンのレベルが基準レベルと比較して増加し、且つ／又はＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、若しくはＰＡＩ－１のレベルが基準レベルと比較して低下し、且つ／又は腫瘍量が基準レベルと比較して低い場合に処置の成功が予測される、方法を更に提供する。

本開示は、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、タンパク質バイオマーカーのうち１つ又は複数のレベルを決定することであって、タンパク質バイオマーカーが、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、又はプラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１）である、決定すること、並びにＩＬ－２３若しくはオステオカルシンのレベルが基準レベルと比較して増加し、且つ／又はＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、若しくはＰＡＩ－１のレベルが基準レベルと比較して低下し、且つ／又は腫瘍量が基準レベルと比較して低い場合には処置をするか又は処置を継続することを含む方法を更に提供する。

ＥＡＧＬＥ研究におけるバイオマーカー評価可能集団と比較した、ｂＴＭＢ評価可能集団サンプル採集期間に登録された全患者の全生存を示す。 ＥＡＧＬＥ研究における、喫煙状態（図２Ａ）、ＰＤ－Ｌ１発現（図２Ｂ）、及びＨＰＶ状態（図２Ｃ）に基づく体細胞単一ヌクレオチド変異体（ＳＮＶ）又はインデルを示す。 ＥＡＧＬＥ研究において、処置の３つの処置群（デュルバルマブ＋トレメリムマブ対化学療法）全てにわたる血中ＴＭＢ（ｂＴＭＢ）分布が、同様であり、且つＰＤ－Ｌ１及びＨＰＶ状態に依存しなかったことを示す。 ＥＡＧＬＥ研究において、高い血中ＴＭＢを有する患者の化学療法と比較して、デュルバルマブの場合に１メガベースあたり１６以上の変異でのＴＭＢカットポイントが全生存の最適な改善を提供したことを示すフォレストプロットを示す。 ＥＡＧＬＥ研究において、高い血中ＴＭＢを有する患者の化学療法と比較して、デュルバルマブ＋トレメリムマブの場合に１メガベースあたり１６以上の変異でのＴＭＢカットポイントが全生存の最適な改善を提供したことを示すフォレストプロットを示す。 ＥＡＧＬＥ研究において、高い血中ＴＭＢを有する患者の化学療法と比較して、デュルバルマブの場合に１メガベースあたり１６以上の変異でのＴＭＢカットポイントが無進行生存の最適な改善を提供したことを示すフォレストプロットを示す。 ＥＡＧＬＥ研究において、高い血中ＴＭＢを有する患者の化学療法と比較して、デュルバルマブ＋トレメリムマブの場合に１メガベースあたり１６以上の変異でのＴＭＢカットポイントが無進行生存の最適な改善を提供したことを示すフォレストプロットを示す。 ＥＡＧＬＥにおいて、デュルバルマブ及びデュルバルマブ＋トレメリムマブで処置した場合に、血中ＴＭＢレベルの上昇（１メガベースあたり１６未満の変異と比較して１６以上のレベルで）によって全生存が改善されたことを示す。 ＥＡＧＬＥにおいて、デュルバルマブ及びデュルバルマブ＋トレメリムマブで処置した場合に、血中ＴＭＢレベルの上昇（１メガベースあたり１６未満の変異と比較して１６以上のレベルで）によって無進行生存が改善されたことを示す。 ハザード比がそれぞれ０．３９（９５％信頼区間：０．１７，０．８５）及び０．１９（９５％信頼区間：０．０３，１．０３）であった、ＫＭＴ２Ｄ及びＡＴＭの変異で化学療法処置された患者と比較して、デュルバルマブ＋トレメリムマブの場合では全生存が改善したことを示す。 組み合わせられたＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲデュルバルマブ単剤療法データに対する、オーバーレイされたＰＤ－Ｌ１腫瘍細胞（ＴＣ）亜群の全生存のカプラン・マイヤープロットを示す。データは、ＴＣ亜群（ＴＣ＝０、ＴＣ≧１、ＴＣ≧１０、ＴＣ≧２５、ＴＣ≧５０％）の全生存のオーバーレイを示す。 組み合わせられたＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲデュルバルマブ単剤療法データに対する、ＰＤ－Ｌ１腫瘍細胞亜群間の全生存のカプラン・マイヤープロットを示す。データは、ＰＤ－Ｌ１ ＴＣ亜群（ＴＣ≧１、＜１；ＴＣ≧１０、＜１０；ＴＣ≧２５、＜２５；ＴＣ≧５０、＜５０％）の全生存を示す。 組み合わせられたＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲデュルバルマブ単剤療法データに対する、オーバーレイされたＰＤ－Ｌ１免疫細胞（ＩＣ）亜群の全生存のカプラン・マイヤープロットを示す。データは、免疫細胞スコアがＩＣ＝０、ＩＣ＞＝１％、ＩＣ＞＝１０、ＩＣ＞＝２５、ＩＣ＞＝５０の患者の全生存を示す。 組み合わせられたＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲデュルバルマブ単剤療法データに対する、ＰＤ－Ｌ１腫瘍免疫細胞亜群間の全生存のカプラン・マイヤープロットを示す。データは、ＰＤ－Ｌ１ ＩＣ亜群（ＩＣ≧１、＜１；ＩＣ≧１０、＜１０；ＩＣ≧２５、ＩＣ＜２５；ＩＣ≧５０、ＩＣ＜５０％）の全生存を示す。 組み合わせられたＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲデュルバルマブ単剤療法データに対する、ＰＤ－Ｌ１ ＴＣ５０／ＩＣ亜群の全生存のカプラン・マイヤープロットを示す。 組み合わせられたデュルバルマブ単剤療法データに対する、ＰＤ－Ｌ１腫瘍免疫細胞亜群間の全生存のカプラン・マイヤープロットを示す。 ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ組み合わせ単剤療法デュルバルマブデータのブートストラップされた全ハザード比（ＨＲ）のデータを示す（ｎ＝１９０患者）。データは、全生存（ＯＳ）ＨＲ［バイオマーカー＋対バイオマーカー－］未調整Ｃｏｘ ＰＨを示し（同値取り扱い法（Ｔｉｅｓ ｈａｎｄｌｉｎｇ ｍｅｔｈｏｄ）＝Ｅｆｆｒｏｎを用いる）、１に最も近いＨＲを有するＴＣ≧５０又はＩＣ≧２５％の最適カットポイントをハイライトする。 ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ研究からの組織ＴＭＢデータの有効性を示す。 ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ研究における組織ＴＭＢと喫煙及びＨＰＶ状態との関連性を示す。 ＣＯＮＤＯＲ研究における、低ＰＤ－Ｌ１患者における組織ＴＭＢと全生存との関連性を示す。 ＯＳ ＨＲを用いた最適ＴＭＢカットポイントの決定を示す。Ｈａｗｋ及びＣｏｎｄｏｒはデュルバルマブ及びトレメリムマブ処置群を備える。Ｎ＝１２６。 ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ研究における全ての評価可能な患者における低ＰＤ－Ｌ１及び低組織ＴＭＢと全生存との関連性を示す。 ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ研究における好中球対リンパ球比及び組織ＴＭＢと全生存との関連性を示す。 観察及びモデルシミュレートされた長手方向腫瘍サイズ（図２４Ａ）、研究脱落（図２４Ｂ）、及び全生存（図２４Ｃ）の比較を示す。 全生存パラメータに対するベースラインバイオマーカーの影響を示す。 四分位で分類した、生存に対する血清サイトカインの観察（実線）及びモデル予測（点線）された効果を示す。 好ましい（１）／好ましくない（０）バイオマーカープロファイルに基づく全参加者の亜群を示す（ｎ＝３４６）。好ましいバイオマーカープロファイルを有する患者の中央ＯＳ（ｎ、９５％信頼区間［ＣＩ］）は、４．４ヶ月（２１７，３．６－５．３）と比較して１４．６ヶ月（１２９，１１．２－２１．４）であった。

本開示は、広義には、血液に基づく腫瘍遺伝子変異量、ＰＤ－Ｌ１発現、免疫調節剤の発現レベル、血管新生促進マーカー、及び炎症促進マーカーの使用、並びに／又は循環腫瘍ＤＮＡ中の変異の同定に基づいて、頭頸部扁平上皮細胞癌腫患者を処置するための方法に関する。

本開示に従って用いられる場合、別途指示されない限り、全ての技術用語及び科学用語は、当業者に一般に理解されているのと同じ意味を有すると理解されるものとする。別途文脈により求められない限り、単数形の用語は複数を含むものとし、複数形の用語は単数を含むものとする。

いくつかの実施形態では、頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、患者の腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）を決定することを含み、高いＴＭＢの場合に処置の成功が予測される、方法が本明細書で提供される。

いくつかの実施形態では、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
（ａ）患者のＴＭＢを決定すること、
（ｂ）ＴＭＢが高いか又は低いかを決定すること、及び
（ｃ）ＴＭＢが高い場合には処置をするか若しくは処置を継続し、又はＴＭＢが低い場合には処置をしないか若しくは処置を中止することを含む、方法が本明細書で提供される。

「腫瘍遺伝子変異量」（ＴＭＢ）とは、腫瘍中に見られる変異の量を指す。ＴＭＢは、様々な腫瘍型によって異なる。一部の腫瘍型は他の腫瘍型より変異率が高い。ＴＭＢは、当分野で公知の種々のツールによって測定することができる。特定の実施形態では、これらのツールは腫瘍の全エクソーム配列決定である。いくつかの実施形態では、この配列決定は、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ及びＧｕａｒｄａｎｔ Ｈｅａｌｔｈの測定ツールなどのツールを使用して測定することができる。ＴＭＢは、血液及び組織の測定の両方を介して決定可能である。腫瘍が有する腫瘍遺伝子変異量が高レベルであるか又は低レベルであるかの決定は、類似の腫瘍を有する基準集団と比較し、発現の中央値又は平均レベルを決定することによって行うことができる。いくつかの実施形態では、高いＴＭＢは、≧１２～≧２０変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される。いくつかの実施形態では、高いＴＭＢは、≧１６変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される。いくつかの実施形態では、高いＴＭＢは、≧２０変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される。

いくつかの実施形態では、患者は、基準レベルと比較してより低い好中球対リンパ球比を有する。患者がより低い好中球対リンパ球比を有しているかどうかの決定は、より小さいがん又は腫瘍を有する基準集団と比較し、好中球対リンパ球比の中央値又は平均値を決定することによって決定することができる。いくつかの実施形態では、高いＴＭＢ及びより低い好中球対リンパ球比は、デュルバルマブ及び／又はトレメリムマブ処置を受けている患者においてＯＳの改善を予測するマーカーとして用いられる。

いくつかの実施形態では、患者は、腫瘍細胞（ＴＣ）及び／又は免疫細胞（ＩＣ）上でのプログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）の発現が低い。いくつかの実施形態では、低い発現は、患者の腫瘍関連免疫細胞の≦２５％がＰＤ－Ｌ１を発現し、患者の腫瘍細胞の≦５０％がＰＤ－Ｌ１を発現することとして分類される。いくつかの実施形態では、高いＴＭＢ及び低いＰＤ－Ｌ１発現は、デュルバルマブ及び／又はトレメリムマブ処置を受けている患者においてＯＳの改善を予測するマーカーとして用いられる。

いくつかの実施形態では、頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、方法が、患者の腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現を決定することを含み、腫瘍細胞の≧５０％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は腫瘍関連免疫細胞の≧２５％がＰＤ－Ｌ１を発現する場合に処置の成功が予測される、方法が本明細書で提供される。

いくつかの実施形態では、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
（ａ）患者の腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現を決定すること、及び
（ｂ）腫瘍細胞の≧５０％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は腫瘍関連免疫細胞の≧２５％がＰＤ－Ｌ１を発現する場合には、処置をするか又は処置を継続すること、を含む、方法が本明細書で提供される。

いくつかの実施形態では、処置の成功は、標準治療と比較した際のＯＳの増加により決定される。いくつかの実施形態では、処置の成功は、標準治療と比較した際の無進行生存の増加により決定される。「標準治療」（ＳｏＣ）及び「白金を用いる化学療法」とは、メトトレキサート、ドセタキセル、パクリタキセル、５－ＦＵ、ＴＳ－１、又はカペシタビンのうち少なくとも１つを含む化学療法処置を指す。

本明細書で使用する場合、全生存（ＯＳ）とは、処置日から始まり、任意の原因による死亡までの期間に関する。ＯＳは、例えば、１２か月、１８か月、２４か月などの期間内の全生存を指す場合がある。

本明細書で使用する場合、無進行生存（ＰＦＳ）とは、患者が頭頸部がんを有して生存しながらも癌が悪化していない、処置中及び処置後の時間の長さに関する。ＰＦＳは、例えば、１２か月、１８か月、２４か月などの期間内の生存を指す場合がある。

いくつかの実施形態では、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、患者が、リジンメチルトランスフェラーゼ２Ｄ（ＫＭＴ２Ｄ）遺伝子又は毛細血管拡張性失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子のうち少なくとも１つにおいて体細胞変異を有するかどうかを決定すること、及び患者が、リジンメチルトランスフェラーゼ２Ｄ（ＫＭＴ２Ｄ）遺伝子又は毛細血管拡張性失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子のうち少なくとも１つにおいて体細胞変異を有する場合は、処置をするか又は処置を継続することを含む、方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＫＭＴ２Ｄ及びＡＴＭの変異は、デュルバルマブ及び／又はトレメリムマブ処置を受けている患者においてＯＳの改善を予測するバイオマーカーとして用いられる。

用語「ＫＭＴ２Ｄ」は、「完全長の」未処理のＫＭＴ２Ｄ、のみならず細胞中のプロセシングから得られる任意の形態のＫＭＴ２Ｄを包含する。この用語はまた、ＫＭＴ２Ｄの天然の変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体も包含する。

用語「ＡＴＭ」は、「完全長の」未処理のＡＴＭ、のみならず細胞中のプロセシングから得られる任意の形態のＡＴＭを包含する。この用語はまた、ＡＴＭの天然の変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体も包含する。

いくつかの実施形態では、がんの処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、方法が、タンパク質バイオマーカーのうち１つ又は複数のレベルを決定することを含み、タンパク質バイオマーカーが、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、又はプラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１）であり、ＩＬ－２３若しくはオステオカルシンのレベルが基準レベルと比較して増加し、且つ／又はＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、若しくはＰＡＩ－１のレベルが基準レベルと比較して低下し、且つ／又は腫瘍量が基準レベルと比較して低い場合に処置の成功が予測される、方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、及びＰＡＩ－１は、デュルバルマブ処置を受ける患者におけるＯＳの改善を予測するバイオマーカーとして用いられる。

いくつかの実施形態では、頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
（ａ）タンパク質バイオマーカーのうち１つ又は複数のレベルを決定することであって、タンパク質バイオマーカーが、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、又はプラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１）である、決定すること、及び
（ｂ）ＩＬ－２３若しくはオステオカルシンのレベルが基準レベルと比較して増加し、且つ／又はＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、若しくはＰＡＩ－１のレベルが基準レベルと比較して低下し、且つ／又は腫瘍量が基準レベルと比較して低い場合には処置をするか又は処置を継続することを含む、方法が本明細書で提供される。バイオマーカーのレベルが基準レベルと比較して増加したか又は低下したかの決定は、類似のがん及び腫瘍を有する基準集団と比較し、発現の中央又は平均レベルを決定することによって決定することができる。特定の実施形態では、ＰＡＩ－１のレベルは＜２２９ｐｇ／ｍＬであり、ＩＬ－６のレベルは＜５．４ｐｇ／ｍＬであり、ＩＬ－２３のレベルは＞２．１ｐｇ／ｍＬであり、オステオカルシンのレベルは＞３２ｐｇ／ｍＬである。

いくつかの実施形態では、本方法はデュルバルマブでの処置を含む。本明細書で使用する場合、用語「デュルバルマブ」は、その全体が参照により本明細書に援用される米国特許第９，４９３，５６５号明細書（ここでデュルバルマブは「２．１４Ｈ９ＯＰＴ」と称される）に開示されるとおり、ＰＤ－Ｌ１に選択的に結合し、ＰＤ－Ｌ１がＰＤ－１受容体及びＣＤ８０受容体に結合するのを遮断する抗体を指す。デュルバルマブのフラグメント結晶性（Ｆｃ）ドメインは、ＩｇＧ１重鎖の定常ドメイン内に、抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）の媒介を担う補体成分Ｃ１ｑ及びＦｃγ受容体への結合を減少させる三重変異を含有する。デュルバルマブは、インビトロでヒトＴ細胞活性化のＰＤ－Ｌ１媒介による抑制を軽減することができ、異種移植モデルにおいて、腫瘍増殖をＴ細胞依存性の機序によって阻害する。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている方法は、トレメリムマブでの処置を含む。本明細書で使用する場合、用語「トレメリムマブ」は、その全体が参照により本明細書に援用される米国特許第８，４９１，８９５号明細書に開示されているとおり（ここでトレメリムマブは「クローン１１．２．１」と称される）、ＣＴＬＡ－４ポリペプチドに選択的に結合する抗体を指す。トレメリムマブは、ヒトＣＴＬＡ－４に対して特異的であり、関連するヒトタンパク質に対して交差反応性はない。トレメリムマブは、ＣＴＬＡ－４の阻害効果を遮断し、したがってＴ細胞活性化を増強する。トレメリムマブは、Ｆｃ受容体に対して最小の特異的結合を示し、ナチュラルキラー（ＮＫ）ＡＤＣＣ活性を誘導せず、プレートに結合して凝集した後は阻害シグナルを送達しない。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている方法は、デュルバルマブ及びトレメリムマブでの処置を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている方法は、デュルバルマブでの処置を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されている方法は、トレメリムマブでの処置を含む。

用語「患者」は、ヒト及び非ヒト動物、特に哺乳動物を含むものとする。

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、対象の腫瘍障害及び／又はがん障害を処置することに関する。いくつかの実施形態では、がんは頭頸部がんである。いくつかの実施形態では、頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である。いくつかの実施形態では、がんは再発性及び／又は転移性である。

本明細書で使用される場合、用語「処置」又は「処置する」は、治療的処置及び予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）又は予防的（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）措置の両方を指す。処置が必要な者としては、がんを有する対象、及びがんを有する傾向がある対象又はがんを予防すべき対象が挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、がんを処置するために使用することができる。他の実施形態では、処置が必要な者としては、腫瘍を有する対象、及び腫瘍を有する傾向がある対象又は腫瘍を予防すべき対象が挙げられる。特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、腫瘍を処置するために使用することができる。他の実施形態では、腫瘍の処置には、腫瘍増殖の阻害、腫瘍縮小の促進、又は腫瘍増殖の阻害及び腫瘍縮小の促進の両方が含まれる。

本明細書で使用される場合、用語「投与」又は「投与すること」は、所望の効果を達成するのに適切なあらゆる経路により、化合物を提供すること、接触させること、及び／又は送達することを指す。投与としては、経口、舌下、非経口（例えば、静脈内、皮下、皮内、筋肉内、関節内、動脈内、滑液嚢内、胸骨内、くも膜下腔内、病巣内、又は頭蓋内注射）、経皮、局所、頬側、経直腸、経腟、経鼻、経眼、吸入を介する、又はインプラントの使用が挙げられ得るが、これらに限定されない。

本明細書で使用される場合、用語「医薬組成物」又は「治療用組成物」は、対象に適切に投与された場合に所望の治療効果を誘導する能力がある化合物又は組成物を指す。いくつかの実施形態では、本開示は、薬学的に許容される担体と治療有効量の本開示の少なくとも１つの抗体とを含む医薬組成物を提供する。

本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される担体」又は「生理学的に許容される担体」は、本開示の１種又は複数種の抗体の送達を達成するのに又は増強するのに適した１種又は複数種の製剤材料を指す。

本開示を限定するものではないが、本開示のいくつかの実施形態を説明を目的として以下に記載する。

下記の実施例は、本開示の具体的な実施形態及びその様々な用途を例示するものである。これらは、説明の目的でのみ記載されており、決して本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきでない。

実施例１：再発性／転移性頭頸部扁平上皮細胞癌腫の処置のためのデュルバルマブ＋トレメリムマブ又は化学療法処置
ＥＡＧＬＥ（ＮＣＴ０２３６９８７４）は、再発性／転移性頭頸部扁平上皮細胞癌腫を患う患者において化学療法と比較したデュルバルマブ（Ｄ）、又はデュルバルマブ＋トレメリムマブ（Ｄ＋Ｔ）の有効性を評価した無作為化、非盲検、第三相試験研究であった。白金を用いるＣＴ後に疾患の進行があった患者を、１：１：１でデュルバルマブ（２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇ）、デュルバルマブ＋トレメリムマブ（４週間毎にデュルバルマブ２０ｍｇ／ｋｇ＋４週間毎にトレメリムマブ１ｍｇ／ｋｇを４用量、続いて２週間毎にデュルバルマブ１０ｍｇ／ｋｇ）、又は化学療法（セツキシマブ、タキサン、メトトレキサート、又はフルオロピリミジン）に無作為化した。化学療法と比較したデュルバルマブによる全生存、及び化学療法と比較したデュルバルマブ＋トレメリムマブの全生存の主要エンドポイントは、ＥＡＧＬＥ試験に合致しなかった。化学療法と比較して、デュルバルマブ、又はデュルバルマブ＋トレメリムマブの全生存に統計的有意差は存在しなかった。しかしながら、ランドマーク時点（１２、１８、及び２４ヶ月）での全生存は化学療法よりもデュルバルマブで高く、デュルバルマブの臨床的活性を実証した。

血漿ｃｔＤＮＡを用いた変異プロファイリング及びｂＴＭＢの計算
５００個の遺伝子を含むＧｕａｒｄａｎｔＯＭＮＩ次世代配列決定プラットフォーム（Ｇｕａｒｄａｎｔ Ｈｅａｌｔｈ，Ｒｅｄｗｏｏｄ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）（２．１４５Ｍｂ）を用いて、血漿サンプルをプロファイリングし、単一ヌクレオチド変異体、小インデル、及びコピー数増幅を含む体細胞変異を同定した。ＯＭＮＩ ＴＭＢアルゴリズムは、１．０Ｍｂのゲノムコード配列全体にわたり全ての変異アレル頻度で体細胞の同義及び非同義単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）並びに短い挿入／欠失（インデル）を組み込み、低い無細胞循環腫瘍ＤＮＡ含有量の血漿サンプル上でＴＭＢを計算するために最適化される。クローン性造血、生殖系列、及び発がん性ドライバー又は薬物耐性機構に関連する変異は、ＴＭＢの計算から除外した。腫瘍放出（ｔｕｍｏｒ ｓｈｅｄｄｉｎｇ）が少ない（例えば最大体細胞アレル頻度＜０．３％）又は固有の分子カバレッジが少ないサンプルは、ｂＴＭＢ評価不能とみなした。

ｂＴＭＢカットオフの決定
高ｂＴＭＢのコホート中で５～２０ｍｕｔ／Ｍｂの一連のｂＴＭＢカットオフ値を検査して、ＳｏＣと比較したデュルバルマブのＯＳの最適ハザード比を決定した。二重交差検証分析（Ｔｗｏ－ｆｏｌｄ ｃｒｏｓｓ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｅｓ）を実施し、Ｃｏｘ比例ハザード（ＰＨ）モデルに基づく最小ｐ値アプローチを用いて、上記の値から最適なカットポイントを選択した。訓練設定中のＣｏｘ ＰＨモデルにおいて最も頻繁に選択されたカットポイントを、潜在的に最適なカットオフとみなした。訓練設定中の潜在的に最適なカットオフを、続いて検証設定中のＨＲ分布に基づいて検証した。

統計分析
カプラン・マイヤー法を用いて、無進行生存及び全生存の単変量生存の推定値を計算した。Ｃｏｘ ＰＨモデルに基づく最小ｐ値アプローチ、２重の交差検証分析を実施した。訓練設定のＣｏｘ ＰＨモデルにおいて最も頻繁に選択された最小ｐ値カットオフが、潜在的に最適なカットオフとみなされる。これらの潜在的に最適なカットオフが、検証設定のＨＲ分布に基づいて検証される。最適なカットオフは、完全なデータセットを用いたカットオフによって有効性の差別化を更に調査することに基づいて決定される。Ｃｏｘ比例ハザードモデルを用いて、遺伝子の変異状態とＰＦＳ及びＯＳとの関連性を定義した。Ｐ値はログランク検定を用いて評価した。連続変数を比較する場合は、ウィルコクソン順位和検定及びクラスカル・ワリス検定を用いた。全てのｐ値は両側値である。１０，０００重交差検証を実施して、評価された全てのカットオフにおけるＰＦＳ及びＯＳ性能を検証した。分析は、ＳＡＳ及びＲ（バージョン３．４．３、Ｒ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ、Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を用いて実施した。

結果
ＥＡＧＬＥ試験のレトロスペクティブ分析は、７３６人の処置意図患者（ｉｎｔｅｎｔ－ｔｏ－ｔｒｅａｔ ｐａｔｉｅｎｔｓ）を含み、２４７人がｂＴＭＢ（ＢＥＰ）に関して評価可能であった。ベースライン特性は、処置意図集団、血漿収集期間に登録された患者、及び血中ＴＭＢ評価可能集団の間で概ね良好にバランスが保たれており、白金難治性の再発性／転移性頭頸部扁平上皮細胞癌腫を患う患者集団を代表していた。バイオマーカー評価可能集団のサンプル採集期間に登録された全ての患者とバイオマーカー評価可能集団とを比較すると、デュルバルマブでの全生存は変化しないままであったが、全てのサンプルにおける化学療法群の全生存は、バイオマーカー評価可能集団の全生存よりも長かった（図１Ａ～１Ｂ）。この差は、失敗したサンプル及び採集されなかったサンプルに起因するものであり得、両方の因子が全生存に影響を与え得る。しかしながら、サンプルのサイズが小さ過ぎるために結論を下すことはできなかった。

Ｇｕａｒｄａｎｔ ＯＭＮＩパネルをベースラインからの３００の血漿サンプルに適用し、２８６人（９５％）の患者のデータが成功裏に生成された。２７９人（９８％）の患者で体細胞ＳＮＶ又はインデルが検出され、１サンプルあたりの変異数中央値は１２である（図２Ａ～２Ｃ）。喫煙歴のある患者は、喫煙者であったことのない患者よりも有意に多い数の体細胞ＳＮＶ又はインデルを示し（中央値１３対１０．５、Ｐ＝０．００７、ウィルコクソン順位和検定）、これは、タバコ中の発がん性物質が、ＤＮＡ損傷、及びひいては遺伝子変異を引き起こすという認識と一致する（図２Ａ）。しかしながら、処置ナイーブな患者における過去の報告と同様に、体細胞変異数とＰＤ－Ｌ１又はＨＰＶ状態との間に関連性は観察されなかった（ＴＣＧＡ）。

体細胞変異は３８７の遺伝子中で同定され、７つの遺伝子中ではサンプルの２０％超で見出された（ＴＰ５３（７９％）、ＫＭＴ２Ｄ（３３％）、ＦＡＴ１（２６％）、ＬＲＰ１Ｂ（２３％）、ＴＥＲＴ（２３％）、ＰＩＫ３ＣＡ（２２％）、及びＮＯＴＣＨ１（２１％）など）。ＴＰ５３変異の有病率は、ＴＣＧＡによって報告された７２％と同程度であり、ＨＰＶ－ｖｅ患者においてはより高い有病率（８６％）が見出され、これは過去の観測結果と一致する（Ｌｅｅｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ １８（５）：２６９－８２（２０１８））。ＦＡＴ１、ＬＲＰ１Ｂ、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＮＯＴＣＨ１変異の有病率もＴＣＧＡコホートの有病率と類似しており（それぞれ２３％、２０％、２１％、及び１９％）、これは、Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣにおける体細胞の変異ランドスケープが治療ナイーブなＨＮＳＣＣと概ね一致することを示唆する。とりわけ、コホートにおいては、ＫＭＴ２Ｄ遺伝子がＴＣＧＡコホートと比較して増加した変異頻度を示し（３３％対１８％）、これは、Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣにおいてより有病率の高いエピジェネティックな再配線があることを示し得る。２つの再発性変異を含む、５７人の患者における５９回のＴＥＲＴプロモーター変異も報告されている（－１２４ Ｇ＞Ａ、Ｎ＝３４、及び－１４６ Ｇ＞Ａ、Ｎ＝１１）。ＴＥＲＴの発現は、これらのプロモーター変異を有することによって強化される傾向があり、また、無制限の細胞増殖を促進することができ（Ｓｈａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｍｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ．２１（６）：３４９－５３（２０１１））、これは、ＨＮＳＣＣ発がん現象におけるその不可欠な役割を強調させる。いくつかの相同組み換えＤＮＡ損傷修復遺伝子の高い変異頻度（Ｈｅｅｋｅ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＯ Ｐｒｅｃｉｓ．Ｏｎｃｏｌ．（２０１８），ｄｏｉ：１０．１２００／ＰＯ．１７．００２８６）が、ＡＴＭ（１５％）、ＣＨＥＫ２（１２％）、及びＡＲＩＤ１Ａ（１１％）などのＲ／Ｍ ＨＮＳＣＣコホートで観測されており、これらは、処置ナイーブなコホート（それぞれ３％、２％、及び４％）とは対照的に有意に上昇している。

血漿循環フリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）のコピー数の損失を同定することは困難であるため、本研究では増幅のみを報告した。９８の遺伝子及び１４５人の患者で、合計８７８の増幅を同定した。増幅のある患者では、３の中央値が見出された。ＴＣＧＡコホートと一致したことに、１１ｑ１３上のサイクリンＤ１（ＣＣＮＤ１）が最も頻繁に観察された増幅であり、患者の２５％で見つかった。ＨＰＶ－ｖｅ腫瘍は、ＨＰＶ＋ｖｅ腫瘍と比較してＣＣＮＤ１増幅を起こす傾向が高く（２９％対１０％、Ｐ＝０．００３４、フィッシャー検定）、腫瘍成長における潜在的に異なる機構を示した。コホートの１０％超における再発性増幅を有するその他の遺伝子としては、ＦＧＦ３（２５％）、ＦＧＦ１９（１９％）、ＰＩＫ３ＣＡ（１８％）、ＰＩＫ３ＣＢ（１７％）が挙げられ、これは過去の報告と概ね一致する。とりわけ、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ３、及びＦＧＦ１９は全て１１ｑ１３上にあり、これらは患者の大半において共増幅されていた。

ＥＡＧＬＥに登録された２４７人の患者からのｂＴＭＢデータが生成された。ＥＡＧＬＥコホートのｂＴＭＢ中央値は１２．６であった（ｍｕｔ／Ｍｂ）。７４人（３０％）又は５０人（２０％）の患者が、それぞれ≧１６又は≧２０のｂＴＭＢを示した。３つの処置群の全てにわたってｂＴＭＢ分布は類似しており（図３Ａ～３Ｃ）、ＰＤＬ１及びＨＰＶ状態に依存していなかった。

異なるカットオフを用いて、患者を高ｂＴＭＢ亜群及び低ｂＴＭＢ亜群に分類した。高ｂＴＭＢコホートでは、１メガベースあたり１６変異以上のｂＴＭＢカットポイントを使用したとき、デュルバルマブ処置群及びデュルバルマブ＋トレメリムマブ処置群の両方で、ＳｏＣ処置群と比較して有意に改善された全生存の明確なシグナルが見出された（図４及び５）。高ｂＴＭＢの患者においてＳｏＣと比較したデュルバルマブ及びデュルバルマブ＋トレメリムマブの利点は、カットオフを増加させると概ね改善された。しかしながら、低ｂＴＭＢの患者の場合、デュルバルマブ及びデュルバルマブ＋トレメリムマブのこうした利点を観察することができなかった。同じパターンがＰＦＳの場合でも見られ（図６及び７）、これは、Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣにおいては、ｂＴＭＢが高ｂＴＭＢの患者におけるＯＳ及びＰＦＳを有意に改善することのできるデュルバルマブ及びデュルバルマブ＋トレメリムマブ処置の予測バイオマーカーであることを強調させる。

交差検証により、１メガベースあたり１６の変異がＥＡＧＬＥ研究において最適なｂＴＭＢカットポイントであったことも裏付けられた。患者を分類するためにこのカットポイントを組み込んだ際に、ｂＴＭＢのレベルとヒトパピローマウイルスの状態、ＰＤ－Ｌ１の状態、年齢、又はジェンダーとの間に関連性は見られなかった。喫煙及び限局性疾患における集学的化学療法での６ヶ月間以内の進行は、より高いｂＴＭＢを傾向とした。高ｂＴＭＢ亜群と低ｂＴＭＢ亜群との間で５％超の差異があるその他のパラメータとしては、原発腫瘍部位又は米国東海岸癌臨床試験グループ（Ｅａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ、ＥＣＯＧ）一般状態及び完全奏効率が挙げられる。

高ｂＴＭＢ亜群においては、デュルバルマブ及びデュルバルマブ＋トレメリムマブの場合にＥＡＧＬＥにおける全生存及び無進行生存は改善した（図９及び１０）。高ｂＴＭＢの患者において、１８ヶ月全生存率は化学療法と比較してデュルバルマブ＋トレメリムマブで２２パーセント高く、デュルバルマブで３３パーセント高かった。高血中ＴＭＢの患者において、１２ヶ月全生存率は化学療法と比較してデュルバルマブ＋トレメリムマブで１７％高く、デュルバルマブで２８％高かった。

頭頸部扁平上皮細胞癌腫腫瘍抑制遺伝子であるＫＭＴ２Ｄ中に病原性の、又は恐らく病原性の変異を有する患者は、化学療法と比較してデュルバルマブ＋トレメリムマブで全生存の改善を示し、ハザード比は０．３９、９５％信頼区間は０．１７～０．８５であった。化学療法と比較してデュルバルマブ＋トレメリムマブで全生存が改善される傾向は、ＡＴＭ変異を有する患者においても見られた。

実施例２：頭頸部がん患者におけるＰＤ－Ｌ１アッセイ採点アルゴリズムの決定
ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ研究からの有効性データが入手可能であったため（Ｚａｎｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．１０７：１４２－５２（２０１９）；Ｓｉｕ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ Ｏｎｃｏｌ．５（２）：１９５－２０３（２０１９））、より大きなデータセットを分析し、全生存データを使用してＯＳをより正確に予測するＰＤ－Ｌ１診断アルゴリズムを導出することが可能となった。本実施例は、ＨＮＳＣＣに最適なアルゴリズムを決定するために用いられる分析、及び患者の腫瘍のＰＤ－Ｌ１を採点するための用いられる方法を例示する。最適なアルゴリズムは、ＶＥＮＴＡＮＡ ＰＤ－Ｌ１（ＳＰ２６３）アッセイによって評価して、任意の強度でのＰＤ－Ｌ１に対する腫瘍細胞の≧５０％、又は腫瘍関連免疫細胞の≧２５％（ＴＣ≧５０又はＩＣ≧２５）の膜染色として決定された。

データは、二次Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣ患者におけるＤ４１９３Ｃ００００１（ＨＡＷＫ）及びＤ４１９３Ｃ００００３（ＣＯＮＤＯＲ）第二相研究から用いた。どちらの研究も登録基準としてＰＤ－Ｌ１状態を必要とし、スクリーニング時、患者の腫瘍試料は、ＶＥＮＴＡＮＡ ＰＤ－Ｌ１（ＳＰ２６３）アッセイで染色及び採点された。腫瘍細胞ＰＤ－Ｌ１発現データは、以下の瓶で入手可能であった：＜１、１－４、５－９、１０－１９、２０－２４（ＣＯＮＤＯＲ）、２５、３０（２６－３４）、４０（３５－４４）、５０（４５－５４）、６０（５５－６４）、７０（６５－７４）、７５、８０（７６－８４）、９０（８５－９４）、及び１００（９５－１００）（ＨＡＷＫ）。免疫細胞の探究データを、免疫細胞陽性度の素点を使用して採集した。

これら２つの研究におけるデュルバルマブ単剤療法で処置した患者の全生存データをプールした。デュルバルマブ＋トレメリルマブ（ｔｒｅｍｅｌｉｌｕｍａｂ）の組み合わせからのデータは、ＰＤ－Ｌ１ ＴＣ≧２５％の患者からのデータが存在しなかったために使用しなかった。プールされた単剤療法データは、合計で１７９の対象からのものであった（ＨＡＷＫ研究から１１２対象、及びＣＯＮＤＯＲ研究から６７対象）。プールされた単剤療法群におけるＰＤ－Ｌ１有病率は６２％であったが、自然集団における有病率は２５～３０％である。

腫瘍細胞ＰＤ－Ｌ１発現の増加に伴い生存が増加する一般的傾向が存在した（中央値、及び６ヶ月）（図１１）。全生存を、腫瘍細胞ＰＤ－Ｌ１発現が０％、＞１％、＞１０％、＞２５％、＞５０％の患者に関して決定した。最大生存中央値は、ＴＣ＞＝５０％ＰＤ－Ｌ１発現の患者で見られた。ＴＣ５０％のカットオフが、低ＰＤ－Ｌ１の亜群（ＴＣ＜５０％）とより良好な生存の患者の亜群（ＴＣ＞＝５０％）とを最も良好に区別した（図１２）。このデータに基づいて、ＴＣ＞＝５０％が腫瘍細胞カットオフとして選択された。データは、ＩＣ＞＝５０％の場合を除いて、免疫細胞発現の増加に伴う生存中央値の増加の傾向を示した。（図１３）。このデータに基づき、採点アルゴリズムに免疫細胞の陽性度を含めることが決定された。ＩＣ１、１０、及び２５％のカットオフでは、高及び低ＰＤ－Ｌ１発現の患者の良好な分離が見られた（図１４）。したがって、これらは全てＴＣ５０％カットオフとの組み合わせに好適であると見なされた。全てのアルゴリズムで、高ＴＣ／ＩＣ ＰＤ－Ｌ１亜群は、対応する低ＰＤ－Ｌ１亜群より優れた生存中央値を示した。このうち、最高の全生存中央値はＴＣ≧５０又はＩＣ≧２５％で見られた（図１５）。

アルゴリズムＴＣ＞＝５０％又はＩＣ＞＝２５％は、技術的に最も実現可能性が高いと見なされた。尿路上皮がんＳＰ２６３での経験に基づいて（Ｚａｊａｃ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（ＥＳＭＯ）Ｐｏｓｔｅｒ ２６Ｐ）、恐らくＩＣ≧２５％がＩＣ１０又はＩＣ１よりも再現性が高く（よりリーダー内精度が高く）、したがって、診療室においてより堅牢な診断アッセイを作成するものと見なされた。

より成熟したデータからなるより後の分析を用いて、カットオフを確認した。データ成熟度は、ＯＳで６８％、ＰＦＳで８５％であった。ＨＲは０．７５８（調整済）であった。ＰＦＳは、高ＰＤ－Ｌ１対低ＰＤ－Ｌ１で３．４ヶ月対１．９ヶ月であった（図１６）。

ＨＡＷＫ／ＣＯＮＤＯＲからプールされたデータは、自然の有病率を表さなかった。全参加者の集団をモデリングするために、様々なＴＣ／ＩＣ亜群にわたるＯＳハザード比（ＨＲ）分析のブートストラップを実施した。データは、最低のＨＲではＴＣ≧５０又はＩＣ≧２５％のカットポイントが最適であることを示した（図１７）。

ＰＤ－Ｌ１ ＴＣ／ＩＣ採点アルゴリズムに基づいてＨＮＳＣＣ患者を分類するために、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）頭頸部扁平上皮細胞癌腫（ＨＮＳＣＣ）中の腫瘍細胞（ＴＣ）及び腫瘍関連免疫細胞（ＩＣ）中のＰＤ－Ｌ１発現を、ＶＥＮＴＡＮＡ ＰＤ－Ｌ１（ＳＰ２６３）アッセイによって検出した。アイソタイプが一致する陰性対照抗体を用いて、試験サンプル中のバックグラウンドの存在を評価し、ベースライン染色強度を確立した。

熟練した病理学者により、腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞（マクロファージ、樹状細胞、及びリンパ球）の両方に対する特異的染色のパーセンテージの評価に基づき、ＰＤ－Ｌ１の状態及び発現を割り当てた。上記のバックグラウンドを染色する任意の膜ＰＤ－Ｌ１を有する腫瘍細胞のパーセンテージによって、又は上記のバックグラウンドを任意の強度で染色するＰＤ－Ｌ１を含む腫瘍関連免疫細胞のパーセンテージによって、ＰＤ－Ｌ１の状態を決定した。

最初に、Ｈ＆Ｅセクション上の腫瘍環境の割合（ＩＣＰ値）として示される免疫細胞のパーセンテージを計算することによって、免疫細胞の採点を実施した。ＩＣＰ値は、個々のパーセンテージで表した。ＩＣスコアは、ＩＣＰ値の割合として陽性ＰＤ－Ｌ１免疫細胞のパーセンテージを表すことによって生成した。高ＰＤ－Ｌ１発現レベルは、腫瘍細胞の５０％以上、又は免疫細胞ＰＤ－Ｌ１染色の２５％以上がＰＤ－Ｌ１膜染色を含むことであった。低ＰＤ－Ｌ１は、ＴＣの＜５０％及びＩＣの＜２５％の両方が任意の強度でのＰＤ－Ｌ１に対する膜染色を含むことと定義した（表４）。

ＩＣＰが１％と等しかった場合は、低い測度で少量の免疫細胞の染色パーセントを推定することが困難であるため、ＩＣ陽性度（ＩＣ＋）を、０％、＜１００％、又は１００％のいずれかと採点した。ＩＣ陽性度が＜１００％の場合に観察される少量のＰＤ－Ｌ１染色は、＜２５％のＰＤ－Ｌ１発現と見なすべきである。

実施例３：ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ試験においてデュルバルマブ（Ｄ）、又はデュルバルマブ＋トレメリムマブ（Ｄ＋Ｔ）で処置された患者におけるＴＭＢ及びその予測可能性に関するその他のバイオマーカー
Ｒ／Ｍ ＨＮＳＣＣの２回の試験において、デュルバルマブ（Ｄ）、又はデュルバルマブ＋トレメリムマブ（Ｄ＋Ｔ）から利益を得る患者におけるＴＭＢ及びその予測可能性に関するその他のバイオマーカーを評価するために、レトロスペクティブ分析を実施した。単一処置群、第二相ＨＡＷＫ研究において（Ｚａｎｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．１０７：１４２－５２（２０１９））、１１２人の患者（ＰＤ－Ｌ１腫瘍細胞（ＴＣ）染色≧２５％）にＤを投与した（１０ｍｇ／ｋｇ、２週間毎（Ｑ２Ｗ）、≦１２ヶ月（ｍｏ））。無作為化、非盲検、第二相ＣＯＮＤＯＲ試験において（Ｓｉｕ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ Ｏｎｃｏｌ．５（２）：１９５－２０３（２０１９））、６７人の患者（ＰＤ－Ｌ１ ＴＣ＜２５％）にＤを投与し（１０ｍｇ／ｋｇ、Ｑ２Ｗ、≦１２ｍｏ）、１３３人にＤ＋Ｔを投与し（Ｄ：２０ｍｇ／ｋｇ、４週間毎（Ｑ４Ｗ）、Ｔ：１ｍｇ／ｋｇ、Ｑ４Ｗ、≦１２ｍｏ）、６７人にＴを投与した（１０ｍｇ／ｋｇ、Ｑ４Ｗを７用量、続いてＱ１２Ｗを更に２用量を≦１２ｍｏ）。予測バイオマーカーとしてのＰＤ－Ｌ１とＴＭＢとの相互作用も評価した。

ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ試験におけるペアのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）された保存腫瘍及び末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）サンプル（生殖系列対照として）を、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）によって評価した。ＨＬＡクラス１型を、ＰＢＭＣのＷＥＳを用いて入手した。任意のＷＥＳ法を用いて、又はｐ１６免疫組織化学を中心的に用いて、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）を局所的に評価した。好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）を局所的に評価した。統計分析は、ウィルコクソン検定、ログランク検定、及びＣｏｘ比例ハザードモデルを含んだ。ＰＤ－Ｌ１発現状態を、ＶＥＮＴＡＮＡ ＰＤ－Ｌ１（ＳＰ２６３）アッセイ、及びＴＣ≧２５％のカットオフを用いて決定した。

ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲ試験では、１５３人の患者が評価可能なＦＦＰＥサンプルを有した（図１８）。ＴＭＢ分布は、研究間で同程度であった。ＴＭＢは喫煙（Ｐ＝０．０２）と相関したが、ＨＰＶ状態（Ｐ＝０．２４）とは相関しなかった（図１９）。ＴＭＢは、ＰＤ－Ｌ１状態とも相関しなかった。ＣＯＮＤＯＲ研究においては、低いＴＭＢと比較して高いＴＭＢ（≧上位三分位）がより長い全生存（ＯＳ）と関連していた（図２０）。組み合わせたＤ及びＤ＋Ｔ（Ｎ＝７６）では、ＯＳは、低いＴＭＢと比較して高いＴＭＢで有意により長かった（１６．３対５．３ｍｏ；ハザード比（ＨＲ）＝０．５３；９５％信頼区間（ＣＩ）、０．３０～０．９２；Ｐ＝０．０２３８）。ＴＭＢ及びＯＳの関連を、ＴＭＢカットオフを増加させることによって更に評価した（図２１）。ＨＲの改善は、より高いカットオフを伴う傾向があった。上位四分位以上のカットオフは、ＯＳと有意に関連した。ダブルネガティブＰＤ－Ｌ１及びＴＭＢを有する患者の組み合わせＨＡＷＫ／ＣＯＮＤＯＲ分析（図２２）においては、高いＰＤ－Ｌ１又は高いＴＭＢの患者と比較して、低いＰＤ－Ｌ１及び低いＴＭＢの患者が最も短いＯＳを有した。低いＮＬＲ（＜中央値）及び高いＴＭＢ（≧上位三分位）の患者は、その他の患者よりも有意に優れたＯＳを有した。高いＮＬＲ（≧中央値）の患者においては、ＴＭＢ状態は、ＯＳに影響を与えるように見えなかった（図２３）。生殖系列ＨＬＡアレルの分析により、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１アレルの保因者の低い生存（９．４％）が明らかになった（ＨＲ＝１．９１；９５％ＣＩ、１．２２～２．９７；Ｐ＝０．００４）。ＨＬＡ－Ｂ＊４４アレルの保因者において、非保因者と比較してＯＳがより長くなる傾向が存在した（３１．８％）（ＨＲ＝０．７７；９５％ＣＩ、０．５７～１．０３；Ｐ＝０．０８）。生殖系列ＨＬＡのヘテロ接合性は、ＨＡＷＫ及びＣＯＮＤＯＲからの患者においてはＯＳの予測因子ではなかった（７９．２％がＨＬＡヘテロ接合性であった）（ＨＲ＝１．０９；９５％ＣＩ、０．７９～１．５１；Ｐ＝０．５９）。

実施例４：デュルバルマブで処置された頭頸部がん患者における全生存モデリング及び血清バイオマーカーとの関連性
ＨＮＳＣＣを有する４６７人の患者が関与する４回の試験からプールされた長手方向腫瘍サイズ、生存、及び脱落データを用いて、腫瘍サイズ主導型ハザードモデルを開発した（１１０８：ＮＣＴ０１６９３５６２、ＣＯＮＤＯＲ：ＮＣＴ０２３１９０４４、ＨＡＷＫ：ＮＣＴ０２２０７５３０、及びＥＡＧＬＥ：ＮＣＴ０２３６９８７４）。長手方向腫瘍サイズデータを特性決定するために、非線形混合効果法を用いて腫瘍増殖阻害（ＴＧＩ）モデルを開発した。本モデルは、第一に、合計腫瘍容積（Ｔ_{ｔｏｔａｌ}）が、抗プログラム死リガンド１処置に対して感受性（Ｔ_ｓｅｎｓ）及び非感受性（Ｔ_{ｉｎｓｅｎｓ}）の腫瘍コンパートメントを含んでいたことを前提とした。非感受性コンパートメントにおける成長は容量制限ロジスティック成長関数（ｃａｐａｃｉｔｙ－ｌｉｍｉｔｅｄ ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｇｒｏｗｔｈ ｆｕｎｃｔｉｏｎ）を用いてモデリングし、一方で感受性コンパートメントは一次成長（ｋｇ）及び二次収縮率（ｋｋｋｉｌｌ）を用いてモデリングした。
Ｔ’_ｓｅｎｓ＝［（ｋ_ｇ×Ｔ_ｓｅｎｓ）］－ｋ_ｋｉｌｌ×Ｔ^２ _ｓｅｎｓ×Ｒ_ｉｍ（ｔ）
Ｔ’_{ｉｎｓｅｎｓ}＝［（ｋ_ｇ×Ｔ_{ｉｎｓｅｎｓ}）］×［（１－Ｔ_{ｉｎｓｅｎｓ}／Ｔ_ｍａｘ）］）
式中、Ｒ_ｉｍ（ｔ）は、移行コンパートメントを介した形質導入によって０～１に拘束された遅延関数を指し、最大腫瘍収縮効果はＲｉｍ（ｔ）＝１で発生する。ベースラインにおける感受性腫瘍細胞の画分は、Ｆ_ｓｅｎｓ（＝Ｔ_ｓｅｎｓ（０）／Ｔ_{ｔｏｔａｌ}（０））と推定する。遅延関数の平均経過時間（Ｄ_ＴＩＭ）は、以下の２つの異なる集団を用いた混合モデルを用いて特性決定した。
－集団１：遅延なし（Ｄ_ＴＩＭ＝０）
－集団２：非ゼロ値の前後で対数正規型に分布している（Ｄ_ＴＩＭ＞０）。
全生存（ＯＳ）及び研究脱落は、以下の関係を用いてモデリングし：
ｈ＿ＯＳ（ｔ）＝ＨＺ_ｏｓ×ｅｘｐ（０_ＴＳ）×ＴＳ（ｔ）
ｈ＿ＤＯ（ｔ）＝ＨＺ_ｄｏ×α×ｔ^α×ｅｘｐ（０_{ＰＣＴ＿ＴＳ}）×ＰＣＴ＿ＴＳ（ｔ）×ｅｘｐ（０_ＴＢＳＬ）×ＴＢＳＬ、
式中、ｈ＿ＯＳ（ｔ）及びｈ＿ＤＯ（ｔ）はそれぞれ時間ｔにおける死亡及び脱落のハザードであり、ＨＺ_ｏｓ及びＨＺ_ｄｏはそれぞれ死亡及び脱落のベースラインハザードを指し、αはワイブル関数の形状パラメータであり、ＴＳ（ｔ）及びＰＣＴ＿ＴＳ（ｔ）はそれぞれ各個体の時間ｔにおけるモデル予測された腫瘍サイズ及びベースライン腫瘍サイズからの変化である。ＴＢＳＬはベースラインにおける腫瘍サイズである。

共変量分析を、ＴＧＩ、ＯＳ、及び脱落モデル上で実施した。全モデルアプローチ共変量モデリング、続いて単変量後方排除（５％の第一種過誤に基づく）を用いて、有意なバイオマーカーを同定した。ベースラインにおける６６個の血清タンパク質バイオマーカー、及びデュルバルマブで処置された４１３人の患者のうち３４６人に由来する４つの妥当な臨床マーカーのパネル（１１０８を除く全研究）を最初にスクリーニングして、２１個の候補共変量のプールを選択した。次元縮退の基準は、バイオマーカーと従来の分析（炎症、免疫調節、腫瘍量、及び血管新生）に関連する薬理学的仮説との間の相関の強度を含んでいた。

実質的な生存利益を有する患者のサブセットを同定するための生存の最終ベースライン予測因子を用いたカットポイント及び回帰分析を使用した。類似するベースライン腫瘍量及び最も炎症性の高いマーカーが、旧来の研究全体にわたって観察されている（表５）。注目すべきことに、測定された血清サイトカインのうちいくつかで横断研究の効果が観察されており（データは示さず）、これらは多変量分析中に評価及び説明されている。

最終腫瘍サイズモデルは、高い腫瘍量は、より速い腫瘍成長に関連しており、一方でベースライン腫瘍量が低い患者は、正味腫瘍収縮が増加したことを強調している（図２４Ａ～２４Ｃ）。好ましいバイオマーカープロファイルは、単変量アプローチを使用し、最終結果を組み合わせたカットポイント分析によって同定された。

好ましいバイオマーカープロファイルを有する患者は、高い免疫調節剤（ＩＬ－２３、オステオカルシン）のベースラインレベルを有しており、低い全身性炎症（ＩＬ－６、ＮＬＲ）、低い腫瘍量、及び低い血管新生因子（ｖＷＦ、プラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１））は、デュルバルマブで処置したＨＮＳＣＣを有する患者の生存利益に関連していた。特に、好ましいバイオマーカープロファイルを有する患者は、＜２２９ｐｇ／ｍＬの低い血清ＰＡＩ－１、＜５．４ｐｇ／ｍＬの低い血清ＩＬ－６、＞２．１ｐｇ／ｍＬの高い血清ＩＬ－２３、及び／又は＞３２ ｐｇ／ＭＩの高いオステオカルシンのベースラインレベルの組み合わせを有していた（図２５）。中央生存時間が１年間を超えるＨＮＳＣＣ患者の血清バイオマーカープロファイルは、患者のエンリッチメント（ｐａｔｉｅｎｔ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）のために有利に用いることができる。最終腫瘍サイズモデルは、高い腫瘍量、並びにＬＤＨ及びＮＬＲの上昇がより速い腫瘍成長に関連しており、一方でベースライン腫瘍量が低い患者は、正味腫瘍収縮が増加したことを強調している。

腫瘍サイズモデルの共変量分析結果は、中央値と比較して、血清ＬＤＨ及びＮＬＲが上昇した（第９０パーセンタイル値）患者の腫瘍成長が平均で４０％速かったことを明らかにした。

本明細書に記載されている特許及び刊行物は全て、それぞれ独立した特許及び刊行物が、参照により組み込まれるように明確に且つ個々に指示されているかのような場合と同程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。本出願のあらゆるセクションにおけるあらゆる参照文献の引用又は確認は、そのような参照文献が本発明に対する先行技術として利用可能であることを認めるものであると解釈されるべきではない。

Claims (52)

1. 頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、前記患者の腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）を決定することを含み、高いＴＭＢの場合に処置の成功が予測される、方法。
2. 高いＴＭＢが、≧１６変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される、請求項１に記載の方法。
3. 高いＴＭＢが、≧２０変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される、請求項１又は２に記載の方法。
4. 前記処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
5. 前記処置が、トレメリムマブでの処置を更に含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
6. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
7. 前記頭頸部がんが、再発性がんである、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
8. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記患者が、基準レベルと比較してより小さな好中球対リンパ球比を有する、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
10. 前記患者の腫瘍関連免疫細胞の≦２５％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は前記患者の腫瘍細胞の≦５０％がＰＤ－Ｌ１を発現する、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。
11. 頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
    （ａ）前記患者のＴＭＢを決定すること、
    （ｂ）前記ＴＭＢが高いか又は低いかを決定すること、及び
    （ｃ）ＴＭＢが高い場合には処置をするか若しくは処置を継続し、又はＴＭＢが低い場合には処置をしないか若しくは処置を中止することを含む、方法。
12. 高いＴＭＢが、≧１６変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される、請求項１１に記載の方法。
13. 高いＴＭＢが、≧２０変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）と定義される、請求項１１又は１２に記載の方法。
14. 前記処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項１１～１３のいずれか一項に記載の方法。
15. 前記処置が、トレメリムマブでの処置を更に含む、請求項１１～１４のいずれか一項に記載の方法。
16. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項１１～１５のいずれか一項に記載の方法。
17. 前記頭頸部がんが、再発性である、請求項１１～１６のいずれか一項に記載の方法。
18. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項１１～１７のいずれか一項に記載の方法。
19. 前記患者が、基準レベルと比較してより小さな好中球対リンパ球比を有する、請求項１１～１８のいずれか一項に記載の方法。
20. 前記患者の腫瘍関連免疫細胞の≦２５％がＰＤ－Ｌ１を発現し、前記患者の腫瘍細胞の≦５０％がＰＤ－Ｌ１を発現する、請求項１１～１９のいずれか一項に記載の方法。
21. 処置の成功が、標準治療と比較した際の全生存の増加により決定される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
22. 処置の成功が、標準治療と比較した際の無進行生存の増加により決定される、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
23. 頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
    （ａ）前記患者が、リジンメチルトランスフェラーゼ２Ｄ（ＫＭＴ２Ｄ）遺伝子又は毛細血管拡張性失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子のうち少なくとも１つにおいて体細胞変異を有するかどうかを決定すること、及び
    （ｂ）前記患者が、リジンメチルトランスフェラーゼ２Ｄ（ＫＭＴ２Ｄ）遺伝子又は毛細血管拡張性失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子のうち少なくとも１つにおいて体細胞変異を有する場合は、処置をするか又は処置を継続することを含む、方法。
24. 前記処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項２３に記載の方法。
25. 前記処置が、トレメリムマブでの処置を更に含む、請求項２３又は２４に記載の方法。
26. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項２３～２５のいずれか一項に記載の方法。
27. 前記頭頸部がんが、再発性がんである、請求項２３～２６のいずれか一項に記載の方法。
28. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項２３～２７のいずれか一項に記載の方法。
29. 頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、前記方法が、前記患者の腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現を決定することを含み、腫瘍細胞の≧５０％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は腫瘍関連免疫細胞の≧２５％がＰＤ－Ｌ１を発現する場合に処置の成功が予測される、方法。
30. 前記処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項２９に記載の方法。
31. 前記処置が、トレメリムマブでの処置を更に含む、請求項２９又は３０に記載の方法。
32. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項２９～３１のいずれか一項に記載の方法。
33. 前記頭頸部がんが、再発性である、請求項２９～３２のいずれか一項に記載の方法。
34. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項２９～３３のいずれか一項に記載の方法。
35. 頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
    （ａ）前記患者の腫瘍細胞及び腫瘍関連免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現を決定すること、及び
    （ｂ）前記腫瘍細胞の≧５０％がＰＤ－Ｌ１を発現し、且つ／又は前記腫瘍関連免疫細胞の≧２５％がＰＤ－Ｌ１を発現する場合には、処置をするか又は処置を継続すること、を含む、方法。
36. 前記処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項３５に記載の方法。
37. 前記処置が、トレメリムマブでの処置を更に含む、請求項３５又は３６に記載の方法。
38. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項３５～３７のいずれか一項に記載の方法。
39. 前記頭頸部がんが、再発性がんである、請求項３５～３８のいずれか一項に記載の方法。
40. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項３５～３９のいずれか一項に記載の方法。
41. 頭頸部がん処置の成功の予測を、それを必要とする患者において行う方法であって、前記方法が、タンパク質バイオマーカーのうち１つ又は複数のレベルを決定することを含み、前記タンパク質バイオマーカーが、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、又はプラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１）であり、
    ＩＬ－２３若しくはオステオカルシンのレベルが基準レベルと比較して増加し、且つ／又はＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、若しくはＰＡＩ－１のレベルが基準レベルと比較して低下し、且つ／又は腫瘍量が基準レベルと比較して低い場合に処置の成功が予測される、方法。
42. 前記がんの処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項４１に記載の方法。
43. ＰＡＩ－１の前記レベルが＜２２９ｐｇ／ｍＬであり、ＩＬ－６の前記レベルが＜５．４ｐｇ／ｍＬであり、ＩＬ－２３の前記レベルが＞２．１ｐｇ／ｍＬであり、オステオカルシンの前記レベルが＞３２ｐｇ／ｍＬである、請求項４１又は４２に記載の方法。
44. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項４１～４３のいずれか一項に記載の方法。
45. 前記頭頸部がんが、再発性がんである、請求項４１～４４のいずれか一項に記載の方法。
46. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項４１～４５のいずれか一項に記載の方法。
47. 頭頸部がんの処置を、それを必要とする患者において行う方法であって、
    （ａ）タンパク質バイオマーカーのうち１つ又は複数のレベルを決定することであって、前記タンパク質バイオマーカーが、ＩＬ－２３、オステオカルシン、ＩＬ－６、好中球対リンパ球比（ＮＬＲ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、又はプラスミノゲン活性化因子阻害剤－１（ＰＡＩ－１）である、決定すること、及び
    （ｂ）ＩＬ－２３若しくはオステオカルシンのレベルが基準レベルと比較して増加し、且つ／又はＩＬ－６、ＮＬＲ、ｖＷＦ、若しくはＰＡＩ－１のレベルが基準レベルと比較して低下し、且つ／又は腫瘍量が基準レベルと比較して低い場合には処置をするか又は処置を継続することを含む、方法。
48. 前記がんの処置が、デュルバルマブでの処置を含む、請求項４７に記載の方法。
49. ＰＡＩ－１の前記レベルが＜２２９ｐｇ／ｍＬであり、ＩＬ－６の前記レベルが＜５．４ｐｇ／ｍＬであり、ＩＬ－２３の前記レベルが＞２．１ｐｇ／ｍＬであり、オステオカルシンの前記レベルが＞３２ｐｇ／ｍＬである、請求項４７又は４８に記載の方法。
50. 前記頭頸部がんが、扁平上皮細胞癌腫である、請求項４７～４９のいずれか一項に記載の方法。
51. 前記頭頸部がんが、再発性がんである、請求項４７～５０のいずれか一項に記載の方法。
52. 前記頭頸部がんが、転移性である、請求項４７～５１のいずれか一項に記載の方法。

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