JP2023523627A - メチシリン耐性黄色ブドウ球菌を検出するための組成物、方法およびシステム - Google Patents

Abstract

ＭＲＳＡ、例えばＭＲＳＡの鼻腔コロニー形成を検出するための組成物、方法およびシステムが開示される。ある特定の実施形態においては、上記方法は、ＭＲＳＡを検出するために細菌および他の微生物の検出においてシグナルのバクテリオファージをベースとした増幅を使用する。ＭＲＳＡを検出するための方法は、選択剤と、少なくとも２つの異なる種類の組換えバクテリオファージを含むカクテルとを含むアッセイを準備することと、前記アッセイにおいて試料をインキュベートすることと、指標タンパク質産物を捕捉することと、組換えバクテリオファージによって産生された指標タンパク質産物を検出することとを含み得、指標タンパク質産物の陽性検出は、ＭＲＳＡが試料中に存在することを示す。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、２０２０年４月３０日に出願された米国仮出願第６３／０１８，０８１号に基づく優先権および恩典を主張する。
分野

本開示は、感染因子を使用してメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）を検出するための組成物、方法およびシステムに関する。

背景
様々な形態の衰弱性および致死性の感染を引き起こし得る細菌およびその他の微生物を検出することに強い関心が存在する。細菌性病原体は、ヒトおよび家畜の間に多大な病的状態を引き起こし得るのみならず、甚大な経済的損失を引き起こし得る。具体的には、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）は、致命的な感染症を引き起こす能力を有する極めて重要なヒト病原体である。ＭＲＳＡは、病院における手術部位感染の主な原因であり、入院期間の長期化、再入院率の増大、生存率の低下および経済的損失を伴う。医療産業に対する著しい臨床的および金銭的負担のために、ＭＲＳＡ関連感染の原因を理解し、制御するための多大な努力がなされてきた。ＭＲＳＡの鼻腔保菌は、その後の疾患の主要なリスク因子であることが判明しており、黄色ブドウ球菌感染の大部分は内在性コロニー形成株と合致し得る。ＭＲＳＡ鼻腔保菌者の除菌を通じたこのリスク因子の除去は、手術部位感染を低減させる上で成功した戦略であることが証明されている。

ＭＲＳＡを検出するための伝統的な微生物学的試験は、非選択的および選択的増菌培養、その後の選択培地へのプレーティング、および患者の鼻腔スワブ検体から疑わしいコロニーを確認するためのさらなる試験に依存する。培養をベースとする検出方法は、発色性かつ選択的寒天の使用を含み得、しばしば、感度および特異性に関して強力な性能を示し得る。いくつかの方法よりもかなり安価であることが多いが、培養をベースとする方法の１つの大きな欠点は、結果が典型的には検出前に１８～２４時間のインキュベーションを必要とすることである。

試験時間を短縮するために、様々な迅速な方法が研究され、実行に移されている。しかしながら、これらの方法も欠点を有する。例えば、イムノアッセイまたは遺伝子プローブを伴う技術は、一般に、十分な感度を得るために増菌工程を必要とする。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試験は増幅工程も含み、したがって、極めて高い感度と選択性の両方を可能とする。リアルタイムＰＣＲによるＭＲＳＡ特異的ＤＮＡ配列の検出は、優れた感度および特異性、結果までの迅速な時間、ならびに全体的な臨床的有効性を実証した。リアルタイムＰＣＲは有望な結果をもたらしたが、この方法も欠点を有する。第１に、以前のＰＣＲでは、新規ＭＲＳＡ株を検出するためのいくつかのアッセイが失敗に終わっているので、新しい世代のリアルタイムＰＣＲは、ＭＲＳＡ耐性の変化する遺伝的ランドスケープに適合するように絶えず開発されなければならない。第２に、培養ベースの代替物と比較して、リアルタイムＰＣＲのコストは高いため、特に地域での保菌率が低い地域において、費用対効果が不確実であった。

したがって、ＭＲＳＡのより迅速、簡易かつ高感度な検出および同定が必要とされている。

簡単な要旨
本開示の実施形態は、ＭＲＳＡの鼻腔コロニー形成を検出するための組成物、方法、装置、システムおよびキットを含む。本開示は、様々な様式で実施され得る。

いくつかの実施形態において、本開示は、試料中のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）を検出するための方法を提供する。本方法は、試料を取得することと、前記試料に選択剤を添加することと、前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、黄色ブドウ球菌に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードすることと、前記指標タンパク質産物を捕捉することと、前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中のＭＲＳＡの存在を決定するために使用されることと、を含む。

いくつかの実施形態において、本開示は、試料中の微生物を検出するための方法を提供する。本方法は、試料を取得することと、前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、微生物に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードすることと、前記指標タンパク質産物を表面と接触させることであって、前記表面は前記指標タンパク質産物を捕捉するための固定化された結合パートナーを備えることと、前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中の前記微生物の存在を決定するために使用されることと、を含む。

いくつかの実施形態において、本開示は、鼻腔スワブ検体からＭＲＳＡを検出するために新規な組換えバクテリオファージを利用する。いくつかの実施形態において、新規な組換えバクテリオファージは、黄色ブドウ球菌に対して特異的である。新規な診断スクリーニングは、非ＭＲＳＡ染色の増殖を制限するために抗生物質に依存しながら、黄色ブドウ球菌を認識することができるルシフェラーゼレポーターを含む組換えバクテリオファージを含むアッセイを利用する。本明細書中に記載される方法を使用して、様々なＭＲＳＡ株を検出することができる。

いくつかの実施形態において、本開示は、試料からＭＲＳＡを検出する方法であって、（ａ）前記試料を選択剤と接触させることと、（ｂ）前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、黄色ブドウ球菌に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードすることと、（ｃ）指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中のＭＲＳＡの濃度を決定するために使用されることとを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、選択剤は抗生物質（例えば、セフォキシチン）を含む。いくつかの実施形態において、試料は鼻腔スワブに由来する。

いくつかの実施形態において、感染因子は、黄色ブドウ球菌細菌に対して特異的な特異的な組換えファージである。さらなる実施形態において、指標遺伝子は、固有のシグナルを生成する指標タンパク質産物または基質と反応するとシグナルを生成する酵素をコードする。

いくつかの実施形態において、本開示は、試料からＭＲＳＡを検出するための方法であって、前記試料を選択剤と接触させることであって、前記試料は鼻腔スワブに由来することと、前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、黄色ブドウ球菌に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードすることと、指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中のＭＲＳＡの存在を決定するために使用されることとを含む、方法を提供する。

いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＲＳＡを含む鼻腔スワブを検出するためのキットおよびシステム、ならびに黄色ブドウ球菌に対して特異的な組換えバクテリオファージおよび抗生物質溶液を含むアッセイを提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、微生物を含む鼻腔スワブを検出するためのキットおよびシステム、微生物に対して特異的な組換えバクテリオファージを含み、抗生物質を必要に応じて含むアッセイ、ならびに指標タンパク質産物を捕捉するための表面を提供する。

本開示のある特定の実施形態は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第２０１５／０２１８６１６号に記載されている方法および構築物を利用する。

詳細な説明
従来の方法よりも短い時間枠で試験試料（例えば、生物学的試料）中のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）の様々な株を検出するために驚くべき感度を示す組成物、方法およびシステムが本明細書で開示される。本明細書に開示される組成物、方法およびシステムは、増菌のために培養するための時間が短縮された遺伝子改変された感染性バクテリオファージ、またはいくつかの実施形態においては、ＭＲＳＡが潜在的に増殖し得るインキュベーション時間が最小限である遺伝子改変された感染性バクテリオファージを使用して、以前に可能と考えられていたよりも短い時間枠でＭＲＳＡを検出することができる。驚くべきことに、試験試料とのインキュベーションのために、抗生物質（例えば、セフォキシチン）の存在下で１またはそれを超える組換えバクテリオファージを使用するアッセイは、極めて少数のコロニー形成単位（ＣＦＵ）を生成する濃度で様々なＭＲＳＡ株を検出する。このような低いＣＦＵ濃度は、２４時間を超えるインキュベーションを必要とする培養ベースの方法を使用した後にのみ検出されると以前には言われていた。しかしながら、本明細書に記載されるアッセイは、少数の標的細胞を発見すること、結合すること、および感染させることを容易にすることができる。いくつかの実施形態において、このアッセイは、より長い培養をベースとする方法と同様のコストで、１０時間未満で鼻腔スワブ検体からＭＲＳＡを検出する。

いくつかの局面において、本明細書に記載されるバクテリオファージベースのＭＲＳＡアッセイは、標的細菌の特異的、高感度、迅速かつ低コストの検出を提供し、多数の産業における増大する診断ニーズに対処する。具体的には、ＭＲＳＡの鼻腔コロニー形成および抗生物質感受性を検出することは、院内感染を予防し、抗生物質の適正使用を促進する上で極めて重要な支援的役割を果たす。いくつかの実施形態において、鼻腔スワブ検体のためのバクテリオファージベースのＭＲＳＡアッセイは、遺伝的に多様な黄色ブドウ球菌を認識することができる２つのルシフェラーゼレポーターファージを利用する。いくつかの実施形態において、耐性（ＭＲＳＡ）生物と感受性生物を区別するためにベータラクタム抗生物質であるセフォキシチンが含まれる。バクテリオファージベースのＭＲＳＡアッセイは、驚くべきことに、低い細菌濃度でＭＲＳＡ分離菌を陽性に同定し、より高い接種材料では、非ＭＲＳＡ黄色ブドウ球菌は適切な陰性の結果をもたらした。さらに、他のブドウ球菌種および桿菌種とのファージカクテルの交差反応性を選択的条件下で緩和することができる。したがって、本明細書中に記載されるバクテリオファージベースのＭＲＳＡアッセイは、インビトロおよびヒト鼻腔マトリックスの両方においてＭＲＳＡを高感度で検出する。

いくつかの局面において、本開示は、バクテリオファージゲノムの後期遺伝子領域中に挿入された指標遺伝子を含む組換えバクテリオファージを提供する。いくつかの実施形態において、組換えバクテリオファージは、遺伝子改変された黄色ブドウ球菌特異的バクテリオファージゲノムである。ある特定の実施形態において、組換えバクテリオファージは、黄色ブドウ球菌を特異的に認識するバクテリオファージに由来する遺伝子改変されたバクテリオファージゲノムを含む。いくつかの実施形態において、バクテリオファージのカクテルは、黄色ブドウ球菌を特異的に認識するバクテリオファージに由来する少なくとも２つの異なる種類の組換えバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態において、組換えバクテリオファージと選択剤（例えば、抗生物質）のカクテルを含むアッセイは、他の種類の細菌、特にメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）の存在下でＭＲＳＡを区別することができる。

いくつかの局面において、ＭＲＳＡを検出するための方法は、黄色ブドウ球菌を検出するための感染因子を使用し得る。例えば、ある特定の実施形態において、関心対象の微生物はＭＲＳＡであり、感染因子は黄色ブドウ球菌に特異的に感染するバクテリオファージである。したがって、ある特定の実施形態において、本方法は、黄色ブドウ球菌細菌に特異的に感染する１またはそれを超えるバクテリオファージを選択することと、黄色ブドウ球菌バクテリオファージに由来する組換えバクテリオファージを調製することと、前記組換えバクテリオファージおよび選択剤（例えば、抗生物質）を含むアッセイを調製することと、
前記アッセイにおける分析のために鼻腔スワブまたは類似の供給源から試料を提供することとを含み得る。ある特定の実施形態において、組換えバクテリオファージは、指標遺伝子を含む。ある特定の実施形態において、宿主細菌の感染後のバクテリオファージ複製中の指標遺伝子の発現が指標タンパク質産物の産生をもたらすように、指標遺伝子はバクテリオファージの後期遺伝子領域中に挿入され得る。本方法は、指標タンパク質産物を検出することを含み得、指標タンパク質産物の陽性検出は、ＭＲＳＡが試料中に存在することを示す。いくつかの実施形態において、指標タンパク質は可溶性である。

いくつかの実施形態において、組成物、方法およびシステムは、１またはそれを超える組換えバクテリオファージおよび選択剤、例えば抗生物質を含むアッセイを使用して、多様な遺伝的背景からＭＲＳＡを検出することができる。いくつかの実施形態において、本アッセイは、ＭＲＳＡの増殖を可能にしながら、感受性細菌の生存を制限するために選択剤、例えばセフォキシチンを利用する。例えば、選択剤は、ＭＲＳＡ以外の全ての黄色ブドウ球菌細菌（例えば、ＭＳＳＡ）を死滅させ得、またはその増殖を減少させ得る。このようにして、セフォキシチンは、競合生物からＭＲＳＡの多様な分離菌を同定することができる。本明細書に記載されるように、セフォキシチンを含むアッセイは、ＭＲＳＡの高い選択性をもたらし、重要なことに、ＭＲＳＡ株の検出を妨害しない。さらに、セフォキシチンは、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌のいくつかの種からの偽陽性を低減させる上で有効である。

いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される方法およびシステムは、鼻腔スワブまたは類似の試料から低レベルのＭＲＳＡを選択的に検出する。本開示の方法およびシステムの実施形態の各々は、多種多様なＭＲＳＡ株の検出および定量に適用することができる。本方法およびシステムは、少なくとも２４時間を必要とする従来の生物学的増菌および／またはインキュベーションを必要とせずに、短時間で高い検出感度を提供する。本方法は、新規なバクテリオファージベースのＭＲＳＡ診断スクリーニングを利用する。本アッセイは、標的種を高感度に検出するためにＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）などのルシフェラーゼを利用する新世代のルシフェラーゼファージレポーター系の一員である。本方法は高度に包括的であることが判明し、セフォキシチン選択と組み合わせると、大部分の非耐性株に対して識別する。さらに、スクリーニングは、ほとんどまたは全く妨害を伴うことなく、鼻腔試料中のＭＲＳＡの低負荷量を同定することができた。

ある特定の実施形態において、本開示はシステムを含み得る。システムは、本開示の組成物の少なくともいくつかを含有し得る。さらに、システムは、前記方法を実行するための構成要素の少なくともいくつかを含み得る。ある特定の実施形態において、システムはキットとして組み立てられる。したがって、いくつかの実施形態において、鼻腔スワブからのＭＲＳＡの迅速な検出のためのシステムは、関心対象の微生物に対して特異的な組換え感染因子とともに試料をインキュベートするための構成要素であって、前記組換え感染因子は指標部分を含む、構成要素と、選択剤と、前記指標部分を検出するための構成要素とを含む。他の実施形態において、本開示は、方法またはシステムとともに使用するためのソフトウェアを含む。

本明細書に記載される本開示のいくつかの実施形態は、単一の微生物がバクテリオファージなどの特定の感染因子を認識して結合することができるという発見を利用する。バクテリオファージの感染および複製後に、感染および子孫ファージの生成が成功したことは、バクテリオファージ複製中に発現される指標部分を介して検出され得る。この原理は、微生物表面受容体の特異的認識に基づく１つまたは少数の細胞からの指標シグナルの増幅を可能にする。例えば、細菌の単一の細胞さえも複数のバクテリオファージに曝露し、その後、バクテリオファージの増幅および複製中のコードされた指標遺伝子産物の高レベル発現を可能にすることによって、指標シグナルは、単一の細菌が検出可能であるように増幅される。
定義

本明細書中に別段の定義が為されていなければ、本開示に関連して使用される科学用語および技術用語は、当業者によって一般的に理解されている意味を有するものとする。さらに、文脈によって別段の要求がされていなければ、単数形の用語は複数を含むものとし、複数形の用語は単数を含むものとする。一般的に、本明細書に記載されている、細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学ならびにタンパク質および核酸化学およびハイブリダイゼーションと関連して使用される命名法およびこれらの技術は、周知のものであり、一般的に本分野において使用されているものである。別段の記載がなければ、公知の方法および技術は、一般に、本分野において周知の慣用的な方法に従って、ならびに本明細書を通じて論述されている様々な一般的およびより具体的な参考文献に記載されているとおりに実施される。酵素的反応および精製技術は、製造業者の仕様に従って、本分野で一般的に達成されるように、または本明細書に記載されているように行われる。本明細書に記載されている実験室手技および技術に関連して使用される命名法は、本分野において周知であり、一般的に使用されるものである。以下の用語は、別段の指示がない限り、以下の意味を有すると理解されるものとする。

本明細書で使用される場合、「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」という用語は、特に明記しない限り、１またはそれを超えることを指すことができる。

「または」という用語の使用は、選択肢のみを指すことが明示的に示されていない限り、または選択肢が相互に排他的でない限り、「および／または」を意味するために使用されるが、本開示は、選択肢のみおよび「および／または」を指す定義を支持する。本明細書で使用される場合、「別の」は、少なくとも第２またはそれを超えることを意味することができる。

本出願を通じて、「約」という用語は、値が装置、値を決定するために使用されている方法の誤差の固有の変動、または試料間に存在する変動を含むことを示すために使用される。

「固体支持体」または「支持体」という用語は、生体分子がその上に結合され得る基材および／または表面を提供する構造を意味する。例えば、固体支持体は、アッセイウェル（すなわち、マイクロタイタープレートまたはマルチウェルプレートなど）であり得、または固体支持体は、フィルタ、アレイ、もしくはビーズもしくは膜（例えば、フィルタプレートまたはラテラルフローストリップ）などの可動支持体上の位置であり得る。

「結合剤」または「結合パートナー」という用語は、関心対象の第２の（すなわち、異なる）分子に特異的かつ選択的に結合することができる分子を指す。相互作用は、例えば、水素結合、ファンデルワールス相互作用、もしくは静電的もしくは疎水性相互作用の結果として非共有結合性であり得、または相互作用は共有結合性であり得る。

「可溶性結合剤」という用語は、固体支持体に結合していない（すなわち、共有結合または非共有結合で結合していない）結合剤を指す。

「固定化された結合パートナー」という用語は、固体支持体に結合した（すなわち、共有結合または非共有結合で結合した）結合剤を指す。

本明細書で使用される場合、「分析物」は、測定されている分子、化合物または細胞を指す。関心対象の分析物は、ある特定の実施形態において、結合剤と相互作用し得る。

本明細書に記載される場合、「分析物」という用語は、関心対象のタンパク質またはペプチドを指し得る。分析物は、アゴニスト、アンタゴニストまたは調節因子であり得る。あるいは、分析物は生物学的効果を有さなくてもよい。分析物は、小分子、糖、オリゴ糖、脂質、ペプチド、ペプチド模倣物、有機化合物などを含み得る。

「検出可能な部分」または「検出可能な生体分子」または「レポーター」または「指標」または「指標部分」という用語は、定量的アッセイにおいて測定することができる分子を指す。例えば、指標部分は、基質を測定可能な生成物に変換するために使用され得る酵素を含み得る。指標部分は、生物発光を生じる反応を触媒する酵素（例えば、ルシフェラーゼ）であり得る。あるいは、指標部分は、定量することができる放射性同位体であり得る。あるいは、指標部分はフルオロフォアであり得る。あるいは、他の検出可能な分子が使用され得る。

本明細書で使用される場合、「バクテリオファージ」または「ファージ」は、１またはそれよりを超える複数の細菌ウイルスを含む。本開示において、「バクテリオファージ」および「ファージ」という用語は、マイコバクテリオファージ（ＴＢおよびパラＴＢに対するものなど）、マイコファージ（真菌に対するものなど）、マイコプラズマファージなどのウイルス、ならびに生きている細菌、真菌、マイコプラズマ、原虫、酵母および他の微視的な生きている生物に侵入することができ、自身を複製するためにそれらを使用するウイルスを指す任意の他の用語を含む。ここで、「微視的」とは、最大寸法が１ミリメートルまたはそれ未満あることを意味する。

バクテリオファージは、自身を複製する手段として細菌を使用するように自然に進化したウイルスである。ファージは、ファージ自体を細菌に付着させ、そのＤＮＡ（またはＲＮＡ）をその細菌中に注入し、ファージを数百または数千回複製するように細菌を誘導することによってこれを行う。これはファージ増幅と呼ばれる。

本明細書で使用される場合、「後期遺伝子領域」は、ウイルスの生活環の後期に転写されるウイルスゲノムの領域を指す。後期遺伝子領域は、典型的には、最も豊富に発現される遺伝子（例えば、集合してバクテリオファージ粒子を構築する構造タンパク質）を含む。後期遺伝子はクラスＩＩＩ遺伝子と同義であり、構造および集合機能を有する遺伝子を含む。例えば、後期遺伝子（クラスＩＩＩと同義）は、ファージＴ７において、例えば感染後８分から溶菌まで転写され、クラスＩ（例えば、ＲＮＡポリメラーゼ）は４～８分の初期であり、クラスＩＩは６～１５分であるので、ＩＩとＩＩＩのタイミングには重複が存在する。後期プロモーターは、天然にはこのような後期遺伝子領域中に位置し、このような後期遺伝子領域において活性であるプロモーターである。

本明細書で使用される場合、「増菌のための培養」は、微生物の増殖に有利な培地中でのインキュベーションなどの伝統的な培養を指し、その中に含有される微生物を濃縮するために試料の液体成分を除去することによる増菌、または微生物増殖の伝統的な促進を含まない増菌の他の形態などの「増菌（ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）」という用語の他の可能な使用と混同されるべきではない。本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態においては、極めて短い時間の増菌のための培養が使用され得るが、必要ではなく、極めて短い時間の増菌のための培養が使用される場合、従来の増菌のための培養よりはるかに短い時間である。

本明細書で使用される場合、「組換え」は、改変がなければ見出されない遺伝物質を一緒にするために実験室で通常行われる遺伝子（すなわち、核酸）改変を指す。この用語は、本明細書において「改変された」という用語と互換的に使用される。

本明細書で使用される場合、「ＲＬＵ」は、ルミノメータ（例えば、ＧＬＯＭＡＸ（登録商標）９６）または光を検出する同様の機器によって測定される相対光単位を指す。例えば、ルシフェラーゼと適切な基質（例えば、ＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）とＮＡＮＯ－ＧＬＯ（登録商標））の間での反応の検出は、検出されたＲＬＵで報告されることが多い。

本明細書で使用される場合、「結果までの時間」は、試料インキュベーションの開始から生成された結果までの時間の総量を指す。結果までの時間は、一切の確認試験時間を含まない。データ収集は、結果が生成された後にいつでも行うことができる。
試料

本開示の方法およびシステムの実施形態の各々は、試料中のＭＲＳＡの迅速な検出および定量を可能にすることができる。例えば、本開示による方法は、優れた結果を伴って短縮された時間で実施されることができる。本開示によって検出可能な細菌細胞には、インビトロまたは鼻腔スワブ由来のＭＲＳＡの様々な株が含まれるが、これらに限定されない。

試料は、液体、固体または半固体であり得る。試料は、表面のスワブであり得る。いくつかの実施形態において、試料は、ＭＲＳＡの鼻腔コロニー形成を検出するための鼻腔スワブであり得る。いくつかの実施形態において、試料は、身体材料、例えば組織または鼻腔液を含み得る。いくつかの実施形態において、試料は、全血、血漿、血清またはこれらの組み合わせであり得る。

いくつかの実施形態において、試料は、調製、濃縮または希釈なしに、本開示の検出方法において直接使用され得る。例えば、鼻腔スワブを含むが、これに限定されない液体試料が直接アッセイされ得る。試料は、緩衝溶液または細菌培養培地を含み得るがこれらに限定されない溶液中に希釈または懸濁され得る。固体または半固体である試料は、液体中の固体を細かく刻む、混合する、または液体に浸して柔らかくすることによって液体中に懸濁され得る。試料は、宿主細菌細胞へのバクテリオファージの付着を促進するｐＨ範囲内に維持されるべきである。好ましくは、試料は、試料内に含有される任意の病原体細胞の生存能力を維持する温度に維持される。

検出アッセイのいくつかの実施形態において、試料は、試料中に存在する任意の病原体細胞の生存能力を維持する温度に維持される。例えば、バクテリオファージが細菌細胞に付着している段階の間、バクテリオファージの付着を促進する温度に試料を維持することが好ましい。バクテリオファージが感染した細菌細胞内で複製しているかまたはこのような感染した細胞を溶解している段階の間、バクテリオファージの複製および宿主の溶解を促進する温度に試料を維持することが好ましい。このような温度は、少なくとも約２５℃、より好ましくは約４５℃以下、最も好ましくは約３７℃である。

いくつかの実施形態において、アッセイは選択剤を含み得る。微生物の増殖を阻害または促進するために、微生物増殖を阻害もしくは停止し得る選択的および非選択的抗菌剤、調節剤（すなわち、微生物増殖を変化させ得るが抗菌剤とはみなされない作用物質）、または増菌剤（例えば、ヘミンなどの栄養要求性微生物に対して必要とされ得る物質、または偏好性生物によって必要とされ得る物質）または微生物増殖を促進し得るその他の成分などの選択剤がアッセイに添加され得る。いくつかの実施形態において、選択剤は、例えば、セフォキシチンを含む抗菌剤である。

アッセイは、様々な適切な対照試料を含み得る。例えば、バクテリオファージを含有しない対照試料または細菌を含まずにバクテリオファージを含有する対照試料が、バックグラウンドシグナルレベルの対照としてアッセイされ得る。
バクテリオファージ

本明細書でより詳細に記載されるように、本開示の組成物、方法、システムおよびキットは、ＭＲＳＡの検出において使用するための感染因子を含み得る。ある特定の実施形態において、本開示は、組換え指標バクテリオファージであって、バクテリオファージゲノムが指標遺伝子またはレポーター遺伝子を含むように遺伝子改変されている組換え指標バクテリオファージを提供する。いくつかの実施形態において、組成物は、バクテリオファージのゲノム中に組み込まれた指標遺伝子を有する組換えバクテリオファージを含み得る。

本開示の組成物は、１またはそれを超える遺伝子改変された感染因子（例えば、バクテリオファージ）および１またはそれを超える指標遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、同一のまたは異なる指標タンパク質をコードおよび発現し得る異なる指標ファージのカクテルを含むことができる。いくつかの実施形態において、バクテリオファージのカクテルは、黄色ブドウ球菌に対して特異的であるバクテリオファージに由来する少なくとも２つの異なる種類の組換えバクテリオファージを含む。

組換え指標バクテリオファージは、レポーター遺伝子または指標遺伝子を含むことができる。感染因子のある特定の実施形態において、宿主細菌の感染後のバクテリオファージ複製中の指標遺伝子の発現は、可溶性指標タンパク質産物をもたらす。ある特定の実施形態において、指標遺伝子は、バクテリオファージの後期遺伝子領域中に挿入され得る。後期遺伝子は一般に、構造タンパク質をコードするので、他のファージ遺伝子よりも高レベルで発現される。いくつかの実施形態において、指標バクテリオファージは、黄色ブドウ球菌に対して特異的なバクテリオファージに由来する。

さらに、必須ではないと考えられるファージ遺伝子は、認知されていない機能を有することがあり得る。例えば、一見したところ必須ではない遺伝子が、集合における微妙な切断、適合またはトリミング機能など、生産数を上昇させる上で重要な機能を有することがあり得る。したがって、指標を挿入するために遺伝子を欠失させることは有害であり得る。ほとんどのファージは、それらの天然ゲノムよりも数パーセント大きいＤＮＡをパッケージングすることができる。これを考慮して、より小さい指標遺伝子が、バクテリオファージ、特により小さいゲノムを有するバクテリオファージを改変するためのより適切な選択であり得る。ＯｐＬｕｃおよびＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）タンパク質はわずか約２０ｋＤａ（約５００～６００ｂｐでコードする）であるが、ＦＬｕｃは約６２ｋＤａ（約１，７００ｂｐでコードする）である。さらに、レポーター遺伝子は、細菌によって内在的に発現されるべきではなく（すなわち、細菌のゲノムの一部ではない）、高いシグナル対バックグラウンド比を生じるべきであり、適時に容易に検出可能であるべきである。ＰｒｏｍｅｇａのＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）は、改変されたＯｐｌｏｐｈｏｒｕｓ ｇｒａｃｉｌｉｒｏｓｔｒｉｓ（深海エビ）ルシフェラーゼである。いくつかの実施形態において、ＰｒｏｍｅｇａのＮＡＮＯ－ＧＬＯ（登録商標）、イミダゾピラジノン基質（フリマジン）と組み合わされたＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）は、低いバックグラウンドを有する頑強なシグナルを提供することができる。

指標遺伝子は、様々な生体分子を発現し得る。指標遺伝子は、検出可能な産物を発現する遺伝子または検出可能な産物を産生する酵素である。例えば、一実施形態において、指標遺伝子はルシフェラーゼ酵素をコードする。様々な種類のルシフェラーゼが使用され得る。代替の実施形態において、本明細書においてより詳細に記載されるように、ルシフェラーゼは、Ｏｐｌｏｐｈｏｒｕｓルシフェラーゼ、ホタルルシフェラーゼ、Ｌｕｃｉａルシフェラーゼ、ウミシイタケルシフェラーゼ、または操作されたルシフェラーゼのうちの１つである。いくつかの実施形態において、ルシフェラーゼ遺伝子は、Ｏｐｌｏｐｈｏｒｕｓに由来する。いくつかの実施形態において、指標遺伝子は、ＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）などの遺伝子改変されたルシフェラーゼ遺伝子である。

したがって、いくつかの実施形態において、本開示は、後期（クラスＩＩＩ）遺伝子領域に非バクテリオファージ指標遺伝子を含む遺伝子改変されたバクテリオファージを提供する。いくつかの実施形態において、非天然の指標遺伝子は、後期プロモーターの制御下にある。ウイルスの後期遺伝子プロモーターを使用することにより、レポーター遺伝子（例えば、ルシフェラーゼ）が、ウイルスのキャプシドタンパク質のように高レベルで発現されるだけでなく、内在性細菌遺伝子またはさらには初期ウイルス遺伝子のように停止しないことも保証される。

感染因子に対する遺伝子改変には、核酸の小さな断片、遺伝子のかなりの部分、または遺伝子全体の挿入、欠失または置換が含まれ得る。いくつかの実施形態において、挿入または置換された核酸は、非天然の配列を含む。非天然の指標遺伝子は、バクテリオファージプロモーターの制御下にあるように、バクテリオファージゲノム中に挿入され得る。したがって、いくつかの実施形態において、非天然の指標遺伝子は、融合タンパク質の一部ではない。いくつかの実施形態において、指標タンパク質産物は可溶性である。いくつかの実施形態において、本開示は、試験試料をそのような組換えバクテリオファージとともにインキュベートする工程を含む、関心対象の細菌（例えば、黄色ブドウ球菌）を検出するための方法を提供する。

いくつかの実施形態において、宿主細菌の感染後の子孫バクテリオファージ中での指標遺伝子の発現は、遊離の可溶性タンパク質産物をもたらす。いくつかの実施形態において、非天然の指標遺伝子は、構造ファージタンパク質をコードする遺伝子と連続しておらず、したがって、融合タンパク質を生成しない。いくつかの実施形態において、指標またはレポーターは、理想的にはバクテリオファージ構造を含まない。すなわち、指標またはレポーターはファージ構造に結合していない。したがって、指標またはレポーターの遺伝子は、組換えファージゲノム内の他の遺伝子と融合されていない。これは、アッセイの感度を（単一の細菌まで）大幅に増加させ、アッセイを単純化させ得、検出可能な融合タンパク質を産生する構築物で必要とされる追加の精製工程に起因する数時間とは異なり、いくつかの実施形態については２時間またはそれ未満でアッセイを完了することが可能になる。

いくつかの実施形態において、指標ファージは、検出可能な酵素などのレポーターをコードする。指標遺伝子産物は、光を生成し得、および／または色の変化によって検出可能であり得る。アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）またはルシフェラーゼ（Ｌｕｃ）などの様々な適切な酵素が市販されている。いくつかの実施形態において、これらの酵素は、指標部分として機能し得る。いくつかの実施形態において、ホタルルシフェラーゼが指標部分である。いくつかの実施形態において、Ｏｐｌｏｐｈｏｒｕｓルシフェラーゼが指標部分である。いくつかの実施形態において、ＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）が指標部分である。検出可能なシグナルを生成する他の操作されたルシフェラーゼまたは他の酵素も、適切な指標部分であり得る。

いくつかの実施形態において、組換えバクテリオファージストックの調製は、細菌検出アッセイにおける使用の前に、バクテリオファージと会合し得る残留指標タンパク質の実質的に全てを除去するのに十分な精製工程を含む。したがって、関心対象の試料中の任意の標的細菌を感染させるために使用される親組換えバクテリオファージの得られた調製物は、指標タンパク質を実質的に含まない。
ＭＲＳＡを検出するための感染因子を使用する方法

本明細書で述べるように、ある特定の実施形態において、本開示は、ＭＲＳＡまたは微生物を検出するために感染性バクテリオファージを使用する方法を提供する。本開示の方法は、様々な様式で実施され得る。

いくつかの実施形態において、本開示は、試料中の微生物を検出するための方法を提供する。本方法は、試料を取得することと、前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、微生物に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードする、接触させることと、前記指標タンパク質産物を表面と接触させることであって、前記表面は前記指標タンパク質産物を捕捉するための固定化された結合パートナーを備える、接触させることと、前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中の前記微生物の存在を決定するために使用される、検出することと、を含む。

いくつかの実施形態において、本開示は、試料から（例えば、鼻腔スワブから）ＭＲＳＡを検出するための方法であって、試料を取得する工程と、選択剤と、黄色ブドウ球菌に感染する１またはそれを超えるバクテリオファージとを含むアッセイにおいて前記試料をインキュベートする工程であって、関心対象の細菌の感染後のバクテリオファージ複製中の指標遺伝子の発現が可溶性指標タンパク質産物の産生をもたらすように、前記バクテリオファージが指標遺伝子を含む工程と、前記指標タンパク質産物を検出する工程であって、前記指標タンパク質産物の陽性検出は、ＭＲＳＡが前記試料中に存在することを示す工程とを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、選択剤は、セフォキシチンを含む抗生物質である。

いくつかの実施形態において、前記方法は、検出のために指標タンパク質産物を捕捉することを含む。表面上の指標タンパク質産物を捕捉する工程は、極めて少数のコロニー形成単位を生成する濃度で、微生物または様々なＭＲＳＡ株の検出を改善する。指標タンパク質産物を表面上に捕捉するために、指標タンパク質産物を表面と接触させることができる。例えば、指標タンパク質産物は、捕捉工程中に表面に付着または結合し得る。いくつかの実施形態において、表面は、とりわけ、マイクロタイタープレート、ラテックス粒子、ラテラルフローストリップ、ビーズ、磁性粒子、ディップスティックを含み得る。

いくつかの実施形態において、表面は、固定化された結合パートナーを含み得る。例えば、分析物認識のためのアレイを作製するために、１またはそれを超える特異的認識要素を表面の個別の領域に固定化することができる。指標タンパク質産物は、固定化された結合パートナーを含む表面と接触させることができる。いくつかの実施形態において、いくつかの異なる結合パートナーを１つの表面に同時に固定化することができる。いくつかの実施形態において、固定化された結合パートナーは抗体またはその断片である。

いくつかの実施形態において、指標タンパク質産物を捕捉するために、１またはそれを超える異なる固定化された結合パートナーを表面（例えば、プレート）上に堆積させる（例えば、ピペットで加える）ことができる。いくつかの局面において、表面は、固定化された結合パートナーを配向させることによって、指標タンパク質産物の接近可能性および捕捉を改善することができる。例えば、抗体をプレート上に堆積させ、一定期間インキュベートすることができる。いくつかの実施形態において、抗体は、ウサギ抗体またはヤギ抗体であり得る。必要に応じて、プレートは、インキュベーション後に洗浄することができる。その後、コーティングされたプレート上にＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）抗体を堆積させることができる。いくつかの局面において、固定化された結合パートナーとともに表面上に堆積される指標タンパク質産物の量が、固体支持体としての表面上に単層を形成するための固定化された結合パートナーの量に等しいかまたはそれ未満であれば有利である。例えば、固定化された結合パートナーは、固体支持体の表面上の層に結合されて、その特異的結合エピトープの接近可能性をもたらす抗体であり得る。

いくつかの実施形態において、本開示の方法は、感度を高めるための様々な他の工程を含み得る。微生物またはＭＲＳＡを検出する方法の感度は、１またはそれを超える洗浄工程によって増加され得る。例えば、本方法は、過剰なバクテリオファージおよび／またはバクテリオファージ調製物を汚染するルシフェラーゼもしくは他の指標タンパク質を除去するために、捕捉された指標タンパク質産物を洗浄するための工程を含み得る。さらに、捕捉された微生物は、抗生物質および感染因子とのインキュベーション後、溶解緩衝液および基質の添加前に洗浄され得る。これらの追加の洗浄工程は、過剰な親ファージおよび／またはファージ調製物を汚染するルシフェラーゼもしくは他の指標タンパク質の除去を助ける。いくつかの実施形態において、微生物を捕捉し、洗浄し、次いでバクテリオファージに感染させることができる。

いくつかの実施形態において、本方法は、バクテリオファージによる感染を促進するために抗体にタンパク質を添加することを含む。黄色ブドウ球菌は血液中の抗体（例えば、ＩｇＧ）を結合し、バクテリオファージがこれらの細胞に感染するのを妨げる。いくつかの実施形態において、血液中の抗体を結合するためにプロテインＡが添加され、それによって抗体が黄色ブドウ球菌に結合するのを妨げる。黄色ブドウ球菌細胞がプロテインＡの存在下で分裂すると、抗体は娘細胞に結合することができず、バクテリオファージによる血液中の細胞の感染を可能にする。いくつかの実施形態において、プロテインＡは、ファージカクテルに添加される。例えば、プロテインＡは、感染前にファージカクテルと混合することができる。

ある特定の実施形態において、アッセイは、異なる試料の種類またはサイズおよびアッセイフォーマットに適合するように改変することができる一般概念を利用するために実行され得る。組換えバクテリオファージ（すなわち、指標バクテリオファージ）を使用する実施形態は、試料の種類、試料サイズおよびアッセイフォーマットに応じて、１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５、１０．０、１０．５、１１．０、１１．５、１２、１２．５、１３．０、１３．５、１４．０、１４．５、１５．０、１５．５、１６．０、１６．５、１７．０、１７．５、１８．０、１８．５、１９．０、１９．５、２０．０、２１．０、２１．５、２２．０、２２．５、２３．０、２３．５、２４．０、２４．５、２５．０、２５．５または２６．０時間未満の総アッセイ時間で、ＭＲＳＡの迅速な検出を可能にし得る。例えば、所要時間は、アッセイにおいて検出されるべきバクテリオファージの株および細菌の株、試験される試料の種類およびサイズ、標的の生存能力のために必要とされる条件、物理的／化学的環境の複雑さ、ならびに「内在性」非標的細菌夾雑物の濃度に応じて、幾分短くまたは長くなり得る。

実施例
以下の実施例に示される結果は、短縮された結果までの時間で鼻腔スワブ検体からＭＲＳＡを検出するための本明細書に記載される組成物、方法およびシステムの有効性を実証する。これらの実施例は、本明細書に記載される診断スクリーニング方法およびシステムにおいて使用される新規なバクテリオファージベースのアッセイを評価した。このアッセイは、標的種を検出するためにＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）を利用する新世代のルシフェラーゼ－ファージレポーター系の一員である。本方法は高度に包括的であることが判明し、セフォキシチン選択と組み合わせると、大部分の非耐性株に対して識別する。さらに、本方法は、問題のある妨害の証拠がほとんどまたは全くなしに、鼻腔試料中のＭＲＳＡの低負荷量を同定することができた。最終的に、データは、この診断スクリーニングが鼻腔スワブ検体からのＭＲＳＡコロニー形成の検出のための有望な新しいツールであり得ることを示す。
材料および方法
細菌株

細菌株は、以下の例外を除いて、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ、ＵＳＡ）から入手した。Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ Ｓ４９２は、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｇｅｏｒｇｉａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎから入手し、黄色ブドウ球菌ＲＮ４２２０はＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｉｏｗａから入手した。黄色ブドウ球菌の臨床株は、臨床微生物学研究室（Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）から社内で調達した。地理的に異なる３つの米国の場所（Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ ＮＣ、Ｐｈｏｅｎｉｘ ＡＺおよびＲａｒｉｔａｎ ＮＪ）に由来する、匿名化されたヒト臨床検体からのＭＲＳＡ分離菌。ＭＳＳＡ分離菌は、１つの場所（Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＮＣ）から同様に入手した。ＭＲＳＡまたはＭＳＳＡの決定は、選択的発色寒天培地であるＭＲＳＡ Ｓｅｌｅｃｔ ＩＩ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ、Ｍａｒｎｅｓ－ｌａ－ｃｏｑｕｅｔｔｅ、Ｆｒａｎｃｅ）上にプレーティングすることによって確認した。株は、２５０回転／分（ＲＰＭ）で振盪しながら脳心臓浸出物（ＢＨＩ）ブロス（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｓｐａｒｋｓ、ＭＤ、ＵＳＡ）中にて３７℃で日常的に増殖させた。
バクテリオファージ源およびストックの調製

アッセイは、２つの改変された黄色ブドウ球菌バクテリオファージ、ＭＰ１１５およびＩＳＰを含む。黄色ブドウ球菌バクテリオファージは、大きな溶解性黄色ブドウ球菌バクテリオファージを含むミオウイルス科のメンバーである。ＭＰ１１５バクテリオファージはＣｏｌｏｒａｄｏ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｍｉｎｅｓから入手し、ＩＳＰバクテリオファージはＥｍｏｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙから入手した。

バクテリオファージのストックを以下のようにして製造した。ＭＰ１１５については、ＲＮ４２２０の一晩培養物を希釈し、指数期まで増殖させ、次いで０．０１の感染効率（ＭＯＩ）で感染させた。ウイルス増殖の確認として、光学密度（ＯＤ）の減少に関して培養物を監視した。その後、１０，０００ｒｐｍで１０分間の４℃の遠心分離によって、バクテリオファージ可溶化液を清澄化した。清澄化された上清を再び４℃および１０，０００ｒｐｍで２時間遠心分離した。１×ＴＭＳ（５０ｍＭＴｒｉｓ－ＨＣＬ、１０ｍＭＭｇＣｌ_２および３００ｍＭＮａＣｌ）中にペレットを一晩再懸濁した。次いで、バクテリオファージ調製物を１０μｇ／ｍＬのＤＮａｓｅＩおよび５μｇ／ｍＬのＲＮａｓｅで処理した。処理後、調製物を５，０００ｒｐｍで１０分間、４℃で遠心分離した。上清を除去し、３０，０００ｒｐｍで、２０℃で２時間、塩化セシウム密度勾配遠心分離（１．２、１．３、１．４および１．６の密度）によってさらに精製した。ファージを含有するバンドを除去し、調製物を透析チューブ（Ｓｐｅｃｔｒａ／Ｐｏｒ４、ＭＷＣＯ １２，０００～１４，０００）に入れた。透析は、２．４ＭＮａＣｌを含むＴＭＳ中で１時間行い、０．９ＭＮａＣｌを含むＴＭＳ中で繰り返し、０．３ＭＮａＣｌを含むＴＭＳ中で再び繰り返した。

ＩＳＰについては、以下を除いて同様の手順を使用した：株１２６００を宿主として使用し、指数関数培養物を０．０５のＭＯＩで感染させ、一晩のペレット再懸濁後、ＤＮａｓｅおよびＲＮａｓｅによる処理の前に、４℃で１０分間、５，０００ｒｐｍでのさらなる遠心分離を行った。ストック力価は、半固体寒天中で増殖させた宿主株に対して実施されるプラーク計数を使用する標準的な方法によって決定した。
ルシフェラーゼレポーターファージの操作

ＩＳＰ中の疑われる後期遺伝子領域に対応する相同性を有する２つの５００ｂｐ隣接配列の間に配置された宿主特異的プロモーターおよびコドン最適化されたＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）を用いて設計された相同組換えドナー構築物で標的バクテリオファージを形質転換した。この構築物をｐＢＡＶ１ＫＴ５ｇｆｐのＰｓｔＩ部位中に挿入した（アクセッションＨＱ１９１４３４）。宿主特異的プロモーターは以前の研究の後にモデル化された。Ｇｅｎｅｗｉｚ（Ｓｏｕｔｈ Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ、ＮＪ、ＵＳＡ）によってＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）のクローニングおよびコドン最適化を行った。相同性の領域が９９．９％の同一性を共有するので、このドナー構築物はＩＳＰおよびＭＰ１１５の両方の操作のために利用された。

電気穿孔適格の黄色ブドウ球菌をＲＮ４２２０から作製した。これを達成するために、ＲＮ４２２０の一晩培養物を希釈し、トリプトンソーヤブロス（ＴＳＢ）（Ｏｘｉｏｄ、Ｈａｍｐｓｈｉｒｅ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ）中で対数期中期まで増殖させた。次いで、細菌を氷上で１時間冷却し、４℃で１０分間４，０００ｇで遠心分離し、氷冷した無菌脱イオン水で３回洗浄した。洗浄後、最終ペレットを氷冷１０％グリセロール中に懸濁し、－８０℃保存用の一定分量として調製した。次いで、１００ｎｇのドナー構築物プラスミドＤＮＡを解凍された一定分量に添加し、電気穿孔の前に室温で３０分間インキュベートした。電気穿孔は、０．２ｃｍキュベット（Ｂｉｏ－Ｒａｄ、Ｍａｒｎｅｓ－ｌａ－ｃｏｑｕｅｔｔｅ、Ｆｒａｎｃｅ）を備えたＭｉｃｒｏＰｕｌｓｅｒ Ｐｌｕｓ（１．８ｋＶ電圧、１パルス、２．５ｍｓｅｃ時定数）を使用して行った。Ｂ２培地（１０ｇ／Ｌのペプトン、２５ｇ／Ｌの酵母抽出物、２５ｇ／ＬのＮａＣｌ、１ｇ／ＬのＫ_２ＨＰＯ_４、ｐＨ７．５）中に細胞を回収し、５０μｇ／ｍＬカナマイシン（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、ＵＳＡ）を含むＴＳＢ寒天上に広げた。形質転換体を単離し、ＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）の発現によって確認した。試験される前に、カナマイシンを含むＴＳＢ中で３時間、コロニーを増殖させた。１０μＬの培養物、５０μＬのＮａｎｏＧｌｏ緩衝液、１５μＬのウミシイタケ溶解緩衝液および１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）の混合物を調製し、ＧｌｏＭａｘ Ｎａｖｉｇａｔｏｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を使用して分析した。

形質転換されたＲＮ４２２０のＮＡＮＯＬＵＣ（登録商標）陽性培養物を初期対数期まで増殖させ、０．１のＭＯＩでＭＰ１１５またはＩＳＰのいずれかに感染させ、２２５ｒｐｍで振盪しながら３７℃で３時間インキュベートした。ファージ可溶化液を遠心分離して細胞片を除去し、０．４５μＭ Ｗｈａｔｍａｎ Ｐｕｒａｄｉｓｃフィルタ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、ＰＡ、ＵＳＡ）を通して濾過し、最後に１００Ｋ ＭＷＣＯタンパク質濃縮器（Ｐｉｅｒｃｅ）を用いてＴＭＳ中に緩衝液交換した。次いで、半固体寒天上でのプラークスクリーニングによる単離の前に組換え体の頻度を増加させるために限界希釈増菌を行った。無菌ピペットチップを使用して個々のプラークを単離し、１００μＬのＴＭＳ緩衝液と混合した。１０μＬのこの懸濁液を使用して、ＴＳＢ中の１００μＬの株１２６００を３７℃で２時間感染させた。感染後、５０μＬのＮａｎｏＧｌｏ緩衝液、１５μＬのウミシイタケ溶解緩衝液および１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質を各ウェルに添加した後、ＧｌｏＭａｘ Ｎａｖｉｇａｔｏｒで評価した。高シグナルを有する陽性ウェルを濾過し、希釈し、次の継代に感染させるために使用した。３回の連続継代が１００％陽性であり、純粋であると考えられるプラークを生じるまでこれを繰り返した。
インビトロファージ検出アッセイ－感度、包含性およびＭＳＳＡ排他性

一晩培養物を脳心臓浸出物（ＢＨＩ）ブロスで希釈し、ＢＨＩで希釈した１３５μＬの培養物を９６ウェルストリッププレート（Ｇｒｉｅｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ ＧｍｂＨ、Ｆｒｉｃｋｅｎｈａｕｓｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）の２つのウェルに移して、ウェルあたり所望のコロニー形成単位（ＣＦＵ）（例えば、１０、１０００または１０００ＣＦＵ）を得た。１３５μＬのＢＨＩブロスのみからなるさらなる２つのウェルを利用して培地バックグラウンドを決定した。各試料につき１つのウェルが対照ウェルとして機能し、１５μＬのＢＨＩブロスが加えられた。他方のウェルは選択的ウェルとして機能し、２２μｇ／ｍＬのセフォキシチン（Ａｌｆａ Ａｅｓａｒ、Ｗａｒｄ Ｈｉｌｌ、ＭＡ、ＵＳＡ）を含有する１５μＬのＢＨＩブロスが加えられた。選択的ウェルは、２．２μｇ／ｍＬのセフォキシチンの最終濃度を有していた。示されている場合、各試料の実際のＣＦＵは、ＢＨＩ寒天上でのプレート計数によって確認された。９６ウェルストリッププレートをカバーフィルム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ、ＮＹ、ＵＳＡ）で密封し、増菌および選択を容易にするために３７℃で４時間インキュベートした。ファージカクテルは、溶原性ブロス（ＬＢ）（Ｇｉｂｃｏ、Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ、ＵＳＡ）中に調製され、それぞれ１ｍＬ当たり１．６×１０^８プラーク形成単位（ＰＦＵ）で両方の操作されたファージを含有した。１０μＬのファージカクテルを各ウェルに添加し、ピペッティングによって混合した後、再度フィルムで覆った。ＭＲＳＡの存在下でファージ感染およびルシフェラーゼの産生を促進するために、プレートを３７℃で４時間インキュベートした。５０μＬのＮａｎｏＧｌｏ Ｂｕｆｆｅｒ、１５μＬのウミシイタケ溶解緩衝液および１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質からなる６５μＬの検出溶液を各ウェルに添加し、ピペット操作によって混合した。試料は、３分間の待機時間および１秒の積分でＧｌｏＭａｘ Ｎａｖｉｇａｔｏｒを使用して読み取った。結果は、培地のみで観察されたバックグラウンドの約３倍である６００相対光単位（ＲＬＵ）のカットオフで評価した。
インビトロファージ検出アッセイ－非黄色ブドウ球菌排他性および細菌干渉

競合生物の一晩培養物をＢＨＩブロスで希釈し、１２５μＬの希釈された培養物を９６ウェルストリッププレートの４つのウェルに移して、所望のウェル当たりＣＦＵ（例えば、１０、１０００または１０００ＣＦＵ）を得た。わずか１２５μＬのＢＨＩブロスからなるさらなる４つのウェルを利用して、ＭＲＳＡ（ＢＡＡ－１７２０）の培地バックグラウンドおよびベースラインシグナルを決定した。各試料の２つのウェルを排他性試験に割り当て、他の２つのウェルを使用して細菌干渉を評価した。排他性のためには、１０μＬのＢＨＩブロスを両方のウェルに添加し、一方、ＭＲＳＡを含有する１０μＬのＢＨＩブロスを細菌干渉ウェルに添加した。各条件について、一方のウェルは対照ウェルとして機能し、追加の１５μＬのＢＨＩブロスを加えられ、他方は選択的ウェルとして機能し、２２μｇ／ｍＬのセフォキシチンを含有する１５μＬのＢＨＩブロスを加えられた。次いで、増菌、ファージ感染およびＣＦＵを上記のように決定した。
鼻腔スワブファージ検出－内在性試料、ＭＲＳＡスパイクおよび自己発光

ＢＢＬ ＣｕｌｔｕｒｅＳｗａｂ Ｌｉｑｕｉｄ Ｓｔｕａｒｔ Ｄｏｕｂｌｅ ｓｗａｂ（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｓｐａｒｋｓ、ＭＤ、ＵＳＡ）を本明細書に記載される実験に使用した。スワブを１つの鼻孔中に挿入し、少なくとも５回回転し、第２の鼻孔中において同じスワブで繰り返すように指示されたボランティアからレーヨンの鼻腔スワブを自己回収した。処理前に、検体を４℃で一晩保存した。内在性鼻腔試料を評価するために、１ｍＬのＢＨＩブロス中で１５秒間ボルテックスすることによって１つのスワブを溶出した。１３５μＬのこの鼻腔溶出液を９６ウェルストリッププレートの２つのウェルに加えた。これらのウェルを、上記の１３５μＬの希釈された培養物と同様に評価した。

真正なＭＲＳＡコロニー形成を同定するために、直接プレーティングおよび増菌された培養の両方を使用する参照方法を使用した。直接プレーティングのために、スクリーニングにおいて使用した１３５μＬの鼻腔溶出液をＭＲＳＡ Ｓｅｌｅｃｔ ＩＩ寒天培地にプレーティングした。増菌された培養法のために、６．５％ＮａＣｌを含む３ｍＬのＴＳＢ（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｇｅｅｌ、Ｂｅｌｇｉｕｍ）に１つのスワブを入れ、２５０ｒｐｍで振盪しながら３７℃で一晩増殖させた。翌日、培養物をＭＲＳＡ Ｓｅｌｅｃｔ ＩＩ寒天上に画線接種した。いずれの場合においても、ＭＲＳＡコロニー形成の存在または非存在を特定するために製造者の説明書に従った。いずれかの方法（直接プレーティングまたは増菌された培養）が選択的寒天上で陽性結果をもたらした場合、スワブをＭＲＳＡ陽性とみなした。

ＭＲＳＡの希釈培養物を鼻腔溶出液中に添加することによって、鼻腔マトリックス中のＭＲＳＡ検出能を評価した。この目的のために、１２５μＬの鼻腔溶出液を、各試料について９６ウェルストリッププレートの２つのウェルに添加した。両方のウェルに、１０μＬの希釈されたＭＲＳＡ培養物を加えた。試験したＭＲＳＡ株（ＢＡＡ－１７０７、ＢＡＡ－１７１７、ＢＡＡ－１７２０、ＢＡＡ－１７６３、ＢＡＡ－１７６６）ごとに割り当てられた８つの試料で、４０個の特有の鼻腔試料を評価した。対照として、１０μＬの各ＭＲＳＡ株も１２５μＬのＢＨＩブロスに添加した。添加後、上記の１３５μＬの希釈された培養物と同じように、２つのウェルを評価した。

ルシフェラーゼ源を含まない検出溶液（ファージカクテル）と各試料を混合することによって、各鼻腔試料の自己発光を評価した。これを達成するために、１３５μＬの各鼻腔溶出液を２５μＬのＢＨＩブロスと９６ウェルストリッププレート中で合わせた。次いで、６５μＬの検出溶液を各ウェルに添加し、ピペット操作で混合した。プレートをルミノメータで読み取った。
実施例１．感度および包含性の研究

本明細書に記載される方法およびシステムは、多様な遺伝的背景からＭＲＳＡ株を同定することができる（表１）。表１に示されるように、ＭＲＳＡの包含性株は学術的な供給元から入手した。大多数の株について、様々なＭＲＳＡ株の検出を１００ＣＦＵまたはそれ未満で達成することができた。この検出の限界および分析感度は、以前に記載されたＰＣＲベースのスクリーニングと同様である。

バクテリオファージベースのＭＲＳＡスクリーニングは、４時間の増菌、２時間の感染、およびルミノメータでのその後の放出された光の検出を含んでいた。９６ウェルストリッププレートの２つのウェルが、１つの対照ウェルおよび１つの選択的ウェルからなる各試料に対して実行された。選択的ウェルはＭＲＳＡ判定のために使用され、ＭＲＳＡ選択剤であるセフォキシチンを含有するのに対して、対照ウェルは細菌培養培地のみを含有し、主としてアッセイ開発中にファージ性能を測定する。セフォキシチンは、ディスク拡散および寒天希釈アッセイにおけるＭＲＳＡの表現型同定のための優れた選択肢であることが示された。これらのウェル中で試料を４時間増菌し、耐性細菌の回収、増殖および選択を促進した。この後、組換えルシフェラーゼをコードするバクテリオファージによる２時間の感染期間を実施した。ウイルス感染の成功を示すルシフェラーゼの産生は、放出された光を基質の添加後にルミノメータで検出することによって測定される。３つ組のウェル中で、１０、１００または１，０００コロニー形成単位（ＣＦＵ）の開始標的でこの方法を使用して、１７の多様なＭＲＳＡ株を評価した（表１）。ＣＦＵ（プレートカウントから決定される）および相対光単位（ＲＬＵ）の値を表Ｓ１に示す。陽性結果は、６００ＲＬＵのカットオフに基づいて決定された。このカットオフは、培養培地のみで観察されたバックグラウンドの約３倍である。

対照条件でのウェルあたり１００ＣＦＵおよび１，０００ＣＦＵの両方で、試験した５１ウェルのうち５１ウェル（１００％）について陽性結果が得られた。１０ＣＦＵ／ウェルでは、５１ウェルのうち４８ウェル（９４．１％）が陽性であった。ＭＲＳＡの３つの特有の株は、１０ＣＦＵでは、３つのウェルのうち２つのウェルにおいてのみ陽性であった。これらの結果は、多様なＭＲＳＡ分離菌を認識するファージカクテルの能力を強調している。ＭＲＳＡ判定のためにセフォキシチンが含められると、１，０００ＣＦＵ／ウェルでは５１ウェルのうち５１ウェル（１００％）に対して、１００ＣＦＵ／ウェルでは５１ウェルのうち４８ウェル（９４．１％）に対して、陽性シグナルをなお検出することができた。選択下にある１００ＣＦＵで、ＨＤＥ２８８としても知られるＢＡＡ－４２を検出できないことは、完全には予想外ではない。この株は、低レベルおよび不均一なメチシリン耐性を伴うＭＲＳＡの「初期のクローン」に属する。表１に示されるように、わずか１０ＣＦＵで、５１の選択的ウェルのうち４４（８６．３％）が陽性を保った。対照ウェルと選択的ウェルの両方において１００％検出を有する最小のＣＦＵに基づいて、各株に対して検出限界を決定した。試験した１７のＭＲＳＡ株のうち１３はウェルあたり１０ＣＦＵで確実に検出することができたが、３つはウェルあたり１００ＣＦＵを必要とした。ＢＡＡ－４２は、ＭＲＳＡ選択による一貫した陽性検出のためにウェルあたり１００ＣＦＵ超を必要とする唯一の株であった。表１に示されるように、ＭＲＳＡアッセイは、１００ＣＦＵで試験された１７のＭＲＳＡ株で１００％の包含性を実証する。ＭＲＳＡアッセイはまた、試験した５１のＭＲＳＡ株のうち４８に対する選択性を実証する。全体として、これらの結果は、低い細菌負荷量で遺伝的に多様なＭＲＳＡ株の存在を検出するこのスクリーニングの能力を実証している。

実施例２．インビトロでのＭＲＳＡスクリーニングの排他性および特異性

高感度のＭＲＳＡ検出に加えて、成功したＭＲＳＡアッセイは、メチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）株の大部分を排除する能力も実証しなければならない。表２は、３つ組のウェル中で、１００、１，０００および１０，０００ＣＦＵで本明細書に記載される方法を使用して評価されたＭＳＳＡの５つのよく特徴付けられた株を示しており、プレートカウントから決定されたＣＦＵ値、およびＲＬＵ値を提供する。ＭＲＳＡ対照ウェルはセフォキシチンを含まず、ＭＲＳＡ選択的ウェルはセフォキシチンを含んでいた。予想通り、ＭＳＳＡ株は、１００、１，０００および１０，０００のＣＦＵレベルで、対照ウェルの１００％において陽性であった。選択的ウェル中でのセフォキシチンの包含は、陽性結果の有意な低下をもたらした。セフォキシチンを含むＭＲＳＡ選択的ウェルでは、１５のうち０（０％）の選択的ウェルが１００ＣＦＵで陽性であったが、１５のうち１つ（６．７％）の選択的ウェルのみが１，０００ＣＦＵおよび１０，０００ＣＦＵで陽性であった。これらの結果は、ほとんどのＭＳＳＡ株を識別するＭＲＳＡアッセイの能力を支持する。

表３に示されるように、ＭＳＳＡを超えて、２１の特有の属および３２の異なる種を包含する４０の株のパネルに対して、ＭＲＳＡスクリーニングの排他性をインビトロで評価した。（プレートカウントから決定された）ＣＦＵおよびＲＬＵの値を表Ｓ３に示す。各排他性株のＣＦＵは、ウェルあたり１，５００ＣＦＵ超であった（１５，９５０の中央値ＣＦＵ）。特異性を評価すると、表３は、４０株のうち６株（１５％）が対照ウェルにおいて陽性であったことを示す。この条件における陽性シグナルは、ファージカクテルの交差反応性の結果であり、ブドウ球菌種およびバチルス種で観察された。多くの黄色ブドウ球菌ファージは多価であり、コアグラーゼ陽性およびコアグラーゼ陰性のブドウ球菌種の両方を溶解することが実証されている。バチルス種によるブドウ球菌ファージの吸着が以前に報告されており、それらの細胞壁タイコ酸（ＷＴＡ）の類似性と関連付けられ得る。この交差反応性にもかかわらず、選択的条件では４０株のうち０株が陽性であり、ＭＲＳＡに対して偽陽性をもたらさなかったであろう。これらの結果は、本明細書中に記載される実験において使用されるファージカクテルの特異性およびアッセイ全体の排他性を実証する。

過剰な競合菌負荷量の存在下において少数のＭＲＳＡを検出するＭＲＳＡスクリーニングの能力を評価した。この目的のために、およそ５０ＣＦＵのＭＲＳＡを、排他性パネルからの少なくとも２０倍過剰の各株と組み合わせた（表３）。（プレートカウントから決定された）ＣＦＵおよびＲＬＵの値を表Ｓ３に示す。驚くべきことに、４０ウェルのうち３９ウェル（９７．５％）および４０ウェルのうち４０ウェル（１００％）が、それぞれ、競合種の存在下で、対照条件および選択的条件において陽性であった。Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、１００倍過剰で試験した場合、対照条件において検出を阻害した。インビトロおよびインビボの両方でこれらの種間の拮抗が知られていることを考えると、これは驚くべきことではない。重要なことに、この効果はセフォキシチンの存在下（ＭＲＳＡ選択的条件）で失われ、したがって、ＭＲＳＡに対して偽陰性をもたらさないであろう。このデータは、過剰な競合生物を含有する環境において低レベルのＭＲＳＡを検出するこのスクリーニングの能力を実証している。

実施例３．インビトロでの循環黄色ブドウ球菌臨床分離菌間のスクリーニング性能。

ヒト臨床検体からのＭＲＳＡ分離菌は、米国内の地理的に異なる３つの臨床微生物学研究所（バーリントン、ノースカロライナ州、フェニックス、アリゾナ州およびラリタン、ニュージャージー州）から社内で入手した。ＭＳＳＡ分離菌は、１つの場所（バーリントン ノースカロライナ州）から同様に入手した。ＭＲＳＡまたはＭＳＳＡの同定は、選択的発色寒天上にプレーティングすることによって確認した。合計３９０の臨床ＭＲＳＡ株を特有の検体から単離し、ＭＲＳＡスクリーニングで評価した。各株のＲＬＵおよびＣＦＵ値を提供する（表Ｓ４）。

表４は、試験したＭＲＳＡの負荷量の中央値がウェルあたり４７ＣＦＵであったことを示す。表４に示されるように、３９０のうち３８８の臨床ＭＲＳＡ株（９９．５％）が対照ウェルで陽性に検出された。セフォキシチン選択下では、３９０の臨床ＭＲＳＡ株のうち３８１（９７．７％）が陽性であり、スクリーニングによりＭＲＳＡと同定された。より高い負荷量、すなわち、ＭＲＳＡレベルの１０倍または１００倍（それぞれ５００ＣＦＵおよび５，０００ＣＦＵ）のいずれかで、臨床ＭＳＳＡ株を排除について試験した。１２３の臨床ＭＳＳＡ株のうち１２２（９９．２％）がいずれかの接種材料の対照条件で陽性に検出された。しかしながら、選択的ウェルでは、５００ＣＦＵからの陽性シグナルは、１２３のＭＳＳＡ株のうち８つ（６．５％）に低下した。ウェルあたり約５，０００ＣＦＵでは、この偽陽性率は１２３株中２１株（１７．１％）に増加した。これは、ほとんどのＭＳＳＡ株は陰性であるが、一部は高い負荷量で選択を圧倒し、偽陽性をもたらし得ることを示唆している。重要なことに、試験した５１３の臨床黄色ブドウ球菌分離菌のうち、５１０（９９．４％）が対照条件で陽性であった。これは、記載された方法およびシステムで利用されるファージカクテルが広宿主域の適用範囲を与えるという考えを引き続き支持する。全体として、これらの結果は、ほとんどの臨床ＭＳＳＡ株を排除しながら、臨床ＭＲＳＡ株の大部分を首尾よく認識および検出するこのスクリーニングの能力を示す。

実施例４．ヒト鼻腔スワブによる特異性およびスクリーニング性能。

レーヨンの綿棒を使用して、４０人の成人ボランティアから前鼻腔検体を自己採取した。以前の研究では、ＭＲＳＡコロニー形成の検出に関して、自己採取の有効性が確認されている。処理の前に、検体を４℃で一晩保存して、あり得る試料輸送条件を模倣した。真正なＭＲＳＡコロニー形成を同定するために、直接プレーティングおよび増菌された培養の両方を使用する参照方法を使用した。全ての４０のヒト鼻腔検体は、両方の参照方法によって陰性であり、ＭＲＳＡコロニー形成を欠くと判定された（表５）。健康な成人におけるＭＲＳＡコロニー形成率は２％未満であると推定されているので、４０人の個体での検出の欠如は驚くべきことではない。

これらの検体を用いてスクリーニングを行うために、スワブを細菌培養培地中に溶出し、セフォキシチンを含む（選択的）または含まない（対照）ウェルに添加した。選択的条件における陽性結果は、陽性ＭＲＳＡ結果であると考えられる。対照条件は、ＭＲＳＡ判定のために必要とされないか、または利用されないが、選択の有効性を実証するために含められた。ブドウ球菌種の高い鼻腔コロニー形成率およびファージカクテルとの以前に記載された交差反応性の故に、ほとんどの対照ウェルで陽性結果が予想された。予想通り、４０のうち３６（９０％）の試料が対照ウェルにおいて陽性であった。内在性試料のＲＬＵ値を提供する（表Ｓ５）。

４０のうち３６（９０．０％）の検体がＭＲＳＡ検出に関して陰性であり、参照方法と一致した。４つの試料で偽陽性が同定され、中央値ＲＬＵシグナルはシグナルカットオフの５倍未満であった。ルシフェラーゼ基質を用いて直接試験した場合、全ての鼻腔試料は陰性であり、非特異的自己発光が顕著な偽陽性源ではなかったことを示した（表Ｓ５）。これらの試料における偽陽性シグナルの背後に存在する正確な機構はなお不明であるが、メチシリン耐性コアグラーゼ陰性ブドウ球菌に関連する可能性があり得る。さらに、いくつかのＭＳＳＡ株は、高い細菌負荷量で偽陽性結果をもたらすことが以前に観察された（表４）。全体として、ＭＲＳＡ陰性試料の大半（９０％）をこの方法によって首尾よくスクリーニングで排除することができた。

この方法が鼻腔マトリックス中のＭＲＳＡを首尾よく検出することができるかどうかを決定するために、先述した４０の非コロニー形成鼻腔スワブからの溶出液中に、５つの十分に特徴付けられたＭＲＳＡ株を添加した。各試料のＲＬＵおよびＣＦＵ値を提供する（表Ｓ５）。ＭＲＳＡ添加の負荷量の中央値は、ウェルあたり８７ＣＦＵであった。４０のうち４０（１００％）のＭＲＳＡ添加試料は、対照条件と選択的条件の両方で陽性であった（表５）。無効な試料の欠如は、これらの個体中にアッセイ阻害剤が存在しないことを示唆している。これらの試料中に低負荷量で添加された場合に５つの特有のＭＲＳＡ株の検出に成功したことは、鼻腔マトリックスにおけるバクテリオファージベースのスクリーニングの有効性を支持する。

実施例に示されるように、本開示は、鼻腔スワブからのＭＲＳＡの高感度かつ迅速な検出を達成する、培養ベースのアプローチでのＭＲＳＡルシフェラーゼファージレポーターアッセイを提供する。表１に示されるように、ＭＲＳＡルシフェラーゼファージレポーターアッセイを利用する診断スクリーニングは、およそ６時間で、多様な遺伝的背景からのＭＲＳＡ株を同定することができた。ＭＲＳＡ株の大部分では、成功した検出には、ウェルあたりわずか１０～１００ＣＦＵ、鼻腔スワブあたり約７５～７５０ＣＦＵ相当の存在が必要であった。この検出の限界は、以前に記載されたＰＣＲベースのスクリーニングと同様である。保菌者の鼻腔スワブから回収されたＭＲＳＡの負荷量の中央値は、１０，０００ＣＦＵを超えることが明らかとなった。さらに、鼻腔コロニー形成の高い負荷量を有する個体は、複数の身体部位にＭＲＳＡを保有し、伝染の媒介者である可能性がより高い。したがって、このアッセイの感度は、目標がＭＲＳＡ保菌を排除することであるか、または患者から患者への伝播を制限するかを問わず、臨床鼻腔検体からの予想される負荷量に対処するのによく適しているようである。

いくつかの点で、ルシフェラーゼレポーターファージアッセイの性能は、バクテリオファージの選択に大きく依存する。実施例におけるこのＭＲＳＡ診断スクリーニングは、ミオウイルス科の大型溶菌性ブドウ球菌バクテリオファージのメンバーである２つのファージ、ＩＳＰおよびＭＰ１１５のＮａｎｏＬｕｃ発現組換え体を利用した。これらのファージは、主に高度に保存されたＷＴＡを介して宿主表面に結合し、広宿主域の能力をもたらす。ＷＴＡを欠く変異体は、全てまたは少なくとも大部分のブドウ球菌ファージに対して耐性であると考えられる。耐性ＷＴＡ欠損変異体は仮説として可能であるが、以前の研究は、鼻腔コロニー形成とメチシリン耐性の両方のためにＷＴＡが必要であることを明らかにしている。一般に、ＷＴＡの喪失はまた、インビボでの適応コストおよび病原性の全体的な減少をもたらす。したがって、鼻腔保菌に関与する全ての現在および将来のＭＲＳＡ株が、このスクリーニングによって標的とされる受容体を保有すると予想することは合理的である。さらに、この結論は、試験した臨床ＭＲＳＡ分離菌の９９．５％について検出された陽性ファージシグナルを示す表４のデータによってさらに裏付けられる。

表４の結果に示されるように、５１３の黄色ブドウ球菌臨床株のうち、ＭＲＳＡの２つの分離菌（ＢＮＣ１５９およびＰＨＸ０７９）およびＭＳＳＡの１つの分離菌（ＭＳＳＡ０９０）は、対照条件において陽性シグナルを生成することができなかった。これらの分離菌の１つ（ＰＨＸ０７９）は、培養での増殖欠陥を有するようであった（データは示さず）。増菌期間中の増殖不良は、このＭＲＳＡ株を確実に検出することができないことに寄与した可能性がある。ＢＮＣ１５９およびＭＳＳＡ０９０を検出できないことは、制限修飾系または莢膜の産生を通じたファージ耐性に関連し得る。制限修飾系は、特定のモチーフにおけるＤＮＡメチル化の存在または非存在を通じてしばしば同定される外来ＤＮＡを標的とし、排除する。ブドウ球菌ファージはこれらの経路の圧力下で進化しており、いくつかのファージはこれらの系によって標的とされる特定の配列を完全に欠いているという証拠が存在する。これにもかかわらず、黄色ブドウ球菌にわたる制限修飾系の多様性は広範であり、これらの分離菌において見られる耐性に寄与し得る。これとは別に、莢膜の産生は、表面受容体の遮蔽を介して黄色ブドウ球菌におけるファージ耐性と関連している。黄色ブドウ球菌のいくつかの一般的な系統は莢膜の多糖を産生しないが、この機序は、観察されるまれな（＜１％）耐性を促進し得る。

さらに、表４はまた、ＭＲＳＡルシフェラーゼファージレポーターアッセイと選択剤（例えば、抗生物質）との組み合わせが非ＭＲＳＡの生存能力および増殖を制限し、ＭＲＳＡ検出を妨害しなかったことを示す。例えば、ＭＲＳＡルシフェラーゼファージレポーターアッセイは、非ＭＲＳＡの生存能力および増殖を制限するためにセフォキシチンを利用した。表４の結果は、ウェルあたり約５００ＣＦＵで試験した場合、臨床ＭＳＳＡ株のわずか６．５％が陽性であったので、この選択の有効性を証明している。驚くべきことに、臨床ＭＲＳＡ株の９７．７％が、ウェルあたり約５０ＣＦＵで選択的ウェルにおいて陽性のままであったので、セフォキシチンはＭＲＳＡ検出を妨げなかった。さらに、表３は、この選択剤が、バチルスのいくつかの種およびコアグラーゼ陰性ブドウ球菌からの偽陽性を制限する上でも有益であり、同時にＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅからの妨害も防止したことを示している。セフォキシチンは、ＭＲＳＡ選択のための優れた選択肢として実証されており、多様な分離菌を同定することができる。臨床ＭＲＳＡの高い検出率にもかかわらず、いくつかの株は、セフォキシチンの存在下で偽陰性の結果をもたらした。臨床ＭＲＳＡ株は、いくつかの例において特に低い負荷量で評価されたので、これらの株は低レベルの耐性またはヘテロ耐性を発現する可能性が高い。そのような株は、ＢＡＡ－４２について見出されるものと同様に、ウェルあたり１００ＣＦＵを超える検出限界を示し得る（表１）。

鼻腔スワブでの性能に関して、表５は、ＭＲＳＡ陰性試料の９０．０％が選択下において陰性の試験結果を与え、参照方法と一致したことを提供する。したがって、鼻腔溶出液の１０％で偽陽性が検出された。これらの偽陽性は、３つの起源に由来し得る。第１に、自己発光が起こり得るが、表Ｓ５に示されるようにルシフェラーゼを添加する必要性を実証することによってこれらの試料では除外された。第２に、ある種のＭＳＳＡ株の高い負荷量は、偽陽性をもたらし得る（表４）。最後に、コアグラーゼ陰性ブドウ球菌のいくつかの交差反応性種は、ＭＲＳＡと同じ耐性機構を介してメチシリン耐性になることができる。これらの種は、４つの試料で観察された弱い偽ＭＲＳＡ陽性に寄与し得る可能性がある。

本明細書中に記載されるＭＲＳＡを検出するための方法およびシステムは、内在性鼻腔細菌叢の生存能力を必要とすることによって試料の妥当性を評価する点で類を見ない。内在性鼻腔細菌叢を複製するために、鼻腔溶出液に５つのＭＲＳＡ株のうちの１つを添加した（表５）。表５に示されるように、鼻腔マトリックス中の低いＭＲＳＡ負荷量の陽性検出が、添加された試料の１００％において達成された。重要なことに、これは、成功したバクテリオファージ感染およびルシフェラーゼ産生が鼻腔マトリックス中で起こり得ることを示している。さらに、これは、内在性試料の１０％において以前に見られた陰性対照ウェルがアッセイ阻害剤の結果ではなかったことを明らかにする。全体として、これらの結果は、ＭＲＳＡ保菌が存在する場合、鼻腔検体において検出されるであろうことを強く示唆している。

本明細書中に記載されるバクテリオファージベースのＭＲＳＡアッセイは、標的種を高感度に検出するためにＮａｎｏＬｕｃを利用する新世代のルシフェラーゼレポーターファージシステムのメンバーである。本方法は高度に包括的であることが判明し、セフォキシチン選択と組み合わせると、大部分の非耐性株に対して識別する。さらに、スクリーニングは、問題のある妨害の証拠なしに、鼻腔試料中のＭＲＳＡの低負荷量を同定することができた。さらに、ＭＲＳＡ検出が６時間以内に行われると、すぐに使用可能な結果が単一の作業シフトで入手可能になる。最終的に、本データは、本明細書中に記載されるバクテリオファージベースのＭＲＳＡアッセイが、鼻腔スワブからのＭＲＳＡコロニー形成の検出のための有望な新しいツールであり得ることを示す。

実施例５．中および高タンパク質結合プレート上へのＮａｎｏＬｕｃの直接コーティング。

黄色ブドウ球菌（ＡＴＣＣ１２６００）をトリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で対数期（０．４１のＯＤ_６００）まで増殖させた。培養物をＴＳＢで希釈して所望の負荷量を得、コロニー形成単位（ＣＦＵ）を得るためにＴＳＢ寒天上にプレーティングすることによってこれを確認した。９６ウェルストリップ（高結合；（Ｇｒｅｎｉｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ、参照番号７６２０７４）中の３７．５μＬのＴＳＢまたはヒト血液に、１２．５μＬの各希釈物を直接添加した。表記されている場合には、いくつかのストリップは、捕捉のために結合された抗ＮａｎｏＬｕｃ抗体（精製されたマウスモノクローナルＩｇＧクローン＃９６５８０８；カタログ番号ＭＡＢ１００２６）を含有していた。抗凝固剤としてヘパリンナトリウムを使用して、単一のドナーからヒト血液を採取した。血液試料については、１００μＬの、ポリアネトールスルホン酸ナトリウム（ＳＰＳ）を含有するＴＳＢを添加して、２５％ヒト血液マトリックスを得た。ウェル中のＳＰＳの最終濃度（１５０μＬ体積）は０．０５％であった。ＴＳＢ試料については、１００μＬのＴＳＢを添加して、同じ１５０μＬの体積を達成した。次いで、試験ストリップをカバーフィルムで密封し、３７℃で３０分間インキュベートした。この短時間の増菌後に、ＴＳＢマトリックスを含有するウェルに２０μＬのファージ作業用ストックを添加した。ファージ作業用ストックは、８×１０^７プラーク形成単位／ｍＬのＭＰ１１５．ＮＬおよびＳＡＰＪＶ１．ＮＬの両方を含有した。血液マトリックスを含有するウェル中での感染を可能にするために、表記されているように、ウェルあたり０．５ｍｇの組換えブドウ球菌プロテインＡ（ｐｒｏ－３５６、Ｐｒｏｓｐｅｃ、Ｎｅｓｓ－Ｚｉｏｎａ、Ｉｓｒａｅｌ）を２０μＬのファージ作業用ストック内に含めた。アッセイストリップを再びカバーフィルムで密封し、３７℃で３時間インキュベートした。感染後、これらのストリップを３００μＬのＰＢＳ－Ｔ（１０ｍＭリン酸ナトリウム、１５０ｍＭＮａＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０、ｐＨ７．４）で３回洗浄した。洗浄は自動プレート洗浄機（ＡｃｃｕＷａｓｈ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）を用いて行った。１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を含有する１００μＬのＮａｎｏＧｌｏ緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を各ウェルに添加した。３分間の待機期間の後、ＧｌｏＭａｘ Ｎａｖｉｇａｔｏｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を使用して、相対光単位（ＲＬＵ）としての各試料の信号出力を決定した。バックグラウンドに対するシグナル（Ｓ／Ｂ）は、その試験マトリックスに対する培地対照で観察されたＲＬＵから各試料からのＲＬＵを割ることによって計算した。

これらの実施例において、抗ＮａｎｏＬｕｃ抗体は、固定化された結合パートナーである。表６は、指標タンパク質が固定化された結合パートナーによって捕捉された場合のシグナル検出の大幅な増加を示す。例えば、黄色ブドウ球菌の低い負荷量または高い負荷量を有する試料では、対照ストリップを使用して試料が捕捉されない場合より、指標タンパク質が抗ＮａｎｏＬｕｃ抗体によって捕捉された場合にＲＬＵが著しく高い。驚くべきことに、黄色ブドウ球菌が結合されたＩｇＧを有する場合、黄色ブドウ球菌の感染は起きることができない。プロテインＡの添加は、黄色ブドウ球菌が感染されることを可能にする。赤血球および他の血清タンパク質は、発現された指標タンパク質の捕捉を妨害しない。さらに、赤血球による対照中に見られるシグナルの消光が排除され、バックグラウンドを上回るシグナルが維持されるか、または増加する。したがって、指標タンパク質は、試料中の他の成分（例えば、タンパク質）からの妨害を最小限にして、全血試料を使用して検出することができる。従来、指標タンパク質産物の確実な検出のために、血清または血漿が血液から単離される。有利には、実施例は、本検出方法が、この捕捉工程を使用することによって患者から直接採取された全血試料に対して行われ得ることを実証する。

実施例６．ヒト血液における抗生物質感受性試験

メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）株（ＡＴＣＣ ＢＡＡ－１７２０、ＣＤＣ ＡＲ０４８０）およびメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）株（ＡＴＣＣ １２６００）をトリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で対数期（０．１６から０．４の範囲のＯＤ_６００）まで増殖させた。培養物をＴＳＢで希釈して所望の負荷量を得、コロニー形成単位（ＣＦＵ）を得るためにＴＳＢ寒天上にプレーティングすることによってこれを確認した。５０μＬの各希釈物を試験ストリップに添加した。表記されている場合、いくつかのストリップは、捕捉のために中結合プレート（Ｇｒｅｎｉｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ、Ｓｔｒｉｐｓ Ｐｌａｔｅ １２ｘＦ８、ＰＳ、Ｆ－Ｂｏｔｔｏｍ、Ｗｈｉｔｅ、Ｌｕｍｉｔｒａｃ、Ｍｅｄ Ｂｉｎｄｉｎｇ、参照番号７６２０７５）または高結合プレート（Ｇｒｅｎｉｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ、参照番号７６２０７４）上に結合された抗ＮａｎｏＬｕｃ抗体（精製されたマウスモノクローナルＩｇＧクローン＃９６５８０８；カタログ番号ＭＡＢ１００２６）を含有していた。ＴＳＢおよびポリアネトールスルホン酸ナトリウム（ＳＰＳ）で希釈された８５μＬのＴＳＢまたはヒト血液のいずれかを添加した。抗凝固剤としてヘパリンナトリウムを使用して、単一のドナーからヒト血液を採取した。次いで、各ウェルに、ＴＳＢまたはＴＳＢ中２２μｇ／ｍＬセフォキシチン（ＦＯＸ）のいずれか１５μＬを入れた。ウェル中の各成分の最終濃度（１５０μＬ体積）は、２５％ヒト血液、０．０３７５％ＳＰＳおよび２．２μｇ／ｍＬＦＯＸであった。次いで、試験ストリップをカバーフィルムで密封し、３７℃で２時間インキュベートした。この選択的増菌後に、ＴＳＢマトリックスを含有するウェルに２０μＬのファージ作業用ストックを添加した。ファージ作業用ストックは、８×１０^７のプラーク形成単位／ｍＬ（ｐｆｕ／ｍＬ）のＭＰ１１５．ＮＬおよび６．９×１０^８ｐｆｕ／ｍＬのＳＡＰＪＶ１．ＮＬを含有した。血液マトリックスを含有するウェルについては、ウェルあたり０．５ｍｇの組換えブドウ球菌プロテインＡ（ｐｒｏ－３５６、Ｐｒｏｓｐｅｃ、Ｎｅｓｓ－Ｚｉｏｎａ、Ｉｓｒａｅｌ）を２０μＬのファージ作業用ストック内に含めた。アッセイストリップを再びカバーフィルムで密封し、３７℃で３時間インキュベートした。感染後、抗ＮａｎｏＬｕｃ捕捉および対照ストリップを３００μＬのＰＢＳ－Ｔ（１０ｍＭリン酸ナトリウム、１５０ｍＭＮａＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０、ｐＨ７．４）で３回洗浄した。洗浄は自動プレート洗浄機（ＡｃｃｕＷａｓｈ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）を用いて行った。１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を含有する１００μＬのＮａｎｏＧｌｏ緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を各ウェルに添加した。「洗浄なし＋捕捉なし」ストリップは洗浄されず、代わりに、５０μＬのＮａｎｏＧｌｏ緩衝液、１５μＬのＴＳＢおよび１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質を含有する６５μＬのマスターミックスを加えた。５％のＢＳＡでブロックされたストリップ（ウシ血清アルブミン、Ｓｉｇｍａ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ製品番号Ａ９６４７）を洗浄した。ＢＳＡでブロックされたストリップを、非特異的結合部位についてＢＳＡでブロックした。３分間の待機期間の後、ＧｌｏＭａｘ Ｎａｖｉｇａｔｏｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を使用して、相対光単位（ＲＬＵ）としての各試料の信号出力を決定した。バックグラウンドに対するシグナル（Ｓ／Ｂ）は、その試験マトリックスに対する培地対照で観察されたＲＬＵから各試料からのＲＬＵを割ることによって計算した。

表７において、「捕捉なし＋洗浄なし」の実施例は、アッセイが培地のみ（ＴＳＢ）中で行われた場合に、全シグナルの生成およびセフォキシチンによるシグナルの低下を実証した。血液の存在下で行われると、シグナルは消光される。捕捉ストリップが使用されると、血液によって行われる消光の除去のために、シグナルの大幅な増加が存在する。５％のＢＳＡでブロックされたストリップ（ウシ血清アルブミン、Ｓｉｇｍａ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ製品番号Ａ９６４７）は、非特異的結合を示すためのものである。ここでも、実施例は、全血試料について指標タンパク質が固定化された結合パートナーによって捕捉された場合のシグナル検出の大幅な増加を実証する。さらに、シグナル検出は、抗生物質を含む全血試料に対する捕捉工程によって著しく改善された。驚くべきことに、指標タンパク質は、試料中の他の成分からの妨害を最小限にして、全血試料を使用して検出することができる。

実施例７．ＮａｎｏＬｕｃで被覆されたプレートの滴定。

１．５ｍｇ／ｍＬの精製されたＮＡＮＯＬＵＣのストック溶液をＰＢＳ中で１ｎｇ／ｍＬに希釈した。ＰＢＳでの連続１０倍希釈物を、１ｎｇ／ｍＬから０．００１ｐｇ／ｍＬまで作製した。ウサギ抗マウスＩｇＧ（Ａｂｃａｍ、カタログ番号４６５４０）またはヤギ抗マウスＩｇＧ（Ａｂｃａｍ、カタログ番号６７０８）をＰＢＳで１０μｇ／ｍＬに希釈し、１００μＬ／ウェルにピペットで加えた。プレートを２～８°Ｃで１８～２０時間インキュベートし、次いで３００μＬのＰＢＳ／ウェル／洗浄で３回洗浄した。マウス抗ＮａｎｏＬｕｃ抗体（精製されたマウスモノクローナルＩｇＧ、クローン＃９６５８０８、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＭＡＢ１００２６）をＰＢＳで１μｇ／ｍＬに希釈し、ウサギまたはヤギ抗マウスＩｇＧで被覆されたプレートに１００μＬ／ウェルにピペットで加える。非特異的結合決定のために５％のＢＳＡブロックされたストリップを含め、Ｎａｎｏｌｕｃ活性測定のために被覆されていないストリップを含めた。アッセイストリップをカバーフィルムで密封し、３７℃で３時間インキュベートした。抗体で被覆されたストリップを３００μＬ／ウェルのＰＢＳ－Ｔ（１０ｍＭリン酸ナトリウム、１５０ｍＭＮａＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０、ｐＨ７．４）で３回洗浄した。洗浄は自動プレート洗浄機（ＡｃｃｕＷａｓｈ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）を用いて行った。１μＬのＮａｎｏＧｌｏ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を含有する１００μＬのＮａｎｏＧｌｏ緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を各ウェルに添加した。３分間の待機期間の後、ＧｌｏＭａｘ Ｎａｖｉｇａｔｏｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、ＵＳＡ）を使用して、相対光単位（ＲＬＵ）としての各試料のシグナル出力を決定した。バックグラウンドに対するシグナル（Ｓ／Ｂ）は、その試験に対するＰＢＳ対照で観察されたＲＬＵから各試料からのＲＬＵを割ることによって計算した。

表８および９は、ウサギ抗マウスＩｇＧまたはヤギ抗マウスＩｇＧでコーティングされたプレートが、捕捉／結合表面を改善するためにマウス抗ｎａｎｏｌｕｃルシフェラーゼの改善した配向を与えたことを実証している。実際、ウサギ抗マウスＩｇＧまたはヤギ抗マウスＩｇＧでコーティングされたプレートは、指標タンパク質産物を結合するのに利用性がより高い。プレートのコーティングは、改善されたシグナル検出を示したが、これは、マウス抗ｎａｎｏｌｕｃルシフェラーゼの配向および指標タンパク質に対する結合部位の利用可能性によるものであり得る。
例示

例示１：試料中のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）を検出するための方法であって、試料を取得することと、前記試料に選択剤を添加することと、前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、黄色ブドウ球菌に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードすることと、前記指標タンパク質産物を捕捉することと、前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中のＭＲＳＡの存在を決定するために使用されることと、を含む、方法。

例示２は、前記選択剤が抗生物質を含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示３は、前記抗生物質がセフォキシチンを含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示４は、前記試料が鼻腔スワブに由来する、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示５は、前記方法が、試料中の１０、９、８、７、６、５、４、３、２個または単一の細菌を検出する、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示６は、前記カクテルが、少なくとも２つの異なる種類の組換えバクテリオファージを含み、前記組換えバクテリオファージの少なくとも１つが、ＩＳＰ、ＭＰ１１５またはこれらの組み合わせに由来する、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示７は、前記指標遺伝子がコドン最適化されており、固有のシグナルを生成する可溶性タンパク質産物または基質との反応時にシグナルを生成する可溶性酵素をコードする、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示８は、コドン最適化された指標遺伝子の上流に非翻訳領域をさらに含み、前記非翻訳領域がバクテリオファージ後期遺伝子プロモーターを含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示９は、前記捕捉する工程が、前記指標タンパク質産物を表面と接触させることを含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１０は、前記表面が、マイクロタイタープレート、ラテックス粒子、ラテラルフローストリップ、ビーズ、磁性粒子またはディップスティックである、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１１は、前記指標タンパク質産物を捕捉する前に、固定化された結合パートナーを前記表面上に堆積させることをさらに含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１２は、前記固定化された結合パートナーが抗体またはその断片である、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１３は、前記固定化された結合パートナーを含む前記表面を洗浄することをさらに含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１４は、前記指標タンパク質産物を捕捉した後に前記表面を洗浄することをさらに含む、上先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１５は、前記指標タンパク質産物を検出することによって生成されるシグナル対バックグラウンドの比が少なくとも２．０または少なくとも２．５である、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１６は、前記試料が、２４時間、２３時間、２２時間、２１時間、２０時間、１９時間、１８時間、１７時間、１６時間、１５時間、１４時間、１３時間、１２時間、１１時間、１０時間、９時間、８時間、７時間、６時間、５時間、４時間、３時間または２時間未満の増菌期間にわたって、増殖に有利な条件で最初にインキュベートされる、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１７は、試料を取得することと、前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、微生物に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードすることと、前記指標タンパク質産物を表面と接触させることであって、前記表面は前記指標タンパク質産物を捕捉するための固定化された結合パートナーを備えることと、前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中の前記微生物の存在を決定するために使用されることと、を含む、先行するまたは後続するいずれかの例示の方法である。

例示１８：メチシリン耐性黄色ブドウ球菌を検出するためのキットであって、鼻腔スワブと、黄色ブドウ球菌に対して特異的な組換えバクテリオファージおよび抗生物質を含むアッセイと、指標タンパク質産物を捕捉するための表面と、を含む、キット。

例示１９は、前記表面が固定化された結合パートナーを含む、先行するまたは後続するいずれかの例示のキットである。

例示２０は、前記抗生物質がセフォキシチンを含む、先行するまたは後続するいずれかの例示のキットである。

本開示は、示されたおよび説明された正確な詳細に限定されず、当業者に明らかな変形は、特許請求の範囲によって定義される本開示内に含まれる。

Claims (20)

1. 試料中のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）を検出するための方法であって、
   試料を取得することと、
   前記試料に選択剤を添加することと、
   前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、黄色ブドウ球菌に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードする、ことと、
   前記指標タンパク質産物を捕捉することと、
   前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中のＭＲＳＡの存在を決定するために使用される、ことと、
   を含む、方法。
2. 前記選択剤が抗生物質を含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記抗生物質がセフォキシチンを含む、請求項２に記載の方法。
4. 前記試料が鼻腔スワブに由来する、請求項１に記載の方法。
5. 前記方法が、試料中の１０、９、８、７、６、５、４、３、２個または単一の細菌を検出する、請求項１に記載の方法。
6. 前記カクテルが、少なくとも２つの異なる種類の組換えバクテリオファージを含み、前記組換えバクテリオファージの少なくとも１つが、ＩＳＰ、ＭＰ１１５またはこれらの組み合わせに由来する、請求項１に記載の方法。
7. 前記指標遺伝子がコドン最適化されており、固有のシグナルを生成する可溶性タンパク質産物または基質との反応時にシグナルを生成する可溶性酵素をコードする、請求項１に記載の方法。
8. コドン最適化された指標遺伝子の上流に非翻訳領域をさらに含み、前記非翻訳領域がバクテリオファージ後期遺伝子プロモーターを含む、請求項１に記載の方法。
9. 前記捕捉する工程が、前記指標タンパク質産物を表面と接触させることを含む、請求項１に記載の方法。
10. 前記表面が、マイクロタイタープレート、ラテックス粒子、ラテラルフローストリップ、ビーズ、磁性粒子またはディップスティックである、請求項９に記載の方法。
11. 前記指標タンパク質産物を捕捉する前に、固定化された結合パートナーを前記表面上に堆積させることをさらに含む、請求項９に記載の方法。
12. 前記固定化された結合パートナーが抗体またはその断片である、請求項１１に記載の方法。
13. 前記固定化された結合パートナーを含む前記表面を洗浄することをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
14. 前記指標タンパク質産物を捕捉した後に前記表面を洗浄することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
15. 前記指標タンパク質産物を検出することによって生成されるシグナル対バックグラウンドの比が少なくとも２．０または少なくとも２．５である、請求項１に記載の方法。
16. 前記試料が、２４時間、２３時間、２２時間、２１時間、２０時間、１９時間、１８時間、１７時間、１６時間、１５時間、１４時間、１３時間、１２時間、１１時間、１０時間、９時間、８時間、７時間、６時間、５時間、４時間、３時間または２時間未満の増菌期間にわたって、増殖に有利な条件で最初にインキュベートされる、請求項１に記載の方法。
17. 試料中の微生物を検出するための方法であって、
    試料を取得することと、
    前記試料を、１またはそれを超える感染因子を含むカクテルと接触させることであって、前記感染因子は、指標遺伝子を含み、微生物に対して特異的であり、前記指標遺伝子は、指標タンパク質産物をコードする、ことと、
    前記指標タンパク質産物を表面と接触させることであって、前記表面は前記指標タンパク質産物を捕捉するための固定化された結合パートナーを備える、ことと、
    前記指標タンパク質産物によって生成されたシグナルを検出することであって、前記シグナルの検出は、前記試料中の前記微生物の存在を決定するために使用される、することと、
    を含む、方法。
18. メチシリン耐性黄色ブドウ球菌を検出するためのキットであって、
    鼻腔スワブと、
    黄色ブドウ球菌に対して特異的な組換えバクテリオファージおよび抗生物質を含むアッセイと、
    指標タンパク質産物を捕捉するための表面と、
    を含む、キット。
19. 前記表面が、固定化された結合パートナーを備える、請求項１８に記載のキット。
20. 前記抗生物質がセフォキシチンを含む、請求項１８に記載のキット。